source: trunk/GSASIIpwdGUI.py @ 1578

Last change on this file since 1578 was 1578, checked in by vondreele, 7 years ago

add wx.Yield in RefineBox?
refactor indexing for normal & superlattice PeaksPrint?
remove splitter window in Unit Cells Data display - didn't work in newer wxPythons

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 208.5 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIpwdGUI - powder data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2014-11-21 21:25:30 +0000 (Fri, 21 Nov 2014) $
5# $Author: vondreele $
6# $Revision: 1578 $
7# $URL: trunk/GSASIIpwdGUI.py $
8# $Id: GSASIIpwdGUI.py 1578 2014-11-21 21:25:30Z vondreele $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIpwdGUI: Powder Pattern GUI routines*
12-------------------------------------------
13
14Used to define GUI controls for the routines that interact
15with the powder histogram (PWDR) data tree items.
16
17'''
18import sys
19import os.path
20import wx
21import wx.grid as wg
22import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
23import numpy as np
24import numpy.ma as ma
25import math
26import time
27import copy
28import random as ran
29import cPickle
30import GSASIIpath
31GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 1578 $")
32import GSASIImath as G2mth
33import GSASIIpwd as G2pwd
34import GSASIIIO as G2IO
35import GSASIIlattice as G2lat
36import GSASIIspc as G2spc
37import GSASIIindex as G2indx
38import GSASIIplot as G2plt
39import GSASIIgrid as G2gd
40import GSASIIElemGUI as G2elemGUI
41import GSASIIElem as G2elem
42import GSASIIsasd as G2sasd
43import GSASIIexprGUI as G2exG
44VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
45WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
46Pwr10 = unichr(0x0b9)+unichr(0x0b0)
47Pwr20 = unichr(0x0b2)+unichr(0x0b0)
48Pwrm1 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b9)
49Pwrm2 = unichr(0x207b)+unichr(0x0b2)
50Pwrm4 = unichr(0x207b)+unichr(0x2074)   #really -d but looks like -4 as a superscript
51# trig functions in degrees
52sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
53tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
54cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
55asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
56   
57def IsHistogramInAnyPhase(G2frame,histoName):
58    'Needs a doc string'
59    phases = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
60    if phases:
61        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(phases)
62        while item:
63            data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
64            histoList = data['Histograms'].keys()
65            if histoName in histoList:
66                return G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
67            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(phases, cookie)
68        return False
69    else:
70        return False
71
72def SetDefaultSample():
73    'Fills in default items for the Sample dictionary'
74    return {
75        'InstrName':'',
76        'ranId':ran.randint(0,sys.maxint),
77        'Scale':[1.0,True],'Type':'Debye-Scherrer','Absorption':[0.0,False],
78        'DisplaceX':[0.0,False],'DisplaceY':[0.0,False],'Diffuse':[],
79        'Temperature':300.,'Pressure':0.1,'Time':0.0,
80        'FreePrm1':0.,'FreePrm2':0.,'FreePrm3':0.,
81        'Gonio. radius':200.0,
82        'Omega':0.0,'Chi':0.0,'Phi':0.0,
83#SASD items
84        'Materials':[{'Name':'vacuum','VolFrac':1.0,},{'Name':'vacuum','VolFrac':0.0,}],
85        'Thick':1.0,'Contrast':[0.0,0.0],       #contrast & anomalous contrast
86        'Trans':1.0,                            #measured transmission
87        'SlitLen':0.0,                          #Slit length - in Q(A-1)
88        }
89def SetupSampleLabels(histName,dataType,histType):
90    '''Setup a list of labels and number formatting for use in
91    labeling sample parameters.
92    :param str histName: Name of histogram, ("PWDR ...")
93    :param str dataType:
94    '''
95    parms = []
96    parms.append(['Scale','Histogram scale factor: ',[10,4]])
97    if 'C' in histType:
98        parms.append(['Gonio. radius','Goniometer radius (mm): ',[10,3]])
99    if 'PWDR' in histName:
100        if dataType == 'Debye-Scherrer':
101            parms += [['DisplaceX',u'Sample X displ. perp. to beam (\xb5m): ',[10,3]],
102                ['DisplaceY',u'Sample Y displ. || to beam (\xb5m): ',[10,3]],
103                ['Absorption',u'Sample absorption (\xb5\xb7r): ',[10,4]],]
104            if 'T' in histType:
105                parms[-1] = ['Absorption',u'Sample absorption (\xb5\xb7r/l): ',[10,4]]
106        elif dataType == 'Bragg-Brentano':
107            parms += [['Shift',u'Sample displacement(\xb5m): ',[10,4]],
108                ['Transparency',u'Sample transparency(1/\xb5eff, cm): ',[10,3]],
109                ['SurfRoughA','Surface roughness A: ',[10,4]],
110                ['SurfRoughB','Surface roughness B: ',[10,4]]]
111    elif 'SASD' in histName:
112        parms.append(['Thick','Sample thickness (mm)',[10,3]])
113        parms.append(['Trans','Transmission (meas)',[10,3]])
114        parms.append(['SlitLen',u'Slit length (Q,\xc5'+Pwrm1+')',[10,3]])
115    parms.append(['Omega','Goniometer omega:',[10,3]])
116    parms.append(['Chi','Goniometer chi:',[10,3]])
117    parms.append(['Phi','Goniometer phi:',[10,3]])
118    parms.append(['Time','Clock time (s)',[12,3]])
119    parms.append(['Temperature','Sample temperature (K): ',[10,3]])
120    parms.append(['Pressure','Sample pressure (MPa): ',[10,3]])
121    return parms
122
123def SetDefaultSASDModel():
124    'Fills in default items for the SASD Models dictionary'   
125    return {'Back':[0.0,False],'Size':{'MinDiam':50,'MaxDiam':10000,'Nbins':100,'logBins':True,'Method':'MaxEnt','Distribution':[],
126        'Shape':['Spheroid',1.0],'MaxEnt':{'Niter':100,'Precision':0.01,'Sky':-3},
127        'IPG':{'Niter':100,'Approach':0.8,'Power':-1},'Reg':{},},           
128        'Particle':{'Matrix':{'Name':'vacuum','VolFrac':[0.0,False]},'Levels':[],},
129        'Current':'Size dist.','BackFile':'',
130        }
131       
132def SetDefaultSubstances():
133    'Fills in default items for the SASD Substances dictionary'
134    return {'Substances':{'vacuum':{'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':0.0,'Scatt density':0.0}}}
135
136def GetHistsLikeSelected(G2frame):
137    '''Get the histograms that match the current selected one:
138    The histogram prefix and data type (PXC etc.), the number of
139    wavelengths and the instrument geometry (Debye-Scherrer etc.)
140    must all match. The current histogram is not included in the list.
141
142    :param wx.Frame G2frame: pointer to main GSAS-II data tree
143    '''
144    histList = []
145    inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
146        G2gd.GetPatternTreeItemId(
147            G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters')
148        )
149    hType = inst['Type'][0]
150    if 'Lam1' in inst:
151        hLam = 2
152    elif 'Lam' in inst:
153        hLam = 1
154    else:
155        hLam = 0
156    sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
157        G2gd.GetPatternTreeItemId(
158            G2frame,G2frame.PatternId, 'Sample Parameters')
159        )
160    hGeom = sample.get('Type')
161    hstName = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
162    hPrefix = hstName.split()[0]+' '
163    # cycle through tree looking for items that match the above
164    item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)       
165    while item:
166        name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
167        if name.startswith(hPrefix) and name != hstName:
168            cGeom,cType,cLam, = '?','?',-1
169            subitem, subcookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(item)
170            while subitem:
171                subname = G2frame.PatternTree.GetItemText(subitem)
172                if subname == 'Sample Parameters':
173                    sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(subitem)
174                    cGeom = sample.get('Type')
175                elif subname == 'Instrument Parameters':
176                    inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(subitem)
177                    cType = inst['Type'][0]
178                    if 'Lam1' in inst:
179                        cLam = 2
180                    elif 'Lam' in inst:
181                        cLam = 1
182                    else:
183                        cLam = 0
184                subitem, subcookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(item, subcookie)
185            if cLam == hLam and cType == hType and cGeom == hGeom:
186                if name not in histList: histList.append(name)
187        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
188    return histList
189
190def SetCopyNames(histName,dataType,addNames=[]):
191    '''Determine the items in the sample parameters that should be copied,
192    depending on the histogram type and the instrument type.
193    '''
194    copyNames = ['Scale',]
195    histType = 'HKLF'
196    if 'PWDR' in histName:
197        histType = 'PWDR'
198        if 'Debye' in dataType:
199            copyNames += ['DisplaceX','DisplaceY','Absorption']
200        else:       #Bragg-Brentano
201            copyNames += ['Shift','Transparency','SurfRoughA','SurfRoughB']
202    elif 'SASD' in histName:
203        histType = 'SASD'
204        copyNames += ['Materials','Thick',]
205    if len(addNames):
206        copyNames += addNames
207    return histType,copyNames
208
209def CopySelectedHistItems(G2frame):
210    '''Global copy: Copy items from current histogram to others.
211    This is called from the menubar and is available only when the top histogram tree entry
212    is selected.
213    '''
214    hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
215    histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
216    if not histList:
217        G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
218        return
219    choices = ['Limits','Background','Instrument Parameters','Sample Parameters']
220    dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
221        G2frame.dataFrame, 
222        'Copy which histogram sections from\n'+str(hst[5:]),
223        'Select copy sections', choices, filterBox=False)
224    dlg.SetSelections(range(len(choices)))
225    choiceList = []
226    if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
227        choiceList = [choices[i] for i in dlg.GetSelections()]
228    if not choiceList: return
229   
230    dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
231        G2frame.dataFrame, 
232        'Copy parameters from\n'+str(hst[5:])+' to...',
233        'Copy parameters', histList)
234    results = []
235    try:
236        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
237            results = dlg.GetSelections()
238    finally:
239        dlg.Destroy()
240    copyList = []
241    for i in results: 
242        copyList.append(histList[i])
243
244    if 'Limits' in choiceList: # Limits
245        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
246            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Limits'))
247        for item in copyList:
248            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
249            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
250                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Limits'),
251                copy.deepcopy(data))
252    if 'Background' in choiceList:  # Background
253        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
254            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Background'))
255        for item in copyList:
256            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
257            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
258                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'),
259                copy.deepcopy(data))
260    if 'Instrument Parameters' in choiceList:  # Instrument Parameters
261        # for now all items in Inst. parms are copied
262        data,data1 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
263            G2gd.GetPatternTreeItemId(
264                G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
265        for item in copyList:
266            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
267            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
268                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters')
269                )[0].update(copy.deepcopy(data))
270            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
271                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters')
272                )[1].update(copy.deepcopy(data1))
273    if 'Sample Parameters' in choiceList:  # Sample Parameters
274        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
275            G2gd.GetPatternTreeItemId(
276                G2frame,G2frame.PatternId,'Sample Parameters'))
277        # selects items to be copied
278        histType,copyNames = SetCopyNames(hst,data['Type'],
279            addNames = ['Omega','Chi','Phi','Gonio. radius','InstrName'])
280        copyDict = {parm:data[parm] for parm in copyNames}
281        for item in copyList:
282            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
283            G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
284                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters')
285                ).update(copy.deepcopy(copyDict))
286                         
287################################################################################
288#####  Powder Peaks
289################################################################################           
290       
291def UpdatePeakGrid(G2frame, data):
292    '''respond to selection of PWDR powder peaks data tree item.
293    '''
294    if G2frame.dataDisplay:
295        G2frame.dataFrame.Clear()
296       
297    def OnAutoSearch(event):
298        PatternId = G2frame.PatternId
299        PickId = G2frame.PickId
300        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
301        inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
302        profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
303        x0 = profile[0]
304        iBeg = np.searchsorted(x0,limits[0])
305        iFin = np.searchsorted(x0,limits[1])
306        x = x0[iBeg:iFin]
307        y0 = profile[1][iBeg:iFin]
308        y1 = copy.copy(y0)
309        ysig = np.std(y1)
310        offset = [-1,1]
311        ymask = ma.array(y0,mask=(y0<ysig))
312        for off in offset:
313            ymask = ma.array(ymask,mask=(ymask-np.roll(y0,off)<=0.))
314        indx = ymask.nonzero()
315        mags = ymask[indx]
316        poss = x[indx]
317        refs = zip(poss,mags)
318        if 'C' in Inst['Type'][0]:   
319            refs = G2mth.sortArray(refs,0,reverse=True)     #small 2-Thetas first
320        else:   #'T'OF
321            refs = G2mth.sortArray(refs,0,reverse=False)    #big TOFs first
322        for i,ref1 in enumerate(refs):
323            for ref2 in refs[i+1:]:
324                if abs(ref2[0]-ref1[0]) < 0.1*G2pwd.getFWHM(ref1[0],inst):
325                    del(refs[i])
326        if 'C' in Inst['Type'][0]:   
327            refs = G2mth.sortArray(refs,1,reverse=True)
328        else:   #'T'OF
329            refs = G2mth.sortArray(refs,1,reverse=False)
330        for pos,mag in refs:
331            data['peaks'].append(G2mth.setPeakparms(inst,inst2,pos,mag))
332        UpdatePeakGrid(G2frame,data)
333        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
334       
335    def OnCopyPeaks(event):
336        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
337        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
338        if not histList:
339            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
340            return
341        copyList = []
342        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
343            G2frame.dataFrame, 
344            'Copy peak list from\n'+str(hst[5:])+' to...',
345            'Copy peaks', histList)
346        try:
347            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
348                for i in dlg.GetSelections():
349                    copyList.append(histList[i])
350        finally:
351            dlg.Destroy()
352        for item in copyList:
353            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
354            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
355                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Peak List'),copy.deepcopy(data))
356   
357    def OnUnDo(event):
358        DoUnDo()
359        G2frame.dataFrame.UnDo.Enable(False)
360       
361    def DoUnDo():
362        print 'Undo last refinement'
363        file = open(G2frame.undofile,'rb')
364        PatternId = G2frame.PatternId
365        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
366            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item),cPickle.load(file))
367            if G2frame.dataDisplay.GetName() == item:
368                if item == 'Background':
369                    UpdateBackground(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
370                elif item == 'Instrument Parameters':
371                    UpdateInstrumentGrid(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
372                elif item == 'Peak List':
373                    UpdatePeakGrid(G2frame,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, item)))
374            print item,' recovered'
375        file.close()
376       
377    def SaveState():
378        G2frame.undofile = os.path.join(G2frame.dirname,'GSASII.save')
379        file = open(G2frame.undofile,'wb')
380        PatternId = G2frame.PatternId
381        for item in ['Background','Instrument Parameters','Peak List']:
382            cPickle.dump(G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId,item)),file,1)
383        file.close()
384        G2frame.dataFrame.UnDo.Enable(True)
385       
386    def OnLSQPeakFit(event):
387        if not G2frame.GSASprojectfile:            #force a save of the gpx file so SaveState can wirte in the same directory
388            G2frame.OnFileSaveas(event)
389        OnPeakFit('LSQ')
390       
391    def OnOneCycle(event):
392        OnPeakFit('LSQ',oneCycle=True)
393       
394    def OnSeqPeakFit(event):
395        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
396        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
397        if not histList:
398            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
399            return
400        sel = []
401        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential peak fits',
402             'Select dataset to include',histList)
403        dlg.SetSelections(sel)
404        names = []
405        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
406            for sel in dlg.GetSelections():
407                names.append(histList[sel])
408        dlg.Destroy()
409        SeqResult = {}
410        Reverse = False
411        CopyForward = False
412        choice = ['Reverse sequence','Copy from prev.',]
413        dlg = wx.MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame,'Sequential controls','Select controls',choice)
414        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
415            for sel in dlg.GetSelections():
416                if sel:
417                    CopyForward = True
418                else:
419                    Reverse = True
420        dlg.Destroy()
421        dlg = wx.ProgressDialog('Sequential peak fit','Data set name = '+names[0],len(names), 
422            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
423        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
424        controls = {'deriv type':'analytic','min dM/M':0.0001,}
425        Controls['ShowCell'] = False
426        print 'Peak Fitting with '+controls['deriv type']+' derivatives:'
427        oneCycle = False
428        FitPgm = 'LSQ'
429        prevVaryList = []
430        Names = []
431        if Reverse:
432            names.reverse()
433        try:
434            for i,name in enumerate(names):
435                print ' Sequential fit for ',name
436                GoOn = dlg.Update(i,newmsg='Data set name = '+name)[0]
437                if not GoOn:
438                    break
439                PatternId =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
440                if i and CopyForward:
441                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.deepcopy(peaks))
442                    prevVaryList = varyList[:]
443                peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
444                background = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Background'))
445                limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
446                inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
447                data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
448                wx.BeginBusyCursor()
449                dlg2 = wx.ProgressDialog('Residual','Peak fit Rwp = ',101.0, 
450                    style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
451                screenSize = wx.ClientDisplayRect()
452                Size = dlg.GetSize()
453                dlg2.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
454                try:
455                    peaks['sigDict'],result,sig,Rvals,varyList,parmDict,fullvaryList,badVary = G2pwd.DoPeakFit(FitPgm,peaks['peaks'],
456                        background,limits,inst,inst2,data,prevVaryList,oneCycle,controls,dlg2)
457                finally:
458                    dlg2.Destroy()
459                if len(result[0]) != len(fullvaryList):
460                    print ' ***** Sequential peak fit stopped at '+name+' *****'
461                    break
462                else:
463                    Names.append(name)   
464                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.deepcopy(peaks))
465                    SeqResult[name] = {'variables':result[0],'varyList':varyList,'sig':sig,'Rvals':Rvals,
466                        'covMatrix':np.eye(len(result[0])),'title':name,'parmDict':parmDict,
467                        'fullVary':fullvaryList,'badVary':badVary}
468            dlg.Destroy()
469            print ' ***** Sequential peak fit successful *****'
470        finally:
471            wx.EndBusyCursor()
472        SeqResult['histNames'] = Names
473        Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Sequential results')
474        if Id:
475            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
476        else:
477            Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Sequential results')
478            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
479        G2frame.PatternTree.SelectItem(Id)
480       
481    def OnClearPeaks(event):
482        dlg = wx.MessageDialog(G2frame,'Delete all peaks?','Clear peak list',wx.OK|wx.CANCEL)
483        try:
484            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
485                peaks = {'peaks':[],'sigDict':{}}
486        finally:
487            dlg.Destroy()
488        UpdatePeakGrid(G2frame,peaks)
489        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
490       
491    def OnPeakFit(FitPgm,oneCycle=False):
492        SaveState()
493        controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
494        if not controls:
495            controls = {'deriv type':'analytic','min dM/M':0.0001,}     #fill in defaults if needed
496        print 'Peak Fitting with '+controls['deriv type']+' derivatives:'
497        PatternId = G2frame.PatternId
498        PickId = G2frame.PickId
499        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
500        if not peaks:
501            G2frame.ErrorDialog('No peaks!','Nothing to fit!')
502            return
503        background = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Background'))
504        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
505        inst,inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
506        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(PatternId)[1]
507        wx.BeginBusyCursor()
508        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','Peak fit Rwp = ',101.0, 
509            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
510        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
511        Size = dlg.GetSize()
512        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
513        try:
514            peaks['sigDict'] = G2pwd.DoPeakFit(FitPgm,peaks['peaks'],background,limits,inst,inst2,data,[],oneCycle,controls,dlg)[0]
515        finally:
516            wx.EndBusyCursor()   
517        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),copy.copy(peaks))
518        UpdatePeakGrid(G2frame,copy.copy(peaks))
519        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
520        print 'finished'
521        return
522       
523    def OnResetSigGam(event):
524        PatternId = G2frame.PatternId
525        PickId = G2frame.PickId
526        Inst,Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))
527        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'))
528        if not peaks['peaks']:
529            G2frame.ErrorDialog('No peaks!','Nothing to do!')
530            return
531        newpeaks = {'peaks':[],'sigDict':{}}
532        for peak in peaks['peaks']:
533            newpeaks['peaks'].append(G2mth.setPeakparms(Inst,Inst2,peak[0],peak[2]))
534        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Peak List'),newpeaks)
535        UpdatePeakGrid(G2frame,newpeaks)
536               
537    def RefreshPeakGrid(event):
538        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
539       
540        event.StopPropagation()
541        data['peaks'] = G2frame.PeakTable.GetData()
542        T = []
543        for peak in data['peaks']:T.append(peak[0])
544        D = dict(zip(T,data['peaks']))
545        T.sort()
546        X = []
547        for key in T: X.append(D[key])
548        data['peaks'] = X       
549       
550    def setBackgroundColors():
551       for r in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberRows()):
552           for c in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberCols()):
553               if G2frame.dataDisplay.GetColLabelValue(c) in ['position','intensity','alpha','beta','sigma','gamma']:
554                   if float(G2frame.dataDisplay.GetCellValue(r,c)) < 0.:
555                       G2frame.dataDisplay.SetCellBackgroundColour(r,c,wx.RED)
556                   else:
557                       G2frame.dataDisplay.SetCellBackgroundColour(r,c,wx.WHITE)
558                                                 
559    def KeyEditPeakGrid(event):
560        rowList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
561        colList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
562        selectList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCells()
563        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PickId)
564        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
565            event.Skip(True)
566        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
567            event.Skip(True)
568        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
569            event.Skip(True)
570        elif rowList:
571            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
572            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_DELETE:
573                G2frame.dataDisplay.ClearGrid()
574                rowList.sort()
575                rowList.reverse()
576                nDel = 0
577                for row in rowList:
578                    G2frame.PeakTable.DeleteRow(row)
579                    nDel += 1
580                if nDel:
581                    msg = wg.GridTableMessage(G2frame.PeakTable, 
582                        wg.GRIDTABLE_NOTIFY_ROWS_DELETED,0,nDel)
583                    G2frame.dataDisplay.ProcessTableMessage(msg)
584                data = G2frame.PeakTable.GetData()
585                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2frame.PickId,data[:-nDel])
586                G2frame.dataDisplay.ForceRefresh()
587                setBackgroundColors()
588                       
589        elif colList:
590            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
591            key = event.GetKeyCode()
592            for col in colList:
593                if G2frame.PeakTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
594                    if key == 89: #'Y'
595                        for row in range(G2frame.PeakTable.GetNumberRows()): data['peaks'][row][col]=True
596                    elif key == 78:  #'N'
597                        for row in range(G2frame.PeakTable.GetNumberRows()): data['peaks'][row][col]=False
598        elif selectList:
599            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
600            key = event.GetKeyCode()
601            for row,col in selectList:
602                if G2frame.PeakTable.GetTypeName(row,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
603                    if key == 89: #'Y'
604                        data['peaks'][row][col]=True
605                    elif key == 78:  #'N'
606                        data['peaks'][row][col]=False
607        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='PWDR')
608           
609    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.PeakMenu)
610    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
611        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
612    Status.SetStatusText('Global refine: select refine column & press Y or N')
613    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAutoSearch, id=G2gd.wxID_AUTOSEARCH)
614    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyPeaks, id=G2gd.wxID_PEAKSCOPY)
615    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnUnDo, id=G2gd.wxID_UNDO)
616    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnLSQPeakFit, id=G2gd.wxID_LSQPEAKFIT)
617    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnOneCycle, id=G2gd.wxID_LSQONECYCLE)
618    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSeqPeakFit, id=G2gd.wxID_SEQPEAKFIT)
619    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnClearPeaks, id=G2gd.wxID_CLEARPEAKS)
620    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnResetSigGam, id=G2gd.wxID_RESETSIGGAM)
621    if data['peaks']:
622        G2frame.dataFrame.AutoSearch.Enable(False)
623        G2frame.dataFrame.PeakCopy.Enable(True)
624        G2frame.dataFrame.PeakFit.Enable(True)
625        G2frame.dataFrame.PFOneCycle.Enable(True)
626        G2frame.dataFrame.SeqPeakFit.Enable(True)
627    else:
628        G2frame.dataFrame.PeakFit.Enable(False)
629        G2frame.dataFrame.PeakCopy.Enable(False)
630        G2frame.dataFrame.PFOneCycle.Enable(False)
631        G2frame.dataFrame.AutoSearch.Enable(True)
632        G2frame.dataFrame.SeqPeakFit.Enable(False)
633    G2frame.PickTable = []
634    rowLabels = []
635    PatternId = G2frame.PatternId
636    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
637    for i in range(len(data['peaks'])): rowLabels.append(str(i+1))
638    if 'C' in Inst['Type'][0]:
639        colLabels = ['position','refine','intensity','refine','sigma','refine','gamma','refine']
640        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
641            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',wg.GRID_VALUE_BOOL,
642            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
643            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
644    else:
645        colLabels = ['position','refine','intensity','refine','alpha','refine',
646            'beta','refine','sigma','refine','gamma','refine']
647        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',wg.GRID_VALUE_BOOL,
648            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
649            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_BOOL,
650            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
651            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL,
652            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
653    T = []
654    for peak in data['peaks']:
655        T.append(peak[0])
656    D = dict(zip(T,data['peaks']))
657    T.sort()
658    if 'T' in Inst['Type'][0]:  #want big TOF's first
659        T.reverse()
660    X = []
661    for key in T: X.append(D[key])
662    data['peaks'] = X
663    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2frame.PickId,data)
664    G2frame.PeakTable = G2gd.Table(data['peaks'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
665    G2frame.dataFrame.SetLabel('Peak List')
666    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
667    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.PeakTable, True)
668    setBackgroundColors()                         
669    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, RefreshPeakGrid)
670    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
671    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
672    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
673    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([535,350])
674    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
675       
676################################################################################
677#####  Background
678################################################################################           
679       
680def UpdateBackground(G2frame,data):
681    '''respond to selection of PWDR background data tree item.
682    '''
683    if len(data) < 2:       #add Debye diffuse & peaks scattering here
684        data.append({'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]})
685    if 'nPeaks' not in data[1]:
686        data[1].update({'nPeaks':0,'peaksList':[]})
687    ValObj = {}
688   
689    def OnBackFlagCopy(event):
690        flag = data[0][1]
691        backDict = data[-1]
692        if backDict['nDebye']:
693            DBflags = []
694            for term in backDict['debyeTerms']:
695                DBflags.append(term[1::2])
696        if backDict['nPeaks']:
697            PKflags = []
698            for term in backDict['peaksList']:
699                PKflags.append(term[1::2])           
700        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
701        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
702        if not histList:
703            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
704            return
705        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
706            G2frame.dataFrame, 
707            'Copy bkg ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
708            'Copy bkg flags', histList)
709        copyList = []
710        try:
711            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
712                for i in dlg.GetSelections(): 
713                    copyList.append(histList[i])
714        finally:
715            dlg.Destroy()
716        for item in copyList:
717            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
718            backData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'))
719            backData[0][1] = copy.copy(flag)
720            bkDict = backData[-1]
721            if bkDict['nDebye'] == backDict['nDebye']:
722                for i,term in enumerate(bkDict['debyeTerms']):
723                    term[1::2] = copy.copy(DBflags[i])
724            if bkDict['nPeaks'] == backDict['nPeaks']:
725                for i,term in enumerate(bkDict['peaksList']):
726                    term[1::2] = copy.copy(PKflags[i])                   
727           
728    def OnBackCopy(event):
729        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
730        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
731        if not histList:
732            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
733            return
734        copyList = []
735        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
736            G2frame.dataFrame, 
737            'Copy bkg params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
738            'Copy parameters', histList)
739        try:
740            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
741                for i in dlg.GetSelections():
742                    copyList.append(histList[i])
743        finally:
744            dlg.Destroy()
745        for item in copyList:
746            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
747            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
748                G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Background'),copy.copy(data))
749       
750    def BackSizer():
751       
752        def OnNewType(event):
753            data[0][0] = bakType.GetValue()
754           
755        def OnBakRef(event):
756            data[0][1] = bakRef.GetValue()
757           
758        def OnBakTerms(event):
759            data[0][2] = int(bakTerms.GetValue())
760            M = len(data[0])
761            N = data[0][2]+3
762            item = data[0]
763            if N > M:       #add terms
764                for i in range(M,N): 
765                    item.append(0.0)
766            elif N < M:     #delete terms
767                for i in range(N,M):
768                    del(item[-1])
769            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(BackId,data)
770            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
771            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
772           
773        def OnBakVal(event):
774            Obj = event.GetEventObject()
775            item = ValObj[Obj.GetId()][0]
776            try:
777                value = float(Obj.GetValue())
778            except ValueError:
779                value = data[0][item]
780            data[0][item] = value
781            Obj.SetValue('%10.4f'%(value))
782       
783        backSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
784        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
785        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background function: '),0,WACV)
786        bakType = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data[0][0],
787                choices=Choices,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
788        bakType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnNewType)
789        topSizer.Add(bakType)
790        topSizer.Add((5,0),0)
791        bakRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?')
792        bakRef.SetValue(bool(data[0][1]))
793        bakRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnBakRef)
794        topSizer.Add(bakRef,0,WACV)
795        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. coeff.: '),0,WACV)
796        bakTerms = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[0][2]),choices=[str(i+1) for i in range(36)],
797            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
798        bakTerms.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnBakTerms)
799        topSizer.Add(bakTerms,0,WACV)
800        topSizer.Add((5,0),0)
801        backSizer.Add(topSizer)
802        backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background coefficients:'),0,WACV)
803        bakSizer = wx.FlexGridSizer(0,5,5,5)
804        for i,value in enumerate(data[0][3:]):
805            bakVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,'%10.4f'%(value),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
806            bakSizer.Add(bakVal,0,WACV)
807            ValObj[bakVal.GetId()] = [i+3]
808            bakVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnBakVal)
809            bakVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnBakVal)
810        backSizer.Add(bakSizer)
811        return backSizer
812       
813    def DebyeSizer():
814       
815        def OnDebTerms(event):
816            data[1]['nDebye'] = int(debTerms.GetValue())
817            M = len(data[1]['debyeTerms'])
818            N = data[1]['nDebye']
819            if N > M:       #add terms
820                for i in range(M,N): 
821                    data[1]['debyeTerms'].append([1.0,False,1.0,False,0.010,False])
822            elif N < M:     #delete terms
823                for i in range(N,M):
824                    del(data[1]['debyeTerms'][-1])
825            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
826            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
827
828        def KeyEditPeakGrid(event):
829            colList = debyeGrid.GetSelectedCols()
830            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
831                event.Skip(True)
832            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
833                event.Skip(True)
834            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
835                event.Skip(True)
836            elif colList:
837                debyeGrid.ClearSelection()
838                key = event.GetKeyCode()
839                for col in colList:
840                    if debyeTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
841                        if key == 89: #'Y'
842                            for row in range(debyeGrid.GetNumberRows()): data[1]['debyeTerms'][row][col]=True
843                        elif key == 78:  #'N'
844                            for row in range(debyeGrid.GetNumberRows()): data[1]['debyeTerms'][row][col]=False
845
846       
847        debSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
848        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
849        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Debye scattering: '),0,WACV)
850        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. coeff.: '),0,WACV)
851        debTerms = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[1]['nDebye']),choices=[str(i) for i in range(12)],
852            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
853        debTerms.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnDebTerms)
854        topSizer.Add(debTerms,0,WACV)
855        topSizer.Add((5,0),0)
856        debSizer.Add(topSizer)
857        if data[1]['nDebye']:
858            debSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Debye diffuse terms:'),0,WACV)       
859            rowLabels = []
860            for i in range(len(data[1]['debyeTerms'])): rowLabels.append(str(i))
861            colLabels = ['A','refine','R','refine','U','refine']
862            Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL,
863            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
864            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
865            debyeTable = G2gd.Table(data[1]['debyeTerms'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
866            debyeGrid = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataDisplay)
867            debyeGrid.SetTable(debyeTable, True)
868            debyeGrid.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
869            debyeGrid.AutoSizeColumns(False)
870            debSizer.Add(debyeGrid)       
871        return debSizer
872     
873    def PeaksSizer():
874
875        def OnPeaks(event):
876            data[1]['nPeaks'] = int(peaks.GetValue())
877            M = len(data[1]['peaksList'])
878            N = data[1]['nPeaks']
879            if N > M:       #add terms
880                for i in range(M,N): 
881                    data[1]['peaksList'].append([1.0,False,1.0,False,0.10,False,0.10,False])
882            elif N < M:     #delete terms
883                for i in range(N,M):
884                    del(data[1]['peaksList'][-1])
885            #wx.CallAfter(UpdateBackground,G2frame,data)
886            wx.CallLater(100,UpdateBackground,G2frame,data)
887           
888        def KeyEditPeakGrid(event):
889            colList = peaksGrid.GetSelectedCols()
890            if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
891                event.Skip(True)
892            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
893                event.Skip(True)
894            elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
895                event.Skip(True)
896            elif colList:
897                peaksGrid.ClearSelection()
898                key = event.GetKeyCode()
899                for col in colList:
900                    if peaksTable.GetTypeName(0,col) == wg.GRID_VALUE_BOOL:
901                        if key == 89: #'Y'
902                            for row in range(peaksGrid.GetNumberRows()): data[1]['peaksList'][row][col]=True
903                        elif key == 78:  #'N'
904                            for row in range(peaksGrid.GetNumberRows()): data[1]['peaksList'][row][col]=False
905
906        peaksSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
907        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
908        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Peaks in background: '),0,WACV)
909        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' No. peaks: '),0,WACV)
910        peaks = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,-1,value=str(data[1]['nPeaks']),choices=[str(i) for i in range(12)],
911            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
912        peaks.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPeaks)
913        topSizer.Add(peaks,0,WACV)
914        topSizer.Add((5,0),0)
915        peaksSizer.Add(topSizer)
916        if data[1]['nPeaks']:
917            peaksSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Peak list:'),0,WACV)       
918            rowLabels = []
919            for i in range(len(data[1]['peaksList'])): rowLabels.append(str(i))
920            colLabels = ['pos','refine','int','refine','sig','refine','gam','refine']
921            Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL,
922            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
923            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',wg.GRID_VALUE_BOOL,
924            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_BOOL]
925            peaksTable = G2gd.Table(data[1]['peaksList'],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
926            peaksGrid = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataDisplay)
927            peaksGrid.SetTable(peaksTable, True)
928            peaksGrid.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
929            peaksGrid.AutoSizeColumns(False)
930            peaksSizer.Add(peaksGrid)       
931        return peaksSizer
932               
933    if G2frame.dataDisplay:
934        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
935    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
936    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.BackMenu)
937    G2frame.dataFrame.SetLabel('Background')
938    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
939        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
940    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnBackCopy,id=G2gd.wxID_BACKCOPY)
941    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnBackFlagCopy,id=G2gd.wxID_BACKFLAGCOPY)
942    BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Background')
943    Choices = ['chebyschev','cosine','lin interpolate','inv interpolate','log interpolate']
944    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
945    mainSizer.Add(BackSizer())
946    mainSizer.Add((0,5),0)
947    mainSizer.Add(DebyeSizer())
948    mainSizer.Add((0,5),0)
949    mainSizer.Add(PeaksSizer())
950    mainSizer.Layout()   
951    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
952    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
953       
954################################################################################
955#####  Limits
956################################################################################           
957       
958def UpdateLimitsGrid(G2frame, data,plottype):
959    '''respond to selection of PWDR Limits data tree item.
960    '''
961    if G2frame.dataDisplay:
962        G2frame.dataFrame.Clear()
963    G2frame.ifGetExclude = False
964       
965    def KeyEditPeakGrid(event):
966        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_DELETE:
967            row = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()[0]
968            if row > 1: #can't delete limits!
969                del(data[row])
970                wx.CallAfter(UpdateLimitsGrid,G2frame,data,plottype)
971                G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType=plottype)
972                       
973    def RefreshLimitsGrid(event):
974        event.StopPropagation()
975        data = G2frame.LimitsTable.GetData()
976        old = data[0]
977        new = data[1]
978        new[0] = max(old[0],new[0])
979        new[1] = max(new[0],min(old[1],new[1]))
980        excl = []
981        if len(data) > 2:
982            excl = data[2:]
983            for item in excl:
984                item[0] = max(old[0],item[0])
985                item[1] = max(item[0],min(old[1],item[1]))
986        data = [old,new]+excl
987        G2frame.LimitsTable.SetData(data)
988        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType=plottype)
989       
990    def OnLimitCopy(event):
991        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
992        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
993        if not histList:
994            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
995            return
996        copyList = []
997        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
998            G2frame.dataFrame, 
999            'Copy limits from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1000            'Copy limits', histList)
1001        try:
1002            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1003                for i in dlg.GetSelections(): 
1004                    item = histList[i]
1005                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1006                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
1007                        G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Limits'),copy.copy(data))
1008        finally:
1009            dlg.Destroy()
1010           
1011    def OnAddExcl(event):
1012        G2frame.ifGetExclude = True
1013        print 'Add excluded region'
1014       
1015    G2frame.LimitsTable = []
1016    colLabels = ['Tmin','Tmax']
1017    rowLabels = ['original','changed']
1018    for i in range(len(data)-2):
1019        rowLabels.append('exclude')
1020    Types = 2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':12,5',]
1021    G2frame.LimitsTable = G2gd.Table(data,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
1022    G2frame.dataFrame.SetLabel('Limits')
1023    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.LimitMenu)
1024    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1025        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
1026    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnLimitCopy,id=G2gd.wxID_LIMITCOPY)
1027    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnAddExcl,id=G2gd.wxID_ADDEXCLREGION)   
1028    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
1029    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.LimitsTable, True)   
1030    G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(0,0,VERY_LIGHT_GREY,True)
1031    G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(0,1,VERY_LIGHT_GREY,True)
1032    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, RefreshLimitsGrid)               
1033    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPeakGrid)
1034    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
1035    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
1036    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([230,260])                               
1037    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
1038   
1039################################################################################
1040#####  Instrument parameters
1041################################################################################           
1042       
1043def UpdateInstrumentGrid(G2frame,data):
1044    '''respond to selection of PWDR/SASD Instrument Parameters
1045    data tree item.
1046    '''
1047    def keycheck(keys):
1048        good = []
1049        for key in keys:
1050            if key in ['Type','U','V','W','X','Y','SH/L','I(L2)/I(L1)','alpha',
1051                'beta-0','beta-1','beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','Polariz.',
1052                'Lam','Azimuth','2-theta','fltPath','difC','difA','difB','Zero','Lam1','Lam2']:
1053                good.append(key)
1054        return good
1055       
1056    def inst2data(inst,ref,data):
1057        for item in data:
1058            try:
1059                data[item] = [data[item][0],inst[item],ref[item]]
1060            except KeyError:
1061                pass        #skip 'Polariz.' for N-data
1062        return data
1063       
1064    def updateData(inst,ref):
1065        return inst2data(inst,ref,G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
1066            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))[0])       
1067   
1068    def RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=False):
1069        if doAnyway or event.GetRow() == 1:
1070            peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'))
1071            newpeaks = []
1072            for peak in peaks['peaks']:
1073                newpeaks.append(G2mth.setPeakparms(data,Inst2,peak[0],peak[2]))
1074            peaks['peaks'] = newpeaks
1075            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'),peaks)
1076           
1077    def OnCalibrate(event):
1078        Pattern = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)
1079        xye = ma.array(ma.getdata(Pattern[1]))
1080        cw = np.diff(xye[0])
1081        IndexPeaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List'))
1082        if not len(IndexPeaks[0]):
1083            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Index Peak List empty')
1084            return
1085        Ok = False
1086        for peak in IndexPeaks[0]:
1087            if peak[2] and peak[3]:
1088                Ok = True
1089        if not Ok:
1090            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Index Peak List not indexed')
1091            return           
1092        if G2pwd.DoCalibInst(IndexPeaks,data):
1093            UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1094            XY = []
1095            Sigs = []
1096            for ip,peak in enumerate(IndexPeaks[0]):
1097                if peak[2] and peak[3]:
1098                    binwid = cw[np.searchsorted(xye[0],peak[0])]
1099                    XY.append([peak[-1],peak[0],binwid])
1100                    Sigs.append(IndexPeaks[1][ip])
1101            if len(XY):
1102                XY = np.array(XY)
1103                G2plt.PlotCalib(G2frame,data,XY,Sigs,newPlot=True)
1104        else:
1105            G2frame.ErrorDialog('Can not calibrate','Nothing selected for refinement')
1106           
1107
1108    def OnLoad(event):
1109        '''Loads instrument parameters from a G2 .instprm file
1110        in response to the Instrument Parameters-Operations/Load Profile menu
1111       
1112        Note that similar code is found in ReadPowderInstprm (GSASII.py)
1113        '''
1114        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II instrument parameters file', '.', '', 
1115            'instrument parameter files (*.instprm)|*.instprm',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1116        try:
1117            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1118                filename = dlg.GetPath()
1119                File = open(filename,'r')
1120                S = File.readline()
1121                newItems = []
1122                newVals = []
1123                while S:
1124                    if S[0] == '#':
1125                        S = File.readline()
1126                        continue
1127                    [item,val] = S[:-1].split(':')
1128                    newItems.append(item)
1129                    try:
1130                        newVals.append(float(val))
1131                    except ValueError:
1132                        newVals.append(val)                       
1133                    S = File.readline()               
1134                File.close()
1135                Inst,Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
1136                data = G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,])
1137                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'),[data,Inst2])
1138                RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=True)          #to get peaks updated
1139                UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1140                G2plt.PlotPeakWidths(G2frame)
1141        finally:
1142            dlg.Destroy()
1143       
1144    def OnSave(event):
1145        '''Respond to the Instrument Parameters Operations/Save Profile menu
1146        item: writes current parameters to a .instprm file
1147        '''
1148        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II instrument parameters file', '.', '', 
1149            'instrument parameter files (*.instprm)|*.instprm',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1150        try:
1151            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1152                filename = dlg.GetPath()
1153                # make sure extension is .instprm
1154                filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.instprm'
1155                File = open(filename,'w')
1156                File.write("#GSAS-II instrument parameter file; do not add/delete items!\n")
1157                for item in data:
1158                    File.write(item+':'+str(data[item][1])+'\n')
1159                File.close()
1160        finally:
1161            dlg.Destroy()
1162                                               
1163    def OnReset(event):
1164        insVal.update(insDef)
1165        updateData(insVal,insRef)
1166        RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=True)          #to get peaks updated
1167        UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
1168        G2plt.PlotPeakWidths(G2frame)
1169       
1170    def OnInstFlagCopy(event):
1171        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1172        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1173        if not histList:
1174            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1175            return
1176        keys = data.keys()
1177        flags = dict(zip(keys,[data[key][2] for key in keys]))
1178        instType = data['Type'][0]
1179        copyList = []
1180        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1181            G2frame.dataFrame, 
1182            'Copy inst ref. flags from\n'+hst[5:],
1183            'Copy refinement flags', histList)
1184        try:
1185            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1186                for i in dlg.GetSelections():
1187                    copyList.append(histList[i])
1188        finally:
1189            dlg.Destroy()
1190        for item in copyList:
1191            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1192            instData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters'))[0]
1193            if len(data) == len(instData) and instType == instData['Type'][0]:   #don't mix data types or lam & lam1/lam2 parms!
