source: trunk/GSASIIstrIO.py @ 2739

Last change on this file since 2739 was 2739, checked in by vondreele, 5 years ago

comment out "other self-updating plots" - caused failures in GSASII.py
newLeBail interfered with ordinary Rietveld refinement - set False by default (was true)
add generation of delt-G(R) calc - not complete

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 147.9 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2########### SVN repository information ###################
3# $Date: 2017-03-04 15:56:49 +0000 (Sat, 04 Mar 2017) $
4# $Author: vondreele $
5# $Revision: 2739 $
6# $URL: trunk/GSASIIstrIO.py $
7# $Id: GSASIIstrIO.py 2739 2017-03-04 15:56:49Z vondreele $
8########### SVN repository information ###################
9'''
10*GSASIIstrIO: structure I/O routines*
11-------------------------------------
12
13'''
14import os
15import os.path as ospath
16import time
17import math
18import copy
19import cPickle
20import numpy as np
21import numpy.ma as ma
22import GSASIIpath
23GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2739 $")
24import GSASIIElem as G2el
25import GSASIIlattice as G2lat
26import GSASIIspc as G2spc
27import GSASIIobj as G2obj
28import GSASIImapvars as G2mv
29import GSASIImath as G2mth
30
31sind = lambda x: np.sin(x*np.pi/180.)
32cosd = lambda x: np.cos(x*np.pi/180.)
33tand = lambda x: np.tan(x*np.pi/180.)
34asind = lambda x: 180.*np.arcsin(x)/np.pi
35acosd = lambda x: 180.*np.arccos(x)/np.pi
36atan2d = lambda y,x: 180.*np.arctan2(y,x)/np.pi
37   
38ateln2 = 8.0*math.log(2.0)
39
40def GetControls(GPXfile):
41    ''' Returns dictionary of control items found in GSASII gpx file
42
43    :param str GPXfile: full .gpx file name
44    :return: dictionary of control items
45    '''
46    Controls = copy.copy(G2obj.DefaultControls)
47    fl = open(GPXfile,'rb')
48    while True:
49        try:
50            data = cPickle.load(fl)
51        except EOFError:
52            break
53        datum = data[0]
54        if datum[0] == 'Controls':
55            Controls.update(datum[1])
56    fl.close()
57    return Controls
58   
59def GetConstraints(GPXfile):
60    '''Read the constraints from the GPX file and interpret them
61
62    called in :func:`ReadCheckConstraints`, :func:`GSASIIstrMain.Refine`
63    and :func:`GSASIIstrMain.SeqRefine`.
64    '''
65    fl = open(GPXfile,'rb')
66    while True:
67        try:
68            data = cPickle.load(fl)
69        except EOFError:
70            break
71        datum = data[0]
72        if datum[0] == 'Constraints':
73            constList = []
74            for item in datum[1]:
75                if item.startswith('_'): continue
76                constList += datum[1][item]
77            fl.close()
78            constDict,fixedList,ignored = ProcessConstraints(constList)
79            if ignored:
80                print ignored,'Constraints were rejected. Was a constrained phase, histogram or atom deleted?'
81            return constDict,fixedList
82    fl.close()
83    raise Exception,"No constraints in GPX file"
84   
85def ProcessConstraints(constList):
86    """Interpret the constraints in the constList input into a dictionary, etc.
87    All :class:`GSASIIobj.G2VarObj` objects are mapped to the appropriate
88    phase/hist/atoms based on the object internals (random Ids). If this can't be
89    done (if a phase has been deleted, etc.), the variable is ignored.
90    If the constraint cannot be used due to too many dropped variables,
91    it is counted as ignored.
92   
93    :param list constList: a list of lists where each item in the outer list
94      specifies a constraint of some form, as described in the :mod:`GSASIIobj`
95      :ref:`Constraint definition <Constraint_definitions_table>`.
96
97    :returns:  a tuple of (constDict,fixedList,ignored) where:
98     
99      * constDict (list of dicts) contains the constraint relationships
100      * fixedList (list) contains the fixed values for each type
101        of constraint.
102      * ignored (int) counts the number of invalid constraint items
103        (should always be zero!)
104    """
105    constDict = []
106    fixedList = []
107    ignored = 0
108    for item in constList:
109        if item[-1] == 'h':
110            # process a hold
111            fixedList.append('0')
112            var = str(item[0][1])
113            if '?' not in var:
114                constDict.append({var:0.0})
115            else:
116                ignored += 1
117        elif item[-1] == 'f':
118            # process a new variable
119            fixedList.append(None)
120            D = {}
121            varyFlag = item[-2]
122            varname = item[-3]
123            for term in item[:-3]:
124                var = str(term[1])
125                if '?' not in var:
126                    D[var] = term[0]
127            if len(D) > 1:
128                # add extra dict terms for input variable name and vary flag
129                if varname is not None:                   
130                    if varname.startswith('::'):
131                        varname = varname[2:].replace(':',';')
132                    else:
133                        varname = varname.replace(':',';')
134                    D['_name'] = '::' + varname
135                D['_vary'] = varyFlag == True # force to bool
136                constDict.append(D)
137            else:
138                ignored += 1
139            #constFlag[-1] = ['Vary']
140        elif item[-1] == 'c': 
141            # process a contraint relationship
142            D = {}
143            for term in item[:-3]:
144                var = str(term[1])
145                if '?' not in var:
146                    D[var] = term[0]
147            if len(D) >= 1:
148                fixedList.append(str(item[-3]))
149                constDict.append(D)
150            else:
151                ignored += 1
152        elif item[-1] == 'e':
153            # process an equivalence
154            firstmult = None
155            eqlist = []
156            for term in item[:-3]:
157                if term[0] == 0: term[0] = 1.0
158                var = str(term[1])
159                if '?' in var: continue
160                if firstmult is None:
161                    firstmult = term[0]
162                    firstvar = var
163                else:
164                    eqlist.append([var,firstmult/term[0]])
165            if len(eqlist) > 0:
166                G2mv.StoreEquivalence(firstvar,eqlist)
167            else:
168                ignored += 1
169        else:
170            ignored += 1
171    return constDict,fixedList,ignored
172
173def ReadCheckConstraints(GPXfile):
174    '''Load constraints and related info and return any error or warning messages'''
175    # init constraints
176    G2mv.InitVars()   
177    # get variables
178    Histograms,Phases = GetUsedHistogramsAndPhases(GPXfile)
179    if not Phases:
180        return 'Error: No phases or no histograms in phases!',''
181    if not Histograms:
182        return 'Error: no diffraction data',''
183    constrDict,fixedList = GetConstraints(GPXfile) # load user constraints before internally generated ones
184    rigidbodyDict = GetRigidBodies(GPXfile)
185    rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
186    rbVary,rbDict = GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=False)
187    Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtables,BLtables,MFtables,maxSSwave = \
188        GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,rbIds=rbIds,Print=False) # generates atom symmetry constraints
189    hapVary,hapDict,controlDict = GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False,resetRefList=True)
190    histVary,histDict,controlDict = GetHistogramData(Histograms,Print=False)
191    varyList = rbVary+phaseVary+hapVary+histVary
192    errmsg, warnmsg = G2mv.CheckConstraints(varyList,constrDict,fixedList)
193    if errmsg:
194        # print some diagnostic info on the constraints
195        print('Error in constraints:\n'+errmsg+
196              '\nRefinement not possible due to conflict in constraints, see below:\n')
197        print G2mv.VarRemapShow(varyList,True)
198    return errmsg, warnmsg
199   
200def makeTwinFrConstr(Phases,Histograms,hapVary):
201    TwConstr = []
202    TwFixed = []
203    for Phase in Phases:
204        pId = Phases[Phase]['pId']
205        for Histogram in Phases[Phase]['Histograms']:
206            try:
207                hId = Histograms[Histogram]['hId']
208                phfx = '%d:%d:'%(pId,hId)
209                if phfx+'TwinFr:0' in hapVary:
210                    TwFixed.append('1.0')     #constraint value
211                    nTwin = len(Phases[Phase]['Histograms'][Histogram]['Twins'])
212                    TwConstr.append({phfx+'TwinFr:'+str(i):'1.0' for i in range(nTwin)})
213            except KeyError:    #unused histograms?
214                pass
215    return TwConstr,TwFixed   
216   
217def GetRestraints(GPXfile):
218    '''Read the restraints from the GPX file.
219    Throws an exception if not found in the .GPX file
220    '''
221    fl = open(GPXfile,'rb')
222    while True:
223        try:
224            data = cPickle.load(fl)
225        except EOFError:
226            break
227        datum = data[0]
228        if datum[0] == 'Restraints':
229            restraintDict = datum[1]
230    fl.close()
231    return restraintDict
232   
233def GetRigidBodies(GPXfile):
234    '''Read the rigid body models from the GPX file
235    '''
236    fl = open(GPXfile,'rb')
237    while True:
238        try:
239            data = cPickle.load(fl)
240        except EOFError:
241            break
242        datum = data[0]
243        if datum[0] == 'Rigid bodies':
244            rigidbodyDict = datum[1]
245    fl.close()
246    return rigidbodyDict
247       
248def GetFprime(controlDict,Histograms):
249    'Needs a doc string'
250    FFtables = controlDict['FFtables']
251    if not FFtables:
252        return
253    histoList = Histograms.keys()
254    histoList.sort()
255    for histogram in histoList:
256        if histogram[:4] in ['PWDR','HKLF']:
257            Histogram = Histograms[histogram]
258            hId = Histogram['hId']
259            hfx = ':%d:'%(hId)
260            if 'X' in controlDict[hfx+'histType']:
261                keV = controlDict[hfx+'keV']
262                for El in FFtables:
263                    Orbs = G2el.GetXsectionCoeff(El.split('+')[0].split('-')[0])
264                    FP,FPP,Mu = G2el.FPcalc(Orbs, keV)
265                    FFtables[El][hfx+'FP'] = FP
266                    FFtables[El][hfx+'FPP'] = FPP
267                   
268def PrintFprime(FFtables,pfx,pFile):
269    print >>pFile,'\n Resonant form factors:'
270    Elstr = ' Element:'
271    FPstr = " f'     :"
272    FPPstr = ' f"     :'
273    for El in FFtables:
274        Elstr += ' %8s'%(El)
275        FPstr += ' %8.3f'%(FFtables[El][pfx+'FP'])
276        FPPstr += ' %8.3f'%(FFtables[El][pfx+'FPP'])
277    print >>pFile,Elstr
278    print >>pFile,FPstr
279    print >>pFile,FPPstr
280           
281def GetPhaseNames(GPXfile):
282    ''' Returns a list of phase names found under 'Phases' in GSASII gpx file
283
284    :param str GPXfile: full .gpx file name
285    :return: list of phase names
286    '''
287    fl = open(GPXfile,'rb')
288    PhaseNames = []
289    while True:
290        try:
291            data = cPickle.load(fl)
292        except EOFError:
293            break
294        datum = data[0]
295        if 'Phases' == datum[0]:
296            for datus in data[1:]:
297                PhaseNames.append(datus[0])
298    fl.close()
299    return PhaseNames
300
301def GetAllPhaseData(GPXfile,PhaseName):
302    ''' Returns the entire dictionary for PhaseName from GSASII gpx file
303
304    :param str GPXfile: full .gpx file name
305    :param str PhaseName: phase name
306    :return: phase dictionary
307    '''       
308    fl = open(GPXfile,'rb')
309    while True:
310        try:
311            data = cPickle.load(fl)
312        except EOFError:
313            break
314        datum = data[0]
315        if 'Phases' == datum[0]:
316            for datus in data[1:]:
317                if datus[0] == PhaseName:
318                    break
319    fl.close()
320    return datus[1]
321   
322def GetHistograms(GPXfile,hNames):
323    """ Returns a dictionary of histograms found in GSASII gpx file
324
325    :param str GPXfile: full .gpx file name
326    :param str hNames: list of histogram names
327    :return: dictionary of histograms (types = PWDR & HKLF)
328
329    """
330    fl = open(GPXfile,'rb')
331    Histograms = {}
332    while True:
333        try:
334            data = cPickle.load(fl)
335        except EOFError:
336            break
337        datum = data[0]
338        hist = datum[0]
339        if hist in hNames:
340            if 'PWDR' in hist[:4]:
341                PWDRdata = {}
342                PWDRdata.update(datum[1][0])        #weight factor
343                PWDRdata['Data'] = ma.array(ma.getdata(datum[1][1]))          #masked powder data arrays/clear previous masks
344                PWDRdata[data[2][0]] = data[2][1]       #Limits & excluded regions (if any)
345                PWDRdata[data[3][0]] = data[3][1]       #Background
346                PWDRdata[data[4][0]] = data[4][1]       #Instrument parameters
347                PWDRdata[data[5][0]] = data[5][1]       #Sample parameters
348                try:
349                    PWDRdata[data[9][0]] = data[9][1]       #Reflection lists might be missing
350                except IndexError:
351                    PWDRdata['Reflection Lists'] = {}
352                PWDRdata['Residuals'] = {}
353   
354                Histograms[hist] = PWDRdata
355            elif 'HKLF' in hist[:4]:
356                HKLFdata = {}
357                HKLFdata.update(datum[1][0])        #weight factor
358#patch
359                if 'list' in str(type(datum[1][1])):
360                #if isinstance(datum[1][1],list):
361                    RefData = {'RefList':[],'FF':{}}
362                    for ref in datum[1][1]:
363                        RefData['RefList'].append(ref[:11]+[ref[13],])
364                    RefData['RefList'] = np.array(RefData['RefList'])
365                    datum[1][1] = RefData
366#end patch
367                datum[1][1]['FF'] = {}
368                HKLFdata['Data'] = datum[1][1]
369                HKLFdata[data[1][0]] = data[1][1]       #Instrument parameters
370                HKLFdata['Reflection Lists'] = None
371                HKLFdata['Residuals'] = {}
372                Histograms[hist] = HKLFdata           
373    fl.close()
374    return Histograms
375   
376def GetHistogramNames(GPXfile,hType):
377    """ Returns a list of histogram names found in GSASII gpx file
378
379    :param str GPXfile: full .gpx file name
380    :param str hType: list of histogram types
381    :return: list of histogram names (types = PWDR & HKLF)
382
383    """
384    fl = open(GPXfile,'rb')
385    HistogramNames = []
386    while True:
387        try:
388            data = cPickle.load(fl)
389        except EOFError:
390            break
391        datum = data[0]
392        if datum[0][:4] in hType:
393            HistogramNames.append(datum[0])
394    fl.close()
395    return HistogramNames
396   
397def GetUsedHistogramsAndPhases(GPXfile):
398    ''' Returns all histograms that are found in any phase
399    and any phase that uses a histogram. This also
400    assigns numbers to used phases and histograms by the
401    order they appear in the file.
402
403    :param str GPXfile: full .gpx file name
404    :returns: (Histograms,Phases)
405
406     * Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
407     * Phases = dictionary of phases that use histograms
408
409    '''
410    phaseNames = GetPhaseNames(GPXfile)
411    histoList = GetHistogramNames(GPXfile,['PWDR','HKLF'])
412    allHistograms = GetHistograms(GPXfile,histoList)
413    phaseData = {}
414    for name in phaseNames: 
415        phaseData[name] =  GetAllPhaseData(GPXfile,name)
416    Histograms = {}
417    Phases = {}
418    for phase in phaseData:
419        Phase = phaseData[phase]
420        if Phase['General']['Type'] == 'faulted': continue      #don't use faulted phases!
421        if Phase['Histograms']:
422            if phase not in Phases:
423                pId = phaseNames.index(phase)
424                Phase['pId'] = pId
425                Phases[phase] = Phase
426            for hist in Phase['Histograms']:
427                if 'Use' not in Phase['Histograms'][hist]:      #patch
428                    Phase['Histograms'][hist]['Use'] = True         
429                if hist not in Histograms and Phase['Histograms'][hist]['Use']:
430                    try:
431                        Histograms[hist] = allHistograms[hist]
432                        hId = histoList.index(hist)
433                        Histograms[hist]['hId'] = hId
434                    except KeyError: # would happen if a referenced histogram were
435                        # renamed or deleted
436                        print('For phase "'+phase+
437                              '" unresolved reference to histogram "'+hist+'"')
438    G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=Phases)
439    return Histograms,Phases
440   
441def getBackupName(GPXfile,makeBack):
442    '''
443    Get the name for the backup .gpx file name
444   
445    :param str GPXfile: full .gpx file name
446    :param bool makeBack: if True the name of a new file is returned, if
447      False the name of the last file that exists is returned
448    :returns: the name of a backup file
449   
450    '''
451    GPXpath,GPXname = ospath.split(GPXfile)
452    if GPXpath == '': GPXpath = '.'
453    Name = ospath.splitext(GPXname)[0]
454    files = os.listdir(GPXpath)
455    last = 0
456    for name in files:
457        name = name.split('.')
458        if len(name) == 3 and name[0] == Name and 'bak' in name[1]:
459            if makeBack:
460                last = max(last,int(name[1].strip('bak'))+1)
461            else:
462                last = max(last,int(name[1].strip('bak')))
463    GPXback = ospath.join(GPXpath,ospath.splitext(GPXname)[0]+'.bak'+str(last)+'.gpx')
464    return GPXback   
465       
466def GPXBackup(GPXfile,makeBack=True):
467    '''
468    makes a backup of the current .gpx file (?)
469   
470    :param str GPXfile: full .gpx file name
471    :param bool makeBack: if True (default), the backup is written to
472      a new file; if False, the last backup is overwritten
473    :returns: the name of the backup file that was written
474    '''
475    import distutils.file_util as dfu
476    GPXback = getBackupName(GPXfile,makeBack)
477    tries = 0
478    while True:
479        try:
480            dfu.copy_file(GPXfile,GPXback)
481            break
482        except:
483            tries += 1
484            if tries > 10:
485                return GPXfile  #failed!
486            time.sleep(1)           #just wait a second!         
487    return GPXback
488
489def SetUsedHistogramsAndPhases(GPXfile,Histograms,Phases,RigidBodies,CovData,makeBack=True):
490    ''' Updates gpxfile from all histograms that are found in any phase
491    and any phase that used a histogram. Also updates rigid body definitions.
492
493
494    :param str GPXfile: full .gpx file name
495    :param dict Histograms: dictionary of histograms as {name:data,...}
496    :param dict Phases: dictionary of phases that use histograms
497    :param dict RigidBodies: dictionary of rigid bodies
498    :param dict CovData: dictionary of refined variables, varyList, & covariance matrix
499    :param bool makeBack: True if new backup of .gpx file is to be made; else use the last one made
500
501    '''
502                       
503    import distutils.file_util as dfu
504    GPXback = GPXBackup(GPXfile,makeBack)
505    print 'Read from file:',GPXback
506    print 'Save to file  :',GPXfile
507    infile = open(GPXback,'rb')
508    outfile = open(GPXfile,'wb')
509    while True:
510        try:
511            data = cPickle.load(infile)
512        except EOFError:
513            break
514        datum = data[0]
515#        print 'read: ',datum[0]
516        if datum[0] == 'Phases':
517            for iphase in range(len(data)):
518                if data[iphase][0] in Phases:
519                    phaseName = data[iphase][0]
520                    data[iphase][1].update(Phases[phaseName])
521        elif datum[0] == 'Covariance':
522            data[0][1] = CovData
523        elif datum[0] == 'Rigid bodies':
524            data[0][1] = RigidBodies
525        try:
526            histogram = Histograms[datum[0]]
527#            print 'found ',datum[0]
528            data[0][1][1] = histogram['Data']
529            data[0][1][0].update(histogram['Residuals'])
530            for datus in data[1:]:
531#                print '    read: ',datus[0]
532                if datus[0] in ['Background','Instrument Parameters','Sample Parameters','Reflection Lists']:
533                    datus[1] = histogram[datus[0]]
534        except KeyError:
535            pass
536        try:                       
537            cPickle.dump(data,outfile,1)
538        except AttributeError:
539            print 'ERROR - bad data in least squares result'
540            infile.close()
541            outfile.close()
542            dfu.copy_file(GPXback,GPXfile)
543            print 'GPX file save failed - old version retained'
544            return
545           
546    print 'GPX file save successful'
547   
548def GetSeqResult(GPXfile):
549    '''
550    Needs doc string
551   
552    :param str GPXfile: full .gpx file name
553    '''
554    fl = open(GPXfile,'rb')
555    SeqResult = {}
556    while True:
557        try:
558            data = cPickle.load(fl)
559        except EOFError:
560            break
561        datum = data[0]
562        if datum[0] == 'Sequential results':
563            SeqResult = datum[1]
564    fl.close()
565    return SeqResult
566   
567def SetSeqResult(GPXfile,Histograms,SeqResult):
568    '''
569    Needs doc string
570   
571    :param str GPXfile: full .gpx file name
572    '''
573    GPXback = GPXBackup(GPXfile)
574    print 'Read from file:',GPXback
575    print 'Save to file  :',GPXfile
576    infile = open(GPXback,'rb')
577    outfile = open(GPXfile,'wb')
578    while True:
579        try:
580            data = cPickle.load(infile)
581        except EOFError:
582            break
583        datum = data[0]
584        if datum[0] == 'Sequential results':
585            data[0][1] = SeqResult
586        # reset the Copy Next flag, since it should not be needed twice in a row
587        if datum[0] == 'Controls':
588            data[0][1]['Copy2Next'] = False
589        try:
590            histogram = Histograms[datum[0]]
591            data[0][1][1] = list(histogram['Data'])
592            for datus in data[1:]:
593                if datus[0] in ['Background','Instrument Parameters','Sample Parameters','Reflection Lists']:
594                    datus[1] = histogram[datus[0]]
595        except KeyError:
596            pass
597                               
598        cPickle.dump(data,outfile,1)
599    infile.close()
600    outfile.close()
601    print 'GPX file save successful'
602                       
603def ShowBanner(pFile=None):
604    'Print authorship, copyright and citation notice'
605    print >>pFile,80*'*'
606    print >>pFile,'   General Structure Analysis System-II Crystal Structure Refinement'
607    print >>pFile,'              by Robert B. Von Dreele & Brian H. Toby'
608    print >>pFile,'                Argonne National Laboratory(C), 2010'
609    print >>pFile,' This product includes software developed by the UChicago Argonne, LLC,' 
610    print >>pFile,'            as Operator of Argonne National Laboratory.'
