source: trunk/GSASII.py @ 835

Last change on this file since 835 was 835, checked in by vondreele, 10 years ago

more work on rigid bodies
fixes for crash in selecting wavelengths

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 107.1 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#GSASII
4########### SVN repository information ###################
5# $Date: 2013-01-17 20:05:19 +0000 (Thu, 17 Jan 2013) $
6# $Author: vondreele $
7# $Revision: 835 $
8# $URL: trunk/GSASII.py $
9# $Id: GSASII.py 835 2013-01-17 20:05:19Z vondreele $
10########### SVN repository information ###################
11
12import os
13import sys
14import math
15import copy
16import random as ran
17import time
18import copy
19import glob
20import imp
21import inspect
22import numpy as np
23import scipy as sp
24import wx
25import matplotlib as mpl
26import wx.lib.inspection as wxeye
27try:
28    import OpenGL as ogl
29except ImportError:
30    print('*******************************************************')
31    print('PyOpenGL is missing from your python installation')
32    print('     - we will try to install it')
33    print('*******************************************************')
34    def install_with_easyinstall(package):
35        try: 
36            print "trying a system-wide PyOpenGl install"
37            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],package])
38            return
39        except:
40            pass
41        try: 
42            print "trying a user level PyOpenGl install"
43            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],'--user',package])
44            return
45        except:
46            print "Install of '+package+' failed. Please report this information:"
47            import traceback
48            print traceback.format_exc()
49            sys.exit()
50    from setuptools.command import easy_install
51    install_with_easyinstall('PyOpenGl')
52    print('*******************************************************')         
53    print('OpenGL has been installed. Please restart GSAS-II')
54    print('*******************************************************')         
55    sys.exit()
56
57# load the GSAS routines
58import GSASIIpath
59GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 835 $")
60import GSASIIIO as G2IO
61import GSASIIgrid as G2gd
62import GSASIIplot as G2plt
63import GSASIIpwd as G2pwd
64import GSASIIpwdGUI as G2pdG
65import GSASIIspc as G2spc
66import GSASIIstruct as G2str
67import GSASIImapvars as G2mv
68import GSASIIsolve as G2sol
69
70#wx inspector - use as needed
71wxInspector = False
72
73# print versions
74print "Python module versions loaded:"
75print "python:     ",sys.version[:5]
76print "wxpython:   ",wx.__version__
77print "matplotlib: ",mpl.__version__
78print "numpy:      ",np.__version__
79print "scipy:      ",sp.__version__
80print "OpenGL:     ",ogl.__version__
81try:
82    import mkl
83    print "Max threads ",mkl.get_max_threads()
84except:
85    pass
86#    print "MKL module not present"
87__version__ = '0.2.0'
88G2gd.__version__ = __version__
89print "This is GSAS-II version:     ",__version__,' revision '+str(GSASIIpath.GetVersionNumber())
90
91# useful degree trig functions
92sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
93cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
94tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
95asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
96acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
97atan2d = lambda x,y: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
98
99def create(parent):
100    return GSASII(parent)
101
102class GSASII(wx.Frame):
103   
104    def _Add_FileMenuItems(self, parent):
105        item = parent.Append(
106            help='Open a gsasii project file (*.gpx)', id=wx.ID_ANY,
107            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Open project...')
108        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpen, id=item.GetId())
109        item = parent.Append(
110            help='Save project to old file', id=wx.ID_ANY,
111            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Save project')
112        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSave, id=item.GetId())
113        item = parent.Append(
114            help='Save project to new file', id=wx.ID_ANY,
115            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save As...')
116        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveas, id=item.GetId())
117        item = parent.Append(
118            help='Close project, saving is optional', id=wx.ID_ANY,
119            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Close project')
120        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileClose, id=item.GetId())
121        item = parent.Append(
122            help='Exit from gsasii', id=wx.ID_ANY,
123            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Exit')
124        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExit, id=item.GetId())
125       
126    def _Add_DataMenuItems(self,parent):
127        item = parent.Append(
128            help='',id=wx.ID_ANY,
129            kind=wx.ITEM_NORMAL,
130            text='Read image data...')
131        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=item.GetId())
132        item = parent.Append(
133            help='',id=wx.ID_ANY,
134            kind=wx.ITEM_NORMAL,
135            text='Read Powder Pattern Peaks...')
136        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=item.GetId())
137        item = parent.Append(
138            help='',id=wx.ID_ANY,
139            kind=wx.ITEM_NORMAL,
140            text='Sum powder data')
141        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSum, id=item.GetId())
142        item = parent.Append(
143            help='',id=wx.ID_ANY,
144            kind=wx.ITEM_NORMAL,
145            text='Sum image data')
146        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=item.GetId())
147        item = parent.Append(
148            help='',id=wx.ID_ANY,
149            kind=wx.ITEM_NORMAL,
150            text='Add phase')
151        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=item.GetId())
152        item = parent.Append(
153            help='',id=wx.ID_ANY,
154            kind=wx.ITEM_NORMAL,
155            text='Delete phase')
156        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=item.GetId())
157        item = parent.Append(
158            help='',id=wx.ID_ANY,
159            kind=wx.ITEM_NORMAL,
160            text='Rename data') 
161        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRenameData, id=item.GetId())
162        item = parent.Append(
163            help='',id=wx.ID_ANY,
164            kind=wx.ITEM_NORMAL,
165            text='Delete data')
166        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDelete, id=item.GetId())
167               
168    def _Add_CalculateMenuItems(self,parent):
169        item = parent.Append(help='Make new PDFs from selected powder patterns', 
170            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make new PDFs')
171        self.MakePDF.append(item)
172#        item.Enable(False)
173        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMakePDFs, id=item.GetId())
174       
175        item = parent.Append(help='View least squares parameters', 
176            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&View LS parms')
177        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnViewLSParms, id=item.GetId())
178       
179        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
180            text='&Refine')
181        self.Refine.append(item)
182        item.Enable(False)
183        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRefine, id=item.GetId())
184       
185        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
186            text='Sequental refine')
187        self.SeqRefine.append(item)
188        item.Enable(False)
189        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSeqRefine, id=item.GetId())
190       
191    def _init_Imports(self):
192        '''import all the G2phase*.py & G2sfact*.py & G2pwd*.py files that
193        are found in the path
194        '''
195
196        self.ImportPhaseReaderlist = []
197        self._init_Import_routines('phase',self.ImportPhaseReaderlist,'Phase')
198        self.ImportSfactReaderlist = []
199        self._init_Import_routines('sfact',self.ImportSfactReaderlist,'Struct_Factor')
200        self.ImportPowderReaderlist = []
201        self._init_Import_routines('pwd',self.ImportPowderReaderlist,'Powder_Data')
202        self.ImportMenuId = {}
203
204    def _init_Import_routines(self,prefix,readerlist,errprefix):
205        '''import all the import readers matching the prefix
206        '''
207        #path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # location of this file
208        #pathlist = sys.path[:]
209        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
210        path2GSAS2 = os.path.join(
211            os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
212            'imports')
213        pathlist = sys.path[:]
214        if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
215
216        filelist = []
217        for path in pathlist:
218            for filename in glob.iglob(os.path.join(
219                path,
220                "G2"+prefix+"*.py")):
221                filelist.append(filename)   
222                #print 'debug: found',filename
223        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
224        for filename in filelist:
225            path,rootname = os.path.split(filename)
226            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
227            try:
228                fp = None
229                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
230                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
231                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
232                    if clss[0].startswith('_'): continue
233                    if inspect.isclass(clss[1]):
234                        # check if we have the required methods
235                        for m in 'Reader','ExtensionValidator','ContentsValidator':
236                            if not hasattr(clss[1],m): break
237                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
238                        else:
239                            reader = clss[1]() # create an import instance
240                            readerlist.append(reader)
241            except AttributeError:
242                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error'+str(filename)
243                pass
244            except ImportError:
245                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file'+str(filename)
246                pass
247            if fp: fp.close()
248
249    def OnImportGeneric(self,reader,readerlist,label,multiple=False):
250        '''Call the requested import reader or all of the appropriate
251        import readers in response to a menu item
252        '''
253        self.lastimport = ''
254        self.zipfile = None
255        if reader is None:
256            multiple = False
257            #print "use all formats"
258            choices = "any file (*.*)|*.*"
259            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
260            extdict = {}
261            # compile a list of allowed extensions
262            for rd in readerlist:
263                fmt = rd.formatName
264                for extn in rd.extensionlist:
265                    if not extdict.get(extn): extdict[extn] = []
266                    extdict[extn] += [fmt,]
267            for extn in sorted(extdict.keys(),cmp=lambda x,y: cmp(x.lower(), y.lower())):
268                fmt = ''
269                for f in extdict[extn]:
270                    if fmt != "": fmt += ', '
271                    fmt += f
272                choices += "|" + fmt + " file (*" + extn + ")|*" + extn
273        else:
274            readerlist = [reader,]
275            # compile a list of allowed extensions
276            choices = reader.formatName + " file ("
277            w = ""
278            for extn in reader.extensionlist:
279                if w != "": w += ";"
280                w += "*" + extn
281            choices += w + ")|" + w
282            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
283            if not reader.strictExtension:
284                choices += "|any file (*.*)|*.*"
285        # get the file(s)
286        if multiple:
287            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR | wx.MULTIPLE
288        else:
289            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR
290        dlg = wx.FileDialog(self, message="Choose "+label+" input file",
291            defaultFile="",wildcard=choices, style=mode)
292        try:
293            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
294                if multiple:
295                    filelist = dlg.GetPaths()
296                    if len(filelist) == 0: return []
297                else:
298                    filename = dlg.GetPath()
299                    filelist = [filename,]
300                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
301            else: # cancel was pressed
302                return []
303        finally:
304            dlg.Destroy()
305        rd_list = []
306        filelist1 = []
307        for filename in filelist:
308            # is this a zip file?
