source: trunk/GSASIIpwdGUI.py @ 1582

Last change on this file since 1582 was 1582, checked in by vondreele, 8 years ago

revamp cell refinement in Unit Celle List
fix peak indexing in plots & bug in sqrt plot
put in error trap if indexing is tried with no peaks

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 208.8 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIpwdGUI - powder data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2014-11-24 21:36:56 +0000 (Mon, 24 Nov 2014) $
5# $Author: vondreele $
6# $Revision: 1582 $
7# $URL: trunk/GSASIIpwdGUI.py $
8# $Id: GSASIIpwdGUI.py 1582 2014-11-24 21:36:56Z vondreele $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIpwdGUI: Powder Pattern GUI routines*
12-------------------------------------------
13
14Used to define GUI controls for the routines that interact
15with the powder histogram (PWDR) data tree items.
16
17'''
18import sys
19import os.path
20import wx
21import wx.grid as wg
22import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
23import numpy as np
24import numpy.ma as ma
25import math
26import time
27import copy
28import random as ran
29import cPickle
30import GSASIIpath
31GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1582 $")
32import GSASIImath as G2mth
33import GSASIIpwd as G2pwd
34import GSASIIIO as G2IO
35import GSASIIlattice as G2lat
36import GSASIIspc as G2spc
37import GSASIIindex as G2indx
38import GSASIIplot as G2plt
39import GSASIIgrid as G2gd
40import GSASIIElemGUI as G2elemGUI
41import GSASIIElem as G2elem
42import GSASIIsasd as G2sasd
43import GSASIIexprGUI as G2exG
44VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
45WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
46Pwr10 = unichr(0x0b9)+unichr(0x0b0)
47Pwr20 = unichr(0x0b2)+unichr(0x0b0)
48Pwrm1 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b9)
49Pwrm2 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b2)
50Pwrm4 = unichr(0x207b)+unichr(0x2074)   #really -d but looks like -4 as a superscript
51# trig functions in degrees
52sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
53tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
54cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
55asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
56   
57def IsHistogramInAnyPhase(G2frame,histoName):
58    'Needs a doc string'
59    phases = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
60    if phases:
61        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(phases)
62        while item:
63            data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
64            histoList = data['Histograms'].keys()
65            if histoName in histoList:
66                return G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
67            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(phases, cookie)
68        return False
69    else:
70        return False
71
72def SetDefaultSample():
73    'Fills in default items for the Sample dictionary'
74    return {
75        'InstrName':'',
76        'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
77        'Scale':[1.0,True],'Type':'Debye-Scherrer','Absorption':[0.0,False],
78        'DisplaceX':[0.0,False],'DisplaceY':[0.0,False],'Diffuse':[],
79        'Temperature':300.,'Pressure':0.1,'Time':0.0,
80        'FreePrm1':0.,'FreePrm2':0.,'FreePrm3':0.,
81        'Gonio. radius':200.0,
82        'Omega':0.0,'Chi':0.0,'Phi':0.0,
83#SASD items
84        'Materials':[{'Name':'vacuum','VolFrac':1.0,},{'Name':'vacuum','VolFrac':0.0,}],
85        'Thick':1.0,'Contrast':[0.0,0.0],       #contrast & anomalous contrast
86        'Trans':1.0,                            #measured transmission
87        'SlitLen':0.0,                          #Slit length - in Q(A-1)
88        }
89def SetupSampleLabels(histName,dataType,histType):
90    '''Setup a list of labels and number formatting for use in
91    labeling sample parameters.
92    :param str histName: Name of histogram, ("PWDR ...")
93    :param str dataType:
94    '''
95    parms = []
96    parms.append(['Scale','Histogram scale factor: ',[10,4]])
97    if 'C' in histType:
98        parms.append(['Gonio. radius','Goniometer radius (mm): ',[10,3]])
99    if 'PWDR' in histName:
100        if dataType == 'Debye-Scherrer':
101            parms += [['DisplaceX',u'Sample X displ. perp. to beam (\xb5m): ',[10,3]],
102                ['DisplaceY',u'Sample Y displ. || to beam (\xb5m): ',[10,3]],
103                ['Absorption',u'Sample absorption (\xb5\xb7r): ',[10,4]],]
104            if 'T' in histType:
105                parms[-1] = ['Absorption',u'Sample absorption (\xb5\xb7r/l): ',[10,4]]
106        elif dataType == 'Bragg-Brentano':
107            parms += [['Shift',u'Sample displacement(\xb5m): ',[10,4]],
108                ['Transparency',u'Sample transparency(1/\xb5eff, cm): ',[10,3]],
109                ['SurfRoughA','Surface roughness A: ',[10,4]],
110                ['SurfRoughB','Surface roughness B: ',[10,4]]]
111    elif 'SASD' in histName:
112        parms.append(['Thick','Sample thickness (mm)',[10,3]])
113        parms.append(['Trans','Transmission (meas)',[10,3]])
114        parms.append(['SlitLen',u'Slit length (Q,\xc5'+Pwrm1+')',[10,3]])
115    parms.append(['Omega','Goniometer omega:',[10,3]])
116    parms.append(['Chi','Goniometer chi:',[10,3]])
117    parms.append(['Phi','Goniometer phi:',[10,3]])
118    parms.append(['Time','Clock time (s)',[12,3]])
119    parms.append(['Temperature','Sample temperature (K): ',[10,3]])
120    parms.append(['Pressure','Sample pressure (MPa): ',[10,3]])
121    return parms
122
123def SetDefaultSASDModel():
124    'Fills in default items for the SASD Models dictionary'   
125    return {'Back':[0.0,False],'Size':{'MinDiam':50,'MaxDiam':10000,'Nbins':100,'logBins':True,'Method':'MaxEnt','Distribution':[],
126        'Shape':['Spheroid',1.0],'MaxEnt':{'Niter':100,'Precision':0.01,'Sky':-3},
127        'IPG':{'Niter':100,'Approach':0.8,'Power':-1},'Reg':{},},           
128        'Particle':{'Matrix':{'Name':'vacuum','VolFrac':[0.0,False]},'Levels':[],},
129        'Current':'Size dist.','BackFile':'',
130        }
131       
132def SetDefaultSubstances():
133    'Fills in default items for the SASD Substances dictionary'
134    return {'Substances':{'vacuum':{'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':0.0,'Scatt density':0.0}}}
135
136def GetHistsLikeSelected(G2frame):
137    '''Get the histograms that match the current selected one:
138    The histogram prefix and data type (PXC etc.), the number of
139    wavelengths and the instrument geometry (Debye-Scherrer etc.)
140    must all match. The current histogram is not included in the list.
141
142    :param wx.Frame G2frame: pointer to main GSAS-II data tree
143    '''
144    histList = []
145    inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
146        G2gd.GetPatternTreeItemId(
147            G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters')
148        )
149    hType = inst['Type'][0]
150    if 'Lam1' in inst:
151        hLam = 2
152    elif 'Lam' in inst:
153        hLam = 1
154    else:
155        hLam = 0
156    sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
157        G2gd.GetPatternTreeItemId(
158            G2frame,G2frame.PatternId, 'Sample Parameters')
159        )
160    hGeom = sample.get('Type')
161    hstName = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
162    hPrefix = hstName.split()[0]+' '
163    # cycle through tree looking for items that match the above
164    item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)       
165    while item:
166        name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
167        if name.startswith(hPrefix) and name != hstName:
168            cGeom,cType,cLam, = '?','?',-1
169            subitem, subcookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(item)
170            while subitem:
171                subname = G2frame.PatternTree.GetItemText(subitem)
172                if subname == 'Sample Parameters':
173                    sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(subitem)
174                    cGeom = sample.get('Type')
175                elif subname == 'Instrument Parameters':
176                    inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(subitem)
177                    cType = inst['Type'][0]
178                    if 'Lam1' in inst:
179                        cLam = 2
180                    elif 'Lam' in inst:
181                        cLam = 1
182                    else:
183                        cLam = 0
184                subitem, subcookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(item, subcookie)
185            if cLam == hLam and cType == hType and cGeom == hGeom:
186                if name not in histList: histList.append(name)
187        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
188    return histList
189
190def SetCopyNames(histName,dataType,addNames=[]):
191    '''Determine the items in the sample parameters that should be copied,
192    depending on the histogram type and the instrument type.
193    '''
194    copyNames = ['Scale',]
195    histType = 'HKLF'
196    if 'PWDR' in histName:
197        histType = 'PWDR'
198        if 'Debye' in dataType:
199            copyNames += ['DisplaceX','DisplaceY','Absorption']
200        else:       #Bragg-Brentano
201            copyNames += ['Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']
202    elif 'SASD' in histName:
203        histType = 'SASD'
204        copyNames += ['Materials','Thick',]
205    if len(addNames):
206        copyNames += addNames
207    return histType,copyNames
208
209def CopySelectedHistItems(G2frame):
210    '''Global copy: Copy items from current histogram to others.
211    This is called from the menubar and is available only when the top histogram tree entry
212    is selected.
213    '''
214    hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
215    histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
216    if not histList:
217        G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
218        return
219    choices = ['Limits','Background','Instrument Parameters','Sample Parameters']
220    dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
221        G2frame.dataFrame, 
222        'Copy which histogram sections from\n'+str(hst[5:]),
223        'Select copy sections', choices, filterBox=False)
224    dlg.SetSelections(range(len(choices)))
225    choiceList = []
226    if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
227        choiceList = [choices[i] for i in dlg.GetSelections()]
228    if not choiceList: return
229   
230    dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
231        G2frame.dataFrame, 
232        'Copy parameters from\n'+str(hst[5:])+' to...',
233        'Copy parameters', histList)
234    results = []
235    try:
236        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
237            results = dlg.GetSelections()
238    finally:
239        dlg.Destroy()
240    copyList = []
241    for i in results: 
242        copyList.append(histList[i])
243
244    if 'Limits' in choiceList: # Limits
245        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
246            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Limits'))
247        for item in copyList:
248            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
249            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
250                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Limits'),
251                copy.deepcopy(data))
252    if 'Background' in choiceList:  # Background
253        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
254            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Background'))
255        for item in copyList:
256            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
257            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
258                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'),
259                copy.deepcopy(data))
260    if 'Instrument Parameters' in choiceList:  # Instrument Parameters
261        # for now all items in Inst. parms are copied
262        data,data1 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
263            G2gd.GetPatternTreeItemId(
264                G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
265        for item in copyList:
266            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
267            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
268                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters')
269                )[0].update(copy.deepcopy(data))
270            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
271                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters')
272                )[1].update(copy.deepcopy(data1))
273    if 'Sample Parameters' in choiceList:  # Sample Parameters
274        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
275            G2gd.GetPatternTreeItemId(
276                G2frame,G2frame.PatternId,'Sample Parameters'))
277        # selects items to be copied
278        histType,copyNames = SetCopyNames(hst,data['Type'],
279            addNames = ['Omega','Chi','Phi','Gonio. radius','InstrName'])
280        copyDict = {parm:data[parm] for parm in copyNames}
281        for item in copyList:
282            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
283            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
284                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters')
285                ).update(copy.deepcopy(copyDict))
286                         
287################################################################################
288#####  Powder Peaks
289################################################################################           
290       
291def UpdatePeakGrid(G2frame, data):
292    '''respond to selection of PWDR powder peaks data tree item.
293    '''
294    if G2frame.dataDisplay:
295        G2frame.dataFrame.Clear()
296       
297    def OnAutoSearch(event):
298        PatternId = G2frame.PatternId
299        PickId = G2frame.PickId
300        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
301        inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
302        profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
303        x0 = profile[0]
304        iBeg = np.searchsorted(x0,limits[0])
305        iFin = np.searchsorted(x0,limits[1])
306        x = x0[iBeg:iFin]
307        y0 = profile[1][iBeg:iFin]
308        y1 = copy.copy(y0)
309        ysig = np.std(y1)
310        offset = [-1,1]
311        ymask = ma.array(y0,mask=(y0<ysig))
312        for off in offset:
313            ymask = ma.array(ymask,mask=(ymask-np.roll(y0,off)<=0.))
314        indx = ymask.nonzero()
315        mags = ymask[indx]
316        poss = x[indx]
317        refs = zip(poss,mags)
318        if 'C' in Inst['Type'][0]:   
319            refs = G2mth.sortArray(refs,0,reverse=True)     #small 2-Thetas first
320        else:   #'T'OF
321            refs = G2mth.sortArray(refs,0,reverse=False)    #big TOFs first
322        for i,ref1 in enumerate(refs):
323            for ref2 in refs[i+1:]:
324                if abs(ref2[0]-ref1[0]) < 0.1*G2pwd.getFWHM(ref1[0],inst):
325                    del(refs[i])
326        if 'C' in Inst['Type'][0]:   
327            refs = G2mth.sortArray(refs,1,reverse=True)
328        else:   #'T'OF
329            refs = G2mth.sortArray(refs,1,reverse=False)
330        for pos,mag in refs:
331            data['peaks'].append(G2mth.setPeakparms(inst,inst2,pos,mag))
332        UpdatePeakGrid(G2frame,data)
333        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
334       
335    def OnCopyPeaks(event):
336        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
337        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
338        if not histList:
339            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
340            return
341        copyList = []
342        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
343            G2frame.dataFrame, 
344            'Copy peak list from\n'+str(hst[5:])+' to...',
345            'Copy peaks', histList)
346        try:
347            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
348                for i in dlg.GetSelections():
349                    copyList.append(histList[i])
350        finally:
351            dlg.Destroy()
352        for item in copyList:
353            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
354            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
355                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Peak List'),copy.deepcopy(data))
356   
357    def OnUnDo(event):
358        DoUnDo()
359        G2frame.dataFrame.UnDo.Enable(False)
360       
361    def DoUnDo():
362        print 'Undo last refinement'
363        file = open(G2frame.undofile,'rb')
364        PatternId = G2frame.PatternId
365        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
366            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item),cPickle.load(file))
367            if G2frame.dataDisplay.GetName() == item:
368                if item == 'Background':
369                    UpdateBackground(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
370                elif item == 'Instrument Parameters':
371                    UpdateInstrumentGrid(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
372                elif item == 'Peak List':
373                    UpdatePeakGrid(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
374            print item,' recovered'
375        file.close()
376       
377    def SaveState():
378        G2frame.undofile = os.path.join(G2frame.dirname,'GSASII.save')
379        file = open(G2frame.undofile,'wb')
380        PatternId = G2frame.PatternId
381        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
382            cPickle.dump(G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId,item)),file,1)
383        file.close()
384        G2frame.dataFrame.UnDo.Enable(True)
385       
386    def OnLSQPeakFit(event):
387        if not G2frame.GSASprojectfile:            #force a save of the gpx file so SaveState can wirte in the same directory
388            G2frame.OnFileSaveas(event)
389        OnPeakFit('LSQ')
390       
391    def OnOneCycle(event):
392        OnPeakFit('LSQ',oneCycle=True)
393       
394    def OnSeqPeakFit(event):
395        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
396        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
397        if not histList:
398            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
399            return
400        sel = []
401        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential peak fits',
402             'Select dataset to include',histList)
403        dlg.SetSelections(sel)
404        names = []
405        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
406            for sel in dlg.GetSelections():
407                names.append(histList[sel])
408        dlg.Destroy()
409        SeqResult = {}
410        Reverse = False
411        CopyForward = False
412        choice = ['Reverse sequence','Copy from prev.',]
413        dlg = wx.MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame,'Sequential controls','Select controls',choice)
414        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
415            for sel in dlg.GetSelections():
416                if sel:
417                    CopyForward = True
418                else:
419                    Reverse = True
420        dlg.Destroy()
421        dlg = wx.ProgressDialog('Sequential peak fit','Data set name = '+names[0],len(names), 
422            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
423        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
424        controls = {'deriv type':'analytic','min dM/M':0.0001,}
425        Controls['ShowCell'] = False
426        print 'Peak Fitting with '+controls['deriv type']+' derivatives:'
427        oneCycle = False
428        FitPgm = 'LSQ'
429        prevVaryList = []
430        Names = []
431        if Reverse:
432            names.reverse()
433        try:
434            for i,name in enumerate(names):
435                print ' Sequential fit for ',name
436                GoOn = dlg.Update(i,newmsg='Data set name = '+name)[0]
437                if not GoOn:
438                    break
439                PatternId =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
440                if i and CopyForward:
441                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.deepcopy(peaks))
442                    prevVaryList = varyList[:]
443                peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
444                background = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Background'))
445                limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
446                inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
447                data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
448                wx.BeginBusyCursor()
449                dlg2 = wx.ProgressDialog('Residual','Peak fit Rwp = ',101.0, 
450                    style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
451                screenSize = wx.ClientDisplayRect()
452                Size = dlg.GetSize()
453                dlg2.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
454                try:
455                    peaks['sigDict'],result,sig,Rvals,varyList,parmDict,fullvaryList,badVary = G2pwd.DoPeakFit(FitPgm,peaks['peaks'],
456                        background,limits,inst,inst2,data,prevVaryList,oneCycle,controls,dlg2)
457                finally:
458                    dlg2.Destroy()
459                if len(result[0]) != len(fullvaryList):
460                    print ' ***** Sequential peak fit stopped at '+name+' *****'
461                    break
462                else:
463                    Names.append(name)   
464                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.deepcopy(peaks))
465                    SeqResult[name] = {'variables':result[0],'varyList':varyList,'sig':sig,'Rvals':Rvals,
466                        'covMatrix':np.eye(len(result[0])),'title':name,'parmDict':parmDict,
467                        'fullVary':fullvaryList,'badVary':badVary}
468            dlg.Destroy()
469            print ' ***** Sequential peak fit successful *****'
470        finally:
471            wx.EndBusyCursor()
472        SeqResult['histNames'] = Names
473        Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Sequential results')
474        if Id:
475            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
476        else:
477            Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Sequential results')
478            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
479        G2frame.PatternTree.SelectItem(Id)
480       
481    def OnClearPeaks(event):
482        dlg = wx.MessageDialog(G2frame,'Delete all peaks?','Clear peak list',wx.OK|wx.CANCEL)
483        try:
484            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
485                peaks = {'peaks':[],'sigDict':{}}
486        finally:
487            dlg.Destroy()
488        UpdatePeakGrid(G2frame,peaks)
489        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
490       
491    def OnPeakFit(FitPgm,oneCycle=False):
492        SaveState()
493        controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
494        if not controls:
495            controls = {'deriv type':'analytic','min dM/M':0.0001,}     #fill in defaults if needed
496        print 'Peak Fitting with '+controls['deriv type']+' derivatives:'
497        PatternId = G2frame.PatternId
498        PickId = G2frame.PickId
499        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
500        if not peaks:
501            G2frame.ErrorDialog('No peaks!','Nothing to fit!')
502            return
503        background = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Background'))
504        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
505        inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
506        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
507        wx.BeginBusyCursor()
508        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','Peak fit Rwp = ',101.0, 
509            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
510        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
511        Size = dlg.GetSize()
512        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
513        try:
514            peaks['sigDict'] = G2pwd.DoPeakFit(FitPgm,peaks['peaks'],background,limits,inst,inst2,data,[],oneCycle,controls,dlg)[0]
515        finally:
516            wx.EndBusyCursor()   
517        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.copy(peaks))
518        UpdatePeakGrid(G2frame,copy.copy(peaks))
519        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
520        print 'finished'
521        return
522       
523    def OnResetSigGam(event):
524        PatternId = G2frame.PatternId
525        PickId = G2frame.PickId
526        Inst,Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
527        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
528        if not peaks['peaks']:
529            G2frame.ErrorDialog('No peaks!','Nothing to do!')
530            return
531        newpeaks = {'peaks':[],'sigDict':{}}
532        for peak in peaks['peaks']:
533            newpeaks['peaks'].append(G2mth.setPeakparms(Inst,Inst2,peak[0],peak[2]))
534        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),newpeaks)
535        UpdatePeakGrid(G2frame,newpeaks)
536               
537    def RefreshPeakGrid(event):
538        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
539       
540        event.StopPropagation()
541        data['peaks'] = G2frame.PeakTable.GetData()
542        T = []
543        for peak in data['peaks']:T.append(peak[0])
544        D = dict(zip(T,data['peaks']))
545        T.sort()
546        X = []
547        for key in T: X.append(D[key])
548        data['peaks'] = X       
549       
550    def setBackgroundColors():
551       for r in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberRows()):
552           for c in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberCols()):
553               if G2frame.dataDisplay.GetColLabelValue(c) in ['position','intensity','alpha','beta','sigma','gamma']:
554                   if float(G2frame.dataDisplay.GetCellValue(r,c)) < 0.:
555                       G2frame.dataDisplay.SetCellBackgroundColour(r,c,wx.RED)
556                   else:
557                       G2frame.dataDisplay.SetCellBackgroundColour(r,c,wx.WHITE)
558                                                 
559    def KeyEditPeakGrid(event):
560        rowList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
561        colList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
562        selectList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCells()
563        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PickId)
564        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
565            event.Skip(True)
566        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
567            event.Skip(True)
568        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
569            event.Skip(True)
570        elif rowList:
571            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
572            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_DELETE:
573                G2frame.dataDisplay.ClearGrid()
574                rowList.sort()
575                rowList.reverse()
576                nDel = 0
577                for row in rowList:
578                    G2frame.PeakTable.DeleteRow(row)
579                    nDel += 1
580                if nDel:
581                    msg = wg.GridTableMessage(G2frame.PeakTable, 
582                        wg.GRIDTABLE_NOTIFY_ROWS_DELETED,0,nDel)
583                    G2frame.dataDisplay.ProcessTableMessage(msg)
584                data = G2frame.PeakTable.GetData()
585                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2frame.PickId,data[:-nDel])
586                G2frame.dataDisplay.ForceRefresh()
587                setBackgroundColors()
588                       
589        elif colList:
590            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
591            key = event.GetKeyCode()
592            for col in colList:
593                if G2frame.PeakTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
594                    if key == 89: #'Y'
595                        for row in range(G2frame.PeakTable.GetNumberRows()): data['peaks'][row][col]=True
596                    elif key == 78:  #'N'
597                        for row in range(G2frame.PeakTable.GetNumberRows()): data['peaks'][row][col]=False
598        elif selectList:
599            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
600            key = event.GetKeyCode()
601            for row,col in selectList:
602                if G2frame.PeakTable.GetTypeName(row,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
603                    if key == 89: #'Y'
604                        data['peaks'][row][col]=True
605                    elif key == 78:  #'N'
606                        data['peaks'][row][col]=False
607        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
608           
609    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.PeakMenu)
610    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
611        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
612    Status.SetStatusText('Global refine: select refine column & press Y or N')
613    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAutoSearch, id=G2gd.wxID_AUTOSEARCH)
614    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyPeaks, id=G2gd.wxID_PEAKSCOPY)
615    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnUnDo, id=G2gd.wxID_UNDO)
616    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnLSQPeakFit, id=G2gd.wxID_LSQPEAKFIT)
617    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnOneCycle, id=G2gd.wxID_LSQONECYCLE)
618    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSeqPeakFit, id=G2gd.wxID_SEQPEAKFIT)
619    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnClearPeaks, id=G2gd.wxID_CLEARPEAKS)
620    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnResetSigGam, id=G2gd.wxID_RESETSIGGAM)
621    if data['peaks']:
622        G2frame.dataFrame.AutoSearch.Enable(False)
623        G2frame.dataFrame.PeakCopy.Enable(True)
624        G2frame.dataFrame.PeakFit.Enable(True)
625        G2frame.dataFrame.PFOneCycle.Enable(True)
626        G2frame.dataFrame.SeqPeakFit.Enable(True)
627    else:
628        G2frame.dataFrame.PeakFit.Enable(False)
629        G2frame.dataFrame.PeakCopy.Enable(False)
630        G2frame.dataFrame.PFOneCycle.Enable(False)
631        G2frame.dataFrame.AutoSearch.Enable(True)
632        G2frame.dataFrame.SeqPeakFit.Enable(False)
633    G2frame.PickTable = []
634    rowLabels = []
635    PatternId = G2frame.PatternId
636    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
637    for i in range(len(data['peaks'])): rowLabels.append(str(i+1))
638    if 'C' in Inst['Type'][0]:
639        colLabels = ['position','refine','intensity','refine','sigma','refine','gamma','refine']
640        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
641            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',wg.GRID_VALUE_BOOL,
642            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
643            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
644    else:
645        colLabels = ['position','refine','intensity','refine','alpha','refine',
646            'beta','refine','sigma','refine','gamma','refine']
647        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',wg.GRID_VALUE_BOOL,
648            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
649            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
650            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
651            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
652            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
653    T = []
654    for peak in data['peaks']:
655        T.append(peak[0])
656    D = dict(zip(T,data['peaks']))
657    T.sort()
658    if 'T' in Inst['Type'][0]:  #want big TOF's first
659        T.reverse()
660    X = []
661    for key in T: X.append(D[key])
662    data['peaks'] = X
663    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2frame.PickId,data)
664    G2frame.PeakTable = G2gd.Table(data['peaks'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
665    G2frame.dataFrame.SetLabel('Peak List')
666    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
667    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.PeakTable, True)
668    setBackgroundColors()                         
669    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, RefreshPeakGrid)
670    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
671    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
672    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
673    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([535,350])
674    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
675       
676################################################################################
677#####  Background
678################################################################################           
679       
680def UpdateBackground(G2frame,data):
681    '''respond to selection of PWDR background data tree item.
682    '''
683    if len(data) < 2:       #add Debye diffuse & peaks scattering here
684        data.append({'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]})
685    if 'nPeaks' not in data[1]:
686        data[1].update({'nPeaks':0,'peaksList':[]})
687    ValObj = {}
688   
689    def OnBackFlagCopy(event):
690        flag = data[0][1]
691        backDict = data[-1]
692        if backDict['nDebye']:
693            DBflags = []
694            for term in backDict['debyeTerms']:
695                DBflags.append(term[1::2])
696        if backDict['nPeaks']:
697            PKflags = []
698            for term in backDict['peaksList']:
699                PKflags.append(term[1::2])           
700        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
701        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
702        if not histList:
703            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
704            return
705        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
706            G2frame.dataFrame, 
707            'Copy bkg ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
708            'Copy bkg flags', histList)
709        copyList = []
710        try:
711            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
712                for i in dlg.GetSelections(): 
713                    copyList.append(histList[i])
714        finally:
715            dlg.Destroy()
716        for item in copyList:
717            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
718            backData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'))
719            backData[0][1] = copy.copy(flag)
720            bkDict = backData[-1]
721            if bkDict['nDebye'] == backDict['nDebye']:
722                for i,term in enumerate(bkDict['debyeTerms']):
723                    term[1::2] = copy.copy(DBflags[i])
724            if bkDict['nPeaks'] == backDict['nPeaks']:
725                for i,term in enumerate(bkDict['peaksList']):
726                    term[1::2] = copy.copy(PKflags[i])                   
727           
728    def OnBackCopy(event):
729        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
730        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
731        if not histList:
732            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
733            return
734        copyList = []
735        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
736            G2frame.dataFrame, 
737            'Copy bkg params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
738            'Copy parameters', histList)
739        try:
740            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
741                for i in dlg.GetSelections():
742                    copyList.append(histList[i])
743        finally:
744            dlg.Destroy()
745        for item in copyList:
746            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
747            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
748                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'),copy.copy(data))
749       
750    def BackSizer():
751       
752        def OnNewType(event):
753            data[0][0] = bakType.GetValue()
754           
755        def OnBakRef(event):
756            data[0][1] = bakRef.GetValue()
757           
758        def OnBakTerms(event):
759            data[0][2] = int(bakTerms.GetValue())
760            M = len(data[0])
761            N = data[0][2]+3
762            item = data[0]
763            if N > M:       #add terms
764                for i in range(M,N): 
765                    item.append(0.0)
766            elif N < M:     #delete terms
767                for i in range(N,M):
768                    del(item[-1])
769            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(BackId,data)
770            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
771            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
772           
773        def OnBakVal(event):
774            Obj = event.GetEventObject()
775            item = ValObj[Obj.GetId()][0]
776            try:
777                value = float(Obj.GetValue())
778            except ValueError:
779                value = data[0][item]
780            data[0][item] = value
781            Obj.SetValue('%10.4f'%(value))
782       
783        backSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
784        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
785        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background function: '),0,WACV)
786        bakType = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data[0][0],
787                choices=Choices,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
788        bakType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnNewType)
789        topSizer.Add(bakType)
790        topSizer.Add((5,0),0)
791        bakRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?')
792        bakRef.SetValue(bool(data[0][1]))
793        bakRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnBakRef)
794        topSizer.Add(bakRef,0,WACV)
795        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. coeff.: '),0,WACV)
796        bakTerms = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[0][2]),choices=[str(i+1) for i in range(36)],
797            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
798        bakTerms.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnBakTerms)
799        topSizer.Add(bakTerms,0,WACV)
800        topSizer.Add((5,0),0)
801        backSizer.Add(topSizer)
802        backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background coefficients:'),0,WACV)
803        bakSizer = wx.FlexGridSizer(0,5,5,5)
804        for i,value in enumerate(data[0][3:]):
805            bakVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,'%10.4f'%(value),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
806            bakSizer.Add(bakVal,0,WACV)
807            ValObj[bakVal.GetId()] = [i+3]
808            bakVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnBakVal)
809            bakVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnBakVal)
810        backSizer.Add(bakSizer)
811        return backSizer
812       
813    def DebyeSizer():
814       
815        def OnDebTerms(event):
816            data[1]['nDebye'] = int(debTerms.GetValue())
817            M = len(data[1]['debyeTerms'])
818            N = data[1]['nDebye']
819            if N > M:       #add terms
820                for i in range(M,N): 
821                    data[1]['debyeTerms'].append([1.0,False,1.0,False,0.010,False])
822            elif N < M:     #delete terms
823                for i in range(N,M):
824                    del(data[1]['debyeTerms'][-1])
825            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
826            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
827
828        def KeyEditPeakGrid(event):
829            colList = debyeGrid.GetSelectedCols()
830            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
831                event.Skip(True)
832            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
833                event.Skip(True)
834            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
835                event.Skip(True)
836            elif colList:
837                debyeGrid.ClearSelection()
838                key = event.GetKeyCode()
839                for col in colList:
840                    if debyeTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
841                        if key == 89: #'Y'
842                            for row in range(debyeGrid.GetNumberRows()): data[1]['debyeTerms'][row][col]=True
843                        elif key == 78:  #'N'
844                            for row in range(debyeGrid.GetNumberRows()): data[1]['debyeTerms'][row][col]=False
845
846       
847        debSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
848        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
849        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Debye scattering: '),0,WACV)
850        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. coeff.: '),0,WACV)
851        debTerms = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[1]['nDebye']),choices=[str(i) for i in range(12)],
852            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
853        debTerms.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnDebTerms)
854        topSizer.Add(debTerms,0,WACV)
855        topSizer.Add((5,0),0)
856        debSizer.Add(topSizer)
857        if data[1]['nDebye']:
858            debSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Debye diffuse terms:'),0,WACV)       
859            rowLabels = []
860            for i in range(len(data[1]['debyeTerms'])): rowLabels.append(str(i))
861            colLabels = ['A','refine','R','refine','U','refine']
862            Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL,
863            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
864            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
865            debyeTable = G2gd.Table(data[1]['debyeTerms'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
866            debyeGrid = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataDisplay)
867            debyeGrid.SetTable(debyeTable, True)
868            debyeGrid.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
869            debyeGrid.AutoSizeColumns(False)
870            debSizer.Add(debyeGrid)       
871        return debSizer
872     
873    def PeaksSizer():
874
875        def OnPeaks(event):
876            data[1]['nPeaks'] = int(peaks.GetValue())
877            M = len(data[1]['peaksList'])
878            N = data[1]['nPeaks']
879            if N > M:       #add terms
880                for i in range(M,N): 
881                    data[1]['peaksList'].append([1.0,False,1.0,False,0.10,False,0.10,False])
882            elif N < M:     #delete terms
883                for i in range(N,M):
884                    del(data[1]['peaksList'][-1])
885            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
886            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
887           
888        def KeyEditPeakGrid(event):
889            colList = peaksGrid.GetSelectedCols()
890            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
891                event.Skip(True)
892            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
893                event.Skip(True)
894            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
895                event.Skip(True)
896            elif colList:
897                peaksGrid.ClearSelection()
898                key = event.GetKeyCode()
899                for col in colList:
900                    if peaksTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
901                        if key == 89: #'Y'
902                            for row in range(peaksGrid.GetNumberRows()): data[1]['peaksList'][row][col]=True
903                        elif key == 78:  #'N'
904                            for row in range(peaksGrid.GetNumberRows()): data[1]['peaksList'][row][col]=False
905
906        peaksSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
907        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
908        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Peaks in background: '),0,WACV)
909        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. peaks: '),0,WACV)
910        peaks = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[1]['nPeaks']),choices=[str(i) for i in range(12)],
911            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
912        peaks.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPeaks)
913        topSizer.Add(peaks,0,WACV)
914        topSizer.Add((5,0),0)
915        peaksSizer.Add(topSizer)
916        if data[1]['nPeaks']:
917            peaksSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Peak list:'),0,WACV)       
918            rowLabels = []
919            for i in range(len(data[1]['peaksList'])): rowLabels.append(str(i))
920            colLabels = ['pos','refine','int','refine','sig','refine','gam','refine']
921            Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL,
922            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
923            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
924            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
925            peaksTable = G2gd.Table(data[1]['peaksList'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
926            peaksGrid = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataDisplay)
927            peaksGrid.SetTable(peaksTable, True)
928            peaksGrid.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
929            peaksGrid.AutoSizeColumns(False)
930            peaksSizer.Add(peaksGrid)       
931        return peaksSizer
932               
933    if G2frame.dataDisplay:
934        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
935    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
936    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.BackMenu)
937    G2frame.dataFrame.SetLabel('Background')
938    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
939        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
940    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnBackCopy,id=G2gd.wxID_BACKCOPY)
941    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnBackFlagCopy,id=G2gd.wxID_BACKFLAGCOPY)
942    BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Background')
943    Choices = ['chebyschev','cosine','lin interpolate','inv interpolate','log interpolate']
944    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
945    mainSizer.Add(BackSizer())
946    mainSizer.Add((0,5),0)
947    mainSizer.Add(DebyeSizer())
948    mainSizer.Add((0,5),0)
949    mainSizer.Add(PeaksSizer())
950    mainSizer.Layout()   
951    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
952    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
953       
954################################################################################
955#####  Limits
956################################################################################           
957       
958def UpdateLimitsGrid(G2frame, data,plottype):
959    '''respond to selection of PWDR Limits data tree item.
960    '''
961    if G2frame.dataDisplay:
962        G2frame.dataFrame.Clear()
963    G2frame.ifGetExclude = False
964       
965    def KeyEditPeakGrid(event):
966        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_DELETE:
967            row = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()[0]
968            if row > 1: #can't delete limits!
969                del(data[row])
970                wx.CallAfter(UpdateLimitsGrid,G2frame,data,plottype)
971                G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType=plottype)
972                       
973    def RefreshLimitsGrid(event):
974        event.StopPropagation()
975        data = G2frame.LimitsTable.GetData()
976        old = data[0]
977        new = data[1]
978        new[0] = max(old[0],new[0])
979        new[1] = max(new[0],min(old[1],new[1]))
980        excl = []
981        if len(data) > 2:
982            excl = data[2:]
983            for item in excl:
984                item[0] = max(old[0],item[0])
985                item[1] = max(item[0],min(old[1],item[1]))
986        data = [old,new]+excl
987        G2frame.LimitsTable.SetData(data)
988        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType=plottype)
989       
990    def OnLimitCopy(event):
991        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
992        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
993        if not histList:
994            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
995            return
996        copyList = []
997        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
998            G2frame.dataFrame, 
999            'Copy limits from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1000            'Copy limits', histList)
1001        try:
1002            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1003                for i in dlg.GetSelections(): 
1004                    item = histList[i]
1005                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1006                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
1007                        G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Limits'),copy.copy(data))
1008        finally:
1009            dlg.Destroy()
1010           
1011    def OnAddExcl(event):
1012        G2frame.ifGetExclude = True
1013        print 'Add excluded region'
1014       
1015    G2frame.LimitsTable = []
1016    colLabels = ['Tmin','Tmax']
1017    rowLabels = ['original','changed']
1018    for i in range(len(data)-2):
1019        rowLabels.append('exclude')
1020    Types = 2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':12,5',]
1021    G2frame.LimitsTable = G2gd.Table(data,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
1022    G2frame.dataFrame.SetLabel('Limits')
1023    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.LimitMenu)
1024    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1025        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
1026    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnLimitCopy,id=G2gd.wxID_LIMITCOPY)
1027    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnAddExcl,id=G2gd.wxID_ADDEXCLREGION)   
1028    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
1029    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.LimitsTable, True)   
1030    G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(0,0,VERY_LIGHT_GREY,True)
1031    G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(0,1,VERY_LIGHT_GREY,True)
1032    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, RefreshLimitsGrid)               
1033    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
1034    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
1035    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
1036    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([230,260])                               
1037    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
1038   
1039################################################################################
1040#####  Instrument parameters
1041################################################################################           
1042       
1043def UpdateInstrumentGrid(G2frame,data):
1044    '''respond to selection of PWDR/SASD Instrument Parameters
1045    data tree item.
