source: trunk/GSASIIstrIO.py @ 2753

Last change on this file since 2753 was 2753, checked in by vondreele, 5 years ago

minor shuffling about for atom constraints - no discernable impact
setup default reflectometry data stub in G2pwdrGUI
setup reflectometry (REFD) data import stub (no importers yet) & generic data handling for REFD tree entries in GGSAII

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 148.0 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2########### SVN repository information ###################
3# $Date: 2017-03-10 18:01:46 +0000 (Fri, 10 Mar 2017) $
4# $Author: vondreele $
5# $Revision: 2753 $
6# $URL: trunk/GSASIIstrIO.py $
7# $Id: GSASIIstrIO.py 2753 2017-03-10 18:01:46Z vondreele $
8########### SVN repository information ###################
9'''
10*GSASIIstrIO: structure I/O routines*
11-------------------------------------
12
13'''
14import os
15import os.path as ospath
16import time
17import math
18import copy
19import cPickle
20import numpy as np
21import numpy.ma as ma
22import GSASIIpath
23GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2753 $")
24import GSASIIElem as G2el
25import GSASIIlattice as G2lat
26import GSASIIspc as G2spc
27import GSASIIobj as G2obj
28import GSASIImapvars as G2mv
29import GSASIImath as G2mth
30
31sind = lambda x: np.sin(x*np.pi/180.)
32cosd = lambda x: np.cos(x*np.pi/180.)
33tand = lambda x: np.tan(x*np.pi/180.)
34asind = lambda x: 180.*np.arcsin(x)/np.pi
35acosd = lambda x: 180.*np.arccos(x)/np.pi
36atan2d = lambda y,x: 180.*np.arctan2(y,x)/np.pi
37   
38ateln2 = 8.0*math.log(2.0)
39
40def GetControls(GPXfile):
41    ''' Returns dictionary of control items found in GSASII gpx file
42
43    :param str GPXfile: full .gpx file name
44    :return: dictionary of control items
45    '''
46    Controls = copy.copy(G2obj.DefaultControls)
47    fl = open(GPXfile,'rb')
48    while True:
49        try:
50            data = cPickle.load(fl)
51        except EOFError:
52            break
53        datum = data[0]
54        if datum[0] == 'Controls':
55            Controls.update(datum[1])
56    fl.close()
57    return Controls
58   
59def GetConstraints(GPXfile):
60    '''Read the constraints from the GPX file and interpret them
61
62    called in :func:`ReadCheckConstraints`, :func:`GSASIIstrMain.Refine`
63    and :func:`GSASIIstrMain.SeqRefine`.
64    '''
65    fl = open(GPXfile,'rb')
66    while True:
67        try:
68            data = cPickle.load(fl)
69        except EOFError:
70            break
71        datum = data[0]
72        if datum[0] == 'Constraints':
73            constList = []
74            for item in datum[1]:
75                if item.startswith('_'): continue
76                constList += datum[1][item]
77            fl.close()
78            constDict,fixedList,ignored = ProcessConstraints(constList)
79            if ignored:
80                print ignored,'Constraints were rejected. Was a constrained phase, histogram or atom deleted?'
81            return constDict,fixedList
82    fl.close()
83    raise Exception,"No constraints in GPX file"
84   
85def ProcessConstraints(constList):
86    """Interpret the constraints in the constList input into a dictionary, etc.
87    All :class:`GSASIIobj.G2VarObj` objects are mapped to the appropriate
88    phase/hist/atoms based on the object internals (random Ids). If this can't be
89    done (if a phase has been deleted, etc.), the variable is ignored.
90    If the constraint cannot be used due to too many dropped variables,
91    it is counted as ignored.
92   
93    :param list constList: a list of lists where each item in the outer list
94      specifies a constraint of some form, as described in the :mod:`GSASIIobj`
95      :ref:`Constraint definition <Constraint_definitions_table>`.
96
97    :returns:  a tuple of (constDict,fixedList,ignored) where:
98     
99      * constDict (list of dicts) contains the constraint relationships
100      * fixedList (list) contains the fixed values for each type
101        of constraint.
102      * ignored (int) counts the number of invalid constraint items
103        (should always be zero!)
104    """
105    constDict = []
106    fixedList = []
107    ignored = 0
108    for item in constList:
109        if item[-1] == 'h':
110            # process a hold
111            fixedList.append('0')
112            var = str(item[0][1])
113            if '?' not in var:
114                constDict.append({var:0.0})
115            else:
116                ignored += 1
117        elif item[-1] == 'f':
118            # process a new variable
119            fixedList.append(None)
120            D = {}
121            varyFlag = item[-2]
122            varname = item[-3]
123            for term in item[:-3]:
124                var = str(term[1])
125                if '?' not in var:
126                    D[var] = term[0]
127            if len(D) > 1:
128                # add extra dict terms for input variable name and vary flag
129                if varname is not None:                   
130                    if varname.startswith('::'):
131                        varname = varname[2:].replace(':',';')
132                    else:
133                        varname = varname.replace(':',';')
134                    D['_name'] = '::' + varname
135                D['_vary'] = varyFlag == True # force to bool
136                constDict.append(D)
137            else:
138                ignored += 1
139            #constFlag[-1] = ['Vary']
140        elif item[-1] == 'c': 
141            # process a contraint relationship
142            D = {}
143            for term in item[:-3]:
144                var = str(term[1])
145                if '?' not in var:
146                    D[var] = term[0]
147            if len(D) >= 1:
148                fixedList.append(str(item[-3]))
149                constDict.append(D)
150            else:
151                ignored += 1
152        elif item[-1] == 'e':
153            # process an equivalence
154            firstmult = None
155            eqlist = []
156            for term in item[:-3]:
157                if term[0] == 0: term[0] = 1.0
158                var = str(term[1])
159                if '?' in var: continue
160                if firstmult is None:
161                    firstmult = term[0]
162                    firstvar = var
163                else:
164                    eqlist.append([var,firstmult/term[0]])
165            if len(eqlist) > 0:
166                G2mv.StoreEquivalence(firstvar,eqlist)
167            else:
168                ignored += 1
169        else:
170            ignored += 1
171    return constDict,fixedList,ignored
172
173def ReadCheckConstraints(GPXfile):
174    '''Load constraints and related info and return any error or warning messages'''
175    # init constraints
176    G2mv.InitVars()   
177    # get variables
178    Histograms,Phases = GetUsedHistogramsAndPhases(GPXfile)
179    if not Phases:
180        return 'Error: No phases or no histograms in phases!',''
181    if not Histograms:
182        return 'Error: no diffraction data',''
183    constrDict,fixedList = GetConstraints(GPXfile) # load user constraints before internally generated ones
184    rigidbodyDict = GetRigidBodies(GPXfile)
185    rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
186    rbVary,rbDict = GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=False)
187    Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtables,BLtables,MFtables,maxSSwave = \
188        GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,rbIds=rbIds,Print=False) # generates atom symmetry constraints
189    hapVary,hapDict,controlDict = GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False,resetRefList=True)
190    histVary,histDict,controlDict = GetHistogramData(Histograms,Print=False)
191    varyList = rbVary+phaseVary+hapVary+histVary
192    errmsg, warnmsg = G2mv.CheckConstraints(varyList,constrDict,fixedList)
193    if errmsg:
194        # print some diagnostic info on the constraints
195        print('Error in constraints:\n'+errmsg+
196              '\nRefinement not possible due to conflict in constraints, see below:\n')
197        print G2mv.VarRemapShow(varyList,True)
198    return errmsg, warnmsg
199   
200def makeTwinFrConstr(Phases,Histograms,hapVary):
201    TwConstr = []
202    TwFixed = []
203    for Phase in Phases:
204        pId = Phases[Phase]['pId']
205        for Histogram in Phases[Phase]['Histograms']:
206            try:
207                hId = Histograms[Histogram]['hId']
208                phfx = '%d:%d:'%(pId,hId)
209                if phfx+'TwinFr:0' in hapVary:
210                    TwFixed.append('1.0')     #constraint value
211                    nTwin = len(Phases[Phase]['Histograms'][Histogram]['Twins'])
212                    TwConstr.append({phfx+'TwinFr:'+str(i):'1.0' for i in range(nTwin)})
213            except KeyError:    #unused histograms?
214                pass
215    return TwConstr,TwFixed   
216   
217def GetRestraints(GPXfile):
218    '''Read the restraints from the GPX file.
219    Throws an exception if not found in the .GPX file
220    '''
221    fl = open(GPXfile,'rb')
222    while True:
223        try:
224            data = cPickle.load(fl)
225        except EOFError:
226            break
227        datum = data[0]
228        if datum[0] == 'Restraints':
229            restraintDict = datum[1]
230    fl.close()
231    return restraintDict
232   
233def GetRigidBodies(GPXfile):
234    '''Read the rigid body models from the GPX file
235    '''
236    fl = open(GPXfile,'rb')
237    while True:
238        try:
239            data = cPickle.load(fl)
240        except EOFError:
241            break
242        datum = data[0]
243        if datum[0] == 'Rigid bodies':
244            rigidbodyDict = datum[1]
245    fl.close()
246    return rigidbodyDict
247       
248def GetFprime(controlDict,Histograms):
249    'Needs a doc string'
250    FFtables = controlDict['FFtables']
251    if not FFtables:
252        return
253    histoList = Histograms.keys()
254    histoList.sort()
255    for histogram in histoList:
256        if histogram[:4] in ['PWDR','HKLF']:
257            Histogram = Histograms[histogram]
258            hId = Histogram['hId']
259            hfx = ':%d:'%(hId)
260            if 'X' in controlDict[hfx+'histType']:
261                keV = controlDict[hfx+'keV']
262                for El in FFtables:
263                    Orbs = G2el.GetXsectionCoeff(El.split('+')[0].split('-')[0])
264                    FP,FPP,Mu = G2el.FPcalc(Orbs, keV)
265                    FFtables[El][hfx+'FP'] = FP
266                    FFtables[El][hfx+'FPP'] = FPP
267                   
268def PrintFprime(FFtables,pfx,pFile):
269    print >>pFile,'\n Resonant form factors:'
270    Elstr = ' Element:'
271    FPstr = " f'     :"
272    FPPstr = ' f"     :'
273    for El in FFtables:
274        Elstr += ' %8s'%(El)
275        FPstr += ' %8.3f'%(FFtables[El][pfx+'FP'])
276        FPPstr += ' %8.3f'%(FFtables[El][pfx+'FPP'])
277    print >>pFile,Elstr
278    print >>pFile,FPstr
279    print >>pFile,FPPstr
280           
281def GetPhaseNames(GPXfile):
282    ''' Returns a list of phase names found under 'Phases' in GSASII gpx file
283
284    :param str GPXfile: full .gpx file name
285    :return: list of phase names
286    '''
287    fl = open(GPXfile,'rb')
288    PhaseNames = []
289    while True:
290        try:
291            data = cPickle.load(fl)
292        except EOFError:
293            break
294        datum = data[0]
295        if 'Phases' == datum[0]:
296            for datus in data[1:]:
297                PhaseNames.append(datus[0])
298    fl.close()
299    return PhaseNames
300
301def GetAllPhaseData(GPXfile,PhaseName):
302    ''' Returns the entire dictionary for PhaseName from GSASII gpx file
303
304    :param str GPXfile: full .gpx file name
305    :param str PhaseName: phase name
306    :return: phase dictionary
307    '''       
308    fl = open(GPXfile,'rb')
309    while True:
310        try:
311            data = cPickle.load(fl)
312        except EOFError:
313            break
314        datum = data[0]
315        if 'Phases' == datum[0]:
316            for datus in data[1:]:
317                if datus[0] == PhaseName:
318                    break
319    fl.close()
320    return datus[1]
321   
322def GetHistograms(GPXfile,hNames):
323    """ Returns a dictionary of histograms found in GSASII gpx file
324
325    :param str GPXfile: full .gpx file name
326    :param str hNames: list of histogram names
327    :return: dictionary of histograms (types = PWDR & HKLF)
328
329    """
330    fl = open(GPXfile,'rb')
331    Histograms = {}
332    while True:
333        try:
334            data = cPickle.load(fl)
335        except EOFError:
336            break
337        datum = data[0]
338        hist = datum[0]
339        if hist in hNames:
340            if 'PWDR' in hist[:4]:
341                PWDRdata = {}
342                PWDRdata.update(datum[1][0])        #weight factor
343                PWDRdata['Data'] = ma.array(ma.getdata(datum[1][1]))          #masked powder data arrays/clear previous masks
344                PWDRdata[data[2][0]] = data[2][1]       #Limits & excluded regions (if any)
345                PWDRdata[data[3][0]] = data[3][1]       #Background
346                PWDRdata[data[4][0]] = data[4][1]       #Instrument parameters
347                PWDRdata[data[5][0]] = data[5][1]       #Sample parameters
348                try:
349                    PWDRdata[data[9][0]] = data[9][1]       #Reflection lists might be missing
350                except IndexError:
351                    PWDRdata['Reflection Lists'] = {}
352                PWDRdata['Residuals'] = {}
353   
354                Histograms[hist] = PWDRdata
355            elif 'HKLF' in hist[:4]:
356                HKLFdata = {}
357                HKLFdata.update(datum[1][0])        #weight factor
358#patch
359                if 'list' in str(type(datum[1][1])):
360                #if isinstance(datum[1][1],list):
361                    RefData = {'RefList':[],'FF':{}}
362                    for ref in datum[1][1]:
363                        RefData['RefList'].append(ref[:11]+[ref[13],])
364                    RefData['RefList'] = np.array(RefData['RefList'])
365                    datum[1][1] = RefData
366#end patch
367                datum[1][1]['FF'] = {}
368                HKLFdata['Data'] = datum[1][1]
369                HKLFdata[data[1][0]] = data[1][1]       #Instrument parameters
370                HKLFdata['Reflection Lists'] = None
371                HKLFdata['Residuals'] = {}
372                Histograms[hist] = HKLFdata           
373    fl.close()
374    return Histograms
375   
376def GetHistogramNames(GPXfile,hType):
377    """ Returns a list of histogram names found in GSASII gpx file
378
379    :param str GPXfile: full .gpx file name
380    :param str hType: list of histogram types
381    :return: list of histogram names (types = PWDR & HKLF)
382
383    """
384    fl = open(GPXfile,'rb')
385    HistogramNames = []
386    while True:
387        try:
388            data = cPickle.load(fl)
389        except EOFError:
390            break
391        datum = data[0]
392        if datum[0][:4] in hType:
393            HistogramNames.append(datum[0])
394    fl.close()
395    return HistogramNames
396   
397def GetUsedHistogramsAndPhases(GPXfile):
398    ''' Returns all histograms that are found in any phase
399    and any phase that uses a histogram. This also
400    assigns numbers to used phases and histograms by the
401    order they appear in the file.
402
403    :param str GPXfile: full .gpx file name
404    :returns: (Histograms,Phases)
405
406     * Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
407     * Phases = dictionary of phases that use histograms
408
409    '''
410    phaseNames = GetPhaseNames(GPXfile)
411    histoList = GetHistogramNames(GPXfile,['PWDR','HKLF'])
412    allHistograms = GetHistograms(GPXfile,histoList)
413    phaseData = {}
414    for name in phaseNames: 
415        phaseData[name] =  GetAllPhaseData(GPXfile,name)
416    Histograms = {}
417    Phases = {}
418    for phase in phaseData:
419        Phase = phaseData[phase]
420        if Phase['General']['Type'] == 'faulted': continue      #don't use faulted phases!
421        if Phase['Histograms']:
422            if phase not in Phases:
423                pId = phaseNames.index(phase)
424                Phase['pId'] = pId
425                Phases[phase] = Phase
426            for hist in Phase['Histograms']:
427                if 'Use' not in Phase['Histograms'][hist]:      #patch
428                    Phase['Histograms'][hist]['Use'] = True         
429                if hist not in Histograms and Phase['Histograms'][hist]['Use']:
430                    try:
431                        Histograms[hist] = allHistograms[hist]
432                        hId = histoList.index(hist)
433                        Histograms[hist]['hId'] = hId
434                    except KeyError: # would happen if a referenced histogram were
435                        # renamed or deleted
436                        print('For phase "'+phase+
437                              '" unresolved reference to histogram "'+hist+'"')
438    G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=Phases)
439    return Histograms,Phases
440   
441def getBackupName(GPXfile,makeBack):
442    '''
443    Get the name for the backup .gpx file name
444   
445    :param str GPXfile: full .gpx file name
446    :param bool makeBack: if True the name of a new file is returned, if
447      False the name of the last file that exists is returned
448    :returns: the name of a backup file
449   
450    '''
451    GPXpath,GPXname = ospath.split(GPXfile)
452    if GPXpath == '': GPXpath = '.'
453    Name = ospath.splitext(GPXname)[0]
454    files = os.listdir(GPXpath)
455    last = 0
456    for name in files:
457        name = name.split('.')
458        if len(name) == 3 and name[0] == Name and 'bak' in name[1]:
459            if makeBack:
460                last = max(last,int(name[1].strip('bak'))+1)
461            else:
462                last = max(last,int(name[1].strip('bak')))
463    GPXback = ospath.join(GPXpath,ospath.splitext(GPXname)[0]+'.bak'+str(last)+'.gpx')
464    return GPXback   
465       
466def GPXBackup(GPXfile,makeBack=True):
467    '''
468    makes a backup of the current .gpx file (?)
469   
470    :param str GPXfile: full .gpx file name
471    :param bool makeBack: if True (default), the backup is written to
472      a new file; if False, the last backup is overwritten
473    :returns: the name of the backup file that was written
474    '''
475    import distutils.file_util as dfu
476    GPXback = getBackupName(GPXfile,makeBack)
477    tries = 0
478    while True:
479        try:
480            dfu.copy_file(GPXfile,GPXback)
481            break
482        except:
483            tries += 1
484            if tries > 10:
485                return GPXfile  #failed!
486            time.sleep(1)           #just wait a second!         
487    return GPXback
488
489def SetUsedHistogramsAndPhases(GPXfile,Histograms,Phases,RigidBodies,CovData,makeBack=True):
490    ''' Updates gpxfile from all histograms that are found in any phase
491    and any phase that used a histogram. Also updates rigid body definitions.
492
493
494    :param str GPXfile: full .gpx file name
495    :param dict Histograms: dictionary of histograms as {name:data,...}
496    :param dict Phases: dictionary of phases that use histograms
497    :param dict RigidBodies: dictionary of rigid bodies
498    :param dict CovData: dictionary of refined variables, varyList, & covariance matrix
499    :param bool makeBack: True if new backup of .gpx file is to be made; else use the last one made
500
501    '''
502                       
503    import distutils.file_util as dfu
504    GPXback = GPXBackup(GPXfile,makeBack)
505    print 'Read from file:',GPXback
506    print 'Save to file  :',GPXfile
507    infile = open(GPXback,'rb')
508    outfile = open(GPXfile,'wb')
509    while True:
510        try:
511            data = cPickle.load(infile)
512        except EOFError:
513            break
514        datum = data[0]
515#        print 'read: ',datum[0]
516        if datum[0] == 'Phases':
517            for iphase in range(len(data)):
518                if data[iphase][0] in Phases:
519                    phaseName = data[iphase][0]
520                    data[iphase][1].update(Phases[phaseName])
521        elif datum[0] == 'Covariance':
522            data[0][1] = CovData
523        elif datum[0] == 'Rigid bodies':
524            data[0][1] = RigidBodies
525        try:
526            histogram = Histograms[datum[0]]
527#            print 'found ',datum[0]
528            data[0][1][1] = histogram['Data']
529            data[0][1][0].update(histogram['Residuals'])
530            for datus in data[1:]:
531#                print '    read: ',datus[0]
532                if datus[0] in ['Background','Instrument Parameters','Sample Parameters','Reflection Lists']:
533                    datus[1] = histogram[datus[0]]
534        except KeyError:
535            pass
536        try:                       
537            cPickle.dump(data,outfile,1)
538        except AttributeError:
539            print 'ERROR - bad data in least squares result'
540            infile.close()
541            outfile.close()
542            dfu.copy_file(GPXback,GPXfile)
543            print 'GPX file save failed - old version retained'
544            return
545           
546    print 'GPX file save successful'
547   
548def GetSeqResult(GPXfile):
549    '''
550    Needs doc string
551   
552    :param str GPXfile: full .gpx file name
553    '''
554    fl = open(GPXfile,'rb')
555    SeqResult = {}
556    while True:
557        try:
558            data = cPickle.load(fl)
559        except EOFError:
560            break
561        datum = data[0]
562        if datum[0] == 'Sequential results':
563            SeqResult = datum[1]
564    fl.close()
565    return SeqResult
566   
567def SetSeqResult(GPXfile,Histograms,SeqResult):
568    '''
569    Needs doc string
570   
571    :param str GPXfile: full .gpx file name
572    '''
573    GPXback = GPXBackup(GPXfile)
574    print 'Read from file:',GPXback
575    print 'Save to file  :',GPXfile
576    infile = open(GPXback,'rb')
577    outfile = open(GPXfile,'wb')
578    while True:
579        try:
580            data = cPickle.load(infile)
581        except EOFError:
582            break
583        datum = data[0]
584        if datum[0] == 'Sequential results':
585            data[0][1] = SeqResult
586        # reset the Copy Next flag, since it should not be needed twice in a row
587        if datum[0] == 'Controls':
588            data[0][1]['Copy2Next'] = False
589        try:
590            histogram = Histograms[datum[0]]
591            data[0][1][1] = list(histogram['Data'])
592            for datus in data[1:]:
593                if datus[0] in ['Background','Instrument Parameters','Sample Parameters','Reflection Lists']:
594                    datus[1] = histogram[datus[0]]
595        except KeyError:
596            pass
597                               
598        cPickle.dump(data,outfile,1)
599    infile.close()
600    outfile.close()
601    print 'GPX file save successful'
602                       
603def ShowBanner(pFile=None):
604    'Print authorship, copyright and citation notice'
605    print >>pFile,80*'*'
606    print >>pFile,'   General Structure Analysis System-II Crystal Structure Refinement'
607    print >>pFile,'              by Robert B. Von Dreele & Brian H. Toby'
608    print >>pFile,'                Argonne National Laboratory(C), 2010'
609    print >>pFile,' This product includes software developed by the UChicago Argonne, LLC,' 
610    print >>pFile,'            as Operator of Argonne National Laboratory.'
