source: trunk/GSASIIgrid.py @ 2747

Last change on this file since 2747 was 2747, checked in by vondreele, 5 years ago

fix problem with viewing HKLF entries

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 232.1 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIgrid - data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2017-03-07 20:44:20 +0000 (Tue, 07 Mar 2017) $
5# $Author: vondreele $
6# $Revision: 2747 $
7# $URL: trunk/GSASIIgrid.py $
8# $Id: GSASIIgrid.py 2747 2017-03-07 20:44:20Z vondreele $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIgrid: Basic GUI routines*
12--------------------------------
13
14'''
15import wx
16import wx.grid as wg
17#import wx.wizard as wz
18#import wx.aui
19import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
20import time
21import copy
22import sys
23import os
24import random as ran
25import numpy as np
26import numpy.ma as ma
27import scipy.optimize as so
28import GSASIIpath
29GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2747 $")
30import GSASIImath as G2mth
31import GSASIIIO as G2IO
32import GSASIIstrIO as G2stIO
33import GSASIIlattice as G2lat
34import GSASIIplot as G2plt
35import GSASIIpwdGUI as G2pdG
36import GSASIIimgGUI as G2imG
37import GSASIIphsGUI as G2phG
38import GSASIIspc as G2spc
39import GSASIImapvars as G2mv
40import GSASIIconstrGUI as G2cnstG
41import GSASIIrestrGUI as G2restG
42import GSASIIpy3 as G2py3
43import GSASIIobj as G2obj
44import GSASIIexprGUI as G2exG
45import GSASIIlog as log
46import GSASIIctrls as G2G
47
48# trig functions in degrees
49sind = lambda x: np.sin(x*np.pi/180.)
50tand = lambda x: np.tan(x*np.pi/180.)
51cosd = lambda x: np.cos(x*np.pi/180.)
52
53# Define a short name for convenience
54WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
55
56[ wxID_FOURCALC, wxID_FOURSEARCH, wxID_FOURCLEAR, wxID_PEAKSMOVE, wxID_PEAKSCLEAR, 
57    wxID_CHARGEFLIP, wxID_PEAKSUNIQUE, wxID_PEAKSDELETE, wxID_PEAKSDA,
58    wxID_PEAKSDISTVP, wxID_PEAKSVIEWPT, wxID_FINDEQVPEAKS,wxID_SHOWBONDS,wxID_MULTIMCSA,
59    wxID_SINGLEMCSA,wxID_4DCHARGEFLIP,wxID_TRANSFORMSTRUCTURE,
60] = [wx.NewId() for item in range(17)]
61
62[ wxID_PWDRADD, wxID_HKLFADD, wxID_PWDANALYSIS, wxID_PWDCOPY, wxID_PLOTCTRLCOPY, 
63    wxID_DATADELETE,wxID_DATACOPY,wxID_DATACOPYFLAGS,wxID_DATASELCOPY,wxID_DATAUSE,
64] = [wx.NewId() for item in range(10)]
65
66[ wxID_ATOMSEDITADD, wxID_ATOMSEDITINSERT, wxID_ATOMSEDITDELETE, 
67    wxID_ATOMSMODIFY, wxID_ATOMSTRANSFORM, wxID_ATOMSVIEWADD, wxID_ATOMVIEWINSERT,
68    wxID_RELOADDRAWATOMS,wxID_ATOMSDISAGL,wxID_ATOMMOVE,wxID_MAKEMOLECULE,
69    wxID_ASSIGNATMS2RB,wxID_ATOMSPDISAGL, wxID_ISODISP,wxID_ADDHATOM,wxID_UPDATEHATOM,
70    wxID_WAVEVARY,wxID_ATOMSROTATE, wxID_ATOMSDENSITY,
71    wxID_ATOMSSETALL, wxID_ATOMSSETSEL,
72] = [wx.NewId() for item in range(21)]
73
74[ wxID_DRAWATOMSTYLE, wxID_DRAWATOMLABEL, wxID_DRAWATOMCOLOR, wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, 
75    wxID_DRAWVIEWPOINT, wxID_DRAWTRANSFORM, wxID_DRAWDELETE, wxID_DRAWFILLCELL, 
76    wxID_DRAWADDEQUIV, wxID_DRAWFILLCOORD, wxID_DRAWDISAGLTOR,  wxID_DRAWPLANE,
77    wxID_DRAWDISTVP, wxID_DRAWADDSPHERE,wxID_DRWAEDITRADII,
78] = [wx.NewId() for item in range(15)]
79
80[ wxID_DRAWRESTRBOND, wxID_DRAWRESTRANGLE, wxID_DRAWRESTRPLANE, wxID_DRAWRESTRCHIRAL,
81] = [wx.NewId() for item in range(4)]
82
83[ wxID_ADDMCSAATOM,wxID_ADDMCSARB,wxID_CLEARMCSARB,wxID_MOVEMCSA,wxID_MCSACLEARRESULTS,
84] = [wx.NewId() for item in range(5)]
85
86[ wxID_CLEARTEXTURE,wxID_REFINETEXTURE,
87] = [wx.NewId() for item in range(2)]
88
89[ wxID_LOADDIFFAX,wxID_LAYERSIMULATE,wxID_SEQUENCESIMULATE, wxID_LAYERSFIT, wxID_COPYPHASE,
90] = [wx.NewId() for item in range(5)]
91
92[ wxID_PAWLEYLOAD, wxID_PAWLEYESTIMATE, wxID_PAWLEYUPDATE, wxID_PAWLEYSELALL, wxID_PAWLEYSELNONE,
93  wxID_PAWLEYSELTOGGLE, wxID_PAWLEYSET, 
94] = [wx.NewId() for item in range(7)]
95
96[ wxID_IMCALIBRATE,wxID_IMRECALIBRATE,wxID_IMINTEGRATE, wxID_IMCLEARCALIB,wxID_IMRECALIBALL, 
97    wxID_IMCOPYCONTROLS, wxID_INTEGRATEALL, wxID_IMSAVECONTROLS, wxID_IMLOADCONTROLS, wxID_IMAUTOINTEG,
98    wxID_IMCOPYSELECTED, wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, wxID_IMXFERCONTROLS,wxID_IMRESETDIST,
99] = [wx.NewId() for item in range(14)]
100
101[ wxID_MASKCOPY, wxID_MASKSAVE, wxID_MASKLOAD, wxID_NEWMASKSPOT,wxID_NEWMASKARC,wxID_NEWMASKRING,
102    wxID_NEWMASKFRAME, wxID_NEWMASKPOLY,wxID_MASKLOADNOT,wxID_FINDSPOTS,wxID_DELETESPOTS
103] = [wx.NewId() for item in range(11)]
104
105[ wxID_STRSTACOPY, wxID_STRSTAFIT, wxID_STRSTASAVE, wxID_STRSTALOAD,wxID_STRSTSAMPLE,
106    wxID_APPENDDZERO,wxID_STRSTAALLFIT,wxID_UPDATEDZERO,wxID_STRSTAPLOT,wxID_STRRINGSAVE,
107] = [wx.NewId() for item in range(10)]
108
109[ wxID_BACKCOPY,wxID_LIMITCOPY, wxID_SAMPLECOPY, wxID_SAMPLECOPYSOME, wxID_BACKFLAGCOPY, wxID_SAMPLEFLAGCOPY,
110    wxID_SAMPLESAVE, wxID_SAMPLELOAD,wxID_ADDEXCLREGION,wxID_SETSCALE,wxID_SAMPLE1VAL,wxID_ALLSAMPLELOAD,
111    wxID_MAKEBACKRDF,
112] = [wx.NewId() for item in range(13)]
113
114[ wxID_INSTPRMRESET,wxID_CHANGEWAVETYPE,wxID_INSTCOPY, wxID_INSTFLAGCOPY, wxID_INSTLOAD,
115    wxID_INSTSAVE, wxID_INST1VAL, wxID_INSTCALIB,wxID_INSTSAVEALL,
116] = [wx.NewId() for item in range(9)]
117
118[ wxID_UNDO,wxID_LSQPEAKFIT,wxID_LSQONECYCLE,wxID_RESETSIGGAM,wxID_CLEARPEAKS,wxID_AUTOSEARCH,
119    wxID_PEAKSCOPY, wxID_SEQPEAKFIT,
120] = [wx.NewId() for item in range(8)]
121
122[  wxID_INDXRELOAD, wxID_INDEXPEAKS, wxID_REFINECELL, wxID_COPYCELL, wxID_MAKENEWPHASE,
123    wxID_EXPORTCELLS,
124] = [wx.NewId() for item in range(6)]
125
126[ wxID_CONSTRAINTADD,wxID_EQUIVADD,wxID_HOLDADD,wxID_FUNCTADD,wxID_ADDRIDING,
127  wxID_CONSPHASE, wxID_CONSHIST, wxID_CONSHAP, wxID_CONSGLOBAL,wxID_EQUIVALANCEATOMS,
128] = [wx.NewId() for item in range(10)]
129
130[ wxID_RESTRAINTADD, wxID_RESTSELPHASE,wxID_RESTDELETE, wxID_RESRCHANGEVAL, 
131    wxID_RESTCHANGEESD,wxID_AARESTRAINTADD,wxID_AARESTRAINTPLOT,
132] = [wx.NewId() for item in range(7)]
133
134[ wxID_RIGIDBODYADD,wxID_DRAWDEFINERB,wxID_RIGIDBODYIMPORT,wxID_RESIDUETORSSEQ,
135    wxID_AUTOFINDRESRB,wxID_GLOBALRESREFINE,wxID_RBREMOVEALL,wxID_COPYRBPARMS,
136    wxID_GLOBALTHERM,wxID_VECTORBODYADD
137] = [wx.NewId() for item in range(10)]
138
139[ wxID_RENAMESEQSEL,wxID_SAVESEQSEL,wxID_SAVESEQSELCSV,wxID_SAVESEQCSV,wxID_PLOTSEQSEL,
140  wxID_ORGSEQSEL,wxADDSEQVAR,wxDELSEQVAR,wxEDITSEQVAR,wxCOPYPARFIT,wxID_AVESEQSEL,
141  wxADDPARFIT,wxDELPARFIT,wxEDITPARFIT,wxDOPARFIT,wxADDSEQDIST,wxADDSEQANGLE
142] = [wx.NewId() for item in range(17)]
143
144[ wxID_MODELCOPY,wxID_MODELFIT,wxID_MODELADD,wxID_ELEMENTADD,wxID_ELEMENTDELETE,
145    wxID_ADDSUBSTANCE,wxID_LOADSUBSTANCE,wxID_DELETESUBSTANCE,wxID_COPYSUBSTANCE,
146    wxID_MODELUNDO,wxID_MODELFITALL,wxID_MODELCOPYFLAGS,
147] = [wx.NewId() for item in range(12)]
148
149[ wxID_SELECTPHASE,wxID_PWDHKLPLOT,wxID_PWD3DHKLPLOT,wxID_3DALLHKLPLOT,wxID_MERGEHKL,
150] = [wx.NewId() for item in range(5)]
151
152[ wxID_PDFCOPYCONTROLS, wxID_PDFSAVECONTROLS, wxID_PDFLOADCONTROLS, wxID_PDFCOMPUTE, 
153    wxID_PDFCOMPUTEALL, wxID_PDFADDELEMENT, wxID_PDFDELELEMENT, wxID_PDFPKSFIT,
154    wxID_PDFPKSFITALL,wxID_PDFCOPYPEAKS,wxID_CLEARPDFPEAKS,
155] = [wx.NewId() for item in range(11)]
156
157[ wxID_MCRON,wxID_MCRLIST,wxID_MCRSAVE,wxID_MCRPLAY,
158] = [wx.NewId() for item in range(4)]
159
160VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
161
162commonTrans = {'abc':np.eye(3),'a-cb':np.array([[1,0,0],[0,0,-1],[0,1,0]]),
163    'ba-c':np.array([[0,1,0],[1,0,0],[0,0,-1]]),'-cba':np.array([[0,0,-1],[0,1,0],[1,0,0]]),
164    'bca':np.array([[0,1,0],[0,0,1],[1,0,0]]),'cab':np.array([[0,0,1],[1,0,0],[0,1,0]]),
165    'P->R':np.array([[1,-1,0],[0,1,-1],[1,1,1]]),'R->P':np.array([[2./3,1./3,1./3],[-1./3,1./3,1./3],[-1./3,-2./3,1./3]]),
166    'P->A':np.array([[-1,0,0],[0,-1,1],[0,1,1]]),'R->O':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]),
167    'P->B':np.array([[-1,0,1],[0,-1,0],[1,0,1]]),'B->P':np.array([[-.5,0,.5],[0,-1,0],[.5,0,.5]]),
168    'P->C':np.array([[1,1,0],[1,-1,0],[0,0,-1]]),'C->P':np.array([[.5,.5,0],[.5,-.5,0],[0,0,-1]]),
169    'P->F':np.array([[-1,1,1],[1,-1,1],[1,1,-1]]),'F->P':np.array([[0,.5,.5],[.5,0,.5],[.5,.5,0]]),   
170    'P->I':np.array([[0,1,1],[1,0,1],[1,1,0]]),'I->P':np.array([[-.5,.5,.5],[.5,-.5,.5],[.5,.5,-.5]]),   
171    'A->P':np.array([[-1,0,0],[0,-.5,.5],[0,.5,.5]]),'O->R':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]), 
172    'abc*':np.eye(3), }
173commonNames = ['abc','bca','cab','a-cb','ba-c','-cba','P->A','A->P','P->B','B->P','P->C','C->P',
174    'P->I','I->P','P->F','F->P','P->R','R->P','R->O','O->R','abc*',]
175
176# Should SGMessageBox, SymOpDialog, DisAglDialog be moved?
177
178################################################################################
179#### GSAS-II class definitions
180################################################################################
181
182class SGMessageBox(wx.Dialog):
183    ''' Special version of MessageBox that displays space group & super space group text
184    in two blocks
185    '''
186    def __init__(self,parent,title,text,table,):
187        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
188            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
189        self.text = text
190        self.table = table
191        self.panel = wx.Panel(self)
192        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
193        mainSizer.Add((0,10))
194        for line in text:
195            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
196        ncol = self.table[0].count(',')+1
197        tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
198        for j,item in enumerate(self.table):
199            num,flds = item.split(')')
200            tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s  '%(num+')')),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
201            flds = flds.replace(' ','').split(',')
202            for i,fld in enumerate(flds):
203                if i < ncol-1:
204                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
205                else:
206                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s'%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
207            if not j%2:
208                tableSizer.Add((20,0))
209        mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_LEFT)
210        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
211        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
212        OKbtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
213        OKbtn.SetDefault()
214        btnsizer.AddButton(OKbtn)
215        btnsizer.Realize()
216        mainSizer.Add((0,10))
217        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
218        self.panel.SetSizer(mainSizer)
219        self.panel.Fit()
220        self.Fit()
221        size = self.GetSize()
222        self.SetSize([size[0]+20,size[1]])
223
224    def Show(self):
225        '''Use this method after creating the dialog to post it
226        '''
227        self.ShowModal()
228        return
229
230    def OnOk(self,event):
231        parent = self.GetParent()
232        parent.Raise()
233        self.EndModal(wx.ID_OK)
234
235class SGMagSpinBox(wx.Dialog):
236    ''' Special version of MessageBox that displays magnetic spin text
237    '''
238    def __init__(self,parent,title,text,table,names,spins,):
239        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
240            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER,size=wx.Size(420,350))
241        self.text = text
242        self.table = table
243        self.names = names
244        self.spins = spins
245        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)
246        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
247        mainSizer.Add((0,10))
248        first = text[0].split(':')[-1].strip()
249        cents = [0,]
250        if 'P' != first[0]:
251            cents = text[-1].split(';')
252        for line in text:
253            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
254        ncol = self.table[0].count(',')+2
255        for ic,cent in enumerate(cents):
256            if cent:
257                cent = cent.strip(' (').strip(')+\n') 
258                mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' for (%s)+'%(cent)),0,WACV)
259            tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
260            for j,item in enumerate(self.table):
261                flds = item.split(')')[1]
262                tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  (%2d)  '%(j+1)),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
263                flds = flds.replace(' ','').split(',')
264                for i,fld in enumerate(flds):
265                    if i < ncol-1:
266                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld))
267                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
268                    else:
269                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s '%(fld))
270                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
271                text = wx.StaticText(self.panel,label=' (%s) '%(self.names[j]))
272                if self.spins[j+ic*len(self.table)] < 0:
273                    text.SetForegroundColour('Red')
274                tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
275                if not j%2:
276                    tableSizer.Add((20,0))
277            mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
278           
279        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
280        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
281        OKbtn.SetDefault()
282        btnsizer.AddButton(OKbtn)
283        btnsizer.Realize()
284        mainSizer.Add((0,10))
285        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
286        self.panel.SetSizer(mainSizer)
287        size = np.array(self.GetSize())
288        self.panel.SetupScrolling()
289        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
290        self.panel.SetSize(size)
291        self.panel.SetAutoLayout(1)
292
293    def Show(self):
294        '''Use this method after creating the dialog to post it
295        '''
296        self.ShowModal()
297        return   
298
299################################################################################
300class SymOpDialog(wx.Dialog):
301    '''Class to select a symmetry operator
302    '''
303    def __init__(self,parent,SGData,New=True,ForceUnit=False):
304        wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,'Select symmetry operator',
305            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
306        panel = wx.Panel(self)
307        self.SGData = SGData
308        self.New = New
309        self.Force = ForceUnit
310        self.OpSelected = [0,0,0,[0,0,0],False,False]
311        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
312        if ForceUnit:
313            choice = ['No','Yes']
314            self.force = wx.RadioBox(panel,-1,'Force to unit cell?',choices=choice)
315            self.force.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
316            mainSizer.Add(self.force,0,WACV|wx.TOP,5)
317#        if SGData['SGInv']:
318        choice = ['No','Yes']
319        self.inv = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose inversion?',choices=choice)
320        self.inv.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
321        mainSizer.Add(self.inv,0,WACV)
322        if SGData['SGLatt'] != 'P':
323            LattOp = G2spc.Latt2text(SGData['SGLatt']).split(';')
324            self.latt = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose cell centering?',choices=LattOp)
325            self.latt.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
326            mainSizer.Add(self.latt,0,WACV)
327        if SGData['SGLaue'] in ['-1','2/m','mmm','4/m','4/mmm']:
328            Ncol = 2
329        else:
330            Ncol = 3
331        OpList = []
332        for Opr in SGData['SGOps']:
333            OpList.append(G2spc.MT2text(Opr))
334        self.oprs = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose space group operator?',choices=OpList,
335            majorDimension=Ncol)
336        self.oprs.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
337        mainSizer.Add(self.oprs,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
338        mainSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,"   Choose unit cell?"),0,WACV)
339        cellSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
340        cellName = ['X','Y','Z']
341        self.cell = []
342        for i in range(3):
343            self.cell.append(wx.SpinCtrl(panel,-1,cellName[i],size=wx.Size(50,20)))
344            self.cell[-1].SetRange(-3,3)
345            self.cell[-1].SetValue(0)
346            self.cell[-1].Bind(wx.EVT_SPINCTRL, self.OnOpSelect)
347            cellSizer.Add(self.cell[-1],0,WACV)
348        mainSizer.Add(cellSizer,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
349        if self.New:
350            choice = ['No','Yes']
351            self.new = wx.RadioBox(panel,-1,'Generate new positions?',choices=choice)
352            self.new.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
353            mainSizer.Add(self.new,0,WACV)
354
355        OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
356        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
357        cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
358        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
359        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
360        btnSizer.Add((20,20),1)
361        btnSizer.Add(OkBtn)
362        btnSizer.Add((20,20),1)
363        btnSizer.Add(cancelBtn)
364        btnSizer.Add((20,20),1)
365
366        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
367        panel.SetSizer(mainSizer)
368        panel.Fit()
369        self.Fit()
370
371    def OnOpSelect(self,event):
372#        if self.SGData['SGInv']:
373        self.OpSelected[0] = self.inv.GetSelection()
374        if self.SGData['SGLatt'] != 'P':
375            self.OpSelected[1] = self.latt.GetSelection()
376        self.OpSelected[2] = self.oprs.GetSelection()
377        for i in range(3):
378            self.OpSelected[3][i] = float(self.cell[i].GetValue())
379        if self.New:
380            self.OpSelected[4] = self.new.GetSelection()
381        if self.Force:
382            self.OpSelected[5] = self.force.GetSelection()
383
384    def GetSelection(self):
385        return self.OpSelected
386
387    def OnOk(self,event):
388        parent = self.GetParent()
389        parent.Raise()
390        self.EndModal(wx.ID_OK)
391
392    def OnCancel(self,event):
393        parent = self.GetParent()
394        parent.Raise()
395        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
396       
397################################################################################
398class SphereEnclosure(wx.Dialog):
399    ''' Add atoms within sphere of enclosure to drawing
400   
401    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
402    :param general: general data (includes drawing data)
403    :param atoms: drawing atoms data
404    :param indx: list of selected atoms (may be empty)
405   
406    '''
407    def __init__(self,parent,general,drawing,indx):
408        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
409            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
410        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
411        self.General = general
412        self.Drawing = drawing
413        self.indx = indx
414        self.Sphere = 1.0
415        self.centers = []
416        self.atomTypes = [[item,True] for item in self.General['AtomTypes']]
417       
418        self.Draw()
419       
420    def Draw(self):
421       
422        def OnRadius(event):
423            event.Skip()
424            try:
425                val = float(radius.GetValue())
426                if val < 0.5:
427                    raise ValueError
428                self.Sphere = val
429            except ValueError:
430                pass
431            radius.SetValue('%.3f'%(self.Sphere))
432           
433        def OnAtomType(event):
434            Obj = event.GetEventObject()
435            id = Ind[Obj.GetId()]
436            self.atomTypes[id][1] = Obj.GetValue()
437       
438        self.panel.Destroy()
439        self.panel = wx.Panel(self)
440        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
441        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere of enclosure controls:'),0,WACV)
442        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
443        atoms = []
444        if len(self.indx):
445            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at atoms: '),0,WACV)
446            cx,ct,cs = self.Drawing['atomPtrs'][:3]
447#            print self.Drawing.keys()
448            for id in self.indx:
449                atom = self.Drawing['Atoms'][id]
450                self.centers.append(atom[cx:cx+3])
451                atoms.append('%s(%s)'%(atom[ct-1],atom[cs-1]))
452            topSizer.Add(wx.ComboBox(self.panel,choices=atoms,value=atoms[0],
453                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN),0,WACV)
454        else:
455            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at drawing view point'),0,WACV)
456            self.centers.append(self.Drawing['viewPoint'][0])
457        mainSizer.Add(topSizer,0,WACV)
458        sphereSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
459        sphereSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere radius: '),0,WACV)
460        radius = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f'%(self.Sphere),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
461        radius.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRadius)
462        radius.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRadius)
463        sphereSizer.Add(radius,0,WACV)
464        mainSizer.Add(sphereSizer,0,WACV)
465        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target selected atoms:'),0,WACV)
466        atSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
467        Ind = {}
468        for i,item in enumerate(self.atomTypes):
469            atm = wx.CheckBox(self.panel,label=item[0])
470            atm.SetValue(item[1])
471            atm.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnAtomType)
472            Ind[atm.GetId()] = i
473            atSizer.Add(atm,0,WACV)
474        mainSizer.Add(atSizer,0,WACV)
475       
476        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
477        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
478        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
479        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
480        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
481        btnSizer.Add((20,20),1)
482        btnSizer.Add(OkBtn)
483        btnSizer.Add((20,20),1)
484        btnSizer.Add(cancelBtn)
485        btnSizer.Add((20,20),1)
486       
487        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
488        self.panel.SetSizer(mainSizer)
489        self.panel.Fit()
490        self.Fit()
491       
492    def GetSelection(self):
493        used = []
494        for atm in self.atomTypes:
495            if atm[1]:
496                used.append(str(atm[0]))
497        return self.centers,self.Sphere,used
498
499    def OnOk(self,event):
500        parent = self.GetParent()
501        parent.Raise()
502        self.EndModal(wx.ID_OK)
503
504    def OnCancel(self,event):
505        parent = self.GetParent()
506        parent.Raise()
507        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
508       
509################################################################################
510class TransformDialog(wx.Dialog):
511    ''' Phase transformation
512   
513    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
514    :param phase: phase data
515   
516    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file
517    '''
518    def __init__(self,parent,phase):
519        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
520            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
521        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
522        self.Phase = copy.deepcopy(phase)   #will be a new phase!
