source: trunk/GSASII.py @ 824

Last change on this file since 824 was 824, checked in by vondreele, 10 years ago

added read of edf (European data file) image files
more work on texture restraints - no derivatives yet

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 106.9 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#GSASII
4########### SVN repository information ###################
5# $Date: 2013-01-10 21:22:25 +0000 (Thu, 10 Jan 2013) $
6# $Author: vondreele $
7# $Revision: 824 $
8# $URL: trunk/GSASII.py $
9# $Id: GSASII.py 824 2013-01-10 21:22:25Z vondreele $
10########### SVN repository information ###################
11
12import os
13import sys
14import math
15import copy
16import random as ran
17import time
18import copy
19import glob
20import imp
21import inspect
22import numpy as np
23import scipy as sp
24import wx
25import matplotlib as mpl
26import wx.lib.inspection as wxeye
27try:
28    import OpenGL as ogl
29except ImportError:
30    print('*******************************************************')
31    print('PyOpenGL is missing from your python installation')
32    print('     - we will try to install it')
33    print('*******************************************************')
34    def install_with_easyinstall(package):
35        try: 
36            print "trying a system-wide PyOpenGl install"
37            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],package])
38            return
39        except:
40            pass
41        try: 
42            print "trying a user level PyOpenGl install"
43            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],'--user',package])
44            return
45        except:
46            print "Install of '+package+' failed. Please report this information:"
47            import traceback
48            print traceback.format_exc()
49            sys.exit()
50    from setuptools.command import easy_install
51    install_with_easyinstall('PyOpenGl')
52    print('*******************************************************')         
53    print('OpenGL has been installed. Please restart GSAS-II')
54    print('*******************************************************')         
55    sys.exit()
56
57# load the GSAS routines
58import GSASIIpath
59GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 824 $")
60import GSASIIIO as G2IO
61import GSASIIgrid as G2gd
62import GSASIIplot as G2plt
63import GSASIIpwd as G2pwd
64import GSASIIpwdGUI as G2pdG
65import GSASIIspc as G2spc
66import GSASIIstruct as G2str
67import GSASIImapvars as G2mv
68import GSASIIsolve as G2sol
69
70#wx inspector - use as needed
71wxInspector = False
72
73# print versions
74print "Python module versions loaded:"
75print "python:     ",sys.version[:5]
76print "wxpython:   ",wx.__version__
77print "matplotlib: ",mpl.__version__
78print "numpy:      ",np.__version__
79print "scipy:      ",sp.__version__
80print "OpenGL:     ",ogl.__version__
81try:
82    import mkl
83    print "Max threads ",mkl.get_max_threads()
84except:
85    pass
86#    print "MKL module not present"
87__version__ = '0.2.0'
88G2gd.__version__ = __version__
89print "This is GSAS-II version:     ",__version__,' revision '+str(GSASIIpath.GetVersionNumber())
90
91# useful degree trig functions
92sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
93cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
94tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
95asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
96acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
97atan2d = lambda x,y: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
98
99def create(parent):
100    return GSASII(parent)
101
102class GSASII(wx.Frame):
103   
104    def _Add_FileMenuItems(self, parent):
105        item = parent.Append(
106            help='Open a gsasii project file (*.gpx)', id=wx.ID_ANY,
107            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Open project...')
108        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpen, id=item.GetId())
109        item = parent.Append(
110            help='Save project to old file', id=wx.ID_ANY,
111            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Save project')
112        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSave, id=item.GetId())
113        item = parent.Append(
114            help='Save project to new file', id=wx.ID_ANY,
115            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save As...')
116        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveas, id=item.GetId())
117        item = parent.Append(
118            help='Close project, saving is optional', id=wx.ID_ANY,
119            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Close project')
120        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileClose, id=item.GetId())
121        item = parent.Append(
122            help='Exit from gsasii', id=wx.ID_ANY,
123            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Exit')
124        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExit, id=item.GetId())
125       
126    def _Add_DataMenuItems(self,parent):
127        item = parent.Append(
128            help='',id=wx.ID_ANY,
129            kind=wx.ITEM_NORMAL,
130            text='Read image data...')
131        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=item.GetId())
132        item = parent.Append(
133            help='',id=wx.ID_ANY,
134            kind=wx.ITEM_NORMAL,
135            text='Read Powder Pattern Peaks...')
136        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=item.GetId())
137        item = parent.Append(
138            help='',id=wx.ID_ANY,
139            kind=wx.ITEM_NORMAL,
140            text='Sum powder data')
141        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSum, id=item.GetId())
142        item = parent.Append(
143            help='',id=wx.ID_ANY,
144            kind=wx.ITEM_NORMAL,
145            text='Sum image data')
146        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=item.GetId())
147        item = parent.Append(
148            help='',id=wx.ID_ANY,
149            kind=wx.ITEM_NORMAL,
150            text='Add phase')
151        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=item.GetId())
152        item = parent.Append(
153            help='',id=wx.ID_ANY,
154            kind=wx.ITEM_NORMAL,
155            text='Delete phase')
156        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=item.GetId())
157        item = parent.Append(
158            help='',id=wx.ID_ANY,
159            kind=wx.ITEM_NORMAL,
160            text='Rename data') 
161        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRenameData, id=item.GetId())
162        item = parent.Append(
163            help='',id=wx.ID_ANY,
164            kind=wx.ITEM_NORMAL,
165            text='Delete data')
166        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDelete, id=item.GetId())
167               
168    def _Add_CalculateMenuItems(self,parent):
169        item = parent.Append(help='Make new PDFs from selected powder patterns', 
170            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make new PDFs')
171        self.MakePDF.append(item)
172#        item.Enable(False)
173        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMakePDFs, id=item.GetId())
174       
175        item = parent.Append(help='View least squares parameters', 
176            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&View LS parms')
177        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnViewLSParms, id=item.GetId())
178       
179        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
180            text='&Refine')
181        self.Refine.append(item)
182        item.Enable(False)
183        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRefine, id=item.GetId())
184       
185        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
186            text='Sequental refine')
187        self.SeqRefine.append(item)
188        item.Enable(False)
189        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSeqRefine, id=item.GetId())
190       
191    def _init_Imports(self):
192        '''import all the G2phase*.py & G2sfact*.py & G2pwd*.py files that
193        are found in the path
194        '''
195
196        self.ImportPhaseReaderlist = []
197        self._init_Import_routines('phase',self.ImportPhaseReaderlist,'Phase')
198        self.ImportSfactReaderlist = []
199        self._init_Import_routines('sfact',self.ImportSfactReaderlist,'Struct_Factor')
200        self.ImportPowderReaderlist = []
201        self._init_Import_routines('pwd',self.ImportPowderReaderlist,'Powder_Data')
202        self.ImportMenuId = {}
203
204    def _init_Import_routines(self,prefix,readerlist,errprefix):
205        '''import all the import readers matching the prefix
206        '''
207        #path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # location of this file
208        #pathlist = sys.path[:]
209        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
210        path2GSAS2 = os.path.join(
211            os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
212            'imports')
213        pathlist = sys.path[:]
214        if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
215
216        filelist = []
217        for path in pathlist:
218            for filename in glob.iglob(os.path.join(
219                path,
220                "G2"+prefix+"*.py")):
221                filelist.append(filename)   
222                #print 'debug: found',filename
223        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
224        for filename in filelist:
225            path,rootname = os.path.split(filename)
226            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
227            try:
228                fp = None
229                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
230                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
231                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
232                    if clss[0].startswith('_'): continue
233                    if inspect.isclass(clss[1]):
234                        # check if we have the required methods
235                        for m in 'Reader','ExtensionValidator','ContentsValidator':
236                            if not hasattr(clss[1],m): break
237                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
238                        else:
239                            reader = clss[1]() # create an import instance
240                            readerlist.append(reader)
241            except AttributeError:
242                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error'+str(filename)
243                pass
244            except ImportError:
245                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file'+str(filename)
246                pass
247            if fp: fp.close()
248
249    def OnImportGeneric(self,reader,readerlist,label,multiple=False):
250        '''Call the requested import reader or all of the appropriate
251        import readers in response to a menu item
252        '''
253        self.lastimport = ''
254        self.zipfile = None
255        if reader is None:
256            multiple = False
257            #print "use all formats"
258            choices = "any file (*.*)|*.*"
259            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
260            extdict = {}
261            # compile a list of allowed extensions
262            for rd in readerlist:
263                fmt = rd.formatName
264                for extn in rd.extensionlist:
265                    if not extdict.get(extn): extdict[extn] = []
266                    extdict[extn] += [fmt,]
267            for extn in sorted(extdict.keys(),cmp=lambda x,y: cmp(x.lower(), y.lower())):
268                fmt = ''
269                for f in extdict[extn]:
270                    if fmt != "": fmt += ', '
271                    fmt += f
272                choices += "|" + fmt + " file (*" + extn + ")|*" + extn
273        else:
274            readerlist = [reader,]
275            # compile a list of allowed extensions
276            choices = reader.formatName + " file ("
277            w = ""
278            for extn in reader.extensionlist:
279                if w != "": w += ";"
280                w += "*" + extn
281            choices += w + ")|" + w
282            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
283            if not reader.strictExtension:
284                choices += "|any file (*.*)|*.*"
285        # get the file(s)
286        if multiple:
287            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR | wx.MULTIPLE
288        else:
289            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR
290        dlg = wx.FileDialog(self, message="Choose "+label+" input file",
291            defaultFile="",wildcard=choices, style=mode)
292        try:
293            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
294                if multiple:
295                    filelist = dlg.GetPaths()
296                    if len(filelist) == 0: return []
297                else:
298                    filename = dlg.GetPath()
299                    filelist = [filename,]
300                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
301            else: # cancel was pressed
302                return []
303        finally:
304            dlg.Destroy()
305        rd_list = []
306        filelist1 = []
307        for filename in filelist:
308            # is this a zip file?
