source: trunk/imports/G2sfact.py @ 4866

Last change on this file since 4866 was 4866, checked in by vondreele, 2 years ago

monoclinic indexing returns proper reduced cells
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 26.1 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2########### SVN repository information ###################
3# $Date: 2021-03-24 23:16:47 +0000 (Wed, 24 Mar 2021) $
4# $Author: vondreele $
5# $Revision: 4866 $
6# $URL: trunk/imports/G2sfact.py $
7# $Id: G2sfact.py 4866 2021-03-24 23:16:47Z vondreele $
8########### SVN repository information ###################
9'''
10*Module G2sfact: simple HKL import*
11-----------------------------------
12Read structure factors from a simple hkl file. Two routines are
13provided to read from files containing F or F\ :sup:`2` values.
14
15'''
16from __future__ import division, print_function
17import sys
18import numpy as np
19import GSASIIobj as G2obj
20import GSASIIpath
21GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 4866 $")
22
23def ColumnValidator(parent, filepointer,nCol=5):
24    'Validate a file to check that it contains columns of numbers'
25    l = filepointer.readline()
26    line = 1
27    while l[0] in ['#','(']:        #get past comments & fortran formats, if any
28        l = filepointer.readline()       
29        line += 1
30    for i in range(10): # scan a few lines
31        S = l.split()
32        if len(S) < nCol:
33            parent.errors = 'line '+str(line)+': invalid input\n'+l
34            return False
35        for v in S[:nCol]:
36            try:
37                float(v)
38            except ValueError:
39                parent.errors = 'line '+str(line)+': string found where a number is expected\n'+l
40                return False           
41        l = filepointer.readline()
42        line += 1
43    return True
44
45
46class HKLF_ReaderClass(G2obj.ImportStructFactor):
47    'Routines to import F, sig(F) reflections from a HKLF file'
48    def __init__(self):
49        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
50            extensionlist=('.hkl','.HKL'),
51            strictExtension=False,
52            formatName = 'HKL F',
53            longFormatName = 'Simple [hkl, Fo, sig(Fo)] Structure factor text file'
54            )
55
56    def ContentsValidator(self, filename):
57        'Make sure file contains the expected columns on numbers'
58        fp = open(filename,'r')
59        valid = ColumnValidator(self, fp)
60        fp.close()
61        return valid
62
63    def Reader(self,filename, ParentFrame=None, **unused):
64        'Read the file'
65        fp = open(filename,'r')
66        for line,S in enumerate(fp):
67            self.errors = '  Error reading line '+str(line+1)
68            if S[0] == '#': continue       #ignore comments, if any
69            h,k,l,Fo,sigFo = S.split()
70            h,k,l = [int(h),int(k),int(l)]
71            if not any([h,k,l]):
72                break
73            Fo = float(Fo)
74            sigFo = float(sigFo)
75            # h,k,l,m,dsp,Fo2,sig,Fc2,Fot2,Fct2,phase,...
76            self.RefDict['RefList'].append([h,k,l,1,0,Fo**2,2.*Fo*sigFo,0,Fo**2,0,0,0])
77        fp.close()
78        self.errors = 'Error after reading reflections (unexpected!)'
79        self.RefDict['RefList'] = np.array(self.RefDict['RefList'])
80        self.RefDict['Type'] = 'SXC'
81        self.RefDict['Super'] = 0
82        self.UpdateParameters(Type='SXC',Wave=None) # histogram type
83        return True
84
85class HKLMF_ReaderClass(G2obj.ImportStructFactor):
86    'Routines to import F, reflections from a REMOS HKLMF file'
87    def __init__(self):
88        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
89            extensionlist=('.fo','.FO'),
90            strictExtension=False,
91            formatName = 'HKLM F',
92            longFormatName = 'REMOS [hklm, Fo] Structure factor text file'
93            )
94
95    def ContentsValidator(self, filename):
96        'Make sure file contains the expected columns on numbers'
97        fp = open(filename,'r')
98        valid = ColumnValidator(self, fp)
99        fp.close()
100        return valid
101
102    def Reader(self,filename, ParentFrame=None, **unused):
103        'Read the file'
104        fp = open(filename,'r')
105        for line,S in enumerate(fp):
106            self.errors = '  Error reading line '+str(line+1)
107            if S[0] == '#': continue       #ignore comments, if any
108            h,k,l,m,Fo= S.split()
109            h,k,l,m = [int(h),int(k),int(l),int(m)]
110            if h == 999 or not any([h,k,l]):
111                break
112            Fo = float(Fo)
113            sigFo2 = Fo
114            if Fo < 1.0:
115                sigFo2 = 1.0
116           # h,k,l,m,tw,dsp,Fo2,sig,Fc2,Fot2,Fct2,phase,...