611    print >>pFile,'                          Please cite:'
612    print >>pFile,'   B.H. Toby & R.B. Von Dreele, J. Appl. Cryst. 46, 544-549 (2013)'
613
614    print >>pFile,80*'*','\n'
615
616def ShowControls(Controls,pFile=None,SeqRef=False):
617    'Print controls information'
618    print >>pFile,' Least squares controls:'
619    print >>pFile,' Refinement type: ',Controls['deriv type']
620    if 'Hessian' in Controls['deriv type']:
621        print >>pFile,' Maximum number of cycles:',Controls['max cyc']
622    else:
623        print >>pFile,' Minimum delta-M/M for convergence: ','%.2g'%(Controls['min dM/M'])
624    print >>pFile,' Regularize hydrogens (if any):',Controls.get('HatomFix',False)
625    print >>pFile,' Initial shift factor: ','%.3f'%(Controls['shift factor'])
626    if SeqRef:
627        print >>pFile,' Sequential refinement controls:'
628        print >>pFile,' Copy of histogram results to next: ',Controls['Copy2Next']
629        print >>pFile,' Process histograms in reverse order: ',Controls['Reverse Seq']
630   
631def GetPawleyConstr(SGLaue,PawleyRef,im,pawleyVary):
632    'needs a doc string'
633#    if SGLaue in ['-1','2/m','mmm']:
634#        return                      #no Pawley symmetry required constraints
635    eqvDict = {}
636    for i,varyI in enumerate(pawleyVary):
637        eqvDict[varyI] = []
638        refI = int(varyI.split(':')[-1])
639        ih,ik,il = PawleyRef[refI][:3]
640        dspI = PawleyRef[refI][4+im]
641        for varyJ in pawleyVary[i+1:]:
642            refJ = int(varyJ.split(':')[-1])
643            jh,jk,jl = PawleyRef[refJ][:3]
644            dspJ = PawleyRef[refJ][4+im]
645            if SGLaue in ['4/m','4/mmm']:
646                isum = ih**2+ik**2
647                jsum = jh**2+jk**2
648                if abs(il) == abs(jl) and isum == jsum:
649                    eqvDict[varyI].append(varyJ) 
650            elif SGLaue in ['3R','3mR']:
651                isum = ih**2+ik**2+il**2
652                jsum = jh**2+jk**2+jl**2
653                isum2 = ih*ik+ih*il+ik*il
654                jsum2 = jh*jk+jh*jl+jk*jl
655                if isum == jsum and isum2 == jsum2:
656                    eqvDict[varyI].append(varyJ) 
657            elif SGLaue in ['3','3m1','31m','6/m','6/mmm']:
658                isum = ih**2+ik**2+ih*ik
659                jsum = jh**2+jk**2+jh*jk
660                if abs(il) == abs(jl) and isum == jsum:
661                    eqvDict[varyI].append(varyJ) 
662            elif SGLaue in ['m3','m3m']:
663                isum = ih**2+ik**2+il**2
664                jsum = jh**2+jk**2+jl**2
665                if isum == jsum:
666                    eqvDict[varyI].append(varyJ)
667            elif abs(dspI-dspJ)/dspI < 1.e-4:
668                eqvDict[varyI].append(varyJ) 
669    for item in pawleyVary:
670        if eqvDict[item]:
671            for item2 in pawleyVary:
672                if item2 in eqvDict[item]:
673                    eqvDict[item2] = []
674            G2mv.StoreEquivalence(item,eqvDict[item])
675                   
676def cellVary(pfx,SGData): 
677    'needs a doc string'
678    if SGData['SGLaue'] in ['-1',]:
679        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A3',pfx+'A4',pfx+'A5']
680    elif SGData['SGLaue'] in ['2/m',]:
681        if SGData['SGUniq'] == 'a':
682            return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A5']
683        elif SGData['SGUniq'] == 'b':
684            return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A4']
685        else:
686            return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A3']
687    elif SGData['SGLaue'] in ['mmm',]:
688        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2']
689    elif SGData['SGLaue'] in ['4/m','4/mmm']:
690        G2mv.StoreEquivalence(pfx+'A0',(pfx+'A1',))
691        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2']
692    elif SGData['SGLaue'] in ['6/m','6/mmm','3m1', '31m', '3']:
693        G2mv.StoreEquivalence(pfx+'A0',(pfx+'A1',pfx+'A3',))
694        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A3']
695    elif SGData['SGLaue'] in ['3R', '3mR']:
696        G2mv.StoreEquivalence(pfx+'A0',(pfx+'A1',pfx+'A2',))
697        G2mv.StoreEquivalence(pfx+'A3',(pfx+'A4',pfx+'A5',))
698        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A3',pfx+'A4',pfx+'A5']                       
699    elif SGData['SGLaue'] in ['m3m','m3']:
700        G2mv.StoreEquivalence(pfx+'A0',(pfx+'A1',pfx+'A2',))
701        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2']
702       
703def modVary(pfx,SSGData):
704    vary = []
705    for i,item in enumerate(SSGData['modSymb']):
706        if item in ['a','b','g']:
707            vary.append(pfx+'mV%d'%(i))
708    return vary
709       
710################################################################################
711##### Rigid Body Models and not General.get('doPawley')
712################################################################################
713       
714def GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=True,pFile=None):
715    'needs a doc string'
716   
717    def PrintResRBModel(RBModel):
718        atNames = RBModel['atNames']
719        rbRef = RBModel['rbRef']
720        rbSeq = RBModel['rbSeq']
721        print >>pFile,'Residue RB name: ',RBModel['RBname'],' no.atoms: ',len(RBModel['rbTypes']), \
722            'No. times used: ',RBModel['useCount']
723        print >>pFile,'    At name       x          y          z'
724        for name,xyz in zip(atNames,RBModel['rbXYZ']):
725            print >>pFile,%8s %10.4f %10.4f %10.4f'%(name,xyz[0],xyz[1],xyz[2])
726        print >>pFile,'Orientation defined by:',atNames[rbRef[0]],' -> ',atNames[rbRef[1]], \
727            ' & ',atNames[rbRef[0]],' -> ',atNames[rbRef[2]]
728        if rbSeq:
729            for i,rbseq in enumerate(rbSeq):
730                print >>pFile,'Torsion sequence ',i,' Bond: '+atNames[rbseq[0]],' - ', \
731                    atNames[rbseq[1]],' riding: ',[atNames[i] for i in rbseq[3]]
732       
733    def PrintVecRBModel(RBModel):
734        rbRef = RBModel['rbRef']
735        atTypes = RBModel['rbTypes']
736        print >>pFile,'Vector RB name: ',RBModel['RBname'],' no.atoms: ',len(RBModel['rbTypes']), \
737            'No. times used: ',RBModel['useCount']
738        for i in range(len(RBModel['VectMag'])):
739            print >>pFile,'Vector no.: ',i,' Magnitude: ', \
740                '%8.4f'%(RBModel['VectMag'][i]),' Refine? ',RBModel['VectRef'][i]
741            print >>pFile,'  No. Type     vx         vy         vz'
742            for j,[name,xyz] in enumerate(zip(atTypes,RBModel['rbVect'][i])):
743                print >>pFile,%d   %2s %10.4f %10.4f %10.4f'%(j,name,xyz[0],xyz[1],xyz[2])
744        print >>pFile,'  No. Type      x          y          z'
745        for i,[name,xyz] in enumerate(zip(atTypes,RBModel['rbXYZ'])):
746            print >>pFile,%d   %2s %10.4f %10.4f %10.4f'%(i,name,xyz[0],xyz[1],xyz[2])
747        print >>pFile,'Orientation defined by: atom ',rbRef[0],' -> atom ',rbRef[1], \
748            ' & atom ',rbRef[0],' -> atom ',rbRef[2]
749    rbVary = []
750    rbDict = {}
751    rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
752    if len(rbIds['Vector']):
753        for irb,item in enumerate(rbIds['Vector']):
754            if rigidbodyDict['Vector'][item]['useCount']:
755                RBmags = rigidbodyDict['Vector'][item]['VectMag']
756                RBrefs = rigidbodyDict['Vector'][item]['VectRef']
757                for i,[mag,ref] in enumerate(zip(RBmags,RBrefs)):
758                    pid = '::RBV;'+str(i)+':'+str(irb)
759                    rbDict[pid] = mag
760                    if ref:
761                        rbVary.append(pid)
762                if Print:
763                    print >>pFile,'\nVector rigid body model:'
764                    PrintVecRBModel(rigidbodyDict['Vector'][item])
765    if len(rbIds['Residue']):
766        for item in rbIds['Residue']:
767            if rigidbodyDict['Residue'][item]['useCount']:
768                if Print:
769                    print >>pFile,'\nResidue rigid body model:'
770                    PrintResRBModel(rigidbodyDict['Residue'][item])
771    return rbVary,rbDict
772   
773def SetRigidBodyModels(parmDict,sigDict,rigidbodyDict,pFile=None):
774    'needs a doc string'
775   
776    def PrintRBVectandSig(VectRB,VectSig):
777        print >>pFile,'\n Rigid body vector magnitudes for '+VectRB['RBname']+':'
778        namstr = '  names :'
779        valstr = '  values:'
780        sigstr = '  esds  :'
781        for i,[val,sig] in enumerate(zip(VectRB['VectMag'],VectSig)):
782            namstr += '%12s'%('Vect '+str(i))
783            valstr += '%12.4f'%(val)
784            if sig:
785                sigstr += '%12.4f'%(sig)
786            else:
787                sigstr += 12*' '
788        print >>pFile,namstr
789        print >>pFile,valstr
790        print >>pFile,sigstr       
791       
792    RBIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})  #these are lists of rbIds
793    if not RBIds['Vector']:
794        return
795    for irb,item in enumerate(RBIds['Vector']):
796        if rigidbodyDict['Vector'][item]['useCount']:
797            VectSig = []
798            RBmags = rigidbodyDict['Vector'][item]['VectMag']
799            for i,mag in enumerate(RBmags):
800                name = '::RBV;'+str(i)+':'+str(irb)
801                if name in sigDict:
802                    VectSig.append(sigDict[name])
803            PrintRBVectandSig(rigidbodyDict['Vector'][item],VectSig)   
804       
805################################################################################
806##### Phase data
807################################################################################       
808                   
809def GetPhaseData(PhaseData,RestraintDict={},rbIds={},Print=True,pFile=None,seqRef=False):
810    'needs a doc string'
811           
812    def PrintFFtable(FFtable):
813        print >>pFile,'\n X-ray scattering factors:'
814        print >>pFile,'   Symbol     fa                                      fb                                      fc'
815        print >>pFile,99*'-'
816        for Ename in FFtable:
817            ffdata = FFtable[Ename]
818            fa = ffdata['fa']
819            fb = ffdata['fb']
820            print >>pFile,' %8s %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f' %  \
821                (Ename.ljust(8),fa[0],fa[1],fa[2],fa[3],fb[0],fb[1],fb[2],fb[3],ffdata['fc'])
822               
823    def PrintMFtable(MFtable):
824        print >>pFile,'\n <j0> Magnetic scattering factors:'
825        print >>pFile,'   Symbol     mfa                                    mfb                                     mfc'
826        print >>pFile,99*'-'
827        for Ename in MFtable:
828            mfdata = MFtable[Ename]
829            fa = mfdata['mfa']
830            fb = mfdata['mfb']
831            print >>pFile,' %8s %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f' %  \
832                (Ename.ljust(8),fa[0],fa[1],fa[2],fa[3],fb[0],fb[1],fb[2],fb[3],mfdata['mfc'])
833        print >>pFile,'\n <j2> Magnetic scattering factors:'
834        print >>pFile,'   Symbol     nfa                                    nfb                                     nfc'
835        print >>pFile,99*'-'
836        for Ename in MFtable:
837            mfdata = MFtable[Ename]
838            fa = mfdata['nfa']
839            fb = mfdata['nfb']
840            print >>pFile,' %8s %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f' %  \
841                (Ename.ljust(8),fa[0],fa[1],fa[2],fa[3],fb[0],fb[1],fb[2],fb[3],mfdata['nfc'])
842               
843    def PrintBLtable(BLtable):
844        print >>pFile,'\n Neutron scattering factors:'
845        print >>pFile,'   Symbol   isotope       mass       b       resonant terms'
846        print >>pFile,99*'-'
847        for Ename in BLtable:
848            bldata = BLtable[Ename]
849            isotope = bldata[0]
850            mass = bldata[1]['Mass']
851            if 'SL' in bldata[1]:
852                blen = bldata[1]['SL'][0]
853                bres = []
854            else:
855                blen = 0
856                bres = bldata[1]['BW-LS']
857            line = ' %8s%11s %10.3f %8.3f'%(Ename.ljust(8),isotope.center(11),mass,blen)
858            for item in bres:
859                line += '%10.5g'%(item)
860            print >>pFile,line
861           
862    def PrintRBObjects(resRBData,vecRBData):
863       
864        def PrintRBThermals():
865            tlstr = ['11','22','33','12','13','23']
866            sstr = ['12','13','21','23','31','32','AA','BB']
867            TLS = RB['ThermalMotion'][1]
868            TLSvar = RB['ThermalMotion'][2]
869            if 'T' in RB['ThermalMotion'][0]:
870                print >>pFile,'TLS data'
871                text = ''
872                for i in range(6):
873                    text += 'T'+tlstr[i]+' %8.4f %s '%(TLS[i],str(TLSvar[i])[0])
874                print >>pFile,text
875                if 'L' in RB['ThermalMotion'][0]: 
876                    text = ''
877                    for i in range(6,12):
878                        text += 'L'+tlstr[i-6]+' %8.2f %s '%(TLS[i],str(TLSvar[i])[0])
879                    print >>pFile,text
880                if 'S' in RB['ThermalMotion'][0]:
881                    text = ''
882                    for i in range(12,20):
883                        text += 'S'+sstr[i-12]+' %8.3f %s '%(TLS[i],str(TLSvar[i])[0])
884                    print >>pFile,text
885            if 'U' in RB['ThermalMotion'][0]:
886                print >>pFile,'Uiso data'
887                text = 'Uiso'+' %10.3f %s'%(TLS[0],str(TLSvar[0])[0])           
888           
889        if len(resRBData):
890            for RB in resRBData:
891                Oxyz = RB['Orig'][0]
892                Qrijk = RB['Orient'][0]
893                Angle = 2.0*acosd(Qrijk[0])
894                print >>pFile,'\nRBObject ',RB['RBname'],' at ',      \
895                    '%10.4f %10.4f %10.4f'%(Oxyz[0],Oxyz[1],Oxyz[2]),' Refine?',RB['Orig'][1]
896                print >>pFile,'Orientation angle,vector:',      \
897                    '%10.3f %10.4f %10.4f %10.4f'%(Angle,Qrijk[1],Qrijk[2],Qrijk[3]),' Refine? ',RB['Orient'][1]
898                Torsions = RB['Torsions']
899                if len(Torsions):
900                    text = 'Torsions: '
901                    for torsion in Torsions:
902                        text += '%10.4f Refine? %s'%(torsion[0],torsion[1])
903                    print >>pFile,text
904                PrintRBThermals()
905        if len(vecRBData):
906            for RB in vecRBData:
907                Oxyz = RB['Orig'][0]
908                Qrijk = RB['Orient'][0]
909                Angle = 2.0*acosd(Qrijk[0])
910                print >>pFile,'\nRBObject ',RB['RBname'],' at ',      \
911                    '%10.4f %10.4f %10.4f'%(Oxyz[0],Oxyz[1],Oxyz[2]),' Refine?',RB['Orig'][1]           
912                print >>pFile,'Orientation angle,vector:',      \
913                    '%10.3f %10.4f %10.4f %10.4f'%(Angle,Qrijk[1],Qrijk[2],Qrijk[3]),' Refine? ',RB['Orient'][1]
914                PrintRBThermals()
915               
916    def PrintAtoms(General,Atoms):
917        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
918        print >>pFile,'\n Atoms:'
919        line = '   name    type  refine?   x         y         z    '+ \
920            '  frac site sym  mult I/A   Uiso     U11     U22     U33     U12     U13     U23'
921        if General['Type'] == 'macromolecular':
922            line = ' res no residue chain'+line
923        print >>pFile,line
924        if General['Type'] in ['nuclear','magnetic','faulted',]:
925            print >>pFile,135*'-'
926            for i,at in enumerate(Atoms):
927                line = '%7s'%(at[ct-1])+'%7s'%(at[ct])+'%7s'%(at[ct+1])+'%10.5f'%(at[cx])+'%10.5f'%(at[cx+1])+ \
928                    '%10.5f'%(at[cx+2])+'%8.3f'%(at[cx+3])+'%7s'%(at[cs])+'%5d'%(at[cs+1])+'%5s'%(at[cia])
929                if at[cia] == 'I':
930                    line += '%8.5f'%(at[cia+1])+48*' '
931                else:
932                    line += 8*' '
933                    for j in range(6):
934                        line += '%8.5f'%(at[cia+2+j])
935                print >>pFile,line
936        elif General['Type'] == 'macromolecular':
937            print >>pFile,135*'-'           
938            for i,at in enumerate(Atoms):
939                line = '%7s'%(at[0])+'%7s'%(at[1])+'%7s'%(at[2])+'%7s'%(at[ct-1])+'%7s'%(at[ct])+'%7s'%(at[ct+1])+'%10.5f'%(at[cx])+'%10.5f'%(at[cx+1])+ \
940                    '%10.5f'%(at[cx+2])+'%8.3f'%(at[cx+3])+'%7s'%(at[cs])+'%5d'%(at[cs+1])+'%5s'%(at[cia])
941                if at[cia] == 'I':
942                    line += '%8.4f'%(at[cia+1])+48*' '
943                else:
944                    line += 8*' '
945                    for j in range(6):
946                        line += '%8.4f'%(at[cia+2+j])
947                print >>pFile,line
948               
949    def PrintMoments(General,Atoms):
950        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
951        cmx = cx+4
952        AtInfo = dict(zip(General['AtomTypes'],General['Lande g']))
953        print >>pFile,'\n Magnetic moments:'
954        line = '   name    type  refine?  Mx        My        Mz    '
955        print >>pFile,line
956        print >>pFile,135*'-'
957        for i,at in enumerate(Atoms):
958            if AtInfo[at[ct]]:
959                line = '%7s'%(at[ct-1])+'%7s'%(at[ct])+'%7s'%(at[ct+1])+'%10.5f'%(at[cmx])+'%10.5f'%(at[cmx+1])+ \
960                    '%10.5f'%(at[cmx+2])
961                print >>pFile,line
962       
963               
964    def PrintWaves(General,Atoms):
965        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
966        print >>pFile,'\n Modulation waves'
967        names = {'Sfrac':['Fsin','Fcos','Fzero','Fwid'],'Spos':['Xsin','Ysin','Zsin','Xcos','Ycos','Zcos','Tmin','Tmax','Xmax','Ymax','Zmax'],
968            'Sadp':['U11sin','U22sin','U33sin','U12sin','U13sin','U23sin','U11cos','U22cos',
969            'U33cos','U12cos','U13cos','U23cos'],'Smag':['MXsin','MYsin','MZsin','MXcos','MYcos','MZcos']}
970        print >>pFile,135*'-'
971        for i,at in enumerate(Atoms):
972            AtomSS = at[-1]['SS1']
973            for Stype in ['Sfrac','Spos','Sadp','Smag']:
974                Waves = AtomSS[Stype]
975                if len(Waves):
976                    print >>pFile,' atom: %s, site sym: %s, type: %s wave type: %s:'    \
977                        %(at[ct-1],at[cs],Stype,AtomSS['waveType'])
978                for iw,wave in enumerate(Waves):                   
979                    line = ''
980                    if AtomSS['waveType'] in ['Block','ZigZag'] and Stype == 'Spos' and not iw:
981                        for item in names[Stype][6:]:
982                            line += '%8s '%(item)                       
983                    else:
984                        if Stype == 'Spos':
985                            for item in names[Stype][:6]:
986                                line += '%8s '%(item)
987                        else:
988                            for item in names[Stype]:
989                                line += '%8s '%(item)
990                    print >>pFile,line
991                    line = ''
992                    for item in wave[0]:
993                        line += '%8.4f '%(item)
994                    line += ' Refine? '+str(wave[1])
995                    print >>pFile,line
996       
997    def PrintTexture(textureData):
998        topstr = '\n Spherical harmonics texture: Order:' + \
999            str(textureData['Order'])
1000        if textureData['Order']:
1001            print >>pFile,topstr+' Refine? '+str(textureData['SH Coeff'][0])
1002        else:
1003            print >>pFile,topstr
1004            return
1005        names = ['omega','chi','phi']
1006        line = '\n'
1007        for name in names:
1008            line += ' SH '+name+':'+'%12.4f'%(textureData['Sample '+name][1])+' Refine? '+str(textureData['Sample '+name][0])
1009        print >>pFile,line
1010        print >>pFile,'\n Texture coefficients:'
1011        SHcoeff = textureData['SH Coeff'][1]
1012        SHkeys = SHcoeff.keys()
1013        nCoeff = len(SHcoeff)
1014        nBlock = nCoeff/10+1
1015        iBeg = 0
1016        iFin = min(iBeg+10,nCoeff)
1017        for block in range(nBlock):
1018            ptlbls = ' names :'
1019            ptstr =  ' values:'
1020            for item in SHkeys[iBeg:iFin]:
1021                ptlbls += '%12s'%(item)
1022                ptstr += '%12.4f'%(SHcoeff[item]) 
1023            print >>pFile,ptlbls
