source: trunk/GSASIIpwdGUI.py @ 1613

Last change on this file since 1613 was 1613, checked in by vondreele, 8 years ago

missing menu items in PDF controls
trap PDF plotting if no PDF to plot
some more on SS refinement constraints
Begin implementation of SStructureFactor & SStructureFactorDerv

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 210.6 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIpwdGUI - powder data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2014-12-19 15:04:21 +0000 (Fri, 19 Dec 2014) $
5# $Author: vondreele $
6# $Revision: 1613 $
7# $URL: trunk/GSASIIpwdGUI.py $
8# $Id: GSASIIpwdGUI.py 1613 2014-12-19 15:04:21Z vondreele $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIpwdGUI: Powder Pattern GUI routines*
12-------------------------------------------
13
14Used to define GUI controls for the routines that interact
15with the powder histogram (PWDR) data tree items.
16
17'''
18import sys
19import os.path
20import wx
21import wx.grid as wg
22import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
23import numpy as np
24import numpy.ma as ma
25import math
26import time
27import copy
28import random as ran
29import cPickle
30import GSASIIpath
31GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1613 $")
32import GSASIImath as G2mth
33import GSASIIpwd as G2pwd
34import GSASIIIO as G2IO
35import GSASIIlattice as G2lat
36import GSASIIspc as G2spc
37import GSASIIindex as G2indx
38import GSASIIplot as G2plt
39import GSASIIgrid as G2gd
40import GSASIIElemGUI as G2elemGUI
41import GSASIIElem as G2elem
42import GSASIIsasd as G2sasd
43import GSASIIexprGUI as G2exG
44VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
45WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
46Pwr10 = unichr(0x0b9)+unichr(0x0b0)
47Pwr20 = unichr(0x0b2)+unichr(0x0b0)
48Pwrm1 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b9)
49Pwrm2 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b2)
50Pwrm4 = unichr(0x207b)+unichr(0x2074)   #really -d but looks like -4 as a superscript
51# trig functions in degrees
52sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
53tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
54cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
55asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
56   
57def IsHistogramInAnyPhase(G2frame,histoName):
58    'Needs a doc string'
59    phases = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
60    if phases:
61        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(phases)
62        while item:
63            data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
64            histoList = data['Histograms'].keys()
65            if histoName in histoList:
66                return G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
67            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(phases, cookie)
68        return False
69    else:
70        return False
71
72def SetDefaultSample():
73    'Fills in default items for the Sample dictionary'
74    return {
75        'InstrName':'',
76        'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
77        'Scale':[1.0,True],'Type':'Debye-Scherrer','Absorption':[0.0,False],
78        'DisplaceX':[0.0,False],'DisplaceY':[0.0,False],'Diffuse':[],
79        'Temperature':300.,'Pressure':0.1,'Time':0.0,
80        'FreePrm1':0.,'FreePrm2':0.,'FreePrm3':0.,
81        'Gonio. radius':200.0,
82        'Omega':0.0,'Chi':0.0,'Phi':0.0,
83#SASD items
84        'Materials':[{'Name':'vacuum','VolFrac':1.0,},{'Name':'vacuum','VolFrac':0.0,}],
85        'Thick':1.0,'Contrast':[0.0,0.0],       #contrast & anomalous contrast
86        'Trans':1.0,                            #measured transmission
87        'SlitLen':0.0,                          #Slit length - in Q(A-1)
88        }
89def SetupSampleLabels(histName,dataType,histType):
90    '''Setup a list of labels and number formatting for use in
91    labeling sample parameters.
92    :param str histName: Name of histogram, ("PWDR ...")
93    :param str dataType:
94    '''
95    parms = []
96    parms.append(['Scale','Histogram scale factor: ',[10,4]])
97    if 'C' in histType:
98        parms.append(['Gonio. radius','Goniometer radius (mm): ',[10,3]])
99    if 'PWDR' in histName:
100        if dataType == 'Debye-Scherrer':
101            parms += [['DisplaceX',u'Sample X displ. perp. to beam (\xb5m): ',[10,3]],
102                ['DisplaceY',u'Sample Y displ. || to beam (\xb5m): ',[10,3]],
103                ['Absorption',u'Sample absorption (\xb5\xb7r): ',[10,4]],]
104            if 'T' in histType:
105                parms[-1] = ['Absorption',u'Sample absorption (\xb5\xb7r/l): ',[10,4]]
106        elif dataType == 'Bragg-Brentano':
107            parms += [['Shift',u'Sample displacement(\xb5m): ',[10,4]],
108                ['Transparency',u'Sample transparency(1/\xb5eff, cm): ',[10,3]],
109                ['SurfRoughA','Surface roughness A: ',[10,4]],
110                ['SurfRoughB','Surface roughness B: ',[10,4]]]
111    elif 'SASD' in histName:
112        parms.append(['Thick','Sample thickness (mm)',[10,3]])
113        parms.append(['Trans','Transmission (meas)',[10,3]])
114        parms.append(['SlitLen',u'Slit length (Q,\xc5'+Pwrm1+')',[10,3]])
115    parms.append(['Omega','Goniometer omega:',[10,3]])
116    parms.append(['Chi','Goniometer chi:',[10,3]])
117    parms.append(['Phi','Goniometer phi:',[10,3]])
118    parms.append(['Time','Clock time (s)',[12,3]])
119    parms.append(['Temperature','Sample temperature (K): ',[10,3]])
120    parms.append(['Pressure','Sample pressure (MPa): ',[10,3]])
121    return parms
122
123def SetDefaultSASDModel():
124    'Fills in default items for the SASD Models dictionary'   
125    return {'Back':[0.0,False],'Size':{'MinDiam':50,'MaxDiam':10000,'Nbins':100,'logBins':True,'Method':'MaxEnt','Distribution':[],
126        'Shape':['Spheroid',1.0],'MaxEnt':{'Niter':100,'Precision':0.01,'Sky':-3},
127        'IPG':{'Niter':100,'Approach':0.8,'Power':-1},'Reg':{},},           
128        'Particle':{'Matrix':{'Name':'vacuum','VolFrac':[0.0,False]},'Levels':[],},
129        'Current':'Size dist.','BackFile':'',
130        }
131       
132def SetDefaultSubstances():
133    'Fills in default items for the SASD Substances dictionary'
134    return {'Substances':{'vacuum':{'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':0.0,'Scatt density':0.0}}}
135
136def GetHistsLikeSelected(G2frame):
137    '''Get the histograms that match the current selected one:
138    The histogram prefix and data type (PXC etc.), the number of
139    wavelengths and the instrument geometry (Debye-Scherrer etc.)
140    must all match. The current histogram is not included in the list.
141
142    :param wx.Frame G2frame: pointer to main GSAS-II data tree
143    '''
144    histList = []
145    inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
146        G2gd.GetPatternTreeItemId(
147            G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters')
148        )
149    hType = inst['Type'][0]
150    if 'Lam1' in inst:
151        hLam = 2
152    elif 'Lam' in inst:
153        hLam = 1
154    else:
155        hLam = 0
156    sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
157        G2gd.GetPatternTreeItemId(
158            G2frame,G2frame.PatternId, 'Sample Parameters')
159        )
160    hGeom = sample.get('Type')
161    hstName = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
162    hPrefix = hstName.split()[0]+' '
163    # cycle through tree looking for items that match the above
164    item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)       
165    while item:
166        name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
167        if name.startswith(hPrefix) and name != hstName:
168            cGeom,cType,cLam, = '?','?',-1
169            subitem, subcookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(item)
170            while subitem:
171                subname = G2frame.PatternTree.GetItemText(subitem)
172                if subname == 'Sample Parameters':
173                    sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(subitem)
174                    cGeom = sample.get('Type')
175                elif subname == 'Instrument Parameters':
176                    inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(subitem)
177                    cType = inst['Type'][0]
178                    if 'Lam1' in inst:
179                        cLam = 2
180                    elif 'Lam' in inst:
181                        cLam = 1
182                    else:
183                        cLam = 0
184                subitem, subcookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(item, subcookie)
185            if cLam == hLam and cType == hType and cGeom == hGeom:
186                if name not in histList: histList.append(name)
187        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
188    return histList
189
190def SetCopyNames(histName,dataType,addNames=[]):
191    '''Determine the items in the sample parameters that should be copied,
192    depending on the histogram type and the instrument type.
193    '''
194    copyNames = ['Scale',]
195    histType = 'HKLF'
196    if 'PWDR' in histName:
197        histType = 'PWDR'
198        if 'Debye' in dataType:
199            copyNames += ['DisplaceX','DisplaceY','Absorption']
200        else:       #Bragg-Brentano
201            copyNames += ['Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']
202    elif 'SASD' in histName:
203        histType = 'SASD'
204        copyNames += ['Materials','Thick',]
205    if len(addNames):
206        copyNames += addNames
207    return histType,copyNames
208
209def CopySelectedHistItems(G2frame):
210    '''Global copy: Copy items from current histogram to others.
211    This is called from the menubar and is available only when the top histogram tree entry
212    is selected.
213    '''
214    hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
215    histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
216    if not histList:
217        G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
218        return
219    choices = ['Limits','Background','Instrument Parameters','Sample Parameters']
220    dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
221        G2frame.dataFrame, 
222        'Copy which histogram sections from\n'+str(hst[5:]),
223        'Select copy sections', choices, filterBox=False)
224    dlg.SetSelections(range(len(choices)))
225    choiceList = []
226    if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
227        choiceList = [choices[i] for i in dlg.GetSelections()]
228    if not choiceList: return
229   
230    dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
231        G2frame.dataFrame, 
232        'Copy parameters from\n'+str(hst[5:])+' to...',
233        'Copy parameters', histList)
234    results = []
235    try:
236        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
237            results = dlg.GetSelections()
238    finally:
239        dlg.Destroy()
240    copyList = []
241    for i in results: 
242        copyList.append(histList[i])
243
244    if 'Limits' in choiceList: # Limits
245        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
246            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Limits'))
247        for item in copyList:
248            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
249            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
250                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Limits'),
251                copy.deepcopy(data))
252    if 'Background' in choiceList:  # Background
253        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
254            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Background'))
255        for item in copyList:
256            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
257            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
258                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'),
259                copy.deepcopy(data))
260    if 'Instrument Parameters' in choiceList:  # Instrument Parameters
261        # for now all items in Inst. parms are copied
262        data,data1 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
263            G2gd.GetPatternTreeItemId(
264                G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
265        for item in copyList:
266            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
267            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
268                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters')
269                )[0].update(copy.deepcopy(data))
270            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
271                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters')
272                )[1].update(copy.deepcopy(data1))
273    if 'Sample Parameters' in choiceList:  # Sample Parameters
274        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
275            G2gd.GetPatternTreeItemId(
276                G2frame,G2frame.PatternId,'Sample Parameters'))
277        # selects items to be copied
278        histType,copyNames = SetCopyNames(hst,data['Type'],
279            addNames = ['Omega','Chi','Phi','Gonio. radius','InstrName'])
280        copyDict = {parm:data[parm] for parm in copyNames}
281        for item in copyList:
282            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
283            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
284                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters')
285                ).update(copy.deepcopy(copyDict))
286                         
287################################################################################
288#####  Powder Peaks
289################################################################################           
290       
291def UpdatePeakGrid(G2frame, data):
292    '''respond to selection of PWDR powder peaks data tree item.
293    '''
294    if G2frame.dataDisplay:
295        G2frame.dataFrame.Clear()
296       
297    def OnAutoSearch(event):
298        PatternId = G2frame.PatternId
299        PickId = G2frame.PickId
300        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
301        inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
302        profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
303        x0 = profile[0]
304        iBeg = np.searchsorted(x0,limits[0])
305        iFin = np.searchsorted(x0,limits[1])
306        x = x0[iBeg:iFin]
307        y0 = profile[1][iBeg:iFin]
308        y1 = copy.copy(y0)
309        ysig = np.std(y1)
310        offset = [-1,1]
311        ymask = ma.array(y0,mask=(y0<ysig))
312        for off in offset:
313            ymask = ma.array(ymask,mask=(ymask-np.roll(y0,off)<=0.))
314        indx = ymask.nonzero()
315        mags = ymask[indx]
316        poss = x[indx]
317        refs = zip(poss,mags)
318        if 'C' in Inst['Type'][0]:   
319            refs = G2mth.sortArray(refs,0,reverse=True)     #small 2-Thetas first
320        else:   #'T'OF
321            refs = G2mth.sortArray(refs,0,reverse=False)    #big TOFs first
322        for i,ref1 in enumerate(refs):
323            for ref2 in refs[i+1:]:
324                if abs(ref2[0]-ref1[0]) < 0.1*G2pwd.getFWHM(ref1[0],inst):
325                    del(refs[i])
326        if 'C' in Inst['Type'][0]:   
327            refs = G2mth.sortArray(refs,1,reverse=True)
328        else:   #'T'OF
329            refs = G2mth.sortArray(refs,1,reverse=False)
330        for pos,mag in refs:
331            data['peaks'].append(G2mth.setPeakparms(inst,inst2,pos,mag))
332        UpdatePeakGrid(G2frame,data)
333        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
334       
335    def OnCopyPeaks(event):
336        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
337        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
338        if not histList:
339            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
340            return
341        copyList = []
342        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
343            G2frame.dataFrame, 
344            'Copy peak list from\n'+str(hst[5:])+' to...',
345            'Copy peaks', histList)
346        try:
347            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
348                for i in dlg.GetSelections():
349                    copyList.append(histList[i])
350        finally:
351            dlg.Destroy()
352        for item in copyList:
353            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
354            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
355                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Peak List'),copy.deepcopy(data))
356   
357    def OnUnDo(event):
358        DoUnDo()
359        G2frame.dataFrame.UnDo.Enable(False)
360       
361    def DoUnDo():
362        print 'Undo last refinement'
363        file = open(G2frame.undofile,'rb')
364        PatternId = G2frame.PatternId
365        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
366            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item),cPickle.load(file))
367            if G2frame.dataDisplay.GetName() == item:
368                if item == 'Background':
369                    UpdateBackground(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
370                elif item == 'Instrument Parameters':
371                    UpdateInstrumentGrid(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
372                elif item == 'Peak List':
373                    UpdatePeakGrid(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
374            print item,' recovered'
375        file.close()
376       
377    def SaveState():
378        G2frame.undofile = os.path.join(G2frame.dirname,'GSASII.save')
379        file = open(G2frame.undofile,'wb')
380        PatternId = G2frame.PatternId
381        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
382            cPickle.dump(G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId,item)),file,1)
383        file.close()
384        G2frame.dataFrame.UnDo.Enable(True)
385       
386    def OnLSQPeakFit(event):
387        if not G2frame.GSASprojectfile:            #force a save of the gpx file so SaveState can wirte in the same directory
388            G2frame.OnFileSaveas(event)
389        OnPeakFit('LSQ')
390       
391    def OnOneCycle(event):
392        OnPeakFit('LSQ',oneCycle=True)
393       
394    def OnSeqPeakFit(event):
395        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
396        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
397        if not histList:
398            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
399            return
400        sel = []
401        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential peak fits',
402             'Select dataset to include',histList)
403        dlg.SetSelections(sel)
404        names = []
405        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
406            for sel in dlg.GetSelections():
407                names.append(histList[sel])
408        dlg.Destroy()
409        SeqResult = {}
410        Reverse = False
411        CopyForward = False
412        choice = ['Reverse sequence','Copy from prev.',]
413        dlg = wx.MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame,'Sequential controls','Select controls',choice)
414        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
415            for sel in dlg.GetSelections():
416                if sel:
417                    CopyForward = True
418                else:
419                    Reverse = True
420        dlg.Destroy()
421        dlg = wx.ProgressDialog('Sequential peak fit','Data set name = '+names[0],len(names), 
422            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
423        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
424        controls = {'deriv type':'analytic','min dM/M':0.0001,}
425        Controls['ShowCell'] = False
426        print 'Peak Fitting with '+controls['deriv type']+' derivatives:'
427        oneCycle = False
428        FitPgm = 'LSQ'
429        prevVaryList = []
430        Names = []
431        if Reverse:
432            names.reverse()
433        try:
434            for i,name in enumerate(names):
435                print ' Sequential fit for ',name
436                GoOn = dlg.Update(i,newmsg='Data set name = '+name)[0]
437                if not GoOn:
438                    break
439                PatternId =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
440                if i and CopyForward:
441                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.deepcopy(peaks))
442                    prevVaryList = varyList[:]
443                peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
444                background = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Background'))
445                limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
446                inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
447                data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
448                wx.BeginBusyCursor()
449                dlg2 = wx.ProgressDialog('Residual','Peak fit Rwp = ',101.0, 
450                    style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
451                screenSize = wx.ClientDisplayRect()
452                Size = dlg.GetSize()
453                dlg2.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
454                try:
455                    peaks['sigDict'],result,sig,Rvals,varyList,parmDict,fullvaryList,badVary = G2pwd.DoPeakFit(FitPgm,peaks['peaks'],
456                        background,limits,inst,inst2,data,prevVaryList,oneCycle,controls,dlg2)
457                finally:
458                    dlg2.Destroy()
459                if len(result[0]) != len(fullvaryList):
460                    print ' ***** Sequential peak fit stopped at '+name+' *****'
461                    break
462                else:
463                    Names.append(name)   
464                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.deepcopy(peaks))
465                    SeqResult[name] = {'variables':result[0],'varyList':varyList,'sig':sig,'Rvals':Rvals,
466                        'covMatrix':np.eye(len(result[0])),'title':name,'parmDict':parmDict,
467                        'fullVary':fullvaryList,'badVary':badVary}
468            dlg.Destroy()
469            print ' ***** Sequential peak fit successful *****'
470        finally:
471            wx.EndBusyCursor()
472        SeqResult['histNames'] = Names
473        Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Sequential results')
474        if Id:
475            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
476        else:
477            Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Sequential results')
478            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
479        G2frame.PatternTree.SelectItem(Id)
480       
481    def OnClearPeaks(event):
482        dlg = wx.MessageDialog(G2frame,'Delete all peaks?','Clear peak list',wx.OK|wx.CANCEL)
483        try:
484            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
485                peaks = {'peaks':[],'sigDict':{}}
486        finally:
487            dlg.Destroy()
488        UpdatePeakGrid(G2frame,peaks)
489        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
490       
491    def OnPeakFit(FitPgm,oneCycle=False):
492        SaveState()
493        controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
494        if not controls:
495            controls = {'deriv type':'analytic','min dM/M':0.0001,}     #fill in defaults if needed
496        print 'Peak Fitting with '+controls['deriv type']+' derivatives:'
497        PatternId = G2frame.PatternId
498        PickId = G2frame.PickId
499        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
500        if not peaks:
501            G2frame.ErrorDialog('No peaks!','Nothing to fit!')
502            return
503        background = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Background'))
504        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
505        inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
506        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
507        wx.BeginBusyCursor()
508        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','Peak fit Rwp = ',101.0, 
509            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
510        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
511        Size = dlg.GetSize()
512        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
513        try:
514            peaks['sigDict'] = G2pwd.DoPeakFit(FitPgm,peaks['peaks'],background,limits,inst,inst2,data,[],oneCycle,controls,dlg)[0]
515        finally:
516            wx.EndBusyCursor()   
517        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.copy(peaks))
518        UpdatePeakGrid(G2frame,copy.copy(peaks))
519        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
520        print 'finished'
521        return
522       
523    def OnResetSigGam(event):
524        PatternId = G2frame.PatternId
525        PickId = G2frame.PickId
526        Inst,Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
527        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
528        if not peaks['peaks']:
529            G2frame.ErrorDialog('No peaks!','Nothing to do!')
530            return
531        newpeaks = {'peaks':[],'sigDict':{}}
532        for peak in peaks['peaks']:
533            newpeaks['peaks'].append(G2mth.setPeakparms(Inst,Inst2,peak[0],peak[2]))
534        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),newpeaks)
535        UpdatePeakGrid(G2frame,newpeaks)
536               
537    def RefreshPeakGrid(event):
538        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
539       
540        event.StopPropagation()
541        data['peaks'] = G2frame.PeakTable.GetData()
542        T = []
543        for peak in data['peaks']:T.append(peak[0])
544        D = dict(zip(T,data['peaks']))
545        T.sort()
546        X = []
547        for key in T: X.append(D[key])
548        data['peaks'] = X       
549       
550    def setBackgroundColors():
551       for r in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberRows()):
552           for c in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberCols()):
553               if G2frame.dataDisplay.GetColLabelValue(c) in ['position','intensity','alpha','beta','sigma','gamma']:
554                   if float(G2frame.dataDisplay.GetCellValue(r,c)) < 0.:
555                       G2frame.dataDisplay.SetCellBackgroundColour(r,c,wx.RED)
556                   else:
557                       G2frame.dataDisplay.SetCellBackgroundColour(r,c,wx.WHITE)
558                                                 
559    def KeyEditPeakGrid(event):
560        rowList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
561        colList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
562        selectList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCells()
563        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PickId)
564        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
565            event.Skip(True)
566        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
567            event.Skip(True)
568        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
569            event.Skip(True)
570        elif rowList:
571            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
572            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_DELETE:
573                G2frame.dataDisplay.ClearGrid()
574                rowList.sort()
575                rowList.reverse()
576                nDel = 0
577                for row in rowList:
578                    G2frame.PeakTable.DeleteRow(row)
579                    nDel += 1
580                if nDel:
581                    msg = wg.GridTableMessage(G2frame.PeakTable, 
582                        wg.GRIDTABLE_NOTIFY_ROWS_DELETED,0,nDel)
583                    G2frame.dataDisplay.ProcessTableMessage(msg)
584                data = G2frame.PeakTable.GetData()
585                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2frame.PickId,data[:-nDel])
586                G2frame.dataDisplay.ForceRefresh()
587                setBackgroundColors()
588                       
589        elif colList:
590            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
591            key = event.GetKeyCode()
592            for col in colList:
593                if G2frame.PeakTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
594                    if key == 89: #'Y'
595                        for row in range(G2frame.PeakTable.GetNumberRows()): data['peaks'][row][col]=True
596                    elif key == 78:  #'N'
597                        for row in range(G2frame.PeakTable.GetNumberRows()): data['peaks'][row][col]=False
598        elif selectList:
599            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
600            key = event.GetKeyCode()
601            for row,col in selectList:
602                if G2frame.PeakTable.GetTypeName(row,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
603                    if key == 89: #'Y'
604                        data['peaks'][row][col]=True
605                    elif key == 78:  #'N'
606                        data['peaks'][row][col]=False
607        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
608           
609    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.PeakMenu)
610    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
611        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
612    Status.SetStatusText('Global refine: select refine column & press Y or N')
613    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAutoSearch, id=G2gd.wxID_AUTOSEARCH)
614    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyPeaks, id=G2gd.wxID_PEAKSCOPY)
615    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnUnDo, id=G2gd.wxID_UNDO)
616    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnLSQPeakFit, id=G2gd.wxID_LSQPEAKFIT)
617    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnOneCycle, id=G2gd.wxID_LSQONECYCLE)
618    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSeqPeakFit, id=G2gd.wxID_SEQPEAKFIT)
619    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnClearPeaks, id=G2gd.wxID_CLEARPEAKS)
620    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnResetSigGam, id=G2gd.wxID_RESETSIGGAM)
621    if data['peaks']:
622        G2frame.dataFrame.AutoSearch.Enable(False)
623        G2frame.dataFrame.PeakCopy.Enable(True)
624        G2frame.dataFrame.PeakFit.Enable(True)
625        G2frame.dataFrame.PFOneCycle.Enable(True)
626        G2frame.dataFrame.SeqPeakFit.Enable(True)
627    else:
628        G2frame.dataFrame.PeakFit.Enable(False)
629        G2frame.dataFrame.PeakCopy.Enable(False)
630        G2frame.dataFrame.PFOneCycle.Enable(False)
631        G2frame.dataFrame.AutoSearch.Enable(True)
632        G2frame.dataFrame.SeqPeakFit.Enable(False)
633    G2frame.PickTable = []
634    rowLabels = []
635    PatternId = G2frame.PatternId
636    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
637    for i in range(len(data['peaks'])): rowLabels.append(str(i+1))
638    if 'C' in Inst['Type'][0]:
639        colLabels = ['position','refine','intensity','refine','sigma','refine','gamma','refine']
640        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
641            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',wg.GRID_VALUE_BOOL,
642            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
643            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
644    else:
645        colLabels = ['position','refine','intensity','refine','alpha','refine',
646            'beta','refine','sigma','refine','gamma','refine']
647        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',wg.GRID_VALUE_BOOL,
648            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
649            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
650            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
651            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
652            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
653    T = []
654    for peak in data['peaks']:
655        T.append(peak[0])
656    D = dict(zip(T,data['peaks']))
657    T.sort()
658    if 'T' in Inst['Type'][0]:  #want big TOF's first
659        T.reverse()
660    X = []
661    for key in T: X.append(D[key])
662    data['peaks'] = X
663    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2frame.PickId,data)
664    G2frame.PeakTable = G2gd.Table(data['peaks'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
665    G2frame.dataFrame.SetLabel('Peak List')
666    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
667    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.PeakTable, True)
668    setBackgroundColors()                         
669    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, RefreshPeakGrid)
670    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
671    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
672    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
673    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([535,350])
674    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
675       
676################################################################################
677#####  Background
678################################################################################           
679       
680def UpdateBackground(G2frame,data):
681    '''respond to selection of PWDR background data tree item.
682    '''
683    if len(data) < 2:       #add Debye diffuse & peaks scattering here
684        data.append({'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]})
685    if 'nPeaks' not in data[1]:
686        data[1].update({'nPeaks':0,'peaksList':[]})
687    ValObj = {}
688   
689    def OnBackFlagCopy(event):
690        flag = data[0][1]
691        backDict = data[-1]
692        if backDict['nDebye']:
693            DBflags = []
694            for term in backDict['debyeTerms']:
695                DBflags.append(term[1::2])
696        if backDict['nPeaks']:
697            PKflags = []
698            for term in backDict['peaksList']:
699                PKflags.append(term[1::2])           
700        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
701        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
702        if not histList:
703            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
704            return
705        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
706            G2frame.dataFrame, 
707            'Copy bkg ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
708            'Copy bkg flags', histList)
709        copyList = []
710        try:
711            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
712                for i in dlg.GetSelections(): 
713                    copyList.append(histList[i])
714        finally:
715            dlg.Destroy()
716        for item in copyList:
717            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
718            backData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'))
719            backData[0][1] = copy.copy(flag)
720            bkDict = backData[-1]
721            if bkDict['nDebye'] == backDict['nDebye']:
722                for i,term in enumerate(bkDict['debyeTerms']):
723                    term[1::2] = copy.copy(DBflags[i])
724            if bkDict['nPeaks'] == backDict['nPeaks']:
725                for i,term in enumerate(bkDict['peaksList']):
726                    term[1::2] = copy.copy(PKflags[i])                   
727           
728    def OnBackCopy(event):
729        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
730        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
731        if not histList:
732            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
733            return
734        copyList = []
735        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
736            G2frame.dataFrame, 
737            'Copy bkg params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
738            'Copy parameters', histList)
739        try:
740            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
741                for i in dlg.GetSelections():
742                    copyList.append(histList[i])
743        finally:
744            dlg.Destroy()
745        for item in copyList:
746            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
747            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
748                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'),copy.copy(data))
749       
750    def BackSizer():
751       
752        def OnNewType(event):
753            data[0][0] = bakType.GetValue()
754           
755        def OnBakRef(event):
756            data[0][1] = bakRef.GetValue()
757           
758        def OnBakTerms(event):
759            data[0][2] = int(bakTerms.GetValue())
760            M = len(data[0])
761            N = data[0][2]+3
762            item = data[0]
763            if N > M:       #add terms
764                for i in range(M,N): 
765                    item.append(0.0)
766            elif N < M:     #delete terms
767                for i in range(N,M):
768                    del(item[-1])
769            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(BackId,data)
770            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
771            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
772           
773        def OnBakVal(event):
774            Obj = event.GetEventObject()
775            item = ValObj[Obj.GetId()][0]
776            try:
777                value = float(Obj.GetValue())
778            except ValueError:
779                value = data[0][item]
780            data[0][item] = value
781            Obj.SetValue('%10.4f'%(value))
782       
783        backSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
784        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
785        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background function: '),0,WACV)
786        bakType = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data[0][0],
787                choices=Choices,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
788        bakType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnNewType)
789        topSizer.Add(bakType)
790        topSizer.Add((5,0),0)
791        bakRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?')
792        bakRef.SetValue(bool(data[0][1]))
793        bakRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnBakRef)
794        topSizer.Add(bakRef,0,WACV)
795        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. coeff.: '),0,WACV)
796        bakTerms = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[0][2]),choices=[str(i+1) for i in range(36)],
797            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
798        bakTerms.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnBakTerms)
799        topSizer.Add(bakTerms,0,WACV)
800        topSizer.Add((5,0),0)
801        backSizer.Add(topSizer)
802        backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background coefficients:'),0,WACV)
803        bakSizer = wx.FlexGridSizer(0,5,5,5)
804        for i,value in enumerate(data[0][3:]):
805            bakVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,'%10.4f'%(value),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
806            bakSizer.Add(bakVal,0,WACV)
807            ValObj[bakVal.GetId()] = [i+3]
808            bakVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnBakVal)
809            bakVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnBakVal)
810        backSizer.Add(bakSizer)
811        return backSizer
812       
813    def DebyeSizer():
814       
815        def OnDebTerms(event):
816            data[1]['nDebye'] = int(debTerms.GetValue())
817            M = len(data[1]['debyeTerms'])
818            N = data[1]['nDebye']
819            if N > M:       #add terms
820                for i in range(M,N): 
821                    data[1]['debyeTerms'].append([1.0,False,1.0,False,0.010,False])
822            elif N < M:     #delete terms
823                for i in range(N,M):
824                    del(data[1]['debyeTerms'][-1])
825            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
826            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
827
828        def KeyEditPeakGrid(event):
829            colList = debyeGrid.GetSelectedCols()
830            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
831                event.Skip(True)
832            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
833                event.Skip(True)
834            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
835                event.Skip(True)
836            elif colList:
837                debyeGrid.ClearSelection()
838                key = event.GetKeyCode()
839                for col in colList:
840                    if debyeTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
841                        if key == 89: #'Y'
842                            for row in range(debyeGrid.GetNumberRows()): data[1]['debyeTerms'][row][col]=True
843                        elif key == 78:  #'N'
844                            for row in range(debyeGrid.GetNumberRows()): data[1]['debyeTerms'][row][col]=False
845
846       
847        debSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
848        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
849        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Debye scattering: '),0,WACV)
850        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. coeff.: '),0,WACV)
851        debTerms = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[1]['nDebye']),choices=[str(i) for i in range(12)],
852            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
853        debTerms.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnDebTerms)
854        topSizer.Add(debTerms,0,WACV)
855        topSizer.Add((5,0),0)
856        debSizer.Add(topSizer)
857        if data[1]['nDebye']:
858            debSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Debye diffuse terms:'),0,WACV)       
859            rowLabels = []
860            for i in range(len(data[1]['debyeTerms'])): rowLabels.append(str(i))
861            colLabels = ['A','refine','R','refine','U','refine']
862            Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL,
863            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
864            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
865            debyeTable = G2gd.Table(data[1]['debyeTerms'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
866            debyeGrid = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataDisplay)
867            debyeGrid.SetTable(debyeTable, True)
868            debyeGrid.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
869            debyeGrid.AutoSizeColumns(False)
870            debSizer.Add(debyeGrid)       
871        return debSizer
872     
873    def PeaksSizer():
874
875        def OnPeaks(event):
876            data[1]['nPeaks'] = int(peaks.GetValue())
877            M = len(data[1]['peaksList'])
878            N = data[1]['nPeaks']
879            if N > M:       #add terms
880                for i in range(M,N): 
881                    data[1]['peaksList'].append([1.0,False,1.0,False,0.10,False,0.10,False])
882            elif N < M:     #delete terms
883                for i in range(N,M):
884                    del(data[1]['peaksList'][-1])
885            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
886            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
887           
888        def KeyEditPeakGrid(event):
889            colList = peaksGrid.GetSelectedCols()
890            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
891                event.Skip(True)
892            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
893                event.Skip(True)
894            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
895                event.Skip(True)
896            elif colList:
897                peaksGrid.ClearSelection()
898                key = event.GetKeyCode()
899                for col in colList:
900                    if peaksTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
901                        if key == 89: #'Y'
902                            for row in range(peaksGrid.GetNumberRows()): data[1]['peaksList'][row][col]=True
903                        elif key == 78:  #'N'
904                            for row in range(peaksGrid.GetNumberRows()): data[1]['peaksList'][row][col]=False
905
906        peaksSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
907        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
908        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Peaks in background: '),0,WACV)
909        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. peaks: '),0,WACV)
910        peaks = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[1]['nPeaks']),choices=[str(i) for i in range(12)],
911            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
912        peaks.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPeaks)
913        topSizer.Add(peaks,0,WACV)
914        topSizer.Add((5,0),0)
915        peaksSizer.Add(topSizer)
916        if data[1]['nPeaks']:
917            peaksSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Peak list:'),0,WACV)       
918            rowLabels = []
919            for i in range(len(data[1]['peaksList'])): rowLabels.append(str(i))
920            colLabels = ['pos','refine','int','refine','sig','refine','gam','refine']
921            Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL,
922            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
923            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
924            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
925            peaksTable = G2gd.Table(data[1]['peaksList'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
926            peaksGrid = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataDisplay)
927            peaksGrid.SetTable(peaksTable, True)
928            peaksGrid.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
929            peaksGrid.AutoSizeColumns(False)
930            peaksSizer.Add(peaksGrid)       
931        return peaksSizer
932               
933    if G2frame.dataDisplay:
934        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
935    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
936    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.BackMenu)
937    G2frame.dataFrame.SetLabel('Background')
938    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
939        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
940    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnBackCopy,id=G2gd.wxID_BACKCOPY)
941    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnBackFlagCopy,id=G2gd.wxID_BACKFLAGCOPY)
942    BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Background')
943    Choices = ['chebyschev','cosine','lin interpolate','inv interpolate','log interpolate']
944    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
945    mainSizer.Add(BackSizer())
946    mainSizer.Add((0,5),0)
947    mainSizer.Add(DebyeSizer())
948    mainSizer.Add((0,5),0)
949    mainSizer.Add(PeaksSizer())
950    mainSizer.Layout()   
951    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
952    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
953       
954################################################################################
955#####  Limits
956################################################################################           
957       
958def UpdateLimitsGrid(G2frame, data,plottype):
959    '''respond to selection of PWDR Limits data tree item.
960    '''
961    if G2frame.dataDisplay:
962        G2frame.dataFrame.Clear()
963    G2frame.ifGetExclude = False
964       
965    def KeyEditPeakGrid(event):
966        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_DELETE:
967            row = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()[0]
968            if row > 1: #can't delete limits!
969                del(data[row])
970                wx.CallAfter(UpdateLimitsGrid,G2frame,data,plottype)
971                G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType=plottype)
972                       
973    def RefreshLimitsGrid(event):
974        event.StopPropagation()
975        data = G2frame.LimitsTable.GetData()
976        old = data[0]
977        new = data[1]
978        new[0] = max(old[0],new[0])
979        new[1] = max(new[0],min(old[1],new[1]))
980        excl = []
981        if len(data) > 2:
982            excl = data[2:]
983            for item in excl:
984                item[0] = max(old[0],item[0])
985                item[1] = max(item[0],min(old[1],item[1]))
986        data = [old,new]+excl
987        G2frame.LimitsTable.SetData(data)
988        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType=plottype)
989       
990    def OnLimitCopy(event):
991        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
992        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
993        if not histList:
994            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
995            return
996        copyList = []
997        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
998            G2frame.dataFrame, 
999            'Copy limits from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1000            'Copy limits', histList)
1001        try:
1002            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1003                for i in dlg.GetSelections(): 
1004                    item = histList[i]
1005                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1006                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
1007                        G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Limits'),copy.copy(data))
1008        finally:
1009            dlg.Destroy()
1010           
1011    def OnAddExcl(event):
1012        G2frame.ifGetExclude = True
1013        print 'Add excluded region'
1014       
1015    G2frame.LimitsTable = []
1016    colLabels = ['Tmin','Tmax']
1017    rowLabels = ['original','changed']
1018    for i in range(len(data)-2):
1019        rowLabels.append('exclude')
1020    Types = 2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':12,5',]
1021    G2frame.LimitsTable = G2gd.Table(data,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
1022    G2frame.dataFrame.SetLabel('Limits')
1023    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.LimitMenu)
1024    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1025        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
1026    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnLimitCopy,id=G2gd.wxID_LIMITCOPY)
1027    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnAddExcl,id=G2gd.wxID_ADDEXCLREGION)   
1028    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
1029    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.LimitsTable, True)   
1030    G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(0,0,VERY_LIGHT_GREY,True)
1031    G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(0,1,VERY_LIGHT_GREY,True)
1032    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, RefreshLimitsGrid)               
1033    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
1034    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
1035    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
1036    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([230,260])                               
1037    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
1038   
1039################################################################################
1040#####  Instrument parameters
1041################################################################################           
1042       
1043def UpdateInstrumentGrid(G2frame,data):
1044    '''respond to selection of PWDR/SASD Instrument Parameters
1045    data tree item.
