source: trunk/imports/G2phase.py @ 3300

Last change on this file since 3300 was 3300, checked in by vondreele, 5 years ago

magnetic phase changes, check importers, read old gpxfiles, etc.
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 32.5 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2########### SVN repository information ###################
3# $Date: 2018-03-01 20:30:45 +0000 (Thu, 01 Mar 2018) $
4# $Author: vondreele $
5# $Revision: 3300 $
6# $URL: trunk/imports/G2phase.py $
7# $Id: G2phase.py 3300 2018-03-01 20:30:45Z vondreele $
8########### SVN repository information ###################
9#
10'''
11*Module G2phase: PDB, .EXP & JANA m40,m50*
12-------------------------------------------
13
14A set of short routines to read in phases using routines that were
15previously implemented in GSAS-II: PDB, GSAS .EXP and JANA m40-m50 file formats
16
17'''
18
19from __future__ import division, print_function
20import sys
21import os.path
22import math
23import random as ran
24import numpy as np
25try:
26    import wx
27except ImportError:
28    wx = None
29import GSASIIobj as G2obj
30import GSASIIspc as G2spc
31import GSASIIlattice as G2lat
32import GSASIIpath
33GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 3300 $")
34R2pisq = 1./(2.*np.pi**2)
35
36class PDB_ReaderClass(G2obj.ImportPhase):
37    'Routine to import Phase information from a PDB file'
38    def __init__(self):
39        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to say ImportPhase.__init__
40            extensionlist=('.pdb','.ent','.PDB','.ENT'),
41            strictExtension=True,
42            formatName = 'PDB',
43            longFormatName = 'Original Protein Data Bank (.pdb file) import'
44            )
45    def ContentsValidator(self, filename):
46        '''Taking a stab a validating a PDB file
47        (look for cell & at least one atom)
48        '''
49        fp = open(filename,'r')
50        for i,l in enumerate(fp):
51            if l.startswith('CRYST1'):
52                break
53        else:
54            self.errors = 'no CRYST1 record found'
55            fp.close()
56            return False
57        for i,l in enumerate(fp):
58            if l.startswith('ATOM'):
59                fp.close()
60                return True
61        self.errors = 'no ATOM records found after CRYST1 record'
62        fp.close()
63        return False
64
65    def Reader(self,filename, ParentFrame=None, **unused):
66        'Read a PDF file using :meth:`ReadPDBPhase`'
67        self.Phase = self.ReadPDBPhase(filename, ParentFrame)
68        return True
69       
70    def ReadPDBPhase(self,filename,parent=None):
71        '''Read a phase from a PDB file.
72        '''
73        EightPiSq = 8.*math.pi**2
74        self.errors = 'Error opening file'
75        file = open(filename, 'Ur')
76        Phase = {}
77        Title = ''
78        Compnd = ''
79        Atoms = []
80        A = np.zeros(shape=(3,3))
81        S = file.readline()
82        line = 1
83        SGData = None
84        cell = None
85        while S:
86            self.errors = 'Error reading at line '+str(line)
87            Atom = []
88            if 'TITLE' in S[:5]:
89                Title = S[10:72].strip()
90            elif 'COMPND    ' in S[:10]:
91                Compnd = S[10:72].strip()
92            elif 'CRYST' in S[:5]:
93                abc = S[7:34].split()
94                angles = S[34:55].split()
95                cell=[float(abc[0]),float(abc[1]),float(abc[2]),
96                    float(angles[0]),float(angles[1]),float(angles[2])]
97                Volume = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(cell))
98                AA,AB = G2lat.cell2AB(cell)
99                SpGrp = S[55:65]
100                E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrp)
101                # space group processing failed, try to look up name in table
102                if E:
103                    SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpGrp)
104                    if SpGrpNorm:
105                        E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
106                while E:
107                    dlg = wx.TextEntryDialog(parent,
108                        SpGrp[:-1]+' is invalid \nN.B.: make sure spaces separate axial fields in symbol',
109                        'ERROR in space group symbol','',style=wx.OK)
110                    if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
111                        SpGrp = dlg.GetValue()
112                        E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrp)
113                    else:
114                        SGData = G2obj.P1SGData # P 1
115                        self.warnings += '\nThe space group was not interpreted and has been set to "P 1".'
116                        self.warnings += "Change this in phase's General tab."           
