source: trunk/GSASIIpwdGUI.py @ 1586

Last change on this file since 1586 was 1586, checked in by vondreele, 8 years ago

another sqrt error trapped

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 209.2 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIpwdGUI - powder data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2014-11-25 22:09:18 +0000 (Tue, 25 Nov 2014) $
5# $Author: vondreele $
6# $Revision: 1586 $
7# $URL: trunk/GSASIIpwdGUI.py $
8# $Id: GSASIIpwdGUI.py 1586 2014-11-25 22:09:18Z vondreele $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIpwdGUI: Powder Pattern GUI routines*
12-------------------------------------------
13
14Used to define GUI controls for the routines that interact
15with the powder histogram (PWDR) data tree items.
16
17'''
18import sys
19import os.path
20import wx
21import wx.grid as wg
22import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
23import numpy as np
24import numpy.ma as ma
25import math
26import time
27import copy
28import random as ran
29import cPickle
30import GSASIIpath
31GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1586 $")
32import GSASIImath as G2mth
33import GSASIIpwd as G2pwd
34import GSASIIIO as G2IO
35import GSASIIlattice as G2lat
36import GSASIIspc as G2spc
37import GSASIIindex as G2indx
38import GSASIIplot as G2plt
39import GSASIIgrid as G2gd
40import GSASIIElemGUI as G2elemGUI
41import GSASIIElem as G2elem
42import GSASIIsasd as G2sasd
43import GSASIIexprGUI as G2exG
44VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
45WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
46Pwr10 = unichr(0x0b9)+unichr(0x0b0)
47Pwr20 = unichr(0x0b2)+unichr(0x0b0)
48Pwrm1 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b9)
49Pwrm2 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b2)
50Pwrm4 = unichr(0x207b)+unichr(0x2074)   #really -d but looks like -4 as a superscript
51# trig functions in degrees
52sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
53tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
54cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
55asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
56   
57def IsHistogramInAnyPhase(G2frame,histoName):
58    'Needs a doc string'
59    phases = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
60    if phases:
61        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(phases)
62        while item:
63            data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
64            histoList = data['Histograms'].keys()
65            if histoName in histoList:
66                return G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
67            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(phases, cookie)
68        return False
69    else:
70        return False
71
72def SetDefaultSample():
73    'Fills in default items for the Sample dictionary'
74    return {
75        'InstrName':'',
76        'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
77        'Scale':[1.0,True],'Type':'Debye-Scherrer','Absorption':[0.0,False],
78        'DisplaceX':[0.0,False],'DisplaceY':[0.0,False],'Diffuse':[],
79        'Temperature':300.,'Pressure':0.1,'Time':0.0,
80        'FreePrm1':0.,'FreePrm2':0.,'FreePrm3':0.,
81        'Gonio. radius':200.0,
82        'Omega':0.0,'Chi':0.0,'Phi':0.0,
83#SASD items
84        'Materials':[{'Name':'vacuum','VolFrac':1.0,},{'Name':'vacuum','VolFrac':0.0,}],
85        'Thick':1.0,'Contrast':[0.0,0.0],       #contrast & anomalous contrast
86        'Trans':1.0,                            #measured transmission
87        'SlitLen':0.0,                          #Slit length - in Q(A-1)
88        }
89def SetupSampleLabels(histName,dataType,histType):
90    '''Setup a list of labels and number formatting for use in
91    labeling sample parameters.
92    :param str histName: Name of histogram, ("PWDR ...")
93    :param str dataType:
94    '''
95    parms = []
96    parms.append(['Scale','Histogram scale factor: ',[10,4]])
97    if 'C' in histType:
98        parms.append(['Gonio. radius','Goniometer radius (mm): ',[10,3]])
99    if 'PWDR' in histName:
100        if dataType == 'Debye-Scherrer':
101            parms += [['DisplaceX',u'Sample X displ. perp. to beam (\xb5m): ',[10,3]],
102                ['DisplaceY',u'Sample Y displ. || to beam (\xb5m): ',[10,3]],
103                ['Absorption',u'Sample absorption (\xb5\xb7r): ',[10,4]],]
104            if 'T' in histType:
105                parms[-1] = ['Absorption',u'Sample absorption (\xb5\xb7r/l): ',[10,4]]
106        elif dataType == 'Bragg-Brentano':
107            parms += [['Shift',u'Sample displacement(\xb5m): ',[10,4]],
108                ['Transparency',u'Sample transparency(1/\xb5eff, cm): ',[10,3]],
109                ['SurfRoughA','Surface roughness A: ',[10,4]],
110                ['SurfRoughB','Surface roughness B: ',[10,4]]]
111    elif 'SASD' in histName:
112        parms.append(['Thick','Sample thickness (mm)',[10,3]])
113        parms.append(['Trans','Transmission (meas)',[10,3]])
114        parms.append(['SlitLen',u'Slit length (Q,\xc5'+Pwrm1+')',[10,3]])
115    parms.append(['Omega','Goniometer omega:',[10,3]])
116    parms.append(['Chi','Goniometer chi:',[10,3]])
117    parms.append(['Phi','Goniometer phi:',[10,3]])
118    parms.append(['Time','Clock time (s)',[12,3]])
119    parms.append(['Temperature','Sample temperature (K): ',[10,3]])
120    parms.append(['Pressure','Sample pressure (MPa): ',[10,3]])
121    return parms
122
123def SetDefaultSASDModel():
124    'Fills in default items for the SASD Models dictionary'   
125    return {'Back':[0.0,False],'Size':{'MinDiam':50,'MaxDiam':10000,'Nbins':100,'logBins':True,'Method':'MaxEnt','Distribution':[],
126        'Shape':['Spheroid',1.0],'MaxEnt':{'Niter':100,'Precision':0.01,'Sky':-3},
127        'IPG':{'Niter':100,'Approach':0.8,'Power':-1},'Reg':{},},           
128        'Particle':{'Matrix':{'Name':'vacuum','VolFrac':[0.0,False]},'Levels':[],},
129        'Current':'Size dist.','BackFile':'',
130        }
131       
132def SetDefaultSubstances():
133    'Fills in default items for the SASD Substances dictionary'
134    return {'Substances':{'vacuum':{'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':0.0,'Scatt density':0.0}}}
135
136def GetHistsLikeSelected(G2frame):
137    '''Get the histograms that match the current selected one:
138    The histogram prefix and data type (PXC etc.), the number of
139    wavelengths and the instrument geometry (Debye-Scherrer etc.)
140    must all match. The current histogram is not included in the list.
141
142    :param wx.Frame G2frame: pointer to main GSAS-II data tree
143    '''
144    histList = []
145    inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
146        G2gd.GetPatternTreeItemId(
147            G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters')
148        )
149    hType = inst['Type'][0]
150    if 'Lam1' in inst:
151        hLam = 2
152    elif 'Lam' in inst:
153        hLam = 1
154    else:
155        hLam = 0
156    sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
157        G2gd.GetPatternTreeItemId(
158            G2frame,G2frame.PatternId, 'Sample Parameters')
159        )
160    hGeom = sample.get('Type')
161    hstName = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
162    hPrefix = hstName.split()[0]+' '
163    # cycle through tree looking for items that match the above
164    item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)       
165    while item:
166        name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
167        if name.startswith(hPrefix) and name != hstName:
168            cGeom,cType,cLam, = '?','?',-1
169            subitem, subcookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(item)
170            while subitem:
171                subname = G2frame.PatternTree.GetItemText(subitem)
172                if subname == 'Sample Parameters':
173                    sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(subitem)
174                    cGeom = sample.get('Type')
175                elif subname == 'Instrument Parameters':
176                    inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(subitem)
177                    cType = inst['Type'][0]
178                    if 'Lam1' in inst:
179                        cLam = 2
180                    elif 'Lam' in inst:
181                        cLam = 1
182                    else:
183                        cLam = 0
184                subitem, subcookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(item, subcookie)
185            if cLam == hLam and cType == hType and cGeom == hGeom:
186                if name not in histList: histList.append(name)
187        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
188    return histList
189
190def SetCopyNames(histName,dataType,addNames=[]):
191    '''Determine the items in the sample parameters that should be copied,
192    depending on the histogram type and the instrument type.
193    '''
194    copyNames = ['Scale',]
195    histType = 'HKLF'
196    if 'PWDR' in histName:
197        histType = 'PWDR'
198        if 'Debye' in dataType:
199            copyNames += ['DisplaceX','DisplaceY','Absorption']
200        else:       #Bragg-Brentano
201            copyNames += ['Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']
202    elif 'SASD' in histName:
203        histType = 'SASD'
204        copyNames += ['Materials','Thick',]
205    if len(addNames):
206        copyNames += addNames
207    return histType,copyNames
208
209def CopySelectedHistItems(G2frame):
210    '''Global copy: Copy items from current histogram to others.
211    This is called from the menubar and is available only when the top histogram tree entry
212    is selected.
213    '''
214    hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
215    histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
216    if not histList:
217        G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
218        return
219    choices = ['Limits','Background','Instrument Parameters','Sample Parameters']
220    dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
221        G2frame.dataFrame, 
222        'Copy which histogram sections from\n'+str(hst[5:]),
223        'Select copy sections', choices, filterBox=False)
224    dlg.SetSelections(range(len(choices)))
225    choiceList = []
226    if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
227        choiceList = [choices[i] for i in dlg.GetSelections()]
228    if not choiceList: return
229   
230    dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
231        G2frame.dataFrame, 
232        'Copy parameters from\n'+str(hst[5:])+' to...',
233        'Copy parameters', histList)
234    results = []
235    try:
236        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
237            results = dlg.GetSelections()
238    finally:
239        dlg.Destroy()
240    copyList = []
241    for i in results: 
242        copyList.append(histList[i])
243
244    if 'Limits' in choiceList: # Limits
245        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
246            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Limits'))
247        for item in copyList:
248            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
249            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
250                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Limits'),
251                copy.deepcopy(data))
252    if 'Background' in choiceList:  # Background
253        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
254            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Background'))
255        for item in copyList:
256            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
257            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
258                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'),
259                copy.deepcopy(data))
260    if 'Instrument Parameters' in choiceList:  # Instrument Parameters
261        # for now all items in Inst. parms are copied
262        data,data1 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
263            G2gd.GetPatternTreeItemId(
264                G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
265        for item in copyList:
266            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
267            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
268                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters')
269                )[0].update(copy.deepcopy(data))
270            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
271                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters')
272                )[1].update(copy.deepcopy(data1))
273    if 'Sample Parameters' in choiceList:  # Sample Parameters
274        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
275            G2gd.GetPatternTreeItemId(
276                G2frame,G2frame.PatternId,'Sample Parameters'))
277        # selects items to be copied
278        histType,copyNames = SetCopyNames(hst,data['Type'],
279            addNames = ['Omega','Chi','Phi','Gonio. radius','InstrName'])
280        copyDict = {parm:data[parm] for parm in copyNames}
281        for item in copyList:
282            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
283            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
284                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters')
285                ).update(copy.deepcopy(copyDict))
286                         
287################################################################################
288#####  Powder Peaks
289################################################################################           
290       
291def UpdatePeakGrid(G2frame, data):
292    '''respond to selection of PWDR powder peaks data tree item.
293    '''
294    if G2frame.dataDisplay:
295        G2frame.dataFrame.Clear()
296       
297    def OnAutoSearch(event):
298        PatternId = G2frame.PatternId
299        PickId = G2frame.PickId
300        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
301        inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
302        profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
303        x0 = profile[0]
304        iBeg = np.searchsorted(x0,limits[0])
305        iFin = np.searchsorted(x0,limits[1])
306        x = x0[iBeg:iFin]
307        y0 = profile[1][iBeg:iFin]
308        y1 = copy.copy(y0)
309        ysig = np.std(y1)
310        offset = [-1,1]
311        ymask = ma.array(y0,mask=(y0<ysig))
312        for off in offset:
313            ymask = ma.array(ymask,mask=(ymask-np.roll(y0,off)<=0.))
314        indx = ymask.nonzero()
315        mags = ymask[indx]
316        poss = x[indx]
317        refs = zip(poss,mags)
318        if 'C' in Inst['Type'][0]:   
319            refs = G2mth.sortArray(refs,0,reverse=True)     #small 2-Thetas first
320        else:   #'T'OF
321            refs = G2mth.sortArray(refs,0,reverse=False)    #big TOFs first
322        for i,ref1 in enumerate(refs):
323            for ref2 in refs[i+1:]:
324                if abs(ref2[0]-ref1[0]) < 0.1*G2pwd.getFWHM(ref1[0],inst):
325                    del(refs[i])
326        if 'C' in Inst['Type'][0]:   
327            refs = G2mth.sortArray(refs,1,reverse=True)
328        else:   #'T'OF
329            refs = G2mth.sortArray(refs,1,reverse=False)
330        for pos,mag in refs:
331            data['peaks'].append(G2mth.setPeakparms(inst,inst2,pos,mag))
332        UpdatePeakGrid(G2frame,data)
333        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
334       
335    def OnCopyPeaks(event):
336        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
337        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
338        if not histList:
339            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
340            return
341        copyList = []
342        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
343            G2frame.dataFrame, 
344            'Copy peak list from\n'+str(hst[5:])+' to...',
345            'Copy peaks', histList)
346        try:
347            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
348                for i in dlg.GetSelections():
349                    copyList.append(histList[i])
350        finally:
351            dlg.Destroy()
352        for item in copyList:
353            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
354            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
355                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Peak List'),copy.deepcopy(data))
356   
357    def OnUnDo(event):
358        DoUnDo()
359        G2frame.dataFrame.UnDo.Enable(False)
360       
361    def DoUnDo():
362        print 'Undo last refinement'
363        file = open(G2frame.undofile,'rb')
364        PatternId = G2frame.PatternId
365        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
366            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item),cPickle.load(file))
367            if G2frame.dataDisplay.GetName() == item:
368                if item == 'Background':
369                    UpdateBackground(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
370                elif item == 'Instrument Parameters':
371                    UpdateInstrumentGrid(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
372                elif item == 'Peak List':
373                    UpdatePeakGrid(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
374            print item,' recovered'
375        file.close()
376       
377    def SaveState():
378        G2frame.undofile = os.path.join(G2frame.dirname,'GSASII.save')
379        file = open(G2frame.undofile,'wb')
380        PatternId = G2frame.PatternId
381        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
382            cPickle.dump(G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId,item)),file,1)
383        file.close()
384        G2frame.dataFrame.UnDo.Enable(True)
385       
386    def OnLSQPeakFit(event):
387        if not G2frame.GSASprojectfile:            #force a save of the gpx file so SaveState can wirte in the same directory
388            G2frame.OnFileSaveas(event)
389        OnPeakFit('LSQ')
390       
391    def OnOneCycle(event):
392        OnPeakFit('LSQ',oneCycle=True)
393       
394    def OnSeqPeakFit(event):
395        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
396        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
397        if not histList:
398            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
399            return
400        sel = []
401        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential peak fits',
402             'Select dataset to include',histList)
403        dlg.SetSelections(sel)
404        names = []
405        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
406            for sel in dlg.GetSelections():
407                names.append(histList[sel])
408        dlg.Destroy()
409        SeqResult = {}
410        Reverse = False
411        CopyForward = False
412        choice = ['Reverse sequence','Copy from prev.',]
413        dlg = wx.MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame,'Sequential controls','Select controls',choice)
414        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
415            for sel in dlg.GetSelections():
416                if sel:
417                    CopyForward = True
418                else:
419                    Reverse = True
420        dlg.Destroy()
421        dlg = wx.ProgressDialog('Sequential peak fit','Data set name = '+names[0],len(names), 
422            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
423        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
424        controls = {'deriv type':'analytic','min dM/M':0.0001,}
425        Controls['ShowCell'] = False
426        print 'Peak Fitting with '+controls['deriv type']+' derivatives:'
427        oneCycle = False
428        FitPgm = 'LSQ'
429        prevVaryList = []
430        Names = []
431        if Reverse:
432            names.reverse()
433        try:
434            for i,name in enumerate(names):
435                print ' Sequential fit for ',name
436                GoOn = dlg.Update(i,newmsg='Data set name = '+name)[0]
437                if not GoOn:
438                    break
439                PatternId =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
440                if i and CopyForward:
441                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.deepcopy(peaks))
442                    prevVaryList = varyList[:]
443                peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
444                background = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Background'))
445                limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
446                inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
447                data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
448                wx.BeginBusyCursor()
449                dlg2 = wx.ProgressDialog('Residual','Peak fit Rwp = ',101.0, 
450                    style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
451                screenSize = wx.ClientDisplayRect()
452                Size = dlg.GetSize()
453                dlg2.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
454                try:
455                    peaks['sigDict'],result,sig,Rvals,varyList,parmDict,fullvaryList,badVary = G2pwd.DoPeakFit(FitPgm,peaks['peaks'],
456                        background,limits,inst,inst2,data,prevVaryList,oneCycle,controls,dlg2)
457                finally:
458                    dlg2.Destroy()
459                if len(result[0]) != len(fullvaryList):
460                    print ' ***** Sequential peak fit stopped at '+name+' *****'
461                    break
462                else:
463                    Names.append(name)   
464                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.deepcopy(peaks))
465                    SeqResult[name] = {'variables':result[0],'varyList':varyList,'sig':sig,'Rvals':Rvals,
466                        'covMatrix':np.eye(len(result[0])),'title':name,'parmDict':parmDict,
467                        'fullVary':fullvaryList,'badVary':badVary}
468            dlg.Destroy()
469            print ' ***** Sequential peak fit successful *****'
470        finally:
471            wx.EndBusyCursor()
472        SeqResult['histNames'] = Names
473        Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Sequential results')
474        if Id:
475            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
476        else:
477            Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Sequential results')
478            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
479        G2frame.PatternTree.SelectItem(Id)
480       
481    def OnClearPeaks(event):
482        dlg = wx.MessageDialog(G2frame,'Delete all peaks?','Clear peak list',wx.OK|wx.CANCEL)
483        try:
484            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
485                peaks = {'peaks':[],'sigDict':{}}
486        finally:
487            dlg.Destroy()
488        UpdatePeakGrid(G2frame,peaks)
489        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
490       
491    def OnPeakFit(FitPgm,oneCycle=False):
492        SaveState()
493        controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
494        if not controls:
495            controls = {'deriv type':'analytic','min dM/M':0.0001,}     #fill in defaults if needed
496        print 'Peak Fitting with '+controls['deriv type']+' derivatives:'
497        PatternId = G2frame.PatternId
498        PickId = G2frame.PickId
499        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
500        if not peaks:
501            G2frame.ErrorDialog('No peaks!','Nothing to fit!')
502            return
503        background = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Background'))
504        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
505        inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
506        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
507        wx.BeginBusyCursor()
508        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','Peak fit Rwp = ',101.0, 
509            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
510        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
511        Size = dlg.GetSize()
512        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
513        try:
514            peaks['sigDict'] = G2pwd.DoPeakFit(FitPgm,peaks['peaks'],background,limits,inst,inst2,data,[],oneCycle,controls,dlg)[0]
515        finally:
516            wx.EndBusyCursor()   
517        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.copy(peaks))
518        UpdatePeakGrid(G2frame,copy.copy(peaks))
519        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
520        print 'finished'
521        return
522       
523    def OnResetSigGam(event):
524        PatternId = G2frame.PatternId
525        PickId = G2frame.PickId
526        Inst,Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
527        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
528        if not peaks['peaks']:
529            G2frame.ErrorDialog('No peaks!','Nothing to do!')
530            return
531        newpeaks = {'peaks':[],'sigDict':{}}
532        for peak in peaks['peaks']:
533            newpeaks['peaks'].append(G2mth.setPeakparms(Inst,Inst2,peak[0],peak[2]))
534        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),newpeaks)
535        UpdatePeakGrid(G2frame,newpeaks)
536               
537    def RefreshPeakGrid(event):
538        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
539       
540        event.StopPropagation()
541        data['peaks'] = G2frame.PeakTable.GetData()
542        T = []
543        for peak in data['peaks']:T.append(peak[0])
544        D = dict(zip(T,data['peaks']))
545        T.sort()
546        X = []
547        for key in T: X.append(D[key])
548        data['peaks'] = X       
549       
550    def setBackgroundColors():
551       for r in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberRows()):
552           for c in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberCols()):
553               if G2frame.dataDisplay.GetColLabelValue(c) in ['position','intensity','alpha','beta','sigma','gamma']:
554                   if float(G2frame.dataDisplay.GetCellValue(r,c)) < 0.:
555                       G2frame.dataDisplay.SetCellBackgroundColour(r,c,wx.RED)
556                   else:
557                       G2frame.dataDisplay.SetCellBackgroundColour(r,c,wx.WHITE)
558                                                 
559    def KeyEditPeakGrid(event):
560        rowList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
561        colList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
562        selectList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCells()
563        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PickId)
564        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
565            event.Skip(True)
566        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
567            event.Skip(True)
568        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
569            event.Skip(True)
570        elif rowList:
571            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
572            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_DELETE:
573                G2frame.dataDisplay.ClearGrid()
574                rowList.sort()
575                rowList.reverse()
576                nDel = 0
577                for row in rowList:
578                    G2frame.PeakTable.DeleteRow(row)
579                    nDel += 1
580                if nDel:
581                    msg = wg.GridTableMessage(G2frame.PeakTable, 
582                        wg.GRIDTABLE_NOTIFY_ROWS_DELETED,0,nDel)
583                    G2frame.dataDisplay.ProcessTableMessage(msg)
584                data = G2frame.PeakTable.GetData()
585                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2frame.PickId,data[:-nDel])
586                G2frame.dataDisplay.ForceRefresh()
587                setBackgroundColors()
588                       
589        elif colList:
590            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
591            key = event.GetKeyCode()
592            for col in colList:
593                if G2frame.PeakTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
594                    if key == 89: #'Y'
595                        for row in range(G2frame.PeakTable.GetNumberRows()): data['peaks'][row][col]=True
596                    elif key == 78:  #'N'
597                        for row in range(G2frame.PeakTable.GetNumberRows()): data['peaks'][row][col]=False
598        elif selectList:
599            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
600            key = event.GetKeyCode()
601            for row,col in selectList:
602                if G2frame.PeakTable.GetTypeName(row,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
603                    if key == 89: #'Y'
604                        data['peaks'][row][col]=True
605                    elif key == 78:  #'N'
606                        data['peaks'][row][col]=False
607        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
608           
609    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.PeakMenu)
610    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
611        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
612    Status.SetStatusText('Global refine: select refine column & press Y or N')
613    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAutoSearch, id=G2gd.wxID_AUTOSEARCH)
614    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyPeaks, id=G2gd.wxID_PEAKSCOPY)
615    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnUnDo, id=G2gd.wxID_UNDO)
616    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnLSQPeakFit, id=G2gd.wxID_LSQPEAKFIT)
617    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnOneCycle, id=G2gd.wxID_LSQONECYCLE)
618    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSeqPeakFit, id=G2gd.wxID_SEQPEAKFIT)
619    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnClearPeaks, id=G2gd.wxID_CLEARPEAKS)
620    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnResetSigGam, id=G2gd.wxID_RESETSIGGAM)
621    if data['peaks']:
622        G2frame.dataFrame.AutoSearch.Enable(False)
623        G2frame.dataFrame.PeakCopy.Enable(True)
624        G2frame.dataFrame.PeakFit.Enable(True)
625        G2frame.dataFrame.PFOneCycle.Enable(True)
626        G2frame.dataFrame.SeqPeakFit.Enable(True)
627    else:
628        G2frame.dataFrame.PeakFit.Enable(False)
629        G2frame.dataFrame.PeakCopy.Enable(False)
630        G2frame.dataFrame.PFOneCycle.Enable(False)
631        G2frame.dataFrame.AutoSearch.Enable(True)
632        G2frame.dataFrame.SeqPeakFit.Enable(False)
633    G2frame.PickTable = []
634    rowLabels = []
635    PatternId = G2frame.PatternId
636    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
637    for i in range(len(data['peaks'])): rowLabels.append(str(i+1))
638    if 'C' in Inst['Type'][0]:
639        colLabels = ['position','refine','intensity','refine','sigma','refine','gamma','refine']
640        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
641            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',wg.GRID_VALUE_BOOL,
642            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
643            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
644    else:
645        colLabels = ['position','refine','intensity','refine','alpha','refine',
646            'beta','refine','sigma','refine','gamma','refine']
647        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',wg.GRID_VALUE_BOOL,
648            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
649            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
650            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
651            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
652            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
653    T = []
654    for peak in data['peaks']:
655        T.append(peak[0])
656    D = dict(zip(T,data['peaks']))
657    T.sort()
658    if 'T' in Inst['Type'][0]:  #want big TOF's first
659        T.reverse()
660    X = []
661    for key in T: X.append(D[key])
662    data['peaks'] = X
663    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2frame.PickId,data)
664    G2frame.PeakTable = G2gd.Table(data['peaks'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
665    G2frame.dataFrame.SetLabel('Peak List')
666    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
667    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.PeakTable, True)
668    setBackgroundColors()                         
669    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, RefreshPeakGrid)
670    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
671    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
672    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
673    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([535,350])
674    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
675       
676################################################################################
677#####  Background
678################################################################################           
679       
680def UpdateBackground(G2frame,data):
681    '''respond to selection of PWDR background data tree item.
682    '''
683    if len(data) < 2:       #add Debye diffuse & peaks scattering here
684        data.append({'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]})
685    if 'nPeaks' not in data[1]:
686        data[1].update({'nPeaks':0,'peaksList':[]})
687    ValObj = {}
688   
689    def OnBackFlagCopy(event):
690        flag = data[0][1]
691        backDict = data[-1]
692        if backDict['nDebye']:
693            DBflags = []
694            for term in backDict['debyeTerms']:
695                DBflags.append(term[1::2])
696        if backDict['nPeaks']:
697            PKflags = []
698            for term in backDict['peaksList']:
699                PKflags.append(term[1::2])           
700        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
701        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
702        if not histList:
703            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
704            return
705        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
706            G2frame.dataFrame, 
707            'Copy bkg ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
708            'Copy bkg flags', histList)
709        copyList = []
710        try:
711            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
712                for i in dlg.GetSelections(): 
713                    copyList.append(histList[i])
714        finally:
715            dlg.Destroy()
716        for item in copyList:
717            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
718            backData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'))
719            backData[0][1] = copy.copy(flag)
720            bkDict = backData[-1]
721            if bkDict['nDebye'] == backDict['nDebye']:
722                for i,term in enumerate(bkDict['debyeTerms']):
723                    term[1::2] = copy.copy(DBflags[i])
724            if bkDict['nPeaks'] == backDict['nPeaks']:
725                for i,term in enumerate(bkDict['peaksList']):
726                    term[1::2] = copy.copy(PKflags[i])                   
727           
728    def OnBackCopy(event):
729        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
730        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
731        if not histList:
732            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
733            return
734        copyList = []
735        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
736            G2frame.dataFrame, 
737            'Copy bkg params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
738            'Copy parameters', histList)
739        try:
740            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
741                for i in dlg.GetSelections():
742                    copyList.append(histList[i])
743        finally:
744            dlg.Destroy()
745        for item in copyList:
746            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
747            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
748                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'),copy.copy(data))
749       
750    def BackSizer():
751       
752        def OnNewType(event):
753            data[0][0] = bakType.GetValue()
754           
755        def OnBakRef(event):
756            data[0][1] = bakRef.GetValue()
757           
758        def OnBakTerms(event):
759            data[0][2] = int(bakTerms.GetValue())
760            M = len(data[0])
761            N = data[0][2]+3
762            item = data[0]
763            if N > M:       #add terms
764                for i in range(M,N): 
765                    item.append(0.0)
766            elif N < M:     #delete terms
767                for i in range(N,M):
768                    del(item[-1])
769            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(BackId,data)
770            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
771            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
772           
773        def OnBakVal(event):
774            Obj = event.GetEventObject()
775            item = ValObj[Obj.GetId()][0]
776            try:
777                value = float(Obj.GetValue())
778            except ValueError:
779                value = data[0][item]
780            data[0][item] = value
781            Obj.SetValue('%10.4f'%(value))
782       
783        backSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
784        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
785        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background function: '),0,WACV)
786        bakType = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data[0][0],
787                choices=Choices,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
788        bakType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnNewType)
789        topSizer.Add(bakType)
790        topSizer.Add((5,0),0)
791        bakRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?')
792        bakRef.SetValue(bool(data[0][1]))
793        bakRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnBakRef)
794        topSizer.Add(bakRef,0,WACV)
795        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. coeff.: '),0,WACV)
796        bakTerms = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[0][2]),choices=[str(i+1) for i in range(36)],
797            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
798        bakTerms.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnBakTerms)
799        topSizer.Add(bakTerms,0,WACV)
800        topSizer.Add((5,0),0)
801        backSizer.Add(topSizer)
802        backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background coefficients:'),0,WACV)
803        bakSizer = wx.FlexGridSizer(0,5,5,5)
804        for i,value in enumerate(data[0][3:]):
805            bakVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,'%10.4f'%(value),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
806            bakSizer.Add(bakVal,0,WACV)
807            ValObj[bakVal.GetId()] = [i+3]
808            bakVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnBakVal)
809            bakVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnBakVal)
810        backSizer.Add(bakSizer)
811        return backSizer
812       
813    def DebyeSizer():
814       
815        def OnDebTerms(event):
816            data[1]['nDebye'] = int(debTerms.GetValue())
817            M = len(data[1]['debyeTerms'])
818            N = data[1]['nDebye']
819            if N > M:       #add terms
820                for i in range(M,N): 
821                    data[1]['debyeTerms'].append([1.0,False,1.0,False,0.010,False])
822            elif N < M:     #delete terms
823                for i in range(N,M):
824                    del(data[1]['debyeTerms'][-1])
825            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
826            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
827
828        def KeyEditPeakGrid(event):
829            colList = debyeGrid.GetSelectedCols()
830            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
831                event.Skip(True)
832            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
833                event.Skip(True)
834            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
835                event.Skip(True)
836            elif colList:
837                debyeGrid.ClearSelection()
838                key = event.GetKeyCode()
839                for col in colList:
840                    if debyeTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
841                        if key == 89: #'Y'
842                            for row in range(debyeGrid.GetNumberRows()): data[1]['debyeTerms'][row][col]=True
843                        elif key == 78:  #'N'
844                            for row in range(debyeGrid.GetNumberRows()): data[1]['debyeTerms'][row][col]=False
845
846       
847        debSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
848        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
849        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Debye scattering: '),0,WACV)
850        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. coeff.: '),0,WACV)
851        debTerms = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[1]['nDebye']),choices=[str(i) for i in range(12)],
852            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
853        debTerms.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnDebTerms)
854        topSizer.Add(debTerms,0,WACV)
855        topSizer.Add((5,0),0)
856        debSizer.Add(topSizer)
857        if data[1]['nDebye']:
858            debSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Debye diffuse terms:'),0,WACV)       
859            rowLabels = []
860            for i in range(len(data[1]['debyeTerms'])): rowLabels.append(str(i))
861            colLabels = ['A','refine','R','refine','U','refine']
862            Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL,
863            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
864            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
865            debyeTable = G2gd.Table(data[1]['debyeTerms'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
866            debyeGrid = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataDisplay)
867            debyeGrid.SetTable(debyeTable, True)
868            debyeGrid.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
869            debyeGrid.AutoSizeColumns(False)
870            debSizer.Add(debyeGrid)       
871        return debSizer
872     
873    def PeaksSizer():
874
875        def OnPeaks(event):
876            data[1]['nPeaks'] = int(peaks.GetValue())
877            M = len(data[1]['peaksList'])
878            N = data[1]['nPeaks']
879            if N > M:       #add terms
880                for i in range(M,N): 
881                    data[1]['peaksList'].append([1.0,False,1.0,False,0.10,False,0.10,False])
882            elif N < M:     #delete terms
883                for i in range(N,M):
884                    del(data[1]['peaksList'][-1])
885            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
886            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
887           
888        def KeyEditPeakGrid(event):
889            colList = peaksGrid.GetSelectedCols()
890            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
891                event.Skip(True)
892            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
893                event.Skip(True)
894            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
895                event.Skip(True)
896            elif colList:
897                peaksGrid.ClearSelection()
898                key = event.GetKeyCode()
899                for col in colList:
900                    if peaksTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
901                        if key == 89: #'Y'
902                            for row in range(peaksGrid.GetNumberRows()): data[1]['peaksList'][row][col]=True
903                        elif key == 78:  #'N'
904                            for row in range(peaksGrid.GetNumberRows()): data[1]['peaksList'][row][col]=False
905
906        peaksSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
907        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
908        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Peaks in background: '),0,WACV)
909        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. peaks: '),0,WACV)
910        peaks = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[1]['nPeaks']),choices=[str(i) for i in range(12)],
911            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
912        peaks.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPeaks)
913        topSizer.Add(peaks,0,WACV)
914        topSizer.Add((5,0),0)
915        peaksSizer.Add(topSizer)
916        if data[1]['nPeaks']:
917            peaksSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Peak list:'),0,WACV)       
918            rowLabels = []
919            for i in range(len(data[1]['peaksList'])): rowLabels.append(str(i))
920            colLabels = ['pos','refine','int','refine','sig','refine','gam','refine']
921            Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL,
922            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
923            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
924            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
925            peaksTable = G2gd.Table(data[1]['peaksList'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
926            peaksGrid = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataDisplay)
927            peaksGrid.SetTable(peaksTable, True)
928            peaksGrid.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
929            peaksGrid.AutoSizeColumns(False)
930            peaksSizer.Add(peaksGrid)       
931        return peaksSizer
932               
933    if G2frame.dataDisplay:
934        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
935    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
936    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.BackMenu)
937    G2frame.dataFrame.SetLabel('Background')
938    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
939        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
940    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnBackCopy,id=G2gd.wxID_BACKCOPY)
941    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnBackFlagCopy,id=G2gd.wxID_BACKFLAGCOPY)
942    BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Background')
943    Choices = ['chebyschev','cosine','lin interpolate','inv interpolate','log interpolate']
944    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
945    mainSizer.Add(BackSizer())
946    mainSizer.Add((0,5),0)
947    mainSizer.Add(DebyeSizer())
948    mainSizer.Add((0,5),0)
949    mainSizer.Add(PeaksSizer())
950    mainSizer.Layout()   
951    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
952    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
953       
954################################################################################
955#####  Limits
956################################################################################           
957       
958def UpdateLimitsGrid(G2frame, data,plottype):
959    '''respond to selection of PWDR Limits data tree item.
960    '''
961    if G2frame.dataDisplay:
962        G2frame.dataFrame.Clear()
963    G2frame.ifGetExclude = False
964       
965    def KeyEditPeakGrid(event):
966        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_DELETE:
967            row = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()[0]
968            if row > 1: #can't delete limits!
969                del(data[row])
970                wx.CallAfter(UpdateLimitsGrid,G2frame,data,plottype)
971                G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType=plottype)
972                       
973    def RefreshLimitsGrid(event):
974        event.StopPropagation()
975        data = G2frame.LimitsTable.GetData()
976        old = data[0]
977        new = data[1]
978        new[0] = max(old[0],new[0])
979        new[1] = max(new[0],min(old[1],new[1]))
980        excl = []
981        if len(data) > 2:
982            excl = data[2:]
983            for item in excl:
984                item[0] = max(old[0],item[0])
985                item[1] = max(item[0],min(old[1],item[1]))
986        data = [old,new]+excl
987        G2frame.LimitsTable.SetData(data)
988        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType=plottype)
989       
990    def OnLimitCopy(event):
991        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
992        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
993        if not histList:
994            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
995            return
996        copyList = []
997        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
998            G2frame.dataFrame, 
999            'Copy limits from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1000            'Copy limits', histList)
1001        try:
1002            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1003                for i in dlg.GetSelections(): 
1004                    item = histList[i]
1005                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1006                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
1007                        G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Limits'),copy.copy(data))
1008        finally:
1009            dlg.Destroy()
1010           
1011    def OnAddExcl(event):
1012        G2frame.ifGetExclude = True
1013        print 'Add excluded region'
1014       
1015    G2frame.LimitsTable = []
1016    colLabels = ['Tmin','Tmax']
1017    rowLabels = ['original','changed']
1018    for i in range(len(data)-2):
1019        rowLabels.append('exclude')
1020    Types = 2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':12,5',]
1021    G2frame.LimitsTable = G2gd.Table(data,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
1022    G2frame.dataFrame.SetLabel('Limits')
1023    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.LimitMenu)
1024    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1025        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
1026    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnLimitCopy,id=G2gd.wxID_LIMITCOPY)
1027    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnAddExcl,id=G2gd.wxID_ADDEXCLREGION)   
1028    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
1029    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.LimitsTable, True)   
1030    G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(0,0,VERY_LIGHT_GREY,True)
1031    G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(0,1,VERY_LIGHT_GREY,True)
1032    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, RefreshLimitsGrid)               
1033    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
1034    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
1035    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
1036    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([230,260])                               
1037    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
1038   
1039################################################################################
1040#####  Instrument parameters
1041################################################################################           
1042       
1043def UpdateInstrumentGrid(G2frame,data):
1044    '''respond to selection of PWDR/SASD Instrument Parameters
1045    data tree item.
