source: trunk/GSASIIgrid.py @ 2640

Last change on this file since 2640 was 2640, checked in by vondreele, 5 years ago

change Width to Size in setSizePosLeft
kluge to get correct scrolling in Phase windows in SetPhaseWinows?

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 221.9 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIgrid - data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2017-01-17 23:11:27 +0000 (Tue, 17 Jan 2017) $
5# $Author: vondreele $
6# $Revision: 2640 $
7# $URL: trunk/GSASIIgrid.py $
8# $Id: GSASIIgrid.py 2640 2017-01-17 23:11:27Z vondreele $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIgrid: Basic GUI routines*
12--------------------------------
13
14'''
15import wx
16import wx.grid as wg
17#import wx.wizard as wz
18#import wx.aui
19import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
20import time
21import copy
22import sys
23import os
24import random as ran
25import numpy as np
26import scipy.optimize as so
27import GSASIIpath
28GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2640 $")
29import GSASIImath as G2mth
30import GSASIIIO as G2IO
31import GSASIIstrIO as G2stIO
32import GSASIIlattice as G2lat
33import GSASIIplot as G2plt
34import GSASIIpwdGUI as G2pdG
35import GSASIIimgGUI as G2imG
36import GSASIIphsGUI as G2phG
37import GSASIIspc as G2spc
38import GSASIImapvars as G2mv
39import GSASIIconstrGUI as G2cnstG
40import GSASIIrestrGUI as G2restG
41import GSASIIpy3 as G2py3
42import GSASIIobj as G2obj
43import GSASIIexprGUI as G2exG
44import GSASIIlog as log
45import GSASIIctrls as G2G
46
47# trig functions in degrees
48sind = lambda x: np.sin(x*np.pi/180.)
49tand = lambda x: np.tan(x*np.pi/180.)
50cosd = lambda x: np.cos(x*np.pi/180.)
51
52# Define a short name for convenience
53WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
54
55[ wxID_FOURCALC, wxID_FOURSEARCH, wxID_FOURCLEAR, wxID_PEAKSMOVE, wxID_PEAKSCLEAR, 
56    wxID_CHARGEFLIP, wxID_PEAKSUNIQUE, wxID_PEAKSDELETE, wxID_PEAKSDA,
57    wxID_PEAKSDISTVP, wxID_PEAKSVIEWPT, wxID_FINDEQVPEAKS,wxID_SHOWBONDS,wxID_MULTIMCSA,
58    wxID_SINGLEMCSA,wxID_4DCHARGEFLIP,wxID_TRANSFORMSTRUCTURE,
59] = [wx.NewId() for item in range(17)]
60
61[ wxID_PWDRADD, wxID_HKLFADD, wxID_PWDANALYSIS, wxID_PWDCOPY, wxID_PLOTCTRLCOPY, 
62    wxID_DATADELETE,wxID_DATACOPY,wxID_DATACOPYFLAGS,wxID_DATASELCOPY,wxID_DATAUSE,
63] = [wx.NewId() for item in range(10)]
64
65[ wxID_ATOMSEDITADD, wxID_ATOMSEDITINSERT, wxID_ATOMSEDITDELETE, 
66    wxID_ATOMSMODIFY, wxID_ATOMSTRANSFORM, wxID_ATOMSVIEWADD, wxID_ATOMVIEWINSERT,
67    wxID_RELOADDRAWATOMS,wxID_ATOMSDISAGL,wxID_ATOMMOVE,wxID_MAKEMOLECULE,
68    wxID_ASSIGNATMS2RB,wxID_ATOMSPDISAGL, wxID_ISODISP,wxID_ADDHATOM,wxID_UPDATEHATOM,
69    wxID_WAVEVARY,wxID_ATOMSROTATE, wxID_ATOMSDENSITY,
70    wxID_ATOMSSETALL, wxID_ATOMSSETSEL,
71] = [wx.NewId() for item in range(21)]
72
73[ wxID_DRAWATOMSTYLE, wxID_DRAWATOMLABEL, wxID_DRAWATOMCOLOR, wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, 
74    wxID_DRAWVIEWPOINT, wxID_DRAWTRANSFORM, wxID_DRAWDELETE, wxID_DRAWFILLCELL, 
75    wxID_DRAWADDEQUIV, wxID_DRAWFILLCOORD, wxID_DRAWDISAGLTOR,  wxID_DRAWPLANE,
76    wxID_DRAWDISTVP, wxID_DRAWADDSPHERE,wxID_DRWAEDITRADII,
77] = [wx.NewId() for item in range(15)]
78
79[ wxID_DRAWRESTRBOND, wxID_DRAWRESTRANGLE, wxID_DRAWRESTRPLANE, wxID_DRAWRESTRCHIRAL,
80] = [wx.NewId() for item in range(4)]
81
82[ wxID_ADDMCSAATOM,wxID_ADDMCSARB,wxID_CLEARMCSARB,wxID_MOVEMCSA,wxID_MCSACLEARRESULTS,
83] = [wx.NewId() for item in range(5)]
84
85[ wxID_CLEARTEXTURE,wxID_REFINETEXTURE,
86] = [wx.NewId() for item in range(2)]
87
88[ wxID_LOADDIFFAX,wxID_LAYERSIMULATE,wxID_SEQUENCESIMULATE, wxID_COPYPHASE,
89] = [wx.NewId() for item in range(4)]
90
91[ wxID_PAWLEYLOAD, wxID_PAWLEYESTIMATE, wxID_PAWLEYUPDATE, wxID_PAWLEYSELALL, wxID_PAWLEYSELNONE,
92  wxID_PAWLEYSELTOGGLE, wxID_PAWLEYSET,
93] = [wx.NewId() for item in range(7)]
94
95[ wxID_IMCALIBRATE,wxID_IMRECALIBRATE,wxID_IMINTEGRATE, wxID_IMCLEARCALIB,wxID_IMRECALIBALL, 
96    wxID_IMCOPYCONTROLS, wxID_INTEGRATEALL, wxID_IMSAVECONTROLS, wxID_IMLOADCONTROLS, wxID_IMAUTOINTEG,
97    wxID_IMCOPYSELECTED, wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, wxID_IMXFERCONTROLS,
98] = [wx.NewId() for item in range(13)]
99
100[ wxID_MASKCOPY, wxID_MASKSAVE, wxID_MASKLOAD, wxID_NEWMASKSPOT,wxID_NEWMASKARC,wxID_NEWMASKRING,
101    wxID_NEWMASKFRAME, wxID_NEWMASKPOLY,wxID_MASKLOADNOT,wxID_FINDSPOTS,
102] = [wx.NewId() for item in range(10)]
103
104[ wxID_STRSTACOPY, wxID_STRSTAFIT, wxID_STRSTASAVE, wxID_STRSTALOAD,wxID_STRSTSAMPLE,
105    wxID_APPENDDZERO,wxID_STRSTAALLFIT,wxID_UPDATEDZERO,wxID_STRSTAPLOT,
106] = [wx.NewId() for item in range(9)]
107
108[ wxID_BACKCOPY,wxID_LIMITCOPY, wxID_SAMPLECOPY, wxID_SAMPLECOPYSOME, wxID_BACKFLAGCOPY, wxID_SAMPLEFLAGCOPY,
109    wxID_SAMPLESAVE, wxID_SAMPLELOAD,wxID_ADDEXCLREGION,wxID_SETSCALE,wxID_SAMPLE1VAL,wxID_ALLSAMPLELOAD,
110    wxID_MAKEBACKRDF,
111] = [wx.NewId() for item in range(13)]
112
113[ wxID_INSTPRMRESET,wxID_CHANGEWAVETYPE,wxID_INSTCOPY, wxID_INSTFLAGCOPY, wxID_INSTLOAD,
114    wxID_INSTSAVE, wxID_INST1VAL, wxID_INSTCALIB,wxID_INSTSAVEALL,
115] = [wx.NewId() for item in range(9)]
116
117[ wxID_UNDO,wxID_LSQPEAKFIT,wxID_LSQONECYCLE,wxID_RESETSIGGAM,wxID_CLEARPEAKS,wxID_AUTOSEARCH,
118    wxID_PEAKSCOPY, wxID_SEQPEAKFIT,
119] = [wx.NewId() for item in range(8)]
120
121[  wxID_INDXRELOAD, wxID_INDEXPEAKS, wxID_REFINECELL, wxID_COPYCELL, wxID_MAKENEWPHASE,
122    wxID_EXPORTCELLS,
123] = [wx.NewId() for item in range(6)]
124
125[ wxID_CONSTRAINTADD,wxID_EQUIVADD,wxID_HOLDADD,wxID_FUNCTADD,wxID_ADDRIDING,
126  wxID_CONSPHASE, wxID_CONSHIST, wxID_CONSHAP, wxID_CONSGLOBAL,wxID_EQUIVALANCEATOMS,
127] = [wx.NewId() for item in range(10)]
128
129[ wxID_RESTRAINTADD, wxID_RESTSELPHASE,wxID_RESTDELETE, wxID_RESRCHANGEVAL, 
130    wxID_RESTCHANGEESD,wxID_AARESTRAINTADD,wxID_AARESTRAINTPLOT,
131] = [wx.NewId() for item in range(7)]
132
133[ wxID_RIGIDBODYADD,wxID_DRAWDEFINERB,wxID_RIGIDBODYIMPORT,wxID_RESIDUETORSSEQ,
134    wxID_AUTOFINDRESRB,wxID_GLOBALRESREFINE,wxID_RBREMOVEALL,wxID_COPYRBPARMS,
135    wxID_GLOBALTHERM,wxID_VECTORBODYADD
136] = [wx.NewId() for item in range(10)]
137
138[ wxID_RENAMESEQSEL,wxID_SAVESEQSEL,wxID_SAVESEQSELCSV,wxID_SAVESEQCSV,wxID_PLOTSEQSEL,
139  wxID_ORGSEQSEL,wxADDSEQVAR,wxDELSEQVAR,wxEDITSEQVAR,wxCOPYPARFIT,wxID_AVESEQSEL,
140  wxADDPARFIT,wxDELPARFIT,wxEDITPARFIT,wxDOPARFIT,wxADDSEQDIST,wxADDSEQANGLE
141] = [wx.NewId() for item in range(17)]
142
143[ wxID_MODELCOPY,wxID_MODELFIT,wxID_MODELADD,wxID_ELEMENTADD,wxID_ELEMENTDELETE,
144    wxID_ADDSUBSTANCE,wxID_LOADSUBSTANCE,wxID_DELETESUBSTANCE,wxID_COPYSUBSTANCE,
145    wxID_MODELUNDO,wxID_MODELFITALL,wxID_MODELCOPYFLAGS,
146] = [wx.NewId() for item in range(12)]
147
148[ wxID_SELECTPHASE,wxID_PWDHKLPLOT,wxID_PWD3DHKLPLOT,wxID_3DALLHKLPLOT,wxID_MERGEHKL,
149] = [wx.NewId() for item in range(5)]
150
151[ wxID_PDFCOPYCONTROLS, wxID_PDFSAVECONTROLS, wxID_PDFLOADCONTROLS, 
152    wxID_PDFCOMPUTE, wxID_PDFCOMPUTEALL, wxID_PDFADDELEMENT, wxID_PDFDELELEMENT, wxID_PDFOPT, 
153] = [wx.NewId() for item in range(8)]
154
155[ wxID_MCRON,wxID_MCRLIST,wxID_MCRSAVE,wxID_MCRPLAY,
156] = [wx.NewId() for item in range(4)]
157
158VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
159
160commonTrans = {'abc':np.eye(3),'a-cb':np.array([[1,0,0],[0,0,-1],[0,1,0]]),
161    'ba-c':np.array([[0,1,0],[1,0,0],[0,0,-1]]),'-cba':np.array([[0,0,-1],[0,1,0],[1,0,0]]),
162    'bca':np.array([[0,1,0],[0,0,1],[1,0,0]]),'cab':np.array([[0,0,1],[1,0,0],[0,1,0]]),
163    'P->R':np.array([[1,-1,0],[0,1,-1],[1,1,1]]),'R->P':np.array([[2./3,1./3,1./3],[-1./3,1./3,1./3],[-1./3,-2./3,1./3]]),
164    'P->A':np.array([[-1,0,0],[0,-1,1],[0,1,1]]),'R->O':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]),
165    'P->B':np.array([[-1,0,1],[0,-1,0],[1,0,1]]),'B->P':np.array([[-.5,0,.5],[0,-1,0],[.5,0,.5]]),
166    'P->C':np.array([[1,1,0],[1,-1,0],[0,0,-1]]),'C->P':np.array([[.5,.5,0],[.5,-.5,0],[0,0,-1]]),
167    'P->F':np.array([[-1,1,1],[1,-1,1],[1,1,-1]]),'F->P':np.array([[0,.5,.5],[.5,0,.5],[.5,.5,0]]),   
168    'P->I':np.array([[0,1,1],[1,0,1],[1,1,0]]),'I->P':np.array([[-.5,.5,.5],[.5,-.5,.5],[.5,.5,-.5]]),   
169    'A->P':np.array([[-1,0,0],[0,-.5,.5],[0,.5,.5]]),'O->R':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]), 
170    'abc*':np.eye(3), }
171commonNames = ['abc','bca','cab','a-cb','ba-c','-cba','P->A','A->P','P->B','B->P','P->C','C->P',
172    'P->I','I->P','P->F','F->P','P->R','R->P','R->O','O->R','abc*',]
173
174# Should SGMessageBox, SymOpDialog, DisAglDialog be moved?
175
176################################################################################
177#### GSAS-II class definitions
178################################################################################
179
180class SGMessageBox(wx.Dialog):
181    ''' Special version of MessageBox that displays space group & super space group text
182    in two blocks
183    '''
184    def __init__(self,parent,title,text,table,):
185        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
186            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
187        self.text = text
188        self.table = table
189        self.panel = wx.Panel(self)
190        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
191        mainSizer.Add((0,10))
192        for line in text:
193            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
194        ncol = self.table[0].count(',')+1
195        tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
196        for j,item in enumerate(self.table):
197            num,flds = item.split(')')
198            tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s  '%(num+')')),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
199            flds = flds.replace(' ','').split(',')
200            for i,fld in enumerate(flds):
201                if i < ncol-1:
202                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
203                else:
204                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s'%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
205            if not j%2:
206                tableSizer.Add((20,0))
207        mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_LEFT)
208        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
209        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
210        OKbtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
211        OKbtn.SetDefault()
212        btnsizer.AddButton(OKbtn)
213        btnsizer.Realize()
214        mainSizer.Add((0,10))
215        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
216        self.panel.SetSizer(mainSizer)
217        self.panel.Fit()
218        self.Fit()
219        size = self.GetSize()
220        self.SetSize([size[0]+20,size[1]])
221
222    def Show(self):
223        '''Use this method after creating the dialog to post it
224        '''
225        self.ShowModal()
226        return
227
228    def OnOk(self,event):
229        parent = self.GetParent()
230        parent.Raise()
231        self.EndModal(wx.ID_OK)
232
233class SGMagSpinBox(wx.Dialog):
234    ''' Special version of MessageBox that displays magnetic spin text
235    '''
236    def __init__(self,parent,title,text,table,names,spins,):
237        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
238            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER,size=wx.Size(420,350))
239        self.text = text
240        self.table = table
241        self.names = names
242        self.spins = spins
243        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)
244        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
245        mainSizer.Add((0,10))
246        first = text[0].split(':')[-1].strip()
247        cents = [0,]
248        if 'P' != first[0]:
249            cents = text[-1].split(';')
250        for line in text:
251            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
252        ncol = self.table[0].count(',')+2
253        for ic,cent in enumerate(cents):
254            if cent:
255                cent = cent.strip(' (').strip(')+\n') 
256                mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' for (%s)+'%(cent)),0,WACV)
257            tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
258            for j,item in enumerate(self.table):
259                flds = item.split(')')[1]
260                tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  (%2d)  '%(j+1)),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
261                flds = flds.replace(' ','').split(',')
262                for i,fld in enumerate(flds):
263                    if i < ncol-1:
264                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld))
265                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
266                    else:
267                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s '%(fld))
268                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
269                text = wx.StaticText(self.panel,label=' (%s) '%(self.names[j]))
270                if self.spins[j+ic*len(self.table)] < 0:
271                    text.SetForegroundColour('Red')
272                tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
273                if not j%2:
274                    tableSizer.Add((20,0))
275            mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
276           
277        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
278        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
279        OKbtn.SetDefault()
280        btnsizer.AddButton(OKbtn)
281        btnsizer.Realize()
282        mainSizer.Add((0,10))
283        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
284        self.panel.SetSizer(mainSizer)
285        size = np.array(self.GetSize())
286        self.panel.SetupScrolling()
287        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
288        self.panel.SetSize(size)
289        self.panel.SetAutoLayout(1)
290
291    def Show(self):
292        '''Use this method after creating the dialog to post it
293        '''
294        self.ShowModal()
295        return   
296
297################################################################################
298class SymOpDialog(wx.Dialog):
299    '''Class to select a symmetry operator
300    '''
301    def __init__(self,parent,SGData,New=True,ForceUnit=False):
302        wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,'Select symmetry operator',
303            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
304        panel = wx.Panel(self)
305        self.SGData = SGData
306        self.New = New
307        self.Force = ForceUnit
308        self.OpSelected = [0,0,0,[0,0,0],False,False]
309        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
310        if ForceUnit:
311            choice = ['No','Yes']
312            self.force = wx.RadioBox(panel,-1,'Force to unit cell?',choices=choice)
313            self.force.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
314            mainSizer.Add(self.force,0,WACV|wx.TOP,5)
315#        if SGData['SGInv']:
316        choice = ['No','Yes']
317        self.inv = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose inversion?',choices=choice)
318        self.inv.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
319        mainSizer.Add(self.inv,0,WACV)
320        if SGData['SGLatt'] != 'P':
321            LattOp = G2spc.Latt2text(SGData['SGLatt']).split(';')
322            self.latt = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose cell centering?',choices=LattOp)
323            self.latt.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
324            mainSizer.Add(self.latt,0,WACV)
325        if SGData['SGLaue'] in ['-1','2/m','mmm','4/m','4/mmm']:
326            Ncol = 2
327        else:
328            Ncol = 3
329        OpList = []
330        for Opr in SGData['SGOps']:
331            OpList.append(G2spc.MT2text(Opr))
332        self.oprs = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose space group operator?',choices=OpList,
333            majorDimension=Ncol)
334        self.oprs.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
335        mainSizer.Add(self.oprs,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
336        mainSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,"   Choose unit cell?"),0,WACV)
337        cellSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
338        cellName = ['X','Y','Z']
339        self.cell = []
340        for i in range(3):
341            self.cell.append(wx.SpinCtrl(panel,-1,cellName[i],size=wx.Size(50,20)))
342            self.cell[-1].SetRange(-3,3)
343            self.cell[-1].SetValue(0)
344            self.cell[-1].Bind(wx.EVT_SPINCTRL, self.OnOpSelect)
345            cellSizer.Add(self.cell[-1],0,WACV)
346        mainSizer.Add(cellSizer,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
347        if self.New:
348            choice = ['No','Yes']
349            self.new = wx.RadioBox(panel,-1,'Generate new positions?',choices=choice)
350            self.new.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
351            mainSizer.Add(self.new,0,WACV)
352
353        OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
354        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
355        cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
356        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
357        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
358        btnSizer.Add((20,20),1)
359        btnSizer.Add(OkBtn)
360        btnSizer.Add((20,20),1)
361        btnSizer.Add(cancelBtn)
362        btnSizer.Add((20,20),1)
363
364        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
365        panel.SetSizer(mainSizer)
366        panel.Fit()
367        self.Fit()
368
369    def OnOpSelect(self,event):
370#        if self.SGData['SGInv']:
371        self.OpSelected[0] = self.inv.GetSelection()
372        if self.SGData['SGLatt'] != 'P':
373            self.OpSelected[1] = self.latt.GetSelection()
374        self.OpSelected[2] = self.oprs.GetSelection()
375        for i in range(3):
376            self.OpSelected[3][i] = float(self.cell[i].GetValue())
377        if self.New:
378            self.OpSelected[4] = self.new.GetSelection()
379        if self.Force:
380            self.OpSelected[5] = self.force.GetSelection()
381
382    def GetSelection(self):
383        return self.OpSelected
384
385    def OnOk(self,event):
386        parent = self.GetParent()
387        parent.Raise()
388        self.EndModal(wx.ID_OK)
389
390    def OnCancel(self,event):
391        parent = self.GetParent()
392        parent.Raise()
393        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
394       
395################################################################################
396class SphereEnclosure(wx.Dialog):
397    ''' Add atoms within sphere of enclosure to drawing
398   
399    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
400    :param general: general data (includes drawing data)
401    :param atoms: drawing atoms data
402    :param indx: list of selected atoms (may be empty)
403   
404    '''
405    def __init__(self,parent,general,drawing,indx):
406        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
407            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
408        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
409        self.General = general
410        self.Drawing = drawing
411        self.indx = indx
412        self.Sphere = 1.0
413        self.centers = []
414        self.atomTypes = [[item,True] for item in self.General['AtomTypes']]
415       
416        self.Draw()
417       
418    def Draw(self):
419       
420        def OnRadius(event):
421            event.Skip()
422            try:
423                val = float(radius.GetValue())
424                if val < 0.5:
425                    raise ValueError
426                self.Sphere = val
427            except ValueError:
428                pass
429            radius.SetValue('%.3f'%(self.Sphere))
430           
431        def OnAtomType(event):
432            Obj = event.GetEventObject()
433            id = Ind[Obj.GetId()]
434            self.atomTypes[id][1] = Obj.GetValue()
435       
436        self.panel.Destroy()
437        self.panel = wx.Panel(self)
438        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
439        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere of enclosure controls:'),0,WACV)
440        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
441        atoms = []
442        if len(self.indx):
443            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at atoms: '),0,WACV)
444            cx,ct,cs = self.Drawing['atomPtrs'][:3]
445#            print self.Drawing.keys()
446            for id in self.indx:
447                atom = self.Drawing['Atoms'][id]
448                self.centers.append(atom[cx:cx+3])
449                atoms.append('%s(%s)'%(atom[ct-1],atom[cs-1]))
450            topSizer.Add(wx.ComboBox(self.panel,choices=atoms,value=atoms[0],
451                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN),0,WACV)
452        else:
453            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at drawing view point'),0,WACV)
454            self.centers.append(self.Drawing['viewPoint'][0])
455        mainSizer.Add(topSizer,0,WACV)
456        sphereSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
457        sphereSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere radius: '),0,WACV)
458        radius = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f'%(self.Sphere),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
459        radius.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRadius)
460        radius.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRadius)
461        sphereSizer.Add(radius,0,WACV)
462        mainSizer.Add(sphereSizer,0,WACV)
463        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target selected atoms:'),0,WACV)
464        atSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
465        Ind = {}
466        for i,item in enumerate(self.atomTypes):
467            atm = wx.CheckBox(self.panel,label=item[0])
468            atm.SetValue(item[1])
469            atm.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnAtomType)
470            Ind[atm.GetId()] = i
471            atSizer.Add(atm,0,WACV)
472        mainSizer.Add(atSizer,0,WACV)
473       
474        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
475        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
476        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
477        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
478        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
479        btnSizer.Add((20,20),1)
480        btnSizer.Add(OkBtn)
481        btnSizer.Add((20,20),1)
482        btnSizer.Add(cancelBtn)
483        btnSizer.Add((20,20),1)
484       
485        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
486        self.panel.SetSizer(mainSizer)
487        self.panel.Fit()
488        self.Fit()
489       
490    def GetSelection(self):
491        used = []
492        for atm in self.atomTypes:
493            if atm[1]:
494                used.append(str(atm[0]))
495        return self.centers,self.Sphere,used
496
497    def OnOk(self,event):
498        parent = self.GetParent()
499        parent.Raise()
500        self.EndModal(wx.ID_OK)
501
502    def OnCancel(self,event):
503        parent = self.GetParent()
504        parent.Raise()
505        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
506       
507################################################################################
508class TransformDialog(wx.Dialog):
509    ''' Phase transformation
510   
511    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
512    :param phase: phase data
513   
514    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file
515    '''
516    def __init__(self,parent,phase):
517        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
518            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
519        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
520        self.Phase = copy.deepcopy(phase)   #will be a new phase!
