source: trunk/GSASIIindex.py @ 312

Last change on this file since 312 was 312, checked in by vondreele, 12 years ago

implement refinement of zero point as part of cell refinement
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 27.3 KB
Line 
1#GSASII cell indexing program: variation on that of A. Coehlo
2#   includes cell refinement from peak positions (not zero as yet)
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2011-06-27 17:11:26 +0000 (Mon, 27 Jun 2011) $
5# $Author: vondreele $
6# $Revision: 312 $
7# $URL: trunk/GSASIIindex.py $
8# $Id: GSASIIindex.py 312 2011-06-27 17:11:26Z vondreele $
9########### SVN repository information ###################
10import math
11import wx
12import time
13import numpy as np
14import numpy.linalg as nl
15import GSASIIpath
16import GSASIIlattice as G2lat
17import scipy.optimize as so
18
19# trig functions in degrees
20sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
21asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
22tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
23atand = lambda x: 180.*math.atan(x)/math.pi
24atan2d = lambda y,x: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
25cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
26acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
27rdsq2d = lambda x,p: round(1.0/math.sqrt(x),p)
28#numpy versions
29npsind = lambda x: np.sin(x*np.pi/180.)
30npasind = lambda x: 180.*np.arcsin(x)/math.pi
31npcosd = lambda x: np.cos(x*math.pi/180.)
32nptand = lambda x: np.tan(x*math.pi/180.)
33npatand = lambda x: 180.*np.arctan(x)/np.pi
34npatan2d = lambda y,x: 180.*np.arctan2(y,x)/np.pi
35   
36def scaleAbyV(A,V):
37    v = G2lat.calc_V(A)
38    scale = math.exp(math.log(v/V)/3.)**2
39    for i in range(6):
40        A[i] *= scale
41   
42def ranaxis(dmin,dmax):
43    import random as rand
44    return rand.random()*(dmax-dmin)+dmin
45   
46def ran2axis(k,N):
47    import random as rand
48    T = 1.5+0.49*k/N
49#    B = 0.99-0.49*k/N
50#    B = 0.99-0.049*k/N
51    B = 0.99-0.149*k/N
52    R = (T-B)*rand.random()+B
53    return R
54   
55#def ranNaxis(k,N):
56#    import random as rand
57#    T = 1.0+1.0*k/N
58#    B = 1.0-1.0*k/N
59#    R = (T-B)*rand.random()+B
60#    return R
61   
62def ranAbyV(Bravais,dmin,dmax,V):
63    cell = [0,0,0,0,0,0]
64    bad = True
65    while bad:
66        bad = False
67        cell = rancell(Bravais,dmin,dmax)
68        G,g = G2lat.cell2Gmat(cell)
69        A = G2lat.Gmat2A(G)
70        if G2lat.calc_rVsq(A) < 1:
71            scaleAbyV(A,V)
72            cell = G2lat.A2cell(A)
73            for i in range(3):
74                bad |= cell[i] < dmin
75    return A
76   
77def ranAbyR(Bravais,A,k,N,ranFunc):
