source: trunk/GSASIIgrid.py @ 2521

Last change on this file since 2521 was 2521, checked in by toby, 5 years ago

extensions to Peak List: vary via menu items; animate line dragging; highlight selected peak(s)

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 218.8 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIgrid - data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2016-11-14 02:27:56 +0000 (Mon, 14 Nov 2016) $
5# $Author: toby $
6# $Revision: 2521 $
7# $URL: trunk/GSASIIgrid.py $
8# $Id: GSASIIgrid.py 2521 2016-11-14 02:27:56Z toby $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIgrid: Basic GUI routines*
12--------------------------------
13
14'''
15import wx
16import wx.grid as wg
17#import wx.wizard as wz
18#import wx.aui
19import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
20import time
21import copy
22import cPickle
23import sys
24import os
25import random as ran
26import numpy as np
27import numpy.ma as ma
28import scipy.optimize as so
29import GSASIIpath
30GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2521 $")
31import GSASIImath as G2mth
32import GSASIIIO as G2IO
33import GSASIIstrIO as G2stIO
34import GSASIIlattice as G2lat
35import GSASIIplot as G2plt
36import GSASIIpwdGUI as G2pdG
37import GSASIIimgGUI as G2imG
38import GSASIIphsGUI as G2phG
39import GSASIIspc as G2spc
40import GSASIImapvars as G2mv
41import GSASIIconstrGUI as G2cnstG
42import GSASIIrestrGUI as G2restG
43import GSASIIpy3 as G2py3
44import GSASIIobj as G2obj
45import GSASIIexprGUI as G2exG
46import GSASIIlog as log
47import GSASIIctrls as G2G
48
49# trig functions in degrees
50sind = lambda x: np.sin(x*np.pi/180.)
51tand = lambda x: np.tan(x*np.pi/180.)
52cosd = lambda x: np.cos(x*np.pi/180.)
53
54# Define a short name for convenience
55WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
56
57[ wxID_FOURCALC, wxID_FOURSEARCH, wxID_FOURCLEAR, wxID_PEAKSMOVE, wxID_PEAKSCLEAR, 
58    wxID_CHARGEFLIP, wxID_PEAKSUNIQUE, wxID_PEAKSDELETE, wxID_PEAKSDA,
59    wxID_PEAKSDISTVP, wxID_PEAKSVIEWPT, wxID_FINDEQVPEAKS,wxID_SHOWBONDS,wxID_MULTIMCSA,
60    wxID_SINGLEMCSA,wxID_4DCHARGEFLIP,wxID_TRANSFORMSTRUCTURE,
61] = [wx.NewId() for item in range(17)]
62
63[ wxID_PWDRADD, wxID_HKLFADD, wxID_PWDANALYSIS, wxID_PWDCOPY, wxID_PLOTCTRLCOPY, 
64    wxID_DATADELETE,wxID_DATACOPY,wxID_DATACOPYFLAGS,wxID_DATASELCOPY,wxID_DATAUSE,
65] = [wx.NewId() for item in range(10)]
66
67[ wxID_ATOMSEDITADD, wxID_ATOMSEDITINSERT, wxID_ATOMSEDITDELETE, 
68    wxID_ATOMSMODIFY, wxID_ATOMSTRANSFORM, wxID_ATOMSVIEWADD, wxID_ATOMVIEWINSERT,
69    wxID_RELOADDRAWATOMS,wxID_ATOMSDISAGL,wxID_ATOMMOVE,wxID_MAKEMOLECULE,
70    wxID_ASSIGNATMS2RB,wxID_ATOMSPDISAGL, wxID_ISODISP,wxID_ADDHATOM,wxID_UPDATEHATOM,
71    wxID_WAVEVARY,wxID_ATOMSROTATE, wxID_ATOMSDENSITY,
72    wxID_ATOMSSETALL, wxID_ATOMSSETSEL,
73] = [wx.NewId() for item in range(21)]
74
75[ wxID_DRAWATOMSTYLE, wxID_DRAWATOMLABEL, wxID_DRAWATOMCOLOR, wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, 
76    wxID_DRAWVIEWPOINT, wxID_DRAWTRANSFORM, wxID_DRAWDELETE, wxID_DRAWFILLCELL, 
77    wxID_DRAWADDEQUIV, wxID_DRAWFILLCOORD, wxID_DRAWDISAGLTOR,  wxID_DRAWPLANE,
78    wxID_DRAWDISTVP, wxID_DRAWADDSPHERE,
79] = [wx.NewId() for item in range(14)]
80
81[ wxID_DRAWRESTRBOND, wxID_DRAWRESTRANGLE, wxID_DRAWRESTRPLANE, wxID_DRAWRESTRCHIRAL,
82] = [wx.NewId() for item in range(4)]
83
84[ wxID_ADDMCSAATOM,wxID_ADDMCSARB,wxID_CLEARMCSARB,wxID_MOVEMCSA,wxID_MCSACLEARRESULTS,
85] = [wx.NewId() for item in range(5)]
86
87[ wxID_CLEARTEXTURE,wxID_REFINETEXTURE,
88] = [wx.NewId() for item in range(2)]
89
90[ wxID_LOADDIFFAX,wxID_LAYERSIMULATE,wxID_SEQUENCESIMULATE, wxID_COPYPHASE,
91] = [wx.NewId() for item in range(4)]
92
93[ wxID_PAWLEYLOAD, wxID_PAWLEYESTIMATE, wxID_PAWLEYUPDATE, wxID_PAWLEYSELALL, wxID_PAWLEYSELNONE,
94  wxID_PAWLEYSELTOGGLE,
95] = [wx.NewId() for item in range(6)]
96
97[ wxID_IMCALIBRATE,wxID_IMRECALIBRATE,wxID_IMINTEGRATE, wxID_IMCLEARCALIB,wxID_IMRECALIBALL, 
98    wxID_IMCOPYCONTROLS, wxID_INTEGRATEALL, wxID_IMSAVECONTROLS, wxID_IMLOADCONTROLS, wxID_IMAUTOINTEG,
99    wxID_IMCOPYSELECTED, wxID_SAVESELECTEDCONTROLS,
100] = [wx.NewId() for item in range(12)]
101
102[ wxID_MASKCOPY, wxID_MASKSAVE, wxID_MASKLOAD, wxID_NEWMASKSPOT,wxID_NEWMASKARC,wxID_NEWMASKRING,
103    wxID_NEWMASKFRAME, wxID_NEWMASKPOLY,  wxID_MASKLOADNOT,
104] = [wx.NewId() for item in range(9)]
105
106[ wxID_STRSTACOPY, wxID_STRSTAFIT, wxID_STRSTASAVE, wxID_STRSTALOAD,wxID_STRSTSAMPLE,
107    wxID_APPENDDZERO,wxID_STRSTAALLFIT,wxID_UPDATEDZERO,wxID_STRSTAPLOT,
108] = [wx.NewId() for item in range(9)]
109
110[ wxID_BACKCOPY,wxID_LIMITCOPY, wxID_SAMPLECOPY, wxID_SAMPLECOPYSOME, wxID_BACKFLAGCOPY, wxID_SAMPLEFLAGCOPY,
111    wxID_SAMPLESAVE, wxID_SAMPLELOAD,wxID_ADDEXCLREGION,wxID_SETSCALE,wxID_SAMPLE1VAL,wxID_ALLSAMPLELOAD,
112    wxID_MAKEBACKRDF,
113] = [wx.NewId() for item in range(13)]
114
115[ wxID_INSTPRMRESET,wxID_CHANGEWAVETYPE,wxID_INSTCOPY, wxID_INSTFLAGCOPY, wxID_INSTLOAD,
116    wxID_INSTSAVE, wxID_INST1VAL, wxID_INSTCALIB,wxID_INSTSAVEALL,
117] = [wx.NewId() for item in range(9)]
118
119[ wxID_UNDO,wxID_LSQPEAKFIT,wxID_LSQONECYCLE,wxID_RESETSIGGAM,wxID_CLEARPEAKS,wxID_AUTOSEARCH,
120    wxID_PEAKSCOPY, wxID_SEQPEAKFIT,
121] = [wx.NewId() for item in range(8)]
122
123[  wxID_INDXRELOAD, wxID_INDEXPEAKS, wxID_REFINECELL, wxID_COPYCELL, wxID_MAKENEWPHASE,
124    wxID_EXPORTCELLS,
125] = [wx.NewId() for item in range(6)]
126
127[ wxID_CONSTRAINTADD,wxID_EQUIVADD,wxID_HOLDADD,wxID_FUNCTADD,wxID_ADDRIDING,
128  wxID_CONSPHASE, wxID_CONSHIST, wxID_CONSHAP, wxID_CONSGLOBAL,wxID_EQUIVALANCEATOMS,
129] = [wx.NewId() for item in range(10)]
130
131[ wxID_RESTRAINTADD, wxID_RESTSELPHASE,wxID_RESTDELETE, wxID_RESRCHANGEVAL, 
132    wxID_RESTCHANGEESD,wxID_AARESTRAINTADD,wxID_AARESTRAINTPLOT,
133] = [wx.NewId() for item in range(7)]
134
135[ wxID_RIGIDBODYADD,wxID_DRAWDEFINERB,wxID_RIGIDBODYIMPORT,wxID_RESIDUETORSSEQ,
136    wxID_AUTOFINDRESRB,wxID_GLOBALRESREFINE,wxID_RBREMOVEALL,wxID_COPYRBPARMS,
137    wxID_GLOBALTHERM,wxID_VECTORBODYADD
138] = [wx.NewId() for item in range(10)]
139
140[ wxID_RENAMESEQSEL,wxID_SAVESEQSEL,wxID_SAVESEQSELCSV,wxID_SAVESEQCSV,wxID_PLOTSEQSEL,
141  wxID_ORGSEQSEL,wxADDSEQVAR,wxDELSEQVAR,wxEDITSEQVAR,wxCOPYPARFIT,wxID_AVESEQSEL,
142  wxADDPARFIT,wxDELPARFIT,wxEDITPARFIT,wxDOPARFIT,wxADDSEQDIST,wxADDSEQANGLE
143] = [wx.NewId() for item in range(17)]
144
145[ wxID_MODELCOPY,wxID_MODELFIT,wxID_MODELADD,wxID_ELEMENTADD,wxID_ELEMENTDELETE,
146    wxID_ADDSUBSTANCE,wxID_LOADSUBSTANCE,wxID_DELETESUBSTANCE,wxID_COPYSUBSTANCE,
147    wxID_MODELUNDO,wxID_MODELFITALL,wxID_MODELCOPYFLAGS,
148] = [wx.NewId() for item in range(12)]
149
150[ wxID_SELECTPHASE,wxID_PWDHKLPLOT,wxID_PWD3DHKLPLOT,wxID_3DALLHKLPLOT,wxID_MERGEHKL,
151] = [wx.NewId() for item in range(5)]
152
153[ wxID_PDFCOPYCONTROLS, wxID_PDFSAVECONTROLS, wxID_PDFLOADCONTROLS, 
154    wxID_PDFCOMPUTE, wxID_PDFCOMPUTEALL, wxID_PDFADDELEMENT, wxID_PDFDELELEMENT,
155] = [wx.NewId() for item in range(7)]
156
157[ wxID_MCRON,wxID_MCRLIST,wxID_MCRSAVE,wxID_MCRPLAY,
158] = [wx.NewId() for item in range(4)]
159
160VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
161
162commonTrans = {'abc':np.eye(3),'a-cb':np.array([[1,0,0],[0,0,-1],[0,1,0]]),
163    'ba-c':np.array([[0,1,0],[1,0,0],[0,0,-1]]),'-cba':np.array([[0,0,-1],[0,1,0],[1,0,0]]),
164    'bca':np.array([[0,1,0],[0,0,1],[1,0,0]]),'cab':np.array([[0,0,1],[1,0,0],[0,1,0]]),
165    'P->R':np.array([[1,-1,0],[0,1,-1],[1,1,1]]),'R->P':np.array([[2./3,1./3,1./3],[-1./3,1./3,1./3],[-1./3,-2./3,1./3]]),
166    'P->A':np.array([[-1,0,0],[0,-1,1],[0,1,1]]),'R->O':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]),
167    'P->B':np.array([[-1,0,1],[0,-1,0],[1,0,1]]),'B->P':np.array([[-.5,0,.5],[0,-1,0],[.5,0,.5]]),
168    'P->C':np.array([[1,1,0],[1,-1,0],[0,0,-1]]),'C->P':np.array([[.5,.5,0],[.5,-.5,0],[0,0,-1]]),
169    'P->F':np.array([[-1,1,1],[1,-1,1],[1,1,-1]]),'F->P':np.array([[0,.5,.5],[.5,0,.5],[.5,.5,0]]),   
170    'P->I':np.array([[0,1,1],[1,0,1],[1,1,0]]),'I->P':np.array([[-.5,.5,.5],[.5,-.5,.5],[.5,.5,-.5]]),   
171    'A->P':np.array([[-1,0,0],[0,-.5,.5],[0,.5,.5]]),'O->R':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]), 
172    'abc*':np.eye(3), }
173commonNames = ['abc','bca','cab','a-cb','ba-c','-cba','P->A','A->P','P->B','B->P','P->C','C->P',
174    'P->I','I->P','P->F','F->P','P->R','R->P','R->O','O->R','abc*',]
175
176# Should SGMessageBox, SymOpDialog, DisAglDialog be moved?
177
178################################################################################
179#### GSAS-II class definitions
180################################################################################
181
182class SGMessageBox(wx.Dialog):
183    ''' Special version of MessageBox that displays space group & super space group text
184    in two blocks
185    '''
186    def __init__(self,parent,title,text,table,):
187        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
188            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
189        self.text = text
190        self.table = table
191        self.panel = wx.Panel(self)
192        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
193        mainSizer.Add((0,10))
194        for line in text:
195            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
196        ncol = self.table[0].count(',')+1
197        tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
198        for j,item in enumerate(self.table):
199            num,flds = item.split(')')
200            tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s  '%(num+')')),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
201            flds = flds.replace(' ','').split(',')
202            for i,fld in enumerate(flds):
203                if i < ncol-1:
204                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
205                else:
206                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s'%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
207            if not j%2:
208                tableSizer.Add((20,0))
209        mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_LEFT)
210        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
211        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
212        OKbtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
213        OKbtn.SetDefault()
214        btnsizer.AddButton(OKbtn)
215        btnsizer.Realize()
216        mainSizer.Add((0,10))
217        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
218        self.panel.SetSizer(mainSizer)
219        self.panel.Fit()
220        self.Fit()
221        size = self.GetSize()
222        self.SetSize([size[0]+20,size[1]])
223
224    def Show(self):
225        '''Use this method after creating the dialog to post it
226        '''
227        self.ShowModal()
228        return
229
230    def OnOk(self,event):
231        parent = self.GetParent()
232        parent.Raise()
233        self.EndModal(wx.ID_OK)
234
235class SGMagSpinBox(wx.Dialog):
236    ''' Special version of MessageBox that displays magnetic spin text
237    '''
238    def __init__(self,parent,title,text,table,names,spins,):
239        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
240            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER,size=wx.Size(420,350))
241        self.text = text
242        self.table = table
243        self.names = names
244        self.spins = spins
245        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)
246        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
247        mainSizer.Add((0,10))
248        first = text[0].split(':')[-1].strip()
249        cents = [0,]
250        if 'P' != first[0]:
251            cents = text[-1].split(';')
252        for line in text:
253            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
254        try:
255            nops = self.names.index(' 1bar ')
256        except ValueError:
257            nops = len(self.names)
258        ncol = self.table[0].count(',')+2
259        for ic,cent in enumerate(cents):
260            if cent:
261                cent = cent.strip(' (').strip(')+\n') 
262                mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' for (%s)+'%(cent)),0,WACV)
263            tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
264            for j,item in enumerate(self.table):
265                flds = item.split(')')[1]
266                tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  (%2d)  '%(j+1)),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
267                flds = flds.replace(' ','').split(',')
268                for i,fld in enumerate(flds):
269                    if i < ncol-1:
270                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld))
271                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
272                    else:
273                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s '%(fld))
274                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
275                text = wx.StaticText(self.panel,label=' (%s) '%(self.names[j]))
276                if self.spins[j+ic*len(self.table)] < 0:
277                    text.SetForegroundColour('Red')
278                tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
279                if not j%2:
280                    tableSizer.Add((20,0))
281            mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
282           
283        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
284        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
285        OKbtn.SetDefault()
286        btnsizer.AddButton(OKbtn)
287        btnsizer.Realize()
288        mainSizer.Add((0,10))
289        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
290        self.panel.SetSizer(mainSizer)
291        size = np.array(self.GetSize())
292        self.panel.SetupScrolling()
293        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
294        self.panel.SetSize(size)
295        self.panel.SetAutoLayout(1)
296
297    def Show(self):
298        '''Use this method after creating the dialog to post it
299        '''
300        self.ShowModal()
301        return   
302
303################################################################################
304class SymOpDialog(wx.Dialog):
305    '''Class to select a symmetry operator
306    '''
307    def __init__(self,parent,SGData,New=True,ForceUnit=False):
308        wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,'Select symmetry operator',
309            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
310        panel = wx.Panel(self)
311        self.SGData = SGData
312        self.New = New
313        self.Force = ForceUnit
314        self.OpSelected = [0,0,0,[0,0,0],False,False]
315        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
316        if ForceUnit:
317            choice = ['No','Yes']
318            self.force = wx.RadioBox(panel,-1,'Force to unit cell?',choices=choice)
319            self.force.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
320            mainSizer.Add(self.force,0,WACV|wx.TOP,5)
321#        if SGData['SGInv']:
322        choice = ['No','Yes']
323        self.inv = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose inversion?',choices=choice)
324        self.inv.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
325        mainSizer.Add(self.inv,0,WACV)
326        if SGData['SGLatt'] != 'P':
327            LattOp = G2spc.Latt2text(SGData['SGLatt']).split(';')
328            self.latt = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose cell centering?',choices=LattOp)
329            self.latt.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
330            mainSizer.Add(self.latt,0,WACV)
331        if SGData['SGLaue'] in ['-1','2/m','mmm','4/m','4/mmm']:
332            Ncol = 2
333        else:
334            Ncol = 3
335        OpList = []
336        for Opr in SGData['SGOps']:
337            OpList.append(G2spc.MT2text(Opr))
338        self.oprs = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose space group operator?',choices=OpList,
339            majorDimension=Ncol)
340        self.oprs.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
341        mainSizer.Add(self.oprs,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
342        mainSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,"   Choose unit cell?"),0,WACV)
343        cellSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
344        cellName = ['X','Y','Z']
345        self.cell = []
346        for i in range(3):
347            self.cell.append(wx.SpinCtrl(panel,-1,cellName[i],size=wx.Size(50,20)))
348            self.cell[-1].SetRange(-3,3)
349            self.cell[-1].SetValue(0)
350            self.cell[-1].Bind(wx.EVT_SPINCTRL, self.OnOpSelect)
351            cellSizer.Add(self.cell[-1],0,WACV)
352        mainSizer.Add(cellSizer,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
353        if self.New:
354            choice = ['No','Yes']
355            self.new = wx.RadioBox(panel,-1,'Generate new positions?',choices=choice)
356            self.new.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
357            mainSizer.Add(self.new,0,WACV)
358
359        OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
360        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
361        cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
362        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
363        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
364        btnSizer.Add((20,20),1)
365        btnSizer.Add(OkBtn)
366        btnSizer.Add((20,20),1)
367        btnSizer.Add(cancelBtn)
368        btnSizer.Add((20,20),1)
369
370        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
371        panel.SetSizer(mainSizer)
372        panel.Fit()
373        self.Fit()
374
375    def OnOpSelect(self,event):
376#        if self.SGData['SGInv']:
377        self.OpSelected[0] = self.inv.GetSelection()
378        if self.SGData['SGLatt'] != 'P':
379            self.OpSelected[1] = self.latt.GetSelection()
380        self.OpSelected[2] = self.oprs.GetSelection()
381        for i in range(3):
382            self.OpSelected[3][i] = float(self.cell[i].GetValue())
383        if self.New:
384            self.OpSelected[4] = self.new.GetSelection()
385        if self.Force:
386            self.OpSelected[5] = self.force.GetSelection()
387
388    def GetSelection(self):
389        return self.OpSelected
390
391    def OnOk(self,event):
392        parent = self.GetParent()
393        parent.Raise()
394        self.EndModal(wx.ID_OK)
395
396    def OnCancel(self,event):
397        parent = self.GetParent()
398        parent.Raise()
399        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
400       
401################################################################################
402class SphereEnclosure(wx.Dialog):
403    ''' Add atoms within sphere of enclosure to drawing
404   
405    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
406    :param general: general data (includes drawing data)
407    :param atoms: drawing atoms data
408    :param indx: list of selected atoms (may be empty)
409   
410    '''
411    def __init__(self,parent,general,drawing,indx):
412        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
413            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
414        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
415        self.General = general
416        self.Drawing = drawing
417        self.indx = indx
418        self.Sphere = 1.0
419        self.centers = []
420        self.atomTypes = [[item,True] for item in self.General['AtomTypes']]
421       
422        self.Draw()
423       
424    def Draw(self):
425       
426        def OnRadius(event):
427            event.Skip()
428            try:
429                val = float(radius.GetValue())
430                if val < 0.5:
431                    raise ValueError
432                self.Sphere = val
433            except ValueError:
434                pass
435            radius.SetValue('%.3f'%(self.Sphere))
436           
437        def OnAtomType(event):
438            Obj = event.GetEventObject()
439            id = Ind[Obj.GetId()]
440            self.atomTypes[id][1] = Obj.GetValue()
441       
442        self.panel.Destroy()
443        self.panel = wx.Panel(self)
444        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
445        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere of enclosure controls:'),0,WACV)
446        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
447        atoms = []
448        if len(self.indx):
449            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at atoms: '),0,WACV)
450            cx,ct,cs = self.Drawing['atomPtrs'][:3]
451#            print self.Drawing.keys()
452            for id in self.indx:
453                atom = self.Drawing['Atoms'][id]
454                self.centers.append(atom[cx:cx+3])
455                atoms.append('%s(%s)'%(atom[ct-1],atom[cs-1]))
456            topSizer.Add(wx.ComboBox(self.panel,choices=atoms,value=atoms[0],
457                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN),0,WACV)
458        else:
459            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at drawing view point'),0,WACV)
460            self.centers.append(self.Drawing['viewPoint'][0])
461        mainSizer.Add(topSizer,0,WACV)
462        sphereSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
463        sphereSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere radius: '),0,WACV)
464        radius = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f'%(self.Sphere),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
465        radius.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRadius)
466        radius.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRadius)
467        sphereSizer.Add(radius,0,WACV)
468        mainSizer.Add(sphereSizer,0,WACV)
469        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target selected atoms:'),0,WACV)
470        atSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
471        Ind = {}
472        for i,item in enumerate(self.atomTypes):
473            atm = wx.CheckBox(self.panel,label=item[0])
474            atm.SetValue(item[1])
475            atm.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnAtomType)
476            Ind[atm.GetId()] = i
477            atSizer.Add(atm,0,WACV)
478        mainSizer.Add(atSizer,0,WACV)
479       
480        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
481        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
482        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
483        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
484        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
485        btnSizer.Add((20,20),1)
486        btnSizer.Add(OkBtn)
487        btnSizer.Add((20,20),1)
488        btnSizer.Add(cancelBtn)
489        btnSizer.Add((20,20),1)
490       
491        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
492        self.panel.SetSizer(mainSizer)
493        self.panel.Fit()
494        self.Fit()
495       
496    def GetSelection(self):
497        used = []
498        for atm in self.atomTypes:
499            if atm[1]:
500                used.append(str(atm[0]))
501        return self.centers,self.Sphere,used
502
503    def OnOk(self,event):
504        parent = self.GetParent()
505        parent.Raise()
506        self.EndModal(wx.ID_OK)
507
508    def OnCancel(self,event):
509        parent = self.GetParent()
510        parent.Raise()
511        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
512       
513################################################################################
514class TransformDialog(wx.Dialog):
515    ''' Phase transformation
516   
517    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
518    :param phase: phase data
519   
520    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file
521    '''
522    def __init__(self,parent,phase):
523        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
524            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
525        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
526        self.Phase = copy.deepcopy(phase)   #will be a new phase!