309            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
310                extractedfiles = G2IO.ExtractFileFromZip(
311                    filename,parent=self,
312                    multipleselect=True)
313                if extractedfiles is None: continue # error or Cancel
314                if extractedfiles != filename:
315                    self.zipfile = filename # save zip name
316                    filelist1 += extractedfiles
317                    continue
318            filelist1.append(filename)
319        filelist = filelist1
320        for filename in filelist:
321            # is this a zip file?
322            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
323                extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(filename,parent=self)
324                if extractedfile is None: continue # error or Cancel
325                if extractedfile != filename:
326                    filename,self.zipfile = extractedfile,filename # now use the file that was created
327            # set what formats are compatible with this file
328            primaryReaders = []
329            secondaryReaders = []
330            for reader in readerlist:
331                flag = reader.ExtensionValidator(filename)
332                if flag is None: 
333                    secondaryReaders.append(reader)
334                elif flag:
335                    primaryReaders.append(reader)
336            if len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0:
337                self.ErrorDialog('No Format','No matching format for file '+filename)
338                return []
339
340            fp = None
341            msg = ''
342            try:
343                fp = open(filename,'Ur')
344                if len(filelist) == 1:
345                    # confirm we have the right file
346                    rdmsg = 'File '+str(filename)+' begins:\n\n'
347                    for i in range(3):
348                        rdmsg += fp.readline()
349                    rdmsg += '\n\nDo you want to read this file?'
350                    if not all([ord(c) < 128 for c in rdmsg]): # show only if ASCII
351                        rdmsg = 'File '+str(
352                            filename)+' is a binary file. Do you want to read this file?'
353                    result = wx.ID_NO
354                    # it would be better to use something that
355                    # would resize better, but this will do for now
356                    dlg = wx.MessageDialog(
357                        self, rdmsg,
358                        'Is this the file you want?', 
359                        wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION,
360                        )
361                    dlg.SetSize((700,300)) # does not resize on Mac
362                    try:
363                        result = dlg.ShowModal()
364                    finally:
365                        dlg.Destroy()
366                    if result == wx.ID_NO: return []
367                           
368                self.lastimport = filename
369                # try the file first with Readers that specify the
370                # files extension and later with ones that allow it
371                flag = False
372                for rd in primaryReaders+secondaryReaders:
373                    try:
374                        fp.seek(0)  # rewind
375                        if not rd.ContentsValidator(fp): continue # rejected on cursory check
376                        repeat = True
377                        rdbuffer = {} # create temporary storage for file reader
378                        block = 0
379                        while repeat:
380                            block += 1
381                            repeat = False
382                            fp.seek(0)  # rewind
383                            rd.objname = os.path.basename(filename)
384                            flag = rd.Reader(filename,fp,self,
385                                             buffer=rdbuffer,
386                                             blocknum=block)
387                            if flag:
388                                rd_list.append(copy.deepcopy(rd)) # success
389                                if rd.repeat: repeat = True
390                    except:
391                        import traceback
392                        print traceback.format_exc()
393                        msg += '\nError reading file '+filename+' with format '+ rd.formatName
394                        #self.ErrorDialog('Read Error',
395                        #                 'Error reading file '+filename
396                        #                 +' with format '+ rd.formatName)
397                        continue
398                    if flag:
399                        if rd.warnings:
400                            self.ErrorDialog('Read Warning','The '+ rd.formatName+
401                                             ' reader reported a warning message:\n\n'+
402                                             rd.warnings)
403                        break # success reading
404                else:
405                    self.ErrorDialog('Read Error','No reader is able to read from file '+filename+msg)
406            except:
407                import traceback
408                print traceback.format_exc()
409                self.ErrorDialog('Open Error','Error on open of file '+filename)
410            finally:
411                if fp: fp.close()
412        return rd_list
413
414    def _Add_ImportMenu_Phase(self,parent):
415        '''configure the Import Phase menus accord to the readers found in _init_Imports
416        '''
417        submenu = wx.Menu()
418        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Phase',
419            submenu, help='Import phase data')
420        for reader in self.ImportPhaseReaderlist:
421            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
422                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
423            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
424            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
425        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
426                              help='Import phase data, use file to try to determine format',
427                              kind=wx.ITEM_NORMAL,
428                              text='guess format from file')
429        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
430
431    def OnImportPhase(self,event):
432        # look up which format was requested
433        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
434        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
435                                  self.ImportPhaseReaderlist,
436                                  'phase')
437        if len(rdlist) == 0: return
438        # for now rdlist is only expected to have one element
439        # but this will allow multiple phases to be imported
440        self.CheckNotebook()
441        for rd in rdlist:
442            dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of phase name
443                self, 'Enter the name for the new phase',
444                'Edit phase name', rd.Phase['General']['Name'],
445                style=wx.OK)
446            dlg.CenterOnParent()
447            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
448                rd.Phase['General']['Name'] = dlg.GetValue()
449            dlg.Destroy()
450            PhaseName = rd.Phase['General']['Name']
451            print 'Read phase '+str(PhaseName)+' from file '+str(self.lastimport)
452            if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
453                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
454            else:
455                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
456            psub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
457            self.PatternTree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
458            self.PatternTree.Expand(self.root) # make sure phases are seen
459            self.PatternTree.Expand(sub) 
460            self.PatternTree.Expand(psub) 
461        return # success
462       
463    def _Add_ImportMenu_Sfact(self,parent):
464        '''configure the Import Structure Factor menus accord to the readers found in _init_Imports
465        '''
466        submenu = wx.Menu()
467        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Structure Factor',
468            submenu, help='Import Structure Factor data')
469        for reader in self.ImportSfactReaderlist:
470            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,               
471                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
472            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
473            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
474        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
475            help='Import Structure Factor, use file to try to determine format',
476            kind=wx.ITEM_NORMAL,
477            text='guess format from file')
478        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
479
480    def OnImportSfact(self,event):
481        # look up which format was requested
482        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
483        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportSfactReaderlist,
484            'Structure Factor')
485        if len(rdlist) == 0: return
486        self.CheckNotebook()
487        for rd in rdlist:
488            HistName = rd.objname
489            if len(rdlist) <= 2: 
490                dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of Structure Factor name
491                    self, 'Enter the name for the new Structure Factor',
492                    'Edit Structure Factor name', HistName,
493                    style=wx.OK)
494                dlg.CenterOnParent()
495                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
496                    HistName = dlg.GetValue()
497                dlg.Destroy()
498            print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
499            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,
500                                             text='HKLF '+HistName)
501            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},rd.RefList])
502            Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
503            self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,rd.Parameters)
504            self.PatternTree.SetItemPyData(
505                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='HKL Plot Controls'),
506                rd.Controls)
507            self.PatternTree.SetItemPyData(
508                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
509            self.PatternTree.SelectItem(Id)
510            self.PatternTree.Expand(Id)
511            self.Sngl = Id
512        return # success
513
514    def _Add_ImportMenu_powder(self,parent):
515        '''configure the Powder Data menus accord to the readers found in _init_Imports
516        '''
517        submenu = wx.Menu()
518        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Powder Data',
519            submenu, help='Import Powder data')
520        for reader in self.ImportPowderReaderlist:
521            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
522                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
523            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
524            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
525        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
526            help='Import powder data, use file to try to determine format',
527            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
528        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
529           
530    def ReadPowderInstprm(self,instfile):       #fix the write routine for [inst1,inst2] style
531        '''Read a GSAS-II (new) instrument parameter file'''
532        if os.path.splitext(instfile)[1].lower() != '.instprm': # invalid file
533            return None           
534        if not os.path.exists(instfile): # no such file
535            return None
536        File = open(instfile,'r')
537        S = File.readline()
538        if not S.startswith('#GSAS-II'): # not a valid file
539            File.close()
540            return None
541        newItems = []
542        newVals = []
543        while S:
544            if S[0] == '#':
545                S = File.readline()
546                continue
547            [item,val] = S[:-1].split(':')
548            newItems.append(item)
549            try:
550                newVals.append(float(val))
551            except ValueError:
552                newVals.append(val)                       
553            S = File.readline()               
554        File.close()
555        return G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,])
556       
557    def ReadPowderIparm(self,instfile,bank,databanks,rd):
558        '''Read a GSAS (old) instrument parameter file'''
559        if not os.path.exists(instfile): # no such file
560            return {}
561        try:
562            fp = open(instfile,'Ur')
563            Iparm = {}
564            for S in fp:
565                Iparm[S[:12]] = S[12:-1]
566        except IOError:
567            print('Error reading file:'+str(instfile))
568        finally:       
569            fp.close()
570
571        try:
572            ibanks = int(Iparm.get('INS   BANK  ').strip())
573        except:
574            ibanks = 1
575        hType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()
576        if ibanks == 1: # there is only one bank here, return it
577            rd.instbank = 1
578            return Iparm
579        if 'PNT' in hType:
580            rd.instbank = bank
581        elif ibanks != databanks:
582            # number of banks in data and prm file not not agree, need a
583            # choice from a human here
584            choices = []
585            for i in range(1,1+ibanks):
586                choices.append('Bank '+str(i))
587            bank = rd.BlockSelector(
588                choices, self,
589                title='Select an instrument parameter bank for '+
590                os.path.split(rd.powderentry[0])[1]+' BANK '+str(bank)+
591                '\nOr use Cancel to select from the default parameter sets',
592                header='Block Selector')
593        if bank is None: return {}
594        # pull out requested bank # bank from the data, and change the bank to 1
595        IparmS = {}
596        for key in Iparm:
597            if key[4:6] == "  ":
598                IparmS[key] = Iparm[key]
599            elif int(key[4:6].strip()) == bank:
600                IparmS[key[:4]+' 1'+key[6:]] = Iparm[key]
601        rd.instbank = bank
602        return IparmS
603                       
604    def GetPowderIparm(self,rd, prevIparm, lastIparmfile, lastdatafile):
605        '''Open and read an instrument parameter file for a data file
606        Returns the list of parameters used in the data tree
607        '''
608        def SetPowderInstParms(Iparm, rd):
609            '''extracts values from instrument parameters in rd.instdict
610            or in array Iparm.
