source: trunk/GSASIIplot.py @ 132

Last change on this file since 132 was 132, checked in by vondreel, 13 years ago

implement tool tips giving hkl of generated reflections & give fo, fc, etc. of single crystal hkl from plot
File size: 47.3 KB
Line 
1import math
2import time
3import copy
4import numpy as np
5import wx
6import wx.aui
7import matplotlib as mpl
8import GSASIIpath
9import GSASIIgrid as G2gd
10import GSASIIimage as G2img
11import GSASIIIO as G2IO
12import GSASIIpwdGUI as G2pdG
13import GSASIIimgGUI as G2imG
14from matplotlib.backends.backend_wxagg import FigureCanvasWxAgg as Canvas
15from matplotlib.backends.backend_wxagg import NavigationToolbar2Wx as Toolbar
16
17# useful degree trig functions
18sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
19cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
20tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
21asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
22acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
23atan2d = lambda x,y: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
24atand = lambda x: 180.*math.atan(x)/math.pi
25   
26class G2Plot(wx.Panel):
27   
28    def __init__(self,parent,id=-1,dpi=None,**kwargs):
29        wx.Panel.__init__(self,parent,id=id,**kwargs)
30        self.figure = mpl.figure.Figure(dpi=dpi,figsize=(5,7))
31        self.canvas = Canvas(self,-1,self.figure)
32        self.toolbar = Toolbar(self.canvas)
33
34        self.toolbar.Realize()
35       
36        sizer=wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
37        sizer.Add(self.canvas,1,wx.EXPAND)
38        sizer.Add(self.toolbar,0,wx.LEFT|wx.EXPAND)
39        self.SetSizer(sizer)
40               
41class G2PlotNoteBook(wx.Panel):
42    def __init__(self,parent,id=-1):
43        wx.Panel.__init__(self,parent,id=id)
44        #so one can't delete a plot page!!
45        self.nb = wx.aui.AuiNotebook(self, \
46            style=wx.aui.AUI_NB_DEFAULT_STYLE ^ wx.aui.AUI_NB_CLOSE_ON_ACTIVE_TAB)
47        sizer = wx.BoxSizer()
48        sizer.Add(self.nb,1,wx.EXPAND)
49        self.SetSizer(sizer)
50        self.status = parent.CreateStatusBar()
51        self.status.SetFieldsCount(2)
52        self.status.SetStatusWidths([125,-1])
53        self.Bind(wx.aui.EVT_AUINOTEBOOK_PAGE_CHANGED, self.OnPageChanged)
54       
55        self.plotList = []
56           
57    def add(self,name=""):
58        page = G2Plot(self.nb)
59        self.nb.AddPage(page,name)
60       
61        self.plotList.append(name)
62       
63        return page.figure
64       
65    def clear(self):
66        while self.nb.GetPageCount():
67            self.nb.DeletePage(0)
68        self.plotList = []
69        self.status.DestroyChildren()
70       
71    def OnPageChanged(self,event):
72        self.status.DestroyChildren()                           #get rid of special stuff on status bar
73       
74def PlotSngl(self,newPlot=False):
75    from matplotlib.patches import Circle
76    global HKL,HKLF
77
78    def OnSCMotion(event):
79        xpos = event.xdata
80        if xpos:
81            xpos = round(xpos)                                        #avoid out of frame mouse position
82            ypos = round(event.ydata)
83            zpos = Data['Layer']
84            if '100' in Data['Zone']:
85                HKLtxt = '(%3d,%3d,%3d)'%(zpos,xpos,ypos)
86            elif '010' in Data['Zone']:
87                HKLtxt = '(%3d,%3d,%3d)'%(xpos,zpos,ypos)
88            elif '001' in Data['Zone']:
89                HKLtxt = '(%3d,%3d,%3d)'%(xpos,ypos,zpos)
90            Page.canvas.SetToolTipString(HKLtxt)
91            self.G2plotNB.status.SetFields(['HKL = '+HKLtxt,''])
92               
93    def OnSCPick(event):
94        zpos = Data['Layer']
95        pos = event.artist.center
96        if '100' in Data['Zone']:
97            Page.canvas.SetToolTipString('(picked:(%3d,%3d,%3d))'%(zpos,pos[0],pos[1]))
98            hkl = np.array([zpos,pos[0],pos[1]])
99        elif '010' in Data['Zone']:
100            Page.canvas.SetToolTipString('(picked:(%3d,%3d,%3d))'%(pos[0],zpos,pos[1]))
101            hkl = np.array([pos[0],zpos,pos[1]])
102        elif '001' in Data['Zone']:
103            Page.canvas.SetToolTipString('(picked:(%3d,%3d,%3d))'%(pos[0],pos[1],zpos))
104            hkl = np.array([pos[0],pos[1],zpos])
105        h,k,l = hkl
106        hklf = HKLF[np.where(np.all(HKL-hkl == [0,0,0],axis=1))]
107        if len(hklf):
108            Fosq,sig,Fcsq = hklf[0]
109            HKLtxt = '(%3d,%3d,%3d %.2f %.3f %.2f %.2f)'%(h,k,l,Fosq,sig,Fcsq,(Fosq-Fcsq)/(scale*sig))
110            self.G2plotNB.status.SetFields(['','HKL, Fosq, sig, Fcsq, delFsq/sig = '+HKLtxt])
111                                 
112    def OnSCKeyPress(event):
113        print event.key
114
115    try:
116        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Structure Factors')
117        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
118        if not newPlot:
119            Plot = Page.figure.gca()          #get previous powder plot & get limits
120            xylim = Plot.get_xlim(),Plot.get_ylim()
121        Page.figure.clf()
122        Plot = Page.figure.gca()          #get a fresh plot after clf()
123    except ValueError,error:
124        Plot = self.G2plotNB.add('Structure Factors').gca()
125        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Structure Factors')
126        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
127#        Page.canvas.mpl_connect('key_press_event', OnSCKeyPress)
128        Page.canvas.mpl_connect('pick_event', OnSCPick)
129        Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnSCMotion)
130    Page.SetFocus()
