source: trunk/GSASIIgrid.py @ 457

Last change on this file since 457 was 457, checked in by vondreele, 10 years ago

begin distance angle calcs
move gpxfile routines from GSASIIstruct.py to GSASIIIO.py
move getVCov & ValEsd? to GSASIImath.py
add some text to help/gsasII.html

  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 74.6 KB
Line 
1#GSASII - data display routines
2########### SVN repository information ###################
3# $Date: 2012-01-25 15:24:20 +0000 (Wed, 25 Jan 2012) $
4# $Author: vondreele $
5# $Revision: 457 $
6# $URL: trunk/GSASIIgrid.py $
7# $Id: GSASIIgrid.py 457 2012-01-25 15:24:20Z vondreele $
8########### SVN repository information ###################
9import wx
10import wx.grid as wg
11import time
12import cPickle
13import sys
14import numpy as np
15import os.path
16import wx.html        # could postpone this for quicker startup
17import webbrowser     # could postpone this for quicker startup
18import GSASIIpath
19import GSASIIplot as G2plt
20import GSASIIpwdGUI as G2pdG
21import GSASIIimgGUI as G2imG
22import GSASIIphsGUI as G2phG
23import GSASIIstruct as G2str
24#import GSASIImapvars as G2mv
25
26# globals we will use later
27__version__ = None # gets overridden in GSASII.py
28path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # save location of this file
29helpLocDict = {}
30htmlPanel = None
31htmlFrame = None
32if sys.platform.lower().startswith('win'): 
33    helpMode = 'internal'    # need a global control to set this
34else:
35    helpMode = 'browser'    # need a global control to set this
36htmlFirstUse = True
37
38[ wxID_ATOMSEDITADD, wxID_ATOMSEDITINSERT, wxID_ATOMSEDITDELETE, wxID_ATOMSREFINE, 
39    wxID_ATOMSMODIFY, wxID_ATOMSTRANSFORM, wxID_ATOMSTESTADD, wxID_ATONTESTINSERT,
40    wxID_RELOADDRAWATOMS,wxID_ATOMSDISAGL,
41] = [wx.NewId() for _init_coll_Atom_Items in range(10)]
42
43[ wxID_PWDRADD, wxID_HKLFADD, wxID_DATADELETE,
44] = [wx.NewId() for _init_coll_Data_Items in range(3)]
45
46[ wxID_DRAWATOMSTYLE, wxID_DRAWATOMLABEL, wxID_DRAWATOMCOLOR, wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, 
47    wxID_DRAWVIEWPOINT, wxID_DRAWTRANSFORM, wxID_DRAWDELETE, wxID_DRAWFILLCELL, 
48    wxID_DRAWADDEQUIV, wxID_DRAWFILLCOORD,
49] = [wx.NewId() for _init_coll_DrawAtom_Items in range(10)]
50
51[ wxID_IMCALIBRATE,wxID_IMRECALIBRATE,wxID_IMINTEGRATE, wxID_IMCLEARCALIB, 
52    wxID_IMCOPYCONTROLS, wxID_INTEGRATEALL, wxID_IMSAVECONTROLS, wxID_IMLOADCONTROLS,
53] = [wx.NewId() for _init_coll_IMAGE_Items in range(8)]
54
55[ wxID_MASKCOPY, wxID_MASKSAVE, wxID_MASKLOAD,
56] = [wx.NewId() for _init_coll_MASK_Items in range(3)]
57
58[ wxID_PAWLEYLOAD, wxID_PAWLEYIMPORT, wxID_PAWLEYDELETE, wxID_PAWLEYESTIMATE,
59] = [wx.NewId() for _init_coll_PAWLEY_Items in range(4)]
60
61[ wxID_INSTPRMRESET,wxID_CHANGEWAVETYPE,wxID_INSTCOPY,
62] = [wx.NewId() for _init_coll_INST_Items in range(3)]
63
64[ wxID_INDXRELOAD,
65] = [wx.NewId() for _init_coll_IndPeaks_Items in range(1)]
66
67[ wxID_UNDO,wxID_LSQPEAKFIT,wxID_LSQONECYCLE,wxID_RESETSIGGAM,wxID_CLEARPEAKS,
68] = [wx.NewId() for _init_coll_PEAK_Items in range(5)]
69
70[  wxID_INDEXPEAKS, wxID_REFINECELL, wxID_COPYCELL, wxID_MAKENEWPHASE,
71] = [wx.NewId() for _init_coll_INDEX_Items in range(4)]
72
73[ wxID_BACKCOPY,
74] = [wx.NewId() for _init_coll_Back_Items in range(1)]
75
76[ wxID_LIMITCOPY,
77] = [wx.NewId() for _init_coll_Limit_Items in range(1)]
78
79[ wxID_SAMPLECOPY,
80] = [wx.NewId() for _init_coll_Sample_Items in range(1)]
81
82[ wxID_CONSTRAINTADD,wxID_EQUIVADD,wxID_HOLDADD,wxID_FUNCTADD,
83] = [wx.NewId() for _init_coll_Constraint_Items in range(4)]
84
85[ wxID_RESTRAINTADD,
86] = [wx.NewId() for _init_coll_Restraint_Items in range(1)]
87
88[ wxID_SELECTPHASE,
89] = [wx.NewId() for _init_coll_Refl_Items in range(1)]
90
91[ wxID_CLEARTEXTURE,wxID_REFINETEXTURE,
92] = [wx.NewId() for _init_coll_Texture_Items in range(2)]
93
94[ wxID_PDFCOPYCONTROLS, wxID_PDFSAVECONTROLS, wxID_PDFLOADCONTROLS, 
95    wxID_PDFCOMPUTE, wxID_PDFCOMPUTEALL, wxID_PDFADDELEMENT, wxID_PDFDELELEMENT,
96] = [wx.NewId() for _init_coll_PDF_Items in range(7)]
97
98VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
99
100def ShowHelp(helpType,frame):
101    '''Called to bring up a web page for documentation.'''
102    global helpLocDict
103    global helpMode
104    # look up a definition for help info from dict
105    helplink = helpLocDict.get(helpType)
106    if helplink is None:
107        # no defined link to use, create a default based on key
108        helplink = 'gsasII.html#'+helpType.replace(' ','_')
109        print helplink
110    helplink = os.path.join(path2GSAS2,'help',helplink)
111    if helpMode == 'internal':
112        global htmlPanel, htmlFrame
113        try:
114            htmlPanel.LoadFile(helplink)
115            htmlFrame.Raise()
116        except:
117            htmlFrame = wx.Frame(frame, -1, size=(610, 380))
118            htmlFrame.Show(True)
119            htmlFrame.SetTitle("HTML Window") # N.B. reset later in LoadFile
120            htmlPanel = MyHtmlPanel(htmlFrame,-1)
121            htmlPanel.LoadFile(helplink)
122    else:
123        global htmlFirstUse
124        #import webbrowser
125        if htmlFirstUse:
126            webbrowser.open_new("file://"+helplink)
127            htmlFirstUse = False
128        else:
129            webbrowser.open("file://"+helplink, new=0, autoraise=True)
130
131class MyHelp(wx.Menu):
132    '''This class creates the contents of a help menu.
133    The menu will start with two entries:
134      'Help on <helpType>': where helpType is a reference to an HTML page to
135      be opened
136      About: opens an About dialog using OnHelpAbout. N.B. on the Mac this
137      gets moved to the App menu to be consistent with Apple style.
138    NOTE: the title for this menu should be '&Help' so the wx handles
139    it correctly. BHT
140    '''
141    def __init__(self,frame,title='',helpType=None):
142        wx.Menu.__init__(self,title)
143        self.helpType = helpType
144        self.frame = frame
145        # add a help item only when helpType is specified
146        if helpType is not None:
147            helpobj = self.Append(text='Help on '+helpType,
148                                  id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL)
149            frame.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnHelp, helpobj)
150        self.Append(help='', id=wx.ID_ABOUT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
151                    text='&About GSAS-II')
152        frame.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnHelpAbout, id=wx.ID_ABOUT)
153
154    def OnHelp(self,event):
155        '''Called when Help on... is pressed in a menu. Brings up
156        a web page for documentation.