1046    '''
1047    def keycheck(keys):
1048        good = []
1049        for key in keys:
1050            if key in ['Type','U','V','W','X','Y','SH/L','I(L2)/I(L1)','alpha',
1051                'beta-0','beta-1','beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','Polariz.',
1052                'Lam','Azimuth','2-theta','fltPath','difC','difA','difB','Zero','Lam1','Lam2']:
1053                good.append(key)
1054        return good
1055       
1056    def inst2data(inst,ref,data):
1057        for item in data:
1058            try:
1059                data[item] = [data[item][0],inst[item],ref[item]]
1060            except KeyError:
1061                pass        #skip 'Polariz.' for N-data
1062        return data
1063       
1064    def updateData(inst,ref):
1065        return inst2data(inst,ref,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
1066            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))[0])       
1067   
1068    def RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=False):
1069        if doAnyway or event.GetRow() == 1:
1070            peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'))
1071            newpeaks = []
1072            for peak in peaks['peaks']:
1073                newpeaks.append(G2mth.setPeakparms(data,Inst2,peak[0],peak[2]))
1074            peaks['peaks'] = newpeaks
1075            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'),peaks)
1076           
1077    def OnCalibrate(event):
1078        Pattern = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)
1079        xye = ma.array(ma.getdata(Pattern[1]))
1080        cw = np.diff(xye[0])
1081        IndexPeaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List'))
1082        if not len(IndexPeaks[0]):
1083            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Index Peak List empty')
1084            return
1085        Ok = False
1086        for peak in IndexPeaks[0]:
1087            if peak[2] and peak[3]:
1088                Ok = True
1089        if not Ok:
1090            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Index Peak List not indexed')
1091            return           
1092        if G2pwd.DoCalibInst(IndexPeaks,data):
1093            UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1094            XY = []
1095            Sigs = []
1096            for ip,peak in enumerate(IndexPeaks[0]):
1097                if peak[2] and peak[3]:
1098                    binwid = cw[np.searchsorted(xye[0],peak[0])]
1099                    XY.append([peak[-1],peak[0],binwid])
1100                    Sigs.append(IndexPeaks[1][ip])
1101            if len(XY):
1102                XY = np.array(XY)
1103                G2plt.PlotCalib(G2frame,data,XY,Sigs,newPlot=True)
1104        else:
1105            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Nothing selected for refinement')
1106           
1107
1108    def OnLoad(event):
1109        '''Loads instrument parameters from a G2 .instprm file
1110        in response to the Instrument Parameters-Operations/Load Profile menu
1111       
1112        Note that similar code is found in ReadPowderInstprm (GSASII.py)
1113        '''
1114        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II instrument parameters file', '.', '', 
1115            'instrument parameter files (*.instprm)|*.instprm',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1116        try:
1117            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1118                filename = dlg.GetPath()
1119                File = open(filename,'r')
1120                S = File.readline()
1121                newItems = []
1122                newVals = []
1123                while S:
1124                    if S[0] == '#':
1125                        S = File.readline()
1126                        continue
1127                    [item,val] = S[:-1].split(':')
1128                    newItems.append(item)
1129                    try:
1130                        newVals.append(float(val))
1131                    except ValueError:
1132                        newVals.append(val)                       
1133                    S = File.readline()               
1134                File.close()
1135                Inst,Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
1136                data = G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,])
1137                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'),[data,Inst2])
1138                RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=True)          #to get peaks updated
1139                UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1140                G2plt.PlotPeakWidths(G2frame)
1141        finally:
1142            dlg.Destroy()
1143       
1144    def OnSave(event):
1145        '''Respond to the Instrument Parameters Operations/Save Profile menu
1146        item: writes current parameters to a .instprm file
1147        '''
1148        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II instrument parameters file', '.', '', 
1149            'instrument parameter files (*.instprm)|*.instprm',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1150        try:
1151            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1152                filename = dlg.GetPath()
1153                # make sure extension is .instprm
1154                filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.instprm'
1155                File = open(filename,'w')
1156                File.write("#GSAS-II instrument parameter file; do not add/delete items!\n")
1157                for item in data:
1158                    File.write(item+':'+str(data[item][1])+'\n')
1159                File.close()
1160        finally:
1161            dlg.Destroy()
1162                                               
1163    def OnReset(event):
1164        insVal.update(insDef)
1165        updateData(insVal,insRef)
1166        RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=True)          #to get peaks updated
1167        UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1168        G2plt.PlotPeakWidths(G2frame)
1169       
1170    def OnInstFlagCopy(event):
1171        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1172        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1173        if not histList:
1174            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1175            return
1176        keys = data.keys()
1177        flags = dict(zip(keys,[data[key][2] for key in keys]))
1178        instType = data['Type'][0]
1179        copyList = []
1180        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1181            G2frame.dataFrame, 
1182            'Copy inst ref. flags from\n'+hst[5:],
1183            'Copy refinement flags', histList)
1184        try:
1185            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1186                for i in dlg.GetSelections():
1187                    copyList.append(histList[i])
1188        finally:
1189            dlg.Destroy()
1190        for item in copyList:
1191            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1192            instData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters'))[0]
1193            if len(data) == len(instData) and instType == instData['Type'][0]:   #don't mix data types or lam & lam1/lam2 parms!
1194                for item in instData:
1195                    instData[item][2] = copy.copy(flags[item])
1196            else:
1197                print item+' not copied - instrument parameters not commensurate'
1198       
1199    def OnInstCopy(event):
1200        #need fix for dictionary
1201        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1202        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1203        if not histList:
1204            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1205            return
1206        copyList = []
1207        instType = data['Type'][0]
1208        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1209            G2frame.dataFrame, 
1210            'Copy inst params from\n'+hst,
1211            'Copy parameters', histList)
1212        try:
1213            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1214                for i in dlg.GetSelections(): 
1215                    copyList.append(histList[i])
1216        finally:
1217            dlg.Destroy()
1218        for item in copyList:
1219            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1220            instData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters'))[0]
1221            if len(data) == len(instData) and instType == instData['Type'][0]:  #don't mix data types or lam & lam1/lam2 parms!
1222                instData.update(data)
1223            else:
1224                print item+' not copied - instrument parameters not commensurate'
1225                         
1226    def AfterChange(invalid,value,tc):
1227        if invalid: return
1228        updateData(insVal,insRef)
1229       
1230    def OnItemRef(event):
1231        Obj = event.GetEventObject()
1232        item = RefObj[Obj.GetId()]
1233        insRef[item] = Obj.GetValue()
1234        updateData(insVal,insRef)
1235
1236    def OnCopy1Val(event):
1237        '''Select one instrument parameter value to edit and copy to many histograms
1238        optionally allow values to be edited in a table
1239        '''
1240        updateData(insVal,insRef)
1241        G2gd.SelectEdit1Var(G2frame,data,labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem)
1242        insVal.update({key:data[key][1] for key in instkeys})
1243        insRef.update({key:data[key][2] for key in instkeys})
1244        wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1245       
1246    def lblWdef(lbl,dec,val):
1247        'Label parameter showing the default value'
1248        fmt = "%15."+str(dec)+"f"
1249        return " " + lbl + " (" + (fmt % val).strip() + "): "
1250
1251    def RefineBox(item):
1252        'Define a refine checkbox with binding'
1253        wid = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?  ')
1254        wid.SetValue(bool(insRef[item]))
1255        RefObj[wid.GetId()] = item
1256        wid.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnItemRef)
1257        return wid
1258
1259    def OnLamPick(event):
1260        data['Source'][1] = lamType = event.GetEventObject().GetValue()
1261        insVal['Lam1'] = waves[lamType][0]
1262        insVal['Lam2'] = waves[lamType][1]
1263        updateData(insVal,insRef)
1264        i,j= wx.__version__.split('.')[0:2]
1265        if int(i)+int(j)/10. > 2.8:
1266            pass # repaint crashes wxpython 2.9
1267            wx.CallLater(100, MakeParameterWindow)
1268            #wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1269        else:
1270            wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1271
1272    def MakeParameterWindow():
1273        'Displays the Instrument parameters in the datadisplay frame'
1274        if G2frame.dataDisplay:
1275            G2frame.dataFrame.Clear()
1276        G2frame.dataFrame.SetLabel('Instrument Parameters')
1277        G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
1278        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1279        instSizer = wx.FlexGridSizer(0,6,5,5)
1280        subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1281        subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Histogram Type: '+insVal['Type']),0,WACV)
1282        mainSizer.Add(subSizer)
1283        labelLst[:],elemKeysLst[:],dspLst[:],refFlgElem[:] = [],[],[],[]
1284        if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data
1285            if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1286                labelLst.append('Azimuth angle')
1287                elemKeysLst.append(['Azimuth',1])
1288                dspLst.append([10,2])
1289                refFlgElem.append(None)                   
1290                if 'Lam1' in insVal:
1291                    subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1292                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Azimuth: '),0,WACV)
1293                    txt = '%7.2f'%(insVal['Azimuth'])
1294                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1295                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'   Ka1/Ka2: '),0,WACV)
1296                    txt = u%8.6f/%8.6f\xc5'%(insVal['Lam1'],insVal['Lam2'])
1297                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1298                    waveSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1299                    waveSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  Source type: '),0,WACV)
1300                    # PATCH?: for now at least, Source is not saved anywhere before here
1301                    if 'Source' not in data: data['Source'] = ['CuKa','?']
1302                    choice = ['TiKa','CrKa','FeKa','CoKa','CuKa','MoKa','AgKa']
1303                    lamPick = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Source'][1],choices=choice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1304                    lamPick.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnLamPick)
1305                    waveSizer.Add(lamPick,0)
1306                    subSizer.Add(waveSizer,0)
1307                    mainSizer.Add(subSizer)
1308                    instSizer.Add(wx.StaticText(
1309                        G2frame.dataDisplay,-1,
1310                        lblWdef('I(L2)/I(L1)',4,insDef['I(L2)/I(L1)'])),
1311                        0,WACV)
1312                    key = 'I(L2)/I(L1)'
1313                    labelLst.append(key)
1314                    elemKeysLst.append([key,1])
1315                    dspLst.append([10,4])
1316                    refFlgElem.append([key,2])                   
1317                    ratVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,key,nDig=(10,4),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1318                    instSizer.Add(ratVal,0)
1319                    instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1320                    instSizer.Add((5,5),0)
1321                    instSizer.Add((5,5),0)
1322                    instSizer.Add((5,5),0)               
1323                else: # single wavelength
1324                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Azimuth: '),0,WACV)
1325                    txt = '%7.2f'%(insVal['Azimuth'])
1326                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1327                    instSizer.Add((5,5),0)
1328                    key = 'Lam'
1329                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef[key])),
1330                        0,WACV)
1331                    waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,key,nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1332                    labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1333                    elemKeysLst.append([key,1])
1334                    dspLst.append([10,6])
1335                    instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1336                    refFlgElem.append([key,2])                   
1337                    instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1338#                    if ifHisto:
1339#                        refFlgElem.append([key,2])                   
1340#                        instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1341#                    else:
1342#                        refFlgElem.append(None)                   
1343#                        instSizer.Add((5,5),0)
1344                for item in ['Zero','Polariz.']:
1345                    if item in insDef:
1346                        labelLst.append(item)
1347                        elemKeysLst.append([item,1])
1348                        dspLst.append([10,4])
1349                        instSizer.Add(
1350                            wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,4,insDef[item])),
1351                            0,WACV)
1352                        itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=(10,4),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1353                        instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1354                        refFlgElem.append([item,2])
1355                        instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1356#                        if ifHisto:
1357#                            refFlgElem.append([item,2])
1358#                            instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1359#                        else:
1360#                            refFlgElem.append(None)                   
1361#                            instSizer.Add((5,5),0)
1362                    else:                           #skip Polariz. for neutrons
1363                        instSizer.Add((5,5),0)
1364                        instSizer.Add((5,5),0)
1365                        instSizer.Add((5,5),0)
1366                for item in ['U','V','W','','X','Y','SH/L']:
1367                    if item == '':
1368                        instSizer.Add((5,5),0)
1369                        instSizer.Add((5,5),0)
1370                        instSizer.Add((5,5),0)
1371                        continue
1372                    nDig = (10,3)
1373                    if item == 'SH/L':
1374                        nDig = (10,5)
1375                    labelLst.append(item)
1376                    elemKeysLst.append([item,1])
1377                    dspLst.append(nDig)
1378                    refFlgElem.append([item,2])
1379                    instSizer.Add(
1380                        wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,nDig[1],insDef[item])),
1381                        0,WACV)
1382                    itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1383                    instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1384                    instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1385            else:                                   #time of flight (neutrons)
1386                subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1387                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Fligth path: '),0,WACV)
1388                txt = '%8.3f'%(insVal['fltPath'])
1389                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1390                labelLst.append('flight path')
1391                elemKeysLst.append(['fltpath',1])
1392                dspLst.append([10,2])
1393                refFlgElem.append(None)                   
1394                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  2-theta: '),0,WACV)
1395                txt = '%7.2f'%(insVal['2-theta'])
1396                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1397                labelLst.append('2-theta')
1398                elemKeysLst.append(['2-theta',1])
1399                dspLst.append([10,2])
1400                refFlgElem.append(None)                   
1401                if 'Pdabc' in Inst2:
1402                    Items = ['sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','X','Y']
1403                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  difC: '),0,WACV)
1404                    txt = '%8.2f'%(insVal['difC'])
1405                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1406                    labelLst.append('difC')
1407                    elemKeysLst.append(['difC',1])
1408                    dspLst.append([10,2])
1409                    refFlgElem.append(None)
1410                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  alpha, beta: fixed by table'),0,WACV)
1411                else:
1412                    Items = ['difC','difA','difB','Zero','alpha','beta-0','beta-1','beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','X','Y']
1413                mainSizer.Add((5,5),0)
1414                mainSizer.Add(subSizer)
1415                mainSizer.Add((5,5),0)
1416                for item in Items:
1417                    if item == '':
1418                        instSizer.Add((5,5),0)
1419                        instSizer.Add((5,5),0)
1420                        instSizer.Add((5,5),0)
1421                        continue
1422                    nDig = (10,3)
1423                    fmt = '%10.3f'
1424                    if 'beta' in item:
1425                        fmt = '%12.4g'
1426                        nDig = (12,4)
1427                    Fmt = ' %s: ('+fmt+')'
1428                    instSizer.Add(
1429                            wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,nDig[1],insDef[item])),
1430                            0,WACV)
1431                    itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1432                    instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1433                    labelLst.append(item)
1434                    elemKeysLst.append([item,1])
1435                    dspLst.append(nDig)
1436                    refFlgElem.append([item,2])
1437                    instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1438        elif 'S' in insVal['Type']:                       #single crystal data
1439            if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1440                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef['Lam'])),
1441                    0,WACV)
1442                waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,'Lam',nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1443                instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1444                labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1445                elemKeysLst.append(['Lam',1])
1446                dspLst.append([10,6])
1447                refFlgElem.append(None)
1448            else:                                   #time of flight (neutrons)
1449                pass                                #for now
1450        elif 'L' in insVal['Type']:
1451            if 'C' in insVal['Type']:       
1452                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef['Lam'])),
1453                    0,WACV)
1454                waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,'Lam',nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1455                instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1456                labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1457                elemKeysLst.append(['Lam',1])
1458                dspLst.append([10,6])
1459                refFlgElem.append(None)
1460                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  Azimuth: %7.2f'%(insVal['Azimuth'])),0,WACV)
1461                labelLst.append('Azimuth angle')
1462                elemKeysLst.append(['Azimuth',1])
1463                dspLst.append([10,2])
1464                refFlgElem.append(None)                   
1465            else:                                   #time of flight (neutrons)
1466                pass                                #for now
1467
1468        mainSizer.Add(instSizer,0)
1469        mainSizer.Layout()   
1470        G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
1471        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
1472        G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()  # this causes a frame repaint, even if the size does not change!
1473        # end of MakeParameterWindow
1474               
1475    # beginning of UpdateInstrumentGrid code   
1476    #patch: make sure all parameter items are lists
1477    patched = 0
1478    for key in data:
1479        if type(data[key]) is tuple:
1480            data[key] = list(data[key])
1481            patched += 1
1482    if patched: print patched,' instrument parameters changed from tuples'
1483    #end of patch
1484    labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem = [],[],[],[]
1485    instkeys = keycheck(data.keys())
1486    if 'P' in data['Type'][0]:          #powder data
1487        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1488        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1489        insRef = dict(zip(instkeys,[data[key][2] for key in instkeys]))
1490        if 'NC' in data['Type'][0]:
1491            del(insDef['Polariz.'])
1492            del(insVal['Polariz.'])
1493            del(insRef['Polariz.'])
1494    elif 'S' in data['Type'][0]:                               #single crystal data
1495        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1496        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1497        insRef = {}
1498    elif 'L' in data['Type'][0]:                               #low angle data
1499        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1500        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1501        insRef = {}
1502    ValObj = {}
1503    RefObj = {}
1504    waves = {'CuKa':[1.54051,1.54433],'TiKa':[2.74841,2.75207],'CrKa':[2.28962,2.29351],
1505        'FeKa':[1.93597,1.93991],'CoKa':[1.78892,1.79278],'MoKa':[0.70926,0.713543],
1506        'AgKa':[0.559363,0.563775]}
1507    Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
1508            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))[1]       
1509    try:
1510        histoName = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[-1]
1511        ifHisto = IsHistogramInAnyPhase(G2frame,histoName)
1512    except TypeError:       #PKS data never used in a phase as data
1513        ifhisto = False
1514    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame)
1515    #patch
1516    if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data
1517        if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1518            if 'Azimuth' not in insVal:
1519                insVal['Azimuth'] = 0.0
1520                insDef['Azimuth'] = 0.0
1521                insRef['Azimuth'] = False
1522#        if 'T' in insVal['Type']:
1523#            if 'difB' not in insVal:
1524#                insVal['difB'] = 0.0
1525#                insDef['difB'] = 0.0
1526#                insRef['difB'] = False
1527    #end of patch
1528    if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data menu commands
1529        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.InstMenu)
1530        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1531            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()           
1532        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnCalibrate,id=G2gd.wxID_INSTCALIB)
1533        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnLoad,id=G2gd.wxID_INSTLOAD)
1534        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnSave,id=G2gd.wxID_INSTSAVE)
1535        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnReset,id=G2gd.wxID_INSTPRMRESET)
1536        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstCopy,id=G2gd.wxID_INSTCOPY)
1537        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstFlagCopy,id=G2gd.wxID_INSTFLAGCOPY)
1538        #G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnWaveChange,id=G2gd.wxID_CHANGEWAVETYPE)       
1539        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnCopy1Val,id=G2gd.wxID_INST1VAL)
1540    elif 'L' in insVal['Type']:                   #SASD data menu commands
1541        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.InstMenu)
1542        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1543            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()           
1544        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstCopy,id=G2gd.wxID_INSTCOPY)
1545    MakeParameterWindow()
1546       
1547   
1548################################################################################
1549#####  Sample parameters
1550################################################################################           
1551       
1552def UpdateSampleGrid(G2frame,data):
1553    '''respond to selection of PWDR/SASD Sample Parameters
1554    data tree item.
1555    '''
1556
1557    def OnSampleSave(event):
1558        '''Respond to the Sample Parameters Operations/Save menu
1559        item: writes current parameters to a .samprm file
1560        '''
1561        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II sample parameters file', '.', '', 
1562            'sample parameter files (*.samprm)|*.samprm',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1563        try:
1564            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1565                filename = dlg.GetPath()
1566                # make sure extension is .samprm
1567                filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.samprm'
1568                File = open(filename,'w')
1569                File.write("#GSAS-II sample parameter file\n")
1570                File.write("'Type':'"+str(data['Type'])+"'\n")
1571                File.write("'Gonio. radius':"+str(data['Gonio. radius'])+"\n")
1572                if data.get('InstrName'):
1573                    File.write("'InstrName':'"+str(data['InstrName'])+"'\n")
1574                File.close()
1575        finally:
1576            dlg.Destroy()
1577           
1578    def OnSampleLoad(event):
1579        '''Loads sample parameters from a G2 .samprm file
1580        in response to the Sample Parameters-Operations/Load menu
1581       
1582        Note that similar code is found in ReadPowderInstprm (GSASII.py)
1583        '''
1584        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II sample parameters file', '.', '', 
1585            'sample parameter files (*.samprm)|*.samprm',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1586        try:
1587            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1588                filename = dlg.GetPath()
1589                File = open(filename,'r')
1590                S = File.readline()
1591                newItems = {}
1592                while S:
1593                    if S[0] == '#':
1594                        S = File.readline()
1595                        continue
1596                    [item,val] = S[:-1].split(':')
1597                    newItems[item.strip("'")] = eval(val)
1598                    S = File.readline()               
1599                File.close()
1600                data.update(newItems)
1601                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Sample Parameters'),data)
1602                UpdateSampleGrid(G2frame,data)
1603        finally:
1604            dlg.Destroy()
1605           
1606    def OnAllSampleLoad(event):
1607        filename = ''
1608        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose multihistogram metadata text file', '.', '', 
1609            'metadata file (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1610        try:
1611            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1612                filename = dlg.GetPath()
1613                File = open(filename,'r')
1614                S = File.readline()
1615                newItems = []
1616                itemNames = []
1617                Comments = []
1618                while S:
1619                    if S[0] == '#':
1620                        Comments.append(S)
1621                        S = File.readline()
1622                        continue
1623                    S = S.replace(',',' ').replace('\t',' ')
1624                    Stuff = S[:-1].split()
1625                    itemNames.append(Stuff[0])
1626                    newItems.append(Stuff[1:])
1627                    S = File.readline()               
1628                File.close()
1629        finally:
1630            dlg.Destroy()
1631        if not filename:
1632            G2frame.ErrorDialog('Nothing to do','No file selected')
1633            return
1634        dataDict = dict(zip(itemNames,newItems))
1635        ifany = False
1636        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
1637        Names = [' ','Phi','Chi','Omega','Time','Temperature','Pressure']
1638        freeNames = {}
1639        for name in ['FreePrm1','FreePrm2','FreePrm3']:
1640            freeNames[Controls[name]] = name
1641            Names.append(Controls[name])
1642        dlg = G2gd.G2ColumnIDDialog( G2frame,' Choose multihistogram metadata columns:',
1643            'Select columns',Comments,Names,np.array(newItems).T)
1644        try:
1645            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1646                colNames,newData = dlg.GetSelection()
1647                dataDict = dict(zip(itemNames,newData.T))
1648                for item in colNames:
1649                    if item != ' ':
1650                        ifany = True
1651        finally:
1652            dlg.Destroy()
1653        if not ifany:
1654            G2frame.ErrorDialog('Nothing to do','No columns identified')
1655            return
1656        histList = [G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId),]
1657        histList += GetHistsLikeSelected(G2frame)
1658        colIds = {}
1659        for i,name in enumerate(colNames):
1660            if name != ' ':
1661                colIds[name] = i
1662        for hist in histList:
1663            name = hist.split()[1]  #this is file name
1664            newItems = {}
1665            for item in colIds:
1666                key = freeNames.get(item,item)
1667                newItems[key] = float(dataDict[name][colIds[item]])
1668            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,hist)
1669            sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1670            sampleData.update(newItems)       
1671        UpdateSampleGrid(G2frame,data)       
1672   
1673    def OnSetScale(event):
1674        histList = []
1675        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)
1676        while item:
1677            name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
1678            if 'SASD' in name and name != histName:
1679                histList.append(name)
1680            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
1681        if not len(histList):      #nothing to copy to!