117            self.RefDict['RefList'].append([h,k,l,m,1,0,Fo**2,sigFo2,0,Fo**2,0,0,0])
118        fp.close()
119        self.errors = 'Error after reading reflections (unexpected!)'
120        self.RefDict['RefList'] = np.array(self.RefDict['RefList'])
121        self.RefDict['Type'] = 'SXC'
122        self.RefDict['Super'] = 1
123        self.UpdateParameters(Type='SXC',Wave=None) # histogram type
124        return True
125
126class SHELX4_ReaderClass(G2obj.ImportStructFactor):
127    'Routines to import F**2, sig(F**2) reflections from a Shelx HKLF 4 file'
128    def __init__(self):
129        if 'linux' in sys.platform:  # wx 3.0.0.0 on gtk does not like Unicode in menus
130            formatName = 'HKLF 4'
131            longFormatName = 'Shelx HKLF 4 [hkl, Fo2, sig(Fo2)] Structure factor text file'
132        else:
133            formatName = u'Shelx HKLF 4 F\u00b2'
134            longFormatName = u'Shelx HKLF 4 [hkl, Fo\u00b2, sig(Fo\u00b2)] Structure factor text file'
135        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
136            extensionlist=('.hkl','.HKL'),
137            strictExtension=False,
138            formatName=formatName,
139            longFormatName=longFormatName)
140
141    def ContentsValidator(self, filename):
142        'Make sure file contains the expected columns on numbers'
143        return True
144#        return ColumnValidator(self, filepointer)
145
146    def Reader(self,filename, ParentFrame=None, **unused):
147        'Read the file'
148        fp = open(filename,'r')
149        for line,S in enumerate(fp):
150            self.errors = '  Error reading line '+str(line+1)
151            if S[0] == '#': continue       #ignore comments, if any
152#           h,k,l,Fo,sigFo = S[:4],S[4:8],S[8:12],S[12:20],S[20:28]
153            h,k,l,Fo,sigFo = S.split()
154            h,k,l = [int(h),int(k),int(l)]
155            if not any([h,k,l]):
156                break
157            Fo = float(Fo)
158            sigFo = float(sigFo)
159            # h,k,l,m,dsp,Fo2,sig,Fc2,Fot2,Fct2,phase,...
160            self.RefDict['RefList'].append([h,k,l,1,0,Fo,sigFo,0,Fo,0,0,0])
161            #self.RefDict['FF'].append({}) # now done in OnImportSfact
162        fp.close()
163        self.errors = 'Error after reading reflections (unexpected!)'
