source: trunk/GSASIIgrid.py @ 2660

Last change on this file since 2660 was 2660, checked in by vondreele, 5 years ago

fix issues with new pdf creation & fully trap missing elements problem
progress on pdf peak display, selection & limit changes
remove Add from background, dark & container PDF stuff

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 223.1 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIgrid - data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2017-01-25 22:06:39 +0000 (Wed, 25 Jan 2017) $
5# $Author: vondreele $
6# $Revision: 2660 $
7# $URL: trunk/GSASIIgrid.py $
8# $Id: GSASIIgrid.py 2660 2017-01-25 22:06:39Z vondreele $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIgrid: Basic GUI routines*
12--------------------------------
13
14'''
15import wx
16import wx.grid as wg
17#import wx.wizard as wz
18#import wx.aui
19import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
20import time
21import copy
22import sys
23import os
24import random as ran
25import numpy as np
26import scipy.optimize as so
27import GSASIIpath
28GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2660 $")
29import GSASIImath as G2mth
30import GSASIIIO as G2IO
31import GSASIIstrIO as G2stIO
32import GSASIIlattice as G2lat
33import GSASIIplot as G2plt
34import GSASIIpwdGUI as G2pdG
35import GSASIIimgGUI as G2imG
36import GSASIIphsGUI as G2phG
37import GSASIIspc as G2spc
38import GSASIImapvars as G2mv
39import GSASIIconstrGUI as G2cnstG
40import GSASIIrestrGUI as G2restG
41import GSASIIpy3 as G2py3
42import GSASIIobj as G2obj
43import GSASIIexprGUI as G2exG
44import GSASIIlog as log
45import GSASIIctrls as G2G
46
47# trig functions in degrees
48sind = lambda x: np.sin(x*np.pi/180.)
49tand = lambda x: np.tan(x*np.pi/180.)
50cosd = lambda x: np.cos(x*np.pi/180.)
51
52# Define a short name for convenience
53WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
54
55[ wxID_FOURCALC, wxID_FOURSEARCH, wxID_FOURCLEAR, wxID_PEAKSMOVE, wxID_PEAKSCLEAR, 
56    wxID_CHARGEFLIP, wxID_PEAKSUNIQUE, wxID_PEAKSDELETE, wxID_PEAKSDA,
57    wxID_PEAKSDISTVP, wxID_PEAKSVIEWPT, wxID_FINDEQVPEAKS,wxID_SHOWBONDS,wxID_MULTIMCSA,
58    wxID_SINGLEMCSA,wxID_4DCHARGEFLIP,wxID_TRANSFORMSTRUCTURE,
59] = [wx.NewId() for item in range(17)]
60
61[ wxID_PWDRADD, wxID_HKLFADD, wxID_PWDANALYSIS, wxID_PWDCOPY, wxID_PLOTCTRLCOPY, 
62    wxID_DATADELETE,wxID_DATACOPY,wxID_DATACOPYFLAGS,wxID_DATASELCOPY,wxID_DATAUSE,
63] = [wx.NewId() for item in range(10)]
64
65[ wxID_ATOMSEDITADD, wxID_ATOMSEDITINSERT, wxID_ATOMSEDITDELETE, 
66    wxID_ATOMSMODIFY, wxID_ATOMSTRANSFORM, wxID_ATOMSVIEWADD, wxID_ATOMVIEWINSERT,
67    wxID_RELOADDRAWATOMS,wxID_ATOMSDISAGL,wxID_ATOMMOVE,wxID_MAKEMOLECULE,
68    wxID_ASSIGNATMS2RB,wxID_ATOMSPDISAGL, wxID_ISODISP,wxID_ADDHATOM,wxID_UPDATEHATOM,
69    wxID_WAVEVARY,wxID_ATOMSROTATE, wxID_ATOMSDENSITY,
70    wxID_ATOMSSETALL, wxID_ATOMSSETSEL,
71] = [wx.NewId() for item in range(21)]
72
73[ wxID_DRAWATOMSTYLE, wxID_DRAWATOMLABEL, wxID_DRAWATOMCOLOR, wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, 
74    wxID_DRAWVIEWPOINT, wxID_DRAWTRANSFORM, wxID_DRAWDELETE, wxID_DRAWFILLCELL, 
75    wxID_DRAWADDEQUIV, wxID_DRAWFILLCOORD, wxID_DRAWDISAGLTOR,  wxID_DRAWPLANE,
76    wxID_DRAWDISTVP, wxID_DRAWADDSPHERE,wxID_DRWAEDITRADII,
77] = [wx.NewId() for item in range(15)]
78
79[ wxID_DRAWRESTRBOND, wxID_DRAWRESTRANGLE, wxID_DRAWRESTRPLANE, wxID_DRAWRESTRCHIRAL,
80] = [wx.NewId() for item in range(4)]
81
82[ wxID_ADDMCSAATOM,wxID_ADDMCSARB,wxID_CLEARMCSARB,wxID_MOVEMCSA,wxID_MCSACLEARRESULTS,
83] = [wx.NewId() for item in range(5)]
84
85[ wxID_CLEARTEXTURE,wxID_REFINETEXTURE,
86] = [wx.NewId() for item in range(2)]
87
88[ wxID_LOADDIFFAX,wxID_LAYERSIMULATE,wxID_SEQUENCESIMULATE, wxID_LAYERSFIT, wxID_COPYPHASE,
89] = [wx.NewId() for item in range(5)]
90
91[ wxID_PAWLEYLOAD, wxID_PAWLEYESTIMATE, wxID_PAWLEYUPDATE, wxID_PAWLEYSELALL, wxID_PAWLEYSELNONE,
92  wxID_PAWLEYSELTOGGLE, wxID_PAWLEYSET,
93] = [wx.NewId() for item in range(7)]
94
95[ wxID_IMCALIBRATE,wxID_IMRECALIBRATE,wxID_IMINTEGRATE, wxID_IMCLEARCALIB,wxID_IMRECALIBALL, 
96    wxID_IMCOPYCONTROLS, wxID_INTEGRATEALL, wxID_IMSAVECONTROLS, wxID_IMLOADCONTROLS, wxID_IMAUTOINTEG,
97    wxID_IMCOPYSELECTED, wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, wxID_IMXFERCONTROLS,
98] = [wx.NewId() for item in range(13)]
99
100[ wxID_MASKCOPY, wxID_MASKSAVE, wxID_MASKLOAD, wxID_NEWMASKSPOT,wxID_NEWMASKARC,wxID_NEWMASKRING,
101    wxID_NEWMASKFRAME, wxID_NEWMASKPOLY,wxID_MASKLOADNOT,wxID_FINDSPOTS,
102] = [wx.NewId() for item in range(10)]
103
104[ wxID_STRSTACOPY, wxID_STRSTAFIT, wxID_STRSTASAVE, wxID_STRSTALOAD,wxID_STRSTSAMPLE,
105    wxID_APPENDDZERO,wxID_STRSTAALLFIT,wxID_UPDATEDZERO,wxID_STRSTAPLOT,
106] = [wx.NewId() for item in range(9)]
107
108[ wxID_BACKCOPY,wxID_LIMITCOPY, wxID_SAMPLECOPY, wxID_SAMPLECOPYSOME, wxID_BACKFLAGCOPY, wxID_SAMPLEFLAGCOPY,
109    wxID_SAMPLESAVE, wxID_SAMPLELOAD,wxID_ADDEXCLREGION,wxID_SETSCALE,wxID_SAMPLE1VAL,wxID_ALLSAMPLELOAD,
110    wxID_MAKEBACKRDF,
111] = [wx.NewId() for item in range(13)]
112
113[ wxID_INSTPRMRESET,wxID_CHANGEWAVETYPE,wxID_INSTCOPY, wxID_INSTFLAGCOPY, wxID_INSTLOAD,
114    wxID_INSTSAVE, wxID_INST1VAL, wxID_INSTCALIB,wxID_INSTSAVEALL,
115] = [wx.NewId() for item in range(9)]
116
117[ wxID_UNDO,wxID_LSQPEAKFIT,wxID_LSQONECYCLE,wxID_RESETSIGGAM,wxID_CLEARPEAKS,wxID_AUTOSEARCH,
118    wxID_PEAKSCOPY, wxID_SEQPEAKFIT,
119] = [wx.NewId() for item in range(8)]
120
121[  wxID_INDXRELOAD, wxID_INDEXPEAKS, wxID_REFINECELL, wxID_COPYCELL, wxID_MAKENEWPHASE,
122    wxID_EXPORTCELLS,
123] = [wx.NewId() for item in range(6)]
124
125[ wxID_CONSTRAINTADD,wxID_EQUIVADD,wxID_HOLDADD,wxID_FUNCTADD,wxID_ADDRIDING,
126  wxID_CONSPHASE, wxID_CONSHIST, wxID_CONSHAP, wxID_CONSGLOBAL,wxID_EQUIVALANCEATOMS,
127] = [wx.NewId() for item in range(10)]
128
129[ wxID_RESTRAINTADD, wxID_RESTSELPHASE,wxID_RESTDELETE, wxID_RESRCHANGEVAL, 
130    wxID_RESTCHANGEESD,wxID_AARESTRAINTADD,wxID_AARESTRAINTPLOT,
131] = [wx.NewId() for item in range(7)]
132
133[ wxID_RIGIDBODYADD,wxID_DRAWDEFINERB,wxID_RIGIDBODYIMPORT,wxID_RESIDUETORSSEQ,
134    wxID_AUTOFINDRESRB,wxID_GLOBALRESREFINE,wxID_RBREMOVEALL,wxID_COPYRBPARMS,
135    wxID_GLOBALTHERM,wxID_VECTORBODYADD
136] = [wx.NewId() for item in range(10)]
137
138[ wxID_RENAMESEQSEL,wxID_SAVESEQSEL,wxID_SAVESEQSELCSV,wxID_SAVESEQCSV,wxID_PLOTSEQSEL,
139  wxID_ORGSEQSEL,wxADDSEQVAR,wxDELSEQVAR,wxEDITSEQVAR,wxCOPYPARFIT,wxID_AVESEQSEL,
140  wxADDPARFIT,wxDELPARFIT,wxEDITPARFIT,wxDOPARFIT,wxADDSEQDIST,wxADDSEQANGLE
141] = [wx.NewId() for item in range(17)]
142
143[ wxID_MODELCOPY,wxID_MODELFIT,wxID_MODELADD,wxID_ELEMENTADD,wxID_ELEMENTDELETE,
144    wxID_ADDSUBSTANCE,wxID_LOADSUBSTANCE,wxID_DELETESUBSTANCE,wxID_COPYSUBSTANCE,
145    wxID_MODELUNDO,wxID_MODELFITALL,wxID_MODELCOPYFLAGS,
146] = [wx.NewId() for item in range(12)]
147
148[ wxID_SELECTPHASE,wxID_PWDHKLPLOT,wxID_PWD3DHKLPLOT,wxID_3DALLHKLPLOT,wxID_MERGEHKL,
149] = [wx.NewId() for item in range(5)]
150
151[ wxID_PDFCOPYCONTROLS, wxID_PDFSAVECONTROLS, wxID_PDFLOADCONTROLS, wxID_PDFCOMPUTE, wxID_PDFCOMPUTEALL, 
152    wxID_PDFADDELEMENT, wxID_PDFDELELEMENT, wxID_PDFPKSFIT,wxID_PDFPKSFITALL,wxID_PDFCOPYPEAKS,
153] = [wx.NewId() for item in range(10)]
154
155[ wxID_MCRON,wxID_MCRLIST,wxID_MCRSAVE,wxID_MCRPLAY,
156] = [wx.NewId() for item in range(4)]
157
158VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
159
160commonTrans = {'abc':np.eye(3),'a-cb':np.array([[1,0,0],[0,0,-1],[0,1,0]]),
161    'ba-c':np.array([[0,1,0],[1,0,0],[0,0,-1]]),'-cba':np.array([[0,0,-1],[0,1,0],[1,0,0]]),
162    'bca':np.array([[0,1,0],[0,0,1],[1,0,0]]),'cab':np.array([[0,0,1],[1,0,0],[0,1,0]]),
163    'P->R':np.array([[1,-1,0],[0,1,-1],[1,1,1]]),'R->P':np.array([[2./3,1./3,1./3],[-1./3,1./3,1./3],[-1./3,-2./3,1./3]]),
164    'P->A':np.array([[-1,0,0],[0,-1,1],[0,1,1]]),'R->O':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]),
165    'P->B':np.array([[-1,0,1],[0,-1,0],[1,0,1]]),'B->P':np.array([[-.5,0,.5],[0,-1,0],[.5,0,.5]]),
166    'P->C':np.array([[1,1,0],[1,-1,0],[0,0,-1]]),'C->P':np.array([[.5,.5,0],[.5,-.5,0],[0,0,-1]]),
167    'P->F':np.array([[-1,1,1],[1,-1,1],[1,1,-1]]),'F->P':np.array([[0,.5,.5],[.5,0,.5],[.5,.5,0]]),   
168    'P->I':np.array([[0,1,1],[1,0,1],[1,1,0]]),'I->P':np.array([[-.5,.5,.5],[.5,-.5,.5],[.5,.5,-.5]]),   
169    'A->P':np.array([[-1,0,0],[0,-.5,.5],[0,.5,.5]]),'O->R':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]), 
170    'abc*':np.eye(3), }
171commonNames = ['abc','bca','cab','a-cb','ba-c','-cba','P->A','A->P','P->B','B->P','P->C','C->P',
172    'P->I','I->P','P->F','F->P','P->R','R->P','R->O','O->R','abc*',]
173
174# Should SGMessageBox, SymOpDialog, DisAglDialog be moved?
175
176################################################################################
177#### GSAS-II class definitions
178################################################################################
179
180class SGMessageBox(wx.Dialog):
181    ''' Special version of MessageBox that displays space group & super space group text
182    in two blocks
183    '''
184    def __init__(self,parent,title,text,table,):
185        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
186            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
187        self.text = text
188        self.table = table
189        self.panel = wx.Panel(self)
190        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
191        mainSizer.Add((0,10))
192        for line in text:
193            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
194        ncol = self.table[0].count(',')+1
195        tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
196        for j,item in enumerate(self.table):
197            num,flds = item.split(')')
198            tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s  '%(num+')')),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
199            flds = flds.replace(' ','').split(',')
200            for i,fld in enumerate(flds):
201                if i < ncol-1:
202                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
203                else:
204                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s'%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
205            if not j%2:
206                tableSizer.Add((20,0))
207        mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_LEFT)
208        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
209        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
210        OKbtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
211        OKbtn.SetDefault()
212        btnsizer.AddButton(OKbtn)
213        btnsizer.Realize()
214        mainSizer.Add((0,10))
215        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
216        self.panel.SetSizer(mainSizer)
217        self.panel.Fit()
218        self.Fit()
219        size = self.GetSize()
220        self.SetSize([size[0]+20,size[1]])
221
222    def Show(self):
223        '''Use this method after creating the dialog to post it
224        '''
225        self.ShowModal()
226        return
227
228    def OnOk(self,event):
229        parent = self.GetParent()
230        parent.Raise()
231        self.EndModal(wx.ID_OK)
232
233class SGMagSpinBox(wx.Dialog):
234    ''' Special version of MessageBox that displays magnetic spin text
235    '''
236    def __init__(self,parent,title,text,table,names,spins,):
237        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
238            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER,size=wx.Size(420,350))
239        self.text = text
240        self.table = table
241        self.names = names
242        self.spins = spins
243        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)
244        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
245        mainSizer.Add((0,10))
246        first = text[0].split(':')[-1].strip()
247        cents = [0,]
248        if 'P' != first[0]:
249            cents = text[-1].split(';')
250        for line in text:
251            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
252        ncol = self.table[0].count(',')+2
253        for ic,cent in enumerate(cents):
254            if cent:
255                cent = cent.strip(' (').strip(')+\n') 
256                mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' for (%s)+'%(cent)),0,WACV)
257            tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
258            for j,item in enumerate(self.table):
259                flds = item.split(')')[1]
260                tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  (%2d)  '%(j+1)),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
261                flds = flds.replace(' ','').split(',')
262                for i,fld in enumerate(flds):
263                    if i < ncol-1:
264                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld))
265                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
266                    else:
267                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s '%(fld))
268                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
269                text = wx.StaticText(self.panel,label=' (%s) '%(self.names[j]))
270                if self.spins[j+ic*len(self.table)] < 0:
271                    text.SetForegroundColour('Red')
272                tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
273                if not j%2:
274                    tableSizer.Add((20,0))
275            mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
276           
277        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
278        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
279        OKbtn.SetDefault()
280        btnsizer.AddButton(OKbtn)
281        btnsizer.Realize()
282        mainSizer.Add((0,10))
283        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
284        self.panel.SetSizer(mainSizer)
285        size = np.array(self.GetSize())
286        self.panel.SetupScrolling()
287        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
288        self.panel.SetSize(size)
289        self.panel.SetAutoLayout(1)
290
291    def Show(self):
292        '''Use this method after creating the dialog to post it
293        '''
294        self.ShowModal()
295        return   
296
297################################################################################
298class SymOpDialog(wx.Dialog):
299    '''Class to select a symmetry operator
300    '''
301    def __init__(self,parent,SGData,New=True,ForceUnit=False):
302        wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,'Select symmetry operator',
303            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
304        panel = wx.Panel(self)
305        self.SGData = SGData
306        self.New = New
307        self.Force = ForceUnit
308        self.OpSelected = [0,0,0,[0,0,0],False,False]
309        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
310        if ForceUnit:
311            choice = ['No','Yes']
312            self.force = wx.RadioBox(panel,-1,'Force to unit cell?',choices=choice)
313            self.force.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
314            mainSizer.Add(self.force,0,WACV|wx.TOP,5)
315#        if SGData['SGInv']:
316        choice = ['No','Yes']
317        self.inv = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose inversion?',choices=choice)
318        self.inv.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
319        mainSizer.Add(self.inv,0,WACV)
320        if SGData['SGLatt'] != 'P':
321            LattOp = G2spc.Latt2text(SGData['SGLatt']).split(';')
322            self.latt = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose cell centering?',choices=LattOp)
323            self.latt.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
324            mainSizer.Add(self.latt,0,WACV)
325        if SGData['SGLaue'] in ['-1','2/m','mmm','4/m','4/mmm']:
326            Ncol = 2
327        else:
328            Ncol = 3
329        OpList = []
330        for Opr in SGData['SGOps']:
331            OpList.append(G2spc.MT2text(Opr))
332        self.oprs = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose space group operator?',choices=OpList,
333            majorDimension=Ncol)
334        self.oprs.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
335        mainSizer.Add(self.oprs,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
336        mainSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,"   Choose unit cell?"),0,WACV)
337        cellSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
338        cellName = ['X','Y','Z']
339        self.cell = []
340        for i in range(3):
341            self.cell.append(wx.SpinCtrl(panel,-1,cellName[i],size=wx.Size(50,20)))
342            self.cell[-1].SetRange(-3,3)
343            self.cell[-1].SetValue(0)
344            self.cell[-1].Bind(wx.EVT_SPINCTRL, self.OnOpSelect)
345            cellSizer.Add(self.cell[-1],0,WACV)
346        mainSizer.Add(cellSizer,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
347        if self.New:
348            choice = ['No','Yes']
349            self.new = wx.RadioBox(panel,-1,'Generate new positions?',choices=choice)
350            self.new.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
351            mainSizer.Add(self.new,0,WACV)
352
353        OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
354        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
355        cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
356        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
357        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
358        btnSizer.Add((20,20),1)
359        btnSizer.Add(OkBtn)
360        btnSizer.Add((20,20),1)
361        btnSizer.Add(cancelBtn)
362        btnSizer.Add((20,20),1)
363
364        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
365        panel.SetSizer(mainSizer)
366        panel.Fit()
367        self.Fit()
368
369    def OnOpSelect(self,event):
370#        if self.SGData['SGInv']:
371        self.OpSelected[0] = self.inv.GetSelection()
372        if self.SGData['SGLatt'] != 'P':
373            self.OpSelected[1] = self.latt.GetSelection()
374        self.OpSelected[2] = self.oprs.GetSelection()
375        for i in range(3):
376            self.OpSelected[3][i] = float(self.cell[i].GetValue())
377        if self.New:
378            self.OpSelected[4] = self.new.GetSelection()
379        if self.Force:
380            self.OpSelected[5] = self.force.GetSelection()
381
382    def GetSelection(self):
383        return self.OpSelected
384
385    def OnOk(self,event):
386        parent = self.GetParent()
387        parent.Raise()
388        self.EndModal(wx.ID_OK)
389
390    def OnCancel(self,event):
391        parent = self.GetParent()
392        parent.Raise()
393        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
394       
395################################################################################
396class SphereEnclosure(wx.Dialog):
397    ''' Add atoms within sphere of enclosure to drawing
398   
399    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
400    :param general: general data (includes drawing data)
401    :param atoms: drawing atoms data
402    :param indx: list of selected atoms (may be empty)
403   
404    '''
405    def __init__(self,parent,general,drawing,indx):
406        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
407            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
408        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
409        self.General = general
410        self.Drawing = drawing
411        self.indx = indx
412        self.Sphere = 1.0
413        self.centers = []
414        self.atomTypes = [[item,True] for item in self.General['AtomTypes']]
415       
416        self.Draw()
417       
418    def Draw(self):
419       
420        def OnRadius(event):
421            event.Skip()
422            try:
423                val = float(radius.GetValue())
424                if val < 0.5:
425                    raise ValueError
426                self.Sphere = val
427            except ValueError:
428                pass
429            radius.SetValue('%.3f'%(self.Sphere))
430           
431        def OnAtomType(event):
432            Obj = event.GetEventObject()
433            id = Ind[Obj.GetId()]
434            self.atomTypes[id][1] = Obj.GetValue()
435       
436        self.panel.Destroy()
437        self.panel = wx.Panel(self)
438        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
439        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere of enclosure controls:'),0,WACV)
440        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
441        atoms = []
442        if len(self.indx):
443            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at atoms: '),0,WACV)
444            cx,ct,cs = self.Drawing['atomPtrs'][:3]
445#            print self.Drawing.keys()
446            for id in self.indx:
447                atom = self.Drawing['Atoms'][id]
448                self.centers.append(atom[cx:cx+3])
449                atoms.append('%s(%s)'%(atom[ct-1],atom[cs-1]))
450            topSizer.Add(wx.ComboBox(self.panel,choices=atoms,value=atoms[0],
451                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN),0,WACV)
452        else:
453            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at drawing view point'),0,WACV)
454            self.centers.append(self.Drawing['viewPoint'][0])
455        mainSizer.Add(topSizer,0,WACV)
456        sphereSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
457        sphereSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere radius: '),0,WACV)
458        radius = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f'%(self.Sphere),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
459        radius.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRadius)
460        radius.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRadius)
461        sphereSizer.Add(radius,0,WACV)
462        mainSizer.Add(sphereSizer,0,WACV)
463        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target selected atoms:'),0,WACV)
464        atSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
465        Ind = {}
466        for i,item in enumerate(self.atomTypes):
467            atm = wx.CheckBox(self.panel,label=item[0])
468            atm.SetValue(item[1])
469            atm.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnAtomType)
470            Ind[atm.GetId()] = i
471            atSizer.Add(atm,0,WACV)
472        mainSizer.Add(atSizer,0,WACV)
473       
474        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
475        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
476        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
477        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
478        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
479        btnSizer.Add((20,20),1)
480        btnSizer.Add(OkBtn)
481        btnSizer.Add((20,20),1)
482        btnSizer.Add(cancelBtn)
483        btnSizer.Add((20,20),1)
484       
485        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
486        self.panel.SetSizer(mainSizer)
487        self.panel.Fit()
488        self.Fit()
489       
490    def GetSelection(self):
491        used = []
492        for atm in self.atomTypes:
493            if atm[1]:
494                used.append(str(atm[0]))
495        return self.centers,self.Sphere,used
496
497    def OnOk(self,event):
498        parent = self.GetParent()
499        parent.Raise()
500        self.EndModal(wx.ID_OK)
501
502    def OnCancel(self,event):
503        parent = self.GetParent()
504        parent.Raise()
505        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
506       
507################################################################################
508class TransformDialog(wx.Dialog):
509    ''' Phase transformation
510   
511    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
512    :param phase: phase data
513   
514    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file
515    '''
516    def __init__(self,parent,phase):
517        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
518            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
519        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
520        self.Phase = copy.deepcopy(phase)   #will be a new phase!