1024            print >>pFile,ptstr
1025            iBeg += 10
1026            iFin = min(iBeg+10,nCoeff)
1027       
1028    def MakeRBParms(rbKey,phaseVary,phaseDict):
1029        rbid = str(rbids.index(RB['RBId']))
1030        pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'P'
1031        pstr = ['x','y','z']
1032        ostr = ['a','i','j','k']
1033        for i in range(3):
1034            name = pfxRB+pstr[i]+':'+str(iRB)+':'+rbid
1035            phaseDict[name] = RB['Orig'][0][i]
1036            if RB['Orig'][1]:
1037                phaseVary += [name,]
1038        pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'O'
1039        for i in range(4):
1040            name = pfxRB+ostr[i]+':'+str(iRB)+':'+rbid
1041            phaseDict[name] = RB['Orient'][0][i]
1042            if RB['Orient'][1] == 'AV' and i:
1043                phaseVary += [name,]
1044            elif RB['Orient'][1] == 'A' and not i:
1045                phaseVary += [name,]
1046           
1047    def MakeRBThermals(rbKey,phaseVary,phaseDict):
1048        rbid = str(rbids.index(RB['RBId']))
1049        tlstr = ['11','22','33','12','13','23']
1050        sstr = ['12','13','21','23','31','32','AA','BB']
1051        if 'T' in RB['ThermalMotion'][0]:
1052            pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'T'
1053            for i in range(6):
1054                name = pfxRB+tlstr[i]+':'+str(iRB)+':'+rbid
1055                phaseDict[name] = RB['ThermalMotion'][1][i]
1056                if RB['ThermalMotion'][2][i]:
1057                    phaseVary += [name,]
1058        if 'L' in RB['ThermalMotion'][0]:
1059            pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'L'
1060            for i in range(6):
1061                name = pfxRB+tlstr[i]+':'+str(iRB)+':'+rbid
1062                phaseDict[name] = RB['ThermalMotion'][1][i+6]
1063                if RB['ThermalMotion'][2][i+6]:
1064                    phaseVary += [name,]
1065        if 'S' in RB['ThermalMotion'][0]:
1066            pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'S'
1067            for i in range(8):
1068                name = pfxRB+sstr[i]+':'+str(iRB)+':'+rbid
1069                phaseDict[name] = RB['ThermalMotion'][1][i+12]
1070                if RB['ThermalMotion'][2][i+12]:
1071                    phaseVary += [name,]
1072        if 'U' in RB['ThermalMotion'][0]:
1073            name = pfx+'RB'+rbKey+'U:'+str(iRB)+':'+rbid
1074            phaseDict[name] = RB['ThermalMotion'][1][0]
1075            if RB['ThermalMotion'][2][0]:
1076                phaseVary += [name,]
1077               
1078    def MakeRBTorsions(rbKey,phaseVary,phaseDict):
1079        rbid = str(rbids.index(RB['RBId']))
1080        pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'Tr;'
1081        for i,torsion in enumerate(RB['Torsions']):
1082            name = pfxRB+str(i)+':'+str(iRB)+':'+rbid
1083            phaseDict[name] = torsion[0]
1084            if torsion[1]:
1085                phaseVary += [name,]
1086                   
1087    if Print:
1088        print  >>pFile,'\n Phases:'
1089    phaseVary = []
1090    phaseDict = {}
1091    pawleyLookup = {}
1092    FFtables = {}                   #scattering factors - xrays
1093    MFtables = {}                   #Mag. form factors
1094    BLtables = {}                   # neutrons
1095    Natoms = {}
1096    maxSSwave = {}
1097    shModels = ['cylindrical','none','shear - 2/m','rolling - mmm']
1098    SamSym = dict(zip(shModels,['0','-1','2/m','mmm']))
1099    atomIndx = {}
1100    for name in PhaseData:
1101        General = PhaseData[name]['General']
1102        pId = PhaseData[name]['pId']
1103        pfx = str(pId)+'::'
1104        FFtable = G2el.GetFFtable(General['AtomTypes'])
1105        BLtable = G2el.GetBLtable(General)
1106        FFtables.update(FFtable)
1107        BLtables.update(BLtable)
1108        phaseDict[pfx+'isMag'] = False
1109        SGData = General['SGData']
1110        SGtext,SGtable = G2spc.SGPrint(SGData)
1111        if General['Type'] == 'magnetic':
1112            MFtable = G2el.GetMFtable(General['AtomTypes'],General['Lande g'])
1113            MFtables.update(MFtable)
1114            phaseDict[pfx+'isMag'] = True
1115            SpnFlp = SGData['SpnFlp']
1116        Atoms = PhaseData[name]['Atoms']
1117        if Atoms and not General.get('doPawley'):
1118            cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1119            AtLookup = G2mth.FillAtomLookUp(Atoms,cia+8)
1120        PawleyRef = PhaseData[name].get('Pawley ref',[])
1121        cell = General['Cell']
1122        A = G2lat.cell2A(cell[1:7])
1123        phaseDict.update({pfx+'A0':A[0],pfx+'A1':A[1],pfx+'A2':A[2],
1124            pfx+'A3':A[3],pfx+'A4':A[4],pfx+'A5':A[5],pfx+'Vol':G2lat.calc_V(A)})
1125        if cell[0]:
1126            phaseVary += cellVary(pfx,SGData)       #also fills in symmetry required constraints
1127        SSGtext = []    #no superstructure
1128        im = 0
1129        if General.get('Modulated',False):
1130            im = 1      #refl offset
1131            Vec,vRef,maxH = General['SuperVec']
1132            phaseDict.update({pfx+'mV0':Vec[0],pfx+'mV1':Vec[1],pfx+'mV2':Vec[2]})
1133            SSGData = General['SSGData']
1134            SSGtext,SSGtable = G2spc.SSGPrint(SGData,SSGData)
1135            if vRef:
1136                phaseVary += modVary(pfx,SSGData)       
1137        resRBData = PhaseData[name]['RBModels'].get('Residue',[])
1138        if resRBData:
1139            rbids = rbIds['Residue']    #NB: used in the MakeRB routines
1140            for iRB,RB in enumerate(resRBData):
1141                MakeRBParms('R',phaseVary,phaseDict)
1142                MakeRBThermals('R',phaseVary,phaseDict)
1143                MakeRBTorsions('R',phaseVary,phaseDict)
1144       
1145        vecRBData = PhaseData[name]['RBModels'].get('Vector',[])
1146        if vecRBData:
1147            rbids = rbIds['Vector']    #NB: used in the MakeRB routines
1148            for iRB,RB in enumerate(vecRBData):
1149                MakeRBParms('V',phaseVary,phaseDict)
1150                MakeRBThermals('V',phaseVary,phaseDict)
1151                   
1152        Natoms[pfx] = 0
1153        maxSSwave[pfx] = {'Sfrac':0,'Spos':0,'Sadp':0,'Smag':0}
1154        if Atoms and not General.get('doPawley'):
1155            cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1156            Natoms[pfx] = len(Atoms)
1157            for i,at in enumerate(Atoms):
1158                atomIndx[at[cia+8]] = [pfx,i]      #lookup table for restraints
1159                phaseDict.update({pfx+'Atype:'+str(i):at[ct],pfx+'Afrac:'+str(i):at[cx+3],pfx+'Amul:'+str(i):at[cs+1],
1160                    pfx+'Ax:'+str(i):at[cx],pfx+'Ay:'+str(i):at[cx+1],pfx+'Az:'+str(i):at[cx+2],
1161                    pfx+'dAx:'+str(i):0.,pfx+'dAy:'+str(i):0.,pfx+'dAz:'+str(i):0.,         #refined shifts for x,y,z
1162                    pfx+'AI/A:'+str(i):at[cia],})
1163                if at[cia] == 'I':
1164                    phaseDict[pfx+'AUiso:'+str(i)] = at[cia+1]
1165                else:
1166                    phaseDict.update({pfx+'AU11:'+str(i):at[cia+2],pfx+'AU22:'+str(i):at[cia+3],pfx+'AU33:'+str(i):at[cia+4],
1167                        pfx+'AU12:'+str(i):at[cia+5],pfx+'AU13:'+str(i):at[cia+6],pfx+'AU23:'+str(i):at[cia+7]})
1168                if General['Type'] == 'magnetic':
1169                    phaseDict.update({pfx+'AMx:'+str(i):at[cx+4],pfx+'AMy:'+str(i):at[cx+5],pfx+'AMz:'+str(i):at[cx+6]})
1170                if 'F' in at[ct+1]:
1171                    phaseVary.append(pfx+'Afrac:'+str(i))
1172                if 'X' in at[ct+1]:
1173                    try:    #patch for sytsym name changes
1174                        xId,xCoef = G2spc.GetCSxinel(at[cs])
1175                    except KeyError:
1176                        Sytsym = G2spc.SytSym(at[cx:cx+3],SGData)[0]
1177                        at[cs] = Sytsym
1178                        xId,xCoef = G2spc.GetCSxinel(at[cs])
1179                    xId,xCoef = G2spc.GetCSxinel(at[cs])
1180                    names = [pfx+'dAx:'+str(i),pfx+'dAy:'+str(i),pfx+'dAz:'+str(i)]
1181                    equivs = [[],[],[]]
1182                    for j in range(3):
1183                        if xId[j] > 0:                               
1184                            phaseVary.append(names[j])
1185                            equivs[xId[j]-1].append([names[j],xCoef[j]])
1186                    for equiv in equivs:
1187                        if len(equiv) > 1:
1188                            name = equiv[0][0]
1189                            coef = equiv[0][1]
1190                            for eqv in equiv[1:]:
1191                                eqv[1] /= coef
1192                                G2mv.StoreEquivalence(name,(eqv,))
1193                if 'U' in at[ct+1]:
1194                    if at[cia] == 'I':
1195                        phaseVary.append(pfx+'AUiso:'+str(i))
1196                    else:
1197                        try:    #patch for sytsym name changes
1198                            uId,uCoef = G2spc.GetCSuinel(at[cs])[:2]
1199                        except KeyError:
1200                            Sytsym = G2spc.SytSym(at[cx:cx+3],SGData)[0]
1201                            at[cs] = Sytsym
1202                            uId,uCoef = G2spc.GetCSuinel(at[cs])[:2]
1203                        uId,uCoef = G2spc.GetCSuinel(at[cs])[:2]
1204                        names = [pfx+'AU11:'+str(i),pfx+'AU22:'+str(i),pfx+'AU33:'+str(i),
1205                            pfx+'AU12:'+str(i),pfx+'AU13:'+str(i),pfx+'AU23:'+str(i)]
1206                        equivs = [[],[],[],[],[],[]]
1207                        for j in range(6):
1208                            if uId[j] > 0:                               
1209                                phaseVary.append(names[j])
1210                                equivs[uId[j]-1].append([names[j],uCoef[j]])
1211                        for equiv in equivs:
1212                            if len(equiv) > 1:
1213                                name = equiv[0][0]
1214                                coef = equiv[0][1]
1215                                for eqv in equiv[1:]:
1216                                    eqv[1] /= coef
1217                                G2mv.StoreEquivalence(name,equiv[1:])
1218                if 'M' in at[ct+1]:
1219                    SytSym,Mul,Nop,dupDir = G2spc.SytSym(at[cx:cx+3],SGData)
1220                    mId,mCoef = G2spc.GetCSpqinel(SytSym,SpnFlp,dupDir)
1221                    names = [pfx+'AMx:'+str(i),pfx+'AMy:'+str(i),pfx+'AMz:'+str(i)]
1222                    equivs = [[],[],[]]
1223                    for j in range(3):
1224                        if mId[j] > 0:
1225                            phaseVary.append(names[j])
1226                            equivs[mId[j]-1].append([names[j],mCoef[j]])
1227                    for equiv in equivs:
1228                        if len(equiv) > 1:
1229                            name = equiv[0][0]
1230                            coef = equiv[0][1]
1231                            for eqv in equiv[1:]:
1232                                eqv[1] /= coef
1233                                G2mv.StoreEquivalence(name,(eqv,))
1234                if General.get('Modulated',False):
1235                    AtomSS = at[-1]['SS1']
1236                    waveType = AtomSS['waveType']
1237                    phaseDict[pfx+'waveType:'+str(i)] = waveType
1238                    for Stype in ['Sfrac','Spos','Sadp','Smag']:
1239                        Waves = AtomSS[Stype]
1240                        nx = 0
1241                        for iw,wave in enumerate(Waves):
1242                            if not iw:
1243                                if waveType in ['ZigZag','Block']:
1244                                    nx = 1
1245                                CSI = G2spc.GetSSfxuinel(waveType,1,at[cx:cx+3],SGData,SSGData)
1246                            else:
1247                                CSI = G2spc.GetSSfxuinel('Fourier',iw+1-nx,at[cx:cx+3],SGData,SSGData)
1248                            uId,uCoef = CSI[Stype]
1249                            stiw = str(i)+':'+str(iw)
1250                            if Stype == 'Spos':
1251                                if waveType in ['ZigZag','Block',] and not iw:
1252                                    names = [pfx+'Tmin:'+stiw,pfx+'Tmax:'+stiw,pfx+'Xmax:'+stiw,pfx+'Ymax:'+stiw,pfx+'Zmax:'+stiw]
1253                                    equivs = [[],[], [],[],[]]
1254                                else:
1255                                    names = [pfx+'Xsin:'+stiw,pfx+'Ysin:'+stiw,pfx+'Zsin:'+stiw,
1256                                        pfx+'Xcos:'+stiw,pfx+'Ycos:'+stiw,pfx+'Zcos:'+stiw]
1257                                    equivs = [[],[],[], [],[],[]]
1258                            elif Stype == 'Sadp':
1259                                names = [pfx+'U11sin:'+stiw,pfx+'U22sin:'+stiw,pfx+'U33sin:'+stiw,
1260                                    pfx+'U12sin:'+stiw,pfx+'U13sin:'+stiw,pfx+'U23sin:'+stiw,
1261                                    pfx+'U11cos:'+stiw,pfx+'U22cos:'+stiw,pfx+'U33cos:'+stiw,
1262                                    pfx+'U12cos:'+stiw,pfx+'U13cos:'+stiw,pfx+'U23cos:'+stiw]
1263                                equivs = [[],[],[],[],[],[], [],[],[],[],[],[]]
1264                            elif Stype == 'Sfrac':
1265                                equivs = [[],[]]
1266                                if 'Crenel' in waveType and not iw:
1267                                    names = [pfx+'Fzero:'+stiw,pfx+'Fwid:'+stiw]
1268                                else:
1269                                    names = [pfx+'Fsin:'+stiw,pfx+'Fcos:'+stiw]
1270                            elif Stype == 'Smag':
1271                                equivs = [[],[],[], [],[],[]]
1272                                names = [pfx+'MXsin:'+stiw,pfx+'MYsin:'+stiw,pfx+'MZsin:'+stiw,
1273                                    pfx+'MXcos:'+stiw,pfx+'MYcos:'+stiw,pfx+'MZcos:'+stiw]
1274                            phaseDict.update(dict(zip(names,wave[0])))
1275                            if wave[1]: #what do we do here for multiple terms in modulation constraints?
1276                                for j in range(len(equivs)):
1277                                    if uId[j][0] > 0:                               
1278                                        phaseVary.append(names[j])
1279                                        equivs[uId[j][0]-1].append([names[j],uCoef[j][0]])
1280                                for equiv in equivs:
1281                                    if len(equiv) > 1:
1282                                        name = equiv[0][0]
1283                                        coef = equiv[0][1]
1284                                        for eqv in equiv[1:]:
1285                                            eqv[1] /= coef
1286                                        G2mv.StoreEquivalence(name,equiv[1:])
1287                            maxSSwave[pfx][Stype] = max(maxSSwave[pfx][Stype],iw+1)
1288            textureData = General['SH Texture']
1289            if textureData['Order'] and not seqRef:
1290                phaseDict[pfx+'SHorder'] = textureData['Order']
1291                phaseDict[pfx+'SHmodel'] = SamSym[textureData['Model']]
1292                for item in ['omega','chi','phi']:
1293                    phaseDict[pfx+'SH '+item] = textureData['Sample '+item][1]
1294                    if textureData['Sample '+item][0]:
1295                        phaseVary.append(pfx+'SH '+item)
1296                for item in textureData['SH Coeff'][1]:
1297                    phaseDict[pfx+item] = textureData['SH Coeff'][1][item]
1298                    if textureData['SH Coeff'][0]:
1299                        phaseVary.append(pfx+item)
1300               
1301            if Print:
1302                print >>pFile,'\n Phase name: ',General['Name']
1303                print >>pFile,135*'='
1304                PrintFFtable(FFtable)
1305                PrintBLtable(BLtable)
1306                if General['Type'] == 'magnetic':
1307                    PrintMFtable(MFtable)
1308                print >>pFile,''
1309                #how do we print magnetic symmetry table? TBD
1310                if len(SSGtext):    #if superstructure
1311                    for line in SSGtext: print >>pFile,line
1312                    if len(SSGtable):
1313                        for item in SSGtable:
1314                            line = ' %s '%(item)
1315                            print >>pFile,line   
1316                    else:
1317                        print >>pFile,' ( 1)    %s'%(SSGtable[0])
1318                else:
1319                    for line in SGtext: print >>pFile,line
1320                    if len(SGtable):
1321                        for item in SGtable:
1322                            line = ' %s '%(item)
1323                            print >>pFile,line   
1324                    else:
1325                        print >>pFile,' ( 1)    %s'%(SGtable[0])
1326                PrintRBObjects(resRBData,vecRBData)
1327                PrintAtoms(General,Atoms)
1328                if General['Type'] == 'magnetic':
1329                    PrintMoments(General,Atoms)
1330                if General.get('Modulated',False):
1331                    PrintWaves(General,Atoms)
1332                print >>pFile,'\n Unit cell: a = %.5f'%(cell[1]),' b = %.5f'%(cell[2]),' c = %.5f'%(cell[3]), \
1333                    ' alpha = %.3f'%(cell[4]),' beta = %.3f'%(cell[5]),' gamma = %.3f'%(cell[6]), \
1334                    ' volume = %.3f'%(cell[7]),' Refine?',cell[0]
1335                if len(SSGtext):    #if superstructure
1336                    print >>pFile,'\n Modulation vector: mV0 = %.4f'%(Vec[0]),' mV1 = %.4f'%(Vec[1]),   \
1337                        ' mV2 = %.4f'%(Vec[2]),' max mod. index = %d'%(maxH),' Refine?',vRef
1338                if not seqRef:
1339                    PrintTexture(textureData)
1340                if name in RestraintDict:
1341                    PrintRestraints(cell[1:7],SGData,General['AtomPtrs'],Atoms,AtLookup,
1342                        textureData,RestraintDict[name],pFile)
1343                   
1344        elif PawleyRef:
1345            if Print:
1346                print >>pFile,'\n Phase name: ',General['Name']
1347                print >>pFile,135*'='
1348                print >>pFile,''
1349                if len(SSGtext):    #if superstructure
1350                    for line in SSGtext: print >>pFile,line
1351                    if len(SSGtable):
1352                        for item in SSGtable:
1353                            line = ' %s '%(item)
1354                            print >>pFile,line   
1355                    else:
1356                        print >>pFile,' ( 1)    %s'%(SSGtable[0])
1357                else:
1358                    for line in SGtext: print >>pFile,line
1359                    if len(SGtable):
1360                        for item in SGtable:
1361                            line = ' %s '%(item)
1362                            print >>pFile,line   
1363                    else:
1364                        print >>pFile,' ( 1)    %s'%(SGtable[0])
1365                print >>pFile,'\n Unit cell: a = %.5f'%(cell[1]),' b = %.5f'%(cell[2]),' c = %.5f'%(cell[3]), \
1366                    ' alpha = %.3f'%(cell[4]),' beta = %.3f'%(cell[5]),' gamma = %.3f'%(cell[6]), \
1367                    ' volume = %.3f'%(cell[7]),' Refine?',cell[0]
1368                if len(SSGtext):    #if superstructure
1369                    print >>pFile,'\n Modulation vector: mV0 = %.4f'%(Vec[0]),' mV1 = %.4f'%(Vec[1]),   \
1370                        ' mV2 = %.4f'%(Vec[2]),' max mod. index = %d'%(maxH),' Refine?',vRef
1371            pawleyVary = []
1372            for i,refl in enumerate(PawleyRef):
1373                phaseDict[pfx+'PWLref:'+str(i)] = refl[6+im]
1374                if im:
1375                    pawleyLookup[pfx+'%d,%d,%d,%d'%(refl[0],refl[1],refl[2],refl[3])] = i
1376                else:
1377                    pawleyLookup[pfx+'%d,%d,%d'%(refl[0],refl[1],refl[2])] = i
1378                if refl[5+im]:
1379                    pawleyVary.append(pfx+'PWLref:'+str(i))
1380            GetPawleyConstr(SGData['SGLaue'],PawleyRef,im,pawleyVary)      #does G2mv.StoreEquivalence
1381            phaseVary += pawleyVary
1382               
1383    return Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtables,BLtables,MFtables,maxSSwave
1384   
1385def cellFill(pfx,SGData,parmDict,sigDict): 
1386    '''Returns the filled-out reciprocal cell (A) terms and their uncertainties
1387    from the parameter and sig dictionaries.