1682            return
1683        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select reference histogram for scaling',
1684            'Reference histogram',histList)
1685        try:
1686            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1687                sel = dlg.GetSelection()
1688                refHist = histList[sel]
1689        finally:
1690            dlg.Destroy()
1691        Limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Limits'))
1692        Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[1]
1693        Data = [Profile,Limits,data]
1694        refId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,refHist)
1695        refSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,refId, 'Sample Parameters'))
1696        refLimits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,refId, 'Limits'))
1697        refProfile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(refId)[1]
1698        refData = [refProfile,refLimits,refSample]
1699        G2sasd.SetScale(Data,refData)
1700        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=True)
1701        UpdateSampleGrid(G2frame,data)       
1702       
1703    def OnSampleCopy(event):
1704        histType,copyNames = SetCopyNames(histName,data['Type'],
1705            addNames = ['Omega','Chi','Phi','Gonio. radius','InstrName'])
1706        copyDict = {}
1707        for parm in copyNames:
1708            copyDict[parm] = data[parm]
1709        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1710        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1711        if not histList:
1712            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1713            return
1714        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1715            G2frame.dataFrame,
1716            'Copy sample params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1717            'Copy sample parameters', histList)
1718        try:
1719            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1720                result = dlg.GetSelections()
1721                for i in result: 
1722                    item = histList[i]
1723                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1724                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1725                    sampleData.update(copy.deepcopy(copyDict))
1726        finally:
1727            dlg.Destroy()
1728
1729    def OnSampleCopySelected(event):
1730        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1731        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1732            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
1733        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1734        if not histList:
1735            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1736            return
1737        # Assemble a list of item labels
1738        TextTable = {key:label for key,label,dig in
1739                     SetupSampleLabels(hst,data.get('Type'),Inst['Type'][0])
1740                     }
1741        # get flexible labels
1742        TextTable.update({
1743            key:Controls[key] for key in Controls if key.startswith('FreePrm')
1744            })
1745        # add a few extra
1746        TextTable.update({
1747            'Type':'Diffractometer type',
1748            'InstrName':'Instrument Name',
1749            })
1750        # Assemble a list of dict entries that would be labeled in the Sample
1751        # params data window (drop ranId and items not used).
1752        keyList = [i for i in data.keys() if i in TextTable]
1753        keyText = [TextTable[i] for i in keyList]
1754        # sort both lists together, ordered by keyText
1755        keyText, keyList = zip(*sorted(zip(keyText,keyList))) # sort lists
1756        selectedKeys = []
1757        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1758            G2frame.dataFrame,
1759            'Select which sample parameters\nto copy',
1760            'Select sample parameters', keyText)
1761        try:
1762            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1763                selectedKeys = [keyList[i] for i in dlg.GetSelections()]
1764        finally:
1765            dlg.Destroy()
1766        if not selectedKeys: return # nothing to copy
1767        copyDict = {}
1768        for parm in selectedKeys:
1769            copyDict[parm] = data[parm]
1770        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1771            G2frame.dataFrame,
1772            'Copy sample params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1773            'Copy sample parameters', histList)
1774        try:
1775            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1776                result = dlg.GetSelections()
1777                for i in result: 
1778                    item = histList[i]
1779                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1780                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1781                    sampleData.update(copy.deepcopy(copyDict))
1782        finally:
1783            dlg.Destroy()           
1784        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=False)
1785
1786    def OnSampleFlagCopy(event):
1787        histType,copyNames = SetCopyNames(histName,data['Type'])
1788        flagDict = {}
1789        for parm in copyNames:
1790            flagDict[parm] = data[parm][1]
1791        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1792        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1793        if not histList:
1794            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1795            return
1796        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1797            G2frame.dataFrame, 
1798            'Copy sample ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1799            'Copy sample flags', histList)
1800        try:
1801            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1802                result = dlg.GetSelections()
1803                for i in result: 
1804                    item = histList[i]
1805                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1806                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1807                    for name in copyNames:
1808                        sampleData[name][1] = copy.copy(flagDict[name])
1809        finally:
1810            dlg.Destroy()
1811
1812    def OnHistoChange():
1813        '''Called when the histogram type is changed to refresh the window
1814        '''
1815        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1816       
1817    def SetNameVal():
1818        inst = instNameVal.GetValue()
1819        data['InstrName'] = inst.strip()
1820
1821    def OnNameVal(event):
1822        event.Skip()
1823        wx.CallAfter(SetNameVal)
1824       
1825    def AfterChange(invalid,value,tc):
1826        if invalid:
1827            return
1828        if tc.key == 0 and 'SASD' in histName:          #a kluge for Scale!
1829            G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=True)
1830        elif tc.key == 'Thick':
1831            wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)           
1832           
1833    def OnMaterial(event):
1834        Obj = event.GetEventObject()
1835        id,key = Info[Obj.GetId()]
1836        if key == 'Name':
1837            data['Materials'][id][key] = Obj.GetValue()
1838        elif key == 'VolFrac':
1839            try:
1840                value = min(max(0.,float(Obj.GetValue())),1.)
1841            except ValueError:
1842                value = data['Materials'][id][key]
1843            data['Materials'][id][key] = value
1844            data['Materials'][not id][key] = 1.-value
1845        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1846
1847    def OnCopy1Val(event):
1848        'Select one value to copy to many histograms and optionally allow values to be edited in a table'
1849        G2gd.SelectEdit1Var(G2frame,data,labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem)
1850        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1851       
1852    ######## DEBUG #######################################################
1853    #import GSASIIpwdGUI
1854    #reload(GSASIIpwdGUI)
1855    #reload(G2gd)
1856    ######################################################################
1857    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(
1858            G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
1859    histName = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1860    if G2frame.dataDisplay:
1861        G2frame.dataFrame.Clear()
1862    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SampleMenu)
1863    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sample Parameters')
1864    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSetScale, id=G2gd.wxID_SETSCALE)
1865    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleCopy, id=G2gd.wxID_SAMPLECOPY)
1866    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleCopySelected, id=G2gd.wxID_SAMPLECOPYSOME)
1867    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleFlagCopy, id=G2gd.wxID_SAMPLEFLAGCOPY)
1868    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleSave, id=G2gd.wxID_SAMPLESAVE)
1869    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleLoad, id=G2gd.wxID_SAMPLELOAD)
1870    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopy1Val, id=G2gd.wxID_SAMPLE1VAL)
1871    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAllSampleLoad, id=G2gd.wxID_ALLSAMPLELOAD)
1872    if 'SASD' in histName:
1873        G2frame.dataFrame.SetScale.Enable(True)
1874    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1875        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
1876    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
1877    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1878        G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
1879#patch
1880    if 'ranId' not in data:
1881        data['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
1882    if not 'Gonio. radius' in data:
1883        data['Gonio. radius'] = 200.0
1884    if not 'Omega' in data:
1885        data.update({'Omega':0.0,'Chi':0.0,'Phi':0.0})
1886    if type(data['Temperature']) is int:
1887        data['Temperature'] = float(data['Temperature'])
1888    if 'Time' not in data:
1889        data['Time'] = 0.0
1890    if 'FreePrm1' not in Controls:
1891        Controls['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
1892    if 'FreePrm2' not in Controls:
1893        Controls['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
1894    if 'FreePrm3' not in Controls:
1895        Controls['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
1896    if 'FreePrm1' not in data:
1897        data['FreePrm1'] = 0.
1898    if 'FreePrm2' not in data:
1899        data['FreePrm2'] = 0.
1900    if 'FreePrm3' not in data:
1901        data['FreePrm3'] = 0.
1902    if 'SurfRoughA' not in data and 'PWDR' in histName:
1903        data['SurfRoughA'] = [0.,False]
1904        data['SurfRoughB'] = [0.,False]
1905    if 'Trans' not in data and 'SASD' in histName:
1906        data['Trans'] = 1.0
1907    if 'SlitLen' not in data and 'SASD' in histName:
1908        data['SlitLen'] = 0.0
1909    if 'Shift' not in data:
1910        data['Shift'] = [0.0,False]
1911    if 'Transparency' not in data:
1912        data['Transparency'] = [0.0,False]
1913    data['InstrName'] = data.get('InstrName','')
1914#patch end
1915    labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem = [],[],[],[]
1916    parms = SetupSampleLabels(histName,data.get('Type'),Inst['Type'][0])
1917    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1918    topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1919    topSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1920    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Sample and Experimental Parameters'))
1921    topSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1922    mainSizer.Add(topSizer,0,wx.EXPAND,1)
1923    nameSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1924    nameSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,' Instrument Name'),
1925                0,WACV)
1926    nameSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1927    instNameVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,data['InstrName'],
1928                              size=(200,-1),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)       
1929    nameSizer.Add(instNameVal)
1930    instNameVal.Bind(wx.EVT_CHAR,OnNameVal)
1931    mainSizer.Add(nameSizer,0,wx.EXPAND,1)
1932    mainSizer.Add((5,5),0)
1933    labelLst.append('Instrument Name')
1934    elemKeysLst.append(['InstrName'])
1935    dspLst.append(None)
1936    refFlgElem.append(None)
1937
1938    if 'PWDR' in histName:
1939        nameSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1940        nameSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,' Diffractometer type: '),
1941                    0,WACV)
1942        if 'T' in Inst['Type'][0]:
1943            choices = ['Debye-Scherrer',]
1944        else:
1945            choices = ['Debye-Scherrer','Bragg-Brentano',]
1946        histoType = G2gd.G2ChoiceButton(G2frame.dataDisplay,choices,
1947                    strLoc=data,strKey='Type',
1948                    onChoice=OnHistoChange)
1949        nameSizer.Add(histoType)
1950        mainSizer.Add(nameSizer,0,wx.EXPAND,1)
1951        mainSizer.Add((5,5),0)
1952
1953    parmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,0)
1954    for key,lbl,nDig in parms:
1955        labelLst.append(lbl.strip().strip(':').strip())
1956        dspLst.append(nDig)
1957        if 'list' in str(type(data[key])):
1958            parmRef = G2gd.G2CheckBox(G2frame.dataDisplay,' '+lbl,data[key],1)
1959            parmSizer.Add(parmRef,0,WACV|wx.EXPAND)
1960            parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data[key],0,
1961                nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1962            elemKeysLst.append([key,0])
1963            refFlgElem.append([key,1])
1964        else:
1965            parmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' '+lbl),
1966                0,WACV|wx.EXPAND)
1967            parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data,key,
1968                typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1969            elemKeysLst.append([key])
1970            refFlgElem.append(None)
1971        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1972    Info = {}
1973       
1974    for key in ('FreePrm1','FreePrm2','FreePrm3'):
1975        parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,Controls,key,typeHint=str,
1976                                        notBlank=False)
1977        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1978        parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data,key,typeHint=float)
1979        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1980        labelLst.append(Controls[key])
1981        dspLst.append(None)
1982        elemKeysLst.append([key])
1983        refFlgElem.append(None)
1984       
1985    mainSizer.Add(parmSizer,1,wx.EXPAND)
1986    mainSizer.Add((0,5),0)   
1987    if 'SASD' in histName:
1988        rho = [0.,0.]
1989        anomrho = [0.,0.]
1990        mu = 0.
1991        subSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
1992        Substances = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1993            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Substances'))
1994        for id,item in enumerate(data['Materials']):
1995            subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Material: '),0,WACV)
1996            matsel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=item['Name'],choices=Substances['Substances'].keys(),
1997                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1998            Info[matsel.GetId()] = [id,'Name']
1999            matsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaterial)       
2000            subSizer.Add(matsel,0,WACV)
2001            subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Volume fraction: '),0,WACV)
2002            volfrac = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=str('%.3f'%(item['VolFrac'])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2003            Info[volfrac.GetId()] = [id,'VolFrac']
2004            volfrac.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMaterial)
2005            volfrac.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMaterial)
2006            subSizer.Add(volfrac,0,WACV)
2007            material = Substances['Substances'][item['Name']]
2008            mu += item['VolFrac']*material.get('XAbsorption',0.)
2009            rho[id] = material['Scatt density']
2010            anomrho[id] = material.get('XAnom density',0.)
2011        data['Contrast'] = [(rho[1]-rho[0])**2,(anomrho[1]-anomrho[0])**2]
2012        mainSizer.Add(subSizer,0)
2013        conSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2014        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Contrast: %10.2f '%(data['Contrast'][0])),0,WACV)
2015        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Anom. Contrast: %10.2f '%(data['Contrast'][1])),0,WACV)
2016        mut =  mu*data['Thick']
2017        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Transmission (calc): %10.3f  '%(np.exp(-mut))),0,WACV)
2018        mainSizer.Add(conSizer,0)
2019   
2020    mainSizer.Layout()   
2021    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2022    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
2023    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
2024    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)
2025               
2026################################################################################
2027#####  Indexing Peaks
2028################################################################################           
2029       
2030def UpdateIndexPeaksGrid(G2frame, data):
2031    '''respond to selection of PWDR Index Peak List data
2032    tree item.
2033    '''
2034    bravaisSymb = ['Fm3m','Im3m','Pm3m','R3-H','P6/mmm','I4/mmm',
2035        'P4/mmm','Fmmm','Immm','Cmmm','Pmmm','C2/m','P2/m','P1']
2036    IndexId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List')
2037    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2038
2039    def RefreshIndexPeaksGrid(event):
2040        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
2041        peaks = G2frame.IndexPeaksTable.GetData()
2042        if c == 2:
2043            if peaks[r][c]:
2044                peaks[r][c] = False
2045            else:
2046                peaks[r][c] = True
2047            G2frame.IndexPeaksTable.SetData(peaks)
2048            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,[peaks,data[1]])
2049            G2frame.dataDisplay.ForceRefresh()
2050            if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2051                G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2052            else:
2053                G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
2054           
2055    def OnReload(event):
2056        peaks = []
2057        sigs = []
2058        Peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'))
2059        for ip,peak in enumerate(Peaks['peaks']):
2060            dsp = G2lat.Pos2dsp(Inst,peak[0])
2061            peaks.append([peak[0],peak[2],True,False,0,0,0,dsp,0.0])    #SS?
2062            try:
2063                sig = Peaks['sigDict']['pos'+str(ip)]
2064            except KeyError:
2065                sig = 0.
2066            sigs.append(sig)
2067        data = [peaks,sigs]
2068        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,data)
2069        UpdateIndexPeaksGrid(G2frame,data)
2070       
2071    def KeyEditPickGrid(event):
2072        colList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
2073        rowList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2074        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(IndexId)
2075        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
2076            event.Skip(True)
2077        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
2078            event.Skip(True)
2079        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
2080            event.Skip(True)
2081        elif colList:
2082            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
2083            key = event.GetKeyCode()
2084            for col in colList:
2085                if G2frame.IndexPeaksTable.GetColLabelValue(col) in ['use',]:
2086                    if key == 89: #'Y'
2087                        for row in range(G2frame.IndexPeaksTable.GetNumberRows()): data[0][row][col]=True
2088                    elif key == 78:  #'N'
2089                        for row in range(G2frame.IndexPeaksTable.GetNumberRows()): data[0][row][col]=False
2090           
2091    if G2frame.dataDisplay:
2092        G2frame.dataFrame.Clear()
2093    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2094        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2095    if 'PWD' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2096        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.IndPeaksMenu)
2097        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReload, id=G2gd.wxID_INDXRELOAD)
2098    G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(False)
2099    G2frame.IndexPeaksTable = []
2100    if len(data[0]):
2101        G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2102        Unit = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Unit Cells List'))
2103        if Unit:
2104            if len(Unit) == 4:  #patch
2105                Unit.append({})
2106            controls,bravais,cellist,dmin,ssopt = Unit
2107            G2frame.HKL = []
2108            if ssopt.get('Use',False):
2109                cell = controls[6:12]
2110                A = G2lat.cell2A(cell)
2111                ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2112                spc = controls[13]
2113                SGData = G2spc.SpcGroup(spc)[1]
2114                SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])
2115                Vec = ssopt['ModVec']
2116                maxH = ssopt['maxH']
2117                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,Vec,maxH,A)
2118                data[0] = G2indx.IndexSSPeaks(data[0],G2frame.HKL)[1]
2119            else:        #select cell from table - no SS
2120                for i,cell in enumerate(cellist):
2121                    if cell[-2]:
2122                        ibrav = cell[2]
2123                        A = G2lat.cell2A(cell[3:9])
2124                        G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,A)
2125                        for hkl in G2frame.HKL:
2126                            hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3]))
2127                        data[0] = G2indx.IndexPeaks(data[0],G2frame.HKL)[1]
2128                        break
2129    rowLabels = []
2130    for i in range(len(data[0])): rowLabels.append(str(i+1))
2131    colLabels = ['position','intensity','use','indexed','h','k','l','d-obs','d-calc']
2132    Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',]+2*[wg.GRID_VALUE_BOOL,]+ \
2133        3*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
2134    if len(data[0]) and len(data[0][0]) > 9:
2135        colLabels = ['position','intensity','use','indexed','h','k','l','m','d-obs','d-calc']
2136        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',]+2*[wg.GRID_VALUE_BOOL,]+ \
2137            4*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
2138    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,data)
2139    G2frame.IndexPeaksTable = G2gd.Table(data[0],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2140    G2frame.dataFrame.SetLabel('Index Peak List')
2141    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)               
2142    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.IndexPeaksTable, True)
2143    XY = []
2144    Sigs = []
2145    for r in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberRows()):
2146        for c in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberCols()):
2147            if c == 2:
2148                G2frame.dataDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=False)
2149            else:
2150                G2frame.dataDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=True)
2151        if data[0][r][2] and data[0][r][3]:
2152            XY.append([data[0][r][-1],data[0][r][0]])
2153            try:
2154                sig = data[1][r]
2155            except IndexError:
2156                sig = 0.
2157            Sigs.append(sig)
2158    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_LEFT_CLICK, RefreshIndexPeaksGrid)
2159    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPickGrid)                 
2160    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
2161    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
2162    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([490,300])
2163    if len(XY):
2164        XY = np.array(XY)
2165        G2plt.PlotCalib(G2frame,Inst,XY,Sigs,newPlot=True)
2166    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
2167     
2168################################################################################
2169#####  Unit cells
2170################################################################################           
2171       
2172def UpdateUnitCellsGrid(G2frame, data):
2173    '''respond to selection of PWDR Unit Cells data tree item.
