source: trunk/fprime.py @ 3976

Last change on this file since 3976 was 3976, checked in by vondreele, 2 years ago

finish cleanup of fprime and absorb

File size: 23.9 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2
3"""main Fprime routines
4   Copyright: 2008, Robert B. Von Dreele (Argonne National Laboratory)
5"""
6from __future__ import division, print_function
7import platform
8import math
9import wx
10import numpy as np
11import sys
12import matplotlib as mpl
13import GSASIIpath
14GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 3765 $")
15import GSASIIElem as G2elem
16import GSASIIElemGUI as G2elemGUI
17
18try:
19    wx.NewIdRef
20    wx.NewId = wx.NewIdRef
21except AttributeError:
22    pass
23
24if '2' in platform.python_version_tuple()[0]:
25    Gkmu = unichr(0x3bc)
26    Gktheta = unichr(0x3b8)
27    Gklambda = unichr(0x3bb)
28    GkDelta = unichr(0x0394)
29    Pwr10 = unichr(0x0b9)+unichr(0x2070)
30    Pwr20 = unichr(0x0b2)+unichr(0x2070)
31    Pwrm1 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b9)
32    Pwrm2 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b2)
33    Pwrm6 = unichr(0x207b)+unichr(0x2076)
34    Pwrm4 = unichr(0x207b)+unichr(0x2074)
35    Angstr = unichr(0x00c5)
36else:
37    Gkmu = chr(0x3bc)
38    Gktheta = chr(0x3b8)
39    Gklambda = chr(0x3bb)
40    GkDelta = chr(0x0394)
41    Pwr10 = chr(0x0b9)+chr(0x2070)
42    Pwr20 = chr(0x0b2)+chr(0x2070)
43    Pwrm1 = chr(0x207b)+chr(0x0b9)
44    Pwrm2 = chr(0x207b)+chr(0x0b2)
45    Pwrm6 = chr(0x207b)+chr(0x2076)
46    Pwrm4 = chr(0x207b)+chr(0x2074)
47    Angstr = chr(0x00c5)   
48
49[wxID_FPRIMECHOICE1, wxID_FPRIMECHOICE2, wxID_SPINTEXT1, wxID_SPINTEXT2,
50 wxID_FPRIMERESULTS,wxID_FPRIMESLIDER1, wxID_SPINBUTTON,
51] = [wx.NewId() for _init_ctrls in range(7)]
52
53[wxID_FPRIMEEXIT, wxID_FPRIMEDELETE, wxID_FPRIMENEW, 
54] = [wx.NewId() for _init_coll_FPRIME_Items in range(3)]
55
56[wxID_FPRIMEKALPHAAGKA, wxID_FPRIMEKALPHACOKA, wxID_FPRIMEKALPHACRKA, 
57 wxID_FPRIMEKALPHACUKA, wxID_FPRIMEKALPHAFEKA, wxID_FPRIMEKALPHAMNKA, 
58 wxID_FPRIMEKALPHAMOKA, wxID_FPRIMEKALPHANIKA, wxID_FPRIMEKALPHAZNKA, 
59] = [wx.NewId() for _init_coll_KALPHA_Items in range(9)]
60
61[wxID_FPRIMEABOUT] = [wx.NewId() for _init_coll_ABOUT_Items in range(1)]
62
63class Fprime(wx.Frame):
64    ''' '''
65    Elems = []
66    Wave = 1.5405      #CuKa default
67    Kev = 12.397639    #keV for 1A x-rays
68    for arg in sys.argv:
69        if '-w' in arg:
70            Wave = float(arg.split('-w')[1])
71        elif '-e' in arg:
72            E = float(arg.split('-e')[1])
73            Wave = Kev/E
74        elif '-h' in arg:
75            print( '''
76fprime.py can take the following arguments:
77-h   -  this help listing
78-wv  -  set default wavelength to v, e.g. -w1.54 sets wavelength to 1.54A
79-ev  -  set default energy to v, e.g. -e27 sets energy to 27keV
80without arguments fprime uses CuKa as default (Wave=1.54052A, E=8.0478keV)
81''')
82            sys.exit()
83    Wmin = 0.05        #wavelength range
84    Wmax = 3.0
85    Wres = 0.004094    #plot resolution step size as const delta-lam/lam - gives 1000 steps for Wmin to Wmself.ax
86    Eres = 1.5e-4      #typical energy resolution for synchrotron x-ray sources
87    ffpfignum = 1
88    fppfignum = 2
89    Energy = Kev/Wave
90    ifWave = True
91    FFxaxis = 'S'      #default form factor plot is vs sin(theta)/lambda
92    def _init_coll_ABOUT_Items(self, parent):
93
94        parent.Append(wxID_FPRIMEABOUT, 'About')
95        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnABOUTItems0Menu, id=wxID_FPRIMEABOUT)
96
97    def _init_coll_menuBar1_Menus(self, parent):
98
99        parent.Append(menu=self.FPRIME, title='Fprime')
100        parent.Append(menu=self.KALPHA, title='Kalpha')
101        parent.Append(menu=self.ABOUT, title='About')
102
103    def _init_coll_KALPHA_Items(self, parent):
104        "Set of characteristic radiation from sealed tube sources"
105