523#        self.Super = phase['General']['Super']
524#        if self.Super:
525#            self.Trans = np.eye(4)
526#            self.Vec = np.zeros(4)
527#        else:
528        self.Trans = np.eye(3)
529        self.Vec = np.zeros(3)
530        self.oldSpGrp = phase['General']['SGData']['SpGrp']
531        self.oldSGdata = phase['General']['SGData']
532        self.newSpGrp = self.Phase['General']['SGData']['SpGrp']
533        self.oldCell = phase['General']['Cell'][1:8]
534        self.newCell = self.Phase['General']['Cell'][1:8]
535        self.Common = 'abc'
536        self.ifMag = False
537        self.ifConstr = True
538        self.Draw()
539
540    def Draw(self):
541               
542        def OnMatValue(event):
543            event.Skip()
544            Obj = event.GetEventObject()
545            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
546            val = Obj.GetValue()
547            try:
548                if '/' in val:
549                    vals = val.split('/')
550                    self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
551                else:   
552                    self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
553            except ValueError:
554                pass
555            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
556           
557        def OnVecValue(event):
558            event.Skip()
559            Obj = event.GetEventObject()
560            iy = Ind[Obj.GetId()]
561            val = Obj.GetValue()
562            try:
563                if '/' in val:
564                    vals = val.split('/')
565                    self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
566                else:   
567                    self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
568            except ValueError:
569                pass
570            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
571               
572        def OnCommon(event):
573            Obj = event.GetEventObject()
574            self.Common = Obj.GetValue()
575            if '*' in self.Common:
576                A,B = G2lat.cell2AB(self.oldCell[:6])
577                self.newCell[2:5] = [A[2,2],90.,90.]
578                a,b = G2lat.cell2AB(self.newCell[:6])
579                self.Trans = np.inner(a.T,B)    #correct!
580                self.newSpGrp = 'P 1'
581                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(self.newSpGrp)
582                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
583            else:
584                self.Trans = commonTrans[self.Common]
585            OnTest(event)
586       
587        def OnSpaceGroup(event):
588            event.Skip()
589            Flds = SGTxt.GetValue().split()
590            Flds[0] = Flds[0].upper()
591            #get rid of extra spaces between fields first
592            for fld in Flds: fld = fld.strip()
593            SpcGp = ' '.join(Flds)
594            if SpcGp == self.newSpGrp: #didn't change it!
595                return
596            # try a lookup on the user-supplied name
597            SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpcGp)
598            if SpGrpNorm:
599                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
600            else:
601                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpcGp)
602            if SGErr:
603                text = [G2spc.SGErrors(SGErr)+'\nSpace Group set to previous']
604                SGTxt.SetValue(self.newSpGrp)
605                msg = 'Space Group Error'
606                Style = wx.ICON_EXCLAMATION
607                Text = '\n'.join(text)
608                wx.MessageBox(Text,caption=msg,style=Style)
609            else:
610                text,table = G2spc.SGPrint(SGData)
611                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
612                self.newSpGrp = SpcGp
613                SGTxt.SetValue(self.Phase['General']['SGData']['SpGrp'])
614                msg = 'Space Group Information'
615                SGMessageBox(self.panel,msg,text,table).Show()
616            if self.Phase['General']['Type'] == 'magnetic':
617                Nops = len(SGData['SGOps'])*len(SGData['SGCen'])
618                if SGData['SGInv']:
619                    Nops *= 2
620                SGData['SpnFlp'] = Nops*[1,]
621#            if self.Phase['General']['Type'] in ['modulated',]:
622#                self.Phase['General']['SuperSg'] = SetDefaultSSsymbol()
623#                self.Phase['General']['SSGData'] = G2spc.SSpcGroup(generalData['SGData'],generalData['SuperSg'])[1]
624
625        def OnTest(event):
626            self.newCell = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)
627            wx.CallAfter(self.Draw)
628           
629        def OnMag(event):
630            self.ifMag = mag.GetValue()
631           
632        def OnConstr(event):
633            self.ifConstr = constr.GetValue()
634
635        self.panel.Destroy()
636        self.panel = wx.Panel(self)
637        Ind = {}
638        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
639        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
640        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
641        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix & vector: M*X+V = X'"))
642#        if self.Super:
643#            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
644#        else:
645        commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
646        commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
647        common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames,
648            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
649        common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
650        commonSizer.Add(common,0,WACV)
651        transSizer.Add(commonSizer)
652        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
653        for iy,line in enumerate(self.Trans):
654            for ix,val in enumerate(line):
655                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
656                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
657                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
658                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
659                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
660                Trmat.Add(item)
661            Trmat.Add((25,0),0)
662            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
663                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
664            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
665            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
666            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
667            Trmat.Add(vec)
668        transSizer.Add(Trmat)
669        MatSizer.Add((10,0),0)
670        MatSizer.Add(transSizer)
671        mainSizer.Add(MatSizer)
672        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Old lattice parameters:'),0,WACV)
673        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
674            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.oldCell[0],self.oldCell[1],self.oldCell[2])),0,WACV)
675        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
676            (self.oldCell[3],self.oldCell[4],self.oldCell[5])),0,WACV)
677        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.oldCell[6])),0,WACV)
678        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' New lattice parameters:'),0,WACV)
679        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
680            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.newCell[0],self.newCell[1],self.newCell[2])),0,WACV)
681        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
682            (self.newCell[3],self.newCell[4],self.newCell[5])),0,WACV)
683        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.newCell[6])),0,WACV)
684        sgSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
685        sgSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  Space group: '),0,WACV)
686        SGTxt = wx.TextCtrl(self.panel,value=self.newSpGrp,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
687        SGTxt.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnSpaceGroup)
688        SGTxt.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnSpaceGroup)
689        sgSizer.Add(SGTxt,0,WACV)
690        mainSizer.Add(sgSizer,0,WACV)
691        if 'magnetic' not in self.Phase['General']['Type']:
692            mag = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make new phase magnetic?')
693            mag.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnMag)
694            mainSizer.Add(mag,0,WACV)
695            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
696                label=' NB: Nonmagnetic atoms will be deleted from new phase'),0,WACV)
697            constr = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make constraints between phases?')
698            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
699                label=' Constraints not correct for non-diagonal transforms'),0,WACV)
700            constr.SetValue(self.ifConstr)
701            constr.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnConstr)
702            mainSizer.Add(constr,0,WACV)
703
704        TestBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Test")
705        TestBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, OnTest)
706        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
707        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
708        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
709        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
710        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
711        btnSizer.Add((20,20),1)
712        btnSizer.Add(TestBtn)
713        btnSizer.Add((20,20),1)
714        btnSizer.Add(OkBtn)
715        btnSizer.Add((20,20),1)
716        btnSizer.Add(cancelBtn)
717        btnSizer.Add((20,20),1)
718       
719        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
720        self.panel.SetSizer(mainSizer)
721        self.panel.Fit()
722        self.Fit()
723       
724    def GetSelection(self):
725        if self.ifMag:
726            self.Phase['General']['Name'] += ' mag'
727        else:
728            self.Phase['General']['Name'] += ' %s'%(self.Common)
729        self.Phase['General']['Cell'][1:] = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)           
730        return self.Phase,self.Trans,self.Vec,self.ifMag,self.ifConstr
731
732    def OnOk(self,event):
733        parent = self.GetParent()
734        parent.Raise()
735        self.EndModal(wx.ID_OK)
736
737    def OnCancel(self,event):
738        parent = self.GetParent()
739        parent.Raise()
740        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
741################################################################################
742class UseMagAtomDialog(wx.Dialog):
743    '''Get user selected magnetic atoms after cell transformation
744    '''
745    def __init__(self,parent,Atoms,atCodes):
746        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Magnetic atom selection', 
747            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
748        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
749        self.Atoms = Atoms
750        self.atCodes = atCodes
751        self.Use = len(self.Atoms)*[True,]
752        self.Draw()
753       
754    def Draw(self):
755       
756        def OnUseChk(event):
757            Obj = event.GetEventObject()
758            iuse = Indx[Obj.GetId()]
759            self.Use[iuse] = not self.Use[iuse]
760            Obj.SetValue(self.Use[iuse])
761       
762        self.panel.Destroy()
763        self.panel = wx.Panel(self)
764        Indx = {}
765        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
766       
767        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Name, x, y, z:'),0,WACV)
768        atmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
769        for iuse,[use,atom] in enumerate(zip(self.Use,self.Atoms)):
770            useChk = wx.CheckBox(self.panel,label='Use?')
771            Indx[useChk.GetId()] = iuse
772            useChk.SetValue(use)
773            useChk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnUseChk)
774            atmSizer.Add(useChk,0,WACV)
775            text = ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%(atom[0],atom[3],atom[4],atom[5])
776            atmSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=text),0,WACV)
777        mainSizer.Add(atmSizer)
778       
779        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
780        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
781        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Use All")
782        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
783        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
784        btnSizer.Add((20,20),1)
785        btnSizer.Add(OkBtn)
786        btnSizer.Add((20,20),1)
787        btnSizer.Add(cancelBtn)
788        btnSizer.Add((20,20),1)
789       
790        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
791        self.panel.SetSizer(mainSizer)
792        self.panel.Fit()
793        self.Fit()
794       
795    def GetSelection(self):
796        useAtoms = []
797        useatCodes = []
798        for use,atom,code in zip(self.Use,self.Atoms,self.atCodes):
799            if use:
800                useAtoms.append(atom)
801                useatCodes.append(code)
802        return useAtoms,useatCodes
803
804    def OnOk(self,event):
805        parent = self.GetParent()
806        parent.Raise()
807        self.EndModal(wx.ID_OK)
808
809    def OnCancel(self,event):
810        parent = self.GetParent()
811        parent.Raise()
812        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
813           
814               
815################################################################################
816class RotationDialog(wx.Dialog):
817    ''' Get Rotate & translate matrix & vector - currently not used
818    needs rethinking - possible use to rotate a group of atoms about some
819    vector/origin + translation
820   
821    '''
822    def __init__(self,parent):
823        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Atom group rotation/translation', 
824            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
825        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
826        self.Trans = np.eye(3)
827        self.Vec = np.zeros(3)
828        self.rotAngle = 0.
829        self.rotVec = np.array([0.,0.,1.])
830        self.Expand = ''
831        self.Draw()
832
833    def Draw(self):
834
835        def OnMatValue(event):
836            event.Skip()
837            Obj = event.GetEventObject()
838            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
839            val = Obj.GetValue()
840            if '/' in val:
841                vals = val.split('/')
842                self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
843            else:   
844                self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
845            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
846           
847           
848        def OnVecValue(event):
849            event.Skip()
850            Obj = event.GetEventObject()
851            iy = Ind[Obj.GetId()]
852            val = Obj.GetValue()
853            if '/' in val:
854                vals = val.split('/')
855                self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
856            else:   
857                self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
858            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
859           
860        def OnExpand(event):
861            self.Expand = expand.GetValue()
862           
863        def OnRotAngle(event):
864            event.Skip()
865            self.rotAngle = float(rotangle.GetValue())
866            rotangle.SetValue('%5.3f'%(self.rotAngle))
867            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
868            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
869            self.Draw()
870           
871        def OnRotVec(event):
872            event.Skip()
873            vals = rotvec.GetValue()
874            vals = vals.split()
875            self.rotVec = np.array([float(val) for val in vals])
876            rotvec.SetValue('%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]))
877            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
878            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
879            self.Draw()
880           
881        self.panel.Destroy()
882        self.panel = wx.Panel(self)
883        Ind = {}
884        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
885        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
886        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
887        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix && vector: "+ \
888            "\n B*M*A*(X-V)+V = X'\n A,B: Cartesian transformation matrices"))
889        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
890        for iy,line in enumerate(self.Trans):
891            for ix,val in enumerate(line):
892                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
893                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
894                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
895                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
896                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
897                Trmat.Add(item)
898            Trmat.Add((25,0),0)
899            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
900                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
901            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
902            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
903            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
904            Trmat.Add(vec)
905        transSizer.Add(Trmat)
906        MatSizer.Add((10,0),0)
907        MatSizer.Add(transSizer)
908        mainSizer.Add(MatSizer)
909        rotationBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
910        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Rotation angle: '),0,WACV)
911        rotangle = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.rotAngle),
912            size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
913        rotangle.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotAngle)
914        rotangle.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotAngle)
915        rotationBox.Add(rotangle,0,WACV)
916        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' about vector: '),0,WACV)
917        rotvec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]),
918            size=(100,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
919        rotvec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotVec)
920        rotvec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotVec)
921        rotationBox.Add(rotvec,0,WACV)
922        mainSizer.Add(rotationBox,0,WACV)
923        expandChoice = ['','xy','xz','yz','xyz']
924        expandBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
925        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Expand -1 to +1 on: '),0,WACV)
926        expand = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Expand,choices=expandChoice,
927            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
928        expand.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnExpand)
929        expandBox.Add(expand,0,WACV)
930        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' and find unique atoms '),0,WACV)       
931        mainSizer.Add(expandBox)
932               
933        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
934        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
935        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
936        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
937        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
938        btnSizer.Add((20,20),1)
939        btnSizer.Add(OkBtn)
940        btnSizer.Add((20,20),1)
941        btnSizer.Add(cancelBtn)
942        btnSizer.Add((20,20),1)
943       
944        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
945        self.panel.SetSizer(mainSizer)
946        self.panel.Fit()
947        self.Fit()
948
949    def GetSelection(self):
950        return self.Trans,self.Vec,self.Expand
951
952    def OnOk(self,event):
953        parent = self.GetParent()
954        parent.Raise()
955        self.EndModal(wx.ID_OK)
956
957    def OnCancel(self,event):
958        parent = self.GetParent()
959        parent.Raise()
960        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)   
961       
962################################################################################
963class DIFFaXcontrols(wx.Dialog):
964    ''' Solicit items needed to prepare DIFFaX control.dif file
965    '''
966    def __init__(self,parent,ctrls,parms=None):
967        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'DIFFaX controls', 
968            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
969        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
970        self.ctrls = ctrls
971        self.calcType = 'powder pattern'
972        self.plane = 'h0l'
973        self.planeChoice = ['h0l','0kl','hhl','h-hl',]
974        self.lmax = '2'
975        self.lmaxChoice = [str(i+1) for i in range(6)]
976        self.Parms = parms
977        self.Parm = None
978        if self.Parms != None:
979            self.Parm = self.Parms[0]
980        self.parmRange = [0.,1.]
981        self.parmStep = 2
982        self.Inst = 'Gaussian'
983        self.Draw()
984       
985    def Draw(self):
986       
987        def OnCalcType(event):
988            self.calcType = calcType.GetValue()
989            wx.CallAfter(self.Draw)
990           
991        def OnPlane(event):
992            self.plane = plane.GetValue()
993           
994        def OnMaxL(event):
995            self.lmax = lmax.GetValue()
996           
997        def OnParmSel(event):
998            self.Parm = parmsel.GetValue()
999           
1000        def OnNumStep(event):
1001            self.parmStep = int(numStep.GetValue())
1002           
1003        def OnParmRange(event):
1004            event.Skip()
1005            vals = parmrange.GetValue().split()
1006            try:
1007                vals = [float(vals[0]),float(vals[1])]
1008            except ValueError:
1009                vals = self.parmRange
1010            parmrange.SetValue('%.3f %.3f'%(vals[0],vals[1]))
1011            self.parmRange = vals
1012           
1013        def OnInstSel(event):
1014            self.Inst = instsel.GetValue()
1015       
1016        self.panel.Destroy()
1017        self.panel = wx.Panel(self)
1018        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1019        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Controls for DIFFaX'),0,WACV)
1020        if self.Parms:
1021            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sequential powder pattern simulation'),0,WACV)
1022        else:
1023            calcChoice = ['powder pattern','selected area']
1024            calcSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1025            calcSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select calculation type: '),0,WACV)
1026            calcType = wx.ComboBox(self.panel,value=self.calcType,choices=calcChoice,
1027                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1028            calcType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCalcType)
1029            calcSizer.Add(calcType,0,WACV)
1030            mainSizer.Add(calcSizer)
1031        if self.Parms:
1032            parmSel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1033            parmSel.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select parameter to vary: '),0,WACV)
1034            parmsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Parm,choices=self.Parms,
1035                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1036            parmsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnParmSel)
1037            parmSel.Add(parmsel,0,WACV)
1038            mainSizer.Add(parmSel)
1039            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Enter parameter range & no. steps: '),0,WACV)
1040            parmRange =  wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1041            numChoice = [str(i+1) for i in range(10)]
1042            parmrange = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f %.3f'%(self.parmRange[0],self.parmRange[1]),
1043                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1044            parmrange.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnParmRange)
1045            parmrange.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnParmRange)
1046            parmRange.Add(parmrange,0,WACV)
1047            numStep = wx.ComboBox(self.panel,value=str(self.parmStep),choices=numChoice,
1048                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1049            numStep.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnNumStep)
1050            parmRange.Add(numStep,0,WACV)
1051            mainSizer.Add(parmRange)           
1052        if 'selected' in self.calcType:
1053            planeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1054            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select plane: '),0,WACV)
1055            plane = wx.ComboBox(self.panel,value=self.plane,choices=self.planeChoice,
1056                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1057            plane.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPlane)
1058            planeSizer.Add(plane,0,WACV)
1059            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Max. l index: '),0,WACV)
1060            lmax = wx.ComboBox(self.panel,value=self.lmax,choices=self.lmaxChoice,
1061                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1062            lmax.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaxL)
1063            planeSizer.Add(lmax,0,WACV)           
1064            mainSizer.Add(planeSizer)
1065        else:
1066            instChoice = ['None','Mean Gaussian','Gaussian',]
1067            instSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1068            instSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select instrument broadening: '),0,WACV)
1069            instsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Inst,choices=instChoice,
1070                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1071            instsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnInstSel)
1072            instSizer.Add(instsel,0,WACV)
1073            mainSizer.Add(instSizer)
1074        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1075        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1076        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1077        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1078        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1079        btnSizer.Add((20,20),1)
1080        btnSizer.Add(OkBtn)
1081        btnSizer.Add((20,20),1)
1082        btnSizer.Add(cancelBtn)
1083        btnSizer.Add((20,20),1)
1084       
1085        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1086        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1087        self.panel.Fit()
1088        self.Fit()
1089       
1090    def GetSelection(self):
1091        if 'powder' in self.calcType:
1092            return 'PWDR',self.Inst,self.Parm,self.parmRange,self.parmStep
1093        elif 'selected' in self.calcType:
1094            return 'SADP',self.plane,self.lmax
1095
1096    def OnOk(self,event):
1097        parent = self.GetParent()
1098        parent.Raise()
1099        self.EndModal(wx.ID_OK)
1100
1101    def OnCancel(self,event):
1102        parent = self.GetParent()
1103        parent.Raise()
1104        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1105           
1106       
1107################################################################################
1108class MergeDialog(wx.Dialog):
1109    ''' HKL transformation & merge dialog
1110   
1111    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1112    :param data: HKLF data
1113   
1114    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file     
1115    '''       
1116    def __init__(self,parent,data):
1117        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup HKLF merge', 
1118            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1119        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1120        self.data = data
1121        self.Super = data[1]['Super']
1122        if self.Super:
1123            self.Trans = np.eye(4)
1124        else:
1125            self.Trans = np.eye(3)
1126        self.Cent = 'noncentrosymmetric'
1127        self.Laue = '1'
1128        self.Class = 'triclinic'
1129        self.Common = 'abc'
1130        self.Draw()
1131       
1132    def Draw(self):
1133               
1134        def OnMatValue(event):
1135            event.Skip()
1136            Obj = event.GetEventObject()
1137            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
1138            self.Trans[ix,iy] = float(Obj.GetValue())
1139               
1140        def OnCent(event):
1141            Obj = event.GetEventObject()
1142            self.Cent = Obj.GetValue()
1143            self.Laue = ''
1144            wx.CallAfter(self.Draw)
1145           
1146        def OnLaue(event):
1147            Obj = event.GetEventObject()
1148            self.Laue = Obj.GetValue()
1149            wx.CallAfter(self.Draw)
1150           
1151        def OnClass(event):
1152            Obj = event.GetEventObject()
1153            self.Class = Obj.GetValue()
1154            self.Laue = ''
1155            wx.CallAfter(self.Draw)
1156           
1157        def OnCommon(event):
1158            Obj = event.GetEventObject()
1159            self.Common = Obj.GetValue()
1160            self.Trans = commonTrans[self.Common]
1161            wx.CallAfter(self.Draw)
1162       
1163        self.panel.Destroy()
1164        self.panel = wx.Panel(self)
1165        Ind = {}
1166        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1167        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1168        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1169        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" HKL Transformation matrix: M*H = H'"))
1170        if self.Super:
1171            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
1172        else:
1173            commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1174            commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
1175            common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames[:-1], #not the last one!