521#        self.Super = phase['General']['Super']
522#        if self.Super:
523#            self.Trans = np.eye(4)
524#            self.Vec = np.zeros(4)
525#        else:
526        self.Trans = np.eye(3)
527        self.Vec = np.zeros(3)
528        self.oldSpGrp = phase['General']['SGData']['SpGrp']
529        self.oldSGdata = phase['General']['SGData']
530        self.newSpGrp = self.Phase['General']['SGData']['SpGrp']
531        self.oldCell = phase['General']['Cell'][1:8]
532        self.newCell = self.Phase['General']['Cell'][1:8]
533        self.Common = 'abc'
534        self.ifMag = False
535        self.ifConstr = True
536        self.Draw()
537
538    def Draw(self):
539               
540        def OnMatValue(event):
541            event.Skip()
542            Obj = event.GetEventObject()
543            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
544            val = Obj.GetValue()
545            try:
546                if '/' in val:
547                    vals = val.split('/')
548                    self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
549                else:   
550                    self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
551            except ValueError:
552                pass
553            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
554           
555        def OnVecValue(event):
556            event.Skip()
557            Obj = event.GetEventObject()
558            iy = Ind[Obj.GetId()]
559            val = Obj.GetValue()
560            try:
561                if '/' in val:
562                    vals = val.split('/')
563                    self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
564                else:   
565                    self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
566            except ValueError:
567                pass
568            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
569               
570        def OnCommon(event):
571            Obj = event.GetEventObject()
572            self.Common = Obj.GetValue()
573            if '*' in self.Common:
574                A,B = G2lat.cell2AB(self.oldCell[:6])
575                self.newCell[2:5] = [A[2,2],90.,90.]
576                a,b = G2lat.cell2AB(self.newCell[:6])
577                self.Trans = np.inner(a.T,B)    #correct!
578                self.newSpGrp = 'P 1'
579                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(self.newSpGrp)
580                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
581            else:
582                self.Trans = commonTrans[self.Common]
583            OnTest(event)
584       
585        def OnSpaceGroup(event):
586            event.Skip()
587            Flds = SGTxt.GetValue().split()
588            Flds[0] = Flds[0].upper()
589            #get rid of extra spaces between fields first
590            for fld in Flds: fld = fld.strip()
591            SpcGp = ' '.join(Flds)
592            if SpcGp == self.newSpGrp: #didn't change it!
593                return
594            # try a lookup on the user-supplied name
595            SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpcGp)
596            if SpGrpNorm:
597                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
598            else:
599                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpcGp)
600            if SGErr:
601                text = [G2spc.SGErrors(SGErr)+'\nSpace Group set to previous']
602                SGTxt.SetValue(self.newSpGrp)
603                msg = 'Space Group Error'
604                Style = wx.ICON_EXCLAMATION
605                Text = '\n'.join(text)
606                wx.MessageBox(Text,caption=msg,style=Style)
607            else:
608                text,table = G2spc.SGPrint(SGData)
609                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
610                self.newSpGrp = SpcGp
611                SGTxt.SetValue(self.Phase['General']['SGData']['SpGrp'])
612                msg = 'Space Group Information'
613                SGMessageBox(self.panel,msg,text,table).Show()
614            if self.Phase['General']['Type'] == 'magnetic':
615                Nops = len(SGData['SGOps'])*len(SGData['SGCen'])
616                if SGData['SGInv']:
617                    Nops *= 2
618                SGData['SpnFlp'] = Nops*[1,]
619#            if self.Phase['General']['Type'] in ['modulated',]:
620#                self.Phase['General']['SuperSg'] = SetDefaultSSsymbol()
621#                self.Phase['General']['SSGData'] = G2spc.SSpcGroup(generalData['SGData'],generalData['SuperSg'])[1]
622
623        def OnTest(event):
624            self.newCell = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)
625            wx.CallAfter(self.Draw)
626           
627        def OnMag(event):
628            self.ifMag = mag.GetValue()
629           
630        def OnConstr(event):
631            self.ifConstr = constr.GetValue()
632
633        self.panel.Destroy()
634        self.panel = wx.Panel(self)
635        Ind = {}
636        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
637        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
638        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
639        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix & vector: M*X+V = X'"))
640#        if self.Super:
641#            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
642#        else:
643        commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
644        commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
645        common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames,
646            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
647        common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
648        commonSizer.Add(common,0,WACV)
649        transSizer.Add(commonSizer)
650        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
651        for iy,line in enumerate(self.Trans):
652            for ix,val in enumerate(line):
653                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
654                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
655                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
656                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
657                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
658                Trmat.Add(item)
659            Trmat.Add((25,0),0)
660            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
661                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
662            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
663            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
664            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
665            Trmat.Add(vec)
666        transSizer.Add(Trmat)
667        MatSizer.Add((10,0),0)
668        MatSizer.Add(transSizer)
669        mainSizer.Add(MatSizer)
670        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Old lattice parameters:'),0,WACV)
671        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
672            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.oldCell[0],self.oldCell[1],self.oldCell[2])),0,WACV)
673        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
674            (self.oldCell[3],self.oldCell[4],self.oldCell[5])),0,WACV)
675        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.oldCell[6])),0,WACV)
676        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' New lattice parameters:'),0,WACV)
677        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
678            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.newCell[0],self.newCell[1],self.newCell[2])),0,WACV)
679        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
680            (self.newCell[3],self.newCell[4],self.newCell[5])),0,WACV)
681        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.newCell[6])),0,WACV)
682        sgSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
683        sgSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  Space group: '),0,WACV)
684        SGTxt = wx.TextCtrl(self.panel,value=self.newSpGrp,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
685        SGTxt.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnSpaceGroup)
686        SGTxt.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnSpaceGroup)
687        sgSizer.Add(SGTxt,0,WACV)
688        mainSizer.Add(sgSizer,0,WACV)
689        if 'magnetic' not in self.Phase['General']['Type']:
690            mag = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make new phase magnetic?')
691            mag.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnMag)
692            mainSizer.Add(mag,0,WACV)
693            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
694                label=' NB: Nonmagnetic atoms will be deleted from new phase'),0,WACV)
695            constr = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make constraints between phases?')
696            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
697                label=' Constraints not correct for non-diagonal transforms'),0,WACV)
698            constr.SetValue(self.ifConstr)
699            constr.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnConstr)
700            mainSizer.Add(constr,0,WACV)
701
702        TestBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Test")
703        TestBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, OnTest)
704        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
705        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
706        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
707        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
708        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
709        btnSizer.Add((20,20),1)
710        btnSizer.Add(TestBtn)
711        btnSizer.Add((20,20),1)
712        btnSizer.Add(OkBtn)
713        btnSizer.Add((20,20),1)
714        btnSizer.Add(cancelBtn)
715        btnSizer.Add((20,20),1)
716       
717        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
718        self.panel.SetSizer(mainSizer)
719        self.panel.Fit()
720        self.Fit()
721       
722    def GetSelection(self):
723        if self.ifMag:
724            self.Phase['General']['Name'] += ' mag'
725        else:
726            self.Phase['General']['Name'] += ' %s'%(self.Common)
727        self.Phase['General']['Cell'][1:] = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)           
728        return self.Phase,self.Trans,self.Vec,self.ifMag,self.ifConstr
729
730    def OnOk(self,event):
731        parent = self.GetParent()
732        parent.Raise()
733        self.EndModal(wx.ID_OK)
734
735    def OnCancel(self,event):
736        parent = self.GetParent()
737        parent.Raise()
738        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
739################################################################################
740class UseMagAtomDialog(wx.Dialog):
741    '''Get user selected magnetic atoms after cell transformation
742    '''
743    def __init__(self,parent,Atoms,atCodes):
744        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Magnetic atom selection', 
745            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
746        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
747        self.Atoms = Atoms
748        self.atCodes = atCodes
749        self.Use = len(self.Atoms)*[True,]
750        self.Draw()
751       
752    def Draw(self):
753       
754        def OnUseChk(event):
755            Obj = event.GetEventObject()
756            iuse = Indx[Obj.GetId()]
757            self.Use[iuse] = not self.Use[iuse]
758            Obj.SetValue(self.Use[iuse])
759       
760        self.panel.Destroy()
761        self.panel = wx.Panel(self)
762        Indx = {}
763        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
764       
765        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Name, x, y, z:'),0,WACV)
766        atmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
767        for iuse,[use,atom] in enumerate(zip(self.Use,self.Atoms)):
768            useChk = wx.CheckBox(self.panel,label='Use?')
769            Indx[useChk.GetId()] = iuse
770            useChk.SetValue(use)
771            useChk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnUseChk)
772            atmSizer.Add(useChk,0,WACV)
773            text = ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%(atom[0],atom[3],atom[4],atom[5])
774            atmSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=text),0,WACV)
775        mainSizer.Add(atmSizer)
776       
777        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
778        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
779        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Use All")
780        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
781        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
782        btnSizer.Add((20,20),1)
783        btnSizer.Add(OkBtn)
784        btnSizer.Add((20,20),1)
785        btnSizer.Add(cancelBtn)
786        btnSizer.Add((20,20),1)
787       
788        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
789        self.panel.SetSizer(mainSizer)
790        self.panel.Fit()
791        self.Fit()
792       
793    def GetSelection(self):
794        useAtoms = []
795        useatCodes = []
796        for use,atom,code in zip(self.Use,self.Atoms,self.atCodes):
797            if use:
798                useAtoms.append(atom)
799                useatCodes.append(code)
800        return useAtoms,useatCodes
801
802    def OnOk(self,event):
803        parent = self.GetParent()
804        parent.Raise()
805        self.EndModal(wx.ID_OK)
806
807    def OnCancel(self,event):
808        parent = self.GetParent()
809        parent.Raise()
810        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
811           
812               
813################################################################################
814class RotationDialog(wx.Dialog):
815    ''' Get Rotate & translate matrix & vector - currently not used
816    needs rethinking - possible use to rotate a group of atoms about some
817    vector/origin + translation
818   
819    '''
820    def __init__(self,parent):
821        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Atom group rotation/translation', 
822            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
823        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
824        self.Trans = np.eye(3)
825        self.Vec = np.zeros(3)
826        self.rotAngle = 0.
827        self.rotVec = np.array([0.,0.,1.])
828        self.Expand = ''
829        self.Draw()
830
831    def Draw(self):
832
833        def OnMatValue(event):
834            event.Skip()
835            Obj = event.GetEventObject()
836            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
837            val = Obj.GetValue()
838            if '/' in val:
839                vals = val.split('/')
840                self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
841            else:   
842                self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
843            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
844           
845           
846        def OnVecValue(event):
847            event.Skip()
848            Obj = event.GetEventObject()
849            iy = Ind[Obj.GetId()]
850            val = Obj.GetValue()
851            if '/' in val:
852                vals = val.split('/')
853                self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
854            else:   
855                self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
856            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
857           
858        def OnExpand(event):
859            self.Expand = expand.GetValue()
860           
861        def OnRotAngle(event):
862            event.Skip()
863            self.rotAngle = float(rotangle.GetValue())
864            rotangle.SetValue('%5.3f'%(self.rotAngle))
865            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
866            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
867            self.Draw()
868           
869        def OnRotVec(event):
870            event.Skip()
871            vals = rotvec.GetValue()
872            vals = vals.split()
873            self.rotVec = np.array([float(val) for val in vals])
874            rotvec.SetValue('%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]))
875            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
876            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
877            self.Draw()
878           
879        self.panel.Destroy()
880        self.panel = wx.Panel(self)
881        Ind = {}
882        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
883        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
884        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
885        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix && vector: "+ \
886            "\n B*M*A*(X-V)+V = X'\n A,B: Cartesian transformation matrices"))
887        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
888        for iy,line in enumerate(self.Trans):
889            for ix,val in enumerate(line):
890                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
891                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
892                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
893                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
894                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
895                Trmat.Add(item)
896            Trmat.Add((25,0),0)
897            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
898                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
899            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
900            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
901            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
902            Trmat.Add(vec)
903        transSizer.Add(Trmat)
904        MatSizer.Add((10,0),0)
905        MatSizer.Add(transSizer)
906        mainSizer.Add(MatSizer)
907        rotationBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
908        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Rotation angle: '),0,WACV)
909        rotangle = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.rotAngle),
910            size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
911        rotangle.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotAngle)
912        rotangle.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotAngle)
913        rotationBox.Add(rotangle,0,WACV)
914        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' about vector: '),0,WACV)
915        rotvec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]),
916            size=(100,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
917        rotvec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotVec)
918        rotvec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotVec)
919        rotationBox.Add(rotvec,0,WACV)
920        mainSizer.Add(rotationBox,0,WACV)
921        expandChoice = ['','xy','xz','yz','xyz']
922        expandBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
923        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Expand -1 to +1 on: '),0,WACV)
924        expand = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Expand,choices=expandChoice,
925            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
926        expand.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnExpand)
927        expandBox.Add(expand,0,WACV)
928        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' and find unique atoms '),0,WACV)       
929        mainSizer.Add(expandBox)
930               
931        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
932        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
933        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
934        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
935        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
936        btnSizer.Add((20,20),1)
937        btnSizer.Add(OkBtn)
938        btnSizer.Add((20,20),1)
939        btnSizer.Add(cancelBtn)
940        btnSizer.Add((20,20),1)
941       
942        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
943        self.panel.SetSizer(mainSizer)
944        self.panel.Fit()
945        self.Fit()
946
947    def GetSelection(self):
948        return self.Trans,self.Vec,self.Expand
949
950    def OnOk(self,event):
951        parent = self.GetParent()
952        parent.Raise()
953        self.EndModal(wx.ID_OK)
954
955    def OnCancel(self,event):
956        parent = self.GetParent()
957        parent.Raise()
958        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)   
959       
960################################################################################
961class DIFFaXcontrols(wx.Dialog):
962    ''' Solicit items needed to prepare DIFFaX control.dif file
963    '''
964    def __init__(self,parent,ctrls,parms=None):
965        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'DIFFaX controls', 
966            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
967        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
968        self.ctrls = ctrls
969        self.calcType = 'powder pattern'
970        self.plane = 'h0l'
971        self.planeChoice = ['h0l','0kl','hhl','h-hl',]
972        self.lmax = '2'
973        self.lmaxChoice = [str(i+1) for i in range(6)]
974        self.Parms = parms
975        self.Parm = None
976        if self.Parms != None:
977            self.Parm = self.Parms[0]
978        self.parmRange = [0.,1.]
979        self.parmStep = 2
980        self.Inst = 'Gaussian'
981        self.Draw()
982       
983    def Draw(self):
984       
985        def OnCalcType(event):
986            self.calcType = calcType.GetValue()
987            wx.CallAfter(self.Draw)
988           
989        def OnPlane(event):
990            self.plane = plane.GetValue()
991           
992        def OnMaxL(event):
993            self.lmax = lmax.GetValue()
994           
995        def OnParmSel(event):
996            self.Parm = parmsel.GetValue()
997           
998        def OnNumStep(event):
999            self.parmStep = int(numStep.GetValue())
1000           
1001        def OnParmRange(event):
1002            event.Skip()
1003            vals = parmrange.GetValue().split()
1004            try:
1005                vals = [float(vals[0]),float(vals[1])]
1006            except ValueError:
1007                vals = self.parmRange
1008            parmrange.SetValue('%.3f %.3f'%(vals[0],vals[1]))
1009            self.parmRange = vals
1010           
1011        def OnInstSel(event):
1012            self.Inst = instsel.GetValue()
1013       
1014        self.panel.Destroy()
1015        self.panel = wx.Panel(self)
1016        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1017        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Controls for DIFFaX'),0,WACV)
1018        if self.Parms:
1019            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sequential powder pattern simulation'),0,WACV)
1020        else:
1021            calcChoice = ['powder pattern','selected area']
1022            calcSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1023            calcSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select calculation type: '),0,WACV)
1024            calcType = wx.ComboBox(self.panel,value=self.calcType,choices=calcChoice,
1025                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1026            calcType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCalcType)
1027            calcSizer.Add(calcType,0,WACV)
1028            mainSizer.Add(calcSizer)
1029        if self.Parms:
1030            parmSel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1031            parmSel.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select parameter to vary: '),0,WACV)
1032            parmsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Parm,choices=self.Parms,
1033                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1034            parmsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnParmSel)
1035            parmSel.Add(parmsel,0,WACV)
1036            mainSizer.Add(parmSel)
1037            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Enter parameter range & no. steps: '),0,WACV)
1038            parmRange =  wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1039            numChoice = [str(i+1) for i in range(10)]
1040            parmrange = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f %.3f'%(self.parmRange[0],self.parmRange[1]),
1041                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1042            parmrange.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnParmRange)
1043            parmrange.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnParmRange)
1044            parmRange.Add(parmrange,0,WACV)
1045            numStep = wx.ComboBox(self.panel,value=str(self.parmStep),choices=numChoice,
1046                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1047            numStep.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnNumStep)
1048            parmRange.Add(numStep,0,WACV)
1049            mainSizer.Add(parmRange)           
1050        if 'selected' in self.calcType:
1051            planeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1052            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select plane: '),0,WACV)
1053            plane = wx.ComboBox(self.panel,value=self.plane,choices=self.planeChoice,
1054                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1055            plane.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPlane)
1056            planeSizer.Add(plane,0,WACV)
1057            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Max. l index: '),0,WACV)
1058            lmax = wx.ComboBox(self.panel,value=self.lmax,choices=self.lmaxChoice,
1059                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1060            lmax.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaxL)
1061            planeSizer.Add(lmax,0,WACV)           
1062            mainSizer.Add(planeSizer)
1063        else:
1064            instChoice = ['None','Mean Gaussian','Gaussian',]
1065            instSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1066            instSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select instrument broadening: '),0,WACV)
1067            instsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Inst,choices=instChoice,
1068                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1069            instsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnInstSel)
1070            instSizer.Add(instsel,0,WACV)
1071            mainSizer.Add(instSizer)
1072        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1073        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1074        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1075        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1076        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1077        btnSizer.Add((20,20),1)
1078        btnSizer.Add(OkBtn)
1079        btnSizer.Add((20,20),1)
1080        btnSizer.Add(cancelBtn)
1081        btnSizer.Add((20,20),1)
1082       
1083        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1084        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1085        self.panel.Fit()
1086        self.Fit()
1087       
1088    def GetSelection(self):
1089        if 'powder' in self.calcType:
1090            return 'PWDR',self.Inst,self.Parm,self.parmRange,self.parmStep
1091        elif 'selected' in self.calcType:
1092            return 'SADP',self.plane,self.lmax
1093
1094    def OnOk(self,event):
1095        parent = self.GetParent()
1096        parent.Raise()
1097        self.EndModal(wx.ID_OK)
1098
1099    def OnCancel(self,event):
1100        parent = self.GetParent()
1101        parent.Raise()
1102        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1103           
1104       
1105################################################################################
1106class MergeDialog(wx.Dialog):
1107    ''' HKL transformation & merge dialog
1108   
1109    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1110    :param data: HKLF data
1111   
1112    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file     
1113    '''       
1114    def __init__(self,parent,data):
1115        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup HKLF merge', 
1116            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1117        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1118        self.data = data
1119        self.Super = data[1]['Super']
1120        if self.Super:
1121            self.Trans = np.eye(4)
1122        else:
1123            self.Trans = np.eye(3)
1124        self.Cent = 'noncentrosymmetric'
1125        self.Laue = '1'
1126        self.Class = 'triclinic'
1127        self.Common = 'abc'
1128        self.Draw()
1129       
1130    def Draw(self):
1131               
1132        def OnMatValue(event):
1133            event.Skip()
1134            Obj = event.GetEventObject()
1135            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
1136            self.Trans[ix,iy] = float(Obj.GetValue())
1137               
1138        def OnCent(event):
1139            Obj = event.GetEventObject()
1140            self.Cent = Obj.GetValue()
1141            self.Laue = ''
1142            wx.CallAfter(self.Draw)
1143           
1144        def OnLaue(event):
1145            Obj = event.GetEventObject()
1146            self.Laue = Obj.GetValue()
1147            wx.CallAfter(self.Draw)
1148           
1149        def OnClass(event):
1150            Obj = event.GetEventObject()
1151            self.Class = Obj.GetValue()
1152            self.Laue = ''
1153            wx.CallAfter(self.Draw)
1154           
1155        def OnCommon(event):
1156            Obj = event.GetEventObject()
1157            self.Common = Obj.GetValue()
1158            self.Trans = commonTrans[self.Common]
1159            wx.CallAfter(self.Draw)
1160       
1161        self.panel.Destroy()
1162        self.panel = wx.Panel(self)
1163        Ind = {}
1164        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1165        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1166        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1167        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" HKL Transformation matrix: M*H = H'"))
1168        if self.Super:
1169            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
1170        else:
1171            commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1172            commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
1173            common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames[:-1], #not the last one!
