source: trunk/GSASIIpwdGUI.py @ 1594

Last change on this file since 1594 was 1594, checked in by vondreele, 8 years ago

begin Pawley refinement stuff for incommensurate structures
Pawley SS reflections done
start on Refine for SS
only allow (3+1) supersymmetry - remove all (3+2) & (3+3) stuff
fix more bugs...

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 210.6 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIpwdGUI - powder data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2014-12-03 22:33:28 +0000 (Wed, 03 Dec 2014) $
5# $Author: vondreele $
6# $Revision: 1594 $
7# $URL: trunk/GSASIIpwdGUI.py $
8# $Id: GSASIIpwdGUI.py 1594 2014-12-03 22:33:28Z vondreele $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIpwdGUI: Powder Pattern GUI routines*
12-------------------------------------------
13
14Used to define GUI controls for the routines that interact
15with the powder histogram (PWDR) data tree items.
16
17'''
18import sys
19import os.path
20import wx
21import wx.grid as wg
22import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
23import numpy as np
24import numpy.ma as ma
25import math
26import time
27import copy
28import random as ran
29import cPickle
30import GSASIIpath
31GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1594 $")
32import GSASIImath as G2mth
33import GSASIIpwd as G2pwd
34import GSASIIIO as G2IO
35import GSASIIlattice as G2lat
36import GSASIIspc as G2spc
37import GSASIIindex as G2indx
38import GSASIIplot as G2plt
39import GSASIIgrid as G2gd
40import GSASIIElemGUI as G2elemGUI
41import GSASIIElem as G2elem
42import GSASIIsasd as G2sasd
43import GSASIIexprGUI as G2exG
44VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
45WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
46Pwr10 = unichr(0x0b9)+unichr(0x0b0)
47Pwr20 = unichr(0x0b2)+unichr(0x0b0)
48Pwrm1 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b9)
49Pwrm2 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b2)
50Pwrm4 = unichr(0x207b)+unichr(0x2074)   #really -d but looks like -4 as a superscript
51# trig functions in degrees
52sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
53tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
54cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
55asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
56   
57def IsHistogramInAnyPhase(G2frame,histoName):
58    'Needs a doc string'
59    phases = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
60    if phases:
61        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(phases)
62        while item:
63            data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
64            histoList = data['Histograms'].keys()
65            if histoName in histoList:
66                return G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
67            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(phases, cookie)
68        return False
69    else:
70        return False
71
72def SetDefaultSample():
73    'Fills in default items for the Sample dictionary'
74    return {
75        'InstrName':'',
76        'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
77        'Scale':[1.0,True],'Type':'Debye-Scherrer','Absorption':[0.0,False],
78        'DisplaceX':[0.0,False],'DisplaceY':[0.0,False],'Diffuse':[],
79        'Temperature':300.,'Pressure':0.1,'Time':0.0,
80        'FreePrm1':0.,'FreePrm2':0.,'FreePrm3':0.,
81        'Gonio. radius':200.0,
82        'Omega':0.0,'Chi':0.0,'Phi':0.0,
83#SASD items
84        'Materials':[{'Name':'vacuum','VolFrac':1.0,},{'Name':'vacuum','VolFrac':0.0,}],
85        'Thick':1.0,'Contrast':[0.0,0.0],       #contrast & anomalous contrast
86        'Trans':1.0,                            #measured transmission
87        'SlitLen':0.0,                          #Slit length - in Q(A-1)
88        }
89def SetupSampleLabels(histName,dataType,histType):
90    '''Setup a list of labels and number formatting for use in
91    labeling sample parameters.
92    :param str histName: Name of histogram, ("PWDR ...")
93    :param str dataType:
94    '''
95    parms = []
96    parms.append(['Scale','Histogram scale factor: ',[10,4]])
97    if 'C' in histType:
98        parms.append(['Gonio. radius','Goniometer radius (mm): ',[10,3]])
99    if 'PWDR' in histName:
100        if dataType == 'Debye-Scherrer':
101            parms += [['DisplaceX',u'Sample X displ. perp. to beam (\xb5m): ',[10,3]],
102                ['DisplaceY',u'Sample Y displ. || to beam (\xb5m): ',[10,3]],
103                ['Absorption',u'Sample absorption (\xb5\xb7r): ',[10,4]],]
104            if 'T' in histType:
105                parms[-1] = ['Absorption',u'Sample absorption (\xb5\xb7r/l): ',[10,4]]
106        elif dataType == 'Bragg-Brentano':
107            parms += [['Shift',u'Sample displacement(\xb5m): ',[10,4]],
108                ['Transparency',u'Sample transparency(1/\xb5eff, cm): ',[10,3]],
109                ['SurfRoughA','Surface roughness A: ',[10,4]],
110                ['SurfRoughB','Surface roughness B: ',[10,4]]]
111    elif 'SASD' in histName:
112        parms.append(['Thick','Sample thickness (mm)',[10,3]])
113        parms.append(['Trans','Transmission (meas)',[10,3]])
114        parms.append(['SlitLen',u'Slit length (Q,\xc5'+Pwrm1+')',[10,3]])
115    parms.append(['Omega','Goniometer omega:',[10,3]])
116    parms.append(['Chi','Goniometer chi:',[10,3]])
117    parms.append(['Phi','Goniometer phi:',[10,3]])
118    parms.append(['Time','Clock time (s)',[12,3]])
119    parms.append(['Temperature','Sample temperature (K): ',[10,3]])
120    parms.append(['Pressure','Sample pressure (MPa): ',[10,3]])
121    return parms
122
123def SetDefaultSASDModel():
124    'Fills in default items for the SASD Models dictionary'   
125    return {'Back':[0.0,False],'Size':{'MinDiam':50,'MaxDiam':10000,'Nbins':100,'logBins':True,'Method':'MaxEnt','Distribution':[],
126        'Shape':['Spheroid',1.0],'MaxEnt':{'Niter':100,'Precision':0.01,'Sky':-3},
127        'IPG':{'Niter':100,'Approach':0.8,'Power':-1},'Reg':{},},           
128        'Particle':{'Matrix':{'Name':'vacuum','VolFrac':[0.0,False]},'Levels':[],},
129        'Current':'Size dist.','BackFile':'',
130        }
131       
132def SetDefaultSubstances():
133    'Fills in default items for the SASD Substances dictionary'
134    return {'Substances':{'vacuum':{'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':0.0,'Scatt density':0.0}}}
135
136def GetHistsLikeSelected(G2frame):
137    '''Get the histograms that match the current selected one:
138    The histogram prefix and data type (PXC etc.), the number of
139    wavelengths and the instrument geometry (Debye-Scherrer etc.)
140    must all match. The current histogram is not included in the list.
141
142    :param wx.Frame G2frame: pointer to main GSAS-II data tree
143    '''
144    histList = []
145    inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
146        G2gd.GetPatternTreeItemId(
147            G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters')
148        )
149    hType = inst['Type'][0]
150    if 'Lam1' in inst:
151        hLam = 2
152    elif 'Lam' in inst:
153        hLam = 1
154    else:
155        hLam = 0
156    sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
157        G2gd.GetPatternTreeItemId(
158            G2frame,G2frame.PatternId, 'Sample Parameters')
159        )
160    hGeom = sample.get('Type')
161    hstName = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
162    hPrefix = hstName.split()[0]+' '
163    # cycle through tree looking for items that match the above
164    item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)       
165    while item:
166        name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
167        if name.startswith(hPrefix) and name != hstName:
168            cGeom,cType,cLam, = '?','?',-1
169            subitem, subcookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(item)
170            while subitem:
171                subname = G2frame.PatternTree.GetItemText(subitem)
172                if subname == 'Sample Parameters':
173                    sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(subitem)
174                    cGeom = sample.get('Type')
175                elif subname == 'Instrument Parameters':
176                    inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(subitem)
177                    cType = inst['Type'][0]
178                    if 'Lam1' in inst:
179                        cLam = 2
180                    elif 'Lam' in inst:
181                        cLam = 1
182                    else:
183                        cLam = 0
184                subitem, subcookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(item, subcookie)
185            if cLam == hLam and cType == hType and cGeom == hGeom:
186                if name not in histList: histList.append(name)
187        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
188    return histList
189
190def SetCopyNames(histName,dataType,addNames=[]):
191    '''Determine the items in the sample parameters that should be copied,
192    depending on the histogram type and the instrument type.
193    '''
194    copyNames = ['Scale',]
195    histType = 'HKLF'
196    if 'PWDR' in histName:
197        histType = 'PWDR'
198        if 'Debye' in dataType:
199            copyNames += ['DisplaceX','DisplaceY','Absorption']
200        else:       #Bragg-Brentano
201            copyNames += ['Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']
202    elif 'SASD' in histName:
203        histType = 'SASD'
204        copyNames += ['Materials','Thick',]
205    if len(addNames):
206        copyNames += addNames
207    return histType,copyNames
208
209def CopySelectedHistItems(G2frame):
210    '''Global copy: Copy items from current histogram to others.
211    This is called from the menubar and is available only when the top histogram tree entry
212    is selected.
213    '''
214    hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
215    histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
216    if not histList:
217        G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
218        return
219    choices = ['Limits','Background','Instrument Parameters','Sample Parameters']
220    dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
221        G2frame.dataFrame, 
222        'Copy which histogram sections from\n'+str(hst[5:]),
223        'Select copy sections', choices, filterBox=False)
224    dlg.SetSelections(range(len(choices)))
225    choiceList = []
226    if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
227        choiceList = [choices[i] for i in dlg.GetSelections()]
228    if not choiceList: return
229   
230    dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
231        G2frame.dataFrame, 
232        'Copy parameters from\n'+str(hst[5:])+' to...',
233        'Copy parameters', histList)
234    results = []
235    try:
236        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
237            results = dlg.GetSelections()
238    finally:
239        dlg.Destroy()
240    copyList = []
241    for i in results: 
242        copyList.append(histList[i])
243
244    if 'Limits' in choiceList: # Limits
245        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
246            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Limits'))
247        for item in copyList:
248            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
249            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
250                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Limits'),
251                copy.deepcopy(data))
252    if 'Background' in choiceList:  # Background
253        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
254            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Background'))
255        for item in copyList:
256            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
257            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
258                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'),
259                copy.deepcopy(data))
260    if 'Instrument Parameters' in choiceList:  # Instrument Parameters
261        # for now all items in Inst. parms are copied
262        data,data1 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
263            G2gd.GetPatternTreeItemId(
264                G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
265        for item in copyList:
266            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
267            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
268                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters')
269                )[0].update(copy.deepcopy(data))
270            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
271                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters')
272                )[1].update(copy.deepcopy(data1))
273    if 'Sample Parameters' in choiceList:  # Sample Parameters
274        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
275            G2gd.GetPatternTreeItemId(
276                G2frame,G2frame.PatternId,'Sample Parameters'))
277        # selects items to be copied
278        histType,copyNames = SetCopyNames(hst,data['Type'],
279            addNames = ['Omega','Chi','Phi','Gonio. radius','InstrName'])
280        copyDict = {parm:data[parm] for parm in copyNames}
281        for item in copyList:
282            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
283            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
284                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters')
285                ).update(copy.deepcopy(copyDict))
286                         
287################################################################################
288#####  Powder Peaks
289################################################################################           
290       
291def UpdatePeakGrid(G2frame, data):
292    '''respond to selection of PWDR powder peaks data tree item.
293    '''
294    if G2frame.dataDisplay:
295        G2frame.dataFrame.Clear()
296       
297    def OnAutoSearch(event):
298        PatternId = G2frame.PatternId
299        PickId = G2frame.PickId
300        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
301        inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
302        profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
303        x0 = profile[0]
304        iBeg = np.searchsorted(x0,limits[0])
305        iFin = np.searchsorted(x0,limits[1])
306        x = x0[iBeg:iFin]
307        y0 = profile[1][iBeg:iFin]
308        y1 = copy.copy(y0)
309        ysig = np.std(y1)
310        offset = [-1,1]
311        ymask = ma.array(y0,mask=(y0<ysig))
312        for off in offset:
313            ymask = ma.array(ymask,mask=(ymask-np.roll(y0,off)<=0.))
314        indx = ymask.nonzero()
315        mags = ymask[indx]
316        poss = x[indx]
317        refs = zip(poss,mags)
318        if 'C' in Inst['Type'][0]:   
319            refs = G2mth.sortArray(refs,0,reverse=True)     #small 2-Thetas first
320        else:   #'T'OF
321            refs = G2mth.sortArray(refs,0,reverse=False)    #big TOFs first
322        for i,ref1 in enumerate(refs):
323            for ref2 in refs[i+1:]:
324                if abs(ref2[0]-ref1[0]) < 0.1*G2pwd.getFWHM(ref1[0],inst):
325                    del(refs[i])
326        if 'C' in Inst['Type'][0]:   
327            refs = G2mth.sortArray(refs,1,reverse=True)
328        else:   #'T'OF
329            refs = G2mth.sortArray(refs,1,reverse=False)
330        for pos,mag in refs:
331            data['peaks'].append(G2mth.setPeakparms(inst,inst2,pos,mag))
332        UpdatePeakGrid(G2frame,data)
333        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
334       
335    def OnCopyPeaks(event):
336        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
337        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
338        if not histList:
339            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
340            return
341        copyList = []
342        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
343            G2frame.dataFrame, 
344            'Copy peak list from\n'+str(hst[5:])+' to...',
345            'Copy peaks', histList)
346        try:
347            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
348                for i in dlg.GetSelections():
349                    copyList.append(histList[i])
350        finally:
351            dlg.Destroy()
352        for item in copyList:
353            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
354            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
355                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Peak List'),copy.deepcopy(data))
356   
357    def OnUnDo(event):
358        DoUnDo()
359        G2frame.dataFrame.UnDo.Enable(False)
360       
361    def DoUnDo():
362        print 'Undo last refinement'
363        file = open(G2frame.undofile,'rb')
364        PatternId = G2frame.PatternId
365        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
366            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item),cPickle.load(file))
367            if G2frame.dataDisplay.GetName() == item:
368                if item == 'Background':
369                    UpdateBackground(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
370                elif item == 'Instrument Parameters':
371                    UpdateInstrumentGrid(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
372                elif item == 'Peak List':
373                    UpdatePeakGrid(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
374            print item,' recovered'
375        file.close()
376       
377    def SaveState():
378        G2frame.undofile = os.path.join(G2frame.dirname,'GSASII.save')
379        file = open(G2frame.undofile,'wb')
380        PatternId = G2frame.PatternId
381        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
382            cPickle.dump(G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId,item)),file,1)
383        file.close()
384        G2frame.dataFrame.UnDo.Enable(True)
385       
386    def OnLSQPeakFit(event):
387        if not G2frame.GSASprojectfile:            #force a save of the gpx file so SaveState can wirte in the same directory
388            G2frame.OnFileSaveas(event)
389        OnPeakFit('LSQ')
390       
391    def OnOneCycle(event):
392        OnPeakFit('LSQ',oneCycle=True)
393       
394    def OnSeqPeakFit(event):
395        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
396        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
397        if not histList:
398            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
399            return
400        sel = []
401        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential peak fits',
402             'Select dataset to include',histList)
403        dlg.SetSelections(sel)
404        names = []
405        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
406            for sel in dlg.GetSelections():
407                names.append(histList[sel])
408        dlg.Destroy()
409        SeqResult = {}
410        Reverse = False
411        CopyForward = False
412        choice = ['Reverse sequence','Copy from prev.',]
413        dlg = wx.MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame,'Sequential controls','Select controls',choice)
414        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
415            for sel in dlg.GetSelections():
416                if sel:
417                    CopyForward = True
418                else:
419                    Reverse = True
420        dlg.Destroy()
421        dlg = wx.ProgressDialog('Sequential peak fit','Data set name = '+names[0],len(names), 
422            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
423        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
424        controls = {'deriv type':'analytic','min dM/M':0.0001,}
425        Controls['ShowCell'] = False
426        print 'Peak Fitting with '+controls['deriv type']+' derivatives:'
427        oneCycle = False
428        FitPgm = 'LSQ'
429        prevVaryList = []
430        Names = []
431        if Reverse:
432            names.reverse()
433        try:
434            for i,name in enumerate(names):
435                print ' Sequential fit for ',name
436                GoOn = dlg.Update(i,newmsg='Data set name = '+name)[0]
437                if not GoOn:
438                    break
439                PatternId =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
440                if i and CopyForward:
441                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.deepcopy(peaks))
442                    prevVaryList = varyList[:]
443                peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
444                background = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Background'))
445                limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
446                inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
447                data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
448                wx.BeginBusyCursor()
449                dlg2 = wx.ProgressDialog('Residual','Peak fit Rwp = ',101.0, 
450                    style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
451                screenSize = wx.ClientDisplayRect()
452                Size = dlg.GetSize()
453                dlg2.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
454                try:
455                    peaks['sigDict'],result,sig,Rvals,varyList,parmDict,fullvaryList,badVary = G2pwd.DoPeakFit(FitPgm,peaks['peaks'],
456                        background,limits,inst,inst2,data,prevVaryList,oneCycle,controls,dlg2)
457                finally:
458                    dlg2.Destroy()
459                if len(result[0]) != len(fullvaryList):
460                    print ' ***** Sequential peak fit stopped at '+name+' *****'
461                    break
462                else:
463                    Names.append(name)   
464                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.deepcopy(peaks))
465                    SeqResult[name] = {'variables':result[0],'varyList':varyList,'sig':sig,'Rvals':Rvals,
466                        'covMatrix':np.eye(len(result[0])),'title':name,'parmDict':parmDict,
467                        'fullVary':fullvaryList,'badVary':badVary}
468            dlg.Destroy()
469            print ' ***** Sequential peak fit successful *****'
470        finally:
471            wx.EndBusyCursor()
472        SeqResult['histNames'] = Names
473        Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Sequential results')
474        if Id:
475            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
476        else:
477            Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Sequential results')
478            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
479        G2frame.PatternTree.SelectItem(Id)
480       
481    def OnClearPeaks(event):
482        dlg = wx.MessageDialog(G2frame,'Delete all peaks?','Clear peak list',wx.OK|wx.CANCEL)
483        try:
484            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
485                peaks = {'peaks':[],'sigDict':{}}
486        finally:
487            dlg.Destroy()
488        UpdatePeakGrid(G2frame,peaks)
489        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
490       
491    def OnPeakFit(FitPgm,oneCycle=False):
492        SaveState()
493        controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
494        if not controls:
495            controls = {'deriv type':'analytic','min dM/M':0.0001,}     #fill in defaults if needed
496        print 'Peak Fitting with '+controls['deriv type']+' derivatives:'
497        PatternId = G2frame.PatternId
498        PickId = G2frame.PickId
499        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
500        if not peaks:
501            G2frame.ErrorDialog('No peaks!','Nothing to fit!')
502            return
503        background = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Background'))
504        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
505        inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
506        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
507        wx.BeginBusyCursor()
508        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','Peak fit Rwp = ',101.0, 
509            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
510        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
511        Size = dlg.GetSize()
512        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
513        try:
514            peaks['sigDict'] = G2pwd.DoPeakFit(FitPgm,peaks['peaks'],background,limits,inst,inst2,data,[],oneCycle,controls,dlg)[0]
515        finally:
516            wx.EndBusyCursor()   
517        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.copy(peaks))
518        UpdatePeakGrid(G2frame,copy.copy(peaks))
519        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
520        print 'finished'
521        return
522       
523    def OnResetSigGam(event):
524        PatternId = G2frame.PatternId
525        PickId = G2frame.PickId
526        Inst,Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
527        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
528        if not peaks['peaks']:
529            G2frame.ErrorDialog('No peaks!','Nothing to do!')
530            return
531        newpeaks = {'peaks':[],'sigDict':{}}
532        for peak in peaks['peaks']:
533            newpeaks['peaks'].append(G2mth.setPeakparms(Inst,Inst2,peak[0],peak[2]))
534        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),newpeaks)
535        UpdatePeakGrid(G2frame,newpeaks)
536               
537    def RefreshPeakGrid(event):
538        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
539       
540        event.StopPropagation()
541        data['peaks'] = G2frame.PeakTable.GetData()
542        T = []
543        for peak in data['peaks']:T.append(peak[0])
544        D = dict(zip(T,data['peaks']))
545        T.sort()
546        X = []
547        for key in T: X.append(D[key])
548        data['peaks'] = X       
549       
550    def setBackgroundColors():
551       for r in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberRows()):
552           for c in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberCols()):
553               if G2frame.dataDisplay.GetColLabelValue(c) in ['position','intensity','alpha','beta','sigma','gamma']:
554                   if float(G2frame.dataDisplay.GetCellValue(r,c)) < 0.:
555                       G2frame.dataDisplay.SetCellBackgroundColour(r,c,wx.RED)
556                   else:
557                       G2frame.dataDisplay.SetCellBackgroundColour(r,c,wx.WHITE)
558                                                 
559    def KeyEditPeakGrid(event):
560        rowList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
561        colList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
562        selectList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCells()
563        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PickId)
564        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
565            event.Skip(True)
566        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
567            event.Skip(True)
568        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
569            event.Skip(True)
570        elif rowList:
571            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
572            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_DELETE:
573                G2frame.dataDisplay.ClearGrid()
574                rowList.sort()
575                rowList.reverse()
576                nDel = 0
577                for row in rowList:
578                    G2frame.PeakTable.DeleteRow(row)
579                    nDel += 1
580                if nDel:
581                    msg = wg.GridTableMessage(G2frame.PeakTable, 
582                        wg.GRIDTABLE_NOTIFY_ROWS_DELETED,0,nDel)
583                    G2frame.dataDisplay.ProcessTableMessage(msg)
584                data = G2frame.PeakTable.GetData()
585                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2frame.PickId,data[:-nDel])
586                G2frame.dataDisplay.ForceRefresh()
587                setBackgroundColors()
588                       
589        elif colList:
590            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
591            key = event.GetKeyCode()
592            for col in colList:
593                if G2frame.PeakTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
594                    if key == 89: #'Y'
595                        for row in range(G2frame.PeakTable.GetNumberRows()): data['peaks'][row][col]=True
596                    elif key == 78:  #'N'
597                        for row in range(G2frame.PeakTable.GetNumberRows()): data['peaks'][row][col]=False
598        elif selectList:
599            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
600            key = event.GetKeyCode()
601            for row,col in selectList:
602                if G2frame.PeakTable.GetTypeName(row,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
603                    if key == 89: #'Y'
604                        data['peaks'][row][col]=True
605                    elif key == 78:  #'N'
606                        data['peaks'][row][col]=False
607        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
608           
609    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.PeakMenu)
610    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
611        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
612    Status.SetStatusText('Global refine: select refine column & press Y or N')
613    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAutoSearch, id=G2gd.wxID_AUTOSEARCH)
614    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyPeaks, id=G2gd.wxID_PEAKSCOPY)
615    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnUnDo, id=G2gd.wxID_UNDO)
616    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnLSQPeakFit, id=G2gd.wxID_LSQPEAKFIT)
617    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnOneCycle, id=G2gd.wxID_LSQONECYCLE)
618    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSeqPeakFit, id=G2gd.wxID_SEQPEAKFIT)
619    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnClearPeaks, id=G2gd.wxID_CLEARPEAKS)
620    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnResetSigGam, id=G2gd.wxID_RESETSIGGAM)
621    if data['peaks']:
622        G2frame.dataFrame.AutoSearch.Enable(False)
623        G2frame.dataFrame.PeakCopy.Enable(True)
624        G2frame.dataFrame.PeakFit.Enable(True)
625        G2frame.dataFrame.PFOneCycle.Enable(True)
626        G2frame.dataFrame.SeqPeakFit.Enable(True)
627    else:
628        G2frame.dataFrame.PeakFit.Enable(False)
629        G2frame.dataFrame.PeakCopy.Enable(False)
630        G2frame.dataFrame.PFOneCycle.Enable(False)
631        G2frame.dataFrame.AutoSearch.Enable(True)
632        G2frame.dataFrame.SeqPeakFit.Enable(False)
633    G2frame.PickTable = []
634    rowLabels = []
635    PatternId = G2frame.PatternId
636    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
637    for i in range(len(data['peaks'])): rowLabels.append(str(i+1))
638    if 'C' in Inst['Type'][0]:
639        colLabels = ['position','refine','intensity','refine','sigma','refine','gamma','refine']
640        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
641            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',wg.GRID_VALUE_BOOL,
642            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
643            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
644    else:
645        colLabels = ['position','refine','intensity','refine','alpha','refine',
646            'beta','refine','sigma','refine','gamma','refine']
647        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',wg.GRID_VALUE_BOOL,
648            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
649            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
650            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
651            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
652            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
653    T = []
654    for peak in data['peaks']:
655        T.append(peak[0])
656    D = dict(zip(T,data['peaks']))
657    T.sort()
658    if 'T' in Inst['Type'][0]:  #want big TOF's first
659        T.reverse()
660    X = []
661    for key in T: X.append(D[key])
662    data['peaks'] = X
663    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2frame.PickId,data)
664    G2frame.PeakTable = G2gd.Table(data['peaks'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
665    G2frame.dataFrame.SetLabel('Peak List')
666    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
667    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.PeakTable, True)
668    setBackgroundColors()                         
669    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, RefreshPeakGrid)
670    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
671    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
672    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
673    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([535,350])
674    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
675       
676################################################################################
677#####  Background
678################################################################################           
679       
680def UpdateBackground(G2frame,data):
681    '''respond to selection of PWDR background data tree item.
682    '''
683    if len(data) < 2:       #add Debye diffuse & peaks scattering here
684        data.append({'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]})
685    if 'nPeaks' not in data[1]:
686        data[1].update({'nPeaks':0,'peaksList':[]})
687    ValObj = {}
688   
689    def OnBackFlagCopy(event):
690        flag = data[0][1]
691        backDict = data[-1]
692        if backDict['nDebye']:
693            DBflags = []
694            for term in backDict['debyeTerms']:
695                DBflags.append(term[1::2])
696        if backDict['nPeaks']:
697            PKflags = []
698            for term in backDict['peaksList']:
699                PKflags.append(term[1::2])           
700        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
701        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
702        if not histList:
703            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
704            return
705        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
706            G2frame.dataFrame, 
707            'Copy bkg ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
708            'Copy bkg flags', histList)
709        copyList = []
710        try:
711            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
712                for i in dlg.GetSelections(): 
713                    copyList.append(histList[i])
714        finally:
715            dlg.Destroy()
716        for item in copyList:
717            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
718            backData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'))
719            backData[0][1] = copy.copy(flag)
720            bkDict = backData[-1]
721            if bkDict['nDebye'] == backDict['nDebye']:
722                for i,term in enumerate(bkDict['debyeTerms']):
723                    term[1::2] = copy.copy(DBflags[i])
724            if bkDict['nPeaks'] == backDict['nPeaks']:
725                for i,term in enumerate(bkDict['peaksList']):
726                    term[1::2] = copy.copy(PKflags[i])                   
727           
728    def OnBackCopy(event):
729        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
730        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
731        if not histList:
732            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
733            return
734        copyList = []
735        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
736            G2frame.dataFrame, 
737            'Copy bkg params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
738            'Copy parameters', histList)
739        try:
740            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
741                for i in dlg.GetSelections():
742                    copyList.append(histList[i])
743        finally:
744            dlg.Destroy()
745        for item in copyList:
746            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
747            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
748                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'),copy.copy(data))
749       
750    def BackSizer():
751       
752        def OnNewType(event):
753            data[0][0] = bakType.GetValue()
754           
755        def OnBakRef(event):
756            data[0][1] = bakRef.GetValue()
757           
758        def OnBakTerms(event):
759            data[0][2] = int(bakTerms.GetValue())
760            M = len(data[0])
761            N = data[0][2]+3
762            item = data[0]
763            if N > M:       #add terms
764                for i in range(M,N): 
765                    item.append(0.0)
766            elif N < M:     #delete terms
767                for i in range(N,M):
768                    del(item[-1])
769            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(BackId,data)
770            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
771            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
772           
773        def OnBakVal(event):
774            Obj = event.GetEventObject()
775            item = ValObj[Obj.GetId()][0]
776            try:
777                value = float(Obj.GetValue())
778            except ValueError:
779                value = data[0][item]
780            data[0][item] = value
781            Obj.SetValue('%10.4f'%(value))
782       
783        backSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
784        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
785        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background function: '),0,WACV)
786        bakType = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data[0][0],
787                choices=Choices,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
788        bakType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnNewType)
789        topSizer.Add(bakType)
790        topSizer.Add((5,0),0)
791        bakRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?')
792        bakRef.SetValue(bool(data[0][1]))
793        bakRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnBakRef)
794        topSizer.Add(bakRef,0,WACV)
795        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. coeff.: '),0,WACV)
796        bakTerms = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[0][2]),choices=[str(i+1) for i in range(36)],
797            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
798        bakTerms.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnBakTerms)
799        topSizer.Add(bakTerms,0,WACV)
800        topSizer.Add((5,0),0)
801        backSizer.Add(topSizer)
802        backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background coefficients:'),0,WACV)
803        bakSizer = wx.FlexGridSizer(0,5,5,5)
804        for i,value in enumerate(data[0][3:]):
805            bakVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,'%10.4f'%(value),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
806            bakSizer.Add(bakVal,0,WACV)
807            ValObj[bakVal.GetId()] = [i+3]
808            bakVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnBakVal)
809            bakVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnBakVal)
810        backSizer.Add(bakSizer)
811        return backSizer
812       
813    def DebyeSizer():
814       
815        def OnDebTerms(event):
816            data[1]['nDebye'] = int(debTerms.GetValue())
817            M = len(data[1]['debyeTerms'])
818            N = data[1]['nDebye']
819            if N > M:       #add terms
820                for i in range(M,N): 
821                    data[1]['debyeTerms'].append([1.0,False,1.0,False,0.010,False])
822            elif N < M:     #delete terms
823                for i in range(N,M):
824                    del(data[1]['debyeTerms'][-1])
825            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
826            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
827
828        def KeyEditPeakGrid(event):
829            colList = debyeGrid.GetSelectedCols()
830            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
831                event.Skip(True)
832            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
833                event.Skip(True)
834            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
835                event.Skip(True)
836            elif colList:
837                debyeGrid.ClearSelection()
838                key = event.GetKeyCode()
839                for col in colList:
840                    if debyeTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
841                        if key == 89: #'Y'
842                            for row in range(debyeGrid.GetNumberRows()): data[1]['debyeTerms'][row][col]=True
843                        elif key == 78:  #'N'
844                            for row in range(debyeGrid.GetNumberRows()): data[1]['debyeTerms'][row][col]=False
845
846       
847        debSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
848        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
849        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Debye scattering: '),0,WACV)
850        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. coeff.: '),0,WACV)
851        debTerms = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[1]['nDebye']),choices=[str(i) for i in range(12)],
852            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
853        debTerms.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnDebTerms)
854        topSizer.Add(debTerms,0,WACV)
855        topSizer.Add((5,0),0)
856        debSizer.Add(topSizer)
857        if data[1]['nDebye']:
858            debSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Debye diffuse terms:'),0,WACV)       
859            rowLabels = []
860            for i in range(len(data[1]['debyeTerms'])): rowLabels.append(str(i))
861            colLabels = ['A','refine','R','refine','U','refine']
862            Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL,
863            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
864            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
865            debyeTable = G2gd.Table(data[1]['debyeTerms'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
866            debyeGrid = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataDisplay)
867            debyeGrid.SetTable(debyeTable, True)
868            debyeGrid.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
869            debyeGrid.AutoSizeColumns(False)
870            debSizer.Add(debyeGrid)       
871        return debSizer
872     
873    def PeaksSizer():
874
875        def OnPeaks(event):
876            data[1]['nPeaks'] = int(peaks.GetValue())
877            M = len(data[1]['peaksList'])
878            N = data[1]['nPeaks']
879            if N > M:       #add terms
880                for i in range(M,N): 
881                    data[1]['peaksList'].append([1.0,False,1.0,False,0.10,False,0.10,False])
882            elif N < M:     #delete terms
883                for i in range(N,M):
884                    del(data[1]['peaksList'][-1])
885            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
886            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
887           
888        def KeyEditPeakGrid(event):
889            colList = peaksGrid.GetSelectedCols()
890            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
891                event.Skip(True)
892            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
893                event.Skip(True)
894            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
895                event.Skip(True)
896            elif colList:
897                peaksGrid.ClearSelection()
898                key = event.GetKeyCode()
899                for col in colList:
900                    if peaksTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
901                        if key == 89: #'Y'
902                            for row in range(peaksGrid.GetNumberRows()): data[1]['peaksList'][row][col]=True
903                        elif key == 78:  #'N'
904                            for row in range(peaksGrid.GetNumberRows()): data[1]['peaksList'][row][col]=False
905
906        peaksSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
907        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
908        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Peaks in background: '),0,WACV)
909        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. peaks: '),0,WACV)
910        peaks = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[1]['nPeaks']),choices=[str(i) for i in range(12)],
911            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
912        peaks.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPeaks)
913        topSizer.Add(peaks,0,WACV)
914        topSizer.Add((5,0),0)
915        peaksSizer.Add(topSizer)
916        if data[1]['nPeaks']:
917            peaksSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Peak list:'),0,WACV)       
918            rowLabels = []
919            for i in range(len(data[1]['peaksList'])): rowLabels.append(str(i))
920            colLabels = ['pos','refine','int','refine','sig','refine','gam','refine']
921            Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL,
922            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
923            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
924            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
925            peaksTable = G2gd.Table(data[1]['peaksList'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
926            peaksGrid = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataDisplay)
927            peaksGrid.SetTable(peaksTable, True)
928            peaksGrid.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
929            peaksGrid.AutoSizeColumns(False)
930            peaksSizer.Add(peaksGrid)       
931        return peaksSizer
932               
933    if G2frame.dataDisplay:
934        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
935    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
936    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.BackMenu)
937    G2frame.dataFrame.SetLabel('Background')
938    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
939        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
940    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnBackCopy,id=G2gd.wxID_BACKCOPY)
941    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnBackFlagCopy,id=G2gd.wxID_BACKFLAGCOPY)
942    BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Background')
943    Choices = ['chebyschev','cosine','lin interpolate','inv interpolate','log interpolate']
944    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
945    mainSizer.Add(BackSizer())
946    mainSizer.Add((0,5),0)
947    mainSizer.Add(DebyeSizer())
948    mainSizer.Add((0,5),0)
949    mainSizer.Add(PeaksSizer())
950    mainSizer.Layout()   
951    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
952    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
953       
954################################################################################
955#####  Limits
956################################################################################           
957       
958def UpdateLimitsGrid(G2frame, data,plottype):
959    '''respond to selection of PWDR Limits data tree item.
960    '''
961    if G2frame.dataDisplay:
962        G2frame.dataFrame.Clear()
963    G2frame.ifGetExclude = False
964       
965    def KeyEditPeakGrid(event):
966        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_DELETE:
967            row = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()[0]
968            if row > 1: #can't delete limits!
969                del(data[row])
970                wx.CallAfter(UpdateLimitsGrid,G2frame,data,plottype)
971                G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType=plottype)
972                       
973    def RefreshLimitsGrid(event):
974        event.StopPropagation()
975        data = G2frame.LimitsTable.GetData()
976        old = data[0]
977        new = data[1]
978        new[0] = max(old[0],new[0])
979        new[1] = max(new[0],min(old[1],new[1]))
980        excl = []
981        if len(data) > 2:
982            excl = data[2:]
983            for item in excl:
984                item[0] = max(old[0],item[0])
985                item[1] = max(item[0],min(old[1],item[1]))
986        data = [old,new]+excl
987        G2frame.LimitsTable.SetData(data)
988        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType=plottype)
989       
990    def OnLimitCopy(event):
991        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
992        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
993        if not histList:
994            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
995            return
996        copyList = []
997        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
998            G2frame.dataFrame, 
999            'Copy limits from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1000            'Copy limits', histList)
1001        try:
1002            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1003                for i in dlg.GetSelections(): 
1004                    item = histList[i]
1005                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1006                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
1007                        G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Limits'),copy.copy(data))
1008        finally:
1009            dlg.Destroy()
1010           
1011    def OnAddExcl(event):
1012        G2frame.ifGetExclude = True
1013        print 'Add excluded region'
1014       
1015    G2frame.LimitsTable = []
1016    colLabels = ['Tmin','Tmax']
1017    rowLabels = ['original','changed']
1018    for i in range(len(data)-2):
1019        rowLabels.append('exclude')
1020    Types = 2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':12,5',]
1021    G2frame.LimitsTable = G2gd.Table(data,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
1022    G2frame.dataFrame.SetLabel('Limits')
1023    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.LimitMenu)
1024    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1025        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
1026    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnLimitCopy,id=G2gd.wxID_LIMITCOPY)
1027    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnAddExcl,id=G2gd.wxID_ADDEXCLREGION)   
1028    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
1029    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.LimitsTable, True)   
1030    G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(0,0,VERY_LIGHT_GREY,True)
1031    G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(0,1,VERY_LIGHT_GREY,True)
1032    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, RefreshLimitsGrid)               
1033    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
1034    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
1035    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
1036    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([230,260])                               
1037    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
1038   
1039################################################################################
1040#####  Instrument parameters
1041################################################################################           
1042       
1043def UpdateInstrumentGrid(G2frame,data):
1044    '''respond to selection of PWDR/SASD Instrument Parameters
1045    data tree item.