1046    '''
1047    def keycheck(keys):
1048        good = []
1049        for key in keys:
1050            if key in ['Type','U','V','W','X','Y','SH/L','I(L2)/I(L1)','alpha',
1051                'beta-0','beta-1','beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','Polariz.',
1052                'Lam','Azimuth','2-theta','fltPath','difC','difA','difB','Zero','Lam1','Lam2']:
1053                good.append(key)
1054        return good
1055       
1056    def inst2data(inst,ref,data):
1057        for item in data:
1058            try:
1059                data[item] = [data[item][0],inst[item],ref[item]]
1060            except KeyError:
1061                pass        #skip 'Polariz.' for N-data
1062        return data
1063       
1064    def updateData(inst,ref):
1065        return inst2data(inst,ref,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
1066            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))[0])       
1067   
1068    def RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=False):
1069        if doAnyway or event.GetRow() == 1:
1070            peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'))
1071            newpeaks = []
1072            for peak in peaks['peaks']:
1073                newpeaks.append(G2mth.setPeakparms(data,Inst2,peak[0],peak[2]))
1074            peaks['peaks'] = newpeaks
1075            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'),peaks)
1076           
1077    def OnCalibrate(event):
1078        Pattern = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)
1079        xye = ma.array(ma.getdata(Pattern[1]))
1080        cw = np.diff(xye[0])
1081        IndexPeaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List'))
1082        if not len(IndexPeaks[0]):
1083            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Index Peak List empty')
1084            return
1085        Ok = False
1086        for peak in IndexPeaks[0]:
1087            if peak[2] and peak[3]:
1088                Ok = True
1089        if not Ok:
1090            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Index Peak List not indexed')
1091            return           
1092        if G2pwd.DoCalibInst(IndexPeaks,data):
1093            UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1094            XY = []
1095            Sigs = []
1096            for ip,peak in enumerate(IndexPeaks[0]):
1097                if peak[2] and peak[3]:
1098                    binwid = cw[np.searchsorted(xye[0],peak[0])]
1099                    XY.append([peak[-1],peak[0],binwid])
1100                    Sigs.append(IndexPeaks[1][ip])
1101            if len(XY):
1102                XY = np.array(XY)
1103                G2plt.PlotCalib(G2frame,data,XY,Sigs,newPlot=True)
1104        else:
1105            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Nothing selected for refinement')
1106           
1107
1108    def OnLoad(event):
1109        '''Loads instrument parameters from a G2 .instprm file
1110        in response to the Instrument Parameters-Operations/Load Profile menu
1111       
1112        Note that similar code is found in ReadPowderInstprm (GSASII.py)
1113        '''
1114        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II instrument parameters file', '.', '', 
1115            'instrument parameter files (*.instprm)|*.instprm',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1116        try:
1117            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1118                filename = dlg.GetPath()
1119                File = open(filename,'r')
1120                S = File.readline()
1121                newItems = []
1122                newVals = []
1123                while S:
1124                    if S[0] == '#':
1125                        S = File.readline()
1126                        continue
1127                    [item,val] = S[:-1].split(':')
1128                    newItems.append(item)
1129                    try:
1130                        newVals.append(float(val))
1131                    except ValueError:
1132                        newVals.append(val)                       
1133                    S = File.readline()               
1134                File.close()
1135                Inst,Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
1136                data = G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,])
1137                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'),[data,Inst2])
1138                RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=True)          #to get peaks updated
1139                UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1140                G2plt.PlotPeakWidths(G2frame)
1141        finally:
1142            dlg.Destroy()
1143       
1144    def OnSave(event):
1145        '''Respond to the Instrument Parameters Operations/Save Profile menu
1146        item: writes current parameters to a .instprm file
1147        '''
1148        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II instrument parameters file', '.', '', 
1149            'instrument parameter files (*.instprm)|*.instprm',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1150        try:
1151            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1152                filename = dlg.GetPath()
1153                # make sure extension is .instprm
1154                filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.instprm'
1155                File = open(filename,'w')
1156                File.write("#GSAS-II instrument parameter file; do not add/delete items!\n")
1157                for item in data:
1158                    File.write(item+':'+str(data[item][1])+'\n')
1159                File.close()
1160        finally:
1161            dlg.Destroy()
1162                                               
1163    def OnReset(event):
1164        insVal.update(insDef)
1165        updateData(insVal,insRef)
1166        RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=True)          #to get peaks updated
1167        UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1168        G2plt.PlotPeakWidths(G2frame)
1169       
1170    def OnInstFlagCopy(event):
1171        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1172        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1173        if not histList:
1174            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1175            return
1176        keys = data.keys()
1177        flags = dict(zip(keys,[data[key][2] for key in keys]))
1178        instType = data['Type'][0]
1179        copyList = []
1180        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1181            G2frame.dataFrame, 
1182            'Copy inst ref. flags from\n'+hst[5:],
1183            'Copy refinement flags', histList)
1184        try:
1185            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1186                for i in dlg.GetSelections():
1187                    copyList.append(histList[i])
1188        finally:
1189            dlg.Destroy()
1190        for item in copyList:
1191            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1192            instData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters'))[0]
1193            if len(data) == len(instData) and instType == instData['Type'][0]:   #don't mix data types or lam & lam1/lam2 parms!
1194                for item in instData:
1195                    instData[item][2] = copy.copy(flags[item])
1196            else:
1197                print item+' not copied - instrument parameters not commensurate'
1198       
1199    def OnInstCopy(event):
1200        #need fix for dictionary
1201        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1202        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1203        if not histList:
1204            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1205            return
1206        copyList = []
1207        instType = data['Type'][0]
1208        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1209            G2frame.dataFrame, 
1210            'Copy inst params from\n'+hst,
1211            'Copy parameters', histList)
1212        try:
1213            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1214                for i in dlg.GetSelections(): 
1215                    copyList.append(histList[i])
1216        finally:
1217            dlg.Destroy()
1218        for item in copyList:
1219            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1220            instData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters'))[0]
1221            if len(data) == len(instData) and instType == instData['Type'][0]:  #don't mix data types or lam & lam1/lam2 parms!
1222                instData.update(data)
1223            else:
1224                print item+' not copied - instrument parameters not commensurate'
1225                         
1226    def AfterChange(invalid,value,tc):
1227        if invalid: return
1228        updateData(insVal,insRef)
1229       
1230    def OnItemRef(event):
1231        Obj = event.GetEventObject()
1232        item = RefObj[Obj.GetId()]
1233        insRef[item] = Obj.GetValue()
1234        updateData(insVal,insRef)
1235
1236    def OnCopy1Val(event):
1237        '''Select one instrument parameter value to edit and copy to many histograms
1238        optionally allow values to be edited in a table
1239        '''
1240        updateData(insVal,insRef)
1241        G2gd.SelectEdit1Var(G2frame,data,labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem)
1242        insVal.update({key:data[key][1] for key in instkeys})
1243        insRef.update({key:data[key][2] for key in instkeys})
1244        wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1245       
1246    def lblWdef(lbl,dec,val):
1247        'Label parameter showing the default value'
1248        fmt = "%15."+str(dec)+"f"
1249        return " " + lbl + " (" + (fmt % val).strip() + "): "
1250
1251    def RefineBox(item):
1252        'Define a refine checkbox with binding'
1253        wid = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?  ')
1254        wid.SetValue(bool(insRef[item]))
1255        RefObj[wid.GetId()] = item
1256        wid.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnItemRef)
1257        return wid
1258
1259    def OnLamPick(event):
1260        data['Source'][1] = lamType = event.GetEventObject().GetValue()
1261        insVal['Lam1'] = waves[lamType][0]
1262        insVal['Lam2'] = waves[lamType][1]
1263        updateData(insVal,insRef)
1264        i,j= wx.__version__.split('.')[0:2]
1265        if int(i)+int(j)/10. > 2.8:
1266            pass # repaint crashes wxpython 2.9
1267            wx.CallLater(100, MakeParameterWindow)
1268            #wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1269        else:
1270            wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1271
1272    def MakeParameterWindow():
1273        'Displays the Instrument parameters in the datadisplay frame'
1274        if G2frame.dataDisplay:
1275            G2frame.dataFrame.Clear()
1276        G2frame.dataFrame.SetLabel('Instrument Parameters')
1277        G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
1278        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1279        instSizer = wx.FlexGridSizer(0,6,5,5)
1280        subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1281        subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Histogram Type: '+insVal['Type']),0,WACV)
1282        mainSizer.Add(subSizer)
1283        labelLst[:],elemKeysLst[:],dspLst[:],refFlgElem[:] = [],[],[],[]
1284        if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data
1285            if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1286                labelLst.append('Azimuth angle')
1287                elemKeysLst.append(['Azimuth',1])
1288                dspLst.append([10,2])
1289                refFlgElem.append(None)                   
1290                if 'Lam1' in insVal:
1291                    subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1292                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Azimuth: '),0,WACV)
1293                    txt = '%7.2f'%(insVal['Azimuth'])
1294                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1295                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'   Ka1/Ka2: '),0,WACV)
1296                    txt = u%8.6f/%8.6f\xc5'%(insVal['Lam1'],insVal['Lam2'])
1297                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1298                    waveSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1299                    waveSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  Source type: '),0,WACV)
1300                    # PATCH?: for now at least, Source is not saved anywhere before here
1301                    if 'Source' not in data: data['Source'] = ['CuKa','?']
1302                    choice = ['TiKa','CrKa','FeKa','CoKa','CuKa','MoKa','AgKa']
1303                    lamPick = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Source'][1],choices=choice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1304                    lamPick.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnLamPick)
1305                    waveSizer.Add(lamPick,0)
1306                    subSizer.Add(waveSizer,0)
1307                    mainSizer.Add(subSizer)
1308                    instSizer.Add(wx.StaticText(
1309                        G2frame.dataDisplay,-1,
1310                        lblWdef('I(L2)/I(L1)',4,insDef['I(L2)/I(L1)'])),
1311                        0,WACV)
1312                    key = 'I(L2)/I(L1)'
1313                    labelLst.append(key)
1314                    elemKeysLst.append([key,1])
1315                    dspLst.append([10,4])
1316                    refFlgElem.append([key,2])                   
1317                    ratVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,key,nDig=(10,4),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1318                    instSizer.Add(ratVal,0)
1319                    instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1320                    instSizer.Add((5,5),0)
1321                    instSizer.Add((5,5),0)
1322                    instSizer.Add((5,5),0)               
1323                else: # single wavelength
1324                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Azimuth: '),0,WACV)
1325                    txt = '%7.2f'%(insVal['Azimuth'])
1326                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1327                    instSizer.Add((5,5),0)
1328                    key = 'Lam'
1329                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef[key])),
1330                        0,WACV)
1331                    waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,key,nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1332                    labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1333                    elemKeysLst.append([key,1])
1334                    dspLst.append([10,6])
1335                    instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1336                    refFlgElem.append([key,2])                   
1337                    instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1338#                    if ifHisto:
1339#                        refFlgElem.append([key,2])                   
1340#                        instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1341#                    else:
1342#                        refFlgElem.append(None)                   
1343#                        instSizer.Add((5,5),0)
1344                for item in ['Zero','Polariz.']:
1345                    if item in insDef:
1346                        labelLst.append(item)
1347                        elemKeysLst.append([item,1])
1348                        dspLst.append([10,4])
1349                        instSizer.Add(
1350                            wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,4,insDef[item])),
1351                            0,WACV)
1352                        itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=(10,4),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1353                        instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1354                        refFlgElem.append([item,2])
1355                        instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1356#                        if ifHisto:
1357#                            refFlgElem.append([item,2])
1358#                            instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1359#                        else:
1360#                            refFlgElem.append(None)                   
1361#                            instSizer.Add((5,5),0)
1362                    else:                           #skip Polariz. for neutrons
1363                        instSizer.Add((5,5),0)
1364                        instSizer.Add((5,5),0)
1365                        instSizer.Add((5,5),0)
1366                for item in ['U','V','W','','X','Y','SH/L']:
1367                    if item == '':
1368                        instSizer.Add((5,5),0)
1369                        instSizer.Add((5,5),0)
1370                        instSizer.Add((5,5),0)
1371                        continue
1372                    nDig = (10,3)
1373                    if item == 'SH/L':
1374                        nDig = (10,5)
1375                    labelLst.append(item)
1376                    elemKeysLst.append([item,1])
1377                    dspLst.append(nDig)
1378                    refFlgElem.append([item,2])
1379                    instSizer.Add(
1380                        wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,nDig[1],insDef[item])),
1381                        0,WACV)
1382                    itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1383                    instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1384                    instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1385            else:                                   #time of flight (neutrons)
1386                subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1387                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Fligth path: '),0,WACV)
1388                txt = '%8.3f'%(insVal['fltPath'])
1389                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1390                labelLst.append('flight path')
1391                elemKeysLst.append(['fltpath',1])
1392                dspLst.append([10,2])
1393                refFlgElem.append(None)                   
1394                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  2-theta: '),0,WACV)
1395                txt = '%7.2f'%(insVal['2-theta'])
1396                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1397                labelLst.append('2-theta')
1398                elemKeysLst.append(['2-theta',1])
1399                dspLst.append([10,2])
1400                refFlgElem.append(None)                   
1401                if 'Pdabc' in Inst2:
1402                    Items = ['sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','X','Y']
1403                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  difC: '),0,WACV)
1404                    txt = '%8.2f'%(insVal['difC'])
1405                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1406                    labelLst.append('difC')
1407                    elemKeysLst.append(['difC',1])
1408                    dspLst.append([10,2])
1409                    refFlgElem.append(None)
1410                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  alpha, beta: fixed by table'),0,WACV)
1411                else:
1412                    Items = ['difC','difA','difB','Zero','alpha','beta-0','beta-1','beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','X','Y']
1413                mainSizer.Add((5,5),0)
1414                mainSizer.Add(subSizer)
1415                mainSizer.Add((5,5),0)
1416                for item in Items:
1417                    if item == '':
1418                        instSizer.Add((5,5),0)
1419                        instSizer.Add((5,5),0)
1420                        instSizer.Add((5,5),0)
1421                        continue
1422                    nDig = (10,3)
1423                    fmt = '%10.3f'
1424                    if 'beta' in item:
1425                        fmt = '%12.4g'
1426                        nDig = (12,4)
1427                    Fmt = ' %s: ('+fmt+')'
1428                    instSizer.Add(
1429                            wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,nDig[1],insDef[item])),
1430                            0,WACV)
1431                    itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1432                    instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1433                    labelLst.append(item)
1434                    elemKeysLst.append([item,1])
1435                    dspLst.append(nDig)
1436                    refFlgElem.append([item,2])
1437                    instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1438        elif 'S' in insVal['Type']:                       #single crystal data
1439            if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1440                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef['Lam'])),
1441                    0,WACV)
1442                waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,'Lam',nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1443                instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1444                labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1445                elemKeysLst.append(['Lam',1])
1446                dspLst.append([10,6])
1447                refFlgElem.append(None)
1448            else:                                   #time of flight (neutrons)
1449                pass                                #for now
1450        elif 'L' in insVal['Type']:
1451            if 'C' in insVal['Type']:       
1452                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef['Lam'])),
1453                    0,WACV)
1454                waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,'Lam',nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1455                instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1456                labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1457                elemKeysLst.append(['Lam',1])
1458                dspLst.append([10,6])
1459                refFlgElem.append(None)
1460                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  Azimuth: %7.2f'%(insVal['Azimuth'])),0,WACV)
1461                labelLst.append('Azimuth angle')
1462                elemKeysLst.append(['Azimuth',1])
1463                dspLst.append([10,2])
1464                refFlgElem.append(None)                   
1465            else:                                   #time of flight (neutrons)
1466                pass                                #for now
1467
1468        mainSizer.Add(instSizer,0)
1469        mainSizer.Layout()   
1470        G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
1471        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
1472        G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()  # this causes a frame repaint, even if the size does not change!
1473        # end of MakeParameterWindow
1474               
1475    # beginning of UpdateInstrumentGrid code   
1476    #patch: make sure all parameter items are lists
1477    patched = 0
1478    for key in data:
1479        if type(data[key]) is tuple:
1480            data[key] = list(data[key])
1481            patched += 1
1482    if patched: print patched,' instrument parameters changed from tuples'
1483    #end of patch
1484    labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem = [],[],[],[]
1485    instkeys = keycheck(data.keys())
1486    if 'P' in data['Type'][0]:          #powder data
1487        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1488        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1489        insRef = dict(zip(instkeys,[data[key][2] for key in instkeys]))
1490        if 'NC' in data['Type'][0]:
1491            del(insDef['Polariz.'])
1492            del(insVal['Polariz.'])
1493            del(insRef['Polariz.'])
1494    elif 'S' in data['Type'][0]:                               #single crystal data
1495        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1496        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1497        insRef = {}
1498    elif 'L' in data['Type'][0]:                               #low angle data
1499        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1500        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1501        insRef = {}
1502    ValObj = {}
1503    RefObj = {}
1504    waves = {'CuKa':[1.54051,1.54433],'TiKa':[2.74841,2.75207],'CrKa':[2.28962,2.29351],
1505        'FeKa':[1.93597,1.93991],'CoKa':[1.78892,1.79278],'MoKa':[0.70926,0.713543],
1506        'AgKa':[0.559363,0.563775]}
1507    Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
1508            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))[1]       
1509    try:
1510        histoName = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[-1]
1511        ifHisto = IsHistogramInAnyPhase(G2frame,histoName)
1512    except TypeError:       #PKS data never used in a phase as data
1513        ifhisto = False
1514    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame)
1515    #patch
1516    if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data
1517        if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1518            if 'Azimuth' not in insVal:
1519                insVal['Azimuth'] = 0.0
1520                insDef['Azimuth'] = 0.0
1521                insRef['Azimuth'] = False
1522#        if 'T' in insVal['Type']:
1523#            if 'difB' not in insVal:
1524#                insVal['difB'] = 0.0
1525#                insDef['difB'] = 0.0
1526#                insRef['difB'] = False
1527    #end of patch
1528    if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data menu commands
1529        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.InstMenu)
1530        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1531            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()           
1532        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnCalibrate,id=G2gd.wxID_INSTCALIB)
1533        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnLoad,id=G2gd.wxID_INSTLOAD)
1534        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnSave,id=G2gd.wxID_INSTSAVE)
1535        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnReset,id=G2gd.wxID_INSTPRMRESET)
1536        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstCopy,id=G2gd.wxID_INSTCOPY)
1537        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstFlagCopy,id=G2gd.wxID_INSTFLAGCOPY)
1538        #G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnWaveChange,id=G2gd.wxID_CHANGEWAVETYPE)       
1539        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnCopy1Val,id=G2gd.wxID_INST1VAL)
1540    elif 'L' in insVal['Type']:                   #SASD data menu commands
1541        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.InstMenu)
1542        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1543            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()           
1544        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstCopy,id=G2gd.wxID_INSTCOPY)
1545    MakeParameterWindow()
1546       
1547   
1548################################################################################
1549#####  Sample parameters
1550################################################################################           
1551       
1552def UpdateSampleGrid(G2frame,data):
1553    '''respond to selection of PWDR/SASD Sample Parameters
1554    data tree item.
1555    '''
1556
1557    def OnSampleSave(event):
1558        '''Respond to the Sample Parameters Operations/Save menu
1559        item: writes current parameters to a .samprm file
1560        '''
1561        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II sample parameters file', '.', '', 
1562            'sample parameter files (*.samprm)|*.samprm',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1563        try:
1564            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1565                filename = dlg.GetPath()
1566                # make sure extension is .samprm
1567                filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.samprm'
1568                File = open(filename,'w')
1569                File.write("#GSAS-II sample parameter file\n")
1570                File.write("'Type':'"+str(data['Type'])+"'\n")
1571                File.write("'Gonio. radius':"+str(data['Gonio. radius'])+"\n")
1572                if data.get('InstrName'):
1573                    File.write("'InstrName':'"+str(data['InstrName'])+"'\n")
1574                File.close()
1575        finally:
1576            dlg.Destroy()
1577           
1578    def OnSampleLoad(event):
1579        '''Loads sample parameters from a G2 .samprm file
1580        in response to the Sample Parameters-Operations/Load menu
1581       
1582        Note that similar code is found in ReadPowderInstprm (GSASII.py)
1583        '''
1584        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II sample parameters file', '.', '', 
1585            'sample parameter files (*.samprm)|*.samprm',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1586        try:
1587            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1588                filename = dlg.GetPath()
1589                File = open(filename,'r')
1590                S = File.readline()
1591                newItems = {}
1592                while S:
1593                    if S[0] == '#':
1594                        S = File.readline()
1595                        continue
1596                    [item,val] = S[:-1].split(':')
1597                    newItems[item.strip("'")] = eval(val)
1598                    S = File.readline()               
1599                File.close()
1600                data.update(newItems)
1601                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Sample Parameters'),data)
1602                UpdateSampleGrid(G2frame,data)
1603        finally:
1604            dlg.Destroy()
1605           
1606    def OnAllSampleLoad(event):
1607        filename = ''
1608        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose multihistogram metadata text file', '.', '', 
1609            'metadata file (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1610        try:
1611            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1612                filename = dlg.GetPath()
1613                File = open(filename,'r')
1614                S = File.readline()
1615                newItems = []
1616                itemNames = []
1617                Comments = []
1618                while S:
1619                    if S[0] == '#':
1620                        Comments.append(S)
1621                        S = File.readline()
1622                        continue
1623                    S = S.replace(',',' ').replace('\t',' ')
1624                    Stuff = S[:-1].split()
1625                    itemNames.append(Stuff[0])
1626                    newItems.append(Stuff[1:])
1627                    S = File.readline()               
1628                File.close()
1629        finally:
1630            dlg.Destroy()
1631        if not filename:
1632            G2frame.ErrorDialog('Nothing to do','No file selected')
1633            return
1634        dataDict = dict(zip(itemNames,newItems))
1635        ifany = False
1636        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
1637        Names = [' ','Phi','Chi','Omega','Time','Temperature','Pressure']
1638        freeNames = {}
1639        for name in ['FreePrm1','FreePrm2','FreePrm3']:
1640            freeNames[Controls[name]] = name
1641            Names.append(Controls[name])
1642        dlg = G2gd.G2ColumnIDDialog( G2frame,' Choose multihistogram metadata columns:',
1643            'Select columns',Comments,Names,np.array(newItems).T)
1644        try:
1645            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1646                colNames,newData = dlg.GetSelection()
1647                dataDict = dict(zip(itemNames,newData.T))
1648                for item in colNames:
1649                    if item != ' ':
1650                        ifany = True
1651        finally:
1652            dlg.Destroy()
1653        if not ifany:
1654            G2frame.ErrorDialog('Nothing to do','No columns identified')
1655            return
1656        histList = [G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId),]
1657        histList += GetHistsLikeSelected(G2frame)
1658        colIds = {}
1659        for i,name in enumerate(colNames):
1660            if name != ' ':
1661                colIds[name] = i
1662        for hist in histList:
1663            name = hist.split()[1]  #this is file name
1664            newItems = {}
1665            for item in colIds:
1666                key = freeNames.get(item,item)
1667                newItems[key] = float(dataDict[name][colIds[item]])
1668            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,hist)
1669            sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1670            sampleData.update(newItems)       
1671        UpdateSampleGrid(G2frame,data)       
1672   
1673    def OnSetScale(event):
1674        histList = []
1675        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)
1676        while item:
1677            name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
1678            if 'SASD' in name and name != histName:
1679                histList.append(name)
1680            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
1681        if not len(histList):      #nothing to copy to!