78    R = ranFunc(k,N)
79    if Bravais in [0,1,2]:          #cubic - not used
80        A[0] = A[1] = A[2] = A[0]*R
81        A[3] = A[4] = A[5] = 0.
82    elif Bravais in [3,4]:          #hexagonal/trigonal
83        A[0] = A[1] = A[3] = A[0]*R
84        A[2] *= R
85        A[4] = A[5] = 0.       
86    elif Bravais in [5,6]:          #tetragonal
87        A[0] = A[1] = A[0]*R
88        A[2] *= R
89        A[3] = A[4] = A[5] = 0.       
90    elif Bravais in [7,8,9,10]:     #orthorhombic
91        A[0] *= R
92        A[1] *= R
93        A[2] *= R
94        A[3] = A[4] = A[5] = 0.       
95    elif Bravais in [11,12]:        #monoclinic
96        A[0] *= R
97        A[1] *= R
98        A[2] *= R
99        A[4] *= R
100        A[3] = A[5] = 0.       
101    else:                           #triclinic
102        A[0] *= R
103        A[1] *= R
104        A[2] *= R
105        A[3] *= R
106        A[4] *= R
107        A[5] *= R
108    return A
109   
110def rancell(Bravais,dmin,dmax):
111    if Bravais in [0,1,2]:          #cubic
112        a = b = c = ranaxis(dmin,dmax)
113        alp = bet = gam = 90
114    elif Bravais in [3,4]:          #hexagonal/trigonal
115        a = b = ranaxis(dmin,dmax)
116        c = ranaxis(dmin,dmax)
117        alp = bet =  90
118        gam = 120
119    elif Bravais in [5,6]:          #tetragonal
120        a = b = ranaxis(dmin,dmax)
121        c = ranaxis(dmin,dmax)
122        alp = bet = gam = 90
123    elif Bravais in [7,8,9,10]:       #orthorhombic - F,I,C,P - a<b<c convention
124        abc = [ranaxis(dmin,dmax),ranaxis(dmin,dmax),ranaxis(dmin,dmax)]
125        abc.sort()
126        a = abc[0]
127        b = abc[1]
128        c = abc[2]
129        alp = bet = gam = 90
130    elif Bravais in [11,12]:        #monoclinic - C,P - a<c convention
131        ac = [ranaxis(dmin,dmax),ranaxis(dmin,dmax)]
132        ac.sort()
133        a = ac[0]
134        b = ranaxis(dmin,dmax)
135        c = ac[1]
136        alp = gam = 90
137        bet = ranaxis(90.,130.)
138    else:                           #triclinic - a<b<c convention
139        abc = [ranaxis(dmin,dmax),ranaxis(dmin,dmax),ranaxis(dmin,dmax)]
140        abc.sort()
141        a = abc[0]
142        b = abc[1]
143        c = abc[2]
144        r = 0.5*b/c
145        alp = ranaxis(acosd(r),acosd(-r))
146        r = 0.5*a/c
147        bet = ranaxis(acosd(r),acosd(-r))
148        r = 0.5*a/b
149        gam = ranaxis(acosd(r),acosd(-r)) 
150    return [a,b,c,alp,bet,gam]
151   
152def calc_M20(peaks,HKL):
153    diff = 0
154    X20 = 0
155    for Nobs20,peak in enumerate(peaks):
156        if peak[3]:
157            Qobs = 1.0/peak[7]**2
158            Qcalc = 1.0/peak[8]**2
159            diff += abs(Qobs-Qcalc)
160        elif peak[2]:
161            X20 += 1
162        if Nobs20 == 19: 
163            d20 = peak[7]
164            break
165    else:
166        d20 = peak[7]
167        Nobs20 = len(peaks)
168    for N20,hkl in enumerate(HKL):
169        if hkl[3] < d20:
170            break               
171    eta = diff/Nobs20
172    Q20 = 1.0/d20**2
173    if diff:
174        M20 = Q20/(2.0*diff)
175    else:
176        M20 = 0
177    M20 /= (1.+X20)
178    return M20,X20
179   
180def sortM20(cells):
181    #cells is M20,X20,Bravais,a,b,c,alp,bet,gam
182    #sort highest M20 1st
183    T = []
184    for i,M in enumerate(cells):
185        T.append((M[0],i))
186    D = dict(zip(T,cells))
187    T.sort()
188    T.reverse()
189    X = []
190    for key in T:
191        X.append(D[key])
192    return X
193               
194def IndexPeaks(peaks,HKL):
195    import bisect
196    N = len(HKL)
197    if N == 0: return False
198    hklds = list(np.array(HKL).T[3])+[1000.0,0.0,]
199    hklds.sort()                                        # ascending sort - upper bound at end
200    hklmax = [0,0,0]
201    for ipk,peak in enumerate(peaks):
202        if peak[2]:
203            i = bisect.bisect_right(hklds,peak[7])          # find peak position in hkl list
204            dm = peak[7]-hklds[i-1]                         # peak to neighbor hkls in list
205            dp = hklds[i]-peak[7]
206            pos = N-i                                       # reverse the order
207            if dp > dm: pos += 1                            # closer to upper than lower
208            hkl = HKL[pos]                                 # put in hkl
209            if hkl[4] >= 0:                                 # peak already assigned - test if this one better
210                opeak = peaks[hkl[4]]
211                dold = abs(opeak[7]-hkl[3])
212                dnew = min(dm,dp)
213                if dold > dnew:                             # new better - zero out old
214                    opeak[4:7] = [0,0,0]
215                    opeak[8] = 0.
