source: trunk/GSASIIplot.py @ 102

Last change on this file since 102 was 94, checked in by vondreel, 12 years ago

move all fortran to fsource
add gray for readonly textctrl
do polygon insert, show in imageGUI and make mask
fix to ReadPDBphase to use correct crystal to cartesian transformation matrix

File size: 45.2 KB
Line 
1import math
2import time
3import copy
4import numpy as np
5import wx
6import wx.aui
7import matplotlib as mpl
8import GSASIIpath
9import GSASIIgrid as G2gd
10import GSASIIimage as G2img
11import GSASIIIO as G2IO
12import GSASIIpwdGUI as G2pdG
13import GSASIIimgGUI as G2imG
14from matplotlib.backends.backend_wxagg import FigureCanvasWxAgg as Canvas
15from matplotlib.backends.backend_wxagg import NavigationToolbar2Wx as Toolbar
16
17# useful degree trig functions
18sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
19cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
20tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
21asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
22acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
23atan2d = lambda x,y: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
24atand = lambda x: 180.*math.atan(x)/math.pi
25   
26class G2Plot(wx.Panel):
27   
28    def __init__(self,parent,id=-1,dpi=None,**kwargs):
29        wx.Panel.__init__(self,parent,id=id,**kwargs)
30        self.figure = mpl.figure.Figure(dpi=dpi,figsize=(5,7))
31        self.canvas = Canvas(self,-1,self.figure)
32        self.toolbar = Toolbar(self.canvas)
33
34        self.toolbar.Realize()
35       
36        sizer=wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
37        sizer.Add(self.canvas,1,wx.EXPAND)
38        sizer.Add(self.toolbar,0,wx.LEFT|wx.EXPAND)
39        self.SetSizer(sizer)
40               
41class G2PlotNoteBook(wx.Panel):
42    def __init__(self,parent,id=-1):
43        wx.Panel.__init__(self,parent,id=id)
44        #so one can't delete a plot page!!
45        self.nb = wx.aui.AuiNotebook(self, \
46            style=wx.aui.AUI_NB_DEFAULT_STYLE ^ wx.aui.AUI_NB_CLOSE_ON_ACTIVE_TAB)
47        sizer = wx.BoxSizer()
48        sizer.Add(self.nb,1,wx.EXPAND)
49        self.SetSizer(sizer)
50        self.status = parent.CreateStatusBar()
51        self.status.SetFieldsCount(2)
52        self.status.SetStatusWidths([125,-1])
53        self.Bind(wx.aui.EVT_AUINOTEBOOK_PAGE_CHANGED, self.OnPageChanged)
54       
55        self.plotList = []
56           
57    def add(self,name=""):
58        page = G2Plot(self.nb)
59        self.nb.AddPage(page,name)
60       
61        self.plotList.append(name)
62       
63        return page.figure
64       
65    def OnPageChanged(self,event):
66        self.status.DestroyChildren()                           #get rid of special stuff on status bar
67       
68def PlotSngl(self,newPlot=False):
69    from matplotlib.patches import Circle
70
71    def OnSCMotion(event):
72        xpos = event.xdata
73        if xpos:
74            xpos = round(xpos)                                        #avoid out of frame mouse position
75            ypos = round(event.ydata)
76            zpos = Data['Layer']
77            if '100' in Data['Zone']:
78                HKLtxt = '(%3d,%3d,%3d)'%(zpos,xpos,ypos)
79            elif '010' in Data['Zone']:
80                HKLtxt = '(%3d,%3d,%3d)'%(xpos,zpos,ypos)
81            elif '001' in Data['Zone']:
82                HKLtxt = '(%3d,%3d,%3d)'%(xpos,ypos,zpos)
83            Page.canvas.SetToolTipString(HKLtxt)
84            self.G2plotNB.status.SetFields(['HKL = '+HKLtxt,''])
85               
86    def OnSCPick(event):
87        zpos = Data['Layer']
88        pos = event.artist.center
89        if '100' in Data['Zone']:
90            Page.canvas.SetToolTipString('(picked:(%3d,%3d,%3d))'%(zpos,pos[0],pos[1]))
91            hkl = [zpos,pos[0],pos[1]]
92        elif '010' in Data['Zone']:
93            Page.canvas.SetToolTipString('(picked:(%3d,%3d,%3d))'%(pos[0],zpos,pos[1]))
94            hkl = [pos[0],zpos,pos[1]]
95        elif '001' in Data['Zone']:
96            Page.canvas.SetToolTipString('(picked:(%3d,%3d,%3d))'%(pos[0],pos[1],zpos))
97            hkl = [pos[0],pos[1],zpos]
98        h,k,l = hkl
99        i = HKL.all(hkl)
100        print i
101        HKLtxt = '(%3d,%3d,%3d %10.2f %6.3f %10.2f)'%(h,k,l,Fosq,sig,Fcsq)
102        self.G2plotNB.status.SetFields(['','HKL, Fosq, sig, Fcsq = '+HKLtxt])
103                         
104       
105    def OnSCKeyPress(event):
106        print event.key
107
108    try:
109        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Structure Factors')
110        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
111        if not newPlot:
112            Plot = Page.figure.gca()          #get previous powder plot & get limits
113            xylim = Plot.get_xlim(),Plot.get_ylim()
114        Page.figure.clf()
115        Plot = Page.figure.gca()          #get a fresh plot after clf()
116    except ValueError,error:
117        Plot = self.G2plotNB.add('Structure Factors').gca()
118        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Structure Factors')
119        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
120        Page.canvas.mpl_connect('key_press_event', OnSCKeyPress)
121        Page.canvas.mpl_connect('pick_event', OnSCPick)
122        Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnSCMotion)
123    Page.SetFocus()
124   
125    Plot.set_aspect(aspect='equal')
126    HKLref = self.PatternTree.GetItemPyData(self.Sngl)