527#        self.Super = phase['General']['Super']
528#        if self.Super:
529#            self.Trans = np.eye(4)
530#            self.Vec = np.zeros(4)
531#        else:
532        self.Trans = np.eye(3)
533        self.Vec = np.zeros(3)
534        self.oldSpGrp = phase['General']['SGData']['SpGrp']
535        self.oldSGdata = phase['General']['SGData']
536        self.newSpGrp = self.Phase['General']['SGData']['SpGrp']
537        self.oldCell = phase['General']['Cell'][1:8]
538        self.newCell = self.Phase['General']['Cell'][1:8]
539        self.Common = 'abc'
540        self.ifMag = False
541        self.ifConstr = True
542        self.Draw()
543
544    def Draw(self):
545               
546        def OnMatValue(event):
547            event.Skip()
548            Obj = event.GetEventObject()
549            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
550            val = Obj.GetValue()
551            try:
552                if '/' in val:
553                    vals = val.split('/')
554                    self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
555                else:   
556                    self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
557            except ValueError:
558                pass
559            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
560           
561        def OnVecValue(event):
562            event.Skip()
563            Obj = event.GetEventObject()
564            iy = Ind[Obj.GetId()]
565            val = Obj.GetValue()
566            try:
567                if '/' in val:
568                    vals = val.split('/')
569                    self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
570                else:   
571                    self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
572            except ValueError:
573                pass
574            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
575               
576        def OnCommon(event):
577            Obj = event.GetEventObject()
578            self.Common = Obj.GetValue()
579            if '*' in self.Common:
580                A,B = G2lat.cell2AB(self.oldCell[:6])
581                self.newCell[2:5] = [A[2,2],90.,90.]
582                a,b = G2lat.cell2AB(self.newCell[:6])
583                self.Trans = np.inner(a.T,B)    #correct!
584                self.newSpGrp = 'P 1'
585                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(self.newSpGrp)
586                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
587            else:
588                self.Trans = commonTrans[self.Common]
589            OnTest(event)
590       
591        def OnSpaceGroup(event):
592            event.Skip()
593            Flds = SGTxt.GetValue().split()
594            Flds[0] = Flds[0].upper()
595            #get rid of extra spaces between fields first
596            for fld in Flds: fld = fld.strip()
597            SpcGp = ' '.join(Flds)
598            if SpcGp == self.newSpGrp: #didn't change it!
599                return
600            # try a lookup on the user-supplied name
601            SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpcGp)
602            if SpGrpNorm:
603                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
604            else:
605                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpcGp)
606            if SGErr:
607                text = [G2spc.SGErrors(SGErr)+'\nSpace Group set to previous']
608                SGTxt.SetValue(self.newSpGrp)
609                msg = 'Space Group Error'
610                Style = wx.ICON_EXCLAMATION
611                Text = '\n'.join(text)
612                wx.MessageBox(Text,caption=msg,style=Style)
613            else:
614                text,table = G2spc.SGPrint(SGData)
615                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
616                self.newSpGrp = SpcGp
617                SGTxt.SetValue(self.Phase['General']['SGData']['SpGrp'])
618                msg = 'Space Group Information'
619                SGMessageBox(self.panel,msg,text,table).Show()
620            if self.Phase['General']['Type'] == 'magnetic':
621                Nops = len(SGData['SGOps'])*len(SGData['SGCen'])
622                if SGData['SGInv']:
623                    Nops *= 2
624                SGData['SpnFlp'] = Nops*[1,]
625#            if self.Phase['General']['Type'] in ['modulated',]:
626#                self.Phase['General']['SuperSg'] = SetDefaultSSsymbol()
627#                self.Phase['General']['SSGData'] = G2spc.SSpcGroup(generalData['SGData'],generalData['SuperSg'])[1]
628
629        def OnTest(event):
630            self.newCell = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)
631            wx.CallAfter(self.Draw)
632           
633        def OnMag(event):
634            self.ifMag = mag.GetValue()
635           
636        def OnConstr(event):
637            self.ifConstr = constr.GetValue()
638
639        self.panel.Destroy()
640        self.panel = wx.Panel(self)
641        Ind = {}
642        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
643        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
644        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
645        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix & vector: M*X+V = X'"))
646#        if self.Super:
647#            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
648#        else:
649        commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
650        commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
651        common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames,
652            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
653        common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
654        commonSizer.Add(common,0,WACV)
655        transSizer.Add(commonSizer)
656        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
657        for iy,line in enumerate(self.Trans):
658            for ix,val in enumerate(line):
659                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
660                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
661                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
662                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
663                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
664                Trmat.Add(item)
665            Trmat.Add((25,0),0)
666            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
667                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
668            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
669            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
670            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
671            Trmat.Add(vec)
672        transSizer.Add(Trmat)
673        MatSizer.Add((10,0),0)
674        MatSizer.Add(transSizer)
675        mainSizer.Add(MatSizer)
676        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Old lattice parameters:'),0,WACV)
677        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
678            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.oldCell[0],self.oldCell[1],self.oldCell[2])),0,WACV)
679        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
680            (self.oldCell[3],self.oldCell[4],self.oldCell[5])),0,WACV)
681        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.oldCell[6])),0,WACV)
682        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' New lattice parameters:'),0,WACV)
683        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
684            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.newCell[0],self.newCell[1],self.newCell[2])),0,WACV)
685        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
686            (self.newCell[3],self.newCell[4],self.newCell[5])),0,WACV)
687        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.newCell[6])),0,WACV)
688        sgSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
689        sgSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  Space group: '),0,WACV)
690        SGTxt = wx.TextCtrl(self.panel,value=self.newSpGrp,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
691        SGTxt.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnSpaceGroup)
692        SGTxt.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnSpaceGroup)
693        sgSizer.Add(SGTxt,0,WACV)
694        mainSizer.Add(sgSizer,0,WACV)
695        if 'magnetic' not in self.Phase['General']['Type']:
696            mag = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make new phase magnetic?')
697            mag.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnMag)
698            mainSizer.Add(mag,0,WACV)
699            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
700                label=' NB: Nonmagnetic atoms will be deleted from new phase'),0,WACV)
701            constr = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make constraints between phases?')
702            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
703                label=' Constraints not correct for non-diagonal transforms'),0,WACV)
704            constr.SetValue(self.ifConstr)
705            constr.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnConstr)
706            mainSizer.Add(constr,0,WACV)
707
708        TestBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Test")
709        TestBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, OnTest)
710        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
711        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
712        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
713        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
714        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
715        btnSizer.Add((20,20),1)
716        btnSizer.Add(TestBtn)
717        btnSizer.Add((20,20),1)
718        btnSizer.Add(OkBtn)
719        btnSizer.Add((20,20),1)
720        btnSizer.Add(cancelBtn)
721        btnSizer.Add((20,20),1)
722       
723        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
724        self.panel.SetSizer(mainSizer)
725        self.panel.Fit()
726        self.Fit()
727       
728    def GetSelection(self):
729        if self.ifMag:
730            self.Phase['General']['Name'] += ' mag'
731        else:
732            self.Phase['General']['Name'] += ' %s'%(self.Common)
733        self.Phase['General']['Cell'][1:] = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)           
734        return self.Phase,self.Trans,self.Vec,self.ifMag,self.ifConstr
735
736    def OnOk(self,event):
737        parent = self.GetParent()
738        parent.Raise()
739        self.EndModal(wx.ID_OK)
740
741    def OnCancel(self,event):
742        parent = self.GetParent()
743        parent.Raise()
744        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
745################################################################################
746class UseMagAtomDialog(wx.Dialog):
747    '''Get user selected magnetic atoms after cell transformation
748    '''
749    def __init__(self,parent,Atoms,atCodes):
750        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Magnetic atom selection', 
751            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
752        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
753        self.Atoms = Atoms
754        self.atCodes = atCodes
755        self.Use = len(self.Atoms)*[True,]
756        self.Draw()
757       
758    def Draw(self):
759       
760        def OnUseChk(event):
761            Obj = event.GetEventObject()
762            iuse = Indx[Obj.GetId()]
763            self.Use[iuse] = not self.Use[iuse]
764            Obj.SetValue(self.Use[iuse])
765       
766        self.panel.Destroy()
767        self.panel = wx.Panel(self)
768        Indx = {}
769        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
770       
771        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Name, x, y, z:'),0,WACV)
772        atmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
773        for iuse,[use,atom] in enumerate(zip(self.Use,self.Atoms)):
774            useChk = wx.CheckBox(self.panel,label='Use?')
775            Indx[useChk.GetId()] = iuse
776            useChk.SetValue(use)
777            useChk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnUseChk)
778            atmSizer.Add(useChk,0,WACV)
779            text = ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%(atom[0],atom[3],atom[4],atom[5])
780            atmSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=text),0,WACV)
781        mainSizer.Add(atmSizer)
782       
783        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
784        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
785        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Use All")
786        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
787        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
788        btnSizer.Add((20,20),1)
789        btnSizer.Add(OkBtn)
790        btnSizer.Add((20,20),1)
791        btnSizer.Add(cancelBtn)
792        btnSizer.Add((20,20),1)
793       
794        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
795        self.panel.SetSizer(mainSizer)
796        self.panel.Fit()
797        self.Fit()
798       
799    def GetSelection(self):
800        useAtoms = []
801        useatCodes = []
802        for use,atom,code in zip(self.Use,self.Atoms,self.atCodes):
803            if use:
804                useAtoms.append(atom)
805                useatCodes.append(code)
806        return useAtoms,useatCodes
807
808    def OnOk(self,event):
809        parent = self.GetParent()
810        parent.Raise()
811        self.EndModal(wx.ID_OK)
812
813    def OnCancel(self,event):
814        parent = self.GetParent()
815        parent.Raise()
816        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
817           
818               
819################################################################################
820class RotationDialog(wx.Dialog):
821    ''' Get Rotate & translate matrix & vector - currently not used
822    needs rethinking - possible use to rotate a group of atoms about some
823    vector/origin + translation
824   
825    '''
826    def __init__(self,parent):
827        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Atom group rotation/translation', 
828            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
829        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
830        self.Trans = np.eye(3)
831        self.Vec = np.zeros(3)
832        self.rotAngle = 0.
833        self.rotVec = np.array([0.,0.,1.])
834        self.Expand = ''
835        self.Draw()
836
837    def Draw(self):
838
839        def OnMatValue(event):
840            event.Skip()
841            Obj = event.GetEventObject()
842            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
843            val = Obj.GetValue()
844            if '/' in val:
845                vals = val.split('/')
846                self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
847            else:   
848                self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
849            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
850           
851           
852        def OnVecValue(event):
853            event.Skip()
854            Obj = event.GetEventObject()
855            iy = Ind[Obj.GetId()]
856            val = Obj.GetValue()
857            if '/' in val:
858                vals = val.split('/')
859                self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
860            else:   
861                self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
862            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
863           
864        def OnExpand(event):
865            self.Expand = expand.GetValue()
866           
867        def OnRotAngle(event):
868            event.Skip()
869            self.rotAngle = float(rotangle.GetValue())
870            rotangle.SetValue('%5.3f'%(self.rotAngle))
871            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
872            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
873            self.Draw()
874           
875        def OnRotVec(event):
876            event.Skip()
877            vals = rotvec.GetValue()
878            vals = vals.split()
879            self.rotVec = np.array([float(val) for val in vals])
880            rotvec.SetValue('%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]))
881            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
882            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
883            self.Draw()
884           
885        self.panel.Destroy()
886        self.panel = wx.Panel(self)
887        Ind = {}
888        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
889        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
890        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
891        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix && vector: "+ \
892            "\n B*M*A*(X-V)+V = X'\n A,B: Cartesian transformation matrices"))
893        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
894        for iy,line in enumerate(self.Trans):
895            for ix,val in enumerate(line):
896                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
897                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
898                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
899                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
900                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
901                Trmat.Add(item)
902            Trmat.Add((25,0),0)
903            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
904                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
905            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
906            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
907            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
908            Trmat.Add(vec)
909        transSizer.Add(Trmat)
910        MatSizer.Add((10,0),0)
911        MatSizer.Add(transSizer)
912        mainSizer.Add(MatSizer)
913        rotationBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
914        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Rotation angle: '),0,WACV)
915        rotangle = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.rotAngle),
916            size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
917        rotangle.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotAngle)
918        rotangle.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotAngle)
919        rotationBox.Add(rotangle,0,WACV)
920        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' about vector: '),0,WACV)
921        rotvec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]),
922            size=(100,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
923        rotvec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotVec)
924        rotvec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotVec)
925        rotationBox.Add(rotvec,0,WACV)
926        mainSizer.Add(rotationBox,0,WACV)
927        expandChoice = ['','xy','xz','yz','xyz']
928        expandBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
929        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Expand -1 to +1 on: '),0,WACV)
930        expand = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Expand,choices=expandChoice,
931            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
932        expand.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnExpand)
933        expandBox.Add(expand,0,WACV)
934        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' and find unique atoms '),0,WACV)       
935        mainSizer.Add(expandBox)
936               
937        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
938        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
939        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
940        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
941        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
942        btnSizer.Add((20,20),1)
943        btnSizer.Add(OkBtn)
944        btnSizer.Add((20,20),1)
945        btnSizer.Add(cancelBtn)
946        btnSizer.Add((20,20),1)
947       
948        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
949        self.panel.SetSizer(mainSizer)
950        self.panel.Fit()
951        self.Fit()
952
953    def GetSelection(self):
954        return self.Trans,self.Vec,self.Expand
955
956    def OnOk(self,event):
957        parent = self.GetParent()
958        parent.Raise()
959        self.EndModal(wx.ID_OK)
960
961    def OnCancel(self,event):
962        parent = self.GetParent()
963        parent.Raise()
964        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)   
965       
966################################################################################
967class DIFFaXcontrols(wx.Dialog):
968    ''' Solicit items needed to prepare DIFFaX control.dif file
969    '''
970    def __init__(self,parent,ctrls,parms=None):
971        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'DIFFaX controls', 
972            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
973        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
974        self.ctrls = ctrls
975        self.calcType = 'powder pattern'
976        self.plane = 'h0l'
977        self.planeChoice = ['h0l','0kl','hhl','h-hl',]
978        self.lmax = '2'
979        self.lmaxChoice = [str(i+1) for i in range(6)]
980        self.Parms = parms
981        self.Parm = None
982        if self.Parms != None:
983            self.Parm = self.Parms[0]
984        self.parmRange = [0.,1.]
985        self.parmStep = 2
986        self.Inst = 'Gaussian'
987        self.Draw()
988       
989    def Draw(self):
990       
991        def OnCalcType(event):
992            self.calcType = calcType.GetValue()
993            wx.CallAfter(self.Draw)
994           
995        def OnPlane(event):
996            self.plane = plane.GetValue()
997           
998        def OnMaxL(event):
999            self.lmax = lmax.GetValue()
1000           
1001        def OnParmSel(event):
1002            self.Parm = parmsel.GetValue()
1003           
1004        def OnNumStep(event):
1005            self.parmStep = int(numStep.GetValue())
1006           
1007        def OnParmRange(event):
1008            event.Skip()
1009            vals = parmrange.GetValue().split()
1010            try:
1011                vals = [float(vals[0]),float(vals[1])]
1012            except ValueError:
1013                vals = self.parmRange
1014            parmrange.SetValue('%.3f %.3f'%(vals[0],vals[1]))
1015            self.parmRange = vals
1016           
1017        def OnInstSel(event):
1018            self.Inst = instsel.GetValue()
1019       
1020        self.panel.Destroy()
1021        self.panel = wx.Panel(self)
1022        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1023        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Controls for DIFFaX'),0,WACV)
1024        if self.Parms:
1025            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sequential powder pattern simulation'),0,WACV)
1026        else:
1027            calcChoice = ['powder pattern','selected area']
1028            calcSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1029            calcSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select calculation type: '),0,WACV)
1030            calcType = wx.ComboBox(self.panel,value=self.calcType,choices=calcChoice,
1031                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1032            calcType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCalcType)
1033            calcSizer.Add(calcType,0,WACV)
1034            mainSizer.Add(calcSizer)
1035        if self.Parms:
1036            parmSel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1037            parmSel.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select parameter to vary: '),0,WACV)
1038            parmsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Parm,choices=self.Parms,
1039                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1040            parmsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnParmSel)
1041            parmSel.Add(parmsel,0,WACV)
1042            mainSizer.Add(parmSel)
1043            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Enter parameter range & no. steps: '),0,WACV)
1044            parmRange =  wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1045            numChoice = [str(i+1) for i in range(10)]
1046            parmrange = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f %.3f'%(self.parmRange[0],self.parmRange[1]),
1047                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1048            parmrange.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnParmRange)
1049            parmrange.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnParmRange)
1050            parmRange.Add(parmrange,0,WACV)
1051            numStep = wx.ComboBox(self.panel,value=str(self.parmStep),choices=numChoice,
1052                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1053            numStep.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnNumStep)
1054            parmRange.Add(numStep,0,WACV)
1055            mainSizer.Add(parmRange)           
1056        if 'selected' in self.calcType:
1057            planeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1058            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select plane: '),0,WACV)
1059            plane = wx.ComboBox(self.panel,value=self.plane,choices=self.planeChoice,
1060                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1061            plane.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPlane)
1062            planeSizer.Add(plane,0,WACV)
1063            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Max. l index: '),0,WACV)
1064            lmax = wx.ComboBox(self.panel,value=self.lmax,choices=self.lmaxChoice,
1065                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1066            lmax.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaxL)
1067            planeSizer.Add(lmax,0,WACV)           
1068            mainSizer.Add(planeSizer)
1069        else:
1070            instChoice = ['None','Mean Gaussian','Gaussian',]
1071            instSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1072            instSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select instrument broadening: '),0,WACV)
1073            instsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Inst,choices=instChoice,
1074                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1075            instsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnInstSel)
1076            instSizer.Add(instsel,0,WACV)
1077            mainSizer.Add(instSizer)
1078        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1079        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1080        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1081        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1082        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1083        btnSizer.Add((20,20),1)
1084        btnSizer.Add(OkBtn)
1085        btnSizer.Add((20,20),1)
1086        btnSizer.Add(cancelBtn)
1087        btnSizer.Add((20,20),1)
1088       
1089        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1090        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1091        self.panel.Fit()
1092        self.Fit()
1093       
1094    def GetSelection(self):
1095        if 'powder' in self.calcType:
1096            return 'PWDR',self.Inst,self.Parm,self.parmRange,self.parmStep
1097        elif 'selected' in self.calcType:
1098            return 'SADP',self.plane,self.lmax
1099
1100    def OnOk(self,event):
1101        parent = self.GetParent()
1102        parent.Raise()
1103        self.EndModal(wx.ID_OK)
1104
1105    def OnCancel(self,event):
1106        parent = self.GetParent()
1107        parent.Raise()
1108        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1109           
1110       
1111################################################################################
1112class MergeDialog(wx.Dialog):
1113    ''' HKL transformation & merge dialog
1114   
1115    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1116    :param data: HKLF data
1117   
1118    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file     
1119    '''       
1120    def __init__(self,parent,data):
1121        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup HKLF merge', 
1122            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1123        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1124        self.data = data
1125        self.Super = data[1]['Super']
1126        if self.Super:
1127            self.Trans = np.eye(4)
1128        else:
1129            self.Trans = np.eye(3)
1130        self.Cent = 'noncentrosymmetric'
1131        self.Laue = '1'
1132        self.Class = 'triclinic'
1133        self.Common = 'abc'
1134        self.Draw()
1135       
1136    def Draw(self):
1137               
1138        def OnMatValue(event):
1139            event.Skip()
1140            Obj = event.GetEventObject()
1141            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
1142            self.Trans[ix,iy] = float(Obj.GetValue())
1143               
1144        def OnCent(event):
1145            Obj = event.GetEventObject()
1146            self.Cent = Obj.GetValue()
1147            self.Laue = ''
1148            wx.CallAfter(self.Draw)
1149           
1150        def OnLaue(event):
1151            Obj = event.GetEventObject()
1152            self.Laue = Obj.GetValue()
1153            wx.CallAfter(self.Draw)
1154           
1155        def OnClass(event):
1156            Obj = event.GetEventObject()
1157            self.Class = Obj.GetValue()
1158            self.Laue = ''
1159            wx.CallAfter(self.Draw)
1160           
1161        def OnCommon(event):
1162            Obj = event.GetEventObject()
1163            self.Common = Obj.GetValue()
1164            self.Trans = commonTrans[self.Common]
1165            wx.CallAfter(self.Draw)
1166       
1167        self.panel.Destroy()
1168        self.panel = wx.Panel(self)
1169        Ind = {}
1170        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1171        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1172        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1173        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" HKL Transformation matrix: M*H = H'"))
1174        if self.Super:
1175            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
1176        else:
1177            commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1178            commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
1179            common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames[:-1], #not the last one!
