source: trunk/GSASIIplot.py @ 47

Last change on this file since 47 was 47, checked in by vondreel, 13 years ago

eliminate fitellipse.for
fitting with scipy.optimize.leastsq
some mods to facilitate this - numpy arrays needed
File size: 30.5 KB
Line 
1import math
2import time
3import copy
4import numpy as np
5import wx
6import wx.aui
7import matplotlib as mpl
8import GSASIIgrid as G2gd
9import GSASIIcomp as G2cmp
10from matplotlib.backends.backend_wxagg import FigureCanvasWxAgg as Canvas
11from matplotlib.backends.backend_wxagg import NavigationToolbar2Wx as Toolbar
12
13# useful degree trig functions
14sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
15cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
16tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
17asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
18acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
19atan2d = lambda x,y: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
20atand = lambda x: 180.*math.atan(x)/math.pi
21   
22class G2Plot(wx.Panel):
23   
24    def __init__(self,parent,id=-1,dpi=None,**kwargs):
25        wx.Panel.__init__(self,parent,id=id,**kwargs)
26        self.figure = mpl.figure.Figure(dpi=dpi,figsize=(5,7))
27        self.canvas = Canvas(self,-1,self.figure)
28        self.toolbar = Toolbar(self.canvas)
29
30        self.toolbar.Realize()
31       
32        sizer=wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
33        sizer.Add(self.canvas,1,wx.EXPAND)
34        sizer.Add(self.toolbar,0,wx.LEFT|wx.EXPAND)
35        self.SetSizer(sizer)
36               
37class G2PlotNoteBook(wx.Panel):
38    def __init__(self,parent,id=-1):
39        wx.Panel.__init__(self,parent,id=id)
40        self.nb = wx.aui.AuiNotebook(self) #style=wx.AUI_NB_DEFAULT_STYLE ^ wx.AUI_NB_CLOSE_ON_ACTIVE_TAB)
41        sizer = wx.BoxSizer()
42        sizer.Add(self.nb,1,wx.EXPAND)
43        self.SetSizer(sizer)
44        self.status = parent.CreateStatusBar()
45       
46        self.plotList = []
47           
48    def add(self,name=""):
49        page = G2Plot(self.nb)
50        self.nb.AddPage(page,name)
51       
52        self.plotList.append(name)
53       
54        return page.figure
55       
56def PlotSngl(self):
57    from matplotlib.patches import Circle
58
59    def OnSCMotion(event):
60        xpos = event.xdata
61        if xpos:
62            xpos = round(xpos)                                        #avoid out of frame mouse position
63            ypos = round(event.ydata)
64            zpos = Data['Layer']
65            if '100' in Data['Zone']:
66                HKLtxt = '(%3d,%3d,%3d)'%(zpos,xpos,ypos)
67            elif '010' in Data['Zone']:
68                HKLtxt = '(%3d,%3d,%3d)'%(xpos,zpos,ypos)
69            elif '001' in Data['Zone']:
70                HKLtxt = '(%3d,%3d,%3d)'%(xpos,ypos,zpos)
71            snglPage.canvas.SetToolTipString(HKLtxt)
72            self.G2plotNB.status.SetFields(['HKL = '+HKLtxt,])
73               
74    def OnSCPick(event):
75        zpos = Data['Layer']
76        pos = event.artist.center
77        if '100' in Data['Zone']:
78            snglPage.canvas.SetToolTipString('(picked:(%3d,%3d,%3d))'%(zpos,pos[0],pos[1]))
79            hkl = [zpos,pos[0],pos[1]]
80        elif '010' in Data['Zone']:
81            snglPage.canvas.SetToolTipString('(picked:(%3d,%3d,%3d))'%(pos[0],zpos,pos[1]))
82            hkl = [pos[0],zpos,pos[1]]
83        elif '001' in Data['Zone']:
84            snglPage.canvas.SetToolTipString('(picked:(%3d,%3d,%3d))'%(pos[0],pos[1],zpos))
85            hkl = [pos[0],pos[1],zpos]
86        h,k,l = hkl
87        i = HKL.all(hkl)
88        print i
89        HKLtxt = '(%3d,%3d,%3d %10.2f %6.3f %10.2f)'%(h,k,l,Fosq,sig,Fcsq)
90        self.G2plotNB.status.SetFields(['HKL, Fosq, sig, Fcsq = '+HKLtxt,])
91                         
92       
93    def OnSCKeyPress(event):
94        print event.key
95
96    try:
97        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Structure Factors')