216                else:                                       # old better - do nothing
217                    continue               
218            hkl[4] = ipk
219            peak[4:7] = hkl[:3]
220            peak[8] = hkl[3]                                # fill in d-calc
221    for peak in peaks:
222        peak[3] = False
223        if peak[2]:
224            if peak[8] > 0.:
225                for j in range(3):
226                    if abs(peak[j+4]) > hklmax[j]: hklmax[j] = abs(peak[j+4])
227                peak[3] = True
228    if hklmax[0]*hklmax[1]*hklmax[2] > 0:
229        return True
230    else:
231        return False
232       
233def Values2A(ibrav,values):
234    if ibrav in [0,1,2]:
235        return [values[0],values[0],values[0],0,0,0]
236    elif ibrav in [3,4]:
237        return [values[0],values[0],values[1],values[0],0,0]
238    elif ibrav in [5,6]:
239        return [values[0],values[0],values[1],0,0,0]
240    elif ibrav in [7,8,9,10]:
241        return [values[0],values[1],values[2],0,0,0]
242    elif ibrav in [11,12]:
243        return [values[0],values[1],values[2],0,values[3],0]
244    else:
245        return list(values)
246       
247def A2values(ibrav,A):
248    if ibrav in [0,1,2]:
249        return [A[0],]
250    elif ibrav in [3,4,5,6]:
251        return [A[0],A[2]]
252    elif ibrav in [7,8,9,10]:
253        return [A[0],A[1],A[2]]
254    elif ibrav in [11,12]:
255        return [A[0],A[1],A[2],A[4]]
256    else:
257        return A
258
259def FitHKL(ibrav,peaks,A,Pwr):
260               
261    def errFit(values,ibrav,d,H,Pwr):
262        A = Values2A(ibrav,values)
263        Qo = 1./d**2
264        Qc = G2lat.calc_rDsq(H,A)
265        return (Qo-Qc)*d**Pwr
266   
267    Peaks = np.array(peaks).T
268   
269    values = A2values(ibrav,A)
270    result = so.leastsq(errFit,values,args=(ibrav,Peaks[7],Peaks[4:7],Pwr),
271        full_output=True,factor=0.1)
272    A = Values2A(ibrav,result[0])
273    return True,np.sum(errFit(result[0],ibrav,Peaks[7],Peaks[4:7],Pwr)**2),A,result
274           
275def FitHKLZ(wave,ibrav,peaks,A,Z,Pwr):
276   
277    def errFit(values,ibrav,d,H,tth,wave,Pwr):
278        A = Values2A(ibrav,values[:-1])
279        Z = values[-1]
280        Qo = 1./d**2
281        Qc = G2lat.calc_rDsqZ(H,A,Z,tth,wave)
282        return (Qo-Qc)*d**Pwr
283   
284    Peaks = np.array(peaks).T
285   
286    values = A2values(ibrav,A)
287    values.append(Z)
288    result = so.leastsq(errFit,values,args=(ibrav,Peaks[7],Peaks[4:7],Peaks[0],wave,Pwr),
289        full_output=True)
290    A = Values2A(ibrav,result[0][:-1])
291    Z = result[0][-1]
292   
293    return True,np.sum(errFit(result[0],ibrav,Peaks[7],Peaks[4:7],Peaks[0],wave,Pwr)**2),A,Z,result
294               
295def rotOrthoA(A):
296    return [A[1],A[2],A[0],0,0,0]
297   
298def swapMonoA(A):
299    return [A[2],A[1],A[0],0,A[4],0]
300   
301def oddPeak(indx,peaks):
302    noOdd = True
303    for peak in peaks:
304        H = peak[4:7]
305        if H[indx] % 2:
306            noOdd = False
307    return noOdd
308   
309def halfCell(ibrav,A,peaks):
310    if ibrav in [0,1,2]:
311        if oddPeak(0,peaks):
312            A[0] *= 2
313            A[1] = A[2] = A[0]
314    elif ibrav in [3,4,5,6]:
315        if oddPeak(0,peaks):
316            A[0] *= 2
317            A[1] = A[0]
318        if oddPeak(2,peaks):
319            A[2] *=2
320    else:
321        if oddPeak(0,peaks):
322            A[0] *=2
323        if oddPeak(1,peaks):
324            A[1] *=2
325        if oddPeak(2,peaks):
326            A[2] *=2
327    return A
328   
329def getDmin(peaks):
330    return peaks[-1][7]
331   
332def getDmax(peaks):
333    return peaks[0][7]
334   