611    print >>pFile,'                          Please cite:'
612    print >>pFile,'   B.H. Toby & R.B. Von Dreele, J. Appl. Cryst. 46, 544-549 (2013)'
613
614    print >>pFile,80*'*','\n'
615
616def ShowControls(Controls,pFile=None,SeqRef=False):
617    'Print controls information'
618    print >>pFile,' Least squares controls:'
619    print >>pFile,' Refinement type: ',Controls['deriv type']
620    if 'Hessian' in Controls['deriv type']:
621        print >>pFile,' Maximum number of cycles:',Controls['max cyc']
622    else:
623        print >>pFile,' Minimum delta-M/M for convergence: ','%.2g'%(Controls['min dM/M'])
624    print >>pFile,' Regularize hydrogens (if any):',Controls.get('HatomFix',False)
625    print >>pFile,' Initial shift factor: ','%.3f'%(Controls['shift factor'])
626    if SeqRef:
627        print >>pFile,' Sequential refinement controls:'
628        print >>pFile,' Copy of histogram results to next: ',Controls['Copy2Next']
629        print >>pFile,' Process histograms in reverse order: ',Controls['Reverse Seq']
630   
631def GetPawleyConstr(SGLaue,PawleyRef,im,pawleyVary):
632    'needs a doc string'
633#    if SGLaue in ['-1','2/m','mmm']:
634#        return                      #no Pawley symmetry required constraints
635    eqvDict = {}
636    for i,varyI in enumerate(pawleyVary):
637        eqvDict[varyI] = []
638        refI = int(varyI.split(':')[-1])
639        ih,ik,il = PawleyRef[refI][:3]
640        dspI = PawleyRef[refI][4+im]
641        for varyJ in pawleyVary[i+1:]:
642            refJ = int(varyJ.split(':')[-1])
643            jh,jk,jl = PawleyRef[refJ][:3]
644            dspJ = PawleyRef[refJ][4+im]
645            if SGLaue in ['4/m','4/mmm']:
646                isum = ih**2+ik**2
647                jsum = jh**2+jk**2
648                if abs(il) == abs(jl) and isum == jsum:
649                    eqvDict[varyI].append(varyJ) 
650            elif SGLaue in ['3R','3mR']:
651                isum = ih**2+ik**2+il**2
652                jsum = jh**2+jk**2+jl**2
653                isum2 = ih*ik+ih*il+ik*il
654                jsum2 = jh*jk+jh*jl+jk*jl
655                if isum == jsum and isum2 == jsum2:
656                    eqvDict[varyI].append(varyJ) 
657            elif SGLaue in ['3','3m1','31m','6/m','6/mmm']:
658                isum = ih**2+ik**2+ih*ik
659                jsum = jh**2+jk**2+jh*jk
660                if abs(il) == abs(jl) and isum == jsum:
661                    eqvDict[varyI].append(varyJ) 
662            elif SGLaue in ['m3','m3m']:
663                isum = ih**2+ik**2+il**2
664                jsum = jh**2+jk**2+jl**2
665                if isum == jsum:
666                    eqvDict[varyI].append(varyJ)
667            elif abs(dspI-dspJ)/dspI < 1.e-4:
668                eqvDict[varyI].append(varyJ) 
669    for item in pawleyVary:
670        if eqvDict[item]:
671            for item2 in pawleyVary:
672                if item2 in eqvDict[item]:
673                    eqvDict[item2] = []
674            G2mv.StoreEquivalence(item,eqvDict[item])
675                   
676def cellVary(pfx,SGData): 
677    'needs a doc string'
678    if SGData['SGLaue'] in ['-1',]:
679        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A3',pfx+'A4',pfx+'A5']
680    elif SGData['SGLaue'] in ['2/m',]:
681        if SGData['SGUniq'] == 'a':
682            return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A5']
683        elif SGData['SGUniq'] == 'b':
684            return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A4']
685        else:
686            return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A3']
687    elif SGData['SGLaue'] in ['mmm',]:
688        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2']
689    elif SGData['SGLaue'] in ['4/m','4/mmm']:
690        G2mv.StoreEquivalence(pfx+'A0',(pfx+'A1',))
691        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2']
692    elif SGData['SGLaue'] in ['6/m','6/mmm','3m1', '31m', '3']:
693        G2mv.StoreEquivalence(pfx+'A0',(pfx+'A1',pfx+'A3',))
694        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A3']
695    elif SGData['SGLaue'] in ['3R', '3mR']:
696        G2mv.StoreEquivalence(pfx+'A0',(pfx+'A1',pfx+'A2',))
697        G2mv.StoreEquivalence(pfx+'A3',(pfx+'A4',pfx+'A5',))
698        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A3',pfx+'A4',pfx+'A5']                       
699    elif SGData['SGLaue'] in ['m3m','m3']:
700        G2mv.StoreEquivalence(pfx+'A0',(pfx+'A1',pfx+'A2',))
701        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2']
702       
703def modVary(pfx,SSGData):
704    vary = []
705    for i,item in enumerate(SSGData['modSymb']):
706        if item in ['a','b','g']:
707            vary.append(pfx+'mV%d'%(i))
708    return vary
709       
710################################################################################
711##### Rigid Body Models and not General.get('doPawley')
712################################################################################
713       
714def GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=True,pFile=None):
715    'needs a doc string'
716   
717    def PrintResRBModel(RBModel):
718        atNames = RBModel['atNames']
719        rbRef = RBModel['rbRef']
720        rbSeq = RBModel['rbSeq']
721        print >>pFile,'Residue RB name: ',RBModel['RBname'],' no.atoms: ',len(RBModel['rbTypes']), \
722            'No. times used: ',RBModel['useCount']
723        print >>pFile,'    At name       x          y          z'
724        for name,xyz in zip(atNames,RBModel['rbXYZ']):
725            print >>pFile,%8s %10.4f %10.4f %10.4f'%(name,xyz[0],xyz[1],xyz[2])
726        print >>pFile,'Orientation defined by:',atNames[rbRef[0]],' -> ',atNames[rbRef[1]], \
727            ' & ',atNames[rbRef[0]],' -> ',atNames[rbRef[2]]
728        if rbSeq:
729            for i,rbseq in enumerate(rbSeq):
730                print >>pFile,'Torsion sequence ',i,' Bond: '+atNames[rbseq[0]],' - ', \
731                    atNames[rbseq[1]],' riding: ',[atNames[i] for i in rbseq[3]]
732       
733    def PrintVecRBModel(RBModel):
734        rbRef = RBModel['rbRef']
735        atTypes = RBModel['rbTypes']
736        print >>pFile,'Vector RB name: ',RBModel['RBname'],' no.atoms: ',len(RBModel['rbTypes']), \
737            'No. times used: ',RBModel['useCount']
738        for i in range(len(RBModel['VectMag'])):
739            print >>pFile,'Vector no.: ',i,' Magnitude: ', \
740                '%8.4f'%(RBModel['VectMag'][i]),' Refine? ',RBModel['VectRef'][i]
741            print >>pFile,'  No. Type     vx         vy         vz'
742            for j,[name,xyz] in enumerate(zip(atTypes,RBModel['rbVect'][i])):
743                print >>pFile,%d   %2s %10.4f %10.4f %10.4f'%(j,name,xyz[0],xyz[1],xyz[2])
744        print >>pFile,'  No. Type      x          y          z'
745        for i,[name,xyz] in enumerate(zip(atTypes,RBModel['rbXYZ'])):
746            print >>pFile,%d   %2s %10.4f %10.4f %10.4f'%(i,name,xyz[0],xyz[1],xyz[2])
747        print >>pFile,'Orientation defined by: atom ',rbRef[0],' -> atom ',rbRef[1], \
748            ' & atom ',rbRef[0],' -> atom ',rbRef[2]
749    rbVary = []
750    rbDict = {}
751    rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
752    if len(rbIds['Vector']):
753        for irb,item in enumerate(rbIds['Vector']):
754            if rigidbodyDict['Vector'][item]['useCount']:
755                RBmags = rigidbodyDict['Vector'][item]['VectMag']
756                RBrefs = rigidbodyDict['Vector'][item]['VectRef']
757                for i,[mag,ref] in enumerate(zip(RBmags,RBrefs)):
758                    pid = '::RBV;'+str(i)+':'+str(irb)
759                    rbDict[pid] = mag
760                    if ref:
761                        rbVary.append(pid)
762                if Print:
763                    print >>pFile,'\nVector rigid body model:'
764                    PrintVecRBModel(rigidbodyDict['Vector'][item])
765    if len(rbIds['Residue']):
766        for item in rbIds['Residue']:
767            if rigidbodyDict['Residue'][item]['useCount']:
768                if Print:
769                    print >>pFile,'\nResidue rigid body model:'
770                    PrintResRBModel(rigidbodyDict['Residue'][item])
771    return rbVary,rbDict
772   
773def SetRigidBodyModels(parmDict,sigDict,rigidbodyDict,pFile=None):
774    'needs a doc string'
775   
776    def PrintRBVectandSig(VectRB,VectSig):
777        print >>pFile,'\n Rigid body vector magnitudes for '+VectRB['RBname']+':'
778        namstr = '  names :'
779        valstr = '  values:'
780        sigstr = '  esds  :'
781        for i,[val,sig] in enumerate(zip(VectRB['VectMag'],VectSig)):
782            namstr += '%12s'%('Vect '+str(i))
783            valstr += '%12.4f'%(val)
784            if sig:
785                sigstr += '%12.4f'%(sig)
786            else:
787                sigstr += 12*' '
788        print >>pFile,namstr
789        print >>pFile,valstr
790        print >>pFile,sigstr       
791       
792    RBIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})  #these are lists of rbIds
793    if not RBIds['Vector']:
794        return
795    for irb,item in enumerate(RBIds['Vector']):
796        if rigidbodyDict['Vector'][item]['useCount']:
797            VectSig = []
798            RBmags = rigidbodyDict['Vector'][item]['VectMag']
799            for i,mag in enumerate(RBmags):
800                name = '::RBV;'+str(i)+':'+str(irb)
801                if name in sigDict:
802                    VectSig.append(sigDict[name])
803            PrintRBVectandSig(rigidbodyDict['Vector'][item],VectSig)   
804       
805################################################################################
806##### Phase data
807################################################################################       
808                   
809def GetPhaseData(PhaseData,RestraintDict={},rbIds={},Print=True,pFile=None,seqRef=False):
810    'needs a doc string'
811           
812    def PrintFFtable(FFtable):
813        print >>pFile,'\n X-ray scattering factors:'
814        print >>pFile,'   Symbol     fa                                      fb                                      fc'
815        print >>pFile,99*'-'
816        for Ename in FFtable:
817            ffdata = FFtable[Ename]
818            fa = ffdata['fa']
819            fb = ffdata['fb']
820            print >>pFile,' %8s %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f' %  \
821                (Ename.ljust(8),fa[0],fa[1],fa[2],fa[3],fb[0],fb[1],fb[2],fb[3],ffdata['fc'])
822               
823    def PrintMFtable(MFtable):
824        print >>pFile,'\n <j0> Magnetic scattering factors:'
825        print >>pFile,'   Symbol     mfa                                    mfb                                     mfc'
826        print >>pFile,99*'-'
827        for Ename in MFtable:
828            mfdata = MFtable[Ename]
829            fa = mfdata['mfa']
830            fb = mfdata['mfb']
831            print >>pFile,' %8s %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f' %  \
832                (Ename.ljust(8),fa[0],fa[1],fa[2],fa[3],fb[0],fb[1],fb[2],fb[3],mfdata['mfc'])
833        print >>pFile,'\n <j2> Magnetic scattering factors:'
834        print >>pFile,'   Symbol     nfa                                    nfb                                     nfc'
835        print >>pFile,99*'-'
836        for Ename in MFtable:
837            mfdata = MFtable[Ename]
838            fa = mfdata['nfa']
839            fb = mfdata['nfb']
840            print >>pFile,' %8s %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f' %  \
841                (Ename.ljust(8),fa[0],fa[1],fa[2],fa[3],fb[0],fb[1],fb[2],fb[3],mfdata['nfc'])
842               
843    def PrintBLtable(BLtable):
844        print >>pFile,'\n Neutron scattering factors:'
845        print >>pFile,'   Symbol   isotope       mass       b       resonant terms'
846        print >>pFile,99*'-'
847        for Ename in BLtable:
848            bldata = BLtable[Ename]
849            isotope = bldata[0]
850            mass = bldata[1]['Mass']
851            if 'SL' in bldata[1]:
852                blen = bldata[1]['SL'][0]
853                bres = []
854            else:
855                blen = 0
856                bres = bldata[1]['BW-LS']
857            line = ' %8s%11s %10.3f %8.3f'%(Ename.ljust(8),isotope.center(11),mass,blen)
858            for item in bres:
859                line += '%10.5g'%(item)
860            print >>pFile,line
861           
862    def PrintRBObjects(resRBData,vecRBData):
863       
864        def PrintRBThermals():
865            tlstr = ['11','22','33','12','13','23']
866            sstr = ['12','13','21','23','31','32','AA','BB']
867            TLS = RB['ThermalMotion'][1]
868            TLSvar = RB['ThermalMotion'][2]
869            if 'T' in RB['ThermalMotion'][0]:
870                print >>pFile,'TLS data'
871                text = ''
872                for i in range(6):
873                    text += 'T'+tlstr[i]+' %8.4f %s '%(TLS[i],str(TLSvar[i])[0])
874                print >>pFile,text
875                if 'L' in RB['ThermalMotion'][0]: 
876                    text = ''
877                    for i in range(6,12):
878                        text += 'L'+tlstr[i-6]+' %8.2f %s '%(TLS[i],str(TLSvar[i])[0])
879                    print >>pFile,text
880                if 'S' in RB['ThermalMotion'][0]:
881                    text = ''
882                    for i in range(12,20):
883                        text += 'S'+sstr[i-12]+' %8.3f %s '%(TLS[i],str(TLSvar[i])[0])
884                    print >>pFile,text
885            if 'U' in RB['ThermalMotion'][0]:
886                print >>pFile,'Uiso data'
887                text = 'Uiso'+' %10.3f %s'%(TLS[0],str(TLSvar[0])[0])           
888           
889        if len(resRBData):
890            for RB in resRBData:
891                Oxyz = RB['Orig'][0]
892                Qrijk = RB['Orient'][0]
893                Angle = 2.0*acosd(Qrijk[0])
894                print >>pFile,'\nRBObject ',RB['RBname'],' at ',      \
895                    '%10.4f %10.4f %10.4f'%(Oxyz[0],Oxyz[1],Oxyz[2]),' Refine?',RB['Orig'][1]
896                print >>pFile,'Orientation angle,vector:',      \
897                    '%10.3f %10.4f %10.4f %10.4f'%(Angle,Qrijk[1],Qrijk[2],Qrijk[3]),' Refine? ',RB['Orient'][1]
898                Torsions = RB['Torsions']
899                if len(Torsions):
900                    text = 'Torsions: '
901                    for torsion in Torsions:
902                        text += '%10.4f Refine? %s'%(torsion[0],torsion[1])
903                    print >>pFile,text
904                PrintRBThermals()
905        if len(vecRBData):
906            for RB in vecRBData:
907                Oxyz = RB['Orig'][0]
908                Qrijk = RB['Orient'][0]
909                Angle = 2.0*acosd(Qrijk[0])
910                print >>pFile,'\nRBObject ',RB['RBname'],' at ',      \
911                    '%10.4f %10.4f %10.4f'%(Oxyz[0],Oxyz[1],Oxyz[2]),' Refine?',RB['Orig'][1]           
912                print >>pFile,'Orientation angle,vector:',      \
913                    '%10.3f %10.4f %10.4f %10.4f'%(Angle,Qrijk[1],Qrijk[2],Qrijk[3]),' Refine? ',RB['Orient'][1]
914                PrintRBThermals()
915               
916    def PrintAtoms(General,Atoms):
917        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
918        print >>pFile,'\n Atoms:'
919        line = '   name    type  refine?   x         y         z    '+ \
920            '  frac site sym  mult I/A   Uiso     U11     U22     U33     U12     U13     U23'
921        if General['Type'] == 'macromolecular':
922            line = ' res no residue chain'+line
923        print >>pFile,line
924        if General['Type'] in ['nuclear','magnetic','faulted',]:
925            print >>pFile,135*'-'
926            for i,at in enumerate(Atoms):
927                line = '%7s'%(at[ct-1])+'%7s'%(at[ct])+'%7s'%(at[ct+1])+'%10.5f'%(at[cx])+'%10.5f'%(at[cx+1])+ \
928                    '%10.5f'%(at[cx+2])+'%8.3f'%(at[cx+3])+'%7s'%(at[cs])+'%5d'%(at[cs+1])+'%5s'%(at[cia])
929                if at[cia] == 'I':
930                    line += '%8.5f'%(at[cia+1])+48*' '
931                else:
932                    line += 8*' '
933                    for j in range(6):
934                        line += '%8.5f'%(at[cia+2+j])
935                print >>pFile,line
936        elif General['Type'] == 'macromolecular':
937            print >>pFile,135*'-'           
938            for i,at in enumerate(Atoms):
939                line = '%7s'%(at[0])+'%7s'%(at[1])+'%7s'%(at[2])+'%7s'%(at[ct-1])+'%7s'%(at[ct])+'%7s'%(at[ct+1])+'%10.5f'%(at[cx])+'%10.5f'%(at[cx+1])+ \
940                    '%10.5f'%(at[cx+2])+'%8.3f'%(at[cx+3])+'%7s'%(at[cs])+'%5d'%(at[cs+1])+'%5s'%(at[cia])
941                if at[cia] == 'I':
942                    line += '%8.4f'%(at[cia+1])+48*' '
943                else:
944                    line += 8*' '
945                    for j in range(6):
946                        line += '%8.4f'%(at[cia+2+j])
947                print >>pFile,line
948               
949    def PrintMoments(General,Atoms):
950        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
951        cmx = cx+4
952        AtInfo = dict(zip(General['AtomTypes'],General['Lande g']))
953        print >>pFile,'\n Magnetic moments:'
954        line = '   name    type  refine?  Mx        My        Mz    '
955        print >>pFile,line
956        print >>pFile,135*'-'
957        for i,at in enumerate(Atoms):
958            if AtInfo[at[ct]]:
959                line = '%7s'%(at[ct-1])+'%7s'%(at[ct])+'%7s'%(at[ct+1])+'%10.5f'%(at[cmx])+'%10.5f'%(at[cmx+1])+ \
960                    '%10.5f'%(at[cmx+2])
961                print >>pFile,line
962       
963               
964    def PrintWaves(General,Atoms):
965        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
966        print >>pFile,'\n Modulation waves'
967        names = {'Sfrac':['Fsin','Fcos','Fzero','Fwid'],'Spos':['Xsin','Ysin','Zsin','Xcos','Ycos','Zcos','Tmin','Tmax','Xmax','Ymax','Zmax'],
968            'Sadp':['U11sin','U22sin','U33sin','U12sin','U13sin','U23sin','U11cos','U22cos',
969            'U33cos','U12cos','U13cos','U23cos'],'Smag':['MXsin','MYsin','MZsin','MXcos','MYcos','MZcos']}
970        print >>pFile,135*'-'
971        for i,at in enumerate(Atoms):
972            AtomSS = at[-1]['SS1']
973            for Stype in ['Sfrac','Spos','Sadp','Smag']:
974                Waves = AtomSS[Stype]
975                if len(Waves):
976                    print >>pFile,' atom: %s, site sym: %s, type: %s wave type: %s:'    \
977                        %(at[ct-1],at[cs],Stype,AtomSS['waveType'])
978                for iw,wave in enumerate(Waves):                   
979                    line = ''
980                    if AtomSS['waveType'] in ['Block','ZigZag'] and Stype == 'Spos' and not iw:
981                        for item in names[Stype][6:]:
982                            line += '%8s '%(item)                       
983                    else:
984                        if Stype == 'Spos':
985                            for item in names[Stype][:6]:
986                                line += '%8s '%(item)
987                        else:
988                            for item in names[Stype]:
989                                line += '%8s '%(item)
990                    print >>pFile,line
991                    line = ''
992                    for item in wave[0]:
993                        line += '%8.4f '%(item)
994                    line += ' Refine? '+str(wave[1])
995                    print >>pFile,line
996       
997    def PrintTexture(textureData):
998        topstr = '\n Spherical harmonics texture: Order:' + \
999            str(textureData['Order'])
1000        if textureData['Order']:
1001            print >>pFile,topstr+' Refine? '+str(textureData['SH Coeff'][0])
1002        else:
1003            print >>pFile,topstr
1004            return
1005        names = ['omega','chi','phi']
1006        line = '\n'
1007        for name in names:
1008            line += ' SH '+name+':'+'%12.4f'%(textureData['Sample '+name][1])+' Refine? '+str(textureData['Sample '+name][0])
1009        print >>pFile,line
1010        print >>pFile,'\n Texture coefficients:'
1011        SHcoeff = textureData['SH Coeff'][1]
1012        SHkeys = SHcoeff.keys()
1013        nCoeff = len(SHcoeff)
1014        nBlock = nCoeff/10+1
1015        iBeg = 0
1016        iFin = min(iBeg+10,nCoeff)
1017        for block in range(nBlock):
1018            ptlbls = ' names :'
1019            ptstr =  ' values:'
1020            for item in SHkeys[iBeg:iFin]:
1021                ptlbls += '%12s'%(item)
