source: trunk/GSASIIgrid.py @ 2715

Last change on this file since 2715 was 2715, checked in by vondreele, 5 years ago

put histogram numbers in sorted order for View LS parms
remove some commented lines from G2pwdrGUI
force seq refinement to skip unused phases in each histogram - hap parameters are ignored & seq results table shows blanks for them
seq plot plot skips blanks - leaves blank spots in any parameter line

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 230.7 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIgrid - data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2017-02-18 22:22:21 +0000 (Sat, 18 Feb 2017) $
5# $Author: vondreele $
6# $Revision: 2715 $
7# $URL: trunk/GSASIIgrid.py $
8# $Id: GSASIIgrid.py 2715 2017-02-18 22:22:21Z vondreele $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIgrid: Basic GUI routines*
12--------------------------------
13
14'''
15import wx
16import wx.grid as wg
17#import wx.wizard as wz
18#import wx.aui
19import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
20import time
21import copy
22import sys
23import os
24import random as ran
25import numpy as np
26import numpy.ma as ma
27import scipy.optimize as so
28import GSASIIpath
29GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2715 $")
30import GSASIImath as G2mth
31import GSASIIIO as G2IO
32import GSASIIstrIO as G2stIO
33import GSASIIlattice as G2lat
34import GSASIIplot as G2plt
35import GSASIIpwdGUI as G2pdG
36import GSASIIimgGUI as G2imG
37import GSASIIphsGUI as G2phG
38import GSASIIspc as G2spc
39import GSASIImapvars as G2mv
40import GSASIIconstrGUI as G2cnstG
41import GSASIIrestrGUI as G2restG
42import GSASIIpy3 as G2py3
43import GSASIIobj as G2obj
44import GSASIIexprGUI as G2exG
45import GSASIIlog as log
46import GSASIIctrls as G2G
47
48# trig functions in degrees
49sind = lambda x: np.sin(x*np.pi/180.)
50tand = lambda x: np.tan(x*np.pi/180.)
51cosd = lambda x: np.cos(x*np.pi/180.)
52
53# Define a short name for convenience
54WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
55
56[ wxID_FOURCALC, wxID_FOURSEARCH, wxID_FOURCLEAR, wxID_PEAKSMOVE, wxID_PEAKSCLEAR, 
57    wxID_CHARGEFLIP, wxID_PEAKSUNIQUE, wxID_PEAKSDELETE, wxID_PEAKSDA,
58    wxID_PEAKSDISTVP, wxID_PEAKSVIEWPT, wxID_FINDEQVPEAKS,wxID_SHOWBONDS,wxID_MULTIMCSA,
59    wxID_SINGLEMCSA,wxID_4DCHARGEFLIP,wxID_TRANSFORMSTRUCTURE,
60] = [wx.NewId() for item in range(17)]
61
62[ wxID_PWDRADD, wxID_HKLFADD, wxID_PWDANALYSIS, wxID_PWDCOPY, wxID_PLOTCTRLCOPY, 
63    wxID_DATADELETE,wxID_DATACOPY,wxID_DATACOPYFLAGS,wxID_DATASELCOPY,wxID_DATAUSE,
64] = [wx.NewId() for item in range(10)]
65
66[ wxID_ATOMSEDITADD, wxID_ATOMSEDITINSERT, wxID_ATOMSEDITDELETE, 
67    wxID_ATOMSMODIFY, wxID_ATOMSTRANSFORM, wxID_ATOMSVIEWADD, wxID_ATOMVIEWINSERT,
68    wxID_RELOADDRAWATOMS,wxID_ATOMSDISAGL,wxID_ATOMMOVE,wxID_MAKEMOLECULE,
69    wxID_ASSIGNATMS2RB,wxID_ATOMSPDISAGL, wxID_ISODISP,wxID_ADDHATOM,wxID_UPDATEHATOM,
70    wxID_WAVEVARY,wxID_ATOMSROTATE, wxID_ATOMSDENSITY,
71    wxID_ATOMSSETALL, wxID_ATOMSSETSEL,
72] = [wx.NewId() for item in range(21)]
73
74[ wxID_DRAWATOMSTYLE, wxID_DRAWATOMLABEL, wxID_DRAWATOMCOLOR, wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, 
75    wxID_DRAWVIEWPOINT, wxID_DRAWTRANSFORM, wxID_DRAWDELETE, wxID_DRAWFILLCELL, 
76    wxID_DRAWADDEQUIV, wxID_DRAWFILLCOORD, wxID_DRAWDISAGLTOR,  wxID_DRAWPLANE,
77    wxID_DRAWDISTVP, wxID_DRAWADDSPHERE,wxID_DRWAEDITRADII,
78] = [wx.NewId() for item in range(15)]
79
80[ wxID_DRAWRESTRBOND, wxID_DRAWRESTRANGLE, wxID_DRAWRESTRPLANE, wxID_DRAWRESTRCHIRAL,
81] = [wx.NewId() for item in range(4)]
82
83[ wxID_ADDMCSAATOM,wxID_ADDMCSARB,wxID_CLEARMCSARB,wxID_MOVEMCSA,wxID_MCSACLEARRESULTS,
84] = [wx.NewId() for item in range(5)]
85
86[ wxID_CLEARTEXTURE,wxID_REFINETEXTURE,
87] = [wx.NewId() for item in range(2)]
88
89[ wxID_LOADDIFFAX,wxID_LAYERSIMULATE,wxID_SEQUENCESIMULATE, wxID_LAYERSFIT, wxID_COPYPHASE,
90] = [wx.NewId() for item in range(5)]
91
92[ wxID_PAWLEYLOAD, wxID_PAWLEYESTIMATE, wxID_PAWLEYUPDATE, wxID_PAWLEYSELALL, wxID_PAWLEYSELNONE,
93  wxID_PAWLEYSELTOGGLE, wxID_PAWLEYSET,
94] = [wx.NewId() for item in range(7)]
95
96[ wxID_IMCALIBRATE,wxID_IMRECALIBRATE,wxID_IMINTEGRATE, wxID_IMCLEARCALIB,wxID_IMRECALIBALL, 
97    wxID_IMCOPYCONTROLS, wxID_INTEGRATEALL, wxID_IMSAVECONTROLS, wxID_IMLOADCONTROLS, wxID_IMAUTOINTEG,
98    wxID_IMCOPYSELECTED, wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, wxID_IMXFERCONTROLS,wxID_IMRESETDIST,
99] = [wx.NewId() for item in range(14)]
100
101[ wxID_MASKCOPY, wxID_MASKSAVE, wxID_MASKLOAD, wxID_NEWMASKSPOT,wxID_NEWMASKARC,wxID_NEWMASKRING,
102    wxID_NEWMASKFRAME, wxID_NEWMASKPOLY,wxID_MASKLOADNOT,wxID_FINDSPOTS,wxID_DELETESPOTS
103] = [wx.NewId() for item in range(11)]
104
105[ wxID_STRSTACOPY, wxID_STRSTAFIT, wxID_STRSTASAVE, wxID_STRSTALOAD,wxID_STRSTSAMPLE,
106    wxID_APPENDDZERO,wxID_STRSTAALLFIT,wxID_UPDATEDZERO,wxID_STRSTAPLOT,
107] = [wx.NewId() for item in range(9)]
108
109[ wxID_BACKCOPY,wxID_LIMITCOPY, wxID_SAMPLECOPY, wxID_SAMPLECOPYSOME, wxID_BACKFLAGCOPY, wxID_SAMPLEFLAGCOPY,
110    wxID_SAMPLESAVE, wxID_SAMPLELOAD,wxID_ADDEXCLREGION,wxID_SETSCALE,wxID_SAMPLE1VAL,wxID_ALLSAMPLELOAD,
111    wxID_MAKEBACKRDF,
112] = [wx.NewId() for item in range(13)]
113
114[ wxID_INSTPRMRESET,wxID_CHANGEWAVETYPE,wxID_INSTCOPY, wxID_INSTFLAGCOPY, wxID_INSTLOAD,
115    wxID_INSTSAVE, wxID_INST1VAL, wxID_INSTCALIB,wxID_INSTSAVEALL,
116] = [wx.NewId() for item in range(9)]
117
118[ wxID_UNDO,wxID_LSQPEAKFIT,wxID_LSQONECYCLE,wxID_RESETSIGGAM,wxID_CLEARPEAKS,wxID_AUTOSEARCH,
119    wxID_PEAKSCOPY, wxID_SEQPEAKFIT,
120] = [wx.NewId() for item in range(8)]
121
122[  wxID_INDXRELOAD, wxID_INDEXPEAKS, wxID_REFINECELL, wxID_COPYCELL, wxID_MAKENEWPHASE,
123    wxID_EXPORTCELLS,
124] = [wx.NewId() for item in range(6)]
125
126[ wxID_CONSTRAINTADD,wxID_EQUIVADD,wxID_HOLDADD,wxID_FUNCTADD,wxID_ADDRIDING,
127  wxID_CONSPHASE, wxID_CONSHIST, wxID_CONSHAP, wxID_CONSGLOBAL,wxID_EQUIVALANCEATOMS,
128] = [wx.NewId() for item in range(10)]
129
130[ wxID_RESTRAINTADD, wxID_RESTSELPHASE,wxID_RESTDELETE, wxID_RESRCHANGEVAL, 
131    wxID_RESTCHANGEESD,wxID_AARESTRAINTADD,wxID_AARESTRAINTPLOT,
132] = [wx.NewId() for item in range(7)]
133
134[ wxID_RIGIDBODYADD,wxID_DRAWDEFINERB,wxID_RIGIDBODYIMPORT,wxID_RESIDUETORSSEQ,
135    wxID_AUTOFINDRESRB,wxID_GLOBALRESREFINE,wxID_RBREMOVEALL,wxID_COPYRBPARMS,
136    wxID_GLOBALTHERM,wxID_VECTORBODYADD
137] = [wx.NewId() for item in range(10)]
138
139[ wxID_RENAMESEQSEL,wxID_SAVESEQSEL,wxID_SAVESEQSELCSV,wxID_SAVESEQCSV,wxID_PLOTSEQSEL,
140  wxID_ORGSEQSEL,wxADDSEQVAR,wxDELSEQVAR,wxEDITSEQVAR,wxCOPYPARFIT,wxID_AVESEQSEL,
141  wxADDPARFIT,wxDELPARFIT,wxEDITPARFIT,wxDOPARFIT,wxADDSEQDIST,wxADDSEQANGLE
142] = [wx.NewId() for item in range(17)]
143
144[ wxID_MODELCOPY,wxID_MODELFIT,wxID_MODELADD,wxID_ELEMENTADD,wxID_ELEMENTDELETE,
145    wxID_ADDSUBSTANCE,wxID_LOADSUBSTANCE,wxID_DELETESUBSTANCE,wxID_COPYSUBSTANCE,
146    wxID_MODELUNDO,wxID_MODELFITALL,wxID_MODELCOPYFLAGS,
147] = [wx.NewId() for item in range(12)]
148
149[ wxID_SELECTPHASE,wxID_PWDHKLPLOT,wxID_PWD3DHKLPLOT,wxID_3DALLHKLPLOT,wxID_MERGEHKL,
150] = [wx.NewId() for item in range(5)]
151
152[ wxID_PDFCOPYCONTROLS, wxID_PDFSAVECONTROLS, wxID_PDFLOADCONTROLS, wxID_PDFCOMPUTE, 
153    wxID_PDFCOMPUTEALL, wxID_PDFADDELEMENT, wxID_PDFDELELEMENT, wxID_PDFPKSFIT,
154    wxID_PDFPKSFITALL,wxID_PDFCOPYPEAKS,wxID_CLEARPDFPEAKS,
155] = [wx.NewId() for item in range(11)]
156
157[ wxID_MCRON,wxID_MCRLIST,wxID_MCRSAVE,wxID_MCRPLAY,
158] = [wx.NewId() for item in range(4)]
159
160VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
161
162commonTrans = {'abc':np.eye(3),'a-cb':np.array([[1,0,0],[0,0,-1],[0,1,0]]),
163    'ba-c':np.array([[0,1,0],[1,0,0],[0,0,-1]]),'-cba':np.array([[0,0,-1],[0,1,0],[1,0,0]]),
164    'bca':np.array([[0,1,0],[0,0,1],[1,0,0]]),'cab':np.array([[0,0,1],[1,0,0],[0,1,0]]),
165    'P->R':np.array([[1,-1,0],[0,1,-1],[1,1,1]]),'R->P':np.array([[2./3,1./3,1./3],[-1./3,1./3,1./3],[-1./3,-2./3,1./3]]),
166    'P->A':np.array([[-1,0,0],[0,-1,1],[0,1,1]]),'R->O':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]),
167    'P->B':np.array([[-1,0,1],[0,-1,0],[1,0,1]]),'B->P':np.array([[-.5,0,.5],[0,-1,0],[.5,0,.5]]),
168    'P->C':np.array([[1,1,0],[1,-1,0],[0,0,-1]]),'C->P':np.array([[.5,.5,0],[.5,-.5,0],[0,0,-1]]),
169    'P->F':np.array([[-1,1,1],[1,-1,1],[1,1,-1]]),'F->P':np.array([[0,.5,.5],[.5,0,.5],[.5,.5,0]]),   
170    'P->I':np.array([[0,1,1],[1,0,1],[1,1,0]]),'I->P':np.array([[-.5,.5,.5],[.5,-.5,.5],[.5,.5,-.5]]),   
171    'A->P':np.array([[-1,0,0],[0,-.5,.5],[0,.5,.5]]),'O->R':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]), 
172    'abc*':np.eye(3), }
173commonNames = ['abc','bca','cab','a-cb','ba-c','-cba','P->A','A->P','P->B','B->P','P->C','C->P',
174    'P->I','I->P','P->F','F->P','P->R','R->P','R->O','O->R','abc*',]
175
176# Should SGMessageBox, SymOpDialog, DisAglDialog be moved?
177
178################################################################################
179#### GSAS-II class definitions
180################################################################################
181
182class SGMessageBox(wx.Dialog):
183    ''' Special version of MessageBox that displays space group & super space group text
184    in two blocks
185    '''
186    def __init__(self,parent,title,text,table,):
187        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
188            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
189        self.text = text
190        self.table = table
191        self.panel = wx.Panel(self)
192        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
193        mainSizer.Add((0,10))
194        for line in text:
195            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
196        ncol = self.table[0].count(',')+1
197        tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
198        for j,item in enumerate(self.table):
199            num,flds = item.split(')')
200            tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s  '%(num+')')),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
201            flds = flds.replace(' ','').split(',')
202            for i,fld in enumerate(flds):
203                if i < ncol-1:
204                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
205                else:
206                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s'%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
207            if not j%2:
208                tableSizer.Add((20,0))
209        mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_LEFT)
210        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
211        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
212        OKbtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
213        OKbtn.SetDefault()
214        btnsizer.AddButton(OKbtn)
215        btnsizer.Realize()
216        mainSizer.Add((0,10))
217        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
218        self.panel.SetSizer(mainSizer)
219        self.panel.Fit()
220        self.Fit()
221        size = self.GetSize()
222        self.SetSize([size[0]+20,size[1]])
223
224    def Show(self):
225        '''Use this method after creating the dialog to post it
226        '''
227        self.ShowModal()
228        return
229
230    def OnOk(self,event):
231        parent = self.GetParent()
232        parent.Raise()
233        self.EndModal(wx.ID_OK)
234
235class SGMagSpinBox(wx.Dialog):
236    ''' Special version of MessageBox that displays magnetic spin text
237    '''
238    def __init__(self,parent,title,text,table,names,spins,):
239        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
240            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER,size=wx.Size(420,350))
241        self.text = text
242        self.table = table
243        self.names = names
244        self.spins = spins
245        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)
246        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
247        mainSizer.Add((0,10))
248        first = text[0].split(':')[-1].strip()
249        cents = [0,]
250        if 'P' != first[0]:
251            cents = text[-1].split(';')
252        for line in text:
253            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
254        ncol = self.table[0].count(',')+2
255        for ic,cent in enumerate(cents):
256            if cent:
257                cent = cent.strip(' (').strip(')+\n') 
258                mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' for (%s)+'%(cent)),0,WACV)
259            tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
260            for j,item in enumerate(self.table):
261                flds = item.split(')')[1]
262                tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  (%2d)  '%(j+1)),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
263                flds = flds.replace(' ','').split(',')
264                for i,fld in enumerate(flds):
265                    if i < ncol-1:
266                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld))
267                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
268                    else:
269                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s '%(fld))
270                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
271                text = wx.StaticText(self.panel,label=' (%s) '%(self.names[j]))
272                if self.spins[j+ic*len(self.table)] < 0:
273                    text.SetForegroundColour('Red')
274                tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
275                if not j%2:
276                    tableSizer.Add((20,0))
277            mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
278           
279        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
280        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
281        OKbtn.SetDefault()
282        btnsizer.AddButton(OKbtn)
283        btnsizer.Realize()
284        mainSizer.Add((0,10))
285        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
286        self.panel.SetSizer(mainSizer)
287        size = np.array(self.GetSize())
288        self.panel.SetupScrolling()
289        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
290        self.panel.SetSize(size)
291        self.panel.SetAutoLayout(1)
292
293    def Show(self):
294        '''Use this method after creating the dialog to post it
295        '''
296        self.ShowModal()
297        return   
298
299################################################################################
300class SymOpDialog(wx.Dialog):
301    '''Class to select a symmetry operator
302    '''
303    def __init__(self,parent,SGData,New=True,ForceUnit=False):
304        wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,'Select symmetry operator',
305            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
306        panel = wx.Panel(self)
307        self.SGData = SGData
308        self.New = New
309        self.Force = ForceUnit
310        self.OpSelected = [0,0,0,[0,0,0],False,False]
311        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
312        if ForceUnit:
313            choice = ['No','Yes']
314            self.force = wx.RadioBox(panel,-1,'Force to unit cell?',choices=choice)
315            self.force.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
316            mainSizer.Add(self.force,0,WACV|wx.TOP,5)
317#        if SGData['SGInv']:
318        choice = ['No','Yes']
319        self.inv = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose inversion?',choices=choice)
320        self.inv.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
321        mainSizer.Add(self.inv,0,WACV)
322        if SGData['SGLatt'] != 'P':
323            LattOp = G2spc.Latt2text(SGData['SGLatt']).split(';')
324            self.latt = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose cell centering?',choices=LattOp)
325            self.latt.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
326            mainSizer.Add(self.latt,0,WACV)
327        if SGData['SGLaue'] in ['-1','2/m','mmm','4/m','4/mmm']:
328            Ncol = 2
329        else:
330            Ncol = 3
331        OpList = []
332        for Opr in SGData['SGOps']:
333            OpList.append(G2spc.MT2text(Opr))
334        self.oprs = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose space group operator?',choices=OpList,
335            majorDimension=Ncol)
336        self.oprs.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
337        mainSizer.Add(self.oprs,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
338        mainSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,"   Choose unit cell?"),0,WACV)
339        cellSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
340        cellName = ['X','Y','Z']
341        self.cell = []
342        for i in range(3):
343            self.cell.append(wx.SpinCtrl(panel,-1,cellName[i],size=wx.Size(50,20)))
344            self.cell[-1].SetRange(-3,3)
345            self.cell[-1].SetValue(0)
346            self.cell[-1].Bind(wx.EVT_SPINCTRL, self.OnOpSelect)
347            cellSizer.Add(self.cell[-1],0,WACV)
348        mainSizer.Add(cellSizer,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
349        if self.New:
350            choice = ['No','Yes']
351            self.new = wx.RadioBox(panel,-1,'Generate new positions?',choices=choice)
352            self.new.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
353            mainSizer.Add(self.new,0,WACV)
354
355        OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
356        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
357        cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
358        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
359        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
360        btnSizer.Add((20,20),1)
361        btnSizer.Add(OkBtn)
362        btnSizer.Add((20,20),1)
363        btnSizer.Add(cancelBtn)
364        btnSizer.Add((20,20),1)
365
366        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
367        panel.SetSizer(mainSizer)
368        panel.Fit()
369        self.Fit()
370
371    def OnOpSelect(self,event):
372#        if self.SGData['SGInv']:
373        self.OpSelected[0] = self.inv.GetSelection()
374        if self.SGData['SGLatt'] != 'P':
375            self.OpSelected[1] = self.latt.GetSelection()
376        self.OpSelected[2] = self.oprs.GetSelection()
377        for i in range(3):
378            self.OpSelected[3][i] = float(self.cell[i].GetValue())
379        if self.New:
380            self.OpSelected[4] = self.new.GetSelection()
381        if self.Force:
382            self.OpSelected[5] = self.force.GetSelection()
383
384    def GetSelection(self):
385        return self.OpSelected
386
387    def OnOk(self,event):
388        parent = self.GetParent()
389        parent.Raise()
390        self.EndModal(wx.ID_OK)
391
392    def OnCancel(self,event):
393        parent = self.GetParent()
394        parent.Raise()
395        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
396       
397################################################################################
398class SphereEnclosure(wx.Dialog):
399    ''' Add atoms within sphere of enclosure to drawing
400   
401    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
402    :param general: general data (includes drawing data)
403    :param atoms: drawing atoms data
404    :param indx: list of selected atoms (may be empty)
405   
406    '''
407    def __init__(self,parent,general,drawing,indx):
408        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
409            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
410        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
411        self.General = general
412        self.Drawing = drawing
413        self.indx = indx
414        self.Sphere = 1.0
415        self.centers = []
416        self.atomTypes = [[item,True] for item in self.General['AtomTypes']]
417       
418        self.Draw()
419       
420    def Draw(self):
421       
422        def OnRadius(event):
423            event.Skip()
424            try:
425                val = float(radius.GetValue())
426                if val < 0.5:
427                    raise ValueError
428                self.Sphere = val
429            except ValueError:
430                pass
431            radius.SetValue('%.3f'%(self.Sphere))
432           
433        def OnAtomType(event):
434            Obj = event.GetEventObject()
435            id = Ind[Obj.GetId()]
436            self.atomTypes[id][1] = Obj.GetValue()
437       
438        self.panel.Destroy()
439        self.panel = wx.Panel(self)
440        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
441        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere of enclosure controls:'),0,WACV)
442        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
443        atoms = []
444        if len(self.indx):
445            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at atoms: '),0,WACV)
446            cx,ct,cs = self.Drawing['atomPtrs'][:3]
447#            print self.Drawing.keys()
448            for id in self.indx:
449                atom = self.Drawing['Atoms'][id]
450                self.centers.append(atom[cx:cx+3])
451                atoms.append('%s(%s)'%(atom[ct-1],atom[cs-1]))
452            topSizer.Add(wx.ComboBox(self.panel,choices=atoms,value=atoms[0],
453                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN),0,WACV)
454        else:
455            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at drawing view point'),0,WACV)
456            self.centers.append(self.Drawing['viewPoint'][0])
457        mainSizer.Add(topSizer,0,WACV)
458        sphereSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
459        sphereSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere radius: '),0,WACV)
460        radius = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f'%(self.Sphere),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
461        radius.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRadius)
462        radius.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRadius)
463        sphereSizer.Add(radius,0,WACV)
464        mainSizer.Add(sphereSizer,0,WACV)
465        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target selected atoms:'),0,WACV)
466        atSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
467        Ind = {}
468        for i,item in enumerate(self.atomTypes):
469            atm = wx.CheckBox(self.panel,label=item[0])
470            atm.SetValue(item[1])
471            atm.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnAtomType)
472            Ind[atm.GetId()] = i
473            atSizer.Add(atm,0,WACV)
474        mainSizer.Add(atSizer,0,WACV)
475       
476        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
477        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
478        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
479        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
480        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
481        btnSizer.Add((20,20),1)
482        btnSizer.Add(OkBtn)
483        btnSizer.Add((20,20),1)
484        btnSizer.Add(cancelBtn)
485        btnSizer.Add((20,20),1)
486       
487        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
488        self.panel.SetSizer(mainSizer)
489        self.panel.Fit()
490        self.Fit()
491       
492    def GetSelection(self):
493        used = []
494        for atm in self.atomTypes:
495            if atm[1]:
496                used.append(str(atm[0]))
497        return self.centers,self.Sphere,used
498
499    def OnOk(self,event):
500        parent = self.GetParent()
501        parent.Raise()
502        self.EndModal(wx.ID_OK)
503
504    def OnCancel(self,event):
505        parent = self.GetParent()
506        parent.Raise()
507        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
508       
509################################################################################
510class TransformDialog(wx.Dialog):
511    ''' Phase transformation
512   
513    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
514    :param phase: phase data
515   
516    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file
517    '''
518    def __init__(self,parent,phase):
519        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
520            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
521        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
522        self.Phase = copy.deepcopy(phase)   #will be a new phase!
