source: trunk/GSASIIgrid.py @ 2657

Last change on this file since 2657 was 2657, checked in by toby, 5 years ago

deal with dead grids

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 223.6 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIgrid - data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2017-01-22 23:00:14 +0000 (Sun, 22 Jan 2017) $
5# $Author: toby $
6# $Revision: 2657 $
7# $URL: trunk/GSASIIgrid.py $
8# $Id: GSASIIgrid.py 2657 2017-01-22 23:00:14Z toby $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIgrid: Basic GUI routines*
12--------------------------------
13
14'''
15import wx
16import wx.grid as wg
17#import wx.wizard as wz
18#import wx.aui
19import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
20import time
21import copy
22import sys
23import os
24import random as ran
25import numpy as np
26import scipy.optimize as so
27import GSASIIpath
28GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2657 $")
29import GSASIImath as G2mth
30import GSASIIIO as G2IO
31import GSASIIstrIO as G2stIO
32import GSASIIlattice as G2lat
33import GSASIIplot as G2plt
34import GSASIIpwdGUI as G2pdG
35import GSASIIimgGUI as G2imG
36import GSASIIphsGUI as G2phG
37import GSASIIspc as G2spc
38import GSASIImapvars as G2mv
39import GSASIIconstrGUI as G2cnstG
40import GSASIIrestrGUI as G2restG
41import GSASIIpy3 as G2py3
42import GSASIIobj as G2obj
43import GSASIIexprGUI as G2exG
44import GSASIIlog as log
45import GSASIIctrls as G2G
46
47# trig functions in degrees
48sind = lambda x: np.sin(x*np.pi/180.)
49tand = lambda x: np.tan(x*np.pi/180.)
50cosd = lambda x: np.cos(x*np.pi/180.)
51
52# Define a short name for convenience
53WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
54
55[ wxID_FOURCALC, wxID_FOURSEARCH, wxID_FOURCLEAR, wxID_PEAKSMOVE, wxID_PEAKSCLEAR, 
56    wxID_CHARGEFLIP, wxID_PEAKSUNIQUE, wxID_PEAKSDELETE, wxID_PEAKSDA,
57    wxID_PEAKSDISTVP, wxID_PEAKSVIEWPT, wxID_FINDEQVPEAKS,wxID_SHOWBONDS,wxID_MULTIMCSA,
58    wxID_SINGLEMCSA,wxID_4DCHARGEFLIP,wxID_TRANSFORMSTRUCTURE,
59] = [wx.NewId() for item in range(17)]
60
61[ wxID_PWDRADD, wxID_HKLFADD, wxID_PWDANALYSIS, wxID_PWDCOPY, wxID_PLOTCTRLCOPY, 
62    wxID_DATADELETE,wxID_DATACOPY,wxID_DATACOPYFLAGS,wxID_DATASELCOPY,wxID_DATAUSE,
63] = [wx.NewId() for item in range(10)]
64
65[ wxID_ATOMSEDITADD, wxID_ATOMSEDITINSERT, wxID_ATOMSEDITDELETE, 
66    wxID_ATOMSMODIFY, wxID_ATOMSTRANSFORM, wxID_ATOMSVIEWADD, wxID_ATOMVIEWINSERT,
67    wxID_RELOADDRAWATOMS,wxID_ATOMSDISAGL,wxID_ATOMMOVE,wxID_MAKEMOLECULE,
68    wxID_ASSIGNATMS2RB,wxID_ATOMSPDISAGL, wxID_ISODISP,wxID_ADDHATOM,wxID_UPDATEHATOM,
69    wxID_WAVEVARY,wxID_ATOMSROTATE, wxID_ATOMSDENSITY,
70    wxID_ATOMSSETALL, wxID_ATOMSSETSEL,
71] = [wx.NewId() for item in range(21)]
72
73[ wxID_DRAWATOMSTYLE, wxID_DRAWATOMLABEL, wxID_DRAWATOMCOLOR, wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, 
74    wxID_DRAWVIEWPOINT, wxID_DRAWTRANSFORM, wxID_DRAWDELETE, wxID_DRAWFILLCELL, 
75    wxID_DRAWADDEQUIV, wxID_DRAWFILLCOORD, wxID_DRAWDISAGLTOR,  wxID_DRAWPLANE,
76    wxID_DRAWDISTVP, wxID_DRAWADDSPHERE,wxID_DRWAEDITRADII,
77] = [wx.NewId() for item in range(15)]
78
79[ wxID_DRAWRESTRBOND, wxID_DRAWRESTRANGLE, wxID_DRAWRESTRPLANE, wxID_DRAWRESTRCHIRAL,
80] = [wx.NewId() for item in range(4)]
81
82[ wxID_ADDMCSAATOM,wxID_ADDMCSARB,wxID_CLEARMCSARB,wxID_MOVEMCSA,wxID_MCSACLEARRESULTS,
83] = [wx.NewId() for item in range(5)]
84
85[ wxID_CLEARTEXTURE,wxID_REFINETEXTURE,
86] = [wx.NewId() for item in range(2)]
87
88[ wxID_LOADDIFFAX,wxID_LAYERSIMULATE,wxID_SEQUENCESIMULATE, wxID_LAYERSFIT, wxID_COPYPHASE,
89] = [wx.NewId() for item in range(5)]
90
91[ wxID_PAWLEYLOAD, wxID_PAWLEYESTIMATE, wxID_PAWLEYUPDATE, wxID_PAWLEYSELALL, wxID_PAWLEYSELNONE,
92  wxID_PAWLEYSELTOGGLE, wxID_PAWLEYSET,
93] = [wx.NewId() for item in range(7)]
94
95[ wxID_IMCALIBRATE,wxID_IMRECALIBRATE,wxID_IMINTEGRATE, wxID_IMCLEARCALIB,wxID_IMRECALIBALL, 
96    wxID_IMCOPYCONTROLS, wxID_INTEGRATEALL, wxID_IMSAVECONTROLS, wxID_IMLOADCONTROLS, wxID_IMAUTOINTEG,
97    wxID_IMCOPYSELECTED, wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, wxID_IMXFERCONTROLS,
98] = [wx.NewId() for item in range(13)]
99
100[ wxID_MASKCOPY, wxID_MASKSAVE, wxID_MASKLOAD, wxID_NEWMASKSPOT,wxID_NEWMASKARC,wxID_NEWMASKRING,
101    wxID_NEWMASKFRAME, wxID_NEWMASKPOLY,wxID_MASKLOADNOT,wxID_FINDSPOTS,
102] = [wx.NewId() for item in range(10)]
103
104[ wxID_STRSTACOPY, wxID_STRSTAFIT, wxID_STRSTASAVE, wxID_STRSTALOAD,wxID_STRSTSAMPLE,
105    wxID_APPENDDZERO,wxID_STRSTAALLFIT,wxID_UPDATEDZERO,wxID_STRSTAPLOT,
106] = [wx.NewId() for item in range(9)]
107
108[ wxID_BACKCOPY,wxID_LIMITCOPY, wxID_SAMPLECOPY, wxID_SAMPLECOPYSOME, wxID_BACKFLAGCOPY, wxID_SAMPLEFLAGCOPY,
109    wxID_SAMPLESAVE, wxID_SAMPLELOAD,wxID_ADDEXCLREGION,wxID_SETSCALE,wxID_SAMPLE1VAL,wxID_ALLSAMPLELOAD,
110    wxID_MAKEBACKRDF,
111] = [wx.NewId() for item in range(13)]
112
113[ wxID_INSTPRMRESET,wxID_CHANGEWAVETYPE,wxID_INSTCOPY, wxID_INSTFLAGCOPY, wxID_INSTLOAD,
114    wxID_INSTSAVE, wxID_INST1VAL, wxID_INSTCALIB,wxID_INSTSAVEALL,
115] = [wx.NewId() for item in range(9)]
116
117[ wxID_UNDO,wxID_LSQPEAKFIT,wxID_LSQONECYCLE,wxID_RESETSIGGAM,wxID_CLEARPEAKS,wxID_AUTOSEARCH,
118    wxID_PEAKSCOPY, wxID_SEQPEAKFIT,
119] = [wx.NewId() for item in range(8)]
120
121[  wxID_INDXRELOAD, wxID_INDEXPEAKS, wxID_REFINECELL, wxID_COPYCELL, wxID_MAKENEWPHASE,
122    wxID_EXPORTCELLS,
123] = [wx.NewId() for item in range(6)]
124
125[ wxID_CONSTRAINTADD,wxID_EQUIVADD,wxID_HOLDADD,wxID_FUNCTADD,wxID_ADDRIDING,
126  wxID_CONSPHASE, wxID_CONSHIST, wxID_CONSHAP, wxID_CONSGLOBAL,wxID_EQUIVALANCEATOMS,
127] = [wx.NewId() for item in range(10)]
128
129[ wxID_RESTRAINTADD, wxID_RESTSELPHASE,wxID_RESTDELETE, wxID_RESRCHANGEVAL, 
130    wxID_RESTCHANGEESD,wxID_AARESTRAINTADD,wxID_AARESTRAINTPLOT,
131] = [wx.NewId() for item in range(7)]
132
133[ wxID_RIGIDBODYADD,wxID_DRAWDEFINERB,wxID_RIGIDBODYIMPORT,wxID_RESIDUETORSSEQ,
134    wxID_AUTOFINDRESRB,wxID_GLOBALRESREFINE,wxID_RBREMOVEALL,wxID_COPYRBPARMS,
135    wxID_GLOBALTHERM,wxID_VECTORBODYADD
136] = [wx.NewId() for item in range(10)]
137
138[ wxID_RENAMESEQSEL,wxID_SAVESEQSEL,wxID_SAVESEQSELCSV,wxID_SAVESEQCSV,wxID_PLOTSEQSEL,
139  wxID_ORGSEQSEL,wxADDSEQVAR,wxDELSEQVAR,wxEDITSEQVAR,wxCOPYPARFIT,wxID_AVESEQSEL,
140  wxADDPARFIT,wxDELPARFIT,wxEDITPARFIT,wxDOPARFIT,wxADDSEQDIST,wxADDSEQANGLE
141] = [wx.NewId() for item in range(17)]
142
143[ wxID_MODELCOPY,wxID_MODELFIT,wxID_MODELADD,wxID_ELEMENTADD,wxID_ELEMENTDELETE,
144    wxID_ADDSUBSTANCE,wxID_LOADSUBSTANCE,wxID_DELETESUBSTANCE,wxID_COPYSUBSTANCE,
145    wxID_MODELUNDO,wxID_MODELFITALL,wxID_MODELCOPYFLAGS,
146] = [wx.NewId() for item in range(12)]
147
148[ wxID_SELECTPHASE,wxID_PWDHKLPLOT,wxID_PWD3DHKLPLOT,wxID_3DALLHKLPLOT,wxID_MERGEHKL,
149] = [wx.NewId() for item in range(5)]
150
151[ wxID_PDFCOPYCONTROLS, wxID_PDFSAVECONTROLS, wxID_PDFLOADCONTROLS, 
152    wxID_PDFCOMPUTE, wxID_PDFCOMPUTEALL, wxID_PDFADDELEMENT, wxID_PDFDELELEMENT, #wxID_PDFOPT,
153] = [wx.NewId() for item in range(7)]
154
155[ wxID_MCRON,wxID_MCRLIST,wxID_MCRSAVE,wxID_MCRPLAY,
156] = [wx.NewId() for item in range(4)]
157
158VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
159
160commonTrans = {'abc':np.eye(3),'a-cb':np.array([[1,0,0],[0,0,-1],[0,1,0]]),
161    'ba-c':np.array([[0,1,0],[1,0,0],[0,0,-1]]),'-cba':np.array([[0,0,-1],[0,1,0],[1,0,0]]),
162    'bca':np.array([[0,1,0],[0,0,1],[1,0,0]]),'cab':np.array([[0,0,1],[1,0,0],[0,1,0]]),
163    'P->R':np.array([[1,-1,0],[0,1,-1],[1,1,1]]),'R->P':np.array([[2./3,1./3,1./3],[-1./3,1./3,1./3],[-1./3,-2./3,1./3]]),
164    'P->A':np.array([[-1,0,0],[0,-1,1],[0,1,1]]),'R->O':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]),
165    'P->B':np.array([[-1,0,1],[0,-1,0],[1,0,1]]),'B->P':np.array([[-.5,0,.5],[0,-1,0],[.5,0,.5]]),
166    'P->C':np.array([[1,1,0],[1,-1,0],[0,0,-1]]),'C->P':np.array([[.5,.5,0],[.5,-.5,0],[0,0,-1]]),
167    'P->F':np.array([[-1,1,1],[1,-1,1],[1,1,-1]]),'F->P':np.array([[0,.5,.5],[.5,0,.5],[.5,.5,0]]),   
168    'P->I':np.array([[0,1,1],[1,0,1],[1,1,0]]),'I->P':np.array([[-.5,.5,.5],[.5,-.5,.5],[.5,.5,-.5]]),   
169    'A->P':np.array([[-1,0,0],[0,-.5,.5],[0,.5,.5]]),'O->R':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]), 
170    'abc*':np.eye(3), }
171commonNames = ['abc','bca','cab','a-cb','ba-c','-cba','P->A','A->P','P->B','B->P','P->C','C->P',
172    'P->I','I->P','P->F','F->P','P->R','R->P','R->O','O->R','abc*',]
173
174# Should SGMessageBox, SymOpDialog, DisAglDialog be moved?
175
176################################################################################
177#### GSAS-II class definitions
178################################################################################
179
180class SGMessageBox(wx.Dialog):
181    ''' Special version of MessageBox that displays space group & super space group text
182    in two blocks
183    '''
184    def __init__(self,parent,title,text,table,):
185        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
186            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
187        self.text = text
188        self.table = table
189        self.panel = wx.Panel(self)
190        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
191        mainSizer.Add((0,10))
192        for line in text:
193            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
194        ncol = self.table[0].count(',')+1
195        tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
196        for j,item in enumerate(self.table):
197            num,flds = item.split(')')
198            tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s  '%(num+')')),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
199            flds = flds.replace(' ','').split(',')
200            for i,fld in enumerate(flds):
201                if i < ncol-1:
202                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
203                else:
204                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s'%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
205            if not j%2:
206                tableSizer.Add((20,0))
207        mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_LEFT)
208        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
209        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
210        OKbtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
211        OKbtn.SetDefault()
212        btnsizer.AddButton(OKbtn)
213        btnsizer.Realize()
214        mainSizer.Add((0,10))
215        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
216        self.panel.SetSizer(mainSizer)
217        self.panel.Fit()
218        self.Fit()
219        size = self.GetSize()
220        self.SetSize([size[0]+20,size[1]])
221
222    def Show(self):
223        '''Use this method after creating the dialog to post it
224        '''
225        self.ShowModal()
226        return
227
228    def OnOk(self,event):
229        parent = self.GetParent()
230        parent.Raise()
231        self.EndModal(wx.ID_OK)
232
233class SGMagSpinBox(wx.Dialog):
234    ''' Special version of MessageBox that displays magnetic spin text
235    '''
236    def __init__(self,parent,title,text,table,names,spins,):
237        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
238            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER,size=wx.Size(420,350))
239        self.text = text
240        self.table = table
241        self.names = names
242        self.spins = spins
243        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)
244        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
245        mainSizer.Add((0,10))
246        first = text[0].split(':')[-1].strip()
247        cents = [0,]
248        if 'P' != first[0]:
249            cents = text[-1].split(';')
250        for line in text:
251            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
252        ncol = self.table[0].count(',')+2
253        for ic,cent in enumerate(cents):
254            if cent:
255                cent = cent.strip(' (').strip(')+\n') 
256                mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' for (%s)+'%(cent)),0,WACV)
257            tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
258            for j,item in enumerate(self.table):
259                flds = item.split(')')[1]
260                tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  (%2d)  '%(j+1)),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
261                flds = flds.replace(' ','').split(',')
262                for i,fld in enumerate(flds):
263                    if i < ncol-1:
264                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld))
265                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
266                    else:
267                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s '%(fld))
268                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
269                text = wx.StaticText(self.panel,label=' (%s) '%(self.names[j]))
270                if self.spins[j+ic*len(self.table)] < 0:
271                    text.SetForegroundColour('Red')
272                tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
273                if not j%2:
274                    tableSizer.Add((20,0))
275            mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
276           
277        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
278        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
279        OKbtn.SetDefault()
280        btnsizer.AddButton(OKbtn)
281        btnsizer.Realize()
282        mainSizer.Add((0,10))
283        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
284        self.panel.SetSizer(mainSizer)
285        size = np.array(self.GetSize())
286        self.panel.SetupScrolling()
287        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
288        self.panel.SetSize(size)
289        self.panel.SetAutoLayout(1)
290
291    def Show(self):
292        '''Use this method after creating the dialog to post it
293        '''
294        self.ShowModal()
295        return   
296
297################################################################################
298class SymOpDialog(wx.Dialog):
299    '''Class to select a symmetry operator
300    '''
301    def __init__(self,parent,SGData,New=True,ForceUnit=False):
302        wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,'Select symmetry operator',
303            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
304        panel = wx.Panel(self)
305        self.SGData = SGData
306        self.New = New
307        self.Force = ForceUnit
308        self.OpSelected = [0,0,0,[0,0,0],False,False]
309        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
310        if ForceUnit:
311            choice = ['No','Yes']
312            self.force = wx.RadioBox(panel,-1,'Force to unit cell?',choices=choice)
313            self.force.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
314            mainSizer.Add(self.force,0,WACV|wx.TOP,5)
315#        if SGData['SGInv']:
316        choice = ['No','Yes']
317        self.inv = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose inversion?',choices=choice)
318        self.inv.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
319        mainSizer.Add(self.inv,0,WACV)
320        if SGData['SGLatt'] != 'P':
321            LattOp = G2spc.Latt2text(SGData['SGLatt']).split(';')
322            self.latt = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose cell centering?',choices=LattOp)
323            self.latt.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
324            mainSizer.Add(self.latt,0,WACV)
325        if SGData['SGLaue'] in ['-1','2/m','mmm','4/m','4/mmm']:
326            Ncol = 2
327        else:
328            Ncol = 3
329        OpList = []
330        for Opr in SGData['SGOps']:
331            OpList.append(G2spc.MT2text(Opr))
332        self.oprs = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose space group operator?',choices=OpList,
333            majorDimension=Ncol)
334        self.oprs.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
335        mainSizer.Add(self.oprs,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
336        mainSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,"   Choose unit cell?"),0,WACV)
337        cellSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
338        cellName = ['X','Y','Z']
339        self.cell = []
340        for i in range(3):
341            self.cell.append(wx.SpinCtrl(panel,-1,cellName[i],size=wx.Size(50,20)))
342            self.cell[-1].SetRange(-3,3)
343            self.cell[-1].SetValue(0)
344            self.cell[-1].Bind(wx.EVT_SPINCTRL, self.OnOpSelect)
345            cellSizer.Add(self.cell[-1],0,WACV)
346        mainSizer.Add(cellSizer,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
347        if self.New:
348            choice = ['No','Yes']
349            self.new = wx.RadioBox(panel,-1,'Generate new positions?',choices=choice)
350            self.new.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
351            mainSizer.Add(self.new,0,WACV)
352
353        OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
354        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
355        cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
356        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
357        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
358        btnSizer.Add((20,20),1)
359        btnSizer.Add(OkBtn)
360        btnSizer.Add((20,20),1)
361        btnSizer.Add(cancelBtn)
362        btnSizer.Add((20,20),1)
363
364        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
365        panel.SetSizer(mainSizer)
366        panel.Fit()
367        self.Fit()
368
369    def OnOpSelect(self,event):
370#        if self.SGData['SGInv']:
371        self.OpSelected[0] = self.inv.GetSelection()
372        if self.SGData['SGLatt'] != 'P':
373            self.OpSelected[1] = self.latt.GetSelection()
374        self.OpSelected[2] = self.oprs.GetSelection()
375        for i in range(3):
376            self.OpSelected[3][i] = float(self.cell[i].GetValue())
377        if self.New:
378            self.OpSelected[4] = self.new.GetSelection()
379        if self.Force:
380            self.OpSelected[5] = self.force.GetSelection()
381
382    def GetSelection(self):
383        return self.OpSelected
384
385    def OnOk(self,event):
386        parent = self.GetParent()
387        parent.Raise()
388        self.EndModal(wx.ID_OK)
389
390    def OnCancel(self,event):
391        parent = self.GetParent()
392        parent.Raise()
393        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
394       
395################################################################################
396class SphereEnclosure(wx.Dialog):
397    ''' Add atoms within sphere of enclosure to drawing
398   
399    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
400    :param general: general data (includes drawing data)
401    :param atoms: drawing atoms data
402    :param indx: list of selected atoms (may be empty)
403   
404    '''
405    def __init__(self,parent,general,drawing,indx):
406        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
407            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
408        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
409        self.General = general
410        self.Drawing = drawing
411        self.indx = indx
412        self.Sphere = 1.0
413        self.centers = []
414        self.atomTypes = [[item,True] for item in self.General['AtomTypes']]
415       
416        self.Draw()
417       
418    def Draw(self):
419       
420        def OnRadius(event):
421            event.Skip()
422            try:
423                val = float(radius.GetValue())
424                if val < 0.5:
425                    raise ValueError
426                self.Sphere = val
427            except ValueError:
428                pass
429            radius.SetValue('%.3f'%(self.Sphere))
430           
431        def OnAtomType(event):
432            Obj = event.GetEventObject()
433            id = Ind[Obj.GetId()]
434            self.atomTypes[id][1] = Obj.GetValue()
435       
436        self.panel.Destroy()
437        self.panel = wx.Panel(self)
438        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
439        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere of enclosure controls:'),0,WACV)
440        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
441        atoms = []
442        if len(self.indx):
443            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at atoms: '),0,WACV)
444            cx,ct,cs = self.Drawing['atomPtrs'][:3]
445#            print self.Drawing.keys()
446            for id in self.indx:
447                atom = self.Drawing['Atoms'][id]
448                self.centers.append(atom[cx:cx+3])
449                atoms.append('%s(%s)'%(atom[ct-1],atom[cs-1]))
450            topSizer.Add(wx.ComboBox(self.panel,choices=atoms,value=atoms[0],
451                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN),0,WACV)
452        else:
453            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at drawing view point'),0,WACV)
454            self.centers.append(self.Drawing['viewPoint'][0])
455        mainSizer.Add(topSizer,0,WACV)
456        sphereSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
457        sphereSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere radius: '),0,WACV)
458        radius = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f'%(self.Sphere),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
459        radius.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRadius)
460        radius.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRadius)
461        sphereSizer.Add(radius,0,WACV)
462        mainSizer.Add(sphereSizer,0,WACV)
463        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target selected atoms:'),0,WACV)
464        atSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
465        Ind = {}
466        for i,item in enumerate(self.atomTypes):
467            atm = wx.CheckBox(self.panel,label=item[0])
468            atm.SetValue(item[1])
469            atm.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnAtomType)
470            Ind[atm.GetId()] = i
471            atSizer.Add(atm,0,WACV)
472        mainSizer.Add(atSizer,0,WACV)
473       
474        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
475        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
476        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
477        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
478        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
479        btnSizer.Add((20,20),1)
480        btnSizer.Add(OkBtn)
481        btnSizer.Add((20,20),1)
482        btnSizer.Add(cancelBtn)
483        btnSizer.Add((20,20),1)
484       
485        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
486        self.panel.SetSizer(mainSizer)
487        self.panel.Fit()
488        self.Fit()
489       
490    def GetSelection(self):
491        used = []
492        for atm in self.atomTypes:
493            if atm[1]:
494                used.append(str(atm[0]))
495        return self.centers,self.Sphere,used
496
497    def OnOk(self,event):
498        parent = self.GetParent()
499        parent.Raise()
500        self.EndModal(wx.ID_OK)
501
502    def OnCancel(self,event):
503        parent = self.GetParent()
504        parent.Raise()
505        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
506       
507################################################################################
508class TransformDialog(wx.Dialog):
509    ''' Phase transformation
510   
511    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
512    :param phase: phase data
513   
514    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file
515    '''
516    def __init__(self,parent,phase):
517        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
518            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
519        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
520        self.Phase = copy.deepcopy(phase)   #will be a new phase!