1176                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1177            common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
1178            commonSizer.Add(common,0,WACV)
1179            transSizer.Add(commonSizer)
1180            Trmat = wx.FlexGridSizer(3,3,0,0)
1181        for iy,line in enumerate(self.Trans):
1182            for ix,val in enumerate(line):
1183                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
1184                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1185                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
1186                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
1187                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
1188                Trmat.Add(item)
1189        transSizer.Add(Trmat)
1190        MatSizer.Add((10,0),0)
1191        MatSizer.Add(transSizer)
1192        mainSizer.Add(MatSizer)
1193        laueClass = ['triclinic','monoclinic','orthorhombic','trigonal(H)','tetragonal','hexagonal','cubic']
1194        centroLaue = {'triclinic':['-1',],'monoclinic':['2/m','1 1 2/m','2/m 1 1',],
1195            'orthorhombic':['m m m',],'trigonal(H)':['-3','-3 m 1','-3 1 m',],    \
1196            'tetragonal':['4/m','4/m m m',],'hexagonal':['6/m','6/m m m',],'cubic':['m 3','m 3 m']}
1197        noncentroLaue = {'triclinic':['1',],'monoclinic':['2','2 1 1','1 1 2','m','m 1 1','1 1 m',],
1198            'orthorhombic':['2 2 2','m m 2','m 2 m','2 m m',],
1199            'trigonal(H)':['3','3 1 2','3 2 1','3 m 1','3 1 m',],
1200            'tetragonal':['4','-4','4 2 2','4 m m','-4 2 m','-4 m 2',], \
1201            'hexagonal':['6','-6','6 2 2','6 m m','-6 m 2','-6 2 m',],'cubic':['2 3','4 3 2','-4 3 m']}
1202        centChoice = ['noncentrosymmetric','centrosymmetric']
1203        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select Laue class for new lattice:'),0,WACV)
1204        Class = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Class,choices=laueClass,
1205            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1206        Class.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnClass)
1207        mainSizer.Add(Class,0,WACV)
1208        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target Laue symmetry:'),0,WACV)
1209        Cent = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Cent,choices=centChoice,
1210            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1211        Cent.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCent)
1212        mergeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1213        mergeSizer.Add(Cent,0,WACV)
1214        mergeSizer.Add((10,0),0)
1215        Choice = centroLaue[self.Class]
1216        if 'non' in self.Cent:
1217            Choice = noncentroLaue[self.Class]
1218        Laue = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Laue,choices=Choice,
1219            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1220        Laue.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnLaue)
1221        mergeSizer.Add(Laue,0,WACV)
1222        mainSizer.Add(mergeSizer)
1223
1224        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1225        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1226        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1227        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1228        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1229        btnSizer.Add((20,20),1)
1230        if self.Laue:
1231            btnSizer.Add(OkBtn)
1232            btnSizer.Add((20,20),1)
1233        btnSizer.Add(cancelBtn)
1234        btnSizer.Add((20,20),1)
1235       
1236        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1237        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1238        self.panel.Fit()
1239        self.Fit()
1240       
1241    def GetSelection(self):
1242        return self.Trans,self.Cent,self.Laue
1243
1244    def OnOk(self,event):
1245        parent = self.GetParent()
1246        parent.Raise()
1247        self.EndModal(wx.ID_OK)
1248
1249    def OnCancel(self,event):
1250        parent = self.GetParent()
1251        parent.Raise()
1252        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1253
1254       
1255################################################################################
1256class AddHatomDialog(wx.Dialog):
1257    '''H atom addition dialog. After :meth:`ShowModal` returns, the results
1258    are found in dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1259   
1260    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1261    :param dict Neigh: a dict of atom names with list of atom name, dist pairs for neighboring atoms
1262    :param dict phase: a dict containing the phase as defined by
1263      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`   
1264    '''
1265    def __init__(self,parent,Neigh,phase):
1266        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'H atom add', 
1267            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1268        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1269        self.Neigh = Neigh
1270        self.phase = phase
1271        self.Hatoms = []
1272        self.Draw(self.Neigh,self.phase)
1273           
1274    def Draw(self,Neigh,phase):
1275        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1276        by :meth:`__init__`.
1277        '''
1278        def OnHSelect(event):
1279            Obj = event.GetEventObject()
1280            item,i = Indx[Obj.GetId()]
1281            for obj in Indx[item]:
1282                obj.SetValue(False)
1283            Obj.SetValue(True)
1284            self.Neigh[item][2] = i
1285           
1286        def OnBond(event):
1287            Obj = event.GetEventObject()
1288            inei,ibond = Indx[Obj.GetId()]
1289            self.Neigh[inei][1][0][ibond][2] = Obj.GetValue()
1290           
1291        self.panel.Destroy()
1292        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self,style = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1293        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1294        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'H atom add controls for phase %s:'%(phase['General']['Name'])),
1295            0,wx.LEFT|wx.TOP,10)
1296        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'NB: Check selections as they may not be correct'),0,WACV|wx.LEFT,10)
1297        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1," Atom:  Add # H's          Use: Neighbors, dist"),0,wx.TOP|wx.LEFT,5)
1298        nHatms = ['0','1','2','3']
1299        dataSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,0,0)
1300        Indx = {}
1301        for inei,neigh in enumerate(Neigh):
1302            dataSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' %s:  '%(neigh[0])),0,WACV)
1303            nH = 1      #for O atom
1304            if 'C' in neigh[0] or 'N' in neigh[0]:
1305                nH = 4-len(neigh[1][0])
1306            checks = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1307            Ids = []
1308            for i in range(nH+1):
1309                nHs = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=nHatms[i])
1310                if i == neigh[2]:
1311                    nHs.SetValue(True)
1312                Indx[nHs.GetId()] = [inei,i]
1313                Ids.append(nHs)
1314                nHs.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnHSelect)
1315                checks.Add(nHs,0,WACV)
1316            Indx[inei] = Ids
1317            dataSizer.Add(checks,0,WACV)
1318            lineSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1319            for ib,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1320                Bond = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=': %s, %.3f'%(bond[0],bond[1]))
1321                Bond.SetValue(bond[2])
1322                Indx[Bond.GetId()] = [inei,ib]
1323                Bond.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBond)               
1324                lineSizer.Add(Bond,0,WACV)               
1325            dataSizer.Add(lineSizer,0,WACV|wx.RIGHT,10)
1326        mainSizer.Add(dataSizer,0,wx.LEFT,5)
1327
1328        CancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Cancel')
1329        CancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1330        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Ok')
1331        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1332        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1333        btnSizer.Add((20,20),1)
1334        btnSizer.Add(OkBtn)
1335        btnSizer.Add((20,20),1)
1336        btnSizer.Add(CancelBtn)
1337        btnSizer.Add((20,20),1)
1338        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1339        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1340        size = np.array(self.GetSize())
1341        self.panel.SetupScrolling()
1342        self.panel.SetAutoLayout(1)
1343        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
1344        self.panel.SetSize(size)
1345       
1346    def GetData(self):
1347        'Returns the values from the dialog'
1348        for neigh in self.Neigh:
1349            for ibond,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1350                if not bond[2]:
1351                    neigh[1][1][1][ibond] = 0   #deselected bond
1352            neigh[1][1][1] = [a for a in  neigh[1][1][1] if a]
1353        return self.Neigh       #has #Hs to add for each entry
1354       
1355    def OnOk(self,event):
1356        'Called when the OK button is pressed'
1357        parent = self.GetParent()
1358        parent.Raise()
1359        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1360
1361    def OnCancel(self,event):
1362        parent = self.GetParent()
1363        parent.Raise()
1364        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1365
1366################################################################################
1367class DisAglDialog(wx.Dialog):
1368    '''Distance/Angle Controls input dialog. After
1369    :meth:`ShowModal` returns, the results are found in
1370    dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1371
1372    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1373    :param dict data: a dict containing the current
1374      search ranges or an empty dict, which causes default values
1375      to be used.
1376      Will be used to set element `DisAglCtls` in
1377      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`
1378    :param dict default:  A dict containing the default
1379      search ranges for each element.
1380    :param bool Reset: if True (default), show Reset button
1381    :param bool Angle: if True (default), show angle radii
1382    '''
1383    def __init__(self,parent,data,default,Reset=True,Angle=True):
1384        text = 'Distance Angle Controls'
1385        if not Angle:
1386            text = 'Distance Controls'
1387        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,text, 
1388            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1389        self.default = default
1390        self.Reset = Reset
1391        self.Angle = Angle
1392        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1393        self._default(data,self.default)
1394        self.Draw(self.data)
1395               
1396    def _default(self,data,default):
1397        '''Set starting values for the search values, either from
1398        the input array or from defaults, if input is null
1399        '''
1400        if data:
1401            self.data = copy.deepcopy(data) # don't mess with originals
1402        else:
1403            self.data = {}
1404            self.data['Name'] = default['Name']
1405            self.data['Factors'] = [0.85,0.85]
1406            self.data['AtomTypes'] = default['AtomTypes']
1407            self.data['BondRadii'] = default['BondRadii'][:]
1408            self.data['AngleRadii'] = default['AngleRadii'][:]
1409
1410    def Draw(self,data):
1411        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1412        by :meth:`__init__`.
1413        '''
1414        self.panel.Destroy()
1415        self.panel = wx.Panel(self)
1416        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1417        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Controls for phase '+data['Name']),
1418            0,WACV|wx.LEFT,10)
1419        mainSizer.Add((10,10),1)
1420       
1421        ncol = 3
1422        if not self.Angle:
1423            ncol=2
1424        radiiSizer = wx.FlexGridSizer(0,ncol,5,5)
1425        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' Type'),0,WACV)
1426        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Bond radii'),0,WACV)
1427        if self.Angle:
1428            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Angle radii'),0,WACV)
1429        self.objList = {}
1430        for id,item in enumerate(self.data['AtomTypes']):
1431            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' '+item),0,WACV)
1432            bRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['BondRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1433            radiiSizer.Add(bRadii,0,WACV)
1434            if self.Angle:
1435                aRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['AngleRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1436                radiiSizer.Add(aRadii,0,WACV)
1437        mainSizer.Add(radiiSizer,0,wx.EXPAND)
1438        if self.Angle:
1439            factorSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
1440            Names = ['Bond','Angle']
1441            for i,name in enumerate(Names):
1442                factorSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,name+' search factor'),0,WACV)
1443                bondFact = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['Factors'],i,nDig=(10,3),typeHint=float)
1444                factorSizer.Add(bondFact)
1445            mainSizer.Add(factorSizer,0,wx.EXPAND)
1446       
1447        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1448        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1449        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1450        btnSizer.Add((20,20),1)
1451        btnSizer.Add(OkBtn)
1452        if self.Reset:
1453            ResetBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Reset')
1454            ResetBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnReset)
1455            btnSizer.Add(ResetBtn)
1456        btnSizer.Add((20,20),1)
1457        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1458        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1459        self.panel.Fit()
1460        self.Fit()
1461   
1462    def GetData(self):
1463        'Returns the values from the dialog'
1464        return self.data
1465       
1466    def OnOk(self,event):
1467        'Called when the OK button is pressed'
1468        parent = self.GetParent()
1469        parent.Raise()
1470        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1471       
1472    def OnReset(self,event):
1473        'Called when the Reset button is pressed'
1474        data = {}
1475        self._default(data,self.default)
1476        self.Draw(self.data)
1477               
1478################################################################################
1479class ShowLSParms(wx.Dialog):
1480    '''Create frame to show least-squares parameters
1481    '''
1482    def __init__(self,parent,title,parmDict,varyList,fullVaryList,
1483                 size=(300,430)):
1484       
1485        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,size=size,
1486                           style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
1487        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in DrawPanel!
1488        self.parmChoice = 'Phase'
1489        self.parmDict = parmDict
1490        self.varyList = varyList
1491        self.fullVaryList = fullVaryList
1492
1493        self.parmNames = parmDict.keys()
1494        self.parmNames.sort()
1495        splitNames = [item.split(':') for item in self.parmNames if len(item) > 3 and not isinstance(self.parmDict[item],basestring)]
1496        self.globNames = [':'.join(item) for item in splitNames if not item[0] and not item[1]]
1497        self.globVars = list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if not item[0] and not item[1]]))
1498        self.globVars.sort()
1499        self.hisNames = [':'.join(item) for item in splitNames if not item[0]]
1500        self.hisNums = list(set([int(item.split(':')[1]) for item in self.hisNames]))
1501        self.hisNums.sort()
1502        self.hisNums = [' ',]+[str(item) for item in self.hisNums]
1503        self.hisVars = list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if not item[0]]))
1504        self.hisVars.sort()
1505        self.phasNames = [':'.join(item) for item in splitNames if not item[1] and 'is' not in item[2]]
1506        self.phasNums = [' ',]+list(set([item.split(':')[0] for item in self.phasNames]))
1507        if '' in self.phasNums: self.phasNums.remove('')
1508        self.phasVars = list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if not item[1] and 'is' not in item[2]]))
1509        self.phasVars.sort()
1510        self.phasNums.sort()
1511        self.hapNames = [':'.join(item) for item in splitNames if item[0] and item[1]]
1512        self.hapVars = list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if item[0] and item[1]]))
1513        self.hapVars.sort()
1514        self.hisNum = '0'
1515        self.phasNum = '0'
1516        self.varName = ' '
1517        self.listSel = 'Refined'
1518        self.DrawPanel()
1519       
1520           
1521    def DrawPanel(self):
1522           
1523        def _OnParmSel(event):
1524            self.parmChoice = parmSel.GetStringSelection()
1525            self.varName = ' '
1526            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1527           
1528        def OnPhasSel(event):
1529            event.Skip()
1530            self.phasNum = phasSel.GetValue()
1531            self.varName = ' '
1532            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1533
1534        def OnHistSel(event):
1535            event.Skip()
1536            self.hisNum = histSel.GetValue()
1537            self.varName = ' '
1538            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1539           
1540        def OnVarSel(event):
1541            self.varName = varSel.GetValue()
1542            self.phasNum = ' '
1543            self.hisNum = ' '
1544            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1545           
1546        def OnListSel(event):
1547            self.listSel = listSel.GetStringSelection()
1548            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1549
1550        if self.panel:
1551            self.panel.DestroyChildren()
1552        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1553        num = len(self.varyList)
1554        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Number of refined variables: '+str(num)),0)
1555        if len(self.varyList) != len(self.fullVaryList):
1556            num = len(self.fullVaryList) - len(self.varyList)
1557            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' + '+str(num)+' parameters are varied via constraints'))
1558        choiceDict = {'Global':self.globNames,'Phase':self.phasNames,'Phase/Histo':self.hapNames,'Histogram':self.hisNames}
1559        choice = ['Phase','Phase/Histo','Histogram']
1560        if len(self.globNames):
1561            choice += ['Global',]
1562        parmSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,5,5)
1563        parmSel = wx.RadioBox(self.panel,wx.ID_ANY,'Parameter type:',choices=choice,
1564            majorDimension=1,style=wx.RA_SPECIFY_COLS)
1565        parmSel.Bind(wx.EVT_RADIOBOX,_OnParmSel)
1566        parmSel.SetStringSelection(self.parmChoice)
1567        parmSizer.Add(parmSel,0)
1568        numSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1569        numSizer.Add((5,25),0)
1570        if self.parmChoice in ['Phase','Phase/Histo'] and len(self.phasNums) > 1:
1571            numSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='Phase'),0)
1572            phasSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.phasNums,value=self.phasNum,
1573                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1574            phasSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPhasSel)
1575            numSizer.Add(phasSel,0)
1576        if self.parmChoice in ['Histogram','Phase/Histo'] and len(self.hisNums) > 1:
1577            numSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='Histogram'),0)
1578            histSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.hisNums,value=self.hisNum,
1579                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1580            histSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnHistSel)
1581#            histSel = wx.TextCtrl(self.panel,size=(50,25),value='0',style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1582#            histSel.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnHistSel)
1583#            histSel.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnHistSel)
1584            numSizer.Add(histSel,0)
1585        parmSizer.Add(numSizer)
1586        varSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1587        varSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='Parameter'))
1588        if self.parmChoice in ['Phase',]:
1589            varSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.phasVars,value=self.varName,
1590                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1591            varSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnVarSel)
1592        elif self.parmChoice in ['Histogram',]:
1593            varSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.hisVars,value=self.varName,
1594                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1595            varSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnVarSel)
1596        elif self.parmChoice in ['Phase/Histo',]:
1597            varSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.hapVars,value=self.varName,
1598                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1599            varSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnVarSel)
1600        if self.parmChoice != 'Global': 
1601            varSizer.Add(varSel,0)
1602            parmSizer.Add(varSizer,0)
1603        mainSizer.Add(parmSizer,0)
1604        listChoice = ['All','Refined']
1605        listSel = wx.RadioBox(self.panel,wx.ID_ANY,'Parameter type:',choices=listChoice,
1606            majorDimension=0,style=wx.RA_SPECIFY_COLS)
1607        listSel.SetStringSelection(self.listSel)
1608        listSel.Bind(wx.EVT_RADIOBOX,OnListSel)
1609        mainSizer.Add(listSel,0)
1610        subSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,hgap=2,vgap=2)
1611        subSizer.Add((-1,-1))
1612        subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'Parameter name  '))
1613        subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'refine?'))
1614        subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'value'),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1615        explainRefine = False
1616        for name in choiceDict[self.parmChoice]:
1617            # skip entries without numerical values
1618            if isinstance(self.parmDict[name],basestring): continue
1619            if 'Refined' in self.listSel and (name not in self.fullVaryList): continue
1620            if 'Phase' in self.parmChoice:
1621                if self.phasNum != ' ' and name.split(':')[0] != self.phasNum: continue
1622            if 'Histo' in self.parmChoice:
1623                if self.hisNum != ' ' and name.split(':')[1] != self.hisNum: continue
1624            if (self.varName != ' ') and (self.varName not in name): continue
1625            try:
1626                value = G2py3.FormatSigFigs(self.parmDict[name])
1627            except TypeError:
1628                value = str(self.parmDict[name])+' -?' # unexpected
1629                #continue
1630            v = G2obj.getVarDescr(name)
1631            if v is None or v[-1] is None:
1632                subSizer.Add((-1,-1))
1633            else:               
1634                ch = G2G.HelpButton(self.panel,G2obj.fmtVarDescr(name))
1635                subSizer.Add(ch,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|WACV|wx.ALIGN_CENTER,1)
1636            subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,str(name)))
1637            if name in self.varyList:
1638                subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'R'))
1639            elif name in self.fullVaryList:
1640                subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'C'))
1641                explainRefine = True
1642            else:
1643                subSizer.Add((-1,-1))
1644            subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,value),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1645
1646        mainSizer.Add(subSizer,0)
1647        if explainRefine:
1648            mainSizer.Add(
1649                wx.StaticText(self.panel,label='"R" indicates a refined variable\n'+
1650                    '"C" indicates generated from a constraint'),0, wx.ALL,0)
1651        # make OK button
1652        btnsizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1653        btn = wx.Button(self.panel, wx.ID_CLOSE,"Close") 
1654        btn.Bind(wx.EVT_BUTTON,self._onClose)
1655        btnsizer.Add(btn)
1656        mainSizer.Add(btnsizer, 0, wx.ALIGN_CENTER|wx.ALL, 5)
1657        # Allow window to be enlarged but not made smaller
1658        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1659        self.panel.SetAutoLayout(1)
1660        self.panel.SetupScrolling()
1661        self.panel.SetMinSize(self.GetSize())
1662
1663    def _onClose(self,event):
1664        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1665 
1666################################################################################
1667class DataFrame(wx.Frame):
1668    '''Create the data item window and all the entries in menus used in
1669    that window. For Linux and windows, the menu entries are created for the
1670    current data item window, but in the Mac the menu is accessed from all
1671    windows. This means that a different menu is posted depending on which
1672    data item is posted. On the Mac, all the menus contain the data tree menu
1673    items, but additional menus are added specific to the data item.
1674
1675    Note that while the menus are created here,
1676    the binding for the menus is done later in various GSASII*GUI modules,
1677    where the functions to be called are defined.
1678    '''
1679    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
1680        '''Override the Bind() function: on the Mac the binding is to
1681        the main window, so that menus operate with any window on top.
