source: trunk/GSASIIpwdGUI.py @ 1581

Last change on this file since 1581 was 1581, checked in by vondreele, 7 years ago

fix problem editing R3cR lattice parameters - incorrect angle index
begin GUI for modulation vector search

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 208.8 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIpwdGUI - powder data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2014-11-24 15:27:52 +0000 (Mon, 24 Nov 2014) $
5# $Author: vondreele $
6# $Revision: 1581 $
7# $URL: trunk/GSASIIpwdGUI.py $
8# $Id: GSASIIpwdGUI.py 1581 2014-11-24 15:27:52Z vondreele $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIpwdGUI: Powder Pattern GUI routines*
12-------------------------------------------
13
14Used to define GUI controls for the routines that interact
15with the powder histogram (PWDR) data tree items.
16
17'''
18import sys
19import os.path
20import wx
21import wx.grid as wg
22import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
23import numpy as np
24import numpy.ma as ma
25import math
26import time
27import copy
28import random as ran
29import cPickle
30import GSASIIpath
31GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1581 $")
32import GSASIImath as G2mth
33import GSASIIpwd as G2pwd
34import GSASIIIO as G2IO
35import GSASIIlattice as G2lat
36import GSASIIspc as G2spc
37import GSASIIindex as G2indx
38import GSASIIplot as G2plt
39import GSASIIgrid as G2gd
40import GSASIIElemGUI as G2elemGUI
41import GSASIIElem as G2elem
42import GSASIIsasd as G2sasd
43import GSASIIexprGUI as G2exG
44VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
45WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
46Pwr10 = unichr(0x0b9)+unichr(0x0b0)
47Pwr20 = unichr(0x0b2)+unichr(0x0b0)
48Pwrm1 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b9)
49Pwrm2 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b2)
50Pwrm4 = unichr(0x207b)+unichr(0x2074)   #really -d but looks like -4 as a superscript
51# trig functions in degrees
52sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
53tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
54cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
55asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
56   
57def IsHistogramInAnyPhase(G2frame,histoName):
58    'Needs a doc string'
59    phases = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
60    if phases:
61        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(phases)
62        while item:
63            data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
64            histoList = data['Histograms'].keys()
65            if histoName in histoList:
66                return G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
67            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(phases, cookie)
68        return False
69    else:
70        return False
71
72def SetDefaultSample():
73    'Fills in default items for the Sample dictionary'
74    return {
75        'InstrName':'',
76        'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
77        'Scale':[1.0,True],'Type':'Debye-Scherrer','Absorption':[0.0,False],
78        'DisplaceX':[0.0,False],'DisplaceY':[0.0,False],'Diffuse':[],
79        'Temperature':300.,'Pressure':0.1,'Time':0.0,
80        'FreePrm1':0.,'FreePrm2':0.,'FreePrm3':0.,
81        'Gonio. radius':200.0,
82        'Omega':0.0,'Chi':0.0,'Phi':0.0,
83#SASD items
84        'Materials':[{'Name':'vacuum','VolFrac':1.0,},{'Name':'vacuum','VolFrac':0.0,}],
85        'Thick':1.0,'Contrast':[0.0,0.0],       #contrast & anomalous contrast
86        'Trans':1.0,                            #measured transmission
87        'SlitLen':0.0,                          #Slit length - in Q(A-1)
88        }
89def SetupSampleLabels(histName,dataType,histType):
90    '''Setup a list of labels and number formatting for use in
91    labeling sample parameters.
92    :param str histName: Name of histogram, ("PWDR ...")
93    :param str dataType:
94    '''
95    parms = []
96    parms.append(['Scale','Histogram scale factor: ',[10,4]])
97    if 'C' in histType:
98        parms.append(['Gonio. radius','Goniometer radius (mm): ',[10,3]])
99    if 'PWDR' in histName:
100        if dataType == 'Debye-Scherrer':
101            parms += [['DisplaceX',u'Sample X displ. perp. to beam (\xb5m): ',[10,3]],
102                ['DisplaceY',u'Sample Y displ. || to beam (\xb5m): ',[10,3]],
103                ['Absorption',u'Sample absorption (\xb5\xb7r): ',[10,4]],]
104            if 'T' in histType:
105                parms[-1] = ['Absorption',u'Sample absorption (\xb5\xb7r/l): ',[10,4]]
106        elif dataType == 'Bragg-Brentano':
107            parms += [['Shift',u'Sample displacement(\xb5m): ',[10,4]],
108                ['Transparency',u'Sample transparency(1/\xb5eff, cm): ',[10,3]],
109                ['SurfRoughA','Surface roughness A: ',[10,4]],
110                ['SurfRoughB','Surface roughness B: ',[10,4]]]
111    elif 'SASD' in histName:
112        parms.append(['Thick','Sample thickness (mm)',[10,3]])
113        parms.append(['Trans','Transmission (meas)',[10,3]])
114        parms.append(['SlitLen',u'Slit length (Q,\xc5'+Pwrm1+')',[10,3]])
115    parms.append(['Omega','Goniometer omega:',[10,3]])
116    parms.append(['Chi','Goniometer chi:',[10,3]])
117    parms.append(['Phi','Goniometer phi:',[10,3]])
118    parms.append(['Time','Clock time (s)',[12,3]])
119    parms.append(['Temperature','Sample temperature (K): ',[10,3]])
120    parms.append(['Pressure','Sample pressure (MPa): ',[10,3]])
121    return parms
122
123def SetDefaultSASDModel():
124    'Fills in default items for the SASD Models dictionary'   
125    return {'Back':[0.0,False],'Size':{'MinDiam':50,'MaxDiam':10000,'Nbins':100,'logBins':True,'Method':'MaxEnt','Distribution':[],
126        'Shape':['Spheroid',1.0],'MaxEnt':{'Niter':100,'Precision':0.01,'Sky':-3},
127        'IPG':{'Niter':100,'Approach':0.8,'Power':-1},'Reg':{},},           
128        'Particle':{'Matrix':{'Name':'vacuum','VolFrac':[0.0,False]},'Levels':[],},
129        'Current':'Size dist.','BackFile':'',
130        }
131       
132def SetDefaultSubstances():
133    'Fills in default items for the SASD Substances dictionary'
134    return {'Substances':{'vacuum':{'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':0.0,'Scatt density':0.0}}}
135
136def GetHistsLikeSelected(G2frame):
137    '''Get the histograms that match the current selected one:
138    The histogram prefix and data type (PXC etc.), the number of
139    wavelengths and the instrument geometry (Debye-Scherrer etc.)
140    must all match. The current histogram is not included in the list.
141
142    :param wx.Frame G2frame: pointer to main GSAS-II data tree
143    '''
144    histList = []
145    inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
146        G2gd.GetPatternTreeItemId(
147            G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters')
148        )
149    hType = inst['Type'][0]
150    if 'Lam1' in inst:
151        hLam = 2
152    elif 'Lam' in inst:
153        hLam = 1
154    else:
155        hLam = 0
156    sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
157        G2gd.GetPatternTreeItemId(
158            G2frame,G2frame.PatternId, 'Sample Parameters')
159        )
160    hGeom = sample.get('Type')
161    hstName = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
162    hPrefix = hstName.split()[0]+' '
163    # cycle through tree looking for items that match the above
164    item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)       
165    while item:
166        name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
167        if name.startswith(hPrefix) and name != hstName:
168            cGeom,cType,cLam, = '?','?',-1
169            subitem, subcookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(item)
170            while subitem:
171                subname = G2frame.PatternTree.GetItemText(subitem)
172                if subname == 'Sample Parameters':
173                    sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(subitem)
174                    cGeom = sample.get('Type')
175                elif subname == 'Instrument Parameters':
176                    inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(subitem)
177                    cType = inst['Type'][0]
178                    if 'Lam1' in inst:
179                        cLam = 2
180                    elif 'Lam' in inst:
181                        cLam = 1
182                    else:
183                        cLam = 0
184                subitem, subcookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(item, subcookie)
185            if cLam == hLam and cType == hType and cGeom == hGeom:
186                if name not in histList: histList.append(name)
187        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
188    return histList
189
190def SetCopyNames(histName,dataType,addNames=[]):
191    '''Determine the items in the sample parameters that should be copied,
192    depending on the histogram type and the instrument type.
193    '''
194    copyNames = ['Scale',]
195    histType = 'HKLF'
196    if 'PWDR' in histName:
197        histType = 'PWDR'
198        if 'Debye' in dataType:
199            copyNames += ['DisplaceX','DisplaceY','Absorption']
200        else:       #Bragg-Brentano
201            copyNames += ['Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']
202    elif 'SASD' in histName:
203        histType = 'SASD'
204        copyNames += ['Materials','Thick',]
205    if len(addNames):
206        copyNames += addNames
207    return histType,copyNames
208
209def CopySelectedHistItems(G2frame):
210    '''Global copy: Copy items from current histogram to others.
211    This is called from the menubar and is available only when the top histogram tree entry
212    is selected.
213    '''
214    hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
215    histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
216    if not histList:
217        G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
218        return
219    choices = ['Limits','Background','Instrument Parameters','Sample Parameters']
220    dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
221        G2frame.dataFrame, 
222        'Copy which histogram sections from\n'+str(hst[5:]),
223        'Select copy sections', choices, filterBox=False)
224    dlg.SetSelections(range(len(choices)))
225    choiceList = []
226    if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
227        choiceList = [choices[i] for i in dlg.GetSelections()]
228    if not choiceList: return
229   
230    dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
231        G2frame.dataFrame, 
232        'Copy parameters from\n'+str(hst[5:])+' to...',
233        'Copy parameters', histList)
234    results = []
235    try:
236        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
237            results = dlg.GetSelections()
238    finally:
239        dlg.Destroy()
240    copyList = []
241    for i in results: 
242        copyList.append(histList[i])
243
244    if 'Limits' in choiceList: # Limits
245        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
246            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Limits'))
247        for item in copyList:
248            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
249            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
250                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Limits'),
251                copy.deepcopy(data))
252    if 'Background' in choiceList:  # Background
253        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
254            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Background'))
255        for item in copyList:
256            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
257            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
258                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'),
259                copy.deepcopy(data))
260    if 'Instrument Parameters' in choiceList:  # Instrument Parameters
261        # for now all items in Inst. parms are copied
262        data,data1 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
263            G2gd.GetPatternTreeItemId(
264                G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
265        for item in copyList:
266            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
267            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
268                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters')
269                )[0].update(copy.deepcopy(data))
270            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
271                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters')
272                )[1].update(copy.deepcopy(data1))
273    if 'Sample Parameters' in choiceList:  # Sample Parameters
274        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
275            G2gd.GetPatternTreeItemId(
276                G2frame,G2frame.PatternId,'Sample Parameters'))
277        # selects items to be copied
278        histType,copyNames = SetCopyNames(hst,data['Type'],
279            addNames = ['Omega','Chi','Phi','Gonio. radius','InstrName'])
280        copyDict = {parm:data[parm] for parm in copyNames}
281        for item in copyList:
282            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
283            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
284                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters')
285                ).update(copy.deepcopy(copyDict))
286                         
287################################################################################
288#####  Powder Peaks
289################################################################################           
290       
291def UpdatePeakGrid(G2frame, data):
292    '''respond to selection of PWDR powder peaks data tree item.
293    '''
294    if G2frame.dataDisplay:
295        G2frame.dataFrame.Clear()
296       
297    def OnAutoSearch(event):
298        PatternId = G2frame.PatternId
299        PickId = G2frame.PickId
300        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
301        inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
302        profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
303        x0 = profile[0]
304        iBeg = np.searchsorted(x0,limits[0])
305        iFin = np.searchsorted(x0,limits[1])
306        x = x0[iBeg:iFin]
307        y0 = profile[1][iBeg:iFin]
308        y1 = copy.copy(y0)
309        ysig = np.std(y1)
310        offset = [-1,1]
311        ymask = ma.array(y0,mask=(y0<ysig))
312        for off in offset:
313            ymask = ma.array(ymask,mask=(ymask-np.roll(y0,off)<=0.))
314        indx = ymask.nonzero()
315        mags = ymask[indx]
316        poss = x[indx]
317        refs = zip(poss,mags)
318        if 'C' in Inst['Type'][0]:   
319            refs = G2mth.sortArray(refs,0,reverse=True)     #small 2-Thetas first
320        else:   #'T'OF
321            refs = G2mth.sortArray(refs,0,reverse=False)    #big TOFs first
322        for i,ref1 in enumerate(refs):
323            for ref2 in refs[i+1:]:
324                if abs(ref2[0]-ref1[0]) < 0.1*G2pwd.getFWHM(ref1[0],inst):
325                    del(refs[i])
326        if 'C' in Inst['Type'][0]:   
327            refs = G2mth.sortArray(refs,1,reverse=True)
328        else:   #'T'OF
329            refs = G2mth.sortArray(refs,1,reverse=False)
330        for pos,mag in refs:
331            data['peaks'].append(G2mth.setPeakparms(inst,inst2,pos,mag))
332        UpdatePeakGrid(G2frame,data)
333        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
334       
335    def OnCopyPeaks(event):
336        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
337        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
338        if not histList:
339            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
340            return
341        copyList = []
342        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
343            G2frame.dataFrame, 
344            'Copy peak list from\n'+str(hst[5:])+' to...',
345            'Copy peaks', histList)
346        try:
347            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
348                for i in dlg.GetSelections():
349                    copyList.append(histList[i])
350        finally:
351            dlg.Destroy()
352        for item in copyList:
353            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
354            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
355                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Peak List'),copy.deepcopy(data))
356   
357    def OnUnDo(event):
358        DoUnDo()
359        G2frame.dataFrame.UnDo.Enable(False)
360       
361    def DoUnDo():
362        print 'Undo last refinement'
363        file = open(G2frame.undofile,'rb')
364        PatternId = G2frame.PatternId
365        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
366            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item),cPickle.load(file))
367            if G2frame.dataDisplay.GetName() == item:
368                if item == 'Background':
369                    UpdateBackground(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
370                elif item == 'Instrument Parameters':
371                    UpdateInstrumentGrid(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
372                elif item == 'Peak List':
373                    UpdatePeakGrid(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
374            print item,' recovered'
375        file.close()
376       
377    def SaveState():
378        G2frame.undofile = os.path.join(G2frame.dirname,'GSASII.save')
379        file = open(G2frame.undofile,'wb')
380        PatternId = G2frame.PatternId
381        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
382            cPickle.dump(G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId,item)),file,1)
383        file.close()
384        G2frame.dataFrame.UnDo.Enable(True)
385       
386    def OnLSQPeakFit(event):
387        if not G2frame.GSASprojectfile:            #force a save of the gpx file so SaveState can wirte in the same directory
388            G2frame.OnFileSaveas(event)
389        OnPeakFit('LSQ')
390       
391    def OnOneCycle(event):
392        OnPeakFit('LSQ',oneCycle=True)
393       
394    def OnSeqPeakFit(event):
395        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
396        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
397        if not histList:
398            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
399            return
400        sel = []
401        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential peak fits',
402             'Select dataset to include',histList)
403        dlg.SetSelections(sel)
404        names = []
405        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
406            for sel in dlg.GetSelections():
407                names.append(histList[sel])
408        dlg.Destroy()
409        SeqResult = {}
410        Reverse = False
411        CopyForward = False
412        choice = ['Reverse sequence','Copy from prev.',]
413        dlg = wx.MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame,'Sequential controls','Select controls',choice)
414        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
415            for sel in dlg.GetSelections():
416                if sel:
417                    CopyForward = True
418                else:
419                    Reverse = True
420        dlg.Destroy()
421        dlg = wx.ProgressDialog('Sequential peak fit','Data set name = '+names[0],len(names), 
422            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
423        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
424        controls = {'deriv type':'analytic','min dM/M':0.0001,}
425        Controls['ShowCell'] = False
426        print 'Peak Fitting with '+controls['deriv type']+' derivatives:'
427        oneCycle = False
428        FitPgm = 'LSQ'
429        prevVaryList = []
430        Names = []
431        if Reverse:
432            names.reverse()
433        try:
434            for i,name in enumerate(names):
435                print ' Sequential fit for ',name
436                GoOn = dlg.Update(i,newmsg='Data set name = '+name)[0]
437                if not GoOn:
438                    break
439                PatternId =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
440                if i and CopyForward:
441                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.deepcopy(peaks))
442                    prevVaryList = varyList[:]
443                peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
444                background = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Background'))
445                limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
446                inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
447                data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
448                wx.BeginBusyCursor()
449                dlg2 = wx.ProgressDialog('Residual','Peak fit Rwp = ',101.0, 
450                    style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
451                screenSize = wx.ClientDisplayRect()
452                Size = dlg.GetSize()
453                dlg2.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
454                try:
455                    peaks['sigDict'],result,sig,Rvals,varyList,parmDict,fullvaryList,badVary = G2pwd.DoPeakFit(FitPgm,peaks['peaks'],
456                        background,limits,inst,inst2,data,prevVaryList,oneCycle,controls,dlg2)
457                finally:
458                    dlg2.Destroy()
459                if len(result[0]) != len(fullvaryList):
460                    print ' ***** Sequential peak fit stopped at '+name+' *****'
461                    break
462                else:
463                    Names.append(name)   
464                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.deepcopy(peaks))
465                    SeqResult[name] = {'variables':result[0],'varyList':varyList,'sig':sig,'Rvals':Rvals,
466                        'covMatrix':np.eye(len(result[0])),'title':name,'parmDict':parmDict,
467                        'fullVary':fullvaryList,'badVary':badVary}
468            dlg.Destroy()
469            print ' ***** Sequential peak fit successful *****'
470        finally:
471            wx.EndBusyCursor()
472        SeqResult['histNames'] = Names
473        Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Sequential results')
474        if Id:
475            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
476        else:
477            Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Sequential results')
478            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
479        G2frame.PatternTree.SelectItem(Id)
480       
481    def OnClearPeaks(event):
482        dlg = wx.MessageDialog(G2frame,'Delete all peaks?','Clear peak list',wx.OK|wx.CANCEL)
483        try:
484            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
485                peaks = {'peaks':[],'sigDict':{}}
486        finally:
487            dlg.Destroy()
488        UpdatePeakGrid(G2frame,peaks)
489        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
490       
491    def OnPeakFit(FitPgm,oneCycle=False):
492        SaveState()
493        controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
494        if not controls:
495            controls = {'deriv type':'analytic','min dM/M':0.0001,}     #fill in defaults if needed
496        print 'Peak Fitting with '+controls['deriv type']+' derivatives:'
497        PatternId = G2frame.PatternId
498        PickId = G2frame.PickId
499        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
500        if not peaks:
501            G2frame.ErrorDialog('No peaks!','Nothing to fit!')
502            return
503        background = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Background'))
504        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
505        inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
506        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
507        wx.BeginBusyCursor()
508        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','Peak fit Rwp = ',101.0, 
509            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
510        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
511        Size = dlg.GetSize()
512        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
513        try:
514            peaks['sigDict'] = G2pwd.DoPeakFit(FitPgm,peaks['peaks'],background,limits,inst,inst2,data,[],oneCycle,controls,dlg)[0]
515        finally:
516            wx.EndBusyCursor()   
517        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.copy(peaks))
518        UpdatePeakGrid(G2frame,copy.copy(peaks))
519        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
520        print 'finished'
521        return
522       
523    def OnResetSigGam(event):
524        PatternId = G2frame.PatternId
525        PickId = G2frame.PickId
526        Inst,Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
527        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
528        if not peaks['peaks']:
529            G2frame.ErrorDialog('No peaks!','Nothing to do!')
530            return
531        newpeaks = {'peaks':[],'sigDict':{}}
532        for peak in peaks['peaks']:
533            newpeaks['peaks'].append(G2mth.setPeakparms(Inst,Inst2,peak[0],peak[2]))
534        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),newpeaks)
535        UpdatePeakGrid(G2frame,newpeaks)
536               
537    def RefreshPeakGrid(event):
538        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
539       
540        event.StopPropagation()
541        data['peaks'] = G2frame.PeakTable.GetData()
542        T = []
543        for peak in data['peaks']:T.append(peak[0])
544        D = dict(zip(T,data['peaks']))
545        T.sort()
546        X = []
547        for key in T: X.append(D[key])
548        data['peaks'] = X       
549       
550    def setBackgroundColors():
551       for r in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberRows()):
552           for c in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberCols()):
553               if G2frame.dataDisplay.GetColLabelValue(c) in ['position','intensity','alpha','beta','sigma','gamma']:
554                   if float(G2frame.dataDisplay.GetCellValue(r,c)) < 0.:
555                       G2frame.dataDisplay.SetCellBackgroundColour(r,c,wx.RED)
556                   else:
557                       G2frame.dataDisplay.SetCellBackgroundColour(r,c,wx.WHITE)
558                                                 
559    def KeyEditPeakGrid(event):
560        rowList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
561        colList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
562        selectList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCells()
563        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PickId)
564        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
565            event.Skip(True)
566        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
567            event.Skip(True)
568        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
569            event.Skip(True)
570        elif rowList:
571            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
572            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_DELETE:
573                G2frame.dataDisplay.ClearGrid()
574                rowList.sort()
575                rowList.reverse()
576                nDel = 0
577                for row in rowList:
578                    G2frame.PeakTable.DeleteRow(row)
579                    nDel += 1
580                if nDel:
581                    msg = wg.GridTableMessage(G2frame.PeakTable, 
582                        wg.GRIDTABLE_NOTIFY_ROWS_DELETED,0,nDel)
583                    G2frame.dataDisplay.ProcessTableMessage(msg)
584                data = G2frame.PeakTable.GetData()
585                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2frame.PickId,data[:-nDel])
586                G2frame.dataDisplay.ForceRefresh()
587                setBackgroundColors()
588                       
589        elif colList:
590            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
591            key = event.GetKeyCode()
592            for col in colList:
593                if G2frame.PeakTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
594                    if key == 89: #'Y'
595                        for row in range(G2frame.PeakTable.GetNumberRows()): data['peaks'][row][col]=True
596                    elif key == 78:  #'N'
597                        for row in range(G2frame.PeakTable.GetNumberRows()): data['peaks'][row][col]=False
598        elif selectList:
599            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
600            key = event.GetKeyCode()
601            for row,col in selectList:
602                if G2frame.PeakTable.GetTypeName(row,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
603                    if key == 89: #'Y'
604                        data['peaks'][row][col]=True
605                    elif key == 78:  #'N'
606                        data['peaks'][row][col]=False
607        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
608           
609    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.PeakMenu)
610    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
611        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
612    Status.SetStatusText('Global refine: select refine column & press Y or N')
613    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAutoSearch, id=G2gd.wxID_AUTOSEARCH)
614    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyPeaks, id=G2gd.wxID_PEAKSCOPY)
615    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnUnDo, id=G2gd.wxID_UNDO)
616    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnLSQPeakFit, id=G2gd.wxID_LSQPEAKFIT)
617    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnOneCycle, id=G2gd.wxID_LSQONECYCLE)
618    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSeqPeakFit, id=G2gd.wxID_SEQPEAKFIT)
619    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnClearPeaks, id=G2gd.wxID_CLEARPEAKS)
620    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnResetSigGam, id=G2gd.wxID_RESETSIGGAM)
621    if data['peaks']:
622        G2frame.dataFrame.AutoSearch.Enable(False)
623        G2frame.dataFrame.PeakCopy.Enable(True)
624        G2frame.dataFrame.PeakFit.Enable(True)
625        G2frame.dataFrame.PFOneCycle.Enable(True)
626        G2frame.dataFrame.SeqPeakFit.Enable(True)
627    else:
628        G2frame.dataFrame.PeakFit.Enable(False)
629        G2frame.dataFrame.PeakCopy.Enable(False)
630        G2frame.dataFrame.PFOneCycle.Enable(False)
631        G2frame.dataFrame.AutoSearch.Enable(True)
632        G2frame.dataFrame.SeqPeakFit.Enable(False)
633    G2frame.PickTable = []
634    rowLabels = []
635    PatternId = G2frame.PatternId
636    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
637    for i in range(len(data['peaks'])): rowLabels.append(str(i+1))
638    if 'C' in Inst['Type'][0]:
639        colLabels = ['position','refine','intensity','refine','sigma','refine','gamma','refine']
640        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
641            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',wg.GRID_VALUE_BOOL,
642            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
643            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
644    else:
645        colLabels = ['position','refine','intensity','refine','alpha','refine',
646            'beta','refine','sigma','refine','gamma','refine']
647        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',wg.GRID_VALUE_BOOL,
648            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
649            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
650            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
651            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
652            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
653    T = []
654    for peak in data['peaks']:
655        T.append(peak[0])
656    D = dict(zip(T,data['peaks']))
657    T.sort()
658    if 'T' in Inst['Type'][0]:  #want big TOF's first
659        T.reverse()
660    X = []
661    for key in T: X.append(D[key])
662    data['peaks'] = X
663    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2frame.PickId,data)
664    G2frame.PeakTable = G2gd.Table(data['peaks'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
665    G2frame.dataFrame.SetLabel('Peak List')
666    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
667    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.PeakTable, True)
668    setBackgroundColors()                         
669    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, RefreshPeakGrid)
670    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
671    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
672    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
673    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([535,350])
674    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
675       
676################################################################################
677#####  Background
678################################################################################           
679       
680def UpdateBackground(G2frame,data):
681    '''respond to selection of PWDR background data tree item.
682    '''
683    if len(data) < 2:       #add Debye diffuse & peaks scattering here
684        data.append({'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]})
685    if 'nPeaks' not in data[1]:
686        data[1].update({'nPeaks':0,'peaksList':[]})
687    ValObj = {}
688   
689    def OnBackFlagCopy(event):
690        flag = data[0][1]
691        backDict = data[-1]
692        if backDict['nDebye']:
693            DBflags = []
694            for term in backDict['debyeTerms']:
695                DBflags.append(term[1::2])
696        if backDict['nPeaks']:
697            PKflags = []
698            for term in backDict['peaksList']:
699                PKflags.append(term[1::2])           
700        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
701        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
702        if not histList:
703            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
704            return
705        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
706            G2frame.dataFrame, 
707            'Copy bkg ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
708            'Copy bkg flags', histList)
709        copyList = []
710        try:
711            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
712                for i in dlg.GetSelections(): 
713                    copyList.append(histList[i])
714        finally:
715            dlg.Destroy()
716        for item in copyList:
717            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
718            backData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'))
719            backData[0][1] = copy.copy(flag)
720            bkDict = backData[-1]
721            if bkDict['nDebye'] == backDict['nDebye']:
722                for i,term in enumerate(bkDict['debyeTerms']):
723                    term[1::2] = copy.copy(DBflags[i])
724            if bkDict['nPeaks'] == backDict['nPeaks']:
725                for i,term in enumerate(bkDict['peaksList']):
726                    term[1::2] = copy.copy(PKflags[i])                   
727           
728    def OnBackCopy(event):
729        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
730        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
731        if not histList:
732            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
733            return
734        copyList = []
735        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
736            G2frame.dataFrame, 
737            'Copy bkg params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
738            'Copy parameters', histList)
739        try:
740            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
741                for i in dlg.GetSelections():
742                    copyList.append(histList[i])
743        finally:
744            dlg.Destroy()
745        for item in copyList:
746            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
747            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
748                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'),copy.copy(data))
749       
750    def BackSizer():
751       
752        def OnNewType(event):
753            data[0][0] = bakType.GetValue()
754           
755        def OnBakRef(event):
756            data[0][1] = bakRef.GetValue()
757           
758        def OnBakTerms(event):
759            data[0][2] = int(bakTerms.GetValue())
760            M = len(data[0])
761            N = data[0][2]+3
762            item = data[0]
763            if N > M:       #add terms
764                for i in range(M,N): 
765                    item.append(0.0)
766            elif N < M:     #delete terms
767                for i in range(N,M):
768                    del(item[-1])
769            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(BackId,data)
770            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
771            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
772           
773        def OnBakVal(event):
774            Obj = event.GetEventObject()
775            item = ValObj[Obj.GetId()][0]
776            try:
777                value = float(Obj.GetValue())
778            except ValueError:
779                value = data[0][item]
780            data[0][item] = value
781            Obj.SetValue('%10.4f'%(value))
782       
783        backSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
784        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
785        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background function: '),0,WACV)
786        bakType = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data[0][0],
787                choices=Choices,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
788        bakType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnNewType)
789        topSizer.Add(bakType)
790        topSizer.Add((5,0),0)
791        bakRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?')
792        bakRef.SetValue(bool(data[0][1]))
793        bakRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnBakRef)
794        topSizer.Add(bakRef,0,WACV)
795        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. coeff.: '),0,WACV)
796        bakTerms = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[0][2]),choices=[str(i+1) for i in range(36)],
797            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
798        bakTerms.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnBakTerms)
799        topSizer.Add(bakTerms,0,WACV)
800        topSizer.Add((5,0),0)
801        backSizer.Add(topSizer)
802        backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background coefficients:'),0,WACV)
803        bakSizer = wx.FlexGridSizer(0,5,5,5)
804        for i,value in enumerate(data[0][3:]):
805            bakVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,'%10.4f'%(value),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
806            bakSizer.Add(bakVal,0,WACV)
807            ValObj[bakVal.GetId()] = [i+3]
808            bakVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnBakVal)
809            bakVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnBakVal)
810        backSizer.Add(bakSizer)
811        return backSizer
812       
813    def DebyeSizer():
814       
815        def OnDebTerms(event):
816            data[1]['nDebye'] = int(debTerms.GetValue())
817            M = len(data[1]['debyeTerms'])
818            N = data[1]['nDebye']
819            if N > M:       #add terms
820                for i in range(M,N): 
821                    data[1]['debyeTerms'].append([1.0,False,1.0,False,0.010,False])
822            elif N < M:     #delete terms
823                for i in range(N,M):
824                    del(data[1]['debyeTerms'][-1])
825            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
826            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
827
828        def KeyEditPeakGrid(event):
829            colList = debyeGrid.GetSelectedCols()
830            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
831                event.Skip(True)
832            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
833                event.Skip(True)
834            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
835                event.Skip(True)
836            elif colList:
837                debyeGrid.ClearSelection()
838                key = event.GetKeyCode()
839                for col in colList:
840                    if debyeTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
841                        if key == 89: #'Y'
842                            for row in range(debyeGrid.GetNumberRows()): data[1]['debyeTerms'][row][col]=True
843                        elif key == 78:  #'N'
844                            for row in range(debyeGrid.GetNumberRows()): data[1]['debyeTerms'][row][col]=False
845
846       
847        debSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
848        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
849        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Debye scattering: '),0,WACV)
850        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. coeff.: '),0,WACV)
851        debTerms = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[1]['nDebye']),choices=[str(i) for i in range(12)],
852            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
853        debTerms.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnDebTerms)
854        topSizer.Add(debTerms,0,WACV)
855        topSizer.Add((5,0),0)
856        debSizer.Add(topSizer)
857        if data[1]['nDebye']:
858            debSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Debye diffuse terms:'),0,WACV)       
859            rowLabels = []
860            for i in range(len(data[1]['debyeTerms'])): rowLabels.append(str(i))
861            colLabels = ['A','refine','R','refine','U','refine']
862            Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL,
863            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
864            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
865            debyeTable = G2gd.Table(data[1]['debyeTerms'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
866            debyeGrid = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataDisplay)
867            debyeGrid.SetTable(debyeTable, True)
868            debyeGrid.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
869            debyeGrid.AutoSizeColumns(False)
870            debSizer.Add(debyeGrid)       
871        return debSizer
872     
873    def PeaksSizer():
874
875        def OnPeaks(event):
876            data[1]['nPeaks'] = int(peaks.GetValue())
877            M = len(data[1]['peaksList'])
878            N = data[1]['nPeaks']
879            if N > M:       #add terms
880                for i in range(M,N): 
881                    data[1]['peaksList'].append([1.0,False,1.0,False,0.10,False,0.10,False])
882            elif N < M:     #delete terms
883                for i in range(N,M):
884                    del(data[1]['peaksList'][-1])
885            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
886            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
887           
888        def KeyEditPeakGrid(event):
889            colList = peaksGrid.GetSelectedCols()
890            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
891                event.Skip(True)
892            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
893                event.Skip(True)
894            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
895                event.Skip(True)
896            elif colList:
897                peaksGrid.ClearSelection()
898                key = event.GetKeyCode()
899                for col in colList:
900                    if peaksTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
901                        if key == 89: #'Y'
902                            for row in range(peaksGrid.GetNumberRows()): data[1]['peaksList'][row][col]=True
903                        elif key == 78:  #'N'
904                            for row in range(peaksGrid.GetNumberRows()): data[1]['peaksList'][row][col]=False
905
906        peaksSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
907        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
908        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Peaks in background: '),0,WACV)
909        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. peaks: '),0,WACV)
910        peaks = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[1]['nPeaks']),choices=[str(i) for i in range(12)],
911            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
912        peaks.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPeaks)
913        topSizer.Add(peaks,0,WACV)
914        topSizer.Add((5,0),0)
915        peaksSizer.Add(topSizer)
916        if data[1]['nPeaks']:
917            peaksSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Peak list:'),0,WACV)       
918            rowLabels = []
919            for i in range(len(data[1]['peaksList'])): rowLabels.append(str(i))
920            colLabels = ['pos','refine','int','refine','sig','refine','gam','refine']
921            Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL,
922            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
923            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
924            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
925            peaksTable = G2gd.Table(data[1]['peaksList'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
926            peaksGrid = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataDisplay)
927            peaksGrid.SetTable(peaksTable, True)
928            peaksGrid.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
929            peaksGrid.AutoSizeColumns(False)
930            peaksSizer.Add(peaksGrid)       
931        return peaksSizer
932               
933    if G2frame.dataDisplay:
934        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
935    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
936    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.BackMenu)
937    G2frame.dataFrame.SetLabel('Background')
938    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
939        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
940    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnBackCopy,id=G2gd.wxID_BACKCOPY)
941    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnBackFlagCopy,id=G2gd.wxID_BACKFLAGCOPY)
942    BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Background')
943    Choices = ['chebyschev','cosine','lin interpolate','inv interpolate','log interpolate']
944    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
945    mainSizer.Add(BackSizer())
946    mainSizer.Add((0,5),0)
947    mainSizer.Add(DebyeSizer())
948    mainSizer.Add((0,5),0)
949    mainSizer.Add(PeaksSizer())
950    mainSizer.Layout()   
951    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
952    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
953       
954################################################################################
955#####  Limits
956################################################################################           
957       
958def UpdateLimitsGrid(G2frame, data,plottype):
959    '''respond to selection of PWDR Limits data tree item.
960    '''
961    if G2frame.dataDisplay:
962        G2frame.dataFrame.Clear()
963    G2frame.ifGetExclude = False
964       
965    def KeyEditPeakGrid(event):
966        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_DELETE:
967            row = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()[0]
968            if row > 1: #can't delete limits!
969                del(data[row])
970                wx.CallAfter(UpdateLimitsGrid,G2frame,data,plottype)
971                G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType=plottype)
972                       
973    def RefreshLimitsGrid(event):
974        event.StopPropagation()
975        data = G2frame.LimitsTable.GetData()
976        old = data[0]
977        new = data[1]
978        new[0] = max(old[0],new[0])
979        new[1] = max(new[0],min(old[1],new[1]))
980        excl = []
981        if len(data) > 2:
982            excl = data[2:]
983            for item in excl:
984                item[0] = max(old[0],item[0])
985                item[1] = max(item[0],min(old[1],item[1]))
986        data = [old,new]+excl
987        G2frame.LimitsTable.SetData(data)
988        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType=plottype)
989       
990    def OnLimitCopy(event):
991        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
992        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
993        if not histList:
994            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
995            return
996        copyList = []
997        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
998            G2frame.dataFrame, 
999            'Copy limits from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1000            'Copy limits', histList)
1001        try:
1002            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1003                for i in dlg.GetSelections(): 
1004                    item = histList[i]
1005                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1006                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
1007                        G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Limits'),copy.copy(data))
1008        finally:
1009            dlg.Destroy()
1010           
1011    def OnAddExcl(event):
1012        G2frame.ifGetExclude = True
1013        print 'Add excluded region'
1014       
1015    G2frame.LimitsTable = []
1016    colLabels = ['Tmin','Tmax']
1017    rowLabels = ['original','changed']
1018    for i in range(len(data)-2):
1019        rowLabels.append('exclude')
1020    Types = 2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':12,5',]
1021    G2frame.LimitsTable = G2gd.Table(data,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
1022    G2frame.dataFrame.SetLabel('Limits')
1023    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.LimitMenu)
1024    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1025        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
1026    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnLimitCopy,id=G2gd.wxID_LIMITCOPY)
1027    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnAddExcl,id=G2gd.wxID_ADDEXCLREGION)   
1028    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
1029    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.LimitsTable, True)   
1030    G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(0,0,VERY_LIGHT_GREY,True)
1031    G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(0,1,VERY_LIGHT_GREY,True)
1032    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, RefreshLimitsGrid)               
1033    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
1034    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
1035    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
1036    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([230,260])                               
1037    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
1038   
1039################################################################################
1040#####  Instrument parameters
1041################################################################################           
1042       
1043def UpdateInstrumentGrid(G2frame,data):
1044    '''respond to selection of PWDR/SASD Instrument Parameters
1045    data tree item.
