source: trunk/GSASIIimage.py @ 263

Last change on this file since 263 was 263, checked in by vondreele, 11 years ago

more tweaking of ellipse fitting

  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 21.2 KB
Line 
1#GSASII image calculations: ellipse fitting & image integration       
2########### SVN repository information ###################
3# $Date: 2011-03-13 19:02:45 +0000 (Sun, 13 Mar 2011) $
4# $Author: vondreele $
5# $Revision: 263 $
6# $URL: trunk/GSASIIimage.py $
7# $Id: GSASIIimage.py 263 2011-03-13 19:02:45Z vondreele $
8########### SVN repository information ###################
9import math
10import wx
11import time
12import numpy as np
13import numpy.linalg as nl
14import GSASIIpath
15import GSASIIplot as G2plt
16import GSASIIlattice as G2lat
17import fellipse as fel
18
19# trig functions in degrees
20sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
21asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
22tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
23atand = lambda x: 180.*math.atan(x)/math.pi
24atan2d = lambda y,x: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
25cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
26acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
27rdsq2d = lambda x,p: round(1.0/math.sqrt(x),p)
28#numpy versions
29npsind = lambda x: np.sin(x*np.pi/180.)
30npasind = lambda x: 180.*np.arcsin(x)/np.pi
31npcosd = lambda x: np.cos(x*np.pi/180.)
32nptand = lambda x: np.tan(x*np.pi/180.)
33npatand = lambda x: 180.*np.arctan(x)/np.pi
34npatan2d = lambda y,x: 180.*np.arctan2(y,x)/np.pi
35   
36def pointInPolygon(pXY,xy):
37    #pXY - assumed closed 1st & last points are duplicates
38    Inside = False
39    N = len(pXY)
40    p1x,p1y = pXY[0]
41    for i in range(N+1):
42        p2x,p2y = pXY[i%N]
43        if (max(p1y,p2y) >= xy[1] > min(p1y,p2y)) and (xy[0] <= max(p1x,p2x)):
44            if p1y != p2y:
45                xinters = (xy[1]-p1y)*(p2x-p1x)/(p2y-p1y)+p1x
46            if p1x == p2x or xy[0] <= xinters:
47                Inside = not Inside
48        p1x,p1y = p2x,p2y
49    return Inside
50       
51def makeMat(Angle,Axis):
52    #Make rotation matrix from Angle in degrees,Axis =0 for rotation about x, =1 for about y, etc.
53    cs = cosd(Angle)
54    ss = sind(Angle)
55    M = np.array(([1.,0.,0.],[0.,cs,-ss],[0.,ss,cs]),dtype=np.float32)
56    return np.roll(np.roll(M,Axis,axis=0),Axis,axis=1)
57                   
58def FitRing(ring,delta):
59    parms = []
60    if delta:
61        err,parms = FitEllipse(ring)
62        errc,parmsc = FitCircle(ring)
63        errc = errc[0]/(len(ring)*parmsc[2][0]**2)
64        if not parms or errc < .1:
65            parms = parmsc
66    else:
67        err,parms = FitCircle(ring)
68    return parms
69       
70def FitCircle(ring):
71   
72    def makeParmsCircle(B):
73        cent = [-B[0]/2,-B[1]/2]
74        phi = 0.
75        sr1 = sr2 = math.sqrt(cent[0]**2+cent[1]**2-B[2])
76        return cent,phi,[sr1,sr2]
77       
78    ring = np.array(ring)
79    x = np.asarray(ring.T[0])
80    y = np.asarray(ring.T[1])
81   
82    M = np.array((x,y,np.ones_like(x)))
83    B = np.array(-(x**2+y**2))
84    result = nl.lstsq(M.T,B)
85    return result[1],makeParmsCircle(result[0])
86       
87def FitEllipse(ring):
88           
89    def makeParmsEllipse(B):
90        det = 4.*(1.-B[0]**2)-B[1]**2
91        if det < 0.:
92            print 'hyperbola!'
93            return 0
94        elif det == 0.:
95            print 'parabola!'