127    Data = self.PatternTree.GetItemPyData( \
128        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Sngl, 'HKL Plot Controls'))
129    Type = Data['Type']           
130    scale = Data['Scale']
131    HKLmax = Data['HKLmax']
132    HKLmin = Data['HKLmin']
133    FosqMax = Data['FoMax']
134    FoMax = math.sqrt(FosqMax)
135    ifFc = Data['ifFc']
136    xlabel = ['k, h=','h, k=','h, l=']
137    ylabel = ['l','l','k']
138    zones = ['100','010','001']
139    pzone = [[1,2],[0,2],[0,1]]
140    izone = zones.index(Data['Zone'])
141    Plot.set_title(self.PatternTree.GetItemText(self.Sngl)[5:])
142    HKL = []
143    for H,Fosq,sig,Fcsq,x,x,x in HKLref:
144        HKL.append(H)
145        if H[izone] == Data['Layer']:
146            B = 0
147            if Type == 'Fosq':
148                A = scale*Fosq/FosqMax
149                B = scale*Fcsq/FosqMax
150                C = abs(A-B)
151            elif Type == 'Fo':
152                A = scale*math.sqrt(max(0,Fosq))/FoMax
153                B = scale*math.sqrt(max(0,Fcsq))/FoMax
154                C = abs(A-B)
155            elif Type == '|DFsq|/sig':
156                A = abs(Fosq-Fcsq)/(scale*sig)
157            elif Type == '|DFsq|>sig':
158                A = abs(Fosq-Fcsq)/(scale*sig)
159                if A < 1.0: A = 0                   
160            elif Type == '|DFsq|>3sig':
161                A = abs(Fosq-Fcsq)/(scale*sig)
162                if A < 3.0: A = 0                   
163            xy = (H[pzone[izone][0]],H[pzone[izone][1]])
164            if A > 0.0:
165                Plot.add_artist(Circle(xy,radius=A,ec='g',fc='w',picker=3))
166            if B:
167                Plot.add_artist(Circle(xy,radius=B,ec='b',fc='w'))
168                radius = C
169                if radius > 0:
170                    if A > B:
171                        Plot.add_artist(Circle(xy,radius=radius,ec='r',fc='r'))
172                    else:                   
173                        Plot.add_artist(Circle(xy,radius=radius,ec='g',fc='g'))
174    HKL = np.array(HKL)
175    Plot.set_xlabel(xlabel[izone]+str(Data['Layer']),fontsize=12)
176    Plot.set_ylabel(ylabel[izone],fontsize=12)
177    Plot.set_xlim((HKLmin[pzone[izone][0]],HKLmax[pzone[izone][0]]))
178    Plot.set_ylim((HKLmin[pzone[izone][1]],HKLmax[pzone[izone][1]]))
179    if not newPlot:
180        Page.toolbar.push_current()
181        Plot.set_xlim(xylim[0])
182        Plot.set_ylim(xylim[1])
183        xylim = []
184        Page.toolbar.push_current()
185        Page.toolbar.draw()
186    else:
187        Page.canvas.draw()
188       
189def PlotPatterns(self,newPlot=False):
190   
191    def OnPick(event):
192        if self.itemPicked is not None: return
193        PatternId = self.PatternId
194        PickId = self.PickId
195        pick = event.artist
196        mouse = event.mouseevent
197        xpos = pick.get_xdata()
198        ypos = pick.get_ydata()
199        ind = event.ind
200        view = Page.toolbar._views.forward()
201        if view and 'line2' in str(pick):           #apply offset only for picked powder pattern points
202            ind += np.searchsorted(xye[0],view[0][0])
203        xy = zip(xpos[ind],ypos[ind])[0]
204        if self.PatternTree.GetItemText(PickId) == 'Peak List':
205            if ind.all() != [0]:                                    #picked a data point
206                inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Instrument Parameters'))
207                if len(inst[1]) == 11:
208                    ins = inst[1][4:10]
209                else:
210                    ins = inst[1][6:12]   
211                sig = ins[0]*tand(xy[0]/2.0)**2+ins[1]*tand(xy[0]/2.0)+ins[2]
212                gam = ins[3]/cosd(xy[0]/2.0)+ins[4]*tand(xy[0]/2.0)           
213                data = self.PatternTree.GetItemPyData(self.PickId)
214                XY = [xy[0],0, xy[1],1, sig,0, gam,0]       #default refine intensity 1st   
215                data.append(XY)
216                G2pdG.UpdatePeakGrid(self,data)
217                PlotPatterns(self)
218            else:                                                   #picked a peak list line
219                self.itemPicked = pick
220        elif self.PatternTree.GetItemText(PickId) == 'Limits':
221            if ind.all() != [0]:                                    #picked a data point
222                LimitId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Limits')
223                data = self.PatternTree.GetItemPyData(LimitId)
224                if mouse.button==1:
225                    data[1][0] = min(xy[0],data[1][1])
226                if mouse.button==3:
227                    data[1][1] = max(xy[0],data[1][0])
228                self.PatternTree.SetItemPyData(LimitId,data)
229                G2pdG.UpdateLimitsGrid(self,data)
230                PlotPatterns(self)
231            else:                                                   #picked a limit line
232                self.itemPicked = pick               
233       
234    def OnPlotKeyPress(event):
235        if event.key == 'w':
236            if self.Weight:
237                self.Weight = False
238            else:
239                self.Weight = True
240            print 'plot weighting:',self.Weight
241        elif event.key == 'u' and self.Offset < 100.:
242            self.Offset += 1.
243        elif event.key == 'd' and self.Offset > 0.:
244            self.Offset -= 1.