1682            return
1683        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select reference histogram for scaling',
1684            'Reference histogram',histList)
1685        try:
1686            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1687                sel = dlg.GetSelection()
1688                refHist = histList[sel]
1689        finally:
1690            dlg.Destroy()
1691        Limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Limits'))
1692        Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[1]
1693        Data = [Profile,Limits,data]
1694        refId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,refHist)
1695        refSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,refId, 'Sample Parameters'))
1696        refLimits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,refId, 'Limits'))
1697        refProfile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(refId)[1]
1698        refData = [refProfile,refLimits,refSample]
1699        G2sasd.SetScale(Data,refData)
1700        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=True)
1701        UpdateSampleGrid(G2frame,data)       
1702       
1703    def OnSampleCopy(event):
1704        histType,copyNames = SetCopyNames(histName,data['Type'],
1705            addNames = ['Omega','Chi','Phi','Gonio. radius','InstrName'])
1706        copyDict = {}
1707        for parm in copyNames:
1708            copyDict[parm] = data[parm]
1709        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1710        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1711        if not histList:
1712            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1713            return
1714        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1715            G2frame.dataFrame,
1716            'Copy sample params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1717            'Copy sample parameters', histList)
1718        try:
1719            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1720                result = dlg.GetSelections()
1721                for i in result: 
1722                    item = histList[i]
1723                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1724                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1725                    sampleData.update(copy.deepcopy(copyDict))
1726        finally:
1727            dlg.Destroy()
1728
1729    def OnSampleCopySelected(event):
1730        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1731        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1732            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
1733        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1734        if not histList:
1735            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1736            return
1737        # Assemble a list of item labels
1738        TextTable = {key:label for key,label,dig in
1739                     SetupSampleLabels(hst,data.get('Type'),Inst['Type'][0])
1740                     }
1741        # get flexible labels
1742        TextTable.update({
1743            key:Controls[key] for key in Controls if key.startswith('FreePrm')
1744            })
1745        # add a few extra
1746        TextTable.update({
1747            'Type':'Diffractometer type',
1748            'InstrName':'Instrument Name',
1749            })
1750        # Assemble a list of dict entries that would be labeled in the Sample
1751        # params data window (drop ranId and items not used).
1752        keyList = [i for i in data.keys() if i in TextTable]
1753        keyText = [TextTable[i] for i in keyList]
1754        # sort both lists together, ordered by keyText
1755        keyText, keyList = zip(*sorted(zip(keyText,keyList))) # sort lists
1756        selectedKeys = []
1757        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1758            G2frame.dataFrame,
1759            'Select which sample parameters\nto copy',
1760            'Select sample parameters', keyText)
1761        try:
1762            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1763                selectedKeys = [keyList[i] for i in dlg.GetSelections()]
1764        finally:
1765            dlg.Destroy()
1766        if not selectedKeys: return # nothing to copy
1767        copyDict = {}
1768        for parm in selectedKeys:
1769            copyDict[parm] = data[parm]
1770        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1771            G2frame.dataFrame,
1772            'Copy sample params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1773            'Copy sample parameters', histList)
1774        try:
1775            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1776                result = dlg.GetSelections()
1777                for i in result: 
1778                    item = histList[i]
1779                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1780                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1781                    sampleData.update(copy.deepcopy(copyDict))
1782        finally:
1783            dlg.Destroy()           
1784        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=False)
1785
1786    def OnSampleFlagCopy(event):
1787        histType,copyNames = SetCopyNames(histName,data['Type'])
1788        flagDict = {}
1789        for parm in copyNames:
1790            flagDict[parm] = data[parm][1]
1791        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1792        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1793        if not histList:
1794            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1795            return
1796        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1797            G2frame.dataFrame, 
1798            'Copy sample ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1799            'Copy sample flags', histList)
1800        try:
1801            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1802                result = dlg.GetSelections()
1803                for i in result: 
1804                    item = histList[i]
1805                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1806                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1807                    for name in copyNames:
1808                        sampleData[name][1] = copy.copy(flagDict[name])
1809        finally:
1810            dlg.Destroy()
1811
1812    def OnHistoChange():
1813        '''Called when the histogram type is changed to refresh the window
1814        '''
1815        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1816       
1817    def SetNameVal():
1818        inst = instNameVal.GetValue()
1819        data['InstrName'] = inst.strip()
1820
1821    def OnNameVal(event):
1822        event.Skip()
1823        wx.CallAfter(SetNameVal)
1824       
1825    def AfterChange(invalid,value,tc):
1826        if invalid:
1827            return
1828        if tc.key == 0 and 'SASD' in histName:          #a kluge for Scale!
1829            G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=True)
1830        elif tc.key == 'Thick':
1831            wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)           
1832           
1833    def OnMaterial(event):
1834        Obj = event.GetEventObject()
1835        id,key = Info[Obj.GetId()]
1836        if key == 'Name':
1837            data['Materials'][id][key] = Obj.GetValue()
1838        elif key == 'VolFrac':
1839            try:
1840                value = min(max(0.,float(Obj.GetValue())),1.)
1841            except ValueError:
1842                value = data['Materials'][id][key]
1843            data['Materials'][id][key] = value
1844            data['Materials'][not id][key] = 1.-value
1845        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1846
1847    def OnCopy1Val(event):
1848        'Select one value to copy to many histograms and optionally allow values to be edited in a table'
1849        G2gd.SelectEdit1Var(G2frame,data,labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem)
1850        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1851       
1852    ######## DEBUG #######################################################
1853    #import GSASIIpwdGUI
1854    #reload(GSASIIpwdGUI)
1855    #reload(G2gd)
1856    ######################################################################
1857    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(
1858            G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
1859    histName = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1860    if G2frame.dataDisplay:
1861        G2frame.dataFrame.Clear()
1862    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SampleMenu)
1863    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sample Parameters')
1864    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSetScale, id=G2gd.wxID_SETSCALE)
1865    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleCopy, id=G2gd.wxID_SAMPLECOPY)
1866    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleCopySelected, id=G2gd.wxID_SAMPLECOPYSOME)
1867    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleFlagCopy, id=G2gd.wxID_SAMPLEFLAGCOPY)
1868    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleSave, id=G2gd.wxID_SAMPLESAVE)
1869    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleLoad, id=G2gd.wxID_SAMPLELOAD)
1870    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopy1Val, id=G2gd.wxID_SAMPLE1VAL)
1871    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAllSampleLoad, id=G2gd.wxID_ALLSAMPLELOAD)
1872    if 'SASD' in histName:
1873        G2frame.dataFrame.SetScale.Enable(True)
1874    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1875        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
1876    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
1877    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1878        G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
1879#patch
1880    if 'ranId' not in data:
1881        data['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
1882    if not 'Gonio. radius' in data:
1883        data['Gonio. radius'] = 200.0
1884    if not 'Omega' in data:
1885        data.update({'Omega':0.0,'Chi':0.0,'Phi':0.0})
1886    if type(data['Temperature']) is int:
1887        data['Temperature'] = float(data['Temperature'])
1888    if 'Time' not in data:
1889        data['Time'] = 0.0
1890    if 'FreePrm1' not in Controls:
1891        Controls['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
1892    if 'FreePrm2' not in Controls:
1893        Controls['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
1894    if 'FreePrm3' not in Controls:
1895        Controls['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
1896    if 'FreePrm1' not in data:
1897        data['FreePrm1'] = 0.
1898    if 'FreePrm2' not in data:
1899        data['FreePrm2'] = 0.
1900    if 'FreePrm3' not in data:
1901        data['FreePrm3'] = 0.
1902    if 'SurfRoughA' not in data and 'PWDR' in histName:
1903        data['SurfRoughA'] = [0.,False]
1904        data['SurfRoughB'] = [0.,False]
1905    if 'Trans' not in data and 'SASD' in histName:
1906        data['Trans'] = 1.0
1907    if 'SlitLen' not in data and 'SASD' in histName:
1908        data['SlitLen'] = 0.0
1909    if 'Shift' not in data:
1910        data['Shift'] = [0.0,False]
1911    if 'Transparency' not in data:
1912        data['Transparency'] = [0.0,False]
1913    data['InstrName'] = data.get('InstrName','')
1914#patch end
1915    labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem = [],[],[],[]
1916    parms = SetupSampleLabels(histName,data.get('Type'),Inst['Type'][0])
1917    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1918    topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1919    topSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1920    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Sample and Experimental Parameters'))
1921    topSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1922    mainSizer.Add(topSizer,0,wx.EXPAND,1)
1923    nameSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1924    nameSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,' Instrument Name'),
1925                0,WACV)
1926    nameSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1927    instNameVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,data['InstrName'],
1928                              size=(200,-1),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)       
1929    nameSizer.Add(instNameVal)
1930    instNameVal.Bind(wx.EVT_CHAR,OnNameVal)
1931    mainSizer.Add(nameSizer,0,wx.EXPAND,1)
1932    mainSizer.Add((5,5),0)
1933    labelLst.append('Instrument Name')
1934    elemKeysLst.append(['InstrName'])
1935    dspLst.append(None)
1936    refFlgElem.append(None)
1937
1938    if 'PWDR' in histName:
1939        nameSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1940        nameSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,' Diffractometer type: '),
1941                    0,WACV)
1942        if 'T' in Inst['Type'][0]:
1943            choices = ['Debye-Scherrer',]
1944        else:
1945            choices = ['Debye-Scherrer','Bragg-Brentano',]
1946        histoType = G2gd.G2ChoiceButton(G2frame.dataDisplay,choices,
1947                    strLoc=data,strKey='Type',
1948                    onChoice=OnHistoChange)
1949        nameSizer.Add(histoType)
1950        mainSizer.Add(nameSizer,0,wx.EXPAND,1)
1951        mainSizer.Add((5,5),0)
1952
1953    parmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,0)
1954    for key,lbl,nDig in parms:
1955        labelLst.append(lbl.strip().strip(':').strip())
1956        dspLst.append(nDig)
1957        if 'list' in str(type(data[key])):
1958            parmRef = G2gd.G2CheckBox(G2frame.dataDisplay,' '+lbl,data[key],1)
1959            parmSizer.Add(parmRef,0,WACV|wx.EXPAND)
1960            parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data[key],0,
1961                nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1962            elemKeysLst.append([key,0])
1963            refFlgElem.append([key,1])
1964        else:
1965            parmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' '+lbl),
1966                0,WACV|wx.EXPAND)
1967            parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data,key,
1968                typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1969            elemKeysLst.append([key])
1970            refFlgElem.append(None)
1971        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1972    Info = {}
1973       
1974    for key in ('FreePrm1','FreePrm2','FreePrm3'):
1975        parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,Controls,key,typeHint=str,
1976                                        notBlank=False)
1977        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1978        parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data,key,typeHint=float)
1979        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1980        labelLst.append(Controls[key])
1981        dspLst.append(None)
1982        elemKeysLst.append([key])
1983        refFlgElem.append(None)
1984       
1985    mainSizer.Add(parmSizer,1,wx.EXPAND)
1986    mainSizer.Add((0,5),0)   
1987    if 'SASD' in histName:
1988        rho = [0.,0.]
1989        anomrho = [0.,0.]
1990        mu = 0.
1991        subSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
1992        Substances = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1993            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Substances'))
1994        for id,item in enumerate(data['Materials']):
1995            subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Material: '),0,WACV)
1996            matsel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=item['Name'],choices=Substances['Substances'].keys(),
1997                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1998            Info[matsel.GetId()] = [id,'Name']
1999            matsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaterial)       
2000            subSizer.Add(matsel,0,WACV)
2001            subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Volume fraction: '),0,WACV)
2002            volfrac = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=str('%.3f'%(item['VolFrac'])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2003            Info[volfrac.GetId()] = [id,'VolFrac']
2004            volfrac.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMaterial)
2005            volfrac.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMaterial)
2006            subSizer.Add(volfrac,0,WACV)
2007            material = Substances['Substances'][item['Name']]
2008            mu += item['VolFrac']*material.get('XAbsorption',0.)
2009            rho[id] = material['Scatt density']
2010            anomrho[id] = material.get('XAnom density',0.)
2011        data['Contrast'] = [(rho[1]-rho[0])**2,(anomrho[1]-anomrho[0])**2]
2012        mainSizer.Add(subSizer,0)
2013        conSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2014        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Contrast: %10.2f '%(data['Contrast'][0])),0,WACV)
2015        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Anom. Contrast: %10.2f '%(data['Contrast'][1])),0,WACV)
2016        mut =  mu*data['Thick']
2017        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Transmission (calc): %10.3f  '%(np.exp(-mut))),0,WACV)
2018        mainSizer.Add(conSizer,0)
2019   
2020    mainSizer.Layout()   
2021    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2022    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
2023    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
2024    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)
2025               
2026################################################################################
2027#####  Indexing Peaks
2028################################################################################           
2029       
2030def UpdateIndexPeaksGrid(G2frame, data):
2031    '''respond to selection of PWDR Index Peak List data
2032    tree item.
2033    '''
2034    bravaisSymb = ['Fm3m','Im3m','Pm3m','R3-H','P6/mmm','I4/mmm',
2035        'P4/mmm','Fmmm','Immm','Cmmm','Pmmm','C2/m','P2/m','P1']
2036    IndexId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List')
2037    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2038    def RefreshIndexPeaksGrid(event):
2039        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
2040        peaks = G2frame.IndexPeaksTable.GetData()
2041        if c == 2:
2042            if peaks[r][c]:
2043                peaks[r][c] = False
2044            else:
2045                peaks[r][c] = True
2046            G2frame.IndexPeaksTable.SetData(peaks)
2047            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,[peaks,data[1]])
2048            G2frame.dataDisplay.ForceRefresh()
2049           
2050    def OnReload(event):
2051        peaks = []
2052        sigs = []
2053        Peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'))
2054        for ip,peak in enumerate(Peaks['peaks']):
2055            dsp = G2lat.Pos2dsp(Inst,peak[0])
2056            peaks.append([peak[0],peak[2],True,False,0,0,0,dsp,0.0])    #SS?
2057            try:
2058                sig = Peaks['sigDict']['pos'+str(ip)]
2059            except KeyError:
2060                sig = 0.
2061            sigs.append(sig)
2062        data = [peaks,sigs]
2063        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,data)
2064        UpdateIndexPeaksGrid(G2frame,data)
2065       
2066    def KeyEditPickGrid(event):
2067        colList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
2068        rowList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2069        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(IndexId)
2070        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
2071            event.Skip(True)
2072        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
2073            event.Skip(True)
2074        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
2075            event.Skip(True)
2076        elif colList:
2077            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
2078            key = event.GetKeyCode()
2079            for col in colList:
2080                if G2frame.IndexPeaksTable.GetColLabelValue(col) in ['use','refine']:
2081                    if key == 89: #'Y'
2082                        for row in range(G2frame.IndexPeaksTable.GetNumberRows()): data[0][row][col]=True
2083                    elif key == 78:  #'N'
2084                        for row in range(G2frame.IndexPeaksTable.GetNumberRows()): data[0][row][col]=False
2085           
2086    if G2frame.dataDisplay:
2087        G2frame.dataFrame.Clear()
2088    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2089        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2090    if 'PWD' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2091        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.IndPeaksMenu)
2092        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReload, id=G2gd.wxID_INDXRELOAD)
2093    G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(False)
2094    G2frame.IndexPeaksTable = []
2095    if len(data[0]):
2096        G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2097        Unit = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Unit Cells List'))
2098        if Unit:
2099            if len(Unit) == 4:  #patch
2100                Unit.append({})
2101            controls,bravais,cellist,dmin,ssopt = Unit
2102            G2frame.HKL = []
2103            if ssopt.get('Use',False):
2104                cell = controls[6:12]
2105                A = G2lat.cell2A(cell)
2106                ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2107                spc = controls[13]
2108                SGData = G2spc.SpcGroup(spc)[1]
2109                SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])
2110                Vec = ssopt['ModVec']
2111                maxH = ssopt['maxH']
2112                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,Vec,maxH,A)
2113                data[0] = G2indx.IndexSSPeaks(data[0],G2frame.HKL)[1]
2114            else:        #select cell from table - no SS
2115                for i,cell in enumerate(cellist):
2116                    if cell[-2]:
2117                        ibrav = cell[2]
2118                        A = G2lat.cell2A(cell[3:9])
2119                        G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,A)
2120                        for hkl in G2frame.HKL:
2121                            hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3]))
2122                        data[0] = G2indx.IndexPeaks(data[0],G2frame.HKL)[1]
2123                        break
2124    rowLabels = []
2125    for i in range(len(data[0])): rowLabels.append(str(i+1))
2126    colLabels = ['position','intensity','use','indexed','h','k','l','d-obs','d-calc']
2127    Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',]+2*[wg.GRID_VALUE_BOOL,]+ \
2128        3*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
2129    if len(data[0]) and len(data[0][0]) > 9:
2130        colLabels = ['position','intensity','use','indexed','h','k','l','m','d-obs','d-calc']
2131        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',]+2*[wg.GRID_VALUE_BOOL,]+ \
2132            4*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
2133    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,data)
2134    G2frame.IndexPeaksTable = G2gd.Table(data[0],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2135    G2frame.dataFrame.SetLabel('Index Peak List')
2136    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)               
2137    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.IndexPeaksTable, True)
2138    XY = []
2139    Sigs = []
2140    for r in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberRows()):
2141        for c in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberCols()):
2142            if c == 2:
2143                G2frame.dataDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=False)
2144            else:
2145                G2frame.dataDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=True)
2146        if data[0][r][2] and data[0][r][3]:
2147            XY.append([data[0][r][-1],data[0][r][0]])
2148            try:
2149                sig = data[1][r]
2150            except IndexError:
2151                sig = 0.
2152            Sigs.append(sig)
2153    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_LEFT_CLICK, RefreshIndexPeaksGrid)
2154    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPickGrid)                 
2155    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
2156    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
2157    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([490,300])
2158    if len(XY):
2159        XY = np.array(XY)
2160        G2plt.PlotCalib(G2frame,Inst,XY,Sigs,newPlot=True)
2161    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
2162     
2163################################################################################
2164#####  Unit cells
2165################################################################################           
2166       
2167def UpdateUnitCellsGrid(G2frame, data):
2168    '''respond to selection of PWDR Unit Cells data tree item.