1194                for item in instData:
1195                    instData[item][2] = copy.copy(flags[item])
1196            else:
1197                print item+' not copied - instrument parameters not commensurate'
1198       
1199    def OnInstCopy(event):
1200        #need fix for dictionary
1201        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1202        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1203        if not histList:
1204            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1205            return
1206        copyList = []
1207        instType = data['Type'][0]
1208        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1209            G2frame.dataFrame, 
1210            'Copy inst params from\n'+hst,
1211            'Copy parameters', histList)
1212        try:
1213            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1214                for i in dlg.GetSelections(): 
1215                    copyList.append(histList[i])
1216        finally:
1217            dlg.Destroy()
1218        for item in copyList:
1219            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1220            instData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Instrument Parameters'))[0]
1221            if len(data) == len(instData) and instType == instData['Type'][0]:  #don't mix data types or lam & lam1/lam2 parms!
1222                instData.update(data)
1223            else:
1224                print item+' not copied - instrument parameters not commensurate'
1225                         
1226    def AfterChange(invalid,value,tc):
1227        if invalid: return
1228        updateData(insVal,insRef)
1229       
1230    def OnItemRef(event):
1231        Obj = event.GetEventObject()
1232        item = RefObj[Obj.GetId()]
1233        insRef[item] = Obj.GetValue()
1234        updateData(insVal,insRef)
1235
1236    def OnCopy1Val(event):
1237        '''Select one instrument parameter value to edit and copy to many histograms
1238        optionally allow values to be edited in a table
1239        '''
1240        updateData(insVal,insRef)
1241        G2gd.SelectEdit1Var(G2frame,data,labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem)
1242        insVal.update({key:data[key][1] for key in instkeys})
1243        insRef.update({key:data[key][2] for key in instkeys})
1244        wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1245       
1246    def lblWdef(lbl,dec,val):
1247        'Label parameter showing the default value'
1248        fmt = "%15."+str(dec)+"f"
1249        return " " + lbl + " (" + (fmt % val).strip() + "): "
1250
1251    def RefineBox(item):
1252        'Define a refine checkbox with binding'
1253        wid = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?  ')
1254        wid.SetValue(bool(insRef[item]))
1255        RefObj[wid.GetId()] = item
1256        wid.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnItemRef)
1257        return wid
1258
1259    def OnLamPick(event):
1260        data['Source'][1] = lamType = event.GetEventObject().GetValue()
1261        insVal['Lam1'] = waves[lamType][0]
1262        insVal['Lam2'] = waves[lamType][1]
1263        updateData(insVal,insRef)
1264        i,j= wx.__version__.split('.')[0:2]
1265        if int(i)+int(j)/10. > 2.8:
1266            pass # repaint crashes wxpython 2.9
1267            wx.CallLater(100, MakeParameterWindow)
1268            #wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1269        else:
1270            wx.CallAfter(MakeParameterWindow)
1271
1272    def MakeParameterWindow():
1273        'Displays the Instrument parameters in the datadisplay frame'
1274        if G2frame.dataDisplay:
1275            G2frame.dataFrame.Clear()
1276        G2frame.dataFrame.SetLabel('Instrument Parameters')
1277        G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
1278        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1279        instSizer = wx.FlexGridSizer(0,6,5,5)
1280        subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1281        subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Histogram Type: '+insVal['Type']),0,WACV)
1282        mainSizer.Add(subSizer)
1283        labelLst[:],elemKeysLst[:],dspLst[:],refFlgElem[:] = [],[],[],[]
1284        if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data
1285            if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1286                labelLst.append('Azimuth angle')
1287                elemKeysLst.append(['Azimuth',1])
1288                dspLst.append([10,2])
1289                refFlgElem.append(None)                   
1290                if 'Lam1' in insVal:
1291                    subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1292                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Azimuth: '),0,WACV)
1293                    txt = '%7.2f'%(insVal['Azimuth'])
1294                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1295                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'   Ka1/Ka2: '),0,WACV)
1296                    txt = u%8.6f/%8.6f\xc5'%(insVal['Lam1'],insVal['Lam2'])
1297                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1298                    waveSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1299                    waveSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  Source type: '),0,WACV)
1300                    # PATCH?: for now at least, Source is not saved anywhere before here
1301                    if 'Source' not in data: data['Source'] = ['CuKa','?']
1302                    choice = ['TiKa','CrKa','FeKa','CoKa','CuKa','MoKa','AgKa']
1303                    lamPick = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Source'][1],choices=choice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1304                    lamPick.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnLamPick)
1305                    waveSizer.Add(lamPick,0)
1306                    subSizer.Add(waveSizer,0)
1307                    mainSizer.Add(subSizer)
1308                    instSizer.Add(wx.StaticText(
1309                        G2frame.dataDisplay,-1,
1310                        lblWdef('I(L2)/I(L1)',4,insDef['I(L2)/I(L1)'])),
1311                        0,WACV)
1312                    key = 'I(L2)/I(L1)'
1313                    labelLst.append(key)
1314                    elemKeysLst.append([key,1])
1315                    dspLst.append([10,4])
1316                    refFlgElem.append([key,2])                   
1317                    ratVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,key,nDig=(10,4),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1318                    instSizer.Add(ratVal,0)
1319                    instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1320                    instSizer.Add((5,5),0)
1321                    instSizer.Add((5,5),0)
1322                    instSizer.Add((5,5),0)               
1323                else: # single wavelength
1324                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Azimuth: '),0,WACV)
1325                    txt = '%7.2f'%(insVal['Azimuth'])
1326                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1327                    instSizer.Add((5,5),0)
1328                    key = 'Lam'
1329                    instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef[key])),
1330                        0,WACV)
1331                    waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,key,nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1332                    labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1333                    elemKeysLst.append([key,1])
1334                    dspLst.append([10,6])
1335                    instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1336                    refFlgElem.append([key,2])                   
1337                    instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1338#                    if ifHisto:
1339#                        refFlgElem.append([key,2])                   
1340#                        instSizer.Add(RefineBox(key),0,WACV)
1341#                    else:
1342#                        refFlgElem.append(None)                   
1343#                        instSizer.Add((5,5),0)
1344                for item in ['Zero','Polariz.']:
1345                    if item in insDef:
1346                        labelLst.append(item)
1347                        elemKeysLst.append([item,1])
1348                        dspLst.append([10,4])
1349                        instSizer.Add(
1350                            wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,4,insDef[item])),
1351                            0,WACV)
1352                        itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=(10,4),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1353                        instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1354                        refFlgElem.append([item,2])
1355                        instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1356#                        if ifHisto:
1357#                            refFlgElem.append([item,2])
1358#                            instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1359#                        else:
1360#                            refFlgElem.append(None)                   
1361#                            instSizer.Add((5,5),0)
1362                    else:                           #skip Polariz. for neutrons
1363                        instSizer.Add((5,5),0)
1364                        instSizer.Add((5,5),0)
1365                        instSizer.Add((5,5),0)
1366                for item in ['U','V','W','','X','Y','SH/L']:
1367                    if item == '':
1368                        instSizer.Add((5,5),0)
1369                        instSizer.Add((5,5),0)
1370                        instSizer.Add((5,5),0)
1371                        continue
1372                    nDig = (10,3)
1373                    if item == 'SH/L':
1374                        nDig = (10,5)
1375                    labelLst.append(item)
1376                    elemKeysLst.append([item,1])
1377                    dspLst.append(nDig)
1378                    refFlgElem.append([item,2])
1379                    instSizer.Add(
1380                        wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,nDig[1],insDef[item])),
1381                        0,WACV)
1382                    itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1383                    instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1384                    instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1385            else:                                   #time of flight (neutrons)
1386                subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1387                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Fligth path: '),0,WACV)
1388                txt = '%8.3f'%(insVal['fltPath'])
1389                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1390                labelLst.append('flight path')
1391                elemKeysLst.append(['fltpath',1])
1392                dspLst.append([10,2])
1393                refFlgElem.append(None)                   
1394                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  2-theta: '),0,WACV)
1395                txt = '%7.2f'%(insVal['2-theta'])
1396                subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1397                labelLst.append('2-theta')
1398                elemKeysLst.append(['2-theta',1])
1399                dspLst.append([10,2])
1400                refFlgElem.append(None)                   
1401                if 'Pdabc' in Inst2:
1402                    Items = ['sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','X','Y']
1403                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  difC: '),0,WACV)
1404                    txt = '%8.2f'%(insVal['difC'])
1405                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,txt.strip()),0,WACV)
1406                    labelLst.append('difC')
1407                    elemKeysLst.append(['difC',1])
1408                    dspLst.append([10,2])
1409                    refFlgElem.append(None)
1410                    subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  alpha, beta: fixed by table'),0,WACV)
1411                else:
1412                    Items = ['difC','difA','difB','Zero','alpha','beta-0','beta-1','beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q','X','Y']
1413                mainSizer.Add((5,5),0)
1414                mainSizer.Add(subSizer)
1415                mainSizer.Add((5,5),0)
1416                for item in Items:
1417                    if item == '':
1418                        instSizer.Add((5,5),0)
1419                        instSizer.Add((5,5),0)
1420                        instSizer.Add((5,5),0)
1421                        continue
1422                    nDig = (10,3)
1423                    fmt = '%10.3f'
1424                    if 'beta' in item:
1425                        fmt = '%12.4g'
1426                        nDig = (12,4)
1427                    Fmt = ' %s: ('+fmt+')'
1428                    instSizer.Add(
1429                            wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,lblWdef(item,nDig[1],insDef[item])),
1430                            0,WACV)
1431                    itemVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,item,nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1432                    instSizer.Add(itemVal,0,WACV)
1433                    labelLst.append(item)
1434                    elemKeysLst.append([item,1])
1435                    dspLst.append(nDig)
1436                    refFlgElem.append([item,2])
1437                    instSizer.Add(RefineBox(item),0,WACV)
1438        elif 'S' in insVal['Type']:                       #single crystal data
1439            if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1440                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef['Lam'])),
1441                    0,WACV)
1442                waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,'Lam',nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1443                instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1444                labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1445                elemKeysLst.append(['Lam',1])
1446                dspLst.append([10,6])
1447                refFlgElem.append(None)
1448            else:                                   #time of flight (neutrons)
1449                pass                                #for now
1450        elif 'L' in insVal['Type']:
1451            if 'C' in insVal['Type']:       
1452                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,u' Lam (\xc5): (%10.6f)'%(insDef['Lam'])),
1453                    0,WACV)
1454                waveVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,insVal,'Lam',nDig=(10,6),typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1455                instSizer.Add(waveVal,0,WACV)
1456                labelLst.append(u'Lam (\xc5)')
1457                elemKeysLst.append(['Lam',1])
1458                dspLst.append([10,6])
1459                refFlgElem.append(None)
1460                instSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,'  Azimuth: %7.2f'%(insVal['Azimuth'])),0,WACV)
1461                labelLst.append('Azimuth angle')
1462                elemKeysLst.append(['Azimuth',1])
1463                dspLst.append([10,2])
1464                refFlgElem.append(None)                   
1465            else:                                   #time of flight (neutrons)
1466                pass                                #for now
1467
1468        mainSizer.Add(instSizer,0)
1469        mainSizer.Layout()   
1470        G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
1471        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
1472        G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()  # this causes a frame repaint, even if the size does not change!
1473        # end of MakeParameterWindow
1474               
1475    # beginning of UpdateInstrumentGrid code   
1476    #patch: make sure all parameter items are lists
1477    patched = 0
1478    for key in data:
1479        if type(data[key]) is tuple:
1480            data[key] = list(data[key])
1481            patched += 1
1482    if patched: print patched,' instrument parameters changed from tuples'
1483    #end of patch
1484    labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem = [],[],[],[]
1485    instkeys = keycheck(data.keys())
1486    if 'P' in data['Type'][0]:          #powder data
1487        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1488        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1489        insRef = dict(zip(instkeys,[data[key][2] for key in instkeys]))
1490        if 'NC' in data['Type'][0]:
1491            del(insDef['Polariz.'])
1492            del(insVal['Polariz.'])
1493            del(insRef['Polariz.'])
1494    elif 'S' in data['Type'][0]:                               #single crystal data
1495        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1496        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1497        insRef = {}
1498    elif 'L' in data['Type'][0]:                               #low angle data
1499        insVal = dict(zip(instkeys,[data[key][1] for key in instkeys]))
1500        insDef = dict(zip(instkeys,[data[key][0] for key in instkeys]))
1501        insRef = {}
1502    ValObj = {}
1503    RefObj = {}
1504    waves = {'CuKa':[1.54051,1.54433],'TiKa':[2.74841,2.75207],'CrKa':[2.28962,2.29351],
1505        'FeKa':[1.93597,1.93991],'CoKa':[1.78892,1.79278],'MoKa':[0.70926,0.713543],
1506        'AgKa':[0.559363,0.563775]}
1507    Inst2 = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
1508            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))[1]       
1509    try:
1510        histoName = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[-1]
1511        ifHisto = IsHistogramInAnyPhase(G2frame,histoName)
1512    except TypeError:       #PKS data never used in a phase as data
1513        ifhisto = False
1514    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame)
1515    #patch
1516    if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data
1517        if 'C' in insVal['Type']:               #constant wavelength
1518            if 'Azimuth' not in insVal:
1519                insVal['Azimuth'] = 0.0
1520                insDef['Azimuth'] = 0.0
1521                insRef['Azimuth'] = False
1522#        if 'T' in insVal['Type']:
1523#            if 'difB' not in insVal:
1524#                insVal['difB'] = 0.0
1525#                insDef['difB'] = 0.0
1526#                insRef['difB'] = False
1527    #end of patch
1528    if 'P' in insVal['Type']:                   #powder data menu commands
1529        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.InstMenu)
1530        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1531            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()           
1532        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnCalibrate,id=G2gd.wxID_INSTCALIB)
1533        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnLoad,id=G2gd.wxID_INSTLOAD)
1534        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnSave,id=G2gd.wxID_INSTSAVE)
1535        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnReset,id=G2gd.wxID_INSTPRMRESET)
1536        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstCopy,id=G2gd.wxID_INSTCOPY)
1537        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstFlagCopy,id=G2gd.wxID_INSTFLAGCOPY)
1538        #G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnWaveChange,id=G2gd.wxID_CHANGEWAVETYPE)       
1539        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnCopy1Val,id=G2gd.wxID_INST1VAL)
1540    elif 'L' in insVal['Type']:                   #SASD data menu commands
1541        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.InstMenu)
1542        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1543            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()           
1544        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU,OnInstCopy,id=G2gd.wxID_INSTCOPY)
1545    MakeParameterWindow()
1546       
1547   
1548################################################################################
1549#####  Sample parameters
1550################################################################################           
1551       
1552def UpdateSampleGrid(G2frame,data):
1553    '''respond to selection of PWDR/SASD Sample Parameters
1554    data tree item.
1555    '''
1556
1557    def OnSampleSave(event):
1558        '''Respond to the Sample Parameters Operations/Save menu
1559        item: writes current parameters to a .samprm file
1560        '''
1561        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II sample parameters file', '.', '', 
1562            'sample parameter files (*.samprm)|*.samprm',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1563        try:
1564            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1565                filename = dlg.GetPath()
1566                # make sure extension is .samprm
1567                filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.samprm'
1568                File = open(filename,'w')
1569                File.write("#GSAS-II sample parameter file\n")
1570                File.write("'Type':'"+str(data['Type'])+"'\n")
1571                File.write("'Gonio. radius':"+str(data['Gonio. radius'])+"\n")
1572                if data.get('InstrName'):
1573                    File.write("'InstrName':'"+str(data['InstrName'])+"'\n")
1574                File.close()
1575        finally:
1576            dlg.Destroy()
1577           
1578    def OnSampleLoad(event):
1579        '''Loads sample parameters from a G2 .samprm file
1580        in response to the Sample Parameters-Operations/Load menu
1581       
1582        Note that similar code is found in ReadPowderInstprm (GSASII.py)
1583        '''
1584        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II sample parameters file', '.', '', 
1585            'sample parameter files (*.samprm)|*.samprm',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1586        try:
1587            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1588                filename = dlg.GetPath()
1589                File = open(filename,'r')
1590                S = File.readline()
1591                newItems = {}
1592                while S:
1593                    if S[0] == '#':
1594                        S = File.readline()
1595                        continue
1596                    [item,val] = S[:-1].split(':')
1597                    newItems[item.strip("'")] = eval(val)
1598                    S = File.readline()               
1599                File.close()
1600                data.update(newItems)
1601                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Sample Parameters'),data)
1602                UpdateSampleGrid(G2frame,data)
1603        finally:
1604            dlg.Destroy()
1605           
1606    def OnAllSampleLoad(event):
1607        filename = ''
1608        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose multihistogram metadata text file', '.', '', 
1609            'metadata file (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1610        try:
1611            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1612                filename = dlg.GetPath()
1613                File = open(filename,'r')
1614                S = File.readline()
1615                newItems = []
1616                itemNames = []
1617                Comments = []
1618                while S:
1619                    if S[0] == '#':
1620                        Comments.append(S)
1621                        S = File.readline()
1622                        continue
1623                    S = S.replace(',',' ').replace('\t',' ')
1624                    Stuff = S[:-1].split()
1625                    itemNames.append(Stuff[0])
1626                    newItems.append(Stuff[1:])
1627                    S = File.readline()               
1628                File.close()
1629        finally:
1630            dlg.Destroy()
1631        if not filename:
1632            G2frame.ErrorDialog('Nothing to do','No file selected')
1633            return
1634        dataDict = dict(zip(itemNames,newItems))
1635        ifany = False
1636        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
1637        Names = [' ','Phi','Chi','Omega','Time','Temperature','Pressure']
1638        freeNames = {}
1639        for name in ['FreePrm1','FreePrm2','FreePrm3']:
1640            freeNames[Controls[name]] = name
1641            Names.append(Controls[name])
1642        dlg = G2gd.G2ColumnIDDialog( G2frame,' Choose multihistogram metadata columns:',
1643            'Select columns',Comments,Names,np.array(newItems).T)
1644        try:
1645            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1646                colNames,newData = dlg.GetSelection()
1647                dataDict = dict(zip(itemNames,newData.T))
1648                for item in colNames:
1649                    if item != ' ':
1650                        ifany = True
1651        finally:
1652            dlg.Destroy()
1653        if not ifany:
1654            G2frame.ErrorDialog('Nothing to do','No columns identified')
1655            return
1656        histList = [G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId),]
1657        histList += GetHistsLikeSelected(G2frame)
1658        colIds = {}
1659        for i,name in enumerate(colNames):
1660            if name != ' ':
1661                colIds[name] = i
1662        for hist in histList:
1663            name = hist.split()[1]  #this is file name
1664            newItems = {}
1665            for item in colIds:
1666                key = freeNames.get(item,item)
1667                newItems[key] = float(dataDict[name][colIds[item]])
1668            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,hist)
1669            sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1670            sampleData.update(newItems)       
1671        UpdateSampleGrid(G2frame,data)       
1672   
1673    def OnSetScale(event):
1674        histList = []
1675        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)
1676        while item:
1677            name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
1678            if 'SASD' in name and name != histName:
1679                histList.append(name)
1680            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
1681        if not len(histList):      #nothing to copy to!
