source: trunk/GSASII.py @ 823

Last change on this file since 823 was 823, checked in by vondreele, 9 years ago

begin Rigid Body GUI stuff - make tree entry & main GUI
GUI code is in GSASIIconstrGUI.py
begin negative pole figure restraint - GUI done
now working on implementation of restraint
complete chem. comp. restraint

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 106.8 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#GSASII
4########### SVN repository information ###################
5# $Date: 2013-01-09 20:49:22 +0000 (Wed, 09 Jan 2013) $
6# $Author: vondreele $
7# $Revision: 823 $
8# $URL: trunk/GSASII.py $
9# $Id: GSASII.py 823 2013-01-09 20:49:22Z vondreele $
10########### SVN repository information ###################
11
12import os
13import sys
14import math
15import copy
16import random as ran
17import time
18import copy
19import glob
20import imp
21import inspect
22import numpy as np
23import scipy as sp
24import wx
25import matplotlib as mpl
26import wx.lib.inspection as wxeye
27try:
28    import OpenGL as ogl
29except ImportError:
30    print('*******************************************************')
31    print('PyOpenGL is missing from your python installation')
32    print('     - we will try to install it')
33    print('*******************************************************')
34    def install_with_easyinstall(package):
35        try: 
36            print "trying a system-wide PyOpenGl install"
37            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],package])
38            return
39        except:
40            pass
41        try: 
42            print "trying a user level PyOpenGl install"
43            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],'--user',package])
44            return
45        except:
46            print "Install of '+package+' failed. Please report this information:"
47            import traceback
48            print traceback.format_exc()
49            sys.exit()
50    from setuptools.command import easy_install
51    install_with_easyinstall('PyOpenGl')
52    print('*******************************************************')         
53    print('OpenGL has been installed. Please restart GSAS-II')
54    print('*******************************************************')         
55    sys.exit()
56
57# load the GSAS routines
58import GSASIIpath
59GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 823 $")
60import GSASIIIO as G2IO
61import GSASIIgrid as G2gd
62import GSASIIplot as G2plt
63import GSASIIpwd as G2pwd
64import GSASIIpwdGUI as G2pdG
65import GSASIIspc as G2spc
66import GSASIIstruct as G2str
67import GSASIImapvars as G2mv
68import GSASIIsolve as G2sol
69
70#wx inspector - use as needed
71wxInspector = False
72
73# print versions
74print "Python module versions loaded:"
75print "python:     ",sys.version[:5]
76print "wxpython:   ",wx.__version__
77print "matplotlib: ",mpl.__version__
78print "numpy:      ",np.__version__
79print "scipy:      ",sp.__version__
80print "OpenGL:     ",ogl.__version__
81try:
82    import mkl
83    print "Max threads ",mkl.get_max_threads()
84except:
85    pass
86#    print "MKL module not present"
87__version__ = '0.2.0'
88G2gd.__version__ = __version__
89print "This is GSAS-II version:     ",__version__,' revision '+str(GSASIIpath.GetVersionNumber())
90
91# useful degree trig functions
92sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
93cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
94tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
95asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
96acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
97atan2d = lambda x,y: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
98
99def create(parent):
100    return GSASII(parent)
101
102class GSASII(wx.Frame):
103   
104    def _Add_FileMenuItems(self, parent):
105        item = parent.Append(
106            help='Open a gsasii project file (*.gpx)', id=wx.ID_ANY,
107            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Open project...')
108        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpen, id=item.GetId())
109        item = parent.Append(
110            help='Save project to old file', id=wx.ID_ANY,
111            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Save project')
112        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSave, id=item.GetId())
113        item = parent.Append(
114            help='Save project to new file', id=wx.ID_ANY,
115            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save As...')
116        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveas, id=item.GetId())
117        item = parent.Append(
118            help='Close project, saving is optional', id=wx.ID_ANY,
119            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Close project')
120        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileClose, id=item.GetId())
121        item = parent.Append(
122            help='Exit from gsasii', id=wx.ID_ANY,
123            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Exit')
124        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExit, id=item.GetId())
125       
126    def _Add_DataMenuItems(self,parent):
127        item = parent.Append(
128            help='',id=wx.ID_ANY,
129            kind=wx.ITEM_NORMAL,
130            text='Read image data...')
131        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=item.GetId())
132        item = parent.Append(
133            help='',id=wx.ID_ANY,
134            kind=wx.ITEM_NORMAL,
135            text='Read Powder Pattern Peaks...')
136        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=item.GetId())
137        item = parent.Append(
138            help='',id=wx.ID_ANY,
139            kind=wx.ITEM_NORMAL,
140            text='Sum powder data')
141        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSum, id=item.GetId())
142        item = parent.Append(
143            help='',id=wx.ID_ANY,
144            kind=wx.ITEM_NORMAL,
145            text='Sum image data')
146        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=item.GetId())
147        item = parent.Append(
148            help='',id=wx.ID_ANY,
149            kind=wx.ITEM_NORMAL,
150            text='Add phase')
151        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=item.GetId())
152        item = parent.Append(
153            help='',id=wx.ID_ANY,
154            kind=wx.ITEM_NORMAL,
155            text='Delete phase')
156        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=item.GetId())
157        item = parent.Append(
158            help='',id=wx.ID_ANY,
159            kind=wx.ITEM_NORMAL,
160            text='Rename data') 
161        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRenameData, id=item.GetId())
162        item = parent.Append(
163            help='',id=wx.ID_ANY,
164            kind=wx.ITEM_NORMAL,
165            text='Delete data')
166        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDelete, id=item.GetId())
167               
168    def _Add_CalculateMenuItems(self,parent):
169        item = parent.Append(help='Make new PDFs from selected powder patterns', 
170            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make new PDFs')
171        self.MakePDF.append(item)
172#        item.Enable(False)
173        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMakePDFs, id=item.GetId())
174       
175        item = parent.Append(help='View least squares parameters', 
176            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&View LS parms')
177        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnViewLSParms, id=item.GetId())
178       
179        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
180            text='&Refine')
181        self.Refine.append(item)
182        item.Enable(False)
183        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRefine, id=item.GetId())
184       
185        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
186            text='Sequental refine')
187        self.SeqRefine.append(item)
188        item.Enable(False)
189        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSeqRefine, id=item.GetId())
190       
191    def _init_Imports(self):
192        '''import all the G2phase*.py & G2sfact*.py & G2pwd*.py files that
193        are found in the path
194        '''
195
196        self.ImportPhaseReaderlist = []
197        self._init_Import_routines('phase',self.ImportPhaseReaderlist,'Phase')
198        self.ImportSfactReaderlist = []
199        self._init_Import_routines('sfact',self.ImportSfactReaderlist,'Struct_Factor')
200        self.ImportPowderReaderlist = []
201        self._init_Import_routines('pwd',self.ImportPowderReaderlist,'Powder_Data')
202        self.ImportMenuId = {}
203
204    def _init_Import_routines(self,prefix,readerlist,errprefix):
205        '''import all the import readers matching the prefix
206        '''
207        #path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # location of this file
208        #pathlist = sys.path[:]
209        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
210        path2GSAS2 = os.path.join(
211            os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
212            'imports')
213        pathlist = sys.path[:]
214        if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
215
216        filelist = []
217        for path in pathlist:
218            for filename in glob.iglob(os.path.join(
219                path,
220                "G2"+prefix+"*.py")):
221                filelist.append(filename)   
222                #print 'debug: found',filename
223        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
224        for filename in filelist:
225            path,rootname = os.path.split(filename)
226            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
227            try:
228                fp = None
229                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
230                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
231                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
232                    if clss[0].startswith('_'): continue
233                    if inspect.isclass(clss[1]):
234                        # check if we have the required methods
235                        for m in 'Reader','ExtensionValidator','ContentsValidator':
236                            if not hasattr(clss[1],m): break
237                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
238                        else:
239                            reader = clss[1]() # create an import instance
240                            readerlist.append(reader)
241            except AttributeError:
242                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error'+str(filename)
243                pass
244            except ImportError:
245                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file'+str(filename)
246                pass
247            if fp: fp.close()
248
249    def OnImportGeneric(self,reader,readerlist,label,multiple=False):
250        '''Call the requested import reader or all of the appropriate
251        import readers in response to a menu item
252        '''
253        self.lastimport = ''
254        self.zipfile = None
255        if reader is None:
256            multiple = False
257            #print "use all formats"
258            choices = "any file (*.*)|*.*"
259            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
260            extdict = {}
261            # compile a list of allowed extensions
262            for rd in readerlist:
263                fmt = rd.formatName
264                for extn in rd.extensionlist:
265                    if not extdict.get(extn): extdict[extn] = []
266                    extdict[extn] += [fmt,]
267            for extn in sorted(extdict.keys(),cmp=lambda x,y: cmp(x.lower(), y.lower())):
268                fmt = ''
269                for f in extdict[extn]:
270                    if fmt != "": fmt += ', '
271                    fmt += f
272                choices += "|" + fmt + " file (*" + extn + ")|*" + extn
273        else:
274            readerlist = [reader,]
275            # compile a list of allowed extensions
276            choices = reader.formatName + " file ("
277            w = ""
278            for extn in reader.extensionlist:
279                if w != "": w += ";"
280                w += "*" + extn
281            choices += w + ")|" + w
282            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
283            if not reader.strictExtension:
284                choices += "|any file (*.*)|*.*"
285        # get the file(s)
286        if multiple:
287            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR | wx.MULTIPLE
288        else:
289            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR
290        dlg = wx.FileDialog(self, message="Choose "+label+" input file",
291            defaultFile="",wildcard=choices, style=mode)
292        try:
293            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
294                if multiple:
295                    filelist = dlg.GetPaths()
296                    if len(filelist) == 0: return []
297                else:
298                    filename = dlg.GetPath()
299                    filelist = [filename,]
300                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
301            else: # cancel was pressed
302                return []
303        finally:
304            dlg.Destroy()
305        rd_list = []
306        filelist1 = []
307        for filename in filelist:
308            # is this a zip file?