106        parent.Append(wxID_FPRIMEKALPHACRKA,'CrKa')
107        parent.Append(wxID_FPRIMEKALPHAMNKA,'MnKa')
108        parent.Append(wxID_FPRIMEKALPHAFEKA,'FeKa')
109        parent.Append(wxID_FPRIMEKALPHACOKA,'CoKa')
110        parent.Append(wxID_FPRIMEKALPHANIKA,'NiKa')
111        parent.Append(wxID_FPRIMEKALPHACUKA,'CuKa')
112        parent.Append(wxID_FPRIMEKALPHAZNKA,'ZnKa')
113        parent.Append(wxID_FPRIMEKALPHAMOKA,'MoKa')
114        parent.Append(wxID_FPRIMEKALPHAAGKA,'AgKa')
115        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnKALPHACrkaMenu, id=wxID_FPRIMEKALPHACRKA)
116        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnKALPHAMnkaMenu, id=wxID_FPRIMEKALPHAMNKA)
117        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnKALPHAFekaMenu, id=wxID_FPRIMEKALPHAFEKA)
118        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnKALPHACokaMenu, id=wxID_FPRIMEKALPHACOKA)
119        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnKALPHANikaMenu, id=wxID_FPRIMEKALPHANIKA)
120        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnKALPHACukaMenu, id=wxID_FPRIMEKALPHACUKA)
121        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnKALPHAZnkaMenu, id=wxID_FPRIMEKALPHAZNKA)
122        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnKALPHAMokaMenu, id=wxID_FPRIMEKALPHAMOKA)
123        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnKALPHAAgkaMenu, id=wxID_FPRIMEKALPHAAGKA)
124
125    def _init_coll_FPRIME_Items(self, parent):
126        parent.Append(wxID_FPRIMENEW,'&New Element','Add new element')
127        self.Delete = parent.Append(wxID_FPRIMEDELETE,'&Delete Element','Delete an element')
128        self.Delete.Enable(False)
129        parent.Append(wxID_FPRIMEEXIT,'&Exit','Exit Fprime')
130        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFPRIMEExitMenu, id=wxID_FPRIMEEXIT)
131        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFPRIMENewMenu, id=wxID_FPRIMENEW)
132        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFPRIMEDeleteMenu, id=wxID_FPRIMEDELETE)
133
134    def _init_utils(self):
135        self.FPRIME = wx.Menu(title='')
136
137        self.KALPHA = wx.Menu(title='')
138        self.KALPHA.SetEvtHandlerEnabled(True)
139
140        self.ABOUT = wx.Menu(title='')
141
142        self.menuBar1 = wx.MenuBar()
143
144        self._init_coll_FPRIME_Items(self.FPRIME)
145        self._init_coll_KALPHA_Items(self.KALPHA)
146        self._init_coll_ABOUT_Items(self.ABOUT)
147        self._init_coll_menuBar1_Menus(self.menuBar1)
148
149    def _init_ctrls(self, parent):
150
151        wx.Frame.__init__(self, parent=parent,
152              size=wx.Size(500, 300),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX, title='Fprime')             
153        self._init_utils()
154        self.SetMenuBar(self.menuBar1)
155        panel = wx.Panel(self)
156
157        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
158        self.Results = wx.TextCtrl( parent=panel,style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_DONTWRAP )
159        self.Results.SetEditable(False)
160        mainSizer.Add(self.Results,1,wx.ALIGN_CENTER_HORIZONTAL|wx.EXPAND)
161        mainSizer.Add((10,15),0)
162
163        selSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
164        selSizer.Add((5,10),0)
165        selSizer.Add(wx.StaticText(parent=panel, label='Wavelength:'),0,
166            wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
167        selSizer.Add((5,10),0)
168        self.SpinText1 = wx.TextCtrl(id=wxID_SPINTEXT1, parent=panel, 
169              size=wx.Size(100,20), value = "%6.4f" % (self.Wave),style=wx.TE_PROCESS_ENTER )
170        selSizer.Add(self.SpinText1,0)
171        selSizer.Add((5,10),0)
172        self.SpinText1.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER, self.OnSpinText1, id=wxID_SPINTEXT1)
173       
174        selSizer.Add(wx.StaticText(parent=panel, label='Energy:'),0,