1682            return
1683        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select reference histogram for scaling',
1684            'Reference histogram',histList)
1685        try:
1686            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1687                sel = dlg.GetSelection()
1688                refHist = histList[sel]
1689        finally:
1690            dlg.Destroy()
1691        Limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Limits'))
1692        Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[1]
1693        Data = [Profile,Limits,data]
1694        refId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,refHist)
1695        refSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,refId, 'Sample Parameters'))
1696        refLimits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,refId, 'Limits'))
1697        refProfile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(refId)[1]
1698        refData = [refProfile,refLimits,refSample]
1699        G2sasd.SetScale(Data,refData)
1700        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=True)
1701        UpdateSampleGrid(G2frame,data)       
1702       
1703    def OnSampleCopy(event):
1704        histType,copyNames = SetCopyNames(histName,data['Type'],
1705            addNames = ['Omega','Chi','Phi','Gonio. radius','InstrName'])
1706        copyDict = {}
1707        for parm in copyNames:
1708            copyDict[parm] = data[parm]
1709        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1710        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1711        if not histList:
1712            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1713            return
1714        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1715            G2frame.dataFrame,
1716            'Copy sample params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1717            'Copy sample parameters', histList)
1718        try:
1719            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1720                result = dlg.GetSelections()
1721                for i in result: 
1722                    item = histList[i]
1723                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1724                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1725                    sampleData.update(copy.deepcopy(copyDict))
1726        finally:
1727            dlg.Destroy()
1728
1729    def OnSampleCopySelected(event):
1730        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1731        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1732            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
1733        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1734        if not histList:
1735            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1736            return
1737        # Assemble a list of item labels
1738        TextTable = {key:label for key,label,dig in
1739                     SetupSampleLabels(hst,data.get('Type'),Inst['Type'][0])
1740                     }
1741        # get flexible labels
1742        TextTable.update({
1743            key:Controls[key] for key in Controls if key.startswith('FreePrm')
1744            })
1745        # add a few extra
1746        TextTable.update({
1747            'Type':'Diffractometer type',
1748            'InstrName':'Instrument Name',
1749            })
1750        # Assemble a list of dict entries that would be labeled in the Sample
1751        # params data window (drop ranId and items not used).
1752        keyList = [i for i in data.keys() if i in TextTable]
1753        keyText = [TextTable[i] for i in keyList]
1754        # sort both lists together, ordered by keyText
1755        keyText, keyList = zip(*sorted(zip(keyText,keyList))) # sort lists
1756        selectedKeys = []
1757        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1758            G2frame.dataFrame,
1759            'Select which sample parameters\nto copy',
1760            'Select sample parameters', keyText)
1761        try:
1762            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1763                selectedKeys = [keyList[i] for i in dlg.GetSelections()]
1764        finally:
1765            dlg.Destroy()
1766        if not selectedKeys: return # nothing to copy
1767        copyDict = {}
1768        for parm in selectedKeys:
1769            copyDict[parm] = data[parm]
1770        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1771            G2frame.dataFrame,
1772            'Copy sample params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1773            'Copy sample parameters', histList)
1774        try:
1775            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1776                result = dlg.GetSelections()
1777                for i in result: 
1778                    item = histList[i]
1779                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1780                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1781                    sampleData.update(copy.deepcopy(copyDict))
1782        finally:
1783            dlg.Destroy()           
1784        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=False)
1785
1786    def OnSampleFlagCopy(event):
1787        histType,copyNames = SetCopyNames(histName,data['Type'])
1788        flagDict = {}
1789        for parm in copyNames:
1790            flagDict[parm] = data[parm][1]
1791        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1792        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
1793        if not histList:
1794            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
1795            return
1796        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
1797            G2frame.dataFrame, 
1798            'Copy sample ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
1799            'Copy sample flags', histList)
1800        try:
1801            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1802                result = dlg.GetSelections()
1803                for i in result: 
1804                    item = histList[i]
1805                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
1806                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
1807                    for name in copyNames:
1808                        sampleData[name][1] = copy.copy(flagDict[name])
1809        finally:
1810            dlg.Destroy()
1811
1812    def OnHistoChange():
1813        '''Called when the histogram type is changed to refresh the window
1814        '''
1815        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1816       
1817    def SetNameVal():
1818        inst = instNameVal.GetValue()
1819        data['InstrName'] = inst.strip()
1820
1821    def OnNameVal(event):
1822        event.Skip()
1823        wx.CallAfter(SetNameVal)
1824       
1825    def AfterChange(invalid,value,tc):
1826        if invalid:
1827            return
1828        if tc.key == 0 and 'SASD' in histName:          #a kluge for Scale!
1829            G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=True)
1830        elif tc.key == 'Thick':
1831            wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)           
1832           
1833    def OnMaterial(event):
1834        Obj = event.GetEventObject()
1835        id,key = Info[Obj.GetId()]
1836        if key == 'Name':
1837            data['Materials'][id][key] = Obj.GetValue()
1838        elif key == 'VolFrac':
1839            try:
1840                value = min(max(0.,float(Obj.GetValue())),1.)
1841            except ValueError:
1842                value = data['Materials'][id][key]
1843            data['Materials'][id][key] = value
1844            data['Materials'][not id][key] = 1.-value
1845        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1846
1847    def OnCopy1Val(event):
1848        'Select one value to copy to many histograms and optionally allow values to be edited in a table'
1849        G2gd.SelectEdit1Var(G2frame,data,labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem)
1850        wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,G2frame,data)
1851       
1852    ######## DEBUG #######################################################
1853    #import GSASIIpwdGUI
1854    #reload(GSASIIpwdGUI)
1855    #reload(G2gd)
1856    ######################################################################
1857    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(
1858            G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
1859    histName = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
1860    if G2frame.dataDisplay:
1861        G2frame.dataFrame.Clear()
1862    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SampleMenu)
1863    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sample Parameters')
1864    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSetScale, id=G2gd.wxID_SETSCALE)
1865    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleCopy, id=G2gd.wxID_SAMPLECOPY)
1866    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleCopySelected, id=G2gd.wxID_SAMPLECOPYSOME)
1867    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleFlagCopy, id=G2gd.wxID_SAMPLEFLAGCOPY)
1868    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleSave, id=G2gd.wxID_SAMPLESAVE)
1869    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleLoad, id=G2gd.wxID_SAMPLELOAD)
1870    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopy1Val, id=G2gd.wxID_SAMPLE1VAL)
1871    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAllSampleLoad, id=G2gd.wxID_ALLSAMPLELOAD)
1872    if 'SASD' in histName:
1873        G2frame.dataFrame.SetScale.Enable(True)
1874    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
1875        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
1876    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
1877    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1878        G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
1879#patch
1880    if 'ranId' not in data:
1881        data['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
1882    if not 'Gonio. radius' in data:
1883        data['Gonio. radius'] = 200.0
1884    if not 'Omega' in data:
1885        data.update({'Omega':0.0,'Chi':0.0,'Phi':0.0})
1886    if type(data['Temperature']) is int:
1887        data['Temperature'] = float(data['Temperature'])
1888    if 'Time' not in data:
1889        data['Time'] = 0.0
1890    if 'FreePrm1' not in Controls:
1891        Controls['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
1892    if 'FreePrm2' not in Controls:
1893        Controls['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
1894    if 'FreePrm3' not in Controls:
1895        Controls['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
1896    if 'FreePrm1' not in data:
1897        data['FreePrm1'] = 0.
1898    if 'FreePrm2' not in data:
1899        data['FreePrm2'] = 0.
1900    if 'FreePrm3' not in data:
1901        data['FreePrm3'] = 0.
1902    if 'SurfRoughA' not in data and 'PWDR' in histName:
1903        data['SurfRoughA'] = [0.,False]
1904        data['SurfRoughB'] = [0.,False]
1905    if 'Trans' not in data and 'SASD' in histName:
1906        data['Trans'] = 1.0
1907    if 'SlitLen' not in data and 'SASD' in histName:
1908        data['SlitLen'] = 0.0
1909    if 'Shift' not in data:
1910        data['Shift'] = [0.0,False]
1911    if 'Transparency' not in data:
1912        data['Transparency'] = [0.0,False]
1913    data['InstrName'] = data.get('InstrName','')
1914#patch end
1915    labelLst,elemKeysLst,dspLst,refFlgElem = [],[],[],[]
1916    parms = SetupSampleLabels(histName,data.get('Type'),Inst['Type'][0])
1917    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1918    topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1919    topSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1920    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Sample and Experimental Parameters'))
1921    topSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1922    mainSizer.Add(topSizer,0,wx.EXPAND,1)
1923    nameSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1924    nameSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,' Instrument Name'),
1925                0,WACV)
1926    nameSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND,1)
1927    instNameVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,data['InstrName'],
1928                              size=(200,-1),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)       
1929    nameSizer.Add(instNameVal)
1930    instNameVal.Bind(wx.EVT_CHAR,OnNameVal)
1931    mainSizer.Add(nameSizer,0,wx.EXPAND,1)
1932    mainSizer.Add((5,5),0)
1933    labelLst.append('Instrument Name')
1934    elemKeysLst.append(['InstrName'])
1935    dspLst.append(None)
1936    refFlgElem.append(None)
1937
1938    if 'PWDR' in histName:
1939        nameSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1940        nameSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,' Diffractometer type: '),
1941                    0,WACV)
1942        if 'T' in Inst['Type'][0]:
1943            choices = ['Debye-Scherrer',]
1944        else:
1945            choices = ['Debye-Scherrer','Bragg-Brentano',]
1946        histoType = G2gd.G2ChoiceButton(G2frame.dataDisplay,choices,
1947                    strLoc=data,strKey='Type',
1948                    onChoice=OnHistoChange)
1949        nameSizer.Add(histoType)
1950        mainSizer.Add(nameSizer,0,wx.EXPAND,1)
1951        mainSizer.Add((5,5),0)
1952
1953    parmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,0)
1954    for key,lbl,nDig in parms:
1955        labelLst.append(lbl.strip().strip(':').strip())
1956        dspLst.append(nDig)
1957        if 'list' in str(type(data[key])):
1958            parmRef = G2gd.G2CheckBox(G2frame.dataDisplay,' '+lbl,data[key],1)
1959            parmSizer.Add(parmRef,0,WACV|wx.EXPAND)
1960            parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data[key],0,
1961                nDig=nDig,typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1962            elemKeysLst.append([key,0])
1963            refFlgElem.append([key,1])
1964        else:
1965            parmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' '+lbl),
1966                0,WACV|wx.EXPAND)
1967            parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data,key,
1968                typeHint=float,OnLeave=AfterChange)
1969            elemKeysLst.append([key])
1970            refFlgElem.append(None)
1971        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1972    Info = {}
1973       
1974    for key in ('FreePrm1','FreePrm2','FreePrm3'):
1975        parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,Controls,key,typeHint=str,
1976                                        notBlank=False)
1977        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1978        parmVal = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data,key,typeHint=float)
1979        parmSizer.Add(parmVal,1,wx.EXPAND)
1980        labelLst.append(Controls[key])
1981        dspLst.append(None)
1982        elemKeysLst.append([key])
1983        refFlgElem.append(None)
1984       
1985    mainSizer.Add(parmSizer,1,wx.EXPAND)
1986    mainSizer.Add((0,5),0)   
1987    if 'SASD' in histName:
1988        rho = [0.,0.]
1989        anomrho = [0.,0.]
1990        mu = 0.
1991        subSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
1992        Substances = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
1993            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Substances'))
1994        for id,item in enumerate(data['Materials']):
1995            subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Material: '),0,WACV)
1996            matsel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=item['Name'],choices=Substances['Substances'].keys(),
1997                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1998            Info[matsel.GetId()] = [id,'Name']
1999            matsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaterial)       
2000            subSizer.Add(matsel,0,WACV)
2001            subSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Volume fraction: '),0,WACV)
2002            volfrac = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=str('%.3f'%(item['VolFrac'])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2003            Info[volfrac.GetId()] = [id,'VolFrac']
2004            volfrac.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMaterial)
2005            volfrac.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMaterial)
2006            subSizer.Add(volfrac,0,WACV)
2007            material = Substances['Substances'][item['Name']]
2008            mu += item['VolFrac']*material.get('XAbsorption',0.)
2009            rho[id] = material['Scatt density']
2010            anomrho[id] = material.get('XAnom density',0.)
2011        data['Contrast'] = [(rho[1]-rho[0])**2,(anomrho[1]-anomrho[0])**2]
2012        mainSizer.Add(subSizer,0)
2013        conSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2014        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Contrast: %10.2f '%(data['Contrast'][0])),0,WACV)
2015        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Anom. Contrast: %10.2f '%(data['Contrast'][1])),0,WACV)
2016        mut =  mu*data['Thick']
2017        conSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Transmission (calc): %10.3f  '%(np.exp(-mut))),0,WACV)
2018        mainSizer.Add(conSizer,0)
2019   
2020    mainSizer.Layout()   
2021    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2022    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
2023    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
2024    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)
2025               
2026################################################################################
2027#####  Indexing Peaks
2028################################################################################           
2029       
2030def UpdateIndexPeaksGrid(G2frame, data):
2031    '''respond to selection of PWDR Index Peak List data
2032    tree item.
2033    '''
2034    bravaisSymb = ['Fm3m','Im3m','Pm3m','R3-H','P6/mmm','I4/mmm',
2035        'P4/mmm','Fmmm','Immm','Cmmm','Pmmm','C2/m','P2/m','P1']
2036    IndexId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List')
2037    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2038    def RefreshIndexPeaksGrid(event):
2039        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
2040        peaks = G2frame.IndexPeaksTable.GetData()
2041        if c == 2:
2042            if peaks[r][c]:
2043                peaks[r][c] = False
2044            else:
2045                peaks[r][c] = True
2046            G2frame.IndexPeaksTable.SetData(peaks)
2047            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,[peaks,data[1]])
2048            G2frame.dataDisplay.ForceRefresh()
2049           
2050    def OnReload(event):
2051        peaks = []
2052        sigs = []
2053        Peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Peak List'))
2054        for ip,peak in enumerate(Peaks['peaks']):
2055            dsp = G2lat.Pos2dsp(Inst,peak[0])
2056            peaks.append([peak[0],peak[2],True,False,0,0,0,dsp,0.0])    #SS?
2057            try:
2058                sig = Peaks['sigDict']['pos'+str(ip)]
2059            except KeyError:
2060                sig = 0.
2061            sigs.append(sig)
2062        data = [peaks,sigs]
2063        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,data)
2064        UpdateIndexPeaksGrid(G2frame,data)
2065       
2066    def KeyEditPickGrid(event):
2067        colList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
2068        rowList = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2069        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(IndexId)
2070        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_RETURN:
2071            event.Skip(True)
2072        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_CONTROL:
2073            event.Skip(True)
2074        elif event.GetKeyCode() == wx.WXK_SHIFT:
2075            event.Skip(True)
2076        elif colList:
2077            G2frame.dataDisplay.ClearSelection()
2078            key = event.GetKeyCode()
2079            for col in colList:
2080                if G2frame.IndexPeaksTable.GetColLabelValue(col) in ['use','refine']:
2081                    if key == 89: #'Y'
2082                        for row in range(G2frame.IndexPeaksTable.GetNumberRows()): data[0][row][col]=True
2083                    elif key == 78:  #'N'
2084                        for row in range(G2frame.IndexPeaksTable.GetNumberRows()): data[0][row][col]=False
2085           
2086    if G2frame.dataDisplay:
2087        G2frame.dataFrame.Clear()
2088    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2089        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2090    if 'PWD' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2091        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.IndPeaksMenu)
2092        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReload, id=G2gd.wxID_INDXRELOAD)
2093    G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(False)
2094    G2frame.IndexPeaksTable = []
2095    if len(data[0]):
2096        G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2097        Unit = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Unit Cells List'))
2098        if Unit:
2099            if len(Unit) == 4:  #patch
2100                Unit.append({})
2101            controls,bravais,cellist,dmin,ssopt = Unit
2102            G2frame.HKL = []
2103            if ssopt.get('Use',False):
2104                cell = controls[6:12]
2105                A = G2lat.cell2A(cell)
2106                ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2107                spc = controls[13]
2108                SGData = G2spc.SpcGroup(spc)[1]
2109                SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])
2110                Vec = ssopt['ModVec']
2111                maxH = ssopt['maxH']
2112                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,Vec,maxH,A)
2113                data[0] = G2indx.IndexSSPeaks(data[0],G2frame.HKL)[1]
2114            else:        #select cell from table - no SS
2115                for i,cell in enumerate(cellist):
2116                    if cell[-2]:
2117                        ibrav = cell[2]
2118                        A = G2lat.cell2A(cell[3:9])
2119                        G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,A)
2120                        for hkl in G2frame.HKL:
2121                            hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3]))
2122                        data[0] = G2indx.IndexPeaks(data[0],G2frame.HKL)[1]
2123                        break
2124    rowLabels = []
2125    for i in range(len(data[0])): rowLabels.append(str(i+1))
2126    colLabels = ['position','intensity','use','indexed','h','k','l','d-obs','d-calc']
2127    Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',]+2*[wg.GRID_VALUE_BOOL,]+ \
2128        3*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
2129    if len(data[0]) and len(data[0][0]) > 9:
2130        colLabels = ['position','intensity','use','indexed','h','k','l','m','d-obs','d-calc']
2131        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,1',]+2*[wg.GRID_VALUE_BOOL,]+ \
2132            4*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
2133    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,data)
2134    G2frame.IndexPeaksTable = G2gd.Table(data[0],rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2135    G2frame.dataFrame.SetLabel('Index Peak List')
2136    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)               
2137    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.IndexPeaksTable, True)
2138    XY = []
2139    Sigs = []
2140    for r in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberRows()):
2141        for c in range(G2frame.dataDisplay.GetNumberCols()):
2142            if c == 2:
2143                G2frame.dataDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=False)
2144            else:
2145                G2frame.dataDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=True)
2146        if data[0][r][2] and data[0][r][3]:
2147            XY.append([data[0][r][-1],data[0][r][0]])
2148            try:
2149                sig = data[1][r]
2150            except IndexError:
2151                sig = 0.
2152            Sigs.append(sig)
2153    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_LEFT_CLICK, RefreshIndexPeaksGrid)
2154    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN, KeyEditPickGrid)                 
2155    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
2156    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
2157    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([490,300])
2158    if len(XY):
2159        XY = np.array(XY)
2160        G2plt.PlotCalib(G2frame,Inst,XY,Sigs,newPlot=True)
2161    G2frame.dataFrame.SendSizeEvent()
2162     
2163################################################################################
2164#####  Unit cells
2165################################################################################           
2166       
2167def UpdateUnitCellsGrid(G2frame, data):
2168    '''respond to selection of PWDR Unit Cells data tree item.