309            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
310                extractedfiles = G2IO.ExtractFileFromZip(
311                    filename,parent=self,
312                    multipleselect=True)
313                if extractedfiles is None: continue # error or Cancel
314                if extractedfiles != filename:
315                    self.zipfile = filename # save zip name
316                    filelist1 += extractedfiles
317                    continue
318            filelist1.append(filename)
319        filelist = filelist1
320        for filename in filelist:
321            # is this a zip file?
322            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
323                extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(filename,parent=self)
324                if extractedfile is None: continue # error or Cancel
325                if extractedfile != filename:
326                    filename,self.zipfile = extractedfile,filename # now use the file that was created
327            # set what formats are compatible with this file
328            primaryReaders = []
329            secondaryReaders = []
330            for reader in readerlist:
331                flag = reader.ExtensionValidator(filename)
332                if flag is None: 
333                    secondaryReaders.append(reader)
334                elif flag:
335                    primaryReaders.append(reader)
336            if len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0:
337                self.ErrorDialog('No Format','No matching format for file '+filename)
338                return []
339
340            fp = None
341            msg = ''
342            try:
343                fp = open(filename,'Ur')
344                if len(filelist) == 1:
345                    # confirm we have the right file
346                    rdmsg = 'File '+str(filename)+' begins:\n\n'
347                    for i in range(3):
348                        rdmsg += fp.readline()
349                    rdmsg += '\n\nDo you want to read this file?'
350                    if not all([ord(c) < 128 for c in rdmsg]): # show only if ASCII
351                        rdmsg = 'File '+str(
352                            filename)+' is a binary file. Do you want to read this file?'
353                    result = wx.ID_NO
354                    # it would be better to use something that
355                    # would resize better, but this will do for now
356                    dlg = wx.MessageDialog(
357                        self, rdmsg,
358                        'Is this the file you want?', 
359                        wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION,
360                        )
361                    dlg.SetSize((700,300)) # does not resize on Mac
362                    try:
363                        result = dlg.ShowModal()
364                    finally:
365                        dlg.Destroy()
366                    if result == wx.ID_NO: return []
367                           
368                self.lastimport = filename
369                # try the file first with Readers that specify the
370                # files extension and later with ones that allow it
371                flag = False
372                for rd in primaryReaders+secondaryReaders:
373                    try:
374                        fp.seek(0)  # rewind
375                        if not rd.ContentsValidator(fp): continue # rejected on cursory check
376                        repeat = True
377                        rdbuffer = {} # create temporary storage for file reader
378                        block = 0
379                        while repeat:
380                            block += 1
381                            repeat = False
382                            fp.seek(0)  # rewind
383                            rd.objname = os.path.basename(filename)
384                            flag = rd.Reader(filename,fp,self,
385                                             buffer=rdbuffer,
386                                             blocknum=block)
387                            if flag:
388                                rd_list.append(copy.deepcopy(rd)) # success
389                                if rd.repeat: repeat = True
390                    except:
391                        import traceback
392                        print traceback.format_exc()
393                        msg += '\nError reading file '+filename+' with format '+ rd.formatName
394                        #self.ErrorDialog('Read Error',
395                        #                 'Error reading file '+filename
396                        #                 +' with format '+ rd.formatName)
397                        continue
398                    if flag:
399                        if rd.warnings:
400                            self.ErrorDialog('Read Warning','The '+ rd.formatName+
401                                             ' reader reported a warning message:\n\n'+
402                                             rd.warnings)
403                        break # success reading
404                else:
405                    self.ErrorDialog('Read Error','No reader is able to read from file '+filename+msg)
406            except:
407                import traceback
408                print traceback.format_exc()
409                self.ErrorDialog('Open Error','Error on open of file '+filename)
410            finally:
411                if fp: fp.close()
412        return rd_list
413
414    def _Add_ImportMenu_Phase(self,parent):
415        '''configure the Import Phase menus accord to the readers found in _init_Imports
416        '''
417        submenu = wx.Menu()
418        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Phase',
419            submenu, help='Import phase data')
420        for reader in self.ImportPhaseReaderlist:
421            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
422                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
423            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
424            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
425        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
426                              help='Import phase data, use file to try to determine format',
427                              kind=wx.ITEM_NORMAL,
428                              text='guess format from file')
429        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
430
431    def OnImportPhase(self,event):
432        # look up which format was requested
433        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
434        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
435                                  self.ImportPhaseReaderlist,
436                                  'phase')
437        if len(rdlist) == 0: return
438        # for now rdlist is only expected to have one element
439        # but this will allow multiple phases to be imported
440        self.CheckNotebook()
441        for rd in rdlist:
442            dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of phase name
443                self, 'Enter the name for the new phase',
444                'Edit phase name', rd.Phase['General']['Name'],
445                style=wx.OK)
446            dlg.CenterOnParent()
447            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
448                rd.Phase['General']['Name'] = dlg.GetValue()
449            dlg.Destroy()
450            PhaseName = rd.Phase['General']['Name']
451            print 'Read phase '+str(PhaseName)+' from file '+str(self.lastimport)
452            if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
453                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
454            else:
455                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
456            psub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
457            self.PatternTree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
458            self.PatternTree.Expand(self.root) # make sure phases are seen
459            self.PatternTree.Expand(sub) 
460            self.PatternTree.Expand(psub) 
461        return # success
462       
463    def _Add_ImportMenu_Sfact(self,parent):
464        '''configure the Import Structure Factor menus accord to the readers found in _init_Imports
465        '''
466        submenu = wx.Menu()
467        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Structure Factor',
468            submenu, help='Import Structure Factor data')
469        for reader in self.ImportSfactReaderlist:
470            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,               
471                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
472            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
473            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
474        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
475            help='Import Structure Factor, use file to try to determine format',
476            kind=wx.ITEM_NORMAL,
477            text='guess format from file')
478        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
479
480    def OnImportSfact(self,event):
481        # look up which format was requested
482        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
483        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportSfactReaderlist,
484            'Structure Factor')
485        if len(rdlist) == 0: return
486        self.CheckNotebook()
487        for rd in rdlist:
488            HistName = rd.objname
489            if len(rdlist) <= 2: 
490                dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of Structure Factor name
491                    self, 'Enter the name for the new Structure Factor',
492                    'Edit Structure Factor name', HistName,
493                    style=wx.OK)
494                dlg.CenterOnParent()
495                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
496                    HistName = dlg.GetValue()
497                dlg.Destroy()
498            print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
499            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,
500                                             text='HKLF '+HistName)
501            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},rd.RefList])
502            Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
503            self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,rd.Parameters)
504            self.PatternTree.SetItemPyData(
505                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='HKL Plot Controls'),
506                rd.Controls)
507            self.PatternTree.SetItemPyData(
508                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
509            self.PatternTree.SelectItem(Id)
510            self.PatternTree.Expand(Id)
511            self.Sngl = Id
512        return # success
513
514    def _Add_ImportMenu_powder(self,parent):
515        '''configure the Powder Data menus accord to the readers found in _init_Imports
516        '''
517        submenu = wx.Menu()
518        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Powder Data',
519            submenu, help='Import Powder data')
520        for reader in self.ImportPowderReaderlist:
521            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
522                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
523            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
524            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
525        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
526            help='Import powder data, use file to try to determine format',
527            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
528        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
529           
530    def ReadPowderInstprm(self,instfile):       #fix the write routine for [inst1,inst2] style
531        '''Read a GSAS-II (new) instrument parameter file'''
532        if os.path.splitext(instfile)[1].lower() != '.instprm': # invalid file
533            return None           
534        if not os.path.exists(instfile): # no such file
535            return None
536        File = open(instfile,'r')
537        S = File.readline()
538        if not S.startswith('#GSAS-II'): # not a valid file
539            File.close()
540            return None
541        newItems = []
542        newVals = []
543        while S:
544            if S[0] == '#':
545                S = File.readline()
546                continue
547            [item,val] = S[:-1].split(':')
548            newItems.append(item)
549            try:
550                newVals.append(float(val))
551            except ValueError:
552                newVals.append(val)                       
553            S = File.readline()               
554        File.close()
555        return G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,])
556       
557    def ReadPowderIparm(self,instfile,bank,databanks,rd):
558        '''Read a GSAS (old) instrument parameter file'''
559        if not os.path.exists(instfile): # no such file
560            return {}
561        try:
562            fp = open(instfile,'Ur')
563            Iparm = {}
564            for S in fp:
565                Iparm[S[:12]] = S[12:-1]
566        except IOError:
567            print('Error reading file:'+str(instfile))
568        finally:       
569            fp.close()
570
571        try:
572            ibanks = int(Iparm.get('INS   BANK  ').strip())
573        except:
574            ibanks = 1
575        hType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()
576        if ibanks == 1: # there is only one bank here, return it
577            rd.instbank = 1
578            return Iparm
579        if 'PNT' in hType:
580            rd.instbank = bank
581        elif ibanks != databanks:
582            # number of banks in data and prm file not not agree, need a
583            # choice from a human here
584            choices = []
585            for i in range(1,1+ibanks):
586                choices.append('Bank '+str(i))
587            bank = rd.BlockSelector(
588                choices, self,
589                title='Select an instrument parameter bank for '+
590                os.path.split(rd.powderentry[0])[1]+' BANK '+str(bank)+
591                '\nOr use Cancel to select from the default parameter sets',
592                header='Block Selector')
593        if bank is None: return {}
594        # pull out requested bank # bank from the data, and change the bank to 1
595        IparmS = {}
596        for key in Iparm:
597            if key[4:6] == "  ":
598                IparmS[key] = Iparm[key]
599            elif int(key[4:6].strip()) == bank:
600                IparmS[key[:4]+' 1'+key[6:]] = Iparm[key]
601        rd.instbank = bank
602        return IparmS
603                       
604    def GetPowderIparm(self,rd, prevIparm, lastIparmfile, lastdatafile):
605        '''Open and read an instrument parameter file for a data file
606        Returns the list of parameters used in the data tree
607        '''
608        def SetPowderInstParms(Iparm, rd):
609            '''extracts values from instrument parameters in rd.instdict
610            or in array Iparm.