611            Create and return the contents of the instrument parameter tree entry.
612            '''
613            DataType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()[:3]  # take 1st 3 chars
614            # override inst values with values read from data file
615            if rd.instdict.get('type'):
616                DataType = rd.instdict.get('type')
617            data = [DataType,]
618            if 'C' in DataType:
619                wave1 = None
620                wave2 = 0.0
621                if rd.instdict.get('wave'):
622                    wl = rd.instdict.get('wave')
623                    wave1 = wl[0]
624                    if len(wl) > 1: wave2 = wl[1]
625                s = Iparm['INS  1 ICONS']
626                if not wave1:
627                    wave1 = G2IO.sfloat(s[:10])
628                    wave2 = G2IO.sfloat(s[10:20])
629                v = (wave1,wave2,
630                     G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
631                if not v[1]:
632                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth'] 
633                    v = (v[0],v[2],v[4])
634                    codes = [0,0,0,0]
635                else:
636                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth']
637                    codes = [0,0,0,0,0,0]
638                data.extend(v)
639                v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
640                v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
641                data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
642                azm = Iparm.get('INS  1DETAZM')
643                if azm is None: #not in this Iparm file
644                    azm = 0.0
645                else:
646                    azm = float(azm)
647                v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
648                if v1[0] == 3:
649                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
650                else:
651                    data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
652                codes.extend([0,0,0,0,0,0,0])
653                return [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
654            elif 'T' in DataType:
655                names = ['Type','2-theta','difC','difA','Zero','alpha','beta-0','beta-1','sig-0','sig-1','X','Y','Azimuth']
656                codes = [0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0]
657                azm = 0.
658                if 'INS  1DETAZM' in Iparm:
659                    azm = float(Iparm['INS  1DETAZM'])
660                s = Iparm['INS  1BNKPAR'].split()
661                data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),])               #2-theta for bank
662                s = Iparm['INS  1 ICONS'].split()
663                data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])    #difC, difA, Zero
664                s = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()
665                pfType = int(s[0])
666                s = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
667                if abs(pfType) == 1:
668                    data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])])
669                    s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
670                    data.extend([0.0,G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,azm])
671                elif abs(pfType) in [3,4,5]:
672                    data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])
673                    if abs(pfType) == 4:
674                        data.extend([0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,azm])
675                    else:
676                        s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
677                        data.extend([0.0,G2IO.sfloat(s[0]),0.0,0.0,azm])                       
678                Inst1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
679                Inst2 = {}
680                if pfType < 0:
681                    Ipab = 'INS  1PAB'+str(-pfType)
682                    Npab = int(Iparm[Ipab+'  '].strip())
683                    Inst2['Pdabc'] = []
684                    for i in range(Npab):
685                        k = Ipab+str(i+1).rjust(2)
686                        s = Iparm[k].split()
687                        Inst2['Pdabc'].append([float(t) for t in s])
688                    Inst2['Pdabc'] = np.array(Inst2['Pdabc'])
689                    Inst2['Pdabc'].T[3] += Inst2['Pdabc'].T[0]*Inst1['difC'][0] #turn 3rd col into TOF
690                if 'INS  1I ITYP' in Iparm:
691                    s = Iparm['INS  1I ITYP'].split()
692                    Ityp = int(s[0])
693                    Tminmax = [float(s[1])*1000.,float(s[2])*1000.]
694                    Itypes = ['Exponential','Maxwell/Exponential','','Maxwell/Chebyschev','']
695                    if Ityp in [1,2,4]:
696                        Inst2['Itype'] = Itypes[Ityp-1]
697                        Inst2['Tminmax'] = Tminmax
698                        Icoeff = []
699                        Iesd = []
700                        Icovar = []                   
701                        for i in range(3):
702                            s = Iparm['INS  1ICOFF'+str(i+1)].split()
703                            Icoeff += [float(S) for S in s]
704                            s = Iparm['INS  1IECOF'+str(i+1)].split()
705                            Iesd += [float(S) for S in s]
706                        for i in range(8):
707                            s = Iparm['INS  1IECOR'+str(i+1)].split()
708                            Icovar += [float(S) for S in s]
709                        Inst2['Icoeff'] = Icoeff
710                        Inst2['Iesd'] = Iesd
711                        Inst2['Icovar'] = Icovar
712                return [Inst1,Inst2]
713
714        # stuff we might need from the reader
715        filename = rd.powderentry[0]
716        bank = rd.powderentry[2]
717        numbanks = rd.numbanks
718        # is there an instrument parameter file defined for the current data set?
719        if rd.instparm or (lastdatafile == filename and lastIparmfile):
720            if rd.instparm:
721                instfile = os.path.join(os.path.split(filename)[0],
722                                    rd.instparm)
723            else:
724                # for multiple reads of one data file, reuse the inst parm file
725                instfile = lastIparmfile
726            if os.path.exists(instfile):
727                #print 'debug: try read',instfile
728                instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
729                if instParmList is not None:
730                    rd.instfile = instfile
731                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
732                    return instParmList
733                Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
734                if Iparm:
735                    #print 'debug: success'
736                    rd.instfile = instfile
737                    rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
738                    return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
739            else:
740                self.ErrorDialog('Open Error','Error opening instrument parameter file '
741                    +str(instfile)+' requested by file '+ filename)
742        # is there an instrument parameter file matching the current file
743        # with extension .inst or .prm? If so read it
744        basename = os.path.splitext(filename)[0]
745        for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
746            instfile = basename + ext
747            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
748            if instParmList is not None:
749                rd.instfile = instfile
750                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
751                return instParmList
752            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
753            if Iparm:
754                #print 'debug: success'
755                rd.instfile = instfile
756                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
757                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
758            else:
759                #print 'debug: open/read failed',instfile
760                pass # fail silently
761
762        # did we read the data file from a zip? If so, look there for a
763        # instrument parameter file
764        if self.zipfile:
765            for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
766                instfile = G2IO.ExtractFileFromZip(
767                    self.zipfile,
768                    selection=os.path.split(basename + ext)[1],
769                    parent=self)
770                if instfile is not None and instfile != self.zipfile:
771                    print 'debug:',instfile,'created from ',self.zipfile
772                    instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
773                    if instParmList is not None:
774                        rd.instfile = instfile
775                        rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
776                        return instParmList
777                    Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
778                    if Iparm:
779                        rd.instfile = instfile
780                        rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
781                        return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
782                    else:
783                        #print 'debug: open/read for',instfile,'from',self.zipfile,'failed'
784                        pass # fail silently
785
786        while True: # loop until we get a file that works or we get a cancel
787            instfile = ''
788            dlg = wx.FileDialog(
789                self,
790                'Choose inst. param file for "'
791                +rd.idstring
792                +'" (or Cancel for default)',
793                '.', '',
794                'GSAS-II iparm file (*.instprm)|*.instprm|'
795                'GSAS iparm file (*.prm)|*.prm|'
796                'GSAS iparm file (*.inst)|*.inst|'
797                'GSAS iparm file (*.ins)|*.ins|'
798                'All files (*.*)|*.*', 
799                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
800            if os.path.exists(lastIparmfile):
801                dlg.SetFilename(lastIparmfile)
802            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
803                instfile = dlg.GetPath()
804            dlg.Destroy()
805            if not instfile: break
806            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
807            if instParmList is not None:
808                rd.instfile = instfile
809                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
810                return instParmList
811            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
812            if Iparm:
813                #print 'debug: success with',instfile
814                rd.instfile = instfile
815                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
816                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
817            else:
818                self.ErrorDialog('Read Error',
819                                 'Error opening/reading file '+str(instfile))
820       
821        # still no success: offer user choice of defaults
822        while True: # loop until we get a choice
823            choices = []
824            head = 'Select from default instrument parameters for '+rd.idstring
825
826            for l in rd.defaultIparm_lbl:
827                choices.append('Defaults for '+l)
828            res = rd.BlockSelector(
829                choices,
830                ParentFrame=self,
831                title=head,
832                header='Select default inst parms',)
833            if res is None: continue
834            rd.instfile = ''
835            rd.instmsg = 'default: '+rd.defaultIparm_lbl[res]
836            return SetPowderInstParms(rd.defaultIparms[res],rd)
837
838    def OnImportPowder(self,event):
839        '''reads powder data using a variety of formats
840        reads an instrument parameter file for each dataset
841        '''
842        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())  # look up which format was requested
843        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportPowderReaderlist,
844            'Powder Data',multiple=True)
845        if len(rdlist) == 0: return
846        self.CheckNotebook()
847        Iparm = None
848        lastIparmfile = ''
849        lastdatafile = ''
850        for rd in rdlist:
851            # get instrument parameters for each dataset
852            Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
853            lastIparmfile = rd.instfile
854            lastdatafile = rd.powderentry[0]
855            print 'Read powder data '+str(rd.idstring)+ \
856                ' from file '+str(self.lastimport) + \
857                ' with parameters from '+str(rd.instmsg)
858            # data are read, now store them in the tree