117                    dlg.Destroy()
118#                SGlines = G2spc.SGPrint(SGData)
119#                for l in SGlines: print (l)
120            elif 'SCALE' in S[:5]:
121                V = S[10:41].split()
122                A[int(S[5])-1] = [float(V[0]),float(V[1]),float(V[2])]
123            elif 'ATOM' in S[:4] or 'HETATM' in S[:6]:
124                if not SGData:
125                    self.warnings += '\nThe space group was not read before atoms and has been set to "P 1". '
126                    self.warnings += "Change this in phase's General tab."
127                    SGData = G2obj.P1SGData # P 1
128                XYZ = [float(S[31:39]),float(S[39:47]),float(S[47:55])]
129                XYZ = np.inner(AB,XYZ)
130                XYZ = np.where(abs(XYZ)<0.00001,0,XYZ)
131                SytSym,Mult = G2spc.SytSym(XYZ,SGData)[:2]
132                Uiso = float(S[61:67])/EightPiSq
133                Type = S[76:78].lower()
134                Atom = [S[22:27].strip(),S[17:20].upper(),S[20:22],
135                    S[12:17].strip(),Type.strip().capitalize(),'',XYZ[0],XYZ[1],XYZ[2],
136                    float(S[55:61]),SytSym,Mult,'I',Uiso,0,0,0,0,0,0]
137                if S[16] in [' ','A','B']:      #remove disorered residues - can't handle them just now
138#                    Atom[3] = Atom[3][:3]
139                    Atom.append(ran.randint(0,sys.maxsize))
140                    Atoms.append(Atom)
141            elif 'ANISOU' in S[:6]:
142                Uij = S[30:72].split()
143                Uij = [float(Uij[0])/10000.,float(Uij[1])/10000.,float(Uij[2])/10000.,
144                    float(Uij[3])/10000.,float(Uij[4])/10000.,float(Uij[5])/10000.]
145                Atoms[-1] = Atoms[-1][:14]+Uij
146                Atoms[-1][12] = 'A'
147                Atoms[-1].append(ran.randint(0,sys.maxsize))
148            S = file.readline()
149            line += 1
150        file.close()
151        self.errors = 'Error after read complete'
152        if Title:
153            PhaseName = Title
154        elif Compnd:
155            PhaseName = Compnd
156        else:
157            PhaseName = 'None'
158        if not SGData:
159            raise self.ImportException("No space group (CRYST entry) found")
160        if not cell:
161            raise self.ImportException("No cell (CRYST entry) found")
162        Phase = G2obj.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData,cell=cell+[Volume,])
163        Phase['General']['Type'] = 'macromolecular'
164        Phase['General']['AtomPtrs'] = [6,4,10,12]
165        Phase['Atoms'] = Atoms
166        return Phase
167
168class EXP_ReaderClass(G2obj.ImportPhase):
169    'Routine to import Phase information from GSAS .EXP files'
170    def __init__(self):
171        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to say ImportPhase.__init__
172            extensionlist=('.EXP','.exp'),
173            strictExtension=True,
174            formatName = 'GSAS .EXP',
175            longFormatName = 'GSAS Experiment (.EXP file) import'
176            )
177       
178    def ContentsValidator(self, filename):
179        'Look for a VERSION tag in 1st line' 
180        fp = open(filename,'r')
181        if fp.read(13) == '     VERSION ':
182            fp.close()
183            return True
184        self.errors = 'File does not begin with VERSION tag'
185        fp.close()
186        return False
187
188    def Reader(self,filename,ParentFrame=None,usedRanIdList=[],**unused):
189        'Read a phase from a GSAS .EXP file using :meth:`ReadEXPPhase`'
190        self.Phase = G2obj.SetNewPhase(Name='new phase') # create a new empty phase dict
191        while self.Phase['ranId'] in usedRanIdList:
192            self.Phase['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxsize)
193        # make sure the ranId is really unique!
194        self.MPhase = G2obj.SetNewPhase(Name='new phase') # create a new empty phase dict
195        while self.MPhase['ranId'] in usedRanIdList:
196            self.MPhase['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxsize)
197        fp = open(filename,'r')
198        self.ReadEXPPhase(ParentFrame, fp)
199        fp.close()
200        return True
201
202    def ReadEXPPhase(self, G2frame,filepointer):
203        '''Read a phase from a GSAS .EXP file.
