source: trunk/exports/G2export_PDB.py @ 3024

Last change on this file since 3024 was 3000, checked in by toby, 4 years ago

make the two frame version the trunk as we hit version 3000

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 12.5 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2017-08-11 22:34:54 +0000 (Fri, 11 Aug 2017) $
5# $Author: toby $
6# $Revision: 3000 $
7# $URL: trunk/exports/G2export_PDB.py $
8# $Id: G2export_PDB.py 3000 2017-08-11 22:34:54Z toby $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*Module G2export_PDB: Macromolecular export*
12--------------------------------------------
13Code to export a phase into the venerated/obsolete (pick one)
14ASCII PDB format. Also defines exporter :class:`ExportPhaseCartXYZ`
15which writes atom positions in orthogonal coordinates for a phase.
16
17'''
18import numpy as np
19import os.path
20import GSASIIpath
21GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 3000 $")
22import GSASIIIO as G2IO
23import GSASIIstrIO as G2stIO
24#import GSASIImath as G2mth
25import GSASIIlattice as G2lat
26import GSASIIspc as G2spc
27#import GSASIIphsGUI as G2pg
28#import GSASIIstrMain as G2stMn
29
30class ExportPhasePDB(G2IO.ExportBaseclass):
31    '''Used to create a PDB file for a phase
32
33    :param wx.Frame G2frame: reference to main GSAS-II frame
34    '''
35    def __init__(self,G2frame):
36        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to say <parentclass>.__init__
37            G2frame=G2frame,
38            formatName = 'PDB',
39            extension='.PDB',
40            longFormatName = 'Export phase as .PDB file'
41            )
42        self.exporttype = ['phase']
43        self.multiple = True
44
45    def Exporter(self,event=None):
46        '''Export as a PDB file
47        '''
48       
49        def PDBheader():
50            self.Write("HEADER phase "+str(phasenam)+" from "+str(self.G2frame.GSASprojectfile))
51            self.Write("TITLE")
52            self.Write("COMPND")
53            self.Write("SOURCE")
54            self.Write("KEYWDS")
55            self.Write("EXPDTA    X-RAY POWDER DIFFRACTION")
56            self.Write("REVDAT")
57            self.Write("JRNL")
58            self.Write("REMARK   1")
59            self.Write("REMARK   2")                                                                     
60            self.Write("REMARK   2 RESOLUTION. 2.66 ANGSTROMS.")                                         
61            self.Write("REMARK   2 POWDER DIFFRACTION MINIMUM D-SPACING.")
62           
63        def PDBremark250():                               
64            self.Write('REMARK 250')                                                                     
65            self.Write('REMARK 250 REFINEMENT.')                                                         
66            self.Write('REMARK 250   PROGRAM     : GSAS-II')                                                 
67            self.Write('REMARK 250   AUTHORS     : TOBY & VON DREELE')
68            self.Write('REMARK 250   REFRENCE    : J. APPL. CRYST. 46, 544-549(2013)')                             
69            self.Write('REMARK 250')
70            self.Write('REMARK 250  DATA USED IN REFINEMENT')                                             
71            self.Write('REMARK 250   RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) :  x.xx')                         
72            self.Write('REMARK 250   RESOLUTION RANGE LOW  (ANGSTROMS) : xx.xx')                         
73            self.Write('REMARK 250   POWDER DIFFRACTION DATA.')                                           
74            self.Write('REMARK 250')
75            self.Write('REMARK 250  FIT TO DATA USED IN REFINEMENT')                                     
76            self.Write('REMARK 250   NUMBER OF POWDER PATTERNS         :     x')                         
77            self.Write('REMARK 250   PROFILE R VALUES              (%) :  x.xx')                         
78            self.Write('REMARK 250   WEIGHTED PROFILE R VALUES     (%) :  x.xx')                         
79            self.Write('REMARK 250   F**2 R VALUES                 (%) : xx.xx')                         
80            self.Write('REMARK 250   NUMBERS OF POWDER PATTERN POINTS  :  xxxx')                         
81            self.Write('REMARK 250   NUMBERS OF REFLECTIONS            :  xxxx')                         
82            self.Write('REMARK 250   TOTAL NUMBER OF POWDER POINTS     :  xxxx')                         
83            self.Write('REMARK 250')
84            self.Write('REMARK 250  NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT.')                   
