Changeset 1029 for trunk/exports


Ignore:
Timestamp:
Aug 12, 2013 3:51:57 PM (8 years ago)
Author:
vondreele
Message:

fix some things enCIFr whines about

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/exports/G2cif.py

    r1026 r1029  
    3838reload(G2stMn)
    3939
    40 DEBUG = True    #True to skip printing of reflection/powder profile lists
     40DEBUG = False    #True to skip printing of reflection/powder profile lists
    4141
    4242def getCallerDocString(): # for development
     
    113113            #WriteCIFitem('_refine_ls_shift/su_max',DAT1)
    114114            #WriteCIFitem('_refine_ls_shift/su_mean',DAT2)
    115             WriteCIFitem('_computing_structure_refinement','GSAS-II')
     115            WriteCIFitem('_computing_structure_refinement','GSAS-II (Toby & Von Dreele, 2013)')
    116116            try:
    117117                vars = str(len(self.OverallParms['Covariance']['varyList']))
     
    300300            if 'C' in inst['Type'][0]:
    301301                s = 'Finger-Cox-Jephcoat function parameters U, V, W, X, Y, SH/L:\n'
    302                 s += '  peak variance(Gauss) = Utan(Th)^2+Vtan(Th)+W:\n'
     302                s += '  peak variance(Gauss) = Utan(Th)^2^+Vtan(Th)+W:\n'
    303303                s += '  peak HW(Lorentz) = X/cos(Th)+Ytan(Th); SH/L = S/L+H/L\n'
    304                 s += '  U, V, W in (centideg)^2, X & Y in centideg\n    '
     304                s += '  U, V, W in (centideg)^2^, X & Y in centideg\n    '
    305305                for item in ['U','V','W','X','Y','SH/L']:
    306306                    name = hfx+item
     
    362362                        s += G2mth.ValEsd(size[1][i],sig)+', '
    363363                        i = 2    #skip the aniso value               
    364                 s += '\n  Mustrain model "%s" for %s (10^6)\n  '%(mustrain[0],phasenam)
     364                s += '\n  Mustrain model "%s" for %s (10^6^)\n  '%(mustrain[0],phasenam)
    365365                names = ['Mustrain;i','Mustrain;mx']
    366366                if 'uniax' in mustrain[0]:
     
    507507                        var = pfx+varnames[cia+j]+":"+str(i)
    508508                        t += self.parmDict.get(var,at[cia+j])
    509                 for j in (cx,cx+1,cx+2,cx+3,cia+1):
     509                for j in (cx,cx+1,cx+2,cx+3,cia,cia+1):
    510510                    if j in (cx,cx+1,cx+2):
    511511                        dig = 11
     
    514514                        dig = 10
    515515                        sigdig = -0.009
    516                     var = pfx+varnames[j]+":"+str(i)
    517                     dvar = pfx+"d"+varnames[j]+":"+str(i)
    518                     if dvar not in self.sigDict:
    519                         dvar = var
    520                     if j == cia+1 and adp == 'Uani ':
    521                         val = t/3.
    522                         sig = sigdig
     516                    if j == cia:
     517                        s += adp
    523518                    else:
    524                         #print var,(var in self.parmDict),(var in self.sigDict)
    525                         val = self.parmDict.get(var,at[j])
    526                         sig = self.sigDict.get(dvar,sigdig)
    527                     s += PutInCol(G2mth.ValEsd(val,sig),dig)
    528                 s += adp
     519                        var = pfx+varnames[j]+":"+str(i)
     520                        dvar = pfx+"d"+varnames[j]+":"+str(i)
     521                        if dvar not in self.sigDict:
     522                            dvar = var
     523                        if j == cia+1 and adp == 'Uani ':
     524                            val = t/3.
     525                            sig = sigdig
     526                        else:
     527                            #print var,(var in self.parmDict),(var in self.sigDict)
     528                            val = self.parmDict.get(var,at[j])
     529                            sig = self.sigDict.get(dvar,sigdig)
     530                        s += PutInCol(G2mth.ValEsd(val,sig),dig)
    529531                s += PutInCol(at[cs+1],3)
    530532                WriteCIFitem(s)
     
    775777            SymOpList,offsetList,symOpList,G2oprList = G2spc.AllOps(
    776778                phasedict['General']['SGData'])
    777             WriteCIFitem('loop_ _space_group_symop_id _space_group_symop_operation_xyz')
     779            WriteCIFitem('loop_\n    _space_group_symop_id\n    _space_group_symop_operation_xyz')
    778780            for i,op in enumerate(SymOpList,start=1):
    779781                WriteCIFitem('   {:3d}  {:}'.format(i,op.lower()))
     
    10531055            lowlim,highlim = histblk['Limits'][1]
    10541056
    1055             for x,yobs,yw,ycalc,ybkg in zip(histblk['Data'][0],
    1056                                             histblk['Data'][1],
    1057                                             histblk['Data'][2],
    1058                                             histblk['Data'][3],
    1059                                             histblk['Data'][4]):
    1060                 if lowlim <= x <= highlim:
    1061                     pass
    1062                 else:
    1063                     yw = 0.0 # show the point is not in use
    1064 
    1065                 if fixedstep:
    1066                     s = ""
    1067                 else:
    1068                     s = PutInCol(G2mth.ValEsd(x-zero,-0.00009),10)
    1069                 s += PutInCol(Yfmt(ndec,yobs),12)
    1070                 s += PutInCol(Yfmt(ndec,ycalc),12)
    1071                 s += PutInCol(Yfmt(ndec,ybkg),11)
    1072                 s += PutInCol(Yfmt(ndecSU,yw),9)
    1073                 WriteCIFitem("  "+s)
     1057            if DEBUG:
     1058                print 'DEBUG: skip profile list'
     1059            else:   
     1060                for x,yobs,yw,ycalc,ybkg in zip(histblk['Data'][0],
     1061                                                histblk['Data'][1],
     1062                                                histblk['Data'][2],
     1063                                                histblk['Data'][3],
     1064                                                histblk['Data'][4]):
     1065                    if lowlim <= x <= highlim:
     1066                        pass
     1067                    else:
     1068                        yw = 0.0 # show the point is not in use
     1069   
     1070                    if fixedstep:
     1071                        s = ""
     1072                    else:
     1073                        s = PutInCol(G2mth.ValEsd(x-zero,-0.00009),10)
     1074                    s += PutInCol(Yfmt(ndec,yobs),12)
     1075                    s += PutInCol(Yfmt(ndec,ycalc),12)
     1076                    s += PutInCol(Yfmt(ndec,ybkg),11)
     1077                    s += PutInCol(Yfmt(ndecSU,yw),9)
     1078                    WriteCIFitem("  "+s)
    10741079
    10751080        def WriteSingleXtalData(histlbl):
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.