1174                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1175            common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
1176            commonSizer.Add(common,0,WACV)
1177            transSizer.Add(commonSizer)
1178            Trmat = wx.FlexGridSizer(3,3,0,0)
1179        for iy,line in enumerate(self.Trans):
1180            for ix,val in enumerate(line):
1181                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
1182                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1183                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
1184                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
1185                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
1186                Trmat.Add(item)
1187        transSizer.Add(Trmat)
1188        MatSizer.Add((10,0),0)
1189        MatSizer.Add(transSizer)
1190        mainSizer.Add(MatSizer)
1191        laueClass = ['triclinic','monoclinic','orthorhombic','trigonal(H)','tetragonal','hexagonal','cubic']
1192        centroLaue = {'triclinic':['-1',],'monoclinic':['2/m','1 1 2/m','2/m 1 1',],
1193            'orthorhombic':['m m m',],'trigonal(H)':['-3','-3 m 1','-3 1 m',],    \
1194            'tetragonal':['4/m','4/m m m',],'hexagonal':['6/m','6/m m m',],'cubic':['m 3','m 3 m']}
1195        noncentroLaue = {'triclinic':['1',],'monoclinic':['2','2 1 1','1 1 2','m','m 1 1','1 1 m',],
1196            'orthorhombic':['2 2 2','m m 2','m 2 m','2 m m',],
1197            'trigonal(H)':['3','3 1 2','3 2 1','3 m 1','3 1 m',],
1198            'tetragonal':['4','-4','4 2 2','4 m m','-4 2 m','-4 m 2',], \
1199            'hexagonal':['6','-6','6 2 2','6 m m','-6 m 2','-6 2 m',],'cubic':['2 3','4 3 2','-4 3 m']}
1200        centChoice = ['noncentrosymmetric','centrosymmetric']
1201        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select Laue class for new lattice:'),0,WACV)
1202        Class = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Class,choices=laueClass,
1203            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1204        Class.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnClass)
1205        mainSizer.Add(Class,0,WACV)
1206        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target Laue symmetry:'),0,WACV)
1207        Cent = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Cent,choices=centChoice,
1208            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1209        Cent.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCent)
1210        mergeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1211        mergeSizer.Add(Cent,0,WACV)
1212        mergeSizer.Add((10,0),0)
1213        Choice = centroLaue[self.Class]
1214        if 'non' in self.Cent:
1215            Choice = noncentroLaue[self.Class]
1216        Laue = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Laue,choices=Choice,
1217            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1218        Laue.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnLaue)
1219        mergeSizer.Add(Laue,0,WACV)
1220        mainSizer.Add(mergeSizer)
1221
1222        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1223        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1224        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1225        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1226        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1227        btnSizer.Add((20,20),1)
1228        if self.Laue:
1229            btnSizer.Add(OkBtn)
1230            btnSizer.Add((20,20),1)
1231        btnSizer.Add(cancelBtn)
1232        btnSizer.Add((20,20),1)
1233       
1234        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1235        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1236        self.panel.Fit()
1237        self.Fit()
1238       
1239    def GetSelection(self):
1240        return self.Trans,self.Cent,self.Laue
1241
1242    def OnOk(self,event):
1243        parent = self.GetParent()
1244        parent.Raise()
1245        self.EndModal(wx.ID_OK)
1246
1247    def OnCancel(self,event):
1248        parent = self.GetParent()
1249        parent.Raise()
1250        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1251
1252       
1253################################################################################
1254class AddHatomDialog(wx.Dialog):
1255    '''H atom addition dialog. After :meth:`ShowModal` returns, the results
1256    are found in dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1257   
1258    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1259    :param dict Neigh: a dict of atom names with list of atom name, dist pairs for neighboring atoms
1260    :param dict phase: a dict containing the phase as defined by
1261      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`   
1262    '''
1263    def __init__(self,parent,Neigh,phase):
1264        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'H atom add', 
1265            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1266        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1267        self.Neigh = Neigh
1268        self.phase = phase
1269        self.Hatoms = []
1270        self.Draw(self.Neigh,self.phase)
1271           
1272    def Draw(self,Neigh,phase):
1273        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1274        by :meth:`__init__`.
1275        '''
1276        def OnHSelect(event):
1277            Obj = event.GetEventObject()
1278            item,i = Indx[Obj.GetId()]
1279            for obj in Indx[item]:
1280                obj.SetValue(False)
1281            Obj.SetValue(True)
1282            self.Neigh[item][2] = i
1283           
1284        def OnBond(event):
1285            Obj = event.GetEventObject()
1286            inei,ibond = Indx[Obj.GetId()]
1287            self.Neigh[inei][1][0][ibond][2] = Obj.GetValue()
1288           
1289        self.panel.Destroy()
1290        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self,style = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1291        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1292        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'H atom add controls for phase %s:'%(phase['General']['Name'])),
1293            0,wx.LEFT|wx.TOP,10)
1294        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'NB: Check selections as they may not be correct'),0,WACV|wx.LEFT,10)
1295        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1," Atom:  Add # H's          Use: Neighbors, dist"),0,wx.TOP|wx.LEFT,5)
1296        nHatms = ['0','1','2','3']
1297        dataSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,0,0)
1298        Indx = {}
1299        for inei,neigh in enumerate(Neigh):
1300            dataSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' %s:  '%(neigh[0])),0,WACV)
1301            nH = 1      #for O atom
1302            if 'C' in neigh[0] or 'N' in neigh[0]:
1303                nH = 4-len(neigh[1][0])
1304            checks = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1305            Ids = []
1306            for i in range(nH+1):
1307                nHs = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=nHatms[i])
1308                if i == neigh[2]:
1309                    nHs.SetValue(True)
1310                Indx[nHs.GetId()] = [inei,i]
1311                Ids.append(nHs)
1312                nHs.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnHSelect)
1313                checks.Add(nHs,0,WACV)
1314            Indx[inei] = Ids
1315            dataSizer.Add(checks,0,WACV)
1316            lineSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1317            for ib,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1318                Bond = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=': %s, %.3f'%(bond[0],bond[1]))
1319                Bond.SetValue(bond[2])
1320                Indx[Bond.GetId()] = [inei,ib]
1321                Bond.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBond)               
1322                lineSizer.Add(Bond,0,WACV)               
1323            dataSizer.Add(lineSizer,0,WACV|wx.RIGHT,10)
1324        mainSizer.Add(dataSizer,0,wx.LEFT,5)
1325
1326        CancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Cancel')
1327        CancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1328        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Ok')
1329        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1330        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1331        btnSizer.Add((20,20),1)
1332        btnSizer.Add(OkBtn)
1333        btnSizer.Add((20,20),1)
1334        btnSizer.Add(CancelBtn)
1335        btnSizer.Add((20,20),1)
1336        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1337        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1338        size = np.array(self.GetSize())
1339        self.panel.SetupScrolling()
1340        self.panel.SetAutoLayout(1)
1341        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
1342        self.panel.SetSize(size)
1343       
1344    def GetData(self):
1345        'Returns the values from the dialog'
1346        for neigh in self.Neigh:
1347            for ibond,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1348                if not bond[2]:
1349                    neigh[1][1][1][ibond] = 0   #deselected bond
1350            neigh[1][1][1] = [a for a in  neigh[1][1][1] if a]
1351        return self.Neigh       #has #Hs to add for each entry
1352       
1353    def OnOk(self,event):
1354        'Called when the OK button is pressed'
1355        parent = self.GetParent()
1356        parent.Raise()
1357        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1358
1359    def OnCancel(self,event):
1360        parent = self.GetParent()
1361        parent.Raise()
1362        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1363
1364################################################################################
1365class DisAglDialog(wx.Dialog):
1366    '''Distance/Angle Controls input dialog. After
1367    :meth:`ShowModal` returns, the results are found in
1368    dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1369
1370    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1371    :param dict data: a dict containing the current
1372      search ranges or an empty dict, which causes default values
1373      to be used.
1374      Will be used to set element `DisAglCtls` in
1375      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`
1376    :param dict default:  A dict containing the default
1377      search ranges for each element.
1378    :param bool Reset: if True (default), show Reset button
1379    :param bool Angle: if True (default), show angle radii
1380    '''
1381    def __init__(self,parent,data,default,Reset=True,Angle=True):
1382        text = 'Distance Angle Controls'
1383        if not Angle:
1384            text = 'Distance Controls'
1385        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,text, 
1386            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1387        self.default = default
1388        self.Reset = Reset
1389        self.Angle = Angle
1390        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1391        self._default(data,self.default)
1392        self.Draw(self.data)
1393               
1394    def _default(self,data,default):
1395        '''Set starting values for the search values, either from
1396        the input array or from defaults, if input is null
1397        '''
1398        if data:
1399            self.data = copy.deepcopy(data) # don't mess with originals
1400        else:
1401            self.data = {}
1402            self.data['Name'] = default['Name']
1403            self.data['Factors'] = [0.85,0.85]
1404            self.data['AtomTypes'] = default['AtomTypes']
1405            self.data['BondRadii'] = default['BondRadii'][:]
1406            self.data['AngleRadii'] = default['AngleRadii'][:]
1407
1408    def Draw(self,data):
1409        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1410        by :meth:`__init__`.
1411        '''
1412        self.panel.Destroy()
1413        self.panel = wx.Panel(self)
1414        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1415        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Controls for phase '+data['Name']),
1416            0,WACV|wx.LEFT,10)
1417        mainSizer.Add((10,10),1)
1418       
1419        ncol = 3
1420        if not self.Angle:
1421            ncol=2
1422        radiiSizer = wx.FlexGridSizer(0,ncol,5,5)
1423        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' Type'),0,WACV)
1424        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Bond radii'),0,WACV)
1425        if self.Angle:
1426            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Angle radii'),0,WACV)
1427        self.objList = {}
1428        for id,item in enumerate(self.data['AtomTypes']):
1429            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' '+item),0,WACV)
1430            bRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['BondRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1431            radiiSizer.Add(bRadii,0,WACV)
1432            if self.Angle:
1433                aRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['AngleRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1434                radiiSizer.Add(aRadii,0,WACV)
1435        mainSizer.Add(radiiSizer,0,wx.EXPAND)
1436        if self.Angle:
1437            factorSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
1438            Names = ['Bond','Angle']
1439            for i,name in enumerate(Names):
1440                factorSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,name+' search factor'),0,WACV)
1441                bondFact = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['Factors'],i,nDig=(10,3),typeHint=float)
1442                factorSizer.Add(bondFact)
1443            mainSizer.Add(factorSizer,0,wx.EXPAND)
1444       
1445        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1446        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1447        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1448        btnSizer.Add((20,20),1)
1449        btnSizer.Add(OkBtn)
1450        if self.Reset:
1451            ResetBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Reset')
1452            ResetBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnReset)
1453            btnSizer.Add(ResetBtn)
1454        btnSizer.Add((20,20),1)
1455        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1456        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1457        self.panel.Fit()
1458        self.Fit()
1459   
1460    def GetData(self):
1461        'Returns the values from the dialog'
1462        return self.data
1463       
1464    def OnOk(self,event):
1465        'Called when the OK button is pressed'
1466        parent = self.GetParent()
1467        parent.Raise()
1468        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1469       
1470    def OnReset(self,event):
1471        'Called when the Reset button is pressed'
1472        data = {}
1473        self._default(data,self.default)
1474        self.Draw(self.data)
1475               
1476################################################################################
1477class ShowLSParms(wx.Dialog):
1478    '''Create frame to show least-squares parameters
1479    '''
1480    def __init__(self,parent,title,parmDict,varyList,fullVaryList,
1481                 size=(300,430)):
1482        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,size=size,
1483                           style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
1484        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1485
1486        panel = wxscroll.ScrolledPanel(
1487            self, wx.ID_ANY,
1488            #size=size,
1489            style = wx.TAB_TRAVERSAL|wx.SUNKEN_BORDER)
1490        num = len(varyList)
1491        mainSizer.Add(wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,'Number of refined variables: '+str(num)))
1492        if len(varyList) != len(fullVaryList):
1493            num = len(fullVaryList) - len(varyList)
1494            mainSizer.Add(wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,' + '+str(num)+' parameters are varied via constraints'))
1495        subSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,hgap=2,vgap=2)
1496        parmNames = parmDict.keys()
1497        parmNames.sort()
1498        subSizer.Add((-1,-1))
1499        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'Parameter name  '))
1500        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'refine?'))
1501        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'value'),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1502        explainRefine = False
1503        for name in parmNames:
1504            # skip entries without numerical values
1505            if isinstance(parmDict[name],basestring): continue
1506            try:
1507                value = G2py3.FormatSigFigs(parmDict[name])
1508            except TypeError:
1509                value = str(parmDict[name])+' -?' # unexpected
1510                #continue
1511            v = G2obj.getVarDescr(name)
1512            if v is None or v[-1] is None:
1513                subSizer.Add((-1,-1))
1514            else:               
1515                ch = G2G.HelpButton(panel,G2obj.fmtVarDescr(name))
1516                subSizer.Add(ch,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|WACV|wx.ALIGN_CENTER,1)
1517            subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,str(name)))
1518            if name in varyList:
1519                subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'R'))
1520            elif name in fullVaryList:
1521                subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'C'))
1522                explainRefine = True
1523            else:
1524                subSizer.Add((-1,-1))
1525            subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,value),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1526
1527        # finish up ScrolledPanel
1528        panel.SetSizer(subSizer)
1529        panel.SetAutoLayout(1)
1530        panel.SetupScrolling()
1531        mainSizer.Add(panel,1, wx.ALL|wx.EXPAND,1)
1532
1533        if explainRefine:
1534            mainSizer.Add(
1535                wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,
1536                          '"R" indicates a refined variable\n'+
1537                          '"C" indicates generated from a constraint'
1538                          ),
1539                0, wx.ALL,0)
1540        # make OK button
1541        btnsizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1542        btn = wx.Button(self, wx.ID_CLOSE,"Close") 
1543        btn.Bind(wx.EVT_BUTTON,self._onClose)
1544        btnsizer.Add(btn)
1545        mainSizer.Add(btnsizer, 0, wx.ALIGN_CENTER|wx.ALL, 5)
1546        # Allow window to be enlarged but not made smaller
1547        self.SetSizer(mainSizer)
1548        self.SetMinSize(self.GetSize())
1549
1550    def _onClose(self,event):
1551        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1552 
1553################################################################################
1554class DataFrame(wx.Frame):
1555    '''Create the data item window and all the entries in menus used in
1556    that window. For Linux and windows, the menu entries are created for the
1557    current data item window, but in the Mac the menu is accessed from all
1558    windows. This means that a different menu is posted depending on which
1559    data item is posted. On the Mac, all the menus contain the data tree menu
1560    items, but additional menus are added specific to the data item.
1561
1562    Note that while the menus are created here,
1563    the binding for the menus is done later in various GSASII*GUI modules,
1564    where the functions to be called are defined.
1565    '''
1566    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
1567        '''Override the Bind() function: on the Mac the binding is to
1568        the main window, so that menus operate with any window on top.
1569        For other platforms, either wrap calls that will be logged
1570        or call the default wx.Frame Bind() to bind to the menu item directly.
1571
1572        Note that bindings can be made to objects by Id or by direct reference to the
1573        object. As a convention, when bindings are to objects, they are not logged
1574        but when bindings are by Id, they are logged.
1575        '''
1576        if sys.platform == "darwin": # mac
1577            self.G2frame.Bind(eventtype,handler,*args,**kwargs)
1578            return
1579        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
1580            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self.G2frame,handler)
1581            if menulabels:
1582                #print 'intercepting bind for',handler,menulabels,kwargs['id']
1583                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.G2frame.MenuBinding,*args,**kwargs)
1584                return
1585            wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
1586       
1587    def PrefillDataMenu(self,menu,empty=False):
1588        '''Create the "standard" part of data frame menus. Note that on Linux and
1589        Windows nothing happens here. On Mac, this menu duplicates the
1590        tree menu, but adds an extra help command for the data item and a separator.
1591        '''
1592        self.datamenu = menu
1593        self.G2frame.dataMenuBars.append(menu)
1594        if sys.platform == "darwin": # mac                         
1595            self.G2frame.FillMainMenu(menu,addhelp=False) # add the data tree menu items
1596            if not empty:
1597                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add a separator
1598       
1599    def PostfillDataMenu(self,empty=False):
1600        '''Add the help menu to the data frame menus. Note that on Linux and
1601        Windows, this is the standard help Menu but without the update commands but adds an extra help
1602        command for the data item.
1603        On Mac, this is the entire help menu including the update commands, a separator and the
1604        extra help command for the data item.
1605        '''
1606        menu = self.datamenu
1607        if sys.platform == "darwin": # mac
1608            if not empty:
1609                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add another separator
1610            HelpMenu=G2G.MyHelp(self,includeTree=True,
1611                morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials'),])
1612            menu.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1613        else: # other
1614            menu.Append(menu=G2G.MyHelp(self),title='&Help')
1615
1616    def _init_menus(self):
1617        'define all GSAS-II data frame menus'
1618
1619        # for use where no menu or data frame help is provided
1620        self.BlankMenu = wx.MenuBar()
1621       
1622        # Controls
1623        self.ControlsMenu = wx.MenuBar()
1624        self.PrefillDataMenu(self.ControlsMenu,empty=True)
1625        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1626       
1627        # Notebook
1628        self.DataNotebookMenu = wx.MenuBar() 
1629        self.PrefillDataMenu(self.DataNotebookMenu,empty=True)
1630        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1631       
1632        # Comments
1633        self.DataCommentsMenu = wx.MenuBar()
1634        self.PrefillDataMenu(self.DataCommentsMenu,empty=True)
1635        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1636       
1637        # Constraints
1638        self.ConstraintMenu = wx.MenuBar()
1639        self.PrefillDataMenu(self.ConstraintMenu)
1640        self.ConstraintTab = wx.Menu(title='')
1641        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintTab, title='Select tab')
1642        for id,txt in (
1643            (wxID_CONSPHASE,'Phase'),
1644            (wxID_CONSHAP,'Histogram/Phase'),
1645            (wxID_CONSHIST,'Histogram'),
1646            (wxID_CONSGLOBAL,'Global')):
1647            self.ConstraintTab.Append(
1648                id=id, kind=wx.ITEM_NORMAL,text=txt,
1649                help='Select '+txt+' constraint editing tab')
1650        self.ConstraintEdit = wx.Menu(title='')
1651        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintEdit, title='Edit Constr.') # renamed from Edit due to Mac adding extra items to menu
1652        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_HOLDADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add hold',
1653            help='Prevent refinement of parameter values')
1654        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equivalence',
1655            help='Force parameter values to be equivalent')
1656        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_CONSTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add constraint equation',
1657            help='Add a constraint equation to apply to parameter values')
1658        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_FUNCTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add New Var',
1659            help='Create a variable composed of existing parameters')
1660        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVALANCEATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make atoms equivalent',
1661            help='Force atom parameter values to be equivalent')
1662        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_EQUIVALANCEATOMS,False)
1663#        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_ADDRIDING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add H riding constraints',
1664#            help='Add H atom riding constraints between atom parameter values')
1665#        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_ADDRIDING,False)
1666        self.PostfillDataMenu()
1667
1668        # item = self.ConstraintEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update GUI')
1669        # def UpdateGSASIIconstrGUI(event):
1670        #     import GSASIIconstrGUI
1671        #     reload(GSASIIconstrGUI)
1672        #     import GSASIIobj
1673        #     reload(GSASIIobj)
1674        # self.Bind(wx.EVT_MENU,UpdateGSASIIconstrGUI,id=item.GetId())
1675
1676        # Rigid bodies
1677        self.RigidBodyMenu = wx.MenuBar()
1678        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodyMenu)
1679        self.ResidueRBMenu = wx.Menu(title='')
1680        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYIMPORT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import XYZ',
1681            help='Import rigid body XYZ from file')
1682        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RESIDUETORSSEQ, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define sequence',
1683            help='Define torsion sequence')
1684        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import residues',
1685            help='Import residue rigid bodies from macro file')
1686        self.RigidBodyMenu.Append(menu=self.ResidueRBMenu, title='Edit Body')
1687        self.PostfillDataMenu()
1688
1689        self.VectorBodyMenu = wx.MenuBar()
1690        self.PrefillDataMenu(self.VectorBodyMenu)
1691        self.VectorRBEdit = wx.Menu(title='')
1692        self.VectorRBEdit.Append(id=wxID_VECTORBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body',
1693            help='Add vector rigid body')
1694        self.VectorBodyMenu.Append(menu=self.VectorRBEdit, title='Edit Vector Body')
1695        self.PostfillDataMenu()
1696
1697                   
1698        # Restraints
1699        self.RestraintTab = wx.Menu(title='')
1700        self.RestraintEdit = wx.Menu(title='')
1701        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTSELPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase',
1702            help='Select phase')
1703        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add restraints',
1704            help='Add restraints')
1705        self.RestraintEdit.Enable(wxID_RESTRAINTADD,True)    #gets disabled if macromolecule phase
1706        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add residue restraints',
1707            help='Add residue based restraints for macromolecules from macro file')
1708        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTADD,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1709        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot residue restraints',
1710            help='Plot selected residue based restraints for macromolecules from macro file')
1711        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTPLOT,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1712        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESRCHANGEVAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change value',
1713            help='Change observed value')
1714        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTCHANGEESD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change esd',
1715            help='Change esd in observed value')
1716        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete restraints',
1717            help='Delete selected restraints')
1718
1719        self.RestraintMenu = wx.MenuBar()
1720        self.PrefillDataMenu(self.RestraintMenu)
1721        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintTab, title='Select tab')
1722        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintEdit, title='Edit Restr.')