523#        self.Super = phase['General']['Super']
524#        if self.Super:
525#            self.Trans = np.eye(4)
526#            self.Vec = np.zeros(4)
527#        else:
528        self.Trans = np.eye(3)
529        self.Vec = np.zeros(3)
530        self.oldSpGrp = phase['General']['SGData']['SpGrp']
531        self.oldSGdata = phase['General']['SGData']
532        self.newSpGrp = self.Phase['General']['SGData']['SpGrp']
533        self.oldCell = phase['General']['Cell'][1:8]
534        self.newCell = self.Phase['General']['Cell'][1:8]
535        self.Common = 'abc'
536        self.ifMag = False
537        self.ifConstr = True
538        self.Draw()
539
540    def Draw(self):
541               
542        def OnMatValue(event):
543            event.Skip()
544            Obj = event.GetEventObject()
545            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
546            val = Obj.GetValue()
547            try:
548                if '/' in val:
549                    vals = val.split('/')
550                    self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
551                else:   
552                    self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
553            except ValueError:
554                pass
555            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
556           
557        def OnVecValue(event):
558            event.Skip()
559            Obj = event.GetEventObject()
560            iy = Ind[Obj.GetId()]
561            val = Obj.GetValue()
562            try:
563                if '/' in val:
564                    vals = val.split('/')
565                    self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
566                else:   
567                    self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
568            except ValueError:
569                pass
570            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
571               
572        def OnCommon(event):
573            Obj = event.GetEventObject()
574            self.Common = Obj.GetValue()
575            if '*' in self.Common:
576                A,B = G2lat.cell2AB(self.oldCell[:6])
577                self.newCell[2:5] = [A[2,2],90.,90.]
578                a,b = G2lat.cell2AB(self.newCell[:6])
579                self.Trans = np.inner(a.T,B)    #correct!
580                self.newSpGrp = 'P 1'
581                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(self.newSpGrp)
582                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
583            else:
584                self.Trans = commonTrans[self.Common]
585            OnTest(event)
586       
587        def OnSpaceGroup(event):
588            event.Skip()
589            Flds = SGTxt.GetValue().split()
590            Flds[0] = Flds[0].upper()
591            #get rid of extra spaces between fields first
592            for fld in Flds: fld = fld.strip()
593            SpcGp = ' '.join(Flds)
594            if SpcGp == self.newSpGrp: #didn't change it!
595                return
596            # try a lookup on the user-supplied name
597            SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpcGp)
598            if SpGrpNorm:
599                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
600            else:
601                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpcGp)
602            if SGErr:
603                text = [G2spc.SGErrors(SGErr)+'\nSpace Group set to previous']
604                SGTxt.SetValue(self.newSpGrp)
605                msg = 'Space Group Error'
606                Style = wx.ICON_EXCLAMATION
607                Text = '\n'.join(text)
608                wx.MessageBox(Text,caption=msg,style=Style)
609            else:
610                text,table = G2spc.SGPrint(SGData)
611                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
612                self.newSpGrp = SpcGp
613                SGTxt.SetValue(self.Phase['General']['SGData']['SpGrp'])
614                msg = 'Space Group Information'
615                SGMessageBox(self.panel,msg,text,table).Show()
616            if self.Phase['General']['Type'] == 'magnetic':
617                Nops = len(SGData['SGOps'])*len(SGData['SGCen'])
618                if SGData['SGInv']:
619                    Nops *= 2
620                SGData['SpnFlp'] = Nops*[1,]
621#            if self.Phase['General']['Type'] in ['modulated',]:
622#                self.Phase['General']['SuperSg'] = SetDefaultSSsymbol()
623#                self.Phase['General']['SSGData'] = G2spc.SSpcGroup(generalData['SGData'],generalData['SuperSg'])[1]
624
625        def OnTest(event):
626            self.newCell = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)
627            wx.CallAfter(self.Draw)
628           
629        def OnMag(event):
630            self.ifMag = mag.GetValue()
631           
632        def OnConstr(event):
633            self.ifConstr = constr.GetValue()
634
635        self.panel.Destroy()
636        self.panel = wx.Panel(self)
637        Ind = {}
638        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
639        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
640        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
641        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix & vector: M*X+V = X'"))
642#        if self.Super:
643#            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
644#        else:
645        commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
646        commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
647        common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames,
648            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
649        common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
650        commonSizer.Add(common,0,WACV)
651        transSizer.Add(commonSizer)
652        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
653        for iy,line in enumerate(self.Trans):
654            for ix,val in enumerate(line):
655                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
656                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
657                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
658                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
659                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
660                Trmat.Add(item)
661            Trmat.Add((25,0),0)
662            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
663                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
664            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
665            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
666            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
667            Trmat.Add(vec)
668        transSizer.Add(Trmat)
669        MatSizer.Add((10,0),0)
670        MatSizer.Add(transSizer)
671        mainSizer.Add(MatSizer)
672        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Old lattice parameters:'),0,WACV)
673        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
674            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.oldCell[0],self.oldCell[1],self.oldCell[2])),0,WACV)
675        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
676            (self.oldCell[3],self.oldCell[4],self.oldCell[5])),0,WACV)
677        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.oldCell[6])),0,WACV)
678        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' New lattice parameters:'),0,WACV)
679        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
680            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.newCell[0],self.newCell[1],self.newCell[2])),0,WACV)
681        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
682            (self.newCell[3],self.newCell[4],self.newCell[5])),0,WACV)
683        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.newCell[6])),0,WACV)
684        sgSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
685        sgSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  Space group: '),0,WACV)
686        SGTxt = wx.TextCtrl(self.panel,value=self.newSpGrp,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
687        SGTxt.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnSpaceGroup)
688        SGTxt.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnSpaceGroup)
689        sgSizer.Add(SGTxt,0,WACV)
690        mainSizer.Add(sgSizer,0,WACV)
691        if 'magnetic' not in self.Phase['General']['Type']:
692            mag = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make new phase magnetic?')
693            mag.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnMag)
694            mainSizer.Add(mag,0,WACV)
695            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
696                label=' NB: Nonmagnetic atoms will be deleted from new phase'),0,WACV)
697            constr = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make constraints between phases?')
698            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
699                label=' Constraints not correct for non-diagonal transforms'),0,WACV)
700            constr.SetValue(self.ifConstr)
701            constr.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnConstr)
702            mainSizer.Add(constr,0,WACV)
703
704        TestBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Test")
705        TestBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, OnTest)
706        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
707        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
708        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
709        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
710        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
711        btnSizer.Add((20,20),1)
712        btnSizer.Add(TestBtn)
713        btnSizer.Add((20,20),1)
714        btnSizer.Add(OkBtn)
715        btnSizer.Add((20,20),1)
716        btnSizer.Add(cancelBtn)
717        btnSizer.Add((20,20),1)
718       
719        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
720        self.panel.SetSizer(mainSizer)
721        self.panel.Fit()
722        self.Fit()
723       
724    def GetSelection(self):
725        if self.ifMag:
726            self.Phase['General']['Name'] += ' mag'
727        else:
728            self.Phase['General']['Name'] += ' %s'%(self.Common)
729        self.Phase['General']['Cell'][1:] = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)           
730        return self.Phase,self.Trans,self.Vec,self.ifMag,self.ifConstr
731
732    def OnOk(self,event):
733        parent = self.GetParent()
734        parent.Raise()
735        self.EndModal(wx.ID_OK)
736
737    def OnCancel(self,event):
738        parent = self.GetParent()
739        parent.Raise()
740        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
741################################################################################
742class UseMagAtomDialog(wx.Dialog):
743    '''Get user selected magnetic atoms after cell transformation
744    '''
745    def __init__(self,parent,Atoms,atCodes):
746        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Magnetic atom selection', 
747            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
748        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
749        self.Atoms = Atoms
750        self.atCodes = atCodes
751        self.Use = len(self.Atoms)*[True,]
752        self.Draw()
753       
754    def Draw(self):
755       
756        def OnUseChk(event):
757            Obj = event.GetEventObject()
758            iuse = Indx[Obj.GetId()]
759            self.Use[iuse] = not self.Use[iuse]
760            Obj.SetValue(self.Use[iuse])
761       
762        self.panel.Destroy()
763        self.panel = wx.Panel(self)
764        Indx = {}
765        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
766       
767        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Name, x, y, z:'),0,WACV)
768        atmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
769        for iuse,[use,atom] in enumerate(zip(self.Use,self.Atoms)):
770            useChk = wx.CheckBox(self.panel,label='Use?')
771            Indx[useChk.GetId()] = iuse
772            useChk.SetValue(use)
773            useChk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnUseChk)
774            atmSizer.Add(useChk,0,WACV)
775            text = ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%(atom[0],atom[3],atom[4],atom[5])
776            atmSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=text),0,WACV)
777        mainSizer.Add(atmSizer)
778       
779        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
780        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
781        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Use All")
782        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
783        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
784        btnSizer.Add((20,20),1)
785        btnSizer.Add(OkBtn)
786        btnSizer.Add((20,20),1)
787        btnSizer.Add(cancelBtn)
788        btnSizer.Add((20,20),1)
789       
790        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
791        self.panel.SetSizer(mainSizer)
792        self.panel.Fit()
793        self.Fit()
794       
795    def GetSelection(self):
796        useAtoms = []
797        useatCodes = []
798        for use,atom,code in zip(self.Use,self.Atoms,self.atCodes):
799            if use:
800                useAtoms.append(atom)
801                useatCodes.append(code)
802        return useAtoms,useatCodes
803
804    def OnOk(self,event):
805        parent = self.GetParent()
806        parent.Raise()
807        self.EndModal(wx.ID_OK)
808
809    def OnCancel(self,event):
810        parent = self.GetParent()
811        parent.Raise()
812        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
813           
814               
815################################################################################
816class RotationDialog(wx.Dialog):
817    ''' Get Rotate & translate matrix & vector - currently not used
818    needs rethinking - possible use to rotate a group of atoms about some
819    vector/origin + translation
820   
821    '''
822    def __init__(self,parent):
823        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Atom group rotation/translation', 
824            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
825        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
826        self.Trans = np.eye(3)
827        self.Vec = np.zeros(3)
828        self.rotAngle = 0.
829        self.rotVec = np.array([0.,0.,1.])
830        self.Expand = ''
831        self.Draw()
832
833    def Draw(self):
834
835        def OnMatValue(event):
836            event.Skip()
837            Obj = event.GetEventObject()
838            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
839            val = Obj.GetValue()
840            if '/' in val:
841                vals = val.split('/')
842                self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
843            else:   
844                self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
845            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
846           
847           
848        def OnVecValue(event):
849            event.Skip()
850            Obj = event.GetEventObject()
851            iy = Ind[Obj.GetId()]
852            val = Obj.GetValue()
853            if '/' in val:
854                vals = val.split('/')
855                self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
856            else:   
857                self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
858            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
859           
860        def OnExpand(event):
861            self.Expand = expand.GetValue()
862           
863        def OnRotAngle(event):
864            event.Skip()
865            self.rotAngle = float(rotangle.GetValue())
866            rotangle.SetValue('%5.3f'%(self.rotAngle))
867            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
868            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
869            self.Draw()
870           
871        def OnRotVec(event):
872            event.Skip()
873            vals = rotvec.GetValue()
874            vals = vals.split()
875            self.rotVec = np.array([float(val) for val in vals])
876            rotvec.SetValue('%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]))
877            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
878            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
879            self.Draw()
880           
881        self.panel.Destroy()
882        self.panel = wx.Panel(self)
883        Ind = {}
884        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
885        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
886        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
887        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix && vector: "+ \
888            "\n B*M*A*(X-V)+V = X'\n A,B: Cartesian transformation matrices"))
889        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
890        for iy,line in enumerate(self.Trans):
891            for ix,val in enumerate(line):
892                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
893                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
894                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
895                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
896                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
897                Trmat.Add(item)
898            Trmat.Add((25,0),0)
899            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
900                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
901            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
902            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
903            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
904            Trmat.Add(vec)
905        transSizer.Add(Trmat)
906        MatSizer.Add((10,0),0)
907        MatSizer.Add(transSizer)
908        mainSizer.Add(MatSizer)
909        rotationBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
910        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Rotation angle: '),0,WACV)
911        rotangle = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.rotAngle),
912            size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
913        rotangle.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotAngle)
914        rotangle.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotAngle)
915        rotationBox.Add(rotangle,0,WACV)
916        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' about vector: '),0,WACV)
917        rotvec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]),
918            size=(100,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
919        rotvec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotVec)
920        rotvec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotVec)
921        rotationBox.Add(rotvec,0,WACV)
922        mainSizer.Add(rotationBox,0,WACV)
923        expandChoice = ['','xy','xz','yz','xyz']
924        expandBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
925        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Expand -1 to +1 on: '),0,WACV)
926        expand = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Expand,choices=expandChoice,
927            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
928        expand.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnExpand)
929        expandBox.Add(expand,0,WACV)
930        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' and find unique atoms '),0,WACV)       
931        mainSizer.Add(expandBox)
932               
933        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
934        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
935        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
936        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
937        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
938        btnSizer.Add((20,20),1)
939        btnSizer.Add(OkBtn)
940        btnSizer.Add((20,20),1)
941        btnSizer.Add(cancelBtn)
942        btnSizer.Add((20,20),1)
943       
944        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
945        self.panel.SetSizer(mainSizer)
946        self.panel.Fit()
947        self.Fit()
948
949    def GetSelection(self):
950        return self.Trans,self.Vec,self.Expand
951
952    def OnOk(self,event):
953        parent = self.GetParent()
954        parent.Raise()
955        self.EndModal(wx.ID_OK)
956
957    def OnCancel(self,event):
958        parent = self.GetParent()
959        parent.Raise()
960        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)   
961       
962################################################################################
963class DIFFaXcontrols(wx.Dialog):
964    ''' Solicit items needed to prepare DIFFaX control.dif file
965    '''
966    def __init__(self,parent,ctrls,parms=None):
967        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'DIFFaX controls', 
968            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
969        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
970        self.ctrls = ctrls
971        self.calcType = 'powder pattern'
972        self.plane = 'h0l'
973        self.planeChoice = ['h0l','0kl','hhl','h-hl',]
974        self.lmax = '2'
975        self.lmaxChoice = [str(i+1) for i in range(6)]
976        self.Parms = parms
977        self.Parm = None
978        if self.Parms != None:
979            self.Parm = self.Parms[0]
980        self.parmRange = [0.,1.]
981        self.parmStep = 2
982        self.Inst = 'Gaussian'
983        self.Draw()
984       
985    def Draw(self):
986       
987        def OnCalcType(event):
988            self.calcType = calcType.GetValue()
989            wx.CallAfter(self.Draw)
990           
991        def OnPlane(event):
992            self.plane = plane.GetValue()
993           
994        def OnMaxL(event):
995            self.lmax = lmax.GetValue()
996           
997        def OnParmSel(event):
998            self.Parm = parmsel.GetValue()
999           
1000        def OnNumStep(event):
1001            self.parmStep = int(numStep.GetValue())
1002           
1003        def OnParmRange(event):
1004            event.Skip()
1005            vals = parmrange.GetValue().split()
1006            try:
1007                vals = [float(vals[0]),float(vals[1])]
1008            except ValueError:
1009                vals = self.parmRange
1010            parmrange.SetValue('%.3f %.3f'%(vals[0],vals[1]))
1011            self.parmRange = vals
1012           
1013        def OnInstSel(event):
1014            self.Inst = instsel.GetValue()
1015       
1016        self.panel.Destroy()
1017        self.panel = wx.Panel(self)
1018        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1019        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Controls for DIFFaX'),0,WACV)
1020        if self.Parms:
1021            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sequential powder pattern simulation'),0,WACV)
1022        else:
1023            calcChoice = ['powder pattern','selected area']
1024            calcSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1025            calcSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select calculation type: '),0,WACV)
1026            calcType = wx.ComboBox(self.panel,value=self.calcType,choices=calcChoice,
1027                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1028            calcType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCalcType)
1029            calcSizer.Add(calcType,0,WACV)
1030            mainSizer.Add(calcSizer)
1031        if self.Parms:
1032            parmSel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1033            parmSel.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select parameter to vary: '),0,WACV)
1034            parmsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Parm,choices=self.Parms,
1035                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1036            parmsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnParmSel)
1037            parmSel.Add(parmsel,0,WACV)
1038            mainSizer.Add(parmSel)
1039            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Enter parameter range & no. steps: '),0,WACV)
1040            parmRange =  wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1041            numChoice = [str(i+1) for i in range(10)]
1042            parmrange = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f %.3f'%(self.parmRange[0],self.parmRange[1]),
1043                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1044            parmrange.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnParmRange)
1045            parmrange.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnParmRange)
1046            parmRange.Add(parmrange,0,WACV)
1047            numStep = wx.ComboBox(self.panel,value=str(self.parmStep),choices=numChoice,
1048                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1049            numStep.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnNumStep)
1050            parmRange.Add(numStep,0,WACV)
1051            mainSizer.Add(parmRange)           
1052        if 'selected' in self.calcType:
1053            planeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1054            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select plane: '),0,WACV)
1055            plane = wx.ComboBox(self.panel,value=self.plane,choices=self.planeChoice,
1056                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1057            plane.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPlane)
1058            planeSizer.Add(plane,0,WACV)
1059            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Max. l index: '),0,WACV)
1060            lmax = wx.ComboBox(self.panel,value=self.lmax,choices=self.lmaxChoice,
1061                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1062            lmax.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaxL)
1063            planeSizer.Add(lmax,0,WACV)           
1064            mainSizer.Add(planeSizer)
1065        else:
1066            instChoice = ['None','Mean Gaussian','Gaussian',]
1067            instSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1068            instSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select instrument broadening: '),0,WACV)
1069            instsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Inst,choices=instChoice,
1070                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1071            instsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnInstSel)
1072            instSizer.Add(instsel,0,WACV)
1073            mainSizer.Add(instSizer)
1074        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1075        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1076        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1077        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1078        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1079        btnSizer.Add((20,20),1)
1080        btnSizer.Add(OkBtn)
1081        btnSizer.Add((20,20),1)
1082        btnSizer.Add(cancelBtn)
1083        btnSizer.Add((20,20),1)
1084       
1085        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1086        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1087        self.panel.Fit()
1088        self.Fit()
1089       
1090    def GetSelection(self):
1091        if 'powder' in self.calcType:
1092            return 'PWDR',self.Inst,self.Parm,self.parmRange,self.parmStep
1093        elif 'selected' in self.calcType:
1094            return 'SADP',self.plane,self.lmax
1095
1096    def OnOk(self,event):
1097        parent = self.GetParent()
1098        parent.Raise()
1099        self.EndModal(wx.ID_OK)
1100
1101    def OnCancel(self,event):
1102        parent = self.GetParent()
1103        parent.Raise()
1104        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1105           
1106       
1107################################################################################
1108class MergeDialog(wx.Dialog):
1109    ''' HKL transformation & merge dialog
1110   
1111    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1112    :param data: HKLF data
1113   
1114    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file     
1115    '''       
1116    def __init__(self,parent,data):
1117        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup HKLF merge', 
1118            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1119        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1120        self.data = data
1121        self.Super = data[1]['Super']
1122        if self.Super:
1123            self.Trans = np.eye(4)
1124        else:
1125            self.Trans = np.eye(3)
1126        self.Cent = 'noncentrosymmetric'
1127        self.Laue = '1'
1128        self.Class = 'triclinic'
1129        self.Common = 'abc'
1130        self.Draw()
1131       
1132    def Draw(self):
1133               
1134        def OnMatValue(event):
1135            event.Skip()
1136            Obj = event.GetEventObject()
1137            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
1138            self.Trans[ix,iy] = float(Obj.GetValue())
1139               
1140        def OnCent(event):
1141            Obj = event.GetEventObject()
1142            self.Cent = Obj.GetValue()
1143            self.Laue = ''
1144            wx.CallAfter(self.Draw)
1145           
1146        def OnLaue(event):
1147            Obj = event.GetEventObject()
1148            self.Laue = Obj.GetValue()
1149            wx.CallAfter(self.Draw)
1150           
1151        def OnClass(event):
1152            Obj = event.GetEventObject()
1153            self.Class = Obj.GetValue()
1154            self.Laue = ''
1155            wx.CallAfter(self.Draw)
1156           
1157        def OnCommon(event):
1158            Obj = event.GetEventObject()
1159            self.Common = Obj.GetValue()
1160            self.Trans = commonTrans[self.Common]
1161            wx.CallAfter(self.Draw)
1162       
1163        self.panel.Destroy()
1164        self.panel = wx.Panel(self)
1165        Ind = {}
1166        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1167        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1168        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1169        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" HKL Transformation matrix: M*H = H'"))
1170        if self.Super:
1171            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
1172        else:
1173            commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1174            commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
1175            common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames[:-1], #not the last one!