859            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,
860                text='PWDR '+rd.idstring)
861            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
862                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
863                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
864                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
865                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
866                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
867                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
868                if 'Itype' in Iparm2:
869                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
870                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
871                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
872                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
873                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
874                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
875                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
876                    var /= YI**2
877                    rd.powderdata[2] = 1./var
878                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
879                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
880                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
881            Tmin = min(rd.powderdata[0])
882            Tmax = max(rd.powderdata[0])
883            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},rd.powderdata])
884            self.PatternTree.SetItemPyData(
885                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
886                rd.comments)
887            self.PatternTree.SetItemPyData(
888                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
889                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
890            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
891            self.PatternTree.SetItemPyData(
892                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
893                [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
894                 {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
895            self.PatternTree.SetItemPyData(
896                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
897                [Iparm1,Iparm2])
898            self.PatternTree.SetItemPyData(
899                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
900                rd.Sample)
901            self.PatternTree.SetItemPyData(
902                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
903                ,[])
904            self.PatternTree.SetItemPyData(
905                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
906                [])
907            self.PatternTree.SetItemPyData(
908                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
909                [])
910            self.PatternTree.SetItemPyData(
911                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
912                {})
913            self.PatternTree.Expand(Id)
914        self.PatternTree.SelectItem(Id)
915        return # success
916
917    def _init_Exports(self,parent):
918        '''This is a place holder for when exports are handled in a manner similar to imports
919        '''
920#        submenu = wx.Menu()
921#        item = parent.AppendMenu(
922#            wx.ID_ANY, 'entire project',
923#            submenu, help='Export entire project')
924#        item = submenu.Append(
925#            wx.ID_ANY,
926#            help='this is a module for testing',
927#            kind=wx.ITEM_NORMAL,
928#            text='to test file')
929#        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportTest, id=item.GetId())
930#        import G2export
931#    def OnExportTest(self,event):
932#        import G2export
933#        reload(G2export)
934#        G2export.ProjExport(self)
935
936    def _Add_ExportMenuItems(self,parent):
937        item = parent.Append(
938            help='Select PWDR item to enable',id=wx.ID_ANY,
939            kind=wx.ITEM_NORMAL,
940            text='Export Powder Patterns...')
941        self.ExportPattern.append(item)
942        item.Enable(False)
943        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPatterns, id=item.GetId())
944
945        item = parent.Append(
946            help='',id=wx.ID_ANY,
947            kind=wx.ITEM_NORMAL,
948            text='Export All Peak Lists...')
949        self.ExportPeakList.append(item)
950        item.Enable(True)
951        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=item.GetId())
952
953        item = parent.Append(
954            help='',id=wx.ID_ANY,
955            kind=wx.ITEM_NORMAL,
956            text='Export HKLs...')
957        self.ExportHKL.append(item)
958        item.Enable(False)
959        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=item.GetId())
960
961        item = parent.Append(
962            help='Select PDF item to enable',
963            id=wx.ID_ANY,
964            kind=wx.ITEM_NORMAL,
965            text='Export PDF...')
966        self.ExportPDF.append(item)
967        item.Enable(False)
968        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPDF, id=item.GetId())
969
970        item = parent.Append(
971            help='',id=wx.ID_ANY,
972            kind=wx.ITEM_NORMAL,
973            text='Export Phase...')
974        self.ExportPhase.append(item)
975        item.Enable(False)
976        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPhase, id=item.GetId())
977
978        item = parent.Append(
979            help='',id=wx.ID_ANY,
980            kind=wx.ITEM_NORMAL,
981            text='Export CIF...')
982        self.ExportCIF.append(item)
983        item.Enable(False)
984        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportCIF, id=item.GetId())
985               
986    def FillMainMenu(self,menubar):
987        '''Define contents of the main GSAS-II menu for the (main) data tree window
988        in the mac, used also for the data item windows as well.
989        '''
990        File = wx.Menu(title='')
991        menubar.Append(menu=File, title='&File')
992        self._Add_FileMenuItems(File)
993        Data = wx.Menu(title='')
994        menubar.Append(menu=Data, title='Data')
995        self._Add_DataMenuItems(Data)
996        Calculate = wx.Menu(title='')       
997        menubar.Append(menu=Calculate, title='&Calculate')
998        self._Add_CalculateMenuItems(Calculate)
999        Import = wx.Menu(title='')       
1000        menubar.Append(menu=Import, title='Import')
1001        self._Add_ImportMenu_Phase(Import)
1002        self._Add_ImportMenu_powder(Import)
1003        self._Add_ImportMenu_Sfact(Import)
1004        Export = wx.Menu(title='')       
1005        menubar.Append(menu=Export, title='Export')
1006        self._Add_ExportMenuItems(Export)
1007        #self._init_Exports(Export)
1008        HelpMenu=G2gd.MyHelp(self,helpType='Data tree',
1009            morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials')])
1010        menubar.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1011
1012    def _init_ctrls(self, parent):
1013        wx.Frame.__init__(self, name='GSASII', parent=parent,
1014            size=wx.Size(400, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II data tree')
1015        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
1016        Size = self.GetSize()
1017        xPos = clientSize[2]-Size[0]
1018        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]))
1019        self._init_Imports()
1020        #initialize Menu item objects (these contain lists of menu items that are enabled or disabled)
1021        self.MakePDF = []
1022        self.Refine = []
1023        self.SeqRefine = []
1024        self.ExportPattern = []
1025        self.ExportPeakList = []
1026        self.ExportHKL = []
1027        self.ExportPDF = []
1028        self.ExportPhase = []
1029        self.ExportCIF = []
1030        #
1031        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
1032        self.FillMainMenu(self.GSASIIMenu)
1033        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
1034        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
1035        self.CreateStatusBar()
1036        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
1037       
1038        wxID_PATTERNTREE = wx.NewId()
1039        self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE,
1040            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
1041        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED,
1042            self.OnPatternTreeSelChanged, id=wxID_PATTERNTREE)
1043        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
1044            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_PATTERNTREE)
1045        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
1046            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_PATTERNTREE)
1047        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_DELETE_ITEM,
1048            self.OnPatternTreeItemDelete, id=wxID_PATTERNTREE)
1049        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_KEY_DOWN,
1050            self.OnPatternTreeKeyDown, id=wxID_PATTERNTREE)
1051        self.root = self.PatternTree.AddRoot('Loaded Data: ')
1052       
1053        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
1054            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
1055        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
1056        plotFrame.Show()
1057       
1058        self.dataDisplay = None
1059       
1060    def __init__(self, parent):
1061        self._init_ctrls(parent)
1062        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
1063        # various defaults
1064        self.oldFocus = None
1065        self.GSASprojectfile = ''
1066        self.dirname = os.path.expanduser('~')       #start in the users home directory by default; may be meaningless
1067        self.undofile = ''
1068        self.TreeItemDelete = False
1069        self.Offset = [0.0,0.0]
1070        self.delOffset = .02
1071        self.refOffset = -100.0
1072        self.refDelt = .01
1073        self.Weight = False
1074        self.IparmName = ''  # to be removed when SelectPowderData & GetInstrumentFile is
1075        self.IfPlot = False
1076        self.PatternId = 0
1077        self.PickId = 0
1078        self.PeakTable = []
1079        self.LimitsTable = []
1080        self.HKL = []
1081        self.Lines = []
1082        self.itemPicked = None
1083        self.dataFrame = None
1084        self.Interpolate = 'nearest'
1085        self.ContourColor = 'Paired'
1086        self.VcovColor = 'RdYlGn'
1087        self.RamaColor = 'Blues'
1088        self.Projection = 'equal area'
1089        self.logPlot = False
1090        self.qPlot = False
1091        self.Contour = False
1092        self.Legend = False
1093        self.SinglePlot = False
1094        self.SubBack = False
1095        self.plotView = 0
1096        self.Image = 0
1097        self.oldImagefile = ''
1098        self.ImageZ = []
1099        self.Integrate = 0
1100        self.imageDefault = {}
1101        self.Sngl = 0
1102        self.ifGetRing = False
1103        self.setPoly = False
1104        arg = sys.argv
1105        if len(arg) > 1:
1106            self.GSASprojectfile = arg[1]
1107            self.dirname = os.path.dirname(arg[1])
1108            if self.dirname: os.chdir(self.dirname)
1109            G2IO.ProjFileOpen(self)
1110            self.PatternTree.Expand(self.root)
1111            for item in self.Refine: item.Enable(True)
1112            for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
1113
1114    def OnSize(self,event):
1115        w,h = self.GetClientSizeTuple()
1116        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
1117        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
1118                       
1119    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
1120        if self.TreeItemDelete:
1121            self.TreeItemDelete = False
1122        else:
1123            pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
1124            if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
1125                pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
1126                pltPlot = pltPage.figure
1127            item = event.GetItem()
1128            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
1129            if self.oldFocus:
1130                self.oldFocus.SetFocus()
1131       
1132    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
1133        event.Skip()
1134
1135    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
1136        event.Skip()
1137       
1138    def OnPatternTreeItemDelete(self, event):
1139        self.TreeItemDelete = True
1140
1141    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
1142        event.Skip()
1143       
1144    def OnPatternTreeKeyDown(self,event):
1145        key = event.GetKeyCode()
1146        item = self.PickId
1147        if type(item) is int: return # is this the toplevel in tree?