204        '''
205        shModels = ['cylindrical','none','shear - 2/m','rolling - mmm']
206        textureData = {'Order':0,'Model':'cylindrical','Sample omega':[False,0.0],
207            'Sample chi':[False,0.0],'Sample phi':[False,0.0],'SH Coeff':[False,{}],
208            'SHShow':False,'PFhkl':[0,0,1],'PFxyz':[0,0,1],'PlotType':'Pole figure'}
209        shNcof = 0
210        S = 1
211        NPhas = []
212        Expr = [{},{},{},{},{},{},{},{},{}] # GSAS can have at most 9 phases
213        for line,S in enumerate(filepointer):
214            self.errors = 'Error reading at line '+str(line+1)
215            if 'EXPR NPHAS' in S[:12]:
216                NPhas = S[12:-1].split()
217            if 'CRS' in S[:3]:
218                N = int(S[3:4])-1
219                Expr[N][S[:12]] = S[12:-1]
220        PNames = []
221        if not NPhas:
222            raise self.ImportException("No EXPR NPHAS record found")
223        self.errors = 'Error interpreting file'
224        for n,N in enumerate(NPhas):
225            if N != '0':
226                result = n
227                key = 'CRS'+str(n+1)+'    PNAM'
228                PNames.append(Expr[n][key])
229        if len(PNames) == 0:
230            raise self.ImportException("No phases found")           
231        elif len(PNames) > 1:
232            dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which phase to read?', 'Read phase data', PNames, wx.CHOICEDLG_STYLE)
233            try:
234                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
235                    result = dlg.GetSelection() # I think this breaks is there are skipped phases. Cant this happen?
236            finally:
237                dlg.Destroy()       
238        EXPphase = Expr[result]
239        keyList = list(EXPphase.keys())
240        keyList.sort()
241        SGData = {}
242        MPtype = ''
243        if NPhas[result] == '1':
244            Ptype = 'nuclear'
245        elif NPhas[result] =='2':
246            Ptype = 'nuclear'
247            MPtype = 'magnetic'
248            MagDmin = 1.0
249        elif NPhas[result] =='3':
250            Ptype = 'magnetic'
251            MagDmin = 1.0
252        elif NPhas[result] == '4':
253            Ptype = 'macromolecular'
254        elif NPhas[result] == '10':
255            Ptype = 'Pawley'
256        else:
257            raise self.ImportException("Phase type not recognized") 
258           
259        for key in keyList:
260            if 'PNAM' in key:
261               PhaseName = EXPphase[key].strip()
262            elif 'ABC   ' in key:
263                abc = [float(EXPphase[key][:10]),float(EXPphase[key][10:20]),float(EXPphase[key][20:30])]                       
264            elif 'ANGLES' in key:
265                angles = [float(EXPphase[key][:10]),float(EXPphase[key][10:20]),float(EXPphase[key][20:30])]                                               
266            elif 'SG SYM' in key:
267                SpGrp = EXPphase[key][:15].strip()
268                E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrp)
269                if E:
270                    SGData = G2obj.P1SGData # P 1 -- unlikely to need this!
271                    self.warnings += '\nThe GSAS space group was not interpreted(!) and has been set to "P 1".'
272                    self.warnings += "Change this in phase's General tab."                       