1723        self.PostfillDataMenu()
1724           
1725        # Sequential results
1726        self.SequentialMenu = wx.MenuBar()
1727        self.PrefillDataMenu(self.SequentialMenu)
1728        self.SequentialFile = wx.Menu(title='')
1729        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialFile, title='Columns')
1730        self.SequentialFile.Append(id=wxID_RENAMESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rename selected',
1731            help='Rename selected sequential refinement columns')
1732        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as text',
1733            help='Save selected sequential refinement results as a text file')
1734        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all as CSV',
1735            help='Save all sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1736        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSELCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as CSV',
1737            help='Save selected sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1738        self.SequentialFile.Append(id=wxID_PLOTSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot selected',
1739            help='Plot selected sequential refinement results')
1740        self.SequentialFile.Append(id=wxID_AVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Compute average',
1741            help='Compute average for selected parameter')           
1742        self.SequentialFile.Append(id=wxID_ORGSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reorganize',
1743            help='Reorganize variables where variables change')
1744        self.SequentialPvars = wx.Menu(title='')
1745        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPvars, title='Pseudo Vars')
1746        self.SequentialPvars.Append(
1747            id=wxADDSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Formula',
1748            help='Add a new custom pseudo-variable')
1749        self.SequentialPvars.Append(
1750            id=wxADDSEQDIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Distance',
1751            help='Add a new bond distance pseudo-variable')
1752        self.SequentialPvars.Append(
1753            id=wxADDSEQANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Angle',
1754            help='Add a new bond angle pseudo-variable')
1755        self.SequentialPvars.Append(
1756            id=wxDELSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete',
1757            help='Delete an existing pseudo-variable')
1758        self.SequentialPvars.Append(
1759            id=wxEDITSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit',
1760            help='Edit an existing pseudo-variable')
1761
1762        self.SequentialPfit = wx.Menu(title='')
1763        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPfit, title='Parametric Fit')
1764        self.SequentialPfit.Append(
1765            id=wxADDPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equation',
1766            help='Add a new equation to minimize')
1767        self.SequentialPfit.Append(
1768            id=wxCOPYPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy equation',
1769            help='Copy an equation to minimize - edit it next')
1770        self.SequentialPfit.Append(
1771            id=wxDELPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete equation',
1772            help='Delete an equation for parametric minimization')
1773        self.SequentialPfit.Append(
1774            id=wxEDITPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit equation',
1775            help='Edit an existing parametric minimization equation')
1776        self.SequentialPfit.Append(
1777            id=wxDOPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit to equation(s)',
1778            help='Perform a parametric minimization')
1779        # fill sequential Export menu
1780        self.SeqExportLookup = {}
1781        self.SequentialEx = wx.Menu(title='')
1782        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialEx, title='Seq Export')
1783        for lbl,txt in (('Phase','Export selected phase(s)'),
1784                        ('Project','Export entire sequential fit')):
1785            objlist = []
1786            for obj in self.G2frame.exporterlist:
1787                if lbl.lower() in obj.exporttype:
1788                    try:
1789                        obj.Writer
1790                    except AttributeError:
1791                        continue
1792                    objlist.append(obj)
1793            if objlist:
1794                submenu = wx.Menu()
1795                item = self.SequentialEx.AppendMenu(
1796                    wx.ID_ANY, lbl+' as',
1797                    submenu, help=txt)
1798                for obj in objlist:
1799                    item = submenu.Append(
1800                        wx.ID_ANY,
1801                        help=obj.longFormatName,
1802                        kind=wx.ITEM_NORMAL,
1803                        text=obj.formatName)
1804                    self.SeqExportLookup[item.GetId()] = (obj,lbl) # lookup table for submenu item
1805       
1806        self.PostfillDataMenu()
1807           
1808        # PWDR & SASD
1809        self.PWDRMenu = wx.MenuBar()
1810        self.PrefillDataMenu(self.PWDRMenu)
1811        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1812        self.PWDRMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1813        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1814            help='Error analysis on powder pattern')
1815        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1816            help='Copy of PWDR parameters')
1817        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PLOTCTRLCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy plot controls',
1818            help='Copy of PWDR plot controls')
1819        self.moveDiffCurve = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move diff. curve',
1820            help='Click on position where difference curve is placed')
1821        self.moveTickLoc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move ticks',
1822            help='Move mouse to where tick marks should be positioned')
1823        self.moveTickSpc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set tick space',
1824            help='Click to set spacing between phase tick marks')
1825        self.PostfillDataMenu()
1826           
1827        # HKLF
1828        self.HKLFMenu = wx.MenuBar()
1829        self.PrefillDataMenu(self.HKLFMenu)
1830        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1831        self.HKLFMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1832        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1833            help='Error analysis on single crystal data')
1834        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_MERGEHKL,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Merge HKLs',
1835            help='Transform & merge HKLF data to new histogram')
1836        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
1837            help='Plot HKLs from single crystal data in 3D')
1838        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_3DALLHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot all 3D HKLs',
1839            help='Plot HKLs from all single crystal data in 3D')
1840        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1841            help='Copy of HKLF parameters')
1842        self.PostfillDataMenu()
1843           
1844        # PWDR / Limits
1845        self.LimitMenu = wx.MenuBar()
1846        self.PrefillDataMenu(self.LimitMenu)
1847        self.LimitEdit = wx.Menu(title='')
1848        self.LimitMenu.Append(menu=self.LimitEdit, title='Edit Limits')
1849        self.LimitEdit.Append(id=wxID_LIMITCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1850            help='Copy limits to other histograms')
1851        self.LimitEdit.Append(id=wxID_ADDEXCLREGION, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add exclude',
1852            help='Add excluded region - select a point on plot; drag to adjust')           
1853        self.PostfillDataMenu()
1854           
1855        # PDR / Background
1856        self.BackMenu = wx.MenuBar()
1857        self.PrefillDataMenu(self.BackMenu)
1858        self.BackEdit = wx.Menu(title='')
1859        self.BackMenu.Append(menu=self.BackEdit, title='File')
1860        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1861            help='Copy background parameters to other histograms')
1862        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1863            help='Copy background refinement flags to other histograms')
1864        self.BackEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks',
1865            help='Move background peaks to Peak List')
1866        self.BackEdit.Append(id=wxID_MAKEBACKRDF, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot RDF',
1867            help='Plot radial distribution from differences')
1868        self.BackFixed = wx.Menu(title='') # fixed background point menu
1869        self.BackMenu.Append(menu=self.BackFixed, title='Fixed Points')
1870        self.wxID_BackPts = {}
1871        self.wxID_BackPts['Add'] = wx.NewId() # N.B. not using wxID_ global as for other menu items
1872        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Add'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Add',
1873            help='Add fixed background points with mouse clicks')
1874        self.wxID_BackPts['Move'] = wx.NewId() 
1875        item = self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Move'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Move',
1876            help='Move selected fixed background points with mouse drags')
1877        item.Check(True)
1878        self.wxID_BackPts['Del'] = wx.NewId()
1879        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Del'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Delete',
1880            help='Delete fixed background points with mouse clicks')
1881        self.wxID_BackPts['Clear'] = wx.NewId() 
1882        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Clear'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear',
1883            help='Clear fixed background points')
1884        self.wxID_BackPts['Fit'] = wx.NewId() 
1885        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Fit'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit background',
1886            help='Fit background function to fixed background points')
1887        self.PostfillDataMenu()
1888           
1889        # PDR / Instrument Parameters
1890        self.InstMenu = wx.MenuBar()
1891        self.PrefillDataMenu(self.InstMenu)
1892        self.InstEdit = wx.Menu(title='')
1893        self.InstMenu.Append(menu=self.InstEdit, title='Operations')
1894        self.InstEdit.Append(help='Calibrate from indexed peaks', 
1895            id=wxID_INSTCALIB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')           
1896        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
1897            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')           
1898        self.InstEdit.Append(help='Load instrument profile parameters from file', 
1899            id=wxID_INSTLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load profile...')           
1900        self.InstEdit.Append(help='Save instrument profile parameters to file', 
1901            id=wxID_INSTSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save profile...')
1902        self.InstEdit.Append(help='Save all instrument profile parameters to one file', 
1903            id=wxID_INSTSAVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all profile...')           
1904        self.InstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
1905            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
1906        self.InstEdit.Append(id=wxID_INSTFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1907            help='Copy instrument parameter refinement flags to other histograms')
1908#        self.InstEdit.Append(help='Change radiation type (Ka12 - synch)',
1909#            id=wxID_CHANGEWAVETYPE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change radiation')
1910        self.InstEdit.Append(id=wxID_INST1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
1911            help='Set one instrument parameter value across multiple histograms')
1912
1913        self.PostfillDataMenu()
1914       
1915        # PDR / Sample Parameters
1916        self.SampleMenu = wx.MenuBar()
1917        self.PrefillDataMenu(self.SampleMenu)
1918        self.SampleEdit = wx.Menu(title='')
1919        self.SampleMenu.Append(menu=self.SampleEdit, title='Command')
1920        self.SetScale = self.SampleEdit.Append(id=wxID_SETSCALE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set scale',
1921            help='Set scale by matching to another histogram')
1922        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load',
1923            help='Load sample parameters from file')
1924        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLESAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save',
1925            help='Save sample parameters to file')
1926        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1927            help='Copy refinable and most other sample parameters to other histograms')
1928        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPYSOME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected...',
1929            help='Copy selected sample parameters to other histograms')
1930        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLEFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1931            help='Copy sample parameter refinement flags to other histograms')
1932        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLE1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
1933            help='Set one sample parameter value across multiple histograms')
1934        self.SampleEdit.Append(id=wxID_ALLSAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load all',
1935            help='Load sample parmameters over multiple histograms')
1936
1937        self.PostfillDataMenu()
1938        self.SetScale.Enable(False)
1939
1940        # PDR / Peak List
1941        self.PeakMenu = wx.MenuBar()
1942        self.PrefillDataMenu(self.PeakMenu)
1943        self.PeakEdit = wx.Menu(title='')
1944        self.PeakMenu.Append(menu=self.PeakEdit, title='Peak Fitting')
1945        self.peaksSel = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
1946            help='Set refinement flags for selected peaks',
1947            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1948            text='Set sel. ref flags...')
1949        self.peaksAll = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
1950            help='Set refinement flags for all peaks',
1951            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1952            text='Set all ref flags...')
1953        self.AutoSearch = self.PeakEdit.Append(help='Automatic peak search', 
1954            id=wxID_AUTOSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto search')
1955        self.UnDo = self.PeakEdit.Append(help='Undo last least squares refinement', 
1956            id=wxID_UNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='UnDo')
1957        self.PeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit', 
1958            help='Peak fitting' )
1959        self.PFOneCycle = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQONECYCLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit one cycle', 
1960            help='One cycle of Peak fitting' )
1961        self.PeakEdit.Append(id=wxID_RESETSIGGAM, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
1962            text='Reset sig and gam',help='Reset sigma and gamma to global fit' )
1963        self.PeakCopy = self.PeakEdit.Append(help='Copy peaks to other histograms', 
1964            id=wxID_PEAKSCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peak copy')
1965        self.SeqPeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_SEQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Seq PeakFit', 
1966            help='Sequential Peak fitting for all histograms' )
1967        self.PeakEdit.Append(id=wxID_CLEARPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
1968            help='Clear the peak list' )
1969        self.movePeak = self.PeakEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected peak',
1970            help='Select a peak in the table, then use this to move it with the mouse.')
1971        self.PostfillDataMenu()
1972        self.UnDo.Enable(False)
1973        self.PeakFit.Enable(False)
1974        self.PFOneCycle.Enable(False)
1975        self.AutoSearch.Enable(True)
1976       
1977        # PDR / Index Peak List
1978        self.IndPeaksMenu = wx.MenuBar()
1979        self.PrefillDataMenu(self.IndPeaksMenu)
1980        self.IndPeaksEdit = wx.Menu(title='')
1981        self.IndPeaksMenu.Append(menu=self.IndPeaksEdit,title='Operations')
1982        self.IndPeaksEdit.Append(help='Load/Reload index peaks from peak list',id=wxID_INDXRELOAD, 
1983            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load/Reload')
1984        self.PostfillDataMenu()
1985       
1986        # PDR / Unit Cells List
1987        self.IndexMenu = wx.MenuBar()
1988        self.PrefillDataMenu(self.IndexMenu)
1989        self.IndexEdit = wx.Menu(title='')
1990        self.IndexMenu.Append(menu=self.IndexEdit, title='Cell Index/Refine')
1991        self.IndexPeaks = self.IndexEdit.Append(help='', id=wxID_INDEXPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
1992            text='Index Cell')
1993        self.CopyCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_COPYCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Cell', 
1994            help='Copy selected unit cell from indexing to cell refinement fields')
1995        self.RefineCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_REFINECELL, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
1996            text='Refine Cell',help='Refine unit cell parameters from indexed peaks')
1997        self.MakeNewPhase = self.IndexEdit.Append( id=wxID_MAKENEWPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
1998            text='Make new phase',help='Make new phase from selected unit cell')
1999        self.ExportCells = self.IndexEdit.Append( id=wxID_EXPORTCELLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2000            text='Export cell list',help='Export cell list to csv file')
2001        self.PostfillDataMenu()
2002        self.IndexPeaks.Enable(False)
2003        self.CopyCell.Enable(False)
2004        self.RefineCell.Enable(False)
2005        self.MakeNewPhase.Enable(False)
2006       
2007        # PDR / Reflection Lists
2008        self.ReflMenu = wx.MenuBar()
2009        self.PrefillDataMenu(self.ReflMenu)
2010        self.ReflEdit = wx.Menu(title='')
2011        self.ReflMenu.Append(menu=self.ReflEdit, title='Reflection List')
2012        self.SelectPhase = self.ReflEdit.Append(help='Select phase for reflection list',id=wxID_SELECTPHASE, 
2013            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase')
2014        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWDHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot HKLs',
2015            help='Plot HKLs from powder pattern')
2016        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
2017            help='Plot HKLs from powder pattern in 3D')
2018        self.PostfillDataMenu()
2019       
2020        # SASD / Instrument Parameters
2021        self.SASDInstMenu = wx.MenuBar()
2022        self.PrefillDataMenu(self.SASDInstMenu)
2023        self.SASDInstEdit = wx.Menu(title='')
2024        self.SASDInstMenu.Append(menu=self.SASDInstEdit, title='Operations')
2025        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
2026            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')
2027        self.SASDInstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
2028            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
2029        self.PostfillDataMenu()
2030       
2031        #SASD & REFL/ Substance editor
2032        self.SubstanceMenu = wx.MenuBar()
2033        self.PrefillDataMenu(self.SubstanceMenu)
2034        self.SubstanceEdit = wx.Menu(title='')
2035        self.SubstanceMenu.Append(menu=self.SubstanceEdit, title='Edit substance')
2036        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_LOADSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load substance',
2037            help='Load substance from file')
2038        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ADDSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add substance',
2039            help='Add new substance to list')
2040        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_COPYSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy substances',
2041            help='Copy substances')
2042        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_DELETESUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete substance',
2043            help='Delete substance from list')           
2044        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add elements',
2045            help='Add elements to substance')
2046        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete elements',
2047            help='Delete elements from substance')
2048        self.PostfillDataMenu()
2049       
2050        # SASD/ Models
2051        self.ModelMenu = wx.MenuBar()
2052        self.PrefillDataMenu(self.ModelMenu)
2053        self.ModelEdit = wx.Menu(title='')
2054        self.ModelMenu.Append(menu=self.ModelEdit, title='Models')
2055        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELADD,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add',
2056            help='Add new term to model')
2057        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit',
2058            help='Fit model parameters to data')
2059        self.SasdUndo = self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELUNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Undo',
2060            help='Undo model fit')
2061        self.SasdUndo.Enable(False)           
2062        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFITALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequential fit',
2063            help='Sequential fit of model parameters to all SASD data')
2064        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
2065            help='Copy model parameters to other histograms')
2066        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2067            help='Copy model refinement flags to other histograms')
2068        self.PostfillDataMenu()
2069       
2070        # IMG / Image Controls
2071        self.ImageMenu = wx.MenuBar()
2072        self.PrefillDataMenu(self.ImageMenu)
2073        self.ImageEdit = wx.Menu(title='')
2074        self.ImageMenu.Append(menu=self.ImageEdit, title='Operations')
2075        self.ImageEdit.Append(help='Calibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2076            id=wxID_IMCALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')
2077        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2078            id=wxID_IMRECALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate')
2079        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate all images by fitting to calibrant lines', 
2080            id=wxID_IMRECALIBALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate all')           
2081        self.ImageEdit.Append(help='Clear calibration data points and rings',id=wxID_IMCLEARCALIB, 
2082            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear calibration')
2083        self.ImageEdit.Append(help='Integrate selected image',id=wxID_IMINTEGRATE, 
2084            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate')
2085        self.ImageEdit.Append(help='Integrate all images selected from list',id=wxID_INTEGRATEALL,
2086            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate all')
2087        self.ImageEdit.Append(help='Copy image controls to other images', 
2088            id=wxID_IMCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Controls')
2089        self.ImageEdit.Append(help='Copy selected image controls to other images', 
2090            id=wxID_IMCOPYSELECTED, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Selected')
2091        self.ImageEdit.Append(help='Save image controls to file', 
2092            id=wxID_IMSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Controls')
2093        self.ImageEdit.Append(help='Save controls from selected images to file', 
2094            id=wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Multiple Controls')
2095        self.ImageEdit.Append(help='Load image controls from file',
2096            id=wxID_IMLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load Controls')
2097        self.ImageEdit.Append(help='Transfer integration range for other detector distances', 
2098            id=wxID_IMXFERCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Xfer angles')
2099        self.ImageEdit.Append(help='Open Auto-integration window to integrate a series of images', 
2100            id=wxID_IMAUTOINTEG, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto Integrate')
2101        self.PostfillDataMenu()
2102           
2103        # IMG / Masks
2104        self.MaskMenu = wx.MenuBar()
2105        self.PrefillDataMenu(self.MaskMenu)
2106        self.MaskEdit = wx.Menu(title='')
2107        self.MaskMenu.Append(menu=self.MaskEdit, title='Operations')
2108        submenu = wx.Menu()
2109        self.MaskEdit.AppendMenu(
2110            wx.ID_ANY,'Create new', submenu,
2111            help=''
2112            )
2113        self.MaskEdit.Append(help='Copy mask to other images', 
2114            id=wxID_MASKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy mask')
2115        self.MaskEdit.Append(help='Save mask to file', 
2116            id=wxID_MASKSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save mask')
2117        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file', 
2118            id=wxID_MASKLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask')
2119        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file; ignore threshold', 
2120            id=wxID_MASKLOADNOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask w/o threshold')
2121        self.MaskEdit.Append(help='Auto search for spot masks; NB: will clear old spot masks', 
2122            id=wxID_FINDSPOTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto spot masks')
2123        submenu.Append(help='Create an arc mask with mouse input', 
2124            id=wxID_NEWMASKARC, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Arc mask')
2125        submenu.Append(help='Create a frame mask with mouse input', 
2126            id=wxID_NEWMASKFRAME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Frame mask')
2127        submenu.Append(help='Create a polygon mask with mouse input', 
2128            id=wxID_NEWMASKPOLY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Polygon mask')
2129        submenu.Append(help='Create a ring mask with mouse input', 
2130            id=wxID_NEWMASKRING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Ring mask')
2131        submenu.Append(help='Create spot masks with mouse input', 
2132            id=wxID_NEWMASKSPOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Spot mask')
2133        self.PostfillDataMenu()
2134           
2135        # IMG / Stress/Strain
2136        self.StrStaMenu = wx.MenuBar()
2137        self.PrefillDataMenu(self.StrStaMenu)
2138        self.StrStaEdit = wx.Menu(title='')
2139        self.StrStaMenu.Append(menu=self.StrStaEdit, title='Operations')
2140        self.StrStaEdit.Append(help='Append d-zero for one ring', 
2141            id=wxID_APPENDDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append d-zero')
2142        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data', 
2143            id=wxID_STRSTAFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit stress/strain')
2144        self.StrStaEdit.Append(help='Plot intensity distribution', 
2145            id=wxID_STRSTAPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot intensity distribution')
2146        self.StrStaEdit.Append(help='Update d-zero from ave d-zero',
2147            id=wxID_UPDATEDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update d-zero')       
2148        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data for all images', 
2149            id=wxID_STRSTAALLFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='All image fit')
2150        self.StrStaEdit.Append(help='Copy stress/strain data to other images', 