85            self.Write('REMARK 250   PROTEIN ATOMS       :      xxxx')                                             
86            self.Write('REMARK 250   NUCLEIC ACID ATOMS  :      xxxx')                                             
87            self.Write('REMARK 250   HETEROGEN ATOMS     :      xxxx')                                             
88            self.Write('REMARK 250   SOLVENT ATOMS       :      xxxx')                                             
89            self.Write('REMARK 250')
90            self.Write('REMARK 250  MODEL REFINEMENT.')                                                   
91            self.Write('REMARK 250   NUMBER OF LEAST-SQUARES PARAMETERS :  xxxx')                         
92            self.Write('REMARK 250   NUMBER OF RESTRAINTS               :  xxxx')                         
93            self.Write('REMARK 250')
94            self.Write('REMARK 250  RMS DEVIATIONS FROM RESTRAINT TARGET VALUES. NUMBER.')               
95            self.Write('REMARK 250   BOND ANGLES                      (DEG) : x.xx   xxx')               
96#            self.Write('REMARK 250   ANTI-BUMPING DISTANCE RESTRAINTS   (A) :x.xxx   xxx')               
97#            self.Write('REMARK 250   HYDROGEN BOND DISTANCE RESTRAINTS  (A) :x.xxx   xxx')               
98            self.Write('REMARK 250   INTERATOMIC DISTANCES              (A) :x.xxx   xxx')               
99            self.Write('REMARK 250   DISTANCES FROM RESTRAINT PLANES    (A) :x.xxx   xxx')               
100            self.Write('REMARK 250   TORSION PSEUDOPOTENTIAL RESTRAINTS (E) : x.xx   xxx')               
101            self.Write('REMARK 250   TORSION ANGLE RESTRAINTS           (E) : x.xx   xxx')               
102            self.Write('REMARK 250')
103            self.Write('REMARK 200')                                                                     
104            self.Write('DBREF')
105           
106        def PDBseqres(seqList):
107            chains = seqList.keys()
108            chains.sort()
109            nSeq = 0
110            for chain in chains:
111                nres = len(seqList[chain])
112                nrec = (nres-1)/13+1
113                iB = 0
114                for irec in range(nrec):
115                    iF = min(iB+13,nres)
116                    text = 'SEQRES {:3d}{:2s}{:5d}  '+(iF-iB)*'{:4s}'
117                    self.Write(text.format(irec+1,chain,nres,*seqList[chain][iB:iF]))
118                    nSeq += 1
119                    iB += 13
120            return nSeq
121           
122        # the export process starts here
123        self.InitExport(event)
124        # load all of the tree into a set of dicts
125        self.loadTree()
126        # create a dict with refined values and their uncertainties
127        self.loadParmDict()
128        if self.ExportSelect():    # set export parameters; ask for file name
129            return
130        filename = self.filename
131        for phasenam in self.phasenam:
132            phasedict = self.Phases[phasenam] # pointer to current phase info
133            General = phasedict['General']
134            if General['Type'] != 'macromolecular':
135                print 'phase '+phasenam+' not macromolecular, skipping'
136                continue
137            i = self.Phases[phasenam]['pId']
138            if len(self.phasenam) > 1: # if more than one filename is included, add a phase #
139                self.filename = os.path.splitext(filename)[1] + "_" + str(i) + self.extension
140            fp = self.OpenFile()
141            Atoms = phasedict['Atoms']
142            cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
143            seqList = {}
144            AA3letter = ['ALA','ARG','ASN','ASP','CYS','GLN','GLU','GLY','HIS','ILE',
145                'LEU','LYS','MET','PHE','PRO','SER','THR','TRP','TYR','VAL','MSE']
146            seq = 0
147            for atom in Atoms:
148                if atom[ct-3] in AA3letter and int(atom[ct-4]) != seq:
149                    if atom[ct-2] not in seqList:
150                        seqList[atom[ct-2]] = []
151                    seqList[atom[ct-2]].append(atom[ct-3])
152                    seq = int(atom[ct-4])
153            PDBheader()
154            PDBremark250()
155            nSeq = PDBseqres(seqList)
156           
157            # get cell parameters
158            Cell = General['Cell'][1:7]
159            line = "CRYST1 {:8.3f} {:8.3f} {:8.3f} {:6.2f} {:6.2f} {:6.2f} ".format(*Cell)
160            line += General['SGData']['SpGrp'].ljust(13)