96            return 0
97        cent = [(B[1]*B[3]-2.*(1.-B[0])*B[2])/det, \
98            (B[1]*B[2]-2.*(1.+B[0])*B[3])/det]
99        phi = 0.5*atand(0.5*B[1]/B[0])
100       
101        a = (1.+B[0])/cosd(2*phi)
102        b = 2.-a
103        f = (1.+B[0])*cent[0]**2+(1.-B[0])*cent[1]**2+B[1]*cent[0]*cent[1]-B[4]
104        if f/a < 0 or f/b < 0:
105            return 0
106        sr1 = math.sqrt(f/a)
107        sr2 = math.sqrt(f/b)
108        if sr1 > sr2:
109            sr1,sr2 = sr2,sr1
110            phi -= 90.
111            if phi < -90.:
112                phi += 180.
113        return cent,phi,[sr1,sr2]
114               
115    ring = np.array(ring)
116    x = np.asarray(ring.T[0])
117    y = np.asarray(ring.T[1])
118    M = np.array((x**2-y**2,x*y,x,y,np.ones_like(x)))
119    B = np.array(-(x**2+y**2))
120    bb,err = fel.fellipse(len(x),x,y,1.E-7)
121    return err,makeParmsEllipse(bb)
122   
123def FitDetector(rings,p0,wave):
124    from scipy.optimize import leastsq
125       
126    def ellipseCalcD(B,xyd,wave):
127        x = xyd[0]
128        y = xyd[1]
129        dsp = xyd[2]
130        dist,x0,y0,phi,tilt = B
131        tth = 2.0*npasind(wave/(2.*dsp))
132        ttth = nptand(tth)
133        radius = dist*ttth
134        stth = npsind(tth)
135        cosb = npcosd(tilt)
136        R1 = dist*stth*npcosd(tth)*cosb/(cosb**2-stth**2)
137        R0 = np.sqrt(R1*radius*cosb)
138        zdis = R1*ttth*nptand(tilt)
139        X = x-x0+zdis*npsind(phi)
140        Y = y-y0-zdis*npcosd(phi)
141        XR = X*npcosd(phi)-Y*npsind(phi)
142        YR = X*npsind(phi)+Y*npcosd(phi)
143        return (XR/R0)**2+(YR/R1)**2-1
144    def ellipseCalcW(C,xyd):
145        dist,x0,y0,phi,tilt,wave = C
146        B = dist,x0,y0,phi,tilt
147        return ellipseCalcD(B,xyd,wave)
148    result = leastsq(ellipseCalcD,p0,args=(rings.T,wave))
149    if len(rings) > 1:
150        p0 = result[0]
151        p0 = np.append(p0,wave)
152        resultW = leastsq(ellipseCalcW,p0,args=(rings.T,))
153        return result[0],resultW[0][-1]
154    else:
155        return result[0],wave
156           
157def ImageLocalMax(image,w,Xpix,Ypix):
158    w2 = w*2
159    sizey,sizex = image.shape
160    xpix = int(Xpix)            #get reference corner of pixel chosen
161    ypix = int(Ypix)
162    if (w < xpix < sizex-w) and (w < ypix < sizey-w) and image[ypix,xpix]:
163        Z = image[ypix-w:ypix+w,xpix-w:xpix+w]
164        Zmax = np.argmax(Z)
165        Zmin = np.argmin(Z)
166        xpix += Zmax%w2-w
167        ypix += Zmax/w2-w
168        return xpix,ypix,np.ravel(Z)[Zmax],np.ravel(Z)[Zmin]
169    else:
170        return 0,0,0,0
171   
172def makeRing(dsp,ellipse,pix,reject,scalex,scaley,image):
173    cent,phi,radii = ellipse
174    cphi = cosd(phi)
175    sphi = sind(phi)
176    ring = []
177    amin = 180
178    amax = -180
179    for a in range(-180,180,1):
180        x = radii[0]*cosd(a)
181        y = radii[1]*sind(a)
182        X = (cphi*x-sphi*y+cent[0])*scalex      #convert mm to pixels
183        Y = (sphi*x+cphi*y+cent[1])*scaley
184        X,Y,I,J = ImageLocalMax(image,pix,X,Y)
185        if I and J and I/J > reject:
186            X += .5                             #set to center of pixel
187            Y += .5
188            X /= scalex                         #convert to mm
189            Y /= scaley
190            amin = min(amin,a)
191            amax = max(amax,a)