131   
132    Plot.set_aspect(aspect='equal')
133    HKLref = self.PatternTree.GetItemPyData(self.Sngl)
134    Data = self.PatternTree.GetItemPyData( \
135        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Sngl, 'HKL Plot Controls'))
136    Type = Data['Type']           
137    scale = Data['Scale']
138    HKLmax = Data['HKLmax']
139    HKLmin = Data['HKLmin']
140    FosqMax = Data['FoMax']
141    FoMax = math.sqrt(FosqMax)
142    ifFc = Data['ifFc']
143    xlabel = ['k, h=','h, k=','h, l=']
144    ylabel = ['l','l','k']
145    zones = ['100','010','001']
146    pzone = [[1,2],[0,2],[0,1]]
147    izone = zones.index(Data['Zone'])
148    Plot.set_title(self.PatternTree.GetItemText(self.Sngl)[5:])
149    HKL = []
150    HKLF = []
151    for H,Fosq,sig,Fcsq,x,x,x in HKLref:
152        HKL.append(H)
153        HKLF.append([Fosq,sig,Fcsq])
154        if H[izone] == Data['Layer']:
155            B = 0
156            if Type == 'Fosq':
157                A = scale*Fosq/FosqMax
158                B = scale*Fcsq/FosqMax
159                C = abs(A-B)
160            elif Type == 'Fo':
161                A = scale*math.sqrt(max(0,Fosq))/FoMax
162                B = scale*math.sqrt(max(0,Fcsq))/FoMax
163                C = abs(A-B)
164            elif Type == '|DFsq|/sig':
165                A = abs(Fosq-Fcsq)/(scale*sig)
166            elif Type == '|DFsq|>sig':
167                A = abs(Fosq-Fcsq)/(scale*sig)
168                if A < 1.0: A = 0                   
169            elif Type == '|DFsq|>3sig':
170                A = abs(Fosq-Fcsq)/(scale*sig)
171                if A < 3.0: A = 0                   
172            xy = (H[pzone[izone][0]],H[pzone[izone][1]])
173            if A > 0.0:
174                Plot.add_artist(Circle(xy,radius=A,ec='g',fc='w',picker=3))
175            if B:
176                Plot.add_artist(Circle(xy,radius=B,ec='b',fc='w'))
177                radius = C
178                if radius > 0:
179                    if A > B:
180                        Plot.add_artist(Circle(xy,radius=radius,ec='g',fc='g'))
181                    else:                   
182                        Plot.add_artist(Circle(xy,radius=radius,ec='r',fc='r'))
183    HKL = np.array(HKL,dtype=np.int)
184    HKLF = np.array(HKLF)
185    Plot.set_xlabel(xlabel[izone]+str(Data['Layer']),fontsize=12)
186    Plot.set_ylabel(ylabel[izone],fontsize=12)
187    Plot.set_xlim((HKLmin[pzone[izone][0]],HKLmax[pzone[izone][0]]))
188    Plot.set_ylim((HKLmin[pzone[izone][1]],HKLmax[pzone[izone][1]]))
189    if not newPlot:
190        Page.toolbar.push_current()
191        Plot.set_xlim(xylim[0])
192        Plot.set_ylim(xylim[1])
193        xylim = []
194        Page.toolbar.push_current()
195        Page.toolbar.draw()
196    else:
197        Page.canvas.draw()
198       
199def PlotPatterns(self,newPlot=False):
200    global HKL
201   
202    def OnPick(event):
203        if self.itemPicked is not None: return
204        PatternId = self.PatternId
205        PickId = self.PickId
206        pick = event.artist
207        mouse = event.mouseevent
208        xpos = pick.get_xdata()
209        ypos = pick.get_ydata()
210        ind = event.ind
211        view = Page.toolbar._views.forward()
212        if view and 'line2' in str(pick):           #apply offset only for picked powder pattern points
213            ind += np.searchsorted(xye[0],view[0][0])
214        xy = zip(xpos[ind],ypos[ind])[0]
215        if self.PatternTree.GetItemText(PickId) == 'Peak List':
216            if ind.all() != [0]:                                    #picked a data point
217                inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Instrument Parameters'))
218                if len(inst[1]) == 11:
219                    ins = inst[1][4:10]
220                else:
221                    ins = inst[1][6:12]   
222                sig = ins[0]*tand(xy[0]/2.0)**2+ins[1]*tand(xy[0]/2.0)+ins[2]
223                gam = ins[3]/cosd(xy[0]/2.0)+ins[4]*tand(xy[0]/2.0)           
224                data = self.PatternTree.GetItemPyData(self.PickId)
225                XY = [xy[0],0, xy[1],1, sig,0, gam,0]       #default refine intensity 1st   
226                data.append(XY)
227                G2pdG.UpdatePeakGrid(self,data)
228                PlotPatterns(self)
229            else:                                                   #picked a peak list line
230                self.itemPicked = pick
231        elif self.PatternTree.GetItemText(PickId) == 'Limits':
232            if ind.all() != [0]:                                    #picked a data point
233                LimitId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Limits')
234                data = self.PatternTree.GetItemPyData(LimitId)
235                if mouse.button==1:
236                    data[1][0] = min(xy[0],data[1][1])
237                if mouse.button==3:
238                    data[1][1] = max(xy[0],data[1][0])
239                self.PatternTree.SetItemPyData(LimitId,data)
240                G2pdG.UpdateLimitsGrid(self,data)
241                PlotPatterns(self)
242            else:                                                   #picked a limit line
243                self.itemPicked = pick
244       
245    def OnPlotKeyPress(event):
246        if event.key == 'w':
247            if self.Weight:
248                self.Weight = False
249            else:
250                self.Weight = True
251            print 'plot weighting:',self.Weight
252        elif event.key == 'u' and self.Offset < 100.:
253            self.Offset += 1.
254        elif event.key == 'd' and self.Offset > 0.:
255            self.Offset -= 1.