1046    '''
1047    def keycheck(keys):
1048        good = []
1049        for key in keys:
1050            if key in ['Type','U','V','W','X','Y','SH/L','I(L2)/I(L1)','alpha',
1051                'beta-0','beta-1','beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','Polariz.',
1052                'Lam','Azimuth','2-theta','fltPath','difC','difA','difB','Zero','Lam1','Lam2']:
1053                good.append(key)
1054        return good
1055       
1056    def inst2data(inst,ref,data):
1057        for item in data:
1058            try:
1059                data[item] = [data[item][0],inst[item],ref[item]]
1060            except KeyError:
1061                pass        #skip 'Polariz.' for N-data
1062        return data
1063       
1064    def updateData(inst,ref):
1065        return inst2data(inst,ref,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
1066            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))[0])       
1067   
1068    def RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=False):
1069        if doAnyway or event.GetRow() == 1:
1070            peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'))
1071            newpeaks = []
1072            for peak in peaks['peaks']:
1073                newpeaks.append(G2mth.setPeakparms(data,Inst2,peak[0],peak[2]))
1074            peaks['peaks'] = newpeaks
1075            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'),peaks)
1076           
1077    def OnCalibrate(event):
1078        Pattern = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)
1079        xye = ma.array(ma.getdata(Pattern[1]))
1080        cw = np.diff(xye[0])
1081        IndexPeaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List'))
1082        if not len(IndexPeaks[0]):
1083            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Index Peak List empty')
1084            return
1085        Ok = False
1086        for peak in IndexPeaks[0]:
1087            if peak[2] and peak[3]:
1088                Ok = True
1089        if not Ok:
1090            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Index Peak List not indexed')
1091            return           
1092        if G2pwd.DoCalibInst(IndexPeaks,data):
1093            UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1094            XY = []
1095            Sigs = []
1096            for ip,peak in enumerate(IndexPeaks[0]):
1097                if peak[2] and peak[3]:
1098                    binwid = cw[np.searchsorted(xye[0],peak[0])]
1099                    XY.append([peak[-1],peak[0],binwid])
1100                    Sigs.append(IndexPeaks[1][ip])
1101            if len(XY):
1102                XY = np.array(XY)
1103                G2plt.PlotCalib(G2frame,data,XY,Sigs,newPlot=True)
1104        else:
1105            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Nothing selected for refinement')
1106           
1107
1108    def OnLoad(event):
1109        '''Loads instrument parameters from a G2 .instprm file
1110        in response to the Instrument Parameters-Operations/Load Profile menu
1111       
1112        Note that similar code is found in ReadPowderInstprm (GSASII.py)
1113        '''
1114        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II instrument parameters file', '.', '', 
1115            'instrument parameter files (*.instprm)|*.instprm',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1116        try:
1117            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1118                filename = dlg.GetPath()
1119                File = open(filename,'r')
1120                S = File.readline()
1121                newItems = []
1122                newVals = []
1123                while S:
1124                    if S[0] == '#':
1125                        S = File.readline()
1126                        continue
1127                    [item,val] = S[:-1].split(':')
1128                    newItems.append(item)
1129                    try:
1130                        newVals.append(float(val))
1131                    except ValueError:
1132                        newVals.append(val)                       
1133                    S = File.readline()               
1134                File.close()
1135                Inst,Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
1136                data = G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,])
1137                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'),[data,Inst2])
1138                RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=True)          #to get peaks updated
1139                UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1140                G2plt.PlotPeakWidths(G2frame)
1141        finally:
1142            dlg.Destroy()
1143       
1144    def OnSave(event):
1145        '''Respond to the Instrument Parameters Operations/Save Profile menu
1146        item: writes current parameters to a .instprm file
1147        '''
1148        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II instrument parameters file', '.', '', 
1149            'instrument parameter files (*.instprm)|*.instprm',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1150        try:
1151            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1152                filename = dlg.GetPath()
1153                # make sure extension is .instprm
1154                filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.instprm'
1155                File = open(filename,'w')
1156                File.write("#GSAS-II instrument parameter file; do not add/delete items!\n")
1157                for item in data:
1158                    File.write(item+':'+str(data[item][1])+'\n')
1159                File.close()
1160        finally:
1161            dlg.Destroy()
1162                                               
1163    def OnReset(event):
1164        insVal.update(insDef)
1165        updateData(insVal,insRef)
1166        RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=True)          #to get peaks updated
1167        UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1168        G2plt.PlotPeakWidths(G2frame)
1169       
1170    def OnInstFlagCopy(event):
1171        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1172        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1173        if not histList:
1174            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1175            return
1176        keys = data.keys()
1177        flags = dict(zip(keys,[data[key][2] for key in keys]))
1178        instType = data['Type'][0]
1179        copyList = []
1180        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1181            G2frame.dataFrame, 
1182            'Copy inst ref. flags from\n'+hst[5:],
1183            'Copy refinement flags', histList)
1184        try:
1185            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1186                for i in dlg.GetSelections():
1187                    copyList.append(histList[i])
1188        finally:
1189            dlg.Destroy()
1190        for item in copyList:
1191            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1192            instData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters'))[0]
1193            if len(data) == len(instData) and instType == instData['Type'][0]:   #don't mix data types or lam & lam1/lam2 parms!
1194                for item in instData:
1195                    instData[item][2] = copy.copy(flags[item])
1196            else:
1197                print item+' not copied - instrument parameters not commensurate'
1198       
1199    def OnInstCopy(event):
1200        #need fix for dictionary
1201        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1202        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1203        if not histList:
1204            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1205            return
1206        copyList = []
1207        instType = data['Type'][0]
1208        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1209            G2frame.dataFrame, 
1210            'Copy inst params from\n'+hst,
1211            'Copy parameters', histList)
1212        try:
1213            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1214                for i in dlg.GetSelections(): 
1215                    copyList.append(histList[i])
1216        finally:
1217            dlg.Destroy()
1218        for item in copyList:
1219            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1220            instData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters'))[0]
1221            if len(data) == len(instData) and instType == instData['Type'][0]:  #don't mix data types or lam & lam1/lam2 parms!
1222                instData.update(data)
1223            else:
1224                print item+' not copied - instrument parameters not commensurate'
1225                         
1226    def AfterChange(invalid,value,tc):
1227        if invalid: return
1228        updateData(insVal,insRef)
1229       
1230    def OnItemRef(event):
1231        Obj = event.GetEventObject()
1232        item = RefObj[Obj.GetId()]
1233        insRef[item] = Obj.GetValue()
1234        updateData(insVal,insRef)
1235
1236    def OnCopy1Val(event):
1237        '''Select one instrument parameter value to edit and copy to many histograms
1238        optionally allow values to be edited in a table
1239        '''
1240        updateData(insVal,insRef)
1241        G2gd.SelectEdit1Var(G2frame,data,labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem)
1242        insVal.update({key:data[key][1] for key in instkeys})
1243        insRef.update({key:data[key][2] for key in instkeys})
1244        wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1245       
1246    def lblWdef(lbl,dec,val):
1247        'Label parameter showing the default value'
1248        fmt = "%15."+str(dec)+"f"
1249        return " " + lbl + " (" + (fmt % val).strip() + "): "
1250
1251    def RefineBox(item):
1252        'Define a refine checkbox with binding'
1253        wid = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?  ')
1254        wid.SetValue(bool(insRef[item]))
1255        RefObj[wid.GetId()] = item
1256        wid.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnItemRef)
1257        return wid
1258
1259    def OnLamPick(event):
1260        data['Source'][1] = lamType = event.GetEventObject().GetValue()
1261        insVal['Lam1'] = waves[lamType][0]
1262        insVal['Lam2'] = waves[lamType][1]
1263        updateData(insVal,insRef)
1264        i,j= wx.__version__.split('.')[0:2]
1265        if int(i)+int(j)/10. > 2.8:
1266            pass # repaint crashes wxpython 2.9
1267            wx.CallLater(100, MakeParameterWindow)
1268            #wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1269        else:
1270            wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1271
1272    def MakeParameterWindow():
1273        'Displays the Instrument parameters in the datadisplay frame'
1274        if G2frame.dataDisplay:
1275            G2frame.dataFrame.Clear()
1276        G2frame.dataFrame.SetLabel('Instrument Parameters')
1277        G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
1278        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1279        instSizer = wx.FlexGridSizer(0,6,5,5)
1280        subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1281        subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Histogram Type: '+insVal['Type']),0,WACV)
1282        mainSizer.Add(subSizer)
1283        labelLst[:],elemKeysLst[:],dspLst[:],refFlgElem[:] = [],[],[],[]
1284        if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data
1285            if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1286                labelLst.append('Azimuth angle')
1287                elemKeysLst.append(['Azimuth',1])
1288                dspLst.append([10,2])
1289                refFlgElem.append(None)                   
1290                if 'Lam1' in insVal:
1291                    subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1292                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Azimuth: '),0,WACV)
1293                    txt = '%7.2f'%(insVal['Azimuth'])
1294                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1295                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'   Ka1/Ka2: '),0,WACV)
1296                    txt = u%8.6f/%8.6f\xc5'%(insVal['Lam1'],insVal['Lam2'])
1297                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1298                    waveSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1299                    waveSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  Source type: '),0,WACV)
1300                    # PATCH?: for now at least, Source is not saved anywhere before here
1301                    if 'Source' not in data: data['Source'] = ['CuKa','?']
1302                    choice = ['TiKa','CrKa','FeKa','CoKa','CuKa','MoKa','AgKa']
1303                    lamPick = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Source'][1],choices=choice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1304                    lamPick.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnLamPick)
1305                    waveSizer.Add(lamPick,0)
1306                    subSizer.Add(waveSizer,0)
1307                    mainSizer.Add(subSizer)
1308                    instSizer.Add(wx.StaticText(
1309                        G2frame.dataDisplay,-1,
1310                        lblWdef('I(L2)/I(L1)',4,insDef['I(L2)/I(L1)'])),
1311                        0,WACV)
1312                    key = 'I(L2)/I(L1)'
1313                    labelLst.append(key)
1314                    elemKeysLst.append([key,1])
1315                    dspLst.append([10,4])
1316                    refFlgElem.append([key,2])                   
1317                    ratVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,key,nDig=(10,4),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1318                    instSizer.Add(ratVal,0)
1319                    instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1320                    instSizer.Add((5,5),0)
1321                    instSizer.Add((5,5),0)
1322                    instSizer.Add((5,5),0)               
1323                else: # single wavelength
1324                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Azimuth: '),0,WACV)
1325                    txt = '%7.2f'%(insVal['Azimuth'])
1326                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1327                    instSizer.Add((5,5),0)
1328                    key = 'Lam'
1329                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef[key])),
1330                        0,WACV)
1331                    waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,key,nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1332                    labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1333                    elemKeysLst.append([key,1])
1334                    dspLst.append([10,6])
1335                    instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1336                    refFlgElem.append([key,2])                   
1337                    instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1338#                    if ifHisto:
1339#                        refFlgElem.append([key,2])                   
1340#                        instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1341#                    else:
1342#                        refFlgElem.append(None)                   
1343#                        instSizer.Add((5,5),0)
1344                for item in ['Zero','Polariz.']:
1345                    if item in insDef:
1346                        labelLst.append(item)
1347                        elemKeysLst.append([item,1])
1348                        dspLst.append([10,4])
1349                        instSizer.Add(
1350                            wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,4,insDef[item])),
1351                            0,WACV)
1352                        itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=(10,4),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1353                        instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1354                        refFlgElem.append([item,2])
1355                        instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1356#                        if ifHisto:
1357#                            refFlgElem.append([item,2])
1358#                            instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1359#                        else:
1360#                            refFlgElem.append(None)                   
1361#                            instSizer.Add((5,5),0)
1362                    else:                           #skip Polariz. for neutrons
1363                        instSizer.Add((5,5),0)
1364                        instSizer.Add((5,5),0)
1365                        instSizer.Add((5,5),0)
1366                for item in ['U','V','W','','X','Y','SH/L']:
1367                    if item == '':
1368                        instSizer.Add((5,5),0)
1369                        instSizer.Add((5,5),0)
1370                        instSizer.Add((5,5),0)
1371                        continue
1372                    nDig = (10,3)
1373                    if item == 'SH/L':
1374                        nDig = (10,5)
1375                    labelLst.append(item)
1376                    elemKeysLst.append([item,1])
1377                    dspLst.append(nDig)
1378                    refFlgElem.append([item,2])
1379                    instSizer.Add(
1380                        wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,nDig[1],insDef[item])),
1381                        0,WACV)
1382                    itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1383                    instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1384                    instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1385            else:                                   #time of flight (neutrons)
1386                subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1387                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Fligth path: '),0,WACV)
1388                txt = '%8.3f'%(insVal['fltPath'])
1389                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1390                labelLst.append('flight path')
1391                elemKeysLst.append(['fltpath',1])
1392                dspLst.append([10,2])
1393                refFlgElem.append(None)                   
1394                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  2-theta: '),0,WACV)
1395                txt = '%7.2f'%(insVal['2-theta'])
1396                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1397                labelLst.append('2-theta')
1398                elemKeysLst.append(['2-theta',1])
1399                dspLst.append([10,2])
1400                refFlgElem.append(None)                   
1401                if 'Pdabc' in Inst2:
1402                    Items = ['sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','X','Y']
1403                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  difC: '),0,WACV)
1404                    txt = '%8.2f'%(insVal['difC'])
1405                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1406                    labelLst.append('difC')
1407                    elemKeysLst.append(['difC',1])
1408                    dspLst.append([10,2])
1409                    refFlgElem.append(None)
1410                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  alpha, beta: fixed by table'),0,WACV)
1411                else:
1412                    Items = ['difC','difA','difB','Zero','alpha','beta-0','beta-1','beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','X','Y']
1413                mainSizer.Add((5,5),0)
1414                mainSizer.Add(subSizer)
1415                mainSizer.Add((5,5),0)
1416                for item in Items:
1417                    if item == '':
1418                        instSizer.Add((5,5),0)
1419                        instSizer.Add((5,5),0)
1420                        instSizer.Add((5,5),0)
1421                        continue
1422                    nDig = (10,3)
1423                    fmt = '%10.3f'
1424                    if 'beta' in item:
1425                        fmt = '%12.4g'
1426                        nDig = (12,4)
1427                    Fmt = ' %s: ('+fmt+')'
1428                    instSizer.Add(
1429                            wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,nDig[1],insDef[item])),
1430                            0,WACV)
1431                    itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1432                    instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1433                    labelLst.append(item)
1434                    elemKeysLst.append([item,1])
1435                    dspLst.append(nDig)
1436                    refFlgElem.append([item,2])
1437                    instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1438        elif 'S' in insVal['Type']:                       #single crystal data
1439            if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1440                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef['Lam'])),
1441                    0,WACV)
1442                waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,'Lam',nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1443                instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1444                labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1445                elemKeysLst.append(['Lam',1])
1446                dspLst.append([10,6])
1447                refFlgElem.append(None)
1448            else:                                   #time of flight (neutrons)
1449                pass                                #for now
1450        elif 'L' in insVal['Type']:
1451            if 'C' in insVal['Type']:       
1452                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef['Lam'])),
1453                    0,WACV)
1454                waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,'Lam',nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1455                instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1456                labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1457                elemKeysLst.append(['Lam',1])
1458                dspLst.append([10,6])
1459                refFlgElem.append(None)
1460                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  Azimuth: %7.2f'%(insVal['Azimuth'])),0,WACV)
1461                labelLst.append('Azimuth angle')
1462                elemKeysLst.append(['Azimuth',1])
1463                dspLst.append([10,2])
1464                refFlgElem.append(None)                   
1465            else:                                   #time of flight (neutrons)
1466                pass                                #for now
1467
1468        mainSizer.Add(instSizer,0)
1469        mainSizer.Layout()   
1470        G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
1471        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
1472        G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()  # this causes a frame repaint, even if the size does not change!
1473        # end of MakeParameterWindow
1474               
1475    # beginning of UpdateInstrumentGrid code   
1476    #patch: make sure all parameter items are lists
1477    patched = 0
1478    for key in data:
1479        if type(data[key]) is tuple:
1480            data[key] = list(data[key])
1481            patched += 1
1482    if patched: print patched,' instrument parameters changed from tuples'
1483    #end of patch
1484    labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem = [],[],[],[]
1485    instkeys = keycheck(data.keys())
1486    if 'P' in data['Type'][0]:          #powder data
1487        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1488        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1489        insRef = dict(zip(instkeys,[data[key][2] for key in instkeys]))
1490        if 'NC' in data['Type'][0]:
1491            del(insDef['Polariz.'])
1492            del(insVal['Polariz.'])
1493            del(insRef['Polariz.'])
1494    elif 'S' in data['Type'][0]:                               #single crystal data
1495        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1496        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1497        insRef = {}
1498    elif 'L' in data['Type'][0]:                               #low angle data
1499        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1500        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1501        insRef = {}
1502    ValObj = {}
1503    RefObj = {}
1504    waves = {'CuKa':[1.54051,1.54433],'TiKa':[2.74841,2.75207],'CrKa':[2.28962,2.29351],
1505        'FeKa':[1.93597,1.93991],'CoKa':[1.78892,1.79278],'MoKa':[0.70926,0.713543],
1506        'AgKa':[0.559363,0.563775]}
1507    Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
1508            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))[1]       
1509    try:
1510        histoName = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[-1]
1511        ifHisto = IsHistogramInAnyPhase(G2frame,histoName)
1512    except TypeError:       #PKS data never used in a phase as data
1513        ifhisto = False
1514    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame)
1515    #patch
1516    if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data
1517        if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1518            if 'Azimuth' not in insVal:
1519                insVal['Azimuth'] = 0.0
1520                insDef['Azimuth'] = 0.0
1521                insRef['Azimuth'] = False
1522#        if 'T' in insVal['Type']:
1523#            if 'difB' not in insVal:
1524#                insVal['difB'] = 0.0
1525#                insDef['difB'] = 0.0
1526#                insRef['difB'] = False
1527    #end of patch
1528    if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data menu commands
1529        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.InstMenu)
1530        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1531            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()           
1532        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnCalibrate,id=G2gd.wxID_INSTCALIB)
1533        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnLoad,id=G2gd.wxID_INSTLOAD)
1534        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnSave,id=G2gd.wxID_INSTSAVE)
1535        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnReset,id=G2gd.wxID_INSTPRMRESET)
1536        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstCopy,id=G2gd.wxID_INSTCOPY)
1537        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstFlagCopy,id=G2gd.wxID_INSTFLAGCOPY)
1538        #G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnWaveChange,id=G2gd.wxID_CHANGEWAVETYPE)       
1539        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnCopy1Val,id=G2gd.wxID_INST1VAL)
1540    elif 'L' in insVal['Type']:                   #SASD data menu commands
1541        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.InstMenu)
1542        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1543            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()           
1544        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstCopy,id=G2gd.wxID_INSTCOPY)
1545    MakeParameterWindow()
1546       
1547   
1548################################################################################
1549#####  Sample parameters
1550################################################################################           
1551       
1552def UpdateSampleGrid(G2frame,data):
1553    '''respond to selection of PWDR/SASD Sample Parameters
1554    data tree item.
1555    '''
1556
1557    def OnSampleSave(event):
1558        '''Respond to the Sample Parameters Operations/Save menu
1559        item: writes current parameters to a .samprm file
1560        '''
1561        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II sample parameters file', '.', '', 
1562            'sample parameter files (*.samprm)|*.samprm',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1563        try:
1564            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1565                filename = dlg.GetPath()
1566                # make sure extension is .samprm
1567                filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.samprm'
1568                File = open(filename,'w')
1569                File.write("#GSAS-II sample parameter file\n")
1570                File.write("'Type':'"+str(data['Type'])+"'\n")
1571                File.write("'Gonio. radius':"+str(data['Gonio. radius'])+"\n")
1572                if data.get('InstrName'):
1573                    File.write("'InstrName':'"+str(data['InstrName'])+"'\n")
1574                File.close()
1575        finally:
1576            dlg.Destroy()
1577           
1578    def OnSampleLoad(event):
1579        '''Loads sample parameters from a G2 .samprm file
1580        in response to the Sample Parameters-Operations/Load menu
1581       
1582        Note that similar code is found in ReadPowderInstprm (GSASII.py)
1583        '''
1584        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II sample parameters file', '.', '', 
1585            'sample parameter files (*.samprm)|*.samprm',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1586        try:
1587            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1588                filename = dlg.GetPath()
1589                File = open(filename,'r')
1590                S = File.readline()
1591                newItems = {}
1592                while S:
1593                    if S[0] == '#':
1594                        S = File.readline()
1595                        continue
1596                    [item,val] = S[:-1].split(':')
1597                    newItems[item.strip("'")] = eval(val)
1598                    S = File.readline()               
1599                File.close()
1600                data.update(newItems)
1601                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Sample Parameters'),data)
1602                UpdateSampleGrid(G2frame,data)
1603        finally:
1604            dlg.Destroy()
1605           
1606    def OnAllSampleLoad(event):
1607        filename = ''
1608        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose multihistogram metadata text file', '.', '', 
1609            'metadata file (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1610        try:
1611            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1612                filename = dlg.GetPath()
1613                File = open(filename,'r')
1614                S = File.readline()
1615                newItems = []
1616                itemNames = []
1617                Comments = []
1618                while S:
1619                    if S[0] == '#':
1620                        Comments.append(S)
1621                        S = File.readline()
1622                        continue
1623                    S = S.replace(',',' ').replace('\t',' ')
1624                    Stuff = S[:-1].split()
1625                    itemNames.append(Stuff[0])
1626                    newItems.append(Stuff[1:])
1627                    S = File.readline()               
1628                File.close()
1629        finally:
1630            dlg.Destroy()
1631        if not filename:
1632            G2frame.ErrorDialog('Nothing to do','No file selected')
1633            return
1634        dataDict = dict(zip(itemNames,newItems))
1635        ifany = False
1636        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
1637        Names = [' ','Phi','Chi','Omega','Time','Temperature','Pressure']
1638        freeNames = {}
1639        for name in ['FreePrm1','FreePrm2','FreePrm3']:
1640            freeNames[Controls[name]] = name
1641            Names.append(Controls[name])
1642        dlg = G2gd.G2ColumnIDDialog( G2frame,' Choose multihistogram metadata columns:',
1643            'Select columns',Comments,Names,np.array(newItems).T)
1644        try:
1645            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1646                colNames,newData = dlg.GetSelection()
1647                dataDict = dict(zip(itemNames,newData.T))
1648                for item in colNames:
1649                    if item != ' ':
1650                        ifany = True
1651        finally:
1652            dlg.Destroy()
1653        if not ifany:
1654            G2frame.ErrorDialog('Nothing to do','No columns identified')
1655            return
1656        histList = [G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId),]
1657        histList += GetHistsLikeSelected(G2frame)
1658        colIds = {}
1659        for i,name in enumerate(colNames):
1660            if name != ' ':
1661                colIds[name] = i
1662        for hist in histList:
1663            name = hist.split()[1]  #this is file name
1664            newItems = {}
1665            for item in colIds:
1666                key = freeNames.get(item,item)
1667                newItems[key] = float(dataDict[name][colIds[item]])
1668            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,hist)
1669            sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1670            sampleData.update(newItems)       
1671        UpdateSampleGrid(G2frame,data)       
1672   
1673    def OnSetScale(event):
1674        histList = []
1675        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)
1676        while item:
1677            name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
1678            if 'SASD' in name and name != histName:
1679                histList.append(name)
1680            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
1681        if not len(histList):      #nothing to copy to!
