Changeset 1117 for trunk/exports


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Oct 21, 2013 1:11:57 PM (8 years ago)
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toby
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update some menu labels; Add new multi-item selector; Add map export; misc export cleanups

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trunk/exports
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  • trunk/exports/G2export_CIF.py

    r1115 r1117  
    489489            WriteCIFitem('\n# ATOMIC COORDINATES AND DISPLACEMENT PARAMETERS')
    490490            WriteCIFitem('loop_ '+
    491                          '\n\t_atom_site_label'+
    492                          '\n\t_atom_site_type_symbol'+
    493                          '\n\t_atom_site_fract_x'+
    494                          '\n\t_atom_site_fract_y'+
    495                          '\n\t_atom_site_fract_z'+
    496                          '\n\t_atom_site_occupancy'+
    497                          '\n\t_atom_site_adp_type'+
    498                          '\n\t_atom_site_U_iso_or_equiv'+
    499                          '\n\t_atom_site_symmetry_multiplicity')
     491                         '\n   _atom_site_label'+
     492                         '\n   _atom_site_type_symbol'+
     493                         '\n   _atom_site_fract_x'+
     494                         '\n   _atom_site_fract_y'+
     495                         '\n   _atom_site_fract_z'+
     496                         '\n   _atom_site_occupancy'+
     497                         '\n   _atom_site_adp_type'+
     498                         '\n   _atom_site_U_iso_or_equiv'+
     499                         '\n   _atom_site_symmetry_multiplicity')
    500500
    501501            varnames = {cx:'Ax',cx+1:'Ay',cx+2:'Az',cx+3:'Afrac',
     
    554554            if naniso == 0: return
    555555            # now loop over aniso atoms
    556             WriteCIFitem('\nloop_' + '\n\t_atom_site_aniso_label' +
    557                          '\n\t_atom_site_aniso_U_11' + '\n\t_atom_site_aniso_U_12' +
    558                          '\n\t_atom_site_aniso_U_13' + '\n\t_atom_site_aniso_U_22' +
    559                          '\n\t_atom_site_aniso_U_23' + '\n\t_atom_site_aniso_U_33')
     556            WriteCIFitem('\nloop_' + '\n   _atom_site_aniso_label' +
     557                         '\n   _atom_site_aniso_U_11' + '\n   _atom_site_aniso_U_12' +
     558                         '\n   _atom_site_aniso_U_13' + '\n   _atom_site_aniso_U_22' +
     559                         '\n   _atom_site_aniso_U_23' + '\n   _atom_site_aniso_U_33')
    560560            for i,at in enumerate(Atoms):
    561561                fval = self.parmDict.get(fpfx+str(i),at[cfrac])
     
    734734            WriteCIFitem('\n# MOLECULAR GEOMETRY')
    735735            WriteCIFitem('loop_' +
    736                          '\n\t_geom_bond_atom_site_label_1' +
    737                          '\n\t_geom_bond_atom_site_label_2' +
    738                          '\n\t_geom_bond_distance' +
    739                          '\n\t_geom_bond_site_symmetry_1' +
    740                          '\n\t_geom_bond_site_symmetry_2' +
    741                          '\n\t_geom_bond_publ_flag')
     736                         '\n   _geom_bond_atom_site_label_1' +
     737                         '\n   _geom_bond_atom_site_label_2' +
     738                         '\n   _geom_bond_distance' +
     739                         '\n   _geom_bond_site_symmetry_1' +
     740                         '\n   _geom_bond_site_symmetry_2' +
     741                         '\n   _geom_bond_publ_flag')
    742742
    743743            for i in sorted(AtomLabels.keys()):
     