309            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
310                extractedfiles = G2IO.ExtractFileFromZip(
311                    filename,parent=self,
312                    multipleselect=True)
313                if extractedfiles is None: continue # error or Cancel
314                if extractedfiles != filename:
315                    self.zipfile = filename # save zip name
316                    filelist1 += extractedfiles
317                    continue
318            filelist1.append(filename)
319        filelist = filelist1
320        for filename in filelist:
321            # is this a zip file?
322            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
323                extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(filename,parent=self)
324                if extractedfile is None: continue # error or Cancel
325                if extractedfile != filename:
326                    filename,self.zipfile = extractedfile,filename # now use the file that was created
327            # set what formats are compatible with this file
328            primaryReaders = []
329            secondaryReaders = []
330            for reader in readerlist:
331                flag = reader.ExtensionValidator(filename)
332                if flag is None: 
333                    secondaryReaders.append(reader)
334                elif flag:
335                    primaryReaders.append(reader)
336            if len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0:
337                self.ErrorDialog('No Format','No matching format for file '+filename)
338                return []
339
340            fp = None
341            msg = ''
342            try:
343                fp = open(filename,'Ur')
344                if len(filelist) == 1:
345                    # confirm we have the right file
346                    rdmsg = 'File '+str(filename)+' begins:\n\n'
347                    for i in range(3):
348                        rdmsg += fp.readline()
349                    rdmsg += '\n\nDo you want to read this file?'
350                    if not all([ord(c) < 128 for c in rdmsg]): # show only if ASCII
351                        rdmsg = 'File '+str(
352                            filename)+' is a binary file. Do you want to read this file?'
353                    result = wx.ID_NO
354                    # it would be better to use something that
355                    # would resize better, but this will do for now
356                    dlg = wx.MessageDialog(
357                        self, rdmsg,
358                        'Is this the file you want?', 
359                        wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION,
360                        )
361                    dlg.SetSize((700,300)) # does not resize on Mac
362                    try:
363                        result = dlg.ShowModal()
364                    finally:
365                        dlg.Destroy()
366                    if result == wx.ID_NO: return []
367                           
368                self.lastimport = filename
369                # try the file first with Readers that specify the
370                # files extension and later with ones that allow it
371                flag = False
372                for rd in primaryReaders+secondaryReaders:
373                    try:
374                        fp.seek(0)  # rewind
375                        if not rd.ContentsValidator(fp): continue # rejected on cursory check
376                        repeat = True
377                        rdbuffer = {} # create temporary storage for file reader
378                        block = 0
379                        while repeat:
380                            block += 1
381                            repeat = False
382                            fp.seek(0)  # rewind
383                            rd.objname = os.path.basename(filename)
384                            flag = rd.Reader(filename,fp,self,
385                                             buffer=rdbuffer,
386                                             blocknum=block)
387                            if flag:
388                                rd_list.append(copy.deepcopy(rd)) # success
389                                if rd.repeat: repeat = True
390                    except:
391                        import traceback
392                        print traceback.format_exc()
393                        msg += '\nError reading file '+filename+' with format '+ rd.formatName
394                        #self.ErrorDialog('Read Error',
395                        #                 'Error reading file '+filename
396                        #                 +' with format '+ rd.formatName)
397                        continue
398                    if flag:
399                        if rd.warnings:
400                            self.ErrorDialog('Read Warning','The '+ rd.formatName+
401                                             ' reader reported a warning message:\n\n'+
402                                             rd.warnings)
403                        break # success reading
404                else:
405                    self.ErrorDialog('Read Error','No reader is able to read from file '+filename+msg)
406            except:
407                import traceback
408                print traceback.format_exc()
409                self.ErrorDialog('Open Error','Error on open of file '+filename)
410            finally:
411                if fp: fp.close()
412        return rd_list
413
414    def _Add_ImportMenu_Phase(self,parent):
415        '''configure the Import Phase menus accord to the readers found in _init_Imports
416        '''
417        submenu = wx.Menu()
418        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Phase',
419            submenu, help='Import phase data')
420        for reader in self.ImportPhaseReaderlist:
421            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
422                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
423            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
424            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
425        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
426                              help='Import phase data, use file to try to determine format',
427                              kind=wx.ITEM_NORMAL,
428                              text='guess format from file')
429        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
430
431    def OnImportPhase(self,event):
432        # look up which format was requested
433        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
434        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
435                                  self.ImportPhaseReaderlist,
436                                  'phase')
437        if len(rdlist) == 0: return
438        # for now rdlist is only expected to have one element
439        # but this will allow multiple phases to be imported
440        self.CheckNotebook()
441        for rd in rdlist:
442            dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of phase name
443                self, 'Enter the name for the new phase',
444                'Edit phase name', rd.Phase['General']['Name'],
445                style=wx.OK)
446            dlg.CenterOnParent()
447            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
448                rd.Phase['General']['Name'] = dlg.GetValue()
449            dlg.Destroy()
450            PhaseName = rd.Phase['General']['Name']
451            print 'Read phase '+str(PhaseName)+' from file '+str(self.lastimport)
452            if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
453                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
454            else:
455                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
456            psub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
457            self.PatternTree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
458            self.PatternTree.Expand(self.root) # make sure phases are seen
459            self.PatternTree.Expand(sub) 
460            self.PatternTree.Expand(psub) 
461        return # success
462       
463    def _Add_ImportMenu_Sfact(self,parent):
464        '''configure the Import Structure Factor menus accord to the readers found in _init_Imports
465        '''
466        submenu = wx.Menu()
467        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Structure Factor',
468            submenu, help='Import Structure Factor data')
469        for reader in self.ImportSfactReaderlist:
470            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,               
471                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
472            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
473            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
474        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
475            help='Import Structure Factor, use file to try to determine format',
476            kind=wx.ITEM_NORMAL,
477            text='guess format from file')
478        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
479
480    def OnImportSfact(self,event):
481        # look up which format was requested
482        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
483        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportSfactReaderlist,
484            'Structure Factor')
485        if len(rdlist) == 0: return
486        self.CheckNotebook()
487        for rd in rdlist:
488            HistName = rd.objname
489            if len(rdlist) <= 2: 
490                dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of Structure Factor name
491                    self, 'Enter the name for the new Structure Factor',
492                    'Edit Structure Factor name', HistName,
493                    style=wx.OK)
494                dlg.CenterOnParent()
495                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
496                    HistName = dlg.GetValue()
497                dlg.Destroy()
498            print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
499            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,
500                                             text='HKLF '+HistName)
501            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},rd.RefList])
502            Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
503            self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,rd.Parameters)
504            self.PatternTree.SetItemPyData(
505                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='HKL Plot Controls'),
506                rd.Controls)
507            self.PatternTree.SetItemPyData(
508                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
509            self.PatternTree.SelectItem(Id)
510            self.PatternTree.Expand(Id)
511            self.Sngl = Id
512        return # success
513
514    def _Add_ImportMenu_powder(self,parent):
515        '''configure the Powder Data menus accord to the readers found in _init_Imports
516        '''
517        submenu = wx.Menu()
518        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Powder Data',
519            submenu, help='Import Powder data')
520        for reader in self.ImportPowderReaderlist:
521            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
522                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
523            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
524            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
525        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
526            help='Import powder data, use file to try to determine format',
527            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
528        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
529           
530    def ReadPowderInstprm(self,instfile):       #fix the write routine for [inst1,inst2] style
531        '''Read a GSAS-II (new) instrument parameter file'''
532        if os.path.splitext(instfile)[1].lower() != '.instprm': # invalid file
533            return None           
534        if not os.path.exists(instfile): # no such file
535            return None
536        File = open(instfile,'r')
537        S = File.readline()
538        if not S.startswith('#GSAS-II'): # not a valid file
539            File.close()
540            return None
541        newItems = []
542        newVals = []
543        while S:
544            if S[0] == '#':
545                S = File.readline()
546                continue
547            [item,val] = S[:-1].split(':')
548            newItems.append(item)
549            try:
550                newVals.append(float(val))
551            except ValueError:
552                newVals.append(val)                       
553            S = File.readline()               
554        File.close()
555        return G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,])
556       
557    def ReadPowderIparm(self,instfile,bank,databanks,rd):
558        '''Read a GSAS (old) instrument parameter file'''
559        if not os.path.exists(instfile): # no such file
560            return {}
561        try:
562            fp = open(instfile,'Ur')
563            Iparm = {}
564            for S in fp:
565                Iparm[S[:12]] = S[12:-1]
566        except IOError:
567            print('Error reading file:'+str(instfile))
568        finally:       
569            fp.close()
570
571        try:
572            ibanks = int(Iparm.get('INS   BANK  ').strip())
573        except:
574            ibanks = 1
575        hType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()
576        if ibanks == 1: # there is only one bank here, return it
577            rd.instbank = 1
578            return Iparm
579        if 'PNT' in hType:
580            rd.instbank = bank
581        elif ibanks != databanks:
582            # number of banks in data and prm file not not agree, need a
583            # choice from a human here
584            choices = []
585            for i in range(1,1+ibanks):
586                choices.append('Bank '+str(i))
587            bank = rd.BlockSelector(
588                choices, self,
589                title='Select an instrument parameter bank for '+
590                os.path.split(rd.powderentry[0])[1]+' BANK '+str(bank)+
591                '\nOr use Cancel to select from the default parameter sets',
592                header='Block Selector')
593        if bank is None: return {}
594        # pull out requested bank # bank from the data, and change the bank to 1
595        IparmS = {}
596        for key in Iparm:
597            if key[4:6] == "  ":
598                IparmS[key] = Iparm[key]
599            elif int(key[4:6].strip()) == bank:
600                IparmS[key[:4]+' 1'+key[6:]] = Iparm[key]
601        rd.instbank = bank
602        return IparmS
603                       
604    def GetPowderIparm(self,rd, prevIparm, lastIparmfile, lastdatafile):
605        '''Open and read an instrument parameter file for a data file
606        Returns the list of parameters used in the data tree
607        '''
608        def SetPowderInstParms(Iparm, rd):
609            '''extracts values from instrument parameters in rd.instdict
610            or in array Iparm.