1388
1389    :param str pfx: parameter prefix ("n::", where n is a phase number)
1390    :param dict SGdata: a symmetry object
1391    :param dict parmDict: a dictionary of parameters
1392    :param dict sigDict:  a dictionary of uncertainties on parameters
1393
1394    :returns: A,sigA where each is a list of six terms with the A terms
1395    '''
1396    if SGData['SGLaue'] in ['-1',]:
1397        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A1'],parmDict[pfx+'A2'],
1398            parmDict[pfx+'A3'],parmDict[pfx+'A4'],parmDict[pfx+'A5']]
1399    elif SGData['SGLaue'] in ['2/m',]:
1400        if SGData['SGUniq'] == 'a':
1401            A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A1'],parmDict[pfx+'A2'],
1402                0,0,parmDict[pfx+'A5']]
1403        elif SGData['SGUniq'] == 'b':
1404            A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A1'],parmDict[pfx+'A2'],
1405                0,parmDict[pfx+'A4'],0]
1406        else:
1407            A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A1'],parmDict[pfx+'A2'],
1408                parmDict[pfx+'A3'],0,0]
1409    elif SGData['SGLaue'] in ['mmm',]:
1410        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A1'],parmDict[pfx+'A2'],0,0,0]
1411    elif SGData['SGLaue'] in ['4/m','4/mmm']:
1412        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A2'],0,0,0]
1413    elif SGData['SGLaue'] in ['6/m','6/mmm','3m1', '31m', '3']:
1414        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A2'],
1415            parmDict[pfx+'A0'],0,0]
1416    elif SGData['SGLaue'] in ['3R', '3mR']:
1417        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],
1418            parmDict[pfx+'A3'],parmDict[pfx+'A3'],parmDict[pfx+'A3']]
1419    elif SGData['SGLaue'] in ['m3m','m3']:
1420        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],0,0,0]
1421
1422    try:
1423        if SGData['SGLaue'] in ['-1',]:
1424            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],sigDict[pfx+'A1'],sigDict[pfx+'A2'],
1425                sigDict[pfx+'A3'],sigDict[pfx+'A4'],sigDict[pfx+'A5']]
1426        elif SGData['SGLaue'] in ['2/m',]:
1427            if SGData['SGUniq'] == 'a':
1428                sigA = [sigDict[pfx+'A0'],sigDict[pfx+'A1'],sigDict[pfx+'A2'],
1429                    0,0,sigDict[pfx+'A5']]
1430            elif SGData['SGUniq'] == 'b':
1431                sigA = [sigDict[pfx+'A0'],sigDict[pfx+'A1'],sigDict[pfx+'A2'],
1432                    0,sigDict[pfx+'A4'],0]
1433            else:
1434                sigA = [sigDict[pfx+'A0'],sigDict[pfx+'A1'],sigDict[pfx+'A2'],
1435                    sigDict[pfx+'A3'],0,0]
1436        elif SGData['SGLaue'] in ['mmm',]:
1437            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],sigDict[pfx+'A1'],sigDict[pfx+'A2'],0,0,0]
1438        elif SGData['SGLaue'] in ['4/m','4/mmm']:
1439            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],0,sigDict[pfx+'A2'],0,0,0]
1440        elif SGData['SGLaue'] in ['6/m','6/mmm','3m1', '31m', '3']:
1441            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],0,sigDict[pfx+'A2'],0,0,0]
1442        elif SGData['SGLaue'] in ['3R', '3mR']:
1443            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],0,0,sigDict[pfx+'A3'],0,0]
1444        elif SGData['SGLaue'] in ['m3m','m3']:
1445            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],0,0,0,0,0]
1446    except KeyError:
1447        sigA = [0,0,0,0,0,0]
1448    return A,sigA
1449       
1450def PrintRestraints(cell,SGData,AtPtrs,Atoms,AtLookup,textureData,phaseRest,pFile):
1451    'needs a doc string'
1452    if phaseRest:
1453        Amat = G2lat.cell2AB(cell)[0]
1454        cx,ct,cs = AtPtrs[:3]
1455        names = [['Bond','Bonds'],['Angle','Angles'],['Plane','Planes'],
1456            ['Chiral','Volumes'],['Torsion','Torsions'],['Rama','Ramas'],
1457            ['ChemComp','Sites'],['Texture','HKLs']]
1458        for name,rest in names:
1459            itemRest = phaseRest[name]
1460            if itemRest[rest] and itemRest['Use']:
1461                print >>pFile,'\n  %s %10.3f Use: %s'%(name+' restraint weight factor',itemRest['wtFactor'],str(itemRest['Use']))
1462                if name in ['Bond','Angle','Plane','Chiral']:
1463                    print >>pFile,'     calc       obs      sig   delt/sig  atoms(symOp): '
1464                    for indx,ops,obs,esd in itemRest[rest]:
1465                        try:
1466                            AtNames = G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,ct-1)
1467                            AtName = ''
1468                            for i,Aname in enumerate(AtNames):
1469                                AtName += Aname
1470                                if ops[i] == '1':
1471                                    AtName += '-'
1472                                else:
1473                                    AtName += '+('+ops[i]+')-'
1474                            XYZ = np.array(G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,cx,3))
1475                            XYZ = G2mth.getSyXYZ(XYZ,ops,SGData)
1476                            if name == 'Bond':
1477                                calc = G2mth.getRestDist(XYZ,Amat)
1478                            elif name == 'Angle':
1479                                calc = G2mth.getRestAngle(XYZ,Amat)
1480                            elif name == 'Plane':
1481                                calc = G2mth.getRestPlane(XYZ,Amat)
1482                            elif name == 'Chiral':
1483                                calc = G2mth.getRestChiral(XYZ,Amat)
1484                            print >>pFile,' %9.3f %9.3f %8.3f %8.3f   %s'%(calc,obs,esd,(obs-calc)/esd,AtName[:-1])
1485                        except KeyError:
1486                            del itemRest[rest]
1487                elif name in ['Torsion','Rama']:
1488                    print >>pFile,'  atoms(symOp)  calc  obs  sig  delt/sig  torsions: '
1489                    coeffDict = itemRest['Coeff']
1490                    for indx,ops,cofName,esd in itemRest[rest]:
1491                        AtNames = G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,ct-1)
1492                        AtName = ''
1493                        for i,Aname in enumerate(AtNames):
1494                            AtName += Aname+'+('+ops[i]+')-'
1495                        XYZ = np.array(G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,cx,3))
1496                        XYZ = G2mth.getSyXYZ(XYZ,ops,SGData)
1497                        if name == 'Torsion':
1498                            tor = G2mth.getRestTorsion(XYZ,Amat)
1499                            restr,calc = G2mth.calcTorsionEnergy(tor,coeffDict[cofName])
1500                            print >>pFile,' %8.3f %8.3f %.3f %8.3f %8.3f %s'%(calc,obs,esd,(obs-calc)/esd,tor,AtName[:-1])
1501                        else:
1502                            phi,psi = G2mth.getRestRama(XYZ,Amat)
1503                            restr,calc = G2mth.calcRamaEnergy(phi,psi,coeffDict[cofName])                               
1504                            print >>pFile,' %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %s'%(calc,obs,esd,(obs-calc)/esd,phi,psi,AtName[:-1])
1505                elif name == 'ChemComp':
1506                    print >>pFile,'     atoms   mul*frac  factor     prod'
1507                    for indx,factors,obs,esd in itemRest[rest]:
1508                        try:
1509                            atoms = G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,ct-1)
1510                            mul = np.array(G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,cs+1))
1511                            frac = np.array(G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,cs-1))
1512                            mulfrac = mul*frac
1513                            calcs = mul*frac*factors
1514                            for iatm,[atom,mf,fr,clc] in enumerate(zip(atoms,mulfrac,factors,calcs)):
1515                                print >>pFile,' %10s %8.3f %8.3f %8.3f'%(atom,mf,fr,clc)
1516                            print >>pFile,' Sum:                   calc: %8.3f obs: %8.3f esd: %8.3f'%(np.sum(calcs),obs,esd)
1517                        except KeyError:
1518                            del itemRest[rest]
1519                elif name == 'Texture' and textureData['Order']:
1520                    Start = False
1521                    SHCoef = textureData['SH Coeff'][1]
1522                    shModels = ['cylindrical','none','shear - 2/m','rolling - mmm']
1523                    SamSym = dict(zip(shModels,['0','-1','2/m','mmm']))
1524                    print '    HKL  grid  neg esd  sum neg  num neg use unit?  unit esd  '
1525                    for hkl,grid,esd1,ifesd2,esd2 in itemRest[rest]:
1526                        phi,beta = G2lat.CrsAng(np.array(hkl),cell,SGData)
1527                        ODFln = G2lat.Flnh(Start,SHCoef,phi,beta,SGData)
1528                        R,P,Z = G2mth.getRestPolefig(ODFln,SamSym[textureData['Model']],grid)
1529                        Z = ma.masked_greater(Z,0.0)
1530                        num = ma.count(Z)
1531                        sum = 0
1532                        if num:
1533                            sum = np.sum(Z)
1534                        print '   %d %d %d  %d %8.3f %8.3f %8d   %s    %8.3f'%(hkl[0],hkl[1],hkl[2],grid,esd1,sum,num,str(ifesd2),esd2)
1535       
1536def getCellEsd(pfx,SGData,A,covData):
1537    'needs a doc string'
1538    dpr = 180./np.pi
1539    rVsq = G2lat.calc_rVsq(A)
1540    G,g = G2lat.A2Gmat(A)       #get recip. & real metric tensors
1541    cell = np.array(G2lat.Gmat2cell(g))   #real cell
1542    cellst = np.array(G2lat.Gmat2cell(G)) #recip. cell
1543    scos = cosd(cellst[3:6])
1544    ssin = sind(cellst[3:6])
1545    scot = scos/ssin
1546    rcos = cosd(cell[3:6])
1547    rsin = sind(cell[3:6])
1548    rcot = rcos/rsin
1549    RMnames = [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A3',pfx+'A4',pfx+'A5']
1550    varyList = covData['varyList']
1551    covMatrix = covData['covMatrix']
1552    vcov = G2mth.getVCov(RMnames,varyList,covMatrix)
1553    if SGData['SGLaue'] in ['3', '3m1', '31m', '6/m', '6/mmm']:
1554        vcov[1,1] = vcov[3,3] = vcov[0,1] = vcov[1,0] = vcov[0,0]
1555        vcov[1,3] = vcov[3,1] = vcov[0,3] = vcov[3,0] = vcov[0,0]
1556        vcov[1,2] = vcov[2,1] = vcov[2,3] = vcov[3,2] = vcov[0,2]
1557    elif SGData['SGLaue'] in ['m3','m3m']:
1558        vcov[0:3,0:3] = vcov[0,0]
1559    elif SGData['SGLaue'] in ['4/m', '4/mmm']:
1560        vcov[0:2,0:2] = vcov[0,0]
1561        vcov[1,2] = vcov[2,1] = vcov[0,2]
1562    elif SGData['SGLaue'] in ['3R','3mR']:
1563        vcov[0:2,0:2] = vcov[0,0]
1564        vcov[4,4] = vcov[5,5] = vcov[3,3]
1565        vcov[0:3,3:6] = vcov[0,3]
1566        vcov[3:6,0:3] = vcov[3,0]
1567    Ax = np.array(A)
1568    Ax[3:] /= 2.
1569    drVdA = np.array([
1570        Ax[1]*Ax[2]-Ax[5]**2,
1571        Ax[0]*Ax[2]-Ax[4]**2,
1572        Ax[0]*Ax[1]-Ax[3]**2,
1573        Ax[4]*Ax[5]-Ax[2]*Ax[3],
1574        Ax[3]*Ax[5]-Ax[1]*Ax[4],
1575        Ax[3]*Ax[4]-Ax[0]*Ax[5]])
1576    srcvlsq = np.inner(drVdA,np.inner(drVdA,vcov))
1577    Vol = 1/np.sqrt(rVsq)
1578    sigVol = Vol**3*np.sqrt(srcvlsq)/2.         #ok - checks with GSAS
1579   
1580    R123 = Ax[0]*Ax[1]*Ax[2]
1581    dsasdg = np.zeros((3,6))
1582    dadg = np.zeros((6,6))
1583    for i0 in range(3):         #0  1   2
1584        i1 = (i0+1)%3           #1  2   0
1585        i2 = (i1+1)%3           #2  0   1
1586        i3 = 5-i2               #3  5   4
1587        i4 = 5-i1               #4  3   5
1588        i5 = 5-i0               #5  4   3
1589        dsasdg[i0][i1] = 0.5*scot[i0]*scos[i0]/Ax[i1]
1590        dsasdg[i0][i2] = 0.5*scot[i0]*scos[i0]/Ax[i2]
1591        dsasdg[i0][i5] = -scot[i0]/np.sqrt(Ax[i1]*Ax[i2])
1592        denmsq = Ax[i0]*(R123-Ax[i1]*Ax[i4]**2-Ax[i2]*Ax[i3]**2)+(Ax[i4]*Ax[i3])**2
1593        denom = np.sqrt(denmsq)
1594        dadg[i5][i0] = -Ax[i5]/denom-rcos[i0]/denmsq*(R123-0.5*Ax[i1]*Ax[i4]**2-0.5*Ax[i2]*Ax[i3]**2)
1595        dadg[i5][i1] = -0.5*rcos[i0]/denmsq*(Ax[i0]**2*Ax[i2]-Ax[i0]*Ax[i4]**2)
1596        dadg[i5][i2] = -0.5*rcos[i0]/denmsq*(Ax[i0]**2*Ax[i1]-Ax[i0]*Ax[i3]**2)
1597        dadg[i5][i3] = Ax[i4]/denom+rcos[i0]/denmsq*(Ax[i0]*Ax[i2]*Ax[i3]-Ax[i3]*Ax[i4]**2)
1598        dadg[i5][i4] = Ax[i3]/denom+rcos[i0]/denmsq*(Ax[i0]*Ax[i1]*Ax[i4]-Ax[i3]**2*Ax[i4])
1599        dadg[i5][i5] = -Ax[i0]/denom
1600    for i0 in range(3):
1601        i1 = (i0+1)%3
1602        i2 = (i1+1)%3
1603        i3 = 5-i2
1604        for ij in range(6):
1605            dadg[i0][ij] = cell[i0]*(rcot[i2]*dadg[i3][ij]/rsin[i2]-dsasdg[i1][ij]/ssin[i1])
1606            if ij == i0:
1607                dadg[i0][ij] = dadg[i0][ij]-0.5*cell[i0]/Ax[i0]
1608            dadg[i3][ij] = -dadg[i3][ij]*rsin[2-i0]*dpr
1609#    GSASIIpath.IPyBreak()
1610    sigMat = np.inner(dadg,np.inner(dadg,vcov))
1611    var = np.diag(sigMat)
1612    CS = np.where(var>0.,np.sqrt(var),0.)
1613    if SGData['SGLaue'] in ['3', '3m1', '31m', '6/m', '6/mmm','m3','m3m','4/m','4/mmm']:
1614        CS[3:6] = 0.0
1615    return [CS[0],CS[1],CS[2],CS[5],CS[4],CS[3],sigVol]
1616   
1617def SetPhaseData(parmDict,sigDict,Phases,RBIds,covData,RestraintDict=None,pFile=None):
1618    'needs a doc string'
1619   
1620    def PrintAtomsAndSig(General,Atoms,atomsSig):
1621        print >>pFile,'\n Atoms:'
1622        line = '   name      x         y         z      frac   Uiso     U11     U22     U33     U12     U13     U23'
1623        if General['Type'] == 'macromolecular':
1624            line = ' res no residue chain '+line
1625        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1626        print >>pFile,line
1627        print >>pFile,135*'-'
1628        fmt = {0:'%7s',ct:'%7s',cx:'%10.5f',cx+1:'%10.5f',cx+2:'%10.5f',cx+3:'%8.3f',cia+1:'%8.5f',
1629            cia+2:'%8.5f',cia+3:'%8.5f',cia+4:'%8.5f',cia+5:'%8.5f',cia+6:'%8.5f',cia+7:'%8.5f'}
1630        noFXsig = {cx:[10*' ','%10s'],cx+1:[10*' ','%10s'],cx+2:[10*' ','%10s'],cx+3:[8*' ','%8s']}