245        elif event.key == 'c':
246            if self.Contour:
247                self.Contour = False
248            else:
249                self.Contour = True
250        elif event.key == 's':
251            if self.SinglePlot:
252                self.SinglePlot = False
253            else:
254                self.SinglePlot = True
255           
256        PlotPatterns(self)
257       
258    def OnKeyBox(event):
259        if self.G2plotNB.nb.GetSelection() == self.G2plotNB.plotList.index('Powder Patterns'):
260            event.key = cb.GetValue()[0]
261            cb.SetValue(' key press')
262            OnPlotKeyPress(event)
263                       
264    def OnMotion(event):
265        xpos = event.xdata
266        if xpos:                                        #avoid out of frame mouse position
267            ypos = event.ydata
268            Page.canvas.SetCursor(wx.CROSS_CURSOR)
269            try:
270                wave = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self, \
271                    self.PatternId, 'Instrument Parameters'))[0][1]
272                dsp = 0.0
273                if abs(xpos) > 0.:                  #avoid possible singularity at beam center
274                    dsp = wave/(2.*sind(abs(xpos)/2.0))
275                self.G2plotNB.status.SetStatusText('2-theta =%9.3f d =%9.5f Intensity =%9.1f'%(xpos,dsp,ypos),1)
276                if self.itemPicked:
277                    Page.canvas.SetToolTipString('%9.3f'%(xpos))
278            except TypeError:
279                self.G2plotNB.status.SetStatusText('Select PWDR powder pattern first',1)
280                                   
281    def OnRelease(event):
282        if self.itemPicked is None: return
283        xpos = event.xdata
284        if xpos:                                        #avoid out of frame mouse position
285            lines = []
286            for line in self.Lines: lines.append(line.get_xdata()[0])
287            lineNo = lines.index(self.itemPicked.get_xdata()[0])
288            if  lineNo in [0,1]:
289                LimitId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.PatternId, 'Limits')
290                data = self.PatternTree.GetItemPyData(LimitId)
291#                print 'limits',xpos
292                data[1][lineNo] = xpos
293                self.PatternTree.SetItemPyData(LimitId,data)
294                if self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) == 'Limits':
295                    G2pdG.UpdateLimitsGrid(self,data)
296            else:
297                PeakId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.PatternId, 'Peak List')
298                data = self.PatternTree.GetItemPyData(PeakId)
299#                print 'peaks',xpos
300                data[lineNo-2][0] = xpos
301                self.PatternTree.SetItemPyData(PeakId,data)
302                G2pdG.UpdatePeakGrid(self,data)
303        PlotPatterns(self)
304        self.itemPicked = None   
305
306    xylim = []
307    try:
308        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Powder Patterns')
309        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
310        if not newPlot:
311            Plot = Page.figure.gca()          #get previous powder plot & get limits
312            xylim = Plot.get_xlim(),Plot.get_ylim()
313        Page.figure.clf()
314        Plot = Page.figure.gca()          #get a fresh plot after clf()
315    except ValueError,error:
316        newPlot = True
317        Plot = self.G2plotNB.add('Powder Patterns').gca()
318        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Powder Patterns')
319        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
320        Page.canvas.mpl_connect('key_press_event', OnPlotKeyPress)
321        Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnMotion)
322        Page.canvas.mpl_connect('pick_event', OnPick)
323        Page.canvas.mpl_connect('button_release_event', OnRelease)
324    Page.SetFocus()
325    cb = wx.ComboBox(self.G2plotNB.status,style=wx.CB_DROPDOWN|wx.CB_READONLY,
326        choices=(' key press','d: offset down','u: offset up','c: toggle contour','s: toggle single plot'))
327    cb.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnKeyBox)
328    cb.SetValue(' key press')
329   
330    PickId = self.PickId
331    PatternId = self.PatternId
332    colors=['b','g','r','c','m','k']
333    Lines = []
334    if self.SinglePlot:
335        Pattern = self.PatternTree.GetItemPyData(self.PatternId)
336        Pattern.append(self.PatternTree.GetItemText(self.PatternId))
337        PlotList = [Pattern,]
338    else:       
339        PlotList = []
340        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
341        while item:
342            if 'PWDR' in self.PatternTree.GetItemText(item):
343                Pattern = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
344                Pattern.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
345                PlotList.append(Pattern)
346            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
347    Ymax = 1.0
348    for Pattern in PlotList:
349        xye = Pattern[1]
350        Ymax = max(Ymax,max(xye[1]))
351    offset = self.Offset*Ymax/100.0
352    Plot.set_title('Powder Patterns')
353    Plot.set_xlabel(r'$\mathsf{2\theta}$',fontsize=14)
354    Plot.set_ylabel('Intensity',fontsize=12)
355    if self.Contour:
356        ContourZ = []
357        ContourY = []
358        Nseq = 0
359    for N,Pattern in enumerate(PlotList):
360        ifpicked = False
361        LimitId = 0
362        xye = Pattern[1]
363        if PickId:
364            ifpicked = Pattern[2] == self.PatternTree.GetItemText(PatternId)
365            LimitId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Limits')
366        X = xye[0]
367        Y = xye[1]+offset*N
368        if LimitId:
369            limits = self.PatternTree.GetItemPyData(LimitId)
370            Lines.append(Plot.axvline(limits[1][0],color='g',dashes=(5,5),picker=3.))   
371            Lines.append(Plot.axvline(limits[1][1],color='r',dashes=(5,5),picker=3.))                   
372        if self.Contour:
373            ContourY.append(N)
374            ContourZ.append(Y)
375            ContourX = X
376            Nseq += 1
377            Plot.set_ylabel('Data sequence',fontsize=12)
378        else:
379            if ifpicked:
380                Z = xye[3]+offset*N
381                W = xye[4]+offset*N
382                D = xye[5]+offset*N-Ymax*.02
383                if self.Weight:
384                    W2 = np.sqrt(xye[2])
385                    D *= W2-Ymax*.02
386                Plot.plot(X,Y,colors[N%6]+'+',picker=3.,clip_on=False)
387                Plot.plot(X,Z,colors[(N+1)%6],picker=False)
388                Plot.plot(X,W,colors[(N+2)%6],picker=False)
389                Plot.plot(X,D,colors[(N+3)%6],picker=False)
390                Plot.axhline(0.,color=wx.BLACK)
391                Page.canvas.SetToolTipString('')
392                if self.PatternTree.GetItemText(PickId) == 'Peak List':
393                    tip = 'On data point: Pick peak - L or R MB.On line: MB down to move'
394                    Page.canvas.SetToolTipString(tip)
395                    data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Peak List'))
396                    for item in data:
397                        Lines.append(Plot.axvline(item[0],color=colors[N%6],picker=2.))
398                if self.PatternTree.GetItemText(PickId) == 'Limits':
399                    tip = 'On data point: Lower limit - L MB; Upper limit - R MB. On limit: MB down to move'
400                    Page.canvas.SetToolTipString(tip)
401                    data = self.LimitsTable.GetData()
402            else:
403                Plot.plot(X,Y,colors[N%6],picker=False)
404    if PickId and self.PatternTree.GetItemText(PickId) in ['Index Peak List','Unit Cells List']:
405        peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Index Peak List'))
406        for peak in peaks:
407            Plot.axvline(peak[0],color='b')
408        for hkl in self.HKL:
409            Plot.axvline(hkl[5],color='r',dashes=(5,5))
410    if self.Contour:
411        acolor = mpl.cm.get_cmap('Paired')
412        Plot.imshow(ContourZ,cmap=acolor,vmin=0,vmax=Ymax,interpolation='nearest', 
413            extent=[ContourX[0],ContourX[-1],ContourY[0],ContourY[-1]],aspect='auto')
414        newPlot = True
415    else:
416        self.Lines = Lines
417    if not newPlot:
418        Page.toolbar.push_current()
419        Plot.set_xlim(xylim[0])
420        Plot.set_ylim(xylim[1])
421        xylim = []
422        Page.toolbar.push_current()
423        Page.toolbar.draw()
424    else:
425        Page.canvas.draw()
426    self.Pwdr = True
427
428def PlotPowderLines(self):
429
430    def OnMotion(event):
431        xpos = event.xdata
432        if xpos:                                        #avoid out of frame mouse position
433            Page.canvas.SetCursor(wx.CROSS_CURSOR)
434            self.G2plotNB.status.SetFields(['','2-theta =%9.3f '%(xpos,)])
435
436    try:
437        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Powder Lines')
438        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
439        Page.figure.clf()
440        Plot = Page.figure.gca()
441    except ValueError,error:
442        Plot = self.G2plotNB.add('Powder Lines').gca()
443        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Powder Lines')
444        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
445        Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnMotion)
446       
447    Page.SetFocus()
448    Plot.set_title('Powder Pattern Lines')
449    Plot.set_xlabel(r'$\mathsf{2\theta}$',fontsize=14)
450    PickId = self.PickId
451    PatternId = self.PatternId
452    peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Index Peak List'))
453    for peak in peaks:
454        Plot.axvline(peak[0],color='b')
455    for hkl in self.HKL:
456        Plot.axvline(hkl[5],color='r',dashes=(5,5))
457    xmin = peaks[0][0]
458    xmax = peaks[-1][0]
459    delt = xmax-xmin
460    xlim = [max(0,xmin-delt/20.),min(180.,xmax+delt/20.)]
461    Plot.set_xlim(xlim)
462    Page.canvas.draw()
463
464def PlotPeakWidths(self):
465    PatternId = self.PatternId
466    limitID = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Limits')
467    if limitID:
468        limits = self.PatternTree.GetItemPyData(limitID)
469    else:
470        return
471    instParms = self.PatternTree.GetItemPyData( \
472        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Instrument Parameters'))
473    if instParms[0][0] == 'PXC':
474        lam = instParms[1][1]
475        if len(instParms[1]) == 13:
476            GU,GV,GW,LX,LY = instParms[0][6:11]
477        else:
478            GU,GV,GW,LX,LY = instParms[0][4:9]
479    peakID = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Peak List')
480    if peakID:
481        peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(peakID)
482    else:
483        peaks = []
484   
485    try:
486        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Peak Widths')
487        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
488        Page.figure.clf()
489        Plot = Page.figure.gca()
490    except ValueError,error:
491        Plot = self.G2plotNB.add('Peak Widths').gca()
492        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Peak Widths')
493        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
494    Page.SetFocus()
495   
496    Page.canvas.SetToolTipString('')
497    colors=['b','g','r','c','m','k']
498    Xmin,Xmax = limits[1]
499    Xmin = min(0.5,max(Xmin,1))
500    Xmin /= 2
501    Xmax /= 2
502    nPts = 100
503    delt = (Xmax-Xmin)/nPts
504    thetas = []
505    for i in range(nPts):
506        thetas.append(Xmin+i*delt)
507    X = []
508    Y = []
509    Z = []
510    W = []
511    V = []
512    sig = lambda Th,U,V,W: 1.17741*math.sqrt(U*tand(Th)**2+V*tand(Th)+W)*math.pi/18000.
513    gam = lambda Th,X,Y: (X/cosd(Th)+Y*tand(Th))*math.pi/18000.
514    gamFW = lambda s,g: math.exp(math.log(s**5+2.69269*s**4*g+2.42843*s**3*g**2+4.47163*s**2*g**3+0.07842*s*g**4+g**5)/5.)
515    gamFW2 = lambda s,g: math.sqrt(s**2+(0.4654996*g)**2)+.5345004*#Ubaldo Bafile - private communication
516    for theta in thetas:
517        X.append(4.0*math.pi*sind(theta)/lam)              #q
518        s = sig(theta,GU,GV,GW)
519        g = gam(theta,LX,LY)
520        G = gamFW(g,s)
521        H = gamFW2(g,s)
522        Y.append(s/tand(theta))
523        Z.append(g/tand(theta))
524        W.append(G/tand(theta))
525        V.append(H/tand(theta))
526    Plot.set_title('Instrument and sample peak widths')
527    Plot.set_ylabel(r'$\Delta q/q, \Delta d/d$',fontsize=14)
528    Plot.set_xlabel(r'$q, \AA^{-1}$',fontsize=14)
529    Plot.plot(X,Y,color='r',label='Gaussian')
530    Plot.plot(X,Z,color='g',label='Lorentzian')
531    Plot.plot(X,W,color='b',label='G+L')
532    Plot.plot(X,V,color='k',label='G+L2')
533    X = []
534    Y = []
535    Z = []
536    W = []
537    V = []
538    for peak in peaks:
539        X.append(4.0*math.pi*sind(peak[0]/2.0)/lam)
540        s = 1.17741*math.sqrt(peak[4])*math.pi/18000.
541        g = peak[6]*math.pi/18000.
