source: trunk/GSASIIphsGUI.py @ 83

Last change on this file since 83 was 83, checked in by vondreel, 13 years ago

further splits of G2gd --> GSASIIphsGUI.py & GSASIIimgGUI.py
Modify GSASIIpath.py to reverse order of 1st two path entries. G2elem couldn't find atmdata!
File size: 18.1 KB
Line 
1#GSASII - phase data display routines
2import wx
3import wx.grid as wg
4import matplotlib as mpl
5import math
6import time
7import cPickle
8import GSASIIpath
9import GSASIIlattice as G2lat
10import GSASIIspc as G2spc
11import GSASIIElem as G2elem
12import GSASIIplot as G2plt
13import GSASIIgrid as G2gd
14
15# trig functions in degrees
16sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
17tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
18cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
19asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
20       
21def UpdatePhaseData(self,item,data,oldPage):
22    Atoms = []
23    self.SelectedRow = 0
24   
25    def BookResize(event):
26        w,h = self.GetSize()
27        self.dataDisplay.SetSize(wx.Size(w,h))
28       
29    def FillGeneralGrid():
30        def SetLatticeParametersStyle(SGData,table):
31            if SGData['SGLaue'] in ['m3','m3m']:
32                table[4][2] = table[4][3] = table[4][1]
33                General.SetCellStyle(4,2,"light grey",True)
34                General.SetCellStyle(4,3,"light grey",True)
35                table[4][4] = table[4][5] = table[4][6] = 90.
36                General.SetCellStyle(4,4,"light grey",True)
37                General.SetCellStyle(4,5,"light grey",True)
38                General.SetCellStyle(4,6,"light grey",True)
39            elif SGData['SGLaue'] in ['3R','3mR']:
40                table[4][2] = table[4][3] = table[4][1]
41                General.SetCellStyle(4,2,"light grey",True)
42                General.SetCellStyle(4,3,"light grey",True)
43                table[4][5] = table[4][6] = table[4][4]
44                General.SetCellStyle(4,5,"light grey",True)
45                General.SetCellStyle(4,6,"light grey",True)
46            elif SGData['SGLaue'] in ['3','3m1','31m','6/m','6/mmm']:
47                table[4][2] = table[4][1]
48                General.SetCellStyle(4,2,"light grey",True)
49                table[4][4] = table[4][5] = 90.
50                table[4][6] = 120.
51                General.SetCellStyle(4,4,"light grey",True)
52                General.SetCellStyle(4,5,"light grey",True)
53                General.SetCellStyle(4,6,"light grey",True)
54            elif SGData['SGLaue'] in ['4/m','4/mmm']:
55                table[4][2] = table[4][1]
56                General.SetCellStyle(4,2,"light grey",True)
57                table[4][4] = table[4][5] = table[4][6] = 90.
58                General.SetCellStyle(4,4,"light grey",True)
59                General.SetCellStyle(4,5,"light grey",True)
60                General.SetCellStyle(4,6,"light grey",True)
61            elif SGData['SGLaue'] in ['mmm']:
62                table[4][4] = table[4][5] = table[4][6] = 90.
63                General.SetCellStyle(4,4,"light grey",True)
64                General.SetCellStyle(4,5,"light grey",True)
65                General.SetCellStyle(4,6,"light grey",True)
66            elif SGData['SGLaue'] in ['2/m']:
67                if SGData['SGUniq'] == 'a':
68                    table[4][5]= table[4][6] = 90.
69                    General.SetCellStyle(4,5,"light grey",True)
70                    General.SetCellStyle(4,6,"light grey",True)
71                if SGData['SGUniq'] == 'b':
72                    table[4][4]= table[4][6] = 90.
73                    General.SetCellStyle(4,4,"light grey",True)
74                    General.SetCellStyle(4,6,"light grey",True)
75                if SGData['SGUniq'] == 'c':
76                    table[4][4]= table[4][5] = 90.