98        snglPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
99        snglPlot = snglPage.figure.gca()
100        snglPlot.cla()
101    except ValueError,error:
102        snglPlot = self.G2plotNB.add('Structure Factors').gca()
103        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Structure Factors')
104        snglPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
105        snglPage.canvas.mpl_connect('key_press_event', OnSCKeyPress)
106        snglPage.canvas.mpl_connect('pick_event', OnSCPick)
107        snglPage.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnSCMotion)
108    snglPage.SetFocus()
109   
110    snglPlot.set_aspect(aspect='equal')
111    HKLref = self.PatternTree.GetItemPyData(self.Sngl)
112    Data = self.PatternTree.GetItemPyData( \
113        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Sngl, 'HKL Plot Controls'))
114    Type = Data['Type']           
115    scale = Data['Scale']
116    HKLmax = Data['HKLmax']
117    HKLmin = Data['HKLmin']
118    FosqMax = Data['FoMax']
119    FoMax = math.sqrt(FosqMax)
120    ifFc = Data['ifFc']
121    xlabel = ['k, h=','h, k=','h, l=']
122    ylabel = ['l','l','k']
123    zones = ['100','010','001']
124    pzone = [[1,2],[0,2],[0,1]]
125    izone = zones.index(Data['Zone'])
126    snglPlot.set_title(self.PatternTree.GetItemText(self.Sngl)[5:])
127    HKL = []
128    for H,Fosq,sig,Fcsq,x,x,x in HKLref:
129        HKL.append(H)
130        if H[izone] == Data['Layer']:
131            B = 0
132            if Type == 'Fosq':
133                A = scale*Fosq/FosqMax
134                B = scale*Fcsq/FosqMax
135                C = abs(A-B)
136            elif Type == 'Fo':
137                A = scale*math.sqrt(max(0,Fosq))/FoMax
138                B = scale*math.sqrt(max(0,Fcsq))/FoMax
139                C = abs(A-B)
140            elif Type == '|DFsq|/sig':
141                A = abs(Fosq-Fcsq)/(scale*sig)
142            elif Type == '|DFsq|>sig':
143                A = abs(Fosq-Fcsq)/(scale*sig)
144                if A < 1.0: A = 0                   
145            elif Type == '|DFsq|>3sig':
146                A = abs(Fosq-Fcsq)/(scale*sig)
147                if A < 3.0: A = 0                   
148            xy = (H[pzone[izone][0]],H[pzone[izone][1]])
149            if A > 0.0:
150                snglPlot.add_artist(Circle(xy,radius=A,ec='g',fc='w',picker=3))
151            if B:
152                snglPlot.add_artist(Circle(xy,radius=B,ec='b',fc='w'))
153                radius = C
154                if radius > 0:
155                    if A > B:
156                        snglPlot.add_artist(Circle(xy,radius=radius,ec='r',fc='r'))
157                    else:                   
158                        snglPlot.add_artist(Circle(xy,radius=radius,ec='g',fc='g'))
159    HKL = np.array(HKL)
160    snglPlot.set_xlabel(xlabel[izone]+str(Data['Layer']),fontsize=12)
161    snglPlot.set_ylabel(ylabel[izone],fontsize=12)
162    snglPlot.set_xlim((HKLmin[pzone[izone][0]],HKLmax[pzone[izone][0]]))
163    snglPlot.set_ylim((HKLmin[pzone[izone][1]],HKLmax[pzone[izone][1]]))
164    snglPage.canvas.draw()
165       
166def PlotImage(self):
167    from matplotlib.patches import Ellipse,Arc
168
169    def OnImMotion(event):
170        imgPage.canvas.SetToolTipString('')
171        size = len(self.ImageZ)
172        if (xlim[0] < event.xdata < xlim[1]) & (ylim[0] > event.ydata > ylim[1]):
173            Data = self.PatternTree.GetItemPyData( \
174                G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Image Controls'))
175            imgPage.canvas.SetCursor(wx.CROSS_CURSOR)
176            item = self.itemPicked
177            pixelSize = Data['pixelSize']
178            scalex = 1000./pixelSize[0]
179            scaley = 1000./pixelSize[1]                   
180            if item and self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) == 'Image Controls':
181                if 'Text' in str(item):
182                    imgPage.canvas.SetToolTipString('%8.3f %8.3fmm'%(event.xdata,event.ydata))