611            Create and return the contents of the instrument parameter tree entry.
612            '''
613            DataType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()[:3]  # take 1st 3 chars
614            # override inst values with values read from data file
615            if rd.instdict.get('type'):
616                DataType = rd.instdict.get('type')
617            data = [DataType,]
618            if 'C' in DataType:
619                wave1 = None
620                wave2 = 0.0
621                if rd.instdict.get('wave'):
622                    wl = rd.instdict.get('wave')
623                    wave1 = wl[0]
624                    if len(wl) > 1: wave2 = wl[1]
625                s = Iparm['INS  1 ICONS']
626                if not wave1:
627                    wave1 = G2IO.sfloat(s[:10])
628                    wave2 = G2IO.sfloat(s[10:20])
629                v = (wave1,wave2,
630                     G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
631                if not v[1]:
632                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth'] 
633                    v = (v[0],v[2],v[4])
634                    codes = [0,0,0,0]
635                else:
636                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth']
637                    codes = [0,0,0,0,0,0]
638                data.extend(v)
639                v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
640                v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
641                data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
642                azm = Iparm.get('INS  1DETAZM')
643                if azm is None: #not in this Iparm file
644                    azm = 0.0
645                else:
646                    azm = float(azm)
647                v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
648                if v1[0] == 3:
649                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
650                else:
651                    data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
652                codes.extend([0,0,0,0,0,0,0])
653                return [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
654            elif 'T' in DataType:
655                names = ['Type','2-theta','difC','difA','Zero','alpha','beta-0','beta-1','sig-0','sig-1','X','Y','Azimuth']
656                codes = [0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0]
657                azm = 0.
658                if 'INS  1DETAZM' in Iparm:
659                    azm = float(Iparm['INS  1DETAZM'])
660                s = Iparm['INS  1BNKPAR'].split()
661                data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),])               #2-theta for bank
662                s = Iparm['INS  1 ICONS'].split()
663                data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])    #difC, difA, Zero
664                s = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()
665                pfType = int(s[0])
666                s = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
667                if abs(pfType) == 1:
668                    data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])])
669                    s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
670                    data.extend([0.0,G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,azm])
671                elif abs(pfType) in [3,4,5]:
672                    data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])
673                    if abs(pfType) == 4:
674                        data.extend([0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,azm])
675                    else:
676                        s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
677                        data.extend([0.0,G2IO.sfloat(s[0]),0.0,0.0,azm])                       
678                Inst1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
679                Inst2 = {}
680                if pfType < 0:
681                    Ipab = 'INS  1PAB'+str(-pfType)
682                    Npab = int(Iparm[Ipab+'  '].strip())
683                    Inst2['Pdabc'] = []
684                    for i in range(Npab):
685                        k = Ipab+str(i+1).rjust(2)
686                        s = Iparm[k].split()
687                        Inst2['Pdabc'].append([float(t) for t in s])
688                    Inst2['Pdabc'] = np.array(Inst2['Pdabc'])
689                    Inst2['Pdabc'].T[3] += Inst2['Pdabc'].T[0]*Inst1['difC'][0] #turn 3rd col into TOF
690                if 'INS  1I ITYP' in Iparm:
691                    s = Iparm['INS  1I ITYP'].split()
692                    Ityp = int(s[0])
693                    Tminmax = [float(s[1])*1000.,float(s[2])*1000.]
694                    Itypes = ['Exponential','Maxwell/Exponential','','Maxwell/Chebyschev','']
695                    if Ityp in [1,2,4]:
696                        Inst2['Itype'] = Itypes[Ityp-1]
697                        Inst2['Tminmax'] = Tminmax
698                        Icoeff = []
699                        Iesd = []
700                        Icovar = []                   
701                        for i in range(3):
702                            s = Iparm['INS  1ICOFF'+str(i+1)].split()
703                            Icoeff += [float(S) for S in s]
704                            s = Iparm['INS  1IECOF'+str(i+1)].split()
705                            Iesd += [float(S) for S in s]
706                        for i in range(8):
707                            s = Iparm['INS  1IECOR'+str(i+1)].split()
708                            Icovar += [float(S) for S in s]
709                        Inst2['Icoeff'] = Icoeff
710                        Inst2['Iesd'] = Iesd
711                        Inst2['Icovar'] = Icovar
712                return [Inst1,Inst2]
713
714        # stuff we might need from the reader
715        filename = rd.powderentry[0]
716        bank = rd.powderentry[2]
717        numbanks = rd.numbanks
718        # is there an instrument parameter file defined for the current data set?
719        if rd.instparm or (lastdatafile == filename and lastIparmfile):
720            if rd.instparm:
721                instfile = os.path.join(os.path.split(filename)[0],
722                                    rd.instparm)
723            else:
724                # for multiple reads of one data file, reuse the inst parm file
725                instfile = lastIparmfile
726            if os.path.exists(instfile):
727                #print 'debug: try read',instfile
728                instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
729                if instParmList is not None:
730                    rd.instfile = instfile
731                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
732                    return instParmList
733                Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
734                if Iparm:
735                    #print 'debug: success'
736                    rd.instfile = instfile
737                    rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
738                    return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
739            else:
740                self.ErrorDialog('Open Error','Error opening instrument parameter file '
741                    +str(instfile)+' requested by file '+ filename)
742        # is there an instrument parameter file matching the current file
743        # with extension .inst or .prm? If so read it
744        basename = os.path.splitext(filename)[0]
745        for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
746            instfile = basename + ext
747            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
748            if instParmList is not None:
749                rd.instfile = instfile
750                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
751                return instParmList
752            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
753            if Iparm:
754                #print 'debug: success'
755                rd.instfile = instfile
756                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
757                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
758            else:
759                #print 'debug: open/read failed',instfile
760                pass # fail silently
761
762        # did we read the data file from a zip? If so, look there for a
763        # instrument parameter file
764        if self.zipfile:
765            for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
766                instfile = G2IO.ExtractFileFromZip(
767                    self.zipfile,
768                    selection=os.path.split(basename + ext)[1],
769                    parent=self)
770                if instfile is not None and instfile != self.zipfile:
771                    print 'debug:',instfile,'created from ',self.zipfile
772                    instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
773                    if instParmList is not None:
774                        rd.instfile = instfile
775                        rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
776                        return instParmList
777                    Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
778                    if Iparm:
779                        rd.instfile = instfile
780                        rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
781                        return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
782                    else:
783                        #print 'debug: open/read for',instfile,'from',self.zipfile,'failed'
784                        pass # fail silently
785
786        while True: # loop until we get a file that works or we get a cancel
787            instfile = ''
788            dlg = wx.FileDialog(
789                self,
790                'Choose inst. param file for "'
791                +rd.idstring
792                +'" (or Cancel for default)',
793                '.', '',
794                'GSAS-II iparm file (*.instprm)|*.instprm|'
795                'GSAS iparm file (*.prm)|*.prm|'
796                'GSAS iparm file (*.inst)|*.inst|'
797                'GSAS iparm file (*.ins)|*.ins|'
798                'All files (*.*)|*.*', 
799                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
800            if os.path.exists(lastIparmfile):
801                dlg.SetFilename(lastIparmfile)
802            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
803                instfile = dlg.GetPath()
804            dlg.Destroy()
805            if not instfile: break
806            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
807            if instParmList is not None:
808                rd.instfile = instfile
809                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
810                return instParmList
811            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
812            if Iparm:
813                #print 'debug: success with',instfile
814                rd.instfile = instfile
815                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
816                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
817            else:
818                self.ErrorDialog('Read Error',
819                                 'Error opening/reading file '+str(instfile))
820       
821        # still no success: offer user choice of defaults
822        while True: # loop until we get a choice
823            choices = []
824            head = 'Select from default instrument parameters for '+rd.idstring
825
826            for l in rd.defaultIparm_lbl:
827                choices.append('Defaults for '+l)
828            res = rd.BlockSelector(
829                choices,
830                ParentFrame=self,
831                title=head,
832                header='Select default inst parms',)
833            if res is None: continue
834            rd.instfile = ''
835            rd.instmsg = 'default: '+rd.defaultIparm_lbl[res]
836            return SetPowderInstParms(rd.defaultIparms[res],rd)
837
838    def OnImportPowder(self,event):
839        '''reads powder data using a variety of formats
840        reads an instrument parameter file for each dataset
841        '''
842        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())  # look up which format was requested
843        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportPowderReaderlist,
844            'Powder Data',multiple=True)
845        if len(rdlist) == 0: return
846        self.CheckNotebook()
847        Iparm = None
848        lastIparmfile = ''
849        lastdatafile = ''
850        for rd in rdlist:
851            # get instrument parameters for each dataset
852            Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
853            lastIparmfile = rd.instfile
854            lastdatafile = rd.powderentry[0]
855            print 'Read powder data '+str(rd.idstring)+ \
856                ' from file '+str(self.lastimport) + \
857                ' with parameters from '+str(rd.instmsg)
858            # data are read, now store them in the tree