611            Create and return the contents of the instrument parameter tree entry.
612            '''
613            DataType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()[:3]  # take 1st 3 chars
614            # override inst values with values read from data file
615            if rd.instdict.get('type'):
616                DataType = rd.instdict.get('type')
617            data = [DataType,]
618            if 'C' in DataType:
619                wave1 = None
620                wave2 = 0.0
621                if rd.instdict.get('wave'):
622                    wl = rd.instdict.get('wave')
623                    wave1 = wl[0]
624                    if len(wl) > 1: wave2 = wl[1]
625                s = Iparm['INS  1 ICONS']
626                if not wave1:
627                    wave1 = G2IO.sfloat(s[:10])
628                    wave2 = G2IO.sfloat(s[10:20])
629                v = (wave1,wave2,
630                     G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
631                if not v[1]:
632                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth'] 
633                    v = (v[0],v[2],v[4])
634                    codes = [0,0,0,0]
635                else:
636                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth']
637                    codes = [0,0,0,0,0,0]
638                data.extend(v)
639                v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
640                v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
641                data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
642                azm = Iparm.get('INS  1DETAZM')
643                if azm is None: #not in this Iparm file
644                    azm = 0.0
645                else:
646                    azm = float(azm)
647                v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
648                if v1[0] == 3:
649                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
650                else:
651                    data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
652                codes.extend([0,0,0,0,0,0,0])
653                return [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
654            elif 'T' in DataType:
655                names = ['Type','2-theta','difC','difA','Zero','alpha','beta-0','beta-1','sig-0','sig-1','X','Y','Azimuth']
656                codes = [0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0]
657                azm = 0.
658                if 'INS  1DETAZM' in Iparm:
659                    azm = float(Iparm['INS  1DETAZM'])
660                s = Iparm['INS  1BNKPAR'].split()
661                data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),])               #2-theta for bank
662                s = Iparm['INS  1 ICONS'].split()
663                data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])    #difC, difA, Zero
664                s = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()
665                pfType = int(s[0])
666                s = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
667                if abs(pfType) == 1:
668                    data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])])
669                    s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
670                    data.extend([0.0,G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,azm])
671                elif abs(pfType) in [3,4,5]:
672                    data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])
673                    if abs(pfType) == 4:
674                        data.extend([0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,azm])
675                    else:
676                        s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
677                        data.extend([0.0,G2IO.sfloat(s[0]),0.0,0.0,azm])                       
678                Inst1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
679                Inst2 = {}
680                if pfType < 0:
681                    Ipab = 'INS  1PAB'+str(-pfType)
682                    Npab = int(Iparm[Ipab+'  '].strip())
683                    Inst2['Pdabc'] = []
684                    for i in range(Npab):
685                        k = Ipab+str(i+1).rjust(2)
686                        s = Iparm[k].split()
687                        Inst2['Pdabc'].append([float(t) for t in s])
688                    Inst2['Pdabc'] = np.array(Inst2['Pdabc'])
689                    Inst2['Pdabc'].T[3] += Inst2['Pdabc'].T[0]*Inst1['difC'][0] #turn 3rd col into TOF
690                if 'INS  1I ITYP' in Iparm:
691                    s = Iparm['INS  1I ITYP'].split()
692                    Ityp = int(s[0])
693                    Tminmax = [float(s[1])*1000.,float(s[2])*1000.]
694                    Itypes = ['Exponential','Maxwell/Exponential','','Maxwell/Chebyschev','']
695                    if Ityp in [1,2,4]:
696                        Inst2['Itype'] = Itypes[Ityp-1]
697                        Inst2['Tminmax'] = Tminmax
698                        Icoeff = []
699                        Iesd = []
700                        Icovar = []                   
701                        for i in range(3):
702                            s = Iparm['INS  1ICOFF'+str(i+1)].split()
703                            Icoeff += [float(S) for S in s]
704                            s = Iparm['INS  1IECOF'+str(i+1)].split()
705                            Iesd += [float(S) for S in s]
706                        for i in range(8):
707                            s = Iparm['INS  1IECOR'+str(i+1)].split()
708                            Icovar += [float(S) for S in s]
709                        Inst2['Icoeff'] = Icoeff
710                        Inst2['Iesd'] = Iesd
711                        Inst2['Icovar'] = Icovar
712                return [Inst1,Inst2]
713
714        # stuff we might need from the reader
715        filename = rd.powderentry[0]
716        bank = rd.powderentry[2]
717        numbanks = rd.numbanks
718        # is there an instrument parameter file defined for the current data set?
719        if rd.instparm or (lastdatafile == filename and lastIparmfile):
720            if rd.instparm:
721                instfile = os.path.join(os.path.split(filename)[0],
722                                    rd.instparm)
723            else:
724                # for multiple reads of one data file, reuse the inst parm file
725                instfile = lastIparmfile
726            if os.path.exists(instfile):
727                #print 'debug: try read',instfile
728                instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
729                if instParmList is not None:
730                    rd.instfile = instfile
731                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
732                    return instParmList
733                Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
734                if Iparm:
735                    #print 'debug: success'
736                    rd.instfile = instfile
737                    rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
738                    return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
739            else:
740                self.ErrorDialog('Open Error','Error opening instrument parameter file '
741                    +str(instfile)+' requested by file '+ filename)
742        # is there an instrument parameter file matching the current file
743        # with extension .inst or .prm? If so read it
744        basename = os.path.splitext(filename)[0]
745        for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
746            instfile = basename + ext
747            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
748            if instParmList is not None:
749                rd.instfile = instfile
750                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
751                return instParmList
752            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
753            if Iparm:
754                #print 'debug: success'
755                rd.instfile = instfile
756                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
757                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
758            else:
759                #print 'debug: open/read failed',instfile
760                pass # fail silently
761
762        # did we read the data file from a zip? If so, look there for a
763        # instrument parameter file
764        if self.zipfile:
765            for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
766                instfile = G2IO.ExtractFileFromZip(
767                    self.zipfile,
768                    selection=os.path.split(basename + ext)[1],
769                    parent=self)
770                if instfile is not None and instfile != self.zipfile:
771                    print 'debug:',instfile,'created from ',self.zipfile
772                    instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
773                    if instParmList is not None:
774                        rd.instfile = instfile
775                        rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
776                        return instParmList
777                    Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
778                    if Iparm:
779                        rd.instfile = instfile
780                        rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
781                        return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
782                    else:
783                        #print 'debug: open/read for',instfile,'from',self.zipfile,'failed'
784                        pass # fail silently
785
786        while True: # loop until we get a file that works or we get a cancel
787            instfile = ''
788            dlg = wx.FileDialog(
789                self,
790                'Choose inst. param file for "'
791                +rd.idstring
792                +'" (or Cancel for default)',
793                '.', '',
794                'GSAS-II iparm file (*.instprm)|*.instprm|'
795                'GSAS iparm file (*.prm)|*.prm|'
796                'GSAS iparm file (*.inst)|*.inst|'
797                'GSAS iparm file (*.ins)|*.ins|'
798                'All files (*.*)|*.*', 
799                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
800            if os.path.exists(lastIparmfile):
801                dlg.SetFilename(lastIparmfile)
802            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
803                instfile = dlg.GetPath()
804            dlg.Destroy()
805            if not instfile: break
806            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
807            if instParmList is not None:
808                rd.instfile = instfile
809                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
810                return instParmList
811            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
812            if Iparm:
813                #print 'debug: success with',instfile
814                rd.instfile = instfile
815                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
816                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
817            else:
818                self.ErrorDialog('Read Error',
819                                 'Error opening/reading file '+str(instfile))
820       
821        # still no success: offer user choice of defaults
822        while True: # loop until we get a choice
823            choices = []
824            head = 'Select from default instrument parameters for '+rd.idstring
825
826            for l in rd.defaultIparm_lbl:
827                choices.append('Defaults for '+l)
828            res = rd.BlockSelector(
829                choices,
830                ParentFrame=self,
831                title=head,
832                header='Select default inst parms',)
833            if res is None: continue
834            rd.instfile = ''
835            rd.instmsg = 'default: '+rd.defaultIparm_lbl[res]
836            return SetPowderInstParms(rd.defaultIparms[res],rd)
837
838    def OnImportPowder(self,event):
839        '''reads powder data using a variety of formats
840        reads an instrument parameter file for each dataset
841        '''
842        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())  # look up which format was requested
843        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportPowderReaderlist,
844            'Powder Data',multiple=True)
845        if len(rdlist) == 0: return
846        self.CheckNotebook()
847        Iparm = None
848        lastIparmfile = ''
849        lastdatafile = ''
850        for rd in rdlist:
851            # get instrument parameters for each dataset
852            Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
853            lastIparmfile = rd.instfile
854            lastdatafile = rd.powderentry[0]
855            print 'Read powder data '+str(rd.idstring)+ \
856                ' from file '+str(self.lastimport) + \
857                ' with parameters from '+str(rd.instmsg)
858            # data are read, now store them in the tree