1046    '''
1047    def keycheck(keys):
1048        good = []
1049        for key in keys:
1050            if key in ['Type','U','V','W','X','Y','SH/L','I(L2)/I(L1)','alpha',
1051                'beta-0','beta-1','beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','Polariz.',
1052                'Lam','Azimuth','2-theta','fltPath','difC','difA','difB','Zero','Lam1','Lam2']:
1053                good.append(key)
1054        return good
1055       
1056    def inst2data(inst,ref,data):
1057        for item in data:
1058            try:
1059                data[item] = [data[item][0],inst[item],ref[item]]
1060            except KeyError:
1061                pass        #skip 'Polariz.' for N-data
1062        return data
1063       
1064    def updateData(inst,ref):
1065        return inst2data(inst,ref,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
1066            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))[0])       
1067   
1068    def RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=False):
1069        if doAnyway or event.GetRow() == 1:
1070            peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'))
1071            newpeaks = []
1072            for peak in peaks['peaks']:
1073                newpeaks.append(G2mth.setPeakparms(data,Inst2,peak[0],peak[2]))
1074            peaks['peaks'] = newpeaks
1075            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'),peaks)
1076           
1077    def OnCalibrate(event):
1078        Pattern = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)
1079        xye = ma.array(ma.getdata(Pattern[1]))
1080        cw = np.diff(xye[0])
1081        IndexPeaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List'))
1082        if not len(IndexPeaks[0]):
1083            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Index Peak List empty')
1084            return
1085        Ok = False
1086        for peak in IndexPeaks[0]:
1087            if peak[2] and peak[3]:
1088                Ok = True
1089        if not Ok:
1090            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Index Peak List not indexed')
1091            return           
1092        if G2pwd.DoCalibInst(IndexPeaks,data):
1093            UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1094            XY = []
1095            Sigs = []
1096            for ip,peak in enumerate(IndexPeaks[0]):
1097                if peak[2] and peak[3]:
1098                    binwid = cw[np.searchsorted(xye[0],peak[0])]
1099                    XY.append([peak[-1],peak[0],binwid])
1100                    Sigs.append(IndexPeaks[1][ip])
1101            if len(XY):
1102                XY = np.array(XY)
1103                G2plt.PlotCalib(G2frame,data,XY,Sigs,newPlot=True)
1104        else:
1105            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Nothing selected for refinement')
1106           
1107
1108    def OnLoad(event):
1109        '''Loads instrument parameters from a G2 .instprm file
1110        in response to the Instrument Parameters-Operations/Load Profile menu
1111       
1112        Note that similar code is found in ReadPowderInstprm (GSASII.py)
1113        '''
1114        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II instrument parameters file', '.', '', 
1115            'instrument parameter files (*.instprm)|*.instprm',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1116        try:
1117            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1118                filename = dlg.GetPath()
1119                File = open(filename,'r')
1120                S = File.readline()
1121                newItems = []
1122                newVals = []
1123                while S:
1124                    if S[0] == '#':
1125                        S = File.readline()
1126                        continue
1127                    [item,val] = S[:-1].split(':')
1128                    newItems.append(item)
1129                    try:
1130                        newVals.append(float(val))
1131                    except ValueError:
1132                        newVals.append(val)                       
1133                    S = File.readline()               
1134                File.close()
1135                Inst,Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
1136                data = G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,])
1137                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'),[data,Inst2])
1138                RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=True)          #to get peaks updated
1139                UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1140                G2plt.PlotPeakWidths(G2frame)
1141        finally:
1142            dlg.Destroy()
1143       
1144    def OnSave(event):
1145        '''Respond to the Instrument Parameters Operations/Save Profile menu
1146        item: writes current parameters to a .instprm file
1147        '''
1148        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II instrument parameters file', '.', '', 
1149            'instrument parameter files (*.instprm)|*.instprm',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1150        try:
1151            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1152                filename = dlg.GetPath()
1153                # make sure extension is .instprm
1154                filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.instprm'
1155                File = open(filename,'w')
1156                File.write("#GSAS-II instrument parameter file; do not add/delete items!\n")
1157                for item in data:
1158                    File.write(item+':'+str(data[item][1])+'\n')
1159                File.close()
1160        finally:
1161            dlg.Destroy()
1162                                               
1163    def OnReset(event):
1164        insVal.update(insDef)
1165        updateData(insVal,insRef)
1166        RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=True)          #to get peaks updated
1167        UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1168        G2plt.PlotPeakWidths(G2frame)
1169       
1170    def OnInstFlagCopy(event):
1171        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1172        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1173        if not histList:
1174            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1175            return
1176        keys = data.keys()
1177        flags = dict(zip(keys,[data[key][2] for key in keys]))
1178        instType = data['Type'][0]
1179        copyList = []
1180        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1181            G2frame.dataFrame, 
1182            'Copy inst ref. flags from\n'+hst[5:],
1183            'Copy refinement flags', histList)
1184        try:
1185            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1186                for i in dlg.GetSelections():
1187                    copyList.append(histList[i])
1188        finally:
1189            dlg.Destroy()
1190        for item in copyList:
1191            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1192            instData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters'))[0]
1193            if len(data) == len(instData) and instType == instData['Type'][0]:   #don't mix data types or lam & lam1/lam2 parms!
1194                for item in instData:
1195                    instData[item][2] = copy.copy(flags[item])
1196            else:
1197                print item+' not copied - instrument parameters not commensurate'
1198       
1199    def OnInstCopy(event):
1200        #need fix for dictionary
1201        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1202        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1203        if not histList:
1204            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1205            return
1206        copyList = []
1207        instType = data['Type'][0]
1208        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1209            G2frame.dataFrame, 
1210            'Copy inst params from\n'+hst,
1211            'Copy parameters', histList)
1212        try:
1213            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1214                for i in dlg.GetSelections(): 
1215                    copyList.append(histList[i])
1216        finally:
1217            dlg.Destroy()
1218        for item in copyList:
1219            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1220            instData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters'))[0]
1221            if len(data) == len(instData) and instType == instData['Type'][0]:  #don't mix data types or lam & lam1/lam2 parms!
1222                instData.update(data)
1223            else:
1224                print item+' not copied - instrument parameters not commensurate'
1225                         
1226    def AfterChange(invalid,value,tc):
1227        if invalid: return
1228        updateData(insVal,insRef)
1229       
1230    def OnItemRef(event):
1231        Obj = event.GetEventObject()
1232        item = RefObj[Obj.GetId()]
1233        insRef[item] = Obj.GetValue()
1234        updateData(insVal,insRef)
1235
1236    def OnCopy1Val(event):
1237        '''Select one instrument parameter value to edit and copy to many histograms
1238        optionally allow values to be edited in a table
1239        '''
1240        updateData(insVal,insRef)
1241        G2gd.SelectEdit1Var(G2frame,data,labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem)
1242        insVal.update({key:data[key][1] for key in instkeys})
1243        insRef.update({key:data[key][2] for key in instkeys})
1244        wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1245       
1246    def lblWdef(lbl,dec,val):
1247        'Label parameter showing the default value'
1248        fmt = "%15."+str(dec)+"f"
1249        return " " + lbl + " (" + (fmt % val).strip() + "): "
1250
1251    def RefineBox(item):
1252        'Define a refine checkbox with binding'
1253        wid = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?  ')
1254        wid.SetValue(bool(insRef[item]))
1255        RefObj[wid.GetId()] = item
1256        wid.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnItemRef)
1257        return wid
1258
1259    def OnLamPick(event):
1260        data['Source'][1] = lamType = event.GetEventObject().GetValue()
1261        insVal['Lam1'] = waves[lamType][0]
1262        insVal['Lam2'] = waves[lamType][1]
1263        updateData(insVal,insRef)
1264        i,j= wx.__version__.split('.')[0:2]
1265        if int(i)+int(j)/10. > 2.8:
1266            pass # repaint crashes wxpython 2.9
1267            wx.CallLater(100, MakeParameterWindow)
1268            #wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1269        else:
1270            wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1271
1272    def MakeParameterWindow():
1273        'Displays the Instrument parameters in the datadisplay frame'
1274        if G2frame.dataDisplay:
1275            G2frame.dataFrame.Clear()
1276        G2frame.dataFrame.SetLabel('Instrument Parameters')
1277        G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
1278        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1279        instSizer = wx.FlexGridSizer(0,6,5,5)
1280        subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1281        subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Histogram Type: '+insVal['Type']),0,WACV)
1282        mainSizer.Add(subSizer)
1283        labelLst[:],elemKeysLst[:],dspLst[:],refFlgElem[:] = [],[],[],[]
1284        if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data
1285            if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1286                labelLst.append('Azimuth angle')
1287                elemKeysLst.append(['Azimuth',1])
1288                dspLst.append([10,2])
1289                refFlgElem.append(None)                   
1290                if 'Lam1' in insVal:
1291                    subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1292                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Azimuth: '),0,WACV)
1293                    txt = '%7.2f'%(insVal['Azimuth'])
1294                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1295                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'   Ka1/Ka2: '),0,WACV)
1296                    txt = u%8.6f/%8.6f\xc5'%(insVal['Lam1'],insVal['Lam2'])
1297                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1298                    waveSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1299                    waveSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  Source type: '),0,WACV)
1300                    # PATCH?: for now at least, Source is not saved anywhere before here
1301                    if 'Source' not in data: data['Source'] = ['CuKa','?']
1302                    choice = ['TiKa','CrKa','FeKa','CoKa','CuKa','MoKa','AgKa']
1303                    lamPick = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Source'][1],choices=choice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1304                    lamPick.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnLamPick)
1305                    waveSizer.Add(lamPick,0)
1306                    subSizer.Add(waveSizer,0)
1307                    mainSizer.Add(subSizer)
1308                    instSizer.Add(wx.StaticText(
1309                        G2frame.dataDisplay,-1,
1310                        lblWdef('I(L2)/I(L1)',4,insDef['I(L2)/I(L1)'])),
1311                        0,WACV)
1312                    key = 'I(L2)/I(L1)'
1313                    labelLst.append(key)
1314                    elemKeysLst.append([key,1])
1315                    dspLst.append([10,4])
1316                    refFlgElem.append([key,2])                   
1317                    ratVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,key,nDig=(10,4),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1318                    instSizer.Add(ratVal,0)
1319                    instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1320                    instSizer.Add((5,5),0)
1321                    instSizer.Add((5,5),0)
1322                    instSizer.Add((5,5),0)               
1323                else: # single wavelength
1324                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Azimuth: '),0,WACV)
1325                    txt = '%7.2f'%(insVal['Azimuth'])
1326                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1327                    instSizer.Add((5,5),0)
1328                    key = 'Lam'
1329                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef[key])),
1330                        0,WACV)
1331                    waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,key,nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1332                    labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1333                    elemKeysLst.append([key,1])
1334                    dspLst.append([10,6])
1335                    instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1336                    refFlgElem.append([key,2])                   
1337                    instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1338#                    if ifHisto:
1339#                        refFlgElem.append([key,2])                   
1340#                        instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1341#                    else:
1342#                        refFlgElem.append(None)                   
1343#                        instSizer.Add((5,5),0)
1344                for item in ['Zero','Polariz.']:
1345                    if item in insDef:
1346                        labelLst.append(item)
1347                        elemKeysLst.append([item,1])
1348                        dspLst.append([10,4])
1349                        instSizer.Add(
1350                            wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,4,insDef[item])),
1351                            0,WACV)
1352                        itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=(10,4),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1353                        instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1354                        refFlgElem.append([item,2])
1355                        instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1356#                        if ifHisto:
1357#                            refFlgElem.append([item,2])
1358#                            instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1359#                        else:
1360#                            refFlgElem.append(None)                   
1361#                            instSizer.Add((5,5),0)
1362                    else:                           #skip Polariz. for neutrons
1363                        instSizer.Add((5,5),0)
1364                        instSizer.Add((5,5),0)
1365                        instSizer.Add((5,5),0)
1366                for item in ['U','V','W','','X','Y','SH/L']:
1367                    if item == '':
1368                        instSizer.Add((5,5),0)
1369                        instSizer.Add((5,5),0)
1370                        instSizer.Add((5,5),0)
1371                        continue
1372                    nDig = (10,3)
1373                    if item == 'SH/L':
1374                        nDig = (10,5)
1375                    labelLst.append(item)
1376                    elemKeysLst.append([item,1])
1377                    dspLst.append(nDig)
1378                    refFlgElem.append([item,2])
1379                    instSizer.Add(
1380                        wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,nDig[1],insDef[item])),
1381                        0,WACV)
1382                    itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1383                    instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1384                    instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1385            else:                                   #time of flight (neutrons)
1386                subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1387                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Fligth path: '),0,WACV)
1388                txt = '%8.3f'%(insVal['fltPath'])
1389                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1390                labelLst.append('flight path')
1391                elemKeysLst.append(['fltpath',1])
1392                dspLst.append([10,2])
1393                refFlgElem.append(None)                   
1394                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  2-theta: '),0,WACV)
1395                txt = '%7.2f'%(insVal['2-theta'])
1396                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1397                labelLst.append('2-theta')
1398                elemKeysLst.append(['2-theta',1])
1399                dspLst.append([10,2])
1400                refFlgElem.append(None)                   
1401                if 'Pdabc' in Inst2:
1402                    Items = ['sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','X','Y']
1403                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  difC: '),0,WACV)
1404                    txt = '%8.2f'%(insVal['difC'])
1405                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1406                    labelLst.append('difC')
1407                    elemKeysLst.append(['difC',1])
1408                    dspLst.append([10,2])
1409                    refFlgElem.append(None)
1410                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  alpha, beta: fixed by table'),0,WACV)
1411                else:
1412                    Items = ['difC','difA','difB','Zero','alpha','beta-0','beta-1','beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','X','Y']
1413                mainSizer.Add((5,5),0)
1414                mainSizer.Add(subSizer)
1415                mainSizer.Add((5,5),0)
1416                for item in Items:
1417                    if item == '':
1418                        instSizer.Add((5,5),0)
1419                        instSizer.Add((5,5),0)
1420                        instSizer.Add((5,5),0)
1421                        continue
1422                    nDig = (10,3)
1423                    fmt = '%10.3f'
1424                    if 'beta' in item:
1425                        fmt = '%12.4g'
1426                        nDig = (12,4)
1427                    Fmt = ' %s: ('+fmt+')'
1428                    instSizer.Add(
1429                            wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,nDig[1],insDef[item])),
1430                            0,WACV)
1431                    itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1432                    instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1433                    labelLst.append(item)
1434                    elemKeysLst.append([item,1])
1435                    dspLst.append(nDig)
1436                    refFlgElem.append([item,2])
1437                    instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1438        elif 'S' in insVal['Type']:                       #single crystal data
1439            if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1440                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef['Lam'])),
1441                    0,WACV)
1442                waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,'Lam',nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1443                instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1444                labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1445                elemKeysLst.append(['Lam',1])
1446                dspLst.append([10,6])
1447                refFlgElem.append(None)
1448            else:                                   #time of flight (neutrons)
1449                pass                                #for now
1450        elif 'L' in insVal['Type']:
1451            if 'C' in insVal['Type']:       
1452                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef['Lam'])),
1453                    0,WACV)
1454                waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,'Lam',nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1455                instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1456                labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1457                elemKeysLst.append(['Lam',1])
1458                dspLst.append([10,6])
1459                refFlgElem.append(None)
1460                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  Azimuth: %7.2f'%(insVal['Azimuth'])),0,WACV)
1461                labelLst.append('Azimuth angle')
1462                elemKeysLst.append(['Azimuth',1])
1463                dspLst.append([10,2])
1464                refFlgElem.append(None)                   
1465            else:                                   #time of flight (neutrons)
1466                pass                                #for now
1467
1468        mainSizer.Add(instSizer,0)
1469        mainSizer.Layout()   
1470        G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
1471        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
1472        G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()  # this causes a frame repaint, even if the size does not change!
1473        # end of MakeParameterWindow
1474               
1475    # beginning of UpdateInstrumentGrid code   
1476    #patch: make sure all parameter items are lists
1477    patched = 0
1478    for key in data:
1479        if type(data[key]) is tuple:
1480            data[key] = list(data[key])
1481            patched += 1
1482    if patched: print patched,' instrument parameters changed from tuples'
1483    #end of patch
1484    labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem = [],[],[],[]
1485    instkeys = keycheck(data.keys())
1486    if 'P' in data['Type'][0]:          #powder data
1487        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1488        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1489        insRef = dict(zip(instkeys,[data[key][2] for key in instkeys]))
1490        if 'NC' in data['Type'][0]:
1491            del(insDef['Polariz.'])
1492            del(insVal['Polariz.'])
1493            del(insRef['Polariz.'])
1494    elif 'S' in data['Type'][0]:                               #single crystal data
1495        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1496        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1497        insRef = {}
1498    elif 'L' in data['Type'][0]:                               #low angle data
1499        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1500        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1501        insRef = {}
1502    ValObj = {}
1503    RefObj = {}
1504    waves = {'CuKa':[1.54051,1.54433],'TiKa':[2.74841,2.75207],'CrKa':[2.28962,2.29351],
1505        'FeKa':[1.93597,1.93991],'CoKa':[1.78892,1.79278],'MoKa':[0.70926,0.713543],
1506        'AgKa':[0.559363,0.563775]}
1507    Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
1508            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))[1]       
1509    try:
1510        histoName = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[-1]
1511        ifHisto = IsHistogramInAnyPhase(G2frame,histoName)
1512    except TypeError:       #PKS data never used in a phase as data
1513        ifhisto = False
1514    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame)
1515    #patch
1516    if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data
1517        if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1518            if 'Azimuth' not in insVal:
1519                insVal['Azimuth'] = 0.0
1520                insDef['Azimuth'] = 0.0
1521                insRef['Azimuth'] = False
1522#        if 'T' in insVal['Type']:
1523#            if 'difB' not in insVal:
1524#                insVal['difB'] = 0.0
1525#                insDef['difB'] = 0.0
1526#                insRef['difB'] = False
1527    #end of patch
1528    if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data menu commands
1529        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.InstMenu)
1530        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1531            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()           
1532        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnCalibrate,id=G2gd.wxID_INSTCALIB)
1533        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnLoad,id=G2gd.wxID_INSTLOAD)
1534        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnSave,id=G2gd.wxID_INSTSAVE)
1535        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnReset,id=G2gd.wxID_INSTPRMRESET)
1536        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstCopy,id=G2gd.wxID_INSTCOPY)
1537        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstFlagCopy,id=G2gd.wxID_INSTFLAGCOPY)
1538        #G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnWaveChange,id=G2gd.wxID_CHANGEWAVETYPE)       
1539        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnCopy1Val,id=G2gd.wxID_INST1VAL)
1540    elif 'L' in insVal['Type']:                   #SASD data menu commands
1541        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.InstMenu)
1542        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1543            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()           
1544        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstCopy,id=G2gd.wxID_INSTCOPY)
1545    MakeParameterWindow()
1546       
1547   
1548################################################################################
1549#####  Sample parameters
1550################################################################################           
1551       
1552def UpdateSampleGrid(G2frame,data):
1553    '''respond to selection of PWDR/SASD Sample Parameters
1554    data tree item.
1555    '''
1556
1557    def OnSampleSave(event):
1558        '''Respond to the Sample Parameters Operations/Save menu
1559        item: writes current parameters to a .samprm file
1560        '''
1561        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II sample parameters file', '.', '', 
1562            'sample parameter files (*.samprm)|*.samprm',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1563        try:
1564            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1565                filename = dlg.GetPath()
1566                # make sure extension is .samprm
1567                filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.samprm'
1568                File = open(filename,'w')
1569                File.write("#GSAS-II sample parameter file\n")
1570                File.write("'Type':'"+str(data['Type'])+"'\n")
1571                File.write("'Gonio. radius':"+str(data['Gonio. radius'])+"\n")
1572                if data.get('InstrName'):
1573                    File.write("'InstrName':'"+str(data['InstrName'])+"'\n")
1574                File.close()
1575        finally:
1576            dlg.Destroy()
1577           
1578    def OnSampleLoad(event):
1579        '''Loads sample parameters from a G2 .samprm file
1580        in response to the Sample Parameters-Operations/Load menu
1581       
1582        Note that similar code is found in ReadPowderInstprm (GSASII.py)
1583        '''
1584        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II sample parameters file', '.', '', 
1585            'sample parameter files (*.samprm)|*.samprm',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1586        try:
1587            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1588                filename = dlg.GetPath()
1589                File = open(filename,'r')
1590                S = File.readline()
1591                newItems = {}
1592                while S:
1593                    if S[0] == '#':
1594                        S = File.readline()
1595                        continue
1596                    [item,val] = S[:-1].split(':')
1597                    newItems[item.strip("'")] = eval(val)
1598                    S = File.readline()               
1599                File.close()
1600                data.update(newItems)
1601                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Sample Parameters'),data)
1602                UpdateSampleGrid(G2frame,data)
1603        finally:
1604            dlg.Destroy()
1605           
1606    def OnAllSampleLoad(event):
1607        filename = ''
1608        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose multihistogram metadata text file', '.', '', 
1609            'metadata file (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1610        try:
1611            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1612                filename = dlg.GetPath()
1613                File = open(filename,'r')
1614                S = File.readline()
1615                newItems = []
1616                itemNames = []
1617                Comments = []
1618                while S:
1619                    if S[0] == '#':
1620                        Comments.append(S)
1621                        S = File.readline()
1622                        continue
1623                    S = S.replace(',',' ').replace('\t',' ')
1624                    Stuff = S[:-1].split()
1625                    itemNames.append(Stuff[0])
1626                    newItems.append(Stuff[1:])
1627                    S = File.readline()               
1628                File.close()
1629        finally:
1630            dlg.Destroy()
1631        if not filename:
1632            G2frame.ErrorDialog('Nothing to do','No file selected')
1633            return
1634        dataDict = dict(zip(itemNames,newItems))
1635        ifany = False
1636        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
1637        Names = [' ','Phi','Chi','Omega','Time','Temperature','Pressure']
1638        freeNames = {}
1639        for name in ['FreePrm1','FreePrm2','FreePrm3']:
1640            freeNames[Controls[name]] = name
1641            Names.append(Controls[name])
1642        dlg = G2gd.G2ColumnIDDialog( G2frame,' Choose multihistogram metadata columns:',
1643            'Select columns',Comments,Names,np.array(newItems).T)
1644        try:
1645            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1646                colNames,newData = dlg.GetSelection()
1647                dataDict = dict(zip(itemNames,newData.T))
1648                for item in colNames:
1649                    if item != ' ':
1650                        ifany = True
1651        finally:
1652            dlg.Destroy()
1653        if not ifany:
1654            G2frame.ErrorDialog('Nothing to do','No columns identified')
1655            return
1656        histList = [G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId),]
1657        histList += GetHistsLikeSelected(G2frame)
1658        colIds = {}
1659        for i,name in enumerate(colNames):
1660            if name != ' ':
1661                colIds[name] = i
1662        for hist in histList:
1663            name = hist.split()[1]  #this is file name
1664            newItems = {}
1665            for item in colIds:
1666                key = freeNames.get(item,item)
1667                newItems[key] = float(dataDict[name][colIds[item]])
1668            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,hist)
1669            sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1670            sampleData.update(newItems)       
1671        UpdateSampleGrid(G2frame,data)       
1672   
1673    def OnSetScale(event):
1674        histList = []
1675        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)
1676        while item:
1677            name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
1678            if 'SASD' in name and name != histName:
1679                histList.append(name)
1680            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
1681        if not len(histList):      #nothing to copy to!