2169    '''
2170    UnitCellsId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Unit Cells List')
2171    SPGlist = G2spc.spglist
2172    bravaisSymb = ['Fm3m','Im3m','Pm3m','R3-H','P6/mmm','I4/mmm',
2173        'P4/mmm','Fmmm','Immm','Cmmm','Pmmm','C2/m','P2/m','P1']
2174    spaceGroups = ['F m 3 m','I m 3 m','P m 3 m','R 3 m','P 6/m m m','I 4/m m m',
2175        'P 4/m m m','F m m m','I m m m','C m m m','P m m m','C 2/m','P 2/m','P -1']
2176    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2177    if 'C' in Inst['Type'][0]:
2178        wave = G2mth.getWave(Inst)
2179    else:
2180        difC = Inst['difC'][1]
2181   
2182    def SetLattice(controls):
2183        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2184        if ibrav in [0,1,2]:
2185            controls[7] = controls[8] = controls[6]
2186            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2187        elif ibrav in [3,4,5,6]:
2188            controls[7] = controls[6]
2189            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2190            if ibrav in [3,4]:
2191                controls[11] = 120.
2192        elif ibrav in [7,8,9,10]:
2193            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2194        elif ibrav in [11,12]:
2195            controls[9] = controls[11] = 90.  # b unique
2196        if len(controls) < 13: controls.append(0)
2197        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2198        return ibrav
2199       
2200    def OnNcNo(event):
2201        controls[2] = NcNo.GetValue()
2202       
2203    def OnStartVol(event):
2204        try:
2205            stVol = int(float(startVol.GetValue()))
2206            if stVol < 25:
2207                raise ValueError
2208        except ValueError:
2209            stVol = 25
2210        controls[3] = stVol
2211        startVol.SetValue("%d"%(stVol))
2212       
2213    def OnBravais(event):
2214        Obj = event.GetEventObject()
2215        bravais[bravList.index(Obj.GetId())] = Obj.GetValue()
2216       
2217    def OnZero(event):
2218        try:
2219            Zero = min(5.0,max(-5.0,float(zero.GetValue())))
2220        except ValueError:
2221            Zero = 0.0
2222        controls[1] = Zero
2223        zero.SetValue("%.4f"%(Zero))
2224       
2225    def OnZeroVar(event):
2226        controls[0] = zeroVar.GetValue()
2227       
2228    def OnSSopt(event):
2229        if controls[5] in ['Fm3m','Im3m','Pm3m']:
2230            SSopt.SetValue(False)
2231            G2frame.ErrorDialog('Cubic lattice', 'Superlattice not allowed for a cubic lattice')
2232            return
2233        ssopt['Use'] = SSopt.GetValue()
2234        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2235       
2236    def OnSelMG(event):
2237        ssopt['ssSymb'] = selMG.GetValue()
2238        Vec = ssopt['ModVec']
2239        modS = G2spc.splitSSsym(ssopt['ssSymb'])[0]
2240        ssopt['ModVec'] = G2spc.SSGModCheck(Vec,modS)[0]
2241        OnHklShow(event)
2242        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2243       
2244    def OnModVal(event):
2245        Obj = event.GetEventObject()
2246        ObjId = Obj.GetId()
2247        Id = Indx[ObjId]
2248        try:
2249            value = min(1.0,max(0.,float(Obj.GetValue())))
2250        except ValueError:
2251            value = ssopt['ModVec'][Id]
2252        Obj.SetValue('%.4f'%(value))
2253        ssopt['ModVec'][Id] = value
2254        OnHklShow(event)
2255       
2256    def OnMoveMod(event):
2257        Obj = event.GetEventObject()
2258        ObjId = Obj.GetId()
2259        Id,valObj = Indx[ObjId]
2260        move = Obj.GetValue()*0.0005
2261        Obj.SetValue(0)
2262        value = min(1.0,max(.0,float(valObj.GetValue())+move))
2263        valObj.SetValue('%.4f'%(value)) 
2264        ssopt['ModVec'][Id] = value
2265        OnHklShow(event)
2266       
2267    def OnMaxMH(event):
2268        ssopt['maxH'] = int(maxMH.GetValue())
2269        OnHklShow(event)
2270       
2271    def OnFindMV(event):
2272        print 'find MV'
2273       
2274    def OnBravSel(event):
2275        brav = bravSel.GetString(bravSel.GetSelection())
2276        controls[5] = brav
2277        controls[13] = SPGlist[brav][0]       
2278        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2279       
2280    def OnSpcSel(event):
2281        controls[13] = spcSel.GetString(spcSel.GetSelection())
2282       
2283    def SetCellValue(Obj,ObjId,value):
2284        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2285        if ibrav in [0,1,2]:
2286            controls[6] = controls[7] = controls[8] = value
2287            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2288            Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6]))
2289        elif ibrav in [3,4,5,6]:
2290            if ObjId == 0:
2291                controls[6] = controls[7] = value
2292                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6]))
2293            else:
2294                controls[8] = value
2295                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[8]))
2296            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2297            if ibrav in [3,4]:
2298                controls[11] = 120.
2299        elif ibrav in [7,8,9,10]:
2300            controls[6+ObjId] = value
2301            Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2302            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2303        elif ibrav in [11,12]:
2304            controls[9] = controls[11] = 90.0
2305            if ObjId != 3:
2306                controls[6+ObjId] = value
2307                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2308            else:
2309                controls[10] = value
2310                Obj.SetValue("%.3f"%(controls[10]))
2311        else:
2312            controls[6+ObjId] = value
2313            if ObjId < 3:
2314                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2315            else:
2316                Obj.SetValue("%.3f"%(controls[6+ObjId]))
2317        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2318        volVal.SetValue("%.3f"%(controls[12]))
2319       
2320    def OnMoveCell(event):
2321        Obj = event.GetEventObject()
2322        ObjId = cellList.index(Obj.GetId())
2323        valObj = valDict[Obj.GetId()]
2324        if ObjId/2 < 3:
2325            move = Obj.GetValue()*0.01
2326        else:
2327            move = Obj.GetValue()*0.1
2328        Obj.SetValue(0)
2329        value = float(valObj.GetValue())+move 
2330        SetCellValue(valObj,ObjId/2,value)
2331        OnHklShow(event)
2332       
2333    def OnCellChange(event):
2334        Obj = event.GetEventObject()
2335        ObjId = cellList.index(Obj.GetId())
2336        try:
2337            value = max(1.0,float(Obj.GetValue()))
2338        except ValueError:
2339            if ObjId/2 < 3:               #bad cell edge - reset
2340                value = controls[6+ObjId/2]
2341            else:                       #bad angle
2342                value = 90.
2343        SetCellValue(Obj,ObjId/2,value)
2344       
2345    def OnHklShow(event):
2346        PatternId = G2frame.PatternId
2347        PickId = G2frame.PickId   
2348        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'))
2349        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
2350        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2351        cell = controls[6:12]
2352        A = G2lat.cell2A(cell)
2353        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2354        spc = controls[13]
2355        SGData = G2spc.SpcGroup(spc)[1]
2356        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2357            dmin = G2lat.Pos2dsp(Inst,limits[1])
2358        else:   #TOF - use other limit!
2359            dmin = G2lat.Pos2dsp(Inst,limits[0])
2360        if ssopt.get('Use',False):
2361            SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])
2362            Vec = ssopt['ModVec']
2363            maxH = ssopt['maxH']
2364            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,Vec,maxH,A)
2365            peaks = [G2indx.IndexSSPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #keep esds from peak fit
2366            M20,X20 = G2indx.calc_M20SS(peaks[0],G2frame.HKL)
2367        else:
2368            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2369            peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #keep esds from peak fit
2370            M20,X20 = G2indx.calc_M20(peaks[0],G2frame.HKL)
2371        print ' new M20,X20: %.2f %d'%(M20,X20)
2372        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'),peaks)
2373        if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2374            G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2375        else:
2376            G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2377           
2378    def OnSortCells(event):
2379        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2380        c =  event.GetCol()
2381        if colLabels[c] == 'M20':
2382            cells = G2indx.sortM20(cells)
2383        elif colLabels[c] == 'Volume':
2384            cells = G2indx.sortVolume(cells)
2385        else:
2386            return
2387        data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2388        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)
2389        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2390       
2391    def CopyUnitCell(event):
2392        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2393        for Cell in cells:
2394            if Cell[-2]:
2395                break
2396        cell = Cell[2:9]
2397        controls[4] = 1
2398        controls[5] = bravaisSymb[cell[0]]
2399        controls[6:12] = cell[1:8]
2400        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2401        controls[13] = spaceGroups[bravaisSymb.index(controls[5])]
2402        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,[controls,bravais,cells,dmin,ssopt])
2403        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(True)
2404        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)       
2405               
2406    def RefineCell(event):
2407       
2408        def cellPrint(ibrav,A):
2409            cell = G2lat.A2cell(A)
2410            Vol = G2lat.calc_V(A)
2411            if ibrav in [0,1,2]:
2412                print " %s%10.6f" % ('a =',cell[0])
2413            elif ibrav in [3,4,5,6]:
2414                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],' c =',cell[2],' volume =',Vol)
2415            elif ibrav in [7,8,9,10]:
2416                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2],' volume =',Vol)
2417            elif ibrav in [11,12]:
2418                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f %s%8.3f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2],'beta =',cell[4],' volume =',Vol)
2419            else:
2420                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2])
2421                print " %s%8.3f %s%8.3f %s%8.3f %s%12.3f" % ('alpha =',cell[3],'beta =',cell[4],'gamma =',cell[5],' volume =',Vol)
2422               
2423        def vecPrint(Vec):
2424            print ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%('Modulation vector:',Vec[0],Vec[1],Vec[2])
2425             
2426        PatternId = G2frame.PatternId
2427        PickId = G2frame.PickId   
2428        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'))
2429        if not peaks[0]:
2430            G2frame.ErrorDialog('No peaks!', 'Nothing to refine!')
2431            return       
2432        print ' Refine cell'
2433        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2434        cell = controls[6:12]
2435        A = G2lat.cell2A(cell)
2436        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2437        SGData = G2spc.SpcGroup(controls[13])[1]
2438        dmin = G2indx.getDmin(peaks[0])-0.005
2439        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2440            if ssopt.get('Use',False):
2441                vecFlags = [True if x in ssopt['ssSymb'] else False for x in ['a','b','g']]
2442                SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])
2443                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,ssopt['ModVec'],ssopt['maxH'],A)
2444                peaks = [G2indx.IndexSSPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2445                Lhkl,M20,X20,Aref,Vec,Zero = \
2446                    G2indx.refinePeaksZSS(peaks[0],wave,Inst,SGData,SSGData,ssopt['maxH'],ibrav,A,ssopt['ModVec'],vecFlags,controls[1],controls[0])
2447            else:
2448                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2449                peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2450                Lhkl,M20,X20,Aref,Zero = G2indx.refinePeaksZ(peaks[0],wave,ibrav,A,controls[1],controls[0])
2451        else:   #'T'OF - doesn't seem to work
2452            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2453            peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2454            Lhkl,M20,X20,Aref,Zero = G2indx.refinePeaksT(peaks[0],difC,ibrav,A,controls[1],controls[0])           
2455        controls[1] = Zero
2456        controls[6:12] = G2lat.A2cell(Aref)
2457        controls[12] = G2lat.calc_V(Aref)
2458        cells = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)[2]
2459        for cell in cells:
2460            cell[-2] = False
2461        cells.insert(0,[M20,X20,ibrav]+controls[6:13]+[True,False])
2462        if ssopt.get('Use',False):
2463            ssopt['ModVec'] = Vec
2464            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,ssopt['ModVec'],ssopt['maxH'],A)
2465        else:
2466            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2467        data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2468        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'),data)
2469        print " %s%10.3f" % ('refinement M20 = ',M20)
2470        print ' unindexed lines = ',X20
2471        cellPrint(ibrav,Aref)
2472        ip = 4
2473        if ssopt.get('Use',False):
2474            vecPrint(Vec)
2475            ip = 5
2476        for hkl in G2frame.HKL:
2477            hkl[ip] = G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[ip-1])+controls[1]
2478        if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2479            G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2480        else:
2481            G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2482        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2483       
2484    def IndexPeaks(event):
2485        PatternId = G2frame.PatternId   
2486        print 'Peak Indexing'
2487        keepcells = []
2488        try:
2489            controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2490            for cell in cells:
2491                if cell[11]:
2492                    keepcells.append(cell)
2493        except IndexError:
2494            pass
2495        except ValueError:
2496            G2frame.ErrorDialog('Error','Need to set controls in Unit Cell List first')
2497            return
2498        if True not in bravais:
2499            G2frame.ErrorDialog('Error','No Bravais lattices selected')
2500            return
2501        if not peaks[0]:
2502            G2frame.ErrorDialog('Error','Index Peak List is empty')
2503            return
2504        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(False)
2505        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(False)
2506        OK,dmin,newcells = G2indx.DoIndexPeaks(peaks[0],controls,bravais)
2507        cells = keepcells+newcells
2508        cells = G2indx.sortM20(cells)
2509        cells[0][10] = True
2510        if OK:
2511            data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2512            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'),data)
2513            bestCell = cells[0]
2514            if bestCell[0] > 10.:
2515                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,bestCell[2],G2lat.cell2A(bestCell[3:9]))
2516                for hkl in G2frame.HKL:
2517                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2518                if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2519                    G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2520                else:
2521                    G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2522            G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2523            G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2524            G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(True)
2525        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2526               
2527    def RefreshUnitCellsGrid(event):
2528        data =G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2529        cells,dmin = data[2:4]
2530        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
2531        if cells:
2532            if c == 2:
2533                for i in range(len(cells)):
2534                    cells[i][-2] = False
2535                    UnitCellsTable.SetValue(i,c,False)
2536                UnitCellsTable.SetValue(r,c,True)
2537                gridDisplay.ForceRefresh()
2538                cells[r][-2] = True
2539                ibrav = cells[r][2]
2540                A = G2lat.cell2A(cells[r][3:9])
2541                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,A)
2542                for hkl in G2frame.HKL:
2543                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2544                if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2545                    G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2546                else:
2547                    G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2548            elif c == 11:
2549                if UnitCellsTable.GetValue(r,c):
2550                    UnitCellsTable.SetValue(r,c,False)
2551                    cells[r][c] = False
2552                else:
2553                    cells[r][c] = True
2554                    UnitCellsTable.SetValue(r,c,True)
2555                gridDisplay.ForceRefresh()
2556            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)               
2557       
2558    def MakeNewPhase(event):
2559        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases'):
2560            sub = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Phases')
2561        else:
2562            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
2563        PhaseName = ''
2564        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
2565            style=wx.OK)
2566        try:
2567            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2568                PhaseName = dlg.GetValue()
2569                cells = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)[2]
2570                for Cell in cells:
2571                    if Cell[-2]:
2572                        break
2573                cell = Cell[2:10]       
2574                sub = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
2575                E,SGData = G2spc.SpcGroup(controls[13])
2576                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(sub, \
2577                    G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData,cell=cell[1:],Super=ssopt))
2578                Status.SetStatusText('Change space group from '+str(controls[13])+' if needed')
2579        finally:
2580            dlg.Destroy()
2581           
2582    if G2frame.dataDisplay:
2583        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
2584    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
2585    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.IndexMenu)
2586    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2587        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2588    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, IndexPeaks, id=G2gd.wxID_INDEXPEAKS)
2589    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyUnitCell, id=G2gd.wxID_COPYCELL)
2590    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, RefineCell, id=G2gd.wxID_REFINECELL)
2591    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, MakeNewPhase, id=G2gd.wxID_MAKENEWPHASE)
2592   
2593    controls,bravais,cells,dmin,ssopt = data
2594    if len(controls) < 13:              #add cell volume if missing
2595        controls.append(G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12])))
2596    if len(controls) < 14:              #add space gropu used in indexing
2597        controls.append(spaceGroups[bravaisSymb.index(controls[5])])
2598    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)            #update with volume
2599    bravaisNames = ['Cubic-F','Cubic-I','Cubic-P','Trigonal-R','Trigonal/Hexagonal-P',
2600        'Tetragonal-I','Tetragonal-P','Orthorhombic-F','Orthorhombic-I','Orthorhombic-C',
2601        'Orthorhombic-P','Monoclinic-C','Monoclinic-P','Triclinic']
2602    cellGUIlist = [[[0,1,2],4,zip([" Unit cell: a = "," Vol = "],["%.5f","%.3f"],[True,False],[0,0])],
2603    [[3,4,5,6],6,zip([" Unit cell: a = "," c = "," Vol = "],["%.5f","%.5f","%.3f"],[True,True,False],[0,2,0])],
2604    [[7,8,9,10],8,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," Vol = "],["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f"],
2605        [True,True,True,False],[0,1,2,0])],
2606    [[11,12],10,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," beta = "," Vol = "],
2607        ["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f","%.3f"],[True,True,True,True,False],[0,1,2,4,0])],
2608    [[13,],8,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," Vol = "," alpha = "," beta = "," gamma = "],
2609        ["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f","%.3f","%.3f","%.3f"],
2610        [True,True,True,False,True,True,True],[0,1,2,0,3,4,5])]]
2611   
2612    G2frame.dataFrame.SetLabel('Unit Cells List')
2613    G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(False)
2614    peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List'))
2615    if peaks:
2616        G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2617    G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(False)
2618    if controls[12] > 1.0:                               #if a "real" volume (i.e. not default)
2619        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(True)   
2620    G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(False)
2621    G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(False)       
2622    if cells:
2623        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2624        G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(True)       
2625    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2626    mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Indexing controls: '),0,WACV)
2627    mainSizer.Add((5,5),0)
2628    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,5,5,5)
2629    littleSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Max Nc/Nobs '),0,WACV)
2630    NcNo = wx.SpinCtrl(G2frame.dataDisplay)
2631    NcNo.SetRange(2,6)
2632    NcNo.SetValue(controls[2])
2633    NcNo.Bind(wx.EVT_SPINCTRL,OnNcNo)
2634    littleSizer.Add(NcNo,0,WACV)
2635    littleSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Start Volume '),0,WACV)
2636    startVol = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=str('%d'%(controls[3])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2637    startVol.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnStartVol)
2638    startVol.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnStartVol)
2639    littleSizer.Add(startVol,0,WACV)
2640    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2641    mainSizer.Add((5,5),0)
2642    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Select Bravais Lattices for indexing: '),
2643        0,WACV)
2644    mainSizer.Add((5,5),0)
2645    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,7,5,5)
2646    bravList = []
2647    bravs = zip(bravais,bravaisNames)
2648    for brav,bravName in bravs:
2649        bravCk = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=bravName)
2650        bravList.append(bravCk.GetId())
2651        bravCk.SetValue(brav)
2652        bravCk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBravais)
2653        littleSizer.Add(bravCk,0,WACV)
2654    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2655    mainSizer.Add((5,5),0)
2656   
2657    mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Cell Refinement: '),0,WACV)
2658    mainSizer.Add((5,5),0)
2659    littleSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2660    littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Bravais lattice "),0,WACV)
2661    bravSel = wx.Choice(G2frame.dataDisplay,choices=bravaisSymb)
2662    bravSel.SetSelection(bravaisSymb.index(controls[5]))
2663    bravSel.Bind(wx.EVT_CHOICE,OnBravSel)
2664    littleSizer.Add(bravSel,0,WACV)
2665    littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Space group "),0,WACV)
2666    spcSel = wx.Choice(G2frame.dataDisplay,choices=SPGlist[controls[5]])
2667    spcSel.SetSelection(SPGlist[controls[5]].index(controls[13]))
2668    spcSel.Bind(wx.EVT_CHOICE,OnSpcSel)
2669    littleSizer.Add(spcSel,0,WACV)
2670    littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Zero offset"),0,WACV)
2671    zero = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value="%.4f"%(controls[1]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2672    zero.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnZero)
2673    zero.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnZero)
2674    littleSizer.Add(zero,0,WACV)
2675    zeroVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label="Refine?")
