source: trunk/GSASIIstrIO.py @ 2560

Last change on this file since 2560 was 2560, checked in by vondreele, 5 years ago

make A2Gmat return np.arrays
put in spinners for Background & Container multipliers
fix a couple of Status problems
fix(?) lattice parameter errors for hexagonal & trigonal

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 145.0 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2########### SVN repository information ###################
3# $Date: 2016-12-05 20:42:45 +0000 (Mon, 05 Dec 2016) $
4# $Author: vondreele $
5# $Revision: 2560 $
6# $URL: trunk/GSASIIstrIO.py $
7# $Id: GSASIIstrIO.py 2560 2016-12-05 20:42:45Z vondreele $
8########### SVN repository information ###################
9'''
10*GSASIIstrIO: structure I/O routines*
11-------------------------------------
12
13'''
14import os
15import os.path as ospath
16import time
17import math
18import copy
19import cPickle
20import numpy as np
21import numpy.ma as ma
22import GSASIIpath
23GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2560 $")
24import GSASIIElem as G2el
25import GSASIIlattice as G2lat
26import GSASIIspc as G2spc
27import GSASIIobj as G2obj
28import GSASIImapvars as G2mv
29import GSASIImath as G2mth
30
31sind = lambda x: np.sin(x*np.pi/180.)
32cosd = lambda x: np.cos(x*np.pi/180.)
33tand = lambda x: np.tan(x*np.pi/180.)
34asind = lambda x: 180.*np.arcsin(x)/np.pi
35acosd = lambda x: 180.*np.arccos(x)/np.pi
36atan2d = lambda y,x: 180.*np.arctan2(y,x)/np.pi
37   
38ateln2 = 8.0*math.log(2.0)
39
40def GetControls(GPXfile):
41    ''' Returns dictionary of control items found in GSASII gpx file
42
43    :param str GPXfile: full .gpx file name
44    :return: dictionary of control items
45    '''
46    Controls = copy.copy(G2obj.DefaultControls)
47    fl = open(GPXfile,'rb')
48    while True:
49        try:
50            data = cPickle.load(fl)
51        except EOFError:
52            break
53        datum = data[0]
54        if datum[0] == 'Controls':
55            Controls.update(datum[1])
56    fl.close()
57    return Controls
58   
59def GetConstraints(GPXfile):
60    '''Read the constraints from the GPX file and interpret them
61
62    called in :func:`ReadCheckConstraints`, :func:`GSASIIstrMain.Refine`
63    and :func:`GSASIIstrMain.SeqRefine`.
64    '''
65    fl = open(GPXfile,'rb')
66    while True:
67        try:
68            data = cPickle.load(fl)
69        except EOFError:
70            break
71        datum = data[0]
72        if datum[0] == 'Constraints':
73            constList = []
74            for item in datum[1]:
75                if item.startswith('_'): continue
76                constList += datum[1][item]
77            fl.close()
78            constDict,fixedList,ignored = ProcessConstraints(constList)
79            if ignored:
80                print ignored,'Constraints were rejected. Was a constrained phase, histogram or atom deleted?'
81            return constDict,fixedList
82    fl.close()
83    raise Exception,"No constraints in GPX file"
84   
85def ProcessConstraints(constList):
86    """Interpret the constraints in the constList input into a dictionary, etc.
87    All :class:`GSASIIobj.G2VarObj` objects are mapped to the appropriate
88    phase/hist/atoms based on the object internals (random Ids). If this can't be
89    done (if a phase has been deleted, etc.), the variable is ignored.
90    If the constraint cannot be used due to too many dropped variables,
91    it is counted as ignored.
92   
93    :param list constList: a list of lists where each item in the outer list
94      specifies a constraint of some form, as described in the :mod:`GSASIIobj`
95      :ref:`Constraint definition <Constraint_definitions_table>`.
96
97    :returns:  a tuple of (constDict,fixedList,ignored) where:
98     
99      * constDict (list of dicts) contains the constraint relationships
100      * fixedList (list) contains the fixed values for each type
101        of constraint.
102      * ignored (int) counts the number of invalid constraint items
103        (should always be zero!)
104    """
105    constDict = []
106    fixedList = []
107    ignored = 0
108    for item in constList:
109        if item[-1] == 'h':
110            # process a hold
111            fixedList.append('0')
112            var = str(item[0][1])
113            if '?' not in var:
114                constDict.append({var:0.0})
115            else:
116                ignored += 1
117        elif item[-1] == 'f':
118            # process a new variable
119            fixedList.append(None)
120            D = {}
121            varyFlag = item[-2]
122            varname = item[-3]
123            for term in item[:-3]:
124                var = str(term[1])
125                if '?' not in var:
126                    D[var] = term[0]
127            if len(D) > 1:
128                # add extra dict terms for input variable name and vary flag
129                if varname is not None:                   
130                    if varname.startswith('::'):
131                        varname = varname[2:].replace(':',';')
132                    else:
133                        varname = varname.replace(':',';')
134                    D['_name'] = '::' + varname
135                D['_vary'] = varyFlag == True # force to bool
136                constDict.append(D)
137            else:
138                ignored += 1
139            #constFlag[-1] = ['Vary']
140        elif item[-1] == 'c': 
141            # process a contraint relationship
142            D = {}
143            for term in item[:-3]:
144                var = str(term[1])
145                if '?' not in var:
146                    D[var] = term[0]
147            if len(D) >= 1:
148                fixedList.append(str(item[-3]))
149                constDict.append(D)
150            else:
151                ignored += 1
152        elif item[-1] == 'e':
153            # process an equivalence
154            firstmult = None
155            eqlist = []
156            for term in item[:-3]:
157                if term[0] == 0: term[0] = 1.0
158                var = str(term[1])
159                if '?' in var: continue
160                if firstmult is None:
161                    firstmult = term[0]
162                    firstvar = var
163                else:
164                    eqlist.append([var,firstmult/term[0]])
165            if len(eqlist) > 0:
166                G2mv.StoreEquivalence(firstvar,eqlist)
167            else:
168                ignored += 1
169        else:
170            ignored += 1
171    return constDict,fixedList,ignored
172
173def ReadCheckConstraints(GPXfile):
174    '''Load constraints and related info and return any error or warning messages'''
175    # init constraints
176    G2mv.InitVars()   
177    # get variables
178    Histograms,Phases = GetUsedHistogramsAndPhases(GPXfile)
179    if not Phases:
180        return 'Error: No phases or no histograms in phases!',''
181    if not Histograms:
182        return 'Error: no diffraction data',''
183    constrDict,fixedList = GetConstraints(GPXfile) # load user constraints before internally generated ones
184    rigidbodyDict = GetRigidBodies(GPXfile)
185    rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
186    rbVary,rbDict = GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=False)
187    Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtables,BLtables,MFtables,maxSSwave = \
188        GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,rbIds=rbIds,Print=False) # generates atom symmetry constraints
189    hapVary,hapDict,controlDict = GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
190    histVary,histDict,controlDict = GetHistogramData(Histograms,Print=False)
191    varyList = rbVary+phaseVary+hapVary+histVary
192    errmsg, warnmsg = G2mv.CheckConstraints(varyList,constrDict,fixedList)
193    if errmsg:
194        # print some diagnostic info on the constraints
195        print('Error in constraints:\n'+errmsg+
196              '\nRefinement not possible due to conflict in constraints, see below:\n')
197        print G2mv.VarRemapShow(varyList,True)
198    return errmsg, warnmsg
199   
200def makeTwinFrConstr(Phases,Histograms,hapVary):
201    TwConstr = []
202    TwFixed = []
203    for Phase in Phases:
204        pId = Phases[Phase]['pId']
205        for Histogram in Phases[Phase]['Histograms']:
206            try:
207                hId = Histograms[Histogram]['hId']
208                phfx = '%d:%d:'%(pId,hId)
209                if phfx+'TwinFr:0' in hapVary:
210                    TwFixed.append('1.0')     #constraint value
211                    nTwin = len(Phases[Phase]['Histograms'][Histogram]['Twins'])
212                    TwConstr.append({phfx+'TwinFr:'+str(i):'1.0' for i in range(nTwin)})
213            except KeyError:    #unused histograms?
214                pass
215    return TwConstr,TwFixed   
216   
217def GetRestraints(GPXfile):
218    '''Read the restraints from the GPX file.
219    Throws an exception if not found in the .GPX file
220    '''
221    fl = open(GPXfile,'rb')
222    while True:
223        try:
224            data = cPickle.load(fl)
225        except EOFError:
226            break
227        datum = data[0]
228        if datum[0] == 'Restraints':
229            restraintDict = datum[1]
230    fl.close()
231    return restraintDict
232   
233def GetRigidBodies(GPXfile):
234    '''Read the rigid body models from the GPX file
235    '''
236    fl = open(GPXfile,'rb')
237    while True:
238        try:
239            data = cPickle.load(fl)
240        except EOFError:
241            break
242        datum = data[0]
243        if datum[0] == 'Rigid bodies':
244            rigidbodyDict = datum[1]
245    fl.close()
246    return rigidbodyDict
247       
248def GetFprime(controlDict,Histograms):
249    'Needs a doc string'
250    FFtables = controlDict['FFtables']
251    if not FFtables:
252        return
253    histoList = Histograms.keys()
254    histoList.sort()
255    for histogram in histoList:
256        if histogram[:4] in ['PWDR','HKLF']:
257            Histogram = Histograms[histogram]
258            hId = Histogram['hId']
259            hfx = ':%d:'%(hId)
260            if 'X' in controlDict[hfx+'histType']:
261                keV = controlDict[hfx+'keV']
262                for El in FFtables:
263                    Orbs = G2el.GetXsectionCoeff(El.split('+')[0].split('-')[0])
264                    FP,FPP,Mu = G2el.FPcalc(Orbs, keV)
265                    FFtables[El][hfx+'FP'] = FP
266                    FFtables[El][hfx+'FPP'] = FPP
267                   
268def PrintFprime(FFtables,pfx,pFile):
269    print >>pFile,'\n Resonant form factors:'
270    Elstr = ' Element:'
271    FPstr = " f'     :"
272    FPPstr = ' f"     :'
273    for El in FFtables:
274        Elstr += ' %8s'%(El)
275        FPstr += ' %8.3f'%(FFtables[El][pfx+'FP'])
276        FPPstr += ' %8.3f'%(FFtables[El][pfx+'FPP'])
277    print >>pFile,Elstr
278    print >>pFile,FPstr
279    print >>pFile,FPPstr
280           
281def GetPhaseNames(GPXfile):
282    ''' Returns a list of phase names found under 'Phases' in GSASII gpx file
283
284    :param str GPXfile: full .gpx file name
285    :return: list of phase names
286    '''
287    fl = open(GPXfile,'rb')
288    PhaseNames = []
289    while True:
290        try:
291            data = cPickle.load(fl)
292        except EOFError:
293            break
294        datum = data[0]
295        if 'Phases' == datum[0]:
296            for datus in data[1:]:
297                PhaseNames.append(datus[0])
298    fl.close()
299    return PhaseNames
300
301def GetAllPhaseData(GPXfile,PhaseName):
302    ''' Returns the entire dictionary for PhaseName from GSASII gpx file
303
304    :param str GPXfile: full .gpx file name
305    :param str PhaseName: phase name
306    :return: phase dictionary
307    '''       
308    fl = open(GPXfile,'rb')
309    while True:
310        try:
311            data = cPickle.load(fl)
312        except EOFError:
313            break
314        datum = data[0]
315        if 'Phases' == datum[0]:
316            for datus in data[1:]:
317                if datus[0] == PhaseName:
318                    break
319    fl.close()
320    return datus[1]
321   
322def GetHistograms(GPXfile,hNames):
323    """ Returns a dictionary of histograms found in GSASII gpx file
324
325    :param str GPXfile: full .gpx file name
326    :param str hNames: list of histogram names
327    :return: dictionary of histograms (types = PWDR & HKLF)
328
329    """
330    fl = open(GPXfile,'rb')
331    Histograms = {}
332    while True:
333        try:
334            data = cPickle.load(fl)
335        except EOFError:
336            break
337        datum = data[0]
338        hist = datum[0]
339        if hist in hNames:
340            if 'PWDR' in hist[:4]:
341                PWDRdata = {}
342                PWDRdata.update(datum[1][0])        #weight factor
343                PWDRdata['Data'] = ma.array(ma.getdata(datum[1][1]))          #masked powder data arrays/clear previous masks
344                PWDRdata[data[2][0]] = data[2][1]       #Limits & excluded regions (if any)
345                PWDRdata[data[3][0]] = data[3][1]       #Background
346                PWDRdata[data[4][0]] = data[4][1]       #Instrument parameters
347                PWDRdata[data[5][0]] = data[5][1]       #Sample parameters
348                try:
349                    PWDRdata[data[9][0]] = data[9][1]       #Reflection lists might be missing
350                except IndexError:
351                    PWDRdata['Reflection Lists'] = {}
352                PWDRdata['Residuals'] = {}
353   
354                Histograms[hist] = PWDRdata
355            elif 'HKLF' in hist[:4]:
356                HKLFdata = {}
357                HKLFdata.update(datum[1][0])        #weight factor
358#patch
359                if 'list' in str(type(datum[1][1])):
360                #if isinstance(datum[1][1],list):
361                    RefData = {'RefList':[],'FF':{}}
362                    for ref in datum[1][1]:
363                        RefData['RefList'].append(ref[:11]+[ref[13],])
364                    RefData['RefList'] = np.array(RefData['RefList'])
365                    datum[1][1] = RefData
366#end patch
367                datum[1][1]['FF'] = {}
368                HKLFdata['Data'] = datum[1][1]
369                HKLFdata[data[1][0]] = data[1][1]       #Instrument parameters
370                HKLFdata['Reflection Lists'] = None
371                HKLFdata['Residuals'] = {}
372                Histograms[hist] = HKLFdata           
373    fl.close()
374    return Histograms
375   
376def GetHistogramNames(GPXfile,hType):
377    """ Returns a list of histogram names found in GSASII gpx file
378
379    :param str GPXfile: full .gpx file name
380    :param str hType: list of histogram types
381    :return: list of histogram names (types = PWDR & HKLF)
382
383    """
384    fl = open(GPXfile,'rb')
385    HistogramNames = []
386    while True:
387        try:
388            data = cPickle.load(fl)
389        except EOFError:
390            break
391        datum = data[0]
392        if datum[0][:4] in hType:
393            HistogramNames.append(datum[0])
394    fl.close()
395    return HistogramNames
396   
397def GetUsedHistogramsAndPhases(GPXfile):
398    ''' Returns all histograms that are found in any phase
399    and any phase that uses a histogram. This also
400    assigns numbers to used phases and histograms by the
401    order they appear in the file.
402
403    :param str GPXfile: full .gpx file name
404    :returns: (Histograms,Phases)
405
406     * Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
407     * Phases = dictionary of phases that use histograms
408
409    '''
410    phaseNames = GetPhaseNames(GPXfile)
411    histoList = GetHistogramNames(GPXfile,['PWDR','HKLF'])
412    allHistograms = GetHistograms(GPXfile,histoList)
413    phaseData = {}
414    for name in phaseNames: 
415        phaseData[name] =  GetAllPhaseData(GPXfile,name)
416    Histograms = {}
417    Phases = {}
418    for phase in phaseData:
419        Phase = phaseData[phase]
420        if Phase['General']['Type'] == 'faulted': continue      #don't use faulted phases!
421        if Phase['Histograms']:
422            if phase not in Phases:
423                pId = phaseNames.index(phase)
424                Phase['pId'] = pId
425                Phases[phase] = Phase
426            for hist in Phase['Histograms']:
427                if 'Use' not in Phase['Histograms'][hist]:      #patch
428                    Phase['Histograms'][hist]['Use'] = True         
429                if hist not in Histograms and Phase['Histograms'][hist]['Use']:
430                    try:
431                        Histograms[hist] = allHistograms[hist]
432                        hId = histoList.index(hist)
433                        Histograms[hist]['hId'] = hId
434                    except KeyError: # would happen if a referenced histogram were
435                        # renamed or deleted
436                        print('For phase "'+str(phase)+
437                              '" unresolved reference to histogram "'+str(hist)+'"')
438    G2obj.IndexAllIds(Histograms=Histograms,Phases=Phases)
439    return Histograms,Phases
440   
441def getBackupName(GPXfile,makeBack):
442    '''
443    Get the name for the backup .gpx file name
444   
445    :param str GPXfile: full .gpx file name
446    :param bool makeBack: if True the name of a new file is returned, if
447      False the name of the last file that exists is returned
448    :returns: the name of a backup file
449   
450    '''
451    GPXpath,GPXname = ospath.split(GPXfile)
452    if GPXpath == '': GPXpath = '.'
453    Name = ospath.splitext(GPXname)[0]
454    files = os.listdir(GPXpath)
455    last = 0
456    for name in files:
457        name = name.split('.')
458        if len(name) == 3 and name[0] == Name and 'bak' in name[1]:
459            if makeBack:
460                last = max(last,int(name[1].strip('bak'))+1)
461            else:
462                last = max(last,int(name[1].strip('bak')))
463    GPXback = ospath.join(GPXpath,ospath.splitext(GPXname)[0]+'.bak'+str(last)+'.gpx')
464    return GPXback   
465       
466def GPXBackup(GPXfile,makeBack=True):
467    '''
468    makes a backup of the current .gpx file (?)
469   
470    :param str GPXfile: full .gpx file name
471    :param bool makeBack: if True (default), the backup is written to
472      a new file; if False, the last backup is overwritten
473    :returns: the name of the backup file that was written
474    '''
475    import distutils.file_util as dfu
476    GPXback = getBackupName(GPXfile,makeBack)
477    tries = 0
478    while True:
479        try:
480            dfu.copy_file(GPXfile,GPXback)
481            break
482        except:
483            tries += 1
484            if tries > 10:
485                return GPXfile  #failed!
486            time.sleep(1)           #just wait a second!         
487    return GPXback
488
489def SetUsedHistogramsAndPhases(GPXfile,Histograms,Phases,RigidBodies,CovData,makeBack=True):
490    ''' Updates gpxfile from all histograms that are found in any phase
491    and any phase that used a histogram. Also updates rigid body definitions.
492
493
494    :param str GPXfile: full .gpx file name
495    :param dict Histograms: dictionary of histograms as {name:data,...}
496    :param dict Phases: dictionary of phases that use histograms
497    :param dict RigidBodies: dictionary of rigid bodies
498    :param dict CovData: dictionary of refined variables, varyList, & covariance matrix
499    :param bool makeBack: True if new backup of .gpx file is to be made; else use the last one made
500
501    '''
502                       
503    import distutils.file_util as dfu
504    GPXback = GPXBackup(GPXfile,makeBack)
505    print 'Read from file:',GPXback
506    print 'Save to file  :',GPXfile
507    infile = open(GPXback,'rb')
508    outfile = open(GPXfile,'wb')
509    while True:
510        try:
511            data = cPickle.load(infile)
512        except EOFError:
513            break
514        datum = data[0]
515#        print 'read: ',datum[0]
516        if datum[0] == 'Phases':
517            for iphase in range(len(data)):
518                if data[iphase][0] in Phases:
519                    phaseName = data[iphase][0]
520                    data[iphase][1].update(Phases[phaseName])
521        elif datum[0] == 'Covariance':
522            data[0][1] = CovData
523        elif datum[0] == 'Rigid bodies':
524            data[0][1] = RigidBodies
525        try:
526            histogram = Histograms[datum[0]]
527#            print 'found ',datum[0]
528            data[0][1][1] = histogram['Data']
529            data[0][1][0].update(histogram['Residuals'])
530            for datus in data[1:]:
531#                print '    read: ',datus[0]
532                if datus[0] in ['Background','Instrument Parameters','Sample Parameters','Reflection Lists']:
533                    datus[1] = histogram[datus[0]]
534        except KeyError:
535            pass
536        try:                       
537            cPickle.dump(data,outfile,1)
538        except AttributeError:
539            print 'ERROR - bad data in least squares result'
540            infile.close()
541            outfile.close()
542            dfu.copy_file(GPXback,GPXfile)
543            print 'GPX file save failed - old version retained'
544            return
545           
546    print 'GPX file save successful'
547   
548def SetSeqResult(GPXfile,Histograms,SeqResult):
549    '''
550    Needs doc string
551   
552    :param str GPXfile: full .gpx file name
553    '''
554    GPXback = GPXBackup(GPXfile)
555    print 'Read from file:',GPXback
556    print 'Save to file  :',GPXfile
557    infile = open(GPXback,'rb')
558    outfile = open(GPXfile,'wb')
559    while True:
560        try:
561            data = cPickle.load(infile)
562        except EOFError:
563            break
564        datum = data[0]
565        if datum[0] == 'Sequential results':
566            data[0][1] = SeqResult
567        # reset the Copy Next flag, since it should not be needed twice in a row
568        if datum[0] == 'Controls':
569            data[0][1]['Copy2Next'] = False
570        try:
571            histogram = Histograms[datum[0]]
572            data[0][1][1] = list(histogram['Data'])
573            for datus in data[1:]:
574                if datus[0] in ['Background','Instrument Parameters','Sample Parameters','Reflection Lists']:
575                    datus[1] = histogram[datus[0]]
576        except KeyError:
577            pass
578                               
579        cPickle.dump(data,outfile,1)
580    infile.close()
581    outfile.close()
582    print 'GPX file save successful'
583                       
584def ShowBanner(pFile=None):
585    'Print authorship, copyright and citation notice'
586    print >>pFile,80*'*'
587    print >>pFile,'   General Structure Analysis System-II Crystal Structure Refinement'
588    print >>pFile,'              by Robert B. Von Dreele & Brian H. Toby'
589    print >>pFile,'                Argonne National Laboratory(C), 2010'
590    print >>pFile,' This product includes software developed by the UChicago Argonne, LLC,' 
591    print >>pFile,'            as Operator of Argonne National Laboratory.'