859            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,
860                text='PWDR '+rd.idstring)
861            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
862                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
863                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
864                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
865                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
866                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
867                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
868                if 'Itype' in Iparm2:
869                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
870                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
871                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
872                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
873                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
874                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
875                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
876                    var /= YI**2
877                    rd.powderdata[2] = 1./var
878                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
879                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
880                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
881            Tmin = min(rd.powderdata[0])
882            Tmax = max(rd.powderdata[0])
883            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},rd.powderdata])
884            self.PatternTree.SetItemPyData(
885                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
886                rd.comments)
887            self.PatternTree.SetItemPyData(
888                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
889                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
890            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
891            self.PatternTree.SetItemPyData(
892                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
893                [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
894                 {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
895            self.PatternTree.SetItemPyData(
896                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
897                [Iparm1,Iparm2])
898            self.PatternTree.SetItemPyData(
899                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
900                rd.Sample)
901            self.PatternTree.SetItemPyData(
902                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
903                ,[])
904            self.PatternTree.SetItemPyData(
905                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
906                [])
907            self.PatternTree.SetItemPyData(
908                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
909                [])
910            self.PatternTree.SetItemPyData(
911                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
912                {})
913            self.PatternTree.Expand(Id)
914        self.PatternTree.SelectItem(Id)
915        return # success
916
917    def _init_Exports(self,parent):
918        '''This is a place holder for when exports are handled in a manner similar to imports
919        '''
920#        submenu = wx.Menu()
921#        item = parent.AppendMenu(
922#            wx.ID_ANY, 'entire project',
923#            submenu, help='Export entire project')
924#        item = submenu.Append(
925#            wx.ID_ANY,
926#            help='this is a module for testing',
927#            kind=wx.ITEM_NORMAL,
928#            text='to test file')
929#        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportTest, id=item.GetId())
930#        import G2export
931#    def OnExportTest(self,event):
932#        import G2export
933#        reload(G2export)
934#        G2export.ProjExport(self)
935
936    def _Add_ExportMenuItems(self,parent):
937        item = parent.Append(
938            help='Select PWDR item to enable',id=wx.ID_ANY,
939            kind=wx.ITEM_NORMAL,
940            text='Export Powder Patterns...')
941        self.ExportPattern.append(item)
942        item.Enable(False)
943        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPatterns, id=item.GetId())
944
945        item = parent.Append(
946            help='',id=wx.ID_ANY,
947            kind=wx.ITEM_NORMAL,
948            text='Export All Peak Lists...')
949        self.ExportPeakList.append(item)
950        item.Enable(True)
951        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=item.GetId())
952
953        item = parent.Append(
954            help='',id=wx.ID_ANY,
955            kind=wx.ITEM_NORMAL,
956            text='Export HKLs...')
957        self.ExportHKL.append(item)
958        item.Enable(False)
959        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=item.GetId())
960
961        item = parent.Append(
962            help='Select PDF item to enable',
963            id=wx.ID_ANY,
964            kind=wx.ITEM_NORMAL,
965            text='Export PDF...')
966        self.ExportPDF.append(item)
967        item.Enable(False)
968        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPDF, id=item.GetId())
969
970        item = parent.Append(
971            help='',id=wx.ID_ANY,
972            kind=wx.ITEM_NORMAL,
973            text='Export Phase...')
974        self.ExportPhase.append(item)
975        item.Enable(False)
976        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPhase, id=item.GetId())
977
978        item = parent.Append(
979            help='',id=wx.ID_ANY,
980            kind=wx.ITEM_NORMAL,
981            text='Export CIF...')
982        self.ExportCIF.append(item)
983        item.Enable(False)
984        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportCIF, id=item.GetId())
985               
986    def FillMainMenu(self,menubar):
987        '''Define contents of the main GSAS-II menu for the (main) data tree window
988        in the mac, used also for the data item windows as well.
989        '''
990        File = wx.Menu(title='')
991        menubar.Append(menu=File, title='&File')
992        self._Add_FileMenuItems(File)
993        Data = wx.Menu(title='')
994        menubar.Append(menu=Data, title='Data')
995        self._Add_DataMenuItems(Data)
996        Calculate = wx.Menu(title='')       
997        menubar.Append(menu=Calculate, title='&Calculate')
998        self._Add_CalculateMenuItems(Calculate)
999        Import = wx.Menu(title='')       
1000        menubar.Append(menu=Import, title='Import')
1001        self._Add_ImportMenu_Phase(Import)
1002        self._Add_ImportMenu_powder(Import)
1003        self._Add_ImportMenu_Sfact(Import)
1004        Export = wx.Menu(title='')       
1005        menubar.Append(menu=Export, title='Export')
1006        self._Add_ExportMenuItems(Export)
1007        #self._init_Exports(Export)
1008        HelpMenu=G2gd.MyHelp(self,helpType='Data tree',
1009            morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials')])
1010        menubar.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1011
1012    def _init_ctrls(self, parent):
1013        wx.Frame.__init__(self, name='GSASII', parent=parent,
1014            size=wx.Size(400, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II data tree')
1015        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
1016        Size = self.GetSize()
1017        xPos = clientSize[2]-Size[0]
1018        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]))
1019        self._init_Imports()
1020        #initialize Menu item objects (these contain lists of menu items that are enabled or disabled)
1021        self.MakePDF = []
1022        self.Refine = []
1023        self.SeqRefine = []
1024        self.ExportPattern = []
1025        self.ExportPeakList = []
1026        self.ExportHKL = []
1027        self.ExportPDF = []
1028        self.ExportPhase = []
1029        self.ExportCIF = []
1030        #
1031        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
1032        self.FillMainMenu(self.GSASIIMenu)
1033        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
1034        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
1035        self.CreateStatusBar()
1036        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
1037       
1038        wxID_PATTERNTREE = wx.NewId()
1039        self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE,
1040            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
1041        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED,
1042            self.OnPatternTreeSelChanged, id=wxID_PATTERNTREE)
1043        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
1044            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_PATTERNTREE)
1045        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
1046            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_PATTERNTREE)
1047        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_DELETE_ITEM,
1048            self.OnPatternTreeItemDelete, id=wxID_PATTERNTREE)
1049        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_KEY_DOWN,
1050            self.OnPatternTreeKeyDown, id=wxID_PATTERNTREE)
1051        self.root = self.PatternTree.AddRoot('Loaded Data: ')
1052       
1053        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
1054            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
1055        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
1056        plotFrame.Show()
1057       
1058        self.dataDisplay = None
1059       
1060    def __init__(self, parent):
1061        self._init_ctrls(parent)
1062        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
1063        # various defaults
1064        self.oldFocus = None
1065        self.GSASprojectfile = ''
1066        self.dirname = os.path.expanduser('~')       #start in the users home directory by default; may be meaningless
1067        self.undofile = ''
1068        self.TreeItemDelete = False
1069        self.Offset = [0.0,0.0]
1070        self.delOffset = .02
1071        self.refOffset = -100.0
1072        self.refDelt = .01
1073        self.Weight = False
1074        self.IparmName = ''  # to be removed when SelectPowderData & GetInstrumentFile is
1075        self.IfPlot = False
1076        self.PatternId = 0
1077        self.PickId = 0
1078        self.PeakTable = []
1079        self.LimitsTable = []
1080        self.HKL = []
1081        self.Lines = []
1082        self.itemPicked = None
1083        self.dataFrame = None
1084        self.Interpolate = 'nearest'
1085        self.ContourColor = 'Paired'
1086        self.VcovColor = 'RdYlGn'
1087        self.RamaColor = 'Blues'
1088        self.Projection = 'equal area'
1089        self.logPlot = False
1090        self.qPlot = False
1091        self.Contour = False
1092        self.Legend = False
1093        self.SinglePlot = False
1094        self.SubBack = False
1095        self.plotView = 0
1096        self.Image = 0
1097        self.oldImagefile = ''
1098        self.ImageZ = []
1099        self.Integrate = 0
1100        self.imageDefault = {}
1101        self.Sngl = 0
1102        self.ifGetRing = False
1103        self.setPoly = False
1104        arg = sys.argv
1105        if len(arg) > 1:
1106            self.GSASprojectfile = arg[1]
1107            self.dirname = os.path.dirname(arg[1])
1108            if self.dirname: os.chdir(self.dirname)
1109            G2IO.ProjFileOpen(self)
1110            self.PatternTree.Expand(self.root)
1111            for item in self.Refine: item.Enable(True)
1112            for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
1113
1114    def OnSize(self,event):
1115        w,h = self.GetClientSizeTuple()
1116        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
1117        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
1118                       
1119    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
1120        if self.TreeItemDelete:
1121            self.TreeItemDelete = False
1122        else:
1123            pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
1124            if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
1125                pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
1126                pltPlot = pltPage.figure
1127            item = event.GetItem()
1128            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
1129            if self.oldFocus:
1130                self.oldFocus.SetFocus()
1131       
1132    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
1133        event.Skip()
1134
1135    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
1136        event.Skip()
1137       
1138    def OnPatternTreeItemDelete(self, event):
1139        self.TreeItemDelete = True
1140
1141    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
1142        event.Skip()
1143       
1144    def OnPatternTreeKeyDown(self,event):
1145        key = event.GetKeyCode()
1146        item = self.PickId
1147        if type(item) is int: return # is this the toplevel in tree?