2169    '''
2170    UnitCellsId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Unit Cells List')
2171    SPGlist = G2spc.spglist
2172    bravaisSymb = ['Fm3m','Im3m','Pm3m','R3-H','P6/mmm','I4/mmm',
2173        'P4/mmm','Fmmm','Immm','Cmmm','Pmmm','C2/m','P2/m','P1']
2174    spaceGroups = ['F m 3 m','I m 3 m','P m 3 m','R 3 m','P 6/m m m','I 4/m m m',
2175        'P 4/m m m','F m m m','I m m m','C m m m','P m m m','C 2/m','P 2/m','P -1']
2176    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2177    if 'C' in Inst['Type'][0]:
2178        wave = G2mth.getWave(Inst)
2179    else:
2180        difC = Inst['difC'][1]
2181   
2182    def SetLattice(controls):
2183        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2184        if ibrav in [0,1,2]:
2185            controls[7] = controls[8] = controls[6]
2186            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2187        elif ibrav in [3,4,5,6]:
2188            controls[7] = controls[6]
2189            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2190            if ibrav in [3,4]:
2191                controls[11] = 120.
2192        elif ibrav in [7,8,9,10]:
2193            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.
2194        elif ibrav in [11,12]:
2195            controls[9] = controls[11] = 90.  # b unique
2196        if len(controls) < 13: controls.append(0)
2197        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2198        return ibrav
2199       
2200    def OnNcNo(event):
2201        controls[2] = NcNo.GetValue()
2202       
2203    def OnStartVol(event):
2204        try:
2205            stVol = int(float(startVol.GetValue()))
2206            if stVol < 25:
2207                raise ValueError
2208        except ValueError:
2209            stVol = 25
2210        controls[3] = stVol
2211        startVol.SetValue("%d"%(stVol))
2212       
2213    def OnBravais(event):
2214        Obj = event.GetEventObject()
2215        bravais[bravList.index(Obj.GetId())] = Obj.GetValue()
2216       
2217    def OnZero(event):
2218        try:
2219            Zero = min(5.0,max(-5.0,float(zero.GetValue())))
2220        except ValueError:
2221            Zero = 0.0
2222        controls[1] = Zero
2223        zero.SetValue("%.4f"%(Zero))
2224       
2225    def OnZeroVar(event):
2226        controls[0] = zeroVar.GetValue()
2227       
2228    def OnSSopt(event):
2229        if controls[5] in ['Fm3m','Im3m','Pm3m']:
2230            SSopt.SetValue(False)
2231            G2frame.ErrorDialog('Cubic lattice', 'Superlattice not allowed for a cubic lattice')
2232            return
2233        ssopt['Use'] = SSopt.GetValue()
2234        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2235       
2236    def OnSelMG(event):
2237        ssopt['ssSymb'] = selMG.GetValue()
2238        Vec = ssopt['ModVec']
2239        modS = G2spc.splitSSsym(ssopt['ssSymb'])[0]
2240        ssopt['ModVec'] = G2spc.SSGModCheck(Vec,modS)[0]
2241        OnHklShow(event)
2242        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2243       
2244    def OnModVal(event):
2245        Obj = event.GetEventObject()
2246        ObjId = Obj.GetId()
2247        Id = Indx[ObjId]
2248        try:
2249            value = min(1.0,max(0.,float(Obj.GetValue())))
2250        except ValueError:
2251            value = ssopt['ModVec'][Id]
2252        Obj.SetValue('%.4f'%(value))
2253        ssopt['ModVec'][Id] = value
2254        OnHklShow(event)
2255       
2256    def OnMoveMod(event):
2257        Obj = event.GetEventObject()
2258        ObjId = Obj.GetId()
2259        Id,valObj = Indx[ObjId]
2260        move = Obj.GetValue()*0.0005
2261        Obj.SetValue(0)
2262        value = min(1.0,max(.0,float(valObj.GetValue())+move))
2263        valObj.SetValue('%.4f'%(value)) 
2264        ssopt['ModVec'][Id] = value
2265        OnHklShow(event)
2266       
2267    def OnMaxMH(event):
2268        ssopt['maxH'] = int(maxMH.GetValue())
2269        OnHklShow(event)
2270       
2271    def OnBravSel(event):
2272        brav = bravSel.GetString(bravSel.GetSelection())
2273        controls[5] = brav
2274        controls[13] = SPGlist[brav][0]       
2275        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2276       
2277    def OnSpcSel(event):
2278        controls[13] = spcSel.GetString(spcSel.GetSelection())
2279       
2280    def SetCellValue(Obj,ObjId,value):
2281        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2282        if ibrav in [0,1,2]:
2283            controls[6] = controls[7] = controls[8] = value
2284            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2285            Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6]))
2286        elif ibrav in [3,4,5,6]:
2287            if ObjId == 0:
2288                controls[6] = controls[7] = value
2289                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6]))
2290            else:
2291                controls[8] = value
2292                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[8]))
2293            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2294            if ibrav in [3,4]:
2295                controls[11] = 120.
2296        elif ibrav in [7,8,9,10]:
2297            controls[6+ObjId] = value
2298            Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2299            controls[9] = controls[10] = controls[11] = 90.0
2300        elif ibrav in [11,12]:
2301            controls[9] = controls[11] = 90.0
2302            if ObjId != 3:
2303                controls[6+ObjId] = value
2304                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2305            else:
2306                controls[10] = value
2307                Obj.SetValue("%.3f"%(controls[10]))
2308        else:
2309            controls[6+ObjId] = value
2310            if ObjId < 3:
2311                Obj.SetValue("%.5f"%(controls[6+ObjId]))
2312            else:
2313                Obj.SetValue("%.3f"%(controls[6+ObjId]))
2314        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2315        volVal.SetValue("%.3f"%(controls[12]))
2316       
2317    def OnMoveCell(event):
2318        Obj = event.GetEventObject()
2319        ObjId = cellList.index(Obj.GetId())
2320        valObj = valDict[Obj.GetId()]
2321        if ObjId/2 < 3:
2322            move = Obj.GetValue()*0.01
2323        else:
2324            move = Obj.GetValue()*0.1
2325        Obj.SetValue(0)
2326        value = float(valObj.GetValue())+move 
2327        SetCellValue(valObj,ObjId/2,value)
2328        OnHklShow(event)
2329       
2330    def OnCellChange(event):
2331        Obj = event.GetEventObject()
2332        ObjId = cellList.index(Obj.GetId())
2333        try:
2334            value = max(1.0,float(Obj.GetValue()))
2335        except ValueError:
2336            if ObjId/2 < 3:               #bad cell edge - reset
2337                value = controls[6+ObjId/2]
2338            else:                       #bad angle
2339                value = 90.
2340        SetCellValue(Obj,ObjId/2,value)
2341       
2342    def OnHklShow(event):
2343        PatternId = G2frame.PatternId
2344        PickId = G2frame.PickId   
2345        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'))
2346        limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Limits'))[1]
2347        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2348        cell = controls[6:12]
2349        A = G2lat.cell2A(cell)
2350        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2351        spc = controls[13]
2352        SGData = G2spc.SpcGroup(spc)[1]
2353        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2354            dmin = G2lat.Pos2dsp(Inst,limits[1])
2355        else:   #TOF - use other limit!
2356            dmin = G2lat.Pos2dsp(Inst,limits[0])
2357        if ssopt.get('Use',False):
2358            SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])
2359            Vec = ssopt['ModVec']
2360            maxH = ssopt['maxH']
2361            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,Vec,maxH,A)
2362            peaks = [G2indx.IndexSSPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #keep esds from peak fit
2363        else:
2364            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2365            peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #keep esds from peak fit
2366        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'),peaks)
2367        if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2368            G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2369        else:
2370            G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2371           
2372    def OnSortCells(event):
2373        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2374        c =  event.GetCol()
2375        if colLabels[c] == 'M20':
2376            cells = G2indx.sortM20(cells)
2377        elif colLabels[c] == 'Volume':
2378            cells = G2indx.sortVolume(cells)
2379        else:
2380            return
2381        data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2382        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)
2383        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2384       
2385    def CopyUnitCell(event):
2386        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2387        for Cell in cells:
2388            if Cell[-2]:
2389                break
2390        cell = Cell[2:9]
2391        controls[4] = 1
2392        controls[5] = bravaisSymb[cell[0]]
2393        controls[6:12] = cell[1:8]
2394        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
2395        controls[13] = spaceGroups[bravaisSymb.index(controls[5])]
2396        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,[controls,bravais,cells,dmin,ssopt])
2397        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(True)
2398        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)       
2399               
2400    def RefineCell(event):  #want this to do modulation vector as well
2401        def cellPrint(ibrav,A):
2402            cell = G2lat.A2cell(A)
2403            Vol = G2lat.calc_V(A)
2404            if ibrav in [0,1,2]:
2405                print " %s%10.6f" % ('a =',cell[0])
2406            elif ibrav in [3,4,5,6]:
2407                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],' c =',cell[2],' volume =',Vol)
2408            elif ibrav in [7,8,9,10]:
2409                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2],' volume =',Vol)
2410            elif ibrav in [11,12]:
2411                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f %s%8.3f %s%12.3f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2],'beta =',cell[4],' volume =',Vol)
2412            else:
2413                print " %s%10.6f %s%10.6f %s%10.6f" % ('a =',cell[0],'b =',cell[1],'c =',cell[2])
2414                print " %s%8.3f %s%8.3f %s%8.3f %s%12.3f" % ('alpha =',cell[3],'beta =',cell[4],'gamma =',cell[5],' volume =',Vol)
2415               
2416        def vecPrint(Vec):
2417            print ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%('Modulation vector:',Vec[0],Vec[1],Vec[2])
2418             
2419        PatternId = G2frame.PatternId
2420        PickId = G2frame.PickId   
2421        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Index Peak List'))
2422        if not peaks[0]:
2423            G2frame.ErrorDialog('No peaks!', 'Nothing to refine!')
2424            return       
2425        print ' Refine cell'
2426        controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2427        cell = controls[6:12]
2428        A = G2lat.cell2A(cell)
2429        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
2430        SGData = G2spc.SpcGroup(controls[13])[1]
2431        dmin = G2indx.getDmin(peaks[0])-0.005
2432        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2433            if ssopt.get('Use',False):
2434                vecFlags = [True if x in ssopt['ssSymb'] else False for x in ['a','b','g']]
2435                SSGData = G2spc.SSpcGroup(SGData,ssopt['ssSymb'])
2436                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,ssopt['ModVec'],ssopt['maxH'],A)
2437                peaks = [G2indx.IndexSSPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2438                Lhkl,M20,X20,Aref,Vec,Zero = \
2439                    G2indx.refinePeaksZSS(peaks[0],wave,Inst,SGData,SSGData,ssopt['maxH'],ibrav,A,ssopt['ModVec'],vecFlags,controls[1],controls[0])
2440            else:
2441                G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2442                peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2443                Lhkl,M20,X20,Aref,Zero = G2indx.refinePeaksZ(peaks[0],wave,ibrav,A,controls[1],controls[0])
2444        else:   #'T'OF - doesn't seem to work
2445            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2446            peaks = [G2indx.IndexPeaks(peaks[0],G2frame.HKL)[1],peaks[1]]   #put peak fit esds back in peaks
2447            Lhkl,M20,X20,Aref,Zero = G2indx.refinePeaksT(peaks[0],difC,ibrav,A,controls[1],controls[0])           
2448        controls[1] = Zero
2449        controls[6:12] = G2lat.A2cell(Aref)
2450        controls[12] = G2lat.calc_V(Aref)
2451        cells = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)[2]
2452        for cell in cells:
2453            cell[-2] = False
2454        cells.insert(0,[M20,X20,ibrav]+controls[6:13]+[True,False])
2455        if ssopt.get('Use',False):
2456            ssopt['ModVec'] = Vec
2457            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLMpeak(dmin,Inst,SGData,SSGData,ssopt['ModVec'],ssopt['maxH'],A)
2458        else:
2459            G2frame.HKL = G2pwd.getHKLpeak(dmin,Inst,SGData,A)
2460        data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2461        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'),data)
2462        print " %s%10.3f" % ('refinement M20 = ',M20)
2463        print ' unindexed lines = ',X20
2464        cellPrint(ibrav,Aref)
2465        ip = 4
2466        if ssopt.get('Use',False):
2467            vecPrint(Vec)
2468            ip = 5
2469        for hkl in G2frame.HKL:
2470            hkl[ip] = G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[ip-1])+controls[1]
2471        if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2472            G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2473        else:
2474            G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2475        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2476       
2477    def IndexPeaks(event):
2478        PatternId = G2frame.PatternId   
2479        print 'Peak Indexing'
2480        keepcells = []
2481        try:
2482            controls,bravais,cells,dmin,ssopt = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'))
2483            for cell in cells:
2484                if cell[11]:
2485                    keepcells.append(cell)
2486        except IndexError:
2487            pass
2488        except ValueError:
2489            G2frame.ErrorDialog('Error','Need to set controls in Unit Cell List first')
2490            return
2491        if True not in bravais:
2492            G2frame.ErrorDialog('Error','No Bravais lattices selected')
2493            return
2494        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(False)
2495        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(False)
2496        OK,dmin,newcells = G2indx.DoIndexPeaks(peaks[0],controls,bravais)
2497        cells = keepcells+newcells
2498        cells = G2indx.sortM20(cells)
2499        cells[0][10] = True
2500        if OK:
2501            data = [controls,bravais,cells,dmin,ssopt]
2502            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Unit Cells List'),data)
2503            bestCell = cells[0]
2504            if bestCell[0] > 10.:
2505                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,bestCell[2],G2lat.cell2A(bestCell[3:9]))
2506                for hkl in G2frame.HKL:
2507                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2508                if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2509                    G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2510                else:
2511                    G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2512            G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2513            G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2514            G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(True)
2515        wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,G2frame,data)
2516               
2517    def RefreshUnitCellsGrid(event):
2518        data =G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)
2519        cells,dmin = data[2:4]
2520        r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
2521        if cells:
2522            if c == 2:
2523                for i in range(len(cells)):
2524                    cells[i][-2] = False
2525                    UnitCellsTable.SetValue(i,c,False)
2526                UnitCellsTable.SetValue(r,c,True)
2527                gridDisplay.ForceRefresh()
2528                cells[r][-2] = True
2529                ibrav = cells[r][2]
2530                A = G2lat.cell2A(cells[r][3:9])
2531                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,A)
2532                for hkl in G2frame.HKL:
2533                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2534                if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
2535                    G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
2536                else:
2537                    G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2538            elif c == 11:
2539                if UnitCellsTable.GetValue(r,c):
2540                    UnitCellsTable.SetValue(r,c,False)
2541                    cells[r][c] = False
2542                else:
2543                    cells[r][c] = True
2544                    UnitCellsTable.SetValue(r,c,True)
2545                gridDisplay.ForceRefresh()
2546            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)               
2547       
2548    def MakeNewPhase(event):
2549        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases'):
2550            sub = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Phases')
2551        else:
2552            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
2553        PhaseName = ''
2554        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
2555            style=wx.OK)
2556        try:
2557            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2558                PhaseName = dlg.GetValue()
2559                cells = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(UnitCellsId)[2]
2560                for Cell in cells:
2561                    if Cell[-2]:
2562                        break
2563                cell = Cell[2:10]       
2564                sub = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
2565                E,SGData = G2spc.SpcGroup(controls[13])
2566                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(sub, \
2567                    G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData,cell=cell[1:],Super=ssopt))
2568                Status.SetStatusText('Change space group from '+str(controls[13])+' if needed')
2569        finally:
2570            dlg.Destroy()
2571           
2572    if G2frame.dataDisplay:
2573        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
2574#    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
2575    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
2576    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.IndexMenu)
2577    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2578        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2579    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, IndexPeaks, id=G2gd.wxID_INDEXPEAKS)
2580    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyUnitCell, id=G2gd.wxID_COPYCELL)
2581    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, RefineCell, id=G2gd.wxID_REFINECELL)
2582    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, MakeNewPhase, id=G2gd.wxID_MAKENEWPHASE)
2583   
2584    controls,bravais,cells,dmin,ssopt = data
2585    if len(controls) < 13:              #add cell volume if missing
2586        controls.append(G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12])))
2587    if len(controls) < 14:              #add space gropu used in indexing
2588        controls.append(spaceGroups[bravaisSymb.index(controls[5])])
2589    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)            #update with volume
2590    bravaisNames = ['Cubic-F','Cubic-I','Cubic-P','Trigonal-R','Trigonal/Hexagonal-P',
2591        'Tetragonal-I','Tetragonal-P','Orthorhombic-F','Orthorhombic-I','Orthorhombic-C',
2592        'Orthorhombic-P','Monoclinic-C','Monoclinic-P','Triclinic']
2593    cellGUIlist = [[[0,1,2],4,zip([" Unit cell: a = "," Vol = "],["%.5f","%.3f"],[True,False],[0,0])],
2594    [[3,4,5,6],6,zip([" Unit cell: a = "," c = "," Vol = "],["%.5f","%.5f","%.3f"],[True,True,False],[0,2,0])],
2595    [[7,8,9,10],8,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," Vol = "],["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f"],
2596        [True,True,True,False],[0,1,2,0])],
2597    [[11,12],10,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," beta = "," Vol = "],
2598        ["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f","%.3f"],[True,True,True,True,False],[0,1,2,4,0])],
2599    [[13,],8,zip([" Unit cell: a = "," b = "," c = "," Vol = "," alpha = "," beta = "," gamma = "],
2600        ["%.5f","%.5f","%.5f","%.3f","%.3f","%.3f","%.3f"],
2601        [True,True,True,False,True,True,True],[0,1,2,0,3,4,5])]]
2602   
2603    G2frame.dataFrame.SetLabel('Unit Cells List')
2604    G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(False)
2605    peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Index Peak List'))
2606    if peaks:
2607        G2frame.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
2608    G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(False)
2609    if controls[12] > 1.0:                               #if a "real" volume (i.e. not default)
2610        G2frame.dataFrame.RefineCell.Enable(True)   
2611    G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(False)
2612    G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(False)       
2613    if cells:
2614        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2615        G2frame.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(True)       
2616    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2617    mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Indexing controls: '),0,WACV)
2618    mainSizer.Add((5,5),0)
2619    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,5,5,5)
2620    littleSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Max Nc/Nobs '),0,WACV)
2621    NcNo = wx.SpinCtrl(G2frame.dataDisplay)
2622    NcNo.SetRange(2,6)
2623    NcNo.SetValue(controls[2])
2624    NcNo.Bind(wx.EVT_SPINCTRL,OnNcNo)
2625    littleSizer.Add(NcNo,0,WACV)
2626    littleSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Start Volume '),0,WACV)
2627    startVol = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=str('%d'%(controls[3])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2628    startVol.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnStartVol)
2629    startVol.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnStartVol)
2630    littleSizer.Add(startVol,0,WACV)
2631    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2632    mainSizer.Add((5,5),0)
2633    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Select Bravais Lattices for indexing: '),
2634        0,WACV)
2635    mainSizer.Add((5,5),0)
2636    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,7,5,5)
2637    bravList = []
2638    bravs = zip(bravais,bravaisNames)
2639    for brav,bravName in bravs:
2640        bravCk = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=bravName)
2641        bravList.append(bravCk.GetId())
2642        bravCk.SetValue(brav)
2643        bravCk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBravais)
2644        littleSizer.Add(bravCk,0,WACV)
2645    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2646    mainSizer.Add((5,5),0)
2647   
2648    mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Cell Refinement: '),0,WACV)
2649    mainSizer.Add((5,5),0)
2650    littleSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2651    littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Bravais lattice "),0,WACV)
2652    bravSel = wx.Choice(G2frame.dataDisplay,choices=bravaisSymb)
2653    bravSel.SetSelection(bravaisSymb.index(controls[5]))
2654    bravSel.Bind(wx.EVT_CHOICE,OnBravSel)
2655    littleSizer.Add(bravSel,0,WACV)
2656    littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Space group "),0,WACV)
2657    spcSel = wx.Choice(G2frame.dataDisplay,choices=SPGlist[controls[5]])
2658    spcSel.SetSelection(SPGlist[controls[5]].index(controls[13]))
2659    spcSel.Bind(wx.EVT_CHOICE,OnSpcSel)
2660    littleSizer.Add(spcSel,0,WACV)
2661    littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=" Zero offset"),0,WACV)
2662    zero = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value="%.4f"%(controls[1]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2663    zero.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnZero)
2664    zero.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnZero)
2665    littleSizer.Add(zero,0,WACV)
2666    zeroVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label="Refine?")