1682            return
1683        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select reference histogram for scaling',
1684            'Reference histogram',histList)
1685        try:
1686            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1687                sel = dlg.GetSelection()
1688                refHist = histList[sel]
1689        finally:
1690            dlg.Destroy()
1691        Limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Limits'))
1692        Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[1]
1693        Data = [Profile,Limits,data]
1694        refId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,refHist)
1695        refSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,refId, 'Sample Parameters'))
1696        refLimits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,refId, 'Limits'))
1697        refProfile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(refId)[1]
1698        refData = [refProfile,refLimits,refSample]
1699        G2sasd.SetScale(Data,refData)
1700        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=True)
1701        UpdateSampleGrid(G2frame,data)       
1702       
1703    def OnSampleCopy(event):
1704        histType,copyNames = SetCopyNames(histName,data['Type'],
1705            addNames = ['Omega','Chi','Phi','Gonio. radius','InstrName'])
1706        copyDict = {}
1707        for parm in copyNames:
1708            copyDict[parm] = data[parm]
1709        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1710        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1711        if not histList:
1712            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1713            return
1714        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1715            G2frame.dataFrame,
1716            'Copy sample params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1717            'Copy sample parameters', histList)
1718        try:
1719            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1720                result = dlg.GetSelections()
1721                for i in result: 
1722                    item = histList[i]
1723                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1724                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1725                    sampleData.update(copy.deepcopy(copyDict))
1726        finally:
1727            dlg.Destroy()
1728
1729    def OnSampleCopySelected(event):
1730        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1731        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1732            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
1733        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1734        if not histList:
1735            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1736            return
1737        # Assemble a list of item labels
1738        TextTable = {key:label for key,label,dig in
1739                     SetupSampleLabels(hst,data.get('Type'),Inst['Type'][0])
1740                     }
1741        # get flexible labels
1742        TextTable.update({
1743            key:Controls[key] for key in Controls if key.startswith('FreePrm')
1744            })
1745        # add a few extra
1746        TextTable.update({
1747            'Type':'Diffractometer type',
1748            'InstrName':'Instrument Name',
1749            })
1750        # Assemble a list of dict entries that would be labeled in the Sample
1751        # params data window (drop ranId and items not used).
1752        keyList = [i for i in data.keys() if i in TextTable]
1753        keyText = [TextTable[i] for i in keyList]
1754        # sort both lists together, ordered by keyText
1755        keyText, keyList = zip(*sorted(zip(keyText,keyList))) # sort lists
1756        selectedKeys = []
1757        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1758            G2frame.dataFrame,
1759            'Select which sample parameters\nto copy',
1760            'Select sample parameters', keyText)
1761        try:
1762            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1763                selectedKeys = [keyList[i] for i in dlg.GetSelections()]
1764        finally:
1765            dlg.Destroy()
1766        if not selectedKeys: return # nothing to copy
1767        copyDict = {}
1768        for parm in selectedKeys:
1769            copyDict[parm] = data[parm]
1770        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1771            G2frame.dataFrame,
1772            'Copy sample params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1773            'Copy sample parameters', histList)
1774        try:
1775            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1776                result = dlg.GetSelections()
1777                for i in result: 
1778                    item = histList[i]
1779                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1780                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1781                    sampleData.update(copy.deepcopy(copyDict))
1782        finally:
1783            dlg.Destroy()           
1784        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=False)
1785
1786    def OnSampleFlagCopy(event):
1787        histType,copyNames = SetCopyNames(histName,data['Type'])
1788        flagDict = {}
1789        for parm in copyNames:
1790            flagDict[parm] = data[parm][1]
1791        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1792        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1793        if not histList:
1794            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1795            return
1796        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1797            G2frame.dataFrame, 
1798            'Copy sample ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1799            'Copy sample flags', histList)
1800        try:
1801            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1802                result = dlg.GetSelections()
1803                for i in result: 
1804                    item = histList[i]
1805                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1806                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1807                    for name in copyNames:
1808                        sampleData[name][1] = copy.copy(flagDict[name])
1809        finally:
1810            dlg.Destroy()
1811
1812    def OnHistoChange():
1813        '''Called when the histogram type is changed to refresh the window
1814        '''
1815        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1816       
1817    def SetNameVal():
1818        inst = instNameVal.GetValue()
1819        data['InstrName'] = inst.strip()
1820
1821    def OnNameVal(event):
1822        event.Skip()
1823        wx.CallAfter(SetNameVal)
1824       
1825    def AfterChange(invalid,value,tc):
1826        if invalid:
1827            return
1828        if tc.key == 0 and 'SASD' in histName:          #a kluge for Scale!
1829            G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=True)
1830        elif tc.key == 'Thick':
1831            wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)           
1832           
1833    def OnMaterial(event):
1834        Obj = event.GetEventObject()
1835        id,key = Info[Obj.GetId()]
1836        if key == 'Name':
1837            data['Materials'][id][key] = Obj.GetValue()
1838        elif key == 'VolFrac':
1839            try:
1840                value = min(max(0.,float(Obj.GetValue())),1.)
1841            except ValueError:
1842                value = data['Materials'][id][key]
1843            data['Materials'][id][key] = value
1844            data['Materials'][not id][key] = 1.-value
1845        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1846
1847    def OnCopy1Val(event):
1848        'Select one value to copy to many histograms and optionally allow values to be edited in a table'
1849        G2gd.SelectEdit1Var(G2frame,data,labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem)
1850        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1851       
1852    ######## DEBUG #######################################################
1853    #import GSASIIpwdGUI
1854    #reload(GSASIIpwdGUI)
1855    #reload(G2gd)
1856    ######################################################################
1857    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(
1858            G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
1859    histName = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1860    if G2frame.dataDisplay:
1861        G2frame.dataFrame.Clear()
1862    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SampleMenu)
1863    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sample Parameters')
1864    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSetScale, id=G2gd.wxID_SETSCALE)
1865    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleCopy, id=G2gd.wxID_SAMPLECOPY)
1866    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleCopySelected, id=G2gd.wxID_SAMPLECOPYSOME)
1867    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleFlagCopy, id=G2gd.wxID_SAMPLEFLAGCOPY)
1868    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleSave, id=G2gd.wxID_SAMPLESAVE)
1869    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleLoad, id=G2gd.wxID_SAMPLELOAD)
1870    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopy1Val, id=G2gd.wxID_SAMPLE1VAL)
1871    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAllSampleLoad, id=G2gd.wxID_ALLSAMPLELOAD)
1872    if 'SASD' in histName:
1873        G2frame.dataFrame.SetScale.Enable(True)
1874    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1875        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
1876    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
1877    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1878        G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
1879#patch
1880    if 'ranId' not in data:
1881        data['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
1882    if not 'Gonio. radius' in data:
1883        data['Gonio. radius'] = 200.0
1884    if not 'Omega' in data:
1885        data.update({'Omega':0.0,'Chi':0.0,'Phi':0.0})
1886    if type(data['Temperature']) is int:
1887        data['Temperature'] = float(data['Temperature'])
1888    if 'Time' not in data:
1889        data['Time'] = 0.0
1890    if 'FreePrm1' not in Controls:
1891        Controls['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
1892    if 'FreePrm2' not in Controls:
1893        Controls['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
1894    if 'FreePrm3' not in Controls:
1895        Controls['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
1896    if 'FreePrm1' not in data:
1897        data['FreePrm1'] = 0.
1898    if 'FreePrm2' not in data:
1899        data['FreePrm2'] = 0.
1900    if 'FreePrm3' not in data:
1901        data['FreePrm3'] = 0.
1902    if 'SurfRoughA' not in data and 'PWDR' in histName:
1903        data['SurfRoughA'] = [0.,False]
1904        data['SurfRoughB'] = [0.,False]
1905    if 'Trans' not in data and 'SASD' in histName:
1906        data['Trans'] = 1.0
1907    if 'SlitLen' not in data and 'SASD' in histName:
1908        data['SlitLen'] = 0.0
1909    if 'Shift' not in data:
1910        data['Shift'] = [0.0,False]
1911    if 'Transparency' not in data:
1912        data['Transparency'] = [0.0,False]
1913    data['InstrName'] = data.get('InstrName','')
1914#patch end
1915    labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem = [],[],[],[]
1916    parms = SetupSampleLabels(histName,data.get('Type'),Inst['Type'][0])
1917    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1918    topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1919    topSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1920    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Sample and Experimental Parameters'))
1921    topSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1922    mainSizer.Add(topSizer,0,wx.EXPAND,1)
1923    nameSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1924    nameSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,' Instrument Name'),
1925                0,WACV)
1926    nameSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1927    instNameVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,data['InstrName'],
1928                              size=(200,-1),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)       
1929    nameSizer.Add(instNameVal)
1930    instNameVal.Bind(wx.EVT_CHAR,OnNameVal)
1931    mainSizer.Add(nameSizer,0,wx.EXPAND,1)
1932    mainSizer.Add((5,5),0)
1933    labelLst.append('Instrument Name')
1934    elemKeysLst.append(['InstrName'])
1935    dspLst.append(None)
1936    refFlgElem.append(None)
1937
1938    if 'PWDR' in histName:
1939        nameSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1940        nameSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,' Diffractometer type: '),
1941                    0,WACV)
1942        if 'T' in Inst['Type'][0]:
1943            choices = ['Debye-Scherrer',]
1944        else:
1945            choices = ['Debye-Scherrer','Bragg-Brentano',]
1946        histoType = G2gd.G2ChoiceButton(G2frame.dataDisplay,choices,
1947                    strLoc=data,strKey='Type',
1948                    onChoice=OnHistoChange)
1949        nameSizer.Add(histoType)
1950        mainSizer.Add(nameSizer,0,wx.EXPAND,1)
1951        mainSizer.Add((5,5),0)
1952
1953    parmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,0)
1954    for key,lbl,nDig in parms:
1955        labelLst.append(lbl.strip().strip(':').strip())
1956        dspLst.append(nDig)
1957        if 'list' in str(type(data[key])):
1958            parmRef = G2gd.G2CheckBox(G2frame.dataDisplay,' '+lbl,data[key],1)
1959            parmSizer.Add(parmRef,0,WACV|wx.EXPAND)
1960            parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data[key],0,
1961                nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1962            elemKeysLst.append([key,0])
1963            refFlgElem.append([key,1])
1964        else:
1965            parmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' '+lbl),
1966                0,WACV|wx.EXPAND)
1967            parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data,key,
1968                typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1969            elemKeysLst.append([key])
1970            refFlgElem.append(None)
1971        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1972    Info = {}
1973       
1974    for key in ('FreePrm1','FreePrm2','FreePrm3'):
1975        parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,Controls,key,typeHint=str,
1976                                        notBlank=False)
1977        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1978        parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data,key,typeHint=float)
1979        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1980        labelLst.append(Controls[key])
1981        dspLst.append(None)
1982        elemKeysLst.append([key])
1983        refFlgElem.append(None)
1984       
1985    mainSizer.Add(parmSizer,1,wx.EXPAND)
1986    mainSizer.Add((0,5),0)   
1987    if 'SASD' in histName:
1988        rho = [0.,0.]
1989        anomrho = [0.,0.]
1990        mu = 0.
1991        subSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
1992        Substances = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1993            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Substances'))
1994        for id,item in enumerate(data['Materials']):
1995            subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Material: '),0,WACV)
1996            matsel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=item['Name'],choices=Substances['Substances'].keys(),
1997                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1998            Info[matsel.GetId()] = [id,'Name']
1999            matsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaterial)       
2000            subSizer.Add(matsel,0,WACV)
2001            subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Volume fraction: '),0,WACV)
2002            volfrac = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=str('%.3f'%(item['VolFrac'])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2003            Info[volfrac.GetId()] = [id,'VolFrac']
2004            volfrac.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMaterial)
2005            volfrac.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMaterial)
2006            subSizer.Add(volfrac,0,WACV)
2007            material = Substances['Substances'][item['Name']]
2008            mu += item['VolFrac']*material.get('XAbsorption',0.)
2009            rho[id] = material['Scatt density']
2010            anomrho[id] = material.get('XAnom density',0.)
2011        data['Contrast'] = [(rho[1]-rho[0])**2,(anomrho[1]-anomrho[0])**2]
2012        mainSizer.Add(subSizer,0)
2013        conSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2014        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Contrast: %10.2f '%(data['Contrast'][0])),0,WACV)
2015        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Anom. Contrast: %10.2f '%(data['Contrast'][1])),0,WACV)
2016        mut =  mu*data['Thick']
2017        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Transmission (calc): %10.3f  '%(np.exp(-mut))),0,WACV)
2018        mainSizer.Add(conSizer,0)
2019   
2020    mainSizer.Layout()   
2021    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2022    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
2023    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
2024    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)
2025               
2026################################################################################
2027#####  Indexing Peaks
2028################################################################################           
2029       
2030def UpdateIndexPeaksGrid(G2frame, data):
2031    '''respond to selection of PWDR Index Peak List data
2032    tree item.
2033    '''
2034    bravaisSymb = ['Fm3m','Im3m','Pm3m','R3-H','P6/mmm','I4/mmm',
2035        'P4/mmm','Fmmm','Immm','Cmmm','Pmmm','C2/m','P2/m','P1']
2036    IndexId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List')
2037    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2038    def RefreshIndexPeaksGrid(event):
2039        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
2040        peaks = G2frame.IndexPeaksTable.GetData()
2041        if c == 2:
2042            if peaks[r][c]:
2043                peaks[r][c] = False
2044            else:
2045                peaks[r][c] = True
2046            G2frame.IndexPeaksTable.SetData(peaks)
2047            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,[peaks,data[1]])
2048            G2frame.dataDisplay.ForceRefresh()
2049           
2050    def OnReload(event):
2051        peaks = []
2052        sigs = []
2053        Peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'))
2054        for ip,peak in enumerate(Peaks['peaks']):
2055            dsp = G2lat.Pos2dsp(Inst,peak[0])
2056            peaks.append([peak[0],peak[2],True,False,0,0,0,dsp,0.0])    #SS?
2057            try:
2058                sig = Peaks['sigDict']['pos'+str(ip)]
2059            except KeyError:
2060                sig = 0.
2061            sigs.append(sig)
2062        data = [peaks,sigs]
2063        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,data)
2064        UpdateIndexPeaksGrid(G2frame,data)
2065       
2066    def KeyEditPickGrid(event):
2067        colList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
2068        rowList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2069        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(IndexId)
2070        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
2071            event.Skip(True)
2072        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
2073            event.Skip(True)
2074        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
2075            event.Skip(True)
2076        elif colList:
2077            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
2078            key = event.GetKeyCode()
2079            for col in colList:
2080                if G2frame.IndexPeaksTable.GetColLabelValue(col) in ['use','refine']:
2081                    if key == 89: #'Y'
2082                        for row in range(G2frame.IndexPeaksTable.GetNumberRows()): data[0][row][col]=True
2083                    elif key == 78:  #'N'
2084                        for row in range(G2frame.IndexPeaksTable.GetNumberRows()): data[0][row][col]=False
2085           
2086    if G2frame.dataDisplay:
2087        G2frame.dataFrame.Clear()
2088    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2089        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2090    if 'PWD' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2091        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.IndPeaksMenu)
2092        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReload, id=G2gd.wxID_INDXRELOAD)
2093    G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(False)
2094    G2frame.IndexPeaksTable = []
2095    if len(data[0]):
2096        G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2097        Unit = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Unit Cells List'))
2098        if Unit:
2099            if len(Unit) == 4:  #patch
2100                Unit.append({})
2101            controls,bravais,cellist,dmin,ssopt = Unit
2102            G2frame.HKL = []
2103            if ssopt.get('Use',False):
2104                cell = controls[6:12]
2105                A = G2lat.cell2A(cell)
2106                ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2107                spc = controls[13]
2108                SGData = G2spc.SpcGroup(spc)[1]
2109                SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])
2110                Vec = ssopt['ModVec']
2111                maxH = ssopt['maxH']
2112                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,Vec,maxH,A)
2113                data[0] = G2indx.IndexSSPeaks(data[0],G2frame.HKL)[1]
2114            else:        #select cell from table - no SS
2115                for i,cell in enumerate(cellist):
2116                    if cell[-2]:
2117                        ibrav = cell[2]
2118                        A = G2lat.cell2A(cell[3:9])
2119                        G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,A)
2120                        for hkl in G2frame.HKL:
2121                            hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3]))
2122                        data[0] = G2indx.IndexPeaks(data[0],G2frame.HKL)[1]
2123                        break
2124    rowLabels = []
2125    for i in range(len(data[0])): rowLabels.append(str(i+1))
2126    colLabels = ['position','intensity','use','indexed','h','k','l','d-obs','d-calc']
2127    Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',]+2*[wg.GRID_VALUE_BOOL,]+ \
2128        3*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
2129    if len(data[0]) and len(data[0][0]) > 9:
2130        colLabels = ['position','intensity','use','indexed','h','k','l','m','d-obs','d-calc']
2131        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',]+2*[wg.GRID_VALUE_BOOL,]+ \
2132            4*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
2133    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,data)
2134    G2frame.IndexPeaksTable = G2gd.Table(data[0],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2135    G2frame.dataFrame.SetLabel('Index Peak List')
2136    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)               
2137    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.IndexPeaksTable, True)
2138    XY = []
2139    Sigs = []
2140    for r in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberRows()):
2141        for c in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberCols()):
2142            if c == 2:
2143                G2frame.dataDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=False)
2144            else:
2145                G2frame.dataDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=True)
2146        if data[0][r][2] and data[0][r][3]:
2147            XY.append([data[0][r][-1],data[0][r][0]])
2148            try:
2149                sig = data[1][r]
2150            except IndexError:
2151                sig = 0.
2152            Sigs.append(sig)
2153    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_LEFT_CLICK, RefreshIndexPeaksGrid)
2154    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPickGrid)                 
2155    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
2156    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
2157    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([490,300])
2158    if len(XY):
2159        XY = np.array(XY)
2160        G2plt.PlotCalib(G2frame,Inst,XY,Sigs,newPlot=True)
2161    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
2162     
2163################################################################################
2164#####  Unit cells
2165################################################################################           
2166       
2167def UpdateUnitCellsGrid(G2frame, data):
2168    '''respond to selection of PWDR Unit Cells data tree item.