1046    '''
1047    def keycheck(keys):
1048        good = []
1049        for key in keys:
1050            if key in ['Type','U','V','W','X','Y','SH/L','I(L2)/I(L1)','alpha',
1051                'beta-0','beta-1','beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','Polariz.',
1052                'Lam','Azimuth','2-theta','fltPath','difC','difA','difB','Zero','Lam1','Lam2']:
1053                good.append(key)
1054        return good
1055       
1056    def inst2data(inst,ref,data):
1057        for item in data:
1058            try:
1059                data[item] = [data[item][0],inst[item],ref[item]]
1060            except KeyError:
1061                pass        #skip 'Polariz.' for N-data
1062        return data
1063       
1064    def updateData(inst,ref):
1065        return inst2data(inst,ref,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
1066            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))[0])       
1067   
1068    def RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=False):
1069        if doAnyway or event.GetRow() == 1:
1070            peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'))
1071            newpeaks = []
1072            for peak in peaks['peaks']:
1073                newpeaks.append(G2mth.setPeakparms(data,Inst2,peak[0],peak[2]))
1074            peaks['peaks'] = newpeaks
1075            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'),peaks)
1076           
1077    def OnCalibrate(event):
1078        Pattern = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)
1079        xye = ma.array(ma.getdata(Pattern[1]))
1080        cw = np.diff(xye[0])
1081        IndexPeaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List'))
1082        if not len(IndexPeaks[0]):
1083            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Index Peak List empty')
1084            return
1085        Ok = False
1086        for peak in IndexPeaks[0]:
1087            if peak[2] and peak[3]:
1088                Ok = True
1089        if not Ok:
1090            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Index Peak List not indexed')
1091            return           
1092        if G2pwd.DoCalibInst(IndexPeaks,data):
1093            UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1094            XY = []
1095            Sigs = []
1096            for ip,peak in enumerate(IndexPeaks[0]):
1097                if peak[2] and peak[3]:
1098                    binwid = cw[np.searchsorted(xye[0],peak[0])]
1099                    XY.append([peak[-1],peak[0],binwid])
1100                    Sigs.append(IndexPeaks[1][ip])
1101            if len(XY):
1102                XY = np.array(XY)
1103                G2plt.PlotCalib(G2frame,data,XY,Sigs,newPlot=True)
1104        else:
1105            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Nothing selected for refinement')
1106           
1107
1108    def OnLoad(event):
1109        '''Loads instrument parameters from a G2 .instprm file
1110        in response to the Instrument Parameters-Operations/Load Profile menu
1111       
1112        Note that similar code is found in ReadPowderInstprm (GSASII.py)
1113        '''
1114        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II instrument parameters file', '.', '', 
1115            'instrument parameter files (*.instprm)|*.instprm',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1116        try:
1117            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1118                filename = dlg.GetPath()
1119                File = open(filename,'r')
1120                S = File.readline()
1121                newItems = []
1122                newVals = []
1123                while S:
1124                    if S[0] == '#':
1125                        S = File.readline()
1126                        continue
1127                    [item,val] = S[:-1].split(':')
1128                    newItems.append(item)
1129                    try:
1130                        newVals.append(float(val))
1131                    except ValueError:
1132                        newVals.append(val)                       
1133                    S = File.readline()               
1134                File.close()
1135                Inst,Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
1136                data = G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,])
1137                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'),[data,Inst2])
1138                RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=True)          #to get peaks updated
1139                UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1140                G2plt.PlotPeakWidths(G2frame)
1141        finally:
1142            dlg.Destroy()
1143       
1144    def OnSave(event):
1145        '''Respond to the Instrument Parameters Operations/Save Profile menu
1146        item: writes current parameters to a .instprm file
1147        '''
1148        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II instrument parameters file', '.', '', 
1149            'instrument parameter files (*.instprm)|*.instprm',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1150        try:
1151            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1152                filename = dlg.GetPath()
1153                # make sure extension is .instprm
1154                filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.instprm'
1155                File = open(filename,'w')
1156                File.write("#GSAS-II instrument parameter file; do not add/delete items!\n")
1157                for item in data:
1158                    File.write(item+':'+str(data[item][1])+'\n')
1159                File.close()
1160        finally:
1161            dlg.Destroy()
1162                                               
1163    def OnReset(event):
1164        insVal.update(insDef)
1165        updateData(insVal,insRef)
1166        RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=True)          #to get peaks updated
1167        UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1168        G2plt.PlotPeakWidths(G2frame)
1169       
1170    def OnInstFlagCopy(event):
1171        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1172        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1173        if not histList:
1174            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1175            return
1176        keys = data.keys()
1177        flags = dict(zip(keys,[data[key][2] for key in keys]))
1178        instType = data['Type'][0]
1179        copyList = []
1180        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1181            G2frame.dataFrame, 
1182            'Copy inst ref. flags from\n'+hst[5:],
1183            'Copy refinement flags', histList)
1184        try:
1185            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1186                for i in dlg.GetSelections():
1187                    copyList.append(histList[i])
1188        finally:
1189            dlg.Destroy()
1190        for item in copyList:
1191            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1192            instData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters'))[0]
1193            if len(data) == len(instData) and instType == instData['Type'][0]:   #don't mix data types or lam & lam1/lam2 parms!
1194                for item in instData:
1195                    instData[item][2] = copy.copy(flags[item])
1196            else:
1197                print item+' not copied - instrument parameters not commensurate'
1198       
1199    def OnInstCopy(event):
1200        #need fix for dictionary
1201        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1202        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1203        if not histList:
1204            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1205            return
1206        copyList = []
1207        instType = data['Type'][0]
1208        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1209            G2frame.dataFrame, 
1210            'Copy inst params from\n'+hst,
1211            'Copy parameters', histList)
1212        try:
1213            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1214                for i in dlg.GetSelections(): 
1215                    copyList.append(histList[i])
1216        finally:
1217            dlg.Destroy()
1218        for item in copyList:
1219            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1220            instData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters'))[0]
1221            if len(data) == len(instData) and instType == instData['Type'][0]:  #don't mix data types or lam & lam1/lam2 parms!
1222                instData.update(data)
1223            else:
1224                print item+' not copied - instrument parameters not commensurate'
1225                         
1226    def AfterChange(invalid,value,tc):
1227        if invalid: return
1228        updateData(insVal,insRef)
1229       
1230    def OnItemRef(event):
1231        Obj = event.GetEventObject()
1232        item = RefObj[Obj.GetId()]
1233        insRef[item] = Obj.GetValue()
1234        updateData(insVal,insRef)
1235
1236    def OnCopy1Val(event):
1237        '''Select one instrument parameter value to edit and copy to many histograms
1238        optionally allow values to be edited in a table
1239        '''
1240        updateData(insVal,insRef)
1241        G2gd.SelectEdit1Var(G2frame,data,labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem)
1242        insVal.update({key:data[key][1] for key in instkeys})
1243        insRef.update({key:data[key][2] for key in instkeys})
1244        wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1245       
1246    def lblWdef(lbl,dec,val):
1247        'Label parameter showing the default value'
1248        fmt = "%15."+str(dec)+"f"
1249        return " " + lbl + " (" + (fmt % val).strip() + "): "
1250
1251    def RefineBox(item):
1252        'Define a refine checkbox with binding'
1253        wid = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?  ')
1254        wid.SetValue(bool(insRef[item]))
1255        RefObj[wid.GetId()] = item
1256        wid.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnItemRef)
1257        return wid
1258
1259    def OnLamPick(event):
1260        data['Source'][1] = lamType = event.GetEventObject().GetValue()
1261        insVal['Lam1'] = waves[lamType][0]
1262        insVal['Lam2'] = waves[lamType][1]
1263        updateData(insVal,insRef)
1264        i,j= wx.__version__.split('.')[0:2]
1265        if int(i)+int(j)/10. > 2.8:
1266            pass # repaint crashes wxpython 2.9
1267            wx.CallLater(100, MakeParameterWindow)
1268            #wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1269        else:
1270            wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1271
1272    def MakeParameterWindow():
1273        'Displays the Instrument parameters in the datadisplay frame'
1274        if G2frame.dataDisplay:
1275            G2frame.dataFrame.Clear()
1276        G2frame.dataFrame.SetLabel('Instrument Parameters')
1277        G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
1278        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1279        instSizer = wx.FlexGridSizer(0,6,5,5)
1280        subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1281        subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Histogram Type: '+insVal['Type']),0,WACV)
1282        mainSizer.Add(subSizer)
1283        labelLst[:],elemKeysLst[:],dspLst[:],refFlgElem[:] = [],[],[],[]
1284        if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data
1285            if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1286                labelLst.append('Azimuth angle')
1287                elemKeysLst.append(['Azimuth',1])
1288                dspLst.append([10,2])
1289                refFlgElem.append(None)                   
1290                if 'Lam1' in insVal:
1291                    subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1292                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Azimuth: '),0,WACV)
1293                    txt = '%7.2f'%(insVal['Azimuth'])
1294                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1295                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'   Ka1/Ka2: '),0,WACV)
1296                    txt = u%8.6f/%8.6f\xc5'%(insVal['Lam1'],insVal['Lam2'])
1297                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1298                    waveSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1299                    waveSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  Source type: '),0,WACV)
1300                    # PATCH?: for now at least, Source is not saved anywhere before here
1301                    if 'Source' not in data: data['Source'] = ['CuKa','?']
1302                    choice = ['TiKa','CrKa','FeKa','CoKa','CuKa','MoKa','AgKa']
1303                    lamPick = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Source'][1],choices=choice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1304                    lamPick.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnLamPick)
1305                    waveSizer.Add(lamPick,0)
1306                    subSizer.Add(waveSizer,0)
1307                    mainSizer.Add(subSizer)
1308                    instSizer.Add(wx.StaticText(
1309                        G2frame.dataDisplay,-1,
1310                        lblWdef('I(L2)/I(L1)',4,insDef['I(L2)/I(L1)'])),
1311                        0,WACV)
1312                    key = 'I(L2)/I(L1)'
1313                    labelLst.append(key)
1314                    elemKeysLst.append([key,1])
1315                    dspLst.append([10,4])
1316                    refFlgElem.append([key,2])                   
1317                    ratVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,key,nDig=(10,4),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1318                    instSizer.Add(ratVal,0)
1319                    instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1320                    instSizer.Add((5,5),0)
1321                    instSizer.Add((5,5),0)
1322                    instSizer.Add((5,5),0)               
1323                else: # single wavelength
1324                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Azimuth: '),0,WACV)
1325                    txt = '%7.2f'%(insVal['Azimuth'])
1326                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1327                    instSizer.Add((5,5),0)
1328                    key = 'Lam'
1329                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef[key])),
1330                        0,WACV)
1331                    waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,key,nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1332                    labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1333                    elemKeysLst.append([key,1])
1334                    dspLst.append([10,6])
1335                    instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1336                    refFlgElem.append([key,2])                   
1337                    instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1338#                    if ifHisto:
1339#                        refFlgElem.append([key,2])                   
1340#                        instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1341#                    else:
1342#                        refFlgElem.append(None)                   
1343#                        instSizer.Add((5,5),0)
1344                for item in ['Zero','Polariz.']:
1345                    if item in insDef:
1346                        labelLst.append(item)
1347                        elemKeysLst.append([item,1])
1348                        dspLst.append([10,4])
1349                        instSizer.Add(
1350                            wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,4,insDef[item])),
1351                            0,WACV)
1352                        itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=(10,4),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1353                        instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1354                        refFlgElem.append([item,2])
1355                        instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1356#                        if ifHisto:
1357#                            refFlgElem.append([item,2])
1358#                            instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1359#                        else:
1360#                            refFlgElem.append(None)                   
1361#                            instSizer.Add((5,5),0)
1362                    else:                           #skip Polariz. for neutrons
1363                        instSizer.Add((5,5),0)
1364                        instSizer.Add((5,5),0)
1365                        instSizer.Add((5,5),0)
1366                for item in ['U','V','W','','X','Y','SH/L']:
1367                    if item == '':
1368                        instSizer.Add((5,5),0)
1369                        instSizer.Add((5,5),0)
1370                        instSizer.Add((5,5),0)
1371                        continue
1372                    nDig = (10,3)
1373                    if item == 'SH/L':
1374                        nDig = (10,5)
1375                    labelLst.append(item)
1376                    elemKeysLst.append([item,1])
1377                    dspLst.append(nDig)
1378                    refFlgElem.append([item,2])
1379                    instSizer.Add(
1380                        wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,nDig[1],insDef[item])),
1381                        0,WACV)
1382                    itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1383                    instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1384                    instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1385            else:                                   #time of flight (neutrons)
1386                subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1387                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Fligth path: '),0,WACV)
1388                txt = '%8.3f'%(insVal['fltPath'])
1389                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1390                labelLst.append('flight path')
1391                elemKeysLst.append(['fltpath',1])
1392                dspLst.append([10,2])
1393                refFlgElem.append(None)                   
1394                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  2-theta: '),0,WACV)
1395                txt = '%7.2f'%(insVal['2-theta'])
1396                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1397                labelLst.append('2-theta')
1398                elemKeysLst.append(['2-theta',1])
1399                dspLst.append([10,2])
1400                refFlgElem.append(None)                   
1401                if 'Pdabc' in Inst2:
1402                    Items = ['sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','X','Y']
1403                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  difC: '),0,WACV)
1404                    txt = '%8.2f'%(insVal['difC'])
1405                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1406                    labelLst.append('difC')
1407                    elemKeysLst.append(['difC',1])
1408                    dspLst.append([10,2])
1409                    refFlgElem.append(None)
1410                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  alpha, beta: fixed by table'),0,WACV)
1411                else:
1412                    Items = ['difC','difA','difB','Zero','alpha','beta-0','beta-1','beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','X','Y']
1413                mainSizer.Add((5,5),0)
1414                mainSizer.Add(subSizer)
1415                mainSizer.Add((5,5),0)
1416                for item in Items:
1417                    if item == '':
1418                        instSizer.Add((5,5),0)
1419                        instSizer.Add((5,5),0)
1420                        instSizer.Add((5,5),0)
1421                        continue
1422                    nDig = (10,3)
1423                    fmt = '%10.3f'
1424                    if 'beta' in item:
1425                        fmt = '%12.4g'
1426                        nDig = (12,4)
1427                    Fmt = ' %s: ('+fmt+')'
1428                    instSizer.Add(
1429                            wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,nDig[1],insDef[item])),
1430                            0,WACV)
1431                    itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1432                    instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1433                    labelLst.append(item)
1434                    elemKeysLst.append([item,1])
1435                    dspLst.append(nDig)
1436                    refFlgElem.append([item,2])
1437                    instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1438        elif 'S' in insVal['Type']:                       #single crystal data
1439            if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1440                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef['Lam'])),
1441                    0,WACV)
1442                waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,'Lam',nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1443                instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1444                labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1445                elemKeysLst.append(['Lam',1])
1446                dspLst.append([10,6])
1447                refFlgElem.append(None)
1448            else:                                   #time of flight (neutrons)
1449                pass                                #for now
1450        elif 'L' in insVal['Type']:
1451            if 'C' in insVal['Type']:       
1452                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef['Lam'])),
1453                    0,WACV)
1454                waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,'Lam',nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1455                instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1456                labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1457                elemKeysLst.append(['Lam',1])
1458                dspLst.append([10,6])
1459                refFlgElem.append(None)
1460                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  Azimuth: %7.2f'%(insVal['Azimuth'])),0,WACV)
1461                labelLst.append('Azimuth angle')
1462                elemKeysLst.append(['Azimuth',1])
1463                dspLst.append([10,2])
1464                refFlgElem.append(None)                   
1465            else:                                   #time of flight (neutrons)
1466                pass                                #for now
1467
1468        mainSizer.Add(instSizer,0)
1469        mainSizer.Layout()   
1470        G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
1471        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
1472        G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()  # this causes a frame repaint, even if the size does not change!
1473        # end of MakeParameterWindow
1474               
1475    # beginning of UpdateInstrumentGrid code   
1476    #patch: make sure all parameter items are lists
1477    patched = 0
1478    for key in data:
1479        if type(data[key]) is tuple:
1480            data[key] = list(data[key])
1481            patched += 1
1482    if patched: print patched,' instrument parameters changed from tuples'
1483    #end of patch
1484    labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem = [],[],[],[]
1485    instkeys = keycheck(data.keys())
1486    if 'P' in data['Type'][0]:          #powder data
1487        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1488        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1489        insRef = dict(zip(instkeys,[data[key][2] for key in instkeys]))
1490        if 'NC' in data['Type'][0]:
1491            del(insDef['Polariz.'])
1492            del(insVal['Polariz.'])
1493            del(insRef['Polariz.'])
1494    elif 'S' in data['Type'][0]:                               #single crystal data
1495        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1496        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1497        insRef = {}
1498    elif 'L' in data['Type'][0]:                               #low angle data
1499        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1500        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1501        insRef = {}
1502    ValObj = {}
1503    RefObj = {}
1504    waves = {'CuKa':[1.54051,1.54433],'TiKa':[2.74841,2.75207],'CrKa':[2.28962,2.29351],
1505        'FeKa':[1.93597,1.93991],'CoKa':[1.78892,1.79278],'MoKa':[0.70926,0.713543],
1506        'AgKa':[0.559363,0.563775]}
1507    Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
1508            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))[1]       
1509    try:
1510        histoName = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[-1]
1511        ifHisto = IsHistogramInAnyPhase(G2frame,histoName)
1512    except TypeError:       #PKS data never used in a phase as data
1513        ifhisto = False
1514    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame)
1515    #patch
1516    if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data
1517        if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1518            if 'Azimuth' not in insVal:
1519                insVal['Azimuth'] = 0.0
1520                insDef['Azimuth'] = 0.0
1521                insRef['Azimuth'] = False
1522#        if 'T' in insVal['Type']:
1523#            if 'difB' not in insVal:
1524#                insVal['difB'] = 0.0
1525#                insDef['difB'] = 0.0
1526#                insRef['difB'] = False
1527    #end of patch
1528    if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data menu commands
1529        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.InstMenu)
1530        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1531            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()           
1532        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnCalibrate,id=G2gd.wxID_INSTCALIB)
1533        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnLoad,id=G2gd.wxID_INSTLOAD)
1534        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnSave,id=G2gd.wxID_INSTSAVE)
1535        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnReset,id=G2gd.wxID_INSTPRMRESET)
1536        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstCopy,id=G2gd.wxID_INSTCOPY)
1537        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstFlagCopy,id=G2gd.wxID_INSTFLAGCOPY)
1538        #G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnWaveChange,id=G2gd.wxID_CHANGEWAVETYPE)       
1539        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnCopy1Val,id=G2gd.wxID_INST1VAL)
1540    elif 'L' in insVal['Type']:                   #SASD data menu commands
1541        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.InstMenu)
1542        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1543            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()           
1544        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstCopy,id=G2gd.wxID_INSTCOPY)
1545    MakeParameterWindow()
1546       
1547   
1548################################################################################
1549#####  Sample parameters
1550################################################################################           
1551       
1552def UpdateSampleGrid(G2frame,data):
1553    '''respond to selection of PWDR/SASD Sample Parameters
1554    data tree item.
1555    '''
1556
1557    def OnSampleSave(event):
1558        '''Respond to the Sample Parameters Operations/Save menu
1559        item: writes current parameters to a .samprm file
1560        '''
1561        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II sample parameters file', '.', '', 
1562            'sample parameter files (*.samprm)|*.samprm',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1563        try:
1564            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1565                filename = dlg.GetPath()
1566                # make sure extension is .samprm
1567                filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.samprm'
1568                File = open(filename,'w')
1569                File.write("#GSAS-II sample parameter file\n")
1570                File.write("'Type':'"+str(data['Type'])+"'\n")
1571                File.write("'Gonio. radius':"+str(data['Gonio. radius'])+"\n")
1572                if data.get('InstrName'):
1573                    File.write("'InstrName':'"+str(data['InstrName'])+"'\n")
1574                File.close()
1575        finally:
1576            dlg.Destroy()
1577           
1578    def OnSampleLoad(event):
1579        '''Loads sample parameters from a G2 .samprm file
1580        in response to the Sample Parameters-Operations/Load menu
1581       
1582        Note that similar code is found in ReadPowderInstprm (GSASII.py)
1583        '''
1584        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II sample parameters file', '.', '', 
1585            'sample parameter files (*.samprm)|*.samprm',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1586        try:
1587            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1588                filename = dlg.GetPath()
1589                File = open(filename,'r')
1590                S = File.readline()
1591                newItems = {}
1592                while S:
1593                    if S[0] == '#':
1594                        S = File.readline()
1595                        continue
1596                    [item,val] = S[:-1].split(':')
1597                    newItems[item.strip("'")] = eval(val)
1598                    S = File.readline()               
1599                File.close()
1600                data.update(newItems)
1601                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Sample Parameters'),data)
1602                UpdateSampleGrid(G2frame,data)
1603        finally:
1604            dlg.Destroy()
1605           
1606    def OnAllSampleLoad(event):
1607        filename = ''
1608        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose multihistogram metadata text file', '.', '', 
1609            'metadata file (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1610        try:
1611            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1612                filename = dlg.GetPath()
1613                File = open(filename,'r')
1614                S = File.readline()
1615                newItems = []
1616                itemNames = []
1617                Comments = []
1618                while S:
1619                    if S[0] == '#':
1620                        Comments.append(S)
1621                        S = File.readline()
1622                        continue
1623                    S = S.replace(',',' ').replace('\t',' ')
1624                    Stuff = S[:-1].split()
1625                    itemNames.append(Stuff[0])
1626                    newItems.append(Stuff[1:])
1627                    S = File.readline()               
1628                File.close()
1629        finally:
1630            dlg.Destroy()
1631        if not filename:
1632            G2frame.ErrorDialog('Nothing to do','No file selected')
1633            return
1634        dataDict = dict(zip(itemNames,newItems))
1635        ifany = False
1636        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
1637        Names = [' ','Phi','Chi','Omega','Time','Temperature','Pressure']
1638        freeNames = {}
1639        for name in ['FreePrm1','FreePrm2','FreePrm3']:
1640            freeNames[Controls[name]] = name
1641            Names.append(Controls[name])
1642        dlg = G2gd.G2ColumnIDDialog( G2frame,' Choose multihistogram metadata columns:',
1643            'Select columns',Comments,Names,np.array(newItems).T)
1644        try:
1645            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1646                colNames,newData = dlg.GetSelection()
1647                dataDict = dict(zip(itemNames,newData.T))
1648                for item in colNames:
1649                    if item != ' ':
1650                        ifany = True
1651        finally:
1652            dlg.Destroy()
1653        if not ifany:
1654            G2frame.ErrorDialog('Nothing to do','No columns identified')
1655            return
1656        histList = [G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId),]
1657        histList += GetHistsLikeSelected(G2frame)
1658        colIds = {}
1659        for i,name in enumerate(colNames):
1660            if name != ' ':
1661                colIds[name] = i
1662        for hist in histList:
1663            name = hist.split()[1]  #this is file name
1664            newItems = {}
1665            for item in colIds:
1666                key = freeNames.get(item,item)
1667                newItems[key] = float(dataDict[name][colIds[item]])
1668            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,hist)
1669            sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1670            sampleData.update(newItems)       
1671        UpdateSampleGrid(G2frame,data)       
1672   
1673    def OnSetScale(event):
1674        histList = []
1675        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)
1676        while item:
1677            name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
1678            if 'SASD' in name and name != histName:
1679                histList.append(name)
1680            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
1681        if not len(histList):      #nothing to copy to!