273            elif 'SPNFLP' in key:
274                SpnFlp = np.array([int(float(s)) for s in EXPphase[key].split()])
275                SpnFlp = np.where(SpnFlp==0,1,SpnFlp)
276                SpnFlp = [1,]+list(SpnFlp)
277                if SGData['SpGrp'][0] in ['A','B','C','I','R','F']:
278                    SpnFlp = list(SpnFlp)+[1,1,1,1]
279            elif 'MXDSTR' in key:
280                MagDmin = float(EXPphase[key][:10])               
281            elif 'OD    ' in key:
282                SHdata = EXPphase[key].split() # may not have all 9 values
283                SHvals = 9*[0]
284                for i in range(9):
285                    try:
286                        float(SHdata[i])
287                        SHvals[i] = SHdata[i]
288                    except:
289                        pass
290                textureData['Order'] = int(SHvals[0])
291                textureData['Model'] = shModels[int(SHvals[2])]
292                textureData['Sample omega'] = [False,float(SHvals[6])]
293                textureData['Sample chi'] = [False,float(SHvals[7])]
294                textureData['Sample phi'] = [False,float(SHvals[8])]
295                shNcof = int(SHvals[1])
296        Volume = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(abc+angles))
297
298        Atoms = []
299        MAtoms = []
300        Bmat = G2lat.cell2AB(abc+angles)[1]
301        if Ptype == 'macromolecular':
302            for key in keyList:
303                if 'AT' in key[6:8]:
304                    S = EXPphase[key]
305                    Atom = [S[56:60].strip(),S[50:54].strip().upper(),S[54:56],
306                        S[46:51].strip(),S[:8].strip().capitalize(),'',
307                        float(S[16:24]),float(S[24:32]),float(S[32:40]),
308                        float(S[8:16]),'1',1,'I',float(S[40:46]),0,0,0,0,0,0]
309                    XYZ = Atom[6:9]
310                    Atom[10],Atom[11] = G2spc.SytSym(XYZ,SGData)[:2]
311                    Atom.append(ran.randint(0,sys.maxsize))
312                    Atoms.append(Atom)
313        else:
314            for key in keyList:
315                if 'AT' in key:
316                    if key[11:] == 'A':
317                        S = EXPphase[key]
318                    elif key[11:] == 'B':
319                        S1 = EXPphase[key]
320                        Atom = [S[50:58].strip(),S[:10].strip().capitalize(),'',
321                            float(S[10:20]),float(S[20:30]),float(S[30:40]),
322                            float(S[40:50]),'',int(S[60:62]),S1[62:63]]
323                            #float(S[40:50]),'',int(S[60:62]),S1[130:131]]
324                        if Atom[9] == 'I':
325                            Atom += [float(S1[0:10]),0.,0.,0.,0.,0.,0.]
326                        elif Atom[9] == 'A':
327                            Atom += [0.0,
328                                float(S1[ 0:10]),float(S1[10:20]),
329                                float(S1[20:30]),float(S1[30:40]),
330                                float(S1[40:50]),float(S1[50:60])]
331                        else:
332                            print('Error in line with key: '+key)
333                            Atom += [0.,0.,0.,0.,0.,0.,0.]
334                        XYZ = Atom[3:6]
335                        Atom[7],Atom[8] = G2spc.SytSym(XYZ,SGData)[:2]
336                        Atom.append(ran.randint(0,sys.maxsize))
337                        Atoms.append(Atom)
338                    elif key[11:] == 'M' and key[6:8] == 'AT':
339                        S = EXPphase[key]
340                        mom = np.array([float(S[:10]),float(S[10:20]),float(S[20:30])])
341                        mag = np.sqrt(np.sum(mom**2))
342                        mom = np.inner(Bmat,mom)*mag
343                        MAtoms.append(Atom)
344                        MAtoms[-1] = Atom[:7]+list(mom)+Atom[7:]
345                       
346        if shNcof:
347            shCoef = {}
348            nRec = [i+1 for i in range((shNcof-1)//6+1)]
349            for irec in nRec:
350                ODkey = keyList[0][:6]+'OD'+'%3dA'%(irec)
351                indx = EXPphase[ODkey].split()
352                ODkey = ODkey[:-1]+'B'
353                vals = EXPphase[ODkey].split()
354                for i,val in enumerate(vals):
355                    key = 'C(%s,%s,%s)'%(indx[3*i],indx[3*i+1],indx[3*i+2])
356                    shCoef[key] = float(val)
357            textureData['SH Coeff'] = [False,shCoef]
358           
359        if not SGData:
360            raise self.ImportException("No space group found in phase")
361        if not abc:
362            raise self.ImportException("No cell lengths found in phase")
363        if not angles:
364            raise self.ImportException("No cell angles found in phase")
365        if not Atoms:
366            raise self.ImportException("No atoms found in phase")
367           
368        self.Phase['General'].update({'Type':Ptype,'Name':PhaseName,'Cell':[False,]+abc+angles+[Volume,],'SGData':SGData})
369        if MPtype == 'magnetic':
370            self.MPhase['General'].update({'Type':'magnetic','Name':PhaseName+' mag','Cell':[False,]+abc+angles+[Volume,],'SGData':SGData})