1148        if key == wx.WXK_UP:
1149            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1150            self.PatternTree.GetPrevSibling(item)
1151        elif key == wx.WXK_DOWN:
1152            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1153            self.PatternTree.GetNextSibling(item)
1154               
1155    def OnReadPowderPeaks(self,event):
1156        Cuka = 1.54052
1157        self.CheckNotebook()
1158        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
1159            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1160        try:
1161            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1162                self.HKL = []
1163                self.powderfile = dlg.GetPath()
1164                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
1165                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+os.path.basename(self.powderfile))
1166                data = ['PKS',Cuka,0.0]
1167                names = ['Type','Lam','Zero'] 
1168                codes = [0,0,0]
1169                inst = [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
1170                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),inst)
1171                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
1172                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),peaks)
1173                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
1174                self.PatternTree.Expand(Id)
1175                self.PatternTree.SelectItem(Id)
1176                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1177        finally:
1178            dlg.Destroy()
1179           
1180    def OnImageRead(self,event):
1181        self.CheckNotebook()
1182        dlg = wx.FileDialog(
1183            self, 'Choose image files', '.', '',
1184            'Any image file (*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img)|'
1185            '*.edf;*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.zip|'
1186            'European detector file (*.edf)|*.edf|'
1187            'Any detector tif (*.tif;*.tiff)|*.tif;*.tiff|'
1188            'MAR file (*.mar*)|*.mar*|'
1189            'GE Image (*.avg;*.sum)|*.avg;*.sum|'
1190            'ADSC Image (*.img)|*.img|'
1191            'GSAS-II Image (*.G2img)|*.G2img|'
1192            'Zip archive (*.zip)|*.zip|'
1193            'All files (*.*)|*.*',
1194            wx.OPEN | wx.MULTIPLE|wx.CHANGE_DIR)
1195        try:
1196            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1197                imagefiles = dlg.GetPaths()
1198                imagefiles.sort()
1199                for imagefile in imagefiles:
1200                    # if a zip file, open and extract
1201                    if os.path.splitext(imagefile)[1].lower() == '.zip':
1202                        extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(imagefile,parent=self)
1203                        if extractedfile is not None and extractedfile != imagefile:
1204                            imagefile = extractedfile
1205                    Comments,Data,Npix,Image = G2IO.GetImageData(self,imagefile)
1206                    if Comments:
1207                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+os.path.basename(imagefile))
1208                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
1209                        Imax = np.amax(Image)
1210                        Imin = max(0.0,np.amin(Image))          #force positive
1211                        if self.imageDefault:
1212                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
1213                            Data['showLines'] = True
1214                            Data['ring'] = []
1215                            Data['rings'] = []
1216                            Data['cutoff'] = 10
1217                            Data['pixLimit'] = 20
1218                            Data['edgemin'] = 100000000
1219                            Data['calibdmin'] = 0.5
1220                            Data['calibskip'] = 0
1221                            Data['ellipses'] = []
1222                            Data['calibrant'] = ''
1223                        else:
1224                            Data['type'] = 'PWDR'
1225                            Data['color'] = 'Paired'
1226                            Data['tilt'] = 0.0
1227                            Data['rotation'] = 0.0
1228                            Data['showLines'] = False
1229                            Data['ring'] = []
1230                            Data['rings'] = []
1231                            Data['cutoff'] = 10
1232                            Data['pixLimit'] = 20
1233                            Data['calibdmin'] = 0.5
1234                            Data['calibskip'] = 0
1235                            Data['edgemin'] = 100000000
1236                            Data['ellipses'] = []
1237                            Data['calibrant'] = ''
1238                            Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
1239                            Data['LRazimuth'] = [135,225]
1240                            Data['azmthOff'] = 0.0
1241                            Data['outChannels'] = 2500
1242                            Data['outAzimuths'] = 1
1243                            Data['centerAzm'] = False
1244                            Data['fullIntegrate'] = False
1245                            Data['setRings'] = False
1246                            Data['background image'] = ['',1.0]                           
1247                        Data['setDefault'] = False
1248                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
1249                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
1250                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
1251                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
1252                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
1253                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'strain':np.zeros((3,3))})
1254                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Npix,imagefile])
1255                        self.PickId = Id
1256                        self.Image = Id
1257                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1258                self.PatternTree.SelectItem(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Image Controls'))             #show last one
1259        finally:
1260            path = dlg.GetDirectory()           # to get Mac/Linux to change directory!
1261            os.chdir(path)
1262            dlg.Destroy()
1263
1264    def CheckNotebook(self):
1265        '''Make sure the data tree has the minimally expected controls
1266        (BHT) correct?
1267        '''
1268        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
1269            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
1270            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
1271        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Controls'):
1272            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
1273            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1274        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Covariance'):
1275            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Covariance')
1276            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1277        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints'):
1278            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Constraints')
1279            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})
1280        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Restraints'):
1281            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Restraints')
1282            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1283        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'):
1284            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Rigid bodies')
1285            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1286               
1287    class CopyDialog(wx.Dialog):
1288        def __init__(self,parent,title,text,data):
1289            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1290                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1291            self.data = data
1292            panel = wx.Panel(self)
1293            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1294            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1295            mainSizer.Add((10,10),1)
1296            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1297            mainSizer.Add((10,10),1)
1298            ncols = len(data)/40+1
1299            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=ncols,hgap=2,vgap=2)
1300            for id,item in enumerate(self.data):
1301                ckbox = wx.CheckBox(panel,id,item[1])
1302                ckbox.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,self.OnCopyChange)                   
1303                dataGridSizer.Add(ckbox,0,wx.LEFT,10)
1304            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1305            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1306            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1307            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1308            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1309            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1310            btnSizer.Add((20,20),1)
1311            btnSizer.Add(OkBtn)
1312            btnSizer.Add((20,20),1)
1313            btnSizer.Add(cancelBtn)
1314            btnSizer.Add((20,20),1)
1315           
1316            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1317            panel.SetSizer(mainSizer)
1318            panel.Fit()
1319            self.Fit()
1320       
1321        def OnCopyChange(self,event):
1322            id = event.GetId()
1323            self.data[id][0] = self.FindWindowById(id).GetValue()       
1324           
1325        def OnOk(self,event):
1326            parent = self.GetParent()
1327            parent.Raise()
1328            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1329           
1330        def OnCancel(self,event):
1331            parent = self.GetParent()
1332            parent.Raise()
1333            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1334           
1335        def GetData(self):
1336            return self.data
1337       
1338    class SumDialog(wx.Dialog):
1339        def __init__(self,parent,title,text,dataType,data):
1340            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1341                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1342            self.data = data
1343            panel = wx.Panel(self)
1344            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1345            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1346            mainSizer.Add((10,10),1)
1347            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1348            mainSizer.Add((10,10),1)
1349            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
1350            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
1351                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
1352                name.SetEditable(False)
1353                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1354                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
1355                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
1356                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
1357                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
1358            if dataType:
1359                dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+dataType),0, \
1360                    wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
1361                self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1362                self.name.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnNameChange)
1363                self.name.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnNameChange)
1364                dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
1365            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1366            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1367            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1368            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1369            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1370            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1371            btnSizer.Add((20,20),1)
1372            btnSizer.Add(OkBtn)
1373            btnSizer.Add((20,20),1)
1374            btnSizer.Add(cancelBtn)
1375            btnSizer.Add((20,20),1)
1376           
1377            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1378            panel.SetSizer(mainSizer)
1379            panel.Fit()
1380            self.Fit()
1381
1382        def OnScaleChange(self,event):
1383            id = event.GetId()
1384            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
1385            try:
1386                self.data[id][0] = float(value)
1387                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
1388            except ValueError:
1389                if value and '-' not in value[0]:
1390                    print 'bad input - numbers only'
1391                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
1392           
1393        def OnNameChange(self,event):
1394            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
1395           
1396        def OnOk(self,event):
1397            parent = self.GetParent()
1398            parent.Raise()
1399            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1400           
1401        def OnCancel(self,event):
1402            parent = self.GetParent()
1403            parent.Raise()
1404            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1405           
1406        def GetData(self):
1407            return self.data
1408           
1409    class ConstraintDialog(wx.Dialog):
1410        '''Window to edit Constraint values
1411        '''
1412        def __init__(self,parent,title,text,data,separator='*'):
1413            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1414                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1415            self.data = data
1416            panel = wx.Panel(self)
1417            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1418            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1419            mainSizer.Add((10,10),1)
1420            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1421            mainSizer.Add((10,10),1)
1422            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
1423            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
1424                lbl = item[1]
1425                if lbl[-1] != '=': lbl += ' ' + separator + ' '
1426                name = wx.StaticText(panel,-1,lbl,size=wx.Size(200,20),
1427                                     style=wx.ALIGN_RIGHT)
1428                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1429                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
1430                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
1431                dataGridSizer.Add(name,0,wx.LEFT,10)
1432                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.RIGHT,10)
1433            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1434            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1435            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1436            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1437            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1438            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1439            btnSizer.Add((20,20),1)
1440            btnSizer.Add(OkBtn)
1441            btnSizer.Add((20,20),1)
1442            btnSizer.Add(cancelBtn)
1443            btnSizer.Add((20,20),1)
1444           
1445            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1446            panel.SetSizer(mainSizer)
1447            panel.Fit()
1448            self.Fit()
1449            self.CenterOnParent()
1450           
1451        def OnNameChange(self,event):
1452            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
1453           
1454        def OnScaleChange(self,event):
1455            id = event.GetId()
1456            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
1457            try:
1458                self.data[id][0] = float(value)
1459                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
1460            except ValueError:
1461                if value and '-' not in value[0]:
1462                    print 'bad input - numbers only'
1463                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
1464           
1465        def OnOk(self,event):
1466            parent = self.GetParent()
1467            parent.Raise()
1468            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1469           
1470        def OnCancel(self,event):
1471            parent = self.GetParent()
1472            parent.Raise()
1473            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1474           
1475        def GetData(self):
1476            return self.data
1477           
1478    def OnPwdrSum(self,event):
1479        TextList = []
1480        DataList = []
1481        SumList = []
1482        Names = []
1483        Inst = None
1484        SumItemList = []
1485        Comments = ['Sum equals: \n']
1486        if self.PatternTree.GetCount():
1487            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1488            while item:
1489                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1490                Names.append(name)
1491                if 'PWDR' in name:
1492                    TextList.append([0.0,name])
1493                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
1494                    if not Inst:
1495                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
1496                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1497            if len(TextList) < 2:
1498                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
1499                return
1500            TextList.append('default_sum_name')               
1501            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
1502            try:
1503                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1504                    lenX = 0
1505                    Xminmax = [0,0]
1506                    Xsum = []
1507                    Ysum = []
1508                    Vsum = []
1509                    result = dlg.GetData()
1510                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
1511                        scale,name = item
1512                        data = DataList[i]
1513                        if scale:
1514                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
1515                            x,y,w,yc,yb,yd = data   #numpy arrays!