2174    '''
2175    UnitCellsId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Unit Cells List')
2176    SPGlist = G2spc.spglist
2177    bravaisSymb = ['Fm3m','Im3m','Pm3m','R3-H','P6/mmm','I4/mmm',
2178        'P4/mmm','Fmmm','Immm','Cmmm','Pmmm','C2/m','P2/m','P1']
2179    spaceGroups = ['F m 3 m','I m 3 m','P m 3 m','R 3 m','P 6/m m m','I 4/m m m',
2180        'P 4/m m m','F m m m','I m m m','C m m m','P m m m','C 2/m','P 2/m','P -1']
2181    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2182    if 'C' in Inst['Type'][0]:
2183        wave = G2mth.getWave(Inst)
2184    else:
2185        difC = Inst['difC'][1]
2186   
2187    def SetLattice(controls):
2188        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2189        if ibrav in [0,1,2]:
2190            controls[7] = controls[8] = controls[6]
2191            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2192        elif ibrav in [3,4,5,6]:
2193            controls[7] = controls[6]
2194            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2195            if ibrav in [3,4]:
2196                controls[11] = 120.
2197        elif ibrav in [7,8,9,10]:
2198            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2199        elif ibrav in [11,12]:
2200            controls[9] = controls[11] = 90.  # b unique
2201        if len(controls) < 13: controls.append(0)
2202        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2203        return ibrav
2204       
2205    def OnNcNo(event):
2206        controls[2] = NcNo.GetValue()
2207       
2208    def OnStartVol(event):
2209        try:
2210            stVol = int(float(startVol.GetValue()))
2211            if stVol < 25:
2212                raise ValueError
2213        except ValueError:
2214            stVol = 25
2215        controls[3] = stVol
2216        startVol.SetValue("%d"%(stVol))
2217       
2218    def OnBravais(event):
2219        Obj = event.GetEventObject()
2220        bravais[bravList.index(Obj.GetId())] = Obj.GetValue()
2221       
2222    def OnZero(event):
2223        try:
2224            Zero = min(5.0,max(-5.0,float(zero.GetValue())))
2225        except ValueError:
2226            Zero = 0.0
2227        controls[1] = Zero
2228        zero.SetValue("%.4f"%(Zero))
2229       
2230    def OnZeroVar(event):
2231        controls[0] = zeroVar.GetValue()
2232       
2233    def OnSSopt(event):
2234        if controls[5] in ['Fm3m','Im3m','Pm3m']:
2235            SSopt.SetValue(False)
2236            G2frame.ErrorDialog('Cubic lattice', 'Superlattice not allowed for a cubic lattice')
2237            return
2238        ssopt['Use'] = SSopt.GetValue()
2239        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2240       
2241    def OnSelMG(event):
2242        ssopt['ssSymb'] = selMG.GetValue()
2243        Vec = ssopt['ModVec']
2244        modS = G2spc.splitSSsym(ssopt['ssSymb'])[0]
2245        ssopt['ModVec'] = G2spc.SSGModCheck(Vec,modS)[0]
2246        OnHklShow(event)
2247        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2248       
2249    def OnModVal(event):
2250        Obj = event.GetEventObject()
2251        ObjId = Obj.GetId()
2252        Id = Indx[ObjId]
2253        try:
2254            value = min(1.0,max(0.,float(Obj.GetValue())))
2255        except ValueError:
2256            value = ssopt['ModVec'][Id]
2257        Obj.SetValue('%.4f'%(value))
2258        ssopt['ModVec'][Id] = value
2259        OnHklShow(event)
2260       
2261    def OnMoveMod(event):
2262        Obj = event.GetEventObject()
2263        ObjId = Obj.GetId()
2264        Id,valObj = Indx[ObjId]
2265        move = Obj.GetValue()*0.0005
2266        Obj.SetValue(0)
2267        value = min(1.0,max(.0,float(valObj.GetValue())+move))
2268        valObj.SetValue('%.4f'%(value)) 
2269        ssopt['ModVec'][Id] = value
2270        OnHklShow(event)
2271       
2272    def OnMaxMH(event):
2273        ssopt['maxH'] = int(maxMH.GetValue())
2274        OnHklShow(event)
2275       
2276    def OnFindMV(event):
2277        print 'find MV'
2278       
2279    def OnBravSel(event):
2280        brav = bravSel.GetString(bravSel.GetSelection())
2281        controls[5] = brav
2282        controls[13] = SPGlist[brav][0]       
2283        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2284       
2285    def OnSpcSel(event):
2286        controls[13] = spcSel.GetString(spcSel.GetSelection())
2287       
2288    def SetCellValue(Obj,ObjId,value):
2289        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2290        if ibrav in [0,1,2]:
2291            controls[6] = controls[7] = controls[8] = value
2292            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2293            Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6]))
2294        elif ibrav in [3,4,5,6]:
2295            if ObjId == 0:
2296                controls[6] = controls[7] = value
2297                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6]))
2298            else:
2299                controls[8] = value
2300                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[8]))
2301            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2302            if ibrav in [3,4]:
2303                controls[11] = 120.
2304        elif ibrav in [7,8,9,10]:
2305            controls[6+ObjId] = value
2306            Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2307            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2308        elif ibrav in [11,12]:
2309            controls[9] = controls[11] = 90.0
2310            if ObjId != 3:
2311                controls[6+ObjId] = value
2312                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2313            else:
2314                controls[10] = value
2315                Obj.SetValue("%.3f"%(controls[10]))
2316        else:
2317            controls[6+ObjId] = value
2318            if ObjId < 3:
2319                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2320            else:
2321                Obj.SetValue("%.3f"%(controls[6+ObjId]))
2322        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2323        volVal.SetValue("%.3f"%(controls[12]))
2324       
2325    def OnMoveCell(event):
2326        Obj = event.GetEventObject()
2327        ObjId = cellList.index(Obj.GetId())
2328        valObj = valDict[Obj.GetId()]
2329        if ObjId/2 < 3:
2330            move = Obj.GetValue()*0.01
2331        else:
2332            move = Obj.GetValue()*0.1
2333        Obj.SetValue(0)
2334        value = float(valObj.GetValue())+move 
2335        SetCellValue(valObj,ObjId/2,value)
2336        OnHklShow(event)
2337       
2338    def OnCellChange(event):
2339        Obj = event.GetEventObject()
2340        ObjId = cellList.index(Obj.GetId())
2341        try:
2342            value = max(1.0,float(Obj.GetValue()))
2343        except ValueError:
2344            if ObjId/2 < 3:               #bad cell edge - reset
2345                value = controls[6+ObjId/2]
2346            else:                       #bad angle
2347                value = 90.
2348        SetCellValue(Obj,ObjId/2,value)
2349       
2350    def OnHklShow(event):
2351        PatternId = G2frame.PatternId
2352        PickId = G2frame.PickId   
2353        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'))
2354        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
2355        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2356        cell = controls[6:12]
2357        A = G2lat.cell2A(cell)
2358        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2359        spc = controls[13]
2360        SGData = G2spc.SpcGroup(spc)[1]
2361        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2362            dmin = G2lat.Pos2dsp(Inst,limits[1])
2363        else:   #TOF - use other limit!
2364            dmin = G2lat.Pos2dsp(Inst,limits[0])
2365        if ssopt.get('Use',False):
2366            SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])
2367            Vec = ssopt['ModVec']
2368            maxH = ssopt['maxH']
2369            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,Vec,maxH,A)
2370            peaks = [G2indx.IndexSSPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #keep esds from peak fit
2371            M20,X20 = G2indx.calc_M20SS(peaks[0],G2frame.HKL)
2372        else:
2373            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2374            peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #keep esds from peak fit
2375            M20,X20 = G2indx.calc_M20(peaks[0],G2frame.HKL)
2376        print ' new M20,X20: %.2f %d'%(M20,X20)
2377        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'),peaks)
2378        if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2379            G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2380        else:
2381            G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2382           
2383    def OnSortCells(event):
2384        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2385        c =  event.GetCol()
2386        if colLabels[c] == 'M20':
2387            cells = G2indx.sortM20(cells)
2388        elif colLabels[c] == 'Volume':
2389            cells = G2indx.sortVolume(cells)
2390        else:
2391            return
2392        data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2393        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)
2394        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2395       
2396    def CopyUnitCell(event):
2397        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2398        for Cell in cells:
2399            if Cell[-2]:
2400                break
2401        cell = Cell[2:9]
2402        controls[4] = 1
2403        controls[5] = bravaisSymb[cell[0]]
2404        controls[6:12] = cell[1:8]
2405        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2406        controls[13] = spaceGroups[bravaisSymb.index(controls[5])]
2407        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,[controls,bravais,cells,dmin,ssopt])
2408        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(True)
2409        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)       
2410               
2411    def RefineCell(event):
2412       
2413        def cellPrint(ibrav,A):
2414            cell = G2lat.A2cell(A)
2415            Vol = G2lat.calc_V(A)
2416            if ibrav in [0,1,2]:
2417                print " %s%10.6f" % ('a =',cell[0])
2418            elif ibrav in [3,4,5,6]:
2419                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],' c =',cell[2],' volume =',Vol)
2420            elif ibrav in [7,8,9,10]:
2421                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2],' volume =',Vol)
2422            elif ibrav in [11,12]:
2423                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f %s%8.3f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2],'beta =',cell[4],' volume =',Vol)
2424            else:
2425                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2])
2426                print " %s%8.3f %s%8.3f %s%8.3f %s%12.3f" % ('alpha =',cell[3],'beta =',cell[4],'gamma =',cell[5],' volume =',Vol)
2427               
2428        def vecPrint(Vec):
2429            print ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%('Modulation vector:',Vec[0],Vec[1],Vec[2])
2430             
2431        PatternId = G2frame.PatternId
2432        PickId = G2frame.PickId   
2433        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'))
2434        if not peaks[0]:
2435            G2frame.ErrorDialog('No peaks!', 'Nothing to refine!')
2436            return       
2437        print ' Refine cell'
2438        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2439        cell = controls[6:12]
2440        A = G2lat.cell2A(cell)
2441        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2442        SGData = G2spc.SpcGroup(controls[13])[1]
2443        dmin = G2indx.getDmin(peaks[0])-0.005
2444        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2445            if ssopt.get('Use',False):
2446                vecFlags = [True if x in ssopt['ssSymb'] else False for x in ['a','b','g']]
2447                SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])
2448                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,ssopt['ModVec'],ssopt['maxH'],A)
2449                peaks = [G2indx.IndexSSPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2450                Lhkl,M20,X20,Aref,Vec,Zero = \
2451                    G2indx.refinePeaksZSS(peaks[0],wave,Inst,SGData,SSGData,ssopt['maxH'],ibrav,A,ssopt['ModVec'],vecFlags,controls[1],controls[0])
2452            else:
2453                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2454                peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2455                Lhkl,M20,X20,Aref,Zero = G2indx.refinePeaksZ(peaks[0],wave,ibrav,A,controls[1],controls[0])
2456        else:   #'T'OF - doesn't seem to work
2457            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2458            peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2459            Lhkl,M20,X20,Aref,Zero = G2indx.refinePeaksT(peaks[0],difC,ibrav,A,controls[1],controls[0])           
2460        controls[1] = Zero
2461        controls[6:12] = G2lat.A2cell(Aref)
2462        controls[12] = G2lat.calc_V(Aref)
2463        cells = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)[2]
2464        for cell in cells:
2465            cell[-2] = False
2466        cells.insert(0,[M20,X20,ibrav]+controls[6:13]+[True,False])
2467        if ssopt.get('Use',False):
2468            ssopt['ModVec'] = Vec
2469            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,ssopt['ModVec'],ssopt['maxH'],A)
2470        else:
2471            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2472        data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2473        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'),data)
2474        print " %s%10.3f" % ('refinement M20 = ',M20)
2475        print ' unindexed lines = ',X20
2476        cellPrint(ibrav,Aref)
2477        ip = 4
2478        if ssopt.get('Use',False):
2479            vecPrint(Vec)
2480            ip = 5
2481        for hkl in G2frame.HKL:
2482            hkl[ip] = G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[ip-1])+controls[1]
2483        if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2484            G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2485        else:
2486            G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2487        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2488       
2489    def IndexPeaks(event):
2490        PatternId = G2frame.PatternId   
2491        print 'Peak Indexing'
2492        keepcells = []
2493        try:
2494            controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2495            for cell in cells:
2496                if cell[11]:
2497                    keepcells.append(cell)
2498        except IndexError:
2499            pass
2500        except ValueError:
2501            G2frame.ErrorDialog('Error','Need to set controls in Unit Cell List first')
2502            return
2503        if True not in bravais:
2504            G2frame.ErrorDialog('Error','No Bravais lattices selected')
2505            return
2506        if not peaks[0]:
2507            G2frame.ErrorDialog('Error','Index Peak List is empty')
2508            return
2509        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(False)
2510        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(False)
2511        OK,dmin,newcells = G2indx.DoIndexPeaks(peaks[0],controls,bravais)
2512        cells = keepcells+newcells
2513        cells = G2indx.sortM20(cells)
2514        cells[0][10] = True
2515        if OK:
2516            data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2517            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'),data)
2518            bestCell = cells[0]
2519            if bestCell[0] > 10.:
2520                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,bestCell[2],G2lat.cell2A(bestCell[3:9]))
2521                for hkl in G2frame.HKL:
2522                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2523                if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2524                    G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2525                else:
2526                    G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2527            G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2528            G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2529            G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(True)
2530        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2531               
2532    def RefreshUnitCellsGrid(event):
2533        data =G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2534        cells,dmin = data[2:4]
2535        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
2536        if cells:
2537            if c == 2:
2538                for i in range(len(cells)):
2539                    cells[i][-2] = False
2540                    UnitCellsTable.SetValue(i,c,False)
2541                UnitCellsTable.SetValue(r,c,True)
2542                gridDisplay.ForceRefresh()
2543                cells[r][-2] = True
2544                ibrav = cells[r][2]
2545                A = G2lat.cell2A(cells[r][3:9])
2546                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,A)
2547                for hkl in G2frame.HKL:
2548                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2549                if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2550                    G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2551                else:
2552                    G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2553            elif c == 11:
2554                if UnitCellsTable.GetValue(r,c):
2555                    UnitCellsTable.SetValue(r,c,False)
2556                    cells[r][c] = False
2557                else:
2558                    cells[r][c] = True
2559                    UnitCellsTable.SetValue(r,c,True)
2560                gridDisplay.ForceRefresh()
2561            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)               
2562       
2563    def MakeNewPhase(event):
2564        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases'):
2565            sub = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Phases')
2566        else:
2567            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
2568        PhaseName = ''
2569        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
2570            style=wx.OK)
2571        try:
2572            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2573                PhaseName = dlg.GetValue()
2574                cells = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)[2]
2575                for Cell in cells:
2576                    if Cell[-2]:
2577                        break
2578                cell = Cell[2:10]       
2579                sub = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
2580                E,SGData = G2spc.SpcGroup(controls[13])
2581                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(sub, \
2582                    G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData,cell=cell[1:],Super=ssopt))
2583                Status.SetStatusText('Change space group from '+str(controls[13])+' if needed')
2584        finally:
2585            dlg.Destroy()
2586           
2587    if G2frame.dataDisplay:
2588        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
2589    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
2590    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.IndexMenu)
2591    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2592        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2593    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, IndexPeaks, id=G2gd.wxID_INDEXPEAKS)
2594    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyUnitCell, id=G2gd.wxID_COPYCELL)
2595    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, RefineCell, id=G2gd.wxID_REFINECELL)
2596    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, MakeNewPhase, id=G2gd.wxID_MAKENEWPHASE)
2597   
2598    controls,bravais,cells,dmin,ssopt = data
2599    if len(controls) < 13:              #add cell volume if missing
2600        controls.append(G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12])))
2601    if len(controls) < 14:              #add space gropu used in indexing
2602        controls.append(spaceGroups[bravaisSymb.index(controls[5])])
2603    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)            #update with volume
2604    bravaisNames = ['Cubic-F','Cubic-I','Cubic-P','Trigonal-R','Trigonal/Hexagonal-P',
2605        'Tetragonal-I','Tetragonal-P','Orthorhombic-F','Orthorhombic-I','Orthorhombic-C',
2606        'Orthorhombic-P','Monoclinic-C','Monoclinic-P','Triclinic']
2607    cellGUIlist = [[[0,1,2],4,zip([" Unit cell: a = "," Vol = "],["%.5f","%.3f"],[True,False],[0,0])],
2608    [[3,4,5,6],6,zip([" Unit cell: a = "," c = "," Vol = "],["%.5f","%.5f","%.3f"],[True,True,False],[0,2,0])],
2609    [[7,8,9,10],8,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," Vol = "],["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f"],
2610        [True,True,True,False],[0,1,2,0])],
2611    [[11,12],10,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," beta = "," Vol = "],
2612        ["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f","%.3f"],[True,True,True,True,False],[0,1,2,4,0])],
2613    [[13,],8,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," Vol = "," alpha = "," beta = "," gamma = "],
2614        ["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f","%.3f","%.3f","%.3f"],
2615        [True,True,True,False,True,True,True],[0,1,2,0,3,4,5])]]
2616   
2617    G2frame.dataFrame.SetLabel('Unit Cells List')
2618    G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(False)
2619    peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List'))
2620    if peaks:
2621        G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2622    G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(False)
2623    if controls[12] > 1.0:                               #if a "real" volume (i.e. not default)
2624        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(True)   
2625    G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(False)
2626    G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(False)       
2627    if cells:
2628        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2629        G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(True)       
2630    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2631    mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Indexing controls: '),0,WACV)
2632    mainSizer.Add((5,5),0)
2633    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,5,5,5)
2634    littleSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Max Nc/Nobs '),0,WACV)
2635    NcNo = wx.SpinCtrl(G2frame.dataDisplay)
2636    NcNo.SetRange(2,6)
2637    NcNo.SetValue(controls[2])
2638    NcNo.Bind(wx.EVT_SPINCTRL,OnNcNo)
2639    littleSizer.Add(NcNo,0,WACV)
2640    littleSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Start Volume '),0,WACV)
2641    startVol = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=str('%d'%(controls[3])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2642    startVol.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnStartVol)
2643    startVol.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnStartVol)
2644    littleSizer.Add(startVol,0,WACV)
2645    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2646    mainSizer.Add((5,5),0)
2647    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Select Bravais Lattices for indexing: '),
2648        0,WACV)
2649    mainSizer.Add((5,5),0)
2650    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,7,5,5)
2651    bravList = []
2652    bravs = zip(bravais,bravaisNames)
2653    for brav,bravName in bravs:
2654        bravCk = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=bravName)
2655        bravList.append(bravCk.GetId())
2656        bravCk.SetValue(brav)
2657        bravCk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBravais)
2658        littleSizer.Add(bravCk,0,WACV)
2659    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2660    mainSizer.Add((5,5),0)
2661   
2662    mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Cell Refinement: '),0,WACV)
2663    mainSizer.Add((5,5),0)
2664    littleSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2665    littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Bravais lattice "),0,WACV)
2666    bravSel = wx.Choice(G2frame.dataDisplay,choices=bravaisSymb)
2667    bravSel.SetSelection(bravaisSymb.index(controls[5]))
2668    bravSel.Bind(wx.EVT_CHOICE,OnBravSel)
2669    littleSizer.Add(bravSel,0,WACV)
2670    littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Space group "),0,WACV)
2671    spcSel = wx.Choice(G2frame.dataDisplay,choices=SPGlist[controls[5]])
2672    spcSel.SetSelection(SPGlist[controls[5]].index(controls[13]))
2673    spcSel.Bind(wx.EVT_CHOICE,OnSpcSel)
2674    littleSizer.Add(spcSel,0,WACV)
2675    if ssopt.get('Use',False):        #zero for super lattice doesn't work!