1682            return
1683        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select reference histogram for scaling',
1684            'Reference histogram',histList)
1685        try:
1686            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1687                sel = dlg.GetSelection()
1688                refHist = histList[sel]
1689        finally:
1690            dlg.Destroy()
1691        Limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Limits'))
1692        Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[1]
1693        Data = [Profile,Limits,data]
1694        refId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,refHist)
1695        refSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,refId, 'Sample Parameters'))
1696        refLimits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,refId, 'Limits'))
1697        refProfile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(refId)[1]
1698        refData = [refProfile,refLimits,refSample]
1699        G2sasd.SetScale(Data,refData)
1700        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=True)
1701        UpdateSampleGrid(G2frame,data)       
1702       
1703    def OnSampleCopy(event):
1704        histType,copyNames = SetCopyNames(histName,data['Type'],
1705            addNames = ['Omega','Chi','Phi','Gonio. radius','InstrName'])
1706        copyDict = {}
1707        for parm in copyNames:
1708            copyDict[parm] = data[parm]
1709        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1710        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1711        if not histList:
1712            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1713            return
1714        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1715            G2frame.dataFrame,
1716            'Copy sample params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1717            'Copy sample parameters', histList)
1718        try:
1719            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1720                result = dlg.GetSelections()
1721                for i in result: 
1722                    item = histList[i]
1723                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1724                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1725                    sampleData.update(copy.deepcopy(copyDict))
1726        finally:
1727            dlg.Destroy()
1728
1729    def OnSampleCopySelected(event):
1730        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1731        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1732            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
1733        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1734        if not histList:
1735            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1736            return
1737        # Assemble a list of item labels
1738        TextTable = {key:label for key,label,dig in
1739                     SetupSampleLabels(hst,data.get('Type'),Inst['Type'][0])
1740                     }
1741        # get flexible labels
1742        TextTable.update({
1743            key:Controls[key] for key in Controls if key.startswith('FreePrm')
1744            })
1745        # add a few extra
1746        TextTable.update({
1747            'Type':'Diffractometer type',
1748            'InstrName':'Instrument Name',
1749            })
1750        # Assemble a list of dict entries that would be labeled in the Sample
1751        # params data window (drop ranId and items not used).
1752        keyList = [i for i in data.keys() if i in TextTable]
1753        keyText = [TextTable[i] for i in keyList]
1754        # sort both lists together, ordered by keyText
1755        keyText, keyList = zip(*sorted(zip(keyText,keyList))) # sort lists
1756        selectedKeys = []
1757        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1758            G2frame.dataFrame,
1759            'Select which sample parameters\nto copy',
1760            'Select sample parameters', keyText)
1761        try:
1762            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1763                selectedKeys = [keyList[i] for i in dlg.GetSelections()]
1764        finally:
1765            dlg.Destroy()
1766        if not selectedKeys: return # nothing to copy
1767        copyDict = {}
1768        for parm in selectedKeys:
1769            copyDict[parm] = data[parm]
1770        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1771            G2frame.dataFrame,
1772            'Copy sample params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1773            'Copy sample parameters', histList)
1774        try:
1775            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1776                result = dlg.GetSelections()
1777                for i in result: 
1778                    item = histList[i]
1779                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1780                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1781                    sampleData.update(copy.deepcopy(copyDict))
1782        finally:
1783            dlg.Destroy()           
1784        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=False)
1785
1786    def OnSampleFlagCopy(event):
1787        histType,copyNames = SetCopyNames(histName,data['Type'])
1788        flagDict = {}
1789        for parm in copyNames:
1790            flagDict[parm] = data[parm][1]
1791        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1792        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1793        if not histList:
1794            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1795            return
1796        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1797            G2frame.dataFrame, 
1798            'Copy sample ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1799            'Copy sample flags', histList)
1800        try:
1801            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1802                result = dlg.GetSelections()
1803                for i in result: 
1804                    item = histList[i]
1805                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1806                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1807                    for name in copyNames:
1808                        sampleData[name][1] = copy.copy(flagDict[name])
1809        finally:
1810            dlg.Destroy()
1811
1812    def OnHistoChange():
1813        '''Called when the histogram type is changed to refresh the window
1814        '''
1815        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1816       
1817    def SetNameVal():
1818        inst = instNameVal.GetValue()
1819        data['InstrName'] = inst.strip()
1820
1821    def OnNameVal(event):
1822        event.Skip()
1823        wx.CallAfter(SetNameVal)
1824       
1825    def AfterChange(invalid,value,tc):
1826        if invalid:
1827            return
1828        if tc.key == 0 and 'SASD' in histName:          #a kluge for Scale!
1829            G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=True)
1830        elif tc.key == 'Thick':
1831            wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)           
1832           
1833    def OnMaterial(event):
1834        Obj = event.GetEventObject()
1835        id,key = Info[Obj.GetId()]
1836        if key == 'Name':
1837            data['Materials'][id][key] = Obj.GetValue()
1838        elif key == 'VolFrac':
1839            try:
1840                value = min(max(0.,float(Obj.GetValue())),1.)
1841            except ValueError:
1842                value = data['Materials'][id][key]
1843            data['Materials'][id][key] = value
1844            data['Materials'][not id][key] = 1.-value
1845        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1846
1847    def OnCopy1Val(event):
1848        'Select one value to copy to many histograms and optionally allow values to be edited in a table'
1849        G2gd.SelectEdit1Var(G2frame,data,labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem)
1850        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1851       
1852    ######## DEBUG #######################################################
1853    #import GSASIIpwdGUI
1854    #reload(GSASIIpwdGUI)
1855    #reload(G2gd)
1856    ######################################################################
1857    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(
1858            G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
1859    histName = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1860    if G2frame.dataDisplay:
1861        G2frame.dataFrame.Clear()
1862    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SampleMenu)
1863    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sample Parameters')
1864    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSetScale, id=G2gd.wxID_SETSCALE)
1865    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleCopy, id=G2gd.wxID_SAMPLECOPY)
1866    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleCopySelected, id=G2gd.wxID_SAMPLECOPYSOME)
1867    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleFlagCopy, id=G2gd.wxID_SAMPLEFLAGCOPY)
1868    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleSave, id=G2gd.wxID_SAMPLESAVE)
1869    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleLoad, id=G2gd.wxID_SAMPLELOAD)
1870    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopy1Val, id=G2gd.wxID_SAMPLE1VAL)
1871    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAllSampleLoad, id=G2gd.wxID_ALLSAMPLELOAD)
1872    if 'SASD' in histName:
1873        G2frame.dataFrame.SetScale.Enable(True)
1874    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1875        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
1876    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
1877    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1878        G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
1879#patch
1880    if 'ranId' not in data:
1881        data['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
1882    if not 'Gonio. radius' in data:
1883        data['Gonio. radius'] = 200.0
1884    if not 'Omega' in data:
1885        data.update({'Omega':0.0,'Chi':0.0,'Phi':0.0})
1886    if type(data['Temperature']) is int:
1887        data['Temperature'] = float(data['Temperature'])
1888    if 'Time' not in data:
1889        data['Time'] = 0.0
1890    if 'FreePrm1' not in Controls:
1891        Controls['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
1892    if 'FreePrm2' not in Controls:
1893        Controls['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
1894    if 'FreePrm3' not in Controls:
1895        Controls['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
1896    if 'FreePrm1' not in data:
1897        data['FreePrm1'] = 0.
1898    if 'FreePrm2' not in data:
1899        data['FreePrm2'] = 0.
1900    if 'FreePrm3' not in data:
1901        data['FreePrm3'] = 0.
1902    if 'SurfRoughA' not in data and 'PWDR' in histName:
1903        data['SurfRoughA'] = [0.,False]
1904        data['SurfRoughB'] = [0.,False]
1905    if 'Trans' not in data and 'SASD' in histName:
1906        data['Trans'] = 1.0
1907    if 'SlitLen' not in data and 'SASD' in histName:
1908        data['SlitLen'] = 0.0
1909    if 'Shift' not in data:
1910        data['Shift'] = [0.0,False]
1911    if 'Transparency' not in data:
1912        data['Transparency'] = [0.0,False]
1913    data['InstrName'] = data.get('InstrName','')
1914#patch end
1915    labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem = [],[],[],[]
1916    parms = SetupSampleLabels(histName,data.get('Type'),Inst['Type'][0])
1917    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1918    topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1919    topSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1920    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Sample and Experimental Parameters'))
1921    topSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1922    mainSizer.Add(topSizer,0,wx.EXPAND,1)
1923    nameSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1924    nameSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,' Instrument Name'),
1925                0,WACV)
1926    nameSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1927    instNameVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,data['InstrName'],
1928                              size=(200,-1),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)       
1929    nameSizer.Add(instNameVal)
1930    instNameVal.Bind(wx.EVT_CHAR,OnNameVal)
1931    mainSizer.Add(nameSizer,0,wx.EXPAND,1)
1932    mainSizer.Add((5,5),0)
1933    labelLst.append('Instrument Name')
1934    elemKeysLst.append(['InstrName'])
1935    dspLst.append(None)
1936    refFlgElem.append(None)
1937
1938    if 'PWDR' in histName:
1939        nameSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1940        nameSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,' Diffractometer type: '),
1941                    0,WACV)
1942        if 'T' in Inst['Type'][0]:
1943            choices = ['Debye-Scherrer',]
1944        else:
1945            choices = ['Debye-Scherrer','Bragg-Brentano',]
1946        histoType = G2gd.G2ChoiceButton(G2frame.dataDisplay,choices,
1947                    strLoc=data,strKey='Type',
1948                    onChoice=OnHistoChange)
1949        nameSizer.Add(histoType)
1950        mainSizer.Add(nameSizer,0,wx.EXPAND,1)
1951        mainSizer.Add((5,5),0)
1952
1953    parmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,0)
1954    for key,lbl,nDig in parms:
1955        labelLst.append(lbl.strip().strip(':').strip())
1956        dspLst.append(nDig)
1957        if 'list' in str(type(data[key])):
1958            parmRef = G2gd.G2CheckBox(G2frame.dataDisplay,' '+lbl,data[key],1)
1959            parmSizer.Add(parmRef,0,WACV|wx.EXPAND)
1960            parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data[key],0,
1961                nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1962            elemKeysLst.append([key,0])
1963            refFlgElem.append([key,1])
1964        else:
1965            parmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' '+lbl),
1966                0,WACV|wx.EXPAND)
1967            parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data,key,
1968                typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1969            elemKeysLst.append([key])
1970            refFlgElem.append(None)
1971        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1972    Info = {}
1973       
1974    for key in ('FreePrm1','FreePrm2','FreePrm3'):
1975        parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,Controls,key,typeHint=str,
1976                                        notBlank=False)
1977        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1978        parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data,key,typeHint=float)
1979        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1980        labelLst.append(Controls[key])
1981        dspLst.append(None)
1982        elemKeysLst.append([key])
1983        refFlgElem.append(None)
1984       
1985    mainSizer.Add(parmSizer,1,wx.EXPAND)
1986    mainSizer.Add((0,5),0)   
1987    if 'SASD' in histName:
1988        rho = [0.,0.]
1989        anomrho = [0.,0.]
1990        mu = 0.
1991        subSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
1992        Substances = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1993            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Substances'))
1994        for id,item in enumerate(data['Materials']):
1995            subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Material: '),0,WACV)
1996            matsel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=item['Name'],choices=Substances['Substances'].keys(),
1997                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1998            Info[matsel.GetId()] = [id,'Name']
1999            matsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaterial)       
2000            subSizer.Add(matsel,0,WACV)
2001            subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Volume fraction: '),0,WACV)
2002            volfrac = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=str('%.3f'%(item['VolFrac'])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2003            Info[volfrac.GetId()] = [id,'VolFrac']
2004            volfrac.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMaterial)
2005            volfrac.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMaterial)
2006            subSizer.Add(volfrac,0,WACV)
2007            material = Substances['Substances'][item['Name']]
2008            mu += item['VolFrac']*material.get('XAbsorption',0.)
2009            rho[id] = material['Scatt density']
2010            anomrho[id] = material.get('XAnom density',0.)
2011        data['Contrast'] = [(rho[1]-rho[0])**2,(anomrho[1]-anomrho[0])**2]
2012        mainSizer.Add(subSizer,0)
2013        conSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2014        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Contrast: %10.2f '%(data['Contrast'][0])),0,WACV)
2015        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Anom. Contrast: %10.2f '%(data['Contrast'][1])),0,WACV)
2016        mut =  mu*data['Thick']
2017        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Transmission (calc): %10.3f  '%(np.exp(-mut))),0,WACV)
2018        mainSizer.Add(conSizer,0)
2019   
2020    mainSizer.Layout()   
2021    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2022    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
2023    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
2024    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)
2025               
2026################################################################################
2027#####  Indexing Peaks
2028################################################################################           
2029       
2030def UpdateIndexPeaksGrid(G2frame, data):
2031    '''respond to selection of PWDR Index Peak List data
2032    tree item.
2033    '''
2034    bravaisSymb = ['Fm3m','Im3m','Pm3m','R3-H','P6/mmm','I4/mmm',
2035        'P4/mmm','Fmmm','Immm','Cmmm','Pmmm','C2/m','P2/m','P1']
2036    IndexId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List')
2037    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2038
2039    def RefreshIndexPeaksGrid(event):
2040        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
2041        peaks = G2frame.IndexPeaksTable.GetData()
2042        if c == 2:
2043            if peaks[r][c]:
2044                peaks[r][c] = False
2045            else:
2046                peaks[r][c] = True
2047            G2frame.IndexPeaksTable.SetData(peaks)
2048            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,[peaks,data[1]])
2049            G2frame.dataDisplay.ForceRefresh()
2050            if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2051                G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2052            else:
2053                G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
2054           
2055    def OnReload(event):
2056        peaks = []
2057        sigs = []
2058        Peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'))
2059        for ip,peak in enumerate(Peaks['peaks']):
2060            dsp = G2lat.Pos2dsp(Inst,peak[0])
2061            peaks.append([peak[0],peak[2],True,False,0,0,0,dsp,0.0])    #SS?
2062            try:
2063                sig = Peaks['sigDict']['pos'+str(ip)]
2064            except KeyError:
2065                sig = 0.
2066            sigs.append(sig)
2067        data = [peaks,sigs]
2068        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,data)
2069        UpdateIndexPeaksGrid(G2frame,data)
2070       
2071    def KeyEditPickGrid(event):
2072        colList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
2073        rowList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2074        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(IndexId)
2075        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
2076            event.Skip(True)
2077        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
2078            event.Skip(True)
2079        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
2080            event.Skip(True)
2081        elif colList:
2082            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
2083            key = event.GetKeyCode()
2084            for col in colList:
2085                if G2frame.IndexPeaksTable.GetColLabelValue(col) in ['use',]:
2086                    if key == 89: #'Y'
2087                        for row in range(G2frame.IndexPeaksTable.GetNumberRows()): data[0][row][col]=True
2088                    elif key == 78:  #'N'
2089                        for row in range(G2frame.IndexPeaksTable.GetNumberRows()): data[0][row][col]=False
2090           
2091    if G2frame.dataDisplay:
2092        G2frame.dataFrame.Clear()
2093    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2094        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2095    if 'PWD' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2096        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.IndPeaksMenu)
2097        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReload, id=G2gd.wxID_INDXRELOAD)
2098    G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(False)
2099    G2frame.IndexPeaksTable = []
2100    if len(data[0]):
2101        G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2102        Unit = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Unit Cells List'))
2103        if Unit:
2104            if len(Unit) == 4:  #patch
2105                Unit.append({})
2106            controls,bravais,cellist,dmin,ssopt = Unit
2107            G2frame.HKL = []
2108            if ssopt.get('Use',False):
2109                cell = controls[6:12]
2110                A = G2lat.cell2A(cell)
2111                ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2112                spc = controls[13]
2113                SGData = G2spc.SpcGroup(spc)[1]
2114                SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])[1]
2115                Vec = ssopt['ModVec']
2116                maxH = ssopt['maxH']
2117                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,Vec,maxH,A)
2118                data[0] = G2indx.IndexSSPeaks(data[0],G2frame.HKL)[1]
2119            else:        #select cell from table - no SS
2120                for i,cell in enumerate(cellist):
2121                    if cell[-2]:
2122                        ibrav = cell[2]
2123                        A = G2lat.cell2A(cell[3:9])
2124                        G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,A)
2125                        for hkl in G2frame.HKL:
2126                            hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3]))
2127                        data[0] = G2indx.IndexPeaks(data[0],G2frame.HKL)[1]
2128                        break
2129    rowLabels = []
2130    for i in range(len(data[0])): rowLabels.append(str(i+1))
2131    colLabels = ['position','intensity','use','indexed','h','k','l','d-obs','d-calc']
2132    Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',]+2*[wg.GRID_VALUE_BOOL,]+ \
2133        3*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
2134    if len(data[0]) and len(data[0][0]) > 9:
2135        colLabels = ['position','intensity','use','indexed','h','k','l','m','d-obs','d-calc']
2136        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',]+2*[wg.GRID_VALUE_BOOL,]+ \
2137            4*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
2138    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,data)
2139    G2frame.IndexPeaksTable = G2gd.Table(data[0],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2140    G2frame.dataFrame.SetLabel('Index Peak List')
2141    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)               
2142    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.IndexPeaksTable, True)
2143    XY = []
2144    Sigs = []
2145    for r in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberRows()):
2146        for c in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberCols()):
2147            if c == 2:
2148                G2frame.dataDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=False)
2149            else:
2150                G2frame.dataDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=True)
2151        if data[0][r][2] and data[0][r][3]:
2152            XY.append([data[0][r][-1],data[0][r][0]])
2153            try:
2154                sig = data[1][r]
2155            except IndexError:
2156                sig = 0.
2157            Sigs.append(sig)
2158    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_LEFT_CLICK, RefreshIndexPeaksGrid)
2159    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPickGrid)                 
2160    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
2161    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
2162    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([490,300])
2163    if len(XY):
2164        XY = np.array(XY)
2165        G2plt.PlotCalib(G2frame,Inst,XY,Sigs,newPlot=True)
2166    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
2167     
2168################################################################################
2169#####  Unit cells
2170################################################################################           
2171       
2172def UpdateUnitCellsGrid(G2frame, data):
2173    '''respond to selection of PWDR Unit Cells data tree item.