2169    '''
2170    UnitCellsId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Unit Cells List')
2171    SPGlist = G2spc.spglist
2172    bravaisSymb = ['Fm3m','Im3m','Pm3m','R3-H','P6/mmm','I4/mmm',
2173        'P4/mmm','Fmmm','Immm','Cmmm','Pmmm','C2/m','P2/m','P1']
2174    spaceGroups = ['F m 3 m','I m 3 m','P m 3 m','R 3 m','P 6/m m m','I 4/m m m',
2175        'P 4/m m m','F m m m','I m m m','C m m m','P m m m','C 2/m','P 2/m','P -1']
2176    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2177    if 'C' in Inst['Type'][0]:
2178        wave = G2mth.getWave(Inst)
2179    else:
2180        difC = Inst['difC'][1]
2181   
2182    def SetLattice(controls):
2183        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2184        if ibrav in [0,1,2]:
2185            controls[7] = controls[8] = controls[6]
2186            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2187        elif ibrav in [3,4,5,6]:
2188            controls[7] = controls[6]
2189            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2190            if ibrav in [3,4]:
2191                controls[11] = 120.
2192        elif ibrav in [7,8,9,10]:
2193            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2194        elif ibrav in [11,12]:
2195            controls[9] = controls[11] = 90.  # b unique
2196        if len(controls) < 13: controls.append(0)
2197        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2198        return ibrav
2199       
2200    def OnNcNo(event):
2201        controls[2] = NcNo.GetValue()
2202       
2203    def OnStartVol(event):
2204        try:
2205            stVol = int(float(startVol.GetValue()))
2206            if stVol < 25:
2207                raise ValueError
2208        except ValueError:
2209            stVol = 25
2210        controls[3] = stVol
2211        startVol.SetValue("%d"%(stVol))
2212       
2213    def OnBravais(event):
2214        Obj = event.GetEventObject()
2215        bravais[bravList.index(Obj.GetId())] = Obj.GetValue()
2216       
2217    def OnZero(event):
2218        try:
2219            Zero = min(5.0,max(-5.0,float(zero.GetValue())))
2220        except ValueError:
2221            Zero = 0.0
2222        controls[1] = Zero
2223        zero.SetValue("%.4f"%(Zero))
2224       
2225    def OnZeroVar(event):
2226        controls[0] = zeroVar.GetValue()
2227       
2228    def OnSSopt(event):
2229        if controls[5] in ['Fm3m','Im3m','Pm3m']:
2230            SSopt.SetValue(False)
2231            G2frame.ErrorDialog('Cubic lattice', 'Superlattice not allowed for a cubic lattice')
2232            return
2233        ssopt['Use'] = SSopt.GetValue()
2234        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2235       
2236    def OnSelMG(event):
2237        ssopt['ssSymb'] = selMG.GetValue()
2238        Vec = ssopt['ModVec']
2239        modS = G2spc.splitSSsym(ssopt['ssSymb'])[0]
2240        ssopt['ModVec'] = G2spc.SSGModCheck(Vec,modS)[0]
2241        OnHklShow(event)
2242        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2243       
2244    def OnModVal(event):
2245        Obj = event.GetEventObject()
2246        ObjId = Obj.GetId()
2247        Id = Indx[ObjId]
2248        try:
2249            value = min(1.0,max(0.,float(Obj.GetValue())))
2250        except ValueError:
2251            value = ssopt['ModVec'][Id]
2252        Obj.SetValue('%.4f'%(value))
2253        ssopt['ModVec'][Id] = value
2254        OnHklShow(event)
2255       
2256    def OnMoveMod(event):
2257        Obj = event.GetEventObject()
2258        ObjId = Obj.GetId()
2259        Id,valObj = Indx[ObjId]
2260        move = Obj.GetValue()*0.0005
2261        Obj.SetValue(0)
2262        value = min(1.0,max(.0,float(valObj.GetValue())+move))
2263        valObj.SetValue('%.4f'%(value)) 
2264        ssopt['ModVec'][Id] = value
2265        OnHklShow(event)
2266       
2267    def OnMaxMH(event):
2268        ssopt['maxH'] = int(maxMH.GetValue())
2269        OnHklShow(event)
2270       
2271    def OnFindMV(event):
2272        print 'find MV'
2273       
2274    def OnBravSel(event):
2275        brav = bravSel.GetString(bravSel.GetSelection())
2276        controls[5] = brav
2277        controls[13] = SPGlist[brav][0]       
2278        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2279       
2280    def OnSpcSel(event):
2281        controls[13] = spcSel.GetString(spcSel.GetSelection())
2282       
2283    def SetCellValue(Obj,ObjId,value):
2284        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2285        if ibrav in [0,1,2]:
2286            controls[6] = controls[7] = controls[8] = value
2287            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2288            Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6]))
2289        elif ibrav in [3,4,5,6]:
2290            if ObjId == 0:
2291                controls[6] = controls[7] = value
2292                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6]))
2293            else:
2294                controls[8] = value
2295                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[8]))
2296            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2297            if ibrav in [3,4]:
2298                controls[11] = 120.
2299        elif ibrav in [7,8,9,10]:
2300            controls[6+ObjId] = value
2301            Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2302            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2303        elif ibrav in [11,12]:
2304            controls[9] = controls[11] = 90.0
2305            if ObjId != 3:
2306                controls[6+ObjId] = value
2307                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2308            else:
2309                controls[10] = value
2310                Obj.SetValue("%.3f"%(controls[10]))
2311        else:
2312            controls[6+ObjId] = value
2313            if ObjId < 3:
2314                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2315            else:
2316                Obj.SetValue("%.3f"%(controls[6+ObjId]))
2317        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2318        volVal.SetValue("%.3f"%(controls[12]))
2319       
2320    def OnMoveCell(event):
2321        Obj = event.GetEventObject()
2322        ObjId = cellList.index(Obj.GetId())
2323        valObj = valDict[Obj.GetId()]
2324        if ObjId/2 < 3:
2325            move = Obj.GetValue()*0.01
2326        else:
2327            move = Obj.GetValue()*0.1
2328        Obj.SetValue(0)
2329        value = float(valObj.GetValue())+move 
2330        SetCellValue(valObj,ObjId/2,value)
2331        OnHklShow(event)
2332       
2333    def OnCellChange(event):
2334        Obj = event.GetEventObject()
2335        ObjId = cellList.index(Obj.GetId())
2336        try:
2337            value = max(1.0,float(Obj.GetValue()))
2338        except ValueError:
2339            if ObjId/2 < 3:               #bad cell edge - reset
2340                value = controls[6+ObjId/2]
2341            else:                       #bad angle
2342                value = 90.
2343        SetCellValue(Obj,ObjId/2,value)
2344       
2345    def OnHklShow(event):
2346        PatternId = G2frame.PatternId
2347        PickId = G2frame.PickId   
2348        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'))
2349        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
2350        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2351        cell = controls[6:12]
2352        A = G2lat.cell2A(cell)
2353        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2354        spc = controls[13]
2355        SGData = G2spc.SpcGroup(spc)[1]
2356        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2357            dmin = G2lat.Pos2dsp(Inst,limits[1])
2358        else:   #TOF - use other limit!
2359            dmin = G2lat.Pos2dsp(Inst,limits[0])
2360        if ssopt.get('Use',False):
2361            SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])
2362            Vec = ssopt['ModVec']
2363            maxH = ssopt['maxH']
2364            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,Vec,maxH,A)
2365            peaks = [G2indx.IndexSSPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #keep esds from peak fit
2366            M20,X20 = G2indx.calc_M20SS(peaks[0],G2frame.HKL)
2367        else:
2368            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2369            peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #keep esds from peak fit
2370            M20,X20 = G2indx.calc_M20(peaks[0],G2frame.HKL)
2371        print ' new M20,X20: %.2f %d'%(M20,X20)
2372        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'),peaks)
2373        if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2374            G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2375        else:
2376            G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2377           
2378    def OnSortCells(event):
2379        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2380        c =  event.GetCol()
2381        if colLabels[c] == 'M20':
2382            cells = G2indx.sortM20(cells)
2383        elif colLabels[c] == 'Volume':
2384            cells = G2indx.sortVolume(cells)
2385        else:
2386            return
2387        data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2388        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)
2389        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2390       
2391    def CopyUnitCell(event):
2392        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2393        for Cell in cells:
2394            if Cell[-2]:
2395                break
2396        cell = Cell[2:9]
2397        controls[4] = 1
2398        controls[5] = bravaisSymb[cell[0]]
2399        controls[6:12] = cell[1:8]
2400        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2401        controls[13] = spaceGroups[bravaisSymb.index(controls[5])]
2402        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,[controls,bravais,cells,dmin,ssopt])
2403        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(True)
2404        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)       
2405               
2406    def RefineCell(event):
2407       
2408        def cellPrint(ibrav,A):
2409            cell = G2lat.A2cell(A)
2410            Vol = G2lat.calc_V(A)
2411            if ibrav in [0,1,2]:
2412                print " %s%10.6f" % ('a =',cell[0])
2413            elif ibrav in [3,4,5,6]:
2414                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],' c =',cell[2],' volume =',Vol)
2415            elif ibrav in [7,8,9,10]:
2416                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2],' volume =',Vol)
2417            elif ibrav in [11,12]:
2418                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f %s%8.3f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2],'beta =',cell[4],' volume =',Vol)
2419            else:
2420                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2])
2421                print " %s%8.3f %s%8.3f %s%8.3f %s%12.3f" % ('alpha =',cell[3],'beta =',cell[4],'gamma =',cell[5],' volume =',Vol)
2422               
2423        def vecPrint(Vec):
2424            print ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%('Modulation vector:',Vec[0],Vec[1],Vec[2])
2425             
2426        PatternId = G2frame.PatternId
2427        PickId = G2frame.PickId   
2428        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'))
2429        if not peaks[0]:
2430            G2frame.ErrorDialog('No peaks!', 'Nothing to refine!')
2431            return       
2432        print ' Refine cell'
2433        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2434        cell = controls[6:12]
2435        A = G2lat.cell2A(cell)
2436        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2437        SGData = G2spc.SpcGroup(controls[13])[1]
2438        dmin = G2indx.getDmin(peaks[0])-0.005
2439        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2440            if ssopt.get('Use',False):
2441                vecFlags = [True if x in ssopt['ssSymb'] else False for x in ['a','b','g']]
2442                SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])
2443                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,ssopt['ModVec'],ssopt['maxH'],A)
2444                peaks = [G2indx.IndexSSPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2445                Lhkl,M20,X20,Aref,Vec,Zero = \
2446                    G2indx.refinePeaksZSS(peaks[0],wave,Inst,SGData,SSGData,ssopt['maxH'],ibrav,A,ssopt['ModVec'],vecFlags,controls[1],controls[0])
2447            else:
2448                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2449                peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2450                Lhkl,M20,X20,Aref,Zero = G2indx.refinePeaksZ(peaks[0],wave,ibrav,A,controls[1],controls[0])
2451        else:   #'T'OF - doesn't seem to work
2452            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2453            peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2454            Lhkl,M20,X20,Aref,Zero = G2indx.refinePeaksT(peaks[0],difC,ibrav,A,controls[1],controls[0])           
2455        controls[1] = Zero
2456        controls[6:12] = G2lat.A2cell(Aref)
2457        controls[12] = G2lat.calc_V(Aref)
2458        cells = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)[2]
2459        for cell in cells:
2460            cell[-2] = False
2461        cells.insert(0,[M20,X20,ibrav]+controls[6:13]+[True,False])
2462        if ssopt.get('Use',False):
2463            ssopt['ModVec'] = Vec
2464            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,ssopt['ModVec'],ssopt['maxH'],A)
2465        else:
2466            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2467        data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2468        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'),data)
2469        print " %s%10.3f" % ('refinement M20 = ',M20)
2470        print ' unindexed lines = ',X20
2471        cellPrint(ibrav,Aref)
2472        ip = 4
2473        if ssopt.get('Use',False):
2474            vecPrint(Vec)
2475            ip = 5
2476        for hkl in G2frame.HKL:
2477            hkl[ip] = G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[ip-1])+controls[1]
2478        if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2479            G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2480        else:
2481            G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2482        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2483       
2484    def IndexPeaks(event):
2485        PatternId = G2frame.PatternId   
2486        print 'Peak Indexing'
2487        keepcells = []
2488        try:
2489            controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2490            for cell in cells:
2491                if cell[11]:
2492                    keepcells.append(cell)
2493        except IndexError:
2494            pass
2495        except ValueError:
2496            G2frame.ErrorDialog('Error','Need to set controls in Unit Cell List first')
2497            return
2498        if True not in bravais:
2499            G2frame.ErrorDialog('Error','No Bravais lattices selected')
2500            return
2501        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(False)
2502        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(False)
2503        OK,dmin,newcells = G2indx.DoIndexPeaks(peaks[0],controls,bravais)
2504        cells = keepcells+newcells
2505        cells = G2indx.sortM20(cells)
2506        cells[0][10] = True
2507        if OK:
2508            data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2509            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'),data)
2510            bestCell = cells[0]
2511            if bestCell[0] > 10.:
2512                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,bestCell[2],G2lat.cell2A(bestCell[3:9]))
2513                for hkl in G2frame.HKL:
2514                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2515                if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2516                    G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2517                else:
2518                    G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2519            G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2520            G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2521            G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(True)
2522        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2523               
2524    def RefreshUnitCellsGrid(event):
2525        data =G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2526        cells,dmin = data[2:4]
2527        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
2528        if cells:
2529            if c == 2:
2530                for i in range(len(cells)):
2531                    cells[i][-2] = False
2532                    UnitCellsTable.SetValue(i,c,False)
2533                UnitCellsTable.SetValue(r,c,True)
2534                gridDisplay.ForceRefresh()
2535                cells[r][-2] = True
2536                ibrav = cells[r][2]
2537                A = G2lat.cell2A(cells[r][3:9])
2538                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,A)
2539                for hkl in G2frame.HKL:
2540                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2541                if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2542                    G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2543                else:
2544                    G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2545            elif c == 11:
2546                if UnitCellsTable.GetValue(r,c):
2547                    UnitCellsTable.SetValue(r,c,False)
2548                    cells[r][c] = False
2549                else:
2550                    cells[r][c] = True
2551                    UnitCellsTable.SetValue(r,c,True)
2552                gridDisplay.ForceRefresh()
2553            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)               
2554       
2555    def MakeNewPhase(event):
2556        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases'):
2557            sub = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Phases')
2558        else:
2559            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
2560        PhaseName = ''
2561        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
2562            style=wx.OK)
2563        try:
2564            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2565                PhaseName = dlg.GetValue()
2566                cells = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)[2]
2567                for Cell in cells:
2568                    if Cell[-2]:
2569                        break
2570                cell = Cell[2:10]       
2571                sub = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
2572                E,SGData = G2spc.SpcGroup(controls[13])
2573                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(sub, \
2574                    G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData,cell=cell[1:],Super=ssopt))
2575                Status.SetStatusText('Change space group from '+str(controls[13])+' if needed')
2576        finally:
2577            dlg.Destroy()
2578           
2579    if G2frame.dataDisplay:
2580        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
2581#    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
2582    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
2583    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.IndexMenu)
2584    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2585        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2586    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, IndexPeaks, id=G2gd.wxID_INDEXPEAKS)
2587    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyUnitCell, id=G2gd.wxID_COPYCELL)
2588    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, RefineCell, id=G2gd.wxID_REFINECELL)
2589    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, MakeNewPhase, id=G2gd.wxID_MAKENEWPHASE)
2590   
2591    controls,bravais,cells,dmin,ssopt = data
2592    if len(controls) < 13:              #add cell volume if missing
2593        controls.append(G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12])))
2594    if len(controls) < 14:              #add space gropu used in indexing
2595        controls.append(spaceGroups[bravaisSymb.index(controls[5])])
2596    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)            #update with volume
2597    bravaisNames = ['Cubic-F','Cubic-I','Cubic-P','Trigonal-R','Trigonal/Hexagonal-P',
2598        'Tetragonal-I','Tetragonal-P','Orthorhombic-F','Orthorhombic-I','Orthorhombic-C',
2599        'Orthorhombic-P','Monoclinic-C','Monoclinic-P','Triclinic']
2600    cellGUIlist = [[[0,1,2],4,zip([" Unit cell: a = "," Vol = "],["%.5f","%.3f"],[True,False],[0,0])],
2601    [[3,4,5,6],6,zip([" Unit cell: a = "," c = "," Vol = "],["%.5f","%.5f","%.3f"],[True,True,False],[0,2,0])],
2602    [[7,8,9,10],8,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," Vol = "],["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f"],
2603        [True,True,True,False],[0,1,2,0])],
2604    [[11,12],10,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," beta = "," Vol = "],
2605        ["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f","%.3f"],[True,True,True,True,False],[0,1,2,4,0])],
2606    [[13,],8,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," Vol = "," alpha = "," beta = "," gamma = "],
2607        ["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f","%.3f","%.3f","%.3f"],
2608        [True,True,True,False,True,True,True],[0,1,2,0,3,4,5])]]
2609   
2610    G2frame.dataFrame.SetLabel('Unit Cells List')
2611    G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(False)
2612    peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List'))
2613    if peaks:
2614        G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2615    G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(False)
2616    if controls[12] > 1.0:                               #if a "real" volume (i.e. not default)
2617        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(True)   
2618    G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(False)
2619    G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(False)       
2620    if cells:
2621        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2622        G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(True)       
2623    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2624    mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Indexing controls: '),0,WACV)
2625    mainSizer.Add((5,5),0)
2626    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,5,5,5)
2627    littleSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Max Nc/Nobs '),0,WACV)
2628    NcNo = wx.SpinCtrl(G2frame.dataDisplay)
2629    NcNo.SetRange(2,6)
2630    NcNo.SetValue(controls[2])
2631    NcNo.Bind(wx.EVT_SPINCTRL,OnNcNo)
2632    littleSizer.Add(NcNo,0,WACV)
2633    littleSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Start Volume '),0,WACV)
2634    startVol = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=str('%d'%(controls[3])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2635    startVol.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnStartVol)
2636    startVol.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnStartVol)
2637    littleSizer.Add(startVol,0,WACV)
2638    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2639    mainSizer.Add((5,5),0)
2640    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Select Bravais Lattices for indexing: '),
2641        0,WACV)
2642    mainSizer.Add((5,5),0)
2643    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,7,5,5)
2644    bravList = []
2645    bravs = zip(bravais,bravaisNames)
2646    for brav,bravName in bravs:
2647        bravCk = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=bravName)
2648        bravList.append(bravCk.GetId())
2649        bravCk.SetValue(brav)
2650        bravCk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBravais)
2651        littleSizer.Add(bravCk,0,WACV)
2652    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2653    mainSizer.Add((5,5),0)
2654   
2655    mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Cell Refinement: '),0,WACV)
2656    mainSizer.Add((5,5),0)
2657    littleSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2658    littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Bravais lattice "),0,WACV)
2659    bravSel = wx.Choice(G2frame.dataDisplay,choices=bravaisSymb)
2660    bravSel.SetSelection(bravaisSymb.index(controls[5]))
2661    bravSel.Bind(wx.EVT_CHOICE,OnBravSel)
2662    littleSizer.Add(bravSel,0,WACV)
2663    littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Space group "),0,WACV)
2664    spcSel = wx.Choice(G2frame.dataDisplay,choices=SPGlist[controls[5]])
2665    spcSel.SetSelection(SPGlist[controls[5]].index(controls[13]))
2666    spcSel.Bind(wx.EVT_CHOICE,OnSpcSel)
2667    littleSizer.Add(spcSel,0,WACV)
2668    littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Zero offset"),0,WACV)
2669    zero = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value="%.4f"%(controls[1]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2670    zero.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnZero)
2671    zero.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnZero)
2672    littleSizer.Add(zero,0,WACV)
2673    zeroVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label="Refine?")