157        '''
158        ShowHelp(self.helpType,self.frame)
159
160    def OnHelpAbout(self, event):
161        "Display an 'About GSAS-II' box"
162        global __version__
163        info = wx.AboutDialogInfo()
164        info.Name = 'GSAS-II'
165        info.Version = __version__
166        info.Copyright = '''
167Robert B. Von Dreele
168Argonne National Laboratory(C)
169This product includes software developed
170by the UChicago Argonne, LLC, as
171Operator of Argonne National Laboratory.         '''
172        info.Description = '''
173General Structure Analysis System - II
174'''
175        wx.AboutBox(info)
176
177class MyHtmlPanel(wx.Panel):
178    '''Defines a panel to display Help information'''
179    def __init__(self, frame, id):
180        self.frame = frame
181        wx.Panel.__init__(self, frame, id)
182        sizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
183        back = wx.Button(self, -1, "Back")
184        back.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnBack)
185        sizer.Add(back, 0, wx.ALIGN_LEFT, 0)
186
187        #self.htmlwin = wx.html.HtmlWindow(self, id, size=(602,310))
188        self.htmlwin = G2HtmlWindow(self, id, size=(602,310))
189        sizer.Add(self.htmlwin, 1, wx.GROW|wx.ALL, 0)
190        self.SetSizer(sizer)
191        sizer.Fit(frame)       
192    def OnBack(self, event):
193        self.htmlwin.HistoryBack()
194    def LoadFile(self,file):
195        pos = file.rfind('#')
196        if pos != -1:
197            helpfile = file[:pos]
198            helpanchor = file[pos+1:]
199        else:
200            helpfile = file
201            helpanchor = None
202        self.htmlwin.LoadPage(helpfile)
203        if helpanchor is not None:
204            self.htmlwin.ScrollToAnchor(helpanchor)
205
206class G2HtmlWindow(wx.html.HtmlWindow):
207    '''Displays help information in a primitive HTML browser type window
208    '''
209    def __init__(self, parent, *args, **kwargs):
210        self.parent = parent
211        wx.html.HtmlWindow.__init__(self, parent, *args, **kwargs)
212    def LoadPage(self, *args, **kwargs):
213        wx.html.HtmlWindow.LoadPage(self, *args, **kwargs)
214        self.TitlePage()
215    def OnLinkClicked(self, *args, **kwargs):
216        wx.html.HtmlWindow.OnLinkClicked(self, *args, **kwargs)
217        self.TitlePage()
218    def HistoryBack(self, *args, **kwargs):
219        wx.html.HtmlWindow.HistoryBack(self, *args, **kwargs)
220        self.TitlePage()
221    def TitlePage(self):
222        self.parent.frame.SetTitle(self.GetOpenedPage() + ' -- ' + 
223                                   self.GetOpenedPageTitle())
224
225class DataFrame(wx.Frame):
226
227    def _init_menus(self):
228       
229# define all GSAS-II menus       
230       
231        self.BlankMenu = wx.MenuBar()
232       
233# Controls
234        self.ControlsMenu = wx.MenuBar()
235        self.ControlsMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Controls'),title='&Help')
236       
237# Notebook
238        self.DataNotebookMenu = wx.MenuBar()
239        self.DataNotebookMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Notebook'),title='&Help')
240       
241# Comments
242        self.DataCommentsMenu = wx.MenuBar()
243        self.DataCommentsMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Comments'),title='&Help')
244       
245# Constraints
246        self.ConstraintMenu = wx.MenuBar()
247        self.ConstraintEdit = wx.Menu(title='')
248        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintEdit, title='Edit')
249        self.ConstraintMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Constraints'),title='&Help')
250        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_HOLDADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add hold',
251            help='Add hold on a parameter value')
252        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equivalence',
253            help='Add equivalence between parameter values')
254        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_CONSTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add constraint',
255            help='Add constraint on parameter values')
256        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_FUNCTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add function',
257            help='Add function of parameter values')
258           
259# Restraints
260        self.RestraintMenu = wx.MenuBar()
261        self.RestraintEdit = wx.Menu(title='')
262        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintEdit, title='Edit')
263        self.RestraintMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Restraints'),title='&Help')
264        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add restraint',
265            help='restraint dummy menu item')
266           
267# PDR / Limits
268        self.LimitMenu = wx.MenuBar()
269        self.LimitEdit = wx.Menu(title='')
270        self.LimitMenu.Append(menu=self.LimitEdit, title='File')
271        self.LimitMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Limits'),title='&Help')
272        self.LimitEdit.Append(id=wxID_LIMITCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
273            help='Copy limits to other histograms')
274           
275# PDR / Background
276        self.BackMenu = wx.MenuBar()
277        self.BackEdit = wx.Menu(title='')
278        self.BackMenu.Append(menu=self.BackEdit, title='File')
279        self.BackMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Background'),title='&Help')
280        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
281            help='Copy background parameters to other histograms')
282           
283# PDR / Instrument Parameters
284        self.InstMenu = wx.MenuBar()
285        self.InstEdit = wx.Menu(title='')
286        self.InstMenu.Append(menu=self.InstEdit, title='Operations')
287        self.InstMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Instrument Parameters'),title='&Help')
288        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
289            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')
290        self.InstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
291            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
292        self.InstEdit.Append(help='Change radiation type (Ka12 - synch)', 
293            id=wxID_CHANGEWAVETYPE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change radiation')
294       
295# PDR / Sample Parameters
296        self.SampleMenu = wx.MenuBar()
297        self.SampleEdit = wx.Menu(title='')
298        self.SampleMenu.Append(menu=self.SampleEdit, title='File')
299        self.SampleMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Sample Parameters'),title='&Help')
300        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
301            help='Copy refinable sample parameters to other histograms')
302
303# PDR / Peak List
304        self.PeakMenu = wx.MenuBar()
305        self.PeakEdit = wx.Menu(title='')
306        self.PeakMenu.Append(menu=self.PeakEdit, title='Peak Fitting')
307        self.PeakMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Powder Peaks'),title='&Help')
308        self.UnDo = self.PeakEdit.Append(help='Undo last least squares refinement', 
309            id=wxID_UNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='UnDo')
310        self.PeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='LSQ PeakFit', 
311            help='Peak fitting via least-squares' )
312        self.PFOneCycle = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQONECYCLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='LSQ one cycle', 
313            help='One cycle of Peak fitting via least-squares' )
314        self.PeakEdit.Append(id=wxID_RESETSIGGAM, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
315            text='Reset sig and gam',help='Reset sigma and gamma to global fit' )
316        self.PeakEdit.Append(id=wxID_CLEARPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
317            help='Clear the peak list' )
318        self.UnDo.Enable(False)
319        self.PeakFit.Enable(False)
320        self.PFOneCycle.Enable(False)
321       
322# PDR / Index Peak List
323        self.IndPeaksMenu = wx.MenuBar()
324        self.IndPeaksEdit = wx.Menu(title='')
325        self.IndPeaksMenu.Append(menu=self.IndPeaksEdit,title='Operations')
326        self.IndPeaksMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Index Peaks'),title='&Help')
327        self.IndPeaksEdit.Append(help='Load/Reload index peaks from peak list',id=wxID_INDXRELOAD, 
328            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load/Reload')
329       
330# PDR / Unit Cells List
331        self.IndexMenu = wx.MenuBar()
332        self.IndexEdit = wx.Menu(title='')
333        self.IndexMenu.Append(menu=self.IndexEdit, title='Cell Index/Refine')
334        self.IndexMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Cell Indexing Refine'),title='&Help')
335        self.IndexPeaks = self.IndexEdit.Append(help='', id=wxID_INDEXPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
336            text='Index Cell')
337        self.CopyCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_COPYCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Cell', 
338            help='Copy selected unit cell from indexing to cell refinement fields')
339        self.RefineCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_REFINECELL, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
340            text='Refine Cell',help='Refine unit cell parameters from indexed peaks')
341        self.MakeNewPhase = self.IndexEdit.Append( id=wxID_MAKENEWPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
342            text='Make new phase',help='Make new phase from selected unit cell')
343        self.IndexPeaks.Enable(False)
344        self.CopyCell.Enable(False)
345        self.RefineCell.Enable(False)
346        self.MakeNewPhase.Enable(False)
347       
348# PDR / Reflection Lists
349        self.ReflMenu = wx.MenuBar()
350        self.ReflEdit = wx.Menu(title='')
351        self.ReflMenu.Append(menu=self.ReflEdit, title='Reflection List')
352        self.ReflMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Reflection List'),title='&Help')
353        self.SelectPhase = self.ReflEdit.Append(help='Select phase for reflection list',id=wxID_SELECTPHASE, 
354            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase')
355       
356# IMG / Image Controls
357        self.ImageMenu = wx.MenuBar()
358        self.ImageEdit = wx.Menu(title='')
359        self.ImageMenu.Append(menu=self.ImageEdit, title='Operations')
360        self.ImageMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Images'),title='&Help')
361        self.ImageEdit.Append(help='Calibrate detector by fitting to calibrant lines', 
362            id=wxID_IMCALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')
363        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate detector by fitting to calibrant lines', 
364            id=wxID_IMRECALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Realibrate')
365        self.ImageEdit.Append(help='Clear calibration data points and rings',id=wxID_IMCLEARCALIB, 
366            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear calibration')
367        self.ImageEdit.Append(help='Integrate selected image',id=wxID_IMINTEGRATE, 
368            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate')
369        self.ImageEdit.Append(help='Integrate all images selected from list',id=wxID_INTEGRATEALL,
370            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate all')
371        self.ImageEdit.Append(help='Copy image controls to other images', 
372            id=wxID_IMCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Controls')
373        self.ImageEdit.Append(help='Save image controls to file', 
374            id=wxID_IMSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Controls')
375        self.ImageEdit.Append(help='Load image controls from file', 
376            id=wxID_IMLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load Controls')
377           
378# IMG / Masks
379        self.MaskMenu = wx.MenuBar()
380        self.MaskEdit = wx.Menu(title='')
381        self.MaskMenu.Append(menu=self.MaskEdit, title='Operations')
382        self.MaskMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Image Masks'),title='&Help')
383        self.MaskEdit.Append(help='Copy mask to other images', 
384            id=wxID_MASKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy mask')
385        self.MaskEdit.Append(help='Save mask to file', 
386            id=wxID_MASKSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save mask')
387        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file', 
388            id=wxID_MASKLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask')
389           
390# PDF / PDF Controls
391        self.PDFMenu = wx.MenuBar()
392        self.PDFEdit = wx.Menu(title='')
393        self.PDFMenu.Append(menu=self.PDFEdit, title='PDF Controls')
394        self.PDFMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='PDF Controls'),title='&Help')
395        self.PDFEdit.Append(help='Add element to sample composition',id=wxID_PDFADDELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
396            text='Add element')
397        self.PDFEdit.Append(help='Delete element from sample composition',id=wxID_PDFDELELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
398            text='Delete element')
399        self.PDFEdit.Append(help='Copy PDF controls', id=wxID_PDFCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
400            text='Copy controls')
401#        self.PDFEdit.Append(help='Load PDF controls from file',id=wxID_PDFLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
402#            text='Load Controls')
403#        self.PDFEdit.Append(help='Save PDF controls to file', id=wxID_PDFSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
404#            text='Save controls')
405        self.PDFEdit.Append(help='Compute PDF', id=wxID_PDFCOMPUTE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
406            text='Compute PDF')
407        self.PDFEdit.Append(help='Compute all PDFs', id=wxID_PDFCOMPUTEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
408            text='Compute all PDFs')
409           
410# Phase / General tab
411        self.DataGeneral = wx.MenuBar()