521#        self.Super = phase['General']['Super']
522#        if self.Super:
523#            self.Trans = np.eye(4)
524#            self.Vec = np.zeros(4)
525#        else:
526        self.Trans = np.eye(3)
527        self.Vec = np.zeros(3)
528        self.oldSpGrp = phase['General']['SGData']['SpGrp']
529        self.oldSGdata = phase['General']['SGData']
530        self.newSpGrp = self.Phase['General']['SGData']['SpGrp']
531        self.oldCell = phase['General']['Cell'][1:8]
532        self.newCell = self.Phase['General']['Cell'][1:8]
533        self.Common = 'abc'
534        self.ifMag = False
535        self.ifConstr = True
536        self.Draw()
537
538    def Draw(self):
539               
540        def OnMatValue(event):
541            event.Skip()
542            Obj = event.GetEventObject()
543            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
544            val = Obj.GetValue()
545            try:
546                if '/' in val:
547                    vals = val.split('/')
548                    self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
549                else:   
550                    self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
551            except ValueError:
552                pass
553            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
554           
555        def OnVecValue(event):
556            event.Skip()
557            Obj = event.GetEventObject()
558            iy = Ind[Obj.GetId()]
559            val = Obj.GetValue()
560            try:
561                if '/' in val:
562                    vals = val.split('/')
563                    self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
564                else:   
565                    self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
566            except ValueError:
567                pass
568            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
569               
570        def OnCommon(event):
571            Obj = event.GetEventObject()
572            self.Common = Obj.GetValue()
573            if '*' in self.Common:
574                A,B = G2lat.cell2AB(self.oldCell[:6])
575                self.newCell[2:5] = [A[2,2],90.,90.]
576                a,b = G2lat.cell2AB(self.newCell[:6])
577                self.Trans = np.inner(a.T,B)    #correct!
578                self.newSpGrp = 'P 1'
579                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(self.newSpGrp)
580                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
581            else:
582                self.Trans = commonTrans[self.Common]
583            OnTest(event)
584       
585        def OnSpaceGroup(event):
586            event.Skip()
587            Flds = SGTxt.GetValue().split()
588            Flds[0] = Flds[0].upper()
589            #get rid of extra spaces between fields first
590            for fld in Flds: fld = fld.strip()
591            SpcGp = ' '.join(Flds)
592            if SpcGp == self.newSpGrp: #didn't change it!
593                return
594            # try a lookup on the user-supplied name
595            SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpcGp)
596            if SpGrpNorm:
597                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
598            else:
599                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpcGp)
600            if SGErr:
601                text = [G2spc.SGErrors(SGErr)+'\nSpace Group set to previous']
602                SGTxt.SetValue(self.newSpGrp)
603                msg = 'Space Group Error'
604                Style = wx.ICON_EXCLAMATION
605                Text = '\n'.join(text)
606                wx.MessageBox(Text,caption=msg,style=Style)
607            else:
608                text,table = G2spc.SGPrint(SGData)
609                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
610                self.newSpGrp = SpcGp
611                SGTxt.SetValue(self.Phase['General']['SGData']['SpGrp'])
612                msg = 'Space Group Information'
613                SGMessageBox(self.panel,msg,text,table).Show()
614            if self.Phase['General']['Type'] == 'magnetic':
615                Nops = len(SGData['SGOps'])*len(SGData['SGCen'])
616                if SGData['SGInv']:
617                    Nops *= 2
618                SGData['SpnFlp'] = Nops*[1,]
619#            if self.Phase['General']['Type'] in ['modulated',]:
620#                self.Phase['General']['SuperSg'] = SetDefaultSSsymbol()
621#                self.Phase['General']['SSGData'] = G2spc.SSpcGroup(generalData['SGData'],generalData['SuperSg'])[1]
622
623        def OnTest(event):
624            self.newCell = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)
625            wx.CallAfter(self.Draw)
626           
627        def OnMag(event):
628            self.ifMag = mag.GetValue()
629           
630        def OnConstr(event):
631            self.ifConstr = constr.GetValue()
632
633        self.panel.Destroy()
634        self.panel = wx.Panel(self)
635        Ind = {}
636        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
637        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
638        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
639        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix & vector: M*X+V = X'"))
640#        if self.Super:
641#            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
642#        else:
643        commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
644        commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
645        common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames,
646            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
647        common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
648        commonSizer.Add(common,0,WACV)
649        transSizer.Add(commonSizer)
650        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
651        for iy,line in enumerate(self.Trans):
652            for ix,val in enumerate(line):
653                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
654                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
655                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
656                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
657                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
658                Trmat.Add(item)
659            Trmat.Add((25,0),0)
660            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
661                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
662            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
663            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
664            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
665            Trmat.Add(vec)
666        transSizer.Add(Trmat)
667        MatSizer.Add((10,0),0)
668        MatSizer.Add(transSizer)
669        mainSizer.Add(MatSizer)
670        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Old lattice parameters:'),0,WACV)
671        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
672            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.oldCell[0],self.oldCell[1],self.oldCell[2])),0,WACV)
673        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
674            (self.oldCell[3],self.oldCell[4],self.oldCell[5])),0,WACV)
675        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.oldCell[6])),0,WACV)
676        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' New lattice parameters:'),0,WACV)
677        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
678            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.newCell[0],self.newCell[1],self.newCell[2])),0,WACV)
679        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
680            (self.newCell[3],self.newCell[4],self.newCell[5])),0,WACV)
681        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.newCell[6])),0,WACV)
682        sgSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
683        sgSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  Space group: '),0,WACV)
684        SGTxt = wx.TextCtrl(self.panel,value=self.newSpGrp,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
685        SGTxt.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnSpaceGroup)
686        SGTxt.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnSpaceGroup)
687        sgSizer.Add(SGTxt,0,WACV)
688        mainSizer.Add(sgSizer,0,WACV)
689        if 'magnetic' not in self.Phase['General']['Type']:
690            mag = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make new phase magnetic?')
691            mag.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnMag)
692            mainSizer.Add(mag,0,WACV)
693            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
694                label=' NB: Nonmagnetic atoms will be deleted from new phase'),0,WACV)
695            constr = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make constraints between phases?')
696            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
697                label=' Constraints not correct for non-diagonal transforms'),0,WACV)
698            constr.SetValue(self.ifConstr)
699            constr.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnConstr)
700            mainSizer.Add(constr,0,WACV)
701
702        TestBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Test")
703        TestBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, OnTest)
704        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
705        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
706        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
707        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
708        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
709        btnSizer.Add((20,20),1)
710        btnSizer.Add(TestBtn)
711        btnSizer.Add((20,20),1)
712        btnSizer.Add(OkBtn)
713        btnSizer.Add((20,20),1)
714        btnSizer.Add(cancelBtn)
715        btnSizer.Add((20,20),1)
716       
717        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
718        self.panel.SetSizer(mainSizer)
719        self.panel.Fit()
720        self.Fit()
721       
722    def GetSelection(self):
723        if self.ifMag:
724            self.Phase['General']['Name'] += ' mag'
725        else:
726            self.Phase['General']['Name'] += ' %s'%(self.Common)
727        self.Phase['General']['Cell'][1:] = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)           
728        return self.Phase,self.Trans,self.Vec,self.ifMag,self.ifConstr
729
730    def OnOk(self,event):
731        parent = self.GetParent()
732        parent.Raise()
733        self.EndModal(wx.ID_OK)
734
735    def OnCancel(self,event):
736        parent = self.GetParent()
737        parent.Raise()
738        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
739################################################################################
740class UseMagAtomDialog(wx.Dialog):
741    '''Get user selected magnetic atoms after cell transformation
742    '''
743    def __init__(self,parent,Atoms,atCodes):
744        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Magnetic atom selection', 
745            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
746        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
747        self.Atoms = Atoms
748        self.atCodes = atCodes
749        self.Use = len(self.Atoms)*[True,]
750        self.Draw()
751       
752    def Draw(self):
753       
754        def OnUseChk(event):
755            Obj = event.GetEventObject()
756            iuse = Indx[Obj.GetId()]
757            self.Use[iuse] = not self.Use[iuse]
758            Obj.SetValue(self.Use[iuse])
759       
760        self.panel.Destroy()
761        self.panel = wx.Panel(self)
762        Indx = {}
763        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
764       
765        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Name, x, y, z:'),0,WACV)
766        atmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
767        for iuse,[use,atom] in enumerate(zip(self.Use,self.Atoms)):
768            useChk = wx.CheckBox(self.panel,label='Use?')
769            Indx[useChk.GetId()] = iuse
770            useChk.SetValue(use)
771            useChk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnUseChk)
772            atmSizer.Add(useChk,0,WACV)
773            text = ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%(atom[0],atom[3],atom[4],atom[5])
774            atmSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=text),0,WACV)
775        mainSizer.Add(atmSizer)
776       
777        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
778        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
779        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Use All")
780        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
781        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
782        btnSizer.Add((20,20),1)
783        btnSizer.Add(OkBtn)
784        btnSizer.Add((20,20),1)
785        btnSizer.Add(cancelBtn)
786        btnSizer.Add((20,20),1)
787       
788        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
789        self.panel.SetSizer(mainSizer)
790        self.panel.Fit()
791        self.Fit()
792       
793    def GetSelection(self):
794        useAtoms = []
795        useatCodes = []
796        for use,atom,code in zip(self.Use,self.Atoms,self.atCodes):
797            if use:
798                useAtoms.append(atom)
799                useatCodes.append(code)
800        return useAtoms,useatCodes
801
802    def OnOk(self,event):
803        parent = self.GetParent()
804        parent.Raise()
805        self.EndModal(wx.ID_OK)
806
807    def OnCancel(self,event):
808        parent = self.GetParent()
809        parent.Raise()
810        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
811           
812               
813################################################################################
814class RotationDialog(wx.Dialog):
815    ''' Get Rotate & translate matrix & vector - currently not used
816    needs rethinking - possible use to rotate a group of atoms about some
817    vector/origin + translation
818   
819    '''
820    def __init__(self,parent):
821        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Atom group rotation/translation', 
822            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
823        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
824        self.Trans = np.eye(3)
825        self.Vec = np.zeros(3)
826        self.rotAngle = 0.
827        self.rotVec = np.array([0.,0.,1.])
828        self.Expand = ''
829        self.Draw()
830
831    def Draw(self):
832
833        def OnMatValue(event):
834            event.Skip()
835            Obj = event.GetEventObject()
836            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
837            val = Obj.GetValue()
838            if '/' in val:
839                vals = val.split('/')
840                self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
841            else:   
842                self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
843            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
844           
845           
846        def OnVecValue(event):
847            event.Skip()
848            Obj = event.GetEventObject()
849            iy = Ind[Obj.GetId()]
850            val = Obj.GetValue()
851            if '/' in val:
852                vals = val.split('/')
853                self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
854            else:   
855                self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
856            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
857           
858        def OnExpand(event):
859            self.Expand = expand.GetValue()
860           
861        def OnRotAngle(event):
862            event.Skip()
863            self.rotAngle = float(rotangle.GetValue())
864            rotangle.SetValue('%5.3f'%(self.rotAngle))
865            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
866            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
867            self.Draw()
868           
869        def OnRotVec(event):
870            event.Skip()
871            vals = rotvec.GetValue()
872            vals = vals.split()
873            self.rotVec = np.array([float(val) for val in vals])
874            rotvec.SetValue('%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]))
875            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
876            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
877            self.Draw()
878           
879        self.panel.Destroy()
880        self.panel = wx.Panel(self)
881        Ind = {}
882        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
883        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
884        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
885        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix && vector: "+ \
886            "\n B*M*A*(X-V)+V = X'\n A,B: Cartesian transformation matrices"))
887        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
888        for iy,line in enumerate(self.Trans):
889            for ix,val in enumerate(line):
890                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
891                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
892                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
893                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
894                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
895                Trmat.Add(item)
896            Trmat.Add((25,0),0)
897            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
898                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
899            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
900            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
901            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
902            Trmat.Add(vec)
903        transSizer.Add(Trmat)
904        MatSizer.Add((10,0),0)
905        MatSizer.Add(transSizer)
906        mainSizer.Add(MatSizer)
907        rotationBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
908        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Rotation angle: '),0,WACV)
909        rotangle = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.rotAngle),
910            size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
911        rotangle.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotAngle)
912        rotangle.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotAngle)
913        rotationBox.Add(rotangle,0,WACV)
914        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' about vector: '),0,WACV)
915        rotvec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]),
916            size=(100,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
917        rotvec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotVec)
918        rotvec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotVec)
919        rotationBox.Add(rotvec,0,WACV)
920        mainSizer.Add(rotationBox,0,WACV)
921        expandChoice = ['','xy','xz','yz','xyz']
922        expandBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
923        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Expand -1 to +1 on: '),0,WACV)
924        expand = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Expand,choices=expandChoice,
925            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
926        expand.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnExpand)
927        expandBox.Add(expand,0,WACV)
928        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' and find unique atoms '),0,WACV)       
929        mainSizer.Add(expandBox)
930               
931        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
932        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
933        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
934        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
935        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
936        btnSizer.Add((20,20),1)
937        btnSizer.Add(OkBtn)
938        btnSizer.Add((20,20),1)
939        btnSizer.Add(cancelBtn)
940        btnSizer.Add((20,20),1)
941       
942        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
943        self.panel.SetSizer(mainSizer)
944        self.panel.Fit()
945        self.Fit()
946
947    def GetSelection(self):
948        return self.Trans,self.Vec,self.Expand
949
950    def OnOk(self,event):
951        parent = self.GetParent()
952        parent.Raise()
953        self.EndModal(wx.ID_OK)
954
955    def OnCancel(self,event):
956        parent = self.GetParent()
957        parent.Raise()
958        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)   
959       
960################################################################################
961class DIFFaXcontrols(wx.Dialog):
962    ''' Solicit items needed to prepare DIFFaX control.dif file
963    '''
964    def __init__(self,parent,ctrls,parms=None):
965        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'DIFFaX controls', 
966            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
967        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
968        self.ctrls = ctrls
969        self.calcType = 'powder pattern'
970        self.plane = 'h0l'
971        self.planeChoice = ['h0l','0kl','hhl','h-hl',]
972        self.lmax = '2'
973        self.lmaxChoice = [str(i+1) for i in range(6)]
974        self.Parms = parms
975        self.Parm = None
976        if self.Parms != None:
977            self.Parm = self.Parms[0]
978        self.parmRange = [0.,1.]
979        self.parmStep = 2
980        self.Inst = 'Gaussian'
981        self.Draw()
982       
983    def Draw(self):
984       
985        def OnCalcType(event):
986            self.calcType = calcType.GetValue()
987            wx.CallAfter(self.Draw)
988           
989        def OnPlane(event):
990            self.plane = plane.GetValue()
991           
992        def OnMaxL(event):
993            self.lmax = lmax.GetValue()
994           
995        def OnParmSel(event):
996            self.Parm = parmsel.GetValue()
997           
998        def OnNumStep(event):
999            self.parmStep = int(numStep.GetValue())
1000           
1001        def OnParmRange(event):
1002            event.Skip()
1003            vals = parmrange.GetValue().split()
1004            try:
1005                vals = [float(vals[0]),float(vals[1])]
1006            except ValueError:
1007                vals = self.parmRange
1008            parmrange.SetValue('%.3f %.3f'%(vals[0],vals[1]))
1009            self.parmRange = vals
1010           
1011        def OnInstSel(event):
1012            self.Inst = instsel.GetValue()
1013       
1014        self.panel.Destroy()
1015        self.panel = wx.Panel(self)
1016        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1017        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Controls for DIFFaX'),0,WACV)
1018        if self.Parms:
1019            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sequential powder pattern simulation'),0,WACV)
1020        else:
1021            calcChoice = ['powder pattern','selected area']
1022            calcSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1023            calcSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select calculation type: '),0,WACV)
1024            calcType = wx.ComboBox(self.panel,value=self.calcType,choices=calcChoice,
1025                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1026            calcType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCalcType)
1027            calcSizer.Add(calcType,0,WACV)
1028            mainSizer.Add(calcSizer)
1029        if self.Parms:
1030            parmSel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1031            parmSel.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select parameter to vary: '),0,WACV)
1032            parmsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Parm,choices=self.Parms,
1033                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1034            parmsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnParmSel)
1035            parmSel.Add(parmsel,0,WACV)
1036            mainSizer.Add(parmSel)
1037            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Enter parameter range & no. steps: '),0,WACV)
1038            parmRange =  wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1039            numChoice = [str(i+1) for i in range(10)]
1040            parmrange = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f %.3f'%(self.parmRange[0],self.parmRange[1]),
1041                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1042            parmrange.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnParmRange)
1043            parmrange.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnParmRange)
1044            parmRange.Add(parmrange,0,WACV)
1045            numStep = wx.ComboBox(self.panel,value=str(self.parmStep),choices=numChoice,
1046                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1047            numStep.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnNumStep)
1048            parmRange.Add(numStep,0,WACV)
1049            mainSizer.Add(parmRange)           
1050        if 'selected' in self.calcType:
1051            planeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1052            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select plane: '),0,WACV)
1053            plane = wx.ComboBox(self.panel,value=self.plane,choices=self.planeChoice,
1054                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1055            plane.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPlane)
1056            planeSizer.Add(plane,0,WACV)
1057            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Max. l index: '),0,WACV)
1058            lmax = wx.ComboBox(self.panel,value=self.lmax,choices=self.lmaxChoice,
1059                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1060            lmax.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaxL)
1061            planeSizer.Add(lmax,0,WACV)           
1062            mainSizer.Add(planeSizer)
1063        else:
1064            instChoice = ['None','Mean Gaussian','Gaussian',]
1065            instSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1066            instSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select instrument broadening: '),0,WACV)
1067            instsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Inst,choices=instChoice,
1068                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1069            instsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnInstSel)
1070            instSizer.Add(instsel,0,WACV)
1071            mainSizer.Add(instSizer)
1072        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1073        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1074        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1075        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1076        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1077        btnSizer.Add((20,20),1)
1078        btnSizer.Add(OkBtn)
1079        btnSizer.Add((20,20),1)
1080        btnSizer.Add(cancelBtn)
1081        btnSizer.Add((20,20),1)
1082       
1083        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1084        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1085        self.panel.Fit()
1086        self.Fit()
1087       
1088    def GetSelection(self):
1089        if 'powder' in self.calcType:
1090            return 'PWDR',self.Inst,self.Parm,self.parmRange,self.parmStep
1091        elif 'selected' in self.calcType:
1092            return 'SADP',self.plane,self.lmax
1093
1094    def OnOk(self,event):
1095        parent = self.GetParent()
1096        parent.Raise()
1097        self.EndModal(wx.ID_OK)
1098
1099    def OnCancel(self,event):
1100        parent = self.GetParent()
1101        parent.Raise()
1102        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1103           
1104       
1105################################################################################
1106class MergeDialog(wx.Dialog):
1107    ''' HKL transformation & merge dialog
1108   
1109    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1110    :param data: HKLF data
1111   
1112    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file     
1113    '''       
1114    def __init__(self,parent,data):
1115        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup HKLF merge', 
1116            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1117        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1118        self.data = data
1119        self.Super = data[1]['Super']
1120        if self.Super:
1121            self.Trans = np.eye(4)
1122        else:
1123            self.Trans = np.eye(3)
1124        self.Cent = 'noncentrosymmetric'
1125        self.Laue = '1'
1126        self.Class = 'triclinic'
1127        self.Common = 'abc'
1128        self.Draw()
1129       
1130    def Draw(self):
1131               
1132        def OnMatValue(event):
1133            event.Skip()
1134            Obj = event.GetEventObject()
1135            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
1136            self.Trans[ix,iy] = float(Obj.GetValue())
1137               
1138        def OnCent(event):
1139            Obj = event.GetEventObject()
1140            self.Cent = Obj.GetValue()
1141            self.Laue = ''
1142            wx.CallAfter(self.Draw)
1143           
1144        def OnLaue(event):
1145            Obj = event.GetEventObject()
1146            self.Laue = Obj.GetValue()
1147            wx.CallAfter(self.Draw)
1148           
1149        def OnClass(event):
1150            Obj = event.GetEventObject()
1151            self.Class = Obj.GetValue()
1152            self.Laue = ''
1153            wx.CallAfter(self.Draw)
1154           
1155        def OnCommon(event):
1156            Obj = event.GetEventObject()
1157            self.Common = Obj.GetValue()
1158            self.Trans = commonTrans[self.Common]
1159            wx.CallAfter(self.Draw)
1160       
1161        self.panel.Destroy()
1162        self.panel = wx.Panel(self)
1163        Ind = {}
1164        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1165        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1166        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1167        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" HKL Transformation matrix: M*H = H'"))
1168        if self.Super:
1169            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
1170        else:
1171            commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1172            commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
1173            common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames[:-1], #not the last one!