2174    '''
2175    UnitCellsId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Unit Cells List')
2176    SPGlist = G2spc.spglist
2177    bravaisSymb = ['Fm3m','Im3m','Pm3m','R3-H','P6/mmm','I4/mmm',
2178        'P4/mmm','Fmmm','Immm','Cmmm','Pmmm','C2/m','P2/m','P1']
2179    spaceGroups = ['F m 3 m','I m 3 m','P m 3 m','R 3 m','P 6/m m m','I 4/m m m',
2180        'P 4/m m m','F m m m','I m m m','C m m m','P m m m','C 2/m','P 2/m','P -1']
2181    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2182    if 'C' in Inst['Type'][0]:
2183        wave = G2mth.getWave(Inst)
2184    else:
2185        difC = Inst['difC'][1]
2186   
2187    def SetLattice(controls):
2188        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2189        if ibrav in [0,1,2]:
2190            controls[7] = controls[8] = controls[6]
2191            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2192        elif ibrav in [3,4,5,6]:
2193            controls[7] = controls[6]
2194            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2195            if ibrav in [3,4]:
2196                controls[11] = 120.
2197        elif ibrav in [7,8,9,10]:
2198            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2199        elif ibrav in [11,12]:
2200            controls[9] = controls[11] = 90.  # b unique
2201        if len(controls) < 13: controls.append(0)
2202        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2203        return ibrav
2204       
2205    def OnNcNo(event):
2206        controls[2] = NcNo.GetValue()
2207       
2208    def OnIfX20(event):
2209        G2frame.ifX20 = x20.GetValue()
2210       
2211    def OnStartVol(event):
2212        try:
2213            stVol = int(float(startVol.GetValue()))
2214            if stVol < 25:
2215                raise ValueError
2216        except ValueError:
2217            stVol = 25
2218        controls[3] = stVol
2219        startVol.SetValue("%d"%(stVol))
2220       
2221    def OnBravais(event):
2222        Obj = event.GetEventObject()
2223        bravais[bravList.index(Obj.GetId())] = Obj.GetValue()
2224       
2225    def OnZero(event):
2226        try:
2227            Zero = min(5.0,max(-5.0,float(zero.GetValue())))
2228        except ValueError:
2229            Zero = 0.0
2230        controls[1] = Zero
2231        zero.SetValue("%.4f"%(Zero))
2232       
2233    def OnZeroVar(event):
2234        controls[0] = zeroVar.GetValue()
2235       
2236    def OnSSopt(event):
2237        if controls[5] in ['Fm3m','Im3m','Pm3m']:
2238            SSopt.SetValue(False)
2239            G2frame.ErrorDialog('Cubic lattice', 'Superlattice not allowed for a cubic lattice')
2240            return
2241        ssopt['Use'] = SSopt.GetValue()
2242        if 'ssSymb' not in ssopt:
2243            ssopt.update({'ssSymb':'(abg)','ModVec':[0.1,0.1,0.1],'maxH':1})
2244        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2245       
2246    def OnSelMG(event):
2247        ssopt['ssSymb'] = selMG.GetValue()
2248        Vec = ssopt['ModVec']
2249        modS = G2spc.splitSSsym(ssopt['ssSymb'])[0]
2250        ssopt['ModVec'] = G2spc.SSGModCheck(Vec,modS)[0]
2251        print ' Selecting: ',controls[13],ssopt['ssSymb'], 'maxH:',ssopt['maxH']
2252        OnHklShow(event)
2253        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2254       
2255    def OnModVal(event):
2256        Obj = event.GetEventObject()
2257        ObjId = Obj.GetId()
2258        Id = Indx[ObjId]
2259        try:
2260            value = min(1.0,max(0.,float(Obj.GetValue())))
2261        except ValueError:
2262            value = ssopt['ModVec'][Id]
2263        Obj.SetValue('%.4f'%(value))
2264        ssopt['ModVec'][Id] = value
2265        OnHklShow(event)
2266       
2267    def OnMoveMod(event):
2268        Obj = event.GetEventObject()
2269        ObjId = Obj.GetId()
2270        Id,valObj = Indx[ObjId]
2271        move = Obj.GetValue()*0.0005
2272        Obj.SetValue(0)
2273        value = min(1.0,max(.0,float(valObj.GetValue())+move))
2274        valObj.SetValue('%.4f'%(value)) 
2275        ssopt['ModVec'][Id] = value
2276        OnHklShow(event)
2277       
2278    def OnMaxMH(event):
2279        ssopt['maxH'] = int(maxMH.GetValue())
2280        print ' Selecting: ',controls[13],ssopt['ssSymb'], 'maxH:',ssopt['maxH']
2281        OnHklShow(event)
2282       
2283    def OnFindMV(event):
2284        Peaks = np.copy(peaks[0])
2285        print ' Trying: ',controls[13],ssopt['ssSymb'], 'maxH:',ssopt['maxH']
2286        dlg = wx.ProgressDialog('Elapsed time','Modulation vector search',
2287            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
2288        try:
2289            ssopt['ModVec'] = G2indx.findMV(Peaks,controls,ssopt,Inst,dlg)
2290        finally:
2291            dlg.Destroy()
2292        OnHklShow(event)
2293        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2294       
2295    def OnBravSel(event):
2296        brav = bravSel.GetString(bravSel.GetSelection())
2297        controls[5] = brav
2298        controls[13] = SPGlist[brav][0]       
2299        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2300       
2301    def OnSpcSel(event):
2302        controls[13] = spcSel.GetString(spcSel.GetSelection())
2303       
2304    def SetCellValue(Obj,ObjId,value):
2305        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2306        if ibrav in [0,1,2]:
2307            controls[6] = controls[7] = controls[8] = value
2308            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2309            Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6]))
2310        elif ibrav in [3,4,5,6]:
2311            if ObjId == 0:
2312                controls[6] = controls[7] = value
2313                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6]))
2314            else:
2315                controls[8] = value
2316                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[8]))
2317            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2318            if ibrav in [3,4]:
2319                controls[11] = 120.
2320        elif ibrav in [7,8,9,10]:
2321            controls[6+ObjId] = value
2322            Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2323            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2324        elif ibrav in [11,12]:
2325            controls[9] = controls[11] = 90.0
2326            if ObjId != 3:
2327                controls[6+ObjId] = value
2328                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2329            else:
2330                controls[10] = value
2331                Obj.SetValue("%.3f"%(controls[10]))
2332        else:
2333            controls[6+ObjId] = value
2334            if ObjId < 3:
2335                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2336            else:
2337                Obj.SetValue("%.3f"%(controls[6+ObjId]))
2338        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2339        volVal.SetValue("%.3f"%(controls[12]))
2340       
2341    def OnMoveCell(event):
2342        Obj = event.GetEventObject()
2343        ObjId = cellList.index(Obj.GetId())
2344        valObj = valDict[Obj.GetId()]
2345        if ObjId/2 < 3:
2346            move = Obj.GetValue()*0.01
2347        else:
2348            move = Obj.GetValue()*0.1
2349        Obj.SetValue(0)
2350        value = float(valObj.GetValue())+move 
2351        SetCellValue(valObj,ObjId/2,value)
2352        OnHklShow(event)
2353       
2354    def OnCellChange(event):
2355        Obj = event.GetEventObject()
2356        ObjId = cellList.index(Obj.GetId())
2357        try:
2358            value = max(1.0,float(Obj.GetValue()))
2359        except ValueError:
2360            if ObjId/2 < 3:               #bad cell edge - reset
2361                value = controls[6+ObjId/2]
2362            else:                       #bad angle
2363                value = 90.
2364        SetCellValue(Obj,ObjId/2,value)
2365       
2366    def OnHklShow(event):
2367        PatternId = G2frame.PatternId
2368        PickId = G2frame.PickId   
2369        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'))
2370        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
2371        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2372        cell = controls[6:12]
2373        A = G2lat.cell2A(cell)
2374        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2375        spc = controls[13]
2376        SGData = G2spc.SpcGroup(spc)[1]
2377        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2378            dmin = G2lat.Pos2dsp(Inst,limits[1])
2379        else:   #TOF - use other limit!
2380            dmin = G2lat.Pos2dsp(Inst,limits[0])
2381        if ssopt.get('Use',False):
2382            SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])[1]
2383            Vec = ssopt['ModVec']
2384            maxH = ssopt['maxH']
2385            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,Vec,maxH,A)
2386            peaks = [G2indx.IndexSSPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #keep esds from peak fit
2387            M20,X20 = G2indx.calc_M20SS(peaks[0],G2frame.HKL)
2388        else:
2389            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2390            peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #keep esds from peak fit
2391            M20,X20 = G2indx.calc_M20(peaks[0],G2frame.HKL)
2392        print ' new M20,X20: %.2f %d'%(M20,X20)
2393        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'),peaks)
2394        if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2395            G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2396        else:
2397            G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2398           
2399    def OnSortCells(event):
2400        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2401        c =  event.GetCol()
2402        if colLabels[c] == 'M20':
2403            cells = G2indx.sortM20(cells)
2404        elif colLabels[c] in ['X20','Bravais','a','b','c','alpha','beta','gamma','Volume']:
2405            if c == 1:
2406                c += 1  #X20 before Use
2407            cells = G2indx.sortCells(cells,c-1)     #an extra column (Use) not in cells
2408        else:
2409            return
2410        data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2411        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)
2412        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2413       
2414    def CopyUnitCell(event):
2415        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2416        for Cell in cells:
2417            if Cell[-2]:
2418                break
2419        cell = Cell[2:9]
2420        controls[4] = 1
2421        controls[5] = bravaisSymb[cell[0]]
2422        controls[6:12] = cell[1:8]
2423        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2424        controls[13] = spaceGroups[bravaisSymb.index(controls[5])]
2425        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,[controls,bravais,cells,dmin,ssopt])
2426        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(True)
2427        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)       
2428               
2429    def RefineCell(event):
2430       
2431        def cellPrint(ibrav,A):
2432            cell = G2lat.A2cell(A)
2433            Vol = G2lat.calc_V(A)
2434            if ibrav in [0,1,2]:
2435                print " %s%10.6f" % ('a =',cell[0])
2436            elif ibrav in [3,4,5,6]:
2437                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],' c =',cell[2],' volume =',Vol)
2438            elif ibrav in [7,8,9,10]:
2439                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2],' volume =',Vol)
2440            elif ibrav in [11,12]:
2441                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f %s%8.3f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2],'beta =',cell[4],' volume =',Vol)
2442            else:
2443                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2])
2444                print " %s%8.3f %s%8.3f %s%8.3f %s%12.3f" % ('alpha =',cell[3],'beta =',cell[4],'gamma =',cell[5],' volume =',Vol)
2445               
2446        def vecPrint(Vec):
2447            print ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%('Modulation vector:',Vec[0],Vec[1],Vec[2])
2448             
2449        PatternId = G2frame.PatternId
2450        PickId = G2frame.PickId   
2451        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'))
2452        if not len(peaks[0]):
2453            G2frame.ErrorDialog('No peaks!', 'Nothing to refine!')
2454            return       
2455        print ' Refine cell'
2456        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2457        cell = controls[6:12]
2458        A = G2lat.cell2A(cell)
2459        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2460        SGData = G2spc.SpcGroup(controls[13])[1]
2461        dmin = G2indx.getDmin(peaks[0])-0.005
2462        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2463            if ssopt.get('Use',False):
2464                vecFlags = [True if x in ssopt['ssSymb'] else False for x in ['a','b','g']]
2465                SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])[1]
2466                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,ssopt['ModVec'],ssopt['maxH'],A)
2467                peaks = [G2indx.IndexSSPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2468                Lhkl,M20,X20,Aref,Vec,Zero = \
2469                    G2indx.refinePeaksZSS(peaks[0],wave,Inst,SGData,SSGData,ssopt['maxH'],ibrav,A,ssopt['ModVec'],vecFlags,controls[1],controls[0])
2470            else:
2471                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2472                peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2473                Lhkl,M20,X20,Aref,Zero = G2indx.refinePeaksZ(peaks[0],wave,ibrav,A,controls[1],controls[0])
2474        else:   #'T'OF - doesn't seem to work
2475            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2476            peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2477            Lhkl,M20,X20,Aref,Zero = G2indx.refinePeaksT(peaks[0],difC,ibrav,A,controls[1],controls[0])           
2478        controls[1] = Zero
2479        controls[6:12] = G2lat.A2cell(Aref)
2480        controls[12] = G2lat.calc_V(Aref)
2481        cells = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)[2]
2482        for cell in cells:
2483            cell[-2] = False
2484        cells.insert(0,[M20,X20,ibrav]+controls[6:13]+[True,False])
2485        if ssopt.get('Use',False):
2486            ssopt['ModVec'] = Vec
2487            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,ssopt['ModVec'],ssopt['maxH'],A)
2488        else:
2489            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2490        data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2491        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'),data)
2492        print " %s%10.3f" % ('refinement M20 = ',M20)
2493        print ' unindexed lines = ',X20
2494        cellPrint(ibrav,Aref)
2495        ip = 4
2496        if ssopt.get('Use',False):
2497            vecPrint(Vec)
2498            ip = 5
2499        for hkl in G2frame.HKL:
2500            hkl[ip] = G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[ip-1])+controls[1]
2501        if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2502            G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2503        else:
2504            G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2505        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2506       
2507    def IndexPeaks(event):
2508        PatternId = G2frame.PatternId   
2509        print 'Peak Indexing'
2510        keepcells = []
2511        try:
2512            controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2513            for cell in cells:
2514                if cell[11]:
2515                    cell[10] = False    #clear selection flag on keepers
2516                    keepcells.append(cell)
2517        except IndexError:
2518            pass
2519        except ValueError:
2520            G2frame.ErrorDialog('Error','Need to set controls in Unit Cell List first')
2521            return
2522        if ssopt.get('Use',False):
2523            G2frame.ErrorDialog('Super lattice error','Indexing not available for super lattices')
2524            return
2525        if True not in bravais:
2526            G2frame.ErrorDialog('Error','No Bravais lattices selected')
2527            return
2528        if not len(peaks[0]):
2529            G2frame.ErrorDialog('Error','Index Peak List is empty')
2530            return
2531        if len(peaks[0][0]) > 9:
2532            G2frame.ErrorDialog('Error','You need to reload Index Peaks List first')
2533            return
2534        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(False)
2535        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(False)
2536        OK,dmin,newcells = G2indx.DoIndexPeaks(peaks[0],controls,bravais,G2frame.ifX20)
2537        cells = keepcells+newcells
2538        cells = G2indx.sortM20(cells)
2539        if OK:
2540            cells[0][10] = True         #select best M20
2541            data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2542            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'),data)
2543            bestCell = cells[0]
2544            if bestCell[0] > 10.:
2545                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,bestCell[2],G2lat.cell2A(bestCell[3:9]))
2546                for hkl in G2frame.HKL:
2547                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2548                if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2549                    G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2550                else:
2551                    G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2552            G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2553            G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2554            G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(True)
2555            G2frame.ifX20 = True
2556            wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2557               
2558    def RefreshUnitCellsGrid(event):
2559        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2560        cells,dmin = data[2:4]
2561        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
2562        if cells:
2563            if c == 2:
2564                for i in range(len(cells)):
2565                    cells[i][-2] = False
2566                    UnitCellsTable.SetValue(i,c,False)
2567                UnitCellsTable.SetValue(r,c,True)
2568                gridDisplay.Refresh()
2569                cells[r][-2] = True
2570                ibrav = cells[r][2]
2571                A = G2lat.cell2A(cells[r][3:9])
2572                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,A)
2573                for hkl in G2frame.HKL:
2574                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2575                if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2576                    G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2577                else:
2578                    G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2579            elif c == 11:
2580                if UnitCellsTable.GetValue(r,c):
2581                    UnitCellsTable.SetValue(r,c,False)
2582                    cells[r][c] = False
2583                else:
2584                    cells[r][c] = True
2585                    UnitCellsTable.SetValue(r,c,True)
2586                gridDisplay.ForceRefresh()
2587            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)
2588       
2589    def MakeNewPhase(event):
2590        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases'):
2591            sub = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Phases')
2592        else:
2593            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
2594        PhaseName = ''
2595        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
2596            style=wx.OK)
2597        try:
2598            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2599                PhaseName = dlg.GetValue()
2600                cells = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)[2]
2601                for Cell in cells:
2602                    if Cell[-2]:
2603                        break
2604                cell = Cell[2:10]       
2605                sub = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
2606                E,SGData = G2spc.SpcGroup(controls[13])
2607                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(sub, \
2608                    G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData,cell=cell[1:],Super=ssopt))
2609                Status.SetStatusText('Change space group from '+str(controls[13])+' if needed')
2610        finally:
2611            dlg.Destroy()
2612           
2613    if G2frame.dataDisplay:
2614        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
2615    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
2616    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.IndexMenu)
2617    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2618        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2619    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, IndexPeaks, id=G2gd.wxID_INDEXPEAKS)
2620    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyUnitCell, id=G2gd.wxID_COPYCELL)
2621    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, RefineCell, id=G2gd.wxID_REFINECELL)
2622    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, MakeNewPhase, id=G2gd.wxID_MAKENEWPHASE)   
2623    controls,bravais,cells,dmin,ssopt = data
2624    if len(controls) < 13:              #add cell volume if missing
2625        controls.append(G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12])))
2626    if len(controls) < 14:              #add space gropu used in indexing
2627        controls.append(spaceGroups[bravaisSymb.index(controls[5])])
2628    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)            #update with volume
2629    bravaisNames = ['Cubic-F','Cubic-I','Cubic-P','Trigonal-R','Trigonal/Hexagonal-P',
2630        'Tetragonal-I','Tetragonal-P','Orthorhombic-F','Orthorhombic-I','Orthorhombic-C',
2631        'Orthorhombic-P','Monoclinic-C','Monoclinic-P','Triclinic']
2632    cellGUIlist = [[[0,1,2],4,zip([" Unit cell: a = "," Vol = "],["%.5f","%.3f"],[True,False],[0,0])],
2633    [[3,4,5,6],6,zip([" Unit cell: a = "," c = "," Vol = "],["%.5f","%.5f","%.3f"],[True,True,False],[0,2,0])],
2634    [[7,8,9,10],8,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," Vol = "],["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f"],
2635        [True,True,True,False],[0,1,2,0])],
2636    [[11,12],10,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," beta = "," Vol = "],
2637        ["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f","%.3f"],[True,True,True,True,False],[0,1,2,4,0])],
2638    [[13,],8,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," Vol = "," alpha = "," beta = "," gamma = "],
2639        ["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f","%.3f","%.3f","%.3f"],
2640        [True,True,True,False,True,True,True],[0,1,2,0,3,4,5])]]
2641   
2642    G2frame.dataFrame.SetLabel('Unit Cells List')
2643    G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(False)
2644    peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List'))
2645    if peaks:
2646        G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2647    G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(False)
2648    if controls[12] > 1.0:                               #if a "real" volume (i.e. not default)
2649        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(True)   
2650    G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(False)
2651    G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(False)       
2652    if cells:
2653        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2654        G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(True)       
2655    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2656    mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Indexing controls: '),0,WACV)
2657    mainSizer.Add((5,5),0)
2658    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,5,5,5)
2659    littleSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Max Nc/Nobs '),0,WACV)
2660    NcNo = wx.SpinCtrl(G2frame.dataDisplay)
2661    NcNo.SetRange(2,6)
2662    NcNo.SetValue(controls[2])
2663    NcNo.Bind(wx.EVT_SPINCTRL,OnNcNo)
2664    littleSizer.Add(NcNo,0,WACV)
2665    littleSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Start Volume '),0,WACV)
2666    startVol = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=str('%d'%(controls[3])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2667    startVol.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnStartVol)
2668    startVol.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnStartVol)
2669    littleSizer.Add(startVol,0,WACV)
2670    x20 = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Use M20/(X20+1)?')
