Changeset 1145


Ignore:
Timestamp:
Nov 12, 2013 3:52:13 PM (9 years ago)
Author:
toby
Message:

move DefaultControls? out of g2grid to avoid wx requirement; now import mmCIF reflection files

Location:
trunk
Files:
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASII.py

    r1143 r1145  
    16131613        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Controls'):
    16141614            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
    1615             self.PatternTree.SetItemPyData(sub,copy.copy(G2gd.DefaultControls))
     1615            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,copy.copy(G2obj.DefaultControls))
    16161616        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Covariance'):
    16171617            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Covariance')

  • trunk/GSASIIgrid.py

    r1143 r1145  
    4141import GSASIIrestrGUI as G2restG
    4242import GSASIIpy3 as G2py3
     43import GSASIIobj as G2obj
    4344
    4445# trig functions in degrees
    … …  
    141142
    142143VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
    143 DefaultControls = {
    144     'deriv type':'analytic Hessian',    #default controls
    145     'min dM/M':0.0001,'shift factor':1.,'max cyc':3,'F**2':True,
    146     'minF/sig':0,
    147     'Author':'no name',
    148     'FreeVar1':'Sample humidity (%)',
    149     'FreeVar2':'Sample voltage (V)',
    150     'FreeVar3':'Applied load (MN)',
    151     }
    152144################################################################################
    153145#### GSAS-II class definitions
    … …  
    35513543            data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
    35523544            if not data:           #fill in defaults
    3553                 data = copy.copy(DefaultControls)    #least squares controls
     3545                data = copy.copy(G2obj.DefaultControls)    #least squares controls
    35543546                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(item,data)                             
    35553547            for i in G2frame.Refine: i.Enable(True)

  • trunk/GSASIIobj.py

    r1141 r1145  
    1 # TODO: change this to assemble the look-up tables of atoms, phases and hists from the tree
    2 # and then save/unsave those values in __init__ & __str__, etc.
     1# -*- coding: utf-8 -*-
     2#GSASIIobj - data objects for GSAS-II
     3########### SVN repository information ###################
     4# $Date$
     5# $Author$
     6# $Revision$
     7# $URL$
     8# $Id$
     9########### SVN repository information ###################
    310
    411'''
    … …  
    679686
    680687GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision$")
     688
     689DefaultControls = {
     690    'deriv type':'analytic Hessian',    #default controls
     691    'min dM/M':0.0001,'shift factor':1.,'max cyc':3,'F**2':True,
     692    'minF/sig':0,
     693    'Author':'no name',
     694    'FreeVar1':'Sample humidity (%)',
     695    'FreeVar2':'Sample voltage (V)',
     696    'FreeVar3':'Applied load (MN)',
     697    }
     698'''Values to be used as defaults for the initial contents of the ``Controls``
     699data tree item.
     700'''
     701
     702
    681703PhaseIdLookup = {}
    682704'''dict listing phase name and random Id keyed by sequential phase index as a str;

  • trunk/GSASIIstrIO.py

    r1144 r1145  
    4949    :return: dictionary of control items
    5050    '''
    51     Controls = copy.copy(G2gd.DefaultControls)
     51    Controls = copy.copy(G2obj.DefaultControls)
    5252    fl = open(GPXfile,'rb')
    5353    while True:

  • trunk/imports/G2sfact_CIF.py

    r1123 r1145  
    5151        return True
    5252    def Reader(self,filename,filepointer, ParentFrame=None, **kwarg):
    53         hklitems = ('_refln_index_h','_refln_index_k','_refln_index_l')
    54         cellitems = (
    55             '_cell_length_a','_cell_length_b','_cell_length_c',
    56             '_cell_angle_alpha','_cell_angle_beta','_cell_angle_gamma',)
     53        hklitems = [('_refln_index_h','_refln_index_k','_refln_index_l'),
     54                    ('_refln.index_h','_refln.index_k','_refln.index_l')]
     55        cellitems = [
     56            ('_cell_length_a','_cell_length_b','_cell_length_c',
     57             '_cell_angle_alpha','_cell_angle_beta','_cell_angle_gamma',),
     58            ('_cell.length_a','_cell.length_b','_cell.length_c',
     59             '_cell.angle_alpha','_cell.angle_beta','_cell.angle_gamma',),]
     60
     61        Fdatanames = ('_refln_f_meas','_refln.f_meas','_refln.f_meas_au',
     62                      )
     63       
     64        F2datanames = ('_refln_f_squared_meas','_refln.f_squared_meas',
     65                      )
     66
     67        Idatanames = ('_refln_intensity_meas','_refln.intensity_meas',
     68                      ) # not used yet
     69
     70        Isignames = ('_refln_intensity_meas_sigma','_refln.intensity_meas_sigma',
     71                      ) # not used yet
     72
     73        Fcalcnames = ('_refln_f_calc','_refln.f_calc','_refln.f_calc_au',
     74                      )
     75       
     76        F2calcnames = ('_refln_f_squared_calc','_refln.f_squared_calc',
     77                      )
     78
     79        Fsignames = ('_refln_f_meas_sigma','_refln.f_meas_sigma','_refln.f_meas_sigma_au',
     80                      )
     81       
     82        F2signames = ('_refln_f_squared_meas_sigma','_refln.f_squared_meas_sigma',
     83                      )
     84
     85        phasenames = ('_refln_phase_calc','_refln.phase_calc',
     86                      )
     87
     88
     89        SGdataname = ('_symmetry_space_group_name_H-M', '_symmetry.space_group_name_H-M')
     90                     
    5791        phasenamefields = (
    5892            '_chemical_name_common',
    … …  
    6599            if self.repeat and rdbuffer is not None:
    66100                cf = rdbuffer.get('lastcif')
    67                 print 'Reuse previously parsed CIF'
     101                print 'Reusing previously parsed CIF'
    68102            if cf is None:
    69103                self.ShowBusy() # this can take a while
    … …  
    72106            # scan blocks for reflections
    73107            blklist = []
    74             blktype = []
    75             for blk in cf.keys():
     108            for blk in cf.keys(): # scan for reflections, F or F2 values and cell lengths.
     109                # Ignore blocks that do not have structure factors and a cell
    76110                blkkeys = [k.lower() for k in cf[blk].keys()]
    77                 gotFo = True
    78                 gotFo2 = True
    79                 for r in hklitems:
    80                     if r not in blkkeys:
    81                         gotFo = False
    82                         gotFo2 = False
    83                 if '_refln_f_squared_meas' not in blkkeys:
    84                     gotFo = False
    85                 if '_refln_f_squared_meas' not in blkkeys:
    86                     gotFo2 = False
    87                 if gotFo or gotFo2:
    88                     blklist.append(blk)
    89                     blktype.append(gotFo2)
     111                gotFo = False
     112                gotFo2 = False
     113                for i in range(2):
     114                    if hklitems[i][0] in blkkeys and hklitems[i][1] in blkkeys and hklitems[i][2] in blkkeys:
     115                        dnIndex = i
     116                        break
     117                else:
     118                    break # no reflections
     119                for dn in Fdatanames:
     120                    if dn in blkkeys:
     121                        blklist.append(blk)
     122                        gotFo = True
     123                        break
     124                if gotFo: break
     125                for dn in F2datanames:
     126                    if dn in blkkeys:
     127                        blklist.append(blk)
     128                        break
     129                else:
     130                    break
    90131            if not blklist:
    91132                selblk = None # no block to choose
    … …  
    107148                    s = ''
    108149                    fmt = "%.2f,"
    109                     for i,key in enumerate(cellitems):
     150                    for i,key in enumerate(cellitems[dnIndex]):
    110151                        if i == 3: fmt = "%.f,"
    111152                        if i == 5: fmt = "%.f"
    … …  
    114155                        s += fmt % cif.get_number_with_esd(val)[0]
    115156                    if s: choice[-1] += ', cell: ' + s
    116                     sg = cf[blknm].get("_symmetry_space_group_name_H-M")
    117                     if sg: choice[-1] += ', (' + sg.strip() + ')'