1180                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1181            common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
1182            commonSizer.Add(common,0,WACV)
1183            transSizer.Add(commonSizer)
1184            Trmat = wx.FlexGridSizer(3,3,0,0)
1185        for iy,line in enumerate(self.Trans):
1186            for ix,val in enumerate(line):
1187                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
1188                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1189                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
1190                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
1191                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
1192                Trmat.Add(item)
1193        transSizer.Add(Trmat)
1194        MatSizer.Add((10,0),0)
1195        MatSizer.Add(transSizer)
1196        mainSizer.Add(MatSizer)
1197        laueClass = ['triclinic','monoclinic','orthorhombic','trigonal(H)','tetragonal','hexagonal','cubic']
1198        centroLaue = {'triclinic':['-1',],'monoclinic':['2/m','1 1 2/m','2/m 1 1',],
1199            'orthorhombic':['m m m',],'trigonal(H)':['-3','-3 m 1','-3 1 m',],    \
1200            'tetragonal':['4/m','4/m m m',],'hexagonal':['6/m','6/m m m',],'cubic':['m 3','m 3 m']}
1201        noncentroLaue = {'triclinic':['1',],'monoclinic':['2','2 1 1','1 1 2','m','m 1 1','1 1 m',],
1202            'orthorhombic':['2 2 2','m m 2','m 2 m','2 m m',],
1203            'trigonal(H)':['3','3 1 2','3 2 1','3 m 1','3 1 m',],
1204            'tetragonal':['4','-4','4 2 2','4 m m','-4 2 m','-4 m 2',], \
1205            'hexagonal':['6','-6','6 2 2','6 m m','-6 m 2','-6 2 m',],'cubic':['2 3','4 3 2','-4 3 m']}
1206        centChoice = ['noncentrosymmetric','centrosymmetric']
1207        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select Laue class for new lattice:'),0,WACV)
1208        Class = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Class,choices=laueClass,
1209            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1210        Class.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnClass)
1211        mainSizer.Add(Class,0,WACV)
1212        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target Laue symmetry:'),0,WACV)
1213        Cent = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Cent,choices=centChoice,
1214            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1215        Cent.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCent)
1216        mergeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1217        mergeSizer.Add(Cent,0,WACV)
1218        mergeSizer.Add((10,0),0)
1219        Choice = centroLaue[self.Class]
1220        if 'non' in self.Cent:
1221            Choice = noncentroLaue[self.Class]
1222        Laue = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Laue,choices=Choice,
1223            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1224        Laue.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnLaue)
1225        mergeSizer.Add(Laue,0,WACV)
1226        mainSizer.Add(mergeSizer)
1227
1228        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1229        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1230        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1231        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1232        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1233        btnSizer.Add((20,20),1)
1234        if self.Laue:
1235            btnSizer.Add(OkBtn)
1236            btnSizer.Add((20,20),1)
1237        btnSizer.Add(cancelBtn)
1238        btnSizer.Add((20,20),1)
1239       
1240        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1241        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1242        self.panel.Fit()
1243        self.Fit()
1244       
1245    def GetSelection(self):
1246        return self.Trans,self.Cent,self.Laue
1247
1248    def OnOk(self,event):
1249        parent = self.GetParent()
1250        parent.Raise()
1251        self.EndModal(wx.ID_OK)
1252
1253    def OnCancel(self,event):
1254        parent = self.GetParent()
1255        parent.Raise()
1256        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1257
1258       
1259################################################################################
1260class AddHatomDialog(wx.Dialog):
1261    '''H atom addition dialog. After :meth:`ShowModal` returns, the results
1262    are found in dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1263   
1264    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1265    :param dict Neigh: a dict of atom names with list of atom name, dist pairs for neighboring atoms
1266    :param dict phase: a dict containing the phase as defined by
1267      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`   
1268    '''
1269    def __init__(self,parent,Neigh,phase):
1270        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'H atom add', 
1271            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1272        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1273        self.Neigh = Neigh
1274        self.phase = phase
1275        self.Hatoms = []
1276        self.Draw(self.Neigh,self.phase)
1277           
1278    def Draw(self,Neigh,phase):
1279        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1280        by :meth:`__init__`.
1281        '''
1282        def OnHSelect(event):
1283            Obj = event.GetEventObject()
1284            item,i = Indx[Obj.GetId()]
1285            for obj in Indx[item]:
1286                obj.SetValue(False)
1287            Obj.SetValue(True)
1288            self.Neigh[item][2] = i
1289           
1290        def OnBond(event):
1291            Obj = event.GetEventObject()
1292            inei,ibond = Indx[Obj.GetId()]
1293            self.Neigh[inei][1][0][ibond][2] = Obj.GetValue()
1294           
1295        self.panel.Destroy()
1296        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self,style = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1297        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1298        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'H atom add controls for phase %s:'%(phase['General']['Name'])),
1299            0,wx.LEFT|wx.TOP,10)
1300        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'NB: Check selections as they may not be correct'),0,WACV|wx.LEFT,10)
1301        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1," Atom:  Add # H's          Use: Neighbors, dist"),0,wx.TOP|wx.LEFT,5)
1302        nHatms = ['0','1','2','3']
1303        dataSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,0,0)
1304        Indx = {}
1305        for inei,neigh in enumerate(Neigh):
1306            dataSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' %s:  '%(neigh[0])),0,WACV)
1307            nH = 1      #for O atom
1308            if 'C' in neigh[0] or 'N' in neigh[0]:
1309                nH = 4-len(neigh[1][0])
1310            checks = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1311            Ids = []
1312            for i in range(nH+1):
1313                nHs = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=nHatms[i])
1314                if i == neigh[2]:
1315                    nHs.SetValue(True)
1316                Indx[nHs.GetId()] = [inei,i]
1317                Ids.append(nHs)
1318                nHs.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnHSelect)
1319                checks.Add(nHs,0,WACV)
1320            Indx[inei] = Ids
1321            dataSizer.Add(checks,0,WACV)
1322            lineSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1323            for ib,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1324                Bond = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=': %s, %.3f'%(bond[0],bond[1]))
1325                Bond.SetValue(bond[2])
1326                Indx[Bond.GetId()] = [inei,ib]
1327                Bond.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBond)               
1328                lineSizer.Add(Bond,0,WACV)               
1329            dataSizer.Add(lineSizer,0,WACV|wx.RIGHT,10)
1330        mainSizer.Add(dataSizer,0,wx.LEFT,5)
1331
1332        CancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Cancel')
1333        CancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1334        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Ok')
1335        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1336        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1337        btnSizer.Add((20,20),1)
1338        btnSizer.Add(OkBtn)
1339        btnSizer.Add((20,20),1)
1340        btnSizer.Add(CancelBtn)
1341        btnSizer.Add((20,20),1)
1342        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1343        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1344        size = np.array(self.GetSize())
1345        self.panel.SetupScrolling()
1346        self.panel.SetAutoLayout(1)
1347        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
1348        self.panel.SetSize(size)
1349       
1350    def GetData(self):
1351        'Returns the values from the dialog'
1352        for neigh in self.Neigh:
1353            for ibond,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1354                if not bond[2]:
1355                    neigh[1][1][1][ibond] = 0   #deselected bond
1356            neigh[1][1][1] = [a for a in  neigh[1][1][1] if a]
1357        return self.Neigh       #has #Hs to add for each entry
1358       
1359    def OnOk(self,event):
1360        'Called when the OK button is pressed'
1361        parent = self.GetParent()
1362        parent.Raise()
1363        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1364
1365    def OnCancel(self,event):
1366        parent = self.GetParent()
1367        parent.Raise()
1368        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1369
1370################################################################################
1371class DisAglDialog(wx.Dialog):
1372    '''Distance/Angle Controls input dialog. After
1373    :meth:`ShowModal` returns, the results are found in
1374    dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1375
1376    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1377    :param dict data: a dict containing the current
1378      search ranges or an empty dict, which causes default values
1379      to be used.
1380      Will be used to set element `DisAglCtls` in
1381      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`
1382    :param dict default:  A dict containing the default
1383      search ranges for each element.
1384    '''
1385    def __init__(self,parent,data,default,Reset=True):
1386        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Distance Angle Controls', 
1387            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1388        self.default = default
1389        self.Reset = Reset
1390        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1391        self._default(data,self.default)
1392        self.Draw(self.data)
1393               
1394    def _default(self,data,default):
1395        '''Set starting values for the search values, either from
1396        the input array or from defaults, if input is null
1397        '''
1398        if data:
1399            self.data = copy.deepcopy(data) # don't mess with originals
1400        else:
1401            self.data = {}
1402            self.data['Name'] = default['Name']
1403            self.data['Factors'] = [0.85,0.85]
1404            self.data['AtomTypes'] = default['AtomTypes']
1405            self.data['BondRadii'] = default['BondRadii'][:]
1406            self.data['AngleRadii'] = default['AngleRadii'][:]
1407
1408    def Draw(self,data):
1409        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1410        by :meth:`__init__`.
1411        '''
1412        self.panel.Destroy()
1413        self.panel = wx.Panel(self)
1414        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1415        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Controls for phase '+data['Name']),
1416            0,WACV|wx.LEFT,10)
1417        mainSizer.Add((10,10),1)
1418       
1419        radiiSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,5,5)
1420        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' Type'),0,WACV)
1421        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Bond radii'),0,WACV)
1422        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Angle radii'),0,WACV)
1423        self.objList = {}
1424        for id,item in enumerate(self.data['AtomTypes']):
1425            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' '+item),0,WACV)
1426            bRadii = wx.TextCtrl(self.panel,-1,value='%.3f'%(data['BondRadii'][id]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1427            self.objList[bRadii.GetId()] = ['BondRadii',id]
1428            bRadii.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnRadiiVal)
1429            bRadii.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnRadiiVal)
1430            radiiSizer.Add(bRadii,0,WACV)
1431            aRadii = wx.TextCtrl(self.panel,-1,value='%.3f'%(data['AngleRadii'][id]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1432            self.objList[aRadii.GetId()] = ['AngleRadii',id]
1433            aRadii.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnRadiiVal)
1434            aRadii.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnRadiiVal)
1435            radiiSizer.Add(aRadii,0,WACV)
1436        mainSizer.Add(radiiSizer,0,wx.EXPAND)
1437        factorSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
1438        Names = ['Bond','Angle']
1439        for i,name in enumerate(Names):
1440            factorSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,name+' search factor'),0,WACV)
1441            bondFact = wx.TextCtrl(self.panel,-1,value='%.3f'%(data['Factors'][i]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1442            self.objList[bondFact.GetId()] = ['Factors',i]
1443            bondFact.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnRadiiVal)
1444            bondFact.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnRadiiVal)
1445            factorSizer.Add(bondFact)
1446        mainSizer.Add(factorSizer,0,wx.EXPAND)
1447       
1448        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1449        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1450        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1451        btnSizer.Add((20,20),1)
1452        btnSizer.Add(OkBtn)
1453        if self.Reset:
1454            ResetBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Reset')
1455            ResetBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnReset)
1456            btnSizer.Add(ResetBtn)
1457        btnSizer.Add((20,20),1)
1458        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1459        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1460        self.panel.Fit()
1461        self.Fit()
1462   
1463    def OnRadiiVal(self,event):
1464        event.Skip()
1465        Obj = event.GetEventObject()
1466        item = self.objList[Obj.GetId()]
1467        try:
1468            self.data[item[0]][item[1]] = float(Obj.GetValue())
1469        except ValueError:
1470            pass
1471        Obj.SetValue("%.3f"%(self.data[item[0]][item[1]]))          #reset in case of error
1472       
1473    def GetData(self):
1474        'Returns the values from the dialog'
1475        return self.data
1476       
1477    def OnOk(self,event):
1478        'Called when the OK button is pressed'
1479        parent = self.GetParent()
1480        parent.Raise()
1481        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1482       
1483    def OnReset(self,event):
1484        'Called when the Reset button is pressed'
1485        data = {}
1486        self._default(data,self.default)
1487        self.Draw(self.data)
1488               
1489################################################################################
1490class ShowLSParms(wx.Dialog):
1491    '''Create frame to show least-squares parameters
1492    '''
1493    def __init__(self,parent,title,parmDict,varyList,fullVaryList,
1494                 size=(300,430)):
1495        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,size=size,
1496                           style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
1497        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1498
1499        panel = wxscroll.ScrolledPanel(
1500            self, wx.ID_ANY,
1501            #size=size,
1502            style = wx.TAB_TRAVERSAL|wx.SUNKEN_BORDER)
1503        num = len(varyList)
1504        mainSizer.Add(wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,'Number of refined variables: '+str(num)))
1505        if len(varyList) != len(fullVaryList):
1506            num = len(fullVaryList) - len(varyList)
1507            mainSizer.Add(wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,' + '+str(num)+' parameters are varied via constraints'))
1508        subSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,hgap=2,vgap=2)
1509        parmNames = parmDict.keys()
1510        parmNames.sort()
1511        subSizer.Add((-1,-1))
1512        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'Parameter name  '))
1513        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'refine?'))
1514        subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'value'),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1515        explainRefine = False
1516        for name in parmNames:
1517            # skip entries without numerical values
1518            if isinstance(parmDict[name],basestring): continue
1519            try:
1520                value = G2py3.FormatSigFigs(parmDict[name])
1521            except TypeError:
1522                value = str(parmDict[name])+' -?' # unexpected
1523                #continue
1524            v = G2obj.getVarDescr(name)
1525            if v is None or v[-1] is None:
1526                subSizer.Add((-1,-1))
1527            else:               
1528                ch = G2G.HelpButton(panel,G2obj.fmtVarDescr(name))
1529                subSizer.Add(ch,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|WACV|wx.ALIGN_CENTER,1)
1530            subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,str(name)))
1531            if name in varyList:
1532                subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'R'))
1533            elif name in fullVaryList:
1534                subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,'C'))
1535                explainRefine = True
1536            else:
1537                subSizer.Add((-1,-1))
1538            subSizer.Add(wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,value),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1539
1540        # finish up ScrolledPanel
1541        panel.SetSizer(subSizer)
1542        panel.SetAutoLayout(1)
1543        panel.SetupScrolling()
1544        mainSizer.Add(panel,1, wx.ALL|wx.EXPAND,1)
1545
1546        if explainRefine:
1547            mainSizer.Add(
1548                wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,
1549                          '"R" indicates a refined variable\n'+
1550                          '"C" indicates generated from a constraint'
1551                          ),
1552                0, wx.ALL,0)
1553        # make OK button
1554        btnsizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1555        btn = wx.Button(self, wx.ID_CLOSE,"Close") 
1556        btn.Bind(wx.EVT_BUTTON,self._onClose)
1557        btnsizer.Add(btn)
1558        mainSizer.Add(btnsizer, 0, wx.ALIGN_CENTER|wx.ALL, 5)
1559        # Allow window to be enlarged but not made smaller
1560        self.SetSizer(mainSizer)
1561        self.SetMinSize(self.GetSize())
1562
1563    def _onClose(self,event):
1564        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1565 
1566################################################################################
1567class DataFrame(wx.Frame):
1568    '''Create the data item window and all the entries in menus used in
1569    that window. For Linux and windows, the menu entries are created for the
1570    current data item window, but in the Mac the menu is accessed from all
1571    windows. This means that a different menu is posted depending on which
1572    data item is posted. On the Mac, all the menus contain the data tree menu
1573    items, but additional menus are added specific to the data item.
1574
1575    Note that while the menus are created here,
1576    the binding for the menus is done later in various GSASII*GUI modules,
1577    where the functions to be called are defined.
1578    '''
1579    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
1580        '''Override the Bind() function: on the Mac the binding is to
1581        the main window, so that menus operate with any window on top.
1582        For other platforms, either wrap calls that will be logged
1583        or call the default wx.Frame Bind() to bind to the menu item directly.
1584
1585        Note that bindings can be made to objects by Id or by direct reference to the
1586        object. As a convention, when bindings are to objects, they are not logged
1587        but when bindings are by Id, they are logged.
1588        '''
1589        if sys.platform == "darwin": # mac
1590            self.G2frame.Bind(eventtype,handler,*args,**kwargs)
1591            return
1592        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
1593            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self.G2frame,handler)
1594            if menulabels:
1595                #print 'intercepting bind for',handler,menulabels,kwargs['id']
1596                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.G2frame.MenuBinding,*args,**kwargs)
1597                return
1598            wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
1599       
1600    def PrefillDataMenu(self,menu,helpType,helpLbl=None,empty=False):
1601        '''Create the "standard" part of data frame menus. Note that on Linux and
1602        Windows nothing happens here. On Mac, this menu duplicates the
1603        tree menu, but adds an extra help command for the data item and a separator.
1604        '''
1605        self.datamenu = menu
1606        self.G2frame.dataMenuBars.append(menu)
1607        self.helpType = helpType
1608        self.helpLbl = helpLbl
1609        if sys.platform == "darwin": # mac                         
1610            self.G2frame.FillMainMenu(menu,addhelp=False) # add the data tree menu items
1611            if not empty:
1612                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add a separator
1613       
1614    def PostfillDataMenu(self,empty=False):
1615        '''Add the help menu to the data frame menus. Note that on Linux and
1616        Windows, this is the standard help Menu but without the update commands but adds an extra help
1617        command for the data item.
1618        On Mac, this is the entire help menu including the update commands, a separator and the
1619        extra help command for the data item.
