source: trunk/GSASIIElem.py

Last change on this file was 5307, checked in by vondreele, 3 months ago

add micro-ED support. New electron scattering tables, new histogram type ('SEC'), etc., etc.
Fix sign of ZERO for RMCProfile MakeInst? fxn.
Add calc of Rvalues to Error Analysis for PWDR & HKLF histograms; results are printed om console.
Add a stub for Cluster analysis in Controls GUI

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 25.8 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2"""
3*GSASIIElem: functions for element types*
4-----------------------------------------
5
6"""
7# Copyright: 2008, Robert B. Von Dreele & Brian H. Toby (Argonne National Laboratory)
8########### SVN repository information ###################
9# $Date: 2022-07-07 17:02:04 +0000 (Thu, 07 Jul 2022) $
10# $Author: vondreele $
11# $Revision: 5307 $
12# $URL: trunk/GSASIIElem.py $
13# $Id: GSASIIElem.py 5307 2022-07-07 17:02:04Z vondreele $
14########### SVN repository information ###################
15
16import math
17import sys
18import os.path
19import GSASIIpath
20GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 5307 $")
21import numpy as np
22import atmdata
23import GSASIImath as G2mth
24import ElementTable as ET
25
26
27getElSym = lambda sym: sym.split('+')[0].split('-')[0].capitalize()
28def GetFormFactorCoeff(El):
29    """Read X-ray form factor coefficients from `atomdata.py` file
30
31    :param str El: element 1-2 character symbol, case irrevelant
32    :return: `FormFactors`: list of form factor dictionaries
33   
34    Each X-ray form factor dictionary is:
35   
36    * `Symbol`: 4 character element symbol with valence (e.g. 'NI+2')
37    * `Z`: atomic number
38    * `fa`: 4 A coefficients
39    * `fb`: 4 B coefficients
40    * `fc`: C coefficient
41   
42    """
43   
44    Els = El.capitalize().strip()
45    valences = [ky for ky in atmdata.XrayFF.keys() if Els == getElSym(ky)]
46    FormFactors = [atmdata.XrayFF[val] for val in valences]
47    for Sy,FF in zip(valences,FormFactors):
48        FF.update({'Symbol':Sy.upper()})
49    return FormFactors
50   
51def GetEFormFactorCoeff(El):
52    """Read electron form factor coefficients from `atomdata.py` file
53
54    :param str El: element 1-2 character symbol, case irrevelant
55    :return: `FormFactors`: list of form factor dictionaries
56   
57    Each electrn form factor dictionary is:
58   
59    * `Symbol`: 4 character element symbol (no valence)
60    * `Z`: atomic number
61    * `fa`: 5 A coefficients
62    * `fb`: 5 B coefficients
63   
64    """
65   
66    Els = El.capitalize().strip()
67    valences = [ky for ky in atmdata.ElecFF.keys() if Els == getElSym(ky)] #will only be one
68    FormFactors = [atmdata.ElecFF[val] for val in valences]
69    for Sy,FF in zip(valences,FormFactors):
70        FF.update({'Symbol':Sy.upper()})
71    return FormFactors
72   
73def GetFFtable(atomTypes):
74    ''' returns a dictionary of form factor data for atom types found in atomTypes
75
76    :param list atomTypes: list of atom types
77    :return: FFtable, dictionary of form factor data; key is atom type
78
79    '''
80    FFtable = {}
81    for El in atomTypes:
82        FFs = GetFormFactorCoeff(getElSym(El))
83        for item in FFs:
84            if item['Symbol'] == El.upper():
85                FFtable[El] = item
86    return FFtable
87   
88def GetEFFtable(atomTypes):
89    ''' returns a dictionary of electron form factor data for atom types found in atomTypes
90    might not be needed?
