source: trunk/GSASIIgrid.py @ 2530

Last change on this file since 2530 was 2530, checked in by vondreele, 5 years ago

finish window placement rules - data display window upper right is always conserved unless user moves it.

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 219.2 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIgrid - data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2016-11-17 16:14:24 +0000 (Thu, 17 Nov 2016) $
5# $Author: vondreele $
6# $Revision: 2530 $
7# $URL: trunk/GSASIIgrid.py $
8# $Id: GSASIIgrid.py 2530 2016-11-17 16:14:24Z vondreele $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIgrid: Basic GUI routines*
12--------------------------------
13
14'''
15import wx
16import wx.grid as wg
17#import wx.wizard as wz
18#import wx.aui
19import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
20import time
21import copy
22import cPickle
23import sys
24import os
25import random as ran
26import numpy as np
27import numpy.ma as ma
28import scipy.optimize as so
29import GSASIIpath
30GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2530 $")
31import GSASIImath as G2mth
32import GSASIIIO as G2IO
33import GSASIIstrIO as G2stIO
34import GSASIIlattice as G2lat
35import GSASIIplot as G2plt
36import GSASIIpwdGUI as G2pdG
37import GSASIIimgGUI as G2imG
38import GSASIIphsGUI as G2phG
39import GSASIIspc as G2spc
40import GSASIImapvars as G2mv
41import GSASIIconstrGUI as G2cnstG
42import GSASIIrestrGUI as G2restG
43import GSASIIpy3 as G2py3
44import GSASIIobj as G2obj
45import GSASIIexprGUI as G2exG
46import GSASIIlog as log
47import GSASIIctrls as G2G
48
49# trig functions in degrees
50sind = lambda x: np.sin(x*np.pi/180.)
51tand = lambda x: np.tan(x*np.pi/180.)
52cosd = lambda x: np.cos(x*np.pi/180.)
53
54# Define a short name for convenience
55WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
56
57[ wxID_FOURCALC, wxID_FOURSEARCH, wxID_FOURCLEAR, wxID_PEAKSMOVE, wxID_PEAKSCLEAR, 
58    wxID_CHARGEFLIP, wxID_PEAKSUNIQUE, wxID_PEAKSDELETE, wxID_PEAKSDA,
59    wxID_PEAKSDISTVP, wxID_PEAKSVIEWPT, wxID_FINDEQVPEAKS,wxID_SHOWBONDS,wxID_MULTIMCSA,
60    wxID_SINGLEMCSA,wxID_4DCHARGEFLIP,wxID_TRANSFORMSTRUCTURE,
61] = [wx.NewId() for item in range(17)]
62
63[ wxID_PWDRADD, wxID_HKLFADD, wxID_PWDANALYSIS, wxID_PWDCOPY, wxID_PLOTCTRLCOPY, 
64    wxID_DATADELETE,wxID_DATACOPY,wxID_DATACOPYFLAGS,wxID_DATASELCOPY,wxID_DATAUSE,
65] = [wx.NewId() for item in range(10)]
66
67[ wxID_ATOMSEDITADD, wxID_ATOMSEDITINSERT, wxID_ATOMSEDITDELETE, 
68    wxID_ATOMSMODIFY, wxID_ATOMSTRANSFORM, wxID_ATOMSVIEWADD, wxID_ATOMVIEWINSERT,
69    wxID_RELOADDRAWATOMS,wxID_ATOMSDISAGL,wxID_ATOMMOVE,wxID_MAKEMOLECULE,
70    wxID_ASSIGNATMS2RB,wxID_ATOMSPDISAGL, wxID_ISODISP,wxID_ADDHATOM,wxID_UPDATEHATOM,
71    wxID_WAVEVARY,wxID_ATOMSROTATE, wxID_ATOMSDENSITY,
72    wxID_ATOMSSETALL, wxID_ATOMSSETSEL,
73] = [wx.NewId() for item in range(21)]
74
75[ wxID_DRAWATOMSTYLE, wxID_DRAWATOMLABEL, wxID_DRAWATOMCOLOR, wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, 
76    wxID_DRAWVIEWPOINT, wxID_DRAWTRANSFORM, wxID_DRAWDELETE, wxID_DRAWFILLCELL, 
77    wxID_DRAWADDEQUIV, wxID_DRAWFILLCOORD, wxID_DRAWDISAGLTOR,  wxID_DRAWPLANE,
78    wxID_DRAWDISTVP, wxID_DRAWADDSPHERE,
79] = [wx.NewId() for item in range(14)]
80
81[ wxID_DRAWRESTRBOND, wxID_DRAWRESTRANGLE, wxID_DRAWRESTRPLANE, wxID_DRAWRESTRCHIRAL,
82] = [wx.NewId() for item in range(4)]
83
84[ wxID_ADDMCSAATOM,wxID_ADDMCSARB,wxID_CLEARMCSARB,wxID_MOVEMCSA,wxID_MCSACLEARRESULTS,
85] = [wx.NewId() for item in range(5)]
86
87[ wxID_CLEARTEXTURE,wxID_REFINETEXTURE,
88] = [wx.NewId() for item in range(2)]
89
90[ wxID_LOADDIFFAX,wxID_LAYERSIMULATE,wxID_SEQUENCESIMULATE, wxID_COPYPHASE,
91] = [wx.NewId() for item in range(4)]
92
93[ wxID_PAWLEYLOAD, wxID_PAWLEYESTIMATE, wxID_PAWLEYUPDATE, wxID_PAWLEYSELALL, wxID_PAWLEYSELNONE,
94  wxID_PAWLEYSELTOGGLE,
95] = [wx.NewId() for item in range(6)]
96
97[ wxID_IMCALIBRATE,wxID_IMRECALIBRATE,wxID_IMINTEGRATE, wxID_IMCLEARCALIB,wxID_IMRECALIBALL, 
98    wxID_IMCOPYCONTROLS, wxID_INTEGRATEALL, wxID_IMSAVECONTROLS, wxID_IMLOADCONTROLS, wxID_IMAUTOINTEG,
99    wxID_IMCOPYSELECTED, wxID_SAVESELECTEDCONTROLS,
100] = [wx.NewId() for item in range(12)]
101
102[ wxID_MASKCOPY, wxID_MASKSAVE, wxID_MASKLOAD, wxID_NEWMASKSPOT,wxID_NEWMASKARC,wxID_NEWMASKRING,
103    wxID_NEWMASKFRAME, wxID_NEWMASKPOLY,  wxID_MASKLOADNOT,
104] = [wx.NewId() for item in range(9)]
105
106[ wxID_STRSTACOPY, wxID_STRSTAFIT, wxID_STRSTASAVE, wxID_STRSTALOAD,wxID_STRSTSAMPLE,
107    wxID_APPENDDZERO,wxID_STRSTAALLFIT,wxID_UPDATEDZERO,wxID_STRSTAPLOT,
108] = [wx.NewId() for item in range(9)]
109
110[ wxID_BACKCOPY,wxID_LIMITCOPY, wxID_SAMPLECOPY, wxID_SAMPLECOPYSOME, wxID_BACKFLAGCOPY, wxID_SAMPLEFLAGCOPY,
111    wxID_SAMPLESAVE, wxID_SAMPLELOAD,wxID_ADDEXCLREGION,wxID_SETSCALE,wxID_SAMPLE1VAL,wxID_ALLSAMPLELOAD,
112    wxID_MAKEBACKRDF,
113] = [wx.NewId() for item in range(13)]
114
115[ wxID_INSTPRMRESET,wxID_CHANGEWAVETYPE,wxID_INSTCOPY, wxID_INSTFLAGCOPY, wxID_INSTLOAD,
116    wxID_INSTSAVE, wxID_INST1VAL, wxID_INSTCALIB,wxID_INSTSAVEALL,
117] = [wx.NewId() for item in range(9)]
118
119[ wxID_UNDO,wxID_LSQPEAKFIT,wxID_LSQONECYCLE,wxID_RESETSIGGAM,wxID_CLEARPEAKS,wxID_AUTOSEARCH,
120    wxID_PEAKSCOPY, wxID_SEQPEAKFIT,
121] = [wx.NewId() for item in range(8)]
122
123[  wxID_INDXRELOAD, wxID_INDEXPEAKS, wxID_REFINECELL, wxID_COPYCELL, wxID_MAKENEWPHASE,
124    wxID_EXPORTCELLS,
125] = [wx.NewId() for item in range(6)]
126
127[ wxID_CONSTRAINTADD,wxID_EQUIVADD,wxID_HOLDADD,wxID_FUNCTADD,wxID_ADDRIDING,
128  wxID_CONSPHASE, wxID_CONSHIST, wxID_CONSHAP, wxID_CONSGLOBAL,wxID_EQUIVALANCEATOMS,
129] = [wx.NewId() for item in range(10)]
130
131[ wxID_RESTRAINTADD, wxID_RESTSELPHASE,wxID_RESTDELETE, wxID_RESRCHANGEVAL, 
132    wxID_RESTCHANGEESD,wxID_AARESTRAINTADD,wxID_AARESTRAINTPLOT,
133] = [wx.NewId() for item in range(7)]
134
135[ wxID_RIGIDBODYADD,wxID_DRAWDEFINERB,wxID_RIGIDBODYIMPORT,wxID_RESIDUETORSSEQ,
136    wxID_AUTOFINDRESRB,wxID_GLOBALRESREFINE,wxID_RBREMOVEALL,wxID_COPYRBPARMS,
137    wxID_GLOBALTHERM,wxID_VECTORBODYADD
138] = [wx.NewId() for item in range(10)]
139
140[ wxID_RENAMESEQSEL,wxID_SAVESEQSEL,wxID_SAVESEQSELCSV,wxID_SAVESEQCSV,wxID_PLOTSEQSEL,
141  wxID_ORGSEQSEL,wxADDSEQVAR,wxDELSEQVAR,wxEDITSEQVAR,wxCOPYPARFIT,wxID_AVESEQSEL,
142  wxADDPARFIT,wxDELPARFIT,wxEDITPARFIT,wxDOPARFIT,wxADDSEQDIST,wxADDSEQANGLE
143] = [wx.NewId() for item in range(17)]
144
145[ wxID_MODELCOPY,wxID_MODELFIT,wxID_MODELADD,wxID_ELEMENTADD,wxID_ELEMENTDELETE,
146    wxID_ADDSUBSTANCE,wxID_LOADSUBSTANCE,wxID_DELETESUBSTANCE,wxID_COPYSUBSTANCE,
147    wxID_MODELUNDO,wxID_MODELFITALL,wxID_MODELCOPYFLAGS,
148] = [wx.NewId() for item in range(12)]
149
150[ wxID_SELECTPHASE,wxID_PWDHKLPLOT,wxID_PWD3DHKLPLOT,wxID_3DALLHKLPLOT,wxID_MERGEHKL,
151] = [wx.NewId() for item in range(5)]
152
153[ wxID_PDFCOPYCONTROLS, wxID_PDFSAVECONTROLS, wxID_PDFLOADCONTROLS, 
154    wxID_PDFCOMPUTE, wxID_PDFCOMPUTEALL, wxID_PDFADDELEMENT, wxID_PDFDELELEMENT,
155] = [wx.NewId() for item in range(7)]
156
157[ wxID_MCRON,wxID_MCRLIST,wxID_MCRSAVE,wxID_MCRPLAY,
158] = [wx.NewId() for item in range(4)]
159
160VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
161
162commonTrans = {'abc':np.eye(3),'a-cb':np.array([[1,0,0],[0,0,-1],[0,1,0]]),
163    'ba-c':np.array([[0,1,0],[1,0,0],[0,0,-1]]),'-cba':np.array([[0,0,-1],[0,1,0],[1,0,0]]),
164    'bca':np.array([[0,1,0],[0,0,1],[1,0,0]]),'cab':np.array([[0,0,1],[1,0,0],[0,1,0]]),
165    'P->R':np.array([[1,-1,0],[0,1,-1],[1,1,1]]),'R->P':np.array([[2./3,1./3,1./3],[-1./3,1./3,1./3],[-1./3,-2./3,1./3]]),
166    'P->A':np.array([[-1,0,0],[0,-1,1],[0,1,1]]),'R->O':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]),
167    'P->B':np.array([[-1,0,1],[0,-1,0],[1,0,1]]),'B->P':np.array([[-.5,0,.5],[0,-1,0],[.5,0,.5]]),
168    'P->C':np.array([[1,1,0],[1,-1,0],[0,0,-1]]),'C->P':np.array([[.5,.5,0],[.5,-.5,0],[0,0,-1]]),
169    'P->F':np.array([[-1,1,1],[1,-1,1],[1,1,-1]]),'F->P':np.array([[0,.5,.5],[.5,0,.5],[.5,.5,0]]),   
170    'P->I':np.array([[0,1,1],[1,0,1],[1,1,0]]),'I->P':np.array([[-.5,.5,.5],[.5,-.5,.5],[.5,.5,-.5]]),   
171    'A->P':np.array([[-1,0,0],[0,-.5,.5],[0,.5,.5]]),'O->R':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]), 
172    'abc*':np.eye(3), }
173commonNames = ['abc','bca','cab','a-cb','ba-c','-cba','P->A','A->P','P->B','B->P','P->C','C->P',
174    'P->I','I->P','P->F','F->P','P->R','R->P','R->O','O->R','abc*',]
175
176# Should SGMessageBox, SymOpDialog, DisAglDialog be moved?
177
178################################################################################
179#### GSAS-II class definitions
180################################################################################
181
182class SGMessageBox(wx.Dialog):
183    ''' Special version of MessageBox that displays space group & super space group text
184    in two blocks
185    '''
186    def __init__(self,parent,title,text,table,):
187        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
188            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
189        self.text = text
190        self.table = table
191        self.panel = wx.Panel(self)
192        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
193        mainSizer.Add((0,10))
194        for line in text:
195            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
196        ncol = self.table[0].count(',')+1
197        tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
198        for j,item in enumerate(self.table):
199            num,flds = item.split(')')
200            tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s  '%(num+')')),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
201            flds = flds.replace(' ','').split(',')
202            for i,fld in enumerate(flds):
203                if i < ncol-1:
204                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
205                else:
206                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s'%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
207            if not j%2:
208                tableSizer.Add((20,0))
209        mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_LEFT)
210        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
211        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
212        OKbtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
213        OKbtn.SetDefault()
214        btnsizer.AddButton(OKbtn)
215        btnsizer.Realize()
216        mainSizer.Add((0,10))
217        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
218        self.panel.SetSizer(mainSizer)
219        self.panel.Fit()
220        self.Fit()
221        size = self.GetSize()
222        self.SetSize([size[0]+20,size[1]])
223
224    def Show(self):
225        '''Use this method after creating the dialog to post it
226        '''
227        self.ShowModal()
228        return
229
230    def OnOk(self,event):
231        parent = self.GetParent()
232        parent.Raise()
233        self.EndModal(wx.ID_OK)
234
235class SGMagSpinBox(wx.Dialog):
236    ''' Special version of MessageBox that displays magnetic spin text
237    '''
238    def __init__(self,parent,title,text,table,names,spins,):
239        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
240            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER,size=wx.Size(420,350))
241        self.text = text
242        self.table = table
243        self.names = names
244        self.spins = spins
245        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)
246        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
247        mainSizer.Add((0,10))
248        first = text[0].split(':')[-1].strip()
249        cents = [0,]
250        if 'P' != first[0]:
251            cents = text[-1].split(';')
252        for line in text:
253            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
254        try:
255            nops = self.names.index(' 1bar ')
256        except ValueError:
257            nops = len(self.names)
258        ncol = self.table[0].count(',')+2
259        for ic,cent in enumerate(cents):
260            if cent:
261                cent = cent.strip(' (').strip(')+\n') 
262                mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' for (%s)+'%(cent)),0,WACV)
263            tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
264            for j,item in enumerate(self.table):
265                flds = item.split(')')[1]
266                tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  (%2d)  '%(j+1)),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
267                flds = flds.replace(' ','').split(',')
268                for i,fld in enumerate(flds):
269                    if i < ncol-1:
270                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld))
271                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
272                    else:
273                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s '%(fld))
274                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
275                text = wx.StaticText(self.panel,label=' (%s) '%(self.names[j]))
276                if self.spins[j+ic*len(self.table)] < 0:
277                    text.SetForegroundColour('Red')
278                tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
279                if not j%2:
280                    tableSizer.Add((20,0))
281            mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
282           
283        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
284        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
285        OKbtn.SetDefault()
286        btnsizer.AddButton(OKbtn)
287        btnsizer.Realize()
288        mainSizer.Add((0,10))
289        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
290        self.panel.SetSizer(mainSizer)
291        size = np.array(self.GetSize())
292        self.panel.SetupScrolling()
293        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
294        self.panel.SetSize(size)
295        self.panel.SetAutoLayout(1)
296
297    def Show(self):
298        '''Use this method after creating the dialog to post it
299        '''
300        self.ShowModal()
301        return   
302
303################################################################################
304class SymOpDialog(wx.Dialog):
305    '''Class to select a symmetry operator
306    '''
307    def __init__(self,parent,SGData,New=True,ForceUnit=False):
308        wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,'Select symmetry operator',
309            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
310        panel = wx.Panel(self)
311        self.SGData = SGData
312        self.New = New
313        self.Force = ForceUnit
314        self.OpSelected = [0,0,0,[0,0,0],False,False]
315        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
316        if ForceUnit:
317            choice = ['No','Yes']
318            self.force = wx.RadioBox(panel,-1,'Force to unit cell?',choices=choice)
319            self.force.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
320            mainSizer.Add(self.force,0,WACV|wx.TOP,5)
321#        if SGData['SGInv']:
322        choice = ['No','Yes']
323        self.inv = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose inversion?',choices=choice)
324        self.inv.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
325        mainSizer.Add(self.inv,0,WACV)
326        if SGData['SGLatt'] != 'P':
327            LattOp = G2spc.Latt2text(SGData['SGLatt']).split(';')
328            self.latt = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose cell centering?',choices=LattOp)
329            self.latt.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
330            mainSizer.Add(self.latt,0,WACV)
331        if SGData['SGLaue'] in ['-1','2/m','mmm','4/m','4/mmm']:
332            Ncol = 2
333        else:
334            Ncol = 3
335        OpList = []
336        for Opr in SGData['SGOps']:
337            OpList.append(G2spc.MT2text(Opr))
338        self.oprs = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose space group operator?',choices=OpList,
339            majorDimension=Ncol)
340        self.oprs.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
341        mainSizer.Add(self.oprs,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
342        mainSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,"   Choose unit cell?"),0,WACV)
343        cellSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
344        cellName = ['X','Y','Z']
345        self.cell = []
346        for i in range(3):
347            self.cell.append(wx.SpinCtrl(panel,-1,cellName[i],size=wx.Size(50,20)))
348            self.cell[-1].SetRange(-3,3)
349            self.cell[-1].SetValue(0)
350            self.cell[-1].Bind(wx.EVT_SPINCTRL, self.OnOpSelect)
351            cellSizer.Add(self.cell[-1],0,WACV)
352        mainSizer.Add(cellSizer,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
353        if self.New:
354            choice = ['No','Yes']
355            self.new = wx.RadioBox(panel,-1,'Generate new positions?',choices=choice)
356            self.new.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
357            mainSizer.Add(self.new,0,WACV)
358
359        OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
360        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
361        cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
362        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
363        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
364        btnSizer.Add((20,20),1)
365        btnSizer.Add(OkBtn)
366        btnSizer.Add((20,20),1)
367        btnSizer.Add(cancelBtn)
368        btnSizer.Add((20,20),1)
369
370        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
371        panel.SetSizer(mainSizer)
372        panel.Fit()
373        self.Fit()
374
375    def OnOpSelect(self,event):
376#        if self.SGData['SGInv']:
377        self.OpSelected[0] = self.inv.GetSelection()
378        if self.SGData['SGLatt'] != 'P':
379            self.OpSelected[1] = self.latt.GetSelection()
380        self.OpSelected[2] = self.oprs.GetSelection()
381        for i in range(3):
382            self.OpSelected[3][i] = float(self.cell[i].GetValue())
383        if self.New:
384            self.OpSelected[4] = self.new.GetSelection()
385        if self.Force:
386            self.OpSelected[5] = self.force.GetSelection()
387
388    def GetSelection(self):
389        return self.OpSelected
390
391    def OnOk(self,event):
392        parent = self.GetParent()
393        parent.Raise()
394        self.EndModal(wx.ID_OK)
395
396    def OnCancel(self,event):
397        parent = self.GetParent()
398        parent.Raise()
399        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
400       
401################################################################################
402class SphereEnclosure(wx.Dialog):
403    ''' Add atoms within sphere of enclosure to drawing
404   
405    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
406    :param general: general data (includes drawing data)
407    :param atoms: drawing atoms data
408    :param indx: list of selected atoms (may be empty)
409   
410    '''
411    def __init__(self,parent,general,drawing,indx):
412        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
413            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
414        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
415        self.General = general
416        self.Drawing = drawing
417        self.indx = indx
418        self.Sphere = 1.0
419        self.centers = []
420        self.atomTypes = [[item,True] for item in self.General['AtomTypes']]
421       
422        self.Draw()
423       
424    def Draw(self):
425       
426        def OnRadius(event):
427            event.Skip()
428            try:
429                val = float(radius.GetValue())
430                if val < 0.5:
431                    raise ValueError
432                self.Sphere = val
433            except ValueError:
434                pass
435            radius.SetValue('%.3f'%(self.Sphere))
436           
437        def OnAtomType(event):
438            Obj = event.GetEventObject()
439            id = Ind[Obj.GetId()]
440            self.atomTypes[id][1] = Obj.GetValue()
441       
442        self.panel.Destroy()
443        self.panel = wx.Panel(self)
444        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
445        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere of enclosure controls:'),0,WACV)
446        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
447        atoms = []
448        if len(self.indx):
449            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at atoms: '),0,WACV)
450            cx,ct,cs = self.Drawing['atomPtrs'][:3]
451#            print self.Drawing.keys()
452            for id in self.indx:
453                atom = self.Drawing['Atoms'][id]
454                self.centers.append(atom[cx:cx+3])
455                atoms.append('%s(%s)'%(atom[ct-1],atom[cs-1]))
456            topSizer.Add(wx.ComboBox(self.panel,choices=atoms,value=atoms[0],
457                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN),0,WACV)
458        else:
459            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at drawing view point'),0,WACV)
460            self.centers.append(self.Drawing['viewPoint'][0])
461        mainSizer.Add(topSizer,0,WACV)
462        sphereSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
463        sphereSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere radius: '),0,WACV)
464        radius = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f'%(self.Sphere),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
465        radius.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRadius)
466        radius.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRadius)
467        sphereSizer.Add(radius,0,WACV)
468        mainSizer.Add(sphereSizer,0,WACV)
469        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target selected atoms:'),0,WACV)
470        atSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
471        Ind = {}
472        for i,item in enumerate(self.atomTypes):
473            atm = wx.CheckBox(self.panel,label=item[0])
474            atm.SetValue(item[1])
475            atm.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnAtomType)
476            Ind[atm.GetId()] = i
477            atSizer.Add(atm,0,WACV)
478        mainSizer.Add(atSizer,0,WACV)
479       
480        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
481        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
482        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
483        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
484        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
485        btnSizer.Add((20,20),1)
486        btnSizer.Add(OkBtn)
487        btnSizer.Add((20,20),1)
488        btnSizer.Add(cancelBtn)
489        btnSizer.Add((20,20),1)
490       
491        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
492        self.panel.SetSizer(mainSizer)
493        self.panel.Fit()
494        self.Fit()
495       
496    def GetSelection(self):
497        used = []
498        for atm in self.atomTypes:
499            if atm[1]:
500                used.append(str(atm[0]))
501        return self.centers,self.Sphere,used
502
503    def OnOk(self,event):
504        parent = self.GetParent()
505        parent.Raise()
506        self.EndModal(wx.ID_OK)
507
508    def OnCancel(self,event):
509        parent = self.GetParent()
510        parent.Raise()
511        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
512       
513################################################################################
514class TransformDialog(wx.Dialog):
515    ''' Phase transformation
516   
517    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
518    :param phase: phase data
519   
520    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file
521    '''
522    def __init__(self,parent,phase):
523        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
524            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
525        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
526        self.Phase = copy.deepcopy(phase)   #will be a new phase!