412        self.DataGeneral.Append(menu=MyHelp(self,helpType='General'),title='&Help')
413       
414# Phase / Atoms tab
415        self.AtomsMenu = wx.MenuBar()
416        self.AtomEdit = wx.Menu(title='')
417        self.AtomCompute = wx.Menu(title='')
418        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomEdit, title='Edit')
419        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomCompute, title='Compute')
420        self.AtomsMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Atoms'),title='&Help')
421        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSEDITADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append atom',
422            help='Inserted as an H atom')
423        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSTESTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append test point',
424            help='Inserted as an H atom')
425        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSEDITINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert atom',
426            help='Select atom row to insert before; inserted as an H atom')
427        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATONTESTINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert test point',
428            help='Select atom row to insert before; inserted as an H atom')
429        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSEDITDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atom',
430            help='Select atoms to delete first')
431        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSREFINE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set atom refinement flags',
432            help='Select atoms to refine first')
433        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSMODIFY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Modify atom parameters',
434            help='Select atoms to modify first')
435        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform atoms',
436            help='Select atoms to transform first')
437        self.AtomEdit.Append(id=wxID_RELOADDRAWATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reload draw atoms',
438            help='Reload atom drawing list')
439        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Distances & Angles',
440            help='Compute distances & angles for selected atoms')   
441                 
442# Phase / Data tab
443        self.DataMenu = wx.MenuBar()
444        self.DataEdit = wx.Menu(title='')
445        self.DataMenu.Append(menu=self.DataEdit, title='Edit')
446        self.DataMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Data'),title='&Help')
447        self.DataEdit.Append(id=wxID_PWDRADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add powder histograms',
448            help='Select new powder histograms to be used for this phase')
449        self.DataEdit.Append(id=wxID_HKLFADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add single crystal histograms',
450            help='Select new single crystal histograms to be used for this phase')
451        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete histograms',
452            help='Delete histograms from use for this phase')
453           
454# Phase / Texture tab
455        self.TextureMenu = wx.MenuBar()
456        self.TextureEdit = wx.Menu(title='')
457        self.TextureMenu.Append(menu=self.TextureEdit, title='Texture')
458        self.TextureMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Texture'),title='&Help')
459        self.TextureEdit.Append(id=wxID_REFINETEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Refine texture', 
460            help='Refine the texture coefficients from sequential Pawley results')
461        self.TextureEdit.Append(id=wxID_CLEARTEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear texture', 
462            help='Clear the texture coefficients' )
463           
464# Phase / Pawley tab
465        self.PawleyMenu = wx.MenuBar()
466        self.PawleyEdit = wx.Menu(title='')
467        self.PawleyMenu.Append(menu=self.PawleyEdit,title='Operations')
468        self.PawleyMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Pawley'),title='&Help')
469        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley create',
470            help='Initialize Pawley reflection list')
471        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYESTIMATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley estimate',
472            help='Estimate initial Pawley intensities')
473        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley delete',
474            help='Delete Pawley reflection list')
475#        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYIMPORT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley import',
476#            help='Import Pawley reflection list')
477
478# Phase / Draw Options tab
479        self.DataDrawOptions = wx.MenuBar()
480        self.DataDrawOptions.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Draw Options'),title='&Help')
481       
482# Phase / Draw Atoms tab
483        self.DrawAtomsMenu = wx.MenuBar()
484        self.DrawAtomEdit = wx.Menu(title='')
485        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomEdit, title='Edit')
486        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Draw Atoms'),title='&Help')
487        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMSTYLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom style',
488            help='Select atoms first')
489        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMLABEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom label',
490            help='Select atoms first')
491        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom color',
492            help='Select atoms first')
493        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset atom colors',
494            help='Resets all atom colors to defaults')
495        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWVIEWPOINT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
496            help='View point is 1st atom selected')
497        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDEQUIV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atoms',
498            help='Add symmetry & cell equivalents to drawing set from selected atoms')
499        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform atoms',
500            help='Transform selected atoms by symmetry & cell translations')
501        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCOORD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill CN-sphere',
502            help='Fill coordination sphere for selected atoms')           
503        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill unit cell',
504            help='Fill unit cell with selected atoms')
505        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atoms',
506            help='Delete atoms from drawing set')
507           
508# end of GSAS-II menu definitions
509       
510    def _init_ctrls(self, parent,name=None,size=None,pos=None):
511        wx.Frame.__init__(self,parent=parent,style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX,
512            size=size,pos=pos,title='GSAS-II data display')
513        self._init_menus()
514        if name:
515            self.SetLabel(name)
516        self.Show()
517       
518    def __init__(self,parent,data=None,name=None, size=None,pos=None):
519        self._init_ctrls(parent,name,size,pos)
520        self.data = data
521        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
522        Size = self.GetSize()
523        xPos = clientSize[2]-Size[0]
524        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]+250))
525        self.dirname = ''
526        self.AtomGrid = []
527        self.selectedRow = 0
528       
529    def setSizePosLeft(self,Width):
530        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
531        Width[1] = min(Width[1],clientSize[2]-300)
532        Width[0] = max(Width[0],300)
533        self.SetSize(Width)
534        self.SetPosition(wx.Point(clientSize[2]-Width[0],clientSize[1]+250))
535       
536    def Clear(self):
537        self.ClearBackground()
538        self.DestroyChildren()
539                   
540class GSNoteBook(wx.Notebook):
541    def __init__(self, parent, name='',size = None):
542        wx.Notebook.__init__(self, parent, -1, name=name, style= wx.BK_TOP)
543        if size: self.SetSize(size)
544                                                     
545    def Clear(self):       
546        GSNoteBook.DeleteAllPages(self)
547       
548    def FindPage(self,name):
549        numPage = self.GetPageCount()
550        for page in range(numPage):
551            if self.GetPageText(page) == name:
552                return page
553       
554class GSGrid(wg.Grid):
555    def __init__(self, parent, name=''):
556        wg.Grid.__init__(self,parent,-1,name=name)                   
557        self.SetSize(parent.GetClientSize())
558           
559    def Clear(self):
560        wg.Grid.ClearGrid(self)
561       
562    def SetCellStyle(self,r,c,color="white",readonly=True):
563        self.SetCellBackgroundColour(r,c,color)
564        self.SetReadOnly(r,c,isReadOnly=readonly)
565       
566    def GetSelection(self):
567        #this is to satisfy structure drawing stuff in G2plt when focus changes
568        return None
569                       
570class Table(wg.PyGridTableBase):
571    def __init__(self, data=[], rowLabels=None, colLabels=None, types = None):
572        wg.PyGridTableBase.__init__(self)
573        self.colLabels = colLabels
574        self.rowLabels = rowLabels
575        self.dataTypes = types
576        self.data = data
577       
578    def AppendRows(self, numRows=1):
579        self.data.append([])
580        return True
581       
582    def CanGetValueAs(self, row, col, typeName):
583        if self.dataTypes:
584            colType = self.dataTypes[col].split(':')[0]
585            if typeName == colType:
586                return True
587            else:
588                return False
589        else:
590            return False
591
592    def CanSetValueAs(self, row, col, typeName):
593        return self.CanGetValueAs(row, col, typeName)
594
595    def DeleteRow(self,pos):
596        data = self.GetData()
597        self.SetData([])
598        new = []
599        for irow,row in enumerate(data):
600            if irow <> pos:
601                new.append(row)
602        self.SetData(new)
603       
604    def GetColLabelValue(self, col):
605        if self.colLabels:
606            return self.colLabels[col]
607           
608    def GetData(self):
609        data = []
610        for row in range(self.GetNumberRows()):
611            data.append(self.GetRowValues(row))
612        return data
613       
614    def GetNumberCols(self):
615        try:
616            return len(self.colLabels)
617        except TypeError:
618            return None
619       
620    def GetNumberRows(self):
621        return len(self.data)
622       
623    def GetRowLabelValue(self, row):
624        if self.rowLabels:
625            return self.rowLabels[row]
626       
627    def GetColValues(self, col):
628        data = []
629        for row in range(self.GetNumberRows()):
630            data.append(self.GetValue(row, col))
631        return data
632       
633    def GetRowValues(self, row):
634        data = []
635        for col in range(self.GetNumberCols()):
636            data.append(self.GetValue(row, col))
637        return data
638       
639    def GetTypeName(self, row, col):
640        try:
641            return self.dataTypes[col]
642        except TypeError:
643            return None
644
645    def GetValue(self, row, col):
646        try:
647            return self.data[row][col]
648        except IndexError:
649            return None
650           
651    def InsertRows(self, pos, rows):
652        for row in range(rows):
653            self.data.insert(pos,[])
654            pos += 1
655       
656    def IsEmptyCell(self,row,col):
657        try:
658            return not self.data[row][col]
659        except IndexError:
660            return True
661       
662    def OnKeyPress(self, event):
663        dellist = self.GetSelectedRows()
664        if event.GetKeyCode() == wx.WXK_DELETE and dellist:
665            grid = self.GetView()
666            for i in dellist: grid.DeleteRow(i)
667               
668    def SetColLabelValue(self, col, label):
669        numcols = self.GetNumberCols()
670        if col > numcols-1:
671            self.colLabels.append(label)
672        else:
673            self.colLabels[col]=label
674       
675    def SetData(self,data):
676        for row in range(len(data)):
677            self.SetRowValues(row,data[row])
678               
679    def SetRowLabelValue(self, row, label):
680        self.rowLabels[row]=label
681           
682    def SetRowValues(self,row,data):
683        self.data[row] = data
684           
685    def SetValue(self, row, col, value):
686        def innerSetValue(row, col, value):
687            try:
688                self.data[row][col] = value
689            except TypeError:
690                return
691            except IndexError:
692                print row,col,value
693                # add a new row
694                if row > self.GetNumberRows():
695                    self.data.append([''] * self.GetNumberCols())
696                elif col > self.GetNumberCols():
697                    for row in range(self.GetNumberRows):
698                        self.data[row].append('')
699                print self.data
700                self.data[row][col] = value
701        innerSetValue(row, col, value)
702               
703def UpdateNotebook(self,data):       
704    if data:
705        self.dataFrame.SetLabel('Notebook')
706        self.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=self.dataFrame,size=self.dataFrame.GetClientSize(),
707            style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_PROCESS_ENTER | wx.TE_DONTWRAP)
708        for line in data:
709            self.dataDisplay.AppendText(line+"\n")
710            self.dataDisplay.AppendText('Notebook entry @ '+time.ctime()+"\n")
711           
712def UpdateControls(self,data):
713    #patch
714    if 'deriv type' not in data:
715        data = {}
716        data['deriv type'] = 'analytic Jacobian'
717        data['min dM/M'] = 0.0001
718        data['shift factor'] = 1.