2667    zeroVar.SetValue(controls[0])
2668    zeroVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnZeroVar)
2669    littleSizer.Add(zeroVar,0,WACV)
2670    SSopt = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label="Super lattice?")
2671    SSopt.SetValue(ssopt.get('Use',False))
2672    SSopt.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnSSopt)
2673    littleSizer.Add(SSopt,0,WACV)
2674    hklShow = wx.Button(G2frame.dataDisplay,label="Show hkl positions")
2675    hklShow.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnHklShow)
2676    littleSizer.Add(hklShow,0,WACV)
2677    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2678   
2679    mainSizer.Add((5,5),0)
2680    ibrav = SetLattice(controls)
2681    for cellGUI in cellGUIlist:
2682        if ibrav in cellGUI[0]:
2683            useGUI = cellGUI
2684    cellList = []
2685    valDict = {}
2686    littleSizer = wx.FlexGridSizer(0,useGUI[1],5,5)
2687    for txt,fmt,ifEdit,Id in useGUI[2]:
2688        littleSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=txt),0,WACV)
2689        if ifEdit:          #a,b,c,etc.
2690            cellVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=(fmt%(controls[6+Id])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2691            cellVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnCellChange)       
2692            cellVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnCellChange)
2693            valSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2694            valSizer.Add(cellVal,0,WACV)
2695            cellSpin = wx.SpinButton(G2frame.dataDisplay,style=wx.SP_VERTICAL,size=wx.Size(20,20))
2696            cellSpin.SetValue(0)
2697            cellSpin.SetRange(-1,1)
2698            cellSpin.Bind(wx.EVT_SPIN, OnMoveCell)
2699            valSizer.Add(cellSpin,0,WACV)
2700            littleSizer.Add(valSizer,0,WACV)
2701            cellList.append(cellVal.GetId())
2702            cellList.append(cellSpin.GetId())
2703            valDict[cellSpin.GetId()] = cellVal
2704        else:               #volume
2705            volVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=(fmt%(controls[12])),style=wx.TE_READONLY)
2706            volVal.SetBackgroundColour(VERY_LIGHT_GREY)
2707            littleSizer.Add(volVal,0,WACV)
2708    mainSizer.Add(littleSizer,0)
2709    if ssopt.get('Use',False):        #super lattice display
2710        indChoice = ['1','2','3','4',]
2711        SpSg = controls[13]
2712        ssChoice = G2spc.ssdict[SpSg]
2713        if ssopt['ssSymb'] not in ssChoice:
2714            ssopt['ssSymb'] = ssChoice[0]
2715        ssSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2716        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Supersymmetry space group: '+SpSg+' '),0,WACV)
2717        selMG = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=ssopt['ssSymb'],
2718                choices=ssChoice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2719        selMG.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnSelMG)
2720        ssSizer.Add(selMG,0,WACV)
2721        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Mod. vector: '),0,WACV)
2722        modS = G2spc.splitSSsym(ssopt['ssSymb'])[0]
2723        Vec = ssopt['ModVec']
2724        Vec,ifShow = G2spc.SSGModCheck(Vec,modS)
2725        Indx = {}
2726        for i,[val,show] in enumerate(zip(Vec,ifShow)):
2727            if show:
2728                valSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2729                modVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=('%.4f'%(val)),
2730                    size=wx.Size(50,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2731                modVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnModVal)       
2732                modVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnModVal)
2733                valSizer.Add(modVal,0,WACV)
2734                modSpin = wx.SpinButton(G2frame.dataDisplay,style=wx.SP_VERTICAL,size=wx.Size(20,20))
2735                modSpin.SetValue(0)
2736                modSpin.SetRange(-1,1)
2737                modSpin.Bind(wx.EVT_SPIN, OnMoveMod)
2738                valSizer.Add(modSpin,0,WACV)
2739                ssSizer.Add(valSizer,0,WACV)
2740                Indx[modVal.GetId()] = i
2741                Indx[modSpin.GetId()] = [i,modVal]
2742            else:
2743                modVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value=('%.3f'%(val)),
2744                    size=wx.Size(50,20),style=wx.TE_READONLY)
2745                modVal.SetBackgroundColour(VERY_LIGHT_GREY)
2746                ssSizer.Add(modVal,0,WACV)
2747        ssSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max. M: '),0,WACV)
2748        maxMH = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(ssopt['maxH']),
2749            choices=indChoice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2750        maxMH.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxMH)
2751        ssSizer.Add(maxMH,0,WACV)
2752        mainSizer.Add(ssSizer,0)
2753
2754    if cells:
2755        mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='\n Indexing Result:'),0,WACV)
2756        rowLabels = []
2757        colLabels = ['M20','X20','use','Bravais','a','b','c','alpha','beta','gamma','Volume','Keep']
2758        Types = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_NUMBER,wg.GRID_VALUE_BOOL,wg.GRID_VALUE_STRING,]+ \
2759            3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]+3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]+ \
2760            [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',wg.GRID_VALUE_BOOL]
2761        numRows = len(cells)
2762        table = []
2763        for cell in cells:
2764            rowLabels.append('')
2765            row = cell[0:2]+[cell[-2]]+[bravaisSymb[cell[2]]]+cell[3:10]+[cell[11],]
2766            if cell[-2]:
2767                A = G2lat.cell2A(cell[3:9])
2768                G2frame.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,cell[2],A)
2769                for hkl in G2frame.HKL:
2770                    hkl.insert(4,G2lat.Dsp2pos(Inst,hkl[3])+controls[1])
2771            table.append(row)
2772        UnitCellsTable = G2gd.Table(table,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2773        gridDisplay = G2gd.GSGrid(G2frame.dataDisplay)
2774        gridDisplay.SetPosition(wx.Point(0,20))               
2775        gridDisplay.SetTable(UnitCellsTable, True)
2776        G2frame.dataFrame.CopyCell.Enable(True)
2777        gridDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_LEFT_CLICK,RefreshUnitCellsGrid)
2778        gridDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK,OnSortCells)
2779        gridDisplay.SetMargins(0,0)
2780        gridDisplay.SetRowLabelSize(0)
2781        gridDisplay.AutoSizeColumns(False)
2782        for r in range(gridDisplay.GetNumberRows()):
2783            for c in range(gridDisplay.GetNumberCols()):
2784                if c == 2:
2785                    gridDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=False)
2786                else:
2787                    gridDisplay.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=True)
2788        mainSizer.Add(gridDisplay,0,WACV)
2789    mainSizer.Layout()   
2790    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2791    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
2792    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
2793    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
2794    Size[0] += 25
2795    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
2796    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
2797   
2798################################################################################
2799#####  Reflection list
2800################################################################################           
2801       
2802def UpdateReflectionGrid(G2frame,data,HKLF=False,Name=''):
2803    '''respond to selection of PWDR Reflections data tree item.
2804    '''
2805    def OnPlotHKL(event):
2806        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
2807        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
2808        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
2809        controls = {'Type' : 'Fo','ifFc' : True,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,
2810            'FoMax' : FoMax,'Zone' : '001','Layer' : 0,'Scale' : 1.0,'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
2811        G2plt.PlotSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
2812       
2813    def OnPlot3DHKL(event):
2814        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
2815        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
2816        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
2817        Vpoint = [int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))]
2818        controls = {'Type':'Fosq','Iscale':False,'HKLmax':Hmax,'HKLmin':Hmin,
2819            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
2820            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,
2821            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[1,0,0]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
2822        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
2823       
2824    def OnSelectPhase(event):
2825        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select','Phase',phases)
2826        try:
2827            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2828                sel = dlg.GetSelection()
2829                G2frame.RefList = phases[sel]
2830                UpdateReflectionGrid(G2frame,data)
2831        finally:
2832            dlg.Destroy()
2833        G2plt.PlotPatterns(G2frame)
2834           
2835    if not data:
2836        print 'No phases, no reflections'
2837        return
2838    if HKLF:
2839        G2frame.RefList = 1
2840        phaseName = IsHistogramInAnyPhase(G2frame,Name)
2841    else:
2842        phaseName = G2frame.RefList
2843        phases = data.keys()
2844    if G2frame.dataDisplay:
2845        G2frame.dataFrame.Clear()
2846    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
2847    if phaseName:
2848        pId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
2849        phaseId =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,pId,phaseName)
2850        General = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(phaseId)['General']
2851        Super = General.get('Super',0)
2852        SuperVec = General.get('SuperVec',[])
2853    else:
2854        Super = 0
2855        SuperVec = []       
2856    rowLabels = []
2857    if HKLF:
2858        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame)
2859        refList = data[1]['RefList']
2860        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ReflMenu)
2861        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2862            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
2863        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotHKL, id=G2gd.wxID_PWDHKLPLOT)
2864        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=G2gd.wxID_PWD3DHKLPLOT)
2865        G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(False)
2866        refs = refList
2867    else:
2868        G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ReflMenu)
2869        if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2870            Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
2871        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSelectPhase, id=G2gd.wxID_SELECTPHASE)
2872        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotHKL, id=G2gd.wxID_PWDHKLPLOT)
2873        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=G2gd.wxID_PWD3DHKLPLOT)
2874        G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(False)
2875        if len(data) > 1:
2876            G2frame.dataFrame.SelectPhase.Enable(True)
2877        try:            #patch for old reflection lists
2878            refList = np.array(data[G2frame.RefList]['RefList'])
2879            I100 = refList.T[8+Super]*refList.T[11+Super]
2880        except TypeError:
2881            refList = np.array([refl[:11+Super] for refl in data[G2frame.RefList]])
2882            I100 = refList.T[8+Super]*np.array([refl[11+Super] for refl in data[G2frame.RefList]])
2883        Imax = np.max(I100)
2884        if Imax:
2885            I100 *= 100.0/Imax
2886        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2887            refs = np.vstack((refList.T[:15+Super],I100)).T
2888        elif 'T' in Inst['Type'][0]:
2889            refs = np.vstack((refList.T[:18+Super],I100)).T
2890           
2891    for i in range(len(refs)): rowLabels.append(str(i))
2892    Types = (4+Super)*[wg.GRID_VALUE_LONG,]+4*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',]+ \
2893        2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',]+[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]+ \
2894        [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2895    superLabels = ['M1','M2','M3']
2896    if HKLF:
2897        colLabels = ['H','K','L','mul','d','Fosq','sig','Fcsq','FoTsq','FcTsq','phase','ExtC',]
2898        if 'T' in Inst['Type'][0]:
2899            colLabels = ['H','K','L','mul','d','Fosq','sig','Fcsq','FoTsq','FcTsq','phase','ExtC','wave','tbar']
2900            Types += 2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2901        if Super:
2902            for i in range(Super):
2903                colLabels.insert(3+i,superLabels[i])
2904    else:
2905        if 'C' in Inst['Type'][0]:
2906            colLabels = ['H','K','L','mul','d','pos','sig','gam','Fosq','Fcsq','phase','Icorr','Prfo','Trans','ExtP','I100']
2907            Types += 4*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2908        elif 'T' in Inst['Type'][0]:
2909            colLabels = ['H','K','L','mul','d','pos','sig','gam','Fosq','Fcsq','phase','Icorr','alp','bet','wave','Prfo','Abs','Ext','I100']
2910            Types += 7*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
2911        if Super:
2912            for i in range(Super):
2913                colLabels.insert(3+i,superLabels[i])
2914           
2915    G2frame.PeakTable = G2gd.Table(refs,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
2916    G2frame.dataFrame.SetLabel('Reflection List for '+phaseName)
2917    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
2918    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.PeakTable, True)
2919    G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
2920    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
2921    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
2922    G2frame.dataDisplay.Fit()
2923    size = G2frame.dataDisplay.GetSize()
2924    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([size[0]+32,350])
2925   
2926################################################################################
2927#####  SASD Substances
2928################################################################################
2929           
2930def UpdateSubstanceGrid(G2frame,data):
2931    '''respond to selection of SASD Substance data tree item.
2932    '''
2933    import Substances as substFile
2934   
2935    def OnLoadSubstance(event):
2936        names = substFile.Substances.keys()
2937        names.sort()
2938        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', names, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2939        try:
2940            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2941                name = names[dlg.GetSelection()]
2942            else:
2943                return
2944        finally:
2945            dlg.Destroy()
2946        data['Substances'][name] = {'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':1.0,
2947            'Scatt density':0.0,'XAnom density':0.0,'XAbsorption':0.0}
2948        subst = substFile.Substances[name]
2949        ElList = subst['Elements'].keys()
2950        for El in ElList:
2951            Info = G2elem.GetAtomInfo(El.strip().capitalize())
2952            Info.update(subst['Elements'][El])
2953            data['Substances'][name]['Elements'][El] = Info
2954            if 'Volume' in subst:
2955                data['Substances'][name]['Volume'] = subst['Volume']
2956                data['Substances'][name]['Density'] = \
2957                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
2958            elif 'Density' in subst:
2959                data['Substances'][name]['Density'] = subst['Density']
2960                data['Substances'][name]['Volume'] = \
2961                    G2mth.Den2Vol(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Density'])
2962            else:
2963                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
2964                data['Substances'][name]['Density'] = \
2965                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
2966            data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
2967                G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
2968            contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
2969            data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
2970            data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
2971                         
2972        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
2973       
2974    def OnCopySubstance(event):
2975        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
2976        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
2977        if not histList:
2978            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
2979            return
2980        copyList = []
2981        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
2982            G2frame.dataFrame, 
2983            'Copy substances from\n'+hst[5:]+' to...',
2984            'Copy substances', histList)
2985        try:
2986            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2987                for i in dlg.GetSelections(): 
2988                    copyList.append(histList[i])
2989        finally:
2990            dlg.Destroy()       
2991        for item in copyList:
2992            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
2993            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Substances'),
2994                copy.copy(data))
2995   
2996    def OnAddSubstance(event):
2997        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this substance','Substance Name Entry','New substance',
2998            style=wx.OK)
2999        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3000            Name = dlg.GetValue()
3001            data['Substances'][Name] = {'Elements':{},'Volume':1.0,'Density':1.0,
3002                'Scatt density':0.0,'XAnom density':0.,'XAbsorption':0.}
3003        dlg.Destroy()
3004        AddElement(Name)
3005        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3006       
3007    def OnDeleteSubstance(event):
3008        TextList = []
3009        for name in data['Substances']:
3010            if name != 'vacuum':
3011                TextList += [name,]
3012        if not TextList:
3013            return
3014        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance to delete', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3015        try:
3016            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3017                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3018            else:
3019                return
3020        finally:
3021            dlg.Destroy()
3022        del(data['Substances'][name])
3023        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)       
3024               
3025    def OnAddElement(event):       
3026        TextList = []
3027        for name in data['Substances']:
3028            if name != 'vacuum':
3029                TextList += [name,]
3030        if not TextList:
3031            return
3032        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3033        try:
3034            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3035                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3036            else:
3037                return
3038        finally:
3039            dlg.Destroy()
3040        AddElement(name)
3041        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3042       
3043    def AddElement(name):
3044        ElList = data['Substances'][name]['Elements'].keys()
3045        dlg = G2elemGUI.PickElements(G2frame,ElList)
3046        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3047            for El in dlg.Elem:
3048                El = El.strip().capitalize()
3049                Info = G2elem.GetAtomInfo(El)
3050                Info.update({'Num':1})
3051                data['Substances'][name]['Elements'][El] = Info
3052                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3053                data['Substances'][name]['Density'] = \
3054                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3055                data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3056                    G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3057                contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3058                data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3059                data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3060        dlg.Destroy()
3061       
3062    def OnDeleteElement(event):
3063        TextList = []
3064        for name in data['Substances']:
3065            if name != 'vacuum':
3066                TextList += [name,]
3067        if not TextList:
3068            return
3069        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which substance?', 'Select substance', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
3070        try:
3071            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3072                name = TextList[dlg.GetSelection()]
3073            else:
3074                return
3075        finally:
3076            dlg.Destroy()
3077        ElList = data['Substances'][name]['Elements'].keys()
3078        if len(ElList):
3079            DE = G2elemGUI.DeleteElement(G2frame,ElList)
3080            if DE.ShowModal() == wx.ID_OK:
3081                El = DE.GetDeleteElement().strip().upper()
3082                del(data['Substances'][name]['Elements'][El])
3083                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3084                data['Substances'][name]['Density'] = \
3085                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3086                data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3087                    G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3088                contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3089                data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3090                data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3091        UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
3092               
3093    def SubstSizer():
3094       
3095        def OnValueChange(event):
3096            Obj = event.GetEventObject()
3097            if len(Indx[Obj.GetId()]) == 3:
3098                name,El,keyId = Indx[Obj.GetId()]
3099                try:
3100                    value = max(0,float(Obj.GetValue()))
3101                except ValueError:
3102                    value = 0
3103                    Obj.SetValue('%.2f'%(value))
3104                data['Substances'][name]['Elements'][El][keyId] = value
3105                data['Substances'][name]['Volume'] = G2mth.El2EstVol(data['Substances'][name]['Elements'])
3106                data['Substances'][name]['Density'] = \
3107                    G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])
3108            else:
3109                name,keyId = Indx[Obj.GetId()]
3110                try:
3111                    value = max(0,float(Obj.GetValue()))
3112                except ValueError:
3113                    value = 1.0
3114                data['Substances'][name][keyId] = value
3115                if keyId in 'Volume':
3116                    data['Substances'][name]['Density'] = \
3117                        G2mth.Vol2Den(data['Substances'][name]['Elements'],value)
3118                elif keyId in 'Density':
3119                    data['Substances'][name]['Volume'] = \
3120                        G2mth.Den2Vol(data['Substances'][name]['Elements'],value)
3121            data['Substances'][name]['Scatt density'] = \
3122                G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'])[0]
3123            contrst,absorb = G2mth.XScattDen(data['Substances'][name]['Elements'],data['Substances'][name]['Volume'],wave)         
3124            data['Substances'][name]['XAnom density'] = contrst
3125            data['Substances'][name]['XAbsorption'] = absorb
3126            wx.CallAfter(UpdateSubstanceGrid,G2frame,data)
3127       
3128        Indx = {}
3129        substSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3130        substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Substance list: wavelength: %.5fA'%(wave)),
3131            0,WACV)
3132        for name in data['Substances']:
3133            G2gd.HorizontalLine(substSizer,G2frame.dataDisplay)   
3134            substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Data for '+name+':'),
3135                0,WACV)
3136            if name == 'vacuum':
3137                substSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='        Not applicable'),
3138                    0,WACV)
3139            else:   
3140                elSizer = wx.FlexGridSizer(0,6,5,5)
3141                Substance = data['Substances'][name]
3142                Elems = Substance['Elements']
3143                for El in Elems:    #do elements as pull downs for isotopes for neutrons
3144                    elSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' '+El+': '),
3145                        0,WACV)
3146                    num = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.2f'%(Elems[El]['Num']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3147                    Indx[num.GetId()] = [name,El,'Num']
3148                    num.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3149                    num.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3150                    elSizer.Add(num,0,WACV)
3151                substSizer.Add(elSizer,0)
3152                vdsSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
3153                vdsSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Volume: '),
3154                    0,WACV)
3155                vol = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(Substance['Volume']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3156                Indx[vol.GetId()] = [name,'Volume']
3157                vol.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3158                vol.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3159                vdsSizer.Add(vol,0,WACV)               
3160                vdsSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Density: '),
3161                    0,WACV)
3162                den = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(Substance['Density']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3163                Indx[den.GetId()] = [name,'Density']
3164                den.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3165                den.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3166                vdsSizer.Add(den,0,WACV)
3167                substSizer.Add(vdsSizer,0)
3168                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,
3169                    label=' Scattering density  : %.2f *10%scm%s'%(Substance['Scatt density'],Pwr10,Pwrm2)),
3170                    0,WACV)               
3171                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,       #allow neutrons here into NAnom density & NAbsorption
3172                    label=' Anomalous density : %.2f *10%scm%s'%(Substance['XAnom density'],Pwr10,Pwrm2)),
3173                    0,WACV)               
3174                substSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,
3175                    label=' X-ray absorption   : %.2f cm%s'%(Substance['XAbsorption'],Pwrm1)),
3176                    0,WACV)               
3177        return substSizer
3178           
3179    Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0]
3180    wave = G2mth.getWave(Inst)
3181    if G2frame.dataDisplay:
3182        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
3183    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SubstanceMenu)
3184    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3185        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3186    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
3187    G2frame.dataFrame.SetLabel('Substances')
3188    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnLoadSubstance, id=G2gd.wxID_LOADSUBSTANCE)   
3189    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddSubstance, id=G2gd.wxID_ADDSUBSTANCE)
3190    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopySubstance, id=G2gd.wxID_COPYSUBSTANCE)
3191    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteSubstance, id=G2gd.wxID_DELETESUBSTANCE)   
3192    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddElement, id=G2gd.wxID_ELEMENTADD)
3193    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteElement, id=G2gd.wxID_ELEMENTDELETE)
3194    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3195    mainSizer.Add(SubstSizer(),0)
3196
3197    mainSizer.Layout()   
3198    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
3199    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
3200    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
3201    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
3202    Size[0] += 25
3203    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
3204    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
3205       
3206################################################################################
3207#####  SASD Models
3208################################################################################           
3209       
3210def UpdateModelsGrid(G2frame,data):
3211    '''respond to selection of SASD Models data tree item.