1148        if key == wx.WXK_UP:
1149            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1150            self.PatternTree.GetPrevSibling(item)
1151        elif key == wx.WXK_DOWN:
1152            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1153            self.PatternTree.GetNextSibling(item)
1154               
1155    def OnReadPowderPeaks(self,event):
1156        Cuka = 1.54052
1157        self.CheckNotebook()
1158        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
1159            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1160        try:
1161            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1162                self.HKL = []
1163                self.powderfile = dlg.GetPath()
1164                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
1165                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+os.path.basename(self.powderfile))
1166                data = ['PKS',Cuka,0.0]
1167                names = ['Type','Lam','Zero'] 
1168                codes = [0,0,0]
1169                inst = [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
1170                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),inst)
1171                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
1172                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),peaks)
1173                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
1174                self.PatternTree.Expand(Id)
1175                self.PatternTree.SelectItem(Id)
1176                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1177        finally:
1178            dlg.Destroy()
1179           
1180    def OnImageRead(self,event):
1181        self.CheckNotebook()
1182        dlg = wx.FileDialog(
1183            self, 'Choose image files', '.', '',
1184            'Any image file (*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img)|'
1185            '*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.zip|'
1186            'Any detector tif (*.tif;*.tiff)|*.tif;*.tiff|'
1187            'MAR file (*.mar*)|*.mar*|'
1188            'GE Image (*.avg;*.sum)|*.avg;*.sum|'
1189            'ADSC Image (*.img)|*.img|'
1190            'GSAS-II Image (*.G2img)|*.G2img|'
1191            'Zip archive (*.zip)|*.zip|'
1192            'All files (*.*)|*.*',
1193            wx.OPEN | wx.MULTIPLE|wx.CHANGE_DIR)
1194        try:
1195            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1196                imagefiles = dlg.GetPaths()
1197                imagefiles.sort()
1198                for imagefile in imagefiles:
1199                    # if a zip file, open and extract
1200                    if os.path.splitext(imagefile)[1].lower() == '.zip':
1201                        extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(imagefile,parent=self)
1202                        if extractedfile is not None and extractedfile != imagefile:
1203                            imagefile = extractedfile
1204                    Comments,Data,Npix,Image = G2IO.GetImageData(self,imagefile)
1205                    if Comments:
1206                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+os.path.basename(imagefile))
1207                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
1208                        Imax = np.amax(Image)
1209                        Imin = max(0.0,np.amin(Image))          #force positive
1210                        if self.imageDefault:
1211                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
1212                            Data['showLines'] = True
1213                            Data['ring'] = []
1214                            Data['rings'] = []
1215                            Data['cutoff'] = 10
1216                            Data['pixLimit'] = 20
1217                            Data['edgemin'] = 100000000
1218                            Data['calibdmin'] = 0.5
1219                            Data['calibskip'] = 0
1220                            Data['ellipses'] = []
1221                            Data['calibrant'] = ''
1222                        else:
1223                            Data['type'] = 'PWDR'
1224                            Data['color'] = 'Paired'
1225                            Data['tilt'] = 0.0
1226                            Data['rotation'] = 0.0
1227                            Data['showLines'] = False
1228                            Data['ring'] = []
1229                            Data['rings'] = []
1230                            Data['cutoff'] = 10
1231                            Data['pixLimit'] = 20
1232                            Data['calibdmin'] = 0.5
1233                            Data['calibskip'] = 0
1234                            Data['edgemin'] = 100000000
1235                            Data['ellipses'] = []
1236                            Data['calibrant'] = ''
1237                            Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
1238                            Data['LRazimuth'] = [135,225]
1239                            Data['azmthOff'] = 0.0
1240                            Data['outChannels'] = 2500
1241                            Data['outAzimuths'] = 1
1242                            Data['centerAzm'] = False
1243                            Data['fullIntegrate'] = False
1244                            Data['setRings'] = False
1245                            Data['background image'] = ['',1.0]                           
1246                        Data['setDefault'] = False
1247                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
1248                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
1249                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
1250                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
1251                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
1252                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'strain':np.zeros((3,3))})
1253                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Npix,imagefile])
1254                        self.PickId = Id
1255                        self.Image = Id
1256                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1257                self.PatternTree.SelectItem(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Image Controls'))             #show last one
1258        finally:
1259            path = dlg.GetDirectory()           # to get Mac/Linux to change directory!
1260            os.chdir(path)
1261            dlg.Destroy()
1262
1263    def CheckNotebook(self):
1264        '''Make sure the data tree has the minimally expected controls
1265        (BHT) correct?
1266        '''
1267        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
1268            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
1269            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
1270        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Controls'):
1271            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
1272            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1273        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Covariance'):
1274            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Covariance')
1275            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1276        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints'):
1277            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Constraints')
1278            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})
1279        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Restraints'):
1280            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Restraints')
1281            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1282        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Rigid bodies'):
1283            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Rigid bodies')
1284            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1285               
1286    class CopyDialog(wx.Dialog):
1287        def __init__(self,parent,title,text,data):
1288            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1289                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1290            self.data = data
1291            panel = wx.Panel(self)
1292            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1293            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1294            mainSizer.Add((10,10),1)
1295            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1296            mainSizer.Add((10,10),1)
1297            ncols = len(data)/40+1
1298            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=ncols,hgap=2,vgap=2)
1299            for id,item in enumerate(self.data):
1300                ckbox = wx.CheckBox(panel,id,item[1])
1301                ckbox.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,self.OnCopyChange)                   
1302                dataGridSizer.Add(ckbox,0,wx.LEFT,10)
1303            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1304            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1305            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1306            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1307            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1308            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1309            btnSizer.Add((20,20),1)
1310            btnSizer.Add(OkBtn)
1311            btnSizer.Add((20,20),1)
1312            btnSizer.Add(cancelBtn)
1313            btnSizer.Add((20,20),1)
1314           
1315            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1316            panel.SetSizer(mainSizer)
1317            panel.Fit()
1318            self.Fit()
1319       
1320        def OnCopyChange(self,event):
1321            id = event.GetId()
1322            self.data[id][0] = self.FindWindowById(id).GetValue()       
1323           
1324        def OnOk(self,event):
1325            parent = self.GetParent()
1326            parent.Raise()
1327            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1328           
1329        def OnCancel(self,event):
1330            parent = self.GetParent()
1331            parent.Raise()
1332            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1333           
1334        def GetData(self):
1335            return self.data
1336       
1337    class SumDialog(wx.Dialog):
1338        def __init__(self,parent,title,text,dataType,data):
1339            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1340                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1341            self.data = data
1342            panel = wx.Panel(self)
1343            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1344            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1345            mainSizer.Add((10,10),1)
1346            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1347            mainSizer.Add((10,10),1)
1348            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
1349            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
1350                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
1351                name.SetEditable(False)
1352                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1353                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
1354                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
1355                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
1356                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
1357            if dataType:
1358                dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+dataType),0, \
1359                    wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
1360                self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1361                self.name.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnNameChange)
1362                self.name.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnNameChange)
1363                dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
1364            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1365            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1366            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1367            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1368            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1369            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1370            btnSizer.Add((20,20),1)
1371            btnSizer.Add(OkBtn)
1372            btnSizer.Add((20,20),1)
1373            btnSizer.Add(cancelBtn)
1374            btnSizer.Add((20,20),1)
1375           
1376            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1377            panel.SetSizer(mainSizer)
1378            panel.Fit()
1379            self.Fit()
1380
1381        def OnScaleChange(self,event):
1382            id = event.GetId()
1383            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
1384            try:
1385                self.data[id][0] = float(value)
1386                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
1387            except ValueError:
1388                if value and '-' not in value[0]:
1389                    print 'bad input - numbers only'
1390                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
1391           
1392        def OnNameChange(self,event):
1393            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
1394           
1395        def OnOk(self,event):
1396            parent = self.GetParent()
1397            parent.Raise()
1398            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1399           
1400        def OnCancel(self,event):
1401            parent = self.GetParent()
1402            parent.Raise()
1403            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1404           
1405        def GetData(self):
1406            return self.data
1407           
1408    class ConstraintDialog(wx.Dialog):
1409        '''Window to edit Constraint values
1410        '''
1411        def __init__(self,parent,title,text,data,separator='*'):
1412            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1413                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1414            self.data = data
1415            panel = wx.Panel(self)
1416            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1417            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1418            mainSizer.Add((10,10),1)
1419            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1420            mainSizer.Add((10,10),1)
1421            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
1422            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
1423                lbl = item[1]
1424                if lbl[-1] != '=': lbl += ' ' + separator + ' '
1425                name = wx.StaticText(panel,-1,lbl,size=wx.Size(200,20),
1426                                     style=wx.ALIGN_RIGHT)
1427                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1428                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
1429                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
1430                dataGridSizer.Add(name,0,wx.LEFT,10)
1431                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.RIGHT,10)
1432            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1433            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1434            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1435            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1436            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1437            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1438            btnSizer.Add((20,20),1)
1439            btnSizer.Add(OkBtn)
1440            btnSizer.Add((20,20),1)
1441            btnSizer.Add(cancelBtn)
1442            btnSizer.Add((20,20),1)
1443           
1444            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1445            panel.SetSizer(mainSizer)
1446            panel.Fit()
1447            self.Fit()
1448            self.CenterOnParent()
1449           
1450        def OnNameChange(self,event):
1451            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
1452           
1453        def OnScaleChange(self,event):
1454            id = event.GetId()
1455            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
1456            try:
1457                self.data[id][0] = float(value)
1458                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
1459            except ValueError:
1460                if value and '-' not in value[0]:
1461                    print 'bad input - numbers only'
1462                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
1463           
1464        def OnOk(self,event):
1465            parent = self.GetParent()
1466            parent.Raise()
1467            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1468           
1469        def OnCancel(self,event):
1470            parent = self.GetParent()
1471            parent.Raise()
1472            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1473           
1474        def GetData(self):
1475            return self.data
1476           
1477    def OnPwdrSum(self,event):
1478        TextList = []
1479        DataList = []
1480        SumList = []
1481        Names = []
1482        Inst = None
1483        SumItemList = []
1484        Comments = ['Sum equals: \n']
1485        if self.PatternTree.GetCount():
1486            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1487            while item:
1488                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1489                Names.append(name)
1490                if 'PWDR' in name:
1491                    TextList.append([0.0,name])
1492                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
1493                    if not Inst:
1494                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
1495                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1496            if len(TextList) < 2:
1497                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
1498                return
1499            TextList.append('default_sum_name')               
1500            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
1501            try:
1502                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1503                    lenX = 0
1504                    Xminmax = [0,0]
1505                    Xsum = []
1506                    Ysum = []
1507                    Vsum = []
1508                    result = dlg.GetData()
1509                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
1510                        scale,name = item
1511                        data = DataList[i]
1512                        if scale:
1513                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
1514                            x,y,w,yc,yb,yd = data   #numpy arrays!