    760760            # loop over interatomic angles for this phase
    761761            WriteCIFitem('\nloop_' +
    762                          '\n\t_geom_angle_atom_site_label_1' +
    763                          '\n\t_geom_angle_atom_site_label_2' +
    764                          '\n\t_geom_angle_atom_site_label_3' +
    765                          '\n\t_geom_angle' +
    766                          '\n\t_geom_angle_site_symmetry_1' +
    767                          '\n\t_geom_angle_site_symmetry_2' +
    768                          '\n\t_geom_angle_site_symmetry_3' +
    769                          '\n\t_geom_angle_publ_flag')
     762                         '\n   _geom_angle_atom_site_label_1' +
     763                         '\n   _geom_angle_atom_site_label_2' +
     764                         '\n   _geom_angle_atom_site_label_3' +
     765                         '\n   _geom_angle' +
     766                         '\n   _geom_angle_site_symmetry_1' +
     767                         '\n   _geom_angle_site_symmetry_2' +
     768                         '\n   _geom_angle_site_symmetry_3' +
     769                         '\n   _geom_angle_publ_flag')
    770770
    771771            for i in sorted(AtomLabels.keys()):
     
    797797            phasedict = self.Phases[phasenam] # pointer to current phase info           
    798798            WriteCIFitem('_pd_phase_name', phasenam)
    799             pfx = str(phasedict['pId'])+'::'
    800             A,sigA = G2stIO.cellFill(pfx,phasedict['General']['SGData'],self.parmDict,self.sigDict)
    801             cellSig = G2stIO.getCellEsd(pfx,
    802                                        phasedict['General']['SGData'],A,
    803                                        self.OverallParms['Covariance'])  # returns 7 vals, includes sigVol
    804             cellList = G2lat.A2cell(A) + (G2lat.calc_V(A),)
     799            cellList,cellSig = self.GetCell(phasenam)
    805800            defsigL = 3*[-0.00001] + 3*[-0.001] + [-0.01] # significance to use when no sigma
    806801            names = ['length_a','length_b','length_c',
     
    899894                WriteCIFitem('_diffrn_radiation_type','K\\a~1,2~')
    900895                WriteCIFitem('loop_' +
    901                              '\n\t_diffrn_radiation_wavelength' +
    902                              '\n\t_diffrn_radiation_wavelength_wt' +
    903                              '\n\t_diffrn_radiation_wavelength_id')
     896                             '\n   _diffrn_radiation_wavelength' +
     897                             '\n   _diffrn_radiation_wavelength_wt' +
     898                             '\n   _diffrn_radiation_wavelength_id')
    904899                WriteCIFitem('  ' + PutInCol(G2mth.ValEsd(lam1,slam1),15)+
    905900                             PutInCol('1.0',15) +
     
    919914                    WriteCIFitem('\n# PHASE TABLE')
    920915                    WriteCIFitem('loop_' +
    921                                  '\n\t_pd_phase_id' +
    922                                  '\n\t_pd_phase_block_id' +
    923                                  '\n\t_pd_phase_mass_%')
     916                                 '\n   _pd_phase_id' +
     917                                 '\n   _pd_phase_block_id' +
     918                                 '\n   _pd_phase_mass_%')
    924919                    wtFrSum = 0.
    925920                    for phasenam in phasebyhistDict.get(histlbl):
     
    944939                            )
    945940                    WriteCIFitem('loop_' +
    946                                  '\n\t_gsas_proc_phase_R_F_factor' +
    947                                  '\n\t_gsas_proc_phase_R_Fsqd_factor' +
    948                                  '\n\t_gsas_proc_phase_id' +
    949                                  '\n\t_gsas_proc_phase_block_id')
     941                                 '\n   _gsas_proc_phase_R_F_factor' +
     942                                 '\n   _gsas_proc_phase_R_Fsqd_factor' +
     943                                 '\n   _gsas_proc_phase_id' +
     944                                 '\n   _gsas_proc_phase_block_id')
    950945                    for phasenam in phasebyhistDict.get(histlbl):
    951946                        pfx = str(self.Phases[phasenam]['pId'])+':'+str(hId)+':'
     