2674    zeroVar.SetValue(controls[0])
2675    zeroVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnZeroVar)
2676    littleSizer.Add(zeroVar,0,WACV)
2677    SSopt = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label="Super lattice?")
2678    SSopt.SetValue(ssopt.get('Use',False))
2679    SSopt.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnSSopt)
2680    littleSizer.Add(SSopt,0,WACV)
2681    hklShow = wx.Button(G2frame.dataDisplay,label="Show hkl positions")
2682    hklShow.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnHklShow)
2683    littleSizer.Add(hklShow,0,WACV)
2684    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2685   
2686    mainSizer.Add((5,5),0)
2687    ibrav = SetLattice(controls)
2688    for cellGUI in cellGUIlist:
2689        if ibrav in cellGUI[0]:
2690            useGUI = cellGUI
2691    cellList = []
2692    valDict = {}
2693    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,useGUI[1],5,5)
2694    for txt,fmt,ifEdit,Id in useGUI[2]:
2695        littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=txt),0,WACV)
2696        if ifEdit:          #a,b,c,etc.
2697            cellVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=(fmt%(controls[6+Id])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2698            cellVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnCellChange)       
2699            cellVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnCellChange)
2700            valSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2701            valSizer.Add(cellVal,0,WACV)
2702            cellSpin = wx.SpinButton(G2frame.dataDisplay,style=wx.SP_VERTICAL,size=wx.Size(20,20))
2703            cellSpin.SetValue(0)
2704            cellSpin.SetRange(-1,1)
2705            cellSpin.Bind(wx.EVT_SPIN, OnMoveCell)
2706            valSizer.Add(cellSpin,0,WACV)
2707            littleSizer.Add(valSizer,0,WACV)
2708            cellList.append(cellVal.GetId())
2709            cellList.append(cellSpin.GetId())
2710            valDict[cellSpin.GetId()] = cellVal
2711        else:               #volume
2712            volVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=(fmt%(controls[12])),style=wx.TE_READONLY)
2713            volVal.SetBackgroundColour(VERY_LIGHT_GREY)
2714            littleSizer.Add(volVal,0,WACV)
2715    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2716    if ssopt.get('Use',False):        #super lattice display
2717        indChoice = ['1','2','3','4',]
2718        SpSg = controls[13]
2719        ssChoice = G2spc.ssdict[SpSg]
2720        if ssopt['ssSymb'] not in ssChoice:
2721            ssopt['ssSymb'] = ssChoice[0]
2722        ssSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2723        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Supersymmetry space group: '+SpSg+' '),0,WACV)
2724        selMG = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=ssopt['ssSymb'],
2725                choices=ssChoice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2726        selMG.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnSelMG)
2727        ssSizer.Add(selMG,0,WACV)
2728        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Mod. vector: '),0,WACV)
2729        modS = G2spc.splitSSsym(ssopt['ssSymb'])[0]
2730        Vec = ssopt['ModVec']
2731        Vec,ifShow = G2spc.SSGModCheck(Vec,modS)
2732        Indx = {}
2733        for i,[val,show] in enumerate(zip(Vec,ifShow)):
2734            if show:
2735                valSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2736                modVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=('%.4f'%(val)),
2737                    size=wx.Size(50,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2738                modVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnModVal)       
2739                modVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnModVal)
2740                valSizer.Add(modVal,0,WACV)
2741                modSpin = wx.SpinButton(G2frame.dataDisplay,style=wx.SP_VERTICAL,size=wx.Size(20,20))
2742                modSpin.SetValue(0)
2743                modSpin.SetRange(-1,1)
2744                modSpin.Bind(wx.EVT_SPIN, OnMoveMod)
2745                valSizer.Add(modSpin,0,WACV)
2746                ssSizer.Add(valSizer,0,WACV)
2747                Indx[modVal.GetId()] = i
2748                Indx[modSpin.GetId()] = [i,modVal]
2749            else:
2750                modVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=('%.3f'%(val)),
2751                    size=wx.Size(50,20),style=wx.TE_READONLY)
2752                modVal.SetBackgroundColour(VERY_LIGHT_GREY)
2753                ssSizer.Add(modVal,0,WACV)
2754        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max. M: '),0,WACV)
2755        maxMH = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(ssopt['maxH']),
2756            choices=indChoice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2757        maxMH.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxMH)
2758        ssSizer.Add(maxMH,0,WACV)
2759        findMV = wx.wx.Button(G2frame.dataDisplay,label="Find mod. vec.?")
2760        findMV.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnFindMV)
2761        ssSizer.Add(findMV,0,WACV)
2762        mainSizer.Add(ssSizer,0)
2763
2764    if cells:
2765        mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='\n Indexing Result:'),0,WACV)
2766        rowLabels = []
2767        colLabels = ['M20','X20','use','Bravais','a','b','c','alpha','beta','gamma','Volume','Keep']
2768        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_NUMBER,wg.GRID_VALUE_BOOL,wg.GRID_VALUE_STRING,]+ \
2769            3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]+3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]+ \
2770            [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL]
2771        numRows = len(cells)
2772        table = []
2773        for cell in cells:
2774            rowLabels.append('')
2775            row = cell[0:2]+[cell[-2]]+[bravaisSymb[cell[2]]]+cell[3:10]+[cell[11],]
2776            if cell[-2]:
2777                A = G2lat.cell2A(cell[3:9])
2778                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,cell[2],A)
2779                for hkl in G2frame.HKL:
2780                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2781            table.append(row)
2782        UnitCellsTable = G2gd.Table(table,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2783        gridDisplay = G2gd.GSGrid(G2frame.dataDisplay)
2784        gridDisplay.SetPosition(wx.Point(0,20))               
2785        gridDisplay.SetTable(UnitCellsTable, True)
2786        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2787        gridDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_LEFT_CLICK,RefreshUnitCellsGrid)
2788        gridDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK,OnSortCells)
2789        gridDisplay.SetMargins(0,0)
2790        gridDisplay.SetRowLabelSize(0)
2791        gridDisplay.AutoSizeColumns(False)
2792        for r in range(gridDisplay.GetNumberRows()):
2793            for c in range(gridDisplay.GetNumberCols()):
2794                if c == 2:
2795                    gridDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=False)
2796                else:
2797                    gridDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=True)
2798        mainSizer.Add(gridDisplay,0,WACV)
2799    mainSizer.Layout()   
2800    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2801    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
2802    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
2803    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
2804    Size[0] += 25
2805    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
2806    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
2807   
2808################################################################################
2809#####  Reflection list
2810################################################################################           
2811       
2812def UpdateReflectionGrid(G2frame,data,HKLF=False,Name=''):
2813    '''respond to selection of PWDR Reflections data tree item.
2814    '''
2815    def OnPlotHKL(event):
2816        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
2817        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
2818        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
2819        controls = {'Type' : 'Fo','ifFc' : True,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,
2820            'FoMax' : FoMax,'Zone' : '001','Layer' : 0,'Scale' : 1.0,'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
2821        G2plt.PlotSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
2822       
2823    def OnPlot3DHKL(event):
2824        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
2825        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
2826        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
2827        Vpoint = [int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))]
2828        controls = {'Type':'Fosq','Iscale':False,'HKLmax':Hmax,'HKLmin':Hmin,
2829            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
2830            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,
2831            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[1,0,0]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
2832        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
2833       
2834    def OnSelectPhase(event):
2835        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select','Phase',phases)
2836        try:
2837            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2838                sel = dlg.GetSelection()
2839                G2frame.RefList = phases[sel]
2840                UpdateReflectionGrid(G2frame,data)
2841        finally:
2842            dlg.Destroy()
2843        G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2844           
2845    if not data:
2846        print 'No phases, no reflections'
2847        return
2848    if HKLF:
2849        G2frame.RefList = 1
2850        phaseName = IsHistogramInAnyPhase(G2frame,Name)
2851    else:
2852        phaseName = G2frame.RefList
2853        phases = data.keys()
2854    if G2frame.dataDisplay:
2855        G2frame.dataFrame.Clear()
2856    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2857    if phaseName:
2858        pId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
2859        phaseId =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,pId,phaseName)
2860        General = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(phaseId)['General']
2861        Super = General.get('Super',0)
2862        SuperVec = General.get('SuperVec',[])
2863    else:
2864        Super = 0
2865        SuperVec = []       
2866    rowLabels = []
2867    if HKLF:
2868        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame)
2869        refList = data[1]['RefList']
2870        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ReflMenu)
2871        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2872            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
2873        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotHKL, id=G2gd.wxID_PWDHKLPLOT)
2874        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=G2gd.wxID_PWD3DHKLPLOT)
2875        G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(False)
2876        refs = refList
2877    else:
2878        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ReflMenu)
2879        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2880            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
2881        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSelectPhase, id=G2gd.wxID_SELECTPHASE)
2882        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotHKL, id=G2gd.wxID_PWDHKLPLOT)
2883        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=G2gd.wxID_PWD3DHKLPLOT)
2884        G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(False)
2885        if len(data) > 1:
2886            G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(True)
2887        try:            #patch for old reflection lists
2888            refList = np.array(data[G2frame.RefList]['RefList'])
2889            I100 = refList.T[8+Super]*refList.T[11+Super]
2890        except TypeError:
2891            refList = np.array([refl[:11+Super] for refl in data[G2frame.RefList]])
2892            I100 = refList.T[8+Super]*np.array([refl[11+Super] for refl in data[G2frame.RefList]])
2893        Imax = np.max(I100)
2894        if Imax:
2895            I100 *= 100.0/Imax
2896        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2897            refs = np.vstack((refList.T[:15+Super],I100)).T
2898        elif 'T' in Inst['Type'][0]:
2899            refs = np.vstack((refList.T[:18+Super],I100)).T
2900           
2901    for i in range(len(refs)): rowLabels.append(str(i))
2902    Types = (4+Super)*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+4*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',]+ \
2903        2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',]+[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]+ \
2904        [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2905    superLabels = ['M1','M2','M3']
2906    if HKLF:
2907        colLabels = ['H','K','L','mul','d','Fosq','sig','Fcsq','FoTsq','FcTsq','phase','ExtC',]
2908        if 'T' in Inst['Type'][0]:
2909            colLabels = ['H','K','L','mul','d','Fosq','sig','Fcsq','FoTsq','FcTsq','phase','ExtC','wave','tbar']
2910            Types += 2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2911        if Super:
2912            for i in range(Super):
2913                colLabels.insert(3+i,superLabels[i])
2914    else:
2915        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2916            colLabels = ['H','K','L','mul','d','pos','sig','gam','Fosq','Fcsq','phase','Icorr','Prfo','Trans','ExtP','I100']
2917            Types += 4*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2918        elif 'T' in Inst['Type'][0]:
2919            colLabels = ['H','K','L','mul','d','pos','sig','gam','Fosq','Fcsq','phase','Icorr','alp','bet','wave','Prfo','Abs','Ext','I100']
2920            Types += 7*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2921        if Super:
2922            for i in range(Super):
2923                colLabels.insert(3+i,superLabels[i])
2924           
2925    G2frame.PeakTable = G2gd.Table(refs,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2926    G2frame.dataFrame.SetLabel('Reflection List for '+phaseName)
2927    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
2928    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.PeakTable, True)
2929    G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
2930    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
2931    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
2932    G2frame.dataDisplay.Fit()
2933    size = G2frame.dataDisplay.GetSize()
2934    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([size[0]+32,350])
2935   
2936################################################################################
2937#####  SASD Substances
2938################################################################################
2939           
2940def UpdateSubstanceGrid(G2frame,data):
2941    '''respond to selection of SASD Substance data tree item.
2942    '''
2943    import Substances as substFile
2944   
2945    def OnLoadSubstance(event):
2946        names = substFile.Substances.keys()
2947        names.sort()
2948        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', names, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2949        try:
2950            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2951                name = names[dlg.GetSelection()]
2952            else:
2953                return
2954        finally:
2955            dlg.Destroy()
2956        data['Substances'][name] = {'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':1.0,
2957            'Scatt density':0.0,'XAnom density':0.0,'XAbsorption':0.0}
2958        subst = substFile.Substances[name]
2959        ElList = subst['Elements'].keys()
2960        for El in ElList:
2961            Info = G2elem.GetAtomInfo(El.strip().capitalize())
2962            Info.update(subst['Elements'][El])
2963            data['Substances'][name]['Elements'][El] = Info
2964            if 'Volume' in subst:
2965                data['Substances'][name]['Volume'] = subst['Volume']
2966                data['Substances'][name]['Density'] = \
2967                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
2968            elif 'Density' in subst:
2969                data['Substances'][name]['Density'] = subst['Density']
2970                data['Substances'][name]['Volume'] = \
2971                    G2mth.Den2Vol(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Density'])
2972            else:
2973                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
2974                data['Substances'][name]['Density'] = \
2975                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
2976            data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
2977                G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
2978            contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
2979            data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
2980            data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
2981                         
2982        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
2983       
2984    def OnCopySubstance(event):
2985        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
2986        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
2987        if not histList:
2988            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
2989            return
2990        copyList = []
2991        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
2992            G2frame.dataFrame, 
2993            'Copy substances from\n'+hst[5:]+' to...',
2994            'Copy substances', histList)
2995        try:
2996            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2997                for i in dlg.GetSelections(): 
2998                    copyList.append(histList[i])
2999        finally:
3000            dlg.Destroy()       
3001        for item in copyList:
3002            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
3003            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Substances'),
3004                copy.copy(data))
3005   
3006    def OnAddSubstance(event):
3007        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this substance','Substance Name Entry','New substance',
3008            style=wx.OK)
3009        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3010            Name = dlg.GetValue()
3011            data['Substances'][Name] = {'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':1.0,
3012                'Scatt density':0.0,'XAnom density':0.,'XAbsorption':0.}
3013        dlg.Destroy()
3014        AddElement(Name)
3015        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3016       
3017    def OnDeleteSubstance(event):
3018        TextList = []
3019        for name in data['Substances']:
3020            if name != 'vacuum':
3021                TextList += [name,]
3022        if not TextList:
3023            return
3024        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance to delete', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3025        try:
3026            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3027                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3028            else:
3029                return
3030        finally:
3031            dlg.Destroy()
3032        del(data['Substances'][name])
3033        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)       
3034               
3035    def OnAddElement(event):       
3036        TextList = []
3037        for name in data['Substances']:
3038            if name != 'vacuum':
3039                TextList += [name,]
3040        if not TextList:
3041            return
3042        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3043        try:
3044            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3045                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3046            else:
3047                return
3048        finally:
3049            dlg.Destroy()
3050        AddElement(name)
3051        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3052       
3053    def AddElement(name):
3054        ElList = data['Substances'][name]['Elements'].keys()
3055        dlg = G2elemGUI.PickElements(G2frame,ElList)
3056        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3057            for El in dlg.Elem:
3058                El = El.strip().capitalize()
3059                Info = G2elem.GetAtomInfo(El)
3060                Info.update({'Num':1})
3061                data['Substances'][name]['Elements'][El] = Info
3062                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3063                data['Substances'][name]['Density'] = \
3064                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3065                data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3066                    G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3067                contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3068                data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3069                data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3070        dlg.Destroy()
3071       
3072    def OnDeleteElement(event):
3073        TextList = []
3074        for name in data['Substances']:
3075            if name != 'vacuum':
3076                TextList += [name,]
3077        if not TextList:
3078            return
3079        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3080        try:
3081            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3082                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3083            else:
3084                return
3085        finally:
3086            dlg.Destroy()
3087        ElList = data['Substances'][name]['Elements'].keys()
3088        if len(ElList):
3089            DE = G2elemGUI.DeleteElement(G2frame,ElList)
3090            if DE.ShowModal() == wx.ID_OK:
3091                El = DE.GetDeleteElement().strip().upper()
3092                del(data['Substances'][name]['Elements'][El])
3093                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3094                data['Substances'][name]['Density'] = \
3095                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3096                data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3097                    G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3098                contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3099                data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3100                data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3101        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3102               
3103    def SubstSizer():
3104       
3105        def OnValueChange(event):
3106            Obj = event.GetEventObject()
3107            if len(Indx[Obj.GetId()]) == 3:
3108                name,El,keyId = Indx[Obj.GetId()]
3109                try:
3110                    value = max(0,float(Obj.GetValue()))
3111                except ValueError:
3112                    value = 0
3113                    Obj.SetValue('%.2f'%(value))
3114                data['Substances'][name]['Elements'][El][keyId] = value
3115                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3116                data['Substances'][name]['Density'] = \
3117                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3118            else:
3119                name,keyId = Indx[Obj.GetId()]
3120                try:
3121                    value = max(0,float(Obj.GetValue()))
3122                except ValueError:
3123                    value = 1.0
3124                data['Substances'][name][keyId] = value
3125                if keyId in 'Volume':
3126                    data['Substances'][name]['Density'] = \
3127                        G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],value)
3128                elif keyId in 'Density':
3129                    data['Substances'][name]['Volume'] = \
3130                        G2mth.Den2Vol(data['Substances'][name]['Elements'],value)
3131            data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3132                G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3133            contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3134            data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3135            data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3136            wx.CallAfter(UpdateSubstanceGrid,G2frame,data)
3137       
3138        Indx = {}
3139        substSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3140        substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Substance list: wavelength: %.5fA'%(wave)),
3141            0,WACV)
3142        for name in data['Substances']:
3143            G2gd.HorizontalLine(substSizer,G2frame.dataDisplay)   
3144            substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Data for '+name+':'),
3145                0,WACV)
3146            if name == 'vacuum':
3147                substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='        Not applicable'),
3148                    0,WACV)
3149            else:   
3150                elSizer = wx.FlexGridSizer(0,6,5,5)
3151                Substance = data['Substances'][name]
3152                Elems = Substance['Elements']
3153                for El in Elems:    #do elements as pull downs for isotopes for neutrons
3154                    elSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' '+El+': '),
3155                        0,WACV)
3156                    num = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.2f'%(Elems[El]['Num']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3157                    Indx[num.GetId()] = [name,El,'Num']
3158                    num.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3159                    num.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3160                    elSizer.Add(num,0,WACV)
3161                substSizer.Add(elSizer,0)
3162                vdsSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
3163                vdsSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Volume: '),
3164                    0,WACV)
3165                vol = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(Substance['Volume']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3166                Indx[vol.GetId()] = [name,'Volume']
3167                vol.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3168                vol.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3169                vdsSizer.Add(vol,0,WACV)               
3170                vdsSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Density: '),
3171                    0,WACV)
3172                den = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(Substance['Density']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3173                Indx[den.GetId()] = [name,'Density']
3174                den.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3175                den.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3176                vdsSizer.Add(den,0,WACV)
3177                substSizer.Add(vdsSizer,0)
3178                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,
3179                    label=' Scattering density  : %.2f *10%scm%s'%(Substance['Scatt density'],Pwr10,Pwrm2)),
3180                    0,WACV)               
3181                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,       #allow neutrons here into NAnom density & NAbsorption
3182                    label=' Anomalous density : %.2f *10%scm%s'%(Substance['XAnom density'],Pwr10,Pwrm2)),
3183                    0,WACV)               
3184                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,
3185                    label=' X-ray absorption   : %.2f cm%s'%(Substance['XAbsorption'],Pwrm1)),
3186                    0,WACV)               
3187        return substSizer
3188           
3189    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
3190    wave = G2mth.getWave(Inst)
3191    if G2frame.dataDisplay:
3192        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
3193    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SubstanceMenu)
3194    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3195        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3196    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
3197    G2frame.dataFrame.SetLabel('Substances')
3198    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnLoadSubstance, id=G2gd.wxID_LOADSUBSTANCE)   
3199    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddSubstance, id=G2gd.wxID_ADDSUBSTANCE)
3200    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopySubstance, id=G2gd.wxID_COPYSUBSTANCE)
3201    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteSubstance, id=G2gd.wxID_DELETESUBSTANCE)   
3202    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddElement, id=G2gd.wxID_ELEMENTADD)
3203    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteElement, id=G2gd.wxID_ELEMENTDELETE)
3204    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3205    mainSizer.Add(SubstSizer(),0)
3206
3207    mainSizer.Layout()   
3208    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
3209    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
3210    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
3211    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
3212    Size[0] += 25
3213    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
3214    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
3215       
3216################################################################################
3217#####  SASD Models
3218################################################################################           
3219       
3220def UpdateModelsGrid(G2frame,data):
3221    '''respond to selection of SASD Models data tree item.