1174                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1175            common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
1176            commonSizer.Add(common,0,WACV)
1177            transSizer.Add(commonSizer)
1178            Trmat = wx.FlexGridSizer(3,3,0,0)
1179        for iy,line in enumerate(self.Trans):
1180            for ix,val in enumerate(line):
1181                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
1182                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1183                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
1184                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
1185                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
1186                Trmat.Add(item)
1187        transSizer.Add(Trmat)
1188        MatSizer.Add((10,0),0)
1189        MatSizer.Add(transSizer)
1190        mainSizer.Add(MatSizer)
1191        laueClass = ['triclinic','monoclinic','orthorhombic','trigonal(H)','tetragonal','hexagonal','cubic']
1192        centroLaue = {'triclinic':['-1',],'monoclinic':['2/m','1 1 2/m','2/m 1 1',],
1193            'orthorhombic':['m m m',],'trigonal(H)':['-3','-3 m 1','-3 1 m',],    \
1194            'tetragonal':['4/m','4/m m m',],'hexagonal':['6/m','6/m m m',],'cubic':['m 3','m 3 m']}
1195        noncentroLaue = {'triclinic':['1',],'monoclinic':['2','2 1 1','1 1 2','m','m 1 1','1 1 m',],
1196            'orthorhombic':['2 2 2','m m 2','m 2 m','2 m m',],
1197            'trigonal(H)':['3','3 1 2','3 2 1','3 m 1','3 1 m',],
1198            'tetragonal':['4','-4','4 2 2','4 m m','-4 2 m','-4 m 2',], \
1199            'hexagonal':['6','-6','6 2 2','6 m m','-6 m 2','-6 2 m',],'cubic':['2 3','4 3 2','-4 3 m']}
1200        centChoice = ['noncentrosymmetric','centrosymmetric']
1201        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select Laue class for new lattice:'),0,WACV)
1202        Class = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Class,choices=laueClass,
1203            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1204        Class.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnClass)
1205        mainSizer.Add(Class,0,WACV)
1206        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target Laue symmetry:'),0,WACV)
1207        Cent = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Cent,choices=centChoice,
1208            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1209        Cent.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCent)
1210        mergeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1211        mergeSizer.Add(Cent,0,WACV)
1212        mergeSizer.Add((10,0),0)
1213        Choice = centroLaue[self.Class]
1214        if 'non' in self.Cent:
1215            Choice = noncentroLaue[self.Class]
1216        Laue = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Laue,choices=Choice,
1217            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1218        Laue.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnLaue)
1219        mergeSizer.Add(Laue,0,WACV)
1220        mainSizer.Add(mergeSizer)
1221
1222        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1223        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1224        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1225        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1226        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1227        btnSizer.Add((20,20),1)
1228        if self.Laue:
1229            btnSizer.Add(OkBtn)
1230            btnSizer.Add((20,20),1)
1231        btnSizer.Add(cancelBtn)
1232        btnSizer.Add((20,20),1)
1233       
1234        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1235        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1236        self.panel.Fit()
1237        self.Fit()
1238       
1239    def GetSelection(self):
1240        return self.Trans,self.Cent,self.Laue
1241
1242    def OnOk(self,event):
1243        parent = self.GetParent()
1244        parent.Raise()
1245        self.EndModal(wx.ID_OK)
1246
1247    def OnCancel(self,event):
1248        parent = self.GetParent()
1249        parent.Raise()
1250        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1251
1252       
1253################################################################################
1254class AddHatomDialog(wx.Dialog):
1255    '''H atom addition dialog. After :meth:`ShowModal` returns, the results
1256    are found in dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1257   
1258    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1259    :param dict Neigh: a dict of atom names with list of atom name, dist pairs for neighboring atoms
1260    :param dict phase: a dict containing the phase as defined by
1261      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`   
1262    '''
1263    def __init__(self,parent,Neigh,phase):
1264        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'H atom add', 
1265            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1266        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1267        self.Neigh = Neigh
1268        self.phase = phase
1269        self.Hatoms = []
1270        self.Draw(self.Neigh,self.phase)
1271           
1272    def Draw(self,Neigh,phase):
1273        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1274        by :meth:`__init__`.
1275        '''
1276        def OnHSelect(event):
1277            Obj = event.GetEventObject()
1278            item,i = Indx[Obj.GetId()]
1279            for obj in Indx[item]:
1280                obj.SetValue(False)
1281            Obj.SetValue(True)
1282            self.Neigh[item][2] = i
1283           
1284        def OnBond(event):
1285            Obj = event.GetEventObject()
1286            inei,ibond = Indx[Obj.GetId()]
1287            self.Neigh[inei][1][0][ibond][2] = Obj.GetValue()
1288           
1289        self.panel.Destroy()
1290        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self,style = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1291        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1292        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'H atom add controls for phase %s:'%(phase['General']['Name'])),
1293            0,wx.LEFT|wx.TOP,10)
1294        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'NB: Check selections as they may not be correct'),0,WACV|wx.LEFT,10)
1295        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1," Atom:  Add # H's          Use: Neighbors, dist"),0,wx.TOP|wx.LEFT,5)
1296        nHatms = ['0','1','2','3']
1297        dataSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,0,0)
1298        Indx = {}
1299        for inei,neigh in enumerate(Neigh):
1300            dataSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' %s:  '%(neigh[0])),0,WACV)
1301            nH = 1      #for O atom
1302            if 'C' in neigh[0] or 'N' in neigh[0]:
1303                nH = 4-len(neigh[1][0])
1304            checks = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1305            Ids = []
1306            for i in range(nH+1):
1307                nHs = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=nHatms[i])
1308                if i == neigh[2]:
1309                    nHs.SetValue(True)
1310                Indx[nHs.GetId()] = [inei,i]
1311                Ids.append(nHs)
1312                nHs.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnHSelect)
1313                checks.Add(nHs,0,WACV)
1314            Indx[inei] = Ids
1315            dataSizer.Add(checks,0,WACV)
1316            lineSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1317            for ib,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1318                Bond = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=': %s, %.3f'%(bond[0],bond[1]))
1319                Bond.SetValue(bond[2])
1320                Indx[Bond.GetId()] = [inei,ib]
1321                Bond.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBond)               
1322                lineSizer.Add(Bond,0,WACV)               
1323            dataSizer.Add(lineSizer,0,WACV|wx.RIGHT,10)
1324        mainSizer.Add(dataSizer,0,wx.LEFT,5)
1325
1326        CancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Cancel')
1327        CancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1328        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Ok')
1329        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1330        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1331        btnSizer.Add((20,20),1)
1332        btnSizer.Add(OkBtn)
1333        btnSizer.Add((20,20),1)
1334        btnSizer.Add(CancelBtn)
1335        btnSizer.Add((20,20),1)
1336        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1337        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1338        size = np.array(self.GetSize())
1339        self.panel.SetupScrolling()
1340        self.panel.SetAutoLayout(1)
1341        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
1342        self.panel.SetSize(size)
1343       
1344    def GetData(self):
1345        'Returns the values from the dialog'
1346        for neigh in self.Neigh:
1347            for ibond,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1348                if not bond[2]:
1349                    neigh[1][1][1][ibond] = 0   #deselected bond
1350            neigh[1][1][1] = [a for a in  neigh[1][1][1] if a]
1351        return self.Neigh       #has #Hs to add for each entry
1352       
1353    def OnOk(self,event):
1354        'Called when the OK button is pressed'
1355        parent = self.GetParent()
1356        parent.Raise()
1357        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1358
1359    def OnCancel(self,event):
1360        parent = self.GetParent()
1361        parent.Raise()
1362        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1363
1364################################################################################
1365class DisAglDialog(wx.Dialog):
1366    '''Distance/Angle Controls input dialog. After
1367    :meth:`ShowModal` returns, the results are found in
1368    dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1369
1370    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1371    :param dict data: a dict containing the current
1372      search ranges or an empty dict, which causes default values
1373      to be used.
1374      Will be used to set element `DisAglCtls` in
1375      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`
1376    :param dict default:  A dict containing the default
1377      search ranges for each element.
1378    :param bool Reset: if True (default), show Reset button
1379    :param bool Angle: if True (default), show angle radii
1380    '''
1381    def __init__(self,parent,data,default,Reset=True,Angle=True):
1382        text = 'Distance Angle Controls'
1383        if not Angle:
1384            text = 'Distance Controls'
1385        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,text, 
1386            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1387        self.default = default
1388        self.Reset = Reset
1389        self.Angle = Angle
1390        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1391        self._default(data,self.default)
1392        self.Draw(self.data)
1393               
1394    def _default(self,data,default):
1395        '''Set starting values for the search values, either from
1396        the input array or from defaults, if input is null
1397        '''
1398        if data:
1399            self.data = copy.deepcopy(data) # don't mess with originals
1400        else:
1401            self.data = {}
1402            self.data['Name'] = default['Name']
1403            self.data['Factors'] = [0.85,0.85]
1404            self.data['AtomTypes'] = default['AtomTypes']
1405            self.data['BondRadii'] = default['BondRadii'][:]
1406            self.data['AngleRadii'] = default['AngleRadii'][:]
1407
1408    def Draw(self,data):
1409        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1410        by :meth:`__init__`.
1411        '''
1412        self.panel.Destroy()
1413        self.panel = wx.Panel(self)
1414        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1415        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Controls for phase '+data['Name']),
1416            0,WACV|wx.LEFT,10)
1417        mainSizer.Add((10,10),1)
1418       
1419        ncol = 3
1420        if not self.Angle:
1421            ncol=2
1422        radiiSizer = wx.FlexGridSizer(0,ncol,5,5)
1423        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' Type'),0,WACV)
1424        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Bond radii'),0,WACV)
1425        if self.Angle:
1426            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Angle radii'),0,WACV)
1427        self.objList = {}
1428        for id,item in enumerate(self.data['AtomTypes']):
1429            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' '+item),0,WACV)
1430            bRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['BondRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1431            radiiSizer.Add(bRadii,0,WACV)
1432            if self.Angle:
1433                aRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['AngleRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1434                radiiSizer.Add(aRadii,0,WACV)
1435        mainSizer.Add(radiiSizer,0,wx.EXPAND)
1436        if self.Angle:
1437            factorSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
1438            Names = ['Bond','Angle']
1439            for i,name in enumerate(Names):
1440                factorSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,name+' search factor'),0,WACV)
1441                bondFact = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['Factors'],i,nDig=(10,3),typeHint=float)
1442                factorSizer.Add(bondFact)
1443            mainSizer.Add(factorSizer,0,wx.EXPAND)
1444       
1445        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1446        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1447        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1448        btnSizer.Add((20,20),1)
1449        btnSizer.Add(OkBtn)
1450        if self.Reset:
1451            ResetBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Reset')
1452            ResetBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnReset)
1453            btnSizer.Add(ResetBtn)
1454        btnSizer.Add((20,20),1)
1455        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1456        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1457        self.panel.Fit()
1458        self.Fit()
1459   
1460    def GetData(self):
1461        'Returns the values from the dialog'
1462        return self.data
1463       
1464    def OnOk(self,event):
1465        'Called when the OK button is pressed'
1466        parent = self.GetParent()
1467        parent.Raise()
1468        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1469       
1470    def OnReset(self,event):
1471        'Called when the Reset button is pressed'
1472        data = {}
1473        self._default(data,self.default)
1474        self.Draw(self.data)
1475               
1476################################################################################
1477class ShowLSParms(wx.Dialog):
1478    '''Create frame to show least-squares parameters
1479    '''
1480    def __init__(self,parent,title,parmDict,varyList,fullVaryList,
1481                 size=(300,430)):
1482        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,size=size,
1483                           style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
1484        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1485
1486        panel = wxscroll.ScrolledPanel(
1487            self, wx.ID_ANY,
1488            #size=size,
1489            style = wx.TAB_TRAVERSAL|wx.SUNKEN_BORDER)
1490        num = len(varyList)
1491        mainSizer.Add(wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,'Number of refined variables: '+str(num)))
1492        if len(varyList) != len(fullVaryList):
1493            num = len(fullVaryList) - len(varyList)
1494            mainSizer.Add(wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,' + '+str(num)+' parameters are varied via constraints'))
1495        subSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,hgap=2,vgap=2)
1496        parmNames = parmDict.keys()
1497        parmNames.sort()
1498        subSizer.Add((-1,-1))
1499        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'Parameter name  '))
1500        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'refine?'))
1501        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'value'),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1502        explainRefine = False
1503        for name in parmNames:
1504            # skip entries without numerical values
1505            if isinstance(parmDict[name],basestring): continue
1506            try:
1507                value = G2py3.FormatSigFigs(parmDict[name])
1508            except TypeError:
1509                value = str(parmDict[name])+' -?' # unexpected
1510                #continue
1511            v = G2obj.getVarDescr(name)
1512            if v is None or v[-1] is None:
1513                subSizer.Add((-1,-1))
1514            else:               
1515                ch = G2G.HelpButton(panel,G2obj.fmtVarDescr(name))
1516                subSizer.Add(ch,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|WACV|wx.ALIGN_CENTER,1)
1517            subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,str(name)))
1518            if name in varyList:
1519                subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'R'))
1520            elif name in fullVaryList:
1521                subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'C'))
1522                explainRefine = True
1523            else:
1524                subSizer.Add((-1,-1))
1525            subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,value),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1526
1527        # finish up ScrolledPanel
1528        panel.SetSizer(subSizer)
1529        panel.SetAutoLayout(1)
1530        panel.SetupScrolling()
1531        mainSizer.Add(panel,1, wx.ALL|wx.EXPAND,1)
1532
1533        if explainRefine:
1534            mainSizer.Add(
1535                wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,
1536                          '"R" indicates a refined variable\n'+
1537                          '"C" indicates generated from a constraint'
1538                          ),
1539                0, wx.ALL,0)
1540        # make OK button
1541        btnsizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1542        btn = wx.Button(self, wx.ID_CLOSE,"Close") 
1543        btn.Bind(wx.EVT_BUTTON,self._onClose)
1544        btnsizer.Add(btn)
1545        mainSizer.Add(btnsizer, 0, wx.ALIGN_CENTER|wx.ALL, 5)
1546        # Allow window to be enlarged but not made smaller
1547        self.SetSizer(mainSizer)
1548        self.SetMinSize(self.GetSize())
1549
1550    def _onClose(self,event):
1551        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1552 
1553################################################################################
1554class DataFrame(wx.Frame):
1555    '''Create the data item window and all the entries in menus used in
1556    that window. For Linux and windows, the menu entries are created for the
1557    current data item window, but in the Mac the menu is accessed from all
1558    windows. This means that a different menu is posted depending on which
1559    data item is posted. On the Mac, all the menus contain the data tree menu
1560    items, but additional menus are added specific to the data item.
1561
1562    Note that while the menus are created here,
1563    the binding for the menus is done later in various GSASII*GUI modules,
1564    where the functions to be called are defined.
1565    '''
1566    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
1567        '''Override the Bind() function: on the Mac the binding is to
1568        the main window, so that menus operate with any window on top.
1569        For other platforms, either wrap calls that will be logged
1570        or call the default wx.Frame Bind() to bind to the menu item directly.
1571
1572        Note that bindings can be made to objects by Id or by direct reference to the
1573        object. As a convention, when bindings are to objects, they are not logged
1574        but when bindings are by Id, they are logged.
1575        '''
1576        if sys.platform == "darwin": # mac
1577            self.G2frame.Bind(eventtype,handler,*args,**kwargs)
1578            return
1579        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
1580            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self.G2frame,handler)
1581            if menulabels:
1582                #print 'intercepting bind for',handler,menulabels,kwargs['id']
1583                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.G2frame.MenuBinding,*args,**kwargs)
1584                return
1585            wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
1586       
1587    def PrefillDataMenu(self,menu,empty=False):
1588        '''Create the "standard" part of data frame menus. Note that on Linux and
1589        Windows nothing happens here. On Mac, this menu duplicates the
1590        tree menu, but adds an extra help command for the data item and a separator.
1591        '''
1592        self.datamenu = menu
1593        self.G2frame.dataMenuBars.append(menu)
1594        if sys.platform == "darwin": # mac                         
1595            self.G2frame.FillMainMenu(menu,addhelp=False) # add the data tree menu items
1596            if not empty:
1597                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add a separator
1598       
1599    def PostfillDataMenu(self,empty=False):
1600        '''Add the help menu to the data frame menus. Note that on Linux and
1601        Windows, this is the standard help Menu but without the update commands but adds an extra help
1602        command for the data item.
1603        On Mac, this is the entire help menu including the update commands, a separator and the
1604        extra help command for the data item.
1605        '''
1606        menu = self.datamenu
1607        if sys.platform == "darwin": # mac
1608            if not empty:
1609                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add another separator
1610            HelpMenu=G2G.MyHelp(self,includeTree=True,
1611                morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials'),])
1612            menu.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1613        else: # other
1614            menu.Append(menu=G2G.MyHelp(self),title='&Help')
1615
1616    def _init_menus(self):
1617        'define all GSAS-II data frame menus'
1618
1619        # for use where no menu or data frame help is provided
1620        self.BlankMenu = wx.MenuBar()
1621       
1622        # Controls
1623        self.ControlsMenu = wx.MenuBar()
1624        self.PrefillDataMenu(self.ControlsMenu,empty=True)
1625        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1626       
1627        # Notebook
1628        self.DataNotebookMenu = wx.MenuBar() 
1629        self.PrefillDataMenu(self.DataNotebookMenu,empty=True)
1630        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1631       
1632        # Comments
1633        self.DataCommentsMenu = wx.MenuBar()
1634        self.PrefillDataMenu(self.DataCommentsMenu,empty=True)
1635        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1636       
1637        # Constraints
1638        self.ConstraintMenu = wx.MenuBar()
1639        self.PrefillDataMenu(self.ConstraintMenu)
1640        self.ConstraintTab = wx.Menu(title='')
1641        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintTab, title='Select tab')
1642        for id,txt in (
1643            (wxID_CONSPHASE,'Phase'),
1644            (wxID_CONSHAP,'Histogram/Phase'),
1645            (wxID_CONSHIST,'Histogram'),
1646            (wxID_CONSGLOBAL,'Global')):
1647            self.ConstraintTab.Append(
1648                id=id, kind=wx.ITEM_NORMAL,text=txt,
1649                help='Select '+txt+' constraint editing tab')
1650        self.ConstraintEdit = wx.Menu(title='')
1651        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintEdit, title='Edit Constr.') # renamed from Edit due to Mac adding extra items to menu
1652        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_HOLDADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add hold',
1653            help='Prevent refinement of parameter values')
1654        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equivalence',
1655            help='Force parameter values to be equivalent')
1656        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_CONSTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add constraint equation',
1657            help='Add a constraint equation to apply to parameter values')
1658        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_FUNCTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add New Var',
1659            help='Create a variable composed of existing parameters')
1660        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVALANCEATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make atoms equivalent',
1661            help='Force atom parameter values to be equivalent')
1662        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_EQUIVALANCEATOMS,False)
1663#        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_ADDRIDING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add H riding constraints',
1664#            help='Add H atom riding constraints between atom parameter values')
1665#        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_ADDRIDING,False)
1666        self.PostfillDataMenu()
1667
1668        # item = self.ConstraintEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update GUI')
1669        # def UpdateGSASIIconstrGUI(event):
1670        #     import GSASIIconstrGUI
1671        #     reload(GSASIIconstrGUI)
1672        #     import GSASIIobj
1673        #     reload(GSASIIobj)
1674        # self.Bind(wx.EVT_MENU,UpdateGSASIIconstrGUI,id=item.GetId())
1675
1676        # Rigid bodies
1677        self.RigidBodyMenu = wx.MenuBar()
1678        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodyMenu)
1679        self.ResidueRBMenu = wx.Menu(title='')
1680        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYIMPORT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import XYZ',
1681            help='Import rigid body XYZ from file')
1682        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RESIDUETORSSEQ, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define sequence',
1683            help='Define torsion sequence')
1684        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import residues',
1685            help='Import residue rigid bodies from macro file')
1686        self.RigidBodyMenu.Append(menu=self.ResidueRBMenu, title='Edit Body')
1687        self.PostfillDataMenu()
1688
1689        self.VectorBodyMenu = wx.MenuBar()
1690        self.PrefillDataMenu(self.VectorBodyMenu)
1691        self.VectorRBEdit = wx.Menu(title='')
1692        self.VectorRBEdit.Append(id=wxID_VECTORBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body',
1693            help='Add vector rigid body')
1694        self.VectorBodyMenu.Append(menu=self.VectorRBEdit, title='Edit Vector Body')
1695        self.PostfillDataMenu()
1696
1697                   
1698        # Restraints
1699        self.RestraintTab = wx.Menu(title='')
1700        self.RestraintEdit = wx.Menu(title='')
1701        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTSELPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase',
1702            help='Select phase')
1703        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add restraints',
1704            help='Add restraints')
1705        self.RestraintEdit.Enable(wxID_RESTRAINTADD,True)    #gets disabled if macromolecule phase
1706        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add residue restraints',
1707            help='Add residue based restraints for macromolecules from macro file')
1708        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTADD,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1709        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot residue restraints',
1710            help='Plot selected residue based restraints for macromolecules from macro file')
1711        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTPLOT,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1712        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESRCHANGEVAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change value',
1713            help='Change observed value')
1714        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTCHANGEESD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change esd',
1715            help='Change esd in observed value')
1716        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete restraints',
1717            help='Delete selected restraints')
1718
1719        self.RestraintMenu = wx.MenuBar()
1720        self.PrefillDataMenu(self.RestraintMenu)
1721        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintTab, title='Select tab')
1722        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintEdit, title='Edit Restr.')