2671    x20.SetValue(G2frame.ifX20)
2672    x20.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnIfX20)
2673    littleSizer.Add(x20,0,WACV)
2674    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2675    mainSizer.Add((5,5),0)
2676    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Select Bravais Lattices for indexing: '),
2677        0,WACV)
2678    mainSizer.Add((5,5),0)
2679    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,7,5,5)
2680    bravList = []
2681    bravs = zip(bravais,bravaisNames)
2682    for brav,bravName in bravs:
2683        bravCk = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=bravName)
2684        bravList.append(bravCk.GetId())
2685        bravCk.SetValue(brav)
2686        bravCk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBravais)
2687        littleSizer.Add(bravCk,0,WACV)
2688    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2689    mainSizer.Add((5,5),0)
2690   
2691    mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Cell Refinement: '),0,WACV)
2692    mainSizer.Add((5,5),0)
2693    littleSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2694    littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Bravais lattice "),0,WACV)
2695    bravSel = wx.Choice(G2frame.dataDisplay,choices=bravaisSymb)
2696    bravSel.SetSelection(bravaisSymb.index(controls[5]))
2697    bravSel.Bind(wx.EVT_CHOICE,OnBravSel)
2698    littleSizer.Add(bravSel,0,WACV)
2699    littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Space group "),0,WACV)
2700    spcSel = wx.Choice(G2frame.dataDisplay,choices=SPGlist[controls[5]])
2701    spcSel.SetSelection(SPGlist[controls[5]].index(controls[13]))
2702    spcSel.Bind(wx.EVT_CHOICE,OnSpcSel)
2703    littleSizer.Add(spcSel,0,WACV)
2704    if ssopt.get('Use',False):        #zero for super lattice doesn't work!
2705        controls[0] = False
2706    else:
2707        littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Zero offset"),0,WACV)
2708        zero = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value="%.4f"%(controls[1]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2709        zero.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnZero)
2710        zero.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnZero)
2711        littleSizer.Add(zero,0,WACV)
2712        zeroVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label="Refine?")
2713        zeroVar.SetValue(controls[0])
2714        zeroVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnZeroVar)
2715        littleSizer.Add(zeroVar,0,WACV)
2716    SSopt = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label="Super lattice?")
2717    SSopt.SetValue(ssopt.get('Use',False))
2718    SSopt.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnSSopt)
2719    littleSizer.Add(SSopt,0,WACV)
2720    hklShow = wx.Button(G2frame.dataDisplay,label="Show hkl positions")
2721    hklShow.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnHklShow)
2722    littleSizer.Add(hklShow,0,WACV)
2723    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2724   
2725    mainSizer.Add((5,5),0)
2726    ibrav = SetLattice(controls)
2727    for cellGUI in cellGUIlist:
2728        if ibrav in cellGUI[0]:
2729            useGUI = cellGUI
2730    cellList = []
2731    valDict = {}
2732    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,useGUI[1],5,5)
2733    for txt,fmt,ifEdit,Id in useGUI[2]:
2734        littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=txt),0,WACV)
2735        if ifEdit:          #a,b,c,etc.
2736            cellVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=(fmt%(controls[6+Id])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2737            cellVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnCellChange)       
2738            cellVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnCellChange)
2739            valSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2740            valSizer.Add(cellVal,0,WACV)
2741            cellSpin = wx.SpinButton(G2frame.dataDisplay,style=wx.SP_VERTICAL,size=wx.Size(20,20))
2742            cellSpin.SetValue(0)
2743            cellSpin.SetRange(-1,1)
2744            cellSpin.Bind(wx.EVT_SPIN, OnMoveCell)
2745            valSizer.Add(cellSpin,0,WACV)
2746            littleSizer.Add(valSizer,0,WACV)
2747            cellList.append(cellVal.GetId())
2748            cellList.append(cellSpin.GetId())
2749            valDict[cellSpin.GetId()] = cellVal
2750        else:               #volume
2751            volVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=(fmt%(controls[12])),style=wx.TE_READONLY)
2752            volVal.SetBackgroundColour(VERY_LIGHT_GREY)
2753            littleSizer.Add(volVal,0,WACV)
2754    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2755    if ssopt.get('Use',False):        #super lattice display
2756        indChoice = ['1','2','3','4',]
2757        SpSg = controls[13]
2758        ssChoice = G2spc.ssdict[SpSg]
2759        if ssopt['ssSymb'] not in ssChoice:
2760            ssopt['ssSymb'] = ssChoice[0]
2761        ssSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2762        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Supersymmetry space group: '+SpSg+' '),0,WACV)
2763        selMG = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=ssopt['ssSymb'],
2764                choices=ssChoice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2765        selMG.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnSelMG)
2766        ssSizer.Add(selMG,0,WACV)
2767        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Mod. vector: '),0,WACV)
2768        modS = G2spc.splitSSsym(ssopt['ssSymb'])[0]
2769        ssopt['ModVec'],ifShow = G2spc.SSGModCheck(ssopt['ModVec'],modS)
2770        Indx = {}
2771        for i,[val,show] in enumerate(zip(ssopt['ModVec'],ifShow)):
2772            if show:
2773                valSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2774                modVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=('%.4f'%(val)),
2775                    size=wx.Size(50,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2776                modVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnModVal)       
2777                modVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnModVal)
2778                valSizer.Add(modVal,0,WACV)
2779                modSpin = wx.SpinButton(G2frame.dataDisplay,style=wx.SP_VERTICAL,size=wx.Size(20,20))
2780                modSpin.SetValue(0)
2781                modSpin.SetRange(-1,1)
2782                modSpin.Bind(wx.EVT_SPIN, OnMoveMod)
2783                valSizer.Add(modSpin,0,WACV)
2784                ssSizer.Add(valSizer,0,WACV)
2785                Indx[modVal.GetId()] = i
2786                Indx[modSpin.GetId()] = [i,modVal]
2787            else:
2788                modVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=('%.3f'%(val)),
2789                    size=wx.Size(50,20),style=wx.TE_READONLY)
2790                modVal.SetBackgroundColour(VERY_LIGHT_GREY)
2791                ssSizer.Add(modVal,0,WACV)
2792        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max. M: '),0,WACV)
2793        maxMH = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(ssopt['maxH']),
2794            choices=indChoice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2795        maxMH.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxMH)
2796        ssSizer.Add(maxMH,0,WACV)
2797        findMV = wx.wx.Button(G2frame.dataDisplay,label="Find mod. vec.?")
2798        findMV.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnFindMV)
2799        ssSizer.Add(findMV,0,WACV)
2800        mainSizer.Add(ssSizer,0)
2801
2802    if cells:
2803        mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='\n Indexing Result:'),0,WACV)
2804        rowLabels = []
2805        colLabels = ['M20','X20','use','Bravais','a','b','c','alpha','beta','gamma','Volume','Keep']
2806        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_NUMBER,wg.GRID_VALUE_BOOL,wg.GRID_VALUE_STRING,]+ \
2807            3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]+3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]+ \
2808            [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL]
2809        numRows = len(cells)
2810        table = []
2811        for cell in cells:
2812            rowLabels.append('')
2813            row = cell[0:2]+[cell[-2]]+[bravaisSymb[cell[2]]]+cell[3:10]+[cell[11],]
2814            if cell[-2]:
2815                A = G2lat.cell2A(cell[3:9])
2816                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,cell[2],A)
2817                for hkl in G2frame.HKL:
2818                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2819            table.append(row)
2820        UnitCellsTable = G2gd.Table(table,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2821        gridDisplay = G2gd.GSGrid(G2frame.dataDisplay)
2822        gridDisplay.SetTable(UnitCellsTable, True)
2823        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2824        gridDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_LEFT_CLICK,RefreshUnitCellsGrid)
2825        gridDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK,OnSortCells)
2826        gridDisplay.SetMargins(0,0)
2827        gridDisplay.SetRowLabelSize(0)
2828        gridDisplay.AutoSizeColumns(False)
2829        for r in range(gridDisplay.GetNumberRows()):
2830            for c in range(gridDisplay.GetNumberCols()):
2831                if c == 2:
2832                    gridDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=False)
2833                else:
2834                    gridDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=True)
2835        mainSizer.Add(gridDisplay,0,WACV)
2836    mainSizer.Layout()   
2837    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2838    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
2839    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
2840    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
2841    Size[0] += 25
2842    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
2843    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
2844   
2845################################################################################
2846#####  Reflection list
2847################################################################################           
2848       
2849def UpdateReflectionGrid(G2frame,data,HKLF=False,Name=''):
2850    '''respond to selection of PWDR Reflections data tree item.
2851    '''
2852    def OnPlotHKL(event):
2853        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
2854        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
2855        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
2856        controls = {'Type' : 'Fo','ifFc' : True,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,
2857            'FoMax' : FoMax,'Zone' : '001','Layer' : 0,'Scale' : 1.0,'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
2858        G2plt.PlotSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
2859       
2860    def OnPlot3DHKL(event):
2861        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
2862        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
2863        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
2864        Vpoint = [int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))]
2865        controls = {'Type':'Fosq','Iscale':False,'HKLmax':Hmax,'HKLmin':Hmin,
2866            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
2867            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,
2868            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[1,0,0]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
2869        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
2870       
2871    def OnSelectPhase(event):
2872        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select','Phase',phases)
2873        try:
2874            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2875                sel = dlg.GetSelection()
2876                G2frame.RefList = phases[sel]
2877                UpdateReflectionGrid(G2frame,data)
2878        finally:
2879            dlg.Destroy()
2880        G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2881           
2882    if not data:
2883        print 'No phases, no reflections'
2884        return
2885    if HKLF:
2886        G2frame.RefList = 1
2887        phaseName = IsHistogramInAnyPhase(G2frame,Name)
2888    else:
2889        phaseName = G2frame.RefList
2890        phases = data.keys()
2891    if G2frame.dataDisplay:
2892        G2frame.dataFrame.Clear()
2893    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2894    if phaseName:
2895        pId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
2896        phaseId =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,pId,phaseName)
2897        General = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(phaseId)['General']
2898        Super = General.get('Super',0)
2899        SuperVec = General.get('SuperVec',[])
2900    else:
2901        Super = 0
2902        SuperVec = []       
2903    rowLabels = []
2904    if HKLF:
2905        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame)
2906        refList = data[1]['RefList']
2907        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ReflMenu)
2908        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2909            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
2910        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotHKL, id=G2gd.wxID_PWDHKLPLOT)
2911        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=G2gd.wxID_PWD3DHKLPLOT)
2912        G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(False)
2913        refs = refList
2914    else:
2915        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ReflMenu)
2916        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2917            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
2918        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSelectPhase, id=G2gd.wxID_SELECTPHASE)
2919        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotHKL, id=G2gd.wxID_PWDHKLPLOT)
2920        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=G2gd.wxID_PWD3DHKLPLOT)
2921        G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(False)
2922        if len(data) > 1:
2923            G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(True)
2924        try:            #patch for old reflection lists
2925            refList = np.array(data[G2frame.RefList]['RefList'])
2926            I100 = refList.T[8+Super]*refList.T[11+Super]
2927        except TypeError:
2928            refList = np.array([refl[:11+Super] for refl in data[G2frame.RefList]])
2929            I100 = refList.T[8+Super]*np.array([refl[11+Super] for refl in data[G2frame.RefList]])
2930        Imax = np.max(I100)
2931        if Imax:
2932            I100 *= 100.0/Imax
2933        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2934            refs = np.vstack((refList.T[:15+Super],I100)).T
2935        elif 'T' in Inst['Type'][0]:
2936            refs = np.vstack((refList.T[:18+Super],I100)).T
2937           
2938    for i in range(len(refs)): rowLabels.append(str(i))
2939    Types = (4+Super)*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+4*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',]+ \
2940        2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',]+[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]+ \
2941        [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2942    superLabels = ['M1','M2','M3']
2943    if HKLF:
2944        colLabels = ['H','K','L','mul','d','Fosq','sig','Fcsq','FoTsq','FcTsq','phase','ExtC',]
2945        if 'T' in Inst['Type'][0]:
2946            colLabels = ['H','K','L','mul','d','Fosq','sig','Fcsq','FoTsq','FcTsq','phase','ExtC','wave','tbar']
2947            Types += 2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2948        if Super:
2949            for i in range(Super):
2950                colLabels.insert(3+i,superLabels[i])
2951    else:
2952        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2953            colLabels = ['H','K','L','mul','d','pos','sig','gam','Fosq','Fcsq','phase','Icorr','Prfo','Trans','ExtP','I100']
2954            Types += 4*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2955        elif 'T' in Inst['Type'][0]:
2956            colLabels = ['H','K','L','mul','d','pos','sig','gam','Fosq','Fcsq','phase','Icorr','alp','bet','wave','Prfo','Abs','Ext','I100']
2957            Types += 7*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2958        if Super:
2959            for i in range(Super):
2960                colLabels.insert(3+i,superLabels[i])
2961           
2962    G2frame.PeakTable = G2gd.Table(refs,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2963    G2frame.dataFrame.SetLabel('Reflection List for '+phaseName)
2964    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
2965    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.PeakTable, True)
2966    G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
2967    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
2968    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
2969    G2frame.dataDisplay.Fit()
2970    size = G2frame.dataDisplay.GetSize()
2971    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([size[0]+32,350])
2972   
2973################################################################################
2974#####  SASD Substances
2975################################################################################
2976           
2977def UpdateSubstanceGrid(G2frame,data):
2978    '''respond to selection of SASD Substance data tree item.
2979    '''
2980    import Substances as substFile
2981   
2982    def OnLoadSubstance(event):
2983        names = substFile.Substances.keys()
2984        names.sort()
2985        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', names, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2986        try:
2987            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2988                name = names[dlg.GetSelection()]
2989            else:
2990                return
2991        finally:
2992            dlg.Destroy()
2993        data['Substances'][name] = {'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':1.0,
2994            'Scatt density':0.0,'XAnom density':0.0,'XAbsorption':0.0}
2995        subst = substFile.Substances[name]
2996        ElList = subst['Elements'].keys()
2997        for El in ElList:
2998            Info = G2elem.GetAtomInfo(El.strip().capitalize())
2999            Info.update(subst['Elements'][El])
3000            data['Substances'][name]['Elements'][El] = Info
3001            if 'Volume' in subst:
3002                data['Substances'][name]['Volume'] = subst['Volume']
3003                data['Substances'][name]['Density'] = \
3004                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3005            elif 'Density' in subst:
3006                data['Substances'][name]['Density'] = subst['Density']
3007                data['Substances'][name]['Volume'] = \
3008                    G2mth.Den2Vol(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Density'])
3009            else:
3010                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3011                data['Substances'][name]['Density'] = \
3012                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3013            data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3014                G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3015            contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3016            data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3017            data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3018                         
3019        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3020       
3021    def OnCopySubstance(event):
3022        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3023        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
3024        if not histList:
3025            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
3026            return
3027        copyList = []
3028        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
3029            G2frame.dataFrame, 
3030            'Copy substances from\n'+hst[5:]+' to...',
3031            'Copy substances', histList)
3032        try:
3033            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3034                for i in dlg.GetSelections(): 
3035                    copyList.append(histList[i])
3036        finally:
3037            dlg.Destroy()       
3038        for item in copyList:
3039            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
3040            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Substances'),
3041                copy.copy(data))
3042   
3043    def OnAddSubstance(event):
3044        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this substance','Substance Name Entry','New substance',
3045            style=wx.OK)
3046        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3047            Name = dlg.GetValue()
3048            data['Substances'][Name] = {'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':1.0,
3049                'Scatt density':0.0,'XAnom density':0.,'XAbsorption':0.}
3050        dlg.Destroy()
3051        AddElement(Name)
3052        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3053       
3054    def OnDeleteSubstance(event):
3055        TextList = []
3056        for name in data['Substances']:
3057            if name != 'vacuum':
3058                TextList += [name,]
3059        if not TextList:
3060            return
3061        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance to delete', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3062        try:
3063            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3064                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3065            else:
3066                return
3067        finally:
3068            dlg.Destroy()
3069        del(data['Substances'][name])
3070        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)       
3071               
3072    def OnAddElement(event):       
3073        TextList = []
3074        for name in data['Substances']:
3075            if name != 'vacuum':
3076                TextList += [name,]
3077        if not TextList:
3078            return
3079        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3080        try:
3081            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3082                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3083            else:
3084                return
3085        finally:
3086            dlg.Destroy()
3087        AddElement(name)
3088        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3089       
3090    def AddElement(name):
3091        ElList = data['Substances'][name]['Elements'].keys()
3092        dlg = G2elemGUI.PickElements(G2frame,ElList)
3093        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3094            for El in dlg.Elem:
3095                El = El.strip().capitalize()
3096                Info = G2elem.GetAtomInfo(El)
3097                Info.update({'Num':1})
3098                data['Substances'][name]['Elements'][El] = Info
3099                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3100                data['Substances'][name]['Density'] = \
3101                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3102                data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3103                    G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3104                contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3105                data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3106                data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3107        dlg.Destroy()
3108       
3109    def OnDeleteElement(event):
3110        TextList = []
3111        for name in data['Substances']:
3112            if name != 'vacuum':
3113                TextList += [name,]
3114        if not TextList:
3115            return
3116        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3117        try:
3118            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3119                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3120            else:
3121                return
3122        finally:
3123            dlg.Destroy()
3124        ElList = data['Substances'][name]['Elements'].keys()
3125        if len(ElList):
3126            DE = G2elemGUI.DeleteElement(G2frame,ElList)
3127            if DE.ShowModal() == wx.ID_OK:
3128                El = DE.GetDeleteElement().strip().upper()
3129                del(data['Substances'][name]['Elements'][El])
3130                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3131                data['Substances'][name]['Density'] = \
3132                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3133                data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3134                    G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3135                contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3136                data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3137                data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3138        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3139               
3140    def SubstSizer():
3141       
3142        def OnValueChange(event):
3143            Obj = event.GetEventObject()
3144            if len(Indx[Obj.GetId()]) == 3:
3145                name,El,keyId = Indx[Obj.GetId()]
3146                try:
3147                    value = max(0,float(Obj.GetValue()))
3148                except ValueError:
3149                    value = 0
3150                    Obj.SetValue('%.2f'%(value))
3151                data['Substances'][name]['Elements'][El][keyId] = value
3152                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3153                data['Substances'][name]['Density'] = \
3154                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3155            else:
3156                name,keyId = Indx[Obj.GetId()]
3157                try:
3158                    value = max(0,float(Obj.GetValue()))
3159                except ValueError:
3160                    value = 1.0
3161                data['Substances'][name][keyId] = value
3162                if keyId in 'Volume':
3163                    data['Substances'][name]['Density'] = \
3164                        G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],value)
3165                elif keyId in 'Density':
3166                    data['Substances'][name]['Volume'] = \
3167                        G2mth.Den2Vol(data['Substances'][name]['Elements'],value)
3168            data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3169                G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3170            contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3171            data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3172            data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3173            wx.CallAfter(UpdateSubstanceGrid,G2frame,data)
3174       
3175        Indx = {}
3176        substSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3177        substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Substance list: wavelength: %.5fA'%(wave)),
3178            0,WACV)
3179        for name in data['Substances']:
3180            G2gd.HorizontalLine(substSizer,G2frame.dataDisplay)   
3181            substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Data for '+name+':'),
3182                0,WACV)
3183            if name == 'vacuum':
3184                substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='        Not applicable'),
3185                    0,WACV)
3186            else:   
3187                elSizer = wx.FlexGridSizer(0,6,5,5)
3188                Substance = data['Substances'][name]
3189                Elems = Substance['Elements']
3190                for El in Elems:    #do elements as pull downs for isotopes for neutrons
3191                    elSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' '+El+': '),
3192                        0,WACV)
3193                    num = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.2f'%(Elems[El]['Num']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3194                    Indx[num.GetId()] = [name,El,'Num']
3195                    num.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3196                    num.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3197                    elSizer.Add(num,0,WACV)
3198                substSizer.Add(elSizer,0)
3199                vdsSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
3200                vdsSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Volume: '),
3201                    0,WACV)
3202                vol = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(Substance['Volume']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3203                Indx[vol.GetId()] = [name,'Volume']
3204                vol.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3205                vol.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3206                vdsSizer.Add(vol,0,WACV)               
3207                vdsSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Density: '),
3208                    0,WACV)
3209                den = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(Substance['Density']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3210                Indx[den.GetId()] = [name,'Density']
3211                den.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3212                den.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3213                vdsSizer.Add(den,0,WACV)
3214                substSizer.Add(vdsSizer,0)
3215                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,
3216                    label=' Scattering density  : %.2f *10%scm%s'%(Substance['Scatt density'],Pwr10,Pwrm2)),
3217                    0,WACV)               
3218                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,       #allow neutrons here into NAnom density & NAbsorption
3219                    label=' Anomalous density : %.2f *10%scm%s'%(Substance['XAnom density'],Pwr10,Pwrm2)),
3220                    0,WACV)               
3221                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,
3222                    label=' X-ray absorption   : %.2f cm%s'%(Substance['XAbsorption'],Pwrm1)),
3223                    0,WACV)               
3224        return substSizer
3225           
3226    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
3227    wave = G2mth.getWave(Inst)
3228    if G2frame.dataDisplay:
3229        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
3230    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SubstanceMenu)
3231    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3232        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3233    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
3234    G2frame.dataFrame.SetLabel('Substances')
3235    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnLoadSubstance, id=G2gd.wxID_LOADSUBSTANCE)   
3236    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddSubstance, id=G2gd.wxID_ADDSUBSTANCE)
3237    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopySubstance, id=G2gd.wxID_COPYSUBSTANCE)
3238    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteSubstance, id=G2gd.wxID_DELETESUBSTANCE)   
3239    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddElement, id=G2gd.wxID_ELEMENTADD)
3240    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteElement, id=G2gd.wxID_ELEMENTDELETE)
3241    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3242    mainSizer.Add(SubstSizer(),0)
3243
3244    mainSizer.Layout()   
3245    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
3246    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
3247    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
3248    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
3249    Size[0] += 25
3250    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
3251    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
3252       
3253################################################################################
3254#####  SASD Models
3255################################################################################           
3256       
3257def UpdateModelsGrid(G2frame,data):
3258    '''respond to selection of SASD Models data tree item.