371        else:
372            self.MPhase = None
373           
374        if Ptype =='macromolecular':
375            self.Phase['General']['AtomPtrs'] = [6,4,10,12]
376            self.Phase['Atoms'] = Atoms
377        elif Ptype == 'magnetic':
378            self.Phase['General']['AtomPtrs'] = [3,1,10,12]
379            self.Phase['General']['SGData']['SGSpin'] = SpnFlp
380            self.Phase['General']['MagDmin'] = MagDmin
381            self.Phase['Atoms'] = MAtoms           
382        else:   #nuclear
383            self.Phase['General']['AtomPtrs'] = [3,1,7,9]   
384            self.Phase['General']['SH Texture'] = textureData
385            self.Phase['Atoms'] = Atoms
386        if MPtype =='magnetic':
387            self.MPhase['General']['AtomPtrs'] = [3,1,10,12]
388            self.MPhase['General']['SGData']['SGSpin'] = SpnFlp
389            self.MPhase['General']['MagDmin'] = MagDmin
390            self.MPhase['Atoms'] = MAtoms
391
392class JANA_ReaderClass(G2obj.ImportPhase):
393    'Routine to import Phase information from a JANA2006 file'
394    def __init__(self):
395        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to say ImportPhase.__init__
396            extensionlist=('.m50','.M50'),
397            strictExtension=True,
398            formatName = 'JANA m50',
399            longFormatName = 'JANA2006 phase import'
400            )
401    def ContentsValidator(self, filename):
402        '''Taking a stab a validating a .m50 file
403        (look for cell & at least one atom)
404        '''
405        fp = open(filename,'r')
406        for i,l in enumerate(fp):
407            if l.startswith('cell'):
408                break
409        else:
410            self.errors = 'no cell record found'
411            fp.close()
412            return False
413        for i,l in enumerate(fp):
414            if l.startswith('spgroup'):
415                fp.close()
416                return True
417        self.errors = 'no spgroup record found after cell record'
418        fp.close()
419        return False
420       
421    def Reader(self,filename, ParentFrame=None, **unused):
422        'Read a m50 file using :meth:`ReadJANAPhase`'
423        self.Phase = self.ReadJANAPhase(filename, ParentFrame)
424        return True
425       
426    def ReadJANAPhase(self,filename,parent=None):
427        '''Read a phase from a JANA2006 m50 & m40 files.
428        '''
429        self.errors = 'Error opening file'
430        fp = open(filename, 'Ur') #contains only cell & spcgroup
431        Phase = {}
432        Title = os.path.basename(filename)
433        Type = 'nuclear'
434        Atoms = []
435        Atypes = []
436        SuperVec = [[0,0,.1],False,4]
437        S = fp.readline()
438        line = 1
439        SGData = None
440        SuperSg = ''
441        cell = None
442        nqi = 0
443        version = '2000'
444        while S:
445            self.errors = 'Error reading at line '+str(line)
446            if 'title' in S and S != 'title\n':
447                Title = S.split()[1]
448            elif 'Jana2006' in S:
449                self.warnings += '\nJana2006 file detected'
450                version = '2006'
451            elif 'cell' in S[:4]:
452                cell = S[5:].split()
453                cell=[float(cell[0]),float(cell[1]),float(cell[2]),
454                    float(cell[3]),float(cell[4]),float(cell[5])]
455                Volume = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(cell))
456                G,g = G2lat.cell2Gmat(cell)
457                ast = np.sqrt(np.diag(G))
458                Mast = np.multiply.outer(ast,ast)   
459               
460            elif 'spgroup' in S:
461                if 'X' in S:
462                    raise self.ImportException("Ad hoc Supersymmetry centering "+S+" not allowed in GSAS-II")           
463                SpGrp = S.split()[1]
464                SuperSg = ''
465                if '(' in SpGrp:    #supercell symmetry - split in 2
466                    SuperStr = SpGrp.split('(')
467                    SpGrp = SuperStr[0]
468                    SuperSg = '('+SuperStr[1]
469                SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpGrp)
470                E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
471                # space group processing failed, try to look up name in table
472                while E:
473                    print (G2spc.SGErrors(E))
474                    dlg = wx.TextEntryDialog(parent,
475                        SpGrp[:-1]+' is invalid \nN.B.: make sure spaces separate axial fields in symbol',
476                        'ERROR in space group symbol','',style=wx.OK)
477                    if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
478                        SpGrp = dlg.GetValue()
479                        E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrp)
480                    else:
481                        SGData = G2obj.P1SGData # P 1
482                        self.warnings += '\nThe space group was not interpreted and has been set to "P 1".'
