Changeset 1037 for trunk/exports


Ignore:
Timestamp:
Aug 15, 2013 2:13:11 PM (8 years ago)
Author:
vondreele
Message:

more residuals in cif fixes??

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/exports/G2cif.py

    r1036 r1037  
    132132            #         print j
    133133            #WriteCIFitem('_refine_ls_number_restraints',TEXT)
    134            
    135134            # other things to consider reporting
    136135            # _refine_ls_number_reflns
    137136            # _refine_ls_goodness_of_fit_obs
    138             # _refine_ls_R_factor_all
    139             # _refine_ls_R_factor_obs
    140             # _refine_ls_wR_factor_all
    141137            # _refine_ls_wR_factor_obs
    142138            # _refine_ls_restrained_S_all
     
    144140
    145141            # include an overall profile r-factor, if there is more than one powder histogram
     142            R = '%.5f'%(self.OverallParms['Covariance']['Rvals']['Rwp']/100.)
     143            WriteCIFitem('\n# OVERALL WEIGHTED R-FACTOR')
    146144            if len(self.powderDict) > 1:
    147                 WriteCIFitem('\n# OVERALL WEIGHTED R-FACTOR')
    148                 try:
    149                     R = '%.3f'%(self.OverallParms['Covariance']['Rvals']['Rwp'])
    150                 except:
    151                     R = '?'
    152145                WriteCIFitem('_pd_proc_ls_prof_wR_factor',R)
    153146                #WriteCIFitem('_pd_proc_ls_prof_R_factor',TEXT(11:20)) # who cares!
     147            if len(self.xtalDict) > 1:
     148                WriteCIFitem('_refine_ls_wR_factor_all',R)
     149                # _refine_ls_R_factor_all
     150                # _refine_ls_R_factor_obs               
    154151            WriteCIFitem('_refine_ls_matrix_type','full')
    155152            #WriteCIFitem('_refine_ls_matrix_type','userblocks')
     
    873870                                 '\n\t_pd_phase_id' +
    874871                                 '\n\t_pd_phase_block_id' +
    875                                  '\n\t_pd_phase_mass_%' +
    876                                  '\n\t_refine_ls_R_F_factor' +
    877                                  '\n\t_refine_ls_R_Fsqd_factor')
     872                                 '\n\t_pd_phase_mass_%')
    878873                    wtFrSum = 0.
    879874                    for phasenam in phasebyhistDict.get(histlbl):
     
    895890                            str(self.Phases[phasenam]['pId']) +
    896891                            '  '+datablockidDict[phasenam]+
    897                             '  '+G2mth.ValEsd(wtFr,sig) +
    898                             '  '+G2mth.ValEsd(histblk[pfx+'Rf'],-.009) +
    899                             '  '+G2mth.ValEsd(histblk[pfx+'Rf^2'],-.009)
     892                            '  '+G2mth.ValEsd(wtFr,sig)
    900893                            )
    901 
    902             # TODO: this will need help from Bob
     894                    WriteCIFitem('loop_' +
     895                                 '\n\t_pd_phase_id' +
     896                                 '\n\t_refine_ls_R_F_factor' +
     897                                 '\n\t_refine_ls_R_Fsqd_factor')
     898                    for phasenam in phasebyhistDict.get(histlbl):
     899                        pfx = str(self.Phases[phasenam]['pId'])+':'+str(hId)+':'
     900                        WriteCIFitem(
     901                            '  '+
     902                            str(self.Phases[phasenam]['pId']) +
     903                            '  '+G2mth.ValEsd(histblk[pfx+'Rf']/100.,-.00009) +
     904                            '  '+G2mth.ValEsd(histblk[pfx+'Rf^2']/100.,-.00009)
     905                            )
     906            else:
     907                pfx = '0:'+str(hId)+':'
     908                WriteCIFitem('_refine_ls_R_F_factor','%.5f'%(histblk[pfx+'Rf']/100.))
     909                WriteCIFitem('_refine_ls_R_Fsqd_factor','%.5f'%(histblk[pfx+'Rf^2']/100.))
     910               
    903911            # WriteCIFitem('_pd_proc_ls_prof_R_factor','?')
    904             WriteCIFitem('_pd_proc_ls_prof_wR_factor','%.3f'%(histblk['wR']))
    905             WriteCIFitem('_pd_proc_ls_prof_wR_expected','?')
     912            WriteCIFitem('_pd_proc_ls_prof_wR_factor','%.5f'%(histblk['wR']/100.))
     913            # WriteCIFitem('_pd_proc_ls_prof_wR_expected','?')
    906914
    907915            if histblk['Instrument Parameters'][0]['Type'][1][1] == 'X':
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.