164        self.RefDict['RefList'] = np.array(self.RefDict['RefList'])
165        self.RefDict['Type'] = 'SXC'
166        self.RefDict['Super'] = 0
167        self.UpdateParameters(Type='SXC',Wave=None) # histogram type
168        return True
169           
170class SHELX5_ReaderClass(G2obj.ImportStructFactor):
171    'Routines to import F**2, sig(F**2) twin/incommensurate reflections from a fixed format SHELX HKLF5 file'
172    def __init__(self):
173        if 'linux' in sys.platform:  # wx 3.0.0.0 on gtk does not like Unicode in menus
174            formatName = 'Shelx HKLF 5 F2 Tw/Incom'
175            longFormatName = 'Shelx HKLF 5 [hklm, Fo2, sig(Fo2), Tind] Twin/incommensurate structure factor text file'
176        else:
177            formatName = u'Shelx HKLF 5 F\u00b2 Tw/Incom'
178            longFormatName = u'Shelx HKLF 5 [hklm, Fo\u00b2, sig(Fo\u00b2), Tind] Twin/incommensurate structure factor text file'       
179        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
180            extensionlist=('.hkl','.HKL'),
181            strictExtension=False,
182            formatName=formatName,
183            longFormatName=longFormatName)
184        self.Super = 0
185
186    def ContentsValidator(self, filename):
187        '''Discover how many columns before F^2 are in the SHELX HKL5 file
188        - could be 3-6 depending on satellites'''
189        numCols = 0
190        fp = open(filename,'r')
191        for i,line in enumerate(fp):
192            for j,item in enumerate(line.split()):  #find 1st col with '.'; has F^2
193                if '.' in item:
194                    numCols = max(numCols,j)
195                    break
196            if i > 20:
197                break
198        fp.close()
199        self.Super = numCols-3     #= 0,1,2,or 3
200        if self.Super > 1:
201            raise self.ImportException("Supersymmetry too high; GSAS-II limited to (3+1) supersymmetry")           
202        return True
203
204    def Reader(self,filename, ParentFrame=None, **unused):
205        'Read the file'
206        TwDict = {}
207        TwSet = {}
208        TwMax = [-1,[]]
209        first = True
210        fp = open(filename,'r')
211        m1 = 0
212        for line,S in enumerate(fp):
213            self.errors = '  Error reading line '+str(line+1)
214            if self.Super == 0:
215                h,k,l,Fo,sigFo,Tw = S.split()
216#                    h,k,l,Fo,sigFo,Tw = S[:4],S[4:8],S[8:12],S[12:20],S[20:28],S[28:32]
217                h,k,l = [int(h),int(k),int(l)]
218            elif self.Super == 1:
219                h,k,l,m1,Fo,sigFo,Tw = SF.split()
220#                    h,k,l,m1,Fo,sigFo,Tw = S[:4],S[4:8],S[8:12],S[12:16],S[16:24],S[24:32],S[32:36]
221                h,k,l,m1 = [int(h),int(k),int(l),int(m1)]
222            Tw = Tw.strip()
223            if Tw in ['','0']:
224                Tw = '1'
225            if not any([h,k,l,m1]):
226                break
227            if '-' in Tw:
228                if Tw == '-1':  #fix reversed twin ids
229                    Tw = '-2'
230                    if first:
231                        self.warnings += '\nPrimary twin id changed to 1'
232                        first = False
233                TwId = -int(Tw)-1
234                TwSet[TwId] = np.array([h,k,l])
235                if TwId not in TwMax[1]:
236                    TwMax[1].append(TwId)
237            else:
238                if Tw != '1':  #fix reversed twin ids
239                    if first:
240                        self.warnings += '\nPrimary twin id changed to 1\nNB: multiple primary twins not working'
241                        first = False
242                    Tw = '1'
243                TwId = int(Tw)-1
244                if TwSet:
245                    TwDict[len(self.RefDict['RefList'])] = TwSet
246                    TwSet = {}   
247                Fo = float(Fo)
248                sigFo = float(sigFo)
249                # h,k,l,m,dsp,Fo2,sig,Fc2,Fot2,Fct2,phase,...
250                if self.Super == 0:
251                    self.RefDict['RefList'].append([h,k,l,int(Tw),0,Fo,sigFo,0,Fo,0,0,0])
252                elif self.Super == 1:
253                    self.RefDict['RefList'].append([h,k,l,m1,int(Tw),0,Fo,sigFo,0,Fo,0,0,0])
254            TwMax[0] = max(TwMax[0],TwId)
255        fp.close()
256        self.errors = 'Error after reading reflections (unexpected!)'