2676        controls[0] = False
2677    else:
2678        littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Zero offset"),0,WACV)
2679        zero = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value="%.4f"%(controls[1]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2680        zero.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnZero)
2681        zero.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnZero)
2682        littleSizer.Add(zero,0,WACV)
2683        zeroVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label="Refine?")
2684        zeroVar.SetValue(controls[0])
2685        zeroVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnZeroVar)
2686        littleSizer.Add(zeroVar,0,WACV)
2687    SSopt = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label="Super lattice?")
2688    SSopt.SetValue(ssopt.get('Use',False))
2689    SSopt.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnSSopt)
2690    littleSizer.Add(SSopt,0,WACV)
2691    hklShow = wx.Button(G2frame.dataDisplay,label="Show hkl positions")
2692    hklShow.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnHklShow)
2693    littleSizer.Add(hklShow,0,WACV)
2694    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2695   
2696    mainSizer.Add((5,5),0)
2697    ibrav = SetLattice(controls)
2698    for cellGUI in cellGUIlist:
2699        if ibrav in cellGUI[0]:
2700            useGUI = cellGUI
2701    cellList = []
2702    valDict = {}
2703    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,useGUI[1],5,5)
2704    for txt,fmt,ifEdit,Id in useGUI[2]:
2705        littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=txt),0,WACV)
2706        if ifEdit:          #a,b,c,etc.
2707            cellVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=(fmt%(controls[6+Id])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2708            cellVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnCellChange)       
2709            cellVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnCellChange)
2710            valSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2711            valSizer.Add(cellVal,0,WACV)
2712            cellSpin = wx.SpinButton(G2frame.dataDisplay,style=wx.SP_VERTICAL,size=wx.Size(20,20))
2713            cellSpin.SetValue(0)
2714            cellSpin.SetRange(-1,1)
2715            cellSpin.Bind(wx.EVT_SPIN, OnMoveCell)
2716            valSizer.Add(cellSpin,0,WACV)
2717            littleSizer.Add(valSizer,0,WACV)
2718            cellList.append(cellVal.GetId())
2719            cellList.append(cellSpin.GetId())
2720            valDict[cellSpin.GetId()] = cellVal
2721        else:               #volume
2722            volVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=(fmt%(controls[12])),style=wx.TE_READONLY)
2723            volVal.SetBackgroundColour(VERY_LIGHT_GREY)
2724            littleSizer.Add(volVal,0,WACV)
2725    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2726    if ssopt.get('Use',False):        #super lattice display
2727        indChoice = ['1','2','3','4',]
2728        SpSg = controls[13]
2729        ssChoice = G2spc.ssdict[SpSg]
2730        if ssopt['ssSymb'] not in ssChoice:
2731            ssopt['ssSymb'] = ssChoice[0]
2732        ssSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2733        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Supersymmetry space group: '+SpSg+' '),0,WACV)
2734        selMG = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=ssopt['ssSymb'],
2735                choices=ssChoice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2736        selMG.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnSelMG)
2737        ssSizer.Add(selMG,0,WACV)
2738        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Mod. vector: '),0,WACV)
2739        modS = G2spc.splitSSsym(ssopt['ssSymb'])[0]
2740        Vec = ssopt['ModVec']
2741        Vec,ifShow = G2spc.SSGModCheck(Vec,modS)
2742        Indx = {}
2743        for i,[val,show] in enumerate(zip(Vec,ifShow)):
2744            if show:
2745                valSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2746                modVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=('%.4f'%(val)),
2747                    size=wx.Size(50,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2748                modVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnModVal)       
2749                modVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnModVal)
2750                valSizer.Add(modVal,0,WACV)
2751                modSpin = wx.SpinButton(G2frame.dataDisplay,style=wx.SP_VERTICAL,size=wx.Size(20,20))
2752                modSpin.SetValue(0)
2753                modSpin.SetRange(-1,1)
2754                modSpin.Bind(wx.EVT_SPIN, OnMoveMod)
2755                valSizer.Add(modSpin,0,WACV)
2756                ssSizer.Add(valSizer,0,WACV)
2757                Indx[modVal.GetId()] = i
2758                Indx[modSpin.GetId()] = [i,modVal]
2759            else:
2760                modVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=('%.3f'%(val)),
2761                    size=wx.Size(50,20),style=wx.TE_READONLY)
2762                modVal.SetBackgroundColour(VERY_LIGHT_GREY)
2763                ssSizer.Add(modVal,0,WACV)
2764        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max. M: '),0,WACV)
2765        maxMH = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(ssopt['maxH']),
2766            choices=indChoice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2767        maxMH.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxMH)
2768        ssSizer.Add(maxMH,0,WACV)
2769        findMV = wx.wx.Button(G2frame.dataDisplay,label="Find mod. vec.?")
2770        findMV.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnFindMV)
2771        ssSizer.Add(findMV,0,WACV)
2772        mainSizer.Add(ssSizer,0)
2773
2774    if cells:
2775        mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='\n Indexing Result:'),0,WACV)
2776        rowLabels = []
2777        colLabels = ['M20','X20','use','Bravais','a','b','c','alpha','beta','gamma','Volume','Keep']
2778        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_NUMBER,wg.GRID_VALUE_BOOL,wg.GRID_VALUE_STRING,]+ \
2779            3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]+3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]+ \
2780            [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL]
2781        numRows = len(cells)
2782        table = []
2783        for cell in cells:
2784            rowLabels.append('')
2785            row = cell[0:2]+[cell[-2]]+[bravaisSymb[cell[2]]]+cell[3:10]+[cell[11],]
2786            if cell[-2]:
2787                A = G2lat.cell2A(cell[3:9])
2788                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,cell[2],A)
2789                for hkl in G2frame.HKL:
2790                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2791            table.append(row)
2792        UnitCellsTable = G2gd.Table(table,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2793        gridDisplay = G2gd.GSGrid(G2frame.dataDisplay)
2794        gridDisplay.SetPosition(wx.Point(0,20))               
2795        gridDisplay.SetTable(UnitCellsTable, True)
2796        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2797        gridDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_LEFT_CLICK,RefreshUnitCellsGrid)
2798        gridDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK,OnSortCells)
2799        gridDisplay.SetMargins(0,0)
2800        gridDisplay.SetRowLabelSize(0)
2801        gridDisplay.AutoSizeColumns(False)
2802        for r in range(gridDisplay.GetNumberRows()):
2803            for c in range(gridDisplay.GetNumberCols()):
2804                if c == 2:
2805                    gridDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=False)
2806                else:
2807                    gridDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=True)
2808        mainSizer.Add(gridDisplay,0,WACV)
2809    mainSizer.Layout()   
2810    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2811    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
2812    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
2813    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
2814    Size[0] += 25
2815    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
2816    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
2817   
2818################################################################################
2819#####  Reflection list
2820################################################################################           
2821       
2822def UpdateReflectionGrid(G2frame,data,HKLF=False,Name=''):
2823    '''respond to selection of PWDR Reflections data tree item.
2824    '''
2825    def OnPlotHKL(event):
2826        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
2827        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
2828        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
2829        controls = {'Type' : 'Fo','ifFc' : True,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,
2830            'FoMax' : FoMax,'Zone' : '001','Layer' : 0,'Scale' : 1.0,'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
2831        G2plt.PlotSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
2832       
2833    def OnPlot3DHKL(event):
2834        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
2835        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
2836        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
2837        Vpoint = [int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))]
2838        controls = {'Type':'Fosq','Iscale':False,'HKLmax':Hmax,'HKLmin':Hmin,
2839            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
2840            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,
2841            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[1,0,0]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
2842        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
2843       
2844    def OnSelectPhase(event):
2845        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select','Phase',phases)
2846        try:
2847            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2848                sel = dlg.GetSelection()
2849                G2frame.RefList = phases[sel]
2850                UpdateReflectionGrid(G2frame,data)
2851        finally:
2852            dlg.Destroy()
2853        G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2854           
2855    if not data:
2856        print 'No phases, no reflections'
2857        return
2858    if HKLF:
2859        G2frame.RefList = 1
2860        phaseName = IsHistogramInAnyPhase(G2frame,Name)
2861    else:
2862        phaseName = G2frame.RefList
2863        phases = data.keys()
2864    if G2frame.dataDisplay:
2865        G2frame.dataFrame.Clear()
2866    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2867    if phaseName:
2868        pId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
2869        phaseId =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,pId,phaseName)
2870        General = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(phaseId)['General']
2871        Super = General.get('Super',0)
2872        SuperVec = General.get('SuperVec',[])
2873    else:
2874        Super = 0
2875        SuperVec = []       
2876    rowLabels = []
2877    if HKLF:
2878        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame)
2879        refList = data[1]['RefList']
2880        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ReflMenu)
2881        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2882            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
2883        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotHKL, id=G2gd.wxID_PWDHKLPLOT)
2884        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=G2gd.wxID_PWD3DHKLPLOT)
2885        G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(False)
2886        refs = refList
2887    else:
2888        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ReflMenu)
2889        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2890            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
2891        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSelectPhase, id=G2gd.wxID_SELECTPHASE)
2892        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotHKL, id=G2gd.wxID_PWDHKLPLOT)
2893        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=G2gd.wxID_PWD3DHKLPLOT)
2894        G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(False)
2895        if len(data) > 1:
2896            G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(True)
2897        try:            #patch for old reflection lists
2898            refList = np.array(data[G2frame.RefList]['RefList'])
2899            I100 = refList.T[8+Super]*refList.T[11+Super]
2900        except TypeError:
2901            refList = np.array([refl[:11+Super] for refl in data[G2frame.RefList]])
2902            I100 = refList.T[8+Super]*np.array([refl[11+Super] for refl in data[G2frame.RefList]])
2903        Imax = np.max(I100)
2904        if Imax:
2905            I100 *= 100.0/Imax
2906        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2907            refs = np.vstack((refList.T[:15+Super],I100)).T
2908        elif 'T' in Inst['Type'][0]:
2909            refs = np.vstack((refList.T[:18+Super],I100)).T
2910           
2911    for i in range(len(refs)): rowLabels.append(str(i))
2912    Types = (4+Super)*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+4*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',]+ \
2913        2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',]+[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]+ \
2914        [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2915    superLabels = ['M1','M2','M3']
2916    if HKLF:
2917        colLabels = ['H','K','L','mul','d','Fosq','sig','Fcsq','FoTsq','FcTsq','phase','ExtC',]
2918        if 'T' in Inst['Type'][0]:
2919            colLabels = ['H','K','L','mul','d','Fosq','sig','Fcsq','FoTsq','FcTsq','phase','ExtC','wave','tbar']
2920            Types += 2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2921        if Super:
2922            for i in range(Super):
2923                colLabels.insert(3+i,superLabels[i])
2924    else:
2925        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2926            colLabels = ['H','K','L','mul','d','pos','sig','gam','Fosq','Fcsq','phase','Icorr','Prfo','Trans','ExtP','I100']
2927            Types += 4*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2928        elif 'T' in Inst['Type'][0]:
2929            colLabels = ['H','K','L','mul','d','pos','sig','gam','Fosq','Fcsq','phase','Icorr','alp','bet','wave','Prfo','Abs','Ext','I100']
2930            Types += 7*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2931        if Super:
2932            for i in range(Super):
2933                colLabels.insert(3+i,superLabels[i])
2934           
2935    G2frame.PeakTable = G2gd.Table(refs,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2936    G2frame.dataFrame.SetLabel('Reflection List for '+phaseName)
2937    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
2938    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.PeakTable, True)
2939    G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
2940    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
2941    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
2942    G2frame.dataDisplay.Fit()
2943    size = G2frame.dataDisplay.GetSize()
2944    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([size[0]+32,350])
2945   
2946################################################################################
2947#####  SASD Substances
2948################################################################################
2949           
2950def UpdateSubstanceGrid(G2frame,data):
2951    '''respond to selection of SASD Substance data tree item.
2952    '''
2953    import Substances as substFile
2954   
2955    def OnLoadSubstance(event):
2956        names = substFile.Substances.keys()
2957        names.sort()
2958        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', names, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2959        try:
2960            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2961                name = names[dlg.GetSelection()]
2962            else:
2963                return
2964        finally:
2965            dlg.Destroy()
2966        data['Substances'][name] = {'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':1.0,
2967            'Scatt density':0.0,'XAnom density':0.0,'XAbsorption':0.0}
2968        subst = substFile.Substances[name]
2969        ElList = subst['Elements'].keys()
2970        for El in ElList:
2971            Info = G2elem.GetAtomInfo(El.strip().capitalize())
2972            Info.update(subst['Elements'][El])
2973            data['Substances'][name]['Elements'][El] = Info
2974            if 'Volume' in subst:
2975                data['Substances'][name]['Volume'] = subst['Volume']
2976                data['Substances'][name]['Density'] = \
2977                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
2978            elif 'Density' in subst:
2979                data['Substances'][name]['Density'] = subst['Density']
2980                data['Substances'][name]['Volume'] = \
2981                    G2mth.Den2Vol(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Density'])
2982            else:
2983                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
2984                data['Substances'][name]['Density'] = \
2985                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
2986            data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
2987                G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
2988            contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
2989            data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
2990            data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
2991                         
2992        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
2993       
2994    def OnCopySubstance(event):
2995        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
2996        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
2997        if not histList:
2998            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
2999            return
3000        copyList = []
3001        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
3002            G2frame.dataFrame, 
3003            'Copy substances from\n'+hst[5:]+' to...',
3004            'Copy substances', histList)
3005        try:
3006            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3007                for i in dlg.GetSelections(): 
3008                    copyList.append(histList[i])
3009        finally:
3010            dlg.Destroy()       
3011        for item in copyList:
3012            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
3013            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Substances'),
3014                copy.copy(data))
3015   
3016    def OnAddSubstance(event):
3017        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this substance','Substance Name Entry','New substance',
3018            style=wx.OK)
3019        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3020            Name = dlg.GetValue()
3021            data['Substances'][Name] = {'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':1.0,
3022                'Scatt density':0.0,'XAnom density':0.,'XAbsorption':0.}
3023        dlg.Destroy()
3024        AddElement(Name)
3025        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3026       
3027    def OnDeleteSubstance(event):
3028        TextList = []
3029        for name in data['Substances']:
3030            if name != 'vacuum':
3031                TextList += [name,]
3032        if not TextList:
3033            return
3034        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance to delete', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3035        try:
3036            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3037                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3038            else:
3039                return
3040        finally:
3041            dlg.Destroy()
3042        del(data['Substances'][name])
3043        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)       
3044               
3045    def OnAddElement(event):       
3046        TextList = []
3047        for name in data['Substances']:
3048            if name != 'vacuum':
3049                TextList += [name,]
3050        if not TextList:
3051            return
3052        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3053        try:
3054            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3055                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3056            else:
3057                return
3058        finally:
3059            dlg.Destroy()
3060        AddElement(name)
3061        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3062       
3063    def AddElement(name):
3064        ElList = data['Substances'][name]['Elements'].keys()
3065        dlg = G2elemGUI.PickElements(G2frame,ElList)
3066        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3067            for El in dlg.Elem:
3068                El = El.strip().capitalize()
3069                Info = G2elem.GetAtomInfo(El)
3070                Info.update({'Num':1})
3071                data['Substances'][name]['Elements'][El] = Info
3072                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3073                data['Substances'][name]['Density'] = \
3074                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3075                data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3076                    G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3077                contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3078                data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3079                data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3080        dlg.Destroy()
3081       
3082    def OnDeleteElement(event):
3083        TextList = []
3084        for name in data['Substances']:
3085            if name != 'vacuum':
3086                TextList += [name,]
3087        if not TextList:
3088            return
3089        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3090        try:
3091            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3092                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3093            else:
3094                return
3095        finally:
3096            dlg.Destroy()
3097        ElList = data['Substances'][name]['Elements'].keys()
3098        if len(ElList):
3099            DE = G2elemGUI.DeleteElement(G2frame,ElList)
3100            if DE.ShowModal() == wx.ID_OK:
3101                El = DE.GetDeleteElement().strip().upper()
3102                del(data['Substances'][name]['Elements'][El])
3103                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3104                data['Substances'][name]['Density'] = \
3105                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3106                data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3107                    G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3108                contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3109                data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3110                data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3111        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3112               
3113    def SubstSizer():
3114       
3115        def OnValueChange(event):
3116            Obj = event.GetEventObject()
3117            if len(Indx[Obj.GetId()]) == 3:
3118                name,El,keyId = Indx[Obj.GetId()]
3119                try:
3120                    value = max(0,float(Obj.GetValue()))
3121                except ValueError:
3122                    value = 0
3123                    Obj.SetValue('%.2f'%(value))
3124                data['Substances'][name]['Elements'][El][keyId] = value
3125                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3126                data['Substances'][name]['Density'] = \
3127                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3128            else:
3129                name,keyId = Indx[Obj.GetId()]
3130                try:
3131                    value = max(0,float(Obj.GetValue()))
3132                except ValueError:
3133                    value = 1.0
3134                data['Substances'][name][keyId] = value
3135                if keyId in 'Volume':
3136                    data['Substances'][name]['Density'] = \
3137                        G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],value)
3138                elif keyId in 'Density':
3139                    data['Substances'][name]['Volume'] = \
3140                        G2mth.Den2Vol(data['Substances'][name]['Elements'],value)
3141            data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3142                G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3143            contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3144            data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3145            data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3146            wx.CallAfter(UpdateSubstanceGrid,G2frame,data)
3147       
3148        Indx = {}
3149        substSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3150        substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Substance list: wavelength: %.5fA'%(wave)),
3151            0,WACV)
3152        for name in data['Substances']:
3153            G2gd.HorizontalLine(substSizer,G2frame.dataDisplay)   
3154            substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Data for '+name+':'),
3155                0,WACV)
3156            if name == 'vacuum':
3157                substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='        Not applicable'),
3158                    0,WACV)
3159            else:   
3160                elSizer = wx.FlexGridSizer(0,6,5,5)
3161                Substance = data['Substances'][name]
3162                Elems = Substance['Elements']
3163                for El in Elems:    #do elements as pull downs for isotopes for neutrons
3164                    elSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' '+El+': '),
3165                        0,WACV)
3166                    num = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.2f'%(Elems[El]['Num']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3167                    Indx[num.GetId()] = [name,El,'Num']
3168                    num.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3169                    num.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3170                    elSizer.Add(num,0,WACV)
3171                substSizer.Add(elSizer,0)
3172                vdsSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
3173                vdsSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Volume: '),
3174                    0,WACV)
3175                vol = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(Substance['Volume']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3176                Indx[vol.GetId()] = [name,'Volume']
3177                vol.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3178                vol.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3179                vdsSizer.Add(vol,0,WACV)               
3180                vdsSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Density: '),
3181                    0,WACV)
3182                den = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(Substance['Density']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3183                Indx[den.GetId()] = [name,'Density']
3184                den.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3185                den.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3186                vdsSizer.Add(den,0,WACV)
3187                substSizer.Add(vdsSizer,0)
3188                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,
3189                    label=' Scattering density  : %.2f *10%scm%s'%(Substance['Scatt density'],Pwr10,Pwrm2)),
3190                    0,WACV)               
3191                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,       #allow neutrons here into NAnom density & NAbsorption
3192                    label=' Anomalous density : %.2f *10%scm%s'%(Substance['XAnom density'],Pwr10,Pwrm2)),
3193                    0,WACV)               
3194                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,
3195                    label=' X-ray absorption   : %.2f cm%s'%(Substance['XAbsorption'],Pwrm1)),
3196                    0,WACV)               
3197        return substSizer
3198           
3199    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
3200    wave = G2mth.getWave(Inst)
3201    if G2frame.dataDisplay:
3202        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
3203    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SubstanceMenu)
3204    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3205        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3206    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
3207    G2frame.dataFrame.SetLabel('Substances')
3208    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnLoadSubstance, id=G2gd.wxID_LOADSUBSTANCE)   
3209    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddSubstance, id=G2gd.wxID_ADDSUBSTANCE)
3210    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopySubstance, id=G2gd.wxID_COPYSUBSTANCE)
3211    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteSubstance, id=G2gd.wxID_DELETESUBSTANCE)   
3212    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddElement, id=G2gd.wxID_ELEMENTADD)
3213    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteElement, id=G2gd.wxID_ELEMENTDELETE)
3214    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3215    mainSizer.Add(SubstSizer(),0)
3216
3217    mainSizer.Layout()   
3218    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
3219    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
3220    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
3221    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
3222    Size[0] += 25
3223    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
3224    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
3225       
3226################################################################################
3227#####  SASD Models
3228################################################################################           
3229       
3230def UpdateModelsGrid(G2frame,data):
3231    '''respond to selection of SASD Models data tree item.