2151            id=wxID_STRSTACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy stress/strain')
2152        self.StrStaEdit.Append(help='Save stress/strain data to file', 
2153            id=wxID_STRSTASAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save stress/strain')
2154        self.StrStaEdit.Append(help='Load stress/strain data from file', 
2155            id=wxID_STRSTALOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load stress/strain')
2156        self.StrStaEdit.Append(help='Load sample data from file', 
2157            id=wxID_STRSTSAMPLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load sample data')
2158        self.PostfillDataMenu()
2159           
2160        # PDF / PDF Controls
2161        self.PDFMenu = wx.MenuBar()
2162        self.PrefillDataMenu(self.PDFMenu)
2163        self.PDFEdit = wx.Menu(title='')
2164        self.PDFMenu.Append(menu=self.PDFEdit, title='PDF Controls')
2165        self.PDFEdit.Append(help='Add one or more elements to sample composition',id=wxID_PDFADDELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2166            text='Add elements')
2167        self.PDFEdit.Append(help='Delete element from sample composition',id=wxID_PDFDELELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2168            text='Delete element')
2169        self.PDFEdit.Append(help='Copy PDF controls', id=wxID_PDFCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2170            text='Copy controls')
2171        self.PDFEdit.Append(help='Load PDF controls from file',id=wxID_PDFLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2172            text='Load Controls')
2173        self.PDFEdit.Append(help='Save PDF controls to file', id=wxID_PDFSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2174            text='Save controls')
2175        self.PDFEdit.Append(help='Compute PDF', id=wxID_PDFCOMPUTE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2176            text='Compute PDF')
2177        self.PDFEdit.Append(help='Compute all PDFs', id=wxID_PDFCOMPUTEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2178            text='Compute all PDFs')
2179#        self.PDFEdit.Append(help='Optimize PDF', id=wxID_PDFOPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2180#            text='Optimize corrections for r<Rmin section of current G(r)')
2181        self.PostfillDataMenu()
2182       
2183        # PDF / PDF Peaks
2184        self.PDFPksMenu = wx.MenuBar()
2185        self.PrefillDataMenu(self.PDFPksMenu)
2186        self.PDFPksEdit = wx.Menu(title='')
2187        self.PDFPksMenu.Append(menu=self.PDFPksEdit, title='PDF Peaks')
2188        self.PDFPksEdit.Append(help='Fit PDF peaks', id=wxID_PDFPKSFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2189            text='Fit Peaks')
2190        self.PDFPksEdit.Append(help='Fit all PDF peaks', id=wxID_PDFPKSFITALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2191            text='Fit all PDF peakss')
2192        self.PDFPksEdit.Append(help='Copy PDF peaks', id=wxID_PDFCOPYPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2193            text='Copy peaks')
2194       
2195        self.PostfillDataMenu()
2196
2197       
2198        # Phase / General tab
2199        self.DataGeneral = wx.MenuBar()
2200        self.PrefillDataMenu(self.DataGeneral)
2201        self.DataGeneral.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2202        self.GeneralCalc = wx.Menu(title='')
2203        self.DataGeneral.Append(menu=self.GeneralCalc,title='Compute')
2204        self.GeneralCalc.Append(help='Compute Fourier map',id=wxID_FOURCALC, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2205            text='Fourier map')
2206        self.GeneralCalc.Append(help='Search Fourier map',id=wxID_FOURSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2207            text='Search map')
2208        self.GeneralCalc.Append(help='Run charge flipping',id=wxID_CHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2209            text='Charge flipping')
2210        self.GeneralCalc.Append(help='Run 4D charge flipping',id=wxID_4DCHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2211            text='4D Charge flipping')
2212        self.GeneralCalc.Enable(wxID_4DCHARGEFLIP,False)   
2213        self.GeneralCalc.Append(help='Clear map',id=wxID_FOURCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2214            text='Clear map')
2215        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing',id=wxID_SINGLEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2216            text='MC/SA')
2217        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing on multiprocessors',id=wxID_MULTIMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2218            text='Multi MC/SA')            #currently not useful
2219        self.GeneralCalc.Append(help='Transform crystal structure',id=wxID_TRANSFORMSTRUCTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2220            text='Transform')
2221        self.PostfillDataMenu()
2222       
2223        # Phase / Data tab
2224        self.DataMenu = wx.MenuBar()
2225        self.PrefillDataMenu(self.DataMenu)
2226        self.DataMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2227        self.DataEdit = wx.Menu(title='')
2228        self.DataMenu.Append(menu=self.DataEdit, title='Edit Phase')
2229        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy data',
2230            help='Copy phase data to other histograms')
2231        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2232            help='Copy phase data flags to other histograms')
2233        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATASELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected data',
2234            help='Copy selected phase data to other histograms')
2235        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATAUSE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select used data',
2236            help='Select all histograms to use')
2237        self.DataEdit.Append(id=wxID_PWDRADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add powder histograms',
2238            help='Select new powder histograms to be used for this phase')
2239        self.DataEdit.Append(id=wxID_HKLFADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add single crystal histograms',
2240            help='Select new single crystal histograms to be used for this phase')
2241        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove histograms',
2242            help='Remove histograms from use for this phase')
2243        self.PostfillDataMenu()
2244           
2245        # Phase / Atoms tab
2246        self.AtomsMenu = wx.MenuBar()
2247        self.PrefillDataMenu(self.AtomsMenu)
2248        self.AtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2249        self.AtomEdit = wx.Menu(title='')
2250        self.AtomCompute = wx.Menu(title='')
2251        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomEdit, title='Edit Atoms')
2252        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomCompute, title='Compute')
2253        submenu = wx.Menu()
2254        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'On selected atoms...', submenu, 
2255            help='Set/Act on selected atoms')
2256        submenu.Append(wxID_ATOMSSETSEL,
2257            help='Set refinement flags for selected atoms',
2258            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2259            text='Refine selected')
2260        submenu.Append(id=wxID_ATOMSMODIFY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Modify parameters',
2261            help='Modify parameters values for all selected atoms')
2262        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert atom',
2263            help='Inserts an H atom before all selected atoms')
2264        submenu.Append(id=wxID_ADDHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc H atoms',
2265            help='Insert H atoms in expected bonding positions for selected atoms')
2266        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atom',
2267            help='Delete selected atoms')
2268        submenu.Append(id=wxID_ATOMSTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform atoms',
2269            help='Symmetry transform selected atoms')
2270#        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSROTATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rotate atoms',
2271#            help='Select atoms to rotate first')
2272        submenu.Append(wxID_ATOMSSETALL,
2273            help='Set refinement flags for all atoms',
2274            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2275            text='Select All')
2276       
2277        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSEDITADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append atom',
2278            help='Appended as an H atom')
2279        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSVIEWADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append view point',
2280            help='Appended as an H atom')
2281        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMVIEWINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert view point',
2282            help='Select atom row to insert before; inserted as an H atom')
2283        self.AtomEdit.Append(id=wxID_UPDATEHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update H atoms',
2284            help='Update H atoms in standard positions')
2285        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected atom to view point',
2286            help='Select a single atom to be moved to view point in plot')
2287        self.AtomEdit.Append(id=wxID_MAKEMOLECULE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assemble molecule',
2288            help='Select a single atom to assemble as a molecule from scattered atom positions')
2289        self.AtomEdit.Append(id=wxID_RELOADDRAWATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reload draw atoms',
2290            help='Reload atom drawing list')
2291        submenu = wx.Menu()
2292        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Reimport atoms', submenu, 
2293            help='Reimport atoms from file; sequence must match')
2294        # setup a cascade menu for the formats that have been defined
2295        self.ReImportMenuId = {}  # points to readers for each menu entry
2296        for reader in self.G2frame.ImportPhaseReaderlist:
2297            item = submenu.Append(
2298                wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
2299                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='reimport coordinates from '+reader.formatName+' file')
2300            self.ReImportMenuId[item.GetId()] = reader
2301        item = submenu.Append(
2302            wx.ID_ANY,
2303            help='Reimport coordinates, try to determine format from file',
2304            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2305            text='guess format from file')
2306        self.ReImportMenuId[item.GetId()] = None # try all readers
2307
2308        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show Distances && Angles',
2309            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2310        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSPDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Distances && Angles',
2311            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2312        self.AtomCompute.ISOcalc = self.AtomCompute.Append(
2313            id=wxID_ISODISP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2314            text='ISODISTORT mode values',
2315            help='Compute values of ISODISTORT modes from atom parameters')
2316        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDENSITY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2317            text='Density',
2318            help='Compute density for current phase')
2319        self.PostfillDataMenu()
2320       
2321        # Phase / Imcommensurate "waves" tab
2322        self.WavesData = wx.MenuBar()
2323        self.PrefillDataMenu(self.WavesData)
2324        self.WavesData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2325        self.WavesDataEdit = wx.Menu(title='')
2326        self.WavesData.Append(menu=self.WavesDataEdit, title='Edit Wave')
2327        self.WavesDataEdit.Append(id=wxID_WAVEVARY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global wave vary',
2328            help='Global setting of wave vary flags')
2329        self.PostfillDataMenu()
2330       
2331        # Phase / Layer tab
2332        self.LayerData = wx.MenuBar()
2333        self.PrefillDataMenu(self.LayerData)
2334        self.LayerData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2335        self.LayerDataEdit = wx.Menu(title='')
2336        self.LayerData.Append(menu=self.LayerDataEdit, title='Operations')
2337        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LOADDIFFAX, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load from DIFFaX file',
2338            help='Load layer info from DIFFaX file')
2339        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_COPYPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy phase cell',
2340            help='Copy phase cell from another project')
2341        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate pattern',
2342            help='Simulate diffraction pattern from layer stacking')
2343        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit pattern',
2344            help='Fit diffraction pattern with layer stacking model')
2345        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_SEQUENCESIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequence simulations',
2346            help='Sequence simulation changing one parameter')
2347        self.PostfillDataMenu()
2348                 
2349        # Phase / Draw Options tab
2350        self.DataDrawOptions = wx.MenuBar()
2351        self.PrefillDataMenu(self.DataDrawOptions)
2352        self.DataDrawOptions.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2353        self.PostfillDataMenu()
2354       
2355        # Phase / Draw Atoms tab
2356        self.DrawAtomsMenu = wx.MenuBar()
2357        self.PrefillDataMenu(self.DrawAtomsMenu)
2358        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2359        self.DrawAtomEdit = wx.Menu(title='')
2360        self.DrawAtomCompute = wx.Menu(title='')
2361        self.DrawAtomRestraint = wx.Menu(title='')
2362        self.DrawAtomRigidBody = wx.Menu(title='')
2363        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomEdit, title='Edit Figure')
2364        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomCompute,title='Compute')
2365        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRestraint, title='Restraints')
2366        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRigidBody, title='Rigid body')
2367        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMSTYLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom style',
2368            help='Select atoms first')
2369        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMLABEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom label',
2370            help='Select atoms first')
2371        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom color',
2372            help='Select atoms first')
2373        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset atom colors',
2374            help='Resets all atom colors to defaults')
2375        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRWAEDITRADII, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit atom radii',
2376            help='Edit drawing atom radii')
2377        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWVIEWPOINT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2378            help='View point is 1st atom selected')
2379        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDEQUIV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atoms',
2380            help='Add symmetry & cell equivalents to drawing set from selected atoms')
2381        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDSPHERE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add sphere of atoms',
2382            help='Add atoms within sphere of enclosure')
2383        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform draw atoms',
2384            help='Transform selected atoms by symmetry & cell translations')
2385        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCOORD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill CN-sphere',
2386            help='Fill coordination sphere for selected atoms')           
2387        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill unit cell',
2388            help='Fill unit cell with selected atoms')
2389        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atoms',
2390            help='Delete atoms from drawing set')
2391        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2392            help='Compute distance of selected atoms from view point')   
2393        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISAGLTOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Dist. Ang. Tors.',
2394            help='Compute distance, angle or torsion for 2-4 selected atoms')   
2395        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Best plane',
2396            help='Compute best plane for 4+ selected atoms')   
2397        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRBOND, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add bond restraint',
2398            help='Add bond restraint for selected atoms (2)')
2399        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add angle restraint',
2400            help='Add angle restraint for selected atoms (3: one end 1st)')
2401        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add plane restraint',
2402            help='Add plane restraint for selected atoms (4+)')
2403        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRCHIRAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add chiral restraint',
2404            help='Add chiral restraint for selected atoms (4: center atom 1st)')
2405        self.DrawAtomRigidBody.Append(id=wxID_DRAWDEFINERB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define rigid body',
2406            help='Define rigid body with selected atoms')
2407        self.PostfillDataMenu()
2408
2409        # Phase / MCSA tab
2410        self.MCSAMenu = wx.MenuBar()
2411        self.PrefillDataMenu(self.MCSAMenu)
2412        self.MCSAMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2413        self.MCSAEdit = wx.Menu(title='')
2414        self.MCSAMenu.Append(menu=self.MCSAEdit, title='MC/SA')
2415        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSAATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atom', 
2416            help='Add single atom to MC/SA model')
2417        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body', 
2418            help='Add rigid body to MC/SA model' )
2419        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_CLEARMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear rigid bodies', 
2420            help='Clear all atoms & rigid bodies from MC/SA model' )
2421        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MOVEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move MC/SA solution', 
2422            help='Move MC/SA solution to atom list' )
2423        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MCSACLEARRESULTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear results', 
2424            help='Clear table of MC/SA results' )
2425        self.PostfillDataMenu()
2426           
2427        # Phase / Texture tab
2428        self.TextureMenu = wx.MenuBar()
2429        self.PrefillDataMenu(self.TextureMenu)
2430        self.TextureMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2431        self.TextureEdit = wx.Menu(title='')
2432        self.TextureMenu.Append(menu=self.TextureEdit, title='Texture')
2433        self.TextureEdit.Append(id=wxID_REFINETEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Refine texture', 
2434            help='Refine the texture coefficients from sequential results')
2435#        self.TextureEdit.Append(id=wxID_CLEARTEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear texture',
2436#            help='Clear the texture coefficients' )
2437        self.PostfillDataMenu()
2438           
2439        # Phase / Pawley tab
2440        self.PawleyMenu = wx.MenuBar()
2441        self.PrefillDataMenu(self.PawleyMenu)
2442        self.PawleyMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2443        self.PawleyEdit = wx.Menu(title='')
2444        self.PawleyMenu.Append(menu=self.PawleyEdit,title='Operations')
2445        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley settings',
2446            help='Change Pawley refinement settings')
2447        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley create',
2448            help='Initialize Pawley reflection list')
2449        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYESTIMATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley estimate',
2450            help='Estimate initial Pawley intensities')
2451        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYUPDATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley update',
2452            help='Update negative Pawley intensities with -0.5*Fobs and turn off refinement')
2453        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select all',
2454            help='Select all reflections to be refined')
2455        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELNONE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select none',
2456            help='Set flag for all reflections for no refinement')
2457        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELTOGGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Toggle Selection',
2458            help='Toggle Selection flag for all reflections to opposite setting')
2459        self.PostfillDataMenu()
2460           
2461        # Phase / Map peaks tab
2462        self.MapPeaksMenu = wx.MenuBar()
2463        self.PrefillDataMenu(self.MapPeaksMenu)
2464        self.MapPeaksMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2465        self.MapPeaksEdit = wx.Menu(title='')
2466        self.MapPeaksMenu.Append(menu=self.MapPeaksEdit, title='Map peaks')
2467        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks', 
2468            help='Move selected peaks to atom list')
2469        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSVIEWPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2470            help='View point is 1st peak selected')
2471        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2472            help='Compute distance of selected peaks from view point')   
2473        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_SHOWBONDS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Hide bonds',
2474            help='Hide or show bonds between peak positions')   
2475        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc dist/ang', 
2476            help='Calculate distance or angle for selection')
2477        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_FINDEQVPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Equivalent peaks', 
2478            help='Find equivalent peaks')
2479        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSUNIQUE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Unique peaks', 
2480            help='Select unique set')
2481        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete peaks', 
2482            help='Delete selected peaks')
2483        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
2484            help='Clear the map peak list')
2485        self.PostfillDataMenu()
2486
2487        # Phase / Rigid bodies tab
2488        self.RigidBodiesMenu = wx.MenuBar()
2489        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodiesMenu)
2490        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2491        self.RigidBodiesEdit = wx.Menu(title='')
2492        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=self.RigidBodiesEdit, title='Edit Body')
2493        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_ASSIGNATMS2RB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assign atoms to rigid body',
2494            help='Select & position rigid body in structure of existing atoms')
2495        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_AUTOFINDRESRB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto find residues',
2496            help='Auto find of residue RBs in macromolecule')
2497        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_COPYRBPARMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy rigid body parms',
2498            help='Copy rigid body location & TLS parameters')
2499        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALTHERM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global thermal motion',
2500            help='Global setting of residue thermal motion models')
2501        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALRESREFINE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global residue refine',
2502            help='Global setting of residue RB refinement flags')
2503        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_RBREMOVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove all rigid bodies',
2504            help='Remove all rigid body assignment for atoms')
2505        self.PostfillDataMenu()
2506    # end of GSAS-II menu definitions
2507       
2508    def _init_ctrls(self, parent,name=None,size=None,pos=None):
2509        wx.Frame.__init__(
2510            self,parent=parent,
2511            #style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX | wx.FRAME_FLOAT_ON_PARENT ,
2512            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX,
2513            size=size,pos=pos,title='GSAS-II data display')
2514        self._init_menus()
2515        if name:
2516            self.SetLabel(name)
2517        self.Show()
2518       
2519    def __init__(self,parent,frame,data=None,name=None, size=None,pos=None):
2520        self.G2frame = frame
2521        self._init_ctrls(parent,name,size,pos)
2522        self.data = data
2523        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2524        Size = self.GetSize()
2525        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2526        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]+250))
2527        self.AtomGrid = []
2528        self.selectedRow = 0
2529        self.lastSize = Size       
2530        self.manualPhaseSize = None
2531        self.userReSize = False
2532        wx.Frame.Bind(self,wx.EVT_SIZE,self.OnReSize)
2533           
2534    def OnReSize(self,event):
2535        '''Keep track of size changes for Phase windows
2536        '''
2537        id = self.G2frame.PatternTree.GetSelection()
2538        try:
2539            parent = self.G2frame.PatternTree.GetItemParent(id)
2540        except:         #avoid bad tree item on start via gpx file selection
2541            parent = 0
2542        if self.userReSize and parent and self.G2frame.PatternTree.GetItemText(parent) == "Phases": 
2543            if self.lastSize == event.EventObject.GetSize():
2544#                if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2545#                    print 'no save size=',self.lastSize
2546                return
2547            self.manualPhaseSize = event.EventObject.GetSize()
2548            self.lastSize = event.EventObject.GetSize()
2549#            if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2550#                print 'Saving Phase size=',self.manualPhaseSize
2551                #HowDidIgetHere()
2552        event.Skip()
2553
2554    def SendSizeEvent(self):
2555        '''Prevent SendSizeEvent from overriding the saved size
2556        '''
2557        self.userReSize = False
2558        wx.Frame.SendSizeEvent(self)
2559        self.userReSize = True
2560       
2561    def setSizePosLeft(self,Size):
2562        '''Place the dataFrame window so that the upper left-hand corner remains in the same place;
2563        The size is dictated by parameter Width, unless overridden by a previous Phase window resize
2564        '''
2565        self.userReSize = False
2566        Size = list(Size)
2567        id = self.G2frame.PatternTree.GetSelection()
2568        try:            #avoid bad tree item on start via gpx file selection
2569            pid = self.G2frame.PatternTree.GetItemParent(id)
2570        except:
2571            pid = 0
2572        if pid:
2573            parent = self.G2frame.PatternTree.GetItemText(pid)
2574            # is this a phase window and has a previous window has been resized?