719    if 'shift factor' not in data:
720        data['shift factor'] = 1.
721    if 'max cyc' not in data:
722        data['max cyc'] = 3       
723    #end patch
724    '''
725    #Fourier controls
726    'mapType':'Fobs','d-max':100.,'d-min':0.2,'histograms':[],
727    'stepSize':[0.5,0.5,0.5],'minX':[0.,0.,0.],'maxX':[1.0,1.0,1.0],
728    '''
729    def SeqSizer():
730       
731        def OnSelectData(event):
732            choices = ['All',]+GetPatternTreeDataNames(self,['PWDR',])
733            sel = []
734            if 'Seq Data' in data:
735                for item in data['Seq Data']:
736                    sel.append(choices.index(item))
737            names = []
738            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select data:','Sequential refinement',choices)
739            dlg.SetSelections(sel)
740            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
741                sel = dlg.GetSelections()
742                for i in sel: names.append(choices[i])
743                if 'All' in names:
744                    names = choices[1:]
745                data['Seq Data'] = names               
746            dlg.Destroy()
747            reverseSel.Enable(True)
748           
749        def OnReverse(event):
750            data['Reverse Seq'] = reverseSel.GetValue()
751                   
752        seqSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
753        seqSizer.Add(wx.StaticText(self.dataDisplay,label=' Sequential Refinement Powder Data: '),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
754        selSeqData = wx.Button(self.dataDisplay,-1,label=' Select data')
755        selSeqData.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnSelectData)
756        seqSizer.Add(selSeqData,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
757        seqSizer.Add((5,0),0)
758        reverseSel = wx.CheckBox(self.dataDisplay,-1,label=' Reverse order?')
759        reverseSel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnReverse)
760        if 'Seq Data' not in data:
761            reverseSel.Enable(False)
762        if 'Reverse Seq' in data:
763            reverseSel.SetValue(data['Reverse Seq'])
764        seqSizer.Add(reverseSel,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
765        return seqSizer
766       
767    def LSSizer():       
768       
769        def OnDerivType(event):
770            data['deriv type'] = derivSel.GetValue()
771            derivSel.SetValue(data['deriv type'])
772            wx.CallAfter(UpdateControls,self,data)
773           
774        def OnConvergence(event):
775            try:
776                value = max(1.e-9,min(1.0,float(Cnvrg.GetValue())))
777            except ValueError:
778                value = 0.0001
779            data['min dM/M'] = value
780            Cnvrg.SetValue('%.2g'%(value))
781           
782        def OnMaxCycles(event):
783            data['max cyc'] = int(maxCyc.GetValue())
784            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
785                       
786        def OnFactor(event):
787            try:
788                value = min(max(float(Factr.GetValue()),0.00001),100.)
789            except ValueError:
790                value = 1.0
791            data['shift factor'] = value
792            Factr.SetValue('%.5f'%(value))
793       
794        LSSizer = wx.FlexGridSizer(cols=6,vgap=5,hgap=5)
795        LSSizer.Add(wx.StaticText(self.dataDisplay,label=' Refinement derivatives: '),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
796        Choice=['analytic Jacobian','numeric','analytic Hessian']
797        derivSel = wx.ComboBox(parent=self.dataDisplay,value=data['deriv type'],choices=Choice,
798            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
799        derivSel.SetValue(data['deriv type'])
800        derivSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnDerivType)
801           
802        LSSizer.Add(derivSel,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
803        LSSizer.Add(wx.StaticText(self.dataDisplay,label=' Min delta-M/M: '),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
804        Cnvrg = wx.TextCtrl(self.dataDisplay,-1,value='%.2g'%(data['min dM/M']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
805        Cnvrg.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnConvergence)
806        Cnvrg.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnConvergence)
807        LSSizer.Add(Cnvrg,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
808        if 'Hessian' in data['deriv type']:
809            LSSizer.Add(wx.StaticText(self.dataDisplay,label=' Max cycles: '),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
810            Choice = ['0','1','2','3','5','10','15','20']
811            maxCyc = wx.ComboBox(parent=self.dataDisplay,value=str(data['max cyc']),choices=Choice,
812                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
813            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
814            maxCyc.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxCycles)
815            LSSizer.Add(maxCyc,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
816        else:
817            LSSizer.Add(wx.StaticText(self.dataDisplay,label=' Initial shift factor: '),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
818            Factr = wx.TextCtrl(self.dataDisplay,-1,value='%.5f'%(data['shift factor']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
819            Factr.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFactor)
820            Factr.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFactor)
821            LSSizer.Add(Factr,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
822        return LSSizer
823       
824    if self.dataDisplay:
825        self.dataDisplay.Destroy()
826    if not self.dataFrame.GetStatusBar():
827        Status = self.dataFrame.CreateStatusBar()
828        Status.SetStatusText('')
829    self.dataFrame.SetLabel('Controls')
830    self.dataDisplay = wx.Panel(self.dataFrame)
831    self.dataFrame.SetMenuBar(self.dataFrame.ControlsMenu)
832    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
833    mainSizer.Add((5,5),0)
834    mainSizer.Add(wx.StaticText(self.dataDisplay,label=' Refinement Controls:'),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)   
835    mainSizer.Add(LSSizer())
836    mainSizer.Add((5,5),0)
837    mainSizer.Add(SeqSizer())
838    mainSizer.Add((5,5),0)
839       
840    mainSizer.Add(wx.StaticText(self.dataDisplay,label=' Density Map Controls:'),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
841
842    mainSizer.Layout()   
843    self.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
844    self.dataDisplay.SetSize(mainSizer.Fit(self.dataFrame))
845    self.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(self.dataFrame))
846     
847def UpdateComments(self,data):                   
848    self.dataFrame.SetLabel('Comments')
849    self.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=self.dataFrame,size=self.dataFrame.GetClientSize(),
850        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_PROCESS_ENTER | wx.TE_DONTWRAP)
851    for line in data:
852        if line[-1] == '\n':
853            self.dataDisplay.AppendText(line)
854        else:
855            self.dataDisplay.AppendText(line+'\n')
856           
857def UpdateSeqResults(self,data):
858    """
859    input:
860        data - dictionary
861            'histNames' - list of histogram names in order as processed by Sequential Refinement
862            'varyList' - list of variables - identical over all refinements insequence
863            histName - dictionaries for all data sets processed:
864                'variables'- result[0] from leastsq call
865                'varyList' - list of variables; same as above
866                'sig' - esds for variables
867                'covMatrix' - covariance matrix from individual refinement
868                'title' - histogram name; same as dict item name
869                'newAtomDict' - new atom parameters after shifts applied
870                'newCellDict' - new cell parameters after shifts to A0-A5 applied'
871    """
872    if not data:
873        print 'No sequential refinement results'
874        return
875    histNames = data['histNames']
876       
877    def GetSampleParms():
878        sampleParmDict = {'Temperature':[],'Pressure':[],'Humidity':[],'Voltage':[],'Force':[],}
879        sampleParm = {}
880        for name in histNames:
881            Id = GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
882            sampleData = self.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(self,Id,'Sample Parameters'))