521#        self.Super = phase['General']['Super']
522#        if self.Super:
523#            self.Trans = np.eye(4)
524#            self.Vec = np.zeros(4)
525#        else:
526        self.Trans = np.eye(3)
527        self.Vec = np.zeros(3)
528        self.oldSpGrp = phase['General']['SGData']['SpGrp']
529        self.oldSGdata = phase['General']['SGData']
530        self.newSpGrp = self.Phase['General']['SGData']['SpGrp']
531        self.oldCell = phase['General']['Cell'][1:8]
532        self.newCell = self.Phase['General']['Cell'][1:8]
533        self.Common = 'abc'
534        self.ifMag = False
535        self.ifConstr = True
536        self.Draw()
537
538    def Draw(self):
539               
540        def OnMatValue(event):
541            event.Skip()
542            Obj = event.GetEventObject()
543            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
544            val = Obj.GetValue()
545            try:
546                if '/' in val:
547                    vals = val.split('/')
548                    self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
549                else:   
550                    self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
551            except ValueError:
552                pass
553            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
554           
555        def OnVecValue(event):
556            event.Skip()
557            Obj = event.GetEventObject()
558            iy = Ind[Obj.GetId()]
559            val = Obj.GetValue()
560            try:
561                if '/' in val:
562                    vals = val.split('/')
563                    self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
564                else:   
565                    self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
566            except ValueError:
567                pass
568            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
569               
570        def OnCommon(event):
571            Obj = event.GetEventObject()
572            self.Common = Obj.GetValue()
573            if '*' in self.Common:
574                A,B = G2lat.cell2AB(self.oldCell[:6])
575                self.newCell[2:5] = [A[2,2],90.,90.]
576                a,b = G2lat.cell2AB(self.newCell[:6])
577                self.Trans = np.inner(a.T,B)    #correct!
578                self.newSpGrp = 'P 1'
579                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(self.newSpGrp)
580                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
581            else:
582                self.Trans = commonTrans[self.Common]
583            OnTest(event)
584       
585        def OnSpaceGroup(event):
586            event.Skip()
587            Flds = SGTxt.GetValue().split()
588            Flds[0] = Flds[0].upper()
589            #get rid of extra spaces between fields first
590            for fld in Flds: fld = fld.strip()
591            SpcGp = ' '.join(Flds)
592            if SpcGp == self.newSpGrp: #didn't change it!
593                return
594            # try a lookup on the user-supplied name
595            SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpcGp)
596            if SpGrpNorm:
597                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
598            else:
599                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpcGp)
600            if SGErr:
601                text = [G2spc.SGErrors(SGErr)+'\nSpace Group set to previous']
602                SGTxt.SetValue(self.newSpGrp)
603                msg = 'Space Group Error'
604                Style = wx.ICON_EXCLAMATION
605                Text = '\n'.join(text)
606                wx.MessageBox(Text,caption=msg,style=Style)
607            else:
608                text,table = G2spc.SGPrint(SGData)
609                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
610                self.newSpGrp = SpcGp
611                SGTxt.SetValue(self.Phase['General']['SGData']['SpGrp'])
612                msg = 'Space Group Information'
613                SGMessageBox(self.panel,msg,text,table).Show()
614            if self.Phase['General']['Type'] == 'magnetic':
615                Nops = len(SGData['SGOps'])*len(SGData['SGCen'])
616                if SGData['SGInv']:
617                    Nops *= 2
618                SGData['SpnFlp'] = Nops*[1,]
619#            if self.Phase['General']['Type'] in ['modulated',]:
620#                self.Phase['General']['SuperSg'] = SetDefaultSSsymbol()
621#                self.Phase['General']['SSGData'] = G2spc.SSpcGroup(generalData['SGData'],generalData['SuperSg'])[1]
622
623        def OnTest(event):
624            self.newCell = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)
625            wx.CallAfter(self.Draw)
626           
627        def OnMag(event):
628            self.ifMag = mag.GetValue()
629           
630        def OnConstr(event):
631            self.ifConstr = constr.GetValue()
632
633        self.panel.Destroy()
634        self.panel = wx.Panel(self)
635        Ind = {}
636        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
637        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
638        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
639        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix & vector: M*X+V = X'"))
640#        if self.Super:
641#            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
642#        else:
643        commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
644        commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
645        common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames,
646            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
647        common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
648        commonSizer.Add(common,0,WACV)
649        transSizer.Add(commonSizer)
650        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
651        for iy,line in enumerate(self.Trans):
652            for ix,val in enumerate(line):
653                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
654                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
655                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
656                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
657                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
658                Trmat.Add(item)
659            Trmat.Add((25,0),0)
660            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
661                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
662            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
663            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
664            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
665            Trmat.Add(vec)
666        transSizer.Add(Trmat)
667        MatSizer.Add((10,0),0)
668        MatSizer.Add(transSizer)
669        mainSizer.Add(MatSizer)
670        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Old lattice parameters:'),0,WACV)
671        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
672            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.oldCell[0],self.oldCell[1],self.oldCell[2])),0,WACV)
673        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
674            (self.oldCell[3],self.oldCell[4],self.oldCell[5])),0,WACV)
675        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.oldCell[6])),0,WACV)
676        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' New lattice parameters:'),0,WACV)
677        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
678            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.newCell[0],self.newCell[1],self.newCell[2])),0,WACV)
679        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
680            (self.newCell[3],self.newCell[4],self.newCell[5])),0,WACV)
681        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.newCell[6])),0,WACV)
682        sgSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
683        sgSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  Space group: '),0,WACV)
684        SGTxt = wx.TextCtrl(self.panel,value=self.newSpGrp,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
685        SGTxt.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnSpaceGroup)
686        SGTxt.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnSpaceGroup)
687        sgSizer.Add(SGTxt,0,WACV)
688        mainSizer.Add(sgSizer,0,WACV)
689        if 'magnetic' not in self.Phase['General']['Type']:
690            mag = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make new phase magnetic?')
691            mag.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnMag)
692            mainSizer.Add(mag,0,WACV)
693            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
694                label=' NB: Nonmagnetic atoms will be deleted from new phase'),0,WACV)
695            constr = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make constraints between phases?')
696            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
697                label=' Constraints not correct for non-diagonal transforms'),0,WACV)
698            constr.SetValue(self.ifConstr)
699            constr.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnConstr)
700            mainSizer.Add(constr,0,WACV)
701
702        TestBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Test")
703        TestBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, OnTest)
704        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
705        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
706        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
707        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
708        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
709        btnSizer.Add((20,20),1)
710        btnSizer.Add(TestBtn)
711        btnSizer.Add((20,20),1)
712        btnSizer.Add(OkBtn)
713        btnSizer.Add((20,20),1)
714        btnSizer.Add(cancelBtn)
715        btnSizer.Add((20,20),1)
716       
717        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
718        self.panel.SetSizer(mainSizer)
719        self.panel.Fit()
720        self.Fit()
721       
722    def GetSelection(self):
723        if self.ifMag:
724            self.Phase['General']['Name'] += ' mag'
725        else:
726            self.Phase['General']['Name'] += ' %s'%(self.Common)
727        self.Phase['General']['Cell'][1:] = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)           
728        return self.Phase,self.Trans,self.Vec,self.ifMag,self.ifConstr
729
730    def OnOk(self,event):
731        parent = self.GetParent()
732        parent.Raise()
733        self.EndModal(wx.ID_OK)
734
735    def OnCancel(self,event):
736        parent = self.GetParent()
737        parent.Raise()
738        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
739################################################################################
740class UseMagAtomDialog(wx.Dialog):
741    '''Get user selected magnetic atoms after cell transformation
742    '''
743    def __init__(self,parent,Atoms,atCodes):
744        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Magnetic atom selection', 
745            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
746        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
747        self.Atoms = Atoms
748        self.atCodes = atCodes
749        self.Use = len(self.Atoms)*[True,]
750        self.Draw()
751       
752    def Draw(self):
753       
754        def OnUseChk(event):
755            Obj = event.GetEventObject()
756            iuse = Indx[Obj.GetId()]
757            self.Use[iuse] = not self.Use[iuse]
758            Obj.SetValue(self.Use[iuse])
759       
760        self.panel.Destroy()
761        self.panel = wx.Panel(self)
762        Indx = {}
763        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
764       
765        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Name, x, y, z:'),0,WACV)
766        atmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
767        for iuse,[use,atom] in enumerate(zip(self.Use,self.Atoms)):
768            useChk = wx.CheckBox(self.panel,label='Use?')
769            Indx[useChk.GetId()] = iuse
770            useChk.SetValue(use)
771            useChk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnUseChk)
772            atmSizer.Add(useChk,0,WACV)
773            text = ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%(atom[0],atom[3],atom[4],atom[5])
774            atmSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=text),0,WACV)
775        mainSizer.Add(atmSizer)
776       
777        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
778        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
779        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Use All")
780        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
781        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
782        btnSizer.Add((20,20),1)
783        btnSizer.Add(OkBtn)
784        btnSizer.Add((20,20),1)
785        btnSizer.Add(cancelBtn)
786        btnSizer.Add((20,20),1)
787       
788        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
789        self.panel.SetSizer(mainSizer)
790        self.panel.Fit()
791        self.Fit()
792       
793    def GetSelection(self):
794        useAtoms = []
795        useatCodes = []
796        for use,atom,code in zip(self.Use,self.Atoms,self.atCodes):
797            if use:
798                useAtoms.append(atom)
799                useatCodes.append(code)
800        return useAtoms,useatCodes
801
802    def OnOk(self,event):
803        parent = self.GetParent()
804        parent.Raise()
805        self.EndModal(wx.ID_OK)
806
807    def OnCancel(self,event):
808        parent = self.GetParent()
809        parent.Raise()
810        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
811           
812               
813################################################################################
814class RotationDialog(wx.Dialog):
815    ''' Get Rotate & translate matrix & vector - currently not used
816    needs rethinking - possible use to rotate a group of atoms about some
817    vector/origin + translation
818   
819    '''
820    def __init__(self,parent):
821        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Atom group rotation/translation', 
822            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
823        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
824        self.Trans = np.eye(3)
825        self.Vec = np.zeros(3)
826        self.rotAngle = 0.
827        self.rotVec = np.array([0.,0.,1.])
828        self.Expand = ''
829        self.Draw()
830
831    def Draw(self):
832
833        def OnMatValue(event):
834            event.Skip()
835            Obj = event.GetEventObject()
836            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
837            val = Obj.GetValue()
838            if '/' in val:
839                vals = val.split('/')
840                self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
841            else:   
842                self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
843            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
844           
845           
846        def OnVecValue(event):
847            event.Skip()
848            Obj = event.GetEventObject()
849            iy = Ind[Obj.GetId()]
850            val = Obj.GetValue()
851            if '/' in val:
852                vals = val.split('/')
853                self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
854            else:   
855                self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
856            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
857           
858        def OnExpand(event):
859            self.Expand = expand.GetValue()
860           
861        def OnRotAngle(event):
862            event.Skip()
863            self.rotAngle = float(rotangle.GetValue())
864            rotangle.SetValue('%5.3f'%(self.rotAngle))
865            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
866            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
867            self.Draw()
868           
869        def OnRotVec(event):
870            event.Skip()
871            vals = rotvec.GetValue()
872            vals = vals.split()
873            self.rotVec = np.array([float(val) for val in vals])
874            rotvec.SetValue('%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]))
875            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
876            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
877            self.Draw()
878           
879        self.panel.Destroy()
880        self.panel = wx.Panel(self)
881        Ind = {}
882        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
883        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
884        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
885        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix && vector: "+ \
886            "\n B*M*A*(X-V)+V = X'\n A,B: Cartesian transformation matrices"))
887        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
888        for iy,line in enumerate(self.Trans):
889            for ix,val in enumerate(line):
890                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
891                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
892                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
893                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
894                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
895                Trmat.Add(item)
896            Trmat.Add((25,0),0)
897            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
898                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
899            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
900            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
901            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
902            Trmat.Add(vec)
903        transSizer.Add(Trmat)
904        MatSizer.Add((10,0),0)
905        MatSizer.Add(transSizer)
906        mainSizer.Add(MatSizer)
907        rotationBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
908        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Rotation angle: '),0,WACV)
909        rotangle = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.rotAngle),
910            size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
911        rotangle.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotAngle)
912        rotangle.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotAngle)
913        rotationBox.Add(rotangle,0,WACV)
914        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' about vector: '),0,WACV)
915        rotvec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]),
916            size=(100,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
917        rotvec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotVec)
918        rotvec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotVec)
919        rotationBox.Add(rotvec,0,WACV)
920        mainSizer.Add(rotationBox,0,WACV)
921        expandChoice = ['','xy','xz','yz','xyz']
922        expandBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
923        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Expand -1 to +1 on: '),0,WACV)
924        expand = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Expand,choices=expandChoice,
925            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
926        expand.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnExpand)
927        expandBox.Add(expand,0,WACV)
928        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' and find unique atoms '),0,WACV)       
929        mainSizer.Add(expandBox)
930               
931        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
932        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
933        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
934        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
935        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
936        btnSizer.Add((20,20),1)
937        btnSizer.Add(OkBtn)
938        btnSizer.Add((20,20),1)
939        btnSizer.Add(cancelBtn)
940        btnSizer.Add((20,20),1)
941       
942        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
943        self.panel.SetSizer(mainSizer)
944        self.panel.Fit()
945        self.Fit()
946
947    def GetSelection(self):
948        return self.Trans,self.Vec,self.Expand
949
950    def OnOk(self,event):
951        parent = self.GetParent()
952        parent.Raise()
953        self.EndModal(wx.ID_OK)
954
955    def OnCancel(self,event):
956        parent = self.GetParent()
957        parent.Raise()
958        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)   
959       
960################################################################################
961class DIFFaXcontrols(wx.Dialog):
962    ''' Solicit items needed to prepare DIFFaX control.dif file
963    '''
964    def __init__(self,parent,ctrls,parms=None):
965        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'DIFFaX controls', 
966            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
967        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
968        self.ctrls = ctrls
969        self.calcType = 'powder pattern'
970        self.plane = 'h0l'
971        self.planeChoice = ['h0l','0kl','hhl','h-hl',]
972        self.lmax = '2'
973        self.lmaxChoice = [str(i+1) for i in range(6)]
974        self.Parms = parms
975        self.Parm = None
976        if self.Parms != None:
977            self.Parm = self.Parms[0]
978        self.parmRange = [0.,1.]
979        self.parmStep = 2
980        self.Inst = 'Gaussian'
981        self.Draw()
982       
983    def Draw(self):
984       
985        def OnCalcType(event):
986            self.calcType = calcType.GetValue()
987            wx.CallAfter(self.Draw)
988           
989        def OnPlane(event):
990            self.plane = plane.GetValue()
991           
992        def OnMaxL(event):
993            self.lmax = lmax.GetValue()
994           
995        def OnParmSel(event):
996            self.Parm = parmsel.GetValue()
997           
998        def OnNumStep(event):
999            self.parmStep = int(numStep.GetValue())
1000           
1001        def OnParmRange(event):
1002            event.Skip()
1003            vals = parmrange.GetValue().split()
1004            try:
1005                vals = [float(vals[0]),float(vals[1])]
1006            except ValueError:
1007                vals = self.parmRange
1008            parmrange.SetValue('%.3f %.3f'%(vals[0],vals[1]))
1009            self.parmRange = vals
1010           
1011        def OnInstSel(event):
1012            self.Inst = instsel.GetValue()
1013       
1014        self.panel.Destroy()
1015        self.panel = wx.Panel(self)
1016        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1017        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Controls for DIFFaX'),0,WACV)
1018        if self.Parms:
1019            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sequential powder pattern simulation'),0,WACV)
1020        else:
1021            calcChoice = ['powder pattern','selected area']
1022            calcSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1023            calcSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select calculation type: '),0,WACV)
1024            calcType = wx.ComboBox(self.panel,value=self.calcType,choices=calcChoice,
1025                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1026            calcType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCalcType)
1027            calcSizer.Add(calcType,0,WACV)
1028            mainSizer.Add(calcSizer)
1029        if self.Parms:
1030            parmSel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1031            parmSel.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select parameter to vary: '),0,WACV)
1032            parmsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Parm,choices=self.Parms,
1033                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1034            parmsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnParmSel)
1035            parmSel.Add(parmsel,0,WACV)
1036            mainSizer.Add(parmSel)
1037            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Enter parameter range & no. steps: '),0,WACV)
1038            parmRange =  wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1039            numChoice = [str(i+1) for i in range(10)]
1040            parmrange = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f %.3f'%(self.parmRange[0],self.parmRange[1]),
1041                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1042            parmrange.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnParmRange)
1043            parmrange.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnParmRange)
1044            parmRange.Add(parmrange,0,WACV)
1045            numStep = wx.ComboBox(self.panel,value=str(self.parmStep),choices=numChoice,
1046                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1047            numStep.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnNumStep)
1048            parmRange.Add(numStep,0,WACV)
1049            mainSizer.Add(parmRange)           
1050        if 'selected' in self.calcType:
1051            planeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1052            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select plane: '),0,WACV)
1053            plane = wx.ComboBox(self.panel,value=self.plane,choices=self.planeChoice,
1054                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1055            plane.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPlane)
1056            planeSizer.Add(plane,0,WACV)
1057            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Max. l index: '),0,WACV)
1058            lmax = wx.ComboBox(self.panel,value=self.lmax,choices=self.lmaxChoice,
1059                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1060            lmax.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaxL)
1061            planeSizer.Add(lmax,0,WACV)           
1062            mainSizer.Add(planeSizer)
1063        else:
1064            instChoice = ['None','Mean Gaussian','Gaussian',]
1065            instSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1066            instSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select instrument broadening: '),0,WACV)
1067            instsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Inst,choices=instChoice,
1068                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1069            instsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnInstSel)
1070            instSizer.Add(instsel,0,WACV)
1071            mainSizer.Add(instSizer)
1072        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1073        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1074        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1075        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1076        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1077        btnSizer.Add((20,20),1)
1078        btnSizer.Add(OkBtn)
1079        btnSizer.Add((20,20),1)
1080        btnSizer.Add(cancelBtn)
1081        btnSizer.Add((20,20),1)
1082       
1083        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1084        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1085        self.panel.Fit()
1086        self.Fit()
1087       
1088    def GetSelection(self):
1089        if 'powder' in self.calcType:
1090            return 'PWDR',self.Inst,self.Parm,self.parmRange,self.parmStep
1091        elif 'selected' in self.calcType:
1092            return 'SADP',self.plane,self.lmax
1093
1094    def OnOk(self,event):
1095        parent = self.GetParent()
1096        parent.Raise()
1097        self.EndModal(wx.ID_OK)
1098
1099    def OnCancel(self,event):
1100        parent = self.GetParent()
1101        parent.Raise()
1102        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1103           
1104       
1105################################################################################
1106class MergeDialog(wx.Dialog):
1107    ''' HKL transformation & merge dialog
1108   
1109    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1110    :param data: HKLF data
1111   
1112    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file     
1113    '''       
1114    def __init__(self,parent,data):
1115        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup HKLF merge', 
1116            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1117        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1118        self.data = data
1119        self.Super = data[1]['Super']
1120        if self.Super:
1121            self.Trans = np.eye(4)
1122        else:
1123            self.Trans = np.eye(3)
1124        self.Cent = 'noncentrosymmetric'
1125        self.Laue = '1'
1126        self.Class = 'triclinic'
1127        self.Common = 'abc'
1128        self.Draw()
1129       
1130    def Draw(self):
1131               
1132        def OnMatValue(event):
1133            event.Skip()
1134            Obj = event.GetEventObject()
1135            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
1136            self.Trans[ix,iy] = float(Obj.GetValue())
1137               
1138        def OnCent(event):
1139            Obj = event.GetEventObject()
1140            self.Cent = Obj.GetValue()
1141            self.Laue = ''
1142            wx.CallAfter(self.Draw)
1143           
1144        def OnLaue(event):
1145            Obj = event.GetEventObject()
1146            self.Laue = Obj.GetValue()
1147            wx.CallAfter(self.Draw)
1148           
1149        def OnClass(event):
1150            Obj = event.GetEventObject()
1151            self.Class = Obj.GetValue()
1152            self.Laue = ''
1153            wx.CallAfter(self.Draw)
1154           
1155        def OnCommon(event):
1156            Obj = event.GetEventObject()
1157            self.Common = Obj.GetValue()
1158            self.Trans = commonTrans[self.Common]
1159            wx.CallAfter(self.Draw)
1160       
1161        self.panel.Destroy()
1162        self.panel = wx.Panel(self)
1163        Ind = {}
1164        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1165        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1166        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1167        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" HKL Transformation matrix: M*H = H'"))
1168        if self.Super:
1169            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
1170        else:
1171            commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1172            commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
1173            common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames[:-1], #not the last one!