2676    zeroVar.SetValue(controls[0])
2677    zeroVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnZeroVar)
2678    littleSizer.Add(zeroVar,0,WACV)
2679    SSopt = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label="Super lattice?")
2680    SSopt.SetValue(ssopt.get('Use',False))
2681    SSopt.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnSSopt)
2682    littleSizer.Add(SSopt,0,WACV)
2683    hklShow = wx.Button(G2frame.dataDisplay,label="Show hkl positions")
2684    hklShow.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnHklShow)
2685    littleSizer.Add(hklShow,0,WACV)
2686    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2687   
2688    mainSizer.Add((5,5),0)
2689    ibrav = SetLattice(controls)
2690    for cellGUI in cellGUIlist:
2691        if ibrav in cellGUI[0]:
2692            useGUI = cellGUI
2693    cellList = []
2694    valDict = {}
2695    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,useGUI[1],5,5)
2696    for txt,fmt,ifEdit,Id in useGUI[2]:
2697        littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=txt),0,WACV)
2698        if ifEdit:          #a,b,c,etc.
2699            cellVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=(fmt%(controls[6+Id])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2700            cellVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnCellChange)       
2701            cellVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnCellChange)
2702            valSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2703            valSizer.Add(cellVal,0,WACV)
2704            cellSpin = wx.SpinButton(G2frame.dataDisplay,style=wx.SP_VERTICAL,size=wx.Size(20,20))
2705            cellSpin.SetValue(0)
2706            cellSpin.SetRange(-1,1)
2707            cellSpin.Bind(wx.EVT_SPIN, OnMoveCell)
2708            valSizer.Add(cellSpin,0,WACV)
2709            littleSizer.Add(valSizer,0,WACV)
2710            cellList.append(cellVal.GetId())
2711            cellList.append(cellSpin.GetId())
2712            valDict[cellSpin.GetId()] = cellVal
2713        else:               #volume
2714            volVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=(fmt%(controls[12])),style=wx.TE_READONLY)
2715            volVal.SetBackgroundColour(VERY_LIGHT_GREY)
2716            littleSizer.Add(volVal,0,WACV)
2717    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2718    if ssopt.get('Use',False):        #super lattice display
2719        indChoice = ['1','2','3','4',]
2720        SpSg = controls[13]
2721        ssChoice = G2spc.ssdict[SpSg]
2722        if ssopt['ssSymb'] not in ssChoice:
2723            ssopt['ssSymb'] = ssChoice[0]
2724        ssSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2725        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Supersymmetry space group: '+SpSg+' '),0,WACV)
2726        selMG = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=ssopt['ssSymb'],
2727                choices=ssChoice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2728        selMG.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnSelMG)
2729        ssSizer.Add(selMG,0,WACV)
2730        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Mod. vector: '),0,WACV)
2731        modS = G2spc.splitSSsym(ssopt['ssSymb'])[0]
2732        Vec = ssopt['ModVec']
2733        Vec,ifShow = G2spc.SSGModCheck(Vec,modS)
2734        Indx = {}
2735        for i,[val,show] in enumerate(zip(Vec,ifShow)):
2736            if show:
2737                valSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2738                modVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=('%.4f'%(val)),
2739                    size=wx.Size(50,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2740                modVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnModVal)       
2741                modVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnModVal)
2742                valSizer.Add(modVal,0,WACV)
2743                modSpin = wx.SpinButton(G2frame.dataDisplay,style=wx.SP_VERTICAL,size=wx.Size(20,20))
2744                modSpin.SetValue(0)
2745                modSpin.SetRange(-1,1)
2746                modSpin.Bind(wx.EVT_SPIN, OnMoveMod)
2747                valSizer.Add(modSpin,0,WACV)
2748                ssSizer.Add(valSizer,0,WACV)
2749                Indx[modVal.GetId()] = i
2750                Indx[modSpin.GetId()] = [i,modVal]
2751            else:
2752                modVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=('%.3f'%(val)),
2753                    size=wx.Size(50,20),style=wx.TE_READONLY)
2754                modVal.SetBackgroundColour(VERY_LIGHT_GREY)
2755                ssSizer.Add(modVal,0,WACV)
2756        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max. M: '),0,WACV)
2757        maxMH = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(ssopt['maxH']),
2758            choices=indChoice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2759        maxMH.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxMH)
2760        ssSizer.Add(maxMH,0,WACV)
2761        findMV = wx.wx.Button(G2frame.dataDisplay,label="Find mod. vec.?")
2762        findMV.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnFindMV)
2763        ssSizer.Add(findMV,0,WACV)
2764        mainSizer.Add(ssSizer,0)
2765
2766    if cells:
2767        mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='\n Indexing Result:'),0,WACV)
2768        rowLabels = []
2769        colLabels = ['M20','X20','use','Bravais','a','b','c','alpha','beta','gamma','Volume','Keep']
2770        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_NUMBER,wg.GRID_VALUE_BOOL,wg.GRID_VALUE_STRING,]+ \
2771            3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]+3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]+ \
2772            [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL]
2773        numRows = len(cells)
2774        table = []
2775        for cell in cells:
2776            rowLabels.append('')
2777            row = cell[0:2]+[cell[-2]]+[bravaisSymb[cell[2]]]+cell[3:10]+[cell[11],]
2778            if cell[-2]:
2779                A = G2lat.cell2A(cell[3:9])
2780                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,cell[2],A)
2781                for hkl in G2frame.HKL:
2782                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2783            table.append(row)
2784        UnitCellsTable = G2gd.Table(table,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2785        gridDisplay = G2gd.GSGrid(G2frame.dataDisplay)
2786        gridDisplay.SetPosition(wx.Point(0,20))               
2787        gridDisplay.SetTable(UnitCellsTable, True)
2788        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2789        gridDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_LEFT_CLICK,RefreshUnitCellsGrid)
2790        gridDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK,OnSortCells)
2791        gridDisplay.SetMargins(0,0)
2792        gridDisplay.SetRowLabelSize(0)
2793        gridDisplay.AutoSizeColumns(False)
2794        for r in range(gridDisplay.GetNumberRows()):
2795            for c in range(gridDisplay.GetNumberCols()):
2796                if c == 2:
2797                    gridDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=False)
2798                else:
2799                    gridDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=True)
2800        mainSizer.Add(gridDisplay,0,WACV)
2801    mainSizer.Layout()   
2802    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2803    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
2804    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
2805    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
2806    Size[0] += 25
2807    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
2808    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
2809   
2810################################################################################
2811#####  Reflection list
2812################################################################################           
2813       
2814def UpdateReflectionGrid(G2frame,data,HKLF=False,Name=''):
2815    '''respond to selection of PWDR Reflections data tree item.
2816    '''
2817    def OnPlotHKL(event):
2818        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
2819        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
2820        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
2821        controls = {'Type' : 'Fo','ifFc' : True,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,
2822            'FoMax' : FoMax,'Zone' : '001','Layer' : 0,'Scale' : 1.0,'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
2823        G2plt.PlotSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
2824       
2825    def OnPlot3DHKL(event):
2826        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
2827        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
2828        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
2829        Vpoint = [int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))]
2830        controls = {'Type':'Fosq','Iscale':False,'HKLmax':Hmax,'HKLmin':Hmin,
2831            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
2832            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,
2833            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[1,0,0]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
2834        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
2835       
2836    def OnSelectPhase(event):
2837        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select','Phase',phases)
2838        try:
2839            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2840                sel = dlg.GetSelection()
2841                G2frame.RefList = phases[sel]
2842                UpdateReflectionGrid(G2frame,data)
2843        finally:
2844            dlg.Destroy()
2845        G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2846           
2847    if not data:
2848        print 'No phases, no reflections'
2849        return
2850    if HKLF:
2851        G2frame.RefList = 1
2852        phaseName = IsHistogramInAnyPhase(G2frame,Name)
2853    else:
2854        phaseName = G2frame.RefList
2855        phases = data.keys()
2856    if G2frame.dataDisplay:
2857        G2frame.dataFrame.Clear()
2858    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2859    if phaseName:
2860        pId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
2861        phaseId =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,pId,phaseName)
2862        General = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(phaseId)['General']
2863        Super = General.get('Super',0)
2864        SuperVec = General.get('SuperVec',[])
2865    else:
2866        Super = 0
2867        SuperVec = []       
2868    rowLabels = []
2869    if HKLF:
2870        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame)
2871        refList = data[1]['RefList']
2872        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ReflMenu)
2873        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2874            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
2875        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotHKL, id=G2gd.wxID_PWDHKLPLOT)
2876        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=G2gd.wxID_PWD3DHKLPLOT)
2877        G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(False)
2878        refs = refList
2879    else:
2880        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ReflMenu)
2881        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2882            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
2883        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSelectPhase, id=G2gd.wxID_SELECTPHASE)
2884        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotHKL, id=G2gd.wxID_PWDHKLPLOT)
2885        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=G2gd.wxID_PWD3DHKLPLOT)
2886        G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(False)
2887        if len(data) > 1:
2888            G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(True)
2889        try:            #patch for old reflection lists
2890            refList = np.array(data[G2frame.RefList]['RefList'])
2891            I100 = refList.T[8+Super]*refList.T[11+Super]
2892        except TypeError:
2893            refList = np.array([refl[:11+Super] for refl in data[G2frame.RefList]])
2894            I100 = refList.T[8+Super]*np.array([refl[11+Super] for refl in data[G2frame.RefList]])
2895        Imax = np.max(I100)
2896        if Imax:
2897            I100 *= 100.0/Imax
2898        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2899            refs = np.vstack((refList.T[:15+Super],I100)).T
2900        elif 'T' in Inst['Type'][0]:
2901            refs = np.vstack((refList.T[:18+Super],I100)).T
2902           
2903    for i in range(len(refs)): rowLabels.append(str(i))
2904    Types = (4+Super)*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+4*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',]+ \
2905        2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',]+[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]+ \
2906        [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2907    superLabels = ['M1','M2','M3']
2908    if HKLF:
2909        colLabels = ['H','K','L','mul','d','Fosq','sig','Fcsq','FoTsq','FcTsq','phase','ExtC',]
2910        if 'T' in Inst['Type'][0]:
2911            colLabels = ['H','K','L','mul','d','Fosq','sig','Fcsq','FoTsq','FcTsq','phase','ExtC','wave','tbar']
2912            Types += 2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2913        if Super:
2914            for i in range(Super):
2915                colLabels.insert(3+i,superLabels[i])
2916    else:
2917        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2918            colLabels = ['H','K','L','mul','d','pos','sig','gam','Fosq','Fcsq','phase','Icorr','Prfo','Trans','ExtP','I100']
2919            Types += 4*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2920        elif 'T' in Inst['Type'][0]:
2921            colLabels = ['H','K','L','mul','d','pos','sig','gam','Fosq','Fcsq','phase','Icorr','alp','bet','wave','Prfo','Abs','Ext','I100']
2922            Types += 7*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2923        if Super:
2924            for i in range(Super):
2925                colLabels.insert(3+i,superLabels[i])
2926           
2927    G2frame.PeakTable = G2gd.Table(refs,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2928    G2frame.dataFrame.SetLabel('Reflection List for '+phaseName)
2929    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
2930    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.PeakTable, True)
2931    G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
2932    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
2933    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
2934    G2frame.dataDisplay.Fit()
2935    size = G2frame.dataDisplay.GetSize()
2936    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([size[0]+32,350])
2937   
2938################################################################################
2939#####  SASD Substances
2940################################################################################
2941           
2942def UpdateSubstanceGrid(G2frame,data):
2943    '''respond to selection of SASD Substance data tree item.
2944    '''
2945    import Substances as substFile
2946   
2947    def OnLoadSubstance(event):
2948        names = substFile.Substances.keys()
2949        names.sort()
2950        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', names, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2951        try:
2952            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2953                name = names[dlg.GetSelection()]
2954            else:
2955                return
2956        finally:
2957            dlg.Destroy()
2958        data['Substances'][name] = {'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':1.0,
2959            'Scatt density':0.0,'XAnom density':0.0,'XAbsorption':0.0}
2960        subst = substFile.Substances[name]
2961        ElList = subst['Elements'].keys()
2962        for El in ElList:
2963            Info = G2elem.GetAtomInfo(El.strip().capitalize())
2964            Info.update(subst['Elements'][El])
2965            data['Substances'][name]['Elements'][El] = Info
2966            if 'Volume' in subst:
2967                data['Substances'][name]['Volume'] = subst['Volume']
2968                data['Substances'][name]['Density'] = \
2969                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
2970            elif 'Density' in subst:
2971                data['Substances'][name]['Density'] = subst['Density']
2972                data['Substances'][name]['Volume'] = \
2973                    G2mth.Den2Vol(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Density'])
2974            else:
2975                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
2976                data['Substances'][name]['Density'] = \
2977                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
2978            data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
2979                G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
2980            contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
2981            data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
2982            data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
2983                         
2984        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
2985       
2986    def OnCopySubstance(event):
2987        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
2988        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
2989        if not histList:
2990            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
2991            return
2992        copyList = []
2993        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
2994            G2frame.dataFrame, 
2995            'Copy substances from\n'+hst[5:]+' to...',
2996            'Copy substances', histList)
2997        try:
2998            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2999                for i in dlg.GetSelections(): 
3000                    copyList.append(histList[i])
3001        finally:
3002            dlg.Destroy()       
3003        for item in copyList:
3004            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
3005            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Substances'),
3006                copy.copy(data))
3007   
3008    def OnAddSubstance(event):
3009        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this substance','Substance Name Entry','New substance',
3010            style=wx.OK)
3011        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3012            Name = dlg.GetValue()
3013            data['Substances'][Name] = {'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':1.0,
3014                'Scatt density':0.0,'XAnom density':0.,'XAbsorption':0.}
3015        dlg.Destroy()
3016        AddElement(Name)
3017        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3018       
3019    def OnDeleteSubstance(event):
3020        TextList = []
3021        for name in data['Substances']:
3022            if name != 'vacuum':
3023                TextList += [name,]
3024        if not TextList:
3025            return
3026        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance to delete', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3027        try:
3028            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3029                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3030            else:
3031                return
3032        finally:
3033            dlg.Destroy()
3034        del(data['Substances'][name])
3035        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)       
3036               
3037    def OnAddElement(event):       
3038        TextList = []
3039        for name in data['Substances']:
3040            if name != 'vacuum':
3041                TextList += [name,]
3042        if not TextList:
3043            return
3044        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3045        try:
3046            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3047                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3048            else:
3049                return
3050        finally:
3051            dlg.Destroy()
3052        AddElement(name)
3053        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3054       
3055    def AddElement(name):
3056        ElList = data['Substances'][name]['Elements'].keys()
3057        dlg = G2elemGUI.PickElements(G2frame,ElList)
3058        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3059            for El in dlg.Elem:
3060                El = El.strip().capitalize()
3061                Info = G2elem.GetAtomInfo(El)
3062                Info.update({'Num':1})
3063                data['Substances'][name]['Elements'][El] = Info
3064                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3065                data['Substances'][name]['Density'] = \
3066                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3067                data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3068                    G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3069                contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3070                data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3071                data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3072        dlg.Destroy()
3073       
3074    def OnDeleteElement(event):
3075        TextList = []
3076        for name in data['Substances']:
3077            if name != 'vacuum':
3078                TextList += [name,]
3079        if not TextList:
3080            return
3081        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3082        try:
3083            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3084                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3085            else:
3086                return
3087        finally:
3088            dlg.Destroy()
3089        ElList = data['Substances'][name]['Elements'].keys()
3090        if len(ElList):
3091            DE = G2elemGUI.DeleteElement(G2frame,ElList)
3092            if DE.ShowModal() == wx.ID_OK:
3093                El = DE.GetDeleteElement().strip().upper()
3094                del(data['Substances'][name]['Elements'][El])
3095                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3096                data['Substances'][name]['Density'] = \
3097                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3098                data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3099                    G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3100                contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3101                data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3102                data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3103        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3104               
3105    def SubstSizer():
3106       
3107        def OnValueChange(event):
3108            Obj = event.GetEventObject()
3109            if len(Indx[Obj.GetId()]) == 3:
3110                name,El,keyId = Indx[Obj.GetId()]
3111                try:
3112                    value = max(0,float(Obj.GetValue()))
3113                except ValueError:
3114                    value = 0
3115                    Obj.SetValue('%.2f'%(value))
3116                data['Substances'][name]['Elements'][El][keyId] = value
3117                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3118                data['Substances'][name]['Density'] = \
3119                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3120            else:
3121                name,keyId = Indx[Obj.GetId()]
3122                try:
3123                    value = max(0,float(Obj.GetValue()))
3124                except ValueError:
3125                    value = 1.0
3126                data['Substances'][name][keyId] = value
3127                if keyId in 'Volume':
3128                    data['Substances'][name]['Density'] = \
3129                        G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],value)
3130                elif keyId in 'Density':
3131                    data['Substances'][name]['Volume'] = \
3132                        G2mth.Den2Vol(data['Substances'][name]['Elements'],value)
3133            data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3134                G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3135            contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3136            data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3137            data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3138            wx.CallAfter(UpdateSubstanceGrid,G2frame,data)
3139       
3140        Indx = {}
3141        substSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3142        substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Substance list: wavelength: %.5fA'%(wave)),
3143            0,WACV)
3144        for name in data['Substances']:
3145            G2gd.HorizontalLine(substSizer,G2frame.dataDisplay)   
3146            substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Data for '+name+':'),
3147                0,WACV)
3148            if name == 'vacuum':
3149                substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='        Not applicable'),
3150                    0,WACV)
3151            else:   
3152                elSizer = wx.FlexGridSizer(0,6,5,5)
3153                Substance = data['Substances'][name]
3154                Elems = Substance['Elements']
3155                for El in Elems:    #do elements as pull downs for isotopes for neutrons
3156                    elSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' '+El+': '),
3157                        0,WACV)
3158                    num = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.2f'%(Elems[El]['Num']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3159                    Indx[num.GetId()] = [name,El,'Num']
3160                    num.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3161                    num.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3162                    elSizer.Add(num,0,WACV)
3163                substSizer.Add(elSizer,0)
3164                vdsSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
3165                vdsSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Volume: '),
3166                    0,WACV)
3167                vol = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(Substance['Volume']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3168                Indx[vol.GetId()] = [name,'Volume']
3169                vol.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3170                vol.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3171                vdsSizer.Add(vol,0,WACV)               
3172                vdsSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Density: '),
3173                    0,WACV)
3174                den = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(Substance['Density']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3175                Indx[den.GetId()] = [name,'Density']
3176                den.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3177                den.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3178                vdsSizer.Add(den,0,WACV)
3179                substSizer.Add(vdsSizer,0)
3180                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,
3181                    label=' Scattering density  : %.2f *10%scm%s'%(Substance['Scatt density'],Pwr10,Pwrm2)),
3182                    0,WACV)               
3183                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,       #allow neutrons here into NAnom density & NAbsorption
3184                    label=' Anomalous density : %.2f *10%scm%s'%(Substance['XAnom density'],Pwr10,Pwrm2)),
3185                    0,WACV)               
3186                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,
3187                    label=' X-ray absorption   : %.2f cm%s'%(Substance['XAbsorption'],Pwrm1)),
3188                    0,WACV)               
3189        return substSizer
3190           
3191    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
3192    wave = G2mth.getWave(Inst)
3193    if G2frame.dataDisplay:
3194        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
3195    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SubstanceMenu)
3196    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3197        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3198    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
3199    G2frame.dataFrame.SetLabel('Substances')
3200    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnLoadSubstance, id=G2gd.wxID_LOADSUBSTANCE)   
3201    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddSubstance, id=G2gd.wxID_ADDSUBSTANCE)
3202    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopySubstance, id=G2gd.wxID_COPYSUBSTANCE)
3203    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteSubstance, id=G2gd.wxID_DELETESUBSTANCE)   
3204    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddElement, id=G2gd.wxID_ELEMENTADD)
3205    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteElement, id=G2gd.wxID_ELEMENTDELETE)
3206    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3207    mainSizer.Add(SubstSizer(),0)
3208
3209    mainSizer.Layout()   
3210    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
3211    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
3212    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
3213    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
3214    Size[0] += 25
3215    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
3216    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
3217       
3218################################################################################
3219#####  SASD Models
3220################################################################################           
3221       
3222def UpdateModelsGrid(G2frame,data):
3223    '''respond to selection of SASD Models data tree item.
