source: trunk/imports/G2pwd_xye.py @ 2463

Last change on this file since 2463 was 2463, checked in by toby, 6 years ago

allow comma & semicolon for .xye; validate .csv

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 5.5 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2########### SVN repository information ###################
3# $Date: 2016-09-08 16:17:54 +0000 (Thu, 08 Sep 2016) $
4# $Author: toby $
5# $Revision: 2463 $
6# $URL: trunk/imports/G2pwd_xye.py $
7# $Id: G2pwd_xye.py 2463 2016-09-08 16:17:54Z toby $
8########### SVN repository information ###################
9'''
10*Module G2pwd_xye: Topas .xye data*
11------------------------------------
12
13Routine to read in powder data from a Topas-compatible .xye file
14
15'''
16
17import sys
18import os.path as ospath
19import numpy as np
20import GSASIIIO as G2IO
21import GSASIIpath
22GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2463 $")
23class xye_ReaderClass(G2IO.ImportPowderData):
24    'Routines to import powder data from a .xye file'
25    def __init__(self):
26        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
27            extensionlist=('.xye',),
28            strictExtension=False,
29            formatName = 'Topas xye',
30            longFormatName = 'Topas .xye powder data file'
31            )
32
33    # Validate the contents -- make sure we only have valid lines
34    def ContentsValidator(self, filepointer):
35        'Look through the file for expected types of lines in a valid Topas file'
36        gotCcomment = False
37        begin = True
38        self.GSAS = False
39        for i,S in enumerate(filepointer):
40            if i > 1000: break
41            if begin:
42                if gotCcomment and S.find('*/') > -1:
43                    begin = False
44                    continue
45                if S.strip().startswith('/*'):
46                    gotCcomment = True
47                    continue   
48                if S[0] in ["'",'#']:
49                    continue       #ignore comments, if any
50                else:
51                    begin = False
52                # valid line to read?
53            #vals = S.split()
54            vals = S.replace(',',' ').replace(';',' ').split()
55            if len(vals) == 2 or len(vals) == 3:
56                continue
57            else:
58                self.errors = 'Unexpected information in line: '+str(i+1)
59                if all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in str(S)]): # show only if ASCII
60                    self.errors += '  '+str(S)
61                else: 
62                    self.errors += '  (binary)'
63                return False
64        return True # no errors encountered
65
66    def Reader(self,filename,filepointer, ParentFrame=None, **unused):
67        'Read a Topas file'
68        x = []
69        y = []
70        w = []
71        try:
72            gotCcomment = False
73            begin = True
74            for i,S in enumerate(filepointer):
75                self.errors = 'Error reading line: '+str(i+1)
76                # or a block of comments delimited by /* and */
77                # or (GSAS style) each line can begin with '#'
78                if begin:
79                    if gotCcomment and S.find('*/') > -1:
80                        self.comments.append(S[:-1])
81                        begin = False
82                        continue
83                    if S.strip().startswith('/*'):
84                        self.comments.append(S[:-1])
85                        gotCcomment = True
86                        continue   
87                    if S[0] in ["'",'#']:
88                        self.comments.append(S[:-1])
89                        continue       #ignore comments, if any
90                    else:
91                        begin = False
92                # valid line to read
93                #vals = S.split()
94                vals = S.replace(',',' ').replace(';',' ').split()
95                if len(vals) < 2:
96                    print 'Line '+str(i+1)+' cannot be read:\n\t'+S
97                    continue
98                try:
99                    x.append(float(vals[0]))
100                    f = float(vals[1])
101                    if f <= 0.0:
102                        y.append(0.0)
103                        w.append(0.0)
104                    elif len(vals) == 3:
105                        y.append(float(vals[1]))
106                        w.append(1.0/float(vals[2])**2)
107                    else:
108                        y.append(float(vals[1]))
109                        w.append(1.0/float(vals[1]))
110                except ValueError:
111                    msg = 'Error parsing number in line '+str(i+1)
112                    print msg
113                    print S
114                    break
115                except:
116                    msg = 'Error in line '+str(i+1)
117                    print msg
118                    print S
119                    break
120            N = len(x)
121            self.powderdata = [
122                np.array(x), # x-axis values
123                np.array(y), # powder pattern intensities
124                np.array(w), # 1/sig(intensity)^2 values (weights)
125                np.zeros(N), # calc. intensities (zero)
126                np.zeros(N), # calc. background (zero)
127                np.zeros(N), # obs-calc profiles
128                ]
129            self.powderentry[0] = filename
130            #self.powderentry[1] = pos # bank offset (N/A here)
131            self.powderentry[2] = 1 # xye file only has one bank
132            self.idstring = ospath.basename(filename)
133            # scan comments for temperature
134            Temperature = 300
135            for S in self.comments:
136                if 'Temp' in S.split('=')[0]:
137                    try:
138                        Temperature = float(S.split('=')[1])
139                    except:
140                        pass
141            self.Sample['Temperature'] = Temperature
142
143            return True
144        except Exception as detail:
145            self.errors += '\n  '+str(detail)
146            print self.formatName+' read error:'+str(detail) # for testing
147            import traceback
148            traceback.print_exc(file=sys.stdout)
149            return False
150
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.