527#        self.Super = phase['General']['Super']
528#        if self.Super:
529#            self.Trans = np.eye(4)
530#            self.Vec = np.zeros(4)
531#        else:
532        self.Trans = np.eye(3)
533        self.Vec = np.zeros(3)
534        self.oldSpGrp = phase['General']['SGData']['SpGrp']
535        self.oldSGdata = phase['General']['SGData']
536        self.newSpGrp = self.Phase['General']['SGData']['SpGrp']
537        self.oldCell = phase['General']['Cell'][1:8]
538        self.newCell = self.Phase['General']['Cell'][1:8]
539        self.Common = 'abc'
540        self.ifMag = False
541        self.ifConstr = True
542        self.Draw()
543
544    def Draw(self):
545               
546        def OnMatValue(event):
547            event.Skip()
548            Obj = event.GetEventObject()
549            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
550            val = Obj.GetValue()
551            try:
552                if '/' in val:
553                    vals = val.split('/')
554                    self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
555                else:   
556                    self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
557            except ValueError:
558                pass
559            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
560           
561        def OnVecValue(event):
562            event.Skip()
563            Obj = event.GetEventObject()
564            iy = Ind[Obj.GetId()]
565            val = Obj.GetValue()
566            try:
567                if '/' in val:
568                    vals = val.split('/')
569                    self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
570                else:   
571                    self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
572            except ValueError:
573                pass
574            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
575               
576        def OnCommon(event):
577            Obj = event.GetEventObject()
578            self.Common = Obj.GetValue()
579            if '*' in self.Common:
580                A,B = G2lat.cell2AB(self.oldCell[:6])
581                self.newCell[2:5] = [A[2,2],90.,90.]
582                a,b = G2lat.cell2AB(self.newCell[:6])
583                self.Trans = np.inner(a.T,B)    #correct!
584                self.newSpGrp = 'P 1'
585                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(self.newSpGrp)
586                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
587            else:
588                self.Trans = commonTrans[self.Common]
589            OnTest(event)
590       
591        def OnSpaceGroup(event):
592            event.Skip()
593            Flds = SGTxt.GetValue().split()
594            Flds[0] = Flds[0].upper()
595            #get rid of extra spaces between fields first
596            for fld in Flds: fld = fld.strip()
597            SpcGp = ' '.join(Flds)
598            if SpcGp == self.newSpGrp: #didn't change it!
599                return
600            # try a lookup on the user-supplied name
601            SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpcGp)
602            if SpGrpNorm:
603                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
604            else:
605                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpcGp)
606            if SGErr:
607                text = [G2spc.SGErrors(SGErr)+'\nSpace Group set to previous']
608                SGTxt.SetValue(self.newSpGrp)
609                msg = 'Space Group Error'
610                Style = wx.ICON_EXCLAMATION
611                Text = '\n'.join(text)
612                wx.MessageBox(Text,caption=msg,style=Style)
613            else:
614                text,table = G2spc.SGPrint(SGData)
615                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
616                self.newSpGrp = SpcGp
617                SGTxt.SetValue(self.Phase['General']['SGData']['SpGrp'])
618                msg = 'Space Group Information'
619                SGMessageBox(self.panel,msg,text,table).Show()
620            if self.Phase['General']['Type'] == 'magnetic':
621                Nops = len(SGData['SGOps'])*len(SGData['SGCen'])
622                if SGData['SGInv']:
623                    Nops *= 2
624                SGData['SpnFlp'] = Nops*[1,]
625#            if self.Phase['General']['Type'] in ['modulated',]:
626#                self.Phase['General']['SuperSg'] = SetDefaultSSsymbol()
627#                self.Phase['General']['SSGData'] = G2spc.SSpcGroup(generalData['SGData'],generalData['SuperSg'])[1]
628
629        def OnTest(event):
630            self.newCell = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)
631            wx.CallAfter(self.Draw)
632           
633        def OnMag(event):
634            self.ifMag = mag.GetValue()
635           
636        def OnConstr(event):
637            self.ifConstr = constr.GetValue()
638
639        self.panel.Destroy()
640        self.panel = wx.Panel(self)
641        Ind = {}
642        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
643        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
644        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
645        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix & vector: M*X+V = X'"))
646#        if self.Super:
647#            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
648#        else:
649        commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
650        commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
651        common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames,
652            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
653        common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
654        commonSizer.Add(common,0,WACV)
655        transSizer.Add(commonSizer)
656        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
657        for iy,line in enumerate(self.Trans):
658            for ix,val in enumerate(line):
659                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
660                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
661                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
662                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
663                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
664                Trmat.Add(item)
665            Trmat.Add((25,0),0)
666            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
667                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
668            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
669            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
670            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
671            Trmat.Add(vec)
672        transSizer.Add(Trmat)
673        MatSizer.Add((10,0),0)
674        MatSizer.Add(transSizer)
675        mainSizer.Add(MatSizer)
676        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Old lattice parameters:'),0,WACV)
677        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
678            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.oldCell[0],self.oldCell[1],self.oldCell[2])),0,WACV)
679        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
680            (self.oldCell[3],self.oldCell[4],self.oldCell[5])),0,WACV)
681        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.oldCell[6])),0,WACV)
682        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' New lattice parameters:'),0,WACV)
683        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
684            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.newCell[0],self.newCell[1],self.newCell[2])),0,WACV)
685        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
686            (self.newCell[3],self.newCell[4],self.newCell[5])),0,WACV)
687        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.newCell[6])),0,WACV)
688        sgSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
689        sgSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  Space group: '),0,WACV)
690        SGTxt = wx.TextCtrl(self.panel,value=self.newSpGrp,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
691        SGTxt.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnSpaceGroup)
692        SGTxt.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnSpaceGroup)
693        sgSizer.Add(SGTxt,0,WACV)
694        mainSizer.Add(sgSizer,0,WACV)
695        if 'magnetic' not in self.Phase['General']['Type']:
696            mag = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make new phase magnetic?')
697            mag.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnMag)
698            mainSizer.Add(mag,0,WACV)
699            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
700                label=' NB: Nonmagnetic atoms will be deleted from new phase'),0,WACV)
701            constr = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make constraints between phases?')
702            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
703                label=' Constraints not correct for non-diagonal transforms'),0,WACV)
704            constr.SetValue(self.ifConstr)
705            constr.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnConstr)
706            mainSizer.Add(constr,0,WACV)
707
708        TestBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Test")
709        TestBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, OnTest)
710        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
711        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
712        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
713        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
714        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
715        btnSizer.Add((20,20),1)
716        btnSizer.Add(TestBtn)
717        btnSizer.Add((20,20),1)
718        btnSizer.Add(OkBtn)
719        btnSizer.Add((20,20),1)
720        btnSizer.Add(cancelBtn)
721        btnSizer.Add((20,20),1)
722       
723        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
724        self.panel.SetSizer(mainSizer)
725        self.panel.Fit()
726        self.Fit()
727       
728    def GetSelection(self):
729        if self.ifMag:
730            self.Phase['General']['Name'] += ' mag'
731        else:
732            self.Phase['General']['Name'] += ' %s'%(self.Common)
733        self.Phase['General']['Cell'][1:] = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)           
734        return self.Phase,self.Trans,self.Vec,self.ifMag,self.ifConstr
735
736    def OnOk(self,event):
737        parent = self.GetParent()
738        parent.Raise()
739        self.EndModal(wx.ID_OK)
740
741    def OnCancel(self,event):
742        parent = self.GetParent()
743        parent.Raise()
744        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
745################################################################################
746class UseMagAtomDialog(wx.Dialog):
747    '''Get user selected magnetic atoms after cell transformation
748    '''
749    def __init__(self,parent,Atoms,atCodes):
750        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Magnetic atom selection', 
751            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
752        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
753        self.Atoms = Atoms
754        self.atCodes = atCodes
755        self.Use = len(self.Atoms)*[True,]
756        self.Draw()
757       
758    def Draw(self):
759       
760        def OnUseChk(event):
761            Obj = event.GetEventObject()
762            iuse = Indx[Obj.GetId()]
763            self.Use[iuse] = not self.Use[iuse]
764            Obj.SetValue(self.Use[iuse])
765       
766        self.panel.Destroy()
767        self.panel = wx.Panel(self)
768        Indx = {}
769        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
770       
771        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Name, x, y, z:'),0,WACV)
772        atmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
773        for iuse,[use,atom] in enumerate(zip(self.Use,self.Atoms)):
774            useChk = wx.CheckBox(self.panel,label='Use?')
775            Indx[useChk.GetId()] = iuse
776            useChk.SetValue(use)
777            useChk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnUseChk)
778            atmSizer.Add(useChk,0,WACV)
779            text = ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%(atom[0],atom[3],atom[4],atom[5])
780            atmSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=text),0,WACV)
781        mainSizer.Add(atmSizer)
782       
783        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
784        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
785        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Use All")
786        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
787        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
788        btnSizer.Add((20,20),1)
789        btnSizer.Add(OkBtn)
790        btnSizer.Add((20,20),1)
791        btnSizer.Add(cancelBtn)
792        btnSizer.Add((20,20),1)
793       
794        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
795        self.panel.SetSizer(mainSizer)
796        self.panel.Fit()
797        self.Fit()
798       
799    def GetSelection(self):
800        useAtoms = []
801        useatCodes = []
802        for use,atom,code in zip(self.Use,self.Atoms,self.atCodes):
803            if use:
804                useAtoms.append(atom)
805                useatCodes.append(code)
806        return useAtoms,useatCodes
807
808    def OnOk(self,event):
809        parent = self.GetParent()
810        parent.Raise()
811        self.EndModal(wx.ID_OK)
812
813    def OnCancel(self,event):
814        parent = self.GetParent()
815        parent.Raise()
816        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
817           
818               
819################################################################################
820class RotationDialog(wx.Dialog):
821    ''' Get Rotate & translate matrix & vector - currently not used
822    needs rethinking - possible use to rotate a group of atoms about some
823    vector/origin + translation
824   
825    '''
826    def __init__(self,parent):
827        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Atom group rotation/translation', 
828            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
829        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
830        self.Trans = np.eye(3)
831        self.Vec = np.zeros(3)
832        self.rotAngle = 0.
833        self.rotVec = np.array([0.,0.,1.])
834        self.Expand = ''
835        self.Draw()
836
837    def Draw(self):
838
839        def OnMatValue(event):
840            event.Skip()
841            Obj = event.GetEventObject()
842            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
843            val = Obj.GetValue()
844            if '/' in val:
845                vals = val.split('/')
846                self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
847            else:   
848                self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
849            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
850           
851           
852        def OnVecValue(event):
853            event.Skip()
854            Obj = event.GetEventObject()
855            iy = Ind[Obj.GetId()]
856            val = Obj.GetValue()
857            if '/' in val:
858                vals = val.split('/')
859                self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
860            else:   
861                self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
862            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
863           
864        def OnExpand(event):
865            self.Expand = expand.GetValue()
866           
867        def OnRotAngle(event):
868            event.Skip()
869            self.rotAngle = float(rotangle.GetValue())
870            rotangle.SetValue('%5.3f'%(self.rotAngle))
871            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
872            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
873            self.Draw()
874           
875        def OnRotVec(event):
876            event.Skip()
877            vals = rotvec.GetValue()
878            vals = vals.split()
879            self.rotVec = np.array([float(val) for val in vals])
880            rotvec.SetValue('%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]))
881            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
882            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
883            self.Draw()
884           
885        self.panel.Destroy()
886        self.panel = wx.Panel(self)
887        Ind = {}
888        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
889        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
890        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
891        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix && vector: "+ \
892            "\n B*M*A*(X-V)+V = X'\n A,B: Cartesian transformation matrices"))
893        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
894        for iy,line in enumerate(self.Trans):
895            for ix,val in enumerate(line):
896                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
897                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
898                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
899                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
900                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
901                Trmat.Add(item)
902            Trmat.Add((25,0),0)
903            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
904                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
905            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
906            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
907            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
908            Trmat.Add(vec)
909        transSizer.Add(Trmat)
910        MatSizer.Add((10,0),0)
911        MatSizer.Add(transSizer)
912        mainSizer.Add(MatSizer)
913        rotationBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
914        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Rotation angle: '),0,WACV)
915        rotangle = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.rotAngle),
916            size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
917        rotangle.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotAngle)
918        rotangle.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotAngle)
919        rotationBox.Add(rotangle,0,WACV)
920        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' about vector: '),0,WACV)
921        rotvec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]),
922            size=(100,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
923        rotvec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotVec)
924        rotvec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotVec)
925        rotationBox.Add(rotvec,0,WACV)
926        mainSizer.Add(rotationBox,0,WACV)
927        expandChoice = ['','xy','xz','yz','xyz']
928        expandBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
929        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Expand -1 to +1 on: '),0,WACV)
930        expand = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Expand,choices=expandChoice,
931            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
932        expand.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnExpand)
933        expandBox.Add(expand,0,WACV)
934        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' and find unique atoms '),0,WACV)       
935        mainSizer.Add(expandBox)
936               
937        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
938        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
939        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
940        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
941        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
942        btnSizer.Add((20,20),1)
943        btnSizer.Add(OkBtn)
944        btnSizer.Add((20,20),1)
945        btnSizer.Add(cancelBtn)
946        btnSizer.Add((20,20),1)
947       
948        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
949        self.panel.SetSizer(mainSizer)
950        self.panel.Fit()
951        self.Fit()
952
953    def GetSelection(self):
954        return self.Trans,self.Vec,self.Expand
955
956    def OnOk(self,event):
957        parent = self.GetParent()
958        parent.Raise()
959        self.EndModal(wx.ID_OK)
960
961    def OnCancel(self,event):
962        parent = self.GetParent()
963        parent.Raise()
964        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)   
965       
966################################################################################
967class DIFFaXcontrols(wx.Dialog):
968    ''' Solicit items needed to prepare DIFFaX control.dif file
969    '''
970    def __init__(self,parent,ctrls,parms=None):
971        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'DIFFaX controls', 
972            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
973        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
974        self.ctrls = ctrls
975        self.calcType = 'powder pattern'
976        self.plane = 'h0l'
977        self.planeChoice = ['h0l','0kl','hhl','h-hl',]
978        self.lmax = '2'
979        self.lmaxChoice = [str(i+1) for i in range(6)]
980        self.Parms = parms
981        self.Parm = None
982        if self.Parms != None:
983            self.Parm = self.Parms[0]
984        self.parmRange = [0.,1.]
985        self.parmStep = 2
986        self.Inst = 'Gaussian'
987        self.Draw()
988       
989    def Draw(self):
990       
991        def OnCalcType(event):
992            self.calcType = calcType.GetValue()
993            wx.CallAfter(self.Draw)
994           
995        def OnPlane(event):
996            self.plane = plane.GetValue()
997           
998        def OnMaxL(event):
999            self.lmax = lmax.GetValue()
1000           
1001        def OnParmSel(event):
1002            self.Parm = parmsel.GetValue()
1003           
1004        def OnNumStep(event):
1005            self.parmStep = int(numStep.GetValue())
1006           
1007        def OnParmRange(event):
1008            event.Skip()
1009            vals = parmrange.GetValue().split()
1010            try:
1011                vals = [float(vals[0]),float(vals[1])]
1012            except ValueError:
1013                vals = self.parmRange
1014            parmrange.SetValue('%.3f %.3f'%(vals[0],vals[1]))
1015            self.parmRange = vals
1016           
1017        def OnInstSel(event):
1018            self.Inst = instsel.GetValue()
1019       
1020        self.panel.Destroy()
1021        self.panel = wx.Panel(self)
1022        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1023        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Controls for DIFFaX'),0,WACV)
1024        if self.Parms:
1025            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sequential powder pattern simulation'),0,WACV)
1026        else:
1027            calcChoice = ['powder pattern','selected area']
1028            calcSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1029            calcSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select calculation type: '),0,WACV)
1030            calcType = wx.ComboBox(self.panel,value=self.calcType,choices=calcChoice,
1031                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1032            calcType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCalcType)
1033            calcSizer.Add(calcType,0,WACV)
1034            mainSizer.Add(calcSizer)
1035        if self.Parms:
1036            parmSel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1037            parmSel.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select parameter to vary: '),0,WACV)
1038            parmsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Parm,choices=self.Parms,
1039                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1040            parmsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnParmSel)
1041            parmSel.Add(parmsel,0,WACV)
1042            mainSizer.Add(parmSel)
1043            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Enter parameter range & no. steps: '),0,WACV)
1044            parmRange =  wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1045            numChoice = [str(i+1) for i in range(10)]
1046            parmrange = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f %.3f'%(self.parmRange[0],self.parmRange[1]),
1047                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1048            parmrange.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnParmRange)
1049            parmrange.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnParmRange)
1050            parmRange.Add(parmrange,0,WACV)
1051            numStep = wx.ComboBox(self.panel,value=str(self.parmStep),choices=numChoice,
1052                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1053            numStep.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnNumStep)
1054            parmRange.Add(numStep,0,WACV)
1055            mainSizer.Add(parmRange)           
1056        if 'selected' in self.calcType:
1057            planeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1058            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select plane: '),0,WACV)
1059            plane = wx.ComboBox(self.panel,value=self.plane,choices=self.planeChoice,
1060                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1061            plane.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPlane)
1062            planeSizer.Add(plane,0,WACV)
1063            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Max. l index: '),0,WACV)
1064            lmax = wx.ComboBox(self.panel,value=self.lmax,choices=self.lmaxChoice,
1065                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1066            lmax.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaxL)
1067            planeSizer.Add(lmax,0,WACV)           
1068            mainSizer.Add(planeSizer)
1069        else:
1070            instChoice = ['None','Mean Gaussian','Gaussian',]
1071            instSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1072            instSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select instrument broadening: '),0,WACV)
1073            instsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Inst,choices=instChoice,
1074                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1075            instsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnInstSel)
1076            instSizer.Add(instsel,0,WACV)
1077            mainSizer.Add(instSizer)
1078        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1079        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1080        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1081        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1082        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1083        btnSizer.Add((20,20),1)
1084        btnSizer.Add(OkBtn)
1085        btnSizer.Add((20,20),1)
1086        btnSizer.Add(cancelBtn)
1087        btnSizer.Add((20,20),1)
1088       
1089        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1090        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1091        self.panel.Fit()
1092        self.Fit()
1093       
1094    def GetSelection(self):
1095        if 'powder' in self.calcType:
1096            return 'PWDR',self.Inst,self.Parm,self.parmRange,self.parmStep
1097        elif 'selected' in self.calcType:
1098            return 'SADP',self.plane,self.lmax
1099
1100    def OnOk(self,event):
1101        parent = self.GetParent()
1102        parent.Raise()
1103        self.EndModal(wx.ID_OK)
1104
1105    def OnCancel(self,event):
1106        parent = self.GetParent()
1107        parent.Raise()
1108        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1109           
1110       
1111################################################################################
1112class MergeDialog(wx.Dialog):
1113    ''' HKL transformation & merge dialog
1114   
1115    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1116    :param data: HKLF data
1117   
1118    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file     
1119    '''       
1120    def __init__(self,parent,data):
1121        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup HKLF merge', 
1122            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1123        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1124        self.data = data
1125        self.Super = data[1]['Super']
1126        if self.Super:
1127            self.Trans = np.eye(4)
1128        else:
1129            self.Trans = np.eye(3)
1130        self.Cent = 'noncentrosymmetric'
1131        self.Laue = '1'
1132        self.Class = 'triclinic'
1133        self.Common = 'abc'
1134        self.Draw()
1135       
1136    def Draw(self):
1137               
1138        def OnMatValue(event):
1139            event.Skip()
1140            Obj = event.GetEventObject()
1141            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
1142            self.Trans[ix,iy] = float(Obj.GetValue())
1143               
1144        def OnCent(event):
1145            Obj = event.GetEventObject()
1146            self.Cent = Obj.GetValue()
1147            self.Laue = ''
1148            wx.CallAfter(self.Draw)
1149           
1150        def OnLaue(event):
1151            Obj = event.GetEventObject()
1152            self.Laue = Obj.GetValue()
1153            wx.CallAfter(self.Draw)
1154           
1155        def OnClass(event):
1156            Obj = event.GetEventObject()
1157            self.Class = Obj.GetValue()
1158            self.Laue = ''
1159            wx.CallAfter(self.Draw)
1160           
1161        def OnCommon(event):
1162            Obj = event.GetEventObject()
1163            self.Common = Obj.GetValue()
1164            self.Trans = commonTrans[self.Common]
1165            wx.CallAfter(self.Draw)
1166       
1167        self.panel.Destroy()
1168        self.panel = wx.Panel(self)
1169        Ind = {}
1170        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1171        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1172        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1173        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" HKL Transformation matrix: M*H = H'"))
1174        if self.Super:
1175            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
1176        else:
1177            commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1178            commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
1179            common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames[:-1], #not the last one!