883            for item in sampleParmDict:
884                sampleParmDict[item].append(sampleData[item])
885        for item in sampleParmDict:
886            frstValue = sampleParmDict[item][0]
887            if np.any(np.array(sampleParmDict[item])-frstValue):
888                sampleParm[item] = sampleParmDict[item]           
889        return sampleParm
890           
891    def GetSigData(parm):
892        sigData = []
893        for name in histNames:
894            sigList = data[name]['sig']
895            if colLabels[parm] in atomList:
896                sigData.append(sigList[colLabels.index(atomList[colLabels[parm]])])
897            elif colLabels[parm] in cellList:
898                sigData.append(sigList[colLabels.index(cellList[colLabels[parm]])])
899            else:
900                sigData.append(sigList[parm])
901        return sigData
902   
903    def Select(event):
904        cols = self.dataDisplay.GetSelectedCols()
905        rows = self.dataDisplay.GetSelectedRows()
906        if cols:
907            plotData = []
908            plotSig = []
909            plotNames = []
910            for col in cols:
911                plotData.append(self.SeqTable.GetColValues(col))
912                plotSig.append(GetSigData(col))
913                plotNames.append(self.SeqTable.GetColLabelValue(col))
914            plotData = np.array(plotData)
915            G2plt.PlotSeq(self,plotData,plotSig,plotNames,sampleParms)
916        elif rows:
917            name = histNames[rows[0]]
918            G2plt.PlotCovariance(self,Data=data[name])
919               
920    if self.dataDisplay:
921        self.dataDisplay.Destroy()
922    cellList = {}
923    newCellDict = data[histNames[0]]['newCellDict']
924    for item in newCellDict:
925        if item in data['varyList']:
926            cellList[newCellDict[item][0]] = item
927    atomList = {}
928    newAtomDict = data[histNames[0]]['newAtomDict']
929    for item in newAtomDict:
930        if item in data['varyList']:
931            atomList[newAtomDict[item][0]] = item
932    sampleParms = GetSampleParms()
933    self.dataFrame.SetMenuBar(self.dataFrame.BlankMenu)
934    self.dataFrame.SetLabel('Sequental refinement results')
935    self.dataFrame.CreateStatusBar()
936    colLabels = data['varyList']+atomList.keys()+cellList.keys()
937    Types = len(data['varyList']+atomList.keys()+cellList.keys())*[wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
938    seqList = [list(data[name]['variables']) for name in histNames]
939   
940    for i,item in enumerate(seqList):
941        newAtomDict = data[histNames[i]]['newAtomDict']
942        newCellDict = data[histNames[i]]['newCellDict']
943        item += [newAtomDict[atomList[parm]][1] for parm in atomList.keys()]
944        item += [newCellDict[cellList[parm]][1] for parm in cellList.keys()]
945    self.SeqTable = Table(seqList,colLabels=colLabels,rowLabels=histNames,types=Types)
946    self.dataDisplay = GSGrid(parent=self.dataFrame)
947    self.dataDisplay.SetTable(self.SeqTable, True)
948    self.dataDisplay.EnableEditing(False)
949    self.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK, Select)
950    self.dataDisplay.SetRowLabelSize(8*len(histNames[0]))       #pretty arbitrary 8
951    self.dataDisplay.SetMargins(0,0)
952    self.dataDisplay.AutoSizeColumns(True)
953    self.dataFrame.setSizePosLeft([700,350])
954   
955def UpdateConstraints(self,data):             
956#    data.update({'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})       #empty dict - fill it
957    if not data:
958        data.update({'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})       #empty dict - fill it
959    Histograms,Phases = self.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
960    AtomDict = dict([Phases[phase]['pId'],Phases[phase]['Atoms']] for phase in Phases)
961    Natoms,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable = G2str.GetPhaseData(Phases,Print=False)
962    phaseList = []
963    for item in phaseDict:
964        if item.split(':')[2] not in ['Ax','Ay','Az','Amul','AI/A','Atype','SHorder']:
965            phaseList.append(item)
966    phaseList.sort()
967    phaseAtNames = {}
968    for item in phaseList:
969        Split = item.split(':')
970        if Split[2][:2] in ['AU','Af','dA']:
971            phaseAtNames[item] = AtomDict[int(Split[0])][int(Split[3])][0]
972        else:
973            phaseAtNames[item] = ''
974           
975    hapVary,hapDict,controlDict = G2str.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
976    hapList = hapDict.keys()
977    hapList.sort()
978    histVary,histDict,controlDict = G2str.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
979    histList = []
980    for item in histDict:
981        if item.split(':')[2] not in ['Omega','Type','Chi','Phi','Azimuth','Gonio. radius','Lam1','Lam2','Back']:
982            histList.append(item)
983    histList.sort()
984    Indx = {}
985    scope = {}                          #filled out later
986    self.Page = [0,'phs']
987   
988    def GetPHlegends(Phases,Histograms):
989        plegend = '\n In p::name'
990        hlegend = '\n In :h:name'
991        phlegend = '\n In p:h:name'
992        for phase in Phases:
993            plegend += '\n p:: = '+str(Phases[phase]['pId'])+':: for '+phase
994            count = 0
995            for histogram in Phases[phase]['Histograms']:
996                if count < 3:
997                    phlegend += '\n p:h: = '+str(Phases[phase]['pId'])+':'+str(Histograms[histogram]['hId'])+': for '+phase+' in '+histogram
998                else:
999                    phlegend += '\n ... etc.'
1000                    break
1001                count += 1
1002        count = 0
1003        for histogram in Histograms:
1004            if count < 3:
1005                hlegend += '\n :h: = :'+str(Histograms[histogram]['hId'])+': for '+histogram
1006            else:
1007                hlegend += '\n ... etc.'
1008                break
1009            count += 1
1010        return plegend,hlegend,phlegend
1011       
1012    def FindEquivVarb(name,nameList):
1013        outList = []
1014        namelist = [name.split(':')[2],]
1015        if 'dA' in name:
1016            namelist = ['dAx','dAy','dAz']
1017        elif 'AU' in name:
1018            namelist = ['AUiso','AU11','AU22','AU33','AU12','AU13','AU23']
1019        for item in nameList:
1020            key = item.split(':')[2]
1021            if key in namelist and item != name:
1022                outList.append(item)
1023        return outList
1024       
1025    def SelectVarbs(page,FrstVarb,varList,legend,constType):
1026        #future -  add 'all:all:name', '0:all:name', etc. to the varList
1027        if page[1] == 'phs':
1028            atchoice = [item+' for '+phaseAtNames[item] for item in varList]
1029            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select more variables:'+legend,FrstVarb+' and:',atchoice)
1030        else:
1031            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select more variables:'+legend,FrstVarb+' and:',varList)
1032        varbs = [FrstVarb,]
1033        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1034            sel = dlg.GetSelections()
1035            for x in sel:
1036                varbs.append(varList[x])
1037        dlg.Destroy()
1038        if len(varbs) > 1:
1039            if 'equivalence' in constType:
1040                constr = []
1041                for item in varbs[1:]:
1042                    constr += [[[1.0,FrstVarb],[-1.0,item],None,None],]
1043                return constr           #multiple constraints
1044            elif 'function' in constType:
1045                constr = map(list,zip([1.0 for i in range(len(varbs))],varbs))
1046                return [constr+[0.0,False]]         #just one constraint
1047            else:       #'constraint'
1048                constr = map(list,zip([1.0 for i in range(len(varbs))],varbs))
1049                return [constr+[1.0,None]]          #just one constraint - default sum to one
1050        return []
1051             
1052    def OnAddHold(event):
1053        for phase in Phases:
1054            Phase = Phases[phase]
1055            Atoms = Phase['Atoms']
1056        constr = []
1057        page = self.Page
1058        choice = scope[page[1]]
1059        if page[1] == 'phs':
1060            atchoice = [item+' for '+phaseAtNames[item] for item in choice[2]]
1061            dlg = wx.SingleChoiceDialog(self,'Select 1st variable:'+choice[1],choice[0],atchoice)
1062        else:   
1063            dlg = wx.SingleChoiceDialog(self,'Select 1st variable:'+choice[1],choice[0],choice[2])
1064        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1065            sel = dlg.GetSelection()