542        G = gamFW(g,s)
543        H = gamFW2(g,s)
544        Y.append(s/tand(peak[0]/2.))
545        Z.append(g/tand(peak[0]/2.))
546        W.append(G/tand(peak[0]/2.))
547        V.append(H/tand(peak[0]/2.))
548    Plot.plot(X,Y,'+',color='r',label='G peak')
549    Plot.plot(X,Z,'+',color='g',label='L peak')
550    Plot.plot(X,W,'+',color='b',label='G+L peak')
551    Plot.plot(X,V,'+',color='k',label='G+L2 peak')
552    Plot.legend(loc='best')
553    Page.canvas.draw()
554           
555def PlotExposedImage(self,newPlot=False):
556    plotNo = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
557    if self.G2plotNB.nb.GetPageText(plotNo) == '2D Powder Image':
558        PlotImage(self,newPlot)
559    elif self.G2plotNB.nb.GetPageText(plotNo) == '2D Integration':
560        PlotIntegration(self,newPlot)
561
562def PlotImage(self,newPlot=False):
563    from matplotlib.patches import Ellipse,Arc,Circle,Polygon
564    import numpy.ma as ma
565    Dsp = lambda tth,wave: wave/(2.*sind(tth/2.))
566
567    def OnImMotion(event):
568        Data = self.PatternTree.GetItemPyData(
569            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Image Controls'))
570        Page.canvas.SetToolTipString('')
571        size = len(self.ImageZ)
572        if event.xdata and event.ydata:                 #avoid out of frame errors
573            Page.canvas.SetCursor(wx.CROSS_CURSOR)
574            item = self.itemPicked
575            pixelSize = Data['pixelSize']
576            scalex = 1000./pixelSize[0]
577            scaley = 1000./pixelSize[1]                   
578            if item and self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) == 'Image Controls':
579                if 'Text' in str(item):
580                    Page.canvas.SetToolTipString('%8.3f %8.3fmm'%(event.xdata,event.ydata))
581                else:
582                    xcent,ycent = Data['center']
583                    xpos = event.xdata-xcent
584                    ypos = event.ydata-ycent
585                    if 'line3' in  str(item) or 'line4' in str(item) and not Data['fullIntegrate']:
586                        ang = int(atan2d(xpos,ypos))
587                        Page.canvas.SetToolTipString('%6d deg'%(ang))
588                    elif 'line1' in  str(item) or 'line2' in str(item):
589                        tth = G2img.GetTth(event.xdata,event.ydata,Data)
590                        Page.canvas.SetToolTipString('%8.3fdeg'%(tth))                           
591            else:
592                xpos = event.xdata
593                ypos = event.ydata
594                xpix = xpos*scalex
595                ypix = ypos*scaley
596                Int = 0
597                if (0 <= xpix <= size) and (0 <= ypix <= size):
598                    Int = self.ImageZ[ypix][xpix]
599                tth,azm,dsp = G2img.GetTthAzmDsp(xpos,ypos,Data)
600                Q = 2.*math.pi/dsp
601                self.G2plotNB.status.SetFields(\
602                    ['','Detector 2-th =%9.2fdeg, dsp =%9.3fA, Q = %6.3fA-1, azm = %7.2fdeg, I = %6d'%(tth,dsp,Q,azm,Int)])
603
604    def OnImPlotKeyPress(event):
605        if self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) == 'Masks':
606            Data = self.PatternTree.GetItemPyData(
607                G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Image Controls'))
608            Masks = self.PatternTree.GetItemPyData(
609                G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Masks'))
610            Xpos = event.xdata
611            if not Xpos:            #got point out of frame
612                return
613            Ypos = event.ydata
614            if event.key == 's':
615                print 'spot mask @ ',Xpos,Ypos
616                Masks['Points'].append([Xpos,Ypos,1.])
617            elif event.key == 'r':
618                tth = G2img.GetTth(Xpos,Ypos,Data)
619                print 'ring mask @ ',Xpos,Ypos,tth
620                Masks['Rings'].append([tth,0.1])
621            elif event.key == 'a':
622                tth,azm = G2img.GetTthAzm(Xpos,Ypos,Data)
623                azm = int(azm)               
624                print 'arc mask @ ', Xpos,Ypos
625                Masks['Arcs'].append([tth,[azm-5,azm+5],0.1])
626            elif event.key == 'p':
627                self.setPoly = True
628                Masks['Polygons'].append([])
629                print 'Polygon mask active - pick points with mouse LB'
630                print '   use RB to close when > 2 points chosen'
631                print 'Vertices can be dragged with LB down after polygon closed'
632            G2imG.UpdateMasks(self,Masks)
633        PlotImage(self)
634           
635    def OnImPick(event):
636        if self.PatternTree.GetItemText(self.PickId) not in ['Image Controls','Masks']:
637            return
638        if self.setPoly:
639            Masks = self.PatternTree.GetItemPyData(
640                G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Masks'))
641            polygon = Masks['Polygons'][-1]
642            xpos,ypos = event.mouseevent.xdata,event.mouseevent.ydata
643            if xpos and ypos:                       #point inside image
644                if len(polygon) > 2 and event.mouseevent.button == 3:
645                    x0,y0 = polygon[0]
646                    polygon.append([x0,y0])
647                    self.setPoly = False
648                else:           
649                    polygon.append([xpos,ypos])
650                G2imG.UpdateMasks(self,Masks)
651        else:
652            if self.itemPicked is not None: return
653            self.itemPicked = event.artist
654            self.mousePicked = event.mouseevent
655       
656    def OnImRelease(event):
657        PickName = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)
658        if PickName not in ['Image Controls','Masks']:
659            return
660        Data = self.PatternTree.GetItemPyData(
661            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Image Controls'))
662        Masks = self.PatternTree.GetItemPyData(
663            G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Masks'))
664        pixelSize = Data['pixelSize']
665        scalex = 1000./pixelSize[0]
666        scaley = 1000./pixelSize[1]
667        if self.itemPicked is None and PickName == 'Image Controls':
668            size = len(self.ImageZ)
669            Xpos = event.xdata
670            if not (Xpos and self.ifGetRing):                   #got point out of frame
671                return
672            Ypos = event.ydata
673            if Ypos and not Page.toolbar._active:         #make sure zoom/pan not selected
674                if event.button == 1:
675                    Xpix = Xpos*scalex
676                    Ypix = Ypos*scaley
677                    xpos,ypos,I,J = G2img.ImageLocalMax(self.ImageZ,20,Xpix,Ypix)
678                    if I and J:
679                        xpos += .5                              #shift to pixel center