183                else:
184                    xcent,ycent = Data['center']
185                    xpos = event.xdata-xcent
186                    ypos = event.ydata-ycent
187                    if 'line3' in  str(item) or 'line4' in str(item) and not Data['fullIntegrate']:
188                        ang = int(atan2d(-ypos,xpos))
189                        imgPage.canvas.SetToolTipString('%6d deg'%(ang))
190                    elif 'inner' in  str(item.get_gid()) or 'outer' in str(item.get_gid()):
191                        tth = G2cmp.GetTth(event.xdata,event.ydata,Data)
192                        imgPage.canvas.SetToolTipString('%8.3fdeg'%(tth))                           
193            else:
194                xpos = event.xdata
195                ypos = event.ydata
196                xpix = xpos*scalex
197                ypix = ypos*scaley
198                if (0 <= xpix <= size) and (0 <= ypix <= size):
199                    imgPage.canvas.SetToolTipString('%6d'%(self.ImageZ[ypix][xpix]))
200                tth,dsp,azm = G2cmp.GetTthDspAzm(xpos,ypos,Data)
201                Q = 2.*math.pi/dsp
202                self.G2plotNB.status.SetFields(\
203                    ['Detector 2-th =%9.2fdeg, dsp =%9.3fA, Q = %6.3fA-1, azm = %7.2fdeg'%(tth,dsp,Q,azm),])
204
205    def OnImPlotKeyPress(event):
206        if self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) == 'Image Controls':
207            Data = self.PatternTree.GetItemPyData(self.PickId)
208            pixelSize = Data['pixelSize']
209            size = len(self.ImageZ)
210            Xpos = event.xdata
211            if not Xpos:            #got point out of frame
212                return
213            Ypos = event.ydata
214            if event.key == 'm':
215                print 'mask = ',Xpos,Ypos
216           
217    def OnImPick(event):
218        if self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) != 'Image Controls':
219            return
220        if self.itemPicked is not None: return
221        pick = event.artist
222        self.itemPicked = pick
223       
224    def OnImRelease(event):
225        if self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) != 'Image Controls':
226            return
227        Data = self.PatternTree.GetItemPyData(self.PickId)
228        pixelSize = Data['pixelSize']
229        scalex = 1000./pixelSize[0]
230        scaley = 1000./pixelSize[1]
231        if self.itemPicked is None:
232            size = len(self.ImageZ)
233            Xpos = event.xdata
234            if not (Xpos and self.ifGetRing):                   #got point out of frame
235                return
236            Ypos = event.ydata
237            if Ypos and not imgPage.toolbar._active:         #make sure zoom/pan not selected
238                if event.button == 1:
239                    Xpix = Xpos*scalex
240                    Ypix = Ypos*scaley
241                    xpos,ypos,I,J = G2cmp.ImageLocalMax(self.ImageZ,20,Xpix,Ypix)
242                    if I and J:
243                        xpos /= scalex
244                        ypos /= scaley
245                        Data['ring'].append([xpos,ypos])
246                PlotImage(self)
247            return
248        else:
249            xpos = event.xdata
250            if xpos:                                        #avoid out of frame mouse position
251                ypos = event.ydata
252                if self.ifGetRing:
253                    xypos = [xpos,ypos]
254                    rings = Data['ring']
255                    for ring in rings:
256                        if np.allclose(ring,xypos,.01,0):
257                            rings.remove(ring)                                                                       
258                else:
259                    tth,dsp,azm = G2cmp.GetTthDspAzm(xpos,ypos,Data)
260                    if 'Line2D' in str(self.itemPicked):
261                        if 'line1' in str(self.itemPicked):
262                            Data['IOtth'][0] = tth