859            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,
860                text='PWDR '+rd.idstring)
861            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
862                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
863                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
864                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
865                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
866                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
867                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
868                if 'Itype' in Iparm2:
869                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
870                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
871                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
872                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
873                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
874                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
875                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
876                    var /= YI**2
877                    rd.powderdata[2] = 1./var
878                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
879                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
880                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
881            Tmin = min(rd.powderdata[0])
882            Tmax = max(rd.powderdata[0])
883            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},rd.powderdata])
884            self.PatternTree.SetItemPyData(
885                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
886                rd.comments)
887            self.PatternTree.SetItemPyData(
888                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
889                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
890            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
891            self.PatternTree.SetItemPyData(
892                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
893                [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
894                 {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
895            self.PatternTree.SetItemPyData(
896                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
897                [Iparm1,Iparm2])
898            self.PatternTree.SetItemPyData(
899                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
900                rd.Sample)
901            self.PatternTree.SetItemPyData(
902                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
903                ,[])
904            self.PatternTree.SetItemPyData(
905                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
906                [])
907            self.PatternTree.SetItemPyData(
908                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
909                [])
910            self.PatternTree.SetItemPyData(
911                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
912                {})
913            self.PatternTree.Expand(Id)
914        self.PatternTree.SelectItem(Id)
915        return # success
916
917    def _init_Exports(self,parent):
918        '''This is a place holder for when exports are handled in a manner similar to imports
919        '''
920#        submenu = wx.Menu()
921#        item = parent.AppendMenu(
922#            wx.ID_ANY, 'entire project',
923#            submenu, help='Export entire project')
924#        item = submenu.Append(
925#            wx.ID_ANY,
926#            help='this is a module for testing',
927#            kind=wx.ITEM_NORMAL,
928#            text='to test file')
929#        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportTest, id=item.GetId())
930#        import G2export
931#    def OnExportTest(self,event):
932#        import G2export
933#        reload(G2export)
934#        G2export.ProjExport(self)
935
936    def _Add_ExportMenuItems(self,parent):
937        item = parent.Append(
938            help='Select PWDR item to enable',id=wx.ID_ANY,
939            kind=wx.ITEM_NORMAL,
940            text='Export Powder Patterns...')
941        self.ExportPattern.append(item)
942        item.Enable(False)
943        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPatterns, id=item.GetId())
944
945        item = parent.Append(
946            help='',id=wx.ID_ANY,
947            kind=wx.ITEM_NORMAL,
948            text='Export All Peak Lists...')
949        self.ExportPeakList.append(item)
950        item.Enable(True)
951        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=item.GetId())
952
953        item = parent.Append(
954            help='',id=wx.ID_ANY,
955            kind=wx.ITEM_NORMAL,
956            text='Export HKLs...')
957        self.ExportHKL.append(item)
958        item.Enable(False)
959        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=item.GetId())
960
961        item = parent.Append(
962            help='Select PDF item to enable',
963            id=wx.ID_ANY,
964            kind=wx.ITEM_NORMAL,
965            text='Export PDF...')
966        self.ExportPDF.append(item)
967        item.Enable(False)
968        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPDF, id=item.GetId())
969
970        item = parent.Append(
971            help='',id=wx.ID_ANY,
972            kind=wx.ITEM_NORMAL,
973            text='Export Phase...')
974        self.ExportPhase.append(item)
975        item.Enable(False)
976        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPhase, id=item.GetId())
977
978        item = parent.Append(
979            help='',id=wx.ID_ANY,
980            kind=wx.ITEM_NORMAL,
981            text='Export CIF...')
982        self.ExportCIF.append(item)
983        item.Enable(False)
984        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportCIF, id=item.GetId())
985               
986    def FillMainMenu(self,menubar):
987        '''Define contents of the main GSAS-II menu for the (main) data tree window
988        in the mac, used also for the data item windows as well.
989        '''
990        File = wx.Menu(title='')
991        menubar.Append(menu=File, title='&File')
992        self._Add_FileMenuItems(File)
993        Data = wx.Menu(title='')
994        menubar.Append(menu=Data, title='Data')
995        self._Add_DataMenuItems(Data)
996        Calculate = wx.Menu(title='')       
997        menubar.Append(menu=Calculate, title='&Calculate')
998        self._Add_CalculateMenuItems(Calculate)
999        Import = wx.Menu(title='')       
1000        menubar.Append(menu=Import, title='Import')
1001        self._Add_ImportMenu_Phase(Import)
1002        self._Add_ImportMenu_powder(Import)
1003        self._Add_ImportMenu_Sfact(Import)
1004        Export = wx.Menu(title='')       
1005        menubar.Append(menu=Export, title='Export')
1006        self._Add_ExportMenuItems(Export)
1007        #self._init_Exports(Export)
1008        HelpMenu=G2gd.MyHelp(self,helpType='Data tree',
1009            morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials')])
1010        menubar.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1011
1012    def _init_ctrls(self, parent):
1013        wx.Frame.__init__(self, name='GSASII', parent=parent,
1014            size=wx.Size(400, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II data tree')
1015        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
1016        Size = self.GetSize()
1017        xPos = clientSize[2]-Size[0]
1018        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]))
1019        self._init_Imports()
1020        #initialize Menu item objects (these contain lists of menu items that are enabled or disabled)
1021        self.MakePDF = []
1022        self.Refine = []
1023        self.SeqRefine = []
1024        self.ExportPattern = []
1025        self.ExportPeakList = []
1026        self.ExportHKL = []
1027        self.ExportPDF = []
1028        self.ExportPhase = []
1029        self.ExportCIF = []
1030        #
1031        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
1032        self.FillMainMenu(self.GSASIIMenu)
1033        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
1034        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
1035        self.CreateStatusBar()
1036        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
1037       
1038        wxID_PATTERNTREE = wx.NewId()
1039        self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE,
1040            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
1041        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED,
1042            self.OnPatternTreeSelChanged, id=wxID_PATTERNTREE)
1043        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
1044            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_PATTERNTREE)
1045        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
1046            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_PATTERNTREE)
1047        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_DELETE_ITEM,
1048            self.OnPatternTreeItemDelete, id=wxID_PATTERNTREE)
1049        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_KEY_DOWN,
1050            self.OnPatternTreeKeyDown, id=wxID_PATTERNTREE)
1051        self.root = self.PatternTree.AddRoot('Loaded Data: ')
1052       
1053        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
1054            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
1055        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
1056        plotFrame.Show()
1057       
1058        self.dataDisplay = None
1059       
1060    def __init__(self, parent):
1061        self._init_ctrls(parent)
1062        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
1063        # various defaults
1064        self.oldFocus = None
1065        self.GSASprojectfile = ''
1066        self.dirname = os.path.expanduser('~')       #start in the users home directory by default; may be meaningless
1067        self.undofile = ''
1068        self.TreeItemDelete = False
1069        self.Offset = [0.0,0.0]
1070        self.delOffset = .02
1071        self.refOffset = -100.0
1072        self.refDelt = .01
1073        self.Weight = False
1074        self.IparmName = ''  # to be removed when SelectPowderData & GetInstrumentFile is
1075        self.IfPlot = False
1076        self.PatternId = 0
1077        self.PickId = 0
1078        self.PeakTable = []
1079        self.LimitsTable = []
1080        self.HKL = []
1081        self.Lines = []
1082        self.itemPicked = None
1083        self.dataFrame = None
1084        self.Interpolate = 'nearest'
1085        self.ContourColor = 'Paired'
1086        self.VcovColor = 'RdYlGn'
1087        self.RamaColor = 'Blues'
1088        self.Projection = 'equal area'
1089        self.logPlot = False
1090        self.qPlot = False
1091        self.Contour = False
1092        self.Legend = False
1093        self.SinglePlot = False
1094        self.SubBack = False
1095        self.plotView = 0
1096        self.Image = 0
1097        self.oldImagefile = ''
1098        self.ImageZ = []
1099        self.Integrate = 0
1100        self.imageDefault = {}
1101        self.Sngl = 0
1102        self.ifGetRing = False
1103        self.setPoly = False
1104        arg = sys.argv
1105        if len(arg) > 1:
1106            self.GSASprojectfile = arg[1]
1107            self.dirname = os.path.dirname(arg[1])
1108            if self.dirname: os.chdir(self.dirname)
1109            G2IO.ProjFileOpen(self)
1110            self.PatternTree.Expand(self.root)
1111            for item in self.Refine: item.Enable(True)
1112            for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
1113
1114    def OnSize(self,event):
1115        w,h = self.GetClientSizeTuple()
1116        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
1117        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
1118                       
1119    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
1120        if self.TreeItemDelete:
1121            self.TreeItemDelete = False
1122        else:
1123            pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
1124            if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
1125                pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
1126                pltPlot = pltPage.figure
1127            item = event.GetItem()
1128            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
1129            if self.oldFocus:
1130                self.oldFocus.SetFocus()
1131       
1132    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
1133        event.Skip()
1134
1135    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
1136        event.Skip()
1137       
1138    def OnPatternTreeItemDelete(self, event):
1139        self.TreeItemDelete = True
1140
1141    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
1142        event.Skip()
1143       
1144    def OnPatternTreeKeyDown(self,event):
1145        key = event.GetKeyCode()
1146        item = self.PickId
1147        if type(item) is int: return # is this the toplevel in tree?