175            wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
176        selSizer.Add((5,10),0)
177        self.SpinText2 = wx.TextCtrl(id=wxID_SPINTEXT2, parent=panel, 
178              size=wx.Size(100,20), value = "%7.4f" % (self.Energy),style=wx.TE_PROCESS_ENTER) 
179        selSizer.Add(self.SpinText2,0)
180        self.SpinText2.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER, self.OnSpinText2, id=wxID_SPINTEXT2)
181        mainSizer.Add(selSizer,0)
182        mainSizer.Add((10,10),0)
183       
184        slideSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
185        self.SpinButton = wx.SpinButton(id=wxID_SPINBUTTON, parent=panel, 
186              size=wx.Size(25,24), style=wx.SP_VERTICAL | wx.SP_ARROW_KEYS)
187        slideSizer.Add(self.SpinButton,0,wx.ALIGN_RIGHT)
188        self.SpinButton.SetRange(-1,1)
189        self.SpinButton.SetValue(0)
190        self.SpinButton.Bind(wx.EVT_SPIN, self.OnSpinButton, id=wxID_SPINBUTTON)
191
192        self.slider1 = wx.Slider(id=wxID_FPRIMESLIDER1, maxValue=int(1000.*self.Wmax),
193            minValue=int(1000.*self.Wmin), parent=panel,style=wx.SL_HORIZONTAL,
194            value=int(self.Wave*1000.), )
195        slideSizer.Add(self.slider1,1,wx.EXPAND|wx.ALIGN_RIGHT)
196        self.slider1.Bind(wx.EVT_SLIDER, self.OnSlider1, id=wxID_FPRIMESLIDER1)
197        mainSizer.Add(slideSizer,0,wx.EXPAND)
198        mainSizer.Add((10,10),0)
199       
200        choiceSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
201        choiceSizer.Add((5,10),0)
202        choiceSizer.Add(wx.StaticText(parent=panel, label='Plot scales:'),
203            0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
204        choiceSizer.Add((5,10),0)
205
206        self.choice1 = wx.ComboBox(id=wxID_FPRIMECHOICE1, parent=panel, value='Wavelength',
207             choices=['Wavelength','Energy'],style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
208        choiceSizer.Add(self.choice1,0)
209        choiceSizer.Add((10,10),0)
210        self.choice1.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, self.OnChoice1, id=wxID_FPRIMECHOICE1)
211
212        def OnChoice2(event):
213            if event.GetString() == ' sin('+Gktheta+')/'+Gklambda:
214                self.FFxself.axis = 'S'
215            elif event.GetString() == ' Q':
216                self.FFxself.axis = 'Q'
217            else:
218                self.FFxself.axis = 'T'
219            self.UpDateFPlot(self.Wave,rePlot=False)
220           
221        self.choice2 = wx.ComboBox(id=wxID_FPRIMECHOICE2, value=' sin('+Gktheta+')/'+Gklambda,
222            choices=[' sin('+Gktheta+')/'+Gklambda,' 2'+Gktheta,' Q'],
223            parent=panel, style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
224        choiceSizer.Add(self.choice2,0)
225        self.choice2.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnChoice2, id=wxID_FPRIMECHOICE2)
226        mainSizer.Add(choiceSizer,0)
227        mainSizer.Add((10,10),0)
228        panel.SetSizer(mainSizer)
229
230    def __init__(self, parent):
231        self._init_ctrls(parent)
232        self.parent = parent
233        self.Lines = []
234        self.linePicked = None
235       
236    def OnFPRIMEExitMenu(self, event):
237        self.parent.G2plotNB.Delete('Fprime')
238        self.Close()
239        self.Destroy()
240
241    def OnFPRIMENewMenu(self, event):
242        ElList = []
243        for Elem in self.Elems: ElList.append(Elem[0])
244        PE = G2elemGUI.PickElements(self,ElList)
245        if PE.ShowModal() == wx.ID_OK:
246            Elems = PE.Elem
247        PE.Destroy()
248        if Elems:
249            for El in Elems:
250                ElemSym = El.strip().upper()
251                if ElemSym not in ElList:
252                    FormFactors = G2elem.GetFormFactorCoeff(ElemSym)
253                    for FormFac in FormFactors:
254                        FormSym = FormFac['Symbol'].strip()
255                        if FormSym == ElemSym:
256                            Z = FormFac['Z']                #At. No.
257                            Orbs = G2elem.GetXsectionCoeff(ElemSym)
258                            Elem = (ElemSym,Z,FormFac,Orbs)
259                    Fprime.Elems.append(Elem)
260            self.Delete.Enable(True)
261            self.CalcFPPS()
262            self.SetWaveEnergy(self.Wave)
263           
264    def OnFPRIMEDeleteMenu(self, event):
265        if len(self.Elems):
266            ElList = []
267            for Elem in self.Elems: ElList.append(Elem[0])
268            S = []
269            DE = G2elemGUI.DeleteElement(self,ElList)
270            if DE.ShowModal() == wx.ID_OK:
271                El = DE.GetDeleteElement().strip().upper()
272                for Elem in self.Elems:
273                    if Elem[0] != El:
274                        S.append(Elem)
275                self.Elems = S
276                self.CalcFPPS()
277                if not self.Elems:
278                    self.Delete.Enable(False)
279                self.SetWaveEnergy(self.Wave)
280       
281    def OnKALPHACrkaMenu(self, event):
282        self.SetWaveEnergy(2.28962)
283
284    def OnKALPHAMnkaMenu(self, event):
285        self.SetWaveEnergy(2.10174)
286
287    def OnKALPHAFekaMenu(self, event):
288        self.SetWaveEnergy(1.93597)
289
290    def OnKALPHACokaMenu(self, event):
291        self.SetWaveEnergy(1.78896)
292
293    def OnKALPHANikaMenu(self, event):
294        self.SetWaveEnergy(1.65784)
295
296    def OnKALPHACukaMenu(self, event):
297        self.SetWaveEnergy(1.54052)
298
299    def OnKALPHAZnkaMenu(self, event):
300        self.SetWaveEnergy(1.43510)
301
302    def OnKALPHAMokaMenu(self, event):
303        self.SetWaveEnergy(0.70926)
304
305    def OnKALPHAAgkaMenu(self, event):
306        self.SetWaveEnergy(0.55936)
307       
308    def OnSpinText1(self, event):
309        self.SetWaveEnergy(float(self.SpinText1.GetValue()))
310       
311    def OnSpinText2(self, event):
312        self.SetWaveEnergy(self.Kev/(float(self.SpinText2.GetValue())))
313       
314    def OnSpinButton(self, event):
315        move = self.SpinButton.GetValue()/10000.
316        self.Wave = min(max(self.Wave+move,self.Wmin),self.Wmax)
317        self.SpinButton.SetValue(0)
318        self.SetWaveEnergy(self.Wave)
319
320    def OnSlider1(self, event):
321        if self.ifWave:
322            Wave = float(self.slider1.GetValue())/1000.
323        else:
324            Wave = self.Kev/(float(self.slider1.GetValue())/1000.)
325        self.SetWaveEnergy(Wave)
326       
327    def OnKeyPress(self,event):
328        if event.key == 'g':
329            mpl.rcParams['axes.grid'] = not mpl.rcParams['axes.grid']
330            self.SetWaveEnergy(self.Wave)           
331
332    def UpDateFPlot(self,Wave,rePlot=True):
333        """Plot f' & f" vs wavelength 0.05-3.0A"""
334        "generate a set of form factor curves & plot them vs sin-theta/lambda or q or 2-theta"
335        self.axylim = []
336        self.bxylim = []
337        try:
338            if rePlot:
339                self.axylim = self.ax.get_xlim(),self.ax.get_ylim()
340                self.bxylim = self.bx.get_xlim(),self.bx.get_ylim()
341            newPlot = False
342        except:
343            new,plotNum,self.Page,self.fplot,lim = self.parent.G2plotNB.FindPlotTab('Fprime','mpl')
344            self.Page.canvas.mpl_connect('pick_event', self.OnPick)
345            self.Page.canvas.mpl_connect('button_release_event', self.OnRelease)
346            self.Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', self.OnMotion)
347            self.Page.canvas.mpl_connect('key_press_event', self.OnKeyPress)
348            newPlot = True
349            self.ax,self.bx = self.Page.figure.subplots(1,2)
350        self.Page.Choice = (' key press','g: toggle grid',)
351        self.Page.keyPress = self.OnKeyPress
352        self.fplot.set_visible(False)
353        self.ax.cla()
354        self.bx.cla()
355        self.ax.set_title('Resonant Scattering Factors',x=0,ha='left')
356        self.ax.set_ylabel("f ',"+' f ", e-',fontsize=14)
357        Ymin = 0.0
358        Ymax = 0.0
359        colors=['r','b','g','c','m','k']
360        if self.FPPS: 
361            for i,Fpps in enumerate(self.FPPS):
362                Color = colors[i%6]
363                Ymin = min(Ymin,min(Fpps[2]),min(Fpps[3]))
364                Ymax = max(Ymax,max(Fpps[2]),max(Fpps[3]))
365                fppsP1 = np.array(Fpps[1])
366                fppsP2 = np.array(Fpps[2])
367                fppsP3 = np.array(Fpps[3])
368                self.ax.plot(fppsP1,fppsP2,Color,label=Fpps[0]+" f '")
369                self.ax.plot(fppsP1,fppsP3,Color,label=Fpps[0]+' f "')
370        if self.ifWave: 
371            self.ax.set_xlabel(r'$\mathsf{\lambda, \AA}$',fontsize=14)
372            self.ax.axvline(x=Wave,picker=3,color='black')
373        else:
374            self.ax.set_xlabel(r'$\mathsf{E, keV}$',fontsize=14)
375            self.ax.set_xscale('log')
376            self.ax.axvline(x=self.Kev/Wave,picker=3,color='black')
377        self.ax.set_ylim(Ymin,Ymax)
378        if self.FPPS:
379            self.ax.legend(loc='best')
380        self.Page.figure.subplots_adjust(hspace=0.25)
381        if self.ifWave:
382            self.bx.set_title('%s%s%6.4f%s'%('Form factors (',r'$\lambda=$',self.Wave,r'$\AA)$'),x=0,ha='left')
383        else:
384            self.bx.set_title('%s%6.2f%s'%('Form factors  (E =',self.Energy,'keV)'),x=0,ha='left')
385        if self.FFxaxis == 'S':
386            self.bx.set_xlabel(r'$\mathsf{sin(\theta)/\lambda}$',fontsize=14)
387        elif self.FFxaxis == 'T':
388            self.bx.set_xlabel(r'$\mathsf{2\theta}$',fontsize=14)
389        else:
390            self.bx.set_xlabel(r'$Q, \AA$',fontsize=14)
391        self.bx.set_ylabel("f+f ', e-",fontsize=14)
392        E = self.Energy
393        DE = E*self.Eres                         #smear by defined source resolution
394        StlMax = min(2.0,math.sin(80.0*math.pi/180.)/Wave)
395        Stl = np.arange(0.,StlMax,.01)
396        Ymax = 0.0
397        for i,Elem in enumerate(self.Elems):
398            Els = Elem[0]
399            Els = Els = Els.ljust(2).lower().capitalize()
400            Ymax = max(Ymax,Elem[1])
401            res1 = G2elem.FPcalc(Elem[3],E+DE)
402            res2 = G2elem.FPcalc(Elem[3],E-DE)
403            res = (res1[0]+res2[0])/2.0
404            if Elem[1] > 78 and self.Energy > self.Kev/0.16: res = 0.0