1682        For other platforms, either wrap calls that will be logged
1683        or call the default wx.Frame Bind() to bind to the menu item directly.
1684
1685        Note that bindings can be made to objects by Id or by direct reference to the
1686        object. As a convention, when bindings are to objects, they are not logged
1687        but when bindings are by Id, they are logged.
1688        '''
1689        if sys.platform == "darwin": # mac
1690            self.G2frame.Bind(eventtype,handler,*args,**kwargs)
1691            return
1692        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
1693            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self.G2frame,handler)
1694            if menulabels:
1695                #print 'intercepting bind for',handler,menulabels,kwargs['id']
1696                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.G2frame.MenuBinding,*args,**kwargs)
1697                return
1698            wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
1699       
1700    def PrefillDataMenu(self,menu,empty=False):
1701        '''Create the "standard" part of data frame menus. Note that on Linux and
1702        Windows nothing happens here. On Mac, this menu duplicates the
1703        tree menu, but adds an extra help command for the data item and a separator.
1704        '''
1705        self.datamenu = menu
1706        self.G2frame.dataMenuBars.append(menu)
1707        if sys.platform == "darwin": # mac                         
1708            self.G2frame.FillMainMenu(menu,addhelp=False) # add the data tree menu items
1709            if not empty:
1710                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add a separator
1711       
1712    def PostfillDataMenu(self,empty=False):
1713        '''Add the help menu to the data frame menus. Note that on Linux and
1714        Windows, this is the standard help Menu but without the update commands but adds an extra help
1715        command for the data item.
1716        On Mac, this is the entire help menu including the update commands, a separator and the
1717        extra help command for the data item.
1718        '''
1719        menu = self.datamenu
1720        if sys.platform == "darwin": # mac
1721            if not empty:
1722                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add another separator
1723            HelpMenu=G2G.MyHelp(self,includeTree=True,
1724                morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials'),])
1725            menu.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1726        else: # other
1727            menu.Append(menu=G2G.MyHelp(self),title='&Help')
1728
1729    def _init_menus(self):
1730        'define all GSAS-II data frame menus'
1731
1732        # for use where no menu or data frame help is provided
1733        self.BlankMenu = wx.MenuBar()
1734       
1735        # Controls
1736        self.ControlsMenu = wx.MenuBar()
1737        self.PrefillDataMenu(self.ControlsMenu,empty=True)
1738        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1739       
1740        # Notebook
1741        self.DataNotebookMenu = wx.MenuBar() 
1742        self.PrefillDataMenu(self.DataNotebookMenu,empty=True)
1743        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1744       
1745        # Comments
1746        self.DataCommentsMenu = wx.MenuBar()
1747        self.PrefillDataMenu(self.DataCommentsMenu,empty=True)
1748        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1749       
1750        # Constraints
1751        self.ConstraintMenu = wx.MenuBar()
1752        self.PrefillDataMenu(self.ConstraintMenu)
1753        self.ConstraintTab = wx.Menu(title='')
1754        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintTab, title='Select tab')
1755        for id,txt in (
1756            (wxID_CONSPHASE,'Phase'),
1757            (wxID_CONSHAP,'Histogram/Phase'),
1758            (wxID_CONSHIST,'Histogram'),
1759            (wxID_CONSGLOBAL,'Global')):
1760            self.ConstraintTab.Append(
1761                id=id, kind=wx.ITEM_NORMAL,text=txt,
1762                help='Select '+txt+' constraint editing tab')
1763        self.ConstraintEdit = wx.Menu(title='')
1764        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintEdit, title='Edit Constr.') # renamed from Edit due to Mac adding extra items to menu
1765        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_HOLDADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add hold',
1766            help='Prevent refinement of parameter values')
1767        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equivalence',
1768            help='Force parameter values to be equivalent')
1769        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_CONSTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add constraint equation',
1770            help='Add a constraint equation to apply to parameter values')
1771        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_FUNCTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add New Var',
1772            help='Create a variable composed of existing parameters')
1773        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVALANCEATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make atoms equivalent',
1774            help='Force atom parameter values to be equivalent')
1775        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_EQUIVALANCEATOMS,False)
1776#        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_ADDRIDING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add H riding constraints',
1777#            help='Add H atom riding constraints between atom parameter values')
1778#        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_ADDRIDING,False)
1779        self.PostfillDataMenu()
1780
1781        # item = self.ConstraintEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update GUI')
1782        # def UpdateGSASIIconstrGUI(event):
1783        #     import GSASIIconstrGUI
1784        #     reload(GSASIIconstrGUI)
1785        #     import GSASIIobj
1786        #     reload(GSASIIobj)
1787        # self.Bind(wx.EVT_MENU,UpdateGSASIIconstrGUI,id=item.GetId())
1788
1789        # Rigid bodies
1790        self.RigidBodyMenu = wx.MenuBar()
1791        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodyMenu)
1792        self.ResidueRBMenu = wx.Menu(title='')
1793        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYIMPORT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import XYZ',
1794            help='Import rigid body XYZ from file')
1795        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RESIDUETORSSEQ, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define sequence',
1796            help='Define torsion sequence')
1797        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import residues',
1798            help='Import residue rigid bodies from macro file')
1799        self.RigidBodyMenu.Append(menu=self.ResidueRBMenu, title='Edit Body')
1800        self.PostfillDataMenu()
1801
1802        self.VectorBodyMenu = wx.MenuBar()
1803        self.PrefillDataMenu(self.VectorBodyMenu)
1804        self.VectorRBEdit = wx.Menu(title='')
1805        self.VectorRBEdit.Append(id=wxID_VECTORBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body',
1806            help='Add vector rigid body')
1807        self.VectorBodyMenu.Append(menu=self.VectorRBEdit, title='Edit Vector Body')
1808        self.PostfillDataMenu()
1809
1810                   
1811        # Restraints
1812        self.RestraintTab = wx.Menu(title='')
1813        self.RestraintEdit = wx.Menu(title='')
1814        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTSELPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase',
1815            help='Select phase')
1816        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add restraints',
1817            help='Add restraints')
1818        self.RestraintEdit.Enable(wxID_RESTRAINTADD,True)    #gets disabled if macromolecule phase
1819        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add residue restraints',
1820            help='Add residue based restraints for macromolecules from macro file')
1821        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTADD,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1822        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot residue restraints',
1823            help='Plot selected residue based restraints for macromolecules from macro file')
1824        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTPLOT,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1825        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESRCHANGEVAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change value',
1826            help='Change observed value')
1827        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTCHANGEESD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change esd',
1828            help='Change esd in observed value')
1829        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete restraints',
1830            help='Delete selected restraints')
1831
1832        self.RestraintMenu = wx.MenuBar()
1833        self.PrefillDataMenu(self.RestraintMenu)
1834        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintTab, title='Select tab')
1835        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintEdit, title='Edit Restr.')
1836        self.PostfillDataMenu()
1837           
1838        # Sequential results
1839        self.SequentialMenu = wx.MenuBar()
1840        self.PrefillDataMenu(self.SequentialMenu)
1841        self.SequentialFile = wx.Menu(title='')
1842        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialFile, title='Columns')
1843        self.SequentialFile.Append(id=wxID_RENAMESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rename selected',
1844            help='Rename selected sequential refinement columns')
1845        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as text',
1846            help='Save selected sequential refinement results as a text file')
1847        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all as CSV',
1848            help='Save all sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1849        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSELCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as CSV',
1850            help='Save selected sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1851        self.SequentialFile.Append(id=wxID_PLOTSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot selected',
1852            help='Plot selected sequential refinement results')
1853        self.SequentialFile.Append(id=wxID_AVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Compute average',
1854            help='Compute average for selected parameter')           
1855        self.SequentialFile.Append(id=wxID_ORGSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reorganize',
1856            help='Reorganize variables where variables change')
1857        self.SequentialPvars = wx.Menu(title='')
1858        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPvars, title='Pseudo Vars')
1859        self.SequentialPvars.Append(
1860            id=wxADDSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Formula',
1861            help='Add a new custom pseudo-variable')
1862        self.SequentialPvars.Append(
1863            id=wxADDSEQDIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Distance',
1864            help='Add a new bond distance pseudo-variable')
1865        self.SequentialPvars.Append(
1866            id=wxADDSEQANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Angle',
1867            help='Add a new bond angle pseudo-variable')
1868        self.SequentialPvars.Append(
1869            id=wxDELSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete',
1870            help='Delete an existing pseudo-variable')
1871        self.SequentialPvars.Append(
1872            id=wxEDITSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit',
1873            help='Edit an existing pseudo-variable')
1874
1875        self.SequentialPfit = wx.Menu(title='')
1876        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPfit, title='Parametric Fit')
1877        self.SequentialPfit.Append(
1878            id=wxADDPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equation',
1879            help='Add a new equation to minimize')
1880        self.SequentialPfit.Append(
1881            id=wxCOPYPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy equation',
1882            help='Copy an equation to minimize - edit it next')
1883        self.SequentialPfit.Append(
1884            id=wxDELPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete equation',
1885            help='Delete an equation for parametric minimization')
1886        self.SequentialPfit.Append(
1887            id=wxEDITPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit equation',
1888            help='Edit an existing parametric minimization equation')
1889        self.SequentialPfit.Append(
1890            id=wxDOPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit to equation(s)',
1891            help='Perform a parametric minimization')
1892        # fill sequential Export menu
1893        self.SeqExportLookup = {}
1894        self.SequentialEx = wx.Menu(title='')
1895        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialEx, title='Seq Export')
1896        for lbl,txt in (('Phase','Export selected phase(s)'),
1897                        ('Project','Export entire sequential fit')):
1898            objlist = []
1899            for obj in self.G2frame.exporterlist:
1900                if lbl.lower() in obj.exporttype:
1901                    try:
1902                        obj.Writer
1903                    except AttributeError:
1904                        continue
1905                    objlist.append(obj)
1906            if objlist:
1907                submenu = wx.Menu()
1908                item = self.SequentialEx.AppendMenu(
1909                    wx.ID_ANY, lbl+' as',
1910                    submenu, help=txt)
1911                for obj in objlist:
1912                    item = submenu.Append(
1913                        wx.ID_ANY,
1914                        help=obj.longFormatName,
1915                        kind=wx.ITEM_NORMAL,
1916                        text=obj.formatName)
1917                    self.SeqExportLookup[item.GetId()] = (obj,lbl) # lookup table for submenu item
1918       
1919        self.PostfillDataMenu()
1920           
1921        # PWDR & SASD
1922        self.PWDRMenu = wx.MenuBar()
1923        self.PrefillDataMenu(self.PWDRMenu)
1924        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1925        self.PWDRMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1926        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1927            help='Error analysis on powder pattern')
1928        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1929            help='Copy of PWDR parameters')
1930        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PLOTCTRLCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy plot controls',
1931            help='Copy of PWDR plot controls')
1932        self.moveDiffCurve = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move diff. curve',
1933            help='Click on position where difference curve is placed')
1934        self.moveTickLoc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move ticks',
1935            help='Move mouse to where tick marks should be positioned')
1936        self.moveTickSpc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set tick space',
1937            help='Click to set spacing between phase tick marks')
1938        self.PostfillDataMenu()
1939           
1940        # HKLF
1941        self.HKLFMenu = wx.MenuBar()
1942        self.PrefillDataMenu(self.HKLFMenu)
1943        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1944        self.HKLFMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1945        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1946            help='Error analysis on single crystal data')
1947        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_MERGEHKL,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Merge HKLs',
1948            help='Transform & merge HKLF data to new histogram')
1949        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
1950            help='Plot HKLs from single crystal data in 3D')
1951        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_3DALLHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot all 3D HKLs',
1952            help='Plot HKLs from all single crystal data in 3D')
1953        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1954            help='Copy of HKLF parameters')
1955        self.PostfillDataMenu()
1956           
1957        # PWDR / Limits
1958        self.LimitMenu = wx.MenuBar()
1959        self.PrefillDataMenu(self.LimitMenu)
1960        self.LimitEdit = wx.Menu(title='')
1961        self.LimitMenu.Append(menu=self.LimitEdit, title='Edit Limits')
1962        self.LimitEdit.Append(id=wxID_LIMITCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1963            help='Copy limits to other histograms')
1964        self.LimitEdit.Append(id=wxID_ADDEXCLREGION, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add exclude',
1965            help='Add excluded region - select a point on plot; drag to adjust')           
1966        self.PostfillDataMenu()
1967           
1968        # PDR / Background
1969        self.BackMenu = wx.MenuBar()
1970        self.PrefillDataMenu(self.BackMenu)
1971        self.BackEdit = wx.Menu(title='')
1972        self.BackMenu.Append(menu=self.BackEdit, title='File')
1973        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1974            help='Copy background parameters to other histograms')
1975        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1976            help='Copy background refinement flags to other histograms')
1977        self.BackEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks',
1978            help='Move background peaks to Peak List')
1979        self.BackEdit.Append(id=wxID_MAKEBACKRDF, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot RDF',
1980            help='Plot radial distribution from differences')
1981        self.BackFixed = wx.Menu(title='') # fixed background point menu
1982        self.BackMenu.Append(menu=self.BackFixed, title='Fixed Points')
1983        self.wxID_BackPts = {}
1984        self.wxID_BackPts['Add'] = wx.NewId() # N.B. not using wxID_ global as for other menu items
1985        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Add'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Add',
1986            help='Add fixed background points with mouse clicks')
1987        self.wxID_BackPts['Move'] = wx.NewId() 
1988        item = self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Move'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Move',
1989            help='Move selected fixed background points with mouse drags')
1990        item.Check(True)
1991        self.wxID_BackPts['Del'] = wx.NewId()
1992        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Del'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Delete',
1993            help='Delete fixed background points with mouse clicks')
1994        self.wxID_BackPts['Clear'] = wx.NewId() 
1995        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Clear'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear',
1996            help='Clear fixed background points')
1997        self.wxID_BackPts['Fit'] = wx.NewId() 
1998        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Fit'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit background',
1999            help='Fit background function to fixed background points')
2000        self.PostfillDataMenu()
2001           
2002        # PDR / Instrument Parameters
2003        self.InstMenu = wx.MenuBar()
2004        self.PrefillDataMenu(self.InstMenu)
2005        self.InstEdit = wx.Menu(title='')
2006        self.InstMenu.Append(menu=self.InstEdit, title='Operations')
2007        self.InstEdit.Append(help='Calibrate from indexed peaks', 
2008            id=wxID_INSTCALIB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')           
2009        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
2010            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')           
2011        self.InstEdit.Append(help='Load instrument profile parameters from file', 
2012            id=wxID_INSTLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load profile...')           
2013        self.InstEdit.Append(help='Save instrument profile parameters to file', 
2014            id=wxID_INSTSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save profile...')
2015        self.InstEdit.Append(help='Save all instrument profile parameters to one file', 
2016            id=wxID_INSTSAVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all profile...')           
2017        self.InstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
2018            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
2019        self.InstEdit.Append(id=wxID_INSTFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2020            help='Copy instrument parameter refinement flags to other histograms')
2021#        self.InstEdit.Append(help='Change radiation type (Ka12 - synch)',
2022#            id=wxID_CHANGEWAVETYPE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change radiation')
2023        self.InstEdit.Append(id=wxID_INST1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
2024            help='Set one instrument parameter value across multiple histograms')
2025
2026        self.PostfillDataMenu()
2027       
2028        # PDR / Sample Parameters
2029        self.SampleMenu = wx.MenuBar()
2030        self.PrefillDataMenu(self.SampleMenu)
2031        self.SampleEdit = wx.Menu(title='')
2032        self.SampleMenu.Append(menu=self.SampleEdit, title='Command')
2033        self.SetScale = self.SampleEdit.Append(id=wxID_SETSCALE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set scale',
2034            help='Set scale by matching to another histogram')
2035        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load',
2036            help='Load sample parameters from file')
2037        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLESAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save',
2038            help='Save sample parameters to file')
2039        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
2040            help='Copy refinable and most other sample parameters to other histograms')
2041        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPYSOME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected...',
2042            help='Copy selected sample parameters to other histograms')
2043        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLEFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2044            help='Copy sample parameter refinement flags to other histograms')
2045        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLE1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
2046            help='Set one sample parameter value across multiple histograms')
2047        self.SampleEdit.Append(id=wxID_ALLSAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load all',
2048            help='Load sample parmameters over multiple histograms')
2049
2050        self.PostfillDataMenu()
2051        self.SetScale.Enable(False)
2052
2053        # PDR / Peak List
2054        self.PeakMenu = wx.MenuBar()
2055        self.PrefillDataMenu(self.PeakMenu)
2056        self.PeakEdit = wx.Menu(title='')
2057        self.PeakMenu.Append(menu=self.PeakEdit, title='Peak Fitting')
2058        self.peaksSel = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
2059            help='Set refinement flags for selected peaks',
2060            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2061            text='Set sel. ref flags...')
2062        self.peaksAll = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
2063            help='Set refinement flags for all peaks',
2064            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2065            text='Set all ref flags...')
2066        self.AutoSearch = self.PeakEdit.Append(help='Automatic peak search', 
2067            id=wxID_AUTOSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto search')
2068        self.UnDo = self.PeakEdit.Append(help='Undo last least squares refinement', 
2069            id=wxID_UNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='UnDo')
2070        self.PeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit', 
2071            help='Peak fitting' )
2072        self.PFOneCycle = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQONECYCLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit one cycle', 
2073            help='One cycle of Peak fitting' )
2074        self.PeakEdit.Append(id=wxID_RESETSIGGAM, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
2075            text='Reset sig and gam',help='Reset sigma and gamma to global fit' )
2076        self.PeakCopy = self.PeakEdit.Append(help='Copy peaks to other histograms', 
2077            id=wxID_PEAKSCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peak copy')
2078        self.SeqPeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_SEQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Seq PeakFit', 
2079            help='Sequential Peak fitting for all histograms' )
2080        self.PeakEdit.Append(id=wxID_CLEARPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
2081            help='Clear the peak list' )
2082        self.movePeak = self.PeakEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected peak',
2083            help='Select a peak in the table, then use this to move it with the mouse.')
