source: trunk/imports/G2rfd_xye.py @ 2784

Last change on this file since 2784 was 2784, checked in by vondreele, 6 years ago

fix REFD plotting
put neutron reflectometry reader back in import routine
File size: 8.2 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2########### SVN repository information ###################
3# $Date: 2017-03-04 08:34:05 -0600 (Sat, 04 Mar 2017) $
4# $Author: vondreele $
5# $Revision: 2738 $
6# $URL: https://subversion.xray.aps.anl.gov/pyGSAS/trunk/imports/G2sad_xye.py $
7# $Id: G2sad_xye.py 2738 2017-03-04 14:34:05Z vondreele $
8########### SVN repository information ###################
9'''
10*Module G2rfd_xye: read reflectometry data*
11------------------------------------------------
12
13Routines to read in reflectometry data from an .xye type file, with
14two-theta or Q steps.
15
16'''
17
18import os.path as ospath
19import numpy as np
20import GSASIIIO as G2IO
21import GSASIIpath
22GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2738 $")
23npasind = lambda x: 180.*np.arcsin(x)/np.pi
24
25class txt_XRayReaderClass(G2IO.ImportReflectometryData):
26    'Routines to import X-ray q REFD data from a .xrfd or .xdat file'
27    def __init__(self):
28        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
29            extensionlist=('.xrfd','.xdat'),
30            strictExtension=False,
31            formatName = 'q (A-1) step X-ray QRE data',
32            longFormatName = 'q (A-1) stepped X-ray text data file in Q,R,E order; E optional'
33            )
34
35    # Validate the contents -- make sure we only have valid lines
36    def ContentsValidator(self, filepointer):
37        'Look through the file for expected types of lines in a valid q-step file'
38        Ndata = 0
39        for i,S in enumerate(filepointer):
40            if '#' in S[0]:
41                continue
42            vals = S.split()
43            if len(vals) >= 2:
44                try:
45                    data = [float(val) for val in vals]
46                    Ndata += 1
47                except ValueError:
48                    pass
49        if not Ndata:     
50            self.errors = 'No 2 or more column numeric data found'
51            return False
52        return True # no errors encountered
53
54    def Reader(self,filename,filepointer, ParentFrame=None, **unused):
55        print 'Read a q-step text file'
56        x = []
57        y = []
58        w = []
59        sq = []
60        wave = 1.5428   #Cuka default
61        Temperature = 300
62        for i,S in enumerate(filepointer):
63            if len(S) == 1:     #skip blank line
64                continue
65            if '=' in S:
66                self.comments.append(S[:-1])
67                if 'wave' in S.split('=')[0].lower():
68                    try:
69                        wave = float(S.split('=')[1])
70                    except:
71                        pass
72                continue
73            if '#' in S[0]:
74                continue
75            vals = S.split()
76            if len(vals) >= 2:
77                try:
78                    data = [float(val) for val in vals]
79                    x.append(float(data[0]))
80                    f = float(data[1])
81                    if f <= 0.0:
82                        del x[-1]
83                        continue
84                    elif len(vals) > 2:
85                        y.append(float(data[1]))
86                        w.append(1.0/float(data[2])**2)
87                        if len(vals) == 4:
88                            sq.append(float(data[3]))
89                        else:
90                            sq.append(0.)