263                        elif 'line2' in str(self.itemPicked):
264                            Data['IOtth'][1] = tth
265                        elif 'line3' in str(self.itemPicked) and not Data['fullIntegrate']:
266                            Data['LRazimuth'][0] = int(azm)
267                        elif 'line4' in str(self.itemPicked) and not Data['fullIntegrate']:
268                            Data['LRazimuth'][1] = int(azm)
269                           
270                        if Data['LRazimuth'][1] < Data['LRazimuth'][0]:
271                            Data['LRazimuth'][1] += 360
272                        if  Data['IOtth'][0] > Data['IOtth'][1]:
273                            Data['IOtth'] = G2cmp.SwapXY(Data['IOtth'][0],Data['IOtth'][1])
274                           
275                        self.InnerTth.SetValue("%8.2f" % (Data['IOtth'][0]))
276                        self.OuterTth.SetValue("%8.2f" % (Data['IOtth'][1]))
277                        self.Lazim.SetValue("%6d" % (Data['LRazimuth'][0]))
278                        self.Razim.SetValue("%6d" % (Data['LRazimuth'][1]))
279                    else:
280                        print event.xdata,event.ydata,event.button
281                PlotImage(self)
282            self.itemPicked = None
283           
284    try:
285        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('2D Powder Image')
286        imgPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
287        imgPage.figure.clf()
288        imgPlot = imgPage.figure.gca()
289        if imgPage.views:
290            imgPage.toolbar._views = copy.deepcopy(imgPage.views)
291        view = imgPage.toolbar._views.forward()
292       
293    except ValueError,error:
294        imgPlot = self.G2plotNB.add('2D Powder Image').gca()
295        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('2D Powder Image')
296        imgPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
297        imgPage.canvas.mpl_connect('key_press_event', OnImPlotKeyPress)
298        imgPage.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnImMotion)
299        imgPage.canvas.mpl_connect('pick_event', OnImPick)
300        imgPage.canvas.mpl_connect('button_release_event', OnImRelease)
301        imgPage.views = False
302        view = False
303    imgPage.SetFocus()
304       
305    imgPlot.set_title(self.PatternTree.GetItemText(self.Image)[4:])
306    size,self.ImageZ = self.PatternTree.GetItemPyData(self.Image)
307    Data = self.PatternTree.GetItemPyData( \
308        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Image Controls'))
309    imScale = 1
310    if len(self.ImageZ) > 1024:
311        imScale = len(self.ImageZ)/1024
312    pixelSize = Data['pixelSize']
313    scalex = 1000./pixelSize[0]
314    scaley = 1000./pixelSize[1]
315    xmax = len(self.ImageZ)
316    Xmax = len(self.ImageZ)*pixelSize[0]/1000.
317    xlim = (-0.5,Xmax-.5)
318    ylim = (Xmax-.5,-0.5,)
319    if self.Img:
320        xlim = self.Img.axes.get_xlim()
321        ylim = self.Img.axes.get_ylim()
322    Imin,Imax = Data['range'][1]
323    acolor = mpl.cm.get_cmap(Data['color'])
324    xcent,ycent = Data['center']
325    imgPlot.set_xlabel('Image x-axis, mm',fontsize=12)
326    imgPlot.set_ylabel('Image y-axis, mm',fontsize=12)
327    A = G2cmp.ImageCompress(self.ImageZ,imScale)
328    self.Img = imgPlot.imshow(self.ImageZ[::imScale,::imScale], \
329        aspect='equal',cmap=acolor, \
330        interpolation='nearest',vmin=Imin,vmax=Imax, \
331        extent=[0,Xmax,Xmax,0])
332    imgPlot.plot(xcent,ycent,'x')
333    if Data['showLines']:
334        LRAzim = Data['LRazimuth']                  #NB: integers
335        IOtth = Data['IOtth']
336        wave = Data['wavelength']
337        dsp = wave/(2.0*sind(IOtth[0]/2.0))
338        ell0 = G2cmp.GetEllipse(dsp,Data)           #=False if dsp didn't yield an ellipse (ugh! a parabola or a hyperbola)
339        dsp = wave/(2.0*sind(IOtth[1]/2.0))
340        ell1 = G2cmp.GetEllipse(dsp,Data)           #Ditto & more likely for outer ellipse