256        elif event.key == 'c':
257            if self.Contour:
258                self.Contour = False
259            else:
260                self.Contour = True
261        elif event.key == 's':
262            if self.SinglePlot:
263                self.SinglePlot = False
264            else:
265                self.SinglePlot = True
266           
267        PlotPatterns(self)
268       
269    def OnKeyBox(event):
270        if self.G2plotNB.nb.GetSelection() == self.G2plotNB.plotList.index('Powder Patterns'):
271            event.key = cb.GetValue()[0]
272            cb.SetValue(' key press')
273            OnPlotKeyPress(event)
274                       
275    def OnMotion(event):
276        xpos = event.xdata
277        if xpos:                                        #avoid out of frame mouse position
278            ypos = event.ydata
279            Page.canvas.SetCursor(wx.CROSS_CURSOR)
280            try:
281                wave = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self, \
282                    self.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0][1]
283                dsp = 0.0
284                if abs(xpos) > 0.:                  #avoid possible singularity at beam center
285                    dsp = wave/(2.*sind(abs(xpos)/2.0))
286                self.G2plotNB.status.SetStatusText('2-theta =%9.3f d =%9.5f Intensity =%9.1f'%(xpos,dsp,ypos),1)
287                if self.itemPicked:
288                    Page.canvas.SetToolTipString('%9.3f'%(xpos))
289                if self.PickId and self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) in ['Index Peak List','Unit Cells List']:
290                    found = []
291                    if len(HKL):
292                        found = HKL[np.where(np.fabs(HKL.T[5]-xpos) < 0.05)]
293                    if len(found):
294                        h,k,l = found[0][:3] 
295                        Page.canvas.SetToolTipString('%d,%d,%d'%(int(h),int(k),int(l)))
296                    else:
297                        Page.canvas.SetToolTipString('')
298
299            except TypeError:
300                self.G2plotNB.status.SetStatusText('Select PWDR powder pattern first',1)
301                                                   
302    def OnRelease(event):
303        if self.itemPicked is None: return
304        xpos = event.xdata
305        if xpos:                                        #avoid out of frame mouse position
306            lines = []
307            for line in self.Lines: lines.append(line.get_xdata()[0])
308            lineNo = lines.index(self.itemPicked.get_xdata()[0])
309            if  lineNo in [0,1]:
310                LimitId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.PatternId, 'Limits')
311                data = self.PatternTree.GetItemPyData(LimitId)
312#                print 'limits',xpos
313                data[1][lineNo] = xpos
314                self.PatternTree.SetItemPyData(LimitId,data)
315                if self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) == 'Limits':
316                    G2pdG.UpdateLimitsGrid(self,data)
317            else:
318                PeakId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.PatternId, 'Peak List')
319                data = self.PatternTree.GetItemPyData(PeakId)
320#                print 'peaks',xpos
321                data[lineNo-2][0] = xpos
322                self.PatternTree.SetItemPyData(PeakId,data)
323                G2pdG.UpdatePeakGrid(self,data)
324        PlotPatterns(self)
325        self.itemPicked = None   
326
327    xylim = []
328    try:
329        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Powder Patterns')
330        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
331        if not newPlot:
332            Plot = Page.figure.gca()          #get previous powder plot & get limits
333            xylim = Plot.get_xlim(),Plot.get_ylim()
334        Page.figure.clf()
335        Plot = Page.figure.gca()          #get a fresh plot after clf()
336    except ValueError,error:
337        newPlot = True
338        Plot = self.G2plotNB.add('Powder Patterns').gca()
339        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Powder Patterns')
340        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
341        Page.canvas.mpl_connect('key_press_event', OnPlotKeyPress)
342        Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnMotion)
343        Page.canvas.mpl_connect('pick_event', OnPick)
344        Page.canvas.mpl_connect('button_release_event', OnRelease)
345    Page.SetFocus()
346    cb = wx.ComboBox(self.G2plotNB.status,style=wx.CB_DROPDOWN|wx.CB_READONLY,
347        choices=(' key press','d: offset down','u: offset up','c: toggle contour','s: toggle single plot'))
348    cb.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnKeyBox)
349    cb.SetValue(' key press')
350   
351    PickId = self.PickId
352    PatternId = self.PatternId
353    colors=['b','g','r','c','m','k']
354    Lines = []
355    if self.SinglePlot:
356        Pattern = self.PatternTree.GetItemPyData(self.PatternId)
357        Pattern.append(self.PatternTree.GetItemText(self.PatternId))
358        PlotList = [Pattern,]
359    else:       
360        PlotList = []
361        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
362        while item:
363            if 'PWDR' in self.PatternTree.GetItemText(item):
364                Pattern = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
365                Pattern.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
366                PlotList.append(Pattern)
367            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
368    Ymax = 1.0
369    HKL = np.array(self.HKL)
370    for Pattern in PlotList:
371        xye = Pattern[1]
372        Ymax = max(Ymax,max(xye[1]))
373    offset = self.Offset*Ymax/100.0
374    Plot.set_title('Powder Patterns')
375    Plot.set_xlabel(r'$\mathsf{2\theta}$',fontsize=14)
376    Plot.set_ylabel('Intensity',fontsize=12)
377    if self.Contour:
378        ContourZ = []
379        ContourY = []
380        Nseq = 0
381    for N,Pattern in enumerate(PlotList):
382        ifpicked = False
383        LimitId = 0
384        xye = Pattern[1]
385        if PickId:
386            ifpicked = Pattern[2] == self.PatternTree.GetItemText(PatternId)
387            LimitId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Limits')
388        X = xye[0]
389        Y = xye[1]+offset*N
390        if LimitId:
391            limits = self.PatternTree.GetItemPyData(LimitId)
392            Lines.append(Plot.axvline(limits[1][0],color='g',dashes=(5,5),picker=3.))   
393            Lines.append(Plot.axvline(limits[1][1],color='r',dashes=(5,5),picker=3.))                   
394        if self.Contour:
395            ContourY.append(N)
396            ContourZ.append(Y)
397            ContourX = X
398            Nseq += 1
399            Plot.set_ylabel('Data sequence',fontsize=12)
400        else:
401            if ifpicked:
402                Z = xye[3]+offset*N
403                W = xye[4]+offset*N
404                D = xye[5]+offset*N-Ymax*.02
405                if self.Weight:
406                    W2 = np.sqrt(xye[2])
407                    D *= W2-Ymax*.02
408                Plot.plot(X,Y,colors[N%6]+'+',picker=3.,clip_on=False)
409                Plot.plot(X,Z,colors[(N+1)%6],picker=False)
410                Plot.plot(X,W,colors[(N+2)%6],picker=False)
411                Plot.plot(X,D,colors[(N+3)%6],picker=False)
412                Plot.axhline(0.,color=wx.BLACK)
413                Page.canvas.SetToolTipString('')
414                if self.PatternTree.GetItemText(PickId) == 'Peak List':
415                    tip = 'On data point: Pick peak - L or R MB.On line: MB down to move'
416                    Page.canvas.SetToolTipString(tip)
417                    data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Peak List'))
418                    for item in data:
419                        Lines.append(Plot.axvline(item[0],color=colors[N%6],picker=2.))
420                if self.PatternTree.GetItemText(PickId) == 'Limits':
421                    tip = 'On data point: Lower limit - L MB; Upper limit - R MB. On limit: MB down to move'
422                    Page.canvas.SetToolTipString(tip)
423                    data = self.LimitsTable.GetData()
424            else:
425                Plot.plot(X,Y,colors[N%6],picker=False)
426    if PickId and self.PatternTree.GetItemText(PickId) in ['Index Peak List','Unit Cells List']:
427        peaks = np.array((self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Index Peak List'))))
428        for peak in peaks:
429            Plot.axvline(peak[0],color='b')
430        for hkl in self.HKL:
431            Plot.axvline(hkl[5],color='r',dashes=(5,5))
432    if self.Contour:
433        acolor = mpl.cm.get_cmap('Paired')
434        Plot.imshow(ContourZ,cmap=acolor,vmin=0,vmax=Ymax,interpolation='nearest', 
435            extent=[ContourX[0],ContourX[-1],ContourY[0],ContourY[-1]],aspect='auto')
436        newPlot = True
437    else:
438        self.Lines = Lines
439    if not newPlot:
440        Page.toolbar.push_current()
441        Plot.set_xlim(xylim[0])
442        Plot.set_ylim(xylim[1])
443        xylim = []
444        Page.toolbar.push_current()
445        Page.toolbar.draw()
446    else:
447        Page.canvas.draw()
448    self.Pwdr = True
449
450def PlotPowderLines(self):
451    global HKL
452
453    def OnMotion(event):
454        xpos = event.xdata
455        if xpos:                                        #avoid out of frame mouse position
456            Page.canvas.SetCursor(wx.CROSS_CURSOR)
457            self.G2plotNB.status.SetFields(['','2-theta =%9.3f '%(xpos,)])
458            if self.PickId and self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) in ['Index Peak List','Unit Cells List']:
459                found = []
460                if len(HKL):
461                    found = HKL[np.where(np.fabs(HKL.T[5]-xpos) < 0.05)]
462                if len(found):
463                    h,k,l = found[0][:3] 
464                    Page.canvas.SetToolTipString('%d,%d,%d'%(int(h),int(k),int(l)))
465                else:
466                    Page.canvas.SetToolTipString('')
467
468    try:
469        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Powder Lines')
470        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
471        Page.figure.clf()
472        Plot = Page.figure.gca()
473    except ValueError,error:
474        Plot = self.G2plotNB.add('Powder Lines').gca()
475        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Powder Lines')
476        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
477        Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnMotion)
478       
479    Page.SetFocus()
480    Plot.set_title('Powder Pattern Lines')
481    Plot.set_xlabel(r'$\mathsf{2\theta}$',fontsize=14)
482    PickId = self.PickId
483    PatternId = self.PatternId
484    peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Index Peak List'))
485    for peak in peaks:
486        Plot.axvline(peak[0],color='b')
487    HKL = np.array(self.HKL)
488    for hkl in self.HKL:
489        Plot.axvline(hkl[5],color='r',dashes=(5,5))
490    xmin = peaks[0][0]
491    xmax = peaks[-1][0]
492    delt = xmax-xmin
493    xlim = [max(0,xmin-delt/20.),min(180.,xmax+delt/20.)]
494    Plot.set_xlim(xlim)
495    Page.canvas.draw()
496
497def PlotPeakWidths(self):
498    PatternId = self.PatternId
499    limitID = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Limits')
500    if limitID:
501        limits = self.PatternTree.GetItemPyData(limitID)
502    else:
503        return
504    instParms = self.PatternTree.GetItemPyData( \
505        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Instrument Parameters'))
506    if instParms[0][0] == 'PXC':
507        lam = instParms[1][1]
508        if len(instParms[1]) == 13:
509            GU,GV,GW,LX,LY = instParms[0][6:11]
510        else:
511            GU,GV,GW,LX,LY = instParms[0][4:9]
512    peakID = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Peak List')
513    if peakID:
514        peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(peakID)
515    else:
516        peaks = []
517   
518    try:
519        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Peak Widths')
520        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
521        Page.figure.clf()
522        Plot = Page.figure.gca()
523    except ValueError,error:
524        Plot = self.G2plotNB.add('Peak Widths').gca()
525        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Peak Widths')
526        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
527    Page.SetFocus()
528   
529    Page.canvas.SetToolTipString('')
530    colors=['b','g','r','c','m','k']
531    Xmin,Xmax = limits[1]
532    Xmin = min(0.5,max(Xmin,1))
533    Xmin /= 2
534    Xmax /= 2
535    nPts = 100
536    delt = (Xmax-Xmin)/nPts
537    thetas = []
538    for i in range(nPts):
539        thetas.append(Xmin+i*delt)
540    X = []
541    Y = []
542    Z = []
543    W = []
544    V = []
545    sig = lambda Th,U,V,W: 1.17741*math.sqrt(U*tand(Th)**2+V*tand(Th)+W)*math.pi/18000.
546    gam = lambda Th,X,Y: (X/cosd(Th)+Y*tand(Th))*math.pi/18000.
547    gamFW = lambda s,g: math.exp(math.log(s**5+2.69269*s**4*g+2.42843*s**3*g**2+4.47163*s**2*g**3+0.07842*s*g**4+g**5)/5.)
548    gamFW2 = lambda s,g: math.sqrt(s**2+(0.4654996*g)**2)+.5345004*g  #Ubaldo Bafile - private communication
549    for theta in thetas:
550        X.append(4.0*math.pi*sind(theta)/lam)              #q
551        s = sig(theta,GU,GV,GW)
552        g = gam(theta,LX,LY)
553        G = gamFW(g,s)
554        H = gamFW2(g,s)
555        Y.append(s/tand(theta))
556        Z.append(g/tand(theta))
557        W.append(G/tand(theta))
558        V.append(H/tand(theta))
559    Plot.set_title('Instrument and sample peak widths')
560    Plot.set_ylabel(r'$\Delta q/q, \Delta d/d$',fontsize=14)
561    Plot.set_xlabel(r'$q, \AA^{-1}$',fontsize=14)
562    Plot.plot(X,Y,color='r',label='Gaussian')
563    Plot.plot(X,Z,color='g',label='Lorentzian')
564    Plot.plot(X,W,color='b',label='G+L')
565    Plot.plot(X,V,color='k',label='G+L2')
566    X = []
567    Y = []
568    Z = []
569    W = []
570    V = []
571    for peak in peaks:
572        X.append(4.0*math.pi*sind(peak[0]/2.0)/lam)
573        s = 1.17741*math.sqrt(peak[4])*math.pi/18000.