77                    General.SetCellStyle(4,4,"light grey",True)
78                    General.SetCellStyle(4,5,"light grey",True)
79           
80        def RefreshGeneralGrid(event):
81               
82            r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
83            generalData[0] = table[0][0]
84            self.PatternTree.SetItemText(item,generalData[0])
85            generalData[1] = table[1][0]
86            SpcGp = table[2][0]
87            SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpcGp)
88            if r == 2 and c == 0:
89                if SGErr:
90                    text = [G2spc.SGErrors(SGErr)+'\nSpace Group set to previous']
91                    table[2][0] = generalData[2]['SpGrp']
92                    msg = 'Space Group Error'
93                    Style = wx.ICON_EXCLAMATION
94                else:
95                    text = G2spc.SGPrint(SGData)
96                    generalData[2] = SGData
97                    msg = 'Space Group Information'
98                    Style = wx.ICON_INFORMATION
99                Text = ''
100                for line in text:
101                    Text += line+'\n'
102                wx.MessageBox(Text,caption=msg,style=Style)
103            General.SetCellValue(4,0,str(generalData[3][0]))
104            for c in range(1,7):
105                General.SetCellStyle(4,c,"white",False)
106                generalData[3][c] = float(General.GetCellValue(4,c))
107            generalData[3][7] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(generalData[3][1:7]))
108            SetLatticeParametersStyle(SGData,table)
109            generalData[4][1] = float(General.GetCellValue(5,1))
110            General.ForceRefresh()
111                       
112        rowLabels = ['Phase name','Phase type','Space group',
113            'Lattice ',' parameters','Scale factor','Elements','No. per cell','Atom weight','','Bond radii','Angle radii']
114        generalData = data['General']
115        atomData = data['Atoms']
116        AtomTypes = []
117        NoAtoms = {}
118        BondRadii = []
119        AngleRadii = []
120        AtomMass = []
121        colType = 1
122        colSS = 7
123        self.dataFrame.setSizePosLeft([600,350])
124        if generalData[1] =='macromolecular':
125            colType = 4
126            colSS = 10
127        for atom in atomData:
128            if AtomTypes.count(atom[colType]):
129                NoAtoms[atom[colType]] += atom[colSS-1]*atom[colSS+1]
130            else:
131                Info = G2elem.GetAtomInfo(atom[colType])
132                AtomTypes.append(Info['Symbol'])
133                BondRadii.append(Info['Drad'])
134                AngleRadii.append(Info['Arad'])
135                AtomMass.append(Info['Mass'])
136                NoAtoms[atom[colType]] = atom[colSS-1]*atom[colSS+1]
137        generalData[5:9] = [AtomTypes,NoAtoms,AtomMass,BondRadii,AngleRadii]
138        colLabels = []
139        colLabels += ['' for i in range(max(8,len(generalData[5])))]
140        table = []
141        table.append([generalData[0],'','','','','','','',''])      #phase name
142        table.append([generalData[1],'','','','','','','',''])      #phase type
143        E,SGData = G2spc.SpcGroup(generalData[2]['SpGrp'])
144        table.append([SGData['SpGrp'],'','','','','','','',''])     #space group symbol
145        table.append(['refine','a    ','b    ','c    ','alpha ','beta ','gamma','volume  '])
146        table.append(generalData[3])                      #lattice parameters
147        table.append([generalData[4][0],generalData[4][1],'','','','','',''])   #scale factor
148        table.append(generalData[5]+['' for i in range(max(8,len(generalData[5])))]) #element list
149        line = []
150        mass = 0.
151        for i,elem in enumerate(generalData[5]):
152            mass += generalData[6][elem]*generalData[7][i]
153            line.append(generalData[6][elem])
154        Volume = generalData[3][7]
155        table.append(line+['' for i in range(max(8,len(generalData[5])))]) #No. per cell
156        table.append(generalData[7]+['' for i in range(max(8,len(generalData[5])))])  #At. wt.
