source: trunk/GSASIIgrid.py @ 2538

Last change on this file since 2538 was 2538, checked in by toby, 5 years ago

add menu command to move a selected peak

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 219.9 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIgrid - data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2016-11-20 17:43:16 +0000 (Sun, 20 Nov 2016) $
5# $Author: toby $
6# $Revision: 2538 $
7# $URL: trunk/GSASIIgrid.py $
8# $Id: GSASIIgrid.py 2538 2016-11-20 17:43:16Z toby $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIgrid: Basic GUI routines*
12--------------------------------
13
14'''
15import wx
16import wx.grid as wg
17#import wx.wizard as wz
18#import wx.aui
19import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
20import time
21import copy
22import cPickle
23import sys
24import os
25import random as ran
26import numpy as np
27import numpy.ma as ma
28import scipy.optimize as so
29import GSASIIpath
30GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2538 $")
31import GSASIImath as G2mth
32import GSASIIIO as G2IO
33import GSASIIstrIO as G2stIO
34import GSASIIlattice as G2lat
35import GSASIIplot as G2plt
36import GSASIIpwdGUI as G2pdG
37import GSASIIimgGUI as G2imG
38import GSASIIphsGUI as G2phG
39import GSASIIspc as G2spc
40import GSASIImapvars as G2mv
41import GSASIIconstrGUI as G2cnstG
42import GSASIIrestrGUI as G2restG
43import GSASIIpy3 as G2py3
44import GSASIIobj as G2obj
45import GSASIIexprGUI as G2exG
46import GSASIIlog as log
47import GSASIIctrls as G2G
48
49# trig functions in degrees
50sind = lambda x: np.sin(x*np.pi/180.)
51tand = lambda x: np.tan(x*np.pi/180.)
52cosd = lambda x: np.cos(x*np.pi/180.)
53
54# Define a short name for convenience
55WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
56
57[ wxID_FOURCALC, wxID_FOURSEARCH, wxID_FOURCLEAR, wxID_PEAKSMOVE, wxID_PEAKSCLEAR, 
58    wxID_CHARGEFLIP, wxID_PEAKSUNIQUE, wxID_PEAKSDELETE, wxID_PEAKSDA,
59    wxID_PEAKSDISTVP, wxID_PEAKSVIEWPT, wxID_FINDEQVPEAKS,wxID_SHOWBONDS,wxID_MULTIMCSA,
60    wxID_SINGLEMCSA,wxID_4DCHARGEFLIP,wxID_TRANSFORMSTRUCTURE,
61] = [wx.NewId() for item in range(17)]
62
63[ wxID_PWDRADD, wxID_HKLFADD, wxID_PWDANALYSIS, wxID_PWDCOPY, wxID_PLOTCTRLCOPY, 
64    wxID_DATADELETE,wxID_DATACOPY,wxID_DATACOPYFLAGS,wxID_DATASELCOPY,wxID_DATAUSE,
65] = [wx.NewId() for item in range(10)]
66
67[ wxID_ATOMSEDITADD, wxID_ATOMSEDITINSERT, wxID_ATOMSEDITDELETE, 
68    wxID_ATOMSMODIFY, wxID_ATOMSTRANSFORM, wxID_ATOMSVIEWADD, wxID_ATOMVIEWINSERT,
69    wxID_RELOADDRAWATOMS,wxID_ATOMSDISAGL,wxID_ATOMMOVE,wxID_MAKEMOLECULE,
70    wxID_ASSIGNATMS2RB,wxID_ATOMSPDISAGL, wxID_ISODISP,wxID_ADDHATOM,wxID_UPDATEHATOM,
71    wxID_WAVEVARY,wxID_ATOMSROTATE, wxID_ATOMSDENSITY,
72    wxID_ATOMSSETALL, wxID_ATOMSSETSEL,
73] = [wx.NewId() for item in range(21)]
74
75[ wxID_DRAWATOMSTYLE, wxID_DRAWATOMLABEL, wxID_DRAWATOMCOLOR, wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, 
76    wxID_DRAWVIEWPOINT, wxID_DRAWTRANSFORM, wxID_DRAWDELETE, wxID_DRAWFILLCELL, 
77    wxID_DRAWADDEQUIV, wxID_DRAWFILLCOORD, wxID_DRAWDISAGLTOR,  wxID_DRAWPLANE,
78    wxID_DRAWDISTVP, wxID_DRAWADDSPHERE,
79] = [wx.NewId() for item in range(14)]
80
81[ wxID_DRAWRESTRBOND, wxID_DRAWRESTRANGLE, wxID_DRAWRESTRPLANE, wxID_DRAWRESTRCHIRAL,
82] = [wx.NewId() for item in range(4)]
83
84[ wxID_ADDMCSAATOM,wxID_ADDMCSARB,wxID_CLEARMCSARB,wxID_MOVEMCSA,wxID_MCSACLEARRESULTS,
85] = [wx.NewId() for item in range(5)]
86
87[ wxID_CLEARTEXTURE,wxID_REFINETEXTURE,
88] = [wx.NewId() for item in range(2)]
89
90[ wxID_LOADDIFFAX,wxID_LAYERSIMULATE,wxID_SEQUENCESIMULATE, wxID_COPYPHASE,
91] = [wx.NewId() for item in range(4)]
92
93[ wxID_PAWLEYLOAD, wxID_PAWLEYESTIMATE, wxID_PAWLEYUPDATE, wxID_PAWLEYSELALL, wxID_PAWLEYSELNONE,
94  wxID_PAWLEYSELTOGGLE,
95] = [wx.NewId() for item in range(6)]
96
97[ wxID_IMCALIBRATE,wxID_IMRECALIBRATE,wxID_IMINTEGRATE, wxID_IMCLEARCALIB,wxID_IMRECALIBALL, 
98    wxID_IMCOPYCONTROLS, wxID_INTEGRATEALL, wxID_IMSAVECONTROLS, wxID_IMLOADCONTROLS, wxID_IMAUTOINTEG,
99    wxID_IMCOPYSELECTED, wxID_SAVESELECTEDCONTROLS,
100] = [wx.NewId() for item in range(12)]
101
102[ wxID_MASKCOPY, wxID_MASKSAVE, wxID_MASKLOAD, wxID_NEWMASKSPOT,wxID_NEWMASKARC,wxID_NEWMASKRING,
103    wxID_NEWMASKFRAME, wxID_NEWMASKPOLY,  wxID_MASKLOADNOT,
104] = [wx.NewId() for item in range(9)]
105
106[ wxID_STRSTACOPY, wxID_STRSTAFIT, wxID_STRSTASAVE, wxID_STRSTALOAD,wxID_STRSTSAMPLE,
107    wxID_APPENDDZERO,wxID_STRSTAALLFIT,wxID_UPDATEDZERO,wxID_STRSTAPLOT,
108] = [wx.NewId() for item in range(9)]
109
110[ wxID_BACKCOPY,wxID_LIMITCOPY, wxID_SAMPLECOPY, wxID_SAMPLECOPYSOME, wxID_BACKFLAGCOPY, wxID_SAMPLEFLAGCOPY,
111    wxID_SAMPLESAVE, wxID_SAMPLELOAD,wxID_ADDEXCLREGION,wxID_SETSCALE,wxID_SAMPLE1VAL,wxID_ALLSAMPLELOAD,
112    wxID_MAKEBACKRDF,
113] = [wx.NewId() for item in range(13)]
114
115[ wxID_INSTPRMRESET,wxID_CHANGEWAVETYPE,wxID_INSTCOPY, wxID_INSTFLAGCOPY, wxID_INSTLOAD,
116    wxID_INSTSAVE, wxID_INST1VAL, wxID_INSTCALIB,wxID_INSTSAVEALL,
117] = [wx.NewId() for item in range(9)]
118
119[ wxID_UNDO,wxID_LSQPEAKFIT,wxID_LSQONECYCLE,wxID_RESETSIGGAM,wxID_CLEARPEAKS,wxID_AUTOSEARCH,
120    wxID_PEAKSCOPY, wxID_SEQPEAKFIT,
121] = [wx.NewId() for item in range(8)]
122
123[  wxID_INDXRELOAD, wxID_INDEXPEAKS, wxID_REFINECELL, wxID_COPYCELL, wxID_MAKENEWPHASE,
124    wxID_EXPORTCELLS,
125] = [wx.NewId() for item in range(6)]
126
127[ wxID_CONSTRAINTADD,wxID_EQUIVADD,wxID_HOLDADD,wxID_FUNCTADD,wxID_ADDRIDING,
128  wxID_CONSPHASE, wxID_CONSHIST, wxID_CONSHAP, wxID_CONSGLOBAL,wxID_EQUIVALANCEATOMS,
129] = [wx.NewId() for item in range(10)]
130
131[ wxID_RESTRAINTADD, wxID_RESTSELPHASE,wxID_RESTDELETE, wxID_RESRCHANGEVAL, 
132    wxID_RESTCHANGEESD,wxID_AARESTRAINTADD,wxID_AARESTRAINTPLOT,
133] = [wx.NewId() for item in range(7)]
134
135[ wxID_RIGIDBODYADD,wxID_DRAWDEFINERB,wxID_RIGIDBODYIMPORT,wxID_RESIDUETORSSEQ,
136    wxID_AUTOFINDRESRB,wxID_GLOBALRESREFINE,wxID_RBREMOVEALL,wxID_COPYRBPARMS,
137    wxID_GLOBALTHERM,wxID_VECTORBODYADD
138] = [wx.NewId() for item in range(10)]
139
140[ wxID_RENAMESEQSEL,wxID_SAVESEQSEL,wxID_SAVESEQSELCSV,wxID_SAVESEQCSV,wxID_PLOTSEQSEL,
141  wxID_ORGSEQSEL,wxADDSEQVAR,wxDELSEQVAR,wxEDITSEQVAR,wxCOPYPARFIT,wxID_AVESEQSEL,
142  wxADDPARFIT,wxDELPARFIT,wxEDITPARFIT,wxDOPARFIT,wxADDSEQDIST,wxADDSEQANGLE
143] = [wx.NewId() for item in range(17)]
144
145[ wxID_MODELCOPY,wxID_MODELFIT,wxID_MODELADD,wxID_ELEMENTADD,wxID_ELEMENTDELETE,
146    wxID_ADDSUBSTANCE,wxID_LOADSUBSTANCE,wxID_DELETESUBSTANCE,wxID_COPYSUBSTANCE,
147    wxID_MODELUNDO,wxID_MODELFITALL,wxID_MODELCOPYFLAGS,
148] = [wx.NewId() for item in range(12)]
149
150[ wxID_SELECTPHASE,wxID_PWDHKLPLOT,wxID_PWD3DHKLPLOT,wxID_3DALLHKLPLOT,wxID_MERGEHKL,
151] = [wx.NewId() for item in range(5)]
152
153[ wxID_PDFCOPYCONTROLS, wxID_PDFSAVECONTROLS, wxID_PDFLOADCONTROLS, 
154    wxID_PDFCOMPUTE, wxID_PDFCOMPUTEALL, wxID_PDFADDELEMENT, wxID_PDFDELELEMENT,
155] = [wx.NewId() for item in range(7)]
156
157[ wxID_MCRON,wxID_MCRLIST,wxID_MCRSAVE,wxID_MCRPLAY,
158] = [wx.NewId() for item in range(4)]
159
160VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
161
162commonTrans = {'abc':np.eye(3),'a-cb':np.array([[1,0,0],[0,0,-1],[0,1,0]]),
163    'ba-c':np.array([[0,1,0],[1,0,0],[0,0,-1]]),'-cba':np.array([[0,0,-1],[0,1,0],[1,0,0]]),
164    'bca':np.array([[0,1,0],[0,0,1],[1,0,0]]),'cab':np.array([[0,0,1],[1,0,0],[0,1,0]]),
165    'P->R':np.array([[1,-1,0],[0,1,-1],[1,1,1]]),'R->P':np.array([[2./3,1./3,1./3],[-1./3,1./3,1./3],[-1./3,-2./3,1./3]]),
166    'P->A':np.array([[-1,0,0],[0,-1,1],[0,1,1]]),'R->O':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]),
167    'P->B':np.array([[-1,0,1],[0,-1,0],[1,0,1]]),'B->P':np.array([[-.5,0,.5],[0,-1,0],[.5,0,.5]]),
168    'P->C':np.array([[1,1,0],[1,-1,0],[0,0,-1]]),'C->P':np.array([[.5,.5,0],[.5,-.5,0],[0,0,-1]]),
169    'P->F':np.array([[-1,1,1],[1,-1,1],[1,1,-1]]),'F->P':np.array([[0,.5,.5],[.5,0,.5],[.5,.5,0]]),   
170    'P->I':np.array([[0,1,1],[1,0,1],[1,1,0]]),'I->P':np.array([[-.5,.5,.5],[.5,-.5,.5],[.5,.5,-.5]]),   
171    'A->P':np.array([[-1,0,0],[0,-.5,.5],[0,.5,.5]]),'O->R':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]), 
172    'abc*':np.eye(3), }
173commonNames = ['abc','bca','cab','a-cb','ba-c','-cba','P->A','A->P','P->B','B->P','P->C','C->P',
174    'P->I','I->P','P->F','F->P','P->R','R->P','R->O','O->R','abc*',]
175
176# Should SGMessageBox, SymOpDialog, DisAglDialog be moved?
177
178################################################################################
179#### GSAS-II class definitions
180################################################################################
181
182class SGMessageBox(wx.Dialog):
183    ''' Special version of MessageBox that displays space group & super space group text
184    in two blocks
185    '''
186    def __init__(self,parent,title,text,table,):
187        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
188            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
189        self.text = text
190        self.table = table
191        self.panel = wx.Panel(self)
192        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
193        mainSizer.Add((0,10))
194        for line in text:
195            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
196        ncol = self.table[0].count(',')+1
197        tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
198        for j,item in enumerate(self.table):
199            num,flds = item.split(')')
200            tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s  '%(num+')')),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
201            flds = flds.replace(' ','').split(',')
202            for i,fld in enumerate(flds):
203                if i < ncol-1:
204                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
205                else:
206                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s'%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
207            if not j%2:
208                tableSizer.Add((20,0))
209        mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_LEFT)
210        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
211        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
212        OKbtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
213        OKbtn.SetDefault()
214        btnsizer.AddButton(OKbtn)
215        btnsizer.Realize()
216        mainSizer.Add((0,10))
217        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
218        self.panel.SetSizer(mainSizer)
219        self.panel.Fit()
220        self.Fit()
221        size = self.GetSize()
222        self.SetSize([size[0]+20,size[1]])
223
224    def Show(self):
225        '''Use this method after creating the dialog to post it
226        '''
227        self.ShowModal()
228        return
229
230    def OnOk(self,event):
231        parent = self.GetParent()
232        parent.Raise()
233        self.EndModal(wx.ID_OK)
234
235class SGMagSpinBox(wx.Dialog):
236    ''' Special version of MessageBox that displays magnetic spin text
237    '''
238    def __init__(self,parent,title,text,table,names,spins,):
239        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
240            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER,size=wx.Size(420,350))
241        self.text = text
242        self.table = table
243        self.names = names
244        self.spins = spins
245        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)
246        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
247        mainSizer.Add((0,10))
248        first = text[0].split(':')[-1].strip()
249        cents = [0,]
250        if 'P' != first[0]:
251            cents = text[-1].split(';')
252        for line in text:
253            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
254        try:
255            nops = self.names.index(' 1bar ')
256        except ValueError:
257            nops = len(self.names)
258        ncol = self.table[0].count(',')+2
259        for ic,cent in enumerate(cents):
260            if cent:
261                cent = cent.strip(' (').strip(')+\n') 
262                mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' for (%s)+'%(cent)),0,WACV)
263            tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
264            for j,item in enumerate(self.table):
265                flds = item.split(')')[1]
266                tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  (%2d)  '%(j+1)),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
267                flds = flds.replace(' ','').split(',')
268                for i,fld in enumerate(flds):
269                    if i < ncol-1:
270                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld))
271                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
272                    else:
273                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s '%(fld))
274                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
275                text = wx.StaticText(self.panel,label=' (%s) '%(self.names[j]))
276                if self.spins[j+ic*len(self.table)] < 0:
277                    text.SetForegroundColour('Red')
278                tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
279                if not j%2:
280                    tableSizer.Add((20,0))
281            mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
282           
283        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
284        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
285        OKbtn.SetDefault()
286        btnsizer.AddButton(OKbtn)
287        btnsizer.Realize()
288        mainSizer.Add((0,10))
289        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
290        self.panel.SetSizer(mainSizer)
291        size = np.array(self.GetSize())
292        self.panel.SetupScrolling()
293        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
294        self.panel.SetSize(size)
295        self.panel.SetAutoLayout(1)
296
297    def Show(self):
298        '''Use this method after creating the dialog to post it
299        '''
300        self.ShowModal()
301        return   
302
303################################################################################
304class SymOpDialog(wx.Dialog):
305    '''Class to select a symmetry operator
306    '''
307    def __init__(self,parent,SGData,New=True,ForceUnit=False):
308        wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,'Select symmetry operator',
309            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
310        panel = wx.Panel(self)
311        self.SGData = SGData
312        self.New = New
313        self.Force = ForceUnit
314        self.OpSelected = [0,0,0,[0,0,0],False,False]
315        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
316        if ForceUnit:
317            choice = ['No','Yes']
318            self.force = wx.RadioBox(panel,-1,'Force to unit cell?',choices=choice)
319            self.force.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
320            mainSizer.Add(self.force,0,WACV|wx.TOP,5)
321#        if SGData['SGInv']:
322        choice = ['No','Yes']
323        self.inv = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose inversion?',choices=choice)
324        self.inv.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
325        mainSizer.Add(self.inv,0,WACV)
326        if SGData['SGLatt'] != 'P':
327            LattOp = G2spc.Latt2text(SGData['SGLatt']).split(';')
328            self.latt = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose cell centering?',choices=LattOp)
329            self.latt.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
330            mainSizer.Add(self.latt,0,WACV)
331        if SGData['SGLaue'] in ['-1','2/m','mmm','4/m','4/mmm']:
332            Ncol = 2
333        else:
334            Ncol = 3
335        OpList = []
336        for Opr in SGData['SGOps']:
337            OpList.append(G2spc.MT2text(Opr))
338        self.oprs = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose space group operator?',choices=OpList,
339            majorDimension=Ncol)
340        self.oprs.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
341        mainSizer.Add(self.oprs,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
342        mainSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,"   Choose unit cell?"),0,WACV)
343        cellSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
344        cellName = ['X','Y','Z']
345        self.cell = []
346        for i in range(3):
347            self.cell.append(wx.SpinCtrl(panel,-1,cellName[i],size=wx.Size(50,20)))
348            self.cell[-1].SetRange(-3,3)
349            self.cell[-1].SetValue(0)
350            self.cell[-1].Bind(wx.EVT_SPINCTRL, self.OnOpSelect)
351            cellSizer.Add(self.cell[-1],0,WACV)
352        mainSizer.Add(cellSizer,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
353        if self.New:
354            choice = ['No','Yes']
355            self.new = wx.RadioBox(panel,-1,'Generate new positions?',choices=choice)
356            self.new.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
357            mainSizer.Add(self.new,0,WACV)
358
359        OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
360        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
361        cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
362        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
363        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
364        btnSizer.Add((20,20),1)
365        btnSizer.Add(OkBtn)
366        btnSizer.Add((20,20),1)
367        btnSizer.Add(cancelBtn)
368        btnSizer.Add((20,20),1)
369
370        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
371        panel.SetSizer(mainSizer)
372        panel.Fit()
373        self.Fit()
374
375    def OnOpSelect(self,event):
376#        if self.SGData['SGInv']:
377        self.OpSelected[0] = self.inv.GetSelection()
378        if self.SGData['SGLatt'] != 'P':
379            self.OpSelected[1] = self.latt.GetSelection()
380        self.OpSelected[2] = self.oprs.GetSelection()
381        for i in range(3):
382            self.OpSelected[3][i] = float(self.cell[i].GetValue())
383        if self.New:
384            self.OpSelected[4] = self.new.GetSelection()
385        if self.Force:
386            self.OpSelected[5] = self.force.GetSelection()
387
388    def GetSelection(self):
389        return self.OpSelected
390
391    def OnOk(self,event):
392        parent = self.GetParent()
393        parent.Raise()
394        self.EndModal(wx.ID_OK)
395
396    def OnCancel(self,event):
397        parent = self.GetParent()
398        parent.Raise()
399        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
400       
401################################################################################
402class SphereEnclosure(wx.Dialog):
403    ''' Add atoms within sphere of enclosure to drawing
404   
405    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
406    :param general: general data (includes drawing data)
407    :param atoms: drawing atoms data
408    :param indx: list of selected atoms (may be empty)
409   
410    '''
411    def __init__(self,parent,general,drawing,indx):
412        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
413            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
414        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
415        self.General = general
416        self.Drawing = drawing
417        self.indx = indx
418        self.Sphere = 1.0
419        self.centers = []
420        self.atomTypes = [[item,True] for item in self.General['AtomTypes']]
421       
422        self.Draw()
423       
424    def Draw(self):
425       
426        def OnRadius(event):
427            event.Skip()
428            try:
429                val = float(radius.GetValue())
430                if val < 0.5:
431                    raise ValueError
432                self.Sphere = val
433            except ValueError:
434                pass
435            radius.SetValue('%.3f'%(self.Sphere))
436           
437        def OnAtomType(event):
438            Obj = event.GetEventObject()
439            id = Ind[Obj.GetId()]
440            self.atomTypes[id][1] = Obj.GetValue()
441       
442        self.panel.Destroy()
443        self.panel = wx.Panel(self)
444        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
445        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere of enclosure controls:'),0,WACV)
446        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
447        atoms = []
448        if len(self.indx):
449            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at atoms: '),0,WACV)
450            cx,ct,cs = self.Drawing['atomPtrs'][:3]
451#            print self.Drawing.keys()
452            for id in self.indx:
453                atom = self.Drawing['Atoms'][id]
454                self.centers.append(atom[cx:cx+3])
455                atoms.append('%s(%s)'%(atom[ct-1],atom[cs-1]))
456            topSizer.Add(wx.ComboBox(self.panel,choices=atoms,value=atoms[0],
457                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN),0,WACV)
458        else:
459            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at drawing view point'),0,WACV)
460            self.centers.append(self.Drawing['viewPoint'][0])
461        mainSizer.Add(topSizer,0,WACV)
462        sphereSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
463        sphereSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere radius: '),0,WACV)
464        radius = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f'%(self.Sphere),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
465        radius.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRadius)
466        radius.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRadius)
467        sphereSizer.Add(radius,0,WACV)
468        mainSizer.Add(sphereSizer,0,WACV)
469        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target selected atoms:'),0,WACV)
470        atSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
471        Ind = {}
472        for i,item in enumerate(self.atomTypes):
473            atm = wx.CheckBox(self.panel,label=item[0])
474            atm.SetValue(item[1])
475            atm.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnAtomType)
476            Ind[atm.GetId()] = i
477            atSizer.Add(atm,0,WACV)
478        mainSizer.Add(atSizer,0,WACV)
479       
480        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
481        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
482        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
483        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
484        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
485        btnSizer.Add((20,20),1)
486        btnSizer.Add(OkBtn)
487        btnSizer.Add((20,20),1)
488        btnSizer.Add(cancelBtn)
489        btnSizer.Add((20,20),1)
490       
491        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
492        self.panel.SetSizer(mainSizer)
493        self.panel.Fit()
494        self.Fit()
495       
496    def GetSelection(self):
497        used = []
498        for atm in self.atomTypes:
499            if atm[1]:
500                used.append(str(atm[0]))
501        return self.centers,self.Sphere,used
502
503    def OnOk(self,event):
504        parent = self.GetParent()
505        parent.Raise()
506        self.EndModal(wx.ID_OK)
507
508    def OnCancel(self,event):
509        parent = self.GetParent()
510        parent.Raise()
511        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
512       
513################################################################################
514class TransformDialog(wx.Dialog):
515    ''' Phase transformation
516   
517    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
518    :param phase: phase data
519   
520    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file
521    '''
522    def __init__(self,parent,phase):
523        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
524            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
525        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
526        self.Phase = copy.deepcopy(phase)   #will be a new phase!