1620        '''
1621        menu = self.datamenu
1622        helpType = self.helpType
1623        helpLbl = self.helpLbl
1624        if sys.platform == "darwin": # mac
1625            if not empty:
1626                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add another separator
1627            HelpMenu=G2G.MyHelp(self,helpType=helpType,includeTree=True,
1628                morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials'),])
1629            menu.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1630        else: # other
1631            menu.Append(menu=G2G.MyHelp(self,helpType=helpType, helpLbl=helpLbl),
1632                        title='&Help')
1633
1634    def _init_menus(self):
1635        'define all GSAS-II data frame menus'
1636
1637        # for use where no menu or data frame help is provided
1638        self.BlankMenu = wx.MenuBar()
1639       
1640        # Controls
1641        self.ControlsMenu = wx.MenuBar()
1642        self.PrefillDataMenu(self.ControlsMenu,helpType='Controls',empty=True)
1643        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1644       
1645        # Notebook
1646        self.DataNotebookMenu = wx.MenuBar() 
1647        self.PrefillDataMenu(self.DataNotebookMenu,helpType='Notebook',empty=True)
1648        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1649       
1650        # Comments
1651        self.DataCommentsMenu = wx.MenuBar()
1652        self.PrefillDataMenu(self.DataCommentsMenu,helpType='Comments',empty=True)
1653        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1654       
1655        # Constraints
1656        self.ConstraintMenu = wx.MenuBar()
1657        self.PrefillDataMenu(self.ConstraintMenu,helpType='Constraints')
1658        self.ConstraintTab = wx.Menu(title='')
1659        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintTab, title='Select tab')
1660        for id,txt in (
1661            (wxID_CONSPHASE,'Phase'),
1662            (wxID_CONSHAP,'Histogram/Phase'),
1663            (wxID_CONSHIST,'Histogram'),
1664            (wxID_CONSGLOBAL,'Global')):
1665            self.ConstraintTab.Append(
1666                id=id, kind=wx.ITEM_NORMAL,text=txt,
1667                help='Select '+txt+' constraint editing tab')
1668        self.ConstraintEdit = wx.Menu(title='')
1669        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintEdit, title='Edit Constr.') # renamed from Edit due to Mac adding extra items to menu
1670        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_HOLDADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add hold',
1671            help='Prevent refinement of parameter values')
1672        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equivalence',
1673            help='Force parameter values to be equivalent')
1674        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_CONSTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add constraint equation',
1675            help='Add a constraint equation to apply to parameter values')
1676        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_FUNCTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add New Var',
1677            help='Create a variable composed of existing parameters')
1678        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVALANCEATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make atoms equivalent',
1679            help='Force atom parameter values to be equivalent')
1680        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_EQUIVALANCEATOMS,False)
1681#        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_ADDRIDING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add H riding constraints',
1682#            help='Add H atom riding constraints between atom parameter values')
1683#        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_ADDRIDING,False)
1684        self.PostfillDataMenu()
1685
1686        # item = self.ConstraintEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update GUI')
1687        # def UpdateGSASIIconstrGUI(event):
1688        #     import GSASIIconstrGUI
1689        #     reload(GSASIIconstrGUI)
1690        #     import GSASIIobj
1691        #     reload(GSASIIobj)
1692        # self.Bind(wx.EVT_MENU,UpdateGSASIIconstrGUI,id=item.GetId())
1693
1694        # Rigid bodies
1695        self.RigidBodyMenu = wx.MenuBar()
1696        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodyMenu,helpType='Rigid bodies')
1697        self.ResidueRBMenu = wx.Menu(title='')
1698        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYIMPORT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import XYZ',
1699            help='Import rigid body XYZ from file')
1700        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RESIDUETORSSEQ, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define sequence',
1701            help='Define torsion sequence')
1702        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import residues',
1703            help='Import residue rigid bodies from macro file')
1704        self.RigidBodyMenu.Append(menu=self.ResidueRBMenu, title='Edit Body')
1705        self.PostfillDataMenu()
1706
1707        self.VectorBodyMenu = wx.MenuBar()
1708        self.PrefillDataMenu(self.VectorBodyMenu,helpType='Vector rigid bodies')
1709        self.VectorRBEdit = wx.Menu(title='')
1710        self.VectorRBEdit.Append(id=wxID_VECTORBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body',
1711            help='Add vector rigid body')
1712        self.VectorBodyMenu.Append(menu=self.VectorRBEdit, title='Edit Vector Body')
1713        self.PostfillDataMenu()
1714
1715                   
1716        # Restraints
1717        self.RestraintTab = wx.Menu(title='')
1718        self.RestraintEdit = wx.Menu(title='')
1719        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTSELPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase',
1720            help='Select phase')
1721        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add restraints',
1722            help='Add restraints')
1723        self.RestraintEdit.Enable(wxID_RESTRAINTADD,True)    #gets disabled if macromolecule phase
1724        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add residue restraints',
1725            help='Add residue based restraints for macromolecules from macro file')
1726        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTADD,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1727        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot residue restraints',
1728            help='Plot selected residue based restraints for macromolecules from macro file')
1729        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTPLOT,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1730        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESRCHANGEVAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change value',
1731            help='Change observed value')
1732        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTCHANGEESD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change esd',
1733            help='Change esd in observed value')
1734        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete restraints',
1735            help='Delete selected restraints')
1736
1737        self.RestraintMenu = wx.MenuBar()
1738        self.PrefillDataMenu(self.RestraintMenu,helpType='Restraints')
1739        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintTab, title='Select tab')
1740        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintEdit, title='Edit Restr.')
1741        self.PostfillDataMenu()
1742           
1743        # Sequential results
1744        self.SequentialMenu = wx.MenuBar()
1745        self.PrefillDataMenu(self.SequentialMenu,helpType='Sequential',helpLbl='Sequential Refinement')
1746        self.SequentialFile = wx.Menu(title='')
1747        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialFile, title='Columns')
1748        self.SequentialFile.Append(id=wxID_RENAMESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rename selected',
1749            help='Rename selected sequential refinement columns')
1750        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as text',
1751            help='Save selected sequential refinement results as a text file')
1752        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all as CSV',
1753            help='Save all sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1754        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSELCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as CSV',
1755            help='Save selected sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1756        self.SequentialFile.Append(id=wxID_PLOTSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot selected',
1757            help='Plot selected sequential refinement results')
1758        self.SequentialFile.Append(id=wxID_AVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Compute average',
1759            help='Compute average for selected parameter')           
1760        self.SequentialFile.Append(id=wxID_ORGSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reorganize',
1761            help='Reorganize variables where variables change')
1762        self.SequentialPvars = wx.Menu(title='')
1763        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPvars, title='Pseudo Vars')
1764        self.SequentialPvars.Append(
1765            id=wxADDSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Formula',
1766            help='Add a new custom pseudo-variable')
1767        self.SequentialPvars.Append(
1768            id=wxADDSEQDIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Distance',
1769            help='Add a new bond distance pseudo-variable')
1770        self.SequentialPvars.Append(
1771            id=wxADDSEQANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Angle',
1772            help='Add a new bond angle pseudo-variable')
1773        self.SequentialPvars.Append(
1774            id=wxDELSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete',
1775            help='Delete an existing pseudo-variable')
1776        self.SequentialPvars.Append(
1777            id=wxEDITSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit',
1778            help='Edit an existing pseudo-variable')
1779
1780        self.SequentialPfit = wx.Menu(title='')
1781        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPfit, title='Parametric Fit')
1782        self.SequentialPfit.Append(
1783            id=wxADDPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equation',
1784            help='Add a new equation to minimize')
1785        self.SequentialPfit.Append(
1786            id=wxCOPYPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy equation',
1787            help='Copy an equation to minimize - edit it next')
1788        self.SequentialPfit.Append(
1789            id=wxDELPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete equation',
1790            help='Delete an equation for parametric minimization')
1791        self.SequentialPfit.Append(
1792            id=wxEDITPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit equation',
1793            help='Edit an existing parametric minimization equation')
1794        self.SequentialPfit.Append(
1795            id=wxDOPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit to equation(s)',
1796            help='Perform a parametric minimization')
1797        # fill sequential Export menu
1798        self.SeqExportLookup = {}
1799        self.SequentialEx = wx.Menu(title='')
1800        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialEx, title='Seq Export')
1801        for lbl,txt in (('Phase','Export selected phase(s)'),
1802                        ('Project','Export entire sequential fit')):
1803            objlist = []
1804            for obj in self.G2frame.exporterlist:
1805                if lbl.lower() in obj.exporttype:
1806                    try:
1807                        obj.Writer
1808                    except AttributeError:
1809                        continue
1810                    objlist.append(obj)
1811            if objlist:
1812                submenu = wx.Menu()
1813                item = self.SequentialEx.AppendMenu(
1814                    wx.ID_ANY, lbl+' as',
1815                    submenu, help=txt)
1816                for obj in objlist:
1817                    item = submenu.Append(
1818                        wx.ID_ANY,
1819                        help=obj.longFormatName,
1820                        kind=wx.ITEM_NORMAL,
1821                        text=obj.formatName)
1822                    self.SeqExportLookup[item.GetId()] = (obj,lbl) # lookup table for submenu item
1823       
1824        self.PostfillDataMenu()
1825           
1826        # PWDR & SASD
1827        self.PWDRMenu = wx.MenuBar()
1828        self.PrefillDataMenu(self.PWDRMenu,helpType='PWDR Analysis',helpLbl='Powder Fit Error Analysis')
1829        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1830        self.PWDRMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1831        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1832            help='Error analysis on powder pattern')
1833        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1834            help='Copy of PWDR parameters')
1835        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PLOTCTRLCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy plot controls',
1836            help='Copy of PWDR plot controls')
1837           
1838        self.PostfillDataMenu()
1839           
1840        # HKLF
1841        self.HKLFMenu = wx.MenuBar()
1842        self.PrefillDataMenu(self.HKLFMenu,helpType='HKLF Analysis',helpLbl='HKLF Fit Error Analysis')
1843        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1844        self.HKLFMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1845        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1846            help='Error analysis on single crystal data')
1847        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_MERGEHKL,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Merge HKLs',
1848            help='Transform & merge HKLF data to new histogram')
1849        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
1850            help='Plot HKLs from single crystal data in 3D')
1851        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_3DALLHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot all 3D HKLs',
1852            help='Plot HKLs from all single crystal data in 3D')
1853        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1854            help='Copy of HKLF parameters')
1855        self.PostfillDataMenu()
1856           
1857        # PWDR / Limits
1858        self.LimitMenu = wx.MenuBar()
1859        self.PrefillDataMenu(self.LimitMenu,helpType='Limits')
1860        self.LimitEdit = wx.Menu(title='')
1861        self.LimitMenu.Append(menu=self.LimitEdit, title='Edit Limits')
1862        self.LimitEdit.Append(id=wxID_LIMITCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1863            help='Copy limits to other histograms')
1864        self.LimitEdit.Append(id=wxID_ADDEXCLREGION, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add exclude',
1865            help='Add excluded region - select a point on plot; drag to adjust')           
1866        self.PostfillDataMenu()
1867           
1868        # PDR / Background
1869        self.BackMenu = wx.MenuBar()
1870        self.PrefillDataMenu(self.BackMenu,helpType='Background')
1871        self.BackEdit = wx.Menu(title='')
1872        self.BackMenu.Append(menu=self.BackEdit, title='File')
1873        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1874            help='Copy background parameters to other histograms')
1875        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1876            help='Copy background refinement flags to other histograms')
1877        self.BackEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks',
1878            help='Move background peaks to Peak List')
1879        self.BackEdit.Append(id=wxID_MAKEBACKRDF, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot RDF',
1880            help='Plot radial distribution from differences')
1881        self.BackFixed = wx.Menu(title='') # fixed background point menu
1882        self.BackMenu.Append(menu=self.BackFixed, title='Fixed Points')
1883        self.wxID_BackPts = {}
1884        self.wxID_BackPts['Add'] = wx.NewId() # N.B. not using wxID_ global as for other menu items
1885        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Add'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Add',
1886            help='Add fixed background points with mouse clicks')
1887        self.wxID_BackPts['Move'] = wx.NewId() 
1888        item = self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Move'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Move',
1889            help='Move selected fixed background points with mouse drags')
1890        item.Check(True)
1891        self.wxID_BackPts['Del'] = wx.NewId()
1892        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Del'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Delete',
1893            help='Delete fixed background points with mouse clicks')
1894        self.wxID_BackPts['Clear'] = wx.NewId() 
1895        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Clear'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear',
1896            help='Clear fixed background points')
1897        self.wxID_BackPts['Fit'] = wx.NewId() 
1898        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Fit'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit background',
1899            help='Fit background function to fixed background points')
1900        self.PostfillDataMenu()
1901           
1902        # PDR / Instrument Parameters
1903        self.InstMenu = wx.MenuBar()
1904        self.PrefillDataMenu(self.InstMenu,helpType='Instrument Parameters')
1905        self.InstEdit = wx.Menu(title='')
1906        self.InstMenu.Append(menu=self.InstEdit, title='Operations')
1907        self.InstEdit.Append(help='Calibrate from indexed peaks', 
1908            id=wxID_INSTCALIB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')           
1909        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
1910            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')           
1911        self.InstEdit.Append(help='Load instrument profile parameters from file', 
1912            id=wxID_INSTLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load profile...')           
1913        self.InstEdit.Append(help='Save instrument profile parameters to file', 
1914            id=wxID_INSTSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save profile...')
1915        self.InstEdit.Append(help='Save all instrument profile parameters to one file', 
1916            id=wxID_INSTSAVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all profile...')           
1917        self.InstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
1918            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
1919        self.InstEdit.Append(id=wxID_INSTFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1920            help='Copy instrument parameter refinement flags to other histograms')
1921#        self.InstEdit.Append(help='Change radiation type (Ka12 - synch)',
1922#            id=wxID_CHANGEWAVETYPE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change radiation')
1923        self.InstEdit.Append(id=wxID_INST1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
1924            help='Set one instrument parameter value across multiple histograms')
1925
1926        self.PostfillDataMenu()
1927       
1928        # PDR / Sample Parameters
1929        self.SampleMenu = wx.MenuBar()
1930        self.PrefillDataMenu(self.SampleMenu,helpType='Sample Parameters')
1931        self.SampleEdit = wx.Menu(title='')
1932        self.SampleMenu.Append(menu=self.SampleEdit, title='Command')
1933        self.SetScale = self.SampleEdit.Append(id=wxID_SETSCALE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set scale',
1934            help='Set scale by matching to another histogram')
1935        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load',
1936            help='Load sample parameters from file')
1937        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLESAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save',
1938            help='Save sample parameters to file')
1939        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1940            help='Copy refinable and most other sample parameters to other histograms')
1941        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPYSOME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected...',
1942            help='Copy selected sample parameters to other histograms')
1943        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLEFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1944            help='Copy sample parameter refinement flags to other histograms')
1945        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLE1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
1946            help='Set one sample parameter value across multiple histograms')
1947        self.SampleEdit.Append(id=wxID_ALLSAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load all',
1948            help='Load sample parmameters over multiple histograms')
1949
1950        self.PostfillDataMenu()
1951        self.SetScale.Enable(False)
1952
1953        # PDR / Peak List
1954        self.PeakMenu = wx.MenuBar()
1955        self.PrefillDataMenu(self.PeakMenu,helpType='Peak List')
1956        self.PeakEdit = wx.Menu(title='')
1957        self.PeakMenu.Append(menu=self.PeakEdit, title='Peak Fitting')
1958        self.peaksSel = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
1959            help='Set refinement flags for selected peaks',
1960            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1961            text='Set sel. ref flags...')
1962        self.peaksAll = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
1963            help='Set refinement flags for all peaks',
1964            kind=wx.ITEM_NORMAL,
1965            text='Set all ref flags...')
1966        self.AutoSearch = self.PeakEdit.Append(help='Automatic peak search', 
1967            id=wxID_AUTOSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto search')
1968        self.UnDo = self.PeakEdit.Append(help='Undo last least squares refinement', 
1969            id=wxID_UNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='UnDo')
1970        self.PeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit', 
1971            help='Peak fitting' )
1972        self.PFOneCycle = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQONECYCLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit one cycle', 
1973            help='One cycle of Peak fitting' )
1974        self.PeakEdit.Append(id=wxID_RESETSIGGAM, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
1975            text='Reset sig and gam',help='Reset sigma and gamma to global fit' )
1976        self.PeakCopy = self.PeakEdit.Append(help='Copy peaks to other histograms', 
1977            id=wxID_PEAKSCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peak copy')
1978        self.SeqPeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_SEQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Seq PeakFit', 
1979            help='Sequential Peak fitting for all histograms' )
1980        self.PeakEdit.Append(id=wxID_CLEARPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
1981            help='Clear the peak list' )
1982        self.PostfillDataMenu()
1983        self.UnDo.Enable(False)
1984        self.PeakFit.Enable(False)
1985        self.PFOneCycle.Enable(False)
1986        self.AutoSearch.Enable(True)
1987       
1988        # PDR / Index Peak List
1989        self.IndPeaksMenu = wx.MenuBar()
1990        self.PrefillDataMenu(self.IndPeaksMenu,helpType='Index Peak List')
1991        self.IndPeaksEdit = wx.Menu(title='')
1992        self.IndPeaksMenu.Append(menu=self.IndPeaksEdit,title='Operations')
1993        self.IndPeaksEdit.Append(help='Load/Reload index peaks from peak list',id=wxID_INDXRELOAD, 
1994            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load/Reload')
1995        self.PostfillDataMenu()
1996       
1997        # PDR / Unit Cells List
1998        self.IndexMenu = wx.MenuBar()
1999        self.PrefillDataMenu(self.IndexMenu,helpType='Unit Cells List')
2000        self.IndexEdit = wx.Menu(title='')
2001        self.IndexMenu.Append(menu=self.IndexEdit, title='Cell Index/Refine')
2002        self.IndexPeaks = self.IndexEdit.Append(help='', id=wxID_INDEXPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2003            text='Index Cell')
2004        self.CopyCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_COPYCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Cell', 
2005            help='Copy selected unit cell from indexing to cell refinement fields')
2006        self.RefineCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_REFINECELL, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
2007            text='Refine Cell',help='Refine unit cell parameters from indexed peaks')
2008        self.MakeNewPhase = self.IndexEdit.Append( id=wxID_MAKENEWPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2009            text='Make new phase',help='Make new phase from selected unit cell')
2010        self.ExportCells = self.IndexEdit.Append( id=wxID_EXPORTCELLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2011            text='Export cell list',help='Export cell list to csv file')
2012        self.PostfillDataMenu()
2013        self.IndexPeaks.Enable(False)
2014        self.CopyCell.Enable(False)
2015        self.RefineCell.Enable(False)
2016        self.MakeNewPhase.Enable(False)
2017       
2018        # PDR / Reflection Lists
2019        self.ReflMenu = wx.MenuBar()
2020        self.PrefillDataMenu(self.ReflMenu,helpType='Reflection List')
2021        self.ReflEdit = wx.Menu(title='')
2022        self.ReflMenu.Append(menu=self.ReflEdit, title='Reflection List')
2023        self.SelectPhase = self.ReflEdit.Append(help='Select phase for reflection list',id=wxID_SELECTPHASE, 
2024            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase')
2025        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWDHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot HKLs',
2026            help='Plot HKLs from powder pattern')
2027        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
2028            help='Plot HKLs from powder pattern in 3D')
2029        self.PostfillDataMenu()
2030       
2031        # SASD / Instrument Parameters
2032        self.SASDInstMenu = wx.MenuBar()
2033        self.PrefillDataMenu(self.SASDInstMenu,helpType='Instrument Parameters')
2034        self.SASDInstEdit = wx.Menu(title='')
2035        self.SASDInstMenu.Append(menu=self.SASDInstEdit, title='Operations')
2036        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
2037            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')
2038        self.SASDInstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
2039            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
2040        self.PostfillDataMenu()
2041       
2042        #SASD & REFL/ Substance editor
2043        self.SubstanceMenu = wx.MenuBar()
2044        self.PrefillDataMenu(self.SubstanceMenu,helpType='Substances')
2045        self.SubstanceEdit = wx.Menu(title='')
2046        self.SubstanceMenu.Append(menu=self.SubstanceEdit, title='Edit substance')
2047        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_LOADSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load substance',
2048            help='Load substance from file')
2049        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ADDSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add substance',
2050            help='Add new substance to list')
2051        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_COPYSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy substances',
2052            help='Copy substances')
2053        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_DELETESUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete substance',
2054            help='Delete substance from list')           
2055        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add elements',
2056            help='Add elements to substance')
2057        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete elements',
2058            help='Delete elements from substance')
2059        self.PostfillDataMenu()
2060       
2061        # SASD/ Models
2062        self.ModelMenu = wx.MenuBar()
2063        self.PrefillDataMenu(self.ModelMenu,helpType='Models')
2064        self.ModelEdit = wx.Menu(title='')
2065        self.ModelMenu.Append(menu=self.ModelEdit, title='Models')
2066        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELADD,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add',
2067            help='Add new term to model')
2068        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit',
2069            help='Fit model parameters to data')
2070        self.SasdUndo = self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELUNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Undo',
2071            help='Undo model fit')
2072        self.SasdUndo.Enable(False)           
2073        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFITALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequential fit',
2074            help='Sequential fit of model parameters to all SASD data')
2075        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
2076            help='Copy model parameters to other histograms')
2077        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2078            help='Copy model refinement flags to other histograms')
2079        self.PostfillDataMenu()
2080       
2081        # IMG / Image Controls
2082        self.ImageMenu = wx.MenuBar()
2083        self.PrefillDataMenu(self.ImageMenu,helpType='Image Controls')
2084        self.ImageEdit = wx.Menu(title='')
2085        self.ImageMenu.Append(menu=self.ImageEdit, title='Operations')
2086        self.ImageEdit.Append(help='Calibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2087            id=wxID_IMCALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')
2088        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2089            id=wxID_IMRECALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate')
2090        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate all images by fitting to calibrant lines', 
2091            id=wxID_IMRECALIBALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate all')           
2092        self.ImageEdit.Append(help='Clear calibration data points and rings',id=wxID_IMCLEARCALIB, 
2093            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear calibration')
2094        self.ImageEdit.Append(help='Integrate selected image',id=wxID_IMINTEGRATE, 
2095            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate')
2096        self.ImageEdit.Append(help='Integrate all images selected from list',id=wxID_INTEGRATEALL,
2097            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate all')
2098        self.ImageEdit.Append(help='Copy image controls to other images', 
2099            id=wxID_IMCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Controls')
2100        self.ImageEdit.Append(help='Copy selected image controls to other images', 
2101            id=wxID_IMCOPYSELECTED, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Selected')
2102        self.ImageEdit.Append(help='Save image controls to file', 
2103            id=wxID_IMSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Controls')