1682            return
1683        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select reference histogram for scaling',
1684            'Reference histogram',histList)
1685        try:
1686            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1687                sel = dlg.GetSelection()
1688                refHist = histList[sel]
1689        finally:
1690            dlg.Destroy()
1691        Limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Limits'))
1692        Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[1]
1693        Data = [Profile,Limits,data]
1694        refId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,refHist)
1695        refSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,refId, 'Sample Parameters'))
1696        refLimits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,refId, 'Limits'))
1697        refProfile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(refId)[1]
1698        refData = [refProfile,refLimits,refSample]
1699        G2sasd.SetScale(Data,refData)
1700        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=True)
1701        UpdateSampleGrid(G2frame,data)       
1702       
1703    def OnSampleCopy(event):
1704        histType,copyNames = SetCopyNames(histName,data['Type'],
1705            addNames = ['Omega','Chi','Phi','Gonio. radius','InstrName'])
1706        copyDict = {}
1707        for parm in copyNames:
1708            copyDict[parm] = data[parm]
1709        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1710        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1711        if not histList:
1712            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1713            return
1714        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1715            G2frame.dataFrame,
1716            'Copy sample params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1717            'Copy sample parameters', histList)
1718        try:
1719            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1720                result = dlg.GetSelections()
1721                for i in result: 
1722                    item = histList[i]
1723                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1724                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1725                    sampleData.update(copy.deepcopy(copyDict))
1726        finally:
1727            dlg.Destroy()
1728
1729    def OnSampleCopySelected(event):
1730        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1731        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1732            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
1733        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1734        if not histList:
1735            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1736            return
1737        # Assemble a list of item labels
1738        TextTable = {key:label for key,label,dig in
1739                     SetupSampleLabels(hst,data.get('Type'),Inst['Type'][0])
1740                     }
1741        # get flexible labels
1742        TextTable.update({
1743            key:Controls[key] for key in Controls if key.startswith('FreePrm')
1744            })
1745        # add a few extra
1746        TextTable.update({
1747            'Type':'Diffractometer type',
1748            'InstrName':'Instrument Name',
1749            })
1750        # Assemble a list of dict entries that would be labeled in the Sample
1751        # params data window (drop ranId and items not used).
1752        keyList = [i for i in data.keys() if i in TextTable]
1753        keyText = [TextTable[i] for i in keyList]
1754        # sort both lists together, ordered by keyText
1755        keyText, keyList = zip(*sorted(zip(keyText,keyList))) # sort lists
1756        selectedKeys = []
1757        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1758            G2frame.dataFrame,
1759            'Select which sample parameters\nto copy',
1760            'Select sample parameters', keyText)
1761        try:
1762            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1763                selectedKeys = [keyList[i] for i in dlg.GetSelections()]
1764        finally:
1765            dlg.Destroy()
1766        if not selectedKeys: return # nothing to copy
1767        copyDict = {}
1768        for parm in selectedKeys:
1769            copyDict[parm] = data[parm]
1770        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1771            G2frame.dataFrame,
1772            'Copy sample params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1773            'Copy sample parameters', histList)
1774        try:
1775            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1776                result = dlg.GetSelections()
1777                for i in result: 
1778                    item = histList[i]
1779                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1780                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1781                    sampleData.update(copy.deepcopy(copyDict))
1782        finally:
1783            dlg.Destroy()           
1784        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=False)
1785
1786    def OnSampleFlagCopy(event):
1787        histType,copyNames = SetCopyNames(histName,data['Type'])
1788        flagDict = {}
1789        for parm in copyNames:
1790            flagDict[parm] = data[parm][1]
1791        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1792        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1793        if not histList:
1794            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1795            return
1796        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1797            G2frame.dataFrame, 
1798            'Copy sample ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1799            'Copy sample flags', histList)
1800        try:
1801            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1802                result = dlg.GetSelections()
1803                for i in result: 
1804                    item = histList[i]
1805                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1806                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1807                    for name in copyNames:
1808                        sampleData[name][1] = copy.copy(flagDict[name])
1809        finally:
1810            dlg.Destroy()
1811
1812    def OnHistoChange():
1813        '''Called when the histogram type is changed to refresh the window
1814        '''
1815        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1816       
1817    def SetNameVal():
1818        inst = instNameVal.GetValue()
1819        data['InstrName'] = inst.strip()
1820
1821    def OnNameVal(event):
1822        event.Skip()
1823        wx.CallAfter(SetNameVal)
1824       
1825    def AfterChange(invalid,value,tc):
1826        if invalid:
1827            return
1828        if tc.key == 0 and 'SASD' in histName:          #a kluge for Scale!
1829            G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=True)
1830        elif tc.key == 'Thick':
1831            wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)           
1832           
1833    def OnMaterial(event):
1834        Obj = event.GetEventObject()
1835        id,key = Info[Obj.GetId()]
1836        if key == 'Name':
1837            data['Materials'][id][key] = Obj.GetValue()
1838        elif key == 'VolFrac':
1839            try:
1840                value = min(max(0.,float(Obj.GetValue())),1.)
1841            except ValueError:
1842                value = data['Materials'][id][key]
1843            data['Materials'][id][key] = value
1844            data['Materials'][not id][key] = 1.-value
1845        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1846
1847    def OnCopy1Val(event):
1848        'Select one value to copy to many histograms and optionally allow values to be edited in a table'
1849        G2gd.SelectEdit1Var(G2frame,data,labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem)
1850        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1851       
1852    ######## DEBUG #######################################################
1853    #import GSASIIpwdGUI
1854    #reload(GSASIIpwdGUI)
1855    #reload(G2gd)
1856    ######################################################################
1857    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(
1858            G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
1859    histName = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1860    if G2frame.dataDisplay:
1861        G2frame.dataFrame.Clear()
1862    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SampleMenu)
1863    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sample Parameters')
1864    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSetScale, id=G2gd.wxID_SETSCALE)
1865    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleCopy, id=G2gd.wxID_SAMPLECOPY)
1866    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleCopySelected, id=G2gd.wxID_SAMPLECOPYSOME)
1867    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleFlagCopy, id=G2gd.wxID_SAMPLEFLAGCOPY)
1868    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleSave, id=G2gd.wxID_SAMPLESAVE)
1869    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleLoad, id=G2gd.wxID_SAMPLELOAD)
1870    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopy1Val, id=G2gd.wxID_SAMPLE1VAL)
1871    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAllSampleLoad, id=G2gd.wxID_ALLSAMPLELOAD)
1872    if 'SASD' in histName:
1873        G2frame.dataFrame.SetScale.Enable(True)
1874    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1875        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
1876    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
1877    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1878        G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
1879#patch
1880    if 'ranId' not in data:
1881        data['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
1882    if not 'Gonio. radius' in data:
1883        data['Gonio. radius'] = 200.0
1884    if not 'Omega' in data:
1885        data.update({'Omega':0.0,'Chi':0.0,'Phi':0.0})
1886    if type(data['Temperature']) is int:
1887        data['Temperature'] = float(data['Temperature'])
1888    if 'Time' not in data:
1889        data['Time'] = 0.0
1890    if 'FreePrm1' not in Controls:
1891        Controls['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
1892    if 'FreePrm2' not in Controls:
1893        Controls['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
1894    if 'FreePrm3' not in Controls:
1895        Controls['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
1896    if 'FreePrm1' not in data:
1897        data['FreePrm1'] = 0.
1898    if 'FreePrm2' not in data:
1899        data['FreePrm2'] = 0.
1900    if 'FreePrm3' not in data:
1901        data['FreePrm3'] = 0.
1902    if 'SurfRoughA' not in data and 'PWDR' in histName:
1903        data['SurfRoughA'] = [0.,False]
1904        data['SurfRoughB'] = [0.,False]
1905    if 'Trans' not in data and 'SASD' in histName:
1906        data['Trans'] = 1.0
1907    if 'SlitLen' not in data and 'SASD' in histName:
1908        data['SlitLen'] = 0.0
1909    if 'Shift' not in data:
1910        data['Shift'] = [0.0,False]
1911    if 'Transparency' not in data:
1912        data['Transparency'] = [0.0,False]
1913    data['InstrName'] = data.get('InstrName','')
1914#patch end
1915    labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem = [],[],[],[]
1916    parms = SetupSampleLabels(histName,data.get('Type'),Inst['Type'][0])
1917    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1918    topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1919    topSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1920    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Sample and Experimental Parameters'))
1921    topSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1922    mainSizer.Add(topSizer,0,wx.EXPAND,1)
1923    nameSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1924    nameSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,' Instrument Name'),
1925                0,WACV)
1926    nameSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1927    instNameVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,data['InstrName'],
1928                              size=(200,-1),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)       
1929    nameSizer.Add(instNameVal)
1930    instNameVal.Bind(wx.EVT_CHAR,OnNameVal)
1931    mainSizer.Add(nameSizer,0,wx.EXPAND,1)
1932    mainSizer.Add((5,5),0)
1933    labelLst.append('Instrument Name')
1934    elemKeysLst.append(['InstrName'])
1935    dspLst.append(None)
1936    refFlgElem.append(None)
1937
1938    if 'PWDR' in histName:
1939        nameSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1940        nameSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,' Diffractometer type: '),
1941                    0,WACV)
1942        if 'T' in Inst['Type'][0]:
1943            choices = ['Debye-Scherrer',]
1944        else:
1945            choices = ['Debye-Scherrer','Bragg-Brentano',]
1946        histoType = G2gd.G2ChoiceButton(G2frame.dataDisplay,choices,
1947                    strLoc=data,strKey='Type',
1948                    onChoice=OnHistoChange)
1949        nameSizer.Add(histoType)
1950        mainSizer.Add(nameSizer,0,wx.EXPAND,1)
1951        mainSizer.Add((5,5),0)
1952
1953    parmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,0)
1954    for key,lbl,nDig in parms:
1955        labelLst.append(lbl.strip().strip(':').strip())
1956        dspLst.append(nDig)
1957        if 'list' in str(type(data[key])):
1958            parmRef = G2gd.G2CheckBox(G2frame.dataDisplay,' '+lbl,data[key],1)
1959            parmSizer.Add(parmRef,0,WACV|wx.EXPAND)
1960            parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data[key],0,
1961                nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1962            elemKeysLst.append([key,0])
1963            refFlgElem.append([key,1])
1964        else:
1965            parmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' '+lbl),
1966                0,WACV|wx.EXPAND)
1967            parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data,key,
1968                typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1969            elemKeysLst.append([key])
1970            refFlgElem.append(None)
1971        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1972    Info = {}
1973       
1974    for key in ('FreePrm1','FreePrm2','FreePrm3'):
1975        parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,Controls,key,typeHint=str,
1976                                        notBlank=False)
1977        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1978        parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data,key,typeHint=float)
1979        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1980        labelLst.append(Controls[key])
1981        dspLst.append(None)
1982        elemKeysLst.append([key])
1983        refFlgElem.append(None)
1984       
1985    mainSizer.Add(parmSizer,1,wx.EXPAND)
1986    mainSizer.Add((0,5),0)   
1987    if 'SASD' in histName:
1988        rho = [0.,0.]
1989        anomrho = [0.,0.]
1990        mu = 0.
1991        subSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
1992        Substances = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1993            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Substances'))
1994        for id,item in enumerate(data['Materials']):
1995            subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Material: '),0,WACV)
1996            matsel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=item['Name'],choices=Substances['Substances'].keys(),
1997                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1998            Info[matsel.GetId()] = [id,'Name']
1999            matsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaterial)       
2000            subSizer.Add(matsel,0,WACV)
2001            subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Volume fraction: '),0,WACV)
2002            volfrac = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=str('%.3f'%(item['VolFrac'])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2003            Info[volfrac.GetId()] = [id,'VolFrac']
2004            volfrac.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMaterial)
2005            volfrac.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMaterial)
2006            subSizer.Add(volfrac,0,WACV)
2007            material = Substances['Substances'][item['Name']]
2008            mu += item['VolFrac']*material.get('XAbsorption',0.)
2009            rho[id] = material['Scatt density']
2010            anomrho[id] = material.get('XAnom density',0.)
2011        data['Contrast'] = [(rho[1]-rho[0])**2,(anomrho[1]-anomrho[0])**2]
2012        mainSizer.Add(subSizer,0)
2013        conSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2014        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Contrast: %10.2f '%(data['Contrast'][0])),0,WACV)
2015        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Anom. Contrast: %10.2f '%(data['Contrast'][1])),0,WACV)
2016        mut =  mu*data['Thick']
2017        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Transmission (calc): %10.3f  '%(np.exp(-mut))),0,WACV)
2018        mainSizer.Add(conSizer,0)
2019   
2020    mainSizer.Layout()   
2021    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2022    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
2023    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
2024    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)
2025               
2026################################################################################
2027#####  Indexing Peaks
2028################################################################################           
2029       
2030def UpdateIndexPeaksGrid(G2frame, data):
2031    '''respond to selection of PWDR Index Peak List data
2032    tree item.
2033    '''
2034    bravaisSymb = ['Fm3m','Im3m','Pm3m','R3-H','P6/mmm','I4/mmm',
2035        'P4/mmm','Fmmm','Immm','Cmmm','Pmmm','C2/m','P2/m','P1']
2036    IndexId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List')
2037    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2038
2039    def RefreshIndexPeaksGrid(event):
2040        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
2041        peaks = G2frame.IndexPeaksTable.GetData()
2042        if c == 2:
2043            if peaks[r][c]:
2044                peaks[r][c] = False
2045            else:
2046                peaks[r][c] = True
2047            G2frame.IndexPeaksTable.SetData(peaks)
2048            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,[peaks,data[1]])
2049            G2frame.dataDisplay.ForceRefresh()
2050            if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2051                G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2052            else:
2053                G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
2054           
2055    def OnReload(event):
2056        peaks = []
2057        sigs = []
2058        Peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'))
2059        for ip,peak in enumerate(Peaks['peaks']):
2060            dsp = G2lat.Pos2dsp(Inst,peak[0])
2061            peaks.append([peak[0],peak[2],True,False,0,0,0,dsp,0.0])    #SS?
2062            try:
2063                sig = Peaks['sigDict']['pos'+str(ip)]
2064            except KeyError:
2065                sig = 0.
2066            sigs.append(sig)
2067        data = [peaks,sigs]
2068        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,data)
2069        UpdateIndexPeaksGrid(G2frame,data)
2070       
2071    def KeyEditPickGrid(event):
2072        colList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
2073        rowList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2074        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(IndexId)
2075        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
2076            event.Skip(True)
2077        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
2078            event.Skip(True)
2079        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
2080            event.Skip(True)
2081        elif colList:
2082            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
2083            key = event.GetKeyCode()
2084            for col in colList:
2085                if G2frame.IndexPeaksTable.GetColLabelValue(col) in ['use',]:
2086                    if key == 89: #'Y'
2087                        for row in range(G2frame.IndexPeaksTable.GetNumberRows()): data[0][row][col]=True
2088                    elif key == 78:  #'N'
2089                        for row in range(G2frame.IndexPeaksTable.GetNumberRows()): data[0][row][col]=False
2090           
2091    if G2frame.dataDisplay:
2092        G2frame.dataFrame.Clear()
2093    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2094        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2095    if 'PWD' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2096        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.IndPeaksMenu)
2097        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReload, id=G2gd.wxID_INDXRELOAD)
2098    G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(False)
2099    G2frame.IndexPeaksTable = []
2100    if len(data[0]):
2101        G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2102        Unit = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Unit Cells List'))
2103        if Unit:
2104            if len(Unit) == 4:  #patch
2105                Unit.append({})
2106            controls,bravais,cellist,dmin,ssopt = Unit
2107            G2frame.HKL = []
2108            if ssopt.get('Use',False):
2109                cell = controls[6:12]
2110                A = G2lat.cell2A(cell)
2111                ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2112                spc = controls[13]
2113                SGData = G2spc.SpcGroup(spc)[1]
2114                SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])[1]
2115                Vec = ssopt['ModVec']
2116                maxH = ssopt['maxH']
2117                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,Vec,maxH,A)
2118                data[0] = G2indx.IndexSSPeaks(data[0],G2frame.HKL)[1]
2119            else:        #select cell from table - no SS
2120                for i,cell in enumerate(cellist):
2121                    if cell[-2]:
2122                        ibrav = cell[2]
2123                        A = G2lat.cell2A(cell[3:9])
2124                        G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,A)
2125                        for hkl in G2frame.HKL:
2126                            hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3]))
2127                        data[0] = G2indx.IndexPeaks(data[0],G2frame.HKL)[1]
2128                        break
2129    rowLabels = []
2130    for i in range(len(data[0])): rowLabels.append(str(i+1))
2131    colLabels = ['position','intensity','use','indexed','h','k','l','d-obs','d-calc']
2132    Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',]+2*[wg.GRID_VALUE_BOOL,]+ \
2133        3*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
2134    if len(data[0]) and len(data[0][0]) > 9:
2135        colLabels = ['position','intensity','use','indexed','h','k','l','m','d-obs','d-calc']
2136        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',]+2*[wg.GRID_VALUE_BOOL,]+ \
2137            4*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
2138    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,data)
2139    G2frame.IndexPeaksTable = G2gd.Table(data[0],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2140    G2frame.dataFrame.SetLabel('Index Peak List')
2141    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)               
2142    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.IndexPeaksTable, True)
2143    XY = []
2144    Sigs = []
2145    for r in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberRows()):
2146        for c in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberCols()):
2147            if c == 2:
2148                G2frame.dataDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=False)
2149            else:
2150                G2frame.dataDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=True)
2151        if data[0][r][2] and data[0][r][3]:
2152            XY.append([data[0][r][-1],data[0][r][0]])
2153            try:
2154                sig = data[1][r]
2155            except IndexError:
2156                sig = 0.
2157            Sigs.append(sig)
2158    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_LEFT_CLICK, RefreshIndexPeaksGrid)
2159    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPickGrid)                 
2160    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
2161    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
2162    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([490,300])
2163    if len(XY):
2164        XY = np.array(XY)
2165        G2plt.PlotCalib(G2frame,Inst,XY,Sigs,newPlot=True)
2166    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
2167     
2168################################################################################
2169#####  Unit cells
2170################################################################################           
2171       
2172def UpdateUnitCellsGrid(G2frame, data):
2173    '''respond to selection of PWDR Unit Cells data tree item.