1723        self.PostfillDataMenu()
1724           
1725        # Sequential results
1726        self.SequentialMenu = wx.MenuBar()
1727        self.PrefillDataMenu(self.SequentialMenu)
1728        self.SequentialFile = wx.Menu(title='')
1729        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialFile, title='Columns')
1730        self.SequentialFile.Append(id=wxID_RENAMESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rename selected',
1731            help='Rename selected sequential refinement columns')
1732        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as text',
1733            help='Save selected sequential refinement results as a text file')
1734        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all as CSV',
1735            help='Save all sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1736        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSELCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as CSV',
1737            help='Save selected sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1738        self.SequentialFile.Append(id=wxID_PLOTSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot selected',
1739            help='Plot selected sequential refinement results')
1740        self.SequentialFile.Append(id=wxID_AVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Compute average',
1741            help='Compute average for selected parameter')           
1742        self.SequentialFile.Append(id=wxID_ORGSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reorganize',
1743            help='Reorganize variables where variables change')
1744        self.SequentialPvars = wx.Menu(title='')
1745        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPvars, title='Pseudo Vars')
1746        self.SequentialPvars.Append(
1747            id=wxADDSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Formula',
1748            help='Add a new custom pseudo-variable')
1749        self.SequentialPvars.Append(
1750            id=wxADDSEQDIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Distance',
1751            help='Add a new bond distance pseudo-variable')
1752        self.SequentialPvars.Append(
1753            id=wxADDSEQANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Angle',
1754            help='Add a new bond angle pseudo-variable')
1755        self.SequentialPvars.Append(
1756            id=wxDELSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete',
1757            help='Delete an existing pseudo-variable')
1758        self.SequentialPvars.Append(
1759            id=wxEDITSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit',
1760            help='Edit an existing pseudo-variable')
1761
1762        self.SequentialPfit = wx.Menu(title='')
1763        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPfit, title='Parametric Fit')
1764        self.SequentialPfit.Append(
1765            id=wxADDPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equation',
1766            help='Add a new equation to minimize')
1767        self.SequentialPfit.Append(
1768            id=wxCOPYPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy equation',
1769            help='Copy an equation to minimize - edit it next')
1770        self.SequentialPfit.Append(
1771            id=wxDELPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete equation',
1772            help='Delete an equation for parametric minimization')
1773        self.SequentialPfit.Append(
1774            id=wxEDITPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit equation',
1775            help='Edit an existing parametric minimization equation')
1776        self.SequentialPfit.Append(
1777            id=wxDOPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit to equation(s)',
1778            help='Perform a parametric minimization')
1779        # fill sequential Export menu
1780        self.SeqExportLookup = {}
1781        self.SequentialEx = wx.Menu(title='')
1782        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialEx, title='Seq Export')
1783        for lbl,txt in (('Phase','Export selected phase(s)'),
1784                        ('Project','Export entire sequential fit')):
1785            objlist = []
1786            for obj in self.G2frame.exporterlist:
1787                if lbl.lower() in obj.exporttype:
1788                    try:
1789                        obj.Writer
1790                    except AttributeError:
1791                        continue
1792                    objlist.append(obj)
1793            if objlist:
1794                submenu = wx.Menu()
1795                item = self.SequentialEx.AppendMenu(
1796                    wx.ID_ANY, lbl+' as',
1797                    submenu, help=txt)
1798                for obj in objlist:
1799                    item = submenu.Append(
1800                        wx.ID_ANY,
1801                        help=obj.longFormatName,
1802                        kind=wx.ITEM_NORMAL,
1803                        text=obj.formatName)
1804                    self.SeqExportLookup[item.GetId()] = (obj,lbl) # lookup table for submenu item
1805       
1806        self.PostfillDataMenu()
1807           
1808        # PWDR & SASD
1809        self.PWDRMenu = wx.MenuBar()
1810        self.PrefillDataMenu(self.PWDRMenu)
1811        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1812        self.PWDRMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1813        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1814            help='Error analysis on powder pattern')
1815        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1816            help='Copy of PWDR parameters')
1817        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PLOTCTRLCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy plot controls',
1818            help='Copy of PWDR plot controls')
1819        self.moveDiffCurve = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move diff. curve',
1820            help='Click on position where difference curve is placed')
1821        self.moveTickLoc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move ticks',
1822            help='Move mouse to where tick marks should be positioned')
1823        self.moveTickSpc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set tick space',
1824            help='Click to set spacing between phase tick marks')
1825        self.PostfillDataMenu()
1826           
1827        # HKLF
1828        self.HKLFMenu = wx.MenuBar()
1829        self.PrefillDataMenu(self.HKLFMenu)
1830        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1831        self.HKLFMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1832        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1833            help='Error analysis on single crystal data')
1834        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_MERGEHKL,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Merge HKLs',
1835            help='Transform & merge HKLF data to new histogram')
1836        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
1837            help='Plot HKLs from single crystal data in 3D')
1838        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_3DALLHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot all 3D HKLs',
1839            help='Plot HKLs from all single crystal data in 3D')
1840        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1841            help='Copy of HKLF parameters')
1842        self.PostfillDataMenu()
1843           
1844        # PWDR / Limits
1845        self.LimitMenu = wx.MenuBar()
1846        self.PrefillDataMenu(self.LimitMenu)
1847        self.LimitEdit = wx.Menu(title='')
1848        self.LimitMenu.Append(menu=self.LimitEdit, title='Edit Limits')
1849        self.LimitEdit.Append(id=wxID_LIMITCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1850            help='Copy limits to other histograms')
1851        self.LimitEdit.Append(id=wxID_ADDEXCLREGION, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add exclude',
1852            help='Add excluded region - select a point on plot; drag to adjust')           
1853        self.PostfillDataMenu()
1854           
1855        # PDR / Background
1856        self.BackMenu = wx.MenuBar()
1857        self.PrefillDataMenu(self.BackMenu)
1858        self.BackEdit = wx.Menu(title='')
1859        self.BackMenu.Append(menu=self.BackEdit, title='File')
1860        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1861            help='Copy background parameters to other histograms')
1862        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1863            help='Copy background refinement flags to other histograms')
1864        self.BackEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks',
1865            help='Move background peaks to Peak List')
1866        self.BackEdit.Append(id=wxID_MAKEBACKRDF, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot RDF',
1867            help='Plot radial distribution from differences')
1868        self.BackFixed = wx.Menu(title='') # fixed background point menu
1869        self.BackMenu.Append(menu=self.BackFixed, title='Fixed Points')
1870        self.wxID_BackPts = {}
1871        self.wxID_BackPts['Add'] = wx.NewId() # N.B. not using wxID_ global as for other menu items
1872        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Add'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Add',
1873            help='Add fixed background points with mouse clicks')
1874        self.wxID_BackPts['Move'] = wx.NewId() 
1875        item = self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Move'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Move',
1876            help='Move selected fixed background points with mouse drags')
1877        item.Check(True)
1878        self.wxID_BackPts['Del'] = wx.NewId()
1879        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Del'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Delete',
1880            help='Delete fixed background points with mouse clicks')
1881        self.wxID_BackPts['Clear'] = wx.NewId() 
1882        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Clear'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear',
1883            help='Clear fixed background points')
1884        self.wxID_BackPts['Fit'] = wx.NewId() 
1885        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Fit'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit background',
1886            help='Fit background function to fixed background points')
1887        self.PostfillDataMenu()
1888           
1889        # PDR / Instrument Parameters
1890        self.InstMenu = wx.MenuBar()
1891        self.PrefillDataMenu(self.InstMenu)
1892        self.InstEdit = wx.Menu(title='')
1893        self.InstMenu.Append(menu=self.InstEdit, title='Operations')
1894        self.InstEdit.Append(help='Calibrate from indexed peaks', 
1895            id=wxID_INSTCALIB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')           
1896        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
1897            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')           
1898        self.InstEdit.Append(help='Load instrument profile parameters from file', 
1899            id=wxID_INSTLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load profile...')           
1900        self.InstEdit.Append(help='Save instrument profile parameters to file', 
1901            id=wxID_INSTSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save profile...')
1902        self.InstEdit.Append(help='Save all instrument profile parameters to one file', 
1903            id=wxID_INSTSAVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all profile...')           
1904        self.InstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
1905            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
1906        self.InstEdit.Append(id=wxID_INSTFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1907            help='Copy instrument parameter refinement flags to other histograms')
1908#        self.InstEdit.Append(help='Change radiation type (Ka12 - synch)',
1909#            id=wxID_CHANGEWAVETYPE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change radiation')
1910        self.InstEdit.Append(id=wxID_INST1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
1911            help='Set one instrument parameter value across multiple histograms')
1912
1913        self.PostfillDataMenu()
1914       
1915        # PDR / Sample Parameters
1916        self.SampleMenu = wx.MenuBar()
1917        self.PrefillDataMenu(self.SampleMenu)
1918        self.SampleEdit = wx.Menu(title='')
1919        self.SampleMenu.Append(menu=self.SampleEdit, title='Command')
1920        self.SetScale = self.SampleEdit.Append(id=wxID_SETSCALE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set scale',
1921            help='Set scale by matching to another histogram')
1922        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load',
1923            help='Load sample parameters from file')
1924        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLESAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save',
1925            help='Save sample parameters to file')
1926        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1927            help='Copy refinable and most other sample parameters to other histograms')
1928        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPYSOME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected...',
1929            help='Copy selected sample parameters to other histograms')
1930        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLEFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1931            help='Copy sample parameter refinement flags to other histograms')
1932        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLE1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
1933            help='Set one sample parameter value across multiple histograms')
1934        self.SampleEdit.Append(id=wxID_ALLSAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load all',
1935            help='Load sample parmameters over multiple histograms')
1936
1937        self.PostfillDataMenu()
1938        self.SetScale.Enable(False)
1939
1940        # PDR / Peak List
1941        self.PeakMenu = wx.MenuBar()
1942        self.PrefillDataMenu(self.PeakMenu)
1943        self.PeakEdit = wx.Menu(title='')
1944        self.PeakMenu.Append(menu=self.PeakEdit, title='Peak Fitting')
1945        self.peaksSel = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
1946            help='Set refinement flags for selected peaks',
1947            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1948            text='Set sel. ref flags...')
1949        self.peaksAll = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
1950            help='Set refinement flags for all peaks',
1951            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1952            text='Set all ref flags...')
1953        self.AutoSearch = self.PeakEdit.Append(help='Automatic peak search', 
1954            id=wxID_AUTOSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto search')
1955        self.UnDo = self.PeakEdit.Append(help='Undo last least squares refinement', 
1956            id=wxID_UNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='UnDo')
1957        self.PeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit', 
1958            help='Peak fitting' )
1959        self.PFOneCycle = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQONECYCLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit one cycle', 
1960            help='One cycle of Peak fitting' )
1961        self.PeakEdit.Append(id=wxID_RESETSIGGAM, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
1962            text='Reset sig and gam',help='Reset sigma and gamma to global fit' )
1963        self.PeakCopy = self.PeakEdit.Append(help='Copy peaks to other histograms', 
1964            id=wxID_PEAKSCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peak copy')
1965        self.SeqPeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_SEQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Seq PeakFit', 
1966            help='Sequential Peak fitting for all histograms' )
1967        self.PeakEdit.Append(id=wxID_CLEARPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
1968            help='Clear the peak list' )
1969        self.movePeak = self.PeakEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected peak',
1970            help='Select a peak in the table, then use this to move it with the mouse.')
1971        self.PostfillDataMenu()
1972        self.UnDo.Enable(False)
1973        self.PeakFit.Enable(False)
1974        self.PFOneCycle.Enable(False)
1975        self.AutoSearch.Enable(True)
1976       
1977        # PDR / Index Peak List
1978        self.IndPeaksMenu = wx.MenuBar()
1979        self.PrefillDataMenu(self.IndPeaksMenu)
1980        self.IndPeaksEdit = wx.Menu(title='')
1981        self.IndPeaksMenu.Append(menu=self.IndPeaksEdit,title='Operations')
1982        self.IndPeaksEdit.Append(help='Load/Reload index peaks from peak list',id=wxID_INDXRELOAD, 
1983            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load/Reload')
1984        self.PostfillDataMenu()
1985       
1986        # PDR / Unit Cells List
1987        self.IndexMenu = wx.MenuBar()
1988        self.PrefillDataMenu(self.IndexMenu)
1989        self.IndexEdit = wx.Menu(title='')
1990        self.IndexMenu.Append(menu=self.IndexEdit, title='Cell Index/Refine')
1991        self.IndexPeaks = self.IndexEdit.Append(help='', id=wxID_INDEXPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
1992            text='Index Cell')
1993        self.CopyCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_COPYCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Cell', 
1994            help='Copy selected unit cell from indexing to cell refinement fields')
1995        self.RefineCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_REFINECELL, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
1996            text='Refine Cell',help='Refine unit cell parameters from indexed peaks')
1997        self.MakeNewPhase = self.IndexEdit.Append( id=wxID_MAKENEWPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
1998            text='Make new phase',help='Make new phase from selected unit cell')
1999        self.ExportCells = self.IndexEdit.Append( id=wxID_EXPORTCELLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2000            text='Export cell list',help='Export cell list to csv file')
2001        self.PostfillDataMenu()
2002        self.IndexPeaks.Enable(False)
2003        self.CopyCell.Enable(False)
2004        self.RefineCell.Enable(False)
2005        self.MakeNewPhase.Enable(False)
2006       
2007        # PDR / Reflection Lists
2008        self.ReflMenu = wx.MenuBar()
2009        self.PrefillDataMenu(self.ReflMenu)
2010        self.ReflEdit = wx.Menu(title='')
2011        self.ReflMenu.Append(menu=self.ReflEdit, title='Reflection List')
2012        self.SelectPhase = self.ReflEdit.Append(help='Select phase for reflection list',id=wxID_SELECTPHASE, 
2013            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase')
2014        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWDHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot HKLs',
2015            help='Plot HKLs from powder pattern')
2016        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
2017            help='Plot HKLs from powder pattern in 3D')
2018        self.PostfillDataMenu()
2019       
2020        # SASD / Instrument Parameters
2021        self.SASDInstMenu = wx.MenuBar()
2022        self.PrefillDataMenu(self.SASDInstMenu)
2023        self.SASDInstEdit = wx.Menu(title='')
2024        self.SASDInstMenu.Append(menu=self.SASDInstEdit, title='Operations')
2025        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
2026            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')
2027        self.SASDInstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
2028            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
2029        self.PostfillDataMenu()
2030       
2031        #SASD & REFL/ Substance editor
2032        self.SubstanceMenu = wx.MenuBar()
2033        self.PrefillDataMenu(self.SubstanceMenu)
2034        self.SubstanceEdit = wx.Menu(title='')
2035        self.SubstanceMenu.Append(menu=self.SubstanceEdit, title='Edit substance')
2036        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_LOADSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load substance',
2037            help='Load substance from file')
2038        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ADDSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add substance',
2039            help='Add new substance to list')
2040        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_COPYSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy substances',
2041            help='Copy substances')
2042        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_DELETESUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete substance',
2043            help='Delete substance from list')           
2044        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add elements',
2045            help='Add elements to substance')
2046        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete elements',
2047            help='Delete elements from substance')
2048        self.PostfillDataMenu()
2049       
2050        # SASD/ Models
2051        self.ModelMenu = wx.MenuBar()
2052        self.PrefillDataMenu(self.ModelMenu)
2053        self.ModelEdit = wx.Menu(title='')
2054        self.ModelMenu.Append(menu=self.ModelEdit, title='Models')
2055        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELADD,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add',
2056            help='Add new term to model')
2057        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit',
2058            help='Fit model parameters to data')
2059        self.SasdUndo = self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELUNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Undo',
2060            help='Undo model fit')
2061        self.SasdUndo.Enable(False)           
2062        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFITALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequential fit',
2063            help='Sequential fit of model parameters to all SASD data')
2064        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
2065            help='Copy model parameters to other histograms')
2066        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2067            help='Copy model refinement flags to other histograms')
2068        self.PostfillDataMenu()
2069       
2070        # IMG / Image Controls
2071        self.ImageMenu = wx.MenuBar()
2072        self.PrefillDataMenu(self.ImageMenu)
2073        self.ImageEdit = wx.Menu(title='')
2074        self.ImageMenu.Append(menu=self.ImageEdit, title='Operations')
2075        self.ImageEdit.Append(help='Calibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2076            id=wxID_IMCALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')
2077        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2078            id=wxID_IMRECALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate')
2079        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate all images by fitting to calibrant lines', 
2080            id=wxID_IMRECALIBALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate all')           
2081        self.ImageEdit.Append(help='Clear calibration data points and rings',id=wxID_IMCLEARCALIB, 
2082            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear calibration')
2083        self.ImageEdit.Append(help='Integrate selected image',id=wxID_IMINTEGRATE, 
2084            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate')
2085        self.ImageEdit.Append(help='Integrate all images selected from list',id=wxID_INTEGRATEALL,
2086            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate all')
2087        self.ImageEdit.Append(help='Copy image controls to other images', 
2088            id=wxID_IMCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Controls')
2089        self.ImageEdit.Append(help='Copy selected image controls to other images', 
2090            id=wxID_IMCOPYSELECTED, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Selected')
2091        self.ImageEdit.Append(help='Save image controls to file', 
2092            id=wxID_IMSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Controls')
2093        self.ImageEdit.Append(help='Save controls from selected images to file', 
2094            id=wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Multiple Controls')
2095        self.ImageEdit.Append(help='Load image controls from file',
2096            id=wxID_IMLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load Controls')
2097        self.ImageEdit.Append(help='Transfer integration range for other detector distances', 
2098            id=wxID_IMXFERCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Xfer angles')
2099        self.ImageEdit.Append(help='Open Auto-integration window to integrate a series of images', 
2100            id=wxID_IMAUTOINTEG, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto Integrate')
2101        self.PostfillDataMenu()
2102           
2103        # IMG / Masks
2104        self.MaskMenu = wx.MenuBar()
2105        self.PrefillDataMenu(self.MaskMenu)
2106        self.MaskEdit = wx.Menu(title='')
2107        self.MaskMenu.Append(menu=self.MaskEdit, title='Operations')
2108        submenu = wx.Menu()
2109        self.MaskEdit.AppendMenu(
2110            wx.ID_ANY,'Create new', submenu,
2111            help=''
2112            )
2113        self.MaskEdit.Append(help='Copy mask to other images', 
2114            id=wxID_MASKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy mask')
2115        self.MaskEdit.Append(help='Save mask to file', 
2116            id=wxID_MASKSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save mask')
2117        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file', 
2118            id=wxID_MASKLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask')
2119        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file; ignore threshold', 
2120            id=wxID_MASKLOADNOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask w/o threshold')
2121        self.MaskEdit.Append(help='Auto search for spot masks; NB: will clear old spot masks', 
2122            id=wxID_FINDSPOTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto spot masks')
2123        submenu.Append(help='Create an arc mask with mouse input', 
2124            id=wxID_NEWMASKARC, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Arc mask')
2125        submenu.Append(help='Create a frame mask with mouse input', 
2126            id=wxID_NEWMASKFRAME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Frame mask')
2127        submenu.Append(help='Create a polygon mask with mouse input', 
2128            id=wxID_NEWMASKPOLY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Polygon mask')
2129        submenu.Append(help='Create a ring mask with mouse input', 
2130            id=wxID_NEWMASKRING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Ring mask')
2131        submenu.Append(help='Create spot masks with mouse input', 
2132            id=wxID_NEWMASKSPOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Spot mask')
2133        self.PostfillDataMenu()
2134           
2135        # IMG / Stress/Strain
2136        self.StrStaMenu = wx.MenuBar()
2137        self.PrefillDataMenu(self.StrStaMenu)
2138        self.StrStaEdit = wx.Menu(title='')
2139        self.StrStaMenu.Append(menu=self.StrStaEdit, title='Operations')
2140        self.StrStaEdit.Append(help='Append d-zero for one ring', 
2141            id=wxID_APPENDDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append d-zero')
2142        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data', 
2143            id=wxID_STRSTAFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit stress/strain')
2144        self.StrStaEdit.Append(help='Plot intensity distribution', 
2145            id=wxID_STRSTAPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot intensity distribution')
2146        self.StrStaEdit.Append(help='Update d-zero from ave d-zero',
2147            id=wxID_UPDATEDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update d-zero')       
2148        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data for all images', 
2149            id=wxID_STRSTAALLFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='All image fit')
2150        self.StrStaEdit.Append(help='Copy stress/strain data to other images', 
2151            id=wxID_STRSTACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy stress/strain')
2152        self.StrStaEdit.Append(help='Save stress/strain data to file', 
2153            id=wxID_STRSTASAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save stress/strain')
2154        self.StrStaEdit.Append(help='Load stress/strain data from file', 
2155            id=wxID_STRSTALOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load stress/strain')
2156        self.StrStaEdit.Append(help='Load sample data from file', 
2157            id=wxID_STRSTSAMPLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load sample data')
2158        self.PostfillDataMenu()
2159           
2160        # PDF / PDF Controls
2161        self.PDFMenu = wx.MenuBar()
2162        self.PrefillDataMenu(self.PDFMenu)
2163        self.PDFEdit = wx.Menu(title='')
2164        self.PDFMenu.Append(menu=self.PDFEdit, title='PDF Controls')
2165        self.PDFEdit.Append(help='Add one or more elements to sample composition',id=wxID_PDFADDELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2166            text='Add elements')
2167        self.PDFEdit.Append(help='Delete element from sample composition',id=wxID_PDFDELELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2168            text='Delete element')
2169        self.PDFEdit.Append(help='Copy PDF controls', id=wxID_PDFCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2170            text='Copy controls')
2171        self.PDFEdit.Append(help='Load PDF controls from file',id=wxID_PDFLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2172            text='Load Controls')
2173        self.PDFEdit.Append(help='Save PDF controls to file', id=wxID_PDFSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2174            text='Save controls')
2175        self.PDFEdit.Append(help='Compute PDF', id=wxID_PDFCOMPUTE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2176            text='Compute PDF')
2177        self.PDFEdit.Append(help='Compute all PDFs', id=wxID_PDFCOMPUTEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2178            text='Compute all PDFs')
2179        self.PDFEdit.Append(help='Optimize PDF', id=wxID_PDFOPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2180            text='Optimize corrections for r<Rmin section of current G(r)')
2181        self.PostfillDataMenu()
2182       
2183        # Phase / General tab
2184        self.DataGeneral = wx.MenuBar()
2185        self.PrefillDataMenu(self.DataGeneral)
2186        self.DataGeneral.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2187        self.GeneralCalc = wx.Menu(title='')
2188        self.DataGeneral.Append(menu=self.GeneralCalc,title='Compute')
2189        self.GeneralCalc.Append(help='Compute Fourier map',id=wxID_FOURCALC, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2190            text='Fourier map')
2191        self.GeneralCalc.Append(help='Search Fourier map',id=wxID_FOURSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2192            text='Search map')
2193        self.GeneralCalc.Append(help='Run charge flipping',id=wxID_CHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2194            text='Charge flipping')
2195        self.GeneralCalc.Append(help='Run 4D charge flipping',id=wxID_4DCHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2196            text='4D Charge flipping')
2197        self.GeneralCalc.Enable(wxID_4DCHARGEFLIP,False)   
2198        self.GeneralCalc.Append(help='Clear map',id=wxID_FOURCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2199            text='Clear map')
2200        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing',id=wxID_SINGLEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2201            text='MC/SA')
2202        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing on multiprocessors',id=wxID_MULTIMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2203            text='Multi MC/SA')            #currently not useful
2204        self.GeneralCalc.Append(help='Transform crystal structure',id=wxID_TRANSFORMSTRUCTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2205            text='Transform')
2206        self.PostfillDataMenu()
2207       
2208        # Phase / Data tab
2209        self.DataMenu = wx.MenuBar()
2210        self.PrefillDataMenu(self.DataMenu)
2211        self.DataMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2212        self.DataEdit = wx.Menu(title='')
2213        self.DataMenu.Append(menu=self.DataEdit, title='Edit Phase')
2214        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy data',
2215            help='Copy phase data to other histograms')
2216        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2217            help='Copy phase data flags to other histograms')
2218        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATASELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected data',
2219            help='Copy selected phase data to other histograms')
2220        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATAUSE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select used data',
2221            help='Select all histograms to use')
2222        self.DataEdit.Append(id=wxID_PWDRADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add powder histograms',
2223            help='Select new powder histograms to be used for this phase')
2224        self.DataEdit.Append(id=wxID_HKLFADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add single crystal histograms',
2225            help='Select new single crystal histograms to be used for this phase')
2226        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove histograms',
2227            help='Remove histograms from use for this phase')
2228        self.PostfillDataMenu()
2229           
2230        # Phase / Atoms tab
2231        self.AtomsMenu = wx.MenuBar()
2232        self.PrefillDataMenu(self.AtomsMenu)
2233        self.AtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2234        self.AtomEdit = wx.Menu(title='')
2235        self.AtomCompute = wx.Menu(title='')
2236        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomEdit, title='Edit Atoms')
2237        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomCompute, title='Compute')
2238        submenu = wx.Menu()
2239        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'On selected atoms...', submenu, 
2240            help='Set/Act on selected atoms')
2241        submenu.Append(wxID_ATOMSSETSEL,
2242            help='Set refinement flags for selected atoms',
2243            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2244            text='Refine selected')
2245        submenu.Append(id=wxID_ATOMSMODIFY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Modify parameters',
2246            help='Modify parameters values for all selected atoms')
2247        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert atom',
2248            help='Inserts an H atom before all selected atoms')
2249        submenu.Append(id=wxID_ADDHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc H atoms',
2250            help='Insert H atoms in expected bonding positions for selected atoms')
2251        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atom',
2252            help='Delete selected atoms')
2253        submenu.Append(id=wxID_ATOMSTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform atoms',
2254            help='Symmetry transform selected atoms')
2255#        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSROTATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rotate atoms',
2256#            help='Select atoms to rotate first')
2257        submenu.Append(wxID_ATOMSSETALL,
2258            help='Set refinement flags for all atoms',
2259            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2260            text='Select All')
2261       
2262        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSEDITADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append atom',
2263            help='Appended as an H atom')
2264        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSVIEWADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append view point',
2265            help='Appended as an H atom')
2266        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMVIEWINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert view point',
2267            help='Select atom row to insert before; inserted as an H atom')
2268        self.AtomEdit.Append(id=wxID_UPDATEHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update H atoms',
2269            help='Update H atoms in standard positions')
2270        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected atom to view point',
2271            help='Select a single atom to be moved to view point in plot')
2272        self.AtomEdit.Append(id=wxID_MAKEMOLECULE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assemble molecule',
2273            help='Select a single atom to assemble as a molecule from scattered atom positions')
2274        self.AtomEdit.Append(id=wxID_RELOADDRAWATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reload draw atoms',
2275            help='Reload atom drawing list')
2276        submenu = wx.Menu()
2277        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Reimport atoms', submenu, 
2278            help='Reimport atoms from file; sequence must match')
2279        # setup a cascade menu for the formats that have been defined
2280        self.ReImportMenuId = {}  # points to readers for each menu entry
2281        for reader in self.G2frame.ImportPhaseReaderlist:
2282            item = submenu.Append(
2283                wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
2284                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='reimport coordinates from '+reader.formatName+' file')
2285            self.ReImportMenuId[item.GetId()] = reader
2286        item = submenu.Append(
2287            wx.ID_ANY,
2288            help='Reimport coordinates, try to determine format from file',
2289            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2290            text='guess format from file')
2291        self.ReImportMenuId[item.GetId()] = None # try all readers
2292
2293        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show Distances && Angles',
2294            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2295        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSPDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Distances && Angles',
2296            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2297        self.AtomCompute.ISOcalc = self.AtomCompute.Append(
2298            id=wxID_ISODISP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2299            text='ISODISTORT mode values',
2300            help='Compute values of ISODISTORT modes from atom parameters')
2301        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDENSITY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2302            text='Density',
2303            help='Compute density for current phase')
2304        self.PostfillDataMenu()
2305       
2306        # Phase / Imcommensurate "waves" tab
2307        self.WavesData = wx.MenuBar()
2308        self.PrefillDataMenu(self.WavesData)
2309        self.WavesData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2310        self.WavesDataEdit = wx.Menu(title='')
2311        self.WavesData.Append(menu=self.WavesDataEdit, title='Edit Wave')
2312        self.WavesDataEdit.Append(id=wxID_WAVEVARY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global wave vary',
2313            help='Global setting of wave vary flags')
2314        self.PostfillDataMenu()
2315       
2316        # Phase / Layer tab
2317        self.LayerData = wx.MenuBar()
2318        self.PrefillDataMenu(self.LayerData)
2319        self.LayerData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2320        self.LayerDataEdit = wx.Menu(title='')
2321        self.LayerData.Append(menu=self.LayerDataEdit, title='Operations')
2322        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LOADDIFFAX, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load from DIFFaX file',
2323            help='Load layer info from DIFFaX file')
2324        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_COPYPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy phase cell',
2325            help='Copy phase cell from another project')
2326        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate pattern',
2327            help='Simulate diffraction pattern from layer stacking')
2328        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_SEQUENCESIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequence simulations',
2329            help='Sequence simulation changing one parameter')
2330        self.PostfillDataMenu()
2331                 
2332        # Phase / Draw Options tab
2333        self.DataDrawOptions = wx.MenuBar()
2334        self.PrefillDataMenu(self.DataDrawOptions)
2335        self.DataDrawOptions.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2336        self.PostfillDataMenu()
2337       
2338        # Phase / Draw Atoms tab
2339        self.DrawAtomsMenu = wx.MenuBar()
2340        self.PrefillDataMenu(self.DrawAtomsMenu)
2341        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2342        self.DrawAtomEdit = wx.Menu(title='')
2343        self.DrawAtomCompute = wx.Menu(title='')
2344        self.DrawAtomRestraint = wx.Menu(title='')
2345        self.DrawAtomRigidBody = wx.Menu(title='')
2346        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomEdit, title='Edit Figure')
2347        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomCompute,title='Compute')
2348        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRestraint, title='Restraints')
2349        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRigidBody, title='Rigid body')
2350        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMSTYLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom style',
2351            help='Select atoms first')
2352        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMLABEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom label',
2353            help='Select atoms first')
2354        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom color',
2355            help='Select atoms first')
2356        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset atom colors',
2357            help='Resets all atom colors to defaults')
2358        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRWAEDITRADII, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit atom radii',
2359            help='Edit drawing atom radii')
2360        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWVIEWPOINT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2361            help='View point is 1st atom selected')
2362        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDEQUIV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atoms',
2363            help='Add symmetry & cell equivalents to drawing set from selected atoms')
2364        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDSPHERE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add sphere of atoms',
2365            help='Add atoms within sphere of enclosure')
2366        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform draw atoms',
2367            help='Transform selected atoms by symmetry & cell translations')
2368        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCOORD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill CN-sphere',
2369            help='Fill coordination sphere for selected atoms')           
2370        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill unit cell',
2371            help='Fill unit cell with selected atoms')
2372        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atoms',
2373            help='Delete atoms from drawing set')
2374        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2375            help='Compute distance of selected atoms from view point')   
2376        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISAGLTOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Dist. Ang. Tors.',
2377            help='Compute distance, angle or torsion for 2-4 selected atoms')   
2378        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Best plane',
2379            help='Compute best plane for 4+ selected atoms')   
2380        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRBOND, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add bond restraint',
2381            help='Add bond restraint for selected atoms (2)')
2382        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add angle restraint',
2383            help='Add angle restraint for selected atoms (3: one end 1st)')
2384        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add plane restraint',
2385            help='Add plane restraint for selected atoms (4+)')
2386        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRCHIRAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add chiral restraint',
2387            help='Add chiral restraint for selected atoms (4: center atom 1st)')
2388        self.DrawAtomRigidBody.Append(id=wxID_DRAWDEFINERB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define rigid body',
2389            help='Define rigid body with selected atoms')
2390        self.PostfillDataMenu()
2391
2392        # Phase / MCSA tab
2393        self.MCSAMenu = wx.MenuBar()
2394        self.PrefillDataMenu(self.MCSAMenu)
2395        self.MCSAMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2396        self.MCSAEdit = wx.Menu(title='')
2397        self.MCSAMenu.Append(menu=self.MCSAEdit, title='MC/SA')
2398        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSAATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atom', 
2399            help='Add single atom to MC/SA model')
2400        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body', 
2401            help='Add rigid body to MC/SA model' )
2402        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_CLEARMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear rigid bodies', 
2403            help='Clear all atoms & rigid bodies from MC/SA model' )
2404        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MOVEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move MC/SA solution', 
2405            help='Move MC/SA solution to atom list' )
2406        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MCSACLEARRESULTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear results', 
2407            help='Clear table of MC/SA results' )
2408        self.PostfillDataMenu()
2409           
2410        # Phase / Texture tab
2411        self.TextureMenu = wx.MenuBar()
2412        self.PrefillDataMenu(self.TextureMenu)
2413        self.TextureMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2414        self.TextureEdit = wx.Menu(title='')
2415        self.TextureMenu.Append(menu=self.TextureEdit, title='Texture')
2416        self.TextureEdit.Append(id=wxID_REFINETEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Refine texture', 
2417            help='Refine the texture coefficients from sequential results')
2418#        self.TextureEdit.Append(id=wxID_CLEARTEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear texture',
2419#            help='Clear the texture coefficients' )
2420        self.PostfillDataMenu()
2421           
2422        # Phase / Pawley tab
2423        self.PawleyMenu = wx.MenuBar()
2424        self.PrefillDataMenu(self.PawleyMenu)
2425        self.PawleyMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2426        self.PawleyEdit = wx.Menu(title='')
2427        self.PawleyMenu.Append(menu=self.PawleyEdit,title='Operations')
2428        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley settings',
2429            help='Change Pawley refinement settings')
2430        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley create',
2431            help='Initialize Pawley reflection list')
2432        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYESTIMATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley estimate',
2433            help='Estimate initial Pawley intensities')
2434        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYUPDATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley update',
2435            help='Update negative Pawley intensities with -0.5*Fobs and turn off refinement')
2436        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select all',
2437            help='Select all reflections to be refined')
2438        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELNONE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select none',
2439            help='Set flag for all reflections for no refinement')
2440        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELTOGGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Toggle Selection',
2441            help='Toggle Selection flag for all reflections to opposite setting')
2442        self.PostfillDataMenu()
2443           
2444        # Phase / Map peaks tab
2445        self.MapPeaksMenu = wx.MenuBar()
2446        self.PrefillDataMenu(self.MapPeaksMenu)
2447        self.MapPeaksMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2448        self.MapPeaksEdit = wx.Menu(title='')
2449        self.MapPeaksMenu.Append(menu=self.MapPeaksEdit, title='Map peaks')
2450        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks', 
2451            help='Move selected peaks to atom list')
2452        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSVIEWPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2453            help='View point is 1st peak selected')
2454        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2455            help='Compute distance of selected peaks from view point')   
2456        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_SHOWBONDS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Hide bonds',
2457            help='Hide or show bonds between peak positions')   
2458        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc dist/ang', 
2459            help='Calculate distance or angle for selection')
2460        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_FINDEQVPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Equivalent peaks', 
2461            help='Find equivalent peaks')
2462        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSUNIQUE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Unique peaks', 
2463            help='Select unique set')
2464        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete peaks', 
2465            help='Delete selected peaks')
2466        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
2467            help='Clear the map peak list')
2468        self.PostfillDataMenu()
2469
2470        # Phase / Rigid bodies tab
2471        self.RigidBodiesMenu = wx.MenuBar()
2472        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodiesMenu)
2473        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2474        self.RigidBodiesEdit = wx.Menu(title='')
2475        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=self.RigidBodiesEdit, title='Edit Body')
2476        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_ASSIGNATMS2RB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assign atoms to rigid body',
2477            help='Select & position rigid body in structure of existing atoms')
2478        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_AUTOFINDRESRB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto find residues',
2479            help='Auto find of residue RBs in macromolecule')
2480        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_COPYRBPARMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy rigid body parms',
2481            help='Copy rigid body location & TLS parameters')
2482        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALTHERM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global thermal motion',
2483            help='Global setting of residue thermal motion models')
2484        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALRESREFINE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global residue refine',
2485            help='Global setting of residue RB refinement flags')
2486        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_RBREMOVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove all rigid bodies',
2487            help='Remove all rigid body assignment for atoms')
2488        self.PostfillDataMenu()
2489    # end of GSAS-II menu definitions
2490       
2491    def _init_ctrls(self, parent,name=None,size=None,pos=None):
2492        wx.Frame.__init__(
2493            self,parent=parent,
2494            #style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX | wx.FRAME_FLOAT_ON_PARENT ,
2495            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX,
2496            size=size,pos=pos,title='GSAS-II data display')
2497        self._init_menus()
2498        if name:
2499            self.SetLabel(name)
2500        self.Show()
2501       
2502    def __init__(self,parent,frame,data=None,name=None, size=None,pos=None):
2503        self.G2frame = frame
2504        self._init_ctrls(parent,name,size,pos)
2505        self.data = data
2506        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2507        Size = self.GetSize()
2508        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2509        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]+250))
2510        self.AtomGrid = []
2511        self.selectedRow = 0
2512        self.lastSize = Size       
2513        self.manualPhaseSize = None
2514        self.userReSize = False
2515        wx.Frame.Bind(self,wx.EVT_SIZE,self.OnReSize)
2516           
2517    def OnReSize(self,event):
2518        '''Keep track of size changes for Phase windows
2519        '''
2520        id = self.G2frame.PatternTree.GetSelection()
2521        try:
2522            parent = self.G2frame.PatternTree.GetItemParent(id)
2523        except:         #avoid bad tree item on start via gpx file selection
2524            parent = 0
2525        if self.userReSize and parent and self.G2frame.PatternTree.GetItemText(parent) == "Phases": 
2526            if self.lastSize == event.EventObject.GetSize():
2527#                if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2528#                    print 'no save size=',self.lastSize
2529                return
2530            self.manualPhaseSize = event.EventObject.GetSize()
2531            self.lastSize = event.EventObject.GetSize()
2532#            if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2533#                print 'Saving Phase size=',self.manualPhaseSize
2534                #HowDidIgetHere()
2535        event.Skip()
2536
2537    def SendSizeEvent(self):
2538        '''Prevent SendSizeEvent from overriding the saved size
2539        '''
2540        self.userReSize = False
2541        wx.Frame.SendSizeEvent(self)
2542        self.userReSize = True
2543       
2544    def setSizePosLeft(self,Size):
2545        '''Place the dataFrame window so that the upper left-hand corner remains in the same place;
2546        The size is dictated by parameter Width, unless overridden by a previous Phase window resize
2547        '''
2548        self.userReSize = False
2549        Size = list(Size)
2550        id = self.G2frame.PatternTree.GetSelection()
2551        try:            #avoid bad tree item on start via gpx file selection
2552            pid = self.G2frame.PatternTree.GetItemParent(id)
2553        except:
2554            pid = 0
2555        if pid:
2556            parent = self.G2frame.PatternTree.GetItemText(pid)
2557            # is this a phase window and has a previous window has been resized?
2558            if self.manualPhaseSize and parent == "Phases":
2559                Size = list(self.manualPhaseSize)
2560        Pos = self.GetPosition()
2561        clientSize = wx.ClientDisplayRect()     #display window size (e.g. 1304x768)
2562        Size[1] = min(Size[1],clientSize[2]-300)
2563        Size[0] = max(Size[0],300)
2564#        print 'current position/width:',Pos,Width
2565        self.SetSize(Size)
2566        if self.lastSize[0]:
2567            Pos[0] += self.lastSize[0]-Size[0]
2568        offSet = 0
2569        if Pos[0] < clientSize[2]:
2570            offSet = Pos[0]+Size[0]-clientSize[2]
2571        if offSet > 0:
2572            Pos[0] -= offSet
2573        self.SetPosition(wx.Point(Pos[0],Pos[1]))
2574        self.lastSize = Size
2575        self.userReSize = True
2576       
2577    def Clear(self):
2578        self.ClearBackground()
2579        self.DestroyChildren()
2580                   
2581
2582################################################################################
2583#####  Notebook Tree Item editor
2584################################################################################                 
2585def UpdateNotebook(G2frame,data):
2586    '''Called when the data tree notebook entry is selected. Allows for
2587    editing of the text in that tree entry
2588    '''
2589    def OnNoteBook(event):
2590        event.Skip()
2591        data = G2frame.dataDisplay.GetValue().split('\n')
2592        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Notebook'),data)
2593        if 'nt' not in os.name:
2594            G2frame.dataDisplay.AppendText('\n')
2595                   
2596    if G2frame.dataDisplay:
2597        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2598    G2frame.dataFrame.SetLabel('Notebook')
2599    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2600        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_PROCESS_ENTER | wx.TE_DONTWRAP)
2601    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnNoteBook)
2602    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnNoteBook)
2603    for line in data:
2604        G2frame.dataDisplay.AppendText(line+"\n")
2605    G2frame.dataDisplay.AppendText('Notebook entry @ '+time.ctime()+"\n")
2606    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2607           
2608################################################################################
2609#####  Controls Tree Item editor
2610################################################################################           
2611def UpdateControls(G2frame,data):
2612    '''Edit overall GSAS-II controls in main Controls data tree entry
2613    '''
2614    #patch
2615    if 'deriv type' not in data:
2616        data = {}
2617        data['deriv type'] = 'analytic Hessian'
2618        data['min dM/M'] = 0.0001
2619        data['shift factor'] = 1.
2620        data['max cyc'] = 3       
2621        data['F**2'] = False
2622    if 'shift factor' not in data:
2623        data['shift factor'] = 1.
2624    if 'max cyc' not in data:
2625        data['max cyc'] = 3
2626    if 'F**2' not in data:
2627        data['F**2'] = False
2628    if 'Author' not in data:
2629        data['Author'] = 'no name'
2630    if 'FreePrm1' not in data:
2631        data['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
2632    if 'FreePrm2' not in data:
2633        data['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
2634    if 'FreePrm3' not in data:
2635        data['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
2636    if 'Copy2Next' not in data:
2637        data['Copy2Next'] = False
2638    if 'Reverse Seq' not in data:
2639        data['Reverse Seq'] = False
2640    if 'UsrReject' not in data:
2641        data['UsrReject'] = {'minF/sig':0,'MinExt':0.01,'MaxDF/F':20.,'MaxD':500.,'MinD':0.05}
2642    if 'HatomFix' not in data:
2643        data['HatomFix'] = False
2644    if 'Marquardt' not in data:
2645        data['Marquardt'] = -3
2646   
2647    #end patch
2648
2649    def SeqSizer():
2650       
2651        def OnSelectData(event):
2652            choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['PWDR','HKLF',])
2653            sel = []
2654            try:
2655                if 'Seq Data' in data:
2656                    for item in data['Seq Data']:
2657                        sel.append(choices.index(item))
2658                    sel = [choices.index(item) for item in data['Seq Data']]
2659            except ValueError:  #data changed somehow - start fresh
2660                sel = []
2661            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential refinement',
2662                'Select dataset to include',choices)
2663            dlg.SetSelections(sel)
2664            names = []
2665            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2666                for sel in dlg.GetSelections():
2667                    names.append(choices[sel])
2668                data['Seq Data'] = names               
2669                G2frame.EnableSeqRefineMenu()
2670            dlg.Destroy()
2671            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2672           
2673        def OnReverse(event):
2674            data['Reverse Seq'] = reverseSel.GetValue()
2675           
2676        def OnCopySel(event):
2677            data['Copy2Next'] = copySel.GetValue() 
2678                   
2679        seqSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2680        dataSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2681        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Sequential Refinement: '),0,WACV)
2682        selSeqData = wx.Button(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Select data')
2683        selSeqData.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnSelectData)
2684        dataSizer.Add(selSeqData,0,WACV)
2685        SeqData = data.get('Seq Data',[])
2686        if not SeqData:
2687            lbl = ' (no data selected)'
2688        else:
2689            lbl = ' ('+str(len(SeqData))+' dataset(s) selected)'
2690
2691        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=lbl),0,WACV)
2692        seqSizer.Add(dataSizer,0)
2693        if SeqData:
2694            selSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2695            reverseSel = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Reverse order?')
2696            reverseSel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnReverse)
2697            reverseSel.SetValue(data['Reverse Seq'])
2698            selSizer.Add(reverseSel,0,WACV)
2699            copySel =  wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Copy results to next histogram?')
2700            copySel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnCopySel)
2701            copySel.SetValue(data['Copy2Next'])
2702            selSizer.Add(copySel,0,WACV)
2703            seqSizer.Add(selSizer,0)
2704        return seqSizer
2705       
2706    def LSSizer():       
2707       
2708        def OnDerivType(event):
2709            data['deriv type'] = derivSel.GetValue()
2710            derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2711            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2712           
2713        def OnConvergence(event):
2714            event.Skip()
2715            try:
2716                value = max(1.e-9,min(1.0,float(Cnvrg.GetValue())))
2717            except ValueError:
2718                value = 0.0001
2719            data['min dM/M'] = value
2720            Cnvrg.SetValue('%.2g'%(value))
2721           
2722        def OnMaxCycles(event):
2723            data['max cyc'] = int(maxCyc.GetValue())
2724            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2725           
2726        def OnMarqLam(event):
2727            data['Marquardt'] = int(marqLam.GetValue())
2728            marqLam.SetValue(str(data['Marquardt']))
2729                       
2730        def OnFactor(event):
2731            event.Skip()
2732            try:
2733                value = min(max(float(Factr.GetValue()),0.00001),100.)
2734            except ValueError:
2735                value = 1.0
2736            data['shift factor'] = value
2737            Factr.SetValue('%.5f'%(value))
2738           
2739        def OnFsqRef(event):
2740            data['F**2'] = fsqRef.GetValue()
2741           
2742#        def OnHatomFix(event):
2743#            data['HatomFix'] = Hfix.GetValue()
2744       
2745        def OnUsrRej(event):
2746            event.Skip()
2747            Obj = event.GetEventObject()
2748            item,limits = Indx[Obj]
2749            try:
2750                value = min(max(float(Obj.GetValue()),limits[0]),limits[1])
2751            except ValueError:
2752                value = data['UsrReject'][item]
2753            data['UsrReject'][item] = value
2754            Obj.SetValue('%.2f'%(value))
2755
2756        LSSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,vgap=5,hgap=5)
2757        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement derivatives: '),0,WACV)
2758        Choice=['analytic Jacobian','numeric','analytic Hessian']
2759        derivSel = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['deriv type'],choices=Choice,
2760            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2761        derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2762        derivSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnDerivType)
2763           
2764        LSSizer.Add(derivSel,0,WACV)
2765        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min delta-M/M: '),0,WACV)
2766        Cnvrg = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2g'%(data['min dM/M']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2767        Cnvrg.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnConvergence)
2768        Cnvrg.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnConvergence)
2769        LSSizer.Add(Cnvrg,0,WACV)
2770        Indx = {}
2771        if 'Hessian' in data['deriv type']:
2772            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max cycles: '),0,WACV)
2773            Choice = ['0','1','2','3','5','10','15','20']
2774            maxCyc = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['max cyc']),choices=Choice,
2775                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2776#            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2777            maxCyc.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxCycles)
2778            LSSizer.Add(maxCyc,0,WACV)
2779            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial lambda = 10**'),0,WACV)
2780            MarqChoice = ['-3','-2','-1','0','1','2','3','4']
2781            marqLam = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['Marquardt']),choices=MarqChoice,
2782                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2783            marqLam.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMarqLam)
2784            LSSizer.Add(marqLam,0,WACV)
2785        else:
2786            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial shift factor: '),0,WACV)
2787            Factr = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.5f'%(data['shift factor']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2788            Factr.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFactor)
2789            Factr.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFactor)
2790            LSSizer.Add(Factr,0,WACV)
2791        if G2frame.Sngl:
2792            userReject = data['UsrReject']
2793            usrRej = {'minF/sig':[' Min obs/sig (0-5): ',[0,5], ],'MinExt':[' Min extinct. (0-.9): ',[0,.9],],
2794                'MaxDF/F':[' Max delt-F/sig (3-1000): ',[3.,1000.],],'MaxD':[' Max d-spacing (3-500): ',[3,500],],
2795                'MinD':[' Min d-spacing (0.1-2.0): ',[0.1,2.0],]}
2796
2797            fsqRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Refine HKLF as F^2? ')
2798            fsqRef.SetValue(data['F**2'])
2799            fsqRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnFsqRef)
2800            LSSizer.Add(fsqRef,0,WACV)
2801            LSSizer.Add((1,0),)
2802            for item in usrRej:
2803                LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,label=usrRej[item][0]),0,WACV)
2804                usrrej = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2f'%(userReject[item]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2805                Indx[usrrej] = [item,usrRej[item][1]]
2806                usrrej.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnUsrRej)
2807                usrrej.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnUsrRej)
2808                LSSizer.Add(usrrej,0,WACV)
2809#        Hfix = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Regularize H atoms? ')
2810#        Hfix.SetValue(data['HatomFix'])
2811#        Hfix.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnHatomFix)
2812#        LSSizer.Add(Hfix,0,WACV)   #for now
2813        return LSSizer
2814       
2815    def AuthSizer():
2816
2817        def OnAuthor(event):
2818            event.Skip()
2819            data['Author'] = auth.GetValue()
2820
2821        Author = data['Author']
2822        authSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2823        authSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' CIF Author (last, first):'),0,WACV)
2824        auth = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value=Author,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2825        auth.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnAuthor)
2826        auth.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnAuthor)
2827        authSizer.Add(auth,0,WACV)
2828        return authSizer
2829       
2830       
2831    if G2frame.dataDisplay:
2832        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2833    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2834        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2835        Status.SetStatusText('')
2836    G2frame.dataFrame.SetLabel('Controls')
2837    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
2838    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ControlsMenu)
2839    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2840    mainSizer.Add((5,5),0)
2841    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement Controls:'),0,WACV)   
2842    mainSizer.Add(LSSizer())
2843    mainSizer.Add((5,5),0)
2844    mainSizer.Add(SeqSizer())
2845    mainSizer.Add((5,5),0)
2846    mainSizer.Add(AuthSizer())
2847    mainSizer.Add((5,5),0)
2848       
2849    mainSizer.Layout()   
2850    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2851    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
2852     
2853################################################################################
2854#####  Comments
2855################################################################################           
2856       
2857def UpdateComments(G2frame,data):                   
2858
2859    if G2frame.dataDisplay:
2860        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2861    G2frame.dataFrame.SetLabel('Comments')
2862    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2863        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY|wx.TE_DONTWRAP)
2864    for line in data:
2865        if '\n' not in line:
2866            G2frame.dataDisplay.AppendText(line+'\n')
2867        else:
2868            G2frame.dataDisplay.AppendText(line)
2869    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2870           
2871################################################################################
2872#####  Display of Sequential Results
2873################################################################################           
2874       
2875def UpdateSeqResults(G2frame,data,prevSize=None):
2876    """
2877    Called when the Sequential Results data tree entry is selected
2878    to show results from a sequential refinement.
2879   
2880    :param wx.Frame G2frame: main GSAS-II data tree windows
2881
2882    :param dict data: a dictionary containing the following items: 
2883
2884            * 'histNames' - list of histogram names in order as processed by Sequential Refinement
2885            * 'varyList' - list of variables - identical over all refinements in sequence
2886              note that this is the original list of variables, prior to processing
2887              constraints.
2888            * 'variableLabels' -- a dict of labels to be applied to each parameter
2889              (this is created as an empty dict if not present in data).
2890            * keyed by histName - dictionaries for all data sets processed, which contains:
2891
2892              * 'variables'- result[0] from leastsq call
2893              * 'varyList' - list of variables passed to leastsq call (not same as above)
2894              * 'sig' - esds for variables
2895              * 'covMatrix' - covariance matrix from individual refinement
2896              * 'title' - histogram name; same as dict item name
2897              * 'newAtomDict' - new atom parameters after shifts applied
2898              * 'newCellDict' - refined cell parameters after shifts to A0-A5 from Dij terms applied'
2899    """
2900
2901    def GetSampleParms():
2902        '''Make a dictionary of the sample parameters are not the same over the
2903        refinement series.
2904        '''
2905        if 'IMG' in histNames[0]:
2906            sampleParmDict = {'Sample load':[],}
2907        else:
2908            sampleParmDict = {'Temperature':[],'Pressure':[],'Time':[],
2909                'FreePrm1':[],'FreePrm2':[],'FreePrm3':[],'Omega':[],
2910                'Chi':[],'Phi':[],'Azimuth':[],}
2911        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
2912            GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
2913        sampleParm = {}
2914        for name in histNames:
2915            if 'IMG' in name:
2916                for item in sampleParmDict:
2917                    sampleParmDict[item].append(data[name]['parmDict'].get(item,0))
2918            else:
2919                Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
2920                sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
2921                for item in sampleParmDict:
2922                    sampleParmDict[item].append(sampleData.get(item,0))
2923        for item in sampleParmDict:
2924            frstValue = sampleParmDict[item][0]
2925            if np.any(np.array(sampleParmDict[item])-frstValue):
2926                if item.startswith('FreePrm'):
2927                    sampleParm[Controls[item]] = sampleParmDict[item]
2928                else:
2929                    sampleParm[item] = sampleParmDict[item]
2930        return sampleParm
2931
2932    def GetColumnInfo(col):
2933        '''returns column label, lists of values and errors (or None) for each column in the table
2934        for plotting. The column label is reformatted from Unicode to MatPlotLib encoding
2935        '''
2936        colName = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
2937        plotName = variableLabels.get(colName,colName)
2938        plotName = plotSpCharFix(plotName)
2939        return plotName,colList[col],colSigs[col]
2940           
2941    def PlotSelect(event):
2942        'Plots a row (covariance) or column on double-click'
2943        cols = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
2944        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2945        if cols:
2946            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2947        elif rows:
2948            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
2949            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
2950        else:
2951            G2frame.ErrorDialog(
2952                'Select row or columns',
2953                'Nothing selected in table. Click on column or row label(s) to plot. N.B. Grid selection can be a bit funky.'
2954                )
2955           
2956    def OnPlotSelSeq(event):
2957        'plot the selected columns or row from menu command'
2958        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2959        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2960        if cols:
2961            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2962        elif rows:
2963            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
2964            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
2965        else:
2966            G2frame.ErrorDialog(
2967                'Select columns',
2968                'No columns or rows selected in table. Click on row or column labels to select fields for plotting.'
2969                )
2970               
2971    def OnAveSelSeq(event):
2972        'average the selected columns from menu command'
2973        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2974        if cols:
2975            for col in cols:
2976                ave = np.mean(GetColumnInfo(col)[1])
2977                sig = np.std(GetColumnInfo(col)[1])
2978                print ' Average for '+G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)+': '+'%.6g'%(ave)+' +/- '+'%.6g'%(sig)
2979        else:
2980            G2frame.ErrorDialog(
2981                'Select columns',
2982                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for averaging.'
2983                )
2984               
2985    def OnRenameSelSeq(event):
2986        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2987        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(c) for c in cols]
2988        newNames = colNames[:]
2989        for i,name in enumerate(colNames):
2990            if name in variableLabels:
2991                newNames[i] = variableLabels[name]
2992        if not cols:
2993            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
2994                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for rename.')
2995            return
2996        dlg = G2G.MultiStringDialog(G2frame.dataDisplay,'Set column names',colNames,newNames)
2997        if dlg.Show():
2998            newNames = dlg.GetValues()           
2999            variableLabels.update(dict(zip(colNames,newNames)))
3000        data['variableLabels'] = variableLabels
3001        dlg.Destroy()
3002        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3003        G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
3004           
3005    def OnReOrgSelSeq(event):
3006        'Reorder the columns'
3007        G2G.GetItemOrder(G2frame,VaryListChanges,vallookup,posdict)   
3008        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3009
3010    def OnSaveSelSeqCSV(event):
3011        'export the selected columns to a .csv file from menu command'
3012        OnSaveSelSeq(event,csv=True)
3013       
3014    def OnSaveSeqCSV(event):
3015        'export all columns to a .csv file from menu command'
3016        OnSaveSelSeq(event,csv=True,allcols=True)
3017       
3018    def OnSaveSelSeq(event,csv=False,allcols=False):
3019        'export the selected columns to a .txt or .csv file from menu command'
3020        def WriteCSV():
3021            def WriteList(headerItems):
3022                line = ''
3023                for lbl in headerItems:
3024                    if line: line += ','
3025                    line += '"'+lbl+'"'
3026                return line
3027            head = ['name']
3028            for col in cols:
3029                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3030                # get rid of labels that have Unicode characters
3031                if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in item]): item = '?'
3032                if col in havesig:
3033                    head += [item,'esd-'+item]
3034                else:
3035                    head += [item]
3036            SeqFile.write(WriteList(head)+'\n')
3037            for row,name in enumerate(saveNames):
3038                line = '"'+saveNames[row]+'"'
3039                for col in cols:
3040                    if col in havesig:
3041                        line += ','+str(saveData[col][row])+','+str(saveSigs[col][row])
3042                    else:
3043                        line += ','+str(saveData[col][row])
3044                SeqFile.write(line+'\n')
3045        def WriteSeq():
3046            lenName = len(saveNames[0])
3047            line = %s  '%('name'.center(lenName))
3048            for col in cols:
3049                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3050                if col in havesig:
3051                    line += ' %12s %12s '%(item.center(12),'esd'.center(12))
3052                else:
3053                    line += ' %12s '%(item.center(12))
3054            SeqFile.write(line+'\n')
3055            for row,name in enumerate(saveNames):
3056                line = " '%s' "%(saveNames[row])
3057                for col in cols:
3058                    if col in havesig:
3059                        line += ' %12.6f %12.6f '%(saveData[col][row],saveSigs[col][row])
3060                    else:
3061                        line += ' %12.6f '%saveData[col][row]
3062                SeqFile.write(line+'\n')
3063
3064        # start of OnSaveSelSeq code
3065        if allcols:
3066            cols = range(G2frame.SeqTable.GetNumberCols())
3067        else:
3068            cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3069        nrows = G2frame.SeqTable.GetNumberRows()
3070        if not cols:
3071            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
3072                             'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for output.')
3073            return
3074        saveNames = [G2frame.SeqTable.GetRowLabelValue(r) for r in range(nrows)]
3075        saveData = {}
3076        saveSigs = {}
3077        havesig = []
3078        for col in cols:
3079            name,vals,sigs = GetColumnInfo(col)
3080            saveData[col] = vals
3081            if sigs:
3082                havesig.append(col)
3083                saveSigs[col] = sigs
3084        if csv:
3085            wild = 'CSV output file (*.csv)|*.csv'
3086        else:
3087            wild = 'Text output file (*.txt)|*.txt'
3088        pth = G2G.GetExportPath(G2frame)
3089        dlg = wx.FileDialog(
3090            G2frame,
3091            'Choose text output file for your selection', pth, '', 
3092            wild,wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
3093        try:
3094            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3095                SeqTextFile = dlg.GetPath()
3096                SeqTextFile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,SeqTextFile) 
3097                SeqFile = open(SeqTextFile,'w')
3098                if csv:
3099                    WriteCSV()
3100                else:
3101                    WriteSeq()
3102                SeqFile.close()
3103        finally:
3104            dlg.Destroy()
3105               
3106    def striphist(var,insChar=''):
3107        'strip a histogram number from a var name'
3108        sv = var.split(':')
3109        if len(sv) <= 1: return var
3110        if sv[1]:
3111            sv[1] = insChar
3112        return ':'.join(sv)
3113       
3114    def plotSpCharFix(lbl):
3115        'Change selected unicode characters to their matplotlib equivalent'
3116        for u,p in [
3117            (u'\u03B1',r'$\alpha$'),
3118            (u'\u03B2',r'$\beta$'),
3119            (u'\u03B3',r'$\gamma$'),
3120            (u'\u0394\u03C7',r'$\Delta\chi$'),
3121            ]:
3122            lbl = lbl.replace(u,p)
3123        return lbl
3124   
3125    def SelectXaxis():
3126        'returns a selected column number (or None) as the X-axis selection'
3127        ncols = G2frame.SeqTable.GetNumberCols()
3128        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(r) for r in range(ncols)]
3129        dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(
3130            G2frame.dataDisplay,
3131            'Select x-axis parameter for plot or Cancel for sequence number',
3132            'Select X-axis',
3133            colNames)
3134        try:
3135            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3136                col = dlg.GetSelection()
3137            else:
3138                col = None
3139        finally:
3140            dlg.Destroy()
3141        return col
3142   
3143    def EnablePseudoVarMenus():
3144        'Enables or disables the PseudoVar menu items that require existing defs'
3145        if Controls['SeqPseudoVars']:
3146            val = True
3147        else:
3148            val = False
3149        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxDELSEQVAR,val)
3150        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxEDITSEQVAR,val)
3151
3152    def DelPseudoVar(event):
3153        'Ask the user to select a pseudo var expression to delete'
3154        choices = Controls['SeqPseudoVars'].keys()
3155        selected = G2G.ItemSelector(
3156            choices,G2frame.dataFrame,
3157            multiple=True,
3158            title='Select expressions to remove',
3159            header='Delete expression')
3160        if selected is None: return
3161        for item in selected:
3162            del Controls['SeqPseudoVars'][choices[item]]
3163        if selected:
3164            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3165
3166    def EditPseudoVar(event):
3167        'Edit an existing pseudo var expression'
3168        choices = Controls['SeqPseudoVars'].keys()
3169        if len(choices) == 1:
3170            selected = 0
3171        else:
3172            selected = G2G.ItemSelector(
3173                choices,G2frame.dataFrame,
3174                multiple=False,
3175                title='Select an expression to edit',
3176                header='Edit expression')
3177        if selected is not None:
3178            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3179                G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3180                Controls['SeqPseudoVars'][choices[selected]],
3181                header="Edit the PseudoVar expression",
3182                VarLabel="PseudoVar #"+str(selected+1),
3183                fit=False)
3184            newobj = dlg.Show(True)
3185            if newobj:
3186                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3187                del Controls['SeqPseudoVars'][choices[selected]]
3188                Controls['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = newobj
3189                UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3190       
3191    def AddNewPseudoVar(event):
3192        'Create a new pseudo var expression'
3193        dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3194            G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3195            header='Enter an expression for a PseudoVar here',
3196            VarLabel = "New PseudoVar",
3197            fit=False)
3198        obj = dlg.Show(True)
3199        dlg.Destroy()
3200        if obj:
3201            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3202            Controls['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = obj
3203            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3204           
3205    def AddNewDistPseudoVar(event):
3206        obj = None
3207        dlg = G2exG.BondDialog(
3208            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3209            header='Select a Bond here',
3210            VarLabel = "New Bond")
3211        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3212            pName,Oatom,Tatom = dlg.GetSelection()
3213            if Tatom:
3214                Phase = Phases[pName]
3215                General = Phase['General']
3216                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3217                pId = Phase['pId']
3218                SGData = General['SGData']
3219                sB = Tatom.find('(')+1
3220                symNo = 0
3221                if sB:
3222                    sF = Tatom.find(')')
3223                    symNo = int(Tatom[sB:sF])
3224                cellNo = [0,0,0]
3225                cB = Tatom.find('[')
3226                if cB>0:
3227                    cF = Tatom.find(']')+1
3228                    cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3229                Atoms = Phase['Atoms']
3230                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3231                oId = aNames.index(Oatom)
3232                tId = aNames.index(Tatom.split(' +')[0])
3233                # create an expression object
3234                obj = G2obj.ExpressionObj()
3235                obj.expression = 'Dist(%s,\n%s)'%(Oatom,Tatom.split(' d=')[0].replace(' ',''))
3236                obj.distance_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNo,'cellNo':cellNo}
3237                obj.distance_atoms = [oId,tId]
3238        else: 
3239            dlg.Destroy()
3240            return
3241        dlg.Destroy()
3242        if obj:
3243            Controls['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3244            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3245
3246    def AddNewAnglePseudoVar(event):
3247        obj = None
3248        dlg = G2exG.AngleDialog(
3249            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3250            header='Enter an Angle here',
3251            VarLabel = "New Angle")
3252        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3253            pName,Oatom,Tatoms = dlg.GetSelection()
3254            if Tatoms:
3255                Phase = Phases[pName]
3256                General = Phase['General']
3257                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3258                pId = Phase['pId']
3259                SGData = General['SGData']
3260                Atoms = Phase['Atoms']
3261                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3262                tIds = []
3263                symNos = []
3264                cellNos = []
3265                oId = aNames.index(Oatom)
3266                Tatoms = Tatoms.split(';')
3267                for Tatom in Tatoms:
3268                    sB = Tatom.find('(')+1
3269                    symNo = 0
3270                    if sB:
3271                        sF = Tatom.find(')')
3272                        symNo = int(Tatom[sB:sF])
3273                    symNos.append(symNo)
3274                    cellNo = [0,0,0]
3275                    cB = Tatom.find('[')
3276                    if cB>0:
3277                        cF = Tatom.find(']')+1
3278                        cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3279                    cellNos.append(cellNo)
3280                    tIds.append(aNames.index(Tatom.split('+')[0]))
3281                # create an expression object
3282                obj = G2obj.ExpressionObj()
3283                obj.expression = 'Angle(%s,%s,\n%s)'%(Tatoms[0],Oatom,Tatoms[1])
3284                obj.angle_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNos,'cellNo':cellNos}
3285                obj.angle_atoms = [oId,tIds]
3286        else: 
3287            dlg.Destroy()
3288            return
3289        dlg.Destroy()
3290        if obj:
3291            Controls['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3292            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3293           
3294    def UpdateParmDict(parmDict):
3295        '''generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values,
3296        because they might be needed to evaluate the pseudovar
3297        '''
3298        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3299                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3300                     )
3301        delList = []
3302        phaselist = []
3303        for item in parmDict: 
3304            if ':' not in item: continue
3305            key = item.split(':')
3306            if len(key) < 3: continue
3307            # remove the dA[xyz] terms, they would only bring confusion
3308            if key[2].startswith('dA'):
3309                delList.append(item)
3310            # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3311            elif key[2] in Ddict:
3312                if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3313                akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3314                parmDict[akey] -= parmDict[item]
3315                delList.append(item)
3316        for item in delList:
3317            del parmDict[item]               
3318        for i in phaselist:
3319            pId = int(i)
3320            # apply cell symmetry
3321            A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],parmDict,zeroDict[pId])
3322            # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3323            for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3324                if i in uniqCellIndx[pId]:
3325                    lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3326                    parmDict[lbl] = val
3327            lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3328            parmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3329        return parmDict
3330
3331    def EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict,sampleDict,var,ESD):
3332        '''Evaluate an expression derivative with respect to a
3333        GSAS-II variable name.
3334
3335        Note this likely could be faster if the loop over calcobjs were done
3336        inside after the Dict was created.
3337        '''
3338        step = ESD/10
3339        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3340                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3341                     )
3342        results = []
3343        phaselist = []
3344        VparmDict = sampleDict.copy()
3345        for incr in step,-step:
3346            VparmDict.update(parmDict.copy())           
3347            # as saved, the parmDict has updated 'A[xyz]' values, but 'dA[xyz]'
3348            # values are not zeroed: fix that!
3349            VparmDict.update({item:0.0 for item in parmDict if 'dA' in item})
3350            VparmDict[var] += incr
3351            G2mv.Dict2Map(VparmDict,[]) # apply constraints
3352            # generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values now, because they might
3353            # needed to evaluate the pseudovar
3354            for item in VparmDict:
3355                if item in sampleDict:
3356                    continue 
3357                if ':' not in item: continue
3358                key = item.split(':')
3359                if len(key) < 3: continue
3360                # apply any new shifts to atom positions
3361                if key[2].startswith('dA'):
3362                    VparmDict[''.join(item.split('d'))] += VparmDict[item]
3363                    VparmDict[item] = 0.0
3364                # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3365                if key[2] in Ddict:
3366                    if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3367                    akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3368                    VparmDict[akey] -= VparmDict[item]
3369            for i in phaselist:
3370                pId = int(i)
3371                # apply cell symmetry
3372                A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],VparmDict,zeroDict[pId])
3373                # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3374                for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3375                    if i in uniqCellIndx[pId]:
3376                        lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3377                        VparmDict[lbl] = val
3378                lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3379                VparmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3380            # dict should be fully updated, use it & calculate
3381            calcobj.SetupCalc(VparmDict)
3382            results.append(calcobj.EvalExpression())
3383        return (results[0] - results[1]) / (2.*step)
3384       
3385    def EnableParFitEqMenus():
3386        'Enables or disables the Parametric Fit menu items that require existing defs'
3387        if Controls['SeqParFitEqList']:
3388            val = True
3389        else:
3390            val = False
3391        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDELPARFIT,val)
3392        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxEDITPARFIT,val)
3393        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDOPARFIT,val)
3394
3395    def ParEqEval(Values,calcObjList,varyList):
3396        '''Evaluate the parametric expression(s)
3397        :param list Values: a list of values for each variable parameter
3398        :param list calcObjList: a list of :class:`GSASIIobj.ExpressionCalcObj`
3399          expression objects to evaluate
3400        :param list varyList: a list of variable names for each value in Values
3401        '''
3402        result = []
3403        for calcobj in calcObjList:
3404            calcobj.UpdateVars(varyList,Values)
3405            result.append((calcobj.depVal-calcobj.EvalExpression())/calcobj.depSig)
3406        return result
3407
3408    def DoParEqFit(event,eqObj=None):
3409        'Parametric fit minimizer'
3410        varyValueDict = {} # dict of variables and their initial values
3411        calcObjList = [] # expression objects, ready to go for each data point
3412        if eqObj is not None:
3413            eqObjList = [eqObj,]
3414        else:
3415            eqObjList = Controls['SeqParFitEqList']
3416        UseFlags = G2frame.SeqTable.GetColValues(0)         
3417        for obj in eqObjList:
3418            # assemble refined vars for this equation
3419            varyValueDict.update({var:val for var,val in obj.GetVariedVarVal()})
3420            # lookup dependent var position
3421            depVar = obj.GetDepVar()
3422            if depVar in colLabels:
3423                indx = colLabels.index(depVar)
3424            else:
3425                raise Exception('Dependent variable '+depVar+' not found')
3426            # assemble a list of the independent variables
3427            indepVars = obj.GetIndependentVars()
3428            # loop over each datapoint
3429            for j,row in enumerate(zip(*colList)):
3430                if not UseFlags[j]: continue
3431                # assemble equations to fit
3432                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3433                # prepare a dict of needed independent vars for this expression
3434                indepVarDict = {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3435                calcobj.SetupCalc(indepVarDict)               
3436                # values and sigs for current value of dependent var
3437                calcobj.depVal = row[indx]
3438                calcobj.depSig = colSigs[indx][j]
3439                calcObjList.append(calcobj)
3440        # varied parameters
3441        varyList = varyValueDict.keys()
3442        values = varyValues = [varyValueDict[key] for key in varyList]
3443        if not varyList:
3444            print 'no variables to refine!'
3445            return
3446        try:
3447            result = so.leastsq(ParEqEval,varyValues,full_output=True,   #ftol=Ftol,
3448                                args=(calcObjList,varyList)
3449                                )
3450            values = result[0]
3451            covar = result[1]
3452            if covar is None:
3453                raise Exception
3454            esdDict = {}
3455            for i,avar in enumerate(varyList):
3456                esdDict[avar] = np.sqrt(covar[i,i])
3457        except:
3458            print('====> Fit failed')
3459            return
3460        print('==== Fit Results ====')
3461        for obj in eqObjList:
3462            obj.UpdateVariedVars(varyList,values)
3463            ind = '      '
3464            print('  '+obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression)
3465            for var in obj.assgnVars:
3466                print(ind+var+' = '+obj.assgnVars[var])
3467            for var in obj.freeVars:
3468                avar = "::"+obj.freeVars[var][0]
3469                val = obj.freeVars[var][1]
3470                if obj.freeVars[var][2]:
3471                    print(ind+var+' = '+avar + " = " + G2mth.ValEsd(val,esdDict[avar]))
3472                else:
3473                    print(ind+var+' = '+avar + " =" + G2mth.ValEsd(val,0))
3474        # create a plot for each parametric variable
3475        for fitnum,obj in enumerate(eqObjList):
3476            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3477            # lookup dependent var position
3478            indx = colLabels.index(obj.GetDepVar())
3479            # assemble a list of the independent variables
3480            indepVars = obj.GetIndependentVars()           
3481            # loop over each datapoint
3482            fitvals = []
3483            for j,row in enumerate(zip(*colList)):
3484                calcobj.SetupCalc(
3485                    {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3486                    )
3487                fitvals.append(calcobj.EvalExpression())
3488            G2plt.PlotSelectedSequence(
3489                G2frame,[indx],GetColumnInfo,SelectXaxis,
3490                fitnum,fitvals)
3491
3492    def SingleParEqFit(eqObj):
3493        DoParEqFit(None,eqObj)
3494
3495    def DelParFitEq(event):
3496        'Ask the user to select function to delete'
3497        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3498        selected = G2G.ItemSelector(
3499            txtlst,G2frame.dataFrame,
3500            multiple=True,
3501            title='Select a parametric equation(s) to remove',
3502            header='Delete equation')
3503        if selected is None: return
3504        Controls['SeqParFitEqList'] = [obj for i,obj in enumerate(Controls['SeqParFitEqList']) if i not in selected]
3505        EnableParFitEqMenus()
3506        if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3507       
3508    def EditParFitEq(event):
3509        'Edit an existing parametric equation'
3510        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3511        if len(txtlst) == 1:
3512            selected = 0
3513        else:
3514            selected = G2G.ItemSelector(
3515                txtlst,G2frame.dataFrame,
3516                multiple=False,
3517                title='Select a parametric equation to edit',
3518                header='Edit equation')
3519        if selected is not None:
3520            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3521                G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3522                Controls['SeqParFitEqList'][selected],
3523                depVarDict=depVarDict,
3524                header="Edit the formula for this minimization function",
3525                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3526            newobj = dlg.Show(True)
3527            if newobj:
3528                Controls['SeqParFitEqList'][selected] = newobj
3529                EnableParFitEqMenus()
3530            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3531
3532    def AddNewParFitEq(event):
3533        'Create a new parametric equation to be fit to sequential results'
3534
3535        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3536        usedvarlist = []
3537        for obj in Controls['SeqParFitEqList']:
3538            for var in obj.freeVars:
3539                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3540
3541        dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3542            G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3543            depVarDict=depVarDict,
3544            header='Define an equation to minimize in the parametric fit',
3545            ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit],
3546            usedVars=usedvarlist)
3547        obj = dlg.Show(True)
3548        dlg.Destroy()
3549        if obj:
3550            Controls['SeqParFitEqList'].append(obj)
3551            EnableParFitEqMenus()
3552            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3553               
3554    def CopyParFitEq(event):
3555        'Copy an existing parametric equation to be fit to sequential results'
3556        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3557        usedvarlist = []
3558        for obj in Controls['SeqParFitEqList']:
3559            for var in obj.freeVars:
3560                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3561        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3562        if len(txtlst) == 1:
3563            selected = 0
3564        else:
3565            selected = G2G.ItemSelector(
3566                txtlst,G2frame.dataFrame,
3567                multiple=False,
3568                title='Select a parametric equation to copy',
3569                header='Copy equation')
3570        if selected is not None:
3571            newEqn = copy.deepcopy(Controls['SeqParFitEqList'][selected])
3572            for var in newEqn.freeVars:
3573                newEqn.freeVars[var][0] = G2obj.MakeUniqueLabel(newEqn.freeVars[var][0],usedvarlist)
3574            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3575                G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3576                newEqn,
3577                depVarDict=depVarDict,
3578                header="Edit the formula for this minimization function",
3579                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3580            newobj = dlg.Show(True)
3581            if newobj:
3582                Controls['SeqParFitEqList'].append(newobj)
3583                EnableParFitEqMenus()
3584            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3585                                           
3586    def GridSetToolTip(row,col):
3587        '''Routine to show standard uncertainties for each element in table
3588        as a tooltip
3589        '''
3590        if colSigs[col]:
3591            return u'\u03c3 = '+str(colSigs[col][row])
3592        return ''
3593       
3594    def GridColLblToolTip(col):
3595        '''Define a tooltip for a column. This will be the user-entered value
3596        (from data['variableLabels']) or the default name
3597        '''
3598        if col < 0 or col > len(colLabels):
3599            print 'Illegal column #',col
3600            return
3601        var = colLabels[col]
3602        return variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3603       
3604    def SetLabelString(event):
3605        '''Define or edit the label for a column in the table, to be used
3606        as a tooltip and for plotting
3607        '''
3608        col = event.GetCol()
3609        if col < 0 or col > len(colLabels):
3610            return
3611        var = colLabels[col]
3612        lbl = variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3613        dlg = G2G.SingleStringDialog(G2frame.dataFrame,'Set variable label',
3614                                 'Set a new name for variable '+var,lbl,size=(400,-1))
3615        if dlg.Show():
3616            variableLabels[var] = dlg.GetValue()
3617        dlg.Destroy()
3618
3619    def DoSequentialExport(event):
3620        '''Event handler for all Sequential Export menu items
3621        '''
3622        vals = G2frame.dataFrame.SeqExportLookup.get(event.GetId())
3623        if vals is None:
3624            print('Error: Id not found. This should not happen!')
3625        G2IO.ExportSequential(G2frame,data,*vals)
3626   
3627    #def GridRowLblToolTip(row): return 'Row ='+str(row)
3628   
3629    # lookup table for unique cell parameters by symmetry
3630    cellGUIlist = [
3631        [['m3','m3m'],(0,)],
3632        [['3R','3mR'],(0,3)],
3633        [['3','3m1','31m','6/m','6/mmm','4/m','4/mmm'],(0,2)],
3634        [['mmm'],(0,1,2)],
3635        [['2/m'+'a'],(0,1,2,3)],
3636        [['2/m'+'b'],(0,1,2,4)],
3637        [['2/m'+'c'],(0,1,2,5)],
3638        [['-1'],(0,1,2,3,4,5)],
3639        ]
3640    # cell labels
3641    cellUlbl = ('a','b','c',u'\u03B1',u'\u03B2',u'\u03B3') # unicode a,b,c,alpha,beta,gamma
3642
3643    #======================================================================
3644    # start processing sequential results here (UpdateSeqResults)
3645    #======================================================================
3646    if not data:
3647        print 'No sequential refinement results'
3648        return
3649    variableLabels = data.get('variableLabels',{})
3650    data['variableLabels'] = variableLabels
3651    Histograms,Phases = G2frame.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3652    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
3653    # create a place to store Pseudo Vars & Parametric Fit functions, if not present
3654    if 'SeqPseudoVars' not in Controls: Controls['SeqPseudoVars'] = {}
3655    if 'SeqParFitEqList' not in Controls: Controls['SeqParFitEqList'] = []
3656    histNames = data['histNames']
3657    if G2frame.dataDisplay:
3658        G2frame.dataDisplay.Destroy()
3659    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3660        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3661        Status.SetStatusText("Select column to export; Double click on column to plot data; on row for Covariance")
3662    sampleParms = GetSampleParms()
3663
3664    # make dict of varied atom coords keyed by absolute position
3665    newAtomDict = data[histNames[0]].get('newAtomDict',{}) # dict with atom positions; relative & absolute
3666    # Possible error: the next might need to be data[histNames[0]]['varyList']
3667    # error will arise if there constraints on coordinates?
3668    atomLookup = {newAtomDict[item][0]:item for item in newAtomDict if item in data['varyList']}
3669   
3670    # make dict of varied cell parameters equivalents
3671    ESDlookup = {} # provides the Dij term for each Ak term (where terms are refined)
3672    Dlookup = {} # provides the Ak term for each Dij term (where terms are refined)
3673    # N.B. These Dij vars are missing a histogram #
3674    newCellDict = data[histNames[0]].get('newCellDict',{})
3675    for item in newCellDict:
3676        if item in data['varyList']:
3677            ESDlookup[newCellDict[item][0]] = item
3678            Dlookup[item] = newCellDict[item][0]
3679    # add coordinate equivalents to lookup table
3680    for parm in atomLookup:
3681        Dlookup[atomLookup[parm]] = parm
3682        ESDlookup[parm] = atomLookup[parm]
3683
3684    # get unit cell & symmetry for all phases & initial stuff for later use
3685    RecpCellTerms = {}
3686    SGdata = {}
3687    uniqCellIndx = {}
3688    initialCell = {}
3689    RcellLbls = {}
3690    zeroDict = {}
3691    for phase in Phases:
3692        phasedict = Phases[phase]
3693        pId = phasedict['pId']
3694        pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3695        RcellLbls[pId] = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3696        RecpCellTerms[pId] = G2lat.cell2A(phasedict['General']['Cell'][1:7])
3697        zeroDict[pId] = dict(zip(RcellLbls[pId],6*[0.,]))
3698        SGdata[pId] = phasedict['General']['SGData']
3699        laue = SGdata[pId]['SGLaue']
3700        if laue == '2/m':
3701            laue += SGdata[pId]['SGUniq']
3702        for symlist,celllist in cellGUIlist:
3703            if laue in symlist:
3704                uniqCellIndx[pId] = celllist
3705                break
3706        else: # should not happen
3707            uniqCellIndx[pId] = range(6)
3708        for i in uniqCellIndx[pId]:
3709            initialCell[str(pId)+'::A'+str(i)] =  RecpCellTerms[pId][i]
3710
3711    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SequentialMenu)
3712    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sequential refinement results')
3713    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3714        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3715        Status.SetStatusText('')
3716    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnRenameSelSeq, id=wxID_RENAMESEQSEL)
3717    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeq, id=wxID_SAVESEQSEL)
3718    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeqCSV, id=wxID_SAVESEQSELCSV)
3719    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSeqCSV, id=wxID_SAVESEQCSV)
3720    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotSelSeq, id=wxID_PLOTSEQSEL)
3721    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAveSelSeq, id=wxID_AVESEQSEL)
3722    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReOrgSelSeq, id=wxID_ORGSEQSEL)
3723    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewPseudoVar, id=wxADDSEQVAR)
3724    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewDistPseudoVar, id=wxADDSEQDIST)
3725    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewAnglePseudoVar, id=wxADDSEQANGLE)
3726    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelPseudoVar, id=wxDELSEQVAR)
3727    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditPseudoVar, id=wxEDITSEQVAR)
3728    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewParFitEq, id=wxADDPARFIT)
3729    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyParFitEq, id=wxCOPYPARFIT)
3730    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelParFitEq, id=wxDELPARFIT)
3731    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditParFitEq, id=wxEDITPARFIT)
3732    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoParEqFit, id=wxDOPARFIT)
3733
3734    for id in G2frame.dataFrame.SeqExportLookup:       
3735        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoSequentialExport, id=id)
3736
3737    EnablePseudoVarMenus()
3738    EnableParFitEqMenus()
3739
3740    # scan for locations where the variables change
3741    VaryListChanges = [] # histograms where there is a change
3742    combinedVaryList = []
3743    firstValueDict = {}
3744    vallookup = {}
3745    posdict = {}
3746    prevVaryList = []
3747    foundNames = []
3748    for i,name in enumerate(histNames):
3749        if name not in data:
3750            print("Error: "+name+" not found!")
3751            continue
3752        foundNames.append(name)
3753        for var,val,sig in zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables'],data[name]['sig']):
3754            svar = striphist(var,'*') # wild-carded
3755            if svar not in combinedVaryList:
3756                # add variables to list as they appear
3757                combinedVaryList.append(svar)
3758                firstValueDict[svar] = (val,sig)
3759        if prevVaryList != data[name]['varyList']: # this refinement has a different refinement list from previous
3760            prevVaryList = data[name]['varyList']
3761            vallookup[name] = dict(zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables']))
3762            posdict[name] = {}
3763            for var in data[name]['varyList']:
3764                svar = striphist(var,'*')
3765                posdict[name][combinedVaryList.index(svar)] = svar
3766            VaryListChanges.append(name)
3767    if len(VaryListChanges) > 1:
3768        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,True)
3769    else:
3770        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,False)
3771    #-----------------------------------------------------------------------------------
3772    # build up the data table by columns -----------------------------------------------
3773    histNames = foundNames
3774    nRows = len(histNames)
3775    colList = [nRows*[True]]
3776    colSigs = [None]
3777    colLabels = ['Use']
3778    Types = [wg.GRID_VALUE_BOOL]
3779    # start with Rwp values
3780    if 'IMG ' not in histNames[0][:4]:
3781        colList += [[data[name]['Rvals']['Rwp'] for name in histNames]]
3782        colSigs += [None]
3783        colLabels += ['Rwp']
3784        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
3785    # add % change in Chi^2 in last cycle
3786    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG '] and Controls.get('ShowCell'):
3787        colList += [[100.*data[name]['Rvals'].get('DelChi2',-1) for name in histNames]]
3788        colSigs += [None]
3789        colLabels += [u'\u0394\u03C7\u00B2 (%)']
3790        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3791    deltaChiCol = len(colLabels)-1
3792    # add changing sample parameters to table
3793    for key in sampleParms:
3794        colList += [sampleParms[key]]
3795        colSigs += [None]
3796        colLabels += [key]
3797        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3798    sampleDict = {}
3799    for i,name in enumerate(histNames):
3800        sampleDict[name] = dict(zip(sampleParms.keys(),[sampleParms[key][i] for key in sampleParms.keys()])) 
3801    # add unique cell parameters TODO: review this where the cell symmetry changes (when possible)
3802    if Controls.get('ShowCell',False):
3803        for pId in sorted(RecpCellTerms):
3804            pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3805            cells = []
3806            cellESDs = []
3807            colLabels += [pfx+cellUlbl[i] for i in uniqCellIndx[pId]]
3808            colLabels += [pfx+'Vol']
3809            Types += (1+len(uniqCellIndx[pId]))*[wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3810            for name in histNames:
3811                covData = {
3812                    'varyList': [Dlookup.get(striphist(v),v) for v in data[name]['varyList']],
3813                    'covMatrix': data[name]['covMatrix']
3814                    }
3815                A = RecpCellTerms[pId][:] # make copy of starting A values
3816                # update with refined values
3817                for i in range(6):
3818                    var = str(pId)+'::A'+str(i)
3819                    if var in ESDlookup:
3820                        val = data[name]['newCellDict'][ESDlookup[var]][1] # get refined value
3821                        A[i] = val # override with updated value
3822                # apply symmetry
3823                Albls = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3824                cellDict = dict(zip(Albls,A))
3825                A,zeros = G2stIO.cellFill(pfx,SGdata[pId],cellDict,zeroDict[pId])
3826                # convert to direct cell & add only unique values to table
3827                c = G2lat.A2cell(A)
3828                vol = G2lat.calc_V(A)
3829                cE = G2stIO.getCellEsd(pfx,SGdata[pId],A,covData)
3830                cells += [[c[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[vol]]
3831                cellESDs += [[cE[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[cE[-1]]]
3832            colList += zip(*cells)
3833            colSigs += zip(*cellESDs)
3834    # sort out the variables in their selected order
3835    varcols = 0
3836    for d in posdict.itervalues():
3837        varcols = max(varcols,max(d.keys())+1)
3838    # get labels for each column
3839    for i in range(varcols):
3840        lbl = ''
3841        for h in VaryListChanges:
3842            if posdict[h].get(i):
3843                if posdict[h].get(i) in lbl: continue
3844                if lbl != "": lbl += '/'
3845                lbl += posdict[h].get(i)
3846        colLabels.append(lbl)
3847    Types += varcols*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
3848    vals = []
3849    esds = []
3850    varsellist = None        # will be a list of variable names in the order they are selected to appear
3851    # tabulate values for each hist, leaving None for blank columns
3852    for name in histNames:
3853        if name in posdict:
3854            varsellist = [posdict[name].get(i) for i in range(varcols)]
3855            # translate variable names to how they will be used in the headings
3856            vs = [striphist(v,'*') for v in data[name]['varyList']]
3857            # determine the index for each column (or None) in the data[]['variables'] and ['sig'] lists
3858            sellist = [vs.index(v) if v is not None else None for v in varsellist]
3859            #sellist = [i if striphist(v,'*') in varsellist else None for i,v in enumerate(data[name]['varyList'])]
3860        if not varsellist: raise Exception()
3861        vals.append([data[name]['variables'][s] if s is not None else None for s in sellist])
3862        esds.append([data[name]['sig'][s] if s is not None else None for s in sellist])
3863        #GSASIIpath.IPyBreak()
3864    colList += zip(*vals)
3865    colSigs += zip(*esds)
3866    # compute and add weight fractions to table if varied
3867    for phase in Phases:
3868        var = str(Phases[phase]['pId'])+':*:Scale'
3869        if var not in combinedVaryList: continue
3870        wtFrList = []
3871        sigwtFrList = []
3872        for i,name in enumerate(histNames):
3873            wtFrSum = 0.
3874            for phase1 in Phases:
3875                wtFrSum += Phases[phase1]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase1]['General']['Mass']
3876            var = str(Phases[phase]['pId'])+':'+str(i)+':Scale'
3877            wtFr = Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase]['General']['Mass']/wtFrSum
3878            wtFrList.append(wtFr)
3879            if var in data[name]['varyList']:
3880                sig = data[name]['sig'][data[name]['varyList'].index(var)]*wtFr/Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]
3881            else:
3882                sig = 0.0
3883            sigwtFrList.append(sig)
3884        colLabels.append(str(Phases[phase]['pId'])+':*:WgtFrac')
3885        colList += [wtFrList]
3886        colSigs += [sigwtFrList]
3887               
3888    # tabulate constrained variables, removing histogram numbers if needed
3889    # from parameter label
3890    depValDict = {}
3891    depSigDict = {}
3892    for name in histNames:
3893        for var in data[name].get('depParmDict',{}):
3894            val,sig = data[name]['depParmDict'][var]
3895            svar = striphist(var,'*')
3896            if svar not in depValDict:
3897               depValDict[svar] = [val]
3898               depSigDict[svar] = [sig]
3899            else:
3900               depValDict[svar].append(val)
3901               depSigDict[svar].append(sig)
3902    # add the dependent constrained variables to the table
3903    for var in sorted(depValDict):
3904        if len(depValDict[var]) != len(histNames): continue
3905        colLabels.append(var)
3906        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3907        colSigs += [depSigDict[var]]
3908        colList += [depValDict[var]]
3909
3910    # add atom parameters to table
3911    colLabels += atomLookup.keys()
3912    Types += len(atomLookup)*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
3913    for parm in sorted(atomLookup):
3914        colList += [[data[name]['newAtomDict'][atomLookup[parm]][1] for name in histNames]]
3915        if atomLookup[parm] in data[histNames[0]]['varyList']:
3916            col = data[histNames[0]]['varyList'].index(atomLookup[parm])
3917            colSigs += [[data[name]['sig'][col] for name in histNames]]
3918        else:
3919            colSigs += [None] # should not happen
3920    # evaluate Pseudovars, their ESDs and add them to grid
3921    for expr in Controls['SeqPseudoVars']:
3922        obj = Controls['SeqPseudoVars'][expr]
3923        calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3924        valList = []
3925        esdList = []
3926        for seqnum,name in enumerate(histNames):
3927            sigs = data[name]['sig']
3928            G2mv.InitVars()
3929            parmDict = data[name].get('parmDict')
3930            constraintInfo = data[name].get('constraintInfo',[[],[],{},[],seqnum])
3931            groups,parmlist,constrDict,fixedList,ihst = constraintInfo
3932            varyList = data[name]['varyList']
3933            parmDict = data[name]['parmDict']
3934            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmDict,SeqHist=ihst)
3935            if 'Dist' in expr:
3936                derivs = G2mth.CalcDistDeriv(obj.distance_dict,obj.distance_atoms, parmDict)
3937                pId = obj.distance_dict['pId']
3938                aId,bId = obj.distance_atoms
3939                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
3940                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId) for ip in ['x','y','z']]
3941                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
3942                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
3943#                GSASIIpath.IPyBreak()
3944            elif 'Angle' in expr:
3945                derivs = G2mth.CalcAngleDeriv(obj.angle_dict,obj.angle_atoms, parmDict)
3946                pId = obj.angle_dict['pId']
3947                aId,bId = obj.angle_atoms
3948                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
3949                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[0]) for ip in ['x','y','z']]
3950                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[1]) for ip in ['x','y','z']]
3951                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
3952                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
3953            else:
3954                derivs = np.array(
3955                    [EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict.copy(),sampleDict[name],var,ESD)
3956                     for var,ESD in zip(varyList,sigs)])
3957                esdList.append(np.sqrt(
3958                    np.inner(derivs,np.inner(data[name]['covMatrix'],derivs.T)) ))
3959            PSvarDict = parmDict.copy()
3960            PSvarDict.update(sampleDict[name])
3961            UpdateParmDict(PSvarDict)
3962            calcobj.UpdateDict(PSvarDict)
3963            valList.append(calcobj.EvalExpression())
3964#            if calcobj.su is not None: esdList[-1] = calcobj.su
3965        if not esdList:
3966            esdList = None
3967        colList += [valList]
3968        colSigs += [esdList]
3969        colLabels += [expr]
3970        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3971    #---- table build done -------------------------------------------------------------
3972
3973    # Make dict needed for creating & editing pseudovars (PSvarDict).
3974    name = histNames[0]
3975    parmDict = data[name].get('parmDict',{})
3976    PSvarDict = parmDict.copy()
3977    PSvarDict.update(sampleParms)
3978    UpdateParmDict(PSvarDict)
3979    # Also dicts of dependent (depVarDict) & independent vars (indepVarDict)
3980    # for Parametric fitting from the data table
3981    parmDict = dict(zip(colLabels,zip(*colList)[0])) # scratch dict w/all values in table
3982    parmDict.update(
3983        {var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()} #  add varied reciprocal cell terms
3984    )
3985    name = histNames[0]
3986
3987    #******************************************************************************
3988    # create a set of values for example evaluation of pseudovars and
3989    # this does not work for refinements that have differing numbers of variables.
3990    #raise Exception
3991    indepVarDict = {}     #  values in table w/o ESDs
3992    depVarDict = {}
3993    for i,var in enumerate(colLabels):
3994        if var == 'Use': continue
3995        if colList[i][0] is None:
3996            val,sig = firstValueDict.get(var,[None,None])
3997        elif colSigs[i]:
3998            val,sig = colList[i][0],colSigs[i][0]
3999        else:
4000            val,sig = colList[i][0],None
4001        if val is None:
4002            continue
4003        elif sig is None:
4004            indepVarDict[var] = val
4005        elif striphist(var) not in Dlookup:
4006            depVarDict[var] = val
4007    # add recip cell coeff. values
4008    depVarDict.update({var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()})
4009
4010    G2frame.dataDisplay = G2G.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
4011    G2frame.SeqTable = G2G.Table(
4012        [list(cl) for cl in zip(*colList)],     # convert from columns to rows
4013        colLabels=colLabels,rowLabels=histNames,types=Types)
4014    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.SeqTable, True)
4015    #G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
4016    # make all but first column read-only
4017    for c in range(1,len(colLabels)):
4018        for r in range(nRows):
4019            G2frame.dataDisplay.SetCellReadOnly(r,c)
4020    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK, PlotSelect)
4021    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_RIGHT_CLICK, SetLabelString)
4022    G2frame.dataDisplay.SetRowLabelSize(8*len(histNames[0]))       #pretty arbitrary 8
4023    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
4024    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(True)
4025    if prevSize:
4026        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(prevSize)
4027    else:
4028        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([700,350])
4029    # highlight unconverged shifts
4030    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG ']:
4031        for row,name in enumerate(histNames):
4032            deltaChi = G2frame.SeqTable.GetValue(row,deltaChiCol)
4033            if deltaChi > 10.:
4034                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,0,0))
4035            elif deltaChi > 1.0:
4036                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,255,0))
4037    G2frame.dataDisplay.InstallGridToolTip(GridSetToolTip,GridColLblToolTip)
4038    G2frame.dataDisplay.SendSizeEvent() # resize needed on mac
4039    G2frame.dataDisplay.Refresh() # shows colored text on mac
4040   
4041################################################################################
4042#####  Main PWDR panel
4043################################################################################           
4044       
4045def UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item):
4046    '''Called when the histogram main tree entry is called. Displays the
4047    histogram weight factor, refinement statistics for the histogram
4048    and the range of data for a simulation.
4049
4050    Also invokes a plot of the histogram.
4051    '''
4052    def onEditSimRange(event):
4053        'Edit simulation range'
4054        inp = [
4055            min(data[1][0]),
4056            max(data[1][0]),
4057            None
4058            ]
4059        inp[2] = (inp[1] - inp[0])/(len(data[1][0])-1.)
4060        names = ('start angle', 'end angle', 'step size')
4061        dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
4062            G2frame,[inp] * len(inp), range(len(inp)), names,
4063            header='Edit simulation range',
4064            minvals=(0.001,0.001,0.0001),
4065            maxvals=(180.,180.,.1),
4066            )
4067        dlg.CenterOnParent()
4068        val = dlg.ShowModal()
4069        dlg.Destroy()
4070        if val != wx.ID_OK: return
4071        if inp[0] > inp[1]:
4072            end,start,step = inp
4073        else:               
4074            start,end,step = inp
4075        step = abs(step)
4076        N = int((end-start)/step)+1
4077        newdata = np.linspace(start,end,N,True)
4078        if len(newdata) < 2: return # too small a range - reject
4079        data[1] = [newdata,np.zeros_like(newdata),np.ones_like(newdata),
4080            np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata)]
4081        Tmin = newdata[0]
4082        Tmax = newdata[-1]
4083        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,item,'Limits'),
4084            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
4085        UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item) # redisplay data screen
4086
4087    def OnPlot3DHKL(event):
4088        refList = data[1]['RefList']
4089        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4090        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4091        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4092        Vpoint = np.array([int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))])
4093        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4094            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4095            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4096            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[0,0,1]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4097        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4098       
4099    def OnPlotAll3DHKL(event):
4100        choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['HKLF',])
4101        dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame, 'Select reflection sets to plot',
4102            'Use data',choices)
4103        try:
4104            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4105                refNames = [choices[i] for i in dlg.GetSelections()]
4106            else:
4107                return
4108        finally:
4109            dlg.Destroy()
4110        refList = np.zeros(0)
4111        for name in refNames:
4112            Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, name)
4113            reflData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[1]
4114            if len(refList):
4115                refList = np.concatenate((refList,reflData['RefList']))
4116            else:
4117                refList = reflData['RefList']
4118           
4119        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4120        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4121        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4122        Vpoint = [int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))]
4123        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4124            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4125            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4126            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[1,0,0]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4127        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4128                 
4129    def OnMergeHKL(event):
4130        Name = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
4131        Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,
4132            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
4133        CId = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Comments')
4134        if CId:
4135            Comments = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(CId)
4136        else:
4137            Comments = []
4138        refList = np.copy(data[1]['RefList'])
4139        Comments.append(' Merging %d reflections from %s'%(len(refList),Name))
4140        dlg = MergeDialog(G2frame,data)
4141        try:
4142            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4143                Trans,Cent,Laue = dlg.GetSelection()
4144            else:
4145                return
4146        finally:
4147            dlg.Destroy()
4148        Super = data[1]['Super']
4149        refList,badRefs = G2lat.transposeHKLF(Trans,Super,refList)
4150        if len(badRefs):    #do I want to list badRefs?
4151            G2frame.ErrorDialog('Failed transformation','Matrix yields fractional hkl indices')
4152            return
4153        Comments.append(" Transformation M*H = H' applied; M=")
4154        Comments.append(str(Trans))
4155        refList = G2lat.LaueUnique(Laue,refList)
4156        dlg = wx.ProgressDialog('Build HKL dictonary','',len(refList)+1, 
4157            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4158        HKLdict = {}
4159        for ih,hkl in enumerate(refList):
4160            if str(hkl[:3+Super]) not in HKLdict:
4161                HKLdict[str(hkl[:3+Super])] = [hkl[:3+Super],[hkl[3+Super:],]]
4162            else:
4163                HKLdict[str(hkl[:3+Super])][1].append(hkl[3+Super:])
4164            dlg.Update(ih)
4165        dlg.Destroy()
4166        mergeRef = []
4167        dlg = wx.ProgressDialog('Processing merge','',len(HKLdict)+1, 
4168            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4169        sumDf = 0.
4170        sumFo = 0.
4171        for ih,hkl in enumerate(HKLdict):
4172            HKL = HKLdict[hkl]
4173            newHKL = list(HKL[0])+list(HKL[1][0])
4174            if len(HKL[1]) > 1:
4175                fos = np.array(HKL[1])
4176                wFo = 1/fos[:,3]**2
4177                Fo = np.average(fos[:,2],weights=wFo)
4178                std = np.std(fos[:,2])
4179                sig = np.sqrt(np.mean(fos[:,3])**2+std**2)
4180                sumFo += np.sum(fos[:,2])
4181                sumDf += np.sum(np.abs(fos[:,2]-Fo))
4182                dlg.Update(ih)
4183                newHKL[5+Super] = Fo
4184                newHKL[6+Super] = sig
4185                newHKL[8+Super] = Fo
4186            if newHKL[5+Super] > 0.:
4187                mergeRef.append(list(newHKL)) 
4188        dlg.Destroy()
4189        if Super:
4190            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,3),2),1),0)
4191        else:
4192            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,2),1),0)
4193        mergeRef = np.array(mergeRef)
4194        if sumFo:
4195            mtext = ' merge R = %6.2f%s for %d reflections in %s'%(100.*sumDf/sumFo,'%',mergeRef.shape[0],Laue)
4196            print mtext
4197            Comments.append(mtext)
4198        else:
4199            print 'nothing to merge for %s reflections'%(mergeRef.shape[0])
4200        HKLFlist = []
4201        newName = Name+' '+Laue
4202        if G2frame.PatternTree.GetCount():
4203            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)
4204            while item:
4205                name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
4206                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
4207                    HKLFlist.append(name)
4208                item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
4209        newName = G2obj.MakeUniqueLabel(newName,HKLFlist)
4210        newData = copy.deepcopy(data)
4211        newData[0]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
4212        newData[1]['RefList'] = mergeRef
4213        Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text=newName)
4214        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4215            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
4216        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,newData)
4217        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4218            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
4219        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4220            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),{})  #dummy entry for GUI use
4221                   
4222    def OnErrorAnalysis(event):
4223        G2plt.PlotDeltSig(G2frame,kind)
4224       
4225    def OnWtFactor(event):
4226        event.Skip()
4227        try:
4228            val = float(wtval.GetValue())
4229        except ValueError:
4230            val = data[0]['wtFactor']
4231        data[0]['wtFactor'] = val
4232        wtval.SetValue('%.3f'%(val))
4233       
4234#    def OnCompression(event):
4235#        data[0] = int(comp.GetValue())
4236       
4237    def onCopyPlotCtrls(event):
4238        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4239        Need this here to pass on the G2frame object.
4240        '''
4241        G2pdG.CopyPlotCtrls(G2frame)
4242
4243    def onCopySelectedItems(event):
4244        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4245        Need this here to pass on the G2frame object.
4246        '''
4247        G2pdG.CopySelectedHistItems(G2frame)
4248           
4249    data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4250#patches
4251    if not data:
4252        return
4253    if 'wtFactor' not in data[0]:
4254        data[0] = {'wtFactor':1.0}
4255#    if kind == 'PWDR' and 'Compression' not in data[0]:
4256#        data[0]['Compression'] = 1
4257    #if isinstance(data[1],list) and kind == 'HKLF':
4258    if 'list' in str(type(data[1])) and kind == 'HKLF':
4259        RefData = {'RefList':[],'FF':[]}
4260        for ref in data[1]:
4261            RefData['RefList'].append(ref[:11]+[ref[13],])
4262            RefData['FF'].append(ref[14])
4263        data[1] = RefData
4264        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(item,data)
4265#end patches
4266    if G2frame.dataDisplay:
4267        G2frame.dataDisplay.Destroy()
4268    if kind in ['PWDR','SASD']:
4269        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.PWDRMenu)
4270        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnErrorAnalysis, id=wxID_PWDANALYSIS)
4271        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopySelectedItems, id=wxID_PWDCOPY)
4272        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopyPlotCtrls, id=wxID_PLOTCTRLCOPY)
4273    elif kind in ['HKLF',]:
4274        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.HKLFMenu)
4275        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnErrorAnalysis, id=wxID_PWDANALYSIS)
4276        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnMergeHKL, id=wxID_MERGEHKL)
4277        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=wxID_PWD3DHKLPLOT)
4278        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotAll3DHKL, id=wxID_3DALLHKLPLOT)
4279#        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopySelectedItems, id=wxID_PWDCOPY)
4280