91
92    :param list atomTypes: list of atom types
93    :return: FFtable, dictionary of form factor data; key is atom type
94
95    '''
96    FFtable = {}
97    for El in atomTypes:
98        FFs = GetEFormFactorCoeff(getElSym(El))
99        for item in FFs:
100            if item['Symbol'] == El.upper():
101                FFtable[El] = item
102    return FFtable
103   
104def GetMFtable(atomTypes,Landeg):
105    ''' returns a dictionary of magnetic form factor data for atom types found in atomTypes
106
107    :param list atomTypes: list of atom types
108    :param list Landeg: Lande g factors for atomTypes
109    :return: FFtable, dictionary of form factor data; key is atom type
110
111    '''
112    MFtable = {}
113    for El,gfac in zip(atomTypes,Landeg):
114        MFs = GetMagFormFacCoeff(getElSym(El))
115        for item in MFs:
116            if item['Symbol'] == El.upper():
117                item['gfac'] = gfac
118                MFtable[El] = item
119    return MFtable
120   
121def GetBLtable(General):
122    ''' returns a dictionary of neutron scattering length data for atom types & isotopes found in General
123
124    :param dict General: dictionary of phase info.; includes AtomTypes & Isotopes
125    :return: BLtable, dictionary of scattering length data; key is atom type
126    '''
127    atomTypes = General['AtomTypes']
128    BLtable = {}
129    isotope = General['Isotope']
130    for El in atomTypes:
131        ElS = getElSym(El)
132        if 'Nat' in isotope[El]:
133            BLtable[El] = [isotope[El],atmdata.AtmBlens[ElS+'_']]
134        else:
135            BLtable[El] = [isotope[El],atmdata.AtmBlens[ElS+'_'+isotope[El]]]
136    return BLtable
137       
138def getFFvalues(FFtables,SQ,ifList=False):
139    'Needs a doc string'
140    if ifList:
141        FFvals = []
142        for El in FFtables:
143            FFvals.append(ScatFac(FFtables[El],SQ)[0])
144    else:
145        FFvals = {}
146        for El in FFtables:
147            FFvals[El] = ScatFac(FFtables[El],SQ)[0]
148    return FFvals
149   
150def getBLvalues(BLtables,ifList=False):
151    'Needs a doc string'
152    if ifList:
153        BLvals = []
154        for El in BLtables:
155            if 'BW-LS' in El:
156                BLvals.append(BLtables[El][1]['BW-LS'][0])
157            else:
158                BLvals.append(BLtables[El][1]['SL'][0])
159    else:
160        BLvals = {}
161        for El in BLtables:
162            if 'BW-LS' in El:
163                BLvals[El] = BLtables[El][1]['BW-LS'][0]
164            else:
165                BLvals[El] = BLtables[El][1]['SL'][0]
166    return BLvals
167       
168def getMFvalues(MFtables,SQ,ifList=False):
169    'Needs a doc string'
170    if ifList:
171        MFvals = []
172        for El in MFtables:
173            MFvals.append(MagScatFac(MFtables[El],SQ)[0])
174    else:
175        MFvals = {}
176        for El in MFtables:
177            MFvals[El] = MagScatFac(MFtables[El],SQ)[0]
178    return MFvals
179   
180def GetFFC5(ElSym):
181    '''Get 5 term form factor and Compton scattering data
182
183    :param ElSym: str(1-2 character element symbol with proper case);
184    :return El: dictionary with 5 term form factor & compton coefficients
185    '''
186    import FormFactors as FF
187    El = {}
188    FF5 = FF.FFac5term[ElSym]
189    El['fa'] = FF5[:5]
190    El['fc'] = FF5[5]
191    El['fb'] = FF5[6:]
192    Cmp5 = FF.Compton[ElSym]
193    El['cmpz'] = Cmp5[0]
194    El['cmpa'] = Cmp5[1:6]
195    El['cmpb'] = Cmp5[6:]
196    return El
197
198def GetBVS(Pair,atSeq,Valences):
199    Els = Pair.strip().split('-')
200    iAt = atSeq.index(Els[0])