574        g = peak[6]*math.pi/18000.
575        G = gamFW(g,s)
576        H = gamFW2(g,s)
577        Y.append(s/tand(peak[0]/2.))
578        Z.append(g/tand(peak[0]/2.))
579        W.append(G/tand(peak[0]/2.))
580        V.append(H/tand(peak[0]/2.))
581    Plot.plot(X,Y,'+',color='r',label='G peak')
582    Plot.plot(X,Z,'+',color='g',label='L peak')
583    Plot.plot(X,W,'+',color='b',label='G+L peak')
584    Plot.plot(X,V,'+',color='k',label='G+L2 peak')
585    Plot.legend(loc='best')
586    Page.canvas.draw()
587           
588def PlotExposedImage(self,newPlot=False,event=None):
589    plotNo = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
590    if self.G2plotNB.nb.GetPageText(plotNo) == '2D Powder Image':
591        PlotImage(self,newPlot,event)
592    elif self.G2plotNB.nb.GetPageText(plotNo) == '2D Integration':
593        PlotIntegration(self,newPlot,event)
594
595def PlotImage(self,newPlot=False,event=None):
596    from matplotlib.patches import Ellipse,Arc,Circle,Polygon
597    import numpy.ma as ma
598    Dsp = lambda tth,wave: wave/(2.*sind(tth/2.))
599
600    def OnImMotion(event):
601        Data = self.PatternTree.GetItemPyData(
602            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Image Controls'))
603        Page.canvas.SetToolTipString('')
604        size = len(self.ImageZ)
605        if event.xdata and event.ydata:                 #avoid out of frame errors
606            Page.canvas.SetCursor(wx.CROSS_CURSOR)
607            item = self.itemPicked
608            pixelSize = Data['pixelSize']
609            scalex = 1000./pixelSize[0]
610            scaley = 1000./pixelSize[1]                   
611            if item and self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) == 'Image Controls':
612                if 'Text' in str(item):
613                    Page.canvas.SetToolTipString('%8.3f %8.3fmm'%(event.xdata,event.ydata))
614                else:
615                    xcent,ycent = Data['center']
616                    xpos = event.xdata-xcent
617                    ypos = event.ydata-ycent
618                    if 'line3' in  str(item) or 'line4' in str(item) and not Data['fullIntegrate']:
619                        ang = int(atan2d(xpos,ypos))
620                        Page.canvas.SetToolTipString('%6d deg'%(ang))
621                    elif 'line1' in  str(item) or 'line2' in str(item):
622                        tth = G2img.GetTth(event.xdata,event.ydata,Data)
623                        Page.canvas.SetToolTipString('%8.3fdeg'%(tth))                           
624            else:
625                xpos = event.xdata
626                ypos = event.ydata
627                xpix = xpos*scalex
628                ypix = ypos*scaley
629                Int = 0
630                if (0 <= xpix <= size) and (0 <= ypix <= size):
631                    Int = self.ImageZ[ypix][xpix]
632                tth,azm,dsp = G2img.GetTthAzmDsp(xpos,ypos,Data)
633                Q = 2.*math.pi/dsp
634                self.G2plotNB.status.SetFields(\
635                    ['','Detector 2-th =%9.2fdeg, dsp =%9.3fA, Q = %6.3fA-1, azm = %7.2fdeg, I = %6d'%(tth,dsp,Q,azm,Int)])
636
637    def OnImPlotKeyPress(event):
638        if self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) == 'Masks':
639            Data = self.PatternTree.GetItemPyData(
640                G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Image Controls'))
641            Masks = self.PatternTree.GetItemPyData(
642                G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Masks'))
643            Xpos = event.xdata
644            if not Xpos:            #got point out of frame
645                return
646            Ypos = event.ydata
647            if event.key == 's':
648                print 'spot mask @ ',Xpos,Ypos
649                Masks['Points'].append([Xpos,Ypos,1.])
650            elif event.key == 'r':
651                tth = G2img.GetTth(Xpos,Ypos,Data)
652                print 'ring mask @ ',Xpos,Ypos,tth
653                Masks['Rings'].append([tth,0.1])
654            elif event.key == 'a':
655                tth,azm = G2img.GetTthAzm(Xpos,Ypos,Data)
656                azm = int(azm)               
657                print 'arc mask @ ', Xpos,Ypos
658                Masks['Arcs'].append([tth,[azm-5,azm+5],0.1])
659            elif event.key == 'p':
660                self.setPoly = True
661                Masks['Polygons'].append([])
662                print 'Polygon mask active - pick points with mouse LB'
663                print '   use RB to close when > 2 points chosen'
664                print 'Vertices can be dragged with LB down after polygon closed'
665            G2imG.UpdateMasks(self,Masks)
666        PlotImage(self)
667           
668    def OnImPick(event):
669        if self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) not in ['Image Controls','Masks']:
670            return
671        if self.setPoly:
672            Masks = self.PatternTree.GetItemPyData(
673                G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Masks'))
674            polygon = Masks['Polygons'][-1]
675            xpos,ypos = event.mouseevent.xdata,event.mouseevent.ydata
676            if xpos and ypos:                       #point inside image
677                if len(polygon) > 2 and event.mouseevent.button == 3:
678                    x0,y0 = polygon[0]
679                    polygon.append([x0,y0])
680                    self.setPoly = False
681                else:           
682                    polygon.append([xpos,ypos])
683                G2imG.UpdateMasks(self,Masks)
684        else:
685            if self.itemPicked is not None: return
686            self.itemPicked = event.artist
687            self.mousePicked = event.mouseevent
688       
689    def OnImRelease(event):
690        PickName = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)
691        if PickName not in ['Image Controls','Masks']:
692            return
693        Data = self.PatternTree.GetItemPyData(
694            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Image Controls'))
695        Masks = self.PatternTree.GetItemPyData(
696            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Masks'))
697        pixelSize = Data['pixelSize']
698        scalex = 1000./pixelSize[0]
699        scaley = 1000./pixelSize[1]
700        if self.itemPicked is None and PickName == 'Image Controls':
701            size = len(self.ImageZ)
702            Xpos = event.xdata
703            if not (Xpos and self.ifGetRing):                   #got point out of frame
704                return
705            Ypos = event.ydata