257        self.RefDict['RefList'] = np.array(self.RefDict['RefList'])
258        self.RefDict['Type'] = 'SXC'
259        self.RefDict['Super'] = self.Super
260        self.RefDict['TwDict'] = TwDict
261        self.RefDict['TwMax'] = TwMax
262        self.UpdateParameters(Type='SXC',Wave=None) # histogram type
263        return True
264
265class SHELX6_ReaderClass(G2obj.ImportStructFactor):
266    'Routines to import F**2, sig(F**2) twin/incommensurate reflections from a fixed format SHELX HKLF6 file'
267    def __init__(self):
268        if 'linux' in sys.platform:  # wx 3.0.0.0 on gtk does not like Unicode in menus
269            formatName = 'Shelx HKLF 6 F2 Tw/Incom'
270            longFormatName = 'Shelx HKLF 6 [hklm, Fo2, sig(Fo2), Tind] Twin/incommensurate structure factor text file'
271        else:
272            formatName = u'Shelx HKLF 6 F\u00b2 Tw/Incom'
273            longFormatName = u'Shelx HKLF 6 [hklm, Fo\u00b2, sig(Fo\u00b2), Tind] Twin/incommensurate structure factor text file'       
274        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
275            extensionlist=('.hk6','.HK6'),
276            strictExtension=False,
277            formatName=formatName,
278            longFormatName=longFormatName)
279        self.Super = 0
280
281    def ContentsValidator(self, filename):
282        '''Discover how many columns before F^2 are in the SHELX HKL6 file
283        - could be 3-6 depending on satellites'''
284        numCols = 0
285        fp = open(filename,'r')
286        for i,line in enumerate(fp):
287            for j,item in enumerate(line.split()):  #find 1st col with '.'; has F^2
288                if '.' in item:
289                    numCols = max(numCols,j)
290                    break
291            if i > 20:
292                break
293        fp.close()
294        if numCols != 6:
295            self.warnings += '\nInvalid hk6 file; wrong number of columns'
296            raise self.ImportException('Invalid hk6 file; wrong number of columns')
297        self.Super = 1
298        return True
299
300    def Reader(self,filename, ParentFrame=None, **unused):
301        'Read the file'
302        TwDict = {}
303        TwSet = {}
304        TwMax = [-1,[]]
305        first = True
306        fp = open(filename,'r')
307        for line,S in enumerate(fp):
308            self.errors = '  Error reading line '+str(line+1)
309            h,k,l,m1,m2,m3,Fo,sigFo,Tw = S[:4],S[4:8],S[8:12],S[12:16],S[16:20],S[20:24],S[24:32],S[32:40],S[40:44]
310            h,k,l,m1,m2,m3 = [int(h),int(k),int(l),int(m1),int(m2),int(m3)]
311            if m2 or m3:
312                self.warnings += '\n(3+2) & (3+3) Supersymmetry not allowed in GSAS-II. Reformulate as twinned (3+1) supersymmetry'
313                raise self.ImportException("Supersymmetry too high; GSAS-II limited to (3+1) supersymmetry")                               
314            Tw = Tw.strip()
315            if Tw in ['','0']:
316                Tw = '1'
317            if not any([h,k,l]):    #look for 0 0 0 or blank line
318                break
319            if '-' in Tw:
320                if Tw == '-1':  #fix reversed twin ids
321                    Tw = '-2'
322                    if first:
323                        self.warnings += '\nPrimary twin id changed to 1'
324                        first = False
325                TwId = -int(Tw)-1
326                TwSet[TwId] = np.array([h,k,l])
327                if TwId not in TwMax[1]:
328                    TwMax[1].append(TwId)
329            else:
330                if Tw != '1':  #fix reversed twin ids
331                    if first:
332                        self.warnings += '\nPrimary twin id changed to 1\nNB: multiple primary twins not working'
333                        first = False
334                    Tw = '1'
335                TwId = int(Tw)-1
336                if TwSet:
337                    TwDict[len(self.RefDict['RefList'])] = TwSet
338                    TwSet = {}   
339                Fo = float(Fo)
340                sigFo = float(sigFo)
341                # h,k,l,m,dsp,Fo2,sig,Fc2,Fot2,Fct2,phase,...
342                self.RefDict['RefList'].append([h,k,l,m1,int(Tw),0,Fo,sigFo,0,Fo,0,0,0])
343            TwMax[0] = max(TwMax[0],TwId)
344        fp.close()
345        self.errors = 'Error after reading reflections (unexpected!)'