91                    else:
92                        y.append(float(data[1]))
93                        w.append(1.0/(0.02*float(data[1]))**2)
94                except ValueError:
95                    msg = 'Error in line '+str(i+1)
96                    print msg
97                    continue
98        N = len(x)
99        for S in self.comments:
100            if 'Temp' in S.split('=')[0]:
101                try:
102                    Temperature = float(S.split('=')[1])
103                except:
104                    pass
105        self.instdict['wave'] = wave
106        self.instdict['type'] = 'RXC'
107        x = np.array(x)
108        self.reflectometrydata = [
109            x, # x-axis values q
110            np.array(y), # small angle pattern intensities
111            np.array(w), # 1/sig(intensity)^2 values (weights)
112            np.zeros(N), # calc. intensities (zero)
113            np.zeros(N), # obs-calc profiles
114            np.array(sq), # fix bkg
115            ]
116        self.reflectometryentry[0] = filename
117        self.reflectometryentry[2] = 1 # xye file only has one bank
118        self.idstring = ospath.basename(filename)
119        # scan comments for temperature
120        self.Sample['Temperature'] = Temperature
121
122        return True
123
124class txt_NeutronReaderClass(G2IO.ImportReflectometryData):
125    'Routines to import neutron q REFD data from a .nrfd or .ndat file'
126    def __init__(self):
127        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
128            extensionlist=('.nrfd','.ndat'),
129            strictExtension=False,
130            formatName = 'q (A-1) step neutron QRE data',
131            longFormatName = 'q (A-1) stepped neutron text data file in Q,R,E order; E optional'
132            )
133
134    # Validate the contents -- make sure we only have valid lines
135    def ContentsValidator(self, filepointer):
136        'Look through the file for expected types of lines in a valid q-step file'
137        Ndata = 0
138        for i,S in enumerate(filepointer):
139            if '#' in S[0]:
140                continue
141            vals = S.split()
142            if len(vals) >= 2:
143                try:
144                    data = [float(val) for val in vals]
145                    Ndata += 1
146                except ValueError:
147                    pass
148        if not Ndata:     
149            self.errors = 'No 2 or more column numeric data found'
150            return False
151        return True # no errors encountered
152
153    def Reader(self,filename,filepointer, ParentFrame=None, **unused):
154        print 'Read a q-step text file'
155        x = []
156        y = []
157        w = []
158        sq = []
159        wave = 1.5428   #Cuka default
160        Temperature = 300
161        for i,S in enumerate(filepointer):
162            if len(S) == 1:     #skip blank line
163                continue
164            if '=' in S:
165                self.comments.append(S[:-1])
166                if 'wave' in S.split('=')[0].lower():
167                    try:
168                        wave = float(S.split('=')[1])
169                    except:
170                        pass
171                continue
172            if '#' in S[0]:
173                continue
174            vals = S.split()
175            if len(vals) >= 2:
176                try:
177                    data = [float(val) for val in vals]
178                    x.append(float(data[0]))
179                    f = float(data[1])
180                    if f <= 0.0:
181                        del x[-1]
182                        continue
183                    elif len(vals) > 2:
184                        y.append(float(data[1]))
185                        w.append(1.0/float(data[2])**2)
186                        if len(vals) == 4:
187                            sq.append(float(data[3]))
188                        else:
189                            sq.append(0.)
190                    else:
191                        y.append(float(data[1]))
192                        w.append(1.0/(0.02*float(data[1]))**2)
193                except ValueError:
194                    msg = 'Error in line '+str(i+1)
195                    print msg
196                    continue
197        N = len(x)
198        for S in self.comments:
199            if 'Temp' in S.split('=')[0]:
200                try:
201                    Temperature = float(S.split('=')[1])
202                except:
203                    pass
204        self.instdict['wave'] = wave
205        self.instdict['type'] = 'RNC'
206        x = np.array(x)
207        self.reflectometrydata = [
208            x, # x-axis values q
209            np.array(y), # small angle pattern intensities
210            np.array(w), # 1/sig(intensity)^2 values (weights)
211            np.zeros(N), # calc. intensities (zero)
212            np.zeros(N), # obs-calc profiles
213            np.array(sq), # Q FWHM
214            ]
215        self.reflectometryentry[0] = filename
216        self.reflectometryentry[2] = 1 # xye file only has one bank
217        self.idstring = ospath.basename(filename)
218        # scan comments for temperature
219        self.Sample['Temperature'] = Temperature
220
221        return True
222
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.