1022                ptstr += '%12.4f'%(SHcoeff[item]) 
1023            print >>pFile,ptlbls
1024            print >>pFile,ptstr
1025            iBeg += 10
1026            iFin = min(iBeg+10,nCoeff)
1027       
1028    def MakeRBParms(rbKey,phaseVary,phaseDict):
1029        rbid = str(rbids.index(RB['RBId']))
1030        pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'P'
1031        pstr = ['x','y','z']
1032        ostr = ['a','i','j','k']
1033        for i in range(3):
1034            name = pfxRB+pstr[i]+':'+str(iRB)+':'+rbid
1035            phaseDict[name] = RB['Orig'][0][i]
1036            if RB['Orig'][1]:
1037                phaseVary += [name,]
1038        pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'O'
1039        for i in range(4):
1040            name = pfxRB+ostr[i]+':'+str(iRB)+':'+rbid
1041            phaseDict[name] = RB['Orient'][0][i]
1042            if RB['Orient'][1] == 'AV' and i:
1043                phaseVary += [name,]
1044            elif RB['Orient'][1] == 'A' and not i:
1045                phaseVary += [name,]
1046           
1047    def MakeRBThermals(rbKey,phaseVary,phaseDict):
1048        rbid = str(rbids.index(RB['RBId']))
1049        tlstr = ['11','22','33','12','13','23']
1050        sstr = ['12','13','21','23','31','32','AA','BB']
1051        if 'T' in RB['ThermalMotion'][0]:
1052            pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'T'
1053            for i in range(6):
1054                name = pfxRB+tlstr[i]+':'+str(iRB)+':'+rbid
1055                phaseDict[name] = RB['ThermalMotion'][1][i]
1056                if RB['ThermalMotion'][2][i]:
1057                    phaseVary += [name,]
1058        if 'L' in RB['ThermalMotion'][0]:
1059            pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'L'
1060            for i in range(6):
1061                name = pfxRB+tlstr[i]+':'+str(iRB)+':'+rbid
1062                phaseDict[name] = RB['ThermalMotion'][1][i+6]
1063                if RB['ThermalMotion'][2][i+6]:
1064                    phaseVary += [name,]
1065        if 'S' in RB['ThermalMotion'][0]:
1066            pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'S'
1067            for i in range(8):
1068                name = pfxRB+sstr[i]+':'+str(iRB)+':'+rbid
1069                phaseDict[name] = RB['ThermalMotion'][1][i+12]
1070                if RB['ThermalMotion'][2][i+12]:
1071                    phaseVary += [name,]
1072        if 'U' in RB['ThermalMotion'][0]:
1073            name = pfx+'RB'+rbKey+'U:'+str(iRB)+':'+rbid
1074            phaseDict[name] = RB['ThermalMotion'][1][0]
1075            if RB['ThermalMotion'][2][0]:
1076                phaseVary += [name,]
1077               
1078    def MakeRBTorsions(rbKey,phaseVary,phaseDict):
1079        rbid = str(rbids.index(RB['RBId']))
1080        pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'Tr;'
1081        for i,torsion in enumerate(RB['Torsions']):
1082            name = pfxRB+str(i)+':'+str(iRB)+':'+rbid
1083            phaseDict[name] = torsion[0]
1084            if torsion[1]:
1085                phaseVary += [name,]
1086                   
1087    if Print:
1088        print  >>pFile,'\n Phases:'
1089    phaseVary = []
1090    phaseDict = {}
1091    pawleyLookup = {}
1092    FFtables = {}                   #scattering factors - xrays
1093    MFtables = {}                   #Mag. form factors
1094    BLtables = {}                   # neutrons
1095    Natoms = {}
1096    maxSSwave = {}
1097    shModels = ['cylindrical','none','shear - 2/m','rolling - mmm']
1098    SamSym = dict(zip(shModels,['0','-1','2/m','mmm']))
1099    atomIndx = {}
1100    for name in PhaseData:
1101        General = PhaseData[name]['General']
1102        pId = PhaseData[name]['pId']
1103        pfx = str(pId)+'::'
1104        FFtable = G2el.GetFFtable(General['AtomTypes'])
1105        BLtable = G2el.GetBLtable(General)
1106        FFtables.update(FFtable)
1107        BLtables.update(BLtable)
1108        phaseDict[pfx+'isMag'] = False
1109        SGData = General['SGData']
1110        SGtext,SGtable = G2spc.SGPrint(SGData)
1111        if General['Type'] == 'magnetic':
1112            MFtable = G2el.GetMFtable(General['AtomTypes'],General['Lande g'])
1113            MFtables.update(MFtable)
1114            phaseDict[pfx+'isMag'] = True
1115            SpnFlp = SGData['SpnFlp']
1116        Atoms = PhaseData[name]['Atoms']
1117        if Atoms and not General.get('doPawley'):
1118            cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1119            AtLookup = G2mth.FillAtomLookUp(Atoms,cia+8)
1120        PawleyRef = PhaseData[name].get('Pawley ref',[])
1121        cell = General['Cell']
1122        A = G2lat.cell2A(cell[1:7])
1123        phaseDict.update({pfx+'A0':A[0],pfx+'A1':A[1],pfx+'A2':A[2],
1124            pfx+'A3':A[3],pfx+'A4':A[4],pfx+'A5':A[5],pfx+'Vol':G2lat.calc_V(A)})
1125        if cell[0]:
1126            phaseVary += cellVary(pfx,SGData)       #also fills in symmetry required constraints
1127        SSGtext = []    #no superstructure
1128        im = 0
1129        if General.get('Modulated',False):
1130            im = 1      #refl offset
1131            Vec,vRef,maxH = General['SuperVec']
1132            phaseDict.update({pfx+'mV0':Vec[0],pfx+'mV1':Vec[1],pfx+'mV2':Vec[2]})
1133            SSGData = General['SSGData']
1134            SSGtext,SSGtable = G2spc.SSGPrint(SGData,SSGData)
1135            if vRef:
1136                phaseVary += modVary(pfx,SSGData)       
1137        resRBData = PhaseData[name]['RBModels'].get('Residue',[])
1138        if resRBData:
1139            rbids = rbIds['Residue']    #NB: used in the MakeRB routines
1140            for iRB,RB in enumerate(resRBData):
1141                MakeRBParms('R',phaseVary,phaseDict)
1142                MakeRBThermals('R',phaseVary,phaseDict)
1143                MakeRBTorsions('R',phaseVary,phaseDict)
1144       
1145        vecRBData = PhaseData[name]['RBModels'].get('Vector',[])
1146        if vecRBData:
1147            rbids = rbIds['Vector']    #NB: used in the MakeRB routines
1148            for iRB,RB in enumerate(vecRBData):
1149                MakeRBParms('V',phaseVary,phaseDict)
1150                MakeRBThermals('V',phaseVary,phaseDict)
1151                   
1152        Natoms[pfx] = 0
1153        maxSSwave[pfx] = {'Sfrac':0,'Spos':0,'Sadp':0,'Smag':0}
1154        if Atoms and not General.get('doPawley'):
1155            cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1156            Natoms[pfx] = len(Atoms)
1157            for i,at in enumerate(Atoms):
1158                atomIndx[at[cia+8]] = [pfx,i]      #lookup table for restraints
1159                phaseDict.update({pfx+'Atype:'+str(i):at[ct],pfx+'Afrac:'+str(i):at[cx+3],pfx+'Amul:'+str(i):at[cs+1],
1160                    pfx+'Ax:'+str(i):at[cx],pfx+'Ay:'+str(i):at[cx+1],pfx+'Az:'+str(i):at[cx+2],
1161                    pfx+'dAx:'+str(i):0.,pfx+'dAy:'+str(i):0.,pfx+'dAz:'+str(i):0.,         #refined shifts for x,y,z
1162                    pfx+'AI/A:'+str(i):at[cia],})
1163                if at[cia] == 'I':
1164                    phaseDict[pfx+'AUiso:'+str(i)] = at[cia+1]
1165                else:
1166                    phaseDict.update({pfx+'AU11:'+str(i):at[cia+2],pfx+'AU22:'+str(i):at[cia+3],pfx+'AU33:'+str(i):at[cia+4],
1167                        pfx+'AU12:'+str(i):at[cia+5],pfx+'AU13:'+str(i):at[cia+6],pfx+'AU23:'+str(i):at[cia+7]})
1168                if General['Type'] == 'magnetic':
1169                    phaseDict.update({pfx+'AMx:'+str(i):at[cx+4],pfx+'AMy:'+str(i):at[cx+5],pfx+'AMz:'+str(i):at[cx+6]})
1170                if 'F' in at[ct+1]:
1171                    phaseVary.append(pfx+'Afrac:'+str(i))
1172                if 'X' in at[ct+1]:
1173                    try:    #patch for sytsym name changes
1174                        xId,xCoef = G2spc.GetCSxinel(at[cs])
1175                    except KeyError:
1176                        Sytsym = G2spc.SytSym(at[cx:cx+3],SGData)[0]
1177                        at[cs] = Sytsym
1178                        xId,xCoef = G2spc.GetCSxinel(at[cs])
1179                    names = [pfx+'dAx:'+str(i),pfx+'dAy:'+str(i),pfx+'dAz:'+str(i)]
1180                    equivs = [[],[],[]]
1181                    for j in range(3):
1182                        if xId[j] > 0:                               
1183                            phaseVary.append(names[j])
1184                            equivs[xId[j]-1].append([names[j],xCoef[j]])
1185                    for equiv in equivs:
1186                        if len(equiv) > 1:
1187                            name = equiv[0][0]
1188                            coef = equiv[0][1]
1189                            for eqv in equiv[1:]:
1190                                eqv[1] /= coef
1191                                G2mv.StoreEquivalence(name,(eqv,))
1192                if 'U' in at[ct+1]:
1193                    if at[cia] == 'I':
1194                        phaseVary.append(pfx+'AUiso:'+str(i))
1195                    else:
1196                        try:    #patch for sytsym name changes
1197                            uId,uCoef = G2spc.GetCSuinel(at[cs])[:2]
1198                        except KeyError:
1199                            Sytsym = G2spc.SytSym(at[cx:cx+3],SGData)[0]
1200                            at[cs] = Sytsym
1201                            uId,uCoef = G2spc.GetCSuinel(at[cs])[:2]
1202                        names = [pfx+'AU11:'+str(i),pfx+'AU22:'+str(i),pfx+'AU33:'+str(i),
1203                            pfx+'AU12:'+str(i),pfx+'AU13:'+str(i),pfx+'AU23:'+str(i)]
1204                        equivs = [[],[],[],[],[],[]]
1205                        for j in range(6):
1206                            if uId[j] > 0:                               
1207                                phaseVary.append(names[j])
1208                                equivs[uId[j]-1].append([names[j],uCoef[j]])
1209                        for equiv in equivs:
1210                            if len(equiv) > 1:
1211                                name = equiv[0][0]
1212                                coef = equiv[0][1]
1213                                for eqv in equiv[1:]:
1214                                    eqv[1] /= coef
1215                                    G2mv.StoreEquivalence(name,(eqv,))
1216                if 'M' in at[ct+1]:
1217                    SytSym,Mul,Nop,dupDir = G2spc.SytSym(at[cx:cx+3],SGData)
1218                    mId,mCoef = G2spc.GetCSpqinel(SytSym,SpnFlp,dupDir)
1219                    names = [pfx+'AMx:'+str(i),pfx+'AMy:'+str(i),pfx+'AMz:'+str(i)]
1220                    equivs = [[],[],[]]
1221                    for j in range(3):
1222                        if mId[j] > 0:
1223                            phaseVary.append(names[j])
1224                            equivs[mId[j]-1].append([names[j],mCoef[j]])
1225                    for equiv in equivs:
1226                        if len(equiv) > 1:
1227                            name = equiv[0][0]
1228                            coef = equiv[0][1]
1229                            for eqv in equiv[1:]:
1230                                eqv[1] /= coef
1231                                G2mv.StoreEquivalence(name,(eqv,))
1232                if General.get('Modulated',False):
1233                    AtomSS = at[-1]['SS1']
1234                    waveType = AtomSS['waveType']
1235                    phaseDict[pfx+'waveType:'+str(i)] = waveType
1236                    for Stype in ['Sfrac','Spos','Sadp','Smag']:
1237                        Waves = AtomSS[Stype]
1238                        nx = 0
1239                        for iw,wave in enumerate(Waves):
1240                            if not iw:
1241                                if waveType in ['ZigZag','Block']:
1242                                    nx = 1
1243                                CSI = G2spc.GetSSfxuinel(waveType,1,at[cx:cx+3],SGData,SSGData)
1244                            else:
1245                                CSI = G2spc.GetSSfxuinel('Fourier',iw+1-nx,at[cx:cx+3],SGData,SSGData)
1246                            uId,uCoef = CSI[Stype]
1247                            stiw = str(i)+':'+str(iw)
1248                            if Stype == 'Spos':
1249                                if waveType in ['ZigZag','Block',] and not iw:
1250                                    names = [pfx+'Tmin:'+stiw,pfx+'Tmax:'+stiw,pfx+'Xmax:'+stiw,pfx+'Ymax:'+stiw,pfx+'Zmax:'+stiw]
1251                                    equivs = [[],[], [],[],[]]
1252                                else:
1253                                    names = [pfx+'Xsin:'+stiw,pfx+'Ysin:'+stiw,pfx+'Zsin:'+stiw,
1254                                        pfx+'Xcos:'+stiw,pfx+'Ycos:'+stiw,pfx+'Zcos:'+stiw]
1255                                    equivs = [[],[],[], [],[],[]]
1256                            elif Stype == 'Sadp':
1257                                names = [pfx+'U11sin:'+stiw,pfx+'U22sin:'+stiw,pfx+'U33sin:'+stiw,
1258                                    pfx+'U12sin:'+stiw,pfx+'U13sin:'+stiw,pfx+'U23sin:'+stiw,
1259                                    pfx+'U11cos:'+stiw,pfx+'U22cos:'+stiw,pfx+'U33cos:'+stiw,
1260                                    pfx+'U12cos:'+stiw,pfx+'U13cos:'+stiw,pfx+'U23cos:'+stiw]
1261                                equivs = [[],[],[],[],[],[], [],[],[],[],[],[]]
1262                            elif Stype == 'Sfrac':
1263                                equivs = [[],[]]
1264                                if 'Crenel' in waveType and not iw:
1265                                    names = [pfx+'Fzero:'+stiw,pfx+'Fwid:'+stiw]
1266                                else:
1267                                    names = [pfx+'Fsin:'+stiw,pfx+'Fcos:'+stiw]
1268                            elif Stype == 'Smag':
1269                                equivs = [[],[],[], [],[],[]]
1270                                names = [pfx+'MXsin:'+stiw,pfx+'MYsin:'+stiw,pfx+'MZsin:'+stiw,
1271                                    pfx+'MXcos:'+stiw,pfx+'MYcos:'+stiw,pfx+'MZcos:'+stiw]
1272                            phaseDict.update(dict(zip(names,wave[0])))
1273                            if wave[1]: #what do we do here for multiple terms in modulation constraints?
1274                                for j in range(len(equivs)):
1275                                    if uId[j][0] > 0:                               
1276                                        phaseVary.append(names[j])
1277                                        equivs[uId[j][0]-1].append([names[j],uCoef[j][0]])
1278                                for equiv in equivs:
1279                                    if len(equiv) > 1:
1280                                        name = equiv[0][0]
1281                                        coef = equiv[0][1]
1282                                        for eqv in equiv[1:]:
1283                                            eqv[1] /= coef
1284                                            G2mv.StoreEquivalence(name,(eqv,))
1285                            maxSSwave[pfx][Stype] = max(maxSSwave[pfx][Stype],iw+1)
1286            textureData = General['SH Texture']
1287            if textureData['Order'] and not seqRef:
1288                phaseDict[pfx+'SHorder'] = textureData['Order']
1289                phaseDict[pfx+'SHmodel'] = SamSym[textureData['Model']]
1290                for item in ['omega','chi','phi']:
1291                    phaseDict[pfx+'SH '+item] = textureData['Sample '+item][1]
1292                    if textureData['Sample '+item][0]:
1293                        phaseVary.append(pfx+'SH '+item)
1294                for item in textureData['SH Coeff'][1]:
1295                    phaseDict[pfx+item] = textureData['SH Coeff'][1][item]
1296                    if textureData['SH Coeff'][0]:
1297                        phaseVary.append(pfx+item)
1298               
1299            if Print:
1300                print >>pFile,'\n Phase name: ',General['Name']
1301                print >>pFile,135*'='
1302                PrintFFtable(FFtable)
1303                PrintBLtable(BLtable)
1304                if General['Type'] == 'magnetic':
1305                    PrintMFtable(MFtable)
1306                print >>pFile,''
1307                #how do we print magnetic symmetry table? TBD
1308                if len(SSGtext):    #if superstructure
1309                    for line in SSGtext: print >>pFile,line
1310                    if len(SSGtable):
1311                        for item in SSGtable:
1312                            line = ' %s '%(item)
1313                            print >>pFile,line   
1314                    else:
1315                        print >>pFile,' ( 1)    %s'%(SSGtable[0])
1316                else:
1317                    for line in SGtext: print >>pFile,line
1318                    if len(SGtable):
1319                        for item in SGtable:
1320                            line = ' %s '%(item)
1321                            print >>pFile,line   
1322                    else:
1323                        print >>pFile,' ( 1)    %s'%(SGtable[0])
1324                PrintRBObjects(resRBData,vecRBData)
1325                PrintAtoms(General,Atoms)
1326                if General['Type'] == 'magnetic':
1327                    PrintMoments(General,Atoms)
1328                if General.get('Modulated',False):
1329                    PrintWaves(General,Atoms)
1330                print >>pFile,'\n Unit cell: a = %.5f'%(cell[1]),' b = %.5f'%(cell[2]),' c = %.5f'%(cell[3]), \
1331                    ' alpha = %.3f'%(cell[4]),' beta = %.3f'%(cell[5]),' gamma = %.3f'%(cell[6]), \
1332                    ' volume = %.3f'%(cell[7]),' Refine?',cell[0]
1333                if len(SSGtext):    #if superstructure
1334                    print >>pFile,'\n Modulation vector: mV0 = %.4f'%(Vec[0]),' mV1 = %.4f'%(Vec[1]),   \
1335                        ' mV2 = %.4f'%(Vec[2]),' max mod. index = %d'%(maxH),' Refine?',vRef
1336                if not seqRef:
1337                    PrintTexture(textureData)
1338                if name in RestraintDict:
1339                    PrintRestraints(cell[1:7],SGData,General['AtomPtrs'],Atoms,AtLookup,
1340                        textureData,RestraintDict[name],pFile)
1341                   
1342        elif PawleyRef:
1343            if Print:
1344                print >>pFile,'\n Phase name: ',General['Name']
1345                print >>pFile,135*'='
1346                print >>pFile,''
1347                if len(SSGtext):    #if superstructure
1348                    for line in SSGtext: print >>pFile,line
1349                    if len(SSGtable):
1350                        for item in SSGtable:
1351                            line = ' %s '%(item)
1352                            print >>pFile,line   
1353                    else:
1354                        print >>pFile,' ( 1)    %s'%(SSGtable[0])
1355                else:
1356                    for line in SGtext: print >>pFile,line
1357                    if len(SGtable):
1358                        for item in SGtable:
1359                            line = ' %s '%(item)
1360                            print >>pFile,line   
1361                    else:
1362                        print >>pFile,' ( 1)    %s'%(SGtable[0])
1363                print >>pFile,'\n Unit cell: a = %.5f'%(cell[1]),' b = %.5f'%(cell[2]),' c = %.5f'%(cell[3]), \
1364                    ' alpha = %.3f'%(cell[4]),' beta = %.3f'%(cell[5]),' gamma = %.3f'%(cell[6]), \
1365                    ' volume = %.3f'%(cell[7]),' Refine?',cell[0]
1366                if len(SSGtext):    #if superstructure
1367                    print >>pFile,'\n Modulation vector: mV0 = %.4f'%(Vec[0]),' mV1 = %.4f'%(Vec[1]),   \
1368                        ' mV2 = %.4f'%(Vec[2]),' max mod. index = %d'%(maxH),' Refine?',vRef
1369            pawleyVary = []
1370            for i,refl in enumerate(PawleyRef):
1371                phaseDict[pfx+'PWLref:'+str(i)] = refl[6+im]
1372                if im:
1373                    pawleyLookup[pfx+'%d,%d,%d,%d'%(refl[0],refl[1],refl[2],refl[3])] = i
1374                else:
1375                    pawleyLookup[pfx+'%d,%d,%d'%(refl[0],refl[1],refl[2])] = i
1376                if refl[5+im]:
1377                    pawleyVary.append(pfx+'PWLref:'+str(i))
1378            GetPawleyConstr(SGData['SGLaue'],PawleyRef,im,pawleyVary)      #does G2mv.StoreEquivalence
1379            phaseVary += pawleyVary
1380               
1381    return Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtables,BLtables,MFtables,maxSSwave
1382   
1383def cellFill(pfx,SGData,parmDict,sigDict): 
1384    '''Returns the filled-out reciprocal cell (A) terms and their uncertainties
1385    from the parameter and sig dictionaries.