3222    '''
3223    #patches
3224    if 'Current' not in data:
3225        data['Current'] = 'Size dist.'
3226    if 'logBins' not in data['Size']:
3227        data['Size']['logBins'] = True
3228    if 'MinMaxDiam' in data['Size']:
3229        data['Size']['MinDiam'] = 50.
3230        data['Size']['MaxDiam'] = 10000.
3231        del data['Size']['MinMaxDiam']
3232    if isinstance(data['Size']['MaxEnt']['Sky'],float):
3233        data['Size']['MaxEnt']['Sky'] = -3
3234    if 'Power' not in data['Size']['IPG']:
3235        data['Size']['IPG']['Power'] = -1
3236    if 'Matrix' not in data['Particle']:
3237        data['Particle']['Matrix'] = {'Name':'vacuum','VolFrac':[0.0,False]}
3238    if 'BackFile' not in data:
3239        data['BackFile'] = ''
3240    #end patches
3241   
3242    def RefreshPlots(newPlot=False):
3243        PlotText = G2frame.G2plotNB.nb.GetPageText(G2frame.G2plotNB.nb.GetSelection())
3244        if 'Powder' in PlotText:
3245            G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=newPlot)
3246        elif 'Size' in PlotText:
3247            G2plt.PlotSASDSizeDist(G2frame)
3248               
3249    def OnAddModel(event):
3250        if data['Current'] == 'Particle fit':
3251            material = 'vacuum'
3252            if len(data['Particle']['Levels']):
3253                material = data['Particle']['Levels'][-1]['Controls']['Material']
3254            data['Particle']['Levels'].append({
3255                'Controls':{'FormFact':'Sphere','DistType':'LogNormal','Material':material,
3256                    'FFargs':{},'SFargs':{},'NumPoints':50,'Cutoff':0.01,'Contrast':0.0,
3257                    'SlitSmear':[0.0,False],'StrFact':'Dilute'},    #last 2 not used - future?
3258                'LogNormal':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[0.5,False],'MinSize':[10.,False],},
3259                'Gaussian':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[300.,False],},
3260                'LSW':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.0,False],},
3261                'Schulz-Zimm':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[300.,False],},
3262                'Unified':{'G':[1.e3,False],'Rg':[100,False],'B':[1.e-5,False],'P':[4,False],'Cutoff':[1e-5,False],},
3263                'Porod':{'B':[1.e-4,False],'P':[4,False],'Cutoff':[1e-5,False],},
3264                'Monodisperse':{'Volume':[0.05,False],'Radius':[100,False],},   #OK for spheres
3265                'Bragg':{'PkInt':[100,False],'PkPos':[0.2,False],
3266                    'PkSig':[10,False],'PkGam':[10,False],},        #reasonable 31A peak
3267                })
3268            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3269            RefreshPlots(True)
3270                   
3271        wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3272       
3273    def OnCopyModel(event):
3274        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3275        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
3276        if not histList:
3277            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
3278            return
3279        copyList = []
3280        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
3281            G2frame.dataFrame, 
3282            'Copy models from\n'+hst[5:]+' to...',
3283            'Copy models', histList)
3284        try:
3285            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3286                for i in dlg.GetSelections(): 
3287                    copyList.append(histList[i])
3288        finally:
3289            dlg.Destroy()       
3290        for item in copyList:
3291            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
3292            newdata = copy.deepcopy(data)
3293            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Models'),newdata)
3294            if newdata['BackFile']:
3295                Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[1]
3296                BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,newdata['BackFile'])
3297                BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3298                Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3299        RefreshPlots(True)
3300               
3301    def OnCopyFlags(event):
3302        thisModel = copy.deepcopy(data)
3303        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3304        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
3305        if not histList:
3306            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
3307            return
3308        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
3309            G2frame.dataFrame, 
3310            'Copy sample ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
3311            'Copy sample flags', histList)
3312        distChoice = ['LogNormal','Gaussian','LSW','Schulz-Zimm','Bragg','Unified',
3313            'Porod','Monodisperse',]
3314        parmOrder = ['Volume','Radius','Mean','StdDev','G','Rg','B','P',
3315            'Cutoff','PkInt','PkPos','PkSig','PkGam','VolFr','Dist',]
3316        try:
3317            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3318                result = dlg.GetSelections()
3319                for i in result: 
3320                    item = histList[i]
3321                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
3322                    newModel = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Models'))
3323                    newModel['Back'][1] = copy.copy(thisModel['Back'][1])
3324                    for ilev,level in enumerate(newModel['Particle']['Levels']):
3325                        for form in level:
3326                            if form in distChoice:
3327                                thisForm = thisModel['Particle']['Levels'][ilev][form]                               
3328                                for item in parmOrder:
3329                                    if item in thisForm:
3330                                       level[form][item][1] = copy.copy(thisForm[item][1])
3331                            elif form == 'Controls':
3332                                thisForm = thisModel['Particle']['Levels'][ilev][form]['SFargs']
3333                                for item in parmOrder:
3334                                    if item in thisForm:
3335                                        level[form]['SFargs'][item][1] = copy.copy(thisForm[item][1])
3336        finally:
3337            dlg.Destroy()
3338               
3339    def OnFitModelAll(event):
3340        choices = G2gd.GetPatternTreeDataNames(G2frame,['SASD',])
3341        sel = []
3342        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential SASD refinement',
3343             'Select dataset to include',choices)
3344        dlg.SetSelections(sel)
3345        names = []
3346        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3347            for sel in dlg.GetSelections():
3348                names.append(choices[sel])
3349        dlg.Destroy()
3350        SeqResult = {'histNames':names}
3351        Reverse = False
3352        CopyForward = False
3353        choice = ['Reverse sequence','Copy from prev.']
3354        dlg = wx.MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame,'Sequential controls','Select controls',choice)
3355        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3356            for sel in dlg.GetSelections():
3357                if sel:
3358                    CopyForward = True
3359                else:
3360                    Reverse = True
3361        dlg.Destroy()
3362        dlg = wx.ProgressDialog('SASD Sequential fit','Data set name = '+names[0],len(names), 
3363            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
3364        wx.BeginBusyCursor()
3365        if Reverse:
3366            names.reverse()
3367        try:
3368            for i,name in enumerate(names):
3369                print ' Sequential fit for ',name
3370                GoOn = dlg.Update(i,newmsg='Data set name = '+name)[0]
3371                if not GoOn:
3372                    break
3373                Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
3374                if i and CopyForward:
3375                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'),JModel)
3376                IProfDict,IProfile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[:2]
3377                IModel = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'))
3378                ISample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Sample Parameters'))
3379                ILimits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Limits'))
3380                IfOK,result,varyList,sig,Rvals,covMatrix,parmDict,Msg = G2sasd.ModelFit(IProfile,IProfDict,ILimits,ISample,IModel)
3381                JModel = copy.deepcopy(IModel)
3382                if not IfOK:
3383                    G2frame.ErrorDialog('Failed sequential refinement for data '+name,
3384                        ' Msg: '+Msg+'\nYou need to rethink your selection of parameters\n'+    \
3385                        ' Model restored to previous version for'+name)
3386                    SeqResult['histNames'] = names[:i]
3387                    dlg.Destroy()
3388                    break
3389                else:
3390                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'),copy.deepcopy(IModel))
3391               
3392                G2sasd.ModelFxn(IProfile,IProfDict,ILimits,ISample,IModel)
3393                SeqResult[name] = {'variables':result[0],'varyList':varyList,'sig':sig,'Rvals':Rvals,
3394                    'covMatrix':covMatrix,'title':name,'parmDict':parmDict}
3395            else:
3396                dlg.Destroy()
3397                print ' ***** Small angle sequential refinement successful *****'
3398        finally:
3399            wx.EndBusyCursor()   
3400        Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Sequential results')
3401        if Id:
3402            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
3403        else:
3404            Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Sequential results')
3405            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
3406        G2frame.PatternTree.SelectItem(Id)
3407       
3408    def OnFitModel(event):
3409        if data['Current'] == 'Size dist.':
3410            if not any(Sample['Contrast']):
3411                G2frame.ErrorDialog('No contrast; your sample is a vacuum!',
3412                    'You need to define a scattering substance!\n'+    \
3413                    ' Do Substances and then Sample parameters')
3414                return
3415            G2sasd.SizeDistribution(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3416            G2plt.PlotSASDSizeDist(G2frame)
3417            RefreshPlots(True)
3418           
3419        elif data['Current'] == 'Particle fit':
3420            SaveState()
3421            Results = G2sasd.ModelFit(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3422            if not Results[0]:
3423                    G2frame.ErrorDialog('Failed refinement',
3424                        ' Msg: '+Results[-1]+'\nYou need to rethink your selection of parameters\n'+    \
3425                        ' Model restored to previous version')
3426            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3427            RefreshPlots(True)
3428            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3429           
3430    def OnUnDo(event):
3431        DoUnDo()
3432        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
3433            G2frame.PatternId,'Models'))
3434        G2frame.dataFrame.SasdUndo.Enable(False)
3435        UpdateModelsGrid(G2frame,data)
3436        G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3437        RefreshPlots(True)
3438
3439    def DoUnDo():
3440        print 'Undo last refinement'
3441        file = open(G2frame.undosasd,'rb')
3442        PatternId = G2frame.PatternId
3443        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Models'),cPickle.load(file))
3444        print ' Models recovered'
3445        file.close()
3446       
3447    def SaveState():
3448        G2frame.undosasd = os.path.join(G2frame.dirname,'GSASIIsasd.save')
3449        file = open(G2frame.undosasd,'wb')
3450        PatternId = G2frame.PatternId
3451        for item in ['Models']:
3452            cPickle.dump(G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId,item)),file,1)
3453        file.close()
3454        G2frame.dataFrame.SasdUndo.Enable(True)
3455       
3456    def OnSelectFit(event):
3457        data['Current'] = fitSel.GetValue()
3458        wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3459       
3460    def OnCheckBox(event):
3461        Obj = event.GetEventObject()
3462        item,ind = Indx[Obj.GetId()]
3463        item[ind] = Obj.GetValue()
3464       
3465    def OnIntVal(event):
3466        Obj = event.GetEventObject()
3467        item,ind,minVal = Indx[Obj.GetId()]
3468        try:
3469            value = int(Obj.GetValue())
3470            if value <= minVal:
3471                raise ValueError
3472        except ValueError:
3473            value = item[ind]
3474        Obj.SetValue(str(value))
3475        item[ind] = value
3476
3477    def SizeSizer():
3478       
3479        def OnShape(event):
3480            data['Size']['Shape'][0] = partsh.GetValue()
3481            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3482           
3483        def OnMethod(event):
3484            data['Size']['Method'] = method.GetValue()
3485            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3486           
3487        def OnPartVal(event):
3488            try:
3489                val = max(0.0,float(partprm.GetValue()))
3490            except ValueError:
3491                val = 1
3492            data['Size']['Shape'][1] = val
3493            partprm.SetValue('%.3f'%(val))
3494           
3495        sizeSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3496        sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Size distribution parameters: '),0,WACV)
3497        binSizer = wx.FlexGridSizer(0,7,5,5)
3498        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' No. size bins: '),0,WACV)
3499        bins = ['50','100','150','200']
3500        nbins = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['Nbins']),choices=bins,
3501            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3502        Indx[nbins.GetId()] = [data['Size'],'Nbins',0]
3503        nbins.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)       
3504        binSizer.Add(nbins,0,WACV)
3505        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min diam.: '),0,WACV)
3506        minDias = ['10','25','50','100','150','200']
3507        mindiam = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MinDiam']),choices=minDias,
3508            style=wx.CB_DROPDOWN)
3509        mindiam.Bind(wx.EVT_LEAVE_WINDOW,OnIntVal)
3510        mindiam.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnIntVal)       
3511        mindiam.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnIntVal)
3512        Indx[mindiam.GetId()] = [data['Size'],'MinDiam',0]
3513        binSizer.Add(mindiam,0,WACV)
3514        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max diam.: '),0,WACV)
3515        maxDias = [str(1000*(i+1)) for i in range(10)]
3516        maxdiam = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MaxDiam']),choices=maxDias,
3517            style=wx.CB_DROPDOWN)
3518        maxdiam.Bind(wx.EVT_LEAVE_WINDOW,OnIntVal)
3519        maxdiam.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnIntVal)       
3520        maxdiam.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnIntVal)
3521        Indx[maxdiam.GetId()] = [data['Size'],'MaxDiam',0]
3522        binSizer.Add(maxdiam,0,WACV)
3523        logbins = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Log bins?')
3524        Indx[logbins.GetId()] = [data['Size'],'logBins']
3525        logbins.SetValue(data['Size']['logBins'])
3526        logbins.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnCheckBox)
3527        binSizer.Add(logbins,0,WACV)
3528        sizeSizer.Add(binSizer,0)
3529        sizeSizer.Add((5,5),0)
3530        partSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3531        partSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Particle description: '),0,WACV)
3532        shapes = {'Spheroid':' Aspect ratio: ','Cylinder':' Diameter ','Cylinder AR':' Aspect ratio: ',
3533            'Unified sphere':'','Unified rod':' Diameter: ','Unified rod AR':' Aspect ratio: ',
3534            'Unified disk':' Thickness: '}
3535        partsh = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['Shape'][0]),choices=shapes.keys(),
3536            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3537        partsh.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnShape)       
3538        partSizer.Add(partsh,0,WACV)
3539        if data['Size']['Shape'][0] not in ['Unified sphere',]:
3540            partSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=shapes[data['Size']['Shape'][0]]),0,WACV)
3541            partprm = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(data['Size']['Shape'][1]),
3542                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3543            partprm.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnPartVal)       
3544            partprm.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnPartVal)
3545            partSizer.Add(partprm,0,WACV)
3546        sizeSizer.Add(partSizer,0)
3547        sizeSizer.Add((5,5),0)
3548        fitSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3549        methods = ['MaxEnt','IPG',]
3550        fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Fitting method: '),0,WACV)
3551        method = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Size']['Method'],choices=methods,
3552            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3553        method.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMethod)
3554        fitSizer.Add(method,0,WACV)
3555        iters = ['10','25','50','100','150','200']       
3556        fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' No. iterations: '),0,WACV)
3557        Method = data['Size']['Method']
3558        iter = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size'][Method]['Niter']),choices=iters,
3559            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3560        Indx[iter.GetId()] = [data['Size'][Method],'Niter',0]
3561        iter.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3562        fitSizer.Add(iter,0,WACV)
3563        if 'MaxEnt' in data['Size']['Method']:
3564            fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Log floor factor: '),0,WACV)
3565            floors = [str(-i) for i in range(9)]
3566            floor = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MaxEnt']['Sky']),choices=floors,
3567                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3568            Indx[floor.GetId()] = [data['Size']['MaxEnt'],'Sky',-10]
3569            floor.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3570            fitSizer.Add(floor,0,WACV)
3571        elif 'IPG' in data['Size']['Method']:
3572            fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Q power weight (-1 for sigma): '),0,WACV)
3573            choices = ['-1','0','1','2','3','4']
3574            power = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['IPG']['Power']),choices=choices,
3575                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3576            Indx[power.GetId()] = [data['Size']['IPG'],'Power',-2]
3577            power.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3578            fitSizer.Add(power,0,WACV)
3579        sizeSizer.Add(fitSizer,0)
3580
3581        return sizeSizer
3582       
3583    def PartSizer():
3584       
3585        FormFactors = {'Sphere':{},'Spheroid':{'Aspect ratio':[1.0,False]},
3586            'Cylinder':{'Length':[100.,False]},'Cylinder diam':{'Diameter':[100.,False]},
3587            'Cylinder AR':{'Aspect ratio':[1.0,False]},'Unified sphere':{},
3588            'Unified rod':{'Length':[100.,False]},'Unified rod AR':{'Aspect ratio':[1.0,False]},
3589            'Unified disk':{'Thickness':[100.,False]},
3590            'Unified tube':{'Length':[100.,False],'Thickness':[10.,False]},}
3591               
3592        StructureFactors = {'Dilute':{},'Hard sphere':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False]},
3593            'Sticky hard sphere':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False],'epis':[0.05,False],'Sticky':[0.2,False]},
3594            'Square well':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False],'Depth':[0.1,False],'Width':[1.,False]},
3595            'InterPrecipitate':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False]},}
3596               
3597        ffDistChoices =  ['Sphere','Spheroid','Cylinder','Cylinder diam',
3598            'Cylinder AR','Unified sphere','Unified rod','Unified rod AR',
3599            'Unified disk','Unified tube',]
3600               
3601        ffMonoChoices = ['Sphere','Spheroid','Cylinder','Cylinder AR',]
3602       
3603        sfChoices = ['Dilute','Hard sphere','Sticky hard sphere','Square well','InterPrecipitate',]
3604           
3605        slMult = 1000.
3606                 
3607        def OnValue(event):
3608            Obj = event.GetEventObject()
3609            item,key,sldrObj = Indx[Obj.GetId()]
3610            try:
3611                value = float(Obj.GetValue())
3612                if value <= 0.:
3613                    raise ValueError
3614            except ValueError:
3615                value = item[key][0]
3616            item[key][0] = value
3617            Obj.SetValue('%.3g'%(value))
3618            if key in ['P','epis','Sticky','Depth','Width','VolFr','Dist']:
3619                sldrObj.SetValue(slMult*value)
3620            else:
3621                logv = np.log10(value)
3622                valMinMax = [logv-1,logv+1]
3623                sldrObj.SetRange(slMult*valMinMax[0],slMult*valMinMax[1])
3624                sldrObj.SetValue(slMult*logv)
3625            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3626            RefreshPlots()
3627           
3628        def OnSelect(event):
3629            Obj = event.GetEventObject()
3630            item,key = Indx[Obj.GetId()]
3631            item[key] = Obj.GetValue()
3632            if 'Refine' not in Obj.GetLabel():
3633                if 'FormFact' in key :
3634                    item['FFargs'] = FormFactors[Obj.GetValue()]
3635                elif 'StrFact' in key:
3636                    item['SFargs'] = StructureFactors[Obj.GetValue()]
3637                wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3638                G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3639                RefreshPlots()
3640               
3641        def OnDelLevel(event):
3642            Obj = event.GetEventObject()
3643            item = Indx[Obj.GetId()]
3644            del data['Particle']['Levels'][item]
3645            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3646            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3647            RefreshPlots()
3648           
3649        def OnParmSlider(event):
3650            Obj = event.GetEventObject()
3651            item,key,pvObj = Indx[Obj.GetId()]
3652            slide = Obj.GetValue()
3653            if key in ['P','epis','Sticky','Depth','Width','VolFr','Dist']:
3654                value = float(slide/slMult)
3655            else:
3656                value = 10.**float(slide/slMult)
3657            item[key][0] = value
3658            pvObj.SetValue('%.3g'%(item[key][0]))
3659            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3660            RefreshPlots()
3661           
3662        def SizeSizer():
3663            sizeSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
3664            sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Distribution: '),0,WACV)
3665            Distchoice = ['LogNormal','Gaussian','LSW','Schulz-Zimm','Bragg','Unified','Porod','Monodisperse',]
3666            distChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['DistType'],choices=Distchoice,
3667                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3668            Indx[distChoice.GetId()] = [level['Controls'],'DistType']
3669            distChoice.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3670            sizeSizer.Add(distChoice,0,WACV)    #put structure factor choices here
3671            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg','Unified','Porod',]:
3672                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Form Factor: '),0,WACV)
3673                if 'Mono' in level['Controls']['DistType']:
3674                    ffChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['FormFact'],choices=ffMonoChoices,
3675                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3676                else:
3677                    ffChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['FormFact'],choices=ffDistChoices,
3678                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3679                Indx[ffChoice.GetId()] = [level['Controls'],'FormFact']
3680                ffChoice.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3681                sizeSizer.Add(ffChoice,0,WACV)
3682               
3683                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Material: '),0,WACV)
3684                matSel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['Material'],
3685                    choices=Substances['Substances'].keys(),style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3686                Indx[matSel.GetId()] = [level['Controls'],'Material']
3687                matSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)       
3688                sizeSizer.Add(matSel,0,WACV) #do neutron test here?