2174    '''
2175    UnitCellsId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Unit Cells List')
2176    SPGlist = G2spc.spglist
2177    bravaisSymb = ['Fm3m','Im3m','Pm3m','R3-H','P6/mmm','I4/mmm',
2178        'P4/mmm','Fmmm','Immm','Cmmm','Pmmm','C2/m','P2/m','P1']
2179    spaceGroups = ['F m 3 m','I m 3 m','P m 3 m','R 3 m','P 6/m m m','I 4/m m m',
2180        'P 4/m m m','F m m m','I m m m','C m m m','P m m m','C 2/m','P 2/m','P -1']
2181    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2182    if 'C' in Inst['Type'][0]:
2183        wave = G2mth.getWave(Inst)
2184    else:
2185        difC = Inst['difC'][1]
2186   
2187    def SetLattice(controls):
2188        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2189        if ibrav in [0,1,2]:
2190            controls[7] = controls[8] = controls[6]
2191            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2192        elif ibrav in [3,4,5,6]:
2193            controls[7] = controls[6]
2194            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2195            if ibrav in [3,4]:
2196                controls[11] = 120.
2197        elif ibrav in [7,8,9,10]:
2198            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2199        elif ibrav in [11,12]:
2200            controls[9] = controls[11] = 90.  # b unique
2201        if len(controls) < 13: controls.append(0)
2202        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2203        return ibrav
2204       
2205    def OnNcNo(event):
2206        controls[2] = NcNo.GetValue()
2207       
2208    def OnIfX20(event):
2209        G2frame.ifX20 = x20.GetValue()
2210       
2211    def OnStartVol(event):
2212        try:
2213            stVol = int(float(startVol.GetValue()))
2214            if stVol < 25:
2215                raise ValueError
2216        except ValueError:
2217            stVol = 25
2218        controls[3] = stVol
2219        startVol.SetValue("%d"%(stVol))
2220       
2221    def OnBravais(event):
2222        Obj = event.GetEventObject()
2223        bravais[bravList.index(Obj.GetId())] = Obj.GetValue()
2224       
2225    def OnZero(event):
2226        try:
2227            Zero = min(5.0,max(-5.0,float(zero.GetValue())))
2228        except ValueError:
2229            Zero = 0.0
2230        controls[1] = Zero
2231        zero.SetValue("%.4f"%(Zero))
2232       
2233    def OnZeroVar(event):
2234        controls[0] = zeroVar.GetValue()
2235       
2236    def OnSSopt(event):
2237        if controls[5] in ['Fm3m','Im3m','Pm3m']:
2238            SSopt.SetValue(False)
2239            G2frame.ErrorDialog('Cubic lattice', 'Superlattice not allowed for a cubic lattice')
2240            return
2241        ssopt['Use'] = SSopt.GetValue()
2242        if 'ssSymb' not in ssopt:
2243            ssopt.update({'ssSymb':'(abg)','ModVec':[0.1,0.1,0.1],'maxH':1})
2244        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2245       
2246    def OnSelMG(event):
2247        ssopt['ssSymb'] = selMG.GetValue()
2248        Vec = ssopt['ModVec']
2249        modS = G2spc.splitSSsym(ssopt['ssSymb'])[0]
2250        ssopt['ModVec'] = G2spc.SSGModCheck(Vec,modS)[0]
2251        print ' Selecting: ',controls[13],ssopt['ssSymb'], 'maxH:',ssopt['maxH']
2252        OnHklShow(event)
2253        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2254       
2255    def OnModVal(event):
2256        Obj = event.GetEventObject()
2257        ObjId = Obj.GetId()
2258        Id = Indx[ObjId]
2259        try:
2260            value = min(1.0,max(0.,float(Obj.GetValue())))
2261        except ValueError:
2262            value = ssopt['ModVec'][Id]
2263        Obj.SetValue('%.4f'%(value))
2264        ssopt['ModVec'][Id] = value
2265        OnHklShow(event)
2266       
2267    def OnMoveMod(event):
2268        Obj = event.GetEventObject()
2269        ObjId = Obj.GetId()
2270        Id,valObj = Indx[ObjId]
2271        move = Obj.GetValue()*0.0005
2272        Obj.SetValue(0)
2273        value = min(1.0,max(.0,float(valObj.GetValue())+move))
2274        valObj.SetValue('%.4f'%(value)) 
2275        ssopt['ModVec'][Id] = value
2276        OnHklShow(event)
2277       
2278    def OnMaxMH(event):
2279        ssopt['maxH'] = int(maxMH.GetValue())
2280        print ' Selecting: ',controls[13],ssopt['ssSymb'], 'maxH:',ssopt['maxH']
2281        OnHklShow(event)
2282       
2283    def OnFindMV(event):
2284        Peaks = np.copy(peaks[0])
2285        print ' Trying: ',controls[13],ssopt['ssSymb'], 'maxH:',ssopt['maxH']
2286        dlg = wx.ProgressDialog('Elapsed time','Modulation vector search',
2287            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
2288        try:
2289            ssopt['ModVec'] = G2indx.findMV(Peaks,controls,ssopt,Inst,dlg)
2290        finally:
2291            dlg.Destroy()
2292        OnHklShow(event)
2293        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2294       
2295    def OnBravSel(event):
2296        brav = bravSel.GetString(bravSel.GetSelection())
2297        controls[5] = brav
2298        controls[13] = SPGlist[brav][0]       
2299        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2300       
2301    def OnSpcSel(event):
2302        controls[13] = spcSel.GetString(spcSel.GetSelection())
2303        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(True)
2304       
2305    def SetCellValue(Obj,ObjId,value):
2306        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2307        if ibrav in [0,1,2]:
2308            controls[6] = controls[7] = controls[8] = value
2309            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2310            Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6]))
2311        elif ibrav in [3,4,5,6]:
2312            if ObjId == 0:
2313                controls[6] = controls[7] = value
2314                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6]))
2315            else:
2316                controls[8] = value
2317                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[8]))
2318            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2319            if ibrav in [3,4]:
2320                controls[11] = 120.
2321        elif ibrav in [7,8,9,10]:
2322            controls[6+ObjId] = value
2323            Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2324            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2325        elif ibrav in [11,12]:
2326            controls[9] = controls[11] = 90.0
2327            if ObjId != 3:
2328                controls[6+ObjId] = value
2329                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2330            else:
2331                controls[10] = value
2332                Obj.SetValue("%.3f"%(controls[10]))
2333        else:
2334            controls[6+ObjId] = value
2335            if ObjId < 3:
2336                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2337            else:
2338                Obj.SetValue("%.3f"%(controls[6+ObjId]))
2339        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2340        volVal.SetValue("%.3f"%(controls[12]))
2341       
2342    def OnMoveCell(event):
2343        Obj = event.GetEventObject()
2344        ObjId = cellList.index(Obj.GetId())
2345        valObj = valDict[Obj.GetId()]
2346        if ObjId/2 < 3:
2347            move = Obj.GetValue()*0.01
2348        else:
2349            move = Obj.GetValue()*0.1
2350        Obj.SetValue(0)
2351        value = float(valObj.GetValue())+move 
2352        SetCellValue(valObj,ObjId/2,value)
2353        OnHklShow(event)
2354       
2355    def OnCellChange(event):
2356        Obj = event.GetEventObject()
2357        ObjId = cellList.index(Obj.GetId())
2358        try:
2359            value = max(1.0,float(Obj.GetValue()))
2360        except ValueError:
2361            if ObjId/2 < 3:               #bad cell edge - reset
2362                value = controls[6+ObjId/2]
2363            else:                       #bad angle
2364                value = 90.
2365        SetCellValue(Obj,ObjId/2,value)
2366       
2367    def OnHklShow(event):
2368        PatternId = G2frame.PatternId
2369        PickId = G2frame.PickId   
2370        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'))
2371        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
2372        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2373        cell = controls[6:12]
2374        A = G2lat.cell2A(cell)
2375        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2376        spc = controls[13]
2377        SGData = G2spc.SpcGroup(spc)[1]
2378        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2379            dmin = G2lat.Pos2dsp(Inst,limits[1])
2380        else:   #TOF - use other limit!
2381            dmin = G2lat.Pos2dsp(Inst,limits[0])
2382        if ssopt.get('Use',False):
2383            SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])[1]
2384            Vec = ssopt['ModVec']
2385            maxH = ssopt['maxH']
2386            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,Vec,maxH,A)
2387            peaks = [G2indx.IndexSSPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #keep esds from peak fit
2388            M20,X20 = G2indx.calc_M20SS(peaks[0],G2frame.HKL)
2389        else:
2390            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2391            peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #keep esds from peak fit
2392            M20,X20 = G2indx.calc_M20(peaks[0],G2frame.HKL)
2393        print ' new M20,X20: %.2f %d'%(M20,X20)
2394        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'),peaks)
2395        if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2396            G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2397        else:
2398            G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2399           
2400    def OnSortCells(event):
2401        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2402        c =  event.GetCol()
2403        if colLabels[c] == 'M20':
2404            cells = G2indx.sortM20(cells)
2405        elif colLabels[c] in ['X20','Bravais','a','b','c','alpha','beta','gamma','Volume']:
2406            if c == 1:
2407                c += 1  #X20 before Use
2408            cells = G2indx.sortCells(cells,c-1)     #an extra column (Use) not in cells
2409        else:
2410            return
2411        data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2412        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)
2413        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2414       
2415    def CopyUnitCell(event):
2416        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2417        for Cell in cells:
2418            if Cell[-2]:
2419                break
2420        cell = Cell[2:9]
2421        controls[4] = 1
2422        controls[5] = bravaisSymb[cell[0]]
2423        controls[6:12] = cell[1:8]
2424        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2425        controls[13] = spaceGroups[bravaisSymb.index(controls[5])]
2426        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,[controls,bravais,cells,dmin,ssopt])
2427        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(True)
2428        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)       
2429               
2430    def RefineCell(event):
2431       
2432        def cellPrint(ibrav,A):
2433            cell = G2lat.A2cell(A)
2434            Vol = G2lat.calc_V(A)
2435            if ibrav in [0,1,2]:
2436                print " %s%10.6f" % ('a =',cell[0])
2437            elif ibrav in [3,4,5,6]:
2438                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],' c =',cell[2],' volume =',Vol)
2439            elif ibrav in [7,8,9,10]:
2440                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2],' volume =',Vol)
2441            elif ibrav in [11,12]:
2442                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f %s%8.3f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2],'beta =',cell[4],' volume =',Vol)
2443            else:
2444                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2])
2445                print " %s%8.3f %s%8.3f %s%8.3f %s%12.3f" % ('alpha =',cell[3],'beta =',cell[4],'gamma =',cell[5],' volume =',Vol)
2446               
2447        def vecPrint(Vec):
2448            print ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%('Modulation vector:',Vec[0],Vec[1],Vec[2])
2449             
2450        PatternId = G2frame.PatternId
2451        PickId = G2frame.PickId   
2452        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'))
2453        if not len(peaks[0]):
2454            G2frame.ErrorDialog('No peaks!', 'Nothing to refine!')
2455            return       
2456        print ' Refine cell'
2457        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2458        cell = controls[6:12]
2459        A = G2lat.cell2A(cell)
2460        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2461        SGData = G2spc.SpcGroup(controls[13])[1]
2462        dmin = G2indx.getDmin(peaks[0])-0.005
2463        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2464            if ssopt.get('Use',False):
2465                vecFlags = [True if x in ssopt['ssSymb'] else False for x in ['a','b','g']]
2466                SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])[1]
2467                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,ssopt['ModVec'],ssopt['maxH'],A)
2468                peaks = [G2indx.IndexSSPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2469                Lhkl,M20,X20,Aref,Vec,Zero = \
2470                    G2indx.refinePeaksZSS(peaks[0],wave,Inst,SGData,SSGData,ssopt['maxH'],ibrav,A,ssopt['ModVec'],vecFlags,controls[1],controls[0])
2471            else:
2472                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2473                peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2474                Lhkl,M20,X20,Aref,Zero = G2indx.refinePeaksZ(peaks[0],wave,ibrav,A,controls[1],controls[0])
2475        else:   #'T'OF - doesn't seem to work
2476            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2477            peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2478            Lhkl,M20,X20,Aref,Zero = G2indx.refinePeaksT(peaks[0],difC,ibrav,A,controls[1],controls[0])           
2479        controls[1] = Zero
2480        controls[6:12] = G2lat.A2cell(Aref)
2481        controls[12] = G2lat.calc_V(Aref)
2482        cells = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)[2]
2483        for cell in cells:
2484            cell[-2] = False
2485        cells.insert(0,[M20,X20,ibrav]+controls[6:13]+[True,False])
2486        if ssopt.get('Use',False):
2487            ssopt['ModVec'] = Vec
2488            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,ssopt['ModVec'],ssopt['maxH'],A)
2489        else:
2490            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2491        data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2492        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'),data)
2493        print " %s%10.3f" % ('refinement M20 = ',M20)
2494        print ' unindexed lines = ',X20
2495        cellPrint(ibrav,Aref)
2496        ip = 4
2497        if ssopt.get('Use',False):
2498            vecPrint(Vec)
2499            ip = 5
2500        for hkl in G2frame.HKL:
2501            hkl[ip] = G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[ip-1])+controls[1]
2502        if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2503            G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2504        else:
2505            G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2506        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2507       
2508    def IndexPeaks(event):
2509        PatternId = G2frame.PatternId   
2510        print 'Peak Indexing'
2511        keepcells = []
2512        try:
2513            controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2514            for cell in cells:
2515                if cell[11]:
2516                    cell[10] = False    #clear selection flag on keepers
2517                    keepcells.append(cell)
2518        except IndexError:
2519            pass
2520        except ValueError:
2521            G2frame.ErrorDialog('Error','Need to set controls in Unit Cell List first')
2522            return
2523        if ssopt.get('Use',False):
2524            G2frame.ErrorDialog('Super lattice error','Indexing not available for super lattices')
2525            return
2526        if True not in bravais:
2527            G2frame.ErrorDialog('Error','No Bravais lattices selected')
2528            return
2529        if not len(peaks[0]):
2530            G2frame.ErrorDialog('Error','Index Peak List is empty')
2531            return
2532        if len(peaks[0][0]) > 9:
2533            G2frame.ErrorDialog('Error','You need to reload Index Peaks List first')
2534            return
2535        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(False)
2536        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(False)
2537        OK,dmin,newcells = G2indx.DoIndexPeaks(peaks[0],controls,bravais,G2frame.ifX20)
2538        cells = keepcells+newcells
2539        cells = G2indx.sortM20(cells)
2540        if OK:
2541            cells[0][10] = True         #select best M20
2542            data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2543            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'),data)
2544            bestCell = cells[0]
2545            if bestCell[0] > 10.:
2546                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,bestCell[2],G2lat.cell2A(bestCell[3:9]))
2547                for hkl in G2frame.HKL:
2548                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2549                if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2550                    G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2551                else:
2552                    G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2553            G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2554            G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2555            G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(True)
2556            G2frame.ifX20 = True
2557            wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2558               
2559    def RefreshUnitCellsGrid(event):
2560        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2561        cells,dmin = data[2:4]
2562        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
2563        if cells:
2564            if c == 2:
2565                for i in range(len(cells)):
2566                    cells[i][-2] = False
2567                    UnitCellsTable.SetValue(i,c,False)
2568                UnitCellsTable.SetValue(r,c,True)
2569                gridDisplay.Refresh()
2570                cells[r][-2] = True
2571                ibrav = cells[r][2]
2572                A = G2lat.cell2A(cells[r][3:9])
2573                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,A)
2574                for hkl in G2frame.HKL:
2575                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2576                if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2577                    G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2578                else:
2579                    G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2580            elif c == 11:
2581                if UnitCellsTable.GetValue(r,c):
2582                    UnitCellsTable.SetValue(r,c,False)
2583                    cells[r][c] = False
2584                else:
2585                    cells[r][c] = True
2586                    UnitCellsTable.SetValue(r,c,True)
2587                gridDisplay.ForceRefresh()
2588            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)
2589       
2590    def MakeNewPhase(event):
2591        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases'):
2592            sub = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Phases')
2593        else:
2594            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
2595        PhaseName = ''
2596        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
2597            style=wx.OK)
2598        try:
2599            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2600                PhaseName = dlg.GetValue()
2601                cells = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)[2]
2602                for Cell in cells:
2603                    if Cell[-2]:
2604                        break
2605                cell = Cell[2:10]       
2606                sub = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
2607                E,SGData = G2spc.SpcGroup(controls[13])
2608                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(sub, \
2609                    G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData,cell=cell[1:],Super=ssopt))
2610                Status.SetStatusText('Change space group from '+str(controls[13])+' if needed')
2611        finally:
2612            dlg.Destroy()
2613           
2614    if G2frame.dataDisplay:
2615        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
2616    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
2617    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.IndexMenu)
2618    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2619        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2620    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, IndexPeaks, id=G2gd.wxID_INDEXPEAKS)
2621    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyUnitCell, id=G2gd.wxID_COPYCELL)
2622    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, RefineCell, id=G2gd.wxID_REFINECELL)
2623    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, MakeNewPhase, id=G2gd.wxID_MAKENEWPHASE)   
2624    controls,bravais,cells,dmin,ssopt = data
2625    if len(controls) < 13:              #add cell volume if missing
2626        controls.append(G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12])))
2627    if len(controls) < 14:              #add space gropu used in indexing
2628        controls.append(spaceGroups[bravaisSymb.index(controls[5])])
2629    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)            #update with volume
2630    bravaisNames = ['Cubic-F','Cubic-I','Cubic-P','Trigonal-R','Trigonal/Hexagonal-P',
2631        'Tetragonal-I','Tetragonal-P','Orthorhombic-F','Orthorhombic-I','Orthorhombic-C',
2632        'Orthorhombic-P','Monoclinic-C','Monoclinic-P','Triclinic']
2633    cellGUIlist = [[[0,1,2],4,zip([" Unit cell: a = "," Vol = "],["%.5f","%.3f"],[True,False],[0,0])],
2634    [[3,4,5,6],6,zip([" Unit cell: a = "," c = "," Vol = "],["%.5f","%.5f","%.3f"],[True,True,False],[0,2,0])],
2635    [[7,8,9,10],8,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," Vol = "],["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f"],
2636        [True,True,True,False],[0,1,2,0])],
2637    [[11,12],10,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," beta = "," Vol = "],
2638        ["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f","%.3f"],[True,True,True,True,False],[0,1,2,4,0])],
2639    [[13,],8,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," Vol = "," alpha = "," beta = "," gamma = "],
2640        ["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f","%.3f","%.3f","%.3f"],
2641        [True,True,True,False,True,True,True],[0,1,2,0,3,4,5])]]
2642   
2643    G2frame.dataFrame.SetLabel('Unit Cells List')
2644    G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(False)
2645    peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List'))
2646    if peaks:
2647        G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2648    G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(False)
2649    if controls[12] > 1.0:                               #if a "real" volume (i.e. not default)
2650        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(True)   
2651    G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(False)
2652    G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(False)       
2653    if cells:
2654        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2655        G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(True)       
2656    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2657    mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Indexing controls: '),0,WACV)
2658    mainSizer.Add((5,5),0)
2659    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,5,5,5)
2660    littleSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Max Nc/Nobs '),0,WACV)
2661    NcNo = wx.SpinCtrl(G2frame.dataDisplay)
2662    NcNo.SetRange(2,6)
2663    NcNo.SetValue(controls[2])
2664    NcNo.Bind(wx.EVT_SPINCTRL,OnNcNo)
2665    littleSizer.Add(NcNo,0,WACV)
2666    littleSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Start Volume '),0,WACV)
2667    startVol = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=str('%d'%(controls[3])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2668    startVol.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnStartVol)
2669    startVol.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnStartVol)
2670    littleSizer.Add(startVol,0,WACV)
2671    x20 = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Use M20/(X20+1)?')