    10261021            WriteCIFitem('loop_')
    10271022            if len(histblk['Reflection Lists'].keys()) > 1:
    1028                 WriteCIFitem('\t_pd_refln_phase_id')
    1029             WriteCIFitem('\t' + refprx + 'index_h' +
    1030                          '\n\t' + refprx + 'index_k' +
    1031                          '\n\t' + refprx + 'index_l' +
    1032                          '\n\t' + refprx + 'F_squared_meas' +
    1033                          '\n\t' + refprx + 'F_squared_calc' +
    1034                          '\n\t' + refprx + 'phase_calc' +
    1035                          '\n\t_pd_refln_d_spacing')
     1023                WriteCIFitem('   _pd_refln_phase_id')
     1024            WriteCIFitem('   ' + refprx + 'index_h' +
     1025                         '\n   ' + refprx + 'index_k' +
     1026                         '\n   ' + refprx + 'index_l' +
     1027                         '\n   ' + refprx + 'F_squared_meas' +
     1028                         '\n   ' + refprx + 'F_squared_calc' +
     1029                         '\n   ' + refprx + 'phase_calc' +
     1030                         '\n   _pd_refln_d_spacing')
    10361031            if Imax > 0:
    1037                 WriteCIFitem('\t_gsas_i100_meas')
     1032                WriteCIFitem('   _gsas_i100_meas')
    10381033
    10391034            refcount = 0
     
    11011096                WriteCIFitem('_pd_meas_number_of_points', str(len(histblk['Data'][0])))
    11021097            WriteCIFitem('\nloop_')
    1103             #            WriteCIFitem('\t_pd_proc_d_spacing') # need easy way to get this
     1098            #            WriteCIFitem('   _pd_proc_d_spacing') # need easy way to get this
    11041099            if not fixedstep:
    11051100                if zero:
    1106                     WriteCIFitem('\t_pd_proc_2theta_corrected')
     1101                    WriteCIFitem('   _pd_proc_2theta_corrected')
    11071102                else:
    1108                     WriteCIFitem('\t_pd_meas_2theta_scan')
     1103                    WriteCIFitem('   _pd_meas_2theta_scan')
    11091104            # at least for now, always report weights.
    11101105            #if countsdata:
    1111             #    WriteCIFitem('\t_pd_meas_counts_total')
     1106            #    WriteCIFitem('   _pd_meas_counts_total')
    11121107            #else:
    1113             WriteCIFitem('\t_pd_meas_intensity_total')
    1114             WriteCIFitem('\t_pd_calc_intensity_total')
    1115             WriteCIFitem('\t_pd_proc_intensity_bkg_calc')
    1116             WriteCIFitem('\t_pd_proc_ls_weight')
     1108            WriteCIFitem('   _pd_meas_intensity_total')
     1109            WriteCIFitem('   _pd_calc_intensity_total')
     1110            WriteCIFitem('   _pd_proc_intensity_bkg_calc')
     1111            WriteCIFitem('   _pd_proc_ls_weight')
    11171112            maxY = max(histblk['Data'][1].max(),histblk['Data'][3].max())
    11181113            if maxY < 0: maxY *= -10 # this should never happen, but...
     
    11541149            WriteCIFitem('\n# STRUCTURE FACTOR TABLE')           
    11551150            WriteCIFitem('loop_' +
    1156                          '\n\t' + refprx + 'index_h' +
    1157                          '\n\t' + refprx + 'index_k' +
    1158                          '\n\t' + refprx + 'index_l' +
    1159                          '\n\t' + refprx + 'F_squared_meas' +
    1160                          '\n\t' + refprx + 'F_squared_sigma' +
    1161                          '\n\t' + refprx + 'F_squared_calc' +
    1162                          '\n\t' + refprx + 'phase_calc'
     1151                         '\n   ' + refprx + 'index_h' +
     1152                         '\n   ' + refprx + 'index_k' +
     1153                         '\n   ' + refprx + 'index_l' +
     1154                         '\n   ' + refprx + 'F_squared_meas' +
     1155                         '\n   ' + refprx + 'F_squared_sigma' +
     1156                         '\n   ' + refprx + 'F_squared_calc' +
     1157                         '\n   ' + refprx + 'phase_calc'
    11631158                         )
    11641159
  • trunk/exports/G2export_shelx.py

    r1115 r1117  
    116116                    l += " {:.3f}".format(val)                   
    117117                self.Write(l)
     118            self.Write('END')
    118119            self.CloseFile()
    119120            print('Phase '+str(phasenam)+' written to file '+str(fil))
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.