1148        if key == wx.WXK_UP:
1149            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1150            self.PatternTree.GetPrevSibling(item)
1151        elif key == wx.WXK_DOWN:
1152            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1153            self.PatternTree.GetNextSibling(item)
1154               
1155    def OnReadPowderPeaks(self,event):
1156        Cuka = 1.54052
1157        self.CheckNotebook()
1158        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
1159            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1160        try:
1161            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1162                self.HKL = []
1163                self.powderfile = dlg.GetPath()
1164                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
1165                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+os.path.basename(self.powderfile))
1166                data = ['PKS',Cuka,0.0]
1167                names = ['Type','Lam','Zero'] 
1168                codes = [0,0,0]
1169                inst = [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
1170                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),inst)
1171                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
1172                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),peaks)
1173                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
1174                self.PatternTree.Expand(Id)
1175                self.PatternTree.SelectItem(Id)
1176                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1177        finally:
1178            dlg.Destroy()
1179           
1180    def OnImageRead(self,event):
1181        self.CheckNotebook()
1182        dlg = wx.FileDialog(
1183            self, 'Choose image files', '.', '',
1184            'Any image file (*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img)|'
1185            '*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.zip|'
1186            'European detector file (*.edf)|*.edf|'
1187            'Any detector tif (*.tif;*.tiff)|*.tif;*.tiff|'
1188            'MAR file (*.mar*)|*.mar*|'
1189            'GE Image (*.avg;*.sum)|*.avg;*.sum|'
1190            'ADSC Image (*.img)|*.img|'
1191            'GSAS-II Image (*.G2img)|*.G2img|'
1192            'Zip archive (*.zip)|*.zip|'
1193            'All files (*.*)|*.*',
1194            wx.OPEN | wx.MULTIPLE|wx.CHANGE_DIR)
1195        try:
1196            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1197                imagefiles = dlg.GetPaths()
1198                imagefiles.sort()
1199                for imagefile in imagefiles:
1200                    # if a zip file, open and extract
1201                    if os.path.splitext(imagefile)[1].lower() == '.zip':
1202                        extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(imagefile,parent=self)
1203                        if extractedfile is not None and extractedfile != imagefile:
1204                            imagefile = extractedfile
1205                    Comments,Data,Npix,Image = G2IO.GetImageData(self,imagefile)
1206                    if Comments:
1207                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+os.path.basename(imagefile))
1208                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
1209                        Imax = np.amax(Image)
1210                        Imin = max(0.0,np.amin(Image))          #force positive
1211                        if self.imageDefault:
1212                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
1213                            Data['showLines'] = True
1214                            Data['ring'] = []
1215                            Data['rings'] = []
1216                            Data['cutoff'] = 10
1217                            Data['pixLimit'] = 20
1218                            Data['edgemin'] = 100000000
1219                            Data['calibdmin'] = 0.5
1220                            Data['calibskip'] = 0
1221                            Data['ellipses'] = []
1222                            Data['calibrant'] = ''
1223                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
1224                        else:
1225                            Data['type'] = 'PWDR'
1226                            Data['color'] = 'Paired'
1227                            Data['tilt'] = 0.0
1228                            Data['rotation'] = 0.0
1229                            Data['showLines'] = False
1230                            Data['ring'] = []
1231                            Data['rings'] = []
1232                            Data['cutoff'] = 10
1233                            Data['pixLimit'] = 20
1234                            Data['calibdmin'] = 0.5
1235                            Data['calibskip'] = 0
1236                            Data['edgemin'] = 100000000
1237                            Data['ellipses'] = []
1238                            Data['GonioAngles'] = [0.,0.,0.]
1239                            Data['calibrant'] = ''
1240                            Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
1241                            Data['LRazimuth'] = [135,225]
1242                            Data['azmthOff'] = 0.0
1243                            Data['outChannels'] = 2500
1244                            Data['outAzimuths'] = 1
1245                            Data['centerAzm'] = False
1246                            Data['fullIntegrate'] = False
1247                            Data['setRings'] = False
1248                            Data['background image'] = ['',1.0]                           
1249                        Data['setDefault'] = False
1250                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
1251                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
1252                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
1253                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
1254                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
1255                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'strain':np.zeros((3,3))})
1256                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Npix,imagefile])
1257                        self.PickId = Id
1258                        self.Image = Id
1259                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1260                self.PatternTree.SelectItem(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Image Controls'))             #show last one
1261        finally:
1262            path = dlg.GetDirectory()           # to get Mac/Linux to change directory!
1263            os.chdir(path)
1264            dlg.Destroy()
1265
1266    def CheckNotebook(self):
1267        '''Make sure the data tree has the minimally expected controls
1268        (BHT) correct?
1269        '''
1270        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
1271            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
1272            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
1273        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Controls'):
1274            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
1275            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1276        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Covariance'):
1277            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Covariance')
1278            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1279        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints'):
1280            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Constraints')
1281            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})
1282        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Restraints'):
1283            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Restraints')
1284            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1285        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'):
1286            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Rigid bodies')
1287            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Vector':{'AtInfo':{}},
1288                'Residue':{'AtInfo':{}},'Z-matrix':{'AtInfo':{}}})
1289               
1290    class CopyDialog(wx.Dialog):
1291        def __init__(self,parent,title,text,data):
1292            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1293                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1294            self.data = data
1295            panel = wx.Panel(self)
1296            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1297            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1298            mainSizer.Add((10,10),1)
1299            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1300            mainSizer.Add((10,10),1)
1301            ncols = len(data)/40+1
1302            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=ncols,hgap=2,vgap=2)
1303            for id,item in enumerate(self.data):
1304                ckbox = wx.CheckBox(panel,id,item[1])
1305                ckbox.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,self.OnCopyChange)                   
1306                dataGridSizer.Add(ckbox,0,wx.LEFT,10)
1307            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1308            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1309            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1310            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1311            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1312            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1313            btnSizer.Add((20,20),1)
1314            btnSizer.Add(OkBtn)
1315            btnSizer.Add((20,20),1)
1316            btnSizer.Add(cancelBtn)
1317            btnSizer.Add((20,20),1)
1318           
1319            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1320            panel.SetSizer(mainSizer)
1321            panel.Fit()
1322            self.Fit()
1323       
1324        def OnCopyChange(self,event):
1325            id = event.GetId()
1326            self.data[id][0] = self.FindWindowById(id).GetValue()       
1327           
1328        def OnOk(self,event):
1329            parent = self.GetParent()
1330            parent.Raise()
1331            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1332           
1333        def OnCancel(self,event):
1334            parent = self.GetParent()
1335            parent.Raise()
1336            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1337           
1338        def GetData(self):
1339            return self.data
1340       
1341    class SumDialog(wx.Dialog):
1342        def __init__(self,parent,title,text,dataType,data):
1343            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1344                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1345            self.data = data
1346            panel = wx.Panel(self)
1347            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1348            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1349            mainSizer.Add((10,10),1)
1350            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1351            mainSizer.Add((10,10),1)
1352            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
1353            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
1354                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
1355                name.SetEditable(False)
1356                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1357                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
1358                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
1359                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
1360                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
1361            if dataType:
1362                dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+dataType),0, \
1363                    wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
1364                self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1365                self.name.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnNameChange)
1366                self.name.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnNameChange)
1367                dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
1368            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1369            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1370            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1371            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1372            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1373            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1374            btnSizer.Add((20,20),1)
1375            btnSizer.Add(OkBtn)
1376            btnSizer.Add((20,20),1)
1377            btnSizer.Add(cancelBtn)
1378            btnSizer.Add((20,20),1)
1379           
1380            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1381            panel.SetSizer(mainSizer)
1382            panel.Fit()
1383            self.Fit()
1384
1385        def OnScaleChange(self,event):
1386            id = event.GetId()
1387            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
1388            try:
1389                self.data[id][0] = float(value)
1390                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
1391            except ValueError:
1392                if value and '-' not in value[0]:
1393                    print 'bad input - numbers only'
1394                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
1395           
1396        def OnNameChange(self,event):
1397            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
1398           
1399        def OnOk(self,event):
1400            parent = self.GetParent()
1401            parent.Raise()
1402            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1403           
1404        def OnCancel(self,event):
1405            parent = self.GetParent()
1406            parent.Raise()
1407            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1408           
1409        def GetData(self):
1410            return self.data
1411           
1412    class ConstraintDialog(wx.Dialog):
1413        '''Window to edit Constraint values
1414        '''
1415        def __init__(self,parent,title,text,data,separator='*'):
1416            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1417                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1418            self.data = data
1419            panel = wx.Panel(self)
1420            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1421            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1422            mainSizer.Add((10,10),1)
1423            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1424            mainSizer.Add((10,10),1)
1425            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
1426            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
1427                lbl = item[1]
1428                if lbl[-1] != '=': lbl += ' ' + separator + ' '
1429                name = wx.StaticText(panel,-1,lbl,size=wx.Size(200,20),
1430                                     style=wx.ALIGN_RIGHT)
1431                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1432                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
1433                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
1434                dataGridSizer.Add(name,0,wx.LEFT,10)
1435                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.RIGHT,10)
1436            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1437            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1438            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1439            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1440            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1441            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1442            btnSizer.Add((20,20),1)
1443            btnSizer.Add(OkBtn)
1444            btnSizer.Add((20,20),1)
1445            btnSizer.Add(cancelBtn)
1446            btnSizer.Add((20,20),1)
1447           
1448            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1449            panel.SetSizer(mainSizer)
1450            panel.Fit()
1451            self.Fit()
1452            self.CenterOnParent()
1453           
1454        def OnNameChange(self,event):
1455            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
1456           
1457        def OnScaleChange(self,event):
1458            id = event.GetId()
1459            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
1460            try:
1461                self.data[id][0] = float(value)
1462                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
1463            except ValueError:
1464                if value and '-' not in value[0]:
1465                    print 'bad input - numbers only'
1466                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
1467           
1468        def OnOk(self,event):
1469            parent = self.GetParent()
1470            parent.Raise()
1471            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1472           
1473        def OnCancel(self,event):
1474            parent = self.GetParent()
1475            parent.Raise()
1476            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1477           
1478        def GetData(self):
1479            return self.data
1480           
1481    def OnPwdrSum(self,event):
1482        TextList = []
1483        DataList = []
1484        SumList = []
1485        Names = []
1486        Inst = None
1487        SumItemList = []
1488        Comments = ['Sum equals: \n']
1489        if self.PatternTree.GetCount():
1490            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1491            while item:
1492                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1493                Names.append(name)
1494                if 'PWDR' in name:
1495                    TextList.append([0.0,name])
1496                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
1497                    if not Inst:
1498                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
1499                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1500            if len(TextList) < 2:
1501                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
1502                return
1503            TextList.append('default_sum_name')               
1504            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
1505            try:
1506                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1507                    lenX = 0
1508                    Xminmax = [0,0]
1509                    Xsum = []
1510                    Ysum = []
1511                    Vsum = []
1512                    result = dlg.GetData()
1513                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
1514                        scale,name = item
1515                        data = DataList[i]
1516                        if scale:
1517                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
1518                            x,y,w,yc,yb,yd = data   #numpy arrays!