2672    x20.SetValue(G2frame.ifX20)
2673    x20.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnIfX20)
2674    littleSizer.Add(x20,0,WACV)
2675    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2676    mainSizer.Add((5,5),0)
2677    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Select Bravais Lattices for indexing: '),
2678        0,WACV)
2679    mainSizer.Add((5,5),0)
2680    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,7,5,5)
2681    bravList = []
2682    bravs = zip(bravais,bravaisNames)
2683    for brav,bravName in bravs:
2684        bravCk = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=bravName)
2685        bravList.append(bravCk.GetId())
2686        bravCk.SetValue(brav)
2687        bravCk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBravais)
2688        littleSizer.Add(bravCk,0,WACV)
2689    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2690    mainSizer.Add((5,5),0)
2691   
2692    mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Cell Refinement: '),0,WACV)
2693    mainSizer.Add((5,5),0)
2694    littleSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2695    littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Bravais lattice "),0,WACV)
2696    bravSel = wx.Choice(G2frame.dataDisplay,choices=bravaisSymb)
2697    bravSel.SetSelection(bravaisSymb.index(controls[5]))
2698    bravSel.Bind(wx.EVT_CHOICE,OnBravSel)
2699    littleSizer.Add(bravSel,0,WACV)
2700    littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Space group "),0,WACV)
2701    spcSel = wx.Choice(G2frame.dataDisplay,choices=SPGlist[controls[5]])
2702    spcSel.SetSelection(SPGlist[controls[5]].index(controls[13]))
2703    spcSel.Bind(wx.EVT_CHOICE,OnSpcSel)
2704    littleSizer.Add(spcSel,0,WACV)
2705    if ssopt.get('Use',False):        #zero for super lattice doesn't work!
2706        controls[0] = False
2707    else:
2708        littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Zero offset"),0,WACV)
2709        zero = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value="%.4f"%(controls[1]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2710        zero.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnZero)
2711        zero.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnZero)
2712        littleSizer.Add(zero,0,WACV)
2713        zeroVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label="Refine?")
2714        zeroVar.SetValue(controls[0])
2715        zeroVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnZeroVar)
2716        littleSizer.Add(zeroVar,0,WACV)
2717    SSopt = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label="Super lattice?")
2718    SSopt.SetValue(ssopt.get('Use',False))
2719    SSopt.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnSSopt)
2720    littleSizer.Add(SSopt,0,WACV)
2721    hklShow = wx.Button(G2frame.dataDisplay,label="Show hkl positions")
2722    hklShow.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnHklShow)
2723    littleSizer.Add(hklShow,0,WACV)
2724    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2725   
2726    mainSizer.Add((5,5),0)
2727    ibrav = SetLattice(controls)
2728    for cellGUI in cellGUIlist:
2729        if ibrav in cellGUI[0]:
2730            useGUI = cellGUI
2731    cellList = []
2732    valDict = {}
2733    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,useGUI[1],5,5)
2734    for txt,fmt,ifEdit,Id in useGUI[2]:
2735        littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=txt),0,WACV)
2736        if ifEdit:          #a,b,c,etc.
2737            cellVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=(fmt%(controls[6+Id])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2738            cellVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnCellChange)       
2739            cellVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnCellChange)
2740            valSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2741            valSizer.Add(cellVal,0,WACV)
2742            cellSpin = wx.SpinButton(G2frame.dataDisplay,style=wx.SP_VERTICAL,size=wx.Size(20,20))
2743            cellSpin.SetValue(0)
2744            cellSpin.SetRange(-1,1)
2745            cellSpin.Bind(wx.EVT_SPIN, OnMoveCell)
2746            valSizer.Add(cellSpin,0,WACV)
2747            littleSizer.Add(valSizer,0,WACV)
2748            cellList.append(cellVal.GetId())
2749            cellList.append(cellSpin.GetId())
2750            valDict[cellSpin.GetId()] = cellVal
2751        else:               #volume
2752            volVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=(fmt%(controls[12])),style=wx.TE_READONLY)
2753            volVal.SetBackgroundColour(VERY_LIGHT_GREY)
2754            littleSizer.Add(volVal,0,WACV)
2755    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2756    if ssopt.get('Use',False):        #super lattice display
2757        indChoice = ['1','2','3','4',]
2758        SpSg = controls[13]
2759        ssChoice = G2spc.ssdict[SpSg]
2760        if ssopt['ssSymb'] not in ssChoice:
2761            ssopt['ssSymb'] = ssChoice[0]
2762        ssSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2763        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Supersymmetry space group: '+SpSg+' '),0,WACV)
2764        selMG = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=ssopt['ssSymb'],
2765                choices=ssChoice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2766        selMG.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnSelMG)
2767        ssSizer.Add(selMG,0,WACV)
2768        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Mod. vector: '),0,WACV)
2769        modS = G2spc.splitSSsym(ssopt['ssSymb'])[0]
2770        ssopt['ModVec'],ifShow = G2spc.SSGModCheck(ssopt['ModVec'],modS)
2771        Indx = {}
2772        for i,[val,show] in enumerate(zip(ssopt['ModVec'],ifShow)):
2773            if show:
2774                valSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2775                modVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=('%.4f'%(val)),
2776                    size=wx.Size(50,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2777                modVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnModVal)       
2778                modVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnModVal)
2779                valSizer.Add(modVal,0,WACV)
2780                modSpin = wx.SpinButton(G2frame.dataDisplay,style=wx.SP_VERTICAL,size=wx.Size(20,20))
2781                modSpin.SetValue(0)
2782                modSpin.SetRange(-1,1)
2783                modSpin.Bind(wx.EVT_SPIN, OnMoveMod)
2784                valSizer.Add(modSpin,0,WACV)
2785                ssSizer.Add(valSizer,0,WACV)
2786                Indx[modVal.GetId()] = i
2787                Indx[modSpin.GetId()] = [i,modVal]
2788            else:
2789                modVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=('%.3f'%(val)),
2790                    size=wx.Size(50,20),style=wx.TE_READONLY)
2791                modVal.SetBackgroundColour(VERY_LIGHT_GREY)
2792                ssSizer.Add(modVal,0,WACV)
2793        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max. M: '),0,WACV)
2794        maxMH = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(ssopt['maxH']),
2795            choices=indChoice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2796        maxMH.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxMH)
2797        ssSizer.Add(maxMH,0,WACV)
2798        findMV = wx.wx.Button(G2frame.dataDisplay,label="Find mod. vec.?")
2799        findMV.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnFindMV)
2800        ssSizer.Add(findMV,0,WACV)
2801        mainSizer.Add(ssSizer,0)
2802
2803    if cells:
2804        mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='\n Indexing Result:'),0,WACV)
2805        rowLabels = []
2806        colLabels = ['M20','X20','use','Bravais','a','b','c','alpha','beta','gamma','Volume','Keep']
2807        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_NUMBER,wg.GRID_VALUE_BOOL,wg.GRID_VALUE_STRING,]+ \
2808            3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]+3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]+ \
2809            [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL]
2810        numRows = len(cells)
2811        table = []
2812        for cell in cells:
2813            rowLabels.append('')
2814            row = cell[0:2]+[cell[-2]]+[bravaisSymb[cell[2]]]+cell[3:10]+[cell[11],]
2815            if cell[-2]:
2816                A = G2lat.cell2A(cell[3:9])
2817                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,cell[2],A)
2818                for hkl in G2frame.HKL:
2819                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2820            table.append(row)
2821        UnitCellsTable = G2gd.Table(table,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2822        gridDisplay = G2gd.GSGrid(G2frame.dataDisplay)
2823        gridDisplay.SetTable(UnitCellsTable, True)
2824        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2825        gridDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_LEFT_CLICK,RefreshUnitCellsGrid)
2826        gridDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK,OnSortCells)
2827        gridDisplay.SetMargins(0,0)
2828        gridDisplay.SetRowLabelSize(0)
2829        gridDisplay.AutoSizeColumns(False)
2830        for r in range(gridDisplay.GetNumberRows()):
2831            for c in range(gridDisplay.GetNumberCols()):
2832                if c == 2:
2833                    gridDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=False)
2834                else:
2835                    gridDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=True)
2836        mainSizer.Add(gridDisplay,0,WACV)
2837    mainSizer.Layout()   
2838    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2839    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
2840    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
2841    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
2842    Size[0] += 25
2843    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
2844    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
2845   
2846################################################################################
2847#####  Reflection list
2848################################################################################           
2849       
2850def UpdateReflectionGrid(G2frame,data,HKLF=False,Name=''):
2851    '''respond to selection of PWDR Reflections data tree item.
2852    '''
2853    def OnPlotHKL(event):
2854        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
2855        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
2856        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
2857        controls = {'Type' : 'Fo','ifFc' : True,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,
2858            'FoMax' : FoMax,'Zone' : '001','Layer' : 0,'Scale' : 1.0,'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
2859        G2plt.PlotSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
2860       
2861    def OnPlot3DHKL(event):
2862        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
2863        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
2864        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
2865        Vpoint = [int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))]
2866        controls = {'Type':'Fosq','Iscale':False,'HKLmax':Hmax,'HKLmin':Hmin,
2867            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
2868            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,
2869            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[1,0,0]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
2870        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
2871       
2872    def OnSelectPhase(event):
2873        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select','Phase',phases)
2874        try:
2875            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2876                sel = dlg.GetSelection()
2877                G2frame.RefList = phases[sel]
2878                UpdateReflectionGrid(G2frame,data)
2879        finally:
2880            dlg.Destroy()
2881        G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2882           
2883    if not data:
2884        print 'No phases, no reflections'
2885        return
2886    if HKLF:
2887        G2frame.RefList = 1
2888        phaseName = IsHistogramInAnyPhase(G2frame,Name)
2889    else:
2890        phaseName = G2frame.RefList
2891        phases = data.keys()
2892    if G2frame.dataDisplay:
2893        G2frame.dataFrame.Clear()
2894    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2895    if phaseName:
2896        pId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
2897        phaseId =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,pId,phaseName)
2898        General = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(phaseId)['General']
2899        Super = General.get('Super',0)
2900        SuperVec = General.get('SuperVec',[])
2901    else:
2902        Super = 0
2903        SuperVec = []       
2904    rowLabels = []
2905    if HKLF:
2906        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame)
2907        refList = data[1]['RefList']
2908        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ReflMenu)
2909        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2910            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
2911        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotHKL, id=G2gd.wxID_PWDHKLPLOT)
2912        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=G2gd.wxID_PWD3DHKLPLOT)
2913        G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(False)
2914        refs = refList
2915    else:
2916        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ReflMenu)
2917        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2918            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
2919        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSelectPhase, id=G2gd.wxID_SELECTPHASE)
2920        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotHKL, id=G2gd.wxID_PWDHKLPLOT)
2921        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=G2gd.wxID_PWD3DHKLPLOT)
2922        G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(False)
2923        if len(data) > 1:
2924            G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(True)
2925        try:            #patch for old reflection lists
2926            refList = np.array(data[G2frame.RefList]['RefList'])
2927            I100 = refList.T[8+Super]*refList.T[11+Super]
2928        except TypeError:
2929            refList = np.array([refl[:11+Super] for refl in data[G2frame.RefList]])
2930            I100 = refList.T[8+Super]*np.array([refl[11+Super] for refl in data[G2frame.RefList]])
2931        Imax = np.max(I100)
2932        if Imax:
2933            I100 *= 100.0/Imax
2934        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2935            refs = np.vstack((refList.T[:15+Super],I100)).T
2936        elif 'T' in Inst['Type'][0]:
2937            refs = np.vstack((refList.T[:18+Super],I100)).T
2938           
2939    for i in range(len(refs)): rowLabels.append(str(i))
2940    Types = (4+Super)*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+4*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',]+ \
2941        2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',]+[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]+ \
2942        [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2943    if HKLF:
2944        colLabels = ['H','K','L','mul','d','Fosq','sig','Fcsq','FoTsq','FcTsq','phase','ExtC',]
2945        if 'T' in Inst['Type'][0]:
2946            colLabels = ['H','K','L','mul','d','Fosq','sig','Fcsq','FoTsq','FcTsq','phase','ExtC','wave','tbar']
2947            Types += 2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2948        if Super:
2949            colLabels.insert(3,'M')
2950    else:
2951        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2952            colLabels = ['H','K','L','mul','d','pos','sig','gam','Fosq','Fcsq','phase','Icorr','Prfo','Trans','ExtP','I100']
2953            Types += 4*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2954        elif 'T' in Inst['Type'][0]:
2955            colLabels = ['H','K','L','mul','d','pos','sig','gam','Fosq','Fcsq','phase','Icorr','alp','bet','wave','Prfo','Abs','Ext','I100']
2956            Types += 7*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2957        if Super:
2958            colLabels.insert(3,'M')
2959           
2960    G2frame.PeakTable = G2gd.Table(refs,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2961    G2frame.dataFrame.SetLabel('Reflection List for '+phaseName)
2962    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
2963    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.PeakTable, True)
2964    G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
2965    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
2966    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
2967    G2frame.dataDisplay.Fit()
2968    size = G2frame.dataDisplay.GetSize()
2969    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([size[0]+32,350])
2970   
2971################################################################################
2972#####  SASD Substances
2973################################################################################
2974           
2975def UpdateSubstanceGrid(G2frame,data):
2976    '''respond to selection of SASD Substance data tree item.
2977    '''
2978    import Substances as substFile
2979   
2980    def OnLoadSubstance(event):
2981        names = substFile.Substances.keys()
2982        names.sort()
2983        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', names, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2984        try:
2985            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2986                name = names[dlg.GetSelection()]
2987            else:
2988                return
2989        finally:
2990            dlg.Destroy()
2991        data['Substances'][name] = {'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':1.0,
2992            'Scatt density':0.0,'XAnom density':0.0,'XAbsorption':0.0}
2993        subst = substFile.Substances[name]
2994        ElList = subst['Elements'].keys()
2995        for El in ElList:
2996            Info = G2elem.GetAtomInfo(El.strip().capitalize())
2997            Info.update(subst['Elements'][El])
2998            data['Substances'][name]['Elements'][El] = Info
2999            if 'Volume' in subst:
3000                data['Substances'][name]['Volume'] = subst['Volume']
3001                data['Substances'][name]['Density'] = \
3002                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3003            elif 'Density' in subst:
3004                data['Substances'][name]['Density'] = subst['Density']
3005                data['Substances'][name]['Volume'] = \
3006                    G2mth.Den2Vol(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Density'])
3007            else:
3008                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3009                data['Substances'][name]['Density'] = \
3010                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3011            data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3012                G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3013            contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3014            data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3015            data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3016                         
3017        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3018       
3019    def OnCopySubstance(event):
3020        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3021        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
3022        if not histList:
3023            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
3024            return
3025        copyList = []
3026        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
3027            G2frame.dataFrame, 
3028            'Copy substances from\n'+hst[5:]+' to...',
3029            'Copy substances', histList)
3030        try:
3031            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3032                for i in dlg.GetSelections(): 
3033                    copyList.append(histList[i])
3034        finally:
3035            dlg.Destroy()       
3036        for item in copyList:
3037            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
3038            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Substances'),
3039                copy.copy(data))
3040   
3041    def OnAddSubstance(event):
3042        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this substance','Substance Name Entry','New substance',
3043            style=wx.OK)
3044        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3045            Name = dlg.GetValue()
3046            data['Substances'][Name] = {'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':1.0,
3047                'Scatt density':0.0,'XAnom density':0.,'XAbsorption':0.}
3048        dlg.Destroy()
3049        AddElement(Name)
3050        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3051       
3052    def OnDeleteSubstance(event):
3053        TextList = []
3054        for name in data['Substances']:
3055            if name != 'vacuum':
3056                TextList += [name,]
3057        if not TextList:
3058            return
3059        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance to delete', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3060        try:
3061            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3062                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3063            else:
3064                return
3065        finally:
3066            dlg.Destroy()
3067        del(data['Substances'][name])
3068        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)       
3069               
3070    def OnAddElement(event):       
3071        TextList = []
3072        for name in data['Substances']:
3073            if name != 'vacuum':
3074                TextList += [name,]
3075        if not TextList:
3076            return
3077        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3078        try:
3079            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3080                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3081            else:
3082                return
3083        finally:
3084            dlg.Destroy()
3085        AddElement(name)
3086        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3087       
3088    def AddElement(name):
3089        ElList = data['Substances'][name]['Elements'].keys()
3090        dlg = G2elemGUI.PickElements(G2frame,ElList)
3091        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3092            for El in dlg.Elem:
3093                El = El.strip().capitalize()
3094                Info = G2elem.GetAtomInfo(El)
3095                Info.update({'Num':1})
3096                data['Substances'][name]['Elements'][El] = Info
3097                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3098                data['Substances'][name]['Density'] = \
3099                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3100                data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3101                    G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3102                contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3103                data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3104                data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3105        dlg.Destroy()
3106       
3107    def OnDeleteElement(event):
3108        TextList = []
3109        for name in data['Substances']:
3110            if name != 'vacuum':
3111                TextList += [name,]
3112        if not TextList:
3113            return
3114        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3115        try:
3116            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3117                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3118            else:
3119                return
3120        finally:
3121            dlg.Destroy()
3122        ElList = data['Substances'][name]['Elements'].keys()
3123        if len(ElList):
3124            DE = G2elemGUI.DeleteElement(G2frame,ElList)
3125            if DE.ShowModal() == wx.ID_OK:
3126                El = DE.GetDeleteElement().strip().upper()
3127                del(data['Substances'][name]['Elements'][El])
3128                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3129                data['Substances'][name]['Density'] = \
3130                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3131                data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3132                    G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3133                contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3134                data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3135                data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3136        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3137               
3138    def SubstSizer():
3139       
3140        def OnValueChange(event):
3141            Obj = event.GetEventObject()
3142            if len(Indx[Obj.GetId()]) == 3:
3143                name,El,keyId = Indx[Obj.GetId()]
3144                try:
3145                    value = max(0,float(Obj.GetValue()))
3146                except ValueError:
3147                    value = 0
3148                    Obj.SetValue('%.2f'%(value))
3149                data['Substances'][name]['Elements'][El][keyId] = value
3150                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3151                data['Substances'][name]['Density'] = \
3152                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3153            else:
3154                name,keyId = Indx[Obj.GetId()]
3155                try:
3156                    value = max(0,float(Obj.GetValue()))
3157                except ValueError:
3158                    value = 1.0
3159                data['Substances'][name][keyId] = value
3160                if keyId in 'Volume':
3161                    data['Substances'][name]['Density'] = \
3162                        G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],value)
3163                elif keyId in 'Density':
3164                    data['Substances'][name]['Volume'] = \
3165                        G2mth.Den2Vol(data['Substances'][name]['Elements'],value)
3166            data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3167                G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3168            contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3169            data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3170            data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3171            wx.CallAfter(UpdateSubstanceGrid,G2frame,data)
3172       
3173        Indx = {}
3174        substSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3175        substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Substance list: wavelength: %.5fA'%(wave)),
3176            0,WACV)
3177        for name in data['Substances']:
3178            G2gd.HorizontalLine(substSizer,G2frame.dataDisplay)   
3179            substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Data for '+name+':'),
3180                0,WACV)
3181            if name == 'vacuum':
3182                substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='        Not applicable'),
3183                    0,WACV)
3184            else:   
3185                elSizer = wx.FlexGridSizer(0,6,5,5)
3186                Substance = data['Substances'][name]
3187                Elems = Substance['Elements']
3188                for El in Elems:    #do elements as pull downs for isotopes for neutrons
3189                    elSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' '+El+': '),
3190                        0,WACV)
3191                    num = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.2f'%(Elems[El]['Num']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3192                    Indx[num.GetId()] = [name,El,'Num']
3193                    num.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3194                    num.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3195                    elSizer.Add(num,0,WACV)
3196                substSizer.Add(elSizer,0)
3197                vdsSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
3198                vdsSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Volume: '),
3199                    0,WACV)
3200                vol = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(Substance['Volume']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3201                Indx[vol.GetId()] = [name,'Volume']
3202                vol.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3203                vol.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3204                vdsSizer.Add(vol,0,WACV)               
3205                vdsSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Density: '),
3206                    0,WACV)
3207                den = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(Substance['Density']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3208                Indx[den.GetId()] = [name,'Density']
3209                den.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3210                den.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3211                vdsSizer.Add(den,0,WACV)
3212                substSizer.Add(vdsSizer,0)
3213                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,
3214                    label=' Scattering density  : %.2f *10%scm%s'%(Substance['Scatt density'],Pwr10,Pwrm2)),
3215                    0,WACV)               
3216                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,       #allow neutrons here into NAnom density & NAbsorption
3217                    label=' Anomalous density : %.2f *10%scm%s'%(Substance['XAnom density'],Pwr10,Pwrm2)),
3218                    0,WACV)               
3219                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,
3220                    label=' X-ray absorption   : %.2f cm%s'%(Substance['XAbsorption'],Pwrm1)),
3221                    0,WACV)               
3222        return substSizer
3223           
3224    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
3225    wave = G2mth.getWave(Inst)
3226    if G2frame.dataDisplay:
3227        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
3228    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SubstanceMenu)
3229    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3230        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3231    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
3232    G2frame.dataFrame.SetLabel('Substances')
3233    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnLoadSubstance, id=G2gd.wxID_LOADSUBSTANCE)   
3234    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddSubstance, id=G2gd.wxID_ADDSUBSTANCE)
3235    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopySubstance, id=G2gd.wxID_COPYSUBSTANCE)
3236    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteSubstance, id=G2gd.wxID_DELETESUBSTANCE)   
3237    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddElement, id=G2gd.wxID_ELEMENTADD)
3238    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteElement, id=G2gd.wxID_ELEMENTDELETE)
3239    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3240    mainSizer.Add(SubstSizer(),0)
3241
3242    mainSizer.Layout()   
3243    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
3244    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
3245    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
3246    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
3247    Size[0] += 25
3248    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
3249    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
3250       
3251################################################################################
3252#####  SASD Models
3253################################################################################           
3254       
3255def UpdateModelsGrid(G2frame,data):
3256    '''respond to selection of SASD Models data tree item.