157        if generalData[1] == 'macromolecular' and mass > 0.0:
158            table.append(['density',mass/(0.6022137*Volume),'Matthews coeff.',Volume/mass,'','','','',''])           
159        else:
160            table.append(['density',mass/(0.6022137*Volume),'','','','','','',''])
161        table.append(generalData[8]+['' for i in range(max(8,len(generalData[5])))])
162        table.append(generalData[9]+['' for i in range(max(8,len(generalData[5])))])
163        Types = [wg.GRID_VALUE_STRING for i in range(max(8,len(generalData[5])))]
164        generalTable = G2gd.Table(table,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
165        General.SetTable(generalTable, True)
166        General.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, RefreshGeneralGrid)
167        General.SetMargins(0,0)
168        General.SetColSize(0,100)
169        General.SetColLabelSize(0)
170        for c in range(max(8,len(generalData[5]))):
171            if c > 0:
172                General.SetReadOnly(0,c,isReadOnly=True)
173                General.SetReadOnly(1,c,isReadOnly=True)
174                General.SetReadOnly(2,c,isReadOnly=True)
175            General.SetReadOnly(3,c,isReadOnly=True)                         #unit cell labels
176            General.SetCellAlignment(3,c,wx.ALIGN_RIGHT, wx.ALIGN_CENTRE)
177            if c < 4:
178                General.SetCellRenderer(4,c,wg.GridCellFloatRenderer(10,5))
179                General.SetCellEditor(4,c,wg.GridCellFloatEditor(10,5))
180                General.SetReadOnly(9,c,isReadOnly=True)
181            else:
182                General.SetCellRenderer(4,c,wg.GridCellFloatRenderer(10,3))
183                General.SetCellEditor(4,c,wg.GridCellFloatEditor(10,3))
184            for r in range(6,12):
185                General.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=True)
186        General.SetReadOnly(4,7,isReadOnly=True)                            #cell volume - no edit
187        General.SetCellEditor(1,0,wg.GridCellChoiceEditor(['nuclear','modulated',   #phase type
188            'magnetic','macromolecular','Pawley'],False))                           #- change only if no atoms
189        if line:                                                    #no.of atoms not zero!
190            General.SetReadOnly(1,0,isReadOnly=True)                #can't change phase type
191        General.SetCellRenderer(4,0,wg.GridCellBoolRenderer())              #lattice parameters           
192        General.SetCellEditor(4,0,wg.GridCellBoolEditor())
193        SetLatticeParametersStyle(SGData,table)
194        General.SetCellRenderer(5,1,wg.GridCellFloatRenderer(10,4))         #scale factor
195        General.SetCellEditor(5,1,wg.GridCellFloatEditor(10,4))
196        General.SetCellRenderer(5,0,wg.GridCellBoolRenderer())           
197        General.SetCellEditor(5,0,wg.GridCellBoolEditor())
198        General.SetCellRenderer(9,1,wg.GridCellFloatRenderer(8,3))
199        General.SetCellRenderer(9,3,wg.GridCellFloatRenderer(8,3))
200   
201    def FillAtomsGrid():
202       
203        def RefreshAtomGrid(event):
204            r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
205            if r < 0:                          #on col label!
