source: trunk/imports/G2pwd_xye.py @ 2341

Last change on this file since 2341 was 2341, checked in by toby, 6 years ago

improve powder imports: suppress printing of binary data; improve validation of old GSAS binary files

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 5.4 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2########### SVN repository information ###################
3# $Date: 2016-06-24 02:25:06 +0000 (Fri, 24 Jun 2016) $
4# $Author: toby $
5# $Revision: 2341 $
6# $URL: trunk/imports/G2pwd_xye.py $
7# $Id: G2pwd_xye.py 2341 2016-06-24 02:25:06Z toby $
8########### SVN repository information ###################
9'''
10*Module G2pwd_xye: Topas .xye data*
11------------------------------------
12
13Routine to read in powder data from a Topas-compatible .xye file
14
15'''
16
17import sys
18import os.path as ospath
19import numpy as np
20import GSASIIIO as G2IO
21import GSASIIpath
22GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2341 $")
23class xye_ReaderClass(G2IO.ImportPowderData):
24    'Routines to import powder data from a .xye file'
25    def __init__(self):
26        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
27            extensionlist=('.xye',),
28            strictExtension=False,
29            formatName = 'Topas xye',
30            longFormatName = 'Topas .xye powder data file'
31            )
32
33    # Validate the contents -- make sure we only have valid lines
34    def ContentsValidator(self, filepointer):
35        'Look through the file for expected types of lines in a valid Topas file'
36        gotCcomment = False
37        begin = True
38        self.GSAS = False
39        for i,S in enumerate(filepointer):
40            if i > 1000: break
41            if begin:
42                if gotCcomment and S.find('*/') > -1:
43                    begin = False
44                    continue
45                if S.strip().startswith('/*'):
46                    gotCcomment = True
47                    continue   
48                if S[0] in ["'",'#']:
49                    continue       #ignore comments, if any
50                else:
51                    begin = False
52                # valid line to read?
53            vals = S.split()
54            if len(vals) == 2 or len(vals) == 3:
55                continue
56            else:
57                self.errors = 'Unexpected information in line: '+str(i+1)
58                if all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in str(S)]): # show only if ASCII
59                    self.errors += '  '+str(S)
60                else: 
61                    self.errors += '  (binary)'
62                return False
63        return True # no errors encountered
64
65    def Reader(self,filename,filepointer, ParentFrame=None, **unused):
66        'Read a Topas file'
67        x = []
68        y = []
69        w = []
70        try:
71            gotCcomment = False
72            begin = True
73            for i,S in enumerate(filepointer):
74                self.errors = 'Error reading line: '+str(i+1)
75                # or a block of comments delimited by /* and */
76                # or (GSAS style) each line can begin with '#'
77                if begin:
78                    if gotCcomment and S.find('*/') > -1:
79                        self.comments.append(S[:-1])
80                        begin = False
81                        continue
82                    if S.strip().startswith('/*'):
83                        self.comments.append(S[:-1])
84                        gotCcomment = True
85                        continue   
86                    if S[0] in ["'",'#']:
87                        self.comments.append(S[:-1])
88                        continue       #ignore comments, if any
89                    else:
90                        begin = False
91                # valid line to read
92                vals = S.split()
93                if len(vals) < 2:
94                    print 'Line '+str(i+1)+' cannot be read:\n\t'+S
95                    continue
96                try:
97                    x.append(float(vals[0]))
98                    f = float(vals[1])
99                    if f <= 0.0:
100                        y.append(0.0)
101                        w.append(0.0)
102                    elif len(vals) == 3:
103                        y.append(float(vals[1]))
104                        w.append(1.0/float(vals[2])**2)
105                    else:
106                        y.append(float(vals[1]))
107                        w.append(1.0/float(vals[1]))
108                except ValueError:
109                    msg = 'Error parsing number in line '+str(i+1)
110                    print msg
111                    print S
112                    break
113                except:
114                    msg = 'Error in line '+str(i+1)
115                    print msg
116                    print S
117                    break
118            N = len(x)
119            self.powderdata = [
120                np.array(x), # x-axis values
121                np.array(y), # powder pattern intensities
122                np.array(w), # 1/sig(intensity)^2 values (weights)
123                np.zeros(N), # calc. intensities (zero)
124                np.zeros(N), # calc. background (zero)
125                np.zeros(N), # obs-calc profiles
126                ]
127            self.powderentry[0] = filename
128            #self.powderentry[1] = pos # bank offset (N/A here)
129            self.powderentry[2] = 1 # xye file only has one bank
130            self.idstring = ospath.basename(filename)
131            # scan comments for temperature
132            Temperature = 300
133            for S in self.comments:
134                if 'Temp' in S.split('=')[0]:
135                    try:
136                        Temperature = float(S.split('=')[1])
137                    except:
138                        pass
139            self.Sample['Temperature'] = Temperature
140
141            return True
142        except Exception as detail:
143            self.errors += '\n  '+str(detail)
144            print self.formatName+' read error:'+str(detail) # for testing
145            import traceback
146            traceback.print_exc(file=sys.stdout)
147            return False
148
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.