2575            if self.manualPhaseSize and parent == "Phases":
2576                Size = list(self.manualPhaseSize)
2577        Pos = self.GetPosition()
2578        clientSize = wx.ClientDisplayRect()     #display window size (e.g. 1304x768)
2579        Size[1] = min(Size[1],clientSize[2]-300)
2580        Size[0] = max(Size[0],300)
2581#        print 'current position/width:',Pos,Width
2582        self.SetSize(Size)
2583        Size[1] += 1        #kluge to ensure scrollbar settings & window properly displayed
2584        self.SetSize(Size)
2585        Pos[0] += self.lastSize[0]-Size[0]
2586        offSet = 0
2587        if Pos[0] < clientSize[2]:
2588            offSet = Pos[0]+Size[0]-clientSize[2]
2589        if offSet > 0:
2590            Pos[0] -= offSet
2591        self.SetPosition(wx.Point(Pos[0],Pos[1]))
2592        self.lastSize = Size
2593        self.userReSize = True
2594       
2595    def Clear(self):
2596        self.ClearBackground()
2597        self.DestroyChildren()
2598                   
2599
2600################################################################################
2601#####  Notebook Tree Item editor
2602################################################################################                 
2603def UpdateNotebook(G2frame,data):
2604    '''Called when the data tree notebook entry is selected. Allows for
2605    editing of the text in that tree entry
2606    '''
2607    def OnNoteBook(event):
2608        event.Skip()
2609        data = G2frame.dataDisplay.GetValue().split('\n')
2610        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Notebook'),data)
2611        if 'nt' not in os.name:
2612            G2frame.dataDisplay.AppendText('\n')
2613                   
2614    if G2frame.dataDisplay:
2615        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2616    G2frame.dataFrame.SetLabel('Notebook')
2617    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2618        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_PROCESS_ENTER | wx.TE_DONTWRAP)
2619    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnNoteBook)
2620    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnNoteBook)
2621    for line in data:
2622        G2frame.dataDisplay.AppendText(line+"\n")
2623    G2frame.dataDisplay.AppendText('Notebook entry @ '+time.ctime()+"\n")
2624    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2625           
2626################################################################################
2627#####  Controls Tree Item editor
2628################################################################################           
2629def UpdateControls(G2frame,data):
2630    '''Edit overall GSAS-II controls in main Controls data tree entry
2631    '''
2632    #patch
2633    if 'deriv type' not in data:
2634        data = {}
2635        data['deriv type'] = 'analytic Hessian'
2636        data['min dM/M'] = 0.0001
2637        data['shift factor'] = 1.
2638        data['max cyc'] = 3       
2639        data['F**2'] = False
2640    if 'shift factor' not in data:
2641        data['shift factor'] = 1.
2642    if 'max cyc' not in data:
2643        data['max cyc'] = 3
2644    if 'F**2' not in data:
2645        data['F**2'] = False
2646    if 'Author' not in data:
2647        data['Author'] = 'no name'
2648    if 'FreePrm1' not in data:
2649        data['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
2650    if 'FreePrm2' not in data:
2651        data['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
2652    if 'FreePrm3' not in data:
2653        data['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
2654    if 'Copy2Next' not in data:
2655        data['Copy2Next'] = False
2656    if 'Reverse Seq' not in data:
2657        data['Reverse Seq'] = False
2658    if 'UsrReject' not in data:
2659        data['UsrReject'] = {'minF/sig':0,'MinExt':0.01,'MaxDF/F':20.,'MaxD':500.,'MinD':0.05}
2660    if 'HatomFix' not in data:
2661        data['HatomFix'] = False
2662    if 'Marquardt' not in data:
2663        data['Marquardt'] = -3
2664   
2665    #end patch
2666
2667    def SeqSizer():
2668       
2669        def OnSelectData(event):
2670            choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['PWDR','HKLF',])
2671            sel = []
2672            try:
2673                if 'Seq Data' in data:
2674                    for item in data['Seq Data']:
2675                        sel.append(choices.index(item))
2676                    sel = [choices.index(item) for item in data['Seq Data']]
2677            except ValueError:  #data changed somehow - start fresh
2678                sel = []
2679            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential refinement',
2680                'Select dataset to include',choices)
2681            dlg.SetSelections(sel)
2682            names = []
2683            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2684                for sel in dlg.GetSelections():
2685                    names.append(choices[sel])
2686                data['Seq Data'] = names               
2687                G2frame.EnableSeqRefineMenu()
2688            dlg.Destroy()
2689            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2690           
2691        def OnReverse(event):
2692            data['Reverse Seq'] = reverseSel.GetValue()
2693           
2694        def OnCopySel(event):
2695            data['Copy2Next'] = copySel.GetValue() 
2696                   
2697        seqSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2698        dataSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2699        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Sequential Refinement: '),0,WACV)
2700        selSeqData = wx.Button(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Select data')
2701        selSeqData.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnSelectData)
2702        dataSizer.Add(selSeqData,0,WACV)
2703        SeqData = data.get('Seq Data',[])
2704        if not SeqData:
2705            lbl = ' (no data selected)'
2706        else:
2707            lbl = ' ('+str(len(SeqData))+' dataset(s) selected)'
2708
2709        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=lbl),0,WACV)
2710        seqSizer.Add(dataSizer,0)
2711        if SeqData:
2712            selSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2713            reverseSel = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Reverse order?')
2714            reverseSel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnReverse)
2715            reverseSel.SetValue(data['Reverse Seq'])
2716            selSizer.Add(reverseSel,0,WACV)
2717            copySel =  wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Copy results to next histogram?')
2718            copySel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnCopySel)
2719            copySel.SetValue(data['Copy2Next'])
2720            selSizer.Add(copySel,0,WACV)
2721            seqSizer.Add(selSizer,0)
2722        return seqSizer
2723       
2724    def LSSizer():       
2725       
2726        def OnDerivType(event):
2727            data['deriv type'] = derivSel.GetValue()
2728            derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2729            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2730           
2731        def OnConvergence(event):
2732            event.Skip()
2733            try:
2734                value = max(1.e-9,min(1.0,float(Cnvrg.GetValue())))
2735            except ValueError:
2736                value = 0.0001
2737            data['min dM/M'] = value
2738            Cnvrg.SetValue('%.2g'%(value))
2739           
2740        def OnMaxCycles(event):
2741            data['max cyc'] = int(maxCyc.GetValue())
2742            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2743           
2744        def OnMarqLam(event):
2745            data['Marquardt'] = int(marqLam.GetValue())
2746            marqLam.SetValue(str(data['Marquardt']))
2747                       
2748        def OnFactor(event):
2749            event.Skip()
2750            try:
2751                value = min(max(float(Factr.GetValue()),0.00001),100.)
2752            except ValueError:
2753                value = 1.0
2754            data['shift factor'] = value
2755            Factr.SetValue('%.5f'%(value))
2756           
2757        def OnFsqRef(event):
2758            data['F**2'] = fsqRef.GetValue()
2759           
2760#        def OnHatomFix(event):
2761#            data['HatomFix'] = Hfix.GetValue()
2762       
2763        def OnUsrRej(event):
2764            event.Skip()
2765            Obj = event.GetEventObject()
2766            item,limits = Indx[Obj]
2767            try:
2768                value = min(max(float(Obj.GetValue()),limits[0]),limits[1])
2769            except ValueError:
2770                value = data['UsrReject'][item]
2771            data['UsrReject'][item] = value
2772            Obj.SetValue('%.2f'%(value))
2773
2774        LSSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,vgap=5,hgap=5)
2775        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement derivatives: '),0,WACV)
2776        Choice=['analytic Jacobian','numeric','analytic Hessian']
2777        derivSel = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['deriv type'],choices=Choice,
2778            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2779        derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2780        derivSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnDerivType)
2781           
2782        LSSizer.Add(derivSel,0,WACV)
2783        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min delta-M/M: '),0,WACV)
2784        Cnvrg = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2g'%(data['min dM/M']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2785        Cnvrg.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnConvergence)
2786        Cnvrg.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnConvergence)
2787        LSSizer.Add(Cnvrg,0,WACV)
2788        Indx = {}
2789        if 'Hessian' in data['deriv type']:
2790            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max cycles: '),0,WACV)
2791            Choice = ['0','1','2','3','5','10','15','20']
2792            maxCyc = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['max cyc']),choices=Choice,
2793                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2794#            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2795            maxCyc.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxCycles)
2796            LSSizer.Add(maxCyc,0,WACV)
2797            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial lambda = 10**'),0,WACV)
2798            MarqChoice = ['-3','-2','-1','0','1','2','3','4']
2799            marqLam = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['Marquardt']),choices=MarqChoice,
2800                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2801            marqLam.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMarqLam)
2802            LSSizer.Add(marqLam,0,WACV)
2803        else:
2804            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial shift factor: '),0,WACV)
2805            Factr = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.5f'%(data['shift factor']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2806            Factr.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFactor)
2807            Factr.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFactor)
2808            LSSizer.Add(Factr,0,WACV)
2809        if G2frame.Sngl:
2810            userReject = data['UsrReject']
2811            usrRej = {'minF/sig':[' Min obs/sig (0-5): ',[0,5], ],'MinExt':[' Min extinct. (0-.9): ',[0,.9],],
2812                'MaxDF/F':[' Max delt-F/sig (3-1000): ',[3.,1000.],],'MaxD':[' Max d-spacing (3-500): ',[3,500],],
2813                'MinD':[' Min d-spacing (0.1-2.0): ',[0.1,2.0],]}
2814
2815            fsqRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Refine HKLF as F^2? ')
2816            fsqRef.SetValue(data['F**2'])
2817            fsqRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnFsqRef)
2818            LSSizer.Add(fsqRef,0,WACV)
2819            LSSizer.Add((1,0),)
2820            for item in usrRej:
2821                LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,label=usrRej[item][0]),0,WACV)
2822                usrrej = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2f'%(userReject[item]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2823                Indx[usrrej] = [item,usrRej[item][1]]
2824                usrrej.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnUsrRej)
2825                usrrej.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnUsrRej)
2826                LSSizer.Add(usrrej,0,WACV)
2827#        Hfix = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Regularize H atoms? ')
2828#        Hfix.SetValue(data['HatomFix'])
2829#        Hfix.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnHatomFix)
2830#        LSSizer.Add(Hfix,0,WACV)   #for now
2831        return LSSizer
2832       
2833    def AuthSizer():
2834
2835        def OnAuthor(event):
2836            event.Skip()
2837            data['Author'] = auth.GetValue()
2838
2839        Author = data['Author']
2840        authSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2841        authSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' CIF Author (last, first):'),0,WACV)
2842        auth = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value=Author,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2843        auth.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnAuthor)
2844        auth.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnAuthor)
2845        authSizer.Add(auth,0,WACV)
2846        return authSizer
2847       
2848       
2849    if G2frame.dataDisplay:
2850        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2851    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2852        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2853        Status.SetStatusText('')
2854    G2frame.dataFrame.SetLabel('Controls')
2855    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
2856    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ControlsMenu)
2857    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2858    mainSizer.Add((5,5),0)
2859    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement Controls:'),0,WACV)   
2860    mainSizer.Add(LSSizer())
2861    mainSizer.Add((5,5),0)
2862    mainSizer.Add(SeqSizer())
2863    mainSizer.Add((5,5),0)
2864    mainSizer.Add(AuthSizer())
2865    mainSizer.Add((5,5),0)
2866       
2867    mainSizer.Layout()   
2868    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2869    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
2870     
2871################################################################################
2872#####  Comments
2873################################################################################           
2874       
2875def UpdateComments(G2frame,data):                   
2876
2877    if G2frame.dataDisplay:
2878        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2879    G2frame.dataFrame.SetLabel('Comments')
2880    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2881        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY|wx.TE_DONTWRAP)
2882    for line in data:
2883        if '\n' not in line:
2884            G2frame.dataDisplay.AppendText(line+'\n')
2885        else:
2886            G2frame.dataDisplay.AppendText(line)
2887    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2888           
2889################################################################################
2890#####  Display of Sequential Results
2891################################################################################           
2892       
2893def UpdateSeqResults(G2frame,data,prevSize=None):
2894    """
2895    Called when the Sequential Results data tree entry is selected
2896    to show results from a sequential refinement.
2897   
2898    :param wx.Frame G2frame: main GSAS-II data tree windows
2899
2900    :param dict data: a dictionary containing the following items: 
2901
2902            * 'histNames' - list of histogram names in order as processed by Sequential Refinement
2903            * 'varyList' - list of variables - identical over all refinements in sequence
2904              note that this is the original list of variables, prior to processing
2905              constraints.
2906            * 'variableLabels' -- a dict of labels to be applied to each parameter
2907              (this is created as an empty dict if not present in data).
2908            * keyed by histName - dictionaries for all data sets processed, which contains:
2909
2910              * 'variables'- result[0] from leastsq call
2911              * 'varyList' - list of variables passed to leastsq call (not same as above)
2912              * 'sig' - esds for variables
2913              * 'covMatrix' - covariance matrix from individual refinement
2914              * 'title' - histogram name; same as dict item name
2915              * 'newAtomDict' - new atom parameters after shifts applied
2916              * 'newCellDict' - refined cell parameters after shifts to A0-A5 from Dij terms applied'
2917    """
2918
2919    def GetSampleParms():
2920        '''Make a dictionary of the sample parameters are not the same over the
2921        refinement series.
2922        '''
2923        if 'IMG' in histNames[0]:
2924            sampleParmDict = {'Sample load':[],}
2925        else:
2926            sampleParmDict = {'Temperature':[],'Pressure':[],'Time':[],
2927                'FreePrm1':[],'FreePrm2':[],'FreePrm3':[],'Omega':[],
2928                'Chi':[],'Phi':[],'Azimuth':[],}
2929        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
2930            GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
2931        sampleParm = {}
2932        for name in histNames:
2933            if 'IMG' in name:
2934                for item in sampleParmDict:
2935                    sampleParmDict[item].append(data[name]['parmDict'].get(item,0))
2936            else:
2937                Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
2938                sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
2939                for item in sampleParmDict:
2940                    sampleParmDict[item].append(sampleData.get(item,0))
2941        for item in sampleParmDict:
2942            frstValue = sampleParmDict[item][0]
2943            if np.any(np.array(sampleParmDict[item])-frstValue):
2944                if item.startswith('FreePrm'):
2945                    sampleParm[Controls[item]] = sampleParmDict[item]
2946                else:
2947                    sampleParm[item] = sampleParmDict[item]
2948        return sampleParm
2949
2950    def GetColumnInfo(col):
2951        '''returns column label, lists of values and errors (or None) for each column in the table
2952        for plotting. The column label is reformatted from Unicode to MatPlotLib encoding
2953        '''
2954        colName = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
2955        plotName = variableLabels.get(colName,colName)
2956        plotName = plotSpCharFix(plotName)
2957        return plotName,colList[col],colSigs[col]
2958           
2959    def PlotSelect(event):
2960        'Plots a row (covariance) or column on double-click'
2961        cols = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
2962        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2963        if cols:
2964            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2965        elif rows:
2966            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
2967            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
2968        else:
2969            G2frame.ErrorDialog(
2970                'Select row or columns',
2971                'Nothing selected in table. Click on column or row label(s) to plot. N.B. Grid selection can be a bit funky.'
2972                )
2973           
2974    def OnPlotSelSeq(event):
2975        'plot the selected columns or row from menu command'
2976        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2977        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2978        if cols:
2979            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2980        elif rows:
2981            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
2982            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
2983        else:
2984            G2frame.ErrorDialog(
2985                'Select columns',
2986                'No columns or rows selected in table. Click on row or column labels to select fields for plotting.'
2987                )
2988               
2989    def OnAveSelSeq(event):
2990        'average the selected columns from menu command'
2991        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2992        if cols:
2993            for col in cols:
2994                ave = np.mean(GetColumnInfo(col)[1])
2995                sig = np.std(GetColumnInfo(col)[1])
2996                print ' Average for '+G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)+': '+'%.6g'%(ave)+' +/- '+'%.6g'%(sig)
2997        else:
2998            G2frame.ErrorDialog(
2999                'Select columns',
3000                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for averaging.'
3001                )
3002               
3003    def OnRenameSelSeq(event):
3004        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3005        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(c) for c in cols]
3006        newNames = colNames[:]
3007        for i,name in enumerate(colNames):
3008            if name in variableLabels:
3009                newNames[i] = variableLabels[name]
3010        if not cols:
3011            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
3012                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for rename.')
3013            return
3014        dlg = G2G.MultiStringDialog(G2frame.dataDisplay,'Set column names',colNames,newNames)
3015        if dlg.Show():
3016            newNames = dlg.GetValues()           
3017            variableLabels.update(dict(zip(colNames,newNames)))
3018        data['variableLabels'] = variableLabels
3019        dlg.Destroy()
3020        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3021        G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
3022           
3023    def OnReOrgSelSeq(event):
3024        'Reorder the columns'
3025        G2G.GetItemOrder(G2frame,VaryListChanges,vallookup,posdict)   
3026        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3027
3028    def OnSaveSelSeqCSV(event):
3029        'export the selected columns to a .csv file from menu command'
3030        OnSaveSelSeq(event,csv=True)
3031       
3032    def OnSaveSeqCSV(event):
3033        'export all columns to a .csv file from menu command'
3034        OnSaveSelSeq(event,csv=True,allcols=True)
3035       
3036    def OnSaveSelSeq(event,csv=False,allcols=False):
3037        'export the selected columns to a .txt or .csv file from menu command'
3038        def WriteCSV():
3039            def WriteList(headerItems):
3040                line = ''
3041                for lbl in headerItems:
3042                    if line: line += ','
3043                    line += '"'+lbl+'"'
3044                return line
3045            head = ['name']
3046            for col in cols:
3047                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3048                # get rid of labels that have Unicode characters
3049                if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in item]): item = '?'
3050                if col in havesig:
3051                    head += [item,'esd-'+item]
3052                else:
3053                    head += [item]
3054            SeqFile.write(WriteList(head)+'\n')
3055            for row,name in enumerate(saveNames):
3056                line = '"'+saveNames[row]+'"'
3057                for col in cols:
3058                    if col in havesig:
3059                        line += ','+str(saveData[col][row])+','+str(saveSigs[col][row])
3060                    else:
3061                        line += ','+str(saveData[col][row])
3062                SeqFile.write(line+'\n')
3063        def WriteSeq():
3064            lenName = len(saveNames[0])
3065            line = %s  '%('name'.center(lenName))
3066            for col in cols:
3067                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3068                if col in havesig:
3069                    line += ' %12s %12s '%(item.center(12),'esd'.center(12))
3070                else:
3071                    line += ' %12s '%(item.center(12))
3072            SeqFile.write(line+'\n')
3073            for row,name in enumerate(saveNames):
3074                line = " '%s' "%(saveNames[row])
3075                for col in cols:
3076                    if col in havesig:
3077                        line += ' %12.6f %12.6f '%(saveData[col][row],saveSigs[col][row])
3078                    else:
3079                        line += ' %12.6f '%saveData[col][row]
3080                SeqFile.write(line+'\n')
3081
3082        # start of OnSaveSelSeq code
3083        if allcols:
3084            cols = range(G2frame.SeqTable.GetNumberCols())
3085        else:
3086            cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3087        nrows = G2frame.SeqTable.GetNumberRows()
3088        if not cols:
3089            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
3090                             'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for output.')