346        self.RefDict['RefList'] = np.array(self.RefDict['RefList'])
347        self.RefDict['Type'] = 'SXC'
348        self.RefDict['Super'] = self.Super
349        self.RefDict['TwDict'] = TwDict
350        self.RefDict['TwMax'] = TwMax
351        self.UpdateParameters(Type='SXC',Wave=None) # histogram type
352        return True
353
354class M90_ReaderClass(G2obj.ImportStructFactor):
355    'Routines to import F**2, sig(F**2) reflections from a JANA M90 file'
356    def __init__(self):
357        if 'linux' in sys.platform:  # wx 3.0.0.0 on gtk does not like Unicode in menus
358            longFormatName = 'JANA [hkl, Fo2, sig(Fo2)] Structure factor text file'
359        else:
360            longFormatName = u'JANA [hkl, Fo\u00b2, sig(Fo\u00b2)] Structure factor text file'
361        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
362            extensionlist=('.m90','.M90'),
363            strictExtension=False,
364            formatName = u'JANA M90',
365            longFormatName = longFormatName
366            )
367        self.Super = 0
368
369    def ContentsValidator(self, filename):
370        'Discover how many columns are in the m90 file - could be 9-12 depending on satellites'
371        numCols = 0
372        fp = open(filename,'r')
373        for i,line in enumerate(fp):
374            if 'Data' in line:
375                startData = i
376                break
377        for i,line in enumerate(fp):
378            if i > startData:
379                numCols = max(numCols,len(line.split()))
380            if i > startData+20:
381                break
382        fp.close()
383        self.Super = numCols-9     #= 0,1,2,or 3
384        if self.Super > 1:
385            raise self.ImportException("Supersymmetry too high; GSAS-II limited to (3+1) supersymmetry")           
386        return True #ColumnValidator(self, filepointer)
387
388    def Reader(self,filename,filepointer, ParentFrame=None, **unused):
389        'Read the file'
390        fp = open(filename,'r')
391        for line,S in enumerate(fp):
392            self.errors = '  Error reading line '+str(line+1)
393            if S[0] == '#': continue       #ignore comments, if any
394            try:
395                if self.Super == 0:
396                    h,k,l,Fo,sigFo = S.split()[:5]
397                    h,k,l = [int(h),int(k),int(l)]
398                elif self.Super == 1:
399                    h,k,l,m1,Fo,sigFo = S.split()[:6]
400                    h,k,l,m1 = [int(h),int(k),int(l),int(m1)]
401            except ValueError:  #skipping text at front
402                if not S:
403                    break
404                text = S.split()
405                if text[0] == 'lambda':
406                    wave = float(text[1])
407                continue
408            Fo = float(Fo)
409            sigFo = float(sigFo)
410            # h,k,l,m,dsp,Fo2,sig,Fc2,Fot2,Fct2,phase,...
411            if self.Super == 0:
412                self.RefDict['RefList'].append([h,k,l,1,0,Fo,sigFo,0,Fo,0,0,0])
413            elif self.Super == 1:
414                self.RefDict['RefList'].append([h,k,l,m1,1,0,Fo,sigFo,0,Fo,0,0,0])
415        fp.close()
416        self.errors = 'Error after reading reflections (unexpected!)'
417        self.RefDict['RefList'] = np.array(self.RefDict['RefList'])
418        self.RefDict['Type'] = 'SXC'
419        self.RefDict['Super'] = self.Super
420        self.UpdateParameters(Type='SXC',Wave=wave) # histogram type
421        return True
422           
423class NT_HKLF2_ReaderClass(G2obj.ImportStructFactor):
424    'Routines to import neutron TOF F**2, sig(F**2) reflections from a HKLF file'
425    def __init__(self):
426        if 'linux' in sys.platform:  # wx 3.0.0.0 on gtk does not like Unicode in menus
427            formatName = 'Neutron SNS TOF HKL F2'
428            longFormatName = 'Neutron SNS TOF [hkl, Fo2, sig(Fo2),...] Structure factor text file'
429        else:
430            formatName = u'Neutron SNS TOF HKL F\u00b2'
431            longFormatName = u'Neutron SNS TOF [hkl, Fo\u00b2, sig(Fo\u00b2),...] Structure factor text file'
432        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
433            extensionlist=('.hkl','.HKL'),
434            strictExtension=False,
435            formatName=formatName,
436            longFormatName=longFormatName)
437
438    def ContentsValidator(self, filename):
439        'Make sure file contains the expected columns on numbers & count number of data blocks - "Banks"'
440        oldNo = -1
441        fp = open(filename,'r')
442        for line,S in enumerate(fp):
443            if not S:   #empty line terminates read
444                break