3224    '''
3225    #patches
3226    if 'Current' not in data:
3227        data['Current'] = 'Size dist.'
3228    if 'logBins' not in data['Size']:
3229        data['Size']['logBins'] = True
3230    if 'MinMaxDiam' in data['Size']:
3231        data['Size']['MinDiam'] = 50.
3232        data['Size']['MaxDiam'] = 10000.
3233        del data['Size']['MinMaxDiam']
3234    if isinstance(data['Size']['MaxEnt']['Sky'],float):
3235        data['Size']['MaxEnt']['Sky'] = -3
3236    if 'Power' not in data['Size']['IPG']:
3237        data['Size']['IPG']['Power'] = -1
3238    if 'Matrix' not in data['Particle']:
3239        data['Particle']['Matrix'] = {'Name':'vacuum','VolFrac':[0.0,False]}
3240    if 'BackFile' not in data:
3241        data['BackFile'] = ''
3242    #end patches
3243   
3244    def RefreshPlots(newPlot=False):
3245        PlotText = G2frame.G2plotNB.nb.GetPageText(G2frame.G2plotNB.nb.GetSelection())
3246        if 'Powder' in PlotText:
3247            G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=newPlot)
3248        elif 'Size' in PlotText:
3249            G2plt.PlotSASDSizeDist(G2frame)
3250               
3251    def OnAddModel(event):
3252        if data['Current'] == 'Particle fit':
3253            material = 'vacuum'
3254            if len(data['Particle']['Levels']):
3255                material = data['Particle']['Levels'][-1]['Controls']['Material']
3256            data['Particle']['Levels'].append({
3257                'Controls':{'FormFact':'Sphere','DistType':'LogNormal','Material':material,
3258                    'FFargs':{},'SFargs':{},'NumPoints':50,'Cutoff':0.01,'Contrast':0.0,
3259                    'SlitSmear':[0.0,False],'StrFact':'Dilute'},    #last 2 not used - future?
3260                'LogNormal':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[0.5,False],'MinSize':[10.,False],},
3261                'Gaussian':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[300.,False],},
3262                'LSW':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.0,False],},
3263                'Schulz-Zimm':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[300.,False],},
3264                'Unified':{'G':[1.e3,False],'Rg':[100,False],'B':[1.e-5,False],'P':[4,False],'Cutoff':[1e-5,False],},
3265                'Porod':{'B':[1.e-4,False],'P':[4,False],'Cutoff':[1e-5,False],},
3266                'Monodisperse':{'Volume':[0.05,False],'Radius':[100,False],},   #OK for spheres
3267                'Bragg':{'PkInt':[100,False],'PkPos':[0.2,False],
3268                    'PkSig':[10,False],'PkGam':[10,False],},        #reasonable 31A peak
3269                })
3270            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3271            RefreshPlots(True)
3272                   
3273        wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3274       
3275    def OnCopyModel(event):
3276        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3277        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
3278        if not histList:
3279            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
3280            return
3281        copyList = []
3282        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
3283            G2frame.dataFrame, 
3284            'Copy models from\n'+hst[5:]+' to...',
3285            'Copy models', histList)
3286        try:
3287            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3288                for i in dlg.GetSelections(): 
3289                    copyList.append(histList[i])
3290        finally:
3291            dlg.Destroy()       
3292        for item in copyList:
3293            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
3294            newdata = copy.deepcopy(data)
3295            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Models'),newdata)
3296            if newdata['BackFile']:
3297                Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[1]
3298                BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,newdata['BackFile'])
3299                BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3300                Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3301        RefreshPlots(True)
3302               
3303    def OnCopyFlags(event):
3304        thisModel = copy.deepcopy(data)
3305        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3306        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
3307        if not histList:
3308            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
3309            return
3310        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
3311            G2frame.dataFrame, 
3312            'Copy sample ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
3313            'Copy sample flags', histList)
3314        distChoice = ['LogNormal','Gaussian','LSW','Schulz-Zimm','Bragg','Unified',
3315            'Porod','Monodisperse',]
3316        parmOrder = ['Volume','Radius','Mean','StdDev','G','Rg','B','P',
3317            'Cutoff','PkInt','PkPos','PkSig','PkGam','VolFr','Dist',]
3318        try:
3319            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3320                result = dlg.GetSelections()
3321                for i in result: 
3322                    item = histList[i]
3323                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
3324                    newModel = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Models'))
3325                    newModel['Back'][1] = copy.copy(thisModel['Back'][1])
3326                    for ilev,level in enumerate(newModel['Particle']['Levels']):
3327                        for form in level:
3328                            if form in distChoice:
3329                                thisForm = thisModel['Particle']['Levels'][ilev][form]                               
3330                                for item in parmOrder:
3331                                    if item in thisForm:
3332                                       level[form][item][1] = copy.copy(thisForm[item][1])
3333                            elif form == 'Controls':
3334                                thisForm = thisModel['Particle']['Levels'][ilev][form]['SFargs']
3335                                for item in parmOrder:
3336                                    if item in thisForm:
3337                                        level[form]['SFargs'][item][1] = copy.copy(thisForm[item][1])
3338        finally:
3339            dlg.Destroy()
3340               
3341    def OnFitModelAll(event):
3342        choices = G2gd.GetPatternTreeDataNames(G2frame,['SASD',])
3343        sel = []
3344        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential SASD refinement',
3345             'Select dataset to include',choices)
3346        dlg.SetSelections(sel)
3347        names = []
3348        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3349            for sel in dlg.GetSelections():
3350                names.append(choices[sel])
3351        dlg.Destroy()
3352        SeqResult = {'histNames':names}
3353        Reverse = False
3354        CopyForward = False
3355        choice = ['Reverse sequence','Copy from prev.']
3356        dlg = wx.MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame,'Sequential controls','Select controls',choice)
3357        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3358            for sel in dlg.GetSelections():
3359                if sel:
3360                    CopyForward = True
3361                else:
3362                    Reverse = True
3363        dlg.Destroy()
3364        dlg = wx.ProgressDialog('SASD Sequential fit','Data set name = '+names[0],len(names), 
3365            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
3366        wx.BeginBusyCursor()
3367        if Reverse:
3368            names.reverse()
3369        try:
3370            for i,name in enumerate(names):
3371                print ' Sequential fit for ',name
3372                GoOn = dlg.Update(i,newmsg='Data set name = '+name)[0]
3373                if not GoOn:
3374                    break
3375                Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
3376                if i and CopyForward:
3377                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'),JModel)
3378                IProfDict,IProfile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[:2]
3379                IModel = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'))
3380                ISample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Sample Parameters'))
3381                ILimits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Limits'))
3382                IfOK,result,varyList,sig,Rvals,covMatrix,parmDict,Msg = G2sasd.ModelFit(IProfile,IProfDict,ILimits,ISample,IModel)
3383                JModel = copy.deepcopy(IModel)
3384                if not IfOK:
3385                    G2frame.ErrorDialog('Failed sequential refinement for data '+name,
3386                        ' Msg: '+Msg+'\nYou need to rethink your selection of parameters\n'+    \
3387                        ' Model restored to previous version for'+name)
3388                    SeqResult['histNames'] = names[:i]
3389                    dlg.Destroy()
3390                    break
3391                else:
3392                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'),copy.deepcopy(IModel))
3393               
3394                G2sasd.ModelFxn(IProfile,IProfDict,ILimits,ISample,IModel)
3395                SeqResult[name] = {'variables':result[0],'varyList':varyList,'sig':sig,'Rvals':Rvals,
3396                    'covMatrix':covMatrix,'title':name,'parmDict':parmDict}
3397            else:
3398                dlg.Destroy()
3399                print ' ***** Small angle sequential refinement successful *****'
3400        finally:
3401            wx.EndBusyCursor()   
3402        Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Sequential results')
3403        if Id:
3404            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
3405        else:
3406            Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Sequential results')
3407            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
3408        G2frame.PatternTree.SelectItem(Id)
3409       
3410    def OnFitModel(event):
3411        if data['Current'] == 'Size dist.':
3412            if not any(Sample['Contrast']):
3413                G2frame.ErrorDialog('No contrast; your sample is a vacuum!',
3414                    'You need to define a scattering substance!\n'+    \
3415                    ' Do Substances and then Sample parameters')
3416                return
3417            G2sasd.SizeDistribution(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3418            G2plt.PlotSASDSizeDist(G2frame)
3419            RefreshPlots(True)
3420           
3421        elif data['Current'] == 'Particle fit':
3422            SaveState()
3423            Results = G2sasd.ModelFit(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3424            if not Results[0]:
3425                    G2frame.ErrorDialog('Failed refinement',
3426                        ' Msg: '+Results[-1]+'\nYou need to rethink your selection of parameters\n'+    \
3427                        ' Model restored to previous version')
3428            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3429            RefreshPlots(True)
3430            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3431           
3432    def OnUnDo(event):
3433        DoUnDo()
3434        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
3435            G2frame.PatternId,'Models'))
3436        G2frame.dataFrame.SasdUndo.Enable(False)
3437        UpdateModelsGrid(G2frame,data)
3438        G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3439        RefreshPlots(True)
3440
3441    def DoUnDo():
3442        print 'Undo last refinement'
3443        file = open(G2frame.undosasd,'rb')
3444        PatternId = G2frame.PatternId
3445        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Models'),cPickle.load(file))
3446        print ' Models recovered'
3447        file.close()
3448       
3449    def SaveState():
3450        G2frame.undosasd = os.path.join(G2frame.dirname,'GSASIIsasd.save')
3451        file = open(G2frame.undosasd,'wb')
3452        PatternId = G2frame.PatternId
3453        for item in ['Models']:
3454            cPickle.dump(G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId,item)),file,1)
3455        file.close()
3456        G2frame.dataFrame.SasdUndo.Enable(True)
3457       
3458    def OnSelectFit(event):
3459        data['Current'] = fitSel.GetValue()
3460        wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3461       
3462    def OnCheckBox(event):
3463        Obj = event.GetEventObject()
3464        item,ind = Indx[Obj.GetId()]
3465        item[ind] = Obj.GetValue()
3466       
3467    def OnIntVal(event):
3468        Obj = event.GetEventObject()
3469        item,ind,minVal = Indx[Obj.GetId()]
3470        try:
3471            value = int(Obj.GetValue())
3472            if value <= minVal:
3473                raise ValueError
3474        except ValueError:
3475            value = item[ind]
3476        Obj.SetValue(str(value))
3477        item[ind] = value
3478
3479    def SizeSizer():
3480       
3481        def OnShape(event):
3482            data['Size']['Shape'][0] = partsh.GetValue()
3483            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3484           
3485        def OnMethod(event):
3486            data['Size']['Method'] = method.GetValue()
3487            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3488           
3489        def OnPartVal(event):
3490            try:
3491                val = max(0.0,float(partprm.GetValue()))
3492            except ValueError:
3493                val = 1
3494            data['Size']['Shape'][1] = val
3495            partprm.SetValue('%.3f'%(val))
3496           
3497        sizeSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3498        sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Size distribution parameters: '),0,WACV)
3499        binSizer = wx.FlexGridSizer(0,7,5,5)
3500        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' No. size bins: '),0,WACV)
3501        bins = ['50','100','150','200']
3502        nbins = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['Nbins']),choices=bins,
3503            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3504        Indx[nbins.GetId()] = [data['Size'],'Nbins',0]
3505        nbins.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)       
3506        binSizer.Add(nbins,0,WACV)
3507        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min diam.: '),0,WACV)
3508        minDias = ['10','25','50','100','150','200']
3509        mindiam = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MinDiam']),choices=minDias,
3510            style=wx.CB_DROPDOWN)
3511        mindiam.Bind(wx.EVT_LEAVE_WINDOW,OnIntVal)
3512        mindiam.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnIntVal)       
3513        mindiam.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnIntVal)
3514        Indx[mindiam.GetId()] = [data['Size'],'MinDiam',0]
3515        binSizer.Add(mindiam,0,WACV)
3516        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max diam.: '),0,WACV)
3517        maxDias = [str(1000*(i+1)) for i in range(10)]
3518        maxdiam = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MaxDiam']),choices=maxDias,
3519            style=wx.CB_DROPDOWN)
3520        maxdiam.Bind(wx.EVT_LEAVE_WINDOW,OnIntVal)
3521        maxdiam.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnIntVal)       
3522        maxdiam.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnIntVal)
3523        Indx[maxdiam.GetId()] = [data['Size'],'MaxDiam',0]
3524        binSizer.Add(maxdiam,0,WACV)
3525        logbins = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Log bins?')
3526        Indx[logbins.GetId()] = [data['Size'],'logBins']
3527        logbins.SetValue(data['Size']['logBins'])
3528        logbins.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnCheckBox)
3529        binSizer.Add(logbins,0,WACV)
3530        sizeSizer.Add(binSizer,0)
3531        sizeSizer.Add((5,5),0)
3532        partSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3533        partSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Particle description: '),0,WACV)
3534        shapes = {'Spheroid':' Aspect ratio: ','Cylinder':' Diameter ','Cylinder AR':' Aspect ratio: ',
3535            'Unified sphere':'','Unified rod':' Diameter: ','Unified rod AR':' Aspect ratio: ',
3536            'Unified disk':' Thickness: '}
3537        partsh = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['Shape'][0]),choices=shapes.keys(),
3538            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3539        partsh.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnShape)       
3540        partSizer.Add(partsh,0,WACV)
3541        if data['Size']['Shape'][0] not in ['Unified sphere',]:
3542            partSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=shapes[data['Size']['Shape'][0]]),0,WACV)
3543            partprm = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(data['Size']['Shape'][1]),
3544                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3545            partprm.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnPartVal)       
3546            partprm.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnPartVal)
3547            partSizer.Add(partprm,0,WACV)
3548        sizeSizer.Add(partSizer,0)
3549        sizeSizer.Add((5,5),0)
3550        fitSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3551        methods = ['MaxEnt','IPG',]
3552        fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Fitting method: '),0,WACV)
3553        method = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Size']['Method'],choices=methods,
3554            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3555        method.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMethod)
3556        fitSizer.Add(method,0,WACV)
3557        iters = ['10','25','50','100','150','200']       
3558        fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' No. iterations: '),0,WACV)
3559        Method = data['Size']['Method']
3560        iter = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size'][Method]['Niter']),choices=iters,
3561            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3562        Indx[iter.GetId()] = [data['Size'][Method],'Niter',0]
3563        iter.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3564        fitSizer.Add(iter,0,WACV)
3565        if 'MaxEnt' in data['Size']['Method']:
3566            fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Log floor factor: '),0,WACV)
3567            floors = [str(-i) for i in range(9)]
3568            floor = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MaxEnt']['Sky']),choices=floors,
3569                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3570            Indx[floor.GetId()] = [data['Size']['MaxEnt'],'Sky',-10]
3571            floor.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3572            fitSizer.Add(floor,0,WACV)
3573        elif 'IPG' in data['Size']['Method']:
3574            fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Q power weight (-1 for sigma): '),0,WACV)
3575            choices = ['-1','0','1','2','3','4']
3576            power = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['IPG']['Power']),choices=choices,
3577                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3578            Indx[power.GetId()] = [data['Size']['IPG'],'Power',-2]
3579            power.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3580            fitSizer.Add(power,0,WACV)
3581        sizeSizer.Add(fitSizer,0)
3582
3583        return sizeSizer
3584       
3585    def PartSizer():
3586       
3587        FormFactors = {'Sphere':{},'Spheroid':{'Aspect ratio':[1.0,False]},
3588            'Cylinder':{'Length':[100.,False]},'Cylinder diam':{'Diameter':[100.,False]},
3589            'Cylinder AR':{'Aspect ratio':[1.0,False]},'Unified sphere':{},
3590            'Unified rod':{'Length':[100.,False]},'Unified rod AR':{'Aspect ratio':[1.0,False]},
3591            'Unified disk':{'Thickness':[100.,False]},
3592            'Unified tube':{'Length':[100.,False],'Thickness':[10.,False]},}
3593               
3594        StructureFactors = {'Dilute':{},'Hard sphere':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False]},
3595            'Sticky hard sphere':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False],'epis':[0.05,False],'Sticky':[0.2,False]},
3596            'Square well':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False],'Depth':[0.1,False],'Width':[1.,False]},
3597            'InterPrecipitate':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False]},}
3598               
3599        ffDistChoices =  ['Sphere','Spheroid','Cylinder','Cylinder diam',
3600            'Cylinder AR','Unified sphere','Unified rod','Unified rod AR',
3601            'Unified disk','Unified tube',]
3602               
3603        ffMonoChoices = ['Sphere','Spheroid','Cylinder','Cylinder AR',]
3604       
3605        sfChoices = ['Dilute','Hard sphere','Sticky hard sphere','Square well','InterPrecipitate',]
3606           
3607        slMult = 1000.
3608                 
3609        def OnValue(event):
3610            Obj = event.GetEventObject()
3611            item,key,sldrObj = Indx[Obj.GetId()]
3612            try:
3613                value = float(Obj.GetValue())
3614                if value <= 0.:
3615                    raise ValueError
3616            except ValueError:
3617                value = item[key][0]
3618            item[key][0] = value
3619            Obj.SetValue('%.3g'%(value))
3620            if key in ['P','epis','Sticky','Depth','Width','VolFr','Dist']:
3621                sldrObj.SetValue(slMult*value)
3622            else:
3623                logv = np.log10(value)
3624                valMinMax = [logv-1,logv+1]
3625                sldrObj.SetRange(slMult*valMinMax[0],slMult*valMinMax[1])
3626                sldrObj.SetValue(slMult*logv)
3627            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3628            RefreshPlots()
3629           
3630        def OnSelect(event):
3631            Obj = event.GetEventObject()
3632            item,key = Indx[Obj.GetId()]
3633            item[key] = Obj.GetValue()
3634            if 'Refine' not in Obj.GetLabel():
3635                if 'FormFact' in key :
3636                    item['FFargs'] = FormFactors[Obj.GetValue()]
3637                elif 'StrFact' in key:
3638                    item['SFargs'] = StructureFactors[Obj.GetValue()]
3639                wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3640                G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3641                RefreshPlots()
3642               
3643        def OnDelLevel(event):
3644            Obj = event.GetEventObject()
3645            item = Indx[Obj.GetId()]
3646            del data['Particle']['Levels'][item]
3647            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3648            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3649            RefreshPlots()
3650           
3651        def OnParmSlider(event):
3652            Obj = event.GetEventObject()
3653            item,key,pvObj = Indx[Obj.GetId()]
3654            slide = Obj.GetValue()
3655            if key in ['P','epis','Sticky','Depth','Width','VolFr','Dist']:
3656                value = float(slide/slMult)
3657            else:
3658                value = 10.**float(slide/slMult)
3659            item[key][0] = value
3660            pvObj.SetValue('%.3g'%(item[key][0]))
3661            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3662            RefreshPlots()
3663           
3664        def SizeSizer():
3665            sizeSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
3666            sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Distribution: '),0,WACV)
3667            Distchoice = ['LogNormal','Gaussian','LSW','Schulz-Zimm','Bragg','Unified','Porod','Monodisperse',]
3668            distChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['DistType'],choices=Distchoice,
3669                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3670            Indx[distChoice.GetId()] = [level['Controls'],'DistType']
3671            distChoice.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3672            sizeSizer.Add(distChoice,0,WACV)    #put structure factor choices here
3673            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg','Unified','Porod',]:
3674                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Form Factor: '),0,WACV)
3675                if 'Mono' in level['Controls']['DistType']:
3676                    ffChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['FormFact'],choices=ffMonoChoices,
3677                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3678                else:
3679                    ffChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['FormFact'],choices=ffDistChoices,
3680                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3681                Indx[ffChoice.GetId()] = [level['Controls'],'FormFact']
3682                ffChoice.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3683                sizeSizer.Add(ffChoice,0,WACV)
3684               
3685                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Material: '),0,WACV)
3686                matSel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['Material'],
3687                    choices=Substances['Substances'].keys(),style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3688                Indx[matSel.GetId()] = [level['Controls'],'Material']
3689                matSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)       
3690                sizeSizer.Add(matSel,0,WACV) #do neutron test here?
