source: trunk/GSASIIspc.py @ 30

Last change on this file since 30 was 30, checked in by toby, 15 years ago

document GSASIIspc for independent use and develop unit tests
File size: 26.7 KB
Line 
1"GSASII - Space group interpretion routines"
2
3
4import numpy as np
5import sys
6import os.path
7# determine a binary path pased on the host OS and the python version, path is relative to
8# location of this file
9if sys.platform == "win32":
10    bindir = '../binwin%d.%d' % sys.version_info[0:2]
11elif sys.platform == "darwin":
12    bindir = '../binmac%d.%d' % sys.version_info[0:2]
13else:
14    bindir = '../bin'
15if os.path.exists(os.path.join(sys.path[0],bindir)): sys.path.insert(0,os.path.join(sys.path[0],bindir))
16
17import pypowder as pyd
18
19def SpcGroup(SGSymbol):
20    '''
21   input: space group symbol (string) with spaces between axial fields
22   returns [SGError,SGData]
23       SGError = 0 for no errors; >0 for errors (see SGErrors below for details)
24       returns dictionary SGData with entries:
25         'SpGrp': space group symbol slightly cleaned up
26         'Laue':  one of '-1','2/m','mmm','4/m','4/mmm','3R','3mR','3',
27                  '3m1','31m','6/m','6/mmm','m3','m3m'
28         'SGInv': boolean; True if centrosymmetric, False if not
29         'SGLatt': one of 'P','A','B','C','I','F','R'
30         'SGUniq': one of 'a','b','c' if monoclinic, '' otherwise
31         'SGCen': cell centering vectors [0,0,0] at least
32         'SGOps': symmetry operations as [M,T] so that M*x+T = x'
33         'SGSys': one of 'triclinic','monoclinic','orthorhombic','tetragonal','rhombohedral','trigonal','hexagonal','cubic'
34       '''
35    LaueSym = ('-1','2/m','mmm','4/m','4/mmm','3R','3mR','3','3m1','31m','6/m','6/mmm','m3','m3m')
36    LattSym = ('P','A','B','C','I','F','R')
37    UniqSym = ('','','a','b','c','',)
38    SysSym = ('triclinic','monoclinic','orthorhombic','tetragonal','rhombohedral','trigonal','hexagonal','cubic')
39    SGData = {}
40    SGData['SpGrp'] = SGSymbol.strip().lower().capitalize()
41    SGInfo = pyd.sgforpy(SGSymbol)
42    SGData['SGLaue'] = LaueSym[SGInfo[0]-1]
43    SGData['SGInv'] = bool(SGInfo[1])
44    SGData['SGLatt'] = LattSym[SGInfo[2]-1]
45    SGData['SGUniq'] = UniqSym[SGInfo[3]+1]
46    if SGData['SGLatt'] == 'P':
47        SGData['SGCen'] = [[0,0,0],]
48    elif SGData['SGLatt'] == 'A':
49        SGData['SGCen'] = [[0,0,0],[0,.5,.5],]
50    elif SGData['SGLatt'] == 'B':
51        SGData['SGCen'] = [[0,0,0],[.5,0,.5],]
52    elif SGData['SGLatt'] == 'C':
53        SGData['SGCen'] = [[0,0,0],[.5,.5,0,],]
54    elif SGData['SGLatt'] == 'I':
55        SGData['SGCen'] = [[0,0,0],[.5,.5,.5],]
56    elif SGData['SGLatt'] == 'F':
57        SGData['SGCen'] = [[0,0,0],[0,.5,.5],[.5,0,.5],[.5,.5,0,],]
58    elif SGData['SGLatt'] == 'R':
59        SGData['SGCen'] = [[0,0,0],[1./3.,2./3.,2./3.],[2./3.,1./3.,1./3.],]
60    SGData['SGOps'] = []
61    for i in range(SGInfo[5]):
62        Mat = SGInfo[6][i]
63        Trns = SGInfo[7][i]
64        SGData['SGOps'].append([Mat,Trns])
65    if SGData['SGLaue'] in '-1':
66        SGData['SGSys'] = SysSym[0]
67    elif SGData['SGLaue'] in '2/m':
68        SGData['SGSys'] = SysSym[1]
69    elif SGData['SGLaue'] in 'mmm':
70        SGData['SGSys'] = SysSym[2]
71    elif SGData['SGLaue'] in ['4/m','4/mmm']:
72        SGData['SGSys'] = SysSym[3]
73    elif SGData['SGLaue'] in ['3R','3mR']:
74        SGData['SGSys'] = SysSym[4]
75    elif SGData['SGLaue'] in ['3','3m1','31m']:
76        SGData['SGSys'] = SysSym[5]
77    elif SGData['SGLaue'] in ['6/m','6/mmm']:
78        SGData['SGSys'] = SysSym[6]
79    elif SGData['SGLaue'] in ['m3','m3m']:
80        SGData['SGSys'] = SysSym[7]
81    return SGInfo[8],SGData
82
83def SGErrors(IErr):
84    '''Interprets the error message code from SpcGroup. Used in SpaceGroup.