335def refinePeaksZ(peaks,wave,ibrav,A,Zero):
336    dmin = getDmin(peaks)
337    OK,smin,Aref,Z,result = FitHKLZ(wave,ibrav,peaks,A,Zero,2)
338    Peaks = np.array(peaks).T
339    H = Peaks[4:7]
340    Peaks[8] = 1./np.sqrt(G2lat.calc_rDsqZ(H,Aref,Z,Peaks[0],wave))
341    peaks = Peaks.T
342   
343    HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,Aref)
344    M20,X20 = calc_M20(peaks,HKL)
345    return len(HKL),M20,X20,Aref,Z
346   
347def refinePeaks(peaks,ibrav,A):
348    dmin = getDmin(peaks)
349    smin = 1.0e10
350    pwr = 4
351    maxTries = 10
352    OK = False
353    tries = 0
354    HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,A)
355    while len(HKL) > 2 and IndexPeaks(peaks,HKL):
356        Pwr = pwr - (tries % 2)
357        HKL = []
358        tries += 1
359        osmin = smin
360        oldA = A[:]
361        Vold = G2lat.calc_V(oldA)
362        OK,smin,A,result = FitHKL(ibrav,peaks,A,Pwr)
363        Vnew = G2lat.calc_V(A)
364        if Vnew > 2.0*Vold or Vnew < 2.:
365            A = ranAbyR(ibrav,oldA,tries+1,maxTries,ran2axis)
366            OK = False
367            continue
368        try:
369            HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,A)
370        except FloatingPointError:
371            A = oldA
372            OK = False
373            break
374        if len(HKL) == 0: break                         #absurd cell obtained!
375        rat = (osmin-smin)/smin
376        if abs(rat) < 1.0e-5 or not OK: break
377        if tries > maxTries: break
378    if OK:
379        OK,smin,A,result = FitHKL(ibrav,peaks,A,2)
380        Peaks = np.array(peaks).T
381        H = Peaks[4:7]
382        Peaks[8] = 1./np.sqrt(G2lat.calc_rDsq(H,A))
383        peaks = Peaks.T
384       
385    M20,X20 = calc_M20(peaks,HKL)
386    return len(HKL),M20,X20,A
387       
388def findBestCell(dlg,ncMax,A,Ntries,ibrav,peaks,V1):
389# dlg & ncMax are used for wx progress bar
390# A != 0 find the best A near input A,
391# A = 0 for random cell, volume normalized to V1;
392# returns number of generated hkls, M20, X20 & A for best found
393    mHKL = [3,3,3, 5,5, 5,5, 7,7,7,7, 9,9, 10]
394    dmin = getDmin(peaks)-0.05
395    amin = 2.5
396    amax = 5.*getDmax(peaks)
397    Asave = []
398    GoOn = True
399    if A:
400        HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,A[:])
401        if len(HKL) > mHKL[ibrav]:
402            IndexPeaks(peaks,HKL)
403            Asave.append([calc_M20(peaks,HKL),A[:]])
404    tries = 0
405    while tries < Ntries:
406        if A:
407            Abeg = ranAbyR(ibrav,A,tries+1,Ntries,ran2axis)
408            if ibrav in [11,12,13]:         #monoclinic & triclinic
409                Abeg = ranAbyR(ibrav,A,tries/10+1,Ntries,ran2axis)
410        else:
411            Abeg = ranAbyV(ibrav,amin,amax,V1)
412        HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,Abeg)
413       
414        if IndexPeaks(peaks,HKL) and len(HKL) > mHKL[ibrav]:
415            Lhkl,M20,X20,Aref = refinePeaks(peaks,ibrav,Abeg)
416            Asave.append([calc_M20(peaks,HKL),Aref[:]])
417            if ibrav == 9:                          #C-centered orthorhombic
418                for i in range(2):
419                    Abeg = rotOrthoA(Abeg[:])
420                    Lhkl,M20,X20,Aref = refinePeaks(peaks,ibrav,Abeg)
421                    HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,Aref)
422                    IndexPeaks(peaks,HKL)
423                    Asave.append([calc_M20(peaks,HKL),Aref[:]])
424            elif ibrav == 11:                      #C-centered monoclinic
425                Abeg = swapMonoA(Abeg[:])
426                Lhkl,M20,X20,Aref = refinePeaks(peaks,ibrav,Abeg)