527#        self.Super = phase['General']['Super']
528#        if self.Super:
529#            self.Trans = np.eye(4)
530#            self.Vec = np.zeros(4)
531#        else:
532        self.Trans = np.eye(3)
533        self.Vec = np.zeros(3)
534        self.oldSpGrp = phase['General']['SGData']['SpGrp']
535        self.oldSGdata = phase['General']['SGData']
536        self.newSpGrp = self.Phase['General']['SGData']['SpGrp']
537        self.oldCell = phase['General']['Cell'][1:8]
538        self.newCell = self.Phase['General']['Cell'][1:8]
539        self.Common = 'abc'
540        self.ifMag = False
541        self.ifConstr = True
542        self.Draw()
543
544    def Draw(self):
545               
546        def OnMatValue(event):
547            event.Skip()
548            Obj = event.GetEventObject()
549            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
550            val = Obj.GetValue()
551            try:
552                if '/' in val:
553                    vals = val.split('/')
554                    self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
555                else:   
556                    self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
557            except ValueError:
558                pass
559            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
560           
561        def OnVecValue(event):
562            event.Skip()
563            Obj = event.GetEventObject()
564            iy = Ind[Obj.GetId()]
565            val = Obj.GetValue()
566            try:
567                if '/' in val:
568                    vals = val.split('/')
569                    self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
570                else:   
571                    self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
572            except ValueError:
573                pass
574            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
575               
576        def OnCommon(event):
577            Obj = event.GetEventObject()
578            self.Common = Obj.GetValue()
579            if '*' in self.Common:
580                A,B = G2lat.cell2AB(self.oldCell[:6])
581                self.newCell[2:5] = [A[2,2],90.,90.]
582                a,b = G2lat.cell2AB(self.newCell[:6])
583                self.Trans = np.inner(a.T,B)    #correct!
584                self.newSpGrp = 'P 1'
585                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(self.newSpGrp)
586                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
587            else:
588                self.Trans = commonTrans[self.Common]
589            OnTest(event)
590       
591        def OnSpaceGroup(event):
592            event.Skip()
593            Flds = SGTxt.GetValue().split()
594            Flds[0] = Flds[0].upper()
595            #get rid of extra spaces between fields first
596            for fld in Flds: fld = fld.strip()
597            SpcGp = ' '.join(Flds)
598            if SpcGp == self.newSpGrp: #didn't change it!
599                return
600            # try a lookup on the user-supplied name
601            SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpcGp)
602            if SpGrpNorm:
603                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
604            else:
605                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpcGp)
606            if SGErr:
607                text = [G2spc.SGErrors(SGErr)+'\nSpace Group set to previous']
608                SGTxt.SetValue(self.newSpGrp)
609                msg = 'Space Group Error'
610                Style = wx.ICON_EXCLAMATION
611                Text = '\n'.join(text)
612                wx.MessageBox(Text,caption=msg,style=Style)
613            else:
614                text,table = G2spc.SGPrint(SGData)
615                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
616                self.newSpGrp = SpcGp
617                SGTxt.SetValue(self.Phase['General']['SGData']['SpGrp'])
618                msg = 'Space Group Information'
619                SGMessageBox(self.panel,msg,text,table).Show()
620            if self.Phase['General']['Type'] == 'magnetic':
621                Nops = len(SGData['SGOps'])*len(SGData['SGCen'])
622                if SGData['SGInv']:
623                    Nops *= 2
624                SGData['SpnFlp'] = Nops*[1,]
625#            if self.Phase['General']['Type'] in ['modulated',]:
626#                self.Phase['General']['SuperSg'] = SetDefaultSSsymbol()
627#                self.Phase['General']['SSGData'] = G2spc.SSpcGroup(generalData['SGData'],generalData['SuperSg'])[1]
628
629        def OnTest(event):
630            self.newCell = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)
631            wx.CallAfter(self.Draw)
632           
633        def OnMag(event):
634            self.ifMag = mag.GetValue()
635           
636        def OnConstr(event):
637            self.ifConstr = constr.GetValue()
638
639        self.panel.Destroy()
640        self.panel = wx.Panel(self)
641        Ind = {}
642        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
643        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
644        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
645        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix & vector: M*X+V = X'"))
646#        if self.Super:
647#            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
648#        else:
649        commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
650        commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
651        common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames,
652            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
653        common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
654        commonSizer.Add(common,0,WACV)
655        transSizer.Add(commonSizer)
656        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
657        for iy,line in enumerate(self.Trans):
658            for ix,val in enumerate(line):
659                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
660                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
661                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
662                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
663                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
664                Trmat.Add(item)
665            Trmat.Add((25,0),0)
666            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
667                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
668            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
669            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
670            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
671            Trmat.Add(vec)
672        transSizer.Add(Trmat)
673        MatSizer.Add((10,0),0)
674        MatSizer.Add(transSizer)
675        mainSizer.Add(MatSizer)
676        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Old lattice parameters:'),0,WACV)
677        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
678            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.oldCell[0],self.oldCell[1],self.oldCell[2])),0,WACV)
679        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
680            (self.oldCell[3],self.oldCell[4],self.oldCell[5])),0,WACV)
681        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.oldCell[6])),0,WACV)
682        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' New lattice parameters:'),0,WACV)
683        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
684            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.newCell[0],self.newCell[1],self.newCell[2])),0,WACV)
685        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
686            (self.newCell[3],self.newCell[4],self.newCell[5])),0,WACV)
687        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.newCell[6])),0,WACV)
688        sgSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
689        sgSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  Space group: '),0,WACV)
690        SGTxt = wx.TextCtrl(self.panel,value=self.newSpGrp,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
691        SGTxt.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnSpaceGroup)
692        SGTxt.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnSpaceGroup)
693        sgSizer.Add(SGTxt,0,WACV)
694        mainSizer.Add(sgSizer,0,WACV)
695        if 'magnetic' not in self.Phase['General']['Type']:
696            mag = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make new phase magnetic?')
697            mag.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnMag)
698            mainSizer.Add(mag,0,WACV)
699            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
700                label=' NB: Nonmagnetic atoms will be deleted from new phase'),0,WACV)
701            constr = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make constraints between phases?')
702            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
703                label=' Constraints not correct for non-diagonal transforms'),0,WACV)
704            constr.SetValue(self.ifConstr)
705            constr.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnConstr)
706            mainSizer.Add(constr,0,WACV)
707
708        TestBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Test")
709        TestBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, OnTest)
710        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
711        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
712        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
713        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
714        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
715        btnSizer.Add((20,20),1)
716        btnSizer.Add(TestBtn)
717        btnSizer.Add((20,20),1)
718        btnSizer.Add(OkBtn)
719        btnSizer.Add((20,20),1)
720        btnSizer.Add(cancelBtn)
721        btnSizer.Add((20,20),1)
722       
723        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
724        self.panel.SetSizer(mainSizer)
725        self.panel.Fit()
726        self.Fit()
727       
728    def GetSelection(self):
729        if self.ifMag:
730            self.Phase['General']['Name'] += ' mag'
731        else:
732            self.Phase['General']['Name'] += ' %s'%(self.Common)
733        self.Phase['General']['Cell'][1:] = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)           
734        return self.Phase,self.Trans,self.Vec,self.ifMag,self.ifConstr
735
736    def OnOk(self,event):
737        parent = self.GetParent()
738        parent.Raise()
739        self.EndModal(wx.ID_OK)
740
741    def OnCancel(self,event):
742        parent = self.GetParent()
743        parent.Raise()
744        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
745################################################################################
746class UseMagAtomDialog(wx.Dialog):
747    '''Get user selected magnetic atoms after cell transformation
748    '''
749    def __init__(self,parent,Atoms,atCodes):
750        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Magnetic atom selection', 
751            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
752        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
753        self.Atoms = Atoms
754        self.atCodes = atCodes
755        self.Use = len(self.Atoms)*[True,]
756        self.Draw()
757       
758    def Draw(self):
759       
760        def OnUseChk(event):
761            Obj = event.GetEventObject()
762            iuse = Indx[Obj.GetId()]
763            self.Use[iuse] = not self.Use[iuse]
764            Obj.SetValue(self.Use[iuse])
765       
766        self.panel.Destroy()
767        self.panel = wx.Panel(self)
768        Indx = {}
769        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
770       
771        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Name, x, y, z:'),0,WACV)
772        atmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
773        for iuse,[use,atom] in enumerate(zip(self.Use,self.Atoms)):
774            useChk = wx.CheckBox(self.panel,label='Use?')
775            Indx[useChk.GetId()] = iuse
776            useChk.SetValue(use)
777            useChk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnUseChk)
778            atmSizer.Add(useChk,0,WACV)
779            text = ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%(atom[0],atom[3],atom[4],atom[5])
780            atmSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=text),0,WACV)
781        mainSizer.Add(atmSizer)
782       
783        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
784        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
785        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Use All")
786        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
787        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
788        btnSizer.Add((20,20),1)
789        btnSizer.Add(OkBtn)
790        btnSizer.Add((20,20),1)
791        btnSizer.Add(cancelBtn)
792        btnSizer.Add((20,20),1)
793       
794        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
795        self.panel.SetSizer(mainSizer)
796        self.panel.Fit()
797        self.Fit()
798       
799    def GetSelection(self):
800        useAtoms = []
801        useatCodes = []
802        for use,atom,code in zip(self.Use,self.Atoms,self.atCodes):
803            if use:
804                useAtoms.append(atom)
805                useatCodes.append(code)
806        return useAtoms,useatCodes
807
808    def OnOk(self,event):
809        parent = self.GetParent()
810        parent.Raise()
811        self.EndModal(wx.ID_OK)
812
813    def OnCancel(self,event):
814        parent = self.GetParent()
815        parent.Raise()
816        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
817           
818               
819################################################################################
820class RotationDialog(wx.Dialog):
821    ''' Get Rotate & translate matrix & vector - currently not used
822    needs rethinking - possible use to rotate a group of atoms about some
823    vector/origin + translation
824   
825    '''
826    def __init__(self,parent):
827        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Atom group rotation/translation', 
828            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
829        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
830        self.Trans = np.eye(3)
831        self.Vec = np.zeros(3)
832        self.rotAngle = 0.
833        self.rotVec = np.array([0.,0.,1.])
834        self.Expand = ''
835        self.Draw()
836
837    def Draw(self):
838
839        def OnMatValue(event):
840            event.Skip()
841            Obj = event.GetEventObject()
842            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
843            val = Obj.GetValue()
844            if '/' in val:
845                vals = val.split('/')
846                self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
847            else:   
848                self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
849            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
850           
851           
852        def OnVecValue(event):
853            event.Skip()
854            Obj = event.GetEventObject()
855            iy = Ind[Obj.GetId()]
856            val = Obj.GetValue()
857            if '/' in val:
858                vals = val.split('/')
859                self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
860            else:   
861                self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
862            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
863           
864        def OnExpand(event):
865            self.Expand = expand.GetValue()
866           
867        def OnRotAngle(event):
868            event.Skip()
869            self.rotAngle = float(rotangle.GetValue())
870            rotangle.SetValue('%5.3f'%(self.rotAngle))
871            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
872            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
873            self.Draw()
874           
875        def OnRotVec(event):
876            event.Skip()
877            vals = rotvec.GetValue()
878            vals = vals.split()
879            self.rotVec = np.array([float(val) for val in vals])
880            rotvec.SetValue('%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]))
881            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
882            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
883            self.Draw()
884           
885        self.panel.Destroy()
886        self.panel = wx.Panel(self)
887        Ind = {}
888        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
889        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
890        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
891        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix && vector: "+ \
892            "\n B*M*A*(X-V)+V = X'\n A,B: Cartesian transformation matrices"))
893        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
894        for iy,line in enumerate(self.Trans):
895            for ix,val in enumerate(line):
896                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
897                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
898                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
899                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
900                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
901                Trmat.Add(item)
902            Trmat.Add((25,0),0)
903            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
904                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
905            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
906            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
907            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
908            Trmat.Add(vec)
909        transSizer.Add(Trmat)
910        MatSizer.Add((10,0),0)
911        MatSizer.Add(transSizer)
912        mainSizer.Add(MatSizer)
913        rotationBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
914        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Rotation angle: '),0,WACV)
915        rotangle = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.rotAngle),
916            size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
917        rotangle.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotAngle)
918        rotangle.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotAngle)
919        rotationBox.Add(rotangle,0,WACV)
920        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' about vector: '),0,WACV)
921        rotvec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]),
922            size=(100,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
923        rotvec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotVec)
924        rotvec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotVec)
925        rotationBox.Add(rotvec,0,WACV)
926        mainSizer.Add(rotationBox,0,WACV)
927        expandChoice = ['','xy','xz','yz','xyz']
928        expandBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
929        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Expand -1 to +1 on: '),0,WACV)
930        expand = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Expand,choices=expandChoice,
931            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
932        expand.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnExpand)
933        expandBox.Add(expand,0,WACV)
934        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' and find unique atoms '),0,WACV)       
935        mainSizer.Add(expandBox)
936               
937        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
938        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
939        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
940        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
941        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
942        btnSizer.Add((20,20),1)
943        btnSizer.Add(OkBtn)
944        btnSizer.Add((20,20),1)
945        btnSizer.Add(cancelBtn)
946        btnSizer.Add((20,20),1)
947       
948        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
949        self.panel.SetSizer(mainSizer)
950        self.panel.Fit()
951        self.Fit()
952
953    def GetSelection(self):
954        return self.Trans,self.Vec,self.Expand
955
956    def OnOk(self,event):
957        parent = self.GetParent()
958        parent.Raise()
959        self.EndModal(wx.ID_OK)
960
961    def OnCancel(self,event):
962        parent = self.GetParent()
963        parent.Raise()
964        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)   
965       
966################################################################################
967class DIFFaXcontrols(wx.Dialog):
968    ''' Solicit items needed to prepare DIFFaX control.dif file
969    '''
970    def __init__(self,parent,ctrls,parms=None):
971        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'DIFFaX controls', 
972            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
973        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
974        self.ctrls = ctrls
975        self.calcType = 'powder pattern'
976        self.plane = 'h0l'
977        self.planeChoice = ['h0l','0kl','hhl','h-hl',]
978        self.lmax = '2'
979        self.lmaxChoice = [str(i+1) for i in range(6)]
980        self.Parms = parms
981        self.Parm = None
982        if self.Parms != None:
983            self.Parm = self.Parms[0]
984        self.parmRange = [0.,1.]
985        self.parmStep = 2
986        self.Inst = 'Gaussian'
987        self.Draw()
988       
989    def Draw(self):
990       
991        def OnCalcType(event):
992            self.calcType = calcType.GetValue()
993            wx.CallAfter(self.Draw)
994           
995        def OnPlane(event):
996            self.plane = plane.GetValue()
997           
998        def OnMaxL(event):
999            self.lmax = lmax.GetValue()
1000           
1001        def OnParmSel(event):
1002            self.Parm = parmsel.GetValue()
1003           
1004        def OnNumStep(event):
1005            self.parmStep = int(numStep.GetValue())
1006           
1007        def OnParmRange(event):
1008            event.Skip()
1009            vals = parmrange.GetValue().split()
1010            try:
1011                vals = [float(vals[0]),float(vals[1])]
1012            except ValueError:
1013                vals = self.parmRange
1014            parmrange.SetValue('%.3f %.3f'%(vals[0],vals[1]))
1015            self.parmRange = vals
1016           
1017        def OnInstSel(event):
1018            self.Inst = instsel.GetValue()
1019       
1020        self.panel.Destroy()
1021        self.panel = wx.Panel(self)
1022        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1023        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Controls for DIFFaX'),0,WACV)
1024        if self.Parms:
1025            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sequential powder pattern simulation'),0,WACV)
1026        else:
1027            calcChoice = ['powder pattern','selected area']
1028            calcSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1029            calcSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select calculation type: '),0,WACV)
1030            calcType = wx.ComboBox(self.panel,value=self.calcType,choices=calcChoice,
1031                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1032            calcType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCalcType)
1033            calcSizer.Add(calcType,0,WACV)
1034            mainSizer.Add(calcSizer)
1035        if self.Parms:
1036            parmSel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1037            parmSel.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select parameter to vary: '),0,WACV)
1038            parmsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Parm,choices=self.Parms,
1039                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1040            parmsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnParmSel)
1041            parmSel.Add(parmsel,0,WACV)
1042            mainSizer.Add(parmSel)
1043            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Enter parameter range & no. steps: '),0,WACV)
1044            parmRange =  wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1045            numChoice = [str(i+1) for i in range(10)]
1046            parmrange = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f %.3f'%(self.parmRange[0],self.parmRange[1]),
1047                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1048            parmrange.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnParmRange)
1049            parmrange.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnParmRange)
1050            parmRange.Add(parmrange,0,WACV)
1051            numStep = wx.ComboBox(self.panel,value=str(self.parmStep),choices=numChoice,
1052                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1053            numStep.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnNumStep)
1054            parmRange.Add(numStep,0,WACV)
1055            mainSizer.Add(parmRange)           
1056        if 'selected' in self.calcType:
1057            planeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1058            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select plane: '),0,WACV)
1059            plane = wx.ComboBox(self.panel,value=self.plane,choices=self.planeChoice,
1060                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1061            plane.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPlane)
1062            planeSizer.Add(plane,0,WACV)
1063            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Max. l index: '),0,WACV)
1064            lmax = wx.ComboBox(self.panel,value=self.lmax,choices=self.lmaxChoice,
1065                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1066            lmax.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaxL)
1067            planeSizer.Add(lmax,0,WACV)           
1068            mainSizer.Add(planeSizer)
1069        else:
1070            instChoice = ['None','Mean Gaussian','Gaussian',]
1071            instSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1072            instSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select instrument broadening: '),0,WACV)
1073            instsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Inst,choices=instChoice,
1074                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1075            instsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnInstSel)
1076            instSizer.Add(instsel,0,WACV)
1077            mainSizer.Add(instSizer)
1078        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1079        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1080        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1081        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1082        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1083        btnSizer.Add((20,20),1)
1084        btnSizer.Add(OkBtn)
1085        btnSizer.Add((20,20),1)
1086        btnSizer.Add(cancelBtn)
1087        btnSizer.Add((20,20),1)
1088       
1089        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1090        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1091        self.panel.Fit()
1092        self.Fit()
1093       
1094    def GetSelection(self):
1095        if 'powder' in self.calcType:
1096            return 'PWDR',self.Inst,self.Parm,self.parmRange,self.parmStep
1097        elif 'selected' in self.calcType:
1098            return 'SADP',self.plane,self.lmax
1099
1100    def OnOk(self,event):
1101        parent = self.GetParent()
1102        parent.Raise()
1103        self.EndModal(wx.ID_OK)
1104
1105    def OnCancel(self,event):
1106        parent = self.GetParent()
1107        parent.Raise()
1108        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1109           
1110       
1111################################################################################
1112class MergeDialog(wx.Dialog):
1113    ''' HKL transformation & merge dialog
1114   
1115    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1116    :param data: HKLF data
1117   
1118    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file     
1119    '''       
1120    def __init__(self,parent,data):
1121        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup HKLF merge', 
1122            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1123        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1124        self.data = data
1125        self.Super = data[1]['Super']
1126        if self.Super:
1127            self.Trans = np.eye(4)
1128        else:
1129            self.Trans = np.eye(3)
1130        self.Cent = 'noncentrosymmetric'
1131        self.Laue = '1'
1132        self.Class = 'triclinic'
1133        self.Common = 'abc'
1134        self.Draw()
1135       
1136    def Draw(self):
1137               
1138        def OnMatValue(event):
1139            event.Skip()
1140            Obj = event.GetEventObject()
1141            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
1142            self.Trans[ix,iy] = float(Obj.GetValue())
1143               
1144        def OnCent(event):
1145            Obj = event.GetEventObject()
1146            self.Cent = Obj.GetValue()
1147            self.Laue = ''
1148            wx.CallAfter(self.Draw)
1149           
1150        def OnLaue(event):
1151            Obj = event.GetEventObject()
1152            self.Laue = Obj.GetValue()
1153            wx.CallAfter(self.Draw)
1154           
1155        def OnClass(event):
1156            Obj = event.GetEventObject()
1157            self.Class = Obj.GetValue()
1158            self.Laue = ''
1159            wx.CallAfter(self.Draw)
1160           
1161        def OnCommon(event):
1162            Obj = event.GetEventObject()
1163            self.Common = Obj.GetValue()
1164            self.Trans = commonTrans[self.Common]
1165            wx.CallAfter(self.Draw)
1166       
1167        self.panel.Destroy()
1168        self.panel = wx.Panel(self)
1169        Ind = {}
1170        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1171        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1172        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1173        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" HKL Transformation matrix: M*H = H'"))
1174        if self.Super:
1175            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
1176        else:
1177            commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1178            commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
1179            common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames[:-1], #not the last one!
1180                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1181            common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
1182            commonSizer.Add(common,0,WACV)
1183            transSizer.Add(commonSizer)
1184            Trmat = wx.FlexGridSizer(3,3,0,0)
1185        for iy,line in enumerate(self.Trans):
1186            for ix,val in enumerate(line):
1187                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
1188                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1189                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
1190                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
1191                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
1192                Trmat.Add(item)
1193        transSizer.Add(Trmat)
1194        MatSizer.Add((10,0),0)
1195        MatSizer.Add(transSizer)
1196        mainSizer.Add(MatSizer)
1197        laueClass = ['triclinic','monoclinic','orthorhombic','trigonal(H)','tetragonal','hexagonal','cubic']
1198        centroLaue = {'triclinic':['-1',],'monoclinic':['2/m','1 1 2/m','2/m 1 1',],
1199            'orthorhombic':['m m m',],'trigonal(H)':['-3','-3 m 1','-3 1 m',],    \
1200            'tetragonal':['4/m','4/m m m',],'hexagonal':['6/m','6/m m m',],'cubic':['m 3','m 3 m']}
1201        noncentroLaue = {'triclinic':['1',],'monoclinic':['2','2 1 1','1 1 2','m','m 1 1','1 1 m',],
1202            'orthorhombic':['2 2 2','m m 2','m 2 m','2 m m',],
1203            'trigonal(H)':['3','3 1 2','3 2 1','3 m 1','3 1 m',],
1204            'tetragonal':['4','-4','4 2 2','4 m m','-4 2 m','-4 m 2',], \
1205            'hexagonal':['6','-6','6 2 2','6 m m','-6 m 2','-6 2 m',],'cubic':['2 3','4 3 2','-4 3 m']}
1206        centChoice = ['noncentrosymmetric','centrosymmetric']
1207        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select Laue class for new lattice:'),0,WACV)
1208        Class = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Class,choices=laueClass,
1209            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1210        Class.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnClass)
1211        mainSizer.Add(Class,0,WACV)
1212        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target Laue symmetry:'),0,WACV)
1213        Cent = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Cent,choices=centChoice,
1214            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1215        Cent.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCent)
1216        mergeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1217        mergeSizer.Add(Cent,0,WACV)
1218        mergeSizer.Add((10,0),0)
1219        Choice = centroLaue[self.Class]
1220        if 'non' in self.Cent:
1221            Choice = noncentroLaue[self.Class]
1222        Laue = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Laue,choices=Choice,
1223            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1224        Laue.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnLaue)
1225        mergeSizer.Add(Laue,0,WACV)
1226        mainSizer.Add(mergeSizer)
1227
1228        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1229        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1230        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1231        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1232        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1233        btnSizer.Add((20,20),1)
1234        if self.Laue:
1235            btnSizer.Add(OkBtn)
1236            btnSizer.Add((20,20),1)
1237        btnSizer.Add(cancelBtn)
1238        btnSizer.Add((20,20),1)
1239       
1240        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1241        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1242        self.panel.Fit()
1243        self.Fit()
1244       
1245    def GetSelection(self):
1246        return self.Trans,self.Cent,self.Laue
1247
1248    def OnOk(self,event):
1249        parent = self.GetParent()
1250        parent.Raise()
1251        self.EndModal(wx.ID_OK)
1252
1253    def OnCancel(self,event):
1254        parent = self.GetParent()
1255        parent.Raise()
1256        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1257
1258       
1259################################################################################
1260class AddHatomDialog(wx.Dialog):
1261    '''H atom addition dialog. After :meth:`ShowModal` returns, the results
1262    are found in dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1263   
1264    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1265    :param dict Neigh: a dict of atom names with list of atom name, dist pairs for neighboring atoms
1266    :param dict phase: a dict containing the phase as defined by
1267      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`   
1268    '''
1269    def __init__(self,parent,Neigh,phase):
1270        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'H atom add', 
1271            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1272        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1273        self.Neigh = Neigh
1274        self.phase = phase
1275        self.Hatoms = []
1276        self.Draw(self.Neigh,self.phase)
1277           
1278    def Draw(self,Neigh,phase):
1279        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1280        by :meth:`__init__`.
1281        '''
1282        def OnHSelect(event):
1283            Obj = event.GetEventObject()
1284            item,i = Indx[Obj.GetId()]
1285            for obj in Indx[item]:
1286                obj.SetValue(False)
1287            Obj.SetValue(True)
1288            self.Neigh[item][2] = i
1289           
1290        def OnBond(event):
1291            Obj = event.GetEventObject()
1292            inei,ibond = Indx[Obj.GetId()]
1293            self.Neigh[inei][1][0][ibond][2] = Obj.GetValue()
1294           
1295        self.panel.Destroy()
1296        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self,style = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1297        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1298        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'H atom add controls for phase %s:'%(phase['General']['Name'])),
1299            0,wx.LEFT|wx.TOP,10)
1300        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'NB: Check selections as they may not be correct'),0,WACV|wx.LEFT,10)
1301        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1," Atom:  Add # H's          Use: Neighbors, dist"),0,wx.TOP|wx.LEFT,5)
1302        nHatms = ['0','1','2','3']
1303        dataSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,0,0)
1304        Indx = {}
1305        for inei,neigh in enumerate(Neigh):
1306            dataSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' %s:  '%(neigh[0])),0,WACV)
1307            nH = 1      #for O atom
1308            if 'C' in neigh[0] or 'N' in neigh[0]:
1309                nH = 4-len(neigh[1][0])
1310            checks = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1311            Ids = []
1312            for i in range(nH+1):
1313                nHs = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=nHatms[i])
1314                if i == neigh[2]:
1315                    nHs.SetValue(True)
1316                Indx[nHs.GetId()] = [inei,i]
1317                Ids.append(nHs)
1318                nHs.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnHSelect)
1319                checks.Add(nHs,0,WACV)
1320            Indx[inei] = Ids
1321            dataSizer.Add(checks,0,WACV)
1322            lineSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1323            for ib,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1324                Bond = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=': %s, %.3f'%(bond[0],bond[1]))
1325                Bond.SetValue(bond[2])
1326                Indx[Bond.GetId()] = [inei,ib]
1327                Bond.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBond)               
1328                lineSizer.Add(Bond,0,WACV)               
1329            dataSizer.Add(lineSizer,0,WACV|wx.RIGHT,10)
1330        mainSizer.Add(dataSizer,0,wx.LEFT,5)
1331
1332        CancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Cancel')
1333        CancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1334        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Ok')
1335        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1336        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1337        btnSizer.Add((20,20),1)
1338        btnSizer.Add(OkBtn)
1339        btnSizer.Add((20,20),1)
1340        btnSizer.Add(CancelBtn)
1341        btnSizer.Add((20,20),1)
1342        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1343        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1344        size = np.array(self.GetSize())
1345        self.panel.SetupScrolling()
1346        self.panel.SetAutoLayout(1)
1347        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
1348        self.panel.SetSize(size)
1349       
1350    def GetData(self):
1351        'Returns the values from the dialog'
1352        for neigh in self.Neigh:
1353            for ibond,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1354                if not bond[2]:
1355                    neigh[1][1][1][ibond] = 0   #deselected bond
1356            neigh[1][1][1] = [a for a in  neigh[1][1][1] if a]
1357        return self.Neigh       #has #Hs to add for each entry
1358       
1359    def OnOk(self,event):
1360        'Called when the OK button is pressed'
1361        parent = self.GetParent()
1362        parent.Raise()
1363        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1364
1365    def OnCancel(self,event):
1366        parent = self.GetParent()
1367        parent.Raise()
1368        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1369
1370################################################################################
1371class DisAglDialog(wx.Dialog):
1372    '''Distance/Angle Controls input dialog. After
1373    :meth:`ShowModal` returns, the results are found in
1374    dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1375
1376    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1377    :param dict data: a dict containing the current
1378      search ranges or an empty dict, which causes default values
1379      to be used.
1380      Will be used to set element `DisAglCtls` in
1381      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`
1382    :param dict default:  A dict containing the default
1383      search ranges for each element.
1384    '''
1385    def __init__(self,parent,data,default,Reset=True):
1386        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Distance Angle Controls', 
1387            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1388        self.default = default
1389        self.Reset = Reset
1390        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1391        self._default(data,self.default)
1392        self.Draw(self.data)
1393               
1394    def _default(self,data,default):
1395        '''Set starting values for the search values, either from
1396        the input array or from defaults, if input is null
1397        '''
1398        if data:
1399            self.data = copy.deepcopy(data) # don't mess with originals
1400        else:
1401            self.data = {}
1402            self.data['Name'] = default['Name']
1403            self.data['Factors'] = [0.85,0.85]
1404            self.data['AtomTypes'] = default['AtomTypes']
1405            self.data['BondRadii'] = default['BondRadii'][:]
1406            self.data['AngleRadii'] = default['AngleRadii'][:]
1407
1408    def Draw(self,data):
1409        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1410        by :meth:`__init__`.
1411        '''
1412        self.panel.Destroy()
1413        self.panel = wx.Panel(self)
1414        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1415        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Controls for phase '+data['Name']),
1416            0,WACV|wx.LEFT,10)
1417        mainSizer.Add((10,10),1)
1418       
1419        radiiSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,5,5)
1420        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' Type'),0,WACV)
1421        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Bond radii'),0,WACV)
1422        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Angle radii'),0,WACV)
1423        self.objList = {}
1424        for id,item in enumerate(self.data['AtomTypes']):
1425            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' '+item),0,WACV)
1426            bRadii = wx.TextCtrl(self.panel,-1,value='%.3f'%(data['BondRadii'][id]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1427            self.objList[bRadii.GetId()] = ['BondRadii',id]
1428            bRadii.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnRadiiVal)
1429            bRadii.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnRadiiVal)
1430            radiiSizer.Add(bRadii,0,WACV)
1431            aRadii = wx.TextCtrl(self.panel,-1,value='%.3f'%(data['AngleRadii'][id]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1432            self.objList[aRadii.GetId()] = ['AngleRadii',id]
1433            aRadii.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnRadiiVal)
1434            aRadii.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnRadiiVal)
1435            radiiSizer.Add(aRadii,0,WACV)
1436        mainSizer.Add(radiiSizer,0,wx.EXPAND)
1437        factorSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
1438        Names = ['Bond','Angle']
1439        for i,name in enumerate(Names):
1440            factorSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,name+' search factor'),0,WACV)
1441            bondFact = wx.TextCtrl(self.panel,-1,value='%.3f'%(data['Factors'][i]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1442            self.objList[bondFact.GetId()] = ['Factors',i]
1443            bondFact.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnRadiiVal)
1444            bondFact.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnRadiiVal)
1445            factorSizer.Add(bondFact)
1446        mainSizer.Add(factorSizer,0,wx.EXPAND)
1447       
1448        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1449        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1450        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1451        btnSizer.Add((20,20),1)
1452        btnSizer.Add(OkBtn)
1453        if self.Reset:
1454            ResetBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Reset')
1455            ResetBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnReset)
1456            btnSizer.Add(ResetBtn)
1457        btnSizer.Add((20,20),1)
1458        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1459        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1460        self.panel.Fit()
1461        self.Fit()
1462   
1463    def OnRadiiVal(self,event):
1464        event.Skip()
1465        Obj = event.GetEventObject()
1466        item = self.objList[Obj.GetId()]
1467        try:
1468            self.data[item[0]][item[1]] = float(Obj.GetValue())
1469        except ValueError:
1470            pass
1471        Obj.SetValue("%.3f"%(self.data[item[0]][item[1]]))          #reset in case of error
1472       
1473    def GetData(self):
1474        'Returns the values from the dialog'
1475        return self.data
1476       
1477    def OnOk(self,event):
1478        'Called when the OK button is pressed'
1479        parent = self.GetParent()
1480        parent.Raise()
1481        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1482       
1483    def OnReset(self,event):
1484        'Called when the Reset button is pressed'
1485        data = {}
1486        self._default(data,self.default)
1487        self.Draw(self.data)
1488               
1489################################################################################
1490class ShowLSParms(wx.Dialog):
1491    '''Create frame to show least-squares parameters
1492    '''
1493    def __init__(self,parent,title,parmDict,varyList,fullVaryList,
1494                 size=(300,430)):
1495        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,size=size,
1496                           style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
1497        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1498
1499        panel = wxscroll.ScrolledPanel(
1500            self, wx.ID_ANY,
1501            #size=size,
1502            style = wx.TAB_TRAVERSAL|wx.SUNKEN_BORDER)
1503        num = len(varyList)
1504        mainSizer.Add(wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,'Number of refined variables: '+str(num)))
1505        if len(varyList) != len(fullVaryList):
1506            num = len(fullVaryList) - len(varyList)
1507            mainSizer.Add(wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,' + '+str(num)+' parameters are varied via constraints'))
1508        subSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,hgap=2,vgap=2)
1509        parmNames = parmDict.keys()
1510        parmNames.sort()
1511        subSizer.Add((-1,-1))
1512        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'Parameter name  '))
1513        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'refine?'))
1514        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'value'),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1515        explainRefine = False
1516        for name in parmNames:
1517            # skip entries without numerical values
1518            if isinstance(parmDict[name],basestring): continue
1519            try:
1520                value = G2py3.FormatSigFigs(parmDict[name])
1521            except TypeError:
1522                value = str(parmDict[name])+' -?' # unexpected
1523                #continue
1524            v = G2obj.getVarDescr(name)
1525            if v is None or v[-1] is None:
1526                subSizer.Add((-1,-1))
1527            else:               
1528                ch = G2G.HelpButton(panel,G2obj.fmtVarDescr(name))
1529                subSizer.Add(ch,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|WACV|wx.ALIGN_CENTER,1)
1530            subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,str(name)))
1531            if name in varyList:
1532                subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'R'))
1533            elif name in fullVaryList:
1534                subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'C'))
1535                explainRefine = True
1536            else:
1537                subSizer.Add((-1,-1))
1538            subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,value),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1539
1540        # finish up ScrolledPanel
1541        panel.SetSizer(subSizer)
1542        panel.SetAutoLayout(1)
1543        panel.SetupScrolling()
1544        mainSizer.Add(panel,1, wx.ALL|wx.EXPAND,1)
1545
1546        if explainRefine:
1547            mainSizer.Add(
1548                wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,
1549                          '"R" indicates a refined variable\n'+
1550                          '"C" indicates generated from a constraint'
1551                          ),
1552                0, wx.ALL,0)
1553        # make OK button
1554        btnsizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1555        btn = wx.Button(self, wx.ID_CLOSE,"Close") 
1556        btn.Bind(wx.EVT_BUTTON,self._onClose)
1557        btnsizer.Add(btn)
1558        mainSizer.Add(btnsizer, 0, wx.ALIGN_CENTER|wx.ALL, 5)
1559        # Allow window to be enlarged but not made smaller
1560        self.SetSizer(mainSizer)
1561        self.SetMinSize(self.GetSize())
1562
1563    def _onClose(self,event):
1564        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1565 
1566################################################################################
1567class DataFrame(wx.Frame):
1568    '''Create the data item window and all the entries in menus used in
1569    that window. For Linux and windows, the menu entries are created for the
1570    current data item window, but in the Mac the menu is accessed from all
1571    windows. This means that a different menu is posted depending on which
1572    data item is posted. On the Mac, all the menus contain the data tree menu
1573    items, but additional menus are added specific to the data item.
1574
1575    Note that while the menus are created here,
1576    the binding for the menus is done later in various GSASII*GUI modules,
1577    where the functions to be called are defined.
1578    '''
1579    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
1580        '''Override the Bind() function: on the Mac the binding is to
1581        the main window, so that menus operate with any window on top.
1582        For other platforms, either wrap calls that will be logged
1583        or call the default wx.Frame Bind() to bind to the menu item directly.
1584
1585        Note that bindings can be made to objects by Id or by direct reference to the
1586        object. As a convention, when bindings are to objects, they are not logged
1587        but when bindings are by Id, they are logged.
1588        '''
1589        if sys.platform == "darwin": # mac
1590            self.G2frame.Bind(eventtype,handler,*args,**kwargs)
1591            return
1592        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
1593            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self.G2frame,handler)
1594            if menulabels:
1595                #print 'intercepting bind for',handler,menulabels,kwargs['id']
1596                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.G2frame.MenuBinding,*args,**kwargs)
1597                return
1598            wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
1599       
1600    def PrefillDataMenu(self,menu,helpType,helpLbl=None,empty=False):
1601        '''Create the "standard" part of data frame menus. Note that on Linux and
1602        Windows nothing happens here. On Mac, this menu duplicates the
1603        tree menu, but adds an extra help command for the data item and a separator.
1604        '''
1605        self.datamenu = menu
1606        self.G2frame.dataMenuBars.append(menu)
1607        self.helpType = helpType
1608        self.helpLbl = helpLbl
1609        if sys.platform == "darwin": # mac                         
1610            self.G2frame.FillMainMenu(menu,addhelp=False) # add the data tree menu items
1611            if not empty:
1612                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add a separator
1613       
1614    def PostfillDataMenu(self,empty=False):
1615        '''Add the help menu to the data frame menus. Note that on Linux and
1616        Windows, this is the standard help Menu but without the update commands but adds an extra help
1617        command for the data item.
1618        On Mac, this is the entire help menu including the update commands, a separator and the
1619        extra help command for the data item.
1620        '''
1621        menu = self.datamenu
1622        helpType = self.helpType
1623        helpLbl = self.helpLbl
1624        if sys.platform == "darwin": # mac
1625            if not empty:
1626                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add another separator
1627            HelpMenu=G2G.MyHelp(self,helpType=helpType,includeTree=True,
1628                morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials'),])
1629            menu.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1630        else: # other
1631            menu.Append(menu=G2G.MyHelp(self,helpType=helpType, helpLbl=helpLbl),
1632                        title='&Help')
1633
1634    def _init_menus(self):
1635        'define all GSAS-II data frame menus'
1636
1637        # for use where no menu or data frame help is provided
1638        self.BlankMenu = wx.MenuBar()
1639       
1640        # Controls
1641        self.ControlsMenu = wx.MenuBar()
1642        self.PrefillDataMenu(self.ControlsMenu,helpType='Controls',empty=True)
1643        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1644       
1645        # Notebook
1646        self.DataNotebookMenu = wx.MenuBar() 
1647        self.PrefillDataMenu(self.DataNotebookMenu,helpType='Notebook',empty=True)
1648        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1649       
1650        # Comments
1651        self.DataCommentsMenu = wx.MenuBar()
1652        self.PrefillDataMenu(self.DataCommentsMenu,helpType='Comments',empty=True)
1653        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1654       
1655        # Constraints
1656        self.ConstraintMenu = wx.MenuBar()
1657        self.PrefillDataMenu(self.ConstraintMenu,helpType='Constraints')
1658        self.ConstraintTab = wx.Menu(title='')
1659        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintTab, title='Select tab')
1660        for id,txt in (
1661            (wxID_CONSPHASE,'Phase'),
1662            (wxID_CONSHAP,'Histogram/Phase'),
1663            (wxID_CONSHIST,'Histogram'),
1664            (wxID_CONSGLOBAL,'Global')):
1665            self.ConstraintTab.Append(
1666                id=id, kind=wx.ITEM_NORMAL,text=txt,
1667                help='Select '+txt+' constraint editing tab')
1668        self.ConstraintEdit = wx.Menu(title='')
1669        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintEdit, title='Edit Constr.') # renamed from Edit due to Mac adding extra items to menu
1670        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_HOLDADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add hold',
1671            help='Prevent refinement of parameter values')
1672        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equivalence',
1673            help='Force parameter values to be equivalent')
1674        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_CONSTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add constraint equation',
1675            help='Add a constraint equation to apply to parameter values')
1676        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_FUNCTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add New Var',
1677            help='Create a variable composed of existing parameters')
1678        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVALANCEATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make atoms equivalent',
1679            help='Force atom parameter values to be equivalent')
1680        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_EQUIVALANCEATOMS,False)
1681#        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_ADDRIDING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add H riding constraints',
1682#            help='Add H atom riding constraints between atom parameter values')
1683#        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_ADDRIDING,False)
1684        self.PostfillDataMenu()
1685
1686        # item = self.ConstraintEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update GUI')
1687        # def UpdateGSASIIconstrGUI(event):
1688        #     import GSASIIconstrGUI
1689        #     reload(GSASIIconstrGUI)
1690        #     import GSASIIobj
1691        #     reload(GSASIIobj)
1692        # self.Bind(wx.EVT_MENU,UpdateGSASIIconstrGUI,id=item.GetId())
1693
1694        # Rigid bodies
1695        self.RigidBodyMenu = wx.MenuBar()
1696        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodyMenu,helpType='Rigid bodies')
1697        self.ResidueRBMenu = wx.Menu(title='')
1698        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYIMPORT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import XYZ',
1699            help='Import rigid body XYZ from file')
1700        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RESIDUETORSSEQ, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define sequence',
1701            help='Define torsion sequence')
1702        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import residues',
1703            help='Import residue rigid bodies from macro file')
1704        self.RigidBodyMenu.Append(menu=self.ResidueRBMenu, title='Edit Body')
1705        self.PostfillDataMenu()
1706
1707        self.VectorBodyMenu = wx.MenuBar()
1708        self.PrefillDataMenu(self.VectorBodyMenu,helpType='Vector rigid bodies')
1709        self.VectorRBEdit = wx.Menu(title='')
1710        self.VectorRBEdit.Append(id=wxID_VECTORBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body',
1711            help='Add vector rigid body')
1712        self.VectorBodyMenu.Append(menu=self.VectorRBEdit, title='Edit Vector Body')
1713        self.PostfillDataMenu()
1714
1715                   
1716        # Restraints
1717        self.RestraintTab = wx.Menu(title='')
1718        self.RestraintEdit = wx.Menu(title='')
1719        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTSELPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase',
1720            help='Select phase')
1721        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add restraints',
1722            help='Add restraints')
1723        self.RestraintEdit.Enable(wxID_RESTRAINTADD,True)    #gets disabled if macromolecule phase
1724        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add residue restraints',
1725            help='Add residue based restraints for macromolecules from macro file')
1726        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTADD,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1727        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot residue restraints',
1728            help='Plot selected residue based restraints for macromolecules from macro file')
1729        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTPLOT,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1730        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESRCHANGEVAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change value',
1731            help='Change observed value')
1732        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTCHANGEESD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change esd',
1733            help='Change esd in observed value')
1734        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete restraints',
1735            help='Delete selected restraints')
1736
1737        self.RestraintMenu = wx.MenuBar()
1738        self.PrefillDataMenu(self.RestraintMenu,helpType='Restraints')
1739        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintTab, title='Select tab')
1740        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintEdit, title='Edit Restr.')
1741        self.PostfillDataMenu()
1742           
1743        # Sequential results
1744        self.SequentialMenu = wx.MenuBar()
1745        self.PrefillDataMenu(self.SequentialMenu,helpType='Sequential',helpLbl='Sequential Refinement')
1746        self.SequentialFile = wx.Menu(title='')
1747        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialFile, title='Columns')
1748        self.SequentialFile.Append(id=wxID_RENAMESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rename selected',
1749            help='Rename selected sequential refinement columns')
1750        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as text',
1751            help='Save selected sequential refinement results as a text file')
1752        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all as CSV',
1753            help='Save all sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1754        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSELCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as CSV',
1755            help='Save selected sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1756        self.SequentialFile.Append(id=wxID_PLOTSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot selected',
1757            help='Plot selected sequential refinement results')
1758        self.SequentialFile.Append(id=wxID_AVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Compute average',
1759            help='Compute average for selected parameter')           
1760        self.SequentialFile.Append(id=wxID_ORGSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reorganize',
1761            help='Reorganize variables where variables change')
1762        self.SequentialPvars = wx.Menu(title='')
1763        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPvars, title='Pseudo Vars')
1764        self.SequentialPvars.Append(
1765            id=wxADDSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Formula',
1766            help='Add a new custom pseudo-variable')
1767        self.SequentialPvars.Append(
1768            id=wxADDSEQDIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Distance',
1769            help='Add a new bond distance pseudo-variable')
1770        self.SequentialPvars.Append(
1771            id=wxADDSEQANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Angle',
1772            help='Add a new bond angle pseudo-variable')
1773        self.SequentialPvars.Append(
1774            id=wxDELSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete',
1775            help='Delete an existing pseudo-variable')
1776        self.SequentialPvars.Append(
1777            id=wxEDITSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit',
1778            help='Edit an existing pseudo-variable')
1779
1780        self.SequentialPfit = wx.Menu(title='')
1781        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPfit, title='Parametric Fit')
1782        self.SequentialPfit.Append(
1783            id=wxADDPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equation',
1784            help='Add a new equation to minimize')
1785        self.SequentialPfit.Append(
1786            id=wxCOPYPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy equation',
1787            help='Copy an equation to minimize - edit it next')
1788        self.SequentialPfit.Append(
1789            id=wxDELPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete equation',
1790            help='Delete an equation for parametric minimization')
1791        self.SequentialPfit.Append(
1792            id=wxEDITPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit equation',
1793            help='Edit an existing parametric minimization equation')
1794        self.SequentialPfit.Append(
1795            id=wxDOPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit to equation(s)',
1796            help='Perform a parametric minimization')
1797        # fill sequential Export menu
1798        self.SeqExportLookup = {}
1799        self.SequentialEx = wx.Menu(title='')
1800        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialEx, title='Seq Export')
1801        for lbl,txt in (('Phase','Export selected phase(s)'),
1802                        ('Project','Export entire sequential fit')):
1803            objlist = []
1804            for obj in self.G2frame.exporterlist:
1805                if lbl.lower() in obj.exporttype:
1806                    try:
1807                        obj.Writer
1808                    except AttributeError:
1809                        continue
1810                    objlist.append(obj)
1811            if objlist:
1812                submenu = wx.Menu()
1813                item = self.SequentialEx.AppendMenu(
1814                    wx.ID_ANY, lbl+' as',
1815                    submenu, help=txt)
1816                for obj in objlist:
1817                    item = submenu.Append(
1818                        wx.ID_ANY,
1819                        help=obj.longFormatName,
1820                        kind=wx.ITEM_NORMAL,
1821                        text=obj.formatName)
1822                    self.SeqExportLookup[item.GetId()] = (obj,lbl) # lookup table for submenu item
1823       
1824        self.PostfillDataMenu()
1825           
1826        # PWDR & SASD
1827        self.PWDRMenu = wx.MenuBar()
1828        self.PrefillDataMenu(self.PWDRMenu,helpType='PWDR Analysis',helpLbl='Powder Fit Error Analysis')
1829        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1830        self.PWDRMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1831        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1832            help='Error analysis on powder pattern')
1833        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1834            help='Copy of PWDR parameters')
1835        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PLOTCTRLCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy plot controls',
1836            help='Copy of PWDR plot controls')
1837        self.moveDiffCurve = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move diff. curve',
1838            help='Click on position where difference curve is placed')
1839        self.moveTickLoc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move ticks',
1840            help='Move mouse to where tick marks should be positioned')
1841        self.moveTickSpc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set tick space',
1842            help='Click to set spacing between phase tick marks')
1843        self.PostfillDataMenu()
1844           
1845        # HKLF
1846        self.HKLFMenu = wx.MenuBar()
1847        self.PrefillDataMenu(self.HKLFMenu,helpType='HKLF Analysis',helpLbl='HKLF Fit Error Analysis')
1848        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1849        self.HKLFMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1850        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1851            help='Error analysis on single crystal data')
1852        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_MERGEHKL,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Merge HKLs',
1853            help='Transform & merge HKLF data to new histogram')
1854        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
1855            help='Plot HKLs from single crystal data in 3D')
1856        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_3DALLHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot all 3D HKLs',
1857            help='Plot HKLs from all single crystal data in 3D')
1858        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1859            help='Copy of HKLF parameters')
1860        self.PostfillDataMenu()
1861           
1862        # PWDR / Limits
1863        self.LimitMenu = wx.MenuBar()
1864        self.PrefillDataMenu(self.LimitMenu,helpType='Limits')
1865        self.LimitEdit = wx.Menu(title='')
1866        self.LimitMenu.Append(menu=self.LimitEdit, title='Edit Limits')
1867        self.LimitEdit.Append(id=wxID_LIMITCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1868            help='Copy limits to other histograms')
1869        self.LimitEdit.Append(id=wxID_ADDEXCLREGION, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add exclude',
1870            help='Add excluded region - select a point on plot; drag to adjust')           
1871        self.PostfillDataMenu()
1872           
1873        # PDR / Background
1874        self.BackMenu = wx.MenuBar()
1875        self.PrefillDataMenu(self.BackMenu,helpType='Background')
1876        self.BackEdit = wx.Menu(title='')
1877        self.BackMenu.Append(menu=self.BackEdit, title='File')
1878        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1879            help='Copy background parameters to other histograms')
1880        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1881            help='Copy background refinement flags to other histograms')
1882        self.BackEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks',
1883            help='Move background peaks to Peak List')
1884        self.BackEdit.Append(id=wxID_MAKEBACKRDF, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot RDF',
1885            help='Plot radial distribution from differences')
1886        self.BackFixed = wx.Menu(title='') # fixed background point menu
1887        self.BackMenu.Append(menu=self.BackFixed, title='Fixed Points')
1888        self.wxID_BackPts = {}
1889        self.wxID_BackPts['Add'] = wx.NewId() # N.B. not using wxID_ global as for other menu items
1890        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Add'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Add',
1891            help='Add fixed background points with mouse clicks')
1892        self.wxID_BackPts['Move'] = wx.NewId() 
1893        item = self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Move'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Move',
1894            help='Move selected fixed background points with mouse drags')
1895        item.Check(True)
1896        self.wxID_BackPts['Del'] = wx.NewId()
1897        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Del'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Delete',
1898            help='Delete fixed background points with mouse clicks')
1899        self.wxID_BackPts['Clear'] = wx.NewId() 
1900        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Clear'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear',
1901            help='Clear fixed background points')
1902        self.wxID_BackPts['Fit'] = wx.NewId() 
1903        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Fit'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit background',
1904            help='Fit background function to fixed background points')
1905        self.PostfillDataMenu()
1906           
1907        # PDR / Instrument Parameters
1908        self.InstMenu = wx.MenuBar()
1909        self.PrefillDataMenu(self.InstMenu,helpType='Instrument Parameters')
1910        self.InstEdit = wx.Menu(title='')
1911        self.InstMenu.Append(menu=self.InstEdit, title='Operations')
1912        self.InstEdit.Append(help='Calibrate from indexed peaks', 
1913            id=wxID_INSTCALIB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')           
1914        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
1915            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')           
1916        self.InstEdit.Append(help='Load instrument profile parameters from file', 
1917            id=wxID_INSTLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load profile...')           
1918        self.InstEdit.Append(help='Save instrument profile parameters to file', 
1919            id=wxID_INSTSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save profile...')
1920        self.InstEdit.Append(help='Save all instrument profile parameters to one file', 
1921            id=wxID_INSTSAVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all profile...')           
1922        self.InstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
1923            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
1924        self.InstEdit.Append(id=wxID_INSTFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1925            help='Copy instrument parameter refinement flags to other histograms')
1926#        self.InstEdit.Append(help='Change radiation type (Ka12 - synch)',
1927#            id=wxID_CHANGEWAVETYPE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change radiation')
1928        self.InstEdit.Append(id=wxID_INST1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
1929            help='Set one instrument parameter value across multiple histograms')
1930
1931        self.PostfillDataMenu()
1932       
1933        # PDR / Sample Parameters
1934        self.SampleMenu = wx.MenuBar()
1935        self.PrefillDataMenu(self.SampleMenu,helpType='Sample Parameters')
1936        self.SampleEdit = wx.Menu(title='')
1937        self.SampleMenu.Append(menu=self.SampleEdit, title='Command')
1938        self.SetScale = self.SampleEdit.Append(id=wxID_SETSCALE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set scale',
1939            help='Set scale by matching to another histogram')
1940        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load',
1941            help='Load sample parameters from file')
1942        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLESAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save',
1943            help='Save sample parameters to file')
1944        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1945            help='Copy refinable and most other sample parameters to other histograms')
1946        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPYSOME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected...',
1947            help='Copy selected sample parameters to other histograms')
1948        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLEFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1949            help='Copy sample parameter refinement flags to other histograms')
1950        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLE1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
1951            help='Set one sample parameter value across multiple histograms')
1952        self.SampleEdit.Append(id=wxID_ALLSAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load all',
1953            help='Load sample parmameters over multiple histograms')
1954
1955        self.PostfillDataMenu()
1956        self.SetScale.Enable(False)
1957
1958        # PDR / Peak List
1959        self.PeakMenu = wx.MenuBar()
1960        self.PrefillDataMenu(self.PeakMenu,helpType='Peak List')
1961        self.PeakEdit = wx.Menu(title='')
1962        self.PeakMenu.Append(menu=self.PeakEdit, title='Peak Fitting')
1963        self.peaksSel = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
1964            help='Set refinement flags for selected peaks',
1965            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1966            text='Set sel. ref flags...')
1967        self.peaksAll = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
1968            help='Set refinement flags for all peaks',
1969            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1970            text='Set all ref flags...')
1971        self.AutoSearch = self.PeakEdit.Append(help='Automatic peak search', 
1972            id=wxID_AUTOSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto search')
1973        self.UnDo = self.PeakEdit.Append(help='Undo last least squares refinement', 
1974            id=wxID_UNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='UnDo')
1975        self.PeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit', 
1976            help='Peak fitting' )
1977        self.PFOneCycle = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQONECYCLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit one cycle', 
1978            help='One cycle of Peak fitting' )
1979        self.PeakEdit.Append(id=wxID_RESETSIGGAM, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
1980            text='Reset sig and gam',help='Reset sigma and gamma to global fit' )
1981        self.PeakCopy = self.PeakEdit.Append(help='Copy peaks to other histograms', 
1982            id=wxID_PEAKSCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peak copy')
1983        self.SeqPeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_SEQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Seq PeakFit', 
1984            help='Sequential Peak fitting for all histograms' )
1985        self.PeakEdit.Append(id=wxID_CLEARPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
1986            help='Clear the peak list' )
1987        self.movePeak = self.PeakEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected peak',
1988            help='Select a peak in the table, then use this to move it with the mouse.')
1989        self.PostfillDataMenu()
1990        self.UnDo.Enable(False)
1991        self.PeakFit.Enable(False)
1992        self.PFOneCycle.Enable(False)
1993        self.AutoSearch.Enable(True)
1994       
1995        # PDR / Index Peak List
1996        self.IndPeaksMenu = wx.MenuBar()
1997        self.PrefillDataMenu(self.IndPeaksMenu,helpType='Index Peak List')
1998        self.IndPeaksEdit = wx.Menu(title='')
1999        self.IndPeaksMenu.Append(menu=self.IndPeaksEdit,title='Operations')
2000        self.IndPeaksEdit.Append(help='Load/Reload index peaks from peak list',id=wxID_INDXRELOAD, 
2001            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load/Reload')
2002        self.PostfillDataMenu()
2003       
2004        # PDR / Unit Cells List
2005        self.IndexMenu = wx.MenuBar()
2006        self.PrefillDataMenu(self.IndexMenu,helpType='Unit Cells List')
2007        self.IndexEdit = wx.Menu(title='')
2008        self.IndexMenu.Append(menu=self.IndexEdit, title='Cell Index/Refine')
2009        self.IndexPeaks = self.IndexEdit.Append(help='', id=wxID_INDEXPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2010            text='Index Cell')
2011        self.CopyCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_COPYCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Cell', 
2012            help='Copy selected unit cell from indexing to cell refinement fields')
2013        self.RefineCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_REFINECELL, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
2014            text='Refine Cell',help='Refine unit cell parameters from indexed peaks')
2015        self.MakeNewPhase = self.IndexEdit.Append( id=wxID_MAKENEWPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2016            text='Make new phase',help='Make new phase from selected unit cell')
2017        self.ExportCells = self.IndexEdit.Append( id=wxID_EXPORTCELLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2018            text='Export cell list',help='Export cell list to csv file')
2019        self.PostfillDataMenu()
2020        self.IndexPeaks.Enable(False)
2021        self.CopyCell.Enable(False)
2022        self.RefineCell.Enable(False)
2023        self.MakeNewPhase.Enable(False)
2024       
2025        # PDR / Reflection Lists
2026        self.ReflMenu = wx.MenuBar()
2027        self.PrefillDataMenu(self.ReflMenu,helpType='Reflection List')
2028        self.ReflEdit = wx.Menu(title='')
2029        self.ReflMenu.Append(menu=self.ReflEdit, title='Reflection List')
2030        self.SelectPhase = self.ReflEdit.Append(help='Select phase for reflection list',id=wxID_SELECTPHASE, 
2031            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase')
2032        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWDHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot HKLs',
2033            help='Plot HKLs from powder pattern')
2034        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
2035            help='Plot HKLs from powder pattern in 3D')
2036        self.PostfillDataMenu()
2037       
2038        # SASD / Instrument Parameters
2039        self.SASDInstMenu = wx.MenuBar()
2040        self.PrefillDataMenu(self.SASDInstMenu,helpType='Instrument Parameters')
2041        self.SASDInstEdit = wx.Menu(title='')
2042        self.SASDInstMenu.Append(menu=self.SASDInstEdit, title='Operations')
2043        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
2044            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')
2045        self.SASDInstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
2046            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
2047        self.PostfillDataMenu()
2048       
2049        #SASD & REFL/ Substance editor
2050        self.SubstanceMenu = wx.MenuBar()
2051        self.PrefillDataMenu(self.SubstanceMenu,helpType='Substances')
2052        self.SubstanceEdit = wx.Menu(title='')
2053        self.SubstanceMenu.Append(menu=self.SubstanceEdit, title='Edit substance')
2054        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_LOADSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load substance',
2055            help='Load substance from file')
2056        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ADDSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add substance',
2057            help='Add new substance to list')
2058        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_COPYSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy substances',
2059            help='Copy substances')
2060        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_DELETESUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete substance',
2061            help='Delete substance from list')           
2062        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add elements',
2063            help='Add elements to substance')
2064        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete elements',
2065            help='Delete elements from substance')
2066        self.PostfillDataMenu()
2067       
2068        # SASD/ Models
2069        self.ModelMenu = wx.MenuBar()
2070        self.PrefillDataMenu(self.ModelMenu,helpType='Models')
2071        self.ModelEdit = wx.Menu(title='')
2072        self.ModelMenu.Append(menu=self.ModelEdit, title='Models')
2073        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELADD,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add',
2074            help='Add new term to model')
2075        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit',
2076            help='Fit model parameters to data')
2077        self.SasdUndo = self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELUNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Undo',
2078            help='Undo model fit')
2079        self.SasdUndo.Enable(False)           
2080        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFITALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequential fit',
2081            help='Sequential fit of model parameters to all SASD data')
2082        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
2083            help='Copy model parameters to other histograms')
2084        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2085            help='Copy model refinement flags to other histograms')
2086        self.PostfillDataMenu()
2087       
2088        # IMG / Image Controls
2089        self.ImageMenu = wx.MenuBar()
2090        self.PrefillDataMenu(self.ImageMenu,helpType='Image Controls')
2091        self.ImageEdit = wx.Menu(title='')
2092        self.ImageMenu.Append(menu=self.ImageEdit, title='Operations')
2093        self.ImageEdit.Append(help='Calibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2094            id=wxID_IMCALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')
2095        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2096            id=wxID_IMRECALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate')
2097        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate all images by fitting to calibrant lines', 
2098            id=wxID_IMRECALIBALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate all')           
2099        self.ImageEdit.Append(help='Clear calibration data points and rings',id=wxID_IMCLEARCALIB, 
2100            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear calibration')
2101        self.ImageEdit.Append(help='Integrate selected image',id=wxID_IMINTEGRATE, 
2102            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate')
2103        self.ImageEdit.Append(help='Integrate all images selected from list',id=wxID_INTEGRATEALL,
2104            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate all')
2105        self.ImageEdit.Append(help='Copy image controls to other images', 
2106            id=wxID_IMCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Controls')
2107        self.ImageEdit.Append(help='Copy selected image controls to other images', 
2108            id=wxID_IMCOPYSELECTED, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Selected')
2109        self.ImageEdit.Append(help='Save image controls to file', 
2110            id=wxID_IMSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Controls')
2111        self.ImageEdit.Append(help='Save controls from selected images to file', 
2112            id=wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Multiple Controls')
2113        self.ImageEdit.Append(help='Load image controls from file', 
2114            id=wxID_IMLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load Controls')
2115        self.ImageEdit.Append(help='Open Auto-integration window to integrate a series of images', 
2116            id=wxID_IMAUTOINTEG, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto Integrate')
2117        self.PostfillDataMenu()
2118           
2119        # IMG / Masks
2120        self.MaskMenu = wx.MenuBar()
2121        self.PrefillDataMenu(self.MaskMenu,helpType='Image Masks')
2122        self.MaskEdit = wx.Menu(title='')
2123        self.MaskMenu.Append(menu=self.MaskEdit, title='Operations')
2124        submenu = wx.Menu()
2125        self.MaskEdit.AppendMenu(
2126            wx.ID_ANY,'Create new', submenu,
2127            help=''
2128            )
2129        self.MaskEdit.Append(help='Copy mask to other images', 
2130            id=wxID_MASKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy mask')
2131        self.MaskEdit.Append(help='Save mask to file', 
2132            id=wxID_MASKSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save mask')
2133        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file', 
2134            id=wxID_MASKLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask')
2135        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file; ignore threshold', 
2136            id=wxID_MASKLOADNOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask w/o threshold')
2137        submenu.Append(help='Create an arc mask with mouse input', 
2138            id=wxID_NEWMASKARC, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Arc mask')
2139        submenu.Append(help='Create a frame mask with mouse input', 
2140            id=wxID_NEWMASKFRAME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Frame mask')
2141        submenu.Append(help='Create a polygon mask with mouse input', 
2142            id=wxID_NEWMASKPOLY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Polygon mask')
2143        submenu.Append(help='Create a ring mask with mouse input', 
2144            id=wxID_NEWMASKRING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Ring mask')
2145        submenu.Append(help='Create a spot mask with mouse input', 
2146            id=wxID_NEWMASKSPOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Spot mask')
2147        self.PostfillDataMenu()
2148           
2149        # IMG / Stress/Strain
2150        self.StrStaMenu = wx.MenuBar()
2151        self.PrefillDataMenu(self.StrStaMenu,helpType='Stress/Strain')
2152        self.StrStaEdit = wx.Menu(title='')
2153        self.StrStaMenu.Append(menu=self.StrStaEdit, title='Operations')
2154        self.StrStaEdit.Append(help='Append d-zero for one ring', 
2155            id=wxID_APPENDDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append d-zero')
2156        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data', 
2157            id=wxID_STRSTAFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit stress/strain')
2158        self.StrStaEdit.Append(help='Plot intensity distribution', 
2159            id=wxID_STRSTAPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot intensity distribution')
2160        self.StrStaEdit.Append(help='Update d-zero from ave d-zero',
2161            id=wxID_UPDATEDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update d-zero')       
2162        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data for all images', 
2163            id=wxID_STRSTAALLFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='All image fit')
2164        self.StrStaEdit.Append(help='Copy stress/strain data to other images', 
2165            id=wxID_STRSTACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy stress/strain')
2166        self.StrStaEdit.Append(help='Save stress/strain data to file', 
2167            id=wxID_STRSTASAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save stress/strain')
2168        self.StrStaEdit.Append(help='Load stress/strain data from file', 
2169            id=wxID_STRSTALOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load stress/strain')
2170        self.StrStaEdit.Append(help='Load sample data from file', 
2171            id=wxID_STRSTSAMPLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load sample data')
2172        self.PostfillDataMenu()
2173           
2174        # PDF / PDF Controls
2175        self.PDFMenu = wx.MenuBar()
2176        self.PrefillDataMenu(self.PDFMenu,helpType='PDF Controls')
2177        self.PDFEdit = wx.Menu(title='')
2178        self.PDFMenu.Append(menu=self.PDFEdit, title='PDF Controls')
2179        self.PDFEdit.Append(help='Add element to sample composition',id=wxID_PDFADDELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2180            text='Add element')
2181        self.PDFEdit.Append(help='Delete element from sample composition',id=wxID_PDFDELELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2182            text='Delete element')
2183        self.PDFEdit.Append(help='Copy PDF controls', id=wxID_PDFCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2184            text='Copy controls')
2185        self.PDFEdit.Append(help='Load PDF controls from file',id=wxID_PDFLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2186            text='Load Controls')
2187        self.PDFEdit.Append(help='Save PDF controls to file', id=wxID_PDFSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2188            text='Save controls')
2189        self.PDFEdit.Append(help='Compute PDF', id=wxID_PDFCOMPUTE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2190            text='Compute PDF')
2191        self.PDFEdit.Append(help='Compute all PDFs', id=wxID_PDFCOMPUTEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2192            text='Compute all PDFs')
2193        self.PostfillDataMenu()
2194       
2195        # Phase / General tab
2196        self.DataGeneral = wx.MenuBar()
2197        self.PrefillDataMenu(self.DataGeneral,helpType='General', helpLbl='Phase/General')
2198        self.DataGeneral.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2199        self.GeneralCalc = wx.Menu(title='')
2200        self.DataGeneral.Append(menu=self.GeneralCalc,title='Compute')
2201        self.GeneralCalc.Append(help='Compute Fourier map',id=wxID_FOURCALC, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2202            text='Fourier map')
2203        self.GeneralCalc.Append(help='Search Fourier map',id=wxID_FOURSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2204            text='Search map')
2205        self.GeneralCalc.Append(help='Run charge flipping',id=wxID_CHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2206            text='Charge flipping')
2207        self.GeneralCalc.Append(help='Run 4D charge flipping',id=wxID_4DCHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2208            text='4D Charge flipping')
2209        self.GeneralCalc.Enable(wxID_4DCHARGEFLIP,False)   
2210        self.GeneralCalc.Append(help='Clear map',id=wxID_FOURCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2211            text='Clear map')
2212        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing',id=wxID_SINGLEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2213            text='MC/SA')
2214        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing on multiprocessors',id=wxID_MULTIMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2215            text='Multi MC/SA')            #currently not useful
2216        self.GeneralCalc.Append(help='Transform crystal structure',id=wxID_TRANSFORMSTRUCTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2217            text='Transform')
2218        self.PostfillDataMenu()
2219       
2220        # Phase / Data tab
2221        self.DataMenu = wx.MenuBar()
2222        self.PrefillDataMenu(self.DataMenu,helpType='Data', helpLbl='Phase/Data')
2223        self.DataMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2224        self.DataEdit = wx.Menu(title='')
2225        self.DataMenu.Append(menu=self.DataEdit, title='Edit Phase')
2226        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy data',
2227            help='Copy phase data to other histograms')
2228        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2229            help='Copy phase data flags to other histograms')
2230        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATASELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected data',
2231            help='Copy selected phase data to other histograms')
2232        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATAUSE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select used data',
2233            help='Select all histograms to use')
2234        self.DataEdit.Append(id=wxID_PWDRADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add powder histograms',
2235            help='Select new powder histograms to be used for this phase')
2236        self.DataEdit.Append(id=wxID_HKLFADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add single crystal histograms',
2237            help='Select new single crystal histograms to be used for this phase')
2238        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove histograms',
2239            help='Remove histograms from use for this phase')
2240        self.PostfillDataMenu()
2241           
2242        # Phase / Atoms tab
2243        self.AtomsMenu = wx.MenuBar()
2244        self.PrefillDataMenu(self.AtomsMenu,helpType='Atoms')
2245        self.AtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2246        self.AtomEdit = wx.Menu(title='')
2247        self.AtomCompute = wx.Menu(title='')
2248        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomEdit, title='Edit Atoms')
2249        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomCompute, title='Compute')
2250        submenu = wx.Menu()
2251        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Atoms selection...', submenu, 
2252            help='Set/Act on selected atoms')
2253        submenu.Append(wxID_ATOMSSETSEL,
2254            help='Set refinement flags for selected atoms',
2255            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2256            text='Refine selected')
2257        submenu.Append(id=wxID_ATOMSMODIFY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Modify parameters',
2258            help='Modify parameters values for all selected atoms')
2259        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert atom',
2260            help='Inserts an H atom before all selected atoms')
2261        submenu.Append(id=wxID_ADDHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc H atoms',
2262            help='Insert H atoms in expected bonding positions for selected atoms')
2263        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atom',
2264            help='Delete selected atoms')
2265        submenu.Append(id=wxID_ATOMSTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform atoms',
2266            help='Symmetry transform selected atoms')
2267#        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSROTATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rotate atoms',
2268#            help='Select atoms to rotate first')
2269        submenu.Append(wxID_ATOMSSETALL,
2270            help='Set refinement flags for all atoms',
2271            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2272            text='Select All')
2273       
2274        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSEDITADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append atom',
2275            help='Appended as an H atom')
2276        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSVIEWADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append view point',
2277            help='Appended as an H atom')
2278        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMVIEWINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert view point',
2279            help='Select atom row to insert before; inserted as an H atom')
2280        self.AtomEdit.Append(id=wxID_UPDATEHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update H atoms',
2281            help='Update H atoms in standard positions')
2282        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected atom to view point',
2283            help='Select a single atom to be moved to view point in plot')
2284        self.AtomEdit.Append(id=wxID_MAKEMOLECULE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assemble molecule',
2285            help='Select a single atom to assemble as a molecule from scattered atom positions')
2286        self.AtomEdit.Append(id=wxID_RELOADDRAWATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reload draw atoms',
2287            help='Reload atom drawing list')
2288        submenu = wx.Menu()
2289        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Reimport atoms', submenu, 
2290            help='Reimport atoms from file; sequence must match')
2291        # setup a cascade menu for the formats that have been defined
2292        self.ReImportMenuId = {}  # points to readers for each menu entry
2293        for reader in self.G2frame.ImportPhaseReaderlist:
2294            item = submenu.Append(
2295                wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
2296                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='reimport coordinates from '+reader.formatName+' file')
2297            self.ReImportMenuId[item.GetId()] = reader
2298        item = submenu.Append(
2299            wx.ID_ANY,
2300            help='Reimport coordinates, try to determine format from file',
2301            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2302            text='guess format from file')
2303        self.ReImportMenuId[item.GetId()] = None # try all readers
2304
2305        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show Distances && Angles',
2306            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2307        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSPDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Distances && Angles',
2308            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2309        self.AtomCompute.ISOcalc = self.AtomCompute.Append(
2310            id=wxID_ISODISP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2311            text='ISODISTORT mode values',
2312            help='Compute values of ISODISTORT modes from atom parameters')
2313        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDENSITY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2314            text='Density',
2315            help='Compute density for current phase')
2316        self.PostfillDataMenu()
2317       
2318        # Phase / Imcommensurate "waves" tab
2319        self.WavesData = wx.MenuBar()
2320        self.PrefillDataMenu(self.WavesData,helpType='Wave Data', helpLbl='Imcommensurate wave data')
2321        self.WavesData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2322        self.WavesDataEdit = wx.Menu(title='')
2323        self.WavesData.Append(menu=self.WavesDataEdit, title='Edit Wave')
2324        self.WavesDataEdit.Append(id=wxID_WAVEVARY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global wave vary',
2325            help='Global setting of wave vary flags')
2326        self.PostfillDataMenu()
2327       
2328        # Phase / Layer tab
2329        self.LayerData = wx.MenuBar()
2330        self.PrefillDataMenu(self.LayerData,helpType='Layer Data', helpLbl='Stacking fault layers')
2331        self.LayerData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2332        self.LayerDataEdit = wx.Menu(title='')
2333        self.LayerData.Append(menu=self.LayerDataEdit, title='Operations')
2334        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LOADDIFFAX, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load from DIFFaX file',
2335            help='Load layer info from DIFFaX file')
2336        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_COPYPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy phase cell',
2337            help='Copy phase cell from another project')
2338        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate pattern',
2339            help='Simulate diffraction pattern from layer stacking')
2340        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_SEQUENCESIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequence simulations',
2341            help='Sequence simulation changing one parameter')
2342        self.PostfillDataMenu()
2343                 
2344        # Phase / Draw Options tab
2345        self.DataDrawOptions = wx.MenuBar()
2346        self.PrefillDataMenu(self.DataDrawOptions,helpType='Draw Options', helpLbl='Phase/Draw Options')
2347        self.DataDrawOptions.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2348        self.PostfillDataMenu()
2349       
2350        # Phase / Draw Atoms tab
2351        self.DrawAtomsMenu = wx.MenuBar()
2352        self.PrefillDataMenu(self.DrawAtomsMenu,helpType='Draw Atoms')
2353        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2354        self.DrawAtomEdit = wx.Menu(title='')
2355        self.DrawAtomCompute = wx.Menu(title='')
2356        self.DrawAtomRestraint = wx.Menu(title='')
2357        self.DrawAtomRigidBody = wx.Menu(title='')
2358        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomEdit, title='Edit Figure')
2359        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomCompute,title='Compute')
2360        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRestraint, title='Restraints')
2361        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRigidBody, title='Rigid body')
2362        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMSTYLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom style',
2363            help='Select atoms first')
2364        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMLABEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom label',
2365            help='Select atoms first')
2366        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom color',
2367            help='Select atoms first')
2368        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset atom colors',
2369            help='Resets all atom colors to defaults')
2370        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWVIEWPOINT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2371            help='View point is 1st atom selected')
2372        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDEQUIV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atoms',
2373            help='Add symmetry & cell equivalents to drawing set from selected atoms')
2374        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDSPHERE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add sphere of atoms',
2375            help='Add atoms within sphere of enclosure')
2376        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform draw atoms',
2377            help='Transform selected atoms by symmetry & cell translations')
2378        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCOORD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill CN-sphere',
2379            help='Fill coordination sphere for selected atoms')           
2380        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill unit cell',
2381            help='Fill unit cell with selected atoms')
2382        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atoms',
2383            help='Delete atoms from drawing set')
2384        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2385            help='Compute distance of selected atoms from view point')   
2386        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISAGLTOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Dist. Ang. Tors.',
2387            help='Compute distance, angle or torsion for 2-4 selected atoms')   
2388        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Best plane',
2389            help='Compute best plane for 4+ selected atoms')   
2390        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRBOND, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add bond restraint',
2391            help='Add bond restraint for selected atoms (2)')
2392        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add angle restraint',
2393            help='Add angle restraint for selected atoms (3: one end 1st)')
2394        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add plane restraint',
2395            help='Add plane restraint for selected atoms (4+)')
2396        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRCHIRAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add chiral restraint',
2397            help='Add chiral restraint for selected atoms (4: center atom 1st)')
2398        self.DrawAtomRigidBody.Append(id=wxID_DRAWDEFINERB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define rigid body',
2399            help='Define rigid body with selected atoms')
2400        self.PostfillDataMenu()
2401
2402        # Phase / MCSA tab
2403        self.MCSAMenu = wx.MenuBar()
2404        self.PrefillDataMenu(self.MCSAMenu,helpType='MC/SA')
2405        self.MCSAMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2406        self.MCSAEdit = wx.Menu(title='')
2407        self.MCSAMenu.Append(menu=self.MCSAEdit, title='MC/SA')
2408        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSAATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atom', 
2409            help='Add single atom to MC/SA model')
2410        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body', 
2411            help='Add rigid body to MC/SA model' )
2412        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_CLEARMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear rigid bodies', 
2413            help='Clear all atoms & rigid bodies from MC/SA model' )
2414        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MOVEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move MC/SA solution', 
2415            help='Move MC/SA solution to atom list' )
2416        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MCSACLEARRESULTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear results', 
2417            help='Clear table of MC/SA results' )
2418        self.PostfillDataMenu()
2419           
2420        # Phase / Texture tab
2421        self.TextureMenu = wx.MenuBar()
2422        self.PrefillDataMenu(self.TextureMenu,helpType='Texture')
2423        self.TextureMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2424        self.TextureEdit = wx.Menu(title='')
2425        self.TextureMenu.Append(menu=self.TextureEdit, title='Texture')
2426        self.TextureEdit.Append(id=wxID_REFINETEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Refine texture', 
2427            help='Refine the texture coefficients from sequential results')
2428#        self.TextureEdit.Append(id=wxID_CLEARTEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear texture',
2429#            help='Clear the texture coefficients' )
2430        self.PostfillDataMenu()
2431           
2432        # Phase / Pawley tab
2433        self.PawleyMenu = wx.MenuBar()
2434        self.PrefillDataMenu(self.PawleyMenu,helpType='Pawley')
2435        self.PawleyMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2436        self.PawleyEdit = wx.Menu(title='')
2437        self.PawleyMenu.Append(menu=self.PawleyEdit,title='Operations')
2438        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley create',
2439            help='Initialize Pawley reflection list')
2440        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYESTIMATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley estimate',
2441            help='Estimate initial Pawley intensities')
2442        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYUPDATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley update',
2443            help='Update negative Pawley intensities with -0.5*Fobs and turn off refinement')
2444        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select all',
2445            help='Select all reflections to be refined')
2446        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELNONE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select none',
2447            help='Set flag for all reflections for no refinement')
2448        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELTOGGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Toggle Selection',
2449            help='Toggle Selection flag for all reflections to opposite setting')
2450        self.PostfillDataMenu()
2451           
2452        # Phase / Map peaks tab
2453        self.MapPeaksMenu = wx.MenuBar()
2454        self.PrefillDataMenu(self.MapPeaksMenu,helpType='Map peaks')
2455        self.MapPeaksMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2456        self.MapPeaksEdit = wx.Menu(title='')
2457        self.MapPeaksMenu.Append(menu=self.MapPeaksEdit, title='Map peaks')
2458        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks', 
2459            help='Move selected peaks to atom list')
2460        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSVIEWPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2461            help='View point is 1st peak selected')
2462        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2463            help='Compute distance of selected peaks from view point')   
2464        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_SHOWBONDS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Hide bonds',
2465            help='Hide or show bonds between peak positions')   
2466        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc dist/ang', 
2467            help='Calculate distance or angle for selection')
2468        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_FINDEQVPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Equivalent peaks', 
2469            help='Find equivalent peaks')
2470        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSUNIQUE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Unique peaks', 
2471            help='Select unique set')
2472        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete peaks', 
2473            help='Delete selected peaks')
2474        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
2475            help='Clear the map peak list')
2476        self.PostfillDataMenu()
2477
2478        # Phase / Rigid bodies tab
2479        self.RigidBodiesMenu = wx.MenuBar()
2480        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodiesMenu,helpType='Rigid bodies')
2481        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2482        self.RigidBodiesEdit = wx.Menu(title='')
2483        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=self.RigidBodiesEdit, title='Edit Body')
2484        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_ASSIGNATMS2RB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assign atoms to rigid body',
2485            help='Select & position rigid body in structure of existing atoms')
2486        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_AUTOFINDRESRB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto find residues',
2487            help='Auto find of residue RBs in macromolecule')
2488        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_COPYRBPARMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy rigid body parms',
2489            help='Copy rigid body location & TLS parameters')
2490        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALTHERM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global thermal motion',
2491            help='Global setting of residue thermal motion models')
2492        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALRESREFINE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global residue refine',
2493            help='Global setting of residue RB refinement flags')
2494        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_RBREMOVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove all rigid bodies',
2495            help='Remove all rigid body assignment for atoms')
2496        self.PostfillDataMenu()
2497    # end of GSAS-II menu definitions
2498       
2499    def _init_ctrls(self, parent,name=None,size=None,pos=None):
2500        wx.Frame.__init__(
2501            self,parent=parent,
2502            #style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX | wx.FRAME_FLOAT_ON_PARENT ,
2503            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX,
2504            size=size,pos=pos,title='GSAS-II data display')
2505        self._init_menus()
2506        if name:
2507            self.SetLabel(name)
2508        self.Show()
2509       
2510    def __init__(self,parent,frame,data=None,name=None, size=None,pos=None):
2511        self.G2frame = frame
2512        self._init_ctrls(parent,name,size,pos)
2513        self.data = data
2514        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2515        Size = self.GetSize()
2516        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2517        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]+250))
2518        self.AtomGrid = []
2519        self.selectedRow = 0
2520       
2521    def setSizePosLeft(self,Width):
2522        Width = list(Width)
2523        Pos = self.GetPosition()
2524        lastSize = self.G2frame.lastSize
2525        clientSize = wx.ClientDisplayRect()     #display window size (e.g. 1304x768)
2526        Width[1] = min(Width[1],clientSize[2]-300)
2527        Width[0] = max(Width[0],300)
2528        self.SetSize(Width)
2529        if lastSize[0]:
2530            Pos[0] += lastSize[0]-Width[0]
2531        offSet = 0
2532        if Pos[0] < clientSize[2]:
2533            offSet = Pos[0]+Width[0]-clientSize[2]
2534        if offSet > 0:
2535            Pos[0] -= offSet
2536        self.SetPosition(wx.Point(Pos[0],Pos[1]))
2537        self.G2frame.lastSize = Width
2538       
2539    def Clear(self):
2540        self.ClearBackground()
2541        self.DestroyChildren()
2542                   
2543
2544################################################################################
2545#####  Notebook Tree Item editor
2546################################################################################                 
2547def UpdateNotebook(G2frame,data):
2548    '''Called when the data tree notebook entry is selected. Allows for
2549    editing of the text in that tree entry
2550    '''
2551    def OnNoteBook(event):
2552        event.Skip()
2553        data = G2frame.dataDisplay.GetValue().split('\n')
2554        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Notebook'),data)
2555        if 'nt' not in os.name:
2556            G2frame.dataDisplay.AppendText('\n')
2557                   
2558    if G2frame.dataDisplay:
2559        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2560    G2frame.dataFrame.SetLabel('Notebook')
2561    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2562        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_PROCESS_ENTER | wx.TE_DONTWRAP)
2563    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnNoteBook)
2564    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnNoteBook)
2565    for line in data:
2566        G2frame.dataDisplay.AppendText(line+"\n")
2567    G2frame.dataDisplay.AppendText('Notebook entry @ '+time.ctime()+"\n")
2568    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2569           
2570################################################################################
2571#####  Controls Tree Item editor
2572################################################################################           
2573def UpdateControls(G2frame,data):
2574    '''Edit overall GSAS-II controls in main Controls data tree entry
2575    '''
2576    #patch
2577    if 'deriv type' not in data:
2578        data = {}
2579        data['deriv type'] = 'analytic Hessian'
2580        data['min dM/M'] = 0.0001
2581        data['shift factor'] = 1.
2582        data['max cyc'] = 3       
2583        data['F**2'] = False
2584    if 'shift factor' not in data:
2585        data['shift factor'] = 1.
2586    if 'max cyc' not in data:
2587        data['max cyc'] = 3
2588    if 'F**2' not in data:
2589        data['F**2'] = False
2590    if 'Author' not in data:
2591        data['Author'] = 'no name'
2592    if 'FreePrm1' not in data:
2593        data['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
2594    if 'FreePrm2' not in data:
2595        data['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
2596    if 'FreePrm3' not in data:
2597        data['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
2598    if 'Copy2Next' not in data:
2599        data['Copy2Next'] = False
2600    if 'Reverse Seq' not in data:
2601        data['Reverse Seq'] = False
2602    if 'UsrReject' not in data:
2603        data['UsrReject'] = {'minF/sig':0,'MinExt':0.01,'MaxDF/F':20.,'MaxD':500.,'MinD':0.05}
2604    if 'HatomFix' not in data:
2605        data['HatomFix'] = False
2606    if 'Marquardt' not in data:
2607        data['Marquardt'] = -3
2608   
2609    #end patch
2610
2611    def SeqSizer():
2612       
2613        def OnSelectData(event):
2614            choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['PWDR','HKLF',])
2615            sel = []
2616            try:
2617                if 'Seq Data' in data:
2618                    for item in data['Seq Data']:
2619                        sel.append(choices.index(item))
2620                    sel = [choices.index(item) for item in data['Seq Data']]
2621            except ValueError:  #data changed somehow - start fresh
2622                sel = []
2623            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential refinement',
2624                'Select dataset to include',choices)
2625            dlg.SetSelections(sel)
2626            names = []
2627            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2628                for sel in dlg.GetSelections():
2629                    names.append(choices[sel])
2630                data['Seq Data'] = names               
2631                G2frame.EnableSeqRefineMenu()
2632            dlg.Destroy()
2633            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2634           
2635        def OnReverse(event):
2636            data['Reverse Seq'] = reverseSel.GetValue()
2637           
2638        def OnCopySel(event):
2639            data['Copy2Next'] = copySel.GetValue() 
2640                   
2641        seqSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2642        dataSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2643        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Sequential Refinement: '),0,WACV)
2644        selSeqData = wx.Button(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Select data')
2645        selSeqData.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnSelectData)
2646        dataSizer.Add(selSeqData,0,WACV)
2647        SeqData = data.get('Seq Data',[])
2648        if not SeqData:
2649            lbl = ' (no data selected)'
2650        else:
2651            lbl = ' ('+str(len(SeqData))+' dataset(s) selected)'
2652
2653        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=lbl),0,WACV)
2654        seqSizer.Add(dataSizer,0)
2655        if SeqData:
2656            selSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2657            reverseSel = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Reverse order?')
2658            reverseSel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnReverse)
2659            reverseSel.SetValue(data['Reverse Seq'])
2660            selSizer.Add(reverseSel,0,WACV)
2661            copySel =  wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Copy results to next histogram?')
2662            copySel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnCopySel)
2663            copySel.SetValue(data['Copy2Next'])
2664            selSizer.Add(copySel,0,WACV)
2665            seqSizer.Add(selSizer,0)
2666        return seqSizer
2667       
2668    def LSSizer():       
2669       
2670        def OnDerivType(event):
2671            data['deriv type'] = derivSel.GetValue()
2672            derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2673            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2674           
2675        def OnConvergence(event):
2676            event.Skip()
2677            try:
2678                value = max(1.e-9,min(1.0,float(Cnvrg.GetValue())))
2679            except ValueError:
2680                value = 0.0001
2681            data['min dM/M'] = value
2682            Cnvrg.SetValue('%.2g'%(value))
2683           
2684        def OnMaxCycles(event):
2685            data['max cyc'] = int(maxCyc.GetValue())
2686            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2687           
2688        def OnMarqLam(event):
2689            data['Marquardt'] = int(marqLam.GetValue())
2690            marqLam.SetValue(str(data['Marquardt']))
2691                       
2692        def OnFactor(event):
2693            event.Skip()
2694            try:
2695                value = min(max(float(Factr.GetValue()),0.00001),100.)
2696            except ValueError:
2697                value = 1.0
2698            data['shift factor'] = value
2699            Factr.SetValue('%.5f'%(value))
2700           
2701        def OnFsqRef(event):
2702            data['F**2'] = fsqRef.GetValue()
2703           
2704        def OnHatomFix(event):
2705            data['HatomFix'] = Hfix.GetValue()
2706       
2707        def OnUsrRej(event):
2708            event.Skip()
2709            Obj = event.GetEventObject()
2710            item,limits = Indx[Obj]
2711            try:
2712                value = min(max(float(Obj.GetValue()),limits[0]),limits[1])
2713            except ValueError:
2714                value = data['UsrReject'][item]
2715            data['UsrReject'][item] = value
2716            Obj.SetValue('%.2f'%(value))
2717
2718        LSSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,vgap=5,hgap=5)
2719        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement derivatives: '),0,WACV)
2720        Choice=['analytic Jacobian','numeric','analytic Hessian']
2721        derivSel = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['deriv type'],choices=Choice,
2722            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2723        derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2724        derivSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnDerivType)
2725           
2726        LSSizer.Add(derivSel,0,WACV)
2727        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min delta-M/M: '),0,WACV)
2728        Cnvrg = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2g'%(data['min dM/M']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2729        Cnvrg.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnConvergence)
2730        Cnvrg.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnConvergence)
2731        LSSizer.Add(Cnvrg,0,WACV)
2732        Indx = {}
2733        if 'Hessian' in data['deriv type']:
2734            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max cycles: '),0,WACV)
2735            Choice = ['0','1','2','3','5','10','15','20']
2736            maxCyc = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['max cyc']),choices=Choice,
2737                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2738#            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2739            maxCyc.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxCycles)
2740            LSSizer.Add(maxCyc,0,WACV)
2741            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial lambda = 10**'),0,WACV)
2742            MarqChoice = ['-3','-2','-1','0','1','2','3','4']
2743            marqLam = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['Marquardt']),choices=MarqChoice,
2744                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2745            marqLam.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMarqLam)
2746            LSSizer.Add(marqLam,0,WACV)
2747        else:
2748            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial shift factor: '),0,WACV)
2749            Factr = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.5f'%(data['shift factor']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2750            Factr.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFactor)
2751            Factr.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFactor)
2752            LSSizer.Add(Factr,0,WACV)
2753        if G2frame.Sngl:
2754            userReject = data['UsrReject']
2755            usrRej = {'minF/sig':[' Min obs/sig (0-5): ',[0,5], ],'MinExt':[' Min extinct. (0-.9): ',[0,.9],],
2756                'MaxDF/F':[' Max delt-F/sig (3-1000): ',[3.,1000.],],'MaxD':[' Max d-spacing (3-500): ',[3,500],],
2757                'MinD':[' Min d-spacing (0.1-2.0): ',[0.1,2.0],]}
2758
2759            fsqRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Refine HKLF as F^2? ')
2760            fsqRef.SetValue(data['F**2'])
2761            fsqRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnFsqRef)
2762            LSSizer.Add(fsqRef,0,WACV)
2763            LSSizer.Add((1,0),)
2764            for item in usrRej:
2765                LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,label=usrRej[item][0]),0,WACV)
2766                usrrej = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2f'%(userReject[item]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2767                Indx[usrrej] = [item,usrRej[item][1]]
2768                usrrej.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnUsrRej)
2769                usrrej.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnUsrRej)
2770                LSSizer.Add(usrrej,0,WACV)
2771#        Hfix = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Regularize H atoms? ')
2772#        Hfix.SetValue(data['HatomFix'])
2773#        Hfix.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnHatomFix)
2774#        LSSizer.Add(Hfix,0,WACV)   #for now
2775        return LSSizer
2776       
2777    def AuthSizer():
2778
2779        def OnAuthor(event):
2780            event.Skip()
2781            data['Author'] = auth.GetValue()
2782
2783        Author = data['Author']
2784        authSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2785        authSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' CIF Author (last, first):'),0,WACV)
2786        auth = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value=Author,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2787        auth.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnAuthor)
2788        auth.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnAuthor)
2789        authSizer.Add(auth,0,WACV)
2790        return authSizer
2791       
2792       
2793    if G2frame.dataDisplay:
2794        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2795    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2796        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2797        Status.SetStatusText('')
2798    G2frame.dataFrame.SetLabel('Controls')
2799    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
2800    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ControlsMenu)
2801    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2802    mainSizer.Add((5,5),0)
2803    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement Controls:'),0,WACV)   
2804    mainSizer.Add(LSSizer())
2805    mainSizer.Add((5,5),0)
2806    mainSizer.Add(SeqSizer())
2807    mainSizer.Add((5,5),0)
2808    mainSizer.Add(AuthSizer())
2809    mainSizer.Add((5,5),0)
2810       
2811    mainSizer.Layout()   
2812    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2813    G2frame.dataDisplay.SetSize(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
2814    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
2815     
2816################################################################################
2817#####  Comments
2818################################################################################           
2819       
2820def UpdateComments(G2frame,data):                   
2821
2822    if G2frame.dataDisplay:
2823        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2824    G2frame.dataFrame.SetLabel('Comments')
2825    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2826        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY|wx.TE_DONTWRAP)
2827    for line in data:
2828        if '\n' not in line:
2829            G2frame.dataDisplay.AppendText(line+'\n')
2830        else:
2831            G2frame.dataDisplay.AppendText(line)
2832    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2833           
2834################################################################################
2835#####  Display of Sequential Results
2836################################################################################           
2837       
2838def UpdateSeqResults(G2frame,data,prevSize=None):
2839    """
2840    Called when the Sequential Results data tree entry is selected
2841    to show results from a sequential refinement.
2842   
2843    :param wx.Frame G2frame: main GSAS-II data tree windows
2844
2845    :param dict data: a dictionary containing the following items: 
2846
2847            * 'histNames' - list of histogram names in order as processed by Sequential Refinement
2848            * 'varyList' - list of variables - identical over all refinements in sequence
2849              note that this is the original list of variables, prior to processing
2850              constraints.
2851            * 'variableLabels' -- a dict of labels to be applied to each parameter
2852              (this is created as an empty dict if not present in data).
2853            * keyed by histName - dictionaries for all data sets processed, which contains:
2854
2855              * 'variables'- result[0] from leastsq call
2856              * 'varyList' - list of variables passed to leastsq call (not same as above)
2857              * 'sig' - esds for variables
2858              * 'covMatrix' - covariance matrix from individual refinement
2859              * 'title' - histogram name; same as dict item name
2860              * 'newAtomDict' - new atom parameters after shifts applied
2861              * 'newCellDict' - refined cell parameters after shifts to A0-A5 from Dij terms applied'
2862    """
2863
2864    def GetSampleParms():
2865        '''Make a dictionary of the sample parameters are not the same over the
2866        refinement series.
2867        '''
2868        if 'IMG' in histNames[0]:
2869            sampleParmDict = {'Sample load':[],}
2870        else:
2871            sampleParmDict = {'Temperature':[],'Pressure':[],'Time':[],
2872                'FreePrm1':[],'FreePrm2':[],'FreePrm3':[],'Omega':[],
2873                'Chi':[],'Phi':[],'Azimuth':[],}
2874        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
2875            GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
2876        sampleParm = {}
2877        for name in histNames:
2878            if 'IMG' in name:
2879                for item in sampleParmDict:
2880                    sampleParmDict[item].append(data[name]['parmDict'].get(item,0))
2881            else:
2882                Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
2883                sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
2884                for item in sampleParmDict:
2885                    sampleParmDict[item].append(sampleData.get(item,0))
2886        for item in sampleParmDict:
2887            frstValue = sampleParmDict[item][0]
2888            if np.any(np.array(sampleParmDict[item])-frstValue):
2889                if item.startswith('FreePrm'):
2890                    sampleParm[Controls[item]] = sampleParmDict[item]
2891                else:
2892                    sampleParm[item] = sampleParmDict[item]
2893        return sampleParm
2894
2895    def GetColumnInfo(col):
2896        '''returns column label, lists of values and errors (or None) for each column in the table
2897        for plotting. The column label is reformatted from Unicode to MatPlotLib encoding
2898        '''
2899        colName = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
2900        plotName = variableLabels.get(colName,colName)
2901        plotName = plotSpCharFix(plotName)
2902        return plotName,colList[col],colSigs[col]
2903           
2904    def PlotSelect(event):
2905        'Plots a row (covariance) or column on double-click'
2906        cols = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
2907        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2908        if cols:
2909            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2910        elif rows:
2911            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
2912            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
2913        else:
2914            G2frame.ErrorDialog(
2915                'Select row or columns',
2916                'Nothing selected in table. Click on column or row label(s) to plot. N.B. Grid selection can be a bit funky.'
2917                )
2918           
2919    def OnPlotSelSeq(event):
2920        'plot the selected columns or row from menu command'
2921        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2922        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2923        if cols:
2924            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2925        elif rows:
2926            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
2927            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
2928        else:
2929            G2frame.ErrorDialog(
2930                'Select columns',
2931                'No columns or rows selected in table. Click on row or column labels to select fields for plotting.'
2932                )
2933               
2934    def OnAveSelSeq(event):
2935        'average the selected columns from menu command'
2936        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2937        if cols:
2938            for col in cols:
2939                ave = np.mean(GetColumnInfo(col)[1])
2940                sig = np.std(GetColumnInfo(col)[1])
2941                print ' Average for '+G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)+': '+'%.6g'%(ave)+' +/- '+'%.6g'%(sig)
2942        else:
2943            G2frame.ErrorDialog(
2944                'Select columns',
2945                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for averaging.'
2946                )
2947               
2948    def OnRenameSelSeq(event):
2949        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2950        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(c) for c in cols]
2951        newNames = colNames[:]
2952        for i,name in enumerate(colNames):
2953            if name in variableLabels:
2954                newNames[i] = variableLabels[name]
2955        if not cols:
2956            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
2957                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for rename.')
2958            return
2959        dlg = G2G.MultiStringDialog(G2frame.dataDisplay,'Set column names',colNames,newNames)
2960        if dlg.Show():
2961            newNames = dlg.GetValues()           
2962            variableLabels.update(dict(zip(colNames,newNames)))
2963        data['variableLabels'] = variableLabels
2964        dlg.Destroy()
2965        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
2966        G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2967           
2968    def OnReOrgSelSeq(event):
2969        'Reorder the columns'
2970        G2G.GetItemOrder(G2frame,VaryListChanges,vallookup,posdict)   
2971        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
2972
2973    def OnSaveSelSeqCSV(event):
2974        'export the selected columns to a .csv file from menu command'
2975        OnSaveSelSeq(event,csv=True)
2976       
2977    def OnSaveSeqCSV(event):
2978        'export all columns to a .csv file from menu command'
2979        OnSaveSelSeq(event,csv=True,allcols=True)
2980       
2981    def OnSaveSelSeq(event,csv=False,allcols=False):
2982        'export the selected columns to a .txt or .csv file from menu command'
2983        def WriteCSV():
2984            def WriteList(headerItems):
2985                line = ''
2986                for lbl in headerItems:
2987                    if line: line += ','
2988                    line += '"'+lbl+'"'
2989                return line
2990            head = ['name']
2991            for col in cols:
2992                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
2993                # get rid of labels that have Unicode characters
2994                if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in item]): item = '?'
2995                if col in havesig:
2996                    head += [item,'esd-'+item]
2997                else:
2998                    head += [item]
2999            SeqFile.write(WriteList(head)+'\n')
3000            for row,name in enumerate(saveNames):
3001                line = '"'+saveNames[row]+'"'
3002                for col in cols:
3003                    if col in havesig:
3004                        line += ','+str(saveData[col][row])+','+str(saveSigs[col][row])
3005                    else:
3006                        line += ','+str(saveData[col][row])
3007                SeqFile.write(line+'\n')
3008        def WriteSeq():
3009            lenName = len(saveNames[0])
3010            line = %s  '%('name'.center(lenName))
3011            for col in cols:
3012                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3013                if col in havesig:
3014                    line += ' %12s %12s '%(item.center(12),'esd'.center(12))
3015                else:
3016                    line += ' %12s '%(item.center(12))
3017            SeqFile.write(line+'\n')
3018            for row,name in enumerate(saveNames):
3019                line = " '%s' "%(saveNames[row])
3020                for col in cols:
3021                    if col in havesig:
3022                        line += ' %12.6f %12.6f '%(saveData[col][row],saveSigs[col][row])
3023                    else:
3024                        line += ' %12.6f '%saveData[col][row]
3025                SeqFile.write(line+'\n')
3026
3027        # start of OnSaveSelSeq code
3028        if allcols:
3029            cols = range(G2frame.SeqTable.GetNumberCols())
3030        else:
3031            cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3032        nrows = G2frame.SeqTable.GetNumberRows()
3033        if not cols:
3034            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
3035                             'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for output.')
3036            return
3037        saveNames = [G2frame.SeqTable.GetRowLabelValue(r) for r in range(nrows)]
3038        saveData = {}
3039        saveSigs = {}
3040        havesig = []
3041        for col in cols:
3042            name,vals,sigs = GetColumnInfo(col)
3043            saveData[col] = vals
3044            if sigs:
3045                havesig.append(col)
3046                saveSigs[col] = sigs
3047        if csv:
3048            wild = 'CSV output file (*.csv)|*.csv'
3049        else:
3050            wild = 'Text output file (*.txt)|*.txt'
3051        pth = G2G.GetExportPath(G2frame)
3052        dlg = wx.FileDialog(
3053            G2frame,
3054            'Choose text output file for your selection', pth, '', 
3055            wild,wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
3056        try:
3057            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3058                SeqTextFile = dlg.GetPath()
3059                SeqTextFile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,SeqTextFile) 
3060                SeqFile = open(SeqTextFile,'w')
3061                if csv:
3062                    WriteCSV()
3063                else:
3064                    WriteSeq()
3065                SeqFile.close()
3066        finally:
3067            dlg.Destroy()
3068               
3069    def striphist(var,insChar=''):
3070        'strip a histogram number from a var name'
3071        sv = var.split(':')
3072        if len(sv) <= 1: return var
3073        if sv[1]:
3074            sv[1] = insChar
3075        return ':'.join(sv)
3076       
3077    def plotSpCharFix(lbl):
3078        'Change selected unicode characters to their matplotlib equivalent'
3079        for u,p in [
3080            (u'\u03B1',r'$\alpha$'),
3081            (u'\u03B2',r'$\beta$'),
3082            (u'\u03B3',r'$\gamma$'),
3083            (u'\u0394\u03C7',r'$\Delta\chi$'),
3084            ]:
3085            lbl = lbl.replace(u,p)
3086        return lbl
3087   
3088    def SelectXaxis():
3089        'returns a selected column number (or None) as the X-axis selection'
3090        ncols = G2frame.SeqTable.GetNumberCols()
3091        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(r) for r in range(ncols)]
3092        dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(
3093            G2frame.dataDisplay,
3094            'Select x-axis parameter for plot or Cancel for sequence number',
3095            'Select X-axis',
3096            colNames)
3097        try:
3098            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3099                col = dlg.GetSelection()
3100            else:
3101                col = None
3102        finally:
3103            dlg.Destroy()
3104        return col
3105   
3106    def EnablePseudoVarMenus():
3107        'Enables or disables the PseudoVar menu items that require existing defs'
3108        if Controls['SeqPseudoVars']:
3109            val = True
3110        else:
3111            val = False
3112        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxDELSEQVAR,val)
3113        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxEDITSEQVAR,val)
3114
3115    def DelPseudoVar(event):
3116        'Ask the user to select a pseudo var expression to delete'
3117        choices = Controls['SeqPseudoVars'].keys()
3118        selected = G2G.ItemSelector(
3119            choices,G2frame.dataFrame,
3120            multiple=True,
3121            title='Select expressions to remove',
3122            header='Delete expression')
3123        if selected is None: return
3124        for item in selected:
3125            del Controls['SeqPseudoVars'][choices[item]]
3126        if selected:
3127            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3128
3129    def EditPseudoVar(event):
3130        'Edit an existing pseudo var expression'
3131        choices = Controls['SeqPseudoVars'].keys()
3132        if len(choices) == 1:
3133            selected = 0
3134        else:
3135            selected = G2G.ItemSelector(
3136                choices,G2frame.dataFrame,
3137                multiple=False,
3138                title='Select an expression to edit',
3139                header='Edit expression')
3140        if selected is not None:
3141            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3142                G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3143                Controls['SeqPseudoVars'][choices[selected]],
3144                header="Edit the PseudoVar expression",
3145                VarLabel="PseudoVar #"+str(selected+1),
3146                fit=False)
3147            newobj = dlg.Show(True)
3148            if newobj:
3149                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3150                del Controls['SeqPseudoVars'][choices[selected]]
3151                Controls['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = newobj
3152                UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3153       
3154    def AddNewPseudoVar(event):
3155        'Create a new pseudo var expression'
3156        dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3157            G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3158            header='Enter an expression for a PseudoVar here',
3159            VarLabel = "New PseudoVar",
3160            fit=False)
3161        obj = dlg.Show(True)
3162        dlg.Destroy()
3163        if obj:
3164            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3165            Controls['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = obj
3166            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3167           
3168    def AddNewDistPseudoVar(event):
3169        obj = None
3170        dlg = G2exG.BondDialog(
3171            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3172            header='Select a Bond here',
3173            VarLabel = "New Bond")
3174        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3175            pName,Oatom,Tatom = dlg.GetSelection()
3176            if Tatom:
3177                Phase = Phases[pName]
3178                General = Phase['General']
3179                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3180                pId = Phase['pId']
3181                SGData = General['SGData']
3182                sB = Tatom.find('(')+1
3183                symNo = 0
3184                if sB:
3185                    sF = Tatom.find(')')
3186                    symNo = int(Tatom[sB:sF])
3187                cellNo = [0,0,0]
3188                cB = Tatom.find('[')
3189                if cB>0:
3190                    cF = Tatom.find(']')+1
3191                    cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3192                Atoms = Phase['Atoms']
3193                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3194                oId = aNames.index(Oatom)
3195                tId = aNames.index(Tatom.split(' +')[0])
3196                # create an expression object
3197                obj = G2obj.ExpressionObj()
3198                obj.expression = 'Dist(%s,\n%s)'%(Oatom,Tatom.split(' d=')[0].replace(' ',''))
3199                obj.distance_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNo,'cellNo':cellNo}
3200                obj.distance_atoms = [oId,tId]
3201        else: 
3202            dlg.Destroy()
3203            return
3204        dlg.Destroy()
3205        if obj:
3206            Controls['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3207            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3208
3209    def AddNewAnglePseudoVar(event):
3210        obj = None
3211        dlg = G2exG.AngleDialog(
3212            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3213            header='Enter an Angle here',
3214            VarLabel = "New Angle")
3215        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3216            pName,Oatom,Tatoms = dlg.GetSelection()
3217            if Tatoms:
3218                Phase = Phases[pName]
3219                General = Phase['General']
3220                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3221                pId = Phase['pId']
3222                SGData = General['SGData']
3223                Atoms = Phase['Atoms']
3224                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3225                tIds = []
3226                symNos = []
3227                cellNos = []
3228                oId = aNames.index(Oatom)
3229                Tatoms = Tatoms.split(';')
3230                for Tatom in Tatoms:
3231                    sB = Tatom.find('(')+1
3232                    symNo = 0
3233                    if sB:
3234                        sF = Tatom.find(')')
3235                        symNo = int(Tatom[sB:sF])
3236                    symNos.append(symNo)
3237                    cellNo = [0,0,0]
3238                    cB = Tatom.find('[')
3239                    if cB>0:
3240                        cF = Tatom.find(']')+1
3241                        cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3242                    cellNos.append(cellNo)
3243                    tIds.append(aNames.index(Tatom.split('+')[0]))
3244                # create an expression object
3245                obj = G2obj.ExpressionObj()
3246                obj.expression = 'Angle(%s,%s,\n%s)'%(Tatoms[0],Oatom,Tatoms[1])
3247                obj.angle_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNos,'cellNo':cellNos}
3248                obj.angle_atoms = [oId,tIds]
3249        else: 
3250            dlg.Destroy()
3251            return
3252        dlg.Destroy()
3253        if obj:
3254            Controls['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3255            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3256           
3257    def UpdateParmDict(parmDict):
3258        '''generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values,
3259        because they might be needed to evaluate the pseudovar
3260        '''
3261        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3262                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3263                     )
3264        delList = []
3265        phaselist = []
3266        for item in parmDict: 
3267            if ':' not in item: continue
3268            key = item.split(':')
3269            if len(key) < 3: continue
3270            # remove the dA[xyz] terms, they would only bring confusion
3271            if key[2].startswith('dA'):
3272                delList.append(item)
3273            # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3274            elif key[2] in Ddict:
3275                if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3276                akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3277                parmDict[akey] -= parmDict[item]
3278                delList.append(item)
3279        for item in delList:
3280            del parmDict[item]               
3281        for i in phaselist:
3282            pId = int(i)
3283            # apply cell symmetry
3284            A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],parmDict,zeroDict[pId])
3285            # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3286            for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3287                if i in uniqCellIndx[pId]:
3288                    lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3289                    parmDict[lbl] = val
3290            lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3291            parmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3292        return parmDict
3293
3294    def EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict,sampleDict,var,ESD):
3295        '''Evaluate an expression derivative with respect to a
3296        GSAS-II variable name.
3297
3298        Note this likely could be faster if the loop over calcobjs were done
3299        inside after the Dict was created.
3300        '''
3301        step = ESD/10
3302        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3303                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3304                     )
3305        results = []
3306        phaselist = []
3307        VparmDict = sampleDict.copy()
3308        for incr in step,-step:
3309            VparmDict.update(parmDict.copy())           
3310            # as saved, the parmDict has updated 'A[xyz]' values, but 'dA[xyz]'
3311            # values are not zeroed: fix that!
3312            VparmDict.update({item:0.0 for item in parmDict if 'dA' in item})
3313            VparmDict[var] += incr
3314            G2mv.Dict2Map(VparmDict,[]) # apply constraints
3315            # generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values now, because they might
3316            # needed to evaluate the pseudovar
3317            for item in VparmDict:
3318                if item in sampleDict:
3319                    continue 
3320                if ':' not in item: continue
3321                key = item.split(':')
3322                if len(key) < 3: continue
3323                # apply any new shifts to atom positions
3324                if key[2].startswith('dA'):
3325                    VparmDict[''.join(item.split('d'))] += VparmDict[item]
3326                    VparmDict[item] = 0.0
3327                # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3328                if key[2] in Ddict:
3329                    if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3330                    akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3331                    VparmDict[akey] -= VparmDict[item]
3332            for i in phaselist:
3333                pId = int(i)
3334                # apply cell symmetry
3335                A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],VparmDict,zeroDict[pId])
3336                # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3337                for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3338                    if i in uniqCellIndx[pId]:
3339                        lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3340                        VparmDict[lbl] = val
3341                lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3342                VparmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3343            # dict should be fully updated, use it & calculate
3344            calcobj.SetupCalc(VparmDict)
3345            results.append(calcobj.EvalExpression())
3346        return (results[0] - results[1]) / (2.*step)
3347       
3348    def EnableParFitEqMenus():
3349        'Enables or disables the Parametric Fit menu items that require existing defs'
3350        if Controls['SeqParFitEqList']:
3351            val = True
3352        else:
3353            val = False
3354        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDELPARFIT,val)
3355        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxEDITPARFIT,val)
3356        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDOPARFIT,val)
3357
3358    def ParEqEval(Values,calcObjList,varyList):
3359        '''Evaluate the parametric expression(s)
3360        :param list Values: a list of values for each variable parameter
3361        :param list calcObjList: a list of :class:`GSASIIobj.ExpressionCalcObj`
3362          expression objects to evaluate
3363        :param list varyList: a list of variable names for each value in Values
3364        '''
3365        result = []
3366        for calcobj in calcObjList:
3367            calcobj.UpdateVars(varyList,Values)
3368            result.append((calcobj.depVal-calcobj.EvalExpression())/calcobj.depSig)
3369        return result
3370
3371    def DoParEqFit(event,eqObj=None):
3372        'Parametric fit minimizer'
3373        varyValueDict = {} # dict of variables and their initial values
3374        calcObjList = [] # expression objects, ready to go for each data point
3375        if eqObj is not None:
3376            eqObjList = [eqObj,]
3377        else:
3378            eqObjList = Controls['SeqParFitEqList']
3379        UseFlags = G2frame.SeqTable.GetColValues(0)         
3380        for obj in eqObjList:
3381            expr = obj.expression
3382            # assemble refined vars for this equation
3383            varyValueDict.update({var:val for var,val in obj.GetVariedVarVal()})
3384            # lookup dependent var position
3385            depVar = obj.GetDepVar()
3386            if depVar in colLabels:
3387                indx = colLabels.index(depVar)
3388            else:
3389                raise Exception('Dependent variable '+depVar+' not found')
3390            # assemble a list of the independent variables
3391            indepVars = obj.GetIndependentVars()
3392            # loop over each datapoint
3393            for j,row in enumerate(zip(*colList)):
3394                if not UseFlags[j]: continue
3395                # assemble equations to fit
3396                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3397                # prepare a dict of needed independent vars for this expression
3398                indepVarDict = {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3399                calcobj.SetupCalc(indepVarDict)               
3400                # values and sigs for current value of dependent var
3401                calcobj.depVal = row[indx]
3402                calcobj.depSig = colSigs[indx][j]
3403                calcObjList.append(calcobj)
3404        # varied parameters
3405        varyList = varyValueDict.keys()
3406        values = varyValues = [varyValueDict[key] for key in varyList]
3407        if not varyList:
3408            print 'no variables to refine!'
3409            return
3410        try:
3411            result = so.leastsq(ParEqEval,varyValues,full_output=True,   #ftol=Ftol,
3412                                args=(calcObjList,varyList)
3413                                )
3414            values = result[0]
3415            covar = result[1]
3416            if covar is None:
3417                raise Exception
3418            esdDict = {}
3419            for i,avar in enumerate(varyList):
3420                esdDict[avar] = np.sqrt(covar[i,i])
3421        except:
3422            print('====> Fit failed')
3423            return
3424        print('==== Fit Results ====')
3425        for obj in eqObjList:
3426            obj.UpdateVariedVars(varyList,values)
3427            ind = '      '
3428            print('  '+obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression)
3429            for var in obj.assgnVars:
3430                print(ind+var+' = '+obj.assgnVars[var])
3431            for var in obj.freeVars:
3432                avar = "::"+obj.freeVars[var][0]
3433                val = obj.freeVars[var][1]
3434                if obj.freeVars[var][2]:
3435                    print(ind+var+' = '+avar + " = " + G2mth.ValEsd(val,esdDict[avar]))
3436                else:
3437                    print(ind+var+' = '+avar + " =" + G2mth.ValEsd(val,0))
3438        # create a plot for each parametric variable
3439        for fitnum,obj in enumerate(eqObjList):
3440            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3441            # lookup dependent var position
3442            indx = colLabels.index(obj.GetDepVar())
3443            # assemble a list of the independent variables
3444            indepVars = obj.GetIndependentVars()           
3445            # loop over each datapoint
3446            fitvals = []
3447            for j,row in enumerate(zip(*colList)):
3448                calcobj.SetupCalc(
3449                    {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3450                    )
3451                fitvals.append(calcobj.EvalExpression())
3452            G2plt.PlotSelectedSequence(
3453                G2frame,[indx],GetColumnInfo,SelectXaxis,
3454                fitnum,fitvals)
3455
3456    def SingleParEqFit(eqObj):
3457        DoParEqFit(None,eqObj)
3458
3459    def DelParFitEq(event):
3460        'Ask the user to select function to delete'
3461        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3462        selected = G2G.ItemSelector(
3463            txtlst,G2frame.dataFrame,
3464            multiple=True,
3465            title='Select a parametric equation(s) to remove',
3466            header='Delete equation')
3467        if selected is None: return
3468        Controls['SeqParFitEqList'] = [obj for i,obj in enumerate(Controls['SeqParFitEqList']) if i not in selected]
3469        EnableParFitEqMenus()
3470        if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3471       
3472    def EditParFitEq(event):
3473        'Edit an existing parametric equation'
3474        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3475        if len(txtlst) == 1:
3476            selected = 0
3477        else:
3478            selected = G2G.ItemSelector(
3479                txtlst,G2frame.dataFrame,
3480                multiple=False,
3481                title='Select a parametric equation to edit',
3482                header='Edit equation')
3483        if selected is not None:
3484            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3485                G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3486                Controls['SeqParFitEqList'][selected],
3487                depVarDict=depVarDict,
3488                header="Edit the formula for this minimization function",
3489                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3490            newobj = dlg.Show(True)
3491            if newobj:
3492                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3493                Controls['SeqParFitEqList'][selected] = newobj
3494                EnableParFitEqMenus()
3495            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3496
3497    def AddNewParFitEq(event):
3498        'Create a new parametric equation to be fit to sequential results'
3499
3500        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3501        usedvarlist = []
3502        for obj in Controls['SeqParFitEqList']:
3503            for var in obj.freeVars:
3504                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3505
3506        dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3507            G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3508            depVarDict=depVarDict,
3509            header='Define an equation to minimize in the parametric fit',
3510            ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit],
3511            usedVars=usedvarlist)
3512        obj = dlg.Show(True)
3513        dlg.Destroy()
3514        if obj:
3515            Controls['SeqParFitEqList'].append(obj)
3516            EnableParFitEqMenus()
3517            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3518               
3519    def CopyParFitEq(event):
3520        'Copy an existing parametric equation to be fit to sequential results'
3521        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3522        usedvarlist = []
3523        for obj in Controls['SeqParFitEqList']:
3524            for var in obj.freeVars:
3525                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3526        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3527        if len(txtlst) == 1:
3528            selected = 0
3529        else:
3530            selected = G2G.ItemSelector(
3531                txtlst,G2frame.dataFrame,
3532                multiple=False,
3533                title='Select a parametric equation to copy',
3534                header='Copy equation')
3535        if selected is not None:
3536            newEqn = copy.deepcopy(Controls['SeqParFitEqList'][selected])
3537            for var in newEqn.freeVars:
3538                newEqn.freeVars[var][0] = G2obj.MakeUniqueLabel(newEqn.freeVars[var][0],usedvarlist)
3539            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3540                G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3541                newEqn,
3542                depVarDict=depVarDict,
3543                header="Edit the formula for this minimization function",
3544                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3545            newobj = dlg.Show(True)
3546            if newobj:
3547                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3548                Controls['SeqParFitEqList'].append(newobj)
3549                EnableParFitEqMenus()
3550            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3551                                           
3552    def GridSetToolTip(row,col):
3553        '''Routine to show standard uncertainties for each element in table
3554        as a tooltip
3555        '''
3556        if colSigs[col]:
3557            return u'\u03c3 = '+str(colSigs[col][row])
3558        return ''
3559       
3560    def GridColLblToolTip(col):
3561        '''Define a tooltip for a column. This will be the user-entered value
3562        (from data['variableLabels']) or the default name
3563        '''
3564        if col < 0 or col > len(colLabels):
3565            print 'Illegal column #',col
3566            return
3567        var = colLabels[col]
3568        return variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3569       
3570    def SetLabelString(event):
3571        '''Define or edit the label for a column in the table, to be used
3572        as a tooltip and for plotting
3573        '''
3574        col = event.GetCol()
3575        if col < 0 or col > len(colLabels):
3576            return
3577        var = colLabels[col]
3578        lbl = variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3579        dlg = G2G.SingleStringDialog(G2frame.dataFrame,'Set variable label',
3580                                 'Set a new name for variable '+var,lbl,size=(400,-1))
3581        if dlg.Show():
3582            variableLabels[var] = dlg.GetValue()
3583        dlg.Destroy()
3584
3585    def DoSequentialExport(event):
3586        '''Event handler for all Sequential Export menu items
3587        '''
3588        vals = G2frame.dataFrame.SeqExportLookup.get(event.GetId())
3589        if vals is None:
3590            print('Error: Id not found. This should not happen!')
3591        G2IO.ExportSequential(G2frame,data,*vals)
3592   
3593    #def GridRowLblToolTip(row): return 'Row ='+str(row)
3594   
3595    # lookup table for unique cell parameters by symmetry
3596    cellGUIlist = [
3597        [['m3','m3m'],(0,)],
3598        [['3R','3mR'],(0,3)],
3599        [['3','3m1','31m','6/m','6/mmm','4/m','4/mmm'],(0,2)],
3600        [['mmm'],(0,1,2)],
3601        [['2/m'+'a'],(0,1,2,3)],
3602        [['2/m'+'b'],(0,1,2,4)],
3603        [['2/m'+'c'],(0,1,2,5)],
3604        [['-1'],(0,1,2,3,4,5)],
3605        ]
3606    # cell labels
3607    cellUlbl = ('a','b','c',u'\u03B1',u'\u03B2',u'\u03B3') # unicode a,b,c,alpha,beta,gamma
3608
3609    #======================================================================
3610    # start processing sequential results here (UpdateSeqResults)
3611    #======================================================================
3612    if not data:
3613        print 'No sequential refinement results'
3614        return
3615    variableLabels = data.get('variableLabels',{})
3616    data['variableLabels'] = variableLabels
3617    Histograms,Phases = G2frame.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3618    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
3619    # create a place to store Pseudo Vars & Parametric Fit functions, if not present
3620    if 'SeqPseudoVars' not in Controls: Controls['SeqPseudoVars'] = {}
3621    if 'SeqParFitEqList' not in Controls: Controls['SeqParFitEqList'] = []
3622    histNames = data['histNames']
3623    if G2frame.dataDisplay:
3624        G2frame.dataDisplay.Destroy()
3625    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3626        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3627        Status.SetStatusText("Select column to export; Double click on column to plot data; on row for Covariance")
3628    sampleParms = GetSampleParms()
3629
3630    # make dict of varied atom coords keyed by absolute position
3631    newAtomDict = data[histNames[0]].get('newAtomDict',{}) # dict with atom positions; relative & absolute
3632    # Possible error: the next might need to be data[histNames[0]]['varyList']
3633    # error will arise if there constraints on coordinates?
3634    atomLookup = {newAtomDict[item][0]:item for item in newAtomDict if item in data['varyList']}
3635   
3636    # make dict of varied cell parameters equivalents
3637    ESDlookup = {} # provides the Dij term for each Ak term (where terms are refined)
3638    Dlookup = {} # provides the Ak term for each Dij term (where terms are refined)
3639    # N.B. These Dij vars are missing a histogram #
3640    newCellDict = data[histNames[0]].get('newCellDict',{})
3641    for item in newCellDict:
3642        if item in data['varyList']:
3643            ESDlookup[newCellDict[item][0]] = item
3644            Dlookup[item] = newCellDict[item][0]
3645    # add coordinate equivalents to lookup table
3646    for parm in atomLookup:
3647        Dlookup[atomLookup[parm]] = parm
3648        ESDlookup[parm] = atomLookup[parm]
3649
3650    # get unit cell & symmetry for all phases & initial stuff for later use
3651    RecpCellTerms = {}
3652    SGdata = {}
3653    uniqCellIndx = {}
3654    initialCell = {}
3655    RcellLbls = {}
3656    zeroDict = {}
3657    for phase in Phases:
3658        phasedict = Phases[phase]
3659        pId = phasedict['pId']
3660        pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3661        RcellLbls[pId] = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3662        RecpCellTerms[pId] = G2lat.cell2A(phasedict['General']['Cell'][1:7])
3663        zeroDict[pId] = dict(zip(RcellLbls[pId],6*[0.,]))
3664        SGdata[pId] = phasedict['General']['SGData']
3665        laue = SGdata[pId]['SGLaue']
3666        if laue == '2/m':
3667            laue += SGdata[pId]['SGUniq']
3668        for symlist,celllist in cellGUIlist:
3669            if laue in symlist:
3670                uniqCellIndx[pId] = celllist
3671                break
3672        else: # should not happen
3673            uniqCellIndx[pId] = range(6)
3674        for i in uniqCellIndx[pId]:
3675            initialCell[str(pId)+'::A'+str(i)] =  RecpCellTerms[pId][i]
3676
3677    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SequentialMenu)
3678    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sequential refinement results')
3679    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3680        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3681        Status.SetStatusText('')
3682    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnRenameSelSeq, id=wxID_RENAMESEQSEL)
3683    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeq, id=wxID_SAVESEQSEL)
3684    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeqCSV, id=wxID_SAVESEQSELCSV)
3685    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSeqCSV, id=wxID_SAVESEQCSV)
3686    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotSelSeq, id=wxID_PLOTSEQSEL)
3687    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAveSelSeq, id=wxID_AVESEQSEL)
3688    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReOrgSelSeq, id=wxID_ORGSEQSEL)
3689    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewPseudoVar, id=wxADDSEQVAR)
3690    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewDistPseudoVar, id=wxADDSEQDIST)
3691    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewAnglePseudoVar, id=wxADDSEQANGLE)
3692    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelPseudoVar, id=wxDELSEQVAR)
3693    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditPseudoVar, id=wxEDITSEQVAR)
3694    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewParFitEq, id=wxADDPARFIT)
3695    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyParFitEq, id=wxCOPYPARFIT)
3696    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelParFitEq, id=wxDELPARFIT)
3697    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditParFitEq, id=wxEDITPARFIT)
3698    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoParEqFit, id=wxDOPARFIT)
3699
3700    for id in G2frame.dataFrame.SeqExportLookup:       
3701        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoSequentialExport, id=id)
3702
3703    EnablePseudoVarMenus()
3704    EnableParFitEqMenus()
3705
3706    # scan for locations where the variables change
3707    VaryListChanges = [] # histograms where there is a change
3708    combinedVaryList = []
3709    firstValueDict = {}
3710    vallookup = {}
3711    posdict = {}
3712    prevVaryList = []
3713    for i,name in enumerate(histNames):
3714        for var,val,sig in zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables'],data[name]['sig']):
3715            svar = striphist(var,'*') # wild-carded
3716            if svar not in combinedVaryList:
3717                # add variables to list as they appear
3718                combinedVaryList.append(svar)
3719                firstValueDict[svar] = (val,sig)
3720        if prevVaryList != data[name]['varyList']: # this refinement has a different refinement list from previous
3721            prevVaryList = data[name]['varyList']
3722            vallookup[name] = dict(zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables']))
3723            posdict[name] = {}
3724            for var in data[name]['varyList']:
3725                svar = striphist(var,'*')
3726                posdict[name][combinedVaryList.index(svar)] = svar
3727            VaryListChanges.append(name)
3728    if len(VaryListChanges) > 1:
3729        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,True)
3730    else:
3731        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,False)
3732    #-----------------------------------------------------------------------------------
3733    # build up the data table by columns -----------------------------------------------
3734    nRows = len(histNames)
3735    colList = [nRows*[True]]
3736    colSigs = [None]
3737    colLabels = ['Use']
3738    Types = [wg.GRID_VALUE_BOOL]
3739    # start with Rwp values
3740    if 'IMG ' not in histNames[0][:4]:
3741        colList += [[data[name]['Rvals']['Rwp'] for name in histNames]]
3742        colSigs += [None]
3743        colLabels += ['Rwp']
3744        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
3745    # add % change in Chi^2 in last cycle
3746    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG '] and Controls.get('ShowCell'):
3747        colList += [[100.*data[name]['Rvals'].get('DelChi2',-1) for name in histNames]]
3748        colSigs += [None]
3749        colLabels += [u'\u0394\u03C7\u00B2 (%)']
3750        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3751    deltaChiCol = len(colLabels)-1
3752    # add changing sample parameters to table
3753    for key in sampleParms:
3754        colList += [sampleParms[key]]
3755        colSigs += [None]
3756        colLabels += [key]
3757        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3758    sampleDict = {}
3759    for i,name in enumerate(histNames):
3760        sampleDict[name] = dict(zip(sampleParms.keys(),[sampleParms[key][i] for key in sampleParms.keys()])) 
3761    # add unique cell parameters TODO: review this where the cell symmetry changes (when possible)
3762    if Controls.get('ShowCell',False):
3763        for pId in sorted(RecpCellTerms):
3764            pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3765            cells = []
3766            cellESDs = []
3767            colLabels += [pfx+cellUlbl[i] for i in uniqCellIndx[pId]]
3768            colLabels += [pfx+'Vol']
3769            Types += (1+len(uniqCellIndx[pId]))*[wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3770            for name in histNames:
3771                covData = {
3772                    'varyList': [Dlookup.get(striphist(v),v) for v in data[name]['varyList']],
3773                    'covMatrix': data[name]['covMatrix']
3774                    }
3775                A = RecpCellTerms[pId][:] # make copy of starting A values
3776                # update with refined values
3777                for i in range(6):
3778                    var = str(pId)+'::A'+str(i)
3779                    if var in ESDlookup:
3780                        val = data[name]['newCellDict'][ESDlookup[var]][1] # get refined value
3781                        A[i] = val # override with updated value
3782                # apply symmetry
3783                Albls = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3784                cellDict = dict(zip(Albls,A))
3785                A,zeros = G2stIO.cellFill(pfx,SGdata[pId],cellDict,zeroDict[pId])
3786                # convert to direct cell & add only unique values to table
3787                c = G2lat.A2cell(A)
3788                vol = G2lat.calc_V(A)
3789                cE = G2stIO.getCellEsd(pfx,SGdata[pId],A,covData)
3790                cells += [[c[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[vol]]
3791                cellESDs += [[cE[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[cE[-1]]]
3792            colList += zip(*cells)
3793            colSigs += zip(*cellESDs)
3794    # sort out the variables in their selected order
3795    varcols = 0
3796    for d in posdict.itervalues():
3797        varcols = max(varcols,max(d.keys())+1)
3798    # get labels for each column
3799    for i in range(varcols):
3800        lbl = ''
3801        for h in VaryListChanges:
3802            if posdict[h].get(i):
3803                if posdict[h].get(i) in lbl: continue
3804                if lbl != "": lbl += '/'
3805                lbl += posdict[h].get(i)
3806        colLabels.append(lbl)
3807    Types += varcols*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
3808    vals = []
3809    esds = []
3810    varsellist = None        # will be a list of variable names in the order they are selected to appear
3811    # tabulate values for each hist, leaving None for blank columns
3812    for name in histNames:
3813        if name in posdict:
3814            varsellist = [posdict[name].get(i) for i in range(varcols)]
3815            # translate variable names to how they will be used in the headings
3816            vs = [striphist(v,'*') for v in data[name]['varyList']]
3817            # determine the index for each column (or None) in the data[]['variables'] and ['sig'] lists
3818            sellist = [vs.index(v) if v is not None else None for v in varsellist]
3819            #sellist = [i if striphist(v,'*') in varsellist else None for i,v in enumerate(data[name]['varyList'])]
3820        if not varsellist: raise Exception()
3821        vals.append([data[name]['variables'][s] if s is not None else None for s in sellist])
3822        esds.append([data[name]['sig'][s] if s is not None else None for s in sellist])
3823        #GSASIIpath.IPyBreak()
3824    colList += zip(*vals)
3825    colSigs += zip(*esds)
3826    # compute and add weight fractions to table if varied
3827    for phase in Phases:
3828        var = str(Phases[phase]['pId'])+':*:Scale'
3829        if var not in combinedVaryList: continue
3830        wtFrList = []
3831        sigwtFrList = []
3832        for i,name in enumerate(histNames):
3833            wtFrSum = 0.
3834            for phase1 in Phases:
3835                wtFrSum += Phases[phase1]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase1]['General']['Mass']
3836            var = str(Phases[phase]['pId'])+':'+str(i)+':Scale'
3837            wtFr = Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase]['General']['Mass']/wtFrSum
3838            wtFrList.append(wtFr)
3839            if var in data[name]['varyList']:
3840                sig = data[name]['sig'][data[name]['varyList'].index(var)]*wtFr/Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]
3841            else:
3842                sig = 0.0
3843            sigwtFrList.append(sig)
3844        colLabels.append(str(Phases[phase]['pId'])+':*:WgtFrac')
3845        colList += [wtFrList]
3846        colSigs += [sigwtFrList]
3847               
3848    # tabulate constrained variables, removing histogram numbers if needed
3849    # from parameter label
3850    depValDict = {}
3851    depSigDict = {}
3852    for name in histNames:
3853        for var in data[name].get('depParmDict',{}):
3854            val,sig = data[name]['depParmDict'][var]
3855            svar = striphist(var,'*')
3856            if svar not in depValDict:
3857               depValDict[svar] = [val]
3858               depSigDict[svar] = [sig]
3859            else:
3860               depValDict[svar].append(val)
3861               depSigDict[svar].append(sig)
3862    # add the dependent constrained variables to the table
3863    for var in sorted(depValDict):
3864        if len(depValDict[var]) != len(histNames): continue
3865        colLabels.append(var)
3866        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3867        colSigs += [depSigDict[var]]
3868        colList += [depValDict[var]]
3869
3870    # add atom parameters to table
3871    colLabels += atomLookup.keys()
3872    Types += len(atomLookup)*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
3873    for parm in sorted(atomLookup):
3874        colList += [[data[name]['newAtomDict'][atomLookup[parm]][1] for name in histNames]]
3875        if atomLookup[parm] in data[histNames[0]]['varyList']:
3876            col = data[histNames[0]]['varyList'].index(atomLookup[parm])
3877            colSigs += [[data[name]['sig'][col] for name in histNames]]
3878        else:
3879            colSigs += [None] # should not happen
3880    # evaluate Pseudovars, their ESDs and add them to grid
3881    for expr in Controls['SeqPseudoVars']:
3882        obj = Controls['SeqPseudoVars'][expr]
3883        calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3884        valList = []
3885        esdList = []
3886        for seqnum,name in enumerate(histNames):
3887            sigs = data[name]['sig']
3888            G2mv.InitVars()
3889            parmDict = data[name].get('parmDict')
3890            badVary = data[name].get('badVary',[])
3891            constraintInfo = data[name].get('constraintInfo',[[],[],{},[],seqnum])
3892            groups,parmlist,constrDict,fixedList,ihst = constraintInfo
3893            varyList = data[name]['varyList']
3894            parmDict = data[name]['parmDict']
3895            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmDict,SeqHist=ihst)
3896            if 'Dist' in expr:
3897                derivs = G2mth.CalcDistDeriv(obj.distance_dict,obj.distance_atoms, parmDict)
3898                pId = obj.distance_dict['pId']
3899                aId,bId = obj.distance_atoms
3900                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
3901                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId) for ip in ['x','y','z']]
3902                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
3903                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
3904#                GSASIIpath.IPyBreak()
3905            elif 'Angle' in expr:
3906                derivs = G2mth.CalcAngleDeriv(obj.angle_dict,obj.angle_atoms, parmDict)
3907                pId = obj.angle_dict['pId']
3908                aId,bId = obj.angle_atoms
3909                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
3910                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[0]) for ip in ['x','y','z']]
3911                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[1]) for ip in ['x','y','z']]
3912                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
3913                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
3914            else:
3915                derivs = np.array(
3916                    [EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict.copy(),sampleDict[name],var,ESD)
3917                     for var,ESD in zip(varyList,sigs)])
3918                esdList.append(np.sqrt(
3919                    np.inner(derivs,np.inner(data[name]['covMatrix'],derivs.T)) ))
3920            PSvarDict = parmDict.copy()
3921            PSvarDict.update(sampleDict[name])
3922            UpdateParmDict(PSvarDict)
3923            calcobj.UpdateDict(PSvarDict)
3924            valList.append(calcobj.EvalExpression())
3925#            if calcobj.su is not None: esdList[-1] = calcobj.su
3926        if not esdList:
3927            esdList = None
3928        colList += [valList]
3929        colSigs += [esdList]
3930        colLabels += [expr]
3931        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3932    #---- table build done -------------------------------------------------------------
3933
3934    # Make dict needed for creating & editing pseudovars (PSvarDict).
3935    name = histNames[0]
3936    parmDict = data[name].get('parmDict',{})
3937    PSvarDict = parmDict.copy()
3938    PSvarDict.update(sampleParms)
3939    UpdateParmDict(PSvarDict)
3940    # Also dicts of dependent (depVarDict) & independent vars (indepVarDict)
3941    # for Parametric fitting from the data table
3942    parmDict = dict(zip(colLabels,zip(*colList)[0])) # scratch dict w/all values in table
3943    parmDict.update(
3944        {var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()} #  add varied reciprocal cell terms
3945    )
3946    name = histNames[0]
3947
3948    #******************************************************************************
3949    # create a set of values for example evaluation of pseudovars and
3950    # this does not work for refinements that have differing numbers of variables.
3951    #raise Exception
3952    indepVarDict = {}     #  values in table w/o ESDs
3953    depVarDict = {}
3954    for i,var in enumerate(colLabels):
3955        if var == 'Use': continue
3956        if colList[i][0] is None:
3957            val,sig = firstValueDict.get(var,[None,None])
3958        elif colSigs[i]:
3959            val,sig = colList[i][0],colSigs[i][0]
3960        else:
3961            val,sig = colList[i][0],None
3962        if val is None:
3963            continue
3964        elif sig is None:
3965            indepVarDict[var] = val
3966        elif striphist(var) not in Dlookup:
3967            depVarDict[var] = val
3968    # add recip cell coeff. values
3969    depVarDict.update({var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()})
3970
3971    G2frame.dataDisplay = G2G.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
3972    G2frame.SeqTable = G2G.Table(
3973        [list(c) for c in zip(*colList)],     # convert from columns to rows
3974        colLabels=colLabels,rowLabels=histNames,types=Types)
3975    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.SeqTable, True)
3976    #G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
3977    # make all but first column read-only
3978    for c in range(1,len(colLabels)):
3979        for r in range(nRows):
3980            G2frame.dataDisplay.SetCellReadOnly(r,c)
3981    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK, PlotSelect)
3982    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_RIGHT_CLICK, SetLabelString)
3983    G2frame.dataDisplay.SetRowLabelSize(8*len(histNames[0]))       #pretty arbitrary 8
3984    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
3985    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(True)
3986    if prevSize:
3987        G2frame.dataDisplay.SetSize(prevSize)
3988    else:
3989        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([700,350])
3990    # highlight unconverged shifts
3991    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG ']:
3992        for row,name in enumerate(histNames):
3993            deltaChi = G2frame.SeqTable.GetValue(row,deltaChiCol)
3994            if deltaChi > 10.:
3995                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,0,0))
3996            elif deltaChi > 1.0:
3997                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,255,0))
3998    G2frame.dataDisplay.InstallGridToolTip(GridSetToolTip,GridColLblToolTip)
3999    G2frame.dataDisplay.SendSizeEvent() # resize needed on mac
4000    G2frame.dataDisplay.Refresh() # shows colored text on mac
4001   
4002################################################################################
4003#####  Main PWDR panel
4004################################################################################           
4005       
4006def UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item):
4007    '''Called when the histogram main tree entry is called. Displays the
4008    histogram weight factor, refinement statistics for the histogram
4009    and the range of data for a simulation.
4010
4011    Also invokes a plot of the histogram.
4012    '''
4013    def onEditSimRange(event):
4014        'Edit simulation range'
4015        inp = [
4016            min(data[1][0]),
4017            max(data[1][0]),
4018            None
4019            ]
4020        inp[2] = (inp[1] - inp[0])/(len(data[1][0])-1.)
4021        names = ('start angle', 'end angle', 'step size')
4022        dictlst = [inp] * len(inp)
4023        elemlst = range(len(inp))
4024        dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
4025            G2frame,[inp] * len(inp), range(len(inp)), names,
4026            header='Edit simulation range',
4027            minvals=(0.001,0.001,0.0001),
4028            maxvals=(180.,180.,.1),
4029            )
4030        dlg.CenterOnParent()
4031        val = dlg.ShowModal()
4032        dlg.Destroy()
4033        if val != wx.ID_OK: return
4034        if inp[0] > inp[1]:
4035            end,start,step = inp
4036        else:               
4037            start,end,step = inp
4038        step = abs(step)
4039        N = int((end-start)/step)+1
4040        newdata = np.linspace(start,end,N,True)
4041        if len(newdata) < 2: return # too small a range - reject
4042        data[1] = [newdata,np.zeros_like(newdata),np.ones_like(newdata),
4043            np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata)]
4044        Tmin = newdata[0]
4045        Tmax = newdata[-1]
4046        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,item,'Limits'),
4047            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
4048        UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item) # redisplay data screen
4049
4050    def OnPlot3DHKL(event):
4051        refList = data[1]['RefList']
4052        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4053        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4054        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4055        Vpoint = np.array([int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))])
4056        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4057            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4058            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4059            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[0,0,1]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4060        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4061       
4062    def OnPlotAll3DHKL(event):
4063        choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['HKLF',])
4064        dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame, 'Select reflection sets to plot',
4065            'Use data',choices)
4066        try:
4067            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4068                refNames = [choices[i] for i in dlg.GetSelections()]
4069            else:
4070                return
4071        finally:
4072            dlg.Destroy()
4073        refList = np.zeros(0)
4074        for name in refNames:
4075            Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, name)
4076            reflData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[1]
4077            if len(refList):
4078                refList = np.concatenate((refList,reflData['RefList']))
4079            else:
4080                refList = reflData['RefList']
4081           
4082        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4083        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4084        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4085        Vpoint = [int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))]
4086        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4087            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4088            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4089            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[1,0,0]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4090        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4091                 
4092    def OnMergeHKL(event):
4093        Name = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
4094        Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,
4095            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
4096        CId = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Comments')
4097        if CId:
4098            Comments = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(CId)
4099        else:
4100            Comments = []
4101        refList = np.copy(data[1]['RefList'])
4102        Comments.append(' Merging %d reflections from %s'%(len(refList),Name))
4103        dlg = MergeDialog(G2frame,data)
4104        try:
4105            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4106                Trans,Cent,Laue = dlg.GetSelection()
4107            else:
4108                return
4109        finally:
4110            dlg.Destroy()
4111        Super = data[1]['Super']
4112        refList,badRefs = G2lat.transposeHKLF(Trans,Super,refList)
4113        if len(badRefs):    #do I want to list badRefs?
4114            G2frame.ErrorDialog('Failed transformation','Matrix yields fractional hkl indices')
4115            return
4116        Comments.append(" Transformation M*H = H' applied; M=")
4117        Comments.append(str(Trans))
4118        SG = 'P '+Laue
4119        SGData = G2spc.SpcGroup(SG)[1]
4120        refList = G2lat.LaueUnique(Laue,refList)
4121        dlg = wx.ProgressDialog('Build HKL dictonary','',len(refList)+1, 
4122            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4123        HKLdict = {}
4124        for ih,hkl in enumerate(refList):
4125            if str(hkl[:3+Super]) not in HKLdict:
4126                HKLdict[str(hkl[:3+Super])] = [hkl[:3+Super],[hkl[3+Super:],]]
4127            else:
4128                HKLdict[str(hkl[:3+Super])][1].append(hkl[3+Super:])
4129            dlg.Update(ih)
4130        dlg.Destroy()
4131        mergeRef = []
4132        dlg = wx.ProgressDialog('Processing merge','',len(HKLdict)+1, 
4133            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4134        sumDf = 0.
4135        sumFo = 0.
4136        for ih,hkl in enumerate(HKLdict):
4137            HKL = HKLdict[hkl]
4138            newHKL = list(HKL[0])+list(HKL[1][0])
4139            if len(HKL[1]) > 1:
4140                fos = np.array(HKL[1])
4141                wFo = 1/fos[:,3]**2
4142                Fo = np.average(fos[:,2],weights=wFo)
4143                std = np.std(fos[:,2])
4144                sig = np.sqrt(np.mean(fos[:,3])**2+std**2)
4145                sumFo += np.sum(fos[:,2])
4146                sumDf += np.sum(np.abs(fos[:,2]-Fo))
4147                dlg.Update(ih)
4148                newHKL[5+Super] = Fo
4149                newHKL[6+Super] = sig
4150                newHKL[8+Super] = Fo
4151            if newHKL[5+Super] > 0.:
4152                mergeRef.append(list(newHKL)) 
4153        dlg.Destroy()
4154        if Super:
4155            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,3),2),1),0)
4156        else:
4157            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,2),1),0)
4158        mergeRef = np.array(mergeRef)
4159        if sumFo:
4160            mtext = ' merge R = %6.2f%s for %d reflections in %s'%(100.*sumDf/sumFo,'%',mergeRef.shape[0],Laue)
4161            print mtext
4162            Comments.append(mtext)
4163        else:
4164            print 'nothing to merge for %s reflections'%(mergeRef.shape[0])
4165        HKLFlist = []
4166        newName = Name+' '+Laue
4167        if G2frame.PatternTree.GetCount():
4168            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)
4169            while item:
4170                name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
4171                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
4172                    HKLFlist.append(name)
4173                item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
4174        newName = G2obj.MakeUniqueLabel(newName,HKLFlist)
4175        newData = copy.deepcopy(data)
4176        newData[0]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
4177        newData[1]['RefList'] = mergeRef
4178        Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text=newName)
4179        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4180            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
4181        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,newData)
4182        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4183            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
4184        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4185            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),{})  #dummy entry for GUI use
4186                   
4187    def OnErrorAnalysis(event):
4188        G2plt.PlotDeltSig(G2frame,kind)
4189       
4190    def OnWtFactor(event):
4191        event.Skip()
4192        try:
4193            val = float(wtval.GetValue())
4194        except ValueError:
4195            val = data[0]['wtFactor']
4196        data[0]['wtFactor'] = val
4197        wtval.SetValue('%.3f'%(val))
4198       
4199    def OnCompression(event):
4200        data[0] = int(comp.GetValue())
4201       
4202    def onCopyPlotCtrls(event):
4203        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4204        Need this here to pass on the G2frame object.
4205        '''
4206        G2pdG.CopyPlotCtrls(G2frame)
4207
4208    def onCopySelectedItems(event):
4209        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4210        Need this here to pass on the G2frame object.
4211        '''
4212        G2pdG.CopySelectedHistItems(G2frame)
4213           
4214    data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4215#patches
4216    if not data:
4217        return
4218    if 'wtFactor' not in data[0]:
4219        data[0] = {'wtFactor':1.0}
4220#    if kind == 'PWDR' and 'Compression' not in data[0]:
4221#        data[0]['Compression'] = 1
4222    #if isinstance(data[1],list) and kind == 'HKLF':
4223    if 'list' in str(type(data[1])) and kind == 'HKLF':
4224        RefData = {'RefList':[],'FF':[]}
4225        for ref in data[1]:
4226            RefData['RefList'].append(ref[:11]+[ref[13],])
4227            RefData['FF'].append(ref[14])
4228        data[1] = RefData
4229        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(item,data)
4230#end patches
4231    if G2frame.dataDisplay:
4232        G2frame.dataDisplay.Destroy()
4233    if kind in ['PWDR','SASD']:
4234        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.PWDRMenu)
4235        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnErrorAnalysis, id=wxID_PWDANALYSIS)
4236        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopySelectedItems, id=wxID_PWDCOPY)
4237        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopyPlotCtrls, id=wxID_PLOTCTRLCOPY)
4238    elif kind in ['HKLF',]:
4239        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.HKLFMenu)
4240        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnErrorAnalysis, id=wxID_PWDANALYSIS)
4241        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnMergeHKL, id=wxID_MERGEHKL)
4242        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=wxID_PWD3DHKLPLOT)
4243        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotAll3DHKL, id=wxID_3DALLHKLPLOT)
4244#        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopySelectedItems, id=wxID_PWDCOPY)
4245    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
4246   
4247    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
4248    mainSizer.Add((5,5),)
4249    wtSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
4250    wtSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Weight factor: '),0,WACV)
4251    wtv