1174                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1175            common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
1176            commonSizer.Add(common,0,WACV)
1177            transSizer.Add(commonSizer)
1178            Trmat = wx.FlexGridSizer(3,3,0,0)
1179        for iy,line in enumerate(self.Trans):
1180            for ix,val in enumerate(line):
1181                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
1182                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1183                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
1184                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
1185                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
1186                Trmat.Add(item)
1187        transSizer.Add(Trmat)
1188        MatSizer.Add((10,0),0)
1189        MatSizer.Add(transSizer)
1190        mainSizer.Add(MatSizer)
1191        laueClass = ['triclinic','monoclinic','orthorhombic','trigonal(H)','tetragonal','hexagonal','cubic']
1192        centroLaue = {'triclinic':['-1',],'monoclinic':['2/m','1 1 2/m','2/m 1 1',],
1193            'orthorhombic':['m m m',],'trigonal(H)':['-3','-3 m 1','-3 1 m',],    \
1194            'tetragonal':['4/m','4/m m m',],'hexagonal':['6/m','6/m m m',],'cubic':['m 3','m 3 m']}
1195        noncentroLaue = {'triclinic':['1',],'monoclinic':['2','2 1 1','1 1 2','m','m 1 1','1 1 m',],
1196            'orthorhombic':['2 2 2','m m 2','m 2 m','2 m m',],
1197            'trigonal(H)':['3','3 1 2','3 2 1','3 m 1','3 1 m',],
1198            'tetragonal':['4','-4','4 2 2','4 m m','-4 2 m','-4 m 2',], \
1199            'hexagonal':['6','-6','6 2 2','6 m m','-6 m 2','-6 2 m',],'cubic':['2 3','4 3 2','-4 3 m']}
1200        centChoice = ['noncentrosymmetric','centrosymmetric']
1201        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select Laue class for new lattice:'),0,WACV)
1202        Class = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Class,choices=laueClass,
1203            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1204        Class.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnClass)
1205        mainSizer.Add(Class,0,WACV)
1206        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target Laue symmetry:'),0,WACV)
1207        Cent = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Cent,choices=centChoice,
1208            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1209        Cent.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCent)
1210        mergeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1211        mergeSizer.Add(Cent,0,WACV)
1212        mergeSizer.Add((10,0),0)
1213        Choice = centroLaue[self.Class]
1214        if 'non' in self.Cent:
1215            Choice = noncentroLaue[self.Class]
1216        Laue = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Laue,choices=Choice,
1217            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1218        Laue.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnLaue)
1219        mergeSizer.Add(Laue,0,WACV)
1220        mainSizer.Add(mergeSizer)
1221
1222        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1223        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1224        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1225        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1226        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1227        btnSizer.Add((20,20),1)
1228        if self.Laue:
1229            btnSizer.Add(OkBtn)
1230            btnSizer.Add((20,20),1)
1231        btnSizer.Add(cancelBtn)
1232        btnSizer.Add((20,20),1)
1233       
1234        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1235        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1236        self.panel.Fit()
1237        self.Fit()
1238       
1239    def GetSelection(self):
1240        return self.Trans,self.Cent,self.Laue
1241
1242    def OnOk(self,event):
1243        parent = self.GetParent()
1244        parent.Raise()
1245        self.EndModal(wx.ID_OK)
1246
1247    def OnCancel(self,event):
1248        parent = self.GetParent()
1249        parent.Raise()
1250        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1251
1252       
1253################################################################################
1254class AddHatomDialog(wx.Dialog):
1255    '''H atom addition dialog. After :meth:`ShowModal` returns, the results
1256    are found in dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1257   
1258    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1259    :param dict Neigh: a dict of atom names with list of atom name, dist pairs for neighboring atoms
1260    :param dict phase: a dict containing the phase as defined by
1261      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`   
1262    '''
1263    def __init__(self,parent,Neigh,phase):
1264        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'H atom add', 
1265            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1266        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1267        self.Neigh = Neigh
1268        self.phase = phase
1269        self.Hatoms = []
1270        self.Draw(self.Neigh,self.phase)
1271           
1272    def Draw(self,Neigh,phase):
1273        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1274        by :meth:`__init__`.
1275        '''
1276        def OnHSelect(event):
1277            Obj = event.GetEventObject()
1278            item,i = Indx[Obj.GetId()]
1279            for obj in Indx[item]:
1280                obj.SetValue(False)
1281            Obj.SetValue(True)
1282            self.Neigh[item][2] = i
1283           
1284        def OnBond(event):
1285            Obj = event.GetEventObject()
1286            inei,ibond = Indx[Obj.GetId()]
1287            self.Neigh[inei][1][0][ibond][2] = Obj.GetValue()
1288           
1289        self.panel.Destroy()
1290        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self,style = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1291        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1292        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'H atom add controls for phase %s:'%(phase['General']['Name'])),
1293            0,wx.LEFT|wx.TOP,10)
1294        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'NB: Check selections as they may not be correct'),0,WACV|wx.LEFT,10)
1295        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1," Atom:  Add # H's          Use: Neighbors, dist"),0,wx.TOP|wx.LEFT,5)
1296        nHatms = ['0','1','2','3']
1297        dataSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,0,0)
1298        Indx = {}
1299        for inei,neigh in enumerate(Neigh):
1300            dataSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' %s:  '%(neigh[0])),0,WACV)
1301            nH = 1      #for O atom
1302            if 'C' in neigh[0] or 'N' in neigh[0]:
1303                nH = 4-len(neigh[1][0])
1304            checks = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1305            Ids = []
1306            for i in range(nH+1):
1307                nHs = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=nHatms[i])
1308                if i == neigh[2]:
1309                    nHs.SetValue(True)
1310                Indx[nHs.GetId()] = [inei,i]
1311                Ids.append(nHs)
1312                nHs.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnHSelect)
1313                checks.Add(nHs,0,WACV)
1314            Indx[inei] = Ids
1315            dataSizer.Add(checks,0,WACV)
1316            lineSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1317            for ib,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1318                Bond = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=': %s, %.3f'%(bond[0],bond[1]))
1319                Bond.SetValue(bond[2])
1320                Indx[Bond.GetId()] = [inei,ib]
1321                Bond.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBond)               
1322                lineSizer.Add(Bond,0,WACV)               
1323            dataSizer.Add(lineSizer,0,WACV|wx.RIGHT,10)
1324        mainSizer.Add(dataSizer,0,wx.LEFT,5)
1325
1326        CancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Cancel')
1327        CancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1328        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Ok')
1329        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1330        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1331        btnSizer.Add((20,20),1)
1332        btnSizer.Add(OkBtn)
1333        btnSizer.Add((20,20),1)
1334        btnSizer.Add(CancelBtn)
1335        btnSizer.Add((20,20),1)
1336        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1337        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1338        size = np.array(self.GetSize())
1339        self.panel.SetupScrolling()
1340        self.panel.SetAutoLayout(1)
1341        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
1342        self.panel.SetSize(size)
1343       
1344    def GetData(self):
1345        'Returns the values from the dialog'
1346        for neigh in self.Neigh:
1347            for ibond,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1348                if not bond[2]:
1349                    neigh[1][1][1][ibond] = 0   #deselected bond
1350            neigh[1][1][1] = [a for a in  neigh[1][1][1] if a]
1351        return self.Neigh       #has #Hs to add for each entry
1352       
1353    def OnOk(self,event):
1354        'Called when the OK button is pressed'
1355        parent = self.GetParent()
1356        parent.Raise()
1357        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1358
1359    def OnCancel(self,event):
1360        parent = self.GetParent()
1361        parent.Raise()
1362        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1363
1364################################################################################
1365class DisAglDialog(wx.Dialog):
1366    '''Distance/Angle Controls input dialog. After
1367    :meth:`ShowModal` returns, the results are found in
1368    dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1369
1370    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1371    :param dict data: a dict containing the current
1372      search ranges or an empty dict, which causes default values
1373      to be used.
1374      Will be used to set element `DisAglCtls` in
1375      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`
1376    :param dict default:  A dict containing the default
1377      search ranges for each element.
1378    :param bool Reset: if True (default), show Reset button
1379    :param bool Angle: if True (default), show angle radii
1380    '''
1381    def __init__(self,parent,data,default,Reset=True,Angle=True):
1382        text = 'Distance Angle Controls'
1383        if not Angle:
1384            text = 'Distance Controls'
1385        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,text, 
1386            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1387        self.default = default
1388        self.Reset = Reset
1389        self.Angle = Angle
1390        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1391        self._default(data,self.default)
1392        self.Draw(self.data)
1393               
1394    def _default(self,data,default):
1395        '''Set starting values for the search values, either from
1396        the input array or from defaults, if input is null
1397        '''
1398        if data:
1399            self.data = copy.deepcopy(data) # don't mess with originals
1400        else:
1401            self.data = {}
1402            self.data['Name'] = default['Name']
1403            self.data['Factors'] = [0.85,0.85]
1404            self.data['AtomTypes'] = default['AtomTypes']
1405            self.data['BondRadii'] = default['BondRadii'][:]
1406            self.data['AngleRadii'] = default['AngleRadii'][:]
1407
1408    def Draw(self,data):
1409        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1410        by :meth:`__init__`.
1411        '''
1412        self.panel.Destroy()
1413        self.panel = wx.Panel(self)
1414        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1415        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Controls for phase '+data['Name']),
1416            0,WACV|wx.LEFT,10)
1417        mainSizer.Add((10,10),1)
1418       
1419        ncol = 3
1420        if not self.Angle:
1421            ncol=2
1422        radiiSizer = wx.FlexGridSizer(0,ncol,5,5)
1423        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' Type'),0,WACV)
1424        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Bond radii'),0,WACV)
1425        if self.Angle:
1426            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Angle radii'),0,WACV)
1427        self.objList = {}
1428        for id,item in enumerate(self.data['AtomTypes']):
1429            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' '+item),0,WACV)
1430            bRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['BondRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1431            radiiSizer.Add(bRadii,0,WACV)
1432            if self.Angle:
1433                aRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['AngleRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1434                radiiSizer.Add(aRadii,0,WACV)
1435        mainSizer.Add(radiiSizer,0,wx.EXPAND)
1436        if self.Angle:
1437            factorSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
1438            Names = ['Bond','Angle']
1439            for i,name in enumerate(Names):
1440                factorSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,name+' search factor'),0,WACV)
1441                bondFact = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['Factors'],i,nDig=(10,3),typeHint=float)
1442                factorSizer.Add(bondFact)
1443            mainSizer.Add(factorSizer,0,wx.EXPAND)
1444       
1445        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1446        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1447        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1448        btnSizer.Add((20,20),1)
1449        btnSizer.Add(OkBtn)
1450        if self.Reset:
1451            ResetBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Reset')
1452            ResetBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnReset)
1453            btnSizer.Add(ResetBtn)
1454        btnSizer.Add((20,20),1)
1455        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1456        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1457        self.panel.Fit()
1458        self.Fit()
1459   
1460    def GetData(self):
1461        'Returns the values from the dialog'
1462        return self.data
1463       
1464    def OnOk(self,event):
1465        'Called when the OK button is pressed'
1466        parent = self.GetParent()
1467        parent.Raise()
1468        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1469       
1470    def OnReset(self,event):
1471        'Called when the Reset button is pressed'
1472        data = {}
1473        self._default(data,self.default)
1474        self.Draw(self.data)
1475               
1476################################################################################
1477class ShowLSParms(wx.Dialog):
1478    '''Create frame to show least-squares parameters
1479    '''
1480    def __init__(self,parent,title,parmDict,varyList,fullVaryList,
1481                 size=(300,430)):
1482        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,size=size,
1483                           style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
1484        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1485
1486        panel = wxscroll.ScrolledPanel(
1487            self, wx.ID_ANY,
1488            #size=size,
1489            style = wx.TAB_TRAVERSAL|wx.SUNKEN_BORDER)
1490        num = len(varyList)
1491        mainSizer.Add(wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,'Number of refined variables: '+str(num)))
1492        if len(varyList) != len(fullVaryList):
1493            num = len(fullVaryList) - len(varyList)
1494            mainSizer.Add(wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,' + '+str(num)+' parameters are varied via constraints'))
1495        subSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,hgap=2,vgap=2)
1496        parmNames = parmDict.keys()
1497        parmNames.sort()
1498        subSizer.Add((-1,-1))
1499        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'Parameter name  '))
1500        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'refine?'))
1501        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'value'),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1502        explainRefine = False
1503        for name in parmNames:
1504            # skip entries without numerical values
1505            if isinstance(parmDict[name],basestring): continue
1506            try:
1507                value = G2py3.FormatSigFigs(parmDict[name])
1508            except TypeError:
1509                value = str(parmDict[name])+' -?' # unexpected
1510                #continue
1511            v = G2obj.getVarDescr(name)
1512            if v is None or v[-1] is None:
1513                subSizer.Add((-1,-1))
1514            else:               
1515                ch = G2G.HelpButton(panel,G2obj.fmtVarDescr(name))
1516                subSizer.Add(ch,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|WACV|wx.ALIGN_CENTER,1)
1517            subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,str(name)))
1518            if name in varyList:
1519                subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'R'))
1520            elif name in fullVaryList:
1521                subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'C'))
1522                explainRefine = True
1523            else:
1524                subSizer.Add((-1,-1))
1525            subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,value),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1526
1527        # finish up ScrolledPanel
1528        panel.SetSizer(subSizer)
1529        panel.SetAutoLayout(1)
1530        panel.SetupScrolling()
1531        mainSizer.Add(panel,1, wx.ALL|wx.EXPAND,1)
1532
1533        if explainRefine:
1534            mainSizer.Add(
1535                wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,
1536                          '"R" indicates a refined variable\n'+
1537                          '"C" indicates generated from a constraint'
1538                          ),
1539                0, wx.ALL,0)
1540        # make OK button
1541        btnsizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1542        btn = wx.Button(self, wx.ID_CLOSE,"Close") 
1543        btn.Bind(wx.EVT_BUTTON,self._onClose)
1544        btnsizer.Add(btn)
1545        mainSizer.Add(btnsizer, 0, wx.ALIGN_CENTER|wx.ALL, 5)
1546        # Allow window to be enlarged but not made smaller
1547        self.SetSizer(mainSizer)
1548        self.SetMinSize(self.GetSize())
1549
1550    def _onClose(self,event):
1551        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1552 
1553################################################################################
1554class DataFrame(wx.Frame):
1555    '''Create the data item window and all the entries in menus used in
1556    that window. For Linux and windows, the menu entries are created for the
1557    current data item window, but in the Mac the menu is accessed from all
1558    windows. This means that a different menu is posted depending on which
1559    data item is posted. On the Mac, all the menus contain the data tree menu
1560    items, but additional menus are added specific to the data item.
1561
1562    Note that while the menus are created here,
1563    the binding for the menus is done later in various GSASII*GUI modules,
1564    where the functions to be called are defined.
1565    '''
1566    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
1567        '''Override the Bind() function: on the Mac the binding is to
1568        the main window, so that menus operate with any window on top.
1569        For other platforms, either wrap calls that will be logged
1570        or call the default wx.Frame Bind() to bind to the menu item directly.
1571
1572        Note that bindings can be made to objects by Id or by direct reference to the
1573        object. As a convention, when bindings are to objects, they are not logged
1574        but when bindings are by Id, they are logged.
1575        '''
1576        if sys.platform == "darwin": # mac
1577            self.G2frame.Bind(eventtype,handler,*args,**kwargs)
1578            return
1579        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
1580            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self.G2frame,handler)
1581            if menulabels:
1582                #print 'intercepting bind for',handler,menulabels,kwargs['id']
1583                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.G2frame.MenuBinding,*args,**kwargs)
1584                return
1585            wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
1586       
1587    def PrefillDataMenu(self,menu,empty=False):
1588        '''Create the "standard" part of data frame menus. Note that on Linux and
1589        Windows nothing happens here. On Mac, this menu duplicates the
1590        tree menu, but adds an extra help command for the data item and a separator.
1591        '''
1592        self.datamenu = menu
1593        self.G2frame.dataMenuBars.append(menu)
1594        if sys.platform == "darwin": # mac                         
1595            self.G2frame.FillMainMenu(menu,addhelp=False) # add the data tree menu items
1596            if not empty:
1597                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add a separator
1598       
1599    def PostfillDataMenu(self,empty=False):
1600        '''Add the help menu to the data frame menus. Note that on Linux and
1601        Windows, this is the standard help Menu but without the update commands but adds an extra help
1602        command for the data item.
1603        On Mac, this is the entire help menu including the update commands, a separator and the
1604        extra help command for the data item.
1605        '''
1606        menu = self.datamenu
1607        if sys.platform == "darwin": # mac
1608            if not empty:
1609                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add another separator
1610            HelpMenu=G2G.MyHelp(self,includeTree=True,
1611                morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials'),])
1612            menu.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1613        else: # other
1614            menu.Append(menu=G2G.MyHelp(self),title='&Help')
1615
1616    def _init_menus(self):
1617        'define all GSAS-II data frame menus'
1618
1619        # for use where no menu or data frame help is provided
1620        self.BlankMenu = wx.MenuBar()
1621       
1622        # Controls
1623        self.ControlsMenu = wx.MenuBar()
1624        self.PrefillDataMenu(self.ControlsMenu,empty=True)
1625        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1626       
1627        # Notebook
1628        self.DataNotebookMenu = wx.MenuBar() 
1629        self.PrefillDataMenu(self.DataNotebookMenu,empty=True)
1630        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1631       
1632        # Comments
1633        self.DataCommentsMenu = wx.MenuBar()
1634        self.PrefillDataMenu(self.DataCommentsMenu,empty=True)
1635        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1636       
1637        # Constraints
1638        self.ConstraintMenu = wx.MenuBar()
1639        self.PrefillDataMenu(self.ConstraintMenu)
1640        self.ConstraintTab = wx.Menu(title='')
1641        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintTab, title='Select tab')
1642        for id,txt in (
1643            (wxID_CONSPHASE,'Phase'),
1644            (wxID_CONSHAP,'Histogram/Phase'),
1645            (wxID_CONSHIST,'Histogram'),
1646            (wxID_CONSGLOBAL,'Global')):
1647            self.ConstraintTab.Append(
1648                id=id, kind=wx.ITEM_NORMAL,text=txt,
1649                help='Select '+txt+' constraint editing tab')
1650        self.ConstraintEdit = wx.Menu(title='')
1651        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintEdit, title='Edit Constr.') # renamed from Edit due to Mac adding extra items to menu
1652        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_HOLDADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add hold',
1653            help='Prevent refinement of parameter values')
1654        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equivalence',
1655            help='Force parameter values to be equivalent')
1656        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_CONSTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add constraint equation',
1657            help='Add a constraint equation to apply to parameter values')
1658        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_FUNCTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add New Var',
1659            help='Create a variable composed of existing parameters')
1660        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVALANCEATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make atoms equivalent',
1661            help='Force atom parameter values to be equivalent')
1662        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_EQUIVALANCEATOMS,False)
1663#        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_ADDRIDING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add H riding constraints',
1664#            help='Add H atom riding constraints between atom parameter values')
1665#        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_ADDRIDING,False)
1666        self.PostfillDataMenu()
1667
1668        # item = self.ConstraintEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update GUI')
1669        # def UpdateGSASIIconstrGUI(event):
1670        #     import GSASIIconstrGUI
1671        #     reload(GSASIIconstrGUI)
1672        #     import GSASIIobj
1673        #     reload(GSASIIobj)
1674        # self.Bind(wx.EVT_MENU,UpdateGSASIIconstrGUI,id=item.GetId())
1675
1676        # Rigid bodies
1677        self.RigidBodyMenu = wx.MenuBar()
1678        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodyMenu)
1679        self.ResidueRBMenu = wx.Menu(title='')
1680        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYIMPORT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import XYZ',
1681            help='Import rigid body XYZ from file')
1682        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RESIDUETORSSEQ, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define sequence',
1683            help='Define torsion sequence')
1684        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import residues',
1685            help='Import residue rigid bodies from macro file')
1686        self.RigidBodyMenu.Append(menu=self.ResidueRBMenu, title='Edit Body')
1687        self.PostfillDataMenu()
1688
1689        self.VectorBodyMenu = wx.MenuBar()
1690        self.PrefillDataMenu(self.VectorBodyMenu)
1691        self.VectorRBEdit = wx.Menu(title='')
1692        self.VectorRBEdit.Append(id=wxID_VECTORBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body',
1693            help='Add vector rigid body')
1694        self.VectorBodyMenu.Append(menu=self.VectorRBEdit, title='Edit Vector Body')
1695        self.PostfillDataMenu()
1696
1697                   
1698        # Restraints
1699        self.RestraintTab = wx.Menu(title='')
1700        self.RestraintEdit = wx.Menu(title='')
1701        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTSELPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase',
1702            help='Select phase')
1703        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add restraints',
1704            help='Add restraints')
1705        self.RestraintEdit.Enable(wxID_RESTRAINTADD,True)    #gets disabled if macromolecule phase
1706        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add residue restraints',
1707            help='Add residue based restraints for macromolecules from macro file')
1708        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTADD,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1709        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot residue restraints',
1710            help='Plot selected residue based restraints for macromolecules from macro file')
1711        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTPLOT,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1712        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESRCHANGEVAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change value',
1713            help='Change observed value')
1714        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTCHANGEESD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change esd',
1715            help='Change esd in observed value')
1716        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete restraints',
1717            help='Delete selected restraints')
1718
1719        self.RestraintMenu = wx.MenuBar()
1720        self.PrefillDataMenu(self.RestraintMenu)
1721        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintTab, title='Select tab')
1722        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintEdit, title='Edit Restr.')