3259    '''
3260    #patches
3261    if 'Current' not in data:
3262        data['Current'] = 'Size dist.'
3263    if 'logBins' not in data['Size']:
3264        data['Size']['logBins'] = True
3265    if 'MinMaxDiam' in data['Size']:
3266        data['Size']['MinDiam'] = 50.
3267        data['Size']['MaxDiam'] = 10000.
3268        del data['Size']['MinMaxDiam']
3269    if isinstance(data['Size']['MaxEnt']['Sky'],float):
3270        data['Size']['MaxEnt']['Sky'] = -3
3271    if 'Power' not in data['Size']['IPG']:
3272        data['Size']['IPG']['Power'] = -1
3273    if 'Matrix' not in data['Particle']:
3274        data['Particle']['Matrix'] = {'Name':'vacuum','VolFrac':[0.0,False]}
3275    if 'BackFile' not in data:
3276        data['BackFile'] = ''
3277    #end patches
3278   
3279    def RefreshPlots(newPlot=False):
3280        PlotText = G2frame.G2plotNB.nb.GetPageText(G2frame.G2plotNB.nb.GetSelection())
3281        if 'Powder' in PlotText:
3282            G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=newPlot)
3283        elif 'Size' in PlotText:
3284            G2plt.PlotSASDSizeDist(G2frame)
3285               
3286    def OnAddModel(event):
3287        if data['Current'] == 'Particle fit':
3288            material = 'vacuum'
3289            if len(data['Particle']['Levels']):
3290                material = data['Particle']['Levels'][-1]['Controls']['Material']
3291            data['Particle']['Levels'].append({
3292                'Controls':{'FormFact':'Sphere','DistType':'LogNormal','Material':material,
3293                    'FFargs':{},'SFargs':{},'NumPoints':50,'Cutoff':0.01,'Contrast':0.0,
3294                    'SlitSmear':[0.0,False],'StrFact':'Dilute'},    #last 2 not used - future?
3295                'LogNormal':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[0.5,False],'MinSize':[10.,False],},
3296                'Gaussian':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[300.,False],},
3297                'LSW':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.0,False],},
3298                'Schulz-Zimm':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[300.,False],},
3299                'Unified':{'G':[1.e3,False],'Rg':[100,False],'B':[1.e-5,False],'P':[4,False],'Cutoff':[1e-5,False],},
3300                'Porod':{'B':[1.e-4,False],'P':[4,False],'Cutoff':[1e-5,False],},
3301                'Monodisperse':{'Volume':[0.05,False],'Radius':[100,False],},   #OK for spheres
3302                'Bragg':{'PkInt':[100,False],'PkPos':[0.2,False],
3303                    'PkSig':[10,False],'PkGam':[10,False],},        #reasonable 31A peak
3304                })
3305            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3306            RefreshPlots(True)
3307                   
3308        wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3309       
3310    def OnCopyModel(event):
3311        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3312        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
3313        if not histList:
3314            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
3315            return
3316        copyList = []
3317        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
3318            G2frame.dataFrame, 
3319            'Copy models from\n'+hst[5:]+' to...',
3320            'Copy models', histList)
3321        try:
3322            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3323                for i in dlg.GetSelections(): 
3324                    copyList.append(histList[i])
3325        finally:
3326            dlg.Destroy()       
3327        for item in copyList:
3328            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
3329            newdata = copy.deepcopy(data)
3330            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Models'),newdata)
3331            if newdata['BackFile']:
3332                Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[1]
3333                BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,newdata['BackFile'])
3334                BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3335                Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3336        RefreshPlots(True)
3337               
3338    def OnCopyFlags(event):
3339        thisModel = copy.deepcopy(data)
3340        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3341        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
3342        if not histList:
3343            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
3344            return
3345        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
3346            G2frame.dataFrame, 
3347            'Copy sample ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
3348            'Copy sample flags', histList)
3349        distChoice = ['LogNormal','Gaussian','LSW','Schulz-Zimm','Bragg','Unified',
3350            'Porod','Monodisperse',]
3351        parmOrder = ['Volume','Radius','Mean','StdDev','G','Rg','B','P',
3352            'Cutoff','PkInt','PkPos','PkSig','PkGam','VolFr','Dist',]
3353        try:
3354            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3355                result = dlg.GetSelections()
3356                for i in result: 
3357                    item = histList[i]
3358                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
3359                    newModel = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Models'))
3360                    newModel['Back'][1] = copy.copy(thisModel['Back'][1])
3361                    for ilev,level in enumerate(newModel['Particle']['Levels']):
3362                        for form in level:
3363                            if form in distChoice:
3364                                thisForm = thisModel['Particle']['Levels'][ilev][form]                               
3365                                for item in parmOrder:
3366                                    if item in thisForm:
3367                                       level[form][item][1] = copy.copy(thisForm[item][1])
3368                            elif form == 'Controls':
3369                                thisForm = thisModel['Particle']['Levels'][ilev][form]['SFargs']
3370                                for item in parmOrder:
3371                                    if item in thisForm:
3372                                        level[form]['SFargs'][item][1] = copy.copy(thisForm[item][1])
3373        finally:
3374            dlg.Destroy()
3375               
3376    def OnFitModelAll(event):
3377        choices = G2gd.GetPatternTreeDataNames(G2frame,['SASD',])
3378        sel = []
3379        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential SASD refinement',
3380             'Select dataset to include',choices)
3381        dlg.SetSelections(sel)
3382        names = []
3383        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3384            for sel in dlg.GetSelections():
3385                names.append(choices[sel])
3386        dlg.Destroy()
3387        SeqResult = {'histNames':names}
3388        Reverse = False
3389        CopyForward = False
3390        choice = ['Reverse sequence','Copy from prev.']
3391        dlg = wx.MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame,'Sequential controls','Select controls',choice)
3392        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3393            for sel in dlg.GetSelections():
3394                if sel:
3395                    CopyForward = True
3396                else:
3397                    Reverse = True
3398        dlg.Destroy()
3399        dlg = wx.ProgressDialog('SASD Sequential fit','Data set name = '+names[0],len(names), 
3400            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
3401        wx.BeginBusyCursor()
3402        if Reverse:
3403            names.reverse()
3404        try:
3405            for i,name in enumerate(names):
3406                print ' Sequential fit for ',name
3407                GoOn = dlg.Update(i,newmsg='Data set name = '+name)[0]
3408                if not GoOn:
3409                    break
3410                Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
3411                if i and CopyForward:
3412                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'),JModel)
3413                IProfDict,IProfile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[:2]
3414                IModel = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'))
3415                ISample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Sample Parameters'))
3416                ILimits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Limits'))
3417                IfOK,result,varyList,sig,Rvals,covMatrix,parmDict,Msg = G2sasd.ModelFit(IProfile,IProfDict,ILimits,ISample,IModel)
3418                JModel = copy.deepcopy(IModel)
3419                if not IfOK:
3420                    G2frame.ErrorDialog('Failed sequential refinement for data '+name,
3421                        ' Msg: '+Msg+'\nYou need to rethink your selection of parameters\n'+    \
3422                        ' Model restored to previous version for'+name)
3423                    SeqResult['histNames'] = names[:i]
3424                    dlg.Destroy()
3425                    break
3426                else:
3427                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'),copy.deepcopy(IModel))
3428               
3429                G2sasd.ModelFxn(IProfile,IProfDict,ILimits,ISample,IModel)
3430                SeqResult[name] = {'variables':result[0],'varyList':varyList,'sig':sig,'Rvals':Rvals,
3431                    'covMatrix':covMatrix,'title':name,'parmDict':parmDict}
3432            else:
3433                dlg.Destroy()
3434                print ' ***** Small angle sequential refinement successful *****'
3435        finally:
3436            wx.EndBusyCursor()   
3437        Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Sequential results')
3438        if Id:
3439            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
3440        else:
3441            Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Sequential results')
3442            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
3443        G2frame.PatternTree.SelectItem(Id)
3444       
3445    def OnFitModel(event):
3446        if data['Current'] == 'Size dist.':
3447            if not any(Sample['Contrast']):
3448                G2frame.ErrorDialog('No contrast; your sample is a vacuum!',
3449                    'You need to define a scattering substance!\n'+    \
3450                    ' Do Substances and then Sample parameters')
3451                return
3452            G2sasd.SizeDistribution(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3453            G2plt.PlotSASDSizeDist(G2frame)
3454            RefreshPlots(True)
3455           
3456        elif data['Current'] == 'Particle fit':
3457            SaveState()
3458            Results = G2sasd.ModelFit(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3459            if not Results[0]:
3460                    G2frame.ErrorDialog('Failed refinement',
3461                        ' Msg: '+Results[-1]+'\nYou need to rethink your selection of parameters\n'+    \
3462                        ' Model restored to previous version')
3463            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3464            RefreshPlots(True)
3465            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3466           
3467    def OnUnDo(event):
3468        DoUnDo()
3469        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
3470            G2frame.PatternId,'Models'))
3471        G2frame.dataFrame.SasdUndo.Enable(False)
3472        UpdateModelsGrid(G2frame,data)
3473        G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3474        RefreshPlots(True)
3475
3476    def DoUnDo():
3477        print 'Undo last refinement'
3478        file = open(G2frame.undosasd,'rb')
3479        PatternId = G2frame.PatternId
3480        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Models'),cPickle.load(file))
3481        print ' Models recovered'
3482        file.close()
3483       
3484    def SaveState():
3485        G2frame.undosasd = os.path.join(G2frame.dirname,'GSASIIsasd.save')
3486        file = open(G2frame.undosasd,'wb')
3487        PatternId = G2frame.PatternId
3488        for item in ['Models']:
3489            cPickle.dump(G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId,item)),file,1)
3490        file.close()
3491        G2frame.dataFrame.SasdUndo.Enable(True)
3492       
3493    def OnSelectFit(event):
3494        data['Current'] = fitSel.GetValue()
3495        wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3496       
3497    def OnCheckBox(event):
3498        Obj = event.GetEventObject()
3499        item,ind = Indx[Obj.GetId()]
3500        item[ind] = Obj.GetValue()
3501       
3502    def OnIntVal(event):
3503        Obj = event.GetEventObject()
3504        item,ind,minVal = Indx[Obj.GetId()]
3505        try:
3506            value = int(Obj.GetValue())
3507            if value <= minVal:
3508                raise ValueError
3509        except ValueError:
3510            value = item[ind]
3511        Obj.SetValue(str(value))
3512        item[ind] = value
3513
3514    def SizeSizer():
3515       
3516        def OnShape(event):
3517            data['Size']['Shape'][0] = partsh.GetValue()
3518            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3519           
3520        def OnMethod(event):
3521            data['Size']['Method'] = method.GetValue()
3522            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3523           
3524        def OnPartVal(event):
3525            try:
3526                val = max(0.0,float(partprm.GetValue()))
3527            except ValueError:
3528                val = 1
3529            data['Size']['Shape'][1] = val
3530            partprm.SetValue('%.3f'%(val))
3531           
3532        sizeSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3533        sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Size distribution parameters: '),0,WACV)
3534        binSizer = wx.FlexGridSizer(0,7,5,5)
3535        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' No. size bins: '),0,WACV)
3536        bins = ['50','100','150','200']
3537        nbins = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['Nbins']),choices=bins,
3538            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3539        Indx[nbins.GetId()] = [data['Size'],'Nbins',0]
3540        nbins.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)       
3541        binSizer.Add(nbins,0,WACV)
3542        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min diam.: '),0,WACV)
3543        minDias = ['10','25','50','100','150','200']
3544        mindiam = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MinDiam']),choices=minDias,
3545            style=wx.CB_DROPDOWN)
3546        mindiam.Bind(wx.EVT_LEAVE_WINDOW,OnIntVal)
3547        mindiam.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnIntVal)       
3548        mindiam.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnIntVal)
3549        Indx[mindiam.GetId()] = [data['Size'],'MinDiam',0]
3550        binSizer.Add(mindiam,0,WACV)
3551        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max diam.: '),0,WACV)
3552        maxDias = [str(1000*(i+1)) for i in range(10)]
3553        maxdiam = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MaxDiam']),choices=maxDias,
3554            style=wx.CB_DROPDOWN)
3555        maxdiam.Bind(wx.EVT_LEAVE_WINDOW,OnIntVal)
3556        maxdiam.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnIntVal)       
3557        maxdiam.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnIntVal)
3558        Indx[maxdiam.GetId()] = [data['Size'],'MaxDiam',0]
3559        binSizer.Add(maxdiam,0,WACV)
3560        logbins = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Log bins?')
3561        Indx[logbins.GetId()] = [data['Size'],'logBins']
3562        logbins.SetValue(data['Size']['logBins'])
3563        logbins.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnCheckBox)
3564        binSizer.Add(logbins,0,WACV)
3565        sizeSizer.Add(binSizer,0)
3566        sizeSizer.Add((5,5),0)
3567        partSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3568        partSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Particle description: '),0,WACV)
3569        shapes = {'Spheroid':' Aspect ratio: ','Cylinder':' Diameter ','Cylinder AR':' Aspect ratio: ',
3570            'Unified sphere':'','Unified rod':' Diameter: ','Unified rod AR':' Aspect ratio: ',
3571            'Unified disk':' Thickness: '}
3572        partsh = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['Shape'][0]),choices=shapes.keys(),
3573            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3574        partsh.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnShape)       
3575        partSizer.Add(partsh,0,WACV)
3576        if data['Size']['Shape'][0] not in ['Unified sphere',]:
3577            partSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=shapes[data['Size']['Shape'][0]]),0,WACV)
3578            partprm = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(data['Size']['Shape'][1]),
3579                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3580            partprm.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnPartVal)       
3581            partprm.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnPartVal)
3582            partSizer.Add(partprm,0,WACV)
3583        sizeSizer.Add(partSizer,0)
3584        sizeSizer.Add((5,5),0)
3585        fitSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3586        methods = ['MaxEnt','IPG',]
3587        fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Fitting method: '),0,WACV)
3588        method = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Size']['Method'],choices=methods,
3589            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3590        method.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMethod)
3591        fitSizer.Add(method,0,WACV)
3592        iters = ['10','25','50','100','150','200']       
3593        fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' No. iterations: '),0,WACV)
3594        Method = data['Size']['Method']
3595        iter = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size'][Method]['Niter']),choices=iters,
3596            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3597        Indx[iter.GetId()] = [data['Size'][Method],'Niter',0]
3598        iter.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3599        fitSizer.Add(iter,0,WACV)
3600        if 'MaxEnt' in data['Size']['Method']:
3601            fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Log floor factor: '),0,WACV)
3602            floors = [str(-i) for i in range(9)]
3603            floor = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MaxEnt']['Sky']),choices=floors,
3604                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3605            Indx[floor.GetId()] = [data['Size']['MaxEnt'],'Sky',-10]
3606            floor.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3607            fitSizer.Add(floor,0,WACV)
3608        elif 'IPG' in data['Size']['Method']:
3609            fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Q power weight (-1 for sigma): '),0,WACV)
3610            choices = ['-1','0','1','2','3','4']
3611            power = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['IPG']['Power']),choices=choices,
3612                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3613            Indx[power.GetId()] = [data['Size']['IPG'],'Power',-2]
3614            power.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3615            fitSizer.Add(power,0,WACV)
3616        sizeSizer.Add(fitSizer,0)
3617
3618        return sizeSizer
3619       
3620    def PartSizer():
3621       
3622        FormFactors = {'Sphere':{},'Spheroid':{'Aspect ratio':[1.0,False]},
3623            'Cylinder':{'Length':[100.,False]},'Cylinder diam':{'Diameter':[100.,False]},
3624            'Cylinder AR':{'Aspect ratio':[1.0,False]},'Unified sphere':{},
3625            'Unified rod':{'Length':[100.,False]},'Unified rod AR':{'Aspect ratio':[1.0,False]},
3626            'Unified disk':{'Thickness':[100.,False]},
3627            'Unified tube':{'Length':[100.,False],'Thickness':[10.,False]},}
3628               
3629        StructureFactors = {'Dilute':{},'Hard sphere':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False]},
3630            'Sticky hard sphere':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False],'epis':[0.05,False],'Sticky':[0.2,False]},
3631            'Square well':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False],'Depth':[0.1,False],'Width':[1.,False]},
3632            'InterPrecipitate':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False]},}
3633               
3634        ffDistChoices =  ['Sphere','Spheroid','Cylinder','Cylinder diam',
3635            'Cylinder AR','Unified sphere','Unified rod','Unified rod AR',
3636            'Unified disk','Unified tube',]
3637               
3638        ffMonoChoices = ['Sphere','Spheroid','Cylinder','Cylinder AR',]
3639       
3640        sfChoices = ['Dilute','Hard sphere','Sticky hard sphere','Square well','InterPrecipitate',]
3641           
3642        slMult = 1000.