1176                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1177            common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
1178            commonSizer.Add(common,0,WACV)
1179            transSizer.Add(commonSizer)
1180            Trmat = wx.FlexGridSizer(3,3,0,0)
1181        for iy,line in enumerate(self.Trans):
1182            for ix,val in enumerate(line):
1183                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
1184                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1185                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
1186                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
1187                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
1188                Trmat.Add(item)
1189        transSizer.Add(Trmat)
1190        MatSizer.Add((10,0),0)
1191        MatSizer.Add(transSizer)
1192        mainSizer.Add(MatSizer)
1193        laueClass = ['triclinic','monoclinic','orthorhombic','trigonal(H)','tetragonal','hexagonal','cubic']
1194        centroLaue = {'triclinic':['-1',],'monoclinic':['2/m','1 1 2/m','2/m 1 1',],
1195            'orthorhombic':['m m m',],'trigonal(H)':['-3','-3 m 1','-3 1 m',],    \
1196            'tetragonal':['4/m','4/m m m',],'hexagonal':['6/m','6/m m m',],'cubic':['m 3','m 3 m']}
1197        noncentroLaue = {'triclinic':['1',],'monoclinic':['2','2 1 1','1 1 2','m','m 1 1','1 1 m',],
1198            'orthorhombic':['2 2 2','m m 2','m 2 m','2 m m',],
1199            'trigonal(H)':['3','3 1 2','3 2 1','3 m 1','3 1 m',],
1200            'tetragonal':['4','-4','4 2 2','4 m m','-4 2 m','-4 m 2',], \
1201            'hexagonal':['6','-6','6 2 2','6 m m','-6 m 2','-6 2 m',],'cubic':['2 3','4 3 2','-4 3 m']}
1202        centChoice = ['noncentrosymmetric','centrosymmetric']
1203        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select Laue class for new lattice:'),0,WACV)
1204        Class = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Class,choices=laueClass,
1205            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1206        Class.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnClass)
1207        mainSizer.Add(Class,0,WACV)
1208        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target Laue symmetry:'),0,WACV)
1209        Cent = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Cent,choices=centChoice,
1210            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1211        Cent.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCent)
1212        mergeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1213        mergeSizer.Add(Cent,0,WACV)
1214        mergeSizer.Add((10,0),0)
1215        Choice = centroLaue[self.Class]
1216        if 'non' in self.Cent:
1217            Choice = noncentroLaue[self.Class]
1218        Laue = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Laue,choices=Choice,
1219            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1220        Laue.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnLaue)
1221        mergeSizer.Add(Laue,0,WACV)
1222        mainSizer.Add(mergeSizer)
1223
1224        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1225        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1226        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1227        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1228        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1229        btnSizer.Add((20,20),1)
1230        if self.Laue:
1231            btnSizer.Add(OkBtn)
1232            btnSizer.Add((20,20),1)
1233        btnSizer.Add(cancelBtn)
1234        btnSizer.Add((20,20),1)
1235       
1236        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1237        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1238        self.panel.Fit()
1239        self.Fit()
1240       
1241    def GetSelection(self):
1242        return self.Trans,self.Cent,self.Laue
1243
1244    def OnOk(self,event):
1245        parent = self.GetParent()
1246        parent.Raise()
1247        self.EndModal(wx.ID_OK)
1248
1249    def OnCancel(self,event):
1250        parent = self.GetParent()
1251        parent.Raise()
1252        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1253
1254       
1255################################################################################
1256class AddHatomDialog(wx.Dialog):
1257    '''H atom addition dialog. After :meth:`ShowModal` returns, the results
1258    are found in dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1259   
1260    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1261    :param dict Neigh: a dict of atom names with list of atom name, dist pairs for neighboring atoms
1262    :param dict phase: a dict containing the phase as defined by
1263      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`   
1264    '''
1265    def __init__(self,parent,Neigh,phase):
1266        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'H atom add', 
1267            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1268        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1269        self.Neigh = Neigh
1270        self.phase = phase
1271        self.Hatoms = []
1272        self.Draw(self.Neigh,self.phase)
1273           
1274    def Draw(self,Neigh,phase):
1275        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1276        by :meth:`__init__`.
1277        '''
1278        def OnHSelect(event):
1279            Obj = event.GetEventObject()
1280            item,i = Indx[Obj.GetId()]
1281            for obj in Indx[item]:
1282                obj.SetValue(False)
1283            Obj.SetValue(True)
1284            self.Neigh[item][2] = i
1285           
1286        def OnBond(event):
1287            Obj = event.GetEventObject()
1288            inei,ibond = Indx[Obj.GetId()]
1289            self.Neigh[inei][1][0][ibond][2] = Obj.GetValue()
1290           
1291        self.panel.Destroy()
1292        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self,style = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1293        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1294        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'H atom add controls for phase %s:'%(phase['General']['Name'])),
1295            0,wx.LEFT|wx.TOP,10)
1296        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'NB: Check selections as they may not be correct'),0,WACV|wx.LEFT,10)
1297        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1," Atom:  Add # H's          Use: Neighbors, dist"),0,wx.TOP|wx.LEFT,5)
1298        nHatms = ['0','1','2','3']
1299        dataSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,0,0)
1300        Indx = {}
1301        for inei,neigh in enumerate(Neigh):
1302            dataSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' %s:  '%(neigh[0])),0,WACV)
1303            nH = 1      #for O atom
1304            if 'C' in neigh[0] or 'N' in neigh[0]:
1305                nH = 4-len(neigh[1][0])
1306            checks = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1307            Ids = []
1308            for i in range(nH+1):
1309                nHs = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=nHatms[i])
1310                if i == neigh[2]:
1311                    nHs.SetValue(True)
1312                Indx[nHs.GetId()] = [inei,i]
1313                Ids.append(nHs)
1314                nHs.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnHSelect)
1315                checks.Add(nHs,0,WACV)
1316            Indx[inei] = Ids
1317            dataSizer.Add(checks,0,WACV)
1318            lineSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1319            for ib,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1320                Bond = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=': %s, %.3f'%(bond[0],bond[1]))
1321                Bond.SetValue(bond[2])
1322                Indx[Bond.GetId()] = [inei,ib]
1323                Bond.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBond)               
1324                lineSizer.Add(Bond,0,WACV)               
1325            dataSizer.Add(lineSizer,0,WACV|wx.RIGHT,10)
1326        mainSizer.Add(dataSizer,0,wx.LEFT,5)
1327
1328        CancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Cancel')
1329        CancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1330        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Ok')
1331        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1332        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1333        btnSizer.Add((20,20),1)
1334        btnSizer.Add(OkBtn)
1335        btnSizer.Add((20,20),1)
1336        btnSizer.Add(CancelBtn)
1337        btnSizer.Add((20,20),1)
1338        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1339        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1340        size = np.array(self.GetSize())
1341        self.panel.SetupScrolling()
1342        self.panel.SetAutoLayout(1)
1343        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
1344        self.panel.SetSize(size)
1345       
1346    def GetData(self):
1347        'Returns the values from the dialog'
1348        for neigh in self.Neigh:
1349            for ibond,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1350                if not bond[2]:
1351                    neigh[1][1][1][ibond] = 0   #deselected bond
1352            neigh[1][1][1] = [a for a in  neigh[1][1][1] if a]
1353        return self.Neigh       #has #Hs to add for each entry
1354       
1355    def OnOk(self,event):
1356        'Called when the OK button is pressed'
1357        parent = self.GetParent()
1358        parent.Raise()
1359        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1360
1361    def OnCancel(self,event):
1362        parent = self.GetParent()
1363        parent.Raise()
1364        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1365
1366################################################################################
1367class DisAglDialog(wx.Dialog):
1368    '''Distance/Angle Controls input dialog. After
1369    :meth:`ShowModal` returns, the results are found in
1370    dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1371
1372    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1373    :param dict data: a dict containing the current
1374      search ranges or an empty dict, which causes default values
1375      to be used.
1376      Will be used to set element `DisAglCtls` in
1377      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`
1378    :param dict default:  A dict containing the default
1379      search ranges for each element.
1380    :param bool Reset: if True (default), show Reset button
1381    :param bool Angle: if True (default), show angle radii
1382    '''
1383    def __init__(self,parent,data,default,Reset=True,Angle=True):
1384        text = 'Distance Angle Controls'
1385        if not Angle:
1386            text = 'Distance Controls'
1387        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,text, 
1388            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1389        self.default = default
1390        self.Reset = Reset
1391        self.Angle = Angle
1392        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1393        self._default(data,self.default)
1394        self.Draw(self.data)
1395               
1396    def _default(self,data,default):
1397        '''Set starting values for the search values, either from
1398        the input array or from defaults, if input is null
1399        '''
1400        if data:
1401            self.data = copy.deepcopy(data) # don't mess with originals
1402        else:
1403            self.data = {}
1404            self.data['Name'] = default['Name']
1405            self.data['Factors'] = [0.85,0.85]
1406            self.data['AtomTypes'] = default['AtomTypes']
1407            self.data['BondRadii'] = default['BondRadii'][:]
1408            self.data['AngleRadii'] = default['AngleRadii'][:]
1409
1410    def Draw(self,data):
1411        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1412        by :meth:`__init__`.
1413        '''
1414        self.panel.Destroy()
1415        self.panel = wx.Panel(self)
1416        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1417        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Controls for phase '+data['Name']),
1418            0,WACV|wx.LEFT,10)
1419        mainSizer.Add((10,10),1)
1420       
1421        ncol = 3
1422        if not self.Angle:
1423            ncol=2
1424        radiiSizer = wx.FlexGridSizer(0,ncol,5,5)
1425        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' Type'),0,WACV)
1426        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Bond radii'),0,WACV)
1427        if self.Angle:
1428            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Angle radii'),0,WACV)
1429        self.objList = {}
1430        for id,item in enumerate(self.data['AtomTypes']):
1431            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' '+item),0,WACV)
1432            bRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['BondRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1433            radiiSizer.Add(bRadii,0,WACV)
1434            if self.Angle:
1435                aRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['AngleRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1436                radiiSizer.Add(aRadii,0,WACV)
1437        mainSizer.Add(radiiSizer,0,wx.EXPAND)
1438        if self.Angle:
1439            factorSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
1440            Names = ['Bond','Angle']
1441            for i,name in enumerate(Names):
1442                factorSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,name+' search factor'),0,WACV)
1443                bondFact = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['Factors'],i,nDig=(10,3),typeHint=float)
1444                factorSizer.Add(bondFact)
1445            mainSizer.Add(factorSizer,0,wx.EXPAND)
1446       
1447        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1448        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1449        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1450        btnSizer.Add((20,20),1)
1451        btnSizer.Add(OkBtn)
1452        if self.Reset:
1453            ResetBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Reset')
1454            ResetBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnReset)
1455            btnSizer.Add(ResetBtn)
1456        btnSizer.Add((20,20),1)
1457        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1458        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1459        self.panel.Fit()
1460        self.Fit()
1461   
1462    def GetData(self):
1463        'Returns the values from the dialog'
1464        return self.data
1465       
1466    def OnOk(self,event):
1467        'Called when the OK button is pressed'
1468        parent = self.GetParent()
1469        parent.Raise()
1470        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1471       
1472    def OnReset(self,event):
1473        'Called when the Reset button is pressed'
1474        data = {}
1475        self._default(data,self.default)
1476        self.Draw(self.data)
1477               
1478################################################################################
1479class ShowLSParms(wx.Dialog):
1480    '''Create frame to show least-squares parameters
1481    '''
1482    def __init__(self,parent,title,parmDict,varyList,fullVaryList,
1483                 size=(300,430)):
1484       
1485        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,size=size,
1486                           style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
1487        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in DrawPanel!
1488        self.parmChoice = 'Phase'
1489        self.parmDict = parmDict
1490        self.varyList = varyList
1491        self.fullVaryList = fullVaryList
1492
1493        self.parmNames = parmDict.keys()
1494        self.parmNames.sort()
1495        splitNames = [item.split(':') for item in self.parmNames if len(item) > 3 and not isinstance(self.parmDict[item],basestring)]
1496        self.globNames = [':'.join(item) for item in splitNames if not item[0] and not item[1]]
1497        self.globVars = list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if not item[0] and not item[1]]))
1498        self.globVars.sort()
1499        self.hisNames = [':'.join(item) for item in splitNames if not item[0]]
1500        self.hisNums = list(set([int(item.split(':')[1]) for item in self.hisNames]))
1501        self.hisNums.sort()
1502        self.hisNums = [' ',]+[str(item) for item in self.hisNums]
1503        self.hisVars = list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if not item[0]]))
1504        self.hisVars.sort()
1505        self.phasNames = [':'.join(item) for item in splitNames if not item[1] and 'is' not in item[2]]
1506        self.phasNums = [' ',]+list(set([item.split(':')[0] for item in self.phasNames]))
1507        if '' in self.phasNums: self.phasNums.remove('')
1508        self.phasVars = list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if not item[1] and 'is' not in item[2]]))
1509        self.phasVars.sort()
1510        self.phasNums.sort()
1511        self.hapNames = [':'.join(item) for item in splitNames if item[0] and item[1]]
1512        self.hapVars = list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if item[0] and item[1]]))
1513        self.hapVars.sort()
1514        self.hisNum = '0'
1515        self.phasNum = '0'
1516        self.varName = ' '
1517        self.listSel = 'Refined'
1518        self.DrawPanel()
1519       
1520           
1521    def DrawPanel(self):
1522           
1523        def _OnParmSel(event):
1524            self.parmChoice = parmSel.GetStringSelection()
1525            self.varName = ' '
1526            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1527           
1528        def OnPhasSel(event):
1529            event.Skip()
1530            self.phasNum = phasSel.GetValue()
1531            self.varName = ' '
1532            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1533
1534        def OnHistSel(event):
1535            event.Skip()
1536            self.hisNum = histSel.GetValue()
1537            self.varName = ' '
1538            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1539           
1540        def OnVarSel(event):
1541            self.varName = varSel.GetValue()
1542            self.phasNum = ' '
1543            self.hisNum = ' '
1544            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1545           
1546        def OnListSel(event):
1547            self.listSel = listSel.GetStringSelection()
1548            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1549
1550        if self.panel:
1551            self.panel.DestroyChildren()
1552        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1553        num = len(self.varyList)
1554        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Number of refined variables: '+str(num)),0)
1555        if len(self.varyList) != len(self.fullVaryList):
1556            num = len(self.fullVaryList) - len(self.varyList)
1557            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' + '+str(num)+' parameters are varied via constraints'))
1558        choiceDict = {'Global':self.globNames,'Phase':self.phasNames,'Phase/Histo':self.hapNames,'Histogram':self.hisNames}
1559        choice = ['Phase','Phase/Histo','Histogram']
1560        if len(self.globNames):
1561            choice += ['Global',]
1562        parmSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,5,5)
1563        parmSel = wx.RadioBox(self.panel,wx.ID_ANY,'Parameter type:',choices=choice,
1564            majorDimension=1,style=wx.RA_SPECIFY_COLS)
1565        parmSel.Bind(wx.EVT_RADIOBOX,_OnParmSel)
1566        parmSel.SetStringSelection(self.parmChoice)
1567        parmSizer.Add(parmSel,0)
1568        numSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1569        numSizer.Add((5,25),0)
1570        if self.parmChoice in ['Phase','Phase/Histo'] and len(self.phasNums) > 1:
1571            numSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='Phase'),0)
1572            phasSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.phasNums,value=self.phasNum,
1573                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1574            phasSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPhasSel)
1575            numSizer.Add(phasSel,0)
1576        if self.parmChoice in ['Histogram','Phase/Histo'] and len(self.hisNums) > 1:
1577            numSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='Histogram'),0)
1578            histSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.hisNums,value=self.hisNum,
1579                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1580            histSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnHistSel)
1581#            histSel = wx.TextCtrl(self.panel,size=(50,25),value='0',style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1582#            histSel.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnHistSel)
1583#            histSel.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnHistSel)
1584            numSizer.Add(histSel,0)
1585        parmSizer.Add(numSizer)
1586        varSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1587        varSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='Parameter'))
1588        if self.parmChoice in ['Phase',]:
1589            varSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.phasVars,value=self.varName,
1590                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1591            varSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnVarSel)
1592        elif self.parmChoice in ['Histogram',]:
1593            varSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.hisVars,value=self.varName,
1594                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1595            varSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnVarSel)
1596        elif self.parmChoice in ['Phase/Histo',]:
1597            varSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.hapVars,value=self.varName,
1598                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1599            varSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnVarSel)
1600        if self.parmChoice != 'Global': 
1601            varSizer.Add(varSel,0)
1602            parmSizer.Add(varSizer,0)
1603        mainSizer.Add(parmSizer,0)
1604        listChoice = ['All','Refined']
1605        listSel = wx.RadioBox(self.panel,wx.ID_ANY,'Parameter type:',choices=listChoice,
1606            majorDimension=0,style=wx.RA_SPECIFY_COLS)
1607        listSel.SetStringSelection(self.listSel)
1608        listSel.Bind(wx.EVT_RADIOBOX,OnListSel)
1609        mainSizer.Add(listSel,0)
1610        subSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,hgap=2,vgap=2)
1611        subSizer.Add((-1,-1))
1612        subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'Parameter name  '))
1613        subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'refine?'))
1614        subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'value'),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1615        explainRefine = False
1616        for name in choiceDict[self.parmChoice]:
1617            # skip entries without numerical values
1618            if isinstance(self.parmDict[name],basestring): continue
1619            if 'Refined' in self.listSel and (name not in self.fullVaryList): continue
1620            if 'Phase' in self.parmChoice:
1621                if self.phasNum != ' ' and name.split(':')[0] != self.phasNum: continue
1622            if 'Histo' in self.parmChoice:
1623                if self.hisNum != ' ' and name.split(':')[1] != self.hisNum: continue
1624            if (self.varName != ' ') and (self.varName not in name): continue
1625            try:
1626                value = G2py3.FormatSigFigs(self.parmDict[name])
1627            except TypeError:
1628                value = str(self.parmDict[name])+' -?' # unexpected
1629                #continue
1630            v = G2obj.getVarDescr(name)
1631            if v is None or v[-1] is None:
1632                subSizer.Add((-1,-1))
1633            else:               
1634                ch = G2G.HelpButton(self.panel,G2obj.fmtVarDescr(name))
1635                subSizer.Add(ch,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|WACV|wx.ALIGN_CENTER,1)
1636            subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,str(name)))
1637            if name in self.varyList:
1638                subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'R'))
1639            elif name in self.fullVaryList:
1640                subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'C'))
1641                explainRefine = True
1642            else:
1643                subSizer.Add((-1,-1))
1644            subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,value),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1645
1646        mainSizer.Add(subSizer,0)
1647        if explainRefine:
1648            mainSizer.Add(
1649                wx.StaticText(self.panel,label='"R" indicates a refined variable\n'+
1650                    '"C" indicates generated from a constraint'),0, wx.ALL,0)
1651        # make OK button
1652        btnsizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1653        btn = wx.Button(self.panel, wx.ID_CLOSE,"Close") 
1654        btn.Bind(wx.EVT_BUTTON,self._onClose)
1655        btnsizer.Add(btn)
1656        mainSizer.Add(btnsizer, 0, wx.ALIGN_CENTER|wx.ALL, 5)
1657        # Allow window to be enlarged but not made smaller
1658        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1659        self.panel.SetAutoLayout(1)
1660        self.panel.SetupScrolling()
1661        self.panel.SetMinSize(self.GetSize())
1662
1663    def _onClose(self,event):
1664        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1665 
1666################################################################################
1667class DataFrame(wx.Frame):
1668    '''Create the data item window and all the entries in menus used in
1669    that window. For Linux and windows, the menu entries are created for the
1670    current data item window, but in the Mac the menu is accessed from all
1671    windows. This means that a different menu is posted depending on which
1672    data item is posted. On the Mac, all the menus contain the data tree menu
1673    items, but additional menus are added specific to the data item.