201    iVal = Valences[iAt][0]
202    if Els[1] in ['O','F','Cl']:
203        iEls = ['O','F','Cl'].index(Els[1])
204        if iVal in atmdata.BVScoeff:
205            return atmdata.BVScoeff[iVal][iEls]
206        else:
207            return 0.0
208    elif Els[1] in ['Br','I','S','Se','Te','N','P','As','H','D']:
209        iEls = ['Br','I','S','Se','Te','N','P','As','H','D'].index(Els[1])
210        if Els[0] in atmdata.BVSnotOFCl:
211            return atmdata.BVSnotOFCl[Els[0]][iEls]
212        else:
213            return 0.0
214    else:
215        return 0.0
216   
217def CheckElement(El):
218    '''Check if element El is in the periodic table
219
220    :param str El: One or two letter element symbol, capitaliztion ignored
221    :returns: True if the element is found
222
223    '''
224    Elements = []
225    for elem in ET.ElTable:
226        Elements.append(elem[0][0])
227    if El.capitalize() in Elements:
228        return True
229    else:
230        return False 
231
232def FixValence(El):
233    'Returns the element symbol, even when a valence is present'
234    if '+' in El[-1]: #converts An+/- to A+/-n
235        num = El[-2]
236        El = El.split(num)[0]+'+'+num
237    if '+0' in El:
238        El = El.split('+0')[0]
239    if '-' in El[-1]:
240        num = El[-2]
241        El = El.split(num)[0]+'-'+num
242    if '-0' in El:
243        El = El.split('-0')[0]
244    return El
245   
246def GetAtomInfo(El,ifMag=False):
247    'reads element information from atmdata.py'
248    Elem = ET.ElTable
249    if ifMag:
250        Elem = ET.MagElTable
251    Elements = [elem[0][0] for elem in Elem]
252    AtomInfo = {}
253    ElS = getElSym(El)
254    if El not in atmdata.XrayFF and El not in atmdata.MagFF:
255        if ElS not in atmdata.XrayFF:
256            if ElS.endswith('0') and ElS[:-1] in atmdata.XrayFF:
257                ElS = ElS[:-1]
258            else:
259                ElS = 'H'
260        print('Atom type '+El+' not found, using '+ElS)
261        El = ElS
262    AtomInfo.update(dict(zip(['Drad','Arad','Vdrad','Hbrad'],atmdata.AtmSize[ElS])))
263    AtomInfo['Symbol'] = El
264    AtomInfo['Color'] = ET.ElTable[Elements.index(ElS)][6]
265    AtomInfo['Z'] = atmdata.XrayFF[ElS]['Z']
266    isotopes = [ky for ky in atmdata.AtmBlens.keys() if ElS == ky.split('_')[0]]
267    isotopes.sort()
268    AtomInfo['Mass'] = atmdata.AtmBlens[isotopes[0]]['Mass']    #default to nat. abund.
269    AtomInfo['Isotopes'] = {}
270    for isotope in isotopes:
271        data = atmdata.AtmBlens[isotope]
272        if isotope == ElS+'_':
273            AtomInfo['Isotopes']['Nat. Abund.'] = data
274        else:
275            AtomInfo['Isotopes'][isotope.split('_')[1]] = data
276    AtomInfo['Lande g'] = 2.0
277    return AtomInfo
278   
279def GetElInfo(El,inst):
280    ElemSym = El.strip().capitalize()
281    if 'X' in inst['Type'][0]: 
282        keV = 12.397639/G2mth.getWave(inst)               
283        FpMu = FPcalc(GetXsectionCoeff(ElemSym), keV)
284        ElData = GetFormFactorCoeff(ElemSym)[0]
285        ElData['FormulaNo'] = 0.0
286        ElData.update(GetAtomInfo(ElemSym))
287        ElData.update(dict(zip(['fp','fpp','mu'],FpMu)))
288        ElData.update(GetFFC5(El))
289    else: #'N'eutron
290        ElData = {}
291        ElData.update(GetAtomInfo(ElemSym))
292        ElData['FormulaNo'] = 0.0
293        ElData.update({'mu':0.0,'fp':0.0,'fpp':0.0})
294    return ElData
295       
296def GetXsectionCoeff(El):
297    """Read atom orbital scattering cross sections for fprime calculations via Cromer-Lieberman algorithm
298
299    :param El: 2 character element symbol
