source: trunk/GSASII.py @ 818

Last change on this file since 818 was 818, checked in by vondreele, 10 years ago

complete restraint GUI stuff
provide restraint plots for torsions & Ramachandran

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 106.6 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#GSASII
4########### SVN repository information ###################
5# $Date: 2012-12-20 18:15:43 +0000 (Thu, 20 Dec 2012) $
6# $Author: vondreele $
7# $Revision: 818 $
8# $URL: trunk/GSASII.py $
9# $Id: GSASII.py 818 2012-12-20 18:15:43Z vondreele $
10########### SVN repository information ###################
11
12import os
13import sys
14import math
15import copy
16import random as ran
17import time
18import copy
19import glob
20import imp
21import inspect
22import numpy as np
23import scipy as sp
24import wx
25import matplotlib as mpl
26import wx.lib.inspection as wxeye
27try:
28    import OpenGL as ogl
29except ImportError:
30    print('*******************************************************')
31    print('PyOpenGL is missing from your python installation')
32    print('     - we will try to install it')
33    print('*******************************************************')
34    def install_with_easyinstall(package):
35        try: 
36            print "trying a system-wide PyOpenGl install"
37            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],package])
38            return
39        except:
40            pass
41        try: 
42            print "trying a user level PyOpenGl install"
43            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],'--user',package])
44            return
45        except:
46            print "Install of '+package+' failed. Please report this information:"
47            import traceback
48            print traceback.format_exc()
49            sys.exit()
50    from setuptools.command import easy_install
51    install_with_easyinstall('PyOpenGl')
52    print('*******************************************************')         
53    print('OpenGL has been installed. Please restart GSAS-II')
54    print('*******************************************************')         
55    sys.exit()
56
57# load the GSAS routines
58import GSASIIpath
59GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 818 $")
60import GSASIIIO as G2IO
61import GSASIIgrid as G2gd
62import GSASIIplot as G2plt
63import GSASIIpwd as G2pwd
64import GSASIIpwdGUI as G2pdG
65import GSASIIspc as G2spc
66import GSASIIstruct as G2str
67import GSASIImapvars as G2mv
68import GSASIIsolve as G2sol
69
70#wx inspector - use as needed
71wxInspector = False
72
73# print versions
74print "Python module versions loaded:"
75print "python:     ",sys.version[:5]
76print "wxpython:   ",wx.__version__
77print "matplotlib: ",mpl.__version__
78print "numpy:      ",np.__version__
79print "scipy:      ",sp.__version__
80print "OpenGL:     ",ogl.__version__
81try:
82    import mkl
83    print "Max threads ",mkl.get_max_threads()
84except:
85    pass
86#    print "MKL module not present"
87__version__ = '0.2.0'
88G2gd.__version__ = __version__
89print "This is GSAS-II version:     ",__version__,' revision '+str(GSASIIpath.GetVersionNumber())
90
91# useful degree trig functions
92sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
93cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
94tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
95asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
96acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
97atan2d = lambda x,y: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
98
99def create(parent):
100    return GSASII(parent)
101
102class GSASII(wx.Frame):
103   
104    def _Add_FileMenuItems(self, parent):
105        item = parent.Append(
106            help='Open a gsasii project file (*.gpx)', id=wx.ID_ANY,
107            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Open project...')
108        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpen, id=item.GetId())
109        item = parent.Append(
110            help='Save project to old file', id=wx.ID_ANY,
111            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Save project')
112        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSave, id=item.GetId())
113        item = parent.Append(
114            help='Save project to new file', id=wx.ID_ANY,
115            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save As...')
116        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveas, id=item.GetId())
117        item = parent.Append(
118            help='Close project, saving is optional', id=wx.ID_ANY,
119            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Close project')
120        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileClose, id=item.GetId())
121        item = parent.Append(
122            help='Exit from gsasii', id=wx.ID_ANY,
123            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&Exit')
124        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExit, id=item.GetId())
125       
126    def _Add_DataMenuItems(self,parent):
127        item = parent.Append(
128            help='',id=wx.ID_ANY,
129            kind=wx.ITEM_NORMAL,
130            text='Read image data...')
131        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=item.GetId())
132        item = parent.Append(
133            help='',id=wx.ID_ANY,
134            kind=wx.ITEM_NORMAL,
135            text='Read Powder Pattern Peaks...')
136        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=item.GetId())
137        item = parent.Append(
138            help='',id=wx.ID_ANY,
139            kind=wx.ITEM_NORMAL,
140            text='Sum powder data')
141        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSum, id=item.GetId())
142        item = parent.Append(
143            help='',id=wx.ID_ANY,
144            kind=wx.ITEM_NORMAL,
145            text='Sum image data')
146        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=item.GetId())
147        item = parent.Append(
148            help='',id=wx.ID_ANY,
149            kind=wx.ITEM_NORMAL,
150            text='Add phase')
151        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=item.GetId())
152        item = parent.Append(
153            help='',id=wx.ID_ANY,
154            kind=wx.ITEM_NORMAL,
155            text='Delete phase')
156        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=item.GetId())
157        item = parent.Append(
158            help='',id=wx.ID_ANY,
159            kind=wx.ITEM_NORMAL,
160            text='Rename data') 
161        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRenameData, id=item.GetId())
162        item = parent.Append(
163            help='',id=wx.ID_ANY,
164            kind=wx.ITEM_NORMAL,
165            text='Delete data')
166        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDelete, id=item.GetId())
167               
168    def _Add_CalculateMenuItems(self,parent):
169        item = parent.Append(help='Make new PDFs from selected powder patterns', 
170            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make new PDFs')
171        self.MakePDF.append(item)
172#        item.Enable(False)
173        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMakePDFs, id=item.GetId())
174       
175        item = parent.Append(help='View least squares parameters', 
176            id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='&View LS parms')
177        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnViewLSParms, id=item.GetId())
178       
179        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
180            text='&Refine')
181        self.Refine.append(item)
182        item.Enable(False)
183        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRefine, id=item.GetId())
184       
185        item = parent.Append(help='', id=wx.ID_ANY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
186            text='Sequental refine')
187        self.SeqRefine.append(item)
188        item.Enable(False)
189        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSeqRefine, id=item.GetId())
190       
191    def _init_Imports(self):
192        '''import all the G2phase*.py & G2sfact*.py & G2pwd*.py files that
193        are found in the path
194        '''
195
196        self.ImportPhaseReaderlist = []
197        self._init_Import_routines('phase',self.ImportPhaseReaderlist,'Phase')
198        self.ImportSfactReaderlist = []
199        self._init_Import_routines('sfact',self.ImportSfactReaderlist,'Struct_Factor')
200        self.ImportPowderReaderlist = []
201        self._init_Import_routines('pwd',self.ImportPowderReaderlist,'Powder_Data')
202        self.ImportMenuId = {}
203
204    def _init_Import_routines(self,prefix,readerlist,errprefix):
205        '''import all the import readers matching the prefix
206        '''
207        #path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # location of this file
208        #pathlist = sys.path[:]
209        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
210        path2GSAS2 = os.path.join(
211            os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
212            'imports')
213        pathlist = sys.path[:]
214        if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
215
216        filelist = []
217        for path in pathlist:
218            for filename in glob.iglob(os.path.join(
219                path,
220                "G2"+prefix+"*.py")):
221                filelist.append(filename)   
222                #print 'debug: found',filename
223        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
224        for filename in filelist:
225            path,rootname = os.path.split(filename)
226            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
227            try:
228                fp = None
229                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
230                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
231                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
232                    if clss[0].startswith('_'): continue
233                    if inspect.isclass(clss[1]):
234                        # check if we have the required methods
235                        for m in 'Reader','ExtensionValidator','ContentsValidator':
236                            if not hasattr(clss[1],m): break
237                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
238                        else:
239                            reader = clss[1]() # create an import instance
240                            readerlist.append(reader)
241            except AttributeError:
242                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error'+str(filename)
243                pass
244            except ImportError:
245                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file'+str(filename)
246                pass
247            if fp: fp.close()
248
249    def OnImportGeneric(self,reader,readerlist,label,multiple=False):
250        '''Call the requested import reader or all of the appropriate
251        import readers in response to a menu item
252        '''
253        self.lastimport = ''
254        self.zipfile = None
255        if reader is None:
256            multiple = False
257            #print "use all formats"
258            choices = "any file (*.*)|*.*"
259            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
260            extdict = {}
261            # compile a list of allowed extensions
262            for rd in readerlist:
263                fmt = rd.formatName
264                for extn in rd.extensionlist:
265                    if not extdict.get(extn): extdict[extn] = []
266                    extdict[extn] += [fmt,]
267            for extn in sorted(extdict.keys(),cmp=lambda x,y: cmp(x.lower(), y.lower())):
268                fmt = ''
269                for f in extdict[extn]:
270                    if fmt != "": fmt += ', '
271                    fmt += f
272                choices += "|" + fmt + " file (*" + extn + ")|*" + extn
273        else:
274            readerlist = [reader,]
275            # compile a list of allowed extensions
276            choices = reader.formatName + " file ("
277            w = ""
278            for extn in reader.extensionlist:
279                if w != "": w += ";"
280                w += "*" + extn
281            choices += w + ")|" + w
282            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
283            if not reader.strictExtension:
284                choices += "|any file (*.*)|*.*"
285        # get the file(s)
286        if multiple:
287            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR | wx.MULTIPLE
288        else:
289            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR
290        dlg = wx.FileDialog(self, message="Choose "+label+" input file",
291            defaultFile="",wildcard=choices, style=mode)
292        try:
293            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
294                if multiple:
295                    filelist = dlg.GetPaths()
296                    if len(filelist) == 0: return []
297                else:
298                    filename = dlg.GetPath()
299                    filelist = [filename,]
300                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
301            else: # cancel was pressed
302                return []
303        finally:
304            dlg.Destroy()
305        rd_list = []
306        filelist1 = []
307        for filename in filelist:
308            # is this a zip file?
309            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
310                extractedfiles = G2IO.ExtractFileFromZip(
311                    filename,parent=self,
312                    multipleselect=True)
313                if extractedfiles is None: continue # error or Cancel
314                if extractedfiles != filename:
315                    self.zipfile = filename # save zip name
316                    filelist1 += extractedfiles
317                    continue
318            filelist1.append(filename)
319        filelist = filelist1
320        for filename in filelist:
321            # is this a zip file?
322            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
323                extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(filename,parent=self)
324                if extractedfile is None: continue # error or Cancel
325                if extractedfile != filename:
326                    filename,self.zipfile = extractedfile,filename # now use the file that was created
327            # set what formats are compatible with this file
328            primaryReaders = []
329            secondaryReaders = []
330            for reader in readerlist:
331                flag = reader.ExtensionValidator(filename)
332                if flag is None: 
333                    secondaryReaders.append(reader)
334                elif flag:
335                    primaryReaders.append(reader)
336            if len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0:
337                self.ErrorDialog('No Format','No matching format for file '+filename)
338                return []
339
340            fp = None
341            msg = ''
342            try:
343                fp = open(filename,'Ur')
344                if len(filelist) == 1:
345                    # confirm we have the right file
346                    rdmsg = 'File '+str(filename)+' begins:\n\n'
347                    for i in range(3):
348                        rdmsg += fp.readline()
349                    rdmsg += '\n\nDo you want to read this file?'
350                    if not all([ord(c) < 128 for c in rdmsg]): # show only if ASCII
351                        rdmsg = 'File '+str(
352                            filename)+' is a binary file. Do you want to read this file?'
353                    result = wx.ID_NO
354                    # it would be better to use something that
355                    # would resize better, but this will do for now
356                    dlg = wx.MessageDialog(
357                        self, rdmsg,
358                        'Is this the file you want?', 
359                        wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION,
360                        )
361                    dlg.SetSize((700,300)) # does not resize on Mac
362                    try:
363                        result = dlg.ShowModal()
364                    finally:
365                        dlg.Destroy()
366                    if result == wx.ID_NO: return []
367                           
368                self.lastimport = filename
369                # try the file first with Readers that specify the
370                # files extension and later with ones that allow it
371                flag = False
372                for rd in primaryReaders+secondaryReaders:
373                    try:
374                        fp.seek(0)  # rewind
375                        if not rd.ContentsValidator(fp): continue # rejected on cursory check
376                        repeat = True
377                        rdbuffer = {} # create temporary storage for file reader
378                        block = 0
379                        while repeat:
380                            block += 1
381                            repeat = False
382                            fp.seek(0)  # rewind
383                            rd.objname = os.path.basename(filename)
384                            flag = rd.Reader(filename,fp,self,
385                                             buffer=rdbuffer,
386                                             blocknum=block)
387                            if flag:
388                                rd_list.append(copy.deepcopy(rd)) # success
389                                if rd.repeat: repeat = True
390                    except:
391                        import traceback
392                        print traceback.format_exc()
393                        msg += '\nError reading file '+filename+' with format '+ rd.formatName
394                        #self.ErrorDialog('Read Error',
395                        #                 'Error reading file '+filename
396                        #                 +' with format '+ rd.formatName)
397                        continue
398                    if flag:
399                        if rd.warnings:
400                            self.ErrorDialog('Read Warning','The '+ rd.formatName+
401                                             ' reader reported a warning message:\n\n'+
402                                             rd.warnings)
403                        break # success reading
404                else:
405                    self.ErrorDialog('Read Error','No reader is able to read from file '+filename+msg)
406            except:
407                import traceback
408                print traceback.format_exc()
409                self.ErrorDialog('Open Error','Error on open of file '+filename)
410            finally:
411                if fp: fp.close()
412        return rd_list
413
414    def _Add_ImportMenu_Phase(self,parent):
415        '''configure the Import Phase menus accord to the readers found in _init_Imports
416        '''
417        submenu = wx.Menu()
418        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Phase',
419            submenu, help='Import phase data')
420        for reader in self.ImportPhaseReaderlist:
421            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
422                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
423            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
424            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
425        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
426                              help='Import phase data, use file to try to determine format',
427                              kind=wx.ITEM_NORMAL,
428                              text='guess format from file')
429        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
430
431    def OnImportPhase(self,event):
432        # look up which format was requested
433        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
434        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
435                                  self.ImportPhaseReaderlist,
436                                  'phase')
437        if len(rdlist) == 0: return
438        # for now rdlist is only expected to have one element
439        # but this will allow multiple phases to be imported
440        self.CheckNotebook()
441        for rd in rdlist:
442            dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of phase name
443                self, 'Enter the name for the new phase',
444                'Edit phase name', rd.Phase['General']['Name'],
445                style=wx.OK)
446            dlg.CenterOnParent()
447            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
448                rd.Phase['General']['Name'] = dlg.GetValue()
449            dlg.Destroy()
450            PhaseName = rd.Phase['General']['Name']
451            print 'Read phase '+str(PhaseName)+' from file '+str(self.lastimport)
452            if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
453                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
454            else:
455                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
456            psub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
457            self.PatternTree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
458            self.PatternTree.Expand(self.root) # make sure phases are seen
459            self.PatternTree.Expand(sub) 
460            self.PatternTree.Expand(psub) 
461        return # success
462       
463    def _Add_ImportMenu_Sfact(self,parent):
464        '''configure the Import Structure Factor menus accord to the readers found in _init_Imports
465        '''
466        submenu = wx.Menu()
467        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Structure Factor',
468            submenu, help='Import Structure Factor data')
469        for reader in self.ImportSfactReaderlist:
470            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,               
471                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
472            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
473            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
474        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
475            help='Import Structure Factor, use file to try to determine format',
476            kind=wx.ITEM_NORMAL,
477            text='guess format from file')
478        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
479
480    def OnImportSfact(self,event):
481        # look up which format was requested
482        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
483        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportSfactReaderlist,
484            'Structure Factor')
485        if len(rdlist) == 0: return
486        self.CheckNotebook()
487        for rd in rdlist:
488            HistName = rd.objname
489            if len(rdlist) <= 2: 
490                dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of Structure Factor name
491                    self, 'Enter the name for the new Structure Factor',
492                    'Edit Structure Factor name', HistName,
493                    style=wx.OK)
494                dlg.CenterOnParent()
495                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
496                    HistName = dlg.GetValue()
497                dlg.Destroy()
498            print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
499            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,
500                                             text='HKLF '+HistName)
501            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},rd.RefList])
502            Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
503            self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,rd.Parameters)
504            self.PatternTree.SetItemPyData(
505                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='HKL Plot Controls'),
506                rd.Controls)
507            self.PatternTree.SetItemPyData(
508                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
509            self.PatternTree.SelectItem(Id)
510            self.PatternTree.Expand(Id)
511            self.Sngl = Id
512        return # success
513
514    def _Add_ImportMenu_powder(self,parent):
515        '''configure the Powder Data menus accord to the readers found in _init_Imports
516        '''
517        submenu = wx.Menu()
518        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Powder Data',
519            submenu, help='Import Powder data')
520        for reader in self.ImportPowderReaderlist:
521            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
522                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
523            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
524            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
525        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
526            help='Import powder data, use file to try to determine format',
527            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
528        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
529           
530    def ReadPowderInstprm(self,instfile):       #fix the write routine for [inst1,inst2] style
531        '''Read a GSAS-II (new) instrument parameter file'''
532        if os.path.splitext(instfile)[1].lower() != '.instprm': # invalid file
533            return None           
534        if not os.path.exists(instfile): # no such file
535            return None
536        File = open(instfile,'r')
537        S = File.readline()
538        if not S.startswith('#GSAS-II'): # not a valid file
539            File.close()
540            return None
541        newItems = []
542        newVals = []
543        while S:
544            if S[0] == '#':
545                S = File.readline()
546                continue
547            [item,val] = S[:-1].split(':')
548            newItems.append(item)
549            try:
550                newVals.append(float(val))
551            except ValueError:
552                newVals.append(val)                       
553            S = File.readline()               
554        File.close()
555        return G2IO.makeInstDict(newItems,newVals,len(newVals)*[False,])
556       
557    def ReadPowderIparm(self,instfile,bank,databanks,rd):
558        '''Read a GSAS (old) instrument parameter file'''
559        if not os.path.exists(instfile): # no such file
560            return {}
561        try:
562            fp = open(instfile,'Ur')
563            Iparm = {}
564            for S in fp:
565                Iparm[S[:12]] = S[12:-1]
566        except IOError:
567            print('Error reading file:'+str(instfile))
568        finally:       
569            fp.close()
570
571        try:
572            ibanks = int(Iparm.get('INS   BANK  ').strip())
573        except:
574            ibanks = 1
575        hType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()
576        if ibanks == 1: # there is only one bank here, return it
577            rd.instbank = 1
578            return Iparm
579        if 'PNT' in hType:
580            rd.instbank = bank
581        elif ibanks != databanks:
582            # number of banks in data and prm file not not agree, need a
583            # choice from a human here
584            choices = []
585            for i in range(1,1+ibanks):
586                choices.append('Bank '+str(i))
587            bank = rd.BlockSelector(
588                choices, self,
589                title='Select an instrument parameter bank for '+
590                os.path.split(rd.powderentry[0])[1]+' BANK '+str(bank)+
591                '\nOr use Cancel to select from the default parameter sets',
592                header='Block Selector')
593        if bank is None: return {}
594        # pull out requested bank # bank from the data, and change the bank to 1
595        IparmS = {}
596        for key in Iparm:
597            if key[4:6] == "  ":
598                IparmS[key] = Iparm[key]
599            elif int(key[4:6].strip()) == bank:
600                IparmS[key[:4]+' 1'+key[6:]] = Iparm[key]
601        rd.instbank = bank
602        return IparmS
603                       
604    def GetPowderIparm(self,rd, prevIparm, lastIparmfile, lastdatafile):
605        '''Open and read an instrument parameter file for a data file
606        Returns the list of parameters used in the data tree
607        '''
608        def SetPowderInstParms(Iparm, rd):
609            '''extracts values from instrument parameters in rd.instdict
610            or in array Iparm.
611            Create and return the contents of the instrument parameter tree entry.
612            '''
613            DataType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()[:3]  # take 1st 3 chars
614            # override inst values with values read from data file
615            if rd.instdict.get('type'):
616                DataType = rd.instdict.get('type')
617            data = [DataType,]
618            if 'C' in DataType:
619                wave1 = None
620                wave2 = 0.0
621                if rd.instdict.get('wave'):
622                    wl = rd.instdict.get('wave')
623                    wave1 = wl[0]
624                    if len(wl) > 1: wave2 = wl[1]
625                s = Iparm['INS  1 ICONS']
626                if not wave1:
627                    wave1 = G2IO.sfloat(s[:10])
628                    wave2 = G2IO.sfloat(s[10:20])
629                v = (wave1,wave2,
630                     G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
631                if not v[1]:
632                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth'] 
633                    v = (v[0],v[2],v[4])
634                    codes = [0,0,0,0]
635                else:
636                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth']
637                    codes = [0,0,0,0,0,0]
638                data.extend(v)
639                v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
640                v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
641                data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
642                azm = Iparm.get('INS  1DETAZM')
643                if azm is None: #not in this Iparm file
644                    azm = 0.0
645                else:
646                    azm = float(azm)
647                v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
648                if v1[0] == 3:
649                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
650                else:
651                    data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
652                codes.extend([0,0,0,0,0,0,0])
653                return [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
654            elif 'T' in DataType:
655                names = ['Type','2-theta','difC','difA','Zero','alpha','beta-0','beta-1','sig-0','sig-1','X','Y','Azimuth']
656                codes = [0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0]
657                azm = 0.
658                if 'INS  1DETAZM' in Iparm:
659                    azm = float(Iparm['INS  1DETAZM'])
660                s = Iparm['INS  1BNKPAR'].split()
661                data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),])               #2-theta for bank
662                s = Iparm['INS  1 ICONS'].split()
663                data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])    #difC, difA, Zero
664                s = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()
665                pfType = int(s[0])
666                s = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
667                if abs(pfType) == 1:
668                    data.extend([G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2]),G2IO.sfloat(s[3])])
669                    s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
670                    data.extend([0.0,G2IO.sfloat(s[1]),0.0,0.0,azm])
671                elif abs(pfType) in [3,4,5]:
672                    data.extend([G2IO.sfloat(s[0]),G2IO.sfloat(s[1]),G2IO.sfloat(s[2])])
673                    if abs(pfType) == 4:
674                        data.extend([0.0,G2IO.sfloat(s[3]),0.0,0.0,azm])
675                    else:
676                        s = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
677                        data.extend([0.0,G2IO.sfloat(s[0]),0.0,0.0,azm])                       
678                Inst1 = G2IO.makeInstDict(names,data,codes)
679                Inst2 = {}
680                if pfType < 0:
681                    Ipab = 'INS  1PAB'+str(-pfType)
682                    Npab = int(Iparm[Ipab+'  '].strip())
683                    Inst2['Pdabc'] = []
684                    for i in range(Npab):
685                        k = Ipab+str(i+1).rjust(2)
686                        s = Iparm[k].split()
687                        Inst2['Pdabc'].append([float(t) for t in s])
688                    Inst2['Pdabc'] = np.array(Inst2['Pdabc'])
689                    Inst2['Pdabc'].T[3] += Inst2['Pdabc'].T[0]*Inst1['difC'][0] #turn 3rd col into TOF
690                if 'INS  1I ITYP' in Iparm:
691                    s = Iparm['INS  1I ITYP'].split()
692                    Ityp = int(s[0])
693                    Tminmax = [float(s[1])*1000.,float(s[2])*1000.]
694                    Itypes = ['Exponential','Maxwell/Exponential','','Maxwell/Chebyschev','']
695                    if Ityp in [1,2,4]:
696                        Inst2['Itype'] = Itypes[Ityp-1]
697                        Inst2['Tminmax'] = Tminmax
698                        Icoeff = []
699                        Iesd = []
700                        Icovar = []                   
701                        for i in range(3):
702                            s = Iparm['INS  1ICOFF'+str(i+1)].split()
703                            Icoeff += [float(S) for S in s]
704                            s = Iparm['INS  1IECOF'+str(i+1)].split()
705                            Iesd += [float(S) for S in s]
706                        for i in range(8):
707                            s = Iparm['INS  1IECOR'+str(i+1)].split()
708                            Icovar += [float(S) for S in s]
709                        Inst2['Icoeff'] = Icoeff
710                        Inst2['Iesd'] = Iesd
711                        Inst2['Icovar'] = Icovar
712                return [Inst1,Inst2]
713
714        # stuff we might need from the reader
715        filename = rd.powderentry[0]
716        bank = rd.powderentry[2]
717        numbanks = rd.numbanks
718        # is there an instrument parameter file defined for the current data set?
719        if rd.instparm or (lastdatafile == filename and lastIparmfile):
720            if rd.instparm:
721                instfile = os.path.join(os.path.split(filename)[0],
722                                    rd.instparm)
723            else:
724                # for multiple reads of one data file, reuse the inst parm file
725                instfile = lastIparmfile
726            if os.path.exists(instfile):
727                #print 'debug: try read',instfile
728                instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
729                if instParmList is not None:
730                    rd.instfile = instfile
731                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
732                    return instParmList
733                Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
734                if Iparm:
735                    #print 'debug: success'
736                    rd.instfile = instfile
737                    rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
738                    return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
739            else:
740                self.ErrorDialog('Open Error','Error opening instrument parameter file '
741                    +str(instfile)+' requested by file '+ filename)
742        # is there an instrument parameter file matching the current file
743        # with extension .inst or .prm? If so read it
744        basename = os.path.splitext(filename)[0]
745        for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
746            instfile = basename + ext
747            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
748            if instParmList is not None:
749                rd.instfile = instfile
750                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
751                return instParmList
752            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
753            if Iparm:
754                #print 'debug: success'
755                rd.instfile = instfile
756                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
757                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
758            else:
759                #print 'debug: open/read failed',instfile
760                pass # fail silently
761
762        # did we read the data file from a zip? If so, look there for a
763        # instrument parameter file
764        if self.zipfile:
765            for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
766                instfile = G2IO.ExtractFileFromZip(
767                    self.zipfile,
768                    selection=os.path.split(basename + ext)[1],
769                    parent=self)
770                if instfile is not None and instfile != self.zipfile:
771                    print 'debug:',instfile,'created from ',self.zipfile
772                    instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
773                    if instParmList is not None:
774                        rd.instfile = instfile
775                        rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
776                        return instParmList
777                    Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
778                    if Iparm:
779                        rd.instfile = instfile
780                        rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
781                        return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
782                    else:
783                        #print 'debug: open/read for',instfile,'from',self.zipfile,'failed'
784                        pass # fail silently
785
786        while True: # loop until we get a file that works or we get a cancel
787            instfile = ''
788            dlg = wx.FileDialog(
789                self,
790                'Choose inst. param file for "'
791                +rd.idstring
792                +'" (or Cancel for default)',
793                '.', '',
794                'GSAS-II iparm file (*.instprm)|*.instprm|'
795                'GSAS iparm file (*.prm)|*.prm|'
796                'GSAS iparm file (*.inst)|*.inst|'
797                'GSAS iparm file (*.ins)|*.ins|'
798                'All files (*.*)|*.*', 
799                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
800            if os.path.exists(lastIparmfile):
801                dlg.SetFilename(lastIparmfile)
802            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
803                instfile = dlg.GetPath()
804            dlg.Destroy()
805            if not instfile: break
806            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
807            if instParmList is not None:
808                rd.instfile = instfile
809                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
810                return instParmList
811            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
812            if Iparm:
813                #print 'debug: success with',instfile
814                rd.instfile = instfile
815                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
816                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
817            else:
818                self.ErrorDialog('Read Error',
819                                 'Error opening/reading file '+str(instfile))
820       
821        # still no success: offer user choice of defaults
822        while True: # loop until we get a choice
823            choices = []
824            head = 'Select from default instrument parameters for '+rd.idstring
825
826            for l in rd.defaultIparm_lbl:
827                choices.append('Defaults for '+l)
828            res = rd.BlockSelector(
829                choices,
830                ParentFrame=self,
831                title=head,
832                header='Select default inst parms',)
833            if res is None: continue
834            rd.instfile = ''
835            rd.instmsg = 'default: '+rd.defaultIparm_lbl[res]
836            return SetPowderInstParms(rd.defaultIparms[res],rd)
837
838    def OnImportPowder(self,event):
839        '''reads powder data using a variety of formats
840        reads an instrument parameter file for each dataset
841        '''
842        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())  # look up which format was requested
843        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportPowderReaderlist,
844            'Powder Data',multiple=True)
845        if len(rdlist) == 0: return
846        self.CheckNotebook()
847        Iparm = None
848        lastIparmfile = ''
849        lastdatafile = ''
850        for rd in rdlist:
851            # get instrument parameters for each dataset
852            Iparm1,Iparm2 = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
853            lastIparmfile = rd.instfile
854            lastdatafile = rd.powderentry[0]
855            print 'Read powder data '+str(rd.idstring)+ \
856                ' from file '+str(self.lastimport) + \
857                ' with parameters from '+str(rd.instmsg)
858            # data are read, now store them in the tree
859            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,
860                text='PWDR '+rd.idstring)
861            if 'T' in Iparm1['Type'][0]:
862                if not rd.clockWd and rd.GSAS:
863                    rd.powderdata[0] *= 100.        #put back the CW centideg correction
864                cw = np.diff(rd.powderdata[0])
865                rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][:-1]+cw/2.
866                rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][:-1]/cw
867                rd.powderdata[2] = rd.powderdata[2][:-1]*cw**2  #1/var=w at this point
868                if 'Itype' in Iparm2:
869                    Ibeg = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][0])
870                    Ifin = np.searchsorted(rd.powderdata[0],Iparm2['Tminmax'][1])
871                    rd.powderdata[0] = rd.powderdata[0][Ibeg:Ifin]
872                    YI,WYI = G2pwd.calcIncident(Iparm2,rd.powderdata[0])
873                    rd.powderdata[1] = rd.powderdata[1][Ibeg:Ifin]/YI
874                    var = 1./rd.powderdata[2][Ibeg:Ifin]
875                    var += WYI*rd.powderdata[1]**2
876                    var /= YI**2
877                    rd.powderdata[2] = 1./var
878                rd.powderdata[3] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
879                rd.powderdata[4] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
880                rd.powderdata[5] = np.zeros_like(rd.powderdata[0])                                       
881            Tmin = min(rd.powderdata[0])
882            Tmax = max(rd.powderdata[0])
883            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},rd.powderdata])
884            self.PatternTree.SetItemPyData(
885                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
886                rd.comments)
887            self.PatternTree.SetItemPyData(
888                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
889                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
890            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
891            self.PatternTree.SetItemPyData(
892                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
893                [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
894                 {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
895            self.PatternTree.SetItemPyData(
896                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
897                [Iparm1,Iparm2])
898            self.PatternTree.SetItemPyData(
899                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
900                rd.Sample)
901            self.PatternTree.SetItemPyData(
902                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
903                ,[])
904            self.PatternTree.SetItemPyData(
905                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
906                [])
907            self.PatternTree.SetItemPyData(
908                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
909                [])
910            self.PatternTree.SetItemPyData(
911                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
912                {})
913            self.PatternTree.Expand(Id)
914        self.PatternTree.SelectItem(Id)
915        return # success
916
917    def _init_Exports(self,parent):
918        '''This is a place holder for when exports are handled in a manner similar to imports
919        '''
920#        submenu = wx.Menu()
921#        item = parent.AppendMenu(
922#            wx.ID_ANY, 'entire project',
923#            submenu, help='Export entire project')
924#        item = submenu.Append(
925#            wx.ID_ANY,
926#            help='this is a module for testing',
927#            kind=wx.ITEM_NORMAL,
928#            text='to test file')
929#        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportTest, id=item.GetId())
930#        import G2export
931#    def OnExportTest(self,event):
932#        import G2export
933#        reload(G2export)
934#        G2export.ProjExport(self)
935
936    def _Add_ExportMenuItems(self,parent):
937        item = parent.Append(
938            help='Select PWDR item to enable',id=wx.ID_ANY,
939            kind=wx.ITEM_NORMAL,
940            text='Export Powder Patterns...')
941        self.ExportPattern.append(item)
942        item.Enable(False)
943        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPatterns, id=item.GetId())
944
945        item = parent.Append(
946            help='',id=wx.ID_ANY,
947            kind=wx.ITEM_NORMAL,
948            text='Export All Peak Lists...')
949        self.ExportPeakList.append(item)
950        item.Enable(True)
951        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=item.GetId())
952
953        item = parent.Append(
954            help='',id=wx.ID_ANY,
955            kind=wx.ITEM_NORMAL,
956            text='Export HKLs...')
957        self.ExportHKL.append(item)
958        item.Enable(False)
959        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=item.GetId())
960
961        item = parent.Append(
962            help='Select PDF item to enable',
963            id=wx.ID_ANY,
964            kind=wx.ITEM_NORMAL,
965            text='Export PDF...')
966        self.ExportPDF.append(item)
967        item.Enable(False)
968        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPDF, id=item.GetId())
969
970        item = parent.Append(
971            help='',id=wx.ID_ANY,
972            kind=wx.ITEM_NORMAL,
973            text='Export Phase...')
974        self.ExportPhase.append(item)
975        item.Enable(False)
976        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPhase, id=item.GetId())
977
978        item = parent.Append(
979            help='',id=wx.ID_ANY,
980            kind=wx.ITEM_NORMAL,
981            text='Export CIF...')
982        self.ExportCIF.append(item)
983        item.Enable(False)
984        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportCIF, id=item.GetId())
985               
986    def FillMainMenu(self,menubar):
987        '''Define contents of the main GSAS-II menu for the (main) data tree window
988        in the mac, used also for the data item windows as well.
989        '''
990        File = wx.Menu(title='')
991        menubar.Append(menu=File, title='&File')
992        self._Add_FileMenuItems(File)
993        Data = wx.Menu(title='')
994        menubar.Append(menu=Data, title='Data')
995        self._Add_DataMenuItems(Data)
996        Calculate = wx.Menu(title='')       
997        menubar.Append(menu=Calculate, title='&Calculate')
998        self._Add_CalculateMenuItems(Calculate)
999        Import = wx.Menu(title='')       
1000        menubar.Append(menu=Import, title='Import')
1001        self._Add_ImportMenu_Phase(Import)
1002        self._Add_ImportMenu_powder(Import)
1003        self._Add_ImportMenu_Sfact(Import)
1004        Export = wx.Menu(title='')       
1005        menubar.Append(menu=Export, title='Export')
1006        self._Add_ExportMenuItems(Export)
1007        #self._init_Exports(Export)
1008        HelpMenu=G2gd.MyHelp(self,helpType='Data tree',
1009            morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials')])
1010        menubar.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1011
1012    def _init_ctrls(self, parent):
1013        wx.Frame.__init__(self, name='GSASII', parent=parent,
1014            size=wx.Size(400, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II data tree')
1015        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
1016        Size = self.GetSize()
1017        xPos = clientSize[2]-Size[0]
1018        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]))
1019        self._init_Imports()
1020        #initialize Menu item objects (these contain lists of menu items that are enabled or disabled)
1021        self.MakePDF = []
1022        self.Refine = []
1023        self.SeqRefine = []
1024        self.ExportPattern = []
1025        self.ExportPeakList = []
1026        self.ExportHKL = []
1027        self.ExportPDF = []
1028        self.ExportPhase = []
1029        self.ExportCIF = []
1030        #
1031        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
1032        self.FillMainMenu(self.GSASIIMenu)
1033        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
1034        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
1035        self.CreateStatusBar()
1036        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
1037       
1038        wxID_PATTERNTREE = wx.NewId()
1039        self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE,
1040            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
1041        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED,
1042            self.OnPatternTreeSelChanged, id=wxID_PATTERNTREE)
1043        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
1044            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_PATTERNTREE)
1045        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
1046            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_PATTERNTREE)
1047        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_DELETE_ITEM,
1048            self.OnPatternTreeItemDelete, id=wxID_PATTERNTREE)
1049        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_KEY_DOWN,
1050            self.OnPatternTreeKeyDown, id=wxID_PATTERNTREE)
1051        self.root = self.PatternTree.AddRoot('Loaded Data: ')
1052       
1053        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
1054            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
1055        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
1056        plotFrame.Show()
1057       
1058        self.dataDisplay = None
1059       
1060    def __init__(self, parent):
1061        self._init_ctrls(parent)
1062        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
1063        # various defaults
1064        self.oldFocus = None
1065        self.GSASprojectfile = ''
1066        self.dirname = os.path.expanduser('~')       #start in the users home directory by default; may be meaningless
1067        self.undofile = ''
1068        self.TreeItemDelete = False
1069        self.Offset = [0.0,0.0]
1070        self.delOffset = .02
1071        self.refOffset = -100.0
1072        self.refDelt = .01
1073        self.Weight = False
1074        self.IparmName = ''  # to be removed when SelectPowderData & GetInstrumentFile is
1075        self.IfPlot = False
1076        self.PatternId = 0
1077        self.PickId = 0
1078        self.PeakTable = []
1079        self.LimitsTable = []
1080        self.HKL = []
1081        self.Lines = []
1082        self.itemPicked = None
1083        self.dataFrame = None
1084        self.Interpolate = 'nearest'
1085        self.ContourColor = 'Paired'
1086        self.VcovColor = 'RdYlGn'
1087        self.RamaColor = 'Blues'
1088        self.Projection = 'equal area'
1089        self.logPlot = False
1090        self.qPlot = False
1091        self.Contour = False
1092        self.Legend = False
1093        self.SinglePlot = False
1094        self.SubBack = False
1095        self.plotView = 0
1096        self.Image = 0
1097        self.oldImagefile = ''
1098        self.ImageZ = []
1099        self.Integrate = 0
1100        self.imageDefault = {}
1101        self.Sngl = 0
1102        self.ifGetRing = False
1103        self.setPoly = False
1104        arg = sys.argv
1105        if len(arg) > 1:
1106            self.GSASprojectfile = arg[1]
1107            self.dirname = os.path.dirname(arg[1])
1108            if self.dirname: os.chdir(self.dirname)
1109            G2IO.ProjFileOpen(self)
1110            self.PatternTree.Expand(self.root)
1111            for item in self.Refine: item.Enable(True)
1112            for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
1113
1114    def OnSize(self,event):
1115        w,h = self.GetClientSizeTuple()
1116        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
1117        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
1118                       
1119    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
1120        if self.TreeItemDelete:
1121            self.TreeItemDelete = False
1122        else:
1123            pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
1124            if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
1125                pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
1126                pltPlot = pltPage.figure
1127            item = event.GetItem()
1128            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
1129            if self.oldFocus:
1130                self.oldFocus.SetFocus()
1131       
1132    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
1133        event.Skip()
1134
1135    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
1136        event.Skip()
1137       
1138    def OnPatternTreeItemDelete(self, event):
1139        self.TreeItemDelete = True
1140
1141    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
1142        event.Skip()
1143       
1144    def OnPatternTreeKeyDown(self,event):
1145        key = event.GetKeyCode()
1146        item = self.PickId
1147        if type(item) is int: return # is this the toplevel in tree?
1148        if key == wx.WXK_UP:
1149            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1150            self.PatternTree.GetPrevSibling(item)
1151        elif key == wx.WXK_DOWN:
1152            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1153            self.PatternTree.GetNextSibling(item)
1154               
1155    def OnReadPowderPeaks(self,event):
1156        Cuka = 1.54052
1157        self.CheckNotebook()
1158        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
1159            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1160        try:
1161            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1162                self.HKL = []
1163                self.powderfile = dlg.GetPath()
1164                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
1165                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+os.path.basename(self.powderfile))
1166                data = ['PKS',Cuka,0.0]
1167                names = ['Type','Lam','Zero'] 
1168                codes = [0,0,0]
1169                inst = [G2IO.makeInstDict(names,data,codes),{}]
1170                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),inst)
1171                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
1172                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),peaks)
1173                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
1174                self.PatternTree.Expand(Id)
1175                self.PatternTree.SelectItem(Id)
1176                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1177        finally:
1178            dlg.Destroy()
1179           
1180    def OnImageRead(self,event):
1181        self.CheckNotebook()
1182        dlg = wx.FileDialog(
1183            self, 'Choose image files', '.', '',
1184            'Any image file (*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img)|'
1185            '*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.zip|'
1186            'Any detector tif (*.tif;*.tiff)|*.tif;*.tiff|'
1187            'MAR file (*.mar*)|*.mar*|'
1188            'GE Image (*.avg;*.sum)|*.avg;*.sum|'
1189            'ADSC Image (*.img)|*.img|'
1190            'GSAS-II Image (*.G2img)|*.G2img|'
1191            'Zip archive (*.zip)|*.zip|'
1192            'All files (*.*)|*.*',
1193            wx.OPEN | wx.MULTIPLE|wx.CHANGE_DIR)
1194        try:
1195            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1196                imagefiles = dlg.GetPaths()
1197                imagefiles.sort()
1198                for imagefile in imagefiles:
1199                    # if a zip file, open and extract
1200                    if os.path.splitext(imagefile)[1].lower() == '.zip':
1201                        extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(imagefile,parent=self)
1202                        if extractedfile is not None and extractedfile != imagefile:
1203                            imagefile = extractedfile
1204                    Comments,Data,Npix,Image = G2IO.GetImageData(self,imagefile)
1205                    if Comments:
1206                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+os.path.basename(imagefile))
1207                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
1208                        Imax = np.amax(Image)
1209                        Imin = max(0.0,np.amin(Image))          #force positive
1210                        if self.imageDefault:
1211                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
1212                            Data['showLines'] = True
1213                            Data['ring'] = []
1214                            Data['rings'] = []
1215                            Data['cutoff'] = 10
1216                            Data['pixLimit'] = 20
1217                            Data['edgemin'] = 100000000
1218                            Data['calibdmin'] = 0.5
1219                            Data['calibskip'] = 0
1220                            Data['ellipses'] = []
1221                            Data['calibrant'] = ''
1222                        else:
1223                            Data['type'] = 'PWDR'
1224                            Data['color'] = 'Paired'
1225                            Data['tilt'] = 0.0
1226                            Data['rotation'] = 0.0
1227                            Data['showLines'] = False
1228                            Data['ring'] = []
1229                            Data['rings'] = []
1230                            Data['cutoff'] = 10
1231                            Data['pixLimit'] = 20
1232                            Data['calibdmin'] = 0.5
1233                            Data['calibskip'] = 0
1234                            Data['edgemin'] = 100000000
1235                            Data['ellipses'] = []
1236                            Data['calibrant'] = ''
1237                            Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
1238                            Data['LRazimuth'] = [135,225]
1239                            Data['azmthOff'] = 0.0
1240                            Data['outChannels'] = 2500
1241                            Data['outAzimuths'] = 1
1242                            Data['centerAzm'] = False
1243                            Data['fullIntegrate'] = False
1244                            Data['setRings'] = False
1245                            Data['background image'] = ['',1.0]                           
1246                        Data['setDefault'] = False
1247                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
1248                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
1249                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
1250                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
1251                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),
1252                            {'Type':'True','d-zero':[],'Sample phi':0.0,'Sample z':0.0,'strain':np.zeros((3,3))})
1253                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Npix,imagefile])
1254                        self.PickId = Id
1255                        self.Image = Id
1256                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1257                self.PatternTree.SelectItem(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Image Controls'))             #show last one
1258        finally:
1259            path = dlg.GetDirectory()           # to get Mac/Linux to change directory!
1260            os.chdir(path)
1261            dlg.Destroy()
1262
1263    def CheckNotebook(self):
1264        '''Make sure the data tree has the minimally expected controls
1265        (BHT) correct?
1266        '''
1267        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
1268            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
1269            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
1270        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Controls'):
1271            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
1272            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1273        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Covariance'):
1274            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Covariance')
1275            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1276        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints'):
1277            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Constraints')
1278            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})
1279        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Restraints'):
1280            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Restraints')
1281            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1282           
1283               
1284    class CopyDialog(wx.Dialog):
1285        def __init__(self,parent,title,text,data):
1286            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1287                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1288            self.data = data
1289            panel = wx.Panel(self)
1290            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1291            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1292            mainSizer.Add((10,10),1)
1293            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1294            mainSizer.Add((10,10),1)
1295            ncols = len(data)/40+1
1296            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=ncols,hgap=2,vgap=2)
1297            for id,item in enumerate(self.data):
1298                ckbox = wx.CheckBox(panel,id,item[1])
1299                ckbox.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,self.OnCopyChange)                   
1300                dataGridSizer.Add(ckbox,0,wx.LEFT,10)
1301            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1302            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1303            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1304            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1305            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1306            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1307            btnSizer.Add((20,20),1)
1308            btnSizer.Add(OkBtn)
1309            btnSizer.Add((20,20),1)
1310            btnSizer.Add(cancelBtn)
1311            btnSizer.Add((20,20),1)
1312           
1313            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1314            panel.SetSizer(mainSizer)
1315            panel.Fit()
1316            self.Fit()
1317       
1318        def OnCopyChange(self,event):
1319            id = event.GetId()
1320            self.data[id][0] = self.FindWindowById(id).GetValue()       
1321           
1322        def OnOk(self,event):
1323            parent = self.GetParent()
1324            parent.Raise()
1325            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1326           
1327        def OnCancel(self,event):
1328            parent = self.GetParent()
1329            parent.Raise()
1330            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1331           
1332        def GetData(self):
1333            return self.data
1334       
1335    class SumDialog(wx.Dialog):
1336        def __init__(self,parent,title,text,dataType,data):
1337            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1338                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1339            self.data = data
1340            panel = wx.Panel(self)
1341            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1342            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1343            mainSizer.Add((10,10),1)
1344            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1345            mainSizer.Add((10,10),1)
1346            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
1347            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
1348                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
1349                name.SetEditable(False)
1350                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1351                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
1352                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
1353                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
1354                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
1355            if dataType:
1356                dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+dataType),0, \
1357                    wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
1358                self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1359                self.name.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnNameChange)
1360                self.name.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnNameChange)
1361                dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
1362            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1363            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1364            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1365            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1366            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1367            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1368            btnSizer.Add((20,20),1)
1369            btnSizer.Add(OkBtn)
1370            btnSizer.Add((20,20),1)
1371            btnSizer.Add(cancelBtn)
1372            btnSizer.Add((20,20),1)
1373           
1374            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1375            panel.SetSizer(mainSizer)
1376            panel.Fit()
1377            self.Fit()
1378
1379        def OnScaleChange(self,event):
1380            id = event.GetId()
1381            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
1382            try:
1383                self.data[id][0] = float(value)
1384                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
1385            except ValueError:
1386                if value and '-' not in value[0]:
1387                    print 'bad input - numbers only'
1388                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
1389           
1390        def OnNameChange(self,event):
1391            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
1392           
1393        def OnOk(self,event):
1394            parent = self.GetParent()
1395            parent.Raise()
1396            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1397           
1398        def OnCancel(self,event):
1399            parent = self.GetParent()
1400            parent.Raise()
1401            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1402           
1403        def GetData(self):
1404            return self.data
1405           
1406    class ConstraintDialog(wx.Dialog):
1407        '''Window to edit Constraint values
1408        '''
1409        def __init__(self,parent,title,text,data,separator='*'):
1410            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1411                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1412            self.data = data
1413            panel = wx.Panel(self)
1414            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1415            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1416            mainSizer.Add((10,10),1)
1417            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1418            mainSizer.Add((10,10),1)
1419            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
1420            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
1421                lbl = item[1]
1422                if lbl[-1] != '=': lbl += ' ' + separator + ' '
1423                name = wx.StaticText(panel,-1,lbl,size=wx.Size(200,20),
1424                                     style=wx.ALIGN_RIGHT)
1425                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1426                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
1427                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
1428                dataGridSizer.Add(name,0,wx.LEFT,10)
1429                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.RIGHT,10)
1430            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1431            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1432            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1433            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1434            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1435            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1436            btnSizer.Add((20,20),1)
1437            btnSizer.Add(OkBtn)
1438            btnSizer.Add((20,20),1)
1439            btnSizer.Add(cancelBtn)
1440            btnSizer.Add((20,20),1)
1441           
1442            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1443            panel.SetSizer(mainSizer)
1444            panel.Fit()
1445            self.Fit()
1446            self.CenterOnParent()
1447           
1448        def OnNameChange(self,event):
1449            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
1450           
1451        def OnScaleChange(self,event):
1452            id = event.GetId()
1453            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
1454            try:
1455                self.data[id][0] = float(value)
1456                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
1457            except ValueError:
1458                if value and '-' not in value[0]:
1459                    print 'bad input - numbers only'
1460                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
1461           
1462        def OnOk(self,event):
1463            parent = self.GetParent()
1464            parent.Raise()
1465            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1466           
1467        def OnCancel(self,event):
1468            parent = self.GetParent()
1469            parent.Raise()
1470            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1471           
1472        def GetData(self):
1473            return self.data
1474           
1475    def OnPwdrSum(self,event):
1476        TextList = []
1477        DataList = []
1478        SumList = []
1479        Names = []
1480        Inst = None
1481        SumItemList = []
1482        Comments = ['Sum equals: \n']
1483        if self.PatternTree.GetCount():
1484            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1485            while item:
1486                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1487                Names.append(name)
1488                if 'PWDR' in name:
1489                    TextList.append([0.0,name])
1490                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
1491                    if not Inst:
1492                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
1493                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1494            if len(TextList) < 2:
1495                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
1496                return
1497            TextList.append('default_sum_name')               
1498            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
1499            try:
1500                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1501                    lenX = 0
1502                    Xminmax = [0,0]
1503                    Xsum = []
1504                    Ysum = []
1505                    Vsum = []
1506                    result = dlg.GetData()
1507                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
1508                        scale,name = item
1509                        data = DataList[i]
1510                        if scale:
1511                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
1512                            x,y,w,yc,yb,yd = data   #numpy arrays!
1513                            v = 1./w
1514                            if lenX:
1515                                if lenX != len(x):
1516                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
1517                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
1518                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
1519                                    return
1520                            else:
1521                                lenX = len(x)
1522                            if Xminmax[1]:
1523                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
1524                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
1525                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
1526                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
1527                                    return
1528                                else:
1529                                    for j,yi in enumerate(y):
1530                                         Ysum[j] += scale*yi
1531                                         Vsum[j] += abs(scale)*v[j]
1532                            else:
1533                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
1534                                YCsum = YBsum = YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
1535                                for j,yi in enumerate(y):
1536                                    Xsum.append(x[j])
1537                                    Ysum.append(scale*yi)
1538                                    Vsum.append(abs(scale*v[j]))
1539                    Wsum = 1./np.array(Vsum)
1540                    outname = 'PWDR '+result[-1]
1541                    Id = 0
1542                    if outname in Names:
1543                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
1544                        try:
1545                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
1546                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
1547                                self.PatternTree.Delete(Id)
1548                        finally:
1549                            dlg2.Destroy()
1550                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
1551                    if Id:
1552                        Sample = G2pdG.SetDefaultSample()
1553                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},[np.array(Xsum),np.array(Ysum),np.array(Wsum),
1554                            np.array(YCsum),np.array(YBsum),np.array(YDsum)]])
1555                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
1556                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
1557                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1558                            {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1559                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
1560                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),Sample)
1561                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
1562                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
1563                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
1564                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),{})             
1565                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1566                        self.PatternTree.Expand(Id)
1567                   
1568            finally:
1569                dlg.Destroy()
1570
1571    def OnImageSum(self,event):
1572        TextList = []
1573        DataList = []
1574        SumList = []
1575        Names = []
1576        Inst = []
1577        SumItemList = []
1578        Comments = ['Sum equals: \n']
1579        if self.PatternTree.GetCount():
1580            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1581            while item:
1582                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1583                Names.append(name)
1584                if 'IMG' in name:
1585                    TextList.append([0.0,name])
1586                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
1587                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
1588                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1589            if len(TextList) < 2:
1590                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
1591                return
1592            TextList.append('default_sum_name')               
1593            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
1594            try:
1595                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1596                    imSize = 0
1597                    result = dlg.GetData()
1598                    First = True
1599                    Found = False
1600                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
1601                        scale,name = item
1602                        data = DataList[i]
1603                        if scale:
1604                            Found = True                               
1605                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
1606                            Npix,imagefile = data
1607                            image = G2IO.GetImageData(self,imagefile,imageOnly=True)
1608                            if First:
1609                                newImage = np.zeros_like(image)
1610                                First = False
1611                            if imSize:
1612                                if imSize != Npix:
1613                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
1614                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
1615                                        '\nFound:   '+str(Npix)+'\nfor '+name)
1616                                    return
1617                                newImage = newImage+scale*image
1618                            else:
1619                                imSize = Npix
1620                                newImage = newImage+scale*image
1621                            del(image)
1622                    if not Found:
1623                        self.ErrorDialog('Image sum error','No nonzero image multipliers found')
1624                        return
1625                       
1626                    newImage = np.asfarray(newImage,dtype=np.float32)                       
1627                    outname = 'IMG '+result[-1]
1628                    Id = 0
1629                    if outname in Names:
1630                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
1631                        try:
1632                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
1633                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
1634                        finally:
1635                            dlg2.Destroy()
1636                    else:
1637                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
1638                    if Id:
1639                        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose sum image filename', '.', '', 
1640                            'G2img files (*.G2img)|*.G2img', 
1641                            wx.SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1642                        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1643                            newimagefile = dlg.GetPath()
1644                            newimagefile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,newimagefile)
1645                            G2IO.PutG2Image(newimagefile,Comments,Data,Npix,newImage)
1646                            Imax = np.amax(newImage)
1647                            Imin = np.amin(newImage)
1648                            newImage = []
1649                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newimagefile])
1650                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
1651                        del(newImage)
1652                        if self.imageDefault:
1653                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
1654                        Data['showLines'] = True
1655                        Data['ring'] = []
1656                        Data['rings'] = []
1657                        Data['cutoff'] = 10
1658                        Data['pixLimit'] = 20
1659                        Data['ellipses'] = []
1660                        Data['calibrant'] = ''
1661                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
1662                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
1663                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
1664                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
1665                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Stress/Strain'),{})
1666                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1667                        self.PatternTree.Expand(Id)
1668                        self.PickId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,outname)
1669                        self.Image = self.PickId
1670            finally:
1671                dlg.Destroy()
1672                     
1673    def OnAddPhase(self,event):
1674        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
1675            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
1676        else:
1677            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1678        PhaseName = ''
1679        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
1680            style=wx.OK)
1681        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1682            PhaseName = dlg.GetValue()
1683        dlg.Destroy()
1684        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
1685        E,SGData = G2spc.SpcGroup('P 1')
1686        self.PatternTree.SetItemPyData(sub,G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData))
1687       
1688    def OnDeletePhase(self,event):
1689        #Hmm, also need to delete this phase from Reflection Lists for each PWDR histogram
1690        if self.dataFrame:
1691            self.dataFrame.Clear() 
1692        TextList = []
1693        DelList = []
1694        DelItemList = []
1695        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
1696            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1697        else:
1698            return
1699        if sub:
1700            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1701            while item:
1702                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
1703                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
1704            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
1705            try:
1706                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1707                    result = dlg.GetSelections()
1708                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
1709                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1710                    i = 0
1711                    while item:
1712                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
1713                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1714                        i += 1
1715                    for item in DelItemList:
1716                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1717                        self.PatternTree.Delete(item)
1718                        self.G2plotNB.Delete(name)
1719                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1720                    while item:
1721                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1722                        if 'PWDR' in name:
1723                            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Reflection Lists')
1724                            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
1725                            for i,item in DelList:
1726                                del(refList[item])
1727                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,refList)
1728                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1729            finally:
1730                dlg.Destroy()
1731               
1732    def OnRenameData(self,event):
1733        name = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)     
1734        if 'PWDR' in name or 'HKLF' in name or 'IMG' in name:
1735            dataType = name[:name.index(' ')+1]                 #includes the ' '
1736            dlg = wx.TextEntryDialog(self,'Data name: '+dataType,'Change data name',
1737                defaultValue=name[name.index(' ')+1:])
1738            try:
1739                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1740                    self.PatternTree.SetItemText(self.PickId,dataType+dlg.GetValue())
1741            finally:
1742                dlg.Destroy()
1743       
1744    def GetFileList(self,fileType,skip=None):        #potentially useful?
1745        fileList = []
1746        Source = ''
1747        id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1748        while id:
1749            name = self.PatternTree.GetItemText(id)
1750            if fileType in name:
1751                if id == skip:
1752                    Source = name
1753                else:
1754                    fileList.append([False,name,id])
1755            id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1756        if skip:
1757            return fileList,Source
1758        else:
1759            return fileList
1760           
1761    def OnDataDelete(self, event):
1762        TextList = ['All Data']
1763        DelList = []
1764        DelItemList = []
1765        ifPWDR = False
1766        ifIMG = False
1767        ifHKLF = False
1768        ifPDF = False
1769        if self.PatternTree.GetCount():
1770            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1771            while item:
1772                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1773                if name not in ['Notebook','Controls','Covariance','Constraints','Restraints','Phases']:
1774                    if 'PWDR' in name: ifPWDR = True
1775                    if 'IMG' in name: ifIMG = True
1776                    if 'HKLF' in name: ifHKLF = True
1777                    if 'PDF' in name: ifPDF = True
1778                    TextList.append(name)
1779                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1780            if ifPWDR: TextList.insert(1,'All PWDR')
1781            if ifIMG: TextList.insert(1,'All IMG')
1782            if ifHKLF: TextList.insert(1,'All HKLF')
1783            if ifPDF: TextList.insert(1,'All PDF')               
1784            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
1785            try:
1786                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1787                    result = dlg.GetSelections()
1788                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
1789                    if 'All Data' in DelList:
1790                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] != 'All']
1791                    elif 'All PWDR' in DelList:
1792                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']
1793                    elif 'All IMG' in DelList:
1794                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'IMG']
1795                    elif 'All HKLF' in DelList:
1796                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'HKLF']
1797                    elif 'All PDF' in DelList:
1798                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'PDF']
1799                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1800                    while item:
1801                        if self.PatternTree.GetItemText(item) in DelList: DelItemList.append(item)
1802                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1803                    for item in DelItemList:
1804                        self.PatternTree.Delete(item)
1805                    self.PickId = 0
1806                    wx.CallAfter(G2plt.PlotPatterns,self,True)                        #so plot gets updated
1807            finally:
1808                dlg.Destroy()
1809
1810    def OnFileOpen(self, event):
1811        result = ''
1812        Id = 0
1813        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
1814            if self.dataFrame:
1815                self.dataFrame.Clear() 
1816            dlg = wx.MessageDialog(
1817                self,
1818                'Do you want to overwrite the current project? '
1819                'Any unsaved changes will be lost. Press OK to continue.',
1820                'Overwrite?',  wx.OK | wx.CANCEL)
1821            try:
1822                result = dlg.ShowModal()
1823                if result == wx.ID_OK:
1824                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
1825                    self.GSASprojectfile = ''
1826                    if self.HKL: self.HKL = []
1827                    if self.G2plotNB.plotList:
1828                        self.G2plotNB.clear()
1829            finally:
1830                dlg.Destroy()
1831        if result != wx.ID_CANCEL:   
1832            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
1833            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
1834                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1835            try:
1836                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1837                    self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
1838                    self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
1839                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
1840                    G2IO.ProjFileOpen(self)
1841                    self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
1842                    self.PatternTree.Expand(self.root)
1843                    self.HKL = []
1844                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1845                    while item and not Id:
1846                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1847                        if name[:4] in ['PWDR','HKLF','IMG ','PDF ']:
1848                            Id = item
1849                        elif name == 'Controls':
1850                            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1851                            if data:
1852                                for item in self.Refine: item.Enable(True)
1853                                for item in self.SeqRefine: item.Enable(True)
1854                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
1855                    if Id:
1856                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1857                    self.CheckNotebook()
1858                    os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1859            finally:
1860                dlg.Destroy()
1861
1862    def OnFileClose(self, event):
1863        if self.dataFrame:
1864            self.dataFrame.Clear()
1865            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
1866        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
1867        try:
1868            result = dlg.ShowModal()
1869            if result == wx.ID_OK:
1870                self.OnFileSaveMenu(event)
1871            if result != wx.ID_CANCEL:
1872                self.GSASprojectfile = ''
1873                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: ')
1874                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
1875                if self.HKL: self.HKL = []
1876                if self.G2plotNB.plotList:
1877                    self.G2plotNB.clear()
1878        finally:
1879            dlg.Destroy()
1880
1881    def OnFileSave(self, event):
1882        if self.GSASprojectfile: 
1883            self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
1884            G2IO.ProjFileSave(self)
1885        else:
1886            self.OnFileSaveas(event)
1887
1888    def OnFileSaveas(self, event):
1889        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
1890            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1891        try:
1892            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1893                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
1894                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
1895                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Saving project as'+self.GSASprojectfile)
1896                self.SetTitle("GSAS-II data tree: "+
1897                              os.path.split(self.GSASprojectfile)[1])
1898                G2IO.ProjFileSave(self)
1899                os.chdir(dlg.GetDirectory())           # to get Mac/Linux to change directory!
1900        finally:
1901            dlg.Destroy()
1902
1903    def ExitMain(self, event):
1904        if self.undofile:
1905            os.remove(self.undofile)
1906        sys.exit()
1907       
1908    def OnFileExit(self, event):
1909        if self.dataFrame:
1910            self.dataFrame.Clear() 
1911            self.dataFrame.Destroy()
1912        self.Close()
1913       
1914    def OnExportPatterns(self,event):
1915        names = ['All']
1916        exports = []
1917        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1918        while item:
1919            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1920            if 'PWDR' in name:
1921                names.append(name)
1922            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1923        if names:
1924            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','Powder patterns to export',names)
1925            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1926                sel = dlg.GetSelections()
1927                if sel[0] == 0:
1928                    exports = names[1:]
1929                else:
1930                    for x in sel:
1931                        exports.append(names[x])
1932            dlg.Destroy()
1933        if exports:
1934            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output powder file name', '.', '', 
1935                'GSAS fxye file (*.fxye)|*.fxye|xye file (*.xye)|*.xye',
1936                wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1937            try:
1938                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1939                    powderfile = dlg.GetPath()
1940                    powderfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,powderfile)
1941                    if 'fxye' in powderfile:
1942                        G2IO.powderFxyeSave(self,exports,powderfile)
1943                    else:       #just xye
1944                        G2IO.powderXyeSave(self,exports,powderfile)
1945            finally:
1946                dlg.Destroy()
1947       
1948    def OnExportPeakList(self,event):
1949        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
1950            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1951        try:
1952            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1953                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
1954                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
1955                file = open(self.peaklistfile,'w')               
1956                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1957                while item:
1958                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1959                    if 'PWDR' in name:
1960                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
1961                        while item2:
1962                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
1963                            if name2 == 'Peak List':
1964                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
1965                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))               
1966                                for peak in peaks:
1967                                    file.write("%10.4f %12.2f %10.3f %10.3f \n" % \
1968                                        (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6]))
1969                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
1970                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
1971                file.close()
1972        finally:
1973            dlg.Destroy()
1974       
1975    def OnExportHKL(self,event):
1976        event.Skip()
1977       
1978    def OnExportPDF(self,event):
1979        #need S(Q) and G(R) to be saved here - probably best from selection?
1980        names = ['All']
1981        exports = []
1982        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1983        while item:
1984            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1985            if 'PDF' in name:
1986                names.append(name)
1987            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1988        if names:
1989            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','PDF patterns to export',names)
1990            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1991                sel = dlg.GetSelections()
1992                if sel[0] == 0:
1993                    exports = names[1:]
1994                else:
1995                    for x in sel:
1996                        exports.append(names[x])
1997            dlg.Destroy()
1998        if exports:
1999            G2IO.PDFSave(self,exports)
2000       
2001    def OnExportPhase(self,event):
2002        event.Skip()
2003       
2004    def OnExportCIF(self,event):
2005        event.Skip()
2006
2007    def OnMakePDFs(self,event):
2008        tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
2009        TextList = ['All PWDR']
2010        PDFlist = []
2011        Names = []
2012        if self.PatternTree.GetCount():
2013            id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2014            while id:
2015                name = self.PatternTree.GetItemText(id)
2016                Names.append(name)
2017                if 'PWDR' in name:
2018                    TextList.append(name)
2019                id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
2020            if len(TextList) == 1:
2021                self.ErrorDialog('Nothing to make PDFs for','There must be at least one "PWDR" pattern')
2022                return
2023            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Make PDF controls','Make PDF controls for:',TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
2024            try:
2025                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2026                    result = dlg.GetSelections()
2027                    for i in result: PDFlist.append(TextList[i])
2028                    if 0 in result:
2029                        PDFlist = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']                       
2030                    for item in PDFlist:
2031                        PWDRname = item[4:]
2032                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PDF '+PWDRname)
2033                        Data = {
2034                            'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0,'Add':0.0},
2035                            'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2036                            'Container':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
2037                            'Container Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},'ElList':{},
2038                            'Geometry':'Cylinder','Diam':1.0,'Pack':0.50,'Form Vol':10.0,
2039                            'DetType':'Image plate','ObliqCoeff':0.2,'Ruland':0.025,'QScaleLim':[0,100],
2040                            'Lorch':True,}
2041                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='PDF Controls'),Data)
2042                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='I(Q)'+PWDRname),[])       
2043                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='S(Q)'+PWDRname),[])       
2044                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='F(Q)'+PWDRname),[])       
2045                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='G(R)'+PWDRname),[])       
2046                for item in self.ExportPDF: item.Enable(True)
2047            finally:
2048                dlg.Destroy()
2049               
2050    def GetPWDRdatafromTree(self,PWDRname):
2051        ''' Returns powder data from GSASII tree
2052        input:
2053            PWDRname = powder histogram name as obtained from GetHistogramNames
2054        return:
2055            PWDRdata = powder data dictionary with:
2056                Data - powder data arrays, Limits, Instrument Parameters, Sample Parameters           
2057        '''
2058        PWDRdata = {}
2059        try:
2060            PWDRdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[0])            #wtFactor + ?
2061        except ValueError:
2062            PWDRdata['wtFactor'] = 1.0
2063        PWDRdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[1]          #powder data arrays
2064        PWDRdata['Limits'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Limits'))
2065        PWDRdata['Background'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Background'))
2066        PWDRdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Instrument Parameters'))
2067        PWDRdata['Sample Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Sample Parameters'))
2068        PWDRdata['Reflection Lists'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Reflection Lists'))
2069        if 'ranId' not in PWDRdata['Sample Parameters']:
2070            PWDRdata['Sample Parameters']['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
2071        PWDRdata['ranId'] = PWDRdata['Sample Parameters']['ranId']
2072        return PWDRdata
2073
2074    def GetHKLFdatafromTree(self,HKLFname):
2075        ''' Returns single crystal data from GSASII tree
2076        input:
2077            HKLFname = single crystal histogram name as obtained from GetHistogramNames
2078        return:
2079            HKLFdata = single crystal data list of reflections: for each reflection:
2080                HKLF =
2081        '''
2082        HKLFdata = {}
2083        try:
2084            HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
2085        except ValueError:
2086            HKLFdata['wtFactor'] = 1.0
2087        HKLFdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[1]
2088        HKLFdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,HKLFname,'Instrument Parameters'))
2089        return HKLFdata
2090       
2091    def GetPhaseData(self):
2092        phaseData = {}
2093        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2094            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2095        else:
2096            print 'no phases to be refined'
2097            return
2098        if sub:
2099            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2100            while item:
2101                phaseName = self.PatternTree.GetItemText(item)
2102                phaseData[phaseName] =  self.PatternTree.GetItemPyData(item)
2103                if 'ranId' not in phaseData[phaseName]:
2104                    phaseData[phaseName]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)         
2105                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2106        return phaseData               
2107                   
2108    def GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree(self):
2109        ''' Returns all histograms that are found in any phase
2110        and any phase that uses a histogram
2111        return:
2112            Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
2113            Phases = dictionary of phases that use histograms
2114        '''
2115        phaseData = self.GetPhaseData()
2116        if not phaseData:
2117            return {},{}
2118        Histograms = {}
2119        Phases = {}
2120        pId = 0
2121        hId = 0
2122        for phase in phaseData:
2123            Phase = phaseData[phase]
2124            if Phase['Histograms']:
2125                if phase not in Phases:
2126                    Phase['pId'] = pId
2127                    pId += 1
2128                    Phases[phase] = Phase
2129                for hist in Phase['Histograms']:
2130                    if hist not in Histograms:
2131                        item = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,hist)
2132                        if 'PWDR' in hist[:4]: 
2133                            Histograms[hist] = self.GetPWDRdatafromTree(item)
2134                        elif 'HKLF' in hist[:4]:
2135                            Histograms[hist] = self.GetHKLFdatafromTree(item)
2136                        #future restraint, etc. histograms here           
2137                        Histograms[hist]['hId'] = hId
2138                        hId += 1
2139        return Histograms,Phases
2140       
2141    class ViewParmDialog(wx.Dialog):
2142        def __init__(self,parent,title,parmDict):
2143            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title,size=(300,430),
2144                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2145            panel = wx.Panel(self,size=(300,430))
2146            parmNames = parmDict.keys()
2147            parmNames.sort()
2148            parmText = ' p:h:Parameter       refine?              value\n'
2149            for name in parmNames:
2150                parmData = parmDict[name]
2151                try:
2152                    parmText += ' %s \t%12.4g \n'%(name.ljust(19)+'\t'+parmData[1],parmData[0])
2153                except TypeError:
2154                    pass
2155            parmTable = wx.TextCtrl(panel,-1,parmText,
2156                style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY,size=(290,400))
2157            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2158            mainSizer.Add(parmTable)
2159            panel.SetSizer(mainSizer)
2160                           
2161    def OnViewLSParms(self,event):
2162        parmDict = {}
2163        Histograms,Phases = self.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
2164        print Histograms.keys()
2165        Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable = G2str.GetPhaseData(Phases,RestraintDict=None,Print=False)       
2166        hapVary,hapDict,controlDict = G2str.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
2167        histVary,histDict,controlDict = G2str.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
2168        varyList = phaseVary+hapVary+histVary
2169        parmDict.update(phaseDict)
2170        parmDict.update(hapDict)
2171        parmDict.update(histDict)
2172        for parm in parmDict:
2173            if parm.split(':')[-1] in ['Azimuth','Gonio. radius','Lam1','Lam2',
2174                'Omega','Chi','Phi','nDebye','nPeaks']:
2175                parmDict[parm] = [parmDict[parm],' ']
2176            elif parm.split(':')[-2] in ['Ax','Ay','Az','SHmodel','SHord']:
2177                parmDict[parm] = [parmDict[parm],' ']
2178            elif parm in varyList:
2179                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'True']
2180            else:
2181                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'False']
2182        parmDict[' Num refined'] = [len(varyList),'']
2183        dlg = self.ViewParmDialog(self,'Parameters for least squares',parmDict)
2184        try:
2185            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2186                print 'do something with changes?? - No!'
2187        finally:
2188            dlg.Destroy()
2189       
2190    def OnRefine(self,event):
2191        self.OnFileSave(event)
2192        # check that constraints are OK here
2193        errmsg, warnmsg = G2str.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
2194        if errmsg:
2195            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
2196                  '\nRefinement not possible')
2197            self.ErrorDialog('Constraint Error',
2198                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
2199                             '\nRefinement not possible')
2200            return
2201        if warnmsg:
2202            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2203                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
2204            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
2205                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2206                             warnmsg+
2207                             '\nRefinement not possible')
2208            return
2209        #works - but it'd be better if it could restore plots
2210        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','All data Rw =',101.0, 
2211            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
2212        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
2213        Size = dlg.GetSize()
2214        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
2215        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
2216        dlg.SetSize(Size)
2217        Rw = 100.00
2218        try:
2219            Rw = G2str.Refine(self.GSASprojectfile,dlg)
2220        finally:
2221            dlg.Destroy()
2222        oldId =  self.PatternTree.GetSelection()
2223        oldName = self.PatternTree.GetItemText(oldId)
2224        parentId = self.PatternTree.GetItemParent(oldId)
2225        parentName = ''
2226        if parentId:
2227            parentName = self.PatternTree.GetItemText(parentId)
2228        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results, Rw =%.3f'%(Rw),wx.OK|wx.CANCEL)
2229        try:
2230            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2231                Id = 0
2232                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2233                if self.HKL: self.HKL = []
2234                if self.G2plotNB.plotList:
2235                    self.G2plotNB.clear()
2236                G2IO.ProjFileOpen(self)
2237                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2238                while item and not Id:
2239                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2240                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
2241                        Id = item
2242                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2243                if parentName:
2244                    parentId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, parentName)
2245                    if parentId:
2246                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, parentId, oldName)
2247                    else:
2248                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, oldName)
2249                    self.PatternTree.SelectItem(itemId)
2250                elif Id:
2251                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
2252        finally:
2253            dlg.Destroy()
2254
2255    def OnSeqRefine(self,event):
2256        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequental results')
2257        if not Id:
2258            Id = self.PatternTree.AppendItem(self.root,text='Sequental results')
2259            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,{})           
2260        self.OnFileSave(event)
2261        # check that constraints are OK here
2262        errmsg, warnmsg = G2str.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
2263        if errmsg:
2264            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
2265                  '\nRefinement not possible')
2266            self.ErrorDialog('Constraint Error',
2267                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
2268                             '\nRefinement not possible')
2269            return
2270        if warnmsg:
2271            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2272                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
2273            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
2274                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2275                             warnmsg+'\nRefinement not possible')
2276            return
2277        dlg = wx.ProgressDialog('Residual for histogram 0','Powder profile Rwp =',101.0, 
2278            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
2279        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
2280        Size = dlg.GetSize()
2281        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
2282        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
2283        dlg.SetSize(Size)
2284        try:
2285            G2str.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)
2286        finally:
2287            dlg.Destroy()       
2288        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
2289        try:
2290            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2291                Id = 0
2292                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2293                if self.HKL: self.HKL = []
2294                if self.G2plotNB.plotList:
2295                    self.G2plotNB.clear()
2296                G2IO.ProjFileOpen(self)
2297                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2298                while item and not Id:
2299                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2300                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
2301                        Id = item
2302                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2303                if Id:
2304                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
2305        finally:
2306            dlg.Destroy()
2307       
2308    def ErrorDialog(self,title,message,parent=None, wtype=wx.OK):
2309        result = None
2310        if parent is None:
2311            dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wtype)
2312        else:
2313            dlg = wx.MessageDialog(parent, message, title,  wtype)
2314            dlg.CenterOnParent() # not working on Mac
2315        try:
2316            result = dlg.ShowModal()
2317        finally:
2318            dlg.Destroy()
2319        return result
2320
2321class GSASIImain(wx.App):
2322    def OnInit(self):
2323        self.main = GSASII(None)
2324        self.main.Show()
2325        self.SetTopWindow(self.main)
2326        return True
2327
2328def main():
2329    application = GSASIImain(0)
2330    if wxInspector: wxeye.InspectionTool().Show()
2331
2332    #application.main.OnRefine(None)
2333    application.MainLoop()
2334   
2335if __name__ == '__main__':
2336    main()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.