1674
1675    Note that while the menus are created here,
1676    the binding for the menus is done later in various GSASII*GUI modules,
1677    where the functions to be called are defined.
1678    '''
1679    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
1680        '''Override the Bind() function: on the Mac the binding is to
1681        the main window, so that menus operate with any window on top.
1682        For other platforms, either wrap calls that will be logged
1683        or call the default wx.Frame Bind() to bind to the menu item directly.
1684
1685        Note that bindings can be made to objects by Id or by direct reference to the
1686        object. As a convention, when bindings are to objects, they are not logged
1687        but when bindings are by Id, they are logged.
1688        '''
1689        if sys.platform == "darwin": # mac
1690            self.G2frame.Bind(eventtype,handler,*args,**kwargs)
1691            return
1692        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
1693            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self.G2frame,handler)
1694            if menulabels:
1695                #print 'intercepting bind for',handler,menulabels,kwargs['id']
1696                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.G2frame.MenuBinding,*args,**kwargs)
1697                return
1698            wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
1699       
1700    def PrefillDataMenu(self,menu,empty=False):
1701        '''Create the "standard" part of data frame menus. Note that on Linux and
1702        Windows nothing happens here. On Mac, this menu duplicates the
1703        tree menu, but adds an extra help command for the data item and a separator.
1704        '''
1705        self.datamenu = menu
1706        self.G2frame.dataMenuBars.append(menu)
1707        if sys.platform == "darwin": # mac                         
1708            self.G2frame.FillMainMenu(menu,addhelp=False) # add the data tree menu items
1709            if not empty:
1710                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add a separator
1711       
1712    def PostfillDataMenu(self,empty=False):
1713        '''Add the help menu to the data frame menus. Note that on Linux and
1714        Windows, this is the standard help Menu but without the update commands but adds an extra help
1715        command for the data item.
1716        On Mac, this is the entire help menu including the update commands, a separator and the
1717        extra help command for the data item.
1718        '''
1719        menu = self.datamenu
1720        if sys.platform == "darwin": # mac
1721            if not empty:
1722                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add another separator
1723            HelpMenu=G2G.MyHelp(self,includeTree=True,
1724                morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials'),])
1725            menu.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1726        else: # other
1727            menu.Append(menu=G2G.MyHelp(self),title='&Help')
1728
1729    def _init_menus(self):
1730        'define all GSAS-II data frame menus'
1731
1732        # for use where no menu or data frame help is provided
1733        self.BlankMenu = wx.MenuBar()
1734       
1735        # Controls
1736        self.ControlsMenu = wx.MenuBar()
1737        self.PrefillDataMenu(self.ControlsMenu,empty=True)
1738        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1739       
1740        # Notebook
1741        self.DataNotebookMenu = wx.MenuBar() 
1742        self.PrefillDataMenu(self.DataNotebookMenu,empty=True)
1743        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1744       
1745        # Comments
1746        self.DataCommentsMenu = wx.MenuBar()
1747        self.PrefillDataMenu(self.DataCommentsMenu,empty=True)
1748        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1749       
1750        # Constraints
1751        self.ConstraintMenu = wx.MenuBar()
1752        self.PrefillDataMenu(self.ConstraintMenu)
1753        self.ConstraintTab = wx.Menu(title='')
1754        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintTab, title='Select tab')
1755        for id,txt in (
1756            (wxID_CONSPHASE,'Phase'),
1757            (wxID_CONSHAP,'Histogram/Phase'),
1758            (wxID_CONSHIST,'Histogram'),
1759            (wxID_CONSGLOBAL,'Global')):
1760            self.ConstraintTab.Append(
1761                id=id, kind=wx.ITEM_NORMAL,text=txt,
1762                help='Select '+txt+' constraint editing tab')
1763        self.ConstraintEdit = wx.Menu(title='')
1764        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintEdit, title='Edit Constr.') # renamed from Edit due to Mac adding extra items to menu
1765        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_HOLDADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add hold',
1766            help='Prevent refinement of parameter values')
1767        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equivalence',
1768            help='Force parameter values to be equivalent')
1769        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_CONSTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add constraint equation',
1770            help='Add a constraint equation to apply to parameter values')
1771        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_FUNCTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add New Var',
1772            help='Create a variable composed of existing parameters')
1773        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVALANCEATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make atoms equivalent',
1774            help='Force atom parameter values to be equivalent')
1775        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_EQUIVALANCEATOMS,False)
1776#        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_ADDRIDING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add H riding constraints',
1777#            help='Add H atom riding constraints between atom parameter values')
1778#        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_ADDRIDING,False)
1779        self.PostfillDataMenu()
1780
1781        # item = self.ConstraintEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update GUI')
1782        # def UpdateGSASIIconstrGUI(event):
1783        #     import GSASIIconstrGUI
1784        #     reload(GSASIIconstrGUI)
1785        #     import GSASIIobj
1786        #     reload(GSASIIobj)
1787        # self.Bind(wx.EVT_MENU,UpdateGSASIIconstrGUI,id=item.GetId())
1788
1789        # Rigid bodies
1790        self.RigidBodyMenu = wx.MenuBar()
1791        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodyMenu)
1792        self.ResidueRBMenu = wx.Menu(title='')
1793        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYIMPORT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import XYZ',
1794            help='Import rigid body XYZ from file')
1795        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RESIDUETORSSEQ, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define sequence',
1796            help='Define torsion sequence')
1797        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import residues',
1798            help='Import residue rigid bodies from macro file')
1799        self.RigidBodyMenu.Append(menu=self.ResidueRBMenu, title='Edit Body')
1800        self.PostfillDataMenu()
1801
1802        self.VectorBodyMenu = wx.MenuBar()
1803        self.PrefillDataMenu(self.VectorBodyMenu)
1804        self.VectorRBEdit = wx.Menu(title='')
1805        self.VectorRBEdit.Append(id=wxID_VECTORBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body',
1806            help='Add vector rigid body')
1807        self.VectorBodyMenu.Append(menu=self.VectorRBEdit, title='Edit Vector Body')
1808        self.PostfillDataMenu()
1809
1810                   
1811        # Restraints
1812        self.RestraintTab = wx.Menu(title='')
1813        self.RestraintEdit = wx.Menu(title='')
1814        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTSELPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase',
1815            help='Select phase')
1816        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add restraints',
1817            help='Add restraints')
1818        self.RestraintEdit.Enable(wxID_RESTRAINTADD,True)    #gets disabled if macromolecule phase
1819        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add residue restraints',
1820            help='Add residue based restraints for macromolecules from macro file')
1821        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTADD,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1822        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot residue restraints',
1823            help='Plot selected residue based restraints for macromolecules from macro file')
1824        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTPLOT,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1825        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESRCHANGEVAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change value',
1826            help='Change observed value')
1827        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTCHANGEESD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change esd',
1828            help='Change esd in observed value')
1829        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete restraints',
1830            help='Delete selected restraints')
1831
1832        self.RestraintMenu = wx.MenuBar()
1833        self.PrefillDataMenu(self.RestraintMenu)
1834        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintTab, title='Select tab')
1835        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintEdit, title='Edit Restr.')
1836        self.PostfillDataMenu()
1837           
1838        # Sequential results
1839        self.SequentialMenu = wx.MenuBar()
1840        self.PrefillDataMenu(self.SequentialMenu)
1841        self.SequentialFile = wx.Menu(title='')
1842        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialFile, title='Columns')
1843        self.SequentialFile.Append(id=wxID_RENAMESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rename selected',
1844            help='Rename selected sequential refinement columns')
1845        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as text',
1846            help='Save selected sequential refinement results as a text file')
1847        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all as CSV',
1848            help='Save all sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1849        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSELCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as CSV',
1850            help='Save selected sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1851        self.SequentialFile.Append(id=wxID_PLOTSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot selected',
1852            help='Plot selected sequential refinement results')
1853        self.SequentialFile.Append(id=wxID_AVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Compute average',
1854            help='Compute average for selected parameter')           
1855        self.SequentialFile.Append(id=wxID_ORGSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reorganize',
1856            help='Reorganize variables where variables change')
1857        self.SequentialPvars = wx.Menu(title='')
1858        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPvars, title='Pseudo Vars')
1859        self.SequentialPvars.Append(
1860            id=wxADDSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Formula',
1861            help='Add a new custom pseudo-variable')
1862        self.SequentialPvars.Append(
1863            id=wxADDSEQDIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Distance',
1864            help='Add a new bond distance pseudo-variable')
1865        self.SequentialPvars.Append(
1866            id=wxADDSEQANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Angle',
1867            help='Add a new bond angle pseudo-variable')
1868        self.SequentialPvars.Append(
1869            id=wxDELSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete',
1870            help='Delete an existing pseudo-variable')
1871        self.SequentialPvars.Append(
1872            id=wxEDITSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit',
1873            help='Edit an existing pseudo-variable')
1874
1875        self.SequentialPfit = wx.Menu(title='')
1876        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPfit, title='Parametric Fit')
1877        self.SequentialPfit.Append(
1878            id=wxADDPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equation',
1879            help='Add a new equation to minimize')
1880        self.SequentialPfit.Append(
1881            id=wxCOPYPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy equation',
1882            help='Copy an equation to minimize - edit it next')
1883        self.SequentialPfit.Append(
1884            id=wxDELPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete equation',
1885            help='Delete an equation for parametric minimization')
1886        self.SequentialPfit.Append(
1887            id=wxEDITPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit equation',
1888            help='Edit an existing parametric minimization equation')
1889        self.SequentialPfit.Append(
1890            id=wxDOPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit to equation(s)',
1891            help='Perform a parametric minimization')
1892        # fill sequential Export menu
1893        self.SeqExportLookup = {}
1894        self.SequentialEx = wx.Menu(title='')
1895        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialEx, title='Seq Export')
1896        for lbl,txt in (('Phase','Export selected phase(s)'),
1897                        ('Project','Export entire sequential fit')):
1898            objlist = []
1899            for obj in self.G2frame.exporterlist:
1900                if lbl.lower() in obj.exporttype:
1901                    try:
1902                        obj.Writer
1903                    except AttributeError:
1904                        continue
1905                    objlist.append(obj)
1906            if objlist:
1907                submenu = wx.Menu()
1908                item = self.SequentialEx.AppendMenu(
1909                    wx.ID_ANY, lbl+' as',
1910                    submenu, help=txt)
1911                for obj in objlist:
1912                    item = submenu.Append(
1913                        wx.ID_ANY,
1914                        help=obj.longFormatName,
1915                        kind=wx.ITEM_NORMAL,
1916                        text=obj.formatName)
1917                    self.SeqExportLookup[item.GetId()] = (obj,lbl) # lookup table for submenu item
1918       
1919        self.PostfillDataMenu()
1920           
1921        # PWDR & SASD
1922        self.PWDRMenu = wx.MenuBar()
1923        self.PrefillDataMenu(self.PWDRMenu)
1924        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1925        self.PWDRMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1926        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1927            help='Error analysis on powder pattern')
1928        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1929            help='Copy of PWDR parameters')
1930        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PLOTCTRLCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy plot controls',
1931            help='Copy of PWDR plot controls')
1932        self.moveDiffCurve = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move diff. curve',
1933            help='Click on position where difference curve is placed')
1934        self.moveTickLoc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move ticks',
1935            help='Move mouse to where tick marks should be positioned')
1936        self.moveTickSpc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set tick space',
1937            help='Click to set spacing between phase tick marks')
1938        self.PostfillDataMenu()
1939           
1940        # HKLF
1941        self.HKLFMenu = wx.MenuBar()
1942        self.PrefillDataMenu(self.HKLFMenu)
1943        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1944        self.HKLFMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1945        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1946            help='Error analysis on single crystal data')
1947        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_MERGEHKL,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Merge HKLs',
1948            help='Transform & merge HKLF data to new histogram')
1949        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
1950            help='Plot HKLs from single crystal data in 3D')
1951        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_3DALLHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot all 3D HKLs',
1952            help='Plot HKLs from all single crystal data in 3D')
1953        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1954            help='Copy of HKLF parameters')
1955        self.PostfillDataMenu()
1956           
1957        # PWDR / Limits
1958        self.LimitMenu = wx.MenuBar()
1959        self.PrefillDataMenu(self.LimitMenu)
1960        self.LimitEdit = wx.Menu(title='')
1961        self.LimitMenu.Append(menu=self.LimitEdit, title='Edit Limits')
1962        self.LimitEdit.Append(id=wxID_LIMITCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1963            help='Copy limits to other histograms')
1964        self.LimitEdit.Append(id=wxID_ADDEXCLREGION, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add exclude',
1965            help='Add excluded region - select a point on plot; drag to adjust')           
1966        self.PostfillDataMenu()
1967           
1968        # PDR / Background
1969        self.BackMenu = wx.MenuBar()
1970        self.PrefillDataMenu(self.BackMenu)
1971        self.BackEdit = wx.Menu(title='')
1972        self.BackMenu.Append(menu=self.BackEdit, title='File')
1973        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1974            help='Copy background parameters to other histograms')
1975        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1976            help='Copy background refinement flags to other histograms')
1977        self.BackEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks',
1978            help='Move background peaks to Peak List')
1979        self.BackEdit.Append(id=wxID_MAKEBACKRDF, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot RDF',
1980            help='Plot radial distribution from differences')
1981        self.BackFixed = wx.Menu(title='') # fixed background point menu
1982        self.BackMenu.Append(menu=self.BackFixed, title='Fixed Points')
1983        self.wxID_BackPts = {}
1984        self.wxID_BackPts['Add'] = wx.NewId() # N.B. not using wxID_ global as for other menu items
1985        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Add'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Add',
1986            help='Add fixed background points with mouse clicks')
1987        self.wxID_BackPts['Move'] = wx.NewId() 
1988        item = self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Move'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Move',
1989            help='Move selected fixed background points with mouse drags')
1990        item.Check(True)
1991        self.wxID_BackPts['Del'] = wx.NewId()
1992        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Del'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Delete',
1993            help='Delete fixed background points with mouse clicks')
1994        self.wxID_BackPts['Clear'] = wx.NewId() 
1995        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Clear'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear',
1996            help='Clear fixed background points')
1997        self.wxID_BackPts['Fit'] = wx.NewId() 
1998        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Fit'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit background',
1999            help='Fit background function to fixed background points')
2000        self.PostfillDataMenu()
2001           
2002        # PDR / Instrument Parameters
2003        self.InstMenu = wx.MenuBar()
2004        self.PrefillDataMenu(self.InstMenu)
2005        self.InstEdit = wx.Menu(title='')
2006        self.InstMenu.Append(menu=self.InstEdit, title='Operations')
2007        self.InstEdit.Append(help='Calibrate from indexed peaks', 
2008            id=wxID_INSTCALIB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')           
2009        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
2010            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')           
2011        self.InstEdit.Append(help='Load instrument profile parameters from file', 
2012            id=wxID_INSTLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load profile...')           
2013        self.InstEdit.Append(help='Save instrument profile parameters to file', 
2014            id=wxID_INSTSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save profile...')
2015        self.InstEdit.Append(help='Save all instrument profile parameters to one file', 
2016            id=wxID_INSTSAVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all profile...')           
2017        self.InstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
2018            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
2019        self.InstEdit.Append(id=wxID_INSTFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2020            help='Copy instrument parameter refinement flags to other histograms')
2021#        self.InstEdit.Append(help='Change radiation type (Ka12 - synch)',
2022#            id=wxID_CHANGEWAVETYPE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change radiation')
2023        self.InstEdit.Append(id=wxID_INST1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
2024            help='Set one instrument parameter value across multiple histograms')
2025
2026        self.PostfillDataMenu()
2027       
2028        # PDR / Sample Parameters
2029        self.SampleMenu = wx.MenuBar()
2030        self.PrefillDataMenu(self.SampleMenu)
2031        self.SampleEdit = wx.Menu(title='')
2032        self.SampleMenu.Append(menu=self.SampleEdit, title='Command')
2033        self.SetScale = self.SampleEdit.Append(id=wxID_SETSCALE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set scale',
2034            help='Set scale by matching to another histogram')
2035        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load',
2036            help='Load sample parameters from file')
2037        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLESAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save',
2038            help='Save sample parameters to file')
2039        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
2040            help='Copy refinable and most other sample parameters to other histograms')
2041        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPYSOME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected...',
2042            help='Copy selected sample parameters to other histograms')
2043        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLEFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2044            help='Copy sample parameter refinement flags to other histograms')
2045        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLE1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
2046            help='Set one sample parameter value across multiple histograms')
2047        self.SampleEdit.Append(id=wxID_ALLSAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load all',
2048            help='Load sample parmameters over multiple histograms')
2049
2050        self.PostfillDataMenu()
2051        self.SetScale.Enable(False)
2052
2053        # PDR / Peak List
2054        self.PeakMenu = wx.MenuBar()
2055        self.PrefillDataMenu(self.PeakMenu)
2056        self.PeakEdit = wx.Menu(title='')
2057        self.PeakMenu.Append(menu=self.PeakEdit, title='Peak Fitting')
2058        self.peaksSel = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
2059            help='Set refinement flags for selected peaks',
2060            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2061            text='Set sel. ref flags...')
2062        self.peaksAll = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
2063            help='Set refinement flags for all peaks',
2064            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2065            text='Set all ref flags...')
2066        self.AutoSearch = self.PeakEdit.Append(help='Automatic peak search', 
2067            id=wxID_AUTOSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto search')
2068        self.UnDo = self.PeakEdit.Append(help='Undo last least squares refinement', 
2069            id=wxID_UNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='UnDo')
2070        self.PeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit', 
2071            help='Peak fitting' )
2072        self.PFOneCycle = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQONECYCLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit one cycle', 
2073            help='One cycle of Peak fitting' )
2074        self.PeakEdit.Append(id=wxID_RESETSIGGAM, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
2075            text='Reset sig and gam',help='Reset sigma and gamma to global fit' )
2076        self.PeakCopy = self.PeakEdit.Append(help='Copy peaks to other histograms', 
2077            id=wxID_PEAKSCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peak copy')
2078        self.SeqPeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_SEQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Seq PeakFit', 
2079            help='Sequential Peak fitting for all histograms' )
2080        self.PeakEdit.Append(id=wxID_CLEARPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
2081            help='Clear the peak list' )
2082        self.movePeak = self.PeakEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected peak',
2083            help='Select a peak in the table, then use this to move it with the mouse.')