680                        ypos += .5
681                        xpos /= scalex                          #convert to mm
682                        ypos /= scaley
683                        Data['ring'].append([xpos,ypos])
684                PlotImage(self)
685            return
686        else:
687            xpos = event.xdata
688            if xpos:                                        #avoid out of frame mouse position
689                ypos = event.ydata
690                if self.ifGetRing:
691                    xypos = [xpos,ypos]
692                    rings = Data['ring']
693                    for ring in rings:
694                        if np.allclose(ring,xypos,.01,0):
695                            rings.remove(ring)                                                                       
696                else:
697                    tth,azm,dsp = G2img.GetTthAzmDsp(xpos,ypos,Data)
698                    itemPicked = str(self.itemPicked)
699                    if 'Line2D' in itemPicked and PickName == 'Image Controls':
700                        print int(itemPicked.split('_line')[1].strip(')'))
701                        if 'line1' in itemPicked:
702                            Data['IOtth'][0] = tth
703                        elif 'line2' in itemPicked:
704                            Data['IOtth'][1] = tth
705                        elif 'line3' in itemPicked and not Data['fullIntegrate']:
706                            Data['LRazimuth'][0] = int(azm)
707                        elif 'line4' in itemPicked and not Data['fullIntegrate']:
708                            Data['LRazimuth'][1] = int(azm)
709                           
710                        if Data['LRazimuth'][1] < Data['LRazimuth'][0]:
711                            Data['LRazimuth'][1] += 360
712                        if  Data['IOtth'][0] > Data['IOtth'][1]:
713                            Data['IOtth'][0],Data['IOtth'][1] = Data['IOtth'][1],Data['IOtth'][0]
714                           
715                        self.InnerTth.SetValue("%8.2f" % (Data['IOtth'][0]))
716                        self.OuterTth.SetValue("%8.2f" % (Data['IOtth'][1]))
717                        self.Lazim.SetValue("%6d" % (Data['LRazimuth'][0]))
718                        self.Razim.SetValue("%6d" % (Data['LRazimuth'][1]))
719                    elif 'Circle' in itemPicked and PickName == 'Masks':
720                        spots = Masks['Points']
721                        newPos = itemPicked.split(')')[0].split('(')[2].split(',')
722                        newPos = np.array([float(newPos[0]),float(newPos[1])])
723                        for spot in spots:
724                            if np.allclose(np.array([spot[:2]]),newPos):
725                                spot[:2] = xpos,ypos
726                        G2imG.UpdateMasks(self,Masks)
727                    elif 'Line2D' in itemPicked and PickName == 'Masks':
728                        Obj = self.itemPicked.findobj()
729                        rings = Masks['Rings']
730                        arcs = Masks['Arcs']
731                        polygons = Masks['Polygons']
732                        for ring in self.ringList:
733                            if Obj == ring[0]:
734                                rN = ring[1]
735                                if ring[2] == 'o':
736                                    rings[rN][0] = G2img.GetTth(xpos,ypos,Data)-rings[rN][1]/2.
737                                else:
738                                    rings[rN][0] = G2img.GetTth(xpos,ypos,Data)+rings[rN][1]/2.
739                        for arc in self.arcList:
740                            if Obj == arc[0]:
741                                aN = arc[1]
742                                if arc[2] == 'o':
743                                    arcs[aN][0] = G2img.GetTth(xpos,ypos,Data)-arcs[aN][2]/2
744                                elif arc[2] == 'i':
745                                    arcs[aN][0] = G2img.GetTth(xpos,ypos,Data)+arcs[aN][2]/2
746                                elif arc[2] == 'l':
747                                    arcs[aN][1][0] = int(G2img.GetAzm(xpos,ypos,Data))
748                                else:
749                                    arcs[aN][1][1] = int(G2img.GetAzm(xpos,ypos,Data))
750                        for poly in self.polyList:
751                            if Obj == poly[0]:
752                                ind = self.itemPicked.contains(self.mousePicked)[1]['ind'][0]
753                                oldPos = np.array([self.mousePicked.xdata,self.mousePicked.ydata])
754                                pN = poly[1]
755                                for i,xy in enumerate(polygons[pN]):
756                                    if np.allclose(np.array([xy]),oldPos,atol=1.0):
757                                        polygons[pN][i] = xpos,ypos
758                        G2imG.UpdateMasks(self,Masks)
759#                    else:                  #keep for future debugging
760#                        print str(self.itemPicked),event.xdata,event.ydata,event.button
761                PlotImage(self)
762            self.itemPicked = None
763           
764    try:
765        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('2D Powder Image')
766        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
767        if not newPlot:
768            Plot = Page.figure.gca()          #get previous powder plot & get limits
769            xylim = Plot.get_xlim(),Plot.get_ylim()
770        Page.figure.clf()
771        Plot = Page.figure.gca()          #get a fresh plot after clf()
772       
773    except ValueError,error:
774        Plot = self.G2plotNB.add('2D Powder Image').gca()
775        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('2D Powder Image')
776        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
777        Page.canvas.mpl_connect('key_press_event', OnImPlotKeyPress)
778        Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnImMotion)
779        Page.canvas.mpl_connect('pick_event', OnImPick)
780        Page.canvas.mpl_connect('button_release_event', OnImRelease)
781    Page.SetFocus()
782    Plot.set_title(self.PatternTree.GetItemText(self.Image)[4:])
783    size,imagefile = self.PatternTree.GetItemPyData(self.Image)
784    if imagefile != self.oldImagefile:
785        self.ImageZ = G2IO.GetImageData(imagefile,imageOnly=True)
786        self.oldImagefile = imagefile
787    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(
788        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Image Controls'))
789    Masks = self.PatternTree.GetItemPyData(
790        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Masks'))
791
792    imScale = 1
793    if len(self.ImageZ) > 1024:
794        imScale = len(self.ImageZ)/1024
795    pixelSize = Data['pixelSize']
796    scalex = 1000./pixelSize[0]
797    scaley = 1000./pixelSize[1]
798    xmax = len(self.ImageZ)