706            if Ypos and not Page.toolbar._active:         #make sure zoom/pan not selected
707                if event.button == 1:
708                    Xpix = Xpos*scalex
709                    Ypix = Ypos*scaley
710                    xpos,ypos,I,J = G2img.ImageLocalMax(self.ImageZ,20,Xpix,Ypix)
711                    if I and J:
712                        xpos += .5                              #shift to pixel center
713                        ypos += .5
714                        xpos /= scalex                          #convert to mm
715                        ypos /= scaley
716                        Data['ring'].append([xpos,ypos])
717                PlotImage(self)
718            return
719        else:
720            xpos = event.xdata
721            if xpos:                                        #avoid out of frame mouse position
722                ypos = event.ydata
723                if self.ifGetRing:
724                    xypos = [xpos,ypos]
725                    rings = Data['ring']
726                    for ring in rings:
727                        if np.allclose(ring,xypos,.01,0):
728                            rings.remove(ring)                                                                       
729                else:
730                    tth,azm,dsp = G2img.GetTthAzmDsp(xpos,ypos,Data)
731                    itemPicked = str(self.itemPicked)
732                    if 'Line2D' in itemPicked and PickName == 'Image Controls':
733                        print int(itemPicked.split('_line')[1].strip(')'))
734                        if 'line1' in itemPicked:
735                            Data['IOtth'][0] = tth
736                        elif 'line2' in itemPicked:
737                            Data['IOtth'][1] = tth
738                        elif 'line3' in itemPicked and not Data['fullIntegrate']:
739                            Data['LRazimuth'][0] = int(azm)
740                        elif 'line4' in itemPicked and not Data['fullIntegrate']:
741                            Data['LRazimuth'][1] = int(azm)
742                           
743                        if Data['LRazimuth'][1] < Data['LRazimuth'][0]:
744                            Data['LRazimuth'][1] += 360
745                        if  Data['IOtth'][0] > Data['IOtth'][1]:
746                            Data['IOtth'][0],Data['IOtth'][1] = Data['IOtth'][1],Data['IOtth'][0]
747                           
748                        self.InnerTth.SetValue("%8.2f" % (Data['IOtth'][0]))
749                        self.OuterTth.SetValue("%8.2f" % (Data['IOtth'][1]))
750                        self.Lazim.SetValue("%6d" % (Data['LRazimuth'][0]))
751                        self.Razim.SetValue("%6d" % (Data['LRazimuth'][1]))
752                    elif 'Circle' in itemPicked and PickName == 'Masks':
753                        spots = Masks['Points']
754                        newPos = itemPicked.split(')')[0].split('(')[2].split(',')
755                        newPos = np.array([float(newPos[0]),float(newPos[1])])
756                        for spot in spots:
757                            if np.allclose(np.array([spot[:2]]),newPos):
758                                spot[:2] = xpos,ypos
759                        G2imG.UpdateMasks(self,Masks)
760                    elif 'Line2D' in itemPicked and PickName == 'Masks':
761                        Obj = self.itemPicked.findobj()
762                        rings = Masks['Rings']
763                        arcs = Masks['Arcs']
764                        polygons = Masks['Polygons']
765                        for ring in self.ringList:
766                            if Obj == ring[0]:
767                                rN = ring[1]
768                                if ring[2] == 'o':
769                                    rings[rN][0] = G2img.GetTth(xpos,ypos,Data)-rings[rN][1]/2.
770                                else:
771                                    rings[rN][0] = G2img.GetTth(xpos,ypos,Data)+rings[rN][1]/2.
772                        for arc in self.arcList:
773                            if Obj == arc[0]:
774                                aN = arc[1]
775                                if arc[2] == 'o':
776                                    arcs[aN][0] = G2img.GetTth(xpos,ypos,Data)-arcs[aN][2]/2
777                                elif arc[2] == 'i':
778                                    arcs[aN][0] = G2img.GetTth(xpos,ypos,Data)+arcs[aN][2]/2
779                                elif arc[2] == 'l':
780                                    arcs[aN][1][0] = int(G2img.GetAzm(xpos,ypos,Data))
781                                else:
782                                    arcs[aN][1][1] = int(G2img.GetAzm(xpos,ypos,Data))
783                        for poly in self.polyList:
784                            if Obj == poly[0]:
785                                ind = self.itemPicked.contains(self.mousePicked)[1]['ind'][0]
786                                oldPos = np.array([self.mousePicked.xdata,self.mousePicked.ydata])
787                                pN = poly[1]
788                                for i,xy in enumerate(polygons[pN]):
789                                    if np.allclose(np.array([xy]),oldPos,atol=1.0):
790                                        polygons[pN][i] = xpos,ypos
791                        G2imG.UpdateMasks(self,Masks)
792#                    else:                  #keep for future debugging
793#                        print str(self.itemPicked),event.xdata,event.ydata,event.button
794                PlotImage(self)
795            self.itemPicked = None
796           
797    try:
798        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('2D Powder Image')
799        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
800        if not newPlot:
801            Plot = Page.figure.gca()          #get previous powder plot & get limits
802            xylim = Plot.get_xlim(),Plot.get_ylim()
803        Page.figure.clf()
804        Plot = Page.figure.gca()          #get a fresh plot after clf()
805       
806    except ValueError,error:
807        Plot = self.G2plotNB.add('2D Powder Image').gca()
808        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('2D Powder Image')
809        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
810        Page.canvas.mpl_connect('key_press_event', OnImPlotKeyPress)
811        Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnImMotion)
812        Page.canvas.mpl_connect('pick_event', OnImPick)
813        Page.canvas.mpl_connect('button_release_event', OnImRelease)
814    if not event:                       #event from GUI TextCtrl - don't want focus to change to plot!!!