300    :return: Orbs: list of orbitals each a dictionary with detailed orbital information used by FPcalc
301
302    each dictionary is:
303
304    * 'OrbName': Orbital name read from file
305    * 'IfBe' 0/2 depending on orbital
306    * 'BindEn': binding energy
307    * 'BB': BindEn/0.02721
308    * 'XSectIP': 5 cross section inflection points
309    * 'ElEterm': energy correction term
310    * 'SEdge': absorption edge for orbital
311    * 'Nval': 10/11 depending on IfBe
312    * 'LEner': 10/11 values of log(energy)
313    * 'LXSect': 10/11 values of log(cross section)
314
315    """
316    AU = 2.80022e+7
317    C1 = 0.02721
318    ElS = El.upper()
319    ElS = ElS.ljust(2)
320    filename = os.path.join(os.path.split(__file__)[0],'Xsect.dat')
321    try:
322        xsec = open(filename,'r')
323    except:
324        print ('**** ERROR - File Xsect.dat not found in directory %s'%os.path.split(filename)[0])
325        sys.exit()
326    S = '1'
327    Orbs = []
328    while S:
329        S = xsec.readline()
330        if S[:2] == ElS:
331            S = S[:-1]+xsec.readline()[:-1]+xsec.readline()
332            OrbName = S[9:14]
333            S = S[14:]
334            IfBe = int(S[0])
335            S = S[1:]
336            val = S.split()
337            BindEn = float(val[0])
338            BB = BindEn/C1
339            Orb = {'OrbName':OrbName,'IfBe':IfBe,'BindEn':BindEn,'BB':BB}
340            Energy = []
341            XSect = []
342            for i in range(11):
343                Energy.append(float(val[2*i+1]))
344                XSect.append(float(val[2*i+2]))
345            XSecIP = []
346            for i in range(5): XSecIP.append(XSect[i+5]/AU)
347            Orb['XSecIP'] = XSecIP
348            if IfBe == 0:
349                Orb['SEdge'] = XSect[10]/AU
350                Nval = 11
351            else:
352                Orb['ElEterm'] = XSect[10]
353                del Energy[10]
354                del XSect[10]
355                Nval = 10
356                Orb['SEdge'] = 0.0
357            Orb['Nval'] = Nval
358            D = dict(zip(Energy,XSect))
359            Energy.sort()
360            X = []
361            for key in Energy:
362                X.append(D[key])
363            XSect = X
364            LEner = []
365            LXSect = []
366            for i in range(Nval):
367                LEner.append(math.log(Energy[i]))
368                if XSect[i] > 0.0:
369                    LXSect.append(math.log(XSect[i]))
370                else:
371                    LXSect.append(0.0)
372            Orb['LEner'] = LEner
373            Orb['LXSect'] = LXSect
374            Orbs.append(Orb)
375    xsec.close()
376    return Orbs
377   
378def GetMagFormFacCoeff(El):
379    """Read magnetic form factor data from atmdata.py
380
381    :param El: 2 character element symbol
382    :return: MagFormFactors: list of all magnetic form factors dictionaries for element El.
383
384    each dictionary contains:
385
386    * 'Symbol':Symbol
387    * 'Z':Z
388    * 'mfa': 4 MA coefficients
389    * 'nfa': 4 NA coefficients
390    * 'mfb': 4 MB coefficients
391    * 'nfb': 4 NB coefficients
392    * 'mfc': MC coefficient
393    * 'nfc': NC coefficient
394   
395    """
396    Els = El.capitalize().strip()
397    MagFormFactors = []
398    mags = [ky for ky in atmdata.MagFF.keys() if Els == getElSym(ky)]
399    for mag in mags:
400        magData = {}
401        data = atmdata.MagFF[mag]
402        magData['Symbol'] = mag.upper()
403        magData['Z'] = atmdata.XrayFF[getElSym(mag)]['Z']
404        magData['mfa'] = [data['M'][i] for i in [0,2,4,6]]
405        magData['mfb'] = [data['M'][i] for i in [1,3,5,7]]