1723        self.PostfillDataMenu()
1724           
1725        # Sequential results
1726        self.SequentialMenu = wx.MenuBar()
1727        self.PrefillDataMenu(self.SequentialMenu)
1728        self.SequentialFile = wx.Menu(title='')
1729        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialFile, title='Columns')
1730        self.SequentialFile.Append(id=wxID_RENAMESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rename selected',
1731            help='Rename selected sequential refinement columns')
1732        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as text',
1733            help='Save selected sequential refinement results as a text file')
1734        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all as CSV',
1735            help='Save all sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1736        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSELCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as CSV',
1737            help='Save selected sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1738        self.SequentialFile.Append(id=wxID_PLOTSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot selected',
1739            help='Plot selected sequential refinement results')
1740        self.SequentialFile.Append(id=wxID_AVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Compute average',
1741            help='Compute average for selected parameter')           
1742        self.SequentialFile.Append(id=wxID_ORGSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reorganize',
1743            help='Reorganize variables where variables change')
1744        self.SequentialPvars = wx.Menu(title='')
1745        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPvars, title='Pseudo Vars')
1746        self.SequentialPvars.Append(
1747            id=wxADDSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Formula',
1748            help='Add a new custom pseudo-variable')
1749        self.SequentialPvars.Append(
1750            id=wxADDSEQDIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Distance',
1751            help='Add a new bond distance pseudo-variable')
1752        self.SequentialPvars.Append(
1753            id=wxADDSEQANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Angle',
1754            help='Add a new bond angle pseudo-variable')
1755        self.SequentialPvars.Append(
1756            id=wxDELSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete',
1757            help='Delete an existing pseudo-variable')
1758        self.SequentialPvars.Append(
1759            id=wxEDITSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit',
1760            help='Edit an existing pseudo-variable')
1761
1762        self.SequentialPfit = wx.Menu(title='')
1763        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPfit, title='Parametric Fit')
1764        self.SequentialPfit.Append(
1765            id=wxADDPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equation',
1766            help='Add a new equation to minimize')
1767        self.SequentialPfit.Append(
1768            id=wxCOPYPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy equation',
1769            help='Copy an equation to minimize - edit it next')
1770        self.SequentialPfit.Append(
1771            id=wxDELPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete equation',
1772            help='Delete an equation for parametric minimization')
1773        self.SequentialPfit.Append(
1774            id=wxEDITPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit equation',
1775            help='Edit an existing parametric minimization equation')
1776        self.SequentialPfit.Append(
1777            id=wxDOPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit to equation(s)',
1778            help='Perform a parametric minimization')
1779        # fill sequential Export menu
1780        self.SeqExportLookup = {}
1781        self.SequentialEx = wx.Menu(title='')
1782        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialEx, title='Seq Export')
1783        for lbl,txt in (('Phase','Export selected phase(s)'),
1784                        ('Project','Export entire sequential fit')):
1785            objlist = []
1786            for obj in self.G2frame.exporterlist:
1787                if lbl.lower() in obj.exporttype:
1788                    try:
1789                        obj.Writer
1790                    except AttributeError:
1791                        continue
1792                    objlist.append(obj)
1793            if objlist:
1794                submenu = wx.Menu()
1795                item = self.SequentialEx.AppendMenu(
1796                    wx.ID_ANY, lbl+' as',
1797                    submenu, help=txt)
1798                for obj in objlist:
1799                    item = submenu.Append(
1800                        wx.ID_ANY,
1801                        help=obj.longFormatName,
1802                        kind=wx.ITEM_NORMAL,
1803                        text=obj.formatName)
1804                    self.SeqExportLookup[item.GetId()] = (obj,lbl) # lookup table for submenu item
1805       
1806        self.PostfillDataMenu()
1807           
1808        # PWDR & SASD
1809        self.PWDRMenu = wx.MenuBar()
1810        self.PrefillDataMenu(self.PWDRMenu)
1811        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1812        self.PWDRMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1813        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1814            help='Error analysis on powder pattern')
1815        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1816            help='Copy of PWDR parameters')
1817        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PLOTCTRLCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy plot controls',
1818            help='Copy of PWDR plot controls')
1819        self.moveDiffCurve = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move diff. curve',
1820            help='Click on position where difference curve is placed')
1821        self.moveTickLoc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move ticks',
1822            help='Move mouse to where tick marks should be positioned')
1823        self.moveTickSpc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set tick space',
1824            help='Click to set spacing between phase tick marks')
1825        self.PostfillDataMenu()
1826           
1827        # HKLF
1828        self.HKLFMenu = wx.MenuBar()
1829        self.PrefillDataMenu(self.HKLFMenu)
1830        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1831        self.HKLFMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1832        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1833            help='Error analysis on single crystal data')
1834        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_MERGEHKL,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Merge HKLs',
1835            help='Transform & merge HKLF data to new histogram')
1836        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
1837            help='Plot HKLs from single crystal data in 3D')
1838        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_3DALLHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot all 3D HKLs',
1839            help='Plot HKLs from all single crystal data in 3D')
1840        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1841            help='Copy of HKLF parameters')
1842        self.PostfillDataMenu()
1843           
1844        # PWDR / Limits
1845        self.LimitMenu = wx.MenuBar()
1846        self.PrefillDataMenu(self.LimitMenu)
1847        self.LimitEdit = wx.Menu(title='')
1848        self.LimitMenu.Append(menu=self.LimitEdit, title='Edit Limits')
1849        self.LimitEdit.Append(id=wxID_LIMITCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1850            help='Copy limits to other histograms')
1851        self.LimitEdit.Append(id=wxID_ADDEXCLREGION, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add exclude',
1852            help='Add excluded region - select a point on plot; drag to adjust')           
1853        self.PostfillDataMenu()
1854           
1855        # PDR / Background
1856        self.BackMenu = wx.MenuBar()
1857        self.PrefillDataMenu(self.BackMenu)
1858        self.BackEdit = wx.Menu(title='')
1859        self.BackMenu.Append(menu=self.BackEdit, title='File')
1860        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1861            help='Copy background parameters to other histograms')
1862        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1863            help='Copy background refinement flags to other histograms')
1864        self.BackEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks',
1865            help='Move background peaks to Peak List')
1866        self.BackEdit.Append(id=wxID_MAKEBACKRDF, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot RDF',
1867            help='Plot radial distribution from differences')
1868        self.BackFixed = wx.Menu(title='') # fixed background point menu
1869        self.BackMenu.Append(menu=self.BackFixed, title='Fixed Points')
1870        self.wxID_BackPts = {}
1871        self.wxID_BackPts['Add'] = wx.NewId() # N.B. not using wxID_ global as for other menu items
1872        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Add'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Add',
1873            help='Add fixed background points with mouse clicks')
1874        self.wxID_BackPts['Move'] = wx.NewId() 
1875        item = self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Move'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Move',
1876            help='Move selected fixed background points with mouse drags')
1877        item.Check(True)
1878        self.wxID_BackPts['Del'] = wx.NewId()
1879        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Del'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Delete',
1880            help='Delete fixed background points with mouse clicks')
1881        self.wxID_BackPts['Clear'] = wx.NewId() 
1882        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Clear'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear',
1883            help='Clear fixed background points')
1884        self.wxID_BackPts['Fit'] = wx.NewId() 
1885        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Fit'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit background',
1886            help='Fit background function to fixed background points')
1887        self.PostfillDataMenu()
1888           
1889        # PDR / Instrument Parameters
1890        self.InstMenu = wx.MenuBar()
1891        self.PrefillDataMenu(self.InstMenu)
1892        self.InstEdit = wx.Menu(title='')
1893        self.InstMenu.Append(menu=self.InstEdit, title='Operations')
1894        self.InstEdit.Append(help='Calibrate from indexed peaks', 
1895            id=wxID_INSTCALIB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')           
1896        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
1897            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')           
1898        self.InstEdit.Append(help='Load instrument profile parameters from file', 
1899            id=wxID_INSTLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load profile...')           
1900        self.InstEdit.Append(help='Save instrument profile parameters to file', 
1901            id=wxID_INSTSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save profile...')
1902        self.InstEdit.Append(help='Save all instrument profile parameters to one file', 
1903            id=wxID_INSTSAVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all profile...')           
1904        self.InstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
1905            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
1906        self.InstEdit.Append(id=wxID_INSTFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1907            help='Copy instrument parameter refinement flags to other histograms')
1908#        self.InstEdit.Append(help='Change radiation type (Ka12 - synch)',
1909#            id=wxID_CHANGEWAVETYPE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change radiation')
1910        self.InstEdit.Append(id=wxID_INST1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
1911            help='Set one instrument parameter value across multiple histograms')
1912
1913        self.PostfillDataMenu()
1914       
1915        # PDR / Sample Parameters
1916        self.SampleMenu = wx.MenuBar()
1917        self.PrefillDataMenu(self.SampleMenu)
1918        self.SampleEdit = wx.Menu(title='')
1919        self.SampleMenu.Append(menu=self.SampleEdit, title='Command')
1920        self.SetScale = self.SampleEdit.Append(id=wxID_SETSCALE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set scale',
1921            help='Set scale by matching to another histogram')
1922        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load',
1923            help='Load sample parameters from file')
1924        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLESAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save',
1925            help='Save sample parameters to file')
1926        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1927            help='Copy refinable and most other sample parameters to other histograms')
1928        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPYSOME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected...',
1929            help='Copy selected sample parameters to other histograms')
1930        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLEFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1931            help='Copy sample parameter refinement flags to other histograms')
1932        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLE1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
1933            help='Set one sample parameter value across multiple histograms')
1934        self.SampleEdit.Append(id=wxID_ALLSAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load all',
1935            help='Load sample parmameters over multiple histograms')
1936
1937        self.PostfillDataMenu()
1938        self.SetScale.Enable(False)
1939
1940        # PDR / Peak List
1941        self.PeakMenu = wx.MenuBar()
1942        self.PrefillDataMenu(self.PeakMenu)
1943        self.PeakEdit = wx.Menu(title='')
1944        self.PeakMenu.Append(menu=self.PeakEdit, title='Peak Fitting')
1945        self.peaksSel = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
1946            help='Set refinement flags for selected peaks',
1947            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1948            text='Set sel. ref flags...')
1949        self.peaksAll = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
1950            help='Set refinement flags for all peaks',
1951            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1952            text='Set all ref flags...')
1953        self.AutoSearch = self.PeakEdit.Append(help='Automatic peak search', 
1954            id=wxID_AUTOSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto search')
1955        self.UnDo = self.PeakEdit.Append(help='Undo last least squares refinement', 
1956            id=wxID_UNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='UnDo')
1957        self.PeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit', 
1958            help='Peak fitting' )
1959        self.PFOneCycle = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQONECYCLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit one cycle', 
1960            help='One cycle of Peak fitting' )
1961        self.PeakEdit.Append(id=wxID_RESETSIGGAM, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
1962            text='Reset sig and gam',help='Reset sigma and gamma to global fit' )
1963        self.PeakCopy = self.PeakEdit.Append(help='Copy peaks to other histograms', 
1964            id=wxID_PEAKSCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peak copy')
1965        self.SeqPeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_SEQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Seq PeakFit', 
1966            help='Sequential Peak fitting for all histograms' )
1967        self.PeakEdit.Append(id=wxID_CLEARPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
1968            help='Clear the peak list' )
1969        self.movePeak = self.PeakEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected peak',
1970            help='Select a peak in the table, then use this to move it with the mouse.')
1971        self.PostfillDataMenu()
1972        self.UnDo.Enable(False)
1973        self.PeakFit.Enable(False)
1974        self.PFOneCycle.Enable(False)
1975        self.AutoSearch.Enable(True)
1976       
1977        # PDR / Index Peak List
1978        self.IndPeaksMenu = wx.MenuBar()
1979        self.PrefillDataMenu(self.IndPeaksMenu)
1980        self.IndPeaksEdit = wx.Menu(title='')
1981        self.IndPeaksMenu.Append(menu=self.IndPeaksEdit,title='Operations')
1982        self.IndPeaksEdit.Append(help='Load/Reload index peaks from peak list',id=wxID_INDXRELOAD, 
1983            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load/Reload')
1984        self.PostfillDataMenu()
1985       
1986        # PDR / Unit Cells List
1987        self.IndexMenu = wx.MenuBar()
1988        self.PrefillDataMenu(self.IndexMenu)
1989        self.IndexEdit = wx.Menu(title='')
1990        self.IndexMenu.Append(menu=self.IndexEdit, title='Cell Index/Refine')
1991        self.IndexPeaks = self.IndexEdit.Append(help='', id=wxID_INDEXPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
1992            text='Index Cell')
1993        self.CopyCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_COPYCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Cell', 
1994            help='Copy selected unit cell from indexing to cell refinement fields')
1995        self.RefineCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_REFINECELL, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
1996            text='Refine Cell',help='Refine unit cell parameters from indexed peaks')
1997        self.MakeNewPhase = self.IndexEdit.Append( id=wxID_MAKENEWPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
1998            text='Make new phase',help='Make new phase from selected unit cell')
1999        self.ExportCells = self.IndexEdit.Append( id=wxID_EXPORTCELLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2000            text='Export cell list',help='Export cell list to csv file')
2001        self.PostfillDataMenu()
2002        self.IndexPeaks.Enable(False)
2003        self.CopyCell.Enable(False)
2004        self.RefineCell.Enable(False)
2005        self.MakeNewPhase.Enable(False)
2006       
2007        # PDR / Reflection Lists
2008        self.ReflMenu = wx.MenuBar()
2009        self.PrefillDataMenu(self.ReflMenu)
2010        self.ReflEdit = wx.Menu(title='')
2011        self.ReflMenu.Append(menu=self.ReflEdit, title='Reflection List')
2012        self.SelectPhase = self.ReflEdit.Append(help='Select phase for reflection list',id=wxID_SELECTPHASE, 
2013            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase')
2014        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWDHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot HKLs',
2015            help='Plot HKLs from powder pattern')
2016        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
2017            help='Plot HKLs from powder pattern in 3D')
2018        self.PostfillDataMenu()
2019       
2020        # SASD / Instrument Parameters
2021        self.SASDInstMenu = wx.MenuBar()
2022        self.PrefillDataMenu(self.SASDInstMenu)
2023        self.SASDInstEdit = wx.Menu(title='')
2024        self.SASDInstMenu.Append(menu=self.SASDInstEdit, title='Operations')
2025        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
2026            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')
2027        self.SASDInstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
2028            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
2029        self.PostfillDataMenu()
2030       
2031        #SASD & REFL/ Substance editor
2032        self.SubstanceMenu = wx.MenuBar()
2033        self.PrefillDataMenu(self.SubstanceMenu)
2034        self.SubstanceEdit = wx.Menu(title='')
2035        self.SubstanceMenu.Append(menu=self.SubstanceEdit, title='Edit substance')
2036        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_LOADSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load substance',
2037            help='Load substance from file')
2038        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ADDSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add substance',
2039            help='Add new substance to list')
2040        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_COPYSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy substances',
2041            help='Copy substances')
2042        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_DELETESUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete substance',
2043            help='Delete substance from list')           
2044        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add elements',
2045            help='Add elements to substance')
2046        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete elements',
2047            help='Delete elements from substance')
2048        self.PostfillDataMenu()
2049       
2050        # SASD/ Models
2051        self.ModelMenu = wx.MenuBar()
2052        self.PrefillDataMenu(self.ModelMenu)
2053        self.ModelEdit = wx.Menu(title='')
2054        self.ModelMenu.Append(menu=self.ModelEdit, title='Models')
2055        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELADD,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add',
2056            help='Add new term to model')
2057        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit',
2058            help='Fit model parameters to data')
2059        self.SasdUndo = self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELUNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Undo',
2060            help='Undo model fit')
2061        self.SasdUndo.Enable(False)           
2062        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFITALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequential fit',
2063            help='Sequential fit of model parameters to all SASD data')
2064        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
2065            help='Copy model parameters to other histograms')
2066        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2067            help='Copy model refinement flags to other histograms')
2068        self.PostfillDataMenu()
2069       
2070        # IMG / Image Controls
2071        self.ImageMenu = wx.MenuBar()
2072        self.PrefillDataMenu(self.ImageMenu)
2073        self.ImageEdit = wx.Menu(title='')
2074        self.ImageMenu.Append(menu=self.ImageEdit, title='Operations')
2075        self.ImageEdit.Append(help='Calibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2076            id=wxID_IMCALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')
2077        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2078            id=wxID_IMRECALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate')
2079        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate all images by fitting to calibrant lines', 
2080            id=wxID_IMRECALIBALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate all')           
2081        self.ImageEdit.Append(help='Clear calibration data points and rings',id=wxID_IMCLEARCALIB, 
2082            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear calibration')
2083        self.ImageEdit.Append(help='Integrate selected image',id=wxID_IMINTEGRATE, 
2084            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate')
2085        self.ImageEdit.Append(help='Integrate all images selected from list',id=wxID_INTEGRATEALL,
2086            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate all')
2087        self.ImageEdit.Append(help='Copy image controls to other images', 
2088            id=wxID_IMCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Controls')
2089        self.ImageEdit.Append(help='Copy selected image controls to other images', 
2090            id=wxID_IMCOPYSELECTED, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Selected')
2091        self.ImageEdit.Append(help='Save image controls to file', 
2092            id=wxID_IMSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Controls')
2093        self.ImageEdit.Append(help='Save controls from selected images to file', 
2094            id=wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Multiple Controls')
2095        self.ImageEdit.Append(help='Load image controls from file',
2096            id=wxID_IMLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load Controls')
2097        self.ImageEdit.Append(help='Transfer integration range for other detector distances', 
2098            id=wxID_IMXFERCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Xfer angles')
2099        self.ImageEdit.Append(help='Open Auto-integration window to integrate a series of images', 
2100            id=wxID_IMAUTOINTEG, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto Integrate')
2101        self.PostfillDataMenu()
2102           
2103        # IMG / Masks
2104        self.MaskMenu = wx.MenuBar()
2105        self.PrefillDataMenu(self.MaskMenu)
2106        self.MaskEdit = wx.Menu(title='')
2107        self.MaskMenu.Append(menu=self.MaskEdit, title='Operations')
2108        submenu = wx.Menu()
2109        self.MaskEdit.AppendMenu(
2110            wx.ID_ANY,'Create new', submenu,
2111            help=''
2112            )
2113        self.MaskEdit.Append(help='Copy mask to other images', 
2114            id=wxID_MASKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy mask')
2115        self.MaskEdit.Append(help='Save mask to file', 
2116            id=wxID_MASKSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save mask')
2117        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file', 
2118            id=wxID_MASKLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask')
2119        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file; ignore threshold', 
2120            id=wxID_MASKLOADNOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask w/o threshold')
2121        self.MaskEdit.Append(help='Auto search for spot masks; NB: will clear old spot masks', 
2122            id=wxID_FINDSPOTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto spot masks')
2123        submenu.Append(help='Create an arc mask with mouse input', 
2124            id=wxID_NEWMASKARC, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Arc mask')
2125        submenu.Append(help='Create a frame mask with mouse input', 
2126            id=wxID_NEWMASKFRAME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Frame mask')
2127        submenu.Append(help='Create a polygon mask with mouse input', 
2128            id=wxID_NEWMASKPOLY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Polygon mask')
2129        submenu.Append(help='Create a ring mask with mouse input', 
2130            id=wxID_NEWMASKRING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Ring mask')
2131        submenu.Append(help='Create spot masks with mouse input', 
2132            id=wxID_NEWMASKSPOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Spot mask')
2133        self.PostfillDataMenu()
2134           
2135        # IMG / Stress/Strain
2136        self.StrStaMenu = wx.MenuBar()
2137        self.PrefillDataMenu(self.StrStaMenu)
2138        self.StrStaEdit = wx.Menu(title='')
2139        self.StrStaMenu.Append(menu=self.StrStaEdit, title='Operations')
2140        self.StrStaEdit.Append(help='Append d-zero for one ring', 
2141            id=wxID_APPENDDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append d-zero')
2142        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data', 
2143            id=wxID_STRSTAFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit stress/strain')
2144        self.StrStaEdit.Append(help='Plot intensity distribution', 
2145            id=wxID_STRSTAPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot intensity distribution')
2146        self.StrStaEdit.Append(help='Update d-zero from ave d-zero',
2147            id=wxID_UPDATEDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update d-zero')       
2148        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data for all images', 
2149            id=wxID_STRSTAALLFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='All image fit')
2150        self.StrStaEdit.Append(help='Copy stress/strain data to other images', 
2151            id=wxID_STRSTACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy stress/strain')
2152        self.StrStaEdit.Append(help='Save stress/strain data to file', 
2153            id=wxID_STRSTASAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save stress/strain')
2154        self.StrStaEdit.Append(help='Load stress/strain data from file', 
2155            id=wxID_STRSTALOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load stress/strain')
2156        self.StrStaEdit.Append(help='Load sample data from file', 
2157            id=wxID_STRSTSAMPLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load sample data')
2158        self.PostfillDataMenu()
2159           
2160        # PDF / PDF Controls
2161        self.PDFMenu = wx.MenuBar()
2162        self.PrefillDataMenu(self.PDFMenu)
2163        self.PDFEdit = wx.Menu(title='')
2164        self.PDFMenu.Append(menu=self.PDFEdit, title='PDF Controls')
2165        self.PDFEdit.Append(help='Add one or more elements to sample composition',id=wxID_PDFADDELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2166            text='Add elements')