2084        self.PostfillDataMenu()
2085        self.UnDo.Enable(False)
2086        self.PeakFit.Enable(False)
2087        self.PFOneCycle.Enable(False)
2088        self.AutoSearch.Enable(True)
2089       
2090        # PDR / Index Peak List
2091        self.IndPeaksMenu = wx.MenuBar()
2092        self.PrefillDataMenu(self.IndPeaksMenu)
2093        self.IndPeaksEdit = wx.Menu(title='')
2094        self.IndPeaksMenu.Append(menu=self.IndPeaksEdit,title='Operations')
2095        self.IndPeaksEdit.Append(help='Load/Reload index peaks from peak list',id=wxID_INDXRELOAD, 
2096            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load/Reload')
2097        self.PostfillDataMenu()
2098       
2099        # PDR / Unit Cells List
2100        self.IndexMenu = wx.MenuBar()
2101        self.PrefillDataMenu(self.IndexMenu)
2102        self.IndexEdit = wx.Menu(title='')
2103        self.IndexMenu.Append(menu=self.IndexEdit, title='Cell Index/Refine')
2104        self.IndexPeaks = self.IndexEdit.Append(help='', id=wxID_INDEXPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2105            text='Index Cell')
2106        self.CopyCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_COPYCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Cell', 
2107            help='Copy selected unit cell from indexing to cell refinement fields')
2108        self.RefineCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_REFINECELL, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
2109            text='Refine Cell',help='Refine unit cell parameters from indexed peaks')
2110        self.MakeNewPhase = self.IndexEdit.Append( id=wxID_MAKENEWPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2111            text='Make new phase',help='Make new phase from selected unit cell')
2112        self.ExportCells = self.IndexEdit.Append( id=wxID_EXPORTCELLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2113            text='Export cell list',help='Export cell list to csv file')
2114        self.PostfillDataMenu()
2115        self.IndexPeaks.Enable(False)
2116        self.CopyCell.Enable(False)
2117        self.RefineCell.Enable(False)
2118        self.MakeNewPhase.Enable(False)
2119       
2120        # PDR / Reflection Lists
2121        self.ReflMenu = wx.MenuBar()
2122        self.PrefillDataMenu(self.ReflMenu)
2123        self.ReflEdit = wx.Menu(title='')
2124        self.ReflMenu.Append(menu=self.ReflEdit, title='Reflection List')
2125        self.SelectPhase = self.ReflEdit.Append(help='Select phase for reflection list',id=wxID_SELECTPHASE, 
2126            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase')
2127        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWDHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot HKLs',
2128            help='Plot HKLs from powder pattern')
2129        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
2130            help='Plot HKLs from powder pattern in 3D')
2131        self.PostfillDataMenu()
2132       
2133        # SASD / Instrument Parameters
2134        self.SASDInstMenu = wx.MenuBar()
2135        self.PrefillDataMenu(self.SASDInstMenu)
2136        self.SASDInstEdit = wx.Menu(title='')
2137        self.SASDInstMenu.Append(menu=self.SASDInstEdit, title='Operations')
2138        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
2139            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')
2140        self.SASDInstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
2141            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
2142        self.PostfillDataMenu()
2143       
2144        #SASD & REFL/ Substance editor
2145        self.SubstanceMenu = wx.MenuBar()
2146        self.PrefillDataMenu(self.SubstanceMenu)
2147        self.SubstanceEdit = wx.Menu(title='')
2148        self.SubstanceMenu.Append(menu=self.SubstanceEdit, title='Edit substance')
2149        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_LOADSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load substance',
2150            help='Load substance from file')
2151        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ADDSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add substance',
2152            help='Add new substance to list')
2153        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_COPYSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy substances',
2154            help='Copy substances')
2155        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_DELETESUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete substance',
2156            help='Delete substance from list')           
2157        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add elements',
2158            help='Add elements to substance')
2159        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete elements',
2160            help='Delete elements from substance')
2161        self.PostfillDataMenu()
2162       
2163        # SASD/ Models
2164        self.ModelMenu = wx.MenuBar()
2165        self.PrefillDataMenu(self.ModelMenu)
2166        self.ModelEdit = wx.Menu(title='')
2167        self.ModelMenu.Append(menu=self.ModelEdit, title='Models')
2168        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELADD,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add',
2169            help='Add new term to model')
2170        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit',
2171            help='Fit model parameters to data')
2172        self.SasdUndo = self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELUNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Undo',
2173            help='Undo model fit')
2174        self.SasdUndo.Enable(False)           
2175        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFITALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequential fit',
2176            help='Sequential fit of model parameters to all SASD data')
2177        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
2178            help='Copy model parameters to other histograms')
2179        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2180            help='Copy model refinement flags to other histograms')
2181        self.PostfillDataMenu()
2182       
2183        # IMG / Image Controls
2184        self.ImageMenu = wx.MenuBar()
2185        self.PrefillDataMenu(self.ImageMenu)
2186       
2187        self.ImageEdit = wx.Menu(title='')
2188        self.ImageMenu.Append(menu=self.ImageEdit, title='Calibration')
2189        self.ImageEdit.Append(help='Calibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2190            id=wxID_IMCALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')
2191        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2192            id=wxID_IMRECALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate')
2193        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate all images by fitting to calibrant lines', 
2194            id=wxID_IMRECALIBALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate all')           
2195        self.ImageEdit.Append(help='Clear calibration data points and rings',
2196            id=wxID_IMCLEARCALIB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear calibration')
2197       
2198        ImageIntegrate = wx.Menu(title='')
2199        self.ImageMenu.Append(menu=ImageIntegrate, title='Integration')
2200        ImageIntegrate.Append(help='Integrate selected image',id=wxID_IMINTEGRATE, 
2201            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate')
2202        ImageIntegrate.Append(help='Integrate all images selected from list',id=wxID_INTEGRATEALL,
2203            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate all')
2204        ImageIntegrate.Append(help='Open Auto-integration window to integrate a series of images', 
2205            id=wxID_IMAUTOINTEG, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto Integrate')
2206
2207        ImageParams = wx.Menu(title='')
2208        self.ImageMenu.Append(menu=ImageParams, title='Parms')
2209        ImageParams.Append(help='Copy image controls to other images', 
2210            id=wxID_IMCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Controls')
2211        ImageParams.Append(help='Copy selected image controls to other images', 
2212            id=wxID_IMCOPYSELECTED, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Selected')
2213        ImageParams.Append(help='Save image controls to file', 
2214            id=wxID_IMSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Controls')
2215        ImageParams.Append(help='Save controls from selected images to file', 
2216            id=wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Multiple Controls')
2217        ImageParams.Append(help='Load image controls from file',
2218            id=wxID_IMLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load Controls')
2219        ImageParams.Append(help='Transfer integration range for other detector distances', 
2220            id=wxID_IMXFERCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Xfer angles')
2221        ImageParams.Append(help='Reset all detector dist to set dist', 
2222            id=wxID_IMRESETDIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset dist')
2223       
2224        self.PostfillDataMenu()
2225           
2226        # IMG / Masks
2227        self.MaskMenu = wx.MenuBar()
2228        self.PrefillDataMenu(self.MaskMenu)
2229        self.MaskEdit = wx.Menu(title='')
2230        self.MaskMenu.Append(menu=self.MaskEdit, title='Operations')
2231        submenu = wx.Menu()
2232        self.MaskEdit.AppendMenu(
2233            wx.ID_ANY,'Create new', submenu,
2234            help=''
2235            )
2236        self.MaskEdit.Append(help='Copy mask to other images', 
2237            id=wxID_MASKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy mask')
2238        self.MaskEdit.Append(help='Save mask to file', 
2239            id=wxID_MASKSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save mask')
2240        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file; ignoring threshold', 
2241            id=wxID_MASKLOADNOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask')
2242        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file keeping the threshold value', 
2243            id=wxID_MASKLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask w/threshold')
2244        self.MaskEdit.Append(help='Auto search for spot masks; NB: will clear old spot masks', 
2245            id=wxID_FINDSPOTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto spot masks')
2246        self.MaskEdit.Append(help='Delete all spot masks', 
2247            id=wxID_DELETESPOTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete spot masks')       
2248        submenu.Append(help='Create an arc mask with mouse input', 
2249            id=wxID_NEWMASKARC, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Arc mask')
2250        submenu.Append(help='Create a frame mask with mouse input', 
2251            id=wxID_NEWMASKFRAME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Frame mask')
2252        submenu.Append(help='Create a polygon mask with mouse input', 
2253            id=wxID_NEWMASKPOLY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Polygon mask')
2254        submenu.Append(help='Create a ring mask with mouse input', 
2255            id=wxID_NEWMASKRING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Ring mask')
2256        submenu.Append(help='Create spot masks with mouse input', 
2257            id=wxID_NEWMASKSPOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Spot mask')
2258        self.PostfillDataMenu()
2259           
2260        # IMG / Stress/Strain
2261        self.StrStaMenu = wx.MenuBar()
2262        self.PrefillDataMenu(self.StrStaMenu)
2263        self.StrStaEdit = wx.Menu(title='')
2264        self.StrStaMenu.Append(menu=self.StrStaEdit, title='Operations')
2265        self.StrStaEdit.Append(help='Append d-zero for one ring', 
2266            id=wxID_APPENDDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append d-zero')
2267        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data', 
2268            id=wxID_STRSTAFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit stress/strain')
2269        self.StrStaEdit.Append(help='Plot intensity distribution', 
2270            id=wxID_STRSTAPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot intensity distribution')
2271        self.StrStaEdit.Append(help='Save intensity distribution', 
2272            id=wxID_STRRINGSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save intensity distribution')
2273        self.StrStaEdit.Append(help='Update d-zero from ave d-zero',
2274            id=wxID_UPDATEDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update d-zero')       
2275        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data for all images', 
2276            id=wxID_STRSTAALLFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='All image fit')
2277        self.StrStaEdit.Append(help='Copy stress/strain data to other images', 
2278            id=wxID_STRSTACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy stress/strain')
2279        self.StrStaEdit.Append(help='Save stress/strain data to file', 
2280            id=wxID_STRSTASAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save stress/strain')
2281        self.StrStaEdit.Append(help='Load stress/strain data from file', 
2282            id=wxID_STRSTALOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load stress/strain')
2283        self.StrStaEdit.Append(help='Load sample data from file', 
2284            id=wxID_STRSTSAMPLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load sample data')
2285        self.PostfillDataMenu()
2286           
2287        # PDF / PDF Controls
2288        self.PDFMenu = wx.MenuBar()
2289        self.PrefillDataMenu(self.PDFMenu)
2290        self.PDFEdit = wx.Menu(title='')
2291        self.PDFMenu.Append(menu=self.PDFEdit, title='PDF Controls')
2292        self.PDFEdit.Append(help='Add one or more elements to sample composition',id=wxID_PDFADDELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2293            text='Add elements')
2294        self.PDFEdit.Append(help='Delete element from sample composition',id=wxID_PDFDELELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2295            text='Delete element')
2296        self.PDFEdit.Append(help='Copy PDF controls', id=wxID_PDFCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2297            text='Copy controls')
2298        self.PDFEdit.Append(help='Load PDF controls from file',id=wxID_PDFLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2299            text='Load Controls')
2300        self.PDFEdit.Append(help='Save PDF controls to file', id=wxID_PDFSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2301            text='Save controls')
2302        self.PDFEdit.Append(help='Compute PDF', id=wxID_PDFCOMPUTE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2303            text='Compute PDF')
2304        self.PDFEdit.Append(help='Compute all PDFs with or w/o optimization',
2305                            id=wxID_PDFCOMPUTEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2306            text='Compute all PDFs')
2307#        self.PDFEdit.Append(help='Optimize PDF', id=wxID_PDFOPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2308#            text='Optimize corrections for r<Rmin section of current G(r)')
2309        self.PostfillDataMenu()
2310       
2311        # PDF / PDF Peaks
2312        self.PDFPksMenu = wx.MenuBar()
2313        self.PrefillDataMenu(self.PDFPksMenu)
2314        self.PDFPksEdit = wx.Menu(title='')
2315        self.PDFPksMenu.Append(menu=self.PDFPksEdit, title='PDF Peaks')
2316        self.PDFPksEdit.Append(help='Fit PDF peaks', id=wxID_PDFPKSFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2317            text='PDF peak fit')
2318        self.PDFPksEdit.Append(help='Sequential Peak fitting for all PDFs', id=wxID_PDFPKSFITALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2319            text='Seq PDF peak fit')
2320        self.PDFPksEdit.Append(help='Copy PDF peaks', id=wxID_PDFCOPYPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2321            text='Copy peaks')
2322        self.PDFPksEdit.Append(help='Clear PDF peaks', id=wxID_CLEARPDFPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2323            text='Clear peaks')       
2324        self.PostfillDataMenu()
2325
2326       
2327        # Phase / General tab
2328        self.DataGeneral = wx.MenuBar()
2329        self.PrefillDataMenu(self.DataGeneral)
2330        self.DataGeneral.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2331        self.GeneralCalc = wx.Menu(title='')
2332        self.DataGeneral.Append(menu=self.GeneralCalc,title='Compute')
2333        self.GeneralCalc.Append(help='Compute Fourier map',id=wxID_FOURCALC, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2334            text='Fourier map')
2335        self.GeneralCalc.Append(help='Search Fourier map',id=wxID_FOURSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2336            text='Search map')
2337        self.GeneralCalc.Append(help='Run charge flipping',id=wxID_CHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2338            text='Charge flipping')
2339        self.GeneralCalc.Append(help='Run 4D charge flipping',id=wxID_4DCHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2340            text='4D Charge flipping')
2341        self.GeneralCalc.Enable(wxID_4DCHARGEFLIP,False)   
2342        self.GeneralCalc.Append(help='Clear map',id=wxID_FOURCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2343            text='Clear map')
2344        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing',id=wxID_SINGLEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2345            text='MC/SA')
2346        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing on multiprocessors',id=wxID_MULTIMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2347            text='Multi MC/SA')            #currently not useful
2348        self.GeneralCalc.Append(help='Transform crystal structure',id=wxID_TRANSFORMSTRUCTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2349            text='Transform')
2350        self.PostfillDataMenu()
2351       
2352        # Phase / Data tab
2353        self.DataMenu = wx.MenuBar()
2354        self.PrefillDataMenu(self.DataMenu)
2355        self.DataMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2356        self.DataEdit = wx.Menu(title='')
2357        self.DataMenu.Append(menu=self.DataEdit, title='Edit Phase')
2358        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy data',
2359            help='Copy phase data to other histograms')
2360        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2361            help='Copy phase data flags to other histograms')
2362        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATASELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected data',
2363            help='Copy selected phase data to other histograms')
2364        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATAUSE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select used data',
2365            help='Select all histograms to use')
2366        self.DataEdit.Append(id=wxID_PWDRADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add powder histograms',
2367            help='Select new powder histograms to be used for this phase')
2368        self.DataEdit.Append(id=wxID_HKLFADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add single crystal histograms',
2369            help='Select new single crystal histograms to be used for this phase')
2370        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove histograms',
2371            help='Remove histograms from use for this phase')
2372        self.PostfillDataMenu()
2373           
2374        # Phase / Atoms tab
2375        self.AtomsMenu = wx.MenuBar()
2376        self.PrefillDataMenu(self.AtomsMenu)
2377        self.AtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2378        self.AtomEdit = wx.Menu(title='')
2379        self.AtomCompute = wx.Menu(title='')
2380        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomEdit, title='Edit Atoms')
2381        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomCompute, title='Compute')
2382        submenu = wx.Menu()
2383        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'On selected atoms...', submenu, 
2384            help='Set/Act on selected atoms')
2385        submenu.Append(wxID_ATOMSSETSEL,
2386            help='Set refinement flags for selected atoms',
2387            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2388            text='Refine selected')
2389        submenu.Append(id=wxID_ATOMSMODIFY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Modify parameters',
2390            help='Modify parameters values for all selected atoms')
2391        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert atom',
2392            help='Inserts an H atom before all selected atoms')
2393        submenu.Append(id=wxID_ADDHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc H atoms',
2394            help='Insert H atoms in expected bonding positions for selected atoms')
2395        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atom',
2396            help='Delete selected atoms')
2397        submenu.Append(id=wxID_ATOMSTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform atoms',
2398            help='Symmetry transform selected atoms')
2399#        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSROTATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rotate atoms',
2400#            help='Select atoms to rotate first')
2401        submenu.Append(wxID_ATOMSSETALL,
2402            help='Set refinement flags for all atoms',
2403            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2404            text='Select All')
2405       
2406        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSEDITADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append atom',
2407            help='Appended as an H atom')
2408        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSVIEWADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append view point',
2409            help='Appended as an H atom')
2410        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMVIEWINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert view point',
2411            help='Select atom row to insert before; inserted as an H atom')
2412        self.AtomEdit.Append(id=wxID_UPDATEHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update H atoms',
2413            help='Update H atoms in standard positions')
2414        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected atom to view point',
2415            help='Select a single atom to be moved to view point in plot')
2416        self.AtomEdit.Append(id=wxID_MAKEMOLECULE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assemble molecule',
2417            help='Select a single atom to assemble as a molecule from scattered atom positions')
2418        self.AtomEdit.Append(id=wxID_RELOADDRAWATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reload draw atoms',
2419            help='Reload atom drawing list')
2420        submenu = wx.Menu()
2421        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Reimport atoms', submenu, 
2422            help='Reimport atoms from file; sequence must match')
2423        # setup a cascade menu for the formats that have been defined
2424        self.ReImportMenuId = {}  # points to readers for each menu entry
2425        for reader in self.G2frame.ImportPhaseReaderlist:
2426            item = submenu.Append(
2427                wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
2428                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='reimport coordinates from '+reader.formatName+' file')
2429            self.ReImportMenuId[item.GetId()] = reader
2430        item = submenu.Append(
2431            wx.ID_ANY,
2432            help='Reimport coordinates, try to determine format from file',
2433            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2434            text='guess format from file')
2435        self.ReImportMenuId[item.GetId()] = None # try all readers
2436
2437        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show Distances && Angles',
2438            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2439        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSPDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Distances && Angles',
2440            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2441        self.AtomCompute.ISOcalc = self.AtomCompute.Append(
2442            id=wxID_ISODISP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2443            text='ISODISTORT mode values',
2444            help='Compute values of ISODISTORT modes from atom parameters')
2445        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDENSITY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2446            text='Density',
2447            help='Compute density for current phase')
2448        self.PostfillDataMenu()
2449       
2450        # Phase / Imcommensurate "waves" tab
2451        self.WavesData = wx.MenuBar()
2452        self.PrefillDataMenu(self.WavesData)
2453        self.WavesData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2454        self.WavesDataEdit = wx.Menu(title='')
2455        self.WavesData.Append(menu=self.WavesDataEdit, title='Edit Wave')
2456        self.WavesDataEdit.Append(id=wxID_WAVEVARY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global wave vary',
2457            help='Global setting of wave vary flags')
2458        self.PostfillDataMenu()
2459       
2460        # Phase / Layer tab
2461        self.LayerData = wx.MenuBar()
2462        self.PrefillDataMenu(self.LayerData)
2463        self.LayerData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2464        self.LayerDataEdit = wx.Menu(title='')
2465        self.LayerData.Append(menu=self.LayerDataEdit, title='Operations')
2466        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LOADDIFFAX, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load from DIFFaX file',
2467            help='Load layer info from DIFFaX file')
2468        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_COPYPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy phase cell',
2469            help='Copy phase cell from another project')
2470        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate pattern',
2471            help='Simulate diffraction pattern from layer stacking')
2472        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit pattern',
2473            help='Fit diffraction pattern with layer stacking model')
2474        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_SEQUENCESIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequence simulations',
2475            help='Sequence simulation changing one parameter')
2476        self.PostfillDataMenu()
2477                 
2478        # Phase / Draw Options tab
2479        self.DataDrawOptions = wx.MenuBar()
2480        self.PrefillDataMenu(self.DataDrawOptions)
2481        self.DataDrawOptions.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2482        self.PostfillDataMenu()
2483       
2484        # Phase / Draw Atoms tab
2485        self.DrawAtomsMenu = wx.MenuBar()
2486        self.PrefillDataMenu(self.DrawAtomsMenu)
2487        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2488        self.DrawAtomEdit = wx.Menu(title='')
2489        self.DrawAtomCompute = wx.Menu(title='')
2490        self.DrawAtomRestraint = wx.Menu(title='')
2491        self.DrawAtomRigidBody = wx.Menu(title='')
2492        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomEdit, title='Edit Figure')
2493        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomCompute,title='Compute')
2494        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRestraint, title='Restraints')
2495        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRigidBody, title='Rigid body')
2496        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMSTYLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom style',
2497            help='Select atoms first')
2498        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMLABEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom label',
2499            help='Select atoms first')
2500        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom color',
2501            help='Select atoms first')
2502        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset atom colors',
2503            help='Resets all atom colors to defaults')
2504        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRWAEDITRADII, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit atom radii',
2505            help='Edit drawing atom radii')
2506        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWVIEWPOINT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2507            help='View point is 1st atom selected')
2508        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDEQUIV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atoms',
2509            help='Add symmetry & cell equivalents to drawing set from selected atoms')
2510        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDSPHERE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add sphere of atoms',
2511            help='Add atoms within sphere of enclosure')
2512        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform draw atoms',
2513            help='Transform selected atoms by symmetry & cell translations')
2514        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCOORD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill CN-sphere',
2515            help='Fill coordination sphere for selected atoms')           
2516        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill unit cell',
2517            help='Fill unit cell with selected atoms')
2518        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atoms',
2519            help='Delete atoms from drawing set')
2520        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2521            help='Compute distance of selected atoms from view point')   
2522        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISAGLTOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Dist. Ang. Tors.',
2523            help='Compute distance, angle or torsion for 2-4 selected atoms')   
2524        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Best plane',
2525            help='Compute best plane for 4+ selected atoms')   
2526        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRBOND, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add bond restraint',
2527            help='Add bond restraint for selected atoms (2)')
2528        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add angle restraint',
2529            help='Add angle restraint for selected atoms (3: one end 1st)')
2530        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add plane restraint',
2531            help='Add plane restraint for selected atoms (4+)')
2532        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRCHIRAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add chiral restraint',
2533            help='Add chiral restraint for selected atoms (4: center atom 1st)')
2534        self.DrawAtomRigidBody.Append(id=wxID_DRAWDEFINERB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define rigid body',
2535            help='Define rigid body with selected atoms')
2536        self.PostfillDataMenu()
2537
2538        # Phase / MCSA tab
2539        self.MCSAMenu = wx.MenuBar()
2540        self.PrefillDataMenu(self.MCSAMenu)
2541        self.MCSAMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2542        self.MCSAEdit = wx.Menu(title='')
2543        self.MCSAMenu.Append(menu=self.MCSAEdit, title='MC/SA')
2544        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSAATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atom', 
2545            help='Add single atom to MC/SA model')
2546        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body', 
2547            help='Add rigid body to MC/SA model' )
2548        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_CLEARMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear rigid bodies', 
2549            help='Clear all atoms & rigid bodies from MC/SA model' )
2550        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MOVEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move MC/SA solution', 
2551            help='Move MC/SA solution to atom list' )
2552        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MCSACLEARRESULTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear results', 
2553            help='Clear table of MC/SA results' )
2554        self.PostfillDataMenu()
2555           
2556        # Phase / Texture tab
2557        self.TextureMenu = wx.MenuBar()
2558        self.PrefillDataMenu(self.TextureMenu)
2559        self.TextureMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2560        self.TextureEdit = wx.Menu(title='')
2561        self.TextureMenu.Append(menu=self.TextureEdit, title='Texture')
2562        self.TextureEdit.Append(id=wxID_REFINETEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Refine texture', 
2563            help='Refine the texture coefficients from sequential results')
2564#        self.TextureEdit.Append(id=wxID_CLEARTEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear texture',
2565#            help='Clear the texture coefficients' )
2566        self.PostfillDataMenu()
2567           
2568        # Phase / Pawley tab
2569        self.PawleyMenu = wx.MenuBar()
2570        self.PrefillDataMenu(self.PawleyMenu)
2571        self.PawleyMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2572        self.PawleyEdit = wx.Menu(title='')
2573        self.PawleyMenu.Append(menu=self.PawleyEdit,title='Operations')
2574        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley settings',
2575            help='Change Pawley refinement settings')
2576        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley create',
2577            help='Initialize Pawley reflection list')
2578        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYESTIMATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley estimate',
2579            help='Estimate initial Pawley intensities')
2580        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYUPDATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley update',
2581            help='Update negative Pawley intensities with -0.5*Fobs and turn off refinement')
2582        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select all',
2583            help='Select all reflections to be refined')
2584        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELNONE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select none',
2585            help='Set flag for all reflections for no refinement')
2586        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELTOGGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Toggle Selection',
2587            help='Toggle Selection flag for all reflections to opposite setting')
2588        self.PostfillDataMenu()
2589           
2590        # Phase / Map peaks tab
2591        self.MapPeaksMenu = wx.MenuBar()
2592        self.PrefillDataMenu(self.MapPeaksMenu)
2593        self.MapPeaksMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2594        self.MapPeaksEdit = wx.Menu(title='')
2595        self.MapPeaksMenu.Append(menu=self.MapPeaksEdit, title='Map peaks')
2596        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks', 
2597            help='Move selected peaks to atom list')
2598        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSVIEWPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2599            help='View point is 1st peak selected')
2600        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2601            help='Compute distance of selected peaks from view point')   
2602        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_SHOWBONDS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Hide bonds',
2603            help='Hide or show bonds between peak positions')   
2604        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc dist/ang', 
2605            help='Calculate distance or angle for selection')
2606        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_FINDEQVPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Equivalent peaks', 
2607            help='Find equivalent peaks')
2608        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSUNIQUE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Unique peaks', 
2609            help='Select unique set')
2610        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete peaks', 
2611            help='Delete selected peaks')
2612        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
2613            help='Clear the map peak list')
2614        self.PostfillDataMenu()
2615
2616        # Phase / Rigid bodies tab
2617        self.RigidBodiesMenu = wx.MenuBar()
2618        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodiesMenu)
2619        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2620        self.RigidBodiesEdit = wx.Menu(title='')
2621        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=self.RigidBodiesEdit, title='Edit Body')
2622        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_ASSIGNATMS2RB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assign atoms to rigid body',
2623            help='Select & position rigid body in structure of existing atoms')
2624        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_AUTOFINDRESRB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto find residues',
2625            help='Auto find of residue RBs in macromolecule')
2626        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_COPYRBPARMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy rigid body parms',
2627            help='Copy rigid body location & TLS parameters')
2628        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALTHERM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global thermal motion',
2629            help='Global setting of residue thermal motion models')
2630        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALRESREFINE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global residue refine',
2631            help='Global setting of residue RB refinement flags')
2632        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_RBREMOVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove all rigid bodies',
2633            help='Remove all rigid body assignment for atoms')
2634        self.PostfillDataMenu()
2635    # end of GSAS-II menu definitions
2636       
2637    def _init_ctrls(self, parent,name=None,size=None,pos=None):
2638        wx.Frame.__init__(
2639            self,parent=parent,
2640            #style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX | wx.FRAME_FLOAT_ON_PARENT ,
2641            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX,
2642            size=size,pos=pos,title='GSAS-II data display')
2643        self._init_menus()
2644        if name:
2645            self.SetLabel(name)
2646        self.Show()
2647       
2648    def __init__(self,parent,frame,data=None,name=None, size=None,pos=None):
2649        self.G2frame = frame
2650        self._init_ctrls(parent,name,size,pos)
2651        self.data = data
2652        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2653        Size = self.GetSize()
2654        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2655        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]+250))
2656        self.AtomGrid = []
2657        self.selectedRow = 0
2658        self.lastSize = Size       
2659        self.manualPhaseSize = None
2660        self.userReSize = False
2661        wx.Frame.Bind(self,wx.EVT_SIZE,self.OnReSize)
2662           
2663    def OnReSize(self,event):
2664        '''Keep track of size changes for Phase windows
2665        '''
2666        id = self.G2frame.PatternTree.GetSelection()
2667        try:
2668            parent = self.G2frame.PatternTree.GetItemParent(id)
2669        except:         #avoid bad tree item on start via gpx file selection
2670            parent = 0
2671        if self.userReSize and parent and self.G2frame.PatternTree.GetItemText(parent) == "Phases":
2672            newSize = event.EventObject.GetSize()
2673            if newSize[1] < 200: return             #avois spurious small window after Refine
2674            if self.lastSize == newSize:
2675#                if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2676#                    print 'no save size=',self.lastSize
2677                return
2678            self.manualPhaseSize = newSize
2679            self.lastSize = event.EventObject.GetSize()
2680#            if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2681#                print 'Saving Phase size=',self.manualPhaseSize
2682                #HowDidIgetHere()
2683        event.Skip()
2684
2685    def SendSizeEvent(self):
2686        '''Prevent SendSizeEvent from overriding the saved size
2687        '''
2688        self.userReSize = False
2689        wx.Frame.SendSizeEvent(self)
2690        self.userReSize = True
2691       
2692    def setSizePosLeft(self,Size):
2693        '''Place the dataFrame window so that the upper left-hand corner remains in the same place;
2694        The size is dictated by parameter Width, unless overridden by a previous Phase window resize
2695        '''
2696        self.userReSize = False
2697#        if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2698#            print 'setSizePosLeft size',Size,self.lastSize
2699        Size = list(Size)
2700        id = self.G2frame.PatternTree.GetSelection()
2701        try:            #avoid bad tree item on start via gpx file selection
2702            pid = self.G2frame.PatternTree.GetItemParent(id)
2703        except:
2704            pid = 0
2705        if pid:
2706            parent = self.G2frame.PatternTree.GetItemText(pid)
2707            # is this a phase window and has a previous window has been resized?