3691                rho = Substances['Substances'][level['Controls']['Material']].get('XAnom density',0.0)
3692                level['Controls']['Contrast'] = contrast = (rho-rhoMat)**2                 
3693                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Resonant X-ray contrast: '),0,WACV)
3694                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=%.2f 10%scm%s'%(contrast,Pwr20,Pwrm4)),0,WACV)
3695                if 'Mono' not in level['Controls']['DistType']:
3696                    sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Num. radii: '),0,WACV)
3697                    radii = ['25','50','75','100','200']
3698                    nRadii = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(level['Controls']['NumPoints']),choices=radii,
3699                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3700                    Indx[nRadii.GetId()] = [level['Controls'],'NumPoints']
3701                    nRadii.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3702                    sizeSizer.Add(nRadii,0,WACV)
3703                    sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' R dist. cutoff: '),0,WACV)
3704                    rCutoff = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,level['Controls'],'Cutoff',
3705                        min=0.001,max=0.1,typeHint=float)
3706                    sizeSizer.Add(rCutoff,0,WACV)
3707            elif level['Controls']['DistType']  in ['Unified',]:
3708                Parms = level['Unified']
3709                Best = G2sasd.Bestimate(Parms['G'][0],Parms['Rg'][0],Parms['P'][0])
3710                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Estimated Dist B: %12.4g'%(Best)),0,WACV)
3711            return sizeSizer
3712           
3713        def ParmSizer():
3714            parmSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,5,5)
3715            parmSizer.AddGrowableCol(2,1)
3716            parmSizer.SetFlexibleDirection(wx.HORIZONTAL)
3717            Parms = level[level['Controls']['DistType']]
3718            FFargs = level['Controls']['FFargs']
3719            SFargs = level['Controls'].get('SFargs',{})
3720            parmOrder = ['Volume','Radius','Mean','StdDev','MinSize','G','Rg','B','P','Cutoff',
3721                'PkInt','PkPos','PkSig','PkGam',]
3722            for parm in parmOrder:
3723                if parm in Parms:
3724                    if parm == 'MinSize':
3725                        parmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Dist '+parm),0,wx.ALIGN_CENTER)
3726                    else:
3727                        parmVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine? Dist '+parm) 
3728                        parmVar.SetValue(Parms[parm][1])
3729                        parmVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3730                        parmSizer.Add(parmVar,0,WACV)
3731                        Indx[parmVar.GetId()] = [Parms[parm],1]
3732                    parmValue = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(Parms[parm][0]),
3733                        style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3734                    parmValue.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValue)       
3735                    parmValue.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValue)
3736                    parmSizer.Add(parmValue,0,WACV)
3737                    if parm == 'P':
3738                        value = Parms[parm][0]
3739                        valMinMax = [0.1,4.2]
3740                    else:
3741                        value = np.log10(Parms[parm][0])
3742                        valMinMax = [value-1,value+1]
3743                    parmSldr = wx.Slider(G2frame.dataDisplay,minValue=slMult*valMinMax[0],
3744                        maxValue=slMult*valMinMax[1],value=slMult*value)
3745                    Indx[parmValue.GetId()] = [Parms,parm,parmSldr]
3746                    Indx[parmSldr.GetId()] = [Parms,parm,parmValue]
3747                    parmSldr.Bind(wx.EVT_SLIDER,OnParmSlider)
3748                    parmSizer.Add(parmSldr,1,wx.EXPAND)
3749            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg']:
3750                parmOrder = ['Aspect ratio','Length','Diameter','Thickness','VolFr','Dist','epis','Sticky','Depth','Width']
3751                fTypes = ['FF ','SF ']
3752                for iarg,Args in enumerate([FFargs,SFargs]):
3753                    for parm in parmOrder:
3754                        if parm in Args:
3755                            parmVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine? '+fTypes[iarg]+parm) 
3756                            parmVar.SetValue(Args[parm][1])
3757                            Indx[parmVar.GetId()] = [Args[parm],1]
3758                            parmVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3759                            parmSizer.Add(parmVar,0,WACV)
3760                            parmValue = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(Args[parm][0]),
3761                                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3762                            parmValue.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValue)       
3763                            parmValue.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValue)
3764                            parmSizer.Add(parmValue,0,WACV)
3765                            value = Args[parm][0]
3766                            if parm == 'epis':
3767                                valMinMax = [0,.1]
3768                            elif parm in ['Sticky','Width',]:
3769                                valMinMax = [0,1.]
3770                            elif parm == 'Depth':
3771                                valMinMax = [-2.,2.]
3772                            elif parm == 'Dist':
3773                                valMinMax = [100.,1000.]
3774                            elif parm == 'VolFr':
3775                                valMinMax = [1.e-4,1.]
3776                            else:
3777                                value = np.log10(Args[parm][0])
3778                                valMinMax = [value-1,value+1]
3779                            parmSldr = wx.Slider(G2frame.dataDisplay,minValue=slMult*valMinMax[0],
3780                                maxValue=slMult*valMinMax[1],value=slMult*value)
3781                            Indx[parmVar.GetId()] = [Args[parm],1]
3782                            Indx[parmValue.GetId()] = [Args,parm,parmSldr]
3783                            Indx[parmSldr.GetId()] = [Args,parm,parmValue]
3784                            parmSldr.Bind(wx.EVT_SLIDER,OnParmSlider)
3785                            parmSizer.Add(parmSldr,1,wx.EXPAND)
3786            return parmSizer               
3787           
3788        Indx = {}
3789        partSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3790        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3791        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Particle fit parameters: '),0,WACV)
3792        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Matrix: '),0,WACV)
3793        matsel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Particle']['Matrix']['Name'],
3794            choices=Substances['Substances'].keys(),style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3795        Indx[matsel.GetId()] = [data['Particle']['Matrix'],'Name'] 
3796        matsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect) #Do neutron test here?
3797        rhoMat = Substances['Substances'][data['Particle']['Matrix']['Name']].get('XAnom density',0.0)       
3798        topSizer.Add(matsel,0,WACV)
3799        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Volume fraction: '),0,WACV)
3800        volfrac = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data['Particle']['Matrix']['VolFrac'],0,
3801                typeHint=float)
3802        topSizer.Add(volfrac,0,WACV)
3803        volVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?')
3804        volVar.SetValue(data['Particle']['Matrix']['VolFrac'][1])
3805        Indx[volVar.GetId()] = [data['Particle']['Matrix']['VolFrac'],1]
3806        volVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3807        topSizer.Add(volVar,0,WACV)
3808        partSizer.Add(topSizer,0,)
3809        for ilev,level in enumerate(data['Particle']['Levels']):
3810            G2gd.HorizontalLine(partSizer,G2frame.dataDisplay)
3811            topLevel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3812            topLevel.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Model component %d: '%(ilev)),0,WACV)
3813            delBtn = wx.Button(G2frame.dataDisplay,label=' Delete?')
3814            Indx[delBtn.GetId()] = ilev
3815            delBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnDelLevel)
3816            topLevel.Add(delBtn,0,WACV)
3817            partSizer.Add(topLevel,0)
3818            partSizer.Add(SizeSizer())
3819            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg','Unified','Porod',]:
3820                topLevel.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Structure factor: '),0,WACV)
3821                strfctr = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['StrFact'],
3822                    choices=sfChoices,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3823                Indx[strfctr.GetId()] = [level['Controls'],'StrFact']
3824                strfctr.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3825                topLevel.Add(strfctr,0,WACV)
3826            partSizer.Add(ParmSizer(),0,wx.EXPAND)
3827        return partSizer
3828       
3829    def OnEsdScale(event):
3830        try:
3831            value = float(esdScale.GetValue())
3832            if value <= 0.:
3833                raise ValueError
3834        except ValueError:
3835            value = 1./np.sqrt(ProfDict['wtFactor'])
3836        ProfDict['wtFactor'] = 1./value**2
3837        esdScale.SetValue('%.3f'%(value))
3838        RefreshPlots(True)
3839       
3840    def OnBackChange(event):
3841        try:
3842            value = float(backVal.GetValue())
3843        except ValueError:
3844            value = 0.0
3845        backVal.SetValue('%.3g'%(value))
3846        data['Back'][0] = value
3847        Profile[4][:] = value
3848        RefreshPlots()
3849       
3850    def OnBackFile(event):  #multiple backgrounds?
3851        data['BackFile'] = backFile.GetValue()
3852        if data['BackFile']:
3853            fixBack =  data['Back'][0]
3854            BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,data['BackFile'])
3855            BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3856            Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3857        else:
3858            Profile[5] = np.zeros(len(Profile[5]))
3859        RefreshPlots(True)
3860           
3861    Sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Sample Parameters'))
3862    Limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Limits'))
3863    Substances = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Substances'))
3864    ProfDict,Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[:2]
3865    if data['BackFile']:
3866        BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,data['BackFile'])
3867        BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3868        Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3869    if G2frame.dataDisplay:
3870        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
3871    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ModelMenu)
3872    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3873        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3874    G2frame.dataFrame.SetLabel('Modelling')
3875    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
3876    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyModel, id=G2gd.wxID_MODELCOPY)
3877    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyFlags, id=G2gd.wxID_MODELCOPYFLAGS)
3878    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnFitModel, id=G2gd.wxID_MODELFIT)
3879    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnFitModelAll, id=G2gd.wxID_MODELFITALL)
3880    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnUnDo, id=G2gd.wxID_MODELUNDO)
3881    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddModel, id=G2gd.wxID_MODELADD)
3882    Indx = {}
3883    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3884    topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3885    models = ['Size dist.','Particle fit']
3886    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Modeling by: '),0,WACV)
3887    fitSel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Current'],choices=models,
3888        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3889    fitSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelectFit)       
3890    topSizer.Add(fitSel,0,WACV)
3891    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Error multiplier: '),0,WACV)
3892    esdScale = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(1./np.sqrt(ProfDict['wtFactor'])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3893    esdScale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnEsdScale)       
3894    esdScale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnEsdScale)
3895    topSizer.Add(esdScale,0,WACV)
3896    mainSizer.Add(topSizer)
3897    G2gd.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.dataDisplay)
3898    if 'Size' in data['Current']:
3899        if 'MaxEnt' in data['Size']['Method']:
3900            Status.SetStatusText('Size distribution by Maximum entropy')
3901        elif 'IPG' in data['Size']['Method']:
3902            Status.SetStatusText('Size distribution by Interior-Point Gradient')
3903        mainSizer.Add(SizeSizer())       
3904    elif 'Particle' in data['Current']:
3905        mainSizer.Add(PartSizer(),1,wx.ALIGN_LEFT|wx.EXPAND)
3906    G2gd.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.dataDisplay)   
3907    backSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3908    backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Background:'),0,WACV)
3909    backVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(data['Back'][0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3910    Indx[backVal.GetId()] = ['Back',0,'%.3g']
3911    backVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnBackChange)       
3912    backVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnBackChange)
3913    backSizer.Add(backVal,0,WACV)
3914    backVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine?')
3915    Indx[backVar.GetId()] = [data['Back'],1]
3916    backVar.SetValue(data['Back'][1])
3917    backVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnCheckBox)
3918    backSizer.Add(backVar,0,WACV)
3919    #multiple background files?
3920    backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background file: '),0,WACV)
3921    Choices = ['',]+G2gd.GetPatternTreeDataNames(G2frame,['SASD',])
3922    backFile = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['BackFile'],choices=Choices,
3923        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3924    backFile.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnBackFile)
3925    backSizer.Add(backFile)   
3926    mainSizer.Add(backSizer)
3927
3928    mainSizer.Layout()   
3929    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
3930    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
3931    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
3932    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
3933    Size[0] += 25
3934    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
3935    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
3936   
3937################################################################################
3938#####  PDF controls
3939################################################################################           
3940       
3941def UpdatePDFGrid(G2frame,data):
3942    '''respond to selection of PWDR PDF data tree item.
3943    '''
3944    global inst
3945    tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
3946    dataFile = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3947    powName = 'PWDR'+dataFile[4:]
3948    powId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, powName)
3949    fullLimits,limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,powId, 'Limits'))[:2]
3950    inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,powId, 'Instrument Parameters'))[0]
3951    if 'Lam' in inst:
3952        keV = 12.397639/inst['Lam'][1]
3953    else:
3954        keV = 12.397639/inst['Lam1'][0]
3955    wave = 12.397639/keV
3956    qLimits = [tth2q(fullLimits[0],wave),tth2q(fullLimits[1],wave)]
3957    data['QScaleLim'][1] = min(qLimits[1],data['QScaleLim'][1])
3958    if data['QScaleLim'][0]:
3959        data['QScaleLim'][0] = max(qLimits[0],data['QScaleLim'][0])
3960    else:                                #initial setting at 90% of max Q
3961        data['QScaleLim'][0] = 0.90*data['QScaleLim'][1]
3962    polariz = inst['Polariz.'][1]
3963    azimuth = inst['Azimuth'][1]
3964    itemDict = {}
3965   
3966    def FillFileSizer(fileSizer,key):
3967        #fileSizer is a FlexGridSizer(3,6)
3968       
3969        def OnSelectFile(event):
3970            Obj = event.GetEventObject()
3971            fileKey,itemKey,fmt = itemDict[Obj.GetId()]
3972            if itemKey == 'Name':
3973                value = Obj.GetValue()
3974            Obj.SetValue(fmt%(value))
3975            data[fileKey][itemKey] = value
3976            UpdatePDFGrid(G2frame,data)
3977       
3978        def OnValueChange(event):
3979            Obj = event.GetEventObject()
3980            fileKey,itemKey,fmt = itemDict[Obj.GetId()]
3981            try:
3982                value = float(Obj.GetValue())
3983            except ValueError:
3984                value = -1.0
3985            Obj.SetValue(fmt%(value))
3986            data[fileKey][itemKey] = value
3987            auxPlot = ComputePDF(data)
3988            G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)
3989                       
3990        item = data[key]
3991        fileList = np.array(GetFileList('PWDR')).T[1]
3992        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' '+key+' file:'),0,WACV)
3993        fileName = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=item['Name'],choices=fileList,
3994            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3995        itemDict[fileName.GetId()] = [key,'Name','%s']
3996        fileName.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelectFile)       
3997        fileSizer.Add(fileName,0,)
3998        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='Multiplier:'),0,WACV)
3999        mult = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(item['Mult']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4000        itemDict[mult.GetId()] = [key,'Mult','%.3f']
4001        mult.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
4002        mult.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
4003        fileSizer.Add(mult,0,)
4004        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='Add:'),0,WACV)
4005        add = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.0f'%(item['Add']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4006        itemDict[add.GetId()] = [key,'Add','%.0f']
4007        add.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
4008        add.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
4009        fileSizer.Add(add,0,)
4010       
4011    def SumElementVolumes():
4012        sumVol = 0.
4013        ElList = data['ElList']
4014        for El in ElList:
4015            Avol = (4.*math.pi/3.)*ElList[El]['Drad']**3
4016            sumVol += Avol*ElList[El]['FormulaNo']
4017        return sumVol
4018        auxPlot = ComputePDF(data)
4019        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4020       
4021    def FillElemSizer(elemSizer,ElData):
4022       
4023        def OnFractionChange(event):
4024            try:
4025                value = max(0.0,float(num.GetValue()))
4026            except ValueError:
4027                value = 0.0
4028            num.SetValue('%.3f'%(value))
4029            ElData['FormulaNo'] = value
4030            data['Form Vol'] = max(10.0,SumElementVolumes())
4031            formVol.SetValue('%.2f'%(data['Form Vol']))
4032            wx.CallAfter(UpdatePDFGrid,G2frame,data)
4033            auxPlot = ComputePDF(data)
4034            G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4035       
4036        elemSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,
4037            label=' Element: '+'%2s'%(ElData['Symbol'])+' * '),0,WACV)
4038        num = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(ElData['FormulaNo']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4039        num.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFractionChange)       
4040        num.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFractionChange)
4041        elemSizer.Add(num,0,WACV)
4042        elemSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,
4043            label="f': %.3f"%(ElData['fp'])+' f": %.3f'%(ElData['fpp'])+' mu: %.2f barns'%(ElData['mu']) ),
4044            0,WACV)
4045           
4046    def OnGeometry(event):
4047        data['Geometry'] = geometry.GetValue()
4048        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4049        auxPlot = ComputePDF(data)
4050        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4051       
4052    def OnDetType(event):
4053        data['DetType'] = detType.GetValue()
4054        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4055        auxPlot = ComputePDF(data)
4056        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4057       
4058    def OnFormVol(event):
4059        try:
4060            value = float(formVol.GetValue())
4061            if value <= 0.0:
4062                raise ValueError
4063        except ValueError:
4064            value = data['Form Vol']
4065        data['Form Vol'] = value
4066        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4067        auxPlot = ComputePDF(data)
4068        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)       
4069       
4070    def OnDiameter(event):
4071        try:
4072            value = float(diam.GetValue())
4073            if value <= 0.0:
4074                raise ValueError
4075        except ValueError:
4076            value = data['Diam']
4077        data['Diam'] = value
4078        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4079        auxPlot = ComputePDF(data)
4080        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)
4081       
4082    def OnPolaVal(event):
4083        try:
4084            value = float(polaVal.GetValue())
4085            if not (0.0 <= value <= 1.0):
4086                raise ValueError
4087        except ValueError:
4088            value = inst['Polariz.'][1]
4089        inst['Polariz.'][1] = value
4090        polaVal.SetValue('%.2f'%(inst['Polariz.'][1]))
4091        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4092        auxPlot = ComputePDF(data)
4093        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)
4094               
4095    def OnAzimVal(event):
4096        try:
4097            value = float(azimVal.GetValue())
4098            if not (0. <= value <= 360.):
4099                raise ValueError
4100        except ValueError:
4101            value = inst['Azimuth'][1]
4102        inst['Azimuth'][1] = value
4103        azimVal.SetValue('%.1f'%(inst['Azimuth'][1]))
4104        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4105        auxPlot = ComputePDF(data)
4106        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)
4107                       
4108    def OnObliqCoeff(event):
4109        try:
4110            value = float(obliqCoeff.GetValue())
4111            if value < 0.0:
4112                raise ValueError
4113            elif value > 1.0:
4114                value = 1.0
4115        except ValueError:
4116            value = data['ObliqCoeff']
4117        data['ObliqCoeff'] = value
4118        obliqCoeff.SetValue('%.3f'%(value))
4119        auxPlot = ComputePDF(data)
4120        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)
4121       
4122    def OnRulandWdt(event):
4123        try:
4124            value = float(rulandWdt.GetValue())
4125            if value <= 0.001:
4126                raise ValueError
4127            elif value > 1.0:
4128                value