2084        self.PostfillDataMenu()
2085        self.UnDo.Enable(False)
2086        self.PeakFit.Enable(False)
2087        self.PFOneCycle.Enable(False)
2088        self.AutoSearch.Enable(True)
2089       
2090        # PDR / Index Peak List
2091        self.IndPeaksMenu = wx.MenuBar()
2092        self.PrefillDataMenu(self.IndPeaksMenu)
2093        self.IndPeaksEdit = wx.Menu(title='')
2094        self.IndPeaksMenu.Append(menu=self.IndPeaksEdit,title='Operations')
2095        self.IndPeaksEdit.Append(help='Load/Reload index peaks from peak list',id=wxID_INDXRELOAD, 
2096            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load/Reload')
2097        self.PostfillDataMenu()
2098       
2099        # PDR / Unit Cells List
2100        self.IndexMenu = wx.MenuBar()
2101        self.PrefillDataMenu(self.IndexMenu)
2102        self.IndexEdit = wx.Menu(title='')
2103        self.IndexMenu.Append(menu=self.IndexEdit, title='Cell Index/Refine')
2104        self.IndexPeaks = self.IndexEdit.Append(help='', id=wxID_INDEXPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2105            text='Index Cell')
2106        self.CopyCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_COPYCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Cell', 
2107            help='Copy selected unit cell from indexing to cell refinement fields')
2108        self.RefineCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_REFINECELL, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
2109            text='Refine Cell',help='Refine unit cell parameters from indexed peaks')
2110        self.MakeNewPhase = self.IndexEdit.Append( id=wxID_MAKENEWPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2111            text='Make new phase',help='Make new phase from selected unit cell')
2112        self.ExportCells = self.IndexEdit.Append( id=wxID_EXPORTCELLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2113            text='Export cell list',help='Export cell list to csv file')
2114        self.PostfillDataMenu()
2115        self.IndexPeaks.Enable(False)
2116        self.CopyCell.Enable(False)
2117        self.RefineCell.Enable(False)
2118        self.MakeNewPhase.Enable(False)
2119       
2120        # PDR / Reflection Lists
2121        self.ReflMenu = wx.MenuBar()
2122        self.PrefillDataMenu(self.ReflMenu)
2123        self.ReflEdit = wx.Menu(title='')
2124        self.ReflMenu.Append(menu=self.ReflEdit, title='Reflection List')
2125        self.SelectPhase = self.ReflEdit.Append(help='Select phase for reflection list',id=wxID_SELECTPHASE, 
2126            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase')
2127        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWDHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot HKLs',
2128            help='Plot HKLs from powder pattern')
2129        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
2130            help='Plot HKLs from powder pattern in 3D')
2131        self.PostfillDataMenu()
2132       
2133        # SASD / Instrument Parameters
2134        self.SASDInstMenu = wx.MenuBar()
2135        self.PrefillDataMenu(self.SASDInstMenu)
2136        self.SASDInstEdit = wx.Menu(title='')
2137        self.SASDInstMenu.Append(menu=self.SASDInstEdit, title='Operations')
2138        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
2139            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')
2140        self.SASDInstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
2141            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
2142        self.PostfillDataMenu()
2143       
2144        #SASD & REFL/ Substance editor
2145        self.SubstanceMenu = wx.MenuBar()
2146        self.PrefillDataMenu(self.SubstanceMenu)
2147        self.SubstanceEdit = wx.Menu(title='')
2148        self.SubstanceMenu.Append(menu=self.SubstanceEdit, title='Edit substance')
2149        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_LOADSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load substance',
2150            help='Load substance from file')
2151        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ADDSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add substance',
2152            help='Add new substance to list')
2153        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_COPYSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy substances',
2154            help='Copy substances')
2155        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_DELETESUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete substance',
2156            help='Delete substance from list')           
2157        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add elements',
2158            help='Add elements to substance')
2159        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete elements',
2160            help='Delete elements from substance')
2161        self.PostfillDataMenu()
2162       
2163        # SASD/ Models
2164        self.ModelMenu = wx.MenuBar()
2165        self.PrefillDataMenu(self.ModelMenu)
2166        self.ModelEdit = wx.Menu(title='')
2167        self.ModelMenu.Append(menu=self.ModelEdit, title='Models')
2168        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELADD,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add',
2169            help='Add new term to model')
2170        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit',
2171            help='Fit model parameters to data')
2172        self.SasdUndo = self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELUNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Undo',
2173            help='Undo model fit')
2174        self.SasdUndo.Enable(False)           
2175        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFITALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequential fit',
2176            help='Sequential fit of model parameters to all SASD data')
2177        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
2178            help='Copy model parameters to other histograms')
2179        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2180            help='Copy model refinement flags to other histograms')
2181        self.PostfillDataMenu()
2182       
2183        # IMG / Image Controls
2184        self.ImageMenu = wx.MenuBar()
2185        self.PrefillDataMenu(self.ImageMenu)
2186       
2187        self.ImageEdit = wx.Menu(title='')
2188        self.ImageMenu.Append(menu=self.ImageEdit, title='Calibration')
2189        self.ImageEdit.Append(help='Calibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2190            id=wxID_IMCALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')
2191        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2192            id=wxID_IMRECALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate')
2193        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate all images by fitting to calibrant lines', 
2194            id=wxID_IMRECALIBALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate all')           
2195        self.ImageEdit.Append(help='Clear calibration data points and rings',
2196            id=wxID_IMCLEARCALIB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear calibration')
2197       
2198        ImageIntegrate = wx.Menu(title='')
2199        self.ImageMenu.Append(menu=ImageIntegrate, title='Integration')
2200        ImageIntegrate.Append(help='Integrate selected image',id=wxID_IMINTEGRATE, 
2201            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate')
2202        ImageIntegrate.Append(help='Integrate all images selected from list',id=wxID_INTEGRATEALL,
2203            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate all')
2204        ImageIntegrate.Append(help='Open Auto-integration window to integrate a series of images', 
2205            id=wxID_IMAUTOINTEG, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto Integrate')
2206
2207        ImageParams = wx.Menu(title='')
2208        self.ImageMenu.Append(menu=ImageParams, title='Parms')
2209        ImageParams.Append(help='Copy image controls to other images', 
2210            id=wxID_IMCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Controls')
2211        ImageParams.Append(help='Copy selected image controls to other images', 
2212            id=wxID_IMCOPYSELECTED, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Selected')
2213        ImageParams.Append(help='Save image controls to file', 
2214            id=wxID_IMSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Controls')
2215        ImageParams.Append(help='Save controls from selected images to file', 
2216            id=wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Multiple Controls')
2217        ImageParams.Append(help='Load image controls from file',
2218            id=wxID_IMLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load Controls')
2219        ImageParams.Append(help='Transfer integration range for other detector distances', 
2220            id=wxID_IMXFERCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Xfer angles')
2221        ImageParams.Append(help='Reset all detector dist to set dist', 
2222            id=wxID_IMRESETDIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset dist')
2223       
2224        self.PostfillDataMenu()
2225           
2226        # IMG / Masks
2227        self.MaskMenu = wx.MenuBar()
2228        self.PrefillDataMenu(self.MaskMenu)
2229        self.MaskEdit = wx.Menu(title='')
2230        self.MaskMenu.Append(menu=self.MaskEdit, title='Operations')
2231        submenu = wx.Menu()
2232        self.MaskEdit.AppendMenu(
2233            wx.ID_ANY,'Create new', submenu,
2234            help=''
2235            )
2236        self.MaskEdit.Append(help='Copy mask to other images', 
2237            id=wxID_MASKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy mask')
2238        self.MaskEdit.Append(help='Save mask to file', 
2239            id=wxID_MASKSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save mask')
2240        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file; ignoring threshold', 
2241            id=wxID_MASKLOADNOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask')
2242        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file keeping the threshold value', 
2243            id=wxID_MASKLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask w/threshold')
2244        self.MaskEdit.Append(help='Auto search for spot masks; NB: will clear old spot masks', 
2245            id=wxID_FINDSPOTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto spot masks')
2246        self.MaskEdit.Append(help='Delete all spot masks', 
2247            id=wxID_DELETESPOTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete spot masks')       
2248        submenu.Append(help='Create an arc mask with mouse input', 
2249            id=wxID_NEWMASKARC, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Arc mask')
2250        submenu.Append(help='Create a frame mask with mouse input', 
2251            id=wxID_NEWMASKFRAME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Frame mask')
2252        submenu.Append(help='Create a polygon mask with mouse input', 
2253            id=wxID_NEWMASKPOLY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Polygon mask')
2254        submenu.Append(help='Create a ring mask with mouse input', 
2255            id=wxID_NEWMASKRING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Ring mask')
2256        submenu.Append(help='Create spot masks with mouse input', 
2257            id=wxID_NEWMASKSPOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Spot mask')
2258        self.PostfillDataMenu()
2259           
2260        # IMG / Stress/Strain
2261        self.StrStaMenu = wx.MenuBar()
2262        self.PrefillDataMenu(self.StrStaMenu)
2263        self.StrStaEdit = wx.Menu(title='')
2264        self.StrStaMenu.Append(menu=self.StrStaEdit, title='Operations')
2265        self.StrStaEdit.Append(help='Append d-zero for one ring', 
2266            id=wxID_APPENDDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append d-zero')
2267        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data', 
2268            id=wxID_STRSTAFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit stress/strain')
2269        self.StrStaEdit.Append(help='Plot intensity distribution', 
2270            id=wxID_STRSTAPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot intensity distribution')
2271        self.StrStaEdit.Append(help='Update d-zero from ave d-zero',
2272            id=wxID_UPDATEDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update d-zero')       
2273        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data for all images', 
2274            id=wxID_STRSTAALLFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='All image fit')
2275        self.StrStaEdit.Append(help='Copy stress/strain data to other images', 
2276            id=wxID_STRSTACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy stress/strain')
2277        self.StrStaEdit.Append(help='Save stress/strain data to file', 
2278            id=wxID_STRSTASAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save stress/strain')
2279        self.StrStaEdit.Append(help='Load stress/strain data from file', 
2280            id=wxID_STRSTALOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load stress/strain')
2281        self.StrStaEdit.Append(help='Load sample data from file', 
2282            id=wxID_STRSTSAMPLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load sample data')
2283        self.PostfillDataMenu()
2284           
2285        # PDF / PDF Controls
2286        self.PDFMenu = wx.MenuBar()
2287        self.PrefillDataMenu(self.PDFMenu)
2288        self.PDFEdit = wx.Menu(title='')
2289        self.PDFMenu.Append(menu=self.PDFEdit, title='PDF Controls')
2290        self.PDFEdit.Append(help='Add one or more elements to sample composition',id=wxID_PDFADDELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2291            text='Add elements')
2292        self.PDFEdit.Append(help='Delete element from sample composition',id=wxID_PDFDELELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2293            text='Delete element')
2294        self.PDFEdit.Append(help='Copy PDF controls', id=wxID_PDFCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2295            text='Copy controls')
2296        self.PDFEdit.Append(help='Load PDF controls from file',id=wxID_PDFLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2297            text='Load Controls')
2298        self.PDFEdit.Append(help='Save PDF controls to file', id=wxID_PDFSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2299            text='Save controls')
2300        self.PDFEdit.Append(help='Compute PDF', id=wxID_PDFCOMPUTE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2301            text='Compute PDF')
2302        self.PDFEdit.Append(help='Compute all PDFs with or w/o optimization',
2303                            id=wxID_PDFCOMPUTEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2304            text='Compute all PDFs')
2305#        self.PDFEdit.Append(help='Optimize PDF', id=wxID_PDFOPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2306#            text='Optimize corrections for r<Rmin section of current G(r)')
2307        self.PostfillDataMenu()
2308       
2309        # PDF / PDF Peaks
2310        self.PDFPksMenu = wx.MenuBar()
2311        self.PrefillDataMenu(self.PDFPksMenu)
2312        self.PDFPksEdit = wx.Menu(title='')
2313        self.PDFPksMenu.Append(menu=self.PDFPksEdit, title='PDF Peaks')
2314        self.PDFPksEdit.Append(help='Fit PDF peaks', id=wxID_PDFPKSFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2315            text='PDF peak fit')
2316        self.PDFPksEdit.Append(help='Sequential Peak fitting for all PDFs', id=wxID_PDFPKSFITALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2317            text='Seq PDF peak fit')
2318        self.PDFPksEdit.Append(help='Copy PDF peaks', id=wxID_PDFCOPYPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2319            text='Copy peaks')
2320        self.PDFPksEdit.Append(help='Clear PDF peaks', id=wxID_CLEARPDFPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2321            text='Clear peaks')       
2322        self.PostfillDataMenu()
2323
2324       
2325        # Phase / General tab
2326        self.DataGeneral = wx.MenuBar()
2327        self.PrefillDataMenu(self.DataGeneral)
2328        self.DataGeneral.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2329        self.GeneralCalc = wx.Menu(title='')
2330        self.DataGeneral.Append(menu=self.GeneralCalc,title='Compute')
2331        self.GeneralCalc.Append(help='Compute Fourier map',id=wxID_FOURCALC, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2332            text='Fourier map')
2333        self.GeneralCalc.Append(help='Search Fourier map',id=wxID_FOURSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2334            text='Search map')
2335        self.GeneralCalc.Append(help='Run charge flipping',id=wxID_CHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2336            text='Charge flipping')
2337        self.GeneralCalc.Append(help='Run 4D charge flipping',id=wxID_4DCHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2338            text='4D Charge flipping')
2339        self.GeneralCalc.Enable(wxID_4DCHARGEFLIP,False)   
2340        self.GeneralCalc.Append(help='Clear map',id=wxID_FOURCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2341            text='Clear map')
2342        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing',id=wxID_SINGLEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2343            text='MC/SA')
2344        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing on multiprocessors',id=wxID_MULTIMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2345            text='Multi MC/SA')            #currently not useful
2346        self.GeneralCalc.Append(help='Transform crystal structure',id=wxID_TRANSFORMSTRUCTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2347            text='Transform')
2348        self.PostfillDataMenu()
2349       
2350        # Phase / Data tab
2351        self.DataMenu = wx.MenuBar()
2352        self.PrefillDataMenu(self.DataMenu)
2353        self.DataMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2354        self.DataEdit = wx.Menu(title='')
2355        self.DataMenu.Append(menu=self.DataEdit, title='Edit Phase')
2356        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy data',
2357            help='Copy phase data to other histograms')
2358        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2359            help='Copy phase data flags to other histograms')
2360        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATASELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected data',
2361            help='Copy selected phase data to other histograms')
2362        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATAUSE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select used data',
2363            help='Select all histograms to use')
2364        self.DataEdit.Append(id=wxID_PWDRADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add powder histograms',
2365            help='Select new powder histograms to be used for this phase')
2366        self.DataEdit.Append(id=wxID_HKLFADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add single crystal histograms',
2367            help='Select new single crystal histograms to be used for this phase')
2368        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove histograms',
2369            help='Remove histograms from use for this phase')
2370        self.PostfillDataMenu()
2371           
2372        # Phase / Atoms tab
2373        self.AtomsMenu = wx.MenuBar()
2374        self.PrefillDataMenu(self.AtomsMenu)
2375        self.AtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2376        self.AtomEdit = wx.Menu(title='')
2377        self.AtomCompute = wx.Menu(title='')
2378        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomEdit, title='Edit Atoms')
2379        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomCompute, title='Compute')
2380        submenu = wx.Menu()
2381        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'On selected atoms...', submenu, 
2382            help='Set/Act on selected atoms')
2383        submenu.Append(wxID_ATOMSSETSEL,
2384            help='Set refinement flags for selected atoms',
2385            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2386            text='Refine selected')
2387        submenu.Append(id=wxID_ATOMSMODIFY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Modify parameters',
2388            help='Modify parameters values for all selected atoms')
2389        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert atom',
2390            help='Inserts an H atom before all selected atoms')
2391        submenu.Append(id=wxID_ADDHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc H atoms',
2392            help='Insert H atoms in expected bonding positions for selected atoms')
2393        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atom',
2394            help='Delete selected atoms')
2395        submenu.Append(id=wxID_ATOMSTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform atoms',
2396            help='Symmetry transform selected atoms')
2397#        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSROTATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rotate atoms',
2398#            help='Select atoms to rotate first')
2399        submenu.Append(wxID_ATOMSSETALL,
2400            help='Set refinement flags for all atoms',
2401            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2402            text='Select All')
2403       
2404        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSEDITADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append atom',
2405            help='Appended as an H atom')
2406        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSVIEWADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append view point',
2407            help='Appended as an H atom')
2408        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMVIEWINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert view point',
2409            help='Select atom row to insert before; inserted as an H atom')
2410        self.AtomEdit.Append(id=wxID_UPDATEHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update H atoms',
2411            help='Update H atoms in standard positions')
2412        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected atom to view point',
2413            help='Select a single atom to be moved to view point in plot')
2414        self.AtomEdit.Append(id=wxID_MAKEMOLECULE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assemble molecule',
2415            help='Select a single atom to assemble as a molecule from scattered atom positions')
2416        self.AtomEdit.Append(id=wxID_RELOADDRAWATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reload draw atoms',
2417            help='Reload atom drawing list')
2418        submenu = wx.Menu()
2419        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Reimport atoms', submenu, 
2420            help='Reimport atoms from file; sequence must match')
2421        # setup a cascade menu for the formats that have been defined
2422        self.ReImportMenuId = {}  # points to readers for each menu entry
2423        for reader in self.G2frame.ImportPhaseReaderlist:
2424            item = submenu.Append(
2425                wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
2426                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='reimport coordinates from '+reader.formatName+' file')
2427            self.ReImportMenuId[item.GetId()] = reader
2428        item = submenu.Append(
2429            wx.ID_ANY,
2430            help='Reimport coordinates, try to determine format from file',
2431            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2432            text='guess format from file')
2433        self.ReImportMenuId[item.GetId()] = None # try all readers
2434
2435        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show Distances && Angles',
2436            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2437        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSPDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Distances && Angles',
2438            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2439        self.AtomCompute.ISOcalc = self.AtomCompute.Append(
2440            id=wxID_ISODISP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2441            text='ISODISTORT mode values',
2442            help='Compute values of ISODISTORT modes from atom parameters')
2443        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDENSITY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2444            text='Density',
2445            help='Compute density for current phase')
2446        self.PostfillDataMenu()
2447       
2448        # Phase / Imcommensurate "waves" tab
2449        self.WavesData = wx.MenuBar()
2450        self.PrefillDataMenu(self.WavesData)
2451        self.WavesData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2452        self.WavesDataEdit = wx.Menu(title='')
2453        self.WavesData.Append(menu=self.WavesDataEdit, title='Edit Wave')
2454        self.WavesDataEdit.Append(id=wxID_WAVEVARY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global wave vary',
2455            help='Global setting of wave vary flags')
2456        self.PostfillDataMenu()
2457       
2458        # Phase / Layer tab
2459        self.LayerData = wx.MenuBar()
2460        self.PrefillDataMenu(self.LayerData)
2461        self.LayerData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2462        self.LayerDataEdit = wx.Menu(title='')
2463        self.LayerData.Append(menu=self.LayerDataEdit, title='Operations')
2464        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LOADDIFFAX, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load from DIFFaX file',
2465            help='Load layer info from DIFFaX file')
2466        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_COPYPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy phase cell',
2467            help='Copy phase cell from another project')
2468        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate pattern',
2469            help='Simulate diffraction pattern from layer stacking')
2470        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit pattern',
2471            help='Fit diffraction pattern with layer stacking model')
2472        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_SEQUENCESIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequence simulations',
2473            help='Sequence simulation changing one parameter')
2474        self.PostfillDataMenu()
2475                 
2476        # Phase / Draw Options tab
2477        self.DataDrawOptions = wx.MenuBar()
2478        self.PrefillDataMenu(self.DataDrawOptions)
2479        self.DataDrawOptions.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2480        self.PostfillDataMenu()
2481       
2482        # Phase / Draw Atoms tab
2483        self.DrawAtomsMenu = wx.MenuBar()
2484        self.PrefillDataMenu(self.DrawAtomsMenu)
2485        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2486        self.DrawAtomEdit = wx.Menu(title='')
2487        self.DrawAtomCompute = wx.Menu(title='')
2488        self.DrawAtomRestraint = wx.Menu(title='')
2489        self.DrawAtomRigidBody = wx.Menu(title='')
2490        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomEdit, title='Edit Figure')
2491        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomCompute,title='Compute')
2492        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRestraint, title='Restraints')
2493        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRigidBody, title='Rigid body')
2494        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMSTYLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom style',
2495            help='Select atoms first')
2496        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMLABEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom label',
2497            help='Select atoms first')
2498        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom color',
2499            help='Select atoms first')
2500        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset atom colors',
2501            help='Resets all atom colors to defaults')
2502        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRWAEDITRADII, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit atom radii',
2503            help='Edit drawing atom radii')
2504        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWVIEWPOINT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2505            help='View point is 1st atom selected')
2506        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDEQUIV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atoms',
2507            help='Add symmetry & cell equivalents to drawing set from selected atoms')
2508        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDSPHERE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add sphere of atoms',
2509            help='Add atoms within sphere of enclosure')
2510        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform draw atoms',
2511            help='Transform selected atoms by symmetry & cell translations')
2512        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCOORD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill CN-sphere',
2513            help='Fill coordination sphere for selected atoms')           
2514        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill unit cell',
2515            help='Fill unit cell with selected atoms')
2516        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atoms',
2517            help='Delete atoms from drawing set')
2518        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2519            help='Compute distance of selected atoms from view point')   
2520        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISAGLTOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Dist. Ang. Tors.',
2521            help='Compute distance, angle or torsion for 2-4 selected atoms')   
2522        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Best plane',
2523            help='Compute best plane for 4+ selected atoms')   
2524        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRBOND, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add bond restraint',
2525            help='Add bond restraint for selected atoms (2)')
2526        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add angle restraint',
2527            help='Add angle restraint for selected atoms (3: one end 1st)')
2528        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add plane restraint',
2529            help='Add plane restraint for selected atoms (4+)')
2530        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRCHIRAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add chiral restraint',
2531            help='Add chiral restraint for selected atoms (4: center atom 1st)')
2532        self.DrawAtomRigidBody.Append(id=wxID_DRAWDEFINERB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define rigid body',
2533            help='Define rigid body with selected atoms')
2534        self.PostfillDataMenu()
2535
2536        # Phase / MCSA tab
2537        self.MCSAMenu = wx.MenuBar()
2538        self.PrefillDataMenu(self.MCSAMenu)
2539        self.MCSAMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2540        self.MCSAEdit = wx.Menu(title='')
2541        self.MCSAMenu.Append(menu=self.MCSAEdit, title='MC/SA')
2542        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSAATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atom', 
2543            help='Add single atom to MC/SA model')
2544        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body', 
2545            help='Add rigid body to MC/SA model' )
2546        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_CLEARMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear rigid bodies', 
2547            help='Clear all atoms & rigid bodies from MC/SA model' )
2548        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MOVEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move MC/SA solution', 
2549            help='Move MC/SA solution to atom list' )
2550        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MCSACLEARRESULTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear results', 
2551            help='Clear table of MC/SA results' )
2552        self.PostfillDataMenu()
2553           
2554        # Phase / Texture tab
2555        self.TextureMenu = wx.MenuBar()
2556        self.PrefillDataMenu(self.TextureMenu)
2557        self.TextureMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2558        self.TextureEdit = wx.Menu(title='')
2559        self.TextureMenu.Append(menu=self.TextureEdit, title='Texture')
2560        self.TextureEdit.Append(id=wxID_REFINETEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Refine texture', 
2561            help='Refine the texture coefficients from sequential results')
2562#        self.TextureEdit.Append(id=wxID_CLEARTEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear texture',
2563#            help='Clear the texture coefficients' )
2564        self.PostfillDataMenu()
2565           
2566        # Phase / Pawley tab
2567        self.PawleyMenu = wx.MenuBar()
2568        self.PrefillDataMenu(self.PawleyMenu)
2569        self.PawleyMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2570        self.PawleyEdit = wx.Menu(title='')
2571        self.PawleyMenu.Append(menu=self.PawleyEdit,title='Operations')
2572        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley settings',
2573            help='Change Pawley refinement settings')
2574        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley create',
2575            help='Initialize Pawley reflection list')
2576        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYESTIMATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley estimate',
2577            help='Estimate initial Pawley intensities')
2578        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYUPDATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley update',
2579            help='Update negative Pawley intensities with -0.5*Fobs and turn off refinement')
2580        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select all',
2581            help='Select all reflections to be refined')
2582        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELNONE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select none',
2583            help='Set flag for all reflections for no refinement')
2584        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELTOGGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Toggle Selection',
2585            help='Toggle Selection flag for all reflections to opposite setting')
2586        self.PostfillDataMenu()
2587           
2588        # Phase / Map peaks tab
2589        self.MapPeaksMenu = wx.MenuBar()
2590        self.PrefillDataMenu(self.MapPeaksMenu)
2591        self.MapPeaksMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2592        self.MapPeaksEdit = wx.Menu(title='')
2593        self.MapPeaksMenu.Append(menu=self.MapPeaksEdit, title='Map peaks')
2594        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks', 
2595            help='Move selected peaks to atom list')
2596        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSVIEWPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2597            help='View point is 1st peak selected')
2598        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2599            help='Compute distance of selected peaks from view point')   
2600        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_SHOWBONDS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Hide bonds',
2601            help='Hide or show bonds between peak positions')   
2602        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc dist/ang', 
2603            help='Calculate distance or angle for selection')
2604        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_FINDEQVPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Equivalent peaks', 
2605            help='Find equivalent peaks')
2606        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSUNIQUE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Unique peaks', 
2607            help='Select unique set')
2608        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete peaks', 
2609            help='Delete selected peaks')
2610        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
2611            help='Clear the map peak list')
2612        self.PostfillDataMenu()
2613
2614        # Phase / Rigid bodies tab
2615        self.RigidBodiesMenu = wx.MenuBar()
2616        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodiesMenu)
2617        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2618        self.RigidBodiesEdit = wx.Menu(title='')
2619        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=self.RigidBodiesEdit, title='Edit Body')
2620        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_ASSIGNATMS2RB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assign atoms to rigid body',
2621            help='Select & position rigid body in structure of existing atoms')
2622        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_AUTOFINDRESRB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto find residues',
2623            help='Auto find of residue RBs in macromolecule')
2624        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_COPYRBPARMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy rigid body parms',
2625            help='Copy rigid body location & TLS parameters')
2626        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALTHERM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global thermal motion',
2627            help='Global setting of residue thermal motion models')
2628        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALRESREFINE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global residue refine',
2629            help='Global setting of residue RB refinement flags')
2630        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_RBREMOVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove all rigid bodies',
2631            help='Remove all rigid body assignment for atoms')
2632        self.PostfillDataMenu()
2633    # end of GSAS-II menu definitions
2634       
2635    def _init_ctrls(self, parent,name=None,size=None,pos=None):
2636        wx.Frame.__init__(
2637            self,parent=parent,
2638            #style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX | wx.FRAME_FLOAT_ON_PARENT ,
2639            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX,
2640            size=size,pos=pos,title='GSAS-II data display')
2641        self._init_menus()
2642        if name:
2643            self.SetLabel(name)
2644        self.Show()
2645       
2646    def __init__(self,parent,frame,data=None,name=None, size=None,pos=None):
2647        self.G2frame = frame
2648        self._init_ctrls(parent,name,size,pos)
2649        self.data = data
2650        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2651        Size = self.GetSize()
2652        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2653        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]+250))
2654        self.AtomGrid = []
2655        self.selectedRow = 0
2656        self.lastSize = Size       
2657        self.manualPhaseSize = None
2658        self.userReSize = False
2659        wx.Frame.Bind(self,wx.EVT_SIZE,self.OnReSize)
2660           
2661    def OnReSize(self,event):
2662        '''Keep track of size changes for Phase windows
2663        '''
2664        id = self.G2frame.PatternTree.GetSelection()
2665        try:
2666            parent = self.G2frame.PatternTree.GetItemParent(id)
2667        except:         #avoid bad tree item on start via gpx file selection
2668            parent = 0
2669        if self.userReSize and parent and self.G2frame.PatternTree.GetItemText(parent) == "Phases": 
2670            if self.lastSize == event.EventObject.GetSize():
2671#                if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2672#                    print 'no save size=',self.lastSize
2673                return
2674            self.manualPhaseSize = event.EventObject.GetSize()
2675            self.lastSize = event.EventObject.GetSize()
2676#            if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2677#                print 'Saving Phase size=',self.manualPhaseSize
2678                #HowDidIgetHere()
2679        event.Skip()
2680
2681    def SendSizeEvent(self):
2682        '''Prevent SendSizeEvent from overriding the saved size
2683        '''
2684        self.userReSize = False
2685        wx.Frame.SendSizeEvent(self)
2686        self.userReSize = True
2687       
2688    def setSizePosLeft(self,Size):
2689        '''Place the dataFrame window so that the upper left-hand corner remains in the same place;
2690        The size is dictated by parameter Width, unless overridden by a previous Phase window resize
2691        '''
2692        self.userReSize = False
2693        Size = list(Size)
2694        id = self.G2frame.PatternTree.GetSelection()
2695        try:            #avoid bad tree item on start via gpx file selection
2696            pid = self.G2frame.PatternTree.GetItemParent(id)
2697        except:
2698            pid = 0
2699        if pid:
2700            parent = self.G2frame.PatternTree.GetItemText(pid)
2701            # is this a phase window and has a previous window has been resized?