483                        self.warnings += "Change this in phase's General tab."           
484                    dlg.Destroy()
485                G2spc.SGPrint(SGData) #silent check of space group symbol
486            elif 'qi' in S[:2]:
487                if nqi:
488                    raise self.ImportException("Supersymmetry too high; GSAS-II limited to (3+1) supersymmetry")           
489                vec = S.split()[1:]
490                SuperVec = [[float(vec[i]) for i in range(3)],False,4]
491                nqi += 1
492            elif 'atom' in S[:4]:
493                Atypes.append(S.split()[1])
494            S = fp.readline()
495            line += 1
496        fp.close()
497        #read atoms from m40 file
498        if not SGData:
499            self.warnings += '\nThe space group was not read before atoms and has been set to "P 1". '
500            self.warnings += "Change this in phase's General tab."
501            SGData = G2obj.P1SGData # P 1
502        waveTypes = ['Fourier','Sawtooth','ZigZag',]
503        filename2 = os.path.splitext(filename)[0]+'.m40'
504        file2 = open(filename2,'Ur')
505        S = file2.readline()
506        line = 1
507        self.errors = 'Error reading at line '+str(line)
508        nAtoms = int(S.split()[0])
509        for i in range(4):
510            S = file2.readline()           
511        for i in range(nAtoms):
512            S1 = file2.readline()
513            S1N = S1.split()[-3:]   # no. occ, no. pos waves, no. ADP waves
514            S1N = [int(i) for i in S1N]
515            S1T = list(S1[60:63])
516            waveType = waveTypes[int(S1T[1])]
517            Spos = []
518            Sadp = []
519            Sfrac = []
520            Smag = []
521            XYZ = [float(S1[27:36]),float(S1[36:45]),float(S1[45:54])]
522            SytSym,Mult = G2spc.SytSym(XYZ,SGData)[:2]
523            aType = Atypes[int(S1[9:11])-1]
524            Name = S1[:8].strip()
525            if S1[11:15].strip() == '1':
526                S2 = file2.readline()
527                Uiso = S2[:9]
528                if version == '2000':
529                    Uiso = R2pisq*float(Uiso)/4.      #Biso -> Uiso
530                Uij = [0,0,0,0,0,0]
531                IA = 'I'
532            elif S1[11:15].strip() == '2':
533                S2 = file2.readline()
534                IA = 'A'
535                Uiso = 0.
536                Uij = [float(S2[:9]),float(S2[9:18]),float(S2[18:27]),
537                    float(S2[27:36]),float(S2[36:45]),float(S2[45:54])] #Uij in Jana2006!
538                if version == '2000':
539                    Uij = R2pisq*G2lat.UijtoU6(G2lat.U6toUij(Uij)/Mast) #these things are betaij in Jana2000! need to convert to Uij
540            for i in range(S1N[0]):
541                if not i:
542                    FS = file2.readline()
543                    Sfrac.append(FS[:9])    #'O' or 'delta' = 'length' for crenel
544                    if int(S1T[0]):  #"", "Legendre" or "Xharm" in 18:27 for "crenel"!
545                        waveType = 'Crenel/Fourier' #all waves 'Fourier' no other choice
546                Sfrac.append(file2.readline()[:18]) #if not crenel = Osin & Ocos
547                # else Osin & Ocos except last one is X40 = 'Center'
548            for i in range(S1N[1]): 
549                Spos.append(file2.readline()[:54])
550            for i in range(S1N[2]):
551                Sadp.append(file2.readline()[:54]+file2.readline())
552            if sum(S1N):    #if any waves: skip mystery line?