2167        self.PDFEdit.Append(help='Delete element from sample composition',id=wxID_PDFDELELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2168            text='Delete element')
2169        self.PDFEdit.Append(help='Copy PDF controls', id=wxID_PDFCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2170            text='Copy controls')
2171        self.PDFEdit.Append(help='Load PDF controls from file',id=wxID_PDFLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2172            text='Load Controls')
2173        self.PDFEdit.Append(help='Save PDF controls to file', id=wxID_PDFSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2174            text='Save controls')
2175        self.PDFEdit.Append(help='Compute PDF', id=wxID_PDFCOMPUTE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2176            text='Compute PDF')
2177        self.PDFEdit.Append(help='Compute all PDFs', id=wxID_PDFCOMPUTEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2178            text='Compute all PDFs')
2179#        self.PDFEdit.Append(help='Optimize PDF', id=wxID_PDFOPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2180#            text='Optimize corrections for r<Rmin section of current G(r)')
2181        self.PostfillDataMenu()
2182       
2183        # Phase / General tab
2184        self.DataGeneral = wx.MenuBar()
2185        self.PrefillDataMenu(self.DataGeneral)
2186        self.DataGeneral.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2187        self.GeneralCalc = wx.Menu(title='')
2188        self.DataGeneral.Append(menu=self.GeneralCalc,title='Compute')
2189        self.GeneralCalc.Append(help='Compute Fourier map',id=wxID_FOURCALC, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2190            text='Fourier map')
2191        self.GeneralCalc.Append(help='Search Fourier map',id=wxID_FOURSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2192            text='Search map')
2193        self.GeneralCalc.Append(help='Run charge flipping',id=wxID_CHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2194            text='Charge flipping')
2195        self.GeneralCalc.Append(help='Run 4D charge flipping',id=wxID_4DCHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2196            text='4D Charge flipping')
2197        self.GeneralCalc.Enable(wxID_4DCHARGEFLIP,False)   
2198        self.GeneralCalc.Append(help='Clear map',id=wxID_FOURCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2199            text='Clear map')
2200        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing',id=wxID_SINGLEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2201            text='MC/SA')
2202        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing on multiprocessors',id=wxID_MULTIMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2203            text='Multi MC/SA')            #currently not useful
2204        self.GeneralCalc.Append(help='Transform crystal structure',id=wxID_TRANSFORMSTRUCTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2205            text='Transform')
2206        self.PostfillDataMenu()
2207       
2208        # Phase / Data tab
2209        self.DataMenu = wx.MenuBar()
2210        self.PrefillDataMenu(self.DataMenu)
2211        self.DataMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2212        self.DataEdit = wx.Menu(title='')
2213        self.DataMenu.Append(menu=self.DataEdit, title='Edit Phase')
2214        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy data',
2215            help='Copy phase data to other histograms')
2216        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2217            help='Copy phase data flags to other histograms')
2218        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATASELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected data',
2219            help='Copy selected phase data to other histograms')
2220        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATAUSE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select used data',
2221            help='Select all histograms to use')
2222        self.DataEdit.Append(id=wxID_PWDRADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add powder histograms',
2223            help='Select new powder histograms to be used for this phase')
2224        self.DataEdit.Append(id=wxID_HKLFADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add single crystal histograms',
2225            help='Select new single crystal histograms to be used for this phase')
2226        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove histograms',
2227            help='Remove histograms from use for this phase')
2228        self.PostfillDataMenu()
2229           
2230        # Phase / Atoms tab
2231        self.AtomsMenu = wx.MenuBar()
2232        self.PrefillDataMenu(self.AtomsMenu)
2233        self.AtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2234        self.AtomEdit = wx.Menu(title='')
2235        self.AtomCompute = wx.Menu(title='')
2236        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomEdit, title='Edit Atoms')
2237        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomCompute, title='Compute')
2238        submenu = wx.Menu()
2239        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'On selected atoms...', submenu, 
2240            help='Set/Act on selected atoms')
2241        submenu.Append(wxID_ATOMSSETSEL,
2242            help='Set refinement flags for selected atoms',
2243            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2244            text='Refine selected')
2245        submenu.Append(id=wxID_ATOMSMODIFY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Modify parameters',
2246            help='Modify parameters values for all selected atoms')
2247        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert atom',
2248            help='Inserts an H atom before all selected atoms')
2249        submenu.Append(id=wxID_ADDHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc H atoms',
2250            help='Insert H atoms in expected bonding positions for selected atoms')
2251        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atom',
2252            help='Delete selected atoms')
2253        submenu.Append(id=wxID_ATOMSTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform atoms',
2254            help='Symmetry transform selected atoms')
2255#        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSROTATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rotate atoms',
2256#            help='Select atoms to rotate first')
2257        submenu.Append(wxID_ATOMSSETALL,
2258            help='Set refinement flags for all atoms',
2259            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2260            text='Select All')
2261       
2262        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSEDITADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append atom',
2263            help='Appended as an H atom')
2264        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSVIEWADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append view point',
2265            help='Appended as an H atom')
2266        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMVIEWINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert view point',
2267            help='Select atom row to insert before; inserted as an H atom')
2268        self.AtomEdit.Append(id=wxID_UPDATEHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update H atoms',
2269            help='Update H atoms in standard positions')
2270        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected atom to view point',
2271            help='Select a single atom to be moved to view point in plot')
2272        self.AtomEdit.Append(id=wxID_MAKEMOLECULE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assemble molecule',
2273            help='Select a single atom to assemble as a molecule from scattered atom positions')
2274        self.AtomEdit.Append(id=wxID_RELOADDRAWATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reload draw atoms',
2275            help='Reload atom drawing list')
2276        submenu = wx.Menu()
2277        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Reimport atoms', submenu, 
2278            help='Reimport atoms from file; sequence must match')
2279        # setup a cascade menu for the formats that have been defined
2280        self.ReImportMenuId = {}  # points to readers for each menu entry
2281        for reader in self.G2frame.ImportPhaseReaderlist:
2282            item = submenu.Append(
2283                wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
2284                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='reimport coordinates from '+reader.formatName+' file')
2285            self.ReImportMenuId[item.GetId()] = reader
2286        item = submenu.Append(
2287            wx.ID_ANY,
2288            help='Reimport coordinates, try to determine format from file',
2289            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2290            text='guess format from file')
2291        self.ReImportMenuId[item.GetId()] = None # try all readers
2292
2293        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show Distances && Angles',
2294            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2295        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSPDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Distances && Angles',
2296            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2297        self.AtomCompute.ISOcalc = self.AtomCompute.Append(
2298            id=wxID_ISODISP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2299            text='ISODISTORT mode values',
2300            help='Compute values of ISODISTORT modes from atom parameters')
2301        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDENSITY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2302            text='Density',
2303            help='Compute density for current phase')
2304        self.PostfillDataMenu()
2305       
2306        # Phase / Imcommensurate "waves" tab
2307        self.WavesData = wx.MenuBar()
2308        self.PrefillDataMenu(self.WavesData)
2309        self.WavesData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2310        self.WavesDataEdit = wx.Menu(title='')
2311        self.WavesData.Append(menu=self.WavesDataEdit, title='Edit Wave')
2312        self.WavesDataEdit.Append(id=wxID_WAVEVARY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global wave vary',
2313            help='Global setting of wave vary flags')
2314        self.PostfillDataMenu()
2315       
2316        # Phase / Layer tab
2317        self.LayerData = wx.MenuBar()
2318        self.PrefillDataMenu(self.LayerData)
2319        self.LayerData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2320        self.LayerDataEdit = wx.Menu(title='')
2321        self.LayerData.Append(menu=self.LayerDataEdit, title='Operations')
2322        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LOADDIFFAX, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load from DIFFaX file',
2323            help='Load layer info from DIFFaX file')
2324        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_COPYPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy phase cell',
2325            help='Copy phase cell from another project')
2326        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate pattern',
2327            help='Simulate diffraction pattern from layer stacking')
2328        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit pattern',
2329            help='Fit diffraction pattern with layer stacking model')
2330        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_SEQUENCESIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequence simulations',
2331            help='Sequence simulation changing one parameter')
2332        self.PostfillDataMenu()
2333                 
2334        # Phase / Draw Options tab
2335        self.DataDrawOptions = wx.MenuBar()
2336        self.PrefillDataMenu(self.DataDrawOptions)
2337        self.DataDrawOptions.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2338        self.PostfillDataMenu()
2339       
2340        # Phase / Draw Atoms tab
2341        self.DrawAtomsMenu = wx.MenuBar()
2342        self.PrefillDataMenu(self.DrawAtomsMenu)
2343        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2344        self.DrawAtomEdit = wx.Menu(title='')
2345        self.DrawAtomCompute = wx.Menu(title='')
2346        self.DrawAtomRestraint = wx.Menu(title='')
2347        self.DrawAtomRigidBody = wx.Menu(title='')
2348        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomEdit, title='Edit Figure')
2349        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomCompute,title='Compute')
2350        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRestraint, title='Restraints')
2351        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRigidBody, title='Rigid body')
2352        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMSTYLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom style',
2353            help='Select atoms first')
2354        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMLABEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom label',
2355            help='Select atoms first')
2356        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom color',
2357            help='Select atoms first')
2358        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset atom colors',
2359            help='Resets all atom colors to defaults')
2360        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRWAEDITRADII, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit atom radii',
2361            help='Edit drawing atom radii')
2362        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWVIEWPOINT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2363            help='View point is 1st atom selected')
2364        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDEQUIV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atoms',
2365            help='Add symmetry & cell equivalents to drawing set from selected atoms')
2366        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDSPHERE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add sphere of atoms',
2367            help='Add atoms within sphere of enclosure')
2368        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform draw atoms',
2369            help='Transform selected atoms by symmetry & cell translations')
2370        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCOORD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill CN-sphere',
2371            help='Fill coordination sphere for selected atoms')           
2372        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill unit cell',
2373            help='Fill unit cell with selected atoms')
2374        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atoms',
2375            help='Delete atoms from drawing set')
2376        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2377            help='Compute distance of selected atoms from view point')   
2378        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISAGLTOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Dist. Ang. Tors.',
2379            help='Compute distance, angle or torsion for 2-4 selected atoms')   
2380        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Best plane',
2381            help='Compute best plane for 4+ selected atoms')   
2382        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRBOND, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add bond restraint',
2383            help='Add bond restraint for selected atoms (2)')
2384        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add angle restraint',
2385            help='Add angle restraint for selected atoms (3: one end 1st)')
2386        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add plane restraint',
2387            help='Add plane restraint for selected atoms (4+)')
2388        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRCHIRAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add chiral restraint',
2389            help='Add chiral restraint for selected atoms (4: center atom 1st)')
2390        self.DrawAtomRigidBody.Append(id=wxID_DRAWDEFINERB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define rigid body',
2391            help='Define rigid body with selected atoms')
2392        self.PostfillDataMenu()
2393
2394        # Phase / MCSA tab
2395        self.MCSAMenu = wx.MenuBar()
2396        self.PrefillDataMenu(self.MCSAMenu)
2397        self.MCSAMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2398        self.MCSAEdit = wx.Menu(title='')
2399        self.MCSAMenu.Append(menu=self.MCSAEdit, title='MC/SA')
2400        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSAATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atom', 
2401            help='Add single atom to MC/SA model')
2402        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body', 
2403            help='Add rigid body to MC/SA model' )
2404        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_CLEARMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear rigid bodies', 
2405            help='Clear all atoms & rigid bodies from MC/SA model' )
2406        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MOVEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move MC/SA solution', 
2407            help='Move MC/SA solution to atom list' )
2408        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MCSACLEARRESULTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear results', 
2409            help='Clear table of MC/SA results' )
2410        self.PostfillDataMenu()
2411           
2412        # Phase / Texture tab
2413        self.TextureMenu = wx.MenuBar()
2414        self.PrefillDataMenu(self.TextureMenu)
2415        self.TextureMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2416        self.TextureEdit = wx.Menu(title='')
2417        self.TextureMenu.Append(menu=self.TextureEdit, title='Texture')
2418        self.TextureEdit.Append(id=wxID_REFINETEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Refine texture', 
2419            help='Refine the texture coefficients from sequential results')
2420#        self.TextureEdit.Append(id=wxID_CLEARTEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear texture',
2421#            help='Clear the texture coefficients' )
2422        self.PostfillDataMenu()
2423           
2424        # Phase / Pawley tab
2425        self.PawleyMenu = wx.MenuBar()
2426        self.PrefillDataMenu(self.PawleyMenu)
2427        self.PawleyMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2428        self.PawleyEdit = wx.Menu(title='')
2429        self.PawleyMenu.Append(menu=self.PawleyEdit,title='Operations')
2430        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley settings',
2431            help='Change Pawley refinement settings')
2432        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley create',
2433            help='Initialize Pawley reflection list')
2434        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYESTIMATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley estimate',
2435            help='Estimate initial Pawley intensities')
2436        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYUPDATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley update',
2437            help='Update negative Pawley intensities with -0.5*Fobs and turn off refinement')
2438        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select all',
2439            help='Select all reflections to be refined')
2440        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELNONE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select none',
2441            help='Set flag for all reflections for no refinement')
2442        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELTOGGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Toggle Selection',
2443            help='Toggle Selection flag for all reflections to opposite setting')
2444        self.PostfillDataMenu()
2445           
2446        # Phase / Map peaks tab
2447        self.MapPeaksMenu = wx.MenuBar()
2448        self.PrefillDataMenu(self.MapPeaksMenu)
2449        self.MapPeaksMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2450        self.MapPeaksEdit = wx.Menu(title='')
2451        self.MapPeaksMenu.Append(menu=self.MapPeaksEdit, title='Map peaks')
2452        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks', 
2453            help='Move selected peaks to atom list')
2454        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSVIEWPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2455            help='View point is 1st peak selected')
2456        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2457            help='Compute distance of selected peaks from view point')   
2458        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_SHOWBONDS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Hide bonds',
2459            help='Hide or show bonds between peak positions')   
2460        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc dist/ang', 
2461            help='Calculate distance or angle for selection')
2462        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_FINDEQVPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Equivalent peaks', 
2463            help='Find equivalent peaks')
2464        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSUNIQUE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Unique peaks', 
2465            help='Select unique set')
2466        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete peaks', 
2467            help='Delete selected peaks')
2468        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
2469            help='Clear the map peak list')
2470        self.PostfillDataMenu()
2471
2472        # Phase / Rigid bodies tab
2473        self.RigidBodiesMenu = wx.MenuBar()
2474        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodiesMenu)
2475        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2476        self.RigidBodiesEdit = wx.Menu(title='')
2477        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=self.RigidBodiesEdit, title='Edit Body')
2478        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_ASSIGNATMS2RB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assign atoms to rigid body',
2479            help='Select & position rigid body in structure of existing atoms')
2480        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_AUTOFINDRESRB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto find residues',
2481            help='Auto find of residue RBs in macromolecule')
2482        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_COPYRBPARMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy rigid body parms',
2483            help='Copy rigid body location & TLS parameters')
2484        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALTHERM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global thermal motion',
2485            help='Global setting of residue thermal motion models')
2486        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALRESREFINE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global residue refine',
2487            help='Global setting of residue RB refinement flags')
2488        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_RBREMOVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove all rigid bodies',
2489            help='Remove all rigid body assignment for atoms')
2490        self.PostfillDataMenu()
2491    # end of GSAS-II menu definitions
2492       
2493    def _init_ctrls(self, parent,name=None,size=None,pos=None):
2494        wx.Frame.__init__(
2495            self,parent=parent,
2496            #style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX | wx.FRAME_FLOAT_ON_PARENT ,
2497            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX,
2498            size=size,pos=pos,title='GSAS-II data display')
2499        self._init_menus()
2500        if name:
2501            self.SetLabel(name)
2502        self.Show()
2503       
2504    def __init__(self,parent,frame,data=None,name=None, size=None,pos=None):
2505        self.G2frame = frame
2506        self._init_ctrls(parent,name,size,pos)
2507        self.data = data
2508        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2509        Size = self.GetSize()
2510        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2511        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]+250))
2512        self.AtomGrid = []
2513        self.selectedRow = 0
2514        self.lastSize = Size       
2515        self.manualPhaseSize = None
2516        self.userReSize = False
2517        wx.Frame.Bind(self,wx.EVT_SIZE,self.OnReSize)
2518           
2519    def OnReSize(self,event):
2520        '''Keep track of size changes for Phase windows
2521        '''
2522        id = self.G2frame.PatternTree.GetSelection()
2523        try:
2524            parent = self.G2frame.PatternTree.GetItemParent(id)
2525        except:         #avoid bad tree item on start via gpx file selection
2526            parent = 0
2527        if self.userReSize and parent and self.G2frame.PatternTree.GetItemText(parent) == "Phases": 
2528            if self.lastSize == event.EventObject.GetSize():
2529#                if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2530#                    print 'no save size=',self.lastSize
2531                return
2532            self.manualPhaseSize = event.EventObject.GetSize()
2533            self.lastSize = event.EventObject.GetSize()
2534#            if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2535#                print 'Saving Phase size=',self.manualPhaseSize
2536                #HowDidIgetHere()
2537        event.Skip()
2538
2539    def SendSizeEvent(self):
2540        '''Prevent SendSizeEvent from overriding the saved size
2541        '''
2542        self.userReSize = False
2543        wx.Frame.SendSizeEvent(self)
2544        self.userReSize = True
2545       
2546    def setSizePosLeft(self,Size):
2547        '''Place the dataFrame window so that the upper left-hand corner remains in the same place;
2548        The size is dictated by parameter Width, unless overridden by a previous Phase window resize
2549        '''
2550        self.userReSize = False
2551        Size = list(Size)
2552        id = self.G2frame.PatternTree.GetSelection()
2553        try:            #avoid bad tree item on start via gpx file selection
2554            pid = self.G2frame.PatternTree.GetItemParent(id)
2555        except:
2556            pid = 0
2557        if pid:
2558            parent = self.G2frame.PatternTree.GetItemText(pid)
2559            # is this a phase window and has a previous window has been resized?
2560            if self.manualPhaseSize and parent == "Phases":
2561                Size = list(self.manualPhaseSize)
2562        Pos = self.GetPosition()
2563        clientSize = wx.ClientDisplayRect()     #display window size (e.g. 1304x768)
2564        Size[1] = min(Size[1],clientSize[2]-300)
2565        Size[0] = max(Size[0],300)
2566#        print 'current position/width:',Pos,Width
2567        self.SetSize(Size)
2568        Size[1] += 1        #kluge to ensure scrollbar settings & window properly displayed
2569        self.SetSize(Size)
2570        Pos[0] += self.lastSize[0]-Size[0]
2571        offSet = 0
2572        if Pos[0] < clientSize[2]:
2573            offSet = Pos[0]+Size[0]-clientSize[2]
2574        if offSet > 0:
2575            Pos[0] -= offSet
2576        self.SetPosition(wx.Point(Pos[0],Pos[1]))
2577        self.lastSize = Size
2578        self.userReSize = True
2579       
2580    def Clear(self):
2581        self.ClearBackground()
2582        self.DestroyChildren()
2583                   
2584
2585################################################################################
2586#####  Notebook Tree Item editor
2587################################################################################                 
2588def UpdateNotebook(G2frame,data):
2589    '''Called when the data tree notebook entry is selected. Allows for
2590    editing of the text in that tree entry
2591    '''
2592    def OnNoteBook(event):
2593        event.Skip()
2594        data = G2frame.dataDisplay.GetValue().split('\n')
2595        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Notebook'),data)
2596        if 'nt' not in os.name:
2597            G2frame.dataDisplay.AppendText('\n')
2598                   
2599    if G2frame.dataDisplay:
2600        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2601    G2frame.dataFrame.SetLabel('Notebook')
2602    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2603        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_PROCESS_ENTER | wx.TE_DONTWRAP)
2604    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnNoteBook)
2605    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnNoteBook)
2606    for line in data:
2607        G2frame.dataDisplay.AppendText(line+"\n")
2608    G2frame.dataDisplay.AppendText('Notebook entry @ '+time.ctime()+"\n")
2609    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2610           
2611################################################################################
2612#####  Controls Tree Item editor
2613################################################################################           
2614def UpdateControls(G2frame,data):
2615    '''Edit overall GSAS-II controls in main Controls data tree entry
2616    '''
2617    #patch
2618    if 'deriv type' not in data:
2619        data = {}
2620        data['deriv type'] = 'analytic Hessian'
2621        data['min dM/M'] = 0.0001
2622        data['shift factor'] = 1.