1180                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1181            common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
1182            commonSizer.Add(common,0,WACV)
1183            transSizer.Add(commonSizer)
1184            Trmat = wx.FlexGridSizer(3,3,0,0)
1185        for iy,line in enumerate(self.Trans):
1186            for ix,val in enumerate(line):
1187                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
1188                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1189                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
1190                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
1191                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
1192                Trmat.Add(item)
1193        transSizer.Add(Trmat)
1194        MatSizer.Add((10,0),0)
1195        MatSizer.Add(transSizer)
1196        mainSizer.Add(MatSizer)
1197        laueClass = ['triclinic','monoclinic','orthorhombic','trigonal(H)','tetragonal','hexagonal','cubic']
1198        centroLaue = {'triclinic':['-1',],'monoclinic':['2/m','1 1 2/m','2/m 1 1',],
1199            'orthorhombic':['m m m',],'trigonal(H)':['-3','-3 m 1','-3 1 m',],    \
1200            'tetragonal':['4/m','4/m m m',],'hexagonal':['6/m','6/m m m',],'cubic':['m 3','m 3 m']}
1201        noncentroLaue = {'triclinic':['1',],'monoclinic':['2','2 1 1','1 1 2','m','m 1 1','1 1 m',],
1202            'orthorhombic':['2 2 2','m m 2','m 2 m','2 m m',],
1203            'trigonal(H)':['3','3 1 2','3 2 1','3 m 1','3 1 m',],
1204            'tetragonal':['4','-4','4 2 2','4 m m','-4 2 m','-4 m 2',], \
1205            'hexagonal':['6','-6','6 2 2','6 m m','-6 m 2','-6 2 m',],'cubic':['2 3','4 3 2','-4 3 m']}
1206        centChoice = ['noncentrosymmetric','centrosymmetric']
1207        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select Laue class for new lattice:'),0,WACV)
1208        Class = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Class,choices=laueClass,
1209            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1210        Class.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnClass)
1211        mainSizer.Add(Class,0,WACV)
1212        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target Laue symmetry:'),0,WACV)
1213        Cent = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Cent,choices=centChoice,
1214            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1215        Cent.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCent)
1216        mergeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1217        mergeSizer.Add(Cent,0,WACV)
1218        mergeSizer.Add((10,0),0)
1219        Choice = centroLaue[self.Class]
1220        if 'non' in self.Cent:
1221            Choice = noncentroLaue[self.Class]
1222        Laue = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Laue,choices=Choice,
1223            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1224        Laue.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnLaue)
1225        mergeSizer.Add(Laue,0,WACV)
1226        mainSizer.Add(mergeSizer)
1227
1228        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1229        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1230        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1231        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1232        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1233        btnSizer.Add((20,20),1)
1234        if self.Laue:
1235            btnSizer.Add(OkBtn)
1236            btnSizer.Add((20,20),1)
1237        btnSizer.Add(cancelBtn)
1238        btnSizer.Add((20,20),1)
1239       
1240        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1241        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1242        self.panel.Fit()
1243        self.Fit()
1244       
1245    def GetSelection(self):
1246        return self.Trans,self.Cent,self.Laue
1247
1248    def OnOk(self,event):
1249        parent = self.GetParent()
1250        parent.Raise()
1251        self.EndModal(wx.ID_OK)
1252
1253    def OnCancel(self,event):
1254        parent = self.GetParent()
1255        parent.Raise()
1256        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1257
1258       
1259################################################################################
1260class AddHatomDialog(wx.Dialog):
1261    '''H atom addition dialog. After :meth:`ShowModal` returns, the results
1262    are found in dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1263   
1264    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1265    :param dict Neigh: a dict of atom names with list of atom name, dist pairs for neighboring atoms
1266    :param dict phase: a dict containing the phase as defined by
1267      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`   
1268    '''
1269    def __init__(self,parent,Neigh,phase):
1270        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'H atom add', 
1271            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1272        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1273        self.Neigh = Neigh
1274        self.phase = phase
1275        self.Hatoms = []
1276        self.Draw(self.Neigh,self.phase)
1277           
1278    def Draw(self,Neigh,phase):
1279        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1280        by :meth:`__init__`.
1281        '''
1282        def OnHSelect(event):
1283            Obj = event.GetEventObject()
1284            item,i = Indx[Obj.GetId()]
1285            for obj in Indx[item]:
1286                obj.SetValue(False)
1287            Obj.SetValue(True)
1288            self.Neigh[item][2] = i
1289           
1290        def OnBond(event):
1291            Obj = event.GetEventObject()
1292            inei,ibond = Indx[Obj.GetId()]
1293            self.Neigh[inei][1][0][ibond][2] = Obj.GetValue()
1294           
1295        self.panel.Destroy()
1296        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self,style = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1297        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1298        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'H atom add controls for phase %s:'%(phase['General']['Name'])),
1299            0,wx.LEFT|wx.TOP,10)
1300        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'NB: Check selections as they may not be correct'),0,WACV|wx.LEFT,10)
1301        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1," Atom:  Add # H's          Use: Neighbors, dist"),0,wx.TOP|wx.LEFT,5)
1302        nHatms = ['0','1','2','3']
1303        dataSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,0,0)
1304        Indx = {}
1305        for inei,neigh in enumerate(Neigh):
1306            dataSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' %s:  '%(neigh[0])),0,WACV)
1307            nH = 1      #for O atom
1308            if 'C' in neigh[0] or 'N' in neigh[0]:
1309                nH = 4-len(neigh[1][0])
1310            checks = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1311            Ids = []
1312            for i in range(nH+1):
1313                nHs = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=nHatms[i])
1314                if i == neigh[2]:
1315                    nHs.SetValue(True)
1316                Indx[nHs.GetId()] = [inei,i]
1317                Ids.append(nHs)
1318                nHs.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnHSelect)
1319                checks.Add(nHs,0,WACV)
1320            Indx[inei] = Ids
1321            dataSizer.Add(checks,0,WACV)
1322            lineSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1323            for ib,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1324                Bond = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=': %s, %.3f'%(bond[0],bond[1]))
1325                Bond.SetValue(bond[2])
1326                Indx[Bond.GetId()] = [inei,ib]
1327                Bond.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBond)               
1328                lineSizer.Add(Bond,0,WACV)               
1329            dataSizer.Add(lineSizer,0,WACV|wx.RIGHT,10)
1330        mainSizer.Add(dataSizer,0,wx.LEFT,5)
1331
1332        CancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Cancel')
1333        CancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1334        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Ok')
1335        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1336        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1337        btnSizer.Add((20,20),1)
1338        btnSizer.Add(OkBtn)
1339        btnSizer.Add((20,20),1)
1340        btnSizer.Add(CancelBtn)
1341        btnSizer.Add((20,20),1)
1342        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1343        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1344        size = np.array(self.GetSize())
1345        self.panel.SetupScrolling()
1346        self.panel.SetAutoLayout(1)
1347        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
1348        self.panel.SetSize(size)
1349       
1350    def GetData(self):
1351        'Returns the values from the dialog'
1352        for neigh in self.Neigh:
1353            for ibond,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1354                if not bond[2]:
1355                    neigh[1][1][1][ibond] = 0   #deselected bond
1356            neigh[1][1][1] = [a for a in  neigh[1][1][1] if a]
1357        return self.Neigh       #has #Hs to add for each entry
1358       
1359    def OnOk(self,event):
1360        'Called when the OK button is pressed'
1361        parent = self.GetParent()
1362        parent.Raise()
1363        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1364
1365    def OnCancel(self,event):
1366        parent = self.GetParent()
1367        parent.Raise()
1368        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1369
1370################################################################################
1371class DisAglDialog(wx.Dialog):
1372    '''Distance/Angle Controls input dialog. After
1373    :meth:`ShowModal` returns, the results are found in
1374    dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1375
1376    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1377    :param dict data: a dict containing the current
1378      search ranges or an empty dict, which causes default values
1379      to be used.
1380      Will be used to set element `DisAglCtls` in
1381      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`
1382    :param dict default:  A dict containing the default
1383      search ranges for each element.
1384    '''
1385    def __init__(self,parent,data,default,Reset=True):
1386        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Distance Angle Controls', 
1387            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1388        self.default = default
1389        self.Reset = Reset
1390        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1391        self._default(data,self.default)
1392        self.Draw(self.data)
1393               
1394    def _default(self,data,default):
1395        '''Set starting values for the search values, either from
1396        the input array or from defaults, if input is null
1397        '''
1398        if data:
1399            self.data = copy.deepcopy(data) # don't mess with originals
1400        else:
1401            self.data = {}
1402            self.data['Name'] = default['Name']
1403            self.data['Factors'] = [0.85,0.85]
1404            self.data['AtomTypes'] = default['AtomTypes']
1405            self.data['BondRadii'] = default['BondRadii'][:]
1406            self.data['AngleRadii'] = default['AngleRadii'][:]
1407
1408    def Draw(self,data):
1409        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1410        by :meth:`__init__`.
1411        '''
1412        self.panel.Destroy()
1413        self.panel = wx.Panel(self)
1414        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1415        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Controls for phase '+data['Name']),
1416            0,WACV|wx.LEFT,10)
1417        mainSizer.Add((10,10),1)
1418       
1419        radiiSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,5,5)
1420        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' Type'),0,WACV)
1421        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Bond radii'),0,WACV)
1422        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Angle radii'),0,WACV)
1423        self.objList = {}
1424        for id,item in enumerate(self.data['AtomTypes']):
1425            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' '+item),0,WACV)
1426            bRadii = wx.TextCtrl(self.panel,-1,value='%.3f'%(data['BondRadii'][id]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1427            self.objList[bRadii.GetId()] = ['BondRadii',id]
1428            bRadii.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnRadiiVal)
1429            bRadii.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnRadiiVal)
1430            radiiSizer.Add(bRadii,0,WACV)
1431            aRadii = wx.TextCtrl(self.panel,-1,value='%.3f'%(data['AngleRadii'][id]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1432            self.objList[aRadii.GetId()] = ['AngleRadii',id]
1433            aRadii.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnRadiiVal)
1434            aRadii.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnRadiiVal)
1435            radiiSizer.Add(aRadii,0,WACV)
1436        mainSizer.Add(radiiSizer,0,wx.EXPAND)
1437        factorSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
1438        Names = ['Bond','Angle']
1439        for i,name in enumerate(Names):
1440            factorSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,name+' search factor'),0,WACV)
1441            bondFact = wx.TextCtrl(self.panel,-1,value='%.3f'%(data['Factors'][i]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1442            self.objList[bondFact.GetId()] = ['Factors',i]
1443            bondFact.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnRadiiVal)
1444            bondFact.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnRadiiVal)
1445            factorSizer.Add(bondFact)
1446        mainSizer.Add(factorSizer,0,wx.EXPAND)
1447       
1448        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1449        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1450        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1451        btnSizer.Add((20,20),1)
1452        btnSizer.Add(OkBtn)
1453        if self.Reset:
1454            ResetBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Reset')
1455            ResetBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnReset)
1456            btnSizer.Add(ResetBtn)
1457        btnSizer.Add((20,20),1)
1458        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1459        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1460        self.panel.Fit()
1461        self.Fit()
1462   
1463    def OnRadiiVal(self,event):
1464        event.Skip()
1465        Obj = event.GetEventObject()
1466        item = self.objList[Obj.GetId()]
1467        try:
1468            self.data[item[0]][item[1]] = float(Obj.GetValue())
1469        except ValueError:
1470            pass
1471        Obj.SetValue("%.3f"%(self.data[item[0]][item[1]]))          #reset in case of error
1472       
1473    def GetData(self):
1474        'Returns the values from the dialog'
1475        return self.data
1476       
1477    def OnOk(self,event):
1478        'Called when the OK button is pressed'
1479        parent = self.GetParent()
1480        parent.Raise()
1481        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1482       
1483    def OnReset(self,event):
1484        'Called when the Reset button is pressed'
1485        data = {}
1486        self._default(data,self.default)
1487        self.Draw(self.data)
1488               
1489################################################################################
1490class ShowLSParms(wx.Dialog):
1491    '''Create frame to show least-squares parameters
1492    '''
1493    def __init__(self,parent,title,parmDict,varyList,fullVaryList,
1494                 size=(300,430)):
1495        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,size=size,
1496                           style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
1497        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1498
1499        panel = wxscroll.ScrolledPanel(
1500            self, wx.ID_ANY,
1501            #size=size,
1502            style = wx.TAB_TRAVERSAL|wx.SUNKEN_BORDER)
1503        num = len(varyList)
1504        mainSizer.Add(wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,'Number of refined variables: '+str(num)))
1505        if len(varyList) != len(fullVaryList):
1506            num = len(fullVaryList) - len(varyList)
1507            mainSizer.Add(wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,' + '+str(num)+' parameters are varied via constraints'))
1508        subSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,hgap=2,vgap=2)
1509        parmNames = parmDict.keys()
1510        parmNames.sort()
1511        subSizer.Add((-1,-1))
1512        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'Parameter name  '))
1513        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'refine?'))
1514        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'value'),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1515        explainRefine = False
1516        for name in parmNames:
1517            # skip entries without numerical values
1518            if isinstance(parmDict[name],basestring): continue
1519            try:
1520                value = G2py3.FormatSigFigs(parmDict[name])
1521            except TypeError:
1522                value = str(parmDict[name])+' -?' # unexpected
1523                #continue
1524            v = G2obj.getVarDescr(name)
1525            if v is None or v[-1] is None:
1526                subSizer.Add((-1,-1))
1527            else:               
1528                ch = G2G.HelpButton(panel,G2obj.fmtVarDescr(name))
1529                subSizer.Add(ch,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|WACV|wx.ALIGN_CENTER,1)
1530            subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,str(name)))
1531            if name in varyList:
1532                subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'R'))
1533            elif name in fullVaryList:
1534                subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'C'))
1535                explainRefine = True
1536            else:
1537                subSizer.Add((-1,-1))
1538            subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,value),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1539
1540        # finish up ScrolledPanel
1541        panel.SetSizer(subSizer)
1542        panel.SetAutoLayout(1)
1543        panel.SetupScrolling()
1544        mainSizer.Add(panel,1, wx.ALL|wx.EXPAND,1)
1545
1546        if explainRefine:
1547            mainSizer.Add(
1548                wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,
1549                          '"R" indicates a refined variable\n'+
1550                          '"C" indicates generated from a constraint'
1551                          ),
1552                0, wx.ALL,0)
1553        # make OK button
1554        btnsizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1555        btn = wx.Button(self, wx.ID_CLOSE,"Close") 
1556        btn.Bind(wx.EVT_BUTTON,self._onClose)
1557        btnsizer.Add(btn)
1558        mainSizer.Add(btnsizer, 0, wx.ALIGN_CENTER|wx.ALL, 5)
1559        # Allow window to be enlarged but not made smaller
1560        self.SetSizer(mainSizer)
1561        self.SetMinSize(self.GetSize())
1562
1563    def _onClose(self,event):
1564        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1565 
1566################################################################################
1567class DataFrame(wx.Frame):
1568    '''Create the data item window and all the entries in menus used in
1569    that window. For Linux and windows, the menu entries are created for the
1570    current data item window, but in the Mac the menu is accessed from all
1571    windows. This means that a different menu is posted depending on which
1572    data item is posted. On the Mac, all the menus contain the data tree menu
1573    items, but additional menus are added specific to the data item.
1574
1575    Note that while the menus are created here,
1576    the binding for the menus is done later in various GSASII*GUI modules,
1577    where the functions to be called are defined.
1578    '''
1579    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
1580        '''Override the Bind() function: on the Mac the binding is to
1581        the main window, so that menus operate with any window on top.
1582        For other platforms, either wrap calls that will be logged
1583        or call the default wx.Frame Bind() to bind to the menu item directly.
1584
1585        Note that bindings can be made to objects by Id or by direct reference to the
1586        object. As a convention, when bindings are to objects, they are not logged
1587        but when bindings are by Id, they are logged.
1588        '''
1589        if sys.platform == "darwin": # mac
1590            self.G2frame.Bind(eventtype,handler,*args,**kwargs)
1591            return
1592        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
1593            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self.G2frame,handler)
1594            if menulabels:
1595                #print 'intercepting bind for',handler,menulabels,kwargs['id']
1596                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.G2frame.MenuBinding,*args,**kwargs)
1597                return
1598            wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
1599       
1600    def PrefillDataMenu(self,menu,helpType,helpLbl=None,empty=False):
1601        '''Create the "standard" part of data frame menus. Note that on Linux and
1602        Windows nothing happens here. On Mac, this menu duplicates the
1603        tree menu, but adds an extra help command for the data item and a separator.
1604        '''
1605        self.datamenu = menu
1606        self.G2frame.dataMenuBars.append(menu)
1607        self.helpType = helpType
1608        self.helpLbl = helpLbl
1609        if sys.platform == "darwin": # mac                         
1610            self.G2frame.FillMainMenu(menu,addhelp=False) # add the data tree menu items
1611            if not empty:
1612                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add a separator
1613       
1614    def PostfillDataMenu(self,empty=False):
1615        '''Add the help menu to the data frame menus. Note that on Linux and
1616        Windows, this is the standard help Menu but without the update commands but adds an extra help
1617        command for the data item.
1618        On Mac, this is the entire help menu including the update commands, a separator and the
1619        extra help command for the data item.