3643                 
3644        def OnValue(event):
3645            Obj = event.GetEventObject()
3646            item,key,sldrObj = Indx[Obj.GetId()]
3647            try:
3648                value = float(Obj.GetValue())
3649                if value <= 0.:
3650                    raise ValueError
3651            except ValueError:
3652                value = item[key][0]
3653            item[key][0] = value
3654            Obj.SetValue('%.3g'%(value))
3655            if key in ['P','epis','Sticky','Depth','Width','VolFr','Dist']:
3656                sldrObj.SetValue(slMult*value)
3657            else:
3658                logv = np.log10(value)
3659                valMinMax = [logv-1,logv+1]
3660                sldrObj.SetRange(slMult*valMinMax[0],slMult*valMinMax[1])
3661                sldrObj.SetValue(slMult*logv)
3662            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3663            RefreshPlots()
3664           
3665        def OnSelect(event):
3666            Obj = event.GetEventObject()
3667            item,key = Indx[Obj.GetId()]
3668            item[key] = Obj.GetValue()
3669            if 'Refine' not in Obj.GetLabel():
3670                if 'FormFact' in key :
3671                    item['FFargs'] = FormFactors[Obj.GetValue()]
3672                elif 'StrFact' in key:
3673                    item['SFargs'] = StructureFactors[Obj.GetValue()]
3674                wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3675                G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3676                RefreshPlots()
3677               
3678        def OnDelLevel(event):
3679            Obj = event.GetEventObject()
3680            item = Indx[Obj.GetId()]
3681            del data['Particle']['Levels'][item]
3682            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3683            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3684            RefreshPlots()
3685           
3686        def OnParmSlider(event):
3687            Obj = event.GetEventObject()
3688            item,key,pvObj = Indx[Obj.GetId()]
3689            slide = Obj.GetValue()
3690            if key in ['P','epis','Sticky','Depth','Width','VolFr','Dist']:
3691                value = float(slide/slMult)
3692            else:
3693                value = 10.**float(slide/slMult)
3694            item[key][0] = value
3695            pvObj.SetValue('%.3g'%(item[key][0]))
3696            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3697            RefreshPlots()
3698           
3699        def SizeSizer():
3700            sizeSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
3701            sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Distribution: '),0,WACV)
3702            Distchoice = ['LogNormal','Gaussian','LSW','Schulz-Zimm','Bragg','Unified','Porod','Monodisperse',]
3703            distChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['DistType'],choices=Distchoice,
3704                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3705            Indx[distChoice.GetId()] = [level['Controls'],'DistType']
3706            distChoice.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3707            sizeSizer.Add(distChoice,0,WACV)    #put structure factor choices here
3708            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg','Unified','Porod',]:
3709                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Form Factor: '),0,WACV)
3710                if 'Mono' in level['Controls']['DistType']:
3711                    ffChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['FormFact'],choices=ffMonoChoices,
3712                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3713                else:
3714                    ffChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['FormFact'],choices=ffDistChoices,
3715                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3716                Indx[ffChoice.GetId()] = [level['Controls'],'FormFact']
3717                ffChoice.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3718                sizeSizer.Add(ffChoice,0,WACV)
3719               
3720                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Material: '),0,WACV)
3721                matSel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['Material'],
3722                    choices=Substances['Substances'].keys(),style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3723                Indx[matSel.GetId()] = [level['Controls'],'Material']
3724                matSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)       
3725                sizeSizer.Add(matSel,0,WACV) #do neutron test here?
3726                rho = Substances['Substances'][level['Controls']['Material']].get('XAnom density',0.0)
3727                level['Controls']['Contrast'] = contrast = (rho-rhoMat)**2                 
3728                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Resonant X-ray contrast: '),0,WACV)
3729                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=%.2f 10%scm%s'%(contrast,Pwr20,Pwrm4)),0,WACV)
3730                if 'Mono' not in level['Controls']['DistType']:
3731                    sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Num. radii: '),0,WACV)
3732                    radii = ['25','50','75','100','200']
3733                    nRadii = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(level['Controls']['NumPoints']),choices=radii,
3734                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3735                    Indx[nRadii.GetId()] = [level['Controls'],'NumPoints']
3736                    nRadii.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3737                    sizeSizer.Add(nRadii,0,WACV)
3738                    sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' R dist. cutoff: '),0,WACV)
3739                    rCutoff = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,level['Controls'],'Cutoff',
3740                        min=0.001,max=0.1,typeHint=float)
3741                    sizeSizer.Add(rCutoff,0,WACV)
3742            elif level['Controls']['DistType']  in ['Unified',]:
3743                Parms = level['Unified']
3744                Best = G2sasd.Bestimate(Parms['G'][0],Parms['Rg'][0],Parms['P'][0])
3745                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Estimated Dist B: %12.4g'%(Best)),0,WACV)
3746            return sizeSizer
3747           
3748        def ParmSizer():
3749            parmSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,5,5)
3750            parmSizer.AddGrowableCol(2,1)
3751            parmSizer.SetFlexibleDirection(wx.HORIZONTAL)
3752            Parms = level[level['Controls']['DistType']]
3753            FFargs = level['Controls']['FFargs']
3754            SFargs = level['Controls'].get('SFargs',{})
3755            parmOrder = ['Volume','Radius','Mean','StdDev','MinSize','G','Rg','B','P','Cutoff',
3756                'PkInt','PkPos','PkSig','PkGam',]
3757            for parm in parmOrder:
3758                if parm in Parms:
3759                    if parm == 'MinSize':
3760                        parmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Dist '+parm),0,wx.ALIGN_CENTER)
3761                    else:
3762                        parmVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine? Dist '+parm) 
3763                        parmVar.SetValue(Parms[parm][1])
3764                        parmVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3765                        parmSizer.Add(parmVar,0,WACV)
3766                        Indx[parmVar.GetId()] = [Parms[parm],1]
3767                    parmValue = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(Parms[parm][0]),
3768                        style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3769                    parmValue.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValue)       
3770                    parmValue.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValue)
3771                    parmSizer.Add(parmValue,0,WACV)
3772                    if parm == 'P':
3773                        value = Parms[parm][0]
3774                        valMinMax = [0.1,4.2]
3775                    else:
3776                        value = np.log10(Parms[parm][0])
3777                        valMinMax = [value-1,value+1]
3778                    parmSldr = wx.Slider(G2frame.dataDisplay,minValue=slMult*valMinMax[0],
3779                        maxValue=slMult*valMinMax[1],value=slMult*value)
3780                    Indx[parmValue.GetId()] = [Parms,parm,parmSldr]
3781                    Indx[parmSldr.GetId()] = [Parms,parm,parmValue]
3782                    parmSldr.Bind(wx.EVT_SLIDER,OnParmSlider)
3783                    parmSizer.Add(parmSldr,1,wx.EXPAND)
3784            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg']:
3785                parmOrder = ['Aspect ratio','Length','Diameter','Thickness','VolFr','Dist','epis','Sticky','Depth','Width']
3786                fTypes = ['FF ','SF ']
3787                for iarg,Args in enumerate([FFargs,SFargs]):
3788                    for parm in parmOrder:
3789                        if parm in Args:
3790                            parmVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine? '+fTypes[iarg]+parm) 
3791                            parmVar.SetValue(Args[parm][1])
3792                            Indx[parmVar.GetId()] = [Args[parm],1]
3793                            parmVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3794                            parmSizer.Add(parmVar,0,WACV)
3795                            parmValue = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(Args[parm][0]),
3796                                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3797                            parmValue.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValue)       
3798                            parmValue.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValue)
3799                            parmSizer.Add(parmValue,0,WACV)
3800                            value = Args[parm][0]
3801                            if parm == 'epis':
3802                                valMinMax = [0,.1]
3803                            elif parm in ['Sticky','Width',]:
3804                                valMinMax = [0,1.]
3805                            elif parm == 'Depth':
3806                                valMinMax = [-2.,2.]
3807                            elif parm == 'Dist':
3808                                valMinMax = [100.,1000.]
3809                            elif parm == 'VolFr':
3810                                valMinMax = [1.e-4,1.]
3811                            else:
3812                                value = np.log10(Args[parm][0])
3813                                valMinMax = [value-1,value+1]
3814                            parmSldr = wx.Slider(G2frame.dataDisplay,minValue=slMult*valMinMax[0],
3815                                maxValue=slMult*valMinMax[1],value=slMult*value)
3816                            Indx[parmVar.GetId()] = [Args[parm],1]
3817                            Indx[parmValue.GetId()] = [Args,parm,parmSldr]
3818                            Indx[parmSldr.GetId()] = [Args,parm,parmValue]
3819                            parmSldr.Bind(wx.EVT_SLIDER,OnParmSlider)
3820                            parmSizer.Add(parmSldr,1,wx.EXPAND)
3821            return parmSizer               
3822           
3823        Indx = {}
3824        partSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3825        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3826        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Particle fit parameters: '),0,WACV)
3827        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Matrix: '),0,WACV)
3828        matsel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Particle']['Matrix']['Name'],
3829            choices=Substances['Substances'].keys(),style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3830        Indx[matsel.GetId()] = [data['Particle']['Matrix'],'Name'] 
3831        matsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect) #Do neutron test here?
3832        rhoMat = Substances['Substances'][data['Particle']['Matrix']['Name']].get('XAnom density',0.0)       
3833        topSizer.Add(matsel,0,WACV)
3834        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Volume fraction: '),0,WACV)
3835        volfrac = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data['Particle']['Matrix']['VolFrac'],0,
3836                typeHint=float)
3837        topSizer.Add(volfrac,0,WACV)
3838        volVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?')
3839        volVar.SetValue(data['Particle']['Matrix']['VolFrac'][1])
3840        Indx[volVar.GetId()] = [data['Particle']['Matrix']['VolFrac'],1]
3841        volVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3842        topSizer.Add(volVar,0,WACV)
3843        partSizer.Add(topSizer,0,)
3844        for ilev,level in enumerate(data['Particle']['Levels']):
3845            G2gd.HorizontalLine(partSizer,G2frame.dataDisplay)
3846            topLevel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3847            topLevel.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Model component %d: '%(ilev)),0,WACV)
3848            delBtn = wx.Button(G2frame.dataDisplay,label=' Delete?')
3849            Indx[delBtn.GetId()] = ilev
3850            delBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnDelLevel)
3851            topLevel.Add(delBtn,0,WACV)
3852            partSizer.Add(topLevel,0)
3853            partSizer.Add(SizeSizer())
3854            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg','Unified','Porod',]:
3855                topLevel.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Structure factor: '),0,WACV)
3856                strfctr = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['StrFact'],
3857                    choices=sfChoices,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3858                Indx[strfctr.GetId()] = [level['Controls'],'StrFact']
3859                strfctr.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3860                topLevel.Add(strfctr,0,WACV)
3861            partSizer.Add(ParmSizer(),0,wx.EXPAND)
3862        return partSizer
3863       
3864    def OnEsdScale(event):
3865        try:
3866            value = float(esdScale.GetValue())
3867            if value <= 0.:
3868                raise ValueError
3869        except ValueError:
3870            value = 1./np.sqrt(ProfDict['wtFactor'])
3871        ProfDict['wtFactor'] = 1./value**2
3872        esdScale.SetValue('%.3f'%(value))
3873        RefreshPlots(True)
3874       
3875    def OnBackChange(event):
3876        try:
3877            value = float(backVal.GetValue())
3878        except ValueError:
3879            value = 0.0
3880        backVal.SetValue('%.3g'%(value))
3881        data['Back'][0] = value
3882        Profile[4][:] = value
3883        RefreshPlots()
3884       
3885    def OnBackFile(event):  #multiple backgrounds?
3886        data['BackFile'] = backFile.GetValue()
3887        if data['BackFile']:
3888            fixBack =  data['Back'][0]
3889            BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,data['BackFile'])
3890            BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3891            Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3892        else:
3893            Profile[5] = np.zeros(len(Profile[5]))
3894        RefreshPlots(True)
3895           
3896    Sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Sample Parameters'))
3897    Limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Limits'))
3898    Substances = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Substances'))
3899    ProfDict,Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[:2]
3900    if data['BackFile']:
3901        BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,data['BackFile'])
3902        BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3903        Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3904    if G2frame.dataDisplay:
3905        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
3906    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ModelMenu)
3907    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3908        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3909    G2frame.dataFrame.SetLabel('Modelling')
3910    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
3911    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyModel, id=G2gd.wxID_MODELCOPY)
3912    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyFlags, id=G2gd.wxID_MODELCOPYFLAGS)
3913    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnFitModel, id=G2gd.wxID_MODELFIT)
3914    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnFitModelAll, id=G2gd.wxID_MODELFITALL)
3915    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnUnDo, id=G2gd.wxID_MODELUNDO)
3916    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddModel, id=G2gd.wxID_MODELADD)
3917    Indx = {}
3918    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3919    topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3920    models = ['Size dist.','Particle fit']
3921    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Modeling by: '),0,WACV)
3922    fitSel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Current'],choices=models,
3923        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3924    fitSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelectFit)       
3925    topSizer.Add(fitSel,0,WACV)
3926    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Error multiplier: '),0,WACV)
3927    esdScale = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(1./np.sqrt(ProfDict['wtFactor'])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3928    esdScale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnEsdScale)       
3929    esdScale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnEsdScale)
3930    topSizer.Add(esdScale,0,WACV)
3931    mainSizer.Add(topSizer)
3932    G2gd.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.dataDisplay)
3933    if 'Size' in data['Current']:
3934        if 'MaxEnt' in data['Size']['Method']:
3935            Status.SetStatusText('Size distribution by Maximum entropy')
3936        elif 'IPG' in data['Size']['Method']:
3937            Status.SetStatusText('Size distribution by Interior-Point Gradient')
3938        mainSizer.Add(SizeSizer())       
3939    elif 'Particle' in data['Current']:
3940        mainSizer.Add(PartSizer(),1,wx.ALIGN_LEFT|wx.EXPAND)
3941    G2gd.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.dataDisplay)   
3942    backSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3943    backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Background:'),0,WACV)
3944    backVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(data['Back'][0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3945    Indx[backVal.GetId()] = ['Back',0,'%.3g']
3946    backVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnBackChange)       
3947    backVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnBackChange)
3948    backSizer.Add(backVal,0,WACV)
3949    backVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine?')
3950    Indx[backVar.GetId()] = [data['Back'],1]
3951    backVar.SetValue(data['Back'][1])
3952    backVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnCheckBox)
3953    backSizer.Add(backVar,0,WACV)
3954    #multiple background files?
3955    backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background file: '),0,WACV)
3956    Choices = ['',]+G2gd.GetPatternTreeDataNames(G2frame,['SASD',])
3957    backFile = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['BackFile'],choices=Choices,
3958        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3959    backFile.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnBackFile)
3960    backSizer.Add(backFile)   
3961    mainSizer.Add(backSizer)
3962
3963    mainSizer.Layout()   
3964    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
3965    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
3966    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
3967    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
3968    Size[0] += 25
3969    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
3970    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
3971   
3972################################################################################
3973#####  PDF controls
3974################################################################################           
3975       
3976def UpdatePDFGrid(G2frame,data):
3977    '''respond to selection of PWDR PDF data tree item.
3978    '''
3979    global inst
3980    tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
3981    dataFile = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3982    powName = 'PWDR'+dataFile[4:]
3983    powId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, powName)
3984    fullLimits,limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,powId, 'Limits'))[:2]
3985    inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,powId, 'Instrument Parameters'))[0]
3986    if 'Lam' in inst:
3987        keV = 12.397639/inst['Lam'][1]
3988    else:
3989        keV = 12.397639/inst['Lam1'][0]
3990    wave = 12.397639/keV
3991    qLimits = [tth2q(fullLimits[0],wave),tth2q(fullLimits[1],wave)]
3992    data['QScaleLim'][1] = min(qLimits[1],data['QScaleLim'][1])
3993    if data['QScaleLim'][0]:
3994        data['QScaleLim'][0] = max(qLimits[0],data['QScaleLim'][0])
3995    else:                                #initial setting at 90% of max Q
3996        data['QScaleLim'][0] = 0.90*data['QScaleLim'][1]
3997    polariz = inst['Polariz.'][1]
3998    azimuth = inst['Azimuth'][1]
3999    itemDict = {}
4000   
4001    def FillFileSizer(fileSizer,key):
4002        #fileSizer is a FlexGridSizer(3,6)
4003       
4004        def OnSelectFile(event):
4005            Obj = event.GetEventObject()
4006            fileKey,itemKey,fmt = itemDict[Obj.GetId()]
4007            if itemKey == 'Name':
4008                value = Obj.GetValue()
4009            Obj.SetValue(fmt%(value))
4010            data[fileKey][itemKey] = value
4011            UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4012       
4013        def OnValueChange(event):
4014            Obj = event.GetEventObject()
4015            fileKey,itemKey,fmt = itemDict[Obj.GetId()]
4016            try:
4017                value = float(Obj.GetValue())
4018            except ValueError:
4019                value = -1.0
4020            Obj.SetValue(fmt%(value))
4021            data[fileKey][itemKey] = value
4022            auxPlot = ComputePDF(data)
4023            G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)
4024                       
4025        item = data[key]
4026        fileList = np.array(GetFileList('PWDR')).T[1]
4027        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' '+key+' file:'),0,WACV)
4028        fileName = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=item['Name'],choices=fileList,
4029            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
4030        itemDict[fileName.GetId()] = [key,'Name','%s']
4031        fileName.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelectFile)       
4032        fileSizer.Add(fileName,0,)
4033        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='Multiplier:'),0,WACV)
4034        mult = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(item['Mult']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4035        itemDict[mult.GetId()] = [key,'Mult','%.3f']
4036        mult.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
4037        mult.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
4038        fileSizer.Add(mult,0,)
4039        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='Add:'),0,WACV)
4040        add = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.0f'%(item['Add']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4041        itemDict[add.GetId()] = [key,'Add','%.0f']
4042        add.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
4043        add.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
4044        fileSizer.Add(add,0,)
4045       
4046    def SumElementVolumes():
4047        sumVol = 0.
4048        ElList = data['ElList']
4049        for El in ElList:
4050            Avol = (4.*math.pi/3.)*ElList[El]['Drad']**3
4051            sumVol += Avol*ElList[El]['FormulaNo']
4052        return sumVol
4053        auxPlot = ComputePDF(data)
4054        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4055       
4056    def FillElemSizer(elemSizer,ElData):
4057       
4058        def OnFractionChange(event):
4059            try:
4060                value = max(0.0,float(num.GetValue()))
4061            except ValueError:
4062                value = 0.0
4063            num.SetValue('%.3f'%(value))
4064            ElData['FormulaNo'] = value
4065            data['Form Vol'] = max(10.0,SumElementVolumes())
4066            formVol.SetValue('%.2f'%(data['Form Vol']))
4067            wx.CallAfter(UpdatePDFGrid,G2frame,data)
4068            auxPlot = ComputePDF(data)
4069            G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4070       
4071        elemSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,
4072            label=' Element: '+'%2s'%(ElData['Symbol'])+' * '),0,WACV)
4073        num = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(ElData['FormulaNo']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4074        num.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFractionChange)       
4075        num.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFractionChange)
4076        elemSizer.Add(num,0,WACV)
4077        elemSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,
4078            label="f': %.3f"%(ElData['fp'])+' f": %.3f'%(ElData['fpp'])+' mu: %.2f barns'%(ElData['mu']) ),
4079            0,WACV)
4080           
4081    def OnGeometry(event):
4082        data['Geometry'] = geometry.GetValue()
4083        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4084        auxPlot = ComputePDF(data)
4085        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4086       
4087    def OnDetType(event):
4088        data['DetType'] = detType.GetValue()
4089        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4090        auxPlot = ComputePDF(data)
4091        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4092       
4093    def OnFormVol(event):
4094        try:
4095            value = float(formVol.GetValue())
4096            if value <= 0.0:
4097                raise ValueError
4098        except ValueError:
4099            value = data['Form Vol']
4100        data['Form Vol'] = value
4101        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4102        auxPlot = ComputePDF(data)
4103        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)       
4104       
4105    def OnDiameter(event):
4106        try:
4107            value = float(diam.GetValue())
4108            if value <= 0.0:
4109                raise ValueError
4110        except ValueError:
4111            value = data['Diam']
4112        data['Diam']