1386
1387    :param str pfx: parameter prefix ("n::", where n is a phase number)
1388    :param dict SGdata: a symmetry object
1389    :param dict parmDict: a dictionary of parameters
1390    :param dict sigDict:  a dictionary of uncertainties on parameters
1391
1392    :returns: A,sigA where each is a list of six terms with the A terms
1393    '''
1394    if SGData['SGLaue'] in ['-1',]:
1395        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A1'],parmDict[pfx+'A2'],
1396            parmDict[pfx+'A3'],parmDict[pfx+'A4'],parmDict[pfx+'A5']]
1397    elif SGData['SGLaue'] in ['2/m',]:
1398        if SGData['SGUniq'] == 'a':
1399            A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A1'],parmDict[pfx+'A2'],
1400                0,0,parmDict[pfx+'A5']]
1401        elif SGData['SGUniq'] == 'b':
1402            A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A1'],parmDict[pfx+'A2'],
1403                0,parmDict[pfx+'A4'],0]
1404        else:
1405            A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A1'],parmDict[pfx+'A2'],
1406                parmDict[pfx+'A3'],0,0]
1407    elif SGData['SGLaue'] in ['mmm',]:
1408        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A1'],parmDict[pfx+'A2'],0,0,0]
1409    elif SGData['SGLaue'] in ['4/m','4/mmm']:
1410        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A2'],0,0,0]
1411    elif SGData['SGLaue'] in ['6/m','6/mmm','3m1', '31m', '3']:
1412        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A2'],
1413            parmDict[pfx+'A0'],0,0]
1414    elif SGData['SGLaue'] in ['3R', '3mR']:
1415        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],
1416            parmDict[pfx+'A3'],parmDict[pfx+'A3'],parmDict[pfx+'A3']]
1417    elif SGData['SGLaue'] in ['m3m','m3']:
1418        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],0,0,0]
1419
1420    try:
1421        if SGData['SGLaue'] in ['-1',]:
1422            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],sigDict[pfx+'A1'],sigDict[pfx+'A2'],
1423                sigDict[pfx+'A3'],sigDict[pfx+'A4'],sigDict[pfx+'A5']]
1424        elif SGData['SGLaue'] in ['2/m',]:
1425            if SGData['SGUniq'] == 'a':
1426                sigA = [sigDict[pfx+'A0'],sigDict[pfx+'A1'],sigDict[pfx+'A2'],
1427                    0,0,sigDict[pfx+'A5']]
1428            elif SGData['SGUniq'] == 'b':
1429                sigA = [sigDict[pfx+'A0'],sigDict[pfx+'A1'],sigDict[pfx+'A2'],
1430                    0,sigDict[pfx+'A4'],0]
1431            else:
1432                sigA = [sigDict[pfx+'A0'],sigDict[pfx+'A1'],sigDict[pfx+'A2'],
1433                    sigDict[pfx+'A3'],0,0]
1434        elif SGData['SGLaue'] in ['mmm',]:
1435            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],sigDict[pfx+'A1'],sigDict[pfx+'A2'],0,0,0]
1436        elif SGData['SGLaue'] in ['4/m','4/mmm']:
1437            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],0,sigDict[pfx+'A2'],0,0,0]
1438        elif SGData['SGLaue'] in ['6/m','6/mmm','3m1', '31m', '3']:
1439            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],0,sigDict[pfx+'A2'],0,0,0]
1440        elif SGData['SGLaue'] in ['3R', '3mR']:
1441            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],0,0,sigDict[pfx+'A3'],0,0]
1442        elif SGData['SGLaue'] in ['m3m','m3']:
1443            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],0,0,0,0,0]
1444    except KeyError:
1445        sigA = [0,0,0,0,0,0]
1446    return A,sigA
1447       
1448def PrintRestraints(cell,SGData,AtPtrs,Atoms,AtLookup,textureData,phaseRest,pFile):
1449    'needs a doc string'
1450    if phaseRest:
1451        Amat = G2lat.cell2AB(cell)[0]
1452        cx,ct,cs = AtPtrs[:3]
1453        names = [['Bond','Bonds'],['Angle','Angles'],['Plane','Planes'],
1454            ['Chiral','Volumes'],['Torsion','Torsions'],['Rama','Ramas'],
1455            ['ChemComp','Sites'],['Texture','HKLs']]
1456        for name,rest in names:
1457            itemRest = phaseRest[name]
1458            if itemRest[rest] and itemRest['Use']:
1459                print >>pFile,'\n  %s %10.3f Use: %s'%(name+' restraint weight factor',itemRest['wtFactor'],str(itemRest['Use']))
1460                if name in ['Bond','Angle','Plane','Chiral']:
1461                    print >>pFile,'     calc       obs      sig   delt/sig  atoms(symOp): '
1462                    for indx,ops,obs,esd in itemRest[rest]:
1463                        try:
1464                            AtNames = G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,ct-1)
1465                            AtName = ''
1466                            for i,Aname in enumerate(AtNames):
1467                                AtName += Aname
1468                                if ops[i] == '1':
1469                                    AtName += '-'
1470                                else:
1471                                    AtName += '+('+ops[i]+')-'
1472                            XYZ = np.array(G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,cx,3))
1473                            XYZ = G2mth.getSyXYZ(XYZ,ops,SGData)
1474                            if name == 'Bond':
1475                                calc = G2mth.getRestDist(XYZ,Amat)
1476                            elif name == 'Angle':
1477                                calc = G2mth.getRestAngle(XYZ,Amat)
1478                            elif name == 'Plane':
1479                                calc = G2mth.getRestPlane(XYZ,Amat)
1480                            elif name == 'Chiral':
1481                                calc = G2mth.getRestChiral(XYZ,Amat)
1482                            print >>pFile,' %9.3f %9.3f %8.3f %8.3f   %s'%(calc,obs,esd,(obs-calc)/esd,AtName[:-1])
1483                        except KeyError:
1484                            del itemRest[rest]
1485                elif name in ['Torsion','Rama']:
1486                    print >>pFile,'  atoms(symOp)  calc  obs  sig  delt/sig  torsions: '
1487                    coeffDict = itemRest['Coeff']
1488                    for indx,ops,cofName,esd in itemRest[rest]:
1489                        AtNames = G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,ct-1)
1490                        AtName = ''
1491                        for i,Aname in enumerate(AtNames):
1492                            AtName += Aname+'+('+ops[i]+')-'
1493                        XYZ = np.array(G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,cx,3))
1494                        XYZ = G2mth.getSyXYZ(XYZ,ops,SGData)
1495                        if name == 'Torsion':
1496                            tor = G2mth.getRestTorsion(XYZ,Amat)
1497                            restr,calc = G2mth.calcTorsionEnergy(tor,coeffDict[cofName])
1498                            print >>pFile,' %8.3f %8.3f %.3f %8.3f %8.3f %s'%(calc,obs,esd,(obs-calc)/esd,tor,AtName[:-1])
1499                        else:
1500                            phi,psi = G2mth.getRestRama(XYZ,Amat)
1501                            restr,calc = G2mth.calcRamaEnergy(phi,psi,coeffDict[cofName])                               
1502                            print >>pFile,' %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %s'%(calc,obs,esd,(obs-calc)/esd,phi,psi,AtName[:-1])
1503                elif name == 'ChemComp':
1504                    print >>pFile,'     atoms   mul*frac  factor     prod'
1505                    for indx,factors,obs,esd in itemRest[rest]:
1506                        try:
1507                            atoms = G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,ct-1)
1508                            mul = np.array(G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,cs+1))
1509                            frac = np.array(G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,cs-1))
1510                            mulfrac = mul*frac
1511                            calcs = mul*frac*factors
1512                            for iatm,[atom,mf,fr,clc] in enumerate(zip(atoms,mulfrac,factors,calcs)):
1513                                print >>pFile,' %10s %8.3f %8.3f %8.3f'%(atom,mf,fr,clc)
1514                            print >>pFile,' Sum:                   calc: %8.3f obs: %8.3f esd: %8.3f'%(np.sum(calcs),obs,esd)
1515                        except KeyError:
1516                            del itemRest[rest]
1517                elif name == 'Texture' and textureData['Order']:
1518                    Start = False
1519                    SHCoef = textureData['SH Coeff'][1]
1520                    shModels = ['cylindrical','none','shear - 2/m','rolling - mmm']
1521                    SamSym = dict(zip(shModels,['0','-1','2/m','mmm']))
1522                    print '    HKL  grid  neg esd  sum neg  num neg use unit?  unit esd  '
1523                    for hkl,grid,esd1,ifesd2,esd2 in itemRest[rest]:
1524                        phi,beta = G2lat.CrsAng(np.array(hkl),cell,SGData)
1525                        ODFln = G2lat.Flnh(Start,SHCoef,phi,beta,SGData)
1526                        R,P,Z = G2mth.getRestPolefig(ODFln,SamSym[textureData['Model']],grid)
1527                        Z = ma.masked_greater(Z,0.0)
1528                        num = ma.count(Z)
1529                        sum = 0
1530                        if num:
1531                            sum = np.sum(Z)
1532                        print '   %d %d %d  %d %8.3f %8.3f %8d   %s    %8.3f'%(hkl[0],hkl[1],hkl[2],grid,esd1,sum,num,str(ifesd2),esd2)
1533       
1534def getCellEsd(pfx,SGData,A,covData):
1535    'needs a doc string'
1536    dpr = 180./np.pi
1537    rVsq = G2lat.calc_rVsq(A)
1538    G,g = G2lat.A2Gmat(A)       #get recip. & real metric tensors
1539    cell = np.array(G2lat.Gmat2cell(g))   #real cell
1540    cellst = np.array(G2lat.Gmat2cell(G)) #recip. cell
1541    scos = cosd(cellst[3:6])
1542    ssin = sind(cellst[3:6])
1543    scot = scos/ssin
1544    rcos = cosd(cell[3:6])
1545    rsin = sind(cell[3:6])
1546    rcot = rcos/rsin
1547    RMnames = [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A3',pfx+'A4',pfx+'A5']
1548    varyList = covData['varyList']
1549    covMatrix = covData['covMatrix']
1550    vcov = G2mth.getVCov(RMnames,varyList,covMatrix)
1551    if SGData['SGLaue'] in ['3', '3m1', '31m', '6/m', '6/mmm']:
1552        vcov[1,1] = vcov[3,3] = vcov[0,1] = vcov[1,0] = vcov[0,0]
1553        vcov[1,3] = vcov[3,1] = vcov[0,3] = vcov[3,0] = vcov[0,0]
1554        vcov[1,2] = vcov[2,1] = vcov[2,3] = vcov[3,2] = vcov[0,2]
1555    elif SGData['SGLaue'] in ['m3','m3m']:
1556        vcov[0:3,0:3] = vcov[0,0]
1557    elif SGData['SGLaue'] in ['4/m', '4/mmm']:
1558        vcov[0:2,0:2] = vcov[0,0]
1559        vcov[1,2] = vcov[2,1] = vcov[0,2]
1560    elif SGData['SGLaue'] in ['3R','3mR']:
1561        vcov[0:2,0:2] = vcov[0,0]
1562        vcov[4,4] = vcov[5,5] = vcov[3,3]
1563        vcov[0:3,3:6] = vcov[0,3]
1564        vcov[3:6,0:3] = vcov[3,0]
1565    Ax = np.array(A)
1566    Ax[3:] /= 2.
1567    drVdA = np.array([
1568        Ax[1]*Ax[2]-Ax[5]**2,
1569        Ax[0]*Ax[2]-Ax[4]**2,
1570        Ax[0]*Ax[1]-Ax[3]**2,
1571        Ax[4]*Ax[5]-Ax[2]*Ax[3],
1572        Ax[3]*Ax[5]-Ax[1]*Ax[4],
1573        Ax[3]*Ax[4]-Ax[0]*Ax[5]])
1574    srcvlsq = np.inner(drVdA,np.inner(drVdA,vcov))
1575    Vol = 1/np.sqrt(rVsq)
1576    sigVol = Vol**3*np.sqrt(srcvlsq)/2.         #ok - checks with GSAS
1577   
1578    R123 = Ax[0]*Ax[1]*Ax[2]
1579    dsasdg = np.zeros((3,6))
1580    dadg = np.zeros((6,6))
1581    for i0 in range(3):         #0  1   2
1582        i1 = (i0+1)%3           #1  2   0
1583        i2 = (i1+1)%3           #2  0   1
1584        i3 = 5-i2               #3  5   4
1585        i4 = 5-i1               #4  3   5
1586        i5 = 5-i0               #5  4   3
1587        dsasdg[i0][i1] = 0.5*scot[i0]*scos[i0]/Ax[i1]
1588        dsasdg[i0][i2] = 0.5*scot[i0]*scos[i0]/Ax[i2]
1589        dsasdg[i0][i5] = -scot[i0]/np.sqrt(Ax[i1]*Ax[i2])
1590        denmsq = Ax[i0]*(R123-Ax[i1]*Ax[i4]**2-Ax[i2]*Ax[i3]**2)+(Ax[i4]*Ax[i3])**2
1591        denom = np.sqrt(denmsq)
1592        dadg[i5][i0] = -Ax[i5]/denom-rcos[i0]/denmsq*(R123-0.5*Ax[i1]*Ax[i4]**2-0.5*Ax[i2]*Ax[i3]**2)
1593        dadg[i5][i1] = -0.5*rcos[i0]/denmsq*(Ax[i0]**2*Ax[i2]-Ax[i0]*Ax[i4]**2)
1594        dadg[i5][i2] = -0.5*rcos[i0]/denmsq*(Ax[i0]**2*Ax[i1]-Ax[i0]*Ax[i3]**2)
1595        dadg[i5][i3] = Ax[i4]/denom+rcos[i0]/denmsq*(Ax[i0]*Ax[i2]*Ax[i3]-Ax[i3]*Ax[i4]**2)
1596        dadg[i5][i4] = Ax[i3]/denom+rcos[i0]/denmsq*(Ax[i0]*Ax[i1]*Ax[i4]-Ax[i3]**2*Ax[i4])
1597        dadg[i5][i5] = -Ax[i0]/denom
1598    for i0 in range(3):
1599        i1 = (i0+1)%3
1600        i2 = (i1+1)%3
1601        i3 = 5-i2
1602        for ij in range(6):
1603            dadg[i0][ij] = cell[i0]*(rcot[i2]*dadg[i3][ij]/rsin[i2]-dsasdg[i1][ij]/ssin[i1])
1604            if ij == i0:
1605                dadg[i0][ij] = dadg[i0][ij]-0.5*cell[i0]/Ax[i0]
1606            dadg[i3][ij] = -dadg[i3][ij]*rsin[2-i0]*dpr
1607#    GSASIIpath.IPyBreak()
1608    sigMat = np.inner(dadg,np.inner(dadg,vcov))
1609    var = np.diag(sigMat)
1610    CS = np.where(var>0.,np.sqrt(var),0.)
1611    if SGData['SGLaue'] in ['3', '3m1', '31m', '6/m', '6/mmm','m3','m3m','4/m','4/mmm']:
1612        CS[3:6] = 0.0
1613    return [CS[0],CS[1],CS[2],CS[5],CS[4],CS[3],sigVol]
1614   
1615def SetPhaseData(parmDict,sigDict,Phases,RBIds,covData,RestraintDict=None,pFile=None):
1616    'needs a doc string'
1617   
1618    def PrintAtomsAndSig(General,Atoms,atomsSig):
1619        print >>pFile,'\n Atoms:'
1620        line = '   name      x         y         z      frac   Uiso     U11     U22     U33     U12     U13     U23'
1621        if General['Type'] == 'macromolecular':
1622            line = ' res no residue chain '+line
1623        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1624        print >>pFile,line
1625        print >>pFile,135*'-'
1626        fmt = {0:'%7s',ct:'%7s',cx:'%10.5f',cx+1:'%10.5f',cx+2:'%10.5f',cx+3:'%8.3f',cia+1:'%8.5f',
1627            cia+2:'%8.5f',cia+3:'%8.5f',cia+4:'%8.5f',cia+5:'%8.5f',cia+6:'%8.5f',cia+7:'%8.5f'}
1628        noFXsig = {cx:[10*' ','%10s'],cx+1:[10*' ','%10s'],cx+2:[10*' ','%10s'],cx+3:[8*' ','%8s']}