3257    '''
3258    #patches
3259    if 'Current' not in data:
3260        data['Current'] = 'Size dist.'
3261    if 'logBins' not in data['Size']:
3262        data['Size']['logBins'] = True
3263    if 'MinMaxDiam' in data['Size']:
3264        data['Size']['MinDiam'] = 50.
3265        data['Size']['MaxDiam'] = 10000.
3266        del data['Size']['MinMaxDiam']
3267    if isinstance(data['Size']['MaxEnt']['Sky'],float):
3268        data['Size']['MaxEnt']['Sky'] = -3
3269    if 'Power' not in data['Size']['IPG']:
3270        data['Size']['IPG']['Power'] = -1
3271    if 'Matrix' not in data['Particle']:
3272        data['Particle']['Matrix'] = {'Name':'vacuum','VolFrac':[0.0,False]}
3273    if 'BackFile' not in data:
3274        data['BackFile'] = ''
3275    #end patches
3276   
3277    def RefreshPlots(newPlot=False):
3278        PlotText = G2frame.G2plotNB.nb.GetPageText(G2frame.G2plotNB.nb.GetSelection())
3279        if 'Powder' in PlotText:
3280            G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=newPlot)
3281        elif 'Size' in PlotText:
3282            G2plt.PlotSASDSizeDist(G2frame)
3283               
3284    def OnAddModel(event):
3285        if data['Current'] == 'Particle fit':
3286            material = 'vacuum'
3287            if len(data['Particle']['Levels']):
3288                material = data['Particle']['Levels'][-1]['Controls']['Material']
3289            data['Particle']['Levels'].append({
3290                'Controls':{'FormFact':'Sphere','DistType':'LogNormal','Material':material,
3291                    'FFargs':{},'SFargs':{},'NumPoints':50,'Cutoff':0.01,'Contrast':0.0,
3292                    'SlitSmear':[0.0,False],'StrFact':'Dilute'},    #last 2 not used - future?
3293                'LogNormal':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[0.5,False],'MinSize':[10.,False],},
3294                'Gaussian':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[300.,False],},
3295                'LSW':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.0,False],},
3296                'Schulz-Zimm':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[300.,False],},
3297                'Unified':{'G':[1.e3,False],'Rg':[100,False],'B':[1.e-5,False],'P':[4,False],'Cutoff':[1e-5,False],},
3298                'Porod':{'B':[1.e-4,False],'P':[4,False],'Cutoff':[1e-5,False],},
3299                'Monodisperse':{'Volume':[0.05,False],'Radius':[100,False],},   #OK for spheres
3300                'Bragg':{'PkInt':[100,False],'PkPos':[0.2,False],
3301                    'PkSig':[10,False],'PkGam':[10,False],},        #reasonable 31A peak
3302                })
3303            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3304            RefreshPlots(True)
3305                   
3306        wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3307       
3308    def OnCopyModel(event):
3309        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3310        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
3311        if not histList:
3312            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
3313            return
3314        copyList = []
3315        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
3316            G2frame.dataFrame, 
3317            'Copy models from\n'+hst[5:]+' to...',
3318            'Copy models', histList)
3319        try:
3320            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3321                for i in dlg.GetSelections(): 
3322                    copyList.append(histList[i])
3323        finally:
3324            dlg.Destroy()       
3325        for item in copyList:
3326            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
3327            newdata = copy.deepcopy(data)
3328            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Models'),newdata)
3329            if newdata['BackFile']:
3330                Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[1]
3331                BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,newdata['BackFile'])
3332                BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3333                Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3334        RefreshPlots(True)
3335               
3336    def OnCopyFlags(event):
3337        thisModel = copy.deepcopy(data)
3338        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3339        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
3340        if not histList:
3341            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
3342            return
3343        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
3344            G2frame.dataFrame, 
3345            'Copy sample ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
3346            'Copy sample flags', histList)
3347        distChoice = ['LogNormal','Gaussian','LSW','Schulz-Zimm','Bragg','Unified',
3348            'Porod','Monodisperse',]
3349        parmOrder = ['Volume','Radius','Mean','StdDev','G','Rg','B','P',
3350            'Cutoff','PkInt','PkPos','PkSig','PkGam','VolFr','Dist',]
3351        try:
3352            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3353                result = dlg.GetSelections()
3354                for i in result: 
3355                    item = histList[i]
3356                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
3357                    newModel = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Models'))
3358                    newModel['Back'][1] = copy.copy(thisModel['Back'][1])
3359                    for ilev,level in enumerate(newModel['Particle']['Levels']):
3360                        for form in level:
3361                            if form in distChoice:
3362                                thisForm = thisModel['Particle']['Levels'][ilev][form]                               
3363                                for item in parmOrder:
3364                                    if item in thisForm:
3365                                       level[form][item][1] = copy.copy(thisForm[item][1])
3366                            elif form == 'Controls':
3367                                thisForm = thisModel['Particle']['Levels'][ilev][form]['SFargs']
3368                                for item in parmOrder:
3369                                    if item in thisForm:
3370                                        level[form]['SFargs'][item][1] = copy.copy(thisForm[item][1])
3371        finally:
3372            dlg.Destroy()
3373               
3374    def OnFitModelAll(event):
3375        choices = G2gd.GetPatternTreeDataNames(G2frame,['SASD',])
3376        sel = []
3377        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential SASD refinement',
3378             'Select dataset to include',choices)
3379        dlg.SetSelections(sel)
3380        names = []
3381        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3382            for sel in dlg.GetSelections():
3383                names.append(choices[sel])
3384        dlg.Destroy()
3385        SeqResult = {'histNames':names}
3386        Reverse = False
3387        CopyForward = False
3388        choice = ['Reverse sequence','Copy from prev.']
3389        dlg = wx.MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame,'Sequential controls','Select controls',choice)
3390        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3391            for sel in dlg.GetSelections():
3392                if sel:
3393                    CopyForward = True
3394                else:
3395                    Reverse = True
3396        dlg.Destroy()
3397        dlg = wx.ProgressDialog('SASD Sequential fit','Data set name = '+names[0],len(names), 
3398            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
3399        wx.BeginBusyCursor()
3400        if Reverse:
3401            names.reverse()
3402        try:
3403            for i,name in enumerate(names):
3404                print ' Sequential fit for ',name
3405                GoOn = dlg.Update(i,newmsg='Data set name = '+name)[0]
3406                if not GoOn:
3407                    break
3408                Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
3409                if i and CopyForward:
3410                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'),JModel)
3411                IProfDict,IProfile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[:2]
3412                IModel = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'))
3413                ISample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Sample Parameters'))
3414                ILimits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Limits'))
3415                IfOK,result,varyList,sig,Rvals,covMatrix,parmDict,Msg = G2sasd.ModelFit(IProfile,IProfDict,ILimits,ISample,IModel)
3416                JModel = copy.deepcopy(IModel)
3417                if not IfOK:
3418                    G2frame.ErrorDialog('Failed sequential refinement for data '+name,
3419                        ' Msg: '+Msg+'\nYou need to rethink your selection of parameters\n'+    \
3420                        ' Model restored to previous version for'+name)
3421                    SeqResult['histNames'] = names[:i]
3422                    dlg.Destroy()
3423                    break
3424                else:
3425                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'),copy.deepcopy(IModel))
3426               
3427                G2sasd.ModelFxn(IProfile,IProfDict,ILimits,ISample,IModel)
3428                SeqResult[name] = {'variables':result[0],'varyList':varyList,'sig':sig,'Rvals':Rvals,
3429                    'covMatrix':covMatrix,'title':name,'parmDict':parmDict}
3430            else:
3431                dlg.Destroy()
3432                print ' ***** Small angle sequential refinement successful *****'
3433        finally:
3434            wx.EndBusyCursor()   
3435        Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Sequential results')
3436        if Id:
3437            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
3438        else:
3439            Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Sequential results')
3440            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
3441        G2frame.PatternTree.SelectItem(Id)
3442       
3443    def OnFitModel(event):
3444        if data['Current'] == 'Size dist.':
3445            if not any(Sample['Contrast']):
3446                G2frame.ErrorDialog('No contrast; your sample is a vacuum!',
3447                    'You need to define a scattering substance!\n'+    \
3448                    ' Do Substances and then Sample parameters')
3449                return
3450            G2sasd.SizeDistribution(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3451            G2plt.PlotSASDSizeDist(G2frame)
3452            RefreshPlots(True)
3453           
3454        elif data['Current'] == 'Particle fit':
3455            SaveState()
3456            Results = G2sasd.ModelFit(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3457            if not Results[0]:
3458                    G2frame.ErrorDialog('Failed refinement',
3459                        ' Msg: '+Results[-1]+'\nYou need to rethink your selection of parameters\n'+    \
3460                        ' Model restored to previous version')
3461            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3462            RefreshPlots(True)
3463            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3464           
3465    def OnUnDo(event):
3466        DoUnDo()
3467        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
3468            G2frame.PatternId,'Models'))
3469        G2frame.dataFrame.SasdUndo.Enable(False)
3470        UpdateModelsGrid(G2frame,data)
3471        G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3472        RefreshPlots(True)
3473
3474    def DoUnDo():
3475        print 'Undo last refinement'
3476        file = open(G2frame.undosasd,'rb')
3477        PatternId = G2frame.PatternId
3478        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Models'),cPickle.load(file))
3479        print ' Models recovered'
3480        file.close()
3481       
3482    def SaveState():
3483        G2frame.undosasd = os.path.join(G2frame.dirname,'GSASIIsasd.save')
3484        file = open(G2frame.undosasd,'wb')
3485        PatternId = G2frame.PatternId
3486        for item in ['Models']:
3487            cPickle.dump(G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId,item)),file,1)
3488        file.close()
3489        G2frame.dataFrame.SasdUndo.Enable(True)
3490       
3491    def OnSelectFit(event):
3492        data['Current'] = fitSel.GetValue()
3493        wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3494       
3495    def OnCheckBox(event):
3496        Obj = event.GetEventObject()
3497        item,ind = Indx[Obj.GetId()]
3498        item[ind] = Obj.GetValue()
3499       
3500    def OnIntVal(event):
3501        Obj = event.GetEventObject()
3502        item,ind,minVal = Indx[Obj.GetId()]
3503        try:
3504            value = int(Obj.GetValue())
3505            if value <= minVal:
3506                raise ValueError
3507        except ValueError:
3508            value = item[ind]
3509        Obj.SetValue(str(value))
3510        item[ind] = value
3511
3512    def SizeSizer():
3513       
3514        def OnShape(event):
3515            data['Size']['Shape'][0] = partsh.GetValue()
3516            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3517           
3518        def OnMethod(event):
3519            data['Size']['Method'] = method.GetValue()
3520            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3521           
3522        def OnPartVal(event):
3523            try:
3524                val = max(0.0,float(partprm.GetValue()))
3525            except ValueError:
3526                val = 1
3527            data['Size']['Shape'][1] = val
3528            partprm.SetValue('%.3f'%(val))
3529           
3530        sizeSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3531        sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Size distribution parameters: '),0,WACV)
3532        binSizer = wx.FlexGridSizer(0,7,5,5)
3533        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' No. size bins: '),0,WACV)
3534        bins = ['50','100','150','200']
3535        nbins = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['Nbins']),choices=bins,
3536            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3537        Indx[nbins.GetId()] = [data['Size'],'Nbins',0]
3538        nbins.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)       
3539        binSizer.Add(nbins,0,WACV)
3540        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min diam.: '),0,WACV)
3541        minDias = ['10','25','50','100','150','200']
3542        mindiam = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MinDiam']),choices=minDias,
3543            style=wx.CB_DROPDOWN)
3544        mindiam.Bind(wx.EVT_LEAVE_WINDOW,OnIntVal)
3545        mindiam.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnIntVal)       
3546        mindiam.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnIntVal)
3547        Indx[mindiam.GetId()] = [data['Size'],'MinDiam',0]
3548        binSizer.Add(mindiam,0,WACV)
3549        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max diam.: '),0,WACV)
3550        maxDias = [str(1000*(i+1)) for i in range(10)]
3551        maxdiam = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MaxDiam']),choices=maxDias,
3552            style=wx.CB_DROPDOWN)
3553        maxdiam.Bind(wx.EVT_LEAVE_WINDOW,OnIntVal)
3554        maxdiam.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnIntVal)       
3555        maxdiam.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnIntVal)
3556        Indx[maxdiam.GetId()] = [data['Size'],'MaxDiam',0]
3557        binSizer.Add(maxdiam,0,WACV)
3558        logbins = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Log bins?')
3559        Indx[logbins.GetId()] = [data['Size'],'logBins']
3560        logbins.SetValue(data['Size']['logBins'])
3561        logbins.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnCheckBox)
3562        binSizer.Add(logbins,0,WACV)
3563        sizeSizer.Add(binSizer,0)
3564        sizeSizer.Add((5,5),0)
3565        partSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3566        partSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Particle description: '),0,WACV)
3567        shapes = {'Spheroid':' Aspect ratio: ','Cylinder':' Diameter ','Cylinder AR':' Aspect ratio: ',
3568            'Unified sphere':'','Unified rod':' Diameter: ','Unified rod AR':' Aspect ratio: ',
3569            'Unified disk':' Thickness: '}
3570        partsh = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['Shape'][0]),choices=shapes.keys(),
3571            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3572        partsh.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnShape)       
3573        partSizer.Add(partsh,0,WACV)
3574        if data['Size']['Shape'][0] not in ['Unified sphere',]:
3575            partSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=shapes[data['Size']['Shape'][0]]),0,WACV)
3576            partprm = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(data['Size']['Shape'][1]),
3577                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3578            partprm.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnPartVal)       
3579            partprm.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnPartVal)
3580            partSizer.Add(partprm,0,WACV)
3581        sizeSizer.Add(partSizer,0)
3582        sizeSizer.Add((5,5),0)
3583        fitSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3584        methods = ['MaxEnt','IPG',]
3585        fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Fitting method: '),0,WACV)
3586        method = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Size']['Method'],choices=methods,
3587            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3588        method.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMethod)
3589        fitSizer.Add(method,0,WACV)
3590        iters = ['10','25','50','100','150','200']       
3591        fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' No. iterations: '),0,WACV)
3592        Method = data['Size']['Method']
3593        iter = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size'][Method]['Niter']),choices=iters,
3594            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3595        Indx[iter.GetId()] = [data['Size'][Method],'Niter',0]
3596        iter.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3597        fitSizer.Add(iter,0,WACV)
3598        if 'MaxEnt' in data['Size']['Method']:
3599            fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Log floor factor: '),0,WACV)
3600            floors = [str(-i) for i in range(9)]
3601            floor = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MaxEnt']['Sky']),choices=floors,
3602                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3603            Indx[floor.GetId()] = [data['Size']['MaxEnt'],'Sky',-10]
3604            floor.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3605            fitSizer.Add(floor,0,WACV)
3606        elif 'IPG' in data['Size']['Method']:
3607            fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Q power weight (-1 for sigma): '),0,WACV)
3608            choices = ['-1','0','1','2','3','4']
3609            power = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['IPG']['Power']),choices=choices,
3610                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3611            Indx[power.GetId()] = [data['Size']['IPG'],'Power',-2]
3612            power.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3613            fitSizer.Add(power,0,WACV)
3614        sizeSizer.Add(fitSizer,0)
3615
3616        return sizeSizer
3617       
3618    def PartSizer():
3619       
3620        FormFactors = {'Sphere':{},'Spheroid':{'Aspect ratio':[1.0,False]},
3621            'Cylinder':{'Length':[100.,False]},'Cylinder diam':{'Diameter':[100.,False]},
3622            'Cylinder AR':{'Aspect ratio':[1.0,False]},'Unified sphere':{},
3623            'Unified rod':{'Length':[100.,False]},'Unified rod AR':{'Aspect ratio':[1.0,False]},
3624            'Unified disk':{'Thickness':[100.,False]},
3625            'Unified tube':{'Length':[100.,False],'Thickness':[10.,False]},}
3626               
3627        StructureFactors = {'Dilute':{},'Hard sphere':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False]},
3628            'Sticky hard sphere':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False],'epis':[0.05,False],'Sticky':[0.2,False]},
3629            'Square well':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False],'Depth':[0.1,False],'Width':[1.,False]},
3630            'InterPrecipitate':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False]},}
3631               
3632        ffDistChoices =  ['Sphere','Spheroid','Cylinder','Cylinder diam',
3633            'Cylinder AR','Unified sphere','Unified rod','Unified rod AR',
3634            'Unified disk','Unified tube',]
3635               
3636        ffMonoChoices = ['Sphere','Spheroid','Cylinder','Cylinder AR',]
3637       
3638        sfChoices = ['Dilute','Hard sphere','Sticky hard sphere','Square well','InterPrecipitate',]
3639           
3640        slMult = 1000.