1620        '''
1621        menu = self.datamenu
1622        helpType = self.helpType
1623        helpLbl = self.helpLbl
1624        if sys.platform == "darwin": # mac
1625            if not empty:
1626                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add another separator
1627            HelpMenu=G2G.MyHelp(self,helpType=helpType,includeTree=True,
1628                morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials'),])
1629            menu.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1630        else: # other
1631            menu.Append(menu=G2G.MyHelp(self,helpType=helpType, helpLbl=helpLbl),
1632                        title='&Help')
1633
1634    def _init_menus(self):
1635        'define all GSAS-II data frame menus'
1636
1637        # for use where no menu or data frame help is provided
1638        self.BlankMenu = wx.MenuBar()
1639       
1640        # Controls
1641        self.ControlsMenu = wx.MenuBar()
1642        self.PrefillDataMenu(self.ControlsMenu,helpType='Controls',empty=True)
1643        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1644       
1645        # Notebook
1646        self.DataNotebookMenu = wx.MenuBar() 
1647        self.PrefillDataMenu(self.DataNotebookMenu,helpType='Notebook',empty=True)
1648        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1649       
1650        # Comments
1651        self.DataCommentsMenu = wx.MenuBar()
1652        self.PrefillDataMenu(self.DataCommentsMenu,helpType='Comments',empty=True)
1653        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1654       
1655        # Constraints
1656        self.ConstraintMenu = wx.MenuBar()
1657        self.PrefillDataMenu(self.ConstraintMenu,helpType='Constraints')
1658        self.ConstraintTab = wx.Menu(title='')
1659        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintTab, title='Select tab')
1660        for id,txt in (
1661            (wxID_CONSPHASE,'Phase'),
1662            (wxID_CONSHAP,'Histogram/Phase'),
1663            (wxID_CONSHIST,'Histogram'),
1664            (wxID_CONSGLOBAL,'Global')):
1665            self.ConstraintTab.Append(
1666                id=id, kind=wx.ITEM_NORMAL,text=txt,
1667                help='Select '+txt+' constraint editing tab')
1668        self.ConstraintEdit = wx.Menu(title='')
1669        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintEdit, title='Edit Constr.') # renamed from Edit due to Mac adding extra items to menu
1670        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_HOLDADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add hold',
1671            help='Prevent refinement of parameter values')
1672        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equivalence',
1673            help='Force parameter values to be equivalent')
1674        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_CONSTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add constraint equation',
1675            help='Add a constraint equation to apply to parameter values')
1676        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_FUNCTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add New Var',
1677            help='Create a variable composed of existing parameters')
1678        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVALANCEATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make atoms equivalent',
1679            help='Force atom parameter values to be equivalent')
1680        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_EQUIVALANCEATOMS,False)
1681#        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_ADDRIDING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add H riding constraints',
1682#            help='Add H atom riding constraints between atom parameter values')
1683#        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_ADDRIDING,False)
1684        self.PostfillDataMenu()
1685
1686        # item = self.ConstraintEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update GUI')
1687        # def UpdateGSASIIconstrGUI(event):
1688        #     import GSASIIconstrGUI
1689        #     reload(GSASIIconstrGUI)
1690        #     import GSASIIobj
1691        #     reload(GSASIIobj)
1692        # self.Bind(wx.EVT_MENU,UpdateGSASIIconstrGUI,id=item.GetId())
1693
1694        # Rigid bodies
1695        self.RigidBodyMenu = wx.MenuBar()
1696        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodyMenu,helpType='Rigid bodies')
1697        self.ResidueRBMenu = wx.Menu(title='')
1698        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYIMPORT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import XYZ',
1699            help='Import rigid body XYZ from file')
1700        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RESIDUETORSSEQ, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define sequence',
1701            help='Define torsion sequence')
1702        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import residues',
1703            help='Import residue rigid bodies from macro file')
1704        self.RigidBodyMenu.Append(menu=self.ResidueRBMenu, title='Edit Body')
1705        self.PostfillDataMenu()
1706
1707        self.VectorBodyMenu = wx.MenuBar()
1708        self.PrefillDataMenu(self.VectorBodyMenu,helpType='Vector rigid bodies')
1709        self.VectorRBEdit = wx.Menu(title='')
1710        self.VectorRBEdit.Append(id=wxID_VECTORBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body',
1711            help='Add vector rigid body')
1712        self.VectorBodyMenu.Append(menu=self.VectorRBEdit, title='Edit Vector Body')
1713        self.PostfillDataMenu()
1714
1715                   
1716        # Restraints
1717        self.RestraintTab = wx.Menu(title='')
1718        self.RestraintEdit = wx.Menu(title='')
1719        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTSELPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase',
1720            help='Select phase')
1721        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add restraints',
1722            help='Add restraints')
1723        self.RestraintEdit.Enable(wxID_RESTRAINTADD,True)    #gets disabled if macromolecule phase
1724        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add residue restraints',
1725            help='Add residue based restraints for macromolecules from macro file')
1726        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTADD,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1727        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot residue restraints',
1728            help='Plot selected residue based restraints for macromolecules from macro file')
1729        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTPLOT,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1730        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESRCHANGEVAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change value',
1731            help='Change observed value')
1732        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTCHANGEESD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change esd',
1733            help='Change esd in observed value')
1734        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete restraints',
1735            help='Delete selected restraints')
1736
1737        self.RestraintMenu = wx.MenuBar()
1738        self.PrefillDataMenu(self.RestraintMenu,helpType='Restraints')
1739        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintTab, title='Select tab')
1740        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintEdit, title='Edit Restr.')
1741        self.PostfillDataMenu()
1742           
1743        # Sequential results
1744        self.SequentialMenu = wx.MenuBar()
1745        self.PrefillDataMenu(self.SequentialMenu,helpType='Sequential',helpLbl='Sequential Refinement')
1746        self.SequentialFile = wx.Menu(title='')
1747        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialFile, title='Columns')
1748        self.SequentialFile.Append(id=wxID_RENAMESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rename selected',
1749            help='Rename selected sequential refinement columns')
1750        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as text',
1751            help='Save selected sequential refinement results as a text file')
1752        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all as CSV',
1753            help='Save all sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1754        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSELCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as CSV',
1755            help='Save selected sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1756        self.SequentialFile.Append(id=wxID_PLOTSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot selected',
1757            help='Plot selected sequential refinement results')
1758        self.SequentialFile.Append(id=wxID_AVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Compute average',
1759            help='Compute average for selected parameter')           
1760        self.SequentialFile.Append(id=wxID_ORGSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reorganize',
1761            help='Reorganize variables where variables change')
1762        self.SequentialPvars = wx.Menu(title='')
1763        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPvars, title='Pseudo Vars')
1764        self.SequentialPvars.Append(
1765            id=wxADDSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Formula',
1766            help='Add a new custom pseudo-variable')
1767        self.SequentialPvars.Append(
1768            id=wxADDSEQDIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Distance',
1769            help='Add a new bond distance pseudo-variable')
1770        self.SequentialPvars.Append(
1771            id=wxADDSEQANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Angle',
1772            help='Add a new bond angle pseudo-variable')
1773        self.SequentialPvars.Append(
1774            id=wxDELSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete',
1775            help='Delete an existing pseudo-variable')
1776        self.SequentialPvars.Append(
1777            id=wxEDITSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit',
1778            help='Edit an existing pseudo-variable')
1779
1780        self.SequentialPfit = wx.Menu(title='')
1781        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPfit, title='Parametric Fit')
1782        self.SequentialPfit.Append(
1783            id=wxADDPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equation',
1784            help='Add a new equation to minimize')
1785        self.SequentialPfit.Append(
1786            id=wxCOPYPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy equation',
1787            help='Copy an equation to minimize - edit it next')
1788        self.SequentialPfit.Append(
1789            id=wxDELPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete equation',
1790            help='Delete an equation for parametric minimization')
1791        self.SequentialPfit.Append(
1792            id=wxEDITPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit equation',
1793            help='Edit an existing parametric minimization equation')
1794        self.SequentialPfit.Append(
1795            id=wxDOPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit to equation(s)',
1796            help='Perform a parametric minimization')
1797        # fill sequential Export menu
1798        self.SeqExportLookup = {}
1799        self.SequentialEx = wx.Menu(title='')
1800        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialEx, title='Seq Export')
1801        for lbl,txt in (('Phase','Export selected phase(s)'),
1802                        ('Project','Export entire sequential fit')):
1803            objlist = []
1804            for obj in self.G2frame.exporterlist:
1805                if lbl.lower() in obj.exporttype:
1806                    try:
1807                        obj.Writer
1808                    except AttributeError:
1809                        continue
1810                    objlist.append(obj)
1811            if objlist:
1812                submenu = wx.Menu()
1813                item = self.SequentialEx.AppendMenu(
1814                    wx.ID_ANY, lbl+' as',
1815                    submenu, help=txt)
1816                for obj in objlist:
1817                    item = submenu.Append(
1818                        wx.ID_ANY,
1819                        help=obj.longFormatName,
1820                        kind=wx.ITEM_NORMAL,
1821                        text=obj.formatName)
1822                    self.SeqExportLookup[item.GetId()] = (obj,lbl) # lookup table for submenu item
1823       
1824        self.PostfillDataMenu()
1825           
1826        # PWDR & SASD
1827        self.PWDRMenu = wx.MenuBar()
1828        self.PrefillDataMenu(self.PWDRMenu,helpType='PWDR Analysis',helpLbl='Powder Fit Error Analysis')
1829        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1830        self.PWDRMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1831        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1832            help='Error analysis on powder pattern')
1833        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1834            help='Copy of PWDR parameters')
1835        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PLOTCTRLCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy plot controls',
1836            help='Copy of PWDR plot controls')
1837           
1838        self.PostfillDataMenu()
1839           
1840        # HKLF
1841        self.HKLFMenu = wx.MenuBar()
1842        self.PrefillDataMenu(self.HKLFMenu,helpType='HKLF Analysis',helpLbl='HKLF Fit Error Analysis')
1843        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1844        self.HKLFMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1845        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1846            help='Error analysis on single crystal data')
1847        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_MERGEHKL,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Merge HKLs',
1848            help='Transform & merge HKLF data to new histogram')
1849        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
1850            help='Plot HKLs from single crystal data in 3D')
1851        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_3DALLHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot all 3D HKLs',
1852            help='Plot HKLs from all single crystal data in 3D')
1853        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1854            help='Copy of HKLF parameters')
1855        self.PostfillDataMenu()
1856           
1857        # PWDR / Limits
1858        self.LimitMenu = wx.MenuBar()
1859        self.PrefillDataMenu(self.LimitMenu,helpType='Limits')
1860        self.LimitEdit = wx.Menu(title='')
1861        self.LimitMenu.Append(menu=self.LimitEdit, title='Edit Limits')
1862        self.LimitEdit.Append(id=wxID_LIMITCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1863            help='Copy limits to other histograms')
1864        self.LimitEdit.Append(id=wxID_ADDEXCLREGION, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add exclude',
1865            help='Add excluded region - select a point on plot; drag to adjust')           
1866        self.PostfillDataMenu()
1867           
1868        # PDR / Background
1869        self.BackMenu = wx.MenuBar()
1870        self.PrefillDataMenu(self.BackMenu,helpType='Background')
1871        self.BackEdit = wx.Menu(title='')
1872        self.BackMenu.Append(menu=self.BackEdit, title='File')
1873        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1874            help='Copy background parameters to other histograms')
1875        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1876            help='Copy background refinement flags to other histograms')
1877        self.BackEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks',
1878            help='Move background peaks to Peak List')
1879        self.BackEdit.Append(id=wxID_MAKEBACKRDF, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot RDF',
1880            help='Plot radial distribution from differences')
1881        self.BackFixed = wx.Menu(title='') # fixed background point menu
1882        self.BackMenu.Append(menu=self.BackFixed, title='Fixed Points')
1883        self.wxID_BackPts = {}
1884        self.wxID_BackPts['Add'] = wx.NewId() # N.B. not using wxID_ global as for other menu items
1885        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Add'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Add',
1886            help='Add fixed background points with mouse clicks')
1887        self.wxID_BackPts['Move'] = wx.NewId() 
1888        item = self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Move'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Move',
1889            help='Move selected fixed background points with mouse drags')
1890        item.Check(True)
1891        self.wxID_BackPts['Del'] = wx.NewId()
1892        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Del'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Delete',
1893            help='Delete fixed background points with mouse clicks')
1894        self.wxID_BackPts['Clear'] = wx.NewId() 
1895        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Clear'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear',
1896            help='Clear fixed background points')
1897        self.wxID_BackPts['Fit'] = wx.NewId() 
1898        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Fit'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit background',
1899            help='Fit background function to fixed background points')
1900        self.PostfillDataMenu()
1901           
1902        # PDR / Instrument Parameters
1903        self.InstMenu = wx.MenuBar()
1904        self.PrefillDataMenu(self.InstMenu,helpType='Instrument Parameters')
1905        self.InstEdit = wx.Menu(title='')
1906        self.InstMenu.Append(menu=self.InstEdit, title='Operations')
1907        self.InstEdit.Append(help='Calibrate from indexed peaks', 
1908            id=wxID_INSTCALIB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')           
1909        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
1910            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')           
1911        self.InstEdit.Append(help='Load instrument profile parameters from file', 
1912            id=wxID_INSTLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load profile...')           
1913        self.InstEdit.Append(help='Save instrument profile parameters to file', 
1914            id=wxID_INSTSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save profile...')
1915        self.InstEdit.Append(help='Save all instrument profile parameters to one file', 
1916            id=wxID_INSTSAVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all profile...')           
1917        self.InstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
1918            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
1919        self.InstEdit.Append(id=wxID_INSTFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1920            help='Copy instrument parameter refinement flags to other histograms')
1921#        self.InstEdit.Append(help='Change radiation type (Ka12 - synch)',
1922#            id=wxID_CHANGEWAVETYPE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change radiation')
1923        self.InstEdit.Append(id=wxID_INST1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
1924            help='Set one instrument parameter value across multiple histograms')
1925
1926        self.PostfillDataMenu()
1927       
1928        # PDR / Sample Parameters
1929        self.SampleMenu = wx.MenuBar()
1930        self.PrefillDataMenu(self.SampleMenu,helpType='Sample Parameters')
1931        self.SampleEdit = wx.Menu(title='')
1932        self.SampleMenu.Append(menu=self.SampleEdit, title='Command')
1933        self.SetScale = self.SampleEdit.Append(id=wxID_SETSCALE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set scale',
1934            help='Set scale by matching to another histogram')
1935        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load',
1936            help='Load sample parameters from file')
1937        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLESAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save',
1938            help='Save sample parameters to file')
1939        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1940            help='Copy refinable and most other sample parameters to other histograms')
1941        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPYSOME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected...',
1942            help='Copy selected sample parameters to other histograms')
1943        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLEFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1944            help='Copy sample parameter refinement flags to other histograms')
1945        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLE1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
1946            help='Set one sample parameter value across multiple histograms')
1947        self.SampleEdit.Append(id=wxID_ALLSAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load all',
1948            help='Load sample parmameters over multiple histograms')
1949
1950        self.PostfillDataMenu()
1951        self.SetScale.Enable(False)
1952
1953        # PDR / Peak List
1954        self.PeakMenu = wx.MenuBar()
1955        self.PrefillDataMenu(self.PeakMenu,helpType='Peak List')
1956        self.PeakEdit = wx.Menu(title='')
1957        self.PeakMenu.Append(menu=self.PeakEdit, title='Peak Fitting')
1958        self.peaksSel = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
1959            help='Set refinement flags for selected peaks',
1960            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1961            text='Set sel. ref flags...')
1962        self.peaksAll = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
1963            help='Set refinement flags for all peaks',
1964            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1965            text='Set all ref flags...')
1966        self.AutoSearch = self.PeakEdit.Append(help='Automatic peak search', 
1967            id=wxID_AUTOSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto search')
1968        self.UnDo = self.PeakEdit.Append(help='Undo last least squares refinement', 
1969            id=wxID_UNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='UnDo')
1970        self.PeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit', 
1971            help='Peak fitting' )
1972        self.PFOneCycle = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQONECYCLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit one cycle', 
1973            help='One cycle of Peak fitting' )
1974        self.PeakEdit.Append(id=wxID_RESETSIGGAM, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
1975            text='Reset sig and gam',help='Reset sigma and gamma to global fit' )
1976        self.PeakCopy = self.PeakEdit.Append(help='Copy peaks to other histograms', 
1977            id=wxID_PEAKSCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peak copy')
1978        self.SeqPeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_SEQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Seq PeakFit', 
1979            help='Sequential Peak fitting for all histograms' )
1980        self.PeakEdit.Append(id=wxID_CLEARPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
1981            help='Clear the peak list' )
1982        self.PostfillDataMenu()
1983        self.UnDo.Enable(False)
1984        self.PeakFit.Enable(False)
1985        self.PFOneCycle.Enable(False)
1986        self.AutoSearch.Enable(True)
1987       
1988        # PDR / Index Peak List
1989        self.IndPeaksMenu = wx.MenuBar()
1990        self.PrefillDataMenu(self.IndPeaksMenu,helpType='Index Peak List')
1991        self.IndPeaksEdit = wx.Menu(title='')
1992        self.IndPeaksMenu.Append(menu=self.IndPeaksEdit,title='Operations')
1993        self.IndPeaksEdit.Append(help='Load/Reload index peaks from peak list',id=wxID_INDXRELOAD, 
1994            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load/Reload')
1995        self.PostfillDataMenu()
1996       
1997        # PDR / Unit Cells List
1998        self.IndexMenu = wx.MenuBar()
1999        self.PrefillDataMenu(self.IndexMenu,helpType='Unit Cells List')
2000        self.IndexEdit = wx.Menu(title='')
2001        self.IndexMenu.Append(menu=self.IndexEdit, title='Cell Index/Refine')
2002        self.IndexPeaks = self.IndexEdit.Append(help='', id=wxID_INDEXPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2003            text='Index Cell')
2004        self.CopyCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_COPYCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Cell', 
2005            help='Copy selected unit cell from indexing to cell refinement fields')
2006        self.RefineCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_REFINECELL, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
2007            text='Refine Cell',help='Refine unit cell parameters from indexed peaks')
2008        self.MakeNewPhase = self.IndexEdit.Append( id=wxID_MAKENEWPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2009            text='Make new phase',help='Make new phase from selected unit cell')
2010        self.ExportCells = self.IndexEdit.Append( id=wxID_EXPORTCELLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2011            text='Export cell list',help='Export cell list to csv file')
2012        self.PostfillDataMenu()
2013        self.IndexPeaks.Enable(False)
2014        self.CopyCell.Enable(False)
2015        self.RefineCell.Enable(False)
2016        self.MakeNewPhase.Enable(False)
2017       
2018        # PDR / Reflection Lists
2019        self.ReflMenu = wx.MenuBar()
2020        self.PrefillDataMenu(self.ReflMenu,helpType='Reflection List')
2021        self.ReflEdit = wx.Menu(title='')
2022        self.ReflMenu.Append(menu=self.ReflEdit, title='Reflection List')
2023        self.SelectPhase = self.ReflEdit.Append(help='Select phase for reflection list',id=wxID_SELECTPHASE, 
2024            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase')
2025        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWDHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot HKLs',
2026            help='Plot HKLs from powder pattern')
2027        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
2028            help='Plot HKLs from powder pattern in 3D')
2029        self.PostfillDataMenu()
2030       
2031        # SASD / Instrument Parameters
2032        self.SASDInstMenu = wx.MenuBar()
2033        self.PrefillDataMenu(self.SASDInstMenu,helpType='Instrument Parameters')
2034        self.SASDInstEdit = wx.Menu(title='')
2035        self.SASDInstMenu.Append(menu=self.SASDInstEdit, title='Operations')
2036        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
2037            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')
2038        self.SASDInstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
2039            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
2040        self.PostfillDataMenu()
2041       
2042        #SASD & REFL/ Substance editor
2043        self.SubstanceMenu = wx.MenuBar()
2044        self.PrefillDataMenu(self.SubstanceMenu,helpType='Substances')
2045        self.SubstanceEdit = wx.Menu(title='')
2046        self.SubstanceMenu.Append(menu=self.SubstanceEdit, title='Edit substance')
2047        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_LOADSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load substance',
2048            help='Load substance from file')
2049        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ADDSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add substance',
2050            help='Add new substance to list')
2051        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_COPYSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy substances',
2052            help='Copy substances')
2053        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_DELETESUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete substance',
2054            help='Delete substance from list')           
2055        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add elements',
2056            help='Add elements to substance')
2057        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete elements',
2058            help='Delete elements from substance')
2059        self.PostfillDataMenu()
2060       
2061        # SASD/ Models
2062        self.ModelMenu = wx.MenuBar()
2063        self.PrefillDataMenu(self.ModelMenu,helpType='Models')
2064        self.ModelEdit = wx.Menu(title='')
2065        self.ModelMenu.Append(menu=self.ModelEdit, title='Models')
2066        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELADD,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add',
2067            help='Add new term to model')
2068        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit',
2069            help='Fit model parameters to data')
2070        self.SasdUndo = self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELUNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Undo',
2071            help='Undo model fit')
2072        self.SasdUndo.Enable(False)           
2073        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFITALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequential fit',
2074            help='Sequential fit of model parameters to all SASD data')
2075        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
2076            help='Copy model parameters to other histograms')
2077        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2078            help='Copy model refinement flags to other histograms')
2079        self.PostfillDataMenu()
2080       
2081        # IMG / Image Controls
2082        self.ImageMenu = wx.MenuBar()
2083        self.PrefillDataMenu(self.ImageMenu,helpType='Image Controls')
2084        self.ImageEdit = wx.Menu(title='')
2085        self.ImageMenu.Append(menu=self.ImageEdit, title='Operations')
2086        self.ImageEdit.Append(help='Calibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2087            id=wxID_IMCALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')
2088        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2089            id=wxID_IMRECALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate')
2090        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate all images by fitting to calibrant lines', 
2091            id=wxID_IMRECALIBALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate all')           
2092        self.ImageEdit.Append(help='Clear calibration data points and rings',id=wxID_IMCLEARCALIB, 
2093            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear calibration')
2094        self.ImageEdit.Append(help='Integrate selected image',id=wxID_IMINTEGRATE, 
2095            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate')
2096        self.ImageEdit.Append(help='Integrate all images selected from list',id=wxID_INTEGRATEALL,
2097            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate all')
2098        self.ImageEdit.Append(help='Copy image controls to other images', 
2099            id=wxID_IMCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Controls')
2100        self.ImageEdit.Append(help='Copy selected image controls to other images', 
2101            id=wxID_IMCOPYSELECTED, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Selected')
2102        self.ImageEdit.Append(help='Save image controls to file', 
2103            id=wxID_IMSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Controls')
2104        self.ImageEdit.Append(help='Save controls from selected images to file', 
2105            id=wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Multiple Controls')