2702            if self.manualPhaseSize and parent == "Phases":
2703                Size = list(self.manualPhaseSize)
2704        Pos = self.GetPosition()
2705        clientSize = wx.ClientDisplayRect()     #display window size (e.g. 1304x768)
2706        Size[1] = min(Size[1],clientSize[2]-300)
2707        Size[0] = max(Size[0],300)
2708#        print 'current position/width:',Pos,Width
2709        self.SetSize(Size)
2710        Size[1] += 1        #kluge to ensure scrollbar settings & window properly displayed
2711        self.SetSize(Size)
2712        Pos[0] += self.lastSize[0]-Size[0]
2713        offSet = 0
2714        if Pos[0] < clientSize[2]:
2715            offSet = Pos[0]+Size[0]-clientSize[2]
2716        if offSet > 0:
2717            Pos[0] -= offSet
2718        self.SetPosition(wx.Point(Pos[0],Pos[1]))
2719        self.lastSize = Size
2720        self.userReSize = True
2721       
2722    def Clear(self):
2723        self.ClearBackground()
2724        self.DestroyChildren()
2725                   
2726
2727################################################################################
2728#####  Notebook Tree Item editor
2729################################################################################                 
2730def UpdateNotebook(G2frame,data):
2731    '''Called when the data tree notebook entry is selected. Allows for
2732    editing of the text in that tree entry
2733    '''
2734    def OnNoteBook(event):
2735        event.Skip()
2736        data = G2frame.dataDisplay.GetValue().split('\n')
2737        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Notebook'),data)
2738        if 'nt' not in os.name:
2739            G2frame.dataDisplay.AppendText('\n')
2740                   
2741    if G2frame.dataDisplay:
2742        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2743    G2frame.dataFrame.SetLabel('Notebook')
2744    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2745        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_PROCESS_ENTER | wx.TE_DONTWRAP)
2746    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnNoteBook)
2747    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnNoteBook)
2748    for line in data:
2749        G2frame.dataDisplay.AppendText(line+"\n")
2750    G2frame.dataDisplay.AppendText('Notebook entry @ '+time.ctime()+"\n")
2751    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2752           
2753################################################################################
2754#####  Controls Tree Item editor
2755################################################################################           
2756def UpdateControls(G2frame,data):
2757    '''Edit overall GSAS-II controls in main Controls data tree entry
2758    '''
2759    #patch
2760    if 'deriv type' not in data:
2761        data = {}
2762        data['deriv type'] = 'analytic Hessian'
2763        data['min dM/M'] = 0.0001
2764        data['shift factor'] = 1.
2765        data['max cyc'] = 3       
2766        data['F**2'] = False
2767    if 'shift factor' not in data:
2768        data['shift factor'] = 1.
2769    if 'max cyc' not in data:
2770        data['max cyc'] = 3
2771    if 'F**2' not in data:
2772        data['F**2'] = False
2773    if 'Author' not in data:
2774        data['Author'] = 'no name'
2775    if 'FreePrm1' not in data:
2776        data['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
2777    if 'FreePrm2' not in data:
2778        data['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
2779    if 'FreePrm3' not in data:
2780        data['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
2781    if 'Copy2Next' not in data:
2782        data['Copy2Next'] = False
2783    if 'Reverse Seq' not in data:
2784        data['Reverse Seq'] = False
2785    if 'UsrReject' not in data:
2786        data['UsrReject'] = {'minF/sig':0,'MinExt':0.01,'MaxDF/F':20.,'MaxD':500.,'MinD':0.05}
2787    if 'HatomFix' not in data:
2788        data['HatomFix'] = False
2789    if 'Marquardt' not in data:
2790        data['Marquardt'] = -3
2791   
2792    #end patch
2793
2794    def SeqSizer():
2795       
2796        def OnSelectData(event):
2797            choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['PWDR','HKLF',])
2798            sel = []
2799            try:
2800                if 'Seq Data' in data:
2801                    for item in data['Seq Data']:
2802                        sel.append(choices.index(item))
2803                    sel = [choices.index(item) for item in data['Seq Data']]
2804            except ValueError:  #data changed somehow - start fresh
2805                sel = []
2806            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential refinement',
2807                'Select dataset to include',choices)
2808            dlg.SetSelections(sel)
2809            names = []
2810            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2811                for sel in dlg.GetSelections():
2812                    names.append(choices[sel])
2813                data['Seq Data'] = names               
2814                G2frame.EnableSeqRefineMenu()
2815            dlg.Destroy()
2816            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2817           
2818        def OnReverse(event):
2819            data['Reverse Seq'] = reverseSel.GetValue()
2820           
2821        def OnCopySel(event):
2822            data['Copy2Next'] = copySel.GetValue() 
2823                   
2824        seqSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2825        dataSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2826        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Sequential Refinement: '),0,WACV)
2827        selSeqData = wx.Button(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Select data')
2828        selSeqData.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnSelectData)
2829        dataSizer.Add(selSeqData,0,WACV)
2830        SeqData = data.get('Seq Data',[])
2831        if not SeqData:
2832            lbl = ' (no data selected)'
2833        else:
2834            lbl = ' ('+str(len(SeqData))+' dataset(s) selected)'
2835
2836        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=lbl),0,WACV)
2837        seqSizer.Add(dataSizer,0)
2838        if SeqData:
2839            selSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2840            reverseSel = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Reverse order?')
2841            reverseSel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnReverse)
2842            reverseSel.SetValue(data['Reverse Seq'])
2843            selSizer.Add(reverseSel,0,WACV)
2844            copySel =  wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Copy results to next histogram?')
2845            copySel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnCopySel)
2846            copySel.SetValue(data['Copy2Next'])
2847            selSizer.Add(copySel,0,WACV)
2848            seqSizer.Add(selSizer,0)
2849        return seqSizer
2850       
2851    def LSSizer():       
2852       
2853        def OnDerivType(event):
2854            data['deriv type'] = derivSel.GetValue()
2855            derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2856            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2857           
2858        def OnConvergence(event):
2859            event.Skip()
2860            try:
2861                value = max(1.e-9,min(1.0,float(Cnvrg.GetValue())))
2862            except ValueError:
2863                value = 0.0001
2864            data['min dM/M'] = value
2865            Cnvrg.SetValue('%.2g'%(value))
2866           
2867        def OnMaxCycles(event):
2868            data['max cyc'] = int(maxCyc.GetValue())
2869            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2870           
2871        def OnMarqLam(event):
2872            data['Marquardt'] = int(marqLam.GetValue())
2873            marqLam.SetValue(str(data['Marquardt']))
2874                       
2875        def OnFactor(event):
2876            event.Skip()
2877            try:
2878                value = min(max(float(Factr.GetValue()),0.00001),100.)
2879            except ValueError:
2880                value = 1.0
2881            data['shift factor'] = value
2882            Factr.SetValue('%.5f'%(value))
2883           
2884        def OnFsqRef(event):
2885            data['F**2'] = fsqRef.GetValue()
2886           
2887#        def OnHatomFix(event):
2888#            data['HatomFix'] = Hfix.GetValue()
2889       
2890        def OnUsrRej(event):
2891            event.Skip()
2892            Obj = event.GetEventObject()
2893            item,limits = Indx[Obj]
2894            try:
2895                value = min(max(float(Obj.GetValue()),limits[0]),limits[1])
2896            except ValueError:
2897                value = data['UsrReject'][item]
2898            data['UsrReject'][item] = value
2899            Obj.SetValue('%.2f'%(value))
2900
2901        LSSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,vgap=5,hgap=5)
2902        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement derivatives: '),0,WACV)
2903        Choice=['analytic Jacobian','numeric','analytic Hessian']
2904        derivSel = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['deriv type'],choices=Choice,
2905            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2906        derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2907        derivSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnDerivType)
2908           
2909        LSSizer.Add(derivSel,0,WACV)
2910        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min delta-M/M: '),0,WACV)
2911        Cnvrg = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2g'%(data['min dM/M']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2912        Cnvrg.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnConvergence)
2913        Cnvrg.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnConvergence)
2914        LSSizer.Add(Cnvrg,0,WACV)
2915        Indx = {}
2916        if 'Hessian' in data['deriv type']:
2917            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max cycles: '),0,WACV)
2918            Choice = ['0','1','2','3','5','10','15','20']
2919            maxCyc = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['max cyc']),choices=Choice,
2920                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2921#            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2922            maxCyc.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxCycles)
2923            LSSizer.Add(maxCyc,0,WACV)
2924            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial lambda = 10**'),0,WACV)
2925            MarqChoice = ['-3','-2','-1','0','1','2','3','4']
2926            marqLam = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['Marquardt']),choices=MarqChoice,
2927                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2928            marqLam.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMarqLam)
2929            LSSizer.Add(marqLam,0,WACV)
2930        else:
2931            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial shift factor: '),0,WACV)
2932            Factr = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.5f'%(data['shift factor']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2933            Factr.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFactor)
2934            Factr.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFactor)
2935            LSSizer.Add(Factr,0,WACV)
2936        if G2frame.Sngl:
2937            userReject = data['UsrReject']
2938            usrRej = {'minF/sig':[' Min obs/sig (0-5): ',[0,5], ],'MinExt':[' Min extinct. (0-.9): ',[0,.9],],
2939                'MaxDF/F':[' Max delt-F/sig (3-1000): ',[3.,1000.],],'MaxD':[' Max d-spacing (3-500): ',[3,500],],
2940                'MinD':[' Min d-spacing (0.1-2.0): ',[0.1,2.0],]}
2941
2942            fsqRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Refine HKLF as F^2? ')
2943            fsqRef.SetValue(data['F**2'])
2944            fsqRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnFsqRef)
2945            LSSizer.Add(fsqRef,0,WACV)
2946            LSSizer.Add((1,0),)
2947            for item in usrRej:
2948                LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,label=usrRej[item][0]),0,WACV)
2949                usrrej = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2f'%(userReject[item]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2950                Indx[usrrej] = [item,usrRej[item][1]]
2951                usrrej.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnUsrRej)
2952                usrrej.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnUsrRej)
2953                LSSizer.Add(usrrej,0,WACV)
2954#        Hfix = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Regularize H atoms? ')
2955#        Hfix.SetValue(data['HatomFix'])
2956#        Hfix.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnHatomFix)
2957#        LSSizer.Add(Hfix,0,WACV)   #for now
2958        return LSSizer
2959       
2960    def AuthSizer():
2961
2962        def OnAuthor(event):
2963            event.Skip()
2964            data['Author'] = auth.GetValue()
2965
2966        Author = data['Author']
2967        authSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2968        authSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' CIF Author (last, first):'),0,WACV)
2969        auth = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value=Author,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2970        auth.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnAuthor)
2971        auth.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnAuthor)
2972        authSizer.Add(auth,0,WACV)
2973        return authSizer
2974       
2975       
2976    if G2frame.dataDisplay:
2977        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2978    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2979        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2980        Status.SetStatusText('')
2981    G2frame.dataFrame.SetLabel('Controls')
2982    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
2983    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ControlsMenu)
2984    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2985    mainSizer.Add((5,5),0)
2986    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement Controls:'),0,WACV)   
2987    mainSizer.Add(LSSizer())
2988    mainSizer.Add((5,5),0)
2989    mainSizer.Add(SeqSizer())
2990    mainSizer.Add((5,5),0)
2991    mainSizer.Add(AuthSizer())
2992    mainSizer.Add((5,5),0)
2993       
2994    mainSizer.Layout()   
2995    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2996    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
2997     
2998################################################################################
2999#####  Comments
3000################################################################################           
3001       
3002def UpdateComments(G2frame,data):                   
3003
3004    if G2frame.dataDisplay:
3005        G2frame.dataDisplay.Destroy()
3006    G2frame.dataFrame.SetLabel('Comments')
3007    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
3008        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY|wx.TE_DONTWRAP)
3009    for line in data:
3010        if '\n' not in line:
3011            G2frame.dataDisplay.AppendText(line+'\n')
3012        else:
3013            G2frame.dataDisplay.AppendText(line)
3014    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
3015           
3016################################################################################
3017#####  Display of Sequential Results
3018################################################################################           
3019       
3020def UpdateSeqResults(G2frame,data,prevSize=None):
3021    """
3022    Called when the Sequential Results data tree entry is selected
3023    to show results from a sequential refinement.
3024   
3025    :param wx.Frame G2frame: main GSAS-II data tree windows
3026
3027    :param dict data: a dictionary containing the following items: 
3028
3029            * 'histNames' - list of histogram names in order as processed by Sequential Refinement
3030            * 'varyList' - list of variables - identical over all refinements in sequence
3031              note that this is the original list of variables, prior to processing
3032              constraints.
3033            * 'variableLabels' -- a dict of labels to be applied to each parameter
3034              (this is created as an empty dict if not present in data).
3035            * keyed by histName - dictionaries for all data sets processed, which contains:
3036
3037              * 'variables'- result[0] from leastsq call
3038              * 'varyList' - list of variables passed to leastsq call (not same as above)
3039              * 'sig' - esds for variables
3040              * 'covMatrix' - covariance matrix from individual refinement
3041              * 'title' - histogram name; same as dict item name
3042              * 'newAtomDict' - new atom parameters after shifts applied
3043              * 'newCellDict' - refined cell parameters after shifts to A0-A5 from Dij terms applied'
3044    """
3045    def GetSampleParms():
3046        '''Make a dictionary of the sample parameters that are not the same over the
3047        refinement series. Controls here is local
3048        '''
3049        if 'IMG' in histNames[0]:
3050            sampleParmDict = {'Sample load':[],}
3051        else:
3052            sampleParmDict = {'Temperature':[],'Pressure':[],'Time':[],
3053                'FreePrm1':[],'FreePrm2':[],'FreePrm3':[],'Omega':[],
3054                'Chi':[],'Phi':[],'Azimuth':[],}
3055        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
3056            GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
3057        sampleParm = {}
3058        for name in histNames:
3059            if 'IMG' in name:
3060                for item in sampleParmDict:
3061                    sampleParmDict[item].append(data[name]['parmDict'].get(item,0))
3062            else:
3063                if 'PDF' in name:
3064                    name = 'PWDR' + name[4:]
3065                Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
3066                sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
3067                for item in sampleParmDict:
3068                    sampleParmDict[item].append(sampleData.get(item,0))
3069        for item in sampleParmDict:
3070            frstValue = sampleParmDict[item][0]
3071            if np.any(np.array(sampleParmDict[item])-frstValue):
3072                if item.startswith('FreePrm'):
3073                    sampleParm[Controls[item]] = sampleParmDict[item]
3074                else:
3075                    sampleParm[item] = sampleParmDict[item]
3076        return sampleParm
3077
3078    def GetColumnInfo(col):
3079        '''returns column label, lists of values and errors (or None) for each column in the table
3080        for plotting. The column label is reformatted from Unicode to MatPlotLib encoding
3081        '''
3082        colName = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3083        plotName = variableLabels.get(colName,colName)
3084        plotName = plotSpCharFix(plotName)
3085        return plotName,G2frame.colList[col],G2frame.colSigs[col]
3086           
3087    def PlotSelect(event):
3088        'Plots a row (covariance) or column on double-click'
3089        cols = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
3090        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
3091        if cols:
3092            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
3093        elif rows:
3094            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
3095            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
3096        else:
3097            G2frame.ErrorDialog(
3098                'Select row or columns',
3099                'Nothing selected in table. Click on column or row label(s) to plot. N.B. Grid selection can be a bit funky.'
3100                )
3101           
3102    def OnPlotSelSeq(event):
3103        'plot the selected columns or row from menu command'
3104        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3105        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
3106        if cols:
3107            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
3108        elif rows:
3109            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
3110            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
3111        else:
3112            G2frame.ErrorDialog(
3113                'Select columns',
3114                'No columns or rows selected in table. Click on row or column labels to select fields for plotting.'
3115                )
3116               
3117    def OnAveSelSeq(event):
3118        'average the selected columns from menu command'
3119        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3120        useCol = -np.array(G2frame.SeqTable.GetColValues(0),dtype=bool)
3121        if cols:
3122            for col in cols:
3123                items = GetColumnInfo(col)[1]
3124                noneMask = np.array([item is None for item in items])
3125                info = ma.array(items,mask=useCol+noneMask)
3126                ave = ma.mean(ma.compressed(info))
3127                sig = ma.std(ma.compressed(info))
3128                print ' Average for '+G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)+': '+'%.6g'%(ave)+' +/- '+'%.6g'%(sig)
3129        else:
3130            G2frame.ErrorDialog(
3131                'Select columns',
3132                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for averaging.'
3133                )
3134               
3135    def OnRenameSelSeq(event):
3136        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3137        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(c) for c in cols]
3138        newNames = colNames[:]
3139        for i,name in enumerate(colNames):
3140            if name in variableLabels:
3141                newNames[i] = variableLabels[name]
3142        if not cols:
3143            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
3144                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for rename.')