406        magData['mfc'] = data['M'][8]
407        magData['nfa'] = [data['N'][i] for i in [0,2,4,6]]
408        magData['nfb'] = [data['N'][i] for i in [1,3,5,7]]
409        magData['nfc'] = data['N'][8]
410        MagFormFactors.append(magData)
411    return MagFormFactors
412
413def ScatFac(El, SQ):
414    """compute value of form factor
415
416    :param El: element dictionary defined in GetFormFactorCoeff
417    :param SQ: (sin-theta/lambda)**2
418    :return: real part of form factor
419    """
420    fa = np.array(El['fa'])
421    fb = np.array(El['fb'])
422    t = -fb[:,np.newaxis]*SQ
423    return np.sum(fa[:,np.newaxis]*np.exp(t)[:],axis=0)+El.get('fc',0.0)
424       
425def MagScatFac(El, SQ):
426    """compute value of form factor
427
428    :param El: element dictionary defined in GetFormFactorCoeff
429    :param SQ: (sin-theta/lambda)**2
430    :param gfac: Lande g factor (normally = 2.0)
431    :return: real part of form factor
432    """
433    mfa = np.array(El['mfa'])
434    mfb = np.array(El['mfb'])
435    nfa = np.array(El['nfa'])
436    nfb = np.array(El['nfb'])
437    mt = -mfb[:,np.newaxis]*SQ
438    nt = -nfb[:,np.newaxis]*SQ
439    MMF = np.sum(mfa[:,np.newaxis]*np.exp(mt)[:],axis=0)+El['mfc']
440    MMF0 = np.sum(mfa)+El['mfc']
441    NMF = np.sum(nfa[:,np.newaxis]*np.exp(nt)[:],axis=0)+El['nfc']
442    NMF0 = np.sum(nfa)+El['nfc']
443    MF0 = MMF0+(2.0/El['gfac']-1.0)*NMF0
444    return (MMF+(2.0/El['gfac']-1.0)*NMF)/MF0
445       
446def BlenResCW(Els,BLtables,wave):
447    FP = np.zeros(len(Els))
448    FPP = np.zeros(len(Els))
449    for i,El in enumerate(Els):
450        BL = BLtables[El][1]
451        if 'BW-LS' in BL:
452            Re,Im,E0,gam,A,E1,B,E2 = BL['BW-LS'][1:]
453            Emev = 81.80703/wave**2
454            T0 = Emev-E0
455            T1 = Emev-E1
456            T2 = Emev-E2
457            D0 = T0**2+gam**2
458            D1 = T1**2+gam**2
459            D2 = T2**2+gam**2
460            FP[i] = Re*(T0/D0+A*T1/D1+B*T2/D2)+BL['BW-LS'][0]
461            FPP[i] = -Im*(1/D0+A/D1+B/D2)
462        else:
463            FPP[i] = BL['SL'][1]    #for Li, B, etc.
464    return FP,FPP
465   
466def BlenResTOF(Els,BLtables,wave):
467    FP = np.zeros((len(Els),len(wave)))
468    FPP = np.zeros((len(Els),len(wave)))
469    BL = [BLtables[el][1] for el in Els]
470    for i,El in enumerate(Els):
471        if 'BW-LS' in BL[i]:
472            Re,Im,E0,gam,A,E1,B,E2 = BL[i]['BW-LS'][1:]
473            Emev = 81.80703/wave**2
474            T0 = Emev-E0
475            T1 = Emev-E1
476            T2 = Emev-E2
477            D0 = T0**2+gam**2
478            D1 = T1**2+gam**2
479            D2 = T2**2+gam**2
480            FP[i] = Re*(T0/D0+A*T1/D1+B*T2/D2)+BL[i]['BW-LS'][0]
481            FPP[i] = -Im*(1/D0+A/D1+B/D2)
482        else:
483            FPP[i] = np.ones(len(wave))*BL[i]['SL'][1]    #for Li, B, etc.
484    return FP,FPP
485   
486def ComptonFac(El,SQ):
487    """compute Compton scattering factor
488
489    :param El: element dictionary
490    :param SQ: (sin-theta/lambda)**2
491    :return: compton scattering factor
492    """   
493    ca = np.array(El['cmpa'])
494    cb = np.array(El['cmpb'])
495    t = -cb[:,np.newaxis]*SQ       
496    return El['cmpz']-np.sum(ca[:,np.newaxis]*np.exp(t),axis=0) 
497           
498def FPcalc(Orbs, KEv):
499    """Compute real & imaginary resonant X-ray scattering factors
500
501    :param Orbs: list of orbital dictionaries as defined in GetXsectionCoeff
502    :param KEv: x-ray energy in keV
503    :return: C: (f',f",mu): real, imaginary parts of resonant scattering & atomic absorption coeff.