1066            FrstVarb = choice[2][sel]
1067            data[choice[3]] += [[[0.0,FrstVarb],None,None],]
1068        dlg.Destroy()
1069        choice[4]()
1070       
1071    def OnAddEquivalence(event):
1072        constr = []
1073        page = self.Page
1074        choice = scope[page[1]]
1075        if page[1] == 'phs':
1076            atchoice = [item+' for '+phaseAtNames[item] for item in choice[2]]
1077            dlg = wx.SingleChoiceDialog(self,'Select 1st variable:'+choice[1],choice[0],atchoice)
1078        else:   
1079            dlg = wx.SingleChoiceDialog(self,'Select 1st variable:'+choice[1],choice[0],choice[2])
1080        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1081            sel = dlg.GetSelection()
1082            FrstVarb = choice[2][sel]
1083            moreVarb = FindEquivVarb(FrstVarb,choice[2])
1084            constr = SelectVarbs(page,FrstVarb,moreVarb,choice[1],'equivalence')
1085            if len(constr) > 0:
1086                data[choice[3]] += constr
1087        dlg.Destroy()
1088        choice[4]()
1089   
1090    def OnAddFunction(event):
1091        constr = []
1092        page = self.Page
1093        choice = scope[page[1]]
1094        if page[1] == 'phs':
1095            atchoice = [item+' for '+phaseAtNames[item] for item in choice[2]]
1096            dlg = wx.SingleChoiceDialog(self,'Select 1st variable:'+choice[1],choice[0],atchoice)
1097        else:   
1098            dlg = wx.SingleChoiceDialog(self,'Select 1st variable:'+choice[1],choice[0],choice[2])
1099        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1100            sel = dlg.GetSelection()
1101            FrstVarb = choice[2][sel]
1102            moreVarb = FindEquivVarb(FrstVarb,choice[2])
1103            constr = SelectVarbs(page,FrstVarb,moreVarb,choice[1],'function')
1104            if len(constr) > 0:
1105                data[choice[3]] += constr
1106        dlg.Destroy()
1107        choice[4]()
1108                       
1109    def OnAddConstraint(event):
1110        constr = []
1111        page = self.Page
1112        choice = scope[page[1]]
1113        if page[1] == 'phs':
1114            atchoice = [item+' for '+phaseAtNames[item] for item in choice[2]]
1115            dlg = wx.SingleChoiceDialog(self,'Select 1st variable:'+choice[1],choice[0],atchoice)
1116        else:   
1117            dlg = wx.SingleChoiceDialog(self,'Select 1st variable:'+choice[1],choice[0],choice[2])
1118        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1119            sel = dlg.GetSelection()
1120            FrstVarb = choice[2][sel]
1121            moreVarb = FindEquivVarb(FrstVarb,choice[2])
1122            constr = SelectVarbs(page,FrstVarb,moreVarb,choice[1],'constraint')
1123            if len(constr) > 0:
1124                data[choice[3]] += constr
1125        dlg.Destroy()
1126        choice[4]()
1127                       
1128    def ConstSizer(name,pageDisplay):
1129        constSizer = wx.FlexGridSizer(1,4,0,0)
1130        for Id,item in enumerate(data[name]):
1131            constDel = wx.Button(pageDisplay,-1,'Delete',style=wx.BU_EXACTFIT)
1132            constDel.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnConstDel)
1133            Indx[constDel.GetId()] = [Id,name]
1134            if len(item) < 4:
1135                constSizer.Add((5,5),0)
1136                constSizer.Add(constDel)
1137                eqString = ' FIXED   '+item[0][1]+'   '
1138            else:
1139                constEdit = wx.Button(pageDisplay,-1,'Edit',style=wx.BU_EXACTFIT)
1140                constEdit.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnConstEdit)
1141                Indx[constEdit.GetId()] = [Id,name]
1142                constSizer.Add(constEdit)           
1143                constSizer.Add(constDel)
1144                if isinstance(item[-1],bool):
1145                    eqString = ' FUNCT   '
1146                elif isinstance(item[-2],float):
1147                    eqString = ' CONSTR  '
1148                else:
1149                    eqString = ' EQUIV   '
1150                for term in item[:-2]:
1151                    eqString += '%+.3f*%s '%(term[0],term[1])
1152                if isinstance(item[-2],float):
1153                    eqString += ' = %.3f'%(item[-2])+'  '
1154                else:
1155                    eqString += ' = 0   '
1156            constSizer.Add(wx.StaticText(pageDisplay,-1,eqString),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1157            if isinstance(item[-1],bool):
1158                constRef = wx.CheckBox(pageDisplay,-1,label=' Refine?')                   
1159                constRef.SetValue(item[-1])
1160                constRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnConstRef)
1161                Indx[constRef.GetId()] = item
1162                constSizer.Add(constRef,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1163            else:
1164                constSizer.Add((5,5),0)
1165        return constSizer
1166               
1167    def OnConstRef(event):
1168        Obj = event.GetEventObject()
1169        Indx[Obj.GetId()][-1] = Obj.GetValue()
1170       
1171    def OnConstDel(event):
1172        Obj = event.GetEventObject()
1173        Id,name = Indx[Obj.GetId()]
1174        del(data[name][Id])
1175        OnPageChanged(None)       
1176       
1177    def OnConstEdit(event):
1178        Obj = event.GetEventObject()
1179        Id,name = Indx[Obj.GetId()]
1180        const = data[name][Id][-2]       
1181        if isinstance(data[name][Id][-1],bool):
1182            items = data[name][Id][:-2]+[[],]
1183            constType = 'Function'
1184            extra = '; sum = new variable'
1185        elif isinstance(data[name][Id][-2],float):
1186            items = data[name][Id][:-2]+[[const,'= fixed value'],[]]
1187            constType = 'Constraint'
1188            extra = ' sum = constant'
1189        else:
1190            items = data[name][Id][:-2]+[[],]
1191            constType = 'Equivalence'
1192            extra = '; sum = 0'
1193        dlg = self.SumDialog(self,constType,'Enter value for each term in constraint'+extra,'',items)
1194        try:
1195            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1196                result = dlg.GetData()
1197                if isinstance(data[name][Id][-2],float):
1198                    data[name][Id][:-2] = result[:-2]
1199                    data[name][Id][-2] = result[-2][0]
1200                else:
1201                    data[name][Id][:-2] = result[:-1]
1202        finally:
1203            dlg.Destroy()           
1204        OnPageChanged(None)                     
1205   
1206    def UpdateHAPConstr():
1207        HAPConstr.DestroyChildren()
1208        HAPDisplay = wx.Panel(HAPConstr)
1209        HAPSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1210        HAPSizer.Add((5,5),0)
1211        HAPSizer.Add(ConstSizer('HAP',HAPDisplay))
1212        HAPDisplay.SetSizer(HAPSizer,True)
1213        Size = HAPSizer.GetMinSize()
1214        Size[0] += 40
1215        Size[1] = max(Size[1],250) + 20
1216        HAPDisplay.SetSize(Size)
1217        HAPConstr.SetScrollbars(10,10,Size[0]/10-4,Size[1]/10-1)
1218        Size[1] = min(Size[1],250)
1219        self.dataFrame.setSizePosLeft(Size)
1220       
1221    def UpdateHistConstr():
1222        HistConstr.DestroyChildren()
1223        HistDisplay = wx.Panel(HistConstr)
1224        HistSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1225        HistSizer.Add((5,5),0)       
1226        HistSizer.Add(ConstSizer('Hist',HistDisplay))
1227        HistDisplay.SetSizer(HistSizer,True)
1228        Size = HistSizer.GetMinSize()
1229        Size[0] += 40
1230        Size[1] = max(Size[1],250) + 20
1231        HistDisplay.SetSize(Size)
1232        HistConstr.SetScrollbars(10,10,Size[0]/10-4,Size[1]/10-1)
1233        Size[1] = min(Size[1],250)
1234        self.dataFrame.setSizePosLeft(Size)
1235       
1236    def UpdatePhaseConstr():
1237        PhaseConstr.DestroyChildren()
1238        PhaseDisplay = wx.Panel(PhaseConstr)
1239        PhaseSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1240        PhaseSizer.Add((5,5),0)       
1241        PhaseSizer.Add(ConstSizer('Phase',PhaseDisplay))
1242        PhaseDisplay.SetSizer(PhaseSizer,True)
1243        Size = PhaseSizer.GetMinSize()
1244        Size[0] += 40
1245        Size[1] = max(Size[1],250) + 20
1246        PhaseDisplay.SetSize(Size)
1247        PhaseConstr.SetScrollbars(10,10,Size[0]/10-4,Size[1]/10-1)
1248        Size[1] = min(Size[1],250)
1249        self.dataFrame.setSizePosLeft(Size)
1250   
1251    def OnPageChanged(event):
1252        if event:       #page change event!