     157                    for dn in SGdataname:
     158                        sg = cf[blknm].get(dn)
     159                        if sg:
     160                            choice[-1] += ', (' + sg.strip() + ')'
     161                            break
    118162                choice.append('Import all of the above')
    119163                if self.repeat: # we were called to repeat the read
    … …  
    140184            self.objname = os.path.basename(filename)+':'+str(blknm)
    141185            # read in reflections
    142             refloop = blk.GetLoop('_refln_index_h')
     186            try:
     187                refloop = blk.GetLoop(hklitems[0][0])
     188                dnIndex = 0
     189            except KeyError:
     190                try:
     191                    refloop = blk.GetLoop(hklitems[1][0])
     192                    dnIndex = 1
     193                except KeyError:
     194                    raise Exception, "Unexpected: index_h not found!"
    143195            itemkeys = {}
    144196            # prepare an index to the CIF reflection loop
    145197            for i,key in enumerate(refloop.keys()):
    146198                itemkeys[key.lower()] = i
    147             if '_refln_f_squared_calc' in itemkeys:
    148                 FcalcPresent = True
    149             elif '_refln_f_calc' in itemkeys:
    150                 FcalcPresent = True
     199               
     200            # scan for data names:
     201            F2dn = None
     202            Fdn = None
     203            F2cdn = None
     204            Fcdn = None
     205            F2sdn = None
     206            Fsdn = None
     207            Phdn = None
     208            FcalcPresent = False
     209            for dn in F2datanames:
     210                if dn in itemkeys:
     211                    F2dn = dn
     212                    for dn in F2calcnames:
     213                        if dn in itemkeys:
     214                            F2cdn = dn
     215                            FcalcPresent = True
     216                            break
     217                    for dn in F2signames:
     218                        if dn in itemkeys:
     219                            F2sdn = dn
     220                            break
     221                    break
    151222            else:
    152                 FcalcPresent = False
     223                for dn in Fdatanames:
     224                    if dn in itemkeys:
     225                        Fdn = dn
     226                        for dn in Fcalcnames:
     227                            if dn in itemkeys:
     228                                Fcdn = dn
     229                                FcalcPresent = True
     230                                break
     231                        for dn in Fsignames:
     232                            if dn in itemkeys:
     233                                Fsdn = dn
     234                                break
     235                        break
     236                else:
     237                    raise Exception, "no F or F2 value"
     238            for dn in phasenames:
     239                if dn in itemkeys:
     240                    Phdn = dn
     241                    break
     242               
     243            # loop over all reflections
    153244            for item in refloop:
     245                F2c = 0.0
     246                sigF2 = 0.0
    154247                HKL = []
    155                 for i in hklitems: # ('_refln_index_h','_refln_index_k','_refln_index_l')
    156                     num = itemkeys.get(i)
    157                     try:
    158                         HKL.append(int(item[num]))
    159                     except:
    160                         HKL.append('.')
    161                 #h,k,l,m,dsp,Fo2,sig,Fc2,Fot2,Fct2,phase,...
    162                 ref = HKL+[0,0,0,0,0, 0,0,0,0,0, 0]
    163                 if '_refln_f_squared_meas' in itemkeys:
    164                     try:
    165                         Fsq = float(item[itemkeys['_refln_f_squared_meas']])
    166                         ref[8] = Fsq
    167                         ref[5] = Fsq
    168                     except:
     248                try:
     249                    for i in hklitems[dnIndex]: # '_refln[._]index_[hkl]'
     250                        num = itemkeys.get(i)
    169251                        try:
    170                             Fsq,Esd = item[itemkeys['_refln_f_squared_meas']].split('(')
    171                             Fsq = float(Fsq)
    172                             ref[8] = Fsq
    173                             ref[5] = Fsq
    174                             ref[6] = float(Esd[:-1])
     252                            HKL.append(int(item[num]))
     253                        except:
     254                            HKL.append('.')
     255                    #h,k,l,m,dsp,Fo2,sig,Fc2,Fot2,Fct2,phase,...
     256                    ref = HKL+[0,0,0,0,0, 0,0,0,0,0, 0]
     257                    if F2dn:
     258                        F2 = item[itemkeys[F2dn]]
     259                        if '(' in F2:
     260                            F2, sigF2 = cif.get_number_with_esd(F2)
     261                            F2 = float(F2)
     262                            sigF2 = float(sigF2)
     263                        elif F2sdn:
     264                            F2 = float(F2)
     265                            sigF2 = float(item[itemkeys[F2sdn]])
     266                        else:
     267                            F2 = float(F2)
     268                        try:
     269                            if F2cdn:
     270                                F2c = float(item[itemkeys[F2cdn]])
    175271                        except:
    176272                            pass
    177                     if  '_refln_f_squared_sigma' in itemkeys:
     273                    else:
     274                        F = item[itemkeys[Fdn]]
     275                        if '(' in F:
     276                            F, sig = cif.get_number_with_esd(F)
     277                        elif Fsdn:
     278                            F = float(F)
     279                            sig = float(item[itemkeys[Fsdn]])
     280                        else:
     281                            F = float(F)
     282                            sig = 0.0
     283                        F2 = F**2
     284                        sigF2 = 2.0*F*sig
    178285                        try:
    179                             ref[6] = float(item[itemkeys['_refln_f_squared_sigma']])
     286                            if Fcdn:
     287                                Fc = float(item[itemkeys[Fcdn]])
     288                                F2c = Fc*Fc
    180289                        except:
    181                             pass                           
    182                 elif '_refln_f_meas' in itemkeys:
     290                            pass
     291                               
     292                    ref[8] = F2
     293                    ref[5] = F2
     294                    ref[6] = sigF2
     295                    ref[9] = F2c
     296                    ref[7] = F2c
    183297                    try:
    184                         Fsq = float(item[itemkeys['_refln_f_meas']])**2
    185                         ref[8] = Fsq
    186                         ref[5] = Fsq
     298                        if Phdn:
     299                            ref[10] = float(item[itemkeys[Phdn]])
    187300                    except:
    188                         try:
    189                             Fsq,Esd = item[itemkeys['_refln_f_squared_meas']].split('(')
    190                             Fsq = float(Fsq)**2
    191                             ref[8] = Fsq
    192                             ref[5] = Fsq
    193                             ref[6] = 2.0*sqrt(Fsq)*float(Esd[:-1])
    194                         except:
    195                             pass                               
    196                     if  '_refln_f_sigma' in itemkeys:
    197                         try:
    198                             ref[6] = 2.*sqrt(ref[8])*float(item[itemkeys['_refln_f_sigma']])
    199                         except:
    200                             pass                               
    201                 if '_refln_f_squared_calc' in itemkeys:
    202                     try:
    203                         Fsq = float(item[itemkeys['_refln_f_squared_calc']])
    204                         ref[9] = Fsq
    205                         ref[7] = Fsq
    206                     except:
    207                         pass                               
    208                 elif '_refln_f_calc' in itemkeys:
    209                     try:
    210                         Fsq = float(item[itemkeys['_refln_f_calc']])**2
    211                         ref[9] = Fsq
    212                         ref[7] = Fsq
    213                     except:
    214                         pass                               
    215                 if '_refln_phase_calc' in itemkeys:
    216                     try:
    217                         ref[10] = float(item[itemkeys['_refln_phase_calc']])
    218                     except:
    219                         pass                               
     301                        pass
     302                except:
     303                    continue # skip over incompletely parsed reflections
    220304                self.RefDict['RefList'].append(ref)
    221305                self.RefDict['FF'].append({})
    … …  
    225309                if blk['_diffrn_radiation_probe'] == 'neutron':
    226310                    type = 'SNC'
     311            elif blk.get('_diffrn_radiation.probe'):
     312                if blk['_diffrn_radiation.probe'] == 'neutron':
     313                    type = 'SNC'
    227314            else:
    228315                type = 'SXC'
    229316            if blk.get('_diffrn_radiation_wavelength'):
    230317                wave = float(blk['_diffrn_radiation_wavelength'])
     318            elif blk.get('_diffrn_radiation.wavelength'):
     319                wave = float(blk['_diffrn_radiation.wavelength'])
    231320            else:
    232321                wave = None
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.