source: trunk/imports/G2rfd_Panalytical.py @ 4141

Last change on this file since 4141 was 4141, checked in by vondreele, 3 years ago

Add Rigaku reflectometry data importer

File size: 5.2 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2########### SVN repository information ###################
3# $Date: $
4# $Author: von dreele $
5# $Revision: $
6# $URL: $
7# $Id: $
8########### SVN repository information ###################
9
10from __future__ import division, print_function
11import os.path as ospath
12import xml.etree.ElementTree as ET
13import numpy as np
14import GSASIIobj as G2obj
15import GSASIIpath
16GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: $")
17class Panalytical_ReaderClass(G2obj.ImportReflectometryData):
18    '''Routines to import reflectivity data from a Pananalytical.xrdm (xml) file.
19   
20    '''
21    def __init__(self):
22        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
23            extensionlist=('.xrdml','.xml'),
24            strictExtension=True,
25            formatName = 'Panalytical xrdml (xml)',
26            longFormatName = 'Panalytical reflectivity data as *.xrdml'
27            )
28        self.scriptable = True
29        self.vals = None
30        self.stepsize = None
31        self.skip = 0
32        self.root = None
33
34    # Validate the contents -- make sure we only have valid lines and set
35    # values we will need for later read.
36    def ContentsValidator(self, filename):
37        fp = open(filename,'r')
38        self.vals = None
39        self.stepsize = None
40        fp.seek(0)
41        try:
42            self.root = ET.parse(fp).getroot()
43            tag = self.root.tag
44            tag = tag.split('}')[0]+'}'
45            self.root.find(tag+'comment')
46        except:
47            self.errors = 'Bad xml file'
48            fp.close()
49            return False
50        fp.close()
51        return True
52           
53    def Reader(self,filename, ParentFrame=None, **kwarg):
54        'Read a Panalytical .xrdml (.xml) file; already in self.root'
55        blockNum = kwarg.get('blocknum',0)
56        self.idstring = ospath.basename(filename) + ' Scan '+str(blockNum)
57        x = []
58        y = []
59        w = []
60        tag = self.root.tag
61        tag = tag.split('}')[0]+'}'
62        sample = self.root.find(tag+'sample')
63        self.idstring = ospath.basename(filename) + ' Scan '+str(blockNum)
64        blks = self.root.findall(tag+'xrdMeasurement')
65        scans = []
66        for data in blks:
67            scans += data.findall(tag+'scan')
68        data = self.root.find(tag+'xrdMeasurement')       
69        wave = data.find(tag+'usedWavelength')
70        incident = data.find(tag+'incidentBeamPath')
71        radius = float(incident.find(tag+'radius').text)
72        tube = incident.find(tag+'xRayTube')
73        if len(scans) > 1:
74            self.repeat = True
75        if blockNum-1 == len(scans):
76            self.repeat = False
77            return False
78        scan = scans[blockNum-1]
79        header = scan.find(tag+'header')
80        dataPoints = scan.find(tag+'dataPoints')
81        self.comments.append('Gonio. radius=%.2f'%(radius))
82        self.Sample['Gonio. radius'] = radius
83        if sample.find(tag+'id').text:
84            self.comments.append('Sample name='+sample.find(tag+'id').text)
85        try:
86            self.comments.append('Date/TimeStart='+header.find(tag+'startTimeStamp').text)
87            self.comments.append('Date/TimeEnd='+header.find(tag+'endTimeStamp').text)
88            self.comments.append('xray tube='+tube.attrib['name'])
89        except AttributeError:
90            pass
91        self.comments.append('Ka1=%s'%(wave.find(tag+'kAlpha1').text))
92        self.comments.append('Ka2=%s'%(wave.find(tag+'kAlpha2').text))
93        self.comments.append('Ka2/Ka1=%s'%(wave.find(tag+'ratioKAlpha2KAlpha1').text))
94        self.comments.append('Kb=%s'%(wave.find(tag+'kBeta').text))
95        self.comments.append('Voltage='+tube.find(tag+'tension').text)
96        self.comments.append('Current='+tube.find(tag+'current').text)
97        limits = dataPoints.find(tag+'positions')
98        startPos = float(limits.find(tag+'startPosition').text)
99        endPos= float(limits.find(tag+'endPosition').text)
100        for seclbl in 'intensities','counts':
101            sec = dataPoints.find(tag+seclbl)
102            if sec is None: continue
103            y = np.fromstring(sec.text,sep=' ')
104            break
105        else:
106            print('Panalytical read error: Intensities could not be located')
107            return False           
108        self.instdict['wave'] = wave
109        self.instdict['type'] = 'RXC'
110        self.reflectometryentry[0] = filename
111        self.reflectometryentry[2] = blockNum
112        N = y.shape[0]
113        x = np.linspace(startPos,endPos,N)
114        w = np.where(y>0,1./y,1.)
115        self.reflectometrydata = [
116            np.array(x), # x-axis values
117            np.array(y), # powder pattern intensities
118            np.array(w), # 1/sig(intensity)^2 values (weights)
119            np.zeros(N), # calc. intensities (zero)
120            np.zeros(N), # calc. background (zero)
121            np.zeros(N), # obs-calc profiles
122            ]
123        conditions = scan.find(tag+'nonAmbientPoints')
124        if conditions is not None:
125            kind = conditions.attrib['type']
126            if kind == 'Temperature':
127                Temperature = float(conditions.find(tag+'nonAmbientValues').text.split()[-1])
128                self.Sample['Temperature'] = Temperature
129        return True
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.