source: trunk/imports/G2pwd_FP.py @ 2161

Last change on this file since 2161 was 2161, checked in by vondreele, 6 years ago

Add GUI for layer stacking structures - almost complete; new phase type = 'faulted'
Add load from DIFFaX command files for stacking structures

File size: 6.3 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2########### SVN repository information ###################
3# $Date: 2014-12-27 11:14:59 -0600 (Sat, 27 Dec 2014) $
4# $Author: vondreele $
5# $Revision: 1620 $
6# $URL: https://subversion.xray.aps.anl.gov/pyGSAS/trunk/imports/G2pwd_xye.py $
7# $Id: G2pwd_xye.py 1620 2014-12-27 17:14:59Z vondreele $
8########### SVN repository information ###################
9'''
10*Module G2pwd_FP: FullProf .dat data*
11------------------------------------
12
13Routine to read in powder data from a FullProf .dat file
14
15'''
16
17import sys
18import os.path as ospath
19import numpy as np
20import GSASIIIO as G2IO
21import GSASIIpath
22GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1620 $")
23class xye_ReaderClass(G2IO.ImportPowderData):
24    'Routines to import powder data from a FullProf 1-10 column .dat file'
25    def __init__(self):
26        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
27            extensionlist=('.dat',),
28            strictExtension=False,
29            formatName = 'FullProf .dat',
30            longFormatName = 'FullProf 1-10 column .dat powder data file'
31            )
32
33    # Validate the contents -- make sure we only have valid lines
34    def ContentsValidator(self, filepointer):
35        'Look through the file for expected types of lines in a valid FullProf file'
36        gotCcomment = False
37        begin = True
38        steps = False
39        self.GSAS = False
40        for i,S in enumerate(filepointer):
41            if i > 1000: break
42            if begin:
43                if gotCcomment and S.find('*/') > -1:
44                    begin = False
45                    continue
46                if S.strip().startswith('/*'):
47                    gotCcomment = True
48                    continue   
49                if S.lstrip()[0] in ["'",'#','!',]:
50                    continue       #ignore comments, if any
51                else:
52                    begin = False
53                # valid line to read?
54            vals = S.split()
55            try:    #look for start,step,stop card
56                for j,val in enumerate(vals):
57                    num = float(val)
58                    if j == 2:
59                        break
60            except ValueError:
61                self.errors = 'Unexpected information in line: '+str(i+1)
62                self.errors += '  '+str(S)
63                return False
64        return True # no errors encountered
65
66    def Reader(self,filename,filepointer, ParentFrame=None, **unused):
67        'Read a FullProf file'
68        x = []
69        y = []
70        w = []
71        try:
72            gotCcomment = False
73            begin = True
74            steps = False
75            Stop = False
76            N = 0
77            for i,S in enumerate(filepointer):
78                self.errors = 'Error reading line: '+str(i+1)
79                # or a block of comments delimited by /* and */
80                # or (GSAS style) each line can begin with '#' or '!'
81                if begin:
82                    if gotCcomment and S.find('*/') > -1:
83                        self.comments.append(S[:-1])
84                        begin = False
85                        continue
86                    if S.strip().startswith('/*'):
87                        self.comments.append(S[:-1])
88                        gotCcomment = True
89                        continue   
90                    if S.lstrip()[0] in ["'",'#','!',]:
91                        self.comments.append(S[:-1])
92                        continue       #ignore comments, if any
93                    else:
94                        begin = False
95                # valid line to read
96                if not steps:
97                    vals = S.split(None,4)
98                    if len(vals) >= 3:
99                        steps = True
100                        start = float(vals[0])
101                        step = float(vals[1])
102                        stop = float(vals[2])
103                        if len(vals) > 3:
104                            self.comments.append(vals[3][:-1])
105                        continue
106                vals = S.split()    #data strings
107                try:
108                    for j in range(len(vals)):
109                        x.append(start+N*step)
110                        f = float(vals[j])
111                        if f <= 0.0:
112                            y.append(0.0)
113                            w.append(0.0)
114                        else:
115                            y.append(float(vals[j]))
116                            w.append(1.0/float(vals[j]))
117                        if x[-1] >= stop:
118                            Stop = True
119                            break
120                        N += 1
121                    if Stop:
122                        break
123                except ValueError:
124                    msg = 'Error parsing number in line '+str(i+1)
125                    print msg
126                    print S
127                    break
128                except:
129                    msg = 'Error in line '+str(i+1)
130                    print msg
131                    print S
132                    break
133            N = len(x)
134            self.powderdata = [
135                np.array(x), # x-axis values
136                np.array(y), # powder pattern intensities
137                np.array(w), # 1/sig(intensity)^2 values (weights)
138                np.zeros(N), # calc. intensities (zero)
139                np.zeros(N), # calc. background (zero)
140                np.zeros(N), # obs-calc profiles
141                ]
142            self.powderentry[0] = filename
143            #self.powderentry[1] = pos # bank offset (N/A here)
144            self.powderentry[2] = 1 # xye file only has one bank
145            self.idstring = ospath.basename(filename)
146            # scan comments for temperature
147            Temperature = 300
148            for S in self.comments:
149                if 'Temp' in S.split('=')[0]:
150                    try:
151                        Temperature = float(S.split('=')[1])
152                    except:
153                        pass
154            self.Sample['Temperature'] = Temperature
155
156            return True
157        except Exception as detail:
158            self.errors += '\n  '+str(detail)
159            print self.formatName+' read error:'+str(detail) # for testing
160            import traceback
161            traceback.print_exc(file=sys.stdout)
162            return False
163
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.