815        Page.SetFocus()
816    Plot.set_title(self.PatternTree.GetItemText(self.Image)[4:])
817    size,imagefile = self.PatternTree.GetItemPyData(self.Image)
818    if imagefile != self.oldImagefile:
819        self.ImageZ = G2IO.GetImageData(imagefile,imageOnly=True)
820        self.oldImagefile = imagefile
821    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(
822        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Image Controls'))
823    Masks = self.PatternTree.GetItemPyData(
824        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Masks'))
825
826    imScale = 1
827    if len(self.ImageZ) > 1024:
828        imScale = len(self.ImageZ)/1024
829    pixelSize = Data['pixelSize']
830    scalex = 1000./pixelSize[0]
831    scaley = 1000./pixelSize[1]
832    xmax = len(self.ImageZ)
833    Xmax = len(self.ImageZ)*pixelSize[0]/1000.
834    xlim = (-0.5,Xmax-.5)
835    ylim = (Xmax-.5,-0.5,)
836    Imin,Imax = Data['range'][1]
837    acolor = mpl.cm.get_cmap(Data['color'])
838    xcent,ycent = Data['center']
839    Plot.set_xlabel('Image x-axis, mm',fontsize=12)
840    Plot.set_ylabel('Image y-axis, mm',fontsize=12)
841    #do threshold mask - "real" mask - others are just bondaries
842    Zlim = Masks['Thresholds'][1]
843    wx.BeginBusyCursor()
844    try:
845        MA = ma.masked_greater(ma.masked_less(self.ImageZ,Zlim[0]),Zlim[1])
846        MaskA = ma.getmaskarray(MA)
847        A = G2img.ImageCompress(MA,imScale)
848        AM = G2img.ImageCompress(MaskA,imScale)
849       
850        ImgM = Plot.imshow(AM,aspect='equal',cmap='Reds',
851            interpolation='nearest',vmin=0,vmax=2,extent=[0,Xmax,Xmax,0])
852        Img = Plot.imshow(A,aspect='equal',cmap=acolor,
853            interpolation='nearest',vmin=Imin,vmax=Imax,extent=[0,Xmax,Xmax,0])
854        if self.setPoly:
855            Img.set_picker(True)
856   
857        Plot.plot(xcent,ycent,'x')
858        if Data['showLines']:
859            LRAzim = Data['LRazimuth']                  #NB: integers
860            IOtth = Data['IOtth']
861            wave = Data['wavelength']
862            dspI = wave/(2.0*sind(IOtth[0]/2.0))
863            ellI = G2img.GetEllipse(dspI,Data)           #=False if dsp didn't yield an ellipse (ugh! a parabola or a hyperbola)
864            dspO = wave/(2.0*sind(IOtth[1]/2.0))
865            ellO = G2img.GetEllipse(dspO,Data)           #Ditto & more likely for outer ellipse
866            if Data['fullIntegrate']:
867                Azm = np.array(range(0,361))
868            else:
869                Azm = np.array(range(LRAzim[0],LRAzim[1]+1))
870            if ellI:
871                xyI = []
872                for azm in Azm:
873                    xyI.append(G2img.GetDetectorXY(dspI,azm,Data))
874                xyI = np.array(xyI)
875                arcxI,arcyI = xyI.T
876                Plot.plot(arcxI,arcyI,picker=3)
877            if ellO:
878                xyO = []
879                for azm in Azm:
880                    xyO.append(G2img.GetDetectorXY(dspO,azm,Data))
881                xyO = np.array(xyO)
882                arcxO,arcyO = xyO.T
883                Plot.plot(arcxO,arcyO,picker=3)
884            if ellO and ellI and not Data['fullIntegrate']:
885                Plot.plot([arcxI[0],arcxO[0]],[arcyI[0],arcyO[0]],picker=3)
886                Plot.plot([arcxI[-1],arcxO[-1]],[arcyI[-1],arcyO[-1]],picker=3)
887        for xring,yring in Data['ring']:
888            Plot.plot(xring,yring,'r+',picker=3)
889        if Data['setRings']:
890            rings = np.concatenate((Data['rings']),axis=0)
891            for xring,yring,dsp in rings:
892                Plot.plot(xring,yring,'r+')           
893        for ellipse in Data['ellipses']:
894            cent,phi,[width,height],col = ellipse
895            Plot.add_artist(Ellipse([cent[0],cent[1]],2*width,2*height,phi,ec=col,fc='none'))
896            Plot.text(cent[0],cent[1],'+',color=col,ha='center',va='center')
897        #masks - mask lines numbered after integration limit lines
898        spots = Masks['Points']
899        rings = Masks['Rings']
900        arcs = Masks['Arcs']
901        polygons = Masks['Polygons']
902        for x,y,d in spots:
903            Plot.add_artist(Circle((x,y),radius=d/2,fc='none',ec='r',picker=3))
904        self.ringList = []
905        for iring,(tth,thick) in enumerate(rings):
906            wave = Data['wavelength']
907            x1,y1 = np.hsplit(np.array(G2img.makeIdealRing(G2img.GetEllipse(Dsp(tth+thick/2.,wave),Data))),2)
908            x2,y2 = np.hsplit(np.array(G2img.makeIdealRing(G2img.GetEllipse(Dsp(tth-thick/2.,wave),Data))),2)
909            self.ringList.append([Plot.plot(x1,y1,'r',picker=3),iring,'o'])           
910            self.ringList.append([Plot.plot(x2,y2,'r',picker=3),iring,'i'])
911        self.arcList = []
912        for iarc,(tth,azm,thick) in enumerate(arcs):           
913            wave = Data['wavelength']
914            x1,y1 = np.hsplit(np.array(G2img.makeIdealRing(G2img.GetEllipse(Dsp(tth+thick/2.,wave),Data),azm)),2)
915            x2,y2 = np.hsplit(np.array(G2img.makeIdealRing(G2img.GetEllipse(Dsp(max(0.01,tth-thick/2.),wave),Data),azm)),2)
916            self.arcList.append([Plot.plot(x1,y1,'r',picker=3),iarc,'o'])           
917            self.arcList.append([Plot.plot(x2,y2,'r',picker=3),iarc,'i'])
918            self.arcList.append([Plot.plot([x1[0],x2[0]],[y1[0],y2[0]],'r',picker=3),iarc,'l'])
919            self.arcList.append([Plot.plot([x1[-1],x2[-1]],[y1[-1],y2[-1]],'r',picker=3),iarc,'u'])
920        self.polyList = []
921        for ipoly,polygon in enumerate(polygons):
922            x,y = np.hsplit(np.array(polygon),2)
923            self.polyList.append([Plot.plot(x,y,'r',picker=3),ipoly])           
924        colorBar = Page.figure.colorbar(Img)
925        Plot.set_xlim(xlim)
926        Plot.set_ylim(ylim)
927        if not newPlot:
928            Page.toolbar.push_current()
929            Plot.set_xlim(xylim[0])
930            Plot.set_ylim(xylim[1])
931            xylim = []
932            Page.toolbar.push_current()
933            Page.toolbar.draw()
934        else:
935            Page.canvas.draw()