1253            page = event.GetSelection()
1254        else:
1255            page = self.dataDisplay.GetSelection()
1256        oldPage = self.dataDisplay.ChangeSelection(page)
1257        text = self.dataDisplay.GetPageText(page)
1258        if text == 'Histogram/Phase constraints':
1259            self.Page = [page,'hap']
1260            UpdateHAPConstr()
1261        elif text == 'Histogram constraints':
1262            self.Page = [page,'hst']
1263            UpdateHistConstr()
1264        elif text == 'Phase constraints':
1265            self.Page = [page,'phs']
1266            UpdatePhaseConstr()
1267
1268    def SetStatusLine(text):
1269        Status.SetStatusText(text)                                     
1270       
1271    plegend,hlegend,phlegend = GetPHlegends(Phases,Histograms)
1272    scope = {'hst':['Histogram variables:',hlegend,histList,'Hist',UpdateHistConstr],
1273        'hap':['HAP variables:',phlegend,hapList,'HAP',UpdateHAPConstr],
1274        'phs':['Phase variables:',plegend,phaseList,'Phase',UpdatePhaseConstr]}
1275    if self.dataDisplay:
1276        self.dataDisplay.Destroy()
1277    self.dataFrame.SetMenuBar(self.dataFrame.ConstraintMenu)
1278    self.dataFrame.SetLabel('Constraints')
1279    if not self.dataFrame.GetStatusBar():
1280        Status = self.dataFrame.CreateStatusBar()
1281    SetStatusLine('')
1282   
1283    self.dataFrame.SetMenuBar(self.dataFrame.ConstraintMenu)
1284    self.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddConstraint, id=wxID_CONSTRAINTADD)
1285    self.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddFunction, id=wxID_FUNCTADD)
1286    self.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddEquivalence, id=wxID_EQUIVADD)
1287    self.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddHold, id=wxID_HOLDADD)
1288    self.dataDisplay = GSNoteBook(parent=self.dataFrame,size=self.dataFrame.GetClientSize())
1289   
1290    PhaseConstr = wx.ScrolledWindow(self.dataDisplay)
1291    self.dataDisplay.AddPage(PhaseConstr,'Phase constraints')
1292    HAPConstr = wx.ScrolledWindow(self.dataDisplay)
1293    self.dataDisplay.AddPage(HAPConstr,'Histogram/Phase constraints')
1294    HistConstr = wx.ScrolledWindow(self.dataDisplay)
1295    self.dataDisplay.AddPage(HistConstr,'Histogram constraints')
1296    UpdatePhaseConstr()
1297
1298    self.dataDisplay.Bind(wx.EVT_NOTEBOOK_PAGE_CHANGED, OnPageChanged)
1299   
1300   
1301def UpdateRestraints(self,data):
1302
1303    def OnAddRestraint(event):
1304        page = self.dataDisplay.GetSelection()
1305        print self.dataDisplay.GetPageText(page)
1306
1307    def UpdateAtomRestr():
1308        AtomRestr.DestroyChildren()
1309        dataDisplay = wx.Panel(AtomRestr)
1310        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1311        mainSizer.Add((5,5),0)
1312        mainSizer.Add(wx.StaticText(dataDisplay,-1,'Atom restraint data:'),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1313        mainSizer.Add((5,5),0)
1314
1315
1316        dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
1317        Size = mainSizer.Fit(self.dataFrame)
1318        Size[1] += 26                           #compensate for status bar
1319        dataDisplay.SetSize(Size)
1320        self.dataFrame.setSizePosLeft(Size)
1321       
1322    def UpdatePhaseRestr():
1323        PhaseRestr.DestroyChildren()
1324        dataDisplay = wx.Panel(PhaseRestr)
1325        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1326        mainSizer.Add((5,5),0)
1327        mainSizer.Add(wx.StaticText(dataDisplay,-1,'Phase restraint data:'),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1328        mainSizer.Add((5,5),0)
1329
1330
1331        dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
1332        Size = mainSizer.Fit(self.dataFrame)
1333        Size[1] += 26                           #compensate for status bar
1334        dataDisplay.SetSize(Size)
1335        self.dataFrame.setSizePosLeft(Size)
1336   
1337    def OnPageChanged(event):
1338        page = event.GetSelection()
1339        text = self.dataDisplay.GetPageText(page)
1340        if text == 'Atom restraints':
1341            self.dataFrame.SetMenuBar(self.dataFrame.RestraintMenu)
1342            UpdateAtomRestr()
1343        elif text == 'Phase restraints':
1344            UpdatePhaseRestr()
1345            self.dataFrame.SetMenuBar(self.dataFrame.RestraintMenu)
1346        event.Skip()
1347
1348    if self.dataDisplay:
1349        self.dataDisplay.Destroy()
1350    self.dataFrame.SetMenuBar(self.dataFrame.RestraintMenu)
1351    self.dataFrame.SetLabel('restraints')
1352    self.dataFrame.CreateStatusBar()
1353    self.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddRestraint, id=wxID_RESTRAINTADD)
1354    self.dataDisplay = GSNoteBook(parent=self.dataFrame,size=self.dataFrame.GetClientSize())
1355   
1356    PhaseRestr = wx.ScrolledWindow(self.dataDisplay)
1357    self.dataDisplay.AddPage(PhaseRestr,'Phase restraints')
1358    AtomRestr = wx.ScrolledWindow(self.dataDisplay)
1359    self.dataDisplay.AddPage(AtomRestr,'Atom restraints')
1360    UpdatePhaseRestr()
1361#    AtomRestrData = data['AtomRestr']
1362
1363    self.dataDisplay.Bind(wx.EVT_NOTEBOOK_PAGE_CHANGED, OnPageChanged)       
1364             
1365def UpdateHKLControls(self,data):
1366   
1367    def OnScaleSlider(event):
1368        scale = int(scaleSel.GetValue())/1000.
1369        scaleSel.SetValue(int(scale*1000.))
1370        data['Scale'] = scale*10.
1371        G2plt.PlotSngl(self)
1372       
1373    def OnLayerSlider(event):
1374        layer = layerSel.GetValue()
1375        data['Layer'] = layer
1376        G2plt.PlotSngl(self)
1377       
1378    def OnSelZone(event):
1379        data['Zone'] = zoneSel.GetValue()
1380        G2plt.PlotSngl(self,newPlot=True)
1381       
1382    def OnSelType(event):
1383        data['Type'] = typeSel.GetValue()
1384        G2plt.PlotSngl(self)
1385       
1386    def SetStatusLine():
1387        Status.SetStatusText("look at me!!!")
1388                                     
1389    if self.dataDisplay:
1390        self.dataDisplay.Destroy()
1391    if not self.dataFrame.GetStatusBar():
1392        Status = self.dataFrame.CreateStatusBar()
1393    SetStatusLine()
1394    zones = ['100','010','001']
1395    HKLmax = data['HKLmax']
1396    HKLmin = data['HKLmin']
1397    if data['ifFc']:
1398        typeChoices = ['Fosq','Fo','|DFsq|/sig','|DFsq|>sig','|DFsq|>3sig']
1399    else:
1400        typeChoices = ['Fosq','Fo']
1401    self.dataDisplay = wx.Panel(self.dataFrame)
1402    self.dataFrame.SetMenuBar(self.dataFrame.BlankMenu)
1403    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1404    mainSizer.Add((5,10),0)
1405   
1406    scaleSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1407    scaleSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.dataDisplay,label=' Scale'),0,
1408        wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
1409    scaleSel = wx.Slider(parent=self.dataDisplay,maxValue=1000,minValue=100,
1410        style=wx.SL_HORIZONTAL,value=int(data['Scale']*100))
1411    scaleSizer.Add(scaleSel,1,wx.EXPAND|wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1412    scaleSel.SetLineSize(100)
1413    scaleSel.SetPageSize(900)
1414    scaleSel.Bind(wx.EVT_SLIDER, OnScaleSlider)
1415    mainSizer.Add(scaleSizer,1,wx.EXPAND|wx.RIGHT)
1416   
1417    zoneSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1418    zoneSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.dataDisplay,label=' Zone  '),0,
1419        wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1420    zoneSel = wx.ComboBox(parent=self.dataDisplay,value=data['Zone'],choices=['100','010','001'],
1421        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1422    zoneSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnSelZone)
1423    zoneSizer.Add(zoneSel,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1424    zoneSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.dataDisplay,label=' Plot type  '),0,
1425        wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)       
1426    typeSel = wx.ComboBox(parent=self.dataDisplay,value=data['Type'],choices=typeChoices,
1427        style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1428    typeSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnSelType)
1429    zoneSizer.Add(typeSel,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1430    zoneSizer.Add((10,0),0)   
1431    mainSizer.Add(zoneSizer,1,wx.EXPAND|wx.RIGHT)
1432       
1433    izone = zones.index(data['Zone'])
1434    layerSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1435    layerSizer.Add(wx.StaticText(parent=self.dataDisplay,label=' Layer'),0,
1436        wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND)
1437    layerSel = wx.Slider(parent=self.dataDisplay,maxValue=HKLmax[izone],minValue=HKLmin[izone],
1438        style=wx.SL_HORIZONTAL|wx.SL_AUTOTICKS|wx.SL_LABELS,value=0)
1439    layerSel.SetLineSize(1)
1440    layerSel.SetLineSize(5)
1441    layerSel.Bind(wx.EVT_SLIDER, OnLayerSlider)   
1442    layerSizer.Add(layerSel,1,wx.EXPAND|wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1443    layerSizer.Add((10,0),0)   
1444    mainSizer.Add(layerSizer,1,wx.EXPAND|wx.RIGHT)
1445
1446       
1447    mainSizer.Layout()   
1448    self.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
1449    self.dataDisplay.SetSize(mainSizer.Fit(self.dataFrame))
1450    self.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(self.dataFrame))
1451
1452def GetPatternTreeDataNames(self,dataTypes):
1453    names = []
1454    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)       
1455    while item:
1456        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1457        if name[:4] in dataTypes:
1458            names.append(name)
1459        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1460    return names
1461                         
1462def GetPatternTreeItemId(self, parentId, itemText):
1463    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(parentId)
1464    while item:
1465        if self.PatternTree.GetItemText(item) == itemText:
1466            return item
1467        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(parentId, cookie)
1468    return 0               
1469
1470def MovePatternTreeToGrid(self,item):
1471   
1472#    print self.PatternTree.GetItemText(item)
1473   
1474    oldPage = 0
1475    if self.dataFrame:
1476        self.dataFrame.SetMenuBar(self.dataFrame.BlankMenu)
1477        if self.dataFrame.GetLabel() == 'Comments':
1478            data = [self.dataDisplay.GetValue()]
1479            self.dataDisplay.Clear() 
1480            Id = GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Comments')
1481            if Id: self.PatternTree.SetItemPyData(Id,data)
1482        elif self.dataFrame.GetLabel() == 'Notebook':
1483            data = [self.dataDisplay.GetValue()]
1484            self.dataDisplay.Clear() 
1485            Id = GetPatternTreeItemId(self,self.root, 'Notebook')
1486            if Id: self.PatternTree.SetItemPyData(Id,data)
1487        elif 'Phase Data for' in self.dataFrame.GetLabel():
1488            if self.dataDisplay: 
1489                oldPage = self.dataDisplay.GetSelection()
1490        self.dataFrame.Clear()
1491        self.dataFrame.SetLabel('')
1492    else:
1493        #create the frame for the data item window
1494        self.dataFrame = DataFrame(parent=self.mainPanel)
1495
1496    self.dataFrame.Raise()           