192            ring.append([X,Y,dsp])
193    delt = amax-amin
194    if len(ring) < 20:             #want more than 20 deg
195        return [],delt > 90
196    return ring,delt > 90
197   
198def makeIdealRing(ellipse,azm=None):
199    cent,phi,radii = ellipse
200    cphi = cosd(phi)
201    sphi = sind(phi)
202    ring = []
203    if azm:
204        aR = azm[0],azm[1],1
205        if azm[1]-azm[0] > 180:
206            aR[2] = 2
207    else:
208        aR = 0,362,2
209    for a in range(aR[0],aR[1],aR[2]):
210        x = radii[0]*cosd(a-phi)
211        y = radii[1]*sind(a-phi)
212        X = (cphi*x-sphi*y+cent[0])
213        Y = (sphi*x+cphi*y+cent[1])
214        ring.append([X,Y])
215    return ring
216   
217def calcDist(radii,tth):
218    stth = sind(tth)
219    ctth = cosd(tth)
220    ttth = tand(tth)
221    return math.sqrt(radii[0]**4/(ttth**2*((radii[0]*ctth)**2+(radii[1]*stth)**2)))
222   
223def calcZdisCosB(radius,tth,radii):
224    cosB = sinb = radii[0]**2/(radius*radii[1])
225    if cosB > 1.:
226        return 0.,1.
227    else:
228        cosb = math.sqrt(1.-sinb**2)
229        ttth = tand(tth)
230        zdis = radii[1]*ttth*cosb/sinb
231        return zdis,cosB
232   
233def GetEllipse(dsp,data):
234    dist = data['distance']
235    cent = data['center']
236    tilt = data['tilt']
237    phi = data['rotation']
238    radii = [0,0]
239    tth = 2.0*asind(data['wavelength']/(2.*dsp))
240    ttth = tand(tth)
241    stth = sind(tth)
242    ctth = cosd(tth)
243    cosb = cosd(tilt)
244    radius = dist*ttth
245    radii[1] = dist*stth*ctth*cosb/(cosb**2-stth**2)
246    if radii[1] > 0:
247        radii[0] = math.sqrt(radii[1]*radius*cosb)
248        zdis = radii[1]*ttth*tand(tilt)
249        elcent = [cent[0]-zdis*sind(phi),cent[1]+zdis*cosd(phi)]
250        return elcent,phi,radii
251    else:
252        return False
253       
254def GetDetectorXY(dsp,azm,data):
255    from scipy.optimize import fsolve
256    def func(xy,*args):
257       azm,phi,R0,R1,A,B = args
258       cp = cosd(phi)
259       sp = sind(phi)
260       x,y = xy
261       out = []
262       out.append(y-x*tand(azm))
263       out.append(R0**2*((x+A)*sp-(y+B)*cp)**2+R1**2*((x+A)*cp+(y+B)*sp)**2-(R0*R1)**2)
264       return out
265    elcent,phi,radii = GetEllipse(dsp,data)
266    cent = data['center']
267    tilt = data['tilt']
268    phi = data['rotation']
269    wave = data['wavelength']
270    dist = data['distance']
271    tth = 2.0*asind(wave/(2.*dsp))
272    ttth = tand(tth)
273    radius = dist*ttth
274    stth = sind(tth)
275    cosb = cosd(tilt)
276    R1 = dist*stth*cosd(tth)*cosb/(cosb**2-stth**2)
277    R0 = math.sqrt(R1*radius*cosb)
278    zdis = R1*ttth*tand(tilt)
279    A = zdis*sind(phi)
280    B = -zdis*cosd(phi)
281    xy0 = [radius*cosd(azm),radius*sind(azm)]
282    xy = fsolve(func,xy0,args=(azm,phi,R0,R1,A,B))+cent
283    return xy
284                   
285def GetTthAzmDsp(x,y,data):
286    wave = data['wavelength']
287    dist = data['distance']
288    cent = data['center']
289    tilt = data['tilt']
290    phi = data['rotation']
291    azmthoff = data['azmthOff']
292    dx = np.array(x-cent[0],dtype=np.float32)
293    dy = np.array(y-cent[1],dtype=np.float32)
294    X = np.array(([dx,dy,np.zeros_like(dx)]),dtype=np.float32).T
295    X = np.dot(X,makeMat(phi,2))
296    Z = np.dot(X,makeMat(tilt,0)).T[2]
297    tth = npatand(np.sqrt(dx**2+dy**2-Z**2)/(dist-Z))
298    dsp = wave/(2.*npsind(tth/2.))