2104        self.ImageEdit.Append(help='Save controls from selected images to file', 
2105            id=wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Multiple Controls')
2106        self.ImageEdit.Append(help='Load image controls from file', 
2107            id=wxID_IMLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load Controls')
2108        self.ImageEdit.Append(help='Open Auto-integration window to integrate a series of images', 
2109            id=wxID_IMAUTOINTEG, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto Integrate')
2110        self.PostfillDataMenu()
2111           
2112        # IMG / Masks
2113        self.MaskMenu = wx.MenuBar()
2114        self.PrefillDataMenu(self.MaskMenu,helpType='Image Masks')
2115        self.MaskEdit = wx.Menu(title='')
2116        self.MaskMenu.Append(menu=self.MaskEdit, title='Operations')
2117        submenu = wx.Menu()
2118        self.MaskEdit.AppendMenu(
2119            wx.ID_ANY,'Create new', submenu,
2120            help=''
2121            )
2122        self.MaskEdit.Append(help='Copy mask to other images', 
2123            id=wxID_MASKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy mask')
2124        self.MaskEdit.Append(help='Save mask to file', 
2125            id=wxID_MASKSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save mask')
2126        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file', 
2127            id=wxID_MASKLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask')
2128        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file; ignore threshold', 
2129            id=wxID_MASKLOADNOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask w/o threshold')
2130        submenu.Append(help='Create an arc mask with mouse input', 
2131            id=wxID_NEWMASKARC, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Arc mask')
2132        submenu.Append(help='Create a frame mask with mouse input', 
2133            id=wxID_NEWMASKFRAME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Frame mask')
2134        submenu.Append(help='Create a polygon mask with mouse input', 
2135            id=wxID_NEWMASKPOLY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Polygon mask')
2136        submenu.Append(help='Create a ring mask with mouse input', 
2137            id=wxID_NEWMASKRING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Ring mask')
2138        submenu.Append(help='Create a spot mask with mouse input', 
2139            id=wxID_NEWMASKSPOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Spot mask')
2140        self.PostfillDataMenu()
2141           
2142        # IMG / Stress/Strain
2143        self.StrStaMenu = wx.MenuBar()
2144        self.PrefillDataMenu(self.StrStaMenu,helpType='Stress/Strain')
2145        self.StrStaEdit = wx.Menu(title='')
2146        self.StrStaMenu.Append(menu=self.StrStaEdit, title='Operations')
2147        self.StrStaEdit.Append(help='Append d-zero for one ring', 
2148            id=wxID_APPENDDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append d-zero')
2149        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data', 
2150            id=wxID_STRSTAFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit stress/strain')
2151        self.StrStaEdit.Append(help='Plot intensity distribution', 
2152            id=wxID_STRSTAPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot intensity distribution')
2153        self.StrStaEdit.Append(help='Update d-zero from ave d-zero',
2154            id=wxID_UPDATEDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update d-zero')       
2155        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data for all images', 
2156            id=wxID_STRSTAALLFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='All image fit')
2157        self.StrStaEdit.Append(help='Copy stress/strain data to other images', 
2158            id=wxID_STRSTACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy stress/strain')
2159        self.StrStaEdit.Append(help='Save stress/strain data to file', 
2160            id=wxID_STRSTASAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save stress/strain')
2161        self.StrStaEdit.Append(help='Load stress/strain data from file', 
2162            id=wxID_STRSTALOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load stress/strain')
2163        self.StrStaEdit.Append(help='Load sample data from file', 
2164            id=wxID_STRSTSAMPLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load sample data')
2165        self.PostfillDataMenu()
2166           
2167        # PDF / PDF Controls
2168        self.PDFMenu = wx.MenuBar()
2169        self.PrefillDataMenu(self.PDFMenu,helpType='PDF Controls')
2170        self.PDFEdit = wx.Menu(title='')
2171        self.PDFMenu.Append(menu=self.PDFEdit, title='PDF Controls')
2172        self.PDFEdit.Append(help='Add element to sample composition',id=wxID_PDFADDELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2173            text='Add element')
2174        self.PDFEdit.Append(help='Delete element from sample composition',id=wxID_PDFDELELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2175            text='Delete element')
2176        self.PDFEdit.Append(help='Copy PDF controls', id=wxID_PDFCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2177            text='Copy controls')
2178        self.PDFEdit.Append(help='Load PDF controls from file',id=wxID_PDFLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2179            text='Load Controls')
2180        self.PDFEdit.Append(help='Save PDF controls to file', id=wxID_PDFSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2181            text='Save controls')
2182        self.PDFEdit.Append(help='Compute PDF', id=wxID_PDFCOMPUTE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2183            text='Compute PDF')
2184        self.PDFEdit.Append(help='Compute all PDFs', id=wxID_PDFCOMPUTEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2185            text='Compute all PDFs')
2186        self.PostfillDataMenu()
2187       
2188        # Phase / General tab
2189        self.DataGeneral = wx.MenuBar()
2190        self.PrefillDataMenu(self.DataGeneral,helpType='General', helpLbl='Phase/General')
2191        self.DataGeneral.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2192        self.GeneralCalc = wx.Menu(title='')
2193        self.DataGeneral.Append(menu=self.GeneralCalc,title='Compute')
2194        self.GeneralCalc.Append(help='Compute Fourier map',id=wxID_FOURCALC, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2195            text='Fourier map')
2196        self.GeneralCalc.Append(help='Search Fourier map',id=wxID_FOURSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2197            text='Search map')
2198        self.GeneralCalc.Append(help='Run charge flipping',id=wxID_CHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2199            text='Charge flipping')
2200        self.GeneralCalc.Append(help='Run 4D charge flipping',id=wxID_4DCHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2201            text='4D Charge flipping')
2202        self.GeneralCalc.Enable(wxID_4DCHARGEFLIP,False)   
2203        self.GeneralCalc.Append(help='Clear map',id=wxID_FOURCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2204            text='Clear map')
2205        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing',id=wxID_SINGLEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2206            text='MC/SA')
2207        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing on multiprocessors',id=wxID_MULTIMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2208            text='Multi MC/SA')            #currently not useful
2209        self.GeneralCalc.Append(help='Transform crystal structure',id=wxID_TRANSFORMSTRUCTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2210            text='Transform')
2211        self.PostfillDataMenu()
2212       
2213        # Phase / Data tab
2214        self.DataMenu = wx.MenuBar()
2215        self.PrefillDataMenu(self.DataMenu,helpType='Data', helpLbl='Phase/Data')
2216        self.DataMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2217        self.DataEdit = wx.Menu(title='')
2218        self.DataMenu.Append(menu=self.DataEdit, title='Edit Phase')
2219        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy data',
2220            help='Copy phase data to other histograms')
2221        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2222            help='Copy phase data flags to other histograms')
2223        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATASELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected data',
2224            help='Copy selected phase data to other histograms')
2225        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATAUSE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select used data',
2226            help='Select all histograms to use')
2227        self.DataEdit.Append(id=wxID_PWDRADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add powder histograms',
2228            help='Select new powder histograms to be used for this phase')
2229        self.DataEdit.Append(id=wxID_HKLFADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add single crystal histograms',
2230            help='Select new single crystal histograms to be used for this phase')
2231        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove histograms',
2232            help='Remove histograms from use for this phase')
2233        self.PostfillDataMenu()
2234           
2235        # Phase / Atoms tab
2236        self.AtomsMenu = wx.MenuBar()
2237        self.PrefillDataMenu(self.AtomsMenu,helpType='Atoms')
2238        self.AtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2239        self.AtomEdit = wx.Menu(title='')
2240        self.AtomCompute = wx.Menu(title='')
2241        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomEdit, title='Edit Atoms')
2242        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomCompute, title='Compute')
2243        submenu = wx.Menu()
2244        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Atoms selection...', submenu, 
2245            help='Set/Act on selected atoms')
2246        submenu.Append(wxID_ATOMSSETSEL,
2247            help='Set refinement flags for selected atoms',
2248            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2249            text='Refine selected')
2250        submenu.Append(id=wxID_ATOMSMODIFY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Modify parameters',
2251            help='Modify parameters values for all selected atoms')
2252        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert atom',
2253            help='Inserts an H atom before all selected atoms')
2254        submenu.Append(id=wxID_ADDHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc H atoms',
2255            help='Insert H atoms in expected bonding positions for selected atoms')
2256        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atom',
2257            help='Delete selected atoms')
2258        submenu.Append(id=wxID_ATOMSTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform atoms',
2259            help='Symmetry transform selected atoms')
2260#        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSROTATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rotate atoms',
2261#            help='Select atoms to rotate first')
2262        submenu.Append(wxID_ATOMSSETALL,
2263            help='Set refinement flags for all atoms',
2264            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2265            text='Select All')
2266       
2267        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSEDITADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append atom',
2268            help='Appended as an H atom')
2269        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSVIEWADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append view point',
2270            help='Appended as an H atom')
2271        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMVIEWINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert view point',
2272            help='Select atom row to insert before; inserted as an H atom')
2273        self.AtomEdit.Append(id=wxID_UPDATEHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update H atoms',
2274            help='Update H atoms in standard positions')
2275        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected atom to view point',
2276            help='Select a single atom to be moved to view point in plot')
2277        self.AtomEdit.Append(id=wxID_MAKEMOLECULE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assemble molecule',
2278            help='Select a single atom to assemble as a molecule from scattered atom positions')
2279        self.AtomEdit.Append(id=wxID_RELOADDRAWATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reload draw atoms',
2280            help='Reload atom drawing list')
2281        submenu = wx.Menu()
2282        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Reimport atoms', submenu, 
2283            help='Reimport atoms from file; sequence must match')
2284        # setup a cascade menu for the formats that have been defined
2285        self.ReImportMenuId = {}  # points to readers for each menu entry
2286        for reader in self.G2frame.ImportPhaseReaderlist:
2287            item = submenu.Append(
2288                wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
2289                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='reimport coordinates from '+reader.formatName+' file')
2290            self.ReImportMenuId[item.GetId()] = reader
2291        item = submenu.Append(
2292            wx.ID_ANY,
2293            help='Reimport coordinates, try to determine format from file',
2294            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2295            text='guess format from file')
2296        self.ReImportMenuId[item.GetId()] = None # try all readers
2297
2298        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show Distances && Angles',
2299            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2300        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSPDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Distances && Angles',
2301            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2302        self.AtomCompute.ISOcalc = self.AtomCompute.Append(
2303            id=wxID_ISODISP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2304            text='ISODISTORT mode values',
2305            help='Compute values of ISODISTORT modes from atom parameters')
2306        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDENSITY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2307            text='Density',
2308            help='Compute density for current phase')
2309        self.PostfillDataMenu()
2310       
2311        # Phase / Imcommensurate "waves" tab
2312        self.WavesData = wx.MenuBar()
2313        self.PrefillDataMenu(self.WavesData,helpType='Wave Data', helpLbl='Imcommensurate wave data')
2314        self.WavesData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2315        self.WavesDataEdit = wx.Menu(title='')
2316        self.WavesData.Append(menu=self.WavesDataEdit, title='Edit Wave')
2317        self.WavesDataEdit.Append(id=wxID_WAVEVARY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global wave vary',
2318            help='Global setting of wave vary flags')
2319        self.PostfillDataMenu()
2320       
2321        # Phase / Layer tab
2322        self.LayerData = wx.MenuBar()
2323        self.PrefillDataMenu(self.LayerData,helpType='Layer Data', helpLbl='Stacking fault layers')
2324        self.LayerData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2325        self.LayerDataEdit = wx.Menu(title='')
2326        self.LayerData.Append(menu=self.LayerDataEdit, title='Operations')
2327        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LOADDIFFAX, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load from DIFFaX file',
2328            help='Load layer info from DIFFaX file')
2329        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_COPYPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy phase cell',
2330            help='Copy phase cell from another project')
2331        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate pattern',
2332            help='Simulate diffraction pattern from layer stacking')
2333        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_SEQUENCESIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequence simulations',
2334            help='Sequence simulation changing one parameter')
2335        self.PostfillDataMenu()
2336                 
2337        # Phase / Draw Options tab
2338        self.DataDrawOptions = wx.MenuBar()
2339        self.PrefillDataMenu(self.DataDrawOptions,helpType='Draw Options', helpLbl='Phase/Draw Options')
2340        self.DataDrawOptions.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2341        self.PostfillDataMenu()
2342       
2343        # Phase / Draw Atoms tab
2344        self.DrawAtomsMenu = wx.MenuBar()
2345        self.PrefillDataMenu(self.DrawAtomsMenu,helpType='Draw Atoms')
2346        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2347        self.DrawAtomEdit = wx.Menu(title='')
2348        self.DrawAtomCompute = wx.Menu(title='')
2349        self.DrawAtomRestraint = wx.Menu(title='')
2350        self.DrawAtomRigidBody = wx.Menu(title='')
2351        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomEdit, title='Edit Figure')
2352        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomCompute,title='Compute')
2353        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRestraint, title='Restraints')
2354        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRigidBody, title='Rigid body')
2355        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMSTYLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom style',
2356            help='Select atoms first')
2357        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMLABEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom label',
2358            help='Select atoms first')
2359        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom color',
2360            help='Select atoms first')
2361        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset atom colors',
2362            help='Resets all atom colors to defaults')
2363        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWVIEWPOINT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2364            help='View point is 1st atom selected')
2365        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDEQUIV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atoms',
2366            help='Add symmetry & cell equivalents to drawing set from selected atoms')
2367        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDSPHERE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add sphere of atoms',
2368            help='Add atoms within sphere of enclosure')
2369        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform draw atoms',
2370            help='Transform selected atoms by symmetry & cell translations')
2371        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCOORD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill CN-sphere',
2372            help='Fill coordination sphere for selected atoms')           
2373        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill unit cell',
2374            help='Fill unit cell with selected atoms')
2375        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atoms',
2376            help='Delete atoms from drawing set')
2377        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2378            help='Compute distance of selected atoms from view point')   
2379        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISAGLTOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Dist. Ang. Tors.',
2380            help='Compute distance, angle or torsion for 2-4 selected atoms')   
2381        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Best plane',
2382            help='Compute best plane for 4+ selected atoms')   
2383        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRBOND, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add bond restraint',
2384            help='Add bond restraint for selected atoms (2)')
2385        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add angle restraint',
2386            help='Add angle restraint for selected atoms (3: one end 1st)')
2387        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add plane restraint',
2388            help='Add plane restraint for selected atoms (4+)')
2389        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRCHIRAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add chiral restraint',
2390            help='Add chiral restraint for selected atoms (4: center atom 1st)')
2391        self.DrawAtomRigidBody.Append(id=wxID_DRAWDEFINERB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define rigid body',
2392            help='Define rigid body with selected atoms')
2393        self.PostfillDataMenu()
2394
2395        # Phase / MCSA tab
2396        self.MCSAMenu = wx.MenuBar()
2397        self.PrefillDataMenu(self.MCSAMenu,helpType='MC/SA')
2398        self.MCSAMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2399        self.MCSAEdit = wx.Menu(title='')
2400        self.MCSAMenu.Append(menu=self.MCSAEdit, title='MC/SA')
2401        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSAATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atom', 
2402            help='Add single atom to MC/SA model')
2403        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body', 
2404            help='Add rigid body to MC/SA model' )
2405        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_CLEARMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear rigid bodies', 
2406            help='Clear all atoms & rigid bodies from MC/SA model' )
2407        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MOVEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move MC/SA solution', 
2408            help='Move MC/SA solution to atom list' )
2409        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MCSACLEARRESULTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear results', 
2410            help='Clear table of MC/SA results' )
2411        self.PostfillDataMenu()
2412           
2413        # Phase / Texture tab
2414        self.TextureMenu = wx.MenuBar()
2415        self.PrefillDataMenu(self.TextureMenu,helpType='Texture')
2416        self.TextureMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2417        self.TextureEdit = wx.Menu(title='')
2418        self.TextureMenu.Append(menu=self.TextureEdit, title='Texture')
2419        self.TextureEdit.Append(id=wxID_REFINETEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Refine texture', 
2420            help='Refine the texture coefficients from sequential results')
2421#        self.TextureEdit.Append(id=wxID_CLEARTEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear texture',
2422#            help='Clear the texture coefficients' )
2423        self.PostfillDataMenu()
2424           
2425        # Phase / Pawley tab
2426        self.PawleyMenu = wx.MenuBar()
2427        self.PrefillDataMenu(self.PawleyMenu,helpType='Pawley')
2428        self.PawleyMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2429        self.PawleyEdit = wx.Menu(title='')
2430        self.PawleyMenu.Append(menu=self.PawleyEdit,title='Operations')
2431        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley create',
2432            help='Initialize Pawley reflection list')
2433        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYESTIMATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley estimate',
2434            help='Estimate initial Pawley intensities')
2435        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYUPDATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley update',
2436            help='Update negative Pawley intensities with -0.5*Fobs and turn off refinement')
2437        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select all',
2438            help='Select all reflections to be refined')
2439        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELNONE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select none',
2440            help='Set flag for all reflections for no refinement')
2441        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELTOGGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Toggle Selection',
2442            help='Toggle Selection flag for all reflections to opposite setting')
2443        self.PostfillDataMenu()
2444           
2445        # Phase / Map peaks tab
2446        self.MapPeaksMenu = wx.MenuBar()
2447        self.PrefillDataMenu(self.MapPeaksMenu,helpType='Map peaks')
2448        self.MapPeaksMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2449        self.MapPeaksEdit = wx.Menu(title='')
2450        self.MapPeaksMenu.Append(menu=self.MapPeaksEdit, title='Map peaks')
2451        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks', 
2452            help='Move selected peaks to atom list')
2453        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSVIEWPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2454            help='View point is 1st peak selected')
2455        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2456            help='Compute distance of selected peaks from view point')   
2457        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_SHOWBONDS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Hide bonds',
2458            help='Hide or show bonds between peak positions')   
2459        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc dist/ang', 
2460            help='Calculate distance or angle for selection')
2461        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_FINDEQVPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Equivalent peaks', 
2462            help='Find equivalent peaks')
2463        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSUNIQUE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Unique peaks', 
2464            help='Select unique set')
2465        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete peaks', 
2466            help='Delete selected peaks')
2467        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
2468            help='Clear the map peak list')
2469        self.PostfillDataMenu()
2470
2471        # Phase / Rigid bodies tab
2472        self.RigidBodiesMenu = wx.MenuBar()
2473        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodiesMenu,helpType='Rigid bodies')
2474        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2475        self.RigidBodiesEdit = wx.Menu(title='')
2476        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=self.RigidBodiesEdit, title='Edit Body')
2477        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_ASSIGNATMS2RB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assign atoms to rigid body',
2478            help='Select & position rigid body in structure of existing atoms')
2479        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_AUTOFINDRESRB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto find residues',
2480            help='Auto find of residue RBs in macromolecule')
2481        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_COPYRBPARMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy rigid body parms',
2482            help='Copy rigid body location & TLS parameters')
2483        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALTHERM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global thermal motion',
2484            help='Global setting of residue thermal motion models')
2485        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALRESREFINE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global residue refine',
2486            help='Global setting of residue RB refinement flags')
2487        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_RBREMOVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove all rigid bodies',
2488            help='Remove all rigid body assignment for atoms')
2489        self.PostfillDataMenu()
2490    # end of GSAS-II menu definitions
2491       
2492    def _init_ctrls(self, parent,name=None,size=None,pos=None):
2493        wx.Frame.__init__(
2494            self,parent=parent,
2495            #style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX | wx.FRAME_FLOAT_ON_PARENT ,
2496            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX,
2497            size=size,pos=pos,title='GSAS-II data display')
2498        self._init_menus()
2499        if name:
2500            self.SetLabel(name)
2501        self.Show()
2502       
2503    def __init__(self,parent,frame,data=None,name=None, size=None,pos=None):
2504        self.G2frame = frame
2505        self._init_ctrls(parent,name,size,pos)
2506        self.data = data
2507        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2508        Size = self.GetSize()
2509        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2510        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]+250))
2511        self.AtomGrid = []
2512        self.selectedRow = 0
2513       
2514    def setSizePosLeft(self,Width):
2515        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2516        Width[1] = min(Width[1],clientSize[2]-300)
2517        Width[0] = max(Width[0],300)
2518        self.SetSize(Width)
2519#        self.SetPosition(wx.Point(clientSize[2]-Width[0],clientSize[1]+250))
2520       
2521    def Clear(self):
2522        self.ClearBackground()
2523        self.DestroyChildren()
2524                   
2525
2526################################################################################
2527#####  Notebook Tree Item editor
2528################################################################################                 
2529def UpdateNotebook(G2frame,data):
2530    '''Called when the data tree notebook entry is selected. Allows for
2531    editing of the text in that tree entry
2532    '''
2533    def OnNoteBook(event):
2534        event.Skip()
2535        data = G2frame.dataDisplay.GetValue().split('\n')
2536        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Notebook'),data)
2537        if 'nt' not in os.name:
2538            G2frame.dataDisplay.AppendText('\n')
2539                   
2540    if G2frame.dataDisplay:
2541        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2542    G2frame.dataFrame.SetLabel('Notebook')
2543    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2544        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_PROCESS_ENTER | wx.TE_DONTWRAP)
2545    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnNoteBook)
2546    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnNoteBook)
2547    for line in data:
2548        G2frame.dataDisplay.AppendText(line+"\n")
2549    G2frame.dataDisplay.AppendText('Notebook entry @ '+time.ctime()+"\n")
2550    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2551           
2552################################################################################
2553#####  Controls Tree Item editor
2554################################################################################           
2555def UpdateControls(G2frame,data):
2556    '''Edit overall GSAS-II controls in main Controls data tree entry
2557    '''
2558    #patch
2559    if 'deriv type' not in data:
2560        data = {}
2561        data['deriv type'] = 'analytic Hessian'
2562        data['min dM/M'] = 0.0001
2563        data['shift factor'] = 1.
2564        data['max cyc'] = 3       
2565        data['F**2'] = False
2566    if 'shift factor' not in data:
2567        data['shift factor'] = 1.