427                HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,Aref)
428                IndexPeaks(peaks,HKL)
429                Asave.append([calc_M20(peaks,HKL),Aref[:]])
430        else:
431            break
432        Nc = len(HKL)
433        if Nc >= ncMax:
434            GoOn = False
435        elif dlg:
436            GoOn = dlg.Update(Nc)[0]
437            if not GoOn:
438                break
439        tries += 1   
440    X = sortM20(Asave)
441    if X:
442        Lhkl,M20,X20,A = refinePeaks(peaks,ibrav,X[0][1])
443        return GoOn,Lhkl,M20,X20,A
444       
445    else:
446        return GoOn,0,0,0,0
447       
448def monoCellReduce(ibrav,A):
449    a,b,c,alp,bet,gam = G2lat.A2cell(A)
450    G,g = G2lat.A2Gmat(A)
451    if ibrav in [11]:
452        u = [0,0,-1]
453        v = [1,0,2]
454        anew = math.sqrt(np.dot(np.dot(v,g),v))
455        if anew < a:
456            cang = np.dot(np.dot(u,g),v)/(anew*c)
457            beta = acosd(-abs(cang))
458            A = G2lat.cell2A([anew,b,c,90,beta,90])
459    else:
460        u = [-1,0,0]
461        v = [1,0,1]
462        cnew = math.sqrt(np.dot(np.dot(v,g),v))
463        if cnew < c:
464            cang = np.dot(np.dot(u,g),v)/(a*cnew)
465            beta = acosd(-abs(cang))
466            A = G2lat.cell2A([a,b,cnew,90,beta,90])
467    return A
468
469def DoIndexPeaks(peaks,inst,controls,bravais):
470   
471    delt = 0.005                                     #lowest d-spacing cushion - can be fixed?
472    amin = 2.5
473    amax = 5.0*getDmax(peaks)
474    dmin = getDmin(peaks)-delt
475    bravaisNames = ['Cubic-F','Cubic-I','Cubic-P','Trigonal-R','Trigonal/Hexagonal-P',
476        'Tetragonal-I','Tetragonal-P','Orthorhombic-F','Orthorhombic-I','Orthorhombic-C',
477        'Orthorhombic-P','Monoclinic-C','Monoclinic-P','Triclinic']
478    tries = ['1st','2nd','3rd','4th','5th','6th','7th','8th','9th','10th']
479    N1s = [1,1,1,   5,5,  5,5, 50,50,50,50,  50,50, 200]
480    N2s = [1,1,1,   2,2,  2,2,     2,2,2,2,   2,2,   4]
481    Nm  = [1,1,1,   1,1,  1,1,     1,1,1,1,   2,2,   4]
482    Nobs = len(peaks)
483    wave = inst[1]
484    if len(inst) > 10:
485        zero = inst[3]
486    else:
487        zero = inst[2]
488    print "%s %8.5f %6.3f" % ('wavelength, zero =',wave,zero)
489    print "%s %8.3f %8.3f" % ('lattice parameter range = ',amin,amax)
490    ifzero,maxzero,ncno = controls[:3]
491    ncMax = Nobs*ncno
492    print "%s %d %s %d %s %d" % ('change zero =',ifzero,'Nc/No max =',ncno,' Max Nc =',ncno*Nobs)
493    cells = []
494    for ibrav in range(14):
495        begin = time.time()
496        if bravais[ibrav]:
497            print 'cell search for ',bravaisNames[ibrav]
498            print '      M20  X20  Nc       a          b          c        alpha       beta      gamma     volume      V-test'
499            V1 = controls[3]
500            bestM20 = 0
501            topM20 = 0
502            cycle = 0
503            while cycle < 5:
504                dlg = wx.ProgressDialog("Generated reflections",tries[cycle]+" cell search for "+bravaisNames[ibrav],ncMax, 
505                    style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_REMAINING_TIME|wx.PD_CAN_ABORT)
506                screenSize = wx.ClientDisplayRect()
507                Size = dlg.GetSize()
508                dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
509                try:
510                    GoOn = True
511                    while GoOn:                                                 #Loop over increment of volume
512                        N2 = 0
513                        while N2 < N2s[ibrav]:                                  #Table 2 step (iii)               