85    input:  SGError, from SpcGroup
86    returns a string with the error message or "Unknown error"
87    '''
88
89    ErrString = [' ',
90        'Less than 2 operator fields were found',
91        'Illegal Lattice type, not P, A, B, C, I, F or R',
92        'Rhombohedral lattice requires a 3-axis',
93        'Minus sign does not preceed 1, 2, 3, 4 or 6',
94        'Either a 5-axis anywhere or a 3-axis in field not allowed',
95        ' ',
96        'I for COMPUTED GO TO out of range.',
97        'An a-glide mirror normal to A not allowed',
98        'A b-glide mirror normal to B not allowed',
99        'A c-glide mirror normal to C not allowed',
100        'D-glide in a primitive lattice not allowed',
101        'A 4-axis not allowed in the 2nd operator field',
102        'A 6-axis not allowed in the 2nd operator field',
103        'More than 24 matrices needed to define group',
104        ' ',
105        'Improper construction of a rotation operator',
106        'Mirror following a / not allowed',
107        'A translation conflict between operators',
108        'The 2bar operator is not allowed',
109        '3 fields are legal only in R & m3 cubic groups',
110        'Syntax error. Expected I -4 3 d at this point',
111        ' ',
112        'A or B centered tetragonal not allowed',
113        ' ','unknown error in sgroup',' ',' ',' ',
114        'Illegal character in the space group symbol',
115        ]
116    try:
117        return ErrString[IErr]
118    except:
119        return "Unknown error"
120   
121def SGPrint(SGData):
122    '''
123    Print the output of SpcGroup in a nicely formatted way. Used in SpaceGroup
124    input:  SGData, from SpcGroup
125    returns a list of strings with the space group details
126    '''
127    XYZ = ('-Z ','-Y ','-X ','X-Y','ERR','Y-X',' X ',' Y ',' Z ','+X ','+Y ','+Z ')
128    TRA = ('   ','ERR','1/6','1/4','1/3','ERR','1/2','ERR','2/3','3/4','5/6','ERR')
129    POL = (' ','x','y','x y','z','x z','y z','xyz','111')
130    Mult = len(SGData['SGCen'])*len(SGData['SGOps'])*(int(SGData['SGInv'])+1)
131    NP = [1,2,4]
132    NPZ = [0,1]
133    for M,T in SGData['SGOps']:
134        for i in range(3):
135            if M[i][i] <= 0.: NP[i] = 0
136        if M[0][2] > 0: NPZ[0] = 8
137        if M[1][2] > 0: NPZ[1] = 0
138    NPol = (NP[0]+NP[1]+NP[2]+NPZ[0]*NPZ[1])*(1-int(SGData['SGInv']))
139    SGText = []
140    SGText.append('Space Group '+SGData['SpGrp'])
141    CentStr = 'centrosymmetric'
142    if not SGData['SGInv']:
143        CentStr = 'non'+CentStr
144    if SGData['SGLatt'] in 'ABCIFR':
145        SGText.append('The lattice is '+CentStr+' '+SGData['SGLatt']+'-centered '+SGData['SGSys'].lower())
146    else:
147        SGText.append('The lattice is '+CentStr+' '+'primitive '+SGData['SGSys'].lower())       
148    SGText.append('Multiplicity of a general site is '+str(Mult))
149    SGText.append('The Laue symmetry is '+SGData['SGLaue'])
150    if SGData['SGUniq'] in ['a','b','c']:
151        SGText.append('The unique monoclinic axis is '+SGData['SGUniq'])
152    if SGData['SGInv']:
153        SGText.append('The inversion center is located at 0,0,0')
154    if NPol:
155        SGText.append('The location of the origin is arbitrary in '+POL[NPol])
156    SGText.append('\n'+'The equivalent positions are:')
157    if SGData['SGLatt'] in 'A':
158        SGText.append('\n'+'    (0,0,0; 0,1/2,1/2)+')
159    elif SGData['SGLatt'] in 'B':
160        SGText.append('\n'+'    (0,0,0; 1/2,0,1/2)+')
161    elif SGData['SGLatt'] in 'C':
162        SGText.append('\n'+'    (0,0,0; 1/2,1/2,0)+')
163    elif SGData['SGLatt'] in 'I':
164        SGText.append('\n'+'    (0,0,0; 1/2,1/2,1/2)+')
165    elif SGData['SGLatt'] in 'F':
166        SGText.append('\n'+'    (0,0,0; 0,1/2,1/2; 1/2,0,1/2; 1/2,1/2,0)+')
167    elif SGData['SGLatt'] in 'R':
168        SGText.append('\n'+'    (0,0,0; 1/3,2/3,2/3; 2/3,1/3,1/3)+')
169    if SGData['SGLaue'] in ['-1','2/m','mmm','4/m','4/mmm']:
170        Ncol = 2
171    else:
172        Ncol = 3
173    line = ''
174    for iop,[M,T] in enumerate(SGData['SGOps']):
175        if iop % Ncol == 0:
176            SGText.append(line)       
177            line = ''
178        Fld = '(%2i) ' % (iop+1)
179        for j in range(3):
180            IJ = int(round(2*M[j][0]+3*M[j][1]+4*M[j][2]+4)) % 12
181            IK = int(round(T[j]*12)) % 12
182            if IK > 0 and IJ > 4: IJ += 3
183            Fld += TRA[IK]+XYZ[IJ]
184            if j != 2: Fld += ','
185        line += Fld
186    SGText.append(line)       
187    return SGText
188   
189def SpaceGroup(SgSym):
190    '''