341        if Data['fullIntegrate']:
342            arcxI = arcyI = np.array(range(0,361))
343            arcxO = arcyO = np.array(range(0,361))
344        else:
345            arcxI = arcyI = np.array(range(LRAzim[0],LRAzim[1]+1))
346            arcxO = arcyO = np.array(range(LRAzim[0],LRAzim[1]+1))
347        if ell0:
348            cent0,phi0,radii0 = ell0
349            radii0 = np.sum(G2cmp.makeMat(phi0,2).T*np.array(radii0+[0.,]),axis=1)
350            arcxI = np.cos(arcxI*math.pi/180.)*radii0[0]+cent0[0]
351            arcyI = np.sin(arcyI*math.pi/180.)*radii0[1]+cent0[1]
352            imgPlot.plot(arcxI,arcyI,picker=3)
353        if ell1:
354            cent1,phi1,radii1 = ell1
355            radii1 = np.sum(G2cmp.makeMat(phi1,2).T*np.array(radii1+[0.,]),axis=1)
356            arcxO = np.cos(arcxO*math.pi/180.)*radii1[0]+cent1[0]
357            arcyO = np.sin(arcyO*math.pi/180.)*radii1[1]+cent1[1]
358            imgPlot.plot(arcxO,arcyO,picker=3)       
359        if ell0 and ell1 and not Data['fullIntegrate']:
360            imgPlot.plot([arcxI[0],arcxO[0]],[arcyI[0],arcyO[0]],picker=3)
361            imgPlot.plot([arcxI[-1],arcxO[-1]],[arcyI[-1],arcyO[-1]],picker=3)
362    for xring,yring in Data['ring']:
363        imgPlot.text(xring,yring,'+',color='b',ha='center',va='center',picker=3)
364    if Data['setRings']:
365        rings = Data['rings']
366        for xring,yring,tth in rings:
367            imgPlot.text(xring,yring,'+',ha='center',va='center')           
368    for ellipse in Data['ellipses']:
369        cent,phi,[width,height],col = ellipse
370        imgPlot.add_artist(Ellipse([cent[0],cent[1]],2*width,2*height,phi,ec=col,fc='none'))
371        imgPlot.text(cent[0],cent[1],'+',color=col,ha='center',va='center')
372    colorBar = imgPage.figure.colorbar(self.Img)
373    if view:
374        self.Img.axes.set_xlim(view[0][:2])
375        self.Img.axes.set_ylim(view[0][2:])
376    else:
377        self.Img.axes.set_xlim(xlim)
378        self.Img.axes.set_ylim(ylim)
379    imgPage.canvas.draw()
380           
381def PlotPeakWidths(self):
382    PatternId = self.PatternId
383    limitID = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Limits')
384    if limitID:
385        limits = self.PatternTree.GetItemPyData(limitID)
386    else:
387        return
388    instParms = self.PatternTree.GetItemPyData( \
389        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Instrument Parameters'))
390    if instParms[0][0] == 'PXC':
391        lam = instParms[1][1]
392        if len(instParms[1]) == 12:
393            GU,GV,GW,LX,LY = instParms[0][6:11]
394        else:
395            GU,GV,GW,LX,LY = instParms[0][4:9]
396    peakID = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Peak List')
397    if peakID:
398        peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(peakID)
399    else:
400        peaks = []
401   
402    try:
403        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Peak Widths')
404        pkwPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
405        pkwPage.figure.clf()
406        pkwPlot = pkwPage.figure.gca()
407    except ValueError,error:
408        pkwPlot = self.G2plotNB.add('Peak Widths').gca()
409        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Peak Widths')
410        pkwPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
411    pkwPage.SetFocus()
412   
413    pkwPage.canvas.SetToolTipString('')
414    colors=['b','g','r','c','m','k']
415    Xmin,Xmax = limits[1]
416    Xmin = min(0.5,max(Xmin,1))
417    Xmin /= 2
418    Xmax /= 2
419    nPts = 100
420    delt = (Xmax-Xmin)/nPts
421    thetas = []
422    for i in range(nPts):
423        thetas.append(Xmin+i*delt)
424    X = []
425    Y = []
426    Z = []
427    W = []
428    sig = lambda Th,U,V,W: 1.17741*math.sqrt(U*tand(Th)**2+V*tand(Th)+W)*math.pi/18000.
429    gam = lambda Th,X,Y: (X/cosd(Th)+Y*tand(Th))*math.pi/18000.
430    gamFW = lambda s,g: math.exp(math.log(g**5+2.69269*g**4*s+2.42843*g**3*s**2+4.47163*g**2*s**3+0.07842*g*s**4+s**5)/5.)