405            if Elem[1] > 94 and self.Energy < self.Kev/2.67: res = 0.0
406            Els = Elem[0]
407            Els = Els.ljust(2).lower().capitalize()
408            X = []
409            ff = []
410            ffo = []
411            for S in Stl: 
412                ff.append(G2elem.ScatFac(Elem[2],S)+res)
413                ffo.append(G2elem.ScatFac(Elem[2],S))
414                if self.FFxaxis == 'S':
415                    X.append(S)
416                elif self.FFxaxis == 'T':
417                    X.append(360.0*math.asin(S*self.Wave)/math.pi)
418                else:
419                    X.append(4.0*S*math.pi)
420            Color = colors[i%6]
421            Xp = np.array(X)
422            ffop = np.array(ffo)
423            ffp = np.array(ff)
424            self.bx.plot(Xp,ffop,Color+'--',label=Els+" f")
425            self.bx.plot(Xp,ffp,Color,label=Els+" f+f'")
426        if self.Elems:
427            self.bx.legend(loc='best')
428        self.bx.set_ylim(0.0,Ymax+1.0)
429       
430        if newPlot:
431            newPlot = False
432            self.Page.canvas.draw()
433        else:
434            if rePlot:
435                tb = self.Page.canvas.toolbar
436                tb.push_current()
437                self.ax.set_xlim(self.axylim[0])
438                self.ax.set_ylim(self.axylim[1])
439                self.axylim = []
440                tb.push_current()
441                self.bx.set_xlim(self.bxylim[0])
442                self.bx.set_ylim(self.bxylim[1])
443                self.bxylim = []
444                tb.push_current()
445            self.Page.canvas.draw()
446       
447    def OnPick(self, event):
448        self.linePicked = event.artist
449       
450    def OnMotion(self,event):
451        if self.linePicked:
452            xpos = event.xdata
453            if xpos:
454                if self.ifWave:
455                    Wave = xpos
456                else:
457                    Wave = self.Kev/xpos               
458                self.SetWaveEnergy(Wave)
459               
460    def OnRelease(self, event):
461        if self.linePicked is None: return
462        self.linePicked = None
463        xpos = event.xdata
464        if xpos:
465            if self.ifWave:
466                Wave = xpos
467            else:
468                Wave = self.Kev/xpos               
469            self.SetWaveEnergy(Wave)
470
471    def SetWaveEnergy(self,Wave):
472        self.Wave = Wave
473        self.Energy = self.Kev/self.Wave
474        self.Energy = round(self.Energy,4)
475        E = self.Energy
476        DE = E*self.Eres                         #smear by defined source resolution
477        self.SpinText1.SetValue("%6.4f" % (self.Wave))
478        self.SpinText2.SetValue("%7.4f" % (self.Energy))
479        self.SpinText1.Update()
480        self.SpinText2.Update()
481        if self.ifWave:
482            self.slider1.SetValue(int(1000.*self.Wave))
483        else:
484            self.slider1.SetValue(int(1000.*self.Energy))
485        Text = ''
486        for Elem in self.Elems:
487            r1 = G2elem.FPcalc(Elem[3],E+DE)
488            r2 = G2elem.FPcalc(Elem[3],E-DE)
489            Els = Elem[0]
490            Els = Els.ljust(2).lower().capitalize()
491            if Elem[1] > 78 and self.Energy+DE > self.Kev/0.16:
492                Text += "%s\t%s%6s\t%s%6.3f  \t%s%10.2f %s\n" %    (
493                    'Element= '+str(Els)," f'=",'not valid',
494                    ' f"=',(r1[1]+r2[1])/2.0,' '+Gkmu+'=',(r1[2]+r2[2])/2.0,'barns/atom')
495            elif Elem[1] > 94 and self.Energy-DE < self.Kev/2.67:
496                Text += "%s\t%s%6s\t%s%6s\t%s%10s%s\n" %    (
497                    'Element= '+str(Els)," f'=",'not valid',
498                    ' f"=','not valid',' '+Gkmu+'=','not valid')
499            else:
500                Text += "%s\t%s%6.3f   \t%s%6.3f  \t%s%10.2f %s\n" %    (
501                    'Element= '+str(Els)," f'=",(r1[0]+r2[0])/2.0,