2106        self.ImageEdit.Append(help='Load image controls from file', 
2107            id=wxID_IMLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load Controls')
2108        self.ImageEdit.Append(help='Open Auto-integration window to integrate a series of images', 
2109            id=wxID_IMAUTOINTEG, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto Integrate')
2110        self.PostfillDataMenu()
2111           
2112        # IMG / Masks
2113        self.MaskMenu = wx.MenuBar()
2114        self.PrefillDataMenu(self.MaskMenu,helpType='Image Masks')
2115        self.MaskEdit = wx.Menu(title='')
2116        self.MaskMenu.Append(menu=self.MaskEdit, title='Operations')
2117        submenu = wx.Menu()
2118        self.MaskEdit.AppendMenu(
2119            wx.ID_ANY,'Create new', submenu,
2120            help=''
2121            )
2122        self.MaskEdit.Append(help='Copy mask to other images', 
2123            id=wxID_MASKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy mask')
2124        self.MaskEdit.Append(help='Save mask to file', 
2125            id=wxID_MASKSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save mask')
2126        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file', 
2127            id=wxID_MASKLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask')
2128        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file; ignore threshold', 
2129            id=wxID_MASKLOADNOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask w/o threshold')
2130        submenu.Append(help='Create an arc mask with mouse input', 
2131            id=wxID_NEWMASKARC, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Arc mask')
2132        submenu.Append(help='Create a frame mask with mouse input', 
2133            id=wxID_NEWMASKFRAME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Frame mask')
2134        submenu.Append(help='Create a polygon mask with mouse input', 
2135            id=wxID_NEWMASKPOLY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Polygon mask')
2136        submenu.Append(help='Create a ring mask with mouse input', 
2137            id=wxID_NEWMASKRING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Ring mask')
2138        submenu.Append(help='Create a spot mask with mouse input', 
2139            id=wxID_NEWMASKSPOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Spot mask')
2140        self.PostfillDataMenu()
2141           
2142        # IMG / Stress/Strain
2143        self.StrStaMenu = wx.MenuBar()
2144        self.PrefillDataMenu(self.StrStaMenu,helpType='Stress/Strain')
2145        self.StrStaEdit = wx.Menu(title='')
2146        self.StrStaMenu.Append(menu=self.StrStaEdit, title='Operations')
2147        self.StrStaEdit.Append(help='Append d-zero for one ring', 
2148            id=wxID_APPENDDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append d-zero')
2149        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data', 
2150            id=wxID_STRSTAFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit stress/strain')
2151        self.StrStaEdit.Append(help='Plot intensity distribution', 
2152            id=wxID_STRSTAPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot intensity distribution')
2153        self.StrStaEdit.Append(help='Update d-zero from ave d-zero',
2154            id=wxID_UPDATEDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update d-zero')       
2155        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data for all images', 
2156            id=wxID_STRSTAALLFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='All image fit')
2157        self.StrStaEdit.Append(help='Copy stress/strain data to other images', 
2158            id=wxID_STRSTACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy stress/strain')
2159        self.StrStaEdit.Append(help='Save stress/strain data to file', 
2160            id=wxID_STRSTASAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save stress/strain')
2161        self.StrStaEdit.Append(help='Load stress/strain data from file', 
2162            id=wxID_STRSTALOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load stress/strain')
2163        self.StrStaEdit.Append(help='Load sample data from file', 
2164            id=wxID_STRSTSAMPLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load sample data')
2165        self.PostfillDataMenu()
2166           
2167        # PDF / PDF Controls
2168        self.PDFMenu = wx.MenuBar()
2169        self.PrefillDataMenu(self.PDFMenu,helpType='PDF Controls')
2170        self.PDFEdit = wx.Menu(title='')
2171        self.PDFMenu.Append(menu=self.PDFEdit, title='PDF Controls')
2172        self.PDFEdit.Append(help='Add element to sample composition',id=wxID_PDFADDELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2173            text='Add element')
2174        self.PDFEdit.Append(help='Delete element from sample composition',id=wxID_PDFDELELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2175            text='Delete element')
2176        self.PDFEdit.Append(help='Copy PDF controls', id=wxID_PDFCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2177            text='Copy controls')
2178        self.PDFEdit.Append(help='Load PDF controls from file',id=wxID_PDFLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2179            text='Load Controls')
2180        self.PDFEdit.Append(help='Save PDF controls to file', id=wxID_PDFSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2181            text='Save controls')
2182        self.PDFEdit.Append(help='Compute PDF', id=wxID_PDFCOMPUTE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2183            text='Compute PDF')
2184        self.PDFEdit.Append(help='Compute all PDFs', id=wxID_PDFCOMPUTEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2185            text='Compute all PDFs')
2186        self.PostfillDataMenu()
2187       
2188        # Phase / General tab
2189        self.DataGeneral = wx.MenuBar()
2190        self.PrefillDataMenu(self.DataGeneral,helpType='General', helpLbl='Phase/General')
2191        self.DataGeneral.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2192        self.GeneralCalc = wx.Menu(title='')
2193        self.DataGeneral.Append(menu=self.GeneralCalc,title='Compute')
2194        self.GeneralCalc.Append(help='Compute Fourier map',id=wxID_FOURCALC, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2195            text='Fourier map')
2196        self.GeneralCalc.Append(help='Search Fourier map',id=wxID_FOURSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2197            text='Search map')
2198        self.GeneralCalc.Append(help='Run charge flipping',id=wxID_CHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2199            text='Charge flipping')
2200        self.GeneralCalc.Append(help='Run 4D charge flipping',id=wxID_4DCHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2201            text='4D Charge flipping')
2202        self.GeneralCalc.Enable(wxID_4DCHARGEFLIP,False)   
2203        self.GeneralCalc.Append(help='Clear map',id=wxID_FOURCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2204            text='Clear map')
2205        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing',id=wxID_SINGLEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2206            text='MC/SA')
2207        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing on multiprocessors',id=wxID_MULTIMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2208            text='Multi MC/SA')            #currently not useful
2209        self.GeneralCalc.Append(help='Transform crystal structure',id=wxID_TRANSFORMSTRUCTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2210            text='Transform')
2211        self.PostfillDataMenu()
2212       
2213        # Phase / Data tab
2214        self.DataMenu = wx.MenuBar()
2215        self.PrefillDataMenu(self.DataMenu,helpType='Data', helpLbl='Phase/Data')
2216        self.DataMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2217        self.DataEdit = wx.Menu(title='')
2218        self.DataMenu.Append(menu=self.DataEdit, title='Edit Phase')
2219        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy data',
2220            help='Copy phase data to other histograms')
2221        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2222            help='Copy phase data flags to other histograms')
2223        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATASELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected data',
2224            help='Copy selected phase data to other histograms')
2225        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATAUSE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select used data',
2226            help='Select all histograms to use')
2227        self.DataEdit.Append(id=wxID_PWDRADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add powder histograms',
2228            help='Select new powder histograms to be used for this phase')
2229        self.DataEdit.Append(id=wxID_HKLFADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add single crystal histograms',
2230            help='Select new single crystal histograms to be used for this phase')
2231        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove histograms',
2232            help='Remove histograms from use for this phase')
2233        self.PostfillDataMenu()
2234           
2235        # Phase / Atoms tab
2236        self.AtomsMenu = wx.MenuBar()
2237        self.PrefillDataMenu(self.AtomsMenu,helpType='Atoms')
2238        self.AtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2239        self.AtomEdit = wx.Menu(title='')
2240        self.AtomCompute = wx.Menu(title='')
2241        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomEdit, title='Edit Atoms')
2242        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomCompute, title='Compute')
2243        submenu = wx.Menu()
2244        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Atoms selection...', submenu, 
2245            help='Set/Act on selected atoms')
2246        submenu.Append(wxID_ATOMSSETSEL,
2247            help='Set refinement flags for selected atoms',
2248            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2249            text='Refine selected')
2250        submenu.Append(id=wxID_ATOMSMODIFY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Modify parameters',
2251            help='Modify parameters values for all selected atoms')
2252        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert atom',
2253            help='Inserts an H atom before all selected atoms')
2254        submenu.Append(id=wxID_ADDHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc H atoms',
2255            help='Insert H atoms in expected bonding positions for selected atoms')
2256        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atom',
2257            help='Delete selected atoms')
2258        submenu.Append(id=wxID_ATOMSTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform atoms',
2259            help='Symmetry transform selected atoms')
2260#        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSROTATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rotate atoms',
2261#            help='Select atoms to rotate first')
2262        submenu.Append(wxID_ATOMSSETALL,
2263            help='Set refinement flags for all atoms',
2264            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2265            text='Select All')
2266       
2267        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSEDITADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append atom',
2268            help='Appended as an H atom')
2269        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSVIEWADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append view point',
2270            help='Appended as an H atom')
2271        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMVIEWINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert view point',
2272            help='Select atom row to insert before; inserted as an H atom')
2273        self.AtomEdit.Append(id=wxID_UPDATEHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update H atoms',
2274            help='Update H atoms in standard positions')
2275        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected atom to view point',
2276            help='Select a single atom to be moved to view point in plot')
2277        self.AtomEdit.Append(id=wxID_MAKEMOLECULE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assemble molecule',
2278            help='Select a single atom to assemble as a molecule from scattered atom positions')
2279        self.AtomEdit.Append(id=wxID_RELOADDRAWATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reload draw atoms',
2280            help='Reload atom drawing list')
2281        submenu = wx.Menu()
2282        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Reimport atoms', submenu, 
2283            help='Reimport atoms from file; sequence must match')
2284        # setup a cascade menu for the formats that have been defined
2285        self.ReImportMenuId = {}  # points to readers for each menu entry
2286        for reader in self.G2frame.ImportPhaseReaderlist:
2287            item = submenu.Append(
2288                wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
2289                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='reimport coordinates from '+reader.formatName+' file')
2290            self.ReImportMenuId[item.GetId()] = reader
2291        item = submenu.Append(
2292            wx.ID_ANY,
2293            help='Reimport coordinates, try to determine format from file',
2294            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2295            text='guess format from file')
2296        self.ReImportMenuId[item.GetId()] = None # try all readers
2297
2298        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show Distances && Angles',
2299            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2300        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSPDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Distances && Angles',
2301            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2302        self.AtomCompute.ISOcalc = self.AtomCompute.Append(
2303            id=wxID_ISODISP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2304            text='ISODISTORT mode values',
2305            help='Compute values of ISODISTORT modes from atom parameters')
2306        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDENSITY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2307            text='Density',
2308            help='Compute density for current phase')
2309        self.PostfillDataMenu()
2310       
2311        # Phase / Imcommensurate "waves" tab
2312        self.WavesData = wx.MenuBar()
2313        self.PrefillDataMenu(self.WavesData,helpType='Wave Data', helpLbl='Imcommensurate wave data')
2314        self.WavesData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2315        self.WavesDataEdit = wx.Menu(title='')
2316        self.WavesData.Append(menu=self.WavesDataEdit, title='Edit Wave')
2317        self.WavesDataEdit.Append(id=wxID_WAVEVARY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global wave vary',
2318            help='Global setting of wave vary flags')
2319        self.PostfillDataMenu()
2320       
2321        # Phase / Layer tab
2322        self.LayerData = wx.MenuBar()
2323        self.PrefillDataMenu(self.LayerData,helpType='Layer Data', helpLbl='Stacking fault layers')
2324        self.LayerData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2325        self.LayerDataEdit = wx.Menu(title='')
2326        self.LayerData.Append(menu=self.LayerDataEdit, title='Operations')
2327        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LOADDIFFAX, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load from DIFFaX file',
2328            help='Load layer info from DIFFaX file')
2329        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_COPYPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy phase cell',
2330            help='Copy phase cell from another project')
2331        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate pattern',
2332            help='Simulate diffraction pattern from layer stacking')
2333        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_SEQUENCESIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequence simulations',
2334            help='Sequence simulation changing one parameter')
2335        self.PostfillDataMenu()
2336                 
2337        # Phase / Draw Options tab
2338        self.DataDrawOptions = wx.MenuBar()
2339        self.PrefillDataMenu(self.DataDrawOptions,helpType='Draw Options', helpLbl='Phase/Draw Options')
2340        self.DataDrawOptions.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2341        self.PostfillDataMenu()
2342       
2343        # Phase / Draw Atoms tab
2344        self.DrawAtomsMenu = wx.MenuBar()
2345        self.PrefillDataMenu(self.DrawAtomsMenu,helpType='Draw Atoms')
2346        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2347        self.DrawAtomEdit = wx.Menu(title='')
2348        self.DrawAtomCompute = wx.Menu(title='')
2349        self.DrawAtomRestraint = wx.Menu(title='')
2350        self.DrawAtomRigidBody = wx.Menu(title='')
2351        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomEdit, title='Edit Figure')
2352        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomCompute,title='Compute')
2353        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRestraint, title='Restraints')
2354        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRigidBody, title='Rigid body')
2355        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMSTYLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom style',
2356            help='Select atoms first')
2357        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMLABEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom label',
2358            help='Select atoms first')
2359        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom color',
2360            help='Select atoms first')
2361        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset atom colors',
2362            help='Resets all atom colors to defaults')
2363        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWVIEWPOINT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2364            help='View point is 1st atom selected')
2365        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDEQUIV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atoms',
2366            help='Add symmetry & cell equivalents to drawing set from selected atoms')
2367        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDSPHERE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add sphere of atoms',
2368            help='Add atoms within sphere of enclosure')
2369        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform draw atoms',
2370            help='Transform selected atoms by symmetry & cell translations')
2371        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCOORD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill CN-sphere',
2372            help='Fill coordination sphere for selected atoms')           
2373        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill unit cell',
2374            help='Fill unit cell with selected atoms')
2375        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atoms',
2376            help='Delete atoms from drawing set')
2377        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2378            help='Compute distance of selected atoms from view point')   
2379        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISAGLTOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Dist. Ang. Tors.',
2380            help='Compute distance, angle or torsion for 2-4 selected atoms')   
2381        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Best plane',
2382            help='Compute best plane for 4+ selected atoms')   
2383        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRBOND, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add bond restraint',
2384            help='Add bond restraint for selected atoms (2)')
2385        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add angle restraint',
2386            help='Add angle restraint for selected atoms (3: one end 1st)')
2387        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add plane restraint',
2388            help='Add plane restraint for selected atoms (4+)')
2389        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRCHIRAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add chiral restraint',
2390            help='Add chiral restraint for selected atoms (4: center atom 1st)')
2391        self.DrawAtomRigidBody.Append(id=wxID_DRAWDEFINERB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define rigid body',
2392            help='Define rigid body with selected atoms')
2393        self.PostfillDataMenu()
2394
2395        # Phase / MCSA tab
2396        self.MCSAMenu = wx.MenuBar()
2397        self.PrefillDataMenu(self.MCSAMenu,helpType='MC/SA')
2398        self.MCSAMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2399        self.MCSAEdit = wx.Menu(title='')
2400        self.MCSAMenu.Append(menu=self.MCSAEdit, title='MC/SA')
2401        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSAATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atom', 
2402            help='Add single atom to MC/SA model')
2403        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body', 
2404            help='Add rigid body to MC/SA model' )
2405        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_CLEARMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear rigid bodies', 
2406            help='Clear all atoms & rigid bodies from MC/SA model' )
2407        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MOVEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move MC/SA solution', 
2408            help='Move MC/SA solution to atom list' )
2409        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MCSACLEARRESULTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear results', 
2410            help='Clear table of MC/SA results' )
2411        self.PostfillDataMenu()
2412           
2413        # Phase / Texture tab
2414        self.TextureMenu = wx.MenuBar()
2415        self.PrefillDataMenu(self.TextureMenu,helpType='Texture')
2416        self.TextureMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2417        self.TextureEdit = wx.Menu(title='')
2418        self.TextureMenu.Append(menu=self.TextureEdit, title='Texture')
2419        self.TextureEdit.Append(id=wxID_REFINETEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Refine texture', 
2420            help='Refine the texture coefficients from sequential results')
2421#        self.TextureEdit.Append(id=wxID_CLEARTEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear texture',
2422#            help='Clear the texture coefficients' )
2423        self.PostfillDataMenu()
2424           
2425        # Phase / Pawley tab
2426        self.PawleyMenu = wx.MenuBar()
2427        self.PrefillDataMenu(self.PawleyMenu,helpType='Pawley')
2428        self.PawleyMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2429        self.PawleyEdit = wx.Menu(title='')
2430        self.PawleyMenu.Append(menu=self.PawleyEdit,title='Operations')
2431        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley create',
2432            help='Initialize Pawley reflection list')
2433        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYESTIMATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley estimate',
2434            help='Estimate initial Pawley intensities')
2435        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYUPDATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley update',
2436            help='Update negative Pawley intensities with -0.5*Fobs and turn off refinement')
2437        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select all',
2438            help='Select all reflections to be refined')
2439        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELNONE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select none',
2440            help='Set flag for all reflections for no refinement')
2441        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELTOGGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Toggle Selection',
2442            help='Toggle Selection flag for all reflections to opposite setting')
2443        self.PostfillDataMenu()
2444           
2445        # Phase / Map peaks tab
2446        self.MapPeaksMenu = wx.MenuBar()
2447        self.PrefillDataMenu(self.MapPeaksMenu,helpType='Map peaks')
2448        self.MapPeaksMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2449        self.MapPeaksEdit = wx.Menu(title='')
2450        self.MapPeaksMenu.Append(menu=self.MapPeaksEdit, title='Map peaks')
2451        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks', 
2452            help='Move selected peaks to atom list')
2453        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSVIEWPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2454            help='View point is 1st peak selected')
2455        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2456            help='Compute distance of selected peaks from view point')   
2457        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_SHOWBONDS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Hide bonds',
2458            help='Hide or show bonds between peak positions')   
2459        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc dist/ang', 
2460            help='Calculate distance or angle for selection')
2461        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_FINDEQVPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Equivalent peaks', 
2462            help='Find equivalent peaks')
2463        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSUNIQUE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Unique peaks', 
2464            help='Select unique set')
2465        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete peaks', 
2466            help='Delete selected peaks')
2467        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
2468            help='Clear the map peak list')
2469        self.PostfillDataMenu()
2470
2471        # Phase / Rigid bodies tab
2472        self.RigidBodiesMenu = wx.MenuBar()
2473        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodiesMenu,helpType='Rigid bodies')
2474        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2475        self.RigidBodiesEdit = wx.Menu(title='')
2476        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=self.RigidBodiesEdit, title='Edit Body')
2477        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_ASSIGNATMS2RB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assign atoms to rigid body',
2478            help='Select & position rigid body in structure of existing atoms')
2479        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_AUTOFINDRESRB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto find residues',
2480            help='Auto find of residue RBs in macromolecule')
2481        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_COPYRBPARMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy rigid body parms',
2482            help='Copy rigid body location & TLS parameters')
2483        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALTHERM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global thermal motion',
2484            help='Global setting of residue thermal motion models')
2485        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALRESREFINE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global residue refine',
2486            help='Global setting of residue RB refinement flags')
2487        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_RBREMOVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove all rigid bodies',
2488            help='Remove all rigid body assignment for atoms')
2489        self.PostfillDataMenu()
2490    # end of GSAS-II menu definitions
2491       
2492    def _init_ctrls(self, parent,name=None,size=None,pos=None):
2493        wx.Frame.__init__(
2494            self,parent=parent,
2495            #style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX | wx.FRAME_FLOAT_ON_PARENT ,
2496            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX,
2497            size=size,pos=pos,title='GSAS-II data display')
2498        self._init_menus()
2499        if name:
2500            self.SetLabel(name)
2501        self.Show()
2502       
2503    def __init__(self,parent,frame,data=None,name=None, size=None,pos=None):
2504        self.G2frame = frame
2505        self._init_ctrls(parent,name,size,pos)
2506        self.data = data
2507        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2508        Size = self.GetSize()
2509        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2510        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]+250))
2511        self.AtomGrid = []
2512        self.selectedRow = 0
2513       
2514    def setSizePosLeft(self,Width):
2515        Width = list(Width)
2516        Pos = self.GetPosition()
2517        lastSize = self.G2frame.lastSize
2518        clientSize = wx.ClientDisplayRect()     #display window size (e.g. 1304x768)
2519        Width[1] = min(Width[1],clientSize[2]-300)
2520        Width[0] = max(Width[0],300)
2521        self.SetSize(Width)
2522        if lastSize[0]:
2523            Pos[0] += lastSize[0]-Width[0]
2524        offSet = 0
2525        if Pos[0] < clientSize[2]:
2526            offSet = Pos[0]+Width[0]-clientSize[2]
2527        if offSet > 0:
2528            Pos[0] -= offSet
2529        self.SetPosition(wx.Point(Pos[0],Pos[1]))
2530        self.G2frame.lastSize = Width
2531       
2532    def Clear(self):
2533        self.ClearBackground()
2534        self.DestroyChildren()
2535                   
2536
2537################################################################################
2538#####  Notebook Tree Item editor
2539################################################################################                 
2540def UpdateNotebook(G2frame,data):
2541    '''Called when the data tree notebook entry is selected. Allows for
2542    editing of the text in that tree entry
2543    '''
2544    def OnNoteBook(event):
2545        event.Skip()
2546        data = G2frame.dataDisplay.GetValue().split('\n')
2547        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Notebook'),data)
2548        if 'nt' not in os.name:
2549            G2frame.dataDisplay.AppendText('\n')
2550                   
2551    if G2frame.dataDisplay:
2552        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2553    G2frame.dataFrame.SetLabel('Notebook')
2554    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2555        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_PROCESS_ENTER | wx.TE_DONTWRAP)
2556    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnNoteBook)
2557    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnNoteBook)
2558    for line in data:
2559        G2frame.dataDisplay.AppendText(line+"\n")
2560    G2frame.dataDisplay.AppendText('Notebook entry @ '+time.ctime()+"\n")
2561    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2562           
2563################################################################################
2564#####  Controls Tree Item editor
2565################################################################################           
2566def UpdateControls(G2frame,data):
2567    '''Edit overall GSAS-II controls in main Controls data tree entry
2568    '''
2569    #patch
2570    if 'deriv type' not in data:
2571        data = {}
2572        data['deriv type'] = 'analytic Hessian'
2573        data['min dM/M'] = 0.0001
2574        data['shift factor'] = 1.
2575        data['max cyc'] = 3       
2576        data['F**2'] = False
2577    if 'shift factor' not in data:
2578        data['shift factor'] = 1.