1631        for atyp in General['AtomTypes']:       #zero composition
1632            General['NoAtoms'][atyp] = 0.
1633        for i,at in enumerate(Atoms):
1634            General['NoAtoms'][at[ct]] += at[cx+3]*float(at[cx+5])     #new composition
1635            if General['Type'] == 'macromolecular':
1636                name = ' %s %s %s %s:'%(at[0],at[1],at[2],at[3])
1637                valstr = ' values:          '
1638                sigstr = ' sig   :          '
1639            else:
1640                name = fmt[0]%(at[ct-1])+fmt[1]%(at[ct])+':'
1641                valstr = ' values:'
1642                sigstr = ' sig   :'
1643            for ind in range(cx,cx+4):
1644                sigind = str(i)+':'+str(ind)
1645                valstr += fmt[ind]%(at[ind])                   
1646                if sigind in atomsSig:
1647                    sigstr += fmt[ind]%(atomsSig[sigind])
1648                else:
1649                    sigstr += noFXsig[ind][1]%(noFXsig[ind][0])
1650            if at[cia] == 'I':
1651                valstr += fmt[cia+1]%(at[cia+1])
1652                if '%d:%d'%(i,cia+1) in atomsSig:
1653                    sigstr += fmt[cia+1]%(atomsSig['%d:%d'%(i,cia+1)])
1654                else:
1655                    sigstr += 8*' '
1656            else:
1657                valstr += 8*' '
1658                sigstr += 8*' '
1659                for ind in range(cia+2,cia+8):
1660                    sigind = str(i)+':'+str(ind)
1661                    valstr += fmt[ind]%(at[ind])
1662                    if sigind in atomsSig:                       
1663                        sigstr += fmt[ind]%(atomsSig[sigind])
1664                    else:
1665                        sigstr += 8*' '
1666            print >>pFile,name
1667            print >>pFile,valstr
1668            print >>pFile,sigstr
1669           
1670    def PrintMomentsAndSig(General,Atoms,atomsSig):
1671        print >>pFile,'\n Magnetic Moments:'    #add magnitude & angle, etc.? TBD
1672        line = '   name      Mx        My        Mz'
1673        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1674        cmx = cx+4
1675        AtInfo = dict(zip(General['AtomTypes'],General['Lande g']))
1676        print >>pFile,line
1677        print >>pFile,135*'-'
1678        fmt = {0:'%7s',ct:'%7s',cmx:'%10.5f',cmx+1:'%10.5f',cmx+2:'%10.5f'}
1679        noFXsig = {cmx:[10*' ','%10s'],cmx+1:[10*' ','%10s'],cmx+2:[10*' ','%10s']}
1680        for i,at in enumerate(Atoms):
1681            if AtInfo[at[ct]]:
1682                name = fmt[0]%(at[ct-1])+fmt[1]%(at[ct])+':'
1683                valstr = ' values:'
1684                sigstr = ' sig   :'
1685                for ind in range(cmx,cmx+3):
1686                    sigind = str(i)+':'+str(ind)
1687                    valstr += fmt[ind]%(at[ind])                   
1688                    if sigind in atomsSig:
1689                        sigstr += fmt[ind]%(atomsSig[sigind])
1690                    else:
1691                        sigstr += noFXsig[ind][1]%(noFXsig[ind][0])
1692                print >>pFile,name
1693                print >>pFile,valstr
1694                print >>pFile,sigstr
1695           
1696    def PrintWavesAndSig(General,Atoms,wavesSig):
1697        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1698        print >>pFile,'\n Modulation waves'
1699        names = {'Sfrac':['Fsin','Fcos','Fzero','Fwid'],'Spos':['Xsin','Ysin','Zsin','Xcos','Ycos','Zcos','Tmin','Tmax','Xmax','Ymax','Zmax'],
1700            'Sadp':['U11sin','U22sin','U33sin','U12sin','U13sin','U23sin','U11cos','U22cos',
1701            'U33cos','U12cos','U13cos','U23cos'],'Smag':['MXsin','MYsin','MZsin','MXcos','MYcos','MZcos']}
1702        print >>pFile,135*'-'
1703        for i,at in enumerate(Atoms):
1704            AtomSS = at[-1]['SS1']
1705            waveType = AtomSS['waveType']
1706            for Stype in ['Sfrac','Spos','Sadp','Smag']:
1707                Waves = AtomSS[Stype]
1708                if len(Waves):
1709                    print >>pFile,' atom: %s, site sym: %s, type: %s wave type: %s:'    \
1710                        %(at[ct-1],at[cs],Stype,waveType)
1711                    for iw,wave in enumerate(Waves):
1712                        stiw = ':'+str(i)+':'+str(iw)
1713                        namstr = '  names :'
1714                        valstr = '  values:'
1715                        sigstr = '  esds  :'
1716                        if Stype == 'Spos':
1717                            nt = 6
1718                            ot = 0
1719                            if waveType in ['ZigZag','Block',] and not iw:
1720                                nt = 5
1721                                ot = 6
1722                            for j in range(nt):
1723                                name = names['Spos'][j+ot]
1724                                namstr += '%12s'%(name)
1725                                valstr += '%12.4f'%(wave[0][j])
1726                                if name+stiw in wavesSig:
1727                                    sigstr += '%12.4f'%(wavesSig[name+stiw])
1728                                else:
1729                                    sigstr += 12*' '
1730                        elif Stype == 'Sfrac':
1731                            ot = 0
1732                            if 'Crenel' in waveType and not iw:
1733                                ot = 2
1734                            for j in range(2):
1735                                name = names['Sfrac'][j+ot]
1736                                namstr += '%12s'%(names['Sfrac'][j+ot])
1737                                valstr += '%12.4f'%(wave[0][j])
1738                                if name+stiw in wavesSig:
1739                                    sigstr += '%12.4f'%(wavesSig[name+stiw])
1740                                else:
1741                                    sigstr += 12*' '
1742                        elif Stype == 'Sadp':
1743                            for j in range(12):
1744                                name = names['Sadp'][j]
1745                                namstr += '%10s'%(names['Sadp'][j])
1746                                valstr += '%10.6f'%(wave[0][j])
1747                                if name+stiw in wavesSig:
1748                                    sigstr += '%10.6f'%(wavesSig[name+stiw])
1749                                else:
1750                                    sigstr += 10*' '
1751                        elif Stype == 'Smag':
1752                            for j in range(6):
1753                                name = names['Smag'][j]
1754                                namstr += '%12s'%(names['Smag'][j])
1755                                valstr += '%12.4f'%(wave[0][j])
1756                                if name+stiw in wavesSig:
1757                                    sigstr += '%12.4f'%(wavesSig[name+stiw])
1758                                else:
1759                                    sigstr += 12*' '
1760                               
1761                    print >>pFile,namstr
1762                    print >>pFile,valstr
1763                    print >>pFile,sigstr
1764       
1765               
1766    def PrintRBObjPOAndSig(rbfx,rbsx):
1767        namstr = '  names :'
1768        valstr = '  values:'
1769        sigstr = '  esds  :'
1770        for i,px in enumerate(['Px:','Py:','Pz:']):
1771            name = pfx+rbfx+px+rbsx
1772            namstr += '%12s'%('Pos '+px[1])
1773            valstr += '%12.5f'%(parmDict[name])
1774            if name in sigDict:
1775                sigstr += '%12.5f'%(sigDict[name])
1776            else:
1777                sigstr += 12*' '
1778        for i,po in enumerate(['Oa:','Oi:','Oj:','Ok:']):
1779            name = pfx+rbfx+po+rbsx
1780            namstr += '%12s'%('Ori '+po[1])
1781            valstr += '%12.5f'%(parmDict[name])
1782            if name in sigDict:
1783                sigstr += '%12.5f'%(sigDict[name])
1784            else:
1785                sigstr += 12*' '
1786        print >>pFile,namstr
1787        print >>pFile,valstr
1788        print >>pFile,sigstr
1789       
1790    def PrintRBObjTLSAndSig(rbfx,rbsx,TLS):
1791        namstr = '  names :'
1792        valstr = '  values:'
1793        sigstr = '  esds  :'
1794        if 'N' not in TLS:
1795            print >>pFile,' Thermal motion:'
1796        if 'T' in TLS:
1797            for i,pt in enumerate(['T11:','T22:','T33:','T12:','T13:','T23:']):
1798                name = pfx+rbfx+pt+rbsx
1799                namstr += '%12s'%(pt[:3])
1800                valstr += '%12.5f'%(parmDict[name])
1801                if name in sigDict:
1802                    sigstr += '%12.5f'%(sigDict[name])
1803                else:
1804                    sigstr += 12*' '
1805            print >>pFile,namstr
1806            print >>pFile,valstr
1807            print >>pFile,sigstr
1808        if 'L' in TLS:
1809            namstr = '  names :'
1810            valstr = '  values:'
1811            sigstr = '  esds  :'
1812            for i,pt in enumerate(['L11:','L22:','L33:','L12:','L13:','L23:']):
1813                name = pfx+rbfx+pt+rbsx
1814                namstr += '%12s'%(pt[:3])
1815                valstr += '%12.3f'%(parmDict[name])
1816                if name in sigDict:
1817                    sigstr += '%12.3f'%(sigDict[name])
1818                else:
1819                    sigstr += 12*' '
1820            print >>pFile,namstr
1821            print >>pFile,valstr
1822            print >>pFile,sigstr
1823        if 'S' in TLS:
1824            namstr = '  names :'
1825            valstr = '  values:'
1826            sigstr = '  esds  :'
1827            for i,pt in enumerate(['S12:','S13:','S21:','S23:','S31:','S32:','SAA:','SBB:']):
1828                name = pfx+rbfx+pt+rbsx
1829                namstr += '%12s'%(pt[:3])
1830                valstr += '%12.4f'%(parmDict[name])
1831                if name in sigDict:
1832                    sigstr += '%12.4f'%(sigDict[name])
1833                else:
1834                    sigstr += 12*' '
1835            print >>pFile,namstr
1836            print >>pFile,valstr
1837            print >>pFile,sigstr
1838        if 'U' in TLS:
1839            name = pfx+rbfx+'U:'+rbsx
1840            namstr = '  names :'+'%12s'%('Uiso')
1841            valstr = '  values:'+'%12.5f'%(parmDict[name])
1842            if name in sigDict:
1843                sigstr = '  esds  :'+'%12.5f'%(sigDict[name])
1844            else:
1845                sigstr = '  esds  :'+12*' '
1846            print >>pFile,namstr
1847            print >>pFile,valstr
1848            print >>pFile,sigstr
1849       
1850    def PrintRBObjTorAndSig(rbsx):
1851        namstr = '  names :'
1852        valstr = '  values:'
1853        sigstr = '  esds  :'
1854        nTors = len(RBObj['Torsions'])
1855        if nTors:
1856            print >>pFile,' Torsions:'
1857            for it in range(nTors):
1858                name = pfx+'RBRTr;'+str(it)+':'+rbsx
1859                namstr += '%12s'%('Tor'+str(it))
1860                valstr += '%12.4f'%(parmDict[name])
1861                if name in sigDict:
1862                    sigstr += '%12.4f'%(sigDict[name])
1863            print >>pFile,namstr
1864            print >>pFile,valstr
1865            print >>pFile,sigstr
1866               
1867    def PrintSHtextureAndSig(textureData,SHtextureSig):
1868        print >>pFile,'\n Spherical harmonics texture: Order:' + str(textureData['Order'])
1869        names = ['omega','chi','phi']
1870        namstr = '  names :'
1871        ptstr =  '  values:'
1872        sigstr = '  esds  :'
1873        for name in names:
1874            namstr += '%12s'%(name)
1875            ptstr += '%12.3f'%(textureData['Sample '+name][1])
1876            if 'Sample '+name in SHtextureSig:
1877                sigstr += '%12.3f'%(SHtextureSig['Sample '+name])
1878            else:
1879                sigstr += 12*' '
1880        print >>pFile,namstr
1881        print >>pFile,ptstr
1882        print >>pFile,sigstr
1883        print >>pFile,'\n Texture coefficients:'
1884        SHcoeff = textureData['SH Coeff'][1]
1885        SHkeys = SHcoeff.keys()
1886        nCoeff = len(SHcoeff)
1887        nBlock = nCoeff/10+1
1888        iBeg = 0
1889        iFin = min(iBeg+10,nCoeff)
1890        for block in range(nBlock):
1891            namstr = '  names :'
1892            ptstr =  '  values:'
1893            sigstr = '  esds  :'
1894            for name in SHkeys[iBeg:iFin]:
1895                namstr += '%12s'%(name)
1896                ptstr += '%12.3f'%(SHcoeff[name])
1897                if name in SHtextureSig:
1898                    sigstr += '%12.3f'%(SHtextureSig[name])
1899                else:
1900                    sigstr += 12*' '
1901            print >>pFile,namstr
1902            print >>pFile,ptstr
1903            print >>pFile,sigstr
1904            iBeg += 10
1905            iFin = min(iBeg+10,nCoeff)
1906           
1907    print >>pFile,'\n Phases:'
1908    for phase in Phases:
1909        print >>pFile,' Result for phase: ',phase
1910        print >>pFile,135*'='
1911        Phase = Phases[phase]
1912        General = Phase['General']
1913        SGData = General['SGData']
1914        Atoms = Phase['Atoms']
1915        if Atoms and not General.get('doPawley'):
1916            cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1917            AtLookup = G2mth.FillAtomLookUp(Atoms,cia+8)
1918        cell = General['Cell']
1919        pId = Phase['pId']
1920        pfx = str(pId)+'::'
1921        if cell[0]:
1922            A,sigA = cellFill(pfx,SGData,parmDict,sigDict)
1923            cellSig = getCellEsd(pfx,SGData,A,covData)  #includes sigVol
1924            print >>pFile,' Reciprocal metric tensor: '
1925            ptfmt = "%15.9f"
1926            names = ['A11','A22','A33','A12','A13','A23']
1927            namstr = '  names :'
1928            ptstr =  '  values:'
1929            sigstr = '  esds  :'
1930            for name,a,siga in zip(names,A,sigA):
1931                namstr += '%15s'%(name)
1932                ptstr += ptfmt%(a)
1933                if siga:
1934                    sigstr += ptfmt%(siga)
1935                else:
1936                    sigstr += 15*' '
1937            print >>pFile,namstr
1938            print >>pFile,ptstr
1939            print >>pFile,sigstr
1940            cell[1:7] = G2lat.A2cell(A)
1941            cell[7] = G2lat.calc_V(A)
1942            print >>pFile,' New unit cell:'
1943            ptfmt = ["%12.6f","%12.6f","%12.6f","%12.4f","%12.4f","%12.4f","%12.3f"]
1944            names = ['a','b','c','alpha','beta','gamma','Volume']
1945            namstr = '  names :'
1946            ptstr =  '  values:'
1947            sigstr = '  esds  :'
1948            for name,fmt,a,siga in zip(names,ptfmt,cell[1:8],cellSig):
1949                namstr += '%12s'%(name)
1950                ptstr += fmt%(a)
1951                if siga:
1952                    sigstr += fmt%(siga)
1953                else:
1954                    sigstr += 12*' '
1955            print >>pFile,namstr
1956            print >>pFile,ptstr
1957            print >>pFile,sigstr
1958        ik = 6  #for Pawley stuff below
1959        if General.get('Modulated',False):
1960            ik = 7
1961            Vec,vRef,maxH = General['SuperVec']
1962            if vRef:
1963                print >>pFile,' New modulation vector:'
1964                namstr = '  names :'
1965                ptstr =  '  values:'
1966                sigstr = '  esds  :'
1967                for var in ['mV0','mV1','mV2']:
1968                    namstr += '%12s'%(pfx+var)
1969                    ptstr += '%12.6f'%(parmDict[pfx+var])
1970                    if pfx+var in sigDict:
1971                        sigstr += '%12.6f'%(sigDict[pfx+var])
1972                    else:
1973                        sigstr += 12*' '
1974                print >>pFile,namstr
1975                print >>pFile,ptstr
1976                print >>pFile,sigstr
1977           
1978        General['Mass'] = 0.
1979        if Phase['General'].get('doPawley'):
1980            pawleyRef = Phase['Pawley ref']
1981            for i,refl in enumerate(pawleyRef):
1982                key = pfx+'PWLref:'+str(i)
1983                refl[ik] = parmDict[key]
1984                if key in sigDict:
1985                    refl[ik+1] = sigDict[key]
1986                else:
1987                    refl[ik+1] = 0
1988        else:
1989            VRBIds = RBIds['Vector']
1990            RRBIds = RBIds['Residue']
1991            RBModels = Phase['RBModels']
1992            for irb,RBObj in enumerate(RBModels.get('Vector',[])):
1993                jrb = VRBIds.index(RBObj['RBId'])
1994                rbsx = str(irb)+':'+str(jrb)
1995                print >>pFile,' Vector rigid body parameters:'
1996                PrintRBObjPOAndSig('RBV',rbsx)
1997                PrintRBObjTLSAndSig('RBV',rbsx,RBObj['ThermalMotion'][0])
1998            for irb,RBObj in enumerate(RBModels.get('Residue',[])):
1999                jrb = RRBIds.index(RBObj['RBId'])
2000                rbsx = str(irb)+':'+str(jrb)
2001                print >>pFile,' Residue rigid body parameters:'
2002                PrintRBObjPOAndSig('RBR',rbsx)
2003                PrintRBObjTLSAndSig('RBR',rbsx,RBObj['ThermalMotion'][0])
2004                PrintRBObjTorAndSig(rbsx)
2005            atomsSig = {}
2006            wavesSig = {}
2007            cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
2008            for i,at in enumerate(Atoms):
2009                names = {cx:pfx+'Ax:'+str(i),cx+1:pfx+'Ay:'+str(i),cx+2:pfx+'Az:'+str(i),cx+3:pfx+'Afrac:'+str(i),
2010                    cia+1:pfx+'AUiso:'+str(i),cia+2:pfx+'AU11:'+str(i),cia+3:pfx+'AU22:'+str(i),cia+4:pfx+'AU33:'+str(i),
2011                    cia+5:pfx+'AU12:'+str(i),cia+6:pfx+'AU13:'+str(i),cia+7:pfx+'AU23:'+str(i),
2012                    cx+4:pfx+'AMx:'+str(i),cx+5:pfx+'AMy:'+str(i),cx+6:pfx+'AMz:'+str(i)}
2013                for ind in range(cx,cx+4):
2014                    at[ind] = parmDict[names[ind]]
2015                    if ind in range(cx,cx+3):
2016                        name = names[ind].replace('A','dA')
2017                    else:
2018                        name = names[ind]
2019                    if name in sigDict:
2020                        atomsSig[str(i)+':'+str(ind)] = sigDict[name]
2021                if at[cia] == 'I':
2022                    at[cia+1] = parmDict[names[cia+1]]
2023                    if names[cia+1] in sigDict:
2024                        atomsSig['%d:%d'%(i,cia+1)] = sigDict[names[cia+1]]
2025                else:
2026                    for ind in range(cia+2,cia+8):
2027                        at[ind] = parmDict[names[ind]]
2028                        if names[ind] in sigDict:
2029                            atomsSig[str(i)+':'+str(ind)] = sigDict[names[ind]]
2030                if General['Type'] == 'magnetic':
2031                    for ind in range(cx+4,cx+7):
2032                        at[ind] = parmDict[names[ind]]
2033                        if names[ind] in sigDict:
2034                            atomsSig[str(i)+':'+str(ind)] = sigDict[names[ind]]
2035                ind = General['AtomTypes'].index(at[ct])
2036                General['Mass'] += General['AtomMass'][ind]*at[cx+3]*at[cx+5]
2037                if General.get('Modulated',False):
2038                    AtomSS = at[-1]['SS1']
2039                    waveType = AtomSS['waveType']
2040                    for Stype in ['Sfrac','Spos','Sadp','Smag']:
2041                        Waves = AtomSS[Stype]
2042                        for iw,wave in enumerate(Waves):
2043                            stiw = str(i)+':'+str(iw)
2044                            if Stype == 'Spos':
2045                                if waveType in ['ZigZag','Block',] and not iw:
2046                                    names = ['Tmin:'+stiw,'Tmax:'+stiw,'Xmax:'+stiw,'Ymax:'+stiw,'Zmax:'+stiw]
2047                                else:
2048                                    names = ['Xsin:'+stiw,'Ysin:'+stiw,'Zsin:'+stiw,
2049                                        'Xcos:'+stiw,'Ycos:'+stiw,'Zcos:'+stiw]
2050                            elif Stype == 'Sadp':
2051                                names = ['U11sin:'+stiw,'U22sin:'+stiw,'U33sin:'+stiw,
2052                                    'U12sin:'+stiw,'U13sin:'+stiw,'U23sin:'+stiw,
2053                                    'U11cos:'+stiw,'U22cos:'+stiw,'U33cos:'+stiw,
2054                                    'U12cos:'+stiw,'U13cos:'+stiw,'U23cos:'+stiw]
2055                            elif Stype == 'Sfrac':
2056                                if 'Crenel' in waveType and not iw:
2057                                    names = ['Fzero:'+stiw,'Fwid:'+stiw]
2058                                else:
2059                                    names = ['Fsin:'+stiw,'Fcos:'+stiw]
2060                            elif Stype == 'Smag':
2061                                names = ['MXsin:'+stiw,'MYsin:'+stiw,'MZsin:'+stiw,
2062                                    'MXcos:'+stiw,'MYcos:'+stiw,'MZcos:'+stiw]
2063                            for iname,name in enumerate(names):
2064                                AtomSS[Stype][iw][0][iname] = parmDict[pfx+name]
2065                                if pfx+name in sigDict:
2066                                    wavesSig[name] = sigDict[pfx+name]
2067                   
2068            PrintAtomsAndSig(General,Atoms,atomsSig)
2069            if General['Type'] == 'magnetic':
2070                PrintMomentsAndSig(General,Atoms,atomsSig)
2071            if General.get('Modulated',False):
2072                PrintWavesAndSig(General,Atoms,wavesSig)
2073           
2074       
2075        textureData = General['SH Texture']   
2076        if textureData['Order']:
2077            SHtextureSig = {}
2078            for name in ['omega','chi','phi']:
2079                aname = pfx+'SH '+name
2080                textureData['Sample '+name][1] = parmDict[aname]
2081                if aname in sigDict:
2082                    SHtextureSig['Sample '+name] = sigDict[aname]
2083            for name in textureData['SH Coeff'][1]:
2084                aname = pfx+name
2085                textureData['SH Coeff'][1][name] = parmDict[aname]
2086                if aname in sigDict:
2087                    SHtextureSig[name] = sigDict[aname]
2088            PrintSHtextureAndSig(textureData,SHtextureSig)
2089        if phase in RestraintDict and not Phase['General'].get('doPawley'):
2090            PrintRestraints(cell[1:7],SGData,General['AtomPtrs'],Atoms,AtLookup,
2091                textureData,RestraintDict[phase],pFile)
2092                   
2093################################################################################
2094##### Histogram & Phase data
2095################################################################################       
2096                   
2097def GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=True,pFile=None,resetRefList=True):
2098    '''Loads the HAP histogram/phase information into dicts
2099
2100    :param dict Phases: phase information
2101    :param dict Histograms: Histogram information
2102    :param bool Print: prints information as it is read
2103    :param file pFile: file object to print to (the default, None causes printing to the console)
2104    :param bool resetRefList: Should the contents of the Reflection List be initialized
2105      on loading. The default, True, initializes the Reflection List as it is loaded.
2106
2107    :returns: (hapVary,hapDict,controlDict)
2108      * hapVary: list of refined variables
2109      * hapDict: dict with refined variables and their values
2110      * controlDict: dict with fixed parameters
2111    '''
2112   
2113    def PrintSize(hapData):
2114        if hapData[0] in ['isotropic','uniaxial']:
2115            line = '\n Size model    : %9s'%(hapData[0])
2116            line += ' equatorial:'+'%12.5f'%(hapData[1][0])+' Refine? '+str(hapData[2][0])
2117            if hapData[0] == 'uniaxial':
2118                line += ' axial:'+'%12.5f'%(hapData[1][1])+' Refine? '+str(hapData[2][1])
2119            line += '\n\t LG mixing coeff.: %12.4f'%(hapData[1][2])+' Refine? '+str(hapData[2][2])
2120            print >>pFile,line
2121        else:
2122            print >>pFile,'\n Size model    : %s'%(hapData[0])+ \
2123                '\n\t LG mixing coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])+' Refine? '+str(hapData[2][2])
2124            Snames = ['S11','S22','S33','S12','S13','S23']
2125            ptlbls = ' names :'
2126            ptstr =  ' values:'
2127            varstr = ' refine:'
2128            for i,name in enumerate(Snames):
2129                ptlbls += '%12s' % (name)
2130                ptstr += '%12.6f' % (hapData[4][i])
2131                varstr += '%12s' % (str(hapData[5][i]))
2132            print >>pFile,ptlbls
2133            print >>pFile,ptstr
2134            print >>pFile,varstr
2135       
2136    def PrintMuStrain(hapData,SGData):
2137        if hapData[0] in ['isotropic','uniaxial']:
2138            line = '\n Mustrain model: %9s'%(hapData[0])
2139            line += ' equatorial:'+'%12.1f'%(hapData[1][0])+' Refine? '+str(hapData[2][0])
2140            if hapData[0] == 'uniaxial':
2141                line += ' axial:'+'%12.1f'%(hapData[1][1])+' Refine? '+str(hapData[2][1])
2142            line +='\n\t LG mixing coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])+' Refine? '+str(hapData[2][2])
2143            print >>pFile,line
2144        else:
2145            print >>pFile,'\n Mustrain model: %s'%(hapData[0])+ \
2146                '\n\t LG mixing coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])+' Refine? '+str(hapData[2][2])
2147            Snames = G2spc.MustrainNames(SGData)
2148            ptlbls = ' names :'
2149            ptstr =  ' values:'
2150            varstr = ' refine:'
2151            for i,name in enumerate(Snames):
2152                ptlbls += '%12s' % (name)
2153                ptstr += '%12.6f' % (hapData[4][i])
2154                varstr += '%12s' % (str(hapData[5][i]))
2155            print >>pFile,ptlbls
2156            print >>pFile,ptstr
2157            print >>pFile,varstr
2158
2159    def PrintHStrain(hapData,SGData):
2160        print >>pFile,'\n Hydrostatic/elastic strain: '
2161        Hsnames = G2spc.HStrainNames(SGData)
2162        ptlbls = ' names :'
2163        ptstr =  ' values:'
2164        varstr = ' refine:'
2165        for i,name in enumerate(Hsnames):
2166            ptlbls += '%12s' % (name)
2167            ptstr += '%12.4g' % (hapData[0][i])
2168            varstr += '%12s' % (str(hapData[1][i]))
2169        print >>pFile,ptlbls
2170        print >>pFile,ptstr
2171        print >>pFile,varstr
2172
2173    def PrintSHPO(hapData):
2174        print >>pFile,'\n Spherical harmonics preferred orientation: Order:' + \
2175            str(hapData[4])+' Refine? '+str(hapData[2])
2176        ptlbls = ' names :'
2177        ptstr =  ' values:'
2178        for item in hapData[5]:
2179            ptlbls += '%12s'%(item)
2180            ptstr += '%12.3f'%(hapData[5][item]) 
2181        print >>pFile,ptlbls
2182        print >>pFile,ptstr
2183   
2184    def PrintBabinet(hapData):
2185        print >>pFile,'\n Babinet form factor modification: '
2186        ptlbls = ' names :'
2187        ptstr =  ' values:'
2188        varstr = ' refine:'
2189        for name in ['BabA','BabU']:
2190            ptlbls += '%12s' % (name)
2191            ptstr += '%12.6f' % (hapData[name][0])
2192            varstr += '%12s' % (str(hapData[name][1]))
2193        print >>pFile,ptlbls
2194        print >>pFile,ptstr
2195        print >>pFile,varstr
2196       
2197    hapDict = {}
2198    hapVary = []
2199    controlDict = {}
2200   
2201    for phase in Phases:
2202        HistoPhase = Phases[phase]['Histograms']
2203        SGData = Phases[phase]['General']['SGData']
2204        cell = Phases[phase]['General']['Cell'][1:7]
2205        A = G2lat.cell2A(cell)
2206        if Phases[phase]['General'].get('Modulated',False):
2207            SSGData = Phases[phase]['General']['SSGData']
2208            Vec,x,maxH = Phases[phase]['General']['SuperVec']
2209        pId = Phases[phase]['pId']
2210        histoList = HistoPhase.keys()
2211        histoList.sort()
2212        for histogram in histoList:
2213            try:
2214                Histogram = Histograms[histogram]
2215            except KeyError:                       
2216                #skip if histogram not included e.g. in a sequential refinement
2217                continue
2218            if not HistoPhase[histogram]['Use']:        #remove previously created  & now unused phase reflection list
2219                if phase in Histograms[histogram]['Reflection Lists']:
2220                    del Histograms[histogram]['Reflection Lists'][phase]
2221                continue
2222            hapData = HistoPhase[histogram]
2223            hId = Histogram['hId']
2224            if 'PWDR' in histogram:
2225                limits = Histogram['Limits'][1]
2226                inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
2227                if 'C' in inst['Type'][1]:
2228                    try:
2229                        wave = inst['Lam'][1]
2230                    except KeyError:
2231                        wave = inst['Lam1'][1]
2232                    dmin = wave/(2.0*sind(limits[1]/2.0))
2233                elif 'T' in inst['Type'][0]:
2234                    dmin = limits[0]/inst['difC'][1]
2235                pfx = str(pId)+':'+str(hId)+':'
2236                if Phases[phase]['General']['doPawley']:
2237                    hapDict[pfx+'LeBail'] = False           #Pawley supercedes LeBail
2238                    hapDict[pfx+'newLeBail'] = False
2239                    Tmin = G2lat.Dsp2pos(inst,dmin)
2240                    if 'C' in inst['Type'][1]:
2241                        limits[1] = min(limits[1],Tmin)
2242                    else:
2243                        limits[0] = max(limits[0],Tmin)
2244                else:
2245                    hapDict[pfx+'LeBail'] = hapData.get('LeBail',False)
2246                    hapDict[pfx+'newLeBail'] = hapData.get('newLeBail',False)
2247                if Phases[phase]['General']['Type'] == 'magnetic':
2248                    dmin = max(dmin,Phases[phase]['General']['MagDmin'])
2249                for item in ['Scale','Extinction']:
2250                    hapDict[pfx+item] = hapData[item][0]
2251                    if hapData[item][1]:
2252                        hapVary.append(pfx+item)
2253                names = G2spc.HStrainNames(SGData)
2254                HSvals = []
2255                for i,name in enumerate(names):
2256                    hapDict[pfx+name] = hapData['HStrain'][0][i]
2257                    HSvals.append(hapDict[pfx+name])
2258                    if hapData['HStrain'][1][i] and not hapDict[pfx+'newLeBail']:
2259                        hapVary.append(pfx+name)
2260                    controlDict[pfx+'poType'] = hapData['Pref.Ori.'][0]
2261                    if hapData['Pref.Ori.'][0] == 'MD':
2262                        hapDict[pfx+'MD'] = hapData['Pref.Ori.'][1]
2263                        controlDict[pfx+'MDAxis'] = hapData['Pref.Ori.'][3]
2264                        if hapData['Pref.Ori.'][2]:
2265                            hapVary.append(pfx+'MD')
2266                    else:                           #'SH' spherical harmonics
2267                        controlDict[pfx+'SHord'] = hapData['Pref.Ori.'][4]
2268                        controlDict[pfx+'SHncof'] = len(hapData['Pref.Ori.'][5])
2269                        controlDict[pfx+'SHnames'] = G2lat.GenSHCoeff(SGData['SGLaue'],'0',controlDict[pfx+'SHord'],False)
2270                        controlDict[pfx+'SHhkl'] = []
2271                        try: #patch for old Pref.Ori. items
2272                            controlDict[pfx+'SHtoler'] = 0.1
2273                            if hapData['Pref.Ori.'][6][0] != '':
2274                                controlDict[pfx+'SHhkl'] = [eval(a.replace(' ',',')) for a in hapData['Pref.Ori.'][6]]
2275                            controlDict[pfx+'SHtoler'] = hapData['Pref.Ori.'][7]
2276                        except IndexError:
2277                            pass
2278                        for item in hapData['Pref.Ori.'][5]:
2279                            hapDict[pfx+item] = hapData['Pref.Ori.'][5][item]
2280                            if hapData['Pref.Ori.'][2]:
2281                                hapVary.append(pfx+item)
2282                for item in ['Mustrain','Size']:
2283                    controlDict[pfx+item+'Type'] = hapData[item][0]
2284                    hapDict[pfx+item+';mx'] = hapData[item][1][2]
2285                    if hapData[item][2][2]:
2286                        hapVary.append(pfx+item+';mx')
2287                    if hapData[item][0] in ['isotropic','uniaxial']:
2288                        hapDict[pfx+item+';i'] = hapData[item][1][0]
2289                        if hapData[item][2][0]:
2290                            hapVary.append(pfx+item+';i')
2291                        if hapData[item][0] == 'uniaxial':
2292                            controlDict[pfx+item+'Axis'] = hapData[item][3]
2293                            hapDict[pfx+item+';a'] = hapData[item][1][1]
2294                            if hapData[item][2][1]:
2295                                hapVary.append(pfx+item+';a')
2296                    else:       #generalized for mustrain or ellipsoidal for size
2297                        Nterms = len(hapData[item][4])
2298                        if item == 'Mustrain':
2299                            names = G2spc.MustrainNames(SGData)
2300                            pwrs = []
2301                            for name in names:
2302                                h,k,l = name[1:]
2303                                pwrs.append([int(h),int(k),int(l)])
2304                            controlDict[pfx+'MuPwrs'] = pwrs
2305                        for i in range(Nterms):
2306                            sfx = ';'+str(i)
2307                            hapDict[pfx+item+sfx] = hapData[item][4][i]
2308                            if hapData[item][5][i]:
2309                                hapVary.append(pfx+item+sfx)
2310                if Phases[phase]['General']['Type'] != 'magnetic':
2311                    for bab in ['BabA','BabU']:
2312                        hapDict[pfx+bab] = hapData['Babinet'][bab][0]
2313                        if hapData['Babinet'][bab][1]:
2314                            hapVary.append(pfx+bab)
2315                               
2316                if Print: 
2317                    print >>pFile,'\n Phase: ',phase,' in histogram: ',histogram
2318                    print >>pFile,135*'='
2319                    if hapDict[pfx+'LeBail']:
2320                        print >>pFile,' Perform Lebail extraction'                       
2321                    else:
2322                        print >>pFile,' Phase fraction  : %10.4f'%(hapData['Scale'][0]),' Refine?',hapData['Scale'][1]
2323                        print >>pFile,' Extinction coeff: %10.4f'%(hapData['Extinction'][0]),' Refine?',hapData['Extinction'][1]
2324                        if hapData['Pref.Ori.'][0] == 'MD':
2325                            Ax = hapData['Pref.Ori.'][3]
2326                            print >>pFile,' March-Dollase PO: %10.4f'%(hapData['Pref.Ori.'][1]),' Refine?',hapData['Pref.Ori.'][2], \
2327                                ' Axis: %d %d %d'%(Ax[0],Ax[1],Ax[2])
2328                        else: #'SH' for spherical harmonics
2329                            PrintSHPO(hapData['Pref.Ori.'])
2330                            print >>pFile,' Penalty hkl list: '+str(controlDict[pfx+'SHhkl'])+' tolerance: %.2f'%(controlDict[pfx+'SHtoler'])
2331                    PrintSize(hapData['Size'])
2332                    PrintMuStrain(hapData['Mustrain'],SGData)
2333                    PrintHStrain(hapData['HStrain'],SGData)
2334                    if Phases[phase]['General']['Type'] != 'magnetic':
2335                        if hapData['Babinet']['BabA'][0]:
2336                            PrintBabinet(hapData['Babinet'])                       
2337                if resetRefList and hapDict[pfx+'newLeBail']:
2338                    if hapData.get('LeBail',False):
2339                        hapData['newLeBail'] = False
2340                    refList = []
2341                    Uniq = []
2342                    Phi = []
2343                    useExt = 'magnetic' in Phases[phase]['General']['Type'] and 'N' in inst['Type'][0]
2344                    if Phases[phase]['General'].get('Modulated',False):
2345                        ifSuper = True
2346                        HKLd = np.array(G2lat.GenSSHLaue(dmin,SGData,SSGData,Vec,maxH,A))
2347                        HKLd = G2mth.sortArray(HKLd,4,reverse=True)
2348                        for h,k,l,m,d in HKLd:
2349                            ext,mul,uniq,phi = G2spc.GenHKLf([h,k,l],SGData)
2350                            mul *= 2      # for powder overlap of Friedel pairs
2351                            if m or not ext or useExt:
2352                                if 'C' in inst['Type'][0]:
2353                                    pos = G2lat.Dsp2pos(inst,d)
2354                                    if limits[0] < pos < limits[1]:
2355                                        refList.append([h,k,l,m,mul,d, pos,0.0,0.0,0.0,100., 0.0,0.0,1.0,1.0,1.0])
2356                                        #... sig,gam,fotsq,fctsq, phase,icorr,prfo,abs,ext
2357                                        Uniq.append(uniq)
2358                                        Phi.append(phi)
2359                                elif 'T' in inst['Type'][0]:
2360                                    pos = G2lat.Dsp2pos(inst,d)
2361                                    if limits[0] < pos < limits[1]:
2362                                        wave = inst['difC'][1]*d/(252.816*inst['fltPath'][0])
2363                                        refList.append([h,k,l,m,mul,d, pos,0.0,0.0,0.0,100., 0.0,0.0,0.0,0.0,wave, 1.0,1.0,1.0])
2364                                        # ... sig,gam,fotsq,fctsq, phase,icorr,alp,bet,wave, prfo,abs,ext
2365                                        Uniq.append(uniq)
2366                                        Phi.append(phi)
2367                    else:
2368                        ifSuper = False
2369                        HKLd = np.array(G2lat.GenHLaue(dmin,SGData,A))
2370                        HKLd = G2mth.sortArray(HKLd,3,reverse=True)
2371                        for h,k,l,d in HKLd:
2372                            ext,mul,uniq,phi = G2spc.GenHKLf([h,k,l],SGData)
2373                            mul *= 2      # for powder overlap of Friedel pairs
2374                            if ext and not useExt:
2375                                continue
2376                            if 'C' in inst['Type'][0]:
2377                                pos = G2lat.Dsp2pos(inst,d)
2378                                if limits[0] < pos < limits[1]:
2379                                    refList.append([h,k,l,mul,d, pos,0.0,0.0,0.0,100., 0.0,0.0,1.0,1.0,1.0])
2380                                    #... sig,gam,fotsq,fctsq, phase,icorr,prfo,abs,ext
2381                                    Uniq.append(uniq)
2382                                    Phi.append(phi)
2383                            elif 'T' in inst['Type'][0]:
2384                                pos = G2lat.Dsp2pos(inst,d)
2385                                if limits[0] < pos < limits[1]:
2386                                    wave = inst['difC'][1]*d/(252.816*inst['fltPath'][0])
2387                                    refList.append([h,k,l,mul,d, pos,0.0,0.0,0.0,100., 0.0,0.0,0.0,0.0,wave, 1.0,1.0,1.0])
2388                                    # ... sig,gam,fotsq,fctsq, phase,icorr,alp,bet,wave, prfo,abs,ext
2389                                    Uniq.append(uniq)
2390                                    Phi.append(phi)
2391                    Histogram['Reflection Lists'][phase] = {'RefList':np.array(refList),'FF':{},'Type':inst['Type'][0],'Super':ifSuper}
2392            elif 'HKLF' in histogram:
2393                inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
2394                hId = Histogram['hId']
2395                hfx = ':%d:'%(hId)
2396                for item in inst:
2397                    if type(inst) is not list and item != 'Type': continue # skip over non-refined items (such as InstName)
2398                    hapDict[hfx+item] = inst[item][1]
2399                pfx = str(pId)+':'+str(hId)+':'
2400                hapDict[pfx+'Scale'] = hapData['Scale'][0]
2401                if hapData['Scale'][1]:
2402                    hapVary.append(pfx+'Scale')
2403                               
2404                extApprox,extType,extParms = hapData['Extinction']
2405                controlDict[pfx+'EType'] = extType
2406                controlDict[pfx+'EApprox'] = extApprox
2407                if 'C' in inst['Type'][0]:
2408                    controlDict[pfx+'Tbar'] = extParms['Tbar']
2409                    controlDict[pfx+'Cos2TM'] = extParms['Cos2TM']
2410                if 'Primary' in extType:
2411                    Ekey = ['Ep',]
2412                elif 'I & II' in extType:
2413                    Ekey = ['Eg','Es']
2414                elif 'Secondary Type II' == extType:
2415                    Ekey = ['Es',]
2416                elif 'Secondary Type I' == extType:
2417                    Ekey = ['Eg',]
2418                else:   #'None'
2419                    Ekey = []
2420                for eKey in Ekey:
2421                    hapDict[pfx+eKey] = extParms[eKey][0]
2422                    if extParms[eKey][1]:
2423                        hapVary.append(pfx+eKey)
2424                for bab in ['BabA','BabU']:
2425                    hapDict[pfx+bab] = hapData['Babinet'][bab][0]
2426                    if hapData['Babinet'][bab][1]:
2427                        hapVary.append(pfx+bab)
2428                Twins = hapData.get('Twins',[[np.array([[1,0,0],[0,1,0],[0,0,1]]),[1.0,False,0]],])
2429                if len(Twins) == 1:
2430                    hapDict[pfx+'Flack'] = hapData.get('Flack',[0.,False])[0]
2431                    if hapData.get('Flack',[0,False])[1]:
2432                        hapVary.append(pfx+'Flack')
2433                sumTwFr = 0.