3091            return
3092        saveNames = [G2frame.SeqTable.GetRowLabelValue(r) for r in range(nrows)]
3093        saveData = {}
3094        saveSigs = {}
3095        havesig = []
3096        for col in cols:
3097            name,vals,sigs = GetColumnInfo(col)
3098            saveData[col] = vals
3099            if sigs:
3100                havesig.append(col)
3101                saveSigs[col] = sigs
3102        if csv:
3103            wild = 'CSV output file (*.csv)|*.csv'
3104        else:
3105            wild = 'Text output file (*.txt)|*.txt'
3106        pth = G2G.GetExportPath(G2frame)
3107        dlg = wx.FileDialog(
3108            G2frame,
3109            'Choose text output file for your selection', pth, '', 
3110            wild,wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
3111        try:
3112            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3113                SeqTextFile = dlg.GetPath()
3114                SeqTextFile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,SeqTextFile) 
3115                SeqFile = open(SeqTextFile,'w')
3116                if csv:
3117                    WriteCSV()
3118                else:
3119                    WriteSeq()
3120                SeqFile.close()
3121        finally:
3122            dlg.Destroy()
3123               
3124    def striphist(var,insChar=''):
3125        'strip a histogram number from a var name'
3126        sv = var.split(':')
3127        if len(sv) <= 1: return var
3128        if sv[1]:
3129            sv[1] = insChar
3130        return ':'.join(sv)
3131       
3132    def plotSpCharFix(lbl):
3133        'Change selected unicode characters to their matplotlib equivalent'
3134        for u,p in [
3135            (u'\u03B1',r'$\alpha$'),
3136            (u'\u03B2',r'$\beta$'),
3137            (u'\u03B3',r'$\gamma$'),
3138            (u'\u0394\u03C7',r'$\Delta\chi$'),
3139            ]:
3140            lbl = lbl.replace(u,p)
3141        return lbl
3142   
3143    def SelectXaxis():
3144        'returns a selected column number (or None) as the X-axis selection'
3145        ncols = G2frame.SeqTable.GetNumberCols()
3146        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(r) for r in range(ncols)]
3147        dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(
3148            G2frame.dataDisplay,
3149            'Select x-axis parameter for plot or Cancel for sequence number',
3150            'Select X-axis',
3151            colNames)
3152        try:
3153            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3154                col = dlg.GetSelection()
3155            else:
3156                col = None
3157        finally:
3158            dlg.Destroy()
3159        return col
3160   
3161    def EnablePseudoVarMenus():
3162        'Enables or disables the PseudoVar menu items that require existing defs'
3163        if Controls['SeqPseudoVars']:
3164            val = True
3165        else:
3166            val = False
3167        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxDELSEQVAR,val)
3168        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxEDITSEQVAR,val)
3169
3170    def DelPseudoVar(event):
3171        'Ask the user to select a pseudo var expression to delete'
3172        choices = Controls['SeqPseudoVars'].keys()
3173        selected = G2G.ItemSelector(
3174            choices,G2frame.dataFrame,
3175            multiple=True,
3176            title='Select expressions to remove',
3177            header='Delete expression')
3178        if selected is None: return
3179        for item in selected:
3180            del Controls['SeqPseudoVars'][choices[item]]
3181        if selected:
3182            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3183
3184    def EditPseudoVar(event):
3185        'Edit an existing pseudo var expression'
3186        choices = Controls['SeqPseudoVars'].keys()
3187        if len(choices) == 1:
3188            selected = 0
3189        else:
3190            selected = G2G.ItemSelector(
3191                choices,G2frame.dataFrame,
3192                multiple=False,
3193                title='Select an expression to edit',
3194                header='Edit expression')
3195        if selected is not None:
3196            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3197                G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3198                Controls['SeqPseudoVars'][choices[selected]],
3199                header="Edit the PseudoVar expression",
3200                VarLabel="PseudoVar #"+str(selected+1),
3201                fit=False)
3202            newobj = dlg.Show(True)
3203            if newobj:
3204                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3205                del Controls['SeqPseudoVars'][choices[selected]]
3206                Controls['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = newobj
3207                UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3208       
3209    def AddNewPseudoVar(event):
3210        'Create a new pseudo var expression'
3211        dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3212            G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3213            header='Enter an expression for a PseudoVar here',
3214            VarLabel = "New PseudoVar",
3215            fit=False)
3216        obj = dlg.Show(True)
3217        dlg.Destroy()
3218        if obj:
3219            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3220            Controls['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = obj
3221            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3222           
3223    def AddNewDistPseudoVar(event):
3224        obj = None
3225        dlg = G2exG.BondDialog(
3226            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3227            header='Select a Bond here',
3228            VarLabel = "New Bond")
3229        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3230            pName,Oatom,Tatom = dlg.GetSelection()
3231            if Tatom:
3232                Phase = Phases[pName]
3233                General = Phase['General']
3234                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3235                pId = Phase['pId']
3236                SGData = General['SGData']
3237                sB = Tatom.find('(')+1
3238                symNo = 0
3239                if sB:
3240                    sF = Tatom.find(')')
3241                    symNo = int(Tatom[sB:sF])
3242                cellNo = [0,0,0]
3243                cB = Tatom.find('[')
3244                if cB>0:
3245                    cF = Tatom.find(']')+1
3246                    cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3247                Atoms = Phase['Atoms']
3248                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3249                oId = aNames.index(Oatom)
3250                tId = aNames.index(Tatom.split(' +')[0])
3251                # create an expression object
3252                obj = G2obj.ExpressionObj()
3253                obj.expression = 'Dist(%s,\n%s)'%(Oatom,Tatom.split(' d=')[0].replace(' ',''))
3254                obj.distance_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNo,'cellNo':cellNo}
3255                obj.distance_atoms = [oId,tId]
3256        else: 
3257            dlg.Destroy()
3258            return
3259        dlg.Destroy()
3260        if obj:
3261            Controls['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3262            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3263
3264    def AddNewAnglePseudoVar(event):
3265        obj = None
3266        dlg = G2exG.AngleDialog(
3267            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3268            header='Enter an Angle here',
3269            VarLabel = "New Angle")
3270        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3271            pName,Oatom,Tatoms = dlg.GetSelection()
3272            if Tatoms:
3273                Phase = Phases[pName]
3274                General = Phase['General']
3275                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3276                pId = Phase['pId']
3277                SGData = General['SGData']
3278                Atoms = Phase['Atoms']
3279                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3280                tIds = []
3281                symNos = []
3282                cellNos = []
3283                oId = aNames.index(Oatom)
3284                Tatoms = Tatoms.split(';')
3285                for Tatom in Tatoms:
3286                    sB = Tatom.find('(')+1
3287                    symNo = 0
3288                    if sB:
3289                        sF = Tatom.find(')')
3290                        symNo = int(Tatom[sB:sF])
3291                    symNos.append(symNo)
3292                    cellNo = [0,0,0]
3293                    cB = Tatom.find('[')
3294                    if cB>0:
3295                        cF = Tatom.find(']')+1
3296                        cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3297                    cellNos.append(cellNo)
3298                    tIds.append(aNames.index(Tatom.split('+')[0]))
3299                # create an expression object
3300                obj = G2obj.ExpressionObj()
3301                obj.expression = 'Angle(%s,%s,\n%s)'%(Tatoms[0],Oatom,Tatoms[1])
3302                obj.angle_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNos,'cellNo':cellNos}
3303                obj.angle_atoms = [oId,tIds]
3304        else: 
3305            dlg.Destroy()
3306            return
3307        dlg.Destroy()
3308        if obj:
3309            Controls['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3310            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3311           
3312    def UpdateParmDict(parmDict):
3313        '''generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values,
3314        because they might be needed to evaluate the pseudovar
3315        '''
3316        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3317                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3318                     )
3319        delList = []
3320        phaselist = []
3321        for item in parmDict: 
3322            if ':' not in item: continue
3323            key = item.split(':')
3324            if len(key) < 3: continue
3325            # remove the dA[xyz] terms, they would only bring confusion
3326            if key[2].startswith('dA'):
3327                delList.append(item)
3328            # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3329            elif key[2] in Ddict:
3330                if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3331                akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3332                parmDict[akey] -= parmDict[item]
3333                delList.append(item)
3334        for item in delList:
3335            del parmDict[item]               
3336        for i in phaselist:
3337            pId = int(i)
3338            # apply cell symmetry
3339            A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],parmDict,zeroDict[pId])
3340            # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3341            for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3342                if i in uniqCellIndx[pId]:
3343                    lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3344                    parmDict[lbl] = val
3345            lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3346            parmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3347        return parmDict
3348
3349    def EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict,sampleDict,var,ESD):
3350        '''Evaluate an expression derivative with respect to a
3351        GSAS-II variable name.
3352
3353        Note this likely could be faster if the loop over calcobjs were done
3354        inside after the Dict was created.
3355        '''
3356        step = ESD/10
3357        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3358                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3359                     )
3360        results = []
3361        phaselist = []
3362        VparmDict = sampleDict.copy()
3363        for incr in step,-step:
3364            VparmDict.update(parmDict.copy())           
3365            # as saved, the parmDict has updated 'A[xyz]' values, but 'dA[xyz]'
3366            # values are not zeroed: fix that!
3367            VparmDict.update({item:0.0 for item in parmDict if 'dA' in item})
3368            VparmDict[var] += incr
3369            G2mv.Dict2Map(VparmDict,[]) # apply constraints
3370            # generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values now, because they might
3371            # needed to evaluate the pseudovar
3372            for item in VparmDict:
3373                if item in sampleDict:
3374                    continue 
3375                if ':' not in item: continue
3376                key = item.split(':')
3377                if len(key) < 3: continue
3378                # apply any new shifts to atom positions
3379                if key[2].startswith('dA'):
3380                    VparmDict[''.join(item.split('d'))] += VparmDict[item]
3381                    VparmDict[item] = 0.0
3382                # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3383                if key[2] in Ddict:
3384                    if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3385                    akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3386                    VparmDict[akey] -= VparmDict[item]
3387            for i in phaselist:
3388                pId = int(i)
3389                # apply cell symmetry
3390                A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],VparmDict,zeroDict[pId])
3391                # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3392                for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3393                    if i in uniqCellIndx[pId]:
3394                        lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3395                        VparmDict[lbl] = val
3396                lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3397                VparmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3398            # dict should be fully updated, use it & calculate
3399            calcobj.SetupCalc(VparmDict)
3400            results.append(calcobj.EvalExpression())
3401        return (results[0] - results[1]) / (2.*step)
3402       
3403    def EnableParFitEqMenus():
3404        'Enables or disables the Parametric Fit menu items that require existing defs'
3405        if Controls['SeqParFitEqList']:
3406            val = True
3407        else:
3408            val = False
3409        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDELPARFIT,val)
3410        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxEDITPARFIT,val)
3411        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDOPARFIT,val)
3412
3413    def ParEqEval(Values,calcObjList,varyList):
3414        '''Evaluate the parametric expression(s)
3415        :param list Values: a list of values for each variable parameter
3416        :param list calcObjList: a list of :class:`GSASIIobj.ExpressionCalcObj`
3417          expression objects to evaluate
3418        :param list varyList: a list of variable names for each value in Values
3419        '''
3420        result = []
3421        for calcobj in calcObjList:
3422            calcobj.UpdateVars(varyList,Values)
3423            result.append((calcobj.depVal-calcobj.EvalExpression())/calcobj.depSig)
3424        return result
3425
3426    def DoParEqFit(event,eqObj=None):
3427        'Parametric fit minimizer'
3428        varyValueDict = {} # dict of variables and their initial values
3429        calcObjList = [] # expression objects, ready to go for each data point
3430        if eqObj is not None:
3431            eqObjList = [eqObj,]
3432        else:
3433            eqObjList = Controls['SeqParFitEqList']
3434        UseFlags = G2frame.SeqTable.GetColValues(0)         
3435        for obj in eqObjList:
3436            # assemble refined vars for this equation
3437            varyValueDict.update({var:val for var,val in obj.GetVariedVarVal()})
3438            # lookup dependent var position
3439            depVar = obj.GetDepVar()
3440            if depVar in colLabels:
3441                indx = colLabels.index(depVar)
3442            else:
3443                raise Exception('Dependent variable '+depVar+' not found')
3444            # assemble a list of the independent variables
3445            indepVars = obj.GetIndependentVars()
3446            # loop over each datapoint
3447            for j,row in enumerate(zip(*colList)):
3448                if not UseFlags[j]: continue
3449                # assemble equations to fit
3450                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3451                # prepare a dict of needed independent vars for this expression
3452                indepVarDict = {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3453                calcobj.SetupCalc(indepVarDict)               
3454                # values and sigs for current value of dependent var
3455                calcobj.depVal = row[indx]
3456                calcobj.depSig = colSigs[indx][j]
3457                calcObjList.append(calcobj)
3458        # varied parameters
3459        varyList = varyValueDict.keys()
3460        values = varyValues = [varyValueDict[key] for key in varyList]
3461        if not varyList:
3462            print 'no variables to refine!'
3463            return
3464        try:
3465            result = so.leastsq(ParEqEval,varyValues,full_output=True,   #ftol=Ftol,
3466                                args=(calcObjList,varyList)
3467                                )
3468            values = result[0]
3469            covar = result[1]
3470            if covar is None:
3471                raise Exception
3472            esdDict = {}
3473            for i,avar in enumerate(varyList):
3474                esdDict[avar] = np.sqrt(covar[i,i])
3475        except:
3476            print('====> Fit failed')
3477            return
3478        print('==== Fit Results ====')
3479        for obj in eqObjList:
3480            obj.UpdateVariedVars(varyList,values)
3481            ind = '      '
3482            print('  '+obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression)
3483            for var in obj.assgnVars:
3484                print(ind+var+' = '+obj.assgnVars[var])
3485            for var in obj.freeVars:
3486                avar = "::"+obj.freeVars[var][0]
3487                val = obj.freeVars[var][1]
3488                if obj.freeVars[var][2]:
3489                    print(ind+var+' = '+avar + " = " + G2mth.ValEsd(val,esdDict[avar]))
3490                else:
3491                    print(ind+var+' = '+avar + " =" + G2mth.ValEsd(val,0))
3492        # create a plot for each parametric variable
3493        for fitnum,obj in enumerate(eqObjList):
3494            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3495            # lookup dependent var position
3496            indx = colLabels.index(obj.GetDepVar())
3497            # assemble a list of the independent variables
3498            indepVars = obj.GetIndependentVars()           
3499            # loop over each datapoint
3500            fitvals = []
3501            for j,row in enumerate(zip(*colList)):
3502                calcobj.SetupCalc(
3503                    {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3504                    )
3505                fitvals.append(calcobj.EvalExpression())
3506            G2plt.PlotSelectedSequence(
3507                G2frame,[indx],GetColumnInfo,SelectXaxis,
3508                fitnum,fitvals)
3509
3510    def SingleParEqFit(eqObj):
3511        DoParEqFit(None,eqObj)
3512
3513    def DelParFitEq(event):
3514        'Ask the user to select function to delete'
3515        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3516        selected = G2G.ItemSelector(
3517            txtlst,G2frame.dataFrame,
3518            multiple=True,
3519            title='Select a parametric equation(s) to remove',
3520            header='Delete equation')
3521        if selected is None: return
3522        Controls['SeqParFitEqList'] = [obj for i,obj in enumerate(Controls['SeqParFitEqList']) if i not in selected]
3523        EnableParFitEqMenus()
3524        if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3525       
3526    def EditParFitEq(event):
3527        'Edit an existing parametric equation'
3528        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3529        if len(txtlst) == 1:
3530            selected = 0
3531        else:
3532            selected = G2G.ItemSelector(
3533                txtlst,G2frame.dataFrame,
3534                multiple=False,
3535                title='Select a parametric equation to edit',
3536                header='Edit equation')
3537        if selected is not None:
3538            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3539                G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3540                Controls['SeqParFitEqList'][selected],
3541                depVarDict=depVarDict,
3542                header="Edit the formula for this minimization function",
3543                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3544            newobj = dlg.Show(True)
3545            if newobj:
3546                Controls['SeqParFitEqList'][selected] = newobj
3547                EnableParFitEqMenus()
3548            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3549
3550    def AddNewParFitEq(event):
3551        'Create a new parametric equation to be fit to sequential results'
3552
3553        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3554        usedvarlist = []
3555        for obj in Controls['SeqParFitEqList']:
3556            for var in obj.freeVars:
3557                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3558
3559        dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3560            G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3561            depVarDict=depVarDict,
3562            header='Define an equation to minimize in the parametric fit',
3563            ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit],
3564            usedVars=usedvarlist)
3565        obj = dlg.Show(True)
3566        dlg.Destroy()
3567        if obj:
3568            Controls['SeqParFitEqList'].append(obj)
3569            EnableParFitEqMenus()
3570            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3571               
3572    def CopyParFitEq(event):
3573        'Copy an existing parametric equation to be fit to sequential results'
3574        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3575        usedvarlist = []
3576        for obj in Controls['SeqParFitEqList']:
3577            for var in obj.freeVars:
3578                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3579        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3580        if len(txtlst) == 1:
3581            selected = 0
3582        else:
3583            selected = G2G.ItemSelector(
3584                txtlst,G2frame.dataFrame,
3585                multiple=False,
3586                title='Select a parametric equation to copy',
3587                header='Copy equation')
3588        if selected is not None:
3589            newEqn = copy.deepcopy(Controls['SeqParFitEqList'][selected])
3590            for var in newEqn.freeVars:
3591                newEqn.freeVars[var][0] = G2obj.MakeUniqueLabel(newEqn.freeVars[var][0],usedvarlist)
3592            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3593                G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3594                newEqn,
3595                depVarDict=depVarDict,
3596                header="Edit the formula for this minimization function",
3597                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3598            newobj = dlg.Show(True)
3599            if newobj:
3600                Controls['SeqParFitEqList'].append(newobj)
3601                EnableParFitEqMenus()
3602            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3603                                           
3604    def GridSetToolTip(row,col):
3605        '''Routine to show standard uncertainties for each element in table
3606        as a tooltip
3607        '''
3608        if colSigs[col]:
3609            return u'\u03c3 = '+str(colSigs[col][row])
3610        return ''
3611       
3612    def GridColLblToolTip(col):
3613        '''Define a tooltip for a column. This will be the user-entered value
3614        (from data['variableLabels']) or the default name
3615        '''
3616        if col < 0 or col > len(colLabels):
3617            print 'Illegal column #',col
3618            return
3619        var = colLabels[col]
3620        return variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3621       
3622    def SetLabelString(event):
3623        '''Define or edit the label for a column in the table, to be used
3624        as a tooltip and for plotting
3625        '''
3626        col = event.GetCol()
3627        if col < 0 or col > len(colLabels):
3628            return
3629        var = colLabels[col]
3630        lbl = variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3631        dlg = G2G.SingleStringDialog(G2frame.dataFrame,'Set variable label',
3632                                 'Set a new name for variable '+var,lbl,size=(400,-1))
3633        if dlg.Show():
3634            variableLabels[var] = dlg.GetValue()
3635        dlg.Destroy()
3636
3637    def DoSequentialExport(event):
3638        '''Event handler for all Sequential Export menu items
3639        '''
3640        vals = G2frame.dataFrame.SeqExportLookup.get(event.GetId())
3641        if vals is None:
3642            print('Error: Id not found. This should not happen!')
3643        G2IO.ExportSequential(G2frame,data,*vals)
3644   
3645    #def GridRowLblToolTip(row): return 'Row ='+str(row)
3646   
3647    # lookup table for unique cell parameters by symmetry
3648    cellGUIlist = [
3649        [['m3','m3m'],(0,)],
3650        [['3R','3mR'],(0,3)],
3651        [['3','3m1','31m','6/m','6/mmm','4/m','4/mmm'],(0,2)],
3652        [['mmm'],(0,1,2)],
3653        [['2/m'+'a'],(0,1,2,3)],
3654        [['2/m'+'b'],(0,1,2,4)],
3655        [['2/m'+'c'],(0,1,2,5)],
3656        [['-1'],(0,1,2,3,4,5)],
3657        ]
3658    # cell labels
3659    cellUlbl = ('a','b','c',u'\u03B1',u'\u03B2',u'\u03B3') # unicode a,b,c,alpha,beta,gamma
3660
3661    #======================================================================
3662    # start processing sequential results here (UpdateSeqResults)
3663    #======================================================================
3664    if not data:
3665        print 'No sequential refinement results'
3666        return
3667    variableLabels = data.get('variableLabels',{})
3668    data['variableLabels'] = variableLabels
3669    Histograms,Phases = G2frame.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3670    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
3671    # create a place to store Pseudo Vars & Parametric Fit functions, if not present
3672    if 'SeqPseudoVars' not in Controls: Controls['SeqPseudoVars'] = {}
3673    if 'SeqParFitEqList' not in Controls: Controls['SeqParFitEqList'] = []
3674    histNames = data['histNames']
3675    if G2frame.dataDisplay:
3676        G2frame.dataDisplay.Destroy()
3677    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3678        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3679        Status.SetStatusText("Select column to export; Double click on column to plot data; on row for Covariance")
3680    sampleParms = GetSampleParms()
3681
3682    # make dict of varied atom coords keyed by absolute position
3683    newAtomDict = data[histNames[0]].get('newAtomDict',{}) # dict with atom positions; relative & absolute
3684    # Possible error: the next might need to be data[histNames[0]]['varyList']
3685    # error will arise if there constraints on coordinates?
3686    atomLookup = {newAtomDict[item][0]:item for item in newAtomDict if item in data['varyList']}
3687   
3688    # make dict of varied cell parameters equivalents
3689    ESDlookup = {} # provides the Dij term for each Ak term (where terms are refined)
3690    Dlookup = {} # provides the Ak term for each Dij term (where terms are refined)
3691    # N.B. These Dij vars are missing a histogram #
3692    newCellDict = data[histNames[0]].get('newCellDict',{})
3693    for item in newCellDict:
3694        if item in data['varyList']:
3695            ESDlookup[newCellDict[item][0]] = item
3696            Dlookup[item] = newCellDict[item][0]
3697    # add coordinate equivalents to lookup table
3698    for parm in atomLookup:
3699        Dlookup[atomLookup[parm]] = parm
3700        ESDlookup[parm] = atomLookup[parm]
3701
3702    # get unit cell & symmetry for all phases & initial stuff for later use
3703    RecpCellTerms = {}
3704    SGdata = {}
3705    uniqCellIndx = {}
3706    initialCell = {}
3707    RcellLbls = {}
3708    zeroDict = {}
3709    for phase in Phases:
3710        phasedict = Phases[phase]
3711        pId = phasedict['pId']
3712        pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3713        RcellLbls[pId] = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3714        RecpCellTerms[pId] = G2lat.cell2A(phasedict['General']['Cell'][1:7])
3715        zeroDict[pId] = dict(zip(RcellLbls[pId],6*[0.,]))
3716        SGdata[pId] = phasedict['General']['SGData']
3717        laue = SGdata[pId]['SGLaue']
3718        if laue == '2/m':
3719            laue += SGdata[pId]['SGUniq']
3720        for symlist,celllist in cellGUIlist:
3721            if laue in symlist:
3722                uniqCellIndx[pId] = celllist
3723                break
3724        else: # should not happen
3725            uniqCellIndx[pId] = range(6)
3726        for i in uniqCellIndx[pId]:
3727            initialCell[str(pId)+'::A'+str(i)] =  RecpCellTerms[pId][i]
3728
3729    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SequentialMenu)
3730    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sequential refinement results')
3731    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3732        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3733        Status.SetStatusText('')
3734    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnRenameSelSeq, id=wxID_RENAMESEQSEL)
3735    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeq, id=wxID_SAVESEQSEL)
3736    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeqCSV, id=wxID_SAVESEQSELCSV)
3737    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSeqCSV, id=wxID_SAVESEQCSV)
3738    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotSelSeq, id=wxID_PLOTSEQSEL)
3739    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAveSelSeq, id=wxID_AVESEQSEL)
3740    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReOrgSelSeq, id=wxID_ORGSEQSEL)
3741    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewPseudoVar, id=wxADDSEQVAR)
3742    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewDistPseudoVar, id=wxADDSEQDIST)
3743    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewAnglePseudoVar, id=wxADDSEQANGLE)
3744    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelPseudoVar, id=wxDELSEQVAR)
3745    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditPseudoVar, id=wxEDITSEQVAR)
3746    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewParFitEq, id=wxADDPARFIT)
3747    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyParFitEq, id=wxCOPYPARFIT)
3748    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelParFitEq, id=wxDELPARFIT)
3749    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditParFitEq, id=wxEDITPARFIT)
3750    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoParEqFit, id=wxDOPARFIT)
3751
3752    for id in G2frame.dataFrame.SeqExportLookup:       
3753        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoSequentialExport, id=id)
3754
3755    EnablePseudoVarMenus()
3756    EnableParFitEqMenus()
3757
3758    # scan for locations where the variables change
3759    VaryListChanges = [] # histograms where there is a change
3760    combinedVaryList = []
3761    firstValueDict = {}
3762    vallookup = {}
3763    posdict = {}
3764    prevVaryList = []
3765    foundNames = []
3766    for i,name in enumerate(histNames):
3767        if name not in data:
3768            print("Error: "+name+" not found!")