299    azm = npatan2d(dy,dx)+azmthoff
300    return tth,azm,dsp
301   
302def GetTth(x,y,data):
303    return GetTthAzmDsp(x,y,data)[0]
304   
305def GetTthAzm(x,y,data):
306    return GetTthAzmDsp(x,y,data)[0:2]
307   
308def GetDsp(x,y,data):
309    return GetTthAzmDsp(x,y,data)[2]
310       
311def GetAzm(x,y,data):
312    return GetTthAzmDsp(x,y,data)[1]
313       
314def ImageCompress(image,scale):
315    if scale == 1:
316        return image
317    else:
318        return image[::scale,::scale]
319       
320def checkEllipse(Zsum,distSum,xSum,ySum,dist,x,y):
321    avg = np.array([distSum/Zsum,xSum/Zsum,ySum/Zsum])
322    curr = np.array([dist,x,y])
323    return abs(avg-curr)/avg < .02
324
325       
326def ImageCalibrate(self,data):
327    import copy
328    import ImageCalibrants as calFile
329    print 'image calibrate'
330    time0 = time.time()
331    ring = data['ring']
332    pixelSize = data['pixelSize']
333    scalex = 1000./pixelSize[0]
334    scaley = 1000./pixelSize[1]
335    pixLimit = data['pixLimit']
336    cutoff = data['cutoff']
337    if len(ring) < 5:
338        print 'not enough inner ring points for ellipse'
339        return False
340       
341    #fit start points on inner ring
342    data['ellipses'] = []
343    outE = FitRing(ring,True)
344    if outE:
345        print 'start ellipse:',outE
346        ellipse = outE
347    else:
348        return False
349       
350    #setup 360 points on that ring for "good" fit
351    Ring,delt = makeRing(1.0,ellipse,pixLimit,cutoff,scalex,scaley,self.ImageZ)
352    if Ring:
353        ellipse = FitRing(Ring,delt)
354        Ring,delt = makeRing(1.0,ellipse,pixLimit,cutoff,scalex,scaley,self.ImageZ)    #do again
355        ellipse = FitRing(Ring,delt)
356    else:
357        print '1st ring not sufficiently complete to proceed'
358        return False
359    print 'inner ring:',ellipse
360    data['center'] = copy.copy(ellipse[0])           #not right!! (but useful for now)
361    data['ellipses'].append(ellipse[:]+('r',))
362    G2plt.PlotImage(self,newImage=False)
363   
364    #setup for calibration
365    data['rings'] = []
366    data['ellipses'] = []
367    if not data['calibrant']:
368        print 'no calibration material selected'
369        return True
370   
371    skip = data['calibskip']
372    dmin = data['calibdmin']
373    Bravais,cell = calFile.Calibrants[data['calibrant']][:2]
374    A = G2lat.cell2A(cell)
375    wave = data['wavelength']
376    cent = data['center']
377    elcent,phi,radii = ellipse
378    HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,Bravais,A)[skip:]
379    dsp = HKL[0][3]
380    tth = 2.0*asind(wave/(2.*dsp))
381    ttth = tand(tth)
382    data['distance'] = dist = calcDist(radii,tth)
383    radius = dist*tand(tth)
384    zdis,cosB = calcZdisCosB(radius,tth,radii)
385    cent1 = []
386    cent2 = []
387    xSum = 0
388    ySum = 0
389    zxSum = 0
390    zySum = 0
391    phiSum = 0
392    tiltSum = 0
393    distSum = 0
394    Zsum = 0
395    for i,H in enumerate(HKL):
396        dsp = H[3]
397        tth = 2.0*asind(0.5*wave/dsp)
398        stth = sind(tth)
399        ctth = cosd(tth)
400        ttth = tand(tth)
401        radius = dist*ttth