2579    if 'max cyc' not in data:
2580        data['max cyc'] = 3
2581    if 'F**2' not in data:
2582        data['F**2'] = False
2583    if 'Author' not in data:
2584        data['Author'] = 'no name'
2585    if 'FreePrm1' not in data:
2586        data['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
2587    if 'FreePrm2' not in data:
2588        data['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
2589    if 'FreePrm3' not in data:
2590        data['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
2591    if 'Copy2Next' not in data:
2592        data['Copy2Next'] = False
2593    if 'Reverse Seq' not in data:
2594        data['Reverse Seq'] = False
2595    if 'UsrReject' not in data:
2596        data['UsrReject'] = {'minF/sig':0,'MinExt':0.01,'MaxDF/F':20.,'MaxD':500.,'MinD':0.05}
2597    if 'HatomFix' not in data:
2598        data['HatomFix'] = False
2599    if 'Marquardt' not in data:
2600        data['Marquardt'] = -3
2601   
2602    #end patch
2603
2604    def SeqSizer():
2605       
2606        def OnSelectData(event):
2607            choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['PWDR','HKLF',])
2608            sel = []
2609            try:
2610                if 'Seq Data' in data:
2611                    for item in data['Seq Data']:
2612                        sel.append(choices.index(item))
2613                    sel = [choices.index(item) for item in data['Seq Data']]
2614            except ValueError:  #data changed somehow - start fresh
2615                sel = []
2616            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential refinement',
2617                'Select dataset to include',choices)
2618            dlg.SetSelections(sel)
2619            names = []
2620            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2621                for sel in dlg.GetSelections():
2622                    names.append(choices[sel])
2623                data['Seq Data'] = names               
2624                G2frame.EnableSeqRefineMenu()
2625            dlg.Destroy()
2626            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2627           
2628        def OnReverse(event):
2629            data['Reverse Seq'] = reverseSel.GetValue()
2630           
2631        def OnCopySel(event):
2632            data['Copy2Next'] = copySel.GetValue() 
2633                   
2634        seqSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2635        dataSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2636        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Sequential Refinement: '),0,WACV)
2637        selSeqData = wx.Button(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Select data')
2638        selSeqData.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnSelectData)
2639        dataSizer.Add(selSeqData,0,WACV)
2640        SeqData = data.get('Seq Data',[])
2641        if not SeqData:
2642            lbl = ' (no data selected)'
2643        else:
2644            lbl = ' ('+str(len(SeqData))+' dataset(s) selected)'
2645
2646        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=lbl),0,WACV)
2647        seqSizer.Add(dataSizer,0)
2648        if SeqData:
2649            selSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2650            reverseSel = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Reverse order?')
2651            reverseSel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnReverse)
2652            reverseSel.SetValue(data['Reverse Seq'])
2653            selSizer.Add(reverseSel,0,WACV)
2654            copySel =  wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Copy results to next histogram?')
2655            copySel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnCopySel)
2656            copySel.SetValue(data['Copy2Next'])
2657            selSizer.Add(copySel,0,WACV)
2658            seqSizer.Add(selSizer,0)
2659        return seqSizer
2660       
2661    def LSSizer():       
2662       
2663        def OnDerivType(event):
2664            data['deriv type'] = derivSel.GetValue()
2665            derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2666            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2667           
2668        def OnConvergence(event):
2669            event.Skip()
2670            try:
2671                value = max(1.e-9,min(1.0,float(Cnvrg.GetValue())))
2672            except ValueError:
2673                value = 0.0001
2674            data['min dM/M'] = value
2675            Cnvrg.SetValue('%.2g'%(value))
2676           
2677        def OnMaxCycles(event):
2678            data['max cyc'] = int(maxCyc.GetValue())
2679            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2680           
2681        def OnMarqLam(event):
2682            data['Marquardt'] = int(marqLam.GetValue())
2683            marqLam.SetValue(str(data['Marquardt']))
2684                       
2685        def OnFactor(event):
2686            event.Skip()
2687            try:
2688                value = min(max(float(Factr.GetValue()),0.00001),100.)
2689            except ValueError:
2690                value = 1.0
2691            data['shift factor'] = value
2692            Factr.SetValue('%.5f'%(value))
2693           
2694        def OnFsqRef(event):
2695            data['F**2'] = fsqRef.GetValue()
2696           
2697        def OnHatomFix(event):
2698            data['HatomFix'] = Hfix.GetValue()
2699       
2700        def OnUsrRej(event):
2701            event.Skip()
2702            Obj = event.GetEventObject()
2703            item,limits = Indx[Obj]
2704            try:
2705                value = min(max(float(Obj.GetValue()),limits[0]),limits[1])
2706            except ValueError:
2707                value = data['UsrReject'][item]
2708            data['UsrReject'][item] = value
2709            Obj.SetValue('%.2f'%(value))
2710
2711        LSSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,vgap=5,hgap=5)
2712        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement derivatives: '),0,WACV)
2713        Choice=['analytic Jacobian','numeric','analytic Hessian']
2714        derivSel = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['deriv type'],choices=Choice,
2715            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2716        derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2717        derivSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnDerivType)
2718           
2719        LSSizer.Add(derivSel,0,WACV)
2720        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min delta-M/M: '),0,WACV)
2721        Cnvrg = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2g'%(data['min dM/M']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2722        Cnvrg.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnConvergence)
2723        Cnvrg.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnConvergence)
2724        LSSizer.Add(Cnvrg,0,WACV)
2725        Indx = {}
2726        if 'Hessian' in data['deriv type']:
2727            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max cycles: '),0,WACV)
2728            Choice = ['0','1','2','3','5','10','15','20']
2729            maxCyc = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['max cyc']),choices=Choice,
2730                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2731#            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2732            maxCyc.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxCycles)
2733            LSSizer.Add(maxCyc,0,WACV)
2734            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial lambda = 10**'),0,WACV)
2735            MarqChoice = ['-3','-2','-1','0','1','2','3','4']
2736            marqLam = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['Marquardt']),choices=MarqChoice,
2737                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2738            marqLam.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMarqLam)
2739            LSSizer.Add(marqLam,0,WACV)
2740        else:
2741            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial shift factor: '),0,WACV)
2742            Factr = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.5f'%(data['shift factor']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2743            Factr.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFactor)
2744            Factr.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFactor)
2745            LSSizer.Add(Factr,0,WACV)
2746        if G2frame.Sngl:
2747            userReject = data['UsrReject']
2748            usrRej = {'minF/sig':[' Min obs/sig (0-5): ',[0,5], ],'MinExt':[' Min extinct. (0-.9): ',[0,.9],],
2749                'MaxDF/F':[' Max delt-F/sig (3-1000): ',[3.,1000.],],'MaxD':[' Max d-spacing (3-500): ',[3,500],],
2750                'MinD':[' Min d-spacing (0.1-2.0): ',[0.1,2.0],]}
2751
2752            fsqRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Refine HKLF as F^2? ')
2753            fsqRef.SetValue(data['F**2'])
2754            fsqRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnFsqRef)
2755            LSSizer.Add(fsqRef,0,WACV)
2756            LSSizer.Add((1,0),)
2757            for item in usrRej:
2758                LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,label=usrRej[item][0]),0,WACV)
2759                usrrej = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2f'%(userReject[item]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2760                Indx[usrrej] = [item,usrRej[item][1]]
2761                usrrej.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnUsrRej)
2762                usrrej.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnUsrRej)
2763                LSSizer.Add(usrrej,0,WACV)
2764#        Hfix = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Regularize H atoms? ')
2765#        Hfix.SetValue(data['HatomFix'])
2766#        Hfix.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnHatomFix)
2767#        LSSizer.Add(Hfix,0,WACV)   #for now
2768        return LSSizer
2769       
2770    def AuthSizer():
2771
2772        def OnAuthor(event):
2773            event.Skip()
2774            data['Author'] = auth.GetValue()
2775
2776        Author = data['Author']
2777        authSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2778        authSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' CIF Author (last, first):'),0,WACV)
2779        auth = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value=Author,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2780        auth.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnAuthor)
2781        auth.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnAuthor)
2782        authSizer.Add(auth,0,WACV)
2783        return authSizer
2784       
2785       
2786    if G2frame.dataDisplay:
2787        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2788    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2789        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2790        Status.SetStatusText('')
2791    G2frame.dataFrame.SetLabel('Controls')
2792    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
2793    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ControlsMenu)
2794    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2795    mainSizer.Add((5,5),0)
2796    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement Controls:'),0,WACV)   
2797    mainSizer.Add(LSSizer())
2798    mainSizer.Add((5,5),0)
2799    mainSizer.Add(SeqSizer())
2800    mainSizer.Add((5,5),0)
2801    mainSizer.Add(AuthSizer())
2802    mainSizer.Add((5,5),0)
2803       
2804    mainSizer.Layout()   
2805    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2806    G2frame.dataDisplay.SetSize(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
2807    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
2808     
2809################################################################################
2810#####  Comments
2811################################################################################           
2812       
2813def UpdateComments(G2frame,data):                   
2814
2815    if G2frame.dataDisplay:
2816        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2817    G2frame.dataFrame.SetLabel('Comments')
2818    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2819        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY|wx.TE_DONTWRAP)
2820    for line in data:
2821        if '\n' not in line:
2822            G2frame.dataDisplay.AppendText(line+'\n')
2823        else:
2824            G2frame.dataDisplay.AppendText(line)
2825    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2826           
2827################################################################################
2828#####  Display of Sequential Results
2829################################################################################           
2830       
2831def UpdateSeqResults(G2frame,data,prevSize=None):
2832    """
2833    Called when the Sequential Results data tree entry is selected
2834    to show results from a sequential refinement.
2835   
2836    :param wx.Frame G2frame: main GSAS-II data tree windows
2837
2838    :param dict data: a dictionary containing the following items: 
2839
2840            * 'histNames' - list of histogram names in order as processed by Sequential Refinement
2841            * 'varyList' - list of variables - identical over all refinements in sequence
2842              note that this is the original list of variables, prior to processing
2843              constraints.
2844            * 'variableLabels' -- a dict of labels to be applied to each parameter
2845              (this is created as an empty dict if not present in data).
2846            * keyed by histName - dictionaries for all data sets processed, which contains:
2847
2848              * 'variables'- result[0] from leastsq call
2849              * 'varyList' - list of variables passed to leastsq call (not same as above)
2850              * 'sig' - esds for variables
2851              * 'covMatrix' - covariance matrix from individual refinement
2852              * 'title' - histogram name; same as dict item name
2853              * 'newAtomDict' - new atom parameters after shifts applied
2854              * 'newCellDict' - refined cell parameters after shifts to A0-A5 from Dij terms applied'
2855    """
2856
2857    def GetSampleParms():
2858        '''Make a dictionary of the sample parameters are not the same over the
2859        refinement series.
2860        '''
2861        if 'IMG' in histNames[0]:
2862            sampleParmDict = {'Sample load':[],}
2863        else:
2864            sampleParmDict = {'Temperature':[],'Pressure':[],'Time':[],
2865                'FreePrm1':[],'FreePrm2':[],'FreePrm3':[],'Omega':[],
2866                'Chi':[],'Phi':[],'Azimuth':[],}
2867        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
2868            GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
2869        sampleParm = {}
2870        for name in histNames:
2871            if 'IMG' in name:
2872                for item in sampleParmDict:
2873                    sampleParmDict[item].append(data[name]['parmDict'].get(item,0))
2874            else:
2875                Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
2876                sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
2877                for item in sampleParmDict:
2878                    sampleParmDict[item].append(sampleData.get(item,0))
2879        for item in sampleParmDict:
2880            frstValue = sampleParmDict[item][0]
2881            if np.any(np.array(sampleParmDict[item])-frstValue):
2882                if item.startswith('FreePrm'):
2883                    sampleParm[Controls[item]] = sampleParmDict[item]
2884                else:
2885                    sampleParm[item] = sampleParmDict[item]
2886        return sampleParm
2887
2888    def GetColumnInfo(col):
2889        '''returns column label, lists of values and errors (or None) for each column in the table
2890        for plotting. The column label is reformatted from Unicode to MatPlotLib encoding
2891        '''
2892        colName = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
2893        plotName = variableLabels.get(colName,colName)
2894        plotName = plotSpCharFix(plotName)
2895        return plotName,colList[col],colSigs[col]
2896           
2897    def PlotSelect(event):
2898        'Plots a row (covariance) or column on double-click'
2899        cols = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
2900        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2901        if cols:
2902            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2903        elif rows:
2904            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
2905            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
2906        else:
2907            G2frame.ErrorDialog(
2908                'Select row or columns',
2909                'Nothing selected in table. Click on column or row label(s) to plot. N.B. Grid selection can be a bit funky.'
2910                )
2911           
2912    def OnPlotSelSeq(event):
2913        'plot the selected columns or row from menu command'
2914        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2915        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2916        if cols:
2917            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2918        elif rows:
2919            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
2920            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
2921        else:
2922            G2frame.ErrorDialog(
2923                'Select columns',
2924                'No columns or rows selected in table. Click on row or column labels to select fields for plotting.'
2925                )
2926               
2927    def OnAveSelSeq(event):
2928        'average the selected columns from menu command'
2929        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2930        if cols:
2931            for col in cols:
2932                ave = np.mean(GetColumnInfo(col)[1])
2933                sig = np.std(GetColumnInfo(col)[1])
2934                print ' Average for '+G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)+': '+'%.6g'%(ave)+' +/- '+'%.6g'%(sig)
2935        else:
2936            G2frame.ErrorDialog(
2937                'Select columns',
2938                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for averaging.'
2939                )
2940               
2941    def OnRenameSelSeq(event):
2942        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2943        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(c) for c in cols]
2944        newNames = colNames[:]
2945        for i,name in enumerate(colNames):
2946            if name in variableLabels:
2947                newNames[i] = variableLabels[name]
2948        if not cols:
2949            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
2950                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for rename.')
2951            return
2952        dlg = G2G.MultiStringDialog(G2frame.dataDisplay,'Set column names',colNames,newNames)
2953        if dlg.Show():
2954            newNames = dlg.GetValues()           
2955            variableLabels.update(dict(zip(colNames,newNames)))
2956        data['variableLabels'] = variableLabels
2957        dlg.Destroy()
2958        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
2959        G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2960           
2961    def OnReOrgSelSeq(event):
2962        'Reorder the columns'
2963        G2G.GetItemOrder(G2frame,VaryListChanges,vallookup,posdict)   
2964        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
2965
2966    def OnSaveSelSeqCSV(event):
2967        'export the selected columns to a .csv file from menu command'
2968        OnSaveSelSeq(event,csv=True)
2969       
2970    def OnSaveSeqCSV(event):
2971        'export all columns to a .csv file from menu command'
2972        OnSaveSelSeq(event,csv=True,allcols=True)
2973       
2974    def OnSaveSelSeq(event,csv=False,allcols=False):
2975        'export the selected columns to a .txt or .csv file from menu command'
2976        def WriteCSV():
2977            def WriteList(headerItems):
2978                line = ''
2979                for lbl in headerItems:
2980                    if line: line += ','
2981                    line += '"'+lbl+'"'
2982                return line
2983            head = ['name']
2984            for col in cols:
2985                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
2986                # get rid of labels that have Unicode characters
2987                if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in item]): item = '?'
2988                if col in havesig:
2989                    head += [item,'esd-'+item]
2990                else:
2991                    head += [item]
2992            SeqFile.write(WriteList(head)+'\n')
2993            for row,name in enumerate(saveNames):
2994                line = '"'+saveNames[row]+'"'
2995                for col in cols:
2996                    if col in havesig:
2997                        line += ','+str(saveData[col][row])+','+str(saveSigs[col][row])
2998                    else:
2999                        line += ','+str(saveData[col][row])
3000                SeqFile.write(line+'\n')
3001        def WriteSeq():
3002            lenName = len(saveNames[0])
3003            line = %s  '%('name'.center(lenName))
3004            for col in cols:
3005                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3006                if col in havesig:
3007                    line += ' %12s %12s '%(item.center(12),'esd'.center(12))
3008                else:
3009                    line += ' %12s '%(item.center(12))
3010            SeqFile.write(line+'\n')
3011            for row,name in enumerate(saveNames):
3012                line = " '%s' "%(saveNames[row])
3013                for col in cols:
3014                    if col in havesig:
3015                        line += ' %12.6f %12.6f '%(saveData[col][row],saveSigs[col][row])
3016                    else:
3017                        line += ' %12.6f '%saveData[col][row]
3018                SeqFile.write(line+'\n')
3019
3020        # start of OnSaveSelSeq code
3021        if allcols:
3022            cols = range(G2frame.SeqTable.GetNumberCols())
3023        else:
3024            cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3025        nrows = G2frame.SeqTable.GetNumberRows()
3026        if not cols:
3027            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
3028                             'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for output.')
3029            return
3030        saveNames = [G2frame.SeqTable.GetRowLabelValue(r) for r in range(nrows)]
3031        saveData = {}
3032        saveSigs = {}
3033        havesig = []
3034        for col in cols:
3035            name,vals,sigs = GetColumnInfo(col)
3036            saveData[col] = vals
3037            if sigs:
3038                havesig.append(col)
3039                saveSigs[col] = sigs
3040        if csv:
3041            wild = 'CSV output file (*.csv)|*.csv'
3042        else:
3043            wild = 'Text output file (*.txt)|*.txt'
3044        pth = G2G.GetExportPath(G2frame)
3045        dlg = wx.FileDialog(
3046            G2frame,
3047            'Choose text output file for your selection', pth, '', 
3048            wild,wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
3049        try:
3050            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3051                SeqTextFile = dlg.GetPath()
3052                SeqTextFile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,SeqTextFile) 
3053                SeqFile = open(SeqTextFile,'w')
3054                if csv:
3055                    WriteCSV()
3056                else:
3057                    WriteSeq()
3058                SeqFile.close()
3059        finally:
3060            dlg.Destroy()
3061               
3062    def striphist(var,insChar=''):
3063        'strip a histogram number from a var name'
3064        sv = var.split(':')
3065        if len(sv) <= 1: return var
3066        if sv[1]:
3067            sv[1] = insChar
3068        return ':'.join(sv)
3069       
3070    def plotSpCharFix(lbl):
3071        'Change selected unicode characters to their matplotlib equivalent'
3072        for u,p in [
3073            (u'\u03B1',r'$\alpha$'),
3074            (u'\u03B2',r'$\beta$'),
3075            (u'\u03B3',r'$\gamma$'),
3076            (u'\u0394\u03C7',r'$\Delta\chi$'),
3077            ]:
3078            lbl = lbl.replace(u,p)
3079        return lbl
3080   
3081    def SelectXaxis():
3082        'returns a selected column number (or None) as the X-axis selection'
3083        ncols = G2frame.SeqTable.GetNumberCols()
3084        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(r) for r in range(ncols)]
3085        dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(
3086            G2frame.dataDisplay,
3087            'Select x-axis parameter for plot or Cancel for sequence number',
3088            'Select X-axis',
3089            colNames)
3090        try:
3091            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3092                col = dlg.GetSelection()
3093            else:
3094                col = None
3095        finally:
3096            dlg.Destroy()
3097        return col
3098   
3099    def EnablePseudoVarMenus():
3100        'Enables or disables the PseudoVar menu items that require existing defs'
3101        if Controls['SeqPseudoVars']:
3102            val = True
3103        else:
3104            val = False
3105        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxDELSEQVAR,val)
3106        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxEDITSEQVAR,val)
3107
3108    def DelPseudoVar(event):
3109        'Ask the user to select a pseudo var expression to delete'
3110        choices = Controls['SeqPseudoVars'].keys()
3111        selected = G2G.ItemSelector(
3112            choices,G2frame.dataFrame,
3113            multiple=True,
3114            title='Select expressions to remove',
3115            header='Delete expression')
3116        if selected is None: return
3117        for item in selected:
3118            del Controls['SeqPseudoVars'][choices[item]]
3119        if selected:
3120            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3121
3122    def EditPseudoVar(event):
3123        'Edit an existing pseudo var expression'
3124        choices = Controls['SeqPseudoVars'].keys()
3125        if len(choices) == 1:
3126            selected = 0
3127        else:
3128            selected = G2G.ItemSelector(
3129                choices,G2frame.dataFrame,
3130                multiple=False,
3131                title='Select an expression to edit',
3132                header='Edit expression')
3133        if selected is not None:
3134            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3135                G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3136                Controls['SeqPseudoVars'][choices[selected]],
3137                header="Edit the PseudoVar expression",
3138                VarLabel="PseudoVar #"+str(selected+1),
3139                fit=False)
3140            newobj = dlg.Show(True)
3141            if newobj:
3142                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3143                del Controls['SeqPseudoVars'][choices[selected]]
3144                Controls['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = newobj
3145                UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3146       
3147    def AddNewPseudoVar(event):
3148        'Create a new pseudo var expression'
3149        dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3150            G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3151            header='Enter an expression for a PseudoVar here',
3152            VarLabel = "New PseudoVar",
3153            fit=False)
3154        obj = dlg.Show(True)
3155        dlg.Destroy()
3156        if obj:
3157            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3158            Controls['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = obj
3159            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3160           
3161    def AddNewDistPseudoVar(event):
3162        obj = None
3163        dlg = G2exG.BondDialog(
3164            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3165            header='Select a Bond here',
3166            VarLabel = "New Bond")
3167        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3168            pName,Oatom,Tatom = dlg.GetSelection()
3169            if Tatom:
3170                Phase = Phases[pName]
3171                General = Phase['General']
3172                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3173                pId = Phase['pId']
3174                SGData = General['SGData']
3175                sB = Tatom.find('(')+1
3176                symNo = 0
3177                if sB:
3178                    sF = Tatom.find(')')
3179                    symNo = int(Tatom[sB:sF])
3180                cellNo = [0,0,0]
3181                cB = Tatom.find('[')
3182                if cB>0:
3183                    cF = Tatom.find(']')+1
3184                    cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3185                Atoms = Phase['Atoms']
3186                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3187                oId = aNames.index(Oatom)
3188                tId = aNames.index(Tatom.split(' +')[0])
3189                # create an expression object
3190                obj = G2obj.ExpressionObj()
3191                obj.expression = 'Dist(%s,\n%s)'%(Oatom,Tatom.split(' d=')[0].replace(' ',''))
3192                obj.distance_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNo,'cellNo':cellNo}
3193                obj.distance_atoms = [oId,tId]
3194        else: 
3195            dlg.Destroy()
3196            return
3197        dlg.Destroy()
3198        if obj:
3199            Controls['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3200            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3201
3202    def AddNewAnglePseudoVar(event):
3203        obj = None
3204        dlg = G2exG.AngleDialog(
3205            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3206            header='Enter an Angle here',
3207            VarLabel = "New Angle")
3208        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3209            pName,Oatom,Tatoms = dlg.GetSelection()
3210            if Tatoms:
3211                Phase = Phases[pName]
3212                General = Phase['General']
3213                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3214                pId = Phase['pId']
3215                SGData = General['SGData']
3216                Atoms = Phase['Atoms']
3217                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3218                tIds = []
3219                symNos = []
3220                cellNos = []
3221                oId = aNames.index(Oatom)
3222                Tatoms = Tatoms.split(';')
3223                for Tatom in Tatoms:
3224                    sB = Tatom.find('(')+1
3225                    symNo = 0
3226                    if sB:
3227                        sF = Tatom.find(')')
3228                        symNo = int(Tatom[sB:sF])
3229                    symNos.append(symNo)
3230                    cellNo = [0,0,0]
3231                    cB = Tatom.find('[')
3232                    if cB>0:
3233                        cF = Tatom.find(']')+1
3234                        cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3235                    cellNos.append(cellNo)
3236                    tIds.append(aNames.index(Tatom.split('+')[0]))
3237                # create an expression object
3238                obj = G2obj.ExpressionObj()
3239                obj.expression = 'Angle(%s,%s,\n%s)'%(Tatoms[0],Oatom,Tatoms[1])
3240                obj.angle_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNos,'cellNo':cellNos}
3241                obj.angle_atoms = [oId,tIds]
3242        else: 
3243            dlg.Destroy()
3244            return
3245        dlg.Destroy()
3246        if obj:
3247            Controls['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3248            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3249           
3250    def UpdateParmDict(parmDict):
3251        '''generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values,
3252        because they might be needed to evaluate the pseudovar
3253        '''
3254        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3255                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3256                     )
3257        delList = []
3258        phaselist = []
3259        for item in parmDict: 
3260            if ':' not in item: continue
3261            key = item.split(':')
3262            if len(key) < 3: continue
3263            # remove the dA[xyz] terms, they would only bring confusion
3264            if key[2].startswith('dA'):
3265                delList.append(item)
3266            # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3267            elif key[2] in Ddict:
3268                if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3269                akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3270                parmDict[akey] -= parmDict[item]
3271                delList.append(item)
3272        for item in delList:
3273            del parmDict[item]               
3274        for i in phaselist:
3275            pId = int(i)
3276            # apply cell symmetry
3277            A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],parmDict,zeroDict[pId])
3278            # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3279            for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3280                if i in uniqCellIndx[pId]:
3281                    lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3282                    parmDict[lbl] = val
3283            lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3284            parmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3285        return parmDict
3286
3287    def EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict,sampleDict,var,ESD):