1516                            v = 1./w
1517                            if lenX:
1518                                if lenX != len(x):
1519                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
1520                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
1521                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
1522                                    return
1523                            else:
1524                                lenX = len(x)
1525                            if Xminmax[1]:
1526                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
1527                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
1528                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
1529                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
1530                                    return
1531                                else:
1532                                    for j,yi in enumerate(y):
1533                                         Ysum[j] += scale*yi
1534                                         Vsum[j] += abs(scale)*v[j]
1535                            else:
1536                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
1537                                YCsum = YBsum = YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
1538                                for j,yi in enumerate(y):
1539                                    Xsum.append(x[j])
1540                                    Ysum.append(scale*yi)
1541                                    Vsum.append(abs(scale*v[j]))
1542                    Wsum = 1./np.array(Vsum)
1543                    outname = 'PWDR '+result[-1]
1544                    Id = 0
1545                    if outname in Names:
1546                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
1547                        try:
1548                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
1549                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
1550                                self.PatternTree.Delete(Id)
1551                        finally:
1552                            dlg2.Destroy()
1553                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
1554                    if Id:
1555                        Sample = G2pdG.SetDefaultSample()
1556                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},[np.array(Xsum),np.array(Ysum),np.array(Wsum),
1557                            np.array(YCsum),np.array(YBsum),np.array(YDsum)]])
1558                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
1559                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
1560                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1561                            {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1562                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
1563                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),Sample)
1564                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
1565                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
1566                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
1567                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),{})             
1568                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1569                        self.PatternTree.Expand(Id)
1570                   
1571            finally:
1572                dlg.Destroy()
1573
1574    def OnImageSum(self,event):
1575        TextList = []
1576        DataList = []
1577        SumList = []
1578        Names = []
1579        Inst = []
1580        SumItemList = []
1581        Comments = ['Sum equals: \n']
1582        if self.PatternTree.GetCount():
1583            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1584            while item:
1585                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1586                Names.append(name)
1587                if 'IMG' in name:
1588                    TextList.append([0.0,name])
1589                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
1590                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
1591                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1592            if len(TextList) < 2:
1593                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
1594                return
1595            TextList.append('default_sum_name')               
1596            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
1597            try:
1598                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1599                    imSize = 0
1600                    result = dlg.GetData()
1601                    First = True
1602                    Found = False
1603                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
1604                        scale,name = item
1605                        data = DataList[i]
1606                        if scale:
1607                            Found = True                               
1608                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
1609                            Npix,imagefile = data
1610                            image = G2IO.GetImageData(self,imagefile,imageOnly=True)
1611                            if First:
1612                                newImage = np.zeros_like(image)
1613                                First = False
1614                            if imSize:
1615                                if imSize != Npix:
1616                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
1617                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
1618                                        '\nFound:   '+str(Npix)+'\nfor '+name)
1619                                    return
1620                                newImage = newImage+scale*image
1621                            else:
1622                                imSize = Npix
1623                                newImage = newImage+scale*image
1624                            del(image)
1625                    if not Found:
1626                        self.ErrorDialog('Image sum error','No nonzero image multipliers found')
1627                        return
1628                       
1629                    newImage = np.asfarray(newImage,dtype=np.float32)                       
1630                    outname = 'IMG '+result[-1]
1631                    Id = 0
1632                    if outname in Names:
1633                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
1634                        try:
1635                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
1636                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
1637                        finally:
1638                            dlg2.Destroy()
1639                    else:
1640                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
1641                    if Id:
1642                        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose sum image filename', '.', '', 
1643                            'G2img files (*.G2img)|*.G2img', 
1644                            wx.SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1645                        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1646                            newimagefile = dlg.GetPath()
1647                            newimagefile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,newimagefile)
1648                            G2IO.PutG2Image(newimagefile,Comments,Data,Npix,newImage)
1649                            Imax = np.amax(newImage)
1650                            Imin = np.amin(newImage)
1651                            newImage = []
1652                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newimagefile])
1653                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
1654                        del(newImage)
1655                        if self.imageDefault:
1656                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
1657                        Data['showLines'] = True
1658                        Data['ring'] = []
1659                        Data['rings'] = []
1660                        Data['cutoff'] = 10
1661                        Data['pixLimit'] = 20
1662                        Data['ellipses'] = []
1663                        Data['calibrant'] = ''
1664                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
1665                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
1666                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
1667                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
1668                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),{})
1669                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1670                        self.PatternTree.Expand(Id)
1671                        self.PickId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,outname)
1672                        self.Image = self.PickId
1673            finally:
1674                dlg.Destroy()
1675                     
1676    def OnAddPhase(self,event):
1677        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
1678            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
1679        else:
1680            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1681        PhaseName = ''
1682        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
1683            style=wx.OK)
1684        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1685            PhaseName = dlg.GetValue()
1686        dlg.Destroy()
1687        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
1688        E,SGData = G2spc.SpcGroup('P 1')
1689        self.PatternTree.SetItemPyData(sub,G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData))
1690       
1691    def OnDeletePhase(self,event):
1692        #Hmm, also need to delete this phase from Reflection Lists for each PWDR histogram
1693        if self.dataFrame:
1694            self.dataFrame.Clear() 
1695        TextList = []
1696        DelList = []
1697        DelItemList = []
1698        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
1699            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1700        else:
1701            return
1702        if sub:
1703            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1704            while item:
1705                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
1706                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
1707            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
1708            try:
1709                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1710                    result = dlg.GetSelections()
1711                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
1712                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1713                    i = 0
1714                    while item:
1715                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
1716                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1717                        i += 1
1718                    for item in DelItemList:
1719                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1720                        self.PatternTree.Delete(item)
1721                        self.G2plotNB.Delete(name)
1722                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1723                    while item:
1724                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1725                        if 'PWDR' in name:
1726                            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Reflection Lists')
1727                            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
1728                            for i,item in DelList:
1729                                del(refList[item])
1730                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,refList)
1731                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1732            finally:
1733                dlg.Destroy()
1734               
1735    def OnRenameData(self,event):
1736        name = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)     
1737        if 'PWDR' in name or 'HKLF' in name or 'IMG' in name:
1738            dataType = name[:name.index(' ')+1]                 #includes the ' '
1739            dlg = wx.TextEntryDialog(self,'Data name: '+dataType,'Change data name',
1740                defaultValue=name[name.index(' ')+1:])
1741            try:
1742                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1743                    self.PatternTree.SetItemText(self.PickId,dataType+dlg.GetValue())
1744            finally:
1745                dlg.Destroy()
1746       
1747    def GetFileList(self,fileType,skip=None):        #potentially useful?