431    for theta in thetas:
432        X.append(4.0*math.pi*sind(theta)/lam)              #q
433        s = sig(theta,GU,GV,GW)
434        g = gam(theta,LX,LY)
435        G = gamFW(g,s)
436        Y.append(s/tand(theta))
437        Z.append(g/tand(theta))
438        W.append(G/tand(theta))
439    pkwPlot.set_title('Instrument and sample peak widths')
440    pkwPlot.set_ylabel(r'$\Delta q/q, \Delta d/d$',fontsize=14)
441    pkwPlot.set_xlabel(r'$q, \AA^{-1}$',fontsize=14)
442    pkwPlot.plot(X,Y,color='r',label='Gaussian')
443    pkwPlot.plot(X,Z,color='g',label='Lorentzian')
444    pkwPlot.plot(X,W,color='b',label='G+L')
445    X = []
446    Y = []
447    Z = []
448    W = []
449    for peak in peaks:
450        X.append(4.0*math.pi*sind(peak[0]/2.0)/lam)
451        s = 1.17741*math.sqrt(peak[4])*math.pi/18000.
452        g = peak[6]*math.pi/18000.
453        G = gamFW(g,s)
454        Y.append(s/tand(peak[0]/2.))
455        Z.append(g/tand(peak[0]/2.))
456        W.append(G/tand(peak[0]/2.))
457    pkwPlot.plot(X,Y,'+',color='r',label='G peak')
458    pkwPlot.plot(X,Z,'+',color='g',label='L peak')
459    pkwPlot.plot(X,W,'+',color='b',label='G+L peak')
460    pkwPlot.legend(loc='best')
461    pkwPage.canvas.draw()
462
463def PlotPatterns(self):
464   
465    def OnPick(event):
466        if self.itemPicked is not None: return
467        PatternId = self.PatternId
468        PickId = self.PickId
469        pick = event.artist
470        mouse = event.mouseevent
471        xpos = pick.get_xdata()
472        ypos = pick.get_ydata()
473        view = pdrPage.toolbar._views.forward()
474        ind0 = np.searchsorted(xye[0],view[0][0])
475        ind = event.ind+ind0
476        xy = zip(xpos[ind],ypos[ind])[0]
477        xm = mouse.xdata
478        if self.PatternTree.GetItemText(PickId) == 'Peak List':
479            if ind.all() != [0]:                                    #picked a data point
480                inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Instrument Parameters'))
481                if len(inst[1]) == 10:
482                    ins = inst[1][4:10]
483                else:
484                    ins = inst[1][6:12]   
485                sig = ins[0]*tand(xy[0]/2.0)**2+ins[1]*tand(xy[0]/2.0)+ins[2]
486                gam = ins[3]/cosd(xy[0]/2.0)+ins[4]*tand(xy[0]/2.0)           
487                data = self.PatternTree.GetItemPyData(self.PickId)
488                XY = [xy[0],0, xy[1],1, sig,0, gam,0, ins[5],0]       #default refine intensity 1st   
489                data.append(XY)
490                G2gd.UpdatePeakGrid(self,data)
491            else:                                                   #picked a peak list line
492                self.itemPicked = pick
493        elif self.PatternTree.GetItemText(PickId) == 'Limits':
494            if ind.all() != [0]:                                    #picked a data point
495                LimitId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Limits')
496                data = self.PatternTree.GetItemPyData(LimitId)
497                if mouse.button==1:
498                    data[1][0] = min(xy[0],data[1][1])
499                if mouse.button==3:
500                    data[1][1] = max(xy[0],data[1][0])
501                self.PatternTree.SetItemPyData(LimitId,data)
502                G2gd.UpdateLimitsGrid(self,data)
503            else:                                                   #picked a limit line
504                self.itemPicked = pick               
505        PlotPatterns(self)
506       
507    def OnPlotKeyPress(event):
508        if event.key == 'w':
509            if self.Weight:
510                self.Weight = False
511            else:
512                self.Weight = True
513            self.PlotPatterns()
514            print 'plot weighting:',self.Weight
515        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False) > 1:
516            if event.key == 'u' and self.Offset < 100.:
517                self.Offset += 1.
518                self.PlotPatterns()
519            elif event.key == 'd' and self.Offset > 0.:
520                self.Offset -= 1.