3288        '''Evaluate an expression derivative with respect to a
3289        GSAS-II variable name.
3290
3291        Note this likely could be faster if the loop over calcobjs were done
3292        inside after the Dict was created.
3293        '''
3294        step = ESD/10
3295        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3296                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3297                     )
3298        results = []
3299        phaselist = []
3300        VparmDict = sampleDict.copy()
3301        for incr in step,-step:
3302            VparmDict.update(parmDict.copy())           
3303            # as saved, the parmDict has updated 'A[xyz]' values, but 'dA[xyz]'
3304            # values are not zeroed: fix that!
3305            VparmDict.update({item:0.0 for item in parmDict if 'dA' in item})
3306            VparmDict[var] += incr
3307            G2mv.Dict2Map(VparmDict,[]) # apply constraints
3308            # generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values now, because they might
3309            # needed to evaluate the pseudovar
3310            for item in VparmDict:
3311                if item in sampleDict:
3312                    continue 
3313                if ':' not in item: continue
3314                key = item.split(':')
3315                if len(key) < 3: continue
3316                # apply any new shifts to atom positions
3317                if key[2].startswith('dA'):
3318                    VparmDict[''.join(item.split('d'))] += VparmDict[item]
3319                    VparmDict[item] = 0.0
3320                # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3321                if key[2] in Ddict:
3322                    if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3323                    akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3324                    VparmDict[akey] -= VparmDict[item]
3325            for i in phaselist:
3326                pId = int(i)
3327                # apply cell symmetry
3328                A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],VparmDict,zeroDict[pId])
3329                # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3330                for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3331                    if i in uniqCellIndx[pId]:
3332                        lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3333                        VparmDict[lbl] = val
3334                lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3335                VparmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3336            # dict should be fully updated, use it & calculate
3337            calcobj.SetupCalc(VparmDict)
3338            results.append(calcobj.EvalExpression())
3339        return (results[0] - results[1]) / (2.*step)
3340       
3341    def EnableParFitEqMenus():
3342        'Enables or disables the Parametric Fit menu items that require existing defs'
3343        if Controls['SeqParFitEqList']:
3344            val = True
3345        else:
3346            val = False
3347        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDELPARFIT,val)
3348        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxEDITPARFIT,val)
3349        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDOPARFIT,val)
3350
3351    def ParEqEval(Values,calcObjList,varyList):
3352        '''Evaluate the parametric expression(s)
3353        :param list Values: a list of values for each variable parameter
3354        :param list calcObjList: a list of :class:`GSASIIobj.ExpressionCalcObj`
3355          expression objects to evaluate
3356        :param list varyList: a list of variable names for each value in Values
3357        '''
3358        result = []
3359        for calcobj in calcObjList:
3360            calcobj.UpdateVars(varyList,Values)
3361            result.append((calcobj.depVal-calcobj.EvalExpression())/calcobj.depSig)
3362        return result
3363
3364    def DoParEqFit(event,eqObj=None):
3365        'Parametric fit minimizer'
3366        varyValueDict = {} # dict of variables and their initial values
3367        calcObjList = [] # expression objects, ready to go for each data point
3368        if eqObj is not None:
3369            eqObjList = [eqObj,]
3370        else:
3371            eqObjList = Controls['SeqParFitEqList']
3372        UseFlags = G2frame.SeqTable.GetColValues(0)         
3373        for obj in eqObjList:
3374            expr = obj.expression
3375            # assemble refined vars for this equation
3376            varyValueDict.update({var:val for var,val in obj.GetVariedVarVal()})
3377            # lookup dependent var position
3378            depVar = obj.GetDepVar()
3379            if depVar in colLabels:
3380                indx = colLabels.index(depVar)
3381            else:
3382                raise Exception('Dependent variable '+depVar+' not found')
3383            # assemble a list of the independent variables
3384            indepVars = obj.GetIndependentVars()
3385            # loop over each datapoint
3386            for j,row in enumerate(zip(*colList)):
3387                if not UseFlags[j]: continue
3388                # assemble equations to fit
3389                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3390                # prepare a dict of needed independent vars for this expression
3391                indepVarDict = {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3392                calcobj.SetupCalc(indepVarDict)               
3393                # values and sigs for current value of dependent var
3394                calcobj.depVal = row[indx]
3395                calcobj.depSig = colSigs[indx][j]
3396                calcObjList.append(calcobj)
3397        # varied parameters
3398        varyList = varyValueDict.keys()
3399        values = varyValues = [varyValueDict[key] for key in varyList]
3400        if not varyList:
3401            print 'no variables to refine!'
3402            return
3403        try:
3404            result = so.leastsq(ParEqEval,varyValues,full_output=True,   #ftol=Ftol,
3405                                args=(calcObjList,varyList)
3406                                )
3407            values = result[0]
3408            covar = result[1]
3409            if covar is None:
3410                raise Exception
3411            esdDict = {}
3412            for i,avar in enumerate(varyList):
3413                esdDict[avar] = np.sqrt(covar[i,i])
3414        except:
3415            print('====> Fit failed')
3416            return
3417        print('==== Fit Results ====')
3418        for obj in eqObjList:
3419            obj.UpdateVariedVars(varyList,values)
3420            ind = '      '
3421            print('  '+obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression)
3422            for var in obj.assgnVars:
3423                print(ind+var+' = '+obj.assgnVars[var])
3424            for var in obj.freeVars:
3425                avar = "::"+obj.freeVars[var][0]
3426                val = obj.freeVars[var][1]
3427                if obj.freeVars[var][2]:
3428                    print(ind+var+' = '+avar + " = " + G2mth.ValEsd(val,esdDict[avar]))
3429                else:
3430                    print(ind+var+' = '+avar + " =" + G2mth.ValEsd(val,0))
3431        # create a plot for each parametric variable
3432        for fitnum,obj in enumerate(eqObjList):
3433            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3434            # lookup dependent var position
3435            indx = colLabels.index(obj.GetDepVar())
3436            # assemble a list of the independent variables
3437            indepVars = obj.GetIndependentVars()           
3438            # loop over each datapoint
3439            fitvals = []
3440            for j,row in enumerate(zip(*colList)):
3441                calcobj.SetupCalc(
3442                    {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3443                    )
3444                fitvals.append(calcobj.EvalExpression())
3445            G2plt.PlotSelectedSequence(
3446                G2frame,[indx],GetColumnInfo,SelectXaxis,
3447                fitnum,fitvals)
3448
3449    def SingleParEqFit(eqObj):
3450        DoParEqFit(None,eqObj)
3451
3452    def DelParFitEq(event):
3453        'Ask the user to select function to delete'
3454        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3455        selected = G2G.ItemSelector(
3456            txtlst,G2frame.dataFrame,
3457            multiple=True,
3458            title='Select a parametric equation(s) to remove',
3459            header='Delete equation')
3460        if selected is None: return
3461        Controls['SeqParFitEqList'] = [obj for i,obj in enumerate(Controls['SeqParFitEqList']) if i not in selected]
3462        EnableParFitEqMenus()
3463        if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3464       
3465    def EditParFitEq(event):
3466        'Edit an existing parametric equation'
3467        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3468        if len(txtlst) == 1:
3469            selected = 0
3470        else:
3471            selected = G2G.ItemSelector(
3472                txtlst,G2frame.dataFrame,
3473                multiple=False,
3474                title='Select a parametric equation to edit',
3475                header='Edit equation')
3476        if selected is not None:
3477            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3478                G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3479                Controls['SeqParFitEqList'][selected],
3480                depVarDict=depVarDict,
3481                header="Edit the formula for this minimization function",
3482                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3483            newobj = dlg.Show(True)
3484            if newobj:
3485                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3486                Controls['SeqParFitEqList'][selected] = newobj
3487                EnableParFitEqMenus()
3488            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3489
3490    def AddNewParFitEq(event):
3491        'Create a new parametric equation to be fit to sequential results'
3492
3493        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3494        usedvarlist = []
3495        for obj in Controls['SeqParFitEqList']:
3496            for var in obj.freeVars:
3497                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3498
3499        dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3500            G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3501            depVarDict=depVarDict,
3502            header='Define an equation to minimize in the parametric fit',
3503            ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit],
3504            usedVars=usedvarlist)
3505        obj = dlg.Show(True)
3506        dlg.Destroy()
3507        if obj:
3508            Controls['SeqParFitEqList'].append(obj)
3509            EnableParFitEqMenus()
3510            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3511               
3512    def CopyParFitEq(event):
3513        'Copy an existing parametric equation to be fit to sequential results'
3514        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3515        usedvarlist = []
3516        for obj in Controls['SeqParFitEqList']:
3517            for var in obj.freeVars:
3518                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3519        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3520        if len(txtlst) == 1:
3521            selected = 0
3522        else:
3523            selected = G2G.ItemSelector(
3524                txtlst,G2frame.dataFrame,
3525                multiple=False,
3526                title='Select a parametric equation to copy',
3527                header='Copy equation')
3528        if selected is not None:
3529            newEqn = copy.deepcopy(Controls['SeqParFitEqList'][selected])
3530            for var in newEqn.freeVars:
3531                newEqn.freeVars[var][0] = G2obj.MakeUniqueLabel(newEqn.freeVars[var][0],usedvarlist)
3532            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3533                G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3534                newEqn,
3535                depVarDict=depVarDict,
3536                header="Edit the formula for this minimization function",
3537                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3538            newobj = dlg.Show(True)
3539            if newobj:
3540                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3541                Controls['SeqParFitEqList'].append(newobj)
3542                EnableParFitEqMenus()
3543            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3544                                           
3545    def GridSetToolTip(row,col):
3546        '''Routine to show standard uncertainties for each element in table
3547        as a tooltip
3548        '''
3549        if colSigs[col]:
3550            return u'\u03c3 = '+str(colSigs[col][row])
3551        return ''
3552       
3553    def GridColLblToolTip(col):
3554        '''Define a tooltip for a column. This will be the user-entered value
3555        (from data['variableLabels']) or the default name
3556        '''
3557        if col < 0 or col > len(colLabels):
3558            print 'Illegal column #',col
3559            return
3560        var = colLabels[col]
3561        return variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3562       
3563    def SetLabelString(event):
3564        '''Define or edit the label for a column in the table, to be used
3565        as a tooltip and for plotting
3566        '''
3567        col = event.GetCol()
3568        if col < 0 or col > len(colLabels):
3569            return
3570        var = colLabels[col]
3571        lbl = variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3572        dlg = G2G.SingleStringDialog(G2frame.dataFrame,'Set variable label',
3573                                 'Set a new name for variable '+var,lbl,size=(400,-1))
3574        if dlg.Show():
3575            variableLabels[var] = dlg.GetValue()
3576        dlg.Destroy()
3577
3578    def DoSequentialExport(event):
3579        '''Event handler for all Sequential Export menu items
3580        '''
3581        vals = G2frame.dataFrame.SeqExportLookup.get(event.GetId())
3582        if vals is None:
3583            print('Error: Id not found. This should not happen!')
3584        G2IO.ExportSequential(G2frame,data,*vals)
3585   
3586    #def GridRowLblToolTip(row): return 'Row ='+str(row)
3587   
3588    # lookup table for unique cell parameters by symmetry
3589    cellGUIlist = [
3590        [['m3','m3m'],(0,)],
3591        [['3R','3mR'],(0,3)],
3592        [['3','3m1','31m','6/m','6/mmm','4/m','4/mmm'],(0,2)],
3593        [['mmm'],(0,1,2)],
3594        [['2/m'+'a'],(0,1,2,3)],
3595        [['2/m'+'b'],(0,1,2,4)],
3596        [['2/m'+'c'],(0,1,2,5)],
3597        [['-1'],(0,1,2,3,4,5)],
3598        ]
3599    # cell labels
3600    cellUlbl = ('a','b','c',u'\u03B1',u'\u03B2',u'\u03B3') # unicode a,b,c,alpha,beta,gamma
3601
3602    #======================================================================
3603    # start processing sequential results here (UpdateSeqResults)
3604    #======================================================================
3605    if not data:
3606        print 'No sequential refinement results'
3607        return
3608    variableLabels = data.get('variableLabels',{})
3609    data['variableLabels'] = variableLabels
3610    Histograms,Phases = G2frame.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3611    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
3612    # create a place to store Pseudo Vars & Parametric Fit functions, if not present
3613    if 'SeqPseudoVars' not in Controls: Controls['SeqPseudoVars'] = {}
3614    if 'SeqParFitEqList' not in Controls: Controls['SeqParFitEqList'] = []
3615    histNames = data['histNames']
3616    if G2frame.dataDisplay:
3617        G2frame.dataDisplay.Destroy()
3618    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3619        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3620        Status.SetStatusText("Select column to export; Double click on column to plot data; on row for Covariance")
3621    sampleParms = GetSampleParms()
3622
3623    # make dict of varied atom coords keyed by absolute position
3624    newAtomDict = data[histNames[0]].get('newAtomDict',{}) # dict with atom positions; relative & absolute
3625    # Possible error: the next might need to be data[histNames[0]]['varyList']
3626    # error will arise if there constraints on coordinates?
3627    atomLookup = {newAtomDict[item][0]:item for item in newAtomDict if item in data['varyList']}
3628   
3629    # make dict of varied cell parameters equivalents
3630    ESDlookup = {} # provides the Dij term for each Ak term (where terms are refined)
3631    Dlookup = {} # provides the Ak term for each Dij term (where terms are refined)
3632    # N.B. These Dij vars are missing a histogram #
3633    newCellDict = data[histNames[0]].get('newCellDict',{})
3634    for item in newCellDict:
3635        if item in data['varyList']:
3636            ESDlookup[newCellDict[item][0]] = item
3637            Dlookup[item] = newCellDict[item][0]
3638    # add coordinate equivalents to lookup table
3639    for parm in atomLookup:
3640        Dlookup[atomLookup[parm]] = parm
3641        ESDlookup[parm] = atomLookup[parm]
3642
3643    # get unit cell & symmetry for all phases & initial stuff for later use
3644    RecpCellTerms = {}
3645    SGdata = {}
3646    uniqCellIndx = {}
3647    initialCell = {}
3648    RcellLbls = {}
3649    zeroDict = {}
3650    for phase in Phases:
3651        phasedict = Phases[phase]
3652        pId = phasedict['pId']
3653        pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3654        RcellLbls[pId] = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3655        RecpCellTerms[pId] = G2lat.cell2A(phasedict['General']['Cell'][1:7])
3656        zeroDict[pId] = dict(zip(RcellLbls[pId],6*[0.,]))
3657        SGdata[pId] = phasedict['General']['SGData']
3658        laue = SGdata[pId]['SGLaue']
3659        if laue == '2/m':
3660            laue += SGdata[pId]['SGUniq']
3661        for symlist,celllist in cellGUIlist:
3662            if laue in symlist:
3663                uniqCellIndx[pId] = celllist
3664                break
3665        else: # should not happen
3666            uniqCellIndx[pId] = range(6)
3667        for i in uniqCellIndx[pId]:
3668            initialCell[str(pId)+'::A'+str(i)] =  RecpCellTerms[pId][i]
3669
3670    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SequentialMenu)
3671    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sequential refinement results')
3672    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3673        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3674        Status.SetStatusText('')
3675    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnRenameSelSeq, id=wxID_RENAMESEQSEL)
3676    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeq, id=wxID_SAVESEQSEL)
3677    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeqCSV, id=wxID_SAVESEQSELCSV)
3678    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSeqCSV, id=wxID_SAVESEQCSV)
3679    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotSelSeq, id=wxID_PLOTSEQSEL)
3680    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAveSelSeq, id=wxID_AVESEQSEL)
3681    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReOrgSelSeq, id=wxID_ORGSEQSEL)
3682    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewPseudoVar, id=wxADDSEQVAR)
3683    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewDistPseudoVar, id=wxADDSEQDIST)
3684    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewAnglePseudoVar, id=wxADDSEQANGLE)
3685    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelPseudoVar, id=wxDELSEQVAR)
3686    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditPseudoVar, id=wxEDITSEQVAR)
3687    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewParFitEq, id=wxADDPARFIT)
3688    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyParFitEq, id=wxCOPYPARFIT)
3689    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelParFitEq, id=wxDELPARFIT)
3690    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditParFitEq, id=wxEDITPARFIT)
3691    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoParEqFit, id=wxDOPARFIT)
3692
3693    for id in G2frame.dataFrame.SeqExportLookup:       
3694        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoSequentialExport, id=id)
3695
3696    EnablePseudoVarMenus()
3697    EnableParFitEqMenus()
3698
3699    # scan for locations where the variables change
3700    VaryListChanges = [] # histograms where there is a change
3701    combinedVaryList = []
3702    firstValueDict = {}
3703    vallookup = {}
3704    posdict = {}
3705    prevVaryList = []
3706    for i,name in enumerate(histNames):
3707        for var,val,sig in zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables'],data[name]['sig']):
3708            svar = striphist(var,'*') # wild-carded
3709            if svar not in combinedVaryList:
3710                # add variables to list as they appear
3711                combinedVaryList.append(svar)
3712                firstValueDict[svar] = (val,sig)
3713        if prevVaryList != data[name]['varyList']: # this refinement has a different refinement list from previous
3714            prevVaryList = data[name]['varyList']
3715            vallookup[name] = dict(zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables']))
3716            posdict[name] = {}
3717            for var in data[name]['varyList']:
3718                svar = striphist(var,'*')
3719                posdict[name][combinedVaryList.index(svar)] = svar
3720            VaryListChanges.append(name)
3721    if len(VaryListChanges) > 1:
3722        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,True)
3723    else:
3724        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,False)
3725    #-----------------------------------------------------------------------------------
3726    # build up the data table by columns -----------------------------------------------
3727    nRows = len(histNames)
3728    colList = [nRows*[True]]
3729    colSigs = [None]
3730    colLabels = ['Use']
3731    Types = [wg.GRID_VALUE_BOOL]
3732    # start with Rwp values
3733    if 'IMG ' not in histNames[0][:4]:
3734        colList += [[data[name]['Rvals']['Rwp'] for name in histNames]]
3735        colSigs += [None]
3736        colLabels += ['Rwp']
3737        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
3738    # add % change in Chi^2 in last cycle
3739    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG '] and Controls.get('ShowCell'):
3740        colList += [[100.*data[name]['Rvals'].get('DelChi2',-1) for name in histNames]]
3741        colSigs += [None]
3742        colLabels += [u'\u0394\u03C7\u00B2 (%)']
3743        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3744    deltaChiCol = len(colLabels)-1
3745    # add changing sample parameters to table
3746    for key in sampleParms:
3747        colList += [sampleParms[key]]
3748        colSigs += [None]
3749        colLabels += [key]
3750        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3751    sampleDict = {}
3752    for i,name in enumerate(histNames):
3753        sampleDict[name] = dict(zip(sampleParms.keys(),[sampleParms[key][i] for key in sampleParms.keys()])) 
3754    # add unique cell parameters TODO: review this where the cell symmetry changes (when possible)
3755    if Controls.get('ShowCell',False):
3756        for pId in sorted(RecpCellTerms):
3757            pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3758            cells = []
3759            cellESDs = []
3760            colLabels += [pfx+cellUlbl[i] for i in uniqCellIndx[pId]]
3761            colLabels += [pfx+'Vol']
3762            Types += (1+len(uniqCellIndx[pId]))*[wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3763            for name in histNames:
3764                covData = {
3765                    'varyList': [Dlookup.get(striphist(v),v) for v in data[name]['varyList']],
3766                    'covMatrix': data[name]['covMatrix']
3767                    }
3768                A = RecpCellTerms[pId][:] # make copy of starting A values
3769                # update with refined values
3770                for i in range(6):
3771                    var = str(pId)+'::A'+str(i)
3772                    if var in ESDlookup:
3773                        val = data[name]['newCellDict'][ESDlookup[var]][1] # get refined value
3774                        A[i] = val # override with updated value
3775                # apply symmetry
3776                Albls = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3777                cellDict = dict(zip(Albls,A))
3778                A,zeros = G2stIO.cellFill(pfx,SGdata[pId],cellDict,zeroDict[pId])
3779                # convert to direct cell & add only unique values to table
3780                c = G2lat.A2cell(A)
3781                vol = G2lat.calc_V(A)
3782                cE = G2stIO.getCellEsd(pfx,SGdata[pId],A,covData)
3783                cells += [[c[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[vol]]
3784                cellESDs += [[cE[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[cE[-1]]]
3785            colList += zip(*cells)
3786            colSigs += zip(*cellESDs)
3787    # sort out the variables in their selected order
3788    varcols = 0
3789    for d in posdict.itervalues():
3790        varcols = max(varcols,max(d.keys())+1)
3791    # get labels for each column
3792    for i in range(varcols):
3793        lbl = ''
3794        for h in VaryListChanges:
3795            if posdict[h].get(i):
3796                if posdict[h].get(i) in lbl: continue
3797                if lbl != "": lbl += '/'
3798                lbl += posdict[h].get(i)
3799        colLabels.append(lbl)
3800    Types += varcols*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
3801    vals = []
3802    esds = []
3803    varsellist = None        # will be a list of variable names in the order they are selected to appear
3804    # tabulate values for each hist, leaving None for blank columns
3805    for name in histNames:
3806        if name in posdict:
3807            varsellist = [posdict[name].get(i) for i in range(varcols)]
3808            # translate variable names to how they will be used in the headings
3809            vs = [striphist(v,'*') for v in data[name]['varyList']]
3810            # determine the index for each column (or None) in the data[]['variables'] and ['sig'] lists
3811            sellist = [vs.index(v) if v is not None else None for v in varsellist]
3812            #sellist = [i if striphist(v,'*') in varsellist else None for i,v in enumerate(data[name]['varyList'])]
3813        if not varsellist: raise Exception()
3814        vals.append([data[name]['variables'][s] if s is not None else None for s in sellist])
3815        esds.append([data[name]['sig'][s] if s is not None else None for s in sellist])
3816        #GSASIIpath.IPyBreak()
3817    colList += zip(*vals)
3818    colSigs += zip(*esds)
3819    # compute and add weight fractions to table if varied
3820    for phase in Phases:
3821        var = str(Phases[phase]['pId'])+':*:Scale'
3822        if var not in combinedVaryList: continue
3823        wtFrList = []
3824        sigwtFrList = []
3825        for i,name in enumerate(histNames):
3826            wtFrSum = 0.