161            line += '%2d'%(len(General['SGData']['SGOps'])*len(General['SGData']['SGCen']))
162            self.Write(line)
163            self.Write('ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000')
164            self.Write('ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000')
165            self.Write('ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000')
166            A,B = G2lat.cell2AB(Cell)
167            self.Write('SCALE1     {:9.6f} {:9.6f} {:9.6f}        0.00000'.format(*B[0]))
168            self.Write('SCALE2     {:9.6f} {:9.6f} {:9.6f}        0.00000'.format(*B[1]))
169            self.Write('SCALE3     {:9.6f} {:9.6f} {:9.6f}        0.00000'.format(*B[2]))
170            iatom = 1
171            nHet = 0
172            nTer = 0
173            fmt = '{:6s}{:5d}  {:4s}{:3s} {:1s}{:4s}    '+3*'{:8.3f}'+2*'{:6.2f}'+'{:s}'
174            for atom in Atoms:
175                if atom[cia] == 'I':    #need to deal with aniso thermals for proteins = "ANISOU" records
176                    Biso = atom[cia+1]*8.*np.pi**2
177                xyz = np.inner(A,np.array(atom[cx:cx+3]))
178                if atom[ct-3] in AA3letter:
179                    self.Write(fmt.format('ATOM  ',iatom,atom[ct-1],atom[ct-3].strip(),    \
180                        atom[ct-2].strip(),atom[ct-4].rjust(4),xyz[0],xyz[1],xyz[2],atom[cx+3], \
181                        Biso,atom[ct].rjust(12)))
182                    if atom[ct-1] == 'OXT':
183                        iatom += 1
184                        self.Write('{:6s}{:5d}  {:4s}{:3s}'.format('TER   ',iatom,atom[ct-1],atom[ct-3].strip()))
185                        nTer += 1
186                else:
187                    nHet += 1
188                    self.Write(fmt.format('HETATM',iatom,atom[ct-1],atom[ct-3].strip(),    \
189                        atom[ct-2].strip(),atom[ct-4].rjust(4),xyz[0],xyz[1],xyz[2],atom[cx+3], \
190                        Biso,atom[ct].rjust(12)))
191                iatom += 1
192           
193            vals = [3,0,nHet,0,0,0,6,len(Atoms),nTer,0,nSeq]
194            fmt = 'MASTER'+11*'{:5d}'
195            self.Write(fmt.format(*vals))
196            self.Write('END')
197            self.CloseFile()
198            print('Phase '+phasenam+' written to PDB file '+self.fullpath)
199
200class ExportPhaseCartXYZ(G2IO.ExportBaseclass):
201    '''Used to create a Cartesian XYZ file for a phase
202
203    :param wx.Frame G2frame: reference to main GSAS-II frame
204    '''
205    def __init__(self,G2frame):
206        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to say <parentclass>.__init__
207            G2frame=G2frame,
208            formatName = 'Cartesian XYZ',
209            extension='.XYZ',
210            longFormatName = 'Export phase with Cartesian coordinates as .XYZ file'
211            )
212        self.exporttype = ['phase']
213        self.multiple = True
214
215    def Exporter(self,event=None):
216        '''Export as a XYZ file
217        '''
218        # the export process starts here
219        self.InitExport(event)
220        # load all of the tree into a set of dicts
221        self.loadTree()
222        # create a dict with refined values and their uncertainties
223        self.loadParmDict()
224        if self.ExportSelect():    # set export parameters; ask for file name
225            return
226        filename = self.filename
227        for phasenam in self.phasenam:
228            phasedict = self.Phases[phasenam] # pointer to current phase info
229            General = phasedict['General']
230            i = self.Phases[phasenam]['pId']
231            Atoms = phasedict['Atoms']
232            if not len(Atoms):
233                print('**** ERROR - Phase '+phasenam+' has no atoms! ****')
234                continue
235            if len(self.phasenam) > 1: # if more than one filename is included, add a phase #
236                self.filename = os.path.splitext(filename)[1] + "_" + str(i) + self.extension
237            fp = self.OpenFile()
238            cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
239            Cell = General['Cell'][1:7]
240            A,B = G2lat.cell2AB(Cell)
241            fmt = '{:4s}'+3*'{:12.4f}'
242            self.Write('{:6d}'.format(len(Atoms)))
243            self.Write(' ')
244            for atom in Atoms:
245                xyz = np.inner(A,np.array(atom[cx:cx+3]))
246                self.Write(fmt.format(atom[ct],*xyz))
247            self.CloseFile()
248            print('Phase '+phasenam+' written to XYZ file '+self.fullpath)
249   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.