521                self.PlotPatterns()
522            elif event.key == 'c':
523                print 'contouring'
524                if self.Contour:
525                    self.Contour = False
526                else:
527                    self.Contour = True
528            PlotPatterns(self)
529        else:
530            event.Skip()
531                       
532    def OnMotion(event):
533        xpos = event.xdata
534        if xpos:                                        #avoid out of frame mouse position
535            ypos = event.ydata
536            pdrPage.canvas.SetCursor(wx.CROSS_CURSOR)
537            self.G2plotNB.status.SetFields(['2-theta =%9.3f Intensity =%9.1f'%(xpos,ypos),])
538            if self.itemPicked:
539                pdrPage.canvas.SetToolTipString('%9.3f'%(xpos))
540                   
541    def OnRelease(event):
542        if self.itemPicked is None: return
543        xpos = event.xdata
544        if xpos:                                        #avoid out of frame mouse position
545            lines = []
546            for line in self.Lines: lines.append(line.get_xdata()[0])
547            lineNo = lines.index(self.itemPicked.get_xdata()[0])
548            if  lineNo in [0,1]:
549                LimitId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.PatternId, 'Limits')
550                data = self.PatternTree.GetItemPyData(LimitId)
551                data[1][lineNo] = xpos
552                self.PatternTree.SetItemPyData(LimitId,data)
553                if self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) == 'Limits':
554                    G2gd.UpdateLimitsGrid(self,data)
555            else:
556                PeakId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.PatternId, 'Peak List')
557                data = self.PatternTree.GetItemPyData(PeakId)
558                data[lineNo-2][0] = xpos
559                self.PatternTree.SetItemPyData(PeakId,data)
560                G2gd.UpdatePeakGrid(self,data)
561        PlotPatterns(self)
562        self.itemPicked = None   
563
564    try:
565        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Powder Patterns')
566        pdrPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
567        pdrPage.figure.clf()
568        pdrPlot = pdrPage.figure.gca()
569        pdrPage.toolbar._views = copy.deepcopy(pdrPage.views)
570    except ValueError,error:
571        pdrPlot = self.G2plotNB.add('Powder Patterns').gca()
572        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Powder Patterns')
573        pdrPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
574        pdrPage.canvas.mpl_connect('key_press_event', OnPlotKeyPress)
575        pdrPage.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnMotion)
576        pdrPage.canvas.mpl_connect('pick_event', OnPick)
577        pdrPage.canvas.mpl_connect('button_release_event', OnRelease)
578        pdrPage.xylim = 0
579       
580    pdrPage.SetFocus()
581
582    PickId = self.PickId
583    PatternId = self.PatternId
584    colors=['b','g','r','c','m','k']
585    Ymax = 1.0
586    PlotList = []
587    Lines = []
588    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
589    while item:
590        if 'PWDR' in self.PatternTree.GetItemText(item):
591            Pattern = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
592            Pattern.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
593            PlotList.append(Pattern)
594        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
595    xlim = [0.,180.]
596    xmin = 0.
597    xmax = 180.