3827            for phase1 in Phases:
3828                wtFrSum += Phases[phase1]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase1]['General']['Mass']
3829            var = str(Phases[phase]['pId'])+':'+str(i)+':Scale'
3830            wtFr = Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase]['General']['Mass']/wtFrSum
3831            wtFrList.append(wtFr)
3832            if var in data[name]['varyList']:
3833                sig = data[name]['sig'][data[name]['varyList'].index(var)]*wtFr/Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]
3834            else:
3835                sig = 0.0
3836            sigwtFrList.append(sig)
3837        colLabels.append(str(Phases[phase]['pId'])+':*:WgtFrac')
3838        colList += [wtFrList]
3839        colSigs += [sigwtFrList]
3840               
3841    # tabulate constrained variables, removing histogram numbers if needed
3842    # from parameter label
3843    depValDict = {}
3844    depSigDict = {}
3845    for name in histNames:
3846        for var in data[name].get('depParmDict',{}):
3847            val,sig = data[name]['depParmDict'][var]
3848            svar = striphist(var,'*')
3849            if svar not in depValDict:
3850               depValDict[svar] = [val]
3851               depSigDict[svar] = [sig]
3852            else:
3853               depValDict[svar].append(val)
3854               depSigDict[svar].append(sig)
3855    # add the dependent constrained variables to the table
3856    for var in sorted(depValDict):
3857        if len(depValDict[var]) != len(histNames): continue
3858        colLabels.append(var)
3859        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3860        colSigs += [depSigDict[var]]
3861        colList += [depValDict[var]]
3862
3863    # add atom parameters to table
3864    colLabels += atomLookup.keys()
3865    Types += len(atomLookup)*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
3866    for parm in sorted(atomLookup):
3867        colList += [[data[name]['newAtomDict'][atomLookup[parm]][1] for name in histNames]]
3868        if atomLookup[parm] in data[histNames[0]]['varyList']:
3869            col = data[histNames[0]]['varyList'].index(atomLookup[parm])
3870            colSigs += [[data[name]['sig'][col] for name in histNames]]
3871        else:
3872            colSigs += [None] # should not happen
3873    # evaluate Pseudovars, their ESDs and add them to grid
3874    for expr in Controls['SeqPseudoVars']:
3875        obj = Controls['SeqPseudoVars'][expr]
3876        calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3877        valList = []
3878        esdList = []
3879        for seqnum,name in enumerate(histNames):
3880            sigs = data[name]['sig']
3881            G2mv.InitVars()
3882            parmDict = data[name].get('parmDict')
3883            badVary = data[name].get('badVary',[])
3884            constraintInfo = data[name].get('constraintInfo',[[],[],{},[],seqnum])
3885            groups,parmlist,constrDict,fixedList,ihst = constraintInfo
3886            varyList = data[name]['varyList']
3887            parmDict = data[name]['parmDict']
3888            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmDict,SeqHist=ihst)
3889            if 'Dist' in expr:
3890                derivs = G2mth.CalcDistDeriv(obj.distance_dict,obj.distance_atoms, parmDict)
3891                pId = obj.distance_dict['pId']
3892                aId,bId = obj.distance_atoms
3893                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
3894                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId) for ip in ['x','y','z']]
3895                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
3896                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
3897#                GSASIIpath.IPyBreak()
3898            elif 'Angle' in expr:
3899                derivs = G2mth.CalcAngleDeriv(obj.angle_dict,obj.angle_atoms, parmDict)
3900                pId = obj.angle_dict['pId']
3901                aId,bId = obj.angle_atoms
3902                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
3903                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[0]) for ip in ['x','y','z']]
3904                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[1]) for ip in ['x','y','z']]
3905                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
3906                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
3907            else:
3908                derivs = np.array(
3909                    [EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict.copy(),sampleDict[name],var,ESD)
3910                     for var,ESD in zip(varyList,sigs)])
3911                esdList.append(np.sqrt(
3912                    np.inner(derivs,np.inner(data[name]['covMatrix'],derivs.T)) ))
3913            PSvarDict = parmDict.copy()
3914            PSvarDict.update(sampleDict[name])
3915            UpdateParmDict(PSvarDict)
3916            calcobj.UpdateDict(PSvarDict)
3917            valList.append(calcobj.EvalExpression())
3918#            if calcobj.su is not None: esdList[-1] = calcobj.su
3919        if not esdList:
3920            esdList = None
3921        colList += [valList]
3922        colSigs += [esdList]
3923        colLabels += [expr]
3924        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3925    #---- table build done -------------------------------------------------------------
3926
3927    # Make dict needed for creating & editing pseudovars (PSvarDict).
3928    name = histNames[0]
3929    parmDict = data[name].get('parmDict',{})
3930    PSvarDict = parmDict.copy()
3931    PSvarDict.update(sampleParms)
3932    UpdateParmDict(PSvarDict)
3933    # Also dicts of dependent (depVarDict) & independent vars (indepVarDict)
3934    # for Parametric fitting from the data table
3935    parmDict = dict(zip(colLabels,zip(*colList)[0])) # scratch dict w/all values in table
3936    parmDict.update(
3937        {var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()} #  add varied reciprocal cell terms
3938    )
3939    name = histNames[0]
3940
3941    #******************************************************************************
3942    # create a set of values for example evaluation of pseudovars and
3943    # this does not work for refinements that have differing numbers of variables.
3944    #raise Exception
3945    indepVarDict = {}     #  values in table w/o ESDs
3946    depVarDict = {}
3947    for i,var in enumerate(colLabels):
3948        if var == 'Use': continue
3949        if colList[i][0] is None:
3950            val,sig = firstValueDict.get(var,[None,None])
3951        elif colSigs[i]:
3952            val,sig = colList[i][0],colSigs[i][0]
3953        else:
3954            val,sig = colList[i][0],None
3955        if val is None:
3956            continue
3957        elif sig is None:
3958            indepVarDict[var] = val
3959        elif striphist(var) not in Dlookup:
3960            depVarDict[var] = val
3961    # add recip cell coeff. values
3962    depVarDict.update({var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()})
3963
3964    G2frame.dataDisplay = G2G.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
3965    G2frame.SeqTable = G2G.Table(
3966        [list(c) for c in zip(*colList)],     # convert from columns to rows
3967        colLabels=colLabels,rowLabels=histNames,types=Types)
3968    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.SeqTable, True)
3969    #G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
3970    # make all but first column read-only
3971    for c in range(1,len(colLabels)):
3972        for r in range(nRows):
3973            G2frame.dataDisplay.SetCellReadOnly(r,c)
3974    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK, PlotSelect)
3975    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_RIGHT_CLICK, SetLabelString)
3976    G2frame.dataDisplay.SetRowLabelSize(8*len(histNames[0]))       #pretty arbitrary 8
3977    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
3978    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(True)
3979    if prevSize:
3980        G2frame.dataDisplay.SetSize(prevSize)
3981    else:
3982        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([700,350])
3983    # highlight unconverged shifts
3984    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG ']:
3985        for row,name in enumerate(histNames):
3986            deltaChi = G2frame.SeqTable.GetValue(row,deltaChiCol)
3987            if deltaChi > 10.:
3988                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,0,0))
3989            elif deltaChi > 1.0:
3990                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,255,0))
3991    G2frame.dataDisplay.InstallGridToolTip(GridSetToolTip,GridColLblToolTip)
3992    G2frame.dataDisplay.SendSizeEvent() # resize needed on mac
3993    G2frame.dataDisplay.Refresh() # shows colored text on mac
3994   
3995################################################################################
3996#####  Main PWDR panel
3997################################################################################           
3998       
3999def UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item):
4000    '''Called when the histogram main tree entry is called. Displays the
4001    histogram weight factor, refinement statistics for the histogram
4002    and the range of data for a simulation.
4003
4004    Also invokes a plot of the histogram.
4005    '''
4006    def onEditSimRange(event):
4007        'Edit simulation range'
4008        inp = [
4009            min(data[1][0]),
4010            max(data[1][0]),
4011            None
4012            ]
4013        inp[2] = (inp[1] - inp[0])/(len(data[1][0])-1.)
4014        names = ('start angle', 'end angle', 'step size')
4015        dictlst = [inp] * len(inp)
4016        elemlst = range(len(inp))
4017        dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
4018            G2frame,[inp] * len(inp), range(len(inp)), names,
4019            header='Edit simulation range',
4020            minvals=(0.001,0.001,0.0001),
4021            maxvals=(180.,180.,.1),
4022            )
4023        dlg.CenterOnParent()
4024        val = dlg.ShowModal()
4025        dlg.Destroy()
4026        if val != wx.ID_OK: return
4027        if inp[0] > inp[1]:
4028            end,start,step = inp
4029        else:               
4030            start,end,step = inp
4031        step = abs(step)
4032        N = int((end-start)/step)+1
4033        newdata = np.linspace(start,end,N,True)
4034        if len(newdata) < 2: return # too small a range - reject
4035        data[1] = [newdata,np.zeros_like(newdata),np.ones_like(newdata),
4036            np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata)]
4037        Tmin = newdata[0]
4038        Tmax = newdata[-1]
4039        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,item,'Limits'),
4040            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
4041        UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item) # redisplay data screen
4042
4043    def OnPlot3DHKL(event):
4044        refList = data[1]['RefList']
4045        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4046        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4047        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4048        Vpoint = np.array([int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))])
4049        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4050            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4051            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4052            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[0,0,1]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4053        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4054       
4055    def OnPlotAll3DHKL(event):
4056        choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['HKLF',])
4057        dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame, 'Select reflection sets to plot',
4058            'Use data',choices)
4059        try:
4060            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4061                refNames = [choices[i] for i in dlg.GetSelections()]
4062            else:
4063                return
4064        finally:
4065            dlg.Destroy()
4066        refList = np.zeros(0)
4067        for name in refNames:
4068            Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, name)
4069            reflData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[1]
4070            if len(refList):
4071                refList = np.concatenate((refList,reflData['RefList']))
4072            else:
4073                refList = reflData['RefList']
4074           
4075        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4076        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4077        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4078        Vpoint = [int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))]
4079        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4080            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4081            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4082            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[1,0,0]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4083        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4084                 
4085    def OnMergeHKL(event):
4086        Name = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
4087        Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,
4088            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
4089        CId = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Comments')
4090        if CId:
4091            Comments = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(CId)
4092        else:
4093            Comments = []
4094        refList = np.copy(data[1]['RefList'])
4095        Comments.append(' Merging %d reflections from %s'%(len(refList),Name))
4096        dlg = MergeDialog(G2frame,data)
4097        try:
4098            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4099                Trans,Cent,Laue = dlg.GetSelection()
4100            else:
4101                return
4102        finally:
4103            dlg.Destroy()
4104        Super = data[1]['Super']
4105        refList,badRefs = G2lat.transposeHKLF(Trans,Super,refList)
4106        if len(badRefs):    #do I want to list badRefs?
4107            G2frame.ErrorDialog('Failed transformation','Matrix yields fractional hkl indices')
4108            return
4109        Comments.append(" Transformation M*H = H' applied; M=")
4110        Comments.append(str(Trans))
4111        SG = 'P '+Laue
4112        SGData = G2spc.SpcGroup(SG)[1]
4113        refList = G2lat.LaueUnique(Laue,refList)
4114        dlg = wx.ProgressDialog('Build HKL dictonary','',len(refList)+1, 
4115            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4116        HKLdict = {}
4117        for ih,hkl in enumerate(refList):
4118            if str(hkl[:3+Super]) not in HKLdict:
4119                HKLdict[str(hkl[:3+Super])] = [hkl[:3+Super],[hkl[3+Super:],]]
4120            else:
4121                HKLdict[str(hkl[:3+Super])][1].append(hkl[3+Super:])
4122            dlg.Update(ih)
4123        dlg.Destroy()
4124        mergeRef = []
4125        dlg = wx.ProgressDialog('Processing merge','',len(HKLdict)+1, 
4126            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4127        sumDf = 0.
4128        sumFo = 0.
4129        for ih,hkl in enumerate(HKLdict):
4130            HKL = HKLdict[hkl]
4131            newHKL = list(HKL[0])+list(HKL[1][0])
4132            if len(HKL[1]) > 1:
4133                fos = np.array(HKL[1])
4134                wFo = 1/fos[:,3]**2
4135                Fo = np.average(fos[:,2],weights=wFo)
4136                std = np.std(fos[:,2])
4137                sig = np.sqrt(np.mean(fos[:,3])**2+std**2)
4138                sumFo += np.sum(fos[:,2])
4139                sumDf += np.sum(np.abs(fos[:,2]-Fo))
4140                dlg.Update(ih)
4141                newHKL[5+Super] = Fo
4142                newHKL[6+Super] = sig
4143                newHKL[8+Super] = Fo
4144            if newHKL[5+Super] > 0.:
4145                mergeRef.append(list(newHKL)) 
4146        dlg.Destroy()
4147        if Super:
4148            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,3),2),1),0)
4149        else:
4150            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,2),1),0)
4151        mergeRef = np.array(mergeRef)
4152        if sumFo:
4153            mtext = ' merge R = %6.2f%s for %d reflections in %s'%(100.*sumDf/sumFo,'%',mergeRef.shape[0],Laue)
4154            print mtext
4155            Comments.append(mtext)
4156        else:
4157            print 'nothing to merge for %s reflections'%(mergeRef.shape[0])
4158        HKLFlist = []
4159        newName = Name+' '+Laue
4160        if G2frame.PatternTree.GetCount():
4161            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)
4162            while item:
4163                name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
4164                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
4165                    HKLFlist.append(name)
4166                item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
4167        newName = G2obj.MakeUniqueLabel(newName,HKLFlist)
4168        newData = copy.deepcopy(data)
4169        newData[0]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
4170        newData[1]['RefList'] = mergeRef
4171        Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text=newName)
4172        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4173            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
4174        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,newData)
4175        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4176            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
4177        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4178            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),{})  #dummy entry for GUI use
4179                   
4180    def OnErrorAnalysis(event):
4181        G2plt.PlotDeltSig(G2frame,kind)
4182       
4183    def OnWtFactor(event):
4184        event.Skip()
4185        try:
4186            val = float(wtval.GetValue())
4187        except ValueError:
4188            val = data[0]['wtFactor']
4189        data[0]['wtFactor'] = val
4190        wtval.SetValue('%.3f'%(val))
4191       
4192    def OnCompression(event):
4193        data[0] = int(comp.GetValue())
4194       
4195    def onCopyPlotCtrls(event):
4196        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4197        Need this here to pass on the G2frame object.
4198        '''
4199        G2pdG.CopyPlotCtrls(G2frame)
4200
4201    def onCopySelectedItems(event):
4202        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4203        Need this here to pass on the G2frame object.
4204        '''
4205        G2pdG.CopySelectedHistItems(G2frame)
4206           
4207    data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4208#patches
4209    if not data:
4210        return
4211    if 'wtFactor' not in data[0]:
4212        data[0] = {'wtFactor':1.0}
4213#    if kind == 'PWDR' and 'Compression' not in data[0]:
4214#        data[0]['Compression'] = 1
4215    #if isinstance(data[1],list) and kind == 'HKLF':
4216    if 'list' in str(type(data[1])) and kind == 'HKLF':
4217        RefData = {'RefList':[],'FF':[]}
4218        for ref in data[1]:
4219            RefData['RefList'].append(ref[:11]+[ref[13],])
4220            RefData['FF'].append(ref[14])
4221        data[1] = RefData
4222        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(item,data)
4223#end patches
4224    if G2frame.dataDisplay:
4225        G2frame.dataDisplay.Destroy()
4226    if kind in ['PWDR','SASD']:
4227        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.PWDRMenu)
4228        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnErrorAnalysis, id=wxID_PWDANALYSIS)
4229        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopySelectedItems, id=wxID_PWDCOPY)
4230        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopyPlotCtrls, id=wxID_PLOTCTRLCOPY)
4231    elif kind in ['HKLF',]:
4232        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.HKLFMenu)
4233        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnErrorAnalysis, id=wxID_PWDANALYSIS)
4234        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnMergeHKL, id=wxID_MERGEHKL)
4235        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=wxID_PWD3DHKLPLOT)
4236        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotAll3DHKL, id=wxID_3DALLHKLPLOT)
4237#        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopySelectedItems, id=wxID_PWDCOPY)
4238    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
4239   
4240    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
4241    mainSizer.Add((5,5),)
4242    wtSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
4243    wtSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Weight factor: '),0,WACV)
4244    wtval = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,'%.3f'%(data[0]['wtFactor']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4245    wtval.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnWtFactor)
4246    wtval.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnWtFactor)
4247    wtSizer.Add(wtval,0,WACV)
4248#    if kind == 'PWDR':         #possible future compression feature; NB above patch as well
4249#        wtSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Compression factor: '),0,WACV)
4250#        choice = ['1','2','3','4','5','6']
4251#        comp = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,choices=choice,
4252#            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
4253#        comp.SetValue(str(data[0]['Compression']))
4254#        comp.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnCompression)
4255#        wtSizer.Add(comp,0,WACV)
4256    mainSizer.Add(wtSizer)
4257    if data[0].get('Dummy'):