514                            if ibrav > 2:
515                                if not N2:
516                                    A = []
517                                    GoOn,Nc,M20,X20,A = findBestCell(dlg,ncMax,A,Nm[ibrav]*N1s[ibrav],ibrav,peaks,V1)
518                                if A:
519                                    GoOn,Nc,M20,X20,A = findBestCell(dlg,ncMax,A[:],N1s[ibrav],ibrav,peaks,0)
520                            else:
521                                GoOn,Nc,M20,X20,A = findBestCell(dlg,ncMax,0,Nm[ibrav]*N1s[ibrav],ibrav,peaks,V1)
522                            if Nc >= ncMax:
523                                GoOn = False
524                                break
525                            elif 3*Nc < Nobs:
526                                N2 = 10
527                                break
528                            else:
529                                if not GoOn:
530                                    break
531                                if M20 > 1.0:
532                                    bestM20 = max(bestM20,M20)
533                                    A = halfCell(ibrav,A[:],peaks)
534                                    if ibrav in [12]:
535                                        A = monoCellReduce(ibrav,A[:])
536                                    HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,A)
537                                    IndexPeaks(peaks,HKL)
538                                    a,b,c,alp,bet,gam = G2lat.A2cell(A)
539                                    V = G2lat.calc_V(A)
540                                    print "%10.3f %3d %3d %10.5f %10.5f %10.5f %10.3f %10.3f %10.3f %10.2f %10.2f" % (M20,X20,Nc,a,b,c,alp,bet,gam,V,V1)
541                                    if M20 >= 2.0:
542                                        cells.append([M20,X20,ibrav,a,b,c,alp,bet,gam,V,False])
543                            if not GoOn:
544                                break
545                            N2 += 1
546                        if ibrav < 11:
547                            V1 *= 1.1
548                        elif ibrav in range(11,14):
549                            V1 *= 1.05
550                        if not GoOn:
551                            if bestM20 > topM20:
552                                topM20 = bestM20
553                                if cells:
554                                    V1 = cells[0][9]
555                                else:
556                                    V1 = 25
557                                ncMax += Nobs
558                                cycle += 1
559                                print 'Restart search, new Max Nc = ',ncMax
560                            else:
561                                cycle = 10
562                finally:
563                    dlg.Destroy()
564            print '%s%s%s%s'%('finished cell search for ',bravaisNames[ibrav], \
565                ', elapsed time = ',G2lat.sec2HMS(time.time()-begin))
566           
567    if cells:
568        cells = sortM20(cells)
569        cells[0][-1] = True
570        return True,dmin,cells
571    else:
572        return False,0,0
573       
574       
575NeedTestData = True
576def TestData():
577    array = np.array
578    global NeedTestData
579    NeedTestData = False
580    global TestData
581    TestData = [12, [7.,8.70,10.86,90.,102.95,90.], [7.76006,8.706215,10.865679,90.,102.947,90.],3,
582        [[2.176562137832974, 761.60902227696033, True, True, 0, 0, 1, 10.591300714328161, 10.589436], 
583        [3.0477561489789498, 4087.2956049071572, True, True, 1, 0, 0, 7.564238997554908, 7.562777], 
584        [3.3254921120068524, 1707.0253890991009, True, True, 1, 0, -1, 6.932650301411212, 6.932718], 