191    Print the output of SpcGroup in a nicely formatted way.
192      input: space group symbol (string) with spaces between axial fields
193      returns nothing
194    '''
195    E,A = SpcGroup(SgSym)
196    if E > 0:
197        print SGErrors(E)
198        return
199    for l in SGPrint(A):
200        print l
201
202def MoveToUnitCell(XYZ):
203    '''
204    Translates a set of coordinates so that all values are >=0 and < 1
205      input: a list or numpy array of any length. Note that the object is modified  in place.
206      output: none
207    '''
208    for i,x in enumerate(XYZ):
209        x = ((x % 1.0)+1.0) % 1.0
210        if x > 0.9999: x = 0.0
211        XYZ[i] = x
212       
213def GenAtom(XYZ,SGData,ifAll=False):
214    '''
215    Generates the equivalent positions for a specified coordinate and space group
216    input: 
217       XYZ an array, tuple or list containing 3 elements: x, y & z
218       SGData, from SpcGroup
219       ifAll=True causes the return to provide the unique set of
220                  equivalent positions
221            =False causes the input position to be repeated. This is the default,
222                   but why someone would want this, I am not sure.
223    Returns a list of two element tuples:
224       The first element is the coordinate as a three-element array and
225       the second describes the symmetry used to generate the site, of form [-][C]SS
226          C indicates a centering operation was used (omitted if the 1st, [0,0,0])
227          SS is the symmetry operator number (1-24)
228          - indicates the center of symmetry was used (omitted otherwise)     
229    '''
230    XYZEquiv = []
231    Idup = []
232    X = np.array(XYZ)
233    MoveToUnitCell(X)
234    XYZEquiv.append(np.array(X))
235    Idup.append(1)
236    for ic,cen in enumerate(SGData['SGCen']):
237        C = np.array(cen)
238        for invers in range(int(SGData['SGInv']+1)):
239            for io,ops in enumerate(SGData['SGOps']):
240                idup = ((io+1)+100*ic)*(1-2*invers)
241                T = np.array(ops[1])
242                M =  np.array(ops[0])
243                newX = np.sum(M*X,axis=1)+T
244                if invers:
245                    newX = -newX
246                newX += C
247                MoveToUnitCell(newX)
248                New = True
249                if ifAll:
250                    if np.allclose(newX,X,atol=0.0002):
251                        New = False
252                        idup = 0                   
253                    XYZEquiv.append(newX)
254                else:
255                    for oldX in XYZEquiv[:-1]:
256                        if np.allclose(newX,oldX,atol=0.0002):
257                            New = False
258                            idup = 0
259                    if New or ifAll:
260                        XYZEquiv.append(newX)
261                if ifAll and len(XYZEquiv) == 2:
262                    Idup.append(1)
263                else:
264                    Idup.append(idup)
265    if ifAll:
266        return zip(XYZEquiv[1:],Idup[1:])                  #eliminate duplicate initial entry
267    else:
268        return zip(XYZEquiv,Idup)
269                                   
270def GetOprPtrName(key):           
271    OprPtrName = {
272        '-6643':[   2,' 1bar ', 1],'6479' :[  10,'  2z  ', 2],'-6479':[   9,'  mz  ', 3],
273        '6481' :[   7,'  my  ', 4],'-6481':[   6,'  2y  ', 5],'6641' :[   4,'  mx  ', 6],