3689                rho = Substances['Substances'][level['Controls']['Material']].get('XAnom density',0.0)
3690                level['Controls']['Contrast'] = contrast = (rho-rhoMat)**2                 
3691                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Resonant X-ray contrast: '),0,WACV)
3692                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=%.2f 10%scm%s'%(contrast,Pwr20,Pwrm4)),0,WACV)
3693                if 'Mono' not in level['Controls']['DistType']:
3694                    sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Num. radii: '),0,WACV)
3695                    radii = ['25','50','75','100','200']
3696                    nRadii = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(level['Controls']['NumPoints']),choices=radii,
3697                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3698                    Indx[nRadii.GetId()] = [level['Controls'],'NumPoints']
3699                    nRadii.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3700                    sizeSizer.Add(nRadii,0,WACV)
3701                    sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' R dist. cutoff: '),0,WACV)
3702                    rCutoff = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,level['Controls'],'Cutoff',
3703                        min=0.001,max=0.1,typeHint=float)
3704                    sizeSizer.Add(rCutoff,0,WACV)
3705            elif level['Controls']['DistType']  in ['Unified',]:
3706                Parms = level['Unified']
3707                Best = G2sasd.Bestimate(Parms['G'][0],Parms['Rg'][0],Parms['P'][0])
3708                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Estimated Dist B: %12.4g'%(Best)),0,WACV)
3709            return sizeSizer
3710           
3711        def ParmSizer():
3712            parmSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,5,5)
3713            parmSizer.AddGrowableCol(2,1)
3714            parmSizer.SetFlexibleDirection(wx.HORIZONTAL)
3715            Parms = level[level['Controls']['DistType']]
3716            FFargs = level['Controls']['FFargs']
3717            SFargs = level['Controls'].get('SFargs',{})
3718            parmOrder = ['Volume','Radius','Mean','StdDev','MinSize','G','Rg','B','P','Cutoff',
3719                'PkInt','PkPos','PkSig','PkGam',]
3720            for parm in parmOrder:
3721                if parm in Parms:
3722                    if parm == 'MinSize':
3723                        parmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Dist '+parm),0,wx.ALIGN_CENTER)
3724                    else:
3725                        parmVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine? Dist '+parm) 
3726                        parmVar.SetValue(Parms[parm][1])
3727                        parmVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3728                        parmSizer.Add(parmVar,0,WACV)
3729                        Indx[parmVar.GetId()] = [Parms[parm],1]
3730                    parmValue = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(Parms[parm][0]),
3731                        style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3732                    parmValue.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValue)       
3733                    parmValue.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValue)
3734                    parmSizer.Add(parmValue,0,WACV)
3735                    if parm == 'P':
3736                        value = Parms[parm][0]
3737                        valMinMax = [0.1,4.2]
3738                    else:
3739                        value = np.log10(Parms[parm][0])
3740                        valMinMax = [value-1,value+1]
3741                    parmSldr = wx.Slider(G2frame.dataDisplay,minValue=slMult*valMinMax[0],
3742                        maxValue=slMult*valMinMax[1],value=slMult*value)
3743                    Indx[parmValue.GetId()] = [Parms,parm,parmSldr]
3744                    Indx[parmSldr.GetId()] = [Parms,parm,parmValue]
3745                    parmSldr.Bind(wx.EVT_SLIDER,OnParmSlider)
3746                    parmSizer.Add(parmSldr,1,wx.EXPAND)
3747            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg']:
3748                parmOrder = ['Aspect ratio','Length','Diameter','Thickness','VolFr','Dist','epis','Sticky','Depth','Width']
3749                fTypes = ['FF ','SF ']
3750                for iarg,Args in enumerate([FFargs,SFargs]):
3751                    for parm in parmOrder:
3752                        if parm in Args:
3753                            parmVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine? '+fTypes[iarg]+parm) 
3754                            parmVar.SetValue(Args[parm][1])
3755                            Indx[parmVar.GetId()] = [Args[parm],1]
3756                            parmVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3757                            parmSizer.Add(parmVar,0,WACV)
3758                            parmValue = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(Args[parm][0]),
3759                                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3760                            parmValue.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValue)       
3761                            parmValue.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValue)
3762                            parmSizer.Add(parmValue,0,WACV)
3763                            value = Args[parm][0]
3764                            if parm == 'epis':
3765                                valMinMax = [0,.1]
3766                            elif parm in ['Sticky','Width',]:
3767                                valMinMax = [0,1.]
3768                            elif parm == 'Depth':
3769                                valMinMax = [-2.,2.]
3770                            elif parm == 'Dist':
3771                                valMinMax = [100.,1000.]
3772                            elif parm == 'VolFr':
3773                                valMinMax = [1.e-4,1.]
3774                            else:
3775                                value = np.log10(Args[parm][0])
3776                                valMinMax = [value-1,value+1]
3777                            parmSldr = wx.Slider(G2frame.dataDisplay,minValue=slMult*valMinMax[0],
3778                                maxValue=slMult*valMinMax[1],value=slMult*value)
3779                            Indx[parmVar.GetId()] = [Args[parm],1]
3780                            Indx[parmValue.GetId()] = [Args,parm,parmSldr]
3781                            Indx[parmSldr.GetId()] = [Args,parm,parmValue]
3782                            parmSldr.Bind(wx.EVT_SLIDER,OnParmSlider)
3783                            parmSizer.Add(parmSldr,1,wx.EXPAND)
3784            return parmSizer               
3785           
3786        Indx = {}
3787        partSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3788        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3789        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Particle fit parameters: '),0,WACV)
3790        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Matrix: '),0,WACV)
3791        matsel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Particle']['Matrix']['Name'],
3792            choices=Substances['Substances'].keys(),style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3793        Indx[matsel.GetId()] = [data['Particle']['Matrix'],'Name'] 
3794        matsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect) #Do neutron test here?
3795        rhoMat = Substances['Substances'][data['Particle']['Matrix']['Name']].get('XAnom density',0.0)       
3796        topSizer.Add(matsel,0,WACV)
3797        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Volume fraction: '),0,WACV)
3798        volfrac = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data['Particle']['Matrix']['VolFrac'],0,
3799                typeHint=float)
3800        topSizer.Add(volfrac,0,WACV)
3801        volVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?')
3802        volVar.SetValue(data['Particle']['Matrix']['VolFrac'][1])
3803        Indx[volVar.GetId()] = [data['Particle']['Matrix']['VolFrac'],1]
3804        volVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3805        topSizer.Add(volVar,0,WACV)
3806        partSizer.Add(topSizer,0,)
3807        for ilev,level in enumerate(data['Particle']['Levels']):
3808            G2gd.HorizontalLine(partSizer,G2frame.dataDisplay)
3809            topLevel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3810            topLevel.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Model component %d: '%(ilev)),0,WACV)
3811            delBtn = wx.Button(G2frame.dataDisplay,label=' Delete?')
3812            Indx[delBtn.GetId()] = ilev
3813            delBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnDelLevel)
3814            topLevel.Add(delBtn,0,WACV)
3815            partSizer.Add(topLevel,0)
3816            partSizer.Add(SizeSizer())
3817            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg','Unified','Porod',]:
3818                topLevel.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Structure factor: '),0,WACV)
3819                strfctr = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['StrFact'],
3820                    choices=sfChoices,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3821                Indx[strfctr.GetId()] = [level['Controls'],'StrFact']
3822                strfctr.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3823                topLevel.Add(strfctr,0,WACV)
3824            partSizer.Add(ParmSizer(),0,wx.EXPAND)
3825        return partSizer
3826       
3827    def OnEsdScale(event):
3828        try:
3829            value = float(esdScale.GetValue())
3830            if value <= 0.:
3831                raise ValueError
3832        except ValueError:
3833            value = 1./np.sqrt(ProfDict['wtFactor'])
3834        ProfDict['wtFactor'] = 1./value**2
3835        esdScale.SetValue('%.3f'%(value))
3836        RefreshPlots(True)
3837       
3838    def OnBackChange(event):
3839        try:
3840            value = float(backVal.GetValue())
3841        except ValueError:
3842            value = 0.0
3843        backVal.SetValue('%.3g'%(value))
3844        data['Back'][0] = value
3845        Profile[4][:] = value
3846        RefreshPlots()
3847       
3848    def OnBackFile(event):  #multiple backgrounds?
3849        data['BackFile'] = backFile.GetValue()
3850        if data['BackFile']:
3851            fixBack =  data['Back'][0]
3852            BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,data['BackFile'])
3853            BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3854            Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3855        else:
3856            Profile[5] = np.zeros(len(Profile[5]))
3857        RefreshPlots(True)
3858           
3859    Sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Sample Parameters'))
3860    Limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Limits'))
3861    Substances = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Substances'))
3862    ProfDict,Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[:2]
3863    if data['BackFile']:
3864        BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,data['BackFile'])
3865        BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3866        Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3867    if G2frame.dataDisplay:
3868        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
3869    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ModelMenu)
3870    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3871        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3872    G2frame.dataFrame.SetLabel('Modelling')
3873    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
3874    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyModel, id=G2gd.wxID_MODELCOPY)
3875    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyFlags, id=G2gd.wxID_MODELCOPYFLAGS)
3876    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnFitModel, id=G2gd.wxID_MODELFIT)
3877    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnFitModelAll, id=G2gd.wxID_MODELFITALL)
3878    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnUnDo, id=G2gd.wxID_MODELUNDO)
3879    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddModel, id=G2gd.wxID_MODELADD)
3880    Indx = {}
3881    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3882    topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3883    models = ['Size dist.','Particle fit']
3884    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Modeling by: '),0,WACV)
3885    fitSel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Current'],choices=models,
3886        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3887    fitSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelectFit)       
3888    topSizer.Add(fitSel,0,WACV)
3889    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Error multiplier: '),0,WACV)
3890    esdScale = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(1./np.sqrt(ProfDict['wtFactor'])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3891    esdScale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnEsdScale)       
3892    esdScale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnEsdScale)
3893    topSizer.Add(esdScale,0,WACV)
3894    mainSizer.Add(topSizer)
3895    G2gd.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.dataDisplay)
3896    if 'Size' in data['Current']:
3897        if 'MaxEnt' in data['Size']['Method']:
3898            Status.SetStatusText('Size distribution by Maximum entropy')
3899        elif 'IPG' in data['Size']['Method']:
3900            Status.SetStatusText('Size distribution by Interior-Point Gradient')
3901        mainSizer.Add(SizeSizer())       
3902    elif 'Particle' in data['Current']:
3903        mainSizer.Add(PartSizer(),1,wx.ALIGN_LEFT|wx.EXPAND)
3904    G2gd.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.dataDisplay)   
3905    backSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3906    backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Background:'),0,WACV)
3907    backVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(data['Back'][0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3908    Indx[backVal.GetId()] = ['Back',0,'%.3g']
3909    backVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnBackChange)       
3910    backVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnBackChange)
3911    backSizer.Add(backVal,0,WACV)
3912    backVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine?')
3913    Indx[backVar.GetId()] = [data['Back'],1]
3914    backVar.SetValue(data['Back'][1])
3915    backVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnCheckBox)
3916    backSizer.Add(backVar,0,WACV)
3917    #multiple background files?
3918    backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background file: '),0,WACV)
3919    Choices = ['',]+G2gd.GetPatternTreeDataNames(G2frame,['SASD',])
3920    backFile = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['BackFile'],choices=Choices,
3921        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3922    backFile.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnBackFile)
3923    backSizer.Add(backFile)   
3924    mainSizer.Add(backSizer)
3925
3926    mainSizer.Layout()   
3927    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
3928    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
3929    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
3930    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
3931    Size[0] += 25
3932    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
3933    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
3934   
3935################################################################################
3936#####  PDF controls
3937################################################################################           
3938       
3939def UpdatePDFGrid(G2frame,data):
3940    '''respond to selection of PWDR PDF data tree item.
3941    '''
3942    global inst
3943    tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
3944    dataFile = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3945    powName = 'PWDR'+dataFile[4:]
3946    powId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, powName)
3947    fullLimits,limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,powId, 'Limits'))[:2]
3948    inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,powId, 'Instrument Parameters'))[0]
3949    if 'Lam' in inst:
3950        keV = 12.397639/inst['Lam'][1]
3951    else:
3952        keV = 12.397639/inst['Lam1'][0]
3953    wave = 12.397639/keV
3954    qLimits = [tth2q(fullLimits[0],wave),tth2q(fullLimits[1],wave)]
3955    data['QScaleLim'][1] = min(qLimits[1],data['QScaleLim'][1])
3956    if data['QScaleLim'][0]:
3957        data['QScaleLim'][0] = max(qLimits[0],data['QScaleLim'][0])
3958    else:                                #initial setting at 90% of max Q
3959        data['QScaleLim'][0] = 0.90*data['QScaleLim'][1]
3960    polariz = inst['Polariz.'][1]
3961    azimuth = inst['Azimuth'][1]
3962    itemDict = {}
3963   
3964    def FillFileSizer(fileSizer,key):
3965        #fileSizer is a FlexGridSizer(3,6)
3966       
3967        def OnSelectFile(event):
3968            Obj = event.GetEventObject()
3969            fileKey,itemKey,fmt = itemDict[Obj.GetId()]
3970            if itemKey == 'Name':
3971                value = Obj.GetValue()
3972            Obj.SetValue(fmt%(value))
3973            data[fileKey][itemKey] = value
3974            UpdatePDFGrid(G2frame,data)
3975       
3976        def OnValueChange(event):
3977            Obj = event.GetEventObject()
3978            fileKey,itemKey,fmt = itemDict[Obj.GetId()]
3979            try:
3980                value = float(Obj.GetValue())
3981            except ValueError:
3982                value = -1.0
3983            Obj.SetValue(fmt%(value))
3984            data[fileKey][itemKey] = value
3985            auxPlot = ComputePDF(data)
3986            G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)
3987                       
3988        item = data[key]
3989        fileList = np.array(GetFileList('PWDR')).T[1]
3990        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' '+key+' file:'),0,WACV)
3991        fileName = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=item['Name'],choices=fileList,
3992            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3993        itemDict[fileName.GetId()] = [key,'Name','%s']
3994        fileName.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelectFile)       
3995        fileSizer.Add(fileName,0,)
3996        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='Multiplier:'),0,WACV)
3997        mult = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(item['Mult']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3998        itemDict[mult.GetId()] = [key,'Mult','%.3f']
3999        mult.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
4000        mult.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
4001        fileSizer.Add(mult,0,)
4002        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='Add:'),0,WACV)
4003        add = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.0f'%(item['Add']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4004        itemDict[add.GetId()] = [key,'Add','%.0f']
4005        add.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
4006        add.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
4007        fileSizer.Add(add,0,)
4008       
4009    def SumElementVolumes():
4010        sumVol = 0.
4011        ElList = data['ElList']
4012        for El in ElList:
4013            Avol = (4.*math.pi/3.)*ElList[El]['Drad']**3
4014            sumVol += Avol*ElList[El]['FormulaNo']
4015        return sumVol
4016        auxPlot = ComputePDF(data)
4017        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4018       
4019    def FillElemSizer(elemSizer,ElData):
4020       
4021        def OnFractionChange(event):
4022            try:
4023                value = max(0.0,float(num.GetValue()))
4024            except ValueError:
4025                value = 0.0
4026            num.SetValue('%.3f'%(value))
4027            ElData['FormulaNo'] = value
4028            data['Form Vol'] = max(10.0,SumElementVolumes())
4029            formVol.SetValue('%.2f'%(data['Form Vol']))
4030            wx.CallAfter(UpdatePDFGrid,G2frame,data)
4031            auxPlot = ComputePDF(data)
4032            G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4033       
4034        elemSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,
4035            label=' Element: '+'%2s'%(ElData['Symbol'])+' * '),0,WACV)
4036        num = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(ElData['FormulaNo']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4037        num.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFractionChange)       
4038        num.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFractionChange)
4039        elemSizer.Add(num,0,WACV)
4040        elemSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,
4041            label="f': %.3f"%(ElData['fp'])+' f": %.3f'%(ElData['fpp'])+' mu: %.2f barns'%(ElData['mu']) ),
4042            0,WACV)
4043           
4044    def OnGeometry(event):
4045        data['Geometry'] = geometry.GetValue()
4046        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4047        auxPlot = ComputePDF(data)
4048        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4049       
4050    def OnDetType(event):
4051        data['DetType'] = detType.GetValue()
4052        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4053        auxPlot = ComputePDF(data)
4054        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4055       
4056    def OnFormVol(event):
4057        try:
4058            value = float(formVol.GetValue())
4059            if value <= 0.0:
4060                raise ValueError
4061        except ValueError:
4062            value = data['Form Vol']
4063        data['Form Vol'] = value
4064        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4065        auxPlot = ComputePDF(data)
4066        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)       
4067       
4068    def OnDiameter(event):
4069        try:
4070            value = float(diam.GetValue())
4071            if value <= 0.0:
4072                raise ValueError
4073        except ValueError:
4074            value = data['Diam']
4075        data['Diam'] = value
4076        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4077        auxPlot = ComputePDF(data)
4078        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)
4079       
4080    def OnPolaVal(event):
4081        try:
4082            value = float(polaVal.GetValue())
4083            if not (0.0 <= value <= 1.0):
4084                raise ValueError
4085        except ValueError:
4086            value = inst['Polariz.'][1]
4087        inst['Polariz.'][1] = value
4088        polaVal.SetValue('%.2f'%(inst['Polariz.'][1]))
4089        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4090        auxPlot = ComputePDF(data)
4091        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)
4092               
4093    def OnAzimVal(event):
4094        try:
4095            value = float(azimVal.GetValue())
4096            if not (0. <= value <= 360.):
4097                raise ValueError
4098        except ValueError:
4099            value = inst['Azimuth'][1]
4100        inst['Azimuth'][1] = value
4101        azimVal.SetValue('%.1f'%(inst['Azimuth'][1]))
4102        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4103        auxPlot = ComputePDF(data)
4104        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)
4105                       
4106    def OnObliqCoeff(event):
4107        try:
4108            value = float(obliqCoeff.GetValue())
4109            if value < 0.0:
4110                raise ValueError
4111            elif value > 1.0:
4112                value = 1.0
4113        except ValueError:
4114            value = data['ObliqCoeff']
4115        data['ObliqCoeff'] = value
4116        obliqCoeff.SetValue('%.3f'%(value))
4117        auxPlot = ComputePDF(data)
4118        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)
4119       
4120    def OnRulandWdt(event):
4121        try:
4122            value = float(rulandWdt.GetValue())
4123            if value <= 0.001:
4124                raise ValueError
4125            elif value > 1.0:
4126                value = 1.0
4127        except ValueError:
4128            value = data['Ruland']
4129        data[</