402        elcent,phi,radii = ellipse
403        radii[1] = dist*stth*ctth*cosB/(cosB**2-stth**2)
404        radii[0] = math.sqrt(radii[1]*radius*cosB)
405        zdis,cosB = calcZdisCosB(radius,tth,radii)
406        zsinp = zdis*sind(phi)
407        zcosp = zdis*cosd(phi)
408        cent = data['center']
409        elcent = [cent[0]+zsinp,cent[1]-zcosp]
410        ratio = radii[1]/radii[0]
411        Ring,delt = makeRing(dsp,ellipse,pixLimit,cutoff,scalex,scaley,self.ImageZ)
412        if Ring:
413            numZ = len(Ring)
414            data['rings'].append(np.array(Ring))
415            newellipse = FitRing(Ring,delt)
416            elcent,phi,radii = newellipse               
417            if abs(phi) > 45. and phi < 0.:
418                phi += 180.
419            dist = calcDist(radii,tth)
420            distR = 1.-dist/data['distance']
421            if abs(distR) > 0.1:
422                print dsp,dist,data['distance'],distR,len(Ring),delt
423                break
424            if distR > 0.001:
425                print 'Wavelength too large?'
426            elif distR < -0.001:
427                print 'Wavelength too small?'
428            else:
429                ellipse = newellipse
430#                if abs((radii[1]/radii[0]-ratio)/ratio) > 0.1:
431#                    print 'Bad fit for ring # %i. Try reducing Pixel search range'%(i)
432#                    return False
433            zdis,cosB = calcZdisCosB(radius,tth,radii)
434            Tilt = acosd(cosB)          # 0 <= tilt <= 90
435            zsinp = zdis*sind(ellipse[1])
436            zcosp = zdis*cosd(ellipse[1])
437            cent1.append(np.array([elcent[0]+zsinp,elcent[1]-zcosp]))
438            cent2.append(np.array([elcent[0]-zsinp,elcent[1]+zcosp]))
439            if i:
440                d1 = cent1[-1]-cent1[-2]        #get shift of 2 possible center solutions
441                d2 = cent2[-1]-cent2[-2]
442                if np.dot(d2,d2) > np.dot(d1,d1):  #right solution is the larger shift
443                    data['center'] = cent1[-1]
444                else:
445                    data['center'] = cent2[-1]
446                Zsum += numZ
447                phiSum += numZ*phi
448                distSum += numZ*dist
449                xSum += numZ*data['center'][0]
450                ySum += numZ*data['center'][1]
451                tiltSum += numZ*abs(Tilt)
452                if not np.all(checkEllipse(Zsum,distSum,xSum,ySum,dist,data['center'][0],data['center'][1])):
453                    print 'Bad ellipse. Try reducing Pixel search range' 
454            cent = data['center']
455            print ('for ring # %2i @ d-space %.4f: dist %.3f rotate %6.2f tilt %6.2f Xcent %.3f Ycent %.3f Npts %d' 
456                %(i,dsp,dist,phi,Tilt,cent[0],cent[1],numZ))
457            data['ellipses'].append(copy.deepcopy(ellipse+('r',)))
458        else:
459            break
460    G2plt.PlotImage(self,newImage=True)
461    fullSize = len(self.ImageZ)/scalex
462    if 2*radii[1] < .9*fullSize:
463        print 'Are all usable rings (>25% visible) used? Try reducing Min ring I/Ib'
464    if not Zsum:
465        print 'Only one ring fitted. Check your wavelength.'