1497    self.PickId = 0
1498    parentID = self.root
1499    self.ExportPattern.Enable(False)
1500    defWid = [250,150]
1501    if item != self.root:
1502        parentID = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1503    if self.PatternTree.GetItemParent(item) == self.root:
1504        self.PatternId = item
1505        self.PickId = item
1506        if self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Notebook':
1507            self.dataFrame.SetMenuBar(self.dataFrame.DataNotebookMenu)
1508            self.PatternId = 0
1509            self.ExportPattern.Enable(False)
1510            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1511            UpdateNotebook(self,data)
1512        elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Controls':
1513            self.PatternId = 0
1514            self.ExportPattern.Enable(False)
1515            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1516            if not data:           #fill in defaults
1517                data = {
1518                    #least squares controls
1519                    'deriv type':'analytic Jacobian','min dM/M':0.0001,'shift factor':1.0,'max cyc':3,
1520                    #Fourier controls
1521                    'mapType':'Fobs','d-max':100.,'d-min':0.2,'histograms':[],
1522                    'stepSize':[0.5,0.5,0.5],'minX':[0.,0.,0.],'maxX':[1.0,1.0,1.0],
1523                    #distance/angle controls
1524                    'distMax':0.0,'angleMax':0.0,'useMapPeaks':False}
1525                self.PatternTree.SetItemPyData(item,data)                             
1526            self.Refine.Enable(True)
1527            self.SeqRefine.Enable(True)
1528            UpdateControls(self,data)
1529        elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Sequental results':
1530            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1531            UpdateSeqResults(self,data)           
1532        elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Covariance':
1533            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1534            self.dataFrame.setSizePosLeft(defWid)
1535            wx.TextCtrl(parent=self.dataFrame,size=self.dataFrame.GetClientSize(),
1536                        value='See plot window for covariance display')
1537            G2plt.PlotCovariance(self)
1538        elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Constraints':
1539            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1540            UpdateConstraints(self,data)
1541        elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Restraints':
1542            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1543            UpdateRestraints(self,data)
1544        elif 'IMG' in self.PatternTree.GetItemText(item):
1545            self.Image = item
1546            G2plt.PlotImage(self,newPlot=True)
1547        elif 'PKS' in self.PatternTree.GetItemText(item):
1548            G2plt.PlotPowderLines(self)
1549        elif 'PWDR' in self.PatternTree.GetItemText(item):
1550            self.ExportPattern.Enable(True)
1551            self.dataFrame.setSizePosLeft(defWid)
1552            wx.TextCtrl(parent=self.dataFrame,size=self.dataFrame.GetClientSize(),
1553                style=wx.TE_MULTILINE,
1554                value='See plot window for powder data display\nor select a data item in histogram')
1555            G2plt.PlotPatterns(self,newPlot=True)
1556        elif 'HKLF' in self.PatternTree.GetItemText(item):
1557            self.Sngl = item
1558            G2plt.PlotSngl(self,newPlot=True)
1559        elif 'PDF' in self.PatternTree.GetItemText(item):
1560            self.PatternId = item
1561            self.ExportPDF.Enable(True)
1562            G2plt.PlotISFG(self,type='S(Q)')
1563        elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Phases':
1564            self.dataFrame.setSizePosLeft(defWid)
1565            wx.TextCtrl(parent=self.dataFrame,size=self.dataFrame.GetClientSize(),
1566                value='Select one phase to see its parameters')           
1567    elif 'I(Q)' in self.PatternTree.GetItemText(item):
1568        self.PickId = item
1569        self.PatternId = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1570        G2plt.PlotISFG(self,type='I(Q)',newPlot=True)
1571    elif 'S(Q)' in self.PatternTree.GetItemText(item):
1572        self.PickId = item
1573        self.PatternId = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1574        G2plt.PlotISFG(self,type='S(Q)',newPlot=True)
1575    elif 'F(Q)' in self.PatternTree.GetItemText(item):
1576        self.PickId = item
1577        self.PatternId = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1578        G2plt.PlotISFG(self,type='F(Q)',newPlot=True)
1579    elif 'G(R)' in self.PatternTree.GetItemText(item):
1580        self.PickId = item
1581        self.PatternId = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1582        G2plt.PlotISFG(self,type='G(R)',newPlot=True)           
1583    elif self.PatternTree.GetItemText(parentID) == 'Phases':
1584        self.PickId = item
1585        data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)           
1586        G2phG.UpdatePhaseData(self,item,data,oldPage)
1587    elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Comments':
1588        self.dataFrame.SetMenuBar(self.dataFrame.DataCommentsMenu)
1589        self.PatternId = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1590        self.PickId = item
1591        data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1592        UpdateComments(self,data)
1593    elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Image Controls':
1594        self.dataFrame.SetTitle('Image Controls')
1595        self.PickId = item
1596        self.Image = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1597        masks = self.PatternTree.GetItemPyData(
1598            GetPatternTreeItemId(self,self.Image, 'Masks'))
1599        data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1600        G2imG.UpdateImageControls(self,data,masks)
1601        G2plt.PlotImage(self)
1602    elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Masks':
1603        self.dataFrame.SetTitle('Masks')
1604        self.PickId = item
1605        self.Image = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1606        data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1607        G2imG.UpdateMasks(self,data)
1608        G2plt.PlotImage(self)
1609    elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'HKL Plot Controls':
1610        self.PickId = item
1611        self.Sngl = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1612        data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1613        UpdateHKLControls(self,data)
1614        G2plt.PlotSngl(self)
1615    elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'PDF Controls':
1616        self.PatternId = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1617        self.ExportPDF.Enable(True)
1618        self.PickId = item
1619        data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1620        G2pdG.UpdatePDFGrid(self,data)
1621        G2plt.PlotISFG(self,type='I(Q)')
1622        G2plt.PlotISFG(self,type='S(Q)')
1623        G2plt.PlotISFG(self,type='F(Q)')
1624        G2plt.PlotISFG(self,type='G(R)')
1625    elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Peak List':
1626        self.PatternId = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1627        self.ExportPeakList.Enable(True)
1628        self.PickId = item
1629        data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1630        G2pdG.UpdatePeakGrid(self,data)
1631        G2plt.PlotPatterns(self)
1632    elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Background':
1633        self.PatternId = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1634        self.PickId = item
1635        data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1636        G2pdG.UpdateBackground(self,data)
1637        G2plt.PlotPatterns(self)
1638    elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Limits':
1639        self.PatternId = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1640        self.PickId = item
1641        data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1642        G2pdG.UpdateLimitsGrid(self,data)
1643        G2plt.PlotPatterns(self)
1644    elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Instrument Parameters':
1645        self.PatternId = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1646        self.PickId = item
1647        data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1648        G2pdG.UpdateInstrumentGrid(self,data)
1649        G2plt.PlotPeakWidths(self)
1650    elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Sample Parameters':
1651        self.PatternId = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1652        self.PickId = item
1653        data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1654
1655        if 'Temperature' not in data:           #temp fix for old gpx files
1656            data = {'Scale':[1.0,True],'Type':'Debye-Scherrer','Absorption':[0.0,False],'DisplaceX':[0.0,False],
1657                'DisplaceY':[0.0,False],'Diffuse':[],'Temperature':300.,'Pressure':1.0,'Humidity':0.0,'Voltage':0.0,
1658                'Force':0.0,'Gonio. radius':200.0}
1659            self.PatternTree.SetItemPyData(item,data)
1660   
1661        G2pdG.UpdateSampleGrid(self,data)
1662        G2plt.PlotPatterns(self)
1663    elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Index Peak List':
1664        self.PatternId = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1665        self.ExportPeakList.Enable(True)
1666        self.PickId = item
1667        data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1668        G2pdG.UpdateIndexPeaksGrid(self,data)
1669        if 'PKS' in self.PatternTree.GetItemText(self.PatternId):
1670            G2plt.PlotPowderLines(self)
1671        else:
1672            G2plt.PlotPatterns(self)
1673    elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Unit Cells List':
1674        self.PatternId = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1675        self.PickId = item
1676        data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1677        if not data:
1678            data.append([0,0.0,4,25.0,0,'P1',1,1,1,90,90,90]) #zero error flag, zero value, max Nc/No, start volume
1679            data.append([0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0])      #Bravais lattice flags
1680            data.append([])                                 #empty cell list
1681            data.append([])                                 #empty dmin
1682            self.PatternTree.SetItemPyData(item,data)                             
1683        G2pdG.UpdateUnitCellsGrid(self,data)
1684        if 'PKS' in self.PatternTree.GetItemText(self.PatternId):
1685            G2plt.PlotPowderLines(self)
1686        else:
1687            G2plt.PlotPatterns(self)
1688    elif self.PatternTree.GetItemText(item) == 'Reflection Lists':
1689        self.PatternId = self.PatternTree.GetItemParent(item)
1690        self.PickId = item
1691        data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1692        self.RefList = ''
1693        if len(data):
1694            self.RefList = data.keys()[0]
1695        G2pdG.UpdateReflectionGrid(self,data)
1696        G2plt.PlotPatterns(self)
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.