source: trunk/GSASIIgrid.py @ 2611

Last change on this file since 2611 was 2611, checked in by toby, 5 years ago

Change PDF defaults; option for multiple element addition (added to PDF); replace old single-spot mask option with new; stop overwriting image limits on Copy Controls

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 219.5 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIgrid - data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2017-01-05 04:46:36 +0000 (Thu, 05 Jan 2017) $
5# $Author: toby $
6# $Revision: 2611 $
7# $URL: trunk/GSASIIgrid.py $
8# $Id: GSASIIgrid.py 2611 2017-01-05 04:46:36Z toby $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIgrid: Basic GUI routines*
12--------------------------------
13
14'''
15import wx
16import wx.grid as wg
17#import wx.wizard as wz
18#import wx.aui
19import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
20import time
21import copy
22import sys
23import os
24import random as ran
25import numpy as np
26import scipy.optimize as so
27import GSASIIpath
28GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2611 $")
29import GSASIImath as G2mth
30import GSASIIIO as G2IO
31import GSASIIstrIO as G2stIO
32import GSASIIlattice as G2lat
33import GSASIIplot as G2plt
34import GSASIIpwdGUI as G2pdG
35import GSASIIimgGUI as G2imG
36import GSASIIphsGUI as G2phG
37import GSASIIspc as G2spc
38import GSASIImapvars as G2mv
39import GSASIIconstrGUI as G2cnstG
40import GSASIIrestrGUI as G2restG
41import GSASIIpy3 as G2py3
42import GSASIIobj as G2obj
43import GSASIIexprGUI as G2exG
44import GSASIIlog as log
45import GSASIIctrls as G2G
46
47# trig functions in degrees
48sind = lambda x: np.sin(x*np.pi/180.)
49tand = lambda x: np.tan(x*np.pi/180.)
50cosd = lambda x: np.cos(x*np.pi/180.)
51
52# Define a short name for convenience
53WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
54
55[ wxID_FOURCALC, wxID_FOURSEARCH, wxID_FOURCLEAR, wxID_PEAKSMOVE, wxID_PEAKSCLEAR, 
56    wxID_CHARGEFLIP, wxID_PEAKSUNIQUE, wxID_PEAKSDELETE, wxID_PEAKSDA,
57    wxID_PEAKSDISTVP, wxID_PEAKSVIEWPT, wxID_FINDEQVPEAKS,wxID_SHOWBONDS,wxID_MULTIMCSA,
58    wxID_SINGLEMCSA,wxID_4DCHARGEFLIP,wxID_TRANSFORMSTRUCTURE,
59] = [wx.NewId() for item in range(17)]
60
61[ wxID_PWDRADD, wxID_HKLFADD, wxID_PWDANALYSIS, wxID_PWDCOPY, wxID_PLOTCTRLCOPY, 
62    wxID_DATADELETE,wxID_DATACOPY,wxID_DATACOPYFLAGS,wxID_DATASELCOPY,wxID_DATAUSE,
63] = [wx.NewId() for item in range(10)]
64
65[ wxID_ATOMSEDITADD, wxID_ATOMSEDITINSERT, wxID_ATOMSEDITDELETE, 
66    wxID_ATOMSMODIFY, wxID_ATOMSTRANSFORM, wxID_ATOMSVIEWADD, wxID_ATOMVIEWINSERT,
67    wxID_RELOADDRAWATOMS,wxID_ATOMSDISAGL,wxID_ATOMMOVE,wxID_MAKEMOLECULE,
68    wxID_ASSIGNATMS2RB,wxID_ATOMSPDISAGL, wxID_ISODISP,wxID_ADDHATOM,wxID_UPDATEHATOM,
69    wxID_WAVEVARY,wxID_ATOMSROTATE, wxID_ATOMSDENSITY,
70    wxID_ATOMSSETALL, wxID_ATOMSSETSEL,
71] = [wx.NewId() for item in range(21)]
72
73[ wxID_DRAWATOMSTYLE, wxID_DRAWATOMLABEL, wxID_DRAWATOMCOLOR, wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, 
74    wxID_DRAWVIEWPOINT, wxID_DRAWTRANSFORM, wxID_DRAWDELETE, wxID_DRAWFILLCELL, 
75    wxID_DRAWADDEQUIV, wxID_DRAWFILLCOORD, wxID_DRAWDISAGLTOR,  wxID_DRAWPLANE,
76    wxID_DRAWDISTVP, wxID_DRAWADDSPHERE,wxID_DRWAEDITRADII,
77] = [wx.NewId() for item in range(15)]
78
79[ wxID_DRAWRESTRBOND, wxID_DRAWRESTRANGLE, wxID_DRAWRESTRPLANE, wxID_DRAWRESTRCHIRAL,
80] = [wx.NewId() for item in range(4)]
81
82[ wxID_ADDMCSAATOM,wxID_ADDMCSARB,wxID_CLEARMCSARB,wxID_MOVEMCSA,wxID_MCSACLEARRESULTS,
83] = [wx.NewId() for item in range(5)]
84
85[ wxID_CLEARTEXTURE,wxID_REFINETEXTURE,
86] = [wx.NewId() for item in range(2)]
87
88[ wxID_LOADDIFFAX,wxID_LAYERSIMULATE,wxID_SEQUENCESIMULATE, wxID_COPYPHASE,
89] = [wx.NewId() for item in range(4)]
90
91[ wxID_PAWLEYLOAD, wxID_PAWLEYESTIMATE, wxID_PAWLEYUPDATE, wxID_PAWLEYSELALL, wxID_PAWLEYSELNONE,
92  wxID_PAWLEYSELTOGGLE, wxID_PAWLEYSET,
93] = [wx.NewId() for item in range(7)]
94
95[ wxID_IMCALIBRATE,wxID_IMRECALIBRATE,wxID_IMINTEGRATE, wxID_IMCLEARCALIB,wxID_IMRECALIBALL, 
96    wxID_IMCOPYCONTROLS, wxID_INTEGRATEALL, wxID_IMSAVECONTROLS, wxID_IMLOADCONTROLS, wxID_IMAUTOINTEG,
97    wxID_IMCOPYSELECTED, wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, wxID_IMXFERCONTROLS,
98] = [wx.NewId() for item in range(13)]
99
100[ wxID_MASKCOPY, wxID_MASKSAVE, wxID_MASKLOAD, wxID_NEWMASKSPOT,wxID_NEWMASKARC,wxID_NEWMASKRING,
101    wxID_NEWMASKFRAME, wxID_NEWMASKPOLY,wxID_MASKLOADNOT,wxID_FINDSPOTS,
102] = [wx.NewId() for item in range(10)]
103
104[ wxID_STRSTACOPY, wxID_STRSTAFIT, wxID_STRSTASAVE, wxID_STRSTALOAD,wxID_STRSTSAMPLE,
105    wxID_APPENDDZERO,wxID_STRSTAALLFIT,wxID_UPDATEDZERO,wxID_STRSTAPLOT,
106] = [wx.NewId() for item in range(9)]
107
108[ wxID_BACKCOPY,wxID_LIMITCOPY, wxID_SAMPLECOPY, wxID_SAMPLECOPYSOME, wxID_BACKFLAGCOPY, wxID_SAMPLEFLAGCOPY,
109    wxID_SAMPLESAVE, wxID_SAMPLELOAD,wxID_ADDEXCLREGION,wxID_SETSCALE,wxID_SAMPLE1VAL,wxID_ALLSAMPLELOAD,
110    wxID_MAKEBACKRDF,
111] = [wx.NewId() for item in range(13)]
112
113[ wxID_INSTPRMRESET,wxID_CHANGEWAVETYPE,wxID_INSTCOPY, wxID_INSTFLAGCOPY, wxID_INSTLOAD,
114    wxID_INSTSAVE, wxID_INST1VAL, wxID_INSTCALIB,wxID_INSTSAVEALL,
115] = [wx.NewId() for item in range(9)]
116
117[ wxID_UNDO,wxID_LSQPEAKFIT,wxID_LSQONECYCLE,wxID_RESETSIGGAM,wxID_CLEARPEAKS,wxID_AUTOSEARCH,
118    wxID_PEAKSCOPY, wxID_SEQPEAKFIT,
119] = [wx.NewId() for item in range(8)]
120
121[  wxID_INDXRELOAD, wxID_INDEXPEAKS, wxID_REFINECELL, wxID_COPYCELL, wxID_MAKENEWPHASE,
122    wxID_EXPORTCELLS,
123] = [wx.NewId() for item in range(6)]
124
125[ wxID_CONSTRAINTADD,wxID_EQUIVADD,wxID_HOLDADD,wxID_FUNCTADD,wxID_ADDRIDING,
126  wxID_CONSPHASE, wxID_CONSHIST, wxID_CONSHAP, wxID_CONSGLOBAL,wxID_EQUIVALANCEATOMS,
127] = [wx.NewId() for item in range(10)]
128
129[ wxID_RESTRAINTADD, wxID_RESTSELPHASE,wxID_RESTDELETE, wxID_RESRCHANGEVAL, 
130    wxID_RESTCHANGEESD,wxID_AARESTRAINTADD,wxID_AARESTRAINTPLOT,
131] = [wx.NewId() for item in range(7)]
132
133[ wxID_RIGIDBODYADD,wxID_DRAWDEFINERB,wxID_RIGIDBODYIMPORT,wxID_RESIDUETORSSEQ,
134    wxID_AUTOFINDRESRB,wxID_GLOBALRESREFINE,wxID_RBREMOVEALL,wxID_COPYRBPARMS,
135    wxID_GLOBALTHERM,wxID_VECTORBODYADD
136] = [wx.NewId() for item in range(10)]
137
138[ wxID_RENAMESEQSEL,wxID_SAVESEQSEL,wxID_SAVESEQSELCSV,wxID_SAVESEQCSV,wxID_PLOTSEQSEL,
139  wxID_ORGSEQSEL,wxADDSEQVAR,wxDELSEQVAR,wxEDITSEQVAR,wxCOPYPARFIT,wxID_AVESEQSEL,
140  wxADDPARFIT,wxDELPARFIT,wxEDITPARFIT,wxDOPARFIT,wxADDSEQDIST,wxADDSEQANGLE
141] = [wx.NewId() for item in range(17)]
142
143[ wxID_MODELCOPY,wxID_MODELFIT,wxID_MODELADD,wxID_ELEMENTADD,wxID_ELEMENTDELETE,
144    wxID_ADDSUBSTANCE,wxID_LOADSUBSTANCE,wxID_DELETESUBSTANCE,wxID_COPYSUBSTANCE,
145    wxID_MODELUNDO,wxID_MODELFITALL,wxID_MODELCOPYFLAGS,
146] = [wx.NewId() for item in range(12)]
147
148[ wxID_SELECTPHASE,wxID_PWDHKLPLOT,wxID_PWD3DHKLPLOT,wxID_3DALLHKLPLOT,wxID_MERGEHKL,
149] = [wx.NewId() for item in range(5)]
150
151[ wxID_PDFCOPYCONTROLS, wxID_PDFSAVECONTROLS, wxID_PDFLOADCONTROLS, 
152    wxID_PDFCOMPUTE, wxID_PDFCOMPUTEALL, wxID_PDFADDELEMENT, wxID_PDFDELELEMENT,
153] = [wx.NewId() for item in range(7)]
154
155[ wxID_MCRON,wxID_MCRLIST,wxID_MCRSAVE,wxID_MCRPLAY,
156] = [wx.NewId() for item in range(4)]
157
158VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
159
160commonTrans = {'abc':np.eye(3),'a-cb':np.array([[1,0,0],[0,0,-1],[0,1,0]]),
161    'ba-c':np.array([[0,1,0],[1,0,0],[0,0,-1]]),'-cba':np.array([[0,0,-1],[0,1,0],[1,0,0]]),
162    'bca':np.array([[0,1,0],[0,0,1],[1,0,0]]),'cab':np.array([[0,0,1],[1,0,0],[0,1,0]]),
163    'P->R':np.array([[1,-1,0],[0,1,-1],[1,1,1]]),'R->P':np.array([[2./3,1./3,1./3],[-1./3,1./3,1./3],[-1./3,-2./3,1./3]]),
164    'P->A':np.array([[-1,0,0],[0,-1,1],[0,1,1]]),'R->O':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]),
165    'P->B':np.array([[-1,0,1],[0,-1,0],[1,0,1]]),'B->P':np.array([[-.5,0,.5],[0,-1,0],[.5,0,.5]]),
166    'P->C':np.array([[1,1,0],[1,-1,0],[0,0,-1]]),'C->P':np.array([[.5,.5,0],[.5,-.5,0],[0,0,-1]]),
167    'P->F':np.array([[-1,1,1],[1,-1,1],[1,1,-1]]),'F->P':np.array([[0,.5,.5],[.5,0,.5],[.5,.5,0]]),   
168    'P->I':np.array([[0,1,1],[1,0,1],[1,1,0]]),'I->P':np.array([[-.5,.5,.5],[.5,-.5,.5],[.5,.5,-.5]]),   
169    'A->P':np.array([[-1,0,0],[0,-.5,.5],[0,.5,.5]]),'O->R':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]), 
170    'abc*':np.eye(3), }
171commonNames = ['abc','bca','cab','a-cb','ba-c','-cba','P->A','A->P','P->B','B->P','P->C','C->P',
172    'P->I','I->P','P->F','F->P','P->R','R->P','R->O','O->R','abc*',]
173
174# Should SGMessageBox, SymOpDialog, DisAglDialog be moved?
175
176################################################################################
177#### GSAS-II class definitions
178################################################################################
179
180class SGMessageBox(wx.Dialog):
181    ''' Special version of MessageBox that displays space group & super space group text
182    in two blocks
183    '''
184    def __init__(self,parent,title,text,table,):
185        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
186            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
187        self.text = text
188        self.table = table
189        self.panel = wx.Panel(self)
190        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
191        mainSizer.Add((0,10))
192        for line in text:
193            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
194        ncol = self.table[0].count(',')+1
195        tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
196        for j,item in enumerate(self.table):
197            num,flds = item.split(')')
198            tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s  '%(num+')')),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
199            flds = flds.replace(' ','').split(',')
200            for i,fld in enumerate(flds):
201                if i < ncol-1:
202                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
203                else:
204                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s'%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
205            if not j%2:
206                tableSizer.Add((20,0))
207        mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_LEFT)
208        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
209        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
210        OKbtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
211        OKbtn.SetDefault()
212        btnsizer.AddButton(OKbtn)
213        btnsizer.Realize()
214        mainSizer.Add((0,10))
215        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
216        self.panel.SetSizer(mainSizer)
217        self.panel.Fit()
218        self.Fit()
219        size = self.GetSize()
220        self.SetSize([size[0]+20,size[1]])
221
222    def Show(self):
223        '''Use this method after creating the dialog to post it
224        '''
225        self.ShowModal()
226        return
227
228    def OnOk(self,event):
229        parent = self.GetParent()
230        parent.Raise()
231        self.EndModal(wx.ID_OK)
232
233class SGMagSpinBox(wx.Dialog):
234    ''' Special version of MessageBox that displays magnetic spin text
235    '''
236    def __init__(self,parent,title,text,table,names,spins,):
237        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
238            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER,size=wx.Size(420,350))
239        self.text = text
240        self.table = table
241        self.names = names
242        self.spins = spins
243        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)
244        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
245        mainSizer.Add((0,10))
246        first = text[0].split(':')[-1].strip()
247        cents = [0,]
248        if 'P' != first[0]:
249            cents = text[-1].split(';')
250        for line in text:
251            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
252        ncol = self.table[0].count(',')+2
253        for ic,cent in enumerate(cents):
254            if cent:
255                cent = cent.strip(' (').strip(')+\n') 
256                mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' for (%s)+'%(cent)),0,WACV)
257            tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
258            for j,item in enumerate(self.table):
259                flds = item.split(')')[1]
260                tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  (%2d)  '%(j+1)),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
261                flds = flds.replace(' ','').split(',')
262                for i,fld in enumerate(flds):
263                    if i < ncol-1:
264                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld))
265                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
266                    else:
267                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s '%(fld))
268                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
269                text = wx.StaticText(self.panel,label=' (%s) '%(self.names[j]))
270                if self.spins[j+ic*len(self.table)] < 0:
271                    text.SetForegroundColour('Red')
272                tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
273                if not j%2:
274                    tableSizer.Add((20,0))
275            mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
276           
277        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
278        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
279        OKbtn.SetDefault()
280        btnsizer.AddButton(OKbtn)
281        btnsizer.Realize()
282        mainSizer.Add((0,10))
283        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
284        self.panel.SetSizer(mainSizer)
285        size = np.array(self.GetSize())
286        self.panel.SetupScrolling()
287        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
288        self.panel.SetSize(size)
289        self.panel.SetAutoLayout(1)
290
291    def Show(self):
292        '''Use this method after creating the dialog to post it
293        '''
294        self.ShowModal()
295        return   
296
297################################################################################
298class SymOpDialog(wx.Dialog):
299    '''Class to select a symmetry operator
300    '''
301    def __init__(self,parent,SGData,New=True,ForceUnit=False):
302        wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,'Select symmetry operator',
303            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
304        panel = wx.Panel(self)
305        self.SGData = SGData
306        self.New = New
307        self.Force = ForceUnit
308        self.OpSelected = [0,0,0,[0,0,0],False,False]
309        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
310        if ForceUnit:
311            choice = ['No','Yes']
312            self.force = wx.RadioBox(panel,-1,'Force to unit cell?',choices=choice)
313            self.force.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
314            mainSizer.Add(self.force,0,WACV|wx.TOP,5)
315#        if SGData['SGInv']:
316        choice = ['No','Yes']
317        self.inv = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose inversion?',choices=choice)
318        self.inv.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
319        mainSizer.Add(self.inv,0,WACV)
320        if SGData['SGLatt'] != 'P':
321            LattOp = G2spc.Latt2text(SGData['SGLatt']).split(';')
322            self.latt = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose cell centering?',choices=LattOp)
323            self.latt.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
324            mainSizer.Add(self.latt,0,WACV)
325        if SGData['SGLaue'] in ['-1','2/m','mmm','4/m','4/mmm']:
326            Ncol = 2
327        else:
328            Ncol = 3
329        OpList = []
330        for Opr in SGData['SGOps']:
331            OpList.append(G2spc.MT2text(Opr))
332        self.oprs = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose space group operator?',choices=OpList,
333            majorDimension=Ncol)
334        self.oprs.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
335        mainSizer.Add(self.oprs,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
336        mainSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,"   Choose unit cell?"),0,WACV)
337        cellSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
338        cellName = ['X','Y','Z']
339        self.cell = []
340        for i in range(3):
341            self.cell.append(wx.SpinCtrl(panel,-1,cellName[i],size=wx.Size(50,20)))
342            self.cell[-1].SetRange(-3,3)
343            self.cell[-1].SetValue(0)
344            self.cell[-1].Bind(wx.EVT_SPINCTRL, self.OnOpSelect)
345            cellSizer.Add(self.cell[-1],0,WACV)
346        mainSizer.Add(cellSizer,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
347        if self.New:
348            choice = ['No','Yes']
349            self.new = wx.RadioBox(panel,-1,'Generate new positions?',choices=choice)
350            self.new.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
351            mainSizer.Add(self.new,0,WACV)
352
353        OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
354        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
355        cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
356        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
357        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
358        btnSizer.Add((20,20),1)
359        btnSizer.Add(OkBtn)
360        btnSizer.Add((20,20),1)
361        btnSizer.Add(cancelBtn)
362        btnSizer.Add((20,20),1)
363
364        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
365        panel.SetSizer(mainSizer)
366        panel.Fit()
367        self.Fit()
368
369    def OnOpSelect(self,event):
370#        if self.SGData['SGInv']:
371        self.OpSelected[0] = self.inv.GetSelection()
372        if self.SGData['SGLatt'] != 'P':
373            self.OpSelected[1] = self.latt.GetSelection()
374        self.OpSelected[2] = self.oprs.GetSelection()
375        for i in range(3):
376            self.OpSelected[3][i] = float(self.cell[i].GetValue())
377        if self.New:
378            self.OpSelected[4] = self.new.GetSelection()
379        if self.Force:
380            self.OpSelected[5] = self.force.GetSelection()
381
382    def GetSelection(self):
383        return self.OpSelected
384
385    def OnOk(self,event):
386        parent = self.GetParent()
387        parent.Raise()
388        self.EndModal(wx.ID_OK)
389
390    def OnCancel(self,event):
391        parent = self.GetParent()
392        parent.Raise()
393        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
394       
395################################################################################
396class SphereEnclosure(wx.Dialog):
397    ''' Add atoms within sphere of enclosure to drawing
398   
399    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
400    :param general: general data (includes drawing data)
401    :param atoms: drawing atoms data
402    :param indx: list of selected atoms (may be empty)
403   
404    '''
405    def __init__(self,parent,general,drawing,indx):
406        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
407            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
408        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
409        self.General = general
410        self.Drawing = drawing
411        self.indx = indx
412        self.Sphere = 1.0
413        self.centers = []
414        self.atomTypes = [[item,True] for item in self.General['AtomTypes']]
415       
416        self.Draw()
417       
418    def Draw(self):
419       
420        def OnRadius(event):
421            event.Skip()
422            try:
423                val = float(radius.GetValue())
424                if val < 0.5:
425                    raise ValueError
426                self.Sphere = val
427            except ValueError:
428                pass
429            radius.SetValue('%.3f'%(self.Sphere))
430           
431        def OnAtomType(event):
432            Obj = event.GetEventObject()
433            id = Ind[Obj.GetId()]
434            self.atomTypes[id][1] = Obj.GetValue()
435       
436        self.panel.Destroy()
437        self.panel = wx.Panel(self)
438        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
439        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere of enclosure controls:'),0,WACV)
440        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
441        atoms = []
442        if len(self.indx):
443            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at atoms: '),0,WACV)
444            cx,ct,cs = self.Drawing['atomPtrs'][:3]
445#            print self.Drawing.keys()
446            for id in self.indx:
447                atom = self.Drawing['Atoms'][id]
448                self.centers.append(atom[cx:cx+3])
449                atoms.append('%s(%s)'%(atom[ct-1],atom[cs-1]))
450            topSizer.Add(wx.ComboBox(self.panel,choices=atoms,value=atoms[0],
451                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN),0,WACV)
452        else:
453            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at drawing view point'),0,WACV)
454            self.centers.append(self.Drawing['viewPoint'][0])
455        mainSizer.Add(topSizer,0,WACV)
456        sphereSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
457        sphereSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere radius: '),0,WACV)
458        radius = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f'%(self.Sphere),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
459        radius.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRadius)
460        radius.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRadius)
461        sphereSizer.Add(radius,0,WACV)
462        mainSizer.Add(sphereSizer,0,WACV)
463        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target selected atoms:'),0,WACV)
464        atSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
465        Ind = {}
466        for i,item in enumerate(self.atomTypes):
467            atm = wx.CheckBox(self.panel,label=item[0])
468            atm.SetValue(item[1])
469            atm.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnAtomType)
470            Ind[atm.GetId()] = i
471            atSizer.Add(atm,0,WACV)
472        mainSizer.Add(atSizer,0,WACV)
473       
474        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
475        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
476        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
477        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
478        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
479        btnSizer.Add((20,20),1)
480        btnSizer.Add(OkBtn)
481        btnSizer.Add((20,20),1)
482        btnSizer.Add(cancelBtn)
483        btnSizer.Add((20,20),1)
484       
485        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
486        self.panel.SetSizer(mainSizer)
487        self.panel.Fit()
488        self.Fit()
489       
490    def GetSelection(self):
491        used = []
492        for atm in self.atomTypes:
493            if atm[1]:
494                used.append(str(atm[0]))
495        return self.centers,self.Sphere,used
496
497    def OnOk(self,event):
498        parent = self.GetParent()
499        parent.Raise()
500        self.EndModal(wx.ID_OK)
501
502    def OnCancel(self,event):
503        parent = self.GetParent()
504        parent.Raise()
505        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
506       
507################################################################################
508class TransformDialog(wx.Dialog):
509    ''' Phase transformation
510   
511    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
512    :param phase: phase data
513   
514    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file
515    '''
516    def __init__(self,parent,phase):
517        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
518            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
519        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
520        self.Phase = copy.deepcopy(phase)   #will be a new phase!