504    """
505    def Aitken(Orb, LKev):
506        Nval = Orb['Nval']
507        j = Nval-1
508        LEner = Orb['LEner']
509        for i in range(Nval):
510            if LEner[i] <= LKev: j = i
511        if j > Nval-3: j= Nval-3
512        T = [0,0,0,0,0,0]
513        LXSect = Orb['LXSect']
514        for i in range(3):
515           T[i] = LXSect[i+j]
516           T[i+3] = LEner[i+j]-LKev
517        T[1] = (T[0]*T[4]-T[1]*T[3])/(LEner[j+1]-LEner[j])
518        T[2] = (T[0]*T[5]-T[2]*T[3])/(LEner[j+2]-LEner[j])
519        T[2] = (T[1]*T[5]-T[2]*T[4])/(LEner[j+2]-LEner[j+1])
520        C = T[2]
521        return C
522   
523    def DGauss(Orb,CX,RX,ISig):
524        ALG = (0.11846344252810,0.23931433524968,0.284444444444,
525        0.23931433524968,0.11846344252810)
526        XLG = (0.04691007703067,0.23076534494716,0.5,
527        0.76923465505284,0.95308992296933)
528       
529        D = 0.0
530        B2 = Orb['BB']**2
531        R2 = RX**2
532        XSecIP = Orb['XSecIP']
533        for i in range(5):
534            X = XLG[i]
535            X2 = X**2
536            XS = XSecIP[i]
537            if ISig == 0:
538                S = BB*(XS*(B2/X2)-CX*R2)/(R2*X2-B2)
539            elif ISig == 1:
540                S = 0.5*BB*B2*XS/(math.sqrt(X)*(R2*X2-X*B2))
541            elif ISig == 2:
542                T = X*X2*R2-B2/X
543                S = 2.0*BB*(XS*B2/(T*X2**2)-(CX*R2/T))
544            else:
545                S = BB*B2*(XS-Orb['SEdge']*X2)/(R2*X2**2-X2*B2)
546            A = ALG[i]
547            D += A*S
548        return D
549   
550    AU = 2.80022e+7
551    C1 = 0.02721
552    C = 137.0367
553    FP = 0.0
554    FPP = 0.0
555    Mu = 0.0
556    LKev = math.log(KEv)
557    RX = KEv/C1
558    if Orbs:
559        for Orb in Orbs:
560            CX = 0.0
561            BB = Orb['BB']
562            BindEn = Orb['BindEn']
563            if Orb['IfBe'] != 0: ElEterm = Orb['ElEterm']
564            if BindEn <= KEv:
565                CX = math.exp(Aitken(Orb,LKev))
566                Mu += CX
567                CX /= AU
568            Corr = 0.0
569            if Orb['IfBe'] == 0 and BindEn >= KEv:
570                CX = 0.0
571                FPI = DGauss(Orb,CX,RX,3)
572                Corr = 0.5*Orb['SEdge']*BB**2*math.log((RX-BB)/(-RX-BB))/RX
573            else:
574                FPI = DGauss(Orb,CX,RX,Orb['IfBe'])
575                if CX != 0.0: Corr = -0.5*CX*RX*math.log((RX+BB)/(RX-BB))
576            FPI = (FPI+Corr)*C/(2.0*math.pi**2)
577            FPPI = C*CX*RX/(4.0*math.pi)
578            FP += FPI
579            FPP += FPPI
580        FP -= ElEterm
581   
582    return (FP, FPP, Mu)
583   
584mapDefault = {'MapType':'','RefList':'','GridStep':0.25,'Show bonds':True,
585                'rho':[],'rhoMax':0.,'mapSize':10.0,'cutOff':50.,'Flip':False}
586
587def SetupGeneral(data, dirname):
588    '''Initialize the General sections of the Phase tree contents
589    Called by SetupGeneral in GSASIIphsGUI and in GSASIIscriptable.SetupGeneral
590    '''
591    generalData = data['General']
592    atomData = data['Atoms']
593    generalData['AtomTypes'] = []
594    generalData['Isotopes'] = {}
595# various patches
596    if 'Isotope' not in generalData:
597        generalData['Isotope'] = {}
598    if 'Data plot type' not in generalData:
599        generalData['Data plot type'] = 'Mustrain'
600    if 'POhkl' not in generalData:
601        generalData['POhkl'] = [0,0,1]
602    if 'Map' not in generalData:
603        generalData['Map'] = mapDefault.copy()
604    if 'Flip' not in generalData:
605        generalData['Flip'] = {'RefList':'','GridStep':0.25,'Norm element':'None',
606            'k-factor':0.1,'k-Max':20.,}
607    if 'testHKL' not in generalData['Flip']:
608        generalData['Flip']['testHKL'] = [[0,0,2],[2,0,0],[1,1,1],[0,2,0],[1,2,3]]
609    if 'doPawley' not in generalData:
610        generalData['doPawley'] = False     #ToDo: change to ''
611    if 'Pawley dmin' not in generalData:
612        generalData['Pawley dmin'] = 1.0
613    if 'Pawley dmax' not in generalData:
614        generalData['Pawley dmax'] = 100.0
615    if 'Pawley neg wt' not in generalData:
616        generalData['Pawley neg wt'] = 0.0
617    if '3Dproj' not in generalData:
618        generalData['3Dproj'] = ''
619    if 'doDysnomia' not in generalData:
620        generalData['doDysnomia'] = False
621    if 'Algolrithm' in generalData.get('MCSA controls',{}) or \
622        'MCSA controls' not in generalData:
623        generalData['MCSA controls'] = {'Data source':'','Annealing':[0.7,0.1,250],
624        'dmin':2.8,'Algorithm':'log','fast parms':[0.8,0.6],'log slope':0.9,
625        'Cycles':1,'Results':[],'newDmin':True}
626    if 'AtomPtrs' not in generalData:
627        generalData['AtomPtrs'] = [3,1,7,9]
628        if generalData['Type'] == 'macromolecular':
629            generalData['AtomPtrs'] = [6,4,10,12]
630        elif generalData['Type'] == 'magnetic':
631            generalData['AtomPtrs'] = [3,1,10,12]
632    if generalData['Modulated']:
633        if 'Super' not in generalData:
634            generalData['Super'] = 1
635            generalData['SuperVec'] = [[0.,0.,0.],False,1]
636            generalData['SSGData'] = {}
637        if '4DmapData' not in generalData:
638            generalData['4DmapData'] = mapDefault.copy()
639            generalData['4DmapData'].update({'MapType':'Fobs'})
640        atomData = data['Atoms']
641        for atom in atomData:
642#                if 'SS1' not in atom:
643#                    atom += [[],[],{'SS1':{'waveType':'Fourier','Sfrac':[],'Spos':[],'Sadp':[],'Smag':[]}}]
644            if isinstance(atom[-1],dict) and 'waveType' in atom[-1]['SS1']:
645                waveType = atom[-1]['SS1']['waveType']
646                for parm in ['Sfrac','Spos','Sadp','Smag']:
647                    if len(atom[-1]['SS1'][parm]):
648                        wType = 'Fourier'
649                        if parm == 'Sfrac':
650                            if 'Crenel' in waveType:
651                                wType = 'Crenel'
652                        elif parm == 'Spos':
653                            if not 'Crenel' in waveType:
654                                wType = waveType
655                        atom[-1]['SS1'][parm] = [wType,]+list(atom[-1]['SS1'][parm])
656                del atom[-1]['SS1']['waveType']
657    else:
658        generalData['Super'] = 0
659    if 'Modulated' not in generalData:
660        generalData['Modulated'] = False
661    if 'HydIds' not in generalData:
662        generalData['HydIds'] = {}
663    if generalData['Type'] == 'magnetic':
664        if 'SGGray' not in generalData['SGData']:
665            generalData['SGData']['SGGray'] = False
666    if 'Resolution' in generalData['Map']:
667        generalData['Map']['GridStep'] = generalData['Map']['Resolution']/2.
668        generalData['Flip']['GridStep'] = generalData['Flip']['Resolution']/2.