1629        for atyp in General['AtomTypes']:       #zero composition
1630            General['NoAtoms'][atyp] = 0.
1631        for i,at in enumerate(Atoms):
1632            General['NoAtoms'][at[ct]] += at[cx+3]*float(at[cx+5])     #new composition
1633            if General['Type'] == 'macromolecular':
1634                name = ' %s %s %s %s:'%(at[0],at[1],at[2],at[3])
1635                valstr = ' values:          '
1636                sigstr = ' sig   :          '
1637            else:
1638                name = fmt[0]%(at[ct-1])+fmt[1]%(at[ct])+':'
1639                valstr = ' values:'
1640                sigstr = ' sig   :'
1641            for ind in range(cx,cx+4):
1642                sigind = str(i)+':'+str(ind)
1643                valstr += fmt[ind]%(at[ind])                   
1644                if sigind in atomsSig:
1645                    sigstr += fmt[ind]%(atomsSig[sigind])
1646                else:
1647                    sigstr += noFXsig[ind][1]%(noFXsig[ind][0])
1648            if at[cia] == 'I':
1649                valstr += fmt[cia+1]%(at[cia+1])
1650                if '%d:%d'%(i,cia+1) in atomsSig:
1651                    sigstr += fmt[cia+1]%(atomsSig['%d:%d'%(i,cia+1)])
1652                else:
1653                    sigstr += 8*' '
1654            else:
1655                valstr += 8*' '
1656                sigstr += 8*' '
1657                for ind in range(cia+2,cia+8):
1658                    sigind = str(i)+':'+str(ind)
1659                    valstr += fmt[ind]%(at[ind])
1660                    if sigind in atomsSig:                       
1661                        sigstr += fmt[ind]%(atomsSig[sigind])
1662                    else:
1663                        sigstr += 8*' '
1664            print >>pFile,name
1665            print >>pFile,valstr
1666            print >>pFile,sigstr
1667           
1668    def PrintMomentsAndSig(General,Atoms,atomsSig):
1669        print >>pFile,'\n Magnetic Moments:'    #add magnitude & angle, etc.? TBD
1670        line = '   name      Mx        My        Mz'
1671        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1672        cmx = cx+4
1673        AtInfo = dict(zip(General['AtomTypes'],General['Lande g']))
1674        print >>pFile,line
1675        print >>pFile,135*'-'
1676        fmt = {0:'%7s',ct:'%7s',cmx:'%10.5f',cmx+1:'%10.5f',cmx+2:'%10.5f'}
1677        noFXsig = {cmx:[10*' ','%10s'],cmx+1:[10*' ','%10s'],cmx+2:[10*' ','%10s']}
1678        for i,at in enumerate(Atoms):
1679            if AtInfo[at[ct]]:
1680                name = fmt[0]%(at[ct-1])+fmt[1]%(at[ct])+':'
1681                valstr = ' values:'
1682                sigstr = ' sig   :'
1683                for ind in range(cmx,cmx+3):
1684                    sigind = str(i)+':'+str(ind)
1685                    valstr += fmt[ind]%(at[ind])                   
1686                    if sigind in atomsSig:
1687                        sigstr += fmt[ind]%(atomsSig[sigind])
1688                    else:
1689                        sigstr += noFXsig[ind][1]%(noFXsig[ind][0])
1690                print >>pFile,name
1691                print >>pFile,valstr
1692                print >>pFile,sigstr
1693           
1694    def PrintWavesAndSig(General,Atoms,wavesSig):
1695        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1696        print >>pFile,'\n Modulation waves'
1697        names = {'Sfrac':['Fsin','Fcos','Fzero','Fwid'],'Spos':['Xsin','Ysin','Zsin','Xcos','Ycos','Zcos','Tmin','Tmax','Xmax','Ymax','Zmax'],
1698            'Sadp':['U11sin','U22sin','U33sin','U12sin','U13sin','U23sin','U11cos','U22cos',
1699            'U33cos','U12cos','U13cos','U23cos'],'Smag':['MXsin','MYsin','MZsin','MXcos','MYcos','MZcos']}
1700        print >>pFile,135*'-'
1701        for i,at in enumerate(Atoms):
1702            AtomSS = at[-1]['SS1']
1703            waveType = AtomSS['waveType']
1704            for Stype in ['Sfrac','Spos','Sadp','Smag']:
1705                Waves = AtomSS[Stype]
1706                if len(Waves):
1707                    print >>pFile,' atom: %s, site sym: %s, type: %s wave type: %s:'    \
1708                        %(at[ct-1],at[cs],Stype,waveType)
1709                    for iw,wave in enumerate(Waves):
1710                        stiw = ':'+str(i)+':'+str(iw)
1711                        namstr = '  names :'
1712                        valstr = '  values:'
1713                        sigstr = '  esds  :'
1714                        if Stype == 'Spos':
1715                            nt = 6
1716                            ot = 0
1717                            if waveType in ['ZigZag','Block',] and not iw:
1718                                nt = 5
1719                                ot = 6
1720                            for j in range(nt):
1721                                name = names['Spos'][j+ot]
1722                                namstr += '%12s'%(name)
1723                                valstr += '%12.4f'%(wave[0][j])
1724                                if name+stiw in wavesSig:
1725                                    sigstr += '%12.4f'%(wavesSig[name+stiw])
1726                                else:
1727                                    sigstr += 12*' '
1728                        elif Stype == 'Sfrac':
1729                            ot = 0
1730                            if 'Crenel' in waveType and not iw:
1731                                ot = 2
1732                            for j in range(2):
1733                                name = names['Sfrac'][j+ot]
1734                                namstr += '%12s'%(names['Sfrac'][j+ot])
1735                                valstr += '%12.4f'%(wave[0][j])
1736                                if name+stiw in wavesSig:
1737                                    sigstr += '%12.4f'%(wavesSig[name+stiw])
1738                                else:
1739                                    sigstr += 12*' '
1740                        elif Stype == 'Sadp':
1741                            for j in range(12):
1742                                name = names['Sadp'][j]
1743                                namstr += '%10s'%(names['Sadp'][j])
1744                                valstr += '%10.6f'%(wave[0][j])
1745                                if name+stiw in wavesSig:
1746                                    sigstr += '%10.6f'%(wavesSig[name+stiw])
1747                                else:
1748                                    sigstr += 10*' '
1749                        elif Stype == 'Smag':
1750                            for j in range(6):
1751                                name = names['Smag'][j]
1752                                namstr += '%12s'%(names['Smag'][j])
1753                                valstr += '%12.4f'%(wave[0][j])
1754                                if name+stiw in wavesSig:
1755                                    sigstr += '%12.4f'%(wavesSig[name+stiw])
1756                                else:
1757                                    sigstr += 12*' '
1758                               
1759                    print >>pFile,namstr
1760                    print >>pFile,valstr
1761                    print >>pFile,sigstr
1762       
1763               
1764    def PrintRBObjPOAndSig(rbfx,rbsx):
1765        namstr = '  names :'
1766        valstr = '  values:'
1767        sigstr = '  esds  :'
1768        for i,px in enumerate(['Px:','Py:','Pz:']):
1769            name = pfx+rbfx+px+rbsx
1770            namstr += '%12s'%('Pos '+px[1])
1771            valstr += '%12.5f'%(parmDict[name])
1772            if name in sigDict:
1773                sigstr += '%12.5f'%(sigDict[name])
1774            else:
1775                sigstr += 12*' '
1776        for i,po in enumerate(['Oa:','Oi:','Oj:','Ok:']):
1777            name = pfx+rbfx+po+rbsx
1778            namstr += '%12s'%('Ori '+po[1])
1779            valstr += '%12.5f'%(parmDict[name])
1780            if name in sigDict:
1781                sigstr += '%12.5f'%(sigDict[name])
1782            else:
1783                sigstr += 12*' '
1784        print >>pFile,namstr
1785        print >>pFile,valstr
1786        print >>pFile,sigstr
1787       
1788    def PrintRBObjTLSAndSig(rbfx,rbsx,TLS):
1789        namstr = '  names :'
1790        valstr = '  values:'
1791        sigstr = '  esds  :'
1792        if 'N' not in TLS:
1793            print >>pFile,' Thermal motion:'
1794        if 'T' in TLS:
1795            for i,pt in enumerate(['T11:','T22:','T33:','T12:','T13:','T23:']):
1796                name = pfx+rbfx+pt+rbsx
1797                namstr += '%12s'%(pt[:3])
1798                valstr += '%12.5f'%(parmDict[name])
1799                if name in sigDict:
1800                    sigstr += '%12.5f'%(sigDict[name])
1801                else:
1802                    sigstr += 12*' '
1803            print >>pFile,namstr
1804            print >>pFile,valstr
1805            print >>pFile,sigstr
1806        if 'L' in TLS:
1807            namstr = '  names :'
1808            valstr = '  values:'
1809            sigstr = '  esds  :'
1810            for i,pt in enumerate(['L11:','L22:','L33:','L12:','L13:','L23:']):
1811                name = pfx+rbfx+pt+rbsx
1812                namstr += '%12s'%(pt[:3])
1813                valstr += '%12.3f'%(parmDict[name])
1814                if name in sigDict:
1815                    sigstr += '%12.3f'%(sigDict[name])
1816                else:
1817                    sigstr += 12*' '
1818            print >>pFile,namstr
1819            print >>pFile,valstr
1820            print >>pFile,sigstr
1821        if 'S' in TLS:
1822            namstr = '  names :'
1823            valstr = '  values:'
1824            sigstr = '  esds  :'
1825            for i,pt in enumerate(['S12:','S13:','S21:','S23:','S31:','S32:','SAA:','SBB:']):
1826                name = pfx+rbfx+pt+rbsx
1827                namstr += '%12s'%(pt[:3])
1828                valstr += '%12.4f'%(parmDict[name])
1829                if name in sigDict:
1830                    sigstr += '%12.4f'%(sigDict[name])
1831                else:
1832                    sigstr += 12*' '
1833            print >>pFile,namstr
1834            print >>pFile,valstr
1835            print >>pFile,sigstr
1836        if 'U' in TLS:
1837            name = pfx+rbfx+'U:'+rbsx
1838            namstr = '  names :'+'%12s'%('Uiso')
1839            valstr = '  values:'+'%12.5f'%(parmDict[name])
1840            if name in sigDict:
1841                sigstr = '  esds  :'+'%12.5f'%(sigDict[name])
1842            else:
1843                sigstr = '  esds  :'+12*' '
1844            print >>pFile,namstr
1845            print >>pFile,valstr
1846            print >>pFile,sigstr
1847       
1848    def PrintRBObjTorAndSig(rbsx):
1849        namstr = '  names :'
1850        valstr = '  values:'
1851        sigstr = '  esds  :'
1852        nTors = len(RBObj['Torsions'])
1853        if nTors:
1854            print >>pFile,' Torsions:'
1855            for it in range(nTors):
1856                name = pfx+'RBRTr;'+str(it)+':'+rbsx
1857                namstr += '%12s'%('Tor'+str(it))
1858                valstr += '%12.4f'%(parmDict[name])
1859                if name in sigDict:
1860                    sigstr += '%12.4f'%(sigDict[name])
1861            print >>pFile,namstr
1862            print >>pFile,valstr
1863            print >>pFile,sigstr
1864               
1865    def PrintSHtextureAndSig(textureData,SHtextureSig):
1866        print >>pFile,'\n Spherical harmonics texture: Order:' + str(textureData['Order'])
1867        names = ['omega','chi','phi']
1868        namstr = '  names :'
1869        ptstr =  '  values:'
1870        sigstr = '  esds  :'
1871        for name in names:
1872            namstr += '%12s'%(name)
1873            ptstr += '%12.3f'%(textureData['Sample '+name][1])
1874            if 'Sample '+name in SHtextureSig:
1875                sigstr += '%12.3f'%(SHtextureSig['Sample '+name])
1876            else:
1877                sigstr += 12*' '
1878        print >>pFile,namstr
1879        print >>pFile,ptstr
1880        print >>pFile,sigstr
1881        print >>pFile,'\n Texture coefficients:'
1882        SHcoeff = textureData['SH Coeff'][1]
1883        SHkeys = SHcoeff.keys()
1884        nCoeff = len(SHcoeff)
1885        nBlock = nCoeff/10+1
1886        iBeg = 0
1887        iFin = min(iBeg+10,nCoeff)
1888        for block in range(nBlock):
1889            namstr = '  names :'
1890            ptstr =  '  values:'
1891            sigstr = '  esds  :'
1892            for name in SHkeys[iBeg:iFin]:
1893                namstr += '%12s'%(name)
1894                ptstr += '%12.3f'%(SHcoeff[name])
1895                if name in SHtextureSig:
1896                    sigstr += '%12.3f'%(SHtextureSig[name])
1897                else:
1898                    sigstr += 12*' '
1899            print >>pFile,namstr
1900            print >>pFile,ptstr
1901            print >>pFile,sigstr
1902            iBeg += 10
1903            iFin = min(iBeg+10,nCoeff)
1904           
1905    print >>pFile,'\n Phases:'
1906    for phase in Phases:
1907        print >>pFile,' Result for phase: ',phase
1908        print >>pFile,135*'='
1909        Phase = Phases[phase]
1910        General = Phase['General']
1911        SGData = General['SGData']
1912        Atoms = Phase['Atoms']
1913        if Atoms and not General.get('doPawley'):
1914            cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1915            AtLookup = G2mth.FillAtomLookUp(Atoms,cia+8)
1916        cell = General['Cell']
1917        pId = Phase['pId']
1918        pfx = str(pId)+'::'
1919        if cell[0]:
1920            A,sigA = cellFill(pfx,SGData,parmDict,sigDict)
1921            cellSig = getCellEsd(pfx,SGData,A,covData)  #includes sigVol
1922            print >>pFile,' Reciprocal metric tensor: '
1923            ptfmt = "%15.9f"
1924            names = ['A11','A22','A33','A12','A13','A23']
1925            namstr = '  names :'
1926            ptstr =  '  values:'
1927            sigstr = '  esds  :'
1928            for name,a,siga in zip(names,A,sigA):
1929                namstr += '%15s'%(name)
1930                ptstr += ptfmt%(a)
1931                if siga:
1932                    sigstr += ptfmt%(siga)
1933                else:
1934                    sigstr += 15*' '
1935            print >>pFile,namstr
1936            print >>pFile,ptstr
1937            print >>pFile,sigstr
1938            cell[1:7] = G2lat.A2cell(A)
1939            cell[7] = G2lat.calc_V(A)
1940            print >>pFile,' New unit cell:'
1941            ptfmt = ["%12.6f","%12.6f","%12.6f","%12.4f","%12.4f","%12.4f","%12.3f"]
1942            names = ['a','b','c','alpha','beta','gamma','Volume']
1943            namstr = '  names :'
1944            ptstr =  '  values:'
1945            sigstr = '  esds  :'
1946            for name,fmt,a,siga in zip(names,ptfmt,cell[1:8],cellSig):
1947                namstr += '%12s'%(name)
1948                ptstr += fmt%(a)
1949                if siga:
1950                    sigstr += fmt%(siga)
1951                else:
1952                    sigstr += 12*' '
1953            print >>pFile,namstr
1954            print >>pFile,ptstr
1955            print >>pFile,sigstr
1956        ik = 6  #for Pawley stuff below
1957        if General.get('Modulated',False):
1958            ik = 7
1959            Vec,vRef,maxH = General['SuperVec']
1960            if vRef:
1961                print >>pFile,' New modulation vector:'
1962                namstr = '  names :'
1963                ptstr =  '  values:'
1964                sigstr = '  esds  :'
1965                for var in ['mV0','mV1','mV2']:
1966                    namstr += '%12s'%(pfx+var)
1967                    ptstr += '%12.6f'%(parmDict[pfx+var])
1968                    if pfx+var in sigDict:
1969                        sigstr += '%12.6f'%(sigDict[pfx+var])
1970                    else:
1971                        sigstr += 12*' '
1972                print >>pFile,namstr
1973                print >>pFile,ptstr
1974                print >>pFile,sigstr
1975           
1976        General['Mass'] = 0.
1977        if Phase['General'].get('doPawley'):
1978            pawleyRef = Phase['Pawley ref']
1979            for i,refl in enumerate(pawleyRef):
1980                key = pfx+'PWLref:'+str(i)
1981                refl[ik] = parmDict[key]
1982                if key in sigDict:
1983                    refl[ik+1] = sigDict[key]
1984                else:
1985                    refl[ik+1] = 0
1986        else:
1987            VRBIds = RBIds['Vector']
1988            RRBIds = RBIds['Residue']
1989            RBModels = Phase['RBModels']
1990            for irb,RBObj in enumerate(RBModels.get('Vector',[])):
1991                jrb = VRBIds.index(RBObj['RBId'])
1992                rbsx = str(irb)+':'+str(jrb)
1993                print >>pFile,' Vector rigid body parameters:'
1994                PrintRBObjPOAndSig('RBV',rbsx)
1995                PrintRBObjTLSAndSig('RBV',rbsx,RBObj['ThermalMotion'][0])
1996            for irb,RBObj in enumerate(RBModels.get('Residue',[])):
1997                jrb = RRBIds.index(RBObj['RBId'])
1998                rbsx = str(irb)+':'+str(jrb)
1999                print >>pFile,' Residue rigid body parameters:'
2000                PrintRBObjPOAndSig('RBR',rbsx)
2001                PrintRBObjTLSAndSig('RBR',rbsx,RBObj['ThermalMotion'][0])
2002                PrintRBObjTorAndSig(rbsx)
2003            atomsSig = {}
2004            wavesSig = {}
2005            cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
2006            for i,at in enumerate(Atoms):
2007                names = {cx:pfx+'Ax:'+str(i),cx+1:pfx+'Ay:'+str(i),cx+2:pfx+'Az:'+str(i),cx+3:pfx+'Afrac:'+str(i),
2008                    cia+1:pfx+'AUiso:'+str(i),cia+2:pfx+'AU11:'+str(i),cia+3:pfx+'AU22:'+str(i),cia+4:pfx+'AU33:'+str(i),
2009                    cia+5:pfx+'AU12:'+str(i),cia+6:pfx+'AU13:'+str(i),cia+7:pfx+'AU23:'+str(i),
2010                    cx+4:pfx+'AMx:'+str(i),cx+5:pfx+'AMy:'+str(i),cx+6:pfx+'AMz:'+str(i)}
2011                for ind in range(cx,cx+4):
2012                    at[ind] = parmDict[names[ind]]
2013                    if ind in range(cx,cx+3):
2014                        name = names[ind].replace('A','dA')
2015                    else:
2016                        name = names[ind]
2017                    if name in sigDict:
2018                        atomsSig[str(i)+':'+str(ind)] = sigDict[name]
2019                if at[cia] == 'I':
2020                    at[cia+1] = parmDict[names[cia+1]]
2021                    if names[cia+1] in sigDict:
2022                        atomsSig['%d:%d'%(i,cia+1)] = sigDict[names[cia+1]]
2023                else:
2024                    for ind in range(cia+2,cia+8):
2025                        at[ind] = parmDict[names[ind]]
2026                        if names[ind] in sigDict:
2027                            atomsSig[str(i)+':'+str(ind)] = sigDict[names[ind]]
2028                if General['Type'] == 'magnetic':
2029                    for ind in range(cx+4,cx+7):
2030                        at[ind] = parmDict[names[ind]]
2031                        if names[ind] in sigDict:
2032                            atomsSig[str(i)+':'+str(ind)] = sigDict[names[ind]]
2033                ind = General['AtomTypes'].index(at[ct])
2034                General['Mass'] += General['AtomMass'][ind]*at[cx+3]*at[cx+5]
2035                if General.get('Modulated',False):
2036                    AtomSS = at[-1]['SS1']
2037                    waveType = AtomSS['waveType']
2038                    for Stype in ['Sfrac','Spos','Sadp','Smag']:
2039                        Waves = AtomSS[Stype]
2040                        for iw,wave in enumerate(Waves):
2041                            stiw = str(i)+':'+str(iw)
2042                            if Stype == 'Spos':
2043                                if waveType in ['ZigZag','Block',] and not iw:
2044                                    names = ['Tmin:'+stiw,'Tmax:'+stiw,'Xmax:'+stiw,'Ymax:'+stiw,'Zmax:'+stiw]
2045                                else:
2046                                    names = ['Xsin:'+stiw,'Ysin:'+stiw,'Zsin:'+stiw,
2047                                        'Xcos:'+stiw,'Ycos:'+stiw,'Zcos:'+stiw]
2048                            elif Stype == 'Sadp':
2049                                names = ['U11sin:'+stiw,'U22sin:'+stiw,'U33sin:'+stiw,
2050                                    'U12sin:'+stiw,'U13sin:'+stiw,'U23sin:'+stiw,
2051                                    'U11cos:'+stiw,'U22cos:'+stiw,'U33cos:'+stiw,
2052                                    'U12cos:'+stiw,'U13cos:'+stiw,'U23cos:'+stiw]
2053                            elif Stype == 'Sfrac':
2054                                if 'Crenel' in waveType and not iw:
2055                                    names = ['Fzero:'+stiw,'Fwid:'+stiw]
2056                                else:
2057                                    names = ['Fsin:'+stiw,'Fcos:'+stiw]
2058                            elif Stype == 'Smag':
2059                                names = ['MXsin:'+stiw,'MYsin:'+stiw,'MZsin:'+stiw,
2060                                    'MXcos:'+stiw,'MYcos:'+stiw,'MZcos:'+stiw]
2061                            for iname,name in enumerate(names):
2062                                AtomSS[Stype][iw][0][iname] = parmDict[pfx+name]
2063                                if pfx+name in sigDict:
2064                                    wavesSig[name] = sigDict[pfx+name]
2065                   
2066            PrintAtomsAndSig(General,Atoms,atomsSig)
2067            if General['Type'] == 'magnetic':
2068                PrintMomentsAndSig(General,Atoms,atomsSig)
2069            if General.get('Modulated',False):
2070                PrintWavesAndSig(General,Atoms,wavesSig)
2071           
2072       
2073        textureData = General['SH Texture']   
2074        if textureData['Order']:
2075            SHtextureSig = {}
2076            for name in ['omega','chi','phi']:
2077                aname = pfx+'SH '+name
2078                textureData['Sample '+name][1] = parmDict[aname]
2079                if aname in sigDict:
2080                    SHtextureSig['Sample '+name] = sigDict[aname]
2081            for name in textureData['SH Coeff'][1]:
2082                aname = pfx+name
2083                textureData['SH Coeff'][1][name] = parmDict[aname]
2084                if aname in sigDict:
2085                    SHtextureSig[name] = sigDict[aname]
2086            PrintSHtextureAndSig(textureData,SHtextureSig)
2087        if phase in RestraintDict and not Phase['General'].get('doPawley'):
2088            PrintRestraints(cell[1:7],SGData,General['AtomPtrs'],Atoms,AtLookup,
2089                textureData,RestraintDict[phase],pFile)
2090                   
2091################################################################################
2092##### Histogram & Phase data
2093################################################################################       
2094                   
2095def GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=True,pFile=None,resetRefList=True):
2096    '''Loads the HAP histogram/phase information into dicts
2097
2098    :param dict Phases: phase information
2099    :param dict Histograms: Histogram information
2100    :param bool Print: prints information as it is read
2101    :param file pFile: file object to print to (the default, None causes printing to the console)
2102    :param bool resetRefList: Should the contents of the Reflection List be initialized
2103      on loading. The default, True, initializes the Reflection List as it is loaded.