598    ylim = [0.,1.0e12]
599    for Pattern in PlotList:
600        xye = Pattern[1]
601        if pdrPage.xylim:
602            xlim,ylim = pdrPage.xylim
603        else:       
604            xlim = [xye[0][np.argmin(xye[0])],xye[0][np.argmax(xye[0])]]
605            ylim = [xye[1][np.argmin(xye[1])],xye[1][np.argmax(xye[1])]]
606        Ymax = max(Ymax,max(xye[1]))
607    offset = self.Offset*Ymax/100.0
608    pdrPlot.set_title('Powder Patterns')
609    pdrPlot.set_xlabel(r'$\mathsf{2\theta}$',fontsize=14)
610    pdrPlot.set_ylabel('Intensity',fontsize=12)
611    if self.Contour:
612        ContourZ = []
613        ContourY = []
614        Nseq = 0
615    for Pattern in PlotList:
616        ifpicked = False
617        LimitId = 0
618        xye = Pattern[1]
619        if PickId:
620            ifpicked = Pattern[2] == self.PatternTree.GetItemText(PatternId)
621            LimitId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Limits')
622        N = PlotList.index(Pattern)
623        X,Y = xye[0:2]
624        Y += offset*N
625        if LimitId:
626            limits = self.PatternTree.GetItemPyData(LimitId)
627            Lines.append(pdrPlot.axvline(limits[1][0],color='g',dashes=(5,5),picker=3))   
628            Lines.append(pdrPlot.axvline(limits[1][1],color='r',dashes=(5,5),picker=3))                   
629        if self.Contour:
630            ContourY.append(N)
631            ContourZ.append(Y)
632            ContourX = X
633            Nseq += 1
634            pdrPlot.set_ylabel('Data sequence',fontsize=12)
635        else:
636            if ifpicked:
637                Z = xye[3]+offset*N
638                W = xye[4]+offset*N
639                D = xye[5]+offset*N
640                if self.Weight:
641                    W2 = np.sqrt(xye[2])
642                    D *= W2
643                pdrPlot.plot(X,Y,colors[N%6]+'+',picker=3)
644                pdrPlot.plot(X,Z,colors[(N+1)%6],picker=False)
645                pdrPlot.plot(X,W,colors[(N+2)%6],picker=False)
646                pdrPlot.plot(X,D,colors[(N+3)%6],picker=False)
647                pdrPlot.axhline(0.,color=wx.BLACK)
648                pdrPage.canvas.SetToolTipString('')
649                if self.PatternTree.GetItemText(PickId) == 'Peak List':
650                    tip = 'On data point: Pick peak - L or R MB.On line: MB down to move'
651                    pdrPage.canvas.SetToolTipString(tip)
652                    data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Peak List'))
653                    for item in data:
654                        Lines.append(pdrPlot.axvline(item[0],color=colors[N%6],picker=2))
655                if self.PatternTree.GetItemText(PickId) == 'Limits':
656                    tip = 'On data point: Lower limit - L MB; Upper limit - R MB. On limit: MB down to move'
657                    pdrPage.canvas.SetToolTipString(tip)
658                    data = self.LimitsTable.GetData()
659            else:
660                pdrPlot.plot(xye[0],Y,colors[N%6],picker=False)
661    if PickId and self.PatternTree.GetItemText(PickId) in ['Index Peak List','Unit Cells List']:
662        peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Index Peak List'))
663        for peak in peaks:
664            pdrPlot.axvline(peak[0],color='b')
665        for hkl in self.HKL:
666            pdrPlot.axvline(hkl[5],color='r',dashes=(5,5))
667    if self.Contour:
668        pdrPlot.contourf(ContourX,ContourY,ContourZ)
669        pdrPlot.set_ylim(0,Nseq-1)
670    self.Lines = Lines
671    view = pdrPage.toolbar._views.forward()
672    if view:
673        pdrPlot.set_xlim(view[0][:2])
674        pdrPlot.set_ylim(view[0][2:])
675    self.Pwdr = True
676    pdrPage.canvas.draw()
677
678def PlotPowderLines(self):
679
680    def OnMotion(event):
681        xpos = event.xdata
682        if xpos:                                        #avoid out of frame mouse position
683            pksPage.canvas.SetCursor(wx.CROSS_CURSOR)
684            self.G2plotNB.status.SetFields(['2-theta =%9.3f '%(xpos,),])
685
686    try:
687        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Powder Lines')
688        pksPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
689        pksPage.figure.clf()
690        pksPlot = pksPage.figure.gca()
691    except ValueError,error:
692        newPlot = True
693        pksPlot = self.G2plotNB.add('Powder Lines').gca()
694        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Powder Lines')
695        pksPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
696        pksPage.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnMotion)
697       
698    pksPage.SetFocus()
699    pksPlot.set_title('Powder Pattern Lines')
700    pksPlot.set_xlabel(r'$\mathsf{2\theta}$',fontsize=14)
701    PickId = self.PickId
702    PatternId = self.PatternId
703    peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Index Peak List'))
704    for peak in peaks:
705        pksPlot.axvline(peak[0],color='b')
706    for hkl in self.HKL:
707        pksPlot.axvline(hkl[5],color='r',dashes=(5,5))
708    xmin = peaks[0][0]
709    xmax = peaks[-1][0]
710    delt = xmax-xmin
711    xlim = [max(0,xmin-delt/20.),min(180.,xmax+delt/20.)]
712    pksPlot.set_xlim(xlim)
713    pksPage.canvas.draw()
714   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.