2623        data['max cyc'] = 3       
2624        data['F**2'] = False
2625    if 'shift factor' not in data:
2626        data['shift factor'] = 1.
2627    if 'max cyc' not in data:
2628        data['max cyc'] = 3
2629    if 'F**2' not in data:
2630        data['F**2'] = False
2631    if 'Author' not in data:
2632        data['Author'] = 'no name'
2633    if 'FreePrm1' not in data:
2634        data['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
2635    if 'FreePrm2' not in data:
2636        data['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
2637    if 'FreePrm3' not in data:
2638        data['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
2639    if 'Copy2Next' not in data:
2640        data['Copy2Next'] = False
2641    if 'Reverse Seq' not in data:
2642        data['Reverse Seq'] = False
2643    if 'UsrReject' not in data:
2644        data['UsrReject'] = {'minF/sig':0,'MinExt':0.01,'MaxDF/F':20.,'MaxD':500.,'MinD':0.05}
2645    if 'HatomFix' not in data:
2646        data['HatomFix'] = False
2647    if 'Marquardt' not in data:
2648        data['Marquardt'] = -3
2649   
2650    #end patch
2651
2652    def SeqSizer():
2653       
2654        def OnSelectData(event):
2655            choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['PWDR','HKLF',])
2656            sel = []
2657            try:
2658                if 'Seq Data' in data:
2659                    for item in data['Seq Data']:
2660                        sel.append(choices.index(item))
2661                    sel = [choices.index(item) for item in data['Seq Data']]
2662            except ValueError:  #data changed somehow - start fresh
2663                sel = []
2664            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential refinement',
2665                'Select dataset to include',choices)
2666            dlg.SetSelections(sel)
2667            names = []
2668            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2669                for sel in dlg.GetSelections():
2670                    names.append(choices[sel])
2671                data['Seq Data'] = names               
2672                G2frame.EnableSeqRefineMenu()
2673            dlg.Destroy()
2674            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2675           
2676        def OnReverse(event):
2677            data['Reverse Seq'] = reverseSel.GetValue()
2678           
2679        def OnCopySel(event):
2680            data['Copy2Next'] = copySel.GetValue() 
2681                   
2682        seqSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2683        dataSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2684        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Sequential Refinement: '),0,WACV)
2685        selSeqData = wx.Button(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Select data')
2686        selSeqData.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnSelectData)
2687        dataSizer.Add(selSeqData,0,WACV)
2688        SeqData = data.get('Seq Data',[])
2689        if not SeqData:
2690            lbl = ' (no data selected)'
2691        else:
2692            lbl = ' ('+str(len(SeqData))+' dataset(s) selected)'
2693
2694        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=lbl),0,WACV)
2695        seqSizer.Add(dataSizer,0)
2696        if SeqData:
2697            selSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2698            reverseSel = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Reverse order?')
2699            reverseSel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnReverse)
2700            reverseSel.SetValue(data['Reverse Seq'])
2701            selSizer.Add(reverseSel,0,WACV)
2702            copySel =  wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Copy results to next histogram?')
2703            copySel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnCopySel)
2704            copySel.SetValue(data['Copy2Next'])
2705            selSizer.Add(copySel,0,WACV)
2706            seqSizer.Add(selSizer,0)
2707        return seqSizer
2708       
2709    def LSSizer():       
2710       
2711        def OnDerivType(event):
2712            data['deriv type'] = derivSel.GetValue()
2713            derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2714            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2715           
2716        def OnConvergence(event):
2717            event.Skip()
2718            try:
2719                value = max(1.e-9,min(1.0,float(Cnvrg.GetValue())))
2720            except ValueError:
2721                value = 0.0001
2722            data['min dM/M'] = value
2723            Cnvrg.SetValue('%.2g'%(value))
2724           
2725        def OnMaxCycles(event):
2726            data['max cyc'] = int(maxCyc.GetValue())
2727            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2728           
2729        def OnMarqLam(event):
2730            data['Marquardt'] = int(marqLam.GetValue())
2731            marqLam.SetValue(str(data['Marquardt']))
2732                       
2733        def OnFactor(event):
2734            event.Skip()
2735            try:
2736                value = min(max(float(Factr.GetValue()),0.00001),100.)
2737            except ValueError:
2738                value = 1.0
2739            data['shift factor'] = value
2740            Factr.SetValue('%.5f'%(value))
2741           
2742        def OnFsqRef(event):
2743            data['F**2'] = fsqRef.GetValue()
2744           
2745#        def OnHatomFix(event):
2746#            data['HatomFix'] = Hfix.GetValue()
2747       
2748        def OnUsrRej(event):
2749            event.Skip()
2750            Obj = event.GetEventObject()
2751            item,limits = Indx[Obj]
2752            try:
2753                value = min(max(float(Obj.GetValue()),limits[0]),limits[1])
2754            except ValueError:
2755                value = data['UsrReject'][item]
2756            data['UsrReject'][item] = value
2757            Obj.SetValue('%.2f'%(value))
2758
2759        LSSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,vgap=5,hgap=5)
2760        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement derivatives: '),0,WACV)
2761        Choice=['analytic Jacobian','numeric','analytic Hessian']
2762        derivSel = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['deriv type'],choices=Choice,
2763            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2764        derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2765        derivSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnDerivType)
2766           
2767        LSSizer.Add(derivSel,0,WACV)
2768        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min delta-M/M: '),0,WACV)
2769        Cnvrg = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2g'%(data['min dM/M']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2770        Cnvrg.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnConvergence)
2771        Cnvrg.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnConvergence)
2772        LSSizer.Add(Cnvrg,0,WACV)
2773        Indx = {}
2774        if 'Hessian' in data['deriv type']:
2775            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max cycles: '),0,WACV)
2776            Choice = ['0','1','2','3','5','10','15','20']
2777            maxCyc = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['max cyc']),choices=Choice,
2778                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2779#            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2780            maxCyc.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxCycles)
2781            LSSizer.Add(maxCyc,0,WACV)
2782            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial lambda = 10**'),0,WACV)
2783            MarqChoice = ['-3','-2','-1','0','1','2','3','4']
2784            marqLam = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['Marquardt']),choices=MarqChoice,
2785                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2786            marqLam.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMarqLam)
2787            LSSizer.Add(marqLam,0,WACV)
2788        else:
2789            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial shift factor: '),0,WACV)
2790            Factr = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.5f'%(data['shift factor']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2791            Factr.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFactor)
2792            Factr.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFactor)
2793            LSSizer.Add(Factr,0,WACV)
2794        if G2frame.Sngl:
2795            userReject = data['UsrReject']
2796            usrRej = {'minF/sig':[' Min obs/sig (0-5): ',[0,5], ],'MinExt':[' Min extinct. (0-.9): ',[0,.9],],
2797                'MaxDF/F':[' Max delt-F/sig (3-1000): ',[3.,1000.],],'MaxD':[' Max d-spacing (3-500): ',[3,500],],
2798                'MinD':[' Min d-spacing (0.1-2.0): ',[0.1,2.0],]}
2799
2800            fsqRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Refine HKLF as F^2? ')
2801            fsqRef.SetValue(data['F**2'])
2802            fsqRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnFsqRef)
2803            LSSizer.Add(fsqRef,0,WACV)
2804            LSSizer.Add((1,0),)
2805            for item in usrRej:
2806                LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,label=usrRej[item][0]),0,WACV)
2807                usrrej = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2f'%(userReject[item]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2808                Indx[usrrej] = [item,usrRej[item][1]]
2809                usrrej.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnUsrRej)
2810                usrrej.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnUsrRej)
2811                LSSizer.Add(usrrej,0,WACV)
2812#        Hfix = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Regularize H atoms? ')
2813#        Hfix.SetValue(data['HatomFix'])
2814#        Hfix.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnHatomFix)
2815#        LSSizer.Add(Hfix,0,WACV)   #for now
2816        return LSSizer
2817       
2818    def AuthSizer():
2819
2820        def OnAuthor(event):
2821            event.Skip()
2822            data['Author'] = auth.GetValue()
2823
2824        Author = data['Author']
2825        authSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2826        authSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' CIF Author (last, first):'),0,WACV)
2827        auth = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value=Author,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2828        auth.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnAuthor)
2829        auth.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnAuthor)
2830        authSizer.Add(auth,0,WACV)
2831        return authSizer
2832       
2833       
2834    if G2frame.dataDisplay:
2835        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2836    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2837        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2838        Status.SetStatusText('')
2839    G2frame.dataFrame.SetLabel('Controls')
2840    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
2841    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ControlsMenu)
2842    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2843    mainSizer.Add((5,5),0)
2844    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement Controls:'),0,WACV)   
2845    mainSizer.Add(LSSizer())
2846    mainSizer.Add((5,5),0)
2847    mainSizer.Add(SeqSizer())
2848    mainSizer.Add((5,5),0)
2849    mainSizer.Add(AuthSizer())
2850    mainSizer.Add((5,5),0)
2851       
2852    mainSizer.Layout()   
2853    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2854    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
2855     
2856################################################################################
2857#####  Comments
2858################################################################################           
2859       
2860def UpdateComments(G2frame,data):                   
2861
2862    if G2frame.dataDisplay:
2863        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2864    G2frame.dataFrame.SetLabel('Comments')
2865    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2866        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY|wx.TE_DONTWRAP)
2867    for line in data:
2868        if '\n' not in line:
2869            G2frame.dataDisplay.AppendText(line+'\n')
2870        else:
2871            G2frame.dataDisplay.AppendText(line)
2872    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2873           
2874################################################################################
2875#####  Display of Sequential Results
2876################################################################################           
2877       
2878def UpdateSeqResults(G2frame,data,prevSize=None):
2879    """
2880    Called when the Sequential Results data tree entry is selected
2881    to show results from a sequential refinement.
2882   
2883    :param wx.Frame G2frame: main GSAS-II data tree windows
2884
2885    :param dict data: a dictionary containing the following items: 
2886
2887            * 'histNames' - list of histogram names in order as processed by Sequential Refinement
2888            * 'varyList' - list of variables - identical over all refinements in sequence
2889              note that this is the original list of variables, prior to processing
2890              constraints.
2891            * 'variableLabels' -- a dict of labels to be applied to each parameter
2892              (this is created as an empty dict if not present in data).
2893            * keyed by histName - dictionaries for all data sets processed, which contains:
2894
2895              * 'variables'- result[0] from leastsq call
2896              * 'varyList' - list of variables passed to leastsq call (not same as above)
2897              * 'sig' - esds for variables
2898              * 'covMatrix' - covariance matrix from individual refinement
2899              * 'title' - histogram name; same as dict item name
2900              * 'newAtomDict' - new atom parameters after shifts applied
2901              * 'newCellDict' - refined cell parameters after shifts to A0-A5 from Dij terms applied'
2902    """
2903
2904    def GetSampleParms():
2905        '''Make a dictionary of the sample parameters are not the same over the
2906        refinement series.
2907        '''
2908        if 'IMG' in histNames[0]:
2909            sampleParmDict = {'Sample load':[],}
2910        else:
2911            sampleParmDict = {'Temperature':[],'Pressure':[],'Time':[],
2912                'FreePrm1':[],'FreePrm2':[],'FreePrm3':[],'Omega':[],
2913                'Chi':[],'Phi':[],'Azimuth':[],}
2914        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
2915            GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
2916        sampleParm = {}
2917        for name in histNames:
2918            if 'IMG' in name:
2919                for item in sampleParmDict:
2920                    sampleParmDict[item].append(data[name]['parmDict'].get(item,0))
2921            else:
2922                Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
2923                sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
2924                for item in sampleParmDict:
2925                    sampleParmDict[item].append(sampleData.get(item,0))
2926        for item in sampleParmDict:
2927            frstValue = sampleParmDict[item][0]
2928            if np.any(np.array(sampleParmDict[item])-frstValue):
2929                if item.startswith('FreePrm'):
2930                    sampleParm[Controls[item]] = sampleParmDict[item]
2931                else:
2932                    sampleParm[item] = sampleParmDict[item]
2933        return sampleParm
2934
2935    def GetColumnInfo(col):
2936        '''returns column label, lists of values and errors (or None) for each column in the table
2937        for plotting. The column label is reformatted from Unicode to MatPlotLib encoding
2938        '''
2939        colName = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
2940        plotName = variableLabels.get(colName,colName)
2941        plotName = plotSpCharFix(plotName)
2942        return plotName,colList[col],colSigs[col]
2943           
2944    def PlotSelect(event):
2945        'Plots a row (covariance) or column on double-click'
2946        cols = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
2947        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2948        if cols:
2949            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2950        elif rows:
2951            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
2952            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
2953        else:
2954            G2frame.ErrorDialog(
2955                'Select row or columns',
2956                'Nothing selected in table. Click on column or row label(s) to plot. N.B. Grid selection can be a bit funky.'
2957                )
2958           
2959    def OnPlotSelSeq(event):
2960        'plot the selected columns or row from menu command'
2961        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2962        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2963        if cols:
2964            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2965        elif rows:
2966            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
2967            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
2968        else:
2969            G2frame.ErrorDialog(
2970                'Select columns',
2971                'No columns or rows selected in table. Click on row or column labels to select fields for plotting.'
2972                )
2973               
2974    def OnAveSelSeq(event):
2975        'average the selected columns from menu command'
2976        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2977        if cols:
2978            for col in cols:
2979                ave = np.mean(GetColumnInfo(col)[1])
2980                sig = np.std(GetColumnInfo(col)[1])
2981                print ' Average for '+G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)+': '+'%.6g'%(ave)+' +/- '+'%.6g'%(sig)
2982        else:
2983            G2frame.ErrorDialog(
2984                'Select columns',
2985                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for averaging.'
2986                )
2987               
2988    def OnRenameSelSeq(event):
2989        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2990        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(c) for c in cols]
2991        newNames = colNames[:]
2992        for i,name in enumerate(colNames):
2993            if name in variableLabels:
2994                newNames[i] = variableLabels[name]
2995        if not cols:
2996            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
2997                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for rename.')
2998            return
2999        dlg = G2G.MultiStringDialog(G2frame.dataDisplay,'Set column names',colNames,newNames)
3000        if dlg.Show():
3001            newNames = dlg.GetValues()           
3002            variableLabels.update(dict(zip(colNames,newNames)))
3003        data['variableLabels'] = variableLabels
3004        dlg.Destroy()
3005        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3006        G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
3007           
3008    def OnReOrgSelSeq(event):
3009        'Reorder the columns'
3010        G2G.GetItemOrder(G2frame,VaryListChanges,vallookup,posdict)   
3011        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3012
3013    def OnSaveSelSeqCSV(event):
3014        'export the selected columns to a .csv file from menu command'
3015        OnSaveSelSeq(event,csv=True)
3016       
3017    def OnSaveSeqCSV(event):
3018        'export all columns to a .csv file from menu command'
3019        OnSaveSelSeq(event,csv=True,allcols=True)
3020       
3021    def OnSaveSelSeq(event,csv=False,allcols=False):
3022        'export the selected columns to a .txt or .csv file from menu command'
3023        def WriteCSV():
3024            def WriteList(headerItems):
3025                line = ''
3026                for lbl in headerItems:
3027                    if line: line += ','
3028                    line += '"'+lbl+'"'
3029                return line
3030            head = ['name']
3031            for col in cols:
3032                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3033                # get rid of labels that have Unicode characters
3034                if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in item]): item = '?'
3035                if col in havesig:
3036                    head += [item,'esd-'+item]
3037                else:
3038                    head += [item]
3039            SeqFile.write(WriteList(head)+'\n')
3040            for row,name in enumerate(saveNames):
3041                line = '"'+saveNames[row]+'"'
3042                for col in cols:
3043                    if col in havesig:
3044                        line += ','+str(saveData[col][row])+','+str(saveSigs[col][row])
3045                    else:
3046                        line += ','+str(saveData[col][row])
3047                SeqFile.write(line+'\n')
3048        def WriteSeq():
3049            lenName = len(saveNames[0])
3050            line = %s  '%('name'.center(lenName))
3051            for col in cols:
3052                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3053                if col in havesig:
3054                    line += ' %12s %12s '%(item.center(12),'esd'.center(12))
3055                else:
3056                    line += ' %12s '%(item.center(12))
3057            SeqFile.write(line+'\n')
3058            for row,name in enumerate(saveNames):
3059                line = " '%s' "%(saveNames[row])
3060                for col in cols:
3061                    if col in havesig:
3062                        line += ' %12.6f %12.6f '%(saveData[col][row],saveSigs[col][row])
3063                    else:
3064                        line += ' %12.6f '%saveData[col][row]
3065                SeqFile.write(line+'\n')
3066
3067        # start of OnSaveSelSeq code
3068        if allcols:
3069            cols = range(G2frame.SeqTable.GetNumberCols())
3070        else:
3071            cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3072        nrows = G2frame.SeqTable.GetNumberRows()
3073        if not cols:
3074            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
3075                             'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for output.')