592    print >>pFile,'                          Please cite:'
593    print >>pFile,'   B.H. Toby & R.B. Von Dreele, J. Appl. Cryst. 46, 544-549 (2013)'
594
595    print >>pFile,80*'*','\n'
596
597def ShowControls(Controls,pFile=None,SeqRef=False):
598    'Print controls information'
599    print >>pFile,' Least squares controls:'
600    print >>pFile,' Refinement type: ',Controls['deriv type']
601    if 'Hessian' in Controls['deriv type']:
602        print >>pFile,' Maximum number of cycles:',Controls['max cyc']
603    else:
604        print >>pFile,' Minimum delta-M/M for convergence: ','%.2g'%(Controls['min dM/M'])
605    print >>pFile,' Regularize hydrogens (if any):',Controls.get('HatomFix',False)
606    print >>pFile,' Initial shift factor: ','%.3f'%(Controls['shift factor'])
607    if SeqRef:
608        print >>pFile,' Sequential refinement controls:'
609        print >>pFile,' Copy of histogram results to next: ',Controls['Copy2Next']
610        print >>pFile,' Process histograms in reverse order: ',Controls['Reverse Seq']
611   
612def GetPawleyConstr(SGLaue,PawleyRef,im,pawleyVary):
613    'needs a doc string'
614#    if SGLaue in ['-1','2/m','mmm']:
615#        return                      #no Pawley symmetry required constraints
616    eqvDict = {}
617    for i,varyI in enumerate(pawleyVary):
618        eqvDict[varyI] = []
619        refI = int(varyI.split(':')[-1])
620        ih,ik,il = PawleyRef[refI][:3]
621        dspI = PawleyRef[refI][4+im]
622        for varyJ in pawleyVary[i+1:]:
623            refJ = int(varyJ.split(':')[-1])
624            jh,jk,jl = PawleyRef[refJ][:3]
625            dspJ = PawleyRef[refJ][4+im]
626            if SGLaue in ['4/m','4/mmm']:
627                isum = ih**2+ik**2
628                jsum = jh**2+jk**2
629                if abs(il) == abs(jl) and isum == jsum:
630                    eqvDict[varyI].append(varyJ) 
631            elif SGLaue in ['3R','3mR']:
632                isum = ih**2+ik**2+il**2
633                jsum = jh**2+jk**2+jl**2
634                isum2 = ih*ik+ih*il+ik*il
635                jsum2 = jh*jk+jh*jl+jk*jl
636                if isum == jsum and isum2 == jsum2:
637                    eqvDict[varyI].append(varyJ) 
638            elif SGLaue in ['3','3m1','31m','6/m','6/mmm']:
639                isum = ih**2+ik**2+ih*ik
640                jsum = jh**2+jk**2+jh*jk
641                if abs(il) == abs(jl) and isum == jsum:
642                    eqvDict[varyI].append(varyJ) 
643            elif SGLaue in ['m3','m3m']:
644                isum = ih**2+ik**2+il**2
645                jsum = jh**2+jk**2+jl**2
646                if isum == jsum:
647                    eqvDict[varyI].append(varyJ)
648            elif abs(dspI-dspJ)/dspI < 1.e-4:
649                eqvDict[varyI].append(varyJ) 
650    for item in pawleyVary:
651        if eqvDict[item]:
652            for item2 in pawleyVary:
653                if item2 in eqvDict[item]:
654                    eqvDict[item2] = []
655            G2mv.StoreEquivalence(item,eqvDict[item])
656                   
657def cellVary(pfx,SGData): 
658    'needs a doc string'
659    if SGData['SGLaue'] in ['-1',]:
660        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A3',pfx+'A4',pfx+'A5']
661    elif SGData['SGLaue'] in ['2/m',]:
662        if SGData['SGUniq'] == 'a':
663            return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A5']
664        elif SGData['SGUniq'] == 'b':
665            return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A4']
666        else:
667            return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A3']
668    elif SGData['SGLaue'] in ['mmm',]:
669        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2']
670    elif SGData['SGLaue'] in ['4/m','4/mmm']:
671        G2mv.StoreEquivalence(pfx+'A0',(pfx+'A1',))
672        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2']
673    elif SGData['SGLaue'] in ['6/m','6/mmm','3m1', '31m', '3']:
674        G2mv.StoreEquivalence(pfx+'A0',(pfx+'A1',pfx+'A3',))
675        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A3']
676    elif SGData['SGLaue'] in ['3R', '3mR']:
677        G2mv.StoreEquivalence(pfx+'A0',(pfx+'A1',pfx+'A2',))
678        G2mv.StoreEquivalence(pfx+'A3',(pfx+'A4',pfx+'A5',))
679        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A3',pfx+'A4',pfx+'A5']                       
680    elif SGData['SGLaue'] in ['m3m','m3']:
681        G2mv.StoreEquivalence(pfx+'A0',(pfx+'A1',pfx+'A2',))
682        return [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2']
683       
684def modVary(pfx,SSGData):
685    vary = []
686    for i,item in enumerate(SSGData['modSymb']):
687        if item in ['a','b','g']:
688            vary.append(pfx+'mV%d'%(i))
689    return vary
690       
691################################################################################
692##### Rigid Body Models and not General.get('doPawley')
693################################################################################
694       
695def GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=True,pFile=None):
696    'needs a doc string'
697   
698    def PrintResRBModel(RBModel):
699        atNames = RBModel['atNames']
700        rbRef = RBModel['rbRef']
701        rbSeq = RBModel['rbSeq']
702        print >>pFile,'Residue RB name: ',RBModel['RBname'],' no.atoms: ',len(RBModel['rbTypes']), \
703            'No. times used: ',RBModel['useCount']
704        print >>pFile,'    At name       x          y          z'
705        for name,xyz in zip(atNames,RBModel['rbXYZ']):
706            print >>pFile,%8s %10.4f %10.4f %10.4f'%(name,xyz[0],xyz[1],xyz[2])
707        print >>pFile,'Orientation defined by:',atNames[rbRef[0]],' -> ',atNames[rbRef[1]], \
708            ' & ',atNames[rbRef[0]],' -> ',atNames[rbRef[2]]
709        if rbSeq:
710            for i,rbseq in enumerate(rbSeq):
711                print >>pFile,'Torsion sequence ',i,' Bond: '+atNames[rbseq[0]],' - ', \
712                    atNames[rbseq[1]],' riding: ',[atNames[i] for i in rbseq[3]]
713       
714    def PrintVecRBModel(RBModel):
715        rbRef = RBModel['rbRef']
716        atTypes = RBModel['rbTypes']
717        print >>pFile,'Vector RB name: ',RBModel['RBname'],' no.atoms: ',len(RBModel['rbTypes']), \
718            'No. times used: ',RBModel['useCount']
719        for i in range(len(RBModel['VectMag'])):
720            print >>pFile,'Vector no.: ',i,' Magnitude: ', \
721                '%8.4f'%(RBModel['VectMag'][i]),' Refine? ',RBModel['VectRef'][i]
722            print >>pFile,'  No. Type     vx         vy         vz'
723            for j,[name,xyz] in enumerate(zip(atTypes,RBModel['rbVect'][i])):
724                print >>pFile,%d   %2s %10.4f %10.4f %10.4f'%(j,name,xyz[0],xyz[1],xyz[2])
725        print >>pFile,'  No. Type      x          y          z'
726        for i,[name,xyz] in enumerate(zip(atTypes,RBModel['rbXYZ'])):
727            print >>pFile,%d   %2s %10.4f %10.4f %10.4f'%(i,name,xyz[0],xyz[1],xyz[2])
728        print >>pFile,'Orientation defined by: atom ',rbRef[0],' -> atom ',rbRef[1], \
729            ' & atom ',rbRef[0],' -> atom ',rbRef[2]
730    rbVary = []
731    rbDict = {}
732    rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
733    if len(rbIds['Vector']):
734        for irb,item in enumerate(rbIds['Vector']):
735            if rigidbodyDict['Vector'][item]['useCount']:
736                RBmags = rigidbodyDict['Vector'][item]['VectMag']
737                RBrefs = rigidbodyDict['Vector'][item]['VectRef']
738                for i,[mag,ref] in enumerate(zip(RBmags,RBrefs)):
739                    pid = '::RBV;'+str(i)+':'+str(irb)
740                    rbDict[pid] = mag
741                    if ref:
742                        rbVary.append(pid)
743                if Print:
744                    print >>pFile,'\nVector rigid body model:'
745                    PrintVecRBModel(rigidbodyDict['Vector'][item])
746    if len(rbIds['Residue']):
747        for item in rbIds['Residue']:
748            if rigidbodyDict['Residue'][item]['useCount']:
749                if Print:
750                    print >>pFile,'\nResidue rigid body model:'
751                    PrintResRBModel(rigidbodyDict['Residue'][item])
752    return rbVary,rbDict
753   
754def SetRigidBodyModels(parmDict,sigDict,rigidbodyDict,pFile=None):
755    'needs a doc string'
756   
757    def PrintRBVectandSig(VectRB,VectSig):
758        print >>pFile,'\n Rigid body vector magnitudes for '+VectRB['RBname']+':'
759        namstr = '  names :'
760        valstr = '  values:'
761        sigstr = '  esds  :'
762        for i,[val,sig] in enumerate(zip(VectRB['VectMag'],VectSig)):
763            namstr += '%12s'%('Vect '+str(i))
764            valstr += '%12.4f'%(val)
765            if sig:
766                sigstr += '%12.4f'%(sig)
767            else:
768                sigstr += 12*' '
769        print >>pFile,namstr
770        print >>pFile,valstr
771        print >>pFile,sigstr       
772       
773    RBIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})  #these are lists of rbIds
774    if not RBIds['Vector']:
775        return
776    for irb,item in enumerate(RBIds['Vector']):
777        if rigidbodyDict['Vector'][item]['useCount']:
778            VectSig = []
779            RBmags = rigidbodyDict['Vector'][item]['VectMag']
780            for i,mag in enumerate(RBmags):
781                name = '::RBV;'+str(i)+':'+str(irb)
782                if name in sigDict:
783                    VectSig.append(sigDict[name])
784            PrintRBVectandSig(rigidbodyDict['Vector'][item],VectSig)   
785       
786################################################################################
787##### Phase data
788################################################################################       
789                   
790def GetPhaseData(PhaseData,RestraintDict={},rbIds={},Print=True,pFile=None,seqRef=False):
791    'needs a doc string'
792           
793    def PrintFFtable(FFtable):
794        print >>pFile,'\n X-ray scattering factors:'
795        print >>pFile,'   Symbol     fa                                      fb                                      fc'
796        print >>pFile,99*'-'
797        for Ename in FFtable:
798            ffdata = FFtable[Ename]
799            fa = ffdata['fa']
800            fb = ffdata['fb']
801            print >>pFile,' %8s %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f' %  \
802                (Ename.ljust(8),fa[0],fa[1],fa[2],fa[3],fb[0],fb[1],fb[2],fb[3],ffdata['fc'])
803               
804    def PrintMFtable(MFtable):
805        print >>pFile,'\n <j0> Magnetic scattering factors:'
806        print >>pFile,'   Symbol     mfa                                    mfb                                     mfc'
807        print >>pFile,99*'-'
808        for Ename in MFtable:
809            mfdata = MFtable[Ename]
810            fa = mfdata['mfa']
811            fb = mfdata['mfb']
812            print >>pFile,' %8s %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f' %  \
813                (Ename.ljust(8),fa[0],fa[1],fa[2],fa[3],fb[0],fb[1],fb[2],fb[3],mfdata['mfc'])
814        print >>pFile,'\n <j2> Magnetic scattering factors:'
815        print >>pFile,'   Symbol     nfa                                    nfb                                     nfc'
816        print >>pFile,99*'-'
817        for Ename in MFtable:
818            mfdata = MFtable[Ename]
819            fa = mfdata['nfa']
820            fb = mfdata['nfb']
821            print >>pFile,' %8s %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f %9.5f' %  \
822                (Ename.ljust(8),fa[0],fa[1],fa[2],fa[3],fb[0],fb[1],fb[2],fb[3],mfdata['nfc'])
823               
824    def PrintBLtable(BLtable):
825        print >>pFile,'\n Neutron scattering factors:'
826        print >>pFile,'   Symbol   isotope       mass       b       resonant terms'
827        print >>pFile,99*'-'
828        for Ename in BLtable:
829            bldata = BLtable[Ename]
830            isotope = bldata[0]
831            mass = bldata[1]['Mass']
832            if 'SL' in bldata[1]:
833                blen = bldata[1]['SL'][0]
834                bres = []
835            else:
836                blen = 0
837                bres = bldata[1]['BW-LS']
838            line = ' %8s%11s %10.3f %8.3f'%(Ename.ljust(8),isotope.center(11),mass,blen)
839            for item in bres:
840                line += '%10.5g'%(item)
841            print >>pFile,line
842           
843    def PrintRBObjects(resRBData,vecRBData):
844       
845        def PrintRBThermals():
846            tlstr = ['11','22','33','12','13','23']
847            sstr = ['12','13','21','23','31','32','AA','BB']
848            TLS = RB['ThermalMotion'][1]
849            TLSvar = RB['ThermalMotion'][2]
850            if 'T' in RB['ThermalMotion'][0]:
851                print >>pFile,'TLS data'
852                text = ''
853                for i in range(6):
854                    text += 'T'+tlstr[i]+' %8.4f %s '%(TLS[i],str(TLSvar[i])[0])
855                print >>pFile,text
856                if 'L' in RB['ThermalMotion'][0]: 
857                    text = ''
858                    for i in range(6,12):
859                        text += 'L'+tlstr[i-6]+' %8.2f %s '%(TLS[i],str(TLSvar[i])[0])
860                    print >>pFile,text
861                if 'S' in RB['ThermalMotion'][0]:
862                    text = ''
863                    for i in range(12,20):
864                        text += 'S'+sstr[i-12]+' %8.3f %s '%(TLS[i],str(TLSvar[i])[0])
865                    print >>pFile,text
866            if 'U' in RB['ThermalMotion'][0]:
867                print >>pFile,'Uiso data'
868                text = 'Uiso'+' %10.3f %s'%(TLS[0],str(TLSvar[0])[0])           
869           
870        if len(resRBData):
871            for RB in resRBData:
872                Oxyz = RB['Orig'][0]
873                Qrijk = RB['Orient'][0]
874                Angle = 2.0*acosd(Qrijk[0])
875                print >>pFile,'\nRBObject ',RB['RBname'],' at ',      \
876                    '%10.4f %10.4f %10.4f'%(Oxyz[0],Oxyz[1],Oxyz[2]),' Refine?',RB['Orig'][1]
877                print >>pFile,'Orientation angle,vector:',      \
878                    '%10.3f %10.4f %10.4f %10.4f'%(Angle,Qrijk[1],Qrijk[2],Qrijk[3]),' Refine? ',RB['Orient'][1]
879                Torsions = RB['Torsions']
880                if len(Torsions):
881                    text = 'Torsions: '
882                    for torsion in Torsions:
883                        text += '%10.4f Refine? %s'%(torsion[0],torsion[1])
884                    print >>pFile,text
885                PrintRBThermals()
886        if len(vecRBData):
887            for RB in vecRBData:
888                Oxyz = RB['Orig'][0]
889                Qrijk = RB['Orient'][0]
890                Angle = 2.0*acosd(Qrijk[0])
891                print >>pFile,'\nRBObject ',RB['RBname'],' at ',      \
892                    '%10.4f %10.4f %10.4f'%(Oxyz[0],Oxyz[1],Oxyz[2]),' Refine?',RB['Orig'][1]           
893                print >>pFile,'Orientation angle,vector:',      \
894                    '%10.3f %10.4f %10.4f %10.4f'%(Angle,Qrijk[1],Qrijk[2],Qrijk[3]),' Refine? ',RB['Orient'][1]
895                PrintRBThermals()
896               
897    def PrintAtoms(General,Atoms):
898        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
899        print >>pFile,'\n Atoms:'
900        line = '   name    type  refine?   x         y         z    '+ \
901            '  frac site sym  mult I/A   Uiso     U11     U22     U33     U12     U13     U23'
902        if General['Type'] == 'macromolecular':
903            line = ' res no residue chain'+line
904        print >>pFile,line
905        if General['Type'] in ['nuclear','magnetic','faulted',]:
906            print >>pFile,135*'-'
907            for i,at in enumerate(Atoms):
908                line = '%7s'%(at[ct-1])+'%7s'%(at[ct])+'%7s'%(at[ct+1])+'%10.5f'%(at[cx])+'%10.5f'%(at[cx+1])+ \
909                    '%10.5f'%(at[cx+2])+'%8.3f'%(at[cx+3])+'%7s'%(at[cs])+'%5d'%(at[cs+1])+'%5s'%(at[cia])
910                if at[cia] == 'I':
911                    line += '%8.5f'%(at[cia+1])+48*' '
912                else:
913                    line += 8*' '
914                    for j in range(6):
915                        line += '%8.5f'%(at[cia+2+j])
916                print >>pFile,line
917        elif General['Type'] == 'macromolecular':
918            print >>pFile,135*'-'           
919            for i,at in enumerate(Atoms):
920                line = '%7s'%(at[0])+'%7s'%(at[1])+'%7s'%(at[2])+'%7s'%(at[ct-1])+'%7s'%(at[ct])+'%7s'%(at[ct+1])+'%10.5f'%(at[cx])+'%10.5f'%(at[cx+1])+ \
921                    '%10.5f'%(at[cx+2])+'%8.3f'%(at[cx+3])+'%7s'%(at[cs])+'%5d'%(at[cs+1])+'%5s'%(at[cia])
922                if at[cia] == 'I':
923                    line += '%8.4f'%(at[cia+1])+48*' '
924                else:
925                    line += 8*' '
926                    for j in range(6):
927                        line += '%8.4f'%(at[cia+2+j])
928                print >>pFile,line
929               
930    def PrintMoments(General,Atoms):
931        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
932        cmx = cx+4
933        AtInfo = dict(zip(General['AtomTypes'],General['Lande g']))
934        print >>pFile,'\n Magnetic moments:'
935        line = '   name    type  refine?  Mx        My        Mz    '
936        print >>pFile,line
937        print >>pFile,135*'-'
938        for i,at in enumerate(Atoms):
939            if AtInfo[at[ct]]:
940                line = '%7s'%(at[ct-1])+'%7s'%(at[ct])+'%7s'%(at[ct+1])+'%10.5f'%(at[cmx])+'%10.5f'%(at[cmx+1])+ \
941                    '%10.5f'%(at[cmx+2])
942                print >>pFile,line
943       
944               
945    def PrintWaves(General,Atoms):
946        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
947        print >>pFile,'\n Modulation waves'
948        names = {'Sfrac':['Fsin','Fcos','Fzero','Fwid'],'Spos':['Xsin','Ysin','Zsin','Xcos','Ycos','Zcos','Tmin','Tmax','Xmax','Ymax','Zmax'],
949            'Sadp':['U11sin','U22sin','U33sin','U12sin','U13sin','U23sin','U11cos','U22cos',
950            'U33cos','U12cos','U13cos','U23cos'],'Smag':['MXsin','MYsin','MZsin','MXcos','MYcos','MZcos']}
951        print >>pFile,135*'-'
952        for i,at in enumerate(Atoms):
953            AtomSS = at[-1]['SS1']
954            for Stype in ['Sfrac','Spos','Sadp','Smag']:
955                Waves = AtomSS[Stype]
956                if len(Waves):
957                    print >>pFile,' atom: %s, site sym: %s, type: %s wave type: %s:'    \
958                        %(at[ct-1],at[cs],Stype,AtomSS['waveType'])
959                for iw,wave in enumerate(Waves):                   
960                    line = ''
961                    if AtomSS['waveType'] in ['Block','ZigZag'] and Stype == 'Spos' and not iw:
962                        for item in names[Stype][6:]:
963                            line += '%8s '%(item)                       
964                    else:
965                        if Stype == 'Spos':
966                            for item in names[Stype][:6]:
967                                line += '%8s '%(item)
968                        else:
969                            for item in names[Stype]:
970                                line += '%8s '%(item)
971                    print >>pFile,line
972                    line = ''
973                    for item in wave[0]:
974                        line += '%8.4f '%(item)
975                    line += ' Refine? '+str(wave[1])
976                    print >>pFile,line
977       
978    def PrintTexture(textureData):
979        topstr = '\n Spherical harmonics texture: Order:' + \
980            str(textureData['Order'])
981        if textureData['Order']:
982            print >>pFile,topstr+' Refine? '+str(textureData['SH Coeff'][0])
983        else:
984            print >>pFile,topstr
985            return
986        names = ['omega','chi','phi']
987        line = '\n'
988        for name in names:
989            line += ' SH '+name+':'+'%12.4f'%(textureData['Sample '+name][1])+' Refine? '+str(textureData['Sample '+name][0])
990        print >>pFile,line
991        print >>pFile,'\n Texture coefficients:'
992        SHcoeff = textureData['SH Coeff'][1]
993        SHkeys = SHcoeff.keys()
994        nCoeff = len(SHcoeff)
995        nBlock = nCoeff/10+1
996        iBeg = 0
997        iFin = min(iBeg+10,nCoeff)
998        for block in range(nBlock):
999            ptlbls = ' names :'
1000            ptstr =  ' values:'
1001            for item in SHkeys[iBeg:iFin]:
1002                ptlbls += '%12s'%(item)
1003                ptstr += '%12.4f'%(SHcoeff[item]) 
1004            print >>pFile,ptlbls
1005            print >>pFile,ptstr
1006            iBeg += 10
1007            iFin = min(iBeg+10,nCoeff)
1008       
1009    def MakeRBParms(rbKey,phaseVary,phaseDict):
1010        rbid = str(rbids.index(RB['RBId']))
1011        pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'P'
1012        pstr = ['x','y','z']
1013        ostr = ['a','i','j','k']
1014        for i in range(3):
1015            name = pfxRB+pstr[i]+':'+str(iRB)+':'+rbid
1016            phaseDict[name] = RB['Orig'][0][i]
1017            if RB['Orig'][1]:
1018                phaseVary += [name,]
1019        pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'O'
1020        for i in range(4):
1021            name = pfxRB+ostr[i]+':'+str(iRB)+':'+rbid
1022            phaseDict[name] = RB['Orient'][0][i]
1023            if RB['Orient'][1] == 'AV' and i:
1024                phaseVary += [name,]
1025            elif RB['Orient'][1] == 'A' and not i:
1026                phaseVary += [name,]
1027           
1028    def MakeRBThermals(rbKey,phaseVary,phaseDict):
1029        rbid = str(rbids.index(RB['RBId']))
1030        tlstr = ['11','22','33','12','13','23']
1031        sstr = ['12','13','21','23','31','32','AA','BB']
1032        if 'T' in RB['ThermalMotion'][0]:
1033            pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'T'
1034            for i in range(6):
1035                name = pfxRB+tlstr[i]+':'+str(iRB)+':'+rbid
1036                phaseDict[name] = RB['ThermalMotion'][1][i]
1037                if RB['ThermalMotion'][2][i]:
1038                    phaseVary += [name,]
1039        if 'L' in RB['ThermalMotion'][0]:
1040            pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'L'
1041            for i in range(6):
1042                name = pfxRB+tlstr[i]+':'+str(iRB)+':'+rbid
1043                phaseDict[name] = RB['ThermalMotion'][1][i+6]
1044                if RB['ThermalMotion'][2][i+6]:
1045                    phaseVary += [name,]
1046        if 'S' in RB['ThermalMotion'][0]:
1047            pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'S'
1048            for i in range(8):
1049                name = pfxRB+sstr[i]+':'+str(iRB)+':'+rbid
1050                phaseDict[name] = RB['ThermalMotion'][1][i+12]
1051                if RB['ThermalMotion'][2][i+12]:
1052                    phaseVary += [name,]
1053        if 'U' in RB['ThermalMotion'][0]:
1054            name = pfx+'RB'+rbKey+'U:'+str(iRB)+':'+rbid
1055            phaseDict[name] = RB['ThermalMotion'][1][0]
1056            if RB['ThermalMotion'][2][0]:
1057                phaseVary += [name,]
1058               
1059    def MakeRBTorsions(rbKey,phaseVary,phaseDict):
1060        rbid = str(rbids.index(RB['RBId']))
1061        pfxRB = pfx+'RB'+rbKey+'Tr;'
1062        for i,torsion in enumerate(RB['Torsions']):
1063            name = pfxRB+str(i)+':'+str(iRB)+':'+rbid
1064            phaseDict[name] = torsion[0]
1065            if torsion[1]:
1066                phaseVary += [name,]
1067                   
1068    if Print:
1069        print  >>pFile,'\n Phases:'
1070    phaseVary = []
1071    phaseDict = {}
1072    pawleyLookup = {}
1073    FFtables = {}                   #scattering factors - xrays
1074    MFtables = {}                   #Mag. form factors
1075    BLtables = {}                   # neutrons
1076    Natoms = {}
1077    maxSSwave = {}
1078    shModels = ['cylindrical','none','shear - 2/m','rolling - mmm']
1079    SamSym = dict(zip(shModels,['0','-1','2/m','mmm']))
1080    atomIndx = {}
1081    for name in PhaseData:
1082        General = PhaseData[name]['General']
1083        pId = PhaseData[name]['pId']
1084        pfx = str(pId)+'::'
1085        FFtable = G2el.GetFFtable(General['AtomTypes'])
1086        BLtable = G2el.GetBLtable(General)
1087        FFtables.update(FFtable)
1088        BLtables.update(BLtable)
1089        phaseDict[pfx+'isMag'] = False
1090        SGData = General['SGData']
1091        SGtext,SGtable = G2spc.SGPrint(SGData)
1092        if General['Type'] == 'magnetic':
1093            MFtable = G2el.GetMFtable(General['AtomTypes'],General['Lande g'])
1094            MFtables.update(MFtable)
1095            phaseDict[pfx+'isMag'] = True
1096            SpnFlp = SGData['SpnFlp']
1097        Atoms = PhaseData[name]['Atoms']
1098        if Atoms and not General.get('doPawley'):
1099            cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1100            AtLookup = G2mth.FillAtomLookUp(Atoms,cia+8)
1101        PawleyRef = PhaseData[name].get('Pawley ref',[])
1102        cell = General['Cell']
1103        A = G2lat.cell2A(cell[1:7])
1104        phaseDict.update({pfx+'A0':A[0],pfx+'A1':A[1],pfx+'A2':A[2],
1105            pfx+'A3':A[3],pfx+'A4':A[4],pfx+'A5':A[5],pfx+'Vol':G2lat.calc_V(A)})
1106        if cell[0]:
1107            phaseVary += cellVary(pfx,SGData)       #also fills in symmetry required constraints
1108        SSGtext = []    #no superstructure
1109        im = 0
1110        if General.get('Modulated',False):
1111            im = 1      #refl offset
1112            Vec,vRef,maxH = General['SuperVec']
1113            phaseDict.update({pfx+'mV0':Vec[0],pfx+'mV1':Vec[1],pfx+'mV2':Vec[2]})
1114            SSGData = General['SSGData']
1115            SSGtext,SSGtable = G2spc.SSGPrint(SGData,SSGData)
1116            if vRef:
1117                phaseVary += modVary(pfx,SSGData)       
1118        resRBData = PhaseData[name]['RBModels'].get('Residue',[])
1119        if resRBData:
1120            rbids = rbIds['Residue']    #NB: used in the MakeRB routines
1121            for iRB,RB in enumerate(resRBData):
1122                MakeRBParms('R',phaseVary,phaseDict)
1123                MakeRBThermals('R',phaseVary,phaseDict)
1124                MakeRBTorsions('R',phaseVary,phaseDict)
1125       
1126        vecRBData = PhaseData[name]['RBModels'].get('Vector',[])
1127        if vecRBData:
1128            rbids = rbIds['Vector']    #NB: used in the MakeRB routines
1129            for iRB,RB in enumerate(vecRBData):
1130                MakeRBParms('V',phaseVary,phaseDict)
1131                MakeRBThermals('V',phaseVary,phaseDict)
1132                   
1133        Natoms[pfx] = 0
1134        maxSSwave[pfx] = {'Sfrac':0,'Spos':0,'Sadp':0,'Smag':0}
1135        if Atoms and not General.get('doPawley'):
1136            cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1137            Natoms[pfx] = len(Atoms)
1138            for i,at in enumerate(Atoms):
1139                atomIndx[at[cia+8]] = [pfx,i]      #lookup table for restraints
1140                phaseDict.update({pfx+'Atype:'+str(i):at[ct],pfx+'Afrac:'+str(i):at[cx+3],pfx+'Amul:'+str(i):at[cs+1],
1141                    pfx+'Ax:'+str(i):at[cx],pfx+'Ay:'+str(i):at[cx+1],pfx+'Az:'+str(i):at[cx+2],
1142                    pfx+'dAx:'+str(i):0.,pfx+'dAy:'+str(i):0.,pfx+'dAz:'+str(i):0.,         #refined shifts for x,y,z
1143                    pfx+'AI/A:'+str(i):at[cia],})
1144                if at[cia] == 'I':
1145                    phaseDict[pfx+'AUiso:'+str(i)] = at[cia+1]
1146                else:
1147                    phaseDict.update({pfx+'AU11:'+str(i):at[cia+2],pfx+'AU22:'+str(i):at[cia+3],pfx+'AU33:'+str(i):at[cia+4],
1148                        pfx+'AU12:'+str(i):at[cia+5],pfx+'AU13:'+str(i):at[cia+6],pfx+'AU23:'+str(i):at[cia+7]})
1149                if General['Type'] == 'magnetic':
1150                    phaseDict.update({pfx+'AMx:'+str(i):at[cx+4],pfx+'AMy:'+str(i):at[cx+5],pfx+'AMz:'+str(i):at[cx+6]})
1151                if 'F' in at[ct+1]:
1152                    phaseVary.append(pfx+'Afrac:'+str(i))
1153                if 'X' in at[ct+1]:
1154                    try:    #patch for sytsym name changes
1155                        xId,xCoef = G2spc.GetCSxinel(at[cs])
1156                    except KeyError:
1157                        Sytsym = G2spc.SytSym(at[cx:cx+3],SGData)[0]
1158                        at[cs] = Sytsym
1159                        xId,xCoef = G2spc.GetCSxinel(at[cs])
1160                    xId,xCoef = G2spc.GetCSxinel(at[cs])
1161                    names = [pfx+'dAx:'+str(i),pfx+'dAy:'+str(i),pfx+'dAz:'+str(i)]
1162                    equivs = [[],[],[]]
1163                    for j in range(3):
1164                        if xId[j] > 0:                               
1165                            phaseVary.append(names[j])
1166                            equivs[xId[j]-1].append([names[j],xCoef[j]])
1167                    for equiv in equivs:
1168                        if len(equiv) > 1:
1169                            name = equiv[0][0]
1170                            coef = equiv[0][1]
1171                            for eqv in equiv[1:]:
1172                                eqv[1] /= coef
1173                                G2mv.StoreEquivalence(name,(eqv,))
1174                if 'U' in at[ct+1]:
1175                    if at[cia] == 'I':
1176                        phaseVary.append(pfx+'AUiso:'+str(i))
1177                    else:
1178                        try:    #patch for sytsym name changes
1179                            uId,uCoef = G2spc.GetCSuinel(at[cs])[:2]
1180                        except KeyError:
1181                            Sytsym = G2spc.SytSym(at[cx:cx+3],SGData)[0]
1182                            at[cs] = Sytsym
1183                            uId,uCoef = G2spc.GetCSuinel(at[cs])[:2]
1184                        uId,uCoef = G2spc.GetCSuinel(at[cs])[:2]
1185                        names = [pfx+'AU11:'+str(i),pfx+'AU22:'+str(i),pfx+'AU33:'+str(i),
1186                            pfx+'AU12:'+str(i),pfx+'AU13:'+str(i),pfx+'AU23:'+str(i)]
1187                        equivs = [[],[],[],[],[],[]]
1188                        for j in range(6):
1189                            if uId[j] > 0:                               
1190                                phaseVary.append(names[j])
1191                                equivs[uId[j]-1].append([names[j],uCoef[j]])
1192                        for equiv in equivs:
1193                            if len(equiv) > 1:
1194                                name = equiv[0][0]
1195                                coef = equiv[0][1]
1196                                for eqv in equiv[1:]:
1197                                    eqv[1] /= coef
1198                                G2mv.StoreEquivalence(name,equiv[1:])
1199                if 'M' in at[ct+1]:
1200                    SytSym,Mul,Nop,dupDir = G2spc.SytSym(at[cx:cx+3],SGData)
1201                    mId,mCoef = G2spc.GetCSpqinel(SytSym,SpnFlp,dupDir)
1202                    names = [pfx+'AMx:'+str(i),pfx+'AMy:'+str(i),pfx+'AMz:'+str(i)]
1203                    equivs = [[],[],[]]
1204                    for j in range(3):
1205                        if mId[j] > 0:
1206                            phaseVary.append(names[j])
1207                            equivs[mId[j]-1].append([names[j],mCoef[j]])
1208                    for equiv in equivs:
1209                        if len(equiv) > 1:
1210                            name = equiv[0][0]
1211                            coef = equiv[0][1]
1212                            for eqv in equiv[1:]:
1213                                eqv[1] /= coef
1214                                G2mv.StoreEquivalence(name,(eqv,))
1215                if General.get('Modulated',False):
1216                    AtomSS = at[-1]['SS1']
1217                    waveType = AtomSS['waveType']
1218                    phaseDict[pfx+'waveType:'+str(i)] = waveType
1219                    for Stype in ['Sfrac','Spos','Sadp','Smag']:
1220                        Waves = AtomSS[Stype]
1221                        nx = 0
1222                        for iw,wave in enumerate(Waves):
1223                            if not iw:
1224                                if waveType in ['ZigZag','Block']:
1225                                    nx = 1
1226                                CSI = G2spc.GetSSfxuinel(waveType,1,at[cx:cx+3],SGData,SSGData)
1227                            else:
1228                                CSI = G2spc.GetSSfxuinel('Fourier',iw+1-nx,at[cx:cx+3],SGData,SSGData)
1229                            uId,uCoef = CSI[Stype]
1230                            stiw = str(i)+':'+str(iw)
1231                            if Stype == 'Spos':
1232                                if waveType in ['ZigZag','Block',] and not iw:
1233                                    names = [pfx+'Tmin:'+stiw,pfx+'Tmax:'+stiw,pfx+'Xmax:'+stiw,pfx+'Ymax:'+stiw,pfx+'Zmax:'+stiw]
1234                                    equivs = [[],[], [],[],[]]
1235                                else:
1236                                    names = [pfx+'Xsin:'+stiw,pfx+'Ysin:'+stiw,pfx+'Zsin:'+stiw,
1237                                        pfx+'Xcos:'+stiw,pfx+'Ycos:'+stiw,pfx+'Zcos:'+stiw]
1238                                    equivs = [[],[],[], [],[],[]]
1239                            elif Stype == 'Sadp':
1240                                names = [pfx+'U11sin:'+stiw,pfx+'U22sin:'+stiw,pfx+'U33sin:'+stiw,
1241                                    pfx+'U12sin:'+stiw,pfx+'U13sin:'+stiw,pfx+'U23sin:'+stiw,
1242                                    pfx+'U11cos:'+stiw,pfx+'U22cos:'+stiw,pfx+'U33cos:'+stiw,
1243                                    pfx+'U12cos:'+stiw,pfx+'U13cos:'+stiw,pfx+'U23cos:'+stiw]
1244                                equivs = [[],[],[],[],[],[], [],[],[],[],[],[]]
1245                            elif Stype == 'Sfrac':
1246                                equivs = [[],[]]
1247                                if 'Crenel' in waveType and not iw:
1248                                    names = [pfx+'Fzero:'+stiw,pfx+'Fwid:'+stiw]
1249                                else:
1250                                    names = [pfx+'Fsin:'+stiw,pfx+'Fcos:'+stiw]
1251                            elif Stype == 'Smag':
1252                                equivs = [[],[],[], [],[],[]]
1253                                names = [pfx+'MXsin:'+stiw,pfx+'MYsin:'+stiw,pfx+'MZsin:'+stiw,
1254                                    pfx+'MXcos:'+stiw,pfx+'MYcos:'+stiw,pfx+'MZcos:'+stiw]
1255                            phaseDict.update(dict(zip(names,wave[0])))
1256                            if wave[1]: #what do we do here for multiple terms in modulation constraints?
1257                                for j in range(len(equivs)):
1258                                    if uId[j][0] > 0:                               
1259                                        phaseVary.append(names[j])
1260                                        equivs[uId[j][0]-1].append([names[j],uCoef[j][0]])
1261                                for equiv in equivs:
1262                                    if len(equiv) > 1:
1263                                        name = equiv[0][0]
1264                                        coef = equiv[0][1]
1265                                        for eqv in equiv[1:]:
1266                                            eqv[1] /= coef
1267                                        G2mv.StoreEquivalence(name,equiv[1:])
1268                            maxSSwave[pfx][Stype] = max(maxSSwave[pfx][Stype],iw+1)
1269            textureData = General['SH Texture']
1270            if textureData['Order'] and not seqRef:
1271                phaseDict[pfx+'SHorder'] = textureData['Order']
1272                phaseDict[pfx+'SHmodel'] = SamSym[textureData['Model']]
1273                for item in ['omega','chi','phi']:
1274                    phaseDict[pfx+'SH '+item] = textureData['Sample '+item][1]
1275                    if textureData['Sample '+item][0]:
1276                        phaseVary.append(pfx+'SH '+item)
1277                for item in textureData['SH Coeff'][1]:
1278                    phaseDict[pfx+item] = textureData['SH Coeff'][1][item]
1279                    if textureData['SH Coeff'][0]:
1280                        phaseVary.append(pfx+item)
1281               
1282            if Print:
1283                print >>pFile,'\n Phase name: ',General['Name']
1284                print >>pFile,135*'='
1285                PrintFFtable(FFtable)
1286                PrintBLtable(BLtable)
1287                if General['Type'] == 'magnetic':
1288                    PrintMFtable(MFtable)
1289                print >>pFile,''
1290                #how do we print magnetic symmetry table? TBD
1291                if len(SSGtext):    #if superstructure
1292                    for line in SSGtext: print >>pFile,line
1293                    if len(SSGtable):
1294                        for item in SSGtable:
1295                            line = ' %s '%(item)
1296                            print >>pFile,line   
1297                    else:
1298                        print >>pFile,' ( 1)    %s'%(SSGtable[0])
1299                else:
1300                    for line in SGtext: print >>pFile,line
1301                    if len(SGtable):
1302                        for item in SGtable:
1303                            line = ' %s '%(item)
1304                            print >>pFile,line   
1305                    else:
1306                        print >>pFile,' ( 1)    %s'%(SGtable[0])
1307                PrintRBObjects(resRBData,vecRBData)
1308                PrintAtoms(General,Atoms)
1309                if General['Type'] == 'magnetic':
1310                    PrintMoments(General,Atoms)
1311                if General.get('Modulated',False):
1312                    PrintWaves(General,Atoms)
1313                print >>pFile,'\n Unit cell: a = %.5f'%(cell[1]),' b = %.5f'%(cell[2]),' c = %.5f'%(cell[3]), \
1314                    ' alpha = %.3f'%(cell[4]),' beta = %.3f'%(cell[5]),' gamma = %.3f'%(cell[6]), \
1315                    ' volume = %.3f'%(cell[7]),' Refine?',cell[0]
1316                if len(SSGtext):    #if superstructure
1317                    print >>pFile,'\n Modulation vector: mV0 = %.4f'%(Vec[0]),' mV1 = %.4f'%(Vec[1]),   \
1318                        ' mV2 = %.4f'%(Vec[2]),' max mod. index = %d'%(maxH),' Refine?',vRef
1319                if not seqRef:
1320                    PrintTexture(textureData)
1321                if name in RestraintDict:
1322                    PrintRestraints(cell[1:7],SGData,General['AtomPtrs'],Atoms,AtLookup,
1323                        textureData,RestraintDict[name],pFile)
1324                   
1325        elif PawleyRef:
1326            if Print:
1327                print >>pFile,'\n Phase name: ',General['Name']
1328                print >>pFile,135*'='
1329                print >>pFile,''
1330                if len(SSGtext):    #if superstructure
1331                    for line in SSGtext: print >>pFile,line
1332                    if len(SSGtable):
1333                        for item in SSGtable:
1334                            line = ' %s '%(item)
1335                            print >>pFile,line   
1336                    else:
1337                        print >>pFile,' ( 1)    %s'%(SSGtable[0])
1338                else:
1339                    for line in SGtext: print >>pFile,line
1340                    if len(SGtable):
1341                        for item in SGtable:
1342                            line = ' %s '%(item)
1343                            print >>pFile,line   
1344                    else:
1345                        print >>pFile,' ( 1)    %s'%(SGtable[0])
1346                print >>pFile,'\n Unit cell: a = %.5f'%(cell[1]),' b = %.5f'%(cell[2]),' c = %.5f'%(cell[3]), \
1347                    ' alpha = %.3f'%(cell[4]),' beta = %.3f'%(cell[5]),' gamma = %.3f'%(cell[6]), \
1348                    ' volume = %.3f'%(cell[7]),' Refine?',cell[0]
1349                if len(SSGtext):    #if superstructure
1350                    print >>pFile,'\n Modulation vector: mV0 = %.4f'%(Vec[0]),' mV1 = %.4f'%(Vec[1]),   \
1351                        ' mV2 = %.4f'%(Vec[2]),' max mod. index = %d'%(maxH),' Refine?',vRef
1352            pawleyVary = []
1353            for i,refl in enumerate(PawleyRef):
1354                phaseDict[pfx+'PWLref:'+str(i)] = refl[6+im]
1355                if im:
1356                    pawleyLookup[pfx+'%d,%d,%d,%d'%(refl[0],refl[1],refl[2],refl[3])] = i
1357                else:
1358                    pawleyLookup[pfx+'%d,%d,%d'%(refl[0],refl[1],refl[2])] = i
1359                if refl[5+im]:
1360                    pawleyVary.append(pfx+'PWLref:'+str(i))
1361            GetPawleyConstr(SGData['SGLaue'],PawleyRef,im,pawleyVary)      #does G2mv.StoreEquivalence
1362            phaseVary += pawleyVary
1363               
1364    return Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtables,BLtables,MFtables,maxSSwave
1365   
1366def cellFill(pfx,SGData,parmDict,sigDict): 
1367    '''Returns the filled-out reciprocal cell (A) terms and their uncertainties
1368    from the parameter and sig dictionaries.
1369
1370    :param str pfx: parameter prefix ("n::", where n is a phase number)
1371    :param dict SGdata: a symmetry object
1372    :param dict parmDict: a dictionary of parameters
1373    :param dict sigDict:  a dictionary of uncertainties on parameters
1374
1375    :returns: A,sigA where each is a list of six terms with the A terms
1376    '''
1377    if SGData['SGLaue'] in ['-1',]:
1378        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A1'],parmDict[pfx+'A2'],
1379            parmDict[pfx+'A3'],parmDict[pfx+'A4'],parmDict[pfx+'A5']]
1380    elif SGData['SGLaue'] in ['2/m',]:
1381        if SGData['SGUniq'] == 'a':
1382            A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A1'],parmDict[pfx+'A2'],
1383                0,0,parmDict[pfx+'A5']]
1384        elif SGData['SGUniq'] == 'b':
1385            A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A1'],parmDict[pfx+'A2'],
1386                0,parmDict[pfx+'A4'],0]
1387        else:
1388            A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A1'],parmDict[pfx+'A2'],
1389                parmDict[pfx+'A3'],0,0]
1390    elif SGData['SGLaue'] in ['mmm',]:
1391        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A1'],parmDict[pfx+'A2'],0,0,0]
1392    elif SGData['SGLaue'] in ['4/m','4/mmm']:
1393        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A2'],0,0,0]
1394    elif SGData['SGLaue'] in ['6/m','6/mmm','3m1', '31m', '3']:
1395        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A2'],
1396            parmDict[pfx+'A0'],0,0]
1397    elif SGData['SGLaue'] in ['3R', '3mR']:
1398        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],
1399            parmDict[pfx+'A3'],parmDict[pfx+'A3'],parmDict[pfx+'A3']]
1400    elif SGData['SGLaue'] in ['m3m','m3']:
1401        A = [parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],parmDict[pfx+'A0'],0,0,0]
1402
1403    try:
1404        if SGData['SGLaue'] in ['-1',]:
1405            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],sigDict[pfx+'A1'],sigDict[pfx+'A2'],
1406                sigDict[pfx+'A3'],sigDict[pfx+'A4'],sigDict[pfx+'A5']]
1407        elif SGData['SGLaue'] in ['2/m',]:
1408            if SGData['SGUniq'] == 'a':
1409                sigA = [sigDict[pfx+'A0'],sigDict[pfx+'A1'],sigDict[pfx+'A2'],
1410                    0,0,sigDict[pfx+'A5']]
1411            elif SGData['SGUniq'] == 'b':
1412                sigA = [sigDict[pfx+'A0'],sigDict[pfx+'A1'],sigDict[pfx+'A2'],
1413                    0,sigDict[pfx+'A4'],0]
1414            else:
1415                sigA = [sigDict[pfx+'A0'],sigDict[pfx+'A1'],sigDict[pfx+'A2'],
1416                    sigDict[pfx+'A3'],0,0]
1417        elif SGData['SGLaue'] in ['mmm',]:
1418            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],sigDict[pfx+'A1'],sigDict[pfx+'A2'],0,0,0]
1419        elif SGData['SGLaue'] in ['4/m','4/mmm']:
1420            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],0,sigDict[pfx+'A2'],0,0,0]
1421        elif SGData['SGLaue'] in ['6/m','6/mmm','3m1', '31m', '3']:
1422            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],0,sigDict[pfx+'A2'],0,0,0]
1423        elif SGData['SGLaue'] in ['3R', '3mR']:
1424            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],0,0,sigDict[pfx+'A3'],0,0]
1425        elif SGData['SGLaue'] in ['m3m','m3']:
1426            sigA = [sigDict[pfx+'A0'],0,0,0,0,0]
1427    except KeyError:
1428        sigA = [0,0,0,0,0,0]
1429    return A,sigA
1430       
1431def PrintRestraints(cell,SGData,AtPtrs,Atoms,AtLookup,textureData,phaseRest,pFile):
1432    'needs a doc string'
1433    if phaseRest:
1434        Amat = G2lat.cell2AB(cell)[0]
1435        cx,ct,cs = AtPtrs[:3]
1436        names = [['Bond','Bonds'],['Angle','Angles'],['Plane','Planes'],
1437            ['Chiral','Volumes'],['Torsion','Torsions'],['Rama','Ramas'],
1438            ['ChemComp','Sites'],['Texture','HKLs']]
1439        for name,rest in names:
1440            itemRest = phaseRest[name]
1441            if itemRest[rest] and itemRest['Use']:
1442                print >>pFile,'\n  %s %10.3f Use: %s'%(name+' restraint weight factor',itemRest['wtFactor'],str(itemRest['Use']))
1443                if name in ['Bond','Angle','Plane','Chiral']:
1444                    print >>pFile,'     calc       obs      sig   delt/sig  atoms(symOp): '
1445                    for indx,ops,obs,esd in itemRest[rest]:
1446                        try:
1447                            AtNames = G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,ct-1)
1448                            AtName = ''
1449                            for i,Aname in enumerate(AtNames):
1450                                AtName += Aname
1451                                if ops[i] == '1':
1452                                    AtName += '-'
1453                                else:
1454                                    AtName += '+('+ops[i]+')-'
1455                            XYZ = np.array(G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,cx,3))
1456                            XYZ = G2mth.getSyXYZ(XYZ,ops,SGData)
1457                            if name == 'Bond':
1458                                calc = G2mth.getRestDist(XYZ,Amat)
1459                            elif name == 'Angle':
1460                                calc = G2mth.getRestAngle(XYZ,Amat)
1461                            elif name == 'Plane':
1462                                calc = G2mth.getRestPlane(XYZ,Amat)
1463                            elif name == 'Chiral':
1464                                calc = G2mth.getRestChiral(XYZ,Amat)
1465                            print >>pFile,' %9.3f %9.3f %8.3f %8.3f   %s'%(calc,obs,esd,(obs-calc)/esd,AtName[:-1])
1466                        except KeyError:
1467                            del itemRest[rest]
1468                elif name in ['Torsion','Rama']:
1469                    print >>pFile,'  atoms(symOp)  calc  obs  sig  delt/sig  torsions: '
1470                    coeffDict = itemRest['Coeff']
1471                    for indx,ops,cofName,esd in itemRest[rest]:
1472                        AtNames = G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,ct-1)
1473                        AtName = ''
1474                        for i,Aname in enumerate(AtNames):
1475                            AtName += Aname+'+('+ops[i]+')-'
1476                        XYZ = np.array(G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,cx,3))
1477                        XYZ = G2mth.getSyXYZ(XYZ,ops,SGData)
1478                        if name == 'Torsion':
1479                            tor = G2mth.getRestTorsion(XYZ,Amat)
1480                            restr,calc = G2mth.calcTorsionEnergy(tor,coeffDict[cofName])
1481                            print >>pFile,' %8.3f %8.3f %.3f %8.3f %8.3f %s'%(calc,obs,esd,(obs-calc)/esd,tor,AtName[:-1])
1482                        else:
1483                            phi,psi = G2mth.getRestRama(XYZ,Amat)
1484                            restr,calc = G2mth.calcRamaEnergy(phi,psi,coeffDict[cofName])                               
1485                            print >>pFile,' %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %8.3f %s'%(calc,obs,esd,(obs-calc)/esd,phi,psi,AtName[:-1])
1486                elif name == 'ChemComp':
1487                    print >>pFile,'     atoms   mul*frac  factor     prod'
1488                    for indx,factors,obs,esd in itemRest[rest]:
1489                        try:
1490                            atoms = G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,ct-1)
1491                            mul = np.array(G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,cs+1))
1492                            frac = np.array(G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookup,indx,cs-1))
1493                            mulfrac = mul*frac
1494                            calcs = mul*frac*factors
1495                            for iatm,[atom,mf,fr,clc] in enumerate(zip(atoms,mulfrac,factors,calcs)):
1496                                print >>pFile,' %10s %8.3f %8.3f %8.3f'%(atom,mf,fr,clc)
1497                            print >>pFile,' Sum:                   calc: %8.3f obs: %8.3f esd: %8.3f'%(np.sum(calcs),obs,esd)
1498                        except KeyError:
1499                            del itemRest[rest]
1500                elif name == 'Texture' and textureData['Order']:
1501                    Start = False
1502                    SHCoef = textureData['SH Coeff'][1]
1503                    shModels = ['cylindrical','none','shear - 2/m','rolling - mmm']
1504                    SamSym = dict(zip(shModels,['0','-1','2/m','mmm']))
1505                    print '    HKL  grid  neg esd  sum neg  num neg use unit?  unit esd  '
1506                    for hkl,grid,esd1,ifesd2,esd2 in itemRest[rest]:
1507                        phi,beta = G2lat.CrsAng(np.array(hkl),cell,SGData)
1508                        ODFln = G2lat.Flnh(Start,SHCoef,phi,beta,SGData)
1509                        R,P,Z = G2mth.getRestPolefig(ODFln,SamSym[textureData['Model']],grid)
1510                        Z = ma.masked_greater(Z,0.0)
1511                        num = ma.count(Z)
1512                        sum = 0
1513                        if num:
1514                            sum = np.sum(Z)
1515                        print '   %d %d %d  %d %8.3f %8.3f %8d   %s    %8.3f'%(hkl[0],hkl[1],hkl[2],grid,esd1,sum,num,str(ifesd2),esd2)
1516       
1517def getCellEsd(pfx,SGData,A,covData):
1518    'needs a doc string'
1519    dpr = 180./np.pi
1520    rVsq = G2lat.calc_rVsq(A)
1521    G,g = G2lat.A2Gmat(A)       #get recip. & real metric tensors
1522    cell = np.array(G2lat.Gmat2cell(g))   #real cell
1523    cellst = np.array(G2lat.Gmat2cell(G)) #recip. cell
1524    scos = cosd(cellst[3:6])
1525    ssin = sind(cellst[3:6])
1526    scot = scos/ssin
1527    rcos = cosd(cell[3:6])
1528    rsin = sind(cell[3:6])
1529    rcot = rcos/rsin
1530    RMnames = [pfx+'A0',pfx+'A1',pfx+'A2',pfx+'A3',pfx+'A4',pfx+'A5']
1531    varyList = covData['varyList']
1532    covMatrix = covData['covMatrix']
1533    vcov = G2mth.getVCov(RMnames,varyList,covMatrix)
1534    Ax = np.array(A)
1535    Ax[3:] /= 2.
1536    drVdA = np.array([
1537        Ax[1]*Ax[2]-Ax[5]**2,
1538        Ax[0]*Ax[2]-Ax[4]**2,
1539        Ax[0]*Ax[1]-Ax[3]**2,
1540        Ax[4]*Ax[5]-Ax[2]*Ax[3],
1541        Ax[3]*Ax[5]-Ax[1]*Ax[4],
1542        Ax[3]*Ax[4]-Ax[0]*Ax[5]])
1543    srcvlsq = np.inner(drVdA,np.inner(drVdA,vcov))
1544    Vol = 1/np.sqrt(rVsq)
1545    sigVol = Vol**3*np.sqrt(srcvlsq)/2.         #ok - checks with GSAS
1546   
1547    if SGData['SGLaue'] in ['3', '3m1', '31m', '6/m', '6/mmm']:
1548        vcov[1,1] = vcov[3,3] = vcov[0,0]
1549        vcov[1,2] = vcov[2,1] = vcov[3,1] = vcov[1,3] = vcov[2,3] = vcov[3,2] = vcov[0,2]
1550        vcov[0,1] = vcov[1,0] = vcov[0,3] = vcov[3,0] = 1.0
1551    R123 = Ax[0]*Ax[1]*Ax[2]
1552    dsasdg = np.zeros((3,6))
1553    dadg = np.zeros((6,6))
1554    for i0 in range(3):         #0  1   2
1555        i1 = (i0+1)%3           #1  2   0
1556        i2 = (i1+1)%3           #2  0   1
1557        i3 = 5-i2               #3  5   4
1558        i4 = 5-i1               #4  3   5
1559        i5 = 5-i0               #5  4   3
1560        dsasdg[i0][i1] = 0.5*scot[i0]*scos[i0]/Ax[i1]
1561        dsasdg[i0][i2] = 0.5*scot[i0]*scos[i0]/Ax[i2]
1562        dsasdg[i0][i5] = -scot[i0]/np.sqrt(Ax[i1]*Ax[i2])
1563        denmsq = Ax[i0]*(R123-Ax[i1]*Ax[i4]**2-Ax[i2]*Ax[i3]**2+(Ax[i4]*Ax[i3])**2)
1564        denom = np.sqrt(denmsq)
1565        dadg[i5][i0] = -Ax[i5]/denom-rcos[i0]/denmsq*(R123-0.5*Ax[i1]*Ax[i4]**2-0.5*Ax[i2]*Ax[i3]**2)
1566        dadg[i5][i1] = -0.5*rcos[i0]/denmsq*(Ax[i0]**2*Ax[i2]-Ax[i0]*Ax[i4]**2)
1567        dadg[i5][i2] = -0.5*rcos[i0]/denmsq*(Ax[i0]**2*Ax[i1]-Ax[i0]*Ax[i3]**2)
1568        dadg[i5][i3] = Ax[i4]/denom+rcos[i0]/denmsq*(Ax[i0]*Ax[i2]*Ax[i3]-Ax[i3]*Ax[i4]**2)
1569        dadg[i5][i4] = Ax[i3]/denom+rcos[i0]/denmsq*(Ax[i0]*Ax[i1]*Ax[i4]-Ax[i3]**2*Ax[i4])
1570        dadg[i5][i5] = -Ax[i0]/denom
1571    for i0 in range(3):
1572        i1 = (i0+1)%3
1573        i2 = (i1+1)%3
1574        i3 = 5-i2
1575        for ij in range(6):
1576            dadg[i0][ij] = cell[i0]*(rcot[i2]*dadg[i3][ij]/rsin[i2]-dsasdg[i1][ij]/ssin[i1])
1577            if ij == i0:
1578                dadg[i0][ij] = dadg[i0][ij]-0.5*cell[i0]/Ax[i0]
1579            dadg[i3][ij] = -dadg[i3][ij]*rsin[2-i0]*dpr
1580#    GSASIIpath.IPyBreak()
1581    sigMat = np.inner(dadg,np.inner(dadg,vcov))
1582    var = np.diag(sigMat)
1583    CS = np.where(var>0.,np.sqrt(var),0.)
1584    return [CS[0],CS[1],CS[2],CS[5],CS[4],CS[3],sigVol]
1585   
1586def SetPhaseData(parmDict,sigDict,Phases,RBIds,covData,RestraintDict=None,pFile=None):
1587    'needs a doc string'
1588   
1589    def PrintAtomsAndSig(General,Atoms,atomsSig):
1590        print >>pFile,'\n Atoms:'
1591        line = '   name      x         y         z      frac   Uiso     U11     U22     U33     U12     U13     U23'
1592        if General['Type'] == 'macromolecular':
1593            line = ' res no residue chain '+line
1594        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1595        print >>pFile,line
1596        print >>pFile,135*'-'
1597        fmt = {0:'%7s',ct:'%7s',cx:'%10.5f',cx+1:'%10.5f',cx+2:'%10.5f',cx+3:'%8.3f',cia+1:'%8.5f',
1598            cia+2:'%8.5f',cia+3:'%8.5f',cia+4:'%8.5f',cia+5:'%8.5f',cia+6:'%8.5f',cia+7:'%8.5f'}
1599        noFXsig = {cx:[10*' ','%10s'],cx+1:[10*' ','%10s'],cx+2:[10*' ','%10s'],cx+3:[8*' ','%8s']}
1600        for atyp in General['AtomTypes']:       #zero composition
1601            General['NoAtoms'][atyp] = 0.
1602        for i,at in enumerate(Atoms):
1603            General['NoAtoms'][at[ct]] += at[cx+3]*float(at[cx+5])     #new composition
1604            if General['Type'] == 'macromolecular':
1605                name = ' %s %s %s %s:'%(at[0],at[1],at[2],at[3])
1606                valstr = ' values:          '
1607                sigstr = ' sig   :          '
1608            else:
1609                name = fmt[0]%(at[ct-1])+fmt[1]%(at[ct])+':'
1610                valstr = ' values:'
1611                sigstr = ' sig   :'
1612            for ind in range(cx,cx+4):
1613                sigind = str(i)+':'+str(ind)
1614                valstr += fmt[ind]%(at[ind])                   
1615                if sigind in atomsSig:
1616                    sigstr += fmt[ind]%(atomsSig[sigind])
1617                else:
1618                    sigstr += noFXsig[ind][1]%(noFXsig[ind][0])
1619            if at[cia] == 'I':
1620                valstr += fmt[cia+1]%(at[cia+1])
1621                if '%d:%d'%(i,cia+1) in atomsSig:
1622                    sigstr += fmt[cia+1]%(atomsSig['%d:%d'%(i,cia+1)])
1623                else:
1624                    sigstr += 8*' '
1625            else:
1626                valstr += 8*' '
1627                sigstr += 8*' '
1628                for ind in range(cia+2,cia+8):
1629                    sigind = str(i)+':'+str(ind)
1630                    valstr += fmt[ind]%(at[ind])
1631                    if sigind in atomsSig:                       
1632                        sigstr += fmt[ind]%(atomsSig[sigind])
1633                    else:
1634                        sigstr += 8*' '
1635            print >>pFile,name
1636            print >>pFile,valstr
1637            print >>pFile,sigstr
1638           
1639    def PrintMomentsAndSig(General,Atoms,atomsSig):
1640        print >>pFile,'\n Magnetic Moments:'    #add magnitude & angle, etc.? TBD
1641        line = '   name      Mx        My        Mz'
1642        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1643        cmx = cx+4
1644        AtInfo = dict(zip(General['AtomTypes'],General['Lande g']))
1645        print >>pFile,line
1646        print >>pFile,135*'-'
1647        fmt = {0:'%7s',ct:'%7s',cmx:'%10.5f',cmx+1:'%10.5f',cmx+2:'%10.5f'}
1648        noFXsig = {cmx:[10*' ','%10s'],cmx+1:[10*' ','%10s'],cmx+2:[10*' ','%10s']}
1649        for i,at in enumerate(Atoms):
1650            if AtInfo[at[ct]]:
1651                name = fmt[0]%(at[ct-1])+fmt[1]%(at[ct])+':'
1652                valstr = ' values:'
1653                sigstr = ' sig   :'
1654                for ind in range(cmx,cmx+3):
1655                    sigind = str(i)+':'+str(ind)
1656                    valstr += fmt[ind]%(at[ind])                   
1657                    if sigind in atomsSig:
1658                        sigstr += fmt[ind]%(atomsSig[sigind])
1659                    else:
1660                        sigstr += noFXsig[ind][1]%(noFXsig[ind][0])
1661                print >>pFile,name
1662                print >>pFile,valstr
1663                print >>pFile,sigstr
1664           
1665    def PrintWavesAndSig(General,Atoms,wavesSig):
1666        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1667        print >>pFile,'\n Modulation waves'
1668        names = {'Sfrac':['Fsin','Fcos','Fzero','Fwid'],'Spos':['Xsin','Ysin','Zsin','Xcos','Ycos','Zcos','Tmin','Tmax','Xmax','Ymax','Zmax'],
1669            'Sadp':['U11sin','U22sin','U33sin','U12sin','U13sin','U23sin','U11cos','U22cos',
1670            'U33cos','U12cos','U13cos','U23cos'],'Smag':['MXsin','MYsin','MZsin','MXcos','MYcos','MZcos']}
1671        print >>pFile,135*'-'
1672        for i,at in enumerate(Atoms):
1673            AtomSS = at[-1]['SS1']
1674            waveType = AtomSS['waveType']
1675            for Stype in ['Sfrac','Spos','Sadp','Smag']:
1676                Waves = AtomSS[Stype]
1677                if len(Waves):
1678                    print >>pFile,' atom: %s, site sym: %s, type: %s wave type: %s:'    \
1679                        %(at[ct-1],at[cs],Stype,waveType)
1680                    for iw,wave in enumerate(Waves):
1681                        stiw = ':'+str(i)+':'+str(iw)
1682                        namstr = '  names :'
1683                        valstr = '  values:'
1684                        sigstr = '  esds  :'
1685                        if Stype == 'Spos':
1686                            nt = 6
1687                            ot = 0
1688                            if waveType in ['ZigZag','Block',] and not iw:
1689                                nt = 5
1690                                ot = 6
1691                            for j in range(nt):
1692                                name = names['Spos'][j+ot]
1693                                namstr += '%12s'%(name)
1694                                valstr += '%12.4f'%(wave[0][j])
1695                                if name+stiw in wavesSig:
1696                                    sigstr += '%12.4f'%(wavesSig[name+stiw])
1697                                else:
1698                                    sigstr += 12*' '
1699                        elif Stype == 'Sfrac':
1700                            ot = 0
1701                            if 'Crenel' in waveType and not iw:
1702                                ot = 2
1703                            for j in range(2):
1704                                name = names['Sfrac'][j+ot]
1705                                namstr += '%12s'%(names['Sfrac'][j+ot])
1706                                valstr += '%12.4f'%(wave[0][j])
1707                                if name+stiw in wavesSig:
1708                                    sigstr += '%12.4f'%(wavesSig[name+stiw])
1709                                else:
1710                                    sigstr += 12*' '
1711                        elif Stype == 'Sadp':
1712                            for j in range(12):
1713                                name = names['Sadp'][j]
1714                                namstr += '%10s'%(names['Sadp'][j])
1715                                valstr += '%10.6f'%(wave[0][j])
1716                                if name+stiw in wavesSig:
1717                                    sigstr += '%10.6f'%(wavesSig[name+stiw])
1718                                else:
1719                                    sigstr += 10*' '
1720                        elif Stype == 'Smag':
1721                            for j in range(6):
1722                                name = names['Smag'][j]
1723                                namstr += '%12s'%(names['Smag'][j])
1724                                valstr += '%12.4f'%(wave[0][j])
1725                                if name+stiw in wavesSig:
1726                                    sigstr += '%12.4f'%(wavesSig[name+stiw])
1727                                else:
1728                                    sigstr += 12*' '
1729                               
1730                    print >>pFile,namstr
1731                    print >>pFile,valstr
1732                    print >>pFile,sigstr
1733       
1734               
1735    def PrintRBObjPOAndSig(rbfx,rbsx):
1736        namstr = '  names :'
1737        valstr = '  values:'
1738        sigstr = '  esds  :'
1739        for i,px in enumerate(['Px:','Py:','Pz:']):
1740            name = pfx+rbfx+px+rbsx
1741            namstr += '%12s'%('Pos '+px[1])
1742            valstr += '%12.5f'%(parmDict[name])
1743            if name in sigDict:
1744                sigstr += '%12.5f'%(sigDict[name])
1745            else:
1746                sigstr += 12*' '
1747        for i,po in enumerate(['Oa:','Oi:','Oj:','Ok:']):
1748            name = pfx+rbfx+po+rbsx
1749            namstr += '%12s'%('Ori '+po[1])
1750            valstr += '%12.5f'%(parmDict[name])
1751            if name in sigDict:
1752                sigstr += '%12.5f'%(sigDict[name])
1753            else:
1754                sigstr += 12*' '
1755        print >>pFile,namstr
1756        print >>pFile,valstr
1757        print >>pFile,sigstr
1758       
1759    def PrintRBObjTLSAndSig(rbfx,rbsx,TLS):
1760        namstr = '  names :'
1761        valstr = '  values:'
1762        sigstr = '  esds  :'
1763        if 'N' not in TLS:
1764            print >>pFile,' Thermal motion:'
1765        if 'T' in TLS:
1766            for i,pt in enumerate(['T11:','T22:','T33:','T12:','T13:','T23:']):
1767                name = pfx+rbfx+pt+rbsx
1768                namstr += '%12s'%(pt[:3])
1769                valstr += '%12.5f'%(parmDict[name])
1770                if name in sigDict:
1771                    sigstr += '%12.5f'%(sigDict[name])
1772                else:
1773                    sigstr += 12*' '
1774            print >>pFile,namstr
1775            print >>pFile,valstr
1776            print >>pFile,sigstr
1777        if 'L' in TLS:
1778            namstr = '  names :'
1779            valstr = '  values:'
1780            sigstr = '  esds  :'
1781            for i,pt in enumerate(['L11:','L22:','L33:','L12:','L13:','L23:']):
1782                name = pfx+rbfx+pt+rbsx
1783                namstr += '%12s'%(pt[:3])
1784                valstr += '%12.3f'%(parmDict[name])
1785                if name in sigDict:
1786                    sigstr += '%12.3f'%(sigDict[name])
1787                else:
1788                    sigstr += 12*' '
1789            print >>pFile,namstr
1790            print >>pFile,valstr
1791            print >>pFile,sigstr
1792        if 'S' in TLS:
1793            namstr = '  names :'
1794            valstr = '  values:'
1795            sigstr = '  esds  :'
1796            for i,pt in enumerate(['S12:','S13:','S21:','S23:','S31:','S32:','SAA:','SBB:']):
1797                name = pfx+rbfx+pt+rbsx
1798                namstr += '%12s'%(pt[:3])
1799                valstr += '%12.4f'%(parmDict[name])
1800                if name in sigDict:
1801                    sigstr += '%12.4f'%(sigDict[name])
1802                else:
1803                    sigstr += 12*' '
1804            print >>pFile,namstr
1805            print >>pFile,valstr
1806            print >>pFile,sigstr
1807        if 'U' in TLS:
1808            name = pfx+rbfx+'U:'+rbsx
1809            namstr = '  names :'+'%12s'%('Uiso')
1810            valstr = '  values:'+'%12.5f'%(parmDict[name])
1811            if name in sigDict:
1812                sigstr = '  esds  :'+'%12.5f'%(sigDict[name])
1813            else:
1814                sigstr = '  esds  :'+12*' '
1815            print >>pFile,namstr
1816            print >>pFile,valstr
1817            print >>pFile,sigstr
1818       
1819    def PrintRBObjTorAndSig(rbsx):
1820        namstr = '  names :'
1821        valstr = '  values:'
1822        sigstr = '  esds  :'
1823        nTors = len(RBObj['Torsions'])
1824        if nTors:
1825            print >>pFile,' Torsions:'
1826            for it in range(nTors):
1827                name = pfx+'RBRTr;'+str(it)+':'+rbsx
1828                namstr += '%12s'%('Tor'+str(it))
1829                valstr += '%12.4f'%(parmDict[name])
1830                if name in sigDict:
1831                    sigstr += '%12.4f'%(sigDict[name])
1832            print >>pFile,namstr
1833            print >>pFile,valstr
1834            print >>pFile,sigstr
1835               
1836    def PrintSHtextureAndSig(textureData,SHtextureSig):
1837        print >>pFile,'\n Spherical harmonics texture: Order:' + str(textureData['Order'])
1838        names = ['omega','chi','phi']
1839        namstr = '  names :'
1840        ptstr =  '  values:'
1841        sigstr = '  esds  :'
1842        for name in names:
1843            namstr += '%12s'%(name)
1844            ptstr += '%12.3f'%(textureData['Sample '+name][1])
1845            if 'Sample '+name in SHtextureSig:
1846                sigstr += '%12.3f'%(SHtextureSig['Sample '+name])
1847            else:
1848                sigstr += 12*' '
1849        print >>pFile,namstr
1850        print >>pFile,ptstr
1851        print >>pFile,sigstr
1852        print >>pFile,'\n Texture coefficients:'
1853        SHcoeff = textureData['SH Coeff'][1]
1854        SHkeys = SHcoeff.keys()
1855        nCoeff = len(SHcoeff)
1856        nBlock = nCoeff/10+1
1857        iBeg = 0
1858        iFin = min(iBeg+10,nCoeff)
1859        for block in range(nBlock):
1860            namstr = '  names :'
1861            ptstr =  '  values:'
1862            sigstr = '  esds  :'
1863            for name in SHkeys[iBeg:iFin]:
1864                namstr += '%12s'%(name)
1865                ptstr += '%12.3f'%(SHcoeff[name])
1866                if name in SHtextureSig:
1867                    sigstr += '%12.3f'%(SHtextureSig[name])
1868                else:
1869                    sigstr += 12*' '
1870            print >>pFile,namstr
1871            print >>pFile,ptstr
1872            print >>pFile,sigstr
1873            iBeg += 10
1874            iFin = min(iBeg+10,nCoeff)
1875           
1876    print >>pFile,'\n Phases:'
1877    for phase in Phases:
1878        print >>pFile,' Result for phase: ',phase
1879        print >>pFile,135*'='
1880        Phase = Phases[phase]
1881        General = Phase['General']
1882        SGData = General['SGData']
1883        Atoms = Phase['Atoms']
1884        if Atoms and not General.get('doPawley'):
1885            cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1886            AtLookup = G2mth.FillAtomLookUp(Atoms,cia+8)
1887        cell = General['Cell']
1888        pId = Phase['pId']
1889        pfx = str(pId)+'::'
1890        if cell[0]:
1891            A,sigA = cellFill(pfx,SGData,parmDict,sigDict)
1892            cellSig = getCellEsd(pfx,SGData,A,covData)  #includes sigVol
1893            print >>pFile,' Reciprocal metric tensor: '
1894            ptfmt = "%15.9f"
1895            names = ['A11','A22','A33','A12','A13','A23']
1896            namstr = '  names :'
1897            ptstr =  '  values:'
1898            sigstr = '  esds  :'
1899            for name,a,siga in zip(names,A,sigA):
1900                namstr += '%15s'%(name)
1901                ptstr += ptfmt%(a)
1902                if siga:
1903                    sigstr += ptfmt%(siga)
1904                else:
1905                    sigstr += 15*' '
1906            print >>pFile,namstr
1907            print >>pFile,ptstr
1908            print >>pFile,sigstr
1909            cell[1:7] = G2lat.A2cell(A)
1910            cell[7] = G2lat.calc_V(A)
1911            print >>pFile,' New unit cell:'
1912            ptfmt = ["%12.6f","%12.6f","%12.6f","%12.4f","%12.4f","%12.4f","%12.3f"]
1913            names = ['a','b','c','alpha','beta','gamma','Volume']
1914            namstr = '  names :'
1915            ptstr =  '  values:'
1916            sigstr = '  esds  :'
1917            for name,fmt,a,siga in zip(names,ptfmt,cell[1:8],cellSig):
1918                namstr += '%12s'%(name)
1919                ptstr += fmt%(a)
1920                if siga:
1921                    sigstr += fmt%(siga)
1922                else:
1923                    sigstr += 12*' '
1924            print >>pFile,namstr
1925            print >>pFile,ptstr
1926            print >>pFile,sigstr
1927        ik = 6  #for Pawley stuff below
1928        if General.get('Modulated',False):
1929            ik = 7
1930            Vec,vRef,maxH = General['SuperVec']
1931            if vRef:
1932                print >>pFile,' New modulation vector:'
1933                namstr = '  names :'
1934                ptstr =  '  values:'
1935                sigstr = '  esds  :'
1936                for var in ['mV0','mV1','mV2']:
1937                    namstr += '%12s'%(pfx+var)
1938                    ptstr += '%12.6f'%(parmDict[pfx+var])
1939                    if pfx+var in sigDict:
1940                        sigstr += '%12.6f'%(sigDict[pfx+var])
1941                    else:
1942                        sigstr += 12*' '
1943                print >>pFile,namstr
1944                print >>pFile,ptstr
1945                print >>pFile,sigstr
1946           
1947        General['Mass'] = 0.
1948        if Phase['General'].get('doPawley'):
1949            pawleyRef = Phase['Pawley ref']
1950            for i,refl in enumerate(pawleyRef):
1951                key = pfx+'PWLref:'+str(i)
1952                refl[ik] = parmDict[key]
1953                if key in sigDict:
1954                    refl[ik+1] = sigDict[key]
1955                else:
1956                    refl[ik+1] = 0
1957        else:
1958            VRBIds = RBIds['Vector']
1959            RRBIds = RBIds['Residue']
1960            RBModels = Phase['RBModels']
1961            for irb,RBObj in enumerate(RBModels.get('Vector',[])):
1962                jrb = VRBIds.index(RBObj['RBId'])
1963                rbsx = str(irb)+':'+str(jrb)
1964                print >>pFile,' Vector rigid body parameters:'
1965                PrintRBObjPOAndSig('RBV',rbsx)
1966                PrintRBObjTLSAndSig('RBV',rbsx,RBObj['ThermalMotion'][0])
1967            for irb,RBObj in enumerate(RBModels.get('Residue',[])):
1968                jrb = RRBIds.index(RBObj['RBId'])
1969                rbsx = str(irb)+':'+str(jrb)
1970                print >>pFile,' Residue rigid body parameters:'
1971                PrintRBObjPOAndSig('RBR',rbsx)
1972                PrintRBObjTLSAndSig('RBR',rbsx,RBObj['ThermalMotion'][0])
1973                PrintRBObjTorAndSig(rbsx)
1974            atomsSig = {}
1975            wavesSig = {}
1976            cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
1977            for i,at in enumerate(Atoms):
1978                names = {cx:pfx+'Ax:'+str(i),cx+1:pfx+'Ay:'+str(i),cx+2:pfx+'Az:'+str(i),cx+3:pfx+'Afrac:'+str(i),
1979                    cia+1:pfx+'AUiso:'+str(i),cia+2:pfx+'AU11:'+str(i),cia+3:pfx+'AU22:'+str(i),cia+4:pfx+'AU33:'+str(i),
1980                    cia+5:pfx+'AU12:'+str(i),cia+6:pfx+'AU13:'+str(i),cia+7:pfx+'AU23:'+str(i),
1981                    cx+4:pfx+'AMx:'+str(i),cx+5:pfx+'AMy:'+str(i),cx+6:pfx+'AMz:'+str(i)}
1982                for ind in range(cx,cx+4):
1983                    at[ind] = parmDict[names[ind]]
1984                    if ind in range(cx,cx+3):
1985                        name = names[ind].replace('A','dA')
1986                    else:
1987                        name = names[ind]
1988                    if name in sigDict:
1989                        atomsSig[str(i)+':'+str(ind)] = sigDict[name]
1990                if at[cia] == 'I':
1991                    at[cia+1] = parmDict[names[cia+1]]
1992                    if names[cia+1] in sigDict:
1993                        atomsSig['%d:%d'%(i,cia+1)] = sigDict[names[cia+1]]
1994                else:
1995                    for ind in range(cia+2,cia+8):
1996                        at[ind] = parmDict[names[ind]]
1997                        if names[ind] in sigDict:
1998                            atomsSig[str(i)+':'+str(ind)] = sigDict[names[ind]]
1999                if General['Type'] == 'magnetic':
2000                    for ind in range(cx+4,cx+7):
2001                        at[ind] = parmDict[names[ind]]
2002                        if names[ind] in sigDict:
2003                            atomsSig[str(i)+':'+str(ind)] = sigDict[names[ind]]
2004                ind = General['AtomTypes'].index(at[ct])
2005                General['Mass'] += General['AtomMass'][ind]*at[cx+3]*at[cx+5]
2006                if General.get('Modulated',False):
2007                    AtomSS = at[-1]['SS1']
2008                    waveType = AtomSS['waveType']
2009                    for Stype in ['Sfrac','Spos','Sadp','Smag']:
2010                        Waves = AtomSS[Stype]
2011                        for iw,wave in enumerate(Waves):
2012                            stiw = str(i)+':'+str(iw)
2013                            if Stype == 'Spos':
2014                                if waveType in ['ZigZag','Block',] and not iw:
2015                                    names = ['Tmin:'+stiw,'Tmax:'+stiw,'Xmax:'+stiw,'Ymax:'+stiw,'Zmax:'+stiw]
2016                                else:
2017                                    names = ['Xsin:'+stiw,'Ysin:'+stiw,'Zsin:'+stiw,
2018                                        'Xcos:'+stiw,'Ycos:'+stiw,'Zcos:'+stiw]
2019                            elif Stype == 'Sadp':
2020                                names = ['U11sin:'+stiw,'U22sin:'+stiw,'U33sin:'+stiw,
2021                                    'U12sin:'+stiw,'U13sin:'+stiw,'U23sin:'+stiw,
2022                                    'U11cos:'+stiw,'U22cos:'+stiw,'U33cos:'+stiw,
2023                                    'U12cos:'+stiw,'U13cos:'+stiw,'U23cos:'+stiw]
2024                            elif Stype == 'Sfrac':
2025                                if 'Crenel' in waveType and not iw:
2026                                    names = ['Fzero:'+stiw,'Fwid:'+stiw]
2027                                else:
2028                                    names = ['Fsin:'+stiw,'Fcos:'+stiw]
2029                            elif Stype == 'Smag':
2030                                names = ['MXsin:'+stiw,'MYsin:'+stiw,'MZsin:'+stiw,
2031                                    'MXcos:'+stiw,'MYcos:'+stiw,'MZcos:'+stiw]
2032                            for iname,name in enumerate(names):
2033                                AtomSS[Stype][iw][0][iname] = parmDict[pfx+name]
2034                                if pfx+name in sigDict:
2035                                    wavesSig[name] = sigDict[pfx+name]
2036                   
2037            PrintAtomsAndSig(General,Atoms,atomsSig)
2038            if General['Type'] == 'magnetic':
2039                PrintMomentsAndSig(General,Atoms,atomsSig)
2040            if General.get('Modulated',False):
2041                PrintWavesAndSig(General,Atoms,wavesSig)
2042           
2043       
2044        textureData = General['SH Texture']   
2045        if textureData['Order']:
2046            SHtextureSig = {}
2047            for name in ['omega','chi','phi']:
2048                aname = pfx+'SH '+name
2049                textureData['Sample '+name][1] = parmDict[aname]
2050                if aname in sigDict:
2051                    SHtextureSig['Sample '+name] = sigDict[aname]
2052            for name in textureData['SH Coeff'][1]:
2053                aname = pfx+name
2054                textureData['SH Coeff'][1][name] = parmDict[aname]
2055                if aname in sigDict:
2056                    SHtextureSig[name] = sigDict[aname]
2057            PrintSHtextureAndSig(textureData,SHtextureSig)
2058        if phase in RestraintDict and not Phase['General'].get('doPawley'):
2059            PrintRestraints(cell[1:7],SGData,General['AtomPtrs'],Atoms,AtLookup,
2060                textureData,RestraintDict[phase],pFile)
2061                   
2062################################################################################
2063##### Histogram & Phase data
2064################################################################################       
2065                   
2066def GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=True,pFile=None,resetRefList=True):
2067    '''Loads the HAP histogram/phase information into dicts
2068
2069    :param dict Phases: phase information
2070    :param dict Histograms: Histogram information
2071    :param bool Print: prints information as it is read
2072    :param file pFile: file object to print to (the default, None causes printing to the console)
2073    :param bool resetRefList: Should the contents of the Reflection List be initialized
2074      on loading. The default, True, initializes the Reflection List as it is loaded.
2075
2076    :returns: (hapVary,hapDict,controlDict)
2077      * hapVary: list of refined variables
2078      * hapDict: dict with refined variables and their values
2079      * controlDict: dict with fixed parameters
2080    '''
2081   
2082    def PrintSize(hapData):
2083        if hapData[0] in ['isotropic','uniaxial']:
2084            line = '\n Size model    : %9s'%(hapData[0])
2085            line += ' equatorial:'+'%12.5f'%(hapData[1][0])+' Refine? '+str(hapData[2][0])
2086            if hapData[0] == 'uniaxial':
2087                line += ' axial:'+'%12.5f'%(hapData[1][1])+' Refine? '+str(hapData[2][1])
2088            line += '\n\t LG mixing coeff.: %12.4f'%(hapData[1][2])+' Refine? '+str(hapData[2][2])
2089            print >>pFile,line
2090        else:
2091            print >>pFile,'\n Size model    : %s'%(hapData[0])+ \
2092                '\n\t LG mixing coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])+' Refine? '+str(hapData[2][2])
2093            Snames = ['S11','S22','S33','S12','S13','S23']
2094            ptlbls = ' names :'
2095            ptstr =  ' values:'
2096            varstr = ' refine:'
2097            for i,name in enumerate(Snames):
2098                ptlbls += '%12s' % (name)
2099                ptstr += '%12.6f' % (hapData[4][i])
2100                varstr += '%12s' % (str(hapData[5][i]))
2101            print >>pFile,ptlbls
2102            print >>pFile,ptstr
2103            print >>pFile,varstr
2104       
2105    def PrintMuStrain(hapData,SGData):
2106        if hapData[0] in ['isotropic','uniaxial']:
2107            line = '\n Mustrain model: %9s'%(hapData[0])
2108            line += ' equatorial:'+'%12.1f'%(hapData[1][0])+' Refine? '+str(hapData[2][0])
2109            if hapData[0] == 'uniaxial':
2110                line += ' axial:'+'%12.1f'%(hapData[1][1])+' Refine? '+str(hapData[2][1])
2111            line +='\n\t LG mixing coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])+' Refine? '+str(hapData[2][2])
2112            print >>pFile,line
2113        else:
2114            print >>pFile,'\n Mustrain model: %s'%(hapData[0])+ \
2115                '\n\t LG mixing coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])+' Refine? '+str(hapData[2][2])
2116            Snames = G2spc.MustrainNames(SGData)
2117            ptlbls = ' names :'
2118            ptstr =  ' values:'
2119            varstr = ' refine:'
2120            for i,name in enumerate(Snames):
2121                ptlbls += '%12s' % (name)
2122                ptstr += '%12.6f' % (hapData[4][i])
2123                varstr += '%12s' % (str(hapData[5][i]))
2124            print >>pFile,ptlbls
2125            print >>pFile,ptstr
2126            print >>pFile,varstr
2127
2128    def PrintHStrain(hapData,SGData):
2129        print >>pFile,'\n Hydrostatic/elastic strain: '
2130        Hsnames = G2spc.HStrainNames(SGData)
2131        ptlbls = ' names :'
2132        ptstr =  ' values:'
2133        varstr = ' refine:'
2134        for i,name in enumerate(Hsnames):
2135            ptlbls += '%12s' % (name)
2136            ptstr += '%12.4g' % (hapData[0][i])
2137            varstr += '%12s' % (str(hapData[1][i]))
2138        print >>pFile,ptlbls
2139        print >>pFile,ptstr
2140        print >>pFile,varstr
2141
2142    def PrintSHPO(hapData):
2143        print >>pFile,'\n Spherical harmonics preferred orientation: Order:' + \
2144            str(hapData[4])+' Refine? '+str(hapData[2])
2145        ptlbls = ' names :'
2146        ptstr =  ' values:'
2147        for item in hapData[5]:
2148            ptlbls += '%12s'%(item)
2149            ptstr += '%12.3f'%(hapData[5][item]) 
2150        print >>pFile,ptlbls
2151        print >>pFile,ptstr
2152   
2153    def PrintBabinet(hapData):
2154        print >>pFile,'\n Babinet form factor modification: '
2155        ptlbls = ' names :'
2156        ptstr =  ' values:'
2157        varstr = ' refine:'
2158        for name in ['BabA','BabU']:
2159            ptlbls += '%12s' % (name)
2160            ptstr += '%12.6f' % (hapData[name][0])
2161            varstr += '%12s' % (str(hapData[name][1]))
2162        print >>pFile,ptlbls
2163        print >>pFile,ptstr
2164        print >>pFile,varstr
2165       
2166    hapDict = {}
2167    hapVary = []
2168    controlDict = {}
2169   
2170    for phase in Phases:
2171        HistoPhase = Phases[phase]['Histograms']
2172        SGData = Phases[phase]['General']['SGData']
2173        cell = Phases[phase]['General']['Cell'][1:7]
2174        A = G2lat.cell2A(cell)
2175        if Phases[phase]['General'].get('Modulated',False):
2176            SSGData = Phases[phase]['General']['SSGData']
2177            Vec,x,maxH = Phases[phase]['General']['SuperVec']
2178        pId = Phases[phase]['pId']
2179        histoList = HistoPhase.keys()
2180        histoList.sort()
2181        for histogram in histoList:
2182            try:
2183                Histogram = Histograms[histogram]
2184            except KeyError:                       
2185                #skip if histogram not included e.g. in a sequential refinement
2186                continue
2187            hapData = HistoPhase[histogram]
2188            hId = Histogram['hId']
2189            if 'PWDR' in histogram:
2190                limits = Histogram['Limits'][1]
2191                inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
2192                if 'C' in inst['Type'][1]:
2193                    try:
2194                        wave = inst['Lam'][1]
2195                    except KeyError:
2196                        wave = inst['Lam1'][1]
2197                    dmin = wave/(2.0*sind(limits[1]/2.0))
2198                elif 'T' in inst['Type'][0]:
2199                    dmin = limits[0]/inst['difC'][1]
2200                if Phases[phase]['General']['Type'] == 'magnetic':
2201                    dmin = max(dmin,Phases[phase]['General']['MagDmin'])
2202                pfx = str(pId)+':'+str(hId)+':'
2203                for item in ['Scale','Extinction']:
2204                    hapDict[pfx+item] = hapData[item][0]
2205                    if hapData[item][1]:
2206                        hapVary.append(pfx+item)
2207                names = G2spc.HStrainNames(SGData)
2208                HSvals = []
2209                for i,name in enumerate(names):
2210                    hapDict[pfx+name] = hapData['HStrain'][0][i]
2211                    HSvals.append(hapDict[pfx+name])
2212                    if hapData['HStrain'][1][i]:
2213                        hapVary.append(pfx+name)
2214                controlDict[pfx+'poType'] = hapData['Pref.Ori.'][0]
2215                if hapData['Pref.Ori.'][0] == 'MD':
2216                    hapDict[pfx+'MD'] = hapData['Pref.Ori.'][1]
2217                    controlDict[pfx+'MDAxis'] = hapData['Pref.Ori.'][3]
2218                    if hapData['Pref.Ori.'][2]:
2219                        hapVary.append(pfx+'MD')
2220                else:                           #'SH' spherical harmonics
2221                    controlDict[pfx+'SHord'] = hapData['Pref.Ori.'][4]
2222                    controlDict[pfx+'SHncof'] = len(hapData['Pref.Ori.'][5])
2223                    controlDict[pfx+'SHnames'] = G2lat.GenSHCoeff(SGData['SGLaue'],'0',controlDict[pfx+'SHord'],False)
2224                    controlDict[pfx+'SHhkl'] = []
2225                    try: #patch for old Pref.Ori. items
2226                        controlDict[pfx+'SHtoler'] = 0.1
2227                        if hapData['Pref.Ori.'][6][0] != '':
2228                            controlDict[pfx+'SHhkl'] = [eval(a.replace(' ',',')) for a in hapData['Pref.Ori.'][6]]
2229                        controlDict[pfx+'SHtoler'] = hapData['Pref.Ori.'][7]
2230                    except IndexError:
2231                        pass
2232                    for item in hapData['Pref.Ori.'][5]:
2233                        hapDict[pfx+item] = hapData['Pref.Ori.'][5][item]
2234                        if hapData['Pref.Ori.'][2]:
2235                            hapVary.append(pfx+item)
2236                for item in ['Mustrain','Size']:
2237                    controlDict[pfx+item+'Type'] = hapData[item][0]
2238                    hapDict[pfx+item+';mx'] = hapData[item][1][2]
2239                    if hapData[item][2][2]:
2240                        hapVary.append(pfx+item+';mx')
2241                    if hapData[item][0] in ['isotropic','uniaxial']:
2242                        hapDict[pfx+item+';i'] = hapData[item][1][0]
2243                        if hapData[item][2][0]:
2244                            hapVary.append(pfx+item+';i')
2245                        if hapData[item][0] == 'uniaxial':
2246                            controlDict[pfx+item+'Axis'] = hapData[item][3]
2247                            hapDict[pfx+item+';a'] = hapData[item][1][1]
2248                            if hapData[item][2][1]:
2249                                hapVary.append(pfx+item+';a')
2250                    else:       #generalized for mustrain or ellipsoidal for size
2251                        Nterms = len(hapData[item][4])
2252                        if item == 'Mustrain':
2253                            names = G2spc.MustrainNames(SGData)
2254                            pwrs = []
2255                            for name in names:
2256                                h,k,l = name[1:]
2257                                pwrs.append([int(h),int(k),int(l)])
2258                            controlDict[pfx+'MuPwrs'] = pwrs
2259                        for i in range(Nterms):
2260                            sfx = ';'+str(i)
2261                            hapDict[pfx+item+sfx] = hapData[item][4][i]
2262                            if hapData[item][5][i]:
2263                                hapVary.append(pfx+item+sfx)
2264                if Phases[phase]['General']['Type'] != 'magnetic':
2265                    for bab in ['BabA','BabU']:
2266                        hapDict[pfx+bab] = hapData['Babinet'][bab][0]
2267                        if hapData['Babinet'][bab][1]:
2268                            hapVary.append(pfx+bab)
2269                               
2270                if Print: 
2271                    print >>pFile,'\n Phase: ',phase,' in histogram: ',histogram
2272                    print >>pFile,135*'='
2273                    print >>pFile,' Phase fraction  : %10.4f'%(hapData['Scale'][0]),' Refine?',hapData['Scale'][1]
2274                    print >>pFile,' Extinction coeff: %10.4f'%(hapData['Extinction'][0]),' Refine?',hapData['Extinction'][1]
2275                    if hapData['Pref.Ori.'][0] == 'MD':
2276                        Ax = hapData['Pref.Ori.'][3]
2277                        print >>pFile,' March-Dollase PO: %10.4f'%(hapData['Pref.Ori.'][1]),' Refine?',hapData['Pref.Ori.'][2], \
2278                            ' Axis: %d %d %d'%(Ax[0],Ax[1],Ax[2])
2279                    else: #'SH' for spherical harmonics
2280                        PrintSHPO(hapData['Pref.Ori.'])
2281                        print >>pFile,' Penalty hkl list: '+str(controlDict[pfx+'SHhkl'])+' tolerance: %.2f'%(controlDict[pfx+'SHtoler'])
2282                    PrintSize(hapData['Size'])
2283                    PrintMuStrain(hapData['Mustrain'],SGData)
2284                    PrintHStrain(hapData['HStrain'],SGData)
2285                    if Phases[phase]['General']['Type'] != 'magnetic':
2286                        if hapData['Babinet']['BabA'][0]:
2287                            PrintBabinet(hapData['Babinet'])                       
2288                if resetRefList:
2289                    refList = []
2290                    Uniq = []
2291                    Phi = []
2292                    useExt = 'magnetic' in Phases[phase]['General']['Type'] and 'N' in inst['Type'][0]
2293                    if Phases[phase]['General'].get('Modulated',False):
2294                        ifSuper = True
2295                        HKLd = np.array(G2lat.GenSSHLaue(dmin,SGData,SSGData,Vec,maxH,A))
2296                        HKLd = G2mth.sortArray(HKLd,4,reverse=True)
2297                        for h,k,l,m,d in HKLd:
2298                            ext,mul,uniq,phi = G2spc.GenHKLf([h,k,l],SGData)
2299                            mul *= 2      # for powder overlap of Friedel pairs
2300                            if m or not ext or useExt:
2301                                if 'C' in inst['Type'][0]:
2302                                    pos = G2lat.Dsp2pos(inst,d)
2303                                    if limits[0] < pos < limits[1]:
2304                                        refList.append([h,k,l,m,mul,d, pos,0.0,0.0,0.0,0.0, 0.0,0.0,1.0,1.0,1.0])
2305                                        #... sig,gam,fotsq,fctsq, phase,icorr,prfo,abs,ext
2306                                        Uniq.append(uniq)
2307                                        Phi.append(phi)
2308                                elif 'T' in inst['Type'][0]:
2309                                    pos = G2lat.Dsp2pos(inst,d)
2310                                    if limits[0] < pos < limits[1]:
2311                                        wave = inst['difC'][1]*d/(252.816*inst['fltPath'][0])
2312                                        refList.append([h,k,l,m,mul,d, pos,0.0,0.0,0.0,0.0, 0.0,0.0,0.0,0.0,wave, 1.0,1.0,1.0])
2313                                        # ... sig,gam,fotsq,fctsq, phase,icorr,alp,bet,wave, prfo,abs,ext
2314                                        Uniq.append(uniq)
2315                                        Phi.append(phi)
2316                    else:
2317                        ifSuper = False
2318                        HKLd = np.array(G2lat.GenHLaue(dmin,SGData,A))
2319                        HKLd = G2mth.sortArray(HKLd,3,reverse=True)
2320                        for h,k,l,d in HKLd:
2321                            ext,mul,uniq,phi = G2spc.GenHKLf([h,k,l],SGData)
2322                            mul *= 2      # for powder overlap of Friedel pairs
2323                            if ext and not useExt:
2324                                continue
2325                            if 'C' in inst['Type'][0]:
2326                                pos = G2lat.Dsp2pos(inst,d)
2327                                if limits[0] < pos < limits[1]:
2328                                    refList.append([h,k,l,mul,d, pos,0.0,0.0,0.0,0.0, 0.0,0.0,1.0,1.0,1.0])
2329                                    #... sig,gam,fotsq,fctsq, phase,icorr,prfo,abs,ext
2330                                    Uniq.append(uniq)
2331                                    Phi.append(phi)
2332                            elif 'T' in inst['Type'][0]:
2333                                pos = G2lat.Dsp2pos(inst,d)
2334                                if limits[0] < pos < limits[1]:
2335                                    wave = inst['difC'][1]*d/(252.816*inst['fltPath'][0])
2336                                    refList.append([h,k,l,mul,d, pos,0.0,0.0,0.0,0.0, 0.0,0.0,0.0,0.0,wave, 1.0,1.0,1.0])
2337                                    # ... sig,gam,fotsq,fctsq, phase,icorr,alp,bet,wave, prfo,abs,ext
2338                                    Uniq.append(uniq)
2339                                    Phi.append(phi)
2340                    Histogram['Reflection Lists'][phase] = {'RefList':np.array(refList),'FF':{},'Type':inst['Type'][0],'Super':ifSuper}
2341            elif 'HKLF' in histogram:
2342                inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
2343                hId = Histogram['hId']
2344                hfx = ':%d:'%(hId)
2345                for item in inst:
2346                    if type(inst) is not list and item != 'Type': continue # skip over non-refined items (such as InstName)
2347                    hapDict[hfx+item] = inst[item][1]
2348                pfx = str(pId)+':'+str(hId)+':'
2349                hapDict[pfx+'Scale'] = hapData['Scale'][0]
2350                if hapData['Scale'][1]:
2351                    hapVary.append(pfx+'Scale')
2352                               
2353                extApprox,extType,extParms = hapData['Extinction']
2354                controlDict[pfx+'EType'] = extType
2355                controlDict[pfx+'EApprox'] = extApprox
2356                if 'C' in inst['Type'][0]:
2357                    controlDict[pfx+'Tbar'] = extParms['Tbar']
2358                    controlDict[pfx+'Cos2TM'] = extParms['Cos2TM']
2359                if 'Primary' in extType:
2360                    Ekey = ['Ep',]
2361                elif 'I & II' in extType:
2362                    Ekey = ['Eg','Es']
2363                elif 'Secondary Type II' == extType:
2364                    Ekey = ['Es',]
2365                elif 'Secondary Type I' == extType:
2366                    Ekey = ['Eg',]
2367                else:   #'None'
2368                    Ekey = []
2369                for eKey in Ekey:
2370                    hapDict[pfx+eKey] = extParms[eKey][0]
2371                    if extParms[eKey][1]:
2372                        hapVary.append(pfx+eKey)
2373                for bab in ['BabA','BabU']:
2374                    hapDict[pfx+bab] = hapData['Babinet'][bab][0]
2375                    if hapData['Babinet'][bab][1]:
2376                        hapVary.append(pfx+bab)
2377                Twins = hapData.get('Twins',[[np.array([[1,0,0],[0,1,0],[0,0,1]]),[1.0,False,0]],])
2378                if len(Twins) == 1:
2379                    hapDict[pfx+'Flack'] = hapData.get('Flack',[0.,False])[0]
2380                    if hapData.get('Flack',[0,False])[1]:
2381                        hapVary.append(pfx+'Flack')
2382                sumTwFr = 0.
2383                controlDict[pfx+'TwinLaw'] = []
2384                controlDict[pfx+'TwinInv'] = []
2385                NTL = 0           
2386                for it,twin in enumerate(Twins):
2387                    if 'bool' in str(type(twin[0])):
2388                        controlDict[pfx+'TwinInv'].append(twin[0])
2389                        controlDict[pfx+'TwinLaw'].append(np.zeros((3,3)))
2390                    else:
2391                        NTL += 1
2392                        controlDict[pfx+'TwinInv'].append(False)
2393                        controlDict[pfx+'TwinLaw'].append(twin[0])
2394                    if it:
2395                        hapDict[pfx+'TwinFr:'+str(it)] = twin[1]
2396                        sumTwFr += twin[1]
2397                    else:
2398                        hapDict[pfx+'TwinFr:0'] = twin[1][0]
2399                        controlDict[pfx+'TwinNMN'] = twin[1][1]
2400                    if Twins[0][1][1]:
2401                        hapVary.append(pfx+'TwinFr:'+str(it))
2402                controlDict[pfx+'NTL'] = NTL
2403                #need to make constraint on TwinFr
2404                controlDict[pfx+'TwinLaw'] = np.array(controlDict[pfx+'TwinLaw'])
2405                if len(Twins) > 1:    #force sum to unity
2406                    hapDict[pfx+'TwinFr:0'] = 1.-sumTwFr
2407                if Print: 
2408                    print >>pFile,'\n Phase: ',phase,' in histogram: ',histogram
2409                    print >>pFile,135*'='
2410                    print >>pFile,' Scale factor     : %10.4f'%(hapData['Scale'][0]),' Refine?',hapData['Scale'][1]
2411                    if extType != 'None':
2412                        print >>pFile,' Extinction  Type: %15s'%(extType),' approx: %10s'%(extApprox)
2413                        text = ' Parameters       :'
2414                        for eKey in Ekey:
2415                            text += ' %4s : %10.3e Refine? '%(eKey,extParms[eKey][0])+str(extParms[eKey][1])
2416                        print >>pFile,text
2417                    if hapData['Babinet']['BabA'][0]:
2418                        PrintBabinet(hapData['Babinet'])
2419                    if not SGData['SGInv'] and len(Twins) == 1:
2420                        print >>pFile,' Flack parameter: %10.3f'%(hapData['Flack'][0]),' Refine?',hapData['Flack'][1]
2421                    if len(Twins) > 1:
2422                        for it,twin in enumerate(Twins):
2423                            if 'bool' in str(type(twin[0])):
2424                                print >>pFile,' Nonmerohedral twin fr.: %5.3f Inv? %s Refine? '%(hapDict[pfx+'TwinFr:'+str(it)],str(controlDict[pfx+'TwinInv'][it])),Twins[0][1][1] 
2425                            else:
2426                                print >>pFile,' Twin law: %s'%(str(twin[0]).replace('\n',',')),' Twin fr.: %5.3f Refine? '%(hapDict[pfx+'TwinFr:'+str(it)]),Twins[0][1][1] 
2427                       
2428                Histogram['Reflection Lists'] = phase       
2429               
2430    return hapVary,hapDict,controlDict
2431   
2432def SetHistogramPhaseData(parmDict,sigDict,Phases,Histograms,FFtables,Print=True,pFile=None):
2433    'needs a doc string'
2434   
2435    def PrintSizeAndSig(hapData,sizeSig):
2436        line = '\n Size model:     %9s'%(hapData[0])
2437        refine = False
2438        if hapData[0] in ['isotropic','uniaxial']:
2439            line += ' equatorial:%12.5f'%(hapData[1][0])
2440            if sizeSig[0][0]:
2441                line += ', sig:%8.4f'%(sizeSig[0][0])
2442                refine = True
2443            if hapData[0] == 'uniaxial':
2444                line += ' axial:%12.4f'%(hapData[1][1])
2445                if sizeSig[0][1]:
2446                    refine = True
2447                    line += ', sig:%8.4f'%(sizeSig[0][1])
2448            line += ' LG mix coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])
2449            if sizeSig[0][2]:
2450                refine = True
2451                line += ', sig:%8.4f'%(sizeSig[0][2])
2452            if refine:
2453                print >>pFile,line
2454        else:
2455            line += ' LG mix coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])
2456            if sizeSig[0][2]:
2457                refine = True
2458                line += ', sig:%8.4f'%(sizeSig[0][2])
2459            Snames = ['S11','S22','S33','S12','S13','S23']
2460            ptlbls = ' name  :'
2461            ptstr =  ' value :'
2462            sigstr = ' sig   :'
2463            for i,name in enumerate(Snames):
2464                ptlbls += '%12s' % (name)
2465                ptstr += '%12.6f' % (hapData[4][i])
2466                if sizeSig[1][i]:
2467                    refine = True
2468                    sigstr += '%12.6f' % (sizeSig[1][i])
2469                else:
2470                    sigstr += 12*' '
2471            if refine:
2472                print >>pFile,line
2473                print >>pFile,ptlbls
2474                print >>pFile,ptstr
2475                print >>pFile,sigstr
2476       
2477    def PrintMuStrainAndSig(hapData,mustrainSig,SGData):
2478        line = '\n Mustrain model: %9s'%(hapData[0])
2479        refine = False
2480        if hapData[0] in ['isotropic','uniaxial']:
2481            line += ' equatorial:%12.1f'%(hapData[1][0])
2482            if mustrainSig[0][0]:
2483                line += ', sig:%8.1f'%(mustrainSig[0][0])
2484                refine = True
2485            if hapData[0] == 'uniaxial':
2486                line += ' axial:%12.1f'%(hapData[1][1])
2487                if mustrainSig[0][1]:
2488                     line += ', sig:%8.1f'%(mustrainSig[0][1])
2489            line += ' LG mix coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])
2490            if mustrainSig[0][2]:
2491                refine = True
2492                line += ', sig:%8.3f'%(mustrainSig[0][2])
2493            if refine:
2494                print >>pFile,line
2495        else:
2496            line += ' LG mix coeff.:%12.4f'%(hapData[1][2])
2497            if mustrainSig[0][2]:
2498                refine = True
2499                line += ', sig:%8.3f'%(mustrainSig[0][2])
2500            Snames = G2spc.MustrainNames(SGData)
2501            ptlbls = ' name  :'
2502            ptstr =  ' value :'
2503            sigstr = ' sig   :'
2504            for i,name in enumerate(Snames):
2505                ptlbls += '%12s' % (name)
2506                ptstr += '%12.1f' % (hapData[4][i])
2507                if mustrainSig[1][i]:
2508                    refine = True
2509                    sigstr += '%12.1f' % (mustrainSig[1][i])
2510                else:
2511                    sigstr += 12*' '
2512            if refine:
2513                print >>pFile,line
2514                print >>pFile,ptlbls
2515                print >>pFile,ptstr
2516                print >>pFile,sigstr
2517           
2518    def PrintHStrainAndSig(hapData,strainSig,SGData):
2519        Hsnames = G2spc.HStrainNames(SGData)
2520        ptlbls = ' name  :'
2521        ptstr =  ' value :'
2522        sigstr = ' sig   :'
2523        refine = False
2524        for i,name in enumerate(Hsnames):
2525            ptlbls += '%12s' % (name)
2526            ptstr += '%12.4g' % (hapData[0][i])
2527            if name in strainSig:
2528                refine = True
2529                sigstr += '%12.4g' % (strainSig[name])
2530            else:
2531                sigstr += 12*' '
2532        if refine:
2533            print >>pFile,'\n Hydrostatic/elastic strain: '
2534            print >>pFile,ptlbls
2535            print >>pFile,ptstr
2536            print >>pFile,sigstr
2537       
2538    def PrintSHPOAndSig(pfx,hapData,POsig):
2539        print >>pFile,'\n Spherical harmonics preferred orientation: Order:'+str(hapData[4])
2540        ptlbls = ' names :'
2541        ptstr =  ' values:'
2542        sigstr = ' sig   :'
2543        for item in hapData[5]:
2544            ptlbls += '%12s'%(item)
2545            ptstr += '%12.3f'%(hapData[5][item])
2546            if pfx+item in POsig:
2547                sigstr += '%12.3f'%(POsig[pfx+item])
2548            else:
2549                sigstr += 12*' ' 
2550        print >>pFile,ptlbls
2551        print >>pFile,ptstr
2552        print >>pFile,sigstr
2553       
2554    def PrintExtAndSig(pfx,hapData,ScalExtSig):
2555        print >>pFile,'\n Single crystal extinction: Type: ',hapData[0],' Approx: ',hapData[1]
2556        text = ''
2557        for item in hapData[2]:
2558            if pfx+item in ScalExtSig:
2559                text += '       %s: '%(item)
2560                text += '%12.2e'%(hapData[2][item][0])
2561                if pfx+item in ScalExtSig:
2562                    text += ' sig: %12.2e'%(ScalExtSig[pfx+item])
2563        print >>pFile,text       
2564       
2565    def PrintBabinetAndSig(pfx,hapData,BabSig):
2566        print >>pFile,'\n Babinet form factor modification: '
2567        ptlbls = ' names :'
2568        ptstr =  ' values:'
2569        sigstr = ' sig   :'
2570        for item in hapData:
2571            ptlbls += '%12s'%(item)
2572            ptstr += '%12.3f'%(hapData[item][0])
2573            if pfx+item in BabSig:
2574                sigstr += '%12.3f'%(BabSig[pfx+item])
2575            else:
2576                sigstr += 12*' ' 
2577        print >>pFile,ptlbls
2578        print >>pFile,ptstr
2579        print >>pFile,sigstr
2580       
2581    def PrintTwinsAndSig(pfx,twinData,TwinSig):
2582        print >>pFile,'\n Twin Law fractions : '
2583        ptlbls = ' names :'
2584        ptstr =  ' values:'
2585        sigstr = ' sig   :'
2586        for it,item in enumerate(twinData):
2587            ptlbls += '     twin #%d'%(it)
2588            if it:
2589                ptstr += '%12.3f'%(item[1])
2590            else:
2591                ptstr += '%12.3f'%(item[1][0])
2592            if pfx+'TwinFr:'+str(it) in TwinSig:
2593                sigstr += '%12.3f'%(TwinSig[pfx+'TwinFr:'+str(it)])
2594            else:
2595                sigstr += 12*' ' 
2596        print >>pFile,ptlbls
2597        print >>pFile,ptstr
2598        print >>pFile,sigstr
2599       
2600   
2601    PhFrExtPOSig = {}
2602    SizeMuStrSig = {}
2603    ScalExtSig = {}
2604    BabSig = {}
2605    TwinFrSig = {}
2606    wtFrSum = {}
2607    for phase in Phases:
2608        HistoPhase = Phases[phase]['Histograms']
2609        General = Phases[phase]['General']
2610        SGData = General['SGData']
2611        pId = Phases[phase]['pId']
2612        histoList = HistoPhase.keys()
2613        histoList.sort()
2614        for histogram in histoList:
2615            try:
2616                Histogram = Histograms[histogram]
2617            except KeyError:                       
2618                #skip if histogram not included e.g. in a sequential refinement
2619                continue
2620            hapData = HistoPhase[histogram]
2621            hId = Histogram['hId']
2622            pfx = str(pId)+':'+str(hId)+':'
2623            if hId not in wtFrSum:
2624                wtFrSum[hId] = 0.
2625            if 'PWDR' in histogram:
2626                for item in ['Scale','Extinction']:
2627                    hapData[item][0] = parmDict[pfx+item]
2628                    if pfx+item in sigDict:
2629                        PhFrExtPOSig.update({pfx+item:sigDict[pfx+item],})
2630                wtFrSum[hId] += hapData['Scale'][0]*General['Mass']
2631                if hapData['Pref.Ori.'][0] == 'MD':
2632                    hapData['Pref.Ori.'][1] = parmDict[pfx+'MD']
2633                    if pfx+'MD' in sigDict:
2634                        PhFrExtPOSig.update({pfx+'MD':sigDict[pfx+'MD'],})
2635                else:                           #'SH' spherical harmonics
2636                    for item in hapData['Pref.Ori.'][5]:
2637                        hapData['Pref.Ori.'][5][item] = parmDict[pfx+item]
2638                        if pfx+item in sigDict:
2639                            PhFrExtPOSig.update({pfx+item:sigDict[pfx+item],})
2640                SizeMuStrSig.update({pfx+'Mustrain':[[0,0,0],[0 for i in range(len(hapData['Mustrain'][4]))]],
2641                    pfx+'Size':[[0,0,0],[0 for i in range(len(hapData['Size'][4]))]],
2642                    pfx+'HStrain':{}})                 
2643                for item in ['Mustrain','Size']:
2644                    hapData[item][1][2] = parmDict[pfx+item+';mx']
2645#                    hapData[item][1][2] = min(1.,max(0.,hapData[item][1][2]))
2646                    if pfx+item+';mx' in sigDict:
2647                        SizeMuStrSig[pfx+item][0][2] = sigDict[pfx+item+';mx']
2648                    if hapData[item][0] in ['isotropic','uniaxial']:                   
2649                        hapData[item][1][0] = parmDict[pfx+item+';i']
2650                        if item == 'Size':
2651                            hapData[item][1][0] = min(10.,max(0.001,hapData[item][1][0]))
2652                        if pfx+item+';i' in sigDict: 
2653                            SizeMuStrSig[pfx+item][0][0] = sigDict[pfx+item+';i']
2654                        if hapData[item][0] == 'uniaxial':
2655                            hapData[item][1][1] = parmDict[pfx+item+';a']
2656                            if item == 'Size':
2657                                hapData[item][1][1] = min(10.,max(0.001,hapData[item][1][1]))                       
2658                            if pfx+item+';a' in sigDict:
2659                                SizeMuStrSig[pfx+item][0][1] = sigDict[pfx+item+';a']
2660                    else:       #generalized for mustrain or ellipsoidal for size
2661                        Nterms = len(hapData[item][4])
2662                        for i in range(Nterms):
2663                            sfx = ';'+str(i)
2664                            hapData[item][4][i] = parmDict[pfx+item+sfx]
2665                            if pfx+item+sfx in sigDict:
2666                                SizeMuStrSig[pfx+item][1][i] = sigDict[pfx+item+sfx]
2667                names = G2spc.HStrainNames(SGData)
2668                for i,name in enumerate(names):
2669                    hapData['HStrain'][0][i] = parmDict[pfx+name]
2670                    if pfx+name in sigDict:
2671                        SizeMuStrSig[pfx+'HStrain'][name] = sigDict[pfx+name]
2672                if Phases[phase]['General']['Type'] != 'magnetic':
2673                    for name in ['BabA','BabU']:
2674                        hapData['Babinet'][name][0] = parmDict[pfx+name]
2675                        if pfx+name in sigDict:
2676                            BabSig[pfx+name] = sigDict[pfx+name]               
2677               
2678            elif 'HKLF' in histogram:
2679                for item in ['Scale','Flack']:
2680                    if parmDict.get(pfx+item):
2681                        hapData[item][0] = parmDict[pfx+item]
2682                        if pfx+item in sigDict:
2683                            ScalExtSig[pfx+item] = sigDict[pfx+item]
2684                for item in ['Ep','Eg','Es']:
2685                    if parmDict.get(pfx+item):
2686                        hapData['Extinction'][2][item][0] = parmDict[pfx+item]
2687                        if pfx+item in sigDict:
2688                            ScalExtSig[pfx+item] = sigDict[pfx+item]
2689                for item in ['BabA','BabU']:
2690                    hapData['Babinet'][item][0] = parmDict[pfx+item]
2691                    if pfx+item in sigDict:
2692                        BabSig[pfx+item] = sigDict[pfx+item]
2693                if 'Twins' in hapData:
2694                    it = 1
2695                    sumTwFr = 0.
2696                    while True:
2697                        try:
2698                            hapData['Twins'][it][1] = parmDict[pfx+'TwinFr:'+str(it)]
2699                            if pfx+'TwinFr:'+str(it) in sigDict:
2700                                TwinFrSig[pfx+'TwinFr:'+str(it)] = sigDict[pfx+'TwinFr:'+str(it)]
2701                            if it:
2702                                sumTwFr += hapData['Twins'][it][1]
2703                            it += 1
2704                        except KeyError:
2705                            break
2706                    hapData['Twins'][0][1][0] = 1.-sumTwFr
2707
2708    if Print:
2709        for phase in Phases:
2710            HistoPhase = Phases[phase]['Histograms']
2711            General = Phases[phase]['General']
2712            SGData = General['SGData']
2713            pId = Phases[phase]['pId']
2714            histoList = HistoPhase.keys()
2715            histoList.sort()
2716            for histogram in histoList:
2717                try:
2718                    Histogram = Histograms[histogram]
2719                except KeyError:                       
2720                    #skip if histogram not included e.g. in a sequential refinement
2721                    continue
2722                print >>pFile,'\n Phase: ',phase,' in histogram: ',histogram
2723                print >>pFile,135*'='
2724                hapData = HistoPhase[histogram]
2725                hId = Histogram['hId']
2726                Histogram['Residuals'][str(pId)+'::Name'] = phase
2727                pfx = str(pId)+':'+str(hId)+':'
2728                hfx = ':%s:'%(hId)
2729                if 'PWDR' in histogram:
2730                    print >>pFile,' Final refinement RF, RF^2 = %.2f%%, %.2f%% on %d reflections'   \
2731                        %(Histogram['Residuals'][pfx+'Rf'],Histogram['Residuals'][pfx+'Rf^2'],Histogram['Residuals'][pfx+'Nref'])
2732                    print >>pFile,' Bragg intensity sum = %.3g'%(Histogram['Residuals'][pfx+'sumInt'])
2733               
2734                    if pfx+'Scale' in PhFrExtPOSig:
2735                        wtFr = hapData['Scale'][0]*General['Mass']/wtFrSum[hId]
2736                        sigwtFr = PhFrExtPOSig[pfx+'Scale']*wtFr/hapData['Scale'][0]
2737                        print >>pFile,' Phase fraction  : %10.5f, sig %10.5f Weight fraction  : %8.5f, sig %10.5f' \
2738                            %(hapData['Scale'][0],PhFrExtPOSig[pfx+'Scale'],wtFr,sigwtFr)
2739                    if pfx+'Extinction' in PhFrExtPOSig:
2740                        print >>pFile,' Extinction coeff: %10.4f, sig %10.4f'%(hapData['Extinction'][0],PhFrExtPOSig[pfx+'Extinction'])
2741                    if hapData['Pref.Ori.'][0] == 'MD':
2742                        if pfx+'MD' in PhFrExtPOSig:
2743                            print >>pFile,' March-Dollase PO: %10.4f, sig %10.4f'%(hapData['Pref.Ori.'][1],PhFrExtPOSig[pfx+'MD'])
2744                    else:
2745                        PrintSHPOAndSig(pfx,hapData['Pref.Ori.'],PhFrExtPOSig)
2746                    PrintSizeAndSig(hapData['Size'],SizeMuStrSig[pfx+'Size'])
2747                    PrintMuStrainAndSig(hapData['Mustrain'],SizeMuStrSig[pfx+'Mustrain'],SGData)
2748                    PrintHStrainAndSig(hapData['HStrain'],SizeMuStrSig[pfx+'HStrain'],SGData)
2749                    if Phases[phase]['General']['Type'] != 'magnetic':
2750                        if len(BabSig):
2751                            PrintBabinetAndSig(pfx,hapData['Babinet'],BabSig)
2752                   
2753                elif 'HKLF' in histogram:
2754                    Inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
2755                    print >>pFile,' Final refinement RF, RF^2 = %.2f%%, %.2f%% on %d reflections (%d user rejected, %d sp.gp.extinct)'   \
2756                        %(Histogram['Residuals'][pfx+'Rf'],Histogram['Residuals'][pfx+'Rf^2'],Histogram['Residuals'][pfx+'Nref'],
2757                        Histogram['Residuals'][pfx+'Nrej'],Histogram['Residuals'][pfx+'Next'])
2758                    if FFtables != None and 'N' not in Inst['Type'][0]:
2759                        PrintFprime(FFtables,hfx,pFile)
2760                    print >>pFile,' HKLF histogram weight factor = ','%.3f'%(Histogram['wtFactor'])
2761                    if pfx+'Scale' in ScalExtSig:
2762                        print >>pFile,' Scale factor : %10.4f, sig %10.4f'%(hapData['Scale'][0],ScalExtSig[pfx+'Scale'])
2763                    if hapData['Extinction'][0] != 'None':
2764                        PrintExtAndSig(pfx,hapData['Extinction'],ScalExtSig)
2765                    if len(BabSig):
2766                        PrintBabinetAndSig(pfx,hapData['Babinet'],BabSig)
2767                    if pfx+'Flack' in ScalExtSig:
2768                        print >>pFile,' Flack parameter : %10.3f, sig %10.3f'%(hapData['Flack'][0],ScalExtSig[pfx+'Flack'])
2769                    if len(TwinFrSig):
2770                        PrintTwinsAndSig(pfx,hapData['Twins'],TwinFrSig)
2771
2772################################################################################
2773##### Histogram data
2774################################################################################       
2775                   
2776def GetHistogramData(Histograms,Print=True,pFile=None):
2777    'needs a doc string'
2778   
2779    def GetBackgroundParms(hId,Background):
2780        Back = Background[0]
2781        DebyePeaks = Background[1]
2782        bakType,bakFlag = Back[:2]
2783        backVals = Back[3:]
2784        backNames = [':'+str(hId)+':Back;'+str(i) for i in range(len(backVals))]
2785        backDict = dict(zip(backNames,backVals))
2786        backVary = []
2787        if bakFlag:
2788            backVary = backNames
2789        backDict[':'+str(hId)+':nDebye'] = DebyePeaks['nDebye']
2790        backDict[':'+str(hId)+':nPeaks'] = DebyePeaks['nPeaks']
2791        debyeDict = {}
2792        debyeList = []
2793        for i in range(DebyePeaks['nDebye']):
2794            debyeNames = [':'+str(hId)+':DebyeA;'+str(i),':'+str(hId)+':DebyeR;'+str(i),':'+str(hId)+':DebyeU;'+str(i)]
2795            debyeDict.update(dict(zip(debyeNames,DebyePeaks['debyeTerms'][i][::2])))
2796            debyeList += zip(debyeNames,DebyePeaks['debyeTerms'][i][1::2])
2797        debyeVary = []
2798        for item in debyeList:
2799            if item[1]:
2800                debyeVary.append(item[0])
2801        backDict.update(debyeDict)
2802        backVary += debyeVary
2803        peakDict = {}
2804        peakList = []
2805        for i in range(DebyePeaks['nPeaks']):
2806            peakNames = [':'+str(hId)+':BkPkpos;'+str(i),':'+str(hId)+ \
2807                ':BkPkint;'+str(i),':'+str(hId)+':BkPksig;'+str(i),':'+str(hId)+':BkPkgam;'+str(i)]
2808            peakDict.update(dict(zip(peakNames,DebyePeaks['peaksList'][i][::2])))
2809            peakList += zip(peakNames,DebyePeaks['peaksList'][i][1::2])
2810        peakVary = []
2811        for item in peakList:
2812            if item[1]:
2813                peakVary.append(item[0])
2814        backDict.update(peakDict)
2815        backVary += peakVary
2816        return bakType,backDict,backVary           
2817       
2818    def GetInstParms(hId,Inst):     
2819        dataType = Inst['Type'][0]
2820        instDict = {}
2821        insVary = []
2822        pfx = ':'+str(hId)+':'
2823        insKeys = Inst.keys()
2824        insKeys.sort()
2825        for item in insKeys:
2826            insName = pfx+item
2827            instDict[insName] = Inst[item][1]
2828            if len(Inst[item]) > 2 and Inst[item][2]:
2829                insVary.append(insName)
2830        if 'C' in dataType:
2831            instDict[pfx+'SH/L'] = max(instDict[pfx+'SH/L'],0.0005)
2832        return dataType,instDict,insVary
2833       
2834    def GetSampleParms(hId,Sample):
2835        sampVary = []
2836        hfx = ':'+str(hId)+':'       
2837        sampDict = {hfx+'Gonio. radius':Sample['Gonio. radius'],hfx+'Omega':Sample['Omega'],
2838            hfx+'Chi':Sample['Chi'],hfx+'Phi':Sample['Phi']}
2839        for key in ('Temperature','Pressure','FreePrm1','FreePrm2','FreePrm3'):
2840            if key in Sample:
2841                sampDict[hfx+key] = Sample[key]
2842        Type = Sample['Type']
2843        if 'Bragg' in Type:             #Bragg-Brentano
2844            for item in ['Scale','Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']:
2845                sampDict[hfx+item] = Sample[item][0]
2846                if Sample[item][1]:
2847                    sampVary.append(hfx+item)
2848        elif 'Debye' in Type:        #Debye-Scherrer
2849            for item in ['Scale','Absorption','DisplaceX','DisplaceY']:
2850                sampDict[hfx+item] = Sample[item][0]
2851                if Sample[item][1]:
2852                    sampVary.append(hfx+item)
2853        return Type,sampDict,sampVary
2854       
2855    def PrintBackground(Background):
2856        Back = Background[0]
2857        DebyePeaks = Background[1]
2858        print >>pFile,'\n Background function: ',Back[0],' Refine?',bool(Back[1])
2859        line = ' Coefficients: '
2860        for i,back in enumerate(Back[3:]):
2861            line += '%10.3f'%(back)
2862            if i and not i%10:
2863                line += '\n'+15*' '
2864        print >>pFile,line
2865        if DebyePeaks['nDebye']:
2866            print >>pFile,'\n Debye diffuse scattering coefficients'
2867            parms = ['DebyeA','DebyeR','DebyeU']
2868            line = ' names :  '
2869            for parm in parms:
2870                line += '%8s refine?'%(parm)
2871            print >>pFile,line
2872            for j,term in enumerate(DebyePeaks['debyeTerms']):
2873                line = ' term'+'%2d'%(j)+':'
2874                for i in range(3):
2875                    line += '%10.3f %5s'%(term[2*i],bool(term[2*i+1]))                   
2876                print >>pFile,line
2877        if DebyePeaks['nPeaks']:
2878            print >>pFile,'\n Single peak coefficients'
2879            parms =    ['BkPkpos','BkPkint','BkPksig','BkPkgam']
2880            line = ' names :  '
2881            for parm in parms:
2882                line += '%8s refine?'%(parm)
2883            print >>pFile,line
2884            for j,term in enumerate(DebyePeaks['peaksList']):
2885                line = ' peak'+'%2d'%(j)+':'
2886                for i in range(4):
2887                    line += '%12.3f %5s'%(term[2*i],bool(term[2*i+1]))                   
2888                print >>pFile,line
2889       
2890    def PrintInstParms(Inst):
2891        print >>pFile,'\n Instrument Parameters:'
2892        insKeys = Inst.keys()
2893        insKeys.sort()
2894        iBeg = 0
2895        Ok = True
2896        while Ok:
2897            ptlbls = ' name  :'
2898            ptstr =  ' value :'
2899            varstr = ' refine:'
2900            iFin = min(iBeg+9,len(insKeys))
2901            for item in insKeys[iBeg:iFin]:
2902                if item not in ['Type','Source']:
2903                    ptlbls += '%12s' % (item)
2904                    ptstr += '%12.6f' % (Inst[item][1])
2905                    if item in ['Lam1','Lam2','Azimuth','fltPath','2-theta',]:
2906                        varstr += 12*' '
2907                    else:
2908                        varstr += '%12s' % (str(bool(Inst[item][2])))
2909            print >>pFile,ptlbls
2910            print >>pFile,ptstr
2911            print >>pFile,varstr
2912            iBeg = iFin
2913            if iBeg == len(insKeys):
2914                Ok = False
2915            else:
2916                print >>pFile,'\n'
2917       
2918    def PrintSampleParms(Sample):
2919        print >>pFile,'\n Sample Parameters:'
2920        print >>pFile,' Goniometer omega = %.2f, chi = %.2f, phi = %.2f'% \
2921            (Sample['Omega'],Sample['Chi'],Sample['Phi'])
2922        ptlbls = ' name  :'
2923        ptstr =  ' value :'
2924        varstr = ' refine:'
2925        if 'Bragg' in Sample['Type']:
2926            for item in ['Scale','Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']:
2927                ptlbls += '%14s'%(item)
2928                ptstr += '%14.4f'%(Sample[item][0])
2929                varstr += '%14s'%(str(bool(Sample[item][1])))
2930           
2931        elif 'Debye' in Type:        #Debye-Scherrer
2932            for item in ['Scale','Absorption','DisplaceX','DisplaceY']:
2933                ptlbls += '%14s'%(item)
2934                ptstr += '%14.4f'%(Sample[item][0])
2935                varstr += '%14s'%(str(bool(Sample[item][1])))
2936
2937        print >>pFile,ptlbls
2938        print >>pFile,ptstr
2939        print >>pFile,varstr
2940       
2941    histDict = {}
2942    histVary = []
2943    controlDict = {}
2944    histoList = Histograms.keys()
2945    histoList.sort()
2946    for histogram in histoList:
2947        if 'PWDR' in histogram:
2948            Histogram = Histograms[histogram]
2949            hId = Histogram['hId']
2950            pfx = ':'+str(hId)+':'
2951            controlDict[pfx+'wtFactor'] = Histogram['wtFactor']
2952            controlDict[pfx+'Limits'] = Histogram['Limits'][1]
2953            controlDict[pfx+'Exclude'] = Histogram['Limits'][2:]
2954            for excl in controlDict[pfx+'Exclude']:
2955                Histogram['Data'][0] = ma.masked_inside(Histogram['Data'][0],excl[0],excl[1])
2956            if controlDict[pfx+'Exclude']:
2957                ma.mask_rows(Histogram['Data'])
2958            Background = Histogram['Background']
2959            Type,bakDict,bakVary = GetBackgroundParms(hId,Background)
2960            controlDict[pfx+'bakType'] = Type
2961            histDict.update(bakDict)
2962            histVary += bakVary
2963           
2964            Inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
2965            Type,instDict,insVary = GetInstParms(hId,Inst)
2966            controlDict[pfx+'histType'] = Type
2967            if 'XC' in Type:
2968                if pfx+'Lam1' in instDict:
2969                    controlDict[pfx+'keV'] = 12.397639/instDict[pfx+'Lam1']
2970                else:
2971                    controlDict[pfx+'keV'] = 12.397639/instDict[pfx+'Lam']           
2972            histDict.update(instDict)
2973            histVary += insVary
2974           
2975            Sample = Histogram['Sample Parameters']
2976            Type,sampDict,sampVary = GetSampleParms(hId,Sample)
2977            controlDict[pfx+'instType'] = Type
2978            histDict.update(sampDict)
2979            histVary += sampVary
2980           
2981   
2982            if Print: 
2983                print >>pFile,'\n Histogram: ',histogram,' histogram Id: ',hId
2984                print >>pFile,135*'='
2985                Units = {'C':' deg','T':' msec'}
2986                units = Units[controlDict[pfx+'histType'][2]]
2987                Limits = controlDict[pfx+'Limits']
2988                print >>pFile,' Instrument type: ',Sample['Type']
2989                print >>pFile,' Histogram limits: %8.2f%s to %8.2f%s'%(Limits[0],units,Limits[1],units)
2990                if len(controlDict[pfx+'Exclude']):
2991                    excls = controlDict[pfx+'Exclude']
2992                    for excl in excls:
2993                        print >>pFile,' Excluded region:  %8.2f%s to %8.2f%s'%(excl[0],units,excl[1],units)   
2994                PrintSampleParms(Sample)
2995                PrintInstParms(Inst)
2996                PrintBackground(Background)
2997        elif 'HKLF' in histogram:
2998            Histogram = Histograms[histogram]
2999            hId = Histogram['hId']
3000            pfx = ':'+str(hId)+':'
3001            controlDict[pfx+'wtFactor'] = Histogram['wtFactor']
3002            Inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
3003            controlDict[pfx+'histType'] = Inst['Type'][0]
3004            if 'X' in Inst['Type'][0]:
3005                histDict[pfx+'Lam'] = Inst['Lam'][1]
3006                controlDict[pfx+'keV'] = 12.397639/histDict[pfx+'Lam']                   
3007    return histVary,histDict,controlDict
3008   
3009def SetHistogramData(parmDict,sigDict,Histograms,FFtables,Print=True,pFile=None):
3010    'needs a doc string'
3011   
3012    def SetBackgroundParms(pfx,Background,parmDict,sigDict):
3013        Back = Background[0]
3014        DebyePeaks = Background[1]
3015        lenBack = len(Back[3:])
3016        backSig = [0 for i in range(lenBack+3*DebyePeaks['nDebye']+4*DebyePeaks['nPeaks'])]
3017        for i in range(lenBack):
3018            Back[3+i] = parmDict[pfx+'Back;'+str(i)]
3019            if pfx+'Back;'+str(i) in sigDict:
3020                backSig[i] = sigDict[pfx+'Back;'+str(i)]
3021        if DebyePeaks['nDebye']:
3022            for i in range(DebyePeaks['nDebye']):
3023                names = [pfx+'DebyeA;'+str(i),pfx+'DebyeR;'+str(i),pfx+'DebyeU;'+str(i)]
3024                for j,name in enumerate(names):
3025                    DebyePeaks['debyeTerms'][i][2*j] = parmDict[name]
3026                    if name in sigDict:
3027                        backSig[lenBack+3*i+j] = sigDict[name]           
3028        if DebyePeaks['nPeaks']:
3029            for i in range(DebyePeaks['nPeaks']):
3030                names = [pfx+'BkPkpos;'+str(i),pfx+'BkPkint;'+str(i),
3031                    pfx+'BkPksig;'+str(i),pfx+'BkPkgam;'+str(i)]
3032                for j,name in enumerate(names):
3033                    DebyePeaks['peaksList'][i][2*j] = parmDict[name]
3034                    if name in sigDict:
3035                        backSig[lenBack+3*DebyePeaks['nDebye']+4*i+j] = sigDict[name]
3036        return backSig
3037       
3038    def SetInstParms(pfx,Inst,parmDict,sigDict):
3039        instSig = {}
3040        insKeys = Inst.keys()
3041        insKeys.sort()
3042        for item in insKeys:
3043            insName = pfx+item
3044            Inst[item][1] = parmDict[insName]
3045            if insName in sigDict:
3046                instSig[item] = sigDict[insName]
3047            else:
3048                instSig[item] = 0
3049        return instSig
3050       
3051    def SetSampleParms(pfx,Sample,parmDict,sigDict):
3052        if 'Bragg' in Sample['Type']:             #Bragg-Brentano
3053            sampSig = [0 for i in range(5)]
3054            for i,item in enumerate(['Scale','Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']):
3055                Sample[item][0] = parmDict[pfx+item]
3056                if pfx+item in sigDict:
3057                    sampSig[i] = sigDict[pfx+item]
3058        elif 'Debye' in Sample['Type']:        #Debye-Scherrer
3059            sampSig = [0 for i in range(4)]
3060            for i,item in enumerate(['Scale','Absorption','DisplaceX','DisplaceY']):
3061                Sample[item][0] = parmDict[pfx+item]
3062                if pfx+item in sigDict:
3063                    sampSig[i] = sigDict[pfx+item]
3064        return sampSig
3065       
3066    def PrintBackgroundSig(Background,backSig):
3067        Back = Background[0]
3068        DebyePeaks = Background[1]
3069        valstr = ' value : '
3070        sigstr = ' sig   : '
3071        refine = False
3072        for i,back in enumerate(Back[3:]):
3073            valstr += '%10.4g'%(back)
3074            if Back[1]:
3075                refine = True
3076                sigstr += '%10.4g'%(backSig[i])
3077            else:
3078                sigstr += 10*' '
3079        if refine:
3080            print >>pFile,'\n Background function: ',Back[0]
3081            print >>pFile,valstr
3082            print >>pFile,sigstr
3083        if DebyePeaks['nDebye']:
3084            ifAny = False
3085            ptfmt = "%12.3f"
3086            names =  ' names :'
3087            ptstr =  ' values:'
3088            sigstr = ' esds  :'
3089            for item in sigDict:
3090                if 'Debye' in item:
3091                    ifAny = True
3092                    names += '%12s'%(item)
3093                    ptstr += ptfmt%(parmDict[item])
3094                    sigstr += ptfmt%(sigDict[item])
3095            if ifAny:
3096                print >>pFile,'\n Debye diffuse scattering coefficients'
3097                print >>pFile,names
3098                print >>pFile,ptstr
3099                print >>pFile,sigstr
3100        if DebyePeaks['nPeaks']:
3101            print >>pFile,'\n Single peak coefficients:'
3102            parms =    ['BkPkpos','BkPkint','BkPksig','BkPkgam']
3103            line = ' peak no. '
3104            for parm in parms:
3105                line += '%14s%12s'%(parm.center(14),'esd'.center(12))
3106            print >>pFile,line
3107            for ip in range(DebyePeaks['nPeaks']):
3108                ptstr = ' %4d '%(ip)
3109                for parm in parms:
3110                    fmt = '%14.3f'
3111                    efmt = '%12.3f'
3112                    if parm == 'BkPkpos':
3113                        fmt = '%14.4f'
3114                        efmt = '%12.4f'
3115                    name = pfx+parm+';%d'%(ip)
3116                    ptstr += fmt%(parmDict[name])
3117                    if name in sigDict:
3118                        ptstr += efmt%(sigDict[name])
3119                    else:
3120                        ptstr += 12*' '
3121                print >>pFile,ptstr
3122        sumBk = np.array(Histogram['sumBk'])
3123        print >>pFile,' Background sums: empirical %.3g, Debye %.3g, peaks %.3g, Total %.3g'    \
3124            %(sumBk[0],sumBk[1],sumBk[2],np.sum(sumBk))
3125       
3126    def PrintInstParmsSig(Inst,instSig):
3127        refine = False
3128        insKeys = instSig.keys()
3129        insKeys.sort()
3130        iBeg = 0
3131        Ok = True
3132        while Ok:
3133            ptlbls = ' names :'
3134            ptstr =  ' value :'
3135            sigstr = ' sig   :'
3136            iFin = min(iBeg+9,len(insKeys))
3137            for name in insKeys[iBeg:iFin]:
3138                if name not in  ['Type','Lam1','Lam2','Azimuth','Source','fltPath']:
3139                    ptlbls += '%12s' % (name)
3140                    ptstr += '%12.6f' % (Inst[name][1])
3141                    if instSig[name]:
3142                        refine = True
3143                        sigstr += '%12.6f' % (instSig[name])
3144                    else:
3145                        sigstr += 12*' '
3146            if refine:
3147                print >>pFile,'\n Instrument Parameters:'
3148                print >>pFile,ptlbls
3149                print >>pFile,ptstr
3150                print >>pFile,sigstr
3151            iBeg = iFin
3152            if iBeg == len(insKeys):
3153                Ok = False
3154       
3155    def PrintSampleParmsSig(Sample,sampleSig):
3156        ptlbls = ' names :'
3157        ptstr =  ' values:'
3158        sigstr = ' sig   :'
3159        refine = False
3160        if 'Bragg' in Sample['Type']:
3161            for i,item in enumerate(['Scale','Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']):
3162                ptlbls += '%14s'%(item)
3163                ptstr += '%14.4f'%(Sample[item][0])
3164                if sampleSig[i]:
3165                    refine = True
3166                    sigstr += '%14.4f'%(sampleSig[i])
3167                else:
3168                    sigstr += 14*' '
3169           
3170        elif 'Debye' in Sample['Type']:        #Debye-Scherrer
3171            for i,item in enumerate(['Scale','Absorption','DisplaceX','DisplaceY']):
3172                ptlbls += '%14s'%(item)
3173                ptstr += '%14.4f'%(Sample[item][0])
3174                if sampleSig[i]:
3175                    refine = True
3176                    sigstr += '%14.4f'%(sampleSig[i])
3177                else:
3178                    sigstr += 14*' '
3179
3180        if refine:
3181            print >>pFile,'\n Sample Parameters:'
3182            print >>pFile,ptlbls
3183            print >>pFile,ptstr
3184            print >>pFile,sigstr
3185       
3186    histoList = Histograms.keys()
3187    histoList.sort()
3188    for histogram in histoList:
3189        if 'PWDR' in histogram:
3190            Histogram = Histograms[histogram]
3191            hId = Histogram['hId']
3192            pfx = ':'+str(hId)+':'
3193            Background = Histogram['Background']
3194            backSig = SetBackgroundParms(pfx,Background,parmDict,sigDict)
3195           
3196            Inst = Histogram['Instrument Parameters'][0]
3197            instSig = SetInstParms(pfx,Inst,parmDict,sigDict)
3198       
3199            Sample = Histogram['Sample Parameters']
3200            sampSig = SetSampleParms(pfx,Sample,parmDict,sigDict)
3201
3202            print >>pFile,'\n Histogram: ',histogram,' histogram Id: ',hId
3203            print >>pFile,135*'='
3204            print >>pFile,' PWDR histogram weight factor = '+'%.3f'%(Histogram['wtFactor'])
3205            print >>pFile,' Final refinement wR = %.2f%% on %d observations in this histogram'%(Histogram['Residuals']['wR'],Histogram['Residuals']['Nobs'])
3206            print >>pFile,' Other residuals: R = %.2f%%, Rb = %.2f%%, wRb = %.2f%% wRmin = %.2f%%'% \
3207                (Histogram['Residuals']['R'],Histogram['Residuals']['Rb'],Histogram['Residuals']['wRb'],Histogram['Residuals']['wRmin'])
3208            if Print:
3209                print >>pFile,' Instrument type: ',Sample['Type']
3210                if FFtables != None and 'N' not in Inst['Type'][0]:
3211                    PrintFprime(FFtables,pfx,pFile)
3212                PrintSampleParmsSig(Sample,sampSig)
3213                PrintInstParmsSig(Inst,instSig)
3214                PrintBackgroundSig(Background,backSig)
3215               
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.