553                file2.readline()
554            for i,it in enumerate(Sfrac):
555                print (i,it)
556                if not i:
557                    if 'Crenel' in waveType:
558                        vals = [float(it),float(Sfrac[-1][:9])]
559                    else:
560                        vals = [float(it),]
561                else:
562                    vals = [float(it[:9]),float(it[9:18])]
563                if 'Crenel' in waveType and i == len(Sfrac)-1:
564                    del Sfrac[-1]
565                    break               
566                Sfrac[i] = [vals,False]
567                print (Sfrac[i])
568            for i,it in enumerate(Spos):
569                if waveType in ['Sawtooth',] and not i:
570                    vals = [float(it[:9]),float(it[9:18]),float(it[18:27]),float(it[27:36])]
571                else:
572                    vals = [float(it[:9]),float(it[9:18]),float(it[18:27]),float(it[27:36]),float(it[36:45]),float(it[45:54])]
573                Spos[i] = [vals,False]
574            for i,it in enumerate(Sadp):
575                vals = [float(it[:9]),float(it[9:18]),float(it[18:27]),float(it[27:36]),float(it[36:45]),float(it[45:54]),
576                    float(it[54:63]),float(it[63:72]),float(it[72:81]),float(it[81:90]),float(it[90:99]),float(it[99:108])]
577                #these are betaij modulations in Jana2000! need to convert to Uij modulations
578                if version == '2000':               
579                    vals[:6] = R2pisq*G2lat.UijtoU6(G2lat.U6toUij(vals[:6])/Mast)    #convert sin bij to Uij
580                    vals[6:] = R2pisq*G2lat.UijtoU6(G2lat.U6toUij(vals[6:])/Mast)    #convert cos bij to Uij
581                Sadp[i] = [vals,False]
582            Atom = [Name,aType,'',XYZ[0],XYZ[1],XYZ[2],1.0,SytSym,Mult,IA,Uiso]
583            Atom += Uij
584            Atom.append(ran.randint(0,sys.maxsize))
585            Atom.append([])
586            Atom.append([])
587            Atom.append({'SS1':{'Sfrac':[waveType,]+Sfrac,'Spos':[waveType,]+Spos,'Sadp':['Fourier',]+Sadp,'Smag':['Fourier',]+Smag}})    #SS2 is for (3+2), etc.
588            Atoms.append(Atom)
589        file2.close()
590        self.errors = 'Error after read complete'
591        if not SGData:
592            raise self.ImportException("No space group (spcgroup entry) found")
593        if not cell:
594            raise self.ImportException("No cell found")
595        Phase = G2obj.SetNewPhase(Name=Title,SGData=SGData,cell=cell+[Volume,])
596        Phase['General']['Type'] = Type
597        Phase['General']['Modulated'] = True
598        Phase['General']['Super'] = nqi
599        Phase['General']['SuperVec'] = SuperVec
600        Phase['General']['SuperSg'] = SuperSg
601        if SuperSg:
602            Phase['General']['SSGData'] = G2spc.SSpcGroup(SGData,SuperSg)[1]
603        Phase['General']['AtomPtrs'] = [3,1,7,9]
604        Phase['Atoms'] = Atoms
605        return Phase
606   
607class PDF_ReaderClass(G2obj.ImportPhase):
608    'Routine to import Phase information from ICDD PDF Card files'
609    def __init__(self):
610        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to say ImportPhase.__init__
611            extensionlist=('.str',),
612            strictExtension=True,
613            formatName = 'ICDD .str',
614            longFormatName = 'ICDD PDF Card (.str file) import'
615            )
616       
617    def ContentsValidator(self, filename):
618        'Look for a str tag in 1st line' 
619        fp = open(filename,'r')
620        if fp.read(3) == 'str':
621            fp.close()
622            return True
623        self.errors = 'File does not begin with str tag'
624        fp.close()
625        return False
626
627    def Reader(self,filename, ParentFrame=None, **unused):
628        'Read phase from a ICDD .str file using :meth:`ReadPDFPhase`'
629        fp = open(filename,'r')
630        self.Phase = self.ReadPDFPhase(ParentFrame, fp)
631        fp.close()
632        return True
633
634    def ReadPDFPhase(self, G2frame,fp):
635        '''Read a phase from a ICDD .str file.