585        [3.428121546163426, 2777.5082170150563, True, True, 0, 1, 1, 6.725163158013632, 6.725106], 
586        [4.0379791325512118, 1598.4321673135987, True, True, 1, 1, 0, 5.709789097440156, 5.70946], 
587        [4.2511182350743937, 473.10955149057577, True, True, 1, 1, -1, 5.423637972781876, 5.42333], 
588        [4.354684330373451, 569.88528280256071, True, True, 0, 0, 2, 5.2947091882172534, 5.294718],
589        [4.723324574319177, 342.73882372499997, True, True, 1, 0, -2, 4.881681587039431, 4.881592], 
590        [4.9014773581253994, 5886.3516356615492, True, True, 1, 1, 1, 4.704350709093183, 4.70413], 
591        [5.0970774474587275, 3459.7541692903033, True, True, 0, 1, 2, 4.523933797797693, 4.523829], 
592        [5.2971997607389518, 1290.0229964239879, True, True, 0, 2, 0, 4.353139557169142, 4.353108], 
593        [5.4161306205553847, 1472.5726977257755, True, True, 1, 1, -2, 4.257619398422479, 4.257944], 
594        [5.7277364698554161, 1577.8791668322888, True, True, 0, 2, 1, 4.026169751907777, 4.026193], 
595        [5.8500213058834163, 420.74210142657131, True, True, 1, 0, 2, 3.9420803081518443, 3.942219],
596        [6.0986764166731708, 163.02160537058708, True, True, 2, 0, 0, 3.7814965150452537, 3.781389], 
597        [6.1126665157702753, 943.25461245706833, True, True, 1, 2, 0, 3.772849962062199, 3.772764], 
598        [6.2559260555056957, 250.55355015505376, True, True, 1, 2, -1, 3.6865353266375283, 3.686602], 
599        [6.4226243128279892, 5388.5560141098349, True, True, 1, 1, 2, 3.5909481979190283, 3.591214], 
600        [6.5346132446561134, 1951.6070344509026, True, True, 0, 0, 3, 3.5294722429440584, 3.529812], 
601        [6.5586952135236443, 259.65938178131034, True, True, 2, 1, -1, 3.516526936765838, 3.516784], 
602        [6.6509216222783722, 93.265376597376573, True, True, 2, 1, 0, 3.4678179073694952, 3.468369], 
603        [6.7152737044107722, 289.39386813803162, True, True, 1, 2, 1, 3.4346235125812807, 3.434648], 
604        [6.8594130457361899, 603.54959764648322, True, True, 0, 2, 2, 3.362534044860622, 3.362553], 
605        [7.0511627728884454, 126.43246447656593, True, True, 0, 1, 3, 3.2712038721790675, 3.271181], 
606        [7.077700845503319, 125.49742760019636, True, True, 1, 1, -3, 3.2589538988480626, 3.259037], 
607        [7.099393757363675, 416.55444885434633, True, True, 1, 2, -2, 3.2490085228959193, 3.248951], 
608        [7.1623933278642742, 369.27397110921817, True, True, 2, 1, -2, 3.2204673608202383, 3.220487], 
609        [7.4121734953058924, 482.84120827021826, True, True, 2, 1, 1, 3.1120858221599876, 3.112308]]
610        ]
611    global TestData2
612    TestData2 = [12, [0.15336547830008007, 0.017345499139401827, 0.008122368657493792, 0, 0.02893538955687591, 0], 3,
613        [[2.176562137832974, 761.6090222769603, True, True, 0, 0, 1, 10.591300714328161, 11.095801], 
614        [3.0477561489789498, 4087.295604907157, True, True, 0, 1, 0, 7.564238997554908, 7.592881], 
615        [3.3254921120068524, 1707.025389099101, True, False, 0, 0, 0, 6.932650301411212, 0.0], 
616        [3.428121546163426, 2777.5082170150563, True, True, 0, 1, 1, 6.725163158013632, 6.266192], 
617        [4.037979132551212, 1598.4321673135987, True, False, 0, 0, 0, 5.709789097440156, 0.0], 
618        [4.251118235074394, 473.10955149057577, True, True, 0, 0, 2, 5.423637972781876, 5.5479], 
619        [4.354684330373451, 569.8852828025607, True, True, 0, 0, 2, 5.2947091882172534, 5.199754], 
620        [4.723324574319177, 342.738823725, True, False, 0, 0, 0, 4.881681587039431, 0.0], 
621        [4.901477358125399, 5886.351635661549, True, False, 0, 0, 0, 4.704350709093183, 0.0], 