502                    ' f"=',(r1[1]+r2[1])/2.0,' '+Gkmu+'=',(r1[2]+r2[2])/2.0,'barns/atom')
503        self.Results.SetValue(Text)
504        self.Results.Update()
505        self.UpDateFPlot(Wave)
506
507    def CalcFPPS(self):
508        """generate set of f' & f" curves for selected elements
509           does constant delta-lambda/lambda steps over defined range
510        """
511        FPPS = []
512        if self.Elems:
513            wx.BeginBusyCursor()
514            try:
515                for Elem in self.Elems:
516                    Els = Elem[0]
517                    Els = Els = Els.ljust(2).lower().capitalize()
518                    Wmin = self.Wmin
519                    Wmax = self.Wmax
520                    Z = Elem[1]
521                    if Z > 78: Wmin = 0.16        #heavy element high energy failure of Cromer-Liberman
522                    if Z > 94: Wmax = 2.67        #heavy element low energy failure of Cromer-Liberman
523                    lWmin = math.log(Wmin)
524                    N = int(round(math.log(Wmax/Wmin)/self.Wres))    #number of constant delta-lam/lam steps
525                    I = range(N+1)
526                    Ws = []
527                    for i in I: Ws.append(math.exp(i*self.Wres+lWmin))
528                    fps = []
529                    fpps = []
530                    Es = []
531                    for W in Ws:
532                        E = self.Kev/W
533                        DE = E*self.Eres                         #smear by defined source resolution
534                        res1 = G2elem.FPcalc(Elem[3],E+DE)
535                        res2 = G2elem.FPcalc(Elem[3],E-DE)
536                        fps.append((res1[0]+res2[0])/2.0)
537                        fpps.append((res1[1]+res2[1])/2.0)
538                        Es.append(E)
539                    if self.ifWave:
540                        Fpps = (Els,Ws,fps,fpps)
541                    else:
542                        Fpps = (Els,Es,fps,fpps)
543                    FPPS.append(Fpps)
544            finally:
545                wx.EndBusyCursor()
546        self.FPPS = FPPS
547
548    def OnChoice1(self, event):
549        if event.GetString() == "Wavelength":
550            self.ifWave = True
551            self.NewFPPlot = True
552            self.Wave = round(self.Wave,4)
553            self.slider1.SetRange(int(1000.*self.Wmin),int(1000.*self.Wmself.ax))
554            self.slider1.SetValue(int(1000.*self.Wave))
555            self.SpinText1.SetValue("%6.4f" % (self.Wave))
556            self.SpinText2.SetValue("%7.4f" % (self.Energy))
557        else:
558            self.ifWave = False
559            self.NewFPPlot = True
560            Emin = self.Kev/self.Wmself.ax
561            Emax = self.Kev/self.Wmin
562            self.Energy = round(self.Energy,4)
563            self.slider1.SetRange(int(1000.*Emin),int(1000.*Emax))
564            self.slider1.SetValue(int(1000.*self.Energy))
565            self.SpinText1.SetValue("%6.4f" % (self.Wave))
566            self.SpinText2.SetValue("%7.4f" % (self.Energy))
567        self.CalcFPPS()
568        self.UpDateFPlot(self.Wave,rePlot=False)
569
570    def OnABOUTItems0Menu(self, event):
571        ''' '''
572        try:
573            import wx.adv as wxadv  # AboutBox moved here in Phoenix
574        except:
575            wxadv = wx
576        info = wxadv.AboutDialogInfo()
577        info.Name = 'pyFprime'
578        info.Copyright = '''
579Robert B. Von Dreele, 2008(C)
580Argonne National Laboratory
581This product includes software developed
582by the UChicago Argonne, LLC, as
583Operator of Argonne National Laboratory.        '''
584        info.Description = '''
585For calculating real and resonant X-ray scattering factors to 250keV;       
586based on Fortran program of Cromer & Liberman corrected for
587Kissel & Pratt energy term; Jensen term not included
588        '''
589        wxadv.AboutBox(info)
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.