2708            if self.manualPhaseSize and parent == "Phases":
2709                Size = list(self.manualPhaseSize)
2710        Pos = self.GetPosition()
2711        clientSize = wx.ClientDisplayRect()     #display window size (e.g. 1304x768)
2712        Size[1] = min(Size[1],clientSize[2]-300)
2713        Size[0] = max(Size[0],300)
2714#        print 'current position/width:',Pos,Width
2715        self.SetSize(Size)
2716        Size[1] += 1        #kluge to ensure scrollbar settings & window properly displayed
2717        self.SetSize(Size)
2718        Pos[0] += self.lastSize[0]-Size[0]
2719        offSet = 0
2720        if Pos[0] < clientSize[2]:
2721            offSet = Pos[0]+Size[0]-clientSize[2]
2722        if offSet > 0:
2723            Pos[0] -= offSet
2724        self.SetPosition(wx.Point(Pos[0],Pos[1]))
2725        self.lastSize = Size
2726        self.userReSize = True
2727       
2728    def Clear(self):
2729        self.ClearBackground()
2730        self.DestroyChildren()
2731                   
2732
2733################################################################################
2734#####  Notebook Tree Item editor
2735################################################################################                 
2736def UpdateNotebook(G2frame,data):
2737    '''Called when the data tree notebook entry is selected. Allows for
2738    editing of the text in that tree entry
2739    '''
2740    def OnNoteBook(event):
2741        event.Skip()
2742        data = G2frame.dataDisplay.GetValue().split('\n')
2743        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Notebook'),data)
2744        if 'nt' not in os.name:
2745            G2frame.dataDisplay.AppendText('\n')
2746                   
2747    if G2frame.dataDisplay:
2748        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2749    G2frame.dataFrame.SetLabel('Notebook')
2750    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2751        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_PROCESS_ENTER | wx.TE_DONTWRAP)
2752    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnNoteBook)
2753    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnNoteBook)
2754    for line in data:
2755        G2frame.dataDisplay.AppendText(line+"\n")
2756    G2frame.dataDisplay.AppendText('Notebook entry @ '+time.ctime()+"\n")
2757    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2758           
2759################################################################################
2760#####  Controls Tree Item editor
2761################################################################################           
2762def UpdateControls(G2frame,data):
2763    '''Edit overall GSAS-II controls in main Controls data tree entry
2764    '''
2765    #patch
2766    if 'deriv type' not in data:
2767        data = {}
2768        data['deriv type'] = 'analytic Hessian'
2769        data['min dM/M'] = 0.0001
2770        data['shift factor'] = 1.
2771        data['max cyc'] = 3       
2772        data['F**2'] = False
2773    if 'shift factor' not in data:
2774        data['shift factor'] = 1.
2775    if 'max cyc' not in data:
2776        data['max cyc'] = 3
2777    if 'F**2' not in data:
2778        data['F**2'] = False
2779    if 'Author' not in data:
2780        data['Author'] = 'no name'
2781    if 'FreePrm1' not in data:
2782        data['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
2783    if 'FreePrm2' not in data:
2784        data['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
2785    if 'FreePrm3' not in data:
2786        data['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
2787    if 'Copy2Next' not in data:
2788        data['Copy2Next'] = False
2789    if 'Reverse Seq' not in data:
2790        data['Reverse Seq'] = False
2791    if 'UsrReject' not in data:
2792        data['UsrReject'] = {'minF/sig':0,'MinExt':0.01,'MaxDF/F':20.,'MaxD':500.,'MinD':0.05}
2793    if 'HatomFix' not in data:
2794        data['HatomFix'] = False
2795    if 'Marquardt' not in data:
2796        data['Marquardt'] = -3
2797   
2798    #end patch
2799
2800    def SeqSizer():
2801       
2802        def OnSelectData(event):
2803            choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['PWDR','HKLF',])
2804            sel = []
2805            try:
2806                if 'Seq Data' in data:
2807                    for item in data['Seq Data']:
2808                        sel.append(choices.index(item))
2809                    sel = [choices.index(item) for item in data['Seq Data']]
2810            except ValueError:  #data changed somehow - start fresh
2811                sel = []
2812            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential refinement',
2813                'Select dataset to include',choices)
2814            dlg.SetSelections(sel)
2815            names = []
2816            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2817                for sel in dlg.GetSelections():
2818                    names.append(choices[sel])
2819                data['Seq Data'] = names               
2820                G2frame.EnableSeqRefineMenu()
2821            dlg.Destroy()
2822            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2823           
2824        def OnReverse(event):
2825            data['Reverse Seq'] = reverseSel.GetValue()
2826           
2827        def OnCopySel(event):
2828            data['Copy2Next'] = copySel.GetValue() 
2829                   
2830        seqSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2831        dataSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2832        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Sequential Refinement: '),0,WACV)
2833        selSeqData = wx.Button(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Select data')
2834        selSeqData.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnSelectData)
2835        dataSizer.Add(selSeqData,0,WACV)
2836        SeqData = data.get('Seq Data',[])
2837        if not SeqData:
2838            lbl = ' (no data selected)'
2839        else:
2840            lbl = ' ('+str(len(SeqData))+' dataset(s) selected)'
2841
2842        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=lbl),0,WACV)
2843        seqSizer.Add(dataSizer,0)
2844        if SeqData:
2845            selSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2846            reverseSel = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Reverse order?')
2847            reverseSel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnReverse)
2848            reverseSel.SetValue(data['Reverse Seq'])
2849            selSizer.Add(reverseSel,0,WACV)
2850            copySel =  wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Copy results to next histogram?')
2851            copySel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnCopySel)
2852            copySel.SetValue(data['Copy2Next'])
2853            selSizer.Add(copySel,0,WACV)
2854            seqSizer.Add(selSizer,0)
2855        return seqSizer
2856       
2857    def LSSizer():       
2858       
2859        def OnDerivType(event):
2860            data['deriv type'] = derivSel.GetValue()
2861            derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2862            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2863           
2864        def OnConvergence(event):
2865            event.Skip()
2866            try:
2867                value = max(1.e-9,min(1.0,float(Cnvrg.GetValue())))
2868            except ValueError:
2869                value = 0.0001
2870            data['min dM/M'] = value
2871            Cnvrg.SetValue('%.2g'%(value))
2872           
2873        def OnMaxCycles(event):
2874            data['max cyc'] = int(maxCyc.GetValue())
2875            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2876           
2877        def OnMarqLam(event):
2878            data['Marquardt'] = int(marqLam.GetValue())
2879            marqLam.SetValue(str(data['Marquardt']))
2880                       
2881        def OnFactor(event):
2882            event.Skip()
2883            try:
2884                value = min(max(float(Factr.GetValue()),0.00001),100.)
2885            except ValueError:
2886                value = 1.0
2887            data['shift factor'] = value
2888            Factr.SetValue('%.5f'%(value))
2889           
2890        def OnFsqRef(event):
2891            data['F**2'] = fsqRef.GetValue()
2892           
2893#        def OnHatomFix(event):
2894#            data['HatomFix'] = Hfix.GetValue()
2895       
2896        def OnUsrRej(event):
2897            event.Skip()
2898            Obj = event.GetEventObject()
2899            item,limits = Indx[Obj]
2900            try:
2901                value = min(max(float(Obj.GetValue()),limits[0]),limits[1])
2902            except ValueError:
2903                value = data['UsrReject'][item]
2904            data['UsrReject'][item] = value
2905            Obj.SetValue('%.2f'%(value))
2906
2907        LSSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,vgap=5,hgap=5)
2908        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement derivatives: '),0,WACV)
2909        Choice=['analytic Jacobian','numeric','analytic Hessian']
2910        derivSel = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['deriv type'],choices=Choice,
2911            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2912        derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2913        derivSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnDerivType)
2914           
2915        LSSizer.Add(derivSel,0,WACV)
2916        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min delta-M/M: '),0,WACV)
2917        Cnvrg = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2g'%(data['min dM/M']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2918        Cnvrg.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnConvergence)
2919        Cnvrg.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnConvergence)
2920        LSSizer.Add(Cnvrg,0,WACV)
2921        Indx = {}
2922        if 'Hessian' in data['deriv type']:
2923            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max cycles: '),0,WACV)
2924            Choice = ['0','1','2','3','5','10','15','20']
2925            maxCyc = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['max cyc']),choices=Choice,
2926                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2927#            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2928            maxCyc.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxCycles)
2929            LSSizer.Add(maxCyc,0,WACV)
2930            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial lambda = 10**'),0,WACV)
2931            MarqChoice = ['-3','-2','-1','0','1','2','3','4']
2932            marqLam = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['Marquardt']),choices=MarqChoice,
2933                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2934            marqLam.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMarqLam)
2935            LSSizer.Add(marqLam,0,WACV)
2936        else:
2937            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial shift factor: '),0,WACV)
2938            Factr = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.5f'%(data['shift factor']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2939            Factr.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFactor)
2940            Factr.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFactor)
2941            LSSizer.Add(Factr,0,WACV)
2942        if G2frame.Sngl:
2943            userReject = data['UsrReject']
2944            usrRej = {'minF/sig':[' Min obs/sig (0-5): ',[0,5], ],'MinExt':[' Min extinct. (0-.9): ',[0,.9],],
2945                'MaxDF/F':[' Max delt-F/sig (3-1000): ',[3.,1000.],],'MaxD':[' Max d-spacing (3-500): ',[3,500],],
2946                'MinD':[' Min d-spacing (0.1-2.0): ',[0.1,2.0],]}
2947
2948            fsqRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Refine HKLF as F^2? ')
2949            fsqRef.SetValue(data['F**2'])
2950            fsqRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnFsqRef)
2951            LSSizer.Add(fsqRef,0,WACV)
2952            LSSizer.Add((1,0),)
2953            for item in usrRej:
2954                LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,label=usrRej[item][0]),0,WACV)
2955                usrrej = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2f'%(userReject[item]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2956                Indx[usrrej] = [item,usrRej[item][1]]
2957                usrrej.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnUsrRej)
2958                usrrej.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnUsrRej)
2959                LSSizer.Add(usrrej,0,WACV)
2960#        Hfix = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Regularize H atoms? ')
2961#        Hfix.SetValue(data['HatomFix'])
2962#        Hfix.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnHatomFix)
2963#        LSSizer.Add(Hfix,0,WACV)   #for now
2964        return LSSizer
2965       
2966    def AuthSizer():
2967
2968        def OnAuthor(event):
2969            event.Skip()
2970            data['Author'] = auth.GetValue()
2971
2972        Author = data['Author']
2973        authSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2974        authSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' CIF Author (last, first):'),0,WACV)
2975        auth = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value=Author,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2976        auth.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnAuthor)
2977        auth.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnAuthor)
2978        authSizer.Add(auth,0,WACV)
2979        return authSizer
2980       
2981       
2982    if G2frame.dataDisplay:
2983        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2984    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2985        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2986        Status.SetStatusText('')
2987    G2frame.dataFrame.SetLabel('Controls')
2988    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
2989    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ControlsMenu)
2990    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2991    mainSizer.Add((5,5),0)
2992    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement Controls:'),0,WACV)   
2993    mainSizer.Add(LSSizer())
2994    mainSizer.Add((5,5),0)
2995    mainSizer.Add(SeqSizer())
2996    mainSizer.Add((5,5),0)
2997    mainSizer.Add(AuthSizer())
2998    mainSizer.Add((5,5),0)
2999       
3000    mainSizer.Layout()   
3001    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
3002    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
3003     
3004################################################################################
3005#####  Comments
3006################################################################################           
3007       
3008def UpdateComments(G2frame,data):                   
3009
3010    if G2frame.dataDisplay:
3011        G2frame.dataDisplay.Destroy()
3012    G2frame.dataFrame.SetLabel('Comments')
3013    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
3014        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY|wx.TE_DONTWRAP)
3015    for line in data:
3016        if '\n' not in line:
3017            G2frame.dataDisplay.AppendText(line+'\n')
3018        else:
3019            G2frame.dataDisplay.AppendText(line)
3020    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
3021           
3022################################################################################
3023#####  Display of Sequential Results
3024################################################################################           
3025       
3026def UpdateSeqResults(G2frame,data,prevSize=None):
3027    """
3028    Called when the Sequential Results data tree entry is selected
3029    to show results from a sequential refinement.
3030   
3031    :param wx.Frame G2frame: main GSAS-II data tree windows
3032
3033    :param dict data: a dictionary containing the following items: 
3034
3035            * 'histNames' - list of histogram names in order as processed by Sequential Refinement
3036            * 'varyList' - list of variables - identical over all refinements in sequence
3037              note that this is the original list of variables, prior to processing
3038              constraints.
3039            * 'variableLabels' -- a dict of labels to be applied to each parameter
3040              (this is created as an empty dict if not present in data).
3041            * keyed by histName - dictionaries for all data sets processed, which contains:
3042
3043              * 'variables'- result[0] from leastsq call
3044              * 'varyList' - list of variables passed to leastsq call (not same as above)
3045              * 'sig' - esds for variables
3046              * 'covMatrix' - covariance matrix from individual refinement
3047              * 'title' - histogram name; same as dict item name
3048              * 'newAtomDict' - new atom parameters after shifts applied
3049              * 'newCellDict' - refined cell parameters after shifts to A0-A5 from Dij terms applied'
3050    """
3051    def GetSampleParms():
3052        '''Make a dictionary of the sample parameters that are not the same over the
3053        refinement series. Controls here is local
3054        '''
3055        if 'IMG' in histNames[0]:
3056            sampleParmDict = {'Sample load':[],}
3057        else:
3058            sampleParmDict = {'Temperature':[],'Pressure':[],'Time':[],
3059                'FreePrm1':[],'FreePrm2':[],'FreePrm3':[],'Omega':[],
3060                'Chi':[],'Phi':[],'Azimuth':[],}
3061        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
3062            GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
3063        sampleParm = {}
3064        for name in histNames:
3065            if 'IMG' in name:
3066                for item in sampleParmDict:
3067                    sampleParmDict[item].append(data[name]['parmDict'].get(item,0))
3068            else:
3069                if 'PDF' in name:
3070                    name = 'PWDR' + name[4:]
3071                Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
3072                sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
3073                for item in sampleParmDict:
3074                    sampleParmDict[item].append(sampleData.get(item,0))
3075        for item in sampleParmDict:
3076            frstValue = sampleParmDict[item][0]
3077            if np.any(np.array(sampleParmDict[item])-frstValue):
3078                if item.startswith('FreePrm'):
3079                    sampleParm[Controls[item]] = sampleParmDict[item]
3080                else:
3081                    sampleParm[item] = sampleParmDict[item]
3082        return sampleParm
3083
3084    def GetColumnInfo(col):
3085        '''returns column label, lists of values and errors (or None) for each column in the table
3086        for plotting. The column label is reformatted from Unicode to MatPlotLib encoding
3087        '''
3088        colName = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3089        plotName = variableLabels.get(colName,colName)
3090        plotName = plotSpCharFix(plotName)
3091        return plotName,G2frame.colList[col],G2frame.colSigs[col]
3092           
3093    def PlotSelect(event):
3094        'Plots a row (covariance) or column on double-click'
3095        cols = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
3096        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
3097        if cols:
3098            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
3099        elif rows:
3100            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
3101            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
3102        else:
3103            G2frame.ErrorDialog(
3104                'Select row or columns',
3105                'Nothing selected in table. Click on column or row label(s) to plot. N.B. Grid selection can be a bit funky.'
3106                )
3107           
3108    def OnPlotSelSeq(event):
3109        'plot the selected columns or row from menu command'
3110        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3111        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
3112        if cols:
3113            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
3114        elif rows:
3115            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
3116            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
3117        else:
3118            G2frame.ErrorDialog(
3119                'Select columns',
3120                'No columns or rows selected in table. Click on row or column labels to select fields for plotting.'
3121                )
3122               
3123    def OnAveSelSeq(event):
3124        'average the selected columns from menu command'
3125        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3126        useCol = -np.array(G2frame.SeqTable.GetColValues(0),dtype=bool)
3127        if cols:
3128            for col in cols:
3129                items = GetColumnInfo(col)[1]
3130                noneMask = np.array([item is None for item in items])
3131                info = ma.array(items,mask=useCol+noneMask)
3132                ave = ma.mean(ma.compressed(info))
3133                sig = ma.std(ma.compressed(info))
3134                print ' Average for '+G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)+': '+'%.6g'%(ave)+' +/- '+'%.6g'%(sig)
3135        else:
3136            G2frame.ErrorDialog(
3137                'Select columns',
3138                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for averaging.'
3139                )
3140               
3141    def OnRenameSelSeq(event):
3142        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3143        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(c) for c in cols]
3144        newNames = colNames[:]
3145        for i,name in enumerate(colNames):
3146            if name in variableLabels:
3147                newNames[i] = variableLabels[name]
3148        if not cols:
3149            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
3150                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for rename.')
3151            return
3152        dlg = G2G.MultiStringDialog(G2frame.dataDisplay,'Set column names',colNames,newNames)
3153        if dlg.Show():
3154            newNames = dlg.GetValues()           
3155            variableLabels.update(dict(zip(colNames,newNames)))
3156        data['variableLabels'] = variableLabels
3157        dlg.Destroy()
3158        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3159        G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
3160           
3161    def OnReOrgSelSeq(event):
3162        'Reorder the columns'
3163        G2G.GetItemOrder(G2frame,VaryListChanges,vallookup,posdict)   
3164        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3165
3166    def OnSaveSelSeqCSV(event):
3167        'export the selected columns to a .csv file from menu command'
3168        OnSaveSelSeq(event,csv=True)
3169       
3170    def OnSaveSeqCSV(event):
3171        'export all columns to a .csv file from menu command'
3172        OnSaveSelSeq(event,csv=True,allcols=True)
3173       
3174    def OnSaveSelSeq(event,csv=False,allcols=False):
3175        'export the selected columns to a .txt or .csv file from menu command'
3176        def WriteCSV():
3177            def WriteList(headerItems):
3178                line = ''
3179                for lbl in headerItems:
3180                    if line: line += ','
3181                    line += '"'+lbl+'"'
3182                return line
3183            head = ['name']
3184            for col in cols:
3185                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3186                # get rid of labels that have Unicode characters
3187                if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in item]): item = '?'