636        '''
637        EightPiSq = 8.*math.pi**2
638        self.errors = 'Error opening file'
639        Phase = {}
640        Atoms = []
641        S = fp.readline()
642        line = 1
643        SGData = None
644        cell = []
645        cellkey = []
646        while S:
647            if 'space_group' in S:
648                break
649            S = fp.readline()                   
650        while S:
651            self.errors = 'Error reading at line '+str(line)
652            if 'phase_name' in S:
653                Title = S.split('"')[1]
654            elif 'Space group (HMS)' in S:
655                SpGrp = S.split()[-1]
656                SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpGrp)
657                E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
658                # space group processing failed, try to look up name in table
659                while E:
660                    print (G2spc.SGErrors(E))
661                    dlg = wx.TextEntryDialog(G2frame,
662                        SpGrp[:-1]+' is invalid \nN.B.: make sure spaces separate axial fields in symbol',
663                        'ERROR in space group symbol','',style=wx.OK)
664                    if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
665                        SpGrp = dlg.GetValue()
666                        E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrp)
667                    else:
668                        SGData = G2obj.P1SGData # P 1
669                        self.warnings += '\nThe space group was not interpreted and has been set to "P 1".'
670                        self.warnings += "Change this in phase's General tab."           
671                    dlg.Destroy()
672                G2spc.SGPrint(SGData) #silent check of space group symbol
673            elif 'a a_' in S[:7]:
674                data = S.split()
675                cell.append(float(data[2]))
676                cellkey.append(data[1])
677            elif 'b b_' in S[:7]:
678                data = S.split()
679                cell.append(float(data[2]))
680                cellkey.append(data[1])
681            elif 'b =' in S[:6]:
682                data = S.split('=')
683                indx = cellkey.index(data[1].split(';')[0])
684                cell.append(cell[indx])
685            elif 'c c_' in S[:7]:
686                data = S.split()
687                cell.append(float(data[2]))
688            elif 'c =' in S[:6]:
689                data = S.split('=')
690                indx = cellkey.index(data[1].split(';')[0])
691                cell.append(cell[indx])
692            elif 'al' in S[:5]:
693                cell.append(float(S.split()[1]))
694            elif 'be' in S[:5]:
695                cell.append(float(S.split()[1]))
696            elif 'ga' in S[:5]:
697                cell.append(float(S.split()[1]))
698                Volume = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(cell))
699                break
700            S = fp.readline()
701        S = fp.readline()
702        while S:
703            if '/*' in S[:5]:
704                break
705            if 'site' in S[:7]:
706                atom = []
707                xyzkey = []
708                data = S.split()
709                atom.append(data[1])    #name
710                pos = data.index('occ')+1
711                atom.append(data[pos])  #type
712                atom.append('')         #refine
713                for xid in ['x =','y =','z =']:
714                    if xid in S:
715                        xpos = S.index(xid)+3
716                        xend = xpos+S[xpos:].index(';')
717                        if S[xpos:xend] in xyzkey:
718                            atom.append(atom[3+xyzkey.index(S[xpos:xend])])
719                        else:
720                            atom.append(eval(S[xpos:xend]+'.'))
721                    else:
722                        xpos = data.index(xid[0])+2
723                        xyzkey.append(data[xpos-1][1:])
724                        atom.append(float(data[xpos]))
725                atom.append(float(data[pos+2]))
726                SytSym,Mult = G2spc.SytSym(np.array(atom[3:6]),SGData)[:2]
727                atom.append(SytSym)
728                atom.append(Mult)
729                if 'beq' in S:
730                    atom.append('I')
731                    upos = data.index('beq')
732                    atom.append(float(data[upos+2])/EightPiSq)
733                    atom += [0.,0.,0.,0.,0.,0.,]
734                elif 'ADPs' in S:
735                    upos = data.index('ADPs')
736                    atom.append('A')
737                    atom.append(0.0)
738                    for uid in ['Bani11','Bani22','Bani33','Bani12','Bani13','Bani23']:
739                        upos = data.index(uid)+1
740                        atom.append(float(data[upos])/EightPiSq)
741                else:
742                    atom.append('I')
743                    atom += [0.02,0.,0.,0.,0.,0.,0.,]                   
744                atom.append(ran.randint(0,sys.maxsize))
745                Atoms.append(atom)
746            S = fp.readline()               
747        fp.close()
748        self.errors = 'Error after read complete'
749        if not SGData:
750            raise self.ImportException("No space group (spcgroup entry) found")
751        if not cell:
752            raise self.ImportException("No cell found")
753        Phase = G2obj.SetNewPhase(Name=Title,SGData=SGData,cell=cell+[Volume,])
754        Phase['General']['Type'] = 'nuclear'
755        Phase['General']['AtomPtrs'] = [3,1,7,9]
756        Phase['Atoms'] = Atoms
757        return Phase
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.