source: trunk/GSASIIgrid.py @ 2621

Last change on this file since 2621 was 2621, checked in by toby, 6 years ago

cruft for Windows to avoid capturing windows resize events
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 221.7 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIgrid - data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2017-01-11 17:37:35 +0000 (Wed, 11 Jan 2017) $
5# $Author: toby $
6# $Revision: 2621 $
7# $URL: trunk/GSASIIgrid.py $
8# $Id: GSASIIgrid.py 2621 2017-01-11 17:37:35Z toby $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIgrid: Basic GUI routines*
12--------------------------------
13
14'''
15import wx
16import wx.grid as wg
17#import wx.wizard as wz
18#import wx.aui
19import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
20import time
21import copy
22import sys
23import os
24import random as ran
25import numpy as np
26import scipy.optimize as so
27import GSASIIpath
28GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2621 $")
29import GSASIImath as G2mth
30import GSASIIIO as G2IO
31import GSASIIstrIO as G2stIO
32import GSASIIlattice as G2lat
33import GSASIIplot as G2plt
34import GSASIIpwdGUI as G2pdG
35import GSASIIimgGUI as G2imG
36import GSASIIphsGUI as G2phG
37import GSASIIspc as G2spc
38import GSASIImapvars as G2mv
39import GSASIIconstrGUI as G2cnstG
40import GSASIIrestrGUI as G2restG
41import GSASIIpy3 as G2py3
42import GSASIIobj as G2obj
43import GSASIIexprGUI as G2exG
44import GSASIIlog as log
45import GSASIIctrls as G2G
46
47# trig functions in degrees
48sind = lambda x: np.sin(x*np.pi/180.)
49tand = lambda x: np.tan(x*np.pi/180.)
50cosd = lambda x: np.cos(x*np.pi/180.)
51
52# Define a short name for convenience
53WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
54
55[ wxID_FOURCALC, wxID_FOURSEARCH, wxID_FOURCLEAR, wxID_PEAKSMOVE, wxID_PEAKSCLEAR, 
56    wxID_CHARGEFLIP, wxID_PEAKSUNIQUE, wxID_PEAKSDELETE, wxID_PEAKSDA,
57    wxID_PEAKSDISTVP, wxID_PEAKSVIEWPT, wxID_FINDEQVPEAKS,wxID_SHOWBONDS,wxID_MULTIMCSA,
58    wxID_SINGLEMCSA,wxID_4DCHARGEFLIP,wxID_TRANSFORMSTRUCTURE,
59] = [wx.NewId() for item in range(17)]
60
61[ wxID_PWDRADD, wxID_HKLFADD, wxID_PWDANALYSIS, wxID_PWDCOPY, wxID_PLOTCTRLCOPY, 
62    wxID_DATADELETE,wxID_DATACOPY,wxID_DATACOPYFLAGS,wxID_DATASELCOPY,wxID_DATAUSE,
63] = [wx.NewId() for item in range(10)]
64
65[ wxID_ATOMSEDITADD, wxID_ATOMSEDITINSERT, wxID_ATOMSEDITDELETE, 
66    wxID_ATOMSMODIFY, wxID_ATOMSTRANSFORM, wxID_ATOMSVIEWADD, wxID_ATOMVIEWINSERT,
67    wxID_RELOADDRAWATOMS,wxID_ATOMSDISAGL,wxID_ATOMMOVE,wxID_MAKEMOLECULE,
68    wxID_ASSIGNATMS2RB,wxID_ATOMSPDISAGL, wxID_ISODISP,wxID_ADDHATOM,wxID_UPDATEHATOM,
69    wxID_WAVEVARY,wxID_ATOMSROTATE, wxID_ATOMSDENSITY,
70    wxID_ATOMSSETALL, wxID_ATOMSSETSEL,
71] = [wx.NewId() for item in range(21)]
72
73[ wxID_DRAWATOMSTYLE, wxID_DRAWATOMLABEL, wxID_DRAWATOMCOLOR, wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, 
74    wxID_DRAWVIEWPOINT, wxID_DRAWTRANSFORM, wxID_DRAWDELETE, wxID_DRAWFILLCELL, 
75    wxID_DRAWADDEQUIV, wxID_DRAWFILLCOORD, wxID_DRAWDISAGLTOR,  wxID_DRAWPLANE,
76    wxID_DRAWDISTVP, wxID_DRAWADDSPHERE,wxID_DRWAEDITRADII,
77] = [wx.NewId() for item in range(15)]
78
79[ wxID_DRAWRESTRBOND, wxID_DRAWRESTRANGLE, wxID_DRAWRESTRPLANE, wxID_DRAWRESTRCHIRAL,
80] = [wx.NewId() for item in range(4)]
81
82[ wxID_ADDMCSAATOM,wxID_ADDMCSARB,wxID_CLEARMCSARB,wxID_MOVEMCSA,wxID_MCSACLEARRESULTS,
83] = [wx.NewId() for item in range(5)]
84
85[ wxID_CLEARTEXTURE,wxID_REFINETEXTURE,
86] = [wx.NewId() for item in range(2)]
87
88[ wxID_LOADDIFFAX,wxID_LAYERSIMULATE,wxID_SEQUENCESIMULATE, wxID_COPYPHASE,
89] = [wx.NewId() for item in range(4)]
90
91[ wxID_PAWLEYLOAD, wxID_PAWLEYESTIMATE, wxID_PAWLEYUPDATE, wxID_PAWLEYSELALL, wxID_PAWLEYSELNONE,
92  wxID_PAWLEYSELTOGGLE, wxID_PAWLEYSET,
93] = [wx.NewId() for item in range(7)]
94
95[ wxID_IMCALIBRATE,wxID_IMRECALIBRATE,wxID_IMINTEGRATE, wxID_IMCLEARCALIB,wxID_IMRECALIBALL, 
96    wxID_IMCOPYCONTROLS, wxID_INTEGRATEALL, wxID_IMSAVECONTROLS, wxID_IMLOADCONTROLS, wxID_IMAUTOINTEG,
97    wxID_IMCOPYSELECTED, wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, wxID_IMXFERCONTROLS,
98] = [wx.NewId() for item in range(13)]
99
100[ wxID_MASKCOPY, wxID_MASKSAVE, wxID_MASKLOAD, wxID_NEWMASKSPOT,wxID_NEWMASKARC,wxID_NEWMASKRING,
101    wxID_NEWMASKFRAME, wxID_NEWMASKPOLY,wxID_MASKLOADNOT,wxID_FINDSPOTS,
102] = [wx.NewId() for item in range(10)]
103
104[ wxID_STRSTACOPY, wxID_STRSTAFIT, wxID_STRSTASAVE, wxID_STRSTALOAD,wxID_STRSTSAMPLE,
105    wxID_APPENDDZERO,wxID_STRSTAALLFIT,wxID_UPDATEDZERO,wxID_STRSTAPLOT,
106] = [wx.NewId() for item in range(9)]
107
108[ wxID_BACKCOPY,wxID_LIMITCOPY, wxID_SAMPLECOPY, wxID_SAMPLECOPYSOME, wxID_BACKFLAGCOPY, wxID_SAMPLEFLAGCOPY,
109    wxID_SAMPLESAVE, wxID_SAMPLELOAD,wxID_ADDEXCLREGION,wxID_SETSCALE,wxID_SAMPLE1VAL,wxID_ALLSAMPLELOAD,
110    wxID_MAKEBACKRDF,
111] = [wx.NewId() for item in range(13)]
112
113[ wxID_INSTPRMRESET,wxID_CHANGEWAVETYPE,wxID_INSTCOPY, wxID_INSTFLAGCOPY, wxID_INSTLOAD,
114    wxID_INSTSAVE, wxID_INST1VAL, wxID_INSTCALIB,wxID_INSTSAVEALL,
115] = [wx.NewId() for item in range(9)]
116
117[ wxID_UNDO,wxID_LSQPEAKFIT,wxID_LSQONECYCLE,wxID_RESETSIGGAM,wxID_CLEARPEAKS,wxID_AUTOSEARCH,
118    wxID_PEAKSCOPY, wxID_SEQPEAKFIT,
119] = [wx.NewId() for item in range(8)]
120
121[  wxID_INDXRELOAD, wxID_INDEXPEAKS, wxID_REFINECELL, wxID_COPYCELL, wxID_MAKENEWPHASE,
122    wxID_EXPORTCELLS,
123] = [wx.NewId() for item in range(6)]
124
125[ wxID_CONSTRAINTADD,wxID_EQUIVADD,wxID_HOLDADD,wxID_FUNCTADD,wxID_ADDRIDING,
126  wxID_CONSPHASE, wxID_CONSHIST, wxID_CONSHAP, wxID_CONSGLOBAL,wxID_EQUIVALANCEATOMS,
127] = [wx.NewId() for item in range(10)]
128
129[ wxID_RESTRAINTADD, wxID_RESTSELPHASE,wxID_RESTDELETE, wxID_RESRCHANGEVAL, 
130    wxID_RESTCHANGEESD,wxID_AARESTRAINTADD,wxID_AARESTRAINTPLOT,
131] = [wx.NewId() for item in range(7)]
132
133[ wxID_RIGIDBODYADD,wxID_DRAWDEFINERB,wxID_RIGIDBODYIMPORT,wxID_RESIDUETORSSEQ,
134    wxID_AUTOFINDRESRB,wxID_GLOBALRESREFINE,wxID_RBREMOVEALL,wxID_COPYRBPARMS,
135    wxID_GLOBALTHERM,wxID_VECTORBODYADD
136] = [wx.NewId() for item in range(10)]
137
138[ wxID_RENAMESEQSEL,wxID_SAVESEQSEL,wxID_SAVESEQSELCSV,wxID_SAVESEQCSV,wxID_PLOTSEQSEL,
139  wxID_ORGSEQSEL,wxADDSEQVAR,wxDELSEQVAR,wxEDITSEQVAR,wxCOPYPARFIT,wxID_AVESEQSEL,
140  wxADDPARFIT,wxDELPARFIT,wxEDITPARFIT,wxDOPARFIT,wxADDSEQDIST,wxADDSEQANGLE
141] = [wx.NewId() for item in range(17)]
142
143[ wxID_MODELCOPY,wxID_MODELFIT,wxID_MODELADD,wxID_ELEMENTADD,wxID_ELEMENTDELETE,
144    wxID_ADDSUBSTANCE,wxID_LOADSUBSTANCE,wxID_DELETESUBSTANCE,wxID_COPYSUBSTANCE,
145    wxID_MODELUNDO,wxID_MODELFITALL,wxID_MODELCOPYFLAGS,
146] = [wx.NewId() for item in range(12)]
147
148[ wxID_SELECTPHASE,wxID_PWDHKLPLOT,wxID_PWD3DHKLPLOT,wxID_3DALLHKLPLOT,wxID_MERGEHKL,
149] = [wx.NewId() for item in range(5)]
150
151[ wxID_PDFCOPYCONTROLS, wxID_PDFSAVECONTROLS, wxID_PDFLOADCONTROLS, 
152    wxID_PDFCOMPUTE, wxID_PDFCOMPUTEALL, wxID_PDFADDELEMENT, wxID_PDFDELELEMENT, wxID_PDFOPT, 
153] = [wx.NewId() for item in range(8)]
154
155[ wxID_MCRON,wxID_MCRLIST,wxID_MCRSAVE,wxID_MCRPLAY,
156] = [wx.NewId() for item in range(4)]
157
158VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
159
160commonTrans = {'abc':np.eye(3),'a-cb':np.array([[1,0,0],[0,0,-1],[0,1,0]]),
161    'ba-c':np.array([[0,1,0],[1,0,0],[0,0,-1]]),'-cba':np.array([[0,0,-1],[0,1,0],[1,0,0]]),
162    'bca':np.array([[0,1,0],[0,0,1],[1,0,0]]),'cab':np.array([[0,0,1],[1,0,0],[0,1,0]]),
163    'P->R':np.array([[1,-1,0],[0,1,-1],[1,1,1]]),'R->P':np.array([[2./3,1./3,1./3],[-1./3,1./3,1./3],[-1./3,-2./3,1./3]]),
164    'P->A':np.array([[-1,0,0],[0,-1,1],[0,1,1]]),'R->O':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]),
165    'P->B':np.array([[-1,0,1],[0,-1,0],[1,0,1]]),'B->P':np.array([[-.5,0,.5],[0,-1,0],[.5,0,.5]]),
166    'P->C':np.array([[1,1,0],[1,-1,0],[0,0,-1]]),'C->P':np.array([[.5,.5,0],[.5,-.5,0],[0,0,-1]]),
167    'P->F':np.array([[-1,1,1],[1,-1,1],[1,1,-1]]),'F->P':np.array([[0,.5,.5],[.5,0,.5],[.5,.5,0]]),   
168    'P->I':np.array([[0,1,1],[1,0,1],[1,1,0]]),'I->P':np.array([[-.5,.5,.5],[.5,-.5,.5],[.5,.5,-.5]]),   
169    'A->P':np.array([[-1,0,0],[0,-.5,.5],[0,.5,.5]]),'O->R':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]), 
170    'abc*':np.eye(3), }
171commonNames = ['abc','bca','cab','a-cb','ba-c','-cba','P->A','A->P','P->B','B->P','P->C','C->P',
172    'P->I','I->P','P->F','F->P','P->R','R->P','R->O','O->R','abc*',]
173
174# Should SGMessageBox, SymOpDialog, DisAglDialog be moved?
175
176################################################################################
177#### GSAS-II class definitions
178################################################################################
179
180class SGMessageBox(wx.Dialog):
181    ''' Special version of MessageBox that displays space group & super space group text
182    in two blocks
183    '''
184    def __init__(self,parent,title,text,table,):
185        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
186            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
187        self.text = text
188        self.table = table
189        self.panel = wx.Panel(self)
190        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
191        mainSizer.Add((0,10))
192        for line in text:
193            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
194        ncol = self.table[0].count(',')+1
195        tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
196        for j,item in enumerate(self.table):
197            num,flds = item.split(')')
198            tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s  '%(num+')')),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
199            flds = flds.replace(' ','').split(',')
200            for i,fld in enumerate(flds):
201                if i < ncol-1:
202                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
203                else:
204                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s'%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
205            if not j%2:
206                tableSizer.Add((20,0))
207        mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_LEFT)
208        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
209        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
210        OKbtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
211        OKbtn.SetDefault()
212        btnsizer.AddButton(OKbtn)
213        btnsizer.Realize()
214        mainSizer.Add((0,10))
215        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
216        self.panel.SetSizer(mainSizer)
217        self.panel.Fit()
218        self.Fit()
219        size = self.GetSize()
220        self.SetSize([size[0]+20,size[1]])
221
222    def Show(self):
223        '''Use this method after creating the dialog to post it
224        '''
225        self.ShowModal()
226        return
227
228    def OnOk(self,event):
229        parent = self.GetParent()
230        parent.Raise()
231        self.EndModal(wx.ID_OK)
232
233class SGMagSpinBox(wx.Dialog):
234    ''' Special version of MessageBox that displays magnetic spin text
235    '''
236    def __init__(self,parent,title,text,table,names,spins,):
237        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
238            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER,size=wx.Size(420,350))
239        self.text = text
240        self.table = table
241        self.names = names
242        self.spins = spins
243        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)
244        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
245        mainSizer.Add((0,10))
246        first = text[0].split(':')[-1].strip()
247        cents = [0,]
248        if 'P' != first[0]:
249            cents = text[-1].split(';')
250        for line in text:
251            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
252        ncol = self.table[0].count(',')+2
253        for ic,cent in enumerate(cents):
254            if cent:
255                cent = cent.strip(' (').strip(')+\n') 
256                mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' for (%s)+'%(cent)),0,WACV)
257            tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
258            for j,item in enumerate(self.table):
259                flds = item.split(')')[1]
260                tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  (%2d)  '%(j+1)),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
261                flds = flds.replace(' ','').split(',')
262                for i,fld in enumerate(flds):
263                    if i < ncol-1:
264                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld))
265                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
266                    else:
267                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s '%(fld))
268                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
269                text = wx.StaticText(self.panel,label=' (%s) '%(self.names[j]))
270                if self.spins[j+ic*len(self.table)] < 0:
271                    text.SetForegroundColour('Red')
272                tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
273                if not j%2:
274                    tableSizer.Add((20,0))
275            mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
276           
277        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
278        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
279        OKbtn.SetDefault()
280        btnsizer.AddButton(OKbtn)
281        btnsizer.Realize()
282        mainSizer.Add((0,10))
283        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
284        self.panel.SetSizer(mainSizer)
285        size = np.array(self.GetSize())
286        self.panel.SetupScrolling()
287        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
288        self.panel.SetSize(size)
289        self.panel.SetAutoLayout(1)
290
291    def Show(self):
292        '''Use this method after creating the dialog to post it
293        '''
294        self.ShowModal()
295        return   
296
297################################################################################
298class SymOpDialog(wx.Dialog):
299    '''Class to select a symmetry operator
300    '''
301    def __init__(self,parent,SGData,New=True,ForceUnit=False):
302        wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,'Select symmetry operator',
303            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
304        panel = wx.Panel(self)
305        self.SGData = SGData
306        self.New = New
307        self.Force = ForceUnit
308        self.OpSelected = [0,0,0,[0,0,0],False,False]
309        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
310        if ForceUnit:
311            choice = ['No','Yes']
312            self.force = wx.RadioBox(panel,-1,'Force to unit cell?',choices=choice)
313            self.force.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
314            mainSizer.Add(self.force,0,WACV|wx.TOP,5)
315#        if SGData['SGInv']:
316        choice = ['No','Yes']
317        self.inv = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose inversion?',choices=choice)
318        self.inv.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
319        mainSizer.Add(self.inv,0,WACV)
320        if SGData['SGLatt'] != 'P':
321            LattOp = G2spc.Latt2text(SGData['SGLatt']).split(';')
322            self.latt = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose cell centering?',choices=LattOp)
323            self.latt.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
324            mainSizer.Add(self.latt,0,WACV)
325        if SGData['SGLaue'] in ['-1','2/m','mmm','4/m','4/mmm']:
326            Ncol = 2
327        else:
328            Ncol = 3
329        OpList = []
330        for Opr in SGData['SGOps']:
331            OpList.append(G2spc.MT2text(Opr))
332        self.oprs = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose space group operator?',choices=OpList,
333            majorDimension=Ncol)
334        self.oprs.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
335        mainSizer.Add(self.oprs,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
336        mainSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,"   Choose unit cell?"),0,WACV)
337        cellSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
338        cellName = ['X','Y','Z']
339        self.cell = []
340        for i in range(3):
341            self.cell.append(wx.SpinCtrl(panel,-1,cellName[i],size=wx.Size(50,20)))
342            self.cell[-1].SetRange(-3,3)
343            self.cell[-1].SetValue(0)
344            self.cell[-1].Bind(wx.EVT_SPINCTRL, self.OnOpSelect)
345            cellSizer.Add(self.cell[-1],0,WACV)
346        mainSizer.Add(cellSizer,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
347        if self.New:
348            choice = ['No','Yes']
349            self.new = wx.RadioBox(panel,-1,'Generate new positions?',choices=choice)
350            self.new.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
351            mainSizer.Add(self.new,0,WACV)
352
353        OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
354        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
355        cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
356        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
357        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
358        btnSizer.Add((20,20),1)
359        btnSizer.Add(OkBtn)
360        btnSizer.Add((20,20),1)
361        btnSizer.Add(cancelBtn)
362        btnSizer.Add((20,20),1)
363
364        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
365        panel.SetSizer(mainSizer)
366        panel.Fit()
367        self.Fit()
368
369    def OnOpSelect(self,event):
370#        if self.SGData['SGInv']:
371        self.OpSelected[0] = self.inv.GetSelection()
372        if self.SGData['SGLatt'] != 'P':
373            self.OpSelected[1] = self.latt.GetSelection()
374        self.OpSelected[2] = self.oprs.GetSelection()
375        for i in range(3):
376            self.OpSelected[3][i] = float(self.cell[i].GetValue())
377        if self.New:
378            self.OpSelected[4] = self.new.GetSelection()
379        if self.Force:
380            self.OpSelected[5] = self.force.GetSelection()
381
382    def GetSelection(self):
383        return self.OpSelected
384
385    def OnOk(self,event):
386        parent = self.GetParent()
387        parent.Raise()
388        self.EndModal(wx.ID_OK)
389
390    def OnCancel(self,event):
391        parent = self.GetParent()
392        parent.Raise()
393        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
394       
395################################################################################
396class SphereEnclosure(wx.Dialog):
397    ''' Add atoms within sphere of enclosure to drawing
398   
399    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
400    :param general: general data (includes drawing data)
401    :param atoms: drawing atoms data
402    :param indx: list of selected atoms (may be empty)
403   
404    '''
405    def __init__(self,parent,general,drawing,indx):
406        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
407            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
408        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
409        self.General = general
410        self.Drawing = drawing
411        self.indx = indx
412        self.Sphere = 1.0
413        self.centers = []
414        self.atomTypes = [[item,True] for item in self.General['AtomTypes']]
415       
416        self.Draw()
417       
418    def Draw(self):
419       
420        def OnRadius(event):
421            event.Skip()
422            try:
423                val = float(radius.GetValue())
424                if val < 0.5:
425                    raise ValueError
426                self.Sphere = val
427            except ValueError:
428                pass
429            radius.SetValue('%.3f'%(self.Sphere))
430           
431        def OnAtomType(event):
432            Obj = event.GetEventObject()
433            id = Ind[Obj.GetId()]
434            self.atomTypes[id][1] = Obj.GetValue()
435       
436        self.panel.Destroy()
437        self.panel = wx.Panel(self)
438        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
439        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere of enclosure controls:'),0,WACV)
440        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
441        atoms = []
442        if len(self.indx):
443            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at atoms: '),0,WACV)
444            cx,ct,cs = self.Drawing['atomPtrs'][:3]
445#            print self.Drawing.keys()
446            for id in self.indx:
447                atom = self.Drawing['Atoms'][id]
448                self.centers.append(atom[cx:cx+3])
449                atoms.append('%s(%s)'%(atom[ct-1],atom[cs-1]))
450            topSizer.Add(wx.ComboBox(self.panel,choices=atoms,value=atoms[0],
451                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN),0,WACV)
452        else:
453            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at drawing view point'),0,WACV)
454            self.centers.append(self.Drawing['viewPoint'][0])
455        mainSizer.Add(topSizer,0,WACV)
456        sphereSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
457        sphereSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere radius: '),0,WACV)
458        radius = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f'%(self.Sphere),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
459        radius.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRadius)
460        radius.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRadius)
461        sphereSizer.Add(radius,0,WACV)
462        mainSizer.Add(sphereSizer,0,WACV)
463        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target selected atoms:'),0,WACV)
464        atSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
465        Ind = {}
466        for i,item in enumerate(self.atomTypes):
467            atm = wx.CheckBox(self.panel,label=item[0])
468            atm.SetValue(item[1])
469            atm.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnAtomType)
470            Ind[atm.GetId()] = i
471            atSizer.Add(atm,0,WACV)
472        mainSizer.Add(atSizer,0,WACV)
473       
474        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
475        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
476        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
477        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
478        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
479        btnSizer.Add((20,20),1)
480        btnSizer.Add(OkBtn)
481        btnSizer.Add((20,20),1)
482        btnSizer.Add(cancelBtn)
483        btnSizer.Add((20,20),1)
484       
485        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
486        self.panel.SetSizer(mainSizer)
487        self.panel.Fit()
488        self.Fit()
489       
490    def GetSelection(self):
491        used = []
492        for atm in self.atomTypes:
493            if atm[1]:
494                used.append(str(atm[0]))
495        return self.centers,self.Sphere,used
496
497    def OnOk(self,event):
498        parent = self.GetParent()
499        parent.Raise()
500        self.EndModal(wx.ID_OK)
501
502    def OnCancel(self,event):
503        parent = self.GetParent()
504        parent.Raise()
505        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
506       
507################################################################################
508class TransformDialog(wx.Dialog):
509    ''' Phase transformation
510   
511    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
512    :param phase: phase data
513   
514    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file
515    '''
516    def __init__(self,parent,phase):
517        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
518            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
519        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
520        self.Phase = copy.deepcopy(phase)   #will be a new phase!
521#        self.Super = phase['General']['Super']
522#        if self.Super:
523#            self.Trans = np.eye(4)
524#            self.Vec = np.zeros(4)
525#        else:
526        self.Trans = np.eye(3)
527        self.Vec = np.zeros(3)
528        self.oldSpGrp = phase['General']['SGData']['SpGrp']
529        self.oldSGdata = phase['General']['SGData']
530        self.newSpGrp = self.Phase['General']['SGData']['SpGrp']
531        self.oldCell = phase['General']['Cell'][1:8]
532        self.newCell = self.Phase['General']['Cell'][1:8]
533        self.Common = 'abc'
534        self.ifMag = False
535        self.ifConstr = True
536        self.Draw()
537
538    def Draw(self):
539               
540        def OnMatValue(event):
541            event.Skip()
542            Obj = event.GetEventObject()
543            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
544            val = Obj.GetValue()
545            try:
546                if '/' in val:
547                    vals = val.split('/')
548                    self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
549                else:   
550                    self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
551            except ValueError:
552                pass
553            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
554           
555        def OnVecValue(event):
556            event.Skip()
557            Obj = event.GetEventObject()
558            iy = Ind[Obj.GetId()]
559            val = Obj.GetValue()
560            try:
561                if '/' in val:
562                    vals = val.split('/')
563                    self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
564                else:   
565                    self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
566            except ValueError:
567                pass
568            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
569               
570        def OnCommon(event):
571            Obj = event.GetEventObject()
572            self.Common = Obj.GetValue()
573            if '*' in self.Common:
574                A,B = G2lat.cell2AB(self.oldCell[:6])
575                self.newCell[2:5] = [A[2,2],90.,90.]
576                a,b = G2lat.cell2AB(self.newCell[:6])
577                self.Trans = np.inner(a.T,B)    #correct!
578                self.newSpGrp = 'P 1'
579                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(self.newSpGrp)
580                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
581            else:
582                self.Trans = commonTrans[self.Common]
583            OnTest(event)
584       
585        def OnSpaceGroup(event):
586            event.Skip()
587            Flds = SGTxt.GetValue().split()
588            Flds[0] = Flds[0].upper()
589            #get rid of extra spaces between fields first
590            for fld in Flds: fld = fld.strip()
591            SpcGp = ' '.join(Flds)
592            if SpcGp == self.newSpGrp: #didn't change it!
593                return
594            # try a lookup on the user-supplied name
595            SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpcGp)
596            if SpGrpNorm:
597                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
598            else:
599                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpcGp)
600            if SGErr:
601                text = [G2spc.SGErrors(SGErr)+'\nSpace Group set to previous']
602                SGTxt.SetValue(self.newSpGrp)
603                msg = 'Space Group Error'
604                Style = wx.ICON_EXCLAMATION
605                Text = '\n'.join(text)
606                wx.MessageBox(Text,caption=msg,style=Style)
607            else:
608                text,table = G2spc.SGPrint(SGData)
609                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
610                self.newSpGrp = SpcGp
611                SGTxt.SetValue(self.Phase['General']['SGData']['SpGrp'])
612                msg = 'Space Group Information'
613                SGMessageBox(self.panel,msg,text,table).Show()
614            if self.Phase['General']['Type'] == 'magnetic':
615                Nops = len(SGData['SGOps'])*len(SGData['SGCen'])
616                if SGData['SGInv']:
617                    Nops *= 2
618                SGData['SpnFlp'] = Nops*[1,]
619#            if self.Phase['General']['Type'] in ['modulated',]:
620#                self.Phase['General']['SuperSg'] = SetDefaultSSsymbol()
621#                self.Phase['General']['SSGData'] = G2spc.SSpcGroup(generalData['SGData'],generalData['SuperSg'])[1]
622
623        def OnTest(event):
624            self.newCell = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)
625            wx.CallAfter(self.Draw)
626           
627        def OnMag(event):
628            self.ifMag = mag.GetValue()
629           
630        def OnConstr(event):
631            self.ifConstr = constr.GetValue()
632
633        self.panel.Destroy()
634        self.panel = wx.Panel(self)
635        Ind = {}
636        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
637        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
638        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
639        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix & vector: M*X+V = X'"))
640#        if self.Super:
641#            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
642#        else:
643        commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
644        commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
645        common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames,
646            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
647        common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
648        commonSizer.Add(common,0,WACV)
649        transSizer.Add(commonSizer)
650        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
651        for iy,line in enumerate(self.Trans):
652            for ix,val in enumerate(line):
653                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
654                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
655                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
656                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
657                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
658                Trmat.Add(item)
659            Trmat.Add((25,0),0)
660            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
661                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
662            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
663            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
664            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
665            Trmat.Add(vec)
666        transSizer.Add(Trmat)
667        MatSizer.Add((10,0),0)
668        MatSizer.Add(transSizer)
669        mainSizer.Add(MatSizer)
670        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Old lattice parameters:'),0,WACV)
671        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
672            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.oldCell[0],self.oldCell[1],self.oldCell[2])),0,WACV)
673        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
674            (self.oldCell[3],self.oldCell[4],self.oldCell[5])),0,WACV)
675        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.oldCell[6])),0,WACV)
676        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' New lattice parameters:'),0,WACV)
677        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
678            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.newCell[0],self.newCell[1],self.newCell[2])),0,WACV)
679        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
680            (self.newCell[3],self.newCell[4],self.newCell[5])),0,WACV)
681        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.newCell[6])),0,WACV)
682        sgSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
683        sgSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  Space group: '),0,WACV)
684        SGTxt = wx.TextCtrl(self.panel,value=self.newSpGrp,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
685        SGTxt.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnSpaceGroup)
686        SGTxt.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnSpaceGroup)
687        sgSizer.Add(SGTxt,0,WACV)
688        mainSizer.Add(sgSizer,0,WACV)
689        if 'magnetic' not in self.Phase['General']['Type']:
690            mag = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make new phase magnetic?')
691            mag.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnMag)
692            mainSizer.Add(mag,0,WACV)
693            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
694                label=' NB: Nonmagnetic atoms will be deleted from new phase'),0,WACV)
695            constr = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make constraints between phases?')
696            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
697                label=' Constraints not correct for non-diagonal transforms'),0,WACV)
698            constr.SetValue(self.ifConstr)
699            constr.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnConstr)
700            mainSizer.Add(constr,0,WACV)
701
702        TestBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Test")
703        TestBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, OnTest)
704        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
705        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
706        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
707        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
708        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
709        btnSizer.Add((20,20),1)
710        btnSizer.Add(TestBtn)
711        btnSizer.Add((20,20),1)
712        btnSizer.Add(OkBtn)
713        btnSizer.Add((20,20),1)
714        btnSizer.Add(cancelBtn)
715        btnSizer.Add((20,20),1)
716       
717        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
718        self.panel.SetSizer(mainSizer)
719        self.panel.Fit()
720        self.Fit()
721       
722    def GetSelection(self):
723        if self.ifMag:
724            self.Phase['General']['Name'] += ' mag'
725        else:
726            self.Phase['General']['Name'] += ' %s'%(self.Common)
727        self.Phase['General']['Cell'][1:] = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)           
728        return self.Phase,self.Trans,self.Vec,self.ifMag,self.ifConstr
729
730    def OnOk(self,event):
731        parent = self.GetParent()
732        parent.Raise()
733        self.EndModal(wx.ID_OK)
734
735    def OnCancel(self,event):
736        parent = self.GetParent()
737        parent.Raise()
738        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
739################################################################################
740class UseMagAtomDialog(wx.Dialog):
741    '''Get user selected magnetic atoms after cell transformation
742    '''
743    def __init__(self,parent,Atoms,atCodes):
744        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Magnetic atom selection', 
745            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
746        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
747        self.Atoms = Atoms
748        self.atCodes = atCodes
749        self.Use = len(self.Atoms)*[True,]
750        self.Draw()
751       
752    def Draw(self):
753       
754        def OnUseChk(event):
755            Obj = event.GetEventObject()
756            iuse = Indx[Obj.GetId()]
757            self.Use[iuse] = not self.Use[iuse]
758            Obj.SetValue(self.Use[iuse])
759       
760        self.panel.Destroy()
761        self.panel = wx.Panel(self)
762        Indx = {}
763        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
764       
765        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Name, x, y, z:'),0,WACV)
766        atmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
767        for iuse,[use,atom] in enumerate(zip(self.Use,self.Atoms)):
768            useChk = wx.CheckBox(self.panel,label='Use?')
769            Indx[useChk.GetId()] = iuse
770            useChk.SetValue(use)
771            useChk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnUseChk)
772            atmSizer.Add(useChk,0,WACV)
773            text = ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%(atom[0],atom[3],atom[4],atom[5])
774            atmSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=text),0,WACV)
775        mainSizer.Add(atmSizer)
776       
777        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
778        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
779        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Use All")
780        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
781        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
782        btnSizer.Add((20,20),1)
783        btnSizer.Add(OkBtn)
784        btnSizer.Add((20,20),1)
785        btnSizer.Add(cancelBtn)
786        btnSizer.Add((20,20),1)
787       
788        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
789        self.panel.SetSizer(mainSizer)
790        self.panel.Fit()
791        self.Fit()
792       
793    def GetSelection(self):
794        useAtoms = []
795        useatCodes = []
796        for use,atom,code in zip(self.Use,self.Atoms,self.atCodes):
797            if use:
798                useAtoms.append(atom)
799                useatCodes.append(code)
800        return useAtoms,useatCodes
801
802    def OnOk(self,event):
803        parent = self.GetParent()
804        parent.Raise()
805        self.EndModal(wx.ID_OK)
806
807    def OnCancel(self,event):
808        parent = self.GetParent()
809        parent.Raise()
810        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
811           
812               
813################################################################################
814class RotationDialog(wx.Dialog):
815    ''' Get Rotate & translate matrix & vector - currently not used
816    needs rethinking - possible use to rotate a group of atoms about some
817    vector/origin + translation
818   
819    '''
820    def __init__(self,parent):
821        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Atom group rotation/translation', 
822            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
823        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
824        self.Trans = np.eye(3)
825        self.Vec = np.zeros(3)
826        self.rotAngle = 0.
827        self.rotVec = np.array([0.,0.,1.])
828        self.Expand = ''
829        self.Draw()
830
831    def Draw(self):
832
833        def OnMatValue(event):
834            event.Skip()
835            Obj = event.GetEventObject()
836            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
837            val = Obj.GetValue()
838            if '/' in val:
839                vals = val.split('/')
840                self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
841            else:   
842                self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
843            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
844           
845           
846        def OnVecValue(event):
847            event.Skip()
848            Obj = event.GetEventObject()
849            iy = Ind[Obj.GetId()]
850            val = Obj.GetValue()
851            if '/' in val:
852                vals = val.split('/')
853                self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
854            else:   
855                self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
856            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
857           
858        def OnExpand(event):
859            self.Expand = expand.GetValue()
860           
861        def OnRotAngle(event):
862            event.Skip()
863            self.rotAngle = float(rotangle.GetValue())
864            rotangle.SetValue('%5.3f'%(self.rotAngle))
865            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
866            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
867            self.Draw()
868           
869        def OnRotVec(event):
870            event.Skip()
871            vals = rotvec.GetValue()
872            vals = vals.split()
873            self.rotVec = np.array([float(val) for val in vals])
874            rotvec.SetValue('%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]))
875            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
876            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
877            self.Draw()
878           
879        self.panel.Destroy()
880        self.panel = wx.Panel(self)
881        Ind = {}
882        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
883        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
884        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
885        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix && vector: "+ \
886            "\n B*M*A*(X-V)+V = X'\n A,B: Cartesian transformation matrices"))
887        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
888        for iy,line in enumerate(self.Trans):
889            for ix,val in enumerate(line):
890                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
891                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
892                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
893                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
894                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
895                Trmat.Add(item)
896            Trmat.Add((25,0),0)
897            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
898                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
899            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
900            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
901            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
902            Trmat.Add(vec)
903        transSizer.Add(Trmat)
904        MatSizer.Add((10,0),0)
905        MatSizer.Add(transSizer)
906        mainSizer.Add(MatSizer)
907        rotationBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
908        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Rotation angle: '),0,WACV)
909        rotangle = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.rotAngle),
910            size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
911        rotangle.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotAngle)
912        rotangle.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotAngle)
913        rotationBox.Add(rotangle,0,WACV)
914        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' about vector: '),0,WACV)
915        rotvec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]),
916            size=(100,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
917        rotvec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotVec)
918        rotvec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotVec)
919        rotationBox.Add(rotvec,0,WACV)
920        mainSizer.Add(rotationBox,0,WACV)
921        expandChoice = ['','xy','xz','yz','xyz']
922        expandBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
923        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Expand -1 to +1 on: '),0,WACV)
924        expand = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Expand,choices=expandChoice,
925            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
926        expand.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnExpand)
927        expandBox.Add(expand,0,WACV)
928        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' and find unique atoms '),0,WACV)       
929        mainSizer.Add(expandBox)
930               
931        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
932        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
933        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
934        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
935        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
936        btnSizer.Add((20,20),1)
937        btnSizer.Add(OkBtn)
938        btnSizer.Add((20,20),1)
939        btnSizer.Add(cancelBtn)
940        btnSizer.Add((20,20),1)
941       
942        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
943        self.panel.SetSizer(mainSizer)
944        self.panel.Fit()
945        self.Fit()
946
947    def GetSelection(self):
948        return self.Trans,self.Vec,self.Expand
949
950    def OnOk(self,event):
951        parent = self.GetParent()
952        parent.Raise()
953        self.EndModal(wx.ID_OK)
954
955    def OnCancel(self,event):
956        parent = self.GetParent()
957        parent.Raise()
958        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)   
959       
960################################################################################
961class DIFFaXcontrols(wx.Dialog):
962    ''' Solicit items needed to prepare DIFFaX control.dif file
963    '''
964    def __init__(self,parent,ctrls,parms=None):
965        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'DIFFaX controls', 
966            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
967        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
968        self.ctrls = ctrls
969        self.calcType = 'powder pattern'
970        self.plane = 'h0l'
971        self.planeChoice = ['h0l','0kl','hhl','h-hl',]
972        self.lmax = '2'
973        self.lmaxChoice = [str(i+1) for i in range(6)]
974        self.Parms = parms
975        self.Parm = None
976        if self.Parms != None:
977            self.Parm = self.Parms[0]
978        self.parmRange = [0.,1.]
979        self.parmStep = 2
980        self.Inst = 'Gaussian'
981        self.Draw()
982       
983    def Draw(self):
984       
985        def OnCalcType(event):
986            self.calcType = calcType.GetValue()
987            wx.CallAfter(self.Draw)
988           
989        def OnPlane(event):
990            self.plane = plane.GetValue()
991           
992        def OnMaxL(event):
993            self.lmax = lmax.GetValue()
994           
995        def OnParmSel(event):
996            self.Parm = parmsel.GetValue()
997           
998        def OnNumStep(event):
999            self.parmStep = int(numStep.GetValue())
1000           
1001        def OnParmRange(event):
1002            event.Skip()
1003            vals = parmrange.GetValue().split()
1004            try:
1005                vals = [float(vals[0]),float(vals[1])]
1006            except ValueError:
1007                vals = self.parmRange
1008            parmrange.SetValue('%.3f %.3f'%(vals[0],vals[1]))
1009            self.parmRange = vals
1010           
1011        def OnInstSel(event):
1012            self.Inst = instsel.GetValue()
1013       
1014        self.panel.Destroy()
1015        self.panel = wx.Panel(self)
1016        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1017        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Controls for DIFFaX'),0,WACV)
1018        if self.Parms:
1019            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sequential powder pattern simulation'),0,WACV)
1020        else:
1021            calcChoice = ['powder pattern','selected area']
1022            calcSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1023            calcSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select calculation type: '),0,WACV)
1024            calcType = wx.ComboBox(self.panel,value=self.calcType,choices=calcChoice,
1025                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1026            calcType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCalcType)
1027            calcSizer.Add(calcType,0,WACV)
1028            mainSizer.Add(calcSizer)
1029        if self.Parms:
1030            parmSel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1031            parmSel.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select parameter to vary: '),0,WACV)
1032            parmsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Parm,choices=self.Parms,
1033                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1034            parmsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnParmSel)
1035            parmSel.Add(parmsel,0,WACV)
1036            mainSizer.Add(parmSel)
1037            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Enter parameter range & no. steps: '),0,WACV)
1038            parmRange =  wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1039            numChoice = [str(i+1) for i in range(10)]
1040            parmrange = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f %.3f'%(self.parmRange[0],self.parmRange[1]),
1041                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1042            parmrange.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnParmRange)
1043            parmrange.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnParmRange)
1044            parmRange.Add(parmrange,0,WACV)
1045            numStep = wx.ComboBox(self.panel,value=str(self.parmStep),choices=numChoice,
1046                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1047            numStep.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnNumStep)
1048            parmRange.Add(numStep,0,WACV)
1049            mainSizer.Add(parmRange)           
1050        if 'selected' in self.calcType:
1051            planeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1052            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select plane: '),0,WACV)
1053            plane = wx.ComboBox(self.panel,value=self.plane,choices=self.planeChoice,
1054                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1055            plane.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPlane)
1056            planeSizer.Add(plane,0,WACV)
1057            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Max. l index: '),0,WACV)
1058            lmax = wx.ComboBox(self.panel,value=self.lmax,choices=self.lmaxChoice,
1059                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1060            lmax.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaxL)
1061            planeSizer.Add(lmax,0,WACV)           
1062            mainSizer.Add(planeSizer)
1063        else:
1064            instChoice = ['None','Mean Gaussian','Gaussian',]
1065            instSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1066            instSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select instrument broadening: '),0,WACV)
1067            instsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Inst,choices=instChoice,
1068                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1069            instsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnInstSel)
1070            instSizer.Add(instsel,0,WACV)
1071            mainSizer.Add(instSizer)
1072        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1073        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1074        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1075        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1076        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1077        btnSizer.Add((20,20),1)
1078        btnSizer.Add(OkBtn)
1079        btnSizer.Add((20,20),1)
1080        btnSizer.Add(cancelBtn)
1081        btnSizer.Add((20,20),1)
1082       
1083        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1084        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1085        self.panel.Fit()
1086        self.Fit()
1087       
1088    def GetSelection(self):
1089        if 'powder' in self.calcType:
1090            return 'PWDR',self.Inst,self.Parm,self.parmRange,self.parmStep
1091        elif 'selected' in self.calcType:
1092            return 'SADP',self.plane,self.lmax
1093
1094    def OnOk(self,event):
1095        parent = self.GetParent()
1096        parent.Raise()
1097        self.EndModal(wx.ID_OK)
1098
1099    def OnCancel(self,event):
1100        parent = self.GetParent()
1101        parent.Raise()
1102        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1103           
1104       
1105################################################################################
1106class MergeDialog(wx.Dialog):
1107    ''' HKL transformation & merge dialog
1108   
1109    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1110    :param data: HKLF data
1111   
1112    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file     
1113    '''       
1114    def __init__(self,parent,data):
1115        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup HKLF merge', 
1116            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1117        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1118        self.data = data
1119        self.Super = data[1]['Super']
1120        if self.Super:
1121            self.Trans = np.eye(4)
1122        else:
1123            self.Trans = np.eye(3)
1124        self.Cent = 'noncentrosymmetric'
1125        self.Laue = '1'
1126        self.Class = 'triclinic'
1127        self.Common = 'abc'
1128        self.Draw()
1129       
1130    def Draw(self):
1131               
1132        def OnMatValue(event):
1133            event.Skip()
1134            Obj = event.GetEventObject()
1135            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
1136            self.Trans[ix,iy] = float(Obj.GetValue())
1137               
1138        def OnCent(event):
1139            Obj = event.GetEventObject()
1140            self.Cent = Obj.GetValue()
1141            self.Laue = ''
1142            wx.CallAfter(self.Draw)
1143           
1144        def OnLaue(event):
1145            Obj = event.GetEventObject()
1146            self.Laue = Obj.GetValue()
1147            wx.CallAfter(self.Draw)
1148           
1149        def OnClass(event):
1150            Obj = event.GetEventObject()
1151            self.Class = Obj.GetValue()
1152            self.Laue = ''
1153            wx.CallAfter(self.Draw)
1154           
1155        def OnCommon(event):
1156            Obj = event.GetEventObject()
1157            self.Common = Obj.GetValue()
1158            self.Trans = commonTrans[self.Common]
1159            wx.CallAfter(self.Draw)
1160       
1161        self.panel.Destroy()
1162        self.panel = wx.Panel(self)
1163        Ind = {}
1164        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1165        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1166        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1167        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" HKL Transformation matrix: M*H = H'"))
1168        if self.Super:
1169            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
1170        else:
1171            commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1172            commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
1173            common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames[:-1], #not the last one!
1174                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1175            common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
1176            commonSizer.Add(common,0,WACV)
1177            transSizer.Add(commonSizer)
1178            Trmat = wx.FlexGridSizer(3,3,0,0)
1179        for iy,line in enumerate(self.Trans):
1180            for ix,val in enumerate(line):
1181                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
1182                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1183                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
1184                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
1185                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
1186                Trmat.Add(item)
1187        transSizer.Add(Trmat)
1188        MatSizer.Add((10,0),0)
1189        MatSizer.Add(transSizer)
1190        mainSizer.Add(MatSizer)
1191        laueClass = ['triclinic','monoclinic','orthorhombic','trigonal(H)','tetragonal','hexagonal','cubic']
1192        centroLaue = {'triclinic':['-1',],'monoclinic':['2/m','1 1 2/m','2/m 1 1',],
1193            'orthorhombic':['m m m',],'trigonal(H)':['-3','-3 m 1','-3 1 m',],    \
1194            'tetragonal':['4/m','4/m m m',],'hexagonal':['6/m','6/m m m',],'cubic':['m 3','m 3 m']}
1195        noncentroLaue = {'triclinic':['1',],'monoclinic':['2','2 1 1','1 1 2','m','m 1 1','1 1 m',],
1196            'orthorhombic':['2 2 2','m m 2','m 2 m','2 m m',],
1197            'trigonal(H)':['3','3 1 2','3 2 1','3 m 1','3 1 m',],
1198            'tetragonal':['4','-4','4 2 2','4 m m','-4 2 m','-4 m 2',], \
1199            'hexagonal':['6','-6','6 2 2','6 m m','-6 m 2','-6 2 m',],'cubic':['2 3','4 3 2','-4 3 m']}
1200        centChoice = ['noncentrosymmetric','centrosymmetric']
1201        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select Laue class for new lattice:'),0,WACV)
1202        Class = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Class,choices=laueClass,
1203            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1204        Class.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnClass)
1205        mainSizer.Add(Class,0,WACV)
1206        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target Laue symmetry:'),0,WACV)
1207        Cent = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Cent,choices=centChoice,
1208            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1209        Cent.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCent)
1210        mergeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1211        mergeSizer.Add(Cent,0,WACV)
1212        mergeSizer.Add((10,0),0)
1213        Choice = centroLaue[self.Class]
1214        if 'non' in self.Cent:
1215            Choice = noncentroLaue[self.Class]
1216        Laue = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Laue,choices=Choice,
1217            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1218        Laue.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnLaue)
1219        mergeSizer.Add(Laue,0,WACV)
1220        mainSizer.Add(mergeSizer)
1221
1222        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1223        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1224        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1225        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1226        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1227        btnSizer.Add((20,20),1)
1228        if self.Laue:
1229            btnSizer.Add(OkBtn)
1230            btnSizer.Add((20,20),1)
1231        btnSizer.Add(cancelBtn)
1232        btnSizer.Add((20,20),1)
1233       
1234        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1235        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1236        self.panel.Fit()
1237        self.Fit()
1238       
1239    def GetSelection(self):
1240        return self.Trans,self.Cent,self.Laue
1241
1242    def OnOk(self,event):
1243        parent = self.GetParent()
1244        parent.Raise()
1245        self.EndModal(wx.ID_OK)
1246
1247    def OnCancel(self,event):
1248        parent = self.GetParent()
1249        parent.Raise()
1250        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1251
1252       
1253################################################################################
1254class AddHatomDialog(wx.Dialog):
1255    '''H atom addition dialog. After :meth:`ShowModal` returns, the results
1256    are found in dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1257   
1258    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1259    :param dict Neigh: a dict of atom names with list of atom name, dist pairs for neighboring atoms
1260    :param dict phase: a dict containing the phase as defined by
1261      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`   
1262    '''
1263    def __init__(self,parent,Neigh,phase):
1264        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'H atom add', 
1265            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1266        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1267        self.Neigh = Neigh
1268        self.phase = phase
1269        self.Hatoms = []
1270        self.Draw(self.Neigh,self.phase)
1271           
1272    def Draw(self,Neigh,phase):
1273        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1274        by :meth:`__init__`.
1275        '''
1276        def OnHSelect(event):
1277            Obj = event.GetEventObject()
1278            item,i = Indx[Obj.GetId()]
1279            for obj in Indx[item]:
1280                obj.SetValue(False)
1281            Obj.SetValue(True)
1282            self.Neigh[item][2] = i
1283           
1284        def OnBond(event):
1285            Obj = event.GetEventObject()
1286            inei,ibond = Indx[Obj.GetId()]
1287            self.Neigh[inei][1][0][ibond][2] = Obj.GetValue()
1288           
1289        self.panel.Destroy()
1290        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self,style = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1291        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1292        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'H atom add controls for phase %s:'%(phase['General']['Name'])),
1293            0,wx.LEFT|wx.TOP,10)
1294        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'NB: Check selections as they may not be correct'),0,WACV|wx.LEFT,10)
1295        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1," Atom:  Add # H's          Use: Neighbors, dist"),0,wx.TOP|wx.LEFT,5)
1296        nHatms = ['0','1','2','3']
1297        dataSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,0,0)
1298        Indx = {}
1299        for inei,neigh in enumerate(Neigh):
1300            dataSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' %s:  '%(neigh[0])),0,WACV)
1301            nH = 1      #for O atom
1302            if 'C' in neigh[0] or 'N' in neigh[0]:
1303                nH = 4-len(neigh[1][0])
1304            checks = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1305            Ids = []
1306            for i in range(nH+1):
1307                nHs = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=nHatms[i])
1308                if i == neigh[2]:
1309                    nHs.SetValue(True)
1310                Indx[nHs.GetId()] = [inei,i]
1311                Ids.append(nHs)
1312                nHs.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnHSelect)
1313                checks.Add(nHs,0,WACV)
1314            Indx[inei] = Ids
1315            dataSizer.Add(checks,0,WACV)
1316            lineSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1317            for ib,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1318                Bond = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=': %s, %.3f'%(bond[0],bond[1]))
1319                Bond.SetValue(bond[2])
1320                Indx[Bond.GetId()] = [inei,ib]
1321                Bond.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBond)               
1322                lineSizer.Add(Bond,0,WACV)               
1323            dataSizer.Add(lineSizer,0,WACV|wx.RIGHT,10)
1324        mainSizer.Add(dataSizer,0,wx.LEFT,5)
1325
1326        CancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Cancel')
1327        CancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1328        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Ok')
1329        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1330        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1331        btnSizer.Add((20,20),1)
1332        btnSizer.Add(OkBtn)
1333        btnSizer.Add((20,20),1)
1334        btnSizer.Add(CancelBtn)
1335        btnSizer.Add((20,20),1)
1336        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1337        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1338        size = np.array(self.GetSize())
1339        self.panel.SetupScrolling()
1340        self.panel.SetAutoLayout(1)
1341        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
1342        self.panel.SetSize(size)
1343       
1344    def GetData(self):
1345        'Returns the values from the dialog'
1346        for neigh in self.Neigh:
1347            for ibond,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1348                if not bond[2]:
1349                    neigh[1][1][1][ibond] = 0   #deselected bond
1350            neigh[1][1][1] = [a for a in  neigh[1][1][1] if a]
1351        return self.Neigh       #has #Hs to add for each entry
1352       
1353    def OnOk(self,event):
1354        'Called when the OK button is pressed'
1355        parent = self.GetParent()
1356        parent.Raise()
1357        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1358
1359    def OnCancel(self,event):
1360        parent = self.GetParent()
1361        parent.Raise()
1362        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1363
1364################################################################################
1365class DisAglDialog(wx.Dialog):
1366    '''Distance/Angle Controls input dialog. After
1367    :meth:`ShowModal` returns, the results are found in
1368    dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1369
1370    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1371    :param dict data: a dict containing the current
1372      search ranges or an empty dict, which causes default values
1373      to be used.
1374      Will be used to set element `DisAglCtls` in
1375      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`
1376    :param dict default:  A dict containing the default
1377      search ranges for each element.
1378    :param bool Reset: if True (default), show Reset button
1379    :param bool Angle: if True (default), show angle radii
1380    '''
1381    def __init__(self,parent,data,default,Reset=True,Angle=True):
1382        text = 'Distance Angle Controls'
1383        if not Angle:
1384            text = 'Distance Controls'
1385        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,text, 
1386            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1387        self.default = default
1388        self.Reset = Reset
1389        self.Angle = Angle
1390        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1391        self._default(data,self.default)
1392        self.Draw(self.data)
1393               
1394    def _default(self,data,default):
1395        '''Set starting values for the search values, either from
1396        the input array or from defaults, if input is null
1397        '''
1398        if data:
1399            self.data = copy.deepcopy(data) # don't mess with originals
1400        else:
1401            self.data = {}
1402            self.data['Name'] = default['Name']
1403            self.data['Factors'] = [0.85,0.85]
1404            self.data['AtomTypes'] = default['AtomTypes']
1405            self.data['BondRadii'] = default['BondRadii'][:]
1406            self.data['AngleRadii'] = default['AngleRadii'][:]
1407
1408    def Draw(self,data):
1409        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1410        by :meth:`__init__`.
1411        '''
1412        self.panel.Destroy()
1413        self.panel = wx.Panel(self)
1414        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1415        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Controls for phase '+data['Name']),
1416            0,WACV|wx.LEFT,10)
1417        mainSizer.Add((10,10),1)
1418       
1419        ncol = 3
1420        if not self.Angle:
1421            ncol=2
1422        radiiSizer = wx.FlexGridSizer(0,ncol,5,5)
1423        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' Type'),0,WACV)
1424        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Bond radii'),0,WACV)
1425        if self.Angle:
1426            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Angle radii'),0,WACV)
1427        self.objList = {}
1428        for id,item in enumerate(self.data['AtomTypes']):
1429            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' '+item),0,WACV)
1430            bRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['BondRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1431            radiiSizer.Add(bRadii,0,WACV)
1432            if self.Angle:
1433                aRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['AngleRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1434                radiiSizer.Add(aRadii,0,WACV)
1435        mainSizer.Add(radiiSizer,0,wx.EXPAND)
1436        if self.Angle:
1437            factorSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
1438            Names = ['Bond','Angle']
1439            for i,name in enumerate(Names):
1440                factorSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,name+' search factor'),0,WACV)
1441                bondFact = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['Factors'],i,nDig=(10,3),typeHint=float)
1442                factorSizer.Add(bondFact)
1443            mainSizer.Add(factorSizer,0,wx.EXPAND)
1444       
1445        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1446        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1447        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1448        btnSizer.Add((20,20),1)
1449        btnSizer.Add(OkBtn)
1450        if self.Reset:
1451            ResetBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Reset')
1452            ResetBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnReset)
1453            btnSizer.Add(ResetBtn)
1454        btnSizer.Add((20,20),1)
1455        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1456        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1457        self.panel.Fit()
1458        self.Fit()
1459   
1460    def GetData(self):
1461        'Returns the values from the dialog'
1462        return self.data
1463       
1464    def OnOk(self,event):
1465        'Called when the OK button is pressed'
1466        parent = self.GetParent()
1467        parent.Raise()
1468        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1469       
1470    def OnReset(self,event):
1471        'Called when the Reset button is pressed'
1472        data = {}
1473        self._default(data,self.default)
1474        self.Draw(self.data)
1475               
1476################################################################################
1477class ShowLSParms(wx.Dialog):
1478    '''Create frame to show least-squares parameters
1479    '''
1480    def __init__(self,parent,title,parmDict,varyList,fullVaryList,
1481                 size=(300,430)):
1482        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,size=size,
1483                           style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
1484        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1485
1486        panel = wxscroll.ScrolledPanel(
1487            self, wx.ID_ANY,
1488            #size=size,
1489            style = wx.TAB_TRAVERSAL|wx.SUNKEN_BORDER)
1490        num = len(varyList)
1491        mainSizer.Add(wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,'Number of refined variables: '+str(num)))
1492        if len(varyList) != len(fullVaryList):
1493            num = len(fullVaryList) - len(varyList)
1494            mainSizer.Add(wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,' + '+str(num)+' parameters are varied via constraints'))
1495        subSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,hgap=2,vgap=2)
1496        parmNames = parmDict.keys()
1497        parmNames.sort()
1498        subSizer.Add((-1,-1))
1499        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'Parameter name  '))
1500        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'refine?'))
1501        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'value'),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1502        explainRefine = False
1503        for name in parmNames:
1504            # skip entries without numerical values
1505            if isinstance(parmDict[name],basestring): continue
1506            try:
1507                value = G2py3.FormatSigFigs(parmDict[name])
1508            except TypeError:
1509                value = str(parmDict[name])+' -?' # unexpected
1510                #continue
1511            v = G2obj.getVarDescr(name)
1512            if v is None or v[-1] is None:
1513                subSizer.Add((-1,-1))
1514            else:               
1515                ch = G2G.HelpButton(panel,G2obj.fmtVarDescr(name))
1516                subSizer.Add(ch,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|WACV|wx.ALIGN_CENTER,1)
1517            subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,str(name)))
1518            if name in varyList:
1519                subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'R'))
1520            elif name in fullVaryList:
1521                subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'C'))
1522                explainRefine = True
1523            else:
1524                subSizer.Add((-1,-1))
1525            subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,value),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1526
1527        # finish up ScrolledPanel
1528        panel.SetSizer(subSizer)
1529        panel.SetAutoLayout(1)
1530        panel.SetupScrolling()
1531        mainSizer.Add(panel,1, wx.ALL|wx.EXPAND,1)
1532
1533        if explainRefine:
1534            mainSizer.Add(
1535                wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,
1536                          '"R" indicates a refined variable\n'+
1537                          '"C" indicates generated from a constraint'
1538                          ),
1539                0, wx.ALL,0)
1540        # make OK button
1541        btnsizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1542        btn = wx.Button(self, wx.ID_CLOSE,"Close") 
1543        btn.Bind(wx.EVT_BUTTON,self._onClose)
1544        btnsizer.Add(btn)
1545        mainSizer.Add(btnsizer, 0, wx.ALIGN_CENTER|wx.ALL, 5)
1546        # Allow window to be enlarged but not made smaller
1547        self.SetSizer(mainSizer)
1548        self.SetMinSize(self.GetSize())
1549
1550    def _onClose(self,event):
1551        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1552 
1553################################################################################
1554class DataFrame(wx.Frame):
1555    '''Create the data item window and all the entries in menus used in
1556    that window. For Linux and windows, the menu entries are created for the
1557    current data item window, but in the Mac the menu is accessed from all
1558    windows. This means that a different menu is posted depending on which
1559    data item is posted. On the Mac, all the menus contain the data tree menu
1560    items, but additional menus are added specific to the data item.
1561
1562    Note that while the menus are created here,
1563    the binding for the menus is done later in various GSASII*GUI modules,
1564    where the functions to be called are defined.
1565    '''
1566    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
1567        '''Override the Bind() function: on the Mac the binding is to
1568        the main window, so that menus operate with any window on top.
1569        For other platforms, either wrap calls that will be logged
1570        or call the default wx.Frame Bind() to bind to the menu item directly.
1571
1572        Note that bindings can be made to objects by Id or by direct reference to the
1573        object. As a convention, when bindings are to objects, they are not logged
1574        but when bindings are by Id, they are logged.
1575        '''
1576        if sys.platform == "darwin": # mac
1577            self.G2frame.Bind(eventtype,handler,*args,**kwargs)
1578            return
1579        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
1580            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self.G2frame,handler)
1581            if menulabels:
1582                #print 'intercepting bind for',handler,menulabels,kwargs['id']
1583                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.G2frame.MenuBinding,*args,**kwargs)
1584                return
1585            wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
1586       
1587    def PrefillDataMenu(self,menu,empty=False):
1588        '''Create the "standard" part of data frame menus. Note that on Linux and
1589        Windows nothing happens here. On Mac, this menu duplicates the
1590        tree menu, but adds an extra help command for the data item and a separator.
1591        '''
1592        self.datamenu = menu
1593        self.G2frame.dataMenuBars.append(menu)
1594        if sys.platform == "darwin": # mac                         
1595            self.G2frame.FillMainMenu(menu,addhelp=False) # add the data tree menu items
1596            if not empty:
1597                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add a separator
1598       
1599    def PostfillDataMenu(self,empty=False):
1600        '''Add the help menu to the data frame menus. Note that on Linux and
1601        Windows, this is the standard help Menu but without the update commands but adds an extra help
1602        command for the data item.
1603        On Mac, this is the entire help menu including the update commands, a separator and the
1604        extra help command for the data item.
1605        '''
1606        menu = self.datamenu
1607        if sys.platform == "darwin": # mac
1608            if not empty:
1609                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add another separator
1610            HelpMenu=G2G.MyHelp(self,includeTree=True,
1611                morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials'),])
1612            menu.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1613        else: # other
1614            menu.Append(menu=G2G.MyHelp(self),title='&Help')
1615
1616    def _init_menus(self):
1617        'define all GSAS-II data frame menus'
1618
1619        # for use where no menu or data frame help is provided
1620        self.BlankMenu = wx.MenuBar()
1621       
1622        # Controls
1623        self.ControlsMenu = wx.MenuBar()
1624        self.PrefillDataMenu(self.ControlsMenu,empty=True)
1625        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1626       
1627        # Notebook
1628        self.DataNotebookMenu = wx.MenuBar() 
1629        self.PrefillDataMenu(self.DataNotebookMenu,empty=True)
1630        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1631       
1632        # Comments
1633        self.DataCommentsMenu = wx.MenuBar()
1634        self.PrefillDataMenu(self.DataCommentsMenu,empty=True)
1635        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1636       
1637        # Constraints
1638        self.ConstraintMenu = wx.MenuBar()
1639        self.PrefillDataMenu(self.ConstraintMenu)
1640        self.ConstraintTab = wx.Menu(title='')
1641        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintTab, title='Select tab')
1642        for id,txt in (
1643            (wxID_CONSPHASE,'Phase'),
1644            (wxID_CONSHAP,'Histogram/Phase'),
1645            (wxID_CONSHIST,'Histogram'),
1646            (wxID_CONSGLOBAL,'Global')):
1647            self.ConstraintTab.Append(
1648                id=id, kind=wx.ITEM_NORMAL,text=txt,
1649                help='Select '+txt+' constraint editing tab')
1650        self.ConstraintEdit = wx.Menu(title='')
1651        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintEdit, title='Edit Constr.') # renamed from Edit due to Mac adding extra items to menu
1652        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_HOLDADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add hold',
1653            help='Prevent refinement of parameter values')
1654        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equivalence',
1655            help='Force parameter values to be equivalent')
1656        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_CONSTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add constraint equation',
1657            help='Add a constraint equation to apply to parameter values')
1658        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_FUNCTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add New Var',
1659            help='Create a variable composed of existing parameters')
1660        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVALANCEATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make atoms equivalent',
1661            help='Force atom parameter values to be equivalent')
1662        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_EQUIVALANCEATOMS,False)
1663#        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_ADDRIDING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add H riding constraints',
1664#            help='Add H atom riding constraints between atom parameter values')
1665#        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_ADDRIDING,False)
1666        self.PostfillDataMenu()
1667
1668        # item = self.ConstraintEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update GUI')
1669        # def UpdateGSASIIconstrGUI(event):
1670        #     import GSASIIconstrGUI
1671        #     reload(GSASIIconstrGUI)
1672        #     import GSASIIobj
1673        #     reload(GSASIIobj)
1674        # self.Bind(wx.EVT_MENU,UpdateGSASIIconstrGUI,id=item.GetId())
1675
1676        # Rigid bodies
1677        self.RigidBodyMenu = wx.MenuBar()
1678        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodyMenu)
1679        self.ResidueRBMenu = wx.Menu(title='')
1680        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYIMPORT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import XYZ',
1681            help='Import rigid body XYZ from file')
1682        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RESIDUETORSSEQ, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define sequence',
1683            help='Define torsion sequence')
1684        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import residues',
1685            help='Import residue rigid bodies from macro file')
1686        self.RigidBodyMenu.Append(menu=self.ResidueRBMenu, title='Edit Body')
1687        self.PostfillDataMenu()
1688
1689        self.VectorBodyMenu = wx.MenuBar()
1690        self.PrefillDataMenu(self.VectorBodyMenu)
1691        self.VectorRBEdit = wx.Menu(title='')
1692        self.VectorRBEdit.Append(id=wxID_VECTORBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body',
1693            help='Add vector rigid body')
1694        self.VectorBodyMenu.Append(menu=self.VectorRBEdit, title='Edit Vector Body')
1695        self.PostfillDataMenu()
1696
1697                   
1698        # Restraints
1699        self.RestraintTab = wx.Menu(title='')
1700        self.RestraintEdit = wx.Menu(title='')
1701        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTSELPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase',
1702            help='Select phase')
1703        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add restraints',
1704            help='Add restraints')
1705        self.RestraintEdit.Enable(wxID_RESTRAINTADD,True)    #gets disabled if macromolecule phase
1706        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add residue restraints',
1707            help='Add residue based restraints for macromolecules from macro file')
1708        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTADD,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1709        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot residue restraints',
1710            help='Plot selected residue based restraints for macromolecules from macro file')
1711        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTPLOT,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1712        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESRCHANGEVAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change value',
1713            help='Change observed value')
1714        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTCHANGEESD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change esd',
1715            help='Change esd in observed value')
1716        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete restraints',
1717            help='Delete selected restraints')
1718
1719        self.RestraintMenu = wx.MenuBar()
1720        self.PrefillDataMenu(self.RestraintMenu)
1721        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintTab, title='Select tab')
1722        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintEdit, title='Edit Restr.')
1723        self.PostfillDataMenu()
1724           
1725        # Sequential results
1726        self.SequentialMenu = wx.MenuBar()
1727        self.PrefillDataMenu(self.SequentialMenu)
1728        self.SequentialFile = wx.Menu(title='')
1729        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialFile, title='Columns')
1730        self.SequentialFile.Append(id=wxID_RENAMESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rename selected',
1731            help='Rename selected sequential refinement columns')
1732        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as text',
1733            help='Save selected sequential refinement results as a text file')
1734        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all as CSV',
1735            help='Save all sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1736        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSELCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as CSV',
1737            help='Save selected sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1738        self.SequentialFile.Append(id=wxID_PLOTSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot selected',
1739            help='Plot selected sequential refinement results')
1740        self.SequentialFile.Append(id=wxID_AVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Compute average',
1741            help='Compute average for selected parameter')           
1742        self.SequentialFile.Append(id=wxID_ORGSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reorganize',
1743            help='Reorganize variables where variables change')
1744        self.SequentialPvars = wx.Menu(title='')
1745        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPvars, title='Pseudo Vars')
1746        self.SequentialPvars.Append(
1747            id=wxADDSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Formula',
1748            help='Add a new custom pseudo-variable')
1749        self.SequentialPvars.Append(
1750            id=wxADDSEQDIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Distance',
1751            help='Add a new bond distance pseudo-variable')
1752        self.SequentialPvars.Append(
1753            id=wxADDSEQANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Angle',
1754            help='Add a new bond angle pseudo-variable')
1755        self.SequentialPvars.Append(
1756            id=wxDELSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete',
1757            help='Delete an existing pseudo-variable')
1758        self.SequentialPvars.Append(
1759            id=wxEDITSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit',
1760            help='Edit an existing pseudo-variable')
1761
1762        self.SequentialPfit = wx.Menu(title='')
1763        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPfit, title='Parametric Fit')
1764        self.SequentialPfit.Append(
1765            id=wxADDPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equation',
1766            help='Add a new equation to minimize')
1767        self.SequentialPfit.Append(
1768            id=wxCOPYPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy equation',
1769            help='Copy an equation to minimize - edit it next')
1770        self.SequentialPfit.Append(
1771            id=wxDELPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete equation',
1772            help='Delete an equation for parametric minimization')
1773        self.SequentialPfit.Append(
1774            id=wxEDITPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit equation',
1775            help='Edit an existing parametric minimization equation')
1776        self.SequentialPfit.Append(
1777            id=wxDOPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit to equation(s)',
1778            help='Perform a parametric minimization')
1779        # fill sequential Export menu
1780        self.SeqExportLookup = {}
1781        self.SequentialEx = wx.Menu(title='')
1782        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialEx, title='Seq Export')
1783        for lbl,txt in (('Phase','Export selected phase(s)'),
1784                        ('Project','Export entire sequential fit')):
1785            objlist = []
1786            for obj in self.G2frame.exporterlist:
1787                if lbl.lower() in obj.exporttype:
1788                    try:
1789                        obj.Writer
1790                    except AttributeError:
1791                        continue
1792                    objlist.append(obj)
1793            if objlist:
1794                submenu = wx.Menu()
1795                item = self.SequentialEx.AppendMenu(
1796                    wx.ID_ANY, lbl+' as',
1797                    submenu, help=txt)
1798                for obj in objlist:
1799                    item = submenu.Append(
1800                        wx.ID_ANY,
1801                        help=obj.longFormatName,
1802                        kind=wx.ITEM_NORMAL,
1803                        text=obj.formatName)
1804                    self.SeqExportLookup[item.GetId()] = (obj,lbl) # lookup table for submenu item
1805       
1806        self.PostfillDataMenu()
1807           
1808        # PWDR & SASD
1809        self.PWDRMenu = wx.MenuBar()
1810        self.PrefillDataMenu(self.PWDRMenu)
1811        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1812        self.PWDRMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1813        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1814            help='Error analysis on powder pattern')
1815        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1816            help='Copy of PWDR parameters')
1817        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PLOTCTRLCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy plot controls',
1818            help='Copy of PWDR plot controls')
1819        self.moveDiffCurve = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move diff. curve',
1820            help='Click on position where difference curve is placed')
1821        self.moveTickLoc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move ticks',
1822            help='Move mouse to where tick marks should be positioned')
1823        self.moveTickSpc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set tick space',
1824            help='Click to set spacing between phase tick marks')
1825        self.PostfillDataMenu()
1826           
1827        # HKLF
1828        self.HKLFMenu = wx.MenuBar()
1829        self.PrefillDataMenu(self.HKLFMenu)
1830        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1831        self.HKLFMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1832        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1833            help='Error analysis on single crystal data')
1834        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_MERGEHKL,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Merge HKLs',
1835            help='Transform & merge HKLF data to new histogram')
1836        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
1837            help='Plot HKLs from single crystal data in 3D')
1838        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_3DALLHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot all 3D HKLs',
1839            help='Plot HKLs from all single crystal data in 3D')
1840        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1841            help='Copy of HKLF parameters')
1842        self.PostfillDataMenu()
1843           
1844        # PWDR / Limits
1845        self.LimitMenu = wx.MenuBar()
1846        self.PrefillDataMenu(self.LimitMenu)
1847        self.LimitEdit = wx.Menu(title='')
1848        self.LimitMenu.Append(menu=self.LimitEdit, title='Edit Limits')
1849        self.LimitEdit.Append(id=wxID_LIMITCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1850            help='Copy limits to other histograms')
1851        self.LimitEdit.Append(id=wxID_ADDEXCLREGION, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add exclude',
1852            help='Add excluded region - select a point on plot; drag to adjust')           
1853        self.PostfillDataMenu()
1854           
1855        # PDR / Background
1856        self.BackMenu = wx.MenuBar()
1857        self.PrefillDataMenu(self.BackMenu)
1858        self.BackEdit = wx.Menu(title='')
1859        self.BackMenu.Append(menu=self.BackEdit, title='File')
1860        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1861            help='Copy background parameters to other histograms')
1862        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1863            help='Copy background refinement flags to other histograms')
1864        self.BackEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks',
1865            help='Move background peaks to Peak List')
1866        self.BackEdit.Append(id=wxID_MAKEBACKRDF, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot RDF',
1867            help='Plot radial distribution from differences')
1868        self.BackFixed = wx.Menu(title='') # fixed background point menu
1869        self.BackMenu.Append(menu=self.BackFixed, title='Fixed Points')
1870        self.wxID_BackPts = {}
1871        self.wxID_BackPts['Add'] = wx.NewId() # N.B. not using wxID_ global as for other menu items
1872        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Add'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Add',
1873            help='Add fixed background points with mouse clicks')
1874        self.wxID_BackPts['Move'] = wx.NewId() 
1875        item = self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Move'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Move',
1876            help='Move selected fixed background points with mouse drags')
1877        item.Check(True)
1878        self.wxID_BackPts['Del'] = wx.NewId()
1879        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Del'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Delete',
1880            help='Delete fixed background points with mouse clicks')
1881        self.wxID_BackPts['Clear'] = wx.NewId() 
1882        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Clear'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear',
1883            help='Clear fixed background points')
1884        self.wxID_BackPts['Fit'] = wx.NewId() 
1885        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Fit'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit background',
1886            help='Fit background function to fixed background points')
1887        self.PostfillDataMenu()
1888           
1889        # PDR / Instrument Parameters
1890        self.InstMenu = wx.MenuBar()
1891        self.PrefillDataMenu(self.InstMenu)
1892        self.InstEdit = wx.Menu(title='')
1893        self.InstMenu.Append(menu=self.InstEdit, title='Operations')
1894        self.InstEdit.Append(help='Calibrate from indexed peaks', 
1895            id=wxID_INSTCALIB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')           
1896        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
1897            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')           
1898        self.InstEdit.Append(help='Load instrument profile parameters from file', 
1899            id=wxID_INSTLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load profile...')           
1900        self.InstEdit.Append(help='Save instrument profile parameters to file', 
1901            id=wxID_INSTSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save profile...')
1902        self.InstEdit.Append(help='Save all instrument profile parameters to one file', 
1903            id=wxID_INSTSAVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all profile...')           
1904        self.InstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
1905            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
1906        self.InstEdit.Append(id=wxID_INSTFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1907            help='Copy instrument parameter refinement flags to other histograms')
1908#        self.InstEdit.Append(help='Change radiation type (Ka12 - synch)',
1909#            id=wxID_CHANGEWAVETYPE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change radiation')
1910        self.InstEdit.Append(id=wxID_INST1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
1911            help='Set one instrument parameter value across multiple histograms')
1912
1913        self.PostfillDataMenu()
1914       
1915        # PDR / Sample Parameters
1916        self.SampleMenu = wx.MenuBar()
1917        self.PrefillDataMenu(self.SampleMenu)
1918        self.SampleEdit = wx.Menu(title='')
1919        self.SampleMenu.Append(menu=self.SampleEdit, title='Command')
1920        self.SetScale = self.SampleEdit.Append(id=wxID_SETSCALE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set scale',
1921            help='Set scale by matching to another histogram')
1922        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load',
1923            help='Load sample parameters from file')
1924        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLESAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save',
1925            help='Save sample parameters to file')
1926        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1927            help='Copy refinable and most other sample parameters to other histograms')
1928        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPYSOME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected...',
1929            help='Copy selected sample parameters to other histograms')
1930        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLEFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1931            help='Copy sample parameter refinement flags to other histograms')
1932        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLE1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
1933            help='Set one sample parameter value across multiple histograms')
1934        self.SampleEdit.Append(id=wxID_ALLSAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load all',
1935            help='Load sample parmameters over multiple histograms')
1936
1937        self.PostfillDataMenu()
1938        self.SetScale.Enable(False)
1939
1940        # PDR / Peak List
1941        self.PeakMenu = wx.MenuBar()
1942        self.PrefillDataMenu(self.PeakMenu)
1943        self.PeakEdit = wx.Menu(title='')
1944        self.PeakMenu.Append(menu=self.PeakEdit, title='Peak Fitting')
1945        self.peaksSel = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
1946            help='Set refinement flags for selected peaks',
1947            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1948            text='Set sel. ref flags...')
1949        self.peaksAll = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
1950            help='Set refinement flags for all peaks',
1951            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1952            text='Set all ref flags...')
1953        self.AutoSearch = self.PeakEdit.Append(help='Automatic peak search', 
1954            id=wxID_AUTOSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto search')
1955        self.UnDo = self.PeakEdit.Append(help='Undo last least squares refinement', 
1956            id=wxID_UNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='UnDo')
1957        self.PeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit', 
1958            help='Peak fitting' )
1959        self.PFOneCycle = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQONECYCLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit one cycle', 
1960            help='One cycle of Peak fitting' )
1961        self.PeakEdit.Append(id=wxID_RESETSIGGAM, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
1962            text='Reset sig and gam',help='Reset sigma and gamma to global fit' )
1963        self.PeakCopy = self.PeakEdit.Append(help='Copy peaks to other histograms', 
1964            id=wxID_PEAKSCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peak copy')
1965        self.SeqPeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_SEQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Seq PeakFit', 
1966            help='Sequential Peak fitting for all histograms' )
1967        self.PeakEdit.Append(id=wxID_CLEARPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
1968            help='Clear the peak list' )
1969        self.movePeak = self.PeakEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected peak',
1970            help='Select a peak in the table, then use this to move it with the mouse.')
1971        self.PostfillDataMenu()
1972        self.UnDo.Enable(False)
1973        self.PeakFit.Enable(False)
1974        self.PFOneCycle.Enable(False)
1975        self.AutoSearch.Enable(True)
1976       
1977        # PDR / Index Peak List
1978        self.IndPeaksMenu = wx.MenuBar()
1979        self.PrefillDataMenu(self.IndPeaksMenu)
1980        self.IndPeaksEdit = wx.Menu(title='')
1981        self.IndPeaksMenu.Append(menu=self.IndPeaksEdit,title='Operations')
1982        self.IndPeaksEdit.Append(help='Load/Reload index peaks from peak list',id=wxID_INDXRELOAD, 
1983            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load/Reload')
1984        self.PostfillDataMenu()
1985       
1986        # PDR / Unit Cells List
1987        self.IndexMenu = wx.MenuBar()
1988        self.PrefillDataMenu(self.IndexMenu)
1989        self.IndexEdit = wx.Menu(title='')
1990        self.IndexMenu.Append(menu=self.IndexEdit, title='Cell Index/Refine')
1991        self.IndexPeaks = self.IndexEdit.Append(help='', id=wxID_INDEXPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
1992            text='Index Cell')
1993        self.CopyCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_COPYCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Cell', 
1994            help='Copy selected unit cell from indexing to cell refinement fields')
1995        self.RefineCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_REFINECELL, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
1996            text='Refine Cell',help='Refine unit cell parameters from indexed peaks')
1997        self.MakeNewPhase = self.IndexEdit.Append( id=wxID_MAKENEWPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
1998            text='Make new phase',help='Make new phase from selected unit cell')
1999        self.ExportCells = self.IndexEdit.Append( id=wxID_EXPORTCELLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2000            text='Export cell list',help='Export cell list to csv file')
2001        self.PostfillDataMenu()
2002        self.IndexPeaks.Enable(False)
2003        self.CopyCell.Enable(False)
2004        self.RefineCell.Enable(False)
2005        self.MakeNewPhase.Enable(False)
2006       
2007        # PDR / Reflection Lists
2008        self.ReflMenu = wx.MenuBar()
2009        self.PrefillDataMenu(self.ReflMenu)
2010        self.ReflEdit = wx.Menu(title='')
2011        self.ReflMenu.Append(menu=self.ReflEdit, title='Reflection List')
2012        self.SelectPhase = self.ReflEdit.Append(help='Select phase for reflection list',id=wxID_SELECTPHASE, 
2013            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase')
2014        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWDHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot HKLs',
2015            help='Plot HKLs from powder pattern')
2016        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
2017            help='Plot HKLs from powder pattern in 3D')
2018        self.PostfillDataMenu()
2019       
2020        # SASD / Instrument Parameters
2021        self.SASDInstMenu = wx.MenuBar()
2022        self.PrefillDataMenu(self.SASDInstMenu)
2023        self.SASDInstEdit = wx.Menu(title='')
2024        self.SASDInstMenu.Append(menu=self.SASDInstEdit, title='Operations')
2025        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
2026            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')
2027        self.SASDInstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
2028            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
2029        self.PostfillDataMenu()
2030       
2031        #SASD & REFL/ Substance editor
2032        self.SubstanceMenu = wx.MenuBar()
2033        self.PrefillDataMenu(self.SubstanceMenu)
2034        self.SubstanceEdit = wx.Menu(title='')
2035        self.SubstanceMenu.Append(menu=self.SubstanceEdit, title='Edit substance')
2036        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_LOADSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load substance',
2037            help='Load substance from file')
2038        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ADDSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add substance',
2039            help='Add new substance to list')
2040        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_COPYSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy substances',
2041            help='Copy substances')
2042        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_DELETESUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete substance',
2043            help='Delete substance from list')           
2044        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add elements',
2045            help='Add elements to substance')
2046        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete elements',
2047            help='Delete elements from substance')
2048        self.PostfillDataMenu()
2049       
2050        # SASD/ Models
2051        self.ModelMenu = wx.MenuBar()
2052        self.PrefillDataMenu(self.ModelMenu)
2053        self.ModelEdit = wx.Menu(title='')
2054        self.ModelMenu.Append(menu=self.ModelEdit, title='Models')
2055        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELADD,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add',
2056            help='Add new term to model')
2057        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit',
2058            help='Fit model parameters to data')
2059        self.SasdUndo = self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELUNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Undo',
2060            help='Undo model fit')
2061        self.SasdUndo.Enable(False)           
2062        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFITALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequential fit',
2063            help='Sequential fit of model parameters to all SASD data')
2064        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
2065            help='Copy model parameters to other histograms')
2066        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2067            help='Copy model refinement flags to other histograms')
2068        self.PostfillDataMenu()
2069       
2070        # IMG / Image Controls
2071        self.ImageMenu = wx.MenuBar()
2072        self.PrefillDataMenu(self.ImageMenu)
2073        self.ImageEdit = wx.Menu(title='')
2074        self.ImageMenu.Append(menu=self.ImageEdit, title='Operations')
2075        self.ImageEdit.Append(help='Calibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2076            id=wxID_IMCALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')
2077        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2078            id=wxID_IMRECALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate')
2079        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate all images by fitting to calibrant lines', 
2080            id=wxID_IMRECALIBALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate all')           
2081        self.ImageEdit.Append(help='Clear calibration data points and rings',id=wxID_IMCLEARCALIB, 
2082            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear calibration')
2083        self.ImageEdit.Append(help='Integrate selected image',id=wxID_IMINTEGRATE, 
2084            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate')
2085        self.ImageEdit.Append(help='Integrate all images selected from list',id=wxID_INTEGRATEALL,
2086            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate all')
2087        self.ImageEdit.Append(help='Copy image controls to other images', 
2088            id=wxID_IMCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Controls')
2089        self.ImageEdit.Append(help='Copy selected image controls to other images', 
2090            id=wxID_IMCOPYSELECTED, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Selected')
2091        self.ImageEdit.Append(help='Save image controls to file', 
2092            id=wxID_IMSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Controls')
2093        self.ImageEdit.Append(help='Save controls from selected images to file', 
2094            id=wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Multiple Controls')
2095        self.ImageEdit.Append(help='Load image controls from file',
2096            id=wxID_IMLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load Controls')
2097        self.ImageEdit.Append(help='Transfer integration range for other detector distances', 
2098            id=wxID_IMXFERCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Xfer angles')
2099        self.ImageEdit.Append(help='Open Auto-integration window to integrate a series of images', 
2100            id=wxID_IMAUTOINTEG, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto Integrate')
2101        self.PostfillDataMenu()
2102           
2103        # IMG / Masks
2104        self.MaskMenu = wx.MenuBar()
2105        self.PrefillDataMenu(self.MaskMenu)
2106        self.MaskEdit = wx.Menu(title='')
2107        self.MaskMenu.Append(menu=self.MaskEdit, title='Operations')
2108        submenu = wx.Menu()
2109        self.MaskEdit.AppendMenu(
2110            wx.ID_ANY,'Create new', submenu,
2111            help=''
2112            )
2113        self.MaskEdit.Append(help='Copy mask to other images', 
2114            id=wxID_MASKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy mask')
2115        self.MaskEdit.Append(help='Save mask to file', 
2116            id=wxID_MASKSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save mask')
2117        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file', 
2118            id=wxID_MASKLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask')
2119        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file; ignore threshold', 
2120            id=wxID_MASKLOADNOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask w/o threshold')
2121        self.MaskEdit.Append(help='Auto search for spot masks; NB: will clear old spot masks', 
2122            id=wxID_FINDSPOTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto spot masks')
2123        submenu.Append(help='Create an arc mask with mouse input', 
2124            id=wxID_NEWMASKARC, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Arc mask')
2125        submenu.Append(help='Create a frame mask with mouse input', 
2126            id=wxID_NEWMASKFRAME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Frame mask')
2127        submenu.Append(help='Create a polygon mask with mouse input', 
2128            id=wxID_NEWMASKPOLY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Polygon mask')
2129        submenu.Append(help='Create a ring mask with mouse input', 
2130            id=wxID_NEWMASKRING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Ring mask')
2131        submenu.Append(help='Create spot masks with mouse input', 
2132            id=wxID_NEWMASKSPOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Spot mask')
2133        self.PostfillDataMenu()
2134           
2135        # IMG / Stress/Strain
2136        self.StrStaMenu = wx.MenuBar()
2137        self.PrefillDataMenu(self.StrStaMenu)
2138        self.StrStaEdit = wx.Menu(title='')
2139        self.StrStaMenu.Append(menu=self.StrStaEdit, title='Operations')
2140        self.StrStaEdit.Append(help='Append d-zero for one ring', 
2141            id=wxID_APPENDDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append d-zero')
2142        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data', 
2143            id=wxID_STRSTAFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit stress/strain')
2144        self.StrStaEdit.Append(help='Plot intensity distribution', 
2145            id=wxID_STRSTAPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot intensity distribution')
2146        self.StrStaEdit.Append(help='Update d-zero from ave d-zero',
2147            id=wxID_UPDATEDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update d-zero')       
2148        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data for all images', 
2149            id=wxID_STRSTAALLFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='All image fit')
2150        self.StrStaEdit.Append(help='Copy stress/strain data to other images', 
2151            id=wxID_STRSTACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy stress/strain')
2152        self.StrStaEdit.Append(help='Save stress/strain data to file', 
2153            id=wxID_STRSTASAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save stress/strain')
2154        self.StrStaEdit.Append(help='Load stress/strain data from file', 
2155            id=wxID_STRSTALOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load stress/strain')
2156        self.StrStaEdit.Append(help='Load sample data from file', 
2157            id=wxID_STRSTSAMPLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load sample data')
2158        self.PostfillDataMenu()
2159           
2160        # PDF / PDF Controls
2161        self.PDFMenu = wx.MenuBar()
2162        self.PrefillDataMenu(self.PDFMenu)
2163        self.PDFEdit = wx.Menu(title='')
2164        self.PDFMenu.Append(menu=self.PDFEdit, title='PDF Controls')
2165        self.PDFEdit.Append(help='Add one or more elements to sample composition',id=wxID_PDFADDELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2166            text='Add elements')
2167        self.PDFEdit.Append(help='Delete element from sample composition',id=wxID_PDFDELELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2168            text='Delete element')
2169        self.PDFEdit.Append(help='Copy PDF controls', id=wxID_PDFCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2170            text='Copy controls')
2171        self.PDFEdit.Append(help='Load PDF controls from file',id=wxID_PDFLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2172            text='Load Controls')
2173        self.PDFEdit.Append(help='Save PDF controls to file', id=wxID_PDFSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2174            text='Save controls')
2175        self.PDFEdit.Append(help='Compute PDF', id=wxID_PDFCOMPUTE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2176            text='Compute PDF')
2177        self.PDFEdit.Append(help='Compute all PDFs', id=wxID_PDFCOMPUTEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2178            text='Compute all PDFs')
2179        self.PDFEdit.Append(help='Optimize PDF', id=wxID_PDFOPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2180            text='Optimize corrections for r<Rmin section of current G(r)')
2181        self.PostfillDataMenu()
2182       
2183        # Phase / General tab
2184        self.DataGeneral = wx.MenuBar()
2185        self.PrefillDataMenu(self.DataGeneral)
2186        self.DataGeneral.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2187        self.GeneralCalc = wx.Menu(title='')
2188        self.DataGeneral.Append(menu=self.GeneralCalc,title='Compute')
2189        self.GeneralCalc.Append(help='Compute Fourier map',id=wxID_FOURCALC, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2190            text='Fourier map')
2191        self.GeneralCalc.Append(help='Search Fourier map',id=wxID_FOURSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2192            text='Search map')
2193        self.GeneralCalc.Append(help='Run charge flipping',id=wxID_CHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2194            text='Charge flipping')
2195        self.GeneralCalc.Append(help='Run 4D charge flipping',id=wxID_4DCHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2196            text='4D Charge flipping')
2197        self.GeneralCalc.Enable(wxID_4DCHARGEFLIP,False)   
2198        self.GeneralCalc.Append(help='Clear map',id=wxID_FOURCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2199            text='Clear map')
2200        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing',id=wxID_SINGLEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2201            text='MC/SA')
2202        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing on multiprocessors',id=wxID_MULTIMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2203            text='Multi MC/SA')            #currently not useful
2204        self.GeneralCalc.Append(help='Transform crystal structure',id=wxID_TRANSFORMSTRUCTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2205            text='Transform')
2206        self.PostfillDataMenu()
2207       
2208        # Phase / Data tab
2209        self.DataMenu = wx.MenuBar()
2210        self.PrefillDataMenu(self.DataMenu)
2211        self.DataMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2212        self.DataEdit = wx.Menu(title='')
2213        self.DataMenu.Append(menu=self.DataEdit, title='Edit Phase')
2214        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy data',
2215            help='Copy phase data to other histograms')
2216        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2217            help='Copy phase data flags to other histograms')
2218        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATASELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected data',
2219            help='Copy selected phase data to other histograms')
2220        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATAUSE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select used data',
2221            help='Select all histograms to use')
2222        self.DataEdit.Append(id=wxID_PWDRADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add powder histograms',
2223            help='Select new powder histograms to be used for this phase')
2224        self.DataEdit.Append(id=wxID_HKLFADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add single crystal histograms',
2225            help='Select new single crystal histograms to be used for this phase')
2226        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove histograms',
2227            help='Remove histograms from use for this phase')
2228        self.PostfillDataMenu()
2229           
2230        # Phase / Atoms tab
2231        self.AtomsMenu = wx.MenuBar()
2232        self.PrefillDataMenu(self.AtomsMenu)
2233        self.AtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2234        self.AtomEdit = wx.Menu(title='')
2235        self.AtomCompute = wx.Menu(title='')
2236        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomEdit, title='Edit Atoms')
2237        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomCompute, title='Compute')
2238        submenu = wx.Menu()
2239        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'On selected atoms...', submenu, 
2240            help='Set/Act on selected atoms')
2241        submenu.Append(wxID_ATOMSSETSEL,
2242            help='Set refinement flags for selected atoms',
2243            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2244            text='Refine selected')
2245        submenu.Append(id=wxID_ATOMSMODIFY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Modify parameters',
2246            help='Modify parameters values for all selected atoms')
2247        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert atom',
2248            help='Inserts an H atom before all selected atoms')
2249        submenu.Append(id=wxID_ADDHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc H atoms',
2250            help='Insert H atoms in expected bonding positions for selected atoms')
2251        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atom',
2252            help='Delete selected atoms')
2253        submenu.Append(id=wxID_ATOMSTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform atoms',
2254            help='Symmetry transform selected atoms')
2255#        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSROTATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rotate atoms',
2256#            help='Select atoms to rotate first')
2257        submenu.Append(wxID_ATOMSSETALL,
2258            help='Set refinement flags for all atoms',
2259            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2260            text='Select All')
2261       
2262        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSEDITADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append atom',
2263            help='Appended as an H atom')
2264        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSVIEWADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append view point',
2265            help='Appended as an H atom')
2266        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMVIEWINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert view point',
2267            help='Select atom row to insert before; inserted as an H atom')
2268        self.AtomEdit.Append(id=wxID_UPDATEHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update H atoms',
2269            help='Update H atoms in standard positions')
2270        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected atom to view point',
2271            help='Select a single atom to be moved to view point in plot')
2272        self.AtomEdit.Append(id=wxID_MAKEMOLECULE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assemble molecule',
2273            help='Select a single atom to assemble as a molecule from scattered atom positions')
2274        self.AtomEdit.Append(id=wxID_RELOADDRAWATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reload draw atoms',
2275            help='Reload atom drawing list')
2276        submenu = wx.Menu()
2277        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Reimport atoms', submenu, 
2278            help='Reimport atoms from file; sequence must match')
2279        # setup a cascade menu for the formats that have been defined
2280        self.ReImportMenuId = {}  # points to readers for each menu entry
2281        for reader in self.G2frame.ImportPhaseReaderlist:
2282            item = submenu.Append(
2283                wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
2284                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='reimport coordinates from '+reader.formatName+' file')
2285            self.ReImportMenuId[item.GetId()] = reader
2286        item = submenu.Append(
2287            wx.ID_ANY,
2288            help='Reimport coordinates, try to determine format from file',
2289            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2290            text='guess format from file')
2291        self.ReImportMenuId[item.GetId()] = None # try all readers
2292
2293        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show Distances && Angles',
2294            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2295        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSPDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Distances && Angles',
2296            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2297        self.AtomCompute.ISOcalc = self.AtomCompute.Append(
2298            id=wxID_ISODISP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2299            text='ISODISTORT mode values',
2300            help='Compute values of ISODISTORT modes from atom parameters')
2301        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDENSITY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2302            text='Density',
2303            help='Compute density for current phase')
2304        self.PostfillDataMenu()
2305       
2306        # Phase / Imcommensurate "waves" tab
2307        self.WavesData = wx.MenuBar()
2308        self.PrefillDataMenu(self.WavesData)
2309        self.WavesData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2310        self.WavesDataEdit = wx.Menu(title='')
2311        self.WavesData.Append(menu=self.WavesDataEdit, title='Edit Wave')
2312        self.WavesDataEdit.Append(id=wxID_WAVEVARY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global wave vary',
2313            help='Global setting of wave vary flags')
2314        self.PostfillDataMenu()
2315       
2316        # Phase / Layer tab
2317        self.LayerData = wx.MenuBar()
2318        self.PrefillDataMenu(self.LayerData)
2319        self.LayerData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2320        self.LayerDataEdit = wx.Menu(title='')
2321        self.LayerData.Append(menu=self.LayerDataEdit, title='Operations')
2322        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LOADDIFFAX, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load from DIFFaX file',
2323            help='Load layer info from DIFFaX file')
2324        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_COPYPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy phase cell',
2325            help='Copy phase cell from another project')
2326        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate pattern',
2327            help='Simulate diffraction pattern from layer stacking')
2328        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_SEQUENCESIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequence simulations',
2329            help='Sequence simulation changing one parameter')
2330        self.PostfillDataMenu()
2331                 
2332        # Phase / Draw Options tab
2333        self.DataDrawOptions = wx.MenuBar()
2334        self.PrefillDataMenu(self.DataDrawOptions)
2335        self.DataDrawOptions.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2336        self.PostfillDataMenu()
2337       
2338        # Phase / Draw Atoms tab
2339        self.DrawAtomsMenu = wx.MenuBar()
2340        self.PrefillDataMenu(self.DrawAtomsMenu)
2341        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2342        self.DrawAtomEdit = wx.Menu(title='')
2343        self.DrawAtomCompute = wx.Menu(title='')
2344        self.DrawAtomRestraint = wx.Menu(title='')
2345        self.DrawAtomRigidBody = wx.Menu(title='')
2346        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomEdit, title='Edit Figure')
2347        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomCompute,title='Compute')
2348        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRestraint, title='Restraints')
2349        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRigidBody, title='Rigid body')
2350        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMSTYLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom style',
2351            help='Select atoms first')
2352        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMLABEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom label',
2353            help='Select atoms first')
2354        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom color',
2355            help='Select atoms first')
2356        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset atom colors',
2357            help='Resets all atom colors to defaults')
2358        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRWAEDITRADII, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit atom radii',
2359            help='Edit drawing atom radii')
2360        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWVIEWPOINT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2361            help='View point is 1st atom selected')
2362        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDEQUIV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atoms',
2363            help='Add symmetry & cell equivalents to drawing set from selected atoms')
2364        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDSPHERE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add sphere of atoms',
2365            help='Add atoms within sphere of enclosure')
2366        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform draw atoms',
2367            help='Transform selected atoms by symmetry & cell translations')
2368        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCOORD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill CN-sphere',
2369            help='Fill coordination sphere for selected atoms')           
2370        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill unit cell',
2371            help='Fill unit cell with selected atoms')
2372        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atoms',
2373            help='Delete atoms from drawing set')
2374        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2375            help='Compute distance of selected atoms from view point')   
2376        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISAGLTOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Dist. Ang. Tors.',
2377            help='Compute distance, angle or torsion for 2-4 selected atoms')   
2378        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Best plane',
2379            help='Compute best plane for 4+ selected atoms')   
2380        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRBOND, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add bond restraint',
2381            help='Add bond restraint for selected atoms (2)')
2382        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add angle restraint',
2383            help='Add angle restraint for selected atoms (3: one end 1st)')
2384        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add plane restraint',
2385            help='Add plane restraint for selected atoms (4+)')
2386        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRCHIRAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add chiral restraint',
2387            help='Add chiral restraint for selected atoms (4: center atom 1st)')
2388        self.DrawAtomRigidBody.Append(id=wxID_DRAWDEFINERB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define rigid body',
2389            help='Define rigid body with selected atoms')
2390        self.PostfillDataMenu()
2391
2392        # Phase / MCSA tab
2393        self.MCSAMenu = wx.MenuBar()
2394        self.PrefillDataMenu(self.MCSAMenu)
2395        self.MCSAMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2396        self.MCSAEdit = wx.Menu(title='')
2397        self.MCSAMenu.Append(menu=self.MCSAEdit, title='MC/SA')
2398        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSAATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atom', 
2399            help='Add single atom to MC/SA model')
2400        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body', 
2401            help='Add rigid body to MC/SA model' )
2402        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_CLEARMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear rigid bodies', 
2403            help='Clear all atoms & rigid bodies from MC/SA model' )
2404        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MOVEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move MC/SA solution', 
2405            help='Move MC/SA solution to atom list' )
2406        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MCSACLEARRESULTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear results', 
2407            help='Clear table of MC/SA results' )
2408        self.PostfillDataMenu()
2409           
2410        # Phase / Texture tab
2411        self.TextureMenu = wx.MenuBar()
2412        self.PrefillDataMenu(self.TextureMenu)
2413        self.TextureMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2414        self.TextureEdit = wx.Menu(title='')
2415        self.TextureMenu.Append(menu=self.TextureEdit, title='Texture')
2416        self.TextureEdit.Append(id=wxID_REFINETEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Refine texture', 
2417            help='Refine the texture coefficients from sequential results')
2418#        self.TextureEdit.Append(id=wxID_CLEARTEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear texture',
2419#            help='Clear the texture coefficients' )
2420        self.PostfillDataMenu()
2421           
2422        # Phase / Pawley tab
2423        self.PawleyMenu = wx.MenuBar()
2424        self.PrefillDataMenu(self.PawleyMenu)
2425        self.PawleyMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2426        self.PawleyEdit = wx.Menu(title='')
2427        self.PawleyMenu.Append(menu=self.PawleyEdit,title='Operations')
2428        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley settings',
2429            help='Change Pawley refinement settings')
2430        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley create',
2431            help='Initialize Pawley reflection list')
2432        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYESTIMATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley estimate',
2433            help='Estimate initial Pawley intensities')
2434        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYUPDATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley update',
2435            help='Update negative Pawley intensities with -0.5*Fobs and turn off refinement')
2436        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select all',
2437            help='Select all reflections to be refined')
2438        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELNONE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select none',
2439            help='Set flag for all reflections for no refinement')
2440        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELTOGGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Toggle Selection',
2441            help='Toggle Selection flag for all reflections to opposite setting')
2442        self.PostfillDataMenu()
2443           
2444        # Phase / Map peaks tab
2445        self.MapPeaksMenu = wx.MenuBar()
2446        self.PrefillDataMenu(self.MapPeaksMenu)
2447        self.MapPeaksMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2448        self.MapPeaksEdit = wx.Menu(title='')
2449        self.MapPeaksMenu.Append(menu=self.MapPeaksEdit, title='Map peaks')
2450        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks', 
2451            help='Move selected peaks to atom list')
2452        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSVIEWPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2453            help='View point is 1st peak selected')
2454        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2455            help='Compute distance of selected peaks from view point')   
2456        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_SHOWBONDS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Hide bonds',
2457            help='Hide or show bonds between peak positions')   
2458        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc dist/ang', 
2459            help='Calculate distance or angle for selection')
2460        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_FINDEQVPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Equivalent peaks', 
2461            help='Find equivalent peaks')
2462        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSUNIQUE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Unique peaks', 
2463            help='Select unique set')
2464        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete peaks', 
2465            help='Delete selected peaks')
2466        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
2467            help='Clear the map peak list')
2468        self.PostfillDataMenu()
2469
2470        # Phase / Rigid bodies tab
2471        self.RigidBodiesMenu = wx.MenuBar()
2472        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodiesMenu)
2473        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2474        self.RigidBodiesEdit = wx.Menu(title='')
2475        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=self.RigidBodiesEdit, title='Edit Body')
2476        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_ASSIGNATMS2RB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assign atoms to rigid body',
2477            help='Select & position rigid body in structure of existing atoms')
2478        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_AUTOFINDRESRB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto find residues',
2479            help='Auto find of residue RBs in macromolecule')
2480        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_COPYRBPARMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy rigid body parms',
2481            help='Copy rigid body location & TLS parameters')
2482        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALTHERM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global thermal motion',
2483            help='Global setting of residue thermal motion models')
2484        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALRESREFINE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global residue refine',
2485            help='Global setting of residue RB refinement flags')
2486        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_RBREMOVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove all rigid bodies',
2487            help='Remove all rigid body assignment for atoms')
2488        self.PostfillDataMenu()
2489    # end of GSAS-II menu definitions
2490       
2491    def _init_ctrls(self, parent,name=None,size=None,pos=None):
2492        wx.Frame.__init__(
2493            self,parent=parent,
2494            #style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX | wx.FRAME_FLOAT_ON_PARENT ,
2495            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX,
2496            size=size,pos=pos,title='GSAS-II data display')
2497        self._init_menus()
2498        if name:
2499            self.SetLabel(name)
2500        self.Show()
2501       
2502    def __init__(self,parent,frame,data=None,name=None, size=None,pos=None):
2503        self.G2frame = frame
2504        self._init_ctrls(parent,name,size,pos)
2505        self.data = data
2506        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2507        Size = self.GetSize()
2508        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2509        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]+250))
2510        self.AtomGrid = []
2511        self.selectedRow = 0
2512        self.lastSize = [0,0]       
2513        self.manualPhaseSize = None
2514        self.userReSize = False
2515        wx.Frame.Bind(self,wx.EVT_SIZE,self.OnReSize)
2516           
2517    def OnReSize(self,event):
2518        '''Keep track of size changes for Phase windows
2519        '''
2520        id = self.G2frame.PatternTree.GetSelection()
2521        try:
2522            parent = self.G2frame.PatternTree.GetItemParent(id)
2523        except:         #avoid bad tree item on start via gpx file selection
2524            parent = 0
2525        if self.userReSize and parent and self.G2frame.PatternTree.GetItemText(parent) == "Phases": 
2526            if self.lastSize == event.EventObject.GetSize():
2527                if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2528                    print 'no save size=',self.lastSize
2529                return
2530            self.manualPhaseSize = event.EventObject.GetSize()
2531            if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2532                print 'Saving Phase size=',self.manualPhaseSize
2533                #HowDidIgetHere()
2534        event.Skip()
2535
2536    def SendSizeEvent(self):
2537        '''Prevent SendSizeEvent from overriding the saved size
2538        '''
2539        self.userReSize = False
2540        wx.Frame.SendSizeEvent(self)
2541        self.userReSize = True
2542       
2543    def setSizePosLeft(self,Width):
2544        '''Place the dataFrame window so that the upper left-hand corner remains in the same place;
2545        The size is dictated by parameter Width, unless overridden by a previous Phase window resize
2546        '''
2547        self.userReSize = False
2548        Width = list(Width)
2549        id = self.G2frame.PatternTree.GetSelection()
2550        try:            #avoid bad tree item on start via gpx file selection
2551            pid = self.G2frame.PatternTree.GetItemParent(id)
2552        except:
2553            pid = 0
2554        if pid:
2555            parent = self.G2frame.PatternTree.GetItemText(pid)
2556            # is this a phase window and has a previous window has been resized?
2557            if self.manualPhaseSize and parent == "Phases":
2558                Width = list(self.manualPhaseSize)
2559        Pos = self.GetPosition()
2560        clientSize = wx.ClientDisplayRect()     #display window size (e.g. 1304x768)
2561        Width[1] = min(Width[1],clientSize[2]-300)
2562        Width[0] = max(Width[0],300)
2563        self.SetSize(Width)
2564        if self.lastSize[0]:
2565            Pos[0] += self.lastSize[0]-Width[0]
2566        offSet = 0
2567        if Pos[0] < clientSize[2]:
2568            offSet = Pos[0]+Width[0]-clientSize[2]
2569        if offSet > 0:
2570            Pos[0] -= offSet
2571        self.SetPosition(wx.Point(Pos[0],Pos[1]))
2572        self.lastSize = Width
2573        self.userReSize = True
2574       
2575    def Clear(self):
2576        self.ClearBackground()
2577        self.DestroyChildren()
2578                   
2579
2580################################################################################
2581#####  Notebook Tree Item editor
2582################################################################################                 
2583def UpdateNotebook(G2frame,data):
2584    '''Called when the data tree notebook entry is selected. Allows for
2585    editing of the text in that tree entry
2586    '''
2587    def OnNoteBook(event):
2588        event.Skip()
2589        data = G2frame.dataDisplay.GetValue().split('\n')
2590        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Notebook'),data)
2591        if 'nt' not in os.name:
2592            G2frame.dataDisplay.AppendText('\n')
2593                   
2594    if G2frame.dataDisplay:
2595        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2596    G2frame.dataFrame.SetLabel('Notebook')
2597    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2598        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_PROCESS_ENTER | wx.TE_DONTWRAP)
2599    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnNoteBook)
2600    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnNoteBook)
2601    for line in data:
2602        G2frame.dataDisplay.AppendText(line+"\n")
2603    G2frame.dataDisplay.AppendText('Notebook entry @ '+time.ctime()+"\n")
2604    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2605           
2606################################################################################
2607#####  Controls Tree Item editor
2608################################################################################           
2609def UpdateControls(G2frame,data):
2610    '''Edit overall GSAS-II controls in main Controls data tree entry
2611    '''
2612    #patch
2613    if 'deriv type' not in data:
2614        data = {}
2615        data['deriv type'] = 'analytic Hessian'
2616        data['min dM/M'] = 0.0001
2617        data['shift factor'] = 1.
2618        data['max cyc'] = 3       
2619        data['F**2'] = False
2620    if 'shift factor' not in data:
2621        data['shift factor'] = 1.
2622    if 'max cyc' not in data:
2623        data['max cyc'] = 3
2624    if 'F**2' not in data:
2625        data['F**2'] = False
2626    if 'Author' not in data:
2627        data['Author'] = 'no name'
2628    if 'FreePrm1' not in data:
2629        data['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
2630    if 'FreePrm2' not in data:
2631        data['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
2632    if 'FreePrm3' not in data:
2633        data['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
2634    if 'Copy2Next' not in data:
2635        data['Copy2Next'] = False
2636    if 'Reverse Seq' not in data:
2637        data['Reverse Seq'] = False
2638    if 'UsrReject' not in data:
2639        data['UsrReject'] = {'minF/sig':0,'MinExt':0.01,'MaxDF/F':20.,'MaxD':500.,'MinD':0.05}
2640    if 'HatomFix' not in data:
2641        data['HatomFix'] = False
2642    if 'Marquardt' not in data:
2643        data['Marquardt'] = -3
2644   
2645    #end patch
2646
2647    def SeqSizer():
2648       
2649        def OnSelectData(event):
2650            choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['PWDR','HKLF',])
2651            sel = []
2652            try:
2653                if 'Seq Data' in data:
2654                    for item in data['Seq Data']:
2655                        sel.append(choices.index(item))
2656                    sel = [choices.index(item) for item in data['Seq Data']]
2657            except ValueError:  #data changed somehow - start fresh
2658                sel = []
2659            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential refinement',
2660                'Select dataset to include',choices)
2661            dlg.SetSelections(sel)
2662            names = []
2663            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2664                for sel in dlg.GetSelections():
2665                    names.append(choices[sel])
2666                data['Seq Data'] = names               
2667                G2frame.EnableSeqRefineMenu()
2668            dlg.Destroy()
2669            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2670           
2671        def OnReverse(event):
2672            data['Reverse Seq'] = reverseSel.GetValue()
2673           
2674        def OnCopySel(event):
2675            data['Copy2Next'] = copySel.GetValue() 
2676                   
2677        seqSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2678        dataSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2679        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Sequential Refinement: '),0,WACV)
2680        selSeqData = wx.Button(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Select data')
2681        selSeqData.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnSelectData)
2682        dataSizer.Add(selSeqData,0,WACV)
2683        SeqData = data.get('Seq Data',[])
2684        if not SeqData:
2685            lbl = ' (no data selected)'
2686        else:
2687            lbl = ' ('+str(len(SeqData))+' dataset(s) selected)'
2688
2689        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=lbl),0,WACV)
2690        seqSizer.Add(dataSizer,0)
2691        if SeqData:
2692            selSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2693            reverseSel = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Reverse order?')
2694            reverseSel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnReverse)
2695            reverseSel.SetValue(data['Reverse Seq'])
2696            selSizer.Add(reverseSel,0,WACV)
2697            copySel =  wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Copy results to next histogram?')
2698            copySel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnCopySel)
2699            copySel.SetValue(data['Copy2Next'])
2700            selSizer.Add(copySel,0,WACV)
2701            seqSizer.Add(selSizer,0)
2702        return seqSizer
2703       
2704    def LSSizer():       
2705       
2706        def OnDerivType(event):
2707            data['deriv type'] = derivSel.GetValue()
2708            derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2709            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2710           
2711        def OnConvergence(event):
2712            event.Skip()
2713            try:
2714                value = max(1.e-9,min(1.0,float(Cnvrg.GetValue())))
2715            except ValueError:
2716                value = 0.0001
2717            data['min dM/M'] = value
2718            Cnvrg.SetValue('%.2g'%(value))
2719           
2720        def OnMaxCycles(event):
2721            data['max cyc'] = int(maxCyc.GetValue())
2722            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2723           
2724        def OnMarqLam(event):
2725            data['Marquardt'] = int(marqLam.GetValue())
2726            marqLam.SetValue(str(data['Marquardt']))
2727                       
2728        def OnFactor(event):
2729            event.Skip()
2730            try:
2731                value = min(max(float(Factr.GetValue()),0.00001),100.)
2732            except ValueError:
2733                value = 1.0
2734            data['shift factor'] = value
2735            Factr.SetValue('%.5f'%(value))
2736           
2737        def OnFsqRef(event):
2738            data['F**2'] = fsqRef.GetValue()
2739           
2740#        def OnHatomFix(event):
2741#            data['HatomFix'] = Hfix.GetValue()
2742       
2743        def OnUsrRej(event):
2744            event.Skip()
2745            Obj = event.GetEventObject()
2746            item,limits = Indx[Obj]
2747            try:
2748                value = min(max(float(Obj.GetValue()),limits[0]),limits[1])
2749            except ValueError:
2750                value = data['UsrReject'][item]
2751            data['UsrReject'][item] = value
2752            Obj.SetValue('%.2f'%(value))
2753
2754        LSSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,vgap=5,hgap=5)
2755        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement derivatives: '),0,WACV)
2756        Choice=['analytic Jacobian','numeric','analytic Hessian']
2757        derivSel = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['deriv type'],choices=Choice,
2758            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2759        derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2760        derivSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnDerivType)
2761           
2762        LSSizer.Add(derivSel,0,WACV)
2763        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min delta-M/M: '),0,WACV)
2764        Cnvrg = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2g'%(data['min dM/M']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2765        Cnvrg.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnConvergence)
2766        Cnvrg.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnConvergence)
2767        LSSizer.Add(Cnvrg,0,WACV)
2768        Indx = {}
2769        if 'Hessian' in data['deriv type']:
2770            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max cycles: '),0,WACV)
2771            Choice = ['0','1','2','3','5','10','15','20']
2772            maxCyc = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['max cyc']),choices=Choice,
2773                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2774#            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2775            maxCyc.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxCycles)
2776            LSSizer.Add(maxCyc,0,WACV)
2777            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial lambda = 10**'),0,WACV)
2778            MarqChoice = ['-3','-2','-1','0','1','2','3','4']
2779            marqLam = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['Marquardt']),choices=MarqChoice,
2780                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2781            marqLam.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMarqLam)
2782            LSSizer.Add(marqLam,0,WACV)
2783        else:
2784            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial shift factor: '),0,WACV)
2785            Factr = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.5f'%(data['shift factor']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2786            Factr.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFactor)
2787            Factr.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFactor)
2788            LSSizer.Add(Factr,0,WACV)
2789        if G2frame.Sngl:
2790            userReject = data['UsrReject']
2791            usrRej = {'minF/sig':[' Min obs/sig (0-5): ',[0,5], ],'MinExt':[' Min extinct. (0-.9): ',[0,.9],],
2792                'MaxDF/F':[' Max delt-F/sig (3-1000): ',[3.,1000.],],'MaxD':[' Max d-spacing (3-500): ',[3,500],],
2793                'MinD':[' Min d-spacing (0.1-2.0): ',[0.1,2.0],]}
2794
2795            fsqRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Refine HKLF as F^2? ')
2796            fsqRef.SetValue(data['F**2'])
2797            fsqRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnFsqRef)
2798            LSSizer.Add(fsqRef,0,WACV)
2799            LSSizer.Add((1,0),)
2800            for item in usrRej:
2801                LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,label=usrRej[item][0]),0,WACV)
2802                usrrej = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2f'%(userReject[item]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2803                Indx[usrrej] = [item,usrRej[item][1]]
2804                usrrej.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnUsrRej)
2805                usrrej.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnUsrRej)
2806                LSSizer.Add(usrrej,0,WACV)
2807#        Hfix = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Regularize H atoms? ')
2808#        Hfix.SetValue(data['HatomFix'])
2809#        Hfix.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnHatomFix)
2810#        LSSizer.Add(Hfix,0,WACV)   #for now
2811        return LSSizer
2812       
2813    def AuthSizer():
2814
2815        def OnAuthor(event):
2816            event.Skip()
2817            data['Author'] = auth.GetValue()
2818
2819        Author = data['Author']
2820        authSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2821        authSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' CIF Author (last, first):'),0,WACV)
2822        auth = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value=Author,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2823        auth.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnAuthor)
2824        auth.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnAuthor)
2825        authSizer.Add(auth,0,WACV)
2826        return authSizer
2827       
2828       
2829    if G2frame.dataDisplay:
2830        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2831    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2832        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2833        Status.SetStatusText('')
2834    G2frame.dataFrame.SetLabel('Controls')
2835    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
2836    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ControlsMenu)
2837    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2838    mainSizer.Add((5,5),0)
2839    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement Controls:'),0,WACV)   
2840    mainSizer.Add(LSSizer())
2841    mainSizer.Add((5,5),0)
2842    mainSizer.Add(SeqSizer())
2843    mainSizer.Add((5,5),0)
2844    mainSizer.Add(AuthSizer())
2845    mainSizer.Add((5,5),0)
2846       
2847    mainSizer.Layout()   
2848    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2849    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
2850     
2851################################################################################
2852#####  Comments
2853################################################################################           
2854       
2855def UpdateComments(G2frame,data):                   
2856
2857    if G2frame.dataDisplay:
2858        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2859    G2frame.dataFrame.SetLabel('Comments')
2860    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2861        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY|wx.TE_DONTWRAP)
2862    for line in data:
2863        if '\n' not in line:
2864            G2frame.dataDisplay.AppendText(line+'\n')
2865        else:
2866            G2frame.dataDisplay.AppendText(line)
2867    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2868           
2869################################################################################
2870#####  Display of Sequential Results
2871################################################################################           
2872       
2873def UpdateSeqResults(G2frame,data,prevSize=None):
2874    """
2875    Called when the Sequential Results data tree entry is selected
2876    to show results from a sequential refinement.
2877   
2878    :param wx.Frame G2frame: main GSAS-II data tree windows
2879
2880    :param dict data: a dictionary containing the following items: 
2881
2882            * 'histNames' - list of histogram names in order as processed by Sequential Refinement
2883            * 'varyList' - list of variables - identical over all refinements in sequence
2884              note that this is the original list of variables, prior to processing
2885              constraints.
2886            * 'variableLabels' -- a dict of labels to be applied to each parameter
2887              (this is created as an empty dict if not present in data).
2888            * keyed by histName - dictionaries for all data sets processed, which contains:
2889
2890              * 'variables'- result[0] from leastsq call
2891              * 'varyList' - list of variables passed to leastsq call (not same as above)
2892              * 'sig' - esds for variables
2893              * 'covMatrix' - covariance matrix from individual refinement
2894              * 'title' - histogram name; same as dict item name
2895              * 'newAtomDict' - new atom parameters after shifts applied
2896              * 'newCellDict' - refined cell parameters after shifts to A0-A5 from Dij terms applied'
2897    """
2898
2899    def GetSampleParms():
2900        '''Make a dictionary of the sample parameters are not the same over the
2901        refinement series.
2902        '''
2903        if 'IMG' in histNames[0]:
2904            sampleParmDict = {'Sample load':[],}
2905        else:
2906            sampleParmDict = {'Temperature':[],'Pressure':[],'Time':[],
2907                'FreePrm1':[],'FreePrm2':[],'FreePrm3':[],'Omega':[],
2908                'Chi':[],'Phi':[],'Azimuth':[],}
2909        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
2910            GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
2911        sampleParm = {}
2912        for name in histNames:
2913            if 'IMG' in name:
2914                for item in sampleParmDict:
2915                    sampleParmDict[item].append(data[name]['parmDict'].get(item,0))
2916            else:
2917                Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
2918                sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
2919                for item in sampleParmDict:
2920                    sampleParmDict[item].append(sampleData.get(item,0))
2921        for item in sampleParmDict:
2922            frstValue = sampleParmDict[item][0]
2923            if np.any(np.array(sampleParmDict[item])-frstValue):
2924                if item.startswith('FreePrm'):
2925                    sampleParm[Controls[item]] = sampleParmDict[item]
2926                else:
2927                    sampleParm[item] = sampleParmDict[item]
2928        return sampleParm
2929
2930    def GetColumnInfo(col):
2931        '''returns column label, lists of values and errors (or None) for each column in the table
2932        for plotting. The column label is reformatted from Unicode to MatPlotLib encoding
2933        '''
2934        colName = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
2935        plotName = variableLabels.get(colName,colName)
2936        plotName = plotSpCharFix(plotName)
2937        return plotName,colList[col],colSigs[col]
2938           
2939    def PlotSelect(event):
2940        'Plots a row (covariance) or column on double-click'
2941        cols = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
2942        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2943        if cols:
2944            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2945        elif rows:
2946            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
2947            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
2948        else:
2949            G2frame.ErrorDialog(
2950                'Select row or columns',
2951                'Nothing selected in table. Click on column or row label(s) to plot. N.B. Grid selection can be a bit funky.'
2952                )
2953           
2954    def OnPlotSelSeq(event):
2955        'plot the selected columns or row from menu command'
2956        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2957        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2958        if cols:
2959            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2960        elif rows:
2961            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
2962            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
2963        else:
2964            G2frame.ErrorDialog(
2965                'Select columns',
2966                'No columns or rows selected in table. Click on row or column labels to select fields for plotting.'
2967                )
2968               
2969    def OnAveSelSeq(event):
2970        'average the selected columns from menu command'
2971        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2972        if cols:
2973            for col in cols:
2974                ave = np.mean(GetColumnInfo(col)[1])
2975                sig = np.std(GetColumnInfo(col)[1])
2976                print ' Average for '+G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)+': '+'%.6g'%(ave)+' +/- '+'%.6g'%(sig)
2977        else:
2978            G2frame.ErrorDialog(
2979                'Select columns',
2980                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for averaging.'
2981                )
2982               
2983    def OnRenameSelSeq(event):
2984        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2985        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(c) for c in cols]
2986        newNames = colNames[:]
2987        for i,name in enumerate(colNames):
2988            if name in variableLabels:
2989                newNames[i] = variableLabels[name]
2990        if not cols:
2991            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
2992                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for rename.')
2993            return
2994        dlg = G2G.MultiStringDialog(G2frame.dataDisplay,'Set column names',colNames,newNames)
2995        if dlg.Show():
2996            newNames = dlg.GetValues()           
2997            variableLabels.update(dict(zip(colNames,newNames)))
2998        data['variableLabels'] = variableLabels
2999        dlg.Destroy()
3000        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3001        G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
3002           
3003    def OnReOrgSelSeq(event):
3004        'Reorder the columns'
3005        G2G.GetItemOrder(G2frame,VaryListChanges,vallookup,posdict)   
3006        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3007
3008    def OnSaveSelSeqCSV(event):
3009        'export the selected columns to a .csv file from menu command'
3010        OnSaveSelSeq(event,csv=True)
3011       
3012    def OnSaveSeqCSV(event):
3013        'export all columns to a .csv file from menu command'
3014        OnSaveSelSeq(event,csv=True,allcols=True)
3015       
3016    def OnSaveSelSeq(event,csv=False,allcols=False):
3017        'export the selected columns to a .txt or .csv file from menu command'
3018        def WriteCSV():
3019            def WriteList(headerItems):
3020                line = ''
3021                for lbl in headerItems:
3022                    if line: line += ','
3023                    line += '"'+lbl+'"'
3024                return line
3025            head = ['name']
3026            for col in cols:
3027                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3028                # get rid of labels that have Unicode characters
3029                if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in item]): item = '?'
3030                if col in havesig:
3031                    head += [item,'esd-'+item]
3032                else:
3033                    head += [item]
3034            SeqFile.write(WriteList(head)+'\n')
3035            for row,name in enumerate(saveNames):
3036                line = '"'+saveNames[row]+'"'
3037                for col in cols:
3038                    if col in havesig:
3039                        line += ','+str(saveData[col][row])+','+str(saveSigs[col][row])
3040                    else:
3041                        line += ','+str(saveData[col][row])
3042                SeqFile.write(line+'\n')
3043        def WriteSeq():
3044            lenName = len(saveNames[0])
3045            line = '  %s  '%('name'.center(lenName))
3046            for col in cols:
3047                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3048                if col in havesig:
3049                    line += ' %12s %12s '%(item.center(12),'esd'.center(12))
3050                else:
3051                    line += ' %12s '%(item.center(12))
3052            SeqFile.write(line+'\n')
3053            for row,name in enumerate(saveNames):
3054                line = " '%s' "%(saveNames[row])
3055                for col in cols:
3056                    if col in havesig:
3057                        line += ' %12.6f %12.6f '%(saveData[col][row],saveSigs[col][row])
3058                    else:
3059                        line += ' %12.6f '%saveData[col][row]
3060                SeqFile.write(line+'\n')
3061
3062        # start of OnSaveSelSeq code
3063        if allcols:
3064            cols = range(G2frame.SeqTable.GetNumberCols())
3065        else:
3066            cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3067        nrows = G2frame.SeqTable.GetNumberRows()
3068        if not cols:
3069            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
3070                             'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for output.')
3071            return
3072        saveNames = [G2frame.SeqTable.GetRowLabelValue(r) for r in range(nrows)]
3073        saveData = {}
3074        saveSigs = {}
3075        havesig = []
3076        for col in cols:
3077            name,vals,sigs = GetColumnInfo(col)
3078            saveData[col] = vals
3079            if sigs:
3080                havesig.append(col)
3081                saveSigs[col] = sigs
3082        if csv:
3083            wild = 'CSV output file (*.csv)|*.csv'
3084        else:
3085            wild = 'Text output file (*.txt)|*.txt'
3086        pth = G2G.GetExportPath(G2frame)
3087        dlg = wx.FileDialog(
3088            G2frame,
3089            'Choose text output file for your selection', pth, '', 
3090            wild,wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
3091        try:
3092            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3093                SeqTextFile = dlg.GetPath()
3094                SeqTextFile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,SeqTextFile) 
3095                SeqFile = open(SeqTextFile,'w')
3096                if csv:
3097                    WriteCSV()
3098                else:
3099                    WriteSeq()
3100                SeqFile.close()
3101        finally:
3102            dlg.Destroy()
3103               
3104    def striphist(var,insChar=''):
3105        'strip a histogram number from a var name'
3106        sv = var.split(':')
3107        if len(sv) <= 1: return var
3108        if sv[1]:
3109            sv[1] = insChar
3110        return ':'.join(sv)
3111       
3112    def plotSpCharFix(lbl):
3113        'Change selected unicode characters to their matplotlib equivalent'
3114        for u,p in [
3115            (u'\u03B1',r'$\alpha$'),
3116            (u'\u03B2',r'$\beta$'),
3117            (u'\u03B3',r'$\gamma$'),
3118            (u'\u0394\u03C7',r'$\Delta\chi$'),
3119            ]:
3120            lbl = lbl.replace(u,p)
3121        return lbl
3122   
3123    def SelectXaxis():
3124        'returns a selected column number (or None) as the X-axis selection'
3125        ncols = G2frame.SeqTable.GetNumberCols()
3126        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(r) for r in range(ncols)]
3127        dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(
3128            G2frame.dataDisplay,
3129            'Select x-axis parameter for plot or Cancel for sequence number',
3130            'Select X-axis',
3131            colNames)
3132        try:
3133            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3134                col = dlg.GetSelection()
3135            else:
3136                col = None
3137        finally:
3138            dlg.Destroy()
3139        return col
3140   
3141    def EnablePseudoVarMenus():
3142        'Enables or disables the PseudoVar menu items that require existing defs'
3143        if Controls['SeqPseudoVars']:
3144            val = True
3145        else:
3146            val = False
3147        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxDELSEQVAR,val)
3148        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxEDITSEQVAR,val)
3149
3150    def DelPseudoVar(event):
3151        'Ask the user to select a pseudo var expression to delete'
3152        choices = Controls['SeqPseudoVars'].keys()
3153        selected = G2G.ItemSelector(
3154            choices,G2frame.dataFrame,
3155            multiple=True,
3156            title='Select expressions to remove',
3157            header='Delete expression')
3158        if selected is None: return
3159        for item in selected:
3160            del Controls['SeqPseudoVars'][choices[item]]
3161        if selected:
3162            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3163
3164    def EditPseudoVar(event):
3165        'Edit an existing pseudo var expression'
3166        choices = Controls['SeqPseudoVars'].keys()
3167        if len(choices) == 1:
3168            selected = 0
3169        else:
3170            selected = G2G.ItemSelector(
3171                choices,G2frame.dataFrame,
3172                multiple=False,
3173                title='Select an expression to edit',
3174                header='Edit expression')
3175        if selected is not None:
3176            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3177                G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3178                Controls['SeqPseudoVars'][choices[selected]],
3179                header="Edit the PseudoVar expression",
3180                VarLabel="PseudoVar #"+str(selected+1),
3181                fit=False)
3182            newobj = dlg.Show(True)
3183            if newobj:
3184                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3185                del Controls['SeqPseudoVars'][choices[selected]]
3186                Controls['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = newobj
3187                UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3188       
3189    def AddNewPseudoVar(event):
3190        'Create a new pseudo var expression'
3191        dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3192            G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3193            header='Enter an expression for a PseudoVar here',
3194            VarLabel = "New PseudoVar",
3195            fit=False)
3196        obj = dlg.Show(True)
3197        dlg.Destroy()
3198        if obj:
3199            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3200            Controls['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = obj
3201            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3202           
3203    def AddNewDistPseudoVar(event):
3204        obj = None
3205        dlg = G2exG.BondDialog(
3206            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3207            header='Select a Bond here',
3208            VarLabel = "New Bond")
3209        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3210            pName,Oatom,Tatom = dlg.GetSelection()
3211            if Tatom:
3212                Phase = Phases[pName]
3213                General = Phase['General']
3214                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3215                pId = Phase['pId']
3216                SGData = General['SGData']
3217                sB = Tatom.find('(')+1
3218                symNo = 0
3219                if sB:
3220                    sF = Tatom.find(')')
3221                    symNo = int(Tatom[sB:sF])
3222                cellNo = [0,0,0]
3223                cB = Tatom.find('[')
3224                if cB>0:
3225                    cF = Tatom.find(']')+1
3226                    cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3227                Atoms = Phase['Atoms']
3228                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3229                oId = aNames.index(Oatom)
3230                tId = aNames.index(Tatom.split(' +')[0])
3231                # create an expression object
3232                obj = G2obj.ExpressionObj()
3233                obj.expression = 'Dist(%s,\n%s)'%(Oatom,Tatom.split(' d=')[0].replace(' ',''))
3234                obj.distance_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNo,'cellNo':cellNo}
3235                obj.distance_atoms = [oId,tId]
3236        else: 
3237            dlg.Destroy()
3238            return
3239        dlg.Destroy()
3240        if obj:
3241            Controls['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3242            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3243
3244    def AddNewAnglePseudoVar(event):
3245        obj = None
3246        dlg = G2exG.AngleDialog(
3247            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3248            header='Enter an Angle here',
3249            VarLabel = "New Angle")
3250        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3251            pName,Oatom,Tatoms = dlg.GetSelection()
3252            if Tatoms:
3253                Phase = Phases[pName]
3254                General = Phase['General']
3255                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3256                pId = Phase['pId']
3257                SGData = General['SGData']
3258                Atoms = Phase['Atoms']
3259                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3260                tIds = []
3261                symNos = []
3262                cellNos = []
3263                oId = aNames.index(Oatom)
3264                Tatoms = Tatoms.split(';')
3265                for Tatom in Tatoms:
3266                    sB = Tatom.find('(')+1
3267                    symNo = 0
3268                    if sB:
3269                        sF = Tatom.find(')')
3270                        symNo = int(Tatom[sB:sF])
3271                    symNos.append(symNo)
3272                    cellNo = [0,0,0]
3273                    cB = Tatom.find('[')
3274                    if cB>0:
3275                        cF = Tatom.find(']')+1
3276                        cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3277                    cellNos.append(cellNo)
3278                    tIds.append(aNames.index(Tatom.split('+')[0]))
3279                # create an expression object
3280                obj = G2obj.ExpressionObj()
3281                obj.expression = 'Angle(%s,%s,\n%s)'%(Tatoms[0],Oatom,Tatoms[1])
3282                obj.angle_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNos,'cellNo':cellNos}
3283                obj.angle_atoms = [oId,tIds]
3284        else: 
3285            dlg.Destroy()
3286            return
3287        dlg.Destroy()
3288        if obj:
3289            Controls['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3290            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3291           
3292    def UpdateParmDict(parmDict):
3293        '''generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values,
3294        because they might be needed to evaluate the pseudovar
3295        '''
3296        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3297                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3298                     )
3299        delList = []
3300        phaselist = []
3301        for item in parmDict: 
3302            if ':' not in item: continue
3303            key = item.split(':')
3304            if len(key) < 3: continue
3305            # remove the dA[xyz] terms, they would only bring confusion
3306            if key[2].startswith('dA'):
3307                delList.append(item)
3308            # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3309            elif key[2] in Ddict:
3310                if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3311                akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3312                parmDict[akey] -= parmDict[item]
3313                delList.append(item)
3314        for item in delList:
3315            del parmDict[item]               
3316        for i in phaselist:
3317            pId = int(i)
3318            # apply cell symmetry
3319            A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],parmDict,zeroDict[pId])
3320            # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3321            for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3322                if i in uniqCellIndx[pId]:
3323                    lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3324                    parmDict[lbl] = val
3325            lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3326            parmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3327        return parmDict
3328
3329    def EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict,sampleDict,var,ESD):
3330        '''Evaluate an expression derivative with respect to a
3331        GSAS-II variable name.
3332
3333        Note this likely could be faster if the loop over calcobjs were done
3334        inside after the Dict was created.
3335        '''
3336        step = ESD/10
3337        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3338                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3339                     )
3340        results = []
3341        phaselist = []
3342        VparmDict = sampleDict.copy()
3343        for incr in step,-step:
3344            VparmDict.update(parmDict.copy())           
3345            # as saved, the parmDict has updated 'A[xyz]' values, but 'dA[xyz]'
3346            # values are not zeroed: fix that!
3347            VparmDict.update({item:0.0 for item in parmDict if 'dA' in item})
3348            VparmDict[var] += incr
3349            G2mv.Dict2Map(VparmDict,[]) # apply constraints
3350            # generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values now, because they might
3351            # needed to evaluate the pseudovar
3352            for item in VparmDict:
3353                if item in sampleDict:
3354                    continue 
3355                if ':' not in item: continue
3356                key = item.split(':')
3357                if len(key) < 3: continue
3358                # apply any new shifts to atom positions
3359                if key[2].startswith('dA'):
3360                    VparmDict[''.join(item.split('d'))] += VparmDict[item]
3361                    VparmDict[item] = 0.0
3362                # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3363                if key[2] in Ddict:
3364                    if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3365                    akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3366                    VparmDict[akey] -= VparmDict[item]
3367            for i in phaselist:
3368                pId = int(i)
3369                # apply cell symmetry
3370                A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],VparmDict,zeroDict[pId])
3371                # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3372                for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3373                    if i in uniqCellIndx[pId]:
3374                        lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3375                        VparmDict[lbl] = val
3376                lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3377                VparmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3378            # dict should be fully updated, use it & calculate
3379            calcobj.SetupCalc(VparmDict)
3380            results.append(calcobj.EvalExpression())
3381        return (results[0] - results[1]) / (2.*step)
3382       
3383    def EnableParFitEqMenus():
3384        'Enables or disables the Parametric Fit menu items that require existing defs'
3385        if Controls['SeqParFitEqList']:
3386            val = True
3387        else:
3388            val = False
3389        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDELPARFIT,val)
3390        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxEDITPARFIT,val)
3391        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDOPARFIT,val)
3392
3393    def ParEqEval(Values,calcObjList,varyList):
3394        '''Evaluate the parametric expression(s)
3395        :param list Values: a list of values for each variable parameter
3396        :param list calcObjList: a list of :class:`GSASIIobj.ExpressionCalcObj`
3397          expression objects to evaluate
3398        :param list varyList: a list of variable names for each value in Values
3399        '''
3400        result = []
3401        for calcobj in calcObjList:
3402            calcobj.UpdateVars(varyList,Values)
3403            result.append((calcobj.depVal-calcobj.EvalExpression())/calcobj.depSig)
3404        return result
3405
3406    def DoParEqFit(event,eqObj=None):
3407        'Parametric fit minimizer'
3408        varyValueDict = {} # dict of variables and their initial values
3409        calcObjList = [] # expression objects, ready to go for each data point
3410        if eqObj is not None:
3411            eqObjList = [eqObj,]
3412        else:
3413            eqObjList = Controls['SeqParFitEqList']
3414        UseFlags = G2frame.SeqTable.GetColValues(0)         
3415        for obj in eqObjList:
3416            # assemble refined vars for this equation
3417            varyValueDict.update({var:val for var,val in obj.GetVariedVarVal()})
3418            # lookup dependent var position
3419            depVar = obj.GetDepVar()
3420            if depVar in colLabels:
3421                indx = colLabels.index(depVar)
3422            else:
3423                raise Exception('Dependent variable '+depVar+' not found')
3424            # assemble a list of the independent variables
3425            indepVars = obj.GetIndependentVars()
3426            # loop over each datapoint
3427            for j,row in enumerate(zip(*colList)):
3428                if not UseFlags[j]: continue
3429                # assemble equations to fit
3430                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3431                # prepare a dict of needed independent vars for this expression
3432                indepVarDict = {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3433                calcobj.SetupCalc(indepVarDict)               
3434                # values and sigs for current value of dependent var
3435                calcobj.depVal = row[indx]
3436                calcobj.depSig = colSigs[indx][j]
3437                calcObjList.append(calcobj)
3438        # varied parameters
3439        varyList = varyValueDict.keys()
3440        values = varyValues = [varyValueDict[key] for key in varyList]
3441        if not varyList:
3442            print 'no variables to refine!'
3443            return
3444        try:
3445            result = so.leastsq(ParEqEval,varyValues,full_output=True,   #ftol=Ftol,
3446                                args=(calcObjList,varyList)
3447                                )
3448            values = result[0]
3449            covar = result[1]
3450            if covar is None:
3451                raise Exception
3452            esdDict = {}
3453            for i,avar in enumerate(varyList):
3454                esdDict[avar] = np.sqrt(covar[i,i])
3455        except:
3456            print('====> Fit failed')
3457            return
3458        print('==== Fit Results ====')
3459        for obj in eqObjList:
3460            obj.UpdateVariedVars(varyList,values)
3461            ind = '      '
3462            print('  '+obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression)
3463            for var in obj.assgnVars:
3464                print(ind+var+' = '+obj.assgnVars[var])
3465            for var in obj.freeVars:
3466                avar = "::"+obj.freeVars[var][0]
3467                val = obj.freeVars[var][1]
3468                if obj.freeVars[var][2]:
3469                    print(ind+var+' = '+avar + " = " + G2mth.ValEsd(val,esdDict[avar]))
3470                else:
3471                    print(ind+var+' = '+avar + " =" + G2mth.ValEsd(val,0))
3472        # create a plot for each parametric variable
3473        for fitnum,obj in enumerate(eqObjList):
3474            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3475            # lookup dependent var position
3476            indx = colLabels.index(obj.GetDepVar())
3477            # assemble a list of the independent variables
3478            indepVars = obj.GetIndependentVars()           
3479            # loop over each datapoint
3480            fitvals = []
3481            for j,row in enumerate(zip(*colList)):
3482                calcobj.SetupCalc(
3483                    {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3484                    )
3485                fitvals.append(calcobj.EvalExpression())
3486            G2plt.PlotSelectedSequence(
3487                G2frame,[indx],GetColumnInfo,SelectXaxis,
3488                fitnum,fitvals)
3489
3490    def SingleParEqFit(eqObj):
3491        DoParEqFit(None,eqObj)
3492
3493    def DelParFitEq(event):
3494        'Ask the user to select function to delete'
3495        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3496        selected = G2G.ItemSelector(
3497            txtlst,G2frame.dataFrame,
3498            multiple=True,
3499            title='Select a parametric equation(s) to remove',
3500            header='Delete equation')
3501        if selected is None: return
3502        Controls['SeqParFitEqList'] = [obj for i,obj in enumerate(Controls['SeqParFitEqList']) if i not in selected]
3503        EnableParFitEqMenus()
3504        if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3505       
3506    def EditParFitEq(event):
3507        'Edit an existing parametric equation'
3508        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3509        if len(txtlst) == 1:
3510            selected = 0
3511        else:
3512            selected = G2G.ItemSelector(
3513                txtlst,G2frame.dataFrame,
3514                multiple=False,
3515                title='Select a parametric equation to edit',
3516                header='Edit equation')
3517        if selected is not None:
3518            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3519                G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3520                Controls['SeqParFitEqList'][selected],
3521                depVarDict=depVarDict,
3522                header="Edit the formula for this minimization function",
3523                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3524            newobj = dlg.Show(True)
3525            if newobj:
3526                Controls['SeqParFitEqList'][selected] = newobj
3527                EnableParFitEqMenus()
3528            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3529
3530    def AddNewParFitEq(event):
3531        'Create a new parametric equation to be fit to sequential results'
3532
3533        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3534        usedvarlist = []
3535        for obj in Controls['SeqParFitEqList']:
3536            for var in obj.freeVars:
3537                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3538
3539        dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3540            G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3541            depVarDict=depVarDict,
3542            header='Define an equation to minimize in the parametric fit',
3543            ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit],
3544            usedVars=usedvarlist)
3545        obj = dlg.Show(True)
3546        dlg.Destroy()
3547        if obj:
3548            Controls['SeqParFitEqList'].append(obj)
3549            EnableParFitEqMenus()
3550            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3551               
3552    def CopyParFitEq(event):
3553        'Copy an existing parametric equation to be fit to sequential results'
3554        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3555        usedvarlist = []
3556        for obj in Controls['SeqParFitEqList']:
3557            for var in obj.freeVars:
3558                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3559        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3560        if len(txtlst) == 1:
3561            selected = 0
3562        else:
3563            selected = G2G.ItemSelector(
3564                txtlst,G2frame.dataFrame,
3565                multiple=False,
3566                title='Select a parametric equation to copy',
3567                header='Copy equation')
3568        if selected is not None:
3569            newEqn = copy.deepcopy(Controls['SeqParFitEqList'][selected])
3570            for var in newEqn.freeVars:
3571                newEqn.freeVars[var][0] = G2obj.MakeUniqueLabel(newEqn.freeVars[var][0],usedvarlist)
3572            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3573                G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3574                newEqn,
3575                depVarDict=depVarDict,
3576                header="Edit the formula for this minimization function",
3577                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3578            newobj = dlg.Show(True)
3579            if newobj:
3580                Controls['SeqParFitEqList'].append(newobj)
3581                EnableParFitEqMenus()
3582            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3583                                           
3584    def GridSetToolTip(row,col):
3585        '''Routine to show standard uncertainties for each element in table
3586        as a tooltip
3587        '''
3588        if colSigs[col]:
3589            return u'\u03c3 = '+str(colSigs[col][row])
3590        return ''
3591       
3592    def GridColLblToolTip(col):
3593        '''Define a tooltip for a column. This will be the user-entered value
3594        (from data['variableLabels']) or the default name
3595        '''
3596        if col < 0 or col > len(colLabels):
3597            print 'Illegal column #',col
3598            return
3599        var = colLabels[col]
3600        return variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3601       
3602    def SetLabelString(event):
3603        '''Define or edit the label for a column in the table, to be used
3604        as a tooltip and for plotting
3605        '''
3606        col = event.GetCol()
3607        if col < 0 or col > len(colLabels):
3608            return
3609        var = colLabels[col]
3610        lbl = variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3611        dlg = G2G.SingleStringDialog(G2frame.dataFrame,'Set variable label',
3612                                 'Set a new name for variable '+var,lbl,size=(400,-1))
3613        if dlg.Show():
3614            variableLabels[var] = dlg.GetValue()
3615        dlg.Destroy()
3616
3617    def DoSequentialExport(event):
3618        '''Event handler for all Sequential Export menu items
3619        '''
3620        vals = G2frame.dataFrame.SeqExportLookup.get(event.GetId())
3621        if vals is None:
3622            print('Error: Id not found. This should not happen!')
3623        G2IO.ExportSequential(G2frame,data,*vals)
3624   
3625    #def GridRowLblToolTip(row): return 'Row ='+str(row)
3626   
3627    # lookup table for unique cell parameters by symmetry
3628    cellGUIlist = [
3629        [['m3','m3m'],(0,)],
3630        [['3R','3mR'],(0,3)],
3631        [['3','3m1','31m','6/m','6/mmm','4/m','4/mmm'],(0,2)],
3632        [['mmm'],(0,1,2)],
3633        [['2/m'+'a'],(0,1,2,3)],
3634        [['2/m'+'b'],(0,1,2,4)],
3635        [['2/m'+'c'],(0,1,2,5)],
3636        [['-1'],(0,1,2,3,4,5)],
3637        ]
3638    # cell labels
3639    cellUlbl = ('a','b','c',u'\u03B1',u'\u03B2',u'\u03B3') # unicode a,b,c,alpha,beta,gamma
3640
3641    #======================================================================
3642    # start processing sequential results here (UpdateSeqResults)
3643    #======================================================================
3644    if not data:
3645        print 'No sequential refinement results'
3646        return
3647    variableLabels = data.get('variableLabels',{})
3648    data['variableLabels'] = variableLabels
3649    Histograms,Phases = G2frame.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3650    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
3651    # create a place to store Pseudo Vars & Parametric Fit functions, if not present
3652    if 'SeqPseudoVars' not in Controls: Controls['SeqPseudoVars'] = {}
3653    if 'SeqParFitEqList' not in Controls: Controls['SeqParFitEqList'] = []
3654    histNames = data['histNames']
3655    if G2frame.dataDisplay:
3656        G2frame.dataDisplay.Destroy()
3657    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3658        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3659        Status.SetStatusText("Select column to export; Double click on column to plot data; on row for Covariance")
3660    sampleParms = GetSampleParms()
3661
3662    # make dict of varied atom coords keyed by absolute position
3663    newAtomDict = data[histNames[0]].get('newAtomDict',{}) # dict with atom positions; relative & absolute
3664    # Possible error: the next might need to be data[histNames[0]]['varyList']
3665    # error will arise if there constraints on coordinates?
3666    atomLookup = {newAtomDict[item][0]:item for item in newAtomDict if item in data['varyList']}
3667   
3668    # make dict of varied cell parameters equivalents
3669    ESDlookup = {} # provides the Dij term for each Ak term (where terms are refined)
3670    Dlookup = {} # provides the Ak term for each Dij term (where terms are refined)
3671    # N.B. These Dij vars are missing a histogram #
3672    newCellDict = data[histNames[0]].get('newCellDict',{})
3673    for item in newCellDict:
3674        if item in data['varyList']:
3675            ESDlookup[newCellDict[item][0]] = item
3676            Dlookup[item] = newCellDict[item][0]
3677    # add coordinate equivalents to lookup table
3678    for parm in atomLookup:
3679        Dlookup[atomLookup[parm]] = parm
3680        ESDlookup[parm] = atomLookup[parm]
3681
3682    # get unit cell & symmetry for all phases & initial stuff for later use
3683    RecpCellTerms = {}
3684    SGdata = {}
3685    uniqCellIndx = {}
3686    initialCell = {}
3687    RcellLbls = {}
3688    zeroDict = {}
3689    for phase in Phases:
3690        phasedict = Phases[phase]
3691        pId = phasedict['pId']
3692        pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3693        RcellLbls[pId] = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3694        RecpCellTerms[pId] = G2lat.cell2A(phasedict['General']['Cell'][1:7])
3695        zeroDict[pId] = dict(zip(RcellLbls[pId],6*[0.,]))
3696        SGdata[pId] = phasedict['General']['SGData']
3697        laue = SGdata[pId]['SGLaue']
3698        if laue == '2/m':
3699            laue += SGdata[pId]['SGUniq']
3700        for symlist,celllist in cellGUIlist:
3701            if laue in symlist:
3702                uniqCellIndx[pId] = celllist
3703                break
3704        else: # should not happen
3705            uniqCellIndx[pId] = range(6)
3706        for i in uniqCellIndx[pId]:
3707            initialCell[str(pId)+'::A'+str(i)] =  RecpCellTerms[pId][i]
3708
3709    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SequentialMenu)
3710    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sequential refinement results')
3711    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3712        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3713        Status.SetStatusText('')
3714    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnRenameSelSeq, id=wxID_RENAMESEQSEL)
3715    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeq, id=wxID_SAVESEQSEL)
3716    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeqCSV, id=wxID_SAVESEQSELCSV)
3717    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSeqCSV, id=wxID_SAVESEQCSV)
3718    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotSelSeq, id=wxID_PLOTSEQSEL)
3719    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAveSelSeq, id=wxID_AVESEQSEL)
3720    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReOrgSelSeq, id=wxID_ORGSEQSEL)
3721    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewPseudoVar, id=wxADDSEQVAR)
3722    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewDistPseudoVar, id=wxADDSEQDIST)
3723    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewAnglePseudoVar, id=wxADDSEQANGLE)
3724    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelPseudoVar, id=wxDELSEQVAR)
3725    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditPseudoVar, id=wxEDITSEQVAR)
3726    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewParFitEq, id=wxADDPARFIT)
3727    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyParFitEq, id=wxCOPYPARFIT)
3728    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelParFitEq, id=wxDELPARFIT)
3729    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditParFitEq, id=wxEDITPARFIT)
3730    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoParEqFit, id=wxDOPARFIT)
3731
3732    for id in G2frame.dataFrame.SeqExportLookup:       
3733        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoSequentialExport, id=id)
3734
3735    EnablePseudoVarMenus()
3736    EnableParFitEqMenus()
3737
3738    # scan for locations where the variables change
3739    VaryListChanges = [] # histograms where there is a change
3740    combinedVaryList = []
3741    firstValueDict = {}
3742    vallookup = {}
3743    posdict = {}
3744    prevVaryList = []
3745    foundNames = []
3746    for i,name in enumerate(histNames):
3747        if name not in data:
3748            print("Error: "+name+" not found!")
3749            continue
3750        foundNames.append(name)
3751        for var,val,sig in zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables'],data[name]['sig']):
3752            svar = striphist(var,'*') # wild-carded
3753            if svar not in combinedVaryList:
3754                # add variables to list as they appear
3755                combinedVaryList.append(svar)
3756                firstValueDict[svar] = (val,sig)
3757        if prevVaryList != data[name]['varyList']: # this refinement has a different refinement list from previous
3758            prevVaryList = data[name]['varyList']
3759            vallookup[name] = dict(zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables']))
3760            posdict[name] = {}
3761            for var in data[name]['varyList']:
3762                svar = striphist(var,'*')
3763                posdict[name][combinedVaryList.index(svar)] = svar
3764            VaryListChanges.append(name)
3765    if len(VaryListChanges) > 1:
3766        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,True)
3767    else:
3768        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,False)
3769    #-----------------------------------------------------------------------------------
3770    # build up the data table by columns -----------------------------------------------
3771    histNames = foundNames
3772    nRows = len(histNames)
3773    colList = [nRows*[True]]
3774    colSigs = [None]
3775    colLabels = ['Use']
3776    Types = [wg.GRID_VALUE_BOOL]
3777    # start with Rwp values
3778    if 'IMG ' not in histNames[0][:4]:
3779        colList += [[data[name]['Rvals']['Rwp'] for name in histNames]]
3780        colSigs += [None]
3781        colLabels += ['Rwp']
3782        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
3783    # add % change in Chi^2 in last cycle
3784    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG '] and Controls.get('ShowCell'):
3785        colList += [[100.*data[name]['Rvals'].get('DelChi2',-1) for name in histNames]]
3786        colSigs += [None]
3787        colLabels += [u'\u0394\u03C7\u00B2 (%)']
3788        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3789    deltaChiCol = len(colLabels)-1
3790    # add changing sample parameters to table
3791    for key in sampleParms:
3792        colList += [sampleParms[key]]
3793        colSigs += [None]
3794        colLabels += [key]
3795        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3796    sampleDict = {}
3797    for i,name in enumerate(histNames):
3798        sampleDict[name] = dict(zip(sampleParms.keys(),[sampleParms[key][i] for key in sampleParms.keys()])) 
3799    # add unique cell parameters TODO: review this where the cell symmetry changes (when possible)
3800    if Controls.get('ShowCell',False):
3801        for pId in sorted(RecpCellTerms):
3802            pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3803            cells = []
3804            cellESDs = []
3805            colLabels += [pfx+cellUlbl[i] for i in uniqCellIndx[pId]]
3806            colLabels += [pfx+'Vol']
3807            Types += (1+len(uniqCellIndx[pId]))*[wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3808            for name in histNames:
3809                covData = {
3810                    'varyList': [Dlookup.get(striphist(v),v) for v in data[name]['varyList']],
3811                    'covMatrix': data[name]['covMatrix']
3812                    }
3813                A = RecpCellTerms[pId][:] # make copy of starting A values
3814                # update with refined values
3815                for i in range(6):
3816                    var = str(pId)+'::A'+str(i)
3817                    if var in ESDlookup:
3818                        val = data[name]['newCellDict'][ESDlookup[var]][1] # get refined value
3819                        A[i] = val # override with updated value
3820                # apply symmetry
3821                Albls = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3822                cellDict = dict(zip(Albls,A))
3823                A,zeros = G2stIO.cellFill(pfx,SGdata[pId],cellDict,zeroDict[pId])
3824                # convert to direct cell & add only unique values to table
3825                c = G2lat.A2cell(A)
3826                vol = G2lat.calc_V(A)
3827                cE = G2stIO.getCellEsd(pfx,SGdata[pId],A,covData)
3828                cells += [[c[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[vol]]
3829                cellESDs += [[cE[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[cE[-1]]]
3830            colList += zip(*cells)
3831            colSigs += zip(*cellESDs)
3832    # sort out the variables in their selected order
3833    varcols = 0
3834    for d in posdict.itervalues():
3835        varcols = max(varcols,max(d.keys())+1)
3836    # get labels for each column
3837    for i in range(varcols):
3838        lbl = ''
3839        for h in VaryListChanges:
3840            if posdict[h].get(i):
3841                if posdict[h].get(i) in lbl: continue
3842                if lbl != "": lbl += '/'
3843                lbl += posdict[h].get(i)
3844        colLabels.append(lbl)
3845    Types += varcols*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
3846    vals = []
3847    esds = []
3848    varsellist = None        # will be a list of variable names in the order they are selected to appear
3849    # tabulate values for each hist, leaving None for blank columns
3850    for name in histNames:
3851        if name in posdict:
3852            varsellist = [posdict[name].get(i) for i in range(varcols)]
3853            # translate variable names to how they will be used in the headings
3854            vs = [striphist(v,'*') for v in data[name]['varyList']]
3855            # determine the index for each column (or None) in the data[]['variables'] and ['sig'] lists
3856            sellist = [vs.index(v) if v is not None else None for v in varsellist]
3857            #sellist = [i if striphist(v,'*') in varsellist else None for i,v in enumerate(data[name]['varyList'])]
3858        if not varsellist: raise Exception()
3859        vals.append([data[name]['variables'][s] if s is not None else None for s in sellist])
3860        esds.append([data[name]['sig'][s] if s is not None else None for s in sellist])
3861        #GSASIIpath.IPyBreak()
3862    colList += zip(*vals)
3863    colSigs += zip(*esds)
3864    # compute and add weight fractions to table if varied
3865    for phase in Phases:
3866        var = str(Phases[phase]['pId'])+':*:Scale'
3867        if var not in combinedVaryList: continue
3868        wtFrList = []
3869        sigwtFrList = []
3870        for i,name in enumerate(histNames):
3871            wtFrSum = 0.
3872            for phase1 in Phases:
3873                wtFrSum += Phases[phase1]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase1]['General']['Mass']
3874            var = str(Phases[phase]['pId'])+':'+str(i)+':Scale'
3875            wtFr = Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase]['General']['Mass']/wtFrSum
3876            wtFrList.append(wtFr)
3877            if var in data[name]['varyList']:
3878                sig = data[name]['sig'][data[name]['varyList'].index(var)]*wtFr/Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]
3879            else:
3880                sig = 0.0
3881            sigwtFrList.append(sig)
3882        colLabels.append(str(Phases[phase]['pId'])+':*:WgtFrac')
3883        colList += [wtFrList]
3884        colSigs += [sigwtFrList]
3885               
3886    # tabulate constrained variables, removing histogram numbers if needed
3887    # from parameter label
3888    depValDict = {}
3889    depSigDict = {}
3890    for name in histNames:
3891        for var in data[name].get('depParmDict',{}):
3892            val,sig = data[name]['depParmDict'][var]
3893            svar = striphist(var,'*')
3894            if svar not in depValDict:
3895               depValDict[svar] = [val]
3896               depSigDict[svar] = [sig]
3897            else:
3898               depValDict[svar].append(val)
3899               depSigDict[svar].append(sig)
3900    # add the dependent constrained variables to the table
3901    for var in sorted(depValDict):
3902        if len(depValDict[var]) != len(histNames): continue
3903        colLabels.append(var)
3904        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3905        colSigs += [depSigDict[var]]
3906        colList += [depValDict[var]]
3907
3908    # add atom parameters to table
3909    colLabels += atomLookup.keys()
3910    Types += len(atomLookup)*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
3911    for parm in sorted(atomLookup):
3912        colList += [[data[name]['newAtomDict'][atomLookup[parm]][1] for name in histNames]]
3913        if atomLookup[parm] in data[histNames[0]]['varyList']:
3914            col = data[histNames[0]]['varyList'].index(atomLookup[parm])
3915            colSigs += [[data[name]['sig'][col] for name in histNames]]
3916        else:
3917            colSigs += [None] # should not happen
3918    # evaluate Pseudovars, their ESDs and add them to grid
3919    for expr in Controls['SeqPseudoVars']:
3920        obj = Controls['SeqPseudoVars'][expr]
3921        calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3922        valList = []
3923        esdList = []
3924        for seqnum,name in enumerate(histNames):
3925            sigs = data[name]['sig']
3926            G2mv.InitVars()
3927            parmDict = data[name].get('parmDict')
3928            constraintInfo = data[name].get('constraintInfo',[[],[],{},[],seqnum])
3929            groups,parmlist,constrDict,fixedList,ihst = constraintInfo
3930            varyList = data[name]['varyList']
3931            parmDict = data[name]['parmDict']
3932            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmDict,SeqHist=ihst)
3933            if 'Dist' in expr:
3934                derivs = G2mth.CalcDistDeriv(obj.distance_dict,obj.distance_atoms, parmDict)
3935                pId = obj.distance_dict['pId']
3936                aId,bId = obj.distance_atoms
3937                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
3938                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId) for ip in ['x','y','z']]
3939                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
3940                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
3941#                GSASIIpath.IPyBreak()
3942            elif 'Angle' in expr:
3943                derivs = G2mth.CalcAngleDeriv(obj.angle_dict,obj.angle_atoms, parmDict)
3944                pId = obj.angle_dict['pId']
3945                aId,bId = obj.angle_atoms
3946                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
3947                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[0]) for ip in ['x','y','z']]
3948                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[1]) for ip in ['x','y','z']]
3949                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
3950                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
3951            else:
3952                derivs = np.array(
3953                    [EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict.copy(),sampleDict[name],var,ESD)
3954                     for var,ESD in zip(varyList,sigs)])
3955                esdList.append(np.sqrt(
3956                    np.inner(derivs,np.inner(data[name]['covMatrix'],derivs.T)) ))
3957            PSvarDict = parmDict.copy()
3958            PSvarDict.update(sampleDict[name])
3959            UpdateParmDict(PSvarDict)
3960            calcobj.UpdateDict(PSvarDict)
3961            valList.append(calcobj.EvalExpression())
3962#            if calcobj.su is not None: esdList[-1] = calcobj.su
3963        if not esdList:
3964            esdList = None
3965        colList += [valList]
3966        colSigs += [esdList]
3967        colLabels += [expr]
3968        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3969    #---- table build done -------------------------------------------------------------
3970
3971    # Make dict needed for creating & editing pseudovars (PSvarDict).
3972    name = histNames[0]
3973    parmDict = data[name].get('parmDict',{})
3974    PSvarDict = parmDict.copy()
3975    PSvarDict.update(sampleParms)
3976    UpdateParmDict(PSvarDict)
3977    # Also dicts of dependent (depVarDict) & independent vars (indepVarDict)
3978    # for Parametric fitting from the data table
3979    parmDict = dict(zip(colLabels,zip(*colList)[0])) # scratch dict w/all values in table
3980    parmDict.update(
3981        {var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()} #  add varied reciprocal cell terms
3982    )
3983    name = histNames[0]
3984
3985    #******************************************************************************
3986    # create a set of values for example evaluation of pseudovars and
3987    # this does not work for refinements that have differing numbers of variables.
3988    #raise Exception
3989    indepVarDict = {}     #  values in table w/o ESDs
3990    depVarDict = {}
3991    for i,var in enumerate(colLabels):
3992        if var == 'Use': continue
3993        if colList[i][0] is None:
3994            val,sig = firstValueDict.get(var,[None,None])
3995        elif colSigs[i]:
3996            val,sig = colList[i][0],colSigs[i][0]
3997        else:
3998            val,sig = colList[i][0],None
3999        if val is None:
4000            continue
4001        elif sig is None:
4002            indepVarDict[var] = val
4003        elif striphist(var) not in Dlookup:
4004            depVarDict[var] = val
4005    # add recip cell coeff. values
4006    depVarDict.update({var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()})
4007
4008    G2frame.dataDisplay = G2G.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
4009    G2frame.SeqTable = G2G.Table(
4010        [list(cl) for cl in zip(*colList)],     # convert from columns to rows
4011        colLabels=colLabels,rowLabels=histNames,types=Types)
4012    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.SeqTable, True)
4013    #G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
4014    # make all but first column read-only
4015    for c in range(1,len(colLabels)):
4016        for r in range(nRows):
4017            G2frame.dataDisplay.SetCellReadOnly(r,c)
4018    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK, PlotSelect)
4019    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_RIGHT_CLICK, SetLabelString)
4020    G2frame.dataDisplay.SetRowLabelSize(8*len(histNames[0]))       #pretty arbitrary 8
4021    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
4022    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(True)
4023    if prevSize:
4024        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(prevSize)
4025    else:
4026        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([700,350])
4027    # highlight unconverged shifts
4028    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG ']:
4029        for row,name in enumerate(histNames):
4030            deltaChi = G2frame.SeqTable.GetValue(row,deltaChiCol)
4031            if deltaChi > 10.:
4032                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,0,0))
4033            elif deltaChi > 1.0:
4034                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,255,0))
4035    G2frame.dataDisplay.InstallGridToolTip(GridSetToolTip,GridColLblToolTip)
4036    G2frame.dataDisplay.SendSizeEvent() # resize needed on mac
4037    G2frame.dataDisplay.Refresh() # shows colored text on mac
4038   
4039################################################################################
4040#####  Main PWDR panel
4041################################################################################           
4042       
4043def UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item):
4044    '''Called when the histogram main tree entry is called. Displays the
4045    histogram weight factor, refinement statistics for the histogram
4046    and the range of data for a simulation.
4047
4048    Also invokes a plot of the histogram.
4049    '''
4050    def onEditSimRange(event):
4051        'Edit simulation range'
4052        inp = [
4053            min(data[1][0]),
4054            max(data[1][0]),
4055            None
4056            ]
4057        inp[2] = (inp[1] - inp[0])/(len(data[1][0])-1.)
4058        names = ('start angle', 'end angle', 'step size')
4059        dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
4060            G2frame,[inp] * len(inp), range(len(inp)), names,
4061            header='Edit simulation range',
4062            minvals=(0.001,0.001,0.0001),
4063            maxvals=(180.,180.,.1),
4064            )
4065        dlg.CenterOnParent()
4066        val = dlg.ShowModal()
4067        dlg.Destroy()
4068        if val != wx.ID_OK: return
4069        if inp[0] > inp[1]:
4070            end,start,step = inp
4071        else:               
4072            start,end,step = inp
4073        step = abs(step)
4074        N = int((end-start)/step)+1
4075        newdata = np.linspace(start,end,N,True)
4076        if len(newdata) < 2: return # too small a range - reject
4077        data[1] = [newdata,np.zeros_like(newdata),np.ones_like(newdata),
4078            np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata)]
4079        Tmin = newdata[0]
4080        Tmax = newdata[-1]
4081        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,item,'Limits'),
4082            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
4083        UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item) # redisplay data screen
4084
4085    def OnPlot3DHKL(event):
4086        refList = data[1]['RefList']
4087        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4088        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4089        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4090        Vpoint = np.array([int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))])
4091        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4092            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4093            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4094            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[0,0,1]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4095        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4096       
4097    def OnPlotAll3DHKL(event):
4098        choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['HKLF',])
4099        dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame, 'Select reflection sets to plot',
4100            'Use data',choices)
4101        try:
4102            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4103                refNames = [choices[i] for i in dlg.GetSelections()]
4104            else:
4105                return
4106        finally:
4107            dlg.Destroy()
4108        refList = np.zeros(0)
4109        for name in refNames:
4110            Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, name)
4111            reflData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[1]
4112            if len(refList):
4113                refList = np.concatenate((refList,reflData['RefList']))
4114            else:
4115                refList = reflData['RefList']
4116           
4117        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4118        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4119        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4120        Vpoint = [int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))]
4121        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4122            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4123            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4124            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[1,0,0]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4125        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4126                 
4127    def OnMergeHKL(event):
4128        Name = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
4129        Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,
4130            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
4131        CId = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Comments')
4132        if CId:
4133            Comments = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(CId)
4134        else:
4135            Comments = []
4136        refList = np.copy(data[1]['RefList'])
4137        Comments.append(' Merging %d reflections from %s'%(len(refList),Name))
4138        dlg = MergeDialog(G2frame,data)
4139        try:
4140            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4141                Trans,Cent,Laue = dlg.GetSelection()
4142            else:
4143                return
4144        finally:
4145            dlg.Destroy()
4146        Super = data[1]['Super']
4147        refList,badRefs = G2lat.transposeHKLF(Trans,Super,refList)
4148        if len(badRefs):    #do I want to list badRefs?
4149            G2frame.ErrorDialog('Failed transformation','Matrix yields fractional hkl indices')
4150            return
4151        Comments.append(" Transformation M*H = H' applied; M=")
4152        Comments.append(str(Trans))
4153        refList = G2lat.LaueUnique(Laue,refList)
4154        dlg = wx.ProgressDialog('Build HKL dictonary','',len(refList)+1, 
4155            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4156        HKLdict = {}
4157        for ih,hkl in enumerate(refList):
4158            if str(hkl[:3+Super]) not in HKLdict:
4159                HKLdict[str(hkl[:3+Super])] = [hkl[:3+Super],[hkl[3+Super:],]]
4160            else:
4161                HKLdict[str(hkl[:3+Super])][1].append(hkl[3+Super:])
4162            dlg.Update(ih)
4163        dlg.Destroy()
4164        mergeRef = []
4165        dlg = wx.ProgressDialog('Processing merge','',len(HKLdict)+1, 
4166            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4167        sumDf = 0.
4168        sumFo = 0.
4169        for ih,hkl in enumerate(HKLdict):
4170            HKL = HKLdict[hkl]
4171            newHKL = list(HKL[0])+list(HKL[1][0])
4172            if len(HKL[1]) > 1:
4173                fos = np.array(HKL[1])
4174                wFo = 1/fos[:,3]**2
4175                Fo = np.average(fos[:,2],weights=wFo)
4176                std = np.std(fos[:,2])
4177                sig = np.sqrt(np.mean(fos[:,3])**2+std**2)
4178                sumFo += np.sum(fos[:,2])
4179                sumDf += np.sum(np.abs(fos[:,2]-Fo))
4180                dlg.Update(ih)
4181                newHKL[5+Super] = Fo
4182                newHKL[6+Super] = sig
4183                newHKL[8+Super] = Fo
4184            if newHKL[5+Super] > 0.:
4185                mergeRef.append(list(newHKL)) 
4186        dlg.Destroy()
4187        if Super:
4188            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,3),2),1),0)
4189        else:
4190            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,2),1),0)
4191        mergeRef = np.array(mergeRef)
4192        if sumFo:
4193            mtext = ' merge R = %6.2f%s for %d reflections in %s'%(100.*sumDf/sumFo,'%',mergeRef.shape[0],Laue)
4194            print mtext
4195            Comments.append(mtext)
4196        else:
4197            print 'nothing to merge for %s reflections'%(mergeRef.shape[0])
4198        HKLFlist = []
4199        newName = Name+' '+Laue
4200        if G2frame.PatternTree.GetCount():
4201            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)
4202            while item:
4203                name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
4204                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
4205                    HKLFlist.append(name)
4206                item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
4207        newName = G2obj.MakeUniqueLabel(newName,HKLFlist)
4208        newData = copy.deepcopy(data)
4209        newData[0]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
4210        newData[1]['RefList'] = mergeRef
4211        Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text=newName)
4212        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4213            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
4214        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,newData)
4215        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4216            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
4217        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4218            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),{})  #dummy entry for GUI use
4219                   
4220    def OnErrorAnalysis(event):
4221        G2plt.PlotDeltSig(G2frame,kind)
4222       
4223    def OnWtFactor(event):
4224        event.Skip()
4225        try:
4226            val = float(wtval.GetValue())
4227        except ValueError:
4228            val = data[0]['wtFactor']
4229        data[0]['wtFactor'] = val
4230        wtval.SetValue('%.3f'%(val))
4231       
4232#    def OnCompression(event):
4233#        data[0] = int(comp.GetValue())
4234       
4235    def onCopyPlotCtrls(event):
4236        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4237        Need this here to pass on the G2frame object.
4238        '''
4239        G2pdG.CopyPlotCtrls(G2frame)
4240
4241    def onCopySelectedItems(event):
4242        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4243        Need this here to pass on the G2frame object.
4244        '''
4245        G2pdG.CopySelectedHistItems(G2frame)
4246           
4247    data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4248#patches
4249    if not data:
4250        return
4251    if 'wtFactor' not in data[0]:
4252        data[0] = {'wtFactor':1.0}
4253#    if kind == 'PWDR' and 'Compression' not in data[0]:
4254#        data[0]['Compression'] = 1
4255    #if isinstance(data[1],list) and kind == 'HKLF':
4256    if 'list' in str(type(data[1])) and kind == 'HKLF':
4257        RefData = {'RefList':[],'FF':[]}
4258        for ref in data[1]:
4259            RefData['RefList'].append(ref[:11]+[ref[13],])
4260            RefData['FF'].append(ref[14])
4261        data[1] = RefData
4262        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(item,data)
4263#end patches
4264    if G2frame.dataDisplay:
4265        G2frame.dataDisplay.Destroy()
4266    if kind in ['PWDR','SASD']:
4267        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.PWDRMenu)
4268        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnErrorAnalysis, id=wxID_PWDANALYSIS)
4269        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopySelectedItems, id=wxID_PWDCOPY)
4270        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopyPlotCtrls, id=wxID_PLOTCTRLCOPY)
4271    elif kind in ['HKLF',]:
4272        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.HKLFMenu)
4273        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnErrorAnalysis, id=wxID_PWDANALYSIS)
4274        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnMergeHKL, id=wxID_MERGEHKL)
4275        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=wxID_PWD3DHKLPLOT)
4276        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotAll3DHKL, id=wxID_3DALLHKLPLOT)
4277#        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopySelectedItems, id=wxID_PWDCOPY)
42