source: trunk/imports/G2pwd_FP.py @ 2817

Last change on this file since 2817 was 2817, checked in by vondreele, 5 years ago

major revision - move all importers to GSASIIobj & make them independent of wx so they can be used in a scripting environment.
Still to move are PhaseSelector?, and 3 BlockSelector? dialogs

File size: 5.9 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2########### SVN repository information ###################
3# $Date: 2014-12-27 11:14:59 -0600 (Sat, 27 Dec 2014) $
4# $Author: vondreele $
5# $Revision: 1620 $
6# $URL: https://subversion.xray.aps.anl.gov/pyGSAS/trunk/imports/G2pwd_xye.py $
7# $Id: G2pwd_xye.py 1620 2014-12-27 17:14:59Z vondreele $
8########### SVN repository information ###################
9'''
10*Module G2pwd_FP: FullProf .dat data*
11-------------------------------------
12
13Routine to read in powder data from a FullProf .dat file
14
15'''
16
17import sys
18import os.path as ospath
19import numpy as np
20import GSASIIobj as G2obj
21import GSASIIpath
22GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1620 $")
23class xye_ReaderClass(G2obj.ImportPowderData):
24    'Routines to import powder data from a FullProf 1-10 column .dat file'
25    def __init__(self):
26        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
27            extensionlist=('.dat',),
28            strictExtension=False,
29            formatName = 'FullProf .dat',
30            longFormatName = 'FullProf 1-10 column .dat powder data file'
31            )
32
33    # Validate the contents -- make sure we only have valid lines
34    def ContentsValidator(self, filepointer):
35        'Look through the file for expected types of lines in a valid FullProf file'
36        gotCcomment = False
37        begin = True
38        steps = False
39        self.GSAS = False
40        for i,S in enumerate(filepointer):
41            if i > 1000: break
42            if begin:
43                if gotCcomment and S.find('*/') > -1:
44                    begin = False
45                    continue
46                if S.strip().startswith('/*'):
47                    gotCcomment = True
48                    continue   
49                if S.lstrip()[0] in ["'",'#','!',]:
50                    continue       #ignore comments, if any
51                else:
52                    begin = False
53                # valid line to read?
54            vals = S.split()
55            try:    #look for start,step,stop card
56                for j,val in enumerate(vals):
57                    num = float(val)
58                    if j == 2:
59                        break
60            except ValueError:
61                self.errors = 'Unexpected information in line: '+str(i+1)
62                if all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in str(S)]): # show only if ASCII
63                    self.errors += '  '+str(S)
64                else: 
65                    self.errors += '  (binary)'
66                return False
67        return True # no errors encountered
68
69    def Reader(self,filename,filepointer, ParentFrame=None, **unused):
70        'Read a FullProf file'
71        x = []
72        y = []
73        w = []
74        gotCcomment = False
75        begin = True
76        steps = False
77        Stop = False
78        N = 0
79        for i,S in enumerate(filepointer):
80            self.errors = 'Error reading line: '+str(i+1)
81            # or a block of comments delimited by /* and */
82            # or (GSAS style) each line can begin with '#' or '!'
83            if begin:
84                if gotCcomment and S.find('*/') > -1:
85                    self.comments.append(S[:-1])
86                    begin = False
87                    continue
88                if S.strip().startswith('/*'):
89                    self.comments.append(S[:-1])
90                    gotCcomment = True
91                    continue   
92                if S.lstrip()[0] in ["'",'#','!',]:
93                    self.comments.append(S[:-1])
94                    continue       #ignore comments, if any
95                else:
96                    begin = False
97            # valid line to read
98            if not steps:
99                vals = S.split(None,4)
100                if len(vals) >= 3:
101                    steps = True
102                    start = float(vals[0])
103                    step = float(vals[1])
104                    stop = float(vals[2])
105                    if len(vals) > 3:
106                        self.comments.append(vals[3][:-1])
107                    continue
108            vals = S.split()    #data strings
109            try:
110                for j in range(len(vals)):
111                    x.append(start+N*step)
112                    f = float(vals[j])
113                    if f <= 0.0:
114                        y.append(0.0)
115                        w.append(0.0)
116                    else:
117                        y.append(float(vals[j]))
118                        w.append(1.0/float(vals[j]))
119                    if x[-1] >= stop:
120                        Stop = True
121                        break
122                    N += 1
123                if Stop:
124                    break
125            except ValueError:
126                msg = 'Error parsing number in line '+str(i+1)
127                print msg
128                print S
129                break
130            except:
131                msg = 'Error in line '+str(i+1)
132                print msg
133                print S
134                break
135        N = len(x)
136        if N <= 1: return False
137        self.powderdata = [
138            np.array(x), # x-axis values
139            np.array(y), # powder pattern intensities
140            np.array(w), # 1/sig(intensity)^2 values (weights)
141            np.zeros(N), # calc. intensities (zero)
142            np.zeros(N), # calc. background (zero)
143            np.zeros(N), # obs-calc profiles
144            ]
145        self.powderentry[0] = filename
146        #self.powderentry[1] = pos # bank offset (N/A here)
147        #self.powderentry[2] = 1 # xye file only has one bank
148        self.idstring = ospath.basename(filename)
149        # scan comments for temperature
150        Temperature = 300
151        for S in self.comments:
152            if 'Temp' in S.split('=')[0]:
153                try:
154                    Temperature = float(S.split('=')[1])
155                except:
156                    pass
157        self.Sample['Temperature'] = Temperature
158
159        return True
160
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.