206                sel = -1
207                if Atoms.GetColLabelValue(c) == 'refine':
208                    choice = ['F - site fraction','X - coordinates','U - thermal parameters']
209                    dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','Refinement controls',choice)
210                    if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
211                        sel = dlg.GetSelections()
212                        parms = ''
213                        for x in sel:
214                            parms += choice[x][0]                           
215                elif Atoms.GetColLabelValue(c) == 'I/A':
216                    choice = ['Isotropic','Anisotropic']
217                    dlg = wx.SingleChoiceDialog(self,'Select','Thermal Motion',choice)
218                    if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
219                        sel = dlg.GetSelection()
220                        parms = choice[sel][0]
221                if sel >= 0:
222                    for r in range(Atoms.GetNumberRows()):
223                        Atoms.SetCellValue(r,c,parms)
224            elif c < 0:                    #picked atom row
225                self.SelectedRow = r
226            elif Atoms.GetColLabelValue(c) in ['x','y','z']:
227                colLabel = Atoms.GetColLabelValue(c)
228                if colLabel == 'x':
229                    XYZ = [atomData[r][c],atomData[r][c+1],atomData[r][c+2]]
230                elif colLabel == 'y':
231                    XYZ = [atomData[r][c-1],atomData[r][c],atomData[r][c+1]]
232                elif colLabel == 'z':
233                    XYZ = [atomData[r][c-2],atomData[r][c-1],atomData[r][c]]
234                if None in XYZ:
235                    XYZ = [0,0,0]
236                SScol = colLabels.index('site sym')
237                Mulcol = colLabels.index('mult')
238                E,SGData = G2spc.SpcGroup(generalData[2]['SpGrp'])
239                Sytsym,Mult = G2spc.SytSym(XYZ,SGData)
240                atomData[r][SScol] = Sytsym
241                atomData[r][Mulcol] = Mult
242                Atoms.ForceRefresh()
243                   
244        def AtomTypeSelect(event):
245            r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
246            if Atoms.GetColLabelValue(c) == 'Type':
247                PE = G2elem.PickElement(self)
248                if PE.ShowModal() == wx.ID_OK:
249                    atomData[r][c] = PE.Elem.strip()
250                PE.Destroy()
251                Atoms.ForceRefresh()
252            else:
253                event.Skip()
254       
255        generalData = data['General']
256        atomData = data['Atoms']
257        Types = [wg.GRID_VALUE_STRING,wg.GRID_VALUE_STRING,wg.GRID_VALUE_CHOICE+": ,X,XU,U,F,FX,FXU,FU",
258            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',
259            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_STRING,wg.GRID_VALUE_NUMBER,wg.GRID_VALUE_CHOICE+":I,A",
260            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',
261            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',
262            wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4']
263        colLabels = ['Name','Type','refine','x','y','z','frac','site sym','mult','I/A','Uiso','U11','U22','U33','U12','U13','U23']
264        if generalData[1] == 'magnetic':
265            colLabels += ['Mx','My','Mz']
266            Types[2] = wg.GRID_VALUE_CHOICE+": ,X,XU,U,M,MX,MXU,MU,F,FX,FXU,FU,FM,FMX,FMU,"
267            Types += [
268                wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4']
269        elif generalData[1] == 'macromolecular':
270            colLabels = ['res no','residue','chain'] + colLabels
271            Types = [wg.GRID_VALUE_NUMBER,
272                wg.GRID_VALUE_CHOICE+": ,ALA,ARG,ASN,ASP,CYS,GLN,GLU,GLY,HIS,ILE,LEU,LYS,MET,PHE,PRO,SER,THR,TRP,TYR,VAL,MSE,HOH,UNK",
273                wg.GRID_VALUE_STRING] + Types       
274        table = []
275        rowLabels = []
276        for i,atom in enumerate(atomData):
277            table.append(atom)
278            rowLabels.append(str(i+1))
279        atomTable = G2gd.Table(table,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
