Changeset 1489 for trunk/GSASIIstrIO.py


Ignore:
Timestamp:
Sep 7, 2014 1:37:26 PM (7 years ago)
Author:
vondreele
Message:

correct Uij to U6 conversions Uij = Uk/2 for i != j; k > 2 in G2lattice & G2spc
This fixes derivative issues for aniso tropic atoms in Al2O3
change names of sytsyms e.g. 2(100) to 2(x) for non-hex/trig space groups. Removes possible ambiguity with ortho, etc. cases.
Still checking extinction issues

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/GSASIIstrIO.py

    r1483 r1489  
    831831                    '%10.5f'%(at[cx+2])+'%8.3f'%(at[cx+3])+'%7s'%(at[cs])+'%5d'%(at[cs+1])+'%5s'%(at[cia])
    832832                if at[cia] == 'I':
    833                     line += '%8.4f'%(at[cia+1])+48*' '
     833                    line += '%8.5f'%(at[cia+1])+48*' '
    834834                else:
    835835                    line += 8*' '
    836836                    for j in range(6):
    837                         line += '%8.4f'%(at[cia+1+j])
     837                        line += '%8.5f'%(at[cia+2+j])
    838838                print >>pFile,line
    839839        elif General['Type'] == 'macromolecular':
     
    847847                    line += 8*' '
    848848                    for j in range(6):
    849                         line += '%8.4f'%(at[cia+1+j])
     849                        line += '%8.4f'%(at[cia+2+j])
    850850                print >>pFile,line
    851851       
     
    999999                        phaseVary.append(pfx+'Afrac:'+str(i))
    10001000                    if 'X' in at[ct+1]:
     1001                        try:    #patch for sytsym name changes
     1002                            xId,xCoef = G2spc.GetCSxinel(at[cs])
     1003                        except KeyError:
     1004                            Sytsym = G2spc.SytSym(at[cx:cx+3],SGData)[0]
     1005                            at[cs] = Sytsym
     1006                            xId,xCoef = G2spc.GetCSxinel(at[cs])
    10011007                        xId,xCoef = G2spc.GetCSxinel(at[cs])
    10021008                        names = [pfx+'dAx:'+str(i),pfx+'dAy:'+str(i),pfx+'dAz:'+str(i)]
     
    10091015                            if len(equiv) > 1:
    10101016                                name = equiv[0][0]
     1017                                coef = equiv[0][1]
    10111018                                for eqv in equiv[1:]:
     1019                                    eqv[1] /= coef
    10121020                                    G2mv.StoreEquivalence(name,(eqv,))
    10131021                    if 'U' in at[ct+1]:
     
    10151023                            phaseVary.append(pfx+'AUiso:'+str(i))
    10161024                        else:
     1025                            try:    #patch for sytsym name changes
     1026                                uId,uCoef = G2spc.GetCSuinel(at[cs])[:2]
     1027                            except KeyError:
     1028                                Sytsym = G2spc.SytSym(at[cx:cx+3],SGData)[0]
     1029                                at[cs] = Sytsym
     1030                                uId,uCoef = G2spc.GetCSuinel(at[cs])[:2]
    10171031                            uId,uCoef = G2spc.GetCSuinel(at[cs])[:2]
    10181032                            names = [pfx+'AU11:'+str(i),pfx+'AU22:'+str(i),pfx+'AU33:'+str(i),
     
    10261040                                if len(equiv) > 1:
    10271041                                    name = equiv[0][0]
     1042                                    coef = equiv[0][1]
    10281043                                    for eqv in equiv[1:]:
    1029                                         G2mv.StoreEquivalence(name,(eqv,))
     1044                                        eqv[1] /= coef
     1045                                    G2mv.StoreEquivalence(name,equiv[1:])
    10301046#            elif General['Type'] == 'magnetic':
    10311047#            elif General['Type'] == 'macromolecular':
     
    12931309        elif General['Type'] == 'macromolecular':
    12941310            line = ' res no  residue  chain '+line
     1311        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
    12951312        print >>pFile,line
    12961313        if General['Type'] == 'nuclear':
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.