3145            return
3146        dlg = G2G.MultiStringDialog(G2frame.dataDisplay,'Set column names',colNames,newNames)
3147        if dlg.Show():
3148            newNames = dlg.GetValues()           
3149            variableLabels.update(dict(zip(colNames,newNames)))
3150        data['variableLabels'] = variableLabels
3151        dlg.Destroy()
3152        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3153        G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
3154           
3155    def OnReOrgSelSeq(event):
3156        'Reorder the columns'
3157        G2G.GetItemOrder(G2frame,VaryListChanges,vallookup,posdict)   
3158        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3159
3160    def OnSaveSelSeqCSV(event):
3161        'export the selected columns to a .csv file from menu command'
3162        OnSaveSelSeq(event,csv=True)
3163       
3164    def OnSaveSeqCSV(event):
3165        'export all columns to a .csv file from menu command'
3166        OnSaveSelSeq(event,csv=True,allcols=True)
3167       
3168    def OnSaveSelSeq(event,csv=False,allcols=False):
3169        'export the selected columns to a .txt or .csv file from menu command'
3170        def WriteCSV():
3171            def WriteList(headerItems):
3172                line = ''
3173                for lbl in headerItems:
3174                    if line: line += ','
3175                    line += '"'+lbl+'"'
3176                return line
3177            head = ['name']
3178            for col in cols:
3179                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3180                # get rid of labels that have Unicode characters
3181                if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in item]): item = '?'
3182                if col in havesig:
3183                    head += [item,'esd-'+item]
3184                else:
3185                    head += [item]
3186            SeqFile.write(WriteList(head)+'\n')
3187            for row,name in enumerate(saveNames):
3188                line = '"'+saveNames[row]+'"'
3189                for col in cols:
3190                    if col in havesig:
3191                        line += ','+str(saveData[col][row])+','+str(saveSigs[col][row])
3192                    else:
3193                        line += ','+str(saveData[col][row])
3194                SeqFile.write(line+'\n')
3195        def WriteSeq():
3196            lenName = len(saveNames[0])
3197            line = %s  '%('name'.center(lenName))
3198            for col in cols:
3199                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3200                if col in havesig:
3201                    line += ' %12s %12s '%(item.center(12),'esd'.center(12))
3202                else:
3203                    line += ' %12s '%(item.center(12))
3204            SeqFile.write(line+'\n')
3205            for row,name in enumerate(saveNames):
3206                line = " '%s' "%(saveNames[row])
3207                for col in cols:
3208                    if col in havesig:
3209                        line += ' %12.6f %12.6f '%(saveData[col][row],saveSigs[col][row])
3210                    else:
3211                        line += ' %12.6f '%saveData[col][row]
3212                SeqFile.write(line+'\n')
3213
3214        # start of OnSaveSelSeq code
3215        if allcols:
3216            cols = range(G2frame.SeqTable.GetNumberCols())
3217        else:
3218            cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3219        nrows = G2frame.SeqTable.GetNumberRows()
3220        if not cols:
3221            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
3222                             'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for output.')
3223            return
3224        saveNames = [G2frame.SeqTable.GetRowLabelValue(r) for r in range(nrows)]
3225        saveData = {}
3226        saveSigs = {}
3227        havesig = []
3228        for col in cols:
3229            name,vals,sigs = GetColumnInfo(col)
3230            saveData[col] = vals
3231            if sigs:
3232                havesig.append(col)
3233                saveSigs[col] = sigs
3234        if csv:
3235            wild = 'CSV output file (*.csv)|*.csv'
3236        else:
3237            wild = 'Text output file (*.txt)|*.txt'
3238        pth = G2G.GetExportPath(G2frame)
3239        dlg = wx.FileDialog(
3240            G2frame,
3241            'Choose text output file for your selection', pth, '', 
3242            wild,wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
3243        try:
3244            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3245                SeqTextFile = dlg.GetPath()
3246                SeqTextFile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,SeqTextFile) 
3247                SeqFile = open(SeqTextFile,'w')
3248                if csv:
3249                    WriteCSV()
3250                else:
3251                    WriteSeq()
3252                SeqFile.close()
3253        finally:
3254            dlg.Destroy()
3255               
3256    def striphist(var,insChar=''):
3257        'strip a histogram number from a var name'
3258        sv = var.split(':')
3259        if len(sv) <= 1: return var
3260        if sv[1]:
3261            sv[1] = insChar
3262        return ':'.join(sv)
3263       
3264    def plotSpCharFix(lbl):
3265        'Change selected unicode characters to their matplotlib equivalent'
3266        for u,p in [
3267            (u'\u03B1',r'$\alpha$'),
3268            (u'\u03B2',r'$\beta$'),
3269            (u'\u03B3',r'$\gamma$'),
3270            (u'\u0394\u03C7',r'$\Delta\chi$'),
3271            ]:
3272            lbl = lbl.replace(u,p)
3273        return lbl
3274   
3275    def SelectXaxis():
3276        'returns a selected column number (or None) as the X-axis selection'
3277        ncols = G2frame.SeqTable.GetNumberCols()
3278        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(r) for r in range(ncols)]
3279        dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(
3280            G2frame.dataDisplay,
3281            'Select x-axis parameter for plot or Cancel for sequence number',
3282            'Select X-axis',
3283            colNames)
3284        try:
3285            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3286                col = dlg.GetSelection()
3287            else:
3288                col = None
3289        finally:
3290            dlg.Destroy()
3291        return col
3292   
3293    def EnablePseudoVarMenus():
3294        'Enables or disables the PseudoVar menu items that require existing defs'
3295        if data['SeqPseudoVars']:
3296            val = True
3297        else:
3298            val = False
3299        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxDELSEQVAR,val)
3300        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxEDITSEQVAR,val)
3301
3302    def DelPseudoVar(event):
3303        'Ask the user to select a pseudo var expression to delete'
3304        choices = data['SeqPseudoVars'].keys()
3305        selected = G2G.ItemSelector(
3306            choices,G2frame.dataFrame,
3307            multiple=True,
3308            title='Select expressions to remove',
3309            header='Delete expression')
3310        if selected is None: return
3311        for item in selected:
3312            del data['SeqPseudoVars'][choices[item]]
3313        if selected:
3314            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3315
3316    def EditPseudoVar(event):
3317        'Edit an existing pseudo var expression'
3318        choices = data['SeqPseudoVars'].keys()
3319        if len(choices) == 1:
3320            selected = 0
3321        else:
3322            selected = G2G.ItemSelector(
3323                choices,G2frame.dataFrame,
3324                multiple=False,
3325                title='Select an expression to edit',
3326                header='Edit expression')
3327        if selected is not None:
3328            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3329                G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3330                data['SeqPseudoVars'][choices[selected]],
3331                header="Edit the PseudoVar expression",
3332                VarLabel="PseudoVar #"+str(selected+1),
3333                fit=False)
3334            newobj = dlg.Show(True)
3335            if newobj:
3336                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3337                del data['SeqPseudoVars'][choices[selected]]
3338                data['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = newobj
3339                UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3340       
3341    def AddNewPseudoVar(event):
3342        'Create a new pseudo var expression'
3343        dlg = G2exG.ExpressionDialog(G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3344            header='Enter an expression for a PseudoVar here',
3345            VarLabel = "New PseudoVar",fit=False)
3346        obj = dlg.Show(True)
3347        dlg.Destroy()
3348        if obj:
3349            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3350            data['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = obj
3351            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3352           
3353    def AddNewDistPseudoVar(event):
3354        obj = None
3355        dlg = G2exG.BondDialog(
3356            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3357            header='Select a Bond here',
3358            VarLabel = "New Bond")
3359        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3360            pName,Oatom,Tatom = dlg.GetSelection()
3361            if Tatom:
3362                Phase = Phases[pName]
3363                General = Phase['General']
3364                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3365                pId = Phase['pId']
3366                SGData = General['SGData']
3367                sB = Tatom.find('(')+1
3368                symNo = 0
3369                if sB:
3370                    sF = Tatom.find(')')
3371                    symNo = int(Tatom[sB:sF])
3372                cellNo = [0,0,0]
3373                cB = Tatom.find('[')
3374                if cB>0:
3375                    cF = Tatom.find(']')+1
3376                    cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3377                Atoms = Phase['Atoms']
3378                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3379                oId = aNames.index(Oatom)
3380                tId = aNames.index(Tatom.split(' +')[0])
3381                # create an expression object
3382                obj = G2obj.ExpressionObj()
3383                obj.expression = 'Dist(%s,\n%s)'%(Oatom,Tatom.split(' d=')[0].replace(' ',''))
3384                obj.distance_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNo,'cellNo':cellNo}
3385                obj.distance_atoms = [oId,tId]
3386        else: 
3387            dlg.Destroy()
3388            return
3389        dlg.Destroy()
3390        if obj:
3391            data['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3392            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3393
3394    def AddNewAnglePseudoVar(event):
3395        obj = None
3396        dlg = G2exG.AngleDialog(
3397            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3398            header='Enter an Angle here',
3399            VarLabel = "New Angle")
3400        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3401            pName,Oatom,Tatoms = dlg.GetSelection()
3402            if Tatoms:
3403                Phase = Phases[pName]
3404                General = Phase['General']
3405                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3406                pId = Phase['pId']
3407                SGData = General['SGData']
3408                Atoms = Phase['Atoms']
3409                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3410                tIds = []
3411                symNos = []
3412                cellNos = []
3413                oId = aNames.index(Oatom)
3414                Tatoms = Tatoms.split(';')
3415                for Tatom in Tatoms:
3416                    sB = Tatom.find('(')+1
3417                    symNo = 0
3418                    if sB:
3419                        sF = Tatom.find(')')
3420                        symNo = int(Tatom[sB:sF])
3421                    symNos.append(symNo)
3422                    cellNo = [0,0,0]
3423                    cB = Tatom.find('[')
3424                    if cB>0:
3425                        cF = Tatom.find(']')+1
3426                        cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3427                    cellNos.append(cellNo)
3428                    tIds.append(aNames.index(Tatom.split('+')[0]))
3429                # create an expression object
3430                obj = G2obj.ExpressionObj()
3431                obj.expression = 'Angle(%s,%s,\n%s)'%(Tatoms[0],Oatom,Tatoms[1])
3432                obj.angle_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNos,'cellNo':cellNos}
3433                obj.angle_atoms = [oId,tIds]
3434        else: 
3435            dlg.Destroy()
3436            return
3437        dlg.Destroy()
3438        if obj:
3439            data['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3440            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3441           
3442    def UpdateParmDict(parmDict):
3443        '''generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values,
3444        because they might be needed to evaluate the pseudovar
3445        '''
3446        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3447                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3448                     )
3449        delList = []
3450        phaselist = []
3451        for item in parmDict: 
3452            if ':' not in item: continue
3453            key = item.split(':')
3454            if len(key) < 3: continue
3455            # remove the dA[xyz] terms, they would only bring confusion
3456            if key[2].startswith('dA'):
3457                delList.append(item)
3458            # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3459            elif key[2] in Ddict:
3460                if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3461                akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3462                parmDict[akey] -= parmDict[item]
3463                delList.append(item)
3464        for item in delList:
3465            del parmDict[item]               
3466        for i in phaselist:
3467            pId = int(i)
3468            # apply cell symmetry
3469            A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],parmDict,zeroDict[pId])
3470            # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3471            for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3472                if i in uniqCellIndx[pId]:
3473                    lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3474                    parmDict[lbl] = val
3475            lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3476            parmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3477        return parmDict
3478
3479    def EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict,sampleDict,var,ESD):
3480        '''Evaluate an expression derivative with respect to a
3481        GSAS-II variable name.
3482
3483        Note this likely could be faster if the loop over calcobjs were done
3484        inside after the Dict was created.
3485        '''
3486        if not ESD:
3487            return 0.
3488        step = ESD/10
3489        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3490                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3491                     )
3492        results = []
3493        phaselist = []
3494        VparmDict = sampleDict.copy()
3495        for incr in step,-step:
3496            VparmDict.update(parmDict.copy())           
3497            # as saved, the parmDict has updated 'A[xyz]' values, but 'dA[xyz]'
3498            # values are not zeroed: fix that!
3499            VparmDict.update({item:0.0 for item in parmDict if 'dA' in item})
3500            VparmDict[var] += incr
3501            G2mv.Dict2Map(VparmDict,[]) # apply constraints
3502            # generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values now, because they might
3503            # needed to evaluate the pseudovar
3504            for item in VparmDict:
3505                if item in sampleDict:
3506                    continue 
3507                if ':' not in item: continue
3508                key = item.split(':')
3509                if len(key) < 3: continue
3510                # apply any new shifts to atom positions
3511                if key[2].startswith('dA'):
3512                    VparmDict[''.join(item.split('d'))] += VparmDict[item]
3513                    VparmDict[item] = 0.0
3514                # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3515                if key[2] in Ddict:
3516                    if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3517                    akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3518                    VparmDict[akey] -= VparmDict[item]
3519            for i in phaselist:
3520                pId = int(i)
3521                # apply cell symmetry
3522                A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],VparmDict,zeroDict[pId])
3523                # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3524                for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3525                    if i in uniqCellIndx[pId]:
3526                        lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3527                        VparmDict[lbl] = val
3528                lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3529                VparmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3530            # dict should be fully updated, use it & calculate
3531            calcobj.SetupCalc(VparmDict)
3532            results.append(calcobj.EvalExpression())
3533        return (results[0] - results[1]) / (2.*step)
3534       
3535    def EnableParFitEqMenus():
3536        'Enables or disables the Parametric Fit menu items that require existing defs'
3537        if data['SeqParFitEqList']:
3538            val = True
3539        else:
3540            val = False
3541        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDELPARFIT,val)
3542        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxEDITPARFIT,val)
3543        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDOPARFIT,val)
3544
3545    def ParEqEval(Values,calcObjList,varyList):
3546        '''Evaluate the parametric expression(s)
3547        :param list Values: a list of values for each variable parameter
3548        :param list calcObjList: a list of :class:`GSASIIobj.ExpressionCalcObj`
3549          expression objects to evaluate
3550        :param list varyList: a list of variable names for each value in Values
3551        '''
3552        result = []
3553        for calcobj in calcObjList:
3554            calcobj.UpdateVars(varyList,Values)
3555            if calcobj.depSig:
3556                result.append((calcobj.depVal-calcobj.EvalExpression())/calcobj.depSig)
3557            else:
3558                result.append(calcobj.depVal-calcobj.EvalExpression())
3559        return result
3560
3561    def DoParEqFit(event,eqObj=None):
3562        'Parametric fit minimizer'
3563        varyValueDict = {} # dict of variables and their initial values
3564        calcObjList = [] # expression objects, ready to go for each data point
3565        if eqObj is not None:
3566            eqObjList = [eqObj,]
3567        else:
3568            eqObjList = data['SeqParFitEqList']
3569        UseFlags = G2frame.SeqTable.GetColValues(0)         
3570        for obj in eqObjList:
3571            # assemble refined vars for this equation
3572            varyValueDict.update({var:val for var,val in obj.GetVariedVarVal()})
3573            # lookup dependent var position
3574            depVar = obj.GetDepVar()
3575            if depVar in colLabels:
3576                indx = colLabels.index(depVar)
3577            else:
3578                raise Exception('Dependent variable '+depVar+' not found')
3579            # assemble a list of the independent variables
3580            indepVars = obj.GetIndependentVars()
3581            # loop over each datapoint
3582            for j,row in enumerate(zip(*G2frame.colList)):
3583                if not UseFlags[j]: continue
3584                # assemble equations to fit
3585                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3586                # prepare a dict of needed independent vars for this expression
3587                indepVarDict = {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3588                calcobj.SetupCalc(indepVarDict)               
3589                # values and sigs for current value of dependent var
3590                if row[indx] is None: continue
3591                calcobj.depVal = row[indx]
3592                calcobj.depSig = G2frame.colSigs[indx][j]
3593                calcObjList.append(calcobj)
3594        # varied parameters
3595        varyList = varyValueDict.keys()
3596        values = varyValues = [varyValueDict[key] for key in varyList]
3597        if not varyList:
3598            print 'no variables to refine!'
3599            return
3600        try:
3601            result = so.leastsq(ParEqEval,varyValues,full_output=True,   #ftol=Ftol,
3602                args=(calcObjList,varyList))
3603            values = result[0]
3604            covar = result[1]
3605            if covar is None:
3606                raise Exception
3607            chisq = np.sum(result[2]['fvec']**2)
3608            GOF = np.sqrt(chisq/(len(calcObjList)-len(varyList)))
3609            esdDict = {}
3610            for i,avar in enumerate(varyList):
3611                esdDict[avar] = np.sqrt(covar[i,i])
3612        except:
3613            print('====> Fit failed')
3614            return
3615        print('==== Fit Results ====')
3616        print '  chisq =  %.2f, GOF = %.2f'%(chisq,GOF)
3617        for obj in eqObjList:
3618            obj.UpdateVariedVars(varyList,values)
3619            ind = '      '
3620            print('  '+obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression)
3621            for var in obj.assgnVars:
3622                print(ind+var+' = '+obj.assgnVars[var])
3623            for var in obj.freeVars:
3624                avar = "::"+obj.freeVars[var][0]
3625                val = obj.freeVars[var][1]
3626                if obj.freeVars[var][2]:
3627                    print(ind+var+' = '+avar + " = " + G2mth.ValEsd(val,esdDict[avar]))
3628                else:
3629                    print(ind+var+' = '+avar + " =" + G2mth.ValEsd(val,0))
3630        # create a plot for each parametric variable
3631        for fitnum,obj in enumerate(eqObjList):
3632            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3633            # lookup dependent var position
3634            indx = colLabels.index(obj.GetDepVar())
3635            # assemble a list of the independent variables
3636            indepVars = obj.GetIndependentVars()           
3637            # loop over each datapoint
3638            fitvals = []
3639            for j,row in enumerate(zip(*G2frame.colList)):
3640                calcobj.SetupCalc({var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars})
3641                fitvals.append(calcobj.EvalExpression())
3642            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,[indx],GetColumnInfo,SelectXaxis,fitnum,fitvals)
3643
3644    def SingleParEqFit(eqObj):
3645        DoParEqFit(None,eqObj)
3646
3647    def DelParFitEq(event):
3648        'Ask the user to select function to delete'
3649        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in data['SeqParFitEqList']]
3650        selected = G2G.ItemSelector(
3651            txtlst,G2frame.dataFrame,
3652            multiple=True,
3653            title='Select a parametric equation(s) to remove',
3654            header='Delete equation')
3655        if selected is None: return
3656        data['SeqParFitEqList'] = [obj for i,obj in enumerate(data['SeqParFitEqList']) if i not in selected]
3657        EnableParFitEqMenus()
3658        if data['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3659       
3660    def EditParFitEq(event):
3661        'Edit an existing parametric equation'
3662        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in data['SeqParFitEqList']]
3663        if len(txtlst) == 1:
3664            selected = 0
3665        else:
3666            selected = G2G.ItemSelector(
3667                txtlst,G2frame.dataFrame,
3668                multiple=False,
3669                title='Select a parametric equation to edit',
3670                header='Edit equation')
3671        if selected is not None:
3672            dlg = G2exG.ExpressionDialog(G2frame.dataDisplay,VarDict,
3673                data['SeqParFitEqList'][selected],depVarDict=VarDict,
3674                header="Edit the formula for this minimization function",
3675                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3676            newobj = dlg.Show(True)
3677            if newobj:
3678                data['SeqParFitEqList'][selected] = newobj
3679                EnableParFitEqMenus()
3680            if data['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3681
3682    def AddNewParFitEq(event):
3683        'Create a new parametric equation to be fit to sequential results'
3684
3685        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3686        usedvarlist = []
3687        for obj in data['SeqParFitEqList']:
3688            for var in obj.freeVars:
3689                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3690
3691        dlg = G2exG.ExpressionDialog(G2frame.dataDisplay,VarDict,depVarDict=VarDict,
3692            header='Define an equation to minimize in the parametric fit',
3693            ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit],usedVars=usedvarlist)
3694        obj = dlg.Show(True)
3695        dlg.Destroy()
3696        if obj:
3697            data['SeqParFitEqList'].append(obj)
3698            EnableParFitEqMenus()
3699            if data['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3700               
3701    def CopyParFitEq(event):
3702        'Copy an existing parametric equation to be fit to sequential results'
3703        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3704        usedvarlist = []
3705        for obj in data['SeqParFitEqList']:
3706            for var in obj.freeVars:
3707                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3708        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in data['SeqParFitEqList']]
3709        if len(txtlst) == 1:
3710            selected = 0
3711        else:
3712            selected = G2G.ItemSelector(
3713                txtlst,G2frame.dataFrame,
3714                multiple=False,
3715                title='Select a parametric equation to copy',
3716                header='Copy equation')
3717        if selected is not None:
3718            newEqn = copy.deepcopy(data['SeqParFitEqList'][selected])
3719            for var in newEqn.freeVars:
3720                newEqn.freeVars[var][0] = G2obj.MakeUniqueLabel(newEqn.freeVars[var][0],usedvarlist)
3721            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3722                G2frame.dataDisplay,VarDict,newEqn,depVarDict=VarDict,
3723                header="Edit the formula for this minimization function",
3724                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3725            newobj = dlg.Show(True)
3726            if newobj:
3727                data['SeqParFitEqList'].append(newobj)
3728                EnableParFitEqMenus()
3729            if data['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3730                                           
3731    def GridSetToolTip(row,col):
3732        '''Routine to show standard uncertainties for each element in table
3733        as a tooltip
3734        '''
3735        if G2frame.colSigs[col]:
3736            return u'\u03c3 = '+str(G2frame.colSigs[col][row])
3737        return ''
3738       
3739    def GridColLblToolTip(col):
3740        '''Define a tooltip for a column. This will be the user-entered value
3741        (from data['variableLabels']) or the default name
3742        '''
3743        if col < 0 or col > len(colLabels):
3744            print 'Illegal column #',col
3745            return
3746        var = colLabels[col]
3747        return variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3748       
3749    def SetLabelString(event):
3750        '''Define or edit the label for a column in the table, to be used
3751        as a tooltip and for plotting
3752        '''
3753        col = event.GetCol()
3754        if col < 0 or col > len(colLabels):
3755            return
3756        var = colLabels[col]
3757        lbl = variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3758        dlg = G2G.SingleStringDialog(G2frame.dataFrame,'Set variable label',
3759                                 'Set a new name for variable '+var,lbl,size=(400,-1))
3760        if dlg.Show():
3761            variableLabels[var] = dlg.GetValue()
3762        dlg.Destroy()
3763
3764    def DoSequentialExport(event):
3765        '''Event handler for all Sequential Export menu items
3766        '''
3767        vals = G2frame.dataFrame.SeqExportLookup.get(event.GetId())
3768        if vals is None:
3769            print('Error: Id not found. This should not happen!')