280        Atoms.SetTable(atomTable, True)
281        Atoms.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, RefreshAtomGrid)
282        Atoms.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK, RefreshAtomGrid)
283        Atoms.Bind(wg.EVT_GRID_SELECT_CELL, AtomTypeSelect)
284        Atoms.SetMargins(0,0)
285        Atoms.AutoSizeColumns(True)
286        colType = colLabels.index('Type')
287        colSS = colLabels.index('site sym')
288        colIA = colLabels.index('I/A')
289        for row in range(Atoms.GetNumberRows()):
290            Atoms.SetReadOnly(row,colSS,True)                         #site sym
291            Atoms.SetReadOnly(row,colSS+1,True)                       #Mult
292            if Atoms.GetCellValue(row,colIA) == 'I':
293                for i in range(2,8):
294                    Atoms.SetCellRenderer(row,colIA+i,wg.GridCellStringRenderer())
295                    Atoms.SetReadOnly(row,colIA+i,isReadOnly=True)
296                    Atoms.SetCellValue(row,colIA+i,'')
297            elif Atoms.GetCellValue(row,colIA) == 'A':
298                Atoms.SetCellRenderer(row,colIA+1,wg.GridCellStringRenderer())
299                Atoms.SetReadOnly(row,colIA+1,isReadOnly=True)
300                Atoms.SetCellValue(row,colIA+1,'')
301       
302    def AtomAdd(event):
303        atomData = data['Atoms']
304        generalData = data['General']
305        Ncol = Atoms.GetNumberCols()
306        if generalData[1] == 'macromolecular':
307            atomData.append([0,'UNK','','UNK','UNK','',0,0,0,0,'',0,'I',0.10,0,0,0,0,0,0])
308        elif generalData[1] == 'nuclear':
309            atomData.append(['UNK','UNK','',0,0,0,0,'',0,'I',0.01,0,0,0,0,0,0])
310        event.StopPropagation()
311        FillAtomsGrid()
312           
313    def AtomInsert(event):
314        atomData = data['Atoms']
315        generalData = data['General']
316        Ncol = Atoms.GetNumberCols()
317        if generalData[1][0] == 'macromolecular':
318            atomData.append([0,'UNK','','UNK','UNK','',0,0,0,0,'',0,'I',0.10,0,0,0,0,0,0])
319        elif generalData[1][0] == 'nuclear':
320            atomData.append(['UNK','UNK','',0,0,0,0,'',0,'I',0.01,0,0,0,0,0,0])
321        event.StopPropagation()
322        FillAtomsGrid()
323       
324    def UpdateDrawing():
325        print 'Drawing'
326       
327    def FillPawleyReflectionsGrid():
328       
329        print 'Pawley reflections'
330       
331    def OnPageChanged(event):
332        page = event.GetSelection()
333        text = self.dataDisplay.GetPageText(page)
334        if text == 'Atoms':
335            self.dataFrame.SetMenuBar(self.dataFrame.AtomsMenu)
336            self.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AtomAdd, id=G2gd.wxID_ATOMSEDITADD)
337            self.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AtomInsert, id=G2gd.wxID_ATOMSEDITINSERT)
338            FillAtomsGrid()           
339        else:
340            self.dataFrame.SetMenuBar(self.dataFrame.BlankMenu)
341        event.Skip()
342       
343    if self.dataDisplay:
344        self.dataDisplay.Destroy()                   
345    PhaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
346    self.dataFrame.SetMenuBar(self.dataFrame.BlankMenu)
347    self.dataFrame.SetLabel('Phase Data for '+PhaseName)
348    self.dataDisplay = G2gd.GSNoteBook(parent=self.dataFrame,size=self.dataFrame.GetClientSize())
349   
350    General = G2gd.GSGrid(parent=self.dataDisplay)
351    FillGeneralGrid()
352    self.dataDisplay.AddPage(General,'General')
353     
354    GeneralData = data['General']
355    if GeneralData[3] == 'Pawley':
356        PawleyRefl = G2gd.GSGrid(parent=self.dataDisplay)
357        self.dataDisplay.AddPage(PawleyRefl,'Pawley reflections')
358        FillPawleyReflectionsGrid()
359    else:
360        Atoms = G2gd.GSGrid(parent=self.dataDisplay)
361        FillAtomsGrid()
362        self.dataDisplay.AddPage(Atoms,'Atoms')
363
364    Drawing = wx.Window(parent=self.dataDisplay)
365    self.dataDisplay.AddPage(Drawing,'Drawing')
366   
367    self.dataDisplay.Bind(wx.EVT_NOTEBOOK_PAGE_CHANGED, OnPageChanged)
368    self.dataDisplay.SetSelection(oldPage)
369   
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.