3188                if col in havesig:
3189                    head += [item,'esd-'+item]
3190                else:
3191                    head += [item]
3192            SeqFile.write(WriteList(head)+'\n')
3193            for row,name in enumerate(saveNames):
3194                line = '"'+saveNames[row]+'"'
3195                for col in cols:
3196                    if col in havesig:
3197                        line += ','+str(saveData[col][row])+','+str(saveSigs[col][row])
3198                    else:
3199                        line += ','+str(saveData[col][row])
3200                SeqFile.write(line+'\n')
3201        def WriteSeq():
3202            lenName = len(saveNames[0])
3203            line = %s  '%('name'.center(lenName))
3204            for col in cols:
3205                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3206                if col in havesig:
3207                    line += ' %12s %12s '%(item.center(12),'esd'.center(12))
3208                else:
3209                    line += ' %12s '%(item.center(12))
3210            SeqFile.write(line+'\n')
3211            for row,name in enumerate(saveNames):
3212                line = " '%s' "%(saveNames[row])
3213                for col in cols:
3214                    if col in havesig:
3215                        line += ' %12.6f %12.6f '%(saveData[col][row],saveSigs[col][row])
3216                    else:
3217                        line += ' %12.6f '%saveData[col][row]
3218                SeqFile.write(line+'\n')
3219
3220        # start of OnSaveSelSeq code
3221        if allcols:
3222            cols = range(G2frame.SeqTable.GetNumberCols())
3223        else:
3224            cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3225        nrows = G2frame.SeqTable.GetNumberRows()
3226        if not cols:
3227            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
3228                             'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for output.')
3229            return
3230        saveNames = [G2frame.SeqTable.GetRowLabelValue(r) for r in range(nrows)]
3231        saveData = {}
3232        saveSigs = {}
3233        havesig = []
3234        for col in cols:
3235            name,vals,sigs = GetColumnInfo(col)
3236            saveData[col] = vals
3237            if sigs:
3238                havesig.append(col)
3239                saveSigs[col] = sigs
3240        if csv:
3241            wild = 'CSV output file (*.csv)|*.csv'
3242        else:
3243            wild = 'Text output file (*.txt)|*.txt'
3244        pth = G2G.GetExportPath(G2frame)
3245        dlg = wx.FileDialog(
3246            G2frame,
3247            'Choose text output file for your selection', pth, '', 
3248            wild,wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
3249        try:
3250            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3251                SeqTextFile = dlg.GetPath()
3252                SeqTextFile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,SeqTextFile) 
3253                SeqFile = open(SeqTextFile,'w')
3254                if csv:
3255                    WriteCSV()
3256                else:
3257                    WriteSeq()
3258                SeqFile.close()
3259        finally:
3260            dlg.Destroy()
3261               
3262    def striphist(var,insChar=''):
3263        'strip a histogram number from a var name'
3264        sv = var.split(':')
3265        if len(sv) <= 1: return var
3266        if sv[1]:
3267            sv[1] = insChar
3268        return ':'.join(sv)
3269       
3270    def plotSpCharFix(lbl):
3271        'Change selected unicode characters to their matplotlib equivalent'
3272        for u,p in [
3273            (u'\u03B1',r'$\alpha$'),
3274            (u'\u03B2',r'$\beta$'),
3275            (u'\u03B3',r'$\gamma$'),
3276            (u'\u0394\u03C7',r'$\Delta\chi$'),
3277            ]:
3278            lbl = lbl.replace(u,p)
3279        return lbl
3280   
3281    def SelectXaxis():
3282        'returns a selected column number (or None) as the X-axis selection'
3283        ncols = G2frame.SeqTable.GetNumberCols()
3284        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(r) for r in range(ncols)]
3285        dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(
3286            G2frame.dataDisplay,
3287            'Select x-axis parameter for plot or Cancel for sequence number',
3288            'Select X-axis',
3289            colNames)
3290        try:
3291            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3292                col = dlg.GetSelection()
3293            else:
3294                col = None
3295        finally:
3296            dlg.Destroy()
3297        return col
3298   
3299    def EnablePseudoVarMenus():
3300        'Enables or disables the PseudoVar menu items that require existing defs'
3301        if data['SeqPseudoVars']:
3302            val = True
3303        else:
3304            val = False
3305        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxDELSEQVAR,val)
3306        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxEDITSEQVAR,val)
3307
3308    def DelPseudoVar(event):
3309        'Ask the user to select a pseudo var expression to delete'
3310        choices = data['SeqPseudoVars'].keys()
3311        selected = G2G.ItemSelector(
3312            choices,G2frame.dataFrame,
3313            multiple=True,
3314            title='Select expressions to remove',
3315            header='Delete expression')
3316        if selected is None: return
3317        for item in selected:
3318            del data['SeqPseudoVars'][choices[item]]
3319        if selected:
3320            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3321
3322    def EditPseudoVar(event):
3323        'Edit an existing pseudo var expression'
3324        choices = data['SeqPseudoVars'].keys()
3325        if len(choices) == 1:
3326            selected = 0
3327        else:
3328            selected = G2G.ItemSelector(
3329                choices,G2frame.dataFrame,
3330                multiple=False,
3331                title='Select an expression to edit',
3332                header='Edit expression')
3333        if selected is not None:
3334            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3335                G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3336                data['SeqPseudoVars'][choices[selected]],
3337                header="Edit the PseudoVar expression",
3338                VarLabel="PseudoVar #"+str(selected+1),
3339                fit=False)
3340            newobj = dlg.Show(True)
3341            if newobj:
3342                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3343                del data['SeqPseudoVars'][choices[selected]]
3344                data['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = newobj
3345                UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3346       
3347    def AddNewPseudoVar(event):
3348        'Create a new pseudo var expression'
3349        dlg = G2exG.ExpressionDialog(G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3350            header='Enter an expression for a PseudoVar here',
3351            VarLabel = "New PseudoVar",fit=False)
3352        obj = dlg.Show(True)
3353        dlg.Destroy()
3354        if obj:
3355            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3356            data['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = obj
3357            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3358           
3359    def AddNewDistPseudoVar(event):
3360        obj = None
3361        dlg = G2exG.BondDialog(
3362            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3363            header='Select a Bond here',
3364            VarLabel = "New Bond")
3365        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3366            pName,Oatom,Tatom = dlg.GetSelection()
3367            if Tatom:
3368                Phase = Phases[pName]
3369                General = Phase['General']
3370                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3371                pId = Phase['pId']
3372                SGData = General['SGData']
3373                sB = Tatom.find('(')+1
3374                symNo = 0
3375                if sB:
3376                    sF = Tatom.find(')')
3377                    symNo = int(Tatom[sB:sF])
3378                cellNo = [0,0,0]
3379                cB = Tatom.find('[')
3380                if cB>0:
3381                    cF = Tatom.find(']')+1
3382                    cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3383                Atoms = Phase['Atoms']
3384                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3385                oId = aNames.index(Oatom)
3386                tId = aNames.index(Tatom.split(' +')[0])
3387                # create an expression object
3388                obj = G2obj.ExpressionObj()
3389                obj.expression = 'Dist(%s,\n%s)'%(Oatom,Tatom.split(' d=')[0].replace(' ',''))
3390                obj.distance_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNo,'cellNo':cellNo}
3391                obj.distance_atoms = [oId,tId]
3392        else: 
3393            dlg.Destroy()
3394            return
3395        dlg.Destroy()
3396        if obj:
3397            data['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3398            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3399
3400    def AddNewAnglePseudoVar(event):
3401        obj = None
3402        dlg = G2exG.AngleDialog(
3403            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3404            header='Enter an Angle here',
3405            VarLabel = "New Angle")
3406        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3407            pName,Oatom,Tatoms = dlg.GetSelection()
3408            if Tatoms:
3409                Phase = Phases[pName]
3410                General = Phase['General']
3411                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3412                pId = Phase['pId']
3413                SGData = General['SGData']
3414                Atoms = Phase['Atoms']
3415                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3416                tIds = []
3417                symNos = []
3418                cellNos = []
3419                oId = aNames.index(Oatom)
3420                Tatoms = Tatoms.split(';')
3421                for Tatom in Tatoms:
3422                    sB = Tatom.find('(')+1
3423                    symNo = 0
3424                    if sB:
3425                        sF = Tatom.find(')')
3426                        symNo = int(Tatom[sB:sF])
3427                    symNos.append(symNo)
3428                    cellNo = [0,0,0]
3429                    cB = Tatom.find('[')
3430                    if cB>0:
3431                        cF = Tatom.find(']')+1
3432                        cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3433                    cellNos.append(cellNo)
3434                    tIds.append(aNames.index(Tatom.split('+')[0]))
3435                # create an expression object
3436                obj = G2obj.ExpressionObj()
3437                obj.expression = 'Angle(%s,%s,\n%s)'%(Tatoms[0],Oatom,Tatoms[1])
3438                obj.angle_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNos,'cellNo':cellNos}
3439                obj.angle_atoms = [oId,tIds]
3440        else: 
3441            dlg.Destroy()
3442            return
3443        dlg.Destroy()
3444        if obj:
3445            data['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3446            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3447           
3448    def UpdateParmDict(parmDict):
3449        '''generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values,
3450        because they might be needed to evaluate the pseudovar
3451        '''
3452        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3453                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3454                     )
3455        delList = []
3456        phaselist = []
3457        for item in parmDict: 
3458            if ':' not in item: continue
3459            key = item.split(':')
3460            if len(key) < 3: continue
3461            # remove the dA[xyz] terms, they would only bring confusion
3462            if key[0] and key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3463            if key[2].startswith('dA'):
3464                delList.append(item)
3465            # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3466            elif key[2] in Ddict:
3467                akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3468                parmDict[akey] -= parmDict[item]
3469                delList.append(item)
3470        for item in delList:
3471            del parmDict[item]               
3472        for i in phaselist:
3473            pId = int(i)
3474            # apply cell symmetry
3475            A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],parmDict,zeroDict[pId])
3476            # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3477            for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3478                if i in uniqCellIndx[pId]:
3479                    lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3480                    parmDict[lbl] = val
3481            lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3482            parmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3483        return parmDict
3484
3485    def EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict,sampleDict,var,ESD):
3486        '''Evaluate an expression derivative with respect to a
3487        GSAS-II variable name.
3488
3489        Note this likely could be faster if the loop over calcobjs were done
3490        inside after the Dict was created.
3491        '''
3492        if not ESD:
3493            return 0.
3494        step = ESD/10
3495        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3496                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3497                     )
3498        results = []
3499        phaselist = []
3500        VparmDict = sampleDict.copy()
3501        for incr in step,-step:
3502            VparmDict.update(parmDict.copy())           
3503            # as saved, the parmDict has updated 'A[xyz]' values, but 'dA[xyz]'
3504            # values are not zeroed: fix that!
3505            VparmDict.update({item:0.0 for item in parmDict if 'dA' in item})
3506            VparmDict[var] += incr
3507            G2mv.Dict2Map(VparmDict,[]) # apply constraints
3508            # generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values now, because they might
3509            # needed to evaluate the pseudovar
3510            for item in VparmDict:
3511                if item in sampleDict:
3512                    continue 
3513                if ':' not in item: continue
3514                key = item.split(':')
3515                if len(key) < 3: continue
3516                # apply any new shifts to atom positions
3517                if key[2].startswith('dA'):
3518                    VparmDict[''.join(item.split('d'))] += VparmDict[item]
3519                    VparmDict[item] = 0.0
3520                # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3521                if key[2] in Ddict:
3522                    if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3523                    akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3524                    VparmDict[akey] -= VparmDict[item]
3525            for i in phaselist:
3526                pId = int(i)
3527                # apply cell symmetry
3528                A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],VparmDict,zeroDict[pId])
3529                # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3530                for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3531                    if i in uniqCellIndx[pId]:
3532                        lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3533                        VparmDict[lbl] = val
3534                lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3535                VparmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3536            # dict should be fully updated, use it & calculate
3537            calcobj.SetupCalc(VparmDict)
3538            results.append(calcobj.EvalExpression())
3539        if None in results:
3540            return None
3541        return (results[0] - results[1]) / (2.*step)
3542       
3543    def EnableParFitEqMenus():
3544        'Enables or disables the Parametric Fit menu items that require existing defs'
3545        if data['SeqParFitEqList']:
3546            val = True
3547        else:
3548            val = False
3549        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDELPARFIT,val)
3550        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxEDITPARFIT,val)
3551        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDOPARFIT,val)
3552
3553    def ParEqEval(Values,calcObjList,varyList):
3554        '''Evaluate the parametric expression(s)
3555        :param list Values: a list of values for each variable parameter
3556        :param list calcObjList: a list of :class:`GSASIIobj.ExpressionCalcObj`
3557          expression objects to evaluate
3558        :param list varyList: a list of variable names for each value in Values
3559        '''
3560        result = []
3561        for calcobj in calcObjList:
3562            calcobj.UpdateVars(varyList,Values)
3563            if calcobj.depSig:
3564                result.append((calcobj.depVal-calcobj.EvalExpression())/calcobj.depSig)
3565            else:
3566                result.append(calcobj.depVal-calcobj.EvalExpression())
3567        return result
3568
3569    def DoParEqFit(event,eqObj=None):
3570        'Parametric fit minimizer'
3571        varyValueDict = {} # dict of variables and their initial values
3572        calcObjList = [] # expression objects, ready to go for each data point
3573        if eqObj is not None:
3574            eqObjList = [eqObj,]
3575        else:
3576            eqObjList = data['SeqParFitEqList']
3577        UseFlags = G2frame.SeqTable.GetColValues(0)         
3578        for obj in eqObjList:
3579            # assemble refined vars for this equation
3580            varyValueDict.update({var:val for var,val in obj.GetVariedVarVal()})
3581            # lookup dependent var position
3582            depVar = obj.GetDepVar()
3583            if depVar in colLabels:
3584                indx = colLabels.index(depVar)
3585            else:
3586                raise Exception('Dependent variable '+depVar+' not found')
3587            # assemble a list of the independent variables
3588            indepVars = obj.GetIndependentVars()
3589            # loop over each datapoint
3590            for j,row in enumerate(zip(*G2frame.colList)):
3591                if not UseFlags[j]: continue
3592                # assemble equations to fit
3593                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3594                # prepare a dict of needed independent vars for this expression
3595                indepVarDict = {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3596                calcobj.SetupCalc(indepVarDict)               
3597                # values and sigs for current value of dependent var
3598                if row[indx] is None: continue
3599                calcobj.depVal = row[indx]
3600                calcobj.depSig = G2frame.colSigs[indx][j]
3601                calcObjList.append(calcobj)
3602        # varied parameters
3603        varyList = varyValueDict.keys()
3604        values = varyValues = [varyValueDict[key] for key in varyList]
3605        if not varyList:
3606            print 'no variables to refine!'
3607            return
3608        try:
3609            result = so.leastsq(ParEqEval,varyValues,full_output=True,   #ftol=Ftol,
3610                args=(calcObjList,varyList))
3611            values = result[0]
3612            covar = result[1]
3613            if covar is None:
3614                raise Exception
3615            chisq = np.sum(result[2]['fvec']**2)
3616            GOF = np.sqrt(chisq/(len(calcObjList)-len(varyList)))
3617            esdDict = {}
3618            for i,avar in enumerate(varyList):
3619                esdDict[avar] = np.sqrt(covar[i,i])
3620        except:
3621            print('====> Fit failed')
3622            return
3623        print('==== Fit Results ====')
3624        print '  chisq =  %.2f, GOF = %.2f'%(chisq,GOF)
3625        for obj in eqObjList:
3626            obj.UpdateVariedVars(varyList,values)
3627            ind = '      '
3628            print('  '+obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression)
3629            for var in obj.assgnVars:
3630                print(ind+var+' = '+obj.assgnVars[var])
3631            for var in obj.freeVars:
3632                avar = "::"+obj.freeVars[var][0]
3633                val = obj.freeVars[var][1]
3634                if obj.freeVars[var][2]:
3635                    print(ind+var+' = '+avar + " = " + G2mth.ValEsd(val,esdDict[avar]))
3636                else:
3637                    print(ind+var+' = '+avar + " =" + G2mth.ValEsd(val,0))
3638        # create a plot for each parametric variable
3639        for fitnum,obj in enumerate(eqObjList):
3640            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3641            # lookup dependent var position
3642            indx = colLabels.index(obj.GetDepVar())
3643            # assemble a list of the independent variables
3644            indepVars = obj.GetIndependentVars()           
3645            # loop over each datapoint
3646            fitvals = []
3647            for j,row in enumerate(zip(*G2frame.colList)):
3648                calcobj.SetupCalc({var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars})
3649                fitvals.append(calcobj.EvalExpression())
3650            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,[indx],GetColumnInfo,SelectXaxis,fitnum,fitvals)
3651
3652    def SingleParEqFit(eqObj):
3653        DoParEqFit(None,eqObj)
3654
3655    def DelParFitEq(event):
3656        'Ask the user to select function to delete'
3657        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in data['SeqParFitEqList']]
3658        selected = G2G.ItemSelector(
3659            txtlst,G2frame.dataFrame,
3660            multiple=True,
3661            title='Select a parametric equation(s) to remove',
3662            header='Delete equation')
3663        if selected is None: return
3664        data['SeqParFitEqList'] = [obj for i,obj in enumerate(data['SeqParFitEqList']) if i not in selected]
3665        EnableParFitEqMenus()
3666        if data['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3667       
3668    def EditParFitEq(event):
3669        'Edit an existing parametric equation'
3670        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in data['SeqParFitEqList']]
3671        if len(txtlst) == 1:
3672            selected = 0
3673        else:
3674            selected = G2G.ItemSelector(
3675                txtlst,G2frame.dataFrame,
3676                multiple=False,
3677                title='Select a parametric equation to edit',
3678                header='Edit equation')
3679        if selected is not None:
3680            dlg = G2exG.ExpressionDialog(G2frame.dataDisplay,VarDict,
3681                data['SeqParFitEqList'][selected],depVarDict=VarDict,
3682                header="Edit the formula for this minimization function",
3683                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3684            newobj = dlg.Show(True)
3685            if newobj:
3686                data['SeqParFitEqList'][selected] = newobj
3687                EnableParFitEqMenus()
3688            if data['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3689
3690    def AddNewParFitEq(event):
3691        'Create a new parametric equation to be fit to sequential results'
3692
3693        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3694        usedvarlist = []
3695        for obj in data['SeqParFitEqList']:
3696            for var in obj.freeVars:
3697                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3698
3699        dlg = G2exG.ExpressionDialog(G2frame.dataDisplay,VarDict,depVarDict=VarDict,
3700            header='Define an equation to minimize in the parametric fit',
3701            ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit],usedVars=usedvarlist)
3702        obj = dlg.Show(True)
3703        dlg.Destroy()
3704        if obj:
3705            data['SeqParFitEqList'].append(obj)
3706            EnableParFitEqMenus()
3707            if data['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3708               
3709    def CopyParFitEq(event):
3710        'Copy an existing parametric equation to be fit to sequential results'
3711        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3712        usedvarlist = []
3713        for obj in data['SeqParFitEqList']:
3714            for var in obj.freeVars:
3715                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3716        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in data['SeqParFitEqList']]
3717        if len(txtlst) == 1:
3718            selected = 0
3719        else:
3720            selected = G2G.ItemSelector(
3721                txtlst,G2frame.dataFrame,
3722                multiple=False,
3723                title='Select a parametric equation to copy',
3724                header='Copy equation')
3725        if selected is not None:
3726            newEqn = copy.deepcopy(data['SeqParFitEqList'][selected])
3727            for var in newEqn.freeVars:
3728                newEqn.freeVars[var][0] = G2obj.MakeUniqueLabel(newEqn.freeVars[var][0],usedvarlist)
3729            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3730                G2frame.dataDisplay,VarDict,newEqn,depVarDict=VarDict,
3731                header="Edit the formula for this minimization function",
3732                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3733            newobj = dlg.Show(True)
3734            if newobj:
3735                data['SeqParFitEqList'].append(newobj)
3736                EnableParFitEqMenus()
3737            if data['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3738                                           
3739    def GridSetToolTip(row,col):
3740        '''Routine to show standard uncertainties for each element in table
3741        as a tooltip
3742        '''
3743        if G2frame.colSigs[col]:
3744            return u'\u03c3 = '+str(G2frame.colSigs[col][row])
3745        return ''
3746       
3747    def GridColLblToolTip(col):
3748        '''Define a tooltip for a column. This will be the user-entered value
3749        (from data['variableLabels']) or the default name
3750        '''
3751        if col < 0 or col > len(colLabels):
3752            print 'Illegal column #',col
3753            return
3754        var = colLabels[col]
3755        return variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3756       
3757    def SetLabelString(event):
3758        '''Define or edit the label for a column in the table, to be used
3759        as a tooltip and for plotting
3760        '''
3761        col = event.GetCol()
3762        if col < 0 or col > len(colLabels):
3763            return
3764        var = colLabels[col]
3765        lbl = variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3766        dlg = G2G.SingleStringDialog(G2frame.dataFrame,'Set variable label',
3767                                 'Set a new name for variable '+var,lbl,size=(400,-1))
3768        if dlg.Show():
3769            variableLabels[var] = dlg.GetValue()
3770        dlg.Destroy()
3771
3772    def DoSequentialExport(event):
3773        '''Event handler for all Sequential Export menu items
3774        '''
3775        vals = G2frame.dataFrame.SeqExportLookup.get(event.GetId())
3776        if vals is None:
3777            print('Error: Id not found. This should not happen!')