622        [5.0970774474587275, 3459.7541692903033, True, True, 0, 1, 2, 4.523933797797693, 4.479534], 
623        [5.297199760738952, 1290.022996423988, True, True, 0, 1, 0, 4.353139557169142, 4.345087],
624        [5.416130620555385, 1472.5726977257755, True, False, 0, 0, 0, 4.257619398422479, 0.0], 
625        [5.727736469855416, 1577.8791668322888, True, False, 0, 0, 0, 4.026169751907777, 0.0], 
626        [5.850021305883416, 420.7421014265713, True, False, 0, 0, 0, 3.9420803081518443, 0.0], 
627        [6.098676416673171, 163.02160537058708, True, True, 0, 2, 0, 3.7814965150452537, 3.796441], 
628        [6.112666515770275, 943.2546124570683, True, False, 0, 0, 0, 3.772849962062199, 0.0], 
629        [6.255926055505696, 250.55355015505376, True, True, 0, 0, 3, 3.6865353266375283, 3.6986], 
630        [6.422624312827989, 5388.556014109835, True, True, 0, 2, 1, 3.5909481979190283, 3.592005], 
631        [6.534613244656113, 191.6070344509026, True, True, 1, 0, -1, 3.5294722429440584, 3.546166], 
632        [6.558695213523644, 259.65938178131034, True, True, 0, 0, 3, 3.516526936765838, 3.495428], 
633        [6.650921622278372, 93.26537659737657, True, True, 0, 0, 3, 3.4678179073694952, 3.466503], 
634        [6.715273704410772, 289.3938681380316, True, False, 0, 0, 0, 3.4346235125812807, 0.0], 
635        [6.85941304573619, 603.5495976464832, True, True, 0, 1, 3, 3.362534044860622, 3.32509], 
636        [7.051162772888445, 126.43246447656593, True, True, 0, 1, 2, 3.2712038721790675, 3.352121], 
637        [7.077700845503319, 125.49742760019636, True, False, 0, 0, 0, 3.2589538988480626, 0.0], 
638        [7.099393757363675, 416.55444885434633, True, False, 0, 0, 0, 3.2490085228959193, 0.0], 
639        [7.162393327864274, 369.27397110921817, True, False, 0, 0, 0, 3.2204673608202383, 0.0], 
640        [7.412173495305892, 482.84120827021826, True, True, 0, 2, 2, 3.112085822159976, 3.133096]]
641        ]
642#
643def test0():
644    if NeedTestData: TestData()
645    msg = 'test FitHKL'
646    ibrav,cell,bestcell,Pwr,peaks = TestData
647    print 'best cell:',bestcell
648    print 'old cell:',cell
649    Peaks = np.array(peaks)
650    HKL = Peaks[4:7]
651    print calc_M20(peaks,HKL)
652    A = G2lat.cell2A(cell)
653    OK,smin,A,result = FitHKL(ibrav,peaks,A,Pwr)
654    print 'new cell:',G2lat.A2cell(A)   
655    print 'x:',result[0]
656    print 'cov_x:',result[1]
657    print 'infodict:'
658    for item in result[2]:
659        print item,result[2][item]
660    print 'msg:',result[3]
661    print 'ier:',result[4]
662    result = refinePeaks(peaks,ibrav,A)
663    N,M20,X20,A = result
664    print 'refinePeaks:',N,M20,X20,G2lat.A2cell(A)
665    print 'compare bestcell:',bestcell
666#
667def test1():
668    if NeedTestData: TestData()
669    msg = 'test FitHKL'
670    ibrav,A,Pwr,peaks = TestData2
671    print 'bad cell:',G2lat.A2cell(A)
672    print 'FitHKL'
673    OK,smin,A,result = FitHKL(ibrav,peaks,A,Pwr)
674    result = refinePeaks(peaks,ibrav,A)
675    N,M20,X20,A = result
676    print 'refinePeaks:',N,M20,X20,A
677#    Peaks = np.array(peaks)
678#    HKL = Peaks[4:7]
679#    print calc_M20(peaks,HKL)
680#    OK,smin,A,result = FitHKL(ibrav,peaks,A,Pwr)
681#    print 'new cell:',G2lat.A2cell(A)   
682#    print 'x:',result[0]
683#    print 'cov_x:',result[1]
684#    print 'infodict:'
685#    for item in result[2]:
686#        print item,result[2][item]
687#    print 'msg:',result[3]
688#    print 'ier:',result[4]
689   
690#
691if __name__ == '__main__':
692    test0()
693    test1()
694#    test2()
695#    test3()
696#    test4()
697#    test5()
698#    test6()
699#    test7()
700#    test8()
701    print "OK"
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.