799    Xmax = len(self.ImageZ)*pixelSize[0]/1000.
800    xlim = (-0.5,Xmax-.5)
801    ylim = (Xmax-.5,-0.5,)
802    Imin,Imax = Data['range'][1]
803    acolor = mpl.cm.get_cmap(Data['color'])
804    xcent,ycent = Data['center']
805    Plot.set_xlabel('Image x-axis, mm',fontsize=12)
806    Plot.set_ylabel('Image y-axis, mm',fontsize=12)
807    #do threshold mask - "real" mask - others are just bondaries
808    Zlim = Masks['Thresholds'][1]
809    MA = ma.masked_greater(ma.masked_less(self.ImageZ,Zlim[0]),Zlim[1])
810    MaskA = ma.getmaskarray(MA)
811    A = G2img.ImageCompress(MA,imScale)
812    AM = G2img.ImageCompress(MaskA,imScale)
813   
814    ImgM = Plot.imshow(AM,aspect='equal',cmap='Reds',
815        interpolation='nearest',vmin=0,vmax=2,extent=[0,Xmax,Xmax,0])
816    Img = Plot.imshow(A,aspect='equal',cmap=acolor,
817        interpolation='nearest',vmin=Imin,vmax=Imax,extent=[0,Xmax,Xmax,0],picker=True)
818
819    Plot.plot(xcent,ycent,'x')
820    if Data['showLines']:
821        LRAzim = Data['LRazimuth']                  #NB: integers
822        IOtth = Data['IOtth']
823        wave = Data['wavelength']
824        dspI = wave/(2.0*sind(IOtth[0]/2.0))
825        ellI = G2img.GetEllipse(dspI,Data)           #=False if dsp didn't yield an ellipse (ugh! a parabola or a hyperbola)
826        dspO = wave/(2.0*sind(IOtth[1]/2.0))
827        ellO = G2img.GetEllipse(dspO,Data)           #Ditto & more likely for outer ellipse
828        if Data['fullIntegrate']:
829            Azm = np.array(range(0,361))
830        else:
831            Azm = np.array(range(LRAzim[0],LRAzim[1]+1))
832        if ellI:
833            xyI = []
834            for azm in Azm:
835                xyI.append(G2img.GetDetectorXY(dspI,azm,Data))
836            xyI = np.array(xyI)
837            arcxI,arcyI = xyI.T
838            Plot.plot(arcxI,arcyI,picker=3)
839        if ellO:
840            xyO = []
841            for azm in Azm:
842                xyO.append(G2img.GetDetectorXY(dspO,azm,Data))
843            xyO = np.array(xyO)
844            arcxO,arcyO = xyO.T
845            Plot.plot(arcxO,arcyO,picker=3)
846        if ellO and ellI and not Data['fullIntegrate']:
847            Plot.plot([arcxI[0],arcxO[0]],[arcyI[0],arcyO[0]],picker=3)
848            Plot.plot([arcxI[-1],arcxO[-1]],[arcyI[-1],arcyO[-1]],picker=3)
849    for xring,yring in Data['ring']:
850        Plot.plot(xring,yring,'r+',picker=3)
851    if Data['setRings']:
852        rings = np.concatenate((Data['rings']),axis=0)
853        for xring,yring,dsp in rings:
854            Plot.plot(xring,yring,'r+')           
855    for ellipse in Data['ellipses']:
856        cent,phi,[width,height],col = ellipse
857        Plot.add_artist(Ellipse([cent[0],cent[1]],2*width,2*height,phi,ec=col,fc='none'))
858        Plot.text(cent[0],cent[1],'+',color=col,ha='center',va='center')
859    #masks - mask lines numbered after integration limit lines
860    spots = Masks['Points']
861    rings = Masks['Rings']
862    arcs = Masks['Arcs']
863    polygons = Masks['Polygons']
864    for x,y,d in spots:
865        Plot.add_artist(Circle((x,y),radius=d/2,fc='none',ec='r',picker=3))
866    self.ringList = []
867    for iring,(tth,thick) in enumerate(rings):
868        wave = Data['wavelength']
869        x1,y1 = np.hsplit(np.array(G2img.makeIdealRing(G2img.GetEllipse(Dsp(tth+thick/2.,wave),Data))),2)
870        x2,y2 = np.hsplit(np.array(G2img.makeIdealRing(G2img.GetEllipse(Dsp(tth-thick/2.,wave),Data))),2)
871        self.ringList.append([Plot.plot(x1,y1,'r',picker=3),iring,'o'])           
872        self.ringList.append([Plot.plot(x2,y2,'r',picker=3),iring,'i'])
873    self.arcList = []
874    for iarc,(tth,azm,thick) in enumerate(arcs):           
875        wave = Data['wavelength']
876        x1,y1 = np.hsplit(np.array(G2img.makeIdealRing(G2img.GetEllipse(Dsp(tth+thick/2.,wave),Data),azm)),2)
877        x2,y2 = np.hsplit(np.array(G2img.makeIdealRing(G2img.GetEllipse(Dsp(max(0.01,tth-thick/2.),wave),Data),azm)),2)
878        self.arcList.append([Plot.plot(x1,y1,'r',picker=3),iarc,'o'])           
879        self.arcList.append([Plot.plot(x2,y2,'r',picker=3),iarc,'i'])
880        self.arcList.append([Plot.plot([x1[0],x2[0]],[y1[0],y2[0]],'r',picker=3),iarc,'l'])
881        self.arcList.append([Plot.plot([x1[-1],x2[-1]],[y1[-1],y2[-1]],'r',picker=3),iarc,'u'])
882    self.polyList = []
883    for ipoly,polygon in enumerate(polygons):
884        x,y = np.hsplit(np.array(polygon),2)
885        self.polyList.append([Plot.plot(x,y,'r',picker=3),ipoly])           
886    colorBar = Page.figure.colorbar(Img)
887    Plot.set_xlim(xlim)
888    Plot.set_ylim(ylim)
889    if not newPlot:
890        Page.toolbar.push_current()
891        Plot.set_xlim(xylim[0])
892        Plot.set_ylim(xylim[1])
893        xylim = []
894        Page.toolbar.push_current()
895        Page.toolbar.draw()
896    else:
897        Page.canvas.draw()
898       
899def PlotIntegration(self,newPlot=False):
900           
901    def OnMotion(event):
902        Page.canvas.SetToolTipString('')
903        Page.canvas.SetCursor(wx.CROSS_CURSOR)
904        azm = event.ydata
905        tth = event.xdata
906        if azm and tth:
907            self.G2plotNB.status.SetFields(\
908                ['','Detector 2-th =%9.3fdeg, azm = %7.2fdeg'%(tth,azm)])
909                               
910    try:
911        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('2D Integration')
912        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