3769            continue
3770        foundNames.append(name)
3771        for var,val,sig in zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables'],data[name]['sig']):
3772            svar = striphist(var,'*') # wild-carded
3773            if svar not in combinedVaryList:
3774                # add variables to list as they appear
3775                combinedVaryList.append(svar)
3776                firstValueDict[svar] = (val,sig)
3777        if prevVaryList != data[name]['varyList']: # this refinement has a different refinement list from previous
3778            prevVaryList = data[name]['varyList']
3779            vallookup[name] = dict(zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables']))
3780            posdict[name] = {}
3781            for var in data[name]['varyList']:
3782                svar = striphist(var,'*')
3783                posdict[name][combinedVaryList.index(svar)] = svar
3784            VaryListChanges.append(name)
3785    if len(VaryListChanges) > 1:
3786        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,True)
3787    else:
3788        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,False)
3789    #-----------------------------------------------------------------------------------
3790    # build up the data table by columns -----------------------------------------------
3791    histNames = foundNames
3792    nRows = len(histNames)
3793    colList = [nRows*[True]]
3794    colSigs = [None]
3795    colLabels = ['Use']
3796    Types = [wg.GRID_VALUE_BOOL]
3797    # start with Rwp values
3798    if 'IMG ' not in histNames[0][:4]:
3799        colList += [[data[name]['Rvals']['Rwp'] for name in histNames]]
3800        colSigs += [None]
3801        colLabels += ['Rwp']
3802        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
3803    # add % change in Chi^2 in last cycle
3804    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG '] and Controls.get('ShowCell'):
3805        colList += [[100.*data[name]['Rvals'].get('DelChi2',-1) for name in histNames]]
3806        colSigs += [None]
3807        colLabels += [u'\u0394\u03C7\u00B2 (%)']
3808        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3809    deltaChiCol = len(colLabels)-1
3810    # add changing sample parameters to table
3811    for key in sampleParms:
3812        colList += [sampleParms[key]]
3813        colSigs += [None]
3814        colLabels += [key]
3815        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3816    sampleDict = {}
3817    for i,name in enumerate(histNames):
3818        sampleDict[name] = dict(zip(sampleParms.keys(),[sampleParms[key][i] for key in sampleParms.keys()])) 
3819    # add unique cell parameters TODO: review this where the cell symmetry changes (when possible)
3820    if Controls.get('ShowCell',False):
3821        for pId in sorted(RecpCellTerms):
3822            pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3823            cells = []
3824            cellESDs = []
3825            colLabels += [pfx+cellUlbl[i] for i in uniqCellIndx[pId]]
3826            colLabels += [pfx+'Vol']
3827            Types += (1+len(uniqCellIndx[pId]))*[wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3828            for name in histNames:
3829                covData = {
3830                    'varyList': [Dlookup.get(striphist(v),v) for v in data[name]['varyList']],
3831                    'covMatrix': data[name]['covMatrix']
3832                    }
3833                A = RecpCellTerms[pId][:] # make copy of starting A values
3834                # update with refined values
3835                for i in range(6):
3836                    var = str(pId)+'::A'+str(i)
3837                    if var in ESDlookup:
3838                        val = data[name]['newCellDict'][ESDlookup[var]][1] # get refined value
3839                        A[i] = val # override with updated value
3840                # apply symmetry
3841                Albls = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3842                cellDict = dict(zip(Albls,A))
3843                A,zeros = G2stIO.cellFill(pfx,SGdata[pId],cellDict,zeroDict[pId])
3844                # convert to direct cell & add only unique values to table
3845                c = G2lat.A2cell(A)
3846                vol = G2lat.calc_V(A)
3847                cE = G2stIO.getCellEsd(pfx,SGdata[pId],A,covData)
3848                cells += [[c[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[vol]]
3849                cellESDs += [[cE[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[cE[-1]]]
3850            colList += zip(*cells)
3851            colSigs += zip(*cellESDs)
3852    # sort out the variables in their selected order
3853    varcols = 0
3854    for d in posdict.itervalues():
3855        varcols = max(varcols,max(d.keys())+1)
3856    # get labels for each column
3857    for i in range(varcols):
3858        lbl = ''
3859        for h in VaryListChanges:
3860            if posdict[h].get(i):
3861                if posdict[h].get(i) in lbl: continue
3862                if lbl != "": lbl += '/'
3863                lbl += posdict[h].get(i)
3864        colLabels.append(lbl)
3865    Types += varcols*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
3866    vals = []
3867    esds = []
3868    varsellist = None        # will be a list of variable names in the order they are selected to appear
3869    # tabulate values for each hist, leaving None for blank columns
3870    for name in histNames:
3871        if name in posdict:
3872            varsellist = [posdict[name].get(i) for i in range(varcols)]
3873            # translate variable names to how they will be used in the headings
3874            vs = [striphist(v,'*') for v in data[name]['varyList']]
3875            # determine the index for each column (or None) in the data[]['variables'] and ['sig'] lists
3876            sellist = [vs.index(v) if v is not None else None for v in varsellist]
3877            #sellist = [i if striphist(v,'*') in varsellist else None for i,v in enumerate(data[name]['varyList'])]
3878        if not varsellist: raise Exception()
3879        vals.append([data[name]['variables'][s] if s is not None else None for s in sellist])
3880        esds.append([data[name]['sig'][s] if s is not None else None for s in sellist])
3881        #GSASIIpath.IPyBreak()
3882    colList += zip(*vals)
3883    colSigs += zip(*esds)
3884    # compute and add weight fractions to table if varied
3885    for phase in Phases:
3886        var = str(Phases[phase]['pId'])+':*:Scale'
3887        if var not in combinedVaryList: continue
3888        wtFrList = []
3889        sigwtFrList = []
3890        for i,name in enumerate(histNames):
3891            wtFrSum = 0.
3892            for phase1 in Phases:
3893                wtFrSum += Phases[phase1]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase1]['General']['Mass']
3894            var = str(Phases[phase]['pId'])+':'+str(i)+':Scale'
3895            wtFr = Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase]['General']['Mass']/wtFrSum
3896            wtFrList.append(wtFr)
3897            if var in data[name]['varyList']:
3898                sig = data[name]['sig'][data[name]['varyList'].index(var)]*wtFr/Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]
3899            else:
3900                sig = 0.0
3901            sigwtFrList.append(sig)
3902        colLabels.append(str(Phases[phase]['pId'])+':*:WgtFrac')
3903        colList += [wtFrList]
3904        colSigs += [sigwtFrList]
3905               
3906    # tabulate constrained variables, removing histogram numbers if needed
3907    # from parameter label
3908    depValDict = {}
3909    depSigDict = {}
3910    for name in histNames:
3911        for var in data[name].get('depParmDict',{}):
3912            val,sig = data[name]['depParmDict'][var]
3913            svar = striphist(var,'*')
3914            if svar not in depValDict:
3915               depValDict[svar] = [val]
3916               depSigDict[svar] = [sig]
3917            else:
3918               depValDict[svar].append(val)
3919               depSigDict[svar].append(sig)
3920    # add the dependent constrained variables to the table
3921    for var in sorted(depValDict):
3922        if len(depValDict[var]) != len(histNames): continue
3923        colLabels.append(var)
3924        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3925        colSigs += [depSigDict[var]]
3926        colList += [depValDict[var]]
3927
3928    # add atom parameters to table
3929    colLabels += atomLookup.keys()
3930    Types += len(atomLookup)*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
3931    for parm in sorted(atomLookup):
3932        colList += [[data[name]['newAtomDict'][atomLookup[parm]][1] for name in histNames]]
3933        if atomLookup[parm] in data[histNames[0]]['varyList']:
3934            col = data[histNames[0]]['varyList'].index(atomLookup[parm])
3935            colSigs += [[data[name]['sig'][col] for name in histNames]]
3936        else:
3937            colSigs += [None] # should not happen
3938    # evaluate Pseudovars, their ESDs and add them to grid
3939    for expr in Controls['SeqPseudoVars']:
3940        obj = Controls['SeqPseudoVars'][expr]
3941        calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3942        valList = []
3943        esdList = []
3944        for seqnum,name in enumerate(histNames):
3945            sigs = data[name]['sig']
3946            G2mv.InitVars()
3947            parmDict = data[name].get('parmDict')
3948            constraintInfo = data[name].get('constraintInfo',[[],[],{},[],seqnum])
3949            groups,parmlist,constrDict,fixedList,ihst = constraintInfo
3950            varyList = data[name]['varyList']
3951            parmDict = data[name]['parmDict']
3952            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmDict,SeqHist=ihst)
3953            if 'Dist' in expr:
3954                derivs = G2mth.CalcDistDeriv(obj.distance_dict,obj.distance_atoms, parmDict)
3955                pId = obj.distance_dict['pId']
3956                aId,bId = obj.distance_atoms
3957                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
3958                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId) for ip in ['x','y','z']]
3959                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
3960                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
3961#                GSASIIpath.IPyBreak()
3962            elif 'Angle' in expr:
3963                derivs = G2mth.CalcAngleDeriv(obj.angle_dict,obj.angle_atoms, parmDict)
3964                pId = obj.angle_dict['pId']
3965                aId,bId = obj.angle_atoms
3966                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
3967                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[0]) for ip in ['x','y','z']]
3968                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[1]) for ip in ['x','y','z']]
3969                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
3970                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
3971            else:
3972                derivs = np.array(
3973                    [EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict.copy(),sampleDict[name],var,ESD)
3974                     for var,ESD in zip(varyList,sigs)])
3975                esdList.append(np.sqrt(
3976                    np.inner(derivs,np.inner(data[name]['covMatrix'],derivs.T)) ))
3977            PSvarDict = parmDict.copy()
3978            PSvarDict.update(sampleDict[name])
3979            UpdateParmDict(PSvarDict)
3980            calcobj.UpdateDict(PSvarDict)
3981            valList.append(calcobj.EvalExpression())
3982#            if calcobj.su is not None: esdList[-1] = calcobj.su
3983        if not esdList:
3984            esdList = None
3985        colList += [valList]
3986        colSigs += [esdList]
3987        colLabels += [expr]
3988        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3989    #---- table build done -------------------------------------------------------------
3990
3991    # Make dict needed for creating & editing pseudovars (PSvarDict).
3992    name = histNames[0]
3993    parmDict = data[name].get('parmDict',{})
3994    PSvarDict = parmDict.copy()
3995    PSvarDict.update(sampleParms)
3996    UpdateParmDict(PSvarDict)
3997    # Also dicts of dependent (depVarDict) & independent vars (indepVarDict)
3998    # for Parametric fitting from the data table
3999    parmDict = dict(zip(colLabels,zip(*colList)[0])) # scratch dict w/all values in table
4000    parmDict.update(
4001        {var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()} #  add varied reciprocal cell terms
4002    )
4003    name = histNames[0]
4004
4005    #******************************************************************************
4006    # create a set of values for example evaluation of pseudovars and
4007    # this does not work for refinements that have differing numbers of variables.
4008    #raise Exception
4009    indepVarDict = {}     #  values in table w/o ESDs
4010    depVarDict = {}
4011    for i,var in enumerate(colLabels):
4012        if var == 'Use': continue
4013        if colList[i][0] is None:
4014            val,sig = firstValueDict.get(var,[None,None])
4015        elif colSigs[i]:
4016            val,sig = colList[i][0],colSigs[i][0]
4017        else:
4018            val,sig = colList[i][0],None
4019        if val is None:
4020            continue
4021        elif sig is None:
4022            indepVarDict[var] = val
4023        elif striphist(var) not in Dlookup:
4024            depVarDict[var] = val
4025    # add recip cell coeff. values
4026    depVarDict.update({var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()})
4027
4028    G2frame.dataFrame.currentGrids = []
4029    G2frame.dataDisplay = G2G.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
4030    G2frame.SeqTable = G2G.Table(
4031        [list(cl) for cl in zip(*colList)],     # convert from columns to rows
4032        colLabels=colLabels,rowLabels=histNames,types=Types)
4033    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.SeqTable, True)
4034    #G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
4035    # make all but first column read-only
4036    for c in range(1,len(colLabels)):
4037        for r in range(nRows):
4038            G2frame.dataDisplay.SetCellReadOnly(r,c)
4039    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK, PlotSelect)
4040    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_RIGHT_CLICK, SetLabelString)
4041    G2frame.dataDisplay.SetRowLabelSize(8*len(histNames[0]))       #pretty arbitrary 8
4042    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
4043    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(True)
4044    if prevSize:
4045        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(prevSize)
4046    else:
4047        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([700,350])
4048    # highlight unconverged shifts
4049    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG ']:
4050        for row,name in enumerate(histNames):
4051            deltaChi = G2frame.SeqTable.GetValue(row,deltaChiCol)
4052            if deltaChi > 10.:
4053                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,0,0))
4054            elif deltaChi > 1.0:
4055                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,255,0))
4056    G2frame.dataDisplay.InstallGridToolTip(GridSetToolTip,GridColLblToolTip)
4057    G2frame.dataDisplay.SendSizeEvent() # resize needed on mac
4058    G2frame.dataDisplay.Refresh() # shows colored text on mac
4059   
4060################################################################################
4061#####  Main PWDR panel
4062################################################################################           
4063       
4064def UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item):
4065    '''Called when the histogram main tree entry is called. Displays the
4066    histogram weight factor, refinement statistics for the histogram
4067    and the range of data for a simulation.
4068
4069    Also invokes a plot of the histogram.
4070    '''
4071    def onEditSimRange(event):
4072        'Edit simulation range'
4073        inp = [
4074            min(data[1][0]),
4075            max(data[1][0]),
4076            None
4077            ]
4078        inp[2] = (inp[1] - inp[0])/(len(data[1][0])-1.)
4079        names = ('start angle', 'end angle', 'step size')
4080        dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
4081            G2frame,[inp] * len(inp), range(len(inp)), names,
4082            header='Edit simulation range',
4083            minvals=(0.001,0.001,0.0001),
4084            maxvals=(180.,180.,.1),
4085            )
4086        dlg.CenterOnParent()
4087        val = dlg.ShowModal()
4088        dlg.Destroy()
4089        if val != wx.ID_OK: return
4090        if inp[0] > inp[1]:
4091            end,start,step = inp
4092        else:               
4093            start,end,step = inp
4094        step = abs(step)
4095        N = int((end-start)/step)+1
4096        newdata = np.linspace(start,end,N,True)
4097        if len(newdata) < 2: return # too small a range - reject
4098        data[1] = [newdata,np.zeros_like(newdata),np.ones_like(newdata),
4099            np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata)]
4100        Tmin = newdata[0]
4101        Tmax = newdata[-1]
4102        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,item,'Limits'),
4103            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
4104        UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item) # redisplay data screen
4105
4106    def OnPlot3DHKL(event):
4107        refList = data[1]['RefList']
4108        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4109        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4110        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4111        Vpoint = np.array([int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))])
4112        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4113            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4114            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4115            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[0,0,1]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4116        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4117       
4118    def OnPlotAll3DHKL(event):
4119        choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['HKLF',])
4120        dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame, 'Select reflection sets to plot',
4121            'Use data',choices)
4122        try:
4123            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4124                refNames = [choices[i] for i in dlg.GetSelections()]
4125            else:
4126                return
4127        finally:
4128            dlg.Destroy()
4129        refList = np.zeros(0)
4130        for name in refNames:
4131            Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, name)
4132            reflData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[1]
4133            if len(refList):
4134                refList = np.concatenate((refList,reflData['RefList']))
4135            else:
4136                refList = reflData['RefList']
4137           
4138        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4139        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4140        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4141        Vpoint = [int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))]
4142        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4143            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4144            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4145            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[1,0,0]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4146        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4147                 
4148    def OnMergeHKL(event):
4149        Name = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
4150        Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,
4151            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
4152        CId = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Comments')
4153        if CId:
4154            Comments = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(CId)
4155        else:
4156            Comments = []
4157        refList = np.copy(data[1]['RefList'])
4158        Comments.append(' Merging %d reflections from %s'%(len(refList),Name))
4159        dlg = MergeDialog(G2frame,data)
4160        try:
4161            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4162                Trans,Cent,Laue = dlg.GetSelection()
4163            else:
4164                return
4165        finally:
4166            dlg.Destroy()
4167        Super = data[1]['Super']
4168        refList,badRefs = G2lat.transposeHKLF(Trans,Super,refList)
4169        if len(badRefs):    #do I want to list badRefs?
4170            G2frame.ErrorDialog('Failed transformation','Matrix yields fractional hkl indices')
4171            return
4172        Comments.append(" Transformation M*H = H' applied; M=")
4173        Comments.append(str(Trans))
4174        refList = G2lat.LaueUnique(Laue,refList)
4175        dlg = wx.ProgressDialog('Build HKL dictonary','',len(refList)+1, 
4176            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4177        HKLdict = {}
4178        for ih,hkl in enumerate(refList):
4179            if str(hkl[:3+Super]) not in HKLdict:
4180                HKLdict[str(hkl[:3+Super])] = [hkl[:3+Super],[hkl[3+Super:],]]
4181            else:
4182                HKLdict[str(hkl[:3+Super])][1].append(hkl[3+Super:])
4183            dlg.Update(ih)
4184        dlg.Destroy()
4185        mergeRef = []
4186        dlg = wx.ProgressDialog('Processing merge','',len(HKLdict)+1, 
4187            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4188        sumDf = 0.
4189        sumFo = 0.
4190        for ih,hkl in enumerate(HKLdict):
4191            HKL = HKLdict[hkl]
4192            newHKL = list(HKL[0])+list(HKL[1][0])
4193            if len(HKL[1]) > 1:
4194                fos = np.array(HKL[1])
4195                wFo = 1/fos[:,3]**2
4196                Fo = np.average(fos[:,2],weights=wFo)
4197                std = np.std(fos[:,2])
4198                sig = np.sqrt(np.mean(fos[:,3])**2+std**2)
4199                sumFo += np.sum(fos[:,2])
4200                sumDf += np.sum(np.abs(fos[:,2]-Fo))
4201                dlg.Update(ih)
4202                newHKL[5+Super] = Fo
4203                newHKL[6+Super] = sig
4204                newHKL[8+Super] = Fo
4205            if newHKL[5+Super] > 0.:
4206                mergeRef.append(list(newHKL)) 
4207        dlg.Destroy()
4208        if Super:
4209            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,3),2),1),0)
4210        else:
4211            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,2),1),0)
4212        mergeRef = np.array(mergeRef)
4213        if sumFo:
4214            mtext = ' merge R = %6.2f%s for %d reflections in %s'%(100.*sumDf/sumFo,'%',mergeRef.shape[0],Laue)
4215            print mtext
4216            Comments.append(mtext)
4217        else:
4218            print 'nothing to merge for %s reflections'%(mergeRef.shape[0])
4219        HKLFlist = []
4220        newName = Name+' '+Laue
4221        if G2frame.PatternTree.GetCount():
4222            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)
4223            while item:
4224                name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
4225                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
4226                    HKLFlist.append(name)
4227                item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
4228        newName = G2obj.MakeUniqueLabel(newName,HKLFlist)
4229        newData = copy.deepcopy(data)
4230        newData[0]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
4231        newData[1]['RefList'] = mergeRef
4232        Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text=newName)
4233        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4234            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
4235        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,newData)
4236        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4237            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
4238        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4239            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),{})  #dummy entry for GUI use
4240                   
4241    def OnErrorAnalysis(event):
4242        G2plt.PlotDeltSig(G2frame,kind)
4243       
4244    def OnWtFactor(event):
4245        event.Skip()
4246        try:
4247            val = float(wtval.GetValue())
4248        except ValueError:
4249            val = data[0]['wtFactor']
4250        data[0]['wtFactor'] = val
4251        wtval.SetValue('%.3f'%(val))
4252       
4253#    def OnCompression(event):
4254#        data[0] = int(comp.GetValue())
4255       
4256    def onCopyPlotCtrls(event):
4257        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4258        Need this here to pass on the G2frame object.
4259        '''
4260        G2pdG.CopyPlotCtrls(G2frame)
4261
4262    def onCopySelectedItems(event):
4263        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4264        Need this here to pass on the G2frame object.
4265        '''
4266        G2pdG.CopySelectedHistItems(G2frame)
4267           
4268    data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4269#patches
4270    if not data:
4271        return
4272    if 'wtFactor' not in data[0]:
4273        data[0] = {'wtFactor':1.0}
4274#    if kind == 'PWDR' and 'Compression' not in data[0]:
4275#        data[0]['Compression'] = 1
4276    #if isinstance(data[1],list) and kind == 'HKLF':
4277    if 'list' in str(type(data[1])) and kind == 'HKLF':
4278        RefData = {'RefList':[],'FF':[]}
4279        for ref in data[1]:
4280            RefData['RefList'].append(ref[:11]+[ref[13],])
4281            RefData['FF'].append(ref[