source: trunk/GSASII.py @ 689

Last change on this file since 689 was 689, checked in by vondreele, 10 years ago

fix a wtFactor bug

  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 106.9 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2# -*- coding: utf-8 -*-
3#GSASII
4########### SVN repository information ###################
5# $Date: 2012-07-19 14:27:02 +0000 (Thu, 19 Jul 2012) $
6# $Author: vondreele $
7# $Revision: 689 $
8# $URL: trunk/GSASII.py $
9# $Id: GSASII.py 689 2012-07-19 14:27:02Z vondreele $
10########### SVN repository information ###################
11
12import os
13#import os.path as ospath
14import sys
15import math
16import copy
17#import cPickle
18import time
19import copy
20import glob
21import imp
22import inspect
23import numpy as np
24import scipy as sp
25import wx
26import matplotlib as mpl
27import wx.lib.inspection as wxeye
28try:
29    import OpenGL as ogl
30except ImportError:
31    print('*******************************************************')
32    print('PyOpenGL is missing from your python installation')
33    print('     - we will try to install it')
34    print('*******************************************************')
35    def install_with_easyinstall(package):
36        try: 
37            print "trying a system-wide PyOpenGl install"
38            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],package])
39            return
40        except:
41            pass
42        try: 
43            print "trying a user level PyOpenGl install"
44            easy_install.main(['-f',os.path.split(__file__)[0],'--user',package])
45            return
46        except:
47            print "Install of '+package+' failed. Please report this information:"
48            import traceback
49            print traceback.format_exc()
50            sys.exit()
51    from setuptools.command import easy_install
52    install_with_easyinstall('PyOpenGl')
53    print('*******************************************************')         
54    print('OpenGL has been installed. Please restart GSAS-II')
55    print('*******************************************************')         
56    sys.exit()
57
58# load the GSAS routines
59import GSASIIpath
60GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 689 $")
61import GSASIIIO as G2IO
62import GSASIIgrid as G2gd
63import GSASIIplot as G2plt
64import GSASIIpwdGUI as G2pdG
65import GSASIIspc as G2spc
66import GSASIIstruct as G2str
67import GSASIImapvars as G2mv
68import GSASIIsolve as G2sol
69
70#wx inspector - use as needed
71wxInspector = False
72
73# print versions
74print "Python module versions loaded:"
75print "python:     ",sys.version[:5]
76print "wxpython:   ",wx.__version__
77print "matplotlib: ",mpl.__version__
78print "numpy:      ",np.__version__
79print "scipy:      ",sp.__version__
80print "OpenGL:     ",ogl.__version__
81try:
82    import mkl
83    print "Max threads ",mkl.get_max_threads()
84except:
85    pass
86#    print "MKL module not present"
87__version__ = '0.2.0'
88G2gd.__version__ = __version__
89print "This is GSAS-II version:     ",__version__,' revision '+str(GSASIIpath.GetVersionNumber())
90
91# useful degree trig functions
92sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
93cosd = lambda x: math.cos(x*math.pi/180.)
94tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
95asind = lambda x: 180.*math.asin(x)/math.pi
96acosd = lambda x: 180.*math.acos(x)/math.pi
97atan2d = lambda x,y: 180.*math.atan2(y,x)/math.pi
98
99def create(parent):
100    return GSASII(parent)
101
102[wxID_PATTERNTREE, 
103] = [wx.NewId() for _init_ctrls in range(1)]
104
105[wxID_FILECLOSE, wxID_FILEEXIT, wxID_FILEOPEN,  wxID_FILESAVE, wxID_FILESAVEAS, 
106wxID_REFINE,  wxID_MAKEPDFS, wxID_VIEWLSPARMS, wxID_SEQREFINE,
107] = [wx.NewId() for _init_coll_File_Items in range(9)]
108
109[wxID_PWDRREAD,wxID_SNGLREAD,wxID_ADDPHASE,wxID_DELETEPHASE,
110 wxID_DATADELETE,wxID_READPEAKS,wxID_PWDSUM,wxID_IMGREAD,
111 wxID_IMSUM, wxID_DATARENAME,
112] = [wx.NewId() for _init_coll_Data_Items in range(10)]
113
114[wxID_EXPORT, wxID_EXPORTPATTERN, wxID_EXPORTHKL, wxID_EXPORTPHASE,
115wxID_EXPORTCIF, wxID_EXPORTPEAKLIST, wxID_EXPORTPDF,
116] = [wx.NewId() for _init_coll_Export_Items in range(7)]
117
118class GSASII(wx.Frame):
119   
120    def _init_coll_GSASIIMenu_Menus(self, parent):
121        parent.Append(menu=self.File, title='File')
122        parent.Append(menu=self.Data, title='Data')
123        parent.Append(menu=self.Calculate, title='Calculate')
124        parent.Append(menu=self.Import, title='Import')
125        parent.Append(menu=self.Export, title='Export')
126        self.HelpMenu=G2gd.MyHelp(self,helpType='Data tree',
127            morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials')])
128        parent.Append(menu=self.HelpMenu,title='&Help')
129       
130    def _init_coll_File_Items(self, parent):
131        parent.Append(help='Open a gsasii project file (*.gpx)', id=wxID_FILEOPEN,
132             kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Open project...')
133        parent.Append(help='Save project to old file', id=wxID_FILESAVE, 
134            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save project')
135        parent.Append(help='Save project to new file', id=wxID_FILESAVEAS, 
136            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save As...')
137        parent.Append(help='Close project, saving is optional', id=wxID_FILECLOSE, 
138            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Close project')
139        parent.Append(help='Exit from gsasii', id=wxID_FILEEXIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
140            text='Exit')
141        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileOpen, id=wxID_FILEOPEN)
142        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSave, id=wxID_FILESAVE)
143        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileSaveas, id=wxID_FILESAVEAS)
144        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileClose, id=wxID_FILECLOSE)
145        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnFileExit, id=wxID_FILEEXIT)
146       
147    def _init_coll_Data_Items(self,parent):
148#        parent.Append(help='', id=wxID_PWDRREAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,
149#            text='Read powder data...')
150        parent.Append(help='',id=wxID_IMGREAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,
151            text='Read image data...')
152        parent.Append(help='',id=wxID_READPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
153            text='Read Powder Pattern Peaks...')
154#        parent.Append(help='', id=wxID_SNGLREAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,
155#            text='Read single crystal data...')
156        parent.Append(help='', id=wxID_PWDSUM, kind=wx.ITEM_NORMAL,
157            text='Sum powder data')
158        parent.Append(help='',id=wxID_IMSUM, kind=wx.ITEM_NORMAL,
159            text='Sum image data')
160        parent.Append(help='', id=wxID_ADDPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
161            text='Add phase')
162        parent.Append(help='', id=wxID_DELETEPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
163            text='Delete phase')
164        parent.Append(help='', id=wxID_DATARENAME, kind=wx.ITEM_NORMAL,
165            text='Rename data') 
166        parent.Append(help='', id=wxID_DATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
167            text='Delete data')
168        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrRead, id=wxID_PWDRREAD)
169        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnPwdrSum, id=wxID_PWDSUM)
170        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnReadPowderPeaks, id=wxID_READPEAKS)
171        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=wxID_IMGREAD)
172        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=wxID_IMSUM)
173#        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSnglRead, id=wxID_SNGLREAD)
174        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=wxID_ADDPHASE)
175        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=wxID_DELETEPHASE)
176        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRenameData, id=wxID_DATARENAME)
177        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDataDelete, id=wxID_DATADELETE)
178               
179    def _init_coll_Calculate_Items(self,parent):
180        self.MakePDF = parent.Append(help='Make new PDFs from selected powder patterns', 
181            id=wxID_MAKEPDFS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make new PDFs')
182        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMakePDFs, id=wxID_MAKEPDFS)
183        self.ViewLSParms = parent.Append(help='View least squares parameters', 
184            id=wxID_VIEWLSPARMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View LS parms')
185        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnViewLSParms, id=wxID_VIEWLSPARMS)
186        self.Refine = parent.Append(help='', id=wxID_REFINE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
187            text='Refine')
188        self.Refine.Enable(False)
189        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnRefine, id=wxID_REFINE)
190        self.SeqRefine = parent.Append(help='', id=wxID_SEQREFINE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
191            text='Sequental refine')
192        self.SeqRefine.Enable(False)
193        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSeqRefine, id=wxID_SEQREFINE)
194       
195    def _init_Import_routines(self,parent,prefix,readerlist,errprefix):
196        '''import all the import readers matching the prefix
197        '''
198        #path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # location of this file
199        #pathlist = sys.path[:]
200        #if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
201        path2GSAS2 = os.path.join(
202            os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)), # location of this file
203            'imports')
204        pathlist = sys.path[:]
205        if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
206
207        filelist = []
208        for path in pathlist:
209            for filename in glob.iglob(os.path.join(
210                path,
211                "G2"+prefix+"*.py")):
212                filelist.append(filename)   
213                #print 'debug: found',filename
214        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
215        for filename in filelist:
216            path,rootname = os.path.split(filename)
217            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
218            try:
219                fp = None
220                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
221                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
222                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
223                    if clss[0].startswith('_'): continue
224                    if inspect.isclass(clss[1]):
225                        # check if we have the required methods
226                        for m in 'Reader','ExtensionValidator','ContentsValidator':
227                            if not hasattr(clss[1],m): break
228                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
229                        else:
230                            reader = clss[1]() # create an import instance
231                            readerlist.append(reader)
232            except AttributeError:
233                print 'Import_'+errprefix+': Attribute Error'+str(filename)
234                pass
235            except ImportError:
236                print 'Import_'+errprefix+': Error importing file'+str(filename)
237                pass
238            finally:
239                if fp: fp.close()
240
241    def OnImportGeneric(self,reader,readerlist,label,multiple=False):
242        '''Call the requested import reader or all of the appropriate
243        import readers in response to a menu item
244        '''
245        self.lastimport = ''
246        self.zipfile = None
247        if reader is None:
248            multiple = False
249            #print "use all formats"
250            choices = "any file (*.*)|*.*"
251            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
252            extdict = {}
253            # compile a list of allowed extensions
254            for rd in readerlist:
255                fmt = rd.formatName
256                for extn in rd.extensionlist:
257                    if not extdict.get(extn): extdict[extn] = []
258                    extdict[extn] += [fmt,]
259            for extn in sorted(extdict.keys(),cmp=lambda x,y: cmp(x.lower(), y.lower())):
260                fmt = ''
261                for f in extdict[extn]:
262                    if fmt != "": fmt += ', '
263                    fmt += f
264                choices += "|" + fmt + " file (*" + extn + ")|*" + extn
265        else:
266            readerlist = [reader,]
267            # compile a list of allowed extensions
268            choices = reader.formatName + " file ("
269            w = ""
270            for extn in reader.extensionlist:
271                if w != "": w += ";"
272                w += "*" + extn
273            choices += w + ")|" + w
274            choices += "|zip archive (.zip)|*.zip"
275            if not reader.strictExtension:
276                choices += "|any file (*.*)|*.*"
277        # get the file(s)
278        if multiple:
279            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR | wx.MULTIPLE
280        else:
281            mode = style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR
282        dlg = wx.FileDialog(
283            self, message="Choose "+label+" input file",
284            #defaultDir=os.getcwd(),
285            defaultFile="",
286            wildcard=choices, style=mode
287            )
288        try:
289            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
290                if multiple:
291                    filelist = dlg.GetPaths()
292                    if len(filelist) == 0: return []
293                else:
294                    filename = dlg.GetPath()
295                    filelist = [filename,]
296            else: # cancel was pressed
297                return []
298        finally:
299            dlg.Destroy()
300        rd_list = []
301        filelist1 = []
302        for filename in filelist:
303            # is this a zip file?
304            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
305                extractedfiles = G2IO.ExtractFileFromZip(
306                    filename,parent=self,
307                    multipleselect=True)
308                if extractedfiles is None: continue # error or Cancel
309                if extractedfiles != filename:
310                    self.zipfile = filename # save zip name
311                    filelist1 += extractedfiles
312                    continue
313            filelist1.append(filename)
314        filelist = filelist1
315        for filename in filelist:
316            # is this a zip file?
317            if os.path.splitext(filename)[1].lower() == '.zip':
318                extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(filename,parent=self)
319                if extractedfile is None: continue # error or Cancel
320                if extractedfile != filename:
321                    filename,self.zipfile = extractedfile,filename # now use the file that was created
322            # set what formats are compatible with this file
323            primaryReaders = []
324            secondaryReaders = []
325            for reader in readerlist:
326                flag = reader.ExtensionValidator(filename)
327                if flag is None: 
328                    secondaryReaders.append(reader)
329                elif flag:
330                    primaryReaders.append(reader)
331            if len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0:
332                self.ErrorDialog('No Format','No matching format for file '+filename)
333                return []
334
335            fp = None
336            msg = ''
337            try:
338                fp = open(filename,'Ur')
339                if len(filelist) == 1:
340                    # confirm we have the right file
341                    rdmsg = 'File '+str(filename)+' begins:\n\n'
342                    for i in range(3):
343                        rdmsg += fp.readline()
344                    rdmsg += '\n\nDo you want to read this file?'
345                    if not all([ord(c) < 128 for c in rdmsg]): # show only if ASCII
346                        rdmsg = 'File '+str(
347                            filename)+' is a binary file. Do you want to read this file?'
348                    result = wx.ID_NO
349                    # it would be better to use something that
350                    # would resize better, but this will do for now
351                    dlg = wx.MessageDialog(
352                        self, rdmsg,
353                        'Is this the file you want?', 
354                        wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION,
355                        )
356                    dlg.SetSize((700,300)) # does not resize on Mac
357                    try:
358                        result = dlg.ShowModal()
359                    finally:
360                        dlg.Destroy()
361                    if result == wx.ID_NO: return []
362                           
363                self.lastimport = filename
364                # try the file first with Readers that specify the
365                # files extension and later with ones that allow it
366                flag = False
367                for rd in primaryReaders+secondaryReaders:
368                    try:
369                        fp.seek(0)  # rewind
370                        if not rd.ContentsValidator(fp): continue # rejected on cursory check
371                        repeat = True
372                        rdbuffer = {} # create temporary storage for file reader
373                        block = 0
374                        while repeat:
375                            block += 1
376                            repeat = False
377                            fp.seek(0)  # rewind
378                            rd.objname = os.path.basename(filename)
379                            flag = rd.Reader(filename,fp,self,
380                                             buffer=rdbuffer,
381                                             blocknum=block)
382                            if flag:
383                                rd_list.append(copy.deepcopy(rd)) # success
384                                if rd.repeat: repeat = True
385                    except:
386                        import traceback
387                        print traceback.format_exc()
388                        msg += '\nError reading file '+filename+' with format '+ rd.formatName
389                        #self.ErrorDialog('Read Error',
390                        #                 'Error reading file '+filename
391                        #                 +' with format '+ rd.formatName)
392                        continue
393                    if flag: break # success reading
394                else:
395                    self.ErrorDialog('Read Error','No reader is able to read from file '+filename+msg)
396            except:
397                import traceback
398                print traceback.format_exc()
399                self.ErrorDialog('Open Error','Error on open of file '+filename)
400            finally:
401                if fp: fp.close()
402        return rd_list
403
404    def _init_Import_Phase(self,parent):
405        '''import all the G2phase*.py files that are found in the
406        path and configure the Import Phase menus accordingly
407        '''
408        self.ImportPhaseReaderlist = []
409        self._init_Import_routines(parent,'phase',
410                                   self.ImportPhaseReaderlist,
411                                   'Phase')
412        submenu = wx.Menu()
413        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Phase',
414            submenu, help='Import phase data')
415        for reader in self.ImportPhaseReaderlist:
416            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
417                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
418            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
419            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
420        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
421                              help='Import phase data, use file to try to determine format',
422                              kind=wx.ITEM_NORMAL,
423                              text='guess format from file')
424        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=item.GetId())
425
426    def OnImportPhase(self,event):
427        # look up which format was requested
428        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
429        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
430                                  self.ImportPhaseReaderlist,
431                                  'phase')
432        if len(rdlist) == 0: return
433        # for now rdlist is only expected to have one element
434        # but this will allow multiple phases to be imported
435        self.CheckNotebook()
436        for rd in rdlist:
437            dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of phase name
438                self, 'Enter the name for the new phase',
439                'Edit phase name', rd.Phase['General']['Name'],
440                style=wx.OK)
441            dlg.CenterOnParent()
442            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
443                rd.Phase['General']['Name'] = dlg.GetValue()
444            dlg.Destroy()
445            PhaseName = rd.Phase['General']['Name']
446            print 'Read phase '+str(PhaseName)+' from file '+str(self.lastimport)
447            if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
448                sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
449            else:
450                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
451            psub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
452            self.PatternTree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
453            self.PatternTree.Expand(self.root) # make sure phases are seen
454            self.PatternTree.Expand(sub) 
455            self.PatternTree.Expand(psub) 
456        return # success
457       
458    def _init_Import_Sfact(self,parent):
459        '''import all the G2sfact*.py files that are found in the
460        path and configure the Import Structure Factor menus accordingly
461        '''
462        self.ImportSfactReaderlist = []
463        self._init_Import_routines(parent,'sfact',
464                                   self.ImportSfactReaderlist,
465                                   'Struct_Factor')
466        submenu = wx.Menu()
467        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Structure Factor',
468            submenu, help='Import Structure Factor data')
469        for reader in self.ImportSfactReaderlist:
470            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,               
471                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
472            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
473            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
474        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
475            help='Import Structure Factor, use file to try to determine format',
476            kind=wx.ITEM_NORMAL,
477            text='guess format from file')
478        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportSfact, id=item.GetId())
479
480    def OnImportSfact(self,event):
481        # look up which format was requested
482        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())
483        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,self.ImportSfactReaderlist,
484            'Structure Factor')
485        if len(rdlist) == 0: return
486        self.CheckNotebook()
487        for rd in rdlist:
488            HistName = rd.objname
489            if len(rdlist) <= 2: 
490                dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of Structure Factor name
491                    self, 'Enter the name for the new Structure Factor',
492                    'Edit Structure Factor name', HistName,
493                    style=wx.OK)
494                dlg.CenterOnParent()
495                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
496                    HistName = dlg.GetValue()
497                dlg.Destroy()
498            print 'Read structure factor table '+str(HistName)+' from file '+str(self.lastimport)
499            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,
500                                             text='HKLF '+HistName)
501            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},rd.RefList])
502            Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
503            self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,rd.Parameters)
504            self.PatternTree.SetItemPyData(
505                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='HKL Plot Controls'),
506                rd.Controls)
507            self.PatternTree.SetItemPyData(
508                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),[])  #dummy entry for GUI use
509            self.PatternTree.SelectItem(Id)
510            self.PatternTree.Expand(Id)
511            self.Sngl = Id
512        return # success
513
514    def _init_Import_powder(self,parent):
515        '''import all the G2pwd*.py files that are found in the
516        path and configure the Import Powder Data menus accordingly
517        '''
518        self.ImportPowderReaderlist = []
519        self._init_Import_routines(parent,'pwd',self.ImportPowderReaderlist,
520            'Powder_Data')
521        submenu = wx.Menu()
522        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Powder Data',
523            submenu, help='Import Powder data')
524        for reader in self.ImportPowderReaderlist:
525            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
526                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='from '+reader.formatName+' file')
527            self.ImportMenuId[item.GetId()] = reader
528            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
529        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
530            help='Import powder data, use file to try to determine format',
531            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='guess format from file')
532        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPowder, id=item.GetId())
533           
534    def ReadPowderInstprm(self,instfile):
535        '''Read a GSAS-II (new) instrument parameter file'''
536        if os.path.splitext(instfile)[1].lower() != '.instprm': # invalid file
537            return None           
538        if not os.path.exists(instfile): # no such file
539            return None
540        File = open(instfile,'r')
541        S = File.readline()
542        if not S.startswith('#GSAS-II'): # not a valid file
543            File.close()
544            return None
545        newItems = []
546        newVals = []
547        while S:
548            if S[0] == '#':
549                S = File.readline()
550                continue
551            [item,val] = S[:-1].split(':')
552            newItems.append(item)
553            try:
554                newVals.append(float(val))
555            except ValueError:
556                newVals.append(val)                       
557            S = File.readline()               
558        File.close()
559        return [tuple(newVals),newVals,len(newVals)*[False,],newItems]
560       
561    def ReadPowderIparm(self,instfile,bank,databanks,rd):
562        '''Read a GSAS (old) instrument parameter file'''
563        if not os.path.exists(instfile): # no such file
564            return {}
565        try:
566            fp = open(instfile,'Ur')
567            Iparm = {}
568            for S in fp:
569                Iparm[S[:12]] = S[12:-1]
570        except IOError:
571            print('Error reading file:'+str(instfile))
572        finally:       
573            fp.close()
574
575        try:
576            ibanks = int(Iparm.get('INS   BANK  ').strip())
577        except:
578            ibanks = 1
579        if ibanks == 1: # there is only one bank here, return it
580            rd.instbank = 1
581            return Iparm
582        if ibanks != databanks:
583            # number of banks in data and prm file not not agree, need a
584            # choice from a human here
585            choices = []
586            for i in range(1,1+ibanks):
587                choices.append('Bank '+str(i))
588            bank = rd.BlockSelector(
589                choices, self,
590                title='Select an instrument parameter block for '+
591                os.path.split(rd.powderentry[0])[1]+' block '+str(bank)+
592                '\nOr use Cancel to select from the default parameter sets',
593                header='Block Selector')
594        if bank is None: return {}
595        # pull out requested bank # bank from the data, and change the bank to 1
596        IparmS = {}
597        for key in Iparm:
598            if key[4:6] == "  ":
599                IparmS[key] = Iparm[key]
600            elif int(key[4:6].strip()) == bank:
601                IparmS[key[:4]+' 1'+key[6:]] = Iparm[key]
602        rd.instbank = bank
603        return IparmS
604                       
605    def GetPowderIparm(self,rd, prevIparm, lastIparmfile, lastdatafile):
606        '''Open and read an instrument parameter file for a data file
607        Returns the list of parameters used in the data tree
608        '''
609        def SetPowderInstParms(Iparm, rd):
610            '''extracts values from instrument parameters in rd.instdict
611            or in array Iparm.
612            Create and return the contents of the instrument parameter tree entry.
613            '''
614            DataType = Iparm['INS   HTYPE '].strip()[0:3]  # take 1st 3 chars
615            # override inst values with values read from data file
616            if rd.instdict.get('type'):
617                DataType = rd.instdict.get('type')
618            wave1 = None
619            wave2 = 0.0
620            if rd.instdict.get('wave'):
621                wl = rd.instdict.get('wave')
622                wave1 = wl[0]
623                if len(wl) > 1: wave2 = wl[1]
624            data = [DataType,]
625            if 'C' in DataType:
626                s = Iparm['INS  1 ICONS']
627                if not wave1:
628                    wave1 = G2IO.sfloat(s[:10])
629                    wave2 = G2IO.sfloat(s[10:20])
630                v = (wave1,wave2,
631                     G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
632                if not v[1]:
633                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth'] 
634                    v = (v[0],v[2],v[4])
635                    codes = [0,0,0,0]
636                else:
637                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth']
638                    codes = [0,0,0,0,0,0]
639                data.extend(v)
640                v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
641                v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
642                data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
643                azm = Iparm.get('INS  1DETAZM')
644                if azm is None: #not in this Iparm file
645                    azm = 0.0
646                else:
647                    azm = float(azm)
648                v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
649                if v1[0] == 3:
650                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3],azm)])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
651                else:
652                    data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
653                codes.extend([0,0,0,0,0,0,0])
654                return [tuple(data),data,codes,names]
655
656        # stuff we might need from the reader
657        filename = rd.powderentry[0]
658        bank = rd.powderentry[2]
659        numbanks = rd.numbanks
660        # is there an instrument parameter file defined for the current data set?
661        if rd.instparm or (lastdatafile == filename and lastIparmfile):
662            if rd.instparm:
663                instfile = os.path.join(os.path.split(filename)[0],
664                                    rd.instparm)
665            else:
666                # for multiple reads of one data file, reuse the inst parm file
667                instfile = lastIparmfile
668            if os.path.exists(instfile):
669                #print 'debug: try read',instfile
670                instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
671                if instParmList is not None:
672                    rd.instfile = instfile
673                    rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
674                    return instParmList
675                Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
676                if Iparm:
677                    #print 'debug: success'
678                    rd.instfile = instfile
679                    rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
680                    return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
681            else:
682                self.ErrorDialog('Open Error',
683                                 'Error opening instrument parameter file '
684                                 +str(instfile)
685                                 +' requested by file '+ filename)
686        # is there an instrument parameter file matching the current file
687        # with extension .inst or .prm? If so read it
688        basename = os.path.splitext(filename)[0]
689        for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
690            instfile = basename + ext
691            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
692            if instParmList is not None:
693                rd.instfile = instfile
694                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
695                return instParmList
696            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
697            if Iparm:
698                #print 'debug: success'
699                rd.instfile = instfile
700                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
701                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
702            else:
703                #print 'debug: open/read failed',instfile
704                pass # fail silently
705
706        # did we read the data file from a zip? If so, look there for a
707        # instrument parameter file
708        if self.zipfile:
709            for ext in '.instprm','.prm','.inst','.ins':
710                instfile = G2IO.ExtractFileFromZip(
711                    self.zipfile,
712                    selection=os.path.split(basename + ext)[1],
713                    parent=self)
714                if instfile is not None and instfile != self.zipfile:
715                    print 'debug:',instfile,'created from ',self.zipfile
716                    instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
717                    if instParmList is not None:
718                        rd.instfile = instfile
719                        rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
720                        return instParmList
721                    Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
722                    if Iparm:
723                        rd.instfile = instfile
724                        rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
725                        return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
726                    else:
727                        #print 'debug: open/read for',instfile,'from',self.zipfile,'failed'
728                        pass # fail silently
729
730        while True: # loop until we get a file that works or we get a cancel
731            instfile = ''
732            dlg = wx.FileDialog(
733                self,
734                'Choose inst. param file for "'
735                +rd.idstring
736                +'" (or Cancel for default)',
737                '.', '',
738                'GSAS-II iparm file (*.instprm)|*.instprm|'
739                'GSAS iparm file (*.prm)|*.prm|'
740                'GSAS iparm file (*.inst)|*.inst|'
741                'GSAS iparm file (*.ins)|*.ins|'
742                'All files (*.*)|*.*', 
743                wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
744            if os.path.exists(lastIparmfile):
745                dlg.SetFilename(lastIparmfile)
746            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
747                instfile = dlg.GetPath()
748            dlg.Destroy()
749            if not instfile: break
750            instParmList = self.ReadPowderInstprm(instfile)
751            if instParmList is not None:
752                rd.instfile = instfile
753                rd.instmsg = 'GSAS-II file '+instfile
754                return instParmList
755            Iparm = self.ReadPowderIparm(instfile,bank,numbanks,rd)
756            if Iparm:
757                #print 'debug: success with',instfile
758                rd.instfile = instfile
759                rd.instmsg = instfile + ' bank ' + str(rd.instbank)
760                return SetPowderInstParms(Iparm,rd)
761            else:
762                self.ErrorDialog('Read Error',
763                                 'Error opening/reading file '+str(instfile))
764       
765        # still no success: offer user choice of defaults
766        while True: # loop until we get a choice
767            choices = []
768            head = 'Select from default instrument parameters for '+rd.idstring
769
770            for l in rd.defaultIparm_lbl:
771                choices.append('Defaults for '+l)
772            res = rd.BlockSelector(
773                choices,
774                ParentFrame=self,
775                title=head,
776                header='Select default inst parms',)
777            if res is None: continue
778            rd.instfile = ''
779            rd.instmsg = 'default: '+rd.defaultIparm_lbl[res]
780            return SetPowderInstParms(rd.defaultIparms[res],rd)
781
782    def OnImportPowder(self,event):
783        '''reads powder data using a variety of formats
784        reads an instrument parameter file for each dataset
785        '''
786        reqrdr = self.ImportMenuId.get(event.GetId())  # look up which format was requested
787        rdlist = self.OnImportGeneric(reqrdr,
788                                      self.ImportPowderReaderlist,
789                                      'Powder Data',multiple=True)
790        if len(rdlist) == 0: return
791        self.CheckNotebook()
792        Iparm = None
793        lastIparmfile = ''
794        lastdatafile = ''
795        for rd in rdlist:
796            # get instrument parameters for each dataset
797            instParmList = self.GetPowderIparm(rd, Iparm, lastIparmfile, lastdatafile)
798            lastIparmfile = rd.instfile
799            lastdatafile = rd.powderentry[0]
800            print 'Read powder data '+str(
801                rd.idstring)+' from file '+str(
802                self.lastimport) + ' with parameters from '+str(
803                rd.instmsg)
804            # data are read, now store them in the tree
805            Id = self.PatternTree.AppendItem(
806                parent=self.root,
807                text='PWDR '+rd.idstring)
808#            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[rd.powderentry,rd.powderdata])
809            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},rd.powderdata])
810            self.PatternTree.SetItemPyData(
811                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),
812                rd.comments)
813            Tmin = min(rd.powderdata[0])
814            Tmax = max(rd.powderdata[0])
815            self.PatternTree.SetItemPyData(
816                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),
817                [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
818            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
819            self.PatternTree.SetItemPyData(
820                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),
821                [['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
822                 {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
823            self.PatternTree.SetItemPyData(
824                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),
825                instParmList)
826            self.PatternTree.SetItemPyData(
827                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),
828                rd.Sample)
829            self.PatternTree.SetItemPyData(
830                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List')
831                ,[])
832            self.PatternTree.SetItemPyData(
833                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),
834                [])
835            self.PatternTree.SetItemPyData(
836                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),
837                [])
838            self.PatternTree.SetItemPyData(
839                self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),
840                {})
841            self.PatternTree.Expand(Id)
842        self.PatternTree.SelectItem(Id)
843        return # success
844
845    def _init_Exports(self,parent):
846        '''
847        '''
848#        submenu = wx.Menu()
849#        item = parent.AppendMenu(
850#            wx.ID_ANY, 'entire project',
851#            submenu, help='Export entire project')
852#        item = submenu.Append(
853#            wx.ID_ANY,
854#            help='this is a module for testing',
855#            kind=wx.ITEM_NORMAL,
856#            text='to test file')
857#        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportTest, id=item.GetId())
858#        import G2export
859#    def OnExportTest(self,event):
860#        import G2export
861#        reload(G2export)
862#        G2export.ProjExport(self)
863
864    def _init_coll_Export_Items(self,parent):
865        self.ExportPattern = parent.Append(help='Select PWDR item to enable',id=wxID_EXPORTPATTERN, kind=wx.ITEM_NORMAL,
866            text='Export Powder Patterns...')
867        self.ExportPeakList = parent.Append(help='',id=wxID_EXPORTPEAKLIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,
868            text='Export All Peak Lists...')
869        self.ExportHKL = parent.Append(help='',id=wxID_EXPORTHKL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
870            text='Export HKLs...')
871        self.ExportPDF = parent.Append(help='Select PDF item to enable',id=wxID_EXPORTPDF, kind=wx.ITEM_NORMAL,
872            text='Export PDF...')
873        self.ExportPhase = parent.Append(help='',id=wxID_EXPORTPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
874            text='Export Phase...')
875        self.ExportCIF = parent.Append(help='',id=wxID_EXPORTCIF, kind=wx.ITEM_NORMAL,
876            text='Export CIF...')
877        self.ExportPattern.Enable(False)
878        self.ExportPeakList.Enable(True)
879        self.ExportHKL.Enable(False)
880        self.ExportPDF.Enable(False)
881        self.ExportPhase.Enable(False)
882        self.ExportCIF.Enable(False)
883        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPatterns, id=wxID_EXPORTPATTERN)
884        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPeakList, id=wxID_EXPORTPEAKLIST)
885        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportHKL, id=wxID_EXPORTHKL)
886        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPDF, id=wxID_EXPORTPDF)
887        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportPhase, id=wxID_EXPORTPHASE)
888        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnExportCIF, id=wxID_EXPORTCIF)
889               
890    def _init_utils(self):
891        self.GSASIIMenu = wx.MenuBar()
892        self.File = wx.Menu(title='')
893        self.Data = wx.Menu(title='')       
894        self.Calculate = wx.Menu(title='')       
895        self.Import = wx.Menu(title='')       
896        self.Export = wx.Menu(title='')       
897
898        self._init_coll_GSASIIMenu_Menus(self.GSASIIMenu)
899        self._init_coll_File_Items(self.File)
900        self._init_coll_Data_Items(self.Data)
901        self._init_coll_Calculate_Items(self.Calculate)
902        self.ImportMenuId = {}
903        self._init_Import_Phase(self.Import)
904        self._init_Import_powder(self.Import)
905        self._init_Import_Sfact(self.Import)
906        self._init_coll_Export_Items(self.Export)
907        self._init_Exports(self.Export)
908       
909    def _init_ctrls(self, parent):
910        wx.Frame.__init__(self, name='GSASII', parent=parent,
911            size=wx.Size(400, 250),style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE, title='GSAS-II data tree')
912        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
913        Size = self.GetSize()
914        xPos = clientSize[2]-Size[0]
915        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]))
916        self._init_utils()
917        self.SetMenuBar(self.GSASIIMenu)
918        self.Bind(wx.EVT_SIZE, self.OnSize)
919        self.CreateStatusBar()
920        self.mainPanel = wx.Panel(self,-1)
921       
922        self.PatternTree = wx.TreeCtrl(id=wxID_PATTERNTREE,
923            parent=self.mainPanel, pos=wx.Point(0, 0),style=wx.TR_DEFAULT_STYLE )
924        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_SEL_CHANGED,
925            self.OnPatternTreeSelChanged, id=wxID_PATTERNTREE)
926        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_COLLAPSED,
927            self.OnPatternTreeItemCollapsed, id=wxID_PATTERNTREE)
928        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_ITEM_EXPANDED,
929            self.OnPatternTreeItemExpanded, id=wxID_PATTERNTREE)
930        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_DELETE_ITEM,
931            self.OnPatternTreeItemDelete, id=wxID_PATTERNTREE)
932        self.PatternTree.Bind(wx.EVT_TREE_KEY_DOWN,
933            self.OnPatternTreeKeyDown, id=wxID_PATTERNTREE)
934        self.root = self.PatternTree.AddRoot('Loaded Data: ')
935       
936        plotFrame = wx.Frame(None,-1,'GSASII Plots',size=wx.Size(700,600), \
937            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX)
938        self.G2plotNB = G2plt.G2PlotNoteBook(plotFrame)
939        plotFrame.Show()
940       
941        self.dataDisplay = None
942       
943    def __init__(self, parent):
944        self._init_ctrls(parent)
945        self.Bind(wx.EVT_CLOSE, self.ExitMain)
946        # various defaults
947        self.oldFocus = None
948        self.GSASprojectfile = ''
949        self.dirname = os.path.expanduser('~')       #start in the users home directory by default; may be meaningless
950        self.undofile = ''
951        self.TreeItemDelete = False
952        self.Offset = [0.0,0.0]
953        self.delOffset = .02
954        self.refOffset = -100.0
955        self.refDelt = .01
956        self.Weight = False
957        self.IparmName = ''  # to be removed when SelectPowderData & GetInstrumentFile is
958        self.IfPlot = False
959        self.PatternId = 0
960        self.PickId = 0
961        self.PeakTable = []
962        self.LimitsTable = []
963        self.HKL = []
964        self.Lines = []
965        self.itemPicked = None
966        self.dataFrame = None
967        self.Interpolate = 'nearest'
968        self.ContourColor = 'Paired'
969        self.VcovColor = 'RdYlGn'
970        self.Projection = 'equal area'
971        self.logPlot = False
972        self.qPlot = False
973        self.Contour = False
974        self.Legend = False
975        self.SinglePlot = False
976        self.plotView = 0
977        self.Image = 0
978        self.oldImagefile = ''
979        self.ImageZ = []
980        self.Integrate = 0
981        self.imageDefault = {}
982        self.Sngl = 0
983        self.ifGetRing = False
984        self.setPoly = False
985        arg = sys.argv
986        if len(arg) > 1:
987            self.GSASprojectfile = arg[1]
988            self.dirname = os.path.dirname(arg[1])
989            if self.dirname: os.chdir(self.dirname)
990            G2IO.ProjFileOpen(self)
991            self.PatternTree.Expand(self.root)
992            self.Refine.Enable(True)
993            self.SeqRefine.Enable(True)
994
995    def OnSize(self,event):
996        w,h = self.GetClientSizeTuple()
997        self.mainPanel.SetSize(wx.Size(w,h))
998        self.PatternTree.SetSize(wx.Size(w,h))
999                       
1000    def OnPatternTreeSelChanged(self, event):
1001        if self.TreeItemDelete:
1002            self.TreeItemDelete = False
1003        else:
1004            pltNum = self.G2plotNB.nb.GetSelection()
1005            if pltNum >= 0:                         #to avoid the startup with no plot!
1006                pltPage = self.G2plotNB.nb.GetPage(pltNum)
1007                pltPlot = pltPage.figure
1008            item = event.GetItem()
1009            G2gd.MovePatternTreeToGrid(self,item)
1010            if self.oldFocus:
1011                self.oldFocus.SetFocus()
1012       
1013    def OnPatternTreeItemCollapsed(self, event):
1014        event.Skip()
1015
1016    def OnPatternTreeItemExpanded(self, event):
1017        event.Skip()
1018       
1019    def OnPatternTreeItemDelete(self, event):
1020        self.TreeItemDelete = True
1021
1022    def OnPatternTreeItemActivated(self, event):
1023        event.Skip()
1024       
1025    def OnPatternTreeKeyDown(self,event):
1026        key = event.GetKeyCode()
1027        item = self.PickId
1028        if type(item) is int: return # is this the toplevel in tree?
1029        if key == wx.WXK_UP:
1030            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1031            self.PatternTree.GetPrevSibling(item)
1032        elif key == wx.WXK_DOWN:
1033            self.oldFocus = wx.Window.FindFocus()
1034            self.PatternTree.GetNextSibling(item)
1035               
1036    def OnPwdrRead(self, event):
1037        self.CheckNotebook()
1038        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose files', '.', '', 
1039            'GSAS fxye files (*.fxye)|*.fxye|GSAS fxy files (*.fxy)|*.fxy|Topas xye files (*.xye)|*.xye|All files (*.*)|*.*', 
1040            wx.OPEN | wx.MULTIPLE | wx.CHANGE_DIR)
1041        try:
1042            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1043                filenames = dlg.GetPaths()
1044                filenames.sort()
1045                for filename in filenames:
1046                    Data,Iparm,Comments,Temperature = G2IO.SelectPowderData(self, filename)              #Data: list of tuples (filename,Pos,Bank)
1047                    if not Data:                                                    #if Data rejected by user - go to next one
1048                        continue
1049                    DataType = Iparm['INS   HTYPE ']                                #expect only 4 char string
1050                    DataType = DataType.strip()[0:3]                                #just 1st 3 chars
1051                    wx.BeginBusyCursor()
1052                    Sample = G2pdG.SetDefaultSample()
1053                    Sample['Temperature'] = Temperature
1054                    try:
1055                        for Item in Data:
1056                            vals = Item[2].split()          #split up the BANK record
1057                            Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PWDR '+os.path.basename(Item[0])+': '+vals[0]+vals[1])
1058                            data = G2IO.GetPowderData(filename,Item[1],Item[2],DataType)
1059                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Item,data])
1060                            '''
1061                            Each tree item data is a list with:
1062                            Item: the (filename,Pos,Bank) tuple
1063                            data: (x,y,w,yc,yb,yd) list  of np.arrays from GetPowderData
1064                            '''
1065                           
1066                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                           
1067                            Tmin = min(data[0])
1068                            Tmax = max(data[0])
1069                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
1070                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1071                                {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1072       
1073                            data = [DataType,]
1074                            if 'C' in DataType:
1075                                s = Iparm['INS  1 ICONS']
1076                                v = (G2IO.sfloat(s[:10]),G2IO.sfloat(s[10:20]),G2IO.sfloat(s[20:30]),G2IO.sfloat(s[55:65]),G2IO.sfloat(s[40:50])) #get lam1, lam2, zero, pola & ratio
1077                                if not v[1]:
1078                                    names = ['Type','Lam','Zero','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth'] 
1079                                    v = (v[0],v[2],v[4])
1080                                    codes = [0,0,0,0]
1081                                    Sample['Type'] = 'Debye-Scherrer'               #default instrument type
1082                                else:
1083                                    names = ['Type','Lam1','Lam2','Zero','I(L2)/I(L1)','Polariz.','U','V','W','X','Y','SH/L','Azimuth']
1084                                    codes = [0,0,0,0,0,0]
1085                                    Sample['Type'] = 'Bragg-Brentano'               #default instrument type
1086                                    Sample['Shift'] = [0.0,False]
1087                                    Sample['Transparency'] = [0.0,False]
1088                                data.extend(v)
1089                                v1 = Iparm['INS  1PRCF1 '].split()                                                 
1090                                v = Iparm['INS  1PRCF11'].split()
1091                                data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])])                  #get GU, GV & GW - always here
1092                                try:
1093                                    azm = float(Iparm['INS  1DETAZM'])
1094                                except KeyError:                                                #not in this Iparm file
1095                                    azm = 0.0
1096                                v = Iparm['INS  1PRCF12'].split()
1097                                if v1[0] == '3':
1098                                    data.extend([float(v[0]),float(v[1]),float(v[2])+float(v[3]),azm])  #get LX, LY, S+H/L & azimuth
1099                                else:
1100                                    data.extend([0.0,0.0,0.002,azm])                                      #OK defaults if fxn #3 not 1st in iprm file
1101                                codes.extend([0,0,0,0,0,0,0])
1102                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),[tuple(data),data,codes,names])
1103                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),Sample)
1104                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
1105                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
1106                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])
1107                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),{})             
1108                            self.PatternId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Limits')
1109                    finally:
1110                        wx.EndBusyCursor()
1111                self.PatternTree.Expand(Id)
1112                self.PatternTree.SelectItem(Id)
1113   
1114        finally:
1115            dlg.Destroy()
1116       
1117    def OnReadPowderPeaks(self,event):
1118        Cuka = 1.54052
1119        self.CheckNotebook()
1120        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file with peak list', '.', '', 
1121            'peak files (*.txt)|*.txt|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1122        try:
1123            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1124                self.HKL = []
1125                self.powderfile = dlg.GetPath()
1126                comments,peaks = G2IO.GetPowderPeaks(self.powderfile)
1127                Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PKS '+os.path.basename(self.powderfile))
1128                data = ['PKS',Cuka,0.0]
1129                names = ['Type','Lam','Zero'] 
1130                codes = [0,0]
1131                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),[tuple(data),data,codes,names])
1132                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),comments)
1133                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),peaks)
1134                self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
1135                self.PatternTree.Expand(Id)
1136                self.PatternTree.SelectItem(Id)
1137        finally:
1138            dlg.Destroy()
1139           
1140    def OnImageRead(self,event):
1141        self.CheckNotebook()
1142        dlg = wx.FileDialog(
1143            self, 'Choose image files', '.', '',
1144            'Any image file (*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img)|'
1145            '*.tif;*.tiff;*.mar*;*.avg;*.sum;*.img;*.G2img;*.zip|'
1146            'Any detector tif (*.tif;*.tiff)|*.tif;*.tiff|'
1147            'MAR file (*.mar*)|*.mar*|'
1148            'GE Image (*.avg;*.sum)|*.avg;*.sum|'
1149            'ADSC Image (*.img)|*.img|'
1150            'GSAS-II Image (*.G2img)|*.G2img|'
1151            'Zip archive (*.zip)|*.zip|'
1152            'All files (*.*)|*.*',
1153            wx.OPEN | wx.MULTIPLE|wx.CHANGE_DIR)
1154        try:
1155            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1156                imagefiles = dlg.GetPaths()
1157                imagefiles.sort()
1158                for imagefile in imagefiles:
1159                    # if a zip file, open and extract
1160                    if os.path.splitext(imagefile)[1].lower() == '.zip':
1161                        extractedfile = G2IO.ExtractFileFromZip(imagefile,parent=self)
1162                        if extractedfile is not None and extractedfile != imagefile:
1163                            imagefile = extractedfile
1164                    Comments,Data,Npix,Image = G2IO.GetImageData(self,imagefile)
1165                    if Comments:
1166                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='IMG '+os.path.basename(imagefile))
1167                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
1168                        Imax = np.amax(Image)
1169                        Imin = max(0.0,np.amin(Image))          #force positive
1170                        if self.imageDefault:
1171                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
1172                            Data['showLines'] = True
1173                            Data['ring'] = []
1174                            Data['rings'] = []
1175                            Data['cutoff'] = 10
1176                            Data['pixLimit'] = 20
1177                            Data['edgemin'] = 100000000
1178                            Data['calibdmin'] = 0.5
1179                            Data['calibskip'] = 0
1180                            Data['ellipses'] = []
1181                            Data['calibrant'] = ''
1182                        else:
1183                            Data['type'] = 'PWDR'
1184                            Data['color'] = 'Paired'
1185                            Data['tilt'] = 0.0
1186                            Data['rotation'] = 0.0
1187                            Data['showLines'] = False
1188                            Data['ring'] = []
1189                            Data['rings'] = []
1190                            Data['cutoff'] = 10
1191                            Data['pixLimit'] = 20
1192                            Data['calibdmin'] = 0.5
1193                            Data['calibskip'] = 0
1194                            Data['edgemin'] = 100000000
1195                            Data['ellipses'] = []
1196                            Data['calibrant'] = ''
1197                            Data['IOtth'] = [2.0,5.0]
1198                            Data['LRazimuth'] = [135,225]
1199                            Data['azmthOff'] = 0.0
1200                            Data['outChannels'] = 2500
1201                            Data['outAzimuths'] = 1
1202                            Data['centerAzm'] = False
1203                            Data['fullIntegrate'] = False
1204                            Data['setRings'] = False
1205                            Data['background image'] = ['',1.0]                           
1206                        Data['setDefault'] = False
1207                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
1208                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)
1209                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
1210                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
1211                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[Npix,imagefile])
1212                        self.PickId = Id
1213                        self.Image = Id
1214                self.PatternTree.SelectItem(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,Id,'Image Controls'))             #show last one
1215        finally:
1216            dlg.Destroy()
1217
1218    def CheckNotebook(self):
1219        '''Make sure the data tree has the minimally expected controls
1220        (BHT) correct?
1221        '''
1222        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Notebook'):
1223            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Notebook')
1224            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,[''])
1225        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Controls'):
1226            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Controls')
1227            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1228        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Covariance'):
1229            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Covariance')
1230            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1231        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Constraints'):
1232            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Constraints')
1233            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{'Hist':[],'HAP':[],'Phase':[]})
1234        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Restraints'):
1235            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Restraints')
1236            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,{})
1237           
1238               
1239    class CopyDialog(wx.Dialog):
1240        def __init__(self,parent,title,text,data):
1241            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1242                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1243            self.data = data
1244            panel = wx.Panel(self)
1245            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1246            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1247            mainSizer.Add((10,10),1)
1248            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1249            mainSizer.Add((10,10),1)
1250            ncols = len(data)/40+1
1251            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=ncols,hgap=2,vgap=2)
1252            for id,item in enumerate(self.data):
1253                ckbox = wx.CheckBox(panel,id,item[1])
1254                ckbox.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,self.OnCopyChange)                   
1255                dataGridSizer.Add(ckbox,0,wx.LEFT,10)
1256            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1257            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1258            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1259            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1260            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1261            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1262            btnSizer.Add((20,20),1)
1263            btnSizer.Add(OkBtn)
1264            btnSizer.Add((20,20),1)
1265            btnSizer.Add(cancelBtn)
1266            btnSizer.Add((20,20),1)
1267           
1268            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1269            panel.SetSizer(mainSizer)
1270            panel.Fit()
1271            self.Fit()
1272       
1273        def OnCopyChange(self,event):
1274            id = event.GetId()
1275            self.data[id][0] = self.FindWindowById(id).GetValue()       
1276           
1277        def OnOk(self,event):
1278            parent = self.GetParent()
1279            parent.Raise()
1280            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1281           
1282        def OnCancel(self,event):
1283            parent = self.GetParent()
1284            parent.Raise()
1285            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1286           
1287        def GetData(self):
1288            return self.data
1289       
1290    class SumDialog(wx.Dialog):
1291        def __init__(self,parent,title,text,dataType,data):
1292            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1293                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1294            self.data = data
1295            panel = wx.Panel(self)
1296            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1297            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1298            mainSizer.Add((10,10),1)
1299            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1300            mainSizer.Add((10,10),1)
1301            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
1302            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
1303                name = wx.TextCtrl(panel,-1,item[1],size=wx.Size(200,20))
1304                name.SetEditable(False)
1305                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1306                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
1307                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
1308                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.LEFT,10)
1309                dataGridSizer.Add(name,0,wx.RIGHT,10)
1310            if dataType:
1311                dataGridSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,'Sum result name: '+dataType),0, \
1312                    wx.LEFT|wx.TOP|wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL,10)
1313                self.name = wx.TextCtrl(panel,-1,self.data[-1],size=wx.Size(200,20),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1314                self.name.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnNameChange)
1315                self.name.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnNameChange)
1316                dataGridSizer.Add(self.name,0,wx.RIGHT|wx.TOP,10)
1317            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1318            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1319            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1320            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1321            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1322            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1323            btnSizer.Add((20,20),1)
1324            btnSizer.Add(OkBtn)
1325            btnSizer.Add((20,20),1)
1326            btnSizer.Add(cancelBtn)
1327            btnSizer.Add((20,20),1)
1328           
1329            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1330            panel.SetSizer(mainSizer)
1331            panel.Fit()
1332            self.Fit()
1333
1334    class ConstraintDialog(wx.Dialog):
1335        '''Window to edit Constraint values
1336        '''
1337        def __init__(self,parent,title,text,data,separator='*'):
1338            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title, 
1339                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1340            self.data = data
1341            panel = wx.Panel(self)
1342            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1343            topLabl = wx.StaticText(panel,-1,text)
1344            mainSizer.Add((10,10),1)
1345            mainSizer.Add(topLabl,0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL|wx.LEFT,10)
1346            mainSizer.Add((10,10),1)
1347            dataGridSizer = wx.FlexGridSizer(rows=len(data),cols=2,hgap=2,vgap=2)
1348            for id,item in enumerate(self.data[:-1]):
1349                lbl = item[1]
1350                if lbl[-1] != '=': lbl += ' ' + separator + ' '
1351                name = wx.StaticText(panel,-1,lbl,size=wx.Size(200,20),
1352                                     style=wx.ALIGN_RIGHT)
1353                scale = wx.TextCtrl(panel,id,'%.3f'%(item[0]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1354                scale.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,self.OnScaleChange)
1355                scale.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,self.OnScaleChange)
1356                dataGridSizer.Add(name,0,wx.LEFT,10)
1357                dataGridSizer.Add(scale,0,wx.RIGHT,10)
1358            mainSizer.Add(dataGridSizer,0,wx.EXPAND)
1359            OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
1360            OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1361            cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
1362            cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1363            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1364            btnSizer.Add((20,20),1)
1365            btnSizer.Add(OkBtn)
1366            btnSizer.Add((20,20),1)
1367            btnSizer.Add(cancelBtn)
1368            btnSizer.Add((20,20),1)
1369           
1370            mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1371            panel.SetSizer(mainSizer)
1372            panel.Fit()
1373            self.Fit()
1374            self.CenterOnParent()
1375           
1376        def OnNameChange(self,event):
1377            self.data[-1] = self.name.GetValue() 
1378           
1379        def OnScaleChange(self,event):
1380            id = event.GetId()
1381            value = self.FindWindowById(id).GetValue()
1382            try:
1383                self.data[id][0] = float(value)
1384                self.FindWindowById(id).SetValue('%.3f'%(self.data[id][0]))
1385            except ValueError:
1386                if value and '-' not in value[0]:
1387                    print 'bad input - numbers only'
1388                    self.FindWindowById(id).SetValue('0.000')
1389           
1390        def OnOk(self,event):
1391            parent = self.GetParent()
1392            parent.Raise()
1393            self.EndModal(wx.ID_OK)             
1394           
1395        def OnCancel(self,event):
1396            parent = self.GetParent()
1397            parent.Raise()
1398            self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
1399           
1400        def GetData(self):
1401            return self.data
1402           
1403    def OnPwdrSum(self,event):
1404        TextList = []
1405        DataList = []
1406        SumList = []
1407        Names = []
1408        Inst = []
1409        SumItemList = []
1410        Comments = ['Sum equals: \n']
1411        if self.PatternTree.GetCount():
1412            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1413            while item:
1414                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1415                Names.append(name)
1416                if 'PWDR' in name:
1417                    TextList.append([0.0,name])
1418                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item)[1])    # (x,y,w,yc,yb,yd)
1419                    if not Inst:
1420                        Inst = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Instrument Parameters'))
1421                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1422            if len(TextList) < 2:
1423                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "PWDR" pattern')
1424                return
1425            TextList.append('default_sum_name')               
1426            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each pattern in summation','PWDR',TextList)
1427            try:
1428                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1429                    lenX = 0
1430                    Xminmax = [0,0]
1431                    Xsum = []
1432                    Ysum = []
1433                    Vsum = []
1434                    result = dlg.GetData()
1435                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
1436                        scale,name = item
1437                        data = DataList[i]
1438                        if scale:
1439                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
1440                            x,y,w,yc,yb,yd = data   #numpy arrays!
1441                            v = 1./w
1442                            if lenX:
1443                                if lenX != len(x):
1444                                    self.ErrorDialog('Data length error','Data to be summed must have same number of points'+ \
1445                                        '\nExpected:'+str(lenX)+ \
1446                                        '\nFound:   '+str(len(x))+'\nfor '+name)
1447                                    return
1448                            else:
1449                                lenX = len(x)
1450                            if Xminmax[1]:
1451                                if Xminmax != [x[0],x[-1]]:
1452                                    self.ErrorDialog('Data range error','Data to be summed must span same range'+ \
1453                                        '\nExpected:'+str(Xminmax[0])+' '+str(Xminmax[1])+ \
1454                                        '\nFound:   '+str(x[0])+' '+str(x[-1])+'\nfor '+name)
1455                                    return
1456                                else:
1457                                    for j,yi in enumerate(y):
1458                                         Ysum[j] += scale*yi
1459                                         Vsum[j] += abs(scale)*v[j]
1460                            else:
1461                                Xminmax = [x[0],x[-1]]
1462                                YCsum = YBsum = YDsum = [0.0 for i in range(lenX)]
1463                                for j,yi in enumerate(y):
1464                                    Xsum.append(x[j])
1465                                    Ysum.append(scale*yi)
1466                                    Vsum.append(abs(scale*v[j]))
1467                    Wsum = 1./np.array(Vsum)
1468                    outname = 'PWDR '+result[-1]
1469                    Id = 0
1470                    if outname in Names:
1471                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
1472                        try:
1473                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
1474                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
1475                                self.PatternTree.Delete(Id)
1476                        finally:
1477                            dlg2.Destroy()
1478                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
1479                    if Id:
1480                        Sample = G2pdG.SetDefaultSample()
1481                        self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[{'wtFactor':1.0},[np.array(Xsum),np.array(Ysum),np.array(Wsum),
1482                            np.array(YCsum),np.array(YBsum),np.array(YDsum)]])
1483                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)                   
1484                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Limits'),[tuple(Xminmax),Xminmax])
1485                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Background'),[['chebyschev',True,3,1.0,0.0,0.0],
1486                            {'nDebye':0,'debyeTerms':[],'nPeaks':0,'peaksList':[]}])
1487                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
1488                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Sample Parameters'),Sample)
1489                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Peak List'),[])
1490                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Index Peak List'),[])
1491                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Unit Cells List'),[])             
1492                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection Lists'),{})             
1493                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1494                        self.PatternTree.Expand(Id)
1495                   
1496            finally:
1497                dlg.Destroy()
1498
1499    def OnImageSum(self,event):
1500        TextList = []
1501        DataList = []
1502        SumList = []
1503        Names = []
1504        Inst = []
1505        SumItemList = []
1506        Comments = ['Sum equals: \n']
1507        if self.PatternTree.GetCount():
1508            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1509            while item:
1510                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1511                Names.append(name)
1512                if 'IMG' in name:
1513                    TextList.append([0.0,name])
1514                    DataList.append(self.PatternTree.GetItemPyData(item))        #Size,Image
1515                    Data = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item,'Image Controls'))
1516                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1517            if len(TextList) < 2:
1518                self.ErrorDialog('Not enough data to sum','There must be more than one "IMG" pattern')
1519                return
1520            TextList.append('default_sum_name')               
1521            dlg = self.SumDialog(self,'Sum data','Enter scale for each image in summation','IMG',TextList)
1522            try:
1523                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1524                    imSize = 0
1525                    result = dlg.GetData()
1526                    First = True
1527                    Found = False
1528                    for i,item in enumerate(result[:-1]):
1529                        scale,name = item
1530                        data = DataList[i]
1531                        if scale:
1532                            Found = True                               
1533                            Comments.append("%10.3f %s" % (scale,' * '+name))
1534                            Npix,imagefile = data
1535                            image = G2IO.GetImageData(self,imagefile,imageOnly=True)
1536                            if First:
1537                                newImage = np.zeros_like(image)
1538                                First = False
1539                            if imSize:
1540                                if imSize != Npix:
1541                                    self.ErrorDialog('Image size error','Images to be summed must be same size'+ \
1542                                        '\nExpected:'+str(imSize)+ \
1543                                        '\nFound:   '+str(Npix)+'\nfor '+name)
1544                                    return
1545                                newImage = newImage+scale*image
1546                            else:
1547                                imSize = Npix
1548                                newImage = newImage+scale*image
1549                            del(image)
1550                    if not Found:
1551                        self.ErrorDialog('Image sum error','No nonzero image multipliers found')
1552                        return
1553                       
1554                    newImage = np.asfarray(newImage,dtype=np.float32)                       
1555                    outname = 'IMG '+result[-1]
1556                    Id = 0
1557                    if outname in Names:
1558                        dlg2 = wx.MessageDialog(self,'Overwrite data?','Duplicate data name',wx.OK|wx.CANCEL)
1559                        try:
1560                            if dlg2.ShowModal() == wx.ID_OK:
1561                                Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,name)
1562                        finally:
1563                            dlg2.Destroy()
1564                    else:
1565                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text=outname)
1566                    if Id:
1567                        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose sum image filename', '.', '', 
1568                            'G2img files (*.G2img)|*.G2img', 
1569                            wx.SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1570                        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1571                            newimagefile = dlg.GetPath()
1572                            newimagefile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,newimagefile)
1573                            G2IO.PutG2Image(newimagefile,Comments,Data,Npix,newImage)
1574                            Imax = np.amax(newImage)
1575                            Imin = np.amin(newImage)
1576                            newImage = []
1577                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,[imSize,newimagefile])
1578                            self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
1579                        del(newImage)
1580                        if self.imageDefault:
1581                            Data = copy.copy(self.imageDefault)
1582                        Data['showLines'] = True
1583                        Data['ring'] = []
1584                        Data['rings'] = []
1585                        Data['cutoff'] = 10
1586                        Data['pixLimit'] = 20
1587                        Data['ellipses'] = []
1588                        Data['calibrant'] = ''
1589                        Data['range'] = [(Imin,Imax),[Imin,Imax]]
1590                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Image Controls'),Data)                                           
1591                        Masks = {'Points':[],'Rings':[],'Arcs':[],'Polygons':[],'Thresholds':[(Imin,Imax),[Imin,Imax]]}
1592                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Masks'),Masks)
1593                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1594                        self.PatternTree.Expand(Id)
1595                        self.PickId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,outname)
1596                        self.Image = self.PickId
1597            finally:
1598                dlg.Destroy()
1599                     
1600    def OnAddPhase(self,event):
1601        if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
1602            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
1603        else:
1604            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1605        PhaseName = ''
1606        dlg = wx.TextEntryDialog(None,'Enter a name for this phase','Phase Name Entry','New phase',
1607            style=wx.OK)
1608        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1609            PhaseName = dlg.GetValue()
1610        dlg.Destroy()
1611        sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
1612        E,SGData = G2spc.SpcGroup('P 1')
1613        self.PatternTree.SetItemPyData(sub,G2IO.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData))
1614       
1615    def OnDeletePhase(self,event):
1616        #Hmm, also need to delete this phase from Reflection Lists for each PWDR histogram
1617        if self.dataFrame:
1618            self.dataFrame.Clear() 
1619        TextList = []
1620        DelList = []
1621        DelItemList = []
1622        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
1623            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
1624        else:
1625            return
1626        if sub:
1627            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1628            while item:
1629                TextList.append(self.PatternTree.GetItemText(item))
1630                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)               
1631            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which phase to delete?', 'Delete phase', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
1632            try:
1633                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1634                    result = dlg.GetSelections()
1635                    for i in result: DelList.append([i,TextList[i]])
1636                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
1637                    i = 0
1638                    while item:
1639                        if [i,self.PatternTree.GetItemText(item)] in DelList: DelItemList.append(item)
1640                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
1641                        i += 1
1642                    for item in DelItemList:
1643                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1644                        self.PatternTree.Delete(item)
1645                        self.G2plotNB.Delete(name)
1646                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1647                    while item:
1648                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1649                        if 'PWDR' in name:
1650                            Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,item, 'Reflection Lists')
1651                            refList = self.PatternTree.GetItemPyData(Id)
1652                            for i,item in DelList:
1653                                del(refList[item])
1654                            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,refList)
1655                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1656            finally:
1657                dlg.Destroy()
1658               
1659    def OnRenameData(self,event):
1660        name = self.PatternTree.GetItemText(self.PickId)     
1661        if 'PWDR' in name or 'HKLF' in name or 'IMG' in name:
1662            dataType = name[:name.index(' ')+1]                 #includes the ' '
1663            dlg = wx.TextEntryDialog(self,'Data name: '+dataType,'Change data name',
1664                defaultValue=name[name.index(' ')+1:])
1665            try:
1666                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1667                    self.PatternTree.SetItemText(self.PickId,dataType+dlg.GetValue())
1668            finally:
1669                dlg.Destroy()
1670       
1671    def GetFileList(self,fileType,skip=None):        #potentially useful?
1672        fileList = []
1673        Source = ''
1674        id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1675        while id:
1676            name = self.PatternTree.GetItemText(id)
1677            if fileType in name:
1678                if id == skip:
1679                    Source = name
1680                else:
1681                    fileList.append([False,name,id])
1682            id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1683        if skip:
1684            return fileList,Source
1685        else:
1686            return fileList
1687           
1688    def OnDataDelete(self, event):
1689        TextList = ['All Data']
1690        DelList = []
1691        DelItemList = []
1692        ifPWDR = False
1693        ifIMG = False
1694        ifHKLF = False
1695        ifPDF = False
1696        if self.PatternTree.GetCount():
1697            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1698            while item:
1699                name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1700                if name not in ['Notebook','Controls','Covariance','Constraints','Restraints','Phases']:
1701                    if 'PWDR' in name: ifPWDR = True
1702                    if 'IMG' in name: ifIMG = True
1703                    if 'HKLF' in name: ifHKLF = True
1704                    if 'PDF' in name: ifPDF = True
1705                    TextList.append(name)
1706                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1707            if ifPWDR: TextList.insert(1,'All PWDR')
1708            if ifIMG: TextList.insert(1,'All IMG')
1709            if ifHKLF: TextList.insert(1,'All HKLF')
1710            if ifPDF: TextList.insert(1,'All PDF')               
1711            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self, 'Which data to delete?', 'Delete data', TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
1712            try:
1713                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1714                    result = dlg.GetSelections()
1715                    for i in result: DelList.append(TextList[i])
1716                    if 'All Data' in DelList:
1717                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] != 'All']
1718                    elif 'All PWDR' in DelList:
1719                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']
1720                    elif 'All IMG' in DelList:
1721                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'IMG']
1722                    elif 'All HKLF' in DelList:
1723                        DelList = [item for item in TextList if item[:4] == 'HKLF']
1724                    elif 'All PDF' in DelList:
1725                        DelList = [item for item in TextList if item[:3] == 'PDF']
1726                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1727                    while item:
1728                        if self.PatternTree.GetItemText(item) in DelList: DelItemList.append(item)
1729                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1730                    for item in DelItemList:
1731                        self.PatternTree.Delete(item)
1732                    G2plt.PlotPatterns(self,True)                        #so plot gets updated
1733            finally:
1734                dlg.Destroy()
1735
1736    def OnFileOpen(self, event):
1737        result = ''
1738        Id = 0
1739        if self.PatternTree.GetChildrenCount(self.root,False):
1740            if self.dataFrame:
1741                self.dataFrame.Clear() 
1742            dlg = wx.MessageDialog(
1743                self,
1744                'Do you want to overwrite the current project? '
1745                'Any unsaved changes will be lost. Press OK to continue.',
1746                'Overwrite?',  wx.OK | wx.CANCEL)
1747            try:
1748                result = dlg.ShowModal()
1749                if result == wx.ID_OK:
1750                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
1751                    self.GSASprojectfile = ''
1752#                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
1753                    if self.HKL: self.HKL = []
1754                    if self.G2plotNB.plotList:
1755                        self.G2plotNB.clear()
1756            finally:
1757                dlg.Destroy()
1758        if result != wx.ID_CANCEL:   
1759            if self.dataDisplay: self.dataDisplay.Destroy()
1760            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file', '.', '', 
1761                'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
1762            try:
1763                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1764                    self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
1765                    self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
1766                    self.dirname = dlg.GetDirectory()
1767                    G2IO.ProjFileOpen(self)
1768                    self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
1769                    self.PatternTree.Expand(self.root)
1770                    self.HKL = []
1771                    item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1772                    while item and not Id:
1773                        name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1774                        if name[:4] in ['PWDR','HKLF','IMG ','PDF ']:
1775                            Id = item
1776                        elif name == 'Controls':
1777                            data = self.PatternTree.GetItemPyData(item)
1778                            if data:
1779                                self.Refine.Enable(True)
1780                                self.SeqRefine.Enable(True)
1781                        item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
1782                    if Id:
1783                        self.PatternTree.SelectItem(Id)
1784                    self.CheckNotebook()
1785            finally:
1786                dlg.Destroy()
1787
1788    def OnFileClose(self, event):
1789        if self.dataFrame:
1790            self.dataFrame.Clear()
1791            self.dataFrame.SetLabel('GSAS-II data display') 
1792        dlg = wx.MessageDialog(self, 'Save current project?', ' ', wx.YES | wx.NO | wx.CANCEL)
1793        try:
1794            result = dlg.ShowModal()
1795            if result == wx.ID_OK:
1796                self.OnFileSaveMenu(event)
1797            if result != wx.ID_CANCEL:
1798                self.GSASprojectfile = ''
1799                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: ')
1800                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
1801                if self.HKL: self.HKL = []
1802                if self.G2plotNB.plotList:
1803                    self.G2plotNB.clear()
1804        finally:
1805            dlg.Destroy()
1806
1807    def OnFileSave(self, event):
1808        if self.GSASprojectfile: 
1809            self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Loaded Data: '+self.GSASprojectfile)
1810            G2IO.ProjFileSave(self)
1811        else:
1812            self.OnFileSaveas(event)
1813
1814    def OnFileSaveas(self, event):
1815        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS-II project file name', '.', '', 
1816            'GSAS-II project file (*.gpx)|*.gpx',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1817        try:
1818            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1819                self.GSASprojectfile = dlg.GetPath()
1820                self.GSASprojectfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.GSASprojectfile)
1821                self.PatternTree.SetItemText(self.root,'Saving project as'+self.GSASprojectfile)
1822                self.SetTitle("GSAS-II data tree: "+
1823                              os.path.split(self.GSASprojectfile)[1])
1824                G2IO.ProjFileSave(self)
1825                self.dirname = dlg.GetDirectory()
1826        finally:
1827            dlg.Destroy()
1828
1829    def ExitMain(self, event):
1830        if self.undofile:
1831            os.remove(self.undofile)
1832        sys.exit()
1833       
1834    def OnFileExit(self, event):
1835        if self.dataFrame:
1836            self.dataFrame.Clear() 
1837            self.dataFrame.Destroy()
1838        self.Close()
1839       
1840    def OnExportPatterns(self,event):
1841        names = ['All']
1842        exports = []
1843        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1844        while item:
1845            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1846            if 'PWDR' in name:
1847                names.append(name)
1848            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1849        if names:
1850            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','Powder patterns to export',names)
1851            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1852                sel = dlg.GetSelections()
1853                if sel[0] == 0:
1854                    exports = names[1:]
1855                else:
1856                    for x in sel:
1857                        exports.append(names[x])
1858            dlg.Destroy()
1859        if exports:
1860            dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output powder file name', '.', '', 
1861                'GSAS fxye file (*.fxye)|*.fxye|xye file (*.xye)|*.xye',
1862                wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1863            try:
1864                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1865                    powderfile = dlg.GetPath()
1866                    powderfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,powderfile)
1867                    if 'fxye' in powderfile:
1868                        G2IO.powderFxyeSave(self,exports,powderfile)
1869                    else:       #just xye
1870                        G2IO.powderXyeSave(self,exports,powderfile)
1871            finally:
1872                dlg.Destroy()
1873       
1874    def OnExportPeakList(self,event):
1875        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose output peak list file name', '.', '', 
1876            '(*.*)|*.*',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
1877        try:
1878            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1879                self.peaklistfile = dlg.GetPath()
1880                self.peaklistfile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,self.peaklistfile)
1881                file = open(self.peaklistfile,'w')               
1882                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1883                while item:
1884                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1885                    if 'PWDR' in name:
1886                        item2, cookie2 = self.PatternTree.GetFirstChild(item)
1887                        while item2:
1888                            name2 = self.PatternTree.GetItemText(item2)
1889                            if name2 == 'Peak List':
1890                                peaks = self.PatternTree.GetItemPyData(item2)
1891                                file.write("%s \n" % (name+' Peak List'))               
1892                                for peak in peaks:
1893                                    file.write("%10.4f %12.2f %10.3f %10.3f \n" % \
1894                                        (peak[0],peak[2],peak[4],peak[6]))
1895                            item2, cookie2 = self.PatternTree.GetNextChild(item, cookie2)                           
1896                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)                           
1897                file.close()
1898        finally:
1899            dlg.Destroy()
1900       
1901    def OnExportHKL(self,event):
1902        event.Skip()
1903       
1904    def OnExportPDF(self,event):
1905        #need S(Q) and G(R) to be saved here - probably best from selection?
1906        names = ['All']
1907        exports = []
1908        item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1909        while item:
1910            name = self.PatternTree.GetItemText(item)
1911            if 'PDF' in name:
1912                names.append(name)
1913            item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1914        if names:
1915            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Select','PDF patterns to export',names)
1916            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1917                sel = dlg.GetSelections()
1918                if sel[0] == 0:
1919                    exports = names[1:]
1920                else:
1921                    for x in sel:
1922                        exports.append(names[x])
1923            dlg.Destroy()
1924        if exports:
1925            G2IO.PDFSave(self,exports)
1926       
1927    def OnExportPhase(self,event):
1928        event.Skip()
1929       
1930    def OnExportCIF(self,event):
1931        event.Skip()
1932
1933    def OnMakePDFs(self,event):
1934        tth2q = lambda t,w:4.0*math.pi*sind(t/2.0)/w
1935        TextList = ['All PWDR']
1936        PDFlist = []
1937        Names = []
1938        if self.PatternTree.GetCount():
1939            id, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
1940            while id:
1941                name = self.PatternTree.GetItemText(id)
1942                Names.append(name)
1943                if 'PWDR' in name:
1944                    TextList.append(name)
1945                id, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)
1946            if len(TextList) == 1:
1947                self.ErrorDialog('Nothing to make PDFs for','There must be at least one "PWDR" pattern')
1948                return
1949            dlg = wx.MultiChoiceDialog(self,'Make PDF controls','Make PDF controls for:',TextList, wx.CHOICEDLG_STYLE)
1950            try:
1951                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
1952                    result = dlg.GetSelections()
1953                    for i in result: PDFlist.append(TextList[i])
1954                    if 0 in result:
1955                        PDFlist = [item for item in TextList if item[:4] == 'PWDR']                       
1956                    for item in PDFlist:
1957                        PWDRname = item[4:]
1958                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PDF '+PWDRname)
1959                        Data = {
1960                            'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0,'Add':0.0},
1961                            'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
1962                            'Container':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
1963                            'Container Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},'ElList':{},
1964                            'Geometry':'Cylinder','Diam':1.0,'Pack':0.50,'Form Vol':10.0,
1965                            'DetType':'Image plate','ObliqCoeff':0.2,'Ruland':0.025,'QScaleLim':[0,100],
1966                            'Lorch':True,}
1967                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='PDF Controls'),Data)
1968                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='I(Q)'+PWDRname),[])       
1969                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='S(Q)'+PWDRname),[])       
1970                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='F(Q)'+PWDRname),[])       
1971                        self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='G(R)'+PWDRname),[])       
1972                self.ExportPDF.Enable(True)
1973            finally:
1974                dlg.Destroy()
1975               
1976    def GetPWDRdatafromTree(self,PWDRname):
1977        ''' Returns powder data from GSASII tree
1978        input:
1979            PWDRname = powder histogram name as obtained from GetHistogramNames
1980        return:
1981            PWDRdata = powder data dictionary with:
1982                Data - powder data arrays, Limits, Instrument Parameters, Sample Parameters           
1983        '''
1984        PWDRdata = {}
1985        PWDRdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[0])            #wtFactor + ?
1986        PWDRdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(PWDRname)[1]          #powder data arrays
1987        PWDRdata['Limits'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Limits'))
1988        PWDRdata['Background'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Background'))
1989        PWDRdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Instrument Parameters'))
1990        PWDRdata['Sample Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Sample Parameters'))
1991        PWDRdata['Reflection Lists'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PWDRname,'Reflection Lists'))
1992        return PWDRdata
1993
1994    def GetHKLFdatafromTree(self,HKLFname):
1995        ''' Returns single crystal data from GSASII tree
1996        input:
1997            HKLFname = single crystal histogram name as obtained from GetHistogramNames
1998        return:
1999            HKLFdata = single crystal data list of reflections: for each reflection:
2000                HKLF =
2001        '''
2002        HKLFdata = {}
2003        HKLFdata.update(self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[0])            #wtFactor + ?
2004        HKLFdata['Data'] = self.PatternTree.GetItemPyData(HKLFname)[1]
2005        HKLFdata['Instrument Parameters'] = self.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,HKLFname,'Instrument Parameters'))
2006        return HKLFdata
2007       
2008    def GetPhaseData(self):
2009        phaseData = {}
2010        if G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
2011            sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
2012        else:
2013            print 'no phases to be refined'
2014            return
2015        if sub:
2016            item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(sub)
2017            while item:
2018                phaseData[self.PatternTree.GetItemText(item)] =  self.PatternTree.GetItemPyData(item)               
2019                item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(sub, cookie)
2020        return phaseData               
2021                   
2022    def GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree(self):
2023        ''' Returns all histograms that are found in any phase
2024        and any phase that uses a histogram
2025        return:
2026            Histograms = dictionary of histograms as {name:data,...}
2027            Phases = dictionary of phases that use histograms
2028        '''
2029        phaseData = self.GetPhaseData()
2030        Histograms = {}
2031        Phases = {}
2032        pId = 0
2033        hId = 0
2034        for phase in phaseData:
2035            Phase = phaseData[phase]
2036            if Phase['Histograms']:
2037                if phase not in Phases:
2038                    Phase['pId'] = pId
2039                    pId += 1
2040                    Phases[phase] = Phase
2041                for hist in Phase['Histograms']:
2042                    if hist not in Histograms:
2043                        item = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,hist)
2044                        if 'PWDR' in hist[:4]: 
2045                            Histograms[hist] = self.GetPWDRdatafromTree(item)
2046                        elif 'HKLF' in hist[:4]:
2047                            Histograms[hist] = self.GetHKLFdatafromTree(item)
2048                        #future restraint, etc. histograms here           
2049                        Histograms[hist]['hId'] = hId
2050                        hId += 1
2051        return Histograms,Phases
2052       
2053    class ViewParmDialog(wx.Dialog):
2054        def __init__(self,parent,title,parmDict):
2055            wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,title,size=(300,430),
2056                pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
2057            panel = wx.Panel(self,size=(300,430))
2058            parmNames = parmDict.keys()
2059            parmNames.sort()
2060            parmText = ' p:h:Parameter       refine?              value\n'
2061            for name in parmNames:
2062                parmData = parmDict[name]
2063                try:
2064                    parmText += ' %s \t%12.4g \n'%(name.ljust(19)+'\t'+parmData[1],parmData[0])
2065                except TypeError:
2066                    pass
2067            parmTable = wx.TextCtrl(panel,-1,parmText,
2068                style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY,size=(290,400))
2069            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2070            mainSizer.Add(parmTable)
2071            panel.SetSizer(mainSizer)
2072                           
2073    def OnViewLSParms(self,event):
2074        parmDict = {}
2075        Histograms,Phases = self.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
2076        print Histograms.keys()
2077        Natoms,atomIndx,phaseVary,phaseDict,pawleyLookup,FFtable,BLtable = G2str.GetPhaseData(Phases,RestDict=None,Print=False)       
2078        hapVary,hapDict,controlDict = G2str.GetHistogramPhaseData(Phases,Histograms,Print=False)
2079        histVary,histDict,controlDict = G2str.GetHistogramData(Histograms,Print=False)
2080        varyList = phaseVary+hapVary+histVary
2081        parmDict.update(phaseDict)
2082        parmDict.update(hapDict)
2083        parmDict.update(histDict)
2084        for parm in parmDict:
2085            if parm.split(':')[-1] in ['Azimuth','Gonio. radius','Lam1','Lam2',
2086                'Omega','Chi','Phi','nDebye','nPeaks']:
2087                parmDict[parm] = [parmDict[parm],' ']
2088            elif parm.split(':')[-2] in ['Ax','Ay','Az','SHmodel','SHord']:
2089                parmDict[parm] = [parmDict[parm],' ']
2090            elif parm in varyList:
2091                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'True']
2092            else:
2093                parmDict[parm] = [parmDict[parm],'False']
2094        parmDict[' Num refined'] = [len(varyList),'']
2095        dlg = self.ViewParmDialog(self,'Parameters for least squares',parmDict)
2096        try:
2097            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2098                print 'do something with changes?? - No!'
2099        finally:
2100            dlg.Destroy()
2101       
2102    def OnRefine(self,event):
2103        self.OnFileSave(event)
2104        # check that constraints are OK here
2105        errmsg, warnmsg = G2str.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
2106        if errmsg:
2107            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
2108                  '\nRefinement not possible')
2109            self.ErrorDialog('Constraint Error',
2110                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
2111                             '\nRefinement not possible')
2112            return
2113        if warnmsg:
2114            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2115                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
2116            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
2117                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2118                             warnmsg+
2119                             '\nRefinement not possible')
2120            return
2121        #works - but it'd be better if it could restore plots
2122        dlg = wx.ProgressDialog('Residual','All data Rw =',101.0, 
2123            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
2124        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
2125        Size = dlg.GetSize()
2126        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
2127        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
2128        dlg.SetSize(Size)
2129        Rw = 100.00
2130        try:
2131            Rw = G2str.Refine(self.GSASprojectfile,dlg)
2132        finally:
2133            dlg.Destroy()       
2134        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results, Rw =%.3f'%(Rw),wx.OK|wx.CANCEL)
2135        try:
2136            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2137                Id = 0
2138                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2139                if self.HKL: self.HKL = []
2140                if self.G2plotNB.plotList:
2141                    self.G2plotNB.clear()
2142                G2IO.ProjFileOpen(self)
2143                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2144                while item and not Id:
2145                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2146                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
2147                        Id = item
2148                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2149                if Id:
2150                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
2151        finally:
2152            dlg.Destroy()
2153
2154    def OnSeqRefine(self,event):
2155        Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequental results')
2156        if not Id:
2157            Id = self.PatternTree.AppendItem(self.root,text='Sequental results')
2158            self.PatternTree.SetItemPyData(Id,{})           
2159        self.OnFileSave(event)
2160        # check that constraints are OK here
2161        errmsg, warnmsg = G2str.CheckConstraints(self.GSASprojectfile)
2162        if errmsg:
2163            print('Error in constraints:\n'+errmsg+
2164                  '\nRefinement not possible')
2165            self.ErrorDialog('Constraint Error',
2166                             'Error in constraints:\n'+errmsg+
2167                             '\nRefinement not possible')
2168            return
2169        if warnmsg:
2170            print('Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2171                  warnmsg+'\nRefinement not possible')
2172            self.ErrorDialog('Refinement Flag Error',
2173                             'Conflict between refinment flag settings and constraints:\n'+
2174                             warnmsg+'\nRefinement not possible')
2175            return
2176        dlg = wx.ProgressDialog('Residual for histogram 0','Powder profile Rwp =',101.0, 
2177            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
2178        screenSize = wx.ClientDisplayRect()
2179        Size = dlg.GetSize()
2180        Size = (int(Size[0]*1.2),Size[1]) # increase size a bit along x
2181        dlg.SetPosition(wx.Point(screenSize[2]-Size[0]-305,screenSize[1]+5))
2182        dlg.SetSize(Size)
2183        try:
2184            G2str.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)
2185        finally:
2186            dlg.Destroy()       
2187        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
2188        try:
2189            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2190                Id = 0
2191                self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
2192                if self.HKL: self.HKL = []
2193                if self.G2plotNB.plotList:
2194                    self.G2plotNB.clear()
2195                G2IO.ProjFileOpen(self)
2196                item, cookie = self.PatternTree.GetFirstChild(self.root)
2197                while item and not Id:
2198                    name = self.PatternTree.GetItemText(item)
2199                    if name[:4] in ['PWDR','HKLF']:
2200                        Id = item
2201                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
2202                if Id:
2203                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
2204        finally:
2205            dlg.Destroy()
2206       
2207    def ErrorDialog(self,title,message,parent=None, wtype=wx.OK):
2208        result = None
2209        if parent is None:
2210            dlg = wx.MessageDialog(self, message, title,  wtype)
2211        else:
2212            dlg = wx.MessageDialog(parent, message, title,  wtype)
2213            dlg.CenterOnParent() # not working on Mac
2214        try:
2215            result = dlg.ShowModal()
2216        finally:
2217            dlg.Destroy()
2218        return result
2219
2220class GSASIImain(wx.App):
2221    def OnInit(self):
2222        self.main = GSASII(None)
2223        self.main.Show()
2224        self.SetTopWindow(self.main)
2225        return True
2226
2227def main():
2228    application = GSASIImain(0)
2229    if wxInspector: wxeye.InspectionTool().Show()
2230
2231    #application.main.OnRefine(None)
2232    application.MainLoop()
2233   
2234if __name__ == '__main__':
2235    main()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.