936    finally:
937        wx.EndBusyCursor()
938       
939def PlotIntegration(self,newPlot=False,event=None):
940           
941    def OnMotion(event):
942        Page.canvas.SetToolTipString('')
943        Page.canvas.SetCursor(wx.CROSS_CURSOR)
944        azm = event.ydata
945        tth = event.xdata
946        if azm and tth:
947            self.G2plotNB.status.SetFields(\
948                ['','Detector 2-th =%9.3fdeg, azm = %7.2fdeg'%(tth,azm)])
949                               
950    try:
951        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('2D Integration')
952        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
953        if not newPlot:
954            Plot = Page.figure.gca()          #get previous plot & get limits
955            xylim = Plot.get_xlim(),Plot.get_ylim()
956        Page.figure.clf()
957        Plot = Page.figure.gca()          #get a fresh plot after clf()
958       
959    except ValueError,error:
960        Plot = self.G2plotNB.add('2D Integration').gca()
961        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('2D Integration')
962        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
963        Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnMotion)
964        Page.views = False
965        view = False
966    if not event:
967        Page.SetFocus()
968       
969    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(
970        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Image Controls'))
971    image = self.Integrate[0]
972    xsc = self.Integrate[1]
973    ysc = self.Integrate[2]
974    Imin,Imax = Data['range'][1]
975    acolor = mpl.cm.get_cmap(Data['color'])
976    Plot.set_title(self.PatternTree.GetItemText(self.Image)[4:])
977    Plot.set_ylabel('azimuth',fontsize=12)
978    Plot.set_xlabel('2-theta',fontsize=12)
979    Img = Plot.imshow(image,cmap=acolor,vmin=Imin,vmax=Imax,interpolation='nearest', \
980        extent=[ysc[0],ysc[-1],xsc[-1],xsc[0]],aspect='auto')
981    colorBar = Page.figure.colorbar(Img)
982    if Data['setRings']:
983        rings = np.concatenate((Data['rings']),axis=0)
984        for xring,yring,dsp in rings:
985            x,y = G2img.GetTthAzm(xring,yring,Data)
986            Plot.plot(x,y,'r+')
987    if Data['ellipses']:           
988        for ellipse in Data['ellipses']:
989            ring = np.array(G2img.makeIdealRing(ellipse[:3])) #skip color
990            x,y = np.hsplit(ring,2)
991            tth,azm = G2img.GetTthAzm(x,y,Data)
992            Plot.plot(tth,azm,'b,')
993    if not newPlot:
994        Page.toolbar.push_current()
995        Plot.set_xlim(xylim[0])
996        Plot.set_ylim(xylim[1])
997        xylim = []
998        Page.toolbar.push_current()
999        Page.toolbar.draw()
1000    else:
1001        Page.canvas.draw()
1002       
1003       
1004def PlotTRImage(self,tax,tay,taz,newPlot=False):
1005    #a test plot routine - not normally used
1006           
1007    def OnMotion(event):
1008        Page.canvas.SetToolTipString('')
1009        Page.canvas.SetCursor(wx.CROSS_CURSOR)
1010        azm = event.xdata
1011        tth = event.ydata
1012        if azm and tth:
1013            self.G2plotNB.status.SetFields(\
1014                ['','Detector 2-th =%9.3fdeg, azm = %7.2fdeg'%(tth,azm)])
1015                               
1016    try:
1017        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('2D Transformed Powder Image')
1018        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
1019        if not newPlot:
1020            Plot = Page.figure.gca()          #get previous plot & get limits
1021            xylim = Plot.get_xlim(),Plot.get_ylim()
1022        Page.figure.clf()
1023        Plot = Page.figure.gca()          #get a fresh plot after clf()
1024       
1025    except ValueError,error:
1026        Plot = self.G2plotNB.add('2D Transformed Powder Image').gca()
1027        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('2D Transformed Powder Image')
1028        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
1029        Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnMotion)
1030        Page.views = False
1031        view = False
1032    Page.SetFocus()
1033       
1034    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(
1035        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Image Controls'))
1036    Imin,Imax = Data['range'][1]
1037    step = (Imax-Imin)/5.
1038    V = np.arange(Imin,Imax,step)
1039    acolor = mpl.cm.get_cmap(Data['color'])
1040    Plot.set_title(self.PatternTree.GetItemText(self.Image)[4:])
1041    Plot.set_xlabel('azimuth',fontsize=12)
1042    Plot.set_ylabel('2-theta',fontsize=12)
1043    Plot.contour(tax,tay,taz,V,cmap=acolor)
1044    if Data['showLines']:
1045        IOtth = Data['IOtth']
1046        if Data['fullIntegrate']:
1047            LRAzim = [-180,180]
1048        else:
1049            LRAzim = Data['LRazimuth']                  #NB: integers
1050        Plot.plot([LRAzim[0],LRAzim[1]],[IOtth[0],IOtth[0]],picker=True)
1051        Plot.plot([LRAzim[0],LRAzim[1]],[IOtth[1],IOtth[1]],picker=True)
1052        if not Data['fullIntegrate']:
1053            Plot.plot([LRAzim[0],LRAzim[0]],[IOtth[0],IOtth[1]],picker=True)
1054            Plot.plot([LRAzim[1],LRAzim[1]],[IOtth[0],IOtth[1]],picker=True)
1055    if Data['setRings']:
1056        rings = np.concatenate((Data['rings']),axis=0)
1057        for xring,yring,dsp in rings:
1058            x,y = G2img.GetTthAzm(xring,yring,Data)
1059            Plot.plot(y,x,'r+')           
1060    if Data['ellipses']:           
1061        for ellipse in Data['ellipses']:
1062            ring = np.array(G2img.makeIdealRing(ellipse[:3])) #skip color
1063            x,y = np.hsplit(ring,2)
1064            tth,azm = G2img.GetTthAzm(x,y,Data)
1065            Plot.plot(azm,tth,'b,')
1066    if not newPlot:
1067        Page.toolbar.push_current()
1068        Plot.set_xlim(xylim[0])
1069        Plot.set_ylim(xylim[1])
1070        xylim = []
1071        Page.toolbar.push_current()
1072        Page.toolbar.draw()
1073    else:
1074        Page.canvas.draw()
1075       
1076       
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.