1748        fileList = []
1749        Source = ''
1750        id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1751        while id:
1752            name = self.PatternTree.GetItemText(id)
1753            if fileType in name:
1754                if id == skip:
1755                    Source = name
1756                else:
1757                    fileList.append([False,name,id])
1758            id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1759        if skip:
1760            return fileList,Source
1761        else:
1762            return fileList
1763           
1764    def OnDataDelete(self, event):
1765        TextList = ['All Data']
1766        DelList = []
1767        DelItemList = []
1768        ifPWDR = False
1769        ifIMG = False
1770        ifHKLF = False
1771        ifPDF = False
1772        if self.PatternTree.GetCount():
1773            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1774            while item:
1775                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1776                if name not in ['Notebook','Controls','Covariance','Constraints','Restraints','Phases']:
1777                    if 'PWDR' in name: ifPWDR = True
1778                    if 'IMG' in name: ifIMG = True
1779                    if 'HKLF' in name: ifHKLF = True
1780                    if 'PDF' in name: ifPDF = True
1781                    TextList.append(name)
1782                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1783            if ifPWDR: TextList.insert(1,'All PWDR')
1784            if ifIMG: TextList.insert(1,'All IMG')
1785            if ifHKLF: TextList.insert(1,'All HKLF')
1786            if ifPDF: TextList.insert(1,'All PDF')               
1787            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
1788            try:
1789                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1790                    result = dlg.GetSelections()
1791                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
1792                    if 'All Data' in DelList:
1793                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] != 'All']
1794                    elif 'All PWDR' in DelList:
1795                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']
1796                    elif 'All IMG' in DelList:
1797                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'IMG']
1798                    elif 'All HKLF' in DelList:
1799                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'HKLF']
1800                    elif 'All PDF' in DelList:
1801                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'PDF']
1802                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1803                    while item:
1804                        if self.PatternTree.GetItemText(item) in DelList: DelItemList.append(item)
1805                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1806                    for item in DelItemList:
1807                        self.PatternTree.Delete(item)
1808                    self.PickId = 0
1809                    wx.CallAfter(G2plt.PlotPatterns,self,True)                        #so plot gets updated
1810            finally:
1811                dlg.Destroy()
1812
1813    def OnFileOpen(self, event):
1814        result = ''
1815        Id = 0
1816        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
1817            if self.dataFrame:
1818                self.dataFrame.Clear() 
1819            dlg = wx.MessageDialog(
1820                self,
1821                'Do you want to overwrite the current project? '
1822                'Any unsaved changes will be lost. Press OK to continue.',
1823                'Overwrite?',  wx.OK | wx.CANCEL)
1824            try:
1825                result = dlg.ShowModal()
1826                if result == wx.ID_OK:
1827                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
1828                    self.GSASprojectfile = ''
1829                    if self.HKL: self.HKL = []
1830                    if self.G2plotNB.plotList:
1831                        self.G2plotNB.clear()
1832            finally:
1833                dlg.Destroy()
1834        if result != wx.ID_CANCEL:   
1835            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
1836            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
1837                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1838            try:
1839                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1840                    self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
1841                    self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
1842                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
1843                    G2IO.ProjFileOpen(self)
1844                    self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
1845                    self.PatternTree.Expand(self.root)
1846                    self.HKL = []
1847                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1848                    while item and not Id:
1849                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1850                        if name[:4] in ['PWDR','HKLF','IMG ','PDF ']:
1851                            Id = item
1852                        elif name == 'Controls':
1853                            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1854                            if data:
1855                                for item in self.Refine: item.Enable(True)
1856                                for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
1857                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
1858                    if Id:
1859                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1860                    self.CheckNotebook()
1861                    os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1862            finally:
1863                dlg.Destroy()
1864
1865    def OnFileClose(self, event):
1866        if self.dataFrame:
1867            self.dataFrame.Clear()
1868            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
1869        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
1870        try:
1871            result = dlg.ShowModal()
1872            if result == wx.ID_OK:
1873                self.OnFileSaveMenu(event)
1874            if result != wx.ID_CANCEL:
1875                self.GSASprojectfile = ''
1876                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: ')
1877                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
1878                if self.HKL: self.HKL = []
1879                if self.G2plotNB.plotList:
1880                    self.G2plotNB.clear()
1881        finally:
1882            dlg.Destroy()
1883
1884    def OnFileSave(self, event):
1885        if self.GSASprojectfile: 
1886            self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
1887            G2IO.ProjFileSave(self)
1888        else:
1889            self.OnFileSaveas(event)
1890
1891    def OnFileSaveas(self, event):
1892        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
1893            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1894        try:
1895            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1896                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
1897                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
1898                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Saving project as'+self.GSASprojectfile)
1899                self.SetTitle("GSAS-II data tree: "+
1900                              os.path.split(self.GSASprojectfile)[1])
1901                G2IO.ProjFileSave(self)
1902                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1903        finally:
1904            dlg.Destroy()
1905
1906    def ExitMain(self, event):
1907        if self.undofile:
1908            os.remove(self.undofile)
1909        sys.exit()
1910       
1911    def OnFileExit(self, event):
1912        if self.dataFrame:
1913            self.dataFrame.Clear() 
1914            self.dataFrame.Destroy()
1915        self.Close()
1916       
1917    def OnExportPatterns(self,event):
1918        names = ['All']
1919        exports = []
1920        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1921        while item:
1922            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1923            if 'PWDR' in name:
1924                names.append(name)
1925            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1926        if names:
1927            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','Powder patterns to export',names)
1928            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1929                sel = dlg.GetSelections()
1930                if sel[0] == 0:
1931                    exports = names[1:]
1932                else:
1933                    for x in sel:
1934                        exports.append(names[x])
1935            dlg.Destroy()
1936        if exports:
1937            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output powder file name', '.', '', 
1938                'GSAS fxye file (*.fxye)|*.fxye|xye file (*.xye)|*.xye',
1939                wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1940            try:
1941                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1942                    powderfile = dlg.GetPath()
1943                    powderfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,powderfile)
1944                    if 'fxye' in powderfile:
1945                        G2IO.powderFxyeSave(self,exports,powderfile)
1946                    else:       #just xye
1947                        G2IO.powderXyeSave(self,exports,powderfile)
1948            finally:
1949                dlg.Destroy()
1950       
1951    def OnExportPeakList(self,event):
1952        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
1953            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1954        try:
1955            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1956                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
1957                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
1958                file = open(self.peaklistfile,'w')               
1959                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1960                while item:
1961                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1962                    if 'PWDR' in name:
1963                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
1964                        while item2:
1965                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
1966                            if name2 == 'Peak List':
1967                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
1968                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))               
1969                                for peak in peaks:
1970                                    file.write("%10.4f %12.2f %10.3f %10.3f \n" % \
1971                                        (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6]))
1972                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
1973                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
1974                file.close()
1975        finally:
1976            dlg.Destroy()
1977       
1978    def OnExportHKL(self,event):
1979        event.Skip()
1980       
1981    def OnExportPDF(self,event):
1982        #need S(Q) and G(R) to be saved here - probably best from selection?
1983        names = ['All']
1984        exports = []
1985        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1986        while item:
1987            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1988            if 'PDF' in name:
1989                names.append(name)
1990            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1991        if names:
1992            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','PDF patterns to export',names)
1993            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1994                sel = dlg.GetSelections()
1995                if sel[0] == 0:
1996                    exports = names[1:]
1997                else:
1998                    for x in sel:
1999                        exports.append(names[x])
2000            dlg.Destroy()
2001        if exports:
2002            G2IO.PDFSave(self,exports)
2003       
2004    def OnExportPhase(self,event):
2005        event.Skip()
2006       
2007    def OnExportCIF(self,event):
2008        event.Skip()
2009
2010    def OnMakePDFs(self,event):
2011        tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
2012        TextList = ['All PWDR']
2013        PDFlist = []
2014        Names = []
2015        if self.PatternTree.GetCount():
2016            id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2017            while id:
2018                name = self.PatternTree.GetItemText(id)
2019                Names.append(name)
2020                if 'PWDR' in name:
2021                    TextList.append(name)
2022                id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2023            if len(TextList) == 1:
2024                self.ErrorDialog('Nothing to make PDFs for','There must be at least one "PWDR" pattern')
2025                return
2026            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Make PDF controls','Make PDF controls for:',TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2027            try:
2028                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2029                    result = dlg.GetSelections()
2030                    for i in result: PDFlist.append(TextList[i])
2031                    if 0 in result:
2032                        PDFlist = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']                       
2033                    for item in PDFlist:
2034                        PWDRname = item[4:]
2035                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PDF '+PWDRname)
2036                        Data = {
2037                            'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0,'Add':0.0},
2038                            'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2039                            'Container':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2040                            'Container Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},'ElList':{},
2041                            'Geometry':'Cylinder','Diam':1.0,'Pack':0.50,'Form Vol':10.0,
2042                            'DetType':'Image plate','ObliqCoeff':0.2,'Ruland':0.025,'QScaleLim':[0,100],
2043                            'Lorch':True,}
2044                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='PDF Controls'),Data)
2045                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='I(Q)'+PWDRname),[])       
2046                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='S(Q)'+PWDRname),[])       
2047                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='F(Q)'+PWDRname),[])       
2048                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='G(R)'+PWDRname),[])       
2049                for item in self.ExportPDF: item.Enable(True)
2050            finally:
2051                dlg.Destroy()
2052               
2053    def GetPWDRdatafromTree(self,PWDRname):
2054        ''' Returns powder data from GSASII tree
2055        input:
2056            PWDRname = powder histogram name as obtained from GetHistogramNames
2057        return:
2058            PWDRdata = powder data dictionary with:
2059                Data - powder data arrays, Limits, Instrument Parameters, Sample Parameters           
2060        '''
2061        PWDRdata = {}
2062        try:
2063            PWDRdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[0])            #wtFactor + ?
2064        except ValueError:
2065            PWDRdata['wtFactor'] = 1.0
2066        PWDRdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[1]          #powder data arrays
2067        PWDRdata['Limits'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Limits'))
2068        PWDRdata['Background'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Background'))
2069        PWDRdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Instrument Parameters'))
2070        PWDRdata['Sample Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Sample Parameters'))
2071        PWDRdata['Reflection Lists'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Reflection Lists'))
2072        if 'ranId' not in PWDRdata['Sample Parameters']:
2073            PWDRdata['Sample Parameters']['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
2074        PWDRdata['ranId'] = PWDRdata['Sample Parameters']['ranId']
2075        return PWDRdata
2076
2077    def GetHKLFdatafromTree(self,HKLFname):
2078        ''' Returns single crystal data from GSASII tree
2079        input:
2080            HKLFname = single crystal histogram name as obtained from GetHistogramNames
2081        return:
2082            HKLFdata = single crystal data list of reflections: for each reflection:
2083                HKLF =
2084        '''
2085        HKLFdata = {}
2086        try:
2087            HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
2088        except ValueError:
2089            HKLFdata['wtFactor'] = 1.0
2090        HKLFdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[1]
2091        HKLFdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,HKLFname,'Instrument Parameters'))
2092        return HKLFdata
2093       
2094    def GetPhaseData(self):
2095        phaseData = {}
2096        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2097            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2098        else:
2099            print 'no phases to be refined'
2100            return
2101        if sub:
2102            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2103            while item:
2104                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2105                phaseData[phaseName] =  self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2106                if 'ranId' not in phaseData[phaseName]:
2107                    phaseData[phaseName]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)         
2108                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2109        return phaseData               
2110                   
2111    def GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree(self):
2112        ''' Returns all histograms that are found in any phase
2113        and any phase that uses a histogram
2114        return:
2115            Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
2116            Phases = dictionary of phases that use histograms
2117        '''
2118        phaseData = self.GetPhaseData()
2119        if not phaseData:
2120            return {},{}
2121        Histograms = {}
2122        Phases = {}
2123        pId = 0
2124        hId = 0
2125        for phase in phaseData:
2126            Phase = phaseData[phase]
2127            if Phase['Histograms']:
2128                if phase not in Phases:
2129                    Phase['pId'] = pId
2130                    pId += 1
2131                    Phases[phase] = Phase
2132                for hist in Phase['Histograms']:
2133                    if hist not in Histograms:
2134                        item = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,hist)
2135                        if 'PWDR' in hist[:4]: 
2136                            Histograms[hist] = self.GetPWDRdatafromTree(item)
2137                        elif 'HKLF' in hist[:4]:
2138                            Histograms[hist] = self.GetHKLFdatafromTree(item)
2139                        #future restraint, etc. histograms here           
2140                        Histograms[hist]['hId'] = hId
2141                        hId += 1
2142        return Histograms,Phases
2143       
2144    class ViewParmDialog(wx.Dialog):
2145        def __init__(self,parent,title,parmDict):
2146            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title,size=(300,430),
2147                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2148            panel = wx.Panel(self,size=(300,430))
2149            parmNames = parmDict.keys()
2150            parmNames.sort()
2151            parmText = ' p:h:Parameter       refine?              value\n'
2152            for name in parmNames:
2153                parmData = parmDict[name]
2154                try:
2155                    parmText += ' %s \t%12.4g \n'%(name.ljust(19)+'\t'+parmData[1],parmData[0])
2156                except TypeError:
2157                    pass
2158            parmTable = wx.TextCtrl(panel,-1,parmText,
2159                style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY,size=(290,400))
2160            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2161            mainSizer.Add(parmTable)
2162            panel.SetSizer(mainSizer)
2163                           
2164    def OnViewLSParms(self,event):
2165        parmDict = {}
2166        Histograms,Phases = self.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
2167        Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable = G2str.GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,Print=False)       
2168        hapVary,hapDict,controlDict = G2str.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
2169        histVary,histDict,controlDict = G2str.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
2170        varyList = phaseVary+hapVary+histVary
2171        parmDict.update(phaseDict)
2172        parmDict.update(hapDict)
2173        parmDict.update(histDict)
2174        for parm in parmDict:
2175            if parm.split(':')[-1] in ['Azimuth','Gonio. radius','Lam1','Lam2',
2176                'Omega','Chi','Phi','nDebye','nPeaks']:
2177                parmDict[parm] = [parmDict[parm],' ']
2178            elif parm.split(':')[-2] in ['Ax','Ay','Az','SHmodel','SHord']:
2179                parmDict[parm] = [parmDict[parm],' ']
2180            elif parm in varyList:
2181                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'True']
2182            else:
2183                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'False']
2184        parmDict[' Num refined'] = [len(varyList),'']
2185        dlg = self.ViewParmDialog(self,'Parameters for least squares',parmDict)
2186        try:
2187            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2188                print 'do something with changes?? - No!'
2189        finally:
2190            dlg.Destroy()
2191       
2192    def OnRefine(self,event):
2193        self.OnFileSave(event)
2194        # check that constraints are OK here
2195        errmsg, warnmsg = G2str.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
2196        if errmsg:
2197            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
2198                  '\nRefinement not possible')
2199            self.ErrorDialog('Constraint Error',
2200                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
2201                             '\nRefinement not possible')
2202            return
2203        if warnmsg:
2204            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2205                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
2206            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
2207                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2208                             warnmsg+
2209                             '\nRefinement not possible')
2210            return
2211        #works - but it'd be better if it could restore plots
2212        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','All data Rw =',101.0, 
2213            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
2214        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
2215        Size = dlg.GetSize()
2216        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
2217        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
2218        dlg.SetSize(Size)
2219        Rw = 100.00
2220        try:
2221            Rw = G2str.Refine(self.GSASprojectfile,dlg)
2222        finally:
2223            dlg.Destroy()
2224        oldId =  self.PatternTree.GetSelection()
2225        oldName = self.PatternTree.GetItemText(oldId)
2226        parentId = self.PatternTree.GetItemParent(oldId)
2227        parentName = ''
2228        if parentId:
2229            parentName = self.PatternTree.GetItemText(parentId)
2230        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results, Rw =%.3f'%(Rw),wx.OK|wx.CANCEL)
2231        try:
2232            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2233                Id = 0
2234                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2235                if self.HKL: self.HKL = []
2236                if self.G2plotNB.plotList:
2237                    self.G2plotNB.clear()
2238                G2IO.ProjFileOpen(self)
2239                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2240                while item and not Id:
2241                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2242                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
2243                        Id = item
2244                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2245                if parentName:
2246                    parentId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, parentName)
2247                    if parentId:
2248                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, parentId, oldName)
2249                    else:
2250                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, oldName)
2251                    self.PatternTree.SelectItem(itemId)
2252                elif Id:
2253                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
2254        finally:
2255            dlg.Destroy()
2256
2257    def OnSeqRefine(self,event):
2258        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequental results')
2259        if not Id:
2260            Id = self.PatternTree.AppendItem(self.root,text='Sequental results')
2261            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,{})           
2262        self.OnFileSave(event)
2263        # check that constraints are OK here
2264        errmsg, warnmsg = G2str.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
2265        if errmsg:
2266            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
2267                  '\nRefinement not possible')
2268            self.ErrorDialog('Constraint Error',
2269                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
2270                             '\nRefinement not possible')
2271            return
2272        if warnmsg:
2273            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2274                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
2275            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
2276                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2277                             warnmsg+'\nRefinement not possible')
2278            return
2279        dlg = wx.ProgressDialog('Residual for histogram 0','Powder profile Rwp =',101.0, 
2280            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
2281        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
2282        Size = dlg.GetSize()
2283        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
2284        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
2285        dlg.SetSize(Size)
2286        try:
2287            G2str.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)
2288        finally:
2289            dlg.Destroy()       
2290        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
2291        try:
2292            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2293                Id = 0
2294                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2295                if self.HKL: self.HKL = []
2296                if self.G2plotNB.plotList:
2297                    self.G2plotNB.clear()
2298                G2IO.ProjFileOpen(self)
2299                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2300                while item and not Id:
2301                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2302                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
2303                        Id = item
2304                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2305                if Id:
2306                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
2307        finally:
2308            dlg.Destroy()
2309       
2310    def ErrorDialog(self,title,message,parent=None, wtype=wx.OK):
2311        result = None
2312        if parent is None:
2313            dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wtype)
2314        else:
2315            dlg = wx.MessageDialog(parent, message, title,  wtype)
2316            dlg.CenterOnParent() # not working on Mac
2317        try:
2318            result = dlg.ShowModal()
2319        finally:
2320            dlg.Destroy()
2321        return result
2322
2323class GSASIImain(wx.App):
2324    def OnInit(self):
2325        self.main = GSASII(None)
2326        self.main.Show()
2327        self.SetTopWindow(self.main)
2328        return True
2329
2330def main():
2331    application = GSASIImain(0)
2332    if wxInspector: wxeye.InspectionTool().Show()
2333
2334    #application.main.OnRefine(None)
2335    application.MainLoop()
2336   
2337if __name__ == '__main__':
2338    main()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.