913        if not newPlot:
914            Plot = Page.figure.gca()          #get previous plot & get limits
915            xylim = Plot.get_xlim(),Plot.get_ylim()
916        Page.figure.clf()
917        Plot = Page.figure.gca()          #get a fresh plot after clf()
918       
919    except ValueError,error:
920        Plot = self.G2plotNB.add('2D Integration').gca()
921        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('2D Integration')
922        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
923        Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnMotion)
924        Page.views = False
925        view = False
926    Page.SetFocus()
927       
928    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(
929        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Image Controls'))
930    image = self.Integrate[0]
931    xsc = self.Integrate[1]
932    ysc = self.Integrate[2]
933    Imin,Imax = Data['range'][1]
934    acolor = mpl.cm.get_cmap(Data['color'])
935    Plot.set_title(self.PatternTree.GetItemText(self.Image)[4:])
936    Plot.set_ylabel('azimuth',fontsize=12)
937    Plot.set_xlabel('2-theta',fontsize=12)
938    Img = Plot.imshow(image,cmap=acolor,vmin=Imin,vmax=Imax,interpolation='nearest', \
939        extent=[ysc[0],ysc[-1],xsc[-1],xsc[0]],aspect='auto')
940    colorBar = Page.figure.colorbar(Img)
941    if Data['setRings']:
942        rings = np.concatenate((Data['rings']),axis=0)
943        for xring,yring,dsp in rings:
944            x,y = G2img.GetTthAzm(xring,yring,Data)
945            Plot.plot(x,y,'r+')
946    if Data['ellipses']:           
947        for ellipse in Data['ellipses']:
948            ring = np.array(G2img.makeIdealRing(ellipse[:3])) #skip color
949            x,y = np.hsplit(ring,2)
950            tth,azm = G2img.GetTthAzm(x,y,Data)
951            Plot.plot(tth,azm,'b,')
952    if not newPlot:
953        Page.toolbar.push_current()
954        Plot.set_xlim(xylim[0])
955        Plot.set_ylim(xylim[1])
956        xylim = []
957        Page.toolbar.push_current()
958        Page.toolbar.draw()
959    else:
960        Page.canvas.draw()
961       
962       
963def PlotTRImage(self,tax,tay,taz,newPlot=False):
964    #a test plot routine - not normally used
965           
966    def OnMotion(event):
967        Page.canvas.SetToolTipString('')
968        Page.canvas.SetCursor(wx.CROSS_CURSOR)
969        azm = event.xdata
970        tth = event.ydata
971        if azm and tth:
972            self.G2plotNB.status.SetFields(\
973                ['','Detector 2-th =%9.3fdeg, azm = %7.2fdeg'%(tth,azm)])
974                               
975    try:
976        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('2D Transformed Powder Image')
977        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
978        if not newPlot:
979            Plot = Page.figure.gca()          #get previous plot & get limits
980            xylim = Plot.get_xlim(),Plot.get_ylim()
981        Page.figure.clf()
982        Plot = Page.figure.gca()          #get a fresh plot after clf()
983       
984    except ValueError,error:
985        Plot = self.G2plotNB.add('2D Transformed Powder Image').gca()
986        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('2D Transformed Powder Image')
987        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
988        Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnMotion)
989        Page.views = False
990        view = False
991    Page.SetFocus()
992       
993    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(
994        G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Image Controls'))
995    Imin,Imax = Data['range'][1]
996    step = (Imax-Imin)/5.
997    V = np.arange(Imin,Imax,step)
998    acolor = mpl.cm.get_cmap(Data['color'])
999    Plot.set_title(self.PatternTree.GetItemText(self.Image)[4:])
1000    Plot.set_xlabel('azimuth',fontsize=12)
1001    Plot.set_ylabel('2-theta',fontsize=12)
1002    Plot.contour(tax,tay,taz,V,cmap=acolor)
1003    if Data['showLines']:
1004        IOtth = Data['IOtth']
1005        if Data['fullIntegrate']:
1006            LRAzim = [-180,180]
1007        else:
1008            LRAzim = Data['LRazimuth']                  #NB: integers
1009        Plot.plot([LRAzim[0],LRAzim[1]],[IOtth[0],IOtth[0]],picker=True)
1010        Plot.plot([LRAzim[0],LRAzim[1]],[IOtth[1],IOtth[1]],picker=True)
1011        if not Data['fullIntegrate']:
1012            Plot.plot([LRAzim[0],LRAzim[0]],[IOtth[0],IOtth[1]],picker=True)
1013            Plot.plot([LRAzim[1],LRAzim[1]],[IOtth[0],IOtth[1]],picker=True)
1014    if Data['setRings']:
1015        rings = np.concatenate((Data['rings']),axis=0)
1016        for xring,yring,dsp in rings:
1017            x,y = G2img.GetTthAzm(xring,yring,Data)
1018            Plot.plot(y,x,'r+')           
1019    if Data['ellipses']:           
1020        for ellipse in Data['ellipses']:
1021            ring = np.array(G2img.makeIdealRing(ellipse[:3])) #skip color
1022            x,y = np.hsplit(ring,2)
1023            tth,azm = G2img.GetTthAzm(x,y,Data)
1024            Plot.plot(azm,tth,'b,')
1025    if not newPlot:
1026        Page.toolbar.push_current()
1027        Plot.set_xlim(xylim[0])
1028        Plot.set_ylim(xylim[1])
1029        xylim = []
1030        Page.toolbar.push_current()
1031        Page.toolbar.draw()
1032    else:
1033        Page.canvas.draw()
1034       
1035       
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.