466        return False
467    cent = data['center'] = [xSum/Zsum,ySum/Zsum]
468    wave = data['wavelength']
469    dist = data['distance'] = distSum/Zsum
470   
471    #possible error if no. of rings < 3! Might need trap here
472    d1 = cent1[-1]-cent1[1]             #compare last ring to 2nd ring
473    d2 = cent2[-1]-cent2[1]
474    Zsign = 1
475    len1 = math.sqrt(np.dot(d1,d1))
476    len2 = math.sqrt(np.dot(d2,d2))
477    t1 = d1/len1
478    t2 = d2/len2
479    if len2 > len1:
480        if -135. < atan2d(t2[1],t2[0]) < 45.:
481            Zsign = -1
482    else:
483        if -135. < atan2d(t1[1],t1[0]) < 45.:
484            Zsign = -1
485   
486    tilt = data['tilt'] = Zsign*tiltSum/Zsum
487    phi = data['rotation'] = phiSum/Zsum
488    rings = np.concatenate((data['rings']),axis=0)
489    p0 = [dist,cent[0],cent[1],phi,tilt]
490    result,newWave = FitDetector(rings,p0,wave)
491    print 'Suggested new wavelength = ',('%.5f')%(newWave),' (not reliable if distance > 2m)'
492    data['distance'] = result[0]
493    data['center'] = result[1:3]
494    data['rotation'] = np.mod(result[3],360.0)
495    data['tilt'] = result[4]
496    N = len(data['ellipses'])
497    data['ellipses'] = []           #clear away individual ellipse fits
498    for H in HKL[:N]:
499        ellipse = GetEllipse(H[3],data)
500        data['ellipses'].append(copy.deepcopy(ellipse+('b',)))
501    print 'calibration time = ',time.time()-time0
502    G2plt.PlotImage(self,newImage=True)       
503    return True
504   
505def Make2ThetaAzimuthMap(data,masks,iLim,jLim):
506    import numpy.ma as ma
507    import polymask as pm
508    #transforms 2D image from x,y space to 2-theta,azimuth space based on detector orientation
509    pixelSize = data['pixelSize']
510    scalex = pixelSize[0]/1000.
511    scaley = pixelSize[1]/1000.
512   
513    tay,tax = np.mgrid[iLim[0]+0.5:iLim[1]+.5,jLim[0]+.5:jLim[1]+.5]         #bin centers not corners
514    tax = np.asfarray(tax*scalex,dtype=np.float32)
515    tay = np.asfarray(tay*scaley,dtype=np.float32)
516    nI = iLim[1]-iLim[0]
517    nJ = jLim[1]-jLim[0]
518    #make position masks here
519    spots = masks['Points']
520    polygons = masks['Polygons']
521    tam = ma.make_mask_none((iLim[1]-iLim[0],jLim[1]-jLim[0]))
522    for polygon in polygons:
523        if polygon:
524            tamp = ma.make_mask_none((nI*nJ))
525            tam = ma.mask_or(tam.flatten(),ma.make_mask(pm.polymask(nI*nJ,
526                tax.flatten(),tay.flatten(),len(polygon),polygon,tamp)))
527    if tam.shape: tam = np.reshape(tam,(nI,nJ))
528    for X,Y,diam in spots:
529        tam = ma.mask_or(tam,ma.getmask(ma.masked_less((tax-X)**2+(tay-Y)**2,(diam/2.)**2)))
530    return np.array(GetTthAzm(tax,tay,data)),tam           #2-theta & azimuth arrays & position mask
531
532def Fill2ThetaAzimuthMap(masks,TA,tam,image):
533    import numpy.ma as ma
534    Zlim = masks['Thresholds'][1]
535    rings = masks['Rings']
536    arcs = masks['Arcs']
537    TA = np.dstack((ma.getdata(TA[1]),ma.getdata(TA[0])))    #azimuth, 2-theta
538    tax,tay = np.dsplit(TA,2)    #azimuth, 2-theta
539    for tth,thick in rings:
540        tam = ma.mask_or(tam.flatten(),ma.getmask(ma.masked_inside(tay.flatten(),max(0.01,tth-thick/2.),tth+thick/2.)))