2104
2105    :returns: (hapVary,hapDict,controlDict)
2106      * hapVary: list of refined variables
2107      * hapDict: dict with refined variables and their values
2108      * controlDict: dict with fixed parameters
2109    '''
2110   
2111    def PrintSize(hapData):
2112        if hapData[0] in ['isotropic','uniaxial']:
2113            line = '\n Size model    : %9s'%(hapData[0])
2114            line += ' equatorial:'+'%12.3f'%(hapData[1][0])+' Refine? '+str(hapData[2][0])
2115            if hapData[0] == 'uniaxial':
2116                line += ' axial:'+'%12.3f'%(hapData[1][1])+' Refine? '+str(hapData[2][1])
2117            line += '\n\t LG mixing coeff.: %12.4f'%(hapData[1][2])+' Refine? '+str(hapData[2][2])
2118            print >>pFile,line
2119        else:
2120            print >>pFile,'\n Size model    : %s'%(hapData[0])+ \
2121                '\n\t LG mixing coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])+' Refine? '+str(hapData[2][2])
2122            Snames = ['S11','S22','S33','S12','S13','S23']
2123            ptlbls = ' names :'
2124            ptstr =  ' values:'
2125            varstr = ' refine:'
2126            for i,name in enumerate(Snames):
2127                ptlbls += '%12s' % (name)
2128                ptstr += '%12.3f' % (hapData[4][i])
2129                varstr += '%12s' % (str(hapData[5][i]))
2130            print >>pFile,ptlbls
2131            print >>pFile,ptstr
2132            print >>pFile,varstr
2133       
2134    def PrintMuStrain(hapData,SGData):
2135        if hapData[0] in ['isotropic','uniaxial']:
2136            line = '\n Mustrain model: %9s'%(hapData[0])
2137            line += ' equatorial:'+'%12.1f'%(hapData[1][0])+' Refine? '+str(hapData[2][0])
2138            if hapData[0] == 'uniaxial':
2139                line += ' axial:'+'%12.1f'%(hapData[1][1])+' Refine? '+str(hapData[2][1])
2140            line +='\n\t LG mixing coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])+' Refine? '+str(hapData[2][2])
2141            print >>pFile,line
2142        else:
2143            print >>pFile,'\n Mustrain model: %s'%(hapData[0])+ \
2144                '\n\t LG mixing coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])+' Refine? '+str(hapData[2][2])
2145            Snames = G2spc.MustrainNames(SGData)
2146            ptlbls = ' names :'
2147            ptstr =  ' values:'
2148            varstr = ' refine:'
2149            for i,name in enumerate(Snames):
2150                ptlbls += '%12s' % (name)
2151                ptstr += '%12.1f' % (hapData[4][i])
2152                varstr += '%12s' % (str(hapData[5][i]))
2153            print >>pFile,ptlbls
2154            print >>pFile,ptstr
2155            print >>pFile,varstr
2156
2157    def PrintHStrain(hapData,SGData):
2158        print >>pFile,'\n Hydrostatic/elastic strain: '
2159        Hsnames = G2spc.HStrainNames(SGData)
2160        ptlbls = ' names :'
2161        ptstr =  ' values:'
2162        varstr = ' refine:'
2163        for i,name in enumerate(Hsnames):
2164            ptlbls += '%12s' % (name)
2165            ptstr += '%12.4g' % (hapData[0][i])
2166            varstr += '%12s' % (str(hapData[1][i]))
2167        print >>pFile,ptlbls
2168        print >>pFile,ptstr
2169        print >>pFile,varstr
2170
2171    def PrintSHPO(hapData):
2172        print >>pFile,'\n Spherical harmonics preferred orientation: Order:' + \
2173            str(hapData[4])+' Refine? '+str(hapData[2])
2174        ptlbls = ' names :'
2175        ptstr =  ' values:'
2176        for item in hapData[5]:
2177            ptlbls += '%12s'%(item)
2178            ptstr += '%12.3f'%(hapData[5][item]) 
2179        print >>pFile,ptlbls
2180        print >>pFile,ptstr
2181   
2182    def PrintBabinet(hapData):
2183        print >>pFile,'\n Babinet form factor modification: '
2184        ptlbls = ' names :'
2185        ptstr =  ' values:'
2186        varstr = ' refine:'
2187        for name in ['BabA','BabU']:
2188            ptlbls += '%12s' % (name)
2189            ptstr += '%12.6f' % (hapData[name][0])
2190            varstr += '%12s' % (str(hapData[name][1]))
2191        print >>pFile,ptlbls
2192        print >>pFile,ptstr
2193        print >>pFile,varstr
2194       
2195    hapDict = {}
2196    hapVary = []
2197    controlDict = {}
2198   
2199    for phase in Phases:
2200        HistoPhase = Phases[phase]['Histograms']
2201        SGData = Phases[phase]['General']['SGData']
2202        cell = Phases[phase]['General']['Cell'][1:7]
2203        A = G2lat.cell2A(cell)
2204        if Phases[phase]['General'].get('Modulated',False):
2205            SSGData = Phases[phase]['General']['SSGData']
2206            Vec,x,maxH = Phases[phase]['General']['SuperVec']
2207        pId = Phases[phase]['pId']
2208        histoList = HistoPhase.keys()
2209        histoList.sort()
2210        for histogram in histoList:
2211            try:
2212                Histogram = Histograms[histogram]
2213            except KeyError:                       
2214                #skip if histogram not included e.g. in a sequential refinement
2215                continue
2216            if not HistoPhase[histogram]['Use']:        #remove previously created  & now unused phase reflection list
2217                if phase in Histograms[histogram]['Reflection Lists']:
2218                    del Histograms[histogram]['Reflection Lists'][phase]
2219                continue
2220            hapData = HistoPhase[histogram]
2221            hId = Histogram['hId']
2222            if 'PWDR' in histogram:
2223                limits = Histogram['Limits'][1]
2224                inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
2225                if 'C' in inst['Type'][1]:
2226                    try:
2227                        wave = inst['Lam'][1]
2228                    except KeyError:
2229                        wave = inst['Lam1'][1]
2230                    dmin = wave/(2.0*sind(limits[1]/2.0))
2231                elif 'T' in inst['Type'][0]:
2232                    dmin = limits[0]/inst['difC'][1]
2233                pfx = str(pId)+':'+str(hId)+':'
2234                if Phases[phase]['General']['doPawley']:
2235                    hapDict[pfx+'LeBail'] = False           #Pawley supercedes LeBail
2236                    hapDict[pfx+'newLeBail'] = True
2237                    Tmin = G2lat.Dsp2pos(inst,dmin)
2238                    if 'C' in inst['Type'][1]:
2239                        limits[1] = min(limits[1],Tmin)
2240                    else:
2241                        limits[0] = max(limits[0],Tmin)
2242                else:
2243                    hapDict[pfx+'LeBail'] = hapData.get('LeBail',False)
2244                    hapDict[pfx+'newLeBail'] = hapData.get('newLeBail',True)
2245                if Phases[phase]['General']['Type'] == 'magnetic':
2246                    dmin = max(dmin,Phases[phase]['General']['MagDmin'])
2247                for item in ['Scale','Extinction']:
2248                    hapDict[pfx+item] = hapData[item][0]
2249                    if hapData[item][1] and not hapDict[pfx+'LeBail']:
2250                        hapVary.append(pfx+item)
2251                names = G2spc.HStrainNames(SGData)
2252                HSvals = []
2253                for i,name in enumerate(names):
2254                    hapDict[pfx+name] = hapData['HStrain'][0][i]
2255                    HSvals.append(hapDict[pfx+name])
2256                    if hapData['HStrain'][1][i] and not hapDict[pfx+'LeBail']:
2257                        hapVary.append(pfx+name)
2258                controlDict[pfx+'poType'] = hapData['Pref.Ori.'][0]
2259                if hapData['Pref.Ori.'][0] == 'MD':
2260                    hapDict[pfx+'MD'] = hapData['Pref.Ori.'][1]
2261                    controlDict[pfx+'MDAxis'] = hapData['Pref.Ori.'][3]
2262                    if hapData['Pref.Ori.'][2] and not hapDict[pfx+'LeBail']:
2263                        hapVary.append(pfx+'MD')
2264                else:                           #'SH' spherical harmonics
2265                    controlDict[pfx+'SHord'] = hapData['Pref.Ori.'][4]
2266                    controlDict[pfx+'SHncof'] = len(hapData['Pref.Ori.'][5])
2267                    controlDict[pfx+'SHnames'] = G2lat.GenSHCoeff(SGData['SGLaue'],'0',controlDict[pfx+'SHord'],False)
2268                    controlDict[pfx+'SHhkl'] = []
2269                    try: #patch for old Pref.Ori. items
2270                        controlDict[pfx+'SHtoler'] = 0.1
2271                        if hapData['Pref.Ori.'][6][0] != '':
2272                            controlDict[pfx+'SHhkl'] = [eval(a.replace(' ',',')) for a in hapData['Pref.Ori.'][6]]
2273                        controlDict[pfx+'SHtoler'] = hapData['Pref.Ori.'][7]
2274                    except IndexError:
2275                        pass
2276                    for item in hapData['Pref.Ori.'][5]:
2277                        hapDict[pfx+item] = hapData['Pref.Ori.'][5][item]
2278                        if hapData['Pref.Ori.'][2] and not hapDict[pfx+'LeBail']:
2279                            hapVary.append(pfx+item)
2280                for item in ['Mustrain','Size']:
2281                    controlDict[pfx+item+'Type'] = hapData[item][0]
2282                    hapDict[pfx+item+';mx'] = hapData[item][1][2]
2283                    if hapData[item][2][2]:
2284                        hapVary.append(pfx+item+';mx')
2285                    if hapData[item][0] in ['isotropic','uniaxial']:
2286                        hapDict[pfx+item+';i'] = hapData[item][1][0]
2287                        if hapData[item][2][0]:
2288                            hapVary.append(pfx+item+';i')
2289                        if hapData[item][0] == 'uniaxial':
2290                            controlDict[pfx+item+'Axis'] = hapData[item][3]
2291                            hapDict[pfx+item+';a'] = hapData[item][1][1]
2292                            if hapData[item][2][1]:
2293                                hapVary.append(pfx+item+';a')
2294                    else:       #generalized for mustrain or ellipsoidal for size
2295                        Nterms = len(hapData[item][4])
2296                        if item == 'Mustrain':
2297                            names = G2spc.MustrainNames(SGData)
2298                            pwrs = []
2299                            for name in names:
2300                                h,k,l = name[1:]
2301                                pwrs.append([int(h),int(k),int(l)])
2302                            controlDict[pfx+'MuPwrs'] = pwrs
2303                        for i in range(Nterms):
2304                            sfx = ';'+str(i)
2305                            hapDict[pfx+item+sfx] = hapData[item][4][i]
2306                            if hapData[item][5][i]:
2307                                hapVary.append(pfx+item+sfx)
2308                if Phases[phase]['General']['Type'] != 'magnetic':
2309                    for bab in ['BabA','BabU']:
2310                        hapDict[pfx+bab] = hapData['Babinet'][bab][0]
2311                        if hapData['Babinet'][bab][1] and not hapDict[pfx+'LeBail']:
2312                            hapVary.append(pfx+bab)
2313                               
2314                if Print: 
2315                    print >>pFile,'\n Phase: ',phase,' in histogram: ',histogram
2316                    print >>pFile,135*'='
2317                    if hapDict[pfx+'LeBail']:
2318                        print >>pFile,' Perform LeBail extraction'                       
2319                    else:
2320                        print >>pFile,' Phase fraction  : %10.4f'%(hapData['Scale'][0]),' Refine?',hapData['Scale'][1]
2321                        print >>pFile,' Extinction coeff: %10.4f'%(hapData['Extinction'][0]),' Refine?',hapData['Extinction'][1]
2322                        if hapData['Pref.Ori.'][0] == 'MD':
2323                            Ax = hapData['Pref.Ori.'][3]
2324                            print >>pFile,' March-Dollase PO: %10.4f'%(hapData['Pref.Ori.'][1]),' Refine?',hapData['Pref.Ori.'][2], \
2325                                ' Axis: %d %d %d'%(Ax[0],Ax[1],Ax[2])
2326                        else: #'SH' for spherical harmonics
2327                            PrintSHPO(hapData['Pref.Ori.'])
2328                            print >>pFile,' Penalty hkl list: '+str(controlDict[pfx+'SHhkl'])+' tolerance: %.2f'%(controlDict[pfx+'SHtoler'])
2329                    PrintSize(hapData['Size'])
2330                    PrintMuStrain(hapData['Mustrain'],SGData)
2331                    PrintHStrain(hapData['HStrain'],SGData)
2332                    if Phases[phase]['General']['Type'] != 'magnetic':
2333                        if hapData['Babinet']['BabA'][0]:
2334                            PrintBabinet(hapData['Babinet'])                       
2335                if resetRefList and hapDict[pfx+'newLeBail']:
2336                    if hapData.get('LeBail',True):         #stop regeneating reflections for LeBail
2337                        hapData['newLeBail'] = False
2338                    refList = []
2339                    Uniq = []
2340                    Phi = []
2341                    useExt = 'magnetic' in Phases[phase]['General']['Type'] and 'N' in inst['Type'][0]
2342                    if Phases[phase]['General'].get('Modulated',False):
2343                        ifSuper = True
2344                        HKLd = np.array(G2lat.GenSSHLaue(dmin,SGData,SSGData,Vec,maxH,A))
2345                        HKLd = G2mth.sortArray(HKLd,4,reverse=True)
2346                        for h,k,l,m,d in HKLd:
2347                            ext,mul,uniq,phi = G2spc.GenHKLf([h,k,l],SGData)
2348                            mul *= 2      # for powder overlap of Friedel pairs
2349                            if m or not ext or useExt:
2350                                if 'C' in inst['Type'][0]:
2351                                    pos = G2lat.Dsp2pos(inst,d)
2352                                    if limits[0] < pos < limits[1]:
2353                                        refList.append([h,k,l,m,mul,d, pos,0.0,0.0,0.0,100., 0.0,0.0,1.0,1.0,1.0])
2354                                        #... sig,gam,fotsq,fctsq, phase,icorr,prfo,abs,ext
2355                                        Uniq.append(uniq)
2356                                        Phi.append(phi)
2357                                elif 'T' in inst['Type'][0]:
2358                                    pos = G2lat.Dsp2pos(inst,d)
2359                                    if limits[0] < pos < limits[1]:
2360                                        wave = inst['difC'][1]*d/(252.816*inst['fltPath'][0])
2361                                        refList.append([h,k,l,m,mul,d, pos,0.0,0.0,0.0,100., 0.0,0.0,0.0,0.0,wave, 1.0,1.0,1.0])
2362                                        # ... sig,gam,fotsq,fctsq, phase,icorr,alp,bet,wave, prfo,abs,ext
2363                                        Uniq.append(uniq)
2364                                        Phi.append(phi)
2365                    else:
2366                        ifSuper = False
2367                        HKLd = np.array(G2lat.GenHLaue(dmin,SGData,A))
2368                        HKLd = G2mth.sortArray(HKLd,3,reverse=True)
2369                        for h,k,l,d in HKLd:
2370                            ext,mul,uniq,phi = G2spc.GenHKLf([h,k,l],SGData)
2371                            mul *= 2      # for powder overlap of Friedel pairs
2372                            if ext and not useExt:
2373                                continue
2374                            if 'C' in inst['Type'][0]:
2375                                pos = G2lat.Dsp2pos(inst,d)
2376                                if limits[0] < pos < limits[1]:
2377                                    refList.append([h,k,l,mul,d, pos,0.0,0.0,0.0,100., 0.0,0.0,1.0,1.0,1.0])
2378                                    #... sig,gam,fotsq,fctsq, phase,icorr,prfo,abs,ext
2379                                    Uniq.append(uniq)
2380                                    Phi.append(phi)
2381                            elif 'T' in inst['Type'][0]:
2382                                pos = G2lat.Dsp2pos(inst,d)
2383                                if limits[0] < pos < limits[1]:
2384                                    wave = inst['difC'][1]*d/(252.816*inst['fltPath'][0])
2385                                    refList.append([h,k,l,mul,d, pos,0.0,0.0,0.0,100., 0.0,0.0,0.0,0.0,wave, 1.0,1.0,1.0])
2386                                    # ... sig,gam,fotsq,fctsq, phase,icorr,alp,bet,wave, prfo,abs,ext
2387                                    Uniq.append(uniq)
2388                                    Phi.append(phi)
2389                    Histogram['Reflection Lists'][phase] = {'RefList':np.array(refList),'FF':{},'Type':inst['Type'][0],'Super':ifSuper}
2390            elif 'HKLF' in histogram:
2391                inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
2392                hId = Histogram['hId']
2393                hfx = ':%d:'%(hId)
2394                for item in inst:
2395                    if type(inst) is not list and item != 'Type': continue # skip over non-refined items (such as InstName)
2396                    hapDict[hfx+item] = inst[item][1]
2397                pfx = str(pId)+':'+str(hId)+':'
2398                hapDict[pfx+'Scale'] = hapData['Scale'][0]
2399                if hapData['Scale'][1]:
2400                    hapVary.append(pfx+'Scale')
2401                               
2402                extApprox,extType,extParms = hapData['Extinction']
2403                controlDict[pfx+'EType'] = extType
2404                controlDict[pfx+'EApprox'] = extApprox
2405                if 'C' in inst['Type'][0]:
2406                    controlDict[pfx+'Tbar'] = extParms['Tbar']
2407                    controlDict[pfx+'Cos2TM'] = extParms['Cos2TM']
2408                if 'Primary' in extType:
2409                    Ekey = ['Ep',]
2410                elif 'I & II' in extType:
2411                    Ekey = ['Eg','Es']
2412                elif 'Secondary Type II' == extType:
2413                    Ekey = ['Es',]
2414                elif 'Secondary Type I' == extType:
2415                    Ekey = ['Eg',]
2416                else:   #'None'
2417                    Ekey = []
2418                for eKey in Ekey:
2419                    hapDict[pfx+eKey] = extParms[eKey][0]
2420                    if extParms[eKey][1]:
2421                        hapVary.append(pfx+eKey)
2422                for bab in ['BabA','BabU']:
2423                    hapDict[pfx+bab] = hapData['Babinet'][bab][0]
2424                    if hapData['Babinet'][bab][1]:
2425                        hapVary.append(pfx+bab)
2426                Twins = hapData.get('Twins',[[np.array([[1,0,0],[0,1,0],[0,0,1]]),[1.0,False,0]],])
2427                if len(Twins) == 1:
2428                    hapDict[pfx+'Flack'] = hapData.get('Flack',[0.,False])[0]
2429                    if hapData.get('Flack',[0,False])[1]:
2430                        hapVary.append(pfx+'Flack')
2431                sumTwFr = 0.