1519                            v = 1./w
1520                            if lenX:
1521                                if lenX != len(x):
1522                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
1523                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
1524                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
1525                                    return
1526                            else:
1527                                lenX = len(x)
1528                            if Xminmax[1]:
1529                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
1530                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
1531                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
1532                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
1533                                    return
1534                                else:
1535                                    for j,yi in enumerate(y):
1536                                         Ysum[j] += scale*yi
1537                                         Vsum[j] += abs(scale)*v[j]
1538                            else:
1539                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
1540                                YCsum = YBsum = YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
1541                                for j,yi in enumerate(y):
1542                                    Xsum.append(x[j])
1543                                    Ysum.append(scale*yi)
1544                                    Vsum.append(abs(scale*v[j]))
1545                    Wsum = 1./np.array(Vsum)
1546                    outname = 'PWDR '+result[-1]
1547                    Id = 0
1548                    if outname in Names:
1549                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
1550                        try:
1551                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
1552                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
1553                                self.PatternTree.Delete(Id)
1554                        finally:
1555                            dlg2.Destroy()
1556                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
1557                    if Id:
1558                        Sample = G2pdG.SetDefaultSample()
1559                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},[np.array(Xsum),np.array(Ysum),np.array(Wsum),
1560                            np.array(YCsum),np.array(YBsum),np.array(YDsum)]])
1561                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
1562                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
1563                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1564                            {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1565                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
1566                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),Sample)
1567                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
1568                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
1569                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
1570                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),{})             
1571                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1572                        self.PatternTree.Expand(Id)
1573                   
1574            finally:
1575                dlg.Destroy()
1576
1577    def OnImageSum(self,event):
1578        TextList = []
1579        DataList = []
1580        SumList = []
1581        Names = []
1582        Inst = []
1583        SumItemList = []
1584        Comments = ['Sum equals: \n']
1585        if self.PatternTree.GetCount():
1586            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1587            while item:
1588                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1589                Names.append(name)
1590                if 'IMG' in name:
1591                    TextList.append([0.0,name])
1592                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
1593                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
1594                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1595            if len(TextList) < 2:
1596                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
1597                return
1598            TextList.append('default_sum_name')               
1599            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
1600            try:
1601                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1602                    imSize = 0
1603                    result = dlg.GetData()
1604                    First = True
1605                    Found = False
1606                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
1607                        scale,name = item
1608                        data = DataList[i]
1609                        if scale:
1610                            Found = True                               
1611                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
1612                            Npix,imagefile = data
1613                            image = G2IO.GetImageData(self,imagefile,imageOnly=True)
1614                            if First:
1615                                newImage = np.zeros_like(image)
1616                                First = False
1617                            if imSize:
1618                                if imSize != Npix:
1619                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
1620                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
1621                                        '\nFound:   '+str(Npix)+'\nfor '+name)
1622                                    return
1623                                newImage = newImage+scale*image
1624                            else:
1625                                imSize = Npix
1626                                newImage = newImage+scale*image
1627                            del(image)
1628                    if not Found:
1629                        self.ErrorDialog('Image sum error','No nonzero image multipliers found')
1630                        return
1631                       
1632                    newImage = np.asfarray(newImage,dtype=np.float32)                       
1633                    outname = 'IMG '+result[-1]
1634                    Id = 0
1635                    if outname in Names:
1636                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
1637                        try:
1638                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
1639                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
1640                        finally:
1641                            dlg2.Destroy()
1642                    else:
1643                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
1644                    if Id:
1645                        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose sum image filename', '.', '', 
1646                            'G2img files (*.G2img)|*.G2img', 
1647                            wx.SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1648                        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1649                            newimagefile = dlg.GetPath()
1650                            newimagefile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,newimagefile)
1651                            G2IO.PutG2Image(newimagefile,Comments,Data,Npix,newImage)
1652                            Imax = np.amax(newImage)
1653                            Imin = np.amin(newImage)
1654                            newImage = []
1655                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newimagefile])
1656                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
1657                        del(newImage)
1658                        if self.imageDefault:
1659                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
1660                        Data['showLines'] = True
1661                        Data['ring'] = []
1662                        Data['rings'] = []
1663                        Data['cutoff'] = 10
1664                        Data['pixLimit'] = 20
1665                        Data['ellipses'] = []
1666                        Data['calibrant'] = ''
1667                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
1668                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
1669                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
1670                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
1671                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),{})
1672                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1673                        self.PatternTree.Expand(Id)
1674                        self.PickId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,outname)
1675                        self.Image = self.PickId
1676            finally:
1677                dlg.Destroy()
1678                     
1679    def OnAddPhase(self,event):
1680        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
1681            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
1682        else:
1683            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1684        PhaseName = ''
1685        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
1686            style=wx.OK)
1687        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1688            PhaseName = dlg.GetValue()
1689        dlg.Destroy()
1690        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
1691        E,SGData = G2spc.SpcGroup('P 1')
1692        self.PatternTree.SetItemPyData(sub,G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData))
1693       
1694    def OnDeletePhase(self,event):
1695        #Hmm, also need to delete this phase from Reflection Lists for each PWDR histogram
1696        if self.dataFrame:
1697            self.dataFrame.Clear() 
1698        TextList = []
1699        DelList = []
1700        DelItemList = []
1701        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
1702            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1703        else:
1704            return
1705        if sub:
1706            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1707            while item:
1708                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
1709                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
1710            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
1711            try:
1712                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1713                    result = dlg.GetSelections()
1714                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
1715                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1716                    i = 0
1717                    while item:
1718                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
1719                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1720                        i += 1
1721                    for item in DelItemList:
1722                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1723                        self.PatternTree.Delete(item)
1724                        self.G2plotNB.Delete(name)
1725                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1726                    while item:
1727                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1728                        if 'PWDR' in name:
1729                            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Reflection Lists')
1730                            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
1731                            for i,item in DelList:
1732                                del(refList[item])
1733                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,refList)
1734                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1735            finally:
1736                dlg.Destroy()
1737               
1738    def OnRenameData(self,event):
1739        name = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)     
1740        if 'PWDR' in name or 'HKLF' in name or 'IMG' in name:
1741            dataType = name[:name.index(' ')+1]                 #includes the ' '
1742            dlg = wx.TextEntryDialog(self,'Data name: '+dataType,'Change data name',
1743                defaultValue=name[name.index(' ')+1:])
1744            try:
1745                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1746                    self.PatternTree.SetItemText(self.PickId,dataType+dlg.GetValue())
1747            finally:
1748                dlg.Destroy()
1749       
1750    def GetFileList(self,fileType,skip=None):        #potentially useful?