541    for tth,azm,thick in arcs:
542        tam = ma.mask_or(tam.flatten(),ma.getmask(ma.masked_inside(tay.flatten(),max(0.01,tth-thick/2.),tth+thick/2.))* \
543            ma.getmask(ma.masked_inside(tax.flatten(),azm[0],azm[1])))
544    taz = ma.masked_outside(image.flatten(),int(Zlim[0]),Zlim[1])
545    tam = ma.mask_or(tam.flatten(),ma.getmask(taz))
546    tax = ma.compressed(ma.array(tax.flatten(),mask=tam))
547    tay = ma.compressed(ma.array(tay.flatten(),mask=tam))
548    taz = ma.compressed(ma.array(taz.flatten(),mask=tam))
549    del(tam)
550    return tax,tay,taz
551   
552def ImageIntegrate(image,data,masks):
553    import histogram2d as h2d
554    print 'Begin image integration'
555    LUtth = data['IOtth']
556    if data['fullIntegrate']:
557        LRazm = [-180,180]
558    else:
559        LRazm = data['LRazimuth']
560    numAzms = data['outAzimuths']
561    numChans = data['outChannels']
562    Dtth = (LUtth[1]-LUtth[0])/numChans
563    Dazm = (LRazm[1]-LRazm[0])/numAzms
564    NST = np.zeros(shape=(numAzms,numChans),order='F',dtype=np.float32)
565    H0 = np.zeros(shape=(numAzms,numChans),order='F',dtype=np.float32)
566    imageN = len(image)
567    Nx,Ny = data['size']
568    nXBlks = (Nx-1)/1024+1
569    nYBlks = (Ny-1)/1024+1
570    Nup = nXBlks*nYBlks*3+3
571    dlg = wx.ProgressDialog("Elapsed time","2D image integration",Nup,
572        style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
573    try:
574        t0 = time.time()
575        Nup = 0
576        dlg.Update(Nup)
577        for iBlk in range(nYBlks):
578            iBeg = iBlk*1024
579            iFin = min(iBeg+1024,Ny)
580            for jBlk in range(nXBlks):
581                jBeg = jBlk*1024
582                jFin = min(jBeg+1024,Nx)               
583                print 'Process map block:',iBlk,jBlk,' limits:',iBeg,iFin,jBeg,jFin
584                TA,tam = Make2ThetaAzimuthMap(data,masks,(iBeg,iFin),(jBeg,jFin))           #2-theta & azimuth arrays & create position mask
585                Nup += 1
586                dlg.Update(Nup)
587                Block = image[iBeg:iFin,jBeg:jFin]
588                tax,tay,taz = Fill2ThetaAzimuthMap(masks,TA,tam,Block)    #and apply masks
589                del TA,tam
590                Nup += 1
591                dlg.Update(Nup)
592                NST,H0 = h2d.histogram2d(len(tax),tax,tay,taz,numAzms,numChans,LRazm,LUtth,Dazm,Dtth,NST,H0)
593                del tax,tay,taz
594                Nup += 1
595                dlg.Update(Nup)
596        NST = np.array(NST)
597        H0 = np.divide(H0,NST)
598        H0 = np.nan_to_num(H0)
599        del NST
600        if Dtth:
601            H2 = [tth for tth in np.linspace(LUtth[0],LUtth[1],numChans+1)]
602        else:
603            H2 = LUtth
604        if Dazm:       
605            H1 = [azm for azm in np.linspace(LRazm[0],LRazm[1],numAzms+1)]
606        else:
607            H1 = LRazm
608        Nup += 1
609        dlg.Update(Nup)
610        t1 = time.time()
611    finally:
612        dlg.Destroy()
613    print 'Integration complete'
614    print "Elapsed time:","%8.3f"%(t1-t0), "s"
615    return H0,H1,H2
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.