3232    '''
3233    #patches
3234    if 'Current' not in data:
3235        data['Current'] = 'Size dist.'
3236    if 'logBins' not in data['Size']:
3237        data['Size']['logBins'] = True
3238    if 'MinMaxDiam' in data['Size']:
3239        data['Size']['MinDiam'] = 50.
3240        data['Size']['MaxDiam'] = 10000.
3241        del data['Size']['MinMaxDiam']
3242    if isinstance(data['Size']['MaxEnt']['Sky'],float):
3243        data['Size']['MaxEnt']['Sky'] = -3
3244    if 'Power' not in data['Size']['IPG']:
3245        data['Size']['IPG']['Power'] = -1
3246    if 'Matrix' not in data['Particle']:
3247        data['Particle']['Matrix'] = {'Name':'vacuum','VolFrac':[0.0,False]}
3248    if 'BackFile' not in data:
3249        data['BackFile'] = ''
3250    #end patches
3251   
3252    def RefreshPlots(newPlot=False):
3253        PlotText = G2frame.G2plotNB.nb.GetPageText(G2frame.G2plotNB.nb.GetSelection())
3254        if 'Powder' in PlotText:
3255            G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=newPlot)
3256        elif 'Size' in PlotText:
3257            G2plt.PlotSASDSizeDist(G2frame)
3258               
3259    def OnAddModel(event):
3260        if data['Current'] == 'Particle fit':
3261            material = 'vacuum'
3262            if len(data['Particle']['Levels']):
3263                material = data['Particle']['Levels'][-1]['Controls']['Material']
3264            data['Particle']['Levels'].append({
3265                'Controls':{'FormFact':'Sphere','DistType':'LogNormal','Material':material,
3266                    'FFargs':{},'SFargs':{},'NumPoints':50,'Cutoff':0.01,'Contrast':0.0,
3267                    'SlitSmear':[0.0,False],'StrFact':'Dilute'},    #last 2 not used - future?
3268                'LogNormal':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[0.5,False],'MinSize':[10.,False],},
3269                'Gaussian':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[300.,False],},
3270                'LSW':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.0,False],},
3271                'Schulz-Zimm':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[300.,False],},
3272                'Unified':{'G':[1.e3,False],'Rg':[100,False],'B':[1.e-5,False],'P':[4,False],'Cutoff':[1e-5,False],},
3273                'Porod':{'B':[1.e-4,False],'P':[4,False],'Cutoff':[1e-5,False],},
3274                'Monodisperse':{'Volume':[0.05,False],'Radius':[100,False],},   #OK for spheres
3275                'Bragg':{'PkInt':[100,False],'PkPos':[0.2,False],
3276                    'PkSig':[10,False],'PkGam':[10,False],},        #reasonable 31A peak
3277                })
3278            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3279            RefreshPlots(True)
3280                   
3281        wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3282       
3283    def OnCopyModel(event):
3284        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3285        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
3286        if not histList:
3287            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
3288            return
3289        copyList = []
3290        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
3291            G2frame.dataFrame, 
3292            'Copy models from\n'+hst[5:]+' to...',
3293            'Copy models', histList)
3294        try:
3295            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3296                for i in dlg.GetSelections(): 
3297                    copyList.append(histList[i])
3298        finally:
3299            dlg.Destroy()       
3300        for item in copyList:
3301            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
3302            newdata = copy.deepcopy(data)
3303            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Models'),newdata)
3304            if newdata['BackFile']:
3305                Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[1]
3306                BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,newdata['BackFile'])
3307                BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3308                Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3309        RefreshPlots(True)
3310               
3311    def OnCopyFlags(event):
3312        thisModel = copy.deepcopy(data)
3313        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3314        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
3315        if not histList:
3316            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
3317            return
3318        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
3319            G2frame.dataFrame, 
3320            'Copy sample ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
3321            'Copy sample flags', histList)
3322        distChoice = ['LogNormal','Gaussian','LSW','Schulz-Zimm','Bragg','Unified',
3323            'Porod','Monodisperse',]
3324        parmOrder = ['Volume','Radius','Mean','StdDev','G','Rg','B','P',
3325            'Cutoff','PkInt','PkPos','PkSig','PkGam','VolFr','Dist',]
3326        try:
3327            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3328                result = dlg.GetSelections()
3329                for i in result: 
3330                    item = histList[i]
3331                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
3332                    newModel = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Models'))
3333                    newModel['Back'][1] = copy.copy(thisModel['Back'][1])
3334                    for ilev,level in enumerate(newModel['Particle']['Levels']):
3335                        for form in level:
3336                            if form in distChoice:
3337                                thisForm = thisModel['Particle']['Levels'][ilev][form]                               
3338                                for item in parmOrder:
3339                                    if item in thisForm:
3340                                       level[form][item][1] = copy.copy(thisForm[item][1])
3341                            elif form == 'Controls':
3342                                thisForm = thisModel['Particle']['Levels'][ilev][form]['SFargs']
3343                                for item in parmOrder:
3344                                    if item in thisForm:
3345                                        level[form]['SFargs'][item][1] = copy.copy(thisForm[item][1])
3346        finally:
3347            dlg.Destroy()
3348               
3349    def OnFitModelAll(event):
3350        choices = G2gd.GetPatternTreeDataNames(G2frame,['SASD',])
3351        sel = []
3352        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential SASD refinement',
3353             'Select dataset to include',choices)
3354        dlg.SetSelections(sel)
3355        names = []
3356        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3357            for sel in dlg.GetSelections():
3358                names.append(choices[sel])
3359        dlg.Destroy()
3360        SeqResult = {'histNames':names}
3361        Reverse = False
3362        CopyForward = False
3363        choice = ['Reverse sequence','Copy from prev.']
3364        dlg = wx.MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame,'Sequential controls','Select controls',choice)
3365        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3366            for sel in dlg.GetSelections():
3367                if sel:
3368                    CopyForward = True
3369                else:
3370                    Reverse = True
3371        dlg.Destroy()
3372        dlg = wx.ProgressDialog('SASD Sequential fit','Data set name = '+names[0],len(names), 
3373            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
3374        wx.BeginBusyCursor()
3375        if Reverse:
3376            names.reverse()
3377        try:
3378            for i,name in enumerate(names):
3379                print ' Sequential fit for ',name
3380                GoOn = dlg.Update(i,newmsg='Data set name = '+name)[0]
3381                if not GoOn:
3382                    break
3383                Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
3384                if i and CopyForward:
3385                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'),JModel)
3386                IProfDict,IProfile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[:2]
3387                IModel = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'))
3388                ISample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Sample Parameters'))
3389                ILimits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Limits'))
3390                IfOK,result,varyList,sig,Rvals,covMatrix,parmDict,Msg = G2sasd.ModelFit(IProfile,IProfDict,ILimits,ISample,IModel)
3391                JModel = copy.deepcopy(IModel)
3392                if not IfOK:
3393                    G2frame.ErrorDialog('Failed sequential refinement for data '+name,
3394                        ' Msg: '+Msg+'\nYou need to rethink your selection of parameters\n'+    \
3395                        ' Model restored to previous version for'+name)
3396                    SeqResult['histNames'] = names[:i]
3397                    dlg.Destroy()
3398                    break
3399                else:
3400                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'),copy.deepcopy(IModel))
3401               
3402                G2sasd.ModelFxn(IProfile,IProfDict,ILimits,ISample,IModel)
3403                SeqResult[name] = {'variables':result[0],'varyList':varyList,'sig':sig,'Rvals':Rvals,
3404                    'covMatrix':covMatrix,'title':name,'parmDict':parmDict}
3405            else:
3406                dlg.Destroy()
3407                print ' ***** Small angle sequential refinement successful *****'
3408        finally:
3409            wx.EndBusyCursor()   
3410        Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Sequential results')
3411        if Id:
3412            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
3413        else:
3414            Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Sequential results')
3415            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
3416        G2frame.PatternTree.SelectItem(Id)
3417       
3418    def OnFitModel(event):
3419        if data['Current'] == 'Size dist.':
3420            if not any(Sample['Contrast']):
3421                G2frame.ErrorDialog('No contrast; your sample is a vacuum!',
3422                    'You need to define a scattering substance!\n'+    \
3423                    ' Do Substances and then Sample parameters')
3424                return
3425            G2sasd.SizeDistribution(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3426            G2plt.PlotSASDSizeDist(G2frame)
3427            RefreshPlots(True)
3428           
3429        elif data['Current'] == 'Particle fit':
3430            SaveState()
3431            Results = G2sasd.ModelFit(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3432            if not Results[0]:
3433                    G2frame.ErrorDialog('Failed refinement',
3434                        ' Msg: '+Results[-1]+'\nYou need to rethink your selection of parameters\n'+    \
3435                        ' Model restored to previous version')
3436            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3437            RefreshPlots(True)
3438            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3439           
3440    def OnUnDo(event):
3441        DoUnDo()
3442        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
3443            G2frame.PatternId,'Models'))
3444        G2frame.dataFrame.SasdUndo.Enable(False)
3445        UpdateModelsGrid(G2frame,data)
3446        G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3447        RefreshPlots(True)
3448
3449    def DoUnDo():
3450        print 'Undo last refinement'
3451        file = open(G2frame.undosasd,'rb')
3452        PatternId = G2frame.PatternId
3453        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Models'),cPickle.load(file))
3454        print ' Models recovered'
3455        file.close()
3456       
3457    def SaveState():
3458        G2frame.undosasd = os.path.join(G2frame.dirname,'GSASIIsasd.save')
3459        file = open(G2frame.undosasd,'wb')
3460        PatternId = G2frame.PatternId
3461        for item in ['Models']:
3462            cPickle.dump(G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId,item)),file,1)
3463        file.close()
3464        G2frame.dataFrame.SasdUndo.Enable(True)
3465       
3466    def OnSelectFit(event):
3467        data['Current'] = fitSel.GetValue()
3468        wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3469       
3470    def OnCheckBox(event):
3471        Obj = event.GetEventObject()
3472        item,ind = Indx[Obj.GetId()]
3473        item[ind] = Obj.GetValue()
3474       
3475    def OnIntVal(event):
3476        Obj = event.GetEventObject()
3477        item,ind,minVal = Indx[Obj.GetId()]
3478        try:
3479            value = int(Obj.GetValue())
3480            if value <= minVal:
3481                raise ValueError
3482        except ValueError:
3483            value = item[ind]
3484        Obj.SetValue(str(value))
3485        item[ind] = value
3486
3487    def SizeSizer():
3488       
3489        def OnShape(event):
3490            data['Size']['Shape'][0] = partsh.GetValue()
3491            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3492           
3493        def OnMethod(event):
3494            data['Size']['Method'] = method.GetValue()
3495            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3496           
3497        def OnPartVal(event):
3498            try:
3499                val = max(0.0,float(partprm.GetValue()))
3500            except ValueError:
3501                val = 1
3502            data['Size']['Shape'][1] = val
3503            partprm.SetValue('%.3f'%(val))
3504           
3505        sizeSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3506        sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Size distribution parameters: '),0,WACV)
3507        binSizer = wx.FlexGridSizer(0,7,5,5)
3508        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' No. size bins: '),0,WACV)
3509        bins = ['50','100','150','200']
3510        nbins = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['Nbins']),choices=bins,
3511            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3512        Indx[nbins.GetId()] = [data['Size'],'Nbins',0]
3513        nbins.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)       
3514        binSizer.Add(nbins,0,WACV)
3515        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min diam.: '),0,WACV)
3516        minDias = ['10','25','50','100','150','200']
3517        mindiam = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MinDiam']),choices=minDias,
3518            style=wx.CB_DROPDOWN)
3519        mindiam.Bind(wx.EVT_LEAVE_WINDOW,OnIntVal)
3520        mindiam.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnIntVal)       
3521        mindiam.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnIntVal)
3522        Indx[mindiam.GetId()] = [data['Size'],'MinDiam',0]
3523        binSizer.Add(mindiam,0,WACV)
3524        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max diam.: '),0,WACV)
3525        maxDias = [str(1000*(i+1)) for i in range(10)]
3526        maxdiam = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MaxDiam']),choices=maxDias,
3527            style=wx.CB_DROPDOWN)
3528        maxdiam.Bind(wx.EVT_LEAVE_WINDOW,OnIntVal)
3529        maxdiam.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnIntVal)       
3530        maxdiam.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnIntVal)
3531        Indx[maxdiam.GetId()] = [data['Size'],'MaxDiam',0]
3532        binSizer.Add(maxdiam,0,WACV)
3533        logbins = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Log bins?')
3534        Indx[logbins.GetId()] = [data['Size'],'logBins']
3535        logbins.SetValue(data['Size']['logBins'])
3536        logbins.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnCheckBox)
3537        binSizer.Add(logbins,0,WACV)
3538        sizeSizer.Add(binSizer,0)
3539        sizeSizer.Add((5,5),0)
3540        partSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3541        partSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Particle description: '),0,WACV)
3542        shapes = {'Spheroid':' Aspect ratio: ','Cylinder':' Diameter ','Cylinder AR':' Aspect ratio: ',
3543            'Unified sphere':'','Unified rod':' Diameter: ','Unified rod AR':' Aspect ratio: ',
3544            'Unified disk':' Thickness: '}
3545        partsh = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['Shape'][0]),choices=shapes.keys(),
3546            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3547        partsh.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnShape)       
3548        partSizer.Add(partsh,0,WACV)
3549        if data['Size']['Shape'][0] not in ['Unified sphere',]:
3550            partSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=shapes[data['Size']['Shape'][0]]),0,WACV)
3551            partprm = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(data['Size']['Shape'][1]),
3552                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3553            partprm.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnPartVal)       
3554            partprm.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnPartVal)
3555            partSizer.Add(partprm,0,WACV)
3556        sizeSizer.Add(partSizer,0)
3557        sizeSizer.Add((5,5),0)
3558        fitSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3559        methods = ['MaxEnt','IPG',]
3560        fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Fitting method: '),0,WACV)
3561        method = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Size']['Method'],choices=methods,
3562            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3563        method.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMethod)
3564        fitSizer.Add(method,0,WACV)
3565        iters = ['10','25','50','100','150','200']       
3566        fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' No. iterations: '),0,WACV)
3567        Method = data['Size']['Method']
3568        iter = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size'][Method]['Niter']),choices=iters,
3569            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3570        Indx[iter.GetId()] = [data['Size'][Method],'Niter',0]
3571        iter.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3572        fitSizer.Add(iter,0,WACV)
3573        if 'MaxEnt' in data['Size']['Method']:
3574            fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Log floor factor: '),0,WACV)
3575            floors = [str(-i) for i in range(9)]
3576            floor = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MaxEnt']['Sky']),choices=floors,
3577                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3578            Indx[floor.GetId()] = [data['Size']['MaxEnt'],'Sky',-10]
3579            floor.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3580            fitSizer.Add(floor,0,WACV)
3581        elif 'IPG' in data['Size']['Method']:
3582            fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Q power weight (-1 for sigma): '),0,WACV)
3583            choices = ['-1','0','1','2','3','4']
3584            power = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['IPG']['Power']),choices=choices,
3585                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3586            Indx[power.GetId()] = [data['Size']['IPG'],'Power',-2]
3587            power.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3588            fitSizer.Add(power,0,WACV)
3589        sizeSizer.Add(fitSizer,0)
3590
3591        return sizeSizer
3592       
3593    def PartSizer():
3594       
3595        FormFactors = {'Sphere':{},'Spheroid':{'Aspect ratio':[1.0,False]},
3596            'Cylinder':{'Length':[100.,False]},'Cylinder diam':{'Diameter':[100.,False]},
3597            'Cylinder AR':{'Aspect ratio':[1.0,False]},'Unified sphere':{},
3598            'Unified rod':{'Length':[100.,False]},'Unified rod AR':{'Aspect ratio':[1.0,False]},
3599            'Unified disk':{'Thickness':[100.,False]},
3600            'Unified tube':{'Length':[100.,False],'Thickness':[10.,False]},}
3601               
3602        StructureFactors = {'Dilute':{},'Hard sphere':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False]},
3603            'Sticky hard sphere':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False],'epis':[0.05,False],'Sticky':[0.2,False]},
3604            'Square well':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False],'Depth':[0.1,False],'Width':[1.,False]},
3605            'InterPrecipitate':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False]},}
3606               
3607        ffDistChoices =  ['Sphere','Spheroid','Cylinder','Cylinder diam',
3608            'Cylinder AR','Unified sphere','Unified rod','Unified rod AR',
3609            'Unified disk','Unified tube',]
3610               
3611        ffMonoChoices = ['Sphere','Spheroid','Cylinder','Cylinder AR',]
3612       
3613        sfChoices = ['Dilute','Hard sphere','Sticky hard sphere','Square well','InterPrecipitate',]
3614           
3615        slMult = 1000.
3616                 
3617        def OnValue(event):
3618            Obj = event.GetEventObject()
3619            item,key,sldrObj = Indx[Obj.GetId()]
3620            try:
3621                value = float(Obj.GetValue())
3622                if value <= 0.:
3623                    raise ValueError
3624            except ValueError:
3625                value = item[key][0]
3626            item[key][0] = value
3627            Obj.SetValue('%.3g'%(value))
3628            if key in ['P','epis','Sticky','Depth','Width','VolFr','Dist']:
3629                sldrObj.SetValue(slMult*value)
3630            else:
3631                logv = np.log10(value)
3632                valMinMax = [logv-1,logv+1]
3633                sldrObj.SetRange(slMult*valMinMax[0],slMult*valMinMax[1])
3634                sldrObj.SetValue(slMult*logv)
3635            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3636            RefreshPlots()
3637           
3638        def OnSelect(event):
3639            Obj = event.GetEventObject()
3640            item,key = Indx[Obj.GetId()]
3641            item[key] = Obj.GetValue()
3642            if 'Refine' not in Obj.GetLabel():
3643                if 'FormFact' in key :
3644                    item['FFargs'] = FormFactors[Obj.GetValue()]
3645                elif 'StrFact' in key:
3646                    item['SFargs'] = StructureFactors[Obj.GetValue()]
3647                wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3648                G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3649                RefreshPlots()
3650               
3651        def OnDelLevel(event):
3652            Obj = event.GetEventObject()
3653            item = Indx[Obj.GetId()]
3654            del data['Particle']['Levels'][item]
3655            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3656            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3657            RefreshPlots()
3658           
3659        def OnParmSlider(event):
3660            Obj = event.GetEventObject()
3661            item,key,pvObj = Indx[Obj.GetId()]
3662            slide = Obj.GetValue()
3663            if key in ['P','epis','Sticky','Depth','Width','VolFr','Dist']:
3664                value = float(slide/slMult)
3665            else:
3666                value = 10.**float(slide/slMult)
3667            item[key][0] = value
3668            pvObj.SetValue('%.3g'%(item[key][0]))
3669            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3670            RefreshPlots()
3671           
3672        def SizeSizer():
3673            sizeSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
3674            sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Distribution: '),0,WACV)
3675            Distchoice = ['LogNormal','Gaussian','LSW','Schulz-Zimm','Bragg','Unified','Porod','Monodisperse',]
3676            distChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['DistType'],choices=Distchoice,
3677                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3678            Indx[distChoice.GetId()] = [level['Controls'],'DistType']
3679            distChoice.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3680            sizeSizer.Add(distChoice,0,WACV)    #put structure factor choices here
3681            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg','Unified','Porod',]:
3682                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Form Factor: '),0,WACV)
3683                if 'Mono' in level['Controls']['DistType']:
3684                    ffChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['FormFact'],choices=ffMonoChoices,
3685                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3686                else:
3687                    ffChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['FormFact'],choices=ffDistChoices,
3688                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3689                Indx[ffChoice.GetId()] = [level['Controls'],'FormFact']
3690                ffChoice.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3691                sizeSizer.Add(ffChoice,0,WACV)
3692               
3693                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Material: '),0,WACV)
3694                matSel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['Material'],
3695                    choices=Substances['Substances'].keys(),style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3696                Indx[matSel.GetId()] = [level['Controls'],'Material']
3697                matSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)       
3698                sizeSizer.Add(matSel,0,WACV) #do neutron test here?