521#        self.Super = phase['General']['Super']
522#        if self.Super:
523#            self.Trans = np.eye(4)
524#            self.Vec = np.zeros(4)
525#        else:
526        self.Trans = np.eye(3)
527        self.Vec = np.zeros(3)
528        self.oldSpGrp = phase['General']['SGData']['SpGrp']
529        self.oldSGdata = phase['General']['SGData']
530        self.newSpGrp = self.Phase['General']['SGData']['SpGrp']
531        self.oldCell = phase['General']['Cell'][1:8]
532        self.newCell = self.Phase['General']['Cell'][1:8]
533        self.Common = 'abc'
534        self.ifMag = False
535        self.ifConstr = True
536        self.Draw()
537
538    def Draw(self):
539               
540        def OnMatValue(event):
541            event.Skip()
542            Obj = event.GetEventObject()
543            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
544            val = Obj.GetValue()
545            try:
546                if '/' in val:
547                    vals = val.split('/')
548                    self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
549                else:   
550                    self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
551            except ValueError:
552                pass
553            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
554           
555        def OnVecValue(event):
556            event.Skip()
557            Obj = event.GetEventObject()
558            iy = Ind[Obj.GetId()]
559            val = Obj.GetValue()
560            try:
561                if '/' in val:
562                    vals = val.split('/')
563                    self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
564                else:   
565                    self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
566            except ValueError:
567                pass
568            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
569               
570        def OnCommon(event):
571            Obj = event.GetEventObject()
572            self.Common = Obj.GetValue()
573            if '*' in self.Common:
574                A,B = G2lat.cell2AB(self.oldCell[:6])
575                self.newCell[2:5] = [A[2,2],90.,90.]
576                a,b = G2lat.cell2AB(self.newCell[:6])
577                self.Trans = np.inner(a.T,B)    #correct!
578                self.newSpGrp = 'P 1'
579                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(self.newSpGrp)
580                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
581            else:
582                self.Trans = commonTrans[self.Common]
583            OnTest(event)
584       
585        def OnSpaceGroup(event):
586            event.Skip()
587            Flds = SGTxt.GetValue().split()
588            Flds[0] = Flds[0].upper()
589            #get rid of extra spaces between fields first
590            for fld in Flds: fld = fld.strip()
591            SpcGp = ' '.join(Flds)
592            if SpcGp == self.newSpGrp: #didn't change it!
593                return
594            # try a lookup on the user-supplied name
595            SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpcGp)
596            if SpGrpNorm:
597                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
598            else:
599                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpcGp)
600            if SGErr:
601                text = [G2spc.SGErrors(SGErr)+'\nSpace Group set to previous']
602                SGTxt.SetValue(self.newSpGrp)
603                msg = 'Space Group Error'
604                Style = wx.ICON_EXCLAMATION
605                Text = '\n'.join(text)
606                wx.MessageBox(Text,caption=msg,style=Style)
607            else:
608                text,table = G2spc.SGPrint(SGData)
609                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
610                self.newSpGrp = SpcGp
611                SGTxt.SetValue(self.Phase['General']['SGData']['SpGrp'])
612                msg = 'Space Group Information'
613                SGMessageBox(self.panel,msg,text,table).Show()
614            if self.Phase['General']['Type'] == 'magnetic':
615                Nops = len(SGData['SGOps'])*len(SGData['SGCen'])
616                if SGData['SGInv']:
617                    Nops *= 2
618                SGData['SpnFlp'] = Nops*[1,]
619#            if self.Phase['General']['Type'] in ['modulated',]:
620#                self.Phase['General']['SuperSg'] = SetDefaultSSsymbol()
621#                self.Phase['General']['SSGData'] = G2spc.SSpcGroup(generalData['SGData'],generalData['SuperSg'])[1]
622
623        def OnTest(event):
624            self.newCell = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)
625            wx.CallAfter(self.Draw)
626           
627        def OnMag(event):
628            self.ifMag = mag.GetValue()
629           
630        def OnConstr(event):
631            self.ifConstr = constr.GetValue()
632
633        self.panel.Destroy()
634        self.panel = wx.Panel(self)
635        Ind = {}
636        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
637        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
638        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
639        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix & vector: M*X+V = X'"))
640#        if self.Super:
641#            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
642#        else:
643        commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
644        commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
645        common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames,
646            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
647        common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
648        commonSizer.Add(common,0,WACV)
649        transSizer.Add(commonSizer)
650        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
651        for iy,line in enumerate(self.Trans):
652            for ix,val in enumerate(line):
653                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
654                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
655                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
656                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
657                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
658                Trmat.Add(item)
659            Trmat.Add((25,0),0)
660            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
661                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
662            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
663            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
664            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
665            Trmat.Add(vec)
666        transSizer.Add(Trmat)
667        MatSizer.Add((10,0),0)
668        MatSizer.Add(transSizer)
669        mainSizer.Add(MatSizer)
670        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Old lattice parameters:'),0,WACV)
671        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
672            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.oldCell[0],self.oldCell[1],self.oldCell[2])),0,WACV)
673        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
674            (self.oldCell[3],self.oldCell[4],self.oldCell[5])),0,WACV)
675        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.oldCell[6])),0,WACV)
676        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' New lattice parameters:'),0,WACV)
677        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
678            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.newCell[0],self.newCell[1],self.newCell[2])),0,WACV)
679        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
680            (self.newCell[3],self.newCell[4],self.newCell[5])),0,WACV)
681        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.newCell[6])),0,WACV)
682        sgSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
683        sgSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  Space group: '),0,WACV)
684        SGTxt = wx.TextCtrl(self.panel,value=self.newSpGrp,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
685        SGTxt.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnSpaceGroup)
686        SGTxt.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnSpaceGroup)
687        sgSizer.Add(SGTxt,0,WACV)
688        mainSizer.Add(sgSizer,0,WACV)
689        if 'magnetic' not in self.Phase['General']['Type']:
690            mag = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make new phase magnetic?')
691            mag.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnMag)
692            mainSizer.Add(mag,0,WACV)
693            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
694                label=' NB: Nonmagnetic atoms will be deleted from new phase'),0,WACV)
695            constr = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make constraints between phases?')
696            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
697                label=' Constraints not correct for non-diagonal transforms'),0,WACV)
698            constr.SetValue(self.ifConstr)
699            constr.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnConstr)
700            mainSizer.Add(constr,0,WACV)
701
702        TestBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Test")
703        TestBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, OnTest)
704        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
705        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
706        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
707        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
708        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
709        btnSizer.Add((20,20),1)
710        btnSizer.Add(TestBtn)
711        btnSizer.Add((20,20),1)
712        btnSizer.Add(OkBtn)
713        btnSizer.Add((20,20),1)
714        btnSizer.Add(cancelBtn)
715        btnSizer.Add((20,20),1)
716       
717        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
718        self.panel.SetSizer(mainSizer)
719        self.panel.Fit()
720        self.Fit()
721       
722    def GetSelection(self):
723        if self.ifMag:
724            self.Phase['General']['Name'] += ' mag'
725        else:
726            self.Phase['General']['Name'] += ' %s'%(self.Common)
727        self.Phase['General']['Cell'][1:] = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)           
728        return self.Phase,self.Trans,self.Vec,self.ifMag,self.ifConstr
729
730    def OnOk(self,event):
731        parent = self.GetParent()
732        parent.Raise()
733        self.EndModal(wx.ID_OK)
734
735    def OnCancel(self,event):
736        parent = self.GetParent()
737        parent.Raise()
738        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
739################################################################################
740class UseMagAtomDialog(wx.Dialog):
741    '''Get user selected magnetic atoms after cell transformation
742    '''
743    def __init__(self,parent,Atoms,atCodes):
744        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Magnetic atom selection', 
745            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
746        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
747        self.Atoms = Atoms
748        self.atCodes = atCodes
749        self.Use = len(self.Atoms)*[True,]
750        self.Draw()
751       
752    def Draw(self):
753       
754        def OnUseChk(event):
755            Obj = event.GetEventObject()
756            iuse = Indx[Obj.GetId()]
757            self.Use[iuse] = not self.Use[iuse]
758            Obj.SetValue(self.Use[iuse])
759       
760        self.panel.Destroy()
761        self.panel = wx.Panel(self)
762        Indx = {}
763        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
764       
765        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Name, x, y, z:'),0,WACV)
766        atmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
767        for iuse,[use,atom] in enumerate(zip(self.Use,self.Atoms)):
768            useChk = wx.CheckBox(self.panel,label='Use?')
769            Indx[useChk.GetId()] = iuse
770            useChk.SetValue(use)
771            useChk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnUseChk)
772            atmSizer.Add(useChk,0,WACV)
773            text = ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%(atom[0],atom[3],atom[4],atom[5])
774            atmSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=text),0,WACV)
775        mainSizer.Add(atmSizer)
776       
777        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
778        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
779        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Use All")
780        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
781        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
782        btnSizer.Add((20,20),1)
783        btnSizer.Add(OkBtn)
784        btnSizer.Add((20,20),1)
785        btnSizer.Add(cancelBtn)
786        btnSizer.Add((20,20),1)
787       
788        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
789        self.panel.SetSizer(mainSizer)
790        self.panel.Fit()
791        self.Fit()
792       
793    def GetSelection(self):
794        useAtoms = []
795        useatCodes = []
796        for use,atom,code in zip(self.Use,self.Atoms,self.atCodes):
797            if use:
798                useAtoms.append(atom)
799                useatCodes.append(code)
800        return useAtoms,useatCodes
801
802    def OnOk(self,event):
803        parent = self.GetParent()
804        parent.Raise()
805        self.EndModal(wx.ID_OK)
806
807    def OnCancel(self,event):
808        parent = self.GetParent()
809        parent.Raise()
810        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
811           
812               
813################################################################################
814class RotationDialog(wx.Dialog):
815    ''' Get Rotate & translate matrix & vector - currently not used
816    needs rethinking - possible use to rotate a group of atoms about some
817    vector/origin + translation
818   
819    '''
820    def __init__(self,parent):
821        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Atom group rotation/translation', 
822            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
823        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
824        self.Trans = np.eye(3)
825        self.Vec = np.zeros(3)
826        self.rotAngle = 0.
827        self.rotVec = np.array([0.,0.,1.])
828        self.Expand = ''
829        self.Draw()
830
831    def Draw(self):
832
833        def OnMatValue(event):
834            event.Skip()
835            Obj = event.GetEventObject()
836            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
837            val = Obj.GetValue()
838            if '/' in val:
839                vals = val.split('/')
840                self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
841            else:   
842                self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
843            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
844           
845           
846        def OnVecValue(event):
847            event.Skip()
848            Obj = event.GetEventObject()
849            iy = Ind[Obj.GetId()]
850            val = Obj.GetValue()
851            if '/' in val:
852                vals = val.split('/')
853                self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
854            else:   
855                self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
856            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
857           
858        def OnExpand(event):
859            self.Expand = expand.GetValue()
860           
861        def OnRotAngle(event):
862            event.Skip()
863            self.rotAngle = float(rotangle.GetValue())
864            rotangle.SetValue('%5.3f'%(self.rotAngle))
865            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
866            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
867            self.Draw()
868           
869        def OnRotVec(event):
870            event.Skip()
871            vals = rotvec.GetValue()
872            vals = vals.split()
873            self.rotVec = np.array([float(val) for val in vals])
874            rotvec.SetValue('%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]))
875            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
876            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
877            self.Draw()
878           
879        self.panel.Destroy()
880        self.panel = wx.Panel(self)
881        Ind = {}
882        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
883        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
884        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
885        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix && vector: "+ \
886            "\n B*M*A*(X-V)+V = X'\n A,B: Cartesian transformation matrices"))
887        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
888        for iy,line in enumerate(self.Trans):
889            for ix,val in enumerate(line):
890                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
891                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
892                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
893                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
894                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
895                Trmat.Add(item)
896            Trmat.Add((25,0),0)
897            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
898                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
899            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
900            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
901            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
902            Trmat.Add(vec)
903        transSizer.Add(Trmat)
904        MatSizer.Add((10,0),0)
905        MatSizer.Add(transSizer)
906        mainSizer.Add(MatSizer)
907        rotationBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
908        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Rotation angle: '),0,WACV)
909        rotangle = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.rotAngle),
910            size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
911        rotangle.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotAngle)
912        rotangle.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotAngle)
913        rotationBox.Add(rotangle,0,WACV)
914        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' about vector: '),0,WACV)
915        rotvec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]),
916            size=(100,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
917        rotvec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotVec)
918        rotvec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotVec)
919        rotationBox.Add(rotvec,0,WACV)
920        mainSizer.Add(rotationBox,0,WACV)
921        expandChoice = ['','xy','xz','yz','xyz']
922        expandBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
923        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Expand -1 to +1 on: '),0,WACV)
924        expand = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Expand,choices=expandChoice,
925            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
926        expand.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnExpand)
927        expandBox.Add(expand,0,WACV)
928        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' and find unique atoms '),0,WACV)       
929        mainSizer.Add(expandBox)
930               
931        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
932        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
933        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
934        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
935        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
936        btnSizer.Add((20,20),1)
937        btnSizer.Add(OkBtn)
938        btnSizer.Add((20,20),1)
939        btnSizer.Add(cancelBtn)
940        btnSizer.Add((20,20),1)
941       
942        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
943        self.panel.SetSizer(mainSizer)
944        self.panel.Fit()
945        self.Fit()
946
947    def GetSelection(self):
948        return self.Trans,self.Vec,self.Expand
949
950    def OnOk(self,event):
951        parent = self.GetParent()
952        parent.Raise()
953        self.EndModal(wx.ID_OK)
954
955    def OnCancel(self,event):
956        parent = self.GetParent()
957        parent.Raise()
958        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)   
959       
960################################################################################
961class DIFFaXcontrols(wx.Dialog):
962    ''' Solicit items needed to prepare DIFFaX control.dif file
963    '''
964    def __init__(self,parent,ctrls,parms=None):
965        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'DIFFaX controls', 
966            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
967        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
968        self.ctrls = ctrls
969        self.calcType = 'powder pattern'
970        self.plane = 'h0l'
971        self.planeChoice = ['h0l','0kl','hhl','h-hl',]
972        self.lmax = '2'
973        self.lmaxChoice = [str(i+1) for i in range(6)]
974        self.Parms = parms
975        self.Parm = None
976        if self.Parms != None:
977            self.Parm = self.Parms[0]
978        self.parmRange = [0.,1.]
979        self.parmStep = 2
980        self.Inst = 'Gaussian'
981        self.Draw()
982       
983    def Draw(self):
984       
985        def OnCalcType(event):
986            self.calcType = calcType.GetValue()
987            wx.CallAfter(self.Draw)
988           
989        def OnPlane(event):
990            self.plane = plane.GetValue()
991           
992        def OnMaxL(event):
993            self.lmax = lmax.GetValue()
994           
995        def OnParmSel(event):
996            self.Parm = parmsel.GetValue()
997           
998        def OnNumStep(event):
999            self.parmStep = int(numStep.GetValue())
1000           
1001        def OnParmRange(event):
1002            event.Skip()
1003            vals = parmrange.GetValue().split()
1004            try:
1005                vals = [float(vals[0]),float(vals[1])]
1006            except ValueError:
1007                vals = self.parmRange
1008            parmrange.SetValue('%.3f %.3f'%(vals[0],vals[1]))
1009            self.parmRange = vals
1010           
1011        def OnInstSel(event):
1012            self.Inst = instsel.GetValue()
1013       
1014        self.panel.Destroy()
1015        self.panel = wx.Panel(self)
1016        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1017        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Controls for DIFFaX'),0,WACV)
1018        if self.Parms:
1019            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sequential powder pattern simulation'),0,WACV)
1020        else:
1021            calcChoice = ['powder pattern','selected area']
1022            calcSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1023            calcSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select calculation type: '),0,WACV)
1024            calcType = wx.ComboBox(self.panel,value=self.calcType,choices=calcChoice,
1025                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1026            calcType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCalcType)
1027            calcSizer.Add(calcType,0,WACV)
1028            mainSizer.Add(calcSizer)
1029        if self.Parms:
1030            parmSel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1031            parmSel.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select parameter to vary: '),0,WACV)
1032            parmsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Parm,choices=self.Parms,
1033                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1034            parmsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnParmSel)
1035            parmSel.Add(parmsel,0,WACV)
1036            mainSizer.Add(parmSel)
1037            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Enter parameter range & no. steps: '),0,WACV)
1038            parmRange =  wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1039            numChoice = [str(i+1) for i in range(10)]
1040            parmrange = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f %.3f'%(self.parmRange[0],self.parmRange[1]),
1041                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1042            parmrange.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnParmRange)
1043            parmrange.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnParmRange)
1044            parmRange.Add(parmrange,0,WACV)
1045            numStep = wx.ComboBox(self.panel,value=str(self.parmStep),choices=numChoice,
1046                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1047            numStep.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnNumStep)
1048            parmRange.Add(numStep,0,WACV)
1049            mainSizer.Add(parmRange)           
1050        if 'selected' in self.calcType:
1051            planeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1052            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select plane: '),0,WACV)
1053            plane = wx.ComboBox(self.panel,value=self.plane,choices=self.planeChoice,
1054                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1055            plane.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPlane)
1056            planeSizer.Add(plane,0,WACV)
1057            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Max. l index: '),0,WACV)
1058            lmax = wx.ComboBox(self.panel,value=self.lmax,choices=self.lmaxChoice,
1059                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1060            lmax.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaxL)
1061            planeSizer.Add(lmax,0,WACV)           
1062            mainSizer.Add(planeSizer)
1063        else:
1064            instChoice = ['None','Mean Gaussian','Gaussian',]
1065            instSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1066            instSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select instrument broadening: '),0,WACV)
1067            instsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Inst,choices=instChoice,
1068                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1069            instsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnInstSel)
1070            instSizer.Add(instsel,0,WACV)
1071            mainSizer.Add(instSizer)
1072        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1073        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1074        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1075        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1076        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1077        btnSizer.Add((20,20),1)
1078        btnSizer.Add(OkBtn)
1079        btnSizer.Add((20,20),1)
1080        btnSizer.Add(cancelBtn)
1081        btnSizer.Add((20,20),1)
1082       
1083        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1084        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1085        self.panel.Fit()
1086        self.Fit()
1087       
1088    def GetSelection(self):
1089        if 'powder' in self.calcType:
1090            return 'PWDR',self.Inst,self.Parm,self.parmRange,self.parmStep
1091        elif 'selected' in self.calcType:
1092            return 'SADP',self.plane,self.lmax
1093
1094    def OnOk(self,event):
1095        parent = self.GetParent()
1096        parent.Raise()
1097        self.EndModal(wx.ID_OK)
1098
1099    def OnCancel(self,event):
1100        parent = self.GetParent()
1101        parent.Raise()
1102        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1103           
1104       
1105################################################################################
1106class MergeDialog(wx.Dialog):
1107    ''' HKL transformation & merge dialog
1108   
1109    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1110    :param data: HKLF data
1111   
1112    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file     
1113    '''       
1114    def __init__(self,parent,data):
1115        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup HKLF merge', 
1116            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1117        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1118        self.data = data
1119        self.Super = data[1]['Super']
1120        if self.Super:
1121            self.Trans = np.eye(4)
1122        else:
1123            self.Trans = np.eye(3)
1124        self.Cent = 'noncentrosymmetric'
1125        self.Laue = '1'
1126        self.Class = 'triclinic'
1127        self.Common = 'abc'
1128        self.Draw()
1129       
1130    def Draw(self):
1131               
1132        def OnMatValue(event):
1133            event.Skip()
1134            Obj = event.GetEventObject()
1135            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
1136            self.Trans[ix,iy] = float(Obj.GetValue())
1137               
1138        def OnCent(event):
1139            Obj = event.GetEventObject()
1140            self.Cent = Obj.GetValue()
1141            self.Laue = ''
1142            wx.CallAfter(self.Draw)
1143           
1144        def OnLaue(event):
1145            Obj = event.GetEventObject()
1146            self.Laue = Obj.GetValue()
1147            wx.CallAfter(self.Draw)
1148           
1149        def OnClass(event):
1150            Obj = event.GetEventObject()
1151            self.Class = Obj.GetValue()
1152            self.Laue = ''
1153            wx.CallAfter(self.Draw)
1154           
1155        def OnCommon(event):
1156            Obj = event.GetEventObject()
1157            self.Common = Obj.GetValue()
1158            self.Trans = commonTrans[self.Common]
1159            wx.CallAfter(self.Draw)
1160       
1161        self.panel.Destroy()
1162        self.panel = wx.Panel(self)
1163        Ind = {}
1164        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1165        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1166        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1167        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" HKL Transformation matrix: M*H = H'"))
1168        if self.Super:
1169            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
1170        else:
1171            commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1172            commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
1173            common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames[:-1], #not the last one!
1174                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1175            common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
1176            commonSizer.Add(common,0,WACV)
1177            transSizer.Add(commonSizer)
1178            Trmat = wx.FlexGridSizer(3,3,0,0)
1179        for iy,line in enumerate(self.Trans):
1180            for ix,val in enumerate(line):
1181                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
1182                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1183                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
1184                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
1185                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
1186                Trmat.Add(item)
1187        transSizer.Add(Trmat)
1188        MatSizer.Add((10,0),0)
1189        MatSizer.Add(transSizer)
1190        mainSizer.Add(MatSizer)
1191        laueClass = ['triclinic','monoclinic','orthorhombic','trigonal(H)','tetragonal','hexagonal','cubic']
1192        centroLaue = {'triclinic':['-1',],'monoclinic':['2/m','1 1 2/m','2/m 1 1',],
1193            'orthorhombic':['m m m',],'trigonal(H)':['-3','-3 m 1','-3 1 m',],    \
1194            'tetragonal':['4/m','4/m m m',],'hexagonal':['6/m','6/m m m',],'cubic':['m 3','m 3 m']}
1195        noncentroLaue = {'triclinic':['1',],'monoclinic':['2','2 1 1','1 1 2','m','m 1 1','1 1 m',],
1196            'orthorhombic':['2 2 2','m m 2','m 2 m','2 m m',],
1197            'trigonal(H)':['3','3 1 2','3 2 1','3 m 1','3 1 m',],
1198            'tetragonal':['4','-4','4 2 2','4 m m','-4 2 m','-4 m 2',], \
1199            'hexagonal':['6','-6','6 2 2','6 m m','-6 m 2','-6 2 m',],'cubic':['2 3','4 3 2','-4 3 m']}
1200        centChoice = ['noncentrosymmetric','centrosymmetric']
1201        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select Laue class for new lattice:'),0,WACV)
1202        Class = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Class,choices=laueClass,
1203            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1204        Class.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnClass)
1205        mainSizer.Add(Class,0,WACV)
1206        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target Laue symmetry:'),0,WACV)
1207        Cent = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Cent,choices=centChoice,
1208            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1209        Cent.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCent)
1210        mergeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1211        mergeSizer.Add(Cent,0,WACV)
1212        mergeSizer.Add((10,0),0)
1213        Choice = centroLaue[self.Class]
1214        if 'non' in self.Cent:
1215            Choice = noncentroLaue[self.Class]
1216        Laue = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Laue,choices=Choice,
1217            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1218        Laue.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnLaue)
1219        mergeSizer.Add(Laue,0,WACV)
1220        mainSizer.Add(mergeSizer)
1221
1222        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1223        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1224        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1225        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1226        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1227        btnSizer.Add((20,20),1)
1228        if self.Laue:
1229            btnSizer.Add(OkBtn)
1230            btnSizer.Add((20,20),1)
1231        btnSizer.Add(cancelBtn)
1232        btnSizer.Add((20,20),1)
1233       
1234        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1235        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1236        self.panel.Fit()
1237        self.Fit()
1238       
1239    def GetSelection(self):
1240        return self.Trans,self.Cent,self.Laue
1241
1242    def OnOk(self,event):
1243        parent = self.GetParent()
1244        parent.Raise()
1245        self.EndModal(wx.ID_OK)
1246
1247    def OnCancel(self,event):
1248        parent = self.GetParent()
1249        parent.Raise()
1250        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1251
1252       
1253################################################################################
1254class AddHatomDialog(wx.Dialog):
1255    '''H atom addition dialog. After :meth:`ShowModal` returns, the results
1256    are found in dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1257   
1258    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1259    :param dict Neigh: a dict of atom names with list of atom name, dist pairs for neighboring atoms
1260    :param dict phase: a dict containing the phase as defined by
1261      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`   
1262    '''
1263    def __init__(self,parent,Neigh,phase):
1264        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'H atom add', 
1265            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1266        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1267        self.Neigh = Neigh
1268        self.phase = phase
1269        self.Hatoms = []
1270        self.Draw(self.Neigh,self.phase)
1271           
1272    def Draw(self,Neigh,phase):
1273        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1274        by :meth:`__init__`.
1275        '''
1276        def OnHSelect(event):
1277            Obj = event.GetEventObject()
1278            item,i = Indx[Obj.GetId()]
1279            for obj in Indx[item]:
1280                obj.SetValue(False)
1281            Obj.SetValue(True)
1282            self.Neigh[item][2] = i
1283           
1284        def OnBond(event):
1285            Obj = event.GetEventObject()
1286            inei,ibond = Indx[Obj.GetId()]
1287            self.Neigh[inei][1][0][ibond][2] = Obj.GetValue()
1288           
1289        self.panel.Destroy()
1290        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self,style = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1291        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1292        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'H atom add controls for phase %s:'%(phase['General']['Name'])),
1293            0,wx.LEFT|wx.TOP,10)
1294        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'NB: Check selections as they may not be correct'),0,WACV|wx.LEFT,10)
1295        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1," Atom:  Add # H's          Use: Neighbors, dist"),0,wx.TOP|wx.LEFT,5)
1296        nHatms = ['0','1','2','3']
1297        dataSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,0,0)
1298        Indx = {}
1299        for inei,neigh in enumerate(Neigh):
1300            dataSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' %s:  '%(neigh[0])),0,WACV)
1301            nH = 1      #for O atom
1302            if 'C' in neigh[0] or 'N' in neigh[0]:
1303                nH = 4-len(neigh[1][0])
1304            checks = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1305            Ids = []
1306            for i in range(nH+1):
1307                nHs = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=nHatms[i])
1308                if i == neigh[2]:
1309                    nHs.SetValue(True)
1310                Indx[nHs.GetId()] = [inei,i]
1311                Ids.append(nHs)
1312                nHs.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnHSelect)
1313                checks.Add(nHs,0,WACV)
1314            Indx[inei] = Ids
1315            dataSizer.Add(checks,0,WACV)
1316            lineSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1317            for ib,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1318                Bond = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=': %s, %.3f'%(bond[0],bond[1]))
1319                Bond.SetValue(bond[2])
1320                Indx[Bond.GetId()] = [inei,ib]
1321                Bond.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBond)               
1322                lineSizer.Add(Bond,0,WACV)               
1323            dataSizer.Add(lineSizer,0,WACV|wx.RIGHT,10)
1324        mainSizer.Add(dataSizer,0,wx.LEFT,5)
1325
1326        CancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Cancel')
1327        CancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1328        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Ok')
1329        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1330        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1331        btnSizer.Add((20,20),1)
1332        btnSizer.Add(OkBtn)
1333        btnSizer.Add((20,20),1)
1334        btnSizer.Add(CancelBtn)
1335        btnSizer.Add((20,20),1)
1336        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1337        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1338        size = np.array(self.GetSize())
1339        self.panel.SetupScrolling()
1340        self.panel.SetAutoLayout(1)
1341        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
1342        self.panel.SetSize(size)
1343       
1344    def GetData(self):
1345        'Returns the values from the dialog'
1346        for neigh in self.Neigh:
1347            for ibond,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1348                if not bond[2]:
1349                    neigh[1][1][1][ibond] = 0   #deselected bond
1350            neigh[1][1][1] = [a for a in  neigh[1][1][1] if a]
1351        return self.Neigh       #has #Hs to add for each entry
1352       
1353    def OnOk(self,event):
1354        'Called when the OK button is pressed'
1355        parent = self.GetParent()
1356        parent.Raise()
1357        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1358
1359    def OnCancel(self,event):
1360        parent = self.GetParent()
1361        parent.Raise()
1362        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1363
1364################################################################################
1365class DisAglDialog(wx.Dialog):
1366    '''Distance/Angle Controls input dialog. After
1367    :meth:`ShowModal` returns, the results are found in
1368    dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1369
1370    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1371    :param dict data: a dict containing the current
1372      search ranges or an empty dict, which causes default values
1373      to be used.
1374      Will be used to set element `DisAglCtls` in
1375      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`
1376    :param dict default:  A dict containing the default
1377      search ranges for each element.
1378    :param bool Reset: if True (default), show Reset button
1379    :param bool Angle: if True (default), show angle radii
1380    '''
1381    def __init__(self,parent,data,default,Reset=True,Angle=True):
1382        text = 'Distance Angle Controls'
1383        if not Angle:
1384            text = 'Distance Controls'
1385        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,text, 
1386            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1387        self.default = default
1388        self.Reset = Reset
1389        self.Angle = Angle
1390        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1391        self._default(data,self.default)
1392        self.Draw(self.data)
1393               
1394    def _default(self,data,default):
1395        '''Set starting values for the search values, either from
1396        the input array or from defaults, if input is null
1397        '''
1398        if data:
1399            self.data = copy.deepcopy(data) # don't mess with originals
1400        else:
1401            self.data = {}
1402            self.data['Name'] = default['Name']
1403            self.data['Factors'] = [0.85,0.85]
1404            self.data['AtomTypes'] = default['AtomTypes']
1405            self.data['BondRadii'] = default['BondRadii'][:]
1406            self.data['AngleRadii'] = default['AngleRadii'][:]
1407
1408    def Draw(self,data):
1409        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1410        by :meth:`__init__`.
1411        '''
1412        self.panel.Destroy()
1413        self.panel = wx.Panel(self)
1414        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1415        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Controls for phase '+data['Name']),
1416            0,WACV|wx.LEFT,10)
1417        mainSizer.Add((10,10),1)
1418       
1419        ncol = 3
1420        if not self.Angle:
1421            ncol=2
1422        radiiSizer = wx.FlexGridSizer(0,ncol,5,5)
1423        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' Type'),0,WACV)
1424        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Bond radii'),0,WACV)
1425        if self.Angle:
1426            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Angle radii'),0,WACV)
1427        self.objList = {}
1428        for id,item in enumerate(self.data['AtomTypes']):
1429            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' '+item),0,WACV)
1430            bRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['BondRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1431            radiiSizer.Add(bRadii,0,WACV)
1432            if self.Angle:
1433                aRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['AngleRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1434                radiiSizer.Add(aRadii,0,WACV)
1435        mainSizer.Add(radiiSizer,0,wx.EXPAND)
1436        if self.Angle:
1437            factorSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
1438            Names = ['Bond','Angle']
1439            for i,name in enumerate(Names):
1440                factorSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,name+' search factor'),0,WACV)
1441                bondFact = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['Factors'],i,nDig=(10,3),typeHint=float)
1442                factorSizer.Add(bondFact)
1443            mainSizer.Add(factorSizer,0,wx.EXPAND)
1444       
1445        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1446        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1447        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1448        btnSizer.Add((20,20),1)
1449        btnSizer.Add(OkBtn)
1450        if self.Reset:
1451            ResetBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Reset')
1452            ResetBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnReset)
1453            btnSizer.Add(ResetBtn)
1454        btnSizer.Add((20,20),1)
1455        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1456        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1457        self.panel.Fit()
1458        self.Fit()
1459   
1460    def GetData(self):
1461        'Returns the values from the dialog'
1462        return self.data
1463       
1464    def OnOk(self,event):
1465        'Called when the OK button is pressed'
1466        parent = self.GetParent()
1467        parent.Raise()
1468        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1469       
1470    def OnReset(self,event):
1471        'Called when the Reset button is pressed'
1472        data = {}
1473        self._default(data,self.default)
1474        self.Draw(self.data)
1475               
1476################################################################################
1477class ShowLSParms(wx.Dialog):
1478    '''Create frame to show least-squares parameters
1479    '''
1480    def __init__(self,parent,title,parmDict,varyList,fullVaryList,
1481                 size=(300,430)):
1482        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,size=size,
1483                           style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
1484        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1485
1486        panel = wxscroll.ScrolledPanel(
1487            self, wx.ID_ANY,
1488            #size=size,
1489            style = wx.TAB_TRAVERSAL|wx.SUNKEN_BORDER)
1490        num = len(varyList)
1491        mainSizer.Add(wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,'Number of refined variables: '+str(num)))
1492        if len(varyList) != len(fullVaryList):
1493            num = len(fullVaryList) - len(varyList)
1494            mainSizer.Add(wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,' + '+str(num)+' parameters are varied via constraints'))
1495        subSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,hgap=2,vgap=2)
1496        parmNames = parmDict.keys()
1497        parmNames.sort()
1498        subSizer.Add((-1,-1))
1499        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'Parameter name  '))
1500        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'refine?'))
1501        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'value'),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1502        explainRefine = False
1503        for name in parmNames:
1504            # skip entries without numerical values
1505            if isinstance(parmDict[name],basestring): continue
1506            try:
1507                value = G2py3.FormatSigFigs(parmDict[name])
1508            except TypeError:
1509                value = str(parmDict[name])+' -?' # unexpected
1510                #continue
1511            v = G2obj.getVarDescr(name)
1512            if v is None or v[-1] is None:
1513                subSizer.Add((-1,-1))
1514            else:               
1515                ch = G2G.HelpButton(panel,G2obj.fmtVarDescr(name))
1516                subSizer.Add(ch,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|WACV|wx.ALIGN_CENTER,1)
1517            subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,str(name)))
1518            if name in varyList:
1519                subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'R'))
1520            elif name in fullVaryList:
1521                subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'C'))
1522                explainRefine = True
1523            else:
1524                subSizer.Add((-1,-1))
1525            subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,value),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1526
1527        # finish up ScrolledPanel
1528        panel.SetSizer(subSizer)
1529        panel.SetAutoLayout(1)
1530        panel.SetupScrolling()
1531        mainSizer.Add(panel,1, wx.ALL|wx.EXPAND,1)
1532
1533        if explainRefine:
1534            mainSizer.Add(
1535                wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,
1536                          '"R" indicates a refined variable\n'+
1537                          '"C" indicates generated from a constraint'
1538                          ),
1539                0, wx.ALL,0)
1540        # make OK button
1541        btnsizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1542        btn = wx.Button(self, wx.ID_CLOSE,"Close") 
1543        btn.Bind(wx.EVT_BUTTON,self._onClose)
1544        btnsizer.Add(btn)
1545        mainSizer.Add(btnsizer, 0, wx.ALIGN_CENTER|wx.ALL, 5)
1546        # Allow window to be enlarged but not made smaller
1547        self.SetSizer(mainSizer)
1548        self.SetMinSize(self.GetSize())
1549
1550    def _onClose(self,event):
1551        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1552 
1553################################################################################
1554class DataFrame(wx.Frame):
1555    '''Create the data item window and all the entries in menus used in
1556    that window. For Linux and windows, the menu entries are created for the
1557    current data item window, but in the Mac the menu is accessed from all
1558    windows. This means that a different menu is posted depending on which
1559    data item is posted. On the Mac, all the menus contain the data tree menu
1560    items, but additional menus are added specific to the data item.
1561
1562    Note that while the menus are created here,
1563    the binding for the menus is done later in various GSASII*GUI modules,
1564    where the functions to be called are defined.
1565    '''
1566    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
1567        '''Override the Bind() function: on the Mac the binding is to
1568        the main window, so that menus operate with any window on top.
1569        For other platforms, either wrap calls that will be logged
1570        or call the default wx.Frame Bind() to bind to the menu item directly.
1571
1572        Note that bindings can be made to objects by Id or by direct reference to the
1573        object. As a convention, when bindings are to objects, they are not logged
1574        but when bindings are by Id, they are logged.
1575        '''
1576        if sys.platform == "darwin": # mac
1577            self.G2frame.Bind(eventtype,handler,*args,**kwargs)
1578            return
1579        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
1580            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self.G2frame,handler)
1581            if menulabels:
1582                #print 'intercepting bind for',handler,menulabels,kwargs['id']
1583                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.G2frame.MenuBinding,*args,**kwargs)
1584                return
1585            wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
1586       
1587    def PrefillDataMenu(self,menu,empty=False):
1588        '''Create the "standard" part of data frame menus. Note that on Linux and
1589        Windows nothing happens here. On Mac, this menu duplicates the
1590        tree menu, but adds an extra help command for the data item and a separator.
1591        '''
1592        self.datamenu = menu
1593        self.G2frame.dataMenuBars.append(menu)
1594        if sys.platform == "darwin": # mac                         
1595            self.G2frame.FillMainMenu(menu,addhelp=False) # add the data tree menu items
1596            if not empty:
1597                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add a separator
1598       
1599    def PostfillDataMenu(self,empty=False):
1600        '''Add the help menu to the data frame menus. Note that on Linux and
1601        Windows, this is the standard help Menu but without the update commands but adds an extra help
1602        command for the data item.
1603        On Mac, this is the entire help menu including the update commands, a separator and the
1604        extra help command for the data item.
1605        '''
1606        menu = self.datamenu
1607        if sys.platform == "darwin": # mac
1608            if not empty:
1609                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add another separator
1610            HelpMenu=G2G.MyHelp(self,includeTree=True,
1611                morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials'),])
1612            menu.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1613        else: # other
1614            menu.Append(menu=G2G.MyHelp(self),title='&Help')
1615
1616    def _init_menus(self):
1617        'define all GSAS-II data frame menus'
1618
1619        # for use where no menu or data frame help is provided
1620        self.BlankMenu = wx.MenuBar()
1621       
1622        # Controls
1623        self.ControlsMenu = wx.MenuBar()
1624        self.PrefillDataMenu(self.ControlsMenu,empty=True)
1625        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1626       
1627        # Notebook
1628        self.DataNotebookMenu = wx.MenuBar() 
1629        self.PrefillDataMenu(self.DataNotebookMenu,empty=True)
1630        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1631       
1632        # Comments
1633        self.DataCommentsMenu = wx.MenuBar()
1634        self.PrefillDataMenu(self.DataCommentsMenu,empty=True)
1635        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1636       
1637        # Constraints
1638        self.ConstraintMenu = wx.MenuBar()
1639        self.PrefillDataMenu(self.ConstraintMenu)
1640        self.ConstraintTab = wx.Menu(title='')
1641        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintTab, title='Select tab')
1642        for id,txt in (
1643            (wxID_CONSPHASE,'Phase'),
1644            (wxID_CONSHAP,'Histogram/Phase'),
1645            (wxID_CONSHIST,'Histogram'),
1646            (wxID_CONSGLOBAL,'Global')):
1647            self.ConstraintTab.Append(
1648                id=id, kind=wx.ITEM_NORMAL,text=txt,
1649                help='Select '+txt+' constraint editing tab')
1650        self.ConstraintEdit = wx.Menu(title='')
1651        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintEdit, title='Edit Constr.') # renamed from Edit due to Mac adding extra items to menu
1652        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_HOLDADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add hold',
1653            help='Prevent refinement of parameter values')
1654        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equivalence',
1655            help='Force parameter values to be equivalent')
1656        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_CONSTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add constraint equation',
1657            help='Add a constraint equation to apply to parameter values')
1658        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_FUNCTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add New Var',
1659            help='Create a variable composed of existing parameters')
1660        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVALANCEATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make atoms equivalent',
1661            help='Force atom parameter values to be equivalent')
1662        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_EQUIVALANCEATOMS,False)
1663#        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_ADDRIDING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add H riding constraints',
1664#            help='Add H atom riding constraints between atom parameter values')
1665#        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_ADDRIDING,False)
1666        self.PostfillDataMenu()
1667
1668        # item = self.ConstraintEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update GUI')
1669        # def UpdateGSASIIconstrGUI(event):
1670        #     import GSASIIconstrGUI
1671        #     reload(GSASIIconstrGUI)
1672        #     import GSASIIobj
1673        #     reload(GSASIIobj)
1674        # self.Bind(wx.EVT_MENU,UpdateGSASIIconstrGUI,id=item.GetId())
1675
1676        # Rigid bodies
1677        self.RigidBodyMenu = wx.MenuBar()
1678        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodyMenu)
1679        self.ResidueRBMenu = wx.Menu(title='')
1680        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYIMPORT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import XYZ',
1681            help='Import rigid body XYZ from file')
1682        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RESIDUETORSSEQ, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define sequence',
1683            help='Define torsion sequence')
1684        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import residues',
1685            help='Import residue rigid bodies from macro file')
1686        self.RigidBodyMenu.Append(menu=self.ResidueRBMenu, title='Edit Body')
1687        self.PostfillDataMenu()
1688
1689        self.VectorBodyMenu = wx.MenuBar()
1690        self.PrefillDataMenu(self.VectorBodyMenu)
1691        self.VectorRBEdit = wx.Menu(title='')
1692        self.VectorRBEdit.Append(id=wxID_VECTORBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body',
1693            help='Add vector rigid body')
1694        self.VectorBodyMenu.Append(menu=self.VectorRBEdit, title='Edit Vector Body')
1695        self.PostfillDataMenu()
1696
1697                   
1698        # Restraints
1699        self.RestraintTab = wx.Menu(title='')
1700        self.RestraintEdit = wx.Menu(title='')
1701        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTSELPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase',
1702            help='Select phase')
1703        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add restraints',
1704            help='Add restraints')
1705        self.RestraintEdit.Enable(wxID_RESTRAINTADD,True)    #gets disabled if macromolecule phase
1706        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add residue restraints',
1707            help='Add residue based restraints for macromolecules from macro file')
1708        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTADD,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1709        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot residue restraints',
1710            help='Plot selected residue based restraints for macromolecules from macro file')
1711        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTPLOT,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1712        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESRCHANGEVAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change value',
1713            help='Change observed value')
1714        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTCHANGEESD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change esd',
1715            help='Change esd in observed value')
1716        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete restraints',
1717            help='Delete selected restraints')
1718
1719        self.RestraintMenu = wx.MenuBar()
1720        self.PrefillDataMenu(self.RestraintMenu)
1721        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintTab, title='Select tab')
1722        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintEdit, title='Edit Restr.')
1723        self.PostfillDataMenu()
1724           
1725        # Sequential results
1726        self.SequentialMenu = wx.MenuBar()
1727        self.PrefillDataMenu(self.SequentialMenu)
1728        self.SequentialFile = wx.Menu(title='')
1729        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialFile, title='Columns')
1730        self.SequentialFile.Append(id=wxID_RENAMESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rename selected',
1731            help='Rename selected sequential refinement columns')
1732        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as text',
1733            help='Save selected sequential refinement results as a text file')
1734        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all as CSV',
1735            help='Save all sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1736        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSELCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as CSV',
1737            help='Save selected sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1738        self.SequentialFile.Append(id=wxID_PLOTSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot selected',
1739            help='Plot selected sequential refinement results')
1740        self.SequentialFile.Append(id=wxID_AVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Compute average',
1741            help='Compute average for selected parameter')           
1742        self.SequentialFile.Append(id=wxID_ORGSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reorganize',
1743            help='Reorganize variables where variables change')
1744        self.SequentialPvars = wx.Menu(title='')
1745        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPvars, title='Pseudo Vars')
1746        self.SequentialPvars.Append(
1747            id=wxADDSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Formula',
1748            help='Add a new custom pseudo-variable')
1749        self.SequentialPvars.Append(
1750            id=wxADDSEQDIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Distance',
1751            help='Add a new bond distance pseudo-variable')
1752        self.SequentialPvars.Append(
1753            id=wxADDSEQANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Angle',
1754            help='Add a new bond angle pseudo-variable')
1755        self.SequentialPvars.Append(
1756            id=wxDELSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete',
1757            help='Delete an existing pseudo-variable')
1758        self.SequentialPvars.Append(
1759            id=wxEDITSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit',
1760            help='Edit an existing pseudo-variable')
1761
1762        self.SequentialPfit = wx.Menu(title='')
1763        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPfit, title='Parametric Fit')
1764        self.SequentialPfit.Append(
1765            id=wxADDPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equation',
1766            help='Add a new equation to minimize')
1767        self.SequentialPfit.Append(
1768            id=wxCOPYPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy equation',
1769            help='Copy an equation to minimize - edit it next')
1770        self.SequentialPfit.Append(
1771            id=wxDELPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete equation',
1772            help='Delete an equation for parametric minimization')
1773        self.SequentialPfit.Append(
1774            id=wxEDITPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit equation',
1775            help='Edit an existing parametric minimization equation')
1776        self.SequentialPfit.Append(
1777            id=wxDOPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit to equation(s)',
1778            help='Perform a parametric minimization')
1779        # fill sequential Export menu
1780        self.SeqExportLookup = {}
1781        self.SequentialEx = wx.Menu(title='')
1782        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialEx, title='Seq Export')
1783        for lbl,txt in (('Phase','Export selected phase(s)'),
1784                        ('Project','Export entire sequential fit')):
1785            objlist = []
1786            for obj in self.G2frame.exporterlist:
1787                if lbl.lower() in obj.exporttype:
1788                    try:
1789                        obj.Writer
1790                    except AttributeError:
1791                        continue
1792                    objlist.append(obj)
1793            if objlist:
1794                submenu = wx.Menu()
1795                item = self.SequentialEx.AppendMenu(
1796                    wx.ID_ANY, lbl+' as',
1797                    submenu, help=txt)
1798                for obj in objlist:
1799                    item = submenu.Append(
1800                        wx.ID_ANY,
1801                        help=obj.longFormatName,
1802                        kind=wx.ITEM_NORMAL,
1803                        text=obj.formatName)
1804                    self.SeqExportLookup[item.GetId()] = (obj,lbl) # lookup table for submenu item
1805       
1806        self.PostfillDataMenu()
1807           
1808        # PWDR & SASD
1809        self.PWDRMenu = wx.MenuBar()
1810        self.PrefillDataMenu(self.PWDRMenu)
1811        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1812        self.PWDRMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1813        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1814            help='Error analysis on powder pattern')
1815        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1816            help='Copy of PWDR parameters')
1817        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PLOTCTRLCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy plot controls',
1818            help='Copy of PWDR plot controls')
1819        self.moveDiffCurve = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move diff. curve',
1820            help='Click on position where difference curve is placed')
1821        self.moveTickLoc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move ticks',
1822            help='Move mouse to where tick marks should be positioned')
1823        self.moveTickSpc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set tick space',
1824            help='Click to set spacing between phase tick marks')
1825        self.PostfillDataMenu()
1826           
1827        # HKLF
1828        self.HKLFMenu = wx.MenuBar()
1829        self.PrefillDataMenu(self.HKLFMenu)
1830        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1831        self.HKLFMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1832        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1833            help='Error analysis on single crystal data')
1834        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_MERGEHKL,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Merge HKLs',
1835            help='Transform & merge HKLF data to new histogram')
1836        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
1837            help='Plot HKLs from single crystal data in 3D')
1838        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_3DALLHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot all 3D HKLs',
1839            help='Plot HKLs from all single crystal data in 3D')
1840        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1841            help='Copy of HKLF parameters')
1842        self.PostfillDataMenu()
1843           
1844        # PWDR / Limits
1845        self.LimitMenu = wx.MenuBar()
1846        self.PrefillDataMenu(self.LimitMenu)
1847        self.LimitEdit = wx.Menu(title='')
1848        self.LimitMenu.Append(menu=self.LimitEdit, title='Edit Limits')
1849        self.LimitEdit.Append(id=wxID_LIMITCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1850            help='Copy limits to other histograms')
1851        self.LimitEdit.Append(id=wxID_ADDEXCLREGION, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add exclude',
1852            help='Add excluded region - select a point on plot; drag to adjust')           
1853        self.PostfillDataMenu()
1854           
1855        # PDR / Background
1856        self.BackMenu = wx.MenuBar()
1857        self.PrefillDataMenu(self.BackMenu)
1858        self.BackEdit = wx.Menu(title='')
1859        self.BackMenu.Append(menu=self.BackEdit, title='File')
1860        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1861            help='Copy background parameters to other histograms')
1862        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1863            help='Copy background refinement flags to other histograms')
1864        self.BackEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks',
1865            help='Move background peaks to Peak List')
1866        self.BackEdit.Append(id=wxID_MAKEBACKRDF, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot RDF',
1867            help='Plot radial distribution from differences')
1868        self.BackFixed = wx.Menu(title='') # fixed background point menu
1869        self.BackMenu.Append(menu=self.BackFixed, title='Fixed Points')
1870        self.wxID_BackPts = {}
1871        self.wxID_BackPts['Add'] = wx.NewId() # N.B. not using wxID_ global as for other menu items
1872        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Add'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Add',
1873            help='Add fixed background points with mouse clicks')
1874        self.wxID_BackPts['Move'] = wx.NewId() 
1875        item = self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Move'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Move',
1876            help='Move selected fixed background points with mouse drags')
1877        item.Check(True)
1878        self.wxID_BackPts['Del'] = wx.NewId()
1879        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Del'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Delete',
1880            help='Delete fixed background points with mouse clicks')
1881        self.wxID_BackPts['Clear'] = wx.NewId() 
1882        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Clear'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear',
1883            help='Clear fixed background points')
1884        self.wxID_BackPts['Fit'] = wx.NewId() 
1885        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Fit'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit background',
1886            help='Fit background function to fixed background points')
1887        self.PostfillDataMenu()
1888           
1889        # PDR / Instrument Parameters
1890        self.InstMenu = wx.MenuBar()
1891        self.PrefillDataMenu(self.InstMenu)
1892        self.InstEdit = wx.Menu(title='')
1893        self.InstMenu.Append(menu=self.InstEdit, title='Operations')
1894        self.InstEdit.Append(help='Calibrate from indexed peaks', 
1895            id=wxID_INSTCALIB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')           
1896        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
1897            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')           
1898        self.InstEdit.Append(help='Load instrument profile parameters from file', 
1899            id=wxID_INSTLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load profile...')           
1900        self.InstEdit.Append(help='Save instrument profile parameters to file', 
1901            id=wxID_INSTSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save profile...')
1902        self.InstEdit.Append(help='Save all instrument profile parameters to one file', 
1903            id=wxID_INSTSAVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all profile...')           
1904        self.InstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
1905            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
1906        self.InstEdit.Append(id=wxID_INSTFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1907            help='Copy instrument parameter refinement flags to other histograms')
1908#        self.InstEdit.Append(help='Change radiation type (Ka12 - synch)',
1909#            id=wxID_CHANGEWAVETYPE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change radiation')
1910        self.InstEdit.Append(id=wxID_INST1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
1911            help='Set one instrument parameter value across multiple histograms')
1912
1913        self.PostfillDataMenu()
1914       
1915        # PDR / Sample Parameters
1916        self.SampleMenu = wx.MenuBar()
1917        self.PrefillDataMenu(self.SampleMenu)
1918        self.SampleEdit = wx.Menu(title='')
1919        self.SampleMenu.Append(menu=self.SampleEdit, title='Command')
1920        self.SetScale = self.SampleEdit.Append(id=wxID_SETSCALE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set scale',
1921            help='Set scale by matching to another histogram')
1922        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load',
1923            help='Load sample parameters from file')
1924        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLESAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save',
1925            help='Save sample parameters to file')
1926        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1927            help='Copy refinable and most other sample parameters to other histograms')
1928        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPYSOME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected...',
1929            help='Copy selected sample parameters to other histograms')
1930        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLEFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1931            help='Copy sample parameter refinement flags to other histograms')
1932        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLE1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
1933            help='Set one sample parameter value across multiple histograms')
1934        self.SampleEdit.Append(id=wxID_ALLSAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load all',
1935            help='Load sample parmameters over multiple histograms')
1936
1937        self.PostfillDataMenu()
1938        self.SetScale.Enable(False)
1939
1940        # PDR / Peak List
1941        self.PeakMenu = wx.MenuBar()
1942        self.PrefillDataMenu(self.PeakMenu)
1943        self.PeakEdit = wx.Menu(title='')
1944        self.PeakMenu.Append(menu=self.PeakEdit, title='Peak Fitting')
1945        self.peaksSel = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
1946            help='Set refinement flags for selected peaks',
1947            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1948            text='Set sel. ref flags...')
1949        self.peaksAll = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
1950            help='Set refinement flags for all peaks',
1951            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1952            text='Set all ref flags...')
1953        self.AutoSearch = self.PeakEdit.Append(help='Automatic peak search', 
1954            id=wxID_AUTOSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto search')
1955        self.UnDo = self.PeakEdit.Append(help='Undo last least squares refinement', 
1956            id=wxID_UNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='UnDo')
1957        self.PeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit', 
1958            help='Peak fitting' )
1959        self.PFOneCycle = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQONECYCLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit one cycle', 
1960            help='One cycle of Peak fitting' )
1961        self.PeakEdit.Append(id=wxID_RESETSIGGAM, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
1962            text='Reset sig and gam',help='Reset sigma and gamma to global fit' )
1963        self.PeakCopy = self.PeakEdit.Append(help='Copy peaks to other histograms', 
1964            id=wxID_PEAKSCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peak copy')
1965        self.SeqPeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_SEQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Seq PeakFit', 
1966            help='Sequential Peak fitting for all histograms' )
1967        self.PeakEdit.Append(id=wxID_CLEARPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
1968            help='Clear the peak list' )
1969        self.movePeak = self.PeakEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected peak',
1970            help='Select a peak in the table, then use this to move it with the mouse.')
1971        self.PostfillDataMenu()
1972        self.UnDo.Enable(False)
1973        self.PeakFit.Enable(False)
1974        self.PFOneCycle.Enable(False)
1975        self.AutoSearch.Enable(True)
1976       
1977        # PDR / Index Peak List
1978        self.IndPeaksMenu = wx.MenuBar()
1979        self.PrefillDataMenu(self.IndPeaksMenu)
1980        self.IndPeaksEdit = wx.Menu(title='')
1981        self.IndPeaksMenu.Append(menu=self.IndPeaksEdit,title='Operations')
1982        self.IndPeaksEdit.Append(help='Load/Reload index peaks from peak list',id=wxID_INDXRELOAD, 
1983            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load/Reload')
1984        self.PostfillDataMenu()
1985       
1986        # PDR / Unit Cells List
1987        self.IndexMenu = wx.MenuBar()
1988        self.PrefillDataMenu(self.IndexMenu)
1989        self.IndexEdit = wx.Menu(title='')
1990        self.IndexMenu.Append(menu=self.IndexEdit, title='Cell Index/Refine')
1991        self.IndexPeaks = self.IndexEdit.Append(help='', id=wxID_INDEXPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
1992            text='Index Cell')
1993        self.CopyCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_COPYCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Cell', 
1994            help='Copy selected unit cell from indexing to cell refinement fields')
1995        self.RefineCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_REFINECELL, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
1996            text='Refine Cell',help='Refine unit cell parameters from indexed peaks')
1997        self.MakeNewPhase = self.IndexEdit.Append( id=wxID_MAKENEWPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
1998            text='Make new phase',help='Make new phase from selected unit cell')
1999        self.ExportCells = self.IndexEdit.Append( id=wxID_EXPORTCELLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2000            text='Export cell list',help='Export cell list to csv file')
2001        self.PostfillDataMenu()
2002        self.IndexPeaks.Enable(False)
2003        self.CopyCell.Enable(False)
2004        self.RefineCell.Enable(False)
2005        self.MakeNewPhase.Enable(False)
2006       
2007        # PDR / Reflection Lists
2008        self.ReflMenu = wx.MenuBar()
2009        self.PrefillDataMenu(self.ReflMenu)
2010        self.ReflEdit = wx.Menu(title='')
2011        self.ReflMenu.Append(menu=self.ReflEdit, title='Reflection List')
2012        self.SelectPhase = self.ReflEdit.Append(help='Select phase for reflection list',id=wxID_SELECTPHASE, 
2013            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase')
2014        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWDHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot HKLs',
2015            help='Plot HKLs from powder pattern')
2016        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
2017            help='Plot HKLs from powder pattern in 3D')
2018        self.PostfillDataMenu()
2019       
2020        # SASD / Instrument Parameters
2021        self.SASDInstMenu = wx.MenuBar()
2022        self.PrefillDataMenu(self.SASDInstMenu)
2023        self.SASDInstEdit = wx.Menu(title='')
2024        self.SASDInstMenu.Append(menu=self.SASDInstEdit, title='Operations')
2025        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
2026            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')
2027        self.SASDInstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
2028            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
2029        self.PostfillDataMenu()
2030       
2031        #SASD & REFL/ Substance editor
2032        self.SubstanceMenu = wx.MenuBar()
2033        self.PrefillDataMenu(self.SubstanceMenu)
2034        self.SubstanceEdit = wx.Menu(title='')
2035        self.SubstanceMenu.Append(menu=self.SubstanceEdit, title='Edit substance')
2036        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_LOADSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load substance',
2037            help='Load substance from file')
2038        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ADDSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add substance',
2039            help='Add new substance to list')
2040        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_COPYSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy substances',
2041            help='Copy substances')
2042        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_DELETESUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete substance',
2043            help='Delete substance from list')           
2044        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add elements',
2045            help='Add elements to substance')
2046        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete elements',
2047            help='Delete elements from substance')
2048        self.PostfillDataMenu()
2049       
2050        # SASD/ Models
2051        self.ModelMenu = wx.MenuBar()
2052        self.PrefillDataMenu(self.ModelMenu)
2053        self.ModelEdit = wx.Menu(title='')
2054        self.ModelMenu.Append(menu=self.ModelEdit, title='Models')
2055        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELADD,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add',
2056            help='Add new term to model')
2057        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit',
2058            help='Fit model parameters to data')
2059        self.SasdUndo = self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELUNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Undo',
2060            help='Undo model fit')
2061        self.SasdUndo.Enable(False)           
2062        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFITALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequential fit',
2063            help='Sequential fit of model parameters to all SASD data')
2064        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
2065            help='Copy model parameters to other histograms')
2066        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2067            help='Copy model refinement flags to other histograms')
2068        self.PostfillDataMenu()
2069       
2070        # IMG / Image Controls
2071        self.ImageMenu = wx.MenuBar()
2072        self.PrefillDataMenu(self.ImageMenu)
2073        self.ImageEdit = wx.Menu(title='')
2074        self.ImageMenu.Append(menu=self.ImageEdit, title='Operations')
2075        self.ImageEdit.Append(help='Calibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2076            id=wxID_IMCALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')
2077        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2078            id=wxID_IMRECALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate')
2079        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate all images by fitting to calibrant lines', 
2080            id=wxID_IMRECALIBALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate all')           
2081        self.ImageEdit.Append(help='Clear calibration data points and rings',id=wxID_IMCLEARCALIB, 
2082            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear calibration')
2083        self.ImageEdit.Append(help='Integrate selected image',id=wxID_IMINTEGRATE, 
2084            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate')
2085        self.ImageEdit.Append(help='Integrate all images selected from list',id=wxID_INTEGRATEALL,
2086            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate all')
2087        self.ImageEdit.Append(help='Copy image controls to other images', 
2088            id=wxID_IMCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Controls')
2089        self.ImageEdit.Append(help='Copy selected image controls to other images', 
2090            id=wxID_IMCOPYSELECTED, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Selected')
2091        self.ImageEdit.Append(help='Save image controls to file', 
2092            id=wxID_IMSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Controls')
2093        self.ImageEdit.Append(help='Save controls from selected images to file', 
2094            id=wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Multiple Controls')
2095        self.ImageEdit.Append(help='Load image controls from file',
2096            id=wxID_IMLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load Controls')
2097        self.ImageEdit.Append(help='Transfer integration range for other detector distances', 
2098            id=wxID_IMXFERCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Xfer angles')
2099        self.ImageEdit.Append(help='Open Auto-integration window to integrate a series of images', 
2100            id=wxID_IMAUTOINTEG, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto Integrate')
2101        self.PostfillDataMenu()
2102           
2103        # IMG / Masks
2104        self.MaskMenu = wx.MenuBar()
2105        self.PrefillDataMenu(self.MaskMenu)
2106        self.MaskEdit = wx.Menu(title='')
2107        self.MaskMenu.Append(menu=self.MaskEdit, title='Operations')
2108        submenu = wx.Menu()
2109        self.MaskEdit.AppendMenu(
2110            wx.ID_ANY,'Create new', submenu,
2111            help=''
2112            )
2113        self.MaskEdit.Append(help='Copy mask to other images', 
2114            id=wxID_MASKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy mask')
2115        self.MaskEdit.Append(help='Save mask to file', 
2116            id=wxID_MASKSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save mask')
2117        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file', 
2118            id=wxID_MASKLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask')
2119        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file; ignore threshold', 
2120            id=wxID_MASKLOADNOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask w/o threshold')
2121        self.MaskEdit.Append(help='Auto search for spot masks', 
2122            id=wxID_FINDSPOTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto spot masks')
2123        submenu.Append(help='Create an arc mask with mouse input', 
2124            id=wxID_NEWMASKARC, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Arc mask')
2125        submenu.Append(help='Create a frame mask with mouse input', 
2126            id=wxID_NEWMASKFRAME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Frame mask')
2127        submenu.Append(help='Create a polygon mask with mouse input', 
2128            id=wxID_NEWMASKPOLY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Polygon mask')
2129        submenu.Append(help='Create a ring mask with mouse input', 
2130            id=wxID_NEWMASKRING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Ring mask')
2131        submenu.Append(help='Create spot masks with mouse clicks', 
2132            id=wxID_NEWMASKSPOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Spot mask')
2133        self.PostfillDataMenu()
2134           
2135        # IMG / Stress/Strain
2136        self.StrStaMenu = wx.MenuBar()
2137        self.PrefillDataMenu(self.StrStaMenu)
2138        self.StrStaEdit = wx.Menu(title='')
2139        self.StrStaMenu.Append(menu=self.StrStaEdit, title='Operations')
2140        self.StrStaEdit.Append(help='Append d-zero for one ring', 
2141            id=wxID_APPENDDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append d-zero')
2142        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data', 
2143            id=wxID_STRSTAFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit stress/strain')
2144        self.StrStaEdit.Append(help='Plot intensity distribution', 
2145            id=wxID_STRSTAPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot intensity distribution')
2146        self.StrStaEdit.Append(help='Update d-zero from ave d-zero',
2147            id=wxID_UPDATEDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update d-zero')       
2148        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data for all images', 
2149            id=wxID_STRSTAALLFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='All image fit')
2150        self.StrStaEdit.Append(help='Copy stress/strain data to other images', 
2151            id=wxID_STRSTACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy stress/strain')
2152        self.StrStaEdit.Append(help='Save stress/strain data to file', 
2153            id=wxID_STRSTASAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save stress/strain')
2154        self.StrStaEdit.Append(help='Load stress/strain data from file', 
2155            id=wxID_STRSTALOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load stress/strain')
2156        self.StrStaEdit.Append(help='Load sample data from file', 
2157            id=wxID_STRSTSAMPLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load sample data')
2158        self.PostfillDataMenu()
2159           
2160        # PDF / PDF Controls
2161        self.PDFMenu = wx.MenuBar()
2162        self.PrefillDataMenu(self.PDFMenu)
2163        self.PDFEdit = wx.Menu(title='')
2164        self.PDFMenu.Append(menu=self.PDFEdit, title='PDF Controls')
2165        self.PDFEdit.Append(help='Add one or more elements to sample composition',id=wxID_PDFADDELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2166            text='Add elements')
2167        self.PDFEdit.Append(help='Delete element from sample composition',id=wxID_PDFDELELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2168            text='Delete element')
2169        self.PDFEdit.Append(help='Copy PDF controls', id=wxID_PDFCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2170            text='Copy controls')
2171        self.PDFEdit.Append(help='Load PDF controls from file',id=wxID_PDFLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2172            text='Load Controls')
2173        self.PDFEdit.Append(help='Save PDF controls to file', id=wxID_PDFSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2174            text='Save controls')
2175        self.PDFEdit.Append(help='Compute PDF', id=wxID_PDFCOMPUTE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2176            text='Compute PDF')
2177        self.PDFEdit.Append(help='Compute all PDFs', id=wxID_PDFCOMPUTEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2178            text='Compute all PDFs')
2179        self.PostfillDataMenu()
2180       
2181        # Phase / General tab
2182        self.DataGeneral = wx.MenuBar()
2183        self.PrefillDataMenu(self.DataGeneral)
2184        self.DataGeneral.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2185        self.GeneralCalc = wx.Menu(title='')
2186        self.DataGeneral.Append(menu=self.GeneralCalc,title='Compute')
2187        self.GeneralCalc.Append(help='Compute Fourier map',id=wxID_FOURCALC, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2188            text='Fourier map')
2189        self.GeneralCalc.Append(help='Search Fourier map',id=wxID_FOURSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2190            text='Search map')
2191        self.GeneralCalc.Append(help='Run charge flipping',id=wxID_CHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2192            text='Charge flipping')
2193        self.GeneralCalc.Append(help='Run 4D charge flipping',id=wxID_4DCHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2194            text='4D Charge flipping')
2195        self.GeneralCalc.Enable(wxID_4DCHARGEFLIP,False)   
2196        self.GeneralCalc.Append(help='Clear map',id=wxID_FOURCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2197            text='Clear map')
2198        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing',id=wxID_SINGLEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2199            text='MC/SA')
2200        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing on multiprocessors',id=wxID_MULTIMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2201            text='Multi MC/SA')            #currently not useful
2202        self.GeneralCalc.Append(help='Transform crystal structure',id=wxID_TRANSFORMSTRUCTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2203            text='Transform')
2204        self.PostfillDataMenu()
2205       
2206        # Phase / Data tab
2207        self.DataMenu = wx.MenuBar()
2208        self.PrefillDataMenu(self.DataMenu)
2209        self.DataMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2210        self.DataEdit = wx.Menu(title='')
2211        self.DataMenu.Append(menu=self.DataEdit, title='Edit Phase')
2212        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy data',
2213            help='Copy phase data to other histograms')
2214        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2215            help='Copy phase data flags to other histograms')
2216        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATASELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected data',
2217            help='Copy selected phase data to other histograms')
2218        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATAUSE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select used data',
2219            help='Select all histograms to use')
2220        self.DataEdit.Append(id=wxID_PWDRADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add powder histograms',
2221            help='Select new powder histograms to be used for this phase')
2222        self.DataEdit.Append(id=wxID_HKLFADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add single crystal histograms',
2223            help='Select new single crystal histograms to be used for this phase')
2224        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove histograms',
2225            help='Remove histograms from use for this phase')
2226        self.PostfillDataMenu()
2227           
2228        # Phase / Atoms tab
2229        self.AtomsMenu = wx.MenuBar()
2230        self.PrefillDataMenu(self.AtomsMenu)
2231        self.AtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2232        self.AtomEdit = wx.Menu(title='')
2233        self.AtomCompute = wx.Menu(title='')
2234        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomEdit, title='Edit Atoms')
2235        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomCompute, title='Compute')
2236        submenu = wx.Menu()
2237        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'On selected atoms...', submenu, 
2238            help='Set/Act on selected atoms')
2239        submenu.Append(wxID_ATOMSSETSEL,
2240            help='Set refinement flags for selected atoms',
2241            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2242            text='Refine selected')
2243        submenu.Append(id=wxID_ATOMSMODIFY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Modify parameters',
2244            help='Modify parameters values for all selected atoms')
2245        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert atom',
2246            help='Inserts an H atom before all selected atoms')
2247        submenu.Append(id=wxID_ADDHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc H atoms',
2248            help='Insert H atoms in expected bonding positions for selected atoms')
2249        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atom',
2250            help='Delete selected atoms')
2251        submenu.Append(id=wxID_ATOMSTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform atoms',
2252            help='Symmetry transform selected atoms')
2253#        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSROTATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rotate atoms',
2254#            help='Select atoms to rotate first')
2255        submenu.Append(wxID_ATOMSSETALL,
2256            help='Set refinement flags for all atoms',
2257            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2258            text='Select All')
2259       
2260        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSEDITADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append atom',
2261            help='Appended as an H atom')
2262        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSVIEWADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append view point',
2263            help='Appended as an H atom')
2264        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMVIEWINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert view point',
2265            help='Select atom row to insert before; inserted as an H atom')
2266        self.AtomEdit.Append(id=wxID_UPDATEHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update H atoms',
2267            help='Update H atoms in standard positions')
2268        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected atom to view point',
2269            help='Select a single atom to be moved to view point in plot')
2270        self.AtomEdit.Append(id=wxID_MAKEMOLECULE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assemble molecule',
2271            help='Select a single atom to assemble as a molecule from scattered atom positions')
2272        self.AtomEdit.Append(id=wxID_RELOADDRAWATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reload draw atoms',
2273            help='Reload atom drawing list')
2274        submenu = wx.Menu()
2275        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Reimport atoms', submenu, 
2276            help='Reimport atoms from file; sequence must match')
2277        # setup a cascade menu for the formats that have been defined
2278        self.ReImportMenuId = {}  # points to readers for each menu entry
2279        for reader in self.G2frame.ImportPhaseReaderlist:
2280            item = submenu.Append(
2281                wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
2282                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='reimport coordinates from '+reader.formatName+' file')
2283            self.ReImportMenuId[item.GetId()] = reader
2284        item = submenu.Append(
2285            wx.ID_ANY,
2286            help='Reimport coordinates, try to determine format from file',
2287            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2288            text='guess format from file')
2289        self.ReImportMenuId[item.GetId()] = None # try all readers
2290
2291        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show Distances && Angles',
2292            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2293        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSPDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Distances && Angles',
2294            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2295        self.AtomCompute.ISOcalc = self.AtomCompute.Append(
2296            id=wxID_ISODISP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2297            text='ISODISTORT mode values',
2298            help='Compute values of ISODISTORT modes from atom parameters')
2299        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDENSITY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2300            text='Density',
2301            help='Compute density for current phase')
2302        self.PostfillDataMenu()
2303       
2304        # Phase / Imcommensurate "waves" tab
2305        self.WavesData = wx.MenuBar()
2306        self.PrefillDataMenu(self.WavesData)
2307        self.WavesData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2308        self.WavesDataEdit = wx.Menu(title='')
2309        self.WavesData.Append(menu=self.WavesDataEdit, title='Edit Wave')
2310        self.WavesDataEdit.Append(id=wxID_WAVEVARY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global wave vary',
2311            help='Global setting of wave vary flags')
2312        self.PostfillDataMenu()
2313       
2314        # Phase / Layer tab
2315        self.LayerData = wx.MenuBar()
2316        self.PrefillDataMenu(self.LayerData)
2317        self.LayerData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2318        self.LayerDataEdit = wx.Menu(title='')
2319        self.LayerData.Append(menu=self.LayerDataEdit, title='Operations')
2320        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LOADDIFFAX, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load from DIFFaX file',
2321            help='Load layer info from DIFFaX file')
2322        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_COPYPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy phase cell',
2323            help='Copy phase cell from another project')
2324        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate pattern',
2325            help='Simulate diffraction pattern from layer stacking')
2326        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_SEQUENCESIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequence simulations',
2327            help='Sequence simulation changing one parameter')
2328        self.PostfillDataMenu()
2329                 
2330        # Phase / Draw Options tab
2331        self.DataDrawOptions = wx.MenuBar()
2332        self.PrefillDataMenu(self.DataDrawOptions)
2333        self.DataDrawOptions.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2334        self.PostfillDataMenu()
2335       
2336        # Phase / Draw Atoms tab
2337        self.DrawAtomsMenu = wx.MenuBar()
2338        self.PrefillDataMenu(self.DrawAtomsMenu)
2339        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2340        self.DrawAtomEdit = wx.Menu(title='')
2341        self.DrawAtomCompute = wx.Menu(title='')
2342        self.DrawAtomRestraint = wx.Menu(title='')
2343        self.DrawAtomRigidBody = wx.Menu(title='')
2344        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomEdit, title='Edit Figure')
2345        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomCompute,title='Compute')
2346        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRestraint, title='Restraints')
2347        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRigidBody, title='Rigid body')
2348        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMSTYLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom style',
2349            help='Select atoms first')
2350        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMLABEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom label',
2351            help='Select atoms first')
2352        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom color',
2353            help='Select atoms first')
2354        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset atom colors',
2355            help='Resets all atom colors to defaults')
2356        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRWAEDITRADII, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit atom radii',
2357            help='Edit drawing atom radii')
2358        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWVIEWPOINT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2359            help='View point is 1st atom selected')
2360        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDEQUIV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atoms',
2361            help='Add symmetry & cell equivalents to drawing set from selected atoms')
2362        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDSPHERE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add sphere of atoms',
2363            help='Add atoms within sphere of enclosure')
2364        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform draw atoms',
2365            help='Transform selected atoms by symmetry & cell translations')
2366        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCOORD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill CN-sphere',
2367            help='Fill coordination sphere for selected atoms')           
2368        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill unit cell',
2369            help='Fill unit cell with selected atoms')
2370        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atoms',
2371            help='Delete atoms from drawing set')
2372        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2373            help='Compute distance of selected atoms from view point')   
2374        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISAGLTOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Dist. Ang. Tors.',
2375            help='Compute distance, angle or torsion for 2-4 selected atoms')   
2376        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Best plane',
2377            help='Compute best plane for 4+ selected atoms')   
2378        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRBOND, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add bond restraint',
2379            help='Add bond restraint for selected atoms (2)')
2380        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add angle restraint',
2381            help='Add angle restraint for selected atoms (3: one end 1st)')
2382        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add plane restraint',
2383            help='Add plane restraint for selected atoms (4+)')
2384        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRCHIRAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add chiral restraint',
2385            help='Add chiral restraint for selected atoms (4: center atom 1st)')
2386        self.DrawAtomRigidBody.Append(id=wxID_DRAWDEFINERB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define rigid body',
2387            help='Define rigid body with selected atoms')
2388        self.PostfillDataMenu()
2389
2390        # Phase / MCSA tab
2391        self.MCSAMenu = wx.MenuBar()
2392        self.PrefillDataMenu(self.MCSAMenu)
2393        self.MCSAMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2394        self.MCSAEdit = wx.Menu(title='')
2395        self.MCSAMenu.Append(menu=self.MCSAEdit, title='MC/SA')
2396        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSAATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atom', 
2397            help='Add single atom to MC/SA model')
2398        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body', 
2399            help='Add rigid body to MC/SA model' )
2400        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_CLEARMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear rigid bodies', 
2401            help='Clear all atoms & rigid bodies from MC/SA model' )
2402        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MOVEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move MC/SA solution', 
2403            help='Move MC/SA solution to atom list' )
2404        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MCSACLEARRESULTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear results', 
2405            help='Clear table of MC/SA results' )
2406        self.PostfillDataMenu()
2407           
2408        # Phase / Texture tab
2409        self.TextureMenu = wx.MenuBar()
2410        self.PrefillDataMenu(self.TextureMenu)
2411        self.TextureMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2412        self.TextureEdit = wx.Menu(title='')
2413        self.TextureMenu.Append(menu=self.TextureEdit, title='Texture')
2414        self.TextureEdit.Append(id=wxID_REFINETEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Refine texture', 
2415            help='Refine the texture coefficients from sequential results')
2416#        self.TextureEdit.Append(id=wxID_CLEARTEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear texture',
2417#            help='Clear the texture coefficients' )
2418        self.PostfillDataMenu()
2419           
2420        # Phase / Pawley tab
2421        self.PawleyMenu = wx.MenuBar()
2422        self.PrefillDataMenu(self.PawleyMenu)
2423        self.PawleyMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2424        self.PawleyEdit = wx.Menu(title='')
2425        self.PawleyMenu.Append(menu=self.PawleyEdit,title='Operations')
2426        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley settings',
2427            help='Change Pawley refinement settings')
2428        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley create',
2429            help='Initialize Pawley reflection list')
2430        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYESTIMATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley estimate',
2431            help='Estimate initial Pawley intensities')
2432        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYUPDATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley update',
2433            help='Update negative Pawley intensities with -0.5*Fobs and turn off refinement')
2434        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select all',
2435            help='Select all reflections to be refined')
2436        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELNONE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select none',
2437            help='Set flag for all reflections for no refinement')
2438        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELTOGGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Toggle Selection',
2439            help='Toggle Selection flag for all reflections to opposite setting')
2440        self.PostfillDataMenu()
2441           
2442        # Phase / Map peaks tab
2443        self.MapPeaksMenu = wx.MenuBar()
2444        self.PrefillDataMenu(self.MapPeaksMenu)
2445        self.MapPeaksMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2446        self.MapPeaksEdit = wx.Menu(title='')
2447        self.MapPeaksMenu.Append(menu=self.MapPeaksEdit, title='Map peaks')
2448        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks', 
2449            help='Move selected peaks to atom list')
2450        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSVIEWPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2451            help='View point is 1st peak selected')
2452        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2453            help='Compute distance of selected peaks from view point')   
2454        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_SHOWBONDS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Hide bonds',
2455            help='Hide or show bonds between peak positions')   
2456        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc dist/ang', 
2457            help='Calculate distance or angle for selection')
2458        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_FINDEQVPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Equivalent peaks', 
2459            help='Find equivalent peaks')
2460        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSUNIQUE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Unique peaks', 
2461            help='Select unique set')
2462        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete peaks', 
2463            help='Delete selected peaks')
2464        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
2465            help='Clear the map peak list')
2466        self.PostfillDataMenu()
2467
2468        # Phase / Rigid bodies tab
2469        self.RigidBodiesMenu = wx.MenuBar()
2470        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodiesMenu)
2471        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2472        self.RigidBodiesEdit = wx.Menu(title='')
2473        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=self.RigidBodiesEdit, title='Edit Body')
2474        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_ASSIGNATMS2RB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assign atoms to rigid body',
2475            help='Select & position rigid body in structure of existing atoms')
2476        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_AUTOFINDRESRB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto find residues',
2477            help='Auto find of residue RBs in macromolecule')
2478        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_COPYRBPARMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy rigid body parms',
2479            help='Copy rigid body location & TLS parameters')
2480        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALTHERM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global thermal motion',
2481            help='Global setting of residue thermal motion models')
2482        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALRESREFINE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global residue refine',
2483            help='Global setting of residue RB refinement flags')
2484        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_RBREMOVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove all rigid bodies',
2485            help='Remove all rigid body assignment for atoms')
2486        self.PostfillDataMenu()
2487    # end of GSAS-II menu definitions
2488       
2489    def _init_ctrls(self, parent,name=None,size=None,pos=None):
2490        wx.Frame.__init__(
2491            self,parent=parent,
2492            #style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX | wx.FRAME_FLOAT_ON_PARENT ,
2493            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX,
2494            size=size,pos=pos,title='GSAS-II data display')
2495        self._init_menus()
2496        if name:
2497            self.SetLabel(name)
2498        self.Show()
2499       
2500    def __init__(self,parent,frame,data=None,name=None, size=None,pos=None):
2501        self.G2frame = frame
2502        self._init_ctrls(parent,name,size,pos)
2503        self.data = data
2504        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2505        Size = self.GetSize()
2506        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2507        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]+250))
2508        self.AtomGrid = []
2509        self.selectedRow = 0
2510       
2511    def setSizePosLeft(self,Width):
2512        Width = list(Width)
2513        Pos = self.GetPosition()
2514        lastSize = self.G2frame.lastSize
2515        clientSize = wx.ClientDisplayRect()     #display window size (e.g. 1304x768)
2516        Width[1] = min(Width[1],clientSize[2]-300)
2517        Width[0] = max(Width[0],300)
2518        self.SetSize(Width)
2519        if lastSize[0]:
2520            Pos[0] += lastSize[0]-Width[0]
2521        offSet = 0
2522        if Pos[0] < clientSize[2]:
2523            offSet = Pos[0]+Width[0]-clientSize[2]
2524        if offSet > 0:
2525            Pos[0] -= offSet
2526        self.SetPosition(wx.Point(Pos[0],Pos[1]))
2527        self.G2frame.lastSize = Width
2528       
2529    def Clear(self):
2530        self.ClearBackground()
2531        self.DestroyChildren()
2532                   
2533
2534################################################################################
2535#####  Notebook Tree Item editor
2536################################################################################                 
2537def UpdateNotebook(G2frame,data):
2538    '''Called when the data tree notebook entry is selected. Allows for
2539    editing of the text in that tree entry
2540    '''
2541    def OnNoteBook(event):
2542        event.Skip()
2543        data = G2frame.dataDisplay.GetValue().split('\n')
2544        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Notebook'),data)
2545        if 'nt' not in os.name:
2546            G2frame.dataDisplay.AppendText('\n')
2547                   
2548    if G2frame.dataDisplay:
2549        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2550    G2frame.dataFrame.SetLabel('Notebook')
2551    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2552        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_PROCESS_ENTER | wx.TE_DONTWRAP)
2553    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnNoteBook)
2554    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnNoteBook)
2555    for line in data:
2556        G2frame.dataDisplay.AppendText(line+"\n")
2557    G2frame.dataDisplay.AppendText('Notebook entry @ '+time.ctime()+"\n")
2558    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2559           
2560################################################################################
2561#####  Controls Tree Item editor
2562################################################################################           
2563def UpdateControls(G2frame,data):
2564    '''Edit overall GSAS-II controls in main Controls data tree entry
2565    '''
2566    #patch
2567    if 'deriv type' not in data:
2568        data = {}
2569        data['deriv type'] = 'analytic Hessian'
2570        data['min dM/M'] = 0.0001
2571        data['shift factor'] = 1.
2572        data['max cyc'] = 3       
2573        data['F**2'] = False
2574    if 'shift factor' not in data:
2575        data['shift factor'] = 1.
2576    if 'max cyc' not in data:
2577        data['max cyc'] = 3
2578    if 'F**2' not in data:
2579        data['F**2'] = False
2580    if 'Author' not in data:
2581        data['Author'] = 'no name'
2582    if 'FreePrm1' not in data:
2583        data['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
2584    if 'FreePrm2' not in data:
2585        data['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
2586    if 'FreePrm3' not in data:
2587        data['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
2588    if 'Copy2Next' not in data:
2589        data['Copy2Next'] = False
2590    if 'Reverse Seq' not in data:
2591        data['Reverse Seq'] = False
2592    if 'UsrReject' not in data:
2593        data['UsrReject'] = {'minF/sig':0,'MinExt':0.01,'MaxDF/F':20.,'MaxD':500.,'MinD':0.05}
2594    if 'HatomFix' not in data:
2595        data['HatomFix'] = False
2596    if 'Marquardt' not in data:
2597        data['Marquardt'] = -3
2598   
2599    #end patch
2600
2601    def SeqSizer():
2602       
2603        def OnSelectData(event):
2604            choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['PWDR','HKLF',])
2605            sel = []
2606            try:
2607                if 'Seq Data' in data:
2608                    for item in data['Seq Data']:
2609                        sel.append(choices.index(item))
2610                    sel = [choices.index(item) for item in data['Seq Data']]
2611            except ValueError:  #data changed somehow - start fresh
2612                sel = []
2613            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential refinement',
2614                'Select dataset to include',choices)
2615            dlg.SetSelections(sel)
2616            names = []
2617            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2618                for sel in dlg.GetSelections():
2619                    names.append(choices[sel])
2620                data['Seq Data'] = names               
2621                G2frame.EnableSeqRefineMenu()
2622            dlg.Destroy()
2623            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2624           
2625        def OnReverse(event):
2626            data['Reverse Seq'] = reverseSel.GetValue()
2627           
2628        def OnCopySel(event):
2629            data['Copy2Next'] = copySel.GetValue() 
2630                   
2631        seqSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2632        dataSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2633        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Sequential Refinement: '),0,WACV)
2634        selSeqData = wx.Button(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Select data')
2635        selSeqData.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnSelectData)
2636        dataSizer.Add(selSeqData,0,WACV)
2637        SeqData = data.get('Seq Data',[])
2638        if not SeqData:
2639            lbl = ' (no data selected)'
2640        else:
2641            lbl = ' ('+str(len(SeqData))+' dataset(s) selected)'
2642
2643        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=lbl),0,WACV)
2644        seqSizer.Add(dataSizer,0)
2645        if SeqData:
2646            selSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2647            reverseSel = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Reverse order?')
2648            reverseSel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnReverse)
2649            reverseSel.SetValue(data['Reverse Seq'])
2650            selSizer.Add(reverseSel,0,WACV)
2651            copySel =  wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Copy results to next histogram?')
2652            copySel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnCopySel)
2653            copySel.SetValue(data['Copy2Next'])
2654            selSizer.Add(copySel,0,WACV)
2655            seqSizer.Add(selSizer,0)
2656        return seqSizer
2657       
2658    def LSSizer():       
2659       
2660        def OnDerivType(event):
2661            data['deriv type'] = derivSel.GetValue()
2662            derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2663            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2664           
2665        def OnConvergence(event):
2666            event.Skip()
2667            try:
2668                value = max(1.e-9,min(1.0,float(Cnvrg.GetValue())))
2669            except ValueError:
2670                value = 0.0001
2671            data['min dM/M'] = value
2672            Cnvrg.SetValue('%.2g'%(value))
2673           
2674        def OnMaxCycles(event):
2675            data['max cyc'] = int(maxCyc.GetValue())
2676            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2677           
2678        def OnMarqLam(event):
2679            data['Marquardt'] = int(marqLam.GetValue())
2680            marqLam.SetValue(str(data['Marquardt']))
2681                       
2682        def OnFactor(event):
2683            event.Skip()
2684            try:
2685                value = min(max(float(Factr.GetValue()),0.00001),100.)
2686            except ValueError:
2687                value = 1.0
2688            data['shift factor'] = value
2689            Factr.SetValue('%.5f'%(value))
2690           
2691        def OnFsqRef(event):
2692            data['F**2'] = fsqRef.GetValue()
2693           
2694#        def OnHatomFix(event):
2695#            data['HatomFix'] = Hfix.GetValue()
2696       
2697        def OnUsrRej(event):
2698            event.Skip()
2699            Obj = event.GetEventObject()
2700            item,limits = Indx[Obj]
2701            try:
2702                value = min(max(float(Obj.GetValue()),limits[0]),limits[1])
2703            except ValueError:
2704                value = data['UsrReject'][item]
2705            data['UsrReject'][item] = value
2706            Obj.SetValue('%.2f'%(value))
2707
2708        LSSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,vgap=5,hgap=5)
2709        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement derivatives: '),0,WACV)
2710        Choice=['analytic Jacobian','numeric','analytic Hessian']
2711        derivSel = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['deriv type'],choices=Choice,
2712            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2713        derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2714        derivSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnDerivType)
2715           
2716        LSSizer.Add(derivSel,0,WACV)
2717        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min delta-M/M: '),0,WACV)
2718        Cnvrg = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2g'%(data['min dM/M']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2719        Cnvrg.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnConvergence)
2720        Cnvrg.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnConvergence)
2721        LSSizer.Add(Cnvrg,0,WACV)
2722        Indx = {}
2723        if 'Hessian' in data['deriv type']:
2724            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max cycles: '),0,WACV)
2725            Choice = ['0','1','2','3','5','10','15','20']
2726            maxCyc = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['max cyc']),choices=Choice,
2727                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2728#            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2729            maxCyc.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxCycles)
2730            LSSizer.Add(maxCyc,0,WACV)
2731            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial lambda = 10**'),0,WACV)
2732            MarqChoice = ['-3','-2','-1','0','1','2','3','4']
2733            marqLam = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['Marquardt']),choices=MarqChoice,
2734                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2735            marqLam.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMarqLam)
2736            LSSizer.Add(marqLam,0,WACV)
2737        else:
2738            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial shift factor: '),0,WACV)
2739            Factr = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.5f'%(data['shift factor']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2740            Factr.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFactor)
2741            Factr.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFactor)
2742            LSSizer.Add(Factr,0,WACV)
2743        if G2frame.Sngl:
2744            userReject = data['UsrReject']
2745            usrRej = {'minF/sig':[' Min obs/sig (0-5): ',[0,5], ],'MinExt':[' Min extinct. (0-.9): ',[0,.9],],
2746                'MaxDF/F':[' Max delt-F/sig (3-1000): ',[3.,1000.],],'MaxD':[' Max d-spacing (3-500): ',[3,500],],
2747                'MinD':[' Min d-spacing (0.1-2.0): ',[0.1,2.0],]}
2748
2749            fsqRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Refine HKLF as F^2? ')
2750            fsqRef.SetValue(data['F**2'])
2751            fsqRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnFsqRef)
2752            LSSizer.Add(fsqRef,0,WACV)
2753            LSSizer.Add((1,0),)
2754            for item in usrRej:
2755                LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,label=usrRej[item][0]),0,WACV)
2756                usrrej = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2f'%(userReject[item]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2757                Indx[usrrej] = [item,usrRej[item][1]]
2758                usrrej.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnUsrRej)
2759                usrrej.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnUsrRej)
2760                LSSizer.Add(usrrej,0,WACV)
2761#        Hfix = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Regularize H atoms? ')
2762#        Hfix.SetValue(data['HatomFix'])
2763#        Hfix.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnHatomFix)
2764#        LSSizer.Add(Hfix,0,WACV)   #for now
2765        return LSSizer
2766       
2767    def AuthSizer():
2768
2769        def OnAuthor(event):
2770            event.Skip()
2771            data['Author'] = auth.GetValue()
2772
2773        Author = data['Author']
2774        authSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2775        authSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' CIF Author (last, first):'),0,WACV)
2776        auth = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value=Author,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2777        auth.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnAuthor)
2778        auth.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnAuthor)
2779        authSizer.Add(auth,0,WACV)
2780        return authSizer
2781       
2782       
2783    if G2frame.dataDisplay:
2784        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2785    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2786        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2787        Status.SetStatusText('')
2788    G2frame.dataFrame.SetLabel('Controls')
2789    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
2790    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ControlsMenu)
2791    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2792    mainSizer.Add((5,5),0)
2793    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement Controls:'),0,WACV)   
2794    mainSizer.Add(LSSizer())
2795    mainSizer.Add((5,5),0)
2796    mainSizer.Add(SeqSizer())
2797    mainSizer.Add((5,5),0)
2798    mainSizer.Add(AuthSizer())
2799    mainSizer.Add((5,5),0)
2800       
2801    mainSizer.Layout()   
2802    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2803    G2frame.dataDisplay.SetSize(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
2804    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
2805     
2806################################################################################
2807#####  Comments
2808################################################################################           
2809       
2810def UpdateComments(G2frame,data):                   
2811
2812    if G2frame.dataDisplay:
2813        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2814    G2frame.dataFrame.SetLabel('Comments')
2815    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2816        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY|wx.TE_DONTWRAP)
2817    for line in data:
2818        if '\n' not in line:
2819            G2frame.dataDisplay.AppendText(line+'\n')
2820        else:
2821            G2frame.dataDisplay.AppendText(line)
2822    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2823           
2824################################################################################
2825#####  Display of Sequential Results
2826################################################################################           
2827       
2828def UpdateSeqResults(G2frame,data,prevSize=None):
2829    """
2830    Called when the Sequential Results data tree entry is selected
2831    to show results from a sequential refinement.
2832   
2833    :param wx.Frame G2frame: main GSAS-II data tree windows
2834
2835    :param dict data: a dictionary containing the following items: 
2836
2837            * 'histNames' - list of histogram names in order as processed by Sequential Refinement
2838            * 'varyList' - list of variables - identical over all refinements in sequence
2839              note that this is the original list of variables, prior to processing
2840              constraints.
2841            * 'variableLabels' -- a dict of labels to be applied to each parameter
2842              (this is created as an empty dict if not present in data).
2843            * keyed by histName - dictionaries for all data sets processed, which contains:
2844
2845              * 'variables'- result[0] from leastsq call
2846              * 'varyList' - list of variables passed to leastsq call (not same as above)
2847              * 'sig' - esds for variables
2848              * 'covMatrix' - covariance matrix from individual refinement
2849              * 'title' - histogram name; same as dict item name
2850              * 'newAtomDict' - new atom parameters after shifts applied
2851              * 'newCellDict' - refined cell parameters after shifts to A0-A5 from Dij terms applied'
2852    """
2853
2854    def GetSampleParms():
2855        '''Make a dictionary of the sample parameters are not the same over the
2856        refinement series.
2857        '''
2858        if 'IMG' in histNames[0]:
2859            sampleParmDict = {'Sample load':[],}
2860        else:
2861            sampleParmDict = {'Temperature':[],'Pressure':[],'Time':[],
2862                'FreePrm1':[],'FreePrm2':[],'FreePrm3':[],'Omega':[],
2863                'Chi':[],'Phi':[],'Azimuth':[],}
2864        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
2865            GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
2866        sampleParm = {}
2867        for name in histNames:
2868            if 'IMG' in name:
2869                for item in sampleParmDict:
2870                    sampleParmDict[item].append(data[name]['parmDict'].get(item,0))
2871            else:
2872                Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
2873                sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
2874                for item in sampleParmDict:
2875                    sampleParmDict[item].append(sampleData.get(item,0))
2876        for item in sampleParmDict:
2877            frstValue = sampleParmDict[item][0]
2878            if np.any(np.array(sampleParmDict[item])-frstValue):
2879                if item.startswith('FreePrm'):
2880                    sampleParm[Controls[item]] = sampleParmDict[item]
2881                else:
2882                    sampleParm[item] = sampleParmDict[item]
2883        return sampleParm
2884
2885    def GetColumnInfo(col):
2886        '''returns column label, lists of values and errors (or None) for each column in the table
2887        for plotting. The column label is reformatted from Unicode to MatPlotLib encoding
2888        '''
2889        colName = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
2890        plotName = variableLabels.get(colName,colName)
2891        plotName = plotSpCharFix(plotName)
2892        return plotName,colList[col],colSigs[col]
2893           
2894    def PlotSelect(event):
2895        'Plots a row (covariance) or column on double-click'
2896        cols = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
2897        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2898        if cols:
2899            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2900        elif rows:
2901            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
2902            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
2903        else:
2904            G2frame.ErrorDialog(
2905                'Select row or columns',
2906                'Nothing selected in table. Click on column or row label(s) to plot. N.B. Grid selection can be a bit funky.'
2907                )
2908           
2909    def OnPlotSelSeq(event):
2910        'plot the selected columns or row from menu command'
2911        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2912        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2913        if cols:
2914            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2915        elif rows:
2916            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
2917            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
2918        else:
2919            G2frame.ErrorDialog(
2920                'Select columns',
2921                'No columns or rows selected in table. Click on row or column labels to select fields for plotting.'
2922                )
2923               
2924    def OnAveSelSeq(event):
2925        'average the selected columns from menu command'
2926        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2927        if cols:
2928            for col in cols:
2929                ave = np.mean(GetColumnInfo(col)[1])
2930                sig = np.std(GetColumnInfo(col)[1])
2931                print ' Average for '+G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)+': '+'%.6g'%(ave)+' +/- '+'%.6g'%(sig)
2932        else:
2933            G2frame.ErrorDialog(
2934                'Select columns',
2935                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for averaging.'
2936                )
2937               
2938    def OnRenameSelSeq(event):
2939        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2940        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(c) for c in cols]
2941        newNames = colNames[:]
2942        for i,name in enumerate(colNames):
2943            if name in variableLabels:
2944                newNames[i] = variableLabels[name]
2945        if not cols:
2946            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
2947                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for rename.')
2948            return
2949        dlg = G2G.MultiStringDialog(G2frame.dataDisplay,'Set column names',colNames,newNames)
2950        if dlg.Show():
2951            newNames = dlg.GetValues()           
2952            variableLabels.update(dict(zip(colNames,newNames)))
2953        data['variableLabels'] = variableLabels
2954        dlg.Destroy()
2955        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
2956        G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2957           
2958    def OnReOrgSelSeq(event):
2959        'Reorder the columns'
2960        G2G.GetItemOrder(G2frame,VaryListChanges,vallookup,posdict)   
2961        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
2962
2963    def OnSaveSelSeqCSV(event):
2964        'export the selected columns to a .csv file from menu command'
2965        OnSaveSelSeq(event,csv=True)
2966       
2967    def OnSaveSeqCSV(event):
2968        'export all columns to a .csv file from menu command'
2969        OnSaveSelSeq(event,csv=True,allcols=True)
2970       
2971    def OnSaveSelSeq(event,csv=False,allcols=False):
2972        'export the selected columns to a .txt or .csv file from menu command'
2973        def WriteCSV():
2974            def WriteList(headerItems):
2975                line = ''
2976                for lbl in headerItems:
2977                    if line: line += ','
2978                    line += '"'+lbl+'"'
2979                return line
2980            head = ['name']
2981            for col in cols:
2982                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
2983                # get rid of labels that have Unicode characters
2984                if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in item]): item = '?'
2985                if col in havesig:
2986                    head += [item,'esd-'+item]
2987                else:
2988                    head += [item]
2989            SeqFile.write(WriteList(head)+'\n')
2990            for row,name in enumerate(saveNames):
2991                line = '"'+saveNames[row]+'"'
2992                for col in cols:
2993                    if col in havesig:
2994                        line += ','+str(saveData[col][row])+','+str(saveSigs[col][row])
2995                    else:
2996                        line += ','+str(saveData[col][row])
2997                SeqFile.write(line+'\n')
2998        def WriteSeq():
2999            lenName = len(saveNames[0])
3000            line = %s  '%('name'.center(lenName))
3001            for col in cols:
3002                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3003                if col in havesig:
3004                    line += ' %12s %12s '%(item.center(12),'esd'.center(12))
3005                else:
3006                    line += ' %12s '%(item.center(12))
3007            SeqFile.write(line+'\n')
3008            for row,name in enumerate(saveNames):
3009                line = " '%s' "%(saveNames[row])
3010                for col in cols:
3011                    if col in havesig:
3012                        line += ' %12.6f %12.6f '%(saveData[col][row],saveSigs[col][row])
3013                    else:
3014                        line += ' %12.6f '%saveData[col][row]
3015                SeqFile.write(line+'\n')
3016
3017        # start of OnSaveSelSeq code
3018        if allcols:
3019            cols = range(G2frame.SeqTable.GetNumberCols())
3020        else:
3021            cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3022        nrows = G2frame.SeqTable.GetNumberRows()
3023        if not cols:
3024            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
3025                             'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for output.')
3026            return
3027        saveNames = [G2frame.SeqTable.GetRowLabelValue(r) for r in range(nrows)]
3028        saveData = {}
3029        saveSigs = {}
3030        havesig = []
3031        for col in cols:
3032            name,vals,sigs = GetColumnInfo(col)
3033            saveData[col] = vals
3034            if sigs:
3035                havesig.append(col)
3036                saveSigs[col] = sigs
3037        if csv:
3038            wild = 'CSV output file (*.csv)|*.csv'
3039        else:
3040            wild = 'Text output file (*.txt)|*.txt'
3041        pth = G2G.GetExportPath(G2frame)
3042        dlg = wx.FileDialog(
3043            G2frame,
3044            'Choose text output file for your selection', pth, '', 
3045            wild,wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
3046        try:
3047            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3048                SeqTextFile = dlg.GetPath()
3049                SeqTextFile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,SeqTextFile) 
3050                SeqFile = open(SeqTextFile,'w')
3051                if csv:
3052                    WriteCSV()
3053                else:
3054                    WriteSeq()
3055                SeqFile.close()
3056        finally:
3057            dlg.Destroy()
3058               
3059    def striphist(var,insChar=''):
3060        'strip a histogram number from a var name'
3061        sv = var.split(':')
3062        if len(sv) <= 1: return var
3063        if sv[1]:
3064            sv[1] = insChar
3065        return ':'.join(sv)
3066       
3067    def plotSpCharFix(lbl):
3068        'Change selected unicode characters to their matplotlib equivalent'
3069        for u,p in [
3070            (u'\u03B1',r'$\alpha$'),
3071            (u'\u03B2',r'$\beta$'),
3072            (u'\u03B3',r'$\gamma$'),
3073            (u'\u0394\u03C7',r'$\Delta\chi$'),
3074            ]:
3075            lbl = lbl.replace(u,p)
3076        return lbl
3077   
3078    def SelectXaxis():
3079        'returns a selected column number (or None) as the X-axis selection'
3080        ncols = G2frame.SeqTable.GetNumberCols()
3081        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(r) for r in range(ncols)]
3082        dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(
3083            G2frame.dataDisplay,
3084            'Select x-axis parameter for plot or Cancel for sequence number',
3085            'Select X-axis',
3086            colNames)
3087        try:
3088            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3089                col = dlg.GetSelection()
3090            else:
3091                col = None
3092        finally:
3093            dlg.Destroy()
3094        return col
3095   
3096    def EnablePseudoVarMenus():
3097        'Enables or disables the PseudoVar menu items that require existing defs'
3098        if Controls['SeqPseudoVars']:
3099            val = True
3100        else:
3101            val = False
3102        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxDELSEQVAR,val)
3103        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxEDITSEQVAR,val)
3104
3105    def DelPseudoVar(event):
3106        'Ask the user to select a pseudo var expression to delete'
3107        choices = Controls['SeqPseudoVars'].keys()
3108        selected = G2G.ItemSelector(
3109            choices,G2frame.dataFrame,
3110            multiple=True,
3111            title='Select expressions to remove',
3112            header='Delete expression')
3113        if selected is None: return
3114        for item in selected:
3115            del Controls['SeqPseudoVars'][choices[item]]
3116        if selected:
3117            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3118
3119    def EditPseudoVar(event):
3120        'Edit an existing pseudo var expression'
3121        choices = Controls['SeqPseudoVars'].keys()
3122        if len(choices) == 1:
3123            selected = 0
3124        else:
3125            selected = G2G.ItemSelector(
3126                choices,G2frame.dataFrame,
3127                multiple=False,
3128                title='Select an expression to edit',
3129                header='Edit expression')
3130        if selected is not None:
3131            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3132                G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3133                Controls['SeqPseudoVars'][choices[selected]],
3134                header="Edit the PseudoVar expression",
3135                VarLabel="PseudoVar #"+str(selected+1),
3136                fit=False)
3137            newobj = dlg.Show(True)
3138            if newobj:
3139                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3140                del Controls['SeqPseudoVars'][choices[selected]]
3141                Controls['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = newobj
3142                UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3143       
3144    def AddNewPseudoVar(event):
3145        'Create a new pseudo var expression'
3146        dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3147            G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3148            header='Enter an expression for a PseudoVar here',
3149            VarLabel = "New PseudoVar",
3150            fit=False)
3151        obj = dlg.Show(True)
3152        dlg.Destroy()
3153        if obj:
3154            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3155            Controls['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = obj
3156            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3157           
3158    def AddNewDistPseudoVar(event):
3159        obj = None
3160        dlg = G2exG.BondDialog(
3161            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3162            header='Select a Bond here',
3163            VarLabel = "New Bond")
3164        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3165            pName,Oatom,Tatom = dlg.GetSelection()
3166            if Tatom:
3167                Phase = Phases[pName]
3168                General = Phase['General']
3169                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3170                pId = Phase['pId']
3171                SGData = General['SGData']
3172                sB = Tatom.find('(')+1
3173                symNo = 0
3174                if sB:
3175                    sF = Tatom.find(')')
3176                    symNo = int(Tatom[sB:sF])
3177                cellNo = [0,0,0]
3178                cB = Tatom.find('[')
3179                if cB>0:
3180                    cF = Tatom.find(']')+1
3181                    cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3182                Atoms = Phase['Atoms']
3183                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3184                oId = aNames.index(Oatom)
3185                tId = aNames.index(Tatom.split(' +')[0])
3186                # create an expression object
3187                obj = G2obj.ExpressionObj()
3188                obj.expression = 'Dist(%s,\n%s)'%(Oatom,Tatom.split(' d=')[0].replace(' ',''))
3189                obj.distance_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNo,'cellNo':cellNo}
3190                obj.distance_atoms = [oId,tId]
3191        else: 
3192            dlg.Destroy()
3193            return
3194        dlg.Destroy()
3195        if obj:
3196            Controls['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3197            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3198
3199    def AddNewAnglePseudoVar(event):
3200        obj = None
3201        dlg = G2exG.AngleDialog(
3202            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3203            header='Enter an Angle here',
3204            VarLabel = "New Angle")
3205        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3206            pName,Oatom,Tatoms = dlg.GetSelection()
3207            if Tatoms:
3208                Phase = Phases[pName]
3209                General = Phase['General']
3210                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3211                pId = Phase['pId']
3212                SGData = General['SGData']
3213                Atoms = Phase['Atoms']
3214                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3215                tIds = []
3216                symNos = []
3217                cellNos = []
3218                oId = aNames.index(Oatom)
3219                Tatoms = Tatoms.split(';')
3220                for Tatom in Tatoms:
3221                    sB = Tatom.find('(')+1
3222                    symNo = 0
3223                    if sB:
3224                        sF = Tatom.find(')')
3225                        symNo = int(Tatom[sB:sF])
3226                    symNos.append(symNo)
3227                    cellNo = [0,0,0]
3228                    cB = Tatom.find('[')
3229                    if cB>0:
3230                        cF = Tatom.find(']')+1
3231                        cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3232                    cellNos.append(cellNo)
3233                    tIds.append(aNames.index(Tatom.split('+')[0]))
3234                # create an expression object
3235                obj = G2obj.ExpressionObj()
3236                obj.expression = 'Angle(%s,%s,\n%s)'%(Tatoms[0],Oatom,Tatoms[1])
3237                obj.angle_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNos,'cellNo':cellNos}
3238                obj.angle_atoms = [oId,tIds]
3239        else: 
3240            dlg.Destroy()
3241            return
3242        dlg.Destroy()
3243        if obj:
3244            Controls['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3245            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3246           
3247    def UpdateParmDict(parmDict):
3248        '''generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values,
3249        because they might be needed to evaluate the pseudovar
3250        '''
3251        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3252                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3253                     )
3254        delList = []
3255        phaselist = []
3256        for item in parmDict: 
3257            if ':' not in item: continue
3258            key = item.split(':')
3259            if len(key) < 3: continue
3260            # remove the dA[xyz] terms, they would only bring confusion
3261            if key[2].startswith('dA'):
3262                delList.append(item)
3263            # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3264            elif key[2] in Ddict:
3265                if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3266                akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3267                parmDict[akey] -= parmDict[item]
3268                delList.append(item)
3269        for item in delList:
3270            del parmDict[item]               
3271        for i in phaselist:
3272            pId = int(i)
3273            # apply cell symmetry
3274            A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],parmDict,zeroDict[pId])
3275            # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3276            for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3277                if i in uniqCellIndx[pId]:
3278                    lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3279                    parmDict[lbl] = val
3280            lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3281            parmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3282        return parmDict
3283
3284    def EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict,sampleDict,var,ESD):
3285        '''Evaluate an expression derivative with respect to a
3286        GSAS-II variable name.
3287
3288        Note this likely could be faster if the loop over calcobjs were done
3289        inside after the Dict was created.
3290        '''
3291        step = ESD/10
3292        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3293                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3294                     )
3295        results = []
3296        phaselist = []
3297        VparmDict = sampleDict.copy()
3298        for incr in step,-step:
3299            VparmDict.update(parmDict.copy())           
3300            # as saved, the parmDict has updated 'A[xyz]' values, but 'dA[xyz]'
3301            # values are not zeroed: fix that!
3302            VparmDict.update({item:0.0 for item in parmDict if 'dA' in item})
3303            VparmDict[var] += incr
3304            G2mv.Dict2Map(VparmDict,[]) # apply constraints
3305            # generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values now, because they might
3306            # needed to evaluate the pseudovar
3307            for item in VparmDict:
3308                if item in sampleDict:
3309                    continue 
3310                if ':' not in item: continue
3311                key = item.split(':')
3312                if len(key) < 3: continue
3313                # apply any new shifts to atom positions
3314                if key[2].startswith('dA'):
3315                    VparmDict[''.join(item.split('d'))] += VparmDict[item]
3316                    VparmDict[item] = 0.0
3317                # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3318                if key[2] in Ddict:
3319                    if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3320                    akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3321                    VparmDict[akey] -= VparmDict[item]
3322            for i in phaselist:
3323                pId = int(i)
3324                # apply cell symmetry
3325                A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],VparmDict,zeroDict[pId])
3326                # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3327                for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3328                    if i in uniqCellIndx[pId]:
3329                        lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3330                        VparmDict[lbl] = val
3331                lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3332                VparmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3333            # dict should be fully updated, use it & calculate
3334            calcobj.SetupCalc(VparmDict)
3335            results.append(calcobj.EvalExpression())
3336        return (results[0] - results[1]) / (2.*step)
3337       
3338    def EnableParFitEqMenus():
3339        'Enables or disables the Parametric Fit menu items that require existing defs'
3340        if Controls['SeqParFitEqList']:
3341            val = True
3342        else:
3343            val = False
3344        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDELPARFIT,val)
3345        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxEDITPARFIT,val)
3346        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDOPARFIT,val)
3347
3348    def ParEqEval(Values,calcObjList,varyList):
3349        '''Evaluate the parametric expression(s)
3350        :param list Values: a list of values for each variable parameter
3351        :param list calcObjList: a list of :class:`GSASIIobj.ExpressionCalcObj`
3352          expression objects to evaluate
3353        :param list varyList: a list of variable names for each value in Values
3354        '''
3355        result = []
3356        for calcobj in calcObjList:
3357            calcobj.UpdateVars(varyList,Values)
3358            result.append((calcobj.depVal-calcobj.EvalExpression())/calcobj.depSig)
3359        return result
3360
3361    def DoParEqFit(event,eqObj=None):
3362        'Parametric fit minimizer'
3363        varyValueDict = {} # dict of variables and their initial values
3364        calcObjList = [] # expression objects, ready to go for each data point
3365        if eqObj is not None:
3366            eqObjList = [eqObj,]
3367        else:
3368            eqObjList = Controls['SeqParFitEqList']
3369        UseFlags = G2frame.SeqTable.GetColValues(0)         
3370        for obj in eqObjList:
3371            # assemble refined vars for this equation
3372            varyValueDict.update({var:val for var,val in obj.GetVariedVarVal()})
3373            # lookup dependent var position
3374            depVar = obj.GetDepVar()
3375            if depVar in colLabels:
3376                indx = colLabels.index(depVar)
3377            else:
3378                raise Exception('Dependent variable '+depVar+' not found')
3379            # assemble a list of the independent variables
3380            indepVars = obj.GetIndependentVars()
3381            # loop over each datapoint
3382            for j,row in enumerate(zip(*colList)):
3383                if not UseFlags[j]: continue
3384                # assemble equations to fit
3385                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3386                # prepare a dict of needed independent vars for this expression
3387                indepVarDict = {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3388                calcobj.SetupCalc(indepVarDict)               
3389                # values and sigs for current value of dependent var
3390                calcobj.depVal = row[indx]
3391                calcobj.depSig = colSigs[indx][j]
3392                calcObjList.append(calcobj)
3393        # varied parameters
3394        varyList = varyValueDict.keys()
3395        values = varyValues = [varyValueDict[key] for key in varyList]
3396        if not varyList:
3397            print 'no variables to refine!'
3398            return
3399        try:
3400            result = so.leastsq(ParEqEval,varyValues,full_output=True,   #ftol=Ftol,
3401                                args=(calcObjList,varyList)
3402                                )
3403            values = result[0]
3404            covar = result[1]
3405            if covar is None:
3406                raise Exception
3407            esdDict = {}
3408            for i,avar in enumerate(varyList):
3409                esdDict[avar] = np.sqrt(covar[i,i])
3410        except:
3411            print('====> Fit failed')
3412            return
3413        print('==== Fit Results ====')
3414        for obj in eqObjList:
3415            obj.UpdateVariedVars(varyList,values)
3416            ind = '      '
3417            print('  '+obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression)
3418            for var in obj.assgnVars:
3419                print(ind+var+' = '+obj.assgnVars[var])
3420            for var in obj.freeVars:
3421                avar = "::"+obj.freeVars[var][0]
3422                val = obj.freeVars[var][1]
3423                if obj.freeVars[var][2]:
3424                    print(ind+var+' = '+avar + " = " + G2mth.ValEsd(val,esdDict[avar]))
3425                else:
3426                    print(ind+var+' = '+avar + " =" + G2mth.ValEsd(val,0))
3427        # create a plot for each parametric variable
3428        for fitnum,obj in enumerate(eqObjList):
3429            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3430            # lookup dependent var position
3431            indx = colLabels.index(obj.GetDepVar())
3432            # assemble a list of the independent variables
3433            indepVars = obj.GetIndependentVars()           
3434            # loop over each datapoint
3435            fitvals = []
3436            for j,row in enumerate(zip(*colList)):
3437                calcobj.SetupCalc(
3438                    {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3439                    )
3440                fitvals.append(calcobj.EvalExpression())
3441            G2plt.PlotSelectedSequence(
3442                G2frame,[indx],GetColumnInfo,SelectXaxis,
3443                fitnum,fitvals)
3444
3445    def SingleParEqFit(eqObj):
3446        DoParEqFit(None,eqObj)
3447
3448    def DelParFitEq(event):
3449        'Ask the user to select function to delete'
3450        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3451        selected = G2G.ItemSelector(
3452            txtlst,G2frame.dataFrame,
3453            multiple=True,
3454            title='Select a parametric equation(s) to remove',
3455            header='Delete equation')
3456        if selected is None: return
3457        Controls['SeqParFitEqList'] = [obj for i,obj in enumerate(Controls['SeqParFitEqList']) if i not in selected]
3458        EnableParFitEqMenus()
3459        if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3460       
3461    def EditParFitEq(event):
3462        'Edit an existing parametric equation'
3463        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3464        if len(txtlst) == 1:
3465            selected = 0
3466        else:
3467            selected = G2G.ItemSelector(
3468                txtlst,G2frame.dataFrame,
3469                multiple=False,
3470                title='Select a parametric equation to edit',
3471                header='Edit equation')
3472        if selected is not None:
3473            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3474                G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3475                Controls['SeqParFitEqList'][selected],
3476                depVarDict=depVarDict,
3477                header="Edit the formula for this minimization function",
3478                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3479            newobj = dlg.Show(True)
3480            if newobj:
3481                Controls['SeqParFitEqList'][selected] = newobj
3482                EnableParFitEqMenus()
3483            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3484
3485    def AddNewParFitEq(event):
3486        'Create a new parametric equation to be fit to sequential results'
3487
3488        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3489        usedvarlist = []
3490        for obj in Controls['SeqParFitEqList']:
3491            for var in obj.freeVars:
3492                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3493
3494        dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3495            G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3496            depVarDict=depVarDict,
3497            header='Define an equation to minimize in the parametric fit',
3498            ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit],
3499            usedVars=usedvarlist)
3500        obj = dlg.Show(True)
3501        dlg.Destroy()
3502        if obj:
3503            Controls['SeqParFitEqList'].append(obj)
3504            EnableParFitEqMenus()
3505            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3506               
3507    def CopyParFitEq(event):
3508        'Copy an existing parametric equation to be fit to sequential results'
3509        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3510        usedvarlist = []
3511        for obj in Controls['SeqParFitEqList']:
3512            for var in obj.freeVars:
3513                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3514        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3515        if len(txtlst) == 1:
3516            selected = 0
3517        else:
3518            selected = G2G.ItemSelector(
3519                txtlst,G2frame.dataFrame,
3520                multiple=False,
3521                title='Select a parametric equation to copy',
3522                header='Copy equation')
3523        if selected is not None:
3524            newEqn = copy.deepcopy(Controls['SeqParFitEqList'][selected])
3525            for var in newEqn.freeVars:
3526                newEqn.freeVars[var][0] = G2obj.MakeUniqueLabel(newEqn.freeVars[var][0],usedvarlist)
3527            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3528                G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3529                newEqn,
3530                depVarDict=depVarDict,
3531                header="Edit the formula for this minimization function",
3532                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3533            newobj = dlg.Show(True)
3534            if newobj:
3535                Controls['SeqParFitEqList'].append(newobj)
3536                EnableParFitEqMenus()
3537            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3538                                           
3539    def GridSetToolTip(row,col):
3540        '''Routine to show standard uncertainties for each element in table
3541        as a tooltip
3542        '''
3543        if colSigs[col]:
3544            return u'\u03c3 = '+str(colSigs[col][row])
3545        return ''
3546       
3547    def GridColLblToolTip(col):
3548        '''Define a tooltip for a column. This will be the user-entered value
3549        (from data['variableLabels']) or the default name
3550        '''
3551        if col < 0 or col > len(colLabels):
3552            print 'Illegal column #',col
3553            return
3554        var = colLabels[col]
3555        return variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3556       
3557    def SetLabelString(event):
3558        '''Define or edit the label for a column in the table, to be used
3559        as a tooltip and for plotting
3560        '''
3561        col = event.GetCol()
3562        if col < 0 or col > len(colLabels):
3563            return
3564        var = colLabels[col]
3565        lbl = variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3566        dlg = G2G.SingleStringDialog(G2frame.dataFrame,'Set variable label',
3567                                 'Set a new name for variable '+var,lbl,size=(400,-1))
3568        if dlg.Show():
3569            variableLabels[var] = dlg.GetValue()
3570        dlg.Destroy()
3571
3572    def DoSequentialExport(event):
3573        '''Event handler for all Sequential Export menu items
3574        '''
3575        vals = G2frame.dataFrame.SeqExportLookup.get(event.GetId())
3576        if vals is None:
3577            print('Error: Id not found. This should not happen!')
3578        G2IO.ExportSequential(G2frame,data,*vals)
3579   
3580    #def GridRowLblToolTip(row): return 'Row ='+str(row)
3581   
3582    # lookup table for unique cell parameters by symmetry
3583    cellGUIlist = [
3584        [['m3','m3m'],(0,)],
3585        [['3R','3mR'],(0,3)],
3586        [['3','3m1','31m','6/m','6/mmm','4/m','4/mmm'],(0,2)],
3587        [['mmm'],(0,1,2)],
3588        [['2/m'+'a'],(0,1,2,3)],
3589        [['2/m'+'b'],(0,1,2,4)],
3590        [['2/m'+'c'],(0,1,2,5)],
3591        [['-1'],(0,1,2,3,4,5)],
3592        ]
3593    # cell labels
3594    cellUlbl = ('a','b','c',u'\u03B1',u'\u03B2',u'\u03B3') # unicode a,b,c,alpha,beta,gamma
3595
3596    #======================================================================
3597    # start processing sequential results here (UpdateSeqResults)
3598    #======================================================================
3599    if not data:
3600        print 'No sequential refinement results'
3601        return
3602    variableLabels = data.get('variableLabels',{})
3603    data['variableLabels'] = variableLabels
3604    Histograms,Phases = G2frame.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3605    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
3606    # create a place to store Pseudo Vars & Parametric Fit functions, if not present
3607    if 'SeqPseudoVars' not in Controls: Controls['SeqPseudoVars'] = {}
3608    if 'SeqParFitEqList' not in Controls: Controls['SeqParFitEqList'] = []
3609    histNames = data['histNames']
3610    if G2frame.dataDisplay:
3611        G2frame.dataDisplay.Destroy()
3612    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3613        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3614        Status.SetStatusText("Select column to export; Double click on column to plot data; on row for Covariance")
3615    sampleParms = GetSampleParms()
3616
3617    # make dict of varied atom coords keyed by absolute position
3618    newAtomDict = data[histNames[0]].get('newAtomDict',{}) # dict with atom positions; relative & absolute
3619    # Possible error: the next might need to be data[histNames[0]]['varyList']
3620    # error will arise if there constraints on coordinates?
3621    atomLookup = {newAtomDict[item][0]:item for item in newAtomDict if item in data['varyList']}
3622   
3623    # make dict of varied cell parameters equivalents
3624    ESDlookup = {} # provides the Dij term for each Ak term (where terms are refined)
3625    Dlookup = {} # provides the Ak term for each Dij term (where terms are refined)
3626    # N.B. These Dij vars are missing a histogram #
3627    newCellDict = data[histNames[0]].get('newCellDict',{})
3628    for item in newCellDict:
3629        if item in data['varyList']:
3630            ESDlookup[newCellDict[item][0]] = item
3631            Dlookup[item] = newCellDict[item][0]
3632    # add coordinate equivalents to lookup table
3633    for parm in atomLookup:
3634        Dlookup[atomLookup[parm]] = parm
3635        ESDlookup[parm] = atomLookup[parm]
3636
3637    # get unit cell & symmetry for all phases & initial stuff for later use
3638    RecpCellTerms = {}
3639    SGdata = {}
3640    uniqCellIndx = {}
3641    initialCell = {}
3642    RcellLbls = {}
3643    zeroDict = {}
3644    for phase in Phases:
3645        phasedict = Phases[phase]
3646        pId = phasedict['pId']
3647        pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3648        RcellLbls[pId] = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3649        RecpCellTerms[pId] = G2lat.cell2A(phasedict['General']['Cell'][1:7])
3650        zeroDict[pId] = dict(zip(RcellLbls[pId],6*[0.,]))
3651        SGdata[pId] = phasedict['General']['SGData']
3652        laue = SGdata[pId]['SGLaue']
3653        if laue == '2/m':
3654            laue += SGdata[pId]['SGUniq']
3655        for symlist,celllist in cellGUIlist:
3656            if laue in symlist:
3657                uniqCellIndx[pId] = celllist
3658                break
3659        else: # should not happen
3660            uniqCellIndx[pId] = range(6)
3661        for i in uniqCellIndx[pId]:
3662            initialCell[str(pId)+'::A'+str(i)] =  RecpCellTerms[pId][i]
3663
3664    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SequentialMenu)
3665    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sequential refinement results')
3666    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3667        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3668        Status.SetStatusText('')
3669    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnRenameSelSeq, id=wxID_RENAMESEQSEL)
3670    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeq, id=wxID_SAVESEQSEL)
3671    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeqCSV, id=wxID_SAVESEQSELCSV)
3672    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSeqCSV, id=wxID_SAVESEQCSV)
3673    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotSelSeq, id=wxID_PLOTSEQSEL)
3674    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAveSelSeq, id=wxID_AVESEQSEL)
3675    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReOrgSelSeq, id=wxID_ORGSEQSEL)
3676    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewPseudoVar, id=wxADDSEQVAR)
3677    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewDistPseudoVar, id=wxADDSEQDIST)
3678    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewAnglePseudoVar, id=wxADDSEQANGLE)
3679    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelPseudoVar, id=wxDELSEQVAR)
3680    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditPseudoVar, id=wxEDITSEQVAR)
3681    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewParFitEq, id=wxADDPARFIT)
3682    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyParFitEq, id=wxCOPYPARFIT)
3683    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelParFitEq, id=wxDELPARFIT)
3684    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditParFitEq, id=wxEDITPARFIT)
3685    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoParEqFit, id=wxDOPARFIT)
3686
3687    for id in G2frame.dataFrame.SeqExportLookup:       
3688        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoSequentialExport, id=id)
3689
3690    EnablePseudoVarMenus()
3691    EnableParFitEqMenus()
3692
3693    # scan for locations where the variables change
3694    VaryListChanges = [] # histograms where there is a change
3695    combinedVaryList = []
3696    firstValueDict = {}
3697    vallookup = {}
3698    posdict = {}
3699    prevVaryList = []
3700    foundNames = []
3701    for i,name in enumerate(histNames):
3702        if name not in data:
3703            print("Error: "+name+" not found!")
3704            continue
3705        foundNames.append(name)
3706        for var,val,sig in zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables'],data[name]['sig']):
3707            svar = striphist(var,'*') # wild-carded
3708            if svar not in combinedVaryList:
3709                # add variables to list as they appear
3710                combinedVaryList.append(svar)
3711                firstValueDict[svar] = (val,sig)
3712        if prevVaryList != data[name]['varyList']: # this refinement has a different refinement list from previous
3713            prevVaryList = data[name]['varyList']
3714            vallookup[name] = dict(zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables']))
3715            posdict[name] = {}
3716            for var in data[name]['varyList']:
3717                svar = striphist(var,'*')
3718                posdict[name][combinedVaryList.index(svar)] = svar
3719            VaryListChanges.append(name)
3720    if len(VaryListChanges) > 1:
3721        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,True)
3722    else:
3723        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,False)
3724    #-----------------------------------------------------------------------------------
3725    # build up the data table by columns -----------------------------------------------
3726    histNames = foundNames
3727    nRows = len(histNames)
3728    colList = [nRows*[True]]
3729    colSigs = [None]
3730    colLabels = ['Use']
3731    Types = [wg.GRID_VALUE_BOOL]
3732    # start with Rwp values
3733    if 'IMG ' not in histNames[0][:4]:
3734        colList += [[data[name]['Rvals']['Rwp'] for name in histNames]]
3735        colSigs += [None]
3736        colLabels += ['Rwp']
3737        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
3738    # add % change in Chi^2 in last cycle
3739    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG '] and Controls.get('ShowCell'):
3740        colList += [[100.*data[name]['Rvals'].get('DelChi2',-1) for name in histNames]]
3741        colSigs += [None]
3742        colLabels += [u'\u0394\u03C7\u00B2 (%)']
3743        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3744    deltaChiCol = len(colLabels)-1
3745    # add changing sample parameters to table
3746    for key in sampleParms:
3747        colList += [sampleParms[key]]
3748        colSigs += [None]
3749        colLabels += [key]
3750        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3751    sampleDict = {}
3752    for i,name in enumerate(histNames):
3753        sampleDict[name] = dict(zip(sampleParms.keys(),[sampleParms[key][i] for key in sampleParms.keys()])) 
3754    # add unique cell parameters TODO: review this where the cell symmetry changes (when possible)
3755    if Controls.get('ShowCell',False):
3756        for pId in sorted(RecpCellTerms):
3757            pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3758            cells = []
3759            cellESDs = []
3760            colLabels += [pfx+cellUlbl[i] for i in uniqCellIndx[pId]]
3761            colLabels += [pfx+'Vol']
3762            Types += (1+len(uniqCellIndx[pId]))*[wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3763            for name in histNames:
3764                covData = {
3765                    'varyList': [Dlookup.get(striphist(v),v) for v in data[name]['varyList']],
3766                    'covMatrix': data[name]['covMatrix']
3767                    }
3768                A = RecpCellTerms[pId][:] # make copy of starting A values
3769                # update with refined values
3770                for i in range(6):
3771                    var = str(pId)+'::A'+str(i)
3772                    if var in ESDlookup:
3773                        val = data[name]['newCellDict'][ESDlookup[var]][1] # get refined value
3774                        A[i] = val # override with updated value
3775                # apply symmetry
3776                Albls = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3777                cellDict = dict(zip(Albls,A))
3778                A,zeros = G2stIO.cellFill(pfx,SGdata[pId],cellDict,zeroDict[pId])
3779                # convert to direct cell & add only unique values to table
3780                c = G2lat.A2cell(A)
3781                vol = G2lat.calc_V(A)
3782                cE = G2stIO.getCellEsd(pfx,SGdata[pId],A,covData)
3783                cells += [[c[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[vol]]
3784                cellESDs += [[cE[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[cE[-1]]]
3785            colList += zip(*cells)
3786            colSigs += zip(*cellESDs)
3787    # sort out the variables in their selected order
3788    varcols = 0
3789    for d in posdict.itervalues():
3790        varcols = max(varcols,max(d.keys())+1)
3791    # get labels for each column
3792    for i in range(varcols):
3793        lbl = ''
3794        for h in VaryListChanges:
3795            if posdict[h].get(i):
3796                if posdict[h].get(i) in lbl: continue
3797                if lbl != "": lbl += '/'
3798                lbl += posdict[h].get(i)
3799        colLabels.append(lbl)
3800    Types += varcols*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
3801    vals = []
3802    esds = []
3803    varsellist = None        # will be a list of variable names in the order they are selected to appear
3804    # tabulate values for each hist, leaving None for blank columns
3805    for name in histNames:
3806        if name in posdict:
3807            varsellist = [posdict[name].get(i) for i in range(varcols)]
3808            # translate variable names to how they will be used in the headings
3809            vs = [striphist(v,'*') for v in data[name]['varyList']]
3810            # determine the index for each column (or None) in the data[]['variables'] and ['sig'] lists
3811            sellist = [vs.index(v) if v is not None else None for v in varsellist]
3812            #sellist = [i if striphist(v,'*') in varsellist else None for i,v in enumerate(data[name]['varyList'])]
3813        if not varsellist: raise Exception()
3814        vals.append([data[name]['variables'][s] if s is not None else None for s in sellist])
3815        esds.append([data[name]['sig'][s] if s is not None else None for s in sellist])
3816        #GSASIIpath.IPyBreak()
3817    colList += zip(*vals)
3818    colSigs += zip(*esds)
3819    # compute and add weight fractions to table if varied
3820    for phase in Phases:
3821        var = str(Phases[phase]['pId'])+':*:Scale'
3822        if var not in combinedVaryList: continue
3823        wtFrList = []
3824        sigwtFrList = []
3825        for i,name in enumerate(histNames):
3826            wtFrSum = 0.
3827            for phase1 in Phases:
3828                wtFrSum += Phases[phase1]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase1]['General']['Mass']
3829            var = str(Phases[phase]['pId'])+':'+str(i)+':Scale'
3830            wtFr = Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase]['General']['Mass']/wtFrSum
3831            wtFrList.append(wtFr)
3832            if var in data[name]['varyList']:
3833                sig = data[name]['sig'][data[name]['varyList'].index(var)]*wtFr/Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]
3834            else:
3835                sig = 0.0
3836            sigwtFrList.append(sig)
3837        colLabels.append(str(Phases[phase]['pId'])+':*:WgtFrac')
3838        colList += [wtFrList]
3839        colSigs += [sigwtFrList]
3840               
3841    # tabulate constrained variables, removing histogram numbers if needed
3842    # from parameter label
3843    depValDict = {}
3844    depSigDict = {}
3845    for name in histNames:
3846        for var in data[name].get('depParmDict',{}):
3847            val,sig = data[name]['depParmDict'][var]
3848            svar = striphist(var,'*')
3849            if svar not in depValDict:
3850               depValDict[svar] = [val]
3851               depSigDict[svar] = [sig]
3852            else:
3853               depValDict[svar].append(val)
3854               depSigDict[svar].append(sig)
3855    # add the dependent constrained variables to the table
3856    for var in sorted(depValDict):
3857        if len(depValDict[var]) != len(histNames): continue
3858        colLabels.append(var)
3859        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3860        colSigs += [depSigDict[var]]
3861        colList += [depValDict[var]]
3862
3863    # add atom parameters to table
3864    colLabels += atomLookup.keys()
3865    Types += len(atomLookup)*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
3866    for parm in sorted(atomLookup):
3867        colList += [[data[name]['newAtomDict'][atomLookup[parm]][1] for name in histNames]]
3868        if atomLookup[parm] in data[histNames[0]]['varyList']:
3869            col = data[histNames[0]]['varyList'].index(atomLookup[parm])
3870            colSigs += [[data[name]['sig'][col] for name in histNames]]
3871        else:
3872            colSigs += [None] # should not happen
3873    # evaluate Pseudovars, their ESDs and add them to grid
3874    for expr in Controls['SeqPseudoVars']:
3875        obj = Controls['SeqPseudoVars'][expr]
3876        calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3877        valList = []
3878        esdList = []
3879        for seqnum,name in enumerate(histNames):
3880            sigs = data[name]['sig']
3881            G2mv.InitVars()
3882            parmDict = data[name].get('parmDict')
3883            constraintInfo = data[name].get('constraintInfo',[[],[],{},[],seqnum])
3884            groups,parmlist,constrDict,fixedList,ihst = constraintInfo
3885            varyList = data[name]['varyList']
3886            parmDict = data[name]['parmDict']
3887            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmDict,SeqHist=ihst)
3888            if 'Dist' in expr:
3889                derivs = G2mth.CalcDistDeriv(obj.distance_dict,obj.distance_atoms, parmDict)
3890                pId = obj.distance_dict['pId']
3891                aId,bId = obj.distance_atoms
3892                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
3893                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId) for ip in ['x','y','z']]
3894                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
3895                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
3896#                GSASIIpath.IPyBreak()
3897            elif 'Angle' in expr:
3898                derivs = G2mth.CalcAngleDeriv(obj.angle_dict,obj.angle_atoms, parmDict)
3899                pId = obj.angle_dict['pId']
3900                aId,bId = obj.angle_atoms
3901                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
3902                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[0]) for ip in ['x','y','z']]
3903                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[1]) for ip in ['x','y','z']]
3904                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
3905                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
3906            else:
3907                derivs = np.array(
3908                    [EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict.copy(),sampleDict[name],var,ESD)
3909                     for var,ESD in zip(varyList,sigs)])
3910                esdList.append(np.sqrt(
3911                    np.inner(derivs,np.inner(data[name]['covMatrix'],derivs.T)) ))
3912            PSvarDict = parmDict.copy()
3913            PSvarDict.update(sampleDict[name])
3914            UpdateParmDict(PSvarDict)
3915            calcobj.UpdateDict(PSvarDict)
3916            valList.append(calcobj.EvalExpression())
3917#            if calcobj.su is not None: esdList[-1] = calcobj.su
3918        if not esdList:
3919            esdList = None
3920        colList += [valList]
3921        colSigs += [esdList]
3922        colLabels += [expr]
3923        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3924    #---- table build done -------------------------------------------------------------
3925
3926    # Make dict needed for creating & editing pseudovars (PSvarDict).
3927    name = histNames[0]
3928    parmDict = data[name].get('parmDict',{})
3929    PSvarDict = parmDict.copy()
3930    PSvarDict.update(sampleParms)
3931    UpdateParmDict(PSvarDict)
3932    # Also dicts of dependent (depVarDict) & independent vars (indepVarDict)
3933    # for Parametric fitting from the data table
3934    parmDict = dict(zip(colLabels,zip(*colList)[0])) # scratch dict w/all values in table
3935    parmDict.update(
3936        {var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()} #  add varied reciprocal cell terms
3937    )
3938    name = histNames[0]
3939
3940    #******************************************************************************
3941    # create a set of values for example evaluation of pseudovars and
3942    # this does not work for refinements that have differing numbers of variables.
3943    #raise Exception
3944    indepVarDict = {}     #  values in table w/o ESDs
3945    depVarDict = {}
3946    for i,var in enumerate(colLabels):
3947        if var == 'Use': continue
3948        if colList[i][0] is None:
3949            val,sig = firstValueDict.get(var,[None,None])
3950        elif colSigs[i]:
3951            val,sig = colList[i][0],colSigs[i][0]
3952        else:
3953            val,sig = colList[i][0],None
3954        if val is None:
3955            continue
3956        elif sig is None:
3957            indepVarDict[var] = val
3958        elif striphist(var) not in Dlookup:
3959            depVarDict[var] = val
3960    # add recip cell coeff. values
3961    depVarDict.update({var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()})
3962
3963    G2frame.dataDisplay = G2G.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
3964    G2frame.SeqTable = G2G.Table(
3965        [list(cl) for cl in zip(*colList)],     # convert from columns to rows
3966        colLabels=colLabels,rowLabels=histNames,types=Types)
3967    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.SeqTable, True)
3968    #G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
3969    # make all but first column read-only
3970    for c in range(1,len(colLabels)):
3971        for r in range(nRows):
3972            G2frame.dataDisplay.SetCellReadOnly(r,c)
3973    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK, PlotSelect)
3974    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_RIGHT_CLICK, SetLabelString)
3975    G2frame.dataDisplay.SetRowLabelSize(8*len(histNames[0]))       #pretty arbitrary 8
3976    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
3977    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(True)
3978    if prevSize:
3979        G2frame.dataDisplay.SetSize(prevSize)
3980    else:
3981        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([700,350])
3982    # highlight unconverged shifts
3983    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG ']:
3984        for row,name in enumerate(histNames):
3985            deltaChi = G2frame.SeqTable.GetValue(row,deltaChiCol)
3986            if deltaChi > 10.:
3987                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,0,0))
3988            elif deltaChi > 1.0:
3989                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,255,0))
3990    G2frame.dataDisplay.InstallGridToolTip(GridSetToolTip,GridColLblToolTip)
3991    G2frame.dataDisplay.SendSizeEvent() # resize needed on mac
3992    G2frame.dataDisplay.Refresh() # shows colored text on mac
3993   
3994################################################################################
3995#####  Main PWDR panel
3996################################################################################           
3997       
3998def UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item):
3999    '''Called when the histogram main tree entry is called. Displays the
4000    histogram weight factor, refinement statistics for the histogram
4001    and the range of data for a simulation.
4002
4003    Also invokes a plot of the histogram.
4004    '''
4005    def onEditSimRange(event):
4006        'Edit simulation range'
4007        inp = [
4008            min(data[1][0]),
4009            max(data[1][0]),
4010            None
4011            ]
4012        inp[2] = (inp[1] - inp[0])/(len(data[1][0])-1.)
4013        names = ('start angle', 'end angle', 'step size')
4014        dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
4015            G2frame,[inp] * len(inp), range(len(inp)), names,
4016            header='Edit simulation range',
4017            minvals=(0.001,0.001,0.0001),
4018            maxvals=(180.,180.,.1),
4019            )
4020        dlg.CenterOnParent()
4021        val = dlg.ShowModal()
4022        dlg.Destroy()
4023        if val != wx.ID_OK: return
4024        if inp[0] > inp[1]:
4025            end,start,step = inp
4026        else:               
4027            start,end,step = inp
4028        step = abs(step)
4029        N = int((end-start)/step)+1
4030        newdata = np.linspace(start,end,N,True)
4031        if len(newdata) < 2: return # too small a range - reject
4032        data[1] = [newdata,np.zeros_like(newdata),np.ones_like(newdata),
4033            np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata)]
4034        Tmin = newdata[0]
4035        Tmax = newdata[-1]
4036        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,item,'Limits'),
4037            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
4038        UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item) # redisplay data screen
4039
4040    def OnPlot3DHKL(event):
4041        refList = data[1]['RefList']
4042        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4043        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4044        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4045        Vpoint = np.array([int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))])
4046        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4047            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4048            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4049            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[0,0,1]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4050        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4051       
4052    def OnPlotAll3DHKL(event):
4053        choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['HKLF',])
4054        dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame, 'Select reflection sets to plot',
4055            'Use data',choices)
4056        try:
4057            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4058                refNames = [choices[i] for i in dlg.GetSelections()]
4059            else:
4060                return
4061        finally:
4062            dlg.Destroy()
4063        refList = np.zeros(0)
4064        for name in refNames:
4065            Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, name)
4066            reflData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[1]
4067            if len(refList):
4068                refList = np.concatenate((refList,reflData['RefList']))
4069            else:
4070                refList = reflData['RefList']
4071           
4072        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4073        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4074        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4075        Vpoint = [int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))]
4076        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4077            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4078            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4079            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[1,0,0]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4080        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4081                 
4082    def OnMergeHKL(event):
4083        Name = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
4084        Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,
4085            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
4086        CId = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Comments')
4087        if CId:
4088            Comments = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(CId)
4089        else:
4090            Comments = []
4091        refList = np.copy(data[1]['RefList'])
4092        Comments.append(' Merging %d reflections from %s'%(len(refList),Name))
4093        dlg = MergeDialog(G2frame,data)
4094        try:
4095            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4096                Trans,Cent,Laue = dlg.GetSelection()
4097            else:
4098                return
4099        finally:
4100            dlg.Destroy()
4101        Super = data[1]['Super']
4102        refList,badRefs = G2lat.transposeHKLF(Trans,Super,refList)
4103        if len(badRefs):    #do I want to list badRefs?
4104            G2frame.ErrorDialog('Failed transformation','Matrix yields fractional hkl indices')
4105            return
4106        Comments.append(" Transformation M*H = H' applied; M=")
4107        Comments.append(str(Trans))
4108        refList = G2lat.LaueUnique(Laue,refList)
4109        dlg = wx.ProgressDialog('Build HKL dictonary','',len(refList)+1, 
4110            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4111        HKLdict = {}
4112        for ih,hkl in enumerate(refList):
4113            if str(hkl[:3+Super]) not in HKLdict:
4114                HKLdict[str(hkl[:3+Super])] = [hkl[:3+Super],[hkl[3+Super:],]]
4115            else:
4116                HKLdict[str(hkl[:3+Super])][1].append(hkl[3+Super:])
4117            dlg.Update(ih)
4118        dlg.Destroy()
4119        mergeRef = []
4120        dlg = wx.ProgressDialog('Processing merge','',len(HKLdict)+1, 
4121            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4122        sumDf = 0.
4123        sumFo = 0.
4124        for ih,hkl in enumerate(HKLdict):
4125            HKL = HKLdict[hkl]
4126            newHKL = list(HKL[0])+list(HKL[1][0])
4127            if len(HKL[1]) > 1:
4128                fos = np.array(HKL[1])
4129                wFo = 1/fos[:,3]**2
4130                Fo = np.average(fos[:,2],weights=wFo)
4131                std = np.std(fos[:,2])
4132                sig = np.sqrt(np.mean(fos[:,3])**2+std**2)
4133                sumFo += np.sum(fos[:,2])
4134                sumDf += np.sum(np.abs(fos[:,2]-Fo))
4135                dlg.Update(ih)
4136                newHKL[5+Super] = Fo
4137                newHKL[6+Super] = sig
4138                newHKL[8+Super] = Fo
4139            if newHKL[5+Super] > 0.:
4140                mergeRef.append(list(newHKL)) 
4141        dlg.Destroy()
4142        if Super:
4143            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,3),2),1),0)
4144        else:
4145            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,2),1),0)
4146        mergeRef = np.array(mergeRef)
4147        if sumFo:
4148            mtext = ' merge R = %6.2f%s for %d reflections in %s'%(100.*sumDf/sumFo,'%',mergeRef.shape[0],Laue)
4149            print mtext
4150            Comments.append(mtext)
4151        else:
4152            print 'nothing to merge for %s reflections'%(mergeRef.shape[0])
4153        HKLFlist = []
4154        newName = Name+' '+Laue
4155        if G2frame.PatternTree.GetCount():
4156            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)
4157            while item:
4158                name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
4159                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
4160                    HKLFlist.append(name)
4161                item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
4162        newName = G2obj.MakeUniqueLabel(newName,HKLFlist)
4163        newData = copy.deepcopy(data)
4164        newData[0]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
4165        newData[1]['RefList'] = mergeRef
4166        Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text=newName)
4167        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4168            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
4169        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,newData)
4170        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4171            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
4172        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4173            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),{})  #dummy entry for GUI use
4174                   
4175    def OnErrorAnalysis(event):
4176        G2plt.PlotDeltSig(G2frame,kind)
4177       
4178    def OnWtFactor(event):
4179        event.Skip()
4180        try:
4181            val = float(wtval.GetValue())
4182        except ValueError:
4183            val = data[0]['wtFactor']
4184        data[0]['wtFactor'] = val
4185        wtval.SetValue('%.3f'%(val))
4186       
4187#    def OnCompression(event):
4188#        data[0] = int(comp.GetValue())
4189       
4190    def onCopyPlotCtrls(event):
4191        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4192        Need this here to pass on the G2frame object.
4193        '''
4194        G2pdG.CopyPlotCtrls(G2frame)
4195
4196    def onCopySelectedItems(event):
4197        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4198        Need this here to pass on the G2frame object.
4199        '''
4200        G2pdG.CopySelectedHistItems(G2frame)
4201           
4202    data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4203#patches
4204    if not data:
4205        return
4206    if 'wtFactor' not in data[0]:
4207        data[0] = {'wtFactor':1.0}
4208#    if kind == 'PWDR' and 'Compression' not in data[0]:
4209#        data[0]['Compression'] = 1
4210    #if isinstance(data[1],list) and kind == 'HKLF':
4211    if 'list' in str(type(data[1])) and kind == 'HKLF':
4212        RefData = {'RefList':[],'FF':[]}
4213        for ref in data[1]:
4214            RefData['RefList'].append(ref[:11]+[ref[13],])
4215            RefData['FF'].append(ref[14])
4216        data[1] = RefData
4217        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(item,data)
4218#end patches
4219    if G2frame.dataDisplay:
4220        G2frame.dataDisplay.Destroy()
4221    if kind in ['PWDR','SASD']:
4222        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.PWDRMenu)
4223        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnErrorAnalysis, id=wxID_PWDANALYSIS)
4224        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopySelectedItems, id=wxID_PWDCOPY)
4225        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopyPlotCtrls, id=wxID_PLOTCTRLCOPY)
4226    elif kind in ['HKLF',]:
4227        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.HKLFMenu)
4228        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnErrorAnalysis, id=wxID_PWDANALYSIS)
4229        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnMergeHKL, id=wxID_MERGEHKL)
4230        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=wxID_PWD3DHKLPLOT)
4231        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotAll3DHKL, id=wxID_3DALLHKLPLOT)
4232#        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopySelectedItems, id=wxID_PWDCOPY)
4233    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
4234   
4235    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
4236    mainSizer.Add((5,5),)
4237    wtSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
4238    wtSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Weight factor: '),0,WACV)
4239    wtval = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,'%.3f'%(data[0]['wtFactor']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4240    wtval.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnWtFactor)
4241    wtval.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnWtFactor)
4242    wtSizer.Add(wtval,0,WACV)
4243#    if kind == 'PWDR':         #possible future compression feature; NB above patch as well
4244#        wtSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Compression factor: '),0,WACV)
4245#        choice = ['1','2','3','4','5','6']
4246#        comp = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,choices=choice,
4247#            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
4248#        comp.SetValue(str(data[0]['Compression']))
4249#        comp.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnCompression)
4250#        wtSizer.Add(comp,0,WACV)
4251    mainSizer.Add(wtSizer)
4252    if data[0].get('Dummy'):
4253        simSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
4254        Tmin = min(data[1][0])
4255        Tmax = max(data[1][0])
4256        num = len(data[1][0])
4257        step = (Tmax - Tmin)/(num-1)
4258        t = u'2\u03b8' # 2theta
4259        lbl =  u'Simulation range: {:.2f} to {:.2f} {:s}\nwith {:.4f} steps ({:d} points)'
4260        lbl += u'\n(Edit range resets observed intensities).'
4261        lbl = lbl.format(Tmin,Tmax,t,step,num)
4262        simSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,lbl),
4263                    0,WACV)
4264        but = wx.Button(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,"Edit range")
4265        but.Bind(wx.EVT_BUTTON,onEditSimRange)
4266        simSizer.Add(but,0,WACV)
4267        mainSizer.Add(simSizer)
4268    if 'Nobs' in data[0]:
4269        mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,
4270            ' Data residual wR: %.3f%% on %d observations'%(data[0]['wR'