274        '-6641':[   3,'  2x  ', 7],'6591' :[  28,' m+-0 ', 8],'-6591':[  27,' 2+-0 ', 9],
275        '6531' :[  25,' m110 ',10],'-6531':[  24,' 2110 ',11],'6537' :[  61,'  4z  ',12],
276        '-6537':[  62,' -4z  ',13],'975'  :[  68,' 3+++1',14],'6456' :[ 114,'  3z1 ',15],
277        '-489' :[  73,' 3+-- ',16],'483'  :[  78,' 3-+- ',17],'-969' :[  83,' 3--+ ',18],
278        '819'  :[  22,' m+0- ',19],'-819' :[  21,' 2+0- ',20],'2431' :[  16,' m0+- ',21],
279        '-2431':[  15,' 20+- ',22],'-657' :[  19,' m101 ',23],'657'  :[  18,' 2101 ',24],
280        '1943' :[  48,' -4x  ',25],'-1943':[  47,'  4x  ',26],'-2429':[  13,' m011 ',27],
281        '2429' :[  12,' 2011 ',28],'639'  :[  55,' -4y  ',29],'-639' :[  54,'  4y  ',30],
282        '-6484':[ 146,' 2010 ', 4],'6484' :[ 139,' m010 ', 5],'-6668':[ 145,' 2100 ', 6],
283        '6668' :[ 138,' m100 ', 7],'-6454':[ 148,' 2120 ',18],'6454' :[ 141,' m120 ',19],
284        '-6638':[ 149,' 2210 ',20],'6638' :[ 142,' m210 ',21],              #search ends here
285        '2223' :[  68,' 3+++2',39],
286        '6538' :[ 106,'  6z1 ',40],'-2169':[  83,' 3--+2',41],'2151' :[  73,' 3+--2',42],
287        '2205' :[  79,'-3-+-2',43],'-2205':[  78,' 3-+-2',44],'489'  :[  74,'-3+--1',45],
288        '801'  :[  53,'  4y1 ',46],'1945' :[  47,'  4x3 ',47],'-6585':[  62,' -4z3 ',48],
289        '6585' :[  61,'  4z3 ',49],'6584' :[ 114,'  3z2 ',50],'6666' :[ 106,'  6z5 ',51],
290        '6643' :[   1,' Iden ',52],'-801' :[  55,' -4y1 ',53],'-1945':[  48,' -4x3 ',54],
291        '-6666':[ 105,' -6z5 ',55],'-6538':[ 105,' -6z1 ',56],'-2223':[  69,'-3+++2',57],
292        '-975' :[  69,'-3+++1',58],'-6456':[ 113,' -3z1 ',59],'-483' :[  79,'-3-+-1',60],
293        '969'  :[  84,'-3--+1',61],'-6584':[ 113,' -3z2 ',62],'2169' :[  84,'-3--+2',63],
294        '-2151':[  74,'-3+--2',64],'0':[0,' ????',0]
295        }
296    return OprPtrName[key]
297
298def GetKNsym(key):
299    KNsym = {
300        '0'         :'    1   ','1'         :'   -1   ','64'        :'  2(100)','32'        :'  m(100)',
301        '97'        :'2/m(100)','16'        :'  2(010)','8'         :'  m(010)','25'        :'2/m(010)',
302        '2'         :'  2(001)','4'         :'  m(001)','7'         :'2/m(001)','134217728' :'  2(011)',
303        '67108864'  :'  m(011)','201326593' :'2/m(011)','2097152'   :'  2(0+-)','1048576'   :'  m(0+-)',
304        '3145729'   :'2/m(0+-)','8388608'   :'  2(101)','4194304'   :'  m(101)','12582913'  :'2/m(101)',
305        '524288'    :'  2(+0-)','262144'    :'  m(+0-)','796433'    :'2/m(+0-)','1024'      :'  2(110)',
306        '512'       :'  m(110)','1537'      :'2/m(110)','256'       :'  2(+-0)','128'       :'  m(+-0)',
307        '385'       :'2/m(+-0)','76'        :'mm2(100)','52'        :'mm2(010)','42'        :'mm2(001)',
308        '135266336' :'mm2(011)','69206048'  :'mm2(0+-)','8650760'   :'mm2(101)','4718600'   :'mm2(+0-)',
309        '1156'      :'mm2(110)','772'       :'mm2(+-0)','82'        :'  222   ','136314944' :'222(100)',
310        '8912912'   :'222(010)','1282'      :'222(001)','127'       :'  mmm   ','204472417' :'mmm(100)',
311        '13369369'  :'mmm(010)','1927'      :'mmm(001)','33554496'  :'  4(100)','16777280'  :' -4(100)',
312        '50331745'  :'4/m(100)','169869394' :'422(100)','84934738'  :'-42m 100','101711948' :'4mm(100)',
313        '254804095' :'4/mmm100','536870928 ':'  4(010)','268435472' :' -4(010)','805306393' :'4/m (10)',
314        '545783890' :'422(010)','272891986' :'-42m 010','541327412' :'4mm(010)','818675839' :'4/mmm010',
315        '2050'      :'  4(001)','4098'      :' -4(001)','6151'      :'4/m(001)','3410'      :'422(001)',
316        '4818'      :'-42m 001','2730'      :'4mm(001)','8191'      :'4/mmm001','8192'      :'  3(111)',
317        '8193'      :' -3(111)','2629888'   :' 32(111)','1319040'   :' 3m(111)','3940737'   :'-3m(111)',
318        '32768'     :'  3(+--)','32769'     :' -3(+--)','10519552'  :' 32(+--)','5276160'   :' 3m(+--)',
319        '15762945'  :'-3m(+--)','65536'     :'  3(-+-)','65537'     :' -3(-+-)','134808576' :' 32(-+-)',
320        '67437056'  :' 3m(-+-)','202180097' :'-3m(-+-)','131072'    :'  3(--+)','131073'    :' -3(--+)',
321        '142737664' :' 32(--+)','71434368'  :' 3m(--+)','214040961' :'-3m(--+)','237650'    :'   23   ',
322        '237695'    :'   m3   ','715894098' :'   432  ','358068946' :'  -43m  ','1073725439':'   m3m  ',
323        '68157504'  :' mm2d100','4456464'   :' mm2d010','642'       :' mm2d001','153092172' :'-4m2 100',
324        '277348404' :'-4m2 010','5418'      :'-4m2 001','1075726335':'  6/mmm ','1074414420':'-6m2 100',
325        '1075070124':'-6m2 120','1075069650':'   6mm  ','1074414890':'   622  ','1073758215':'   6/m  ',
326        '1073758212':'   -6   ','1073758210':'    6   ','1073759865':'-3m(100)','1075724673':'-3m(120)',
327        '1073758800':' 3m(100)','1075069056':' 3m(120)','1073759272':' 32(100)','1074413824':' 32(120)',
328        '1073758209':'   -3   ','1073758208':'    3   ','1074135143':'mmm(100)','1075314719':'mmm(010)',
329        '1073743751':'mmm(110)','1074004034':' mm2z100','1074790418':' mm2z010','1073742466':' mm2z110',
330        '1074004004':'mm2(100)','1074790412':'mm2(010)','1073742980':'mm2(110)','1073872964':'mm2(120)',
331        '1074266132':'mm2(210)','1073742596':'mm2(+-0)','1073872930':'222(100)','1074266122':'222(010)',
332        '1073743106':'222(110)','1073741831':'2/m(001)','1073741921':'2/m(100)','1073741849':'2/m(010)',
333        '1073743361':'2/m(110)','1074135041':'2/m(120)','1075314689':'2/m(210)','1073742209':'2/m(+-0)',
334        '1073741828':' m(001) ','1073741888':' m(100) ','1073741840':' m(010) ','1073742336':' m(110) ',
335        '1074003968':' m(120) ','1074790400':' m(210) ','1073741952':' m(+-0) ','1073741826':' 2(001) ',
336        '1073741856':' 2(100) ','1073741832':' 2(010) ','1073742848':' 2(110) ','1073872896':' 2(120) ',
337        '1074266112':' 2(210) ','1073742080':' 2(+-0) ','1073741825':'   -1   '
338        }
339    return KNsym[key]       
340
341def GetNXUPQsym(siteSym):       
342    NXUPQsym = {
343        '    1   ':(28,29,28,28),'   -1   ':( 1,29,28, 0),'  2(100)':(12,18,12,25),'  m(100)':(25,18,12,25),
344        '2/m(100)':( 1,18, 0,-1),'  2(010)':(13,17,13,24),'  m(010)':(24,17,13,24),'2/m(010)':( 1,17, 0,-1),
345        '  2(001)':(14,16,14,23),'  m(001)':(23,16,14,23),'2/m(001)':( 1,16, 0,-1),'  2(011)':(10,23,10,22),
346        '  m(011)':(22,23,10,22),'2/m(011)':( 1,23, 0,-1),'  2(0+-)':(11,24,11,21),'  m(0+-)':(21,24,11,21),
347        '2/m(0+-)':( 1,24, 0,-1),'  2(101)':( 8,21, 8,20),'  m(101)':(20,21, 8,20),'2/m(101)':( 1,21, 0,-1),
348        '  2(+0-)':( 9,22, 9,19),'  m(+0-)':(19,22, 9,19),'2/m(+0-)':( 1,22, 0,-1),'  2(110)':( 6,19, 6,18),
349        '  m(110)':(18,19, 6,18),'2/m(110)':( 1,19, 0,-1),'  2(+-0)':( 7,20, 7,17),'  m(+-0)':(17,20, 7,17),
350        '2/m(+-0)':( 1,20, 0,-1),'mm2(100)':(12,10, 0,-1),'mm2(010)':(13,10, 0,-1),'mm2(001)':(14,10, 0,-1),
351        'mm2(011)':(10,13, 0,-1),'mm2(0+-)':(11,13, 0,-1),'mm2(101)':( 8,12, 0,-1),'mm2(+0-)':( 9,12, 0,-1),
352        'mm2(110)':( 6,11, 0,-1),'mm2(+-0)':( 7,11, 0,-1),'  222   ':( 1,10, 0,-1),'222(100)':( 1,13, 0,-1),
353        '222(010)':( 1,12, 0,-1),'222(001)':( 1,11, 0,-1),'  mmm   ':( 1,10, 0,-1),'mmm(100)':( 1,13, 0,-1),
354        'mmm(010)':( 1,12, 0,-1),'mmm(001)':( 1,11, 0,-1),'  4(100)':(12, 4,12, 0),' -4(100)':( 1, 4,12, 0),
355        '4/m(100)':( 1, 4,12,-1),'422(100)':( 1, 4, 0,-1),'-42m 100':( 1, 4, 0,-1),'4mm(100)':(12, 4, 0,-1),
356        '4/mmm100':( 1, 4, 0,-1),'  4(010)':(13, 3,13, 0),' -4(010)':( 1, 3,13, 0),'4/m (10)':( 1, 3,13,-1),
357        '422(010)':( 1, 3, 0,-1),'-42m 010':( 1, 3, 0,-1),'4mm(010)':(13, 3, 0,-1),'4/mmm010':(1, 3, 0,-1,),
358        '  4(001)':(14, 2,14, 0),' -4(001)':( 1, 2,14, 0),'4/m(001)':( 1, 2,14,-1),'422(001)':( 1, 2, 0,-1),
359        '-42m 001':( 1, 2, 0,-1),'4mm(001)':(14, 2, 0,-1),'4/mmm001':( 1, 2, 0,-1),'  3(111)':( 2, 5, 2, 0),
360        ' -3(111)':( 1, 5, 2, 0),' 32(111)':( 1, 5, 0, 2),' 3m(111)':( 2, 5, 0, 2),'-3m(111)':( 1, 5, 0,-1),
361        '  3(+--)':( 5, 8, 5, 0),' -3(+--)':( 1, 8, 5, 0),' 32(+--)':( 1, 8, 0, 5),' 3m(+--)':( 5, 8, 0, 5),
362        '-3m(+--)':( 1, 8, 0,-1),'  3(-+-)':( 4, 7, 4, 0),' -3(-+-)':( 1, 7, 4, 0),' 32(-+-)':( 1, 7, 0, 4),
363        ' 3m(-+-)':( 4, 7, 0, 4),'-3m(-+-)':( 1, 7, 0,-1),'  3(--+)':( 3, 6, 3, 0),' -3(--+)':( 1, 6, 3, 0),
364        ' 32(--+)':( 1, 6, 0, 3),' 3m(--+)':( 3, 6, 0, 3),'-3m(--+)':( 1, 6, 0,-1),'   23   ':( 1, 1, 0, 0),
365        '   m3   ':( 1, 1, 0, 0),'   432  ':( 1, 1, 0, 0),'  -43m  ':( 1, 1, 0, 0),'   m3m  ':( 1, 1, 0, 0),
366        ' mm2d100':(12,13, 0,-1),' mm2d010':(13,12, 0,-1),' mm2d001':(14,11, 0,-1),'-4m2 100':( 1, 4, 0,-1),
367        '-4m2 010':( 1, 3, 0,-1),'-4m2 001':( 1, 2, 0,-1),'  6/mmm ':( 1, 9, 0,-1),'-6m2 100':( 1, 9, 0,-1),
368        '-6m2 120':( 1, 9, 0,-1),'   6mm  ':(14, 9, 0,-1),'   622  ':( 1, 9, 0,-1),'   6/m  ':( 1, 9,14,-1),
369        '   -6   ':( 1, 9,14, 0),'    6   ':(14, 9,14, 0),'-3m(100)':( 1, 9, 0,-1),'-3m(120)':( 1, 9, 0,-1),
370        ' 3m(100)':(14, 9, 0,14),' 3m(120)':(14, 9, 0,14),' 32(100)':( 1, 9, 0,14),' 32(120)':( 1, 9, 0,14),
371        '   -3   ':( 1, 9,14, 0),'    3   ':(14, 9,14, 0),'mmm(100)':( 1,14, 0,-1),'mmm(010)':( 1,15, 0,-1),
372        'mmm(110)':( 1,11, 0,-1),' mm2z100':(14,14, 0,-1),' mm2z010':(14,15, 0,-1),' mm2z110':(14,11, 0,-1),
373        'mm2(100)':(12,14, 0,-1),'mm2(010)':(13,15, 0,-1),'mm2(110)':( 6,11, 0,-1),'mm2(120)':(15,14, 0,-1),
374        'mm2(210)':(16,15, 0,-1),'mm2(+-0)':( 7,11, 0,-1),'222(100)':( 1,14, 0,-1),'222(010)':( 1,15, 0,-1),
375        '222(110)':( 1,11, 0,-1),'2/m(001)':( 1,16,14,-1),'2/m(100)':( 1,25,12,-1),'2/m(010)':( 1,28,13,-1),
376        '2/m(110)':( 1,19, 6,-1),'2/m(120)':( 1,27,15,-1),'2/m(210)':( 1,26,16,-1),'2/m(+-0)':( 1,20,17,-1),
377        ' m(001) ':(23,16,14,23),' m(100) ':(26,25,12,26),' m(010) ':(27,28,13,27),' m(110) ':(18,19, 6,18),
378        ' m(120) ':(24,27,15,24),' m(210) ':(25,26,16,25),' m(+-0) ':(17,20, 7,17),' 2(001) ':(14,16,14,23),
379        ' 2(100) ':(12,25,12,26),' 2(010) ':(13,28,13,27),' 2(110) ':( 6,19, 6,18),' 2(120) ':(15,27,15,24),
380        ' 2(210) ':(16,26,16,25),' 2(+-0) ':( 7,20, 7,17),'   -1   ':( 1,29,28, 0)
381        }
382    return NXUPQsym[siteSym]
383
384def GetCSxinel(siteSym): 
385    CSxinel = [[],                         # 0th empty - indices are Fortran style
386        [[0,0,0],[ 0.0, 0.0, 0.0]],      #  0  0  0
387        [[1,1,1],[ 1.0, 1.0, 1.0]],      #  X  X  X
388        [[1,1,1],[ 1.0, 1.0,-1.0]],      #  X  X -X
389        [[1,1,1],[ 1.0,-1.0, 1.0]],      #  X -X  X
390        [[1,1,1],[ 1.0,-1.0,-1.0]],      # -X  X  X
391        [[1,1,0],[ 1.0, 1.0, 0.0]],      #  X  X  0
392        [[1,1,0],[ 1.0,-1.0, 0.0]],      #  X -X  0
393        [[1,0,1],[ 1.0, 0.0, 1.0]],      #  X  0  X
394        [[1,0,1],[ 1.0, 0.0,-1.0]],      #  X  0 -X
395        [[0,1,1],[ 0.0, 1.0, 1.0]],      #  0  Y  Y
396        [[0,1,1],[ 0.0, 1.0,-1.0]],      #  0  Y -Y
397        [[1,0,0],[ 1.0, 0.0, 0.0]],      #  X  0  0
398        [[0,1,0],[ 0.0, 1.0, 0.0]],      #  0  Y  0
399        [[0,0,1],[ 0.0, 0.0, 1.0]],      #  0  0  Z
400        [[1,1,0],[ 1.0, 2.0, 0.0]],      #  X 2X  0
401        [[1,1,0],[ 2.0, 1.0, 0.0]],      # 2X  X  0
402        [[1,1,2],[ 1.0, 1.0, 1.0]],      #  X  X  Z
403        [[1,1,2],[ 1.0,-1.0, 1.0]],      #  X -X  Z
404        [[1,2,1],[ 1.0, 1.0, 1.0]],      #  X  Y  X
405        [[1,2,1],[ 1.0, 1.0,-1.0]],      #  X  Y -X
406        [[1,2,2],[ 1.0, 1.0, 1.0]],      #  X  Y  Y
407        [[1,2,2],[ 1.0, 1.0,-1.0]],      #  X  Y -Y
408        [[1,2,0],[ 1.0, 1.0, 0.0]],      #  X  Y  0
409        [[1,0,2],[ 1.0, 0.0, 1.0]],      #  X  0  Z
410        [[0,1,2],[ 0.0, 1.0, 1.0]],      #  0  Y  Z
411        [[1,1,2],[ 1.0, 2.0, 1.0]],      #  X 2X  Z
412        [[1,1,2],[ 2.0, 1.0, 1.0]],      # 2X  X  Z
413        [[1,2,3],[ 1.0, 1.0, 1.0]],      #  X  Y  Z
414        ]
415    indx = GetNXUPQsym(siteSym)
416    return CSxinel[indx[0]]
417   
418def GetCSuinel(siteSym):
419    CSuinel = [[],                                             # 0th empty - indices are Fortran style
420        [[1,1,1,0,0,0],[ 1.0, 1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0]],    #  A  A  A  0  0  0
421        [[1,1,2,0,0,0],[ 1.0, 1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0]],    #  A  A  C  0  0  0
422        [[1,2,1,0,0,0],[ 1.0, 1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0]],    #  A  B  A  0  0  0
423        [[1,2,2,0,0,0],[ 1.0, 1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0]],    #  A  B  B  0  0  0
424        [[1,1,1,2,2,2],[ 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0]],    #  A  A  A  D  D  D
425        [[1,1,1,2,2,2],[ 1.0, 1.0, 1.0, 1.0,-1.0,-1.0]],    #  A  A  A  D -D -D
426        [[1,1,1,2,2,2],[ 1.0, 1.0, 1.0, 1.0,-1.0, 1.0]],    #  A  A  A  D -D  D
427        [[1,1,1,2,2,2],[ 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0,-1.0]],    #  A  A  A  D  D -D
428        [[1,1,2,1,0,0],[ 1.0, 1.0, 1.0, 0.5, 0.0, 0.0]],    #  A  A  C A/2 0  0
429        [[1,2,3,0,0,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0]],    #  A  B  C  0  0  0
430        [[1,1,2,3,0,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 0.0, 0.0]],    #  A  A  C  D  0  0
431        [[1,2,1,0,3,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 0.0, 1.0, 0.0]],    #  A  B  A  0  E  0
432        [[1,2,2,0,0,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 1.0]],    #  A  B  B  0  0  F
433        [[1,2,3,2,0,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 0.5, 0.0, 0.0]],    #  A  B  C B/2 0  0