3699                rho = Substances['Substances'][level['Controls']['Material']].get('XAnom density',0.0)
3700                level['Controls']['Contrast'] = contrast = (rho-rhoMat)**2                 
3701                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Resonant X-ray contrast: '),0,WACV)
3702                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=%.2f 10%scm%s'%(contrast,Pwr20,Pwrm4)),0,WACV)
3703                if 'Mono' not in level['Controls']['DistType']:
3704                    sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Num. radii: '),0,WACV)
3705                    radii = ['25','50','75','100','200']
3706                    nRadii = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(level['Controls']['NumPoints']),choices=radii,
3707                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3708                    Indx[nRadii.GetId()] = [level['Controls'],'NumPoints']
3709                    nRadii.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3710                    sizeSizer.Add(nRadii,0,WACV)
3711                    sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' R dist. cutoff: '),0,WACV)
3712                    rCutoff = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,level['Controls'],'Cutoff',
3713                        min=0.001,max=0.1,typeHint=float)
3714                    sizeSizer.Add(rCutoff,0,WACV)
3715            elif level['Controls']['DistType']  in ['Unified',]:
3716                Parms = level['Unified']
3717                Best = G2sasd.Bestimate(Parms['G'][0],Parms['Rg'][0],Parms['P'][0])
3718                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Estimated Dist B: %12.4g'%(Best)),0,WACV)
3719            return sizeSizer
3720           
3721        def ParmSizer():
3722            parmSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,5,5)
3723            parmSizer.AddGrowableCol(2,1)
3724            parmSizer.SetFlexibleDirection(wx.HORIZONTAL)
3725            Parms = level[level['Controls']['DistType']]
3726            FFargs = level['Controls']['FFargs']
3727            SFargs = level['Controls'].get('SFargs',{})
3728            parmOrder = ['Volume','Radius','Mean','StdDev','MinSize','G','Rg','B','P','Cutoff',
3729                'PkInt','PkPos','PkSig','PkGam',]
3730            for parm in parmOrder:
3731                if parm in Parms:
3732                    if parm == 'MinSize':
3733                        parmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Dist '+parm),0,wx.ALIGN_CENTER)
3734                    else:
3735                        parmVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine? Dist '+parm) 
3736                        parmVar.SetValue(Parms[parm][1])
3737                        parmVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3738                        parmSizer.Add(parmVar,0,WACV)
3739                        Indx[parmVar.GetId()] = [Parms[parm],1]
3740                    parmValue = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(Parms[parm][0]),
3741                        style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3742                    parmValue.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValue)       
3743                    parmValue.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValue)
3744                    parmSizer.Add(parmValue,0,WACV)
3745                    if parm == 'P':
3746                        value = Parms[parm][0]
3747                        valMinMax = [0.1,4.2]
3748                    else:
3749                        value = np.log10(Parms[parm][0])
3750                        valMinMax = [value-1,value+1]
3751                    parmSldr = wx.Slider(G2frame.dataDisplay,minValue=slMult*valMinMax[0],
3752                        maxValue=slMult*valMinMax[1],value=slMult*value)
3753                    Indx[parmValue.GetId()] = [Parms,parm,parmSldr]
3754                    Indx[parmSldr.GetId()] = [Parms,parm,parmValue]
3755                    parmSldr.Bind(wx.EVT_SLIDER,OnParmSlider)
3756                    parmSizer.Add(parmSldr,1,wx.EXPAND)
3757            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg']:
3758                parmOrder = ['Aspect ratio','Length','Diameter','Thickness','VolFr','Dist','epis','Sticky','Depth','Width']
3759                fTypes = ['FF ','SF ']
3760                for iarg,Args in enumerate([FFargs,SFargs]):
3761                    for parm in parmOrder:
3762                        if parm in Args:
3763                            parmVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine? '+fTypes[iarg]+parm) 
3764                            parmVar.SetValue(Args[parm][1])
3765                            Indx[parmVar.GetId()] = [Args[parm],1]
3766                            parmVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3767                            parmSizer.Add(parmVar,0,WACV)
3768                            parmValue = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(Args[parm][0]),
3769                                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3770                            parmValue.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValue)       
3771                            parmValue.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValue)
3772                            parmSizer.Add(parmValue,0,WACV)
3773                            value = Args[parm][0]
3774                            if parm == 'epis':
3775                                valMinMax = [0,.1]
3776                            elif parm in ['Sticky','Width',]:
3777                                valMinMax = [0,1.]
3778                            elif parm == 'Depth':
3779                                valMinMax = [-2.,2.]
3780                            elif parm == 'Dist':
3781                                valMinMax = [100.,1000.]
3782                            elif parm == 'VolFr':
3783                                valMinMax = [1.e-4,1.]
3784                            else:
3785                                value = np.log10(Args[parm][0])
3786                                valMinMax = [value-1,value+1]
3787                            parmSldr = wx.Slider(G2frame.dataDisplay,minValue=slMult*valMinMax[0],
3788                                maxValue=slMult*valMinMax[1],value=slMult*value)
3789                            Indx[parmVar.GetId()] = [Args[parm],1]
3790                            Indx[parmValue.GetId()] = [Args,parm,parmSldr]
3791                            Indx[parmSldr.GetId()] = [Args,parm,parmValue]
3792                            parmSldr.Bind(wx.EVT_SLIDER,OnParmSlider)
3793                            parmSizer.Add(parmSldr,1,wx.EXPAND)
3794            return parmSizer               
3795           
3796        Indx = {}
3797        partSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3798        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3799        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Particle fit parameters: '),0,WACV)
3800        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Matrix: '),0,WACV)
3801        matsel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Particle']['Matrix']['Name'],
3802            choices=Substances['Substances'].keys(),style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3803        Indx[matsel.GetId()] = [data['Particle']['Matrix'],'Name'] 
3804        matsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect) #Do neutron test here?
3805        rhoMat = Substances['Substances'][data['Particle']['Matrix']['Name']].get('XAnom density',0.0)       
3806        topSizer.Add(matsel,0,WACV)
3807        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Volume fraction: '),0,WACV)
3808        volfrac = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data['Particle']['Matrix']['VolFrac'],0,
3809                typeHint=float)
3810        topSizer.Add(volfrac,0,WACV)
3811        volVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?')
3812        volVar.SetValue(data['Particle']['Matrix']['VolFrac'][1])
3813        Indx[volVar.GetId()] = [data['Particle']['Matrix']['VolFrac'],1]
3814        volVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3815        topSizer.Add(volVar,0,WACV)
3816        partSizer.Add(topSizer,0,)
3817        for ilev,level in enumerate(data['Particle']['Levels']):
3818            G2gd.HorizontalLine(partSizer,G2frame.dataDisplay)
3819            topLevel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3820            topLevel.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Model component %d: '%(ilev)),0,WACV)
3821            delBtn = wx.Button(G2frame.dataDisplay,label=' Delete?')
3822            Indx[delBtn.GetId()] = ilev
3823            delBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnDelLevel)
3824            topLevel.Add(delBtn,0,WACV)
3825            partSizer.Add(topLevel,0)
3826            partSizer.Add(SizeSizer())
3827            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg','Unified','Porod',]:
3828                topLevel.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Structure factor: '),0,WACV)
3829                strfctr = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['StrFact'],
3830                    choices=sfChoices,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3831                Indx[strfctr.GetId()] = [level['Controls'],'StrFact']
3832                strfctr.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3833                topLevel.Add(strfctr,0,WACV)
3834            partSizer.Add(ParmSizer(),0,wx.EXPAND)
3835        return partSizer
3836       
3837    def OnEsdScale(event):
3838        try:
3839            value = float(esdScale.GetValue())
3840            if value <= 0.:
3841                raise ValueError
3842        except ValueError:
3843            value = 1./np.sqrt(ProfDict['wtFactor'])
3844        ProfDict['wtFactor'] = 1./value**2
3845        esdScale.SetValue('%.3f'%(value))
3846        RefreshPlots(True)
3847       
3848    def OnBackChange(event):
3849        try:
3850            value = float(backVal.GetValue())
3851        except ValueError:
3852            value = 0.0
3853        backVal.SetValue('%.3g'%(value))
3854        data['Back'][0] = value
3855        Profile[4][:] = value
3856        RefreshPlots()
3857       
3858    def OnBackFile(event):  #multiple backgrounds?
3859        data['BackFile'] = backFile.GetValue()
3860        if data['BackFile']:
3861            fixBack =  data['Back'][0]
3862            BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,data['BackFile'])
3863            BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3864            Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3865        else:
3866            Profile[5] = np.zeros(len(Profile[5]))
3867        RefreshPlots(True)
3868           
3869    Sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Sample Parameters'))
3870    Limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Limits'))
3871    Substances = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Substances'))
3872    ProfDict,Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[:2]
3873    if data['BackFile']:
3874        BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,data['BackFile'])
3875        BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3876        Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3877    if G2frame.dataDisplay:
3878        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
3879    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ModelMenu)
3880    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3881        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3882    G2frame.dataFrame.SetLabel('Modelling')
3883    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
3884    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyModel, id=G2gd.wxID_MODELCOPY)
3885    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyFlags, id=G2gd.wxID_MODELCOPYFLAGS)
3886    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnFitModel, id=G2gd.wxID_MODELFIT)
3887    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnFitModelAll, id=G2gd.wxID_MODELFITALL)
3888    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnUnDo, id=G2gd.wxID_MODELUNDO)
3889    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddModel, id=G2gd.wxID_MODELADD)
3890    Indx = {}
3891    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3892    topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3893    models = ['Size dist.','Particle fit']
3894    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Modeling by: '),0,WACV)
3895    fitSel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Current'],choices=models,
3896        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3897    fitSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelectFit)       
3898    topSizer.Add(fitSel,0,WACV)
3899    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Error multiplier: '),0,WACV)
3900    esdScale = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(1./np.sqrt(ProfDict['wtFactor'])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3901    esdScale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnEsdScale)       
3902    esdScale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnEsdScale)
3903    topSizer.Add(esdScale,0,WACV)
3904    mainSizer.Add(topSizer)
3905    G2gd.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.dataDisplay)
3906    if 'Size' in data['Current']:
3907        if 'MaxEnt' in data['Size']['Method']:
3908            Status.SetStatusText('Size distribution by Maximum entropy')
3909        elif 'IPG' in data['Size']['Method']:
3910            Status.SetStatusText('Size distribution by Interior-Point Gradient')
3911        mainSizer.Add(SizeSizer())       
3912    elif 'Particle' in data['Current']:
3913        mainSizer.Add(PartSizer(),1,wx.ALIGN_LEFT|wx.EXPAND)
3914    G2gd.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.dataDisplay)   
3915    backSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3916    backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Background:'),0,WACV)
3917    backVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(data['Back'][0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3918    Indx[backVal.GetId()] = ['Back',0,'%.3g']
3919    backVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnBackChange)       
3920    backVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnBackChange)
3921    backSizer.Add(backVal,0,WACV)
3922    backVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine?')
3923    Indx[backVar.GetId()] = [data['Back'],1]
3924    backVar.SetValue(data['Back'][1])
3925    backVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnCheckBox)
3926    backSizer.Add(backVar,0,WACV)
3927    #multiple background files?
3928    backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background file: '),0,WACV)
3929    Choices = ['',]+G2gd.GetPatternTreeDataNames(G2frame,['SASD',])
3930    backFile = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['BackFile'],choices=Choices,
3931        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3932    backFile.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnBackFile)
3933    backSizer.Add(backFile)   
3934    mainSizer.Add(backSizer)
3935
3936    mainSizer.Layout()   
3937    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
3938    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
3939    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
3940    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
3941    Size[0] += 25
3942    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
3943    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
3944   
3945################################################################################
3946#####  PDF controls
3947################################################################################           
3948       
3949def UpdatePDFGrid(G2frame,data):
3950    '''respond to selection of PWDR PDF data tree item.
3951    '''
3952    global inst
3953    tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
3954    dataFile = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3955    powName = 'PWDR'+dataFile[4:]
3956    powId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, powName)
3957    fullLimits,limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,powId, 'Limits'))[:2]
3958    inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,powId, 'Instrument Parameters'))[0]
3959    if 'Lam' in inst:
3960        keV = 12.397639/inst['Lam'][1]
3961    else:
3962        keV = 12.397639/inst['Lam1'][0]
3963    wave = 12.397639/keV
3964    qLimits = [tth2q(fullLimits[0],wave),tth2q(fullLimits[1],wave)]
3965    data['QScaleLim'][1] = min(qLimits[1],data['QScaleLim'][1])
3966    if data['QScaleLim'][0]:
3967        data['QScaleLim'][0] = max(qLimits[0],data['QScaleLim'][0])
3968    else:                                #initial setting at 90% of max Q
3969        data['QScaleLim'][0] = 0.90*data['QScaleLim'][1]
3970    polariz = inst['Polariz.'][1]
3971    azimuth = inst['Azimuth'][1]
3972    itemDict = {}
3973   
3974    def FillFileSizer(fileSizer,key):
3975        #fileSizer is a FlexGridSizer(3,6)
3976       
3977        def OnSelectFile(event):
3978            Obj = event.GetEventObject()
3979            fileKey,itemKey,fmt = itemDict[Obj.GetId()]
3980            if itemKey == 'Name':
3981                value = Obj.GetValue()
3982            Obj.SetValue(fmt%(value))
3983            data[fileKey][itemKey] = value
3984            UpdatePDFGrid(G2frame,data)
3985       
3986        def OnValueChange(event):
3987            Obj = event.GetEventObject()
3988            fileKey,itemKey,fmt = itemDict[Obj.GetId()]
3989            try:
3990                value = float(Obj.GetValue())
3991            except ValueError:
3992                value = -1.0
3993            Obj.SetValue(fmt%(value))
3994            data[fileKey][itemKey] = value
3995            auxPlot = ComputePDF(data)
3996            G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)
3997                       
3998        item = data[key]
3999        fileList = np.array(GetFileList('PWDR')).T[1]
4000        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' '+key+' file:'),0,WACV)
4001        fileName = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=item['Name'],choices=fileList,
4002            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
4003        itemDict[fileName.GetId()] = [key,'Name','%s']
4004        fileName.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelectFile)       
4005        fileSizer.Add(fileName,0,)
4006        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='Multiplier:'),0,WACV)
4007        mult = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(item['Mult']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4008        itemDict[mult.GetId()] = [key,'Mult','%.3f']
4009        mult.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
4010        mult.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
4011        fileSizer.Add(mult,0,)
4012        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='Add:'),0,WACV)
4013        add = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.0f'%(item['Add']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4014        itemDict[add.GetId()] = [key,'Add','%.0f']
4015        add.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
4016        add.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
4017        fileSizer.Add(add,0,)
4018       
4019    def SumElementVolumes():
4020        sumVol = 0.
4021        ElList = data['ElList']
4022        for El in ElList:
4023            Avol = (4.*math.pi/3.)*ElList[El]['Drad']**3
4024            sumVol += Avol*ElList[El]['FormulaNo']
4025        return sumVol
4026        auxPlot = ComputePDF(data)
4027        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4028       
4029    def FillElemSizer(elemSizer,ElData):
4030       
4031        def OnFractionChange(event):
4032            try:
4033                value = max(0.0,float(num.GetValue()))
4034            except ValueError:
4035                value = 0.0
4036            num.SetValue('%.3f'%(value))
4037            ElData['FormulaNo'] = value
4038            data['Form Vol'] = max(10.0,SumElementVolumes())
4039            formVol.SetValue('%.2f'%(data['Form Vol']))
4040            wx.CallAfter(UpdatePDFGrid,G2frame,data)
4041            auxPlot = ComputePDF(data)
4042            G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4043       
4044        elemSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,
4045            label=' Element: '+'%2s'%(ElData['Symbol'])+' * '),0,WACV)
4046        num = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(ElData['FormulaNo']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4047        num.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFractionChange)       
4048        num.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFractionChange)
4049        elemSizer.Add(num,0,WACV)
4050        elemSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,
4051            label="f': %.3f"%(ElData['fp'])+' f": %.3f'%(ElData['fpp'])+' mu: %.2f barns'%(ElData['mu']) ),
4052            0,WACV)
4053           
4054    def OnGeometry(event):
4055        data['Geometry'] = geometry.GetValue()
4056        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4057        auxPlot = ComputePDF(data)
4058        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4059       
4060    def OnDetType(event):
4061        data['DetType'] = detType.GetValue()
4062        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4063        auxPlot = ComputePDF(data)
4064        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4065       
4066    def OnFormVol(event):
4067        try:
4068            value = float(formVol.GetValue())
4069            if value <= 0.0:
4070                raise ValueError
4071        except ValueError:
4072            value = data['Form Vol']
4073        data['Form Vol'] = value
4074        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4075        auxPlot = ComputePDF(data)
4076        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)       
4077       
4078    def OnDiameter(event):
4079        try:
4080            value = float(diam.GetValue())
4081            if value <= 0.0:
4082                raise ValueError
4083        except ValueError:
4084            value = data['Diam']
4085        data['Diam'] = value
4086        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4087        auxPlot = ComputePDF(data)
4088        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)
4089       
4090    def OnPolaVal(event):
4091        try:
4092            value = float(polaVal.GetValue())
4093            if not (0.0 <= value <= 1.0):
4094                raise ValueError
4095        except ValueError:
4096            value = inst['Polariz.'][1]
4097        inst['Polariz.'][1] = value
4098        polaVal.SetValue('%.2f'%(inst['Polariz.'][1]))
4099        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4100        auxPlot = ComputePDF(data)
4101        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)
4102               
4103    def OnAzimVal(event):
4104        try:
4105            value = float(azimVal.GetValue())
4106            if not (0. <= value <= 360.):
4107                raise ValueError
4108        except ValueError:
4109            value = inst['Azimuth'][1]
4110        inst['Azimuth'][1] = value
4111        azimVal.SetValue('%.1f'%(inst['Azimuth'][1]))
4112        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4113        auxPlot = ComputePDF(data)
4114        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)
4115                       
4116    def OnObliqCoeff(event):
4117        try:
4118            value = float(obliqCoeff.GetValue())
4119            if value < 0.0:
4120                raise ValueError
4121            elif value > 1.0:
4122                value = 1.0
4123        except ValueError:
4124            value = data['ObliqCoeff']
4125        data['ObliqCoeff'] = value
4126        obliqCoeff.SetValue('%.3f'%(value))
4127        auxPlot = ComputePDF(data)