3076            return
3077        saveNames = [G2frame.SeqTable.GetRowLabelValue(r) for r in range(nrows)]
3078        saveData = {}
3079        saveSigs = {}
3080        havesig = []
3081        for col in cols:
3082            name,vals,sigs = GetColumnInfo(col)
3083            saveData[col] = vals
3084            if sigs:
3085                havesig.append(col)
3086                saveSigs[col] = sigs
3087        if csv:
3088            wild = 'CSV output file (*.csv)|*.csv'
3089        else:
3090            wild = 'Text output file (*.txt)|*.txt'
3091        pth = G2G.GetExportPath(G2frame)
3092        dlg = wx.FileDialog(
3093            G2frame,
3094            'Choose text output file for your selection', pth, '', 
3095            wild,wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
3096        try:
3097            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3098                SeqTextFile = dlg.GetPath()
3099                SeqTextFile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,SeqTextFile) 
3100                SeqFile = open(SeqTextFile,'w')
3101                if csv:
3102                    WriteCSV()
3103                else:
3104                    WriteSeq()
3105                SeqFile.close()
3106        finally:
3107            dlg.Destroy()
3108               
3109    def striphist(var,insChar=''):
3110        'strip a histogram number from a var name'
3111        sv = var.split(':')
3112        if len(sv) <= 1: return var
3113        if sv[1]:
3114            sv[1] = insChar
3115        return ':'.join(sv)
3116       
3117    def plotSpCharFix(lbl):
3118        'Change selected unicode characters to their matplotlib equivalent'
3119        for u,p in [
3120            (u'\u03B1',r'$\alpha$'),
3121            (u'\u03B2',r'$\beta$'),
3122            (u'\u03B3',r'$\gamma$'),
3123            (u'\u0394\u03C7',r'$\Delta\chi$'),
3124            ]:
3125            lbl = lbl.replace(u,p)
3126        return lbl
3127   
3128    def SelectXaxis():
3129        'returns a selected column number (or None) as the X-axis selection'
3130        ncols = G2frame.SeqTable.GetNumberCols()
3131        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(r) for r in range(ncols)]
3132        dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(
3133            G2frame.dataDisplay,
3134            'Select x-axis parameter for plot or Cancel for sequence number',
3135            'Select X-axis',
3136            colNames)
3137        try:
3138            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3139                col = dlg.GetSelection()
3140            else:
3141                col = None
3142        finally:
3143            dlg.Destroy()
3144        return col
3145   
3146    def EnablePseudoVarMenus():
3147        'Enables or disables the PseudoVar menu items that require existing defs'
3148        if Controls['SeqPseudoVars']:
3149            val = True
3150        else:
3151            val = False
3152        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxDELSEQVAR,val)
3153        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxEDITSEQVAR,val)
3154
3155    def DelPseudoVar(event):
3156        'Ask the user to select a pseudo var expression to delete'
3157        choices = Controls['SeqPseudoVars'].keys()
3158        selected = G2G.ItemSelector(
3159            choices,G2frame.dataFrame,
3160            multiple=True,
3161            title='Select expressions to remove',
3162            header='Delete expression')
3163        if selected is None: return
3164        for item in selected:
3165            del Controls['SeqPseudoVars'][choices[item]]
3166        if selected:
3167            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3168
3169    def EditPseudoVar(event):
3170        'Edit an existing pseudo var expression'
3171        choices = Controls['SeqPseudoVars'].keys()
3172        if len(choices) == 1:
3173            selected = 0
3174        else:
3175            selected = G2G.ItemSelector(
3176                choices,G2frame.dataFrame,
3177                multiple=False,
3178                title='Select an expression to edit',
3179                header='Edit expression')
3180        if selected is not None:
3181            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3182                G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3183                Controls['SeqPseudoVars'][choices[selected]],
3184                header="Edit the PseudoVar expression",
3185                VarLabel="PseudoVar #"+str(selected+1),
3186                fit=False)
3187            newobj = dlg.Show(True)
3188            if newobj:
3189                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3190                del Controls['SeqPseudoVars'][choices[selected]]
3191                Controls['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = newobj
3192                UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3193       
3194    def AddNewPseudoVar(event):
3195        'Create a new pseudo var expression'
3196        dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3197            G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3198            header='Enter an expression for a PseudoVar here',
3199            VarLabel = "New PseudoVar",
3200            fit=False)
3201        obj = dlg.Show(True)
3202        dlg.Destroy()
3203        if obj:
3204            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3205            Controls['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = obj
3206            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3207           
3208    def AddNewDistPseudoVar(event):
3209        obj = None
3210        dlg = G2exG.BondDialog(
3211            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3212            header='Select a Bond here',
3213            VarLabel = "New Bond")
3214        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3215            pName,Oatom,Tatom = dlg.GetSelection()
3216            if Tatom:
3217                Phase = Phases[pName]
3218                General = Phase['General']
3219                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3220                pId = Phase['pId']
3221                SGData = General['SGData']
3222                sB = Tatom.find('(')+1
3223                symNo = 0
3224                if sB:
3225                    sF = Tatom.find(')')
3226                    symNo = int(Tatom[sB:sF])
3227                cellNo = [0,0,0]
3228                cB = Tatom.find('[')
3229                if cB>0:
3230                    cF = Tatom.find(']')+1
3231                    cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3232                Atoms = Phase['Atoms']
3233                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3234                oId = aNames.index(Oatom)
3235                tId = aNames.index(Tatom.split(' +')[0])
3236                # create an expression object
3237                obj = G2obj.ExpressionObj()
3238                obj.expression = 'Dist(%s,\n%s)'%(Oatom,Tatom.split(' d=')[0].replace(' ',''))
3239                obj.distance_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNo,'cellNo':cellNo}
3240                obj.distance_atoms = [oId,tId]
3241        else: 
3242            dlg.Destroy()
3243            return
3244        dlg.Destroy()
3245        if obj:
3246            Controls['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3247            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3248
3249    def AddNewAnglePseudoVar(event):
3250        obj = None
3251        dlg = G2exG.AngleDialog(
3252            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3253            header='Enter an Angle here',
3254            VarLabel = "New Angle")
3255        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3256            pName,Oatom,Tatoms = dlg.GetSelection()
3257            if Tatoms:
3258                Phase = Phases[pName]
3259                General = Phase['General']
3260                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3261                pId = Phase['pId']
3262                SGData = General['SGData']
3263                Atoms = Phase['Atoms']
3264                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3265                tIds = []
3266                symNos = []
3267                cellNos = []
3268                oId = aNames.index(Oatom)
3269                Tatoms = Tatoms.split(';')
3270                for Tatom in Tatoms:
3271                    sB = Tatom.find('(')+1
3272                    symNo = 0
3273                    if sB:
3274                        sF = Tatom.find(')')
3275                        symNo = int(Tatom[sB:sF])
3276                    symNos.append(symNo)
3277                    cellNo = [0,0,0]
3278                    cB = Tatom.find('[')
3279                    if cB>0:
3280                        cF = Tatom.find(']')+1
3281                        cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3282                    cellNos.append(cellNo)
3283                    tIds.append(aNames.index(Tatom.split('+')[0]))
3284                # create an expression object
3285                obj = G2obj.ExpressionObj()
3286                obj.expression = 'Angle(%s,%s,\n%s)'%(Tatoms[0],Oatom,Tatoms[1])
3287                obj.angle_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNos,'cellNo':cellNos}
3288                obj.angle_atoms = [oId,tIds]
3289        else: 
3290            dlg.Destroy()
3291            return
3292        dlg.Destroy()
3293        if obj:
3294            Controls['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3295            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3296           
3297    def UpdateParmDict(parmDict):
3298        '''generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values,
3299        because they might be needed to evaluate the pseudovar
3300        '''
3301        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3302                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3303                     )
3304        delList = []
3305        phaselist = []
3306        for item in parmDict: 
3307            if ':' not in item: continue
3308            key = item.split(':')
3309            if len(key) < 3: continue
3310            # remove the dA[xyz] terms, they would only bring confusion
3311            if key[2].startswith('dA'):
3312                delList.append(item)
3313            # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3314            elif key[2] in Ddict:
3315                if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3316                akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3317                parmDict[akey] -= parmDict[item]
3318                delList.append(item)
3319        for item in delList:
3320            del parmDict[item]               
3321        for i in phaselist:
3322            pId = int(i)
3323            # apply cell symmetry
3324            A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],parmDict,zeroDict[pId])
3325            # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3326            for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3327                if i in uniqCellIndx[pId]:
3328                    lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3329                    parmDict[lbl] = val
3330            lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3331            parmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3332        return parmDict
3333
3334    def EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict,sampleDict,var,ESD):
3335        '''Evaluate an expression derivative with respect to a
3336        GSAS-II variable name.
3337
3338        Note this likely could be faster if the loop over calcobjs were done
3339        inside after the Dict was created.
3340        '''
3341        step = ESD/10
3342        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3343                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3344                     )
3345        results = []
3346        phaselist = []
3347        VparmDict = sampleDict.copy()
3348        for incr in step,-step:
3349            VparmDict.update(parmDict.copy())           
3350            # as saved, the parmDict has updated 'A[xyz]' values, but 'dA[xyz]'
3351            # values are not zeroed: fix that!
3352            VparmDict.update({item:0.0 for item in parmDict if 'dA' in item})
3353            VparmDict[var] += incr
3354            G2mv.Dict2Map(VparmDict,[]) # apply constraints
3355            # generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values now, because they might
3356            # needed to evaluate the pseudovar
3357            for item in VparmDict:
3358                if item in sampleDict:
3359                    continue 
3360                if ':' not in item: continue
3361                key = item.split(':')
3362                if len(key) < 3: continue
3363                # apply any new shifts to atom positions
3364                if key[2].startswith('dA'):
3365                    VparmDict[''.join(item.split('d'))] += VparmDict[item]
3366                    VparmDict[item] = 0.0
3367                # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3368                if key[2] in Ddict:
3369                    if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3370                    akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3371                    VparmDict[akey] -= VparmDict[item]
3372            for i in phaselist:
3373                pId = int(i)
3374                # apply cell symmetry
3375                A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],VparmDict,zeroDict[pId])
3376                # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3377                for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3378                    if i in uniqCellIndx[pId]:
3379                        lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3380                        VparmDict[lbl] = val
3381                lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3382                VparmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3383            # dict should be fully updated, use it & calculate
3384            calcobj.SetupCalc(VparmDict)
3385            results.append(calcobj.EvalExpression())
3386        return (results[0] - results[1]) / (2.*step)
3387       
3388    def EnableParFitEqMenus():
3389        'Enables or disables the Parametric Fit menu items that require existing defs'
3390        if Controls['SeqParFitEqList']:
3391            val = True
3392        else:
3393            val = False
3394        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDELPARFIT,val)
3395        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxEDITPARFIT,val)
3396        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDOPARFIT,val)
3397
3398    def ParEqEval(Values,calcObjList,varyList):
3399        '''Evaluate the parametric expression(s)
3400        :param list Values: a list of values for each variable parameter
3401        :param list calcObjList: a list of :class:`GSASIIobj.ExpressionCalcObj`
3402          expression objects to evaluate
3403        :param list varyList: a list of variable names for each value in Values
3404        '''
3405        result = []
3406        for calcobj in calcObjList:
3407            calcobj.UpdateVars(varyList,Values)
3408            result.append((calcobj.depVal-calcobj.EvalExpression())/calcobj.depSig)
3409        return result
3410
3411    def DoParEqFit(event,eqObj=None):
3412        'Parametric fit minimizer'
3413        varyValueDict = {} # dict of variables and their initial values
3414        calcObjList = [] # expression objects, ready to go for each data point
3415        if eqObj is not None:
3416            eqObjList = [eqObj,]
3417        else:
3418            eqObjList = Controls['SeqParFitEqList']
3419        UseFlags = G2frame.SeqTable.GetColValues(0)         
3420        for obj in eqObjList:
3421            # assemble refined vars for this equation
3422            varyValueDict.update({var:val for var,val in obj.GetVariedVarVal()})
3423            # lookup dependent var position
3424            depVar = obj.GetDepVar()
3425            if depVar in colLabels:
3426                indx = colLabels.index(depVar)
3427            else:
3428                raise Exception('Dependent variable '+depVar+' not found')
3429            # assemble a list of the independent variables
3430            indepVars = obj.GetIndependentVars()
3431            # loop over each datapoint
3432            for j,row in enumerate(zip(*colList)):
3433                if not UseFlags[j]: continue
3434                # assemble equations to fit
3435                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3436                # prepare a dict of needed independent vars for this expression
3437                indepVarDict = {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3438                calcobj.SetupCalc(indepVarDict)               
3439                # values and sigs for current value of dependent var
3440                calcobj.depVal = row[indx]
3441                calcobj.depSig = colSigs[indx][j]
3442                calcObjList.append(calcobj)
3443        # varied parameters
3444        varyList = varyValueDict.keys()
3445        values = varyValues = [varyValueDict[key] for key in varyList]
3446        if not varyList:
3447            print 'no variables to refine!'
3448            return
3449        try:
3450            result = so.leastsq(ParEqEval,varyValues,full_output=True,   #ftol=Ftol,
3451                                args=(calcObjList,varyList)
3452                                )
3453            values = result[0]
3454            covar = result[1]
3455            if covar is None:
3456                raise Exception
3457            esdDict = {}
3458            for i,avar in enumerate(varyList):
3459                esdDict[avar] = np.sqrt(covar[i,i])
3460        except:
3461            print('====> Fit failed')
3462            return
3463        print('==== Fit Results ====')
3464        for obj in eqObjList:
3465            obj.UpdateVariedVars(varyList,values)
3466            ind = '      '
3467            print('  '+obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression)
3468            for var in obj.assgnVars:
3469                print(ind+var+' = '+obj.assgnVars[var])
3470            for var in obj.freeVars:
3471                avar = "::"+obj.freeVars[var][0]
3472                val = obj.freeVars[var][1]
3473                if obj.freeVars[var][2]:
3474                    print(ind+var+' = '+avar + " = " + G2mth.ValEsd(val,esdDict[avar]))
3475                else:
3476                    print(ind+var+' = '+avar + " =" + G2mth.ValEsd(val,0))
3477        # create a plot for each parametric variable
3478        for fitnum,obj in enumerate(eqObjList):
3479            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3480            # lookup dependent var position
3481            indx = colLabels.index(obj.GetDepVar())
3482            # assemble a list of the independent variables
3483            indepVars = obj.GetIndependentVars()           
3484            # loop over each datapoint
3485            fitvals = []
3486            for j,row in enumerate(zip(*colList)):
3487                calcobj.SetupCalc(
3488                    {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3489                    )
3490                fitvals.append(calcobj.EvalExpression())
3491            G2plt.PlotSelectedSequence(
3492                G2frame,[indx],GetColumnInfo,SelectXaxis,
3493                fitnum,fitvals)
3494
3495    def SingleParEqFit(eqObj):
3496        DoParEqFit(None,eqObj)
3497
3498    def DelParFitEq(event):
3499        'Ask the user to select function to delete'
3500        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3501        selected = G2G.ItemSelector(
3502            txtlst,G2frame.dataFrame,
3503            multiple=True,
3504            title='Select a parametric equation(s) to remove',
3505            header='Delete equation')
3506        if selected is None: return
3507        Controls['SeqParFitEqList'] = [obj for i,obj in enumerate(Controls['SeqParFitEqList']) if i not in selected]
3508        EnableParFitEqMenus()
3509        if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3510       
3511    def EditParFitEq(event):
3512        'Edit an existing parametric equation'
3513        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3514        if len(txtlst) == 1:
3515            selected = 0
3516        else:
3517            selected = G2G.ItemSelector(
3518                txtlst,G2frame.dataFrame,
3519                multiple=False,
3520                title='Select a parametric equation to edit',
3521                header='Edit equation')
3522        if selected is not None:
3523            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3524                G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3525                Controls['SeqParFitEqList'][selected],
3526                depVarDict=depVarDict,
3527                header="Edit the formula for this minimization function",
3528                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3529            newobj = dlg.Show(True)
3530            if newobj:
3531                Controls['SeqParFitEqList'][selected] = newobj
3532                EnableParFitEqMenus()
3533            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3534
3535    def AddNewParFitEq(event):
3536        'Create a new parametric equation to be fit to sequential results'
3537
3538        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3539        usedvarlist = []
3540        for obj in Controls['SeqParFitEqList']:
3541            for var in obj.freeVars:
3542                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3543
3544        dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3545            G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3546            depVarDict=depVarDict,
3547            header='Define an equation to minimize in the parametric fit',
3548            ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit],
3549            usedVars=usedvarlist)
3550        obj = dlg.Show(True)
3551        dlg.Destroy()
3552        if obj:
3553            Controls['SeqParFitEqList'].append(obj)
3554            EnableParFitEqMenus()
3555            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3556               
3557    def CopyParFitEq(event):
3558        'Copy an existing parametric equation to be fit to sequential results'
3559        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3560        usedvarlist = []
3561        for obj in Controls['SeqParFitEqList']:
3562            for var in obj.freeVars:
3563                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3564        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3565        if len(txtlst) == 1:
3566            selected = 0
3567        else:
3568            selected = G2G.ItemSelector(
3569                txtlst,G2frame.dataFrame,
3570                multiple=False,
3571                title='Select a parametric equation to copy',
3572                header='Copy equation')
3573        if selected is not None:
3574            newEqn = copy.deepcopy(Controls['SeqParFitEqList'][selected])
3575            for var in newEqn.freeVars:
3576                newEqn.freeVars[var][0] = G2obj.MakeUniqueLabel(newEqn.freeVars[var][0],usedvarlist)
3577            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3578                G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3579                newEqn,
3580                depVarDict=depVarDict,
3581                header="Edit the formula for this minimization function",
3582                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3583            newobj = dlg.Show(True)
3584            if newobj:
3585                Controls['SeqParFitEqList'].append(newobj)
3586                EnableParFitEqMenus()
3587            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3588                                           
3589    def GridSetToolTip(row,col):
3590        '''Routine to show standard uncertainties for each element in table
3591        as a tooltip
3592        '''
3593        if colSigs[col]:
3594            return u'\u03c3 = '+str(colSigs[col][row])
3595        return ''
3596       
3597    def GridColLblToolTip(col):
3598        '''Define a tooltip for a column. This will be the user-entered value
3599        (from data['variableLabels']) or the default name
3600        '''
3601        if col < 0 or col > len(colLabels):
3602            print 'Illegal column #',col
3603            return
3604        var = colLabels[col]
3605        return variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3606       
3607    def SetLabelString(event):
3608        '''Define or edit the label for a column in the table, to be used
3609        as a tooltip and for plotting
3610        '''
3611        col = event.GetCol()
3612        if col < 0 or col > len(colLabels):
3613            return
3614        var = colLabels[col]
3615        lbl = variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3616        dlg = G2G.SingleStringDialog(G2frame.dataFrame,'Set variable label',
3617                                 'Set a new name for variable '+var,lbl,size=(400,-1))
3618        if dlg.Show():
3619            variableLabels[var] = dlg.GetValue()
3620        dlg.Destroy()
3621
3622    def DoSequentialExport(event):
3623        '''Event handler for all Sequential Export menu items
3624        '''
3625        vals = G2frame.dataFrame.SeqExportLookup.get(event.GetId())
3626        if vals is None:
3627            print('Error: Id not found. This should not happen!')
3628        G2IO.ExportSequential(G2frame,data,*vals)
3629   
3630    #def GridRowLblToolTip(row): return 'Row ='+str(row)
3631   
3632    # lookup table for unique cell parameters by symmetry
3633    cellGUIlist = [
3634        [['m3','m3m'],(0,)],
3635        [['3R','3mR'],(0,3)],
3636        [['3','3m1','31m','6/m','6/mmm','4/m','4/mmm'],(0,2)],
3637        [['mmm'],(0,1,2)],
3638        [['2/m'+'a'],(0,1,2,3)],
3639        [['2/m'+'b'],(0,1,2,4)],
3640        [['2/m'+'c'],(0,1,2,5)],
3641        [['-1'],(0,1,2,3,4,5)],
3642        ]
3643    # cell labels
3644    cellUlbl = ('a','b','c',u'\u03B1',u'\u03B2',u'\u03B3') # unicode a,b,c,alpha,beta,gamma
3645
3646    #======================================================================
3647    # start processing sequential results here (UpdateSeqResults)
3648    #======================================================================
3649    if not data:
3650        print 'No sequential refinement results'
3651        return
3652    variableLabels = data.get('variableLabels',{})
3653    data['variableLabels'] = variableLabels
3654    Histograms,Phases = G2frame.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3655    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
3656    # create a place to store Pseudo Vars & Parametric Fit functions, if not present
3657    if 'SeqPseudoVars' not in Controls: Controls['SeqPseudoVars'] = {}
3658    if 'SeqParFitEqList' not in Controls: Controls['SeqParFitEqList'] = []
3659    histNames = data['histNames']
3660    if G2frame.dataDisplay:
3661        G2frame.dataDisplay.Destroy()
3662    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3663        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3664        Status.SetStatusText("Select column to export; Double click on column to plot data; on row for Covariance")
3665    sampleParms = GetSampleParms()
3666
3667    # make dict of varied atom coords keyed by absolute position
3668    newAtomDict = data[histNames[0]].get('newAtomDict',{}) # dict with atom positions; relative & absolute
3669    # Possible error: the next might need to be data[histNames[0]]['varyList']
3670    # error will arise if there constraints on coordinates?
3671    atomLookup = {newAtomDict[item][0]:item for item in newAtomDict if item in data['varyList']}
3672   
3673    # make dict of varied cell parameters equivalents
3674    ESDlookup = {} # provides the Dij term for each Ak term (where terms are refined)
3675    Dlookup = {} # provides the Ak term for each Dij term (where terms are refined)
3676    # N.B. These Dij vars are missing a histogram #
3677    newCellDict = data[histNames[0]].get('newCellDict',{})
3678    for item in newCellDict:
3679        if item in data['varyList']:
3680            ESDlookup[newCellDict[item][0]] = item
3681            Dlookup[item] = newCellDict[item][0]
3682    # add coordinate equivalents to lookup table
3683    for parm in atomLookup:
3684        Dlookup[atomLookup[parm]] = parm
3685        ESDlookup[parm] = atomLookup[parm]
3686
3687    # get unit cell & symmetry for all phases & initial stuff for later use
3688    RecpCellTerms = {}
3689    SGdata = {}
3690    uniqCellIndx = {}
3691    initialCell = {}
3692    RcellLbls = {}
3693    zeroDict = {}
3694    for phase in Phases:
3695        phasedict = Phases[phase]
3696        pId = phasedict['pId']
3697        pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3698        RcellLbls[pId] = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3699        RecpCellTerms[pId] = G2lat.cell2A(phasedict['General']['Cell'][1:7])
3700        zeroDict[pId] = dict(zip(RcellLbls[pId],6*[0.,]))
3701        SGdata[pId] = phasedict['General']['SGData']
3702        laue = SGdata[pId]['SGLaue']
3703        if laue == '2/m':
3704            laue += SGdata[pId]['SGUniq']
3705        for symlist,celllist in cellGUIlist:
3706            if laue in symlist:
3707                uniqCellIndx[pId] = celllist
3708                break
3709        else: # should not happen
3710            uniqCellIndx[pId] = range(6)
3711        for i in uniqCellIndx[pId]:
3712            initialCell[str(pId)+'::A'+str(i)] =  RecpCellTerms[pId][i]
3713
3714    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SequentialMenu)
3715    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sequential refinement results')
3716    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3717        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3718        Status.SetStatusText('')
3719    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnRenameSelSeq, id=wxID_RENAMESEQSEL)
3720    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeq, id=wxID_SAVESEQSEL)
3721    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeqCSV, id=wxID_SAVESEQSELCSV)
3722    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSeqCSV, id=wxID_SAVESEQCSV)
3723    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotSelSeq, id=wxID_PLOTSEQSEL)
3724    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAveSelSeq, id=wxID_AVESEQSEL)
3725    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReOrgSelSeq, id=wxID_ORGSEQSEL)
3726    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewPseudoVar, id=wxADDSEQVAR)
3727    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewDistPseudoVar, id=wxADDSEQDIST)
3728    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewAnglePseudoVar, id=wxADDSEQANGLE)
3729    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelPseudoVar, id=wxDELSEQVAR)
3730    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditPseudoVar, id=wxEDITSEQVAR)
3731    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewParFitEq, id=wxADDPARFIT)
3732    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyParFitEq, id=wxCOPYPARFIT)
3733    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelParFitEq, id=wxDELPARFIT)
3734    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditParFitEq, id=wxEDITPARFIT)
3735    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoParEqFit, id=wxDOPARFIT)
3736
3737    for id in G2frame.dataFrame.SeqExportLookup:       
3738        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoSequentialExport, id=id)
3739
3740    EnablePseudoVarMenus()
3741    EnableParFitEqMenus()
3742
3743    # scan for locations where the variables change
3744    VaryListChanges = [] # histograms where there is a change
3745    combinedVaryList = []
3746    firstValueDict = {}
3747    vallookup = {}
3748    posdict = {}
3749    prevVaryList = []
3750    foundNames = []
3751    for i,name in enumerate(histNames):
3752        if name not in data:
3753            print("Error: "+name+" not found!")