2432                controlDict[pfx+'TwinLaw'] = []
2433                controlDict[pfx+'TwinInv'] = []
2434                NTL = 0           
2435                for it,twin in enumerate(Twins):
2436                    if 'bool' in str(type(twin[0])):
2437                        controlDict[pfx+'TwinInv'].append(twin[0])
2438                        controlDict[pfx+'TwinLaw'].append(np.zeros((3,3)))
2439                    else:
2440                        NTL += 1
2441                        controlDict[pfx+'TwinInv'].append(False)
2442                        controlDict[pfx+'TwinLaw'].append(twin[0])
2443                    if it:
2444                        hapDict[pfx+'TwinFr:'+str(it)] = twin[1]
2445                        sumTwFr += twin[1]
2446                    else:
2447                        hapDict[pfx+'TwinFr:0'] = twin[1][0]
2448                        controlDict[pfx+'TwinNMN'] = twin[1][1]
2449                    if Twins[0][1][1]:
2450                        hapVary.append(pfx+'TwinFr:'+str(it))
2451                controlDict[pfx+'NTL'] = NTL
2452                #need to make constraint on TwinFr
2453                controlDict[pfx+'TwinLaw'] = np.array(controlDict[pfx+'TwinLaw'])
2454                if len(Twins) > 1:    #force sum to unity
2455                    hapDict[pfx+'TwinFr:0'] = 1.-sumTwFr
2456                if Print: 
2457                    print >>pFile,'\n Phase: ',phase,' in histogram: ',histogram
2458                    print >>pFile,135*'='
2459                    print >>pFile,' Scale factor     : %10.4f'%(hapData['Scale'][0]),' Refine?',hapData['Scale'][1]
2460                    if extType != 'None':
2461                        print >>pFile,' Extinction  Type: %15s'%(extType),' approx: %10s'%(extApprox)
2462                        text = ' Parameters       :'
2463                        for eKey in Ekey:
2464                            text += ' %4s : %10.3e Refine? '%(eKey,extParms[eKey][0])+str(extParms[eKey][1])
2465                        print >>pFile,text
2466                    if hapData['Babinet']['BabA'][0]:
2467                        PrintBabinet(hapData['Babinet'])
2468                    if not SGData['SGInv'] and len(Twins) == 1:
2469                        print >>pFile,' Flack parameter: %10.3f'%(hapData['Flack'][0]),' Refine?',hapData['Flack'][1]
2470                    if len(Twins) > 1:
2471                        for it,twin in enumerate(Twins):
2472                            if 'bool' in str(type(twin[0])):
2473                                print >>pFile,' Nonmerohedral twin fr.: %5.3f Inv? %s Refine? '%(hapDict[pfx+'TwinFr:'+str(it)],str(controlDict[pfx+'TwinInv'][it])),Twins[0][1][1] 
2474                            else:
2475                                print >>pFile,' Twin law: %s'%(str(twin[0]).replace('\n',',')),' Twin fr.: %5.3f Refine? '%(hapDict[pfx+'TwinFr:'+str(it)]),Twins[0][1][1] 
2476                       
2477                Histogram['Reflection Lists'] = phase       
2478               
2479    return hapVary,hapDict,controlDict
2480   
2481def SetHistogramPhaseData(parmDict,sigDict,Phases,Histograms,FFtables,Print=True,pFile=None):
2482    'needs a doc string'
2483   
2484    def PrintSizeAndSig(hapData,sizeSig):
2485        line = '\n Size model:     %9s'%(hapData[0])
2486        refine = False
2487        if hapData[0] in ['isotropic','uniaxial']:
2488            line += ' equatorial:%12.5f'%(hapData[1][0])
2489            if sizeSig[0][0]:
2490                line += ', sig:%8.4f'%(sizeSig[0][0])
2491                refine = True
2492            if hapData[0] == 'uniaxial':
2493                line += ' axial:%12.4f'%(hapData[1][1])
2494                if sizeSig[0][1]:
2495                    refine = True
2496                    line += ', sig:%8.4f'%(sizeSig[0][1])
2497            line += ' LG mix coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])
2498            if sizeSig[0][2]:
2499                refine = True
2500                line += ', sig:%8.4f'%(sizeSig[0][2])
2501            if refine:
2502                print >>pFile,line
2503        else:
2504            line += ' LG mix coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])
2505            if sizeSig[0][2]:
2506                refine = True
2507                line += ', sig:%8.4f'%(sizeSig[0][2])
2508            Snames = ['S11','S22','S33','S12','S13','S23']
2509            ptlbls = ' name  :'
2510            ptstr =  ' value :'
2511            sigstr = ' sig   :'
2512            for i,name in enumerate(Snames):
2513                ptlbls += '%12s' % (name)
2514                ptstr += '%12.6f' % (hapData[4][i])
2515                if sizeSig[1][i]:
2516                    refine = True
2517                    sigstr += '%12.6f' % (sizeSig[1][i])
2518                else:
2519                    sigstr += 12*' '
2520            if refine:
2521                print >>pFile,line
2522                print >>pFile,ptlbls
2523                print >>pFile,ptstr
2524                print >>pFile,sigstr
2525       
2526    def PrintMuStrainAndSig(hapData,mustrainSig,SGData):
2527        line = '\n Mustrain model: %9s'%(hapData[0])
2528        refine = False
2529        if hapData[0] in ['isotropic','uniaxial']:
2530            line += ' equatorial:%12.1f'%(hapData[1][0])
2531            if mustrainSig[0][0]:
2532                line += ', sig:%8.1f'%(mustrainSig[0][0])
2533                refine = True
2534            if hapData[0] == 'uniaxial':
2535                line += ' axial:%12.1f'%(hapData[1][1])
2536                if mustrainSig[0][1]:
2537                     line += ', sig:%8.1f'%(mustrainSig[0][1])
2538            line += ' LG mix coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])
2539            if mustrainSig[0][2]:
2540                refine = True
2541                line += ', sig:%8.3f'%(mustrainSig[0][2])
2542            if refine:
2543                print >>pFile,line
2544        else:
2545            line += ' LG mix coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])
2546            if mustrainSig[0][2]:
2547                refine = True
2548                line += ', sig:%8.3f'%(mustrainSig[0][2])
2549            Snames = G2spc.MustrainNames(SGData)
2550            ptlbls = ' name  :'
2551            ptstr =  ' value :'
2552            sigstr = ' sig   :'
2553            for i,name in enumerate(Snames):
2554                ptlbls += '%12s' % (name)
2555                ptstr += '%12.1f' % (hapData[4][i])
2556                if mustrainSig[1][i]:
2557                    refine = True
2558                    sigstr += '%12.1f' % (mustrainSig[1][i])
2559                else:
2560                    sigstr += 12*' '
2561            if refine:
2562                print >>pFile,line
2563                print >>pFile,ptlbls
2564                print >>pFile,ptstr
2565                print >>pFile,sigstr
2566           
2567    def PrintHStrainAndSig(hapData,strainSig,SGData):
2568        Hsnames = G2spc.HStrainNames(SGData)
2569        ptlbls = ' name  :'
2570        ptstr =  ' value :'
2571        sigstr = ' sig   :'
2572        refine = False
2573        for i,name in enumerate(Hsnames):
2574            ptlbls += '%12s' % (name)
2575            ptstr += '%12.4g' % (hapData[0][i])
2576            if name in strainSig:
2577                refine = True
2578                sigstr += '%12.4g' % (strainSig[name])
2579            else:
2580                sigstr += 12*' '
2581        if refine:
2582            print >>pFile,'\n Hydrostatic/elastic strain: '
2583            print >>pFile,ptlbls
2584            print >>pFile,ptstr
2585            print >>pFile,sigstr
2586       
2587    def PrintSHPOAndSig(pfx,hapData,POsig):
2588        print >>pFile,'\n Spherical harmonics preferred orientation: Order:'+str(hapData[4])
2589        ptlbls = ' names :'
2590        ptstr =  ' values:'
2591        sigstr = ' sig   :'
2592        for item in hapData[5]:
2593            ptlbls += '%12s'%(item)
2594            ptstr += '%12.3f'%(hapData[5][item])
2595            if pfx+item in POsig:
2596                sigstr += '%12.3f'%(POsig[pfx+item])
2597            else:
2598                sigstr += 12*' ' 
2599        print >>pFile,ptlbls
2600        print >>pFile,ptstr
2601        print >>pFile,sigstr
2602       
2603    def PrintExtAndSig(pfx,hapData,ScalExtSig):
2604        print >>pFile,'\n Single crystal extinction: Type: ',hapData[0],' Approx: ',hapData[1]
2605        text = ''
2606        for item in hapData[2]:
2607            if pfx+item in ScalExtSig:
2608                text += '       %s: '%(item)
2609                text += '%12.2e'%(hapData[2][item][0])
2610                if pfx+item in ScalExtSig:
2611                    text += ' sig: %12.2e'%(ScalExtSig[pfx+item])
2612        print >>pFile,text       
2613       
2614    def PrintBabinetAndSig(pfx,hapData,BabSig):
2615        print >>pFile,'\n Babinet form factor modification: '
2616        ptlbls = ' names :'
2617        ptstr =  ' values:'
2618        sigstr = ' sig   :'
2619        for item in hapData:
2620            ptlbls += '%12s'%(item)
2621            ptstr += '%12.3f'%(hapData[item][0])
2622            if pfx+item in BabSig:
2623                sigstr += '%12.3f'%(BabSig[pfx+item])
2624            else:
2625                sigstr += 12*' ' 
2626        print >>pFile,ptlbls
2627        print >>pFile,ptstr
2628        print >>pFile,sigstr
2629       
2630    def PrintTwinsAndSig(pfx,twinData,TwinSig):
2631        print >>pFile,'\n Twin Law fractions : '
2632        ptlbls = ' names :'
2633        ptstr =  ' values:'
2634        sigstr = ' sig   :'
2635        for it,item in enumerate(twinData):
2636            ptlbls += '     twin #%d'%(it)
2637            if it:
2638                ptstr += '%12.3f'%(item[1])
2639            else:
2640                ptstr += '%12.3f'%(item[1][0])
2641            if pfx+'TwinFr:'+str(it) in TwinSig:
2642                sigstr += '%12.3f'%(TwinSig[pfx+'TwinFr:'+str(it)])
2643            else:
2644                sigstr += 12*' ' 
2645        print >>pFile,ptlbls
2646        print >>pFile,ptstr
2647        print >>pFile,sigstr
2648       
2649   
2650    PhFrExtPOSig = {}
2651    SizeMuStrSig = {}
2652    ScalExtSig = {}
2653    BabSig = {}
2654    TwinFrSig = {}
2655    wtFrSum = {}
2656    for phase in Phases:
2657        HistoPhase = Phases[phase]['Histograms']
2658        General = Phases[phase]['General']
2659        SGData = General['SGData']
2660        pId = Phases[phase]['pId']
2661        histoList = HistoPhase.keys()
2662        histoList.sort()
2663        for histogram in histoList:
2664            try:
2665                Histogram = Histograms[histogram]
2666            except KeyError:                       
2667                #skip if histogram not included e.g. in a sequential refinement
2668                continue
2669            if not Phases[phase]['Histograms'][histogram]['Use']:
2670                #skip if phase absent from this histogram
2671                continue
2672            hapData = HistoPhase[histogram]
2673            hId = Histogram['hId']
2674            pfx = str(pId)+':'+str(hId)+':'
2675            if hId not in wtFrSum:
2676                wtFrSum[hId] = 0.
2677            if 'PWDR' in histogram:
2678                for item in ['Scale','Extinction']:
2679                    hapData[item][0] = parmDict[pfx+item]
2680                    if pfx+item in sigDict and not parmDict[pfx+'LeBail']:
2681                        PhFrExtPOSig.update({pfx+item:sigDict[pfx+item],})
2682                wtFrSum[hId] += hapData['Scale'][0]*General['Mass']
2683                if hapData['Pref.Ori.'][0] == 'MD':
2684                    hapData['Pref.Ori.'][1] = parmDict[pfx+'MD']
2685                    if pfx+'MD' in sigDict and not parmDict[pfx+'LeBail']:
2686                        PhFrExtPOSig.update({pfx+'MD':sigDict[pfx+'MD'],})
2687                else:                           #'SH' spherical harmonics
2688                    for item in hapData['Pref.Ori.'][5]:
2689                        hapData['Pref.Ori.'][5][item] = parmDict[pfx+item]
2690                        if pfx+item in sigDict and not parmDict[pfx+'LeBail']:
2691                            PhFrExtPOSig.update({pfx+item:sigDict[pfx+item],})
2692                SizeMuStrSig.update({pfx+'Mustrain':[[0,0,0],[0 for i in range(len(hapData['Mustrain'][4]))]],
2693                    pfx+'Size':[[0,0,0],[0 for i in range(len(hapData['Size'][4]))]],
2694                    pfx+'HStrain':{}})                 
2695                for item in ['Mustrain','Size']:
2696                    hapData[item][1][2] = parmDict[pfx+item+';mx']
2697#                    hapData[item][1][2] = min(1.,max(0.,hapData[item][1][2]))
2698                    if pfx+item+';mx' in sigDict:
2699                        SizeMuStrSig[pfx+item][0][2] = sigDict[pfx+item+';mx']
2700                    if hapData[item][0] in ['isotropic','uniaxial']:                   
2701                        hapData[item][1][0] = parmDict[pfx+item+';i']
2702                        if item == 'Size':
2703                            hapData[item][1][0] = min(10.,max(0.001,hapData[item][1][0]))
2704                        if pfx+item+';i' in sigDict: 
2705                            SizeMuStrSig[pfx+item][0][0] = sigDict[pfx+item+';i']
2706                        if hapData[item][0] == 'uniaxial':
2707                            hapData[item][1][1] = parmDict[pfx+item+';a']
2708                            if item == 'Size':
2709                                hapData[item][1][1] = min(10.,max(0.001,hapData[item][1][1]))                       
2710                            if pfx+item+';a' in sigDict:
2711                                SizeMuStrSig[pfx+item][0][1] = sigDict[pfx+item+';a']
2712                    else:       #generalized for mustrain or ellipsoidal for size
2713                        Nterms = len(hapData[item][4])
2714                        for i in range(Nterms):
2715                            sfx = ';'+str(i)
2716                            hapData[item][4][i] = parmDict[pfx+item+sfx]
2717                            if pfx+item+sfx in sigDict:
2718                                SizeMuStrSig[pfx+item][1][i] = sigDict[pfx+item+sfx]
2719                names = G2spc.HStrainNames(SGData)
2720                for i,name in enumerate(names):
2721                    hapData['HStrain'][0][i] = parmDict[pfx+name]
2722                    if pfx+name in sigDict:
2723                        SizeMuStrSig[pfx+'HStrain'][name] = sigDict[pfx+name]
2724                if Phases[phase]['General']['Type'] != 'magnetic':
2725                    for name in ['BabA','BabU']:
2726                        hapData['Babinet'][name][0] = parmDict[pfx+name]
2727                        if pfx+name in sigDict and not parmDict[pfx+'LeBail']:
2728                            BabSig[pfx+name] = sigDict[pfx+name]               
2729               
2730            elif 'HKLF' in histogram:
2731                for item in ['Scale','Flack']:
2732                    if parmDict.get(pfx+item):
2733                        hapData[item][0] = parmDict[pfx+item]
2734                        if pfx+item in sigDict:
2735                            ScalExtSig[pfx+item] = sigDict[pfx+item]
2736                for item in ['Ep','Eg','Es']:
2737                    if parmDict.get(pfx+item):
2738                        hapData['Extinction'][2][item][0] = parmDict[pfx+item]
2739                        if pfx+item in sigDict:
2740                            ScalExtSig[pfx+item] = sigDict[pfx+item]
2741                for item in ['BabA','BabU']:
2742                    hapData['Babinet'][item][0] = parmDict[pfx+item]
2743                    if pfx+item in sigDict:
2744                        BabSig[pfx+item] = sigDict[pfx+item]
2745                if 'Twins' in hapData:
2746                    it = 1
2747                    sumTwFr = 0.
2748                    while True:
2749                        try:
2750                            hapData['Twins'][it][1] = parmDict[pfx+'TwinFr:'+str(it)]
2751                            if pfx+'TwinFr:'+str(it) in sigDict:
2752                                TwinFrSig[pfx+'TwinFr:'+str(it)] = sigDict[pfx+'TwinFr:'+str(it)]
2753                            if it:
2754                                sumTwFr += hapData['Twins'][it][1]
2755                            it += 1
2756                        except KeyError:
2757                            break
2758                    hapData['Twins'][0][1][0] = 1.-sumTwFr
2759
2760    if Print:
2761        for phase in Phases:
2762            HistoPhase = Phases[phase]['Histograms']
2763            General = Phases[phase]['General']
2764            SGData = General['SGData']
2765            pId = Phases[phase]['pId']
2766            histoList = HistoPhase.keys()
2767            histoList.sort()
2768            for histogram in histoList:
2769                try:
2770                    Histogram = Histograms[histogram]
2771                except KeyError:                       
2772                    #skip if histogram not included e.g. in a sequential refinement
2773                    continue
2774                hapData = HistoPhase[histogram]
2775                hId = Histogram['hId']
2776                Histogram['Residuals'][str(pId)+'::Name'] = phase
2777                pfx = str(pId)+':'+str(hId)+':'
2778                hfx = ':%s:'%(hId)
2779                if pfx+'Nref' not in Histogram['Residuals']:    #skip not used phase in histogram
2780                    continue
2781                print >>pFile,'\n Phase: ',phase,' in histogram: ',histogram
2782                print >>pFile,135*'='
2783                if 'PWDR' in histogram:
2784                    print >>pFile,' Final refinement RF, RF^2 = %.2f%%, %.2f%% on %d reflections'   \
2785                        %(Histogram['Residuals'][pfx+'Rf'],Histogram['Residuals'][pfx+'Rf^2'],Histogram['Residuals'][pfx+'Nref'])
2786                    print >>pFile,' Durbin-Watson statistic = %.3f'%(Histogram['Residuals']['Durbin-Watson'])
2787                    print >>pFile,' Bragg intensity sum = %.3g'%(Histogram['Residuals'][pfx+'sumInt'])
2788                   
2789                    if parmDict[pfx+'LeBail']:
2790                        print >>pFile,' Performed LeBail extraction for phase '+phase+' in histogram '+histogram
2791                    else:
2792                        if pfx+'Scale' in PhFrExtPOSig:
2793                            wtFr = hapData['Scale'][0]*General['Mass']/wtFrSum[hId]
2794                            sigwtFr = PhFrExtPOSig[pfx+'Scale']*wtFr/hapData['Scale'][0]
2795                            print >>pFile,' Phase fraction  : %10.5f, sig %10.5f Weight fraction  : %8.5f, sig %10.5f' \
2796                                %(hapData['Scale'][0],PhFrExtPOSig[pfx+'Scale'],wtFr,sigwtFr)
2797                        if pfx+'Extinction' in PhFrExtPOSig:
2798                            print >>pFile,' Extinction coeff: %10.4f, sig %10.4f'%(hapData['Extinction'][0],PhFrExtPOSig[pfx+'Extinction'])
2799                        if hapData['Pref.Ori.'][0] == 'MD':
2800                            if pfx+'MD' in PhFrExtPOSig:
2801                                print >>pFile,' March-Dollase PO: %10.4f, sig %10.4f'%(hapData['Pref.Ori.'][1],PhFrExtPOSig[pfx+'MD'])
2802                        else:
2803                            PrintSHPOAndSig(pfx,hapData['Pref.Ori.'],PhFrExtPOSig)
2804                    PrintSizeAndSig(hapData['Size'],SizeMuStrSig[pfx+'Size'])
2805                    PrintMuStrainAndSig(hapData['Mustrain'],SizeMuStrSig[pfx+'Mustrain'],SGData)
2806                    PrintHStrainAndSig(hapData['HStrain'],SizeMuStrSig[pfx+'HStrain'],SGData)
2807                    if Phases[phase]['General']['Type'] != 'magnetic' and not parmDict[pfx+'LeBail']:
2808                        if len(BabSig):
2809                            PrintBabinetAndSig(pfx,hapData['Babinet'],BabSig)
2810                   
2811                elif 'HKLF' in histogram:
2812                    Inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
2813                    print >>pFile,' Final refinement RF, RF^2 = %.2f%%, %.2f%% on %d reflections (%d user rejected, %d sp.gp.extinct)'   \
2814                        %(Histogram['Residuals'][pfx+'Rf'],Histogram['Residuals'][pfx+'Rf^2'],Histogram['Residuals'][pfx+'Nref'],
2815                        Histogram['Residuals'][pfx+'Nrej'],Histogram['Residuals'][pfx+'Next'])
2816                    if FFtables != None and 'N' not in Inst['Type'][0]:
2817                        PrintFprime(FFtables,hfx,pFile)
2818                    print >>pFile,' HKLF histogram weight factor = ','%.3f'%(Histogram['wtFactor'])
2819                    if pfx+'Scale' in ScalExtSig:
2820                        print >>pFile,' Scale factor : %10.4f, sig %10.4f'%(hapData['Scale'][0],ScalExtSig[pfx+'Scale'])
2821                    if hapData['Extinction'][0] != 'None':
2822                        PrintExtAndSig(pfx,hapData['Extinction'],ScalExtSig)
2823                    if len(BabSig):
2824                        PrintBabinetAndSig(pfx,hapData['Babinet'],BabSig)
2825                    if pfx+'Flack' in ScalExtSig:
2826                        print >>pFile,' Flack parameter : %10.3f, sig %10.3f'%(hapData['Flack'][0],ScalExtSig[pfx+'Flack'])
2827                    if len(TwinFrSig):
2828                        PrintTwinsAndSig(pfx,hapData['Twins'],TwinFrSig)
2829
2830################################################################################
2831##### Histogram data
2832################################################################################       
2833                   
2834def GetHistogramData(Histograms,Print=True,pFile=None):
2835    'needs a doc string'
2836   
2837    def GetBackgroundParms(hId,Background):
2838        Back = Background[0]
2839        DebyePeaks = Background[1]
2840        bakType,bakFlag = Back[:2]
2841        backVals = Back[3:]
2842        backNames = [':'+str(hId)+':Back;'+str(i) for i in range(len(backVals))]
2843        backDict = dict(zip(backNames,backVals))
2844        backVary = []
2845        if bakFlag:
2846            backVary = backNames
2847        backDict[':'+str(hId)+':nDebye'] = DebyePeaks['nDebye']
2848        backDict[':'+str(hId)+':nPeaks'] = DebyePeaks['nPeaks']
2849        debyeDict = {}
2850        debyeList = []
2851        for i in range(DebyePeaks['nDebye']):
2852            debyeNames = [':'+str(hId)+':DebyeA;'+str(i),':'+str(hId)+':DebyeR;'+str(i),':'+str(hId)+':DebyeU;'+str(i)]
2853            debyeDict.update(dict(zip(debyeNames,DebyePeaks['debyeTerms'][i][::2])))
2854            debyeList += zip(debyeNames,DebyePeaks['debyeTerms'][i][1::2])
2855        debyeVary = []
2856        for item in debyeList:
2857            if item[1]:
2858                debyeVary.append(item[0])
2859        backDict.update(debyeDict)
2860        backVary += debyeVary
2861        peakDict = {}
2862        peakList = []
2863        for i in range(DebyePeaks['nPeaks']):
2864            peakNames = [':'+str(hId)+':BkPkpos;'+str(i),':'+str(hId)+ \
2865                ':BkPkint;'+str(i),':'+str(hId)+':BkPksig;'+str(i),':'+str(hId)+':BkPkgam;'+str(i)]
2866            peakDict.update(dict(zip(peakNames,DebyePeaks['peaksList'][i][::2])))
2867            peakList += zip(peakNames,DebyePeaks['peaksList'][i][1::2])
2868        peakVary = []
2869        for item in peakList:
2870            if item[1]:
2871                peakVary.append(item[0])
2872        backDict.update(peakDict)
2873        backVary += peakVary
2874        return bakType,backDict,backVary           
2875       
2876    def GetInstParms(hId,Inst):     
2877        dataType = Inst['Type'][0]
2878        instDict = {}
2879        insVary = []
2880        pfx = ':'+str(hId)+':'
2881        insKeys = Inst.keys()
2882        insKeys.sort()
2883        for item in insKeys:
2884            insName = pfx+item
2885            instDict[insName] = Inst[item][1]
2886            if len(Inst[item]) > 2 and Inst[item][2]:
2887                insVary.append(insName)
2888        if 'C' in dataType:
2889            instDict[pfx+'SH/L'] = max(instDict[pfx+'SH/L'],0.0005)
2890        return dataType,instDict,insVary
2891       
2892    def GetSampleParms(hId,Sample):
2893        sampVary = []
2894        hfx = ':'+str(hId)+':'       
2895        sampDict = {hfx+'Gonio. radius':Sample['Gonio. radius'],hfx+'Omega':Sample['Omega'],
2896            hfx+'Chi':Sample['Chi'],hfx+'Phi':Sample['Phi']}
2897        for key in ('Temperature','Pressure','FreePrm1','FreePrm2','FreePrm3'):
2898            if key in Sample:
2899                sampDict[hfx+key] = Sample[key]
2900        Type = Sample['Type']
2901        if 'Bragg' in Type:             #Bragg-Brentano
2902            for item in ['Scale','Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']:
2903                sampDict[hfx+item] = Sample[item][0]
2904                if Sample[item][1]:
2905                    sampVary.append(hfx+item)
2906        elif 'Debye' in Type:        #Debye-Scherrer
2907            for item in ['Scale','Absorption','DisplaceX','DisplaceY']:
2908                sampDict[hfx+item] = Sample[item][0]
2909                if Sample[item][1]:
2910                    sampVary.append(hfx+item)
2911        return Type,sampDict,sampVary
2912       
2913    def PrintBackground(Background):
2914        Back = Background[0]
2915        DebyePeaks = Background[1]
2916        print >>pFile,'\n Background function: ',Back[0],' Refine?',bool(Back[1])
2917        line = ' Coefficients: '
2918        for i,back in enumerate(Back[3:]):
2919            line += '%10.3f'%(back)
2920            if i and not i%10:
2921                line += '\n'+15*' '
2922        print >>pFile,line
2923        if DebyePeaks['nDebye']:
2924            print >>pFile,'\n Debye diffuse scattering coefficients'
2925            parms = ['DebyeA','DebyeR','DebyeU']
2926            line = ' names :  '
2927            for parm in parms:
2928                line += '%8s refine?'%(parm)
2929            print >>pFile,line
2930            for j,term in enumerate(DebyePeaks['debyeTerms']):
2931                line = ' term'+'%2d'%(j)+':'
2932                for i in range(3):
2933                    line += '%10.3f %5s'%(term[2*i],bool(term[2*i+1]))                   
2934                print >>pFile,line
2935        if DebyePeaks['nPeaks']:
2936            print >>pFile,'\n Single peak coefficients'
2937            parms =    ['BkPkpos','BkPkint','BkPksig','BkPkgam']
2938            line = ' names :  '
2939            for parm in parms:
2940                line += '%8s refine?'%(parm)
2941            print >>pFile,line
2942            for j,term in enumerate(DebyePeaks['peaksList']):
2943                line = ' peak'+'%2d'%(j)+':'
2944                for i in range(4):
2945                    line += '%12.3f %5s'%(term[2*i],bool(term[2*i+1]))                   
2946                print >>pFile,line
2947       
2948    def PrintInstParms(Inst):
2949        print >>pFile,'\n Instrument Parameters:'
2950        insKeys = Inst.keys()
2951        insKeys.sort()
2952        iBeg = 0
2953        Ok = True
2954        while Ok:
2955            ptlbls = ' name  :'
2956            ptstr =  ' value :'
2957            varstr = ' refine:'
2958            iFin = min(iBeg+9,len(insKeys))
2959            for item in insKeys[iBeg:iFin]:
2960                if item not in ['Type','Source']:
2961                    ptlbls += '%12s' % (item)
2962                    ptstr += '%12.6f' % (Inst[item][1])
2963                    if item in ['Lam1','Lam2','Azimuth','fltPath','2-theta',]:
2964                        varstr += 12*' '
2965                    else:
2966                        varstr += '%12s' % (str(bool(Inst[item][2])))
2967            print >>pFile,ptlbls
2968            print >>pFile,ptstr
2969            print >>pFile,varstr
2970            iBeg = iFin
2971            if iBeg == len(insKeys):
2972                Ok = False
2973            else:
2974                print >>pFile,'\n'
2975       
2976    def PrintSampleParms(Sample):
2977        print >>pFile,'\n Sample Parameters:'
2978        print >>pFile,' Goniometer omega = %.2f, chi = %.2f, phi = %.2f'% \
2979            (Sample['Omega'],Sample['Chi'],Sample['Phi'])
2980        ptlbls = ' name  :'
2981        ptstr =  ' value :'
2982        varstr = ' refine:'
2983        if 'Bragg' in Sample['Type']:
2984            for item in ['Scale','Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']:
2985                ptlbls += '%14s'%(item)
2986                ptstr += '%14.4f'%(Sample[item][0])
2987                varstr += '%14s'%(str(bool(Sample[item][1])))
2988           
2989        elif 'Debye' in Type:        #Debye-Scherrer
2990            for item in ['Scale','Absorption','DisplaceX','DisplaceY']:
2991                ptlbls += '%14s'%(item)
2992                ptstr += '%14.4f'%(Sample[item][0])
2993                varstr += '%14s'%(str(bool(Sample[item][1])))
2994
2995        print >>pFile,ptlbls
2996        print >>pFile,ptstr
2997        print >>pFile,varstr
2998       
2999    histDict = {}
3000    histVary = []
3001    controlDict = {}
3002    histoList = Histograms.keys()
3003    histoList.sort()
3004    for histogram in histoList:
3005        if 'PWDR' in histogram:
3006            Histogram = Histograms[histogram]
3007            hId = Histogram['hId']
3008            pfx = ':'+str(hId)+':'
3009            controlDict[pfx+'wtFactor'] = Histogram['wtFactor']
3010            controlDict[pfx+'Limits'] = Histogram['Limits'][1]
3011            controlDict[pfx+'Exclude'] = Histogram['Limits'][2:]
3012            for excl in controlDict[pfx+'Exclude']:
3013                Histogram['Data'][0] = ma.masked_inside(Histogram['Data'][0],excl[0],excl[1])
3014            if controlDict[pfx+'Exclude']:
3015                ma.mask_rows(Histogram['Data'])
3016            Background = Histogram['Background']
3017            Type,bakDict,bakVary = GetBackgroundParms(hId,Background)
3018            controlDict[pfx+'bakType'] = Type
3019            histDict.update(bakDict)
3020            histVary += bakVary
3021           
3022            Inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
3023            Type,instDict,insVary = GetInstParms(hId,Inst)
3024            controlDict[pfx+'histType'] = Type
3025            if 'XC' in Type:
3026                if pfx+'Lam1' in instDict:
3027                    controlDict[pfx+'keV'] = 12.397639/instDict[pfx+'Lam1']
3028                else:
3029                    controlDict[pfx+'keV'] = 12.397639/instDict[pfx+'Lam']           
3030            histDict.update(instDict)
3031            histVary += insVary
3032           
3033            Sample = Histogram['Sample Parameters']
3034            Type,sampDict,sampVary = GetSampleParms(hId,Sample)
3035            controlDict[pfx+'instType'] = Type
3036            histDict.update(sampDict)
3037            histVary += sampVary
3038           
3039   
3040            if Print: 
3041                print >>pFile,'\n Histogram: ',histogram,' histogram Id: ',hId
3042                print >>pFile,135*'='
3043                Units = {'C':' deg','T':' msec'}
3044                units = Units[controlDict[pfx+'histType'][2]]
3045                Limits = controlDict[pfx+'Limits']
3046                print >>pFile,' Instrument type: ',Sample['Type']
3047                print >>pFile,' Histogram limits: %8.2f%s to %8.2f%s'%(Limits[0],units,Limits[1],units)
3048                if len(controlDict[pfx+'Exclude']):
3049                    excls = controlDict[pfx+'Exclude']
3050                    for excl in excls:
3051                        print >>pFile,' Excluded region:  %8.2f%s to %8.2f%s'%(excl[0],units,excl[1],units)   
3052                PrintSampleParms(Sample)
3053                PrintInstParms(Inst)
3054                PrintBackground(Background)
3055        elif 'HKLF' in histogram:
3056            Histogram = Histograms[histogram]
3057            hId = Histogram['hId']
3058            pfx = ':'+str(hId)+':'
3059            controlDict[pfx+'wtFactor'] = Histogram['wtFactor']
3060            Inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
3061            controlDict[pfx+'histType'] = Inst['Type'][0]
3062            if 'X' in Inst['Type'][0]:
3063                histDict[pfx+'Lam'] = Inst['Lam'][1]
3064                controlDict[pfx+'keV'] = 12.397639/histDict[pfx+'Lam']                   
3065    return histVary,histDict,controlDict
3066   
3067def SetHistogramData(parmDict,sigDict,Histograms,FFtables,Print=True,pFile=None):
3068    'needs a doc string'
3069   
3070    def SetBackgroundParms(pfx,Background,parmDict,sigDict):
3071        Back = Background[0]
3072        DebyePeaks = Background[1]
3073        lenBack = len(Back[3:])
3074        backSig = [0 for i in range(lenBack+3*DebyePeaks['nDebye']+4*DebyePeaks['nPeaks'])]
3075        for i in range(lenBack):
3076            Back[3+i] = parmDict[pfx+'Back;'+str(i)]
3077            if pfx+'Back;'+str(i) in sigDict:
3078                backSig[i] = sigDict[pfx+'Back;'+str(i)]
3079        if DebyePeaks['nDebye']:
3080            for i in range(DebyePeaks['nDebye']):
3081                names = [pfx+'DebyeA;'+str(i),pfx+'DebyeR;'+str(i),pfx+'DebyeU;'+str(i)]
3082                for j,name in enumerate(names):
3083                    DebyePeaks['debyeTerms'][i][2*j] = parmDict[name]
3084                    if name in sigDict:
3085                        backSig[lenBack+3*i+j] = sigDict[name]           
3086        if DebyePeaks['nPeaks']:
3087            for i in range(DebyePeaks['nPeaks']):
3088                names = [pfx+'BkPkpos;'+str(i),pfx+'BkPkint;'+str(i),
3089                    pfx+'BkPksig;'+str(i),pfx+'BkPkgam;'+str(i)]
3090                for j,name in enumerate(names):
3091                    DebyePeaks['peaksList'][i][2*j] = parmDict[name]
3092                    if name in sigDict:
3093                        backSig[lenBack+3*DebyePeaks['nDebye']+4*i+j] = sigDict[name]
3094        return backSig
3095       
3096    def SetInstParms(pfx,Inst,parmDict,sigDict):
3097        instSig = {}
3098        insKeys = Inst.keys()
3099        insKeys.sort()
3100        for item in insKeys:
3101            insName = pfx+item
3102            Inst[item][1] = parmDict[insName]
3103            if insName in sigDict:
3104                instSig[item] = sigDict[insName]
3105            else:
3106                instSig[item] = 0
3107        return instSig
3108       
3109    def SetSampleParms(pfx,Sample,parmDict,sigDict):
3110        if 'Bragg' in Sample['Type']:             #Bragg-Brentano
3111            sampSig = [0 for i in range(5)]
3112            for i,item in enumerate(['Scale','Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']):
3113                Sample[item][0] = parmDict[pfx+item]
3114                if pfx+item in sigDict:
3115                    sampSig[i] = sigDict[pfx+item]
3116        elif 'Debye' in Sample['Type']:        #Debye-Scherrer
3117            sampSig = [0 for i in range(4)]
3118            for i,item in enumerate(['Scale','Absorption','DisplaceX','DisplaceY']):
3119                Sample[item][0] = parmDict[pfx+item]
3120                if pfx+item in sigDict:
3121                    sampSig[i] = sigDict[pfx+item]
3122        return sampSig
3123       
3124    def PrintBackgroundSig(Background,backSig):
3125        Back = Background[0]
3126        DebyePeaks = Background[1]
3127        valstr = ' value : '
3128        sigstr = ' sig   : '
3129        refine = False
3130        for i,back in enumerate(Back[3:]):
3131            valstr += '%10.4g'%(back)
3132            if Back[1]:
3133                refine = True
3134                sigstr += '%10.4g'%(backSig[i])
3135            else:
3136                sigstr += 10*' '
3137        if refine:
3138            print >>pFile,'\n Background function: ',Back[0]
3139            print >>pFile,valstr
3140            print >>pFile,sigstr
3141        if DebyePeaks['nDebye']:
3142            ifAny = False
3143            ptfmt = "%12.3f"
3144            names =  ' names :'
3145            ptstr =  ' values:'
3146            sigstr = ' esds  :'
3147            for item in sigDict:
3148                if 'Debye' in item:
3149                    ifAny = True
3150                    names += '%12s'%(item)
3151                    ptstr += ptfmt%(parmDict[item])
3152                    sigstr += ptfmt%(sigDict[item])
3153            if ifAny:
3154                print >>pFile,'\n Debye diffuse scattering coefficients'
3155                print >>pFile,names
3156                print >>pFile,ptstr
3157                print >>pFile,sigstr
3158        if DebyePeaks['nPeaks']:
3159            print >>pFile,'\n Single peak coefficients:'
3160            parms =    ['BkPkpos','BkPkint','BkPksig','BkPkgam']
3161            line = ' peak no. '
3162            for parm in parms:
3163                line += '%14s%12s'%(parm.center(14),'esd'.center(12))
3164            print >>pFile,line
3165            for ip in range(DebyePeaks['nPeaks']):
3166                ptstr = ' %4d '%(ip)
3167                for parm in parms:
3168                    fmt = '%14.3f'
3169                    efmt = '%12.3f'
3170                    if parm == 'BkPkpos':
3171                        fmt = '%14.4f'
3172                        efmt = '%12.4f'
3173                    name = pfx+parm+';%d'%(ip)
3174                    ptstr += fmt%(parmDict[name])
3175                    if name in sigDict:
3176                        ptstr += efmt%(sigDict[name])
3177                    else:
3178                        ptstr += 12*' '
3179                print >>pFile,ptstr
3180        sumBk = np.array(Histogram['sumBk'])
3181        print >>pFile,' Background sums: empirical %.3g, Debye %.3g, peaks %.3g, Total %.3g'    \
3182            %(sumBk[0],sumBk[1],sumBk[2],np.sum(sumBk))
3183       
3184    def PrintInstParmsSig(Inst,instSig):
3185        refine = False
3186        insKeys = instSig.keys()
3187        insKeys.sort()
3188        iBeg = 0
3189        Ok = True
3190        while Ok:
3191            ptlbls = ' names :'
3192            ptstr =  ' value :'
3193            sigstr = ' sig   :'
3194            iFin = min(iBeg+9,len(insKeys))
3195            for name in insKeys[iBeg:iFin]:
3196                if name not in  ['Type','Lam1','Lam2','Azimuth','Source','fltPath']:
3197                    ptlbls += '%12s' % (name)
3198                    ptstr += '%12.6f' % (Inst[name][1])
3199                    if instSig[name]:
3200                        refine = True
3201                        sigstr += '%12.6f' % (instSig[name])
3202                    else:
3203                        sigstr += 12*' '
3204            if refine:
3205                print >>pFile,'\n Instrument Parameters:'
3206                print >>pFile,ptlbls
3207                print >>pFile,ptstr
3208                print >>pFile,sigstr
3209            iBeg = iFin
3210            if iBeg == len(insKeys):
3211                Ok = False
3212       
3213    def PrintSampleParmsSig(Sample,sampleSig):
3214        ptlbls = ' names :'
3215        ptstr =  ' values:'
3216        sigstr = ' sig   :'
3217        refine = False
3218        if 'Bragg' in Sample['Type']:
3219            for i,item in enumerate(['Scale','Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']):
3220                ptlbls += '%14s'%(item)
3221                ptstr += '%14.4f'%(Sample[item][0])
3222                if sampleSig[i]:
3223                    refine = True
3224                    sigstr += '%14.4f'%(sampleSig[i])
3225                else:
3226                    sigstr += 14*' '
3227           
3228        elif 'Debye' in Sample['Type']:        #Debye-Scherrer
3229            for i,item in enumerate(['Scale','Absorption','DisplaceX','DisplaceY']):
3230                ptlbls += '%14s'%(item)
3231                ptstr += '%14.4f'%(Sample[item][0])
3232                if sampleSig[i]:
3233                    refine = True
3234                    sigstr += '%14.4f'%(sampleSig[i])
3235                else:
3236                    sigstr += 14*' '
3237
3238        if refine:
3239            print >>pFile,'\n Sample Parameters:'
3240            print >>pFile,ptlbls
3241            print >>pFile,ptstr
3242            print >>pFile,sigstr
3243       
3244    histoList = Histograms.keys()
3245    histoList.sort()
3246    for histogram in histoList:
3247        if 'PWDR' in histogram:
3248            Histogram = Histograms[histogram]
3249            hId = Histogram['hId']
3250            pfx = ':'+str(hId)+':'
3251            Background = Histogram['Background']
3252            backSig = SetBackgroundParms(pfx,Background,parmDict,sigDict)
3253           
3254            Inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
3255            instSig = SetInstParms(pfx,Inst,parmDict,sigDict)
3256       
3257            Sample = Histogram['Sample Parameters']
3258            sampSig = SetSampleParms(pfx,Sample,parmDict,sigDict)
3259
3260            print >>pFile,'\n Histogram: ',histogram,' histogram Id: ',hId
3261            print >>pFile,135*'='
3262            print >>pFile,' PWDR histogram weight factor = '+'%.3f'%(Histogram['wtFactor'])
3263            print >>pFile,' Final refinement wR = %.2f%% on %d observations in this histogram'%(Histogram['Residuals']['wR'],Histogram['Residuals']['Nobs'])
3264            print >>pFile,' Other residuals: R = %.2f%%, R-bkg = %.2f%%, wR-bkg = %.2f%% wRmin = %.2f%%'% \
3265                (Histogram['Residuals']['R'],Histogram['Residuals']['Rb'],Histogram['Residuals']['wR'],Histogram['Residuals']['wRmin'])
3266            if Print:
3267                print >>pFile,' Instrument type: ',Sample['Type']
3268                if FFtables != None and 'N' not in Inst['Type'][0]:
3269                    PrintFprime(FFtables,pfx,pFile)
3270                PrintSampleParmsSig(Sample,sampSig)
3271                PrintInstParmsSig(Inst,instSig)
3272                PrintBackgroundSig(Background,backSig)
3273               
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.