2568    if 'max cyc' not in data:
2569        data['max cyc'] = 3
2570    if 'F**2' not in data:
2571        data['F**2'] = False
2572    if 'Author' not in data:
2573        data['Author'] = 'no name'
2574    if 'FreePrm1' not in data:
2575        data['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
2576    if 'FreePrm2' not in data:
2577        data['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
2578    if 'FreePrm3' not in data:
2579        data['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
2580    if 'Copy2Next' not in data:
2581        data['Copy2Next'] = False
2582    if 'Reverse Seq' not in data:
2583        data['Reverse Seq'] = False
2584    if 'UsrReject' not in data:
2585        data['UsrReject'] = {'minF/sig':0,'MinExt':0.01,'MaxDF/F':20.,'MaxD':500.,'MinD':0.05}
2586    if 'HatomFix' not in data:
2587        data['HatomFix'] = False
2588    if 'Marquardt' not in data:
2589        data['Marquardt'] = -3
2590   
2591    #end patch
2592
2593    def SeqSizer():
2594       
2595        def OnSelectData(event):
2596            choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['PWDR','HKLF',])
2597            sel = []
2598            try:
2599                if 'Seq Data' in data:
2600                    for item in data['Seq Data']:
2601                        sel.append(choices.index(item))
2602                    sel = [choices.index(item) for item in data['Seq Data']]
2603            except ValueError:  #data changed somehow - start fresh
2604                sel = []
2605            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential refinement',
2606                'Select dataset to include',choices)
2607            dlg.SetSelections(sel)
2608            names = []
2609            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2610                for sel in dlg.GetSelections():
2611                    names.append(choices[sel])
2612                data['Seq Data'] = names               
2613                G2frame.EnableSeqRefineMenu()
2614            dlg.Destroy()
2615            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2616           
2617        def OnReverse(event):
2618            data['Reverse Seq'] = reverseSel.GetValue()
2619           
2620        def OnCopySel(event):
2621            data['Copy2Next'] = copySel.GetValue() 
2622                   
2623        seqSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2624        dataSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2625        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Sequential Refinement: '),0,WACV)
2626        selSeqData = wx.Button(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Select data')
2627        selSeqData.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnSelectData)
2628        dataSizer.Add(selSeqData,0,WACV)
2629        SeqData = data.get('Seq Data',[])
2630        if not SeqData:
2631            lbl = ' (no data selected)'
2632        else:
2633            lbl = ' ('+str(len(SeqData))+' dataset(s) selected)'
2634
2635        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=lbl),0,WACV)
2636        seqSizer.Add(dataSizer,0)
2637        if SeqData:
2638            selSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2639            reverseSel = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Reverse order?')
2640            reverseSel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnReverse)
2641            reverseSel.SetValue(data['Reverse Seq'])
2642            selSizer.Add(reverseSel,0,WACV)
2643            copySel =  wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Copy results to next histogram?')
2644            copySel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnCopySel)
2645            copySel.SetValue(data['Copy2Next'])
2646            selSizer.Add(copySel,0,WACV)
2647            seqSizer.Add(selSizer,0)
2648        return seqSizer
2649       
2650    def LSSizer():       
2651       
2652        def OnDerivType(event):
2653            data['deriv type'] = derivSel.GetValue()
2654            derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2655            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2656           
2657        def OnConvergence(event):
2658            event.Skip()
2659            try:
2660                value = max(1.e-9,min(1.0,float(Cnvrg.GetValue())))
2661            except ValueError:
2662                value = 0.0001
2663            data['min dM/M'] = value
2664            Cnvrg.SetValue('%.2g'%(value))
2665           
2666        def OnMaxCycles(event):
2667            data['max cyc'] = int(maxCyc.GetValue())
2668            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2669           
2670        def OnMarqLam(event):
2671            data['Marquardt'] = int(marqLam.GetValue())
2672            marqLam.SetValue(str(data['Marquardt']))
2673                       
2674        def OnFactor(event):
2675            event.Skip()
2676            try:
2677                value = min(max(float(Factr.GetValue()),0.00001),100.)
2678            except ValueError:
2679                value = 1.0
2680            data['shift factor'] = value
2681            Factr.SetValue('%.5f'%(value))
2682           
2683        def OnFsqRef(event):
2684            data['F**2'] = fsqRef.GetValue()
2685           
2686        def OnHatomFix(event):
2687            data['HatomFix'] = Hfix.GetValue()
2688       
2689        def OnUsrRej(event):
2690            event.Skip()
2691            Obj = event.GetEventObject()
2692            item,limits = Indx[Obj]
2693            try:
2694                value = min(max(float(Obj.GetValue()),limits[0]),limits[1])
2695            except ValueError:
2696                value = data['UsrReject'][item]
2697            data['UsrReject'][item] = value
2698            Obj.SetValue('%.2f'%(value))
2699
2700        LSSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,vgap=5,hgap=5)
2701        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement derivatives: '),0,WACV)
2702        Choice=['analytic Jacobian','numeric','analytic Hessian']
2703        derivSel = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['deriv type'],choices=Choice,
2704            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2705        derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2706        derivSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnDerivType)
2707           
2708        LSSizer.Add(derivSel,0,WACV)
2709        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min delta-M/M: '),0,WACV)
2710        Cnvrg = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2g'%(data['min dM/M']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2711        Cnvrg.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnConvergence)
2712        Cnvrg.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnConvergence)
2713        LSSizer.Add(Cnvrg,0,WACV)
2714        Indx = {}
2715        if 'Hessian' in data['deriv type']:
2716            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max cycles: '),0,WACV)
2717            Choice = ['0','1','2','3','5','10','15','20']
2718            maxCyc = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['max cyc']),choices=Choice,
2719                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2720#            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2721            maxCyc.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxCycles)
2722            LSSizer.Add(maxCyc,0,WACV)
2723            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial lambda = 10**'),0,WACV)
2724            MarqChoice = ['-3','-2','-1','0','1','2','3','4']
2725            marqLam = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['Marquardt']),choices=MarqChoice,
2726                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2727            marqLam.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMarqLam)
2728            LSSizer.Add(marqLam,0,WACV)
2729        else:
2730            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial shift factor: '),0,WACV)
2731            Factr = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.5f'%(data['shift factor']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2732            Factr.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFactor)
2733            Factr.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFactor)
2734            LSSizer.Add(Factr,0,WACV)
2735        if G2frame.Sngl:
2736            userReject = data['UsrReject']
2737            usrRej = {'minF/sig':[' Min obs/sig (0-5): ',[0,5], ],'MinExt':[' Min extinct. (0-.9): ',[0,.9],],
2738                'MaxDF/F':[' Max delt-F/sig (3-1000): ',[3.,1000.],],'MaxD':[' Max d-spacing (3-500): ',[3,500],],
2739                'MinD':[' Min d-spacing (0.1-2.0): ',[0.1,2.0],]}
2740
2741            fsqRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Refine HKLF as F^2? ')
2742            fsqRef.SetValue(data['F**2'])
2743            fsqRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnFsqRef)
2744            LSSizer.Add(fsqRef,0,WACV)
2745            LSSizer.Add((1,0),)
2746            for item in usrRej:
2747                LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,label=usrRej[item][0]),0,WACV)
2748                usrrej = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2f'%(userReject[item]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2749                Indx[usrrej] = [item,usrRej[item][1]]
2750                usrrej.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnUsrRej)
2751                usrrej.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnUsrRej)
2752                LSSizer.Add(usrrej,0,WACV)
2753#        Hfix = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Regularize H atoms? ')
2754#        Hfix.SetValue(data['HatomFix'])
2755#        Hfix.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnHatomFix)
2756#        LSSizer.Add(Hfix,0,WACV)   #for now
2757        return LSSizer
2758       
2759    def AuthSizer():
2760
2761        def OnAuthor(event):
2762            event.Skip()
2763            data['Author'] = auth.GetValue()
2764
2765        Author = data['Author']
2766        authSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2767        authSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' CIF Author (last, first):'),0,WACV)
2768        auth = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value=Author,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2769        auth.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnAuthor)
2770        auth.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnAuthor)
2771        authSizer.Add(auth,0,WACV)
2772        return authSizer
2773       
2774       
2775    if G2frame.dataDisplay:
2776        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2777    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2778        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2779        Status.SetStatusText('')
2780    G2frame.dataFrame.SetLabel('Controls')
2781    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
2782    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ControlsMenu)
2783    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2784    mainSizer.Add((5,5),0)
2785    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement Controls:'),0,WACV)   
2786    mainSizer.Add(LSSizer())
2787    mainSizer.Add((5,5),0)
2788    mainSizer.Add(SeqSizer())
2789    mainSizer.Add((5,5),0)
2790    mainSizer.Add(AuthSizer())
2791    mainSizer.Add((5,5),0)
2792       
2793    mainSizer.Layout()   
2794    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2795    G2frame.dataDisplay.SetSize(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
2796    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
2797     
2798################################################################################
2799#####  Comments
2800################################################################################           
2801       
2802def UpdateComments(G2frame,data):                   
2803
2804    if G2frame.dataDisplay:
2805        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2806    G2frame.dataFrame.SetLabel('Comments')
2807    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2808        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY|wx.TE_DONTWRAP)
2809    for line in data:
2810        if '\n' not in line:
2811            G2frame.dataDisplay.AppendText(line+'\n')
2812        else:
2813            G2frame.dataDisplay.AppendText(line)
2814    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2815           
2816################################################################################
2817#####  Display of Sequential Results
2818################################################################################           
2819       
2820def UpdateSeqResults(G2frame,data,prevSize=None):
2821    """
2822    Called when the Sequential Results data tree entry is selected
2823    to show results from a sequential refinement.
2824   
2825    :param wx.Frame G2frame: main GSAS-II data tree windows
2826
2827    :param dict data: a dictionary containing the following items: 
2828
2829            * 'histNames' - list of histogram names in order as processed by Sequential Refinement
2830            * 'varyList' - list of variables - identical over all refinements in sequence
2831              note that this is the original list of variables, prior to processing
2832              constraints.
2833            * 'variableLabels' -- a dict of labels to be applied to each parameter
2834              (this is created as an empty dict if not present in data).
2835            * keyed by histName - dictionaries for all data sets processed, which contains:
2836
2837              * 'variables'- result[0] from leastsq call
2838              * 'varyList' - list of variables passed to leastsq call (not same as above)
2839              * 'sig' - esds for variables
2840              * 'covMatrix' - covariance matrix from individual refinement
2841              * 'title' - histogram name; same as dict item name
2842              * 'newAtomDict' - new atom parameters after shifts applied
2843              * 'newCellDict' - refined cell parameters after shifts to A0-A5 from Dij terms applied'
2844    """
2845
2846    def GetSampleParms():
2847        '''Make a dictionary of the sample parameters are not the same over the
2848        refinement series.
2849        '''
2850        if 'IMG' in histNames[0]:
2851            sampleParmDict = {'Sample load':[],}
2852        else:
2853            sampleParmDict = {'Temperature':[],'Pressure':[],'Time':[],
2854                'FreePrm1':[],'FreePrm2':[],'FreePrm3':[],'Omega':[],
2855                'Chi':[],'Phi':[],'Azimuth':[],}
2856        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
2857            GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
2858        sampleParm = {}
2859        for name in histNames:
2860            if 'IMG' in name:
2861                for item in sampleParmDict:
2862                    sampleParmDict[item].append(data[name]['parmDict'].get(item,0))
2863            else:
2864                Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
2865                sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
2866                for item in sampleParmDict:
2867                    sampleParmDict[item].append(sampleData.get(item,0))
2868        for item in sampleParmDict:
2869            frstValue = sampleParmDict[item][0]
2870            if np.any(np.array(sampleParmDict[item])-frstValue):
2871                if item.startswith('FreePrm'):
2872                    sampleParm[Controls[item]] = sampleParmDict[item]
2873                else:
2874                    sampleParm[item] = sampleParmDict[item]
2875        return sampleParm
2876
2877    def GetColumnInfo(col):
2878        '''returns column label, lists of values and errors (or None) for each column in the table
2879        for plotting. The column label is reformatted from Unicode to MatPlotLib encoding
2880        '''
2881        colName = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
2882        plotName = variableLabels.get(colName,colName)
2883        plotName = plotSpCharFix(plotName)
2884        return plotName,colList[col],colSigs[col]
2885           
2886    def PlotSelect(event):
2887        'Plots a row (covariance) or column on double-click'
2888        cols = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
2889        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2890        if cols:
2891            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2892        elif rows:
2893            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
2894            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
2895        else:
2896            G2frame.ErrorDialog(
2897                'Select row or columns',
2898                'Nothing selected in table. Click on column or row label(s) to plot. N.B. Grid selection can be a bit funky.'
2899                )
2900           
2901    def OnPlotSelSeq(event):
2902        'plot the selected columns or row from menu command'
2903        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2904        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
2905        if cols:
2906            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2907        elif rows:
2908            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
2909            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
2910        else:
2911            G2frame.ErrorDialog(
2912                'Select columns',
2913                'No columns or rows selected in table. Click on row or column labels to select fields for plotting.'
2914                )
2915               
2916    def OnAveSelSeq(event):
2917        'average the selected columns from menu command'
2918        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2919        if cols:
2920            for col in cols:
2921                ave = np.mean(GetColumnInfo(col)[1])
2922                sig = np.std(GetColumnInfo(col)[1])
2923                print ' Average for '+G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)+': '+'%.6g'%(ave)+' +/- '+'%.6g'%(sig)
2924        else:
2925            G2frame.ErrorDialog(
2926                'Select columns',
2927                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for averaging.'
2928                )
2929               
2930    def OnRenameSelSeq(event):
2931        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
2932        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(c) for c in cols]
2933        newNames = colNames[:]
2934        for i,name in enumerate(colNames):
2935            if name in variableLabels:
2936                newNames[i] = variableLabels[name]
2937        if not cols:
2938            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
2939                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for rename.')
2940            return
2941        dlg = G2G.MultiStringDialog(G2frame.dataDisplay,'Set column names',colNames,newNames)
2942        if dlg.Show():
2943            newNames = dlg.GetValues()           
2944            variableLabels.update(dict(zip(colNames,newNames)))
2945        data['variableLabels'] = variableLabels
2946        dlg.Destroy()
2947        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
2948        G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
2949           
2950    def OnReOrgSelSeq(event):
2951        'Reorder the columns'
2952        G2G.GetItemOrder(G2frame,VaryListChanges,vallookup,posdict)   
2953        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
2954
2955    def OnSaveSelSeqCSV(event):
2956        'export the selected columns to a .csv file from menu command'
2957        OnSaveSelSeq(event,csv=True)
2958       
2959    def OnSaveSeqCSV(event):
2960        'export all columns to a .csv file from menu command'
2961        OnSaveSelSeq(event,csv=True,allcols=True)
2962       
2963    def OnSaveSelSeq(event,csv=False,allcols=False):
2964        'export the selected columns to a .txt or .csv file from menu command'
2965        def WriteCSV():
2966            def WriteList(headerItems):
2967                line = ''
2968                for lbl in headerItems:
2969                    if line: line += ','
2970                    line += '"'+lbl+'"'
2971                return line
2972            head = ['name']
2973            for col in cols:
2974                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
2975                # get rid of labels that have Unicode characters
2976                if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in item]): item = '?'
2977                if col in havesig:
2978                    head += [item,'esd-'+item]
2979                else:
2980                    head += [item]
2981            SeqFile.write(WriteList(head)+'\n')
2982            for row,name in enumerate(saveNames):
2983                line = '"'+saveNames[row]+'"'
2984                for col in cols:
2985                    if col in havesig:
2986                        line += ','+str(saveData[col][row])+','+str(saveSigs[col][row])
2987                    else:
2988                        line += ','+str(saveData[col][row])
2989                SeqFile.write(line+'\n')
2990        def WriteSeq():
2991            lenName = len(saveNames[0])
2992            line = %s  '%('name'.center(lenName))
2993            for col in cols:
2994                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
2995                if col in havesig:
2996                    line += ' %12s %12s '%(item.center(12),'esd'.center(12))
2997                else:
2998                    line += ' %12s '%(item.center(12))
2999            SeqFile.write(line+'\n')
3000            for row,name in enumerate(saveNames):
3001                line = " '%s' "%(saveNames[row])
3002                for col in cols:
3003                    if col in havesig:
3004                        line += ' %12.6f %12.6f '%(saveData[col][row],saveSigs[col][row])
3005                    else:
3006                        line += ' %12.6f '%saveData[col][row]
3007                SeqFile.write(line+'\n')
3008
3009        # start of OnSaveSelSeq code
3010        if allcols:
3011            cols = range(G2frame.SeqTable.GetNumberCols())
3012        else:
3013            cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3014        nrows = G2frame.SeqTable.GetNumberRows()
3015        if not cols:
3016            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
3017                             'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for output.')
3018            return
3019        saveNames = [G2frame.SeqTable.GetRowLabelValue(r) for r in range(nrows)]
3020        saveData = {}
3021        saveSigs = {}
3022        havesig = []
3023        for col in cols:
3024            name,vals,sigs = GetColumnInfo(col)
3025            saveData[col] = vals
3026            if sigs:
3027                havesig.append(col)
3028                saveSigs[col] = sigs
3029        if csv:
3030            wild = 'CSV output file (*.csv)|*.csv'
3031        else:
3032            wild = 'Text output file (*.txt)|*.txt'
3033        pth = G2G.GetExportPath(G2frame)
3034        dlg = wx.FileDialog(
3035            G2frame,
3036            'Choose text output file for your selection', pth, '', 
3037            wild,wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
3038        try:
3039            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3040                SeqTextFile = dlg.GetPath()
3041                SeqTextFile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,SeqTextFile) 
3042                SeqFile = open(SeqTextFile,'w')
3043                if csv:
3044                    WriteCSV()
3045                else:
3046                    WriteSeq()
3047                SeqFile.close()
3048        finally:
3049            dlg.Destroy()
3050               
3051    def striphist(var,insChar=''):
3052        'strip a histogram number from a var name'
3053        sv = var.split(':')
3054        if len(sv) <= 1: return var
3055        if sv[1]:
3056            sv[1] = insChar
3057        return ':'.join(sv)
3058       
3059    def plotSpCharFix(lbl):
3060        'Change selected unicode characters to their matplotlib equivalent'
3061        for u,p in [
3062            (u'\u03B1',r'$\alpha$'),
3063            (u'\u03B2',r'$\beta$'),
3064            (u'\u03B3',r'$\gamma$'),
3065            (u'\u0394\u03C7',r'$\Delta\chi$'),
3066            ]:
3067            lbl = lbl.replace(u,p)
3068        return lbl
3069   
3070    def SelectXaxis():
3071        'returns a selected column number (or None) as the X-axis selection'
3072        ncols = G2frame.SeqTable.GetNumberCols()
3073        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(r) for r in range(ncols)]
3074        dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(
3075            G2frame.dataDisplay,
3076            'Select x-axis parameter for plot or Cancel for sequence number',
3077            'Select X-axis',
3078            colNames)
3079        try:
3080            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3081                col = dlg.GetSelection()
3082            else:
3083                col = None
3084        finally:
3085            dlg.Destroy()
3086        return col
3087   
3088    def EnablePseudoVarMenus():
3089        'Enables or disables the PseudoVar menu items that require existing defs'
3090        if Controls['SeqPseudoVars']:
3091            val = True
3092        else:
3093            val = False
3094        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxDELSEQVAR,val)
3095        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxEDITSEQVAR,val)
3096
3097    def DelPseudoVar(event):
3098        'Ask the user to select a pseudo var expression to delete'
3099        choices = Controls['SeqPseudoVars'].keys()
3100        selected = G2G.ItemSelector(
3101            choices,G2frame.dataFrame,
3102            multiple=True,
3103            title='Select expressions to remove',
3104            header='Delete expression')
3105        if selected is None: return
3106        for item in selected:
3107            del Controls['SeqPseudoVars'][choices[item]]
3108        if selected:
3109            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3110
3111    def EditPseudoVar(event):
3112        'Edit an existing pseudo var expression'
3113        choices = Controls['SeqPseudoVars'].keys()
3114        if len(choices) == 1:
3115            selected = 0
3116        else:
3117            selected = G2G.ItemSelector(
3118                choices,G2frame.dataFrame,
3119                multiple=False,
3120                title='Select an expression to edit',
3121                header='Edit expression')
3122        if selected is not None:
3123            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3124                G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3125                Controls['SeqPseudoVars'][choices[selected]],
3126                header="Edit the PseudoVar expression",
3127                VarLabel="PseudoVar #"+str(selected+1),
3128                fit=False)
3129            newobj = dlg.Show(True)
3130            if newobj:
3131                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3132                del Controls['SeqPseudoVars'][choices[selected]]
3133                Controls['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = newobj
3134                UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3135       
3136    def AddNewPseudoVar(event):
3137        'Create a new pseudo var expression'
3138        dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3139            G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3140            header='Enter an expression for a PseudoVar here',
3141            VarLabel = "New PseudoVar",
3142            fit=False)
3143        obj = dlg.Show(True)
3144        dlg.Destroy()
3145        if obj:
3146            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3147            Controls['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = obj
3148            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3149           
3150    def AddNewDistPseudoVar(event):
3151        obj = None
3152        dlg = G2exG.BondDialog(
3153            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3154            header='Select a Bond here',
3155            VarLabel = "New Bond")
3156        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3157            pName,Oatom,Tatom = dlg.GetSelection()
3158            if Tatom:
3159                Phase = Phases[pName]
3160                General = Phase['General']
3161                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3162                pId = Phase['pId']
3163                SGData = General['SGData']
3164                sB = Tatom.find('(')+1
3165                symNo = 0
3166                if sB:
3167                    sF = Tatom.find(')')
3168                    symNo = int(Tatom[sB:sF])
3169                cellNo = [0,0,0]
3170                cB = Tatom.find('[')
3171                if cB>0:
3172                    cF = Tatom.find(']')+1
3173                    cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3174                Atoms = Phase['Atoms']
3175                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3176                oId = aNames.index(Oatom)
3177                tId = aNames.index(Tatom.split(' +')[0])
3178                # create an expression object
3179                obj = G2obj.ExpressionObj()
3180                obj.expression = 'Dist(%s,\n%s)'%(Oatom,Tatom.split(' d=')[0].replace(' ',''))
3181                obj.distance_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNo,'cellNo':cellNo}
3182                obj.distance_atoms = [oId,tId]
3183        else: 
3184            dlg.Destroy()
3185            return
3186        dlg.Destroy()
3187        if obj:
3188            Controls['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3189            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3190
3191    def AddNewAnglePseudoVar(event):
3192        obj = None
3193        dlg = G2exG.AngleDialog(
3194            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3195            header='Enter an Angle here',
3196            VarLabel = "New Angle")
3197        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3198            pName,Oatom,Tatoms = dlg.GetSelection()
3199            if Tatoms:
3200                Phase = Phases[pName]
3201                General = Phase['General']
3202                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3203                pId = Phase['pId']
3204                SGData = General['SGData']
3205                Atoms = Phase['Atoms']
3206                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3207                tIds = []
3208                symNos = []
3209                cellNos = []
3210                oId = aNames.index(Oatom)
3211                Tatoms = Tatoms.split(';')
3212                for Tatom in Tatoms:
3213                    sB = Tatom.find('(')+1
3214                    symNo = 0
3215                    if sB:
3216                        sF = Tatom.find(')')
3217                        symNo = int(Tatom[sB:sF])
3218                    symNos.append(symNo)
3219                    cellNo = [0,0,0]
3220                    cB = Tatom.find('[')
3221                    if cB>0:
3222                        cF = Tatom.find(']')+1
3223                        cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3224                    cellNos.append(cellNo)
3225                    tIds.append(aNames.index(Tatom.split('+')[0]))
3226                # create an expression object
3227                obj = G2obj.ExpressionObj()
3228                obj.expression = 'Angle(%s,%s,\n%s)'%(Tatoms[0],Oatom,Tatoms[1])
3229                obj.angle_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNos,'cellNo':cellNos}
3230                obj.angle_atoms = [oId,tIds]
3231        else: 
3232            dlg.Destroy()
3233            return
3234        dlg.Destroy()
3235        if obj:
3236            Controls['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3237            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3238           
3239    def UpdateParmDict(parmDict):
3240        '''generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values,
3241        because they might be needed to evaluate the pseudovar
3242        '''
3243        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3244                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3245                     )
3246        delList = []
3247        phaselist = []
3248        for item in parmDict: 
3249            if ':' not in item: continue
3250            key = item.split(':')
3251            if len(key) < 3: continue
3252            # remove the dA[xyz] terms, they would only bring confusion
3253            if key[2].startswith('dA'):
3254                delList.append(item)
3255            # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3256            elif key[2] in Ddict:
3257                if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3258                akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3259                parmDict[akey] -= parmDict[item]
3260                delList.append(item)
3261        for item in delList:
3262            del parmDict[item]               
3263        for i in phaselist:
3264            pId = int(i)
3265            # apply cell symmetry
3266            A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],parmDict,zeroDict[pId])
3267            # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3268            for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3269                if i in uniqCellIndx[pId]:
3270                    lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3271                    parmDict[lbl] = val
3272            lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3273            parmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3274        return parmDict
3275
3276    def EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict,sampleDict,var,ESD):
3277        '''Evaluate an expression derivative with respect to a
3278        GSAS-II variable name.
3279
3280        Note this likely could be faster if the loop over calcobjs were done
3281        inside after the Dict was created.
3282        '''
3283        step = ESD/10
3284        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3285                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3286                     )
3287        results = []
3288        phaselist = []
3289        VparmDict = sampleDict.copy()
3290        for incr in step,-step:
3291            VparmDict.update(parmDict.copy())           
3292            # as saved, the parmDict has updated 'A[xyz]' values, but 'dA[xyz]'
3293            # values are not zeroed: fix that!
3294            VparmDict.update({item:0.0 for item in parmDict if 'dA' in item})
3295            VparmDict[var] += incr
3296            G2mv.Dict2Map(VparmDict,[]) # apply constraints
3297            # generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values now, because they might
3298            # needed to evaluate the pseudovar
3299            for item in VparmDict:
3300                if item in sampleDict:
3301                    continue 
3302                if ':' not in item: continue
3303                key = item.split(':')
3304                if len(key) < 3: continue
3305                # apply any new shifts to atom positions
3306                if key[2].startswith('dA'):
3307                    VparmDict[''.join(item.split('d'))] += VparmDict[item]
3308                    VparmDict[item] = 0.0
3309                # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3310                if key[2] in Ddict:
3311                    if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3312                    akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3313                    VparmDict[akey] -= VparmDict[item]
3314            for i in phaselist:
3315                pId = int(i)
3316                # apply cell symmetry
3317                A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],VparmDict,zeroDict[pId])
3318                # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3319                for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3320                    if i in uniqCellIndx[pId]:
3321                        lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3322                        VparmDict[lbl] = val
3323                lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3324                VparmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3325            # dict should be fully updated, use it & calculate
3326            calcobj.SetupCalc(VparmDict)
3327            results.append(calcobj.EvalExpression())
3328        return (results[0] - results[1]) / (2.*step)
3329       
3330    def EnableParFitEqMenus():
3331        'Enables or disables the Parametric Fit menu items that require existing defs'
3332        if Controls['SeqParFitEqList']:
3333            val = True
3334        else:
3335            val = False
3336        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDELPARFIT,val)
3337        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxEDITPARFIT,val)
3338        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDOPARFIT,val)
3339
3340    def ParEqEval(Values,calcObjList,varyList):
3341        '''Evaluate the parametric expression(s)
3342        :param list Values: a list of values for each variable parameter
3343        :param list calcObjList: a list of :class:`GSASIIobj.ExpressionCalcObj`
3344          expression objects to evaluate
3345        :param list varyList: a list of variable names for each value in Values
3346        '''
3347        result = []
3348        for calcobj in calcObjList:
3349            calcobj.UpdateVars(varyList,Values)
3350            result.append((calcobj.depVal-calcobj.EvalExpression())/calcobj.depSig)
3351        return result
3352
3353    def DoParEqFit(event,eqObj=None):
3354        'Parametric fit minimizer'
3355        varyValueDict = {} # dict of variables and their initial values
3356        calcObjList = [] # expression objects, ready to go for each data point
3357        if eqObj is not None:
3358            eqObjList = [eqObj,]
3359        else:
3360            eqObjList = Controls['SeqParFitEqList']
3361        UseFlags = G2frame.SeqTable.GetColValues(0)         
3362        for obj in eqObjList:
3363            expr = obj.expression
3364            # assemble refined vars for this equation
3365            varyValueDict.update({var:val for var,val in obj.GetVariedVarVal()})
3366            # lookup dependent var position
3367            depVar = obj.GetDepVar()
3368            if depVar in colLabels:
3369                indx = colLabels.index(depVar)
3370            else:
3371                raise Exception('Dependent variable '+depVar+' not found')
3372            # assemble a list of the independent variables
3373            indepVars = obj.GetIndependentVars()
3374            # loop over each datapoint
3375            for j,row in enumerate(zip(*colList)):
3376                if not UseFlags[j]: continue
3377                # assemble equations to fit
3378                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3379                # prepare a dict of needed independent vars for this expression
3380                indepVarDict = {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3381                calcobj.SetupCalc(indepVarDict)               
3382                # values and sigs for current value of dependent var
3383                calcobj.depVal = row[indx]
3384                calcobj.depSig = colSigs[indx][j]
3385                calcObjList.append(calcobj)
3386        # varied parameters
3387        varyList = varyValueDict.keys()
3388        values = varyValues = [varyValueDict[key] for key in varyList]
3389        if not varyList:
3390            print 'no variables to refine!'
3391            return
3392        try:
3393            result = so.leastsq(ParEqEval,varyValues,full_output=True,   #ftol=Ftol,
3394                                args=(calcObjList,varyList)
3395                                )
3396            values = result[0]
3397            covar = result[1]
3398            if covar is None:
3399                raise Exception
3400            esdDict = {}
3401            for i,avar in enumerate(varyList):
3402                esdDict[avar] = np.sqrt(covar[i,i])
3403        except:
3404            print('====> Fit failed')
3405            return
3406        print('==== Fit Results ====')
3407        for obj in eqObjList:
3408            obj.UpdateVariedVars(varyList,values)
3409            ind = '      '
3410            print('  '+obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression)
3411            for var in obj.assgnVars:
3412                print(ind+var+' = '+obj.assgnVars[var])
3413            for var in obj.freeVars:
3414                avar = "::"+obj.freeVars[var][0]
3415                val = obj.freeVars[var][1]
3416                if obj.freeVars[var][2]:
3417                    print(ind+var+' = '+avar + " = " + G2mth.ValEsd(val,esdDict[avar]))
3418                else:
3419                    print(ind+var+' = '+avar + " =" + G2mth.ValEsd(val,0))
3420        # create a plot for each parametric variable
3421        for fitnum,obj in enumerate(eqObjList):
3422            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3423            # lookup dependent var position
3424            indx = colLabels.index(obj.GetDepVar())
3425            # assemble a list of the independent variables
3426            indepVars = obj.GetIndependentVars()           
3427            # loop over each datapoint
3428            fitvals = []
3429            for j,row in enumerate(zip(*colList)):
3430                calcobj.SetupCalc(
3431                    {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3432                    )
3433                fitvals.append(calcobj.EvalExpression())
3434            G2plt.PlotSelectedSequence(
3435                G2frame,[indx],GetColumnInfo,SelectXaxis,
3436                fitnum,fitvals)
3437
3438    def SingleParEqFit(eqObj):
3439        DoParEqFit(None,eqObj)
3440
3441    def DelParFitEq(event):
3442        'Ask the user to select function to delete'
3443        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3444        selected = G2G.ItemSelector(
3445            txtlst,G2frame.dataFrame,
3446            multiple=True,
3447            title='Select a parametric equation(s) to remove',
3448            header='Delete equation')
3449        if selected is None: return
3450        Controls['SeqParFitEqList'] = [obj for i,obj in enumerate(Controls['SeqParFitEqList']) if i not in selected]
3451        EnableParFitEqMenus()
3452        if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3453       
3454    def EditParFitEq(event):
3455        'Edit an existing parametric equation'
3456        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3457        if len(txtlst) == 1:
3458            selected = 0
3459        else:
3460            selected = G2G.ItemSelector(
3461                txtlst,G2frame.dataFrame,
3462                multiple=False,
3463                title='Select a parametric equation to edit',
3464                header='Edit equation')
3465        if selected is not None:
3466            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3467                G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3468                Controls['SeqParFitEqList'][selected],
3469                depVarDict=depVarDict,
3470                header="Edit the formula for this minimization function",
3471                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3472            newobj = dlg.Show(True)
3473            if newobj:
3474                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3475                Controls['SeqParFitEqList'][selected] = newobj
3476                EnableParFitEqMenus()
3477            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3478
3479    def AddNewParFitEq(event):
3480        'Create a new parametric equation to be fit to sequential results'
3481
3482        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3483        usedvarlist = []
3484        for obj in Controls['SeqParFitEqList']:
3485            for var in obj.freeVars:
3486                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3487
3488        dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3489            G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3490            depVarDict=depVarDict,
3491            header='Define an equation to minimize in the parametric fit',
3492            ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit],
3493            usedVars=usedvarlist)
3494        obj = dlg.Show(True)
3495        dlg.Destroy()
3496        if obj:
3497            Controls['SeqParFitEqList'].append(obj)
3498            EnableParFitEqMenus()
3499            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3500               
3501    def CopyParFitEq(event):
3502        'Copy an existing parametric equation to be fit to sequential results'
3503        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3504        usedvarlist = []
3505        for obj in Controls['SeqParFitEqList']:
3506            for var in obj.freeVars:
3507                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3508        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in Controls['SeqParFitEqList']]
3509        if len(txtlst) == 1:
3510            selected = 0
3511        else:
3512            selected = G2G.ItemSelector(
3513                txtlst,G2frame.dataFrame,
3514                multiple=False,
3515                title='Select a parametric equation to copy',
3516                header='Copy equation')
3517        if selected is not None:
3518            newEqn = copy.deepcopy(Controls['SeqParFitEqList'][selected])
3519            for var in newEqn.freeVars:
3520                newEqn.freeVars[var][0] = G2obj.MakeUniqueLabel(newEqn.freeVars[var][0],usedvarlist)
3521            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3522                G2frame.dataDisplay,indepVarDict,
3523                newEqn,
3524                depVarDict=depVarDict,
3525                header="Edit the formula for this minimization function",
3526                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3527            newobj = dlg.Show(True)
3528            if newobj:
3529                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3530                Controls['SeqParFitEqList'].append(newobj)
3531                EnableParFitEqMenus()
3532            if Controls['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3533                                           
3534    def GridSetToolTip(row,col):
3535        '''Routine to show standard uncertainties for each element in table
3536        as a tooltip
3537        '''
3538        if colSigs[col]:
3539            return u'\u03c3 = '+str(colSigs[col][row])
3540        return ''
3541       
3542    def GridColLblToolTip(col):
3543        '''Define a tooltip for a column. This will be the user-entered value
3544        (from data['variableLabels']) or the default name
3545        '''
3546        if col < 0 or col > len(colLabels):
3547            print 'Illegal column #',col
3548            return
3549        var = colLabels[col]
3550        return variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3551       
3552    def SetLabelString(event):
3553        '''Define or edit the label for a column in the table, to be used
3554        as a tooltip and for plotting
3555        '''
3556        col = event.GetCol()
3557        if col < 0 or col > len(colLabels):
3558            return
3559        var = colLabels[col]
3560        lbl = variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3561        dlg = G2G.SingleStringDialog(G2frame.dataFrame,'Set variable label',
3562                                 'Set a new name for variable '+var,lbl,size=(400,-1))
3563        if dlg.Show():
3564            variableLabels[var] = dlg.GetValue()
3565        dlg.Destroy()
3566
3567    def DoSequentialExport(event):
3568        '''Event handler for all Sequential Export menu items
3569        '''
3570        vals = G2frame.dataFrame.SeqExportLookup.get(event.GetId())
3571        if vals is None:
3572            print('Error: Id not found. This should not happen!')
3573        G2IO.ExportSequential(G2frame,data,*vals)
3574   
3575    #def GridRowLblToolTip(row): return 'Row ='+str(row)
3576   
3577    # lookup table for unique cell parameters by symmetry
3578    cellGUIlist = [
3579        [['m3','m3m'],(0,)],
3580        [['3R','3mR'],(0,3)],
3581        [['3','3m1','31m','6/m','6/mmm','4/m','4/mmm'],(0,2)],
3582        [['mmm'],(0,1,2)],
3583        [['2/m'+'a'],(0,1,2,3)],
3584        [['2/m'+'b'],(0,1,2,4)],
3585        [['2/m'+'c'],(0,1,2,5)],
3586        [['-1'],(0,1,2,3,4,5)],
3587        ]
3588    # cell labels
3589    cellUlbl = ('a','b','c',u'\u03B1',u'\u03B2',u'\u03B3') # unicode a,b,c,alpha,beta,gamma
3590
3591    #======================================================================
3592    # start processing sequential results here (UpdateSeqResults)
3593    #======================================================================
3594    if not data:
3595        print 'No sequential refinement results'
3596        return
3597    variableLabels = data.get('variableLabels',{})
3598    data['variableLabels'] = variableLabels
3599    Histograms,Phases = G2frame.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3600    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
3601    # create a place to store Pseudo Vars & Parametric Fit functions, if not present
3602    if 'SeqPseudoVars' not in Controls: Controls['SeqPseudoVars'] = {}
3603    if 'SeqParFitEqList' not in Controls: Controls['SeqParFitEqList'] = []
3604    histNames = data['histNames']
3605    if G2frame.dataDisplay:
3606        G2frame.dataDisplay.Destroy()
3607    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3608        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3609        Status.SetStatusText("Select column to export; Double click on column to plot data; on row for Covariance")
3610    sampleParms = GetSampleParms()
3611
3612    # make dict of varied atom coords keyed by absolute position
3613    newAtomDict = data[histNames[0]].get('newAtomDict',{}) # dict with atom positions; relative & absolute
3614    # Possible error: the next might need to be data[histNames[0]]['varyList']
3615    # error will arise if there constraints on coordinates?
3616    atomLookup = {newAtomDict[item][0]:item for item in newAtomDict if item in data['varyList']}
3617   
3618    # make dict of varied cell parameters equivalents
3619    ESDlookup = {} # provides the Dij term for each Ak term (where terms are refined)
3620    Dlookup = {} # provides the Ak term for each Dij term (where terms are refined)
3621    # N.B. These Dij vars are missing a histogram #
3622    newCellDict = data[histNames[0]].get('newCellDict',{})
3623    for item in newCellDict:
3624        if item in data['varyList']:
3625            ESDlookup[newCellDict[item][0]] = item
3626            Dlookup[item] = newCellDict[item][0]
3627    # add coordinate equivalents to lookup table
3628    for parm in atomLookup:
3629        Dlookup[atomLookup[parm]] = parm
3630        ESDlookup[parm] = atomLookup[parm]
3631
3632    # get unit cell & symmetry for all phases & initial stuff for later use
3633    RecpCellTerms = {}
3634    SGdata = {}
3635    uniqCellIndx = {}
3636    initialCell = {}
3637    RcellLbls = {}
3638    zeroDict = {}
3639    for phase in Phases:
3640        phasedict = Phases[phase]
3641        pId = phasedict['pId']
3642        pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3643        RcellLbls[pId] = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3644        RecpCellTerms[pId] = G2lat.cell2A(phasedict['General']['Cell'][1:7])
3645        zeroDict[pId] = dict(zip(RcellLbls[pId],6*[0.,]))
3646        SGdata[pId] = phasedict['General']['SGData']
3647        laue = SGdata[pId]['SGLaue']
3648        if laue == '2/m':
3649            laue += SGdata[pId]['SGUniq']
3650        for symlist,celllist in cellGUIlist:
3651            if laue in symlist:
3652                uniqCellIndx[pId] = celllist
3653                break
3654        else: # should not happen
3655            uniqCellIndx[pId] = range(6)
3656        for i in uniqCellIndx[pId]:
3657            initialCell[str(pId)+'::A'+str(i)] =  RecpCellTerms[pId][i]
3658
3659    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SequentialMenu)
3660    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sequential refinement results')
3661    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3662        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3663        Status.SetStatusText('')
3664    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnRenameSelSeq, id=wxID_RENAMESEQSEL)
3665    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeq, id=wxID_SAVESEQSEL)
3666    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeqCSV, id=wxID_SAVESEQSELCSV)
3667    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSeqCSV, id=wxID_SAVESEQCSV)
3668    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotSelSeq, id=wxID_PLOTSEQSEL)
3669    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAveSelSeq, id=wxID_AVESEQSEL)
3670    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReOrgSelSeq, id=wxID_ORGSEQSEL)
3671    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewPseudoVar, id=wxADDSEQVAR)
3672    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewDistPseudoVar, id=wxADDSEQDIST)
3673    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewAnglePseudoVar, id=wxADDSEQANGLE)
3674    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelPseudoVar, id=wxDELSEQVAR)
3675    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditPseudoVar, id=wxEDITSEQVAR)
3676    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewParFitEq, id=wxADDPARFIT)
3677    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyParFitEq, id=wxCOPYPARFIT)
3678    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelParFitEq, id=wxDELPARFIT)
3679    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditParFitEq, id=wxEDITPARFIT)
3680    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoParEqFit, id=wxDOPARFIT)
3681
3682    for id in G2frame.dataFrame.SeqExportLookup:       
3683        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoSequentialExport, id=id)
3684
3685    EnablePseudoVarMenus()
3686    EnableParFitEqMenus()
3687
3688    # scan for locations where the variables change
3689    VaryListChanges = [] # histograms where there is a change
3690    combinedVaryList = []
3691    firstValueDict = {}
3692    vallookup = {}
3693    posdict = {}
3694    prevVaryList = []
3695    for i,name in enumerate(histNames):
3696        for var,val,sig in zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables'],data[name]['sig']):
3697            svar = striphist(var,'*') # wild-carded
3698            if svar not in combinedVaryList:
3699                # add variables to list as they appear
3700                combinedVaryList.append(svar)
3701                firstValueDict[svar] = (val,sig)
3702        if prevVaryList != data[name]['varyList']: # this refinement has a different refinement list from previous
3703            prevVaryList = data[name]['varyList']
3704            vallookup[name] = dict(zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables']))
3705            posdict[name] = {}
3706            for var in data[name]['varyList']:
3707                svar = striphist(var,'*')
3708                posdict[name][combinedVaryList.index(svar)] = svar
3709            VaryListChanges.append(name)
3710    if len(VaryListChanges) > 1:
3711        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,True)
3712    else:
3713        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,False)
3714    #-----------------------------------------------------------------------------------
3715    # build up the data table by columns -----------------------------------------------
3716    nRows = len(histNames)
3717    colList = [nRows*[True]]
3718    colSigs = [None]
3719    colLabels = ['Use']
3720    Types = [wg.GRID_VALUE_BOOL]
3721    # start with Rwp values
3722    if 'IMG ' not in histNames[0][:4]:
3723        colList += [[data[name]['Rvals']['Rwp'] for name in histNames]]
3724        colSigs += [None]
3725        colLabels += ['Rwp']
3726        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
3727    # add % change in Chi^2 in last cycle
3728    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG '] and Controls.get('ShowCell'):
3729        colList += [[100.*data[name]['Rvals'].get('DelChi2',-1) for name in histNames]]
3730        colSigs += [None]
3731        colLabels += [u'\u0394\u03C7\u00B2 (%)']
3732        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3733    deltaChiCol = len(colLabels)-1
3734    # add changing sample parameters to table
3735    for key in sampleParms:
3736        colList += [sampleParms[key]]
3737        colSigs += [None]
3738        colLabels += [key]
3739        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3740    sampleDict = {}
3741    for i,name in enumerate(histNames):
3742        sampleDict[name] = dict(zip(sampleParms.keys(),[sampleParms[key][i] for key in sampleParms.keys()])) 
3743    # add unique cell parameters TODO: review this where the cell symmetry changes (when possible)
3744    if Controls.get('ShowCell',False):
3745        for pId in sorted(RecpCellTerms):
3746            pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3747            cells = []
3748            cellESDs = []
3749            colLabels += [pfx+cellUlbl[i] for i in uniqCellIndx[pId]]
3750            colLabels += [pfx+'Vol']
3751            Types += (1+len(uniqCellIndx[pId]))*[wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3752            for name in histNames:
3753                covData = {
3754                    'varyList': [Dlookup.get(striphist(v),v) for v in data[name]['varyList']],
3755                    'covMatrix': data[name]['covMatrix']
3756                    }
3757                A = RecpCellTerms[pId][:] # make copy of starting A values
3758                # update with refined values
3759                for i in range(6):
3760                    var = str(pId)+'::A'+str(i)
3761                    if var in ESDlookup:
3762                        val = data[name]['newCellDict'][ESDlookup[var]][1] # get refined value
3763                        A[i] = val # override with updated value
3764                # apply symmetry
3765                Albls = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3766                cellDict = dict(zip(Albls,A))
3767                A,zeros = G2stIO.cellFill(pfx,SGdata[pId],cellDict,zeroDict[pId])
3768                # convert to direct cell & add only unique values to table
3769                c = G2lat.A2cell(A)
3770                vol = G2lat.calc_V(A)
3771                cE = G2stIO.getCellEsd(pfx,SGdata[pId],A,covData)
3772                cells += [[c[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[vol]]
3773                cellESDs += [[cE[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[cE[-1]]]
3774            colList += zip(*cells)
3775            colSigs += zip(*cellESDs)
3776    # sort out the variables in their selected order
3777    varcols = 0
3778    for d in posdict.itervalues():
3779        varcols = max(varcols,max(d.keys())+1)
3780    # get labels for each column
3781    for i in range(varcols):
3782        lbl = ''
3783        for h in VaryListChanges:
3784            if posdict[h].get(i):
3785                if posdict[h].get(i) in lbl: continue
3786                if lbl != "": lbl += '/'
3787                lbl += posdict[h].get(i)
3788        colLabels.append(lbl)
3789    Types += varcols*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
3790    vals = []
3791    esds = []
3792    varsellist = None        # will be a list of variable names in the order they are selected to appear
3793    # tabulate values for each hist, leaving None for blank columns
3794    for name in histNames:
3795        if name in posdict:
3796            varsellist = [posdict[name].get(i) for i in range(varcols)]
3797            # translate variable names to how they will be used in the headings
3798            vs = [striphist(v,'*') for v in data[name]['varyList']]
3799            # determine the index for each column (or None) in the data[]['variables'] and ['sig'] lists
3800            sellist = [vs.index(v) if v is not None else None for v in varsellist]
3801            #sellist = [i if striphist(v,'*') in varsellist else None for i,v in enumerate(data[name]['varyList'])]
3802        if not varsellist: raise Exception()
3803        vals.append([data[name]['variables'][s] if s is not None else None for s in sellist])
3804        esds.append([data[name]['sig'][s] if s is not None else None for s in sellist])
3805        #GSASIIpath.IPyBreak()
3806    colList += zip(*vals)
3807    colSigs += zip(*esds)
3808    # compute and add weight fractions to table if varied
3809    for phase in Phases:
3810        var = str(Phases[phase]['pId'])+':*:Scale'
3811        if var not in combinedVaryList: continue
3812        wtFrList = []
3813        sigwtFrList = []
3814        for i,name in enumerate(histNames):
3815            wtFrSum = 0.
3816            for phase1 in Phases:
3817                wtFrSum += Phases[phase1]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase1]['General']['Mass']
3818            var = str(Phases[phase]['pId'])+':'+str(i)+':Scale'
3819            wtFr = Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase]['General']['Mass']/wtFrSum
3820            wtFrList.append(wtFr)
3821            if var in data[name]['varyList']:
3822                sig = data[name]['sig'][data[name]['varyList'].index(var)]*wtFr/Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]
3823            else:
3824                sig = 0.0
3825            sigwtFrList.append(sig)
3826        colLabels.append(str(Phases[phase]['pId'])+':*:WgtFrac')
3827        colList += [wtFrList]
3828        colSigs += [sigwtFrList]
3829               
3830    # tabulate constrained variables, removing histogram numbers if needed
3831    # from parameter label
3832    depValDict = {}
3833    depSigDict = {}
3834    for name in histNames:
3835        for var in data[name].get('depParmDict',{}):
3836            val,sig = data[name]['depParmDict'][var]
3837            svar = striphist(var,'*')
3838            if svar not in depValDict:
3839               depValDict[svar] = [val]
3840               depSigDict[svar] = [sig]
3841            else:
3842               depValDict[svar].append(val)
3843               depSigDict[svar].append(sig)
3844    # add the dependent constrained variables to the table
3845    for var in sorted(depValDict):
3846        if len(depValDict[var]) != len(histNames): continue
3847        colLabels.append(var)
3848        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3849        colSigs += [depSigDict[var]]
3850        colList += [depValDict[var]]
3851
3852    # add atom parameters to table
3853    colLabels += atomLookup.keys()
3854    Types += len(atomLookup)*[wg.GRID_VALUE_FLOAT]
3855    for parm in sorted(atomLookup):
3856        colList += [[data[name]['newAtomDict'][atomLookup[parm]][1] for name in histNames]]
3857        if atomLookup[parm] in data[histNames[0]]['varyList']:
3858            col = data[histNames[0]]['varyList'].index(atomLookup[parm])
3859            colSigs += [[data[name]['sig'][col] for name in histNames]]
3860        else:
3861            colSigs += [None] # should not happen
3862    # evaluate Pseudovars, their ESDs and add them to grid
3863    for expr in Controls['SeqPseudoVars']:
3864        obj = Controls['SeqPseudoVars'][expr]
3865        calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3866        valList = []
3867        esdList = []
3868        for seqnum,name in enumerate(histNames):
3869            sigs = data[name]['sig']
3870            G2mv.InitVars()
3871            parmDict = data[name].get('parmDict')
3872            badVary = data[name].get('badVary',[])
3873            constraintInfo = data[name].get('constraintInfo',[[],[],{},[],seqnum])
3874            groups,parmlist,constrDict,fixedList,ihst = constraintInfo
3875            varyList = data[name]['varyList']
3876            parmDict = data[name]['parmDict']
3877            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmDict,SeqHist=ihst)
3878            if 'Dist' in expr:
3879                derivs = G2mth.CalcDistDeriv(obj.distance_dict,obj.distance_atoms, parmDict)
3880                pId = obj.distance_dict['pId']
3881                aId,bId = obj.distance_atoms
3882                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
3883                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId) for ip in ['x','y','z']]
3884                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
3885                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
3886#                GSASIIpath.IPyBreak()
3887            elif 'Angle' in expr:
3888                derivs = G2mth.CalcAngleDeriv(obj.angle_dict,obj.angle_atoms, parmDict)
3889                pId = obj.angle_dict['pId']
3890                aId,bId = obj.angle_atoms
3891                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
3892                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[0]) for ip in ['x','y','z']]
3893                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[1]) for ip in ['x','y','z']]
3894                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
3895                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
3896            else:
3897                derivs = np.array(
3898                    [EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict.copy(),sampleDict[name],var,ESD)
3899                     for var,ESD in zip(varyList,sigs)])
3900                esdList.append(np.sqrt(
3901                    np.inner(derivs,np.inner(data[name]['covMatrix'],derivs.T)) ))
3902            PSvarDict = parmDict.copy()
3903            PSvarDict.update(sampleDict[name])
3904            UpdateParmDict(PSvarDict)
3905            calcobj.UpdateDict(PSvarDict)
3906            valList.append(calcobj.EvalExpression())
3907#            if calcobj.su is not None: esdList[-1] = calcobj.su
3908        if not esdList:
3909            esdList = None
3910        colList += [valList]
3911        colSigs += [esdList]
3912        colLabels += [expr]
3913        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3914    #---- table build done -------------------------------------------------------------
3915
3916    # Make dict needed for creating & editing pseudovars (PSvarDict).
3917    name = histNames[0]
3918    parmDict = data[name].get('parmDict',{})
3919    PSvarDict = parmDict.copy()
3920    PSvarDict.update(sampleParms)
3921    UpdateParmDict(PSvarDict)
3922    # Also dicts of dependent (depVarDict) & independent vars (indepVarDict)
3923    # for Parametric fitting from the data table
3924    parmDict = dict(zip(colLabels,zip(*colList)[0])) # scratch dict w/all values in table
3925    parmDict.update(
3926        {var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()} #  add varied reciprocal cell terms
3927    )
3928    name = histNames[0]
3929
3930    #******************************************************************************
3931    # create a set of values for example evaluation of pseudovars and
3932    # this does not work for refinements that have differing numbers of variables.
3933    #raise Exception
3934    indepVarDict = {}     #  values in table w/o ESDs
3935    depVarDict = {}
3936    for i,var in enumerate(colLabels):
3937        if var == 'Use': continue
3938        if colList[i][0] is None:
3939            val,sig = firstValueDict.get(var,[None,None])
3940        elif colSigs[i]:
3941            val,sig = colList[i][0],colSigs[i][0]
3942        else:
3943            val,sig = colList[i][0],None
3944        if val is None:
3945            continue
3946        elif sig is None:
3947            indepVarDict[var] = val
3948        elif striphist(var) not in Dlookup:
3949            depVarDict[var] = val
3950    # add recip cell coeff. values
3951    depVarDict.update({var:val for var,val in data[name].get('newCellDict',{}).values()})
3952
3953    G2frame.dataDisplay = G2G.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
3954    G2frame.SeqTable = G2G.Table(
3955        [list(c) for c in zip(*colList)],     # convert from columns to rows
3956        colLabels=colLabels,rowLabels=histNames,types=Types)
3957    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.SeqTable, True)
3958    #G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
3959    # make all but first column read-only
3960    for c in range(1,len(colLabels)):
3961        for r in range(nRows):
3962            G2frame.dataDisplay.SetCellReadOnly(r,c)
3963    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK, PlotSelect)
3964    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_RIGHT_CLICK, SetLabelString)
3965    G2frame.dataDisplay.SetRowLabelSize(8*len(histNames[0]))       #pretty arbitrary 8
3966    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
3967    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(True)
3968    if prevSize:
3969        G2frame.dataDisplay.SetSize(prevSize)
3970    else:
3971        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([700,350])
3972    # highlight unconverged shifts
3973    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG ']:
3974        for row,name in enumerate(histNames):
3975            deltaChi = G2frame.SeqTable.GetValue(row,deltaChiCol)
3976            if deltaChi > 10.:
3977                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,0,0))
3978            elif deltaChi > 1.0:
3979                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,255,0))
3980    G2frame.dataDisplay.InstallGridToolTip(GridSetToolTip,GridColLblToolTip)
3981    G2frame.dataDisplay.SendSizeEvent() # resize needed on mac
3982    G2frame.dataDisplay.Refresh() # shows colored text on mac
3983   
3984################################################################################
3985#####  Main PWDR panel
3986################################################################################           
3987       
3988def UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item):
3989    '''Called when the histogram main tree entry is called. Displays the
3990    histogram weight factor, refinement statistics for the histogram
3991    and the range of data for a simulation.
3992
3993    Also invokes a plot of the histogram.
3994    '''
3995    def onEditSimRange(event):
3996        'Edit simulation range'
3997        inp = [
3998            min(data[1][0]),
3999            max(data[1][0]),
4000            None
4001            ]
4002        inp[2] = (inp[1] - inp[0])/(len(data[1][0])-1.)
4003        names = ('start angle', 'end angle', 'step size')
4004        dictlst = [inp] * len(inp)
4005        elemlst = range(len(inp))
4006        dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
4007            G2frame,[inp] * len(inp), range(len(inp)), names,
4008            header='Edit simulation range',
4009            minvals=(0.001,0.001,0.0001),
4010            maxvals=(180.,180.,.1),
4011            )
4012        dlg.CenterOnParent()
4013        val = dlg.ShowModal()
4014        dlg.Destroy()
4015        if val != wx.ID_OK: return
4016        if inp[0] > inp[1]:
4017            end,start,step = inp
4018        else:               
4019            start,end,step = inp
4020        step = abs(step)
4021        N = int((end-start)/step)+1
4022        newdata = np.linspace(start,end,N,True)
4023        if len(newdata) < 2: return # too small a range - reject
4024        data[1] = [newdata,np.zeros_like(newdata),np.ones_like(newdata),
4025            np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata)]
4026        Tmin = newdata[0]
4027        Tmax = newdata[-1]
4028        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,item,'Limits'),
4029            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
4030        UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item) # redisplay data screen
4031
4032    def OnPlot3DHKL(event):
4033        refList = data[1]['RefList']
4034        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4035        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4036        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4037        Vpoint = np.array([int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))])
4038        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4039            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4040            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4041            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[0,0,1]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4042        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4043       
4044    def OnPlotAll3DHKL(event):
4045        choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['HKLF',])
4046        dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame, 'Select reflection sets to plot',
4047            'Use data',choices)
4048        try:
4049            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4050                refNames = [choices[i] for i in dlg.GetSelections()]
4051            else:
4052                return
4053        finally:
4054            dlg.Destroy()
4055        refList = np.zeros(0)
4056        for name in refNames:
4057            Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, name)
4058            reflData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[1]
4059            if len(refList):
4060                refList = np.concatenate((refList,reflData['RefList']))
4061            else:
4062                refList = reflData['RefList']
4063           
4064        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4065        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4066        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4067        Vpoint = [int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))]
4068        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4069            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4070            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4071            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[1,0,0]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4072        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4073                 
4074    def OnMergeHKL(event):
4075        Name = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
4076        Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,
4077            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
4078        CId = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Comments')
4079        if CId:
4080            Comments = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(CId)
4081        else:
4082            Comments = []
4083        refList = np.copy(data[1]['RefList'])
4084        Comments.append(' Merging %d reflections from %s'%(len(refList),Name))
4085        dlg = MergeDialog(G2frame,data)
4086        try:
4087            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4088                Trans,Cent,Laue = dlg.GetSelection()
4089            else:
4090                return
4091        finally:
4092            dlg.Destroy()
4093        Super = data[1]['Super']
4094        refList,badRefs = G2lat.transposeHKLF(Trans,Super,refList)
4095        if len(badRefs):    #do I want to list badRefs?
4096            G2frame.ErrorDialog('Failed transformation','Matrix yields fractional hkl indices')
4097            return
4098        Comments.append(" Transformation M*H = H' applied; M=")
4099        Comments.append(str(Trans))
4100        SG = 'P '+Laue
4101        SGData = G2spc.SpcGroup(SG)[1]
4102        refList = G2lat.LaueUnique(Laue,refList)
4103        dlg = wx.ProgressDialog('Build HKL dictonary','',len(refList)+1, 
4104            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4105        HKLdict = {}
4106        for ih,hkl in enumerate(refList):
4107            if str(hkl[:3+Super]) not in HKLdict:
4108                HKLdict[str(hkl[:3+Super])] = [hkl[:3+Super],[hkl[3+Super:],]]
4109            else:
4110                HKLdict[str(hkl[:3+Super])][1].append(hkl[3+Super:])
4111            dlg.Update(ih)
4112        dlg.Destroy()
4113        mergeRef = []
4114        dlg = wx.ProgressDialog('Processing merge','',len(HKLdict)+1, 
4115            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4116        sumDf = 0.
4117        sumFo = 0.
4118        for ih,hkl in enumerate(HKLdict):
4119            HKL = HKLdict[hkl]
4120            newHKL = list(HKL[0])+list(HKL[1][0])
4121            if len(HKL[1]) > 1:
4122                fos = np.array(HKL[1])
4123                wFo = 1/fos[:,3]**2
4124                Fo = np.average(fos[:,2],weights=wFo)
4125                std = np.std(fos[:,2])
4126                sig = np.sqrt(np.mean(fos[:,3])**2+std**2)
4127                sumFo += np.sum(fos[:,2])
4128                sumDf += np.sum(np.abs(fos[:,2]-Fo))
4129                dlg.Update(ih)
4130                newHKL[5+Super] = Fo
4131                newHKL[6+Super] = sig
4132                newHKL[8+Super] = Fo
4133            if newHKL[5+Super] > 0.:
4134                mergeRef.append(list(newHKL)) 
4135        dlg.Destroy()
4136        if Super:
4137            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,3),2),1),0)
4138        else:
4139            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,2),1),0)
4140        mergeRef = np.array(mergeRef)
4141        if sumFo:
4142            mtext = ' merge R = %6.2f%s for %d reflections in %s'%(100.*sumDf/sumFo,'%',mergeRef.shape[0],Laue)
4143            print mtext
4144            Comments.append(mtext)
4145        else:
4146            print 'nothing to merge for %s reflections'%(mergeRef.shape[0])
4147        HKLFlist = []
4148        newName = Name+' '+Laue
4149        if G2frame.PatternTree.GetCount():
4150            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)
4151            while item:
4152                name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
4153                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
4154                    HKLFlist.append(name)
4155                item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
4156        newName = G2obj.MakeUniqueLabel(newName,HKLFlist)
4157        newData = copy.deepcopy(data)
4158        newData[0]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
4159        newData[1]['RefList'] = mergeRef
4160        Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text=newName)
4161        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4162            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
4163        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,newData)
4164        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4165            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
4166        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4167            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),{})  #dummy entry for GUI use
4168                   
4169    def OnErrorAnalysis(event):
4170        G2plt.PlotDeltSig(G2frame,kind)
4171       
4172    def OnWtFactor(event):
4173        event.Skip()
4174        try:
4175            val = float(wtval.GetValue())
4176        except ValueError:
4177            val = data[0]['wtFactor']
4178        data[0]['wtFactor'] = val
4179        wtval.SetValue('%.3f'%(val))
4180       
4181    def OnCompression(event):
4182        data[0] = int(comp.GetValue())
4183       
4184    def onCopyPlotCtrls(event):
4185        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4186        Need this here to pass on the G2frame object.
4187        '''
4188        G2pdG.CopyPlotCtrls(G2frame)
4189
4190    def onCopySelectedItems(event):
4191        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4192        Need this here to pass on the G2frame object.
4193        '''
4194        G2pdG.CopySelectedHistItems(G2frame)
4195           
4196    data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4197#patches
4198    if not data:
4199        return
4200    if 'wtFactor' not in data[0]:
4201        data[0] = {'wtFactor':1.0}
4202#    if kind == 'PWDR' and 'Compression' not in data[0]:
4203#        data[0]['Compression'] = 1
4204    #if isinstance(data[1],list) and kind == 'HKLF':
4205    if 'list' in str(type(data[1])) and kind == 'HKLF':
4206        RefData = {'RefList':[],'FF':[]}
4207        for ref in data[1]:
4208            RefData['RefList'].append(ref[:11]+[ref[13],])
4209            RefData['FF'].append(ref[14])
4210        data[1] = RefData
4211        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(item,data)
4212#end patches
4213    if G2frame.dataDisplay:
4214        G2frame.dataDisplay.Destroy()
4215    if kind in ['PWDR','SASD']:
4216        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.PWDRMenu)
4217        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnErrorAnalysis, id=wxID_PWDANALYSIS)
4218        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopySelectedItems, id=wxID_PWDCOPY)
4219        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopyPlotCtrls, id=wxID_PLOTCTRLCOPY)
4220    elif kind in ['HKLF',]:
4221        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.HKLFMenu)
4222        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnErrorAnalysis, id=wxID_PWDANALYSIS)
4223        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnMergeHKL, id=wxID_MERGEHKL)
4224        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=wxID_PWD3DHKLPLOT)
4225        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotAll3DHKL, id=wxID_3DALLHKLPLOT)
4226#        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopySelectedItems, id=wxID_PWDCOPY)
4227    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
4228   
4229    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
4230    mainSizer.Add((5,5),)
4231    wtSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
4232    wtSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Weight factor: '),0,WACV)
4233    wtval = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,'%.3f'%(data[0]['wtFactor']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4234    wtval.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnWtFactor)
4235    wtval.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnWtFactor)
4236    wtSizer.Add(wtval,0,WACV)
4237#    if kind == 'PWDR':         #possible future compression feature; NB above patch as well
4238#        wtSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Compression factor: '),0,WACV)
4239#        choice = ['1','2','3','4','5','6']
4240#        comp = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,choices=choice,
4241#            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
4242#        comp.SetValue(str(data[0]['Compression']))
4243#        comp.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnCompression)
4244#        wtSizer.Add(comp,0,WACV)
4245    mainSizer.Add(wtSizer)
4246    if data[0].get('Dummy'):
4247        simSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
4248        Tmin = min(data[1][0])
4249        Tmax = max(data[1][0])
4250        num = len(data[1][0])
4251        step = (Tmax - Tmin)/(num-1)
4252        t = u'2\u03b8' # 2theta
4253        lbl =  u'Simulation range: {:.2f} to {:.2f} {:s}\nwith {:.4f} steps ({:d} points)'
4254        lbl += u'\n(Edit range resets observed intensities).'
4255        lbl = lbl.format(Tmin,Tmax,t,step,num)
4256        simSizer.Add(wx.StaticText(