3641                 
3642        def OnValue(event):
3643            Obj = event.GetEventObject()
3644            item,key,sldrObj = Indx[Obj.GetId()]
3645            try:
3646                value = float(Obj.GetValue())
3647                if value <= 0.:
3648                    raise ValueError
3649            except ValueError:
3650                value = item[key][0]
3651            item[key][0] = value
3652            Obj.SetValue('%.3g'%(value))
3653            if key in ['P','epis','Sticky','Depth','Width','VolFr','Dist']:
3654                sldrObj.SetValue(slMult*value)
3655            else:
3656                logv = np.log10(value)
3657                valMinMax = [logv-1,logv+1]
3658                sldrObj.SetRange(slMult*valMinMax[0],slMult*valMinMax[1])
3659                sldrObj.SetValue(slMult*logv)
3660            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3661            RefreshPlots()
3662           
3663        def OnSelect(event):
3664            Obj = event.GetEventObject()
3665            item,key = Indx[Obj.GetId()]
3666            item[key] = Obj.GetValue()
3667            if 'Refine' not in Obj.GetLabel():
3668                if 'FormFact' in key :
3669                    item['FFargs'] = FormFactors[Obj.GetValue()]
3670                elif 'StrFact' in key:
3671                    item['SFargs'] = StructureFactors[Obj.GetValue()]
3672                wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3673                G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3674                RefreshPlots()
3675               
3676        def OnDelLevel(event):
3677            Obj = event.GetEventObject()
3678            item = Indx[Obj.GetId()]
3679            del data['Particle']['Levels'][item]
3680            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3681            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3682            RefreshPlots()
3683           
3684        def OnParmSlider(event):
3685            Obj = event.GetEventObject()
3686            item,key,pvObj = Indx[Obj.GetId()]
3687            slide = Obj.GetValue()
3688            if key in ['P','epis','Sticky','Depth','Width','VolFr','Dist']:
3689                value = float(slide/slMult)
3690            else:
3691                value = 10.**float(slide/slMult)
3692            item[key][0] = value
3693            pvObj.SetValue('%.3g'%(item[key][0]))
3694            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3695            RefreshPlots()
3696           
3697        def SizeSizer():
3698            sizeSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
3699            sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Distribution: '),0,WACV)
3700            Distchoice = ['LogNormal','Gaussian','LSW','Schulz-Zimm','Bragg','Unified','Porod','Monodisperse',]
3701            distChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['DistType'],choices=Distchoice,
3702                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3703            Indx[distChoice.GetId()] = [level['Controls'],'DistType']
3704            distChoice.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3705            sizeSizer.Add(distChoice,0,WACV)    #put structure factor choices here
3706            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg','Unified','Porod',]:
3707                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Form Factor: '),0,WACV)
3708                if 'Mono' in level['Controls']['DistType']:
3709                    ffChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['FormFact'],choices=ffMonoChoices,
3710                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3711                else:
3712                    ffChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['FormFact'],choices=ffDistChoices,
3713                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3714                Indx[ffChoice.GetId()] = [level['Controls'],'FormFact']
3715                ffChoice.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3716                sizeSizer.Add(ffChoice,0,WACV)
3717               
3718                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Material: '),0,WACV)
3719                matSel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['Material'],
3720                    choices=Substances['Substances'].keys(),style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3721                Indx[matSel.GetId()] = [level['Controls'],'Material']
3722                matSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)       
3723                sizeSizer.Add(matSel,0,WACV) #do neutron test here?
3724                rho = Substances['Substances'][level['Controls']['Material']].get('XAnom density',0.0)
3725                level['Controls']['Contrast'] = contrast = (rho-rhoMat)**2                 
3726                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Resonant X-ray contrast: '),0,WACV)
3727                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=%.2f 10%scm%s'%(contrast,Pwr20,Pwrm4)),0,WACV)
3728                if 'Mono' not in level['Controls']['DistType']:
3729                    sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Num. radii: '),0,WACV)
3730                    radii = ['25','50','75','100','200']
3731                    nRadii = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(level['Controls']['NumPoints']),choices=radii,
3732                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3733                    Indx[nRadii.GetId()] = [level['Controls'],'NumPoints']
3734                    nRadii.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3735                    sizeSizer.Add(nRadii,0,WACV)
3736                    sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' R dist. cutoff: '),0,WACV)
3737                    rCutoff = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,level['Controls'],'Cutoff',
3738                        min=0.001,max=0.1,typeHint=float)
3739                    sizeSizer.Add(rCutoff,0,WACV)
3740            elif level['Controls']['DistType']  in ['Unified',]:
3741                Parms = level['Unified']
3742                Best = G2sasd.Bestimate(Parms['G'][0],Parms['Rg'][0],Parms['P'][0])
3743                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Estimated Dist B: %12.4g'%(Best)),0,WACV)
3744            return sizeSizer
3745           
3746        def ParmSizer():
3747            parmSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,5,5)
3748            parmSizer.AddGrowableCol(2,1)
3749            parmSizer.SetFlexibleDirection(wx.HORIZONTAL)
3750            Parms = level[level['Controls']['DistType']]
3751            FFargs = level['Controls']['FFargs']
3752            SFargs = level['Controls'].get('SFargs',{})
3753            parmOrder = ['Volume','Radius','Mean','StdDev','MinSize','G','Rg','B','P','Cutoff',
3754                'PkInt','PkPos','PkSig','PkGam',]
3755            for parm in parmOrder:
3756                if parm in Parms:
3757                    if parm == 'MinSize':
3758                        parmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Dist '+parm),0,wx.ALIGN_CENTER)
3759                    else:
3760                        parmVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine? Dist '+parm) 
3761                        parmVar.SetValue(Parms[parm][1])
3762                        parmVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3763                        parmSizer.Add(parmVar,0,WACV)
3764                        Indx[parmVar.GetId()] = [Parms[parm],1]
3765                    parmValue = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(Parms[parm][0]),
3766                        style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3767                    parmValue.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValue)       
3768                    parmValue.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValue)
3769                    parmSizer.Add(parmValue,0,WACV)
3770                    if parm == 'P':
3771                        value = Parms[parm][0]
3772                        valMinMax = [0.1,4.2]
3773                    else:
3774                        value = np.log10(Parms[parm][0])
3775                        valMinMax = [value-1,value+1]
3776                    parmSldr = wx.Slider(G2frame.dataDisplay,minValue=slMult*valMinMax[0],
3777                        maxValue=slMult*valMinMax[1],value=slMult*value)
3778                    Indx[parmValue.GetId()] = [Parms,parm,parmSldr]
3779                    Indx[parmSldr.GetId()] = [Parms,parm,parmValue]
3780                    parmSldr.Bind(wx.EVT_SLIDER,OnParmSlider)
3781                    parmSizer.Add(parmSldr,1,wx.EXPAND)
3782            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg']:
3783                parmOrder = ['Aspect ratio','Length','Diameter','Thickness','VolFr','Dist','epis','Sticky','Depth','Width']
3784                fTypes = ['FF ','SF ']
3785                for iarg,Args in enumerate([FFargs,SFargs]):
3786                    for parm in parmOrder:
3787                        if parm in Args:
3788                            parmVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine? '+fTypes[iarg]+parm) 
3789                            parmVar.SetValue(Args[parm][1])
3790                            Indx[parmVar.GetId()] = [Args[parm],1]
3791                            parmVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3792                            parmSizer.Add(parmVar,0,WACV)
3793                            parmValue = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(Args[parm][0]),
3794                                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3795                            parmValue.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValue)       
3796                            parmValue.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValue)
3797                            parmSizer.Add(parmValue,0,WACV)
3798                            value = Args[parm][0]
3799                            if parm == 'epis':
3800                                valMinMax = [0,.1]
3801                            elif parm in ['Sticky','Width',]:
3802                                valMinMax = [0,1.]
3803                            elif parm == 'Depth':
3804                                valMinMax = [-2.,2.]
3805                            elif parm == 'Dist':
3806                                valMinMax = [100.,1000.]
3807                            elif parm == 'VolFr':
3808                                valMinMax = [1.e-4,1.]
3809                            else:
3810                                value = np.log10(Args[parm][0])
3811                                valMinMax = [value-1,value+1]
3812                            parmSldr = wx.Slider(G2frame.dataDisplay,minValue=slMult*valMinMax[0],
3813                                maxValue=slMult*valMinMax[1],value=slMult*value)
3814                            Indx[parmVar.GetId()] = [Args[parm],1]
3815                            Indx[parmValue.GetId()] = [Args,parm,parmSldr]
3816                            Indx[parmSldr.GetId()] = [Args,parm,parmValue]
3817                            parmSldr.Bind(wx.EVT_SLIDER,OnParmSlider)
3818                            parmSizer.Add(parmSldr,1,wx.EXPAND)
3819            return parmSizer               
3820           
3821        Indx = {}
3822        partSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3823        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3824        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Particle fit parameters: '),0,WACV)
3825        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Matrix: '),0,WACV)
3826        matsel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Particle']['Matrix']['Name'],
3827            choices=Substances['Substances'].keys(),style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3828        Indx[matsel.GetId()] = [data['Particle']['Matrix'],'Name'] 
3829        matsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect) #Do neutron test here?
3830        rhoMat = Substances['Substances'][data['Particle']['Matrix']['Name']].get('XAnom density',0.0)       
3831        topSizer.Add(matsel,0,WACV)
3832        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Volume fraction: '),0,WACV)
3833        volfrac = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data['Particle']['Matrix']['VolFrac'],0,
3834                typeHint=float)
3835        topSizer.Add(volfrac,0,WACV)
3836        volVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?')
3837        volVar.SetValue(data['Particle']['Matrix']['VolFrac'][1])
3838        Indx[volVar.GetId()] = [data['Particle']['Matrix']['VolFrac'],1]
3839        volVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3840        topSizer.Add(volVar,0,WACV)
3841        partSizer.Add(topSizer,0,)
3842        for ilev,level in enumerate(data['Particle']['Levels']):
3843            G2gd.HorizontalLine(partSizer,G2frame.dataDisplay)
3844            topLevel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3845            topLevel.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Model component %d: '%(ilev)),0,WACV)
3846            delBtn = wx.Button(G2frame.dataDisplay,label=' Delete?')
3847            Indx[delBtn.GetId()] = ilev
3848            delBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnDelLevel)
3849            topLevel.Add(delBtn,0,WACV)
3850            partSizer.Add(topLevel,0)
3851            partSizer.Add(SizeSizer())
3852            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg','Unified','Porod',]:
3853                topLevel.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Structure factor: '),0,WACV)
3854                strfctr = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['StrFact'],
3855                    choices=sfChoices,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3856                Indx[strfctr.GetId()] = [level['Controls'],'StrFact']
3857                strfctr.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3858                topLevel.Add(strfctr,0,WACV)
3859            partSizer.Add(ParmSizer(),0,wx.EXPAND)
3860        return partSizer
3861       
3862    def OnEsdScale(event):
3863        try:
3864            value = float(esdScale.GetValue())
3865            if value <= 0.:
3866                raise ValueError
3867        except ValueError:
3868            value = 1./np.sqrt(ProfDict['wtFactor'])
3869        ProfDict['wtFactor'] = 1./value**2
3870        esdScale.SetValue('%.3f'%(value))
3871        RefreshPlots(True)
3872       
3873    def OnBackChange(event):
3874        try:
3875            value = float(backVal.GetValue())
3876        except ValueError:
3877            value = 0.0
3878        backVal.SetValue('%.3g'%(value))
3879        data['Back'][0] = value
3880        Profile[4][:] = value
3881        RefreshPlots()
3882       
3883    def OnBackFile(event):  #multiple backgrounds?
3884        data['BackFile'] = backFile.GetValue()
3885        if data['BackFile']:
3886            fixBack =  data['Back'][0]
3887            BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,data['BackFile'])
3888            BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3889            Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3890        else:
3891            Profile[5] = np.zeros(len(Profile[5]))
3892        RefreshPlots(True)
3893           
3894    Sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Sample Parameters'))
3895    Limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Limits'))
3896    Substances = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Substances'))
3897    ProfDict,Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[:2]
3898    if data['BackFile']:
3899        BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,data['BackFile'])
3900        BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3901        Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3902    if G2frame.dataDisplay:
3903        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
3904    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ModelMenu)
3905    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3906        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3907    G2frame.dataFrame.SetLabel('Modelling')
3908    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
3909    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyModel, id=G2gd.wxID_MODELCOPY)
3910    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyFlags, id=G2gd.wxID_MODELCOPYFLAGS)
3911    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnFitModel, id=G2gd.wxID_MODELFIT)
3912    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnFitModelAll, id=G2gd.wxID_MODELFITALL)
3913    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnUnDo, id=G2gd.wxID_MODELUNDO)
3914    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddModel, id=G2gd.wxID_MODELADD)
3915    Indx = {}
3916    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3917    topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3918    models = ['Size dist.','Particle fit']
3919    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Modeling by: '),0,WACV)
3920    fitSel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Current'],choices=models,
3921        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3922    fitSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelectFit)       
3923    topSizer.Add(fitSel,0,WACV)
3924    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Error multiplier: '),0,WACV)
3925    esdScale = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(1./np.sqrt(ProfDict['wtFactor'])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3926    esdScale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnEsdScale)       
3927    esdScale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnEsdScale)
3928    topSizer.Add(esdScale,0,WACV)
3929    mainSizer.Add(topSizer)
3930    G2gd.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.dataDisplay)
3931    if 'Size' in data['Current']:
3932        if 'MaxEnt' in data['Size']['Method']:
3933            Status.SetStatusText('Size distribution by Maximum entropy')
3934        elif 'IPG' in data['Size']['Method']:
3935            Status.SetStatusText('Size distribution by Interior-Point Gradient')
3936        mainSizer.Add(SizeSizer())       
3937    elif 'Particle' in data['Current']:
3938        mainSizer.Add(PartSizer(),1,wx.ALIGN_LEFT|wx.EXPAND)
3939    G2gd.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.dataDisplay)   
3940    backSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3941    backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Background:'),0,WACV)
3942    backVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(data['Back'][0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3943    Indx[backVal.GetId()] = ['Back',0,'%.3g']
3944    backVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnBackChange)       
3945    backVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnBackChange)
3946    backSizer.Add(backVal,0,WACV)
3947    backVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine?')
3948    Indx[backVar.GetId()] = [data['Back'],1]
3949    backVar.SetValue(data['Back'][1])
3950    backVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnCheckBox)
3951    backSizer.Add(backVar,0,WACV)
3952    #multiple background files?
3953    backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background file: '),0,WACV)
3954    Choices = ['',]+G2gd.GetPatternTreeDataNames(G2frame,['SASD',])
3955    backFile = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['BackFile'],choices=Choices,
3956        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3957    backFile.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnBackFile)
3958    backSizer.Add(backFile)   
3959    mainSizer.Add(backSizer)
3960
3961    mainSizer.Layout()   
3962    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
3963    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
3964    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
3965    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
3966    Size[0] += 25
3967    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
3968    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
3969   
3970################################################################################
3971#####  PDF controls
3972################################################################################           
3973       
3974def UpdatePDFGrid(G2frame,data):
3975    '''respond to selection of PWDR PDF data tree item.
3976    '''
3977    global inst
3978    tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
3979    dataFile = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3980    powName = 'PWDR'+dataFile[4:]
3981    powId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, powName)
3982    fullLimits,limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,powId, 'Limits'))[:2]
3983    inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,powId, 'Instrument Parameters'))[0]
3984    if 'Lam' in inst:
3985        keV = 12.397639/inst['Lam'][1]
3986    else:
3987        keV = 12.397639/inst['Lam1'][0]
3988    wave = 12.397639/keV
3989    qLimits = [tth2q(fullLimits[0],wave),tth2q(fullLimits[1],wave)]
3990    data['QScaleLim'][1] = min(qLimits[1],data['QScaleLim'][1])
3991    if data['QScaleLim'][0]:
3992        data['QScaleLim'][0] = max(qLimits[0],data['QScaleLim'][0])
3993    else:                                #initial setting at 90% of max Q
3994        data['QScaleLim'][0] = 0.90*data['QScaleLim'][1]
3995    polariz = inst['Polariz.'][1]
3996    azimuth = inst['Azimuth'][1]
3997    itemDict = {}
3998   
3999    def FillFileSizer(fileSizer,key):
4000        #fileSizer is a FlexGridSizer(3,6)
4001       
4002        def OnSelectFile(event):
4003            Obj = event.GetEventObject()
4004            fileKey,itemKey,fmt = itemDict[Obj.GetId()]
4005            if itemKey == 'Name':
4006                value = Obj.GetValue()
4007            Obj.SetValue(fmt%(value))
4008            data[fileKey][itemKey] = value
4009            UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4010       
4011        def OnValueChange(event):
4012            Obj = event.GetEventObject()
4013            fileKey,itemKey,fmt = itemDict[Obj.GetId()]
4014            try:
4015                value = float(Obj.GetValue())
4016            except ValueError:
4017                value = -1.0
4018            Obj.SetValue(fmt%(value))
4019            data[fileKey][itemKey] = value
4020            auxPlot = ComputePDF(data)
4021            G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)
4022                       
4023        item = data[key]
4024        fileList = np.array(GetFileList('PWDR')).T[1]
4025        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' '+key+' file:'),0,WACV)
4026        fileName = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=item['Name'],choices=fileList,
4027            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
4028        itemDict[fileName.GetId()] = [key,'Name','%s']
4029        fileName.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelectFile)       
4030        fileSizer.Add(fileName,0,)
4031        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='Multiplier:'),0,WACV)
4032        mult = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(item['Mult']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4033        itemDict[mult.GetId()] = [key,'Mult','%.3f']
4034        mult.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
4035        mult.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
4036        fileSizer.Add(mult,0,)
4037        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='Add:'),0,WACV)
4038        add = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.0f'%(item['Add']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4039        itemDict[add.GetId()] = [key,'Add','%.0f']
4040        add.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
4041        add.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
4042        fileSizer.Add(add,0,)
4043       
4044    def SumElementVolumes():
4045        sumVol = 0.
4046        ElList = data['ElList']
4047        for El in ElList:
4048            Avol = (4.*math.pi/3.)*ElList[El]['Drad']**3
4049            sumVol += Avol*ElList[El]['FormulaNo']
4050        return sumVol
4051        auxPlot = ComputePDF(data)
4052        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4053       
4054    def FillElemSizer(elemSizer,ElData):
4055       
4056        def OnFractionChange(event):
4057            try:
4058                value = max(0.0,float(num.GetValue()))
4059            except ValueError:
4060                value = 0.0
4061            num.SetValue('%.3f'%(value))
4062            ElData['FormulaNo'] = value
4063            data['Form Vol'] = max(10.0,SumElementVolumes())
4064            formVol.SetValue('%.2f'%(data['Form Vol']))
4065            wx.CallAfter(UpdatePDFGrid,G2frame,data)
4066            auxPlot = ComputePDF(data)
4067            G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4068       
4069        elemSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,
4070            label=' Element: '+'%2s'%(ElData['Symbol'])+' * '),0,WACV)
4071        num = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(ElData['FormulaNo']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4072        num.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFractionChange)       
4073        num.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFractionChange)
4074        elemSizer.Add(num,0,WACV)
4075        elemSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,
4076            label="f': %.3f"%(ElData['fp'])+' f": %.3f'%(ElData['fpp'])+' mu: %.2f barns'%(ElData['mu']) ),
4077            0,WACV)
4078           
4079    def OnGeometry(event):
4080        data['Geometry'] = geometry.GetValue()
4081        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4082        auxPlot = ComputePDF(data)
4083        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4084       
4085    def OnDetType(event):
4086        data['DetType'] = detType.GetValue()
4087        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4088        auxPlot = ComputePDF(data)
4089        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4090       
4091    def OnFormVol(event):
4092        try:
4093            value = float(formVol.GetValue())
4094            if value <= 0.0:
4095                raise ValueError
4096        except ValueError:
4097            value = data['Form Vol']
4098        data['Form Vol'] = value
4099        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4100        auxPlot = ComputePDF(data)
4101        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)       
4102       
4103    def OnDiameter(event):
4104        try:
4105            value = float(diam.GetValue())
4106            if value <= 0.0:
4107                raise ValueError
4108        except ValueError:
4109            value = data['Diam']
4110        data['Diam'] = value
4111        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4112        auxPlot = ComputePDF(data)
4113        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=