434        [[1,2,3,1,0,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 0.5, 0.0, 0.0]],    #  A  B  C A/2 0  0
435        [[1,2,3,4,0,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 0.0, 0.0]],    #  A  B  C  D  0  0
436        [[1,2,3,0,4,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 0.0, 1.0, 0.0]],    #  A  B  C  0  E  0
437        [[1,2,3,0,0,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 0.0, 0.0, 1.0]],    #  A  B  C  0  0  F
438        [[1,1,2,3,4,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0,-1.0]],    #  A  A  C  D  E -E
439        [[1,1,2,3,4,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0]],    #  A  A  C  D  E  E
440        [[1,2,1,3,4,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0,-1.0]],    #  A  B  A  D  E -D
441        [[1,2,1,3,4,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0]],    #  A  B  A  D  E  D
442        [[1,2,2,3,3,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 1.0,-1.0, 1.0]],    #  A  B  B  D -D  F
443        [[1,2,2,3,3,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0]],    #  A  B  B  D  D  F
444        [[1,2,3,2,4,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 0.5, 0.5, 1.0]],    #  A  B  C B/2 F/2 F
445        [[1,2,3,1,0,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 0.5, 0.0, 1.0]],    #  A  B  C A/2  0  F
446        [[1,2,3,2,4,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 0.5, 1.0, 0.0]],    #  A  B  C B/2  E  0
447        [[1,2,3,1,4,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 0.5, 1.0, 0.5]],    #  A  B  C A/2  E E/2
448        [[1,2,3,4,5,],[ 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0]],    #  A  B  C  D  E   F
449        ]
450    indx = GetNXUPQsym(siteSym)
451    return CSuinel[indx[1]]
452       
453def SytSym(XYZ,SGData):
454    '''
455    Generates the number of equivalent positions and a site symmetry code for a specified coordinate and space group
456    input: 
457       XYZ: an array, tuple or list containing 3 elements: x, y & z
458       SGData: from SpcGroup
459    Returns a two element tuple:
460       The 1st element is a code for the site symmetry (see GetOprPtrName)
461       The 2nd element is the site multiplicity
462    '''
463    def PackRot(SGOps):
464        IRT = []
465        for ops in SGOps:
466            M = ops[0]
467            irt = 0
468            for j in range(2,-1,-1):
469                for k in range(2,-1,-1):
470                    irt *= 3
471                    irt += M[k][j]
472            IRT.append(int(irt))
473        return IRT
474       
475    SymName = ''
476    Mult = 1
477    Isym = 0
478    if SGData['SGLaue'] in ['3','3m1','31m','6/m','6/mmm']:
479        Isym = 1073741824
480    Jdup = 1
481    Xeqv = GenAtom(XYZ,SGData,True)
482    IRT = PackRot(SGData['SGOps'])
483    L = -1
484    for ic,cen in enumerate(SGData['SGCen']):
485        for invers in range(int(SGData['SGInv']+1)):
486            for io,ops in enumerate(SGData['SGOps']):
487                irtx = (1-2*invers)*IRT[io]
488                L += 1
489                if not Xeqv[L][1]:
490                    Jdup += 1
491                    jx = GetOprPtrName(str(irtx))
492                    if jx[2] < 39:
493                        Isym += 2**(jx[2]-1)
494    if Isym == 1073741824: Isym = 0
495    Mult = len(SGData['SGOps'])*len(SGData['SGCen'])*(int(SGData['SGInv'])+1)/Jdup
496         
497    return GetKNsym(str(Isym)),Mult
498   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.