445            if S[0] == '#': continue       #ignore comments, if any
446            if S.split()[:3] == ['0','0','0']:
447                break
448            bankNo = S.split()[5]
449            if bankNo != oldNo:
450                self.Banks.append({'RefDict':{'RefList':[],}})
451                oldNo = bankNo
452        fp.seek(0)
453        valid = ColumnValidator(self, fp,nCol=8)
454        fp.close()
455        return valid
456
457    def Reader(self,filename, ParentFrame=None, **unused):
458        'Read the file'
459        fp = open(filename,'r')
460        for line,S in enumerate(fp):
461            if not S:
462                break
463            self.errors = '  Error reading line '+str(line+1)
464            if S[0] == '#': continue       #ignore comments, if any
465            data = S.split()
466            h,k,l,Fo,sigFo,bN,wave,tbar = data[:8]  #bN = 1..., 6 dir cos next                   
467            h,k,l = [int(h),int(k),int(l)]
468            if not any([h,k,l]):
469                break
470            Fo = float(Fo)
471            sigFo = float(sigFo)
472            wave = float(wave)
473            tbar = float(tbar)
474            if len(self.Banks):
475                self.Banks[int(bN)-1]['RefDict']['RefList'].append([h,k,l,1,0,Fo,sigFo,0,Fo,0,0,0,wave,tbar])
476            else:
477            # h,k,l,m,dsp,Fo2,sig,Fc2,Fot2,Fct2,phase,...
478                self.RefDict['RefList'].append([h,k,l,1,0,Fo,sigFo,0,Fo,0,0,0,wave,tbar])
479        fp.close()
480        if len(self.Banks):
481            self.UpdateParameters(Type='SNT',Wave=None) # histogram type
482            for Bank in self.Banks:
483                Bank['RefDict']['RefList'] = np.array(Bank['RefDict']['RefList'])
484                Bank['RefDict']['Type'] = 'SNT'                   
485                Bank['RefDict']['Super'] = 0
486        else:
487            self.RefDict['RefList'] = np.array(self.RefDict['RefList'])
488            self.RefDict['Type'] = 'SNT'
489            self.RefDict['Super'] = 0
490            self.errors = 'Error after reading reflections (unexpected!)'
491            self.UpdateParameters(Type='SNT',Wave=None) # histogram type
492        return True
493
494class NT_JANA2K_ReaderClass(G2obj.ImportStructFactor):
495    'Routines to import neutron TOF F**2, sig(F**2) reflections from a JANA2000 file'
496    def __init__(self):
497        if 'linux' in sys.platform:  # wx 3.0.0.0 on gtk does not like Unicode in menus
498            formatName = 'Neutron TOF JANA2000 F2'
499            longFormatName = 'Neutron TOF [hkl, Fo2, sig(Fo2),...] Structure factor text file'
500        else:
501            formatName = u'Neutron TOF JANA2000 F\u00b2'
502            longFormatName = u'Neutron TOF [hkl, Fo\u00b2, sig(Fo\u00b2),...] Structure factor text file'
503        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
504            extensionlist=('.int','.INT'),
505            strictExtension=False,
506            formatName=formatName,
507            longFormatName=longFormatName)
508
509    def ContentsValidator(self, filename):
510        'Make sure file contains the expected columns on numbers & count number of data blocks - "Banks"'
511        oldNo = -1
512        fp = open(filename,'r')
513        for line,S in enumerate(fp):
514            if not S:   #empty line terminates read
515                break
516            if S[0] in ['#','(']: continue       #ignore comments & fortran format line
517            bankNo = S.split()[5]
518            if bankNo != oldNo:
519                self.Banks.append({'RefDict':{'RefList':[],}})
520                oldNo = bankNo
521        fp.seek(0)
522        valid = ColumnValidator(self, fp,nCol=10)
523        fp.close()
524        return valid
525
526    def Reader(self,filename,filepointer, ParentFrame=None, **unused):
527        'Read the file'
528        fp = open(filename,'r')
529        for line,S in enumerate(fp):
530            self.errors = '  Error reading line '+str(line+1)
531            if S[0] in ['#','(']: continue       #ignore comments & fortran format line
532            data = S.split()
533            h,k,l,Fo,sigFo,bN,wave,x,x,tbar = data[:10]  #bN = 1..., 6 dir cos next                   
534            h,k,l = [int(h),int(k),int(l)]
535            if not any([h,k,l]):
536                break
537            Fo = float(Fo)
538            sigFo = float(sigFo)
539            wave = float(wave)
540            tbar = float(tbar)
541            if len(self.Banks):
542                self.Banks[int(bN)-1]['RefDict']['RefList'].append([h,k,l,1,0,Fo,sigFo,0,Fo,0,0,0,wave,tbar])
543            else:
544            # h,k,l,m,dsp,Fo2,sig,Fc2,Fot2,Fct2,phase,...