3754            continue
3755        foundNames.append(name)
3756        for var,val,sig in zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables'],data[name]['sig']):
3757            svar = striphist(var,'*') # wild-carded
3758            if svar not in combinedVaryList:
3759                # add variables to list as they appear
3760                combinedVaryList.append(svar)
3761                firstValueDict[svar] = (val,sig)
3762        if prevVaryList != data[name]['varyList']: # this refinement has a different refinement list from previous
3763            prevVaryList = data[name]['varyList']
3764            vallookup[name] = dict(zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables']))
3765            posdict[name] = {}
3766            for var in data[name]['varyList']:
3767                svar = striphist(var,'*')
3768                posdict[name][combinedVaryList.index(svar)] = svar
3769            VaryListChanges.append(name)
3770    if len(VaryListChanges) > 1:
3771        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,True)
3772    else:
3773        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,False)
3774    #-----------------------------------------------------------------------------------
3775    # build up the data table by columns -----------------------------------------------
3776    histNames = foundNames
3777    nRows = len(histNames)
3778    colList = [nRows*[True]]
3779    colSigs = [None]
3780    colLabels = ['Use']
3781    Types = [wg.GRID_VALUE_BOOL]
3782    # start with Rwp values
3783    if 'IMG ' not in histNames[0][:4]:
3784        colList += [[data[name]['Rvals']['Rwp'] for name in histNames]]
3785        colSigs += [None]
3786        colLabels += ['Rwp']
3787        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
3788    # add % change in Chi^2 in last cycle
3789    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG '] and Controls.get('ShowCell'):
3790        colList += [[100.*data[name]['Rvals'].get('DelChi2',-1) for name in histNames]]
3791        colSigs += [None]
3792        colLabels += [u'\u0394\u03C7\u00B2 (%)']
3793        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3794    deltaChiCol = len(colLabels)-1
3795    # add changing sample parameters to table
3796    for key in sampleParms:
3797        colList += [sampleParms[key]]
3798        colSigs += [None]
3799        colLabels += [key]
3800        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3801    sampleDict = {}
3802    for i,name in enumerate(histNames):
3803        sampleDict[name] = dict(zip(sampleParms.keys(),[sampleParms[key][i] for key in sampleParms.keys()])) 
3804    # add unique cell parameters TODO: review this where the cell symmetry changes (when possible)
3805    if Controls.get('ShowCell',False):
3806        for pId in sorted(RecpCellTerms):
3807            pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3808            cells = []
3809            cellESDs = []
3810            colLabels += [pfx+cellUlbl[i] for i in uniqCellIndx[pId]]
3811            colLabels += [pfx+'Vol']
3812            Types += (1+len(uniqCellIndx[pId]))*[wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3813            for name in histNames:
3814                covData = {
3815                    'varyList': [Dlookup.get(striphist(v),v) for v in data[name]['varyList']],
3816                    'covMatrix': data[name]['covMatrix']
3817                    }
3818                A = RecpCellTerms[pId][:] # make copy of starting A values
3819                # update with refined values
3820                for i in range(6):
3821                    var = str(pId)+'::A'+str(i)
3822                    if var in ESDlookup:
3823                        val = data[name]['newCellDict'][ESDlookup[var]][1] # get refined value
3824                        A[i] = val # override with updated value
3825                # apply symmetry
3826                Albls = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3827                cellDict = dict(zip(Albls,A))
3828                A,zeros = G2stIO.cellFill(pfx,SGdata[pId],cellDict,zeroDict[pId])
3829                # convert to direct cell & add only unique values to table
3830                c = G2lat.A2cell(A)
3831                vol = G2lat.calc_V(A)
3832                cE = G2stIO.getCellEsd(pfx,SGdata[pId],A,covData)
3833                cells += [[c[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[vol]]
3834                cellESDs += [[cE[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[cE[-1]]]
3835            colList += zip(*cells)
3836            colSigs += zip(*cellESDs)
3837    # sort out the variables in their selected order
3838    varcols = 0
3839    for d in posdict.itervalues():
3840        varcols = max(varcols,max(d.keys())+1)
3841    # get labels for each column
3842    for i in range(varcols):
3843        lbl = ''
3844        for h in VaryListChanges:
3845            if posdict[h].get(i):
3846                if posdict[h].get(i) in lbl: continue
3847                if lbl != "": lbl += '/'
3848                lbl += posdict[h].get(i)
3849        colLabels.append(lbl)
3850    Types += varcols*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
3851    vals = []
3852    esds = []
3853    varsellist = None        # will be a list of variable names in the order they are selected to appear
3854    # tabulate values for each hist, leaving None for blank columns
3855    for name in histNames:
3856        if name in posdict:
3857            varsellist = [posdict[name].get(i) for i in range(varcols)]
3858            # translate variable names to how they will be used in the headings
3859            vs = [striphist(v,'*') for v in data[name]['varyList']]
3860            # determine the index for each column (or None) in the data[]['variables'] and ['sig'] lists
3861            sellist = [vs.index(v) if v is not None else None for v in varsellist]
3862            #sellist = [i if striphist(v,'*') in varsellist else None for i,v in enumerate(data[name]['varyList'])]
3863        if not varsellist: raise Exception()
3864        vals.append([data[name]['variables'][s] if s is not None else None for s in sellist])
3865        esds.append([data[name]['sig'][s] if s is not None else None for s in sellist])
3866        #GSASIIpath.IPyBreak()
3867    colList += zip(*vals)
3868    colSigs += zip(*esds)
3869    # compute and add weight fractions to table if varied
3870    for phase in Phases:
3871        var = str(Phases[phase]['pId'])+':*:Scale'
3872        if var not in combinedVaryList: continue
3873        wtFrList = []
3874        sigwtFrList = []
3875        for i,name in enumerate(histNames):
3876            wtFrSum = 0.
3877            for phase1 in Phases:
3878                wtFrSum += Phases[phase1]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase1]['General']['Mass']
3879            var = str(Phases[phase]['pId'])+':'+str(i)+':Scale'
3880            wtFr = Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase]['General']['Mass']/wtFrSum
3881            wtFrList.append(wtFr)
3882            if var in data[name]['varyList']:
3883                sig = data[name]['sig'][data[name]['varyList'].index(var)]*wtFr/Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]
3884            else:
3885                sig = 0.0
3886            sigwtFrList.append(sig)
3887        colLabels.append(str(Phases[phase]['pId'])+':*:WgtFrac')
3888        colList += [wtFrList]
3889        colSigs += [sigwtFrList]
3890               
3891    # tabulate constrained variables, removing histogram numbers if needed
3892    # from parameter label
3893    depValDict = {}
3894    depSigDict = {}
3895    for name in histNames:
3896        for var in data[name].get('depParmDict',{}):
3897            val,sig = data[name]['depParmDict'][var]
3898            svar = striphist(var,'*')
3899            if svar not in depValDict:
3900               depValDict[svar] = [val]
3901               depSigDict[svar] = [sig]
3902            else:
3903               depValDict[svar].append(val)
3904               depSigDict[svar].append(sig)
3905    # add the dependent constrained variables to the table
3906    for var in sorted(depValDict):
3907        if len(depValDict[var]) != len(histNames): continue
3908        colLabels.append(var)
3909        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3910        colSigs += [depSigDict[var]]
3911        colList += [depValDict[var]]
3912
3913    # add atom parameters to table
3914    colLabels += atomLookup.keys()
3915    Types += len(atomLookup)*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
3916    for parm in sorted(atomLookup):
3917        colList += [[data[name]['newAtomDict'][atomLookup[parm]][1] for name in histNames]]
3918        if atomLookup[parm] in data[histNames[0]]['varyList']:
3919            col = data[histNames[0]]['varyList'].index(atomLookup[parm])
3920            colSigs += [[data[name]['sig'][col] for name in histNames]]
3921        else:
3922            colSigs += [None] # should not happen
3923    # evaluate Pseudovars, their ESDs and add them to grid
3924    for expr in Controls['SeqPseudoVars']:
3925        obj = Controls['SeqPseudoVars'][expr]
3926        calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3927        valList = []
3928        esdList = []
3929        for seqnum,name in enumerate(histNames):
3930            sigs = data[name]['sig']
3931            G2mv.InitVars()
3932            parmDict = data[name].get('parmDict')
3933            constraintInfo = data[name].get('constraintInfo',[[],[],{},[],seqnum])
3934            groups,parmlist,constrDict,fixedList,ihst = constraintInfo
3935            varyList = data[name]['varyList']
3936            parmDict = data[name]['parmDict']
3937            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmDict,SeqHist=ihst)
3938            if 'Dist' in expr:
3939                derivs = G2mth.CalcDistDeriv(obj.distance_dict,obj.distance_atoms, parmDict)
3940                pId = obj.distance_dict['pId']
3941                aId,bId = obj.distance_atoms
3942                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
3943                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId) for ip in ['x','y','z']]
3944                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
3945                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
3946#                GSASIIpath.IPyBreak()
3947            elif 'Angle' in expr:
3948                derivs = G2mth.CalcAngleDeriv(obj.angle_dict,obj.angle_atoms, parmDict)
3949                pId = obj.angle_dict['pId']
3950                aId,bId = obj.angle_atoms
3951                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
3952                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[0]) for ip in ['x','y','z']]
3953                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[1]) for ip in ['x','y','z']]
3954                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
3955                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
3956            else:
3957                derivs = np.array(
3958                    [EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict.copy(),sampleDict[name],var,ESD)
3959                     for var,ESD in zip(varyList,sigs)])
3960                esdList.append(np.sqrt(
3961                    np.inner(derivs,np.inner(data[name]['covMatrix'],derivs.T)) ))
3962            PSvarDict = parmDict.copy()
3963            PSvarDict.update(sampleDict[name])
3964            UpdateParmDict(PSvarDict)
3965            calcobj.UpdateDict(PSvarDict)
3966            valList.append(calcobj.EvalExpression())
3967#            if calcobj.su is not None: esdList[-1] = calcobj.su
3968        if not esdList:
3969            esdList = None
3970        colList += [valList]
3971        colSigs += [esdList]
3972        colLabels += [expr]
3973        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3974    #---- table build done -------------------------------------------------------------
3975
3976    # Make dict needed for creating & editing pseudovars (PSvarDict).
3977    name = histNames[0]
3978    parmDict = data[name].get('parmDict',{})
3979    PSvarDict = parmDict.copy()
3980    PSvarDict.update(sampleParms)
3981    UpdateParmDict(PSvarDict)
3982    # Also dicts of dependent (depVarDict) & independent vars (indepVarDict)
3983    # for Parametric fitting from the data table
3984    parmDict = dict(zip(colLabels,zip(*colList)[0])) # scratch dict w/all values in table
3985    parmDict.update(
3986        {var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()} #  add varied reciprocal cell terms
3987    )
3988    name = histNames[0]
3989
3990    #******************************************************************************
3991    # create a set of values for example evaluation of pseudovars and
3992    # this does not work for refinements that have differing numbers of variables.
3993    #raise Exception
3994    indepVarDict = {}     #  values in table w/o ESDs
3995    depVarDict = {}
3996    for i,var in enumerate(colLabels):
3997        if var == 'Use': continue
3998        if colList[i][0] is None:
3999            val,sig = firstValueDict.get(var,[None,None])
4000        elif colSigs[i]:
4001            val,sig = colList[i][0],colSigs[i][0]
4002        else:
4003            val,sig = colList[i][0],None
4004        if val is None:
4005            continue
4006        elif sig is None:
4007            indepVarDict[var] = val
4008        elif striphist(var) not in Dlookup:
4009            depVarDict[var] = val
4010    # add recip cell coeff. values
4011    depVarDict.update({var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()})
4012
4013    G2frame.dataFrame.currentGrids = []
4014    G2frame.dataDisplay = G2G.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
4015    G2frame.SeqTable = G2G.Table(
4016        [list(cl) for cl in zip(*colList)],     # convert from columns to rows
4017        colLabels=colLabels,rowLabels=histNames,types=Types)
4018    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.SeqTable, True)
4019    #G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
4020    # make all but first column read-only
4021    for c in range(1,len(colLabels)):
4022        for r in range(nRows):
4023            G2frame.dataDisplay.SetCellReadOnly(r,c)
4024    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK, PlotSelect)
4025    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_RIGHT_CLICK, SetLabelString)
4026    G2frame.dataDisplay.SetRowLabelSize(8*len(histNames[0]))       #pretty arbitrary 8
4027    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
4028    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(True)
4029    if prevSize:
4030        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(prevSize)
4031    else:
4032        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([700,350])
4033    # highlight unconverged shifts
4034    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG ']:
4035        for row,name in enumerate(histNames):
4036            deltaChi = G2frame.SeqTable.GetValue(row,deltaChiCol)
4037            if deltaChi > 10.:
4038                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,0,0))
4039            elif deltaChi > 1.0:
4040                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,255,0))
4041    G2frame.dataDisplay.InstallGridToolTip(GridSetToolTip,GridColLblToolTip)
4042    G2frame.dataDisplay.SendSizeEvent() # resize needed on mac
4043    G2frame.dataDisplay.Refresh() # shows colored text on mac
4044   
4045################################################################################
4046#####  Main PWDR panel
4047################################################################################           
4048       
4049def UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item):
4050    '''Called when the histogram main tree entry is called. Displays the
4051    histogram weight factor, refinement statistics for the histogram
4052    and the range of data for a simulation.
4053
4054    Also invokes a plot of the histogram.
4055    '''
4056    def onEditSimRange(event):
4057        'Edit simulation range'
4058        inp = [
4059            min(data[1][0]),
4060            max(data[1][0]),
4061            None
4062            ]
4063        inp[2] = (inp[1] - inp[0])/(len(data[1][0])-1.)
4064        names = ('start angle', 'end angle', 'step size')
4065        dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
4066            G2frame,[inp] * len(inp), range(len(inp)), names,
4067            header='Edit simulation range',
4068            minvals=(0.001,0.001,0.0001),
4069            maxvals=(180.,180.,.1),
4070            )
4071        dlg.CenterOnParent()
4072        val = dlg.ShowModal()
4073        dlg.Destroy()
4074        if val != wx.ID_OK: return
4075        if inp[0] > inp[1]:
4076            end,start,step = inp
4077        else:               
4078            start,end,step = inp
4079        step = abs(step)
4080        N = int((end-start)/step)+1
4081        newdata = np.linspace(start,end,N,True)
4082        if len(newdata) < 2: return # too small a range - reject
4083        data[1] = [newdata,np.zeros_like(newdata),np.ones_like(newdata),
4084            np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata)]
4085        Tmin = newdata[0]
4086        Tmax = newdata[-1]
4087        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,item,'Limits'),
4088            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
4089        UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item) # redisplay data screen
4090
4091    def OnPlot3DHKL(event):
4092        refList = data[1]['RefList']
4093        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4094        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4095        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4096        Vpoint = np.array([int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))])
4097        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4098            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4099            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4100            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[0,0,1]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4101        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4102       
4103    def OnPlotAll3DHKL(event):
4104        choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['HKLF',])
4105        dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame, 'Select reflection sets to plot',
4106            'Use data',choices)
4107        try:
4108            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4109                refNames = [choices[i] for i in dlg.GetSelections()]
4110            else:
4111                return
4112        finally:
4113            dlg.Destroy()
4114        refList = np.zeros(0)
4115        for name in refNames:
4116            Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, name)
4117            reflData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[1]
4118            if len(refList):
4119                refList = np.concatenate((refList,reflData['RefList']))
4120            else:
4121                refList = reflData['RefList']
4122           
4123        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4124        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4125        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4126        Vpoint = [int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))]
4127        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4128            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4129            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4130            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[1,0,0]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4131        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4132                 
4133    def OnMergeHKL(event):
4134        Name = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
4135        Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,
4136            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
4137        CId = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Comments')
4138        if CId:
4139            Comments = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(CId)
4140        else:
4141            Comments = []
4142        refList = np.copy(data[1]['RefList'])
4143        Comments.append(' Merging %d reflections from %s'%(len(refList),Name))
4144        dlg = MergeDialog(G2frame,data)
4145        try:
4146            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4147                Trans,Cent,Laue = dlg.GetSelection()
4148            else:
4149                return
4150        finally:
4151            dlg.Destroy()
4152        Super = data[1]['Super']
4153        refList,badRefs = G2lat.transposeHKLF(Trans,Super,refList)
4154        if len(badRefs):    #do I want to list badRefs?
4155            G2frame.ErrorDialog('Failed transformation','Matrix yields fractional hkl indices')
4156            return
4157        Comments.append(" Transformation M*H = H' applied; M=")
4158        Comments.append(str(Trans))
4159        refList = G2lat.LaueUnique(Laue,refList)
4160        dlg = wx.ProgressDialog('Build HKL dictonary','',len(refList)+1, 
4161            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4162        HKLdict = {}
4163        for ih,hkl in enumerate(refList):
4164            if str(hkl[:3+Super]) not in HKLdict:
4165                HKLdict[str(hkl[:3+Super])] = [hkl[:3+Super],[hkl[3+Super:],]]
4166            else:
4167                HKLdict[str(hkl[:3+Super])][1].append(hkl[3+Super:])
4168            dlg.Update(ih)
4169        dlg.Destroy()
4170        mergeRef = []
4171        dlg = wx.ProgressDialog('Processing merge','',len(HKLdict)+1, 
4172            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4173        sumDf = 0.
4174        sumFo = 0.
4175        for ih,hkl in enumerate(HKLdict):
4176            HKL = HKLdict[hkl]
4177            newHKL = list(HKL[0])+list(HKL[1][0])
4178            if len(HKL[1]) > 1:
4179                fos = np.array(HKL[1])
4180                wFo = 1/fos[:,3]**2
4181                Fo = np.average(fos[:,2],weights=wFo)
4182                std = np.std(fos[:,2])
4183                sig = np.sqrt(np.mean(fos[:,3])**2+std**2)
4184                sumFo += np.sum(fos[:,2])
4185                sumDf += np.sum(np.abs(fos[:,2]-Fo))
4186                dlg.Update(ih)
4187                newHKL[5+Super] = Fo
4188                newHKL[6+Super] = sig
4189                newHKL[8+Super] = Fo
4190            if newHKL[5+Super] > 0.:
4191                mergeRef.append(list(newHKL)) 
4192        dlg.Destroy()
4193        if Super:
4194            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,3),2),1),0)
4195        else:
4196            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,2),1),0)
4197        mergeRef = np.array(mergeRef)
4198        if sumFo:
4199            mtext = ' merge R = %6.2f%s for %d reflections in %s'%(100.*sumDf/sumFo,'%',mergeRef.shape[0],Laue)
4200            print mtext
4201            Comments.append(mtext)
4202        else:
4203            print 'nothing to merge for %s reflections'%(mergeRef.shape[0])
4204        HKLFlist = []
4205        newName = Name+' '+Laue
4206        if G2frame.PatternTree.GetCount():
4207            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)
4208            while item:
4209                name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
4210                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
4211                    HKLFlist.append(name)
4212                item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
4213        newName = G2obj.MakeUniqueLabel(newName,HKLFlist)
4214        newData = copy.deepcopy(data)
4215        newData[0]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
4216        newData[1]['RefList'] = mergeRef
4217        Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text=newName)
4218        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4219            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
4220        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,newData)
4221        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4222            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
4223        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4224            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),{})  #dummy entry for GUI use
4225                   
4226    def OnErrorAnalysis(event):
4227        G2plt.PlotDeltSig(G2frame,kind)
4228       
4229    def OnWtFactor(event):
4230        event.Skip()
4231        try:
4232            val = float(wtval.GetValue())
4233        except ValueError:
4234            val = data[0]['wtFactor']
4235        data[0]['wtFactor'] = val
4236        wtval.SetValue('%.3f'%(val))
4237       
4238#    def OnCompression(event):
4239#        data[0] = int(comp.GetValue())
4240       
4241    def onCopyPlotCtrls(event):
4242        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4243        Need this here to pass on the G2frame object.
4244        '''
4245        G2pdG.CopyPlotCtrls(G2frame)
4246
4247    def onCopySelectedItems(event):
4248        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4249        Need this here to pass on the G2frame object.
4250        '''
4251        G2pdG.CopySelectedHistItems(G2frame)
4252           
4253    data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4254#patches
4255    if not data:
4256        return
4257    if 'wtFactor' not in data[0]:
4258        data[0] = {'wtFactor':1.0}
4259#    if kind == 'PWDR' and 'Compression' not in data[0]:
4260#        data[0]['Compression'] = 1
4261    #if isinstance(data[1],list) and kind == 'HKLF':
4262    if 'list' in str(type(data[1])) and kind == 'HKLF':
4263        RefData = {'RefList':[],'FF':[]}
4264        for ref in data[1]:
4265            RefData['RefList'].append(ref[:11]+[ref[13],])
4266            RefData['FF'].append(ref[14])
4267        data[1] = RefData
4268        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(item,data)
4269#end patches
4270    if G2frame.dataDisplay:
4271        G2frame.dataDisplay.Destroy()
4272    if kind in ['PWDR','SASD']:
4273        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.PWDRMenu)
4274        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnErrorAnalysis, id=wxID_PWDANALYSIS)
4275        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopySelectedItems, id=wxID_PWDCOPY)
4276        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopyPlotCtrls, id=wxID_PLOTCTRLCOPY)
4277    elif kind in ['HKLF',]:
4278        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.HKLFMenu)
4279        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnErrorAnalysis, id=wxID_PWDANALYSIS)
4280        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnMergeHKL, id=wxID_MERGEHKL)
4281        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot