source: trunk/GSASIIconstrGUI.py @ 3000

Last change on this file since 3000 was 3000, checked in by toby, 4 years ago

make the two frame version the trunk as we hit version 3000

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 90.9 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIconstrGUI - constraint GUI routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2017-08-11 22:34:54 +0000 (Fri, 11 Aug 2017) $
5# $Author: toby $
6# $Revision: 3000 $
7# $URL: trunk/GSASIIconstrGUI.py $
8# $Id: GSASIIconstrGUI.py 3000 2017-08-11 22:34:54Z toby $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIconstrGUI: Constraint GUI routines*
12------------------------------------------
13
14Used to define constraints and rigid bodies.
15
16'''
17import sys
18import wx
19import wx.grid as wg
20import random as ran
21import numpy as np
22import numpy.ma as ma
23import numpy.linalg as nl
24import os.path
25import GSASIIpath
26GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 3000 $")
27import GSASIIElem as G2elem
28import GSASIIElemGUI as G2elemGUI
29import GSASIIstrIO as G2stIO
30import GSASIImapvars as G2mv
31import GSASIImath as G2mth
32import GSASIIlattice as G2lat
33import GSASIIdataGUI as G2gd
34import GSASIIctrlGUI as G2G
35import GSASIIplot as G2plt
36import GSASIIobj as G2obj
37import GSASIIspc as G2spc
38VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
39
40class MultiIntegerDialog(wx.Dialog):
41    '''Input a series of integers based on prompts
42    '''
43    def __init__(self,parent,title,prompts,values):
44        wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
45            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
46        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
47        self.values = values
48        self.prompts = prompts
49        self.Draw()
50       
51    def Draw(self):
52       
53        def OnValItem(event):
54            event.Skip()
55            Obj = event.GetEventObject()
56            ind = Indx[Obj.GetId()]
57            try:
58                val = int(Obj.GetValue())
59                if val <= 0:
60                    raise ValueError
61            except ValueError:
62                val = self.values[ind]
63            self.values[ind] = val
64            Obj.SetValue('%d'%(val))
65           
66        self.panel.Destroy()
67        self.panel = wx.Panel(self)
68        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
69        Indx = {}
70        for ival,[prompt,value] in enumerate(zip(self.prompts,self.values)):
71            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,prompt),0,wx.ALIGN_CENTER)
72            valItem = wx.TextCtrl(self.panel,-1,value='%d'%(value),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
73            mainSizer.Add(valItem,0,wx.ALIGN_CENTER)
74            Indx[valItem.GetId()] = ival
75            valItem.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnValItem)
76            valItem.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnValItem)
77        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
78        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
79        CancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Cancel')
80        CancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
81        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
82        btnSizer.Add((20,20),1)
83        btnSizer.Add(OkBtn)
84        btnSizer.Add(CancelBtn)
85        btnSizer.Add((20,20),1)
86        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
87        self.panel.SetSizer(mainSizer)
88        self.panel.Fit()
89        self.Fit()
90
91    def GetValues(self):
92        return self.values
93       
94    def OnOk(self,event):
95        parent = self.GetParent()
96        parent.Raise()
97        self.EndModal(wx.ID_OK)             
98       
99    def OnCancel(self,event):
100        parent = self.GetParent()
101        parent.Raise()
102        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
103
104class ConstraintDialog(wx.Dialog):
105    '''Window to edit Constraint values
106    '''
107    def __init__(self,parent,title,text,data,separator='*',varname="",varyflag=False):
108        wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,'Edit '+title, 
109            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
110        self.data = data[:]
111        self.newvar = [varname,varyflag]
112        panel = wx.Panel(self)
113        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
114        topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
115        mainSizer.Add((10,10),1)
116        mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
117        mainSizer.Add((10,10),1)
118        dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(cols=3,hgap=2,vgap=2)
119        self.OkBtn = wx.Button(panel,wx.ID_OK)
120        for id in range(len(self.data)):
121            lbl1 = lbl = str(self.data[id][1])
122            if lbl[-1] != '=': lbl1 = lbl + ' ' + separator + ' '
123            name = wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,lbl1,
124                                 style=wx.ALIGN_RIGHT)
125            scale = G2G.ValidatedTxtCtrl(panel,self.data[id],0,
126                                          typeHint=float,
127                                          OKcontrol=self.DisableOK)
128            dataGridSizer.Add(name,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,5)
129            dataGridSizer.Add(scale,0,wx.RIGHT,3)
130            if ':' in lbl:
131                dataGridSizer.Add(
132                    wx.StaticText(panel,-1,G2obj.fmtVarDescr(lbl)),
133                    0,wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,3)
134            else:
135                dataGridSizer.Add((-1,-1))
136        if title == 'New Variable':
137            name = wx.StaticText(panel,wx.ID_ANY,"New variable's\nname (optional)",
138                                 style=wx.ALIGN_CENTER)
139            scale = G2G.ValidatedTxtCtrl(panel,self.newvar,0,
140                                          typeHint=str,notBlank=False)
141            dataGridSizer.Add(name,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,5)
142            dataGridSizer.Add(scale,0,wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,3)
143            self.refine = wx.CheckBox(panel,label='Refine?')
144            self.refine.SetValue(self.newvar[1]==True)
145            self.refine.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, self.OnCheckBox)
146            dataGridSizer.Add(self.refine,0,wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,3)
147           
148        mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
149        self.OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
150        self.OkBtn.SetDefault()
151        cancelBtn = wx.Button(panel,wx.ID_CANCEL)
152        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
153        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
154        btnSizer.Add((20,20),1)
155        btnSizer.Add(self.OkBtn)
156        btnSizer.Add((20,20),1)
157        btnSizer.Add(cancelBtn)
158        btnSizer.Add((20,20),1)
159
160        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
161        panel.SetSizer(mainSizer)
162        panel.Fit()
163        self.Fit()
164        self.CenterOnParent()
165       
166    def DisableOK(self,setting):
167        if setting:
168            self.OkBtn.Enable()
169        else:
170            self.OkBtn.Disable()
171
172    def OnCheckBox(self,event):
173        self.newvar[1] = self.refine.GetValue()
174
175    def OnOk(self,event):
176        parent = self.GetParent()
177        parent.Raise()
178        self.EndModal(wx.ID_OK)             
179
180    def OnCancel(self,event):
181        parent = self.GetParent()
182        parent.Raise()
183        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
184
185    def GetData(self):
186        return self.data
187       
188################################################################################
189#####  Constraints
190################################################################################           
191       
192def UpdateConstraints(G2frame,data):
193    '''Called when Constraints tree item is selected.
194    Displays the constraints in the data window
195    '''
196    if not data:
197        data.update({'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[],'Global':[]})       #empty dict - fill it
198    if 'Global' not in data:                                            #patch
199        data['Global'] = []
200    # DEBUG code ########################################
201    #import GSASIIconstrGUI
202    #reload(GSASIIconstrGUI)
203    #reload(G2obj)
204    #reload(G2stIO)
205    #import GSASIIstrMain
206    #reload(GSASIIstrMain)   
207    #reload(G2mv)
208    #reload(G2gd)
209    ###################################################
210    Histograms,Phases = G2frame.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
211    G2obj.IndexAllIds(Histograms,Phases)
212    ##################################################################################
213    # patch: convert old-style (str) variables in constraints to G2VarObj objects
214    for key,value in data.items():
215        if key.startswith('_'): continue
216        j = 0
217        for cons in value:
218            #print cons             # DEBUG
219            for i in range(len(cons[:-3])):
220                if type(cons[i][1]) is str:
221                    cons[i][1] = G2obj.G2VarObj(cons[i][1])
222                    j += 1
223        if j:
224            print str(key) + ': '+str(j)+' variable(s) as strings converted to objects'
225    ##################################################################################
226    rigidbodyDict = G2frame.GPXtree.GetItemPyData(
227        G2gd.GetGPXtreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Rigid bodies'))
228    rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
229    rbVary,rbDict = G2stIO.GetRigidBodyModels(rigidbodyDict,Print=False)
230    badPhaseParms = ['Ax','Ay','Az','Amul','AI/A','Atype','SHorder','mV0','mV1','mV2','waveType','Vol','isMag',]
231    globalList = rbDict.keys()
232    globalList.sort()
233    try:
234        AtomDict = dict([Phases[phase]['pId'],Phases[phase]['Atoms']] for phase in Phases)
235    except KeyError:
236        G2frame.ErrorDialog('Constraint Error','You must run least squares at least once before setting constraints\n'+ \
237            'We suggest you refine scale factor first')
238        return
239
240    # create a list of the phase variables
241    Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable,MFtable,maxSSwave = G2stIO.GetPhaseData(Phases,rbIds=rbIds,Print=False)
242    phaseList = []
243    for item in phaseDict:
244        if item.split(':')[2] not in badPhaseParms:
245            phaseList.append(item)
246    phaseList.sort()
247    phaseAtNames = {}
248    phaseAtTypes = {}
249    TypeList = []
250    for item in phaseList:
251        Split = item.split(':')
252        if Split[2][:2] in ['AU','Af','dA','AM']:
253            Id = int(Split[0])
254            phaseAtNames[item] = AtomDict[Id][int(Split[3])][0]
255            phaseAtTypes[item] = AtomDict[Id][int(Split[3])][1]
256            if phaseAtTypes[item] not in TypeList:
257                TypeList.append(phaseAtTypes[item])
258        else:
259            phaseAtNames[item] = ''
260            phaseAtTypes[item] = ''
261             
262    # create a list of the hist*phase variables; include wildcards here
263    hapVary,hapDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
264    hapList = [i for i in hapDict.keys() if i.split(':')[2] not in ('Type',)]
265    hapList.sort()
266    wildList = [] # list of variables with "*" for histogram number
267    for i in hapList:
268        s = i.split(':')
269        if s[1] == "": continue
270        s[1] = '*'
271        sj = ':'.join(s)
272        if sj not in wildList: wildList.append(sj)
273    #wildList.sort() # unneeded
274    hapList += wildList
275    histVary,histDict,controlDict = G2stIO.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
276    histList = []
277    for item in histDict:
278        if item.split(':')[2] not in ['Omega','Type','Chi','Phi',
279                                      'Azimuth','Gonio. radius',
280                                      'Lam1','Lam2','Back','Temperature','Pressure',
281                                      'FreePrm1','FreePrm2','FreePrm3',
282                                      ]:
283            histList.append(item)
284    histList.sort()
285    wildList = []
286    # for i in histList: # any reason to have this for hist constraints?
287    #     s = i.split(':')
288    #     if s[1] == "": continue
289    #     s[1] = '*'
290    #     sj = ':'.join(s)
291    #     if sj not in wildList: wildList.append(sj)
292    # histList += wildList
293    Indx = {}
294    G2frame.Page = [0,'phs']
295       
296    def FindEquivVarb(name,nameList):
297        'Creates a list of variables appropriate to constrain with name'
298        outList = []
299        #phlist = []
300        items = name.split(':')
301        namelist = [items[2],]
302        if 'dA' in name:
303            namelist = ['dAx','dAy','dAz']
304        elif 'AU' in name:
305            namelist = ['AUiso','AU11','AU22','AU33','AU12','AU13','AU23']
306        elif 'AM' in name:
307            namelist = ['AMx','AMy','AMz']
308        elif items[-1] in ['A0','A1','A2','A3','A4','A5']:
309            namelist = ['A0','A1','A2','A3','A4','A5']
310        elif items[-1] in ['D11','D22','D33','D12','D13','D23']:
311            namelist = ['D11','D22','D33','D12','D13','D23']
312        elif 'Tm' in name:
313            namelist = ['Tmin','Tmax']
314        elif 'RB' in name:
315            rbfx = 'RB'+items[2][2]
316            if 'T' in name and 'Tr' not in name:
317                namelist = [rbfx+'T11',rbfx+'T22',rbfx+'T33',rbfx+'T12',rbfx+'T13',rbfx+'T23']
318            if 'L' in name:
319                namelist = [rbfx+'L11',rbfx+'L22',rbfx+'L33',rbfx+'L12',rbfx+'L13',rbfx+'L23']
320            if 'S' in name:
321                namelist = [rbfx+'S12',rbfx+'S13',rbfx+'S21',rbfx+'S23',rbfx+'S31',rbfx+'S32',rbfx+'SAA',rbfx+'SBB']
322            if 'U' in name:
323                namelist = [rbfx+'U',]
324
325        for item in nameList:
326            keys = item.split(':')
327            #if keys[0] not in phlist:
328            #    phlist.append(keys[0])
329            if items[1] == '*' and keys[2] in namelist: # wildcard -- select only sequential options
330                keys[1] = '*'
331                mitem = ':'.join(keys)
332                if mitem == name: continue
333                if mitem not in outList: outList.append(mitem)
334            elif keys[2] in namelist and item != name:
335                outList.append(item)
336        return outList
337       
338    def SelectVarbs(page,FrstVarb,varList,legend,constType):
339        '''Select variables used in constraints after one variable has
340        been selected. This routine determines the appropriate variables to be
341        used based on the one that has been selected and asks for more to be added.
342
343        It then creates the constraint and adds it to the constraints list.
344       
345        Called from OnAddEquivalence, OnAddFunction & OnAddConstraint (all but
346        OnAddHold)
347
348        :param list page: defines calling page -- type of variables to be used
349        :parm GSASIIobj.G2VarObj FrstVarb: reference to first selected variable
350        :param list varList: list of other appropriate variables to select from
351        :param str legend: header for selection dialog
352        :param str constType: type of constraint to be generated
353        :returns: a constraint, as defined in
354          :ref:`GSASIIobj <Constraint_definitions_table>`
355        '''
356        choices = [[i]+list(G2obj.VarDescr(i)) for i in varList]
357        meaning = G2obj.getDescr(FrstVarb.name)
358        if not meaning:
359            meaning = "(no definition found!)"
360        l = str(FrstVarb).split(':')
361        # make lists of phases & histograms to iterate over
362        phaselist = [l[0]]
363        if l[0]:
364            phaselbl = ['phase #'+l[0]]
365            if len(Phases) > 1:
366                phaselist += ['all'] 
367                phaselbl += ['all phases']
368        else:
369            phaselbl = ['']
370        histlist = [l[1]]
371        if l[1] == '*':
372            pass
373        elif l[1]:
374            histlbl = ['histogram #'+l[1]]
375            if len(Histograms) > 1:
376                histlist += ['all']
377                histlbl += ['all histograms']
378                typ = Histograms[G2obj.LookupHistName(l[1])[0]]['Instrument Parameters'][0]['Type'][1]
379                i = 0
380                for hist in Histograms:
381                    if Histograms[hist]['Instrument Parameters'][0]['Type'][1] == typ: i += 1
382                if i > 1:
383                    histlist += ['all='+typ]
384                    histlbl += ['all '+typ+' histograms']
385        else:
386            histlbl = ['']
387        # make a list of equivalent parameter names
388        nameList = [FrstVarb.name]
389        for var in varList:
390            nam = var.split(":")[2]
391            if nam not in nameList: nameList += [nam]
392        # add "wild-card" names to the list of variables
393        if l[1] == '*':
394            pass
395        elif page[1] == 'phs':
396            if 'RB' in FrstVarb.name:
397                pass
398            elif FrstVarb.atom is None:
399                for nam in nameList:
400                    for ph,plbl in zip(phaselist,phaselbl):
401                        if plbl: plbl = 'For ' + plbl
402                        var = ph+"::"+nam
403                        if var == str(FrstVarb) or var in varList: continue
404                        varList += [var]
405                        choices.append([var,plbl,meaning])
406            else:
407                for nam in nameList:
408                    for ph,plbl in zip(phaselist,phaselbl):
409                        if plbl: plbl = ' in ' + plbl
410                        for atype in ['']+TypeList:
411                            if atype:
412                                albl = "For "+atype+" atoms"
413                                akey = "all="+atype                       
414                            else:
415                                albl = "For all atoms"
416                                akey = "all"
417                            var = ph+"::"+nam+":"+akey
418                            if var == str(FrstVarb) or var in varList: continue
419                            varList += [var]
420                            choices.append([var,albl+plbl,meaning])
421        elif page[1] == 'hap':
422            if FrstVarb.name == "Scale":
423                meaning = "Phase fraction"
424            for nam in nameList:
425                for ph,plbl in zip(phaselist,phaselbl):
426                    if plbl: plbl = 'For ' + plbl
427                    for hst,hlbl in zip(histlist,histlbl):
428                        if hlbl:
429                            if plbl:
430                                hlbl = ' in ' + hlbl
431                            else:
432                                hlbl = 'For ' + hlbl                               
433                            var = ph+":"+hst+":"+nam
434                            if var == str(FrstVarb) or var in varList: continue
435                            varList += [var]
436                            choices.append([var,plbl+hlbl,meaning])
437        elif page[1] == 'hst':
438            if FrstVarb.name == "Scale":
439                meaning = "Scale factor"
440            for nam in nameList:
441                for hst,hlbl in zip(histlist,histlbl):
442                    if hlbl:
443                        hlbl = 'For ' + hlbl                               
444                        var = ":"+hst+":"+nam
445                        if var == str(FrstVarb) or var in varList: continue
446                        varList += [var]
447                        choices.append([var,hlbl,meaning])
448        elif page[1] == 'glb':
449            pass
450        else:
451            raise Exception, 'Unknown constraint page '+ page[1]                   
452        if len(choices):
453            l1 = l2 = 1
454            for i1,i2,i3 in choices:
455                l1 = max(l1,len(i1))
456                l2 = max(l2,len(i2))
457            fmt = "{:"+str(l1)+"s} {:"+str(l2)+"s} {:s}"
458            atchoice = [fmt.format(*i1) for i1 in choices]
459            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(
460                G2frame,legend,
461                'Constrain '+str(FrstVarb)+' with...',atchoice,
462                toggle=False,size=(625,400),monoFont=True)
463            dlg.CenterOnParent()
464            res = dlg.ShowModal()
465            Selections = dlg.GetSelections()[:]
466            dlg.Destroy()
467            if res != wx.ID_OK: return []
468            if len(Selections) == 0:
469                dlg = wx.MessageDialog(
470                    G2frame,
471                    'No variables were selected to include with '+str(FrstVarb),
472                    'No variables')
473                dlg.CenterOnParent()
474                dlg.ShowModal()
475                dlg.Destroy()
476                return []
477        else:
478            dlg = wx.MessageDialog(
479                G2frame,
480                'There are no appropriate variables to include with '+str(FrstVarb),
481                'No variables')
482            dlg.CenterOnParent()
483            dlg.ShowModal()
484            dlg.Destroy()
485            return []
486        # now process the variables provided by the user
487        varbs = [str(FrstVarb),] # list of selected variables
488        for sel in Selections:
489            var = varList[sel]
490            # phase(s) included
491            l = var.split(':')
492            if l[0] == "all":
493                phlist = [str(Phases[phase]['pId']) for phase in Phases]
494            else:
495                phlist = [l[0]]
496            # histogram(s) included
497            if l[1] == "all":
498                hstlist = [str(Histograms[hist]['hId']) for hist in Histograms]
499            elif '=' in l[1]:
500                htyp = l[1].split('=')[1]
501                hstlist = [str(Histograms[hist]['hId']) for hist in Histograms if 
502                           Histograms[hist]['Instrument Parameters'][0]['Type'][1] == htyp]
503            else:
504                hstlist = [l[1]]
505            if len(l) == 3:
506                for ph in phlist:
507                    for hst in hstlist:
508                        var = ph + ":" + hst + ":" + l[2]
509                        if var in varbs: continue
510                        varbs.append(var)
511            else: # constraints with atoms or rigid bodies
512                if len(l) == 5: # rigid body parameter
513                    var = ':'.join(l)
514                    if var in varbs: continue
515                    varbs.append(var)
516                elif l[3] == "all":
517                    for ph in phlist:
518                        key = G2obj.LookupPhaseName(l[0])[0]
519                        for hst in hstlist: # should be blank
520                            for iatm,at in enumerate(Phases[key]['Atoms']):
521                                var = ph + ":" + hst + ":" + l[2] + ":" + str(iatm)
522                                if var in varbs: continue
523                                varbs.append(var)
524                elif '=' in l[3]:
525                    for ph in phlist:
526                        key = G2obj.LookupPhaseName(l[0])[0]
527                        cx,ct,cs,cia = Phases[key]['General']['AtomPtrs']
528                        for hst in hstlist: # should be blank
529                            atyp = l[3].split('=')[1]
530                            for iatm,at in enumerate(Phases[key]['Atoms']):
531                                if at[ct] != atyp: continue
532                                var = ph + ":" + hst + ":" + l[2] + ":" + str(iatm)
533                                if var in varbs: continue
534                                varbs.append(var)
535                else:
536                    for ph in phlist:
537                        key = G2obj.LookupPhaseName(l[0])[0]
538                        for hst in hstlist: # should be blank
539                            var = ph + ":" + hst + ":" + l[2] + ":" + l[3]
540                            if var in varbs: continue
541                            varbs.append(var)
542        if len(varbs) >= 1 or 'constraint' in constType:
543            constr = [[1.0,FrstVarb]]
544            for item in varbs[1:]:
545                constr += [[1.0,G2obj.G2VarObj(item)]]
546            if 'equivalence' in constType:
547                return [constr+[None,None,'e']]
548            elif 'function' in constType:
549                return [constr+[None,False,'f']]
550            elif 'constraint' in constType:
551                return [constr+[1.0,None,'c']]
552            else:
553                raise Exception,'Unknown constraint type: '+str(constType)
554        else:
555            dlg = wx.MessageDialog(
556                G2frame,
557                'There are no selected variables to include with '+str(FrstVarb),
558                'No variables')
559            dlg.CenterOnParent()
560            dlg.ShowModal()
561            dlg.Destroy()
562        return []
563
564    def CheckAddedConstraint(newcons):
565        '''Check a new constraint that has just been input.
566        If there is an error display a message and give the user a
567        choice to keep or discard the last entry (why keep? -- they
568        may want to delete something else or edit multipliers).
569        Since the varylist is not available, no warning messages
570        should be generated.
571
572        :returns: True if constraint should be added
573        '''
574        allcons = []
575        for key in data:
576            if key.startswith('_'): continue
577            allcons += data[key]
578        allcons += newcons
579        if not len(allcons): return True
580        G2mv.InitVars()   
581        constDictList,fixedList,ignored = G2stIO.ProcessConstraints(allcons)
582        errmsg, warnmsg = G2mv.CheckConstraints('',constDictList,fixedList)
583        if errmsg:
584            res = G2frame.ErrorDialog('Constraint Error',
585                'Error with newly added constraint:\n'+errmsg+
586                '\n\nDiscard newly added constraint?',parent=G2frame,
587                wtype=wx.YES_NO)
588            return res != wx.ID_YES
589        elif warnmsg:
590            print 'Unexpected contraint warning:\n',warnmsg
591        return True
592
593    def CheckChangedConstraint():
594        '''Check all constraints after an edit has been made.
595        If there is an error display a message and give the user a
596        choice to keep or discard the last edit.
597        Since the varylist is not available, no warning messages
598        should be generated.
599       
600        :returns: True if the edit should be retained
601        '''
602        allcons = []
603        for key in data:
604            if key.startswith('_'): continue
605            allcons += data[key]
606        if not len(allcons): return True
607        G2mv.InitVars()   
608        constDictList,fixedList,ignored = G2stIO.ProcessConstraints(allcons)
609        errmsg, warnmsg = G2mv.CheckConstraints('',constDictList,fixedList)
610        if errmsg:
611            res = G2frame.ErrorDialog('Constraint Error',
612                'Error after editing constraint:\n'+errmsg+
613                '\n\nDiscard last constraint edit?',parent=G2frame,
614                wtype=wx.YES_NO)
615            return res != wx.ID_YES
616        elif warnmsg:
617            print 'Unexpected contraint warning:\n',warnmsg
618        return True
619             
620    def PageSelection(page):
621        'Decode page reference'
622        if page[1] == "phs":
623            vartype = "phase"
624            varList = phaseList
625            constrDictEnt = 'Phase'
626        elif page[1] == "hap":
627            vartype = "Histogram*Phase"
628            varList = hapList
629            constrDictEnt = 'HAP'
630        elif page[1] == "hst":
631            vartype = "Histogram"
632            varList = histList
633            constrDictEnt = 'Hist'
634        elif page[1] == "glb":
635            vartype = "Global"
636            varList = globalList
637            constrDictEnt = 'Global'
638        else:
639            raise Exception,'Should not happen!'
640        return vartype,varList,constrDictEnt
641
642    def OnAddHold(event):
643        '''Create a new Hold constraint
644
645        Hold constraints allows the user to select one variable (the list of available
646        variables depends on which tab is currently active).
647        '''
648        page = G2frame.Page
649        vartype,varList,constrDictEnt = PageSelection(page)
650        title1 = "Hold "+vartype+" variable"
651        if not varList:
652            G2frame.ErrorDialog('No variables','There are no variables of type '+vartype,
653                parent=G2frame)
654            return
655        l2 = l1 = 1
656        for i in varList:
657            l1 = max(l1,len(i))
658            loc,desc = G2obj.VarDescr(i)
659            l2 = max(l2,len(loc))
660        fmt = "{:"+str(l1)+"s} {:"+str(l2)+"s} {:s}"
661        varListlbl = [fmt.format(i,*G2obj.VarDescr(i)) for i in varList]
662        #varListlbl = ["("+i+") "+G2obj.fmtVarDescr(i) for i in varList]
663        legend = "Select variables to hold (Will not be varied, even if vary flag is set)"
664        dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame,
665            legend,title1,varListlbl,toggle=False,size=(625,400),monoFont=True)
666        dlg.CenterOnParent()
667        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
668            for sel in dlg.GetSelections():
669                Varb = varList[sel]
670                VarObj = G2obj.G2VarObj(Varb)
671                newcons = [[[0.0,VarObj],None,None,'h']]
672                if CheckAddedConstraint(newcons):
673                    data[constrDictEnt] += newcons
674        dlg.Destroy()
675        wx.CallAfter(OnPageChanged,None)
676       
677    def OnAddEquivalence(event):
678        '''add an Equivalence constraint'''
679        page = G2frame.Page
680        vartype,varList,constrDictEnt = PageSelection(page)
681        title1 = "Setup equivalent "+vartype+" variables"
682        title2 = "Select additional "+vartype+" variable(s) to be equivalent with "
683        if not varList:
684            G2frame.ErrorDialog('No variables','There are no variables of type '+vartype,
685                parent=G2frame)
686            return
687#        legend = "Select variables to make equivalent (only one of the variables will be varied when all are set to be varied)"
688        GetAddVars(page,title1,title2,varList,constrDictEnt,'equivalence')
689       
690    def OnAddAtomEquiv(event):
691        ''' Add equivalences between all parameters on atoms '''
692        page = G2frame.Page
693        vartype,varList,constrDictEnt = PageSelection(page)
694        title1 = "Setup equivalent atom variables"
695        title2 = "Select additional atoms(s) to be equivalent with "
696        if not varList:
697            G2frame.ErrorDialog('No variables','There are no variables of type '+vartype,
698                parent=G2frame)
699            return
700#        legend = "Select atoms to make equivalent (only one of the atom variables will be varied when all are set to be varied)"
701        GetAddAtomVars(page,title1,title2,varList,constrDictEnt,'equivalence')
702       
703    def OnAddRiding(event):
704        ''' Add riding equivalences between all parameters on atoms '''
705        page = G2frame.Page
706        vartype,varList,constrDictEnt = PageSelection(page)
707        title1 = "Setup riding atoms "
708        title2 = "Select additional atoms(s) to ride on "
709        if not varList:
710            G2frame.ErrorDialog('No variables','There are no variables of type '+vartype,
711                parent=G2frame)
712            return
713#        legend = "Select atoms to ride (only one of the atom variables will be varied when all are set to be varied)"
714        GetAddAtomVars(page,title1,title2,varList,constrDictEnt,'riding')
715   
716    def OnAddFunction(event):
717        '''add a Function (new variable) constraint'''
718        page = G2frame.Page
719        vartype,varList,constrDictEnt = PageSelection(page)
720        title1 = "Setup new variable based on "+vartype+" variables"
721        title2 = "Include additional "+vartype+" variable(s) to be included with "
722        if not varList:
723            G2frame.ErrorDialog('No variables','There are no variables of type '+vartype,
724                parent=G2frame)
725            return
726#        legend = "Select variables to include in a new variable (the new variable will be varied when all included variables are varied)"
727        GetAddVars(page,title1,title2,varList,constrDictEnt,'function')
728                       
729    def OnAddConstraint(event):
730        '''add a constraint equation to the constraints list'''
731        page = G2frame.Page
732        vartype,varList,constrDictEnt = PageSelection(page)
733        title1 = "Setup constraint on "+vartype+" variables"
734        title2 = "Select additional "+vartype+" variable(s) to include in constraint with "
735        if not varList:
736            G2frame.ErrorDialog('No variables','There are no variables of type '+vartype,
737                parent=G2frame)
738            return
739#        legend = "Select variables to include in a constraint equation (the values will be constrainted to equal a specified constant)"
740        GetAddVars(page,title1,title2,varList,constrDictEnt,'constraint')
741
742    def GetAddVars(page,title1,title2,varList,constrDictEnt,constType):
743        '''Get the variables to be added for OnAddEquivalence, OnAddFunction,
744        and OnAddConstraint. Then create and check the constraint.
745        '''
746        #varListlbl = ["("+i+") "+G2obj.fmtVarDescr(i) for i in varList]
747        l2 = l1 = 1
748        for i in varList:
749            l1 = max(l1,len(i))
750            loc,desc = G2obj.VarDescr(i)
751            l2 = max(l2,len(loc))
752        fmt = "{:"+str(l1)+"s} {:"+str(l2)+"s} {:s}"
753        varListlbl = [fmt.format(i,*G2obj.VarDescr(i)) for i in varList]       
754        dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(G2frame,'Select 1st variable:',
755            title1,varListlbl,monoFont=True,size=(625,400))
756        dlg.CenterOnParent()
757        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
758            sel = dlg.GetSelection()
759            FrstVarb = varList[sel]
760            VarObj = G2obj.G2VarObj(FrstVarb)
761            moreVarb = FindEquivVarb(FrstVarb,varList)
762            newcons = SelectVarbs(page,VarObj,moreVarb,title2+FrstVarb,constType)
763            if len(newcons) > 0:
764                if CheckAddedConstraint(newcons):
765                    data[constrDictEnt] += newcons
766        dlg.Destroy()
767        wx.CallAfter(OnPageChanged,None)
768                       
769    def FindNeighbors(phase,FrstName,AtNames):
770        General = phase['General']
771        cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
772        Atoms = phase['Atoms']
773        atNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
774        Cell = General['Cell'][1:7]
775        Amat,Bmat = G2lat.cell2AB(Cell)
776        atTypes = General['AtomTypes']
777        Radii = np.array(General['BondRadii'])
778        AtInfo = dict(zip(atTypes,Radii)) #or General['BondRadii']
779        Orig = atNames.index(FrstName.split()[1])
780        OType = Atoms[Orig][ct]
781        XYZ = G2mth.getAtomXYZ(Atoms,cx)       
782        Neigh = []
783        Dx = np.inner(Amat,XYZ-XYZ[Orig]).T
784        dist = np.sqrt(np.sum(Dx**2,axis=1))
785        sumR = AtInfo[OType]+0.5    #H-atoms only!
786        IndB = ma.nonzero(ma.masked_greater(dist-0.85*sumR,0.))
787        for j in IndB[0]:
788            if j != Orig:
789                Neigh.append(AtNames[j])
790        return Neigh
791       
792    def GetAddAtomVars(page,title1,title2,varList,constrDictEnt,constType):
793        '''Get the atom variables to be added for OnAddAtomEquiv. Then create and
794        check the constraints. Riding for H atoms only.
795        '''
796        Atoms = {G2obj.VarDescr(i)[0]:[] for i in varList if 'Atom' in G2obj.VarDescr(i)[0]}
797        for item in varList:
798            atName = G2obj.VarDescr(item)[0]
799            if atName in Atoms:
800                Atoms[atName].append(item)
801        AtNames = Atoms.keys()
802        AtNames.sort()
803        dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(G2frame,'Select 1st atom:',
804            title1,AtNames,monoFont=True,size=(625,400))
805        dlg.CenterOnParent()
806        FrstAtom = ''
807        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
808            sel = dlg.GetSelection()
809            FrstAtom = AtNames[sel]
810            if 'riding' in constType:
811                phaseName = (FrstAtom.split(' in ')[1]).strip()
812                phase = Phases[phaseName]
813                AtNames = FindNeighbors(phase,FrstAtom,AtNames)
814            else:
815                AtNames.remove(FrstAtom)
816        dlg.Destroy()
817        if FrstAtom == '':
818            print 'no atom selected'
819            return
820        dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(
821            G2frame,title2+FrstAtom,
822            'Constrain '+str(FrstAtom)+' with...',AtNames,
823            toggle=False,size=(625,400),monoFont=True)
824        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
825            Selections = dlg.GetSelections()[:]
826        else:
827            print 'no target atom selected'
828            dlg.Destroy()
829            return
830        dlg.Destroy()
831        for name in Atoms[FrstAtom]:
832            newcons = []
833            constr = []
834            if 'riding' in constType:
835                if 'AUiso' in name:
836                    constr = [[1.0,G2obj.G2VarObj(name)]]
837                elif 'AU11' in name:
838                    pass
839                elif 'AU' not in name:
840                    constr = [[1.0,G2obj.G2VarObj(name)]]
841            else:
842                constr = [[1.0,G2obj.G2VarObj(name)]]
843            pref = ':'+name.rsplit(':',1)[0].split(':',1)[1]    #get stuff between phase id & atom id
844            for sel in Selections:
845                name2 = Atoms[AtNames[sel]][0]
846                pid = name2.split(':',1)[0]                     #get phase id for 2nd atom
847                id = name2.rsplit(':',1)[-1]                    #get atom no. for 2nd atom
848                if 'riding' in constType:
849                    pref = pid+pref
850                    if 'AUiso' in pref:
851                        parts = pref.split('AUiso')
852                        constr += [[1.2,G2obj.G2VarObj('%s:%s'%(parts[0]+'AUiso',id))]]
853                    elif 'AU' not in pref:
854                        constr += [[1.0,G2obj.G2VarObj('%s:%s'%(pref,id))]]
855                else:
856                    constr += [[1.0,G2obj.G2VarObj('%s:%s'%(pid+pref,id))]]
857            if not constr:
858                continue
859            if 'frac' in pref and 'riding' not in constType:
860                newcons = [constr+[1.0,None,'c']]
861            else:
862                newcons = [constr+[None,None,'e']]
863            if len(newcons) > 0:
864                if CheckAddedConstraint(newcons):
865                    data[constrDictEnt] += newcons
866        wx.CallAfter(OnPageChanged,None)
867                       
868    def MakeConstraintsSizer(name,pageDisplay):
869        '''Creates a sizer displaying all of the constraints entered of
870        the specified type.
871
872        :param str name: the type of constraints to be displayed ('HAP',
873          'Hist', 'Phase', or 'Global')
874        :param wx.Panel pageDisplay: parent panel for sizer
875        :returns: wx.Sizer created by method
876        '''
877        #TODO: show symmetry generated constraints - no clue how to do this.
878        constSizer = wx.FlexGridSizer(0,6,0,0)
879        maxlen = 70 # characters before wrapping a constraint
880        for Id,item in enumerate(data[name]):
881            refineflag = False
882            helptext = ""
883            eqString = ['',]
884            if item[-1] == 'h': # Hold on variable
885                constSizer.Add((-1,-1),0)              # blank space for edit button
886                typeString = 'FIXED'
887                var = str(item[0][1])
888                varMean = G2obj.fmtVarDescr(var)
889                eqString[-1] =  var +'   '
890                helptext = "Prevents variable:\n"+ var + " ("+ varMean + ")\nfrom being changed"
891            elif isinstance(item[-1],str): # not true on original-style (2011?) constraints
892                constEdit = wx.Button(pageDisplay,-1,'Edit',style=wx.BU_EXACTFIT)
893                constEdit.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnConstEdit)
894                constSizer.Add(constEdit,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.ALIGN_CENTER,1)            # edit button
895                Indx[constEdit.GetId()] = [Id,name]
896                if item[-1] == 'f':
897                    helptext = "A new variable"
898                    if item[-3]:
899                        helptext += " named "+str(item[-3])
900                    helptext += " is created from a linear combination of the following variables:\n"
901                    for term in item[:-3]:
902                        var = str(term[1])
903                        if len(eqString[-1]) > maxlen:
904                            eqString.append(' ')
905                        m = term[0]
906                        if eqString[-1] != '':
907                            if m >= 0:
908                                eqString[-1] += ' + '
909                            else:
910                                eqString[-1] += ' - '
911                                m = abs(m)
912                        eqString[-1] += '%.3f*%s '%(m,var)
913                        varMean = G2obj.fmtVarDescr(var)
914                        helptext += "\n" + var + " ("+ varMean + ")"
915                    if '_Explain' in data:
916                        if data['_Explain'].get(item[-3]):
917                            helptext += '\n\n'
918                            helptext += data['_Explain'][item[-3]]
919                    # typeString = 'NEWVAR'
920                    # if item[-3]:
921                    #     eqString[-1] += ' = '+item[-3]
922                    # else:
923                    #     eqString[-1] += ' = New Variable'
924                    if item[-3]:
925                        typeString = item[-3] + ' = '
926                    else:
927                        typeString = 'New Variable = '
928                    #print 'refine',item[-2]
929                    refineflag = True
930                elif item[-1] == 'c':
931                    helptext = "The following variables constrained to equal a constant:"
932                    for term in item[:-3]:
933                        var = str(term[1])
934                        if len(eqString[-1]) > maxlen:
935                            eqString.append(' ')
936                        if eqString[-1] != '':
937                            if term[0] > 0:
938                                eqString[-1] += ' + '
939                            else:
940                                eqString[-1] += ' - '
941                        eqString[-1] += '%.3f*%s '%(abs(term[0]),var)
942                        varMean = G2obj.fmtVarDescr(var)
943                        helptext += "\n" + var + " ("+ varMean + ")"
944                    typeString = 'CONST'
945                    eqString[-1] += ' = '+str(item[-3])
946                elif item[-1] == 'e':
947                    helptext = "The following variables are set to be equivalent, noting multipliers:"
948                    for term in item[:-3]:
949                        var = str(term[1])
950                        if term[0] == 0: term[0] = 1.0
951                        if len(eqString[-1]) > maxlen:
952                            eqString.append(' ')
953                        if eqString[-1] == '':
954                            eqString[-1] += var+' '
955                            first = term[0]
956                        else:
957                            eqString[-1] += ' = %.3f*%s '%(first/term[0],var)
958                        varMean = G2obj.fmtVarDescr(var)
959                        helptext += "\n" + var + " ("+ varMean + ")"
960                    typeString = 'EQUIV'
961                else:
962                    print 'Unexpected constraint',item
963               
964            else:
965                print 'Removing old-style constraints'
966                data[name] = []
967                return constSizer
968            constDel = wx.Button(pageDisplay,-1,'Delete',style=wx.BU_EXACTFIT)
969            constDel.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnConstDel)
970            Indx[constDel.GetId()] = [Id,name]
971            constSizer.Add(constDel,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.ALIGN_CENTER,1)             # delete button
972            if helptext:
973                ch = G2G.HelpButton(pageDisplay,helptext)
974                constSizer.Add(ch,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.ALIGN_CENTER,1)
975            else:
976                constSizer.Add((-1,-1))
977            if refineflag:
978                ch = G2G.G2CheckBox(pageDisplay,'',item,-2)
979                constSizer.Add(ch,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.ALIGN_CENTER,1)
980            else:
981                constSizer.Add((-1,-1))               
982            constSizer.Add(wx.StaticText(pageDisplay,-1,typeString),
983                           0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.ALIGN_CENTER|wx.RIGHT|wx.LEFT,3)
984            if len(eqString) > 1:
985                Eq = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
986                for s in eqString:
987                    Eq.Add(wx.StaticText(pageDisplay,-1,s),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
988            else:
989                Eq = wx.StaticText(pageDisplay,-1,eqString[0])
990            constSizer.Add(Eq,1,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
991        return constSizer
992               
993    def OnConstDel(event):
994        'Delete a constraint'
995        Obj = event.GetEventObject()
996        Id,name = Indx[Obj.GetId()]
997        del(data[name][Id])
998        wx.CallAfter(OnPageChanged,None)
999       
1000    def OnConstEdit(event):
1001        '''Called to edit an individual contraint in response to a
1002        click on its Edit button
1003        '''
1004        Obj = event.GetEventObject()
1005        Id,name = Indx[Obj.GetId()]
1006        if data[name][Id][-1] == 'f':
1007            items = data[name][Id][:-3]
1008            constType = 'New Variable'
1009            if data[name][Id][-3]:
1010                varname = data[name][Id][-3]
1011            else:
1012                varname = ""
1013            lbl = 'Enter value for each term in constraint; sum = new variable'
1014            dlg = ConstraintDialog(G2frame,constType,lbl,items,
1015                                   varname=varname,varyflag=data[name][Id][-2])
1016        elif data[name][Id][-1] == 'c':
1017            items = data[name][Id][:-3]+[
1018                [data[name][Id][-3],'fixed value =']]
1019            constType = 'Constraint'
1020            lbl = 'Edit value for each term in constant constraint sum'
1021            dlg = ConstraintDialog(G2frame,constType,lbl,items)
1022        elif data[name][Id][-1] == 'e':
1023            items = data[name][Id][:-3]
1024            constType = 'Equivalence'
1025            lbl = 'The following terms are set to be equal:'
1026            dlg = ConstraintDialog(G2frame,constType,lbl,items,'/')
1027        else:
1028            return
1029        try:
1030            prev = data[name][Id][:]
1031            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1032                result = dlg.GetData()
1033                for i in range(len(data[name][Id][:-3])):
1034                    if type(data[name][Id][i]) is tuple: # fix non-mutable construct
1035                        data[name][Id][i] = list(data[name][Id][i])
1036                    data[name][Id][i][0] = result[i][0]
1037                if data[name][Id][-1] == 'c':
1038                    data[name][Id][-3] = str(result[-1][0])
1039                elif data[name][Id][-1] == 'f':
1040                    # process the variable name to put in global form (::var)
1041                    varname = str(dlg.newvar[0]).strip().replace(' ','_')
1042                    if varname.startswith('::'):
1043                        varname = varname[2:]
1044                    varname = varname.replace(':',';')
1045                    if varname:
1046                        data[name][Id][-3] = varname
1047                    else:
1048                        data[name][Id][-3] = ''
1049                    data[name][Id][-2] = dlg.newvar[1]
1050                if not CheckChangedConstraint():
1051                    data[name][Id] = prev
1052        except:
1053            import traceback
1054            print traceback.format_exc()
1055        finally:
1056            dlg.Destroy()
1057        wx.CallAfter(OnPageChanged,None)
1058   
1059    def UpdateConstraintPanel(panel,typ):
1060        '''Update the contents of the selected Constraint
1061        notebook tab. Called in :func:`OnPageChanged`
1062        '''
1063        if panel.GetSizer(): panel.GetSizer().Clear(True)
1064        Siz = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1065        Siz.Add((5,5),0)
1066        Siz.Add(MakeConstraintsSizer(typ,panel),1,wx.EXPAND)
1067        panel.SetSizer(Siz,True)
1068        Size = Siz.GetMinSize()
1069        Size[0] += 40
1070        Size[1] = max(Size[1],450) + 20
1071        panel.SetSize(Size)
1072        panel.SetScrollbars(10,10,Size[0]/10-4,Size[1]/10-1)
1073        panel.Show()
1074
1075    def OnPageChanged(event):
1076        '''Called when a tab is pressed or when a "select tab" menu button is
1077        used (see RaisePage), or to refresh the current tab contents (event=None)
1078        '''
1079        if event:       #page change event!
1080            page = event.GetSelection()
1081        else: # called directly, get current page
1082            page = G2frame.constr.GetSelection()
1083        #G2frame.constr.SetSize(G2frame.dataWindow.GetClientSize())    #TODO -almost right
1084        G2frame.constr.ChangeSelection(page)
1085        text = G2frame.constr.GetPageText(page)
1086        G2frame.dataWindow.ConstraintEdit.Enable(G2G.wxID_EQUIVALANCEATOMS,False)
1087#        G2frame.dataWindow.ConstraintEdit.Enable(G2G.wxID_ADDRIDING,False)
1088        if text == 'Histogram/Phase':
1089            G2frame.Page = [page,'hap']
1090            UpdateConstraintPanel(HAPConstr,'HAP')
1091        elif text == 'Histogram':
1092            G2frame.Page = [page,'hst']
1093            UpdateConstraintPanel(HistConstr,'Hist')
1094        elif text == 'Phase':
1095            G2frame.Page = [page,'phs']
1096            G2frame.dataWindow.ConstraintEdit.Enable(G2G.wxID_EQUIVALANCEATOMS,True)
1097#            G2frame.dataWindow.ConstraintEdit.Enable(G2G.wxID_ADDRIDING,True)
1098            if 'DELETED' in str(PhaseConstr):   #seems to be no other way to do this (wx bug)
1099                if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
1100                    print 'wx error: PhaseConstr not cleanly deleted after Refine'
1101                return
1102            UpdateConstraintPanel(PhaseConstr,'Phase')
1103        elif text == 'Global':
1104            G2frame.Page = [page,'glb']
1105            UpdateConstraintPanel(GlobalConstr,'Global')
1106
1107    def RaisePage(event):
1108        'Respond to a "select tab" menu button'
1109        try:
1110            i = (G2G.wxID_CONSPHASE,
1111                 G2G.wxID_CONSHAP,
1112                 G2G.wxID_CONSHIST,
1113                 G2G.wxID_CONSGLOBAL).index(event.GetId())
1114            G2frame.constr.SetSelection(i)
1115            wx.CallAfter(OnPageChanged,None)
1116        except ValueError:
1117            print('Unexpected event in RaisePage')
1118
1119    def SetStatusLine(text):
1120        G2frame.GetStatusBar().SetStatusText(text,1)                                     
1121       
1122    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataWindow.ConstraintMenu)
1123    #G2frame.SetLabel(G2frame.GetLabel().split('||')[0]+' || '+'Constraints')
1124    G2frame.SetTitle('Constraints')
1125    SetStatusLine('')
1126   
1127    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddConstraint, id=G2G.wxID_CONSTRAINTADD)
1128    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddFunction, id=G2G.wxID_FUNCTADD)
1129    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddEquivalence, id=G2G.wxID_EQUIVADD)
1130    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddHold, id=G2G.wxID_HOLDADD)
1131    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddAtomEquiv, id=G2G.wxID_EQUIVALANCEATOMS)
1132#    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddRiding, id=G2G.wxID_ADDRIDING)
1133    # tab commands
1134    for id in (G2G.wxID_CONSPHASE,
1135               G2G.wxID_CONSHAP,
1136               G2G.wxID_CONSHIST,
1137               G2G.wxID_CONSGLOBAL):
1138        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, RaisePage,id=id)
1139
1140    #G2frame.constr = G2G.GSNoteBook(parent=G2frame.dataWindow,size=G2frame.dataWindow.GetClientSize())
1141    G2frame.constr = G2G.GSNoteBook(parent=G2frame.dataWindow)
1142    G2frame.dataWindow.GetSizer().Add(G2frame.constr,1,wx.ALL|wx.EXPAND)
1143    # note that order of pages is hard-coded in RaisePage
1144    PhaseConstr = wx.ScrolledWindow(G2frame.constr)
1145    G2frame.constr.AddPage(PhaseConstr,'Phase')
1146    HAPConstr = wx.ScrolledWindow(G2frame.constr)
1147    G2frame.constr.AddPage(HAPConstr,'Histogram/Phase')
1148    HistConstr = wx.ScrolledWindow(G2frame.constr)
1149    G2frame.constr.AddPage(HistConstr,'Histogram')
1150    GlobalConstr = wx.ScrolledWindow(G2frame.constr)
1151    G2frame.constr.AddPage(GlobalConstr,'Global')
1152    wx.CallAfter(OnPageChanged,None)
1153    G2frame.constr.Bind(wx.aui.EVT_AUINOTEBOOK_PAGE_CHANGED, OnPageChanged)
1154    # validate all the constrants -- should not see any errors here normally
1155    allcons = []
1156    for key in data:
1157        if key.startswith('_'): continue
1158        allcons += data[key]
1159    if not len(allcons): return
1160    G2mv.InitVars()   
1161    constDictList,fixedList,ignored = G2stIO.ProcessConstraints(allcons)
1162    errmsg, warnmsg = G2mv.CheckConstraints('',constDictList,fixedList)
1163    if errmsg:
1164        G2frame.ErrorDialog('Constraint Error','Error in constraints:\n'+errmsg,
1165            parent=G2frame)
1166    elif warnmsg:
1167        print 'Unexpected contraint warning:\n',warnmsg
1168
1169################################################################################
1170#### Make nuclear-magnetic phase constraints - called by OnTransform in G2phsGUI
1171################################################################################       
1172       
1173def MagConstraints(G2frame,oldPhase,newPhase,Trans,Vec,atCodes):
1174    '''Add constraints for new magnetic phase created via transformation of old
1175    nuclear one
1176    NB: A = [G11,G22,G33,2*G12,2*G13,2*G23]
1177    '''
1178   
1179    def SetUniqAj(pId,iA,Aname,SGLaue):
1180        if SGLaue in ['4/m','4/mmm'] and iA in [0,1]:
1181            parm = '%d::%s'%(pId,'A0')
1182        elif SGLaue in ['m3','m3m'] and iA in [0,1,2]:
1183            parm = '%d::%s'%(pId,'A0')
1184        elif SGLaue in ['6/m','6/mmm','3m1', '31m', '3'] and iA in [0,1,3]:
1185            parm = '%d::%s'%(pId,'A0')
1186        elif SGLaue in ['3R', '3mR']:
1187            if ia in [0,1,2]:
1188                parm = '%d::%s'%(pId,'A0')
1189            else:
1190                parm = '%d::%s'%(pId,'A3')
1191        else:
1192            parm = '%d::%s'%(pId,Aname)
1193        return parm
1194       
1195    Histograms,Phases = G2frame.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
1196    UseList = newPhase['Histograms']
1197    detTrans = np.abs(nl.det(Trans))
1198    invTrans = nl.inv(Trans)
1199#    print 'invTrans',invTrans
1200    nAcof = G2lat.cell2A(newPhase['General']['Cell'][1:7])
1201   
1202    opId = oldPhase['pId']
1203    npId = newPhase['pId']
1204    cx,ct,cs,cia = newPhase['General']['AtomPtrs']
1205    nAtoms = newPhase['Atoms']
1206    oSGData = oldPhase['General']['SGData']
1207    nSGData = newPhase['General']['SGData']
1208    oAcof = G2lat.cell2A(oldPhase['General']['Cell'][1:7])
1209    nAcof = G2lat.cell2A(newPhase['General']['Cell'][1:7])
1210    item = G2gd.GetGPXtreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Constraints') 
1211    constraints = G2frame.GPXtree.GetItemPyData(item)
1212#    GSASIIpath.IPyBreak()
1213    parmDict = {}
1214    varyList = []
1215    for ia,code in enumerate(atCodes):
1216        atom = nAtoms[ia]
1217        siteSym = G2spc.SytSym(atom[cx:cx+3],nSGData)[0]
1218        CSX = G2spc.GetCSxinel(siteSym)
1219        item = code.split('+')[0]
1220        iat,opr = item.split(':')
1221        Nop = abs(int(opr))%100-1
1222        if '-' in opr:
1223            Nop *= -1
1224        Opr = oldPhase['General']['SGData']['SGOps'][abs(Nop)][0]
1225        if Nop < 0:         #inversion
1226            Opr *= -1
1227        XOpr = np.inner(Opr,Trans.T)
1228        names = ['dAx','dAy','dAz']
1229        for ix,name in enumerate(names):
1230            IndpCon = [1.0,G2obj.G2VarObj('%d::%s:%s'%(opId,name,iat))]
1231            DepCons = []
1232            for iop,opval in enumerate(XOpr[ix]):
1233                if opval and CSX[0][ix]:    #-opval from defn of dAx, etc.
1234                    DepCons.append([-opval,G2obj.G2VarObj('%d::%s:%d'%(npId,names[iop],ia))])
1235            if len(DepCons) == 1:
1236                constraints['Phase'].append([IndpCon,DepCons[0],None,None,'e'])
1237            elif len(DepCons) > 1:
1238                for Dep in DepCons:
1239                    Dep[0] *= -1
1240                constraints['Phase'].append([IndpCon]+DepCons+[0.0,None,'c'])
1241        for name in ['Afrac','AUiso']:
1242            IndpCon = [1.0,G2obj.G2VarObj('%d::%s:%s'%(opId,name,iat))]
1243            DepCons = [1.0,G2obj.G2VarObj('%d::%s:%d'%(npId,name,ia))]
1244            constraints['Phase'].append([IndpCon,DepCons,None,None,'e'])
1245        #how do I do Uij's for most Trans?
1246    Anames = [['A0','A3','A4'],['A3','A1','A5'],['A4','A5','A2']]
1247    As = ['A0','A1','A2','A3','A4','A5']
1248    Aids = [[0,0,'A0',-1],[1,1,'A1',-1],[2,2,'A2',-1],[0,1,'A3',2],[0,2,'A4',1],[1,2,'A5',0]]
1249    Axes = ['a','b','c']
1250    Holds = []
1251    for iA,Aid in enumerate(Aids):
1252        parm = SetUniqAj(opId,iA,Aid[2],oSGData['SGLaue'])
1253        parmDict[parm] = oAcof[iA]
1254        varyList.append(parm)
1255        IndpCon = [1.0,G2obj.G2VarObj(parm)]
1256        DepCons = []
1257        for iat in range(3):
1258            if nSGData['SGLaue'] in ['-1','2/m']:       #set holds
1259                if (abs(nAcof[iA]) < 1.e-8) and (abs(Trans[Aid[0],Aid[1]]) < 1.e-8):
1260                    if Axes[iat] != oSGData['SGUniq'] and oSGData['SGLaue'] != nSGData['SGLaue']:
1261                        HoldObj = G2obj.G2VarObj('%d::%s'%(npId,Aid[2]))
1262                        if not HoldObj in Holds: 
1263                            constraints['Phase'].append([[0.0,HoldObj],None,None,'h'])
1264                            Holds.append(HoldObj)
1265                            continue
1266#            print iA,Aid,iat,invTrans[iat][Aid[0]],invTrans[Aid[1]][iat],Anames[Aid[0]][Aid[1]],parm
1267            if abs(invTrans[iat,Aid[1]]) > 1.e-8 and abs(nAcof[iA]) > 1.e-8:
1268                parm = SetUniqAj(npId,iA,Anames[Aid[0]][Aid[1]],nSGData['SGLaue'])
1269                parmDict[parm] = nAcof[As.index(Aid[2])]
1270                if not parm in varyList:
1271                    varyList.append(parm)
1272                DepCons.append([Trans[Aid[0],Aid[0]]*Trans[Aid[1],Aid[1]],G2obj.G2VarObj(parm)])
1273        if len(DepCons) == 1:
1274            constraints['Phase'].append([IndpCon,DepCons[0],None,None,'e'])
1275        elif len(DepCons) > 1:       
1276            for Dep in DepCons:
1277                Dep[0] *= -1
1278            constraints['Phase'].append([IndpCon]+DepCons+[0.0,None,'c'])
1279#    constDict,fixedList,ignored = G2stIO.ProcessConstraints(constraints['Phase'])
1280#    groups,parmlist = G2mv.GroupConstraints(constDict)
1281#    G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constDict,fixedList,parmDict)
1282#    print 'old',parmDict
1283#    G2mv.Dict2Map(parmDict,varyList)
1284#    print 'new',parmDict
1285    for hId,hist in enumerate(UseList):    #HAP - seems OK
1286        ohapkey = '%d:%d:'%(opId,hId)
1287        nhapkey = '%d:%d:'%(npId,hId)
1288        IndpCon = [1.0,G2obj.G2VarObj(ohapkey+'Scale')]
1289        DepCons = [detTrans,G2obj.G2VarObj(nhapkey+'Scale')]
1290        constraints['HAP'].append([IndpCon,DepCons,None,None,'e'])
1291        for name in ['Size;i','Mustrain;i']:
1292            IndpCon = [1.0,G2obj.G2VarObj(ohapkey+name)]
1293            DepCons = [1.0,G2obj.G2VarObj(nhapkey+name)]
1294            constraints['HAP'].append([IndpCon,DepCons,None,None,'e'])
1295       
1296################################################################################
1297#### Rigid bodies
1298################################################################################
1299
1300def UpdateRigidBodies(G2frame,data):
1301    '''Called when Rigid bodies tree item is selected.
1302    Displays the rigid bodies in the data window
1303    '''
1304    if not data.get('RBIds') or not data:
1305        data.update({'Vector':{'AtInfo':{}},'Residue':{'AtInfo':{}},
1306            'RBIds':{'Vector':[],'Residue':[]}})       #empty/bad dict - fill it
1307           
1308    global resList
1309    Indx = {}
1310    resList = []
1311    plotDefaults = {'oldxy':[0.,0.],'Quaternion':[0.,0.,0.,1.],'cameraPos':30.,'viewDir':[0,0,1],}
1312
1313    G2frame.rbBook = G2G.GSNoteBook(parent=G2frame.dataWindow)
1314    G2frame.dataWindow.GetSizer().Add(G2frame.rbBook,1,wx.ALL|wx.EXPAND)
1315    VectorRB = wx.ScrolledWindow(G2frame.rbBook)
1316    VectorRBDisplay = wx.Panel(VectorRB)
1317    G2frame.rbBook.AddPage(VectorRB,'Vector rigid bodies')
1318    ResidueRB = wx.ScrolledWindow(G2frame.rbBook)
1319    ResidueRBDisplay = wx.Panel(ResidueRB)
1320    G2frame.rbBook.AddPage(ResidueRB,'Residue rigid bodies')
1321   
1322    def OnPageChanged(event):
1323        global resList
1324        resList = []
1325        if event:       #page change event!
1326            page = event.GetSelection()
1327        else:
1328            page = G2frame.rbBook.GetSelection()
1329        #G2frame.rbBook.SetSize(G2frame.dataWindow.GetClientSize())    #TODO -almost right
1330        G2frame.rbBook.ChangeSelection(page)
1331        text = G2frame.rbBook.GetPageText(page)
1332        if text == 'Vector rigid bodies':
1333            G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataWindow.VectorBodyMenu)
1334            G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, AddVectorRB, id=G2G.wxID_VECTORBODYADD)
1335            G2frame.Page = [page,'vrb']
1336            UpdateVectorRB()
1337        elif text == 'Residue rigid bodies':
1338            G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataWindow.RigidBodyMenu)
1339            G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, AddResidueRB, id=G2G.wxID_RIGIDBODYADD)
1340            G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnImportRigidBody, id=G2G.wxID_RIGIDBODYIMPORT)
1341            G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDefineTorsSeq, id=G2G.wxID_RESIDUETORSSEQ) #enable only if residue RBs exist?
1342            G2frame.Page = [page,'rrb']
1343            UpdateResidueRB()
1344           
1345    def getMacroFile(macName):
1346        defDir = os.path.join(os.path.split(__file__)[0],'GSASIImacros')
1347        dlg = wx.FileDialog(G2frame,message='Choose '+macName+' rigid body macro file',
1348            defaultDir=defDir,defaultFile="",wildcard="GSAS-II macro file (*.mac)|*.mac",
1349            style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR)
1350        try:
1351            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1352                macfile = dlg.GetPath()
1353                macro = open(macfile,'Ur')
1354                head = macro.readline()
1355                if macName not in head:
1356                    print head
1357                    print '**** ERROR - wrong restraint macro file selected, try again ****'
1358                    macro = []
1359            else: # cancel was pressed
1360                macro = []
1361        finally:
1362            dlg.Destroy()
1363        return macro        #advanced past 1st line
1364       
1365    def getTextFile():
1366        dlg = wx.FileDialog(G2frame,'Choose rigid body text file', '.', '',
1367            "GSAS-II text file (*.txt)|*.txt|XYZ file (*.xyz)|*.xyz|"
1368            "Sybyl mol2 file (*.mol2)|*.mol2|PDB file (*.pdb;*.ent)|*.pdb;*.ent",
1369            wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR)
1370        try:
1371            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1372                txtfile = dlg.GetPath()
1373                ext = os.path.splitext(txtfile)[1]
1374                text = open(txtfile,'Ur')
1375            else: # cancel was pressed
1376                ext = ''
1377                text = []
1378        finally:
1379            dlg.Destroy()
1380        if 'ent' in ext:
1381            ext = '.pdb'
1382        return text,ext.lower()
1383       
1384    def OnImportRigidBody(event):
1385        page = G2frame.rbBook.GetSelection()
1386        if 'Vector' in G2frame.rbBook.GetPageText(page):
1387            pass
1388        elif 'Residue' in G2frame.rbBook.GetPageText(page):
1389            ImportResidueRB()
1390           
1391    def AddVectorRB(event):
1392        AtInfo = data['Vector']['AtInfo']
1393        dlg = MultiIntegerDialog(G2frame,'New Rigid Body',['No. atoms','No. translations'],[1,1])
1394        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1395            nAtoms,nTrans = dlg.GetValues()
1396            rbId = ran.randint(0,sys.maxint)
1397            vecMag = [1.0 for i in range(nTrans)]
1398            vecRef = [False for i in range(nTrans)]
1399            vecVal = [np.zeros((nAtoms,3)) for j in range(nTrans)]
1400            rbTypes = ['C' for i in range(nAtoms)]
1401            Info = G2elem.GetAtomInfo('C')
1402            AtInfo['C'] = [Info['Drad'],Info['Color']]
1403            data['Vector'][rbId] = {'RBname':'UNKRB','VectMag':vecMag,'rbXYZ':np.zeros((nAtoms,3)),
1404                'rbRef':[0,1,2,False],'VectRef':vecRef,'rbTypes':rbTypes,'rbVect':vecVal,'useCount':0}
1405            data['RBIds']['Vector'].append(rbId)
1406        dlg.Destroy()
1407        UpdateVectorRB()
1408       
1409    def AddResidueRB(event):
1410        AtInfo = data['Residue']['AtInfo']
1411        macro = getMacroFile('rigid body')
1412        if not macro:
1413            return
1414        macStr = macro.readline()
1415        while macStr:
1416            items = macStr.split()
1417            if 'I' == items[0]:
1418                rbId = ran.randint(0,sys.maxint)
1419                rbName = items[1]
1420                rbTypes = []
1421                rbXYZ = []
1422                rbSeq = []
1423                atNames = []
1424                nAtms,nSeq,nOrig,mRef,nRef = [int(items[i]) for i in [2,3,4,5,6]]
1425                for iAtm in range(nAtms):
1426                    macStr = macro.readline().split()
1427                    atName = macStr[0]
1428                    atType = macStr[1]
1429                    atNames.append(atName)
1430                    rbXYZ.append([float(macStr[i]) for i in [2,3,4]])
1431                    rbTypes.append(atType)
1432                    if atType not in AtInfo:
1433                        Info = G2elem.GetAtomInfo(atType)
1434                        AtInfo[atType] = [Info['Drad'],Info['Color']]
1435                rbXYZ = np.array(rbXYZ)-np.array(rbXYZ[nOrig-1])
1436                for iSeq in range(nSeq):
1437                    macStr = macro.readline().split()
1438                    mSeq = int(macStr[0])
1439                    for jSeq in range(mSeq):
1440                        macStr = macro.readline().split()
1441                        iBeg = int(macStr[0])-1
1442                        iFin = int(macStr[1])-1
1443                        angle = 0.0
1444                        nMove = int(macStr[2])
1445                        iMove = [int(macStr[i])-1 for i in range(3,nMove+3)]
1446                        rbSeq.append([iBeg,iFin,angle,iMove])
1447                data['Residue'][rbId] = {'RBname':rbName,'rbXYZ':rbXYZ,'rbTypes':rbTypes,
1448                    'atNames':atNames,'rbRef':[nOrig-1,mRef-1,nRef-1,True],'rbSeq':rbSeq,
1449                    'SelSeq':[0,0],'useCount':0}
1450                data['RBIds']['Residue'].append(rbId)
1451                print 'Rigid body '+rbName+' added'
1452            macStr = macro.readline()
1453        macro.close()
1454        UpdateResidueRB()
1455       
1456    def ImportResidueRB():
1457        AtInfo = data['Residue']['AtInfo']
1458        text,ext = getTextFile()
1459        if not text:
1460            return
1461        rbId = ran.randint(0,sys.maxint)
1462        rbTypes = []
1463        rbXYZ = []
1464        atNames = []
1465        txtStr = text.readline()
1466        if 'xyz' in ext:
1467            txtStr = text.readline()
1468            txtStr = text.readline()
1469        elif 'mol2' in ext:
1470            while 'ATOM' not in txtStr:
1471                txtStr = text.readline()
1472            txtStr = text.readline()
1473        elif 'pdb' in ext:
1474            while 'ATOM' not in txtStr[:6] and 'HETATM' not in txtStr[:6]:
1475                txtStr = text.readline()
1476                #print txtStr
1477        items = txtStr.split()
1478        while len(items):
1479            if 'txt' in ext:
1480                atName = items[0]
1481                atType = items[1]
1482                rbXYZ.append([float(items[i]) for i in [2,3,4]])
1483            elif 'xyz' in ext:
1484                atType = items[0]
1485                rbXYZ.append([float(items[i]) for i in [1,2,3]])
1486                atName = atType+str(len(rbXYZ))
1487            elif 'mol2' in ext:
1488                atType = items[1]
1489                atName = items[1]+items[0]
1490                rbXYZ.append([float(items[i]) for i in [2,3,4]])
1491            elif 'pdb' in ext:
1492                atType = items[-1]
1493                atName = items[2]
1494                xyz = txtStr[30:55].split()                   
1495                rbXYZ.append([float(x) for x in xyz])
1496            atNames.append(atName)
1497            rbTypes.append(atType)
1498            if atType not in AtInfo:
1499                Info = G2elem.GetAtomInfo(atType)
1500                AtInfo[atType] = [Info['Drad'],Info['Color']]
1501            txtStr = text.readline()
1502            if 'mol2' in ext and 'BOND' in txtStr:
1503                break
1504            if 'pdb' in ext and ('ATOM' not in txtStr[:6] and 'HETATM' not in txtStr[:6]):
1505                break
1506            items = txtStr.split()
1507        rbXYZ = np.array(rbXYZ)-np.array(rbXYZ[0])
1508        data['Residue'][rbId] = {'RBname':'UNKRB','rbXYZ':rbXYZ,'rbTypes':rbTypes,
1509            'atNames':atNames,'rbRef':[0,1,2,False],'rbSeq':[],'SelSeq':[0,0],'useCount':0}
1510        data['RBIds']['Residue'].append(rbId)
1511        print 'Rigid body UNKRB added'
1512        text.close()
1513        UpdateResidueRB()
1514       
1515    def FindNeighbors(Orig,XYZ,atTypes,atNames,AtInfo):
1516        Radii = []
1517        for Atype in atTypes:
1518            Radii.append(AtInfo[Atype][0])
1519        Radii = np.array(Radii)
1520        Neigh = []
1521        Dx = XYZ-XYZ[Orig]
1522        dist = np.sqrt(np.sum(Dx**2,axis=1))
1523        sumR = Radii[Orig]+Radii
1524        IndB = ma.nonzero(ma.masked_greater(dist-0.85*sumR,0.))
1525        for j in IndB[0]:
1526            if j != Orig:
1527                Neigh.append(atNames[j])
1528        return Neigh
1529       
1530    def FindAllNeighbors(XYZ,atTypes,atNames,AtInfo):
1531        NeighDict = {}
1532        for iat,xyz in enumerate(atNames):
1533            NeighDict[atNames[iat]] = FindNeighbors(iat,XYZ,atTypes,atNames,AtInfo)
1534        return NeighDict
1535       
1536    def FindRiding(Orig,Pivot,NeighDict):
1537        riding = [Orig,Pivot]
1538        iAdd = 1
1539        new = True
1540        while new:
1541            newAtms = NeighDict[riding[iAdd]]
1542            for At in newAtms:
1543                new = False
1544                if At not in riding:
1545                    riding.append(At)
1546                    new = True
1547            iAdd += 1
1548            if iAdd < len(riding):
1549                new = True
1550        return riding[2:]
1551                       
1552    def OnDefineTorsSeq(event):
1553        rbKeys = data['Residue'].keys()
1554        rbKeys.remove('AtInfo')
1555        rbNames = [data['Residue'][k]['RBname'] for k in rbKeys]
1556        rbIds = dict(zip(rbNames,rbKeys))
1557        rbNames.sort()
1558        rbId = 0
1559        if len(rbNames) == 0:
1560            print 'There are no rigid bodies defined'
1561            G2frame.ErrorDialog('No rigid bodies','There are no rigid bodies defined',
1562                                parent=G2frame)
1563            return
1564        elif len(rbNames) > 1:
1565            dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select rigid body for torsion sequence','Torsion sequence',rbNames)
1566            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1567                sel = dlg.GetSelection()
1568                rbId = rbIds[rbNames[sel]]
1569                rbData = data['Residue'][rbId]
1570            dlg.Destroy()
1571        else:
1572            rbId = rbIds[rbNames[0]]
1573            rbData = data['Residue'][rbId]
1574        if not len(rbData):
1575            return
1576        atNames = rbData['atNames']
1577        AtInfo = data['Residue']['AtInfo']
1578        atTypes = rbData['rbTypes']
1579        XYZ = rbData['rbXYZ']
1580        neighDict = FindAllNeighbors(XYZ,atTypes,atNames,AtInfo)
1581        TargList = []           
1582        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select origin atom for torsion sequence','Origin atom',rbData['atNames'])
1583        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1584            Orig = dlg.GetSelection()
1585            TargList = neighDict[atNames[Orig]]
1586        dlg.Destroy()
1587        if not len(TargList):
1588            return
1589        dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Select pivot atom for torsion sequence','Pivot atom',TargList)
1590        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1591            Piv = atNames.index(TargList[dlg.GetSelection()])
1592            riding = FindRiding(atNames[Orig],atNames[Piv],neighDict)
1593            Riding = []
1594            for atm in riding:
1595                Riding.append(atNames.index(atm))
1596            rbData['rbSeq'].append([Orig,Piv,0.0,Riding])           
1597        dlg.Destroy()
1598        UpdateResidueRB()
1599
1600    def UpdateVectorRB(Scroll=0):
1601        AtInfo = data['Vector']['AtInfo']
1602        refChoice = {}
1603        if 'DELETED' in str(G2frame.GetStatusBar()):   #seems to be no other way to do this (wx bug)
1604            if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
1605                print 'wx error: Rigid Body/Status not cleanly deleted after Refine'
1606            return
1607        SetStatusLine(' You may use e.g. "c60" or "s60" for a vector entry')
1608        def rbNameSizer(rbId,rbData):
1609
1610            def OnRBName(event):
1611                event.Skip()
1612                Obj = event.GetEventObject()
1613                rbData['RBname'] = Obj.GetValue()
1614               
1615            def OnDelRB(event):
1616                Obj = event.GetEventObject()
1617                rbId = Indx[Obj.GetId()]
1618                if rbId in data['Vector']:
1619                    del data['Vector'][rbId]
1620                    data['RBIds']['Vector'].remove(rbId)
1621                    rbData['useCount'] -= 1
1622                wx.CallAfter(UpdateVectorRB)
1623               
1624            def OnPlotRB(event):
1625                Obj = event.GetEventObject()
1626                Obj.SetValue(False)
1627                G2plt.PlotRigidBody(G2frame,'Vector',AtInfo,rbData,plotDefaults)
1628           
1629            nameSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1630            nameSizer.Add(wx.StaticText(VectorRBDisplay,-1,'Rigid body name: '),
1631                0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1632            RBname = wx.TextCtrl(VectorRBDisplay,-1,rbData['RBname'])
1633            Indx[RBname.GetId()] = rbId
1634            RBname.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRBName)
1635            RBname.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRBName)
1636            nameSizer.Add(RBname,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1637            nameSizer.Add((5,0),)
1638            plotRB = wx.CheckBox(VectorRBDisplay,-1,'Plot?')
1639            Indx[plotRB.GetId()] = rbId
1640            plotRB.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnPlotRB)
1641            nameSizer.Add(plotRB,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1642            nameSizer.Add((5,0),)
1643            if not rbData['useCount']:
1644                delRB = wx.CheckBox(VectorRBDisplay,-1,'Delete?')
1645                Indx[delRB.GetId()] = rbId
1646                delRB.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnDelRB)
1647                nameSizer.Add(delRB,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1648            return nameSizer
1649           
1650        def rbRefAtmSizer(rbId,rbData):
1651           
1652            def OnRefSel(event):
1653                Obj = event.GetEventObject()
1654                iref = Indx[Obj.GetId()]
1655                sel = Obj.GetValue()
1656                rbData['rbRef'][iref] = atNames.index(sel)
1657                FillRefChoice(rbId,rbData)
1658           
1659            refAtmSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1660            atNames = [name+str(i) for i,name in enumerate(rbData['rbTypes'])]
1661            rbRef = rbData.get('rbRef',[0,1,2,False])
1662            rbData['rbRef'] = rbRef
1663            if rbData['useCount']:
1664                refAtmSizer.Add(wx.StaticText(VectorRBDisplay,-1,
1665                    'Orientation reference atoms A-B-C: %s, %s, %s'%(atNames[rbRef[0]], \
1666                     atNames[rbRef[1]],atNames[rbRef[2]])),0)
1667            else:
1668                refAtmSizer.Add(wx.StaticText(VectorRBDisplay,-1,
1669                    'Orientation reference atoms A-B-C: '),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1670                for i in range(3):
1671                    choices = [atNames[j] for j in refChoice[rbId][i]]
1672                    refSel = wx.ComboBox(VectorRBDisplay,-1,value='',
1673                        choices=choices,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1674                    refSel.SetValue(atNames[rbRef[i]])
1675                    refSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnRefSel)
1676                    Indx[refSel.GetId()] = i
1677                    refAtmSizer.Add(refSel,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1678            return refAtmSizer
1679                       
1680        def rbVectMag(rbId,imag,rbData):
1681           
1682            def OnRBVectorMag(event):
1683                event.Skip()
1684                Obj = event.GetEventObject()
1685                rbId,imag = Indx[Obj.GetId()]
1686                try:
1687                    val = float(Obj.GetValue())
1688                    if val <= 0.:
1689                        raise ValueError
1690                    rbData['VectMag'][imag] = val
1691                except ValueError:
1692                    pass
1693                Obj.SetValue('%8.4f'%(val))
1694                wx.CallAfter(UpdateVectorRB,VectorRB.GetScrollPos(wx.VERTICAL))
1695                G2plt.PlotRigidBody(G2frame,'Vector',AtInfo,data['Vector'][rbId],plotDefaults)
1696               
1697            def OnRBVectorRef(event):
1698                Obj = event.GetEventObject()
1699                rbId,imag = Indx[Obj.GetId()]
1700                rbData['VectRef'][imag] = Obj.GetValue()
1701                       
1702            magSizer = wx.wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1703            magSizer.Add(wx.StaticText(VectorRBDisplay,-1,'Translation magnitude: '),
1704                0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1705            magValue = wx.TextCtrl(VectorRBDisplay,-1,'%8.4f'%(rbData['VectMag'][imag]))
1706            Indx[magValue.GetId()] = [rbId,imag]
1707            magValue.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRBVectorMag)
1708            magValue.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRBVectorMag)
1709            magSizer.Add(magValue,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1710            magSizer.Add((5,0),)
1711            magref = wx.CheckBox(VectorRBDisplay,-1,label=' Refine?') 
1712            magref.SetValue(rbData['VectRef'][imag])
1713            magref.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnRBVectorRef)
1714            Indx[magref.GetId()] = [rbId,imag]
1715            magSizer.Add(magref,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1716            return magSizer
1717           
1718        def rbVectors(rbId,imag,mag,XYZ,rbData):
1719
1720            def TypeSelect(event):
1721                AtInfo = data['Vector']['AtInfo']
1722                r,c = event.GetRow(),event.GetCol()
1723                if vecGrid.GetColLabelValue(c) == 'Type':
1724                    PE = G2elemGUI.PickElement(G2frame,oneOnly=True)
1725                    if PE.ShowModal() == wx.ID_OK:
1726                        if PE.Elem != 'None':
1727                            El = PE.Elem.strip().lower().capitalize()
1728                            if El not in AtInfo:
1729                                Info = G2elem.GetAtomInfo(El)
1730                                AtInfo[El] = [Info['Drad'],Info['Color']]
1731                            rbData['rbTypes'][r] = El
1732                            vecGrid.SetCellValue(r,c,El)
1733                    PE.Destroy()
1734                wx.CallAfter(UpdateVectorRB,VectorRB.GetScrollPos(wx.VERTICAL))
1735
1736            def ChangeCell(event):
1737                r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
1738                if r >= 0 and (0 <= c < 3):
1739                    try:
1740                        val = float(vecGrid.GetCellValue(r,c))
1741                        rbData['rbVect'][imag][r][c] = val
1742                    except ValueError:
1743                        pass
1744                G2plt.PlotRigidBody(G2frame,'Vector',AtInfo,data['Vector'][rbId],plotDefaults)
1745                wx.CallAfter(UpdateVectorRB,VectorRB.GetScrollPos(wx.VERTICAL))
1746
1747            vecSizer = wx.BoxSizer()
1748            Types = 3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]+[wg.GRID_VALUE_STRING,]+3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
1749            colLabels = ['Vector x','Vector y','Vector z','Type','Cart x','Cart y','Cart z']
1750            table = []
1751            rowLabels = []
1752            for ivec,xyz in enumerate(rbData['rbVect'][imag]):
1753                table.append(list(xyz)+[rbData['rbTypes'][ivec],]+list(XYZ[ivec]))
1754                rowLabels.append(str(ivec))
1755            vecTable = G2G.Table(table,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
1756            vecGrid = G2G.GSGrid(VectorRBDisplay)
1757            vecGrid.SetTable(vecTable, True)
1758            vecGrid.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, ChangeCell)
1759            if not imag:
1760                vecGrid.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_LEFT_DCLICK, TypeSelect)
1761            attr = wx.grid.GridCellAttr()
1762            attr.SetEditor(G2G.GridFractionEditor(vecGrid))
1763            for c in range(3):
1764                vecGrid.SetColAttr(c, attr)
1765            for row in range(vecTable.GetNumberRows()):
1766                if imag:
1767                    vecGrid.SetCellStyle(row,3,VERY_LIGHT_GREY,True)                   
1768                for col in [4,5,6]:
1769                    vecGrid.SetCellStyle(row,col,VERY_LIGHT_GREY,True)
1770#            vecGrid.SetScrollRate(0,0)
1771            vecGrid.AutoSizeColumns(False)
1772            vecSizer.Add(vecGrid)
1773            return vecSizer
1774       
1775        def FillRefChoice(rbId,rbData):
1776            choiceIds = [i for i in range(len(rbData['rbTypes']))]
1777           
1778            rbRef = rbData.get('rbRef',[-1,-1,-1,False])
1779            for i in range(3):
1780                choiceIds.remove(rbRef[i])
1781            refChoice[rbId] = [choiceIds[:],choiceIds[:],choiceIds[:]]
1782            for i in range(3):
1783                refChoice[rbId][i].append(rbRef[i])
1784                refChoice[rbId][i].sort()     
1785           
1786        if VectorRB.GetSizer(): VectorRB.GetSizer().Clear(True)
1787        VectorRBSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1788        for rbId in data['RBIds']['Vector']:
1789            if rbId != 'AtInfo':
1790                rbData = data['Vector'][rbId]
1791                FillRefChoice(rbId,rbData)
1792                VectorRBSizer.Add(rbNameSizer(rbId,rbData),0)
1793                VectorRBSizer.Add(rbRefAtmSizer(rbId,rbData),0)
1794                XYZ = np.array([[0.,0.,0.] for Ty in rbData['rbTypes']])
1795                for imag,mag in enumerate(rbData['VectMag']):
1796                    XYZ += mag*rbData['rbVect'][imag]
1797                    VectorRBSizer.Add(rbVectMag(rbId,imag,rbData),0)
1798                    VectorRBSizer.Add(rbVectors(rbId,imag,mag,XYZ,rbData),0)
1799                VectorRBSizer.Add((5,5),0)
1800                data['Vector'][rbId]['rbXYZ'] = XYZ       
1801        VectorRBSizer.Layout()   
1802        VectorRBDisplay.SetSizer(VectorRBSizer,True)
1803        Size = VectorRBSizer.GetMinSize()
1804        Size[0] += 40
1805        Size[1] = max(Size[1],450) + 20
1806        VectorRBDisplay.SetSize(Size)
1807        VectorRB.SetScrollbars(10,10,Size[0]/10-4,Size[1]/10-1)
1808        VectorRB.Scroll(0,Scroll)
1809       
1810    def UpdateResidueRB():
1811        AtInfo = data['Residue']['AtInfo']
1812        refChoice = {}
1813        RefObjs = []
1814
1815        def rbNameSizer(rbId,rbData):
1816
1817            def OnRBName(event):
1818                Obj = event.GetEventObject()
1819                rbData['RBname'] = Obj.GetValue()
1820               
1821            def OnDelRB(event):
1822                Obj = event.GetEventObject()
1823                rbId = Indx[Obj.GetId()]
1824                if rbId in data['Residue']: 
1825                    del data['Residue'][rbId]
1826                    data['RBIds']['Residue'].remove(rbId)
1827                wx.CallAfter(UpdateResidueRB)
1828               
1829            def OnPlotRB(event):
1830                Obj = event.GetEventObject()
1831                Obj.SetValue(False)
1832                G2plt.PlotRigidBody(G2frame,'Residue',AtInfo,rbData,plotDefaults)
1833           
1834            nameSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1835            nameSizer.Add(wx.StaticText(ResidueRBDisplay,-1,'Residue name: '),
1836                0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1837            RBname = wx.TextCtrl(ResidueRBDisplay,-1,rbData['RBname'])
1838            Indx[RBname.GetId()] = rbId
1839            RBname.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRBName)
1840            RBname.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRBName)
1841            nameSizer.Add(RBname,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1842            nameSizer.Add((5,0),)
1843            plotRB = wx.CheckBox(ResidueRBDisplay,-1,'Plot?')
1844            Indx[plotRB.GetId()] = rbId
1845            plotRB.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnPlotRB)
1846            nameSizer.Add(plotRB,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1847            nameSizer.Add((5,0),)
1848            if not rbData['useCount']:
1849                delRB = wx.CheckBox(ResidueRBDisplay,-1,'Delete?')
1850                Indx[delRB.GetId()] = rbId
1851                delRB.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnDelRB)
1852                nameSizer.Add(delRB,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1853            return nameSizer
1854           
1855        def rbResidues(rbId,rbData):
1856           
1857            def TypeSelect(event):
1858                AtInfo = data['Residue']['AtInfo']
1859                r,c = event.GetRow(),event.GetCol()
1860                if vecGrid.GetColLabelValue(c) == 'Type':
1861                    PE = G2elemGUI.PickElement(G2frame,oneOnly=True)
1862                    if PE.ShowModal() == wx.ID_OK:
1863                        if PE.Elem != 'None':
1864                            El = PE.Elem.strip().lower().capitalize()
1865                            if El not in AtInfo:
1866                                Info = G2elem.GetAtomInfo(El)
1867                                AtInfo[El] = [Info['Drad']['Color']]
1868                            rbData['rbTypes'][r] = El
1869                            vecGrid.SetCellValue(r,c,El)
1870                    PE.Destroy()
1871
1872            def ChangeCell(event):
1873                r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
1874                if r >= 0 and (0 <= c < 3):
1875                    try:
1876                        val = float(vecGrid.GetCellValue(r,c))
1877                        rbData['rbXYZ'][r][c] = val
1878                    except ValueError:
1879                        pass
1880                       
1881            def RowSelect(event):
1882                r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
1883                if c < 0:                   #only row clicks
1884                    for vecgrid in resList:
1885                        vecgrid.ClearSelection()
1886                    vecGrid.SelectRow(r,True)
1887
1888            def OnRefSel(event):
1889                Obj = event.GetEventObject()
1890                iref,res,jref = Indx[Obj.GetId()]
1891                sel = Obj.GetValue()
1892                ind = atNames.index(sel)
1893                rbData['rbRef'][iref] = ind
1894                FillRefChoice(rbId,rbData)
1895                for i,ref in enumerate(RefObjs[jref]):
1896                    ref.SetItems([atNames[j] for j in refChoice[rbId][i]])
1897                    ref.SetValue(atNames[rbData['rbRef'][i]])
1898                if not iref:     #origin change
1899                    rbXYZ = rbData['rbXYZ']
1900                    rbXYZ -= rbXYZ[ind]
1901                    res.ClearSelection()
1902                    resTable = res.GetTable()
1903                    for r in range(res.GetNumberRows()):
1904                        row = resTable.GetRowValues(r)
1905                        row[2:4] = rbXYZ[r]
1906                        resTable.SetRowValues(r,row)
1907                    res.ForceRefresh()
1908                    G2plt.PlotRigidBody(G2frame,'Residue',AtInfo,rbData,plotDefaults)
1909               
1910            Types = 2*[wg.GRID_VALUE_STRING,]+3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
1911            colLabels = ['Name','Type','Cart x','Cart y','Cart z']
1912            table = []
1913            rowLabels = []
1914            for ivec,xyz in enumerate(rbData['rbXYZ']):
1915                table.append([rbData['atNames'][ivec],]+[rbData['rbTypes'][ivec],]+list(xyz))
1916                rowLabels.append(str(ivec))
1917            vecTable = G2G.Table(table,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
1918            vecGrid = G2G.GSGrid(ResidueRBDisplay)
1919            Indx[vecGrid.GetId()] = rbId
1920            resList.append(vecGrid)
1921            vecGrid.SetTable(vecTable, True)
1922            vecGrid.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, ChangeCell)
1923            vecGrid.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_LEFT_DCLICK, TypeSelect)
1924            vecGrid.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_CLICK, RowSelect)
1925            attr = wx.grid.GridCellAttr()
1926            attr.SetEditor(G2G.GridFractionEditor(vecGrid))
1927            for c in range(3):
1928                vecGrid.SetColAttr(c, attr)
1929            for row in range(vecTable.GetNumberRows()):
1930                for col in range(5):
1931                    vecGrid.SetCellStyle(row,col,VERY_LIGHT_GREY,True)
1932#            vecGrid.SetScrollRate(0,0)
1933            vecGrid.AutoSizeColumns(False)
1934            vecSizer = wx.BoxSizer()
1935            vecSizer.Add(vecGrid)
1936           
1937            refAtmSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1938            atNames = rbData['atNames']
1939            rbRef = rbData['rbRef']
1940            if rbData['rbRef'][3] or rbData['useCount']:
1941                refAtmSizer.Add(wx.StaticText(ResidueRBDisplay,-1,
1942                    'Orientation reference atoms A-B-C: %s, %s, %s'%(atNames[rbRef[0]], \
1943                     atNames[rbRef[1]],atNames[rbRef[2]])),0)
1944            else:
1945                refAtmSizer.Add(wx.StaticText(ResidueRBDisplay,-1,
1946                    'Orientation reference atoms A-B-C: '),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1947                refObj = [0,0,0]
1948                for i in range(3):
1949                    choices = [atNames[j] for j in refChoice[rbId][i]]
1950                    refSel = wx.ComboBox(ResidueRBDisplay,-1,value='',
1951                        choices=choices,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1952                    refSel.SetValue(atNames[rbRef[i]])
1953                    refSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnRefSel)
1954                    Indx[refSel.GetId()] = [i,vecGrid,len(RefObjs)]
1955                    refObj[i] = refSel
1956                    refAtmSizer.Add(refSel,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
1957                RefObjs.append(refObj)
1958           
1959            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1960            mainSizer.Add(refAtmSizer)
1961            mainSizer.Add(vecSizer)
1962            return mainSizer
1963           
1964        def SeqSizer(angSlide,rbId,iSeq,Seq,atNames):
1965           
1966            def ChangeAngle(event):
1967                event.Skip()
1968                Obj = event.GetEventObject()
1969                rbId,Seq = Indx[Obj.GetId()][:2]
1970                val = Seq[2]
1971                try:
1972                    val = float(Obj.GetValue())
1973                    Seq[2] = val
1974                except ValueError:
1975                    pass
1976                Obj.SetValue('%8.2f'%(val))
1977                G2plt.PlotRigidBody(G2frame,'Residue',AtInfo,data['Residue'][rbId],plotDefaults)
1978               
1979            def OnRadBtn(event):
1980                Obj = event.GetEventObject()
1981                Seq,iSeq,angId = Indx[Obj.GetId()]
1982                data['Residue'][rbId]['SelSeq'] = [iSeq,angId]
1983                angSlide.SetValue(int(100*Seq[2]))
1984               
1985            def OnDelBtn(event):
1986                Obj = event.GetEventObject()
1987                rbId,Seq = Indx[Obj.GetId()]
1988                data['Residue'][rbId]['rbSeq'].remove(Seq)       
1989                wx.CallAfter(UpdateResidueRB)
1990           
1991            seqSizer = wx.FlexGridSizer(0,5,2,2)
1992            seqSizer.AddGrowableCol(3,0)
1993            iBeg,iFin,angle,iMove = Seq
1994            ang = wx.TextCtrl(ResidueRBDisplay,-1,'%8.2f'%(angle),size=(50,20))
1995            if not iSeq:
1996                radBt = wx.RadioButton(ResidueRBDisplay,-1,'',style=wx.RB_GROUP)
1997                data['Residue'][rbId]['SelSeq'] = [iSeq,ang.GetId()]
1998            else:
1999                radBt = wx.RadioButton(ResidueRBDisplay,-1,'')
2000            radBt.Bind(wx.EVT_RADIOBUTTON,OnRadBtn)                   
2001            seqSizer.Add(radBt)
2002            delBt = wx.RadioButton(ResidueRBDisplay,-1,'')
2003            delBt.Bind(wx.EVT_RADIOBUTTON,OnDelBtn)
2004            seqSizer.Add(delBt)
2005            bond = wx.TextCtrl(ResidueRBDisplay,-1,'%s %s'%(atNames[iBeg],atNames[iFin]),size=(50,20))
2006            seqSizer.Add(bond,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
2007            Indx[radBt.GetId()] = [Seq,iSeq,ang.GetId()]
2008            Indx[delBt.GetId()] = [rbId,Seq]
2009            Indx[ang.GetId()] = [rbId,Seq,ang]
2010            ang.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,ChangeAngle)
2011            ang.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,ChangeAngle)
2012            seqSizer.Add(ang,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
2013            atms = ''
2014            for i in iMove:   
2015                atms += ' %s,'%(atNames[i])
2016            moves = wx.TextCtrl(ResidueRBDisplay,-1,atms[:-1],size=(200,20))
2017            seqSizer.Add(moves,1,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.EXPAND|wx.RIGHT)
2018            return seqSizer
2019           
2020        def SlideSizer():
2021           
2022            def OnSlider(event):
2023                Obj = event.GetEventObject()
2024                rbData = Indx[Obj.GetId()]
2025                iSeq,angId = rbData['SelSeq']
2026                val = float(Obj.GetValue())/100.
2027                rbData['rbSeq'][iSeq][2] = val
2028                Indx[angId][2].SetValue('%8.2f'%(val))
2029                G2plt.PlotRigidBody(G2frame,'Residue',AtInfo,rbData,plotDefaults)
2030           
2031            slideSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2032            slideSizer.Add(wx.StaticText(ResidueRBDisplay,-1,'Selected torsion angle:'),0)
2033            iSeq,angId = rbData['SelSeq']
2034            angSlide = wx.Slider(ResidueRBDisplay,-1,
2035                int(100*rbData['rbSeq'][iSeq][2]),0,36000,size=(200,20),
2036                style=wx.SL_HORIZONTAL)
2037            angSlide.Bind(wx.EVT_SLIDER, OnSlider)
2038            Indx[angSlide.GetId()] = rbData
2039            slideSizer.Add(angSlide,0)           
2040            return slideSizer,angSlide
2041           
2042        def FillRefChoice(rbId,rbData):
2043            choiceIds = [i for i in range(len(rbData['atNames']))]
2044            for seq in rbData['rbSeq']:
2045                for i in seq[3]:
2046                    try:
2047                        choiceIds.remove(i)
2048                    except ValueError:
2049                        pass
2050            rbRef = rbData['rbRef']
2051            for i in range(3):
2052                try:
2053                    choiceIds.remove(rbRef[i])
2054                except ValueError:
2055                    pass
2056            refChoice[rbId] = [choiceIds[:],choiceIds[:],choiceIds[:]]
2057            for i in range(3):
2058                refChoice[rbId][i].append(rbRef[i])
2059                refChoice[rbId][i].sort()     
2060           
2061        ResidueRBDisplay.DestroyChildren()
2062        ResidueRBSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2063        for rbId in data['RBIds']['Residue']:
2064            rbData = data['Residue'][rbId]
2065            FillRefChoice(rbId,rbData)
2066            ResidueRBSizer.Add(rbNameSizer(rbId,rbData),0)
2067            ResidueRBSizer.Add(rbResidues(rbId,rbData),0)
2068            ResidueRBSizer.Add((5,5),0)
2069            if rbData['rbSeq']:
2070                slideSizer,angSlide = SlideSizer()
2071            if len(rbData['rbSeq']):
2072                ResidueRBSizer.Add(wx.StaticText(ResidueRBDisplay,-1,
2073                    'Sel  Del  Bond             Angle      Riding atoms'),
2074                    0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)                       
2075            for iSeq,Seq in enumerate(rbData['rbSeq']):
2076                ResidueRBSizer.Add(SeqSizer(angSlide,rbId,iSeq,Seq,rbData['atNames']))
2077            if rbData['rbSeq']:
2078                ResidueRBSizer.Add(slideSizer,)
2079            ResidueRBSizer.Add(wx.StaticText(ResidueRBDisplay,-1,70*'-'))
2080
2081        ResidueRBSizer.Add((5,25),)
2082        ResidueRBSizer.Layout()   
2083        ResidueRBDisplay.SetSizer(ResidueRBSizer,True)
2084        Size = ResidueRBSizer.GetMinSize()
2085        Size[0] += 40
2086        Size[1] = max(Size[1],450) + 20
2087        ResidueRBDisplay.SetSize(Size)
2088        ResidueRB.SetScrollbars(10,10,Size[0]/10-4,Size[1]/10-1)
2089       
2090    def SetStatusLine(text):
2091        G2frame.GetStatusBar().SetStatusText(text,1)                                     
2092
2093    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataWindow.RigidBodyMenu)
2094    G2frame.SetTitle('Rigid bodies')
2095    SetStatusLine('')
2096    UpdateVectorRB()
2097    G2frame.rbBook.Bind(wx.aui.EVT_AUINOTEBOOK_PAGE_CHANGED, OnPageChanged)
2098    wx.CallAfter(OnPageChanged,None)
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.