2434                controlDict[pfx+'TwinLaw'] = []
2435                controlDict[pfx+'TwinInv'] = []
2436                NTL = 0           
2437                for it,twin in enumerate(Twins):
2438                    if 'bool' in str(type(twin[0])):
2439                        controlDict[pfx+'TwinInv'].append(twin[0])
2440                        controlDict[pfx+'TwinLaw'].append(np.zeros((3,3)))
2441                    else:
2442                        NTL += 1
2443                        controlDict[pfx+'TwinInv'].append(False)
2444                        controlDict[pfx+'TwinLaw'].append(twin[0])
2445                    if it:
2446                        hapDict[pfx+'TwinFr:'+str(it)] = twin[1]
2447                        sumTwFr += twin[1]
2448                    else:
2449                        hapDict[pfx+'TwinFr:0'] = twin[1][0]
2450                        controlDict[pfx+'TwinNMN'] = twin[1][1]
2451                    if Twins[0][1][1]:
2452                        hapVary.append(pfx+'TwinFr:'+str(it))
2453                controlDict[pfx+'NTL'] = NTL
2454                #need to make constraint on TwinFr
2455                controlDict[pfx+'TwinLaw'] = np.array(controlDict[pfx+'TwinLaw'])
2456                if len(Twins) > 1:    #force sum to unity
2457                    hapDict[pfx+'TwinFr:0'] = 1.-sumTwFr
2458                if Print: 
2459                    print >>pFile,'\n Phase: ',phase,' in histogram: ',histogram
2460                    print >>pFile,135*'='
2461                    print >>pFile,' Scale factor     : %10.4f'%(hapData['Scale'][0]),' Refine?',hapData['Scale'][1]
2462                    if extType != 'None':
2463                        print >>pFile,' Extinction  Type: %15s'%(extType),' approx: %10s'%(extApprox)
2464                        text = ' Parameters       :'
2465                        for eKey in Ekey:
2466                            text += ' %4s : %10.3e Refine? '%(eKey,extParms[eKey][0])+str(extParms[eKey][1])
2467                        print >>pFile,text
2468                    if hapData['Babinet']['BabA'][0]:
2469                        PrintBabinet(hapData['Babinet'])
2470                    if not SGData['SGInv'] and len(Twins) == 1:
2471                        print >>pFile,' Flack parameter: %10.3f'%(hapData['Flack'][0]),' Refine?',hapData['Flack'][1]
2472                    if len(Twins) > 1:
2473                        for it,twin in enumerate(Twins):
2474                            if 'bool' in str(type(twin[0])):
2475                                print >>pFile,' Nonmerohedral twin fr.: %5.3f Inv? %s Refine? '%(hapDict[pfx+'TwinFr:'+str(it)],str(controlDict[pfx+'TwinInv'][it])),Twins[0][1][1] 
2476                            else:
2477                                print >>pFile,' Twin law: %s'%(str(twin[0]).replace('\n',',')),' Twin fr.: %5.3f Refine? '%(hapDict[pfx+'TwinFr:'+str(it)]),Twins[0][1][1] 
2478                       
2479                Histogram['Reflection Lists'] = phase       
2480               
2481    return hapVary,hapDict,controlDict
2482   
2483def SetHistogramPhaseData(parmDict,sigDict,Phases,Histograms,FFtables,Print=True,pFile=None):
2484    'needs a doc string'
2485   
2486    def PrintSizeAndSig(hapData,sizeSig):
2487        line = '\n Size model:     %9s'%(hapData[0])
2488        refine = False
2489        if hapData[0] in ['isotropic','uniaxial']:
2490            line += ' equatorial:%12.5f'%(hapData[1][0])
2491            if sizeSig[0][0]:
2492                line += ', sig:%8.4f'%(sizeSig[0][0])
2493                refine = True
2494            if hapData[0] == 'uniaxial':
2495                line += ' axial:%12.4f'%(hapData[1][1])
2496                if sizeSig[0][1]:
2497                    refine = True
2498                    line += ', sig:%8.4f'%(sizeSig[0][1])
2499            line += ' LG mix coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])
2500            if sizeSig[0][2]:
2501                refine = True
2502                line += ', sig:%8.4f'%(sizeSig[0][2])
2503            if refine:
2504                print >>pFile,line
2505        else:
2506            line += ' LG mix coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])
2507            if sizeSig[0][2]:
2508                refine = True
2509                line += ', sig:%8.4f'%(sizeSig[0][2])
2510            Snames = ['S11','S22','S33','S12','S13','S23']
2511            ptlbls = ' name  :'
2512            ptstr =  ' value :'
2513            sigstr = ' sig   :'
2514            for i,name in enumerate(Snames):
2515                ptlbls += '%12s' % (name)
2516                ptstr += '%12.6f' % (hapData[4][i])
2517                if sizeSig[1][i]:
2518                    refine = True
2519                    sigstr += '%12.6f' % (sizeSig[1][i])
2520                else:
2521                    sigstr += 12*' '
2522            if refine:
2523                print >>pFile,line
2524                print >>pFile,ptlbls
2525                print >>pFile,ptstr
2526                print >>pFile,sigstr
2527       
2528    def PrintMuStrainAndSig(hapData,mustrainSig,SGData):
2529        line = '\n Mustrain model: %9s'%(hapData[0])
2530        refine = False
2531        if hapData[0] in ['isotropic','uniaxial']:
2532            line += ' equatorial:%12.1f'%(hapData[1][0])
2533            if mustrainSig[0][0]:
2534                line += ', sig:%8.1f'%(mustrainSig[0][0])
2535                refine = True
2536            if hapData[0] == 'uniaxial':
2537                line += ' axial:%12.1f'%(hapData[1][1])
2538                if mustrainSig[0][1]:
2539                     line += ', sig:%8.1f'%(mustrainSig[0][1])
2540            line += ' LG mix coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])
2541            if mustrainSig[0][2]:
2542                refine = True
2543                line += ', sig:%8.3f'%(mustrainSig[0][2])
2544            if refine:
2545                print >>pFile,line
2546        else:
2547            line += ' LG mix coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])
2548            if mustrainSig[0][2]:
2549                refine = True
2550                line += ', sig:%8.3f'%(mustrainSig[0][2])
2551            Snames = G2spc.MustrainNames(SGData)
2552            ptlbls = ' name  :'
2553            ptstr =  ' value :'
2554            sigstr = ' sig   :'
2555            for i,name in enumerate(Snames):
2556                ptlbls += '%12s' % (name)
2557                ptstr += '%12.1f' % (hapData[4][i])
2558                if mustrainSig[1][i]:
2559                    refine = True
2560                    sigstr += '%12.1f' % (mustrainSig[1][i])
2561                else:
2562                    sigstr += 12*' '
2563            if refine:
2564                print >>pFile,line
2565                print >>pFile,ptlbls
2566                print >>pFile,ptstr
2567                print >>pFile,sigstr
2568           
2569    def PrintHStrainAndSig(hapData,strainSig,SGData):
2570        Hsnames = G2spc.HStrainNames(SGData)
2571        ptlbls = ' name  :'
2572        ptstr =  ' value :'
2573        sigstr = ' sig   :'
2574        refine = False
2575        for i,name in enumerate(Hsnames):
2576            ptlbls += '%12s' % (name)
2577            ptstr += '%12.4g' % (hapData[0][i])
2578            if name in strainSig:
2579                refine = True
2580                sigstr += '%12.4g' % (strainSig[name])
2581            else:
2582                sigstr += 12*' '
2583        if refine:
2584            print >>pFile,'\n Hydrostatic/elastic strain: '
2585            print >>pFile,ptlbls
2586            print >>pFile,ptstr
2587            print >>pFile,sigstr
2588       
2589    def PrintSHPOAndSig(pfx,hapData,POsig):
2590        print >>pFile,'\n Spherical harmonics preferred orientation: Order:'+str(hapData[4])
2591        ptlbls = ' names :'
2592        ptstr =  ' values:'
2593        sigstr = ' sig   :'
2594        for item in hapData[5]:
2595            ptlbls += '%12s'%(item)
2596            ptstr += '%12.3f'%(hapData[5][item])
2597            if pfx+item in POsig:
2598                sigstr += '%12.3f'%(POsig[pfx+item])
2599            else:
2600                sigstr += 12*' ' 
2601        print >>pFile,ptlbls
2602        print >>pFile,ptstr
2603        print >>pFile,sigstr
2604       
2605    def PrintExtAndSig(pfx,hapData,ScalExtSig):
2606        print >>pFile,'\n Single crystal extinction: Type: ',hapData[0],' Approx: ',hapData[1]
2607        text = ''
2608        for item in hapData[2]:
2609            if pfx+item in ScalExtSig:
2610                text += '       %s: '%(item)
2611                text += '%12.2e'%(hapData[2][item][0])
2612                if pfx+item in ScalExtSig:
2613                    text += ' sig: %12.2e'%(ScalExtSig[pfx+item])
2614        print >>pFile,text       
2615       
2616    def PrintBabinetAndSig(pfx,hapData,BabSig):
2617        print >>pFile,'\n Babinet form factor modification: '
2618        ptlbls = ' names :'
2619        ptstr =  ' values:'
2620        sigstr = ' sig   :'
2621        for item in hapData:
2622            ptlbls += '%12s'%(item)
2623            ptstr += '%12.3f'%(hapData[item][0])
2624            if pfx+item in BabSig:
2625                sigstr += '%12.3f'%(BabSig[pfx+item])
2626            else:
2627                sigstr += 12*' ' 
2628        print >>pFile,ptlbls
2629        print >>pFile,ptstr
2630        print >>pFile,sigstr
2631       
2632    def PrintTwinsAndSig(pfx,twinData,TwinSig):
2633        print >>pFile,'\n Twin Law fractions : '
2634        ptlbls = ' names :'
2635        ptstr =  ' values:'
2636        sigstr = ' sig   :'
2637        for it,item in enumerate(twinData):
2638            ptlbls += '     twin #%d'%(it)
2639            if it:
2640                ptstr += '%12.3f'%(item[1])
2641            else:
2642                ptstr += '%12.3f'%(item[1][0])
2643            if pfx+'TwinFr:'+str(it) in TwinSig:
2644                sigstr += '%12.3f'%(TwinSig[pfx+'TwinFr:'+str(it)])
2645            else:
2646                sigstr += 12*' ' 
2647        print >>pFile,ptlbls
2648        print >>pFile,ptstr
2649        print >>pFile,sigstr
2650       
2651   
2652    PhFrExtPOSig = {}
2653    SizeMuStrSig = {}
2654    ScalExtSig = {}
2655    BabSig = {}
2656    TwinFrSig = {}
2657    wtFrSum = {}
2658    for phase in Phases:
2659        HistoPhase = Phases[phase]['Histograms']
2660        General = Phases[phase]['General']
2661        SGData = General['SGData']
2662        pId = Phases[phase]['pId']
2663        histoList = HistoPhase.keys()
2664        histoList.sort()
2665        for histogram in histoList:
2666            try:
2667                Histogram = Histograms[histogram]
2668            except KeyError:                       
2669                #skip if histogram not included e.g. in a sequential refinement
2670                continue
2671            if not Phases[phase]['Histograms'][histogram]['Use']:
2672                #skip if phase absent from this histogram
2673                continue
2674            hapData = HistoPhase[histogram]
2675            hId = Histogram['hId']
2676            pfx = str(pId)+':'+str(hId)+':'
2677            if hId not in wtFrSum:
2678                wtFrSum[hId] = 0.
2679            if 'PWDR' in histogram:
2680                if not parmDict[pfx+'LeBail']:
2681                    for item in ['Scale','Extinction']:
2682                        hapData[item][0] = parmDict[pfx+item]
2683                        if pfx+item in sigDict:
2684                            PhFrExtPOSig.update({pfx+item:sigDict[pfx+item],})
2685                    wtFrSum[hId] += hapData['Scale'][0]*General['Mass']
2686                    if hapData['Pref.Ori.'][0] == 'MD':
2687                        hapData['Pref.Ori.'][1] = parmDict[pfx+'MD']
2688                        if pfx+'MD' in sigDict:
2689                            PhFrExtPOSig.update({pfx+'MD':sigDict[pfx+'MD'],})
2690                    else:                           #'SH' spherical harmonics
2691                        for item in hapData['Pref.Ori.'][5]:
2692                            hapData['Pref.Ori.'][5][item] = parmDict[pfx+item]
2693                            if pfx+item in sigDict:
2694                                PhFrExtPOSig.update({pfx+item:sigDict[pfx+item],})
2695                SizeMuStrSig.update({pfx+'Mustrain':[[0,0,0],[0 for i in range(len(hapData['Mustrain'][4]))]],
2696                    pfx+'Size':[[0,0,0],[0 for i in range(len(hapData['Size'][4]))]],
2697                    pfx+'HStrain':{}})                 
2698                for item in ['Mustrain','Size']:
2699                    hapData[item][1][2] = parmDict[pfx+item+';mx']
2700#                    hapData[item][1][2] = min(1.,max(0.,hapData[item][1][2]))
2701                    if pfx+item+';mx' in sigDict:
2702                        SizeMuStrSig[pfx+item][0][2] = sigDict[pfx+item+';mx']
2703                    if hapData[item][0] in ['isotropic','uniaxial']:                   
2704                        hapData[item][1][0] = parmDict[pfx+item+';i']
2705                        if item == 'Size':
2706                            hapData[item][1][0] = min(10.,max(0.001,hapData[item][1][0]))
2707                        if pfx+item+';i' in sigDict: 
2708                            SizeMuStrSig[pfx+item][0][0] = sigDict[pfx+item+';i']
2709                        if hapData[item][0] == 'uniaxial':
2710                            hapData[item][1][1] = parmDict[pfx+item+';a']
2711                            if item == 'Size':
2712                                hapData[item][1][1] = min(10.,max(0.001,hapData[item][1][1]))                       
2713                            if pfx+item+';a' in sigDict:
2714                                SizeMuStrSig[pfx+item][0][1] = sigDict[pfx+item+';a']
2715                    else:       #generalized for mustrain or ellipsoidal for size
2716                        Nterms = len(hapData[item][4])
2717                        for i in range(Nterms):
2718                            sfx = ';'+str(i)
2719                            hapData[item][4][i] = parmDict[pfx+item+sfx]
2720                            if pfx+item+sfx in sigDict:
2721                                SizeMuStrSig[pfx+item][1][i] = sigDict[pfx+item+sfx]
2722                names = G2spc.HStrainNames(SGData)
2723                for i,name in enumerate(names):
2724                    hapData['HStrain'][0][i] = parmDict[pfx+name]
2725                    if pfx+name in sigDict:
2726                        SizeMuStrSig[pfx+'HStrain'][name] = sigDict[pfx+name]
2727                if Phases[phase]['General']['Type'] != 'magnetic' and not parmDict[pfx+'LeBail']:
2728                    for name in ['BabA','BabU']:
2729                        hapData['Babinet'][name][0] = parmDict[pfx+name]
2730                        if pfx+name in sigDict:
2731                            BabSig[pfx+name] = sigDict[pfx+name]               
2732               
2733            elif 'HKLF' in histogram:
2734                for item in ['Scale','Flack']:
2735                    if parmDict.get(pfx+item):
2736                        hapData[item][0] = parmDict[pfx+item]
2737                        if pfx+item in sigDict:
2738                            ScalExtSig[pfx+item] = sigDict[pfx+item]
2739                for item in ['Ep','Eg','Es']:
2740                    if parmDict.get(pfx+item):
2741                        hapData['Extinction'][2][item][0] = parmDict[pfx+item]
2742                        if pfx+item in sigDict:
2743                            ScalExtSig[pfx+item] = sigDict[pfx+item]
2744                for item in ['BabA','BabU']:
2745                    hapData['Babinet'][item][0] = parmDict[pfx+item]
2746                    if pfx+item in sigDict:
2747                        BabSig[pfx+item] = sigDict[pfx+item]
2748                if 'Twins' in hapData:
2749                    it = 1
2750                    sumTwFr = 0.