545                self.RefDict['RefList'].append([h,k,l,1,0,Fo,sigFo,0,Fo,0,0,0,wave,tbar])
546        fp.close()
547        if len(self.Banks):
548            self.UpdateParameters(Type='SNT',Wave=None) # histogram type
549            for Bank in self.Banks:
550                Bank['RefDict']['RefList'] = np.array(Bank['RefDict']['RefList'])
551                Bank['RefDict']['Type'] = 'SNT'                   
552                Bank['RefDict']['Super'] = 0        #for now                   
553        else:
554            self.RefDict['RefList'] = np.array(self.RefDict['RefList'])
555            self.RefDict['Type'] = 'SNT'
556            self.RefDict['Super'] = 0   #for now
557            self.errors = 'Error after reading reflections (unexpected!)'
558            self.UpdateParameters(Type='SNT',Wave=None) # histogram type
559        return True
560
561class NIST_hb3a_INT_ReaderClass(G2obj.ImportStructFactor):
562    'Routines to import neutron CW F**2, sig(F**2) reflections from a NIST hb3a int file'
563    def __init__(self):
564        if 'linux' in sys.platform:  # wx 3.0.0.0 on gtk does not like Unicode in menus
565            formatName = u'Neutron NIST hb3a  CW HKL F2'
566            longFormatName = u'Neutron NIST hb3a  CW HKL [hkl, Fo2, sig(Fo2),...] 5 column Structure factor text file'
567        else:
568            formatName = u'Neutron NIST hb3a  CW HKL F\u00b2'
569            longFormatName = u'Neutron NIST hb3a  CW HKL [hkl, Fo\u00b2, sig(Fo\u00b2),...] 5 column Structure factor text file'
570        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
571            extensionlist=('.int','.INT'),
572            strictExtension=False,
573            formatName=formatName,
574            longFormatName=longFormatName)
575
576    def ContentsValidator(self, filename):
577        'Make sure file contains the expected columns on numbers & count number of data blocks - "Banks"'
578        fp = open(filename,'r')
579        for line,S in enumerate(fp):
580            if not S:   #empty line terminates read
581                break
582            if S[0] == '#': continue       #ignore comments, if any
583        fp.seek(0)
584        valid = ColumnValidator(self, fp,nCol=5)
585        fp.close()
586        return valid
587
588    def Reader(self,filename,filepointer, ParentFrame=None, **unused):
589        'Read the file'
590        fp = open(filename,'r')
591        for line,S in enumerate(fp):
592            self.errors = '  Error reading line '+str(line+1)
593            if S[0] == '#': continue       #ignore comments, if any
594            data = S.split()
595            h,k,l,Fo,sigFo = data                   
596            h,k,l = [int(h),int(k),int(l)]
597            if not any([h,k,l]):
598                break
599            Fo = float(Fo)
600            sigFo = float(sigFo)
601            # h,k,l,m,dsp,Fo2,sig,Fc2,Fot2,Fct2,phase,...
602            self.RefDict['RefList'].append([h,k,l,1,0,Fo,sigFo,0,Fo,0,0,0])
603        fp.close()
604        self.RefDict['RefList'] = np.array(self.RefDict['RefList'])
605        self.RefDict['Type'] = 'SNC'
606        self.RefDict['Super'] = 0
607        self.errors = 'Error after reading reflections (unexpected!)'
608        self.UpdateParameters(Type='SNC',Wave=None) # histogram type
609        return True
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.