3212    '''
3213    #patches
3214    if 'Current' not in data:
3215        data['Current'] = 'Size dist.'
3216    if 'logBins' not in data['Size']:
3217        data['Size']['logBins'] = True
3218    if 'MinMaxDiam' in data['Size']:
3219        data['Size']['MinDiam'] = 50.
3220        data['Size']['MaxDiam'] = 10000.
3221        del data['Size']['MinMaxDiam']
3222    if isinstance(data['Size']['MaxEnt']['Sky'],float):
3223        data['Size']['MaxEnt']['Sky'] = -3
3224    if 'Power' not in data['Size']['IPG']:
3225        data['Size']['IPG']['Power'] = -1
3226    if 'Matrix' not in data['Particle']:
3227        data['Particle']['Matrix'] = {'Name':'vacuum','VolFrac':[0.0,False]}
3228    if 'BackFile' not in data:
3229        data['BackFile'] = ''
3230    #end patches
3231   
3232    def RefreshPlots(newPlot=False):
3233        PlotText = G2frame.G2plotNB.nb.GetPageText(G2frame.G2plotNB.nb.GetSelection())
3234        if 'Powder' in PlotText:
3235            G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=newPlot)
3236        elif 'Size' in PlotText:
3237            G2plt.PlotSASDSizeDist(G2frame)
3238               
3239    def OnAddModel(event):
3240        if data['Current'] == 'Particle fit':
3241            material = 'vacuum'
3242            if len(data['Particle']['Levels']):
3243                material = data['Particle']['Levels'][-1]['Controls']['Material']
3244            data['Particle']['Levels'].append({
3245                'Controls':{'FormFact':'Sphere','DistType':'LogNormal','Material':material,
3246                    'FFargs':{},'SFargs':{},'NumPoints':50,'Cutoff':0.01,'Contrast':0.0,
3247                    'SlitSmear':[0.0,False],'StrFact':'Dilute'},    #last 2 not used - future?
3248                'LogNormal':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[0.5,False],'MinSize':[10.,False],},
3249                'Gaussian':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[300.,False],},
3250                'LSW':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.0,False],},
3251                'Schulz-Zimm':{'Volume':[0.05,False],'Mean':[1000.,False],'StdDev':[300.,False],},
3252                'Unified':{'G':[1.e3,False],'Rg':[100,False],'B':[1.e-5,False],'P':[4,False],'Cutoff':[1e-5,False],},
3253                'Porod':{'B':[1.e-4,False],'P':[4,False],'Cutoff':[1e-5,False],},
3254                'Monodisperse':{'Volume':[0.05,False],'Radius':[100,False],},   #OK for spheres
3255                'Bragg':{'PkInt':[100,False],'PkPos':[0.2,False],
3256                    'PkSig':[10,False],'PkGam':[10,False],},        #reasonable 31A peak
3257                })
3258            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3259            RefreshPlots(True)
3260                   
3261        wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3262       
3263    def OnCopyModel(event):
3264        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3265        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
3266        if not histList:
3267            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
3268            return
3269        copyList = []
3270        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
3271            G2frame.dataFrame, 
3272            'Copy models from\n'+hst[5:]+' to...',
3273            'Copy models', histList)
3274        try:
3275            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3276                for i in dlg.GetSelections(): 
3277                    copyList.append(histList[i])
3278        finally:
3279            dlg.Destroy()       
3280        for item in copyList:
3281            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
3282            newdata = copy.deepcopy(data)
3283            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Models'),newdata)
3284            if newdata['BackFile']:
3285                Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[1]
3286                BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,newdata['BackFile'])
3287                BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3288                Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3289        RefreshPlots(True)
3290               
3291    def OnCopyFlags(event):
3292        thisModel = copy.deepcopy(data)
3293        hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3294        histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
3295        if not histList:
3296            G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
3297            return
3298        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(
3299            G2frame.dataFrame, 
3300            'Copy sample ref. flags from\n'+str(hst[5:])+' to...',
3301            'Copy sample flags', histList)
3302        distChoice = ['LogNormal','Gaussian','LSW','Schulz-Zimm','Bragg','Unified',
3303            'Porod','Monodisperse',]
3304        parmOrder = ['Volume','Radius','Mean','StdDev','G','Rg','B','P',
3305            'Cutoff','PkInt','PkPos','PkSig','PkGam','VolFr','Dist',]
3306        try:
3307            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3308                result = dlg.GetSelections()
3309                for i in result: 
3310                    item = histList[i]
3311                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
3312                    newModel = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Models'))
3313                    newModel['Back'][1] = copy.copy(thisModel['Back'][1])
3314                    for ilev,level in enumerate(newModel['Particle']['Levels']):
3315                        for form in level:
3316                            if form in distChoice:
3317                                thisForm = thisModel['Particle']['Levels'][ilev][form]                               
3318                                for item in parmOrder:
3319                                    if item in thisForm:
3320                                       level[form][item][1] = copy.copy(thisForm[item][1])
3321                            elif form == 'Controls':
3322                                thisForm = thisModel['Particle']['Levels'][ilev][form]['SFargs']
3323                                for item in parmOrder:
3324                                    if item in thisForm:
3325                                        level[form]['SFargs'][item][1] = copy.copy(thisForm[item][1])
3326        finally:
3327            dlg.Destroy()
3328               
3329    def OnFitModelAll(event):
3330        choices = G2gd.GetPatternTreeDataNames(G2frame,['SASD',])
3331        sel = []
3332        dlg = G2gd.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential SASD refinement',
3333             'Select dataset to include',choices)
3334        dlg.SetSelections(sel)
3335        names = []
3336        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3337            for sel in dlg.GetSelections():
3338                names.append(choices[sel])
3339        dlg.Destroy()
3340        SeqResult = {'histNames':names}
3341        Reverse = False
3342        CopyForward = False
3343        choice = ['Reverse sequence','Copy from prev.']
3344        dlg = wx.MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame,'Sequential controls','Select controls',choice)
3345        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3346            for sel in dlg.GetSelections():
3347                if sel:
3348                    CopyForward = True
3349                else:
3350                    Reverse = True
3351        dlg.Destroy()
3352        dlg = wx.ProgressDialog('SASD Sequential fit','Data set name = '+names[0],len(names), 
3353            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
3354        wx.BeginBusyCursor()
3355        if Reverse:
3356            names.reverse()
3357        try:
3358            for i,name in enumerate(names):
3359                print ' Sequential fit for ',name
3360                GoOn = dlg.Update(i,newmsg='Data set name = '+name)[0]
3361                if not GoOn:
3362                    break
3363                Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
3364                if i and CopyForward:
3365                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'),JModel)
3366                IProfDict,IProfile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[:2]
3367                IModel = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'))
3368                ISample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Sample Parameters'))
3369                ILimits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Limits'))
3370                IfOK,result,varyList,sig,Rvals,covMatrix,parmDict,Msg = G2sasd.ModelFit(IProfile,IProfDict,ILimits,ISample,IModel)
3371                JModel = copy.deepcopy(IModel)
3372                if not IfOK:
3373                    G2frame.ErrorDialog('Failed sequential refinement for data '+name,
3374                        ' Msg: '+Msg+'\nYou need to rethink your selection of parameters\n'+    \
3375                        ' Model restored to previous version for'+name)
3376                    SeqResult['histNames'] = names[:i]
3377                    dlg.Destroy()
3378                    break
3379                else:
3380                    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id, 'Models'),copy.deepcopy(IModel))
3381               
3382                G2sasd.ModelFxn(IProfile,IProfDict,ILimits,ISample,IModel)
3383                SeqResult[name] = {'variables':result[0],'varyList':varyList,'sig':sig,'Rvals':Rvals,
3384                    'covMatrix':covMatrix,'title':name,'parmDict':parmDict}
3385            else:
3386                dlg.Destroy()
3387                print ' ***** Small angle sequential refinement successful *****'
3388        finally:
3389            wx.EndBusyCursor()   
3390        Id =  G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Sequential results')
3391        if Id:
3392            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
3393        else:
3394            Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Sequential results')
3395            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
3396        G2frame.PatternTree.SelectItem(Id)
3397       
3398    def OnFitModel(event):
3399        if data['Current'] == 'Size dist.':
3400            if not any(Sample['Contrast']):
3401                G2frame.ErrorDialog('No contrast; your sample is a vacuum!',
3402                    'You need to define a scattering substance!\n'+    \
3403                    ' Do Substances and then Sample parameters')
3404                return
3405            G2sasd.SizeDistribution(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3406            G2plt.PlotSASDSizeDist(G2frame)
3407            RefreshPlots(True)
3408           
3409        elif data['Current'] == 'Particle fit':
3410            SaveState()
3411            Results = G2sasd.ModelFit(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3412            if not Results[0]:
3413                    G2frame.ErrorDialog('Failed refinement',
3414                        ' Msg: '+Results[-1]+'\nYou need to rethink your selection of parameters\n'+    \
3415                        ' Model restored to previous version')
3416            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3417            RefreshPlots(True)
3418            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3419           
3420    def OnUnDo(event):
3421        DoUnDo()
3422        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,
3423            G2frame.PatternId,'Models'))
3424        G2frame.dataFrame.SasdUndo.Enable(False)
3425        UpdateModelsGrid(G2frame,data)
3426        G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3427        RefreshPlots(True)
3428
3429    def DoUnDo():
3430        print 'Undo last refinement'
3431        file = open(G2frame.undosasd,'rb')
3432        PatternId = G2frame.PatternId
3433        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId, 'Models'),cPickle.load(file))
3434        print ' Models recovered'
3435        file.close()
3436       
3437    def SaveState():
3438        G2frame.undosasd = os.path.join(G2frame.dirname,'GSASIIsasd.save')
3439        file = open(G2frame.undosasd,'wb')
3440        PatternId = G2frame.PatternId
3441        for item in ['Models']:
3442            cPickle.dump(G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,PatternId,item)),file,1)
3443        file.close()
3444        G2frame.dataFrame.SasdUndo.Enable(True)
3445       
3446    def OnSelectFit(event):
3447        data['Current'] = fitSel.GetValue()
3448        wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3449       
3450    def OnCheckBox(event):
3451        Obj = event.GetEventObject()
3452        item,ind = Indx[Obj.GetId()]
3453        item[ind] = Obj.GetValue()
3454       
3455    def OnIntVal(event):
3456        Obj = event.GetEventObject()
3457        item,ind,minVal = Indx[Obj.GetId()]
3458        try:
3459            value = int(Obj.GetValue())
3460            if value <= minVal:
3461                raise ValueError
3462        except ValueError:
3463            value = item[ind]
3464        Obj.SetValue(str(value))
3465        item[ind] = value
3466
3467    def SizeSizer():
3468       
3469        def OnShape(event):
3470            data['Size']['Shape'][0] = partsh.GetValue()
3471            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3472           
3473        def OnMethod(event):
3474            data['Size']['Method'] = method.GetValue()
3475            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3476           
3477        def OnPartVal(event):
3478            try:
3479                val = max(0.0,float(partprm.GetValue()))
3480            except ValueError:
3481                val = 1
3482            data['Size']['Shape'][1] = val
3483            partprm.SetValue('%.3f'%(val))
3484           
3485        sizeSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3486        sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Size distribution parameters: '),0,WACV)
3487        binSizer = wx.FlexGridSizer(0,7,5,5)
3488        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' No. size bins: '),0,WACV)
3489        bins = ['50','100','150','200']
3490        nbins = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['Nbins']),choices=bins,
3491            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3492        Indx[nbins.GetId()] = [data['Size'],'Nbins',0]
3493        nbins.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)       
3494        binSizer.Add(nbins,0,WACV)
3495        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min diam.: '),0,WACV)
3496        minDias = ['10','25','50','100','150','200']
3497        mindiam = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MinDiam']),choices=minDias,
3498            style=wx.CB_DROPDOWN)
3499        mindiam.Bind(wx.EVT_LEAVE_WINDOW,OnIntVal)
3500        mindiam.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnIntVal)       
3501        mindiam.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnIntVal)
3502        Indx[mindiam.GetId()] = [data['Size'],'MinDiam',0]
3503        binSizer.Add(mindiam,0,WACV)
3504        binSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max diam.: '),0,WACV)
3505        maxDias = [str(1000*(i+1)) for i in range(10)]
3506        maxdiam = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MaxDiam']),choices=maxDias,
3507            style=wx.CB_DROPDOWN)
3508        maxdiam.Bind(wx.EVT_LEAVE_WINDOW,OnIntVal)
3509        maxdiam.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnIntVal)       
3510        maxdiam.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnIntVal)
3511        Indx[maxdiam.GetId()] = [data['Size'],'MaxDiam',0]
3512        binSizer.Add(maxdiam,0,WACV)
3513        logbins = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Log bins?')
3514        Indx[logbins.GetId()] = [data['Size'],'logBins']
3515        logbins.SetValue(data['Size']['logBins'])
3516        logbins.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnCheckBox)
3517        binSizer.Add(logbins,0,WACV)
3518        sizeSizer.Add(binSizer,0)
3519        sizeSizer.Add((5,5),0)
3520        partSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3521        partSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Particle description: '),0,WACV)
3522        shapes = {'Spheroid':' Aspect ratio: ','Cylinder':' Diameter ','Cylinder AR':' Aspect ratio: ',
3523            'Unified sphere':'','Unified rod':' Diameter: ','Unified rod AR':' Aspect ratio: ',
3524            'Unified disk':' Thickness: '}
3525        partsh = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['Shape'][0]),choices=shapes.keys(),
3526            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3527        partsh.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnShape)       
3528        partSizer.Add(partsh,0,WACV)
3529        if data['Size']['Shape'][0] not in ['Unified sphere',]:
3530            partSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=shapes[data['Size']['Shape'][0]]),0,WACV)
3531            partprm = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(data['Size']['Shape'][1]),
3532                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3533            partprm.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnPartVal)       
3534            partprm.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnPartVal)
3535            partSizer.Add(partprm,0,WACV)
3536        sizeSizer.Add(partSizer,0)
3537        sizeSizer.Add((5,5),0)
3538        fitSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3539        methods = ['MaxEnt','IPG',]
3540        fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label='Fitting method: '),0,WACV)
3541        method = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Size']['Method'],choices=methods,
3542            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3543        method.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMethod)
3544        fitSizer.Add(method,0,WACV)
3545        iters = ['10','25','50','100','150','200']       
3546        fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' No. iterations: '),0,WACV)
3547        Method = data['Size']['Method']
3548        iter = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size'][Method]['Niter']),choices=iters,
3549            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3550        Indx[iter.GetId()] = [data['Size'][Method],'Niter',0]
3551        iter.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3552        fitSizer.Add(iter,0,WACV)
3553        if 'MaxEnt' in data['Size']['Method']:
3554            fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Log floor factor: '),0,WACV)
3555            floors = [str(-i) for i in range(9)]
3556            floor = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['MaxEnt']['Sky']),choices=floors,
3557                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3558            Indx[floor.GetId()] = [data['Size']['MaxEnt'],'Sky',-10]
3559            floor.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3560            fitSizer.Add(floor,0,WACV)
3561        elif 'IPG' in data['Size']['Method']:
3562            fitSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Q power weight (-1 for sigma): '),0,WACV)
3563            choices = ['-1','0','1','2','3','4']
3564            power = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(data['Size']['IPG']['Power']),choices=choices,
3565                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3566            Indx[power.GetId()] = [data['Size']['IPG'],'Power',-2]
3567            power.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnIntVal)
3568            fitSizer.Add(power,0,WACV)
3569        sizeSizer.Add(fitSizer,0)
3570
3571        return sizeSizer
3572       
3573    def PartSizer():
3574       
3575        FormFactors = {'Sphere':{},'Spheroid':{'Aspect ratio':[1.0,False]},
3576            'Cylinder':{'Length':[100.,False]},'Cylinder diam':{'Diameter':[100.,False]},
3577            'Cylinder AR':{'Aspect ratio':[1.0,False]},'Unified sphere':{},
3578            'Unified rod':{'Length':[100.,False]},'Unified rod AR':{'Aspect ratio':[1.0,False]},
3579            'Unified disk':{'Thickness':[100.,False]},
3580            'Unified tube':{'Length':[100.,False],'Thickness':[10.,False]},}
3581               
3582        StructureFactors = {'Dilute':{},'Hard sphere':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False]},
3583            'Sticky hard sphere':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False],'epis':[0.05,False],'Sticky':[0.2,False]},
3584            'Square well':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False],'Depth':[0.1,False],'Width':[1.,False]},
3585            'InterPrecipitate':{'VolFr':[0.1,False],'Dist':[100.,False]},}
3586               
3587        ffDistChoices =  ['Sphere','Spheroid','Cylinder','Cylinder diam',
3588            'Cylinder AR','Unified sphere','Unified rod','Unified rod AR',
3589            'Unified disk','Unified tube',]
3590               
3591        ffMonoChoices = ['Sphere','Spheroid','Cylinder','Cylinder AR',]
3592       
3593        sfChoices = ['Dilute','Hard sphere','Sticky hard sphere','Square well','InterPrecipitate',]
3594           
3595        slMult = 1000.
3596                 
3597        def OnValue(event):
3598            Obj = event.GetEventObject()
3599            item,key,sldrObj = Indx[Obj.GetId()]
3600            try:
3601                value = float(Obj.GetValue())
3602                if value <= 0.:
3603                    raise ValueError
3604            except ValueError:
3605                value = item[key][0]
3606            item[key][0] = value
3607            Obj.SetValue('%.3g'%(value))
3608            if key in ['P','epis','Sticky','Depth','Width','VolFr','Dist']:
3609                sldrObj.SetValue(slMult*value)
3610            else:
3611                logv = np.log10(value)
3612                valMinMax = [logv-1,logv+1]
3613                sldrObj.SetRange(slMult*valMinMax[0],slMult*valMinMax[1])
3614                sldrObj.SetValue(slMult*logv)
3615            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3616            RefreshPlots()
3617           
3618        def OnSelect(event):
3619            Obj = event.GetEventObject()
3620            item,key = Indx[Obj.GetId()]
3621            item[key] = Obj.GetValue()
3622            if 'Refine' not in Obj.GetLabel():
3623                if 'FormFact' in key :
3624                    item['FFargs'] = FormFactors[Obj.GetValue()]
3625                elif 'StrFact' in key:
3626                    item['SFargs'] = StructureFactors[Obj.GetValue()]
3627                wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3628                G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3629                RefreshPlots()
3630               
3631        def OnDelLevel(event):
3632            Obj = event.GetEventObject()
3633            item = Indx[Obj.GetId()]
3634            del data['Particle']['Levels'][item]
3635            wx.CallAfter(UpdateModelsGrid,G2frame,data)
3636            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3637            RefreshPlots()
3638           
3639        def OnParmSlider(event):
3640            Obj = event.GetEventObject()
3641            item,key,pvObj = Indx[Obj.GetId()]
3642            slide = Obj.GetValue()
3643            if key in ['P','epis','Sticky','Depth','Width','VolFr','Dist']:
3644                value = float(slide/slMult)
3645            else:
3646                value = 10.**float(slide/slMult)
3647            item[key][0] = value
3648            pvObj.SetValue('%.3g'%(item[key][0]))
3649            G2sasd.ModelFxn(Profile,ProfDict,Limits,Sample,data)
3650            RefreshPlots()
3651           
3652        def SizeSizer():
3653            sizeSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,5)
3654            sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Distribution: '),0,WACV)
3655            Distchoice = ['LogNormal','Gaussian','LSW','Schulz-Zimm','Bragg','Unified','Porod','Monodisperse',]
3656            distChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['DistType'],choices=Distchoice,
3657                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3658            Indx[distChoice.GetId()] = [level['Controls'],'DistType']
3659            distChoice.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3660            sizeSizer.Add(distChoice,0,WACV)    #put structure factor choices here
3661            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg','Unified','Porod',]:
3662                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Form Factor: '),0,WACV)
3663                if 'Mono' in level['Controls']['DistType']:
3664                    ffChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['FormFact'],choices=ffMonoChoices,
3665                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3666                else:
3667                    ffChoice = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['FormFact'],choices=ffDistChoices,
3668                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3669                Indx[ffChoice.GetId()] = [level['Controls'],'FormFact']
3670                ffChoice.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3671                sizeSizer.Add(ffChoice,0,WACV)
3672               
3673                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Material: '),0,WACV)
3674                matSel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['Material'],
3675                    choices=Substances['Substances'].keys(),style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3676                Indx[matSel.GetId()] = [level['Controls'],'Material']
3677                matSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)       
3678                sizeSizer.Add(matSel,0,WACV) #do neutron test here?