1751        fileList = []
1752        Source = ''
1753        id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1754        while id:
1755            name = self.PatternTree.GetItemText(id)
1756            if fileType in name:
1757                if id == skip:
1758                    Source = name
1759                else:
1760                    fileList.append([False,name,id])
1761            id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1762        if skip:
1763            return fileList,Source
1764        else:
1765            return fileList
1766           
1767    def OnDataDelete(self, event):
1768        TextList = ['All Data']
1769        DelList = []
1770        DelItemList = []
1771        ifPWDR = False
1772        ifIMG = False
1773        ifHKLF = False
1774        ifPDF = False
1775        if self.PatternTree.GetCount():
1776            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1777            while item:
1778                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1779                if name not in ['Notebook','Controls','Covariance','Constraints','Restraints','Phases']:
1780                    if 'PWDR' in name: ifPWDR = True
1781                    if 'IMG' in name: ifIMG = True
1782                    if 'HKLF' in name: ifHKLF = True
1783                    if 'PDF' in name: ifPDF = True
1784                    TextList.append(name)
1785                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1786            if ifPWDR: TextList.insert(1,'All PWDR')
1787            if ifIMG: TextList.insert(1,'All IMG')
1788            if ifHKLF: TextList.insert(1,'All HKLF')
1789            if ifPDF: TextList.insert(1,'All PDF')               
1790            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
1791            try:
1792                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1793                    result = dlg.GetSelections()
1794                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
1795                    if 'All Data' in DelList:
1796                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] != 'All']
1797                    elif 'All PWDR' in DelList:
1798                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']
1799                    elif 'All IMG' in DelList:
1800                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'IMG']
1801                    elif 'All HKLF' in DelList:
1802                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'HKLF']
1803                    elif 'All PDF' in DelList:
1804                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'PDF']
1805                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1806                    while item:
1807                        if self.PatternTree.GetItemText(item) in DelList: DelItemList.append(item)
1808                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1809                    for item in DelItemList:
1810                        self.PatternTree.Delete(item)
1811                    self.PickId = 0
1812                    wx.CallAfter(G2plt.PlotPatterns,self,True)                        #so plot gets updated
1813            finally:
1814                dlg.Destroy()
1815
1816    def OnFileOpen(self, event):
1817        result = ''
1818        Id = 0
1819        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
1820            if self.dataFrame:
1821                self.dataFrame.Clear() 
1822            dlg = wx.MessageDialog(
1823                self,
1824                'Do you want to overwrite the current project? '
1825                'Any unsaved changes will be lost. Press OK to continue.',
1826                'Overwrite?',  wx.OK | wx.CANCEL)
1827            try:
1828                result = dlg.ShowModal()
1829                if result == wx.ID_OK:
1830                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
1831                    self.GSASprojectfile = ''
1832                    if self.HKL: self.HKL = []
1833                    if self.G2plotNB.plotList:
1834                        self.G2plotNB.clear()
1835            finally:
1836                dlg.Destroy()
1837        if result != wx.ID_CANCEL:   
1838            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
1839            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
1840                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1841            try:
1842                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1843                    self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
1844                    self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
1845                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
1846                    G2IO.ProjFileOpen(self)
1847                    self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
1848                    self.PatternTree.Expand(self.root)
1849                    self.HKL = []
1850                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1851                    while item and not Id:
1852                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1853                        if name[:4] in ['PWDR','HKLF','IMG ','PDF ']:
1854                            Id = item
1855                        elif name == 'Controls':
1856                            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1857                            if data:
1858                                for item in self.Refine: item.Enable(True)
1859                                for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
1860                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
1861                    if Id:
1862                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1863                    self.CheckNotebook()
1864                    os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1865            finally:
1866                dlg.Destroy()
1867
1868    def OnFileClose(self, event):
1869        if self.dataFrame:
1870            self.dataFrame.Clear()
1871            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
1872        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
1873        try:
1874            result = dlg.ShowModal()
1875            if result == wx.ID_OK:
1876                self.OnFileSaveMenu(event)
1877            if result != wx.ID_CANCEL:
1878                self.GSASprojectfile = ''
1879                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: ')
1880                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
1881                if self.HKL: self.HKL = []
1882                if self.G2plotNB.plotList:
1883                    self.G2plotNB.clear()
1884        finally:
1885            dlg.Destroy()
1886
1887    def OnFileSave(self, event):
1888        if self.GSASprojectfile: 
1889            self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
1890            G2IO.ProjFileSave(self)
1891        else:
1892            self.OnFileSaveas(event)
1893
1894    def OnFileSaveas(self, event):
1895        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
1896            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1897        try:
1898            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1899                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
1900                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
1901                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Saving project as'+self.GSASprojectfile)
1902                self.SetTitle("GSAS-II data tree: "+
1903                              os.path.split(self.GSASprojectfile)[1])
1904                G2IO.ProjFileSave(self)
1905                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1906        finally:
1907            dlg.Destroy()
1908
1909    def ExitMain(self, event):
1910        if self.undofile:
1911            os.remove(self.undofile)
1912        sys.exit()
1913       
1914    def OnFileExit(self, event):
1915        if self.dataFrame:
1916            self.dataFrame.Clear() 
1917            self.dataFrame.Destroy()
1918        self.Close()
1919       
1920    def OnExportPatterns(self,event):
1921        names = ['All']
1922        exports = []
1923        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1924        while item:
1925            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1926            if 'PWDR' in name:
1927                names.append(name)
1928            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1929        if names:
1930            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','Powder patterns to export',names)
1931            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1932                sel = dlg.GetSelections()
1933                if sel[0] == 0:
1934                    exports = names[1:]
1935                else:
1936                    for x in sel:
1937                        exports.append(names[x])
1938            dlg.Destroy()
1939        if exports:
1940            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output powder file name', '.', '', 
1941                'GSAS fxye file (*.fxye)|*.fxye|xye file (*.xye)|*.xye',
1942                wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1943            try:
1944                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1945                    powderfile = dlg.GetPath()
1946                    powderfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,powderfile)
1947                    if 'fxye' in powderfile:
1948                        G2IO.powderFxyeSave(self,exports,powderfile)
1949                    else:       #just xye
1950                        G2IO.powderXyeSave(self,exports,powderfile)
1951            finally:
1952                dlg.Destroy()
1953       
1954    def OnExportPeakList(self,event):
1955        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
1956            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1957        try:
1958            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1959                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
1960                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
1961                file = open(self.peaklistfile,'w')               
1962                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1963                while item:
1964                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1965                    if 'PWDR' in name:
1966                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
1967                        while item2:
1968                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
1969                            if name2 == 'Peak List':
1970                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
1971                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))               
1972                                for peak in peaks:
1973                                    file.write("%10.4f %12.2f %10.3f %10.3f \n" % \
1974                                        (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6]))
1975                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
1976                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
1977                file.close()
1978        finally:
1979            dlg.Destroy()
1980       
1981    def OnExportHKL(self,event):
1982        event.Skip()
1983       
1984    def OnExportPDF(self,event):
1985        #need S(Q) and G(R) to be saved here - probably best from selection?
1986        names = ['All']
1987        exports = []
1988        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1989        while item:
1990            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1991            if 'PDF' in name:
1992                names.append(name)
1993            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1994        if names:
1995            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','PDF patterns to export',names)
1996            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1997                sel = dlg.GetSelections()
1998                if sel[0] == 0:
1999                    exports = names[1:]
2000                else:
2001                    for x in sel:
2002                        exports.append(names[x])
2003            dlg.Destroy()
2004        if exports:
2005            G2IO.PDFSave(self,exports)
2006       
2007    def OnExportPhase(self,event):
2008        event.Skip()
2009       
2010    def OnExportCIF(self,event):
2011        event.Skip()
2012
2013    def OnMakePDFs(self,event):
2014        tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
2015        TextList = ['All PWDR']
2016        PDFlist = []
2017        Names = []
2018        if self.PatternTree.GetCount():
2019            id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2020            while id:
2021                name = self.PatternTree.GetItemText(id)
2022                Names.append(name)
2023                if 'PWDR' in name:
2024                    TextList.append(name)
2025                id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2026            if len(TextList) == 1:
2027                self.ErrorDialog('Nothing to make PDFs for','There must be at least one "PWDR" pattern')
2028                return
2029            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Make PDF controls','Make PDF controls for:',TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2030            try:
2031                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2032                    result = dlg.GetSelections()
2033                    for i in result: PDFlist.append(TextList[i])
2034                    if 0 in result:
2035                        PDFlist = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']                       
2036                    for item in PDFlist:
2037                        PWDRname = item[4:]
2038                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PDF '+PWDRname)
2039                        Data = {
2040                            'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0,'Add':0.0},
2041                            'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2042                            'Container':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2043                            'Container Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},'ElList':{},
2044                            'Geometry':'Cylinder','Diam':1.0,'Pack':0.50,'Form Vol':10.0,
2045                            'DetType':'Image plate','ObliqCoeff':0.2,'Ruland':0.025,'QScaleLim':[0,100],
2046                            'Lorch':True,}
2047                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='PDF Controls'),Data)
2048                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='I(Q)'+PWDRname),[])       
2049                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='S(Q)'+PWDRname),[])       
2050                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='F(Q)'+PWDRname),[])       
2051                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='G(R)'+PWDRname),[])       
2052                for item in self.ExportPDF: item.Enable(True)
2053            finally:
2054                dlg.Destroy()
2055               
2056    def GetPWDRdatafromTree(self,PWDRname):
2057        ''' Returns powder data from GSASII tree
2058        input:
2059            PWDRname = powder histogram name as obtained from GetHistogramNames
2060        return:
2061            PWDRdata = powder data dictionary with:
2062                Data - powder data arrays, Limits, Instrument Parameters, Sample Parameters           
2063        '''
2064        PWDRdata = {}
2065        try:
2066            PWDRdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[0])            #wtFactor + ?
2067        except ValueError:
2068            PWDRdata['wtFactor'] = 1.0
2069        PWDRdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[1]          #powder data arrays
2070        PWDRdata['Limits'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Limits'))
2071        PWDRdata['Background'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Background'))
2072        PWDRdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Instrument Parameters'))
2073        PWDRdata['Sample Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Sample Parameters'))
2074        PWDRdata['Reflection Lists'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Reflection Lists'))
2075        if 'ranId' not in PWDRdata['Sample Parameters']:
2076            PWDRdata['Sample Parameters']['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
2077        PWDRdata['ranId'] = PWDRdata['Sample Parameters']['ranId']
2078        return PWDRdata
2079
2080    def GetHKLFdatafromTree(self,HKLFname):
2081        ''' Returns single crystal data from GSASII tree
2082        input:
2083            HKLFname = single crystal histogram name as obtained from GetHistogramNames
2084        return:
2085            HKLFdata = single crystal data list of reflections: for each reflection:
2086                HKLF =
2087        '''
2088        HKLFdata = {}
2089        try:
2090            HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
2091        except ValueError:
2092            HKLFdata['wtFactor'] = 1.0
2093        HKLFdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[1]
2094        HKLFdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,HKLFname,'Instrument Parameters'))
2095        return HKLFdata
2096       
2097    def GetPhaseData(self):
2098        phaseData = {}
2099        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2100            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2101        else:
2102            print 'no phases to be refined'
2103            return
2104        if sub:
2105            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2106            while item:
2107                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2108                phaseData[phaseName] =  self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2109                if 'ranId' not in phaseData[phaseName]:
2110                    phaseData[phaseName]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)         
2111                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2112        return phaseData               
2113                   
2114    def GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree(self):
2115        ''' Returns all histograms that are found in any phase
2116        and any phase that uses a histogram
2117        return:
2118            Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
2119            Phases = dictionary of phases that use histograms
2120        '''
2121        phaseData = self.GetPhaseData()
2122        if not phaseData:
2123            return {},{}
2124        Histograms = {}
2125        Phases = {}
2126        pId = 0
2127        hId = 0
2128        for phase in phaseData:
2129            Phase = phaseData[phase]
2130            if Phase['Histograms']:
2131                if phase not in Phases:
2132                    Phase['pId'] = pId
2133                    pId += 1
2134                    Phases[phase] = Phase
2135                for hist in Phase['Histograms']:
2136                    if hist not in Histograms:
2137                        item = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,hist)
2138                        if 'PWDR' in hist[:4]: 
2139                            Histograms[hist] = self.GetPWDRdatafromTree(item)
2140                        elif 'HKLF' in hist[:4]:
2141                            Histograms[hist] = self.GetHKLFdatafromTree(item)
2142                        #future restraint, etc. histograms here           
2143                        Histograms[hist]['hId'] = hId
2144                        hId += 1
2145        return Histograms,Phases
2146       
2147    class ViewParmDialog(wx.Dialog):
2148        def __init__(self,parent,title,parmDict):
2149            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title,size=(300,430),
2150                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2151            panel = wx.Panel(self,size=(300,430))
2152            parmNames = parmDict.keys()
2153            parmNames.sort()
2154            parmText = ' p:h:Parameter       refine?              value\n'
2155            for name in parmNames:
2156                parmData = parmDict[name]
2157                try:
2158                    parmText += ' %s \t%12.4g \n'%(name.ljust(19)+'\t'+parmData[1],parmData[0])
2159                except TypeError:
2160                    pass
2161            parmTable = wx.TextCtrl(panel,-1,parmText,
2162                style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY,size=(290,400))
2163            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2164            mainSizer.Add(parmTable)
2165            panel.SetSizer(mainSizer)
2166                           
2167    def OnViewLSParms(self,event):
2168        parmDict = {}
2169        Histograms,Phases = self.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
2170        Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable = G2str.GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,Print=False)       
2171        hapVary,hapDict,controlDict = G2str.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
2172        histVary,histDict,controlDict = G2str.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
2173        varyList = phaseVary+hapVary+histVary
2174        parmDict.update(phaseDict)
2175        parmDict.update(hapDict)
2176        parmDict.update(histDict)
2177        for parm in parmDict:
2178            if parm.split(':')[-1] in ['Azimuth','Gonio. radius','Lam1','Lam2',
2179                'Omega','Chi','Phi','nDebye','nPeaks']:
2180                parmDict[parm] = [parmDict[parm],' ']
2181            elif parm.split(':')[-2] in ['Ax','Ay','Az','SHmodel','SHord']:
2182                parmDict[parm] = [parmDict[parm],' ']
2183            elif parm in varyList:
2184                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'True']
2185            else:
2186                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'False']
2187        parmDict[' Num refined'] = [len(varyList),'']
2188        dlg = self.ViewParmDialog(self,'Parameters for least squares',parmDict)
2189        try:
2190            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2191                print 'do something with changes?? - No!'
2192        finally:
2193            dlg.Destroy()
2194       
2195    def OnRefine(self,event):
2196        self.OnFileSave(event)
2197        # check that constraints are OK here
2198        errmsg, warnmsg = G2str.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
2199        if errmsg:
2200            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
2201                  '\nRefinement not possible')
2202            self.ErrorDialog('Constraint Error',
2203                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
2204                             '\nRefinement not possible')
2205            return
2206        if warnmsg:
2207            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2208                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
2209            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
2210                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2211                             warnmsg+
2212                             '\nRefinement not possible')
2213            return
2214        #works - but it'd be better if it could restore plots
2215        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','All data Rw =',101.0, 
2216            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
2217        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
2218        Size = dlg.GetSize()
2219        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
2220        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
2221        dlg.SetSize(Size)
2222        Rw = 100.00
2223        try:
2224            Rw = G2str.Refine(self.GSASprojectfile,dlg)
2225        finally:
2226            dlg.Destroy()
2227        oldId =  self.PatternTree.GetSelection()
2228        oldName = self.PatternTree.GetItemText(oldId)
2229        parentId = self.PatternTree.GetItemParent(oldId)
2230        parentName = ''
2231        if parentId:
2232            parentName = self.PatternTree.GetItemText(parentId)
2233        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results, Rw =%.3f'%(Rw),wx.OK|wx.CANCEL)
2234        try:
2235            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2236                Id = 0
2237                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2238                if self.HKL: self.HKL = []
2239                if self.G2plotNB.plotList:
2240                    self.G2plotNB.clear()
2241                G2IO.ProjFileOpen(self)
2242                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2243                while item and not Id:
2244                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2245                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
2246                        Id = item
2247                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2248                if parentName:
2249                    parentId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, parentName)
2250                    if parentId:
2251                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, parentId, oldName)
2252                    else:
2253                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, oldName)
2254                    self.PatternTree.SelectItem(itemId)
2255                elif Id:
2256                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
2257        finally:
2258            dlg.Destroy()
2259
2260    def OnSeqRefine(self,event):
2261        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequental results')
2262        if not Id:
2263            Id = self.PatternTree.AppendItem(self.root,text='Sequental results')
2264            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,{})           
2265        self.OnFileSave(event)
2266        # check that constraints are OK here
2267        errmsg, warnmsg = G2str.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
2268        if errmsg:
2269            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
2270                  '\nRefinement not possible')
2271            self.ErrorDialog('Constraint Error',
2272                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
2273                             '\nRefinement not possible')
2274            return
2275        if warnmsg:
2276            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2277                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
2278            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
2279                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2280                             warnmsg+'\nRefinement not possible')
2281            return
2282        dlg = wx.ProgressDialog('Residual for histogram 0','Powder profile Rwp =',101.0, 
2283            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
2284        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
2285        Size = dlg.GetSize()
2286        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
2287        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
2288        dlg.SetSize(Size)
2289        try:
2290            G2str.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)
2291        finally:
2292            dlg.Destroy()       
2293        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
2294        try:
2295            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2296                Id = 0
2297                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2298                if self.HKL: self.HKL = []
2299                if self.G2plotNB.plotList:
2300                    self.G2plotNB.clear()
2301                G2IO.ProjFileOpen(self)
2302                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2303                while item and not Id:
2304                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2305                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
2306                        Id = item
2307                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2308                if Id:
2309                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
2310        finally:
2311            dlg.Destroy()
2312       
2313    def ErrorDialog(self,title,message,parent=None, wtype=wx.OK):
2314        result = None
2315        if parent is None:
2316            dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wtype)
2317        else:
2318            dlg = wx.MessageDialog(parent, message, title,  wtype)
2319            dlg.CenterOnParent() # not working on Mac
2320        try:
2321            result = dlg.ShowModal()
2322        finally:
2323            dlg.Destroy()
2324        return result
2325
2326class GSASIImain(wx.App):
2327    def OnInit(self):
2328        self.main = GSASII(None)
2329        self.main.Show()
2330        self.SetTopWindow(self.main)
2331        return True
2332
2333def main():
2334    application = GSASIImain(0)
2335    if wxInspector: wxeye.InspectionTool().Show()
2336
2337    #application.main.OnRefine(None)
2338    application.MainLoop()
2339   
2340if __name__ == '__main__':
2341    main()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.