669        del generalData['Map']['Resolution']
670        del generalData['Flip']['Resolution']
671    if 'Compare' not in generalData:
672        generalData['Compare'] = {'Oatoms':'','Tatoms':'',
673                'Tilts':{'Otilts':[],'Ttilts':[]},
674            'Bonds':{'Obonds':[],'Tbonds':[]},'Vects':{'Ovec':[],'Tvec':[]},
675            'dVects':{'Ovec':[],'Tvec':[]},'Sampling':1.0}
676    if 'Sampling' not in generalData['Compare']:
677        generalData['Compare']['Sampling'] = 1.0
678
679# end of patches
680    cx,ct,cs,cia = generalData['AtomPtrs']
681    generalData['NoAtoms'] = {}
682    generalData['BondRadii'] = []
683    generalData['AngleRadii'] = []
684    generalData['vdWRadii'] = []
685    generalData['AtomMass'] = []
686    generalData['Color'] = []
687    if generalData['Type'] == 'magnetic':
688        generalData['MagDmin'] = generalData.get('MagDmin',1.0)
689        landeg = generalData.get('Lande g',[])
690    generalData['Mydir'] = dirname
691    badList = {}
692    for iat,atom in enumerate(atomData):
693        atom[ct] = atom[ct].lower().capitalize()              #force to standard form
694        if generalData['AtomTypes'].count(atom[ct]):
695            generalData['NoAtoms'][atom[ct]] += atom[cx+3]*float(atom[cs+1])
696        elif atom[ct] != 'UNK':
697            Info = GetAtomInfo(atom[ct])
698            if not Info:
699                if atom[ct] not in badList:
700                    badList[atom[ct]] = 0
701                badList[atom[ct]] += 1
702                atom[ct] = 'UNK'
703                continue
704            atom[ct] = Info['Symbol'] # N.B. symbol might be changed by GetAtomInfo
705            generalData['AtomTypes'].append(atom[ct])
706            generalData['Z'] = Info['Z']
707            generalData['Isotopes'][atom[ct]] = Info['Isotopes']
708            generalData['BondRadii'].append(Info['Drad'])
709            generalData['AngleRadii'].append(Info['Arad'])
710            generalData['vdWRadii'].append(Info['Vdrad'])
711            if atom[ct] in generalData['Isotope']:
712                if generalData['Isotope'][atom[ct]] not in generalData['Isotopes'][atom[ct]]:
713                    isotope = list(generalData['Isotopes'][atom[ct]].keys())[-1]
714                    generalData['Isotope'][atom[ct]] = isotope
715                generalData['AtomMass'].append(Info['Isotopes'][generalData['Isotope'][atom[ct]]]['Mass'])
716            else:
717                generalData['Isotope'][atom[ct]] = 'Nat. Abund.'
718                if 'Nat. Abund.' not in generalData['Isotopes'][atom[ct]]:
719                    isotope = list(generalData['Isotopes'][atom[ct]].keys())[-1]
720                    generalData['Isotope'][atom[ct]] = isotope
721                generalData['AtomMass'].append(Info['Mass'])
722            generalData['NoAtoms'][atom[ct]] = atom[cx+3]*float(atom[cs+1])
723            generalData['Color'].append(Info['Color'])
724            if generalData['Type'] == 'magnetic':
725                if len(landeg) < len(generalData['AtomTypes']):
726                    landeg.append(2.0)
727    if generalData['Type'] == 'magnetic':
728        generalData['Lande g'] = landeg[:len(generalData['AtomTypes'])]
729
730    F000X = 0.
731    F000N = 0.
732    for i,elem in enumerate(generalData['AtomTypes']):
733        F000X += generalData['NoAtoms'][elem]*generalData['Z']
734        isotope = generalData['Isotope'][elem]
735        F000N += generalData['NoAtoms'][elem]*generalData['Isotopes'][elem][isotope]['SL'][0]
736    generalData['F000X'] = F000X
737    generalData['F000N'] = F000N
738    generalData['Mass'] = G2mth.getMass(generalData)
739 
740    if badList:
741        msg = 'Warning: element symbol(s) not found:'
742        for key in badList:
743            msg += '\n\t' + key
744            if badList[key] > 1:
745                msg += ' (' + str(badList[key]) + ' times)'
746        #wx.MessageBox(msg,caption='Element symbol error')
747        raise ValueError("Phase error:\n" + msg)       
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.