3679                rho = Substances['Substances'][level['Controls']['Material']].get('XAnom density',0.0)
3680                level['Controls']['Contrast'] = contrast = (rho-rhoMat)**2                 
3681                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Resonant X-ray contrast: '),0,WACV)
3682                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=%.2f 10%scm%s'%(contrast,Pwr20,Pwrm4)),0,WACV)
3683                if 'Mono' not in level['Controls']['DistType']:
3684                    sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Num. radii: '),0,WACV)
3685                    radii = ['25','50','75','100','200']
3686                    nRadii = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=str(level['Controls']['NumPoints']),choices=radii,
3687                        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3688                    Indx[nRadii.GetId()] = [level['Controls'],'NumPoints']
3689                    nRadii.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3690                    sizeSizer.Add(nRadii,0,WACV)
3691                    sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' R dist. cutoff: '),0,WACV)
3692                    rCutoff = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,level['Controls'],'Cutoff',
3693                        min=0.001,max=0.1,typeHint=float)
3694                    sizeSizer.Add(rCutoff,0,WACV)
3695            elif level['Controls']['DistType']  in ['Unified',]:
3696                Parms = level['Unified']
3697                Best = G2sasd.Bestimate(Parms['G'][0],Parms['Rg'][0],Parms['P'][0])
3698                sizeSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Estimated Dist B: %12.4g'%(Best)),0,WACV)
3699            return sizeSizer
3700           
3701        def ParmSizer():
3702            parmSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,5,5)
3703            parmSizer.AddGrowableCol(2,1)
3704            parmSizer.SetFlexibleDirection(wx.HORIZONTAL)
3705            Parms = level[level['Controls']['DistType']]
3706            FFargs = level['Controls']['FFargs']
3707            SFargs = level['Controls'].get('SFargs',{})
3708            parmOrder = ['Volume','Radius','Mean','StdDev','MinSize','G','Rg','B','P','Cutoff',
3709                'PkInt','PkPos','PkSig','PkGam',]
3710            for parm in parmOrder:
3711                if parm in Parms:
3712                    if parm == 'MinSize':
3713                        parmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Dist '+parm),0,wx.ALIGN_CENTER)
3714                    else:
3715                        parmVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine? Dist '+parm) 
3716                        parmVar.SetValue(Parms[parm][1])
3717                        parmVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3718                        parmSizer.Add(parmVar,0,WACV)
3719                        Indx[parmVar.GetId()] = [Parms[parm],1]
3720                    parmValue = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(Parms[parm][0]),
3721                        style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3722                    parmValue.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValue)       
3723                    parmValue.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValue)
3724                    parmSizer.Add(parmValue,0,WACV)
3725                    if parm == 'P':
3726                        value = Parms[parm][0]
3727                        valMinMax = [0.1,4.2]
3728                    else:
3729                        value = np.log10(Parms[parm][0])
3730                        valMinMax = [value-1,value+1]
3731                    parmSldr = wx.Slider(G2frame.dataDisplay,minValue=slMult*valMinMax[0],
3732                        maxValue=slMult*valMinMax[1],value=slMult*value)
3733                    Indx[parmValue.GetId()] = [Parms,parm,parmSldr]
3734                    Indx[parmSldr.GetId()] = [Parms,parm,parmValue]
3735                    parmSldr.Bind(wx.EVT_SLIDER,OnParmSlider)
3736                    parmSizer.Add(parmSldr,1,wx.EXPAND)
3737            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg']:
3738                parmOrder = ['Aspect ratio','Length','Diameter','Thickness','VolFr','Dist','epis','Sticky','Depth','Width']
3739                fTypes = ['FF ','SF ']
3740                for iarg,Args in enumerate([FFargs,SFargs]):
3741                    for parm in parmOrder:
3742                        if parm in Args:
3743                            parmVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine? '+fTypes[iarg]+parm) 
3744                            parmVar.SetValue(Args[parm][1])
3745                            Indx[parmVar.GetId()] = [Args[parm],1]
3746                            parmVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3747                            parmSizer.Add(parmVar,0,WACV)
3748                            parmValue = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(Args[parm][0]),
3749                                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3750                            parmValue.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValue)       
3751                            parmValue.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValue)
3752                            parmSizer.Add(parmValue,0,WACV)
3753                            value = Args[parm][0]
3754                            if parm == 'epis':
3755                                valMinMax = [0,.1]
3756                            elif parm in ['Sticky','Width',]:
3757                                valMinMax = [0,1.]
3758                            elif parm == 'Depth':
3759                                valMinMax = [-2.,2.]
3760                            elif parm == 'Dist':
3761                                valMinMax = [100.,1000.]
3762                            elif parm == 'VolFr':
3763                                valMinMax = [1.e-4,1.]
3764                            else:
3765                                value = np.log10(Args[parm][0])
3766                                valMinMax = [value-1,value+1]
3767                            parmSldr = wx.Slider(G2frame.dataDisplay,minValue=slMult*valMinMax[0],
3768                                maxValue=slMult*valMinMax[1],value=slMult*value)
3769                            Indx[parmVar.GetId()] = [Args[parm],1]
3770                            Indx[parmValue.GetId()] = [Args,parm,parmSldr]
3771                            Indx[parmSldr.GetId()] = [Args,parm,parmValue]
3772                            parmSldr.Bind(wx.EVT_SLIDER,OnParmSlider)
3773                            parmSizer.Add(parmSldr,1,wx.EXPAND)
3774            return parmSizer               
3775           
3776        Indx = {}
3777        partSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3778        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3779        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Particle fit parameters: '),0,WACV)
3780        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Matrix: '),0,WACV)
3781        matsel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Particle']['Matrix']['Name'],
3782            choices=Substances['Substances'].keys(),style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3783        Indx[matsel.GetId()] = [data['Particle']['Matrix'],'Name'] 
3784        matsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect) #Do neutron test here?
3785        rhoMat = Substances['Substances'][data['Particle']['Matrix']['Name']].get('XAnom density',0.0)       
3786        topSizer.Add(matsel,0,WACV)
3787        topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Volume fraction: '),0,WACV)
3788        volfrac = G2gd.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data['Particle']['Matrix']['VolFrac'],0,
3789                typeHint=float)
3790        topSizer.Add(volfrac,0,WACV)
3791        volVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label=' Refine?')
3792        volVar.SetValue(data['Particle']['Matrix']['VolFrac'][1])
3793        Indx[volVar.GetId()] = [data['Particle']['Matrix']['VolFrac'],1]
3794        volVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnSelect)
3795        topSizer.Add(volVar,0,WACV)
3796        partSizer.Add(topSizer,0,)
3797        for ilev,level in enumerate(data['Particle']['Levels']):
3798            G2gd.HorizontalLine(partSizer,G2frame.dataDisplay)
3799            topLevel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3800            topLevel.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Model component %d: '%(ilev)),0,WACV)
3801            delBtn = wx.Button(G2frame.dataDisplay,label=' Delete?')
3802            Indx[delBtn.GetId()] = ilev
3803            delBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnDelLevel)
3804            topLevel.Add(delBtn,0,WACV)
3805            partSizer.Add(topLevel,0)
3806            partSizer.Add(SizeSizer())
3807            if level['Controls']['DistType'] not in ['Bragg','Unified','Porod',]:
3808                topLevel.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Structure factor: '),0,WACV)
3809                strfctr = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=level['Controls']['StrFact'],
3810                    choices=sfChoices,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3811                Indx[strfctr.GetId()] = [level['Controls'],'StrFact']
3812                strfctr.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelect)
3813                topLevel.Add(strfctr,0,WACV)
3814            partSizer.Add(ParmSizer(),0,wx.EXPAND)
3815        return partSizer
3816       
3817    def OnEsdScale(event):
3818        try:
3819            value = float(esdScale.GetValue())
3820            if value <= 0.:
3821                raise ValueError
3822        except ValueError:
3823            value = 1./np.sqrt(ProfDict['wtFactor'])
3824        ProfDict['wtFactor'] = 1./value**2
3825        esdScale.SetValue('%.3f'%(value))
3826        RefreshPlots(True)
3827       
3828    def OnBackChange(event):
3829        try:
3830            value = float(backVal.GetValue())
3831        except ValueError:
3832            value = 0.0
3833        backVal.SetValue('%.3g'%(value))
3834        data['Back'][0] = value
3835        Profile[4][:] = value
3836        RefreshPlots()
3837       
3838    def OnBackFile(event):  #multiple backgrounds?
3839        data['BackFile'] = backFile.GetValue()
3840        if data['BackFile']:
3841            fixBack =  data['Back'][0]
3842            BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,data['BackFile'])
3843            BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3844            Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3845        else:
3846            Profile[5] = np.zeros(len(Profile[5]))
3847        RefreshPlots(True)
3848           
3849    Sample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Sample Parameters'))
3850    Limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Limits'))
3851    Substances = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId, 'Substances'))
3852    ProfDict,Profile = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[:2]
3853    if data['BackFile']:
3854        BackId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,data['BackFile'])
3855        BackSample = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,BackId, 'Sample Parameters'))
3856        Profile[5] = BackSample['Scale'][0]*G2frame.PatternTree.GetItemPyData(BackId)[1][1]
3857    if G2frame.dataDisplay:
3858        G2frame.dataFrame.DestroyChildren()
3859    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ModelMenu)
3860    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3861        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3862    G2frame.dataFrame.SetLabel('Modelling')
3863    G2frame.dataDisplay = wxscroll.ScrolledPanel(G2frame.dataFrame)
3864    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyModel, id=G2gd.wxID_MODELCOPY)
3865    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnCopyFlags, id=G2gd.wxID_MODELCOPYFLAGS)
3866    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnFitModel, id=G2gd.wxID_MODELFIT)
3867    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnFitModelAll, id=G2gd.wxID_MODELFITALL)
3868    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnUnDo, id=G2gd.wxID_MODELUNDO)
3869    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddModel, id=G2gd.wxID_MODELADD)
3870    Indx = {}
3871    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
3872    topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3873    models = ['Size dist.','Particle fit']
3874    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Modeling by: '),0,WACV)
3875    fitSel = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=data['Current'],choices=models,
3876        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3877    fitSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelectFit)       
3878    topSizer.Add(fitSel,0,WACV)
3879    topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Error multiplier: '),0,WACV)
3880    esdScale = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(1./np.sqrt(ProfDict['wtFactor'])),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3881    esdScale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnEsdScale)       
3882    esdScale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnEsdScale)
3883    topSizer.Add(esdScale,0,WACV)
3884    mainSizer.Add(topSizer)
3885    G2gd.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.dataDisplay)
3886    if 'Size' in data['Current']:
3887        if 'MaxEnt' in data['Size']['Method']:
3888            Status.SetStatusText('Size distribution by Maximum entropy')
3889        elif 'IPG' in data['Size']['Method']:
3890            Status.SetStatusText('Size distribution by Interior-Point Gradient')
3891        mainSizer.Add(SizeSizer())       
3892    elif 'Particle' in data['Current']:
3893        mainSizer.Add(PartSizer(),1,wx.ALIGN_LEFT|wx.EXPAND)
3894    G2gd.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.dataDisplay)   
3895    backSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
3896    backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Background:'),0,WACV)
3897    backVal = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3g'%(data['Back'][0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3898    Indx[backVal.GetId()] = ['Back',0,'%.3g']
3899    backVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnBackChange)       
3900    backVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnBackChange)
3901    backSizer.Add(backVal,0,WACV)
3902    backVar = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Refine?')
3903    Indx[backVar.GetId()] = [data['Back'],1]
3904    backVar.SetValue(data['Back'][1])
3905    backVar.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnCheckBox)
3906    backSizer.Add(backVar,0,WACV)
3907    #multiple background files?
3908    backSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Background file: '),0,WACV)
3909    Choices = ['',]+G2gd.GetPatternTreeDataNames(G2frame,['SASD',])
3910    backFile = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['BackFile'],choices=Choices,
3911        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3912    backFile.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnBackFile)
3913    backSizer.Add(backFile)   
3914    mainSizer.Add(backSizer)
3915
3916    mainSizer.Layout()   
3917    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
3918    G2frame.dataDisplay.SetAutoLayout(1)
3919    G2frame.dataDisplay.SetupScrolling()
3920    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
3921    Size[0] += 25
3922    G2frame.dataDisplay.SetSize(Size)
3923    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)   
3924   
3925################################################################################
3926#####  PDF controls
3927################################################################################           
3928       
3929def UpdatePDFGrid(G2frame,data):
3930    '''respond to selection of PWDR PDF data tree item.
3931    '''
3932    global inst
3933    tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
3934    dataFile = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
3935    powName = 'PWDR'+dataFile[4:]
3936    powId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, powName)
3937    fullLimits,limits = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,powId, 'Limits'))[:2]
3938    inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,powId, 'Instrument Parameters'))[0]
3939    if 'Lam' in inst:
3940        keV = 12.397639/inst['Lam'][1]
3941    else:
3942        keV = 12.397639/inst['Lam1'][0]
3943    wave = 12.397639/keV
3944    qLimits = [tth2q(fullLimits[0],wave),tth2q(fullLimits[1],wave)]
3945    data['QScaleLim'][1] = min(qLimits[1],data['QScaleLim'][1])
3946    if data['QScaleLim'][0]:
3947        data['QScaleLim'][0] = max(qLimits[0],data['QScaleLim'][0])
3948    else:                                #initial setting at 90% of max Q
3949        data['QScaleLim'][0] = 0.90*data['QScaleLim'][1]
3950    polariz = inst['Polariz.'][1]
3951    azimuth = inst['Azimuth'][1]
3952    itemDict = {}
3953   
3954    def FillFileSizer(fileSizer,key):
3955        #fileSizer is a FlexGridSizer(3,6)
3956       
3957        def OnSelectFile(event):
3958            Obj = event.GetEventObject()
3959            fileKey,itemKey,fmt = itemDict[Obj.GetId()]
3960            if itemKey == 'Name':
3961                value = Obj.GetValue()
3962            Obj.SetValue(fmt%(value))
3963            data[fileKey][itemKey] = value
3964            UpdatePDFGrid(G2frame,data)
3965       
3966        def OnValueChange(event):
3967            Obj = event.GetEventObject()
3968            fileKey,itemKey,fmt = itemDict[Obj.GetId()]
3969            try:
3970                value = float(Obj.GetValue())
3971            except ValueError:
3972                value = -1.0
3973            Obj.SetValue(fmt%(value))
3974            data[fileKey][itemKey] = value
3975            auxPlot = ComputePDF(data)
3976            G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)
3977                       
3978        item = data[key]
3979        fileList = np.array(GetFileList('PWDR')).T[1]
3980        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' '+key+' file:'),0,WACV)
3981        fileName = wx.ComboBox(G2frame.dataDisplay,value=item['Name'],choices=fileList,
3982            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
3983        itemDict[fileName.GetId()] = [key,'Name','%s']
3984        fileName.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSelectFile)       
3985        fileSizer.Add(fileName,0,)
3986        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='Multiplier:'),0,WACV)
3987        mult = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(item['Mult']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3988        itemDict[mult.GetId()] = [key,'Mult','%.3f']
3989        mult.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3990        mult.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3991        fileSizer.Add(mult,0,)
3992        fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='Add:'),0,WACV)
3993        add = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.0f'%(item['Add']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
3994        itemDict[add.GetId()] = [key,'Add','%.0f']
3995        add.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValueChange)       
3996        add.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValueChange)
3997        fileSizer.Add(add,0,)
3998       
3999    def SumElementVolumes():
4000        sumVol = 0.
4001        ElList = data['ElList']
4002        for El in ElList:
4003            Avol = (4.*math.pi/3.)*ElList[El]['Drad']**3
4004            sumVol += Avol*ElList[El]['FormulaNo']
4005        return sumVol
4006        auxPlot = ComputePDF(data)
4007        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4008       
4009    def FillElemSizer(elemSizer,ElData):
4010       
4011        def OnFractionChange(event):
4012            try:
4013                value = max(0.0,float(num.GetValue()))
4014            except ValueError:
4015                value = 0.0
4016            num.SetValue('%.3f'%(value))
4017            ElData['FormulaNo'] = value
4018            data['Form Vol'] = max(10.0,SumElementVolumes())
4019            formVol.SetValue('%.2f'%(data['Form Vol']))
4020            wx.CallAfter(UpdatePDFGrid,G2frame,data)
4021            auxPlot = ComputePDF(data)
4022            G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4023       
4024        elemSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,
4025            label=' Element: '+'%2s'%(ElData['Symbol'])+' * '),0,WACV)
4026        num = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,value='%.3f'%(ElData['FormulaNo']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4027        num.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFractionChange)       
4028        num.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFractionChange)
4029        elemSizer.Add(num,0,WACV)
4030        elemSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,
4031            label="f': %.3f"%(ElData['fp'])+' f": %.3f'%(ElData['fpp'])+' mu: %.2f barns'%(ElData['mu']) ),
4032            0,WACV)
4033           
4034    def OnGeometry(event):
4035        data['Geometry'] = geometry.GetValue()
4036        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4037        auxPlot = ComputePDF(data)
4038        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4039       
4040    def OnDetType(event):
4041        data['DetType'] = detType.GetValue()
4042        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4043        auxPlot = ComputePDF(data)
4044        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=True)       
4045       
4046    def OnFormVol(event):
4047        try:
4048            value = float(formVol.GetValue())
4049            if value <= 0.0:
4050                raise ValueError
4051        except ValueError:
4052            value = data['Form Vol']
4053        data['Form Vol'] = value
4054        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4055        auxPlot = ComputePDF(data)
4056        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)       
4057       
4058    def OnDiameter(event):
4059        try:
4060            value = float(diam.GetValue())
4061            if value <= 0.0:
4062                raise ValueError
4063        except ValueError:
4064            value = data['Diam']
4065        data['Diam'] = value
4066        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4067        auxPlot = ComputePDF(data)
4068        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)
4069       
4070    def OnPolaVal(event):
4071        try:
4072            value = float(polaVal.GetValue())
4073            if not (0.0 <= value <= 1.0):
4074                raise ValueError
4075        except ValueError:
4076            value = inst['Polariz.'][1]
4077        inst['Polariz.'][1] = value
4078        polaVal.SetValue('%.2f'%(inst['Polariz.'][1]))
4079        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4080        auxPlot = ComputePDF(data)
4081        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)
4082               
4083    def OnAzimVal(event):
4084        try:
4085            value = float(azimVal.GetValue())
4086            if not (0. <= value <= 360.):
4087                raise ValueError
4088        except ValueError:
4089            value = inst['Azimuth'][1]
4090        inst['Azimuth'][1] = value
4091        azimVal.SetValue('%.1f'%(inst['Azimuth'][1]))
4092        UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4093        auxPlot = ComputePDF(data)
4094        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)
4095                       
4096    def OnObliqCoeff(event):
4097        try:
4098            value = float(obliqCoeff.GetValue())
4099            if value < 0.0:
4100                raise ValueError
4101            elif value > 1.0:
4102                value = 1.0
4103        except ValueError:
4104            value = data['ObliqCoeff']
4105        data['ObliqCoeff'] = value
4106        obliqCoeff.SetValue('%.3f'%(value))
4107        auxPlot = ComputePDF(data)
4108        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)
4109       
4110    def OnRulandWdt(event):
4111        try:
4112            value = float(rulandWdt.GetValue())
4113            if value <= 0.001:
4114                raise ValueError
4115            elif value > 1.0:
4116                value = 1.0
4117        except ValueError:
4118            value = data['Ruland']
4119        data['Ruland'] = value
4120        rulandWdt.SetValue('%.3f'%(value))
4121        auxPlot = ComputePDF(data)
4122        G2plt.PlotISFG(G2frame,newPlot=False)
4123       
4124    def OnRulSlider(event):
4125        value = int(rulandSldr.GetValue())/1000.
4126        data['Ruland'] = max(0.001,value)
4127        rulandWdt.SetValue('%.3f'%(data['Ruland']))
4128        auxPlot