1515                            v = 1./w
1516                            if lenX:
1517                                if lenX != len(x):
1518                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
1519                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
1520                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
1521                                    return
1522                            else:
1523                                lenX = len(x)
1524                            if Xminmax[1]:
1525                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
1526                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
1527                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
1528                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
1529                                    return
1530                                else:
1531                                    for j,yi in enumerate(y):
1532                                         Ysum[j] += scale*yi
1533                                         Vsum[j] += abs(scale)*v[j]
1534                            else:
1535                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
1536                                YCsum = YBsum = YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
1537                                for j,yi in enumerate(y):
1538                                    Xsum.append(x[j])
1539                                    Ysum.append(scale*yi)
1540                                    Vsum.append(abs(scale*v[j]))
1541                    Wsum = 1./np.array(Vsum)
1542                    outname = 'PWDR '+result[-1]
1543                    Id = 0
1544                    if outname in Names:
1545                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
1546                        try:
1547                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
1548                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
1549                                self.PatternTree.Delete(Id)
1550                        finally:
1551                            dlg2.Destroy()
1552                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
1553                    if Id:
1554                        Sample = G2pdG.SetDefaultSample()
1555                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},[np.array(Xsum),np.array(Ysum),np.array(Wsum),
1556                            np.array(YCsum),np.array(YBsum),np.array(YDsum)]])
1557                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
1558                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
1559                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1560                            {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1561                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
1562                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),Sample)
1563                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
1564                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
1565                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
1566                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),{})             
1567                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1568                        self.PatternTree.Expand(Id)
1569                   
1570            finally:
1571                dlg.Destroy()
1572
1573    def OnImageSum(self,event):
1574        TextList = []
1575        DataList = []
1576        SumList = []
1577        Names = []
1578        Inst = []
1579        SumItemList = []
1580        Comments = ['Sum equals: \n']
1581        if self.PatternTree.GetCount():
1582            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1583            while item:
1584                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1585                Names.append(name)
1586                if 'IMG' in name:
1587                    TextList.append([0.0,name])
1588                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
1589                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
1590                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1591            if len(TextList) < 2:
1592                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
1593                return
1594            TextList.append('default_sum_name')               
1595            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
1596            try:
1597                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1598                    imSize = 0
1599                    result = dlg.GetData()
1600                    First = True
1601                    Found = False
1602                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
1603                        scale,name = item
1604                        data = DataList[i]
1605                        if scale:
1606                            Found = True                               
1607                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
1608                            Npix,imagefile = data
1609                            image = G2IO.GetImageData(self,imagefile,imageOnly=True)
1610                            if First:
1611                                newImage = np.zeros_like(image)
1612                                First = False
1613                            if imSize:
1614                                if imSize != Npix:
1615                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
1616                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
1617                                        '\nFound:   '+str(Npix)+'\nfor '+name)
1618                                    return
1619                                newImage = newImage+scale*image
1620                            else:
1621                                imSize = Npix
1622                                newImage = newImage+scale*image
1623                            del(image)
1624                    if not Found:
1625                        self.ErrorDialog('Image sum error','No nonzero image multipliers found')
1626                        return
1627                       
1628                    newImage = np.asfarray(newImage,dtype=np.float32)                       
1629                    outname = 'IMG '+result[-1]
1630                    Id = 0
1631                    if outname in Names:
1632                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
1633                        try:
1634                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
1635                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
1636                        finally:
1637                            dlg2.Destroy()
1638                    else:
1639                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
1640                    if Id:
1641                        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose sum image filename', '.', '', 
1642                            'G2img files (*.G2img)|*.G2img', 
1643                            wx.SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1644                        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1645                            newimagefile = dlg.GetPath()
1646                            newimagefile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,newimagefile)
1647                            G2IO.PutG2Image(newimagefile,Comments,Data,Npix,newImage)
1648                            Imax = np.amax(newImage)
1649                            Imin = np.amin(newImage)
1650                            newImage = []
1651                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newimagefile])
1652                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
1653                        del(newImage)
1654                        if self.imageDefault:
1655                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
1656                        Data['showLines'] = True
1657                        Data['ring'] = []
1658                        Data['rings'] = []
1659                        Data['cutoff'] = 10
1660                        Data['pixLimit'] = 20
1661                        Data['ellipses'] = []
1662                        Data['calibrant'] = ''
1663                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
1664                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
1665                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
1666                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
1667                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),{})
1668                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1669                        self.PatternTree.Expand(Id)
1670                        self.PickId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,outname)
1671                        self.Image = self.PickId
1672            finally:
1673                dlg.Destroy()
1674                     
1675    def OnAddPhase(self,event):
1676        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
1677            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
1678        else:
1679            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1680        PhaseName = ''
1681        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
1682            style=wx.OK)
1683        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1684            PhaseName = dlg.GetValue()
1685        dlg.Destroy()
1686        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
1687        E,SGData = G2spc.SpcGroup('P 1')
1688        self.PatternTree.SetItemPyData(sub,G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData))
1689       
1690    def OnDeletePhase(self,event):
1691        #Hmm, also need to delete this phase from Reflection Lists for each PWDR histogram
1692        if self.dataFrame:
1693            self.dataFrame.Clear() 
1694        TextList = []
1695        DelList = []
1696        DelItemList = []
1697        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
1698            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1699        else:
1700            return
1701        if sub:
1702            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1703            while item:
1704                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
1705                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
1706            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
1707            try:
1708                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1709                    result = dlg.GetSelections()
1710                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
1711                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1712                    i = 0
1713                    while item:
1714                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
1715                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1716                        i += 1
1717                    for item in DelItemList:
1718                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1719                        self.PatternTree.Delete(item)
1720                        self.G2plotNB.Delete(name)
1721                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1722                    while item:
1723                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1724                        if 'PWDR' in name:
1725                            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Reflection Lists')
1726                            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
1727                            for i,item in DelList:
1728                                del(refList[item])
1729                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,refList)
1730                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1731            finally:
1732                dlg.Destroy()
1733               
1734    def OnRenameData(self,event):
1735        name = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)     
1736        if 'PWDR' in name or 'HKLF' in name or 'IMG' in name:
1737            dataType = name[:name.index(' ')+1]                 #includes the ' '
1738            dlg = wx.TextEntryDialog(self,'Data name: '+dataType,'Change data name',
1739                defaultValue=name[name.index(' ')+1:])
1740            try:
1741                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1742                    self.PatternTree.SetItemText(self.PickId,dataType+dlg.GetValue())
1743            finally:
1744                dlg.Destroy()
1745       
1746    def GetFileList(self,fileType,skip=None):        #potentially useful?
