Changeset 1116


Ignore:
Timestamp:
Oct 19, 2013 5:35:16 PM (8 years ago)
Author:
vondreele
Message:

put in progress bar for omit map calculation

Location:
trunk
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/GSASIImath.py

    r1110 r1116  
    13421342        Hmax[2] = ((Hmax[2]+1)/4)*4
    13431343
    1344 def OmitMap(data,reflDict):
     1344def OmitMap(data,reflDict,pgbar=None):
    13451345    '''default doc string
    13461346   
     
    13821382                h,k,l = -hkl+Hmax
    13831383                Fhkl[h,k,l] = F*phasem
    1384     rho = fft.fftn(fft.fftshift(Fhkl))/cell[6]
    1385     print 'NB: this is just an Fobs map for now - under development'
     1384    rho0 = fft.fftn(fft.fftshift(Fhkl))/cell[6]
     1385    M = np.mgrid[0:4,0:4,0:4]
     1386    blkIds = np.array(zip(M[0].flatten(),M[1].flatten(),M[2].flatten()))
     1387    iBeg = blkIds*rho0.shape/4
     1388    iFin = (blkIds+1)*rho0.shape/4
     1389    rho_omit = np.zeros_like(rho0)
     1390    nBlk = 0
     1391    for iB,iF in zip(iBeg,iFin):
     1392        rho1 = np.copy(rho0)
     1393        rho1[iB[0]:iF[0],iB[1]:iF[1],iB[2]:iF[2]] = 0.
     1394        Fnew = fft.ifftshift(fft.ifftn(rho1))
     1395        Fnew = np.where(Fnew,Fnew,1.0)           #avoid divide by zero
     1396        phase = Fnew/np.absolute(Fnew)
     1397        OFhkl = np.absolute(Fhkl)*phase
     1398        rho1 = np.real(fft.fftn(fft.fftshift(OFhkl)))*(1.+0j)
     1399        rho_omit[iB[0]:iF[0],iB[1]:iF[1],iB[2]:iF[2]] = np.copy(rho1[iB[0]:iF[0],iB[1]:iF[1],iB[2]:iF[2]])
     1400        nBlk += 1
     1401        pgbar.Update(nBlk)
     1402    mapData['rho'] = np.real(rho_omit)/cell[6]
     1403    mapData['rhoMax'] = max(np.max(mapData['rho']),-np.min(mapData['rho']))
    13861404    print 'Omit map time: %.4f'%(time.time()-time0),'no. elements: %d'%(Fhkl.size)
    1387     print rho.shape
    1388     mapData['rho'] = np.real(rho)
    1389     mapData['rhoMax'] = max(np.max(mapData['rho']),-np.min(mapData['rho']))
    13901405    return mapData
    13911406
  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r1110 r1116  
    49004900            reflData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
    49014901        if mapData['MapType'] == 'Omit':
    4902             mapData.update(G2mth.OmitMap(data,reflData))
     4902            pgbar = wx.ProgressDialog('Omit map','Blocks done',65,
     4903            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
     4904            mapData.update(G2mth.OmitMap(data,reflData,pgbar))
     4905            pgbar.Destroy()
    49034906        else:
    49044907            mapData.update(G2mth.FourierMap(data,reflData))
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.