2751                    while True:
2752                        try:
2753                            hapData['Twins'][it][1] = parmDict[pfx+'TwinFr:'+str(it)]
2754                            if pfx+'TwinFr:'+str(it) in sigDict:
2755                                TwinFrSig[pfx+'TwinFr:'+str(it)] = sigDict[pfx+'TwinFr:'+str(it)]
2756                            if it:
2757                                sumTwFr += hapData['Twins'][it][1]
2758                            it += 1
2759                        except KeyError:
2760                            break
2761                    hapData['Twins'][0][1][0] = 1.-sumTwFr
2762
2763    if Print:
2764        for phase in Phases:
2765            HistoPhase = Phases[phase]['Histograms']
2766            General = Phases[phase]['General']
2767            SGData = General['SGData']
2768            pId = Phases[phase]['pId']
2769            histoList = HistoPhase.keys()
2770            histoList.sort()
2771            for histogram in histoList:
2772                try:
2773                    Histogram = Histograms[histogram]
2774                except KeyError:                       
2775                    #skip if histogram not included e.g. in a sequential refinement
2776                    continue
2777                print >>pFile,'\n Phase: ',phase,' in histogram: ',histogram
2778                print >>pFile,135*'='
2779                hapData = HistoPhase[histogram]
2780                hId = Histogram['hId']
2781                Histogram['Residuals'][str(pId)+'::Name'] = phase
2782                pfx = str(pId)+':'+str(hId)+':'
2783                hfx = ':%s:'%(hId)
2784                if 'PWDR' in histogram:
2785                    print >>pFile,' Final refinement RF, RF^2 = %.2f%%, %.2f%% on %d reflections'   \
2786                        %(Histogram['Residuals'][pfx+'Rf'],Histogram['Residuals'][pfx+'Rf^2'],Histogram['Residuals'][pfx+'Nref'])
2787                    print >>pFile,' Durbin-Watson statistic = %.3f'%(Histogram['Residuals']['Durbin-Watson'])
2788                    print >>pFile,' Bragg intensity sum = %.3g'%(Histogram['Residuals'][pfx+'sumInt'])
2789                   
2790                    if parmDict[pfx+'LeBail']:
2791                        print >>pFile,' Performed LeBail extraction for phase '+phase+' in histogram '+histogram
2792                    else:
2793                        if pfx+'Scale' in PhFrExtPOSig:
2794                            wtFr = hapData['Scale'][0]*General['Mass']/wtFrSum[hId]
2795                            sigwtFr = PhFrExtPOSig[pfx+'Scale']*wtFr/hapData['Scale'][0]
2796                            print >>pFile,' Phase fraction  : %10.5f, sig %10.5f Weight fraction  : %8.5f, sig %10.5f' \
2797                                %(hapData['Scale'][0],PhFrExtPOSig[pfx+'Scale'],wtFr,sigwtFr)
2798                        if pfx+'Extinction' in PhFrExtPOSig:
2799                            print >>pFile,' Extinction coeff: %10.4f, sig %10.4f'%(hapData['Extinction'][0],PhFrExtPOSig[pfx+'Extinction'])
2800                        if hapData['Pref.Ori.'][0] == 'MD':
2801                            if pfx+'MD' in PhFrExtPOSig:
2802                                print >>pFile,' March-Dollase PO: %10.4f, sig %10.4f'%(hapData['Pref.Ori.'][1],PhFrExtPOSig[pfx+'MD'])
2803                        else:
2804                            PrintSHPOAndSig(pfx,hapData['Pref.Ori.'],PhFrExtPOSig)
2805                    PrintSizeAndSig(hapData['Size'],SizeMuStrSig[pfx+'Size'])
2806                    PrintMuStrainAndSig(hapData['Mustrain'],SizeMuStrSig[pfx+'Mustrain'],SGData)
2807                    PrintHStrainAndSig(hapData['HStrain'],SizeMuStrSig[pfx+'HStrain'],SGData)
2808                    if Phases[phase]['General']['Type'] != 'magnetic' and not parmDict[pfx+'LeBail']:
2809                        if len(BabSig):
2810                            PrintBabinetAndSig(pfx,hapData['Babinet'],BabSig)
2811                   
2812                elif 'HKLF' in histogram:
2813                    Inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
2814                    print >>pFile,' Final refinement RF, RF^2 = %.2f%%, %.2f%% on %d reflections (%d user rejected, %d sp.gp.extinct)'   \
2815                        %(Histogram['Residuals'][pfx+'Rf'],Histogram['Residuals'][pfx+'Rf^2'],Histogram['Residuals'][pfx+'Nref'],
2816                        Histogram['Residuals'][pfx+'Nrej'],Histogram['Residuals'][pfx+'Next'])
2817                    if FFtables != None and 'N' not in Inst['Type'][0]:
2818                        PrintFprime(FFtables,hfx,pFile)
2819                    print >>pFile,' HKLF histogram weight factor = ','%.3f'%(Histogram['wtFactor'])
2820                    if pfx+'Scale' in ScalExtSig:
2821                        print >>pFile,' Scale factor : %10.4f, sig %10.4f'%(hapData['Scale'][0],ScalExtSig[pfx+'Scale'])
2822                    if hapData['Extinction'][0] != 'None':
2823                        PrintExtAndSig(pfx,hapData['Extinction'],ScalExtSig)
2824                    if len(BabSig):
2825                        PrintBabinetAndSig(pfx,hapData['Babinet'],BabSig)
2826                    if pfx+'Flack' in ScalExtSig:
2827                        print >>pFile,' Flack parameter : %10.3f, sig %10.3f'%(hapData['Flack'][0],ScalExtSig[pfx+'Flack'])
2828                    if len(TwinFrSig):
2829                        PrintTwinsAndSig(pfx,hapData['Twins'],TwinFrSig)
2830
2831################################################################################
2832##### Histogram data
2833################################################################################       
2834                   
2835def GetHistogramData(Histograms,Print=True,pFile=None):
2836    'needs a doc string'
2837   
2838    def GetBackgroundParms(hId,Background):
2839        Back = Background[0]
2840        DebyePeaks = Background[1]
2841        bakType,bakFlag = Back[:2]
2842        backVals = Back[3:]
2843        backNames = [':'+str(hId)+':Back;'+str(i) for i in range(len(backVals))]
2844        backDict = dict(zip(backNames,backVals))
2845        backVary = []
2846        if bakFlag:
2847            backVary = backNames
2848        backDict[':'+str(hId)+':nDebye'] = DebyePeaks['nDebye']
2849        backDict[':'+str(hId)+':nPeaks'] = DebyePeaks['nPeaks']
2850        debyeDict = {}
2851        debyeList = []
2852        for i in range(DebyePeaks['nDebye']):
2853            debyeNames = [':'+str(hId)+':DebyeA;'+str(i),':'+str(hId)+':DebyeR;'+str(i),':'+str(hId)+':DebyeU;'+str(i)]
2854            debyeDict.update(dict(zip(debyeNames,DebyePeaks['debyeTerms'][i][::2])))
2855            debyeList += zip(debyeNames,DebyePeaks['debyeTerms'][i][1::2])
2856        debyeVary = []
2857        for item in debyeList:
2858            if item[1]:
2859                debyeVary.append(item[0])
2860        backDict.update(debyeDict)
2861        backVary += debyeVary
2862        peakDict = {}
2863        peakList = []
2864        for i in range(DebyePeaks['nPeaks']):
2865            peakNames = [':'+str(hId)+':BkPkpos;'+str(i),':'+str(hId)+ \
2866                ':BkPkint;'+str(i),':'+str(hId)+':BkPksig;'+str(i),':'+str(hId)+':BkPkgam;'+str(i)]
2867            peakDict.update(dict(zip(peakNames,DebyePeaks['peaksList'][i][::2])))
2868            peakList += zip(peakNames,DebyePeaks['peaksList'][i][1::2])
2869        peakVary = []
2870        for item in peakList:
2871            if item[1]:
2872                peakVary.append(item[0])
2873        backDict.update(peakDict)
2874        backVary += peakVary
2875        return bakType,backDict,backVary           
2876       
2877    def GetInstParms(hId,Inst):     
2878        dataType = Inst['Type'][0]
2879        instDict = {}
2880        insVary = []
2881        pfx = ':'+str(hId)+':'
2882        insKeys = Inst.keys()
2883        insKeys.sort()
2884        for item in insKeys:
2885            insName = pfx+item
2886            instDict[insName] = Inst[item][1]
2887            if len(Inst[item]) > 2 and Inst[item][2]:
2888                insVary.append(insName)
2889        if 'C' in dataType:
2890            instDict[pfx+'SH/L'] = max(instDict[pfx+'SH/L'],0.0005)
2891        return dataType,instDict,insVary
2892       
2893    def GetSampleParms(hId,Sample):
2894        sampVary = []
2895        hfx = ':'+str(hId)+':'       
2896        sampDict = {hfx+'Gonio. radius':Sample['Gonio. radius'],hfx+'Omega':Sample['Omega'],
2897            hfx+'Chi':Sample['Chi'],hfx+'Phi':Sample['Phi']}
2898        for key in ('Temperature','Pressure','FreePrm1','FreePrm2','FreePrm3'):
2899            if key in Sample:
2900                sampDict[hfx+key] = Sample[key]
2901        Type = Sample['Type']
2902        if 'Bragg' in Type:             #Bragg-Brentano
2903            for item in ['Scale','Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']:
2904                sampDict[hfx+item] = Sample[item][0]
2905                if Sample[item][1]:
2906                    sampVary.append(hfx+item)
2907        elif 'Debye' in Type:        #Debye-Scherrer
2908            for item in ['Scale','Absorption','DisplaceX','DisplaceY']:
2909                sampDict[hfx+item] = Sample[item][0]
2910                if Sample[item][1]:
2911                    sampVary.append(hfx+item)
2912        return Type,sampDict,sampVary
2913       
2914    def PrintBackground(Background):
2915        Back = Background[0]
2916        DebyePeaks = Background[1]
2917        print >>pFile,'\n Background function: ',Back[0],' Refine?',bool(Back[1])
2918        line = ' Coefficients: '
2919        for i,back in enumerate(Back[3:]):
2920            line += '%10.3f'%(back)
2921            if i and not i%10:
2922                line += '\n'+15*' '
2923        print >>pFile,line
2924        if DebyePeaks['nDebye']:
2925            print >>pFile,'\n Debye diffuse scattering coefficients'
2926            parms = ['DebyeA','DebyeR','DebyeU']
2927            line = ' names :  '
2928            for parm in parms:
2929                line += '%8s refine?'%(parm)
2930            print >>pFile,line
2931            for j,term in enumerate(DebyePeaks['debyeTerms']):
2932                line = ' term'+'%2d'%(j)+':'
2933                for i in range(3):
2934                    line += '%10.3f %5s'%(term[2*i],bool(term[2*i+1]))                   
2935                print >>pFile,line
2936        if DebyePeaks['nPeaks']:
2937            print >>pFile,'\n Single peak coefficients'
2938            parms =    ['BkPkpos','BkPkint','BkPksig','BkPkgam']
2939            line = ' names :  '
2940            for parm in parms:
2941                line += '%8s refine?'%(parm)
2942            print >>pFile,line
2943            for j,term in enumerate(DebyePeaks['peaksList']):
2944                line = ' peak'+'%2d'%(j)+':'
2945                for i in range(4):
2946                    line += '%12.3f %5s'%(term[2*i],bool(term[2*i+1]))                   
2947                print >>pFile,line
2948       
2949    def PrintInstParms(Inst):
2950        print >>pFile,'\n Instrument Parameters:'
2951        insKeys = Inst.keys()
2952        insKeys.sort()
2953        iBeg = 0
2954        Ok = True
2955        while Ok:
2956            ptlbls = ' name  :'
2957            ptstr =  ' value :'
2958            varstr = ' refine:'
2959            iFin = min(iBeg+9,len(insKeys))
2960            for item in insKeys[iBeg:iFin]:
2961                if item not in ['Type','Source']:
2962                    ptlbls += '%12s' % (item)
2963                    ptstr += '%12.6f' % (Inst[item][1])
2964                    if item in ['Lam1','Lam2','Azimuth','fltPath','2-theta',]:
2965                        varstr += 12*' '
2966                    else:
2967                        varstr += '%12s' % (str(bool(Inst[item][2])))
2968            print >>pFile,ptlbls
2969            print >>pFile,ptstr
2970            print >>pFile,varstr
2971            iBeg = iFin
2972            if iBeg == len(insKeys):
2973                Ok = False
2974            else:
2975                print >>pFile,'\n'
2976       
2977    def PrintSampleParms(Sample):
2978        print >>pFile,'\n Sample Parameters:'
2979        print >>pFile,' Goniometer omega = %.2f, chi = %.2f, phi = %.2f'% \
2980            (Sample['Omega'],Sample['Chi'],Sample['Phi'])
2981        ptlbls = ' name  :'
2982        ptstr =  ' value :'
2983        varstr = ' refine:'
2984        if 'Bragg' in Sample['Type']:
2985            for item in ['Scale','Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']:
2986                ptlbls += '%14s'%(item)
2987                ptstr += '%14.4f'%(Sample[item][0])
2988                varstr += '%14s'%(str(bool(Sample[item][1])))
2989           
2990        elif 'Debye' in Type:        #Debye-Scherrer
2991            for item in ['Scale','Absorption','DisplaceX','DisplaceY']:
2992                ptlbls += '%14s'%(item)
2993                ptstr += '%14.4f'%(Sample[item][0])
2994                varstr += '%14s'%(str(bool(Sample[item][1])))
2995
2996        print >>pFile,ptlbls
2997        print >>pFile,ptstr
2998        print >>pFile,varstr
2999       
3000    histDict = {}
3001    histVary = []
3002    controlDict = {}
3003    histoList = Histograms.keys()
3004    histoList.sort()
3005    for histogram in histoList:
3006        if 'PWDR' in histogram:
3007            Histogram = Histograms[histogram]
3008            hId = Histogram['hId']
3009            pfx = ':'+str(hId)+':'
3010            controlDict[pfx+'wtFactor'] = Histogram['wtFactor']
3011            controlDict[pfx+'Limits'] = Histogram['Limits'][1]
3012            controlDict[pfx+'Exclude'] = Histogram['Limits'][2:]
3013            for excl in controlDict[pfx+'Exclude']:
3014                Histogram['Data'][0] = ma.masked_inside(Histogram['Data'][0],excl[0],excl[1])
3015            if controlDict[pfx+'Exclude']:
3016                ma.mask_rows(Histogram['Data'])
3017            Background = Histogram['Background']
3018            Type,bakDict,bakVary = GetBackgroundParms(hId,Background)
3019            controlDict[pfx+'bakType'] = Type
3020            histDict.update(bakDict)
3021            histVary += bakVary
3022           
3023            Inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
3024            Type,instDict,insVary = GetInstParms(hId,Inst)
3025            controlDict[pfx+'histType'] = Type
3026            if 'XC' in Type:
3027                if pfx+'Lam1' in instDict:
3028                    controlDict[pfx+'keV'] = 12.397639/instDict[pfx+'Lam1']
3029                else:
3030                    controlDict[pfx+'keV'] = 12.397639/instDict[pfx+'Lam']           
3031            histDict.update(instDict)
3032            histVary += insVary
3033           
3034            Sample = Histogram['Sample Parameters']
3035            Type,sampDict,sampVary = GetSampleParms(hId,Sample)
3036            controlDict[pfx+'instType'] = Type
3037            histDict.update(sampDict)
3038            histVary += sampVary
3039           
3040   
3041            if Print: 
3042                print >>pFile,'\n Histogram: ',histogram,' histogram Id: ',hId
3043                print >>pFile,135*'='
3044                Units = {'C':' deg','T':' msec'}
3045                units = Units[controlDict[pfx+'histType'][2]]
3046                Limits = controlDict[pfx+'Limits']
3047                print >>pFile,' Instrument type: ',Sample['Type']
3048                print >>pFile,' Histogram limits: %8.2f%s to %8.2f%s'%(Limits[0],units,Limits[1],units)
3049                if len(controlDict[pfx+'Exclude']):
3050                    excls = controlDict[pfx+'Exclude']
3051                    for excl in excls:
3052                        print >>pFile,' Excluded region:  %8.2f%s to %8.2f%s'%(excl[0],units,excl[1],units)   
3053                PrintSampleParms(Sample)
3054                PrintInstParms(Inst)
3055                PrintBackground(Background)
3056        elif 'HKLF' in histogram:
3057            Histogram = Histograms[histogram]
3058            hId = Histogram['hId']
3059            pfx = ':'+str(hId)+':'
3060            controlDict[pfx+'wtFactor'] = Histogram['wtFactor']
3061            Inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
3062            controlDict[pfx+'histType'] = Inst['Type'][0]
3063            if 'X' in Inst['Type'][0]:
3064                histDict[pfx+'Lam'] = Inst['Lam'][1]
3065                controlDict[pfx+'keV'] = 12.397639/histDict[pfx+'Lam']                   
3066    return histVary,histDict,controlDict
3067   
3068def SetHistogramData(parmDict,sigDict,Histograms,FFtables,Print=True,pFile=None):
3069    'needs a doc string'
3070   
3071    def SetBackgroundParms(pfx,Background,parmDict,sigDict):
3072        Back = Background[0]
3073        DebyePeaks = Background[1]
3074        lenBack = len(Back[3:])
3075        backSig = [0 for i in range(lenBack+3*DebyePeaks['nDebye']+4*DebyePeaks['nPeaks'])]
3076        for i in range(lenBack):
3077            Back[3+i] = parmDict[pfx+'Back;'+str(i)]
3078            if pfx+'Back;'+str(i) in sigDict:
3079                backSig[i] = sigDict[pfx+'Back;'+str(i)]
3080        if DebyePeaks['nDebye']:
3081            for i in range(DebyePeaks['nDebye']):
3082                names = [pfx+'DebyeA;'+str(i),pfx+'DebyeR;'+str(i),pfx+'DebyeU;'+str(i)]
3083                for j,name in enumerate(names):
3084                    DebyePeaks['debyeTerms'][i][2*j] = parmDict[name]
3085                    if name in sigDict:
3086                        backSig[lenBack+3*i+j] = sigDict[name]           
3087        if DebyePeaks['nPeaks']:
3088            for i in range(DebyePeaks['nPeaks']):
3089                names = [pfx+'BkPkpos;'+str(i),pfx+'BkPkint;'+str(i),
3090                    pfx+'BkPksig;'+str(i),pfx+'BkPkgam;'+str(i)]
3091                for j,name in enumerate(names):
3092                    DebyePeaks['peaksList'][i][2*j] = parmDict[name]
3093                    if name in sigDict:
3094                        backSig[lenBack+3*DebyePeaks['nDebye']+4*i+j] = sigDict[name]
3095        return backSig
3096       
3097    def SetInstParms(pfx,Inst,parmDict,sigDict):
3098        instSig = {}
3099        insKeys = Inst.keys()
3100        insKeys.sort()
3101        for item in insKeys:
3102            insName = pfx+item
3103            Inst[item][1] = parmDict[insName]
3104            if insName in sigDict:
3105                instSig[item] = sigDict[insName]
3106            else:
3107                instSig[item] = 0
3108        return instSig
3109       
3110    def SetSampleParms(pfx,Sample,parmDict,sigDict):
3111        if 'Bragg' in Sample['Type']:             #Bragg-Brentano
3112            sampSig = [0 for i in range(5)]
3113            for i,item in enumerate(['Scale','Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']):
3114                Sample[item][0] = parmDict[pfx+item]
3115                if pfx+item in sigDict:
3116                    sampSig[i] = sigDict[pfx+item]
3117        elif 'Debye' in Sample['Type']:        #Debye-Scherrer
3118            sampSig = [0 for i in range(4)]
3119            for i,item in enumerate(['Scale','Absorption','DisplaceX','DisplaceY']):
3120                Sample[item][0] = parmDict[pfx+item]
3121                if pfx+item in sigDict:
3122                    sampSig[i] = sigDict[pfx+item]
3123        return sampSig
3124       
3125    def PrintBackgroundSig(Background,backSig):
3126        Back = Background[0]
3127        DebyePeaks = Background[1]
3128        valstr = ' value : '
3129        sigstr = ' sig   : '
3130        refine = False
3131        for i,back in enumerate(Back[3:]):
3132            valstr += '%10.4g'%(back)
3133            if Back[1]:
3134                refine = True
3135                sigstr += '%10.4g'%(backSig[i])
3136            else:
3137                sigstr += 10*' '
3138        if refine:
3139            print >>pFile,'\n Background function: ',Back[0]
3140            print >>pFile,valstr
3141            print >>pFile,sigstr
3142        if DebyePeaks['nDebye']:
3143            ifAny = False
3144            ptfmt = "%12.3f"
3145            names =  ' names :'
3146            ptstr =  ' values:'
3147            sigstr = ' esds  :'
3148            for item in sigDict:
3149                if 'Debye' in item:
3150                    ifAny = True
3151                    names += '%12s'%(item)
3152                    ptstr += ptfmt%(parmDict[item])
3153                    sigstr += ptfmt%(sigDict[item])
3154            if ifAny:
3155                print >>pFile,'\n Debye diffuse scattering coefficients'
3156                print >>pFile,names
3157                print >>pFile,ptstr
3158                print >>pFile,sigstr
3159        if DebyePeaks['nPeaks']:
3160            print >>pFile,'\n Single peak coefficients:'
3161            parms =    ['BkPkpos','BkPkint','BkPksig','BkPkgam']
3162            line = ' peak no. '
3163            for parm in parms:
3164                line += '%14s%12s'%(parm.center(14),'esd'.center(12))
3165            print >>pFile,line
3166            for ip in range(DebyePeaks['nPeaks']):
3167                ptstr = ' %4d '%(ip)
3168                for parm in parms:
3169                    fmt = '%14.3f'
3170                    efmt = '%12.3f'
3171                    if parm == 'BkPkpos':
3172                        fmt = '%14.4f'
3173                        efmt = '%12.4f'
3174                    name = pfx+parm+';%d'%(ip)
3175                    ptstr += fmt%(parmDict[name])
3176                    if name in sigDict:
3177                        ptstr += efmt%(sigDict[name])
3178                    else:
3179                        ptstr += 12*' '
3180                print >>pFile,ptstr
3181        sumBk = np.array(Histogram['sumBk'])
3182        print >>pFile,' Background sums: empirical %.3g, Debye %.3g, peaks %.3g, Total %.3g'    \
3183            %(sumBk[0],sumBk[1],sumBk[2],np.sum(sumBk))
3184       
3185    def PrintInstParmsSig(Inst,instSig):
3186        refine = False
3187        insKeys = instSig.keys()
3188        insKeys.sort()
3189        iBeg = 0
3190        Ok = True
3191        while Ok:
3192            ptlbls = ' names :'
3193            ptstr =  ' value :'
3194            sigstr = ' sig   :'
3195            iFin = min(iBeg+9,len(insKeys))
3196            for name in insKeys[iBeg:iFin]:
3197                if name not in  ['Type','Lam1','Lam2','Azimuth','Source','fltPath']:
3198                    ptlbls += '%12s' % (name)
3199                    ptstr += '%12.6f' % (Inst[name][1])
3200                    if instSig[name]:
3201                        refine = True
3202                        sigstr += '%12.6f' % (instSig[name])
3203                    else:
3204                        sigstr += 12*' '
3205            if refine:
3206                print >>pFile,'\n Instrument Parameters:'
3207                print >>pFile,ptlbls
3208                print >>pFile,ptstr
3209                print >>pFile,sigstr
3210            iBeg = iFin
3211            if iBeg == len(insKeys):
3212                Ok = False
3213       
3214    def PrintSampleParmsSig(Sample,sampleSig):
3215        ptlbls = ' names :'
3216        ptstr =  ' values:'
3217        sigstr = ' sig   :'
3218        refine = False
3219        if 'Bragg' in Sample['Type']:
3220            for i,item in enumerate(['Scale','Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']):
3221                ptlbls += '%14s'%(item)
3222                ptstr += '%14.4f'%(Sample[item][0])
3223                if sampleSig[i]:
3224                    refine = True
3225                    sigstr += '%14.4f'%(sampleSig[i])
3226                else:
3227                    sigstr += 14*' '
3228           
3229        elif 'Debye' in Sample['Type']:        #Debye-Scherrer
3230            for i,item in enumerate(['Scale','Absorption','DisplaceX','DisplaceY']):
3231                ptlbls += '%14s'%(item)
3232                ptstr += '%14.4f'%(Sample[item][0])
3233                if sampleSig[i]:
3234                    refine = True
3235                    sigstr += '%14.4f'%(sampleSig[i])
3236                else:
3237                    sigstr += 14*' '
3238
3239        if refine:
3240            print >>pFile,'\n Sample Parameters:'
3241            print >>pFile,ptlbls
3242            print >>pFile,ptstr
3243            print >>pFile,sigstr
3244       
3245    histoList = Histograms.keys()
3246    histoList.sort()
3247    for histogram in histoList:
3248        if 'PWDR' in histogram:
3249            Histogram = Histograms[histogram]
3250            hId = Histogram['hId']
3251            pfx = ':'+str(hId)+':'
3252            Background = Histogram['Background']
3253            backSig = SetBackgroundParms(pfx,Background,parmDict,sigDict)
3254           
3255            Inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
3256            instSig = SetInstParms(pfx,Inst,parmDict,sigDict)
3257       
3258            Sample = Histogram['Sample Parameters']
3259            sampSig = SetSampleParms(pfx,Sample,parmDict,sigDict)
3260
3261            print >>pFile,'\n Histogram: ',histogram,' histogram Id: ',hId
3262            print >>pFile,135*'='
3263            print >>pFile,' PWDR histogram weight factor = '+'%.3f'%(Histogram['wtFactor'])
3264            print >>pFile,' Final refinement wR = %.2f%% on %d observations in this histogram'%(Histogram['Residuals']['wR'],Histogram['Residuals']['Nobs'])
3265            print >>pFile,' Other residuals: R = %.2f%%, R-bkg = %.2f%%, wR-bkg = %.2f%% wRmin = %.2f%%'% \
3266                (Histogram['Residuals']['R'],Histogram['Residuals']['Rb'],Histogram['Residuals']['wR'],Histogram['Residuals']['wRmin'])
3267            if Print:
3268                print >>pFile,' Instrument type: ',Sample['Type']
3269                if FFtables != None and 'N' not in Inst['Type'][0]:
3270                    PrintFprime(FFtables,pfx,pFile)
3271                PrintSampleParmsSig(Sample,sampSig)
3272                PrintInstParmsSig(Inst,instSig)
3273                PrintBackgroundSig(Background,backSig)
3274               
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.