1747        fileList = []
1748        Source = ''
1749        id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1750        while id:
1751            name = self.PatternTree.GetItemText(id)
1752            if fileType in name:
1753                if id == skip:
1754                    Source = name
1755                else:
1756                    fileList.append([False,name,id])
1757            id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1758        if skip:
1759            return fileList,Source
1760        else:
1761            return fileList
1762           
1763    def OnDataDelete(self, event):
1764        TextList = ['All Data']
1765        DelList = []
1766        DelItemList = []
1767        ifPWDR = False
1768        ifIMG = False
1769        ifHKLF = False
1770        ifPDF = False
1771        if self.PatternTree.GetCount():
1772            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1773            while item:
1774                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1775                if name not in ['Notebook','Controls','Covariance','Constraints','Restraints','Phases']:
1776                    if 'PWDR' in name: ifPWDR = True
1777                    if 'IMG' in name: ifIMG = True
1778                    if 'HKLF' in name: ifHKLF = True
1779                    if 'PDF' in name: ifPDF = True
1780                    TextList.append(name)
1781                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1782            if ifPWDR: TextList.insert(1,'All PWDR')
1783            if ifIMG: TextList.insert(1,'All IMG')
1784            if ifHKLF: TextList.insert(1,'All HKLF')
1785            if ifPDF: TextList.insert(1,'All PDF')               
1786            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
1787            try:
1788                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1789                    result = dlg.GetSelections()
1790                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
1791                    if 'All Data' in DelList:
1792                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] != 'All']
1793                    elif 'All PWDR' in DelList:
1794                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']
1795                    elif 'All IMG' in DelList:
1796                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'IMG']
1797                    elif 'All HKLF' in DelList:
1798                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'HKLF']
1799                    elif 'All PDF' in DelList:
1800                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'PDF']
1801                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1802                    while item:
1803                        if self.PatternTree.GetItemText(item) in DelList: DelItemList.append(item)
1804                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1805                    for item in DelItemList:
1806                        self.PatternTree.Delete(item)
1807                    self.PickId = 0
1808                    wx.CallAfter(G2plt.PlotPatterns,self,True)                        #so plot gets updated
1809            finally:
1810                dlg.Destroy()
1811
1812    def OnFileOpen(self, event):
1813        result = ''
1814        Id = 0
1815        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
1816            if self.dataFrame:
1817                self.dataFrame.Clear() 
1818            dlg = wx.MessageDialog(
1819                self,
1820                'Do you want to overwrite the current project? '
1821                'Any unsaved changes will be lost. Press OK to continue.',
1822                'Overwrite?',  wx.OK | wx.CANCEL)
1823            try:
1824                result = dlg.ShowModal()
1825                if result == wx.ID_OK:
1826                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
1827                    self.GSASprojectfile = ''
1828                    if self.HKL: self.HKL = []
1829                    if self.G2plotNB.plotList:
1830                        self.G2plotNB.clear()
1831            finally:
1832                dlg.Destroy()
1833        if result != wx.ID_CANCEL:   
1834            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
1835            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
1836                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1837            try:
1838                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1839                    self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
1840                    self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
1841                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
1842                    G2IO.ProjFileOpen(self)
1843                    self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
1844                    self.PatternTree.Expand(self.root)
1845                    self.HKL = []
1846                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1847                    while item and not Id:
1848                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1849                        if name[:4] in ['PWDR','HKLF','IMG ','PDF ']:
1850                            Id = item
1851                        elif name == 'Controls':
1852                            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1853                            if data:
1854                                for item in self.Refine: item.Enable(True)
1855                                for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
1856                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
1857                    if Id:
1858                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1859                    self.CheckNotebook()
1860                    os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1861            finally:
1862                dlg.Destroy()
1863
1864    def OnFileClose(self, event):
1865        if self.dataFrame:
1866            self.dataFrame.Clear()
1867            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
1868        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
1869        try:
1870            result = dlg.ShowModal()
1871            if result == wx.ID_OK:
1872                self.OnFileSaveMenu(event)
1873            if result != wx.ID_CANCEL:
1874                self.GSASprojectfile = ''
1875                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: ')
1876                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
1877                if self.HKL: self.HKL = []
1878                if self.G2plotNB.plotList:
1879                    self.G2plotNB.clear()
1880        finally:
1881            dlg.Destroy()
1882
1883    def OnFileSave(self, event):
1884        if self.GSASprojectfile: 
1885            self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
1886            G2IO.ProjFileSave(self)
1887        else:
1888            self.OnFileSaveas(event)
1889
1890    def OnFileSaveas(self, event):
1891        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
1892            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1893        try:
1894            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1895                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
1896                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
1897                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Saving project as'+self.GSASprojectfile)
1898                self.SetTitle("GSAS-II data tree: "+
1899                              os.path.split(self.GSASprojectfile)[1])
1900                G2IO.ProjFileSave(self)
1901                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1902        finally:
1903            dlg.Destroy()
1904
1905    def ExitMain(self, event):
1906        if self.undofile:
1907            os.remove(self.undofile)
1908        sys.exit()
1909       
1910    def OnFileExit(self, event):
1911        if self.dataFrame:
1912            self.dataFrame.Clear() 
1913            self.dataFrame.Destroy()
1914        self.Close()
1915       
1916    def OnExportPatterns(self,event):
1917        names = ['All']
1918        exports = []
1919        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1920        while item:
1921            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1922            if 'PWDR' in name:
1923                names.append(name)
1924            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1925        if names:
1926            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','Powder patterns to export',names)
1927            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1928                sel = dlg.GetSelections()
1929                if sel[0] == 0:
1930                    exports = names[1:]
1931                else:
1932                    for x in sel:
1933                        exports.append(names[x])
1934            dlg.Destroy()
1935        if exports:
1936            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output powder file name', '.', '', 
1937                'GSAS fxye file (*.fxye)|*.fxye|xye file (*.xye)|*.xye',
1938                wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1939            try:
1940                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1941                    powderfile = dlg.GetPath()
1942                    powderfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,powderfile)
1943                    if 'fxye' in powderfile:
1944                        G2IO.powderFxyeSave(self,exports,powderfile)
1945                    else:       #just xye
1946                        G2IO.powderXyeSave(self,exports,powderfile)
1947            finally:
1948                dlg.Destroy()
1949       
1950    def OnExportPeakList(self,event):
1951        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
1952            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1953        try:
1954            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1955                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
1956                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
1957                file = open(self.peaklistfile,'w')               
1958                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1959                while item:
1960                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1961                    if 'PWDR' in name:
1962                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
1963                        while item2:
1964                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
1965                            if name2 == 'Peak List':
1966                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
1967                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))               
1968                                for peak in peaks:
1969                                    file.write("%10.4f %12.2f %10.3f %10.3f \n" % \
1970                                        (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6]))
1971                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
1972                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
1973                file.close()
1974        finally:
1975            dlg.Destroy()
1976       
1977    def OnExportHKL(self,event):
1978        event.Skip()
1979       
1980    def OnExportPDF(self,event):
1981        #need S(Q) and G(R) to be saved here - probably best from selection?
1982        names = ['All']
1983        exports = []
1984        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1985        while item:
1986            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1987            if 'PDF' in name:
1988                names.append(name)
1989            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1990        if names:
1991            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','PDF patterns to export',names)
1992            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1993                sel = dlg.GetSelections()
1994                if sel[0] == 0:
1995                    exports = names[1:]
1996                else:
1997                    for x in sel:
1998                        exports.append(names[x])
1999            dlg.Destroy()
2000        if exports:
2001            G2IO.PDFSave(self,exports)
2002       
2003    def OnExportPhase(self,event):
2004        event.Skip()
2005       
2006    def OnExportCIF(self,event):
2007        event.Skip()
2008
2009    def OnMakePDFs(self,event):
2010        tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
2011        TextList = ['All PWDR']
2012        PDFlist = []
2013        Names = []
2014        if self.PatternTree.GetCount():
2015            id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2016            while id:
2017                name = self.PatternTree.GetItemText(id)
2018                Names.append(name)
2019                if 'PWDR' in name:
2020                    TextList.append(name)
2021                id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2022            if len(TextList) == 1:
2023                self.ErrorDialog('Nothing to make PDFs for','There must be at least one "PWDR" pattern')
2024                return
2025            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Make PDF controls','Make PDF controls for:',TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2026            try:
2027                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2028                    result = dlg.GetSelections()
2029                    for i in result: PDFlist.append(TextList[i])
2030                    if 0 in result:
2031                        PDFlist = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']                       
2032                    for item in PDFlist:
2033                        PWDRname = item[4:]
2034                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PDF '+PWDRname)
2035                        Data = {
2036                            'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0,'Add':0.0},
2037                            'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2038                            'Container':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2039                            'Container Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},'ElList':{},
2040                            'Geometry':'Cylinder','Diam':1.0,'Pack':0.50,'Form Vol':10.0,
2041                            'DetType':'Image plate','ObliqCoeff':0.2,'Ruland':0.025,'QScaleLim':[0,100],
2042                            'Lorch':True,}
2043                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='PDF Controls'),Data)
2044                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='I(Q)'+PWDRname),[])       
2045                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='S(Q)'+PWDRname),[])       
2046                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='F(Q)'+PWDRname),[])       
2047                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='G(R)'+PWDRname),[])       
2048                for item in self.ExportPDF: item.Enable(True)
2049            finally:
2050                dlg.Destroy()
2051               
2052    def GetPWDRdatafromTree(self,PWDRname):
2053        ''' Returns powder data from GSASII tree
2054        input:
2055            PWDRname = powder histogram name as obtained from GetHistogramNames
2056        return:
2057            PWDRdata = powder data dictionary with:
2058                Data - powder data arrays, Limits, Instrument Parameters, Sample Parameters           
2059        '''
2060        PWDRdata = {}
2061        try:
2062            PWDRdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[0])            #wtFactor + ?
2063        except ValueError:
2064            PWDRdata['wtFactor'] = 1.0
2065        PWDRdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[1]          #powder data arrays
2066        PWDRdata['Limits'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Limits'))
2067        PWDRdata['Background'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Background'))
2068        PWDRdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Instrument Parameters'))
2069        PWDRdata['Sample Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Sample Parameters'))
2070        PWDRdata['Reflection Lists'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Reflection Lists'))
2071        if 'ranId' not in PWDRdata['Sample Parameters']:
2072            PWDRdata['Sample Parameters']['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
2073        PWDRdata['ranId'] = PWDRdata['Sample Parameters']['ranId']
2074        return PWDRdata
2075
2076    def GetHKLFdatafromTree(self,HKLFname):
2077        ''' Returns single crystal data from GSASII tree
2078        input:
2079            HKLFname = single crystal histogram name as obtained from GetHistogramNames
2080        return:
2081            HKLFdata = single crystal data list of reflections: for each reflection:
2082                HKLF =
2083        '''
2084        HKLFdata = {}
2085        try:
2086            HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
2087        except ValueError:
2088            HKLFdata['wtFactor'] = 1.0
2089        HKLFdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[1]
2090        HKLFdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,HKLFname,'Instrument Parameters'))
2091        return HKLFdata
2092       
2093    def GetPhaseData(self):
2094        phaseData = {}
2095        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2096            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2097        else:
2098            print 'no phases to be refined'
2099            return
2100        if sub:
2101            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2102            while item:
2103                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2104                phaseData[phaseName] =  self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2105                if 'ranId' not in phaseData[phaseName]:
2106                    phaseData[phaseName]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)         
2107                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2108        return phaseData               
2109                   
2110    def GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree(self):
2111        ''' Returns all histograms that are found in any phase
2112        and any phase that uses a histogram
2113        return:
2114            Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
2115            Phases = dictionary of phases that use histograms
2116        '''
2117        phaseData = self.GetPhaseData()
2118        if not phaseData:
2119            return {},{}
2120        Histograms = {}
2121        Phases = {}
2122        pId = 0
2123        hId = 0
2124        for phase in phaseData:
2125            Phase = phaseData[phase]
2126            if Phase['Histograms']:
2127                if phase not in Phases:
2128                    Phase['pId'] = pId
2129                    pId += 1
2130                    Phases[phase] = Phase
2131                for hist in Phase['Histograms']:
2132                    if hist not in Histograms:
2133                        item = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,hist)
2134                        if 'PWDR' in hist[:4]: 
2135                            Histograms[hist] = self.GetPWDRdatafromTree(item)
2136                        elif 'HKLF' in hist[:4]:
2137                            Histograms[hist] = self.GetHKLFdatafromTree(item)
2138                        #future restraint, etc. histograms here           
2139                        Histograms[hist]['hId'] = hId
2140                        hId += 1
2141        return Histograms,Phases
2142       
2143    class ViewParmDialog(wx.Dialog):
2144        def __init__(self,parent,title,parmDict):
2145            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title,size=(300,430),
2146                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2147            panel = wx.Panel(self,size=(300,430))
2148            parmNames = parmDict.keys()
2149            parmNames.sort()
2150            parmText = ' p:h:Parameter       refine?              value\n'
2151            for name in parmNames:
2152                parmData = parmDict[name]
2153                try:
2154                    parmText += ' %s \t%12.4g \n'%(name.ljust(19)+'\t'+parmData[1],parmData[0])
2155                except TypeError:
2156                    pass
2157            parmTable = wx.TextCtrl(panel,-1,parmText,
2158                style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY,size=(290,400))
2159            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2160            mainSizer.Add(parmTable)
2161            panel.SetSizer(mainSizer)
2162                           
2163    def OnViewLSParms(self,event):
2164        parmDict = {}
2165        Histograms,Phases = self.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
2166        Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable = G2str.GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,Print=False)       
2167        hapVary,hapDict,controlDict = G2str.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
2168        histVary,histDict,controlDict = G2str.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
2169        varyList = phaseVary+hapVary+histVary
2170        parmDict.update(phaseDict)
2171        parmDict.update(hapDict)
2172        parmDict.update(histDict)
2173        for parm in parmDict:
2174            if parm.split(':')[-1] in ['Azimuth','Gonio. radius','Lam1','Lam2',
2175                'Omega','Chi','Phi','nDebye','nPeaks']:
2176                parmDict[parm] = [parmDict[parm],' ']
2177            elif parm.split(':')[-2] in ['Ax','Ay','Az','SHmodel','SHord']:
2178                parmDict[parm] = [parmDict[parm],' ']
2179            elif parm in varyList:
2180                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'True']
2181            else:
2182                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'False']
2183        parmDict[' Num refined'] = [len(varyList),'']
2184        dlg = self.ViewParmDialog(self,'Parameters for least squares',parmDict)
2185        try:
2186            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2187                print 'do something with changes?? - No!'
2188        finally:
2189            dlg.Destroy()
2190       
2191    def OnRefine(self,event):
2192        self.OnFileSave(event)
2193        # check that constraints are OK here
2194        errmsg, warnmsg = G2str.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
2195        if errmsg:
2196            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
2197                  '\nRefinement not possible')
2198            self.ErrorDialog('Constraint Error',
2199                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
2200                             '\nRefinement not possible')
2201            return
2202        if warnmsg:
2203            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2204                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
2205            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
2206                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2207                             warnmsg+
2208                             '\nRefinement not possible')
2209            return
2210        #works - but it'd be better if it could restore plots
2211        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','All data Rw =',101.0, 
2212            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
2213        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
2214        Size = dlg.GetSize()
2215        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
2216        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
2217        dlg.SetSize(Size)
2218        Rw = 100.00
2219        try:
2220            Rw = G2str.Refine(self.GSASprojectfile,dlg)
2221        finally:
2222            dlg.Destroy()
2223        oldId =  self.PatternTree.GetSelection()
2224        oldName = self.PatternTree.GetItemText(oldId)
2225        parentId = self.PatternTree.GetItemParent(oldId)
2226        parentName = ''
2227        if parentId:
2228            parentName = self.PatternTree.GetItemText(parentId)
2229        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results, Rw =%.3f'%(Rw),wx.OK|wx.CANCEL)
2230        try:
2231            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2232                Id = 0
2233                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2234                if self.HKL: self.HKL = []
2235                if self.G2plotNB.plotList:
2236                    self.G2plotNB.clear()
2237                G2IO.ProjFileOpen(self)
2238                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2239                while item and not Id:
2240                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2241                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
2242                        Id = item
2243                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2244                if parentName:
2245                    parentId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, parentName)
2246                    if parentId:
2247                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, parentId, oldName)
2248                    else:
2249                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, oldName)
2250                    self.PatternTree.SelectItem(itemId)
2251                elif Id:
2252                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
2253        finally:
2254            dlg.Destroy()
2255
2256    def OnSeqRefine(self,event):
2257        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequental results')
2258        if not Id:
2259            Id = self.PatternTree.AppendItem(self.root,text='Sequental results')
2260            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,{})           
2261        self.OnFileSave(event)
2262        # check that constraints are OK here
2263        errmsg, warnmsg = G2str.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
2264        if errmsg:
2265            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
2266                  '\nRefinement not possible')
2267            self.ErrorDialog('Constraint Error',
2268                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
2269                             '\nRefinement not possible')
2270            return
2271        if warnmsg:
2272            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2273                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
2274            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
2275                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2276                             warnmsg+'\nRefinement not possible')
2277            return
2278        dlg = wx.ProgressDialog('Residual for histogram 0','Powder profile Rwp =',101.0, 
2279            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
2280        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
2281        Size = dlg.GetSize()
2282        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
2283        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
2284        dlg.SetSize(Size)
2285        try:
2286            G2str.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)
2287        finally:
2288            dlg.Destroy()       
2289        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
2290        try:
2291            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2292                Id = 0
2293                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2294                if self.HKL: self.HKL = []
2295                if self.G2plotNB.plotList:
2296                    self.G2plotNB.clear()
2297                G2IO.ProjFileOpen(self)
2298                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2299                while item and not Id:
2300                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2301                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
2302                        Id = item
2303                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2304                if Id:
2305                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
2306        finally:
2307            dlg.Destroy()
2308       
2309    def ErrorDialog(self,title,message,parent=None, wtype=wx.OK):
2310        result = None
2311        if parent is None:
2312            dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wtype)
2313        else:
2314            dlg = wx.MessageDialog(parent, message, title,  wtype)
2315            dlg.CenterOnParent() # not working on Mac
2316        try:
2317            result = dlg.ShowModal()
2318        finally:
2319            dlg.Destroy()
2320        return result
2321
2322class GSASIImain(wx.App):
2323    def OnInit(self):
2324        self.main = GSASII(None)
2325        self.main.Show()
2326        self.SetTopWindow(self.main)
2327        return True
2328
2329def main():
2330    application = GSASIImain(0)
2331    if wxInspector: wxeye.InspectionTool().Show()
2332
2333    #application.main.OnRefine(None)
2334    application.MainLoop()
2335   
2336if __name__ == '__main__':
2337    main()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.