3770        G2IO.ExportSequential(G2frame,data,*vals)
3771   
3772    #def GridRowLblToolTip(row): return 'Row ='+str(row)
3773   
3774    # lookup table for unique cell parameters by symmetry
3775    cellGUIlist = [
3776        [['m3','m3m'],(0,)],
3777        [['3R','3mR'],(0,3)],
3778        [['3','3m1','31m','6/m','6/mmm','4/m','4/mmm'],(0,2)],
3779        [['mmm'],(0,1,2)],
3780        [['2/m'+'a'],(0,1,2,3)],
3781        [['2/m'+'b'],(0,1,2,4)],
3782        [['2/m'+'c'],(0,1,2,5)],
3783        [['-1'],(0,1,2,3,4,5)],
3784        ]
3785    # cell labels
3786    cellUlbl = ('a','b','c',u'\u03B1',u'\u03B2',u'\u03B3') # unicode a,b,c,alpha,beta,gamma
3787
3788    #======================================================================
3789    # start processing sequential results here (UpdateSeqResults)
3790    #======================================================================
3791    if not data:
3792        print 'No sequential refinement results'
3793        return
3794    variableLabels = data.get('variableLabels',{})
3795    data['variableLabels'] = variableLabels
3796    Histograms,Phases = G2frame.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3797    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
3798    # create a place to store Pseudo Vars & Parametric Fit functions, if not present
3799    if 'SeqPseudoVars' not in data: data['SeqPseudoVars'] = {}
3800    if 'SeqParFitEqList' not in data: data['SeqParFitEqList'] = []
3801    histNames = data['histNames']
3802    if G2frame.dataDisplay:
3803        G2frame.dataDisplay.Destroy()
3804    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3805        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3806        Status.SetStatusText("Select column to export; Double click on column to plot data; on row for Covariance")
3807    sampleParms = GetSampleParms()
3808
3809    # make dict of varied atom coords keyed by absolute position
3810    newAtomDict = data[histNames[0]].get('newAtomDict',{}) # dict with atom positions; relative & absolute
3811    # Possible error: the next might need to be data[histNames[0]]['varyList']
3812    # error will arise if there constraints on coordinates?
3813    atomLookup = {newAtomDict[item][0]:item for item in newAtomDict if item in data['varyList']}
3814   
3815    # make dict of varied cell parameters equivalents
3816    ESDlookup = {} # provides the Dij term for each Ak term (where terms are refined)
3817    Dlookup = {} # provides the Ak term for each Dij term (where terms are refined)
3818    # N.B. These Dij vars are missing a histogram #
3819    newCellDict = data[histNames[0]].get('newCellDict',{})
3820    for item in newCellDict:
3821        if item in data['varyList']:
3822            ESDlookup[newCellDict[item][0]] = item
3823            Dlookup[item] = newCellDict[item][0]
3824    # add coordinate equivalents to lookup table
3825    for parm in atomLookup:
3826        Dlookup[atomLookup[parm]] = parm
3827        ESDlookup[parm] = atomLookup[parm]
3828
3829    # get unit cell & symmetry for all phases & initial stuff for later use
3830    RecpCellTerms = {}
3831    SGdata = {}
3832    uniqCellIndx = {}
3833    initialCell = {}
3834    RcellLbls = {}
3835    zeroDict = {}
3836    for phase in Phases:
3837        phasedict = Phases[phase]
3838        pId = phasedict['pId']
3839        pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3840        RcellLbls[pId] = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3841        RecpCellTerms[pId] = G2lat.cell2A(phasedict['General']['Cell'][1:7])
3842        zeroDict[pId] = dict(zip(RcellLbls[pId],6*[0.,]))
3843        SGdata[pId] = phasedict['General']['SGData']
3844        laue = SGdata[pId]['SGLaue']
3845        if laue == '2/m':
3846            laue += SGdata[pId]['SGUniq']
3847        for symlist,celllist in cellGUIlist:
3848            if laue in symlist:
3849                uniqCellIndx[pId] = celllist
3850                break
3851        else: # should not happen
3852            uniqCellIndx[pId] = range(6)
3853        for i in uniqCellIndx[pId]:
3854            initialCell[str(pId)+'::A'+str(i)] =  RecpCellTerms[pId][i]
3855
3856    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SequentialMenu)
3857    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sequential refinement results')
3858    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3859        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3860        Status.SetStatusText('')
3861    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnRenameSelSeq, id=wxID_RENAMESEQSEL)
3862    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeq, id=wxID_SAVESEQSEL)
3863    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeqCSV, id=wxID_SAVESEQSELCSV)
3864    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSeqCSV, id=wxID_SAVESEQCSV)
3865    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotSelSeq, id=wxID_PLOTSEQSEL)
3866    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAveSelSeq, id=wxID_AVESEQSEL)
3867    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReOrgSelSeq, id=wxID_ORGSEQSEL)
3868    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewPseudoVar, id=wxADDSEQVAR)
3869    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewDistPseudoVar, id=wxADDSEQDIST)
3870    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewAnglePseudoVar, id=wxADDSEQANGLE)
3871    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelPseudoVar, id=wxDELSEQVAR)
3872    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditPseudoVar, id=wxEDITSEQVAR)
3873    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewParFitEq, id=wxADDPARFIT)
3874    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyParFitEq, id=wxCOPYPARFIT)
3875    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelParFitEq, id=wxDELPARFIT)
3876    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditParFitEq, id=wxEDITPARFIT)
3877    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoParEqFit, id=wxDOPARFIT)
3878
3879    for id in G2frame.dataFrame.SeqExportLookup:       
3880        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoSequentialExport, id=id)
3881
3882    EnablePseudoVarMenus()
3883    EnableParFitEqMenus()
3884
3885    # scan for locations where the variables change
3886    VaryListChanges = [] # histograms where there is a change
3887    combinedVaryList = []
3888    firstValueDict = {}
3889    vallookup = {}
3890    posdict = {}
3891    prevVaryList = []
3892    foundNames = []
3893    missing = 0
3894    for i,name in enumerate(histNames):
3895        if name not in data:
3896            if missing < 5:
3897                print(" Warning: "+name+" not found")
3898            elif missing == 5:
3899                print ' Warning: more are missing'
3900            missing += 1
3901            continue
3902        foundNames.append(name)
3903        for var,val,sig in zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables'],data[name]['sig']):
3904            svar = striphist(var,'*') # wild-carded
3905            if svar not in combinedVaryList:
3906                # add variables to list as they appear
3907                combinedVaryList.append(svar)
3908                firstValueDict[svar] = (val,sig)
3909        if prevVaryList != data[name]['varyList']: # this refinement has a different refinement list from previous
3910            prevVaryList = data[name]['varyList']
3911            vallookup[name] = dict(zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables']))
3912            posdict[name] = {}
3913            for var in data[name]['varyList']:
3914                svar = striphist(var,'*')
3915                posdict[name][combinedVaryList.index(svar)] = svar
3916            VaryListChanges.append(name)
3917    if missing:
3918        print ' Warning: Total of %d data sets missing from sequential results'%(missing)
3919    if len(VaryListChanges) > 1:
3920        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,True)
3921    else:
3922        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,False)
3923    #-----------------------------------------------------------------------------------
3924    # build up the data table by columns -----------------------------------------------
3925    histNames = foundNames
3926    nRows = len(histNames)
3927    G2frame.colList = [nRows*[True]]
3928    G2frame.colSigs = [None]
3929    colLabels = ['Use']
3930    Types = [wg.GRID_VALUE_BOOL]
3931    # start with Rwp values
3932    if 'IMG ' not in histNames[0][:4]:
3933        G2frame.colList += [[data[name]['Rvals']['Rwp'] for name in histNames]]
3934        G2frame.colSigs += [None]
3935        colLabels += ['Rwp']
3936        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
3937    # add % change in Chi^2 in last cycle
3938    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG '] and Controls.get('ShowCell'):
3939        G2frame.colList += [[100.*data[name]['Rvals'].get('DelChi2',-1) for name in histNames]]
3940        G2frame.colSigs += [None]
3941        colLabels += [u'\u0394\u03C7\u00B2 (%)']
3942        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3943    deltaChiCol = len(colLabels)-1
3944    # add changing sample parameters to table
3945    for key in sampleParms:
3946        G2frame.colList += [sampleParms[key]]
3947        G2frame.colSigs += [None]
3948        colLabels += [key]
3949        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3950    sampleDict = {}
3951    for i,name in enumerate(histNames):
3952        sampleDict[name] = dict(zip(sampleParms.keys(),[sampleParms[key][i] for key in sampleParms.keys()])) 
3953    # add unique cell parameters TODO: review this where the cell symmetry changes (when possible)
3954    if Controls.get('ShowCell',False):
3955        for pId in sorted(RecpCellTerms):
3956            pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3957            cells = []
3958            cellESDs = []
3959            colLabels += [pfx+cellUlbl[i] for i in uniqCellIndx[pId]]
3960            colLabels += [pfx+'Vol']
3961            Types += (1+len(uniqCellIndx[pId]))*[wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3962            for name in histNames:
3963                covData = {
3964                    'varyList': [Dlookup.get(striphist(v),v) for v in data[name]['varyList']],
3965                    'covMatrix': data[name]['covMatrix']
3966                    }
3967                A = RecpCellTerms[pId][:] # make copy of starting A values
3968                # update with refined values
3969                for i in range(6):
3970                    var = str(pId)+'::A'+str(i)
3971                    if var in ESDlookup:
3972                        try:
3973                            val = data[name]['newCellDict'][ESDlookup[var]][1] # get refined value
3974                            A[i] = val # override with updated value
3975                        except KeyError:
3976                            A[i] = None
3977                # apply symmetry
3978                Albls = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3979                cellDict = dict(zip(Albls,A))
3980                if None in A:
3981                    c = 6*[None]
3982                    cE = 6*[None]
3983                    vol = None
3984                else:
3985                    A,zeros = G2stIO.cellFill(pfx,SGdata[pId],cellDict,zeroDict[pId])
3986                    # convert to direct cell & add only unique values to table
3987                    c = G2lat.A2cell(A)
3988                    vol = G2lat.calc_V(A)
3989                    cE = G2stIO.getCellEsd(pfx,SGdata[pId],A,covData)
3990                cells += [[c[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[vol]]
3991                cellESDs += [[cE[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[cE[-1]]]
3992            G2frame.colList += zip(*cells)
3993            G2frame.colSigs += zip(*cellESDs)
3994    # sort out the variables in their selected order
3995    varcols = 0
3996    for d in posdict.itervalues():
3997        varcols = max(varcols,max(d.keys())+1)
3998    # get labels for each column
3999    for i in range(varcols):
4000        lbl = ''
4001        for h in VaryListChanges:
4002            if posdict[h].get(i):
4003                if posdict[h].get(i) in lbl: continue
4004                if lbl != "": lbl += '/'
4005                lbl += posdict[h].get(i)
4006        colLabels.append(lbl)
4007    Types += varcols*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
4008    vals = []
4009    esds = []
4010    varsellist = None        # will be a list of variable names in the order they are selected to appear
4011    # tabulate values for each hist, leaving None for blank columns
4012    for name in histNames:
4013        if name in posdict:
4014            varsellist = [posdict[name].get(i) for i in range(varcols)]
4015            # translate variable names to how they will be used in the headings
4016            vs = [striphist(v,'*') for v in data[name]['varyList']]
4017            # determine the index for each column (or None) in the data[]['variables'] and ['sig'] lists
4018            sellist = [vs.index(v) if v is not None else None for v in varsellist]
4019            #sellist = [i if striphist(v,'*') in varsellist else None for i,v in enumerate(data[name]['varyList'])]
4020        if not varsellist: raise Exception()
4021        vals.append([data[name]['variables'][s] if s is not None else None for s in sellist])
4022        esds.append([data[name]['sig'][s] if s is not None else None for s in sellist])
4023        #GSASIIpath.IPyBreak()
4024    G2frame.colList += zip(*vals)
4025    G2frame.colSigs += zip(*esds)
4026    # compute and add weight fractions to table if varied
4027    for phase in Phases:
4028        var = str(Phases[phase]['pId'])+':*:Scale'
4029        if var not in combinedVaryList: continue
4030        wtFrList = []
4031        sigwtFrList = []
4032        for i,name in enumerate(histNames):
4033            wtFrSum = 0.
4034            for phase1 in Phases:
4035                wtFrSum += Phases[phase1]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase1]['General']['Mass']
4036            var = str(Phases[phase]['pId'])+':'+str(i)+':Scale'
4037            wtFr = Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase]['General']['Mass']/wtFrSum
4038            wtFrList.append(wtFr)
4039            if var in data[name]['varyList']:
4040                sig = data[name]['sig'][data[name]['varyList'].index(var)]*wtFr/Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]
4041            else:
4042                sig = 0.0
4043            sigwtFrList.append(sig)
4044        colLabels.append(str(Phases[phase]['pId'])+':*:WgtFrac')
4045        G2frame.colList += [wtFrList]
4046        G2frame.colSigs += [sigwtFrList]
4047               
4048    # tabulate constrained variables, removing histogram numbers if needed
4049    # from parameter label
4050    depValDict = {}
4051    depSigDict = {}
4052    for name in histNames:
4053        for var in data[name].get('depParmDict',{}):
4054            val,sig = data[name]['depParmDict'][var]
4055            svar = striphist(var,'*')
4056            if svar not in depValDict:
4057               depValDict[svar] = [val]
4058               depSigDict[svar] = [sig]
4059            else:
4060               depValDict[svar].append(val)
4061               depSigDict[svar].append(sig)
4062    # add the dependent constrained variables to the table
4063    for var in sorted(depValDict):
4064        if len(depValDict[var]) != len(histNames): continue
4065        colLabels.append(var)
4066        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
4067        G2frame.colSigs += [depSigDict[var]]
4068        G2frame.colList += [depValDict[var]]
4069
4070    # add atom parameters to table
4071    colLabels += atomLookup.keys()
4072    Types += len(atomLookup)*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
4073    for parm in sorted(atomLookup):
4074        G2frame.colList += [[data[name]['newAtomDict'][atomLookup[parm]][1] for name in histNames]]
4075        if atomLookup[parm] in data[histNames[0]]['varyList']:
4076            col = data[histNames[0]]['varyList'].index(atomLookup[parm])
4077            G2frame.colSigs += [[data[name]['sig'][col] for name in histNames]]
4078        else:
4079            G2frame.colSigs += [None]
4080    # evaluate Pseudovars, their ESDs and add them to grid
4081    for expr in data['SeqPseudoVars']:
4082        obj = data['SeqPseudoVars'][expr]
4083        calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
4084        valList = []
4085        esdList = []
4086        for seqnum,name in enumerate(histNames):
4087            sigs = data[name]['sig']
4088            G2mv.InitVars()
4089            parmDict = data[name].get('parmDict')
4090            constraintInfo = data[name].get('constraintInfo',[[],[],{},[],seqnum])
4091            groups,parmlist,constrDict,fixedList,ihst = constraintInfo
4092            varyList = data[name]['varyList']
4093            parmDict = data[name]['parmDict']
4094            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmDict,SeqHist=ihst)
4095            if 'Dist' in expr:
4096                derivs = G2mth.CalcDistDeriv(obj.distance_dict,obj.distance_atoms, parmDict)
4097                pId = obj.distance_dict['pId']
4098                aId,bId = obj.distance_atoms
4099                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
4100                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId) for ip in ['x','y','z']]
4101                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
4102                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
4103#                GSASIIpath.IPyBreak()
4104            elif 'Angle' in expr:
4105                derivs = G2mth.CalcAngleDeriv(obj.angle_dict,obj.angle_atoms, parmDict)
4106                pId = obj.angle_dict['pId']
4107                aId,bId = obj.angle_atoms
4108                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
4109                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[0]) for ip in ['x','y','z']]
4110                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[1]) for ip in ['x','y','z']]
4111                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
4112                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
4113            else:
4114                derivs = np.array(
4115                    [EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict.copy(),sampleDict[name],var,ESD)
4116                     for var,ESD in zip(varyList,sigs)])
4117                esdList.append(np.sqrt(
4118                    np.inner(derivs,np.inner(data[name]['covMatrix'],derivs.T)) ))
4119            PSvarDict = parmDict.copy()
4120            PSvarDict.update(sampleDict[name])
4121            UpdateParmDict(PSvarDict)
4122            calcobj.UpdateDict(PSvarDict)
4123            valList.append(calcobj.EvalExpression())
4124#            if calcobj.su is not None: esdList[-1] = calcobj.su
4125        if not esdList:
4126            esdList = None
4127        G2frame.colList += [valList]
4128        G2frame.colSigs += [esdList]
4129        colLabels += [expr]
4130        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
4131    #---- table build done -------------------------------------------------------------
4132
4133    # Make dict needed for creating & editing pseudovars (PSvarDict).
4134    name = histNames[0]
4135    parmDict = data[name].get('parmDict',{})
4136    PSvarDict = parmDict.copy()
4137    PSvarDict.update(sampleParms)
4138    UpdateParmDict(PSvarDict)
4139    # Also dicts of variables
4140    # for Parametric fitting from the data table
4141    parmDict = dict(zip(colLabels,zip(*G2frame.colList)[0])) # scratch dict w/all values in table
4142    parmDict.update({var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()}) #  add varied reciprocal cell terms
4143    del parmDict['Use']
4144    name = histNames[0]
4145
4146    #******************************************************************************
4147    # create a set of values for example evaluation of pseudovars and
4148    # this does not work for refinements that have differing numbers of variables.
4149    #raise Exception
4150    VarDict = {}
4151    for i,var in enumerate(colLabels):
4152        if var in ['Use','Rwp',u'\u0394\u03C7\u00B2 (%)']: continue
4153        if G2frame.colList[i][0] is None:
4154            val,sig = firstValueDict.get(var,[None,None])
4155        elif G2frame.colSigs[i]:
4156            val,sig = G2frame.colList[i][0],G2frame.colSigs[i][0]
4157        else:
4158            val,sig = G2frame.colList[i][0],None
4159        if val is None: continue
4160        elif sig is None or sig == 0.:
4161            VarDict[var] = val
4162        elif striphist(var) not in Dlookup:
4163            VarDict[var] = val
4164    # add recip cell coeff. values
4165    VarDict.update({var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()})
4166
4167    G2frame.dataFrame.currentGrids = []
4168    G2frame.dataDisplay = G2G.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
4169    G2frame.SeqTable = G2G.Table(
4170        [list(cl) for cl in zip(*G2frame.colList)],     # convert from columns to rows
4171        colLabels=colLabels,rowLabels=histNames,types=Types)
4172    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.SeqTable, True)
4173    #G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
4174    # make all but first column read-only
4175    for c in range(1,len(colLabels)):
4176        for r in range(nRows):
4177            G2frame.dataDisplay.SetCellReadOnly(r,c)
4178    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK, PlotSelect)
4179    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_RIGHT_CLICK, SetLabelString)
4180    G2frame.dataDisplay.SetRowLabelSize(8*len(histNames[0]))       #pretty arbitrary 8
4181    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
4182    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(True)
4183    if prevSize:
4184        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(prevSize)
4185    else:
4186        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([700,350])
4187    # highlight unconverged shifts
4188    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG ']:
4189        for row,name in enumerate(histNames):
4190            deltaChi = G2frame.SeqTable.GetValue(row,deltaChiCol)
4191            if deltaChi > 10.:
4192                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,0,0))
4193            elif deltaChi > 1.0:
4194                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,255,0))
4195    G2frame.dataDisplay.InstallGridToolTip(GridSetToolTip,GridColLblToolTip)
4196    G2frame.dataDisplay.SendSizeEvent() # resize needed on mac
4197    G2frame.dataDisplay.Refresh() # shows colored text on mac
4198   
4199################################################################################
4200#####  Main PWDR panel
4201################################################################################           
4202       
4203def UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item):
4204    '''Called when the histogram main tree entry is called. Displays the
4205    histogram weight factor, refinement statistics for the histogram
4206    and the range of data for a simulation.
4207
4208    Also invokes a plot of the histogram.
4209    '''
4210    def onEditSimRange(event):
4211        'Edit simulation range'
4212        inp = [
4213            min(data[1][0]),
4214            max(data[1][0]),
4215            None
4216            ]
4217        inp[2] = (inp[1] - inp[0])/(len(data[1][0])-1.)
4218        names = ('start angle', 'end angle', 'step size')
4219        dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
4220            G2frame,[inp] * len(inp), range(len(inp)), names,
4221            header='Edit simulation range',
4222            minvals=(0.001,0.001,0.0001),
4223            maxvals=(180.,180.,.1),
4224            )
4225        dlg.CenterOnParent()
4226        val = dlg.ShowModal()
4227        dlg.Destroy()
4228        if val != wx.ID_OK: return
4229        if inp[0] > inp[1]:
4230            end,start,step = inp
4231        else:               
4232            start,end,step = inp
4233        step = abs(step)
4234        N = int((end-start)/step)+1
4235        newdata = np.linspace(start,end,N,True)
4236        if len(newdata) < 2: return # too small a range - reject
4237        data[1] = [newdata,np.zeros_like(newdata),np.ones_like(newdata),
4238            np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata)]
4239        Tmin = newdata[0]
4240        Tmax = newdata[-1]
4241        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,item,'Limits'),
4242            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
4243        UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item) # redisplay data screen
4244
4245    def OnPlot3DHKL(event):
4246        refList = data[1]['RefList']
4247        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4248        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4249        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int</