3778        G2IO.ExportSequential(G2frame,data,*vals)
3779   
3780    #def GridRowLblToolTip(row): return 'Row ='+str(row)
3781   
3782    # lookup table for unique cell parameters by symmetry
3783    cellGUIlist = [
3784        [['m3','m3m'],(0,)],
3785        [['3R','3mR'],(0,3)],
3786        [['3','3m1','31m','6/m','6/mmm','4/m','4/mmm'],(0,2)],
3787        [['mmm'],(0,1,2)],
3788        [['2/m'+'a'],(0,1,2,3)],
3789        [['2/m'+'b'],(0,1,2,4)],
3790        [['2/m'+'c'],(0,1,2,5)],
3791        [['-1'],(0,1,2,3,4,5)],
3792        ]
3793    # cell labels
3794    cellUlbl = ('a','b','c',u'\u03B1',u'\u03B2',u'\u03B3') # unicode a,b,c,alpha,beta,gamma
3795
3796    #======================================================================
3797    # start processing sequential results here (UpdateSeqResults)
3798    #======================================================================
3799    if not data:
3800        print 'No sequential refinement results'
3801        return
3802    variableLabels = data.get('variableLabels',{})
3803    data['variableLabels'] = variableLabels
3804    Histograms,Phases = G2frame.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3805    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
3806    # create a place to store Pseudo Vars & Parametric Fit functions, if not present
3807    if 'SeqPseudoVars' not in data: data['SeqPseudoVars'] = {}
3808    if 'SeqParFitEqList' not in data: data['SeqParFitEqList'] = []
3809    histNames = data['histNames']
3810    if G2frame.dataDisplay:
3811        G2frame.dataDisplay.Destroy()
3812    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3813        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3814        Status.SetStatusText("Select column to export; Double click on column to plot data; on row for Covariance")
3815    sampleParms = GetSampleParms()
3816
3817    # make dict of varied atom coords keyed by absolute position
3818    newAtomDict = data[histNames[0]].get('newAtomDict',{}) # dict with atom positions; relative & absolute
3819    # Possible error: the next might need to be data[histNames[0]]['varyList']
3820    # error will arise if there constraints on coordinates?
3821    atomLookup = {newAtomDict[item][0]:item for item in newAtomDict if item in data['varyList']}
3822   
3823    # make dict of varied cell parameters equivalents
3824    ESDlookup = {} # provides the Dij term for each Ak term (where terms are refined)
3825    Dlookup = {} # provides the Ak term for each Dij term (where terms are refined)
3826    # N.B. These Dij vars are missing a histogram #
3827    newCellDict = {}
3828    for name in histNames:
3829        newCellDict.update(data[name].get('newCellDict',{}))
3830#    newCellDict = data[histNames[0]].get('newCellDict',{})
3831    cellAlist = []
3832    for item in newCellDict:
3833        cellAlist.append(newCellDict[item][0])
3834        if item in data.get('varyList',[]):
3835            ESDlookup[newCellDict[item][0]] = item
3836            Dlookup[item] = newCellDict[item][0]
3837    # add coordinate equivalents to lookup table
3838    for parm in atomLookup:
3839        Dlookup[atomLookup[parm]] = parm
3840        ESDlookup[parm] = atomLookup[parm]
3841
3842    # get unit cell & symmetry for all phases & initial stuff for later use
3843    RecpCellTerms = {}
3844    SGdata = {}
3845    uniqCellIndx = {}
3846    initialCell = {}
3847    RcellLbls = {}
3848    zeroDict = {}
3849    for phase in Phases:
3850        phasedict = Phases[phase]
3851        pId = phasedict['pId']
3852        pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3853        RcellLbls[pId] = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3854        RecpCellTerms[pId] = G2lat.cell2A(phasedict['General']['Cell'][1:7])
3855        zeroDict[pId] = dict(zip(RcellLbls[pId],6*[0.,]))
3856        SGdata[pId] = phasedict['General']['SGData']
3857        laue = SGdata[pId]['SGLaue']
3858        if laue == '2/m':
3859            laue += SGdata[pId]['SGUniq']
3860        for symlist,celllist in cellGUIlist:
3861            if laue in symlist:
3862                uniqCellIndx[pId] = celllist
3863                break
3864        else: # should not happen
3865            uniqCellIndx[pId] = range(6)
3866        for i in uniqCellIndx[pId]:
3867            initialCell[str(pId)+'::A'+str(i)] =  RecpCellTerms[pId][i]
3868
3869    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SequentialMenu)
3870    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sequential refinement results')
3871    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3872        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3873        Status.SetStatusText('')
3874    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnRenameSelSeq, id=wxID_RENAMESEQSEL)
3875    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeq, id=wxID_SAVESEQSEL)
3876    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeqCSV, id=wxID_SAVESEQSELCSV)
3877    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSeqCSV, id=wxID_SAVESEQCSV)
3878    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotSelSeq, id=wxID_PLOTSEQSEL)
3879    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAveSelSeq, id=wxID_AVESEQSEL)
3880    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReOrgSelSeq, id=wxID_ORGSEQSEL)
3881    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewPseudoVar, id=wxADDSEQVAR)
3882    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewDistPseudoVar, id=wxADDSEQDIST)
3883    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewAnglePseudoVar, id=wxADDSEQANGLE)
3884    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelPseudoVar, id=wxDELSEQVAR)
3885    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditPseudoVar, id=wxEDITSEQVAR)
3886    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewParFitEq, id=wxADDPARFIT)
3887    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyParFitEq, id=wxCOPYPARFIT)
3888    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelParFitEq, id=wxDELPARFIT)
3889    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditParFitEq, id=wxEDITPARFIT)
3890    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoParEqFit, id=wxDOPARFIT)
3891
3892    for id in G2frame.dataFrame.SeqExportLookup:       
3893        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoSequentialExport, id=id)
3894
3895    EnablePseudoVarMenus()
3896    EnableParFitEqMenus()
3897
3898    # scan for locations where the variables change
3899    VaryListChanges = [] # histograms where there is a change
3900    combinedVaryList = []
3901    firstValueDict = {}
3902    vallookup = {}
3903    posdict = {}
3904    prevVaryList = []
3905    foundNames = []
3906    missing = 0
3907    for i,name in enumerate(histNames):
3908        if name not in data:
3909            if missing < 5:
3910                print(" Warning: "+name+" not found")
3911            elif missing == 5:
3912                print ' Warning: more are missing'
3913            missing += 1
3914            continue
3915        foundNames.append(name)
3916        maxPWL = 5
3917        for var,val,sig in zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables'],data[name]['sig']):
3918            svar = striphist(var,'*') # wild-carded
3919            if 'PWL' in svar:
3920                if int(svar.split(':')[-1]) > maxPWL:
3921                    continue
3922            if svar not in combinedVaryList:
3923                # add variables to list as they appear
3924                combinedVaryList.append(svar)
3925                firstValueDict[svar] = (val,sig)
3926        if prevVaryList != data[name]['varyList']: # this refinement has a different refinement list from previous
3927            prevVaryList = data[name]['varyList']
3928            vallookup[name] = dict(zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables']))
3929            posdict[name] = {}
3930            for var in data[name]['varyList']:
3931                svar = striphist(var,'*')
3932                if 'PWL' in svar:
3933                    if int(svar.split(':')[-1]) > maxPWL:
3934                        continue
3935                posdict[name][combinedVaryList.index(svar)] = svar
3936            VaryListChanges.append(name)
3937    if missing:
3938        print ' Warning: Total of %d data sets missing from sequential results'%(missing)
3939    if len(VaryListChanges) > 1:
3940        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,True)
3941    else:
3942        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,False)
3943    #-----------------------------------------------------------------------------------
3944    # build up the data table by columns -----------------------------------------------
3945    histNames = foundNames
3946    nRows = len(histNames)
3947    G2frame.colList = [nRows*[True]]
3948    G2frame.colSigs = [None]
3949    colLabels = ['Use']
3950    Types = [wg.GRID_VALUE_BOOL]
3951    # start with Rwp values
3952    if 'IMG ' not in histNames[0][:4]:
3953        G2frame.colList += [[data[name]['Rvals']['Rwp'] for name in histNames]]
3954        G2frame.colSigs += [None]
3955        colLabels += ['Rwp']
3956        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
3957    # add % change in Chi^2 in last cycle
3958    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG '] and Controls.get('ShowCell'):
3959        G2frame.colList += [[100.*data[name]['Rvals'].get('DelChi2',-1) for name in histNames]]
3960        G2frame.colSigs += [None]
3961        colLabels += [u'\u0394\u03C7\u00B2 (%)']
3962        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
3963    deltaChiCol = len(colLabels)-1
3964    # add changing sample parameters to table
3965    for key in sampleParms:
3966        G2frame.colList += [sampleParms[key]]
3967        G2frame.colSigs += [None]
3968        colLabels += [key]
3969        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3970    sampleDict = {}
3971    for i,name in enumerate(histNames):
3972        sampleDict[name] = dict(zip(sampleParms.keys(),[sampleParms[key][i] for key in sampleParms.keys()])) 
3973    # add unique cell parameters TODO: review this where the cell symmetry changes (when possible)
3974    if Controls.get('ShowCell',False):
3975        for pId in sorted(RecpCellTerms):
3976            pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3977            cells = []
3978            cellESDs = []
3979            colLabels += [pfx+cellUlbl[i] for i in uniqCellIndx[pId]]
3980            colLabels += [pfx+'Vol']
3981            Types += (len(uniqCellIndx[pId]))*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
3982            Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
3983            Albls = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3984            for hId,name in enumerate(histNames):
3985                phfx = '%d:%d:'%(pId,hId)
3986                esdLookUp = {}
3987                dLookup = {}
3988                for item in data[name]['newCellDict']:
3989                    if phfx+item.split('::')[1] in data[name]['varyList']:
3990                        esdLookUp[newCellDict[item][0]] = item
3991                        dLookup[item] = newCellDict[item][0]
3992                covData = {'varyList': [dLookup.get(striphist(v),v) for v in data[name]['varyList']],
3993                    'covMatrix': data[name]['covMatrix']}
3994                A = RecpCellTerms[pId][:] # make copy of starting A values
3995                # update with refined values
3996                for i in range(6):
3997                    var = str(pId)+'::A'+str(i)
3998                    if var in cellAlist:
3999                        try:
4000                            val = data[name]['newCellDict'][esdLookUp[var]][1] # get refined value
4001                            A[i] = val # override with updated value
4002                        except KeyError:
4003                            A[i] = None
4004                # apply symmetry
4005                cellDict = dict(zip(Albls,A))
4006                if None in A:
4007                    c = 6*[None]
4008                    cE = 6*[None]
4009                    vol = None
4010                else:
4011                    A,zeros = G2stIO.cellFill(pfx,SGdata[pId],cellDict,zeroDict[pId])
4012                    # convert to direct cell & add only unique values to table
4013                    c = G2lat.A2cell(A)
4014                    vol = G2lat.calc_V(A)
4015                    cE = G2stIO.getCellEsd(pfx,SGdata[pId],A,covData)
4016                cells += [[c[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[vol]]
4017                cellESDs += [[cE[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[cE[-1]]]
4018            G2frame.colList += zip(*cells)
4019            G2frame.colSigs += zip(*cellESDs)
4020    # sort out the variables in their selected order
4021    varcols = 0
4022    for d in posdict.itervalues():
4023        varcols = max(varcols,max(d.keys())+1)
4024    # get labels for each column
4025    for i in range(varcols):
4026        lbl = ''
4027        for h in VaryListChanges:
4028            if posdict[h].get(i):
4029                if posdict[h].get(i) in lbl: continue
4030                if lbl != "": lbl += '/'
4031                lbl += posdict[h].get(i)
4032        colLabels.append(lbl)
4033    Types += varcols*[wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
4034    vals = []
4035    esds = []
4036    varsellist = None        # will be a list of variable names in the order they are selected to appear
4037    # tabulate values for each hist, leaving None for blank columns
4038    for name in histNames:
4039        if name in posdict:
4040            varsellist = [posdict[name].get(i) for i in range(varcols)]
4041            # translate variable names to how they will be used in the headings
4042            vs = [striphist(v,'*') for v in data[name]['varyList']]
4043            # determine the index for each column (or None) in the data[]['variables'] and ['sig'] lists
4044            sellist = [vs.index(v) if v is not None else None for v in varsellist]
4045            #sellist = [i if striphist(v,'*') in varsellist else None for i,v in enumerate(data[name]['varyList'])]
4046        if not varsellist: raise Exception()
4047        vals.append([data[name]['variables'][s] if s is not None else None for s in sellist])
4048        esds.append([data[name]['sig'][s] if s is not None else None for s in sellist])
4049        #GSASIIpath.IPyBreak()
4050    G2frame.colList += zip(*vals)
4051    G2frame.colSigs += zip(*esds)
4052    # compute and add weight fractions to table if varied
4053    for phase in Phases:
4054        var = str(Phases[phase]['pId'])+':*:Scale'
4055        if var not in combinedVaryList: continue
4056        wtFrList = []
4057        sigwtFrList = []
4058        for i,name in enumerate(histNames):
4059            wtFrSum = 0.
4060            for phase1 in Phases:
4061                wtFrSum += Phases[phase1]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase1]['General']['Mass']
4062            var = str(Phases[phase]['pId'])+':'+str(i)+':Scale'
4063            wtFr = Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase]['General']['Mass']/wtFrSum
4064            wtFrList.append(wtFr)
4065            if var in data[name]['varyList']:
4066                sig = data[name]['sig'][data[name]['varyList'].index(var)]*wtFr/Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]
4067            else:
4068                sig = 0.0
4069            sigwtFrList.append(sig)
4070        colLabels.append(str(Phases[phase]['pId'])+':*:WgtFrac')
4071        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
4072        G2frame.colList += [wtFrList]
4073        G2frame.colSigs += [sigwtFrList]
4074               
4075    # tabulate constrained variables, removing histogram numbers if needed
4076    # from parameter label
4077    depValDict = {}
4078    depSigDict = {}
4079    for name in histNames:
4080        for var in data[name].get('depParmDict',{}):
4081            val,sig = data[name]['depParmDict'][var]
4082            svar = striphist(var,'*')
4083            if svar not in depValDict:
4084               depValDict[svar] = [val]
4085               depSigDict[svar] = [sig]
4086            else:
4087               depValDict[svar].append(val)
4088               depSigDict[svar].append(sig)
4089    # add the dependent constrained variables to the table
4090    for var in sorted(depValDict):
4091        if len(depValDict[var]) != len(histNames): continue
4092        colLabels.append(var)
4093        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
4094        G2frame.colSigs += [depSigDict[var]]
4095        G2frame.colList += [depValDict[var]]
4096
4097    # add atom parameters to table
4098    colLabels += atomLookup.keys()
4099    for parm in sorted(atomLookup):
4100        G2frame.colList += [[data[name]['newAtomDict'][atomLookup[parm]][1] for name in histNames]]
4101        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
4102        if atomLookup[parm] in data[histNames[0]]['varyList']:
4103            col = data[histNames[0]]['varyList'].index(atomLookup[parm])
4104            G2frame.colSigs += [[data[name]['sig'][col] for name in histNames]]
4105        else:
4106            G2frame.colSigs += [None]
4107    # evaluate Pseudovars, their ESDs and add them to grid
4108    for expr in data['SeqPseudoVars']:
4109        obj = data['SeqPseudoVars'][expr]
4110        calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
4111        valList = []
4112        esdList = []
4113        for seqnum,name in enumerate(histNames):
4114            sigs = data[name]['sig']
4115            G2mv.InitVars()
4116            parmDict = data[name].get('parmDict')
4117            constraintInfo = data[name].get('constraintInfo',[[],[],{},[],seqnum])
4118            groups,parmlist,constrDict,fixedList,ihst = constraintInfo
4119            varyList = data[name]['varyList']
4120            parmDict = data[name]['parmDict']
4121            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmDict,SeqHist=ihst)
4122            if 'Dist' in expr:
4123                derivs = G2mth.CalcDistDeriv(obj.distance_dict,obj.distance_atoms, parmDict)
4124                pId = obj.distance_dict['pId']
4125                aId,bId = obj.distance_atoms
4126                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
4127                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId) for ip in ['x','y','z']]
4128                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
4129                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
4130#                GSASIIpath.IPyBreak()
4131            elif 'Angle' in expr:
4132                derivs = G2mth.CalcAngleDeriv(obj.angle_dict,obj.angle_atoms, parmDict)
4133                pId = obj.angle_dict['pId']
4134                aId,bId = obj.angle_atoms
4135                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
4136                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[0]) for ip in ['x','y','z']]
4137                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[1]) for ip in ['x','y','z']]
4138                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
4139                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
4140            else:
4141                derivs = np.array(
4142                    [EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict.copy(),sampleDict[name],var,ESD)
4143                     for var,ESD in zip(varyList,sigs)])
4144                if None in list(derivs):
4145                    esdList.append(None)
4146                else:
4147                    esdList.append(np.sqrt(
4148                        np.inner(derivs,np.inner(data[name]['covMatrix'],derivs.T)) ))
4149            PSvarDict = parmDict.copy()
4150            PSvarDict.update(sampleDict[name])
4151            UpdateParmDict(PSvarDict)
4152            calcobj.UpdateDict(PSvarDict)
4153            valList.append(calcobj.EvalExpression())
4154#            if calcobj.su is not None: esdList[-1] = calcobj.su
4155        if not esdList:
4156            esdList = None
4157        G2frame.colList += [valList]
4158        G2frame.colSigs += [esdList]
4159        colLabels += [expr]
4160        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3']
4161    #---- table build done -------------------------------------------------------------
4162
4163    # Make dict needed for creating & editing pseudovars (PSvarDict).
4164   
4165    name = histNames[0]
4166    parmDict = data[name].get('parmDict',{})
4167    PSvarDict = parmDict.copy()
4168    PSvarDict.update(sampleParms)
4169    UpdateParmDict(PSvarDict)
4170    # Also dicts of variables
4171    # for Parametric fitting from the data table
4172    parmDict = dict(zip(colLabels,zip(*G2frame.colList)[0])) # scratch dict w/all values in table
4173    parmDict.update({var:val for var,val in newCellDict.values()}) #  add varied reciprocal cell terms
4174    del parmDict['Use']
4175    name = histNames[0]
4176
4177    #******************************************************************************
4178    # create a set of values for example evaluation of pseudovars and
4179    # this does not work for refinements that have differing numbers of variables.
4180    #raise Exception
4181    VarDict = {}
4182    for i,var in enumerate(colLabels):
4183        if var in ['Use','Rwp',u'\u0394\u03C7\u00B2 (%)']: continue
4184        if G2frame.colList[i][0] is None:
4185            val,sig = firstValueDict.get(var,[None,None])
4186        elif G2frame.colSigs[i]:
4187            val,sig = G2frame.colList[i][0],G2frame.colSigs[i][0]
4188        else:
4189            val,sig = G2frame.colList[i][0],None
4190#        if val is None: continue
4191#        elif sig is None or sig == 0.:
4192#            VarDict[var] = val
4193        if striphist(var) not in Dlookup:
4194            VarDict[var] = val
4195    # add recip cell coeff. values
4196    VarDict.update({var:val for var,val in newCellDict.values()})
4197
4198    G2frame.dataFrame.currentGrids = []
4199    G2frame.dataDisplay = G2G.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
4200    G2frame.SeqTable = G2G.Table([list(cl) for cl in zip(*G2frame.colList)],     # convert from columns to rows
4201        colLabels=colLabels,rowLabels=histNames,types=Types)
4202    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.SeqTable, True)
4203    #G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
4204    # make all but first column read-only
4205    for c in range(1,len(colLabels)):
4206        for r in range(nRows):
4207            G2frame.dataDisplay.SetCellReadOnly(r,c)
4208    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK, PlotSelect)
4209    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_RIGHT_CLICK, SetLabelString)
4210    G2frame.dataDisplay.SetRowLabelSize(8*len(histNames[0]))       #pretty arbitrary 8
4211    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
4212    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
4213    if prevSize:
4214        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(prevSize)
4215    else:
4216        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([700,350])
4217    # highlight unconverged shifts
4218    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG ']:
4219        for row,name in enumerate(histNames):
4220            deltaChi = G2frame.SeqTable.GetValue(row,deltaChiCol)
4221            if deltaChi > 10.:
4222                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,0,0))
4223            elif deltaChi > 1.0:
4224                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,255,0))
4225    G2frame.dataDisplay.InstallGridToolTip(GridSetToolTip,GridColLblToolTip)
4226    G2frame.dataDisplay.SendSizeEvent() # resize needed on mac
4227    G2frame.dataDisplay.Refresh() # shows colored text on mac
4228   
4229################################################################################
4230#####  Main PWDR panel
4231################################################################################           
4232       
4233def UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item):
4234    '''Called when the histogram main tree entry is called. Displays the
4235    histogram weight factor, refinement statistics for the histogram
4236    and the range of data for a simulation.
4237
4238    Also invokes a plot of the histogram.
4239    '''
4240    def onEditSimRange(event):
4241        'Edit simulation range'
4242        inp = [
4243            min(data[1][0]),
4244            max(data[1][0]),
4245            None
4246            ]
4247        inp[2] = (inp[1] - inp[0])/(len(data[1][0])-1.)
4248        names = ('start angle', 'end angle', 'step size')
4249        dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
4250            G2frame,[inp] * len(inp), range(len(inp)), names,
4251            header='Edit simulation range',
4252            minvals=(0.001